Comissão de Pesquisa e Inovação do IME-USP

Comissão de Pesquisa e Inovação do IME-USP - Pós-Doutorado concluído

Marcelo da Silva Reis

Marcelo S. Reis é bacharel em Ciência da Computação pela Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP, 2004), pós-graduado em Bioinformática pela Universität zu Köln (Alemanha, 2005) e doutor em Ciência da Computação pela Universidade de São Paulo (USP, 2012). Com linhas de investigação em Inteligência Artificial (IA), Aprendizado de Máquina e Bioinformática, Marcelo já foi pesquisador do Instituto Butantan e pesquisador visitante no Max-Planck-Institut für Multidisziplinäre Naturwissenschaften (Alemanha). Atualmente ele é Professor Doutor no Instituto de Computação da UNICAMP, onde é pesquisador do Laboratório de IA (Recod.ai), coordenador de linha de pesquisa no Hub de IA e Arquiteturas Cognitivas (H.IAAC) e também pesquisador associado do Hub de IA para Saúde e Bem-Estar Viva Bem. (Texto informado pelo autor)

http://lattes.cnpq.br/1622980448239879 (29/04/2024)

Rótulo/Grupo:

Bolsa CNPq:

Período de análise:

Endereço: Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Computação. Avenida Albert Einstein, 1251 Cidade Universitária 13083852 - Campinas, SP - Brasil Telefone: (19) 35215838 URL da Homepage: https://www.ic.unicamp.br/~msreis

Grande área: Ciências Exatas e da Terra

Área: Ciência da Computação

Citações: Google Acadêmico

Produção bibliográfica

Artigos completos publicados em periódicos (28)
1. HADDADI, SEYED JAMAL ; FARSHIDVARD, AIDA ; SILVA, FILLIPE DOS SANTOS ; DOS REIS, JULIO CESAR ; DA SILVA REIS, MARCELO. Customer churn prediction in imbalanced datasets with resampling methods: A comparative study. EXPERT SYSTEMS WITH APPLICATIONS. v. 246, p. 123086, 2024. Qualis: A1
2. BARRERA, JUNIOR ; HASHIMOTO, RONALDO F. ; HIRATA, NINA S. T. ; HIRATA, R. ; Reis, Marcelo S.. From Mathematical Morphology to machine learning of image operators. SÃO PAULO JOURNAL OF MATHEMATICAL SCIENCES. v. 16, p. 616-657, 2022. Qualis: B3
3. CARARO-LOPES, EDUARDO ; Dias, Matheus H. ; DA SILVA, MARCELO S. ; ZEIDLER, JULIANNA D. ; VESSONI, ALEXANDRE T. ; Reis, Marcelo S. ; BOCCARDO, ENRIQUE ; Armelin, Hugo A.. Autophagy buffers Ras-induced genotoxic stress enabling malignant transformation in keratinocytes primed by human papillomavirus. Cell Death & Disease. v. 12, p. 194, 2021. Qualis: A2
4. ESTRELA, GUSTAVO ; GUBITOSO, MARCO DIMAS ; FERREIRA, CARLOS EDUARDO ; BARRERA, JUNIOR ; Reis, Marcelo S.. An Efficient, Parallelized Algorithm for Optimal Conditional Entropy-Based Feature Selection. Entropy. v. 22, p. 492, 2020. Qualis: A4
5. CALDERANO, S. G. ; NISHIYAMA JUNIOR, M. Y. ; MARINI, M. ; NUNES, N. O. ; Reis, Marcelo S. ; PATANE, J. S. L. ; SILVEIRA, J. F. ; CUNHA, J. P. C. ; ELIAS, M. C.. Identification of Novel Interspersed DNA Repetitive Elements in the Trypanosoma cruzi Genome Associated with the 3′UTRs of Surface Multigenic Families. Genes. v. 11, p. 1235, 2020. Qualis: A2
6. GREN, ERIC C.K. ; KITANO, EDUARDO S. ; ANDRADE-SILVA, DEBORA ; IWAI, LEO KEI ; Reis, Marcelo S. ; MENEZES, MILENE C. ; SERRANO, SOLANGE M.T.. Comparative analysis of the high molecular mass subproteomes of eight Bothrops snake venoms. Comparative Biochemistry and Physiology D-Genomics & Proteomics. v. 30, p. 113-121, 2019. Qualis: Não identificado (COMPARATIVE BIOCHEMISTRY AND PHYSIOLOGY D-GENOMICS & PROTEOMICS)
7. DA SILVA, MARCELO S. ; CAYRES-SILVA, GUSTAVO R. ; VITARELLI, MARCELA O. ; MARIN, PAULA A. ; HIRAIWA, PRISCILA M. ; ARAÚJO, CHRISTIANE B. ; SCHOLL, BRUNO B. ; ÁVILA, ANDREA R. ; MCCULLOCH, RICHARD ; Reis, Marcelo S. ; ELIAS, MARIA CAROLINA. Transcription activity contributes to the firing of non-constitutive origins in African trypanosomes helping to maintain robustness in S-phase duration. Scientific Reports. v. 9, p. 18512, 2019. Qualis: A2
8. ANDRADE-SILVA, DÉBORA ; ASHLINE, DAVID ; TRAN, THUY ; LOPES, ALINE S. ; CARDOSO, SILVIA REGINA TRAVAGLIA ; Reis, Marcelo S. ; ZELANIS, ANDRÉ ; SERRANO, SOLANGE M T ; REINHOLD, VERNON N.. Structures of N-Glycans of Bothrops venoms revealed as molecular signatures that contribute to venom phenotype in viperid snakes.. MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS. v. 17, p. 1261-1284, 2018. Qualis: A1
9. VITORINO, FRANCISCA NATHALIA DE LUNA ; MONTONI, FABIO ; MORENO, JAQUELINE NEVES ; DE SOUZA, BRUNO FERREIRA ; LOPES, MARIANA DE CAMARGO ; CORDEIRO, BARBARA ; FONSECA, CECILIA SELLA ; GILMORE, JOSHUA M ; SARDIU, MIHAELA I ; REIS, MARCELO SILVA ; FLORENS, LAURENCE A ; WASHBURN, MICHAEL P ; ARMELIN, HUGO AGUIRRE ; DA CUNHA, JULIA PINHEIRO CHAGAS. FGF-2 Antiproliferative Stimulation Induces Proteomic Dynamic Changes and High Expression of fosB and junB in K-Ras-Driven Mouse Tumor Cells. PROTEOMICS. v. 18, p. 1800203, 2018. Qualis: A2
10. Reis, Marcelo S.; ESTRELA, GUSTAVO ; FERREIRA, CARLOS EDUARDO ; BARRERA, JUNIOR. Optimal Boolean lattice-based algorithms for the U-curve optimization problem. INFORMATION SCIENCES. v. 471, p. 97-114, 2018. Qualis: A1
11. Dias, Matheus H. ; FONSECA, CECÍLIA S. ; ZEIDLER, JULIANNA D. ; Albuquerque, Layra L. ; DA SILVA, MARCELO S. ; LOPES-CARARO, EDUARDO ; Reis, Marcelo S. ; NOËL, VINCENT ; DOS SANTOS, EDMILSON O. ; PRIOR, IAN A. ; Armelin, Hugo A.. Fibroblast Growth Factor 2 lethally sensitizes cancer cells to stress-targeted therapeutic inhibitors. Molecular Oncology. v. 13, p. 290-306, 2018. Qualis: A1 (MOLECULAR ECOLOGY)
12. DE JESUS, TERESA CRISTINA LEANDRO ; CALDERANO, SIMONE GUEDES ; VITORINO, FRANCISCA NATHALIA DE LUNA ; LLANOS, RICARDO PARIONA ; LOPES, MARIANA DE CAMARGO ; DE ARAÚJO, CHRISTIANE BEZERRA ; THIEMANN, OTAVIO HENRIQUE ; REIS, MARCELO DA SILVA ; ELIAS, MARIA CAROLINA ; DA CUNHA, JULIA PINHEIRO CHAGAS. Quantitative proteomic analysis of replicative and non-replicative forms reveals important insights into chromatin biology of Trypanosoma cruzi. Molecular & Cellular Proteomics. v. 16, p. mcp.M116.061200, 2017. Qualis: A1
13. Reis, Marcelo S.; ESTRELA, G. ; FERREIRA, C. E. ; BARRERA, J.. featsel: A framework for benchmarking of feature selection algorithms and cost functions. SoftwareX. v. 6, p. 193-197, 2017. Qualis: A2
14. ATASHPAZ-GARGARI, E. ; REIS, M. S. ; BRAGA NETO, U. M. ; BARRERA, J. ; DOUGHERTY, E. R.. A Fast Branch-and-Bound Algorithm for U-Curve Feature Selection. PATTERN RECOGNITION,. p. 172-188, 2017. Qualis: A1 (PATTERN RECOGNITION)
15. BARRERA ; FONSECA, ANDRÉ ; GUBITOSO, MARCO ; Reis, Marcelo ; JOSÉ DE SOUZA, SANDRO ; BARRERA, JUNIOR. A New Approach for Identification of Cancer-related Pathways using Protein Networks and Genomic Data. Cancer Informatics. v. 5, p. 139-149, 2016. Qualis: B2
16. SILVA, D. A. ; ZELANIS, A. ; KITANO, E. ; JUNQUEIRA-DE-AZEVEDO, I. L. M. ; REIS, M. S. ; LOPES, A. S. ; SERRANO, S. M. T.. Proteomic and glycoproteomic profilings reveal that posttranslational modifications of toxins contribute to venom phenotype in snakes.. Journal of Proteome Research (Print). v. 15, p. 2658-2675, 2016. Qualis: A1
17. PARIONA-LLANOS, RICARDO ; PAVANI, RAPHAEL SOUZA ; Reis, Marcelo ; NOËL, VINCENT ; SILBER, ARIEL MARIANO ; ARMELIN, HUGO AGUIRRE ; CANO, MARIA ISABEL NOGUEIRA ; ELIAS, MARIA CAROLINA. Glyceraldehyde 3-Phosphate Dehydrogenase-Telomere Association Correlates with Redox Status in Trypanosoma cruzi. Plos One. v. 10, p. e0120896, 2015. Qualis: A1
18. Nyvall Collén, Pi ; Collén, Jonas ; Silva Reis, Marcelo ; Pedersén, Marianne ; Setubal, João C. ; Varani, Alessandro M. ; Colepicolo, Pio ; Oliveira, Mariana C.. Analysis of expressed sequence tags from the agarophyte Gracilaria tenuistipitata (Rhodophyta). Journal of Applied Phycology. v. 1, p. 1-7, 2011. Qualis: A2
19. MACIEL, SCHEILA C ; SILVA, RICARDO F ; Reis, Marcelo S. ; JADÃO, ADRIANA S. ; ROSA, DANIEL D ; GIAMPAN, J S ; KITAJIMA, E. W. ; REZENDE, J. A. M. ; CAMARGO, LUIS EDUARDO ARANHA. Characterization of a new potyvirus causing mosaic and flower variegation in Catharanthus roseus in Brazil. Scientia Agricola (USP. Impresso). v. 68, p. 687-690, 2011. Qualis: Não identificado (IMPRESSO))
20. Barbosa, Julio C. ; Barreto, Sarah S. ; Inoue-Nagata, Alice K. ; Reis, Marcelo S. ; Firmino, Ana Carolina ; Bergamin Filho, Armando ; Rezende, Jorge Alberto Marques. Natural infection of Nicandra physaloides by Tomato severe rugose virus in Brazil. Journal of General Plant Pathology. v. 75, p. 440-443, 2009. Qualis: Não identificado (JOURNAL OF GENERAL PLANT PATHOLOGY)
21. Cristofani-Yaly, Mariângela ; Berger, Irving J. ; Targon, Maria Luisa P.N. ; Takita, Marco A. ; Dorta, Sílvia de O. ; Freitas-Astúa, Juliana ; Souza, Alessandra A. de ; Boscariol-Camargo, Raquel L. ; Reis, Marcelo S. ; Machado, Marcos A.. Differential expression of genes identified from Poncirus trifoliata tissue inoculated with CTV through EST analysis and in silico hybridization. Genetics and Molecular Biology (Impresso). v. 30, p. 972-979, 2007. Qualis: A4
22. Souza, Alessandra A. de ; Takita, Marco A. ; Coletta-Filho, Helvécio D. ; Targon, Maria Luisa P.N. ; Carlos, Eduardo F. ; Locali-Fabris, Eliane C. ; Amaral, Alexandre M. ; Freitas-Astúa, Juliana ; Silva-Pinhati, Ana Carla O. ; Boscariol-Camargo, Raquel L. ; Berger, Irving J. ; Rodrigues, Carolina M. ; Reis, Marcelo S. ; Machado, Marcos A.. Analysis of expressed sequence tags from Citrus sinensis L. Osbeck infected with Xylella fastidiosa. Genetics and Molecular Biology (Impresso). v. 30, p. 957-964, 2007. Qualis: A4
23. Boscariol-Camargo, Raquel L. ; Berger, Irving J. ; Souza, Alessandra A. ; Amaral, Alexandre M. do ; Carlos, Eduardo F. ; Freitas-Astúa, Juliana ; Takita, Marco A. ; Targon, Maria Luisa P.N. ; Medina, Camilo L. ; Reis, Marcelo S. ; Machado, Marcos A.. In silico analysis of ESTs from roots of Rangpur lime (Citrus limonia Osbeck) under water stress. Genetics and Molecular Biology (Impresso). v. 30, p. 906-916, 2007. Qualis: A4
24. Berger, Irving J. ; Freitas-Astúa, Juliana ; Reis, Marcelo S. ; Targon, Maria Luísa P.N. ; Machado, Marcos A.. In silico prediction of gene expression patterns in Citrus flavedo. Genetics and Molecular Biology (Impresso). v. 30, p. 752-760, 2007. Qualis: A4
25. Reis, Marcelo S.; Takita, Marco A. ; Palmieri, Darío A. ; Machado, Marcos A.. Bioinfomatics for the Citrus EST Project (CitEST). Genetics and Molecular Biology (Impresso). v. 30, p. 1024-1029, 2007. Qualis: A4
26. SETUBAL, J. C. ; Reis, M. S. ; MATSUNAGA, J. ; Haake, D. A.. Lipoprotein computational prediction in spirochaetal genomes. Microbiology (Reading), Inglaterra. v. 152, n. 152, p. 113-121, 2006. Qualis: Não identificado (MICROBIOLOGY , INGLATERRA)
27. NASCIMENTO, A. L. T. O. ; KO, A. I. ; MARTINS, E. A. L. ; MONTEIRO-VITORELLO, C. B. ; HO, P. L. ; Haake, D. A. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. ; HARTSKEERL, R. A. ; MARQUES, M. V. ; OLIVEIRA, M. C. ; MENCK, C. F. M. ; LEITE, L. C. C. ; CARRER, H. ; COUTINHO, L. L. ; DEGRAVE, W. M. ; DELLAGOSTIN, O. A. ; EL-DORRY, H. ; FERRO, E. S. ; FERRO, M. I. T. ; REIS, M. S.. Comparative Genomics of Two Leptospira interrogans Serovars Reveals Novel Insights into Physiology and Pathogenesis. Journal of Bacteriology (Print). v. 186, n. 7, p. 2164-2172, 2004. Qualis: A3
28. Hagopian, Jonathan C. ; Reis, Marcelo ; Kitajima, Jo?o P. ; Bhattacharya, Debashish ; Oliveira, Mariana C.. Comparative Analysis of the Complete Plastid Genome Sequence of the Red Alga Gracilaria tenuistipitata var. liui Provides Insights into the Evolution of Rhodoplasts and Their Relationship to Other Plastids. Journal of Molecular Evolution. v. 59, n. 4, p. 464-477, 2004. Qualis: A3
Livros publicados/organizados ou edições (1)
1. REIS, M. S.; MINARDI, R. (Org.). Advances in Bioinformatics and Computational Biology. 1 ed. Springer Cham, 2023. p. 162.
Capítulos de livros publicados (2)
1. ARMELIN, H. A. ; Reis, Marcelo S. ; SILVA, M. S.. Controle do Ciclo Celular. Em: Hoff, Paulo Marcelo Gehm; Chammas, Roger; Bonadio, Renata Rodrigues da Cunha Colombo. (Org.). Tratado de Oncologia. 2ed. : Atheneu. 2022.v. 1, p. 265-282.
2. Reis, Marcelo S.; NOËL, VINCENT ; Dias, Matheus H. ; Albuquerque, Layra L. ; Guimarães, Amanda S. ; Wu, Lulu ; BARRERA, JUNIOR ; Armelin, Hugo A.. An Interdisciplinary Approach for Designing Kinetic Models of the Ras/MAPK Signaling Pathway. An Interdisciplinary Approach for Designing Kinetic Models of the Ras/MAPK Signaling Pathway. 1ed. Em: . : Springer New York. 2017.p. 455-474.
Textos em jornais de notícias/revistas (0)
Trabalhos completos publicados em anais de congressos (3)
1. BATISTA, M. ; MONTONI, F. ; CAMPOS, C. ; NOGUEIRA, R. ; ARMELIN, H. A. ; Reis, Marcelo S.. A Framework for Inference and Selection of Cell Signaling Pathway Dynamic Models. Em: 16th Brazilian Symposium on Bioinformatics, v. 13954, p. 82-93, 2023. Qualis: Não identificado (16th Brazilian Symposium on Bioinformatics)
2. SOUSA, R. N. ; CAMPOS, C. G. S. ; WANG, W. ; HASHIMOTO, R. F. ; ARMELIN, H. A. ; Reis, Marcelo S.. Exploring Identifiability in Hybrid Models of Cell Signaling Pathways. Em: 16th Brazilian Symposium on Bioinformatics, v. 13954, p. 148-159, 2023.Qualis: Não identificado (16th Brazilian Symposium on Bioinformatics)
3. REIS, M. S.; BARRERA, J.. Solving Problems in Mathematical Morphology through Reductions to the U-curve Problem. Em: 11th International Symposium on Mathematical Morphology, v. 7883, p. 49-60, 2013.Qualis: Não identificado (11th International Symposium on Mathematical Morphology)
Resumos expandidos publicados em anais de congressos (2)
1. MONTONI, FABIO ; SOUSA, RONALDO N. DE ; L. JUNIOR, MARCELO B. ; CAMPOS, CRISTIANO G. S. ; CONSTANTINO, VIVIAN M. ; WANG, WILLIAN ; SANCTOS, CÁSSIA S. ; Armelin, Hugo A. ; Reis, Marcelo S.. Integration of Sabio-RK to the Reactome Graph Database for Efficient Gathering of Cell Signaling Pathways. Em: Brazilian eScience Workshop, 2022, p. 105, 2022. Qualis: Não identificado (BRAZILIAN ESCIENCE WORKSHOP, 2022)
2. MONTONI, FABIO ; DE SOUSA, RONALDO N. ; DE LIMA JUNIOR, MARCELO B. ; CAMPOS, CRISTIANO G.S. ; WANG, WILLIAN ; CONSTANTINO, VIVIAN M. ; SANCTOS, CASSIA S. ; Armelin, Hugo A. ; Reis, Marcelo S.. Anguix: Cell Signaling Modeling Improvement through Sabio-RK association to Reactome. Em: 2022 IEEE 18th International Conference on eScience (eScience), 2022, Salt Lake City. 2022 IEEE 18th International Conference on e-Science (e-Science), p. 425, 2022. Qualis: Não identificado (2022 IEEE 18TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON ESCIENCE , 2022, SALT LAKE CITY. 2022 IEEE 18TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON E-SCIENCE)
Resumos publicados em anais de congressos (14)
1. ESTRELA, G. ; ARMELIN, H. A. ; Reis, M. S.. Identification of cell signaling pathways based on biochemical reaction kinetics repositories. Em: ROCKY 2019, 2019, Aspen. Proceedings of ROCKY 2019, 2019.
2. Reis, M. S.; Dias, Matheus H. ; NOEL, V. ; FONSECA, C. S. ; ALBUQUERQUE, L. L. ; Nakano, F. ; BARRERA, J. ; ARMELIN, H. A.. A K-Ras small GTPase model provides insights into molecular mechanisms of FGF2-induced cell cycle arrest in wt-K-Ras-driven tumor cells. Em: EMBO workshop on cellular signaling and cancer therapy, 2018, Cavtat. Proceedings of the EMBO workshop on cellular signaling and cancer therapy, 2018.
3. REIS, M. S.; DIAS, M. H. S. ; NOEL, V. ; FONSECA, C. S. ; ALBUQUERQUE, L. L. ; Nakano, F. ; BARRERA, J. ; ARMELIN, H. A.. Mathematical modeling of the K-Ras switch in the K-Ras-driven mouse Y1 adrenocortical tumor cells provides insights into molecular mechanisms of FGF2-induced cell cycle arrest. Em: 17th International Conference on Systems Biology (ICSB 2016), 2016, Barcelona. Proceedings of the 17th International Conference on Systems Biology, 2016.
4. WU, L. ; REIS, M. S. ; NOEL, V. ; Armelin, H.A. ; BARRERA, J.. A method to modify molecular signaling networks through examination of interactome databases. Em: X-Meeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics, 2015, São Paulo. Proceedings of the X-Meeting 2015 & BSB, p. Poster SB07, 2015.
5. NOEL, V. ; REIS, M. S. ; DIAS, M. H. S. ; ALBUQUERQUE, L. L. ; PARIONA-LLANOS, R. ; PAVANI, R. ; SILBER, A. ; CANO, M. I. N. ; ELIAS, M. C. ; Nakano, F. ; BARRERA, J. ; ARMELIN, H. A.. Design and analysis of dynamical models of biochemical reaction networks. Em: Symmetry and Dynamics in Biology: From experimental analysis to mathematical modeling, 2015, São Paulo. Proceedings of SDB 2015, 2015.
6. REIS, M. S.; NISHIYAMA-JR, M. Y. ; SILVA, D. F. ; JUNQUEIRA-DE-AZEVEDO, I. L. M. ; DA-CUNHA, J. P. C. ; BARRERA, J. ; IWAI, L. K. ; SERRANO, S. M. T. ; ARMELIN, H. A.. CeTICSdb: a platform for interdisciplinary research that allows quantitative and qualitative -omics analyses and mathematical modeling of signaling networks. Em: 18th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology, 2014, Pittsburgh. RECOMB 2014 Book of Abstracts, p. 128-128, 2014.
7. REIS, M. S.; DIAS, M. H. S. ; Nakano, F. ; BARRERA, J. ; ARMELIN, H. A.. Mathematical modeling of Ras/MAPK signaling network kinetics provides insights into mechanisms of FGF2-induced cell cycle arrest in the K-Ras-driven mouse Y1 adrenocortical tumor cells. Em: 18th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology, 2014, p. 126-126, 2014.
8. REIS, M. S.; DIAS, M. H. S. ; Nakano, F. ; NOEL, V. ; BARRERA, J. ; Armelin, H.A.. Modeling the kinetics of Ras/MAPK and PI3K/AKT signaling pathways in the K-Ras-driven mouse Y1 adrenocortical tumor cells: novel insights into the mechanisms of FGF2-driven cell cycle arrest. Em: Challenges and Solutions in Cancer Research and Treatment (CSC 2014), 2014, Mangaratiba, RJ. CSC 2014, p. SIG-09, 2014.
9. Reis, M. S.; DIAS, M. H. S. ; ALBUQUERQUE, L. L. ; NOEL, V. ; Nakano, F. ; BARRERA, J. ; Armelin, H.A.. Mathematical modeling of the Ras/MAPK and PI3K/Akt signaling networks in the K-Ras-driven mouse Y1 adrenocortical tumor cells. Em: XLIII Reunião Anual da SBBq, 2014, Foz do Iguaçu. Resumos da XLIII Reunião Anual da SBBq, p. P-C35, 2014.
10. Reis, Marcelo S.; NOEL, V. ; DIAS, M. H. S. ; ALBUQUERQUE, L. L. ; Nakano, F. ; BARRERA, J. ; Armelin, H.A.. Mathematical modeling of the crosstalk between Ras/MAPK and PI3K/Akt signaling pathways in the K-Ras-driven mouse Y1 adrenocortical tumor cells provides insights into the mechanisms of FGF2-driven cell cycle arrest. Em: The 15th International Conference on Systems Biology (ICSB 2014), 2014, Melbourne. Proceedings of the ICSB 2014, 2014.
11. REIS, M. S.; FERREIRA, C. E. ; BARRERA, J.. Estimation of Probabilistic Gene Networks using the UCS feature selection algorithm. Em: X-Meeting, 2010, Ouro Preto. Proceedings of the 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, p. SBN15, 2010.
12. REIS, M. S.; BARRERA, J.. Assessment of prediction methods for the estimation of Probabilistic Gene Networks. Em: X-Meeting, 2009, Angra dos Reis. Proceedings of the 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, p. P68, 2009.
13. SCHEICHER, R.B. ; REIS, M. S. ; TAKITA, M. A. ; MACHADO, M. A.. Integration between the Citrus unigene editor and a digital Northern tool, using XML. Em: X-Meeting 2007, 2007, São Paulo. Proceedings of the 3rd Conference of Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. São Paulo: AB3C, p. XP36, 2007.
14. REIS, M. S.; TAKITA, M. A. ; SOUZA, A. A. ; BERGER, I. J. ; FREITAS-ASTUA, J. ; MACHADO, M. A.. A Digital Northern tool for assessment of Citrus differentially expressed genes. Em: 14th Annual International Conference On Intelligent Systems For Molecular Biology, 2006, Fortaleza. 14th Annual International Conference On Intelligent Systems For Molecular Biology, H91, 2006.
Artigos aceitos para publicação (0)
Apresentações de trabalho (0)
Demais tipos de produção bibliográfica (2)
1. REIS, M. S.; FERREIRA, C. E. ; BARRERA, J.. The U-curve optimization problem: improvements on the original algorithm and time complexity analysis. 2014. Boletim Técnico
2. AMARAL, A. M. ; REIS, M. S. ; SILVA, F. R.. O programa BLAST: guia prático de utilização. Brasília: Embrapa. 2007. Boletim Técnico

Produção técnica

Programas de computador com registro (0)
Programas de computador sem registro (4)
1. ANDRADE, T. P. ; BONIS, G. ; MARTINS, A. ; MONTAGNER, I. S. ; REIS, M. S. ; SANTOS, M. V. ; SUCA, E. G.. The Dojo Online: an open-source, web coding dojo. 2010.
2. Reis, M. S. Rotas: um planejador simples de rotas de trânsito. 2009.
3. Reis, M. S. sPGN: a simulator of the dynamics of Probabilistic Gene Networks. 2007.
4. Reis, M. S.; SETUBAL, J. C.. SpLip: Spirochaetal Lipoprotein Identification Tool. 2004.
Produtos tecnológicos (0)
Processos ou técnicas (0)
Trabalhos técnicos (1)
1. Machado, Marcos A. ; Takita, Marco A. ; Amaral, Alexandre M. ; REIS, M. S. ; et al.. Global analysis of Citrus Expression. 2008.
Demais tipos de produção técnica (5)
1. Reis, Marcelo S. Introdução a conceitos básicos de programação. 2014. Curso de curta duração ministrado/Outra
2. Reis, Marcelo S. Introdução à Proteômica Computacional. 2013. Curso de curta duração ministrado/Outra
3. Reis, Marcelo S. Modelagem Matemática e Simulação de Cinéticas Enzimáticas. 2013. Curso de curta duração ministrado/Outra
4. Reis, M. S. Bioinformática para o projeto Citrus EST (CitEST). 2009. Curso de curta duração ministrado/Extensão
5. Reis, M. S. Introdução à Bioinformática Aplicada. 2007. Curso de curta duração ministrado/Extensão

Produção artística

Total de produção artística (0)

Orientações em andamento

Supervisão de pós-doutorado (1)
1. Seyed Jamalaldin Haddadi. . Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Desenvolvimento da Unicamp.. Início: 2023.
  Supervisor: Marcelo da Silva Reis.
Tese de doutorado (4)
1. Rolan Alexander Valle Rey Sanchez. Métodos de aprendizado de máquina para detecção de comportamento sedentário a partir de sensores de smartwatch. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Desenvolvimento da Unicamp. Início: 2022.
  Orientador: Marcelo da Silva Reis.
2. Fillipe dos Santos Silva. Segmentação robusta de clientes em dados não estruturados. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Desenvolvimento da Unicamp. Início: 2022.
  Orientador: Marcelo da Silva Reis.
3. Fabio Montoni. Projeto de um banco de dados de reações bioquímicas para seleção de modelos de vias de sinalização celular. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2021.
  Orientador: Marcelo da Silva Reis.
4. Ronaldo Nogueira de Sousa. Seleção Bayesiana de modelos dinâmicos de vias não isoladas de sinalização celular. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2020.
  Orientador: Marcelo da Silva Reis.
Dissertação de mestrado (14)
1. Mariana Aparecida Ferreira. Modelos causais para predição de churn. Dissertação (Mestrado profissional em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, . Início: 2023.
  Orientador: Marcelo da Silva Reis.
2. Marco Antonio Caceres Choqque. An approach for image forgery detection using frequency and spatial domains and physics-based constraints. Dissertação (Mestrado profissional em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2023.
  Orientador: Marcelo da Silva Reis.
3. Luis Carlos Martins Arruda Júnior. Desenvolvimento de IA generativa para tradução Português-Libras. Dissertação (Mestrado profissional em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2023.
  Orientador: Marcelo da Silva Reis.
4. Bruno Nogueira Renzo. Investigação do uso de grandes modelos de linguagem para expansão de contexto em sistemas de recomendação. Dissertação (Mestrado profissional em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, . Início: 2023.
  Orientador: Marcelo da Silva Reis.
5. Juliano Leonardo Soares. Modelos causais para sistemas de recomendação. Dissertação (Mestrado profissional em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Desenvolvimento da Unicamp. Início: 2023.
  Orientador: Marcelo da Silva Reis.
6. Giorgio de Moraes Rossa. Leveraging ECG data for the prediction of glucose levels. Dissertação (Mestrado profissional em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2023.
  Orientador: Marcelo da Silva Reis.
7. Gian Fanco Joel Condori Luna. Sentiment analysis based on natural language processing in the information technology sector in Brazil. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2022.
  Orientador: Marcelo da Silva Reis.
8. Andréia Botto. Modelos ensemble para estabelecimento de conexões assertivas no mercado brasileiro de TI. Dissertação (Mestrado profissional em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, . Início: 2022.
  Orientador: Marcelo da Silva Reis.
9. Sadeeq Olalekan Bello. Desenho de arquiteturas cognitivas para predição de churn. Dissertação (Mestrado profissional em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Desenvolvimento da Unicamp. Início: 2022.
  Orientador: Marcelo da Silva Reis.
10. Patrick Anderson Matias de Araújo. Um arcabouço para recomendações personalizadas para passes de batalhas em jogos eletrônicos. Dissertação (Mestrado profissional em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Desenvolvimento da Unicamp. (Coorientador).. Início: 2022.
  Supervisor: Marcelo da Silva Reis.
11. Wladimir Arturo Garcés Carrillo. Geração de dados de vídeos em Línguas de Sinais Brasileiras e reconhecimento de Sinais utilizando Vision Transformers. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2022.
  Orientador: Marcelo da Silva Reis.
12. Cristiano Gabriel de Souza Campos. Métodos eficientes para aprendizado de modelos híbridos e explicáveis de vias de sinalização celular. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, BECAS Santander. Início: 2022.
  Orientador: Marcelo da Silva Reis.
13. Vivian Marinelli Constantino. Modelagem de vias de sinalização celular em terapia de câncer. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2021.
  Orientador: Marcelo da Silva Reis.
14. Bruno Boaventura Scholl. Estudos da evolução da organização genômica de Trypanosoma cruzi através de modelagem computacional. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2021.
  Orientador: Marcelo da Silva Reis.
Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
Trabalho de conclusão de curso de graduação (0)
Iniciação científica (1)
1. Gabriel Kenzo Kakimoto. Utilização de grandes modelos de linguagem para análise binária de sentimentos. Iniciação científica (Graduando em Engenharia de Controle e Automação) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Desenvolvimento da Unicamp. Início: 2022.
  Orientador: Marcelo da Silva Reis.
Orientações de outra natureza (0)

Supervisões e orientações concluídas

Supervisão de pós-doutorado (0)
Tese de doutorado (0)
Dissertação de mestrado (2)
1. Marcelo Batista de Lima Junior. Desenvolvimento de um arcabouço para seleção Bayesiana aninhada de modelos de vias de sinalização celular. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2023.
  Orientador: Marcelo da Silva Reis.
2. Gustavo Estrela de Matos. Identification of cell signaling pathways based on biochemical reaction kinetics repositories. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2021.
  Orientador: Marcelo da Silva Reis.
Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
Trabalho de conclusão de curso de graduação (11)

Giovana Kerche Bonás. An algorithm for multi-task learning based on combinatorial optimization of U-curves. (Graduação em Engenharia de Computação) - Universidade Estadual de Campinas, . 2022.
Orientador: Marcelo da Silva Reis.
Victor Seiji Hariki. Deciphering the DNA replication dynamics of Trypanosoma cruzi through computational modeling. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2020.
Orientador: Marcelo da Silva Reis.
Guilherme Costa Vieira. An approach based on hierarchical clustering for phyloproteomic analysis of snake venoms measured by mass spectrometry. (Graduação em Ciências de Computação) - Universidade de São Paulo, . 2020.
Orientador: Marcelo da Silva Reis.
Paulo Henrique Silva Araújo. Refatoração de um sistema de análise de dados de produtividade científica. (Graduação em Ciências de Computação) - Universidade de São Paulo, . 2020.
Orientador: Marcelo da Silva Reis.
Bruno Boaventura Scholl. Desenvolvimento de um sistema de informação para coleta e análise de relatórios de produtividade cientı́fica. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação Butantan. 2019.
Orientador: Marcelo da Silva Reis.
Ciro Ferreira de Oliveira. Projeto de classificadores multi-resolução para identificação de proteínas nucleares. (Graduação em Abi - Matemática Aplicada) - Universidade de São Paulo, . 2019.
Orientador: Marcelo da Silva Reis.
Gustavo Mendes Maciel. Um método baseado em multi-resolução para análise filoproteômica de venenos de serpentes. (Graduação em Ciências de Computação) - Universidade de São Paulo, . 2019.
Orientador: Marcelo da Silva Reis.
Victor Wichmann Raposo. Análise filogenética de serpentes do gênero Bothrops a partir de proteomas de venenos. (Graduação em Ciências de Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2018.
Orientador: Marcelo da Silva Reis.
Gustavo Rodrigues Cayres Silva. Desenho e simulação de modelos computacionais da dinâmica de replicação de DNA em kinetoplastı́deos. (Graduação em Ciências de Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2017.
Orientador: Marcelo da Silva Reis.
Gustavo Estrela de Matos. Projeto de algoritmos baseados em florestas de posets para o problema de otimização U-curve. (Graduação em Ciências de Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2017.
Orientador: Marcelo da Silva Reis.
Daniel Francisco Reverbel. Avaliação de parâmetros de modelos cinéticos de redes de sinalização molecular. (Graduação em Ciências de Computação) - Universidade de São Paulo, . 2015.
Orientador: Marcelo da Silva Reis.
Iniciação científica (9)

Maria Beatriz Guimarães Trombini Manhães Moreira. Arquiteturas cognitivas para sistemas de recomendação. (Graduando em Engenharia de Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Desenvolvimento da Unicamp. 2023.
Orientador: Marcelo da Silva Reis.
Ligia Corunha Palma. Decifrando a dinâmica de replicação de DNA em Trypanosoma cruzi através de modelagem computacional. (Graduando em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2022.
Orientador: Marcelo da Silva Reis.
Willian Wang. Implementações eficientes de métodos Bayesianos para seleção de modelos de vias de sinalização celular. (Graduando em Ciências de Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2022.
Orientador: Marcelo da Silva Reis.
Daniel Carvalho Frulane de Souza. Cognitive architectures for recommender systems. (Graduando em Engenharia de Controle e Automação) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Desenvolvimento da Unicamp. 2022.
Orientador: Marcelo da Silva Reis.
Anahí Coimbra Maciel. Otimização de intervenções em vias de sinalização baseada em viabilidade celular. Iniciação Científica - Instituto Butantan, . 2021.
Orientador: Marcelo da Silva Reis.
Bruno Boaventura Scholl. Modelos multiescalas da dinâmica do ciclo celular em trypanossomatídeos. (Graduando em Ciências de Computação) - Universidade de São Paulo, . 2018.
Orientador: Marcelo da Silva Reis.
Gustavo Rodrigues Cayres Silva. Desenho e simulação de modelos computacionais da dinâmica de replicação de DNA em kinetoplastı́deos. (Graduando em Ciências de Computação) - Universidade de São Paulo, . 2016.
Orientador: Marcelo da Silva Reis.
Gustavo Estrela de Matos. Estudos de estruturas de dados eficientes para abordar o problema de otimização U-curve. (Graduando em Ciências de Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2015.
Orientador: Marcelo da Silva Reis.
Daniel Ferreira Silva. Incorporação de dados proteômicos de alto rendimento na modelagem matemática da cinética de redes moleculares de sinalização. (Graduando em Engenharia Elétrica) - Instituto Butantan, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2015.
Orientador: Marcelo da Silva Reis.
Orientações de outra natureza (4)

Cássia Sampaio Sanctos. Seleção Bayesiana de modelos de vias de sinalização celular e projeto de classificadores de proliferação celular. Orientação de outra natureza - Instituto Butantan, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2022.
Orientador: Marcelo da Silva Reis.
Eduardo Rocha Laurentino. Modelos computacionais da dinâmica epidemiológica de COVID-19 na Grande São Paulo. Orientação de outra natureza - Instituto Butantan, . 2021.
Orientador: Marcelo da Silva Reis.
Fabio Montoni. Projeto de um banco de dados de reações bioquímicas para seleção de modelos de vias de sinalização celular. Orientação de outra natureza - Instituto Butantan, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2020.
Orientador: Marcelo da Silva Reis.
Rosimar Fantone Lopes. Atualização e desenvolvimento de documentação para a plataforma CeTICSdb. (Engenharia de Bioprocessos) - Universidade Federal de São João Del-Rei, . 2019.
Orientador: Marcelo da Silva Reis.

Projetos de pesquisa

Total de projetos de pesquisa (12)

2022-Atual. Hub de Inteligência Artificial e Arquiteturas Cognitivas
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcelo da Silva Reis - Coordenador / Leandro Aparecido Villas - Integrante. Número de produções C, T & A: 1 / Número de orientações: 5
Membro: Marcelo da Silva Reis.
2022-Atual. Hub de Inteligência Artificial em Saúde e Bem-estar
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcelo da Silva Reis - Integrante / Anderson de Rezende Rocha - Coordenador. Número de orientações: 2
Membro: Marcelo da Silva Reis.
2020-2022. Buscando as 'zonas de Goldilocks' de vias de sinalização celular em terapia de câncer
Descrição: O aumento da aptidão de células cancerígenas durante a oncogênese é acompanhada de um aumento de diversos estresses celulares, um fenômeno que é exarcebado se aplicada uma superestimulação mitogênica. Recentemente, nosso grupo reportou uma abordagem não-usual para terapia de câncer, que se baseia em superestimulação mitogênica seguida da inibição de vias mitigadoras de estresse. Apesar da superestimulação mitogênica de células cancerígenas poder ser obtida utilizando mitógenos naturais, que geralmente são inofensivos para células normais, alguns tipos de câncer não respondem bem a eles. Neste caso, podem ser necessárias intervenções à jusante de vias de sinalização mitogênica, um procedimento que pode ser tóxico para células normais. Dessa forma, hipotetizamos a existência de uma zona de Goldilocks, isto é, uma combinação ideal de intervenções que maximiza a eficácia de tratamento e ao mesmo tempo poupa células saudáveis de efeitos deletérios. Para testar essa hipótese, propomos desenvolver uma metodologia que englobe: i) um procedimento Bayesiano de seleção de modelos que gere possibilidades a partir de banco de dados de reações e também leve em consideração o problema da falta de isolamento que surge durante a estimação de modelos de vias de sinalização; ii) o desenho de classificadores de proliferação celular como uma função da dinâmica de vias de sinalização; iii) a incorporação de (i) e (ii) em uma otimização combinatória para buscar melhores conjuntos de intervenções. Para testar a metodologia proposta, planejamos aplicar a mesma em dados sintéticos e também em resultados obtidos de ensaios experimentais em linhagens cancerígenas e não-tumorigênicas. Pretendemos ainda validar experimentalmente previsões promissoras obtidas com esses ensaios experimentais. Testar esta hipotése de zonas de Goldilocks é uma tarefa oportuna, que poderá ajudar na descoberta de novos ativadores de vias de sinalização mitogênica no contexto dessa nova abordagem de terapia de câncer.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (1) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (2) . Integrantes: Marcelo da Silva Reis - Coordenador / Junior Barrera - Integrante / Hugo A. Armelin - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / DOS SANTOS, EDMILSON O. - Integrante / Juliane Liepe - Integrante / Rosangela Wailemann - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 2
Membro: Marcelo da Silva Reis.
2020-2020. Uma abordagem baseada em Computação Bayesiana Aproximada para resolver o problema da falta de isolamento na modelagem de vias de sinalização
Descrição: Modelos dinâmicos baseados em equações diferenciais ordinárias (EDOs) são ferramentas úteis para a investigação de vias de sinalização celular. Esses modelos nos permitem fazer previsões sobre o comportamento da via sob diferentes estímulos. Modelos baseados em EDOs são frequentemente calibrados usando dados experimentais obtidos mensurando, após uma dada estimulação de células, uma ou mais espécies químicas em vários pontos de tempo. Para este fim, são muito relevantes abordagens Bayesianas tal como a computação Bayesiana aproximada (ABC), uma vez que elas permitem a avaliação da incerteza na estimação e também são uma maneira natural de realizar seleção de modelos. Em geral, esses modelos são estimados supondo que os mesmos são sistemas relativamente isolados com entradas conhecidas; entretanto, em muitas situações práticas, nós não temos nenhuma garantia de que essa suposição seja verdadeira. Neste projeto propomos abordar o problema da falta de isolamento na modelagem de vias de sinalização através do desenvolvimento de uma nova abordagem baseada em ABC, que levaria em consideração que as entradas do modelo também precisam ser inferidas. Testes preliminares com a nova abordagem serão executados utilizando o arcabouço ABC-SysBio. Finalmente, discutiremos como devem ser realizados experimentos biológicos para gerar dados mais adequados para a aplicação da nova abordagem. Esperamos incorporar resultados obtidos neste projeto nos trabalhos em andamento no CeTICS, além de consolidar a colaboração com um renomado e internacional grupo de pesquisa em Biologia Sistêmica.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcelo da Silva Reis - Integrante / Juliane Liepe - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
Membro: Marcelo da Silva Reis.
2020-Atual. Como o processo de replicação do DNA contribui para o sucesso da infecção causada por Trypanosoma cruzi
Descrição: A replicação do DNA é um processo que deve ser bastante controlado para garantir a manutenção fidedigna do genoma nas células filhas. Por outro lado, é um processo que pode ter como consequência mutações. O equilíbrio entre um processo cuidadoso e um permissivo a erros vai resultar numa maior ou menor variabilidade genética. O objetivo deste projeto é investigar o processo de replicação, desde a montagem do complexo de pré-replicação, passando pela ativação de origens até eventuais estresses replicativos em T. cruzi, no contexto de seu ciclo celular e de vida, para desvendar os mecanismos moleculares que permitem (i) o bloqueio da replicação nas formas infectivas e (ii) a variabilidade genética deste organismo, fundamental para o sucesso de infecção do hospedeiro mamífero. Técnicas de genética reversa, de busca de interatores (enzyme tagging) e de caracterização de modificações pós-traducionais em proteínas permitirão a investigação de proteínas do complexo de pré-replicação e replicação. Essa abordagem nos permitirá montar um robusto cenário sobre os mecanismos moleculares que o T. cruzi conta para bloquear a replicação nas formas infectivas. Através da utilização das técnicas de Chip-seq e Gro-seq, além de modelagens matemáticas, vamos investigar a dinâmica de replicação de T. cruzi. Neste sentido, pretendemos avaliar a contribuição da organização do genoma nesta dinâmica e identificar possíveis regiões favoráveis a estresses replicativos que podem contribuir para a variabilidade genética de T. cruzi.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcelo da Silva Reis - Integrante / Maria Carolina Elias - Coordenador / Jose Salvatore Leister Patane - Integrante / Julia Pinheiro Chagas da Cunha - Integrante / Richard Mcculloch - Integrante / Simone Guedes Calderano - Integrante / Ariel Mariano Silber - Integrante / Carlos Renato Machado - Integrante / Igor Correia de Almeira - Integrante / Luiz Ricardo Orsini Tosi - Integrante / Mark C. Field - Integrante / Nicolai Siegel - Integrante / Stenio Perdigão Fragoso - Integrante.
Membro: Marcelo da Silva Reis.
2016-2020. Armazenagem, Modelagem e Análise de Sistemas Dinâmicos para Aplicações
Descrição: A surpreendente e rápida evolução da tecnologia deu origem a uma nova era de descoberta de conhecimento científico. Essa nova era da ciência, conhecida como e-Science é descrita como uma nova ciência computacional e composta por uma equipe multidisciplinar que exige novas metodologias para o armazenamento, modelagem e análise de dados. Em particular, o desenvolvimento de sistemas de software transacionais e analíticos para aplicações e-Science visto como sistemas dinâmicos apresenta novos desafios computacionais. Entre eles, destacam-se os desafios dos processos de descoberta de conhecimento científico que, na maioria das vezes, envolvem mudanças frequentes de requisitos para armazenagem, modelagem e análise de dados. A necessidade de abordar sistemas dinâmicos científicos para tratar complexas aplicações de e-Science despertou a comunidade científica para a necessidade de sistemas de software robustos e evolutivos para atender a esses novos desafios. Sistema dinâmico é um arcabouço matemático clássico para representar fenômenos que evoluem no tempo e que são de grande interesse na ciência. Neste Projeto Temático, nosso principal objetivo é desenvolver modelos computacionais e metodologias para apoiar as aplicações e-Science. Nossa pesquisa fundamental cobre três principais áreas: armazenagem, modelagem e análise de sistemas dinâmicos. Essas áreas de pesquisa são importantes e relevantes para o Programa e-Science FAPESP já que muitos dos desafios atuais de e-Science estão relacionadas ao tratamento adequado dos sistemas dinâmicos. Assim, pretendemos desenvolver e aplicar metodologias computacionais que irão facilitar o desenvolvimento de aplicações e-Science contribuindo assim para a melhoria do conhecimento científico mundial, respeitando as restrições legais e éticas na gestão de dados.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcelo da Silva Reis - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Integrante / Junior Barrera - Integrante / André Fujita - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Marco Dimas Gubitoso - Integrante / João Eduardo Ferreira - Coordenador / Marcel Parolin Jackowski - Integrante / Paulo Sergio Graziano Magalhães - Integrante / Roberto Hirata Junior - Integrante / André Santanchè - Integrante / Antonio Maria Francisco Luiz Jose Bonomi - Integrante / Ariane Machado Lima - Integrante / Carlos Eduardo Driemeier - Integrante / Cléver Ricardo Guareis de Farias - Integrante / David Corrêa Martins Junior - Integrante / Ester Cerdeira Sabino - Integrante / Fábio Vale Scarpare - Integrante / Felipe Werndl Trevizan - Integrante / Gisela Tunes da Silva - Integrante / Henrique Coutinho Junqueira Franco - Integrante / Karina Valdivia Delgado - Integrante / Leliane Nunes de Barros - Integrante / Leonardo Lamas Leandro Ribeiro - Integrante / Luciano Vieira de Araújo - Integrante / Marcio Ferreira da Silva - Integrante / Marcio Katsumi Oikawa - Integrante / Maria Teresa Borges Pimenta Barbosa - Integrante / Michelle Cristina Araujo Picoli - Integrante / Otavio Cavalett - Integrante / Routo Terada - Integrante / Vera Lúcia Reis de Gouveia - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Marcelo da Silva Reis.
2013-Atual. CeTICS - Centro de Toxinas, Imuno-Resposta e Sinalização Celular
Descrição: No Instituto Butantan toxinologia e regulação da resposta imune são, tradicionalmente, áreas conexasde pesquisa científica e desenvolvimento biotecnológico, através das quais o Instituto, historicamente,construiu sua reputação internacional de excelência. Na cultura do Instituto, venenos são misturascomplexas de toxinas, selecionadas ao longo da evolução para sinergicamente exercerem efeitosbiológicos sistêmicos, através de mecanismos bioquímicos, moleculares e celulares altamenteespecíficos. Portanto, a análise química de venenos tem boas chances de levar à descoberta de novasmoléculas de toxinas com potencial terapêutico. Essas premissas foram seguidas com sucesso porpesquisadores do Centro de Toxinologia Aplicada (CAT CEPID-FAPESP), projeto iniciado há 10 anos,que isolaram, caracterizaram quimicamente e patentearam diversas toxinas de natureza proteica, que setornaram pontos de partida para desenvolvimento de inovação farmacêutica em parceria com indústriaslocais. A ênfase em proteínas e peptídeos levou o CAT CEPID a instalar laboratórios no estado da artepara transcriptômica, proteômica, biologia molecular do DNA recombinante e síntese de peptídeos.Mais recentemente, estudos dos mecanismos de ação, bioquímicas, moleculares e celulares, dessaspromissoras moléculas foram iniciados com o objetivo de estabelecer provas de conceito. Assim, oCAT estabeleceu, no Instituto Butantan, as condições iniciais para a criação de um centro de toxinas eresposta imune fundamentado nas abordagens atuais da biologia sistêmica. Por conseguinte, 10pesquisadores, entre os mais competitivos do Instituto Butantan, propõem a criação do novo Centro deToxinas, Resposta-imune e Sinalização Celular, com aspirações a centro de excelência de classemundial, aproveitando a histórica reputação internacional do Butantan e o sucesso recente do CATCEPID. O Plano de pesquisa do Centro Integra subprojetos voltados para a pesquisa científica comsubprojetos de vocação para a inovação tecnológica. Um grande grupo de cientistas seniores doInstituto Butantan, de outras instituições brasileiras e de renomadas instituições estrangeiras serãocolaboradores do Centro proposto.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcelo da Silva Reis - Integrante / Junior Barrera - Integrante / Fábio Nakano - Integrante / Leo Kei Iwai - Integrante / Solange Maria de Toledo Serrano - Integrante / Hugo Aguirre Armelin - Coordenador / Aline Soriano Lopes - Integrante / Roger Chammas - Integrante / Ana Marisa Chudzinski-Tavassi - Integrante / Yara Cury - Integrante / Wilmar Dias da Silva - Integrante / Mônica Valdyrce dos Anjos Lopes Ferreira - Integrante / Denise Vilarinho Tambourgi - Integrante / Gisele Picolo - Integrante / Inácio de Loiola Meirelles Junqueira de Azevedo - Integrante / Maria Carolina Quartim Barbosa Elias Sabbaga - Integrante / Osvaldo Augusto Brazil Esteves Sant'Anna - Integrante / Adriana Mortara Almeida - Integrante / Alessandra Fernandes Bizerra - Integrante / Alexandre Keiji Tashima - Integrante / Allan Mowat - Integrante / Ana Maria Moura da Silva - Integrante / André Zelanis Palitot Pereira - Integrante / Ann Ager - Integrante / B. PAUL MORGAN - Integrante / Carla Cristina Squaiella - Integrante / Carla Lima da Silva - Integrante / CARMEN W. VAN DEN BERG - Integrante / DARIA MOCHLY-ROSEN - Integrante / Fabio Carlos Magnoli - Integrante / Fan Hui Wen - Integrante / Fernanda Calheta Vieira Portaro - Integrante / Fernanda Faria - Integrante / Fernanda Paiva Guimarães - Integrante / Giselle Pidde Queiroz - Integrante / JAY W. FOX - Integrante / Jesus Aparecido Ferro - Integrante / Jose Roberto Marcelino - Integrante / Jose Salvatore Leister Patane - Integrante / Julia Pinheiro Chagas da Cunha - Integrante / Katsuhiro Konno - Integrante / Kerly Fernanda Mesquita Pasqualoto - Integrante / Luc Pellerin - Integrante / Luiz Vicente Rizzo - Integrante / Marcella Barbosa Faria de Almeida Prado - Integrante / Marcelo de Franco - Integrante / Marcia Carvalho de Abreu Fantini - Integrante / Marcio Henrique Zaim - Integrante / Maria Teresa Machini - Integrante / Marinilce Fagundes dos Santos - Integrante / Martha Marandino - Integrante / Miguel Allende - Integrante / Milton Yutaka Nishiyama Junior - Integrante / Mirta Schattner - Integrante / Miryam Paola Alvarez Flores - Integrante / Ovidiu Radulescu - Integrante / Paulo Lee Ho - Integrante / Paulo Sérgio Lacerda Beirão - Integrante / Pedro Ismael da Silva Junior - Integrante / Ricardo Jose Giordano - Integrante / Richard Mcculloch - Integrante / Robson Lopes de Melo - Integrante / Ruy Gastaldoni Jaeger - Integrante / Sandra Coccuzzo Sampaio Vessoni - Integrante / Silvio Roberto de Azevedo Salinas - Integrante / Simone Guedes Calderano - Integrante / Sonia Aparecida de Andrade Chudzinski - Integrante / Tânia Tomé Martins de Castro - Integrante / Vanessa Olzon Zambelli - Integrante / Vanessa Rioli - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 3 / Número de orientações: 2
Membro: Marcelo da Silva Reis.
2006-2007. Bioinformática para projetos de metagenoma da bactéria Candidatus Liberibacter, agente do Huanglongbing (ex-greening) e transcriptoma e shotgun do ácaro da leprose dos citros (Brevipalpus phoenicis)
Descrição: O objetivo principal deste projeto de Treinamento Técnico V foi realizar análises de Bioinformática no contexto do projeto metagenoma de C. Liberibacter, o patógeno responsável pelo Huanglongbing (HLB, ex-greening), uma das mais devastadoras doenças de citros. Dentre as atribuições, estão a eliminação de contaminantes; montagem, identificação e anotação de genes; genômica comparativa e análises filogenéticas. Este trabalho foi vinculado ao Projeto Temático da FAPESP ?Estudos da bactéria Candidatus Liberibacter spp., agente causal do huanglongbing (ex-greening) dos citros: diagnóstico, biologia e manejo? (processo 2005/007182). Ademais, o projeto visava prover os trabalhos de Bioinformática para os projetos transcriptoma e de sequenciamento parcial de Brevipalpus phoenicis, o ácaro causador da leprose de citros. Dentre as atividades realizadas estão a preparação de um sistema de submissão de sequências, eliminação de contaminantes, montagem, genômica comparativa e análises filogenéticas. Este último trabalho foi vinculado ao Projeto Jovem Pesquisador da FAPESP ?Leprose dos citros: abordagem molecular e funcional da planta, vírus, vetor e suas interações? (processo 2004/105113).. Situação: Desativado; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcelo da Silva Reis - Integrante / Marcos Antonio Machado - Coordenador / Freitas-Astúa, Juliana - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
Membro: Marcelo da Silva Reis.
2004-2005. Integration of transcriptional regulation information into the evaluation of gene expression experiments
Descrição: Este projeto teve como objetivo validar resultados de aglomerações de padrões de expressão gênica, para isso utilizando informação extraída de fatores de transcrição. As aglomerações foram realizadas utilizando Modelos de Markov para Estados Ocultos (Hidden Markov Models -- HMM). Para avaliação do modelo proposto foi utilizado dados de expressão gênica de Saccharomyces cerevisiae.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcelo da Silva Reis - Integrante / Alexander Schönhuth - Coordenador / Hiwot Woldmichael - Integrante. Financiador(es): Bundesministerium für Bildung und Forschung - Bolsa.
Membro: Marcelo da Silva Reis.
2003-2004. Bioinformática para projetos do grupo AEG
Descrição: Este projeto teve como objetivo as análises de Bioinformática aos projetos do "Agronomical and Environmental Genomes" (AEG), particularmente para o Projeto Genoma de Leifsonia xyli.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Marcelo da Silva Reis - Integrante / Setubal, João C. - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
Membro: Marcelo da Silva Reis.
2002-2003. Identificação computacional de lipoproteínas em espiroquetas
Descrição: o objetivo deste projeto foi o desenvolvimento de uma nova metodologia para identificação computacional de genes que codificam lipoproteínas em espiroquetas (um tipo de bactéria gram-negativa). A nova metodologia leva em consideração 2 tipos distintos de informação: i) motivos de resíduos na região do peptídeo sinal (verificados através de uma matriz de peso, construída a partir de um conjunto de treinamento); ii) comparação entre as sequências putativas e famílias de genes parálogos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Marcelo da Silva Reis - Integrante / Setubal, João C. - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Número de produções C, T & A: 1
Membro: Marcelo da Silva Reis.
2001-2002. Sistemas de informação para projetos genoma e transcriptoma de pequeno porte
Descrição: este projeto teve por objetivo realizar análises de Bioinformática para o projeto EST de Gracilaria tenuistipitata, Entre as atividades desenvolvidas estavam a eliminação de contaminantes e de redundância, montagem de sequências, a anotação de genes putativos e algumas análises quantitativas e qualitativas (codon usage, etc.). Ademais, este projeto também prestou suporte ao projeto genoma do cloroplasto dessa mesma espécie de alga vermelha, com o desenvolvimento de tarefas tais como: identificação computacional de open reading frames (ORFs); anotação de genes putativos; análises filogenéticas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Marcelo da Silva Reis - Integrante / João Paulo Kitajima - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Número de produções C, T & A: 2
Membro: Marcelo da Silva Reis.

Prêmios e títulos

Total de prêmios e títulos (1)

Bolsa de pós-graduação para alunos altamente qualificados (Graduiertenförderung), Bundesministerium für Bildung und Forschung, Alemanha.. 2004.
Membro: Marcelo da Silva Reis.

Participação em eventos

Total de participação em eventos (24)

II IntegraBiotec. Bioinformática e o gerenciamento de informação para Biotecnologia. 2020. (Congresso).
Semana Integrada da Computação.Bioinformática no Instituto Butantan. 2020. (Seminário).
17th International Conference on Systems Biology (ICSB 2016). Mathematical modeling of the K-Ras switch in the K-Ras-driven mouse Y1 adrenocortical tumor cells provides insights into molecular mechanisms of FGF2-induced cell cycle arrest. 2016. (Congresso).
Symmetry and Dynamics in Biology: From experimental analysis to mathematical modeling. Design and analysis of dynamical models of biochemical reaction networks. 2015. (Congresso).
X-Meeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics. A method to modify molecular signaling networks through examination of interactome databases. 2015. (Congresso).
18th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology. Mathematical modeling of Ras/MAPK signaling network kinetics provides insights into mechanisms of FGF2-induced cell cycle arrest in the K-Ras-driven mouse Y1 adrenocortical tumor cells. 2014. (Congresso).
Challenges and Solutions in Cancer Research and Treatment (CSC 2014). Modeling the kinetics of Ras/MAPK and PI3K/AKT signaling pathways in the K-Ras-driven mouse Y1 adrenocortical tumor cells: novel insights into the mechanisms of FGF2-driven cell cycle arrest. 2014. (Congresso).
FAPESP workshop at the Interface between Physics and Biology. 2014. (Seminário).
The 15th International Conference on Systems Biology (ICSB 2014). Mathematical modeling of the crosstalk between Ras/MAPK and PI3K/Akt signaling pathways in the K-Ras-driven mouse Y1 adrenocortical tumor cells provides insights into the mechanisms of FGF2-driven cell cycle arrest. 2014. (Congresso).
XLIII Reunião Anual da SBBq. Mathematical modeling of the Ras/MAPK and PI3K/Akt signaling networks in the K-Ras-driven mouse Y1 adrenocortical tumor cells. 2014. (Congresso).
11th International Symposium on Mathematical Morphology. Solving Problems in Mathematical Morphology through Reductions to the U-curve Problem. 2013. (Congresso).
Latin American eScience workshop "Turning Data into Insight". 2013. (Seminário).
WBA 2012 - Workshop in Bioinformatics and Algorithms. 2012. (Seminário).
Workshop de Bioinformática -- Centro de Genômica Funcional Aplicado à Agropecuária e Agroenergia.Modeling cell cycle signaling networks. 2012. (Seminário).
6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. Estimation of Probabilistic Gene Networks using the UCS feature selection algorithm. 2010. (Congresso).
BioCombP: A Workshop on Bioinformatics, Combinatorics, and Probability. 2009. (Seminário).
3rd Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. Integration between the Citrus unigene editor and a digital Northern tool, using XML. 2007. (Congresso).
14th Annual International Conference On Intelligent Systems For Molecular Biology. A Digital Northern tool for assessment of Citrus differentially expressed genes. 2006. (Congresso).
2nd Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. 2006. (Congresso).
The First Workshop On Comparative Microbial Genomics & Taxonomy. 2006. (Seminário).
1st Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. 2005. (Congresso).
Universidade de Portas Abertas (UPA).Atividades do Laboratório de Bioinformática (LBI) do Instituto de Computação da UNICAMP. 2003. (Encontro).
WCAP'03 - Workshop on Cryptographic Algorithms and Protocols. 2003. (Seminário).
WOB 2003 - II Brazilian Workshop on Bioinformatics. 2003. (Congresso).

Organização de eventos

Total de organização de eventos (3)

MINARDI, R. ; SILVA, W. M. C. ; OLIVEIRA, D. ; REIS, M. S.. Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB). 2021. Congresso
ARMELIN, H. A. ; CHAMMAS, R. ; RAMOS, A. F. ; DIAS, M. H. S. ; REIS, M. S.. Meeting on modeling of biological systems. 2015. Outro
REIS, M. S.; et al.. Computação e Mercado 2001. 2001. Congresso

Lista de colaborações

Colaborações endôgenas (0)

(*) Relatório criado com produções desde 2000 até 2024
Data de processamento: 08/08/2024 12:42:22

Relatório gerado por scriptLattes V9. Os resultados podem ser afetados por possíveis falhas decorrentes de inconsistências no preenchimento dos Currículos Lattes. E-mail de contato: webmaster@ime.usp.br