Diego Trindade de Souza

http://lattes.cnpq.br/6114507020608659 (02/10/2023) Rótulo/Grupo: Bolsa CNPq: Bolsista de Desenvolvimento Tecnológico em TICs do CNPq - Nível B Período de análise: Endereço: Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo. Av. Prof. Almeida Prado , 532 Butantã 05508901 - São Paulo, SP - Brasil Telefone: (11) 37674000 Ramal: 4889 URL da Homepage: https://www.ipt.br/ Grande área: Ciências Biológicas Área: Biotecnologia Citações: Google Acadêmico

Produção bibliográfica

• Artigos completos publicados em periódicos (4)
• Livros publicados/organizados ou edições (1)
• Capítulos de livros publicados (0)
• Textos em jornais de notícias/revistas (0)
• Trabalhos completos publicados em anais de congressos (0)
• Resumos expandidos publicados em anais de congressos (0)
• Resumos publicados em anais de congressos (14)
• Artigos aceitos para publicação (0)
• Apresentações de trabalho (1)
• Demais tipos de produção bibliográfica (0)

Produção técnica

• Programas de computador com registro (0)
• Programas de computador sem registro (0)
• Produtos tecnológicos (0)
• Processos ou técnicas (0)
• Trabalhos técnicos (0)
• Demais tipos de produção técnica (0)

Produção artística

• Total de produção artística (0)

Orientações em andamento

• Supervisão de pós-doutorado (0)
• Tese de doutorado (0)
• Dissertação de mestrado (0)
• Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
• Trabalho de conclusão de curso de graduação (0)
• Iniciação científica (0)
• Orientações de outra natureza (0)

Supervisões e orientações concluídas

• Supervisão de pós-doutorado (0)
• Tese de doutorado (0)
• Dissertação de mestrado (0)
• Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
• Trabalho de conclusão de curso de graduação (0)
• Iniciação científica (0)
• Orientações de outra natureza (0)

Projetos de pesquisa

• Total de projetos de pesquisa (8)

Prêmios e títulos

• Total de prêmios e títulos (0)

Participação em eventos

• Total de participação em eventos (12)

Organização de eventos

• Total de organização de eventos (2)

Lista de colaborações

• Colaborações endôgenas (0)

Produção bibliográfica

• Artigos completos publicados em periódicos (4)
  
  1. ELBL, PAULA M. ; DE SOUZA, DIEGO T. ; ROSADO, DANIELE ; DE OLIVEIRA, LEANDRO F. ; NAVARRO, BRUNO V. ; MATIOLI, SERGIO R. ; FLOH, ENY I.S.. Building an embryo: An auxin gene toolkit for zygotic and somatic embryogenesis in Brazilian pine. GENE. v. 817, p. 146168, 2022. Qualis: A4
  2. NAVARRO, BRUNO V. ; ELBL, PAULA ; DE OLIVEIRA, LEANDRO F. ; PIOVEZANI, AMANDA R. ; DOS SANTOS, ANDRÉ L. W. ; DE SOUZA, DIEGO T. ; DEMARCO, DIEGO ; BUCKERIDGE, MARCOS S. ; FLOH, ENY I. S.. Cell-to-cell trafficking patterns in cell lines of Araucaria angustifolia (Brazilian pine) with contrasting embryogenic potential. PLANT CELL TISSUE AND ORGAN CULTURE. v. NA, p. NA, 2021. Qualis: A1 (PLANT CELL, TISSUE AND ORGAN CULTURE)
  3. Bravim, Fernanda ; Lippman, Soyeon I. ; Silva, Lucas F. ; Souza, Diego T. ; Fernandes, A. Alberto R. ; Masuda, Claudio A. ; Broach, James R. ; Fernandes, Patricia M. B.. High hydrostatic pressure activates gene expression that leads to ethanol production enhancement in a Saccharomyces cerevisiae distillery strain. Applied Microbiology and Biotechnology. v. online, p. 1-15, 2012. Qualis: A2
  4. BRAVIM, F. ; Silva, Lucas F. ; SOUZA, D. T. ; LIPPMAN, S. ; BROACH, J. R. ; Fernandes, A. Alberto R. ; Fernandes, Patricia M. B.. High Hydrostatic Pressure Activates Transcription Factors Involved in Saccharomyces cerevisiae Stress Tolerance. CURRENT PHARMACEUTICAL BIOTECHNOLOGY. v. 13, p. 2712-2720, 2012. Qualis: B1
  
  
• Livros publicados/organizados ou edições (1)
  
  1. MATIOLI, S. R. ; SOUZA, DIEGO T. INTRODUÇÃO À BIOINFORMÁTICA. 1 ed. Campinas: Editora da Unicamp, 2021. v. 1, p. 176.
  
  
• Capítulos de livros publicados (0)
  
  
  
• Textos em jornais de notícias/revistas (0)
  
  
  
• Trabalhos completos publicados em anais de congressos (0)
  
  
  
• Resumos expandidos publicados em anais de congressos (0)
  
  
  
• Resumos publicados em anais de congressos (14)
  
  1. ELBL, P. M. ; TEODOZIO, M. ; DOMINGOS, N. ; OLIVEIRA, L. F. ; SOUZA, D. T. ; MACEDO, A. F. ; CARRARI, F. ; FLOH, E. I. S.. Auxin signal transduction and gene expression profile in proembryogenic masses of Brazilian pine early somatic embryos. Em: VII Simpósio Brasileiro de Genética Molecular de Plantas, 2019, Campos do Jordão. VII Simpósio Brasileiro de Genética Molecular de Plantas, 2019.
  2. OLIVEIRA, L. F. ; SOUZA, D. T. ; ELBL, P. M. ; FLOH, E. I. S.. Prediction of miRNAs from Araucaria angustifolia transcriptome database. Em: VII Simpósio Brasileiro de Genética Molecular de Plantas, 2019, Campos do Jordão. VII Simpósio Brasileiro de Genética Molecular de Plantas, 2019.
  3. IVANOV, D. ; ELBL, P. M. ; SOUZA, D. T. ; YAMAGUCHI, L. F. ; FLOH, E. I. S. ; KATO, M. J.. omparative Chemical and Transcriptome Analysis of Four Brazilian Piper Species During Ontogeny. Em: 7TH BRAZILIAN CONFERENCE ON NATURAL PRODUCT/ XXXIII RESEM PROCEEDINGS, 2019, Campinas. 7TH BRAZILIAN CONFERENCE ON NATURAL PRODUCT/ XXXIII RESEM PROCEEDINGS, 2019.
  4. ELBL, P. M. ; SOUZA, D. T. ; SANTOS, A. L. W. ; NAVARRO, B. V. ; OLIVEIRA, L. F. ; FLOH, E. I. S.. Proteins and mRNA databases correlation reveal putative markers for determination of embryogenic potential in Araucaria angustifolia. Em: IUFRO Tree Biotechnology, 2017, Concepcíon. IUFRO Tree Biotechnology Conference, 2017.
  5. ELBL, P. M. ; SOUZA, D. T. ; ROSADO, D. S. P. ; NAVARRO, B. V. ; OLIVEIRA, L. F. ; SANTOS, A. L. W. ; ROSSI., M. M. ; FLOH, E. I. S.. The origin of Araucaria angustifolia auxin-related genes and their crucial role in the embryo formation. Em: 11th International Congress of Plant Molecular Biology, 2015, Foz do Iguaçú. 11th International Congress of Plant Molecular Biology, 2015.
  6. SOUZA, D. T.; ORTEGA, J. M. ; MATIOLI, S. R.. Phylostratigraphical of protein domains and architecture within human proteome. Em: ISCB -Latin American / X-MEETING /BSB / SoiBio, 2014, Belo Horizonte-MG. ISCB -Latin American / X-MEETING / BSB / SoiBio, 2014.
  7. SOUZA, D. T.; RIBEIRO, H. A. L. ; VELOSO, H. ; GUEDES, R. L. M. ; MATIOLI, S. R. ; ORTEGA, J. M.. On the origin of domains in human proteome: prion as a model. Em: II International Symposium on Evolutionary Biology, 2014, João Pessoa-PB. II International Symposium on Evolutionary Biology, 2014.
  8. SOUZA, D. T.; MATIOLI, S. R. ; ORTEGA, J. M.. When the topological first appeared in human ancestors?. Em: X-MEETING BSB, 2013, Recife-PE. X-MEETING BSB 2013, 2013.
  9. COELHO JUNIOR, O. ; Souza, Diego T. ; RIBEIRO, H. A. L. ; ORTEGA, J. M.. The human proteome resembles a MATRYOSHKA but some protein architectures are more popular in each member of the set. Em: 58º Congresso Brasileiro de Genética, 2012, Foz do Iguaçu. 58o Congresso Brasileiro de Genética, v. 1, p. 25-25, 2012.
  10. BRAVIM, F. ; Lippman, Soyeon I. ; Silva, Lucas F. ; SOUZA, D. T. ; FERNANDES, A. A. R. ; Masuda, Claudio A. ; BROACH, J. R. ; Fernandes, Patricia M. B.. Overexpression of high hydrostatic pressure-induced genes improve ethanol production by a Saccharomyces cerevisiae distillery strain. Em: 13th International Congress on Yeasts, 2012, Madison. 13th International Congress on Yeasts - Programs and abstracts. Madison: Union of Microbiological Societies by Omnipress, v. 1, p. 341, 2012.
  11. ABREU, P. M. V. ; Silva, Lucas F. ; SOUZA, D. T. ; VENTURA, J. A. ; FERREIRA, P. C. G. ; FERNANDES, A. A. R. ; Fernandes, Patricia M. B.. MicroRNA prediction and expression in Carica papaya. Em: MiRNA International Symposium, 2012, São Paulo. MiRNA International Symposium, 2012.
  12. Silva, Lucas F. ; SOUZA, D. T. ; Bravim, Fernanda ; Fernandes, A. Alberto R. ; Fernandes, Patricia M. B.. Analysis of gene expresion in Saccharomyces cerevisiae in response to high hydrostatic pressure by DNA microarray. Em: 3 CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOTECNOLOGIA, 2010, Fortaleza. 3 CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOTECNOLOGIA, v. 1, 2010.
  13. LAUTON-SANTOS, S ; DUARTE, H. L ; FERNANDES, V. A ; Silva, Lucas F. ; SOUZA, D. T. ; ALVARENGA, G. M. ; GUATIMOSIM, S. ; ALMEIDA, A. P. de ; PESQUERO, J. L ; PESQUERO, J. B. ; CRUZ, J. S.. ALTERAÇÃO NA SINALIZAÇÃO INTRACELULAR DE CÁLCIO EM CÉLULAS CARDÍACAS PROMOVIDA PELA AUSÊNCIA DE RECEPTORES B1 PARA CININAS. Em: XXIII Reunião Anual da Federação de Sociedades de Biologia Experimental FESBE, 2008, Águas de Lindóia. XXIII Reunião Anual da Federação de Sociedades de Biologia Experimental FESBE, v. 1, p. 75, 2008.
  14. DUARTE, H. L ; LAUTON-SANTOS, S ; FERNANDES, V. A ; Silva, Lucas F. ; SOUZA, D. T. ; ALVARENGA, G. M. ; GUATIMOSIM, S. ; PESQUERO, J. L ; PESQUERO, J. B. ; CRUZ, J. S.. PAPEL DO RECEPTOR B1 PARA CININAS NA PRODUÇÃO DE ÓXIDO NÍTRICO NO CORAÇÃO DE CAMUNDONGOS. Em: XXIII Reunião Anual da Federação de Sociedades de Biologia Experimental FESBE, 2008, Águas de Lindóia. XXIII Reunião Anual da Federação de Sociedades de Biologia Experimental FESBE, v. 1, p. 114, 2008.
  
  
• Artigos aceitos para publicação (0)
  
  
  
• Apresentações de trabalho (1)
  
  1. SILVA, L. F. da ; SOUZA, D. T. ; BRAVIM, F. ; FERNANDES, A. A. R. ; FERNANDES, P. M. B.. Analysis of gene expresion in Saccharomyces cerevisiae in response to high hydrostatic pressure by DNA microarray. 2010. Apresentação de Trabalho/Congresso
  
  
• Demais tipos de produção bibliográfica (0)
  
  
  

Produção técnica

• Programas de computador com registro (0)
  
  
  
• Programas de computador sem registro (0)
  
  
  
• Produtos tecnológicos (0)
  
  
  
• Processos ou técnicas (0)
  
  
  
• Trabalhos técnicos (0)
  
  
  
• Demais tipos de produção técnica (0)
  
  
  

Produção artística

• Total de produção artística (0)
  
  
  

Orientações em andamento

• Supervisão de pós-doutorado (0)
  
  
  
• Tese de doutorado (0)
  
  
  
• Dissertação de mestrado (0)
  
  
  
• Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
  
  
  
• Trabalho de conclusão de curso de graduação (0)
  
  
  
• Iniciação científica (0)
  
  
  
• Orientações de outra natureza (0)
  
  
  

Supervisões e orientações concluídas

• Supervisão de pós-doutorado (0)
  
  
  
• Tese de doutorado (0)
  
  
  
• Dissertação de mestrado (0)
  
  
  
• Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
  
  
  
• Trabalho de conclusão de curso de graduação (0)
  
  
  
• Iniciação científica (0)
  
  
  
• Orientações de outra natureza (0)
  
  
  

Projetos de pesquisa

• Total de projetos de pesquisa (8)
  
  1. 2021-Atual. Conectando pessoas pelo coração
     Descrição: A coordenação do comportamento é o que permite termos interação social (IS). As bases fisiológicas dessa coordenação ainda são desconhecidas. Uma hipótese é a de que a comodulação dos estados fisiológicos seja crucial. Para testarmos isso, monitoraremos o balanço dos níveis simpático/parassimpático através da variabilidade da frequência cardíaca (VFC). Postulamos que durante a IS, indivíduos sincronizam a modulação da VFC, indicando que a IS está associada a comodulação dos estados fisiológicos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Diego Trindade de Souza - Coordenador / André Fujita - Integrante.
     Membro: Diego Trindade de Souza.
  2. 2021-Atual. Prometheus
     Descrição: Os avanços do projeto Prometheus, pioneiro na América Latina e que pode revolucionar completamente toda a indústria de armazenamento de dados. O projeto, executado em parceria pela Lenovo e pelo Laboratório de Micromanufatura do Instituto de Pesquisas Tecnológicas (IPT), conta com uma equipe de pesquisadores que estão desenvolvendo sistemas para arquivar dados usando moléculas de DNA, capazes de operar no regime de exabytes e além, com tamanho físico, consumo de potência e custo reduzidos em comparação às tecnologias convencionais. Com menores custos de manutenção, o armazenamento de dados em DNA ainda reduziria de duas a três vezes o consumo de energia, de água e das emissões de gases do efeito estufa.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Diego Trindade de Souza - Integrante / Bruno Marinaro Verona - Coordenador.
     Membro: Diego Trindade de Souza.
  3. 2018-2022. Dimensões US-Biota São Paulo: Diversidade de interações multitróficas quimicamente mediadas em gradientes nos trópicos (FAPESP-BIOTA-NSF DIMENSIONS)
     Descrição: Most named species are involved in chemically mediated plant-insect-parasitoid interactions that have profound effects on diversity, community structure, primary productivity, and ecosystem services. We will examine relationships between metabolomic, genomic, taxonomic, and interaction diversity of trophic interactions by quantifying and comparing these dimensions of biodiversity along a latitudinal gradient and elevational gradients in Brazil and Argentina. Our focus will be on Piper (Piperaceae) and associated herbivores and natural enemies of those herbivores. This plant genus is characterized by extremely high phytochemical and taxonomic diversity, as are the associated arthropods. The proposed work will add unique sites, data, and hypothesis tests to the largest standardized latitudinal gradient database for plant-insect-parasitoid food webs, and thus provide an opportunity to examine the influence of functional aspects of food webs (e.g., connectance and specialization) on regional taxonomic diversity. Uniform application of quantitative sampling along elevational gradients, newly developed metabolomics methods, population genomics tools, and a large scale experiment will make possible tests of novel hypotheses about relationships between plant chemistry, specialization, climate, and different dimensions of diversity and will represent the first such among-site food web comparisons.Bolsista FAPESP: Treinamento Técnico 5 - processo 2017/25680-5. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (5) / Especialização: (1) / Doutorado: (5) . Integrantes: Diego Trindade de Souza - Integrante / Eny Iochevet Segal Floh - Integrante / Massuo Jorge Kato - Coordenador / MAYSA FURLAN - Integrante / Antonio Salatino - Integrante / Andre Victor Lucci Freitas - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
     Membro: Diego Trindade de Souza.
  4. 2017-2019. Do Estresse ao Embrião: Mecanismos Moleculares e Fisiológicos Associados à Embriogênese Somática
     Descrição: FAPESP 2016/17541-2. A presente proposta tem como objetivo o estudo integrado da percepção e transdução dos sinais promovidos pelos estresses durante o desenvolvimento embrionário in vitro do pinheiro brasileiro. Para atingir este objetivo, o projeto irá utilizar informações obtidas no transcriptoma do pinheiro brasileiro (FAPESP proc.2011/51659-7) e sinalização celular durante a morfogênese (FAPESP proc. 2014/11228-5) associada a analises fisiológicas, bioquímicas e moleculares de linhagens celulares com diferentes potenciais embriogênicos, e durante a transdiferenciação de massas proembriogênicas em embriões somáticos. Para a identificação de mecanismos fisiológicos e moleculares associados às condições estressantes que ocorrem durante o desenvolvimento dos embriões somáticos serão caracterizados o metabolismo de aminoácidos, poliaminas e carboidratos, a emissão de espécies reativas de oxigênio/nitrogênio e seu potencial impacto na homeostase de auxinas e na modificação pós-traducional mediada pela S-nitrosilação. Os resultados gerados irão proporcionar informações básicas e aplicadas para a biologia de plantas, com ênfase nas vias de sinalização afetadas pelos estresses durante o desenvolvimento embrionário de coníferas, bem como no uso da embriogênese somática para a propagação de genótipos elite do pinheiro brasileiro.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Diego Trindade de Souza - Coordenador / Eny Iochevet Segal Floh - Integrante / Paula Maria Elbl - Integrante / Amanda Ferreira Macedo - Integrante / Marcos Silveira Buckeridge - Integrante / André Luis Wendt dos Santos - Integrante / Leandro Francisco de Oliveira - Integrante / Bruno V Navarro - Integrante / Giovanni Victorio Cerruti - Integrante / Bianca Meihua Sung - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
     Membro: Diego Trindade de Souza.
  5. 2016-2019. Genômica funcional dos genes relacionados à via de auxina na embriogênese zigótica e somática de A. angustifolia
     Descrição: O objetivo geral do presente projeto é a identificação de marcadores moleculares, através da genômica funcional associados com desenvolvimento de embriões somáticos em "Araucaria angustifolia". CNPq-proc.407440/2015-1.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Diego Trindade de Souza - Coordenador / Eny Iochevet Segal Floh - Integrante / Paula Maria Elbl - Integrante / ANDRÉ L. W. Dos Santos - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
     Membro: Diego Trindade de Souza.
  6. 2013-2016. Origem de genes recentes, uma abordagem com matrizes PSSM deterioradas e arquiteturas de domínio proteico
     Descrição: A origem de novos genes é um importante processo durante a evolução dos organismos, pois fornecem fontes críticas para a inovação evolutiva. As abordagens que mostram como esses novos genes surgem e adquirem novas funções, no decorrer da evolução, são de fundamental importância. Entretanto, mesmo existindo várias fontes de informação sobre a arquitetura de domínios, não há ainda uma base de dados que relacione os genes e suas possíveis filogenias, levando em conta as arquiteturas. Além disso, as metodologias utilizadas nas atuais bases de dados ortólogos falham em agrupar genes homólogos de grupos distantes quando a similaridade entre os genes é insuficiente. Este projeto consiste na implementação de metodologias e recursos computacionais que nos permitirá modelar a origem de proteínas mais recentes, com base em dois aspectos: (i) detectando-se sua origem a partir de embaralhamento de éxons (como mecanismo molecular, manifestado pela formação de novas arquiteturas a partir de domínios pré-existentes) e (ii) detectando a origem a partir de genes ancestrais, evidenciada por matrizes PSSM criadas pelo software PSI-BLAST, e corroborada por análise de sobreposição estrutural com topologias em comum.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: Diego Trindade de Souza - Integrante / Henrique Assis Lopes Ribeiro - Integrante / José Miguel Ortega - Integrante / Sérgio Russo Matioli - Coordenador.
     Membro: Diego Trindade de Souza.
  7. 2010-2012. Estudo do efeito de pressão hidrostática por transcriptômica e proteômica para melhoramento S.cerevisiae.
     Descrição: A levedura Saccharomyces cerevisiae é economicamente importante na indústria de fermentação. A eficiência do processo de fermentação depende do poder de adaptação das leveduras às condições presentes nas dornas. Durante este processo, as leveduras são expostas a um ambiente de condições variadas, que vão desde altas concentrações de açúcar, altas temperaturas e altas concentrações de etanol. O nosso grupo observou, utilizando leveduras isoladas de alambique, que o tratamento sub-letal com alta pressão hidrostática induz uma melhora na produção de etanol nas primeiras horas do processo fermentativo, refletindo uma diminuição no tempo de adaptação das leveduras aos estresses iniciais deste processo. Neste projeto pretendemos continuar estes estudos avaliando as mudanças na expressão gênica de leveduras submetidas à alta pressão hidrostática visando identificar os alvos moleculares responsáveis por esta adaptação. Uma vez identificados, pretendemos manipular a expressão destes alvos para desenvolver cepas de levedura que apresentem uma maior capacidade de adaptação, eficiência de fermentação e, consequentemente, produtividade e que possam ser utilizadas na indústria de fermentação.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . Integrantes: Diego Trindade de Souza - Integrante / SILVA, L. F. da - Integrante / Fernada Bravim - Integrante / A. Alberto R. Fernandes - Integrante / Patricia M. B. Fernandes - Coordenador. Financiador(es): Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovações - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Espírito Santo - Auxílio financeiro.
     Membro: Diego Trindade de Souza.
  8. 2008-2009. Projeto Exposição à Pesticida e Impacto Biológico
     Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Diego Trindade de Souza - Integrante / Sandra Lauton Santos - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais - Auxílio financeiro.
     Membro: Diego Trindade de Souza.
  
  

Prêmios e títulos