Programa de Pós-Graduação Interunidades em Bioinformãtica

Total de produção bibliográfica


Número total de itens: 366

2024

1.   ALVES, RAFAEL MOYSÉS ; DE ABREU, VINICIUS A C ; OLIVEIRA, RAFAELY PANTOJA ; ALMEIDA, JOÃO VICTOR DOS ANJOS ; DE OLIVEIRA, MAURO DE MEDEIROS ; SILVA, SAURA R ; PASCHOAL, ALEXANDRE R ; DE ALMEIDA, SINTIA S ; DE SOUZA, PEDRO A F ; FERRO, JESUS A ; MIRANDA, VITOR F O ; FIGUEIRA, ANTONIO ; DOMINGUES, DOUGLAS S ; VARANI, ALESSANDRO M. Genomic decoding of (cupuassu) at chromosomal scale: evolutionary insights for horticultural innovation. GigaScience. v. 13, p. 1-19, 2024. Qualis: A1
2.   Andrade, Fernando; HOWELL, LISA ; PERCIVAL, CHRISTOPHER J ; RICHTSMEIER, JOAN T ; MARCUCIO, RALPH S ; HALLGRÍMSSON, BENEDIKT ; CHEVERUD, JAMES M. Genetic architecture of trait variance in craniofacial morphology. GENETICS. v. 1, p. 1, 2024. Qualis: A2
3.   COSTA, ANDERSON LUÍS DA ; PRIETO-OLIVEIRA, PAULA ; DUARTE-BARBOSA, MÁRCIA ; ANDREATA-SANTOS, ROBERT ; PETER, CRISTINA M. ; PROLO DE BRITO, THAMIRES ; ANTONELI, FERNANDO ; DURÃES-CARVALHO, RICARDO ; BRIONES, MARCELO R. S. ; MARICATO, JULIANA T. ; ZANOTTO, PAOLO M. A. ; JACOB MACHADO, DENIS ; JANINI, LUIZ M. R.. The Relationship between HERV, Interleukin, and Transcription Factor Expression in ZIKV Infected versus Uninfected Trophoblastic Cells. Cells. v. 13, p. 1491, 2024. Qualis: A1
4.   DEMIRCI, SELAMI ; ZENG, JING ; PALCHAUDHURI, RAHUL ; WU, CHUANFENG ; ABRAHAM, DIANA M. ; HAYAL, TAHA B. ; ESSAWI, KHALED ; NGUYEN, MY ANH ; STASULA, ULANA ; CHU, REBECCA ; LEONARD, ALEXIS ; PORTER, SHAINA N. ; KHAN, MUHAMMAD BEHROZ NAEEM ; HINOJOSA, GABRIELA ; UCHIDA, NAOYA ; HONG, SOGUN ; LAZZAROTTO, CICERA R. ; NERI, NOLA R. ; DA SILVA, LUCAS FERREIRA ; PELLIN, DANILO ; et.al. BCL11A +58/+55 enhancer-editing facilitates HSPC engraftment and HbF induction in rhesus macaques conditioned with a CD45 antibody-drug conjugate. Cell Stem Cell. v. 1, p. 1, 2024. Qualis: A1
5.   ENGREITZ, JESSE M. ; LAWSON, HEATHER A. ; SINGH, HARINDER ; STARITA, LEA M. ; HON, GARY C. ; CARTER, HANNAH ; SAHNI, NIDHI ; REDDY, TIMOTHY E. ; LIN, XIHONG ; LI, YUN ; MUNSHI, NIKHIL V. ; CHAHROUR, MARIA H. ; BOYLE, ALAN P. ; HITZ, BENJAMIN C. ; MORTAZAVI, ALI ; CRAVEN, MARK ; MOHLKE, KAREN L. ; PINELLO, LUCA ; WANG, TING ; Silva, Lucas F. ; et.al. Deciphering the impact of genomic variation on function. NATURE. v. 633, p. 47-57, 2024. Qualis: A1
6.   TALARICO, MARIA CECÍLIA RAMIRO ; DERCHAIN, SOPHIE ; DA SILVA, LUCAS FERREIRA ; SFORÇA, MAURÍCIO L. ; ROCCO, SILVANA A. ; CARDOSO, MARCELLA R. ; SARIAN, LUÍS OTÁVIO. Metabolomic Profiling of Breast Cancer Patients Undergoing Neoadjuvant Chemotherapy for Predicting Disease-Free and Overall Survival. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES. v. 25, p. 8639, 2024. Qualis: A2
7.   ZENG, JING ; NGUYEN, MY ANH ; LIU, PENGPENG ; DA SILVA, LUCAS FERREIRA ; LEVESQUE, SÉBASTIEN ; LIN, LINDA Y. ; JUSTUS, DAVID G. ; PETRI, KARL ; CLEMENT, KENDELL ; PORTER, SHAINA N. ; VERMA, ARCHANA ; NERI, NOLA R. ; ROSANWO, TOLULOPE ; CIUCULESCU, MARIOARA-FELICIA ; ABRISS, DANIELA ; MINTZER, ESTHER ; MAITLAND, STACY A. ; DEMIRCI, SELAMI ; CHA, HYE JI ; ORKIN, STUART H. ; et.al. Gene editing without ex vivo culture evades genotoxicity in human hematopoietic stem cells. Cell Stem Cell. v. 1, p. 1, 2024. Qualis: A1

2023

1.   ALVES, V. O. P. M. ; ABREU, V. A. C. ; OLIVEIRA, R. P. ; ALMEIDA, J. V. A. ; OLIVEIRA, MAURO M. ; SILVA, S. R. ; PASCHOAL, A. R. ; ALMEIDA, S. S. ; SOUZA, P. A. F. ; FERRO, J. A. ; MIRANDA, V. F. O. ; FIGUEIRA, A. ; DOMINGUES, D. S. ; VARANI, A. M.. Genomic decoding of Theobroma grandiflorum (cupuassu) at chromosomal scale: Evolutionary insights for horticultural innovation. bioRxiv. 2023. cupuassu) at chromosomal scale: Evolutionary insights for horticultural innovation. bioRxiv, 2023 (Preprint
2.   ANSELMO, LÍVIA MARIA PALA ; GALLO, JULIANA FAILDE ; PINHATA, JULIANA MAIRA WATANABE ; PERONNI, KAMILA CHAGAS ; SILVA JUNIOR, WILSON ARAÚJO DA ; RUY, PATRICIA DE CÁSSIA ; CONCEIÇÃO, EMILYN COSTA ; DIPPENAAR, ANZAAN ; WARREN, ROBIN MARK ; MONROE, ALINE APARECIDA ; OLIVEIRA, ROSANGELA SIQUEIRA ; BOLLELA, VALDES ROBERTO. New insights on tuberculosis transmission dynamics and drug susceptibility profiles among the prison population in Southern Brazil based on whole-genome sequencing. SOCIEDADE BRASILEIRA DE MEDICINA TROPICAL. REVISTA. v. 56, p. 36820651, 2023. Qualis: C
3.   BARBOSA, MÁRCIA DUARTE ; COSTA, ANDERSON ; PRIETO-OLIVEIRA, PAULA ; ANDREATA-SANTOS, ROBERT ; PETER, CRISTINA M. ; ZANOTTO, PAOLO M. A. ; JANINI, LUIZ MARIO RAMOS. Proposal of Model for Evaluation of Viral Kinetics of African/Asian/Brazilian-Zika virus Strains (Step Growth Curve) in Trophoblastic Cell Lines. Viruses-Basel. v. 15, p. 1446, 2023. Qualis: Não identificado (VIRUSES-BASEL)
4.   BELISÁRIO, ANDRÉ ROLIM ; SIMÕES E SILVA, ANA CRISTINA ; MOURA, ISABEL CRISTINA GOMES ; CARNEIRO-PROIETTI, ANNA BÁRBARA ; SABINO, ESTER CERDEIRA ; LOUREIRO, PAULA ; MÁXIMO, CLÁUDIA ; FLOR-PARK, MIRIAM V. ; RODRIGUES, DANIELA DE OLIVEIRA WERNECK ; Ozahata, Mina Cintho ; MOTA, ROSIMERE AFONSO ; DINARDO, CARLA LUANA ; KELLY, SHANNON ; CUSTER, BRIAN. Estimated glomerular filtration rate in Brazilian adults with sickle cell disease: results from the REDS-III multicenter cohort study. ANNALS OF HEMATOLOGY. v. 102, p. 1019-1027, 2023. Qualis: A4
5.   FORD, COLBY T. ; YASA, SHIRISH ; JACOB MACHADO, DENIS ; WHITE, RICHARD ALLEN ; JANIES, DANIEL A.. Predicting changes in neutralizing antibody activity for SARS-CoV-2 XBB.1.5 using in silico protein modeling. Frontiers in Virology. v. 3, p. 1-10, 2023. Qualis: Não identificado (FRONTIERS IN VIROLOGY)
6.   MARRA, ALEXANDRE R. ; SAMPAIO, VANDERSON SOUZA ; Ozahata, Mina Cintho ; LOPES, RAFAEL ; BRITO, ANDERSON F. ; BRAGATTE, MARCELO ; KALIL, JORGE ; MIRAGLIA, JOÃO LUIZ ; MALHEIRO, DANIEL TAVARES ; GUOZHANG, YANG ; TEICH, VANESSA DAMAZIO ; VICTOR, ELIVANE DA SILVA ; PINHO, JOÃO RENATO REBELLO ; CYPRIANO, ADRIANA ; VIEIRA, LAURA WANDERLY ; POLONIO, MIRIA ; DE OLIVEIRA, SOLANGE MIRANDA ; RICARDO, VICTÓRIA CATHARINA VOLPE ; MAEZATO, ALINE MIHO ; CALLADO, GUSTAVO YANO. Risk factors for long coronavirus disease 2019 (long COVID) among healthcare personnel, Brazil, 2020-2022. INFECTION CONTROL AND HOSPITAL EPIDEMIOLOGY. v. -, p. 1-7, 2023. Qualis: A2
7.   PRIETO-OLIVEIRA, P. HERVs Role in the Pathogenesis, Diagnosis or Prognosis of AgingDiseases: A Systematic Review. CURRENT MOLECULAR MEDICINE. v. 23, p. 678-687, 2023. Qualis: A4
8.   SAMPAIO, VANDERSON S. ; LOPES, RAFAEL ; Ozahata, Mina Cintho ; NAKAYA, HELDER I. ; SOUSA, ERICK ; ARAÚJO, JOSÉ D. ; BRAGATTE, MARCELO A.S. ; BRITO, ANDERSON F. ; GRESPAN, REGINA MAURA ZETTONI ; CAPUANI, MARIA LIGIA DAMATO ; DOMINGUES, HELVES HUMBERTO ; PELLINI, ALESSANDRA CRISTINA GUEDES ; MATEOS, SHEILA DE OLIVEIRA GARCIA ; CONDE, MÔNICA TILLI REIS PESSOA ; EUDES LEAL, FABIO ; SABINO, ESTER ; SIMÃO, MARIANGELA ; KALIL, JORGE. Thinking out of the box: revisiting health surveillance based on medical records. Antimicrobial Stewardship & Healthcare Epidemiology. v. 3, p. 1, 2023. Qualis: Não identificado (ANTIMICROBIAL STEWARDSHIP & HEALTHCARE EPIDEMIOLOGY)
9.   SILVA, GIANLUCA MAJOR MACHADO; GIORDANO, R. J. ; SETUBAL, JOÃO CARLOS. Computational tool for epitope prediction in Trypanosoma cruzi antigens based on phage display data - X-meeting/BSB Brasil. 2023. Apresentação de Trabalho/Congresso
10.   SILVA, GIANLUCA MAJOR MACHADO; GIORDANO, R. J. ; SETUBAL, JOÃO CARLOS. Computational tool for epitope prediction in Trypanosoma cruzi antigens based on phage display data - XXII Workshop do Programa Interunidades de Pós-Graduação em Bioinformática. 2023. Apresentação de Trabalho/Outra

2022

1.   ARANTES, IGHOR ; GOMES NAVECA, FELIPE ; GRÄF, TIAGO ; COVID-19 FIOCRUZ GENOMIC SURVEILLANCE NETWORK ; MIYAJIMA, FÁBIO ; FAORO, HELISSON ; LUZ WALLAU, GABRIEL ; DELATORRE, EDSON ; REIS APPOLINARIO, LUCIANA ; CAVALCANTE PEREIRA, ELISA ; VENAS, TAINÁ MOREIRA MARTINS ; SAMPAIO ROCHA, ALICE ; SERRANO LOPES, RENATA ; MENDONÇA SIQUEIRA, MARILDA ; BELLO, GONZALO ; CRISTINA RESENDE, PAOLA ; ARAÚJO, CARLOS LEONARDO ; AKESENEN, CLEBER FURTADO ; DIAS, FERNANDO BRAGA STEHLING ; OLIVEIRA, M. M.. Emergence and Spread of the SARS-CoV-2 Variant of Concern Delta across Different Brazilian Regions. MICROBIOLOGY SPECTRUM. v. 11, p. e02641-21, 2022. Qualis: A2
2.   Biselli, Joice Matos ; ZAMPIERI, Bruna Lancia ; BISELLI-CHICOTE, PATRÍCIA MATOS ; DE SOUZA, JORGE ESTEFANO SANTANA ; BÜRGER, M. C. ; DA SILVA JR, WILSON ARAÚJO ; Goloni-Bertollo, Eny Maria ; PAVARINO, E.C.. Differential microRNA expression profile in blood of children with Down syndrome suggests a role in immunological dysfunction. Human Cell. v. 1, p. 1-10, 2022. Qualis: Não identificado (HUMAN CELL)
3.   FEITOSA, RAYSSA M.M.W. ; PRIETO-OLIVEIRA, PAULA ; BRENTANI, HELENA ; Machado-Lima, Ariane. MicroRNA target prediction tools for animals: Where we are at and where we are going to - A systematic review. COMPUTATIONAL BIOLOGY AND CHEMISTRY. v. 100, p. 107729, 2022. Qualis: A3
4.   FLOR-PARK, MIRIAM V. ; Ozahata, Mina Cintho ; MOURA, ISABEL CRISTINA GOMES ; BLATYTA, PAULA ; KELLY, SHANNON ; OLIVEIRA, CLAUDIA DI LORENZO ; CAPUANI, LIGIA ; BELISÁRIO, ANDRÉ ROLIM ; CARNEIRO-PROIETTI, ANNA B.F. ; ARAUJO, ADERSON S. ; LOUREIRO, PAULA ; MAXIMO, CLAUDIA ; RODRIGUES, DANIELA O.W. ; MOTA, ROSIMERE A. ; SABINO, ESTER ; CUSTER, BRIAN ; ROCHA, VANDERSON. Is Severity Score Associated With Indication for Hematopoietic Stem Cell Transplantation in Individuals With Sickle Cell Anemia?. Transplantation and Cellular Therapy. v. 28, p. 708.e1-708.e8, 2022. Qualis: Não identificado (TRANSPLANTATION AND CELLULAR THERAPY)
5.   FORD, COLBY T. ; JACOB MACHADO, DENIS ; JANIES, DANIEL A.. Predictions of the SARS-CoV-2 Omicron Variant (B.1.1.529) Spike Protein Receptor-Binding Domain Structure and Neutralizing Antibody Interactions. Frontiers in Virology. 2022. Qualis: Não identificado (FRONTIERS IN VIROLOGY)
6.   GRÄF, TIAGO ; BELLO, GONZALO ; NAVECA, FELIPE GOMES ; GOMES, MARCELO ; CARDOSO, VANESSA LEIKO OIKAWA ; DA SILVA, ALEXANDRE FREITAS ; DEZORDI, FILIPE ZIMMER ; DOS SANTOS, MIRLEIDE CORDEIRO ; SANTOS, KATIA CORREA DE OLIVEIRA ; BATISTA, ÉRIKA LOPES ROCHA ; MAGALHÃES, ALESSANDRO LEONARDO ÁLVARES ; VINHAL, FERNANDO ; MIYAJIMA, FÁBIO ; FAORO, HELISSON ; KHOURI, RICARDO ; WALLAU, GABRIEL LUZ ; DELATORRE, EDSON ; SIQUEIRA, MARILDA MENDONÇA ; RESENDE, PAOLA CRISTINA ; OLIVEIRA, M. M.. Phylogenetic-based inference reveals distinct transmission dynamics of SARS-CoV-2 lineages Gamma and P.2 in Brazil. Iscience. v. 25, p. 104156, 2022. Qualis: Não identificado (ISCIENCE)
7.   MASHANOV, VLADIMIR ; MACHADO, DENIS JACOB ; REID, ROBERT ; BROUWER, CORY ; KOFSKY, JANICE ; JANIES, DANIEL A.. Twinkle twinkle brittle star: the draft genome of Ophioderma brevispinum (Echinodermata: Ophiuroidea) as a resource for regeneration research. BMC GENOMICS. v. 23, p. 574, 2022. Qualis: A2
8.   MASHANOV, VLADIMIR ; WHALEY, LAUREN ; DAVIS, KENNETH ; HEINZELLER, THOMAS ; MACHADO, DENIS JACOB ; REID, ROBERT W. ; KOFSKY, JANICE ; JANIES, DANIEL. A subterminal growth zone at arm tip likely underlies life-long indeterminate growth in brittle stars. Frontiers in Zoology. v. 19, p. 15, 2022. Qualis: A1
9.   MITTAL, VARNIKA ; REID, ROBERT W. ; MACHADO, DENIS JACOB ; MASHANOV, VLADIMIR ; JANIES, DANIEL A.. EchinoDB: an update to the web-based application for genomic and transcriptomic data on echinoderms. Bmc Genomic Data. v. 23, p. 75, 2022. Qualis: Não identificado (BMC GENOMIC DATA)
10.   RIUS, FLÁVIA E. ; PAPAIZ, DEBORA D. ; AZEVEDO, HATYLAS F. Z. ; AYUB, ANA LUÍSA P. ; PESSOA, DIOGO O. ; OLIVEIRA, TIAGO F. ; LOUREIRO, ANA PAULA M. ; Andrade, Fernando ; FUJITA, ANDRÉ ; REIS, EDUARDO M. ; MASON, CHRISTOPHER E. ; JASIULIONIS, MIRIAM G.. Genome-wide promoter methylation profiling in a cellular model of melanoma progression reveals markers of malignancy and metastasis that predict melanoma survival. Clinical Epigenetics. v. 14, p. 1, 2022. Qualis: A1

2021

1.   APONTE, JOSE D ; KATZ, DAVID C ; ROTH, DANIELA M ; VIDAL-GARCÍA, MARTA ; LIU, WEI ; Andrade, Fernando ; ROSEMAN, CHARLES C ; MURRAY, STEVEN A ; CHEVERUD, JAMES ; GRAF, DANIEL ; MARCUCIO, RALPH S ; HALLGRÍMSSON, BENEDIKT. Relating multivariate shapes to genescapes using phenotype-biological process associations for craniofacial shape. eLife. v. 10, p. 1, 2021. Qualis: A1
2.   ARANTES, I. ; NAVECA, F. G. ; GRAF, T. ; NETWORK, C. F. G. S. ; OLIVEIRA, M. M. ; MIYAJIMA, F. ; Faoro H. ; WALLAU, G. L. ; DELATORRE, E. ; APPOLINARIO, L. R. ; PEREIRA, E. C. ; ROCHA, A. S. ; VENAS, T. M. M. ; LOPES, R. S. ; SIQUEIRA, M. M. ; BELLO, G. ; RESENDE, P. C.. Emergence and Spread of the SARS-CoV-2 Variant of Concern Delta Across Different Brazilian Regions. medRxiv. 2021. medRxiv preprint
3.   BELISÁRIO, AR ; SILVA, ACSE ; MOURA, ICG ; CARNEIRO-PROIETTI, AB ; SABINO, EC ; LOUREIRO, P ; MÁXIMO, C ; FLOR-PARK, MV ; RODRIGUES, DOW ; Ozahata, MC ; MOTA, RA ; DINARDO, CL ; KELLY, S ; CUSTER, B. CHRONIC KIDNEY DISEASE IN BRAZILIAN ADULTS WITH SICKLE CELL DISEASE: RESULTS FROM THE REDS-III MULTICENTER COHORT STUDY. Hematology Transfusion And Cell Therapy. v. 43, p. S18-S19, 2021. Qualis: C (HEMATOLOGY, TRANSFUSION AND CELL THERAPY)
4.   DASILVA, LUCAS FERREIRA; BLUMENTHAL, EZRA ; BECKEDORFF, FELIPE ; CINGARAM, PRADEEP REDDY ; GOMES DOS SANTOS, HELENA ; EDUPUGANTI, RAGHU RAM ; ZHANG, ANDA ; DOKANEHEIFARD, SADAT ; AOI, YUKI ; YUE, JINGYIN ; KIRSTEIN, NINA ; TAYARI, MINA MASOUMEH ; SHILATIFARD, ALI ; SHIEKHATTAR, RAMIN. Integrator enforces the fidelity of transcriptional termination at protein-coding genes. SCIENCE ADVANCES. v. 7, p. 1-10, 2021. Qualis: A1
5.   DE MEDEIROS OLIVEIRA, MAURO; BONADIO, IGOR ; LIE DE MELO, ALICIA ; MENDES SOUZA, GLAUCIA ; DURHAM, ALAN MITCHELL. TSSFinder-fast and accurate ab initio prediction of the core promoter in eukaryotic genomes. Briefings in Bioinformatics. v. 22, p. bbab198, 2021. Qualis: A1
6.   FONSECA, ALINE SIMONETI ; RAMÃO, ANELISA ; BÜRGER, M. C. ; DE SOUZA, JORGE ESTEFANO SANTANA ; ZANETTE, DALILA LUCÍOLA ; De Molfetta, Greice Andreotti ; DE ARAÚJO, LUIZA FERREIRA ; DE BARROS E LIMA BUENO, RAFAELA ; AGUIAR, GRAZIELA MOURA ; PLAÇA, JESSICA RODRIGUES ; ALVES, CLEIDSON DE PÁDUA ; DOS SANTOS, ANEMARI RAMOS DINARTE ; VIDAL, DANIEL ONOFRE ; SILVA, GYL EANES BARROS ; PANEPUCCI, RODRIGO ALEXANDRE ; PERIA, FERNANDA MARIS ; FERES, OMAR ; DA ROCHA, JOSÉ JOAQUIM RIBEIRO ; Silva Jr, WA ; SILVA, WILSON ARAÚJO ; et.al. ETV4 plays a role on the primary events during the adenoma-adenocarcinoma progression in colorectal cancer. BMC CANCER. v. 21, p. 207, 2021. Qualis: A2
7.   GRAF, T. ; BELLO, G. ; NAVECA, F. G. ; GOMES, M. ; CARDOSO, V. L. O. ; SILVA, A. F. ; DEZORDI, F. Z. ; SANTOS, M. C. ; SANTOS, K. C. O. ; BATISTA, E. L. R. ; MAGALHAES, A. L. A. ; VINHAL, F. ; SURVEILLANCE N, B. M. O. H. C. G. ; OLIVEIRA, M.M. ; MIYAJIMA, F. ; FAORO, H. ; KHOURI, R. ; WALLAU, A. L. ; DELATORRE, E. ; SIQUEIRA, M. M.. Phylogenetic-based inference reveals distinct transmission dynamics of SARS-CoV-2 variant of concern Gamma and lineage P.2 in Brazil. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2021. medRxiv preprint
8.   JACOB MACHADO, DENIS; CASTROVIEJO-FISHER, SANTIAGO ; GRANT, TARAN. Evidence of absence treated as absence of evidence: The effects of variation in the number and distribution of gaps treated as missing data on the results of standard maximum likelihood analysis. MOLECULAR PHYLOGENETICS AND EVOLUTION. v. 154, p. 106966, 2021. Qualis: A1
9.   JACOB MACHADO, DENIS; PORTELLA DE LUNA MARQUES, FERNANDO ; JIMÉNEZ'FERBANS, LARRY ; GRANT, TARAN. An empirical test of the relationship between the bootstrap and likelihood ratio support in maximum likelihood phylogenetic analysis. Cladistics. v. 38, p. 1-10, 2021. Qualis: A1
10.   JACOB MACHADO, DENIS; SCOTT, RACHEL ; GUIRALES, SAYAL ; JANIES, DANIEL A.. Fundamental evolution of all including three deadly lineages descendent from Chiroptera-hosted coronaviruses: SARS-CoV, MERS-CoV and SARS-CoV-2. CLADISTICS. v. 37, p. 461-488, 2021. Qualis: A1
11.   JACOB MACHADO, DENIS; WHITE, RICHARD ALLEN ; KOFSKY, JANICE ; JANIES, DANIEL A.. Fundamentals of genomic epidemiology, lessons learned from the coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic, and new directions. Antimicrobial Stewardship & Healthcare Epidemiology. v. 1, p. e60, 2021. Qualis: Não identificado (ANTIMICROBIAL STEWARDSHIP & HEALTHCARE EPIDEMIOLOGY)
12.   OLIVEIRA DE BIAGI, CARLOS ALBERTO ; NOCITI, RICARDO PERECIN ; BROTTO, DANIELLE BARBOSA ; FUNICHELI, BRENO OSVALDO ; CÁSSIA RUY, PATRÍCIA DE ; BIANCHI XIMENEZ, JOÃO PAULO ; ALVES FIGUEIREDO, DAVID LIVINGSTONE ; ARAÚJO SILVA, WILSON. CeTF: an R/Bioconductor package for transcription factor co-expression networks using regulatory impact factors (RIF) and partial correlation and information (PCIT) analysis. BMC GENOMICS. v. 22, p. 624, 2021. Qualis: A2
13.   OLIVEIRA, M. M.; SCHEMBERGER, M. O. ; SUZUKAWA, A. A. ; RIEDIGER, I. N. ; DEBUR, M. C. ; BECKER, G. ; RESENDE, P. C. ; GRAF, T. ; BALSANELLI, E. ; BAURA, V. A. ; SOUZA, E. M. ; PEDROSA, F. O. ; ALVES, L. R. ; BLANES, L. ; NARDELI, S. C. ; AGUIAR, A. M. ; ALBRECHT, L. ; ZANETTE, D. ; AVILA, A. R. ; MORELLO, L. G.. Genomic surveillance of SARS-CoV-2 in the state of Paraná, Southern Brazil, reveals the cocirculation of the VOC P. 1, P. 1-like-II lineage and a P. 1 cluster harboring the S: E661D mutation. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 2021. medRxiv preprint
14.   OLIVEIRA, MAURO M.; SCHEMBERGER, MICHELLE O. ; SUZUKAWA, ANDREIA A. ; RIEDIGER, IRINA N. ; DO CARMO DEBUR, MARIA ; BECKER, GUILHERME ; RESENDE, PAOLA CRISTINA ; GRÄF, TIAGO ; BALSANELLI, EDUARDO ; DE BAURA, VALTER ANTÔNIO ; DE SOUZA, EMANUEL M. ; PEDROSA, FÁBIO O. ; ALVES, LYSANGELA R. ; BLANES, LUCAS ; NARDELLI, SHEILA CRISTINA ; AGUIAR, ALESSANDRA M. ; ALBRECHT, LETUSA ; ZANETTE, DALILA ; ÁVILA, ANDRÉA R. ; MORELLO, LUIS GUSTAVO. Re-emergence of Gamma-like-II and emergence of Gamma-S:E661D SARS-CoV-2 lineages in the south of Brazil after the 2021 outbreak. Virology Journal. v. 18, p. 222, 2021. Qualis: A3
15.   Prieto-Oliveira, Paula. Telomerase activation in the treatment of aging or degenerative diseases: a sytematic review. 2021. Apresentação de Trabalho/Congresso
16.   SKALICKÝ, TOMÁ? ; ALVES, JOÃO M. P. ; MORAIS, ANDERSON C. ; RE'NAROVÁ, JANA ; BUTENKO, ANZHELIKA ; LUKE?, JULIUS ; SERRANO, MYRNA G. ; BUCK, GREGORY A. ; TEIXEIRA, MARTA M. G. ; CAMARGO, ERNEY P. ; SANDERS, MANDY ; COTTON, JAMES A. ; YURCHENKO, VYACHESLAV ; KOSTYGOV, ALEXEI Y.. Endosymbiont Capture, a Repeated Process of Endosymbiont Transfer with Replacement in Trypanosomatids Angomonas spp.. PATHOGENS. v. 10, p. 702, 2021. Qualis: A2
17.   TREVISAN, BRUNA ; JACOB MACHADO, DENIS ; LAHR, DANIEL J. G. ; MARQUES, FERNANDO P. L.. Comparative Characterization of Mitogenomes From Five Orders of Cestodes (Eucestoda: Tapeworms). Frontiers in Genetics. v. 12, p. 788871, 2021. Qualis: A2
18.   VIDEIRA, ALEXANDRE ; BECKEDORFF, FELIPE C. ; DASILVA, LUCAS F. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, SERGIO. PVT1 signals an androgen-dependent transcriptional repression program in prostate cancer cells and a set of the repressed genes predicts high-risk tumors. Cell Communication and Signaling. v. 19, p. 11, 2021. Qualis: A2

2020

1.   Andrade, Fernando; NAKATA, ASUKA ; GOTOH, NORIKO ; FUJITA, ANDRÉ. Large miRNA survival analysis reveals a prognostic four-biomarker signature for triple negative breast cancer. GENETICS AND MOLECULAR BIOLOGY (ONLINE VERSION). v. 43, p. 1, 2020. Qualis: A4
2.   BECKEDORFF, FELIPE ; BLUMENTHAL, EZRA ; DASILVA, LUCAS FERREIRA ; AOI, YUKI ; CINGARAM, PRADEEP REDDY ; YUE, JINGYIN ; ZHANG, ANDA ; DOKANEHEIFARD, SADAT ; VALENCIA, MONICA GUISELLE ; GAIDOSH, GABRIEL ; SHILATIFARD, ALI ; SHIEKHATTAR, RAMIN. The Human Integrator Complex Facilitates Transcriptional Elongation by Endonucleolytic Cleavage of Nascent Transcripts. Cell Reports. v. 32, p. 107917, 2020. Qualis: A1
3.   BELISÁRIO, ANDRÉ R. ; CARNEIRO-PROIETTI, ANNA B. ; SABINO, ESTER CERDEIRA ; ARAÚJO, ADERSON ; LOUREIRO, PAULA ; MÁXIMO, CLÁUDIA ; FLOR-PARK, MIRIAM V. ; RODRIGUES, DANIELA D.O.W. ; Ozahata, Mina Cintho ; MCCLURE, CHRISTOPHER ; MOTA, ROSIMERE AFONSO ; GOMES MOURA, ISABEL C. ; CUSTER, BRIAN ; KELLY, SHANNON. Hb S/ β -Thalassemia in the REDS-III Brazil Sickle Cell Disease Cohort: Clinical, Laboratory and Molecular Characteristics. HEMOGLOBIN. v. 44, p. 1-9, 2020. Qualis: B2
4.   DA COSTA E SILVA CARVALHO, SIMONE ; CURY, NATHALIA MORENO ; BROTTO, DANIELLE BARBOSA ; DE ARAUJO, LUIZA FERREIRA ; ROSA, REGINALDO CRUZ ALVES ; TEXEIRA, LORENA ALVES ; PLAÇA, JESSICA RODRIGUES ; MARQUES, ADRIANA APARECIDA ; PERONNI, KAMILA CHAGAS ; RUY, PATRICIA DE CÁSSIA ; MOLFETTA, GREICE ANDREOTTI ; MORIGUTI, JULIO CESAR ; CARRARO, DIRCE MARIA ; PALMERO, EDENIR INÊZ ; ASHTON-PROLLA, PATRICIA ; DE FARIA FERRAZ, VICTOR EVANGELISTA ; SILVA JR, WILSON ARAUJO. Germline variants in DNA repair genes associated with hereditary breast and ovarian cancer syndrome: analysis of a 21 gene panel in the Brazilian population. BMC Medical Genomics. v. 13, p. 21, 2020. Qualis: A3
5.   GRIESI-OLIVEIRA, K. ; FOGO, M. S. ; PINTO, B. G. G. ; ALVES, A. Y. ; SUZUKI, A. M. ; MORALES, A. G. ; EZQUINA, S. ; SOSA, O. J. ; SUTTON, G. J. ; SUNAGA-FRANZE, D. Y. ; BUENO, A. P. ; SEABRA, G. ; SARDINHA, L. ; COSTA, S. S. ; ROSENBERG, C. ; ZACHI, E. C. ; SERTIE, A. L. ; MARTINS-DE-SOUZA, D. ; REIS, E. M. ; VOINEAGU, I. ; PASSOS-BUENO, M. R.. Transcriptome of iPSC-derived neuronal cells reveals a module of co-expressed genes consistently associated with autism spectrum disorder. Molecular Psychiatry. 2020. Qualis: A1
6.   GUIRALES, S. ; MACHADO, DENIS JACOB ; SCHNEIDER, A. de B.. FLAVi‐Web: A Web Annotator for Viral Genomes of Flaviviridae with a Revised Phylogeny of the Family. 2020. Apresentação de Trabalho/Congresso
7.   JANIES, D. ; MACHADO, D. J.. COVID-19: Understanding the Science Behind the Pandemic. 2020. Apresentação de Trabalho/Seminário
8.   LICHTENSTEIN, FLAVIO ; IQBAL, ASIF ; DE LIMA WILL, SONIA ELISABETE ALVES ; BOSCH, ROSEMARY VIOLA ; DEOCESANO-PEREIRA, CARLOS ; GOLDFEDER, MAURICIO BARBUGIANI ; CHAMMAS, ROGER ; TRUFEN, CARLOS EDUARDO MADUREIRA ; MORAIS, KATIA LUCIANO PEREIRA ; DE SOUZA, JEAN GABRIEL ; NATALINO, RENATO JOSE MENDONÇA ; DE AZEVEDO, INACIO JUNQUEIRA ; NISHIYAMA JUNIOR, MILTON YUTAKA ; OLIVEIRA, URSULA ; ALVES, FRANCISCO IVANIO ARRUDA ; ARAUJO, JAQUELINE MAYARA ; LOBBA, ALINE RAMOS MAIA ; CHUDZINSKI-TAVASSI, ANA MARISA. Modulation of stress and immune response by Amblyomin-X results in tumor cell death in a horse melanoma model. Scientific Reports. v. 10, p. 6388, 2020. Qualis: A2
9.   MASHANOV, VLADIMIR ; AKIONA, JENNIFER ; KHOURY, MALEANA ; FERRIER, JACOB ; REID, ROBERT ; MACHADO, DENIS JACOB ; ZUEVA, OLGA ; JANIES, DANIEL. Active Notch signaling is required for arm regeneration in a brittle star. PLoS One. v. 15, p. e0232981, 2020. Qualis: A1
10.   ORRICO, V. G. ; Grant, T. ; FAIVOVICH, J. ; RIVERA-CORREA, M. ; RADA, MARCO ; LYRA, M. L. ; CASSINI, C. S. ; VALDUJO, P. H. ; SCHARGEL, W. E. ; MACHADO, DENIS JACOB ; WHEELER, W. C. ; BARRIO-AMOROS, C. ; LOEBMANN, D. ; MORAVEC, J. ; ZINA, J. ; SOLÉ, M. ; STURARO, M. J. ; PELOSO, P. L. V. ; SUAREZ, P. ; HADDAD, C. F. B.. The phylogeny of Dendropsophini (Anura: Hylidae: Hylinae). Cladistics. v. 000, p. 1-33, 2020. Qualis: A1
11.   PRIETO-OLIVEIRA, P. Telomerase activation in the treatment of aging or degenerative diseases: a systematic review. MOLECULAR AND CELLULAR BIOCHEMISTRY. v. 476, p. 599-607, 2020. Qualis: A3
12.   SANTOS BEZERRA, RAFAEL ; VALENÇA, IAN N. ; CASSIA RUY, PATRÍCIA ; XIMENEZ, JOÃO P. B. ; SILVA JUNIOR, WILSON A. ; COVAS, DIMAS T. ; KASHIMA, SIMONE ; SLAVOV, SVETOSLAV N.. The novel coronavirus SARS-CoV-2: From a zoonotic infection to coronavirus disease 2019. JOURNAL OF MEDICAL VIROLOGY. v. online, p. online, 2020. Qualis: B1
13.   SCHNEIDER, ADRIANO DE BERNADI ; JACOB MACHADO, DENIS JACOB ; GUIRALES, SAYAL ; JANIES, DANIEL A.. FLAVi: An Enhanced Annotator for Viral Genomes of Flaviviridae. Viruses-Basel. v. 12, p. 892, 2020. Qualis: Não identificado (VIRUSES-BASEL)
14.   VILLAS-BOAS, ISADORA M. ; PIDDE, GISELLE ; LICHTENSTEIN, FLAVIO ; CHING, ANA TUNG CHING ; JUNQUEIRA-DE-AZEVEDO, INÁCIO DE LOIOLA MEIRELLES ; DEOCESANO-PEREIRA, CARLOS ; MADUREIRA TRUFEN, CARLOS EDUARDO ; CHUDZINSKI-TAVASSI, ANA MARISA ; MORAIS, KÁTIA LUCIANO PEREIRA ; TAMBOURGI, DENISE V.. Human Chondrocyte Activation by Toxins From Premolis semirufa, an Amazon Rainforest Moth Caterpillar: Identifying an Osteoarthritis Signature. Frontiers in Immunology. v. 11, p. 2191, 2020. Qualis: A1

2019

1.   Cintho Ozahata, Mina; PAGE, GRIER P. ; GUO, YUELONG ; FERREIRA, JOÃO EDUARDO ; DINARDO, CARLA LUANA ; CARNEIRO-PROIETTI, ANNA BÁRBARA F. ; LOUREIRO, PAULA ; MOTA, ROSIMERE AFONSO ; RODRIGUES, DANIELA O.W. ; BELISARIO, ANDRÉ ROLIM ; MAXIMO, CLAUDIA ; FLOR-PARK, MIRIAM V. ; CUSTER, BRIAN ; KELLY, SHANNON ; SABINO, ESTER CERDEIRA. Clinical and Genetic Predictors of Priapism in Sickle Cell Disease: Results from the Recipient Epidemiology and Donor Evaluation Study III Brazil Cohort Study. Journal of Sexual Medicine. v. 1, p. 1, 2019. Qualis: A1 (THE JOURNAL OF SEXUAL MEDICINE)
2.   de FREITAS, G.M.I. ; MACHADO, DENIS JACOB. Enhanced mitogenome annotation and phylogenetic analysis of Cestode. 2019. Apresentação de Trabalho/Congresso
3.   FACHI, JOSÉ LUÍS ; FELIPE, JAQUELINE DE SOUZA ; PRAL, LAÍS PASSARIELLO ; DA SILVA, BRUNA KARADI ; CORRÊA, RENAN OLIVEIRA ; DE ANDRADE, MIRELLA CRISTINY PEREIRA ; DA FONSECA, DENISE MORAIS ; BASSO, PAULO JOSÉ ; CÂMARA, NIELS OLSEN SARAIVA ; DE SALES E SOUZA, ÉRICKA LORENNA ; DOS SANTOS MARTINS, FLAVIANO ; GUIMA, SUZANA EIKO SATO ; THOMAS, ANDREW MALTEZ ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; MAGALHÃES, YULI THAMIRES ; FORTI, FÁBIO LUIS ; CANDREVA, THAMIRIS ; RODRIGUES, HOSANA GOMES ; DE JESUS, MARCELO BISPO ; CONSONNI, SÍLVIO ROBERTO ; FARIAS, ALESSANDRO DOS SANTOS ; VARGA-WEISZ, PATRICK ; VINOLO, MARCO AURÉLIO RAMIREZ. Butyrate Protects Mice from Clostridium difficile-Induced Colitis through an HIF-1-Dependent Mechanism. Cell Reports. v. 27, p. 750-761.e7, 2019. Qualis: A1
4.   FUKUMORI, CLAUDIO ; CASARO, MATEUS B. ; THOMAS, ANDREW M. ; MENDES, EDUARDO ; RIBEIRO, WILLIAN R. ; CRISMA, AMANDA R. ; MURATA, GILSON M. ; BIZZARRO, BRUNA ; DIAS-NETO, EMMANUEL ; SETUBAL, JOAO C. ; OLIVEIRA, MARIA A. ; TAVARES-DE-LIMA, WOTHAN ; CURI, RUI ; BORDIN, SILVANA ; SARTORELLI, PATRICIA ; FERREIRA, CAROLINE M.. Maternal supplementation with a synbiotic has distinct outcomes on offspring gut microbiota formation in A/J and C57BL/6 mice, differentially affecting airway inflammatory cell infiltration and mucus production. Journal of Functional Foods. v. 61, p. 103496, 2019. Qualis: A1
5.   Guarischi-Sousa, Rodrigo; MONTEIRO, JHONATAS S. ; ALECRIM, LILIAN C. ; MICHALOSKI, JUSSARA S. ; CARDEAL, LAURA B. ; FERREIRA, ELISA N. ; CARRARO, DIRCE M. ; NUNES, DIANA N. ; DIAS-NETO, EMMANUEL ; REIMAND, JÜRI ; BOUTROS, PAUL C. ; SETUBAL, JOÃO C. ; GIORDANO, RICARDO J.. A transcriptome-based signature of pathological angiogenesis predicts breast cancer patient survival. PLoS Genetics. v. 15, p. e1008482, 2019. Qualis: A1
6.   JIMENEZ-FERBANS, L. ; MACHADO, DENIS JACOB ; de FREITAS, G. M. I.. Eclecticism in cladistics: convergence among opposing optimality criteria may be a hoax. 2019. Apresentação de Trabalho/Congresso
7.   LIN, JIH-PAI ; TSAI, MONG-HSUN ; KROH, ANDREAS ; TRAUTMAN, AARON ; MACHADO, DENIS JACOB ; CHANG, LO-YU ; REID, ROBERT ; LIN, KUAN-TING ; BRONSTEIN, OMRI ; LEE, SHYH-JYE ; JANIES, DANIEL. The first complete mitochondrial genome of the sand dollar Sinaechinocyamus mai (Echinoidea: Clypeasteroida). GENOMICS. v. NA, p. NA, 2019. Qualis: A3
8.   MACHADO, DENIS JACOB; SCHNEIDER, A. de B. ; JANIES, D.. Facing long-branch anxiety and outgroup prejudice in the phylogenomic analysis of Flaviviridae. 2019. Apresentação de Trabalho/Congresso
9.   MACHADO, RAQUEL A. C. ; SCHNEIDER, HANNAH ; DEOCESANO-PEREIRA, CARLOS ; LICHTENSTEIN, FLAVIO ; Andrade, Fernando ; FUJITA, ANDRÉ ; TROMBETTA-LIMA, MARINA ; WELLER, MICHAEL ; BOWMAN-COLIN, CHRISTIAN ; SOGAYAR, MARI CLEIDE. CHD7 promotes glioblastoma cell motility and invasiveness through transcriptional modulation of an invasion signature. Scientific Reports. v. 9, p. 1, 2019. Qualis: A2
10.   MONTEIRO, ANA CAROLINA ; MUENZNER, JULIENNE K. ; Andrade, Fernando ; RIUS, FLÁVIA EICHEMBERGER ; OSTALECKI, CHRISTIAN ; GEPPERT, CAROL I. ; AGAIMY, ABBAS ; HARTMANN, ARNDT ; FUJITA, ANDRÉ ; SCHNEIDER'STOCK, REGINE ; JASIULIONIS, MIRIAM GALVONAS. Gene expression and promoter methylation of angiogenic and lymphangiogenic factors as prognostic markers in melanoma. Molecular Oncology. v. 13, p. 1433-1449, 2019. Qualis: A1 (MOLECULAR ECOLOGY)
11.   Ruy, Patricia de Cassia; BARROS, I. I. ; ROSA, R. C. A. ; PLACA, J. R. ; CORVELONI, A. C. ; CARDOSO, C. ; SOUZA, A. F. ; BIAGI JUNIOR, C. A. O. ; SIENA, A. D. D. ; ZUELI, K. P. ; TELLECHEA, M. F. ; CARVALHO, S. C. E. S. ; MOLFETTA, G. A. ; PINA, J. ; SILVA JUNIOR, W. A.. Analysis of potential disease-causing variants in a patient with intellectual disability via whole-exome sequencing. 2019. Apresentação de Trabalho/Congresso
12.   RUY, PATRÍCIA DE CÁSSIA; MONTEIRO TELES, NATÁLIA MELQUIE ; MISERANI MAGALHÃES, RUBENS DANIEL ; FREITAS DE CASTRO, FELIPE ; DIAS, LEANDRO ; AQUINO DEFINA, TANIA PAULA ; ROSAS DE VASCONCELOS, ELTON JOSÉ ; MYLER, PETER J ; KAYSEL CRUZ, ANGELA. Comparative transcriptomics in Leishmania braziliensis: disclosing differential gene expression of coding and putative noncoding RNAs across developmental stages. RNA Biology. v. 16, p. 1555-8584, 2019. Qualis: A2
13.   SALOMON, TASSILA ; GOMES, ISABEL ; Ozahata, Mina Cintho ; MOREIRA, CARLOS HENRIQUE VALENTE ; OLIVEIRA, CLAUDIA DI LORENZO ; GONÇALEZ, THELMA T. ; DUARTE, MARIA ESTHER ; MIRANDA, CAROLINA ; CARNEIRO PROIETTI, ANNA BÁRBARA ; SABINO, ESTER ; ALMEIDA NETO, CESAR ; CUSTER, BRIAN ; FOR THE NHLBI RETROVIRUS EPIDEMIOLOGY DONOR STUDY'II (REDS'II), INTERNATIONAL COMPONENT. Social and behavioral characteristics of male blood donors and their sexual partners: an analysis to define risk subsets. TRANSFUSION. v. 1, p. 1, 2019. Qualis: A3
14.   SOSA, O. J. Profissão: cientista. 2019. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
15.   SOUZA, GLAUCIA MENDES ; VAN SLUYS, MARIE-ANNE ; LEMBKE, CAROLINA GIMILIANI ; LEE, HAYAN ; MARGARIDO, GABRIEL RODRIGUES ALVES ; HOTTA, CARLOS TAKESHI ; GAIARSA, JONAS WEISSMANN ; DINIZ, AUGUSTO LIMA ; OLIVEIRA, MAURO DE MEDEIROS ; FERREIRA, SÁVIO DE SIQUEIRA ; NISHIYAMA, MILTON YUTAKA ; TEN-CATEN, FELIPE ; RAGAGNIN, GEOVANI TOLFO ; ANDRADE, PABLO DE MORAIS ; DE SOUZA, ROBSON FRANCISCO ; NICASTRO, GIANLUCCA GONÇALVES ; PANDYA, RAVI ; KIM, CHANGSOO ; GUO, HUI ; DURHAM, ALAN MITCHELL. Assembly of the 373k gene space of the polyploid sugarcane genome reveals reservoirs of functional diversity in the world's leading biomass crop. GigaScience. v. 8, p. 129, 2019. Qualis: A1
16.   TARALLO, SONIA ; FERRERO, GIULIO ; GALLO, GAETANO ; FRANCAVILLA, ANTONIO ; CLERICO, GIUSEPPE ; REALIS LUC, ALBERTO ; MANGHI, PAOLO ; THOMAS, ANDREW MALTEZ ; VINEIS, PAOLO ; SEGATA, NICOLA ; PARDINI, BARBARA ; NACCARATI, ALESSIO ; CORDERO, FRANCESCA. Altered Fecal Small RNA Profiles in Colorectal Cancer Reflect Gut Microbiome Composition in Stool Samples. mSystems. v. 4, p. e00289, 2019. Qualis: A1
17.   THOMAS, ANDREW MALTEZ; SEGATA, NICOLA. Multiple levels of the unknown in microbiome research. BMC BIOLOGY. v. 17, p. 48, 2019. Qualis: A1
18.   THOMAS, ANDREW MALTEZ; THOMAS, ANDREW MALTEZ MANGHI, PAOLO ASNICAR, FRANCESCO PASOLLI, EDOARDO ARMANINI, FEDERICA ZOLFO, MORENO BEGHINI, FRANCESCO MANARA, SERENA KARCHER, NICOLAI POZZI, CHIARA GANDINI, SARA SERRANO, DAVIDE TARALLO, SONIA FRANCAVILLA, ANTONIO GALLO, GAETANO TROMPETTO, MARIO FERRERO, GIULIO MIZUTANI, SAYAKA SHIROMA, HIROTSUGU SHIBA, SATOSHI SHIBATA, TATSUHIRO YACHIDA, SHINICHI YAMADA, TAKUJI WIRBEL, JAKOB SCHROTZ-KING, PETRA , et al.ULRICH, CORNELIA M. BRENNER, HERMANN ARUMUGAM, MANIMOZHIYAN BORK, PEER ZELLER, GEORG CORDERO, FRANCESCA DIAS-NETO, EMMANUEL SETUBAL, JOÃO CARLOS TETT, ADRIAN PARDINI, BARBARA RESCIGNO, MARIA WALDRON, LEVI NACCARATI, ALESSIO SEGATA, NICOLA ; Metagenomic analysis of colorectal cancer datasets identifies cross-cohort microbial diagnostic signatures and a link with choline degradation. NATURE MEDICINE. v. 25, p. 667-678, 2019. Qualis: A1
19.   TREVISAN, BRUNA ; ALCANTARA, DANIEL M.C. ; MACHADO, DENIS JACOB ; MARQUES, FERNANDO P.L. ; LAHR, DANIEL J.G.. Genome skimming is a low-cost and robust strategy to assemble complete mitochondrial genomes from ethanol preserved specimens in biodiversity studies. PeerJ. v. 7, p. e7543, 2019. Qualis: A2
20.   TREVISAN, BRUNA ; MACHADO, DENIS JACOB ; MARQUES, FERNANDO P.L.. New dedicated pipeline to annotate the cestode mitogenome. 2019. Apresentação de Trabalho/Congresso
21.   VILLAR COUTO, CYNTHIA M.; CUMMING, GRAEME S. ; LACORTE, GUSTAVO A. ; CONGRAINS, CARLOS ; IZBICKI, RAFAEL ; BRAGA, ERIKA MARTINS ; ROCHA, CRISTIANO D. ; MORALEZ-SILVA, EMMANUEL ; HENRY, DOMINIC A. W. ; MANU, SHIIWUA A. ; ABALAKA, JACINTA ; REGALLA, AISSA ; DA SILVA, ALFREDO SIMÃO ; DIOP, MOUSSA S. ; DEL LAMA, SILVIA N.. Avian haemosporidians in the cattle egret (Bubulcus ibis) from central-western and southern Africa: High diversity and prevalence. PLoS One. v. 14, p. e0212425, 2019. Qualis: A1
22.   WIRBEL, JAKOB PYL, PAUL THEODOR KARTAL, ECE ZYCH, KONRAD KASHANI, ALIREZA MILANESE, ALESSIO FLECK, JONAS S. VOIGT, ANITA Y. PALLEJA, ALBERT PONNUDURAI, RUBY SUNAGAWA, SHINICHI COELHO, LUIS PEDRO SCHROTZ-KING, PETRA VOGTMANN, EMILY HABERMANN, NINA NIMÉUS, EMMA THOMAS, ANDREW M. MANGHI, PAOLO GANDINI, SARA SERRANO, DAVIDE MIZUTANI, SAYAKA SHIROMA, HIROTSUGU SHIBA, SATOSHI SHIBATA, TATSUHIRO YACHIDA, SHINICHI , et al.YAMADA, TAKUJI WALDRON, LEVI NACCARATI, ALESSIO SEGATA, NICOLA SINHA, RASHMI ULRICH, CORNELIA M. BRENNER, HERMANN ARUMUGAM, MANIMOZHIYAN BORK, PEER ZELLER, GEORG ; Meta-analysis of fecal metagenomes reveals global microbial signatures that are specific for colorectal cancer. NATURE MEDICINE. v. 25, p. 679-689, 2019. Qualis: Não identificado (PALLEJA, ALBERT PONNUDURAI, RUBY SUNAGAWA, SHINICHI COELHO, LUIS PEDRO SCHROTZ-KING, PETRA VOGTMANN, EMILY HABERMANN, NINA NIMÉUS, EMMA THOMAS, ANDREW M. MANGHI, PAOLO GANDINI, SARA SERRANO, DAVIDE MIZUTANI, SAYAKA SHIROMA, HIROTSUGU SHIBA, SATOSHI SHIBATA, TATSUHIRO YACHIDA, SHINICHI , ET AL.YAMADA, TAKUJI WALDRON, LEVI NACCARATI, ALESSIO SEGATA, NICOLA SINHA, RASHMI ULRICH, CORNELIA M. BRENNER, HERMANN ARUMUGAM, MANIMOZHIYAN BORK, PEER ZELLER, GEORG ; META-ANALYSIS OF FECAL METAGENOMES REVEALS GLOBAL MICROBIAL SIGNATURES THAT ARE SPECIFIC FOR COLORECTAL CANCER. NATURE MEDICINE)

2018

1.   CAIRES-JÚNIOR, LUIZ CARLOS ; GOULART, ERNESTO ; MELO, UIRÁ SOUTO ; ARAUJO, BRUNO SILVA HENRIQUE ; ALVIZI, LUCAS ; SOARES-SCHANOSKI, ALESSANDRA ; DE OLIVEIRA, DANYLLO FELIPE ; KOBAYASHI, GERSON SHIGERU ; GRIESI-OLIVEIRA, KARINA ; MUSSO, CAMILA MANSO ; AMARAL, MURILO SENA ; DASILVA, LUCAS FERREIRA ; ASTRAY, RENATO MANCINI ; SUÁREZ-PATIÑO, SANDRA FERNANDA ; VENTINI, DANIELLA CRISTINA ; GOMES DA SILVA, SÉRGIO ; YAMAMOTO, GUILHERME LOPES ; EZQUINA, SUZANA ; NASLAVSKY, MICHEL SATYA ; TELLES-SILVA, KAYQUE ALVES ; et.al. Discordant congenital Zika syndrome twins show differential in vitro viral susceptibility of neural progenitor cells. Nature Communications. v. 9, p. 10-12, 2018. Qualis: A1
2.   CARNEIRO-PROIETTI, ANNA B. F. ; KELLY, SHANNON ; MIRANDA TEIXEIRA, CAROLINA ; SABINO, ESTER C. ; ALENCAR, CECILIA S. ; CAPUANI, LIGIA ; SALOMON SILVA, TASSILA P. ; ARAUJO, ADERSON ; LOUREIRO, PAULA ; MÁXIMO, CLÁUDIA ; LOBO, CLARISSE ; FLOR-PARK, MIRIAM V. ; RODRIGUES, DANIELA O. W. ; MOTA, ROSIMERE A. ; GONÇALEZ, THELMA T. ; HOPPE, CAROLYN ; FERREIRA, JOÃO E. ; OZAHATA, MINA ; PAGE, GRIER P. ; GUO, YUELONG. Clinical and genetic ancestry profile of a large multi-centre sickle cell disease cohort in Brazil. BRITISH JOURNAL OF HAEMATOLOGY. v. 182, p. 895, 2018. Qualis: A2
3.   DASILVA, LUCAS F.; BECKEDORFF, FELIPE C. ; AYUPE, ANA C. ; AMARAL, MURILO S. ; MESEL, VINÍCIUS ; VIDEIRA, ALEXANDRE ; REIS, EDUARDO M. ; SETUBAL, JOÃO C. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, SERGIO. Chromatin Landscape Distinguishes the Genomic Loci of Hundreds of Androgen-Receptor-Associated LincRNAs From the Loci of Non-associated LincRNAs. Frontiers in Genetics. v. 9, p. 1, 2018. Qualis: A2
4.   JACOB MACHADO, DENIS; JANIES, DANIEL ; BROUWER, CORY ; GRANT, TARAN. A new strategy to infer circularity applied to four new complete frog mitogenomes. Ecology and Evolution. v. 1, p. 1-8, 2018. Qualis: A2
5.   Maltez Thomas, Andrew ; Prata Lima, Felipe ; Maria Silva Moura, Livia ; Maria da Silva, Aline ; Dias-Neto, Emmanuel ; Setubal, João C.. Comparative Metagenomics. Methods in Molecular Biology. 1ed. Em: . : Springer New York. 2018.v. 1704, p. 243-260.
6.   MORAIS, A. C.; Alves, J. M.. Genômica comparativa de tripanossomatídeos portadores de endossimbiontes e sua implicação no genoma de Angomonas ambiguus. 2018. Apresentação de Trabalho/Outra
7.   OLIVEIRA, M. M.; BONADIO, I. ; DURHAM, A. M. ; SOUZA, G. M.. Identification in silico of the Promoter Region of Genes in Sugarcane Variety SP80-3280. 2018. Apresentação de Trabalho/Congresso
8.   OLIVEIRA, M.M.; BONADIO, I. ; DURHAM, A. M.. Core promoter region labeling of model or non-models organisms. 2018. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
9.   OLIVEIRA, M.M.; RAMOS, E.T.A. ; DRECHSEL, M.M. ; VIDAL, M.S. ; SCHWAB, S. ; BALDANI, J.I.. Gluconacin from Gluconacetobacter diazotrophicus PAL5 is an active bacteriocin against phytopathogenic and beneficial sugarcane bacteria. JOURNAL OF APPLIED MICROBIOLOGY. v. 125, p. 1812-1826, 2018. Qualis: A3
10.   PEREIRA, ADRIANA S. A. ; AMARAL, MURILO S. ; VASCONCELOS, ELTON J. R. ; PIRES, DAVID S. ; ASIF, HUMA ; DASILVA, LUCAS F. ; MORALES-VICENTE, DAVID A. ; CARNEIRO, VITOR C. ; ANGELI, CLAUDIA B. ; PALMISANO, GIUSEPPE ; FANTAPPIE, MARCELO R. ; PIERCE, RAYMOND J. ; SETUBAL, JOÃO C. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, SERGIO. Inhibition of histone methyltransferase EZH2 in Schistosoma mansoni in vitro by GSK343 reduces egg laying and decreases the expression of genes implicated in DNA replication and noncoding RNA metabolism. PLoS Neglected Tropical Diseases. v. 12, p. e0006873, 2018. Qualis: A1
11.   RUSSO, PEDRO S. T. ; FERREIRA, GUSTAVO R. ; CARDOZO, LUCAS E. ; BÜRGER, M. C. ; ARIAS-CARRASCO, RAUL ; MARUYAMA, SANDRA R. ; HIRATA, T.D.C. ; LIMA, DIÓGENES S. ; PASSOS, FERNANDO M. ; FUKUTANI, KIYOSHI F. ; LEVER, MELISSA ; SILVA, JOÃO S. ; MARACAJA-COUTINHO, VINICIUS ; NAKAYA, HELDER I.. CEMiTool: a Bioconductor package for performing comprehensive modular co-expression analyses. BMC BIOINFORMATICS. v. 19, p. 56, 2018. Qualis: A1
12.   SOSA, O. J. Introdução às tecnologias de sequenciamento de DNA e bioinformática. 2018. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
13.   SOSA, O. J.; PAIXAO, V. F. ; Pellegrina D. ; BERTOLDI, E. R. M. ; J. C. Setubal ; REIS, E. M. R.. The transcriptional landscape of protein-coding and long noncoding RNAs in pancreatic adenocarcinoma revealed by total RNAseq analysis of matched tumor and nontumor patient samples. Em: AACR Pancreatic Cancer: Advances in Science and Clinical Care special conference, 2018, Boston. AACR Pancreatic Cancer: Advances in Science and Clinical Care special conference, 2018, p. 035, 2018.
14.   THOMAS, A. M. Metodos computacionais de análise da microbiota intestinal. 2018. Apresentação de Trabalho/Seminário
15.   THOMAS, A. M. The gut microbiome and colorectal cancer. 2018. Apresentação de Trabalho/Congresso

2017

1.   COSTA-SÁ, C. Aprendizado Supervisionado para Classificação de RNAs Codificantes e Não Codificantes. 2017. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
2.   COUTO, CYNTHIA MARTINS VILLAR; COMIN, CÉSAR HENRIQUE ; COSTA, LUCIANO DA FONTOURA. Effects of threshold on the topology of gene co-expression networks. Molecular BioSystems. v. 13, p. 2024-2035, 2017. Qualis: A3
3.   DE CASTRO, FELIPE FREITAS ; DE CÁSSIA RUY, PATRICIA ; ZEVIANI, KARINA NOGUEIRA ; DE FREITAS SANTOS, RAMON ; TOLEDO, JULIANO SIMÕES ; CRUZ, ANGELA KAYSEL. Evidence of putative non-coding RNAs from Leishmania untranslated regions. Molecular and Biochemical Parasitology (Print). v. 214, p. 69-74, 2017. Qualis: A4
4.   ERILL, IVAN ; PUIGVERT, MARINA ; LEGRAND, LUDOVIC ; Guarischi-Sousa, Rodrigo ; VANDECASTEELE, CÉLINE ; SETUBAL, JOÃO C. ; GENIN, STEPHANE ; GUIDOT, ALICE ; VALLS, MARC. Comparative Analysis of Ralstonia solanacearum Methylomes. FRONTIERS IN PLANT SCIENCE. v. 8, p. 3, 2017. Qualis: A1
5.   GOMES, MONETE RAJÃO ; Silva, Lucas F. ; PEREIRA, ADRIANA DA SILVA ANDRADE ; MOURÃO, MARINA M. ; ROMIER, CHRISTOPHE ; PIERCE, RAYMOND ; VERJOVSKI-ALMEIDA, SERGIO. Histone deacetylase inhibition modulates histone acetylation at gene promoter regions and affects genome-wide gene transcription in Schistosoma mansoni. PLOS NEGLECTED TROPICAL DISEASES (ONLINE). v. 11, p. e0005539, 2017. Qualis: A1
6.   GRANT, TARAN ; RADA, MARCO ; ANGANOY-CRIOLLO, MARVIN ; BATISTA, ABEL ; DIAS, PEDRO HENRIQUE ; JECKEL, ADRIANA MORIGUCHI ; MACHADO, DENIS JACOB ; RUEDA-ALMONACID, JOSÉ VICENTE. Phylogenetic Systematics of Dart-Poison Frogs and Their Relatives Revisited (Anura: Dendrobatoidea). South American Journal of Herpetology. v. 12, p. S1-S90, 2017. Qualis: A4
7.   LEVY, D. ; BERTOLDI, E.R.M. ; RUIZ, J.L.M. ; PEREIRA, J. ; BYDLOWSKI, S.P.. Presence of t(14;18) translocation in healthy individuals varies according to ethnic background in the Brazilian population. BRAZILIAN JOURNAL OF MEDICAL AND BIOLOGICAL RESEARCH. v. 50, p. 1-4, 2017. Qualis: A4
8.   MENDES, EDUARDO ; ACETTURI, BEATRIZ G. ; THOMAS, ANDREW M. ; MARTINS, FLAVIANO DOS S. ; CRISMA, AMANDA R. ; MURATA, GILSON ; BRAGA, TÁRCIO T. ; CAMÂRA, NIELS O. S. ; FRANCO, ADRIANA L. DOS S. ; SETUBAL, JOÃO C. ; RIBEIRO, WILLIAN R. ; VALDUGA, CLAUDETE J. ; CURI, RUI ; DIAS-NETO, EMMANUEL ; TAVARES-DE-LIMA, WOTHAN ; FERREIRA, CAROLINE M.. Prophylactic Supplementation of Bifidobacterium longum 51A Protects Mice from Ovariectomy-Induced Exacerbated Allergic Airway Inflammation and Airway Hyperresponsiveness. Frontiers in Microbiology. v. 8, p. 1732, 2017. Qualis: A1
9.   OLIVEIRA, M. M.; DURHAM, A. M. ; SOUZA, G. M.. Different architectures of promoter region for the scdr1 gene and its variants in sugarcane. 2017. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
10.   OLIVEIRA, M. M.; DURHAM, A. M. ; SOUZA, G. M.. Identification of motifs in the promoter region of genes related to the ABA-dependent pathway in sugarcane. 2017. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
11.   PUIGVERT, MARINA ; Guarischi-Sousa, Rodrigo ; ZULUAGA, PAOLA ; COLL, NÚRIA S. ; MACHO, ALBERTO P. ; SETUBAL, JOÃO C. ; VALLS, MARC. Transcriptomes of Ralstonia solanacearum during Root Colonization of Solanum commersonii. FRONTIERS IN PLANT SCIENCE. v. 8, p. 3, 2017. Qualis: A1
12.   RUY, P. C. Sequenciamento de RNA e Transcriptoma. 2017. Curso de curta duração ministrado/Outra
13.   SCHNEIDER, A. B. ; MACHADO, D. J. ; LAMBODHAR, D. ; JANIES, D.. Flavivirus Phylogeny Revisited: In search of the Orthologs. 2017. Apresentação de Trabalho/Simpósio
14.   SCHNEIDER, A. de B. ; MACHADO, DENIS JACOB ; DAMODARAN, L. ; JANIES, D.. Flavivirus Phylogeny Revisited: In search of the Orthologs. Em: 5th International Quest for Orthologs Meeting, 2017, Los Angeles. 5th International Quest for Orthologs Meeting, 2017.
15.   SOARES, F. A. COIMBRA, F. J. F. PELOSOF, A. G. FREITAS, H. C. BEGNAMI, M. D. COSTA JR., W. L. FANNELLI, M. F. MELLO, C. A. L. AMORIM, M. G. PIZZI, M. P. CARAMELO, L. FERREIRA, E. N. BARROS, B. D. TORREZAN, G. T. RAMALHO, R. CARRARO, D. M. CHULAM, T. CARVALHO, F. S. KREPISCHI, A. C. TARAZONA-SANTOS, E. COELHO, L. G. V. SANT?ANA, R. O. BURBANO, R. R. ASSUMPCAO, P. SETUBAL, J. C. , et al.THOMAS, ANDREW M. CHINEN, L. T. D. BRAUN, A. C. ALVES, V. CASSINELA, E. K. OLIVEIRA, G. P. LANDEMBERGER, M. C. VALIERIS, R. DRUMMOND, R. SILVA, I. T. CEZAR, R. CALSAVARA, V. F. NOBREGA, C. R. BOBROVNITCHAIA, I. G. BARTELLI, T. F. BALADAO, G. P. PEREIRA, A. C. GATTI, C. M. ABRANTES, L. L. S. MARTINS, V. R. NUNES, D. N. CURADO, M. P. DIAS-NETO, E. ; Genomics and epidemiology for gastric adenocarcinomas. APPLIED CANCER RESEARCH (ONLINE). v. 1, p. 1, 2017.Qualis: Não identificado (COIMBRA, F. J. F. PELOSOF, A. G. FREITAS, H. C. BEGNAMI, M. D. COSTA JR., W. L. FANNELLI, M. F. MELLO, C. A. L. AMORIM, M. G. PIZZI, M. P. CARAMELO, L. FERREIRA, E. N. BARROS, B. D. TORREZAN, G. T. RAMALHO, R. CARRARO, D. M. CHULAM, T. CARVALHO, F. S. KREPISCHI, A. C. TARAZONA-SANTOS, E. COELHO, L. G. V. SANT?ANA, R. O. BURBANO, R. R. ASSUMPCAO, P. SETUBAL, J. C. , ET AL.THOMAS, ANDREW M. CHINEN, L. T. D. BRAUN, A. C. ALVES, V. CASSINELA, E. K. OLIVEIRA, G. P. LANDEMBERGER, M. C. VALIERIS, R. DRUMMOND, R. SILVA, I. T. CEZAR, R. CALSAVARA, V. F. NOBREGA, C. R. BOBROVNITCHAIA, I. G. BARTELLI, T. F. BALADAO, G. P. PEREIRA, A. C. GATTI, C. M. ABRANTES, L. L. S. MARTINS, V. R. NUNES, D. N. CURADO, M. P. DIAS-NETO, E. ; GENOMICS AND EPIDEMIOLOGY FOR GASTRIC ADENOCARCINOMAS. APPLIED CANCER RESEARCH)
16.   SOSA, O. J. Identificação de novos genes relacionados com câncer pancreático: perspectiva desde a bioinformática. 2017. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
17.   SOSA, O. J. Aplicação de bioinformática para a identificação de marcadores moleculares em câncer pancreático. 2017. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
18.   VASCONCELOS, ELTON J. R. ; DASILVA, LUCAS F. ; PIRES, DAVID S. ; LAVEZZO, GUILHERME M. ; PEREIRA, ADRIANA S. A. ; AMARAL, MURILO S. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, SERGIO. The Schistosoma mansoni genome encodes thousands of long non-coding RNAs predicted to be functional at different parasite life-cycle stages. Scientific Reports. v. 7, p. 10508, 2017. Qualis: A2
19.   WANG, NIAN ; PIERSON, ELIZABETH A. ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; XU, JIN ; LEVY, JULIEN G. ; ZHANG, YUNZENG ; LI, JINYUN ; Rangel, Luiz Thiberio ; MARTINS, JOAQUIM. The Candidatus Liberibacter-Host Interface: Insights into Pathogenesis Mechanisms and Disease Control. Annual Review of Phytopathology. v. 55, p. 451-482, 2017. Qualis: A1

2016

1.   ALMEIDA, DIEGO DANTAS ; KITAJIMA, JOÃO PAULO ; NISHIYAMA, MILTON YUTAKA ; CONDOMITTI, GEORGE WILLIAN ; OLIVEIRA, URSULA CASTRO DE ; SETÚBAL, JOÃO CARLOS ; JUNQUEIRA-DE-AZEVEDO, INÁCIO L. M.. The complete mitochondrial genome of Bothrops jararaca (Reptilia, Serpentes, Viperidae). Mitochondrial DNA Part B. v. 1, p. 907-908, 2016. Qualis: B4 (MITOCHONDRIAL DNA PART A)
2.   ANTUNES, LUCIANA PRINCIPAL ; MARTINS, LAYLA FARAGE ; PEREIRA, ROBERTA VERCIANO ; THOMAS, ANDREW MALTEZ ; BARBOSA, DEIBS ; LEMOS, LEANDRO NASCIMENTO ; SILVA, GIANLUCA MAJOR MACHADO ; MOURA, LIVIA MARIA SILVA ; EPAMINO, GEORGE WILLIAN CONDOMITTI ; DIGIAMPIETRI, LUCIANO ANTONIO ; LOMBARDI, KAREN CRISTINA ; RAMOS, PATRICIA LOCOSQUE ; QUAGGIO, RONALDO BENTO ; DE OLIVEIRA, JULIO CEZAR FRANCO ; PASCON, RENATA CASTIGLIONI ; CRUZ, JOÃO BATISTA DA ; DA SILVA, ALINE MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS. Microbial community structure and dynamics in thermophilic composting viewed through metagenomics and metatranscriptomics. Scientific Reports. v. 6, p. 38915, 2016. Qualis: A2
3.   BONADIO, I. ; OLIVEIRA, M. M. ; DURHAM, A. M.. Ab initio characterization of promoter regions based on Conditional Random Fields. 2016. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
4.   BÜRGER, M. C.; Cardozo, Lucas ; HIRATA, T. D. C. ; NAKAYA, HELDER I.. Long Noncoding RNAs in Patients with Dengue: Insights into Gene Regulation. 2016. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
5.   COUTO, CYNTHIA MARTINS VILLAR; COSTA, L. da F. ; Comin, C. H.. Effects of thresholding on the topology and entropy of gene co-expression networks. 2016. Apresentação de Trabalho/Congresso
6.   CRUZ, A. A. V. ; ALVES-FERREIRA, E. V. C. ; MILBRATZ-MORE, G. ; CHAHUD, F. ; RUY, P. C. ; DUARTE, M. I. S. ; CRUZ, A. K.. Sclerosing Orbital Inflammation Caused by Leishmania braziliensis. The American Journal of Tropical Medicine and Hygiene. v. 16, p. 0389, 2016. Qualis: A3 (AMERICAN JOURNAL OF TROPICAL MEDICINE AND HYGINE)
7.   ERWIN, JENNIFER A ; PAQUOLA, APUÃ C M ; SINGER, TATJANA ; GALLINA, IRYNA ; NOVOTNY, MARK ; QUAYLE, CAROLINA ; BEDROSIAN, TRACY A ; ALVES, FRANCISCO I A ; BUTCHER, CHEYENNE R ; HERDY, JOSEPH R ; SARKAR, ANINDITA ; LASKEN, ROGER S ; MUOTRI, ALYSSON R ; GAGE, FRED H. L1-associated genomic regions are deleted in somatic cells of the healthy human brain. Nature Neuroscience (Print). v. 19, p. 1583-1591, 2016. Qualis: A1
8.   Gianluca Major M. S. CARAVELA: uma proposta de navegador para metagenomas. 2016. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
9.   Guarischi-Sousa, Rodrigo; Jussara S. Michaloski ; Laura B. Silva Cardeal ; Ricardo J. Giordano ; João C. Setubal. Blood vessel formation transcriptomics. 2016. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
10.   Guarischi-Sousa, Rodrigo; PUIGVERT, MARINA ; COLL, NÚRIA S. ; SIRI, MARÍA INÉS ; PIANZZOLA, MARÍA JULIA ; VALLS, MARC ; SETUBAL, JOÃO C.. Complete genome sequence of the potato pathogen Ralstonia solanacearum UY031. Standards in Genomic Sciences. v. 11, p. 7, 2016. Qualis: B2
11.   IM, SE JIN ; HASHIMOTO, MASAO ; GERNER, MICHAEL Y. ; LEE, JUNGHWA ; KISSICK, HAYDN T. ; BURGER, MATHEUS C. ; SHAN, QIANG ; HALE, J. SCOTT ; LEE, JUDONG ; NASTI, TAHSEEN H. ; SHARPE, ARLENE H. ; FREEMAN, GORDON J. ; GERMAIN, RONALD N. ; NAKAYA, HELDER I. ; XUE, HAI-HUI ; AHMED, RAFI. Defining CD8+ T cells that provide the proliferative burst after PD-1 therapy. Nature. v. 537, p. 417-421, 2016. Qualis: A1
12.   KASTURI, SUDHIR PAI ; KOZLOWSKI, PAMELA A. ; NAKAYA, HELDER I ; BURGER, MATHEUS C. ; RUSSO, PEDRO ; PHAM, MATHEW ; KOVALENKOV, YEVGENIY ; SILVEIRA, EDUARDO L. V. ; HAVENAR-DAUGHTON, COLIN ; BURTON, SAMANTHA L. ; KILGORE, KATIE M. ; JOHNSON, MATHEW J. ; NABI, RAFIQ ; LEGERE, TRACI ; SHER, ZARPHEEN JINNAH ; CHEN, XUEMIN ; AMARA, RAMA R. ; HUNTER, ERIC ; BOSINGER, STEVEN E. ; SPEARMAN, PAUL ; et.al. Adjuvanting an SIV vaccine with TLR ligands encapsulated in nanoparticles induces persistent antibody responses and enhanced protection in TRIM5α restrictive macaques. Journal of Virology (Print). v. 1, p. JVI.01844-16-1, 2016. Qualis: A1
13.   KINKER, GABRIELA SARTI ; THOMAS, ANDREW MALTEZ ; CARVALHO, VINICIUS JARDIM ; LIMA, FELIPE PRATA ; FUJITA, ANDRÉ. Deletion and low expression of NFKBIA are associated with poor prognosis in lower-grade glioma patients. Scientific Reports. v. 6, p. 24160, 2016. Qualis: A2
14.   MACHADO, D. J.; Grant, T. ; CASTROVIEJO-FISHER, S.. Evidence of absence treated as absence of evidence: the effects of gaps in standart maximum likelihood analysis. 2016. Apresentação de Trabalho/Congresso
15.   MACHADO, D. J.; LYRA, M. L. ; Grant, T.. Mitogenome assembly from genomic multiplex libraries: comparison of strategies and novel mitogenomes for five species of frogs. Molecular Ecology Resources. v. 16, p. 686-693, 2016. Qualis: A1
16.   MACHADO, D. J.; Marques, F. P. L. ; Grant, T.. Direct Measures of Support for Maximum Likelihood. 2016. Apresentação de Trabalho/Congresso
17.   MACHADO, DENIS JACOB; CASTROVIEJO-FISHER, S. ; Grant, T.. Evidence of absence treated as absence of evidence: the effects of gaps in standart maximum likelihood analysis. Em: 35th Annual Meeting of the Willi Hennig Society and XII Reunión Argentina de Cladística y Biogeografia, 2016, Buenos Aires. 35th Annual Meeting of the Willi Hennig Society and XII Reunión Argentina de Cladística y Biogeografia, 2016.
18.   MACHADO, DENIS JACOB; Marques, F. P. L. ; Grant, T.. Direct Measures of Support for Maximum Likelihood. Em: Annual Meeting of the Willi Hennig Society and XII Reunión Argentina de Cladística y Biogeografia, 2016, Buenos Aires. 35th Annual Meeting of the Willi Hennig Society and XII Reunión Argentina de Cladística y Biogeografia, 2016.
19.   MUNFORD, V. ; CASTRO, L.P. ; SOUTO, R. ; LERNER, L.K. ; VILAR, J. BRANDSTETTER ; QUAYLE, C. ; ASIF, H. ; SCHUCH, A.P. ; DE SOUZA, T.A. ; IENNE, S. ; ALVES, F.I.A. ; MOURA, L.M.S. ; GALANTE, P.A.V. ; CAMARGO, A.A. ; LIBOREDO, R. ; PENA, S.D.J. ; SARASIN, A. ; CHAIBUB, S.C. ; MENCK, C.F.M.. A genetic cluster of xeroderma pigmentosum variant patients with two different founder mutations. British Journal of Dermatology (1951. Print). v. 1, p. 1, 2016. Qualis: Não identificado (PRINT))
20.   OLIVEIRA, M.M.; SILVA, D. I. R. ; DURHAM, A. M. ; SOUZA, G. M.. TFBS prediction in sugarcane using binding sites prediction from PlantTFDB server. 2016. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
21.   Passos, F. M. ; RUSSO, P. S. T. ; BÜRGER, M. C. ; HIRATA, T. D. C. ; NAKAYA, HELDER I.. Using Systems Biology to understand Immunosenescence. 2016. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
22.   PIOVEZANI, A. R. Desenvolvimento de uma abordagem integrativa utilizando a cana-de-açúcar como objeto de estudo. 2016. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
23.   REESE, TIFFANY A. ; BI, KEVIN ; KAMBAL, AMAL ; FILALI-MOUHIM, ALI ; BEURA, LALIT K. ; BÜRGER, MATHEUS C. ; PULENDRAN, BALI ; SEKALY, RAFICK-PIERRE ; JAMESON, STEPHEN C. ; MASOPUST, DAVID ; HAINING, W. NICHOLAS ; VIRGIN, HERBERT W.. Sequential Infection with Common Pathogens Promotes Human-like Immune Gene Expression and Altered Vaccine Response. Cell Host & Microbe. v. 20, p. 1, 2016. Qualis: A1
24.   RUSSO, P. S. T. ; Ferreira, G. R. ; Medina, C. A. P. ; BÜRGER, M. C. ; Cardozo, Lucas ; Fonseca, L. S. ; HIRATA, T. D. C. ; Hermosilla, G. S. ; Coutinho, V. M. ; NAKAYA, HELDER I.. CEMiTool: Co-expression Modules Identification Tool. 2016. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
25.   Ruy, Patricia de Cassia. Bioinformática na Parasitologia. 2016. Curso de curta duração ministrado/Outra
26.   SILVA, CLÁUDIA REGINA SANTOS ; BISELLI-PÉRICO, JOICE MATOS ; ZAMPIERI, BRUNA LANCIA ; SILVA, WILSON ARAUJO ; DE SOUZA, JORGE ESTEFANO SANTANA ; BÜRGER, M. C. ; Goloni-Bertollo, Eny Maria ; PAVARINO, E.C.. Differential Expression of Inflammation-Related Genes in Children with Down Syndrome. Mediators of Inflammation. v. 2016, p. 1-8, 2016. Qualis: A3
27.   SOSA, O. J.; PAIXAO, V. F. ; J. C. Setubal ; REIS, E. M. R.. Bioinformatic analysis of RNASeq data to search for novel diagnostic/prognostic biomarkers of pancreatic ductal adenocarcinoma. Em: AACR Annual Metting, 2016, New Orleans. AACR Annual Meeting 2016 abstract book, 2016.
28.   THOMAS, ANDREW M.; JESUS, ELIANE C. ; LOPES, ADEMAR ; AGUIAR, SAMUEL ; BEGNAMI, MARIA D. ; ROCHA, RAFAEL M. ; CARPINETTI, PAOLA AVELAR ; CAMARGO, ANAMARIA A. ; HOFFMANN, CHRISTIAN ; FREITAS, HELANO C. ; SILVA, ISRAEL T. ; NUNES, DIANA N. ; SETUBAL, JOÃO C. ; DIAS-NETO, EMMANUEL. Tissue-Associated Bacterial Alterations in Rectal Carcinoma Patients Revealed by 16S rRNA Community Profiling. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. v. 6, p. 179, 2016. Qualis: A1
29.   YUNUSOV, DINAR ; ANDERSON, LETICIA ; DASILVA, LUCAS FERREIRA ; WYSOCKA, JOANNA ; EZASHI, TOSHIHIKO ; ROBERTS, R. MICHAEL ; VERJOVSKI-ALMEIDA, SERGIO. HIPSTR and thousands of lncRNAs are heterogeneously expressed in human embryos, primordial germ cells and stable cell lines. Scientific Reports. v. 6, p. 32753, 2016. Qualis: A2

2015

1.   ALVES-FERREIRA, ELIZA V. C. ; TOLEDO, JULIANO S. ; DE OLIVEIRA, ARTHUR H. C. ; FERREIRA, TIAGO R. ; RUY, PATRICIA C. ; PINZAN, CAMILA F. ; SANTOS, RAMON F. ; BOAVENTURA, VIVIANE ; ROJO, DAVID ; LÓPEZ-GONZÁLVEZ, ÁNGELEZ ; ROSA, JOSE C. ; BARBAS, CORAL ; BARRAL-NETTO, MANOEL ; BARRAL, ALDINA ; CRUZ, ANGELA K.. Differential Gene Expression and Infection Profiles of Cutaneous and Mucosal Leishmania braziliensis Isolates from the Same Patient. PLoS Neglected Tropical Diseases (Online). v. 9, p. e0004018, 2015. Qualis: A1
2.   ANDERSON, LETÍCIA ; AMARAL, MURILO S. ; BECKEDORFF, FELIPE ; Silva, Lucas F. ; DAZZANI, BIANCA ; OLIVEIRA, KATIA C. ; ALMEIDA, GIULLIANA T. ; GOMES, MONETE R. ; PIRES, DAVID S. ; SETUBAL, JOÃO C. ; DEMARCO, RICARDO ; VERJOVSKI-ALMEIDA, SERGIO. Schistosoma mansoni Egg, Adult Male and Female Comparative Gene Expression Analysis and Identification of Novel Genes by RNA-Seq. PLoS Neglected Tropical Diseases (Online). v. 9, p. e0004334, 2015. Qualis: A1
3.   ANDRADE, F. Origem e Dsipersão dos Humanos Modernos. Em: Walter Alves Neves, Miguel José Rangel Junior, Rui Sérgio Murrieta. (Org.). Assim Caminhou a Humanidade. 1ed.São Paulo. : Pallas Athenas. 2015.v. 1, p. 242-280.
4.   CASTRO, L. P. ; Lerner, KL ; ALVES, F. I. A. ; SARASIN, A. ; MENCK, C. F. M.. Differential mRNA Processing of XPV Patients with Mutations at Splicing Sites. 2015. Apresentação de Trabalho/Congresso
5.   COSTA-SÁ, C.; LAURETTO, M. S. ; MACHADO-LIMA, A.. CLASSIFICATION OF CODING AND NON-CODING RNAs THROUGH RANDOM FORESTS: A PRELIMINAR ANALISIS. Em: X-meeting, 2015, São Paulo. 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics, 2015.
6.   Gianluca Major M. S. Construindo software para análise de dados metagenômicos: A new metagenomic browser. 2015. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
7.   LIMA, F. P.; Almeida, E. S. ; LIns Neto, M. A. ; ALMEIDA, A. A. M. ; SARMENTO, F. J. Q.. Evaluation of a Clustering Approach for the Colorectal Cancer Prognosis. Em: Bruno Lopes Vieiria; Talita Perciano. (Org.). Learning and Inferring: Festschrift for Alejandro C. Frery on the Occasion of his 55th Birthday. 1ed.Oxford. : College Publications. 2015.v. 26, p. 23-43.
8.   MACHADO, DENIS JACOB. YBYRÁ facilitates comparison of large phylogenetic trees. BMC BIOINFORMATICS. v. 16, p. 204, 2015. Qualis: A1
9.   Oliveira, Karina G ; SOSA, O. J. ; SUZUKI, A M ; Morales, A ; Brito, L ; Yamamoto, G ; REIS, E. M. R. ; MARIA, P.. Global gene expression analysis by RNAseq on neural progenitor cells from autistic individuals. Em: 13rd annual meeting International Society for Stem Cell Research, 2015, Stockholm. iPS cells: Disease modeling, 2015.
10.   Ozahata, Mina Cintho; SABINO, ESTER CERDEIRA ; DIAZ, RICARDO SOBHIE ; CESAR-JR, ROBERTO M ; FERREIRA, JOÃO EDUARDO. Data-intensive analysis of HIV mutations. BMC BIOINFORMATICS. v. 16, p. 35, 2015. Qualis: A1
11.   PIOVEZANI, A. R. Systems biology on sugarcane roots. 2015. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
12.   PIOVEZANI, A. R.; LOPES, F. M. ; BUCKERIDGE, M. S.. Integrating transcriptomics, proteomics and physiology scales in sugarcane roots. 2015. Apresentação de Trabalho/Congresso
13.   SOSA, O. J. Aplicação de bioinformática na saúde. 2015. Apresentação de Trabalho/Simpósio
14.   SOSA, O. J. Genômica e bioinformática. 2015. Apresentação de Trabalho/Congresso
15.   SOSA, O. J. Análise do transcritoma de tumores pancreáticos a partir de dados de RNA-seq. 2015. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra

2014

1.   ALVES, F. I. A.; NAVARRO, F. C. P. ; GALANTE, P. A. F. ; CASTRO, L. P. ; MENCK, C. F. M.. In silico investigation of the role of pseudogene POLHP1. 2014. Apresentação de Trabalho/Congresso
2.   BASTOS, ELEN PEREIRA ; BRENTANI, HELENA ; PASINI, FATIMA SOLANGE ; SILVA, ADERBAL RUY T. ; TORRES, CESAR HENRIQUE ; PUGA, RENATO DAVID ; OLIVIERI, ELOISA HELENA RIBEIRO ; PIOVEZANI, AMANDA RUSISKA ; PEREIRA, CARLOS ALBERTO DE BRAGANÇA ; MACHADO-LIMA, ARIANE ; CARRARO, DIRCE MARIA ; BRENTANI, MARIA MITZI. MicroRNAs Discriminate Familial from Sporadic Non-BRCA1/2 Breast Carcinoma Arising in Patients ≤35 Years. Plos One. v. 9, p. e101656, 2014. Qualis: A1
3.   COSTA-SÁ, C.; SANTOS, A ; DINIZ, M.C. ONTOLOGY ASSISTS EVOLUTIONARY STUDIES ABOUT PLANT miRNA RELATED ABIOTIC STRESS. Em: II INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON EVOLUTIONARY BIOLOGY, 2014, João Pessoa. INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON EVOLUTIONARY BIOLOGY, 2014.
4.   COUTO, CYNTHIA MARTINS VILLAR; COSTA, L. da F.. Effects of threshold on the topology of gene expression networks. 2014. Apresentação de Trabalho/Congresso
5.   DE MORAIS ANDRADE, PABLO; STERN, JULIO ; DE BRAGANÇA PEREIRA, CARLOS. Bayesian Test of Significance for Conditional Independence: The Multinomial Model. Entropy (Basel. Online). v. 16, p. 1376-1395, 2014. Qualis: Não identificado (ONLINE))
6.   DIAS, P. H. S. ; MACHADO, D. J.. Phylogenetic analysis of transformation series composed of ordered sequences. Em: X Congreso Latinoamericano de Zoologia, 2014, Cartajena. La biodiversidad sensible: un patrimonio natural irreemplazable. Bogota: Asociación Colombiana de Zoología, v. 1, p. 625-625, 2014.
7.   LIMA, F. P. Introdução ao HTML e CSS. 2014. Curso de curta duração ministrado/Outra
8.   MACHADO, D. J.; LYRA, M. L. ; Grant, T.. Reconstructing mitochondrial genomes for five species of amphibians directly from genomic next-generation sequencing reads. Em: X Congreso Latinoamericano de Zoologia, 2014, Cartajena. La biodiversidad sensible: un patrimonio natural irreemplazable. Bogota: Asociacion Colombiana de Zoologia, v. 1, p. 551-552, 2014.
9.   PAIS, FABIANO SVIATOPOLK-MIRSKY ; RUY, PATRÍCIA DE ; OLIVEIRA, GUILHERME ; COIMBRA, RONEY. Assessing the efficiency of multiple sequence alignment programs. Algorithms for Molecular Biology. v. 9, p. 4, 2014. Qualis: A2
10.   PIOVEZANI, AMANDA RUSISKA. Bioinformática: transformando dados em ciência. 2014. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
11.   Prieto-Oliveira, Paula. Ativação da telomerase: uma promessa no tratamento de doenças degenerativas. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso
12.   PRIETO-OLIVEIRA, PAULA; VITORINO CARDOSO, SÉRGIO ; ZUMBAIO MISTRO, FLORENCE ; KIGNEL, SÉRGIO ; C. O. M. DE SOUSA, SUZANA ; BRAZÃO-SILVA, MARCO TÚLLIO. Typical Aspects of the Granular Cell Tumor of the Oral Cavity. International Journal of Otolaryngology and Head & Neck Surgery. v. 03, p. 318-322, 2014. Qualis: Não identificado (INTERNATIONAL JOURNAL OF OTOLARYNGOLOGY AND HEAD & NECK SURGERY)
13.   RESENDE, W. K.. Bioinformática. 2014. Apresentação de Trabalho/Outra
14.   RUY, P. C.; TORRIERI, R. ; TOLEDO, J. S. ; Alves, VS ; CRUZ, A. K. ; RUIZ, J. C.. Intrinsically disordered proteins (IDPs) in trypanosomatids. BMC Genomics. v. 15, p. 1100, 2014. Qualis: A2
15.   SILVEIRA, ALCEU T. ; CONDOMITTI, GEORGE W. ; TOMA, SERGIO H. ; ARAKI, K. ; TOMA, HENRIQUE E.. Silver recovery using electrochemically active magnetite coated carbon particles. Hydrometallurgy (Amsterdam). v. 147-148, p. 241-245, 2014. Qualis: A1
16.   SOUSA, R. G. M. A.; MICHALOSKI, J. S. ; SILVA CARDEAL, L. B. ; SETUBAL, JOÃO C. ; GIORDANO, R. J.. An RNA-Seq computational pipeline applied on angiogenesis transcriptome data. 2014. Apresentação de Trabalho/Congresso
17.   THOMAS, ANDREW; GLEBER-NETTO, FREDERICO ; FERNANDES, GUSTAVO ; AMORIM, MARIA ; BARBOSA, LUISA ; FRANCISCO, ANA ; GUERRA DE ANDRADE, ARTHUR ; SETUBAL, JOÃO ; KOWALSKI, LUIZ ; NUNES, DIANA ; DIAS-NETO, EMMANUEL. Alcohol and tobacco consumption affects bacterial richness in oral cavity mucosa biofilms. BMC Microbiology (Online). v. 14, p. 250, 2014. Qualis: A2
18.   ZAMPIERI, BRUNA LANCIA ; BISELLI-PERICO, J.M. ; BÜRGER, M. C. ; SOUZA, J.E.S. ; SILVA JUNIOR, W.A. ; FERREIRA, E.N. ; CARRARO, D.M. ; GOLONI-BERTOLLO, E.M. ; PAVARINO, E.C.. Analysis of microRNA and gene expression profile in Down syndrome children. Em: XLIII Congreso Argentino de Genética,, 2014, San Carlos de Bariloche. BAG. Journal of basic and applied genetics, 2014.
19.   ZAMPIERI, BRUNA LANCIA ; BISELLI-PÉRICO, JOICE MATOS ; DE SOUZA, JORGE ESTEFANO SANTANA ; BÜRGER, MATHEUS CARVALHO ; SILVA JÚNIOR, WILSON ARAÚJO ; GOLONI-BERTOLLO, ENY MARIA ; PAVARINO, ÉRIKA CRISTINA. Altered Expression of Immune-Related Genes in Children with Down Syndrome. Plos One. v. 9, p. e107218, 2014. Qualis: A1

2013

1.   ALVES, CLEIDSON PÁDUA ; FONSECA, ALINE SIMONETI ; MUYS, BRUNA RODRIGUES ; DE BARROS E LIMA BUENO, RAFAELA ; BÜRGER, MATHEUS CARVALHO ; DE SOUZA, JORGE E. S. ; VALENTE, VALERIA ; ZAGO, MARCO ANTONIO ; SILVA, WILSON ARAÚJO. The lincRNA Hotair is required for epithelial-to-mesenchymal transition and stemness maintenance of cancer cells lines. Stem Cells (Dayton, Ohio). v. n/a, p. n/a-n/a, 2013. Qualis: Não identificado (STEM CELLS)
2.   Andrade, Fernando. Clustering analyses of 1,000 tumour cell lineages. 2013. Apresentação de Trabalho/Congresso
3.   CRUZ, A. K. ; RUY, P. C. ; Castro, F. F. ; Ferreira, T. R. ; Alves, E. V. C. ; Santos, R. F. ; Bório, J.. Modulação da virulência em Leishmania por genética reversa. 2013. Curso de curta duração ministrado/Outra
4.   FONSECA, A. S. ; BÜRGER, M. C. ; SOUZA, J. E. S. ; Silva, KA ; ALVES, C. P. ; ZANETTE, D. L. ; Peria, MF ; Feres, O ; Rocha, JJR ; Ramos, AD ; ARAUJO, A. G. ; Panepucci, RA ; Silva Jr, WA. COMPARATIVE GENOMIC ANALYSIS OF COLORECTAL CANCER. Em: 59º Congresso Brasileiro de Genética, 2013, Águas de Lindóia. Resumos do 59o Congresso Brasileiro de Genética, p. 226-226, 2013.
5.   MACHADO, D. J.; Marques, F. P. L.. On the use of iterative pass as a refinement strategy. Em: XXXII Meeting of the Willi Hennig Society, 2013, Rostock. XXXII Meeting of the Willi Hennig Society, p. 20-161, 2013.
6.   MACHADO, D. J.; Marques, F. P. L. ; Reyda, F.B.. The phylogenetic position of unarmed cestodes parasites of neotropical freshwater stingrays. Em: The 88th Annual Meeting of the American Society of Parasitologists and the 13th Annual Québec Molecular Parasitology Meeting, 2013, Québec. The 88th Annual Meeting of the American Society of Parasitologists and the 13th Annual Québec Molecular Parasitology Meeting, p. 30-162, 2013.
7.   MORAIS, A. C.; MESQUITA, E. R. R. L.. Sistema Integrado para controle de pacientes no Laboratório de Estudos Genômicos e de Histocompatibilidade do Hospital Universitário da UFMA. 2013. Apresentação de Trabalho/Seminário
8.   PIOVEZANI, A. R.; BRENTANI, H. ; MACHADO-LIMA, A.. SIMTar: A tool for prediction of SNPs Interfering on MicroRNA Target sites. 2013. Apresentação de Trabalho/Congresso
9.   PRIETO-OLIVEIRA, P.; SERVATO, J. P. S. ; FARIA, Paulo Rogério ; LOYOLA, Adriano Mota ; CARDOSO, Sérgio Vitorino. Odontogenic tumours: 240 cases diagnosed over 31years at a Brazilian university and a review of international literature. INTERNATIONAL JOURNAL OF ORAL AND MAXILLOFACIAL SURGERY. v. 42, p. 288-293, 2013. Qualis: A2
10.   Prieto-Oliveira, Paula; NUNES, F. D.. Oral smooth muscle tumors: analysis of 49 cases and literature review. Odontologia Clínico-Científica (Impresso). v. 12, p. 53-57, 2013.Qualis: B4
11.   Rangel, L. T.; NOVAES, J. ; DURHAM, A. M. ; MADEIRA, A. M. B. N. ; GRUBER, A.. The Eimeria Transcript DB: an integrated resource for annotated transcripts of protozoan parasites of the genus Eimeria. DATABASE-OXFORD. v. 2013, p. bat006-bat006, 2013. Qualis: Não identificado (DATABASE-OXFORD)
12.   Rangel, Luiz T; Setubal, J. C.. Horizontal Gene Transfer and Nitrogen Fixation Genes in Gamma- and Beta-Proteobacteria. 2013. Apresentação de Trabalho/Congresso
13.   RUY, P. C. Introdução a Bioinformática. 2013. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
14.   RUY, P. C. Introdução a Bioinformática. 2013. Curso de curta duração ministrado/Outra
15.   SILVA, B. B. C. ; LAURETTO, M. S. ; ANDRADE, P. M. ; ARAUJO, L. V.. Evaluation of a Supervised Learning Approach for Stock Market Operations. Em: 6th Brazilian Conference on statistical modelling in Insurance and Finance, 2013, Maresias. BCSMIF-Brazilian Conference on statistical modelling in Insurance and Finance, 2013. Qualis: Não identificado (6TH BRAZILIAN CONFERENCE ON STATISTICAL MODELLING IN INSURANCE AND FINANCE, 2013, MARESIAS. BCSMIF-BRAZILIAN CONFERENCE ON STATISTICAL MODELLING IN INSURANCE AND FINANCE)
16.   SOUSA, R. G. M. A.; MICHALOSKI, J. S. ; SILVA CARDEAL, L. B. ; SETUBAL, J. C. ; GIORDANO, R. J.. System Biology of blood vessel formation: a transcriptome approach. 2013. Apresentação de Trabalho/Congresso
17.   THOMAS, A. M. A metagenomic survey of bacterial populations in oral cavity cancer. 2013. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
18.   TORRES, H. A. M. ; BÜRGER, M. C. ; ANTONIO, D. S. M. ; COETZEE, S. ; URUSHIBATA, E. T. ; SABEDOT, T. S. ; SOUZA, J. E. S. ; PINHEIRO, D. G. ; DELFINI, M. G. ; MIORANZA, A. ; PAULA, M. G. ; Silva Jr, WA ; NOUSHMEHR, H.. Biomics+: A bioconductor package for integrating plublicly available genomic data sets. Em: 59º Congresso Brasileiro de Genética, 2013, Águas de Lindóia. Resumos do 59o Congresso Brasileiro de Genética, p. 41-41, 2013.
19.   VILLAR, CYNTHIA MARTINS; BRYAN, ALBERT LAWRENCE ; LANCE, STACEY LYN ; BRAGA, ERIKA MARTINS ; CONGRAINS, CARLOS ; DEL LAMA, SILVIA NASSIF. Blood Parasites in Nestlings of Wood Stork Populations from Three Regions of the American Continent. The Journal of Parasitology. v. 99, p. 522-527, 2013. Qualis: A4
20.   WULFF, NELSON ARNO ; ZHANG, SHUJIAN ; SETUBAL, JOÃO C ; ALMEIDA, NALVO F ; MARTINS, ELAINE C ; HARAKAVA, RICARDO ; KUMAR, DIBYENDU ; Rangel, Luiz T ; FOISSAC, XAVIER ; BOVE, JOSEPH ; GABRIEL, DEAN W. The complete genome sequence of Candidatus Liberibacter americanus, associated with citrus Huanglongbing.. Molecular Plant-Microbe Interactions. v. 27, p. 131107142521009, 2013. Qualis: A1

2012

1.   BISELLI, J. M. ; ZAMPIERI, B. L. ; SILVA, C. R. S ; BÜRGER, M. C. ; SOUZA, J. E. S. ; Silva Jr, WA ; FERREIRA, E. N. ; CARRARO, D. M. ; GOLONI-BERTOLLO, E. M. ; PAVARINO, E. C.. Padrão de expressão de microRNAs em células sanguíneas de crianças com síndrome de Down. Em: XV Congresso Latinoamericano de Genética, 2012, Rosario - Argentina. Journal of Basic and Applied Genetics.. Argentina: Argentina: Sociedad Argentina de genética, v. XXII, p. 148-149, 2012.
2.   BRAVIM, F. ; Silva, Lucas F. ; SOUZA , D T ; Soyeon Lippman ; James R. Broach ; FERNANDES, A. A. R ; FERNANDES, P. M. B.. HIGH HYDROSTATIC PRESSURE ACTIVATES STRESS TRANSCRIPTION FACTORS WHICH ARE INVOLVED IN SACCHAROMYCES CEREVISIAE STRESS TOLERANCE. 2012. Apresentação de Trabalho/Comunicação
3.   Bravim, Fernanda ; F. DA SILVA, LUCAS ; T. SOUZA, DIEGO ; I. LIPPMAN, SOYEON ; R. BROACH, JAMES ; ALBERTO R. FERNANDES, A. ; M.B. FERNANDES, PATRICIA. High Hydrostatic Pressure Activates Transcription Factors Involved in Saccharomyces cerevisiae Stress Tolerance. Current Pharmaceutical Biotechnology (Print). v. 13, p. 2712-2720, 2012. Qualis: B1
4.   Bravim, Fernanda ; Lippman, Soyeon I. ; Silva, Lucas F. ; Souza, Diego T. ; Fernandes, A. Alberto R. ; Masuda, Claudio A. ; Broach, James R. ; Fernandes, Patricia M. B.. High hydrostatic pressure activates gene expression that leads to ethanol production enhancement in a Saccharomyces cerevisiae distillery strain. Applied Microbiology and Biotechnology. v. online, p. online, 2012. Qualis: A2
5.   BÜRGER, M. C.; PINHEIRO, D. G. ; DE BARROS E LIMA BUENO, RAFAELA ; ARAUJO, A. G. ; FIGUEIREDO, D. L. A. ; MAMEDE, R. C. M. ; Silva Jr, WA. Análise da Expressão Gênica e de MicroRNAs em Larga Escala do Carcinoma Espinocelular de Laringe. Em: X Semana da Informática Biomédica, 2012, Ribeirão Preto. II Workshop de Informática Biomédica, v. 2, p. 95-98, 2012.
6.   CINTHO, M.; CESAR JUNIOR, R. M. ; João Eduardo Ferreira. Data-intensive analysis of HIV mutations. Em: IEEE International Conference on e-science, 2012.Qualis: Não identificado (IEEE International Conference on e-science)
7.   CONGRAINS, C. ; VILLAR, C. M. ; DEL LAMA, S. N.. Haplótipos de DNAmit compartilhados entre populações brasileiras e africanas de Garça vaqueira (Bubulcus ibis) e de seus hemoparasitas. 2012. Apresentação de Trabalho/Congresso
8.   COSTA-SÁ, C.; ARAUJO, E. S. ; DINIZ, M.C. INFERÊNCIAS TOPOLÓGICAS in silico DO GÊNERO DE ALGA Chara (CHLOROPHYTA: CHARACEAE) A PARTIR DO GENE RBCL. Em: XIX Encontro Nordestino de Genética, 2012, Juazeiro. A genética, a natureza e o ser humano: Mudando mentalidade e transformando vidas, 2012.
9.   COSTA-SÁ, C.; DIAS, U. N. S. ; OLIVEIRA, C. S. ; SANTOS, N. E. F. ; ANJOS, F. S. C. ; PEREIRA, L. A. ; Tonizza, M.C.. RIO SÃO FRANCISCO: CARACTERIZAÇÃO LIMNOLÓGICA DE UM TRECHO URBANIZADO EM PETROLINA/PE E JUAZEIRO/BA. Em: SCIENTEX, 2012, Juazeiro. VII Jornada de Iniciação Científica, 2012. Qualis: Não identificado (SCIENTEX, 2012, JUAZEIRO. VII JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA)
10.   COSTA-SÁ, C.; DINIZ, M.C. ANÁLISE PRELIMINAR DO PERFIL GENÉTICO DA ICTIOFAUNA DAS REGIÕES AFETADAS PELO PROJETO DE INTEGRAÇÃO DO RIO SÃO FRANCISCO COM BACIAS HIDROGRÁFICAS DO NORDESTE SETENTRIONAL. Em: 16ª Jornada de Iniciação Científica - PIBIC/FACEPE, 2012, Recife. Física, de Pernambuco para o mundo: 40 anos, 2012.
11.   COSTA-SÁ, C.; SANTOS, A ; DINIZ, M.C. MOTIFS SEARCH IN PED CLUSTER OF SYMBIOTIC BACTERIA: EVOLUTIONARY APPROACH. Em: I International Symposium on Evolutionary Biology, 2012, João Pessoa. -, 2012.
12.   COSTA-SÁ, C.; SILVA, E. A. P. ; SANTOS, A ; DINIZ, M.C. INFERÊNCIAS TOPOLÓGICAS MOLECULARES DO ENDOSSIMBIONTE PRODUTOR DE PEDERINA EM PAEDERUS. Em: SCIENTEX, 2012, Juazeiro. VII Jornada de Iniciação Científica, 2012. Qualis: Não identificado (SCIENTEX, 2012, JUAZEIRO. VII JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA)
13.   DE BARROS E LIMA BUENO, RAFAELA ; PINHEIRO, D. G. ; BÜRGER, M. C. ; ARAUJO, A. G. ; FIGUEIREDO, D. L. A. ; Silva Jr, WA. Gene expression signature during development of larynx squamous cell carcinoma. Em: 58º Congresso Brasileiro de Genética, 2012, Foz de Iguaçu. Resumos do 58º Congresso Brasileiro de Genética, p. 137-137, 2012.
14.   DIAS, C. H. A. ; COSTA-SÁ, C. ; PIMENTEL SOBRINHO, C. ; ALMEIDA, E. D. S. ; CRUZ, M. P. ; SILVERIO, M. L. ; MARTINS, M. G. ; DINIZ, M.C. AVALIAÇÃO PRELIMINAR DO POTENCIAL DE FUNGOS NA DEGRADAÇÃO DE ÓLEO VEGETAL. Em: SCIENTEX, 2012, Juazeiro. VII Jornada de Iniciação Científica, 2012. Qualis: Não identificado (SCIENTEX, 2012, JUAZEIRO. VII JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA)
15.   FERNANDES, V A ; Silva, Lucas F. ; Capettini, LSA ; LAUTON-SANTOS, S. Uso de pesticidas na agricultura - Análise da prática na cidade de Ibirité/MG. Scientia Plena. v. 8, p. 030203, 2012.Qualis: A4
16.   FERREIRA GARCIA, J. B. ; DA ROCHA, J. P. V. ; RUY, P. C. ; MACHADO, C. R. ; CRUZ, A. K.. Possible Roles of ASF1 (Anti Silencing Factor 1) in L. major. 2012. Apresentação de Trabalho/Congresso
17.   FERREIRA, J. V. A ; SILVA, F. M. ; COSTA-SÁ, C. ; TEXEIRA, J. M. B. ; ALVES, D. P. S. ; DINIZ, M.C. MEIO AMBIENTE E SUSTENTABILIDADE: AÇÕES EDUCATIVAS PARA UMA MELHOR QUALIDADE DE VIDA. Em: SCIENTEX, 2012, Juazeiro. V Semana de Ensino, Pesquisa e Extensão, 2012. Qualis: Não identificado (SCIENTEX, 2012, JUAZEIRO. V SEMANA DE ENSINO, PESQUISA E EXTENSÃO)
18.   LIMA, F. P. Computação e Saúde: Aplicações em Biologia e Medicina. 2012. Apresentação de Trabalho/Seminário
19.   MACHADO, D. J.; Marques, F. P. L.. The forgotten origin of Acanthobothrium Blanchard, 1848 (Tetraphyllidea: Onchobothriidae). Magnolia Press. 2012. Tetraphyllidea: Onchobothriidae). Magnolia Press, 2012 (Correspondence
20.   MACHADO, DENIS JACOB; DE LUNA MARQUES, FERNANDO PORTELLA. The forgotten origin of Acanthobothrium Blanchard, 1848 (Tetraphyllidea: Onchobothriidae). ZOOTAXA. v. 3505, p. 86-88, 2012. Qualis: A4
21.   MORAIS, A. C. Planejamento e Montagem de um modelo didático de Citologia para o Ensino de Biologia no Ensino Médio. Em: 64° Reunião Anual da SBPC, 2012, São Luís. Ciência, Cultura e Saberes Tradicionais para enfrentar a pobreza, 2012. Qualis: Não identificado (64° REUNIÃO ANUAL DA SBPC, 2012, SÃO LUÍS. CIÊNCIA, CULTURA E SABERES TRADICIONAIS PARA ENFRENTAR A POBREZA)
22.   MORAIS, A. C. Utilização de resíduos sólidos orgânicos na construção de uma composteira em uma escola pública de São Luís - Ma. Em: 64° Reunião Anual da SBPC, 2012, São Luís. Ciência, Cultura e Saberes Tradicionais para enfrentar a pobreza, 2012. Qualis: Não identificado (64° REUNIÃO ANUAL DA SBPC, 2012, SÃO LUÍS. CIÊNCIA, CULTURA E SABERES TRADICIONAIS PARA ENFRENTAR A POBREZA)
23.   MORAIS, A. C. Uso da compostagem como estratégia de educação ambiental em uma escola publica de São Luís. 2012. Apresentação de Trabalho/Simpósio
24.   MORAIS, A. C. Planejamento e Montagem de um modelo didático de Citologia para o Ensino de Biologia no Ensino Médio. 2012. Apresentação de Trabalho/Congresso
25.   MORAIS, A. C. Utilização de resíduos sólidos orgânicos na construção de uma composteira em uma escola pública de São Luís. 2012. Apresentação de Trabalho/Congresso
26.   MORAIS, A. C. Utilização de resíduos sólidos orgânicos na construção de uma composteira em uma escola pública de São Luís - Ma. 2012. Apresentação de Trabalho/Seminário
27.   MORAIS, A. C.; MARTINS, L. P.. Análise do comportamento de forrageamento de Dorymyrmex sp. (Formicidae, Dolichoderinae) perante presas vivas e mortas. 2012. Apresentação de Trabalho/Simpósio
28.   MORAIS, A. C.; MESQUITA, E. R. R. L.. Criação de um banco de dados para cadastro de doadores voluntários de medula óssea (DVMO) do Laboratório De Estudos Genômicos e de Histocompatibilidade do Hospital Universitário da UFMA. 2012. Apresentação de Trabalho/Simpósio
29.   MOREIRA, C. F. A. ; Azevedo, T. C. B. ; Beltrão, A. C. S. ; Francês, L. T. V. M. ; SOUSA, R. G. M. A. ; Silva, I. T. ; SILVA JUNIOR, W. A. ; Lemos, J. A. R.. Expressão diferencial de genes responsáveis pela insensibilidade de células CD34+ aos inibidores de quinase em pacientes portadores de leucemia mielóide crônica. Em: Congresso Brasileiro de Hematologia, Hemoterapia e Terapia Celular, 2012, Rio de Janeiro. Revista Brasileira de Hematologia e Hemoterapia. São Paulo: RS Press Editora, v. 34, 2012.
30.   Novaes, Jeniffer ; RANGEL, L. T. L. D. ; Ferro, Milene ; Abe, Ricardo Y. ; Manha, Alessandra P.S. ; de Mello, Joana C.M. ; Varuzza, Leonardo ; Durham, Alan M. ; Madeira, Alda Maria B.N. ; Gruber, Arthur. A comparative transcriptome analysis reveals expression profiles conserved across three Eimeria spp. of domestic fowl and associated with multiple developmental stages. International Journal for Parasitology. v. 42, p. 39-48, 2012. Qualis: A1
31.   PEREIRA, A. L. C. ; SANTOS, A ; COSTA-SÁ, C. ; DINIZ, M.C. LEVANTAMENTO DE DADOS DE PATENTES EM BIOTECNOLOGIA NO INPI COM AÇÃO ANTICANCERÍGENA E ANTITUMORAL. Em: III Semana Acadêmica de Biologia da UNIVASF, 2012, Petrolina, PE. Diversidade Biológica: Ecologia, Saúde e Conservação, 2012. Qualis: Não identificado (III SEMANA ACADÊMICA DE BIOLOGIA DA UNIVASF, 2012, PETROLINA, PE. DIVERSIDADE BIOLÓGICA: ECOLOGIA, SAÚDE E CONSERVAÇÃO)
32.   PIMENTEL SOBRINHO, C. ; SILVA, F. M. ; COSTA-SÁ, C. ; RIBEIRO, L. B.. TEMPERATURA CORPÓREA E MORFOMETRIA DE Coleodactylus meridionalis (Boulenger, 1888) (SQUAMATA: SPHAERODACTYLIDAE) DA CHAPADA DIAMANTINA NORTE, MIGUEL CALMON-BA. Em: IV Encontro Nordestino de Grupos de Estudos de Animais Selvagens, 2012, Bom Jesus. ENGEAS, 2012. Qualis: Não identificado (IV ENCONTRO NORDESTINO DE GRUPOS DE ESTUDOS DE ANIMAIS SELVAGENS, 2012, BOM JESUS. ENGEAS)
33.   PIOVEZANI, A. R.; BRENTANI, H. P. ; MACHADO-LIMA, A.. MicroRNAs Target Prediction in Breast Cancer. Em: MicroRNA 2012 International Symposium, 2012, São Paulo. Program & Abstracts, 2012.
34.   RANGEL, L. T. L. D.; Setubal, J. C. ; WU, F. ; LIN, H. ; MOHAMED, N.. Analysis of Proteobacterial genomes using Phylogenomic Networks. 2012. Apresentação de Trabalho/Simpósio
35.   RESENDE, W. K.; NASCIMENTO, R. A. ; LOPES, I. F. ; NOBRE, C. N.. Prediction of protein function combining analyses of primary and secondary structure. Em: X-meeting, 2011, Florianópolis. Anais do X-meeting, 2012.
36.   RESENDE, W. K.; NASCIMENTO, R. A. ; LOPES, I. F. ; Xavier, C.R. ; NOBRE, C. N.. The Use of Support Vector Machine and Genetic Algorithms to Predict Protein Function. Em: IEEE International Conference on Systems, 2012.Qualis: Não identificado (IEEE International Conference on Systems)
37.   SANTOS, A ; COSTA-SÁ, C. ; DINIZ, M.C. FILOGENIA MOLECULAR DE PAEDERINAE: ESTUDO IN SILICO A PARTIR DOS GENES COI E 18S. Em: XIX Encontro Nordestino de Genética, 2012, Juazeiro. A genética, a natureza e o ser humano: Mudando mentalidade e transformando vidas, 2012.
38.   SANTOS, A ; COSTA-SÁ, C. ; DINIZ, M.C. CAVIIDAE EVOLUTIONARY INFERENCE BY COMPARISON IN SILICO TOOLS. Em: I International Symposium on Evolutionary Biology, 2012, João Pessoa. -, 2012.
39.   SANTOS, A ; PEREIRA, A. L. C. ; COSTA-SÁ, C. ; DINIZ, M.C. OTIMIZAÇÃO DA AMPLIFICAÇÃO DO FRAGMENTO DO GENE RIBOSSOMAL 16S EM PEIXES DO GÊNERO Astyanax BAIRD & GIRARD, 1854. Em: III Semana Acadêmica de Biologia da UNIVASF, 2012, Petrolina, PE. Diversidade Biológica: Ecologia, Saúde e Conservação, 2012. Qualis: Não identificado (III SEMANA ACADÊMICA DE BIOLOGIA DA UNIVASF, 2012, PETROLINA, PE. DIVERSIDADE BIOLÓGICA: ECOLOGIA, SAÚDE E CONSERVAÇÃO)
40.   THOMAS, A. M.; GOMEZ, L. F. B. ; LIMA, L. A. ; PUGA, R. D. ; ROSSI, L. ; AMORIM, M. G. ; FRANCISCO, A. L. N. ; MENDES, G. ; CARVALHO, M. B. ; KOWALSKI, L. P. ; NUNES, D. N. ; DIAS-NETO, E.. A metagenomic survey of bacterial populations in oral cavity cancer. Em: 58o Congresso Brasileiro de Genética, 2012, Foz do Iguaçu. Resumos do 58o Congresso Brasileiro de Genética, p. 21-21, 2012.
41.   VIDAL, A. F. ; MORAIS, A. C. ; MESQUITA, E. R. R. L.. Análise da expressão gênica do receptor D2 da dopamina em adenomas hipofisários. 2012. Apresentação de Trabalho/Congresso
42.   VILLAR, C. M.; BRYAN JR, A. L. ; LANCE, S. L. ; BRAGA, E. M. ; CONGRAINS, C. ; DEL LAMA, S. N.. Prevalence and lineages of Plasmodium and Haemoproteus in Wood Stork Nestlings in Three Regions of the American Continent. Em: North American Ornithological Conference - Vancouver, 2012, Vancouver. North American Ornithological Conference - Vancouver - From Sea To Sky, 2012. Qualis: Não identificado (NORTH AMERICAN ORNITHOLOGICAL CONFERENCE - VANCOUVER, 2012, VANCOUVER. NORTH AMERICAN ORNITHOLOGICAL CONFERENCE - VANCOUVER - FROM SEA TO SKY)

2011

1.   ANDRADE, F.; KOHLSDORF, T.. Regulatory Regions of Posterior HoxD Genes and the Evolution of Digit Number in Tropical Lizards. 2011. Apresentação de Trabalho/Congresso
2.   ANDRADE, P. M. A new constraint-based algorithm to learn Bayesian network structure from data: Control of Spurious Pairwise Information (CSPI). 2011. CSPI) 2011 (Tese de Mestrado
3.   BARCESSAT, ARP ; Prieto-Oliveira, Paula ; Corrêa L. Expressão imunoistoquímica do PCNA em diferentes fases da indução química de lesões potencialmente malignas orais. Em: SBPQO, 2011. Brazil Oral Research, v. 25, p. 251-251, 2011.
4.   BÜRGER, M. C.; PINHEIRO, D. G. ; KANETO, C. M. ; Silva Jr, WA. Análise Computacional de Microarranjos no Estudo da Diferenciação de Células Tronco Mesenquimais em Pacientes com Osteogênese Imperfeita. 2011. Apresentação de Trabalho/Outra
5.   BÜRGER, M. C.; PINHEIRO, D. G. ; KANETO, C. M. ; SILVA JUNIOR, W. A.. Análise Computacional de Microarranjos no Estudo da Diferenciação de Células Tronco Mesenquimais em Pacientes com Osteogênese Imperfeita. Em: I Workshop de Informatica Biomédica, 2011, Ribeirao Preto. Anais do Workshop de Informática Biomédica, v. 1, 2011.
6.   CARDOSO, A. S. ; RESENDE, W. K. ; Daniel Rocha ; Fernando Mourão ; Wagner Meira ; ROCHA, L.. Uma Metodologia para a Caracterização de Sistemas de Recomendação. Em: Simpósio Brasileiro de Redes de Computadores, 2011.Qualis: Não identificado (Simpósio Brasileiro de Redes de Computadores)
7.   CINTHO, M.; CESAR JUNIOR, R. M. ; João Eduardo Ferreira. Classification of HIV virus mutations. Em: 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2011.Qualis: Não identificado (7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology)
8.   COSTA-SÁ, C.; SANTOS, A ; DINIZ, M.C ; NICOLA-PEREIRA, P.A. INFERÊNCIA EVOLUTIVA PARA OS GÊNEROS CRYPTONANUS E GRACILINANUS (DIDELPHIMORPHIA: DIDELPHIDAE): UMA ABORDAGEM IN SILICO A PARTIR DOS GENES CYTB E IRBP. Em: Semana Acadêmica de Biologia da UNIVASF, 2011, Petrolina. Biotecnologia: Aplicação dos Recursos Naturais na Sustentabilidade e Inovação, 2011.
9.   DIAS, T. C. S. ; SILVA, J. A. ; ALVES, F. I. A.. Uma Escola de Computação Solidária. 2011. Apresentação de Trabalho/Simpósio
10.   FERNANDES, V A ; Silva, Lucas F. ; Mesquita, TRR ; Capettini, LSA ; Prates, A.L ; LAUTON-SANTOS, S. AVALIAÇÃO DA UTILIZAÇÃO DE AGROTÓXICOS NA PRÁTICA AGRÍCOLA DO MUNICÍPIO DE IBIRITÉ, MG. 2011. Apresentação de Trabalho/Congresso
11.   FERNANDES, V A ; Silva, Lucas F. ; OLIMPIA, M. ; JUNIOR, J. F. Q ; FÉLIX, L. B ; PRIMOLA-GOMES, T. N. ; NATALI, A. J. ; GARCIA, E. A. C ; LAUTON-SANTOS, S. EFFECTS OF USNIC ACID ON CARDIAC CELLULAR CONTRACTILITY AND CALCIUM TRANSIENT. 2011. Apresentação de Trabalho/Congresso
12.   Galante, P. A. F. Parmigiani, R. B. Zhao, Q. Caballero, O. L. de Souza, J. E. Navarro, F. C. P. Gerber, A. L. Nicolas, M. F. Salim, A. C. M. Silva, A. P. M. Edsall, L. Devalle, S. Almeida, L. G. Ye, Z. Kuan, S. Pinheiro, D. G. Tojal, I. Pedigoni, R. G. DE SOUSA, R. G. M. A. OLIVEIRA, T. Y. K. de Paula, M. G. Ohno-Machado, L. Kirkness, E. F. Levy, S. da Silva, W. A. , et al.Vasconcelos, A. T. R. Ren, B. Zago, M. A. Strausberg, R. L. Simpson, A. J. G. de Souza, S. J. Camargo, A. A. ; Distinct patterns of somatic alterations in a lymphoblastoid and a tumor genome derived from the same individual. Nucleic Acids Research. v. 39, p. 6056-6068, 2011. Qualis: Não identificado (F. PARMIGIANI, R. B. ZHAO, Q. CABALLERO, O. L. DE SOUZA, J. E. NAVARRO, F. C. P. GERBER, A. L. NICOLAS, M. F. SALIM, A. C. M. SILVA, A. P. M. EDSALL, L. DEVALLE, S. ALMEIDA, L. G. YE, Z. KUAN, S. PINHEIRO, D. G. TOJAL, I. PEDIGONI, R. G. DE SOUSA, R. G. M. A. OLIVEIRA, T. Y. K. DE PAULA, M. G. OHNO-MACHADO, L. KIRKNESS, E. F. LEVY, S. DA SILVA, W. A. , ET AL.VASCONCELOS, A. T. R. REN, B. ZAGO, M. A. STRAUSBERG, R. L. SIMPSON, A. J. G. DE SOUZA, S. J. CAMARGO, A. A. ; DISTINCT PATTERNS OF SOMATIC ALTERATIONS IN A LYMPHOBLASTOID AND A TUMOR GENOME DERIVED FROM THE SAME INDIVIDUAL. NUCLEIC ACIDS RESEARCH)
13.   Gianluca Major M. S. Desenvolvimento orientado por testes. 2011. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
14.   MACHADO, D. J.; Marques, F. P. L.. Posicionamento filogenético de filobotriídios (Eucestoda: Tetraphyllidea: Phyllobothriidae) parasitas de arraias de água doce Neotropicais (Chondrichthyes: Myliobatoidei: Potamotrygonidae) baseada na otimização direta de dados moleculares. Em: Hennig XXX - 2011 Meeting of the Willi Hennig Society, 2011, São José do Rio Preto. Hennig XXX: Abstracts. São José do Rio Preto: UNESP/ IBILCE, p. 1-192, 2011.
15.   Marques, F. P. L. ; Reyda, F.B. ; PRADO, P. I. ; Bueno, V.M. ; MACHADO, D. J. ; Luchetti, N.M.. Delimitando espécies aplicando taxonomia integrativa para tetrafilídeos dulcícolas: como reconhecer e lidar com grande variabilidade morfológica?. Em: 7th Internation Workshop on Cestode Systematics, 2011, Lawrence. 7th International Workshop on Cestode Systematics. Lawrence: University of Kansas, 2011.
16.   MELO, L. H. V. ; Gitahy, P. M ; OLIVEIRA, M. M. ; ROCHA, F. Y. O. ; Cruz, Leonardo Magalhães ; Baldani, José Ivo. Base de dados genômica de Bacillus thuringiensis subsp. Kurstaki - estirpe S76. Seropédica: Embrapa Agrobiologia. 2011. Documentos 279
17.   MORAIS, A. C. Adotando a adoção: Por que algumas espécies adotam filhotes fora da prole. 2011. Apresentação de Trabalho/Seminário
18.   MORAIS, A. C.; AZEVEDO, G. G.. Mocambo: Projeto de Revitalização da trilha ecológica do Rio Mocambo. 2011. Apresentação de Trabalho/Congresso
19.   MORAIS, A. C.; AZEVEDO, G. G.. Raposa: Desenvolvendo a conscientização ambiental numa comunidade de pescadores da ilha do Maranhão. 2011. Apresentação de Trabalho/Congresso
20.   MORAIS, A. C.; AZEVEDO, G. G.. Lixo na UFMA: Montando o perfil dos resíduos sólidos produzidos no campus Bacanga da Universidade Federal do Maranhão. 2011. Apresentação de Trabalho/Congresso
21.   PAIS, F. S. ; RUY, P. C. ; OLIVEIRA, G. ; COIMBRA, R. S.. Assessing the efficiency of multiple sequence alignment programs. 2011. Apresentação de Trabalho/Congresso
22.   PIOVEZANI, A. R.; BASTOS, E ; BRENTANI, MITZI ; BRENTANI, H. P. ; MACHADO-LIMA, A.. Target Prediction of miRNA in Breast Cancer. Em: 7 International Conference of Bioinformatics and Computational Biology - X-meeting, 2011, Florianópolis. Abstracts Book, 2011.
23.   PIOVEZANI, A. R.; BRENTANI, H. P. ; MACHADO-LIMA, A.. Predicting targets of mirnas in schizophrenia. 2011. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
24.   RESENDE, W. K.; Lisboa, B.T. ; Andrade, C.C. ; Vieira, V.F. ; NOBRE, C. N. ; Xavier, C.R.. THE USE OF GENETIC ALGORITHMS IN ADJUSTING THE PARAMETERS OF SUPPORT VECTOR MACHINE IN THE CONTEXT OF PREDICTION OF THE TRANSLATION INITIATION SITE. Em: CILAMCE, 2011.Qualis: Não identificado (CILAMCE)
25.   RESENDE, W. K.; Lisboa, B.T. ; Andrade, C.C. ; Vieira, V.F. ; NOBRE, C. N. ; Xavier, C.R.. THE USE OF GENETIC ALGORITHMS IN ADJUSTING THE PARAMETERS OF SUPPORT VECTOR MACHINE IN THE CONTEXT OF PREDICTION OF THE TRANSLATION INITIATION SITE. 2011. Apresentação de Trabalho/Congresso
26.   RESENDE, W. K.; NASCIMENTO, R. A. ; LOPES, I. F. ; NOBRE, C. N.. Prediction of Protein function combining analyses of primary an secondary structure. 2011. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
27.   RUY, P. C.; TORRIERI, R. ; COIMBRA, R. S. ; OLIVEIRA, C. ; OLIVEIRA, G.. BrBOL - Brazilian consortium for molecular identification of biodiversity. 2011. Apresentação de Trabalho/Congresso
28.   SANTOS, A ; COSTA-SÁ, C. ; DINIZ, M.C. PEDERINA: BUSCA IN SILICO DE SEQUÊNCIAS METAGENÔMICAS. Em: VI Jornada de Iniciação Científica, 2011, Juazeiro-BA. Ciências biológicas e da vida, 2011. Qualis: Não identificado (VI JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 2011, JUAZEIRO-BA. CIÊNCIAS BIOLÓGICAS E DA VIDA)
29.   SANTOS, A ; COSTA-SÁ, C. ; DINIZ, M.C ; NICOLA-PEREIRA, P.A. FILOGENIA MOLECULAR DOS GÊNEROS CRYPTONANUS E GRACILINANUS (DIDELPHIMORPHIA: DIDELPHIDAE) A PARTIR DE SEQUÊNCIAS DOS GENES RAG1, vWF E DMP1. Em: Semana Acadêmica de Biologia da UNIVASF, 2011, Petrolina. Biotecnologia: Aplicação dos Recursos Naturais na Sustentabilidade e Inovação, 2011.
30.   SOSA, O. J. Estrongilaidíase: optimização de um método molecular para o diagnóstico sensível e específico desta parasitose endẽmica em Misiones, Argentina. 2011. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
31.   SOUSA, R. G. M. A.; Silva, I. T. ; BUENO, R. B. L. ; D. G. Pinheiro ; SILVA JUNIOR, W. A.. An efficient computational approach to identify new SNVs in ESTs data set. 2011. Apresentação de Trabalho/Congresso
32.   Stynen, A. P. R. ; Lage, A. P. ; Moore, R. J. ; Rezende, A. M. ; de Resende, V. D. d. S. ; RUY, P. C. ; Daher, N. ; Resende, D. d. M. ; de Almeida, S. S. ; Soares, S. d. C. ; de Abreu, V. A. C. ; Rocha, A. A. C. M. ; dos Santos, A. R. ; Barbosa, E. G. V. ; Costa, D. F. ; Dorella, F. A. ; Miyoshi, A. ; de Lima, A. R. J. ; Campos, F. D. d. S. ; de Sa, P. G.. Complete Genome Sequence of Type Strain Campylobacter fetus subsp. venerealis NCTC 10354T. Journal of Bacteriology (Print). v. 193, p. 5871-5872, 2011. Qualis: A3
33.   TEIXEIRA, F. A. ; RUY, P. C. ; CAMPOS, F. A. ; CANDIANI, T. M. S. ; OLIVEIRA, G. ; COIMBRA, R. S.. A relational database for management of medical records of children attending reference hospitals for suspect of meningitis. 2011. Apresentação de Trabalho/Congresso
34.   TEIXEIRA, J. M. B. ; SANTOS, E. K. M. R ; SILVA, F. M. ; COSTA-SÁ, C. ; FERREIRA, V. S.. AS FAMÍLIAS DE BESOUROS (INSECTA, COLEOPTERA) DO CAMPUS DE CIÊNCIAS AGRÁRIAS DA UNIVERSIDADE FEDERAL DO VALE DO SÃO FRANCISCO, PETROLINA, PE. Em: II Semana Acadêmica de Biologia da UNIVASF, 2011, Petrolina - PE. Biotecnologia: Aplicações dos recursos naturais na sustentabilidade e inovação, 2011.
35.   VIDAL, A. F. ; MORAIS, A. C. ; MESQUITA, E. R. R. L.. Analysis of gene expression of somatostatin receptors in pituitary adenomas. Em: 57º Congresso Brasileiro de Genética, 2011, Águas de Lindóia. Resumos do 57º Congresso Brasileiro de Genética, 2011.
36.   VIDAL, A. F. ; MORAIS, A. C. ; MESQUITA, E. R. R. L.. Analysis of gene expression of somatostatin receptors in pituitary adenomas. 2011. Apresentação de Trabalho/Congresso
37.   VILLAR, C. M.; BRYAN JR, A. L. ; LANCE, S. L. ; BRAGA, E. M. ; DEL LAMA, S. N.. Prevalence of Haemosporidian Parasites in Nestling Wood Storks in Three Regions of the American Continent. 2011. Apresentação de Trabalho/Outra

2010

1.   Amgarten, Deyvid ; RANGEL, L. T. L. D. ; DURHAM, A. M. ; Gruber, A. Desenvolvimento de um Componente de anotação automática de vias metabólicas KEGGpara a plataforma EGene. 2010. Apresentação de Trabalho/Simpósio
2.   BARROS JUNIOR, J. ; KAMEI, F. K. ; LIMA, F. P. ; SOUZA JUNIOR, M. F.. Experiências com TDD: Um Relato de Times de Organizações Públicas. Em: I Workshop de Engenharia de Software do Sertão do São Francisco, 2010. Qualis: Não identificado (I Workshop de Engenharia de Software do Sertão do São Francisco)
3.   BERTOLDI, E. R. M. Lysyl oxidase related genes identification by siRNA knockdown. Em: 4º Simpósio Avanços em Pesquisas Médicas dos Laboratórios de Investigação Médica do Hospital das Clínicas da FMUSP, 2010, São Paulo. Clinics Scientific Journal of Hospital das Clínicas da FMUSP. São Paulo, v. 65, p. S34-S34, 2010.
4.   CICONELLE, A. C. M.; SILVAS, A. S.. Divulgação Científica: um Instrumento de Fomento à Participação Política e à Democratização do Acesso ao Conhecimento?. 2010. Iniciação Científica
5.   COSTA-SÁ, C.; SIQUEIRA-FILHO, J. A. GERMINAÇÃO DE SEMENTES DE SIMIRA GARDNERIANA (RUBIACEAE) SOB OS EFEITOS DO TEMPO DE ARMAZENAGEM. Em: XXXIII REUNIÃO NORDESTINA DE BOTÂNICA, 2010, ARACAJÚ - SE. FLORA NORDESTINA: DIVERSIDADE, CONHECIMENTO E CONSERVAÇÃO, v. 33, 2010.
6.   DANTAS, V. R. ; ALVES, F. I. A. ; INACIO, S. F. C. ; SILVA, J. A. N.. Processo de produção de materiais multimídia para o ensino de Biologia no ensino médio. 2010. Apresentação de Trabalho/Congresso
7.   HORA, B. R. da ; MACHADO, D. J. ; Caruso, I. A. ; RODRIGUES, S. D. ; DOMINGOS, M. F. ; VEIGAS-BARREIROS, R. M. O.. Potencial larvicida do pinhão-manso no controle da dengue. 2010. Apresentação de Trabalho/Congresso
8.   INACIO, S. F. C. ; ALVES, F. I. A. ; FARIAS, Sávio Torres de ; RÊGO, Thaís Gaudencio Do ; ROCHA, P. K. L. ; CAVALCANTI, D D. Adaptation of RSCU Algorithm for Detection of Genomic Islands. 2010. Apresentação de Trabalho/Congresso
9.   JORGE, J. T. B ; SANTOS, M. F. B ; SILVA, F. M. ; COSTA-SÁ, C. ; Tonizza, M.C.. CARACTERIZAÇÃO LIMNOLÓGICA E LEVANTAMENTO QUALITATIVO PRELIMINAR DA COMUNIDADE FITOPLANCTÔNICA DE 2 AÇUDES DE PETROLINA-PE. Em: XXXIII Reunião Nordestina de Botânica, 2010, Aracajú-SE. Flora Nordestina: Diversidade, Conhecimento e Conservação, 2010.
10.   MORAIS, A. C.; AZEVEDO, G. G.. Bioeduca: Desenvolvendo a meliponicultura e a sustentabilidade no campo. 2010. Apresentação de Trabalho/Congresso
11.   MORAIS, A. C.; AZEVEDO, G. G.. Raposa: Desenvolvendo a conscientização ambiental numa comunidade de pescadores da ilha do Maranhão. 2010. Apresentação de Trabalho/Congresso
12.   OLIVEIRA, M. A. ; COSTA-SÁ, C. ; Ramos, R.R.D ; FERREIRA, J. V. A. STATUS DE CONSERVAÇÃO DE PLANTAS RARAS, ENDÊMICAS E AMEAÇADAS DE EXTINÇÃO NA CAATINGA. Em: 61º CONGRESSO NACIONAL DE BOTÂNICA, 2010, MANAUS - AM. DIVERSIDADE VEGETAL BRASILEIRA: CONHECIMENTO, CONSERVAÇÃO E USO, v. 61, 2010.
13.   OLIVEIRA, M. A. ; SIQUEIRA-FILHO, J. A ; Ramos, R.R.D ; COSTA-SÁ, C.. BIOINVASÃO DE PLANTAS NA CAATINGA, UM EXEMPLO NO PROJETO DE INTEGRAÇÃO DO RIO SÃO FRANCISCO COM AS BACIAS HIDROGRÁFICAS NO NORDESTE SETENTRIONAL - PISF: EIXO LESTE. Em: XXXIII REUNIÃO NORDESTINA DE BOTÂNICA, 2010, ARACAJÚ - SE. FLORA NORDESTINA: DIVERSIDADE, CONHECIMENTO E CONSERVAÇÃO, v. 33, 2010.
14.   OLIVEIRA, M. M.; Gitahy, P. M ; S. Schwab ; baldani. Transformação de Gluconacetobacter diazotrophicus (PAL5T) usando o plasmídeo mutagênico pTnMod-OGmKmlacZ contendo o gene cry1Ab em fusão com gfp. Em: XX JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFRRJ, 2010, SEROPÉDICA. XX JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFRRJ, 2010. Qualis: Não identificado (XX JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFRRJ, 2010, SEROPÉDICA. XX JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFRRJ)
15.   OLIVEIRA, M. M.; Gitahy, P. M ; S. Schwab ; baldani. Transformação de Gluconacetobacter diazotrophicus (PAL5T) usando o plasmídeo mutagênico pTnMod-OGmKmlacZ contendo o gene cry1Ab. Em: X Semana Científica Johanna Döbereiner, 2010, SEROPÉDICA. Ciência para o desenvolvimento sustentável, 2010.
16.   PIOVEZANI, A. R. Predição de alvos de miRNAs em esquizofrenia. 2010. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
17.   PIOVEZANI, A. R.; BRENTANI, H. P. ; MACHADO-LIMA, A.. Predicting Targets of MiRNAs in Schizophrenia. Em: 6 International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-meeting, 2010, Ouro Preto. Abstracts Book, 2010.
18.   RANGEL, L. T. L. D.; DURHAM, A. M. ; Gruber, A. Enriched annotation and functional assignment of proteins of Eimeria spp.: guilty by orthology. 2010. Apresentação de Trabalho/Congresso
19.   Resende, DM ; Reis, AB ; Oliveira, NJD ; Ramos, RTJ ; Cerdeira, LT ; Cerdeira, L. T. ; TORRIERI, R. ; RUY, P. C. ; Batista, ICA ; Corrêa-Oliveira, R ; RUIZ, J. C.. A survey on epitope prediction methods for parasites genomes. 2010. Apresentação de Trabalho/Congresso
20.   ROCHA, P. K. L. ; ALVES, F. I. A. ; INACIO, S. F. C. ; CAVALCANTI, D D ; FARIAS, Sávio Torres de ; RÊGO, Thaís Gaudencio Do. Analysis of Homology-Independent Methods for Detection of Genomic Islands in Procaryotes. 2010. Apresentação de Trabalho/Congresso
21.   SARMENTO, F. ; LIMA, F. P. ; OLIVEIRA, M. C. ; COIMBRA, D. G. ; ANDRADE, T. G. de ; ARAÚJO, D. A. M. de. MolEpiDB: translational bioinformatics applied to diagnosis and molecular epidemiology of pathogenic bacteria using the coding region of the 16S rDNA. Em: Brasil-Deutschland Systems Biology Meeting (SB-meeting 2010), 2010, Ouro Preto-MG. Brasil-Deutschland Systems Biology Meeting (SB-meeting 2010). Ribeirão Preto, SP: AB3C SB-meeting, v. 1, p. 45-45, 2010.
22.   Silva, Lucas F.; SOUZA , D T ; BRAVIM, F. ; FERNANDES, P. M. B. ; FERNANDES, A. A. R. Analysis of gene expresion in Saccharomyces cerevisiae in response to high hydrostatic pressure by DNA microarray. 2010. 2010. Apresentação de Trabalho/Congresso
23.   SOSA, O. J.; SOSA, L. N. ; GALARZA, F. ; ARGUELLES, C. F.. Genetic characterization of Strongyloides stercoralis, ethiologic agent of a disease underestimated in latinamerica. Em: 14 Congreso Latinoamericano de Genética (ALAG) y 39 Congreso Argentino de Genética, 2010, Viña del Mar. XIV Congreso Latinoamericano de Genética, p. 410, 2010.
24.   SOUSA, R. G. M. A.; Silva, I. T. ; OLIVEIRA, T. Y. K. ; D. G. Pinheiro ; SILVA JUNIOR, W. A.. An efficient computational approach to identify new SNVs. 2010. Apresentação de Trabalho/Congresso
25.   SOUSA, R. G. M. A.; Silva, I. T. ; OLIVEIRA, T. Y. K. ; D. G. Pinheiro ; SILVA JUNIOR, W. A.. An efficient computational approach to identify new SNVs. 2010. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
26.   VILLAR, C. M.; DEL LAMA, S. N.. Estudo da prevalência de malária em populações silvestres de Mycteria americana (Aves, Ciconiiformes) amostradas em duas regiões brasileiras. 2010. Apresentação de Trabalho/Congresso
27.   VILLAR, C. M.; DEL LAMA, S. N.. Estudo da prevalência de malária em populações silvestres de Mycteria americana (Aves, Ciconiiformes) amostradas em duas regiões brasileiras. 2010. Apresentação de Trabalho/Congresso

2009

1.   ALVES, F. I. A.; INACIO, S. F. C. ; DANTAS, V. R.. Uso de Computação Gráfica na Confecção de vídeo-simulações voltadas para o ensino de Biologia e Fisiologia Celular. 2009. Apresentação de Trabalho/Seminário
2.   ANDRADE, F.; KOHLSDORF, T.. FATORES DE INFLUÊNCIA NA EVOLUÇÃO DO CARIÓTIPO EM SQUAMATA: HISTÓRIAS EVOLUTIVAS OU PRESSÕES SELETIVAS?. 2009. Apresentação de Trabalho/Congresso
3.   BARROS JUNIOR, J. ; KAMEI, F. K. ; LIMA, F. P. ; SOUZA JUNIOR, M. F.. Experiências com TDD: Um Relato de Times de Organizações Púlicas. Em: II Encontro de Iniciação Científica, 2009, Palmeira dos Índios, Alagoas. Anais do II Encontro de Iniciação Científica - EIC, 2009. Qualis: Não identificado (II ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 2009, PALMEIRA DOS ÍNDIOS, ALAGOAS. ANAIS DO II ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA - EIC)
4.   CAMARGO, P. C. ; CATELLI, L. L. ; RINCAO, M. P. ; PIOVEZANI, A. R. ; ARIAS, C. A. A. ; ABDELNOOR, R. V.. Mapeamento do Locus de Resistência à Ferrugem Asiática no Genótipo PI 561356. Em: V Congresso Brasileiro de Soja e Mercosoja 2009, 2009, Goiânia - GO. Anais Mercosoja 2009, 2009.
5.   DANTAS, V. R. ; ALVES, F. I. A. ; INACIO, S. F. C. ; SILVA, J. A. N.. Construção de vídeos educativos voltados para o ensino de citologia no 1º ano do ensino médio. 2009. Apresentação de Trabalho/Seminário
6.   FERRO, M. ; Yamamoto, R ; RANGEL, L. T. L. D. ; DURHAM, A. M. ; Gruber, A. EGENE 2: A GENERIC AND MODULAR PLATFORM FOR AUTOMATED SEQUENCE PROCESSING AND ANNOTATION. 2009. Apresentação de Trabalho/Congresso
7.   KAMEI, F. K. ; LIMA, F. P. ; BARROS JUNIOR, J. ; SOUZA JUNIOR, M. F.. Fatores (Des)Motivadores na Adoção de Metodologias Ágeis no Desenvolvimento de Sistemas de Informação. Em: VI Simpósio de Excelência em Gestão e Tecnologia - SEGeT, 2009.Qualis: Não identificado (VI Simpósio de Excelência em Gestão e Tecnologia - SEGeT)
8.   MORAIS, A. C. Bioeduca: Desenvolvendo a meliponicultura e a sustentabilidade no campo. 2009. Apresentação de Trabalho/Congresso
9.   MORAIS, A. C. Mocambo: Projeto de Revitalização da trilha ecológica do Rio Mocambo. 2009. Apresentação de Trabalho/Congresso
10.   OLIVEIRA, M. M.; Gitahy, P. M ; baldani ; S. Schwab. Construção de uma estirpe de Gluconacetobacter diazotrophicus capaz de expressar o gene heterólogo cry1Ab. Em: IX Semana Científica Johanna Döbereiner, 2009, SEROPÉDICA. Ciência no Brasil: desafios, avanços e aplicações, 2009.
11.   OLIVEIRA, M. M.; Gitahy, P. M ; S. Schwab ; baldani. Clonagem do gene heterólogo cry1Ab de Bacillus thuringiensis, para Gluconacetobacter diazotrophicus visando o controle da broca da cana. Em: XIX JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 2009, SEROPÉDICA. XIX JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 2009. Qualis: Não identificado (XIX JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 2009, SEROPÉDICA. XIX JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA)
12.   PIOVEZANI, A. R.; PEREIRA, R. M. ; ABDELNOOR, R. V.. Caracterização de Genes Análogos de Resistência a Doenças em Soja. Em: IV Jornada Acadêmica da Embrapa Soja, 2009, Londrina - PR. IV Jornada Acadêmica da Embrapa Soja, 2009. Qualis: Não identificado (IV JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA, 2009, LONDRINA - PR. IV JORNADA ACADÊMICA DA EMBRAPA SOJA)
13.   PIOVEZANI, A. R.; PEREIRA, R. M. ; ABDELNOOR, R. V.. Identificação de SNPs/InDels em Análogos de Genes de Resistência em Soja. Em: I Simpósio de Ciências Ambientais do Norte do Paraná, 2009, Bandeirantes. Anais do I SICAMP, 2009. Qualis: Não identificado (I SIMPÓSIO DE CIÊNCIAS AMBIENTAIS DO NORTE DO PARANÁ, 2009, BANDEIRANTES. ANAIS DO I SICAMP)
14.   PIOVEZANI, A. R.; PEREIRA, R. M. ; ABDELNOOR, R. V.. Caracterização de Polimorfismo em Genes Análogos de Resistência a Doneças em Soja. Em: 55º Congresso Brasileiro de Genética, 2009, Águas de Lindóia. Anais Eletrônicos-Resumos, 2009.
15.   PIOVEZANI, A. R.; PEREIRA, R. M. ; ABDELNOOR, R. V.. Caracterização de Genes Análogos de Resistência a Doenças em Soja. 2009. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
16.   PIOVEZANI, A. R.; SILVA, D. C. G. ; STOLF, R. ; MORTEL, M. V. ; LEMOS, N. G. ; SANTOS, J. V. M. ; PEREIRA, R. M. ; BINNECK, E. ; ALMEIDA, A. M. R. ; YAMANAKA, N. ; MARCELINO, F. C. ; BAUM, T. J. ; WHITHAM, S. A. ; LEMOS, E. G. M. ; ABDELNOOR, R. V.. Análise de Microarranjo de cDNA da Soja Induzidos durante Interação com a Ferrugem Asiática. Em: I Simpósio de Ciências Ambientais do Norte do Paraná, 2009, Bandeirantes. Anais do I SICAMP, 2009. Qualis: Não identificado (I SIMPÓSIO DE CIÊNCIAS AMBIENTAIS DO NORTE DO PARANÁ, 2009, BANDEIRANTES. ANAIS DO I SICAMP)
17.   Prieto-Oliveira, Paula. Cirurgia ortognática em pacientes fissurados. 2009. Apresentação de Trabalho/Outra
18.   Prieto-Oliveira, Paula. Cirurgia ortognática em pacientes fissurados. 2009. Monografia
19.   RUY, P. C.; TORRIERI, R. ; TOLEDO, J. S. ; CRUZ, A. K. ; OLIVEIRA, G. C. ; RUIZ, J. C.. Computational identification and characterization of elements associated with structural order and disorder in Leishmania ssp. predicted proteome. 2009. Apresentação de Trabalho/Congresso
20.   RUY, P. C.; TORRIERI, R. ; TOLEDO, J. S. ; CRUZ, A. K. ; OLIVEIRA, G. C. ; RUIZ, J. C.. The role of protein disorder in Leishmania ssp. genome: An overview from a database perspective. 2009. Apresentação de Trabalho/Simpósio
21.   TORRIERI, R. ; RUY, P. C. ; OLIVEIRA, G. C. ; RUIZ, J. C.. Computational Identification and Characterization of Disordered Proteins in Schistosoma mansoni. 2009. Apresentação de Trabalho/Congresso

2008

1.   ANDRADE, L. F. ; RUIZ, J. C. ; AVELAR, L. ; LUDOLF, F. ; ZERLOTINI NETO, A. ; RUY, P. C. ; MORAES, R. L. V. ; OLIVEIRA, G. C.. Protein Kinases of the parasite Schistosoma mansoni. 2008. Apresentação de Trabalho/Congresso
2.   DALBEN, Gisele da Silva ; FRANCISCHONE, Leda Aparecida ; Prieto-Oliveira, Paula ; CONSOLARO, Alberto. Evaluation of sutures after immersion in nonacoholic benzydamine hydrochloride mouthrinse by scanning electron microscopy. Clinical Oral Investigations. v. 12, p. 287-290, 2008.Qualis: A1
3.   DUARTE, H L ; LAUTON-SANTOS, S ; FERNANDES, V A ; Silva, Lucas F. ; SOUZA , D T ; ALVARENGA, G M ; GUIATIMOSIM, S ; PESQUEIRO, J L ; PESQUEIRO, J B ; CRUZ, J. S.. PAPEL DO RECEPTOR B1 PARA CININAS NA PRODUÇÃO DE ÓXIDO NÍTRICO NO CORAÇÃO DE CAMUNDONGOS. 2008. Apresentação de Trabalho/Congresso
4.   FERNANDES, V A ; Silva, Lucas F. ; GOMES, R. A. M. ; BRAGA, R. A. L.. A INFLUÊNCIA DA CRENÇA RELIGIOSA NA PRÁTICA DOCENTE DO PROFESSOR DE BIOLOGIA DURANTE O ENSINO DA EVOLUÇÃO BIOLÓGICA. 2008. Apresentação de Trabalho/Congresso
5.   Filho, N. J. V. de C. ; LIMA, F. P. ; SARMENTO, F.. Modelagem de Sistema para Armazenamento de Seqüências de rDNA 16S de Bactérias Patogênicas. Em: VI Jornada de Iniciação Científica da UNCISAL, 2008, Maceió, Alagoas. Anais da VI Jornada de Iniciação Científica da UNCISAL. Maceió: Gráfica Graciliano Ramos, p. 87-88, 2008.
6.   LAUTON-SANTOS, S ; DUARTE, H L ; FERNANDES, V A ; Silva, Lucas F. ; SOUZA , D T ; ALVARENGA, G M ; ALMEIDA, A P de ; PESQUEIRO, J L ; GUIATIMOSIM, S ; CRUZ, J. S.. ALTERAÇÃO NA SINALIZAÇÃO INTRACELULAR DE CÁLCIO EM CÉLULAS CARDÍACAS PROMOVIDA PELA AUSÊNCIA DE RECEPTORES B1 PARA CININAS. 2008. Apresentação de Trabalho/Congresso
7.   LIMA, F. P.; SARMENTO, F. ; ANDRADE, T. G. de ; OLIVEIRA, M. C. ; ARAÚJO, D. A. M. de. Ferramenta Aplicada ao Sistema Único de Saúde para Identificação e Análise de Resistência de Bactérias Patogênicas Através do rDNA 16S. Em: I Escola Brasileira de Bioinformática (EBB 2008), 2008, Santo André, São Paulo. Proceedings of the First Brazilian School on Bioinformatics, 2008.
8.   OLIVEIRA, L. ; RUY, P. C. ; RUIZ, J. C. ; OLIVEIRA, G. C.. Expressed Sequence Tags of Schistosoma mansoni: Establishing Bridges Between Ab Initio Gene Prediction and Functional Annotation. 2008. Apresentação de Trabalho/Congresso
9.   RANGEL, L. T. L. D.; ROCHA, P. K. L. ; PASCHOAL, A. R. ; VITORELLO, C. B. M. ; ARAÚJO, D.A.M. ; REGO, T. G.. GIAnT: Genomic Island Analyzer Tool. 2008. Apresentação de Trabalho/Congresso
10.   ROCHA, P. K. L. ; RANGEL, L. T. L. D. ; PASCHOAL, A. R. ; VITORELLO, C. B. M. ; ARAÚJO, D.A.M. ; REGO, T. G.. Quantitative analysis of genomic islands in Bacteria. 2008. Apresentação de Trabalho/Congresso
11.   ROCHA, P. K. L. ; RANGEL, L. T. L. D. ; VITORELLO, C. B. M. ; ARAÚJO, D.A.M. ; REGO, T. G.. Identificação e caracterização de ilhas genômicas em bactérias do gênero Mycoplasma. 2008. Apresentação de Trabalho/Congresso
12.   RUY, P. C.; OLIVEIRA, L. ; RUIZ, J. C. ; OLIVEIRA, G. C.. Preliminary Profile of the Biomphalaria glabrata Transcriptome: An Expressed Sequence Tag Analysis. 2008. Apresentação de Trabalho/Congresso
13.   RUY, P. C.; TORRIERI, R. ; OLIVEIRA, G. C. ; RUIZ, J. C.. Computational identification and characterization of elements associated with structural order and disorder in Leishmania braziliensis predicted proteome. 2008. Apresentação de Trabalho/Congresso
14.   SOUZA, H. D. N. ; DURBANO, J. P. M. ; ROCHA, P. K. L. ; Itácio Queiroz de Mello Padilha ; ALMEIDA, R. S. ; BEZERRA, A. V. ; RANGEL, L. T. L. D. ; ARAÚJO, D.A.M.. CURSO DE CURTA DURAÇÃO EM BIOINFORMÁTICA COMO INSTRUMENTO DE INSERÇÃO E DE DIFUSÃO BIOTECNOLÓGICA. Em: X ENEX, 2008, João Pessoa. Caderno de Resumos do X Encontro de Extensão da UFPB, 2008.
15.   SOUZA, H. D. N. ; DURBANO, J. P. M. ; ROCHA, P. K. L. ; Itácio Queiroz de Mello Padilha ; ALMEIDA, R. S. ; BEZERRA, A. V. ; RANGEL, L. T. L. D. ; ARAÚJO, D.A.M.. CURSO DE CURTA DURAÇÃO EM BIOINFORMÁTICA COMO INSTRUMENTO DE INSERÇÃO E DE DIFUSÃO BIOTECNOLÓGICA. 2008. Apresentação de Trabalho/Congresso
16.   TORRIERI, R. ; RUY, P. C. ; OLIVEIRA, G. C. ; RUIZ, J. C.. Identification and characterization of disordered proteins in Schistosoma mansoni. 2008. Apresentação de Trabalho/Congresso
17.   VILLAR, C. M.; PENTEADO-DIAS, A. M. ; PERONTI, A. L. B.. Levantamento de Espécies de Coccoidea (Hmeiptera: Sternorryncha) em Vegetação de Cerrado na Região de São Carlos, SP. 2008. Apresentação de Trabalho/Simpósio

2007

1.   BETTONI, S. G. ; NAGY, M. B. R. ; BERTOLDI, E. R. M.. Efeito de borda em fragmentos de mata ciliar, micro-bacia do Rio do Peixe, Socorro, S.P. Em: Congresso Nacional de Ecologia, 2007, Caxambú - MG. Congresso Nacional de Ecologia de 2007, 2007.
2.   BEZERRA, A. V. ; MARTINS, A.B. ; SOUZA, H. D. N. ; RANGEL, L. T. L. D. ; ROCHA, P. K. L. ; ARAÚJO, D.A.M.. AVALIAÇÃO DO POTENCIAL LEISHMANIOSTÁTICO DO COMPOSTO NATURAL ISOLADO QUERCETINA SOBRE LEISHMANIA CHAGASI. Em: XX Congresso Brasileiro de Parasitologia, 2007, RECIFE. Revista de Patologia Tropical. Goiânia: Editora da Universidade Federal de Goiás, v. 36, p. 286-287, 2007.
3.   BEZERRA, A. V. ; MARTINS, A.B. ; SOUZA, H. D. N. ; RANGEL, L. T. L. D. ; ROCHA, P. K. L. ; ARAÚJO, D.A.M.. AVALIAÇÃO DO POTENCIAL LEISHMANIOSTÁTICO DO COMPOSTO NATURAL ISOLADO QUERCETINA SOBRE LEISHMANIA CHAGASI. 2007. Apresentação de Trabalho/Congresso
4.   LIMA, F. P.; ANDRE, T. C. S. S.. Análise espectral seletiva por freqüências de sons usando a técnica de análise de componentes independentes no contexto da separação cega de fontes. 2007. Apresentação de Trabalho/Congresso
5.   LIMA, F. P.; ANDRE, T. C. S. S.. Análise espectral seletiva por freqüências de sons usando a técnica de análise de componentes independentes no contexto da separação cega de fontes. 2007. Apresentação de Trabalho/Congresso
6.   PIOVEZANI, A. R.; SANTOS,. L. S. ; GOISSIS, M. V. ; BARREIRO., I. M. J. ; BELLETTINI., N. M. T. . Testes de Vigor em Sementes de Amendoim. Em: XI Semana da biologia, 2007, Botucatu - SP. XI Semana da Biologia, 2007.
7.   Prieto-Oliveira, Paula; Kelen Christine Nascimento Souza ; Sérgio Sargenti Neto ; BRAZÃO-SILVA, MARCO TÚLLIO ; FARIA, Paulo Rogério ; França DS ; LOYOLA, Adriano Mota ; CARDOSO, Sérgio Vitorino. Perfil clinicodemográfico dos tumores odontogênicos avaliados pelo Laboratório de Patologia Bucal da Universidade Federal de Uberlândia. 2007. Apresentação de Trabalho/Congresso
8.   Prieto-Oliveira, Paula; Kelen Christine Nascimento Souza ; Sérgio Sargenti Neto ; Marco Túlio Brazão Silva ; FARIA, Paulo Rogério ; França DS ; LOYOLA, Adriano Mota ; CARDOSO, Sérgio Vitorino. Perfil clínico-demográfico dos tumores odontogênicos avaliados pelo Laboratório de Patologia Bucal da Universidade Federal de Uberlândia. Em: SBPqO (Sociedade Brasileira de Pesquisa Odontológica), 2007, Atibaia. Brazilian Oral Research, v. 21, 2007.
9.   RUY, P. C.; BRITO, L. O. ; CRUZ, A. K. ; RUIZ, J. C.. Identificação de rearranjos associados as extremidades dos cromossomos de L. major. 2007. Apresentação de Trabalho/Outra
10.   RUY, P. C.; CRUZ, A. K. ; RUIZ, J. C.. A pipeline for mapping intra and interspecies putative rearrangements at chromosomal ends in L. major, L. infantum and L. braziliensis genomes. 2007. Apresentação de Trabalho/Congresso
11.   RUY, P. C.; ZERLOTINI NETO, A. ; MORAES, R. L. V. ; OLIVEIRA, G. C ; RUIZ, J. C.. Programando em Bioinformática: Utilizando Perl e seus Módulos. 2007. Curso de curta duração ministrado/Extensão
12.   SANTOS,. L. S. ; PIOVEZANI, A. R. ; BARREIRO., I. M. J. ; GOISSIS, M. V. ; BELLETTINI., N. M. T. . Teste de Envelhecimento Acelerado com Soluçao Salina em Sementes de Amendoim. Em: XI Semana da biologia, 2007, Botucatu - SP. Anais de XI semana da biologia, 2007.

2006

1.   DALBEN, Gisele da Silva ; FRANCISCHONE, Leda Aparecida ; Prieto-Oliveira, Paula. SEM Analysis of Suture Degradation By Non-Alcoholic Benzydamine Hydrochloride Mouthrinse. 2006. Apresentação de Trabalho/Congresso
2.   DALBEN, Gisele da Silva ; FRANCISCHONE, Leda Aparecida ; Prieto-Oliveira, Paula ; CONSOLARO, Alberto. SEM Analysis of Suture Degradation By Non-Alcoholic Benzydamine Hydrochloride Mouthrinse. Em: 84th General Session & Exhibition of the IADR, 2006, Brisbane. 2006 IADR Program Book, 2006.
3.   FERREIRA, Fabiane Maria ; Prieto-Oliveira, Paula ; Kelen Christine Nascimento Souza ; FARIA, Paulo Rogério ; LOYOLA, Adriano Mota ; CARDOSO, Sérgio Vitorino. Papiloma escamoso bucal: Casuística do serviço de Patologia Bucal da Universidade Federal de Uberlândia. 2006. Apresentação de Trabalho/Outra
4.   Roma-Neto, I. V. ; CARVALHO, N. C. ; PIOVEZANI, A. R. ; MATSUMOTO, L. S.. Avaliação de Atividade Antimicrobiana de Desinfetantes de Uso Doméstico com Envelhecimento Acelerado. Em: VIII Encontro Maringaense de Biologia, 2006, Maringá - PR. Anais da XXI Semana da Biologia, 2006.
5.   RUY, P. C.; BRITO, L. O. ; SANTOS, R. V. M. A. ; VASCONCELOS, E. J. R. ; RUIZ, J. C.. 1a Jornada de Bioinformática e Biologia Computacional da UECE. 2006. 2006.
6.   RUY, P. C.; BRITO, L. O. ; VASCONCELOS, E. J. R. ; CARDENAS, R. G. C. C. L. ; CRUZ, A. K. ; RUIZ, J. C.. Characterization of putative chromosomal rearrengements related to chromosomes ends between Leishmania species.An in silico approach. 2006. Apresentação de Trabalho/Congresso
7.   RUY, P. C.; BRITO, L. O. ; VASCONCELOS, E. J. R. ; CRUZ, A. K. ; RUIZ, J. C.. Identificação de rearranjos associados as extremidades dos cromossomos de L. major. 2006. Apresentação de Trabalho/Outra
8.   RUY, P. C.; VASCONCELOS, E. J. R. ; RUIZ, J. C.. Jornada de Ciências Biológicas - BLAST (Basic Local Alignment Search Tool). 2006. Curso de curta duração ministrado/Extensão
9.   RUY, P. C.; VASCONCELOS, E. J. R. ; RUIZ, J. C.. Jornada Farmacêutica - Biologia Molecular Aplicada ao Diagnóstico Clínico. 2006. Curso de curta duração ministrado/Outra
10.   VASCONCELOS, E. J. R. ; RUY, P. C. ; BRITO, L. O. ; CARDENAS, R. G. C. C. L. ; CRUZ, A. K. ; RUIZ, J. C.. In silico characterization of sequence conservation in the 5' and 3' untranslated regions btween Leishmania species. 2006. Apresentação de Trabalho/Congresso

2005

1.   RUY, P. C.; SANTOS, R. V. M. A. ; BRITO, L. O. ; CRUZ, A. K. ; RUIZ, J. C.. In silico identification of putative chromosomal rearrangements in Leishmania species. 2005. Apresentação de Trabalho/Congresso

*itens sem ano

1.   LIMA, F. P.; SILVA, A. L. ; SANTOS, L. A. S.. Seminários: Tecnologia da Informação (T.I.) e as diferences áreas de atuação. Revista de Extensão do Instituto Federal de Alagoas, p. 97-100, .


(*) Relatório criado com produções desde 2000 até 2025
Data de processamento: 12/02/2025 19:33:35