| 1. | 2024-Atual. Intra-host diversity SARS-CoV-2 evolution in patients with prolonged positivity through systems biology approaches Descrição: RNA viruses constitute a large group of microorganisms that can cause diseases in humans and animals. In humans, they trigger infectious processes, but most are linked to acute illnesses characterized by rapid progression. Despite having a primary replication site, they generally disseminate systemically thus having a significant impact in the course of infection. Following infection, little is known about the viral population profile during the infectious process. In some infections associated with RNA viruses, an atypical duration of the infectious process occurs, and new light has to be shed on the virus-host relationship during this process. In this project, we will address the evolutionary dynamics of RNA viruses at a systemic level using molecular, genetic, bioinformatic, and statistical tools to (i) determine the viruss population structure in different organs, (ii) describe molecular patterns during the infection; (iii) demonstrate the phylogenetic characteristics of RNA viruses in vivo in patients with acute infections; and (iv) describe the host response during the infection. We anticipate that by the end of this study, our findings will be valuable in determining the molecular bases of the intra-host viral evolution and of the host response and, above all, for the rational and targeted planning of immunotherapeutic strategies that may enable the control of RNA virus infections.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Marielton dos Passos Cunha - Coordenador / DURIGON, EDISON LUIZ - Integrante. Membro: Marielton dos Passos Cunha. |
| 1. | 2023-Atual. Alterações genéticas associadas à homeostase do ferro e seu impacto na predição dos desfecho de tratamento anti-tuberculose: um estudo prospectivo multicêntrico do RePORT-Brasil Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Mariana Araújo Pereira - Coordenador / QUEIROZ, ARTUR T. L. - Integrante / RODRIGUES, MORENO M. S. - Integrante / ANDRADE, BRUNO B - Integrante / CORDEIRO-DOS-SANTOS, MARCELO - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Outra. Membro: Mariana Araújo Pereira. |
| 2. | 2023-Atual. Análise genômica de bactérias probióticas bacteriocinogênicas: identificação taxonômica e caracterização de genes relacionados à síntese de bacteriocinas Descrição: A utilização de micro-organismos probióticos na prevenção e no tratamento de infecções bacterianas em animais destinados ao consumo humano vem sendo considerada uma alternativa eficiente frente ao uso de antibióticos. Adicionalmente, estudos recentes demonstram que determinadas biomoléculas produzidas por estes micro-organismos, tais como bacteriocinas, vitaminas, ácidos graxos, exopolissacarídeos, enzimas, entre outras, podem melhorar a imunidade e o desenvolvimento de seus hospedeiros. Os micro-organismos probióticos mais utilizados atualmente nas indústrias de alimentos e farmacêuticas são os pertencentes ao grupo de bactérias ácido-láticas (BALs), uma vez que são consideradas seguras pelos órgãos reguladores nesta área. No entanto, sabe-se que os efeitos benéficos gerados pelos probióticos são específicos para cada hospedeiro e que, frequentemente, cada biomolécula de interesse é sintetizada, em maior quantidade, por uma determinada linhagem bacteriana. Nesse contexto, o presente projeto tem como objetivo principal o isolamento e a identificação de BALs probióticas presentes na microbiota do intestino de aves, suínos e peixes. Para tanto, serão selecionadas cepas com alta capacidade de produzir bacteriocinas. A partir desta seleção, serão realizados ensaios de compatibilidade entre as cepas e, posteriormente será confeccionado um "mix" de probióticos. As cepas que o compõe serão individualmente micro-encapsuladas e administradas diariamente na dieta dos animais de interesse do setor agropecuário, através de ração e água, a fim de averiguar a eficácia probiótica da mistura. Bacteriocinas sintéticas serão igualmente micro-encapsuladas e administradas na dieta dos animais para compreender seu efeito individual na saúde dos mesmos. Os resultados obtidos com as microcápsulas serão comparados com aqueles obtidos com as mesmas estruturas livres. Ademais, serão realizados estudos imunológicos, análises de microscopia eletrônica e de diversidade da microbiota intestinal desses animais. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (4) . Integrantes: Mauro de Medeiros Oliveira - Integrante / Alessandro de Mello Varani - Integrante / Ricardo Pinheiro de Souza Oliveira - Coordenador / Taís Mayumi Kuniyoshi - Integrante / Carlos Miguel Nóbrega Mendonça - Integrante / Iago Rodrigues Blanco - Integrante / João Victor Dos Anjos - Integrante. Membro: Mauro de Medeiros Oliveira. |
| 3. | 2023-Atual. Grupo de Pesquisa da Cátedra José Bonifácio - USP Descrição: A Cátedra José Bonifácio (CJB) é um programa de apoio à pesquisa instituído pela Universidade de São Paulo com a finalidade de recolher, produzir e disseminar conhecimento sobre a Ibero-América. Instalada no Instituto de Relações Internacionais (IRI) e gerida pelo Centro Ibero-americano (CIBA), a CJB desenvolve um amplo conjunto de atividades e reúne pesquisadores em torno de lideranças sociais e políticas desse espaço de integração. O Grupo de Pesquisa tem por objetivo promover a reflexão sobre temas relacionados ao espaço ibero-americano em sua atualidade, considerando-se os elementos de identidade comuns às sociedades dos países ibéricos e latino-americanos, entre as quais a brasileira, bem como a intensificação do quadro de relacionamento entre essas sociedades. A produção do Grupo de Pesquisa se reflete nas coletâneas publicadas anualmente pela CJB, de livre acesso em http://www.livrosabertos.edusp.usp.br/edusp/catalog/category/relacoes-internacionais.Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Especialização: (1) / Mestrado acadêmico: (16) / Mestrado profissional: (2) / Doutorado: (45) . Integrantes: Janaina da Silva Fortirer - Coordenador / Ana Paula Magna da Silva Frasca Castelhano - Integrante / Pedro Bohomoletz de Abreu Dallari - Integrante. Membro: Janaina da Silva Fortirer. |
| 4. | 2023-Atual. Impacto da inflamação sistêmica na resposta ao tratamento anti- tuberculose no Brasil Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Mariana Araújo Pereira - Integrante / ANDRADE, BRUNO BEZERRIL - Coordenador. Membro: Mariana Araújo Pereira. |
| 5. | 2023-Atual. Modelagem do impacto das mudanças climáticas na produção de soja no Brasil Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Janaina da Silva Fortirer - Integrante / Grandis, Adriana - Integrante / Buckeridge, Marcos Silveira - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de SP - Bolsa. Membro: Janaina da Silva Fortirer. |
| 1. | 2022-Atual. Metatranscriptômica do rúmen de bovinos Nelore e sua relação com desempenho em confinamento Descrição: Analisaremos o perfil de expressão gênica do microbioma de rúmen de dois grupos de 26 touros da raça Nelore, tratados com dieta tradicional e dieta formulada com subprodutos industriais, a fim de investigar a ação de elementos reguladores (miRNA) do hospedeiro sobre a sua microbiota.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Juliana Virginio da Silva - Integrante / Luciana Correia de Almeida Regitano - Coordenador. Membro: Juliana Virginio da Silva. |
| 1. | 2021-2023. Abordagem sistêmica da cana de açúcar: entendendo a expressão gênica para melhorar o crescimento e produção de bioetanol Descrição: O projeto de pesquisa INCT-Bioetanol tem como um dos objetivos explorar o potencial de alvos relacionados às modificações de parede celular e de rotas sinalizadoras de açúcares a fim de aumentar a produção de biomassa para bioenergia. Contudo, eventos espontâneos de poliploidização no gênero Saccharum tornaram o genoma de cana-de-açúcar redundante, abrigando genes em várias cópias funcionais. Adicionalmente, as cultivares de cana-de-açúcar são híbridos interespecíficos poliploides/aneuplóides, o que confere uma complexidade ao genoma, tornando estudos moleculares nesta espécie um desafio. Atualmente, o grupo de pesquisa LAFIECO possui três bancos de transcriptoma, um proteoma e um microtranscriptoma. Além disso, duas ferramentas para análise sistêmica de redes foram desenvolvidas. Desta forma, pretende-se desenvolver um banco de dados local para armazenamento e divulgação dos resultados obtidos, os quais poderão ser facilmente acessados e utilizados em estudos posteriores, além de se estruturar a integração das ferramentas de análise de redes. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Mauro de Medeiros Oliveira - Integrante / Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador / Adriana Grandis - Integrante / Bruno Viana Navarro - Integrante. Membro: Mauro de Medeiros Oliveira. |
| 2. | 2021-Atual. UM MODELO DE TARIFA DINÂMICA DE ENERGIA, APLICANDO CONTROLE ESTATÍSTICO DE PROCESSOS E VALENDO-SE DE MEDIDORES INTELIGENTES EM UM SISTEMA DE REDES INTELIGENTES Descrição: Aplicação do uso de medidores inteligentes no desenvolvimento de um modelo de tarifação dinâmica utilizando métodos computacionais e estatísticos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Felipe Prata Lima - Coordenador / CLEVERTON DA SILVA VASCONCELOS - Integrante / ROBERTO NILTON BENTO DA SILVA - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.Número de orientações: 1 Membro: Felipe Prata Lima. |
| 1. | 2020-Atual. Análise de dependência entre posições de bases de sequências motivos de fatores de transcrição aplicada à comparação de modelos baseados em Position Weight Matrix e Gramática Regular Estocástica Descrição: Para elucidar os mecanismos de regulação transcricional, é essencial determinar acura- damente a interação entre DNA e fatores de transcrição (FT). Embora FTs mantenham certa especificidade em reconhecer sequências curtas de DNA, os sı́tios de ligação de fatores de transcrição (SLFT) são sequências degeneradas. Técnicas experimentais high throughput in vivo, como ChIP-seq, ainda que muito utilizadas, identificam regiões de 100-600 pares de bases (pb), enquanto FTs geralmente se ligam a sequências de 6-15 pb. O modelo mais utilizado para predição de SLFT são PWMs (Position Weight Matrix ), que assumem independência entre as bases do sı́tio, o que pode não ser verdadeiro para determinados fatores de transcrição. Gramáticas regulares estocásticas (GRE) são uma alternativa às PWMs, pois são modelos que conseguem capturar uma relação de dependência entre posições de bases. Considerando esse problema, foi possı́vel escolher pelo modelo PWM ou GRE baseando-se apenas no conjunto amostral de SLFTs obtidos e em novas medidas de dependências propostas. Com o cálculo dessas medidas, foi possı́vel criar uma regra de decisão, via árvore de decisão, que opte pelo melhor modelo de maneira que garanta seu desempenho.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Guilherme Miura Lavezzo - Coordenador / Ariane Machado Lima - Integrante / Luiz Paulo Moura Andrioli - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa. Membro: Guilherme Miura Lavezzo. |
| 2. | 2020-2021. COVID-19: Ações estratégicas do Programa de Pós-Graduação em Biociências e Biotecnologia do Instituto na modalidade deCarlos Chagas da Fiocruz para o desenvolvimento de ferramentas múltiplas de diagnóstico Descrição: O projeto COVID-19: Ações estratégicas do Programa de Pós-Graduação em Biociências e Biotecnologia do Instituto Carlos Chagas da Fiocruz para o desenvolvimento de ferramentas múltiplas de diagnóstico será desenvolvido na FUNDAÇÃO OSWALDO CRUZ (FIOCRUZ) e está vinculado ao Programa Estratégico Emergencial de Prevenção e Combate a Surtos, Endemias, Epidemias e Pandemias (CAPES-EPIDEMIAS). Este programa tem o objetivo de apoiar projetos de pesquisas e formação de recursos humanos altamente qualificados, no âmbito dos Programas de Pós-Graduação stricto sensu, voltados ao enfrentamento à nova pandemia da COViD-19 e em temas relacionados a endemias e epidemias típicas no país, com foco nas áreas específicas descritas a seguir: Epidemiologia, Infectologia, Microbiologia, Imunologia, Bioengenharia e Bioinformática. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Mauro de Medeiros Oliveira - Integrante / Helisson Faoro - Coordenador / Michelle Orane Schemberger - Integrante / Andreia Akemi Suzukawa - Integrante. Membro: Mauro de Medeiros Oliveira. |
| 3. | 2020-2022. Determinantes da relação entre anemia e desfechos clínicos desfavoráveis em pessoas vivendo com HIV Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Mariana Araújo Pereira - Integrante / ANDRADE, BRUNO B - Coordenador. Número de produções C, T & A: 6 Membro: Mariana Araújo Pereira. |
| 4. | 2020-Atual. Estratégia integrada para o estudo de agentes infecciosos causadores de doenças emergentes e/ou negligenciadas transmitidas por vetores de impacto global Descrição: Nós estabelecemos e validamos tecnologias de imagem inovadoras para visualizar a dinâmica da infeção e da patologia causada por tripanosomátideos em hospedeiros vertebrados ou em processos de infecção celulares in vitro. Nesta nova etapa estamos propondo estudar a dinâmica da infecção causada pelo ZIKV com o uso de imagens quantitativas de bioluminescência e/ou fluorescência com resolução espacial de imagens bi- e tridimensionais combinada com técnicas de bioinformática para otimizar estudos in vitro e in vivo, em particular durante o comprometimento cerebral, usando modelos adaptados. A estratégia é desafiadora e permitirá de entender melhor a interação vírus-hospedeiro, com a construção uma cepa de ZIKV-BR bioluminescente/fluorescente, aplicação de ferramentas de imagem e de bioinformática.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Marielton dos Passos Cunha - Integrante / Paola Marcella Camargo Minóprio - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de SP - Bolsa. Membro: Marielton dos Passos Cunha. |
| 5. | 2020-Atual. Evaluación genómica de la resistencia a antibióticos en Salmonella entérica serovar Typhimurium aislados de cuyes con salmonelosis Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Dennis Edgardo Carhuaricra Huaman - Integrante / MATURRANO H., LENIN - Coordenador / LUNA, LUIS - Integrante / ROSADIO, RAÚL - Integrante. Membro: Dennis Edgardo Carhuaricra Huaman. |
| 6. | 2020-Atual. Mapeamento e estudo de associação de Variações no Número de Cópias de DNA (CNVs) e de Regiões com Perda de Heterozigozidade (LOH) com Fenótipos Complexos Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Camila Alves de Souza - Coordenador / Julia Maria Pavan Soler - Integrante / Regina Mara Fisberg - Integrante. Membro: Camila Alves de Souza. |
| 7. | 2020-Atual. Moléculas sinalizadoras na modulação do transcriptoma, fluxo metabólico e produção de saponinas triterpênicas imunoadjuvantes em Quillaja brasiliensis Mart. (Quillajaceae) Descrição: Quillaja brasiliensis é uma espécie arbórea nativa do sul do Brasil, conhecida popularmente como pau-sabão, que produz saponinas triterpênicas bioativas. Saponinas foliares de Q. brasiliensis apresentam pronunciada atividade adjuvante em vacinas veterinárias experimentais, de forma comparável ao adjuvante comercial Quil-A®, obtido de cascas de Quillaja saponaria, uma fonte pouco renovável e sob risco de escassez iminente. Além disso, saponinas de Q. brasiliensis apresentam toxicidade significativamente menor em comparação àquelas de Q. saponaria, característica muito vantajosa no uso de saponinas adjuvantes. Assim como em Q. saponaria, dentre as saponinas de Q. brasiliensis está uma molécula específica, QS-21, aprovada para uso em vacinas humanas contra malária e herpes zoster Culturas celulares de Q. brasiliensis produtoras de saponinas estão disponíveis no laboratório do proponente do RS e seu uso como material experimental facilita sobremaneira avaliações transcriptônicas e metabólicas. Tendo em vista a possibilidade da utilização de Q. brasiliensis para a obtenção sustentável de saponinas com potencial uso comercial e considerando a necessidade de maior conhecimento sobre produção e acúmulo de saponinas bioativas, este projeto propõe-se a caracterizar aspectos metabólicos e transcricionais relacionados à produção de saponinas imunoadjuvantes em culturas celulares de Quillaja brasiliensis. A caracterização incluirá avaliação química, de biossíntese e de respostas transcricionais nos cultivos frente a elicitores metabólicos. Dessa forma, espera-se melhor compreender a regulação de biossíntese de saponinas triterpênicas de alto valor comercial em cultivos celulares de Q. brasiliensis e avaliar sua viabilidade como fonte alternativa e/ou complementar destes produtos naturais e a, longo prazo, dar subsídios à produção biotecnológica em sistemas heterólogos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Alan Péricles Rodrigues Lorenzetti - Coordenador / Douglas Silva Domingues - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Alan Péricles Rodrigues Lorenzetti. |
| 8. | 2020-2023. Recuperação e caracterização de genomas de bacteriofagos isolados a partir de metagenomas de compostagem Descrição: Bacteriófagos ou fagos são vírus que predam bactérias e as utilizam como hospedeiras para sua propagação. A estrutura de comunidades bacterianas são profundamente afetadas pelos fagos. Por muito tempo o isolamento dos fagos foi restrito às bactérias que são possíveis de se cultivar em laboratório, resultando em uma subestimação da real diversidade desses vírus. Com o desenvolvimento do sequenciamento de alto desempenho e da metagenômica tem sido possível o acesso à diversidade viral existente nos mais variados ambientes. A compostagem utiliza o metabolismo microbiano para a degradação/biotransformação da matéria orgânica. Existe uma grande variação no perfil dos microrganismos que participam das diferentes fases do processo de compostagem. Nos últimos anos, compêndios de genomas de fagos têm sido construídos a partir de metagenomas e viromas de variados ambientes e suas implicações ecológicas têm sido exploradas. O objetivo deste projeto é a montagem de um catálogo de genomas de fagos recuperados de dados metagenômicos de diversas amostras do processo de compostagem do Parque Zoológico de São Paulo. Esse catálogo será usado para avaliar o potencial impacto dos bacteriófagos no processo de compostagem.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Vinicius Sousa Flores - Integrante / Aline Maria da Silva - Coordenador / João Carlos Setubal - Integrante. Membro: Vinicius Sousa Flores. |
| 9. | 2020-2022. SARS-CoV-2 na região metropolitana de São Paulo Ação Emergencial Descrição: Desde o final de 2019, um novo vírus denominado SARS-CoV-2 emergiu na China, e a partir de então espalhou-se por diversos países do mundo, apresentando no presente momento um crescimento exponencial no número de casos e de mortes na maioria dos países atingidos. Visando descrever o impacto da pandemia em curso na região metropolitana da cidade de São Paulo (MRSP), será realizado uma análise da circulação do vírus comparando com variáveis sociais, clínicas, laboratoriais, genéticas e evolutivas relacionadas ao SARS-CoV-2 na MRSP. O estudo será observacional transversal prospectivo e terá um tempo de duração de dois anos, com o objetivo de estudar todas as propostas apresentadas no estágio inicial, intermediário e tardio da pandemia em curso na MRSP. Esperamos que sejam coletadas aproximadamente 3000 amostras, que serão processadas para identificação do SARS-CoV-2, caracterização do status de exposição prévio ao vírus, e nos casos positivos, o genoma viral será sequenciado.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Marielton dos Passos Cunha - Coordenador / PAOLO MARINHO DE ANDRADE ZANOTTO - Integrante / Paola Marcella Camargo Minóprio - Integrante / Luís Carlos de Souza Ferreira - Integrante / Edison Luiz Durigon - Integrante / Hélder Takashi Imoto Nakaya - Integrante / Jean Pierre Schatzmann Peron - Integrante / Patrícia Cristina Baleeiro Beltrão Braga - Integrante / Pedro César Teixeira Silva - Integrante / Luiz Gustavo Bentim Góes - Integrante / Angélica Cristine de Almeida Campos - Integrante / Ana Paula Pessoa Vilela - Integrante / Francisco Garcia Soriano - Integrante / Valéria Cassetari - Integrante. Membro: Marielton dos Passos Cunha. |
| 1. | 2019-2024. Abordagem de Auxílio Diagnóstico para o Transtorno do Espectro Autista: Integração de Características Semânticas em Modelos de Atenção Visual Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Felipe de Oliveira Franco - Integrante / Helena Paula Brentani - Coordenador / Fátima de Lourdes Santos Nunes - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa. Membro: Felipe de Oliveira Franco. |
| 2. | 2019-2024. ANÁLISE COMPARATIVA E FUNCIONAL DE PRÓFAGOS IDENTIFICADOS EM PSEUDOMONAS AERUGINOSA. Descrição: Neste projeto temos como objetivos realizar a caracterização da diversidade genômica de P. aeruginosa e a avaliação da abundância e da diversidade de seus prófagos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Pacheco Nobre Rossi - Integrante / João Carlos Setubal - Integrante / Aline Maria da Silva - Coordenador. Membro: Fernando Pacheco Nobre Rossi. |
| 3. | 2019-Atual. Análise do mecanismo molecular da mutação G228W no domínio SAND da proteína AIRE por meio de metodologia computacional e experimental Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Jadson Carlos dos Santos - Integrante / Geraldo Aleixo da Silva Passos - Coordenador. Membro: Jadson Carlos dos Santos. |
| 4. | 2019-Atual. Associação entre dislipidemias e dispêndios em saúde em nível populacional: Escores de risco poligênico e modelagem de microssimulação computacional. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Jean Michel Rocha Sampaio Leite - Coordenador / Júlia Maria Pavan Soler - Integrante / Flávia Mori Santos - Integrante / Marcelo Macedo Rogero - Integrante. Membro: Jean Michel Rocha Sampaio Leite. |
| 5. | 2019-Atual. Investigação das alterações na expressão dos HERVs e das interleucinas na resposta imune em células de linhagens placentárias associadas à infecção pelo vírus Zika Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: Paula Prieto Oliveira - Integrante / Luiz Mário Ramos Janini - Coordenador / Fernando Antoneli - Integrante / Juliana T Maricato - Integrante / Isabel Maria Vicente Guedes de Carvalho Mello - Integrante / Thamires Prolo - Integrante / Anderson Luis da Costa - Integrante / Denis Jacob Machado - Integrante / Márcia Duarte Barbosa - Integrante / Robert Andreata-Santos - Integrante / Cristina M Peter - Integrante / Paolo M A Zanotto - Integrante. Membro: Paula Prieto Oliveira. |
| 6. | 2019-2021. RADEC: Rapid Adaptation to Extreme Climates in Peruvian Sheep Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Dennis Edgardo Carhuaricra Huaman - Integrante / MATURRANO, LENIN - Coordenador / OROZCO-TERWENGEL, PABLO - Integrante / ROSADIO, RAÚL - Integrante. Membro: Dennis Edgardo Carhuaricra Huaman. |
| 7. | 2019-Atual. Recipient Epidemiology and Donor Evaluation Study-IV-Pediatric (REDS-IV- P) Descrição: (da Fundação Pró-Sangue-USP, entre outras instituições brasileiras e norte-americanas) - projeto internacional REDS, iniciado em 2005 e financiado pelo National Institute of Health (NIH) dos EUA. Nesta quarta fase, o REDS-IV-P tem como objetivo o aprimoramento dos benefícios da transfusão e a redução de seus riscos, focando também em populações negligenciadas. O estudo dará continuidade aos estudos do REDS-III, com atenção adicional a recém-nascidos, crianças e grávidas que necessitam de transfusões. O projeto pretende responder importantes perguntas sobre a medicina transfusional e políticas de decisões relacionadas ao sangue. O REDS-IV-P também estende o Brazilian sickle cell disease cohort iniciado no REDS-III, avaliando práticas transfusionais e dados clínicos de pacientes com anemia falciforme. O projeto ainda monitora e investiga ameaças relacionadas a estoques de sangue, como zika, chikungunya e dengue.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Mina Cintho Ozahata - Integrante / João Eduardo Ferreira - Integrante / CARNEIRO PROIETTI, ANNA BÁRBARA - Integrante / SABINO, ESTER - Coordenador / ALMEIDA NETO, CESAR - Integrante. Membro: Mina Cintho Ozahata. |
| 8. | 2019-Atual. RESISTANCE: Characterization of the faecal resistome in poultry and livestock in Lima Metropolitana Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Dennis Edgardo Carhuaricra Huaman - Integrante / MATURRANO, LENIN - Coordenador / ROSADIO A., RAÚL - Integrante / LUNA, LUIS - Integrante. Membro: Dennis Edgardo Carhuaricra Huaman. |
| 9. | 2019-2020. SIMULAÇÃO 3D DE EXPERIMENTOS: UMA ABORDAGEM INTERDISCIPLINAR PARA AS CIÊNCIAS DA NATUREZA Descrição: Esse projeto consiste na criação de um software que simula em três dimensões (3D) experimentos na área das ciências da natureza: biologia, química e física. Seu propósito é demonstrar e simplificar o entendimento de como essas três ciências se relacionam. Os assuntos da grade curricular do ensino médio serão o foco para seleção dos experimentos, a fim de: (i) auxiliar os professores dessas diferentes áreas na execução de atividades acadêmicas interdisciplinares que necessitem ou se beneficiem dessa visão integrada nesse nível de ensino; e (ii) complementar e/ou facilitar o aprendizado por parte dos seus estudantes através de recursos visuais interativos. Embora nos dias atuais haja a disponibilidade de recursos interativos para auxílio ao aprendizado, ainda se pode perceber certa carência deles, principalmente se considerados os aspectos da diversidade de assuntos, da falta integração por causa da estrutura compartimentalizada das áreas do saber, da formação inadequada dos docentes no que tange à visão fragmentada dos conhecimentos de diferentes áreas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Felipe Prata Lima - Coordenador / José Leandro Costa Gomes - Integrante / Suellen Evelyn de Oliveira Silva - Integrante / Vitória de Lira Tenório - Integrante. Número de produções C, T & A: 2 Membro: Felipe Prata Lima. |
| 10. | 2019-Atual. Técnica para construção de oligopaints completos a partir sequências heterocromáticas usando como modelo o cromossomo Y de Drosophila melanogaster Descrição: Pesquisas que focam no entendimento da sequência e organização da heterocromatina permitem que funções essenciais para o organismo como um todo sejam melhor compreendidas. Um dos principais obstáculos em estudos com o cromossomo Y está relacionado justamente ao estado heterocromático desta estrutura, que em Drosophila melanogaster é formada por aproximadamente 41 Mb de sequências altamente repetitivas. Com aplicações em estudos citogenéticos, o protocolo para construção de sondas oligopaints não costuma incluir tais sequências. Considerando que existem apenas 1381 sondas para o cromossomo Y de D. melanogaster, enquanto que para seus outros cromossomos esse valor é ao menos dez vezes maior, oligopaints desta estrutura não permitem análises tão profundas quanto para os outros. Usando o cromossomo Y de D. melanogaster como modelo, este projeto objetiva identificar sequências repetitivas exclusivas do mesmo através do método YGS (Y chromosome Genome Scan), aumentando o número de sondas conhecidas para essa estrutura e permitindo construir seu oligopaint completo. Assim, sendo possível compilar as metodologias envolvidas para o desenvolvimento de uma nova técnica que possibilite construir oligopaints do cromossomo Y de qualquer espécie de interesse. A análise dos resultados e da própria eficiência e qualidade dos oligopaints obtidos será dada através da comparação direta entre estes e os gerados a partir das 1381 sondas atualmente conhecidas para o cromossomo Y.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Isabela Pimentel de Almeida - Coordenador / Maria Dulcetti Vibranovski - Integrante / Antonio Bernardo de Carvalho - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Isabela Pimentel de Almeida. |
| 1. | 2018-2019. Adquisición de un Secuenciador Masivo de Nueva Generación para el Análisis Genómico y Metagenómico de Interés en Salud, Biotecnología y Medio Ambiente Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Dennis Edgardo Carhuaricra Huaman - Integrante / MATURRANO H., LENIN - Coordenador / LUNA, LUIS - Integrante / ROSADIO, RAUL - Integrante. Membro: Dennis Edgardo Carhuaricra Huaman. |
| 2. | 2018-2022. Determinantes clínicos e epidemiológicos da susceptibilidade à infecção por Mycobacterium tuberculosis e da resposta terapêutica em pacientes com tuberculose Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (3) . Integrantes: Mariana Araújo Pereira - Integrante / Beatriz Barreto-Duarte - Integrante / QUEIROZ, ARTUR T. L. - Integrante / ANDRADE, BRUNO B - Coordenador / ARRIAGA, MARIA B. - Integrante. Número de produções C, T & A: 5 Membro: Mariana Araújo Pereira. |
| 3. | 2018-Atual. Estudo da Contribuição de Retrocópias na Origem de Novas Regiões Gênicas Descrição: As retrocópias de genes codificadores foram classificadas por muito tempo como pseudogenes processados e não funcionais. Contudo, hoje sabemos que a retroduplicação gênica, o mecanismo de geração dessas retrocópias, possui um papel relevante na gênese de novos genes em humanos e em outros organismos. Entretanto, esse papel se limita a exemplos pontuais e são raros os estudos que analisam sistematicamente o papel funcional das retrocópias. Atualmente, o estudo da origem de novos genes e de regiões gênicas está em ascensão graças às novas tecnologias nas diversas "ômicas", ao sequenciamento de DNA/RNA em larga escala e às ferramentas computacionais. Todo esse repertório metodológico nos fornece informações mais precisas, profundas e robustas para serem integradas e analisadas sistematicamente. Neste projeto, propomos elucidar parte do papel funcional das retrocópias através do estudo detalhado de suas contribuições para a geração de novos genes e regiões gênicas no genoma humano em condições normais e tumorais. Tal estudo será realizado por meio da análise e integração de diversos conjuntos de dados de retrocópias fixadas e polimórficas presentes no genoma humano. De maneira geral, como resultado esperamos obter um repertório mais completo sobre o papel funcional das retrocópias na origem de novos genes, regiões gênicas e, caso haja, a sua importância no processo de tumorigênese.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Beatriz da Conceição - Integrante / Pedro A. F. Galante - Coordenador / Gabriela Der Agopian Guardia - Integrante. Membro: Helena Beatriz da Conceição. |
| 4. | 2018-2022. Genômica comparativa em Euglenozoários: análise dos diferentes modos de vida Descrição: O filo Euglenozoa é um diverso grupo de organismos unicelulares eucariotos, que engloba três grupos: euglenídeos, diplonemídeos e cinetoplastídeos, apresentando uma grande diversidade de modos de nutrição, incluindo fagotrófico (bacterívoro e eucarióvoro), osmotrófico e fototrófico; e estilo de vida, como livre, parasitário, comensal e endossimbionte. E, apesar de diverso, o foco de pesquisas anteriores foram em organismos de importância econômica e, principalmente, médica, prejudicando as análises comparativas necessárias para a determinação do(s) modo(s) de evolução de muitas características de interesse, inclusive nos modos de vida. Também, a genômica e a transcritômica são abordagens de crescente importância no estudo de todos os grupos de organismos, em especial os protozoários. À proporção que novos genomas são sequenciados e disponibilizados, nos permitindo expandir cada vez mais nossas análises, é possível compreender melhor as relações entre as espécies. Neste trabalho será realizado um estudo a nível molecular, particularmente genômico, comparando os mudanças no conteúdo genético e nas capacidades metabólicas dentro deste grande filo tentando identificar as principais diferenças e semelhanças entre os modos de vida e nutrição dos grupos contidos, além de realizar uma análise filogenética multigênica. Com isso pretende-se entender melhor tanto como ocorreu a evolução do grupo, como o evolução do conteúdo gênico e sua relação com modo de vida, também verificar a pressão que ocorre nos genes de acordo com as singularidades de cada genoma. Para isso, foram selecionados até o momento, 15 genomas e transcriptomas disponíveis em bancos de dados públicos, e outros que fazem parte do projeto maior AToLe que ainda não foram publicados. Será feita a montagem, dos sequenciados que ainda não estão prontos para análise usando o programa Newbler, a predição das sequencias gênicas, e montagem de todos os genomas. Uma parte da anotação será feita utilizando o programa Asgasrd, que identifica proteínas, a partir de bancos de dados como o KEGG e UniProt, e seleciona as vias metabólicas que proteína identificada participa. A análise filogenética será feita através da abordagem de filogenômica, a partir da identificação dos genes ortólogos entre todos os genomas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Anderson Carvalho Morais - Integrante / João Marcelo Pereira Alves - Coordenador. Membro: Anderson Carvalho Morais. |
| 5. | 2018-Atual. Integração de bases de dados administrativos com ferramentas genômicas Descrição: Desenvolvimento de um novo método/ferramenta de integração de bases de dados utilizando ferramentas genômicas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: José Deney Alves de Araújo - Integrante / Nakaya, Helder I. - Coordenador / Juan Silva Barbosa - Integrante / André Guilherme Martins - Integrante. Membro: José Deney Alves de Araújo. |
| 6. | 2018-2021. Meta-análise do efeito da elevada concentração de CO2 atmosférico em espécies neotropicais Descrição: No projeto de mestrado, estudei e utilizei o método meta-análise, com modelos lineares mistos para verificar a influência das mudanças climáticas sob a vegetação brasileira. O primeiro capítulo discutiu a importância da meta-análise em si e seu valor para compreender as respostas das plantas a elevada concentração de CO2 atmosférico. No segundo capítulo, apresentei uma meta-análise dos estudos realizados no Brasil que simularam o aumento da concentração de CO2 atmosférico. O principal resultado deste trabalho foi que árvores e herbáceas respondem de diferentemente ao elevado CO2 para o acúmulo de biomassa, sendo que árvores jovens acumulam mais biomassa do que as herbáceas. Também verificou-se que as plantas em clima neotropical apresentaram respostas similares as espécies em clima temperado. Esse projeto foi apoiado pela CAPES e realizado na Universidade de São Paulo.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Janaina da Silva Fortirer - Integrante / Grandis, Adriana - Integrante / de Toledo Castanho, Camila - Integrante / Buckeridge, Marcos Silveira - Coordenador. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa. Membro: Janaina da Silva Fortirer. |
| 7. | 2018-2019. Redes de integração gênica do imprintoma da placenta e cérebro e modelos preditivos para transtornos do neurodesenvolvimento Descrição: Transtornos psiquiátricos têm alta taxa de agregação familiar, indicando o papel de variantes genéticas em sua origem. No entanto, influências ambientais também são consideradas fatores contribuintes para essas doenças. Estudos em humanos e animais mostram que a exposição a fatores de risco durante a gravidez pode afetar o desenvolvimento fetal e aumentar o risco de doenças no pós-natal. A placenta desempenha um papel importante na regulação do desenvolvimento fetal e na homeostase materna durante a gestação. Mecanismos epigenéticos estão envolvidos na ligação entre as respostas adaptativas da placenta e os efeitos observados a longo prazo, e a nutrição materna deficiente e fatores estressantes podem afetar o epigenoma e a expressão gênica. Genes imprintados, que são expressos de forma monoalélica e estão relacionados à co-adaptação materno-fetal, desempenham um papel importante na regulação do desenvolvimento placentário e cerebral. Estudos preliminares sugerem que genes imprintados estão envolvidos nas respostas placentárias ao estresse e podem contribuir para o risco poligênico de transtornos psiquiátricos. Esses achados podem abrir caminho para a utilização da placenta como um biomarcador preditivo de risco em gestações de risco.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: André Rocha Barbosa - Integrante / BRENTANI, HELENA - Coordenador / PAQUOLA, APUÃ C. M. - Integrante. Financiador(es): CAPES - Centro Anhanguera de Promoção e Educação Social - Bolsa. Membro: André Rocha Barbosa. |
| 8. | 2018-Atual. Uma abordagem de Medicina de Redes revela mecanismos moleculares e novas drogas candidatas para doenças Psiquiátricas Descrição: Doenças neurológicas e psiquiátricas (PNDs) são um fardo para a saúde mundial. Dentre as principais PNDs, aquelas com maior potencial de incapacitação são Depressão, Ansiedade, Distúrbio Bipolar, Esquizofrenia, Demência e Doença de Alzheimer, Doença de Parkinson e de Huntington e Autismo. As drogas mais utilizadas para tratamento das PNDs limitam-se a cinco grandes categorias: antipsicóticos, antidepressivos, ansiolíticos, estimulantes e estabilizadores de humor. Essas drogas têm como alvo principal os diferentes sistemas de neurotransmissão cerebral e apresentam diversos efeitos indesejados, bem como uma grande diversidade na eficiência dos efeitos terapêuticos. Antipsicóticos, em particular, são uma classe de droga de uso agudo e crônico em PNDs como Esquizofrenia e Distúrbio Bipolar e que apresentam severos efeitos indesejados. Uma alternativa atual para o desafio de encontrar novas opções terapêuticas para PNDs encontra-se no reposicionamento de drogas. Essa abordagem prevê o uso de medicamentos já utilizadas em outras doenças para o tratamento de uma nova enfermidade, baseado no compartilhamento de mecanismos moleculares entre elas. Para aplicar o reposicionamento de drogas em PNDs, é necessário, portanto, compreender tais mecanismos nas doenças, bem como aqueles relacionados às drogas já utilizadas para tratamento de PNDs.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Thomaz Lüscher Dias - Integrante / Glória Regina Franco - Integrante / Viviane Schuch - Integrante / Helder Imoto Nakaya - Coordenador / Patrícia Braga - Integrante / Daniel Martins-de-Souza - Integrante / Helena Brentani - Integrante. Número de produções C, T & A: 3 Membro: Thomaz Lüscher Dias. |
| 9. | 2018-Atual. Uma abordagem de Medicina de Redes revela mecanismos moleculares e novas drogas candidatas para doenças Psiquiátricas Descrição: Doenças neurológicas e psiquiátricas (PNDs) são um fardo para a saúde mundial. Dentre as principais PNDs, aquelas com maior potencial de incapacitação são Depressão, Ansiedade, Distúrbio Bipolar, Esquizofrenia, Demência e Doença de Alzheimer, Doença de Parkinson e de Huntington e Autismo. As drogas mais utilizadas para tratamento das PNDs limitam-se a cinco grandes categorias: antipsicóticos, antidepressivos, ansiolíticos, estimulantes e estabilizadores de humor. Essas drogas têm como alvo principal os diferentes sistemas de neurotransmissão cerebral e apresentam diversos efeitos indesejados, bem como uma grande diversidade na eficiência dos efeitos terapêuticos. Antipsicóticos, em particular, são uma classe de droga de uso agudo e crônico em PNDs como Esquizofrenia e Distúrbio Bipolar e que apresentam severos efeitos indesejados. Uma alternativa atual para o desafio de encontrar novas opções terapêuticas para PNDs encontra-se no reposicionamento de drogas. Essa abordagem prevê o uso de medicamentos já utilizadas em outras doenças para o tratamento de uma nova enfermidade, baseado no compartilhamento de mecanismos moleculares entre elas. Para aplicar o reposicionamento de drogas em PNDs, é necessário, portanto, compreender tais mecanismos nas doenças, bem como aqueles relacionados às drogas já utilizadas para tratamento de PNDs.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Thomaz Lüscher Dias - Integrante / Glória Regina Franco - Integrante / Viviane Schuch - Integrante / Helder Imoto Nakaya - Coordenador / Patrícia Braga - Integrante / Daniel Martins-de-Souza - Integrante / Helena Brentani - Integrante. Número de produções C, T & A: 3 Membro: Thomaz Lüscher Dias. |
| 1. | 2017-2019. Análise comparativa do genoma de bacteriófagos isolados da compostagem e estudo dos determinantes de sua interação específica com cepas de Pseudomonas aeruginos Descrição: Projeto relacionado a identificação das principais estruturas e suas variações, responsáveis pela interação especifica entre fagos e seus hospedeiros. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Pacheco Nobre Rossi - Integrante / Deyvid Amgarten - Integrante / João Carlos Setubal - Integrante / Aline Maria da Silva - Coordenador / Layla Martins - Integrante. Número de produções C, T & A: 2 Membro: Fernando Pacheco Nobre Rossi. |
| 2. | 2017-2019. Análise da tetramerização da proteína de membrana CD38 em cadeia completa por Descrição: A proteína de membrana CD38 (ADP-ribosil ciclase / ADP-ribose cíclico hidrolase 1) pertence a uma família de proteínas evolutivamente conservada que desempenha papel crucial na fisiologia humana. Primeiramente identificada como molécula de superfície de leucócitos, CD38 atualmente é considerada uma proteína multifuncional amplamente expressa dentro e fora do sistema imunológico, tendo função enzimática e como receptor. Entre os produtos de sua ação enzimática estão potentes mobilizadores dos estoques de cálcio intracelular (cADPR e NAADP) envolvidos na regulação da homeostase deste íon em muitos tipos celulares. A proteína CD38 mostra-se um importante marcador para doenças como diabetes, leucemia, mieloma, asma e na patogênese da infecção pelo HIV. O gene da proteína CD38 está localizado na banda p15 do cromossomo 4 (4p15) humano, sendo constituído por 8 éxons. Mais de 98% de cerca de 77 kb do gene de CD38 é representado por sequências intrônicas. A proteína CD38 foi relatada como uma única cadeia de 45 Kda com cadeias de oligossacarídeo ligadas a resíduos de asparagina, desempenhando importante papel na estabilização de sua estrutura. Composta por um pequeno domínio citoplasmático, um domínio transmembrana e um grande domínio extracelular que contém seu sítio catalítico, a CD38 humana já tem sido demonstrada, por meio de peso molecular, existindo na forma dimérica e tetramérica, sendo sugerido que a justaposição transmembranar de dois ou quatro monômeros da molécula possa gerar um canal cataliticamente ativo para a formação seletiva e influxo de seu produto enzimático. Tendo em vista a relevância da proteína CD38 na homeostase celular e a importância da oligomerização em sua diversidade funcional, o presente trabalho tem por objetivo prever a orientação preferencial da tetramerização de CD38 com sua cadeia polipeptídica total na forma transmembranar de tipo II por meio de "docking" molecular.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Jadson Carlos dos Santos - Integrante / Silvana Giuliatti - Coordenador. Membro: Jadson Carlos dos Santos. |
| 3. | 2017-2019. Análise de Transcriptoma de RNAs longos não codificadores em amostras de mamíferos infectados por ZIKV Descrição: Bolsista Fipfarma de 08/2017 a 08/2018 Bolsista FAPESP (2018/10748-6) de 09/2018 a 07/2019. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Mariana Araújo Pereira - Integrante / Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador. Membro: Mariana Araújo Pereira. |
| 4. | 2017-Atual. Análise e reconhecimento de padrões de feixes vasculares vegetais Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Juliana Virginio da Silva - Coordenador / Luciano da Fountoura Costa - Integrante. Membro: Juliana Virginio da Silva. |
| 5. | 2017-Atual. Associação de variações no número de cópias (CNVs) e polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) em fenótipos relacionados à atividade física: um estudo de famílias brasileiras Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Jean Michel Rocha Sampaio Leite - Coordenador / Júlia Maria Pavan Soler - Integrante. Membro: Jean Michel Rocha Sampaio Leite. |
| 6. | 2017-2018. Busca por lincRNAs relacionados ao pareamento de vermes adultos de Schistosoma mansoni Descrição: O projeto visa obter dados de variação do nível de expressão dos RNAs longos intergênicos não-codificadores (lincRNAs) de Schistosoma mansonientre vermes adultos machos e fêmeas pareados e despareados. Alguns milhares de lincRNAs já foram recentemente encontrados e validados pelo grupo como sendoexpressos na forma adulta dos parasitas pareados. Com os dados a serem obtidos no projeto aqui proposto, almeja-seapontar possíveis papéis funcionais desempenhados por alguns destes lincRNAs no pareamento e na manutenção de cônjugues machos e fêmeas adultos pareados.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Guilherme Miura Lavezzo - Integrante / VASCONCELOS, ELTON J. R. - Integrante / PIRES, DAVID S. - Integrante / PEREIRA, ADRIANA S. A. - Integrante / AMARAL, MURILO S. - Integrante / VERJOVSKI-ALMEIDA, SERGIO - Coordenador. Membro: Guilherme Miura Lavezzo. |
| 7. | 2017-2022. Determinação e análise da rede de regulação gênica da angiogênese num modelo murino Descrição: Análise de dados de RNA-Seq de um modelo murino para estudo da rede de regulação gênica do processo de angiogênese na retina de camundongo.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Jhonatas Sirino Monteiro - Integrante / João Carlos Setubal - Coordenador / Ricardo José Giordano - Integrante. Membro: Jhonatas Sirino Monteiro. |
| 8. | 2017-Atual. Dinâmica da variabilidade genética de populações com modelagem baseada em agentes (ABM) Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Juan Manuel Vidal García - Coordenador / Sergio Russo Matioli - Integrante. Membro: Juan Manuel Vidal García. |
| 9. | 2017-2019. Evolução dirigida de Pseudomonas aeruginosa em cultura contínua. Descrição: O cultivo continuo é uma técnica que permite regular o crescimento de microrganismos e direcionar a pressão seletiva imposta para um nutriente do meio de cultura. O mutante phoU de P. aeruginosa tem capacidade aumentada na captação de fosfato, entretanto é mais sensível do que a cepa selvagem. Um experimento de longa duração em cultura contínua com privação de fosfato foi realizando utilizando o mutante phoU. Três cepas foram isoladas após 14 dias de experimento, sendo essas com capacidade aumentada para a captação de fosfato e com maior resistência a estresses ambientais. Busco descobrir quão grande é a diferença da aptidão darwiniana dessas cepas com relação ao seu ancestral por meio de competições utilizando o metódo de cultura contínua.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Vinicius Sousa Flores - Integrante / Beny Spira - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Vinicius Sousa Flores. |
| 10. | 2017-Atual. Identificação por phage display de candidatos vacinais para esquistossomose mansônica baseada na auto-cura de macacos rhesus (Macaca mulatta) Descrição: Indivíduos do gênero Schistosoma são hemoparasitas causadores das esquistossomoses distribuídos mundialmente. A doença afeta mais de cem milhões de pessoas. No Brasil, o agente etiológico da esquistossomose é o Schistosoma mansoni. A publicação do transcritoma desta espécie permitiu a identificação de possíveis alvos à candidatos vacinais. Todavia, os candidatos testados até o momento por diversos grupos de pesquisa obtiveram pouco progresso, sendo necessários novos métodos para reconhecer novos alvos. Uma abordagem é a utilização de macacos rhesus como modelo de estudo, que é capaz de curar-se espontaneamente da infecção por Schistosoma. O presente candidato à bolsa de Mestrado é aluno da Pós-graduação Interunidades em Bioinformática da USP e conduzirá as análises bioinformáticas que serão essenciais para analisar os dados que serão obtidos com uma nova tecnologia de phage display com oligonucleotídeos sintéticos, que vai fazer um screening de anticorpos de macacos rhesus infectados e auto-curados. Um projeto de pesquisa financiado pela FAPESP está em andamento e estamos utilizando, pela primeira vez neste modelo de macacos rhesus, esta nova tecnologia. Os oligonucleotídeos sintéticos gerados para a biblioteca de phage display representam, com a mesma abundância na biblioteca, todos os fragmentos de todas as proteínas que possuem sequência conhecida do parasita. Esta nova tecnologia permite fazer um screening não-enviesado de todos os anticorpos dos macacos rhesus que medeiam a auto-cura, e identificar quais fragmentos de proteínas conhecidas de S. mansoni expressados nos fagos são reconhecidos pelos anticorpos do macaco rhesus. Provavelmente essas proteínas alvejadas pelo macaco são críticas para sobrevivência do parasita. Para a análise dos dados deste phage display serão usados sequenciamento em larga-escala dos fagos capturados pelas amostras de soro de cada um de 11 macacos infectados; as amostras foram colhidas em diversos tempos ao longo da infecção e cura. Serão feitas análises bioinformáticas de correlação e agrupamento de dados em larga-escala sobre a abundância relativa das sequências recuperadas nos fagos capturados em cada macaco, tirando-se proveito dos diferentes cursos temporais de auto-cura dos animais; a auto-cura foi medida pela diminuição ou suspensão da deposição de ovos nas fezes de cada macaco, que ocorreu entre 8 e 16 semanas após a infecção pelo parasita. Assim, esperamos identificar um grupo de novos peptídeos antigênicos do parasita, que possam ser testados em estudos futuros para o desenvolvimento de uma vacina contra a esquistossomose.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: João Vicente de Morais Malvezzi - Integrante / Sergio Verjovski Almeida - Coordenador. Membro: João Vicente de Morais Malvezzi. |
| 11. | 2017-2017. O papel metabólico do HIF-1a na tolerância do acará-açu à hipóxia Descrição: O Projeto teve como objetivo identificar genes relacionados com a adaptação fisiológicas do acará-açu quando submetido as baixas quantidades de oxigênio (hipóxia) em câmaras de fluxo de natação.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (2) . Integrantes: José Deney Alves de Araújo - Integrante / Vera Maria Fonseca de Almeida e Val - Coordenador / Ramon Barros Baptista - Integrante. Membro: José Deney Alves de Araújo. |
| 12. | 2017-2018. Prospecção de genes de interesse biotecnológico a partir da compostagem de arroz vermelho e torta de mamona Descrição: A diversidade bacteriana de amostras ambientais e seu potencial ainda são pouco explorados. As abordagens metagenômicas oferecem a oportunidade para a prospecção de genes de interesse biotecnológico a partir de microrganismos não-cultiváveis em laboratório. A compostagem de arroz vermelho e de torta de mamona é um ambiente propício para grande atividade microbiológica, onde ocorre a degradação de material lignocelulósico pela ação de microrganismos. Nesse contexto, pretende-se identificar e isolar genes com interesse biotecnológico a partir de amostras de compostagem de restos culturais de arroz vermelho com torta de manoma. O experimento será realizado no Viveiro Florestal e nos laboratórios de Genética e Biologia Molecular e Biotecnologia Vegetal, todos localizados na Universidade Estadual da Paraíba. Os experimentos de compostagem serão montados e permanecerão sobre lona e em local cimentado e coberto durante 30 dias. As amostras coletadas serão submetidas a processos de extração e purificação de DNA metagenômico para posterior construção de biblioteca metagenômica em vetor fosmídeo por meio de restrição enzimática. A partir da formação de halos no meio em que serão cultivados, os clones selecionados para as atividades celulolíticas e lipolíticas serão subclonados e transformados em Escherichia coli através de eletroporação. A análise dos domínios proteicos será realizada utilizando as ferramentas InterProScan e Pfam. Através da microbiota da compostagem analisada, poderão ser identificadas fontes potencias de enzimas, genes e/ou de novos produtos para aplicações no desenvolvimento dos setores industriais, agropecuário, energético e biotecnológico. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: Isabela Pimentel de Almeida - Integrante / Carlos Henrique Salvino Gadelha Meneses - Coordenador / Nathálya Carvalho Farias - Integrante / Katyanne Maciel Costa Pereira - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Membro: Isabela Pimentel de Almeida. |
| 13. | 2017-2017. Retrocópias e Expressão Genética Descrição: Neste projeto, estudamos diversas características das retrocópias expressas, tais como o nível de expressão de cada retrocópia entre diferentes tecidos de primatas, a expressão espécie-específica e o potencial funcional de cada retrocópia expressa. Para isso, utilizamos os dados da RCPedia, uma base de dados desenvolvida pelo nosso grupo de pesquisa, que contém um catálogo completo de retrocópias presentes em humanos e em outros cinco primatas, o seu contexto genômico, conservação entre-espécie e dados de expressão em seis tecidos diferentes. No final, esse trabalho revelou padrões importantes das retrocópias em primatas, tais como a predominância da expressão tecido-específica (especialmente em testículos), a aquisição de novas sequências regulatórias e a divergência em termos de sequência e expressão das retrocópias em relação aos seus respectivos genes parentais. Todas essas informações, reforçam, portanto, o papel central das retrocópias no surgimento de novos genes em humanos e em outros primatas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Helena Beatriz da Conceição - Integrante / Pedro A. F. Galante - Coordenador. Membro: Helena Beatriz da Conceição. |
| 14. | 2017-2018. Transcriptômica funcional comparativa de diferentes populações de tambaqui de cativeiro (Colossoma macropomum Cuvier, 1818) submetidas a cenários extremos de mudanças climáticas Descrição: O Projeto teve como objetivo identificar genes relacionados com a adaptação em diferentes regiões do Brasil. O projeto possibilitou traçar um perfil das espécies de tambaqui que são produzidas em larga escala por aquicultores distribuídos nas principais regiões do país. Verificou-se ainda a capacidade de respostas em exposição ao senário proposto de aquecimento global do IPCC (Intergovernmental Panel on Climate Change), testando o ambiente extremo de exposição, senário A1.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (2) . Integrantes: José Deney Alves de Araújo - Integrante / Adalberto Luis Val - Integrante / Vera Maria Fonseca de Almeida e Val - Coordenador / Luciana Mara Fé Gonçalves - Integrante. Membro: José Deney Alves de Araújo. |
| 1. | 2016-2016. Análise Bioquímica e Bioinformática de Helicases Reparadoras de DNA Hel308/HelQ Descrição: Caracterizar experimentalmente a atividade de helicase da Hel308 com substituições de aminoácidos em um link inter-domínio predito. Determinar, usando bioinformática e análise de databases a distribuições filogenética de proteínas Hel308 e HelQ através de todas as espécies e o grau de conservação de cada aminoácido no domínio de hélice alada.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Helena Beatriz da Conceição - Integrante / Edward L. Bolt - Coordenador. Membro: Helena Beatriz da Conceição. |
| 2. | 2016-Atual. Análise comparativa de genomas bacterianos Descrição: O grupo participou ativamente do sequenciamento e análise dos genomas bacterianos financiados pelo Programa Genoma ONSA/FAPESP. Neste contexto analisamos os elementos de transposição (TE) e ilhas genômicas associadas aos TEs, bacteriófagos e plasmídeos. O grupo tem especial interesse na compreensão da diversificação dos elementos e do impacto destes sobre a estabilidade e diferenciação dos genomas de organismos filogenéticamente próximos. Estudos de genômica comparativa entre diferentes linhagens patogênicas e não patogênicas são o foco central.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Raquel Paulini Miranda - Integrante / Marie Anne Van Sluys - Coordenador. Membro: Raquel Paulini Miranda. |
| 3. | 2016-2017. Análise de Ancestralidade Materna e Paterna de Pacientes com Mucopolissacaridose tipo I da Paraíba Descrição: Compreender a heterogeneidade e a mistura dos brasileiros dentro e entre regiões geográficas é importante pois favorece a compreensão das doenças endêmicas e suas implicações. Mucopolissacaridose (MPS) tipo I é uma desordem metabólica, de caráter genético autossômico recessivo, determinada pela ausência da enzima α-L-iduronidade que clivaria os resíduos do ácido α-L-idurônico presente nos terminais não redutores dos glicosaminoglicanos (GAGs) sulfato de heparan e sulfato de dermatam. Isso caracteriza a doença como sendo de depósito lisossômico levando ao acúmulo destes GAGs no organismos dos portadores de mutações que ocasionam na doença. O Cromossomo Y é um importante marcador uniparental, pois tem natureza haploide, o que em sua não recombinação e assim na passagem de haplótipos intactos de geração em geração, permitindo a reconstrução da origem e evolução populacional. Essa pesquisa foi desenvolvida para testar a hipótese de que a ancestralidade paterna dos pacientes com MPS tipo I da Paraíba que são acompanhados pelo Hospital Universitário Alcides Carneiro é a mesma. Para tanto, foram utilizados os marcadores de linhagem paterna (cromossomo Y) dos pacientes com amplificação através dos marcadores YAP, SRY1532, DYS199 que integram a região controle do cromossomo Y e definem respectivamente os haplogrupos DE* (africano), R* (europeu) e Q3* (ameríndio). Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) . Integrantes: Isabela Pimentel de Almeida - Integrante / Simone Silva dos Santos Lopes - Coordenador / Micaela de Melo Cordeiro Eulálio - Integrante / Álisson Emannuel Franco Alves - Integrante / Yorran Hardman Araújo Montenegro - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Número de produções C, T & A: 1 Membro: Isabela Pimentel de Almeida. |
| 4. | 2016-2019. Diversidade genética e filodinâmica dos arbovírus emergentes e reemergentes (DENV, ZIKV e CHIKV) nas regiões Nordeste e Sudeste do Brasil, 2014-2016 Descrição: Os vírus transmitidos por artrópodes (arbovírus) são responsáveis por doenças infecciosas emergentes e reemergentes em diferentes áreas do mundo, especialmente em regiões tropicais e subtropicais. Entre estes vírus, destacam-se os vírus que fazem parte das famílias Flaviviridae e Togaviridae, que podem causar manifestações clínicas que vão desde infecção assintomática, doença febril aguda à febre hemorrágica viral e encefalites. No Brasil, os vírus que mais se destacam são os vírus Dengue (DENV), o vírus Chikungunya (CHIKV) e o vírus Zika (ZIKV) sendo os dois últimos identificados pela primeira vez em 2014 e 2015, respectivamente, causando inúmeros problemas de Saúde Pública, sobretudo na região Nordeste do Brasil. No entanto, os processos que moldam os padrões de transmissão em escalas urbanas são desconhecidos para estes vírus, sobretudo o impacto de fatores como a movimento da população humana e urbanização. Elucidar a dispersão dos arbovírus emergentes e reemergentes no Brasil no tempo e no espaço é central para a compreensão de sua epidemiologia. Neste contexto, o presente estudo tem como objetivo compreender a dinâmica da propagação urbana dos arbovírus emergentes e reemergentes (DENV, ZIKV, CHIKV) nas regiões Nordeste e Sudeste do Brasil (estados de Sergipe e São Paulo), e identificar os aspectos demográficos e socioeconômicos associados à dinâmica da movimentação viral que podem fornecer novas perspectivas de estratégias de controle e intervenção.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Marielton dos Passos Cunha - Integrante / PAOLO MARINHO DE ANDRADE ZANOTTO - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de SP - Bolsa. Membro: Marielton dos Passos Cunha. |
| 5. | 2016-Atual. Estudo de variantes genômicas e seu impacto para a expressão gênica em células neuronais de pacientes com transtornos do espectro autista Descrição: Descrito como um transtorno neuropsiquiátrico grave que acomete os indivíduos logo nos estágios iniciais do desenvolvimento, o autismo ou o transtorno do espectro autista (TEA ou ASD em inglês) é uma doença que apresenta uma série de sintomas que comprometem principalmente as habilidades de comunicação social, além de desencadear padrões de comportamento estereotipados e repetitivos. Sua natureza é complexa (i.e., com diferentes modelos de herança) e geneticamente heterogênea (diferentes genes podem estar alterados em diferentes pacientes), o que acaba por dificultar o entendimento de suas causas genéticas e sua fisiopatologia. Os recentes avanços tecnológicos como o Next Generation Sequencing (NGS) possibilitaram explorar todo o genoma ou o exoma de um indivíduo, tornando-se ferramentas valiosas para a descoberta de genes e mutações associadas aos TEA. Entretanto, a interpretação do real impacto biológico de uma variante encontrada por estes estudos e sua consequente associação com o fenótipo nem sempre é simples, especialmente considerando-se, no caso de autismo, sua heterogeneidade genética e seu caráter multifatorial. Uma abordagem interessante para averiguar o possível impacto funcional de uma variante, trazendo evidências de sua contribuição para a doença, envolve a análise do padrão de expressão de seu respectivo gene. Nesse sentido, o presente estudo visa identificar variantes gênicas potencialmente patogênicas em pacientes autistas idiopáticos através da análise de dados de exoma (obtidos por whole exome sequencing- WES) e, em seguida, avaliar se tais variantes têm impacto na expressão gênica. Serão consideradas como variantes potencialmente patogênicas, variantes que levam a um código de parada prematuro, a mudança de quadro de leitura ou a mudança de aminoácido na proteína (com consequência danosa prevista por programas de análise in silico) e que sejam raras na população (frequência < 1%). A análise de expressão será realizada com o uso de dados já disponíveis no laboratório de sequenciamento de transcriptoma total (RNAseq) de células progenitoras neurais derivadas de células pluripotentes induzidas obtidas dos pacientes e de indivíduos controles pareados. Assim, avaliando a expressão de genes que carregam variantes potencialmente patogênicas em um modelo celular relevante para TEA, acreditamos que conseguiremos apontar com maior assertividade aquelas variantes com maior relevância para a fisiopatologia da doença.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Bruna Garbes Gonçalves Pinto - Integrante / Anna Carla Krepel Goldberg - Integrante / Karina Griesi Oliveira - Coordenador. Membro: Bruna Garbes Gonçalves Pinto. |
| 6. | 2016-2019. Genômica comparativa aplicada no estudo da invasividade de Streptococcus pyogenes. Descrição: Streptococcus pyogenes é um patógeno Gram positivo estritamente humano, associado a uma vasta gama de infecções invasivas e não-invasivas, ocupando o quarto lugar entre os patógenos mais associados a óbitos. Apesar dos avanços do sequenciamento de nova geração, a grande capacidade desse patógeno para o rearranjo do genoma requer um grande número de isolados a serem comparados, o que dificulta a realização de comparações de genomas completos. Com isso em mente, foram utilizadas ferramentas baseadas na construção de uma rede gênica como uma nova abordagem para a comparação genômica de 55 isolados de S. pyogenes. Essa nova estratégia facilitou a identificação de genes pertencentes ao pan e ao core genoma, genes exclusivos e hipotéticos que poderiam estar relacionados à virulência de S. pyogenes. As comparações indicaram que não há um subconjunto de genes cuja presença influenciasse unicamente e diretamente o comportamento invasivo de certos isolados, fator que deve estar relacionado à regulação dos fatores de virulência. Apesar disso, vários fatores de virulência e proteínas hipotéticas foram exclusivamente associados a cepas relacionas à mesma doença ou genótipo emm. O estudo dessas proteínas deve auxiliar no entendimento das relações entre genótipo e alterações fenotípicas. Por fim, 14 proteínas foram destacadas como potenciais genes-alvo para o desenvolvimento de uma vacina anti-estreptocócica não-orientada à proteína M, visando evitar o surgimento de reações imunológicas cruzadas que podem levar ao surgimento de doenças autoimunes. Todos os resultados gerados nesse estudo foram disponibilizados em uma nova base de dados (http://143.107.58.250/reportStrep2/), desenvolvida para a centralização e padronização dos dados genômicos de S. pyogenes. A incorporação de novos dados e implementação de novas ferramentas de genômica comparativa continuarão a ser realizadas pela equipe.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: / Mestrado profissional: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Suzane de Andrade Barboza - Integrante / Luciano Antonio Digiampietri - Coordenador / Caio Rafael do Nascimento Santiago - Integrante. Membro: Suzane de Andrade Barboza. |
| 7. | 2016-2017. Identificação de genes potencialmente envolvidos na formação do edema labial na espécie Colossoma macropomum (Cuvier, 1818) Descrição: O Projeto teve como objetivo identificar genes relacionados com a adaptação do tambaqui em baixas quantidades de oxigênio (hipóxia).. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . Integrantes: José Deney Alves de Araújo - Integrante / Adalberto Luis Val - Coordenador / Daniel Barros Fagundes - Integrante. Membro: José Deney Alves de Araújo. |
| 8. | 2016-2017. Investigação de mutações patogênicas em genes da maquinaria epigenética em grupo de pacientes com deficiência intelectual idiopática Descrição: Este trabalho tem como principal objetivo explorar a etiologia genética de um grupo de pacientes afetados por DI inespecífica, previamente caracterizado com resultados negativos quanto a alterações cromossômicas (cariótipo e microarranjos genômicos) e síndrome do cromossomo X Frágil. A abordagem metodológica será baseada em triagem de mutações por sequenciamento de nova geração (target sequencing), utilizando um painel customizado de 32 genes pertencentes a vias específicas relacionadas à DI.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: João Vicente de Morais Malvezzi - Integrante / Ana Cristina Victorino Krepischi - Coordenador. Membro: João Vicente de Morais Malvezzi. |
| 9. | 2016-2017. miRNApath II: Plataforma para identificar alvos de miRNAs e vias gênicas que são reguladas por miRNAs Descrição: Desenvolvimento de uma ferramenta web em que seja possível a realização de análises a partir das informações de expressões de miRNAs e mRNAs e dados de vias gênicas retirados de bancos públicos. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Natália Baptista Cruz - Integrante / Wilson Araujo da SIlva Junior - Coordenador / Jessica Rodrigues Plaça - Integrante. Membro: Natália Baptista Cruz. |
| 10. | 2016-2021. RNAs não codificantes derivados de sequências de inserção na arqueia halófila Halobacterium salinarum NRC-1 Descrição: Sequências de inserção (IS) são elementos genéticos móveis amplamente distribuídos nos procariontes e que causam grande impacto no genoma que as abrigam. Dependendo da situação, o impacto desses elementos pode ser benéfico ao hospedeiro, promovendo a diversidade genética e a modulação da expressão gênica. Por outro lado, são comuns eventos de mobilização que causam prejuízo, como por exemplo em casos onde a inserção de IS em genes essenciais compromete a viabilidade do organismo. Diversos mecanismos de regulação se encarregam de manter baixos os níveis de transposição, evitando efeitos deletérios. Em bactérias, um dos mecanismos que regulam a taxa de transposição de elementos da família IS200/IS605 atua em nível pós-transcricional, impedindo a tradução de RNAs mensageiros (mRNAs) codificadores de transposases por meio do acoplamento à proteína Hfq e/ou RNAs antisenso (asRNAs). Em arqueias, a proteína LSm, homóloga da Hfq, parece desempenhar função similar, entretanto, a literatura mostra que o conhecimento destes fenômenos ainda é bastante inferior no terceiro domínio da vida em relação ao conhecido para bactérias. Nosso grupo de pesquisa tem estudado diversos aspectos dos RNAs não codificantes (ncRNAs) da arqueia halófila Halobacterium salinarum NRC-1, inclusive no contexto das IS. Analisamos experimentos piloto de sequenciamento de RNAs coimunoprecipitados com LSm em H. salinarum NRC-1 e resultados preliminares indicam que aproximadamente 85% das IS intactas produzem RNAs que apresentam interação com essa proteína. O projeto de doutorado aqui proposto tem como objetivo identificar ncRNAs sense ou antisense derivados de IS, caracterizar sua interação com LSm, identificar possíveis alvos de regulação e por fim elucidar, tanto experimentalmente quanto in silico, sua estrutura secundária em H. salinarum NRC-1. A prevalência, conservação e especificidade da interação entre esses ncRNAs e LSm/Hfq em procariontes será analisada, contribuindo para a compreensão da regulação da transposição em nível pós-transcricional.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Alan Péricles Rodrigues Lorenzetti - Integrante / Tie Koide - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Alan Péricles Rodrigues Lorenzetti. |
| 11. | 2016-2016. Sequênciamento genômico do sapo pé-de-pá-oriental, Scaphiopus holbrookii (Amphibia: Anura: Scaphiopodidade) e do sapo flamenguinho, Melanophryniscus moreirae (Amphibia: Anura: Bufonidae) Descrição: Projeto de Bolsa em Extensão e Pesquisa no Exterior (BEPE), FAPESP, Proc. No. 2015/18654-2. Apesar da disponibilidade de tecnologias de sequenciamento de alta performance que permitem a aquisição de dados moleculares a preços factíveis, dificuldades computacionais em analisar grandes bancos de dados de sequências e o pequeno número de genomas nucleares de sapos que possam ser usados como referência têm dificultado avanços em estudos genômicos de anuros. Apenas dois genomas nucleares e 81 genomas mitocondriais completes foram publicados para Anura até a data de submissão desta proposta, uma amostragem muito pequena das atuais 6.483 espécies de sapos. Aqui eu proponho montar e analisar o genoma nuclear parcial e o genoma mitocondrial completo do sapo-pé-de-pá-oriental, Scaphiopus holbrookii, e do sapo-flamenguinho, Melanophyniscus moreirae, usando tecnologias de sequenciamento de alta eficiência (Illumina HiSeq). Estas espécies foram selecionadas devido à características genéticas que facilitam a análise de seu genoma e qualidades únicas que as tornam interessantes para o estudo da evolução de Anfíbios e da defesa química neste grupo. O sapo-pé-de-pá-oriental tem posição filogenética estratégica que possibilita a investigação de aspectos genômicos associados com a transição para o ambiente terrestre em sapos, do papel dos elementos transponíveis no tamanho do genoma de anfíbios, da distribuição e variabilidade de elementos ultra-conservados específicos à linhagem ou aos anuros, da evolução de genes organelares e dos rearranjos genômicos mitocondriais em anuros, entre outros. Já o sapo-flamenguinho é um bufonídeo que apresenta defesa química baseada tanto em alcaloides sequestrados da dieta quanto bufoteninas biosintetizadas, sendo então uma espécie chave para o entendimento da defesa química em anuros. A viabilidade deste projeto é garantida pela disponibilidade de sequências brutas já obtidas para ambas as espécies e recursos computacionais massivos dedicados à este projeto, aliados à experiência dos nossos colaboradores internacionais na área da genômica de organismos não-modelo. Eu acredito que a presente proposta irá nos levar um passo adiante na superação da nossa atual falta de conhecimento em genômica comparada de anuros e na distância entre a facilidade atual na obtenção de dados genômicos e a dificuldade de analisá-los.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Denis Jacob Machado - Integrante / Taran Grant - Integrante / DANIEL JANIES - Coordenador. Membro: Denis Jacob Machado. |
| 12. | 2016-2016. Simplified Effetive Labour-Monitoring Assistant (SELMA) Within The Better Outcomes in Labour Dificult (BOLD) Project Descrição: Efetuar analise de dados em grande escala e desenvolver um software de apoio a tomada de decisão para utilização durante o parto. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Doutorado: (1) . Integrantes: Natália Baptista Cruz - Coordenador / Domingos Alves - Integrante / Matheus Calil Faleiros - Integrante. Membro: Natália Baptista Cruz. |
| 13. | 2016-2017. Validação por PCR quantitativo da variação do nível de expressão de RNAs longos não-codificadores de proteínas entre os diferentes estágios do ciclo de vida do parasita Schistosoma mansoni Descrição: Validar por Real Time qPCR os achados das análises dos dados de RNA-Seq por meio de ferramentas de bioinformática (Vasconcelos et al., 2017), ou seja, validar a existência e expressão diferencial dos lincRNAs em diferentes estágios do ciclo de vida de Schistosoma mansoni e apontar suas possíveis funções exercidas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Guilherme Miura Lavezzo - Integrante / VASCONCELOS, ELTON J. R. - Integrante / DASILVA, LUCAS F. - Integrante / PIRES, DAVID S. - Integrante / PEREIRA, ADRIANA S. A. - Integrante / AMARAL, MURILO S. - Integrante / VERJOVSKI-ALMEIDA, SERGIO - Coordenador. Membro: Guilherme Miura Lavezzo. |
| 1. | 2015-2020. Análise da conservação de redes de co-expressão do imprintoma da placenta e cérebro entre os sexos e sua contribuição para o Transtorno do Espectro Autista Descrição: O transtorno do espectro autista (TEA) é uma desordem do neurodesenvolvimento caracterizada por uma complexa arquitetura genética e ampla heterogeneidade clínica, devido às contribuições de componentes ambientais e genéticos. Interessantemente, há uma distorção na taxa de prevalência entre meninos e meninas (4:1) e estudos têm mostrado que mães sob condições estressoras durante a gravidez apresentam maior taxa de filhos com TEA, sendo meninos os mais afetados. Essa interface materno-fetal é mediada pela placenta e postula-se que a modulação da resposta frente às condições ambientais ocorra através de mecanismos epigenéticos e seja sexo-específica. Uma classe de genes que está sob esse mecanismo de regulação e é importante nesta mediação são os chamados genes imprintados. Estudos observaram uma sincronia de co-expressão desses genes entre cérebro e placenta e que mediante a privação alimentar materna houve alteração da expressão genes imprintados somente na placenta, preservando a expressão no cérebro fetal durante o desenvolvimento, evidenciando a importância desses genes na modulação da resposta ao estresse. Assim, os processos regulatórios que ocorrem com genes imprintados na placenta parecem ser importantes para o desenvolvimento do cérebro fetal.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: André Rocha Barbosa - Integrante / Helena Paula Brentani - Coordenador / Ana Carolina Tahira - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa. Membro: André Rocha Barbosa. |
| 2. | 2015-2016. Análise do transcriptoma de casos de mitocondriopatias com deleção do DNA mitocondrial. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Vanessa Galdeno Freitas - Coordenador / Suely Kazue Nagashi Marie - Integrante. Membro: Vanessa Galdeno Freitas. |
| 3. | 2015-2017. Análise do transcritoma do mexilhão marrom (Perna perna) sob contaminação por antraceno Descrição: Estuários e outros ecossistemas costeiros são suscetíveis à contaminação por hidrocarbonetos poliaromáticos (HPAs), como o antraceno (ANT), devido à intensa atividade humana nessas regiões. O ANT é um dos HPAs com maior solubilidade em água e sua toxicidade aumenta com a exposição à luz solar. Os moluscos bivalves são organismos modelo em estudos ecotoxicológicos, porém poucos mecanismos de biotransformação de xenobióticos a nível genômico são conhecidos para Perna perna. Através do sequenciamento do transcritoma de mexilhões expostos ao ANT serão identificados os principais genes de biotransformação envolvidos no processo, bem como a diferença na expressão destes genes induzida pela exposição.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Jhonatas Sirino Monteiro - Integrante / Igor Dias Medeiros - Integrante / João Carlos Setubal - Coordenador. Membro: Jhonatas Sirino Monteiro. |
| 4. | 2015-2015. ANÁLISE GENÔMICA DE CEPAS DE STREPTOCOCCUS PYOGENES DO TIPO emm28 ISOLADOS DE PACIENTES COM DERMATITE ESTREPTOCÓCICA PERIANAL Descrição: As cepas responsáveis pelas infecções sem caráter invasivo devem apresentar uma superexpressão ou uma repressão da regulação de genes inferidos à invasividade, fator que pode ser causado pela integração de um fago, rearranjos genômicos ou mesmo por uma mutação. O caráter invasivo de centenas de cepas de S. pyogenes poderá, então, ser explicado pela arquitetura genômica dos isolados não-invasivos, principalmente pelos originários das dermites estreptocócicas perianais infantis. O objetivo é identificar, por análise genômica comparativa, genes potencialmente relacionados aos processos invasivos de S.pyogenes, ao comparar o genoma de cepas virulentas de mesmo genótipo M isoladas de infecções invasivas, como febre puerperal ou infecções supurativas localizadas na região extra-genital.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Suzane de Andrade Barboza - Integrante / Ahmad Faili - Integrante / Samer Kayal - Coordenador. Número de produções C, T & A: 1 Membro: Suzane de Andrade Barboza. |
| 5. | 2015-2016. Avaliação do efeito inibidor de fármacos de origem sintética em Biomphalaria glabrata na infecção por Schistosoma mansoni. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Juliana Virginio da Silva - Coordenador / Fernanda de Freitas Anibal - Integrante. Membro: Juliana Virginio da Silva. |
| 6. | 2015-2015. Biologia de sistemas aplicada ao desenvolvimento de linhagens mutantes de Salmonella typhimurium com elevado potencial como vetores bacterianos vivos Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Raquel Paulini Miranda - Integrante / Teresa Cristina Zangirolami - Coordenador / Adilson José da Silva - Integrante. Membro: Raquel Paulini Miranda. |
| 7. | 2015-Atual. ConsensusGraph: Analisando a Estabilidade de Redes Gênicas Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Pedro de Sá Tavares Russo - Coordenador / Helder Takashi Imoto Nakaya - Integrante / Gustavo Rodrigues Ferreira - Integrante. Membro: Pedro de Sá Tavares Russo. |
| 8. | 2015-2018. Efeito da Deleção Corporal de TLR4 no Tecido Adiposo Marrom na Vigência da Caquexia Associada ao Câncer Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) . Integrantes: Felipe de Oliveira Franco - Integrante / Miguel Luiz Batista Junior - Coordenador / Karen da Silva Fagundes - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa. Membro: Felipe de Oliveira Franco. |
| 9. | 2015-Atual. Estudo dos Piwi-interacting RNAs (piRNAs) em primatas e roedores Descrição: Eucariotos apresentam pequenos RNAs que possuem diversas atividades na regulação da expressão gênica por degradação do RNA mensageiro e/ou silenciando genes transcritos via repressão da tradução. O mais abundante, com relação à diversidade, é o Piwi-interacting RNA (piRNA), o qual varia de 26 a 31 nucleotídeos. Atualmente sabemos que os piRNAs atuam, por exemplo, na repressão de elementos transponíveis no genoma, não somente localmente mas também em regiões genômicas distantes, e na repressão de mRNAs de genes codificadores e não codificadores. Sua interação com proteínas argonautas Piwi para formar o complexo de silenciamento ainda precisa ser melhor explorada, porém já se tem conhecimento de que alterações nesse complexo possui relação com aumento da proliferação, supressão e invasão de vários tipos de células cancerígenas. Apesar de conhecermos estas característica e funções, ainda existem poucos estudos sistemáticos sobre os piRNAs, mesmo em espécies muito bem estudadas como Homo sapiens e Mus musculus. Neste projeto, pretendemos estudar sistematicamente diversas características genômicas e de expressão destes piRNAs. Para isso, vamos construir ferramentas computacionais e usar dados públicos de sequenciamento para explorar os piRNAs já caracterizados e descobrir novos candidatos, assim como identificar suas localizações (e co-localizações) genômicas e possíveis influências nos genes próximos. Iremos analisar os piRNAs espécie-específicos e aqueles conservados entre humanos, em outros primatas (chimpanzé, rhesus e sagui) e entre estes primatas e roedores (camundongo e rato). Por fim, mapearemos o perfil de expressão destes piRNAs em tecidos tumorais e buscar aqueles diferencialmente expressos em tumores colorretais e glioblastomas. Boa parte dos dados produzidos serão integrados em um banco de dados web e disponibilizados à comunidade científica.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Ricardo Piuco - Coordenador / Pedro Alexandre Favoretto Galante - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa. Membro: Ricardo Piuco. |
| 10. | 2015-2018. Genômica comparativa de tripanossomatídeos portadores de endossimbiontes e sua implicação no genoma de Angomonas ambiguus. Descrição: Tripanossomatídeos hospedeiros de endossimbiontes (SHT) possuem características únicas, em aspectos morfológicos, bioquímicos e moleculares, quando comparados a tripanossomatídeos regulares (RT). Dentre as sete espécies conhecidas atualmente, Angomonas ambiguus (Filo Euglenozoa; Família Trypanosomatidae) parece apresentar uma incongruência evolutiva entre os genomas do hospedeiro (núcleo) e seu endossimbionte (TPE), uma β-proteobactéria. Para entender esta incoerência, dentre outros aspectos genômicos e evolutivos, este trabalho iniciou uma análise comparativa entre os genomas de seis espécies de SHTs e seus respectivos TPEs, através de ferramentas de bioinformática. Com os genomas sequenciados e montados, foram preditas e anotadas os genes codificadores de proteínas, de rRNAs e tRNAs; identificados os genes ortólogos, com objetivo de realizar uma comparação do conteúdo gênico, e também para realizar a comparação posterior por meio de inferência filogenética por máxima verossimilhança entre todos os grupos ortólogos encontrados entre A. ambiguus, A. deanei, A. desouzai, Strigomonas Galati, S. oncopelti e S. culicis, e entre os respectivos endossimbiontes. Foi feita também análise filogenômica através da construção de uma superárvore. O genoma do endossimbionte é bem reduzido, com perda no conteúdo GC, além disso notou-se perdas de genes ortólogos, tanto para essa espécie, quanto para os outros TPEs. A anotação funcional dos genes a partir das vias metabólicas do KEGG e utilizando o programa ASGARD, verificou-se que o TPE contribui fornecendo genes para completar muitas das vias de aminoácidos dos SHT, como em alguns aminoácidos essenciais, tal qual prolina, arginina, valina, leucina, e outros não essenciais, comprovando a relação mutualística entre endossimbionte e hospedeiro, como é visto em outros trabalhos. Também, comprovou-se por filogenia multigênica que A. ambiguus está mais relacionada com A. desouzai, enquanto Candidatus Kinetoplastibacterium crithidii ?amb? está diretamente relacionado com o endossimbionte de A. deanei. No caso das espécies do gênero Strigomonas, cada flagelado possui sua própria espécie de endossimbionte, em perfeita coespeciação. O que provavelmente aconteceu foi a hibridização entre as espécies A. desouzai e A. deanei, permanecendo o núcleo da primeira e o endossimbionte da segunda espécie, hibridação é um fenômeno bem relatado em espécies do gênero Leishmania.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Anderson Carvalho Morais - Integrante / João Marcelo Pereira Alves - Coordenador. Membro: Anderson Carvalho Morais. |
| 11. | 2015-2016. Identificação de linhagens de bactérias através da análise da sequência do gene que codifica o RNA ribossomal 16S. Descrição: Projeto de conclusão de curso. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Fernando Pacheco Nobre Rossi - Integrante / José Luiz Caldas Wolff - Coordenador. Membro: Fernando Pacheco Nobre Rossi. |
| 12. | 2015-2016. Manejo de plantas daninhas e soja voluntária nos sistemas de produção de mamona Descrição: A cultura da mamoneira tem despertado o interesse como alternativa para áreas de produção de grãos, como o cerrado brasileiro, principalmente para a segunda safra. Nesse cenário há uma grande demanda por pesquisas com o manejo de plantas daninhas eudicotiledôneas, considerando-se também o controle das plantas resultantes de sementes remanescentes da colheita de soja, denominadas de voluntárias. Sendo assim, objetivou-se com esse trabalho avaliar a seletividade de herbicidas pós-emergentes para a cultura da mamoneira e a eficácia no controle de soja voluntária. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Isabela Pimentel de Almeida - Integrante / Augusto Guerreiro Fontoura Costa - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Número de produções C, T & A: 1 Membro: Isabela Pimentel de Almeida. |
| 1. | 2014-2016. Aplicação das tecnologias de marcação, localização e caracterização molecular e microscópica no estudo das interações planta-bactéria e bactéria-terra-rara da bactéria endofítica Bacillus tequilensis Descrição: Verificar por MALDI-IMAGING (Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Imaging Mass Spectrometry) a incorporação de 15N (isótopo) ,proveniente de cultura celular da Bacillus tequilensis , pela planta simbiótica Agave tequilana. Analisar a composição química das folhas seccionadas de Agave tequilana através de MALDI-ToF Verificar a possibilidade de adesão/incorporação de terras-raras (Eu e Tb) através de técnicas de Espectroscopia de Fluorescência e Microscopia Confocal. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Guilherme Miura Lavezzo - Integrante / Katia Roberta Prieto - Integrante / Fernanda Manso Prado - Integrante / Miguel Beltran-García - Integrante / Ivan Guide Nunes da Silva - Integrante / Hermi Felinto de Brito - Integrante / Paolo Di Mascio - Coordenador. Membro: Guilherme Miura Lavezzo. |
| 2. | 2014-2018. Ecofisiologia e Evolução Molecular Descrição: Estudos da qualidade de ambientes vulneráveis a ações antrópicas na região Amazônica, incluindo mudanças climáticas, melhoria da piscicultura de espécies de peixes da Amazônia para a recomposição de áreas degradadas e para o consumo humano, e verificação do estado de saúde de peixes ornamentais para exportação. Por meio de estudos de campo e de laboratório, são investigadas características genéticas, bioquímicas, fisiológicas, toxicológicas e comportamentais de várias espécies de peixes a fim de subsidiar o uso sustentável da biodiversidade da região ao mesmo tempo em que contribuem com a sua conservação bem como com o monitoramento da qualidade do ambiente.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (6) / Mestrado acadêmico: (10) / Doutorado: (19) . Integrantes: José Deney Alves de Araújo - Integrante / Adalberto Luis Val - Coordenador / Vera Maria Fonseca de Almeida e Val - Integrante. Membro: José Deney Alves de Araújo. |
| 3. | 2014-2015. Efeitos do laser terapêutico de baixa intensidade e do implante de Scaffolds de Biosilicato® na consolidação de defeitos ósseos de tamanho crítico Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Juliana Virginio da Silva - Coordenador / Karina Nogueira Zambone Pinto Rossi - Integrante / Carla Roberta Tim - Integrante / Patricia Brassolatti - Integrante / Hugo Leonardo Santos - Integrante / Vinicius Fresca Costa - Integrante / Bruno Stein Barbosa Menechino - Integrante / Hueliton Wilian Kido - Integrante. Membro: Juliana Virginio da Silva. |
| 4. | 2014-2015. ESTUDO DO POTENCIAL CITOTÓXICO DE SUBSTÂNCIAS OBTIDAS DE ACTINOMICETOS ASSOCIADOS AO ZOANTÍDEO Protopalythoa variabilis Duerden, 1898 (CNIDARIA, ANTHOZOA) DO LITORAL CEARENSE Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Jean Michel Rocha Sampaio Leite - Integrante / Diego Veras Wilke - Coordenador. Membro: Jean Michel Rocha Sampaio Leite. |
| 5. | 2014-2014. Evaluation and optimization of Quality Control of Human Embryonic Stem Cells (hESCs) towards the β-cell pancreatic lineage Descrição: Trabalhei empregando técnicas de Imunofluorescência e Imageamento celular para controle de qualidade de células tronco embrionárias nos diferentes estagios de diferenciação celular.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Jean Michel Rocha Sampaio Leite - Coordenador / Douglas L. Melton - Integrante. Membro: Jean Michel Rocha Sampaio Leite. |
| 6. | 2014-Atual. Evolução Cromossômica de lagartos Iguania Pleurodonta (Squamata), com ênfase nas famílias Dactyloidae, Leiosauridae e Liolamidae Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (1) . Integrantes: João Vicente de Morais Malvezzi - Integrante / Katia Cristina Machado Pellegrino - Coordenador / Marielle Cristina Schneider - Integrante / Karen Ventura - Integrante / Carolina Elena Viña Bertolotto - Integrante / Mariana Morando - Integrante / Yatyo Yonenaga-Yassuda - Integrante / Miguel Trefaut Rodrigues - Integrante / Luiza de Mello Oliveira Sisdelli - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: João Vicente de Morais Malvezzi. |
| 7. | 2014-2015. Expression profile of gene and microRNAs in meningiomas with and without deletion of chromosome 1p Descrição: Evaluate the global gene expression by microarray technique between grade I meningiomas with and without the deletion on chromosome 1p. Evaluate the global expression of microRNAs by microarray technique between grade I meningiomas with and without the deletion on chromosome 1p. Evaluate the differential expression profiles of genes and microRNAs associated with the mechanism of apoptosis by real-time PCR between grade I meningiomas with and without the deletion on chromosome 1p. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Doutorado: (1) . Integrantes: Natália Baptista Cruz - Integrante / Houtan NOUSHMEHR - Integrante / Jessica Caroline Alves Nunes Temporal - Integrante / Carlos Gilberto Carlotti Jr - Integrante / Daniela Pretti da Cunha Tirapelli - Integrante / Virginia Mara de Deus Wagatsuma - Coordenador. Membro: Natália Baptista Cruz. |
| 8. | 2014-2016. Expressão Diferencial do Transcriptoma da Espécie Triportheus albus Cope, 1872 nas águas preta, clara e branca da Amazônia Descrição: Popularmente conhecida na região pelo nome de sardinha, esta espécie se destaca entre as mais de 3.000 espécies que vivem na bacia amazônica, pois tem a habilidade de sobreviver nos três tipos de água da região (Preta, Clara e branca). Foi montado e analisado o transcriptoma da espécie para entender o mecanismo evolutivo que possibilitou essa característica.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (2) . Integrantes: José Deney Alves de Araújo - Integrante / Andrea ghelfi - Integrante / Adalberto Luis Val - Coordenador. Número de produções C, T & A: 1 Membro: José Deney Alves de Araújo. |
| 9. | 2014-2018. Incorporação de evidências biológicas para a identificação de SNPs interferindo em sítios alvos de miRNAs Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Paula Prieto Oliveira - Integrante / Ariane Machado Lima - Coordenador / Helena Paula Brentani - Integrante. Membro: Paula Prieto Oliveira. |
| 10. | 2014-2017. Parasite Image Database - Um banco de imagens de parasitas Descrição: O ?Parasite Image Database? é um portal de imagens digitais de parasitas disponível em http://data.ime. usp.br/parasitedb/, cujo projeto se iniciou em 2011, no âmbito do Programa Aprender com Cultura e Extensão, da Pró-Reitoria de Cultura e Extensão da USP (PRCEU). O projeto consistiu inicialmente na digitalização do acervo de diapositivos do Departamento de Parasitologia, com imagens de parasitas artrópodes, helmintos e protozoários. Desde então, o projeto foi sendo aprimorado tanto na captura e edição de imagens digitais de parasitas como também na construção de um sistema de banco de dados relacional e um sítio web com interface amigável para usuários e administradores do portal. Para isso, tem sido utilizadas câmeras digitais acopladas a microscópio e lupa, além de equipamento de macrofotografia em estúdio. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Mina Cintho Ozahata - Integrante / João Eduardo Ferreira - Integrante / arthur gruber - Coordenador / Alda Maria Backx Noronha Madeira - Integrante / Leonardo Tadashi Kamaura - Integrante. Membro: Mina Cintho Ozahata. |
| 11. | 2014-Atual. Pesquisa de Vírus no Trato Respiratório em População Pediátrica Descrição: As infecções do trato respiratório representam importante causa de morbidade e mortalidade em todo o mundo, sendo os vírus considerados os principais agentes etiológicos. Crianças menores de sete anos de idade têm a cada ano, em média, de quatro a seis infecções do trato respiratório, sendo esta causa comum de hospitalização, especialmente em países em desenvolvimento. No Brasil, estudos que avaliem a ocorrência de quadros respiratórios associados à infecção viral são escassos e, na região Centro-Oeste, inexistentes. O presente estudo tem como objetivo investigar por Multiplex-PCR a ocorrência e relação de patógenos virais como possíveis agentes etiológicos de infecções respiratórias em população pediátrica. Os resultados obtidos por este estudo serão de relevância, uma vez que constituirão a primeira investigação etiológica de infecções respiratórias da região e assim, fornecerão subsídios que auxiliem no direcionamento de terapias e otimização de medidas de controle e prevenção destas infecções. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marielton dos Passos Cunha - Integrante / Ítalo de Araújo Castro - Integrante / Divina das Dôres de Paula Cardoso - Integrante / Menira Borges de Lima Dias e Souza - Integrante / Tâmera Nunes Vieira Almeida - Integrante / Keili Maria Cardoso de Souza - Integrante / Anniely Carvalho Rebouças Oliveira - Integrante / FIACCADORI, FABÍOLA SOUZA - Coordenador / TERESINHA TEIXEIRA DE SOUSA - Integrante / Nathânia Dábilla Alves Silva - Integrante. Membro: Marielton dos Passos Cunha. |
| 12. | 2014-2015. Ralstonia Solanacearum: caracterização bioquimica e molecular Descrição: Trabalho de pesquisa de iniciação cientifica. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Fernando Pacheco Nobre Rossi - Integrante / José Luiz Caldas Wolff - Coordenador. Membro: Fernando Pacheco Nobre Rossi. |
| 13. | 2014-2015. Reconstrução da filogenia de Pseudomonas como método para predição de genes relacionados com a degradação de antraceno Descrição: O presente trabalho propõe investigar se a reconstrução da filogenia de bactérias do gênero Pseudomonas pode servir como método para predição de genes relacionados com a degradação de antraceno em genomas de bactérias ainda não testadas. Atividade antropogênicas, como as atividades portuárias que são fontes de contaminação de antraceno no estuário de Santos e em outros ecossistemas, podem ter impactado na história evolutiva de bactérias do gênero Pseudomonas. Utilizando técnicas em bioinformática, será(ão) identificada(s) a(s) enzima(s) que participa(am) do processo de degradação do antraceno e as Pseudomonas que possuem os genes para essa(s) enzima(s). Posteriormente, as sequências do gene 16S RNA ribossomal dessas bactérias serão utilizadas para reconstruir a história evolutiva de Pseudomonas que possuem os genes relacionados com a degradação do antraceno, assim como também daquelas que não possuem. Uma vez construída a filogenia será feita uma análise da mesma para verificar se a capacidade de degradar antraceno surgiu de forma única ou em múltiplas linhagens deste gênero de bactérias e então concluir sobre a possibilidade desse estudo ser um método para predição de genes relacionados com a degradação de antraceno em genomas de bactérias ainda não testadas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Jhonatas Sirino Monteiro - Integrante / Igor Dias Medeiros - Coordenador / Marcelo Visentini Kitahara - Integrante. Membro: Jhonatas Sirino Monteiro. |
| 14. | 2014-2015. Signature of miRNAs in blood associated to mesial temporal lobe epilepsy with hippocampal sclerosis Descrição: Evaluate the expression profiles of miRNAs in blood and hippocampus of patients with mesial temporal lobe epilepsy with hippocampal sclerosis. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Natália Baptista Cruz - Integrante / Houtan NOUSHMEHR - Integrante / Carlos Gilberto Carlotti Jr - Coordenador / Daniela Pretti da Cunha Tirapelli - Integrante / Virginia Mara de Deus Wagatsuma - Integrante / Serguey Malaquias de Almeida - Integrante. Membro: Natália Baptista Cruz. |
| 15. | 2014-2016. XANTHOBIGA Descrição: XANTHOBIGA é um sistema de informação para a organização e apresentação de informações para análise comparativa de genes e vias metabólicas em genomas no âmbito da biologia molecular. O sistema XANTHOBIGA funciona a partir dos dados disponíveis na plataforma KEGG. O XANTHOBIGA foi criado para sanar a carência de ferramentas para comparação de vias metabólicas feita de forma intuitiva.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Diogo Matos da Silva - Coordenador / Leandro Marcio Moreira - Integrante. Membro: Diogo Matos da Silva. |
| 1. | 2013-Atual. A Imunidade Inata No Indivíduo Idoso: Fatores Predisponentes Para Sepse E Outras Doenças Complexas Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Diogo Vieira da Silva Pellegrina - Coordenador / Eduardo M Reis - Integrante. Membro: Diogo Vieira da Silva Pellegrina. |
| 2. | 2013-2014. Biorremediação de óleo em terminais portuários: subsídios para uma abordagem da biologia de sistemas. Descrição: O processo de manutenção do maquinário e os recorrentes acidentes nas operações de carga e descarga dos navios no porto de Santos são uma das fontes de contaminação do estuário por óleo lubrificante ou outros derivados do petróleo, como óleo diesel. Tanto no óleo diesel quanto no óleo lubrificante estão presentes compostos de hidrocarbonetos poliaromáticos (HPA?s), hidrocarbonetos formados por dois ou mais anéis benzênicos, como por exemplo, o antraceno. A preocupação envolvida na presença de antraceno no ambiente decorre de sua toxicidade. Apesar de efeitos carcinogênicos em humanos ainda não serem relatados, estudos com Pomatoschistus microps, um peixe estuarino, mostram que o antraceno provocou alterações em seu mecanismo neurotransmissor e o induziu a sofrer estresse oxidativo. A toxicidade do antraceno pode ainda ser aumentada com a exposição à luz solar, e, devido ao seu baixo peso molecular, possui alta solubilidade em água. Como solução para a descontaminação do solo existe a biorremediação. Biorremediação é uso de microrganismos capazes de metabolizar compostos persistentes no meio ambiente para a descontaminação do mesmo, porém os ambientes possuem relações complexas, sendo impossíveis de se reproduzir em laboratório. Para isso, existe a abordagem da biologia de sistemas, em que se estuda as interações e redes metabólicas de organismos nos níveis moleculares, celulares, em comunidade e ecossistêmicos, de forma integrada para se analisar complexos sistemas biológicos. A principal base de dados pública sobre biotransformação microbiana é da Universidade de Minessota (EUA), e a investigação dessa base de dados permitiu a identificação das principais espécies de microrganismos com potencial para esse tipo de biorremediação assim como a análise a possibilidade de formação de consórcios entre microrganismos com intuito de promover a biodegradação do antraceno. Assim sendo, este trabalho teve por objetivo um método que visa realizar uma triagem de microrganismos capazes de biorremediar o antraceno e planejar consórcios formados entre os mesmos, para aumentar a eficiência do processo, a partir da análise das vias metabólicas dos microrganismos disponíveis gratuitamente na UMBBD (University of Minnesota Biocatalysis/Biodegradation Database), contribuindo com subsídios para a abordagem da biorremediação de óleo nos terminais portuários a partir da ótica da Biologia de Sistemas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Jhonatas Sirino Monteiro - Integrante / Igor Dias Medeiros - Coordenador. Membro: Jhonatas Sirino Monteiro. |
| 3. | 2013-Atual. Busca de alvos moleculares para o diagnóstico do adenocarcinoma de pâncreas através do sequenciamento com alta-resolução do exoma e transcriptoma de amostras clínicas Descrição: Descrição: O advento das tecnologias de nova geração para sequenciamento de DNA/RNA (NGS) abriu a possibilidade de análise de alterações no genoma e transcriptoma com um grau de resolução sem precedentes. Nos próximos anos pretendemos aplicar essas abordagens para identificar alterações somáticas e transcricionais associadas com a transformação maligna e progressão do adenocarcinoma do pâncreas, com potencial uso diagnóstico e/ou terapêutico.Iremos desenvolver e otimizar métodos para a análise molecular em escala genômica de amostras biológicas de pâncreas obtidas através de ecoendoscopia por aspiração com agulha fina guiada por ultrasom (EUS-FNA). A técnica de EUS-FNA permite a obtenção de amostras clínicas de tumores de pâncreas e lesões pré-malignas de pequeno tamanho e de difícil diagnóstico através dos métodos atuais.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: Omar Julio Sosa - Coordenador / Eduardo Moraes Rego Reis - Integrante / Ester Risério Matos Bertoldi - Integrante / José Celso Ardengh - Integrante. Membro: Omar Julio Sosa. |
| 4. | 2013-2013. Clorfeniramina Induz Déficit na Aquisição da Memória Emocional em Camundongos Reexpostos ao Labirinto Em Cruz Elevado Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Pedro de Sá Tavares Russo - Coordenador / Rosana Mattioli - Integrante / Kelly Regina Saraiva - Integrante. Número de produções C, T & A: 1 Membro: Pedro de Sá Tavares Russo. |
| 5. | 2013-2014. CollA: Uma plataforma colaborativa para programadores de computador e tomadores de decisão Descrição: A plataforma de software denominada Collaborative Anlysis (CollA) tem como objetivo permitir que artefatos de analise de dados possam ser compartilhadas por diversos especialistas em diversos ambientes. Os principais artefatos da plataforma CollA sao: fontes de dados, nós de processamento (incluindo processador, memoria principal e secundária), componentes de software, experimentos ou apenas resultados dos experimentos.Nossa hipótese é que ao compartilhar artefatos permitimos que especialistas possam colaborar cada vez mais no processo decisório, tornando-o menos custoso, mais ágil e mais robusto.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Diogo Matos da Silva - Integrante / Joubert de Castro Lima - Coordenador. Membro: Diogo Matos da Silva. |
| 6. | 2013-2015. Demografia Histórica em Populações Quilombolas do Estado de Alagoas por Meio da Análise de SNPs do Cromossomo Y Descrição: Caracterização de cinco comunidades quilombolas do estado de Alagoas quanto às linhagens do cromossomo Y, por meio da análise de SNPs da região não recombinante do cromossomo Y. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) . Integrantes: Jadson Carlos dos Santos - Integrante / Dalmo Almeida de Azevedo - Coordenador / Márcia Danielle dos Santos - Integrante / Ingrid Shayane Nemésio de Araujo - Integrante / Luiz Antonio Ferreira da Silva - Integrante / Francisco Javier Tovar - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Alagoas - Auxílio financeiro. Membro: Jadson Carlos dos Santos. |
| 7. | 2013-2015. Desenvolvimento de um ambiente de computação voluntária baseado em computação ponto-a-ponto Descrição: O objetivo do projeto é aplicar técnicas de ponto-a-ponto em ambientes de computação voluntária para melhorar o desempenho geral do sistema.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Caio Rafael do Nascimento Santiago - Integrante / Luciano A. Digiampietri - Coordenador. Membro: Caio Rafael do Nascimento Santiago. |
| 8. | 2013-2014. Efeito da Temperatura ambiente e a participação dos canais termo-TRP no comportamento termorregulatório de ratos Descrição: Os mecanismos de regulação da temperatura corporal, bem como a influência da temperatura ambiente sobre os diversos processos fisiológicos, fisiopatológicos e psicológicos (comportamentais) são de extrema importância para a manutenção da homeostase dos organismos vivos, uma vez que a temperatura influencia a maioria, senão todos esses processos. Porém os mecanismos de detecção das temperaturas ambiente (Ta) e corporal ( Tc), embora essenciais para adequada termorregulação, ainda não são completamente conhecidos. Com a descoberta recente dos canais TRP (de ?transient receptor potential?) sensíveis à temperatura (termo-TRP), vislumbra-se a possibilidade de um grande avanço no entendimento desses mecanismos e de suas influências na termorregulação e no comportamento dos animais. Diante de tal influência da temperatura sobre todos esses processos citados anteriormente, o presente projeto tem por objetivo estudar o comportamento de escolha de temperatura ambiente dos animais frente a uma prévia estimulação térmica e a influência do comportamento termorregulatório sobre a temperatura corporal interna e a temperatura da pele. Além disso, pretende-se verificar a participação dos canais termo-TRP na seleção de temperatura ambiente com a utilização de agonistas de TRPM8 e TRPV3, como também, verificar a influência desses mesmos canais sobre a temperatura corporal interna e a temperatura da pele dos animais.. Situação: Desativado; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Bruna Garbes Gonçalves Pinto - Integrante / Maria Camila Almeida - Coordenador. Membro: Bruna Garbes Gonçalves Pinto. |
| 9. | 2013-2015. Estratégia Multiplex para identificação molecular de Streptococcus Iniae e Streptococcus agalactiae, e sua ocorrência em Oreochromis niloticus Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Rocha Barbosa - Integrante / LAURIVAL ANTONIO VILAS BÔAS - Coordenador / JOSIANE ANIELE SCARPASSA - Integrante / LUCIENNE GARCIA PRETTO-GIORDANO - Integrante. Membro: André Rocha Barbosa. |
| 10. | 2013-2016. Estudo comparativo de duas estratégias utilizadas na busca de relações funcionais entre genes Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Juan Manuel Vidal García - Coordenador / André Fujita - Integrante. Membro: Juan Manuel Vidal García. |
| 11. | 2013-2014. Estudo de miRNAs, em vegetais, relacionados a condições de estresse abiótico: perspectivas de uso no Bioma Caatinga Descrição: miRNAs são moléculas pequenas, com cerca de 20-24 nucleotídeos (nt), não-codificantes de proteínas. São conhecidos por desempenhar papéis regulatórios importantes em diversos eucariotos, inclusive em plantas envolvendo respostas a condições de estresse abiótico. Sob condições adversas, a expressão gênica pode ser regulada para facilitar a ativação de mecanismos de tolerância à seca, altas temperaturas e salinidade em plantas. A disponibilidade de bancos específicos para essas moléculas, albergando registros da ordem de milhões, e os métodos biológicos e computacionais para a detecção e caracterização de miRNAs, seus promotores e respectivos alvos, demandam dos cientistas a constante busca por métodos inovadores para classificar e integrar esses dados, favorecendo o aumento da compreensão dos processos biológicos, e consequente formulação de soluções para resistência ambiental, para saúde e agricultura. Considerando a tendência mundial, em estudos in silico, in vitro e in vivo de expressão, através da caracterização dos miRNAs; e as condições peculiares da Caatinga, é que a proposta em questão torna-se inovadora e oportuna. Os objetivos dessa proposta são caracterizar computacionalmente os miRNAs e possíveis promotores, estudando os fatores de transcrição que provavelmente controlam a expressão de miRNAs; e fornecer subsídios para elaboração de novas técnicas/processos com potencial biotecnológico para obtenção miRNA exógenos que atuem em características relativas ao estresse abiótico... Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Clebiano da Costa Sá - Integrante / Michely Correia Diniz - Coordenador. Membro: Clebiano da Costa Sá. |
| 12. | 2013-2015. Exposição a Odores Sociais: efeitos sobre a neurogênese adulta e a atividade neuronal de camundongos C57BL/6J machos Descrição: Roedores, como camundongos e ratos, reconhecem seu coespecíficos principalmente por meio de odores sociais presentes na urina de cada indivíduo. Essa capacidade é chamada de memória social ou reconhecimento social. Sabe-se que isolamento social causa déficit de memória social em camundongos e que o enriquecimento ambiental por odores sociais ? presença de fezes e urina de outros camundongos na gaiola - impede que esse déficit aconteça. Outros tipos de enriquecimento ambiental promovem melhora no desempenho em tarefas de memória declarativa e aumento da neurogênese adulta no Hipocampo e no Bulbo Olfatório. Os novos neurônios que surgem ao longo da vida no cérebro adulto parecem ter função fundamental na formação de novas memórias. Não se sabe, no entanto, se o efeito protetor do enriquecimento ambiental por odores sociais sobre a memória social de animais isolados acontece simultaneamente a um aumento da neurogênese adulta. Além disso, não se tem certeza de quais estruturas cerebrais são diferencialmente ativadas durante a aquisição de um novo traço de memória social, em particular se o Hipocampo tem importância especial. Dessa forma, o objetivo desse trabalho foi avaliar o efeito da apresentação de odores sociais de forma prolongada (enriquecimento ambiental) na neurogênese adulta de camundongos isolados socialmente ou de forma pontual (encontro social) no padrão de ativação neuronal de camundongos controle. Para isso, foram feitos ensaios de imunofluorescencia anti BrdU e NeuN para a quantificação do número de neurônios novos no Hipocampo e Bulbo Olfatório de camundongos isolados por uma semana em ambiente enriquecido por odores sociais e imunohistoquímica anti-c-Fos para a quantificação do número de neurônios ativados em diferentes regiões do cérebro após a apresentação pontual de um estímulo social desconhecido (animal juvenil) a camundongos controle. Os resultados obtidos mostraram que o isolamento social de uma semana foi capaz de aumentar proliferação celular no Hipocampo, mas também de fazer com que um percentual menor das novas células se diferenciasse em neurônios. O enriquecimento ambiental por odores sociais evitou esse efeito. Não foram vistos efeitos do isolamento ou do enriquecimento ambiental no Bulbo Olfatório. A apresentação de um juvenil desconhecido promoveu a ativação diferencial dos núcleos Basolateral e Medial posterodorsal da Amígdala, mas não de qualquer região do Hipocampo. Os resultados obtidos demonstraram que o isolamento social altera o surgimento de novas células no Hipocampo, mas não no Bulbo Olfatório, e que o enriquecimento ambiental por odores sociais evita essas alterações, assim como se observa com o déficit de memória social. No entanto, os resultados de atividade neuronal mostraram que o Hipocampo não é diferencialmente ativado durante o primeiro encontro entre animais desconhecidos, mas sim a Amígdala. Isso pode indicar que o Hipocampo não tem um papel crucial nos primeiros estágios da formação de memórias sociais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: Thomaz Lüscher Dias - Integrante / Grace Schenatto Pereira Moraes - Coordenador / Márcio Flávio Dutra Moraes - Integrante / Ana Raquel Pereira Caixeta - Integrante. Membro: Thomaz Lüscher Dias. |
| 13. | 2013-Atual. Genômica Comparada e a Evolução da Defesa Química de Anfíbios Descrição: Projeto de doutorado FAPESP, proc. no. 2013/05958-8. Esta proposta visa integrar técnicas de sequenciamento de próxima-geração ("next-generation sequencing", NGS) ao estudo da evolução da defesa química em anfíbios. Do ponto de vista da sistemática filogenética, o NGS possui o potencial para obtenção de filogenias mais bem suportadas, aumentando nossa capacidade de lidar com dificuldades causadas por poliploidia e hibridização e provendo novas opções para o estudo filogenético em diversos níveis taxonômicos. De uma perspectiva genômica, a análise comparada de rãs de veneno e outros anuros tem o potencial de identificar mudanças genéticas relacionadas à base molecular da defesa química em anfíbios (i.e., sequestro de alcaloides lipofílicos e resistência fisiológica), direcionando futuras pesquisas. Neste contexto, nós usaremos NGS (Illumina® HiSeqTM 2000) para gerar seis genomas nucleares completos de anuros com foco em rãs de veneno. Os dados assim obtidos serão empregados para: (1) identificar variações genéticas que possam estar associadas nos mecanismos de sequestro e resistência a alcaloides lipofílicos em rãs de veneno e (2) desenhar sondas que nos permitam empregar NGS na obtenção de loci específicos para o estudo da sistemática de anfíbios em diferentes níveis de divergência.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Denis Jacob Machado - Integrante / Taran Grant - Coordenador. Membro: Denis Jacob Machado. |
| 14. | 2013-2014. ISOLAMENTO DE BACTÉRIAS PRESENTES NO TRATO GASTROINTESTINAL DE PRIMATAS DO GÊNERO Alouatta sp. E CARACTERIZAÇÃO DE SECRETORAS DE AMILASE E PROTEASE Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Raquel Riyuzo de Almeida Franco - Coordenador / Claudio Fernando Magron - Integrante / Gustavo Aranha - Integrante / Leandro Freddi Miada - Integrante / Renata Pascon - Integrante / Julio Cesar Franco de Oliveira - Integrante. Membro: Raquel Riyuzo de Almeida Franco. |
| 15. | 2013-2014. Perfil dos Achados Cromossômicos em Pacientes Adultos Portadores de Leucemia Mielóide Crônica Atendidos no Serviço de Hematologia do Hospital do Servidor Público Estadual ?Francisco Morato de Oliveira? (HSPE ? ?FMO?) Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Camila Alves de Souza - Coordenador. Membro: Camila Alves de Souza. |
| 16. | 2013-2014. Projeto de Iniciação Científica: Caracterização da Ancestralidade de Linhagens do Cromossomo Y na Comunidade Quilombola ?Quilombo? Descrição: O tráfico de escravos oriundos do continente africano foi o responsável pela presença do componente africano na população brasileira. Uma das formas da resistência à escravidão foi a fuga que levou formação de aldeamentos chamados quilombos. Em Alagoas localizam-se 65 comunidades de remanescentes dos quilombolas. O presente estudo teve como propósito investigar a ancestralidade genética de linhagens masculinas na comunidade quilombola Quilombo, utilizando 24 SNPs do cromossomo Y. Foi obtida uma amostra de 50 indivíduos do sexo masculino dessa comunidade quilombola, da qual, o DNA foi obtido através de sua extração de células da mucosa bucal colhidas com suabe, mediante consentimento informado. O DNA foi extraído utilizando o método de Chelex. Os perfis genéticos foram obtidos utilizando o método de minissequenciamento com o kit SNaPshot (AppliedBiosystems). Os haplogrupo foram nomeados de acordo com Karafet et al. (2008). Os resultados obtidos foram comparados aos de outras comunidades quilombolas de Alagoas e da Bahia. Foram observados onze diferentes haplogrupos com as seguintes frequências: E1b1a-M2, 0,22; G-M201, 0,02; I(xI2a2)-M170, 0,02; J2-M172, 0,08; Q1a3a-M3, 0,12; R1b1b2-M269, 0,42; B-SRY10831.1, 0,02; E(xE1b1a-b)-M96, 0,04; F-M213, 0,02; R1a1-M17, 0,02; R1b1(xR1b1b2)-P25, 0,02. A diversidade gênica para os marcadores analisados foi estimada em 0,7657±0,0458.. Quanto à origem, as linhagens masculinas são assim distribuídas: 28% de origem africana; 12% de origem ameríndia; e 60% de origem européia. Distâncias genéticas significativas foram observadas entre a população da comunidade Quilombo e duas comunidades de Alagoas, bem como duas comunidades da Bahia. A comunidade quilombola Quilombo foi caracterizada pela presença de onze haplogrupos da NRY, na sua maioria originários da Europa (60%). Porém, foi demonstrada uma importante contribuição africana (28%) e ameríndia (12%) para a formação desta população. Os resultados mostram-se de acordo com um modelo social caracterizado pela dominação européia. O grau variado de diferenciação genética da comunidade Quilombo em relação a outras comunidades quilombolas demonstra a particularidade de cada comunidade quilombola e sua história de formação que não deve ser extrapolada a outras comunidades.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Jadson Carlos dos Santos - Integrante / Dalmo Almeida de Azevedo - Coordenador. Número de produções C, T & A: 1 Membro: Jadson Carlos dos Santos. |
| 17. | 2013-2018. SaMi-Trop Descrição: Com objetivo de contribuir com a elucidação dos mecanismo envolvidos no curso da Doença de Chagas, o SaMi-Trop, um grande coorte de estudo prospectivo com acompanhamento de 2 anos, com aproximadamente 2000 pacientes com cardiomiopatia de Chagas foi estabelecido no estado de Minas Gerais. Este coorte teve como objetivo desenvolver um prognóstico baseado em algoritmo com medidas de eletrocardiograma, informações clínicas, níveis de peptídeo natriurético cerebral (BNP) e outros biomarcadores. Este prognóstico seria de grande importância no tratamento de pacientes, sendo empregado na predição de progressão da doença e de morte.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Mina Cintho Ozahata - Integrante / João Eduardo Ferreira - Integrante / OLIVEIRA, CLAUDIA DI LORENZO - Integrante / SABINO, ESTER - Coordenador. Membro: Mina Cintho Ozahata. |
| 1. | 2012-2013. Caracterização Geomorfológica e Paleogeográfica das cadeias montanhosas da cidade de Campina Grande-PB Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Isabela Pimentel de Almeida - Integrante / Joyce Kaynara Silva Gomes - Integrante / Ítalo Héctor de Medeiros Batista - Integrante / Francisco de Assis da Silveira Gonzaga - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Número de produções C, T & A: 3 Membro: Isabela Pimentel de Almeida. |
| 2. | 2012-2013. Diagnóstico de resíduos sólidos, efluentes líquidos e fauna sinantrópica nociva nos portos de Santos e São Sebastião Descrição: Os portos marítimos, localizados normalmente em zonas de elevada sensibilidade ambiental e na proximidade de zonas urbanas, exigem investimentos visando a minimização de eventuais impactos ambientais negativos de seu funcionamento, implicando que se atenda à melhoria das condições de operação, integração e de requalificação urbana das áreas limítrofes das zonas portuárias. Em função disso, é imprescindível a realização de estudos para a obtenção de uma avaliação precisa da atual realidade dos portos, pois, a partir dessas análises, se definirão ações e proposições buscando tanto a adequação às normas existentes, como à criação ou otimização de mecanismos de gestão portuária, contribuindo também com instrumentos inovadores de controle ambiental nos portos organizados nacionais. Do ponto de vista da saúde pública, a adequada gestão de resíduos, efluentes e fauna sinantrópica nociva é procedimento fundamental para a melhoria, controle e eliminação de situações de risco para operadores portuários e população local, uma vez que a presença não controlada destes elementos pode causar danos ambientais e à saúde humana. A Secretaria Especial de Portos da Presidência da República vem implementando o Programa de Conformidade do Gerenciamento de Resíduos Sólidos e Efluentes Líquidos nos Portos Marítimos Brasileiros, coordenado nacionalmente pelo COPPE/UFRJ, cujo objetivo inicial é elaborar um diagnóstico/inventário de resíduos sólidos, efluentes líquidos e fauna sinantrópica nociva nos vinte e dois portos marítimos brasileiros. O objetivo deste projeto é, portanto, identificar as fontes e quantificar a geração de resíduos sólidos e efluentes líquidos em toda a área do porto organizado, sejam eles de originados nas operações de bordo, operações portuárias ou atividades administrativas. Também se quantificará a ocorrência de fauna sinantrópica (roedores, aves e entomofauna) em locais específicos previamente determinados. Deste modo, este projeto contribuirá de forma técnica e cie. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (21) / Mestrado acadêmico: (5) . Integrantes: Jhonatas Sirino Monteiro - Integrante / Rodrigo Brasil Choueri - Coordenador / Camilo D. S. Pereira - Integrante / Igor Dias Medeiros - Integrante / Ronaldo Adriano Christofoletti - Integrante. Membro: Jhonatas Sirino Monteiro. |
| 3. | 2012-2013. Digitalização da palinoteca da Reserva Natural da Vale Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Janaina da Silva Fortirer - Integrante / Luiz Carlos Ruiz Pessenda - Coordenador. Membro: Janaina da Silva Fortirer. |
| 4. | 2012-Atual. Identificação e caracterização molecular do vírus dengue em Goiânia-Goiás Descrição: Atualmente, a dengue é um dos maiores desafios para a saúde pública no Brasil e no mundo. Análises moleculares e filogenéticas demonstraram extensiva variabilidade genética do vírus dengue, o que permitiu a classificação de diferentes genótipos dentro de cada sorotipo. A caracterização das variantes genômicas dos sorotipos do dengue através da utilização de técnicas moleculares abriu novas perspectivas aos estudos epidemiológicos por determinar a evolução molecular e a origem geográfica dos vírus, e ainda poder inferir a respeito da virulência viral em relação à gravidade da doença e seu impacto sobre a população. Assim, estudos filogenéticos têm indicado a associação entre o genótipo específico e a gravidade da doença. Neste sentido, o presente estudo objetiva identificar os sorotipos e seus genótipos circulantes na cidade de Goiânia, Goiás no período de um ano, e avaliar possíveis associações destes ao quadro clínico das infecções pelo vírus dengue.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Marielton dos Passos Cunha - Integrante / Ítalo de Araújo Castro - Integrante / Fabíola Souza Fiaccadori - Coordenador / Divina das Dôres de Paula Cardoso - Integrante / Vanessa Neiva Guimarães - Integrante / Thatielly Camilla Dias de Souza - Integrante. Membro: Marielton dos Passos Cunha. |
| 5. | 2012-2013. Montagem de microcosmos com sedimento de manguezal, n-hexadecano e um consórcio microbiano para remediação de ambientes contaminados por petróleo. Descrição: Montagem de microcosmos com sedimento de manguezal, n-hexadecano e um consórcio microbiano com objetivo de remediar ambientes contaminados por petróleo.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Jean Michel Rocha Sampaio Leite - Coordenador / Vânia Maria Maciel Melo - Integrante / Natália Falcão - Integrante. Membro: Jean Michel Rocha Sampaio Leite. |
| 6. | 2012-2015. OCORRÊNCIA DE STREPTOCOCCUS AGALACTIAE EM TILÁPIAS DO NILO (OREOCHROMIS NILOTICUS) IDENTIFICADOS POR DIAGNÓSTICO MOLECULAR E CULTURA Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Rocha Barbosa - Integrante / LAURIVAL ANTONIO VILAS BÔAS - Coordenador / BRUNO DE OLIVEIRA HIDALGO - Integrante / JOSIANE ANIELE SCARPASSA - Integrante / FELIPE EDUARDO SCARDOVELLI - Integrante / MAXWEL BERNARDO JUNIOR - Integrante. Membro: André Rocha Barbosa. |
| 7. | 2012-2019. Recipient Epidemiology and Donor Evaluation Study III (REDS-III) Descrição: (da Fundação Pró-Sangue-USP, entre outras instituições brasileiras e norte-americanas) - projeto internacional REDS, iniciado em 2005 e financiado pelo National Institute of Health (NIH) dos EUA, estuda todos elementos na cadeia transfusional, do doador de sangue, aos produ- tos originários da doação e aos pacientes que recebem as transfusões. No segundo semestre de 2011, o REDS deu início ao Brazilian sickle cell disease cohort passando também a enfocar o estudo da Doença Falciforme, que é a doença genética de maior incidência no mundo.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Mina Cintho Ozahata - Integrante / João Eduardo Ferreira - Integrante / CARNEIRO PROIETTI, ANNA BÁRBARA - Integrante / SABINO, ESTER - Coordenador / ALMEIDA NETO, CESAR - Integrante. Membro: Mina Cintho Ozahata. |
| 8. | 2012-2014. Regulação da Matriz Extracelular do Tecido Adiposo Branco na Vigência da Caquexia Induzida: Caracterização das Alterações Durante o Desenvolvimento da Síndrome Descrição: Iniciação Científica. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Felipe de Oliveira Franco - Integrante / Miguel Luiz Batista Junior - Coordenador / Felipe dos Santos Henriques - Integrante / Magno Alves Lopes - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Felipe de Oliveira Franco. |
| 9. | 2012-2013. Sistema Integrado para controle de pacientes no Laboratório de Estudos Genômicos e de Histocompatibilidade do Hospital Universitário da UFMA Descrição: Criação de um sistema que integre todas as atividades desenvolvidas no LEGH, tanto em termos de biologia molecular quanto de imunologia.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Anderson Carvalho Morais - Coordenador / Emygdia Rosa do Rego Leal Mesquita - Integrante. Membro: Anderson Carvalho Morais. |
| 10. | 2012-2015. Suporte ao Desenvolvimento de Ontologias usando um Perfil UML para a Ontologia de Relacionamentos da OBO Descrição: Atualmente, várias áreas da ciência estão enfrentando um crescimento muito grande na quantidade e na variedade dos tipos de dados sendo produzidos e armazenados. No domínio biomédico, o advento e a acessibilidade de novas técnicas levam à produção de volume crescente de dados heterogêneos. Neste cenário, artefatos de modelagem conceituais, tais como ontologias, têm sido utilizados para organizar e integrar dados de diferentes fontes de uma forma coerente. O sucesso obtido no domínio biomédico levou à proliferação de ontologias para esse domínio. Porém a falta de um esforço de padronização e alinhamento entre as ontologias desenvolvidas representa em um obstáculo à integração e utilização dessas ontologias. Frente a esse cenário, a Open Biological and Biomedical Foundry (ou, simplesmente, OBO Foundry) foi criada como um experimento colaborativo para a coordenação dos esforços no desenvolvimento e gerenciamento de ontologias para o domínio biomédico visando obter ontologias mais corretas, modulares e integráveis. Nesse sentido, a OBO Foundry desenvolveu uma Ontologia de Relacionamentos de forma a prover definições formais para um conjunto de relacionamentos de propósitos gerais utilizado no domínio biomédico. Um perfil UML foi proposto para representar formalmente o conjunto de conceitos e relacionamentos existentes na Ontologia de Relacionamentos, de forma a permitir a criação usando UML de modelos e ontologias baseados no conjunto de relacionamentos definidos. O perfil proposto provê diretrizes concretas para a definição de diferentes tipos de entidades e de relacionamentos entre as entidades. Os elementos gráficos presentes no perfil permitem a modelagem e a visualização das ontologias biomédicas de forma facilitada. Ontologias biomédicas costumam ser artefatos grandes e complexos, o que representa uma limitação para a representação e visualização gráfica dessas ontologias. Contudo, tal limitação pode ser superada através do suporte adequado de uma ferramenta para modelagem. Uma vez que os conceitos do perfil estão formalmente definidos, é possível que essa ferramenta seja desenvolvida para suportar técnicas para o raciocínio automático e a prevenção de inconsistências sintáticas nas ontologias modeladas. Neste sentido, o objetivo deste projeto é investigar o desenvolvimento de uma ferramenta de modelagem para o suporte à construção de ontologias utilizando o perfil UML proposto segundo uma abordagem de desenvolvimento orientada a modelos. Esta ferramenta de modelagem deve prover suporte à verificação automática dos modelos criados de forma a garantir a consistência sintática, assim como permitir ao usuário exportar qualquer modelo desenvolvido para o formato OBO Flat File Format, de forma a garantir interoperabilidade com outras ferramentas utilizadas para desenvolver ontologias OBO.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ricardo Cacheta Waldemarin - Integrante / Cléver Ricardo Guareis de Farias - Coordenador / Gabriela Der Agopian Guardia - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa. Membro: Ricardo Cacheta Waldemarin. |
| 1. | 2011-2012. ANÁLISE DO GENE NSP4 E MODELAGEM MOLECULAR DAS ESTRUTURAS DA PROTEÍNA NSP4 EM AMOSTRAS REPRESENTATIVAS DE ROTAVÍRUS CIRCULANTES NA REGIÃO DO TRIÂNGULO MINEIRO-MG Descrição: Os RV são responsáveis por altas taxas de morbidade, tanto em países desenvolvidos, quanto nos em desenvolvimento, independentemente dos padrões socioeconômicos, tanto que se estima que aos cinco anos de idade, toda criança teve ao menos um episódio de diarréia por rotavírus (Parashar et al., 2003; Kapikian, Hoshino & Chanock, 2001); este fato sugere que a incidência da infecção não pode ser diminuída apenas com suprimento de água tratada, saneamento básico e medidas de higiene, como acontece para outros agentes de gastroenterites, mas sim, com o uso de uma vacina efetiva (Bishop, 1993; Linhares, 1997). No Brasil, em março de 2006, o Ministério da Saúde incluiu uma vacina para RV no Calendário Nacional de vacinação (Linhares et al., 2006; Bernstein, 2006). Estudos sobre a caracterização molecular dos RV são essenciais para monitorar a circulação e o predomínio dos genotipos, a emergência de novas combinações G/P através do tempo, e sua associação com as características clínico-epidemiológicas, contribuindo ao entendimento sobre a história natural dos rotavírus e os aspectos envolvidos em sua diversidade. A proteína não-estrutural NSP4 é uma proteína de multidomínios e multifuncional e é reconhecida como a primeira enterotoxina codificada pelo vírus. Ela é codificada pelo 10º segmento genômico dos rotavírus; na replicação viral, ela serve como um receptor intracelular na membrana do retículo endoplasmático para as partículas e interage com as proteínas do capsídeo viral. Além disso, propõe-se que NSP4 tenha também um importante papel na patogênese da infecção, atuando como uma enterotoxina viral, possivelmente um dos mecanismos pelo qual a diarréia é causada. Esta atividade foi mapeada entre os aminoácidos 114 e 135 da proteína, e em alguns estudos, cogita-se que variações antigênicas nesta região possam estar associadas mudanças em relação à atividade toxigênica e à virulência dos rotavírus; e que anticorpos contra NSP4 poderiam diminuir a freqüência e a gravidade. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Livia Maria Silva Moura - Integrante / Ana Carolina Bernardes Dulgheroff - Integrante / Andre Luiz da Silva Domingues - Coordenador. Membro: Livia Maria Silva Moura. |
| 2. | 2011-2012. Caracterização do fator de transcrição SMYB1 de Schistosoma mansoni e avaliação do seu potencial antigênico. Descrição: A esquistossomose é uma doença endêmica em 74 países e afeta cerca de 200 milhões de pessoas no mundo. O desenvolvimento de vacinas contra o parasito tem como principal objetivo a prevenção da doença e diminuição da morbidade. Proteínas da família das Y-box apresentam importante papel na regulação da expressão gênica e já foram descritas em várias espécies, inclusive para Schistosoma mansoni. Atualmente, nosso grupo vem trabalhando na caracterização do potencial imunogênico da proteína SmYB1.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Thomaz Lüscher Dias - Integrante / Glória Regina Franco - Coordenador / Sílvia Regina Costa Dias - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Membro: Thomaz Lüscher Dias. |
| 3. | 2011-2012. CollA Descrição: Infelizmente muito pouca pesquisa foi feita no sentido de tornar o processo de análise de dados mais colaborativo, já que o volume de dados e o número de abordagens para analisá-los tende a crescer. Partimos da hipótese de que serviços como chats, edição colaborativa, entre outros, tornam qualquer processo mais colaborativo, incluindo o processo de análise de grandes volumes de dados. De uma forma geral, existem inúmeras abordagens sendo disponibilizadas, algumas reunidas em ambientes de código aberto como o Weka, e um número crescente de fontes de dados disponíveis para serem copiadas e analisadas individualmente por tais abordagens ou ambientes, mas até o momento quase nenhum esforço foi feito no sentido de compartilhar mais do que simplesmente fontes de dados entre especialistas. Ainda não usufruímos efetivamente do fato de estarmos cada vez mais imersos na rede, o que torna a colaboração, antes considerada quase impossível, uma realidade que deve ser cada vez mais explorada. Neste projeto de pesquisa provemos um conjunto de métodos, técnicas e ferramentas computacionais para a análise colaborativa de grandes volumes de dados. Como resultado, propomos o desenvolvimento de uma plataforma de software denominada Collaborative Analysis (CollA). A plataforma CollA permiti que não somente fontes de dados sejam compartilhadas, mas também que componentes de software, experimentos, resultados de experimentos e nós de processamento (incluindo memória principal, secundária e processadores) possam ser usados de forma colaborativa por diferentes especialistas em diferentes ambientes criados na plataforma.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Diogo Matos da Silva - Integrante / Joubert de Castro Lima - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Membro: Diogo Matos da Silva. |
| 4. | 2011-2013. DETECÇÃO E IDENTIFICAÇÃO MOLECULAR DE STREPTOCOCCUS AGALACTIAE ISOLADAS DE PEIXES DE CRIAÇÃO EM ESTAÇÕES DE PISCICULTURA DA REGIÃO NORTE DE ESTADO DO PARANÁ, BRASIL Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Rocha Barbosa - Integrante / GABRIEL MARCOS DOMINGUES SOUZA - Integrante / LAURIVAL ANTONIO VILAS BÔAS - Coordenador / ANDRÉ LUCIANO NADAL - Integrante / BRUNO DE OLIVEIRA HIDALGO - Integrante / FERNANDA BRANDÃO G. DURAN - Integrante. Membro: André Rocha Barbosa. |
| 5. | 2011-2013. Distribuição de células inflamatórias e de células produtoras de citocinas no miocárdio de Calomys callosus infectados pelo Trypanosoma cruzi nas fases aguda, crônica e após imunossupressão química. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Vanessa Galdeno Freitas - Integrante / Noemi Nosomi Taniwak - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Vanessa Galdeno Freitas. |
| 6. | 2011-2012. Elaboração de Práticas Experimentais Relacionadas com a Reciclagem de Materiais Usados no Nosso Cotidiano Descrição: A reciclagem de materiais é um tema presente no nosso cotidiano e em aulas, principalmente, da área de Ciências. No entanto, a integração entre a reciclagem e os conteúdos abordados nas disciplinas não é recorrente. A reciclagem química engloba processos de transformação de materiais que normalmente eliminamos, a partir de etapas que dependem de processos químicos cujos conceitos são discutidos no ambiente escolar. Portanto, esses conceitos podem ser interpretados de forma significativa através de experiências relacionadas a etapas da reciclagem de alguns materiais. Para atingir esse objetivo, esse projeto consiste na elaboração de atividades práticas utilizando-se a reciclagem de materiais presentes no nosso cotidiano como pilhas comuns, papéis, latas de alumínio, óleos e plásticos em geral, para o aprendizado eficaz de alguns conceitos químicos.. Situação: Desativado; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Jhonatas Sirino Monteiro - Integrante / Gabriele Vitorino dos Santos - Integrante / Sérgio Murilo Ferreira da Costa Júnior - Integrante / Jaqueline Borges de Matos - Coordenador. Membro: Jhonatas Sirino Monteiro. |
| 7. | 2011-2011. Estudo da Técnica de Transformação por Eletroporação de Microrganismos para Produção de Penicilina G Acilase Recombinante Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Pedro de Sá Tavares Russo - Coordenador / Rosineide Gomes da Silva Cruz - Integrante / Ana Maria Velez Escallón - Integrante. Membro: Pedro de Sá Tavares Russo. |
| 8. | 2011-2012. Estudo do perfil termorregulatório de fêmeas (Rattus norvegicus, linhagem Wistar) de diferentes idades Descrição: Os mecanismos de regulação da temperatura corporal, bem como a influência da temperatura ambiente (Ta) sobre os diversos processos fisiológicos e fisiopatológicos são de extrema importância para a manutenção da homeostase dos organismos vivos, uma vez que a temperatura influencia a maioria, senão todos esses processos. Grande parte do conhecimento sobre os mecanismos termorregulatórios em roedores foi construído a partir de estudos que empregaram machos, já que a manipulação de fêmeas é mais complicada em função das variações hormonais frequentes as quais elas estão sujeitas. Por outro lado, conhecer os mecanismos termorregulatórios em fêmeas, faz-se necessário, não só para complementar o conhecimento a respeito das diferenças entre machos e fêmeas, como também para se caracterizar modelos animais de interesse para estudos em fêmeas e distúrbios associados, como é o caso da menopausa.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Bruna Garbes Gonçalves Pinto - Integrante / Maria Camila Almeida - Coordenador. Membro: Bruna Garbes Gonçalves Pinto. |
| 9. | 2011-2014. Identificación molecular de los Sarcofagidos y Califoridos de importancia forense presentes en Bogotá, Colombia Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Juan Manuel Vidal García - Coordenador. Financiador(es): Departamento Administrativo de Ciencia, Tecnología e Innovación - Bolsa. Membro: Juan Manuel Vidal García. |
| 10. | 2011-2011. Otimização do teste de cometa em amostras de bivalves marinhos Descrição: Desenvolvemos todas as atividades relacionadas com o chamado teste de cometa, que visa a quantificação de dano ao material genético (DNA), desde o procedimento de coleta das amostras até os estágios finais de classificação e resultados do teste. O teste de cometa vem sendo proposto para estudos de toxicogenética devido a suas peculiaridades e vantagens quando comparado a outros testes para detecção de substâncias genotóxicas. Desenvolvemos práticas laboratoriais de extração de material, preparo, armazenamento, preparação de reagentes e soluções, e por fim a execução do teste per se. Além de aplicar e aprender alguns conceitos teóricos relacionados com os eventos inerentes ao teste de cometa.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) . Integrantes: Ricardo Piuco - Coordenador / Angelica Francesca Maris - Integrante / Aline Zanini Carpes - Integrante. Membro: Ricardo Piuco. |
| 11. | 2011-2012. PIBID/UEL II: CONSOLIDAÇÃO E AMPLIAÇÃO DAS ATIVIDADES Descrição: O projeto PIBID 2011 é um projeto de ensino da Universidade Estadual de Londrina, cadastrado na PROGRAD, patrocinado pelo Ministério da Educação, por meio do Programa Institucional de Bolsas de Iniciação à Docência (PIBID) da Capes. Tem como objetivo geral incentivar a formação de professores para a educação básica nas 15 licenciaturas da UEL [Artes, Biologia, C. Sociais, Ed. Fisica, Filosofia, Física, Geografia, Historia, Espanhol, Ingles, Portugues, Matematica, Musica, Pedagogia e Quimica]. O projeto envolve 45 professores do ensino basico, 360 estudantes de graduaçao [bolsistas] e 20 docentes da UEL. O projeto foi aprovado em 2011 e 2012.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (99) / Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: Alan Péricles Rodrigues Lorenzetti - Integrante / Virginia Iara de Andrade Maistro - Integrante / Sérgio de Mello Arruda - Coordenador. Membro: Alan Péricles Rodrigues Lorenzetti. |
| 12. | 2011-2012. Planejamento e Montagem de um modelo didático de Citologia para o ensino de Biologia no ensino médio Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (6) / Doutorado: (1) . Integrantes: Anderson Carvalho Morais - Coordenador. Membro: Anderson Carvalho Morais. |
| 13. | 2011-Atual. Prevalência da infecção pelo vírus da hepatite B em população residente em uma instituição beneficente de assistência social localizada em Trindade ? Goiás. Descrição: A hepatite B pertence a um grupo de infecções virais que apresentam como principal característica, um tropismo primário pelo fígado, sendo classificada como um tipo de hepatite viral. O agente causal desta infecção é o vírus da hepatite B (VHB). Em pacientes acometidos pela hepatite B, a infecção aguda pode ser assintomática ou sintomática, podendo evoluir para a cura ou para a cronicidade. Adicionalmente, a presença de infecção oculta tem sido reportada por vários estudos desenvolvidos em diferentes regiões do mundo. Segundo a literatura, indivíduos institucionalizados com problema mental representam um grupo de risco para aquisição da infecção pelo VHB em função do comportamento especial que apresentam, da baixa percepção dos riscos, e pela duração da permanência em instituições. Alguns indivíduos, como os portadores de Síndrome de Down, apresentam ainda déficit imunológico associado ao problema mental. No Brasil, particularmente na região Centro-Oeste, existem poucas informações a respeito da infecção pelo VHB em pacientes com patologias psiquiátricas. Sendo a hepatite B um grande problema de saúde pública no Brasil e no mundo, devido ao número de indivíduos acometidos e às complicações resultantes das formas agudas e crônicas da infecção, torna-se importante o conhecimento da prevalência desta, os comportamentos de risco envolvidos na sua transmissão, bem como a identificação da ocorrência de infecção oculta nesta população, de forma a fornecer subsídios para o desenvolvimento de políticas de saúde pública para prevenção e controle desta virose, melhorando a saúde dos indivíduos com problemas mentais institucionalizados.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: Marielton dos Passos Cunha - Integrante / Ítalo de Araújo Castro - Integrante / Fabíola Souza Fiaccadori - Coordenador / Divina das Dôres de Paula Cardoso - Integrante / Ana Maria Tavares Borges - Integrante / Menira Borges de Lima Dias e Souza - Integrante / Tatiane Cinquini Moraes - Integrante / Tâmera Nunes Vieira Almeida - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Marielton dos Passos Cunha. |
| 14. | 2011-2012. Prevalência das variações anatômicas do polígono de Willis em uma grande amostra da cidade de São Paulo Descrição: Existe uma grande relevância clínica no estudo das variações anatômicas do PW, tendo em vista o seu papel na hemodinâmica cerebral e o seu impacto sobre o risco para doenças vasculares cerebrais, logo o trabalho é determinar a prevalência das variações anatômicas do PW em uma amostra de base populacional da cidade de São Paulo.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Camila Alves de Souza - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Membro: Camila Alves de Souza. |
| 15. | 2011-2012. Uso de urina humana como biofertilizante na produção de mamona e milho. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Jean Michel Rocha Sampaio Leite - Coordenador / André Bezerra dos Santos - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Membro: Jean Michel Rocha Sampaio Leite. |
| 16. | 2011-2012. Verticalização do Ensino Através do Estudo da Biorremediação em Áreas Contaminadas por Hidrocarbonetos do Petróleo Descrição: A importância do desenvolvimento de abordagens multi-disciplinares para a resolução de problemas relativos à poluição antropogênica é agora claramente apreciada pela comunidade científica, e isso é especialmente evidente nos ecossistemas expostos a crescentes ameaças de hidrocarbonetos do petróleo expandidas através das atividades de extração e contaminação dos recursos naturais (ROBERTSON et al., 2007). A crescente conscientização dos efeitos nocivos da poluição para o meio ambiente e para saúde humana levou a um aumento acentuado na investigação de diversas estratégias que poderão ser utilizadas para a descontaminação de ambientes poluídos. Muitos métodos convencionais de descontaminação são caros devido ao custo de escavação e transporte de grandes quantidades de materiais contaminados para tratamento ex situ, como a lavagem do solo, inativação química e incineração (CHAUDHRY et al., 2005; PILON-SMITS, 2005). O elevado custo e limitada eficiência destes tratamentos tradicionais físico-químicos tem estimulado o desenvolvimento de tecnologias alternativas para aplicações in situ, em especial os baseados em remediação biológica com a utilização de plantas e micro-organismos (CHAUDHRY et al., 2005; SINGH & JAIN, 2003; DORAN, 2009). A fitoremediação realizada com os vegetais que compõem o ecossistema de restinga destaca-se como campo de pesquisa inovador na área da biorremediação. Nesse contexto, a introdução seletiva de micro-organismos específicos com grande capacidade biodegradante na rizosfera de plantas características desse ecossistema, pode acelerar a recuperação de solos contaminados com produtos químicos orgânicos. Os micro-organismos mais adequados para biorremediação podem ser aqueles isolados de sítios contaminados com um particular composto alvo.. Situação: Desativado; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: Jhonatas Sirino Monteiro - Integrante / Victor Barbosa Saraiva - Coordenador / Leonízia Valdeci de Melo - Integrante / Ana Carolina da Silveira Dias - Integrante / Roberta de Sousa Ramalho - Integrante / Leonardo Munalde Lube - Integrante / Tarsila Sales - Integrante / Viviane de Oliveira da Silva - Integrante / Luiz Felipe Umbelino - Integrante / Gisely de Paula Mendes - Integrante / Gabriele Vitorino dos Santos - Integrante. Membro: Jhonatas Sirino Monteiro. |
| 1. | 2010-2013. Análise da variabilidade genética, através de DNA mitocondrial, da ictiofauna capturada nas regiões de influência do projeto de integração do rio São Francisco com bacias hidrográficas do nordeste setentrional Descrição: O Vale do Rio São Francisco é uma região agraciada pela biota Caatinga, rica em diversidade florística e faunística, contudo, de acordo com o Projeto de Integração do Rio São Francisco com Bacias Hidrográficas do Nordeste Setentrional (Plano Básico Ambiental (PBA) 23, 2005) ainda pouco se conhece sobre o status de conservação desses ecossistemas como a identificação das espécies, distribuição geográfica, dinâmica ecológica (tal como sensibilidade às alterações do ambiente e interações com outras espécies e/ou microrganismos). Sabe-se que a fauna de peixes de água doce do Brasil é a mais rica do mundo, existindo ainda muitas desconhecidas. Em relação ao nordeste brasileiro, poucos são os trabalhos publicados sobre a ictiofauna dulcícola. O objetivo principal desse projeto é analisar e caracterizar a variabilidade genética da ictiofauna coletado nas regiões afetadas pela integração do rio São Francisco, realizando uma caracterização quali/quantitativa das populações das bacias receptoras, através da análise de genes mitocondriais ... Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Clebiano da Costa Sá - Integrante / Michely Correia Diniz - Coordenador / Patricia Avello Nicola - Integrante / Luiz Cesar Machado Pereira - Integrante. Membro: Clebiano da Costa Sá. |
| 2. | 2010-2012. Análise histológica e imunoistoquímica de leiomiomas e leiomiossarcomas de boca Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Paula Prieto Oliveira - Integrante / Fábio Daumas Nunes - Coordenador. Membro: Paula Prieto Oliveira. |
| 3. | 2010-2012. Arborização Urbana e Sensibilização Ambiental do bairro Dinamérica Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Isabela Pimentel de Almeida - Integrante / Jorge Luis de Góis Gonçalves - Coordenador / Joyce Kaynara Silva Gomes - Integrante / Ítalo Héctor de Medeiros Batista - Integrante / Laís Bento de Andrade - Integrante / Breno Mayk Siqueira Rocha - Integrante / Noemia Dayana de Oliveira - Integrante / Alleff Emanuell Araújo Lima - Integrante / João Pedro Simplício de Andrade - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Número de produções C, T & A: 5 Membro: Isabela Pimentel de Almeida. |
| 4. | 2010-2016. Bioinformática e Modelagem do Médio Solimões Descrição: Bioinformática - desenvolvimentos de sistemas, estatística e análises de transcriptomas. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: José Deney Alves de Araújo - Integrante / Andrea ghelfi - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Número de produções C, T & A: 1 Membro: José Deney Alves de Araújo. |
| 5. | 2010-2011. Biorremediação como Eixo Temático para o Ensino de Ciências Descrição: O ensino de ciências oferecido pelas escolas é, na maioria das vezes, inadequado, visto que os conteúdos são transmitidos ao aluno de forma fragmentada, ou seja, sem correlação entre as ciências, desvalorizando os conteúdos e a forma com que eles realmente acontecem no cotidiano. O projeto tem como objetivo apresentar métodos interdisciplinares para o ensino de ciências por meio da biorremediação, pois esse fenômeno traz a mesclagem de disciplinas de diferentes níveis de ensino, como a biologia, a química, a física, a geografia, e a matemática que juntas proporcionam um completo sentido do processo.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Jhonatas Sirino Monteiro - Integrante / Victor Barbosa Saraiva - Coordenador / Ana Carolina da Silveira Dias - Integrante / Gabriele Vitorino dos Santos - Integrante. Membro: Jhonatas Sirino Monteiro. |
| 6. | 2010-2011. CARACTERIZAÇÃO MOLECULAR DE ROTAVÍRUS ASSOCIADOS À DIARRÉIA INFANTIL NO TRIÂNGULO MINEIRO-MG, NO ANO 2010. Descrição: O rotavírus é o principal agente etiológico da diarréia infecciosa infantil, uma das principais causas de morbidade e mortalidade em países em desenvolvimento. Estima-se que ocorram 111 milhões de casos de diarréia por rotavírus anualmente no mundo, bem como 25 milhões de procuras médicas, dois milhões de hospitalizações e 440 mil mortes em crianças com até cinco anos (1-3). Este vírus é transmitido pela via fecal-oral e se replica nos enterócitos do intestino delgado, apresentando sintomas como a diarréia, o vômito e a febre (1 e 4). Os rotavírus pertencem à família Reoviridae, apresentam um capsídeo de três camadas não envelopado e o genoma viral é constituído de 11 segmentos de RNA de fita dupla que codificam proteínas estruturais (VP1 a VP4, VP6 e VP7) e proteínas não-estruturais (NSP1 a NSP6). Através da proteína VP6 da camada intermediária do capsídeo os rotavírus são classificados em sete grupos, designados de A-G. Os grupos A. B e C foram identificados em humanos e outros vertebrados, sendo o primeiro considerado o principal responsável pelas gastroenterites agudas graves em crianças, enquanto os demais foram identificados somente em animais (1,4-6). A camada externa do capsídeo dos rotavírus do grupo A consiste das proteínas VP7, uma glicoproteína (G) e VP4, uma proteína sensível à protease (P); ambas são antígenos com propriedades neutralizantes e imunologicamente independentes (4). Assim, têm-se identificado pelo menos 10 tipos G e 11 tipos P em rotavírus humanos. Estudos de epidemiologia molecular sobre os rotavírus mostram a circulação de vírus com diferentes combinações de G e P, tais como G1P[8], G2P[4], G3P[8], G4P[8] ou G9P[8], que são os mais prevalentes em todo o mundo (5 e 6). No Brasil, em março de 2006, uma vacina contra Rotavírus, composta por uma cepa monovalente (G1P[8]), foi introduzida pelo Ministério da Saúde no Programa Nacional de Imunizações (7). Para avaliar a adequação e a eficiência da vacina, é necessária a realização de. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Livia Maria Silva Moura - Integrante / Ana Carolina Bernardes Dulgheroff - Integrante / Andre Luiz da Silva Domingues - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais - Bolsa / Universidade Federal do Triângulo Mineiro - Cooperação. Membro: Livia Maria Silva Moura. |
| 7. | 2010-2012. Construção de Biblioteca de cDNA do cogumelo Agaricus blazei Descrição: Estima-se que o primeiro cultivo intencional de cogumelos tenha ocorrido por volta do século VI, ou seja, há mais de 1400 anos. Na medicina oriental, há relatos da mais remota historia sobre o plantio e consumo de cogumelos visando à preservação da saúde e conseqüente aumento na longevidade do ser humano. Cogumelos comestíveis têm atraído o interesse de pesquisadores por suas propriedades, não apenas nutritivas, mas potencialmente medicinais. O Agaricus blazei é um cogumelo amplamente utilizado por diversas pessoas no mundo, em função de propriedades que atuam em doenças como diabetes (controle da glicemia), osteoporose (recaptação de cálcio por possuir ergosterol), hipertensão (pressão arterial), câncer e AIDS (fortalece o sistema de defesa natural de pacientes imunosuprimidos). Algumas destas propriedades estão relacionadas às substancias como o Beta-d-glucan, cerebrosídeos, esteróides, ergosterol e ácidos graxos. Sua principal atuação ocorre no sistema imunológico que protege o organismo contra infecções e ajuda a eliminar células malignas. Apesar de parte dos efeitos do Agaricus blazei serem a cada dia mais comprovados por pesquisas e estudos no mundo inteiro, muito ainda precisa ser explorado sobre aos mecanismos efetores dessas diversas funções. A proposta aqui apresentada consiste em gerar informações sobre a biologia básica da espécie, através da obtenção e seqüenciamento do DNA; agregar conhecimento na analise dessas seqüências via bioinformática juntamente com a clonagem, purificação e analises físico-químicas das proteínas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) . Integrantes: Thomaz Lüscher Dias - Integrante / Wiliam César Bento Régis - Integrante / Glória Regina Franco - Coordenador / Marcelo Matos Santoro - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais - Bolsa. Membro: Thomaz Lüscher Dias. |
| 8. | 2010-2012. Estrongiloidiosis: optimización de un método molecular para el diagnóstico sensible y específico de esta parasitosis endémica en Misiones Descrição: Strongyloides stercoralis é um parasita que infeta a aprosimadamente 100 milhões de pessoas no mundo, embora este número pode estar sendo subestimado debido a su dificil diagnóstico. O objetivo deste trabalho foi identificar S. stercoralis usando os atributos de sensibilidade e especificidade das técnicas de biología molecular. O estudo foi feito no estado de Misiones (Argentina), os vermes foram isolados e vários métodos de extração de DNA foram otimizados. Foi amplificada uma região do gene COI e sequenciada posteriormente, confirmando a presença de S. stercoralis nas amostras analizadas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Omar Julio Sosa - Integrante / Fabián Galarza - Integrante / Carina Francisca Arguelles - Coordenador. Membro: Omar Julio Sosa. |
| 9. | 2010-2011. Impacto da renovação de água sobre o efeito residual de larvicidas no controle de Aedes aegypti; Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Jean Michel Rocha Sampaio Leite - Integrante / Levindo José Garcia Neto - Coordenador / Ricardo José Soares Pontes - Integrante. Membro: Jean Michel Rocha Sampaio Leite. |
| 10. | 2010-2012. Métodos de genômica em bioinformática Descrição: Este é um projeto de estudos para a Iniciação Científica de Pedro Ivo Gomes de Faria, a ser desenvolvido sob a supervisão do professor Alan Mitchell Durham, no Instituto de Matemática e Estatística da USP. O foco deste projeto é o estudo de vários tópicos na área de bioinformática, com aplicação à análise genômica de cana-de-açúcar. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Pedro Ivo Gomes de Faria - Integrante / Alan Mitchell Durham - Coordenador. Membro: Pedro Ivo Gomes de Faria. |
| 11. | 2010-2013. PATO Descrição: Este projeto visa o desenvolvmento de um sistema interativo e modular para anotação e curagem in silico de sequências. O sistema estará acoplado ao EGene e a um sistema de banco de dados. A integração com o banco de dados possibilitará modos interativos de seleção de conjuntos de sequêcias baseada no processamento anterior, visando processos incrementais de anotação... Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Liliane Santana Oliveira Kashiwabara - Integrante / Alan Michell Durham - Coordenador / Arthur Gruber - Integrante. Membro: Liliane Santana Oliveira Kashiwabara. |
| 12. | 2010-2013. Transição de fase de bicamadas lipídicas aniônicas: um estudo estrutural com marcadores de spin Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Diogo Vieira da Silva Pellegrina - Integrante / Maria Teresa Moura Lamy - Coordenador. Membro: Diogo Vieira da Silva Pellegrina. |
| 13. | 2010-2012. Utilização de resíduos sólidos orgânicos na construção de uma composteira em uma escola pública de São Luís - Ma. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (6) / Doutorado: (1) . Integrantes: Anderson Carvalho Morais - Coordenador. Membro: Anderson Carvalho Morais. |
| 1. | 2009-2012. AVALIAÇÃO DA QUALIDADE SANITÁRIA DE TILÁPIAS (OREOCHROMIS NILOTICUS) AO LONGO DA CADEIA PRODUTIVA NO NORTE DO PARANÁ Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Rocha Barbosa - Integrante / GABRIEL MARCOS DOMINGUES SOUZA - Integrante / LAURIVAL ANTONIO VILAS BÔAS - Integrante / BRUNO DE OLIVEIRA HIDALGO - Integrante / GISLAYNE FERNDANDES LEMES TRIINDADE VILAS-BOAS - Integrante / LUCIENNE GARCIA PRETTO-GIORDANO - Integrante / ANGELA TERESA SILVA E SOUZA - Coordenador. Membro: André Rocha Barbosa. |
| 2. | 2009-2012. iversidade filogenética das linhagens de Acanthobothrium van Beneden, 1850 (Eucestoda: Tetraphyllidea: Onchobothriidae) parasitas de Potamotrygonidae (Chondrichthyes: Myliobatoidei) Descrição: Um importante impedimento para apresentação de uma hipótese robusta acerca da origem e diversificação dos potamotrigonídeos com base em dados parasitológicos reside nas lacunas do conhecimento sobre a diversidade e relação de parentesco de suas linhagens de parasitas. Membros da família Potamotrygonidae são elasmobrânquios estenohalinos endêmicos dos sistemas fluviais da região Neotropical, cujo o ancestral das ~20 espécies reconhecidas para a família provavelmente derivou de uma raia marinha durante as ingressões marinhas do Mioceno ao norte da América do Sul. A história biogeográfica destes hospedeiros impingiu padrões de diversificação em sua fauna parasitária composta de elementos endêmicos dos sistemas fluviais da América do Sul, bem como de linhagens compartinhadas com elasmobrânquios marinhos. Diante das discrepâncias entre as hipóteses sustentadas por dados provenientes do hospedeiro, para a origem e diversificação dos potamotrigonídeos, em relação àquelas sugeridas por dados parasitológicos, evidencia-se a necessidade de se examinar mais detalhadamente este sistema. Acredita-se que o uso de dados parasitológicos depende do esforço em documentar e postular hipóteses filogenéticas para diversas linhagens de parasitas. Com o auxílio de dados moleculares, este projeto visa abordar duas questões referentes à diversidade de uma linhagem particular de tetrafilídeos: o gênero Acantobotrium. Primeiro, objetiva-se identificar a posição relativa de linhagens monofiléticas deste gênero em relação a linhagens marinhas. Segundo, objetiva-se correlacionar estes grupos monofiléticos com o conceito atual das espécies nominais disponíveis para o gênero, ou seja, buscar suporte filogenético para espécies nominais que até o momento são definidas por caracteres morfológicos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Denis Jacob Machado - Integrante / Fernando Portella de Luna Marques - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Denis Jacob Machado. |
| 3. | 2009-2009. Posição filogenética de linhagens da Phyllobothriidae (Eucestoda: Tetraphyllidea) pasitas das raias de água doce da família Potamotrygonidae (Chondrichthyes: Myliobatoidei) baseada em otimização direta de dados moleculares Descrição: Este projeto visa identificar a posição filogenética de quatro gêneros de filobotriídeos (Rhinebothrium, Rhinebothroides, Anindobothrium e Nandocestus) parasitas de potamotrigonídeos utilizando dados moleculares (18S e 28S rDNA).. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Denis Jacob Machado - Integrante / Fernando Portella de Luna Marques - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Denis Jacob Machado. |
| 1. | 2008-2011. Avaliação do impacto da implantação da Vacina Oral Humana para Rotavírus (VOHR), sobre as gastroenterites virais em Goiânia ? GO e em Campo Grande ? MS. Descrição: Os vírus têm sido reconhecidos como importantes agentes etiológicos da gastroenterite infantil com predominância dos Rotavírus A, adenovírus entéricos, calicivírus e astrovírus. Estudos estacam a importância dos Rotavírus A no quadro das gastroenterites virais na Região Centro-Oeste, assim como tem sido descrito em todo mundo. O impacto mundial da infecção por Rotavírus A tem conduzido ao desenvolvimento de estratégicas vacinais no intuito de reduzir a sua morbi-mortalidade. No Brasil, em julho de 2005, foi licenciada pela ANVISA, a vacina monovalente de cepa humana Rotarix, a qual é constituída de uma cepa monovalente G1P[8] de rotavírus humano atenuado. Esta vacina foi incorporada ao Programa Nacional de Imunizações (PNI) Brasileiro e a sua aplicação teve início em março de 2006. Os rotavírus têm demonstrado uma tendência à flutuação das freqüências relativas dos genótipos predominantes. Ao adotar como forma de controle das rotaviroses a vacinação, é necessário que se mantenha o monitoramento contínuo das amostras prevalentes em nosso país, com vistas a uma avaliação da eficácia da vacina, seu efeito sobre a sazonalidade das infecções, sobre a diversidade da população viral, bem como, sobre a prevalência e circulação dos outros agentes virais relacionados a gastroenterite viral (adenovírus entéricos, astrovírus e calicivírus). Neste contexto, é proposição do presente trabalho, avaliar o impacto da implantação da VOHR sobre o quadro das gastroenterites virais em Goiânia-GO e Campo Grande-MS.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Marielton dos Passos Cunha - Integrante / Ítalo de Araújo Castro - Integrante / Fabíola Souza Fiaccadori - Coordenador / Divina das Dôres de Paula Cardoso - Integrante / Ana Maria Tavares Borges - Integrante / Célia Maria de Almeida Soares - Integrante / Paulo Sérgio Sucasas da Costa - Integrante / Wilia Marta E. D. de Brito - Integrante / Megmar Aparecida dos Santos Carneiro - Integrante / Menira Borges de Lima Dias e Souza - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Marielton dos Passos Cunha. |
| 2. | 2008-2009. Bioeduca: Desenvolvendo a meliponicultura e a sustentabilidade no campo Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (12) / Doutorado: (2) . Integrantes: Anderson Carvalho Morais - Coordenador / Gisele Garcia Azevedo - Integrante. Membro: Anderson Carvalho Morais. |
| 3. | 2008-2010. Classificação das mutações de vírus HIV Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Mina Cintho Ozahata - Integrante / João Eduardo Ferreira - Coordenador. Membro: Mina Cintho Ozahata. |
| 4. | 2008-2008. Diversidade genética de populações de Epiperipatus acacioi, Marcus & Marcus, 1955, baseada em sequências do gene da Subunidade I Citocromo c Oxidase (COI Descrição: Epiperipatus acacioi é uma espécie de invertebrado terrestre pertencente ao Filo Onychophora, que tem tido grande apelo conservacionista nos últimos anos. Atualmente, E. acacioi consta como vulnerável na lista vermelha de animais ameaçados de extinção de Minas Gerais e é uma das poucas espécies no Brasil para a qual foi criada uma unidade de conservação ambiental especialmente para a sua preservação. Um dos aspectos relevantes para a elaboração de planos de manejo e conservação de espécies é a averiguação da diversidade genética de suas populações. Neste contexto, o objetivo desse trabalho é estimar a diversidade genética das populações de E. acacioi utilizando como marcador uma região do gene mitocondrial Subunidade I Citocromo c Oxidase (COI). Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Thomaz Lüscher Dias - Integrante / Cleuza Graça da Fonseca - Coordenador / Gustavo Augusto Lacorte - Integrante / Ivo de Sena Oliveira - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais - Auxílio financeiro. Membro: Thomaz Lüscher Dias. |
| 5. | 2008-2010. Mocambo: Projeto de Revitalazação da trilha ecológica do Rio Mocambo Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (12) / Doutorado: (3) . Integrantes: Anderson Carvalho Morais - Coordenador / Gisele Garcia Azevedo - Integrante. Membro: Anderson Carvalho Morais. |
| 6. | 2008-2008. Modelagem de Sistema para Armazenamento de Seqüências de rDNA 16S de Bactérias Patogênicas Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Felipe Prata Lima - Integrante / Felipe Sarmento - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Alagoas - Bolsa. Número de produções C, T & A: 2 Membro: Felipe Prata Lima. |
| 7. | 2008-2009. Purificação e caracterização bioquímica de amilases do cogumelo Agaricus blazei Descrição: Testes preliminares indicaram a presença de amilase em extratos aquosos do cogumelo Agaricus blazei. Amilases são enzimas de potencial biotecnológico na indústria têxtil, alimentícia, farmacêutica e detergente. Essas enzimas são capazes de hidrolisar ligações gligosídicas α?1,4 em amido e glicogênio. Em fungos, as amilases estão envolvidas na degradação de compostos extracelulares e na formação intracelular de glucanas para a parede celular. A. blazei é um cogumelo comestível muito utilizado na alimentação por seus benefícios para a saúde. Identificaram-se ações do cogumelo em doenças como diabetes, osteoporose, hipertensão, câncer e AIDS. A maioria desses efeitos está relacionada com a presença de glucanas no fungo, o que nos motivou a estudar a amilase presente em seu extrato aquoso. A metodologia se baseará em purificar a enzima por HPLC (Cromatografia Líquida de Alta Performance), caracterização da cinética da enzima pura, determinação da estrutura secundária da enzima por Dicroísmo Circular, realizar testes termodinâmicos, para se obter informações sobre a estabilidade da enzima e determinação preliminar da estrutura terciária da enzima por cristalização.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Thomaz Lüscher Dias - Integrante / Wiliam César Bento Régis - Coordenador / Marcelo Matos Santoro - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais - Bolsa. Membro: Thomaz Lüscher Dias. |
| 8. | 2008-2010. Raposa: Desenvolvendo a conscientização ambiental numa comunidade de pescadores da ilha do Maranhão Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Anderson Carvalho Morais - Coordenador. Membro: Anderson Carvalho Morais. |
| 9. | 2008-2008. Vigilância Epidemiológica na Unidade de Emergência do Agreste: Implantação de Serviço de Epidemiologia Molecular e Criação de Banco de Dados Informatizado para seqüências de rDNA 16S de bactérias patogênicas Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Felipe Prata Lima - Integrante / Tiago Gomes de Andrade - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Ministério da Saúde - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Alagoas - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 2 Membro: Felipe Prata Lima. |
| 1. | 2007-2008. Estratégias de Busca em Ambientes Homogêneos Descrição: Resumo Diversas atividades importantes para animais que apresentam locomoção ativa estão relacionadas com os mecanismos de busca envolvidos, como encontrar alimento e parceiros para reprodução.Os sinais recebidos do ambiente tem que ser interpretados e uma estratégia de busca traçada. Com a otimização da busca, tem-se, em princípio, uma otimização do retorno, geralmente por redução do tempo de procura ou energia gasta. Formas distintas de padrão deslocamento, como passeios de Lévy ou Brown, geram resultados distintos em cada situação ambiental onde variam os parâmetros (concentração de alvos, extensão da área a ser vasculhada, etc.). Até mesmo a exploração visual está inclusa nos processos de busca sujeitos a otimização. Por meio de simulações in machina, este projeto visou estabelecer um modelo otimizado para buscas em ambientes homogêneos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Gabriel Torres Gomes Pato - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Gabriel Torres Gomes Pato. |
| 2. | 2007-2008. Genotipificación Molecular de Strongyloides stercoralis en materia fecal de niños con strongyloidiosis de Posadas ? Misiones Descrição: O objetivo deste trabalho foi a caracterização genética de S. stercoralis, a população analizada correspondeu a crianças de bairros periféricos da cidade de Posadas (Argentina), que apresentaram necessidades básicas insatisfeitas. Vermes foram isolados e distintos protocolos de extração de DNA foram usados para posteriores análises moleculares. Os resultados parasitológicos mostraram que de 70 amostras de fezes analisadas todas elas foram infectadas com helminhos, protozoários ou ambos, enquanto apenas 5 com Strongyloides.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) . Integrantes: Omar Julio Sosa - Integrante / Laura Natalia Sosa - Integrante / Carina Francisca Arguelles - Coordenador / Jorge Deschuster - Integrante. Membro: Omar Julio Sosa. |
| 3. | 2007-2009. Metodos Morfologicos y Moleculares Aplicados a la Identificación de Sarcofagidos de interes forense presentes en Bogota forense Descrição: Aplicação de metodos morfologicos de identificação e metodos moleculares com sequências para identificar insetos. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Juan Manuel Vidal García - Coordenador / Angela Sabrina Márquez Acero - Integrante. Financiador(es): Universidad Distrital Francisco Jose de Caldas - Auxílio financeiro. Membro: Juan Manuel Vidal García. |
| 1. | 2006-2007. Análise espectral seletiva por freqüências de sons usando a técnica de análise de componentes independentes no contexto da separação cega de fontes Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Felipe Prata Lima - Integrante / Túlio César Soares dos Santos André - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Alagoas - Bolsa. Número de produções C, T & A: 2 Membro: Felipe Prata Lima. |
| 1. | 2004-2006. Utilização dos dados "Expressed sequence tag" para definir grupos de ortólogos de fatores de regulação da transcrição do tipo NAC de angiospermas Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Mina Cintho Ozahata - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Membro: Mina Cintho Ozahata. |
(*) Relatório criado com produções desde 2000 até 2024
Data de processamento: 08/08/2024 17:41:46