Denis Jacob Machado

http://lattes.cnpq.br/0830556066646858 (27/04/2023) Rótulo/Grupo: Bolsa CNPq: Período de análise: Endereço: University of North Carolina at Charlotte, Department of Bioinformatics and Genomics. 9201 University City Blvd, Bioinformatics 224 UNC Charlotte 28223 - Charlotte, - Estados Unidos Telefone: (704) 6871742 URL da Homepage: https://janieslab.github.io/index.html Grande área: Ciências Biológicas Área: Zoologia Citações: Google Acadêmico

Produção bibliográfica

• Artigos completos publicados em periódicos (19)
• Livros publicados/organizados ou edições (0)
• Capítulos de livros publicados (0)
• Textos em jornais de notícias/revistas (0)
• Trabalhos completos publicados em anais de congressos (0)
• Resumos expandidos publicados em anais de congressos (0)
• Resumos publicados em anais de congressos (9)
• Artigos aceitos para publicação (1)
• Apresentações de trabalho (10)
• Demais tipos de produção bibliográfica (1)

Produção técnica

• Programas de computador com registro (0)
• Programas de computador sem registro (3)
• Produtos tecnológicos (0)
• Processos ou técnicas (0)
• Trabalhos técnicos (0)
• Demais tipos de produção técnica (2)

Produção artística

• Total de produção artística (0)

Orientações em andamento

• Supervisão de pós-doutorado (0)
• Tese de doutorado (0)
• Dissertação de mestrado (0)
• Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
• Trabalho de conclusão de curso de graduação (0)
• Iniciação científica (0)
• Orientações de outra natureza (0)

Supervisões e orientações concluídas

• Supervisão de pós-doutorado (0)
• Tese de doutorado (0)
• Dissertação de mestrado (0)
• Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
• Trabalho de conclusão de curso de graduação (0)
• Iniciação científica (0)
• Orientações de outra natureza (0)

Projetos de pesquisa

• Total de projetos de pesquisa (4)

Prêmios e títulos

• Total de prêmios e títulos (4)

Participação em eventos

• Total de participação em eventos (14)

Organização de eventos

• Total de organização de eventos (2)

Lista de colaborações

• Colaborações endôgenas (0)

Produção bibliográfica

• Artigos completos publicados em periódicos (19)
  
  1. FORD, COLBY T. ; YASA, SHIRISH ; JACOB MACHADO, DENIS ; WHITE, RICHARD ALLEN ; JANIES, DANIEL A.. Predicting changes in neutralizing antibody activity for SARS-CoV-2 XBB.1.5 using in silico protein modeling. Frontiers in Virology. v. 3, p. 1-10, 2023. Qualis: Não identificado (FRONTIERS IN VIROLOGY)
  2. MASHANOV, VLADIMIR ; WHALEY, LAUREN ; DAVIS, KENNETH ; HEINZELLER, THOMAS ; MACHADO, DENIS JACOB ; REID, ROBERT W. ; KOFSKY, JANICE ; JANIES, DANIEL. A subterminal growth zone at arm tip likely underlies life-long indeterminate growth in brittle stars. Frontiers in Zoology. v. 19, p. 15, 2022. Qualis: A1
  3. MASHANOV, VLADIMIR ; MACHADO, DENIS JACOB ; REID, ROBERT ; BROUWER, CORY ; KOFSKY, JANICE ; JANIES, DANIEL A.. Twinkle twinkle brittle star: the draft genome of Ophioderma brevispinum (Echinodermata: Ophiuroidea) as a resource for regeneration research. BMC GENOMICS. v. 23, p. 574, 2022. Qualis: A2
  4. MITTAL, VARNIKA ; REID, ROBERT W. ; MACHADO, DENIS JACOB ; MASHANOV, VLADIMIR ; JANIES, DANIEL A.. EchinoDB: an update to the web-based application for genomic and transcriptomic data on echinoderms. Bmc Genomic Data. v. 23, p. 75, 2022. Qualis: Não identificado (BMC GENOMIC DATA)
  5. JACOB MACHADO, DENIS; CASTROVIEJO-FISHER, SANTIAGO ; GRANT, TARAN. Evidence of absence treated as absence of evidence: The effects of variation in the number and distribution of gaps treated as missing data on the results of standard maximum likelihood analysis. MOLECULAR PHYLOGENETICS AND EVOLUTION. v. 154, p. 106966, 2021. Qualis: A1
  6. JACOB MACHADO, DENIS; SCOTT, RACHEL ; GUIRALES, SAYAL ; JANIES, DANIEL A.. Fundamental evolution of all including three deadly lineages descendent from Chiroptera-hosted coronaviruses: SARS-CoV, MERS-CoV and SARS-CoV-2. CLADISTICS. v. 37, p. 461-488, 2021. Qualis: A1
  7. JACOB MACHADO, DENIS; WHITE, RICHARD ALLEN ; KOFSKY, JANICE ; JANIES, DANIEL A.. Fundamentals of genomic epidemiology, lessons learned from the coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic, and new directions. Antimicrobial Stewardship & Healthcare Epidemiology. v. 1, p. e60, 2021. Qualis: Não identificado (ANTIMICROBIAL STEWARDSHIP & HEALTHCARE EPIDEMIOLOGY)
  8. TREVISAN, BRUNA ; JACOB MACHADO, DENIS ; LAHR, DANIEL J. G. ; MARQUES, FERNANDO P. L.. Comparative Characterization of Mitogenomes From Five Orders of Cestodes (Eucestoda: Tapeworms). Frontiers in Genetics. v. 12, p. 788871, 2021. Qualis: A2
  9. JACOB MACHADO, DENIS; PORTELLA DE LUNA MARQUES, FERNANDO ; JIMÉNEZ'FERBANS, LARRY ; GRANT, TARAN. An empirical test of the relationship between the bootstrap and likelihood ratio support in maximum likelihood phylogenetic analysis. Cladistics. v. 38, p. 1-10, 2021. Qualis: A1
  10. MASHANOV, VLADIMIR ; AKIONA, JENNIFER ; KHOURY, MALEANA ; FERRIER, JACOB ; REID, ROBERT ; MACHADO, DENIS JACOB ; ZUEVA, OLGA ; JANIES, DANIEL. Active Notch signaling is required for arm regeneration in a brittle star. PLoS One. v. 15, p. e0232981, 2020. Qualis: A1
  11. SCHNEIDER, ADRIANO DE BERNADI ; JACOB MACHADO, DENIS JACOB ; GUIRALES, SAYAL ; JANIES, DANIEL A.. FLAVi: An Enhanced Annotator for Viral Genomes of Flaviviridae. Viruses-Basel. v. 12, p. 892, 2020. Qualis: Não identificado (VIRUSES-BASEL)
  12. ORRICO, V. G. ; Grant, T. ; FAIVOVICH, J. ; RIVERA-CORREA, M. ; RADA, MARCO ; LYRA, M. L. ; CASSINI, C. S. ; VALDUJO, P. H. ; SCHARGEL, W. E. ; MACHADO, DENIS JACOB ; WHEELER, W. C. ; BARRIO-AMOROS, C. ; LOEBMANN, D. ; MORAVEC, J. ; ZINA, J. ; SOLÉ, M. ; STURARO, M. J. ; PELOSO, P. L. V. ; SUAREZ, P. ; HADDAD, C. F. B.. The phylogeny of Dendropsophini (Anura: Hylidae: Hylinae). Cladistics. v. 000, p. 1-33, 2020. Qualis: A1
  13. TREVISAN, BRUNA ; ALCANTARA, DANIEL M.C. ; MACHADO, DENIS JACOB ; MARQUES, FERNANDO P.L. ; LAHR, DANIEL J.G.. Genome skimming is a low-cost and robust strategy to assemble complete mitochondrial genomes from ethanol preserved specimens in biodiversity studies. PeerJ. v. 7, p. e7543, 2019. Qualis: A2
  14. LIN, JIH-PAI ; TSAI, MONG-HSUN ; KROH, ANDREAS ; TRAUTMAN, AARON ; MACHADO, DENIS JACOB ; CHANG, LO-YU ; REID, ROBERT ; LIN, KUAN-TING ; BRONSTEIN, OMRI ; LEE, SHYH-JYE ; JANIES, DANIEL. The first complete mitochondrial genome of the sand dollar Sinaechinocyamus mai (Echinoidea: Clypeasteroida). GENOMICS. v. NA, p. NA, 2019. Qualis: A3
  15. JACOB MACHADO, DENIS; JANIES, DANIEL ; BROUWER, CORY ; GRANT, TARAN. A new strategy to infer circularity applied to four new complete frog mitogenomes. Ecology and Evolution. v. 1, p. 1-8, 2018. Qualis: A2
  16. GRANT, TARAN ; RADA, MARCO ; ANGANOY-CRIOLLO, MARVIN ; BATISTA, ABEL ; DIAS, PEDRO HENRIQUE ; JECKEL, ADRIANA MORIGUCHI ; MACHADO, DENIS JACOB ; RUEDA-ALMONACID, JOSÉ VICENTE. Phylogenetic Systematics of Dart-Poison Frogs and Their Relatives Revisited (Anura: Dendrobatoidea). South American Journal of Herpetology. v. 12, p. S1-S90, 2017. Qualis: A4
  17. MACHADO, D. J.; LYRA, M. L. ; Grant, T.. Mitogenome assembly from genomic multiplex libraries: comparison of strategies and novel mitogenomes for five species of frogs. Molecular Ecology Resources. v. 16, p. 686-693, 2016. Qualis: A1
  18. MACHADO, DENIS JACOB. YBYRÁ facilitates comparison of large phylogenetic trees. BMC BIOINFORMATICS. v. 16, p. 204, 2015. Qualis: A1
  19. MACHADO, DENIS JACOB; DE LUNA MARQUES, FERNANDO PORTELLA. The forgotten origin of Acanthobothrium Blanchard, 1848 (Tetraphyllidea: Onchobothriidae). ZOOTAXA. v. 3505, p. 86-88, 2012. Qualis: A4
  
  
• Livros publicados/organizados ou edições (0)
  
  
  
• Capítulos de livros publicados (0)
  
  
  
• Textos em jornais de notícias/revistas (0)
  
  
  
• Trabalhos completos publicados em anais de congressos (0)
  
  
  
• Resumos expandidos publicados em anais de congressos (0)
  
  
  
• Resumos publicados em anais de congressos (9)
  
  1. SCHNEIDER, A. de B. ; MACHADO, DENIS JACOB ; DAMODARAN, L. ; JANIES, D.. Flavivirus Phylogeny Revisited: In search of the Orthologs. Em: 5th International Quest for Orthologs Meeting, 2017, Los Angeles. 5th International Quest for Orthologs Meeting, 2017.
  2. MACHADO, DENIS JACOB; Marques, F. P. L. ; Grant, T.. Direct Measures of Support for Maximum Likelihood. Em: Annual Meeting of the Willi Hennig Society and XII Reunión Argentina de Cladística y Biogeografia, 2016, Buenos Aires. 35th Annual Meeting of the Willi Hennig Society and XII Reunión Argentina de Cladística y Biogeografia, 2016.
  3. MACHADO, DENIS JACOB; CASTROVIEJO-FISHER, S. ; Grant, T.. Evidence of absence treated as absence of evidence: the effects of gaps in standart maximum likelihood analysis. Em: 35th Annual Meeting of the Willi Hennig Society and XII Reunión Argentina de Cladística y Biogeografia, 2016, Buenos Aires. 35th Annual Meeting of the Willi Hennig Society and XII Reunión Argentina de Cladística y Biogeografia, 2016.
  4. MACHADO, D. J.; LYRA, M. L. ; Grant, T.. Reconstructing mitochondrial genomes for five species of amphibians directly from genomic next-generation sequencing reads. Em: X Congreso Latinoamericano de Zoologia, 2014, Cartajena. La biodiversidad sensible: un patrimonio natural irreemplazable. Bogota: Asociacion Colombiana de Zoologia, v. 1, p. 551-552, 2014.
  5. DIAS, P. H. S. ; MACHADO, D. J.. Phylogenetic analysis of transformation series composed of ordered sequences. Em: X Congreso Latinoamericano de Zoologia, 2014, Cartajena. La biodiversidad sensible: un patrimonio natural irreemplazable. Bogota: Asociación Colombiana de Zoología, v. 1, p. 625-625, 2014.
  6. MACHADO, D. J.; Marques, F. P. L. ; Reyda, F.B.. The phylogenetic position of unarmed cestodes parasites of neotropical freshwater stingrays. Em: The 88th Annual Meeting of the American Society of Parasitologists and the 13th Annual Québec Molecular Parasitology Meeting, 2013, Québec. The 88th Annual Meeting of the American Society of Parasitologists and the 13th Annual Québec Molecular Parasitology Meeting, p. 30-162, 2013.
  7. MACHADO, D. J.; Marques, F. P. L.. On the use of iterative pass as a refinement strategy. Em: XXXII Meeting of the Willi Hennig Society, 2013, Rostock. XXXII Meeting of the Willi Hennig Society, p. 20-161, 2013.
  8. MACHADO, D. J.; Marques, F. P. L.. Posicionamento filogenético de filobotriídios (Eucestoda: Tetraphyllidea: Phyllobothriidae) parasitas de arraias de água doce Neotropicais (Chondrichthyes: Myliobatoidei: Potamotrygonidae) baseada na otimização direta de dados moleculares. Em: Hennig XXX - 2011 Meeting of the Willi Hennig Society, 2011, São José do Rio Preto. Hennig XXX: Abstracts. São José do Rio Preto: UNESP/ IBILCE, p. 1-192, 2011.
  9. Marques, F. P. L. ; Reyda, F.B. ; PRADO, P. I. ; Bueno, V.M. ; MACHADO, D. J. ; Luchetti, N.M.. Delimitando espécies aplicando taxonomia integrativa para tetrafilídeos dulcícolas: como reconhecer e lidar com grande variabilidade morfológica?. Em: 7th Internation Workshop on Cestode Systematics, 2011, Lawrence. 7th International Workshop on Cestode Systematics. Lawrence: University of Kansas, 2011.
  
  
• Artigos aceitos para publicação (1)
  
  1. FORD, COLBY T. ; JACOB MACHADO, DENIS ; JANIES, DANIEL A.. Predictions of the SARS-CoV-2 Omicron Variant (B.1.1.529) Spike Protein Receptor-Binding Domain Structure and Neutralizing Antibody Interactions. Frontiers in Virology. 2022. Qualis: Não identificado (FRONTIERS IN VIROLOGY)
  
  
• Apresentações de trabalho (10)
  
  1. GUIRALES, S. ; MACHADO, DENIS JACOB ; SCHNEIDER, A. de B.. FLAVi‐Web: A Web Annotator for Viral Genomes of Flaviviridae with a Revised Phylogeny of the Family. 2020. Apresentação de Trabalho/Congresso
  2. JANIES, D. ; MACHADO, D. J.. COVID-19: Understanding the Science Behind the Pandemic. 2020. Apresentação de Trabalho/Seminário
  3. de FREITAS, G.M.I. ; MACHADO, DENIS JACOB. Enhanced mitogenome annotation and phylogenetic analysis of Cestode. 2019. Apresentação de Trabalho/Congresso
  4. MACHADO, DENIS JACOB; SCHNEIDER, A. de B. ; JANIES, D.. Facing long-branch anxiety and outgroup prejudice in the phylogenomic analysis of Flaviviridae. 2019. Apresentação de Trabalho/Congresso
  5. JIMENEZ-FERBANS, L. ; MACHADO, DENIS JACOB ; de FREITAS, G. M. I.. Eclecticism in cladistics: convergence among opposing optimality criteria may be a hoax. 2019. Apresentação de Trabalho/Congresso
  6. TREVISAN, BRUNA ; MACHADO, DENIS JACOB ; MARQUES, FERNANDO P.L.. New dedicated pipeline to annotate the cestode mitogenome. 2019. Apresentação de Trabalho/Congresso
  7. SCHNEIDER, A. B. ; MACHADO, D. J. ; LAMBODHAR, D. ; JANIES, D.. Flavivirus Phylogeny Revisited: In search of the Orthologs. 2017. Apresentação de Trabalho/Simpósio
  8. MACHADO, D. J.; Grant, T. ; CASTROVIEJO-FISHER, S.. Evidence of absence treated as absence of evidence: the effects of gaps in standart maximum likelihood analysis. 2016. Apresentação de Trabalho/Congresso
  9. MACHADO, D. J.; Marques, F. P. L. ; Grant, T.. Direct Measures of Support for Maximum Likelihood. 2016. Apresentação de Trabalho/Congresso
  10. HORA, B. R. da ; MACHADO, D. J. ; Caruso, I. A. ; RODRIGUES, S. D. ; DOMINGOS, M. F. ; VEIGAS-BARREIROS, R. M. O.. Potencial larvicida do pinhão-manso no controle da dengue. 2010. Apresentação de Trabalho/Congresso
  
  
• Demais tipos de produção bibliográfica (1)
  
  1. MACHADO, D. J.; Marques, F. P. L.. The forgotten origin of Acanthobothrium Blanchard, 1848 (Tetraphyllidea: Onchobothriidae). Magnolia Press. 2012. Tetraphyllidea: Onchobothriidae). Magnolia Press, 2012 (Correspondence
  
  

Produção técnica

• Programas de computador com registro (0)
  
  
  
• Programas de computador sem registro (3)
  
  1. MACHADO, D. J.. YBYRÁ. 2013.
  2. MACHADO, D. J. Um Sapo Me Contou. 2017; Tema: Divulgação científica. 2017.
  3. MACHADO, D. J. Anfíbio do Mês. 2013; Tema: Divulgação científica. 2013.
  
  
• Produtos tecnológicos (0)
  
  
  
• Processos ou técnicas (0)
  
  
  
• Trabalhos técnicos (0)
  
  
  
• Demais tipos de produção técnica (2)
  
  1. MACHADO, D. J. Análises filogenéticas. 2013. Curso de curta duração ministrado/Outra
  2. MACHADO, D. J. Posição filogenética de linhagens de Phyllobothriidae (Eucestoda: Tetraphyllidea) parasitas das raias de água doce da família Potamotrygonidae (Chondrichthyes: Myliobatoidei) baseada em otimização direta de dados moleculares. 2010. Relatório de pesquisa
  
  

Produção artística

• Total de produção artística (0)
  
  
  

Orientações em andamento

• Supervisão de pós-doutorado (0)
  
  
  
• Tese de doutorado (0)
  
  
  
• Dissertação de mestrado (0)
  
  
  
• Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
  
  
  
• Trabalho de conclusão de curso de graduação (0)
  
  
  
• Iniciação científica (0)
  
  
  
• Orientações de outra natureza (0)
  
  
  

Supervisões e orientações concluídas

• Supervisão de pós-doutorado (0)
  
  
  
• Tese de doutorado (0)
  
  
  
• Dissertação de mestrado (0)
  
  
  
• Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
  
  
  
• Trabalho de conclusão de curso de graduação (0)
  
  
  
• Iniciação científica (0)
  
  
  
• Orientações de outra natureza (0)
  
  
  

Projetos de pesquisa

• Total de projetos de pesquisa (4)
  
  1. 2016-2016. Sequênciamento genômico do sapo pé-de-pá-oriental, Scaphiopus holbrookii (Amphibia: Anura: Scaphiopodidade) e do sapo flamenguinho, Melanophryniscus moreirae (Amphibia: Anura: Bufonidae)
     Descrição: Projeto de Bolsa em Extensão e Pesquisa no Exterior (BEPE), FAPESP, Proc. No. 2015/18654-2. Apesar da disponibilidade de tecnologias de sequenciamento de alta performance que permitem a aquisição de dados moleculares a preços factíveis, dificuldades computacionais em analisar grandes bancos de dados de sequências e o pequeno número de genomas nucleares de sapos que possam ser usados como referência têm dificultado avanços em estudos genômicos de anuros. Apenas dois genomas nucleares e 81 genomas mitocondriais completes foram publicados para Anura até a data de submissão desta proposta, uma amostragem muito pequena das atuais 6.483 espécies de sapos. Aqui eu proponho montar e analisar o genoma nuclear parcial e o genoma mitocondrial completo do sapo-pé-de-pá-oriental, Scaphiopus holbrookii, e do sapo-flamenguinho, Melanophyniscus moreirae, usando tecnologias de sequenciamento de alta eficiência (Illumina HiSeq). Estas espécies foram selecionadas devido à características genéticas que facilitam a análise de seu genoma e qualidades únicas que as tornam interessantes para o estudo da evolução de Anfíbios e da defesa química neste grupo. O sapo-pé-de-pá-oriental tem posição filogenética estratégica que possibilita a investigação de aspectos genômicos associados com a transição para o ambiente terrestre em sapos, do papel dos elementos transponíveis no tamanho do genoma de anfíbios, da distribuição e variabilidade de elementos ultra-conservados específicos à linhagem ou aos anuros, da evolução de genes organelares e dos rearranjos genômicos mitocondriais em anuros, entre outros. Já o sapo-flamenguinho é um bufonídeo que apresenta defesa química baseada tanto em alcaloides sequestrados da dieta quanto bufoteninas biosintetizadas, sendo então uma espécie chave para o entendimento da defesa química em anuros. A viabilidade deste projeto é garantida pela disponibilidade de sequências brutas já obtidas para ambas as espécies e recursos computacionais massivos dedicados à este projeto, aliados à experiência dos nossos colaboradores internacionais na área da genômica de organismos não-modelo. Eu acredito que a presente proposta irá nos levar um passo adiante na superação da nossa atual falta de conhecimento em genômica comparada de anuros e na distância entre a facilidade atual na obtenção de dados genômicos e a dificuldade de analisá-los.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Denis Jacob Machado - Integrante / Taran Grant - Integrante / DANIEL JANIES - Coordenador.
     Membro: Denis Jacob Machado.
  2. 2013-Atual. Genômica Comparada e a Evolução da Defesa Química de Anfíbios
     Descrição: Projeto de doutorado FAPESP, proc. no. 2013/05958-8. Esta proposta visa integrar técnicas de sequenciamento de próxima-geração ("next-generation sequencing", NGS) ao estudo da evolução da defesa química em anfíbios. Do ponto de vista da sistemática filogenética, o NGS possui o potencial para obtenção de filogenias mais bem suportadas, aumentando nossa capacidade de lidar com dificuldades causadas por poliploidia e hibridização e provendo novas opções para o estudo filogenético em diversos níveis taxonômicos. De uma perspectiva genômica, a análise comparada de rãs de veneno e outros anuros tem o potencial de identificar mudanças genéticas relacionadas à base molecular da defesa química em anfíbios (i.e., sequestro de alcaloides lipofílicos e resistência fisiológica), direcionando futuras pesquisas. Neste contexto, nós usaremos NGS (Illumina® HiSeqTM 2000) para gerar seis genomas nucleares completos de anuros com foco em rãs de veneno. Os dados assim obtidos serão empregados para: (1) identificar variações genéticas que possam estar associadas nos mecanismos de sequestro e resistência a alcaloides lipofílicos em rãs de veneno e (2) desenhar sondas que nos permitam empregar NGS na obtenção de loci específicos para o estudo da sistemática de anfíbios em diferentes níveis de divergência.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Denis Jacob Machado - Integrante / Taran Grant - Coordenador.
     Membro: Denis Jacob Machado.
  3. 2009-2012. iversidade filogenética das linhagens de Acanthobothrium van Beneden, 1850 (Eucestoda: Tetraphyllidea: Onchobothriidae) parasitas de Potamotrygonidae (Chondrichthyes: Myliobatoidei)
     Descrição: Um importante impedimento para apresentação de uma hipótese robusta acerca da origem e diversificação dos potamotrigonídeos com base em dados parasitológicos reside nas lacunas do conhecimento sobre a diversidade e relação de parentesco de suas linhagens de parasitas. Membros da família Potamotrygonidae são elasmobrânquios estenohalinos endêmicos dos sistemas fluviais da região Neotropical, cujo o ancestral das ~20 espécies reconhecidas para a família provavelmente derivou de uma raia marinha durante as ingressões marinhas do Mioceno ao norte da América do Sul. A história biogeográfica destes hospedeiros impingiu padrões de diversificação em sua fauna parasitária composta de elementos endêmicos dos sistemas fluviais da América do Sul, bem como de linhagens compartinhadas com elasmobrânquios marinhos. Diante das discrepâncias entre as hipóteses sustentadas por dados provenientes do hospedeiro, para a origem e diversificação dos potamotrigonídeos, em relação àquelas sugeridas por dados parasitológicos, evidencia-se a necessidade de se examinar mais detalhadamente este sistema. Acredita-se que o uso de dados parasitológicos depende do esforço em documentar e postular hipóteses filogenéticas para diversas linhagens de parasitas. Com o auxílio de dados moleculares, este projeto visa abordar duas questões referentes à diversidade de uma linhagem particular de tetrafilídeos: o gênero Acantobotrium. Primeiro, objetiva-se identificar a posição relativa de linhagens monofiléticas deste gênero em relação a linhagens marinhas. Segundo, objetiva-se correlacionar estes grupos monofiléticos com o conceito atual das espécies nominais disponíveis para o gênero, ou seja, buscar suporte filogenético para espécies nominais que até o momento são definidas por caracteres morfológicos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Denis Jacob Machado - Integrante / Fernando Portella de Luna Marques - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
     Membro: Denis Jacob Machado.
  4. 2009-2009. Posição filogenética de linhagens da Phyllobothriidae (Eucestoda: Tetraphyllidea) pasitas das raias de água doce da família Potamotrygonidae (Chondrichthyes: Myliobatoidei) baseada em otimização direta de dados moleculares
     Descrição: Este projeto visa identificar a posição filogenética de quatro gêneros de filobotriídeos (Rhinebothrium, Rhinebothroides, Anindobothrium e Nandocestus) parasitas de potamotrigonídeos utilizando dados moleculares (18S e 28S rDNA).. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Denis Jacob Machado - Integrante / Fernando Portella de Luna Marques - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
     Membro: Denis Jacob Machado.
  
  

Prêmios e títulos