Denis Jacob Machado

http://lattes.cnpq.br/0830556066646858 (27/04/2023) Rótulo/Grupo: Bolsa CNPq: Período de análise: Endereço: University of North Carolina at Charlotte, Department of Bioinformatics and Genomics. 9201 University City Blvd, Bioinformatics 224 UNC Charlotte 28223 - Charlotte, - Estados Unidos Telefone: (704) 6871742 URL da Homepage: https://janieslab.github.io/index.html Grande área: Ciências Biológicas Área: Zoologia Citações: Google Acadêmico

Produção bibliográfica

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• Resumos publicados em anais de congressos (0)
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Produção técnica

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Produção artística

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Orientações em andamento

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Supervisões e orientações concluídas

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• Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
• Trabalho de conclusão de curso de graduação (0)
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Projetos de pesquisa

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Prêmios e títulos

• Total de prêmios e títulos (4)

Participação em eventos

• Total de participação em eventos (0)

Organização de eventos

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Lista de colaborações

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Produção bibliográfica

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Projetos de pesquisa

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  1. 2016-2016. Sequenciamento genomico do sapo pe-de-pa-oriental, Scaphiopus holbrookii (Amphibia: Anura: Scaphiopodidade) e do sapo flamenguinho, Melanophryniscus moreirae (Amphibia: Anura: Bufonidae)
     Descrição: Projeto de Bolsa em Extensão e Pesquisa no Exterior (BEPE), FAPESP, Proc. No. 2015/18654-2. Apesar da disponibilidade de tecnologias de sequenciamento de alta performance que permitem a aquisição de dados moleculares a preços factíveis, dificuldades computacionais em analisar grandes bancos de dados de sequências e o pequeno número de genomas nucleares de sapos que possam ser usados como referência têm dificultado avanços em estudos genômicos de anuros. Apenas dois genomas nucleares e 81 genomas mitocondriais completes foram publicados para Anura até a data de submissão desta proposta, uma amostragem muito pequena das atuais 6.483 espécies de sapos. Aqui eu proponho montar e analisar o genoma nuclear parcial e o genoma mitocondrial completo do sapo-pé-de-pá-oriental, Scaphiopus holbrookii, e do sapo-flamenguinho, Melanophyniscus moreirae, usando tecnologias de sequenciamento de alta eficiência (Illumina HiSeq). Estas espécies foram selecionadas devido à características genéticas que facilitam a análise de seu genoma e qualidades únicas que as tornam interessantes para o estudo da evolução de Anfíbios e da defesa química neste grupo. O sapo-pé-de-pá-oriental tem posição filogenética estratégica que possibilita a investigação de aspectos genômicos associados com a transição para o ambiente terrestre em sapos, do papel dos elementos transponíveis no tamanho do genoma de anfíbios, da distribuição e variabilidade de elementos ultra-conservados específicos à linhagem ou aos anuros, da evolução de genes organelares e dos rearranjos genômicos mitocondriais em anuros, entre outros. Já o sapo-flamenguinho é um bufonídeo que apresenta defesa química baseada tanto em alcaloides sequestrados da dieta quanto bufoteninas biosintetizadas, sendo então uma espécie chave para o entendimento da defesa química em anuros. A viabilidade deste projeto é garantida pela disponibilidade de sequências brutas já obtidas para ambas as espécies e recursos computacionais massivos dedicados à este projeto, aliados à experiência dos nossos colaboradores internacionais na área da genômica de organismos não-modelo. Eu acredito que a presente proposta irá nos levar um passo adiante na superação da nossa atual falta de conhecimento em genômica comparada de anuros e na distância entre a facilidade atual na obtenção de dados genômicos e a dificuldade de analisá-los.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Denis Jacob Machado - Integrante / Taran Grant - Integrante / DANIEL JANIES - Coordenador.
     Membro: Denis Jacob Machado.
  2. 2013-Atual. Genomica Comparada e a Evolucao da Defesa Quimica de Anfibios
     Descrição: Projeto de doutorado FAPESP, proc. no. 2013/05958-8. Esta proposta visa integrar técnicas de sequenciamento de próxima-geração ("next-generation sequencing", NGS) ao estudo da evolução da defesa química em anfíbios. Do ponto de vista da sistemática filogenética, o NGS possui o potencial para obtenção de filogenias mais bem suportadas, aumentando nossa capacidade de lidar com dificuldades causadas por poliploidia e hibridização e provendo novas opções para o estudo filogenético em diversos níveis taxonômicos. De uma perspectiva genômica, a análise comparada de rãs de veneno e outros anuros tem o potencial de identificar mudanças genéticas relacionadas à base molecular da defesa química em anfíbios (i.e., sequestro de alcaloides lipofílicos e resistência fisiológica), direcionando futuras pesquisas. Neste contexto, nós usaremos NGS (Illumina® HiSeqTM 2000) para gerar seis genomas nucleares completos de anuros com foco em rãs de veneno. Os dados assim obtidos serão empregados para: (1) identificar variações genéticas que possam estar associadas nos mecanismos de sequestro e resistência a alcaloides lipofílicos em rãs de veneno e (2) desenhar sondas que nos permitam empregar NGS na obtenção de loci específicos para o estudo da sistemática de anfíbios em diferentes níveis de divergência.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Denis Jacob Machado - Integrante / Taran Grant - Coordenador.
     Membro: Denis Jacob Machado.
  3. 2009-2012. iversidade filogenetica das linhagens de Acanthobothrium van Beneden, 1850 (Eucestoda: Tetraphyllidea: Onchobothriidae) parasitas de Potamotrygonidae (Chondrichthyes: Myliobatoidei)
     Descrição: Um importante impedimento para apresentação de uma hipótese robusta acerca da origem e diversificação dos potamotrigonídeos com base em dados parasitológicos reside nas lacunas do conhecimento sobre a diversidade e relação de parentesco de suas linhagens de parasitas. Membros da família Potamotrygonidae são elasmobrânquios estenohalinos endêmicos dos sistemas fluviais da região Neotropical, cujo o ancestral das ~20 espécies reconhecidas para a família provavelmente derivou de uma raia marinha durante as ingressões marinhas do Mioceno ao norte da América do Sul. A história biogeográfica destes hospedeiros impingiu padrões de diversificação em sua fauna parasitária composta de elementos endêmicos dos sistemas fluviais da América do Sul, bem como de linhagens compartinhadas com elasmobrânquios marinhos. Diante das discrepâncias entre as hipóteses sustentadas por dados provenientes do hospedeiro, para a origem e diversificação dos potamotrigonídeos, em relação àquelas sugeridas por dados parasitológicos, evidencia-se a necessidade de se examinar mais detalhadamente este sistema. Acredita-se que o uso de dados parasitológicos depende do esforço em documentar e postular hipóteses filogenéticas para diversas linhagens de parasitas. Com o auxílio de dados moleculares, este projeto visa abordar duas questões referentes à diversidade de uma linhagem particular de tetrafilídeos: o gênero Acantobotrium. Primeiro, objetiva-se identificar a posição relativa de linhagens monofiléticas deste gênero em relação a linhagens marinhas. Segundo, objetiva-se correlacionar estes grupos monofiléticos com o conceito atual das espécies nominais disponíveis para o gênero, ou seja, buscar suporte filogenético para espécies nominais que até o momento são definidas por caracteres morfológicos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Denis Jacob Machado - Integrante / Fernando Portella de Luna Marques - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
     Membro: Denis Jacob Machado.
  4. 2009-2009. Posicao filogenetica de linhagens da Phyllobothriidae (Eucestoda: Tetraphyllidea) pasitas das raias de agua doce da familia Potamotrygonidae (Chondrichthyes: Myliobatoidei) baseada em otimizacao direta de dados moleculares
     Descrição: Este projeto visa identificar a posição filogenética de quatro gêneros de filobotriídeos (Rhinebothrium, Rhinebothroides, Anindobothrium e Nandocestus) parasitas de potamotrigonídeos utilizando dados moleculares (18S e 28S rDNA).. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Denis Jacob Machado - Integrante / Fernando Portella de Luna Marques - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
     Membro: Denis Jacob Machado.
  
  

Prêmios e títulos