Programa de Pós-Graduação Interunidades em Bioinformãtica

Rodrigo Guarischi Mattos Amaral de Sousa

Atualmente é coordenador da bioinformática da Dasa, maior grupo de laboratórios da américa latina e quarto maior do mundo. É doutor em Bioinformática, mestre em Genética e bacharel em Informática Biomédica pela Universidade de São Paulo (USP). Trabalha com Bioinformática desde 2007 e possui interesse em perguntas biológicas que podem ser respondidas com o uso de sequenciamento de DNA. Atua principalmente nos temas: Bioinformática, identificação de variantes de DNA, análise de expressão gênica por RNA-Seq, angiogênese, montagem e anotação de genomas procariotos e aprendizado de máquina. (Texto informado pelo autor)

http://lattes.cnpq.br/3435860269541415 (17/12/2019)

Rótulo/Grupo:

Bolsa CNPq:

Período de análise:

Endereço: DIAGNOSTICOS DA AMERICA S.A. Av. Divino Salvador, 876 Moema 06455010 - São Paulo, SP - Brasil Telefone: (11) 59041234 URL da Homepage: http://geneone.com.br/

Grande área: Ciências Exatas e da Terra

Área: Ciência da Computação

Citações: Google Acadêmico

Produção bibliográfica

Artigos completos publicados em periódicos (5)
1. Guarischi-Sousa, Rodrigo; MONTEIRO, JHONATAS S. ; ALECRIM, LILIAN C. ; MICHALOSKI, JUSSARA S. ; CARDEAL, LAURA B. ; FERREIRA, ELISA N. ; CARRARO, DIRCE M. ; NUNES, DIANA N. ; DIAS-NETO, EMMANUEL ; REIMAND, JÜRI ; BOUTROS, PAUL C. ; SETUBAL, JOÃO C. ; GIORDANO, RICARDO J.. A transcriptome-based signature of pathological angiogenesis predicts breast cancer patient survival. PLoS Genetics. v. 15, p. e1008482, 2019. Qualis: A1
2. PUIGVERT, MARINA ; Guarischi-Sousa, Rodrigo ; ZULUAGA, PAOLA ; COLL, NÚRIA S. ; MACHO, ALBERTO P. ; SETUBAL, JOÃO C. ; VALLS, MARC. Transcriptomes of Ralstonia solanacearum during Root Colonization of Solanum commersonii. FRONTIERS IN PLANT SCIENCE. v. 8, p. 3, 2017. Qualis: A1
3. ERILL, IVAN ; PUIGVERT, MARINA ; LEGRAND, LUDOVIC ; Guarischi-Sousa, Rodrigo ; VANDECASTEELE, CÉLINE ; SETUBAL, JOÃO C. ; GENIN, STEPHANE ; GUIDOT, ALICE ; VALLS, MARC. Comparative Analysis of Ralstonia solanacearum Methylomes. FRONTIERS IN PLANT SCIENCE. v. 8, p. 3, 2017. Qualis: A1
4. Guarischi-Sousa, Rodrigo; PUIGVERT, MARINA ; COLL, NÚRIA S. ; SIRI, MARÍA INÉS ; PIANZZOLA, MARÍA JULIA ; VALLS, MARC ; SETUBAL, JOÃO C.. Complete genome sequence of the potato pathogen Ralstonia solanacearum UY031. Standards in Genomic Sciences. v. 11, p. 7, 2016. Qualis: B2
5. Galante, P. A. F. Parmigiani, R. B. Zhao, Q. Caballero, O. L. de Souza, J. E. Navarro, F. C. P. Gerber, A. L. Nicolas, M. F. Salim, A. C. M. Silva, A. P. M. Edsall, L. Devalle, S. Almeida, L. G. Ye, Z. Kuan, S. Pinheiro, D. G. Tojal, I. Pedigoni, R. G. DE SOUSA, R. G. M. A. OLIVEIRA, T. Y. K. de Paula, M. G. Ohno-Machado, L. Kirkness, E. F. Levy, S. da Silva, W. A. , et al.Vasconcelos, A. T. R. Ren, B. Zago, M. A. Strausberg, R. L. Simpson, A. J. G. de Souza, S. J. Camargo, A. A. ; Distinct patterns of somatic alterations in a lymphoblastoid and a tumor genome derived from the same individual. Nucleic Acids Research. v. 39, p. 6056-6068, 2011. Qualis: Não identificado (F. PARMIGIANI, R. B. ZHAO, Q. CABALLERO, O. L. DE SOUZA, J. E. NAVARRO, F. C. P. GERBER, A. L. NICOLAS, M. F. SALIM, A. C. M. SILVA, A. P. M. EDSALL, L. DEVALLE, S. ALMEIDA, L. G. YE, Z. KUAN, S. PINHEIRO, D. G. TOJAL, I. PEDIGONI, R. G. DE SOUSA, R. G. M. A. OLIVEIRA, T. Y. K. DE PAULA, M. G. OHNO-MACHADO, L. KIRKNESS, E. F. LEVY, S. DA SILVA, W. A. , ET AL.VASCONCELOS, A. T. R. REN, B. ZAGO, M. A. STRAUSBERG, R. L. SIMPSON, A. J. G. DE SOUZA, S. J. CAMARGO, A. A. ; DISTINCT PATTERNS OF SOMATIC ALTERATIONS IN A LYMPHOBLASTOID AND A TUMOR GENOME DERIVED FROM THE SAME INDIVIDUAL. NUCLEIC ACIDS RESEARCH)
Livros publicados/organizados ou edições (0)
Capítulos de livros publicados (0)
Textos em jornais de notícias/revistas (0)
Trabalhos completos publicados em anais de congressos (0)
Resumos expandidos publicados em anais de congressos (0)
Resumos publicados em anais de congressos (1)
1. MOREIRA, C. F. A. ; Azevedo, T. C. B. ; Beltrão, A. C. S. ; Francês, L. T. V. M. ; SOUSA, R. G. M. A. ; Silva, I. T. ; SILVA JUNIOR, W. A. ; Lemos, J. A. R.. Expressão diferencial de genes responsáveis pela insensibilidade de células CD34+ aos inibidores de quinase em pacientes portadores de leucemia mielóide crônica. Em: Congresso Brasileiro de Hematologia, Hemoterapia e Terapia Celular, 2012, Rio de Janeiro. Revista Brasileira de Hematologia e Hemoterapia. São Paulo: RS Press Editora, v. 34, 2012.
Artigos aceitos para publicação (0)
Apresentações de trabalho (6)
1. Guarischi-Sousa, Rodrigo; Jussara S. Michaloski ; Laura B. Silva Cardeal ; Ricardo J. Giordano ; João C. Setubal. Blood vessel formation transcriptomics. 2016. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
2. SOUSA, R. G. M. A.; MICHALOSKI, J. S. ; SILVA CARDEAL, L. B. ; SETUBAL, JOÃO C. ; GIORDANO, R. J.. An RNA-Seq computational pipeline applied on angiogenesis transcriptome data. 2014. Apresentação de Trabalho/Congresso
3. SOUSA, R. G. M. A.; MICHALOSKI, J. S. ; SILVA CARDEAL, L. B. ; SETUBAL, J. C. ; GIORDANO, R. J.. System Biology of blood vessel formation: a transcriptome approach. 2013. Apresentação de Trabalho/Congresso
4. SOUSA, R. G. M. A.; Silva, I. T. ; BUENO, R. B. L. ; D. G. Pinheiro ; SILVA JUNIOR, W. A.. An efficient computational approach to identify new SNVs in ESTs data set. 2011. Apresentação de Trabalho/Congresso
5. SOUSA, R. G. M. A.; Silva, I. T. ; OLIVEIRA, T. Y. K. ; D. G. Pinheiro ; SILVA JUNIOR, W. A.. An efficient computational approach to identify new SNVs. 2010. Apresentação de Trabalho/Congresso
6. SOUSA, R. G. M. A.; Silva, I. T. ; OLIVEIRA, T. Y. K. ; D. G. Pinheiro ; SILVA JUNIOR, W. A.. An efficient computational approach to identify new SNVs. 2010. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
Demais tipos de produção bibliográfica (0)

Produção técnica

Programas de computador com registro (0)
Programas de computador sem registro (0)
Produtos tecnológicos (0)
Processos ou técnicas (1)
1. Pedigoni, R. G. ; SOUSA, R. G. M. A. ; SILVA JUNIOR, W. A. . Bioinformática Online. 2009.
Trabalhos técnicos (0)
Demais tipos de produção técnica (1)
1. D. G. Pinheiro ; SOUSA, R. G. M. A.. Introdução a Bioinformática. 2011. Curso de curta duração ministrado/Especialização

Produção artística

Total de produção artística (0)

Orientações em andamento

Supervisão de pós-doutorado (0)
Tese de doutorado (0)
Dissertação de mestrado (0)
Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
Trabalho de conclusão de curso de graduação (0)
Iniciação científica (0)
Orientações de outra natureza (0)

Supervisões e orientações concluídas

Supervisão de pós-doutorado (0)
Tese de doutorado (0)
Dissertação de mestrado (0)
Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
Trabalho de conclusão de curso de graduação (0)
Iniciação científica (0)
Orientações de outra natureza (0)

Projetos de pesquisa

Total de projetos de pesquisa (3)
1. 2015-Atual. Assinatura angiogenica patológica e seu poder prognóstico
  Descrição: O projeto tem o objetivo de criar uma assinatura angiogênica capaz de estratificar amostras tumorais humanas quanto à sobrevida. Se mostras bons resultados essa assinatura pode ser incorporada à clinica como um marcador molecular capaz de auxiliar no tratamento de alguns tipos de canceres. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Rodrigo Guarischi Mattos Amaral de Sousa - Integrante / Ricardo José Giordano - Integrante / Joao Carlos Setubal - Integrante / Paul Boutros - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
  Membro: Rodrigo Guarischi Mattos Amaral de Sousa.
2. 2012-Atual. Biologia de sistemas da formação de vasos sanguíneos: Um estudo de transcriptoma
  Descrição: A formação de vasos sanguíneos a partir de vasos pré-existentes denomina-se angiogênese. Uma série de doenças, entre elas o câncer e retinopatias, depende da angiogênese para progredir. Nosso projeto usa uma série temporal de um modelo angiogênico animal juntamente com a tecnologia de sequenciamento massivo paralelo (RNA-seq) para tentar compreender o complexo sistema envolvido na formação de novos vasos. Website: http://lbi.usp.br/angiogenesis. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Rodrigo Guarischi Mattos Amaral de Sousa - Integrante / Ricardo José Giordano - Coordenador / Jussara Michaloski Souza - Integrante / Laura Beatriz da Silva Cardeal - Integrante / Joao Carlos Setubal - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
  Membro: Rodrigo Guarischi Mattos Amaral de Sousa.
3. 2008-2012. Identificação de novas mutações de ponto em sequenciamento de cDNA
  Descrição: Identificação computacional e validação experimental de novas mutações de ponto em sequências de cDNA obtidas pelo projeto genoma humano do câncer. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Rodrigo Guarischi Mattos Amaral de Sousa - Integrante / Wilson Araújo da Silva Júnior - Coordenador / Tojal, I. - Integrante / Rafaela de Barros e Lima Bueno - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa. Número de produções C, T & A: 1
  Membro: Rodrigo Guarischi Mattos Amaral de Sousa.

Prêmios e títulos

Total de prêmios e títulos (0)

Participação em eventos

Total de participação em eventos (8)

London Calling... 2016. (Simpósio).
Network and Pathways.Blood vessel formation transcriptomics. 2016. (Simpósio).
ISCB-Latin America, X-Meeting 2014. An RNASeq computational pipeline applied on angiogenesis transcriptome data. 2014. (Congresso).
Brazilian Symposium on Bioinformatics. System Biology of blood vessel formation: a transcriptome approach. 2013. (Congresso).
International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. An efficient computational approach to identify new SNVs in ESTs data set. 2011. (Congresso).
International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. An efficient computational approach to identify new SNVs. 2010. (Congresso).
Workshop do Programa de Pós Graduação em Genética.An efficient computational approach to identify new SNVs. 2010. (Oficina).
International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. 2009. (Congresso).

Organização de eventos

Total de organização de eventos (4)

SOUSA, R. G. M. A.; D. G. Pinheiro ; PAULA, M. G ; BÜRGER, M. C. ; TARLA, M. ; MESSAGE, A. ; SILVA JUNIOR, W. A.. 8º Curso de Verão em Bioinformática. 2012. Outro
Silva, I. T. ; D. G. Pinheiro ; OLIVEIRA, T. Y. K. ; SOUSA, R. G. M. A. ; PAULA, M. G ; TARLA, M. ; MESSAGE, A.. 7º Curso de Verão em Bioinformática. 2011. Outro
de Souza, S. J. ; SILVA JUNIOR, W. A. ; de Souza, J. E. ; Silva, I. T. ; D. G. Pinheiro ; CARDENAS, R. G. C. C. L. ; SOUSA, R. G. M. A. ; PAULA, M. G. I Oficina de Bioinformática. 2011. Outro
SILVA JUNIOR, W. A. ; Silva, I. T. ; D. G. Pinheiro ; OLIVEIRA, T. ; SOUSA, R. G. M. A. ; PAULA, M. G ; TARLA, M. ; MESSAGE, A.. 6º Curso de Verão em Bioinformática. 2010. Outro

Lista de colaborações

Colaborações endôgenas (0)

(*) Relatório criado com produções desde 2000 até 2025
Data de processamento: 12/02/2025 19:33:35

Relatório gerado por scriptLattes V9. Os resultados podem ser afetados por possíveis falhas decorrentes de inconsistências no preenchimento dos Currículos Lattes. E-mail de contato: webmaster@ime.usp.br