Patrícia de Cássia Ruy

http://lattes.cnpq.br/6884114207861626 (19/01/2024) Rótulo/Grupo: Bolsa CNPq: Período de análise: Endereço: Universidade de São Paulo, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto. Avenida Bandeirantes, 3900 Monte Alegre 14049900 - Ribeirão Preto, SP - Brasil Telefone: (16) 36023053 URL da Homepage: http://www.fmrp.usp.br/rbp/ Grande área: Outros Área: Robótica, Mecatrônica e Automação Citações: Google Acadêmico

Produção bibliográfica

• Artigos completos publicados em periódicos (11)
• Livros publicados/organizados ou edições (0)
• Capítulos de livros publicados (0)
• Textos em jornais de notícias/revistas (0)
• Trabalhos completos publicados em anais de congressos (0)
• Resumos expandidos publicados em anais de congressos (0)
• Resumos publicados em anais de congressos (0)
• Artigos aceitos para publicação (0)
• Apresentações de trabalho (29)
• Demais tipos de produção bibliográfica (0)

Produção técnica

• Programas de computador com registro (0)
• Programas de computador sem registro (0)
• Produtos tecnológicos (0)
• Processos ou técnicas (0)
• Trabalhos técnicos (0)
• Demais tipos de produção técnica (0)

Produção artística

• Total de produção artística (0)

Orientações em andamento

• Supervisão de pós-doutorado (0)
• Tese de doutorado (0)
• Dissertação de mestrado (0)
• Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
• Trabalho de conclusão de curso de graduação (0)
• Iniciação científica (0)
• Orientações de outra natureza (0)

Supervisões e orientações concluídas

• Supervisão de pós-doutorado (0)
• Tese de doutorado (0)
• Dissertação de mestrado (0)
• Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
• Trabalho de conclusão de curso de graduação (2)
• Iniciação científica (0)
• Orientações de outra natureza (0)

Projetos de pesquisa

• Total de projetos de pesquisa (0)

Prêmios e títulos

• Total de prêmios e títulos (1)

Participação em eventos

• Total de participação em eventos (24)

Organização de eventos

• Total de organização de eventos (1)

Lista de colaborações

• Colaborações endôgenas (0)

Produção bibliográfica

• Artigos completos publicados em periódicos (11)
  
  1. ANSELMO, LÍVIA MARIA PALA ; GALLO, JULIANA FAILDE ; PINHATA, JULIANA MAIRA WATANABE ; PERONNI, KAMILA CHAGAS ; SILVA JUNIOR, WILSON ARAÚJO DA ; RUY, PATRICIA DE CÁSSIA ; CONCEIÇÃO, EMILYN COSTA ; DIPPENAAR, ANZAAN ; WARREN, ROBIN MARK ; MONROE, ALINE APARECIDA ; OLIVEIRA, ROSANGELA SIQUEIRA ; BOLLELA, VALDES ROBERTO. New insights on tuberculosis transmission dynamics and drug susceptibility profiles among the prison population in Southern Brazil based on whole-genome sequencing. SOCIEDADE BRASILEIRA DE MEDICINA TROPICAL. REVISTA. v. 56, p. 36820651, 2023. Qualis: C
  2. OLIVEIRA DE BIAGI, CARLOS ALBERTO ; NOCITI, RICARDO PERECIN ; BROTTO, DANIELLE BARBOSA ; FUNICHELI, BRENO OSVALDO ; CÁSSIA RUY, PATRÍCIA DE ; BIANCHI XIMENEZ, JOÃO PAULO ; ALVES FIGUEIREDO, DAVID LIVINGSTONE ; ARAÚJO SILVA, WILSON. CeTF: an R/Bioconductor package for transcription factor co-expression networks using regulatory impact factors (RIF) and partial correlation and information (PCIT) analysis. BMC GENOMICS. v. 22, p. 624, 2021. Qualis: A2
  3. DA COSTA E SILVA CARVALHO, SIMONE ; CURY, NATHALIA MORENO ; BROTTO, DANIELLE BARBOSA ; DE ARAUJO, LUIZA FERREIRA ; ROSA, REGINALDO CRUZ ALVES ; TEXEIRA, LORENA ALVES ; PLAÇA, JESSICA RODRIGUES ; MARQUES, ADRIANA APARECIDA ; PERONNI, KAMILA CHAGAS ; RUY, PATRICIA DE CÁSSIA ; MOLFETTA, GREICE ANDREOTTI ; MORIGUTI, JULIO CESAR ; CARRARO, DIRCE MARIA ; PALMERO, EDENIR INÊZ ; ASHTON-PROLLA, PATRICIA ; DE FARIA FERRAZ, VICTOR EVANGELISTA ; SILVA JR, WILSON ARAUJO. Germline variants in DNA repair genes associated with hereditary breast and ovarian cancer syndrome: analysis of a 21 gene panel in the Brazilian population. BMC Medical Genomics. v. 13, p. 21, 2020. Qualis: A3
  4. SANTOS BEZERRA, RAFAEL ; VALENÇA, IAN N. ; CASSIA RUY, PATRÍCIA ; XIMENEZ, JOÃO P. B. ; SILVA JUNIOR, WILSON A. ; COVAS, DIMAS T. ; KASHIMA, SIMONE ; SLAVOV, SVETOSLAV N.. The novel coronavirus SARS-CoV-2: From a zoonotic infection to coronavirus disease 2019. JOURNAL OF MEDICAL VIROLOGY. v. online, p. online, 2020. Qualis: B1
  5. RUY, PATRÍCIA DE CÁSSIA; MONTEIRO TELES, NATÁLIA MELQUIE ; MISERANI MAGALHÃES, RUBENS DANIEL ; FREITAS DE CASTRO, FELIPE ; DIAS, LEANDRO ; AQUINO DEFINA, TANIA PAULA ; ROSAS DE VASCONCELOS, ELTON JOSÉ ; MYLER, PETER J ; KAYSEL CRUZ, ANGELA. Comparative transcriptomics in Leishmania braziliensis: disclosing differential gene expression of coding and putative noncoding RNAs across developmental stages. RNA Biology. v. 16, p. 1555-8584, 2019. Qualis: A2
  6. DE CASTRO, FELIPE FREITAS ; DE CÁSSIA RUY, PATRICIA ; ZEVIANI, KARINA NOGUEIRA ; DE FREITAS SANTOS, RAMON ; TOLEDO, JULIANO SIMÕES ; CRUZ, ANGELA KAYSEL. Evidence of putative non-coding RNAs from Leishmania untranslated regions. Molecular and Biochemical Parasitology (Print). v. 214, p. 69-74, 2017. Qualis: A4
  7. CRUZ, A. A. V. ; ALVES-FERREIRA, E. V. C. ; MILBRATZ-MORE, G. ; CHAHUD, F. ; RUY, P. C. ; DUARTE, M. I. S. ; CRUZ, A. K.. Sclerosing Orbital Inflammation Caused by Leishmania braziliensis. The American Journal of Tropical Medicine and Hygiene. v. 16, p. 0389, 2016. Qualis: A3 (AMERICAN JOURNAL OF TROPICAL MEDICINE AND HYGINE)
  8. ALVES-FERREIRA, ELIZA V. C. ; TOLEDO, JULIANO S. ; DE OLIVEIRA, ARTHUR H. C. ; FERREIRA, TIAGO R. ; RUY, PATRICIA C. ; PINZAN, CAMILA F. ; SANTOS, RAMON F. ; BOAVENTURA, VIVIANE ; ROJO, DAVID ; LÓPEZ-GONZÁLVEZ, ÁNGELEZ ; ROSA, JOSE C. ; BARBAS, CORAL ; BARRAL-NETTO, MANOEL ; BARRAL, ALDINA ; CRUZ, ANGELA K.. Differential Gene Expression and Infection Profiles of Cutaneous and Mucosal Leishmania braziliensis Isolates from the Same Patient. PLoS Neglected Tropical Diseases (Online). v. 9, p. e0004018, 2015. Qualis: A1
  9. PAIS, FABIANO SVIATOPOLK-MIRSKY ; RUY, PATRÍCIA DE ; OLIVEIRA, GUILHERME ; COIMBRA, RONEY. Assessing the efficiency of multiple sequence alignment programs. Algorithms for Molecular Biology. v. 9, p. 4, 2014. Qualis: A2
  10. RUY, P. C.; TORRIERI, R. ; TOLEDO, J. S. ; Alves, VS ; CRUZ, A. K. ; RUIZ, J. C.. Intrinsically disordered proteins (IDPs) in trypanosomatids. BMC Genomics. v. 15, p. 1100, 2014. Qualis: A2
  11. Stynen, A. P. R. ; Lage, A. P. ; Moore, R. J. ; Rezende, A. M. ; de Resende, V. D. d. S. ; RUY, P. C. ; Daher, N. ; Resende, D. d. M. ; de Almeida, S. S. ; Soares, S. d. C. ; de Abreu, V. A. C. ; Rocha, A. A. C. M. ; dos Santos, A. R. ; Barbosa, E. G. V. ; Costa, D. F. ; Dorella, F. A. ; Miyoshi, A. ; de Lima, A. R. J. ; Campos, F. D. d. S. ; de Sa, P. G.. Complete Genome Sequence of Type Strain Campylobacter fetus subsp. venerealis NCTC 10354T. Journal of Bacteriology (Print). v. 193, p. 5871-5872, 2011. Qualis: A3
  
  
• Livros publicados/organizados ou edições (0)
  
  
  
• Capítulos de livros publicados (0)
  
  
  
• Textos em jornais de notícias/revistas (0)
  
  
  
• Trabalhos completos publicados em anais de congressos (0)
  
  
  
• Resumos expandidos publicados em anais de congressos (0)
  
  
  
• Resumos publicados em anais de congressos (0)
  
  
  
• Artigos aceitos para publicação (0)
  
  
  
• Apresentações de trabalho (29)
  
  1. Ruy, Patricia de Cassia; BARROS, I. I. ; ROSA, R. C. A. ; PLACA, J. R. ; CORVELONI, A. C. ; CARDOSO, C. ; SOUZA, A. F. ; BIAGI JUNIOR, C. A. O. ; SIENA, A. D. D. ; ZUELI, K. P. ; TELLECHEA, M. F. ; CARVALHO, S. C. E. S. ; MOLFETTA, G. A. ; PINA, J. ; SILVA JUNIOR, W. A.. Analysis of potential disease-causing variants in a patient with intellectual disability via whole-exome sequencing. 2019. Apresentação de Trabalho/Congresso
  2. RUY, P. C. Introdução a Bioinformática. 2013. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
  3. FERREIRA GARCIA, J. B. ; DA ROCHA, J. P. V. ; RUY, P. C. ; MACHADO, C. R. ; CRUZ, A. K.. Possible Roles of ASF1 (Anti Silencing Factor 1) in L. major. 2012. Apresentação de Trabalho/Congresso
  4. RUY, P. C.; TORRIERI, R. ; COIMBRA, R. S. ; OLIVEIRA, C. ; OLIVEIRA, G.. BrBOL - Brazilian consortium for molecular identification of biodiversity. 2011. Apresentação de Trabalho/Congresso
  5. TEIXEIRA, F. A. ; RUY, P. C. ; CAMPOS, F. A. ; CANDIANI, T. M. S. ; OLIVEIRA, G. ; COIMBRA, R. S.. A relational database for management of medical records of children attending reference hospitals for suspect of meningitis. 2011. Apresentação de Trabalho/Congresso
  6. PAIS, F. S. ; RUY, P. C. ; OLIVEIRA, G. ; COIMBRA, R. S.. Assessing the efficiency of multiple sequence alignment programs. 2011. Apresentação de Trabalho/Congresso
  7. Resende, DM ; Reis, AB ; Oliveira, NJD ; Ramos, RTJ ; Cerdeira, LT ; Cerdeira, L. T. ; TORRIERI, R. ; RUY, P. C. ; Batista, ICA ; Corrêa-Oliveira, R ; RUIZ, J. C.. A survey on epitope prediction methods for parasites genomes. 2010. Apresentação de Trabalho/Congresso
  8. RUY, P. C.; TORRIERI, R. ; TOLEDO, J. S. ; CRUZ, A. K. ; OLIVEIRA, G. C. ; RUIZ, J. C.. Computational identification and characterization of elements associated with structural order and disorder in Leishmania ssp. predicted proteome. 2009. Apresentação de Trabalho/Congresso
  9. RUY, P. C.; TORRIERI, R. ; TOLEDO, J. S. ; CRUZ, A. K. ; OLIVEIRA, G. C. ; RUIZ, J. C.. The role of protein disorder in Leishmania ssp. genome: An overview from a database perspective. 2009. Apresentação de Trabalho/Simpósio
  10. TORRIERI, R. ; RUY, P. C. ; OLIVEIRA, G. C. ; RUIZ, J. C.. Computational Identification and Characterization of Disordered Proteins in Schistosoma mansoni. 2009. Apresentação de Trabalho/Congresso
  11. RUY, P. C.; TORRIERI, R. ; OLIVEIRA, G. C. ; RUIZ, J. C.. Computational identification and characterization of elements associated with structural order and disorder in Leishmania braziliensis predicted proteome. 2008. Apresentação de Trabalho/Congresso
  12. TORRIERI, R. ; RUY, P. C. ; OLIVEIRA, G. C. ; RUIZ, J. C.. Identification and characterization of disordered proteins in Schistosoma mansoni. 2008. Apresentação de Trabalho/Congresso
  13. RUY, P. C.; OLIVEIRA, L. ; RUIZ, J. C. ; OLIVEIRA, G. C.. Preliminary Profile of the Biomphalaria glabrata Transcriptome: An Expressed Sequence Tag Analysis. 2008. Apresentação de Trabalho/Congresso
  14. OLIVEIRA, L. ; RUY, P. C. ; RUIZ, J. C. ; OLIVEIRA, G. C.. Expressed Sequence Tags of Schistosoma mansoni: Establishing Bridges Between Ab Initio Gene Prediction and Functional Annotation. 2008. Apresentação de Trabalho/Congresso
  15. ANDRADE, L. F. ; RUIZ, J. C. ; AVELAR, L. ; LUDOLF, F. ; ZERLOTINI NETO, A. ; RUY, P. C. ; MORAES, R. L. V. ; OLIVEIRA, G. C.. Protein Kinases of the parasite Schistosoma mansoni. 2008. Apresentação de Trabalho/Congresso
  16. RUY, P. C.; CRUZ, A. K. ; RUIZ, J. C.. A pipeline for mapping intra and interspecies putative rearrangements at chromosomal ends in L. major, L. infantum and L. braziliensis genomes. 2007. Apresentação de Trabalho/Congresso
  17. RUY, P. C.; BRITO, L. O. ; CRUZ, A. K. ; RUIZ, J. C.. Identificação de rearranjos associados as extremidades dos cromossomos de L. major. 2007. Apresentação de Trabalho/Outra
  18. RUY, P. C.; BRITO, L. O. ; VASCONCELOS, E. J. R. ; CARDENAS, R. G. C. C. L. ; CRUZ, A. K. ; RUIZ, J. C.. Characterization of putative chromosomal rearrengements related to chromosomes ends between Leishmania species.An in silico approach. 2006. Apresentação de Trabalho/Congresso
  19. VASCONCELOS, E. J. R. ; RUY, P. C. ; BRITO, L. O. ; CARDENAS, R. G. C. C. L. ; CRUZ, A. K. ; RUIZ, J. C.. In silico characterization of sequence conservation in the 5' and 3' untranslated regions btween Leishmania species. 2006. Apresentação de Trabalho/Congresso
  20. RUY, P. C.; BRITO, L. O. ; VASCONCELOS, E. J. R. ; CRUZ, A. K. ; RUIZ, J. C.. Identificação de rearranjos associados as extremidades dos cromossomos de L. major. 2006. Apresentação de Trabalho/Outra
  21. RUY, P. C.; SANTOS, R. V. M. A. ; BRITO, L. O. ; CRUZ, A. K. ; RUIZ, J. C.. In silico identification of putative chromosomal rearrangements in Leishmania species. 2005. Apresentação de Trabalho/Congresso
  22. RUY, P. C. Sequenciamento de RNA e Transcriptoma. 2017. Curso de curta duração ministrado/Outra
  23. Ruy, Patricia de Cassia. Bioinformática na Parasitologia. 2016. Curso de curta duração ministrado/Outra
  24. RUY, P. C. Introdução a Bioinformática. 2013. Curso de curta duração ministrado/Outra
  25. CRUZ, A. K. ; RUY, P. C. ; Castro, F. F. ; Ferreira, T. R. ; Alves, E. V. C. ; Santos, R. F. ; Bório, J.. Modulação da virulência em Leishmania por genética reversa. 2013. Curso de curta duração ministrado/Outra
  26. RUY, P. C.; ZERLOTINI NETO, A. ; MORAES, R. L. V. ; OLIVEIRA, G. C ; RUIZ, J. C.. Programando em Bioinformática: Utilizando Perl e seus Módulos. 2007. Curso de curta duração ministrado/Extensão
  27. RUY, P. C.; BRITO, L. O. ; SANTOS, R. V. M. A. ; VASCONCELOS, E. J. R. ; RUIZ, J. C.. 1a Jornada de Bioinformática e Biologia Computacional da UECE. 2006. 2006.
  28. RUY, P. C.; VASCONCELOS, E. J. R. ; RUIZ, J. C.. Jornada de Ciências Biológicas - BLAST (Basic Local Alignment Search Tool). 2006. Curso de curta duração ministrado/Extensão
  29. RUY, P. C.; VASCONCELOS, E. J. R. ; RUIZ, J. C.. Jornada Farmacêutica - Biologia Molecular Aplicada ao Diagnóstico Clínico. 2006. Curso de curta duração ministrado/Outra
  
  
• Demais tipos de produção bibliográfica (0)
  
  
  

Produção técnica

• Programas de computador com registro (0)
  
  
  
• Programas de computador sem registro (0)
  
  
  
• Produtos tecnológicos (0)
  
  
  
• Processos ou técnicas (0)
  
  
  
• Trabalhos técnicos (0)
  
  
  
• Demais tipos de produção técnica (0)
  
  
  

Produção artística

• Total de produção artística (0)
  
  
  

Orientações em andamento

• Supervisão de pós-doutorado (0)
  
  
  
• Tese de doutorado (0)
  
  
  
• Dissertação de mestrado (0)
  
  
  
• Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
  
  
  
• Trabalho de conclusão de curso de graduação (0)
  
  
  
• Iniciação científica (0)
  
  
  
• Orientações de outra natureza (0)
  
  
  

Supervisões e orientações concluídas

• Supervisão de pós-doutorado (0)
  
  
  
• Tese de doutorado (0)
  
  
  
• Dissertação de mestrado (0)
  
  
  
• Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
  
  
  
• Trabalho de conclusão de curso de graduação (2)
  
  1. Guilherme Muniz de Castro. Identificação computacional de potenciais cis-elementos regulatórios presentes em regiões não traduzidas de mRNAs de Leishmania. (Graduação em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2018.
     Orientador: Patrícia de Cássia Ruy.
  2. Thais Couto Laureano. Investigação in silico de potenciais RNAs não codificadores derivados de UTR (uaRNAs) em genes de proteínas ribossômicas de Leishmania major. (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, . 2015.
     Orientador: Patrícia de Cássia Ruy.
  
  
• Iniciação científica (0)
  
  
  
• Orientações de outra natureza (0)
  
  
  

Projetos de pesquisa