MAC - Departamento de Ciência da Computação

Total de projetos de pesquisa


Número total de itens: 288

2020

1.   2020-Atual. ADAHPC
Descrição: Ajuste Fino, Desenho de Experimentos, e Análise#10;Estatística para Coprojeto de Hardware/Software. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (1) . Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Coordenador / Pedro Bruel - Integrante / Giuliano Belinassi - Integrante. Financiador(es): HP Labs Palo Alto - Cooperação.
Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.
2.   2020-Atual. Analise e implementacao de referencia do Protocolo e Modelo de Dados para Seguranca
Descrição: Existem na literatura alguns trabalhos voltados a lidar com ataques de modificação de firmware. Uma das principais e mais amplas iniciativas nesse sentido é Protocolo e Modelo de Dados para Segurança (Security Protocol and Data Model -- SPDM). Basicamente, a sua especificação define um conjunto de mecanismos e formatos para autenticação de hardware e firmware, na forma de um padrão industrial aberto. Além disso, o trabalho em andamento no SPDM incorpora um protocolo de acordo de chaves para proteger a confidencialidade e a integridade dos dados transmitidos entre componentes. O principal objetivo deste projeto é avaliar a arquitetura de segurança do SPDM de forma ampla, verificando se há falhas ou melhorias possíveis nesse protocolo, além de fornecer uma implementação de referência para avaliar seu desempenho experimental.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Daniel Macêdo Batista - Integrante / Marcos Antonio Simplicio Junior - Coordenador / Armin Werner Mittelsdorf - Integrante / Marcos Vinicius Maciel da Silva - Integrante / Eduardo Lopes Cominetti - Integrante / étly Gonçalves Machado - Integrante / Gustavo Azevedo Correa - Integrante. Financiador(es): Hewlett-Packard Brasil - Matriz - Auxílio financeiro.
Membro: Daniel Macedo Batista.
3.   2020-Atual. Aplicacoes da otimizacao global em estatistica
Descrição: A estimação de parâmetros é uma tarefa fundamental em estatística. O objeto desse projeto é desenvolver métodos para estimar tais parâmetros, de forma robusta e confiável, em situações na quais as técnicas tradicionais usadas pelos estatísticos são muito lentas ou imprecisas. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: Walter Figueiredo Mascarenhas - Coordenador.
Membro: Walter Figueiredo Mascarenhas.
4.   2020-Atual. Bolsa PQ/CNPq: Representacoes Sonoro-Musicais e Processamento Computacional
Descrição: Neste projeto apresentamos nossas propostas de pesquisa em representações sonoro-musicais e pro- cessamento computacional durante o triênio 2020?2022. Estas áreas de pesquisa são fortemente inter- disciplinares, uma vez que dependem de teorias e técnicas provenientes da Matemática, Computação, Fı́sica e Engenharia, e encontram aplicações principalmente em Artes, notadamente em Música e em outras manifestações artı́sticas multimidiáticas. Esta pesquisa envolve colaborações com estudantes de mestrado e doutorado do IME/USP e da ECA/USP, bem como com pesquisadores da USP, UFSJ, National University of Ireland, Queen Mary University of London, University of Tampere e Aristotle University of Thessaloniki, e está inserida no âmbito das atividades do NuSom ? Núcleo de Pesquisas em Sonologia da Pró-Reitoria de Pesquisa da Universidade de São Paulo ? do qual o autor deste projeto é vice-coordenador.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcelo Gomes de Queiroz - Coordenador. Financiador(es): (CNPq) Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
Membro: Marcelo Gomes de Queiroz.
5.   2020-Atual. C4AI -- Centro de Inteligencia Artificial/Center for Artificial Intelligence
Descrição: Centro de Engenharia IBM-Fapesp proc 2019/07665-4 (Pesquisador Principal e coordenador da área de processamento de linguagem natural). Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (10) / Mestrado acadêmico: (10) / Doutorado: (20) . Integrantes: Marcelo Finger - Integrante / Fabio Gagliardi Cozman - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Marcelo Finger.
6.   2020-Atual. Classification of body/mental states for a human-machine interface based on the heart rate variability.
Descrição: From the earliest single-neuron recording experiments through the multivariate functional magnetic resonance imaging (fMRI), one of the predominant themes in neuroscience has been the development of brain reading approaches and human-machine interfaces (HMI). Although decades of research, in both fields, advances are unsatisfactory, far from being useful in real- life tasks. Researchers of HMI usually focus solely on brain signals obtained by electroencephalography (EEG), fMRI, or by invasive methods such as electrocorticography (ECoG). HMI, based on these signals, shows poor performance because motor behavior does not depend only on brain activity but also on the interactions of the brain with the body, including its internal organs (feedback loop). In other words, if we do not take into account the rest of the body, the relationship between behavior and neural activity is not one-to-one. Hence, a natural way to advance the development of improved HMI technology would be the inclusion of information about how the body interacts with the brain. One way to achieve this is to measure the change in interoception, i.e., the perception of the internal physiological conditions of the body. The advantage of interoception is that it can be measured by monitoring heart activity. Heart rate variability (HRV) is a global parameter that better represents the behavioral state of the body and the brain. Thus, we aim to classify body/mental states and construct a new HMI based solely on the HRV. Results obtained here may change how we do healthcare. There are attempts to monitor HRV for health-related issues. We will scaffold on them to introduce our mental state classification approach. The success of this proposal is directly associated with the development of non-invasive/low-cost HMI for people with disabilities.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Coordenador. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Andre Fujita.
7.   2020-Atual. Computational APproaches with the Objective to Explore intra and cross-species Interactions and their Role in All domains of life
Descrição: The CAPOEIRA project will cover theoretical computer science (essentially graph theory), mathematics (combinatorics, statistics, and probability), and the development of algorithms to address various biological questions, in particular, the intra and cross-species interactions, which have implications in all aspects of life sciences, including health, ecology, and environment. Two main general topics will be addressed, namely evolution/co-evolution, and biological network (graph/hypergraph) analysis and comparison. Both have already been explored by the partners (see Section 11.1 on the Joint publications of the partners). Some of the specific questions to be treated within each problem will thus represent a continuation of previous works. Each problem however also contains entirely new questions. Furthermore, the interaction with biologists within the project at both the modelling and validation steps is entirely new in the context of the past collaboration between the two partners. The first topic concerns better understanding and characterising the moment of speciation leading to new species on one hand, and on the other, how one set of species may influence the evolution of another. The second topic concerns metabolism on one hand, and (post-)transcriptional regulation on the other, with the post-transcriptional level involving also inference ?from scratch? of the main actors, namely the non-coding RNAs and their targets, and the regulatory network they form. In the first two cases (of metabolism and transcriptional regulation), we will assume that the networks are already inferred albeit with possibly numerous missing and incorrect data. Finally, in the case of regulation, we will also consider the problem of inferring variants, notably related to alternative splicing, from a set of RNA-seq data using a de Bruijn graph approach. Overseeing these two main topics are the issues of knowledge representation and model revision that will also be addressed. These are crucial in the life sciences, and notably in the context of post-transcriptional regulation by non-coding RNAs, for which the different actors, features, and overall mechanisms are constantly being questioned [1] and revised.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Coordenador. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Andre Fujita.
8.   2020-Atual. Definicao de Tecnicas de Desenvolvimento de Software para o Contexto de Cidades Inteligentes
Descrição: As cidades inteligentes envolvem a integração de serviços e aplicações em uma infraestrutura tecnológica unificada com o objetivo de melhorar a qualidade dos serviços de uma cidade. O desenvolvimento dessas aplicações não é trivial, pois é necessário levar em consideração diversas características inerentes do contexto de cidades inteligentes, como aspectos de interoperabilidade, gerenciamento de um grande volume de dados, aspectos sociais de interação dos usuários com as aplicações e entre outros. Para apoiar o desenvolvimento das aplicações no contexto de cidades inteligentes, pode-se fazer uso de técnicas de desenvolvimento definidas na Engenharia de Software (ES) que buscam prover meios para apoiar diversas atividades do desenvolvimento de sistemas. Essas técnicas podem estar relacionadas com o processo de desenvolvimento de software, elicitação de requisitos e modelagem das aplicações. Desta forma, as técnicas buscam garantir que os sistemas sejam desenvolvidos corretamente e com a qualidade esperada. Executar essas técnicas para o desenvolvimento de aplicações no contexto de Cidades Inteligentes ainda é um desafio. Desta forma, o objetivo deste projeto é o desenvolvimento de técnicas de desenvolvimento de software no contexto de Cidades Inteligentes, tais como: (i) definição de processo de software aderente às características de aplicações para Cidades Inteligentes; (ii) criação de modelagens de software específicas para este contexto; e, (iii) técnica de avaliação da qualidade das aplicações deste contexto. Espera-se que os resultados a serem obtidos com este projeto contribuam com o avanço da pesquisa científica em Engenharia de Software, além de disponibilizar novas técnicas para serem utilizadas pela Indústria de Software.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) . Integrantes: Kelly Rosa Braghetto - Integrante / Fabio Kon - Integrante / Alfredo Goldman vel Lejbman - Integrante / Francisco José da Silva e Silva - Integrante / Davi Viana dos Santos - Coordenador / Alex Oliveira Barradas Filho - Integrante / Rafael Fernandes Lopes - Integrante / Luciano Reis Coutinho - Integrante / Ariel Soares Teles - Integrante / Thatiane de Oliveira Rosa - Integrante / Rodrigo Pereira dos Santos - Integrante / Luis Jorge Enrique Rivero Cabrejos - Integrante / Gustavo Jansen de Souza Santos - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa ao Desenvolv. Científico e Tecnológico - MA - Auxílio financeiro.
Membro: Kelly Rosa Braghetto.
9.   2020-Atual. EXTREMAL AND STRUCTURAL PROBLEMS IN GRAPH THEORY
Descrição: This is a research project for the joint call of proposals between the São Paulo Research Foundation (FAPESP), Brazil, and the Comisión Nacional de Investigación Científica y Tecnológica (CONICYT), Chile. The Brazilian and the Chilean teams have been working in Combinatorics and Graph Theory for several years now. Some of the Brazilian members have already collaborated with some of the Chilean members of the team. This joint application intends to establish and consolidate a cooperation between both teams by working collaboratively on important problems in the areas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (4) . Integrantes: Guilherme Oliveira Mota - Integrante / Andrea Jiménez - Integrante / Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Cristina Gomes Fernandes - Coordenador / Hiep Hàn - Integrante / Carla Negri Lintzmayer - Integrante / KOHAYAKAWA, YOSHIHARU - Integrante / Maycon Sambinelli - Integrante / maya stein - Integrante.
Membro: Guilherme Oliveira Mota.
10.   2020-Atual. Graph/Hypergraph (spectral) analysis to compare metabolic networks of pathogenic Trypanosoma sp.
Descrição: Trypanosoma is a genus, which contains two pathogenic species to human beings: Trypanosoma brucei and Trypanosoma cruzi. These two species are relevant in terms of economy, welfare, and health. The metabolism of the different stages of both pathogenic trypanosomatids has been a matter of study not only because of their relevance for the economy and human health but also because of their intrinsic biological interest. Several works reported how the central metabolic pathways work in these parasites. Also, based on omics analysis, a more general picture has been built in the last decade. However, attempts to approach the complexity of the metabolism of T. cruzi and T. brucei are still scarce. Thus, we propose combining graph theory-based algorithms and statistics to answer two relevant questions of parasitism. (i) Are metabolic networks more complex and interconnected in the insect stages than the mammalian stages? (ii) For each kind of host (insects or mammals), are the metabolic networks of these parasites significantly different in terms of complexity and connectivity among their subnetworks? The answers to these questions will bring invaluable biological information in terms of metabolic adaptations of these parasites to the environments they colonize in their hosts. Also, it will contribute to identifying frequent metabolic bottlenecks essential to propose new metabolic drugs targets for treating the infections they cause.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Coordenador. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Andre Fujita.
11.   2020-Atual. MENTORED: da modelagem a experimentacao - predizendo e detectando ataques DDoS e zero-day
Descrição: A popularização da Internet e os avanços desta em direção à Internet das Coisas (Internet of Things - IoT) e à Internet de Todas as Coisas (Internet of Everything - IoE) tem aumentado as expectativas em relação às novas aplicações e serviços em diferentes áreas. Apesar de grandes oportunidades e benefícios, esses avanços na Internet também abrem espaço para grandes ameaças e perigos, alguns até então inexistentes. Em particular, há preocupação em melhorar as proteções contra ataques de Negação de Serviço Distribuído (DDoS) e contra novos ataques que venham a surgir como consequência da ampliação da IoT e da IoE. Tais preocupações mostram-se pertinentes ao se considerar ataques recentes envolvendo dispositivos IoT infectados e que foram responsáveis por alguns dos maiores ataques de DDoS da história. Considerando esse cenário atual, este projeto tem por objetivo identificar, modelar e avaliar comportamentos maliciosos associados à IoT de forma a auxiliar na construção de soluções avançadas e coordenadas para possibilitar: prevenção; predição; detecção e mitigação de ataques de DDoS. A equipe, formada por parceiros nacionais e internacionais da academia, indústria e governo produzirá essas soluções além de construir um ambiente para experimentação (testbed), a ser oferecido para toda comunidade de segurança em geral, permitindo que soluções para problemas de segurança de sistemas e redes possam ser testadas de forma realista.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (6) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (3) . Integrantes: Daniel Macêdo Batista - Integrante / Michele Nogueira Lima - Coordenador / Aldri Luiz dos Santos - Integrante / José Augusto Suruagy Monteiro - Integrante / Edilson Ferreira Lima - Integrante / Emerson Ribeiro de Mello - Integrante / Michelle Silva Wangham - Integrante / Paulo André da Silva Gonçalves - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Daniel Macedo Batista.
12.   2020-Atual. Predictive Uncertainty Estimtors for Sum-Product Networks
Descrição: Deep models have recently obtained impressive results in a wide range of tasks and domains, from computer vision to image and text processing to diagnosis and automated reasoning. Sum-product networks are special type of neural networks targeted at the representation of high-dimensionality probability distributions. Notably, the structure of a sum-product network (i.e., its graph) encodes a number of probabilistic independence assertions. In addition, each node of the network computes a valid distribution over its part of the variables. Such probabilistic semantics facilitates debugging, allows a wide range of queries and data (including missing and noisy data) to be handled properly and efficiently, and enables efficient structure learning algorithms. In many applications, it is desirable to have not only a prediction (e.g., the probability of observing a certain object, say an image), but a confidence measure about its prediction. As sum-product networks are learned from data, the probabilities they calculate can be overly confident or too sensitive to hyperparameters on regions where data was scarce, conflicting or too noisy. In this research project, we plan on following two possible approaches to estimating the uncertainty of a sum-product network prediction. The first approach estimates uncertainty by analyzing the effect that small perturbations of the data have on the prediction. The second approach considers the variability of predictions among different networks (learned from the same data). This document describes a three-year research agenda on producing predictive uncertainty estimators for sum-product networks, to be pursued within the scope of a CNPq productivity scholarship by the applicant and his group.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Denis Deratani Mauá - Coordenador / Julissa Giuliana Villanueva Llerena - Integrante / Décio Lauro Soares - Integrante / Renato Lui Geh - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
Membro: Denis Deratani Maua.
13.   2020-Atual. Problemas Extremais e Estruturais em Teoria dos Grafos
Descrição: Este é um projeto de pesquisa para a chamada conjunta de propostas entre a Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP), Brasil, e a Comisión Nacional de Investigación Científica y Tecnológica (CONICYT), Chile. As equipes brasileira e chilena têm trabalhado em Combinatória e Teoria dos Grafos há vários anos. Alguns dos membros brasileiros já colaboraram com alguns dos membros chilenos da equipe. Este pedido conjunto pretende estabelecer e consolidar uma cooperação entre as duas equipes trabalhando de forma colaborativa em problemas importantes das áreas do projeto. As linhas de pesquisa propostas neste projeto pertencem ao campo da teoria dos grafos e suas variantes. Grafos são estruturas matemáticas que têm aplicações em uma variedade de assuntos e problemas do mundo real, que vão desde a ciência da computação passando pela física e por redes sociais. Nosso principal objetivo é estudar grafos do ponto de vista teórico, contribuindo para uma melhor compreensão das leis que regem o comportamento dessas estruturas. O avanço neste objetivo deve fornecer novas estratégias para problemas relacionados, bem como disponibilizar novas técnicas para problemas em diversas áreas de conhecimento. Um estudo de várias técnicas combinatórias e um bom entendimento de propriedades estruturais dos grafos são os pilares deste projeto, que deve conduzir às soluções de problemas relevantes. O presente projeto também contribuirá para o fortalecimento do sistema de inserção nacional e internacional das universidades envolvidas. Observamos que as equipes propostas contêm uma mistura de jovens acadêmicos com excelente desempenho acadêmico e renomados pesquisadores que possuem ampla experiência nos problemas a serem investigados.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (4) . Integrantes: Cristina Gomes Fernandes - Coordenador / Martin Matamala - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Integrante / Wakabayashi, Yoshiko - Integrante / Maya Stein - Integrante / José Coelho de Pina - Integrante / Maycon Sambinelli - Integrante / Carla N. Lintzmayer - Integrante / Guilherme O. Mota - Integrante / Tassio Naia dos Santos - Integrante / Gabriel Ferreira Barros - Integrante / Henrique Stagni - Integrante / Paulo Matias da Silva Junior - Integrante / Hiep Han - Integrante / Andrea Jiménez - Integrante / Daniel Quiroz - Integrante / José Zamora - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Cristina Gomes Fernandes.
14.   2020-Atual. Projeto SPIRA: Sistema de deteccao Precoce de Insuficiencia Respiratoria por meio de analise de Audio
Descrição: O objetivo deste estudo é desenvolver uma ferramenta que possa detectar precocemente as pessoas com insuficiência respiratória devido a COVID-19 usando dados de fala. Para tanto iremos coletar registros em áudio de pessoas infectadas bem como de pessoas normais, a fim de explorar diferenças associadas à saturação de O$_2$ e à frequência respiratória que permitam distinguir os dois grupos. A ferramenta de classificação automática proposta será baseada em técnicas de inteligência artificial, processamento de sinais e aprendizado de máquina, e servirá inicialmente para facilitar a triagem de pacientes que precisam procurar auxílio médico-hospitalar. Numa segunda etapa, a ferramenta poderá ajudar sistemas de telemedicina a monitorar pacientes de forma contínua, permitindo o acompanhamento da evolução de pacientes internados.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (5) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (4) . Integrantes: Marcelo Gomes de Queiroz - Integrante / Alfredo Goldman - Integrante / marcelo finger - Coordenador / sandra maria aluísio - Integrante. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Marcelo Gomes de Queiroz.
Descrição: O objetivo deste estudo é desenvolver uma ferramenta que possa detectar precocemente as pessoas com insuficiência respiratória devido a COVID-19 usando dados de fala. Para tanto iremos coletar registros em áudio de pessoas infectadas bem como de pessoas normais, a fim de explorar diferenças associadas à saturação de O$_2$ e à frequência respiratória que permitam distinguir os dois grupos. A ferramenta de classificação automática proposta será baseada em técnicas de inteligência artificial, processamento de sinais e aprendizado de máquina, e servirá inicialmente para facilitar a triagem de pacientes que precisam procurar auxílio médico-hospitalar. Numa segunda etapa, a ferramenta poderá ajudar sistemas de telemedicina a monitorar pacientes de forma contínua, permitindo o acompanhamento da evolução de pacientes internados.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (5) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (4) . Integrantes: Marcelo Finger - Coordenador / Alfredo Goldman - Integrante / Sandra Maria Aluísio - Integrante / Marcelo Gomes de Queiroz - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Marcelo Finger.

2019

1.   2019-Atual. ( FAPESP Regular ) World Wide Web of Plankton Image Curation
Descrição: Scientific research is generating an increasing number of digital images, from micrographs of cells to pictures of galaxies. Automated instruments can capture many images, which are then processed automatically to extract data from them. For this data to be useful to the scientific community and benefit the general public, it needs to be fast to generate (even for millions of images), consistent, and easy to share. In environmental sciences, common questions are: how many organisms are present in a given environment? How diverse are they? Does that change in time? Digital imaging can help answer these questions, particularly underwater, where direct observation by humans is difficult. For example, images of billions of planktonic organisms (i.e., the organisms that drift with ocean currents) have been taken and need to be analysed. Plankton largely contributes to the regulation Earth's climate, the production of the oxygen we breathe, the feeding of the fish we eat, etc. Estimating its abundance and diversity is therefore critical. Yet, efforts to process and classify images for such ecological studies have been scattered and not interoperable. The main goal of this project is to build a World Wide Web of Plankton Image Curation applications (WWW.PIC) that collect images of plankton, allow scientists to name them consistently, store associated ecological information (such as time, location, etc.), and make all data easily accessible to the community. It will leverage cutting edge advances in database design and machine learning to process billions of images, will be hosted on public web servers to be easily accessible, and will foster an atmosphere of collaboration and sharing that the Belmont Forum values and, we think, is essential for the progress of science. Then, we will use this network of applications to tackle studies that have proved challenging without it, such as fast plankton monitoring to assess ecosystem health, or global estimations of the distribution of planktonic diversity and its contribution to carbon storage or ecosystem productivity.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador / Roberto Hirata Jr. - Integrante / Rubens Mendes Lopes - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata.
2.   2019-Atual. Estruturas de Dados e Algoritmos
Descrição: Diversos problemas reais podem ser modelados por meio de estruturas discretas, tais como grafos, ou por programas de programação linear inteiros ou mistos. Por exemplo, é possível modelar a relação de parentesco em comunidades indígenas por meio de grafos mistos e, das propriedades destes grafos, extrair informações interessantes sobre o comportamento destas comunidades. Pode-se modelar a dispersão de sementes por aves no meio-ambiente através de um grafo bipartido, e a identificação de padrões repetidos nestes grafos pode melhorar o nosso entendimento de como florestas se regeneram, e eventualmente pode ajudar na identificação de fatores que interferem com essa regeneração. Otimização é uma área que se encontra na intersecção da matemática com a ciência da computação e que vem se desenvolvendo rapidamente desde a descoberta do método simplex para programação linear na década de 1940. Métodos de otimização têm aplicações em diversas áreas, dentre as quais destacamos economia, biologia computacional, estudo de redes sociais, logística, etc. O objetivo principal desse projeto é o estudo de estruturas discretas e a investigação de diversos problemas de otimização, com ênfase no desenvolvimento de técnicas e algoritmos, e no tratamento de questões de natureza teórica a respeito desses problemas e estruturas. Dentre as técnicas que investigaremos destacam-se o uso de algoritmos de aproximação, algoritmos enumerativos, métodos probabilísticos, programação linear mista ou inteira, combinatória poliédrica, e programação semidefinida.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (10) Doutorado: (8) . Integrantes: Marcel Kenji de Carli Silva - Integrante / Cristina Gomes Fernandes - Coordenador / Cristiane Maria Sato - Integrante / Alexandre da Silva Freire - Integrante / Álvaro Junio Pereira Franco - Integrante / Aritanan Borges Garcia Gruber - Integrante / Arnaldo Mandel - Integrante / Atílio Gomes Luiz - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Integrante / Daniel Morgato Martin - Integrante / Gabriel M. Coutinho - Integrante / José Coelho de Pina Jr - Integrante / Karla R. Lima - Integrante / Maycon Sambinelli - Integrante / Sinai Robins - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Integrante / Yoshiko Wakabayashi - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Marcel Kenji de Carli Silva.
Descrição: Diversos problemas reais podem ser modelados por meio de estruturas discretas, tais como grafos, ou por programas de programação linear inteiros ou mistos. Por exemplo, é possível modelar a relação de parentesco em comunidades indígenas por meio de grafos mistos e, das propriedades destes grafos, extrair informações interessantes sobre o comportamento destas comunidades. Pode-se modelar a dispersão de sementes por aves no meio-ambiente através de um grafo bipartido, e a identificação de padrões repetidos nestes grafos pode melhorar o nosso entendimento de como florestas se regeneram, e eventualmente pode ajudar na identificação de fatores que interferem com essa regeneração. Otimização é uma área que se encontra na intersecção da matemática com a ciência da computação e que vem se desenvolvendo rapidamente desde a descoberta do método simplex para programação linear na década de 1940. Métodos de otimização têm aplicações em diversas áreas, dentre as quais destacamos economia, biologia computacional, estudo de redes sociais, logística, etc. O objetivo principal desse projeto é o estudo de estruturas discretas e a investigação de diversos problemas de otimização, com ênfase no desenvolvimento de técnicas e algoritmos, e no tratamento de questões de natureza teórica a respeito desses problemas e estruturas. Dentre as técnicas que investigaremos destacam-se o uso de algoritmos de aproximação, algoritmos enumerativos, métodos probabilísticos, programação linear mista ou inteira, combinatória poliédrica, e programação semidefinida.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (10) Doutorado: (8) . Integrantes: Cristina Gomes Fernandes - Coordenador / Carlos Eduardo Ferreira - Integrante / José Coelho de Pina Jr - Integrante / Arnaldo Mandel - Integrante / Marcel K. de Carli Silva - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Integrante / Daniel Morgato Martin - Integrante / Alexandre da Silva Freire - Integrante / Franco, Álvaro J. P. - Integrante / Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Atílio Gomes Luiz - Integrante / Cristiane Maria Sato - Integrante / Gabriel M. Coutinho - Integrante / Karla R. Lima - Integrante / Maycon Sambinelli - Integrante / Sinai Robins - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Cristina Gomes Fernandes.
Descrição: Diversos problemas reais podem ser modelados por meio de estruturas discretas, tais como grafos, ou por programas de programação linear inteiros ou mistos. Por exemplo, é possível modelar a relação de parentesco em comunidades indígenas por meio de grafos mistos e, das propriedades destes grafos, extrair informações interessantes sobre o comportamento destas comunidades. Pode-se modelar a dispersão de sementes por aves no meio-ambiente através de um grafo bipartido, e a identificação de padrões repetidos nestes grafos pode melhorar o nosso entendimento de como florestas se regeneram, e eventualmente pode ajudar na identificação de fatores que interferem com essa regeneração. Otimização é uma área que se encontra na intersecção da matemática com a ciência da computação e que vem se desenvolvendo rapidamente desde a descoberta do método simplex para programação linear na década de 1940. Métodos de otimização têm aplicações em diversas áreas, dentre as quais destacamos economia, biologia computacional, estudo de redes sociais, logística, etc. O objetivo principal desse projeto é o estudo de estruturas discretas e a investigação de diversos problemas de otimização, com ênfase no desenvolvimento de técnicas e algoritmos, e no tratamento de questões de natureza teórica a respeito desses problemas e estruturas. Dentre as técnicas que investigaremos destacam-se o uso de algoritmos de aproximação, algoritmos enumerativos, métodos probabilísticos, programação linear mista ou inteira, combinatória poliédrica, e programação semidefinida.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (10) Doutorado: (8) . Integrantes: Carlos Eduardo Ferreira - Integrante / Cristina Gomes Fernandes - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Carlos Eduardo Ferreira.
3.   2019-Atual. IoTSED: Seguranca e Eficiencia no Transporte de Dados na Internet das Coisas
Descrição: Este projeto, batizado de IoT­SED, tem como objetivo propor novos mecanismos em diversas camadas da arquitetura da Internet das Coisas a fim de melhorar a segurança, a eficácia e a eficiência das aplicações nesta rede. Os objetivos específicos são: . Proposta de uma arquitetura de software para a Internet das Coisas baseada na abordagem Security by Design visando reduzir o número de ataques bem sucedidos em relação a uma arquitetura tradicional sem tal abordagem; . Proposta de um sistema para detecção de ameaças à Segurança da Informação em cidades inteligentes baseado em ferramentas, métodos e algoritmos para análise de grandes volumes de dados e aprendizado de máquina; . Proposta de um simulador de novos protocolos da camada de transporte para avaliar possíveis ganhos em termos de economia de energia e de uso da rede em dispositivos na Internet das Coisas; . Proposta de arquiteturas de redes ópticas na infraestrutura de redes 5G que sejam capazes de prover transporte e processamento de demandas da Internet das Coisas de modo que rígidas restrições de tempo e de largura de banda sejam atendidas; . Fortalecimento das cooperações com o grupo de pesquisa em redes de computadores da Universidade Federal da Bahia coordenado pelo Professor Gustavo Figueiredo e com o grupo de pesquisa em cibersegurança da Universidade Tecnológica Federal do Paraná coordenado pelo Professor Luiz Santos e pelo Professor Rodrigo Campiolo, além da formação de cooperação com o grupo de pesquisa em redes de computadores da Universidade Federal de São Carlos coordenado pelo Professor Hermes Senger.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Doutorado: (2) . Integrantes: Daniel Macêdo Batista - Coordenador / Gustavo Bitterncourt Figueiredo - Integrante / Rodrigo Campiolo - Integrante / Luiz Arthur Feitosa dos Santos - Integrante / Hermes Senger - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Outra.
Membro: Daniel Macedo Batista.
4.   2019-Atual. Metodos computacionais de otimizacao (Tematico da Fapesp: 2018/24293-0)
Descrição: Nosso grupo atua no ambiente científico brasileiro há 40 anos, e é sensível às novas tendências e às modernas aplicações da Otimização. Ao longo dos anos, este grupo, financiado por sucessivos projetos temáticos da FAPESP, tem realizado contribuições significativas nas áreas que envolvem métodos de decomposição, métodos quase-Newton, programação quadrática sequencial, métodos de Lagrangiano Aumentado, restauração inexata, problemas de porte enorme, condições sequenciais de otimalidade, minimização sem derivadas, complexidade algorítmica, reconstrução de imagens e aprendizagem de máquina, entre outras. A experiência acumulada nestes anos, assim como a incorporação e a renovação do time de pesquisadores no projeto, nos habilita a atacar problemas nos quais a função objetivo é difícil, impossível de avaliar, ou de existência questionável, o número de variáveis é enorme ou desconhecido e, finalmente, a incerteza se estende às restrições. A abordagem destes problemas exige necessariamente enfoques interdisciplinares e o impacto almejado é, ao mesmo tempo, científico, econômico e social.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Integrante / José Mario Martínez - Integrante / Lucio Tunes Santos - Integrante / Maria Aparecida Diniz Ehrhardt - Integrante / Roberto Andreani - Integrante / Paulo Jose da Silva e Silva - Integrante / Francisco A. M. Gomes - Integrante / Sandra Augusta Santos - Coordenador / Leandro Martínez - Integrante / Luis Felipe Bueno - Integrante / Gabriel Haeser - Integrante / Fedor Pisnitchenko - Integrante / Thadeu Alves Senne - Integrante.
Membro: Ernesto Julian Goldberg Birgin.
5.   2019-Atual. Network statistics: theory, methods, and applications.
Descrição: The importance of statistics in natural sciences is unquestionable. Statistics is essential to analyze data appropriately and to reach reliable conclusions. However, little is known about formal statistical methods on graphs and their theoretical properties even with an increasing number of reports on the analysis of real world networks (e.g. functional brain networks, protein-protein interaction networks, and social interaction networks). Networks are usually analyzed using computational algorithms based on graph theory, such as calculation of centrality measures (relative importance of vertices and edges) or identification of structural patterns (motifs). The main drawback of this approach is the fact that real world networks present intrinsic fluctuations (random noise) that are not taken into account by these "classical" algorithms. Therefore, methods with statistical perspective may aid and complement these analyses. The main goals of this proposal is the development of both theory and computational statistics methods and apply them to real world data, such as networks from molecular biology, neuroimaging, and cardiac data. The development of this project will be essential to obtain novel insights, solidify the cooperation among PIs, and improve the research quality of all involved groups. In the long term, we will consolidate the field of Network Statistics, form groups of highly qualified researchers, and ultimately build a Center for Network Statistics in Brazil. This center will develop novel theoretical frameworks, methodological tools and also apply the latter to solve health sciences problems.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Coordenador / Joao Ricardo Sato - Integrante / Helder Nakaya - Integrante. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Andre Fujita.
6.   2019-2020. Uso da variabilidade da frequencia cardiaca na construcao de leitores de atividade e interfaces homem-maquina
Descrição: A Variabilidade da Frequência Cardíaca (VFC) é uma medida fisiológica associada ao sistema nervoso autônomo e também às reações a estímulos de estresse do ambiente. Neste trabalho investigaremos a viabilidade de usar a VFC como um marcador biológico para identificação de atividades como também para a construção de uma interface homem-máquina que pode, em algumas situações, ser utilizada no lugar de métodos baseados em eletroencefalograma (EEG), cujos equipamentos são mais caros e de difícil manuseio. Primeiro desenvolveremos um ambiente computacional para coleta da VFC e um pipeline de pré-processamento do sinal. Em seguida, desenvolveremos um classificador de atividades baseado na VFC e um sistema computacional inteligente, onde a intenção do indivíduo será detectada pela variação na VFC e traduzida em ação efetiva num ambiente virtual.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Coordenador / Daniel Yasumasa Takahashi - Integrante / Alexandre Steiner - Integrante. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Andre Fujita.

2018

1.   2018-Atual. ( FAPESP PITE Regular ) Interpretacao de imagens e de modelos de aprendizado profundos
Descrição: Um objetivo central na área de Visão Computacional é a interpretação de imagens. Em geral, aspectos de aparência são usados para detectar os componentes de interesse e então as relações espaciais e hierárquicas entre eles são usadas para "descrever" o conteúdo de uma imagem no nível semântico de interesse. Os modelos profundos atuais atingiram um estágio de evolução tal que são capazes de aprender e transferir características de baixo nível de um domínio para outro. No entanto, informações estruturais das imagens tais como as relações espaciais e hierárquicas entre os componentes são ainda modeladas explicitamente usando detalhes específicos de casos. Isto faz com que os modelos sejam mais difíceis de serem interpretados, útil apenas para poucas aplicações específicas, e as implicações sobre o esforço no preparo de dados de treinamento ainda não é claro. O objetivo deste projeto é o desenvolvimento de modelos profundos "structure-aware-semantics-unaware", com habilidade de aprender e codificar informações estruturais independentemente do nível semântico dos componentes. Isto impactaria o entendimento desses modelos (uma vez que as informações estruturais estariam mais explicitamente representadas) e os requisitos relativos aos dados de treinamento (uma vez que seria possível a transferência). Estão planejados estudos teóricos, o desenvolvimento de estratégias de visualização e de novos modelos profundos, e experimentação em relação a diversas tarefas de visão computacional.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (2) . Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador / JULCA-AGUILAR, FRANK D. - Integrante / MOUCHERE, HAROLD - Integrante / Roberto Hirata Junior - Integrante / Alexandru Cristian Telea - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata.
2.   2018-Atual. A.D.A. -- Assistente Distribuida Avancada
Descrição: O projeto A.D.A. -- Assistente Distribu#305;#769;da Avançada -- propõe a criação de uma assistente pessoal distribuída inteligente, isto é, uma agente virtual capaz de interagir com o usuário a partir de um ecossistema de dispositivos, como os IoT (Internet das Coisas), por meio de comandos de voz em português. Esses comandos serão transcritos para programas cujas operações básicas serão disponibilizadas pelos aparelhos administrados pela assistente. O projeto será segmentado em cinco subprojetos de diferentes áreas da computação. Ao final, será criada uma prova de conceito, de código aberto, que irá demonstrar as capacidades da assistente e aplicações em domínios de interesse público e privado.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (7) / Mestrado acadêmico: (4) / Doutorado: (3) . Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Coordenador / Marcelo Finger - Integrante / Daniel Cordeiro - Integrante / Roberto Hirata - Integrante / Renato Cordeiro Ferreira - Integrante / Gabriel Capella - Integrante / Thatiane de Oliveira Rosa - Integrante / Fernando Freire Scatonne - Integrante / Shayenne da Luz Moura - Integrante / Guilherme Feulo do Espirito Santo - Integrante / Carlos Eduardo Leão Elmadjian - Integrante / Felipe Ribeiro de Campos Marques - Integrante / Acácio Torres de Andrade - Integrante / Aléxia Carolina Scheffer da Silva - Integrante / Augusto Vicente Neto - Integrante / Lucy Anne de Omena Evangelista - Integrante / Otávio Hideki Higa - Integrante / Patrícia Lenes do Nascimento - Integrante. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Bolsa.
Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.
3.   2018-Atual. Combinatoria de grafos: uma abordagem estrutural e algoritmica
Descrição: Trata-se de um projeto que tem como objetivo principal investigar características estruturais e algorítmicas de grafos e estruturas relacionadas, utilizando para isso métodos de combinatória extremal e o desenvolvimento e análise de algoritmos de aproximação. Este projeto enquadra-se nas áreas de Análise de Algoritmos e Matemática Discreta, na frente de pesquisa em Combinatória Estrutural e Algorítmica. Dentre as principais metas deste projeto, destacamos a resolução de problemas específicos nas linhas de pesquisa propostas, com a publicação de artigos em periódicos internacionais de grande circulação e apresentação de trabalhos em importantes conferências da área. Esperamos também contribuir para a formação de recursos humanos nas universidades, através da orientação de alunos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (1) . Integrantes: Guilherme Oliveira Mota - Coordenador / Yoshiharu Kohayakawa - Integrante / Mathias Schacht - Integrante / Carla Negri Lintzmayer - Integrante / Maurício Collares - Integrante / Robert Morris - Integrante / Maycon Sambinelli - Integrante.
Membro: Guilherme Oliveira Mota.
4.   2018-Atual. Data at the heart of improving health and care: the Brazil-UK secure data sharing network
Descrição: Research project funded under the British Academy of Medical Sciences Gobal Challenges Research Fund Netowrking Grant Scheme. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Flavio Soares Correa da Silva - Coordenador / Wamberto Weber Vasconcelos - Integrante / Corri Black - Integrante. Financiador(es): British Academy of Medical Sciences - Auxílio financeiro.
Membro: Flavio Soares Correa da Silva.
5.   2018-2019. Long non-coding RNAs in animals and plants: a bioinformatics perspective
Descrição: No comprehensive study comparing lncRNAs in animal and plant domains is available. To fill this gap, this project aims to integrating research groups to perform an in-depth study of lncRNAs in both domains, to identify features that could be used in machine learning approaches for annotation and identification of lncRNA in animal and plants. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / André Yoshiaki Kashiwabara - Integrante / Alexandre Rossi Paschoal - Integrante / Douglas Silva Domingues - Integrante / Peter Stadler - Integrante / Danilo Sipoli Sanches - Integrante / Maria Emília Machado Teles Walter - Coordenador / André Carlos Ponce de León - Integrante / Rolf Backofen - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.
Membro: Alan Mitchell Durham.
6.   2018-Atual. Proj. CNPq/Edital Universal 2018 - Estruturas de Dados e Algoritmos - Proc. 423833/2018-9
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Cristina G. Fernandes - Coordenador / Jose Coelho de Pina Jr. - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Integrante / C.E. Ferreira - Integrante / Daniel Morgato Martin - Integrante / Alexandre da Silva Freire - Integrante / Karla Roberta Lima - Integrante / Marcel Kenji de Carli Silva - Integrante / Alvaro Junio Pereira Franco - Integrante / Arnaldo Mandel - Integrante / Cristiane M. Sato - Integrante / Aritanan B. Gruber Garcia - Integrante / Gabriel M. Coutinho - Integrante / Maycon Sambinelli - Integrante / Sinai Robins - Integrante.
Membro: Yoshiko Wakabayashi.
7.   2018-Atual. Stratification of psychiatric disorders by using network discriminant and clustering analyses
Descrição: There are at least three main reasons to the lack of reduction of the number of people with alcohol abuse, major depression, and attention deficit hyperactivity disorders (ADHD), namely: (i) the late diagnosis at a time when psychopathology is already well advanced, (ii) a classification based on patient self-report and behavioral observation, which do not reflect the underlying biological mechanisms of these disorders, and (iii) comorbidity (comorbidity between depression and ADHD in adolescents and adults is over 50%; comorbidities between alcohol abuse and ADHD in adolescents and adults are 12.9% and 61-64%, respectively). Thus, to reduce the frequencies of these disorders, we propose to identify biomarkers for early diagnosis, and also to obtain an objective stratification by taking into account the comorbidity. To this end, we will analyze the IMAGEN longitudinal data set (coordinated by Prof. Schumann) composed of over 2,000 individuals. First we will use CEM-Co to cluster the individuals by minimizing the comorbidity effect. Then, to identify discriminative markers and predictors of future psychopathology, we will apply, for each cluster identified by CEM-Co, methods designed specifically for brain networks analyses, namely network discriminant analysis and graph clustering expectation maximization algorithm. Finally, we will assess if brain network structures characterize subtypes within and if they correspond to comorbidity across these disorders. We hope our findings aid in the better comprehension, and early/objective diagnosis of alcohol abuse, depression, and ADHD.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: André Fujita - Coordenador / Gunter Schumann - Integrante. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
Membro: Andre Fujita.
8.   2018-Atual. Teoria de Ramsey, Teoria estrutural de grafos e aplicacoes
Descrição: A Ciência da Computação está presente em diversas áreas do conhecimento, de modo que a necessidade de lidar com problemas cada vez mais complexos exige o desenvolvimento de novas tecnologias. Tal fenômeno tem gerado uma demanda por novas técnicas e avanços em Ciência da Computação. Importantes avanços tecnológicos não são possíveis sem resultados teóricos consistentes que sirvam de base para eles. Por exemplo, áreas como a Bioinformática tem feito uso de técnicas combinatórias e de propriedades estruturais de grafos. Um estudo de variadas técnicas combinatórias e um bom entendimento de propriedades estruturais de grafos são os pilares deste projeto.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Guilherme Oliveira Mota - Coordenador.
Membro: Guilherme Oliveira Mota.
9.   2018-Atual. Teoria de Ramsey, Teoria Estrutural de Grafos e aplicacoes em Bioinformatica
Descrição: Projeto de pesquisa de auxílio Jovens Pesquisadores em Centro Emergente desenvolvido no Centro de Matemática, Computação e Cognição (CMCC) da Universidade Federal do ABC (UFABC). A Ciência da Computação está presente em diversas áreas do conhecimento, de modo que a necessidade de lidar com problemas cada vez mais complexos exige o desenvolvimento de novas tecnologias. Tal fenômeno tem gerado uma demanda por novas técnicas e avanços em Ciência da Computação. Importantes avanços tecnológicos não são possíveis sem resultados teóricos consistentes que sirvam de base para eles. Por exemplo, áreas como a Bioinformática tem se beneficiado da aplicação de técnicas combinatórias e da investigação de propriedades estruturais de grafos. Este projeto tem dois objetivos principais: (i) Investigar características estruturais e algorítmicas de grafos e estruturas relacionadas; (ii) Aplicar a Teoria dos Grafos em problemas na área de Bioinformática através de uma abordagem interdisciplinar. Progressos no primeiro dos objetivos devem fornecer novas estratégias para problemas relacionados, bem como disponibilizar novas técnicas para problemas em diversas áreas do conhecimento. Um estudo de variadas técnicas combinatórias e um bom entendimento de propriedades estruturais de grafos são os pilares deste projeto.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Guilherme Oliveira Mota - Coordenador / Roberto Freitas Parente - Integrante / Mathias Schacht - Integrante / Fabrício Siqueira Benevides - Integrante / Cristiane Maria Sato - Integrante / Fábio Botler - Integrante / JUNIOR, DAVID C. MARTINS - Integrante / Carla Negri Lintzmayer - Integrante / Maurício Collares - Integrante / KOHAYAKAWA, YOSHIHARU - Integrante / Jie Han - Integrante / Daniel Martin - Integrante / Robert Morris - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Guilherme Oliveira Mota.

2017

1.   2017-Atual. ( FAPESP Research Projects - Thematic Grants ) Intermediate representations in Computational Science for knowledge discovery
Descrição: This project focuses on a unified strategy for knowledge and emerging dynamics discovery in Computational Science using intermediate representations. The intended applications are in areas characterized by large volumes of data in which knowledge discovery implies the transition from raw data bases for intermediate representations (usually feature vectors and graphs), thus allowing for the subsequent use of different analytical methods. In this context, integration and transformation methods to be used in the generation of intermediate data should also ensure the quality and reliability of data generated for the intermediate representation. The results of the analysis phase may influence both experiments and the integration methods for generating new data by feedback mechanisms. This project has two general goals: 1) to develop methodologies to solve Computational Science problems based on a common approach of intermediate mathematical-computational representations; 2) to apply the developed methodologies to different scientific problems, thus creating specific solutions to each problem. This methodological strategy will be used to address specific problems in areas which our group has been working in recent years: intermediate representations in computer vision and urban informatics; study of biological networks dynamics to characterize the mechanisms of the health-disease transition; development of computational tools for processing of MRI images high field and their integration with biological data; development of new techniques for characterization and visualization of intermediate representations in complex dynamic networks, with applications in Systems Biology.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata.
2.   2017-Atual. AnImaLS: Anotacao de Imagem em Larga Escala: O que maquinas e especialistas podem aprender interagindo?
Descrição: Em muitas áreas das Ciências e Engenharia, imagens fornecem informações sobre problemas reais e a associação por uma máquina de um ou mais rótulos por imagem (anotação), com base nessas informações, conduz a uma decisão sobre o problema. No entanto, o aprendizado de máquina requer que o conteúdo de interesse, denominado amostra, seja manualmente isolado e identificado (rotulado) em imagens de treinamento. À medida que as imagens e amostras por imagem não rotuladas crescem em número, a anotação manual delas se torna inviável, nos conduzindo às seguintes questões: Qual é a forma mais intuitiva dos especialistas ensinarem às máquinas a anotar imagens? Quais são as tarefas e desafios envolvidos neste processo? Como minimizar o esforço do especialista com máxima eficácia no aprendizado de máquina? O que máquinas e especialistas podem aprender interagindo? Este projeto temático visa encontrar respostas para estas questões por meio do estudo e desenvolvimento de métodos para anotação de imagem em larga escala, e construção de sistemas de tomada de decisão (sem a participação do usuário) e de sistemas de apoio à decisão, onde especialistas e máquinas cooperam e aprendem uns com os outros continuamente. A metodologia explora as habilidades complementares dos seres humanos, melhores em abstrair o conhecimento, e máquinas, superiores no processamento de dados em larga escala, de modo repetitivo e sem fadiga. O problema é dividido em duas etapas: extração de amostras das imagens e aprendizado interativo de máquina, visando a construção de uma sequência de operações para anotar novas imagens automaticamente ou com o mínimo de intervenção humana. O estudo busca combinar características de imagem obtidas dos dados com características provenientes do conhecimento sobre a aplicação. O projeto visa ainda inovações científicas e tecnológicas para o diagnóstico de parasitos gastrintestinais em humanos e animais vertebrados, por meio da aquisição e anotação automatizadas de imagens microscópicas, e para demonstrar a extensão dos métodos em outros domínios, o projeto inclui estudos de anotação de imagem médica por modelos de forma multi-objeto, e anotação interativa de imagem de sensoriamento remoto.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Paulo André Vechiatto de Miranda - Integrante / Ricardo da Silva Torres - Integrante / João Paulo Papa - Integrante / Spina, Thiago V. - Integrante / FALCA, ALEXANDRE X - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Paulo Andre Vechiatto de Miranda.
3.   2017-2019. Desenvolvimento de Metodos Robustos para Delineamento de Bordas em Imagens utilizando Grafos
Descrição: Delinear bordas de objetos em imagens é fundamental no contexto de diversas áreas de conhecimento, incluindo medicina e sensoriamento remoto. A segmentação de órgãos e tecidos do cérebro humano, por exemplo, consiste em um passo necessário para o estudo da origem, diagnóstico e tratamento de doenças tais como mal de Alzheimer e esquizofrenia. Já a classificação de tipos de terrenos auxilia na prevenção de desmatamentos e a medição de níveis de água na emissão de alertas de enchentes ou secas. Apesar disso, as ferramentas automáticas e semiautomáticas de delineamento de bordas existentes ainda possuem enormes deficiências ao lidar com descontinuidades, ruídos, variação de cor, intensidade e textura. Este projeto tem como objetivo estudar alternativas para as atuais metodologias de delineamento de bordas utilizando grafos a saber: live-wire, riverbed e lazywalk. Serão estudados mecanismos para aprimorar a interação com o usuário em ferramentas semiautomáticas de delineamento bi e tridimensionais, a escolha de funções para geração de pesos de arestas, a seleção de funções de propagação de caminhos em grafos e técnicas de aprendizado supervisionado para que em cada aplicação específica consiga-se identificar as bordas mais relevantes com menor esforço e acurácia.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Paulo André Vechiatto de Miranda - Integrante / Alexandre Xavier Falcão - Integrante / Jayaram K. Udupa - Integrante / IDE, JAIME S. - Integrante / YASUDA, CLARISSA L. - Integrante / Fabio Augusto Menocci Cappabianco - Coordenador / Jurandy Gomes de Almeida Junior - Integrante / Fabio Augusto Faria - Integrante / Marcos de Sales Guerra Tsuzuki - Integrante.
Membro: Paulo Andre Vechiatto de Miranda.
4.   2017-Atual. Ferramentas Computacionais para a Construcao de Bancos de Dados para Experimentos de Neurociencia
Descrição: Muitas das descobertas científica na atualidade se dão por meio da análise computacional de dados coletados ou gerados em experimentos científicos. Nesse cenário, dados científicos abertos exercem um papel fundamental, por possibilitarem uma ciência de melhor qualidade (reprodutível) e de maior impacto. Na Neurociência, em particular, a curadoria de bancos de dados públicos já é considerada fundamental sob a perspectiva não apenas científica mas também clínica, por amparar um avanço mais efetivo na compreensão do funcionamento do cérebro e no tratamento de suas patologias. A criação de bancos de dados científicos para Neurociência envolve vários desafios. Ainda não há formatos padronizados para a representação digital que possibilitem um armazenamento físico eficiente e seguro dos dados e que já tenham sido adotados amplamente pelos neurocientistas. Além disso, há pouca disponibilidade de ferramentas de software livre para amparar a rotina de coleta de dados experimentais. Como consequência, muitos dos bancos de dados públicos disponíveis para esse domínio possuem várias deficiências, como, por exemplo, dados inconsistentes e incompletos, falta de uniformidade na representação e falta de informações sobre a proveniência e organização dos dados. Visando contribuir nesse contexto, a equipe deste projeto vem trabalhando no desenvolvimento de métodos e ferramentas computacionais para representação e armazenamento de dados de experimentos de Neurociência. Esses métodos e ferramentas estão sendo usados na criação um banco de dados aberto com dados de experimentos coletados em investigações conduzidas no Instituto de Neurologia Deolindo Couto (INDC) da Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ). A partir da análise desse banco de dados do INDC-UFRJ, deseja-se identificar quais são os preditores da resposta ao tratamento de reabilitação em pacientes com lesões neurológicas do plexo braquial -- um tipo de lesão para o qual ainda não existem preditores de recuperação bem definidos. O projeto proposto neste texto amplia o alcance desses trabalhos que já estamos desenvolvendo. Nosso objetivo é incorporar aos métodos e ferramentas que já desenvolvemos a capacidade de representar e gerenciar dados de experimentos de eletrofisiologia. Com isso, enriqueceremos o banco de dados do INDC-UFRJ com novos tipos de dados que são fundamentais na compreensão dos mecanismos associados ao fenômeno de plasticidade cerebral após lesão neurológica, relacionado à reabilitação. Neste projeto, também estudaremos e adaptaremos técnicas de Inteligência Artificial e Reconhecimento de Padrões para analisar o banco de dados do INDC-UFRJ a fim de identificar, de forma automática, possíveis preditores de recuperação para lesões neurológicas do plexo braquial. A partir desses preditores e o auxílio de especialistas clínicos, desejamos criar modelos prognósticos de recuperação para esse tipo de lesão, para auxiliar profissionais de saúde na escolha dos tratamentos de reabilitação mais apropriados para cada paciente. Esperamos criar um grupo de pesquisa no país que seja referência em Neuroinformática e, em particular, em curadoria de dados de experimentos de Neurociência. Acreditamos, inclusive, que as ferramentas de curadoria de dados experimentais propostas neste projeto podem beneficiar outros domínios científicos e fomentar a criação de bancos de dados abertos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (2) . Integrantes: Kelly Rosa Braghetto - Coordenador / Amanda S. Nascimento - Integrante / Claudia Domingues Vargas - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.Número de orientações: 2
Membro: Kelly Rosa Braghetto.
5.   2017-Atual. INCT da Internet do Futuro para Cidades Inteligentes
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Kelly Rosa Braghetto - Integrante / Fabio Kon - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.Número de orientações: 5
Membro: Kelly Rosa Braghetto.
6.   2017-Atual. Interacao pelo Olhar em Computacao Vestivel: uma Interface para a Internet das Coisas
Descrição: A Internet das Coisas (IoT) vai permitir que um grande número de dispositivos se comuniquem conosco para os mais diversos propósitos. Criar uma forma eficaz, segura e robusta para interagir com esses dispositivos é um dos grandes desafios dessa área emergente. Nesse projeto propomos investigar o uso de plataformas computacionais vestíveis, enriquecidas com a informação do olhar, para interação com dispositivos IoT. Apesar de vários avanços recentes da computação vestível (CV), essa tecnologia ainda não atingiu grande alcance comercial, em parte devido a dificuldade de interação e limitação de suas aplicações. O estado atual da tecnologia de interação pelo olhar também apresenta restrições apesar de ser utilizada com relativo sucesso em interfaces para pessoas com deficiências físicas. Uma possível contribuição desse projeto será o desenvolvimento de uma forma ainda pouco explorada de interação em computação vestível. Em particular, para interações simples e rápidas em um contexto de IoT, o olhar pode fornecer à plataforma vestível informações importantes sobre o contexto para serem utilizadas pelas aplicações vestíveis. Um primeiro objetivo dessa pesquisa é o desenvolvimento de uma plataforma computacional vestível composta basicamente por um notebook, uma micro-monitor montado à frente do olho do usuário e um rastreador de olhar. Serão investigados dois modelos de monitores, um monocular e outro binocular. Uma vez construída essa plataforma, investigaremos como o olhar pode ser utilizado na interação, desenvolvendo novas interfaces de realidade aumentada para dispositivos IoT controladas pelo olhar. Esse projeto será desenvolvido com a participação de vários alunos da graduação e pós-graduação da USP.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (2) . Integrantes: Carlos Hitoshi Morimoto - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Carlos Hitoshi Morimoto.
7.   2017-Atual. Internet do Futuro aplicada a Cidades Inteligentes
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Kelly Rosa Braghetto - Integrante / Alfredo Goldman vel Lejbman - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Kelly Rosa Braghetto.
8.   2017-Atual. Problemas de corte, empacotamento, dimensionamento de lotes, programacao da producao, roteamento, localizacao e suas integracoes em contextos industriais e logisticos (Tematico da FAPESP, Processo 2016/01860-1)
Descrição: Os problemas a serem estudados neste projeto temático podem ser divididos em: (A) problemas de corte; (B) problemas de empacotamento; (C) problemas de dimensionamento de lotes; (D) problemas de programação da produção; (E) problemas de roteamento; (F) problemas de localização e (G) a integração destes problemas. Além do estudo e desenvolvimento de modelos matemáticos relacionados a estes problemas, métodos de solução e algoritmos para resolvê-los serão desenvolvidos e seus desempenhos computacionais serão analisados. O projeto visa também dar continuidade à integração e colaboração de grupos de pesquisadores de diferentes instituições interessados nestes problemas, assim como a formação de recursos humanos e a capacitação em pesquisa e desenvolvimento tecnológico. Pretendemos intensificar a cooperação entre o setor produtivo e a academia, com o desenvolvimento de estudos de caso nas empresas. Esperamos, com isso, possibilitar colaborações e parcerias no estudo destes problemas e no desenvolvimento de ferramentas computacionais para serem utilizadas na prática. A equipe deste projeto é formada por vários pesquisadores em diversos estágios de suas carreiras acadêmicas, desde alunos de pós-graduação e recém-doutores, até pesquisadores experientes na pesquisa destes problemas. Observamos que este projeto é uma continuação de outros dois projetos temáticos FAPESP, sendo o primeiro desenvolvido entre 2006 e 2010 e o segundo entre 2010 e 2015. Nos projetos anteriores foram estudados principalmente problemas em (A), (B), (C) e (D), bem como, algumas integrações destes problemas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Integrante / Débora Pretti Ronconi - Integrante / Flávio Keidi Miyazawa - Integrante / Horácio Hideki Yanasse - Integrante / Marina Andretta - Integrante / Nei Yoshihiro Soma - Integrante / Vinicius Amaral Armentano - Integrante / Andréa Carla Gonçalves-Vianna - Integrante / Socorro Rangel - Integrante / Silvio Alexandre de Araujo - Integrante / Vitória Pureza - Integrante / Maristela O. Santos - Integrante / Kelly Cristina Poldi - Integrante / Denise Sato Yamashita - Integrante / Deisemara Ferreira - Integrante / Adriana Cherri - Integrante / MORABITO, REINALDO - Coordenador / Claudio Fabiano Motta Toledo - Integrante / Pedro Augusto Munari Junior - Integrante / Aline Aparecida de Souza Leão - Integrante / Antônio Augusto Chaves - Integrante / Carlos Alberto Alonso Sanches - Integrante / Cleber Damião Rocco - Integrante / Diego Jacinto Fiorotto - Integrante / Douglas José Alem Junior - Integrante / Eli Angela Vitor Toso - Integrante / Flávio Molina da Silva - Integrante / Luiz Leduíno de Salles Neto - Integrante / Marcos Mansano Furlan - Integrante / Mariá Cristina Vasconcelos Nascimento Rosset - Integrante / Maria José Pinto - Integrante / Mônica Maria De Marchi - Integrante / Roberto Fernandes Tavares Neto - Integrante / Sonia Cristina Poltroniere Silva - Integrante / Tamara Angélica Baldo - Integrante / Victor Claudio Bento de Camargo - Integrante.
Membro: Ernesto Julian Goldberg Birgin.
9.   2017-2020. Processamento Sonoro-Musical e Musica Distribuida
Descrição: Bolsa de Produtividade em Pesquisa, nível 2. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (4) / Doutorado: (4) . Integrantes: Marcelo Gomes de Queiroz - Coordenador.
Membro: Marcelo Gomes de Queiroz.
10.   2017-Atual. Projeto Tematico FAPESP - Investigacao de problemas dificeis do ponto de vista algoritmico e estrutural (Proc. 2015/11937-9).
Descrição: O tema central deste projeto é a investigação de diversos problemas sobre objetos de natureza discreta, tendo como foco o estudo de algoritmos e de questões estruturais e teóricas sobre esses objetos. Daremos ênfase ao tratamento de "problemas difíceis'' (formalmente conhecidos como problemas NP-difíceis), mas não nos restringiremos a esta classe de problemas. Consideraremos também problemas pertencentes a outras classes de complexidade, bem como problemas onde a dificuldade de se resolvê-los eficientemente está na falta de informação ou mesmo na descentralização das decisões de diferentes usuários, em contextos onde a decisão de um usuário afeta a decisão dos demais. Os estudos de natureza algorítmica que serão contemplados incluem projetos de algoritmos eficientes e práticos (quando possível, com garantia de desempenho), desenvolvimento de novas técnicas, e classificação de diversos problemas com relação à sua pertinência a diferentes classes de complexidade computacional. As questões estruturais sobre os objetos combinatórios que investigaremos incluem sua caracterização, propriedades, condições para sua existência, quantificação e construção dos mesmos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Yoshiko Wakabayashi - Integrante / F. K. Miyazawa - Coordenador / O. Lee - Integrante / Eduardo Cândido Xavier - Integrante / Lehilton Lelis Chaves Pedrosa - Integrante / Rafael Crivellari Saliva Schoeury - Integrante / Zanoni Dias - Integrante / Fábio Luiz Usberti - Integrante / Luis Augusto Angelotti Meira - Integrante / Ulisses Martins Dias - Integrante.
Membro: Yoshiko Wakabayashi.
11.   2017-Atual. Redes Bayesianas Especificadas em Linguagens Formais
Descrição: Redes bayesianas permitem representar modelos probabilísticos de for- ma concisa aproveitando-se de independências entre variáveis. No en- tanto, muitas propriedades de um domínio são capturadas apenas no ní- vel dos eventos. Tais propriedades, chamadas de estrutura local, incluem determinismo, independência sensível a contexto, e replicação. Inferência em redes bayesianas pode ser agilizada explorando a estrutura local; para isso, é necessária uma linguagem formal que permita a representação de tais propriedades e auxilie no raciocínio probabilístico. Este projeto visa investigar diferentes linguagens formais para especificação de redes baye- sianas com estrutura local abundante. Em particular, investigaremos lin- guagens relacionais e mais, especificamente, linguagens temporais. Nosso objetivo é encontrar linguagens que sejam convenientes para descrição de conhecimento e que permitam realizar inferência de forma mais rápida aproveitando-se da estrutura local.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . Integrantes: Leliane Nunes de Barros - Integrante / Thiago Pereira Bueno - Integrante / Denis Deratani Mauá - Coordenador / Fabio Gagliardi Cozman - Integrante / João de Santana Brito Júnior - Integrante / Igor Cataneo Silveira - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Leliane Nunes de Barros.
Descrição: Redes bayesianas permitem representar modelos probabilísticos de for- ma concisa aproveitando-se de independências entre variáveis. No en- tanto, muitas propriedades de um domínio são capturadas apenas no ní- vel dos eventos. Tais propriedades, chamadas de estrutura local, incluem determinismo, independência sensível a contexto, e replicação. Inferência em redes bayesianas pode ser agilizada explorando a estrutura local; para isso, é necessária uma linguagem formal que permita a representação de tais propriedades e auxilie no raciocínio probabilístico. Este projeto visa investigar diferentes linguagens formais para especificação de redes baye- sianas com estrutura local abundante. Em particular, investigaremos lin- guagens relacionais e mais, especificamente, linguagens temporais. Nosso objetivo é encontrar linguagens que sejam convenientes para descrição de conhecimento e que permitam realizar inferência de forma mais rápida aproveitando-se da estrutura local.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (3) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Denis Deratani Mauá - Coordenador / Leliane Nunes de Barros - Integrante / João de Santana Brito Júnior - Integrante / Igor Cataneo Silveira - Integrante / BUENO, THIAGO P. - Integrante / COZMAN, FABIO G. - Integrante / LLERENA, JULISSA VILLANUEVA - Integrante / Décio Lauro Soares - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.Número de orientações: 2
Membro: Denis Deratani Maua.
12.   2017-Atual. Representacoes intermediarias em Ciencia Computacional para descoberta de conhecimento
Descrição: Este projeto centra-se em uma estratégia unificada para descoberta de conhecimento e dinâmicas emergentes em Ciência Computacional usando representações intermediárias. As aplicações pretendidas estão em áreas caracterizadas por extrema abundância de dados, nas quais a descoberta de conhecimento implica na transição das bases de dados brutos para representações intermediárias, usualmente vetores de características e grafos, permitindo assim o emprego subsequente de diferentes métodos analíticos. Nesse contexto, os métodos de integração e transformação a serem utilizados na geração dos dados intermediários também devem garantir a qualidade e confiabilidade dos dados gerados para a representação intermediária. Os resultados da fase de análise podem influenciar tanto os métodos de integração como experimentos para nova geração de dados através de mecanismos de feedback. O presente projeto possui dois objetivos gerais: 1) desenvolver métodos originais para resolver problemas de Ciência Computacional baseadas em uma abordagem comum de representações intermediárias; 2) aplicar os métodos desenvolvidos em problemas específicos. Essa estratégia metodológica será empregada para abordar problemas específicos em áreas de fronteira da Ciência, nos quais nosso grupo tem trabalhado nos últimos anos: representações intermediárias em visão computacional e informática urbana; estudo dinâmico de redes biológicas para caracterizar os mecanismos de transição saúde-doença; desenvolvimento de ferramentas computacionais para processamento de imagens de MRI de alto campo e sua integração com dados biológicos; desenvolvimento de novas técnicas para caracterização e visualização de representações intermediárias em redes complexas dinâmicas, com aplicações em Biologia de Sistemas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / Carlos Alberto Moreira Filho - Integrante / Luciano da Fontoura Costa - Integrante / Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante / Roberto Hirata Junior - Integrante.
Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
13.   2017-Atual. Safety management for pedestrians in urban environments
Descrição: This research is part of the INCT of the Future Internet for Smart Cities funded by CNPq, proc. 465446/2014-0, CAPES proc. 88887.136422/2017-00, and FAPESP, proc. 2014/50937-1. Urban mobility involves the management of pedestrian safety regarding traffic accidents as well as incidents related to theft and assault. We focus on this issue adopting a data-centric approach based on data from three main sources: (1) video images captured specifically to collect data from pedestrians, (2) information provided by authorities, and (3) existing models for pedestrian behaviour. Our work focuses on i) the combination and treatment of data from these three sources, ii) synthesis of analytical models to extract meaningful patterns from data, and iii) actual generation of relevant information from these data. As a prototype, we plan to build a system to inform citizens about unsafe spots in a city. We believe that the system can be of#10;interest on its own; furthermore the techniques and methodologies developed to design this system can be generalised to a variety of uses, scenarios and domains.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Paulo André Vechiatto de Miranda - Integrante / Flavio Soares Correa da Silva - Coordenador / Arlindo Flavio da Conceicao - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Paulo Andre Vechiatto de Miranda.
14.   2017-2020. Statistical methods on graphs
Descrição: PROGRAMA BOLSAS PARA PESQUISA - CAPES/HUMBOLDT. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Coordenador.
Membro: Andre Fujita.

2016

1.   2016-2019. Aprendizagem de Modelos Probabilisticos Trataveis e seu Uso na Classificacao Multirrotulo
Descrição: Redes bayesianas permitem a representação compacta de conhecimento incerto. Existem fortes indícios vindos da complexidade computacional que realizar inferência em tais modelos leva tempo exponencial na largura de árvore, que mede a complexidade de um modelo. Limitar a largura de árvore dos modelos diminui seu poder representacional. Tal dimuição pode ser evitada sem aumento da complexidade de inferência através da introdução de variáveis latentes, isto é, de variáveis não observáveis. No entanto, os métodos existentes para aprendizagem de redes bayesianas de largura de árvore limitada não permitem variáveis latentes. Eles também são ineficazes em grandes domínios (com centenas ou até milhares de variáveis), o que impossibilita sua aplicação em muitos problemas reais. Essa pesquisa visa o desenvolvimento de métodos de aprendizagem de redes bayesianas de largura de árvore limitada que permitam variáveis latentes ou parcialmente observáveis, e que lidem satisfatoriamente com domínios grandes. Tais métodos serão aplicados na construção de classificadores multirrótulos, ou seja, no aprendizado de funções que mapeiem objetos em conjuntos de classes relevantes. Diferentemente da classificação (monorrótulo) tradicional (onde cada objeto pertence a uma única classe), a relevância das classes é comumente correlacionada, o que demanda modelos mais sofisticados. Uma alternativa para a construção de classificadores computacionalmente eficientes é adotar outra classe de modelos probabilísticos com inferência tratável. Redes soma-produto são circuitos aritméticos para a representação de modelos probabilísticos. Inferência em uma rede soma-produto leva tempo linear em seu tamanho. Nessa pesquisa pretende-se desenvolver métodos de construção de classificadores multirrótulo baseados em redes soma-produto, comparando-os com os baseados em redes bayesianas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (4) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Denis Deratani Mauá - Coordenador / COZMAN, FABIO GAGLIARDI - Integrante / Walter Perez Urcia - Integrante / Julissa Giuliana Villanueva Llerena - Integrante / João de Santana Brito Júnior - Integrante / Igor Cataneo Silveira - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 4 / Número de orientações: 4
Membro: Denis Deratani Maua.
2.   2016-2020. Armazenagem, Modelagem e Analise de Sistemas Dinamicos para Aplicacoes
Descrição: A surpreendente e rápida evolução da tecnologia deu origem a uma nova era de descoberta de conhecimento científico. Essa nova era da ciência, conhecida como e-Science é descrita como uma nova ciência computacional e composta por uma equipe multidisciplinar que exige novas metodologias para o armazenamento, modelagem e análise de dados. Em particular, o desenvolvimento de sistemas de software transacionais e analíticos para aplicações e-Science visto como sistemas dinâmicos apresenta novos desafios computacionais. Entre eles, destacam-se os desafios dos processos de descoberta de conhecimento científico que, na maioria das vezes, envolvem mudanças frequentes de requisitos para armazenagem, modelagem e análise de dados. A necessidade de abordar sistemas dinâmicos científicos para tratar complexas aplicações de e-Science despertou a comunidade científica para a necessidade de sistemas de software robustos e evolutivos para atender a esses novos desafios. Sistema dinâmico é um arcabouço matemático clássico para representar fenômenos que evoluem no tempo e que são de grande interesse na ciência. Neste projeto, nosso principal objetivo é desenvolver modelos computacionais e metodologias para apoiar as aplicações e-Science. Nossa pesquisa fundamental cobre três principais áreas: armazenagem, modelagem e análise de sistemas dinâmicos. Essas áreas de pesquisa são importantes e relevantes para o Programa e-Science FAPESP já que muitos dos desafios atuais de e-Science estão relacionadas ao tratamento adequado dos sistemas dinâmicos. Assim, pretendemos desenvolver e aplicar metodologias computacionais que irão facilitar o desenvolvimento de aplicações e-Science contribuindo assim para a melhoria do conhecimento científico mundial, respeitando as restrições legais e éticas na gestão de dados.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Junior Barrera - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Integrante / Leliane Nunes de Barros - Integrante / Joao Eduardo Ferreira - Coordenador / Andre Fujita - Integrante / Marcel Parolin Jackowski - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
Descrição: Armazenagem, Modelagem e Análise de Sistemas Dinâmicos para Aplicações de sScience. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marco Dimas Gubitoso - Integrante / Junior Barrera - Integrante / João Eduardo Ferreira - Coordenador / Routo Terada - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Roberto Hirada Junior - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Integrante / Marcel Parolin Jackowski - Integrante / André Fujita - Integrante / Marcelo Reis - Integrante / Andrè Santanché - Integrante / Luciano Araújo - Integrante / Márcio Oikawa - Integrante / Carlos Eduardo Dreimeier - Integrante / Leliane Barros - Integrante / Ester Sabino - Integrante / Gisela Tunes da Silva - Integrante / Leonardo Lamas - Integrante / Clever Ricardo Guareis de Farias - Integrante / David Martins - Integrante / Paulo Sérgio Graziano Magalhães - Integrante / Márcio ferreira da silva - Integrante / Ariane Machado Lima - Integrante / Felipe Trevizan - Integrante / Karina Valdivia - Integrante.
Membro: Marco Dimas Gubitoso.
Descrição: A surpreendente e rápida evolução da tecnologia deu origem a uma nova era de descoberta de conhecimento científico. Essa nova era da ciência, conhecida como e-Science é descrita como uma nova ciência computacional e composta por uma equipe multidisciplinar que exige novas metodologias para o armazenamento, modelagem e análise de dados. Em particular, o desenvolvimento de sistemas de software transacionais e analíticos para aplicações e-Science visto como sistemas dinâmicos apresenta novos desafios computacionais. Entre eles, destacam-se os desafios dos processos de descoberta de conhecimento científico que, na maioria das vezes, envolvem mudanças frequentes de requisitos para armazenagem, modelagem e análise de dados. A necessidade de abordar sistemas dinâmicos científicos para tratar complexas aplicações de e-Science despertou a comunidade científica para a necessidade de sistemas de software robustos e evolutivos para atender a esses novos desafios. Sistema dinâmico é um arcabouço matemático clássico para representar fenômenos que evoluem no tempo e que são de grande interesse na ciência. Neste projeto, nosso principal objetivo é desenvolver modelos computacionais e metodologias para apoiar as aplicações e-Science. Nossa pesquisa fundamental cobre três principais áreas: armazenagem, modelagem e análise de sistemas dinâmicos. Essas áreas de pesquisa são importantes e relevantes para o Programa e-Science FAPESP já que muitos dos desafios atuais de e-Science estão relacionadas ao tratamento adequado dos sistemas dinâmicos. Assim, pretendemos desenvolver e aplicar metodologias computacionais que irão facilitar o desenvolvimento de aplicações e-Science contribuindo assim para a melhoria do conhecimento científico mundial, respeitando as restrições legais e éticas na gestão de dados.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: Marcel Parolin Jackowski - Integrante / Roberto Hirata Júnior - Integrante / Junior Barrera - Integrante / Marco Dimas Gubitoso - Integrante / Routo Terada - Integrante / João Eduardo Ferreira - Coordenador / Paulo Sergio Graziano Magalhães - Integrante / André Fujita - Integrante / André Santanché - Integrante / Antonio Maria Francisco Luiz Jose Bonomi - Integrante / Ariane Machado Lima - Integrante / Carlos Eduardo Driemeier - Integrante / Cléver Ricardo Guareis de Farias - Integrante / David Corrêa Martins Junior - Integrante / Ester Cerdeira Sabino - Integrante / Fábio Vale Scarpare - Integrante / Gisela Tunes da Silva - Integrante / Henrique Coutinho Junqueira Franco - Integrante / Karina Valdivia Delgado - Integrante / Leliane Nunes de Barros - Integrante / Luciano Vieira de Araújo - Integrante / Marcelo da Silva Reis - Integrante / Marcio Katsumi Oikawa - Integrante / Maria Teresa Borges Pimenta Barbosa - Integrante / Michelle Cristina Araujo Picoli - Integrante / Márcio Ferreira da Silva - Integrante / Otavio Cavalett - Integrante / Vera Lúcia Reis de Gouveia - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Marcel Parolin Jackowski.
Descrição: A surpreendente e rápida evolução da tecnologia deu origem a uma nova era de descoberta de conhecimento científico. Essa nova era da ciência, conhecida como e-Science é descrita como uma nova ciência computacional e composta por uma equipe multidisciplinar que exige novas metodologias para o armazenamento, modelagem e análise de dados. Em particular, o desenvolvimento de sistemas de software transacionais e analíticos para aplicações e-Science visto como sistemas dinâmicos apresenta novos desafios computacionais. Entre eles, destacam-se os desafios dos processos de descoberta de conhecimento científico que, na maioria das vezes, envolvem mudanças frequentes de requisitos para armazenagem, modelagem e análise de dados. A necessidade de abordar sistemas dinâmicos científicos para tratar complexas aplicações de e-Science despertou a comunidade científica para a necessidade de sistemas de software robustos e evolutivos para atender a esses novos desafios. Sistema dinâmico é um arcabouço matemático clássico para representar fenômenos que evoluem no tempo e que são de grande interesse na ciência. Neste projeto, nosso principal objetivo é desenvolver modelos computacionais e metodologias para apoiar as aplicações e-Science. Nossa pesquisa fundamental cobre três principais áreas: armazenagem, modelagem e análise de sistemas dinâmicos. Essas áreas de pesquisa são importantes e relevantes para o Programa e-Science FAPESP já que muitos dos desafios atuais de e-Science estão relacionadas ao tratamento adequado dos sistemas dinâmicos. Assim, pretendemos desenvolver e aplicar metodologias computacionais que irão facilitar o desenvolvimento de aplicações e-Science contribuindo assim para a melhoria do conhecimento científico mundial, respeitando as restrições legais e éticas na gestão de dados... Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: / Mestrado profissional: (5) / Doutorado: (3) . Integrantes: Leliane Nunes de Barros - Integrante / Karina Valdivia Delgado - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Marcel Parolin Jackowski - Integrante / Paulo Sergio Graziano Magalhães - Integrante / Roberto Hirata Junior - Integrante / André Fujita - Integrante / João Eduardo Ferreira - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Leliane Nunes de Barros.
3.   2016-Atual. Diagnostico Diferencial de Transtornos Persistentes de Fala Utilizando Imagens Dinamicas do Trato Vocal por Ressonancia Magnetica
Descrição: Crianças com transtornos residuais ou persistentes da fala (TRPF) apresentam dificuldades na produção da fala em idades superiores às esperadas para a aquisição total das regras fonológicas de um idioma, comprometendo a comunicação social e alfabetização. Os TRPF englobam uma expressiva diversidade de quadros que podem estar associados ou decorrer de alterações fonológicas motoras da fala ou alterações vocais. Como várias dessas características podem ser observadas em diferentes quadros de alteração de fala, é fundamental o desenvolvimento de metodologias que auxiliem na tomada de decisão para o diagnóstico diferencial e condução do tratamento adequado. Recentes avanços na técnica de imagens por ressonância magnética (RM) possibilitaram a observação dos processos ocultos de articulação durante a produção da fala em tempo real. Este projeto de pesquisa tem como objetivo principal a diferenciação das alterações da produção da fala em crianças com apraxia da fala e crianças com outros quadros de transtornos de fala utilizando imagens dinâmicas de RM do trato vocal. Serão desenvolvidas metodologias para identificação de padrões articulatórios a partir das imagens RM, que serão correlacionados com avaliações de input e output dos processamentos de fala. Com este trabalho pretende-se atingir um salto conceitual no processo de diagnóstico diferencial de TRPF, com a integração de RM e técnicas avançadas de análise de imagem na bateria de avaliações fonoaudiológicas. Este projeto é uma parceria internacional entre USP, UNIFESP, TAMU e MGH, unindo especialistas em Fonoaudiologia, processamento de fala, aquisição de imagens e análise de imagens médicas. O produto final deste esforço em conjunto possibilitará o manejo adequado e a reabilitação de crianças com déficits de comunicação oral, reduzindo os custos associados com saúde e educação.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: Marcel Parolin Jackowski - Coordenador / Andrea Parolin Jackowski - Integrante / Choukri Mekkaoui - Integrante / Clara Regina Brandão de Ávila - Integrante / Ricardo Gutierrez-Osuna - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Marcel Parolin Jackowski.
4.   2016-2018. Fenomenos em meso-escala: multidoes, manadas e congestionamentos de trafego
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Flavio Soares Correa da Silva - Coordenador.
Membro: Flavio Soares Correa da Silva.
5.   2016-Atual. INCT da Internet do Futuro -- Desenvolvendo nova Ciencia e Tecnologia para a Internet do Futuro e Cidades Inteligentes
Descrição: A Internet foi uma das invenções que mais impactou a sociedade durante todo o Século 20. As transformações radicais na forma de comunicação humana possibilitada pela Internet na última década do século passado têm sido tanto refinadas quanto expandidas neste início de Século 21, impactando profundamente a vida da maioria da população no planeta Terra. O impacto da Internet, recentemente ampliado com as tecnologias móveis e celulares inteligentes tem sido também crucial no dia-a-dia das pessoas, no comportamento das novas gerações, nos movimentos políticos e sociais, nos negócios, no comércio, na educação, e em áreas específicas tais como a indústria de software. Recentemente, com a popularização das tecnologias da Computação em Nuvem e da Computação Móvel e com o crescente uso de Redes de Sensores e de tecnologias de Big Data, uma infinidade de novas possibilidades de aplicações estão surgindo. Estas incluem novas formas de colaboração em tempo-real, infraestruturas para Cidades Inteligentes (Smart Cities), sistemas sofisticados para Business Intelligence e ciberinfraestrutura para eScience possibilitando o avanço da pesquisa científica por caminhos nunca antes imaginados. Os resultados esperados dessa iniciativa podem ser avaliados sob duas perspectivas complementares. Nossos esforços terão como objetivo garantir a obtenção de resultados relevantes ao país sob duas perspectivas. Primeiro, do ponto de vista de desenvolvimento científico e tecnológico, utilizaremos ambientes urbanos e seus problemas de mobilidade como arcabouços para produção de dados e desafios de pesquisa, que direcionarão o desenvolvimento de novas técnicas e métodos de modelagem de sistemas complexos, captura confiável e eficiente de dados em larga escala e em tempo real, processamento de alto desempenho de grande volumes de dados e distribuição segura de respostas em pontos estratégicos, de forma robusta, segura e confiável. Segundo, do ponto de vista do impacto sócio-econômico e desenvolvimento regional, utilizaremos os recursos existentes em tecnologias de comunicação e informática para resolver problemas relevantes para o planejamento urbano, políticas públicas e para o oferecimento de serviços inovadores aos cidadãos, aos órgãos gestores e aos analistas de desenvolvimento econômico e regional. Por meio da formação de recursos humanos de alto nível, das colaborações internacionais e dos resultados científicos e tecnológicos obtidos pelo INCT, pretendemos inserir o país como referência internacional na pesquisa em Internet do Futuro (incluindo Internet das Coisas, Nuvem Móvel, Fog Computing, Engenharia de Software para Sistemas de Grande Escala, Análise e Modelagem Matemática da Internet do Futuro e Cidades Inteligentes).. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Daniel Macêdo Batista - Integrante / Otto Carlos Muniz Bandeira Duarte - Integrante / Edmundo Roberto Mauro Madeira - Integrante / Fabio Kon - Coordenador / Alfredo Goldman vel Lejbman - Integrante / Marco Aurélio Gerosa - Integrante / João Eduardo Ferreira - Integrante / Raphael Yokoingawa de Camargo - Integrante / Marcelo Finger - Integrante / Carlos Alberto Kamienski - Integrante / Siang Wun Song - Integrante / Fernando Iazzetta - Integrante / Junior Barrera - Integrante / Julio da Motta Singer - Integrante / Guido Araújo - Integrante / Julio Michael Stern - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Integrante / Claudio Nogueira de Meneses - Integrante / Roberto Hirata Jr. - Integrante / Nina S. T. Hirata - Integrante / Markus Endler - Integrante / Edson Norberto Cáceres - Integrante / Renata Wassermann - Integrante / Paulo Miranda - Integrante / Flávio Soares Corrêa da Silva - Integrante / Eduardo Mario Dias - Integrante / Artur Simões Rozestraten - Integrante / Arlindo Flavio da Conceição - Integrante / Fábio M. Costa - Integrante / Francisco José da Silva e Silva - Integrante / Ciro Biderman - Integrante / Julian Geraldes Monteiro - Integrante / Roberto Speicys Cardoso - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Daniel Macedo Batista.
6.   2016-Atual. INCT da Internet do Futuro para Cidades Inteligentes
Descrição: bjetivo: Desenvolvimento de modelos, técnicas, métodos e sistemas de software visando à melhoria da vida da população urbana por meio da utilização da tecnologia da informação e da comunicação. Essa pesquisa envolve técnicas avançadas de Computação em Nuvem, Internet das Coisas, Computação de Alto Desempenho, Engenharia de Software, Big Data e Aprendizado de Máquina... Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Junior Barrera - Integrante / Fabio Kon - Coordenador.
Membro: Junior Barrera.
Descrição: Objetivo: Desenvolvimento de modelos, técnicas, métodos e sistemas de software visando à melhoria da vida da população urbana por meio da utilização da tecnologia da informação e da comunicação. Essa pesquisa envolve técnicas avançadas de Computação em Nuvem, Internet das Coisas, Computação de Alto Desempenho, Engenharia de Software, Big Data e Aprendizado de Máquina.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (10) / Mestrado acadêmico: (20) / Doutorado: (10) . Integrantes: Fabio Kon - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa / (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Fabio Kon.
Descrição: Desenvolvimento de modelos, técnicas, métodos e sistemas de software visando à melhoria da vida da população urbana por meio da utilização da tecnologia da informação e da comunicação. Essa pesquisa envolve técnicas avançadas de Computação em Nuvem, Internet das Coisas, Computação de Alto Desempenho, Engenharia de Software, Big Data e Aprendizado de Máquina.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (10) / Mestrado acadêmico: (20) / Doutorado: (10) . Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Integrante / Fabio Kon - Coordenador / Otto Carlos Muniz Bandeira Duarte - Integrante. Financiador(es): CAPES - Centro Anhanguera de Promoção e Educação Social - Bolsa / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de SP - Auxílio financeiro.
Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.
7.   2016-Atual. INCT Interscity - Future Internet for Smart Cities
Descrição: InterSCity is a collaborative research project hosted by the National Science and Technology Institute (INCT) of the Future Internet for Smart Cities. The project encompasses 9 Brazilian institutions, as well as international partners and addresses, research challenges and initiatives in three fronts: (1) Networking and High-Performance Distributed Computing, which focuses on the challenges brought by IoT, such as machine-to-machine communication and energy constraints, as well as on integration of mobile data with cloud and HPC infrastructures for big data processing; (2) Software Engineering for the Future Internet, dealing with the challenges for the development of stable, scalable systems comprised of multiple highly interactive complex subsystems developed by independent parties; (3) Analysis and Mathematical Modeling for the Future Internet and Smart Cities, dedicated to the exploration of novel mechanisms to obtain the greatest benefit from the ever-growing amount of data generated in cities while dealing with signific and noise and missing data.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcelo Gomes de Queiroz - Integrante / Kon, Fabio - Coordenador.
Membro: Marcelo Gomes de Queiroz.
8.   2016-2018. Metodos estatisticos para grafos com aplicacoes em ciencias da vida.
Descrição: Recentemente tem sido demonstrado que as estruturas da rede funcional do cérebro e das redes regulatórias de genes são mais adequadas para caracterizar os estados do organismo biológico do que a análise individual de suas partes. Além disso, é sabido que tais redes não são exatamente iguais mesmo entre indivíduos do mesmo grupo devido a variabilidade intrínseca. Assim, métodos tradicionais de Ciência da Computação que comumente buscam por padrões bem estabelecidos ou isomorfismo se tornam infrutíferos na análise dessas redes. Para contornar esse problema, se torna crucial o desenvolvimento de métodos estatísticos para grafos. A fim de construir uma ponte entre teoria dos grafos e estatística, nós investigamos as propriedades espectrais dos grafos aleatórios. É sabido que diversas propriedades estruturais de um grafo aleatório, como número de caminhos, diâmetro e cliques podem ser descritos pelo seu espectro. Em Takahashi et al (2012), nós analisamos o espectro dos grafos e introduzimos métodos estatísticos em grafos para (i) seleção de modelos, (ii) estimador de parâmetros e (iii) um teste de hipótese para discriminar duas amostras de grafos. Aqui, propomos desenvolver métodos para generalizar o teste de hipótese de Takahashi et al. para mais de dois conjuntos, identificar correlação e fluxo de informação entre grafos e aplicá-los tanto em dados genéticos como de neuroimagem.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Coordenador / Masao Nagasaki - Integrante / Alexandre Galvao Patriota - Integrante / Joao Ricardo Sato - Integrante / Daniel Yasumasa Takahashi - Integrante / Koichi Sameshima - Integrante / Asuka Nakata - Integrante / Edgard Morya - Integrante. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Andre Fujita.
9.   2016-Atual. NeuroMat
Descrição: Modelagem matemática do funcionamento cerebral. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marco Dimas Gubitoso - Integrante / Pablo Ferrari - Integrante / Arnaldo Mandel - Integrante / Fabio Kon - Integrante / Kelly Rosa Braghetto - Integrante / Antonio Carlos Roque da Silva Filho - Integrante / Claudia D. Vargas - Integrante / Ernst Hamburger - Integrante / Jorge Stolfi - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Integrante / Alexsandro Giacomo Grimbert Gallo - Integrante / Anatoli Iambartsev - Integrante / André Frazão Helene - Integrante / Annie Suzanne Charot Vialà - Integrante / Claudio Possani - Integrante / Daniela Lopes Scarpa - Integrante / Florencia Graciela Leonard - Integrante / Jesus Enrique Garcia - Integrante / Maria Elisa Pimentel Piemonte - Integrante / Miguel Abadi - Integrante / Nancy Lopes Garcia - Integrante / Osame Kinouchi Filho - Integrante / Veronica Andrea Gonzalez-Lopez - Integrante / Antonio Galves - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Outra.
Membro: Marco Dimas Gubitoso.
10.   2016-Atual. Storage, Modeling and Analysis of Dynamical Systems for e-Science Applications
Descrição: The astonishing fast rate of technology evolution has given rise to a new era of scientific knowledge discovery. This new age of science, known as e-Science, is described as the new great computational and multidisciplinary team science requiring novel methodologies for data storage, modeling and analysis. In particular, the development of transactional and analytical software systems for e-Science applications when viewed from a dynamic systems perspective, presents a number of new computational challenges. Among them are the scientific knowledge discovery processes, which involve frequent changes of requirements for data storage, modeling and analysis. The need to address scientific dynamic systems in order to cope with complex applications of e-Science has woken up the scientific community for the development of robust and evolutionary software systems to meet these new challenges. Dynamical system is the classical mathematical formalism to represent phenomena that evolute with time, which are of great interest in science. In this project, our main goal is to develop computational models and methodologies to support e-Science applications viewed as dynamic systems. Our fundamental research covers three key research areas, namely storage, modeling, and analysis of dynamic systems. These research areas are significant and relevant to the FAPESP e-Science Program since many of the present e-Science challenges are related to the proper treatment of dynamic systems. Hence, we plan to develop and apply computational methodologies that will ease the development of e-Science applications, thereby contributing to the improvement of worldwide scientific knowledge, while respecting legal and ethical restrictions in data management.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / João Eduardo Ferreira - Coordenador / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Marcel Parolin Jackowski - Integrante / Paulo Sergio Graziano Magalhães - Integrante.
Membro: Roberto Hirata Junior.
Descrição: The astonishing fast rate of technology evolution has given rise to a new era of scientific knowledge discovery. This new age of science, known as e-Science, is described as the new great computational and multidisciplinary team science requiring novel methodologies for data storage, modeling and analysis. In particular, the development of transactional and analytical software systems for e-Science applications when viewed from a dynamic systems perspective, presents a number of new computational challenges. Among them are the scientific knowledge discovery processes, which involve frequent changes of requirements for data storage, modeling and analysis. The need to address scientific dynamic systems in order to cope with complex applications of e-Science has woken up the scientific community for the development of robust and evolutionary software systems to meet these new challenges. Dynamical system is the classical mathematical formalism to represent phenomena that evolute with time, which are of great interest in science. In this project, our main goal is to develop computational models and methodologies to support e-Science applications viewed as dynamic systems. Our fundamental research covers three key research areas, namely storage, modeling, and analysis of dynamic systems. These research areas are significant and relevant to the FAPESP e-Science Program since many of the present e-Science challenges are related to the proper treatment of dynamic systems. Hence, we plan to develop and apply computational methodologies that will ease the development of e-Science applications, thereby contributing to the improvement of worldwide scientific knowledge, while respecting legal and ethical restrictions in data management... Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Junior Barrera - Integrante / João eduardo Ferreira - Coordenador.
Membro: Junior Barrera.
Descrição: The astonishing fast rate of technology evolution has given rise to a new era of scientific knowledge discovery. This new age of science, known as e-Science, is described as the new great computational and multidisciplinary team science requiring novel methodologies for data storage, modeling and analysis. In particular, the development of transactional and analytical software systems for e-Science applications when viewed from a dynamic systems perspective, presents a number of new computational challenges. Among them are the scientific knowledge discovery processes, which involve frequent changes of requirements for data storage, modeling and analysis. The need to address scientific dynamic systems in order to cope with complex applications of e-Science has woken up the scientific community for the development of robust and evolutionary software systems to meet these new challenges. Dynamical system is the classical mathematical formalism to represent phenomena that evolute with time, which are of great interest in science. In this project, our main goal is to develop computational models and methodologies to support e-Science applications viewed as dynamic systems. Our fundamental research covers three key research areas, namely storage, modeling, and analysis of dynamic systems. These research areas are significant and relevant to the FAPESP e-Science Program since many of the present e-Science challenges are related to the proper treatment of dynamic systems. Hence, we plan to develop and apply computational methodologies that will ease the development of e-Science applications, thereby contributing to the improvement of worldwide scientific knowledge, while respecting legal and ethical restrictions in data management.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Joao Eduardo Ferreira.

2015

1.   2015-2018. Aplicacoes do Modelo BSP para Computacaoo de Alto Desempenho
Descrição: O projeto consiste em explorar o uso do modelo BSP (Bulk Synchronous Parallel) em dois ambientes ligados a computação de alto desempenho. Os dois ambientes são: Placas Gráficas (GPUs) e nuvens computacionais. No primeiro caso, vamos começar usando o modelo BSP para previsão de desempenho de aplicações paralelas, mas vamos também pesquisar ambientes com mais de uma GPU e o uso conjunto de CPUs e GPUs. No segundo caso, queremos estudar o desempenho de aplicações paralelas escritas no modelo BSP em nuvens. Vamos começar inicialmente com nuvens controladas, onde todo o ambiente é conhecido, de forma a termos mais dados#10;para a segunda fase que vai consistir no uso de nuvens públicas. Escolhemos como ambiente inicial o OpenStack. Vamos também pesquisar o uso de várias aplicações simultaneamente, possivelmente alterando o número de processadores BSP e máquinas virtuais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (2) . Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.
2.   2015-2018. CHOOSING: Cooperation on Hybrid Computing Clouds for Energy Saving
Descrição: "The cloud computing is an important factor for environmentally sustainable development. If, in the one hand, the increasing demand of users drive the creation of large datacenters, in the other hand, cloud computing?s ?multitenancy? trait allows the reduction of physical hardware and, therefore, the saving of energy. Thus, it is imperative to optimize the energy consumption corresponding to the datacenter?s activities. Three elements are crucial on energy consumption of a cloud platform: computation (processing), storage and network infrastructure. Therefore, the aim of this project is to provide different techniques to reduce energy consumption regarding these three elements.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Kelly Rosa Braghetto - Integrante / Daniel de Angelis Cordeiro - Integrante / Alfredo Goldman vel Lejbman - Coordenador / BATISTA, DANIEL MACEDO - Integrante / Johanne Cohen - Integrante / Raphael Yokoingawa de Camargo - Integrante / Luiz Fernando Bittencourt - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.
Membro: Kelly Rosa Braghetto.
Descrição: The cloud computing is an important factor for environmentally sustainable development. If, in the one hand, the increasing demand of users drive the creation of large datacenters, in the other hand, cloud computing?s ?multitenancy? trait allows the reduction of physical hardware and, therefore, the saving of energy. Thus, it is imperative to optimize the energy consumption corresponding to the "datacenter?s activities"; Three elements are crucial on energy consumption of a cloud platform: computation (processing), storage and network infrastructure. Therefore, the aim of this project is to provide different techniques to reduce energy consumption regarding these three elements; Our work mainly focuses on energy saving aspects based on virtualization, i.e., pursuing the idea of the intensive migration of classical storage/processing systems to virtual ones. We will study how different organizations (whose resources are combined as hybrid clouds) can cooperate with each other in order to minimize the energy consumption without the detriment of client requirements or quality of service ;Then, we intend to propose efficient algorithmic solutions and design new coordination mechanisms that incentive cloud providers to collaborate... Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (4) Doutorado: (5) . Integrantes: Daniel Macêdo Batista - Integrante / Luiz Fernando Bittencourt - Integrante / Alfredo Goldman vel Lejbman - Coordenador / Daniel de Angelis Cordeiro - Integrante / Evripidis Bampis - Integrante / Denis Trystram - Integrante / Raphael Yokoingawa de Camargo - Integrante / Gregory Mounié - Integrante / Pierre-François Dutot - Integrante / Luciana Arantes - Integrante / Johanne Cohen - Integrante / Joanna Tomasik - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Cooperação / COFECUB - Cooperação.
Membro: Daniel Macedo Batista.
Descrição: The cloud computing is an important factor for environmentally sustainable development. If, in the one hand, the increasing demand of users drive the creation of large datacenters, in the other hand, cloud computing’s “multitenancy” trait allows the reduction of physical hardware and, therefore, the saving of energy. Thus, it is imperative to optimize the energy consumption corresponding to the datacenter’s#10;activities.#10;Three elements are crucial on energy consumption of a cloud platform: computation (processing), storage and network infrastructure. Therefore, the aim of this project is to provide different techniques to reduce energy consumption regarding these three elements.#10;Our work mainly focuses on energy saving aspects based on virtualization, i.e., pursuing the idea of the intensive migration of classical storage/processing systems to virtual ones. We will study how different organizations (whose resources are combined as hybrid clouds) can cooperate with each other in order to minimize the energy consumption without the detriment of client requirements or quality of service.#10;Then, we intend to propose efficient algorithmic solutions and design new coordination mechanisms that incentive cloud providers to collaborate.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (4) / Doutorado: (5) . Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Coordenador / Denis Trystram - Integrante / Gregory Mounié - Integrante / Raphael Y. de Camargo - Integrante / Pierre-François Dutot - Integrante / Daniel Cordeiro - Integrante / Luciana Arantes - Integrante / Johanne Cohen - Integrante / Daniel Batista - Integrante / Evripidis Bampis - Integrante / Luiz Fernando Bittencourt - Integrante / Joanna Tomasik - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Cooperação / COFECUB - Cooperação.
Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.
3.   2015-2016. Colaboracao academica - Loughborough University (UK) - Newton Fund/FAPESP
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Flavio Soares Correa da Silva - Coordenador / Paul Chung - Integrante.
Membro: Flavio Soares Correa da Silva.
4.   2015-Atual. Combinacao de caracteristicas locais e globais em aprendizagem de operadores de imagens
Descrição: O problema de projeto de operadores morfológicos pode ser modelado no contexto de aprendizagem de máquina como um problema de aprendizado de uma função local que mapeia o padrão observado em cada ponto da imagem para um valor de saída. Uma característica interessante dos operadores morfológicos é o fato de eles permitirem uma interpretação intuitiva de seus efeitos, uma vez que sua concepção é fortemente baseada em explorar informação de forma e de topologia. Além disso, eles são formalmente bem caracterizados por fundamentos teóricos sólidos. Porém, por construção, operadores morfológicos não possuem propriedades interessantes como invariância à escala e à rotação e também não levam em consideração informações globais ou de contexto. Neste projeto, o objetivo principal é avançar os métodos existentes para projeto de operadores morfológicos para que estes sejam capazes de tratar objetos de diferentes escalas e levem em consideração informações globais e de contexto. Para tanto, a principal ideia a ser explorada é o uso de descritores de características diversas citados na literatura da área, de forma acoplada ao arcabouço de combinação de operadores. Deverão ser investigados os aspectos teóricos, estatísticos e práticos associados. Aplicações em processamento de imagens de documentos são planejadas como meio para validação dos métodos a serem desenvolvidos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador / Igor do Santos Montagner - Integrante / Ana Lucia Lima Marreiros Maia - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Roberto Hirata Junior.
Descrição: O problema de projeto de operadores morfológicos pode ser modelado no contexto de aprendizagem de máquina como um problema de aprendizado de uma função local que mapeia o padrão observado em cada ponto da imagem para um valor de saída. Uma característica interessante dos operadores morfológicos é o fato de eles permitirem uma interpretação intuitiva de seus efeitos, uma vez que sua concepção é fortemente baseada em explorar informação de forma e de topologia. Além disso, eles são formalmente bem caracterizados por fundamentos teóricos sólidos. Porém, por construção, operadores morfológicos não possuem propriedades interessantes como invariância à escala e à rotação e também não levam em consideração informações globais ou de contexto. Neste projeto, o objetivo principal é avançar os métodos existentes para projeto de operadores morfológicos para que estes sejam capazes de tratar objetos de diferentes escalas e levem em consideração informações globais e de contexto. Para tanto, a principal ideia a ser explorada é o uso de descritores de características diversas citados na literatura da área, de forma acoplada ao arcabouço de combinação de operadores. Deverão ser investigados os aspectos teóricos, estatísticos e práticos associados. Aplicações em processamento de imagens de documentos são planejadas como meio para validação dos métodos a serem desenvolvidos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador / Roberto Hirata Jr. - Integrante / Igor dos Santos Montagner - Integrante / Ana Lucia Lima Marreiros Maia - Integrante. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata.
5.   2015-2017. Deteccao de Multieventos em Fontes de Dados Ativas e Altamente Heterogeneas
Descrição: A Internet tem tratado várias fontes de dados ativas e altamente heterogêneas permitindo novas aplicações e acesso a informações valiosas. Duas dimensões da heterogeneidade têm dificultado o acesso pleno e crescente de novas informações. A primeira dimensão é a enorme variedade de fontes de dados e conteúdo incluindo seu formato e estrutura. A segunda dimensão é o crescimento exponencial das fontes de dados ativas e inteligentes, como smartphones, que geram muitos tipos de dados com mais de 20 sensores físicos e com enorme variedade nas mídias sociais. Assim, propomos uma pesquisa para a integração de fontes de dados ativas e altamente heterogêneas para detectar multieventos. Multieventos são sequências de eventos que terminam em um evento principal. Exemplos de multieventos incluem desastres naturais, tais como desliza-mentos de terra e desastres nucleares. Primeiro, vamos construir ferramentas de software para apoiar dois tipos de alta heterogeneidade: fontes mutáveis e muitas fontes de multimídia não-estruturadas incluindo mídia social em línguas estrangeiras. Em seguida vamos utilizar esses conceitos e ferramentas em aplicações para mostrar sua viabilidade e avaliar a sua eficácia.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador / Calton Pu - Integrante. Financiador(es): CAPES - Centro Anhanguera de Promoção e Educação Social - Auxílio financeiro.
Membro: Joao Eduardo Ferreira.
6.   2015-2015. Harmonizacao Musical Automatica e Processamento Sonoro
Descrição: Este projeto compreende uma proposta de colaboração com a equipe do Prof. Dr. Emilios Cambouropoulos da Aristotle University of Thessaloniki na área de harmonização musical automática, utilizando técnicas de processamento sonoro, bem como com a Profa. Dra. Anastasia Georgaki da National and Kapodistrian University of Athens na área de processamento sonoro, mais especificamente modelos de síntese aplicados a paisagens sonoras. Seus objetivos gerais são avançar o estado da arte em relação ao problema de harmonização musical automática, incorporando conceitos e métodos de processamento sonoro e otimização às técnicas mais recentes disponíveis, e desenvolver técnicas de representação e manipulação sonora de um acervo digital associado a uma paisagem sonora específica, a Academia de Platão em Atenas, além de consolidar as parcerias de cooperação internacional entre os grupos de pesquisa em Computação Musical e o Núcleo de Sonologia da USP e as duas instituições estrangeiras envolvidas. As propostas aqui apresentadas foram discutidas e refinadas em colaboração com estes grupos, sendo que o período de março a julho de 2015, a que se refere a bolsa pleiteada, visa à elaboração e refinamento de modelos, e à realização de experimentos e análises para a produção de publicações resultantes destas colaborações.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (3) . Integrantes: Marcelo Gomes de Queiroz - Coordenador / Maximos Kaliakatsos-Papakostas - Integrante / Emilios Cambouropoulos - Integrante. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Marcelo Gomes de Queiroz.
7.   2015-2016. High Performance Applications for Smart Cities with The Machine: Modeling, Simulation, and Development
Descrição: Até 2020, 30 bilhões de dispositivos conectados irão gerar uma quantidade de dados sem precedentes. A infraestrutura necessária para coletar, processar, armazenar e analisar esses dados requer mudanças transformacionais nos fundamentos da computação. Ou seja, os sistemas atuais não conseguirão dar conta destas necessidades e precisamos de uma nova solução. A Hewlett Packard Enterprise (HPE) apresenta então a solução chamada "The Machine". Ao descartar o modelo computacional que permaneceu inalterado por mais de 60 anos, esta solução está posicionada para deixar as limitações do modelo tradicional no passado. "The Machine" é uma iniciativa de longo prazo que irá alterar de maneira fundamental como os computadores processam grandes quantidades de dados. Este objetivo será atingido fundamentalmente através da fusão memória e armazenamento, da redução da complexidade da hierarquia de dados e da movimentação do processamento para mais próximo dos dados. O resultado desta reinvenção da arquitetura computacional permitirá um grande ganho em desempenho e eficiência, e ao mesmo tempo diminuindo os custos de longo prazo. O desenvolvimento de novas tecnologias computacionais do projeto The Machine irá mudar a forma como dados são computados, armazenados e transmitidos. Por outro lado, estas novas tecnologias mudarão a forma como aplicações são construídas e utilizadas. Neste cenário, desafios de pesquisa vão desde conceber de um novo sistema operacional até repensar como desenvolver novas aplicações e alimentar comunidades especializadas de desenvolvedores de software. A noção de cidades inteligentes é uma consequência dos avanços conduzindo a estas tecnologias. Nestas cidades, vários dispositivos coletarão dados em tempo real através de diversos tipos de sensores e os transmitirão a outros dispositivos, formando uma verdadeira Internet das Coisas (Internet of Things). Aplicações que consomem, processam, e analisam estes dados facilitarão a vida de cidadãos e a gerência da cidade. Por exemplo, tais aplicações proverão informações precisas sobre o tráfego de carros e darão suporte à previsão de fenômenos naturais e mudanças climáticas. Cenários típicos de cidades inteligentes podem ajudar a entender o potencial da The Machine, ao mesmo tempo em que levantam requisitos e demandas para novas tecnologias sob desenvolvimento. Neste projeto, procuraremos modelos computacionais que podem aproximar o comportamento da The Machine, de modo que eles possam prever, ou até ajustar seu desempenho. Para tal, investigaremos como os conceitos de unified memory, arquitetura NUMA e níveis de memória se relacionam com a The Machine. Ainda, buscaremos otimizar o desempenho de aplicações rodando na The Machine por meio de ajustes de parâmetros de compilação. Nós utilizaremos estes modelos e o simulador da The Machine para encenação de cenários de cidades inteligentes. Empregaremos técnicas de engenharia de software experimental para melhor entender tais cenários. Também, construiremos simuladores e ferramentas para dar suporte aos desenvolvedores de software. Em última análise, nosso principal objetivo é oferecer suporte ao desenvolvimento e adoção de aplicações The Machine-based para cidades inteligentes.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (5) . Integrantes: Daniel Macêdo Batista - Integrante / Fabio Kon - Integrante / Alfredo Goldman vel Lejbman - Integrante / Marco Aurélio Gerosa - Coordenador / Daniel de Angelis Cordeiro - Integrante / Arthur de Moura Del Esposte - Integrante / Eduardo Felipe Zambom Santana - Integrante / Gustavo Ansaldi Oliva - Integrante / Rodrigo Izidoro Tinini - Integrante / Pedro Henrique Rocha Bruel - Integrante / Rafael Aquino de Carvalho - Integrante / Virginia Carrara - Integrante / Yorah Bosse - Integrante / Rodrigo Siqueira - Integrante. Financiador(es): Hewlett Packard Enterprise - Bolsa.
Membro: Daniel Macedo Batista.
8.   2015-Atual. LEAPaD: Laboratoorio de Estudos Avacados em Sistemas Paralelos e Distribuidos
Descrição: O processamento paralelo e distribuído é uma realidade nos sistemas computacionais há muitos anos. No entanto, observa-se no histórico mais recente, o crescimento dos horizontes de sua aplicação em função de uma nova realidade de mercado, a qual oferece preços muito competitivos para os mais diversos tipos de plataformas de hardware, implicando no aumento das ofertas de soluções e, consequentemente, de demandas de aplicações da sociedade em geral. Logo, se no passado não muito distante, problemas e questões relacionadas ao processamento paralelo e distribuído surgiam em função do desenvolvimento de aplicações caracterizadas por necessitarem#10;de uma grande quantidade de recursos computacionais, hoje surge uma nova classe de problemas em função da pluralidade de dimensões que as novas plataformas de processamento oferecem. Esta pluralidade reflete a incorporação nas plataformas de execução de diferentes tecnologias de hardware com suporte ao processamento intensivo e paralelo, incluindo não apenas os multiprocessadores e aglomerados de computadores, mas tambémFPGAs, GPUs, grades e nuvens computacionais.#10;Dentre os efeitos observados, buscam-se novos modelos computacionais para solucionar as diferentes questões operacionais que se apresentam nesta nova realidade. Neste contexto, o presente projeto se insere apresentando a criação do LEAPaD, um laboratório, virtualmente distribuído entre as instituições parceiras, vocacionado em explorar questões ligadas ao gerenciamento das ações que envolvem o processamento paralelo e distribuído. O LEAPaD, acrônimo para Laboratório de Estudos Avançados em Sistemas Paralelos e Distribuídos, se institui de forma a consolidar linhas de atuação ligadas aos programas associados a este projeto, buscando explorar soluções para construções de aplicações e sistemas de gerenciamento e exploração de processamento de alto desempenho em arquiteturas paralelas e distribuídas, tais como FPGAs, ambientes multiprocessados e com GPUs,#10;aglomerados de computadores e de grades e nuvens computacionais.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (15) / Mestrado acadêmico: (11) / Doutorado: (18) . Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Coordenador / Fabio Kon - Integrante / Marco Dimas Gubitoso - Integrante / Gerson Geraldo H. Cavalheiro - Integrante / Marco Aurélio Gerosa - Integrante / Alba Cristina Magalhaes Alves de Melo - Integrante / Genaina Nunes Rodrigues - Integrante / Daniel Batista - Integrante / Ricardo Jacobi - Integrante / Maria Emília Walter - Integrante / George Luiz Medeiros Teodoro - Integrante / Maristela Terto Holanda - Integrante / Vander Ramos Alves - Integrante / Eduardo Adilio Pelinson Alchieri - Integrante / Aletéia Patrícia Favacho de Araújo - Integrante / P. Ferreira Jr - Integrante / Luciano Volcan Agostini - Integrante / Renata Hax Sander Leiser - Integrante / Maurício Lima Pilla - Integrante / Adenauer Correa Yamin - Integrante / André Rauber du Bois - Integrante / Bruno Zatt - Integrante / Marcelo Schiavon Porto - Integrante / Rafael Iankowski Soares - Integrante / Simone André da Costa Cavalheiro - Integrante / Ana Marilza Pernas Fleischmann - Integrante / Luciana Foss - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Cooperação.
Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.
9.   2015-Atual. Nucleo de Excelencia em Otimizacao Continua (PRONEX - CNPq / FAPERJ E-26 / 210.908/2016 - APQ1)
Descrição: O objetivo central deste projeto é o estudo abrangente dos principais tópicos da Otimização Contínua, incluindo tanto os avanços teóricos quanto o desenvolvimento de novos métodos computacionais, a implementação dos mesmos através de ?software" original e a aplicação destas técnicas à solução de problemas provenientes de outras disciplinas ou do ?mundo real" (aplicações a questões de natureza tecnológica).. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Integrante / José Mario Martínez - Integrante / Maria Aparecida Diniz Ehrhardt - Integrante / Clovis Caesar Gonzaga - Integrante / Paulo Jose da Silva e Silva - Integrante / Jinyun Yuan - Integrante / Alfredo Noel Iusem - Integrante / Benar Svaiter - Integrante / Claudia Sagastizábal - Integrante / Mikhail Solodov - Coordenador / Elizabeth Karas - Integrante / João Xavier Cruz Neto - Integrante / Mauricio Drummond - Integrante / Susana Scheimberg - Integrante / Orizon Pereira Ferreira - Integrante / Maicon Marques Alves - Integrante / Luis Felipe Bueno - Integrante / Gabriel Haeser - Integrante / Sandra A. Santos - Integrante / Fernanda Maria Pereira Raupp - Integrante / Flávia Morgana de Oliveira Jacinto - Integrante / Juan Pablo Luna - Integrante / Roger Behling - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.
Membro: Ernesto Julian Goldberg Birgin.
10.   2015-Atual. The use of modern autopsy techniques to investigate human diseases
Descrição: Ao longo de toda a história, desde os primeiros estudos anatômicos conhecidos na Idade Média até o uso de modernas técnicas moleculares para o estudo de processos fisiopatológicos, a autópsia mostrou ser um processo importante e fonte de muito material para o avanço do conhecimento científico. Apesar do surgimento de um amplo conjunto de técnicas de imagem vários estudos têm demonstrado que a autópsia continua a ser crucial para a avaliação integrada do processo de doença, a avaliação de novas patologias e controle de qualidade do serviço médico. Neste projeto objetiva-se empregar novas técnicas apoiada pelos serviços computacionais tanto para controle operacional como análise de dados.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Doutorado: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Paulo Hilário Nascimento Saldiva - Coordenador / Antonio Carlos Pedroso de Lima - Integrante / Julio da Motta Singer - Integrante. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Joao Eduardo Ferreira.
11.   2015-2016. Wearable Gaze Supported Augmented Cognition
Descrição: Augmented cognition applications running on always-on platforms (AOPs) will require reliable context information. Because eye gaze is closely related to the focus of attention of the user, gaze information may be crucial in determining context and also an important interaction mode with head-up displays (HUDs). Our research target is the development of gaze-based interaction techniques to support augmented cognition applications.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) . Integrantes: Carlos Hitoshi Morimoto - Coordenador. Financiador(es): Fundação para o Desenvolvimento Tecnológico da Engenharia - Auxílio financeiro.
Membro: Carlos Hitoshi Morimoto.

2014

1.   2014-2016. A platform for the management of a distributed cluster for innovative gaming and animation companies
Descrição: Projeto de pesquisas - cooperação internacional - co-financiado por FAPESP e Edinburgh University.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Flavio Soares Correa da Silva - Coordenador.
Membro: Flavio Soares Correa da Silva.
2.   2014-Atual. Biologia Sistemica do Cancer
Descrição: Rede de pesquisa, extensão e ensino financiada pela Capes. Para maiores detalhes, ver http://neuro.ufrn.br/bsc. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Junior Barrera - Integrante / Sandro José de Souza - Coordenador / Dirce M Carraro - Integrante / José Miguel Ortega - Integrante.
Membro: Junior Barrera.
3.   2014-2015. Classification of Gender and Ethnicity using 3D Modeling and Multi-resolution Operators
Descrição: Pesquisa e desenvolvimento de metodologias para classificação de gênero e raça em vídeos de câmeras de segurança.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (2) . Integrantes: Marcel Parolin Jackowski - Integrante / Roberto Hirata Júnior - Integrante / Junior Barrera - Coordenador. Financiador(es): Hitachi - Central Research Laboratory - Cooperação.
Membro: Marcel Parolin Jackowski.
4.   2014-2016. Desenvolvimento de tecnicas estatistico-computationais para construir, modelar e analisar redes biologicas envolvidas em doencas humanas
Descrição: O entendimento dos mecanismos geradores das diversas doenças que acometem a humanidade é um dos grandes objetivos das ciências biológicas. Apesar de todos os esforços, o enorme número de fatores heterogêneos que influenciam na gênese de uma doença torna essa tarefa muito árdua. Um dos desafios para o entendimento das doenças está no desenvolvimento de metodologias computacionais para a análise estatística e manipulação de dados gerados em larga escala. Isso se deve principalmente a grande quantidade, heterogeneidade, multidimensionalidade e presença de ruído intrínseco nos dados biológicos. Neste contexto, este projeto de pesquisa tem como objetivo principal o desenvolvimento de técnicas estatístico-computacionais para inferência dos fenômenos que emergem das interações entre os diferentes componentes biológicos envolvidos numa doença. Em outras palavras, desenvolveremos métodos estatísticos formais para grafos (teste de hipóteses, seleção de modelos, estimador de parâmetros) a fim de comparar redes neurais obtidas da modelagem de dados de ressonância magnética funcional, e estrutural e integrar dados de genômica, transcriptoma e fenótipo em câncer. Isso permitirá modelar, integrar e analisar dados biológicos obtidos em diversas colaborações entre nosso grupo e laboratórios de biologia/medicina (Lab. de Regulação de RNAs e micro RNAs em Doenças (Profa. Massirer) e Lab. de Biologia Molecular (Prof. Bengtson), ambos da UNICAMP; dados de ressonância magnética dos grupos do Prof. Sato da UFABC e Dr. Takahashi da Universidade de Princeton) além também de implantar uma linha de pesquisa inédita (análise estatística formal em grafos) tanto no mundo como também no Dept. de Ciência da Computação do IME-USP. Com isso, esperamos auxiliar biomédicos a elucidar os mecanismos biológicos envolvidos em diversas doenças estudadas neste projeto (câncer, doenças cardiovasculares, diabetes e distúrbios do cérebro).. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Coordenador / Katlin Brauer Massirer - Integrante / Alexandre Galvao Patriota - Integrante / Joao Ricardo Sato - Integrante / Daniel Yasumasa Takahashi - Integrante / Mário Henrique Bengtson - Integrante. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Andre Fujita.
5.   2014-2018. Desenvolvimento e aplicacoes de ferramentas computacionais para biologia: de modelagem molecular a pesquisa translacional
Descrição: Neste projeto estamos propondo a criação de uma rede de colaborações científicas entre a USP(Capital) e UFPE que promova a interação multidisciplinar entre físicos, químicos, biólogos, farmacêuticos e cientista da computação dentro do um projeto científico que visa o desenvolvimento e aplicação de ferramentas computacionais voltadas para problemas biológicos e induzirá a formação de recursos humanos. As ferramentas computacionais que serão desenvolvidas são bastante diversificadas, cobrindo uma ampla variedade de problemas na área biológica, e atualmente fazem parte dos temas de pesquisa dos docentes envolvidos neste projeto.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Integrante / Kaline Rabelo Coutinho - Coordenador. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.
Membro: Andre Fujita.
6.   2014-2015. FRACS - paralelizacao e implementacao
Descrição: Implementação do código FRACS de forma a torná-lo mais eficiente, utilizando técnicas de processamento de alto desempenho. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) . Integrantes: Marco Dimas Gubitoso - Coordenador / Karin Silvia Franzoni Fornazier Guimarães - Integrante.
Membro: Marco Dimas Gubitoso.
7.   2014-2015. Generation of Java PathFinder Properties from Test Purposes (FAPESP: 2013/22317-6)
Descrição: This Research Internship Abroad (BEPE) project is part of the Ph.D work under the São Paulo Research Foundation (FAPESP) process: 2011/01928-1. The main objective of the Ph.D work is to help software developers in applying formal verification in practice. To do this, we propose an approach that generates the corresponding source code of the system properties that should be verified to assure the software quality. This code generation will be guided by the test purposes derived from the system specification. The main challenge of the Ph.D research is to synchronize the test purposes at implementation and specification levels in order to automate the properties code generation. To solve this problem, we have decided to make a theoretical work over this synchronization and then apply its results in practice using the Java PathFinder (JPF), a virtual machine that can be used as a model checker to verify Java programs. In this BEPE project, we will focus on the application of the theoretical results in practice: we are going to proceed to the implementation of general properties templates in JPF. These templates will be used to automate the generation of properties code that a system must satisfy to guarantee its quality. And the generated property code will be registered in JPF so that it will be able to check whether the system satisfies this property or not. To validate the implementation of those JPF general properties templates, a set of tests for each property template must be created and executed.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Ana Cristina Vieira de Melo - Coordenador / Simone Hanazumi - Integrante / Corina Pasareanu - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
Membro: Ana Cristina Vieira de Melo.
8.   2014-Atual. LEAPaD
Descrição: Cooperação para a construção de um laboratório virtual de computação distribuída. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (4) Doutorado: (11) . Integrantes: Marco Dimas Gubitoso - Integrante / Alfredo Goldman Vel Lejbman - Coordenador / Fabio Kon - Integrante / Daniel Macedo Batista - Integrante / Marco Aurélio Gerosa - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Cooperação.
Membro: Marco Dimas Gubitoso.
9.   2014-Atual. LEAPaD (Laboratorio de Estudos Avancados em Sistemas Paralelos e Distribuidos)
Descrição: O processamento paralelo e distribuído é uma realidade nos sistemas computacionais há muitos anos. Se no passado não muito distante, problemas e questões relacionadas ao processamento paralelo e distribuído surgiam em função do desenvolvimento de aplicações caracterizadas por necessitarem de uma grande quantidade de recursos computacionais, hoje surge uma nova classe de problemas em função da pluralidade de dimensões que as novas plataformas de processamento oferecem. Esta pluralidade reflete a incorporação nas plataformas de execução de diferentes tecnologias de hardware com suporte ao processamento intensivo e paralelo, incluindo não apenas os multiprocessadores e aglomerados de computadores, mas também FPGAs, GPUs, grades e nuvens computacionais. Dentre os efeitos observados, buscam-se novos modelos computacionais para solucionar as diferentes questões operacionais que se apresentam nesta nova realidade. Neste contexto, o presente projeto se insere apresentando a criação do LEAPaD, um laboratório, virtualmente distribuído entre as instituições parceiras, vocacionado em explorar questões ligadas ao gerenciamento das ações que envolvem o processamento paralelo e distribuído. O LEAPaD se institui de forma a consolidar linhas de atuação ligadas aos programas associados a este projeto, buscando explorar soluções para construções de aplicações e sistemas de gerenciamento e exploração de processamento de alto desempenho em arquiteturas paralelas e distribuídas, tais como FPGAs, ambientes multiprocessados e com GPUs, aglomerados de computadores e de grades e nuvens computacionais.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (10) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (12) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (7) . Integrantes: Daniel Macêdo Batista - Integrante / Alfredo Goldman vel Lejbman - Coordenador / Marco Aurélio Gerosa - Integrante / Marco Dimas Gubitoso - Integrante / Genaína Nunes Rodrigues - Integrante / Alba Cristina Magalhães Alves de Melo - Integrante / KON, FABIO - Integrante / Gerson Geraldo Homrich Cavalheiro - Integrante / Ricardo Jacobi - Integrante / Maria Emilia Walter - Integrante / George Luiz Medeiros Teodoro - Integrante / Maristela Terto Holanda - Integrante / Vander Ramos Alves - Integrante / Eduardo Adilio Pelinson Alchieri - Integrante / Aletéia Patrícia Favacho de Araújo - Integrante / Paulo R. Ferreira Jr - Integrante / Luciano Volcan Agostini - Integrante / Renata Hax Sander Reiser - Integrante / MaurÍcio Lima Pilla - Integrante / Adenauer Correa Yamin - Integrante / André Rauber du Bois - Integrante / Bruno Zatt - Integrante / Marcelo Schiavon Porto - Integrante / Rafael Iankowski Soares - Integrante / Simone André da Costa Cavalheiro - Integrante / Ana Marilza Pernas Fleischmann - Integrante / Luciana Foss - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.
Membro: Daniel Macedo Batista.
10.   2014-2016. Novas direcoes para minimizacao com restricoes lineares (Chamada CNPq No. 17/2013 - Cooperacao Internacional - Acordos Bilaterais, Belgica, Processo: 490326/2013-7)
Descrição: Neste projeto procura-se desenvolver um software para minimizar funções sujeitas a restrições lineares de igualdade e desigualdade. O número de variáveis e o número de restrições serão grandes e, em geral, a matriz A que dene as restrições será esparsa. Serão avaliadas (1) uma abordagem de pontos interiores com métodos regiões de confiança de grande porte para globalização e (2) uma abordagem com regularização cúbica. Pretendemos ainda analisar a aplicabilidade destes métodos ao problema MPCC. O projeto aponta para a elaboração de um software em condições de representar o estado-da-arte nesta área.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Coordenador / José Mario Martínez - Integrante / Sandra Augusta Santos - Integrante / Lobato, Rafael D. - Integrante / Phillipe Rodrigues Sampaio - Integrante / John Lenon Gardenghi - Integrante / Philippe L. Toint - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Ernesto Julian Goldberg Birgin.
11.   2014-2018. Proj. CNPq/Edital Universal 2014 - Estudos Teoricos e Praticos de Problemas e Tecnicas de Otimizacao
Descrição: O principal objetivo do projeto é a aplicação de técnicas de otimização a diversos problemas, teóricos e práticos, com destaque ao uso de ferramentas de programação semidefinida, programação mista, combinatória poliédrica e algoritmos de aproximação. Nossas investigações contribuirão para avançar o estado-da-arte em otimização combinatória e em áresa correlatas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (4) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (8) . Integrantes: Yoshiko Wakabayashi - Coordenador / Jose Coelho de Pina Jr. - Integrante / Fernandes, Cristina G. - Integrante / Ferreira, Carlos E. - Integrante / Lima, Karla Roberta - Integrante / Fernando Mário de Oliveira Filho - Integrante / Alexandre da Silva Freire - Integrante / Mario Leston-Rey - Integrante / Marcel Kenji de Carli Silva - Integrante / Alvaro Junio Pereira Franco - Integrante / César Israel Henandez-Veles - Integrante / Andrea Jimenez - Integrante.
Membro: Yoshiko Wakabayashi.
Descrição: (Proj. CNPq/Edital Universal 2014) O principal objetivo do projeto é a aplicação de técnicas de otimização a diversos problemas, teóricos e práticos, com destaque ao uso de ferramentas de programação semidefinida, programação mista, combinatória poliédrica e algoritmos de aproximação. Nossas investigações contribuirão para avançar o estado-da-arte em otimização combinatória e em áresa correlatas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Cristina Gomes Fernandes - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Integrante / Yoshiko Wakabayashi - Coordenador / Marcel K. de Carli Silva - Integrante / José Coelho de Pina - Integrante / Fernando Mario de Oliveira Filho - Integrante / Alexandre da Silva Freire - Integrante.
Membro: Cristina Gomes Fernandes.
Descrição: O principal objetivo do projeto é a aplicação de técnicas de otimização a diversos problemas, teóricos e práticos, com destaque ao uso de ferramentas de programação semidefinida, programação mista, combinatória poliédrica e algoritmos de aproximação. Nossas investigações contribuirão para avançar o estado-da-arte em otimização combinatória e em áreas correlatas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (4) Doutorado: (7) . Integrantes: Carlos Eduardo Ferreira - Integrante / Yoshiko Wakabayashi - Coordenador / Cristina Gomes Fernandes - Integrante / José Coelho de Pina Jr - Integrante / Fernando Mario de Oliveira Filho - Integrante / Alexandre da Silva Freire - Integrante / Alvaro Junio Pereira Franco - Integrante / Andrea P.J. Ramirez - Integrante / Marcel Kenji de Carli Silva - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Carlos Eduardo Ferreira.
12.   2014-2018. Rede de cooperacao academica para o estudo e desenvolvimento de ferramentas para a genomica estrutural e funcional
Descrição: Fortalecer e ampliar o intercâmbio acadêmico entre os programas inter-unidades de Pós-Graduação em Bioinformática da UFMG (CAPES 6) e da USP (5), o de Biotecnologia da UFPA (CAPES 5) e o de Bioinformática da UFPR (CAPES 3) com a criação de uma rede voltada a aumentar a formação de recursos humanos em Biologia Computacional, em resposta à presente chamada.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Integrante / Vasco Ariston de Carvalho Azevedo - Coordenador. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.
Membro: Andre Fujita.
Descrição: Descrição: Fortalecer e ampliar o intercâmbio acadêmico entre os programas inter-unidades de Pós-Graduação em Bioinformática da UFMG (CAPES 6) e da USP (5), o de Biotecnologia da UFPA (CAPES 5) e o de Bioinformática da UFPR (CAPES 3) com a criação de uma rede voltada a aumentar a formação de recursos humanos em Biologia Computacional, em resposta à presente chamada... Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (2) . Integrantes: Alan Mitchell Durham - Coordenador / Arthur Gruber - Integrante / André Fujita - Integrante / Robson Francisco de Souza - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.
Membro: Alan Mitchell Durham.
13.   2014-2017. Redes Genicas Modeladas como Redes Booleanas Sensiveis a Contexto
Descrição: As reações químicas que resultam na expressão de genes no nível molecular são complexas e ainda não são totalmente compreendidas. Um aspecto importante deste fenômeno é a interação entre os genes. Sabe-se que os genes enviam, recebem e processam informações formando uma complexa rede de comunicação, mas a arquitetura e dinâmica destas redes não são completamente conhecidas, mesmo para os organismos mais simples. Em particular, em redes de regulação gênica, é muito plausível assumir a existência de genes mestres que tenham um amplo poder de regulação sobre outros genes escravos. Neste sentido, uma pequena mudança na expressão destes genes pode levar a uma mudança significativa no comportamento da célula. Dessa forma, os genes mestres podem servir como potenciais alvos terapêuticos. Um outro conceito similar, mas ao mesmo tempo diferente, é o de genes canalizadores. Estes genes têm o poder de restringir, ou canalizar, um sistema a certos estados biológicos. Em especial, estamos interessados em genes canalizadores que em condições normais do sistema não controlam seus escravos, mas que em determinadas situações cruciais do sistema, têm um amplo poder de regulação sobre outros genes de forma que sua ação varre uma larga faixa de processos biológicos. Este tipo de canalização é necessário em muitos sistemas biológicos complexos como uma proteção de efeitos de alterações aleatórias. Feitas estas considerações, este projeto de pesquisa visa estudar os seguintes problemas: (i) inferência de redes Booleanas sensíveis a contexto que seja estáveis a partir de dados biológicos; (ii) busca de genes que sejam impactantes na estabilidade de redes; (iii) modelagem do ciclo celular da levedura usando redes Booleanas sensíveis a contexto; (iv) modelagem de genes mestres em redes Booleanas sensíveis a contexto; (v) modelagem de genes canalizadores em redes Booleanas sensíveis a contexto. A identificação e modelagem de genes mestres e canalizadores, bem como a forma eles atuam e quais genes são por eles controlados, além de inferir redes estáveis, podem ter como consequência um grande impacto na área de saúde pública, tanto no diagnóstico como no tratamento de doenças (como o câncer, por exemplo) que afetam milhares de pessoas. Acreditamos que esta pesquisa é um passo para esta direção.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Ulisses Braga-Neto - Integrante / Carlos Henrique Aguena Higa - Integrante / David C Martins - Integrante / Evaldo A. de Oliveira - Integrante / Fabrício Martins Lopes - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1 / Número de orientações: 2
Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
14.   2014-Atual. Redes Regulatorias e seinlaizcao associadas a cana energia
Descrição: uito já se conhece sobre a biologia e manejo da cana-de-açúcar, porém ainda existem lacunas no conhecimento bioquímico e genético dessa planta que se exploradas podem indicar o caminho para o melhor manejo da cultura, aumento do seu potencial industrial e diminuição do impacto ambiental do seu cultivo. Devido à complexidade do sistema e dos inúmeros fatores que interagem para a definição das características de interesse agronômico (genes, seus produtos, suas interações no organismo e com o ambiente), um conhecimento robusto do metabolismo de açúcares necessita de abordagens experimentais múltiplas em combinação com análises computacionais de grandes volumes de dados. Nós pretendemos acrescentar conhecimento ao sistema cana-de-açúcar usando abordagens de análise da fisiologia, de análise de elementos regulatórios, do transcriptoma e do metaboloma em variedades comerciais e em cruzamentos com espécies ancestrais em plantios que se assemelham ao realizado nas indústrias sucroalcooleiras e também em experimentos em casa de vegetação. O estudo das redes regulatórias de cana-de-açúcar será feito com auxílio da técnica de Chip-Seq e de RNAseq com as quais poderemos identificar possíveis regiões regulatórias e promotoras no genoma referência de cana-de-açúcar sequenciado e parcialmente montado pelo grupo e colaboradores. Através da utilização de abordagens da Biologia de Sistemas e biologia sintética, iremos definir os principais alvos ou redes de genes para o melhoramento da cana-de-açúcar com o aumento de sua produtividade, alteração do conteúdo de sacarose, fibra e lignina e assim desenvolver a Cana-Energia. O grande volume de dados gerado será armazenado no banco de dados SUCEST-FUN (http://sucest-fun.org) onde é possível avaliar e interrogar os dados com foco em diferentes aspectos.. S.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Glaucia Mendes Souza - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Alan Mitchell Durham.
15.   2014-Atual. Retrovirus Epidemiology Donor Study - REDS III
Descrição: Descrição: Há 15 anos os National Institute of Health nos Estados Unidos financia um grupo de seis bancos de sangue nos EUA denominado REDS (Retrovirus Epidemiology Donor Study) que desenvolvem pesquisas relacionadas à segurança transfusional. Em 2005, uma concorrência para que outros países submetessem projetos de pesquisa para fazerem parte desta rede. Com base no mérito do trabalho, foram escolhidos o Brasil e a China para participarem desta nova etapa, que se chama REDS Internacional O projeto terá duração de 4 anos e serão aplicados cerca de US 3 milhões na proposta brasileira. Três hemocentro brasileiros (Fundação Pró-Sangue/ Hemocentro de São Paulo, Hemominas, e HEMOPE) submeteram um proposta juntamente com o Blood Systems Research Institute (BSRI) em São Francisco. Este projeto também terá a participação do Departamento de Ciência da Computação do IME/USP e do Depto. de Medicina Preventiva e Social da UFMG. O projeto será liderado pela Dra Ester C Sabino da Fundação Pró-Sangue e terá a participação dos seguintes pesquisadores do Brasil: Anna Barbara F. Carneiro-Proietti- Fundação Hemominas Divaldo Sampaio - HEMOPE Thelma Gonzalez - Fundação Pró-Sangue Hemocentro de São Paulo Fernando A Proietti - Depto. de Medicina Preventiva e Social da Universidade Federal de Minas Gerais João Eduardo Ferreira - Departamento de Ciência da Computação do Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo. O principal objetivo do estudo é obter informações que possam reverter na melhoria da segurança transfusional. O projeto prevê o desenvolvimento de um banco de dados que auxilie os hemocentros a analisar os dados guardados por seu sistema operacional. Serão desenvolvidos 3 projetos de pesquisa: a) Risco residual de transmissão de HIV b) Estudo epidemiológico epidemiológico relacionado à validade das perguntas usadas na triagem de doadores. c) Historia Natural da doença de Chagas, com História natural da doença de Chagas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador / Pedro Paulo de Souza Bento da Silva - Integrante / Pedro L. Takecian - Integrante. Financiador(es): National Institure of Health- USA - Cooperação.
Membro: Joao Eduardo Ferreira.
16.   2014-Atual. Revisao de modelos
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Renata Wassermann - Coordenador / Paulo de Tarso Guerra Oliveira - Integrante / Aline Andrade - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Renata Wassermann.

2013

1.   2013-2016. ALOCNUVEM - Alocacao e Posicionamento de Recursos em Nuvens Computacionais
Descrição: No paradigma de Computação em Nuvens, recursos computacionais são alocados aos usuários sob demanda, segundo um modelo de pagamento pelo uso (pay-per-use). Esses recursos são disponibilizados na forma de serviços, sendo possível contratá-los e cancelá-los dinamicamente. Sistemas computacionais criados com recursos de nuvens são compostos por componentes virtuais alocados sob demanda para processarem e armazenarem dados de aplicações específicas. Tais aplicações possuem requisitos de Qualidade de Serviço distintos e usuários são, de forma geral, sujeitos à restrições financeiras. Assim sendo, uma questão fundamental em computação em nuvens é: quais recursos alocar para satisfazer demandas específicas. Obviamente, a alocação deve atender critérios de eficiência tais como: computacional, de transporte de dados, de consumo de energia e financeira. Por outro lado e intimamente relacionado ao problema de alocação, existe outra questão fundamental: onde posicionar recursos na nuvem de tal forma que estes estejam disponíveis para atender as demandas dos usuários. A presente proposta de pesquisa visa responder, parcialmente, essas duas questões fundamentais para diferentes aplicações e configurações de nuvens. Pretende-se estudar problemas de: escalonamento de workflows científicos e de múltiplos workflows simultaneamente, escalonamento de workflows que demandam grande quantidade de armazenamento, escalonamento sujeito a incertezas sobre informações, balanceamento de carga multi-critério e ciente do consumo de energia e acesso de dispositivos móveis às nuvens. O presente projeto vai diretamente ao encontro dos desafios no. 2 ``Gestão da Informação em grandes volumes de dados multimídia distribuídos'' e no. 6 ``Desenvolvimento tecnológico de qualidade: sistemas disponíveis, corretos, seguros, escaláveis, persistentes e ubíquos'', propostos no documento ``Grandes Desafios para a Computação no Brasil: 2006--2016''.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Daniel Macêdo Batista - Integrante / Nelson Luis Saldanha da Fonseca - Coordenador / Edmundo Roberto Mauro Madeira - Integrante / Luiz Fernando Bittencourt - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Daniel Macedo Batista.
2.   2013-Atual. Aprendizagem de operadores de imagens - Aplicacoes em deteccao de objetos e segmentacao de imagens
Descrição: Dado o volume crescente de imagens geradas atualmente, a importância de métodos de processamento e análise que possam ser facilmente adaptados para diferentes t ipos de imagens está cada vez mais evidente. Dentre tarefas comuns em processame nto de imagens destacam-se a segmentação e a detecção de objetos de interesse. De um lado, os operadores morfológicos são ferramentas poderosas que podem ser utilizados na solução dessas tarefas. De outro lado, aprendizagem computacional é uma abordagem que permite a adaptação de métodos de processamento de um contexto para outro. A aliança desses dois vem gerando técnicas de aprendizagem de opera dores morfológicos a partir de imagens de treinamento. No entanto, os resultados satisfatórios ainda estão restritos ao contexto de processamento de imagens binárias. Este projeto de pesquisa visa avanços no estado-da-arte em aprendizagem d e operadores morfológicos para imagens níveis de cinza, e especialmente voltados para os problemas de detecção de objetos e segmentação de imagens. Uma das cont ribuições esperadas desta proposta é a solução de problemas reais de detecção e segmentação de objetos em imagens de diferentes áreas tais como Astronomia, Oceanografia e Biologia, em colaborações multidisciplinares mantidas pelos membros da equipe.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Carlos da Silva dos Santos - Integrante / Hirata, Nina S.T. - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Roberto Hirata Junior.
Descrição: Dado o volume crescente de imagens geradas atualmente, a importância de métodos de processamento e análise que possam ser facilmente adaptados para diferentes t ipos de imagens está cada vez mais evidente. Dentre tarefas comuns em processame nto de imagens destacam-se a segmentação e a detecção de objetos de interesse. D e um lado, os operadores morfológicos são ferramentas poderosas que podem ser ut ilizados na solução dessas tarefas. De outro lado, aprendizagem computacional é uma abordagem que permite a adaptação de métodos de processamento de um contexto para outro. A aliança desses dois vem gerando técnicas de aprendizagem de opera dores morfológicos a partir de imagens de treinamento. No entanto, os resultados satisfatórios ainda estão restritos ao contexto de processamento de imagens bin árias. Este projeto de pesquisa visa avanços no estado-da-arte em aprendizagem d e operadores morfológicos para imagens níveis de cinza, e especialmente voltados para os problemas de detecção de objetos e segmentação de imagens. Uma das cont ribuições esperadas desta proposta é a solução de problemas reais de detecção e segmentação de objetos em imagens de diferentes áreas tais como Astronomia, Ocea nografia e Biologia, em colaborações multidisciplinares mantidas pelos membros d a equipe.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador / Roberto Hirata Jr. - Integrante / Carlos da Silva dos Santos - Integrante. Financiador(es): (CNPq) Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata.
3.   2013-2016. Aquisicao, gerenciamento, aprimoramento, analise e visualizacao de imagens de tomografia biomagnetica.
Descrição: Esse projeto faz parte de um projeto maior chamado: quot;Implantação de Infraestrutura em Engenharia Biomédica na Unifesp para Desenvolvimento de Inovação Tecnológica na Saúde: Tomografia Biomagnéticaquot;.#10;Valor total: até R$ 2.462.525,00, sendo: R$ 2.347.325,00 destinados ao Acordante por meio de aporte direto, R$ 115.200,00 destinados a Bolsas de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, a serem transferidos pelo Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq; Fonte: Saúde.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Paulo André Vechiatto de Miranda - Integrante / IDE, JAIME S. - Integrante / CAPPABIANCO, FABIO A. M. - Integrante / Carlos Marcelo Gurjão de Godoy - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Previdência Complementar - Auxílio financeiro.
Membro: Paulo Andre Vechiatto de Miranda.
4.   2013-Atual. Busca inteligente em laudos e imagens de ultrassonografia
Descrição: Este projeto tem como objetivo a pesquisa e desenvolvimento de uma ferramenta de software capaz de realizar pesquisas em laudos e imagens de exames de ultrassonografia feitos através do Sistema Único de Saúde (SUS). Este projeto será realizado em parceria com o Instituto de Pesquisa e Ensino em Medicina Diagnóstica e Terapêutica (IPmed), que disponibilizará a base de dados. O desenvolvimento desta ferramenta possibilitará a extração de informações sobre a situação da saúde dessa parcela da população que utiliza os serviços do SUS.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Marcel Parolin Jackowski - Coordenador / LÚCIO VALENTIN - Integrante. Financiador(es): IPMED - Auxílio financeiro.
Membro: Marcel Parolin Jackowski.
5.   2013-Atual. CeMEAI - Centro de Ciencias Matematica Aplicadas a Industria (CEPID FAPESP: 2013/07375-0)
Descrição: O foco desta proposta é a transferência de conhecimento matemático para outras áreas da ciência, tecnologia e indústria, por meio de um centro de pesquisa estruturado para esse fim. Todo o conhecimento matemático é, em última análise, aplicável. se não diretamente, por meio de outros conhecimentos. Em algumas áreas da matemática a aplicação é quase ime( Entretanto, a colocação em prática de tal aplicabilidade se encontra muitas vezes travada por tradições incorretas, academicismo mal direcionado e dificuldades operacionais. Nos últimos anos, o crescimento da ciência no Brasil, e da matemática em particular, foi notável. Entretanto, a aplicação tecnológica, muitas vezes medida pelas patentes registradas, não teve o mesmo sucesso. Para fechar essa lacuna é necessário a criação de estruturas institucionais que estabeleçam as pontes entre as ciências matemáticas e aplicações como um objetivo em si mesmo. Não se trata apenas de orientar os trabalhos teóricos a áreas "potencialmente aplicáveis", mas de avançar nas aplicações até as últimas consequências, isto é, sua efetiva implementação na indústria, em sentido amplo. Não é mais possível descansar na posição de que a aplicação é problema de outros. É, de fato, problema de todos e reflete o necessário comprometimento da ciência aplicada e pura com o progresso material e espiritual da sociedade. A estratégia do presente projeto envolve, em primeiro lugar, a aglutinação de grupos destacados nas áreas mais aplicáveis da matemática no Estado visando seu direcionamento para aplicações efetivas. Os grupos selecionados têm demonstrado sua excelência na atividade científica convencional, em primeiro lugar, e em muitos casos, em aplicações relevantes. No CEPID proposto os grupos participantes continuarão com sua atividade científica habitual, e, ao mesmo tempo, desenvolverão "Ações de Transferência" de acordo com o roteiro: 1) Teses de mestrado e doutorado necessariamente vinculadas com aplicações em sentido amplo, com co-orientação explícita de especialistas nesses setores. 2) Realização de pelo menos um Workshop anual de Transferência, onde participarão os membros do CEPID e representantes de indústrias, administração, serviços, setores educativo e tecnológico. 3) Visitas periódicas de membros do CEPID a instituições com potencial para aplicações relevantes. 4) Elaboração de uma publicação interna chamada em princípio "Transference experiences" visando a consolidação de uma publicação mais permanente.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Coordenador / José Mario Martínez - Integrante / Débora Pretti Ronconi - Integrante / Marcos Nereu Arenales - Integrante / Julio Stern - Integrante / Luis Gustavo Nonato - Integrante / Roberto Andreani - Integrante / Geraldo Nunes Silva - Integrante / Paulo Jose da Silva e Silva - Integrante / Reinaldo Morabito - Integrante / Ana Friedlander - Integrante / Francisco A. M. Gomes - Integrante / Sandra Augusta Santos - Integrante / Socorro Rangel - Integrante / Silvio Alexandre de Araujo - Integrante / Vitória Pureza - Integrante / Franklina M. B. Toledo - Integrante / Maristela O. Santos - Integrante / Adolfo Gomes Marto - Integrante / Alexandre Cláudio Botazzo Delbem - Integrante / Ana Cristina Avelar - Integrante / Andre Carlos Ponce de Leon Ferreira de Carvalho - Integrante / Antonio Castelo Filho - Integrante / Bruno Feres de Souza - Integrante / Carlos Alberto Ribeiro Diniz - Integrante / Cassio Machiaveli Oishi - Integrante / Claudio Fabiano Motta Toledo - Integrante / Edilaine Martins Soler - Integrante / Edson dos Santos Moreira - Integrante / Eduardo Marques - Integrante / Eduardo Raul Hruschka - Integrante / Ellen Francine Barbosa - Integrante / Estevam Rafael Hruschka Junior - Integrante / Francisco Aparecido Rodrigues - Integrante / Francisco Louzada Neto - Integrante / Gustavo Carlos Buscaglia - Integrante / Gustavo Enrique de Almeida Prado Alves Batista - Integrante / Joao Luiz Filgueiras de Azevedo - Integrante / Jorge Luis Bazan Guzman - Integrante / José Alberto Cuminato - Integrante / José Carlos Maldonado - Integrante / Leandro Franco de Souza - Integrante / Marcio Merino Fernandes - Integrante / Maria Carolina Monard - Integrante / Mariana Cúri - Integrante / Marinho Gomes de Andrade Filho - Integrante / Murilo Francisco Tome - Integrante / Mário de Castro Andrade Filho - Integrante / Nikolai Valtchev Kolev - Integrante / Onofre Trindade Junior - Integrante / Pablo Martin Rodriguez - Integrante / Paulo Afonso Faria da Veiga - Integrante / Paulo Morelato França - Integrante / Pedro Jose de Oliveira Neto - Integrante / Ricardo José Gabrielli Barreto Campello - Integrante / Roberto Gil Annes da Silva - Integrante / Rodrigo Fernandes de Mello - Integrante / Ronaldo Dias - Integrante / Roseli Aparecida Francelin Romero - Integrante / Seiji Isotani - Integrante / Thiago Alexandre Salgueiro Pardo - Integrante / Vanderlei Bonato - Integrante / Vera Lucia Damasceno Tomazella - Integrante / Vicente Garibay Cancho - Integrante / Victor Hugo Lachos Davila - Integrante / Vitoriano Ruas de Barros Santos - Integrante / William Roberto Wolf - Integrante / Yvonne Primerano Mascarenhas - Integrante / Zhao Liang - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Ernesto Julian Goldberg Birgin.
6.   2013-2014. Centro de Pesquisa, Inovacao e Difusao em Neuromatematica (NEUROMAT)
Descrição: O Centro de Pesquisa, Inovação e Difusão em Neuromatemática terá como objetivo integrar a modelagem matemática com a pesquisa básica e aplicada à neurociência que, cada vez mais, requer ferramentas matemáticas para analisar a enorme massa de dados gerados por recursos experimentais. Matemática é a ponte que pode integrar observações e explicações. Na área de transferência de tecnologia e inovação, o Centro vai se concentrar em produtos demandados por programas de saúde pública em neurorreabilitação, incluindo a concepção e análise de banco de dados padronizado e o desenvolvimento de ferramentas de apoio ao diagnóstico clínico, à decisão e ao acompanhamento.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcelo Gomes de Queiroz - Integrante / Fábio Kon - Integrante / Jefferson Antonio Galves - Coordenador / Adriano Bretanha Lopes Tort - Integrante / Ana Carolina Quirino Simoes - Integrante / Anatoli Iambartsev - Integrante / André Frazão Helene - Integrante / Angela Sirigu - Integrante / Annie Suzanne Charot Viala - Integrante / Antonio Carlos Roque da Silva Filho - Integrante / Arnaldo Mandel - Integrante / Claudia Domingues Vargas - Integrante / Daniel Edmundo Fraiman Borrazás - Integrante / Daniel Yasumasa Takahashi - Integrante / Diego Laplagne - Integrante / Doris Satie Maruyama Fontes - Integrante / Ernst Wolfgang Hamburger - Integrante / Felipe Fregni - Integrante / Florencia Graciela Leonardi - Integrante / Gilberto Fernando Xavier - Integrante / Guillermo Cecchi - Integrante / Jesus Enrique Garcia - Integrante / Jorge Stolfi - Integrante / Koichi Sameshima - Integrante / Laura Leticia Ramos Rifo - Integrante / Linamara Rizzo Battistella - Integrante / Luiz Renato Gonçalves Fontes - Integrante / Marcello Magnasco - Integrante / Marcos Romualdo Costa - Integrante / Mariano Sigman - Integrante / Miguel Natalio Abadi - Integrante / Nancy Lopes Garcia - Integrante / Pablo Augusto Ferrari - Integrante / Paul Balister - Integrante / Roberto Imbuzeiro Moraes Felinto de Oliveira - Integrante / Sergio Neuenschwander - Integrante / Sidarta Tollendal Gomes Ribeiro - Integrante / Veronica Andrea Gonzalez-Lopez - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Outra.
Membro: Marcelo Gomes de Queiroz.
Descrição: O projeto trata da criação de um centro de matemática, integrando modelagem matemática com pesquisa básica e aplicada na fronteira da neurociência. Importante motivação para a criação do centro é a grande quantidade de dados que os laboratórios de pesquisas são capazes de gerar atualmente e cuja análise depende de novos modelos matemáticos. Também, o desenvolvimento de linguagem e estruturas matemáticas adequadas é essencial para desenvolver teorias explicando os fatos experimentais e sugerindo predições que possam ser testadas. O projeto visa construir um centro de pesquisa avançada em neurociência teórica, reunindo uma equipe de ponta composta de matemáticos, cientistas da computação, neurocientistas e clínicos especialistas em reabilitação. Mais detalhes em: http://neuromat.numec.prp.usp.br/. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Kelly Rosa Braghetto - Integrante / Jefferson Antônio Galves - Coordenador.
Membro: Kelly Rosa Braghetto.
7.   2013-Atual. CeTICS - Centro de Toxinas, Imuno-Resposta e Sinalizacao Celulkar
Descrição: No Instituto Butantan toxinologia e regulação da resposta imune são, tradicionalmente, áreas conexas de pesquisa científica e desenvolvimento biotecnológico, através das quais o Instituto, historicamente, construiu sua reputação internacional de excelência. Na cultura do Instituto, venenos são misturas complexas de toxinas, selecionadas ao longo da evolução para sinergicamente exercerem efeitos biológicos sistêmicos, através de mecanismos bioquímicos, moleculares e celulares altamente específicos. Portanto, a análise química de venenos tem boas chances de levar à descoberta de novas moléculas de toxinas com potencial terapêutico. Essas premissas foram seguidas com sucesso por pesquisadores do Centro de Toxinologia Aplicada (CAT CEPID-FAPESP), projeto iniciado há 10 anos, que isolaram, caracterizaram quimicamente e patentearam diversas toxinas de natureza proteica, que se tornaram pontos de partida para desenvolvimento de inovação farmacêutica em parceria com indústrias locais. A ênfase em proteínas e peptídeos levou o CAT CEPID a instalar laboratórios no estado da arte para transcriptômica, proteômica, biologia molecular do DNA recombinante e síntese de peptídeos. Mais recentemente, estudos dos mecanismos de ação, bioquímicas, moleculares e celulares, dessas promissoras moléculas foram iniciados com o objetivo de estabelecer provas de conceito. Assim, o CAT estabeleceu, no Instituto Butantan, as condições iniciais para a criação de um centro de toxinas e resposta imune fundamentado nas abordagens atuais da biologia sistêmica. Por conseguinte, 10 pesquisadores, entre os mais competitivos do Instituto Butantan, propõem a criação do novo Centro de Toxinas, Resposta-imune e Sinalização Celular, com aspirações a centro de excelência de classe mundial, aproveitando a histórica reputação internacional do Butantan e o sucesso recente do CAT CEPID. O Plano de pesquisa do Centro Integra subprojetos voltados para a pesquisa científica com subprojetos de vocação para a inovação tecnológica. Um grande grupo de cientistas seniores do Instituto Butantan, de outras instituições brasileiras e de renomadas instituições estrangeiras serão colaboradores do Centro proposto. (AU). Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) . Integrantes: Junior Barrera - Integrante / Hugo Aguirre Armelin - Coordenador.
Membro: Junior Barrera.
8.   2013-2015. Ciencia experimental de interacoes
Descrição: Projeto de pesquisas - auxílio regular - com apoio financeiro da FAPESP.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Flavio Soares Correa da Silva - Coordenador.
Membro: Flavio Soares Correa da Silva.
9.   2013-2020. Empreendedorismo em Computacao e o Ecossistema de Startups de Software
Descrição: No projeto de pesquisa aqui proposto, utilizaremos métodos de pesquisa qualitativa com o intuito de entender melhor as características comuns das startups de software de sucesso e qual tipo de ambiente sociotécnico leva à inovação tecnológica de alto nível em computação. Com isso, pretendemos ampliar o conhecimento geral da área e contribuir para o sucesso de startups no Brasil e para políticas públicas de apoio à inovação.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Fabio Kon - Coordenador / Alfredo Goldman - Integrante / Claudia Oliveira de Melo - Integrante / Celio Santana - Integrante / Cleidson de Souza - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Fabio Kon.
10.   2013-Atual. Empreendedorismo em Computacao e o Ecossistema de Startups de Software
Descrição: Pesquisa qualitativa do ecossistema de startups de software em Israel, nos EUA e no Brasil de forma a elaborar um mapa temático genérico da área. A partir daí serão identificadas melhores práticas e oportunidades de melhoria no ambiente nos três contextos estudados bem como codificadas um conjunto de diretrizes para o processo de criação de empresas startups de software.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Fabio Kon - Coordenador / Claudia Oliveira de Melo - Integrante / Daniel Cukier - Integrante / Orit Hazzan - Integrante. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
Membro: Fabio Kon.
11.   2013-2017. Estruturas Combinatorias, Otimizacao e Algoritmos em Teoria da Computacao (Tematico da FAPESP: 2013/03447-6)
Descrição: A área de Ciência da Computação experimenta hoje um crescimento vertiginoso. Novidades tecnológicas surgem e tornam-se obsoletas em um ou dois anos de existência. Novas abordagens surgem com enorme rapidez. Tal desenvolvimento se dá por necessidades criadas em outras áreas do conhecimento de novas técnicas para resolver problemas cada vez mais complexos. Hoje em dia é impossível imaginar um pesquisador de qualquer área do conhecimento que possa desenvolver suas atividades sem o apoio de métodos, técnicas ou tecnologia desenvolvida por pesquisadores de Ciência da Computação. É evidente que os mais bem sucedidos avanços tecnológicos em Ciência da Computação estão fundamentados em resultados teóricos. Áreas como mineração de dados e reconhecimento de padrões, para citar apenas duas, têm seus métodos fortemente baseados em técnicas desenvolvidas em Teoria da Computação. Nosso objetivo neste projeto é o estudo de estruturas combinatórias e diversas formas de abordar problemas relacionados com tais estruturas: métodos algébricos, geométricos, probabilísticos, combinatórios, etc. Uma melhor compreensão destes objetos pode resultar em novas estratégias e algoritmos mais eficientes para resolver problemas a eles relacionados. A equipe proponente tem pesquisadores com grande experiência que cobrem uma ampla gama de subáreas de Teoria da Computação, permitindo uma maior sinergia para a solução dos problemas abordados. As principais contribuições esperadas neste projeto são a publicação de artigos científicos em conferências e periódicos bem estabelecidos, com alta circulação e de seletiva política editorial. Desejamos também intensificar o intercâmbio internacional do grupo e a formação de alunos nos vários níveis (de iniciação científica a pós-doutorandos). Pretendemos ainda, durante a execução do projeto, realizar uma Escola Avançada de Ciências na área de Teoria da Computação.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Integrante / Débora Pretti Ronconi - Integrante / José Coelho de Pina - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador / Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Cristina G. Fernandes - Integrante / Fernando Mario de Oliveira Filho - Integrante / Gordana Manic - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Integrante / Daniel Morgato Martin - Integrante / Hiep Han - Integrante / Karla Roberta Lima - Integrante / Alexandre da Silva Freire - Integrante / ANDREA PATRICIA JIMENEZ RAMIREZ - Integrante / André Fujita - Integrante / Carlos Henrique Cardonha - Integrante / Carlos Hoppen - Integrante / Fabricio Siqueira Benevides - Integrante / Neal Owen Bushaw - Integrante / Rudini Menezes Sampaio - Integrante / Sang June Lee - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Ernesto Julian Goldberg Birgin.
Descrição: Temático FAPESP. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Cristina Gomes Fernandes - Integrante / Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Integrante / Ferreira, Carlos E. - Coordenador / Débora P. Ronconi - Integrante / Daniel M. Martin - Integrante / Gordana Manic - Integrante / José Coelho de Pina - Integrante / Ernesto Birgin - Integrante / Fernando Mario de Oliveira Filho - Integrante / André Fujita - Integrante / Alexandre da Silva Freire - Integrante / Carlos Hoppen - Integrante.
Membro: Cristina Gomes Fernandes.
Descrição: A área de Ciência da Computa ção experimenta hoje um crescimento vertiginoso. Novidades tecnol ógicas surgem e tornam-se obsoletas em um ou dois anos de existência. Novas abordagens surgem com enorme rapidez. Tal desenvolvimento se d á por necessidades criadas em outras áreas do conhecimento de novas t écnicas para resolver problemas cada vez mais complexos. Hoje em dia é imposs ível imaginar um pesquisador de qualquer área do conhecimento que possa desenvolver suas atividades sem o apoio de m étodos, t écnicas ou tecnologia desenvolvida por pesquisadores de Ciência da Computa ção. É evidente que os mais bem sucedidos avan ços tecnol ógicos em Ciência da Computação estão fundamentados em resultados te óricos. Áreas como minera ção de dados e reconhecimento de padrões, para citar apenas duas, têm seus m étodos fortemente baseados em t écnicas desenvolvidas em Teoria da Computa ção. Nosso objetivo neste projeto é o estudo de estruturas combinat órias e diversas formas de abordar problemas relacionados com tais estruturas: m étodos alg ébricos, geom étricos, probabil ísticos, combinat órios, etc. Uma melhor compreensão destes objetos pode resultar em novas estrat égias e algoritmos mais efi cientes para resolver problemas a eles relacionados. A equipe proponente tem pesquisadores com grande experiência que cobrem uma ampla gama de sub áreas de Teoria da Computa ção, permitindo uma maior sinergia para a solu ção dos problemas abordados. As principais contribui ções esperadas neste projeto são a publica ção de artigos cient íficos em conferências e peri ódicos bem estabelecidos, com alta circula ção e de seletiva pol tica editorial. Desejamos tamb em intensi ficar o intercâmbio internacional do grupo e a forma ção de alunos nos v ários ní veis (de inicia ção científi ca a p ós-doutorandos). Pretendemos ainda, durante a execu ção do projeto, realizar uma Escola Avan cada de Ciências na área de Teoria da Computa ção.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (10) / Doutorado: (10) . Integrantes: Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador / Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Cristina Gomes Fernandes - Integrante / José Coelho de Pina Jr - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Integrante / Fernando Mario de Oliveira Filho - Integrante / André Fujita - Integrante / Ernesto G. Birgin - Integrante / Alexandre da Silva Freire - Integrante / Débora Pretti Ronconi - Integrante / Gordana Manic - Integrante / Daniel Morgato Martin - Integrante / Andrea P.J. Ramirez - Integrante / Hiep Han - Integrante / Karla Roberta Lima - Integrante / Carlos Henrique Cardonha - Integrante / Carlos Hoppen - Integrante / Fabricio Siqueira Benevides - Integrante / Neal Owen Bushaw - Integrante / Rudini Sampaio Menezes - Integrante / Sang June Lee - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Carlos Eduardo Ferreira.
Descrição: A área de Ciência da Computação experimenta hoje um crescimento vertiginoso. Novidades tecnológicas surgem e tornam-se obsoletas em um ou dois anos de existência. Novas abordagens surgem com enorme rapidez. Tal desenvolvimento se dá por necessidades criadas em outras áreas do conhecimento de novas técnicas para resolver problemas cada vez mais complexos. Hoje em dia é impossível imaginar um pesquisador de qualquer área do conhecimento que possa desenvolver suas atividades sem o apoio de métodos, técnicas ou tecnologia desenvolvida por pesquisadores de Ciência da Computação. É evidente que os mais bem sucedidos avanços tecnológicos em Ciência da Computação estão fundamentados em resultados teóricos. Áreas como mineração de dados e reconhecimento de padrões, para citar apenas duas, têm seus métodos fortemente baseados em técnicas desenvolvidas em Teoria da Computação. Nosso obje- tivo neste projeto é o estudo de estruturas combinatórias e diversas formas de abordar problemas relacionados com tais estruturas: métodos algébricos, geométricos, probabilísticos, combinatórios, etc. Uma melhor compreensão destes objetos pode resultar em novas estratégias e algoritmos mais eficientes para resolver problemas a eles relacionados. A equipe proponente tem pesquisadores com grande experiência que cobrem uma ampla gama de subáreas de Teoria da Computação, permitindo uma maior sinergia para a solução dos problemas abordados. As principais contribuições esperadas neste projeto são a publicação de artigos científicos em conferências e periódicos bem estabelecidos, com alta circulação e de seletiva política editorial. Desejamos também intensificar o intercâmbio internacional do grupo e a formação de alunos nos vários níveis (de iniciação científica a pós-doutorandos). Pretendemos ainda, durante a execução do projeto, realizar uma Escola Avançada de Ciências na área de Teoria da Computação.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador.
Membro: Andre Fujita.
12.   2013-2015. LoRMAE ? Logics for Reasoning in Multi-Agent Environments
Descrição: Multi-agent environments are inhabited by various ?autonomous agents?. These are are entities capable of acting autonomously, i.e., without external intervention, in order to meet their design objec- tives. Although single-agent environments have been studied for a long time, studies about multi-agent environments are relatively new. This kind of environment brings new issues to be dealt with, such as non-deterministic actions, competition and cooperation among agents. Current solutions treat such is- sues by using some kind of multi-modal logic. But these logics present two important limitations: they do not allow efficient representations and they do not allow efficient reasoning. By applying some tech- niques previously studied by us, we intend to design new logics that overcome these limitations. The project aims (1) to develop formal languages able to represent multi-agent environments; (2) to develop formal methods by means of which multi-agent reasoning tasks can be performed; and (3) to imple- ment such methods in software prototypes. The proposal involves two Brazilian partners, the Institute of Mathematics and Statistics of the University of São Paulo (IME-USP) and the School of Arts, Science and Humanities (EACH-USP), as well as two French partners, the Toulouse Computer Science Research Institute (IRIT-CNRS) and the Computer Science Research Center of Lens (CRIL-CNRS).. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Renata Wassermann - Coordenador / Marcelo Finger - Integrante / Marcio Moretto Ribeiro - Integrante / Andreas Herzig - Integrante / Tiago de Lima - Integrante.
Membro: Renata Wassermann.
13.   2013-2018. Metodos Computacionais de Otimizacao (Tematico da FAPESP: 2013/05475-7)
Descrição: Este projeto é continuação de projetos temáticos anteriores do mesmo grupo, coordenados pelo Prof. José Mario Martínez, o último dos quais se encerrou em 2011 (processo 2006/53768-0). Nesta nova etapa a coordenadora será a Prof. Sandra Augusta Santos, mas o Prof. Martínez continuará atuando na equipe. Tem como objetivo o desenvolvimento e a análise de algoritmos para os diferentes aspectos da Otimização, com ênfase na Otimização Contínua. O projeto se apoia em aplicações com as quais o grupo está familiarizado. Enfatizam-se algoritmos com sólida base teórica, o que envolve a caracterização precisa dos problemas abordados, com implementação computacional cuidadosa e competitiva, e conexões com Engenharia e Ciências Aplicadas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Integrante / José Mario Martínez - Integrante / Lucio Tunes Santos - Integrante / Maria Aparecida Diniz Ehrhardt - Integrante / Marcia Aparecida Gomes Ruggiero - Integrante / Roberto Andreani - Integrante / Paulo Jose da Silva e Silva - Integrante / Ana Friedlander - Integrante / Francisco A. M. Gomes - Integrante / Sandra Augusta Santos - Coordenador / Leandro Martínez - Integrante / Luis Felipe Bueno - Integrante / Gabriel Haeser - Integrante / Fedor Pisnitchenko - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Ernesto Julian Goldberg Birgin.
14.   2013-Atual. NAP - eScience
Descrição: A ciência moderna é crescentemente interdisciplinar e intensiva em dados. Na área de ciências da vida, por exemplo, com o surgimento de plataformas de alto desempenho para imagem e estudos genômicos o gargalo não está mais na aquisição de dados mas sim no seu processamento, análise, armazenamento e transferência. Esse cenário levou ao desenvolvimento de novas metodologias matemáticas e de ciência da computação para o tratamento de grande volume de dados, conhecidas hoje como e-Science. Entre os recursos mais importantes para e-Science estão a computação em nuvem e o uso de ferramentas de análise on-line. É também imperativo que a aquisição e inclusão de dados oriundos de plataformas de alto desempenho em bancos, para posterior análise e transferência, obedeçam a critérios estabelecidos ex ante por uma curadoria (data engineering). Essa nova arquitetura de tratamento de dados é essencial para que a descoberta científica nos principais domínios do conhecimento não venha a ser detida pelo ?dilúvio de dados? (Baraniuk RG, Science.2011. 331:717-8). A presente proposta centra-se na criação do Núcleo de e-Science da USP como uma resposta institucional para a formação de uma rede de laboratórios da Universidade de São Paulo capaz de: i) liderar iniciativas em desenvolvimento e difusão de metodologias computacionais aplicáveis à captura, armazenamento, manutenção e análise de dados gerados por plataformas de alto desempenho em domínios como medicina e biologia; ii) organizar a formação de recursos humanos nessa área ; iii) gerar, difundir e transferir tecnologia em e-Science.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Roberto Marcondes César Junior - Coordenador.
Membro: Roberto Hirata Junior.
15.   2013-2016. NAP-USP - NUSCEP Nucleo de Pesquisa em Sinalizacao Celular na Interacao Patogeno-Hospedeiro
Descrição: O estudo da biologia de parasitas, vírus e príons e de sua interação com o hospedeiro é fundamental para o desenvolvimento de novas estratégias que resultem em avanços nas áreas da saúde pública, agricultura e economia. Embora atualmente ocorra um crescente progresso na elucidação de mecanismos pelos quais os patógenos desenvolvem-se, nosso completo entendimento sobre as bases moleculares e celulares do processo de patogenicidade ainda é escasso. Portanto, o objetivo de se formar o NUSCEP é promover a integração de esforços em três abordagens: 1) caracterização das vias de sinalização e validação de sua relevância no ciclo infeccioso de patógenos a fim de identificar novas estratégias de controle; 2) investigação dos mecanismos pelos quais a resposta imune é modulada pelo patógeno; 3) uso da bioinformática para integração funcional de redes de sinalização dos processos biológicos. A proposta engloba pesquisadores de diferentes áreas, tais como, bioquímica, biologia celular e molecular, imunologia e bioinformática. A integração dessas áreas em torno de questões relevantes aos diversos aspectos da patogenicidade é chave na identificação dos componentes envolvidos em vias de sinalização que regulam interação e desenvolvimento dos patógenos. Nesse sentido nossas pesquisas incluirão estudos com Plasmodium falciparum e Plasmodium vivax, agentes etiológicos da malária humana, HPV, vírus responsável pela progressão do câncer de colo uterino em 99% dos casos relatados e príon, que desempenha papel crucial em encefalopatias espongiformes transmissíveis. Outro aspecto abordado incluirá a modulação da resposta imune na infecção. Tendo-se em vista a complexidade dos problemas, o uso de modelos computacionais será uma ferramenta complementar importante na integração e formação de redes de sinalização. Portanto, o apoio ao NUSCEP trará enormes frutos na formação de recursos humanos, geração de novas ideias e integração de áreas distintas, porém complementares.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / David C Martins - Integrante / Célia Regina da Silva Garcia - Coordenador.
Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
16.   2013-2016. Novas Tecnicas de Processamento e Analise de Imagens usando Grafos e suas Implementacoes em uma Ferramenta Online para Processamento 2D e 3D de Imagens Medicas e Naturais
Descrição: Matemática discreta fornece uma estrutura elegante para o processamento de imagens, sendo rica em algoritmos eficientes, com provas de corretude. Como consequência, muitos métodos recentes de processamento de imagem têm sido modelados como problemas de busca e otimização em grafos. Métodos tradicionais podem também ser reformulados com base em grafos, levando a implementações mais eficientes, e/ou favorecendo análises teóricas, o que possibilita o desenvolvimento de novas extensões. Por outro lado, as peculiaridades do processamento de imagem exigem adaptações específicas, o que gera novos desafios de pesquisa e oportunidades, visto a crescente quantidade de publicações na área. Alguns dos tópicos a serem investigados compreendem: Restrições topológicas, automação, sinergia entre operadores de imagem, funções de conexidade não suaves no arcabouço da transformada imagem-floresta (IFT), métodos híbridos, e reconhecimento de padrões por grafos. Como resultado desta pesquisa, visamos a implementação de uma ferramenta online em HTML5, WebGL e Node.JS, que favoreça a divulgação científica dos resultados de pesquisa e a sua visibilidade externa. A ferramenta irá permitir vários modos de visualização, edição, e segmentação, de modo integrado, com recursos de colaboração em tempo real na Web, e com especial atenção para imagens médicas multimodais e tridimensionais (ex: ressonância magnética (RM) para a pesquisa em neurologia).. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (5) . Integrantes: Paulo André Vechiatto de Miranda - Coordenador / Alexandre Xavier Falcão - Integrante / CIESIELSKI, KRZYSZTOF C. - Integrante / Fabio Augusto Menocci Cappabianco - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Paulo Andre Vechiatto de Miranda.
17.   2013-Atual. Nucleo de Pesquisa em Sonologia (vice-coordenador)
Descrição: Este projeto visa viabilizar a formação do NuSom - Núcleo de Pesquisas em Sonologia na Universidade de São Paulo para dar apoio a pesquisas avançadas no campo da Sonologia em suas interfaces com a música e outras artes, bem como com a ciência e a tecnologia de modo geral. O projeto está fundamentado em 5 linhas de pesquisa: 1. Sonologia: pesquisa reflexiva a respeito dos processos de criação e recepção ligados às artes do som 2. Desenvolvimento de Sistemas Interativos: trata-se do estudo, projeto e construção de sistemas de criação e performance artísticas baseadas em processos interativos 3. Produção Artística: refere-se aos processos de criação propriamente ditos, realizados por artistas envolvidos com o Núcleo. Serão explorados processos de caráter experimental com ênfase em trabalhos que promovam a interação entre linguagens e o uso de ferramentas e espaços alternativos para a criação artística. 4. Interfaces Interdisciplinares: busca integrar as disciplinas mais especificas da área da sonologia a outras áreas de investigação acadêmica e artística com aporte de disciplinas que possibilitem a exploração de aspectos socioculturais, cognitivos, históricos e tecnológicos da criação artística; 5. Acústica Musical, Psicoacústica e Auralização: abordagem do som enquanto fenômeno físico e perceptivo, bem como em suas relações com os espaços e situações de escuta.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (4) . Integrantes: Marcelo Gomes de Queiroz - Integrante / Fábio Kon - Integrante / Flávio Soares Corrêa da Silva - Integrante / Régis Rossi Faria - Integrante / Rogério Costa - Integrante / Sílvia Laurentiz - Integrante / Iazzetta, Fernando - Coordenador / Gilbertto Prado - Integrante / Rodolfo Coelho de Souza - Integrante. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Outra.
Membro: Marcelo Gomes de Queiroz.
18.   2013-2017. Projeto Tematico FAPESP -- Estruturas combinatorias, otimizacao e algoritmos em teoria da computacao
Descrição: A área de Ciência da Computa ção experimenta hoje um crescimento vertiginoso. Novidades tecnol ógicas surgem e tornam-se obsoletas em um ou dois anos de existência. Novas abordagens surgem com enorme rapidez. Tal desenvolvimento se d á por necessidades criadas em outras áreas do conhecimento de novas t écnicas para resolver problemas cada vez mais complexos. Hoje em dia é imposs ível imaginar um pesquisador de qualquer área do conhecimento que possa desenvolver suas atividades sem o apoio de m étodos, t écnicas ou tecnologia desenvolvida por pesquisadores de Ciência da Computa ção. É evidente que os mais bem sucedidos avan ços tecnol ógicos em Ciência da Computação estão fundamentados em resultados te óricos. Áreas como minera ção de dados e reconhecimento de padrões, para citar apenas duas, têm seus m étodos fortemente baseados em t écnicas desenvolvidas em Teoria da Computa ção. Nosso objetivo neste projeto é o estudo de estruturas combinat órias e diversas formas de abordar problemas relacionados com tais estruturas: m étodos alg ébricos, geom étricos, probabil ísticos, combinat órios, etc. Uma melhor compreensão destes objetos pode resultar em novas estrat égias e algoritmos mais efi cientes para resolver problemas a eles relacionados. A equipe proponente tem pesquisadores com grande experiência que cobrem uma ampla gama de sub áreas de Teoria da Computa ção, permitindo uma maior sinergia para a solu ção dos problemas abordados. As principais contribui ções esperadas neste projeto são a publica ção de artigos cient íficos em conferências e peri ódicos bem estabelecidos, com alta circula ção e de seletiva pol tica editorial. Desejamos tamb em intensi ficar o intercâmbio internacional do grupo e a forma ção de alunos nos v ários ní veis (de inicia ção científi ca a p ós-doutorandos). Pretendemos ainda, durante a execu ção do projeto, realizar uma Escola Avancada de Ciências na área de Teoria da Computação. .. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (10) / Doutorado: (10) . Integrantes: Yoshiko Wakabayashi - Integrante / C. E. Ferreira - Coordenador / Cristina G. Fernandes - Integrante / Jose Coelho de Pina Jr. - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Integrante / Gordana Manic - Integrante / Ernesto G. Birgin - Integrante / Debora P. Ronconi - Integrante / Karla - Integrante / Daniel Morgato Martin - Integrante / Fernando Mário de Oliveira Filho - Integrante / Alexandre da Silva Freire - Integrante / Andrea Patricia Jiménez Ramíres - Integrante / Hiêp Han - Integrante / Carlos Cardonha - Integrante.
Membro: Yoshiko Wakabayashi.
19.   2013-Atual. RETRODATACAO DAS PRIMEIRAS OCORRENCIAS DO LEXICO DA LINGUA PORTUGUESA
Descrição: Diferentemente do que ocorre com a maior parte das línguas europeias (inglês, francês, espanhol e italiano), os dicionários da língua portuguesa são bastante falhos no tocante aos seus dados etimológicos. Confunde-se derivação sufixal e prefixal com etimologia, confunde-se étimo da palavra com sua origem remota, não há cuidado suficiente com étimos de línguas ágrafas e desconhece-se muito da influência árabe, sem falar da abundância de étimos fantasiosos que descaracterizam o estudo etimológico como um trabalho científico. A mídia e a internet contribuem para a divulgação de soluções fantasiosas, sem que os estudos acadêmicos na área de Linguística Histórica e Filologia consigam expor suas conclusões sobre o assunto. Como aconteceu com a Estilística, as pesquisas etimológicas de caráter científico foram muito produtivas até a década de 20 do século XX, quando estiveram no seu auge, no entanto, eventos históricos e ideológicos promoveram o esquecimento de muitas técnicas e resultados. Alicerçados na pesquisa linguística, os estudos etimológicos voltaram sobretudo a partir da década de 90 e hoje há ferramentas importantes para se desenvolver pesquisas de qualidade no nível acadêmico, que possam contribuir para a mudança da visão da sociedade sobre o tema. Nesse sentido, esta pesquisa sobre datação das primeiras ocorrências das palavras portuguesas, apresentada pelo NEHiLP é o primeiro passo para a criação de um novo dicionário etimológico da língua portuguesa.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Marco Dimas Gubitoso - Integrante / Mário Eduardo Viaro - Coordenador.
Membro: Marco Dimas Gubitoso.
20.   2013-2016. Tecnicas de aprendizagem de maquina para o estudo high-throughput das interacoes sociais em primatas
Descrição: Interações sociais são centrais nas vidas de humanos e de outros primatas. Muitas das interações ocorrem em, e são influenciados por, um contexto muito maior: a rede social. A estrutura da rede social é baseada nas interações passadas entre os indivíduos do grupo social e também das interações em tempo real que estão constantemente modificando a estrutura da rede. Assim, para entender como os indivíduos se comportam e interagem, é necessário investigar seus comportamentos in situ, ou seja, como uma função da rede social. Contudo, a influência da rede social nas interações é impossível de ser medida pois o rastreamento simultâneo e análise do comportamento de mais de dois indivíduos é muito difícil. Além disso, mesmo uma vez obtido os dados das interações de diversos indivíduos, devido a seu imenso volume, multidimensionalidade e heterogeneidade, a análise se torna extraordinariamente complexa. Devido a esses fatores, o objetivo do presente projeto de pesquisa que será realizado em conjunto com o grupo do Prof. Asif Ghazanfar da Universidade de Princeton consiste em desenvolver metodologias para a coleta e monitoramento do comportamento de dez ou mais indivíduos simultaneamente ao longo do tempo e também de métodos computacionais para sua análise, a fim de entender melhor as interações sociais entre indivíduos dentro do seu contexto de um grupo maior. Para este projeto, usaremos macacos saguis como nosso modelo de estudo, o que nos permitirá realizar experimentos de intervenção no sistema para responder perguntas específicas. Com o desenvolvimento deste projeto, construiremos o maior e mais completo conjunto de dados longitudinal de saguis interagindo entre eles até o momento além também de um pipeline computacional para analisar os dados massivos de áudio e vídeo gerados pelo registro contínuo dos saguis, o que permitirão que outros grupos de pesquisa iniciem estudos de interações high-throughput entre primatas não-humanos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Andre Fujita.
21.   2013-Atual. VVTrans - um Metodo para Teste e Verificacao Formal Transversal ao Desenvolvimento de Sistemas Criticos (FAPESP: 2012/23767-2)
Descrição: Para que haja uma garantia de que o software desenvolvido é confiável, atividades de testes e verificação formal devem ser realizadas. Contudo, a viabilidade prática de execução dessas atividades depende de métodos de desenvolvimento que explorem o uso conjunto das técnicas, bem como de ferramentas que auxiliem sua realização, uma vez que a execução de ambas constitui um alto custo para o desenvolvimento do software. Tendo em vista a necessidade de facilitar a realização de testes e verificação formal nos sistemas de software de missão crítica, este projeto se propõe a desenvolver uma metodologia integrada, com apoio de ferramentas computacionais, para a verificação formal e testes desses sistemas, levando em conta a redução dos custos das atividades de Verificação Validação (VV). Os principais objetos de estudo que constituem um desafio científico ao projeto é a exploração da complementariedade das duas atividades de forma transversal ao desenvolvimento de sistemas críticos para possibilitar o uso conjunto dessas atividades e avaliar o custo de sua aplicação.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (3) . Integrantes: Ana Cristina Vieira de Melo - Coordenador / Nandamudi Lankalapalli Vijaykumar - Integrante / Valdivino Alexandre de Santiago Júnior - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Ana Cristina Vieira de Melo.

2012

1.   2012-2016. Internet do Futuro e Composi cao de Servi cos: Escalabilidade e Estabilidade
Descrição: A tecnologia de serviços web possibilita encapsular serviços e torná-los acessíveis#10;via internet. A visão de Internet do Futuro contempla a existência da Internet de#10;Serviços. Dentre os vários desafios, está a necessidade da criação de técnicas de#10;combinação de serviços. A técnica mais convencional, chamada de Orquestração,#10;envolve a utilização de um nó central que controla e executa a composição. Uma#10;alternativa mais recente, conhecida como Coreografia, envolve um modelo em que#10;diferentes serviços colaboram de maneira descentralizada para prover um serviço#10;complexo.#10;Mas, até o momento Coreografias ainda foram pouco estudadas, neste projeto#10;nós nos propomos a estudar dois aspectos importantes de Coreografias, a análise de#10;interdependências e de estabilidade e a análise em tempo de design e de execução#10;de coreografias.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Coordenador / Fabio Kon - Integrante / Marco Aurélio Gerosa - Integrante / Daniel Batista - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.
2.   2012-2016. Modelos e metodos de e-Science para ciencias da vida e agrarias
Descrição: Este projeto visa a criação de uma rede colaborativa de eScience para acelerar pesquisa avançada em ciências da vida (biologia, medicina, oceanografia) e ciências agrárias. Está estruturado em tomo de cinco linhas de pesquisa - biologia de sistemas, planejamento de safras, computação visual, modelagem matemática e bancos de dados. Vigência: 01 de fevereiro de 2012 - 31 de janeiro de 2016. Coordenador Geral Roberto Marcondes Cesar Jr.. Coordenador da área de Banco de Dados: João Eduardo Ferreira.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Marcelo Camacho Souza - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / João Marcelo Borovina Josko - Integrante.
Membro: Joao Eduardo Ferreira.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr. - Coordenador.
Membro: Andre Fujita.
3.   2012-Atual. NAP LabCosmos
Descrição: Nucleo de Estudos do Cosmos da Universidade de São Paulo. Coordenado pela profa. Dra. Claudia Lucia Mendes de Oliveira (IAG/USP). Parte do projeto está relacionada à análise de imagens multiespectrais, a serem obtidas por um moderno telescópio em construção. Para tanto será necessário o desenvolvimento de técnicas de tratamento e análise de imagens multidimensionais.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante / Claudia Lucia Mendes de Oliveira - Coordenador.
Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata.
4.   2012-Atual. NAP-USP eScience
Descrição: Modern science is interdisciplinary and data-intensive. For instance, in the 1000 Genomes Project (www.1000genomes.org), the comparative study of 629 individuals has already generated 7.3 TB of data. Analogous situations exist in fields such as astronomy, agriculture, social sciences, etc. Ten years ago, the problem was how to obtain data. Today, the bottleneck is the need for new computational strategies and tools so that scientists can manage these massive volumes of heterogeneous, distributed, data, so that they can generate new knowledge from the processing, analysis and visualization of the data. This launched the basis of the so-called eScience: the combination of advanced research in computer science and mathematical modeling to allow and accelerate research in other knowledge domains. National programs in eScience have been created in the US, GB, Australia and other countries, that recognized the importance of this theme for the advancement of science. The main goal of this project is the design and construction of a collaborative network for research in eScience, in a partnership that involves computer science, mathematical modeling and specific domains in the exact, life, agricultural sciences and social sciences.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior.
Descrição: Análise e nodelagem de fenômenos naturais mensuráveis por técnicas matemático computacionais.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Junior Barrera - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Financiador(es): Proreitoria de Pesquisas da USP - Cooperação.
Membro: Junior Barrera.
5.   2012-2017. Nucleo e-Science de Apoio a Pesquisa da Universidade de Sao Paulo
Descrição: Projeto financiado pela Pró-Reitoria de Pesquisa da Universidade de Sáo Paulo. #10;vigência 30/06/2012 a 30/05/2016. Coordenador Geral: Roberto Marcondes Cesar Jr.. Coordenador da área de Banco de Dados: João Eduardo Ferreira.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Marcelo Camacho Souza - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / Mina Cintho - Integrante / João Marcelo Borovina Josko - Integrante. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Joao Eduardo Ferreira.
6.   2012-2014. Proj. CNPq/Edital Universal 2012 - Solucao de problemas combinatorios com tecnicas de otimizacao (Proj. Universal CNPq)
Descrição: Neste projeto estudamos o uso de técnicas de otimização para a solução de problemas de combinatória notadamente de quatro subáreas: problemas em grafos, problemas de combinatória assintótica, problemas de empacotamento e escalonamento e problemas de programação não linear.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (11) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (17) . Integrantes: Yoshiko Wakabayashi - Integrante / C. E. Ferreira - Coordenador / Cristina G. Fernandes - Integrante / Jose Coelho de Pina Jr. - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Integrante / Gordana Manic - Integrante / Ernesto G. Birgin - Integrante / Debora P. Ronconi - Integrante / Daniel Morgato Martin - Integrante / Andrea Patricia Jiménez Ramíres - Integrante / Hiêp Han - Integrante / Karla Roberta Lima - Integrante.
Membro: Yoshiko Wakabayashi.
7.   2012-Atual. Sao Paulo- Minas Gerais Neglected Tropical Disease Research Center for Biomarker Discovery
Descrição: Chagas disease remains one of the most neglected diseases in the world, with recent estimates indicating#10;8-10 million infected people in Latin and Central America and only one marginally effective therapeutic. The#10;lack of good biomarkers for active infection or clinical end-points poses a problem both for individual patient#10;prognosis and for assessing the performance of new drugs or therapeutic interventions. In this project the main computer challenge is the development of database system in order to integrate data clinical and data tests from patients.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Ester C. Sabino - Coordenador / Osvaldo Kotaro Takai - Integrante / Helves Domingues - Integrante / Leonardo Tadashi Kamaura - Integrante. Financiador(es): National Institure of Health- USA - Auxílio financeiro.
Membro: Joao Eduardo Ferreira.
8.   2012-2015. Solucao de problemas combinatorios com tecnicas de Otimizacao (CNPq - Universal - Proj. No. 477203/2012-4)
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Cristina Gomes Fernandes - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador / Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Integrante / Ernesto G. Birgin - Integrante / Débora P. Ronconi - Integrante / Daniel M. Martin - Integrante / Gordana Manic - Integrante / José Coelho de Pina - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Cristina Gomes Fernandes.
Descrição: Otimização Combinatória é a área que estuda métodos para encontrar pontos ótimos (máximo ou mínimo) de uma função definida sobre um certo domínio. Neste projeto estudamos o uso de técnicas de otimização para a solução de problemas de combinatória notadamente de quatro subáreas: problemas em grafos, problemas de combinatória assintótica, problemas de empacotamento e escalonamento e problemas de programação não linear.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (11) / Doutorado: (17) . Integrantes: Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador / Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Cristina Gomes Fernandes - Integrante / José Coelho de Pina Jr - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Integrante / Ernesto G. Birgin - Integrante / Débora Pretti Ronconi - Integrante / Gordana Manic - Integrante / Daniel Morgato Martin - Integrante / Andrea P.J. Ramirez - Integrante / Balchandra D. Thatte - Integrante / Hiep Han - Integrante / Karla Roberta Lima - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Outra.
Membro: Carlos Eduardo Ferreira.
9.   2012-2015. Solucao de problemas combinatorios com tecnicas de otimizacao (Edital Universal MCT/CNPq 14/2012 Proc. 477203/2012-4)
Descrição: Desenvolvimento, análise e implementação de algoritmos. Estudo de problemas de otimização de natureza discreta: sobre grafos, seqüências, empacotamento e cortes, escalonamento, redes e biologia computacional. Projeto de algoritmos de aproximação e de algoritmos exatos. Estudo da complexidade computacional e do limite de aproximabilidade de problemas de otimização combinatória.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Integrante / José Coelho de Pina - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador / Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Cristina G. Fernandes - Integrante / Gordana Manic - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Integrante / Ronconi, Débora P. - Integrante / Daniel Morgato Martin - Integrante / Andrea P. J. Ramirez - Integrante / Balchandra D. Thatte - Integrante / Hiep Han - Integrante / Karla Roberta Lima - Integrante.
Membro: Ernesto Julian Goldberg Birgin.
10.   2012-2014. Transactional Model and Performance Analysis for Business Processes and e-Science Applications
Descrição: Os principais objetivos desse projeto são: (i) gerar novas contribuições à área de processamento de transações longas, por meio da criação de um novo arcabouço teórico e computacional para amparar processos transacionais (como os workflows); (ii) desenvolver novos métodos e ferramentas para a análise de desempenho preditiva de processos de workflows computacionalmente intensivos em dados ou tarefas, como é o caso das aplicações de e-Science e dos processos de negócio de grande escala. Esses objetivos estão relacionados ao desafio de se garantir para os sistemas de workflow: flexibilidade e correção (sob a perspectiva de modelagem); confiabilidade, disponibilidade e eficiência (sob a perspectiva de execução).. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Kelly Rosa Braghetto - Integrante / João Eduardo Ferreira - Coordenador / Luciano Vieira Araújo - Integrante / Márcio Oikawa - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Kelly Rosa Braghetto.
Descrição: In modern science and business process studies the main challenge is not anymore in data acquisition but mainly in data processing, analysis, storage and transfer. To treat these challenges, workow and business process systems have received increased attention from research and industry communities. Despite of the signicant eorts and software tools developed, the workows and business processes still oer a scenario with several research challenges, mainly related to the scalability and reliability of their execution in the new collaborative and high-performance computing platforms. In this pro ject, we are focusing in two important issues (called axes) belonging to this scenario: transaction processing and prediction of performance related to dierent phases of the workow life cycle. The rst axis is related to transaction processing aiming to grant a exible and reliable environment for the modeling and execution of workows. The second research axis is related to prediction of performance of workows by means of formal modeling, in order to support a better provisioning of resources and a better scheduling of tasks in such type of applications. To validate the results obtained in these two research axes, we will use two real-world case studies that are important examples of both workows and e-Science applications. In addition to the academic results provided in this project, we also hope to increase the research capability of the DATA group through two important research axes and also the validation of academic results based on two important case studies.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador / Luciano V Araújo - Integrante / Marcio Katsumi Oikawa - Integrante / Osvaldo Kotaro Takai - Integrante / Kelly Rosa Braghetto - Integrante / Pedro Paulo de Souza Bento da Silva - Integrante / André Luis schwerz - Integrante / Marcela Ortega Garcia - Integrante / Rafael Liberato - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Joao Eduardo Ferreira.
11.   2012-Atual. Um metodo computacional para a analise de alteracoes microvasculares e teciduais de orgaos na sepse usando a tecnica de imagens Sidestream Dark Field (SDF)
Descrição: Novos métodos diagnósticos e terapêuticos no suporte do paciente séptico pouco vem modificando o cenário da evolução com elevado índice de mortalidade. O comprometimento progressivo da microcirculação, relacionado com o aumento da intensidade da resposta inflamatória sistêmica na sepse, tem sido considerado o "motor" da gênese da Síndrome de Disfunção de Múltiplos Órgãos que frequentemente evolui para o óbito. No entanto, apesar da reconhecida importância da disfunção microcirculatória, ainda carece de método de análise capaz de correlacionar a gravidade da sepse com o grau de comprometimento da microhemodinâmica capturada pelo microscópio portátil Sidestream Dark Field Imaging (SDF). A classificação da gravidade da sepse por meio da análise da disfunção microcirculatória seria de grande contribuição no diagnóstico da gravidade e na conduta terapêutica. Neste contexto, este projeto tem como objetivo desenvolver uma metodologia computacional para a determinação do grau de comprometimento microvascular e tecidual na sepse. Métodos: As imagens da microcirculação de órgãos abdominais foram capturadas com SDF após a indução da sepse com letalidades conhecidas mediante a inoculação IV de 3 de E.coli em ratos Wistar-EPM, 250 a 300 gramas. As imagens coletadas in vivo serão submetidas à análise com variados métodos computacionais que possam mensurar o grau de comprometimento da microhemodinâmica em fases distintas de gravidade da sepse. Após a escolha do método de análise, a sua validação será realizada comparando-se com a análise histológica dos respectivos órgãos de onde foram geradas as imagens in vivo. Ao final do projeto espera-se produzir um meio de diagnóstico rápido, em tempo real, contribuindo como um método de monitoramento da sepse.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: Marcel Parolin Jackowski - Coordenador / Jihan Zoghbi - Integrante / IVAN HONG JUN KOH - Integrante.
Membro: Marcel Parolin Jackowski.
12.   2012-2017. USP e-Science Research Network
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr. - Coordenador.
Membro: Andre Fujita.

2011

1.   2011-2013. Causalidade de Granger entre grupos de series temporais: desenvolvimento de metodologias para selecao de modelos e extensoes no dominio da frequencia com aplicacoes em Biologia Molecular e Neurociencia.
Descrição: Wiener (1956) e Granger (1969) introduziram um conceito intuitivo de causalidade (causalidade de Granger) entre duas variáveis que é baseada na ideia de que um efeito nunca ocorre antes de sua causa. Apesar da causalidade de Granger não ser uma "causalidade efetiva" no sentido Aristotélico, este conceito é muito útil para identificar direcionalidade e fluxo de informação em dados observados (biológicos, econômicos, financeiros, etc). Geweke (1984) generalizou esse conceito de causalidade para o caso multivariado, ou seja, quando m séries temporais Granger-causam uma série temporal, enquanto Fujita et al. (2010) generalizaram para o caso entre grupos de variáveis, isto é, quando m séries temporais Granger-causam n outras séries temporais. Apesar da técnica para a identificação da causalidade de Granger entre grupos ser útil para explicar certos eventos naturais, ainda existem algumas limitações a serem superadas. Por exemplo, para sua identificação em dados reais, é necessário definir de forma objetiva quais variáveis pertencem a quais grupos quando nenhuma informação a priori sobre a estrutura dos grupos é fornecida. Além disso, pouco (ou nada) se é conhecido sobre a causalidade de Granger entre grupos de séries temporais no domínio da frequência. Assim, neste projeto, propõe-se desenvolver um critério para seleção de modelos, isto é, uma maneira de definir de forma objetiva quais variáveis pertencem a quais grupos; e também um conceito e metodologia para a identificação de causalidade de Granger entre grupos de séries temporais no domínio da frequência. Propõe-se, ainda, aplicar as técnicas desenvolvidas aqui em dados de expressão gênica relacionados com o câncer e também em dados de ressonância magnética funcional, afim de obter uma melhor compreensão da intrincada rede de interações gênicas no câncer e também da conectividade do cérebro sob diferentes estímulos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Andre Fujita.
2.   2011-2013. CONFIANCA NO FUNCIONAMENTO DE SISTEMAS DISTRIBUIDOS DINAMICOS SOBRE REDES AD-HOC E GRADES COMPUTACIONAIS
Descrição: Sistemas distribuídos modernos, desenvolvidos sobre redes sem fio, móveis e grades computacionais, são essencialmente dinâmicos. Um dos maiores desafios na construção de sistemas computacionais confiáveis e eficazes é o dinamismo e a sua alta vulnerabilidade. Nesse projeto, pretende-se estudar e propor novas abstrações, modelos e algoritmos para o desenvolvimento de aplicações confiáveis, seguras e tolerantes a falhas sobre redes móveis ad-hoc, redes de sensores sem fio, e que se repousam em arquiteturas de grades computacionais. O principal intuito é o de desenvolver novas soluções para problemas fundamentais no desenvolvimento de sistemas distribuídos confiáveis, a saber: protocolos de consenso, detecção de falhas e eleição de líder. Além disso, pretende-se adaptar tais protocolos ao desenvolvimento de sistemas sobre os ambientes, e mais especificamente, serviços de disseminação de conteúdo sobre redes móveis ad-hoc e aplicações sobre grades computacionais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Daniel Macêdo Batista - Integrante / Fabíola Gonçalves Pereira Greve - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado da Bahia - Auxílio financeiro.
Membro: Daniel Macedo Batista.
3.   2011-2013. Desafios em Projeto Multinivel de Operadores Morfologicos
Descrição: Projetar operadores morfológicos que apresentam bom desempenho em problemas de processamento e análise de imagens não é, em geral, uma tarefa simples. Uma abordagem útil para auxiliar o projeto de operadores é sua formulação como um problema de aprendizagem computacional: pares de imagens entrada-saída são utilizados como amostras de treinamento para gerar, via técnicas de aprendizagem computacional, um operador que procura mapear as imagens de entrada para as respectivas imagens de saída. No contexto considerado, esses operadores são caracterizados por uma função local que depende de uma vizinhança na imagem em torno do ponto a ser processado. Vizinhanças muito pequenas restringem a classe de operadores, gerando erro de restrição, e vizinhanças muito grandes resultam em imprecisão, gerando muita variância. Uma abordagem promissora recentemente proposta para balancear esses dois tipos de erro no caso de operadores binários é o projeto multinível de operadores. Nessa abordagem, o treinamento é realizado em múltiplos níveis, de forma a combinar em cada nível os resultados dos níveis anteriores. A escolha dos parâmetros dessa abordagem multinível tem sido realizada, por enquanto, manualmente. Este projeto de pesquisa pretende investigar aspectos práticos e teóricos dessa abordagem; em particular, pretende automatizar a escolha de parâmetros e estender a abordagem multinível para operadores sobre imagens em tons e cinza.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Roberto Hirata Junior.
Descrição: Projetar operadores morfológicos que apresentam bom desempenho em problemas de processamento e análise de imagens não é, em geral, uma tarefa simples. Uma abordagem útil para auxiliar o projeto de operadores é sua formulação como um problema de aprendizagem computacional: pares de imagens entrada-saída são utilizados como amostras de treinamento para gerar, via técnicas de aprendizagem computacional, um operador que procura mapear as imagens de entrada para as respectivas imagens de saída. No contexto considerado, esses operadores são caracterizados por uma função local que depende de uma vizinhança na imagem em torno do ponto a ser processado. Vizinhanças muito pequenas restringem a classe de operadores, gerando erro de restrição, e vizinhanças muito grandes resultam em imprecisão, gerando muita variância. Uma abordagem promissora recentemente proposta para balancear esses dois tipos de erro no caso de operadores binários é o projeto multinível de operadores. Nessa abordagem, o treinamento é realizado em múltiplos níveis, de forma a combinar em cada nível os resultados dos níveis anteriores. A escolha dos parâmetros dessa abordagem multinível tem sido realizada, por enquanto, manualmente. Este projeto de pesquisa pretende investigar aspectos práticos e teóricos dessa abordagem; em particular, pretende automatizar a escolha de parâmetros e estender a abordagem multinível para operadores sobre imagens em tons e cinza.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador / Roberto Hirata Jr. - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata.
4.   2011-2015. Ensino-Aprendizagem de Matematica dos Ensinos Fundamental II e Medio apoiado por ferramentas Web interativas
Descrição: O projeto terá dois focos de observação didáticos: a verificação de aprendizagem do aluno com a utilização das TIC, assim como a análise do processo de produção de Conteúdo Didático Digital Interativo (iCDD), ambos relacionados ao currículo de Matemática. Além disso o projeto deverá resultar em aprimoramentos nos sistemas computacionais de apoio à educação desenvolvidos pelo grupo participante do LInE-IME-USP, todos a serem distribuídos na forma de software livre. Outro importante objetivo deste projeto é, ao final, disponibilizar a todos os professores interessados as ferramentas e atividades digitais desenvolvidas, criando inclusive uma comunidade virtual na qual os professores possam usar tais recursos, comentálos e, de modo geral, trabalhar colaborativamente.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (4) Doutorado: (2) . Integrantes: Leônidas de Oliveira Brandão - Coordenador / Seiji Isotani - Integrante / Anarosa Alves Franco Brandão - Integrante / ricardo bianconi - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Leonidas de Oliveira Brandao.
5.   2011-2014. Estudo, Definicao e Desenvolvimento de Ferramentas Computacionais e Metodos Colaborativos de Aprendizagem para Facilitar a Utilizacao dos Laptops Educacionais no Ensino de Matematica e Portugues
Descrição: Um dos objetivos deste projeto de pesquisa é a formação de professores para uso de atividades colaborativas e interativas, dentro e fora de sala de aula, utilizando laptops e integrando essa abordagem no contexto mais amplo do uso das tecnologias na aprendizagem. Também é objetivo do projeto entender e verificar o impacto desta metodologia nos processos de ensino-aprendizagem dos alunos em tópicos relacionados à Matemática e ao Português. Esses objetivos podem ser divididos em seis metas: - Estudar meios efetivos de introduzir a aprendizagem colaborativa e verificar seu impacto na formação de alunos e professores; - Propor métodos pedagógicos para uso efetivo dos programas computacionais interativos em sala de aula; - Dar Suporte a avaliação diagnóstica e formativa; - Ensino de Matemática; - Ensino de Português; - Sustentabilidade.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (4) / Doutorado: (2) . Integrantes: Leônidas de Oliveira Brandão - Integrante / Seiji Isotani - Coordenador / Anarosa Alves Franco Brandão - Integrante / Nílson José Machado - Integrante / Émerson de Pietri - Integrante / Junia Coutinho Anacleto - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Leonidas de Oliveira Brandao.
6.   2011-2015. Geracao de Propriedades sobre Programas Java a partir de Casos de Teste
Descrição: Com a presença cada vez maior de sistemas computacionais e novas tecnologias no cotidiano das pessoas, garantir que eles não falhem e funcionem corretamente tornou-se algo de extrema importância. Além de indicar a qualidade do sistema, assegurar seu bom funcionamento é essencial para se evitar perdas, desde financeiras até de vidas. Uma das técnicas utilizadas para esta finalidade é a chamada verificação formal de programas. A partir da especificação do sistema, descrita numa linguagem formal, são definidas propriedades a serem satisfeitas e que certificariam a qualidade do software. Estas propriedades devem então ser implementadas para uso num verificador, que é a ferramenta responsável por executar a verificação e informar quais propriedades foram satisfeitas e quais não foram, indicando aos desenvolvedores os possíveis locais com código incorreto no sistema. A desvantagem do uso da verificação formal é, além do seu alto custo, a necessidade de haver pessoas com treinamento em linguagens e métodos formais. Ademais, a implementação de propriedades relativas a um sistema em particular para uso num verificador é uma tarefa bastante complexa e de alto custo. Para auxiliar os desenvolvedores na utilização da verificação formal em programas escritos em Java, este trabalho propõe a geração de código de propriedades para uso direto no verificador, a partir de casos de testes derivados dos requisitos formais de sistemas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Ana Cristina Vieira de Melo - Coordenador / Simone Hanazumi - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
Membro: Ana Cristina Vieira de Melo.
7.   2011-2013. Integracao de Dados na Biologia Sistemica: Caracterizacao de Fenomenos Biologicos a partir de Informacoes Estruturais e Funcionais
Descrição: The purpose of this project is to develop a modeling that allows: a) analysis of gene expressions and GRNs inference; b) generation of techniques for integration of biological data with the intention of characterization and identification of the biological process; c) integration between the functional analysis and structural analysis. In this sense, it is expected in this project the development of a software environment for the integration of several biological data sources in different levels, allowing to investigate the relationship between biological network structure and its biological function.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / David C Martins - Integrante / Helena P. Brentani Samaia - Integrante / Fabrício Martins Lopes - Integrante / Marie-Anne Van Sluys - Integrante / Sérgio Nery Simões - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1
Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
8.   2011-2014. Investigacao da alternancia entre contextos como novo paradigma de interacao baseada no olhar
Descrição: Interfaces baseadas no olhar utilizam rastreadores de olhar (\textit{Eye Gaze Trackers}) como dispositivo de entrada. Tais dispositivos informam ao computador a posição sobre o monitor observada pelo usuário a cada instante. Ao associar o cursor à posição do olhar, o apontamento de objetos da interface pode ser feito de forma bastante natural, porém a seleção dos objetos (``clicar'' com o olhar) continua um problema que ainda não foi resolvido satisfatoriamente. Dentre os métodos sugeridos podemos citar o piscar do olho, gestos do olhar e tempo de latência (ou \textit{dwell time}). Essa última alternativa, talvez devido a sua simplicidade, é a mais utilizada até o momento. A ideia é que o usuário precisa manter o olhar fixo sobre um objeto (por um período de latência), para selecioná-lo. Apesar de simples, utilizando um tempo de latência muito curto temos o problema conhecido como ``toque de Midas'', onde todo o objeto observado pelo usuário é ativado. Caso o tempo seja longo, a interação se torna lenta. Este projeto propõe a investigação da alternância entre contextos como novo paradigma de ativação em interfaces baseadas no olhar \cite{Morimoto:10}. Tal paradigma, proposto recentemente por nosso grupo, oferece maior conforto (pois elimina o problema do toque de Midas) e velocidade (pois associa a seleção a um movimento rápido do olhar). Como resultado dessa pesquisa, serão criados aplicativos computacionais controlados pelo olhar mais eficientes e genéricos que os atuais. Essa tecnologia deve facilitar a comunicação de pessoas portadoras de deficiências físicas, permitindo-lhes uma maior integração social, e todos os aplicativos serão disponibilizados como software livre.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: Carlos Hitoshi Morimoto - Coordenador.
Membro: Carlos Hitoshi Morimoto.
9.   2011-2014. Metodos e Tecnicas para Exploracao e Analise de Bioimagens
Descrição: A demanda pela análise de imagens oriundas das mais variadas subáreas biomédicas e biológicas tem nitidamente crescido nos últimos anos. Além dos desafios computacionais diretamente relacionados à natureza da análise em questão, tais como a complexidade das imagens e o grande volume e tipos de problemas, verificam-se desafios relacionados à multidisciplinaridade e à necessidade de melhor integração de resultados gerados no tratamento de diferentes problemas. Este projeto de pesquisa propõe a investigação, desenvolvimento e validação de métodos e técnicas inovadoras para exploração e análise de bioimagens. Para viabilizar essa investigação, diversos subprojetos, todos relacionados a algum problema de análise de bioimagens e que envolvem colaborações com pesquisadores das áreas biológicas, são contemplados nesta proposta. Adicionalmente, está previsto o desenvolvimento de um ambiente unificado para exploração e análise de imagens, que terá papel importante para operacionalizar e viabilizar o desenvolvimento dos métodos e técnicas, melhorar as interações em colaborações multidisciplinares e permitir reaproveitamento de resultados. Com isso, esta proposta visa contribuir para formação de competência nacional em análise de bioimagens.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (2) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Roberto Marcondes César Junior - Integrante / Marcel Parolin Jackowski - Integrante / Fabrício Martins Lopes - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Roberto Hirata Junior.
Descrição: A demanda pela análise de imagens oriundas das mais variadas subáreas biomédicas e biológicas tem nitidamente crescido nos últimos anos. Além dos desafios computacionais diretamente relacionados à natureza da análise em questão, tais como a complexidade das imagens e o grande volume e tipos de problemas, verificam-se desafios relacionados à multidisciplinaridade e à necessidade de melhor integração de resultados gerados no tratamento de diferentes problemas. Este projeto de pesquisa propõe a investigação, desenvolvimento e validação de métodos e técnicas inovadoras para exploração e análise de bioimagens. Para viabilizar essa investigação, diversos subprojetos, todos relacionados a algum problema de análise de bioimagens e que envolvem colaborações com pesquisadores das áreas biológicas, são contemplados nesta proposta. Adicionalmente, está previsto o desenvolvimento de um ambiente unificado para exploração e análise de imagens, que terá papel importante para operacionalizar e viabilizar o desenvolvimento dos métodos e técnicas, melhorar as interações em colaborações multidisciplinares e permitir reaproveitamento de resultados. Com isso, esta proposta visa contribuir para formação de competência nacional em análise de bioimagens.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (2) . Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador / Roberto Hirata Jr. - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Marcel Parolin Jackowski - Integrante / Fabrício Martins Lopes - Integrante.
Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata.
10.   2011-Atual. Nucleo de Apoio a Pesquisa em Software Livre - NAPSoL
Descrição: O Núcleo de Apoio à Pesquisa em Software Livre (NAPSoL) é um projeto apoiado pela Pró-Reitoria de Pesquisa da Universidade de São Paulo que dá suporte aos projetos de software livre desenvolvidos na USP e, em particular, pelo CCSL - Centro de Competência em Software Livre (http://ccsl.ime.usp.br/ e http://ccsl.icmc.usp.br) da USP. O NAPSoL agrupa projetos de pesquisa e desenvolvimento de professores doutores da USP e seus orientandos de iniciação científica, mestrado e doutorado. Estes projetos abordam temas relacionados à qualidade e ao processo de desenvolvimento e de adoção do software livre, bem como as dificuldades relacionadas, além de sistemas baseados em software livre desenvolvidos na Universidade que podem vir a ser adotados pelo setor produtivo para a oferta de produtos e serviços.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Kelly Rosa Braghetto - Coordenador / José Carlos Maldonado - Integrante.
Membro: Kelly Rosa Braghetto.
11.   2011-2013. OnAIR 2.0
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (2) . Integrantes: Renata Wassermann - Coordenador / Fábio Kon - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Renata Wassermann.
12.   2011-2011. Professor visitante na Universidade de Toulouse (IRIT), Franca
Descrição: DEZEMBRO DE 2011. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcelo Finger - Coordenador.
Membro: Marcelo Finger.
13.   2011-2013. Programacao Dinamica em Tempo Real Fatorada
Descrição: Projeto Universal. RTDP (Real-time dynamic programming) resolve processos de decisão Markovianos (MDPs), quando o estado inicial e estados metas são conhecidos. Ao visitar(e atualizar), apenas uma fração do espaço de estados, esta abordagem pode ser usada para resolver problemas com espaço de estado grandes intratáveis. A fim de melhorar o desempenho do algoritmo RTDP, uma variante com base em representação simbólica foi proposta, chamada de sRTDP (symbolic RTDP). Abordagens baseadas em RTDP tradicionais trabalham melhor em problemas com matrizes de transição esparsas, em que muitas vezes essas abordagens podem atingir de forma eficiente uma e-convergência sem visitar todos os estados; no entanto, em problemas com matrizes de transição densas, em que a maioria dos estados são alcançáveis em um passo, o sRTDP mostra uma vantagem sobre o RTDP tradicional em até três ordens de magnitude, como demonstramos em trabalhos anteriores. Também propomos uma nova variante do sRTDP baseada em BRTDP (Bounded RTDP), chamada de sBRTDP, a qual converge rapidamente quando comparado com variantes do RTDP, uma vez que sBRTDP realiza menos atualizações, fazendo uma escolha melhor do próximo estado a ser visitado. O objetivo desse projeto é o de estudar melhorias para as abordagens RTDP baseadas em representação simbólica, tanto exatas quanto aproximadas para resolver problemas modelados como MDPs, em que são conhecidos os estados iniciais e metas, a fim de resolver problemas envolvendo milhares de estados. Assim, será possível resolver problemas reais, como por exemplo, o planejamento de tráfego urbano e automação de linhas de montagem industrial. Além disso, pretendemos explorar soluções baseadas em RTDP de problemas envolvendo variáveis binárias e contínuas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Leliane Nunes de Barros - Integrante / Karina Valdivia Delgado - Coordenador / Mijail Gamarra - Integrante.
Membro: Leliane Nunes de Barros.
14.   2011-2013. Representacao Supertoroidal do Tensor de Difusao: Analise da Substancia Branca Cerebral no Transtorno Bipolar
Descrição: A substância branca (SB) tem importância fundamental na compreensão das funções ce- rebrais tendo em vista a rede de comunicação neural que ela estabelece. Sabe-se que os transtornos psiquiátricos, incluindo o transtorno afetivo bipolar (TAB), estão associados a anormalidades sutis de SB que demandam métodos robustos e eficientes de análise. A imagem por tensor de difusão (DTI) é uma modalidade promissora de imagens capaz de caracterizar alterações estruturais em SB. No entanto, a sua natureza multidimensional e multivariada faz com que o estudo neuropatológico em TAB torne-se uma tarefa desafia- dora. Assim, faz-se necessário o uso de métodos de análise de DTI que sejam robustos e apropriados para entendermos o papel destas anormalidades. Este projeto visa o desen- volvimento e a avaliação de uma nova metodologia de análise utilizando a representação supertoroidal do tensor de difusão. O objetivo desta representação é aprimorar a caracte- rização da SB de forma visual e quantitativa através de novos índices de difusividade e anisotropia. Experimentos utilizando phantoms revelaram que estes índices são sensíveis à mudanças estruturais e que podem descrever alterações no cérebro. Resultados prelimi- nares utilizando DTI de um cérebro humano normal mostraram que tratos de SB podem ser identificados sem ambiguidades pelo modelo supertoroidal. Para avaliar a eficácia desta nova metodologia, imagens DTI de pacientes com transtorno bipolar e de indiví- duos saudáveis serão analisadas e comparadas estatisticamente. Desta forma, esperamos que esta abordagem possa avançar o conhecimento da neurofisiologia do TAB e trazer informações inéditas para a caracterização da SB em ou. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (4) Doutorado: (1) . Integrantes: Marcel Parolin Jackowski - Coordenador / Mekkaoui, Choukri - Integrante / Sheila Caetano - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Marcel Parolin Jackowski.
15.   2011-2016. Tematico-Pronex: Modelos e metodos de e-Science para ciencias da vida e agrarias
Descrição: A ciência moderna é crescentemente interdisciplinar e intensiva em dados. Na área de ciências da vida, por exemplo, com o surgimento de plataformas de alto desempenho para análise de imagens e estudos genômicos, o gargalo não está mais na aquisição de dados, mas sim no seu armazenamento, processamento, análise e visualização. Este cenário levou ao surgimento de um novo campo de pesquisa - eScience - que combina pesquisa avançada em computação e em modelagem matemática para permitir e acelerar pesquisa em outros domínios do conhecimento, desde as ciências exatas até as humanidades e artes. A eScience envolve a chamada "computação centrada em dados" (data-intensive computing), com a busca de soluções para gerenciamento de grandes volumes de dados produzidos por (e para) experimentos científicos, para que a descoberta científica não venha a ser detida pelo "dilúvio de dados". Este projeto visa a criação de uma rede colaborativa de eScience para acelerar pesquisa avançada em ciências da vida (biologia, medicina, oceanografia) e ciências agrárias. Está estruturado em tomo de cinco linhas de pesquisa - biologia de sistemas, planejamento de safras, computação visual, modelagem matemática e bancos de dados. Dentro dessas linhas, serão tratadas questões em aberto associadas às principais componentes de um ambiente de pesquisa em eScience: armazenamento, processamento, análise e visualização de grandes volumes de dados científicos. Os pesquisadores principais têm histórico de cooperação e coordenação de projetos nessas linhas. Questões de interoperalidade permeiam todo o projeto.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador.
Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
Descrição: A ciência moderna é crescentemente interdisciplinar e intensiva em dados. Na área de ciências da vida, por exemplo, com o surgimento de plataformas de alto desempenho para análise de imagens e estudos genômicos, o gargalo não está mais na aquisição de dados, mas sim no seu armazenamento, processamento, análise e visualização. Este cenário levou ao surgimento de um novo campo de pesquisa - eScience - que combina pesquisa avançada em computação e em modelagem matemática para permitir e acelerar pesquisa em outros domínios do conhecimento, desde as ciências exatas até as humanidades e artes. A eScience envolve a chamada "computação centrada em dados" (data-intensive computing), com a busca de soluções para gerenciamento de grandes volumes de dados produzidos por (e para) experimentos científicos, para que a descoberta científica não venha a ser detida pelo "dilúvio de dados". Este projeto visa a criação de uma rede colaborativa de eScience para acelerar pesquisa avançada em ciências da vida (biologia, medicina, oceanografia) e ciências agrárias. Está estruturado em tomo de cinco linhas de pesquisa - biologia de sistemas, planejamento de safras, computação visual, modelagem matemática e bancos de dados. Dentro dessas linhas, serão tratadas questões em aberto associadas às principais componentes de um ambiente de pesquisa em eScience: armazenamento, processamento, análise e visualização de grandes volumes de dados científicos. Os pesquisadores principais têm histórico de cooperação e coordenação de projetos nessas linhas. Questões de interoperalidade permeiam todo o projeto.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior.
Descrição: A ciência moderna é crescentemente interdisciplinar e intensiva em dados. Na área de ciências da vida, por exemplo, com o surgimento de plataformas de alto desempenho para análise de imagens e estudos genômicos, o gargalo não está mais na aquisição de dados mas sim no seu armazenamento, processamento, análise e visualização. Este cenário levou ao surgimento de um novo campo de pesquisa ? eScience ? que combina pesquisa avançada em computação e em modelagem matemática para permitir e acelerar pesquisa em outros domínios do conhecimento, desde as ciências exatas até as humanidades e artes. A eScience envolve a chamada "computação centrada em dados" (data-intensive computing), com a busca de soluções para gerenciamento de grandes volumes de dados produzidos por (e para) experimentos científicos, para que a descoberta científica não venha a ser detida pelo ?dilúvio de dados?. Este projeto visa a criação de uma rede colaborativa de eScience para acelerar pesquisa avançada em ciências da vida (biologia, medicina, oceanografia) e ciências agrárias. Está estruturado em torno de cinco linhas de pesquisa ? biologia de sistemas, planejamento de safras, computação visual, modelagem matemática e bancos de dados. Dentro dessas linhas, serão tratadasquestões em aberto associadas às principais componentes de um ambiente de pesquisa em eScience: armazenamento, processamento, análise e visualização de grandes volumes de dados científicos. Os pesquisadores principais têm histórico de cooperação e coordenação de projetos nessas linhas. Questões de interoperabilidade permeiam todo o projeto. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Junior Barrera - Integrante / Roberto Marcondes César Junior - Coordenador / Alexandre Xavier Falcão - Integrante / Luciano da Fontoura Costa - Integrante / Cláudia Maria Bauzer Medeiros - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Roberto Hirata Junior.

2010

1.   2010-2012. Algoritmos para Grafos Evolutivos: Aplicacoes e Distribuicao - Universal CNPq
Descrição: Este projeto visa estudar o comportamento de redes sem fio utilizando#10;grafos evolutivos. Estes grafos fornecem previsões sobre o#10;comportamento das redes sem fio, permitindo assim a tomada de ações#10;adaptativas mais apropriadas para as características dessas redes.#10;#10;O projeto está concentrado em duas linhas principais o estudo#10;de aplicações e a investigação de como trabalhar em ambientes#10;distribuídos.#10;#10;No primeiro objetivo queremos analisar as possíveis aplicações de#10;algoritmos baseados em grafos evolutivos nas redes tolerantes a#10;atraso. Já temos resultados iniciais que mostram o quanto os#10;algoritmos tradicionais para redes tolerantes a atrasos estão#10;próximos de possíveis valores ótimos.#10;#10;No segundo objetivo pretendemos criar formas para o uso de#10;grafos evolutivos em ambientes distribuídos, como desafio#10;inicial pretendemos estudar a construção dos grafos evolutivos#10;a partir de informações apenas locais.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Coordenador / Luciana Arantes - Integrante / Paulo H. Floriano - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.Número de orientações: 1
Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.
2.   2010-2011. Avaliacao da Usabilidade de Sistemas Web
Descrição: A cada dia a internet vem sendo mais utilizada pelas empresas para divulgar seus produtos, conhecer melhor ou conquistar mais clientes. Com o surgimento da WEB 2.0 bem como a facilidade de acesso a banda larga, cada vez mais usuários colaboram gerando conteúdo na web. O sucesso de um projeto web depende muito da aceitação dos usuários que o utilizam. Métodos de avaliação de usabilidade têm sido empregados para garantir uma boa qualidade desses produtos. Esse trabalho de pesquisa propõe um estudo e comparação dos métodos para avaliação de usabilidade para a WEB 2.0.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Ana Cristina Vieira de Melo - Coordenador / Hamilton Fernandes de Moraes Junior - Integrante. Financiador(es): Serasa-Experian Fundação de Apoio à Pesquisa - Bolsa.
Membro: Ana Cristina Vieira de Melo.
3.   2010-2013. Avaliacao semi-automatica de qualidade de software baseado em metricas de codigo-fonte
Descrição: Desenvolvimento de técnicas, ferramentas e métodos para utilização de métricas de código-fonte para a análise de qualidade interna de software. Investigação de relacionamentos estatisticamente válidos entre qualidade interna e qualidade externa de software.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (6) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (3) . Integrantes: Fabio Kon - Coordenador / Nelson Posse Lago - Integrante / Paulo Meirelles - Integrante / José Carlos Maldonado - Integrante / Antonio Terceiro - Integrante / Carlos Denner dos Santos Júnior - Integrante / Carlos Morais de Oliveira Filho - Integrante. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Bolsa / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 4
Membro: Fabio Kon.
4.   2010-2012. Baile: Enabling Scalable Cloud Service Choreographies Baile: Enabling Scalable Cloud Service Choreographies
Descrição: Projeto em colaboração com HP Labs de Palo Alto e financiado pela HP Brasil. (bug no sistema do CNPq não permite marcar a opção de que é cooperação com empresa.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (4) / Doutorado: (4) . Integrantes: Fabio Kon - Coordenador / Alfredo Goldman - Integrante / Dejan Milojicic - Integrante / Daniel Batista - Integrante / Marco Aurélio Gerosa - Integrante / Daniel de Angelis Cordeiro - Integrante.
Membro: Fabio Kon.
5.   2010-2014. CHOReOS - Large Scale Choreographies for the Future Internet (Brazilian team)
Descrição: Coordenação da equipe brasileira participante de consórcio internacional de colaboração entre universidades e empresas para pesquisa científica.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (5) / Mestrado acadêmico: (6) / Doutorado: (6) . Integrantes: Fabio Kon - Coordenador / Valérie Issarny - Integrante. Financiador(es): European Commission - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 4
Membro: Fabio Kon.
Descrição: CHOReOS rationale is sustaining decentralized service choreographies in the Future Internet. It revisits the concept of choreography-centric service-oriented systems to introduce a dynamic development process and associated methods, tools, and middleware referred to as CHOReOS Integrated Development and Runtime Environment (IDRE) for software systems coordinating services in the Ultra Large Scale Future Internet.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Daniel Macêdo Batista - Integrante / Fabio Kon - Coordenador / Alfredo Goldman vel Lejbman - Integrante / Marco Aurélio Gerosa - Integrante. Financiador(es): European Comission - Auxílio financeiro.
Membro: Daniel Macedo Batista.
6.   2010-2015. Convenio Academico Internacional - Engenharia de Software e Metodos Formais
Descrição: Este convênio tem como objeto a cooperação acadêmica através do intercâmbio de docentes e pesquisadores, bem como de estudantes de pós-graduação entre o grupo de Engenharia de Software e Métodos Formais da USP (São Paulo) e o Laboratoire de Recherche en Informatique (LRI) da Université Paris-Sud 11. A colaboração proposta tem como objetivo principal o desenvolvimento conjunto de pesquisas científicas em tópicos relacionados ao desenvolvimento formal de sistemas de software, dentre os quais teste e verificação formal de sistemas. Dentro desta área de pesquisa, em particular, definimos como projeto inicial: ?Verificação de sistemas distribuídos e móveis orientado por informação de simulação e escolha estatística de testes?. No âmbito deste projeto, o grupo de Engenharia de Software e Métodos Formais da USP (São Paulo) tem desenvolvido técnicas de verificação e simulação de sistemas distribuídos e móveis, enquanto o Laboratoire de Recherche en Informatique (LRI) da Université Paris-Sud 11 tem aplicado métodos estatísticos para a escolha de conjuntos de testes relevantes. Desta forma, a colaboração propiciará o desenvolvimento de métodos estatísticos para a escolha de informação de simulação dos sistemas distribuídos e móveis que sejam relevantes à verificação de propriedades sobre tais sistemas. (Proc. 08.1.01153.45.4). Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Ana Cristina Vieira de Melo - Coordenador / Marie-Claude Gaudel - Integrante. Financiador(es): Université Paris-Sud XI - Cooperação / Universidade de São Paulo - Cooperação. Número de produções C, T A: 2 / Número de orientações: 1
Membro: Ana Cristina Vieira de Melo.
7.   2010-2017. Criacao e analise de indicadores de dados clinicos e moleculares de pacientes HIV para gestao e tomada de decisao do PN-DST-AIDS
Descrição: Desenvolvimento de ferramentas computacionais para criação e análise de indicadores dos dados clínicos e moleculares de#10;pacientes HIV para gestão e tomada de decisão do Departamento de DST, Aids e Hepatites Virais, bem como a Implementação#10;do Teste de Genotipagem para detecção de mutações que geram resistência ao Inibidor de Entrada – Enfuvirtida – em pacientes#10;submetidos ao HAART, mas sem tratamento prévio com esta classe de drogas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador / Luciano V Araújo - Integrante / Ester C. Sabino - Integrante / Leonardo Tadashi Kamaura - Integrante. Financiador(es): Ministéria da Saúde - Programa Nacional Doenças Sexualmente Transmissíveis - Cooperação.
Membro: Joao Eduardo Ferreira.
8.   2010-2012. Dependable Mechanisms for Dynamic Networks - CNPq - INRIA
Descrição: Este projeto trata da investigação dos desafios de confiabilidade (dependability) advindos#10;dos chamados sistemas distribuídos dinâmicos característicos das novas tecnologias#10;de redes de computadores, tais como redes móveis ad-hoc (MANET), redes#10;veiculares ad-hoc (VANET), Worldwide Interoperability for Microwave Access#10;(WiMax), Airborn Networks, DoD Global Information Grid, peer-to-peer (P2P) etc.#10;As aplicações típicas desse tipo de rede têm uma característica em comum: são#10;altamente dinâmicas em suas composições - em termos de membros participantes#10;e recursos disponíveis em dado instante. Tal dinamismo resulta em incertezas e#10;não previsibilidade do ambiente computacional que colocam enormes desafios para#10;a implementação de mecanismos de confiabilidade que garantam o funcionamento#10;correto do sistema.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (4) . Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Integrante / Luciana Arantes - Integrante / Pierre Sens - Integrante / Raimundo José de Araújo Macêdo - Coordenador / Achour Mostefaoui - Integrante / Michel Raynal - Integrante. Financiador(es): Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique - Siège - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.
9.   2010-Atual. Discriminacao Diagnostica e Avaliacao Longitudinal de Alteracoes Cerebrais, Imunologicas e Moleculares Estado-Dependentes em Individuos com Primeiro Episodio Psicotico
Descrição: O presente projeto propõe-se a estudar pacientes com primeiro episódio psicótico e de mania (transtorno bipolar tipo I) provenientes de uma região circunscrita da cidade de São Paulo combinando parâmetros de neuroimagem, medidas de atividade inflamatória (dosagem de citocinas e expressão genética) e biologia molecular (determinação de atividade de enzima fosfolipase A2) através de um desenho longitudinal, intra-sujeito. Seus objetivos compreendem: avaliar a capacidade de discriminação diagnóstica entre pacientes apresentando seu primeiro episódio psicótico, primeiro episódio de mania e controles saudáveis utilizando métodos de classificação de padrões morfológicos complexos; confirmar a existência de alterações morfométricas, de anisotropia e difusividade cerebrais estado-dependentes na esquizofrenia e transtorno bipolar, a fim de investigar a hipótese de que os estados psicóticos e maníacos agudos estariam associados a alterações cerebrais volumétricas e microestruturais agudas, e ponderar a influência destes estados na acurácia do classificador por ressoância magnética; avaliar a atividade inflamatória sistêmica dos pacientes em relação aos controles na fase aguda e após 2 meses de remissão através de medidas de citocinas e expressão de genes relacionados às respostas imunes Th1, Th2 e Th17; e dosar a atividades das enzima PLA2 responsável pela metabolização de fosfolipídeos de membrana celular, nos pacientes em comparação aos controles na fase aguda e após 2 meses de remissão. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcel Parolin Jackowski - Integrante / ZANETTI, M. V. - Integrante / BUSATTO, G. F. - Coordenador / Paulo Rossi Menezes - Integrante / Marcia Scafzufca - Integrante / Wagner Gattaz - Integrante / Luiza Guilherme Guglielmi - Integrante / Leda Leme Talib - Integrante / Simone Regina dos Santos - Integrante / Christos Dvatzikos - Integrante.
Membro: Marcel Parolin Jackowski.
10.   2010-2010. Enabling Scalable Cloud Services Choreography Baile
Descrição: O projeto Baile aqui descrito tem como objetivo estudar problemas relacionados ao desenvolvimento e uso de coreografias em ambientes de grande escala, em particular no contexto de Computação em Nuvem. O projeto irá investigar como tornar possível a evolução de coreografias à medida em que novos serviços e novas versões de serviços tornam-se disponíveis e como manter o sistema funcionando com desempenho aceitável na presença de falhas e mudanças dinâmicas na nuvem. A abordagem irá basear-se (1) no desenvolvimento de metodologias e catalogação de boas práticas para a implementação correta de serviços fracamente acoplados e (2) na representação explícita das dependências entre os serviços de forma que reconfigurações dinâmicas possam ser executadas sem a quebra dessas dependências de forma a permitir a evolução robusta e eficiente de coreografias de serviços em ambientes complexos de grande escala.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) . Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Integrante / Fabio Kon - Coordenador / Marco Aurélio Gerosa - Integrante / Edson Nery - Integrante. Financiador(es): Hewlett-Packard Brasil - Matriz - Auxílio financeiro.
Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.
11.   2010-2012. Estudos Teoricos e Algoritmicos de Problemas Combinatorios e de Otimizacao (Edital Universal MCT/CNPq 14/2010 Proc. 475064/2010-0)
Descrição: Otimização Combinatória é a área que estuda métodos para encontrar pontos ótimos (máximo ou mínimo) de uma função definida sobre um certo domínio. Neste projeto estudamos o uso de técnicas de otimização para a solução de problemas de combinatória notadamente de quatro subáreas: problemas em grafos, problemas de combinatória assintótica, problemas de empacotamento e escalonamento e problemas de programação não linear.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Integrante / José Coelho de Pina - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Integrante / Yoshiko Wakabayashi - Coordenador / Cristina G. Fernandes - Integrante / Gordana Manic - Integrante / José Augusto Ramos Soares - Integrante / Ronconi, Débora P. - Integrante / Daniel Morgato Martin - Integrante.
Membro: Ernesto Julian Goldberg Birgin.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Cristina Gomes Fernandes - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Integrante / José Coelho de Pina Jr - Integrante / José Augusto R. Soares - Integrante / Yoshiko Wakabayashi - Coordenador / Ernesto G. Birgin - Integrante / Débora P. Ronconi - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Cristina Gomes Fernandes.
12.   2010-2011. Generating Operational Level Decision for PSP (Hewlett-Packard GOLD Advanced Research grant, through HP Labs and HP Brazil)
Descrição: Este projeto foi originado pela HP-Labs e pela HP-Brasil RD, que contataram a Agência de Inovação da Universidade de São Paulo (USP). O objetivo do projeto é estudar e obter boas soluções para algumas variantes de problemas de job shop scheduling que ocorrem em PrintShop Providers na área de impressão da HP (imaging and printing group). O projeto se insere, portanto, no esforço de automação do processo de impressão digital da HP.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Integrante / Débora Pretti Ronconi - Integrante / Paulo Feofiloff - Integrante / Cristina G. Fernandes - Coordenador.
Membro: Ernesto Julian Goldberg Birgin.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (2) . Integrantes: Cristina Gomes Fernandes - Coordenador / Paulo Feofiloff - Integrante / Ernesto G. Birgin - Integrante / Débora P. Ronconi - Integrante. Financiador(es): Hewlett-Packard - Cooperação / Hewlett-Packard Brasil - Matriz - Auxílio financeiro.
Membro: Cristina Gomes Fernandes.
13.   2010-2014. Gerenciamento de Recursos para Computacao em Grade - CAPES Cofecub
Descrição: Neste projeto temos como objetivo a verificação e análise#10;experimental de diversos problemas de computação distribuída com novos#10;algoritmos de gerenciamento de recursos. Serão estudados os seguintes#10;tópicos de maneira mais aprofundada: Algoritmos adaptativos,#10;Escalonamento de tarefas BSP maleáveis e Ambientes de data-flow#10;tolerantes a falhas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (5) . Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Coordenador / Denis Trystram - Integrante / Gregory Mounié - Integrante / Fabio Kon - Integrante / Raphael Y. de Camargo - Integrante / Pierre-François Dutot - Integrante / João Eduardo Ferreira - Integrante / Jean Marc Vincent - Integrante. Financiador(es): COFECUB - Auxílio financeiro / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.Número de orientações: 3
Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.
14.   2010-2013. Large Scale Choreographies for the Future Internet - Choreos
Descrição: CHOReOS rationale is sustaining decentralized service choreographies in the Future#10;Internet. It revisits the concept of choreography-centric service-oriented systems to#10;introduce a dynamic development process and associated methods, tools, and middleware#10;– referred to as CHOReOS Integrated Development and Runtime Environment (IDRE) –#10;for software systems coordinating services in the Ultra Large Scale Future Internet.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (4) Doutorado: (4) . Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Integrante / Fabio Kon - Coordenador / Marco Aurélio Gerosa - Integrante. Financiador(es): European Commission - Auxílio financeiro.
Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.
15.   2010-2014. Nucleo de Excelencia em Otimizacao Continua (PRONEX - CNPq / FAPERJ E-26 / 111.449/2010 - APQ1)
Descrição: O objetivo central deste projeto é o estudo abrangente dos principais tópicos da Otimização Contínua, incluindo tanto os avanços teóricos quanto o desenvolvimento de novos métodos computacionais, a implementação dos mesmos através de ?software" original e a aplicação destas técnicas à solução de problemas provenientes de outras disciplinas ou do ?mundo real" (aplicações a questões de natureza tecnológica).. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Integrante / Carlos Humes Junior - Integrante / Paulo Jose da Silva e Silva - Integrante / Marina Andretta - Integrante / Walter F. Mascarenhas - Integrante / Alfredo Noel Iusem - Coordenador / Benar Svaiter - Integrante / Claudia Sagastizábal - Integrante / Mikhail Solodov - Integrante / João Xavier Cruz Neto - Integrante / Rolando Otero - Integrante / Luis Roman Lucambio Perez - Integrante / Susana Scheimberg - Integrante / Orizon Pereira Ferreira - Integrante / Luis Mauricio Grana Drummond - Integrante / Maria Fernanda Raupp Pereira - Integrante / Jose Yunier Bello Cruz - Integrante / Divino Goncalves de Melo Jefferson - Integrante / Vincent Guigues - Integrante / Maicon Marques Alves - Integrante. Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Ernesto Julian Goldberg Birgin.
16.   2010-Atual. PATO
Descrição: Este projeto visa o desenvolvmento de um sistema interativo e modular para anotação e curagem in silico de sequências. O sistema estará acoplado ao EGene e a um sistema de banco de dados. A integração com o banco de dados possibilitará modos interativos de seleção de conjuntos de sequêcias baseada no processamento anterior, visando processos incrementais de anotação.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Alan Mitchell Durham - Coordenador / Arthur Gruber - Integrante / Liliane Santana - Integrante.
Membro: Alan Mitchell Durham.
17.   2010-2015. Problemas de corte, empacotamento, dimensionamento de lotes e programacao da producao, e suas integracoes em contextos industriais e logisticos (Tematico da FAPESP: 2010/10133-0)
Descrição: Neste Projeto Temático pretendemos estudar: (i) problemas de corte e empacotamento, (ii) problemas de dimensionamento de lotes e programação (scheduling), (iii) integração dos problemas de corte ou empacotamento em (i) com os problemas de dimensionamento de lotes ou programação em (ii). Este projeto é uma continuação de outro Projeto Temático FAPESP concluído em 2010, em que foram estudados principalmente problemas em (i), mas também alguns problemas integrando problemas de (i) e (ii). Os objetivos deste projeto incluem o estudo e a modelagem matemática destes problemas, o desenvolvimento de métodos de solução e algoritmos para resolvê-los, bem como a análise de seus desempenhos computacionais. Também são objetivos deste projeto promover a integração e colaboração de grupos de pesquisadores de diferentes instituições interessados nestes problemas, assim como a formação de recursos humanos e a capacitação em pesquisa e desenvolvimento tecnológico. É nossa preocupação neste projeto motivar a aproximação entre universidades e empresas, por meio do desenvolvimento de estudos de caso dos problemas aqui estudados nas empresas. Esperamos com isso possibilitar colaborações e parcerias no estudo destes problemas e no desenvolvimento de ferramentas computacionais para serem utilizadas na prática. A equipe deste projeto é formada por vários pesquisadores em diversos estágios de suas carreiras acadêmicas, desde alunos de pós-graduação e recém-doutores, até pesquisadores ativos e experientes na pesquisa destes problemas. Contaremos também com a colaboração de diversos pesquisadores do exterior especializados nestes temas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Integrante / Débora Pretti Ronconi - Integrante / Marcos Nereu Arenales - Integrante / Horácio Hideki Yanasse - Integrante / Marina Andretta - Integrante / Nei Yoshihiro Soma - Integrante / Vinicius Amaral Armentano - Integrante / Andréa Carla Gonçalves-Vianna - Integrante / Socorro Rangel - Integrante / Silvio Alexandre de Araujo - Integrante / Vitória Pureza - Integrante / Franklina M. B. Toledo - Integrante / Maristela O. Santos - Integrante / Morabito, R - Coordenador / Kelly Cristina Poldi - Integrante / Robinson Hoto - Integrante / Gisele Pileggi - Integrante / Denise Sato Yamashita - Integrante / Deisemara Ferreira - Integrante / Claudio Meneses - Integrante / Alisson M. Costa - Integrante / Adriana Cherri - Integrante.
Membro: Ernesto Julian Goldberg Birgin.
18.   2010-2012. Processo de Decisao Markoviano com Probabilidades Imprecisas
Descrição: Em trabalhos anteriores, foram propostas soluções eficientes, aproximadas e exatas, para resolver problemas de tomada de decisão sequencial com probabilidades imprecisas nos efeitos das ações. Nesse projeto, pretendemos investigar novos critérios de avaliação de soluções. Além disso, pretendemos investigar soluções para MDPs de primeira ordem, com probabilidades imprecisas e sua ligação com técnicas conhecidas de aprendizagen por reforço.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Leliane Nunes de Barros - Coordenador / Valdivia-Delgado, Karina - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Leliane Nunes de Barros.
19.   2010-2012. Proj. CNPq/Edital Universal 2010 - Estudos Teoricos e Algoritmicos de Problemas Combinatorios e de Otimizacao
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (9) / Doutorado: (10) . Integrantes: Yoshiko Wakabayashi - Coordenador / Cristina G. Fernandes - Integrante / Jose Coelho de Pina Jr. - Integrante / Jose A. R. Soares - Integrante / Gordana Manic - Integrante / Ernesto G. Birgin - Integrante / Debora P. Ronconi - Integrante / C.E. Ferreira - Integrante / D. Martin - Integrante. Financiador(es): Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovações - Auxílio financeiro.
Membro: Yoshiko Wakabayashi.
20.   2010-2013. QUALVOL (Sistemas em Redes de Qualidade para Aplicacos Emergentes Geradoras de Grandes Volumes de Dados)
Descrição: Para se oferecer um sistema em redes que ofereça qualidade, em especial às transmissões de grandes volumes de dados, é necessário que esse possua diferentes propriedades, tais como disponibilidade, acessibilidade, escalabilidade, segurança, ubiquidade e robustez. O objetivo desse projeto, é avançar o estado da arte na capacitação da Internet como substrato de comunicação para os novos paradigmas de computação e de comunicação, que por sua vez, permitem aplicações com demandas crescentes por transferências de grandes volumes de dados. Almeja-se a consolidação de uma rede de pesquisa iniciada no projeto Sistemas Robustos: Modelos e Ferramentas (REBU) e que tinha como foco investigações no mesmo desafio desse projeto, bem como a continuidade da pesquisa desenvolvida de forma cooperativa por este grupo. Este projeto vai diretamente ao encontro dos desafios no. 6 "Desenvolvimento tecnológico de qualidade: sistemas disponíveis, corretos, seguros, escaláveis, persistentes e ubíquos", e no 2 "Gestão da Informação em grandes volumes de dados multimídia distribuídos" proposto no documento "Grandes Desafios para a Computação no Brasil: 2006-2016".. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Daniel Macêdo Batista - Integrante / Gustavo Bitterncourt Figueiredo - Integrante / Nelson Luis Saldanha da Fonseca - Coordenador / Artur Ziviani - Integrante / Otto Carlos Muniz Bandeira Duarte - Integrante / Edmundo Roberto Mauro Madeira - Integrante / Antonio Tadeu Azevedo Gomes - Integrante / Jussara Marques de Almeida - Integrante / Luiz Fernando Bittencourt - Integrante / Luís Henrique Maciel Kosmalski Costa - Integrante / Miguel Elias Mitre Campista - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Daniel Macedo Batista.
21.   2010-2012. Revisao de Crencas em Logicas Nao Classicas
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Renata Wassermann - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Renata Wassermann.
22.   2010-Atual. Sistemas de Caracterizacao Probabilistica de Sequencias
Descrição: As moléculas de RNA podem ser divididas em duas grandes categorias: codificantes e não codificante. Nosso projeto visa o estudo de predição de genes, tanto de proteínas, quanto de RNAs não codificantes. Os RNAs codificantes, também conhecidos como RNAs mensageiros (mRNAs), são aqueles cuja função é servir de molde para síntese de proteínas. Os RNAs não codificantes (ncRNAs) não são traduzidos em proteína, sendo funcionais como RNAs. Devido as suas características, temos duas áreas distintas em predição de genes: predição de genes que codificam proteínas (RNAs codificantes) e predição de genes de RNA (RNAs não codificantes). Pretendemos abordar problemas das duas áreas. O objetivo deste projeto é o desenvolvimento de uma plataforma para implementação de caracterizadores probabilísticos de sequências e seu uso em predição de genes e caracterização de famílias de ncRNAs.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (5) / Doutorado: (2) . Integrantes: Alan Mitchell Durham - Coordenador / André Yoshiaki Kashiwabara - Integrante / Paschoal, Alexandre Rossi - Integrante / Igor Bonadio - Integrante / Vitor Onuchic - Integrante / Rafael Mathias Ferreira - Integrante / Laecio Freitas Chaves - Integrante.
Membro: Alan Mitchell Durham.
23.   2010-2012. Uma proposta para Melhoria de Processo de Software Baseada em Metodologias Ageis
Descrição: Objetivo deste projeto como um todo é a proposta de uma abordagem para Melhoria de Processos de Software adequada à realidade nacional. Para tal este projeto foi dividido em três subprojetos com linhas de pesquisa específicas, mas são complementares na questão de resultados esperados. O primeiro subprojeto, observado na Seção 2.1, tem dois objetivos. O primeiro é propor uma abordagem para Melhoria de Processo de Software que seja adequado a micro e pequenas empresas. O segundo subprojeto tem como papel dentro projeto maior apoiar o primeiro subprojeto quanto a avaliação da continuidade do programa de melhoria ao longo do tempo. O terceiro subprojeto também serve como apoio ao primeiro subprojeto por que este considera a aprendizagem organizacional que é o objetivo do todo programa de melhoria de processo, e que auxilia em seu crescimento.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (3) . Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Coordenador / Fabio Kon - Integrante / Alexandre Marcos Lins de Vasconcelos - Integrante / Cristine Martins Gomes de Gusmão - Integrante.
Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.
24.   2010-2013. Uma proposta para melhoria de processo de software baseada em Metodos Ageis
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (3) . Integrantes: Fabio Kon - Coordenador / Alfredo Goldman - Integrante / Claudia Oliveira de Melo - Integrante / Viviane Santos - Integrante / Celio Santana - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 4
Membro: Fabio Kon.

2009

1.   2009-2011. A methodology and related technology for multi-agent simulation
Descrição: Multi-agent systems are useful to model complex systems in which the entities to be studied can be decomposed into several interacting pieces called agents. Human societies, computer networks, neural tissue and cell biology are examples of systems that can be seen from this perspective. There are a number of ways that such modelling can be done, ranging from purely formal approaches to entirely experimental ones. Our work, which is situated between these two extremes, focuses on employing simulation in order to study such multi-agent models. That is, we specify the agents as computer programs and run interesting scenarios in a simulator, hoping to learn something about the model after several simulations. As one would expect, simple simulation approaches of this kind are already in use nowadays. However, they are also rather naive with respect to automated analysis of simulation results. Typically, one merely runs the simulation several times and collect statistics about some variables. Clearly, though, as the simulation runs in a computer and is specified as a program, it must be possible to perform many kinds of automated analyses beyond such simple statistics compilation. Our work, thus, focuses on this issue: what kind of algorithms, theories and software infrastructure are required in order to have a simulator capable of helping an experimenter discover useful information about a simulation model. We believe that many ideas and techniques from the Formal Methods and Software Testing communities can be successfully adapted to this context. The crucial insight here is that simulations can be seen as incomplete explorations of state-spaces, and as such we can hope, for example, to apply approximate versions of Model Checking and other techniques of automated reasoning. To fulfill this vision, we intend to develop both the necessary theory and its implementation as a simulator. We expect, thus, to create a technology that can signific. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Ana Cristina Vieira de Melo - Coordenador / Paulo Salem da Silva - Integrante / Marie-Claude Gaudel - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa.Número de orientações: 1
Membro: Ana Cristina Vieira de Melo.
2.   2009-2011. Development of Computational Methods for Large Scale Gene Regulatory Networks: Construction and Structural Analysis.
Descrição: The main goal pursued by this project is to develop innovative computational methods using supercomputer to construct large scale gene regulatory networks and to design algorithms to mine properties related to diseases in network´s structure.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Coordenador. Financiador(es): RIKEN - Auxílio financeiro.
Membro: Andre Fujita.
3.   2009-2011. HORIZON
Descrição: The TCP/IP model encounters limitations in wireless, mobile, ad hoc environments and RFID and sensors networks. These limitations will possibly grow in future wireless environments due to high data throughput, high speed mobility or power limitations (sensors networks or RFIDs). This can be seen through power consumption measurements on sensors networks: the TCP/IP model requires loads of power. The TCP/IP protocol stack low efficiency is also proven by a considerable number of networks in which power consumption, high throughput and long distance links are required. This shows a new architecture is needed. These research project's proposals are focused on a new automatic piloting system which includes intelligent mechanisms ready to learn the context and adapt protocols to the current situation. The key idea of this research project is to introduce a new intelligent architecture adapted to virtual networks. This new intelligent architecture should be easily implemented, scalable, secure, robust and should also provide quality of service guarantee on demand. Choosing the virtual network to be used depends on the context and on the service to be offered. In order to reach this project's goal, a piloting plan which allows the network elements to define their situated view is going to be used. The situated view is used to decide which resources are going to be used by different virtual networks. With the purpose to build the piloting plan, a multiagent system is going to be applied. Besides, a learning process is added so that the system becomes able to real-time pilot the network. Horizon is a bi-national research project selected by the Brazilian Communication Ministry and the French National Research Agency (ANR).. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Daniel Macêdo Batista - Integrante / Otto Carlos Muniz Bandeira Duarte - Coordenador. Financiador(es): Financiadora de Estudos e Projetos - Auxílio financeiro.
Membro: Daniel Macedo Batista.
4.   2009-2011. Laboratorio de Interoperabilidade
Descrição: laboratório de pesquisas. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Flavio Soares Correa da Silva - Coordenador. Financiador(es): Microsoft Corporation - Auxílio financeiro.
Membro: Flavio Soares Correa da Silva.
5.   2009-2012. LogProb
Descrição: Projeto Temático. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Renata Wassermann - Integrante / Marcelo Finger - Coordenador / Leliane Nunes de Barros - Integrante / Paulo Eduardo Santos - Integrante / Fabio Gagliardi Cozman - Integrante / Anna Helena Reali Costa - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Renata Wassermann.
6.   2009-2013. MOBILE: Processos Musicais Interativos
Descrição: Este projeto tem como tema central a utilização e desenvolvimento de processos interativos no âmbito da produção musical mediada tecnologicamente. São abordados aspectos teóricos e conceituais dos processos interativos, bem como a produção de sistemas interativos de composição, performance e auralização. Os trabalhos estão agrupados em quatro linhas de pesquisa que funcionam de maneira integrada: 1) Sonologia; 2) Desenvolvimento de sistemas interativos; 3) Produção artística com sistemas interativos; 4) Acústica musical, psicoacústica e auralização. O objetivo do projeto é constituir um corpo de pesquisa e criação musical apoiados em processos interativos. Esses processos envolvem questões como mobilidade, espacialidade, criação de sistemas e interfaces, mapeamento de gestos, análise de repertório e produção artística interativa. Embora o foco esteja na produção musical, quatro áreas principais irão atuar de maneira integrada: a música, as artes visuais, a ciência da computação e a engenharia. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (5) / Doutorado: (4) . Integrantes: Marcelo Gomes de Queiroz - Integrante / Fernando Iazzetta - Coordenador / Fábio Kon - Integrante / Flávio Soares Corrêa da Silva - Integrante / Régis Rossi Faria - Integrante / Cesar Villavicencio - Integrante / Rogério Costa - Integrante / Sílvia Laurentiz - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 9
Membro: Marcelo Gomes de Queiroz.
Descrição: projeto temático multidisciplinar - FAPESP. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Flavio Soares Correa da Silva - Integrante / Fernando Iazzetta - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Flavio Soares Correa da Silva.
Descrição: Desenvolvimento de pesquisa científica sobre a utilização de novas tecnologias na produção artística, com foco em música interativa.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (10) / Mestrado acadêmico: (8) / Doutorado: (6) . Integrantes: Fabio Kon - Integrante / Fernando Iazzetta - Coordenador / Nelson Posse Lago - Integrante / Marcelo Gomes de Queiroz - Integrante. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Fabio Kon.
7.   2009-2010. Modelagem do ciclo celular
Descrição: Este projeto visa construir modelos quantitativos que permitam prever fenõmenos relacionados com o ciclo celular.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Junior Barrera - Integrante / Hugo Aguirre Armelin - Coordenador.
Membro: Junior Barrera.
8.   2009-2012. Projeto Tematico Fapesp LOGPROB: Logica Probabilistica --- Fundamentos e Aplicacoes Computacionais
Descrição: LOGPROB: Probabilistic Logic --- Foundations and Computational Applications Principal Investigator: Marcelo Finger, FAPESP (Brazilian Funding Agency) Thematic Project 2008/03995-5, 2009-2012.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (6) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (15) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (4) . Integrantes: Marcelo Finger - Coordenador / Renata Wassermann - Integrante / Leliane Nunes de Barros - Integrante / Fabio Gagliardi Cozman - Integrante / Paulo Eduardo Santos - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Marcelo Finger.
9.   2009-2011. Teoria e Software em Metodos Computacionais de Otimizacao (Auxilio Pesquisa FAPESP 2009-10241-0)
Descrição: O objetivo do presente projeto é desenvolver métodos computacionais de otimização. Pretendemos abordar todos os aspectos do desenvolvimento de métodos de otimização. Começaremos desenvolvendo a teoria que dá o embasamento teórico dos métodos e de sua convergência. No aspecto prático, pretendemos implementar algoritmos pertinentes para cada tipo de problema abordado, incluindo aqui problemas de grande porte que requerem o uso de estruturas de dados adequadas. Ademais, ainda do ponto de vista prático, o objetivo final é desenvolver software livre.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Coordenador / Rafael Durbano Lobato - Integrante / Erico M. Gozzi - Integrante / Boris Chullo Llaves - Integrante / Luis Henrique Bustamente - Integrante / Jessé Américo Gomes de Lima - Integrante / Phillipe Rodrigues Sampaio - Integrante / Ricardo Luiz Andrade - Integrante / Jan Marcel Paiva Gentil - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Ernesto Julian Goldberg Birgin.
10.   2009-2011. Teoria e Software em Metodos Computacionais de Otimizacao (Edital MCT/CNPq 70/2008 - Mestrado/Doutorado, Processo: 552102/2009-1)
Descrição: O objetivo do presente projeto é desenvolver métodos computacionais de otimização. Pretendemos abordar todos os aspectos do desenvolvimento de métodos de otimização. Começaremos desenvolvendo a teoria que dá o embasamento teórico dos métodos e de sua convergência. No aspecto prático, pretendemos implementar algoritmos pertinentes para cada tipo de problema abordado, incluindo aqui problemas de grande porte que requerem o uso de estruturas de dados adequadas. Ademais, ainda do ponto de vista prático, o objetivo final é desenvolver software livre. O presente projeto encaixa-se nas áreas de Matemática, Computação e Software, qualificadas como estratégicas no Edital ao qual este projeto se destina, e tem duração prevista de 24 meses.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
Membro: Ernesto Julian Goldberg Birgin.
11.   2009-2010. TimeSaver
Descrição: Automação de serviços públicos e e-Gov, oferecidos pela web com interface baseada em mundos virtuais e agentes autônomos inteligentes.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: Flavio Soares Correa da Silva - Coordenador / Rosa Alarcon - Integrante. Financiador(es): Latin American and Caribbean ICT Research - Auxílio financeiro.
Membro: Flavio Soares Correa da Silva.
12.   2009-2010. Web Services confiaveis - Um estudo sobre os problemas atuais
Descrição: Aplicativos Web Services oferecem serviços através de uma rede e são cada vez mais utilizados para integrarem sistemas e soluções das mais variadas complexidades. Os Web Services estão sendo cada vez mais usados em sistemas altamente complexos, principalmente com a chegada da web 2.0. Em alguns cenários com maior criticidade, a confiança no Web Service passa a ser um fator de fundamental importância. Atualmente, uma das suas principais características é o fato de que sua comunicação é feita em um ambiente com baixa confiabilidade, como a Internet, cujos protocolos de comunicação nem sempre provêm as garantias necessárias de funcionamento correto. De fato, isso é uma barreira que impede que empresas invistam em aplicativos críticos que dependam de integração com Web services. Com o objetivo de garantir um serviço de qualidade, a comunidade acadêmica e até mesmo a indústria têm despendido um grande esforço para definir modelos de Qualidade de Serviço especificamente para Web Services, e estudar alternativas para o problema de forma a aumentar a confiabilidade nos serviços oferecidos por eles. Estudar a fundo uma possível solução requer conhecimento sobre as diversas alternativas já pesquisadas e sobre as tendências tecnológicas que prometem ajudar a suprir as atuais necessidades. Assim, a proposta do presente estudo é analisar os principais problemas relacionados à confiabilidade de Web Services, com o objetivo de obter as informações necessárias para prover subsídios de como implementar soluções adequadas a situações específicas. Além disso, o estudo pode servir como referência para que sejam pesquisadas novas soluções.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Ana Cristina Vieira de Melo - Coordenador / Paulo Roberto de Araújo França Nunes - Integrante. Financiador(es): Serasa-Experian Fundação de Apoio à Pesquisa - Bolsa.Número de orientações: 1
Membro: Ana Cristina Vieira de Melo.

2008

1.   2008-2010. Ambiente Integrado para Verificacao e Teste da Coordenacao de Componentes Tolerantes a Falhas
Descrição: Com o crescimento e popularização do mercado de componentes, muitos fornecedores de software têm se especializado no desenvolvimento e comercialização de componentes que atendam às necessidades específicas dos desenvolvedores de sistemas. Estes componentes são mais conhecidos como Commercial-Off-The-Shelf . Entretanto, a montagem de sistemas corporativos que sejam confiáveis e tolerantes a falhas, a partir da integração de componentes comerciais, tem-se mostrado uma atividade relativamente complexa. Garantir que esta integração não falhe passou a ser algo imprescindível. Com o objetivo de definir quais requisitos são necessários para estabelecer um bom teste do software, definem-se os critérios de teste. Mesmo considerando o direcionamento da escolha de conjuntos de testes a serem realizados a partir dos critérios, tais conjuntos são, na sua maioria, ainda muito complexos. Uma outra abordagem para garantir o funcionamento do software como inicialmente especificado, são as técnicas de verificação formal de programas, as quais garantem que os programas funcionam de acordo com a especificação ou atendem a um conjunto de propriedades relevantes. A viabilidade prática de testes de software depende de mecanismos e ferramentas que auxiliem esta atividade, de forma a automatizar a geração de casos e dados de testes a serem aplicados. Por outro lado, a aplicação prática de verificadores formais em linguagens de programação depende da predefinição de propriedades, já que os "desenvolvedores" de software, em geral, não possuem treinamento adequado para definir novas propriedades. Além disso, faz-se necessário o uso conjunto de ferramentas de ambas as atividades para que sejam exploradas suas complementariedades. Este projeto de Mestrado se propõe a desenvolver um ambiente integrado para a verificação e teste de protocolos para a coordenação do comportamento execepcional de componentes.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Ana Cristina Vieira de Melo - Coordenador / Simone Hanazumi - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.Número de orientações: 1
Membro: Ana Cristina Vieira de Melo.
2.   2008-2011. Bolsa PQ/CNPq: Computacao Musical, Otimizacao e Aplicacoes
Descrição: Bolsa de Produtividade em Pesquisa, nível 2. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcelo Gomes de Queiroz - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
Membro: Marcelo Gomes de Queiroz.
3.   2008-2013. CinAPCe: Centro Multimodal de Neuroimagens para estudos em Epilepsia
Descrição: Este projeto visa a criação de uma rede de pesquisa multidisciplinar para adquirir tecnologia de ponta e estudar a dinâmica cerebral associada a epilepsias e outras doenças degenerativas. O projeto envolve pesquisadores de várias instituições do Estado de São Paulo. Eu listo alguns dos pesquisadores principais. Minha colaboração está em técnicas de segmentação de imagens médicas, visando a análise de assimetrias cerebrais, as quais possam ser exploradas no estudo, detecção e tratamento de várias doenças neurológicas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Paulo André Vechiatto de Miranda - Integrante / Alexandre Xavier Falcão - Integrante / Bergo, Felipe P. G. - Integrante / Favretto, F. - Integrante / CAPPABIANCO, Fábio - Integrante / Guilherme C. S. Ruppert - Integrante / Fernando Cendes - Coordenador / Li Min - Integrante / Roberto Covolan - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 10
Membro: Paulo Andre Vechiatto de Miranda.
4.   2008-2009. Construcao de Componentes Concorrentes na Abordagem de Desenvolvimento Baseado em Modelos Formais
Descrição: Component-based software is one of the reuse approaches successfully used. The task of developing software components can be seen from two different perspectives. One that would take care of building components useful in many different situations, and another that would develop the final software using these reusable components. Naturally, technology alone does not guarantee the creation of reusable components. Truly component-oriented approaches require methods that can define what kind of entities the components must represent, how they are composed and how such compositions are to be employed. Having all this together to end up with a set of components easily built and that can be reused in an appropriate way is not very straightforward. To make components construction more cost-effective and of a better quality, the model-driven development can be adopted. In this case, a design model language is required for components design, together with a code generation mechanism. Booster is a design language developed at the University of Oxford (UK) for components construction via code generation. It is an object-oriented language based on formal methods, namely B and Z, that is actually able to generate components under the contexts of sequential composition. In practice, however, component-based software naturally encompass contexts in which components are concurrently composed instead of purely sequential. This project is about a study on how to improve the model-driven components development with concurrent composition. From a theoretical point-of-view, a study on the abstraction level for specifying, through formal means, the required and provided interfaces of components must be carried on to end up with a model from which programs code can be generated. Also, mechanisms for components orchestration in the context of concurrent composition must be developed in order to provide an architecture and a corresponding protocol to coordi. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Cristina Vieira de Melo - Coordenador / Jim Davies - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa.
Membro: Ana Cristina Vieira de Melo.
5.   2008-Atual. Expressao genica em tumores do estomago e do esofago: da biologia ao diagnostico
Descrição: Os tumores da porção superior do trato digestivo (esôfago e estômago) representam um importante desafio na pesquisa sobre o câncer. A grande maioria dos pacientes é diagnosticada tardiamente e, por conseqüência, com prognóstico bastante limitado. Enquanto os adenocarcinomas de estômago representam a segunda maior cause de morte relacionada ao câncer, os adenocarcinomas do esôfago apresentam a maior taxa de crescimento percentual nos Estados Unidos e Europa, assim como nas populações de maior renda no hemisfério sul. Os adenocarcinomas do estômago e do esôfago estão freqüentemente associados a processos inflamatórios da mucosa normal. Esse processo inflamatório crônico leva à substituição da mucosa normal por um tecido colunar do tipo intestinal, denominado metaplasia intestinal do estômago e que, no esôfago, recebe a denominação de mucosa de Barrett. Essas duas patologias não devem ser consideradas doenças pré-malígnas, uma vez que a taxa de transformação em adenocarcinomas é reduzida, mas representam o fator de risco mais importante para os adenocarcinomas dos dois órgãos. Usando a metodologia de microarranjos de DNA, estudamos as características moleculares de amostras de tecido representando mucosa normal, metaplasia intestinal e adenocarcinomas desses dois órgãos. Com base nestes dados, aplicamos ferramentas matemáticas e estatísticas para identificar assinaturas moleculares capazes de classificar precisamente as amostras. Também, foi possível definir um conjunto de alterações em vias metabólicas relacionadas aos processos inflamatórios e de metabolismo de glicerolípedes que poderão contribuir para o entendimento da origem e dos processos moleculares envolvidos na transformação maligna. Neste projeto, pretendemos criar uma rede de instituições e pesquisadores com tradição de pesquisa em tumores de estomago e esôfago que permitirá acesso a um número maior de amostras com dados clínicos e epidemiológicos associados. Com essas amostras, pretendemos estabelecer uma. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (5) Doutorado: (5) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Luis Fernando Reis - Coordenador / Neves, E Jordão - Integrante.
Membro: Roberto Hirata Junior.
6.   2008-2010. Gerenciamento de Recursos, Tolerancia a Falhas e Escalabilidade em Grades Computacionais Autonomas
Descrição: O projeto aqui proposto visa o desenvolvimento de uma versão completa do middleware do InteGrade, que opere de modo autônomo em ambientes de grande escala e forneça suporte a ambientes de computação móvel e computação ubíqua. Apesar dos avanços já obtidos e do nível de maturidade do projeto, ainda existem diversos desafios que precisamos atacar. Em particular iremos concentrar a pesquisa em áreas que permitirão o funcionamento da grade de forma mais autônoma, diminuindo a necessidade atual de intervenção de administradores humanos; estas áreas incluem escalonamento inteligente, tolerância a falhas, mobilidade, fornecimento de garantias de qualidade de serviço e armazenamento distribuído de dados de forma robusta. Iremos também explorar o uso da grade para diferentes classes de aplicações e aprimorar a sua escalabilidade.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Integrante / Siang Wun Song - Integrante / Fabio Kon - Coordenador / Markus Endler - Integrante / Raphael Y. de Camargo - Integrante / Renato Cerqueira - Integrante / Francisco José da Silva e Silva - Integrante / Fernando Castor Filho - Integrante / Fabio Moreira Costa - Integrante / Edson Caceres - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.
7.   2008-2012. High Performance Verified Computing (HPVC)
Descrição: Projeto Capes - DAAD (PROBAL). Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (4) . Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Integrante / Mariana Luderitz Kolberg - Integrante / Gerd Bohlender - Integrante / Luiz Gustavo Fernandes - Coordenador / Walter Krämer - Integrante. Financiador(es): Deutscher Akademischer Austauschdienst - Auxílio financeiro / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.
Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.
8.   2008-2011. JamSession - a decentralized architecture for virtual worlds and the web 3.0
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (5) . Integrantes: Flavio Soares Correa da Silva - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Microsoft Research - Auxílio financeiro.
Membro: Flavio Soares Correa da Silva.
9.   2008-2012. Logica Probabistica: Fundamentos e Aplicacoes Computacionais
Descrição: Projeto Temático FAPESP, processo 2008/03995-5, em Lógica e Probabilidade, com aplicações em Planejamento Probabilístico e Raciocínio Espacial, sob coordenação de Marcelo Finger, e pesquisadores principais, Leliane Nunes de Barros e Fábio Cozman. Resumo: Das possíveis formas de raciocínio que um agente racional pode utilizar, o raciocínio lógico e as inferências probabilisticas estão entre as que recebem maior destaque na prática, sendo incorporadas em modelos e em programas de computador para a realização das mais diversas tarefas. No entanto, as interações possíveis entre estas formas de raciocínio ainda não são muito bem compreendidas, tanto do ponto de vista teórico como no de aplicações computacionais. Do ponto de vista teórico, ainda está-se por estabelecer, de forma equívoca, relações entre valores verdades e distribuições de probabilidades sobre fórmulas. Do ponto de vista de aplicações, ainda está-se tentanto estabelecer a fronteira entre quando empregar inferências lógicas e quando empregar inferências estatísticas. Este projeto pretende investigar estas questões, tanto do aspecto teórico quanto do aspecto de aplicações computacionais. Abordaremos a área de satisfatibilidade probabilística, lógicas de descrição probabilísticas para web semântica, planejamento probabilístico e análise de cenas. Estre projeto pretende desenvolver softwares que abordem os temas investigados e disponibilizá-los através de uma licença de software livre dentro do escopo da Divisão de Inteligência Artificial do Centro de Competência em Software Livre da USP.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (4) / Doutorado: (4) . Integrantes: Leliane Nunes de Barros - Integrante / Paulo Eduardo Santos - Integrante / Fabio Cozman - Integrante / Anna Helena Reali Costa - Integrante / Karina Valdivia Delgado - Integrante / Renata Wasserman - Integrante / Marcelo Finger - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Leliane Nunes de Barros.
10.   2008-2009. Models and Algorithms for Integrative Biology
Descrição: STIC AmiSud. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Cristina Gomes Fernandes - Integrante / Roberto M. Cesar Jr. - Coordenador.
Membro: Cristina Gomes Fernandes.
11.   2008-2013. Metodos de Aproximacao para Computacao Visual
Descrição: O objetivo deste projeto é o desenvolvimento de algoritmos, técnicas matemáticas e ferramentas de software para problemas de computação visual (processamento de imagens, computação gráfica e visão computacional). Minha colaboração será em técnicas de segmentação de imagens e vídeos. O projeto envolve vários pesquisadores da UNICAMP. Eu cito alguns.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Paulo André Vechiatto de Miranda - Integrante / Alexandre Xavier Falcão - Integrante / Ricardo da Silva Torres - Integrante / João Paulo Papa - Integrante / T.V. Spina - Integrante / Leonardo Marques da Rocha - Integrante / Jorge Stolfi - Coordenador / Neucimar Jerônimo Leite - Integrante / Siome Goldenstein - Integrante / Giovani Chiachia - Integrante / Maíra Saboia - Integrante / Cesar Castelo Fernandez - Integrante / Jefersson Alex dos Santos - Integrante / André Tavares da Silva - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 7
Membro: Paulo Andre Vechiatto de Miranda.
12.   2008-2012. Predicao Intrinsecamente Multivariada e Redes Booleanas Probabilisticas Contextuais
Descrição: As reações químicas que resultam na expressão de genes no nível molecular são complexas e ainda não são totalmente compreendidas. Um aspecto importante deste fenômeno é a interação entre os genes. Sabe-se que os genes enviam, recebem e processam informações formando uma complexa rede de comunicação. Em particular, em algumas rede de comunicação, é conhecido o fato de existirem genes mestres que têm um amplo poder de regulação sobre outros genes escravos. A existência desses genes mestres que podem restringir, ou canalizar, um sistema a certos estados biológicos particulares foi originalmente proposta por Conrad Waddington em 1942. Tais genes mestres são chamados de genes canalizadores. Como é de se esperar, a análise de um sistema complexo e altamente integrado para identificar tais genes canalizadores a partir de amostras de dados biológicos tais como microarrays é uma tarefa bastante difícil. Recentemente, em um trabalho desenvolvido a partir de observações de genes canalizadores, introduzimos o conceito de genes de predição intrinsicamente multivariada e descrevemos analiticamente suas propriedades. O modelo de genes IMP captura a idéia de canalização de um sistema biológico com respeito a genes que podem forçar ações corretivas amplas em processos celulares. Um dos objetivos deste projeto de pesquisa é fazer uma extensão deste estudo para obter características que são cruciais para produzir genes IMPs em redes de regulação gênica. Posteriormente o intuito é avançarmos a pesquisa para encontrar métodos que identifiquem redes Booleanas probabilísticas contextuais que contenham genes IMPs a partir de dados biológicos tais como microarrays.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (1) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Edward R Dougherty - Integrante / Michael L Bittner - Integrante / Ulisses Braga-Neto - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
13.   2008-2011. Processamento, Visualizacao e Analise de Imagens Medicas
Descrição: Estudo e desenvolvimento de técnicas de processamento de imagens, com ênfase em duas aplicações: imagens de ressonância magnética do cérebro humano e imagens de microscopia óptica de parasitos intestinais. No primeiro caso, o projeto visa a análise de assimetrias cerebrais e sua relação com doenças degenerativas, tais como epilepsia, auxiliando à pesquisa em neurologia. No segundo caso, o projeto visa a automatização completa do diagnóstico de enteroparasitoses por análise de imagens. O projeto envolve a transformada imagem-floresta como metodologia principal; técnicas de otimização para registro de imagens; técnicas de rendering; e análise de padrões em imagens.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Paulo André Vechiatto de Miranda - Integrante / Alexandre Xavier Falcão - Coordenador / Felipe P.G. Bergo - Integrante / João Paulo Papa - Integrante / Favretto, F. - Integrante / CAPPABIANCO, Fábio - Integrante / Guilherme C. S. Ruppert - Integrante / T.V. Spina - Integrante / Luiz Fernando Pinto - Integrante / Leonardo Marques da Rocha - Integrante / Giovani Chiachia - Integrante / Maíra Saboia - Integrante / Cesar Castelo Fernandez - Integrante / Jefersson Alex dos Santos - Integrante / André Tavares da Silva - Integrante / Jan Carlo Ferreira Gomes - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Número de produções C, T A: 11
Membro: Paulo Andre Vechiatto de Miranda.
14.   2008-2009. Proj. CNPq/Edital Universal 2007 - Otimizacao Combinatoria: Teoria, Projeto de Algoritmos e Aplicacoes.
Descrição: Projeto coordenado por C.E. Ferreira, com 8 pesquisadores da USP, UFRJ e UFMS.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Yoshiko Wakabayashi - Integrante / C. E. Ferreira - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Yoshiko Wakabayashi.
15.   2008-2010. Projeto Borboleta - Computacao Movel para Atendimento Domiciliar de Saude
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Flavio Soares Correa da Silva - Integrante / Fábio Kon - Coordenador. Financiador(es): Microsoft Research - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Flavio Soares Correa da Silva.
16.   2008-2010. Redes de interacao genica ``semeadas'' por cliques
Descrição: No presente projeto de pesquisa pretende-se estudar subsistemas biológicos dentro de um sistema complexo usando o modelo de Redes Booleanas Probabilísticas e a abordagem de aprendizado estatístico e computacional. O número de genes a ser considerado no subsistema é pequeno de forma a viabilizar as inferências entre os genes de estudo e, simplificar os modelos matemáticos e computacionais. A importância deste trabalho é que os algoritmos desenvolvidos podem ajudar pesquisadores a encontrar genes ainda não conhecidos envolvidos em importante processos biológicos, além de fortalecer a colaboração dos grupos envolvidos (Brasil, Argentina e USA).. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador / Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Rodrigo Assirati Dias - Integrante / Santos, Carlos S. - Integrante / Rodrigo Flores - Integrante / Carlos Higa - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Roberto Hirata Junior.
17.   2008-2010. Revisao de Especificacoes Formais
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Renata Wassermann - Coordenador / Marcelo Finger - Integrante / Mario Roberto Folhadela Benevides - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Renata Wassermann.
18.   2008-2009. Tecnicas de Otimizacao para Problemas Combinatorios
Descrição: Universal CNPq. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Cristina Gomes Fernandes - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador.
Membro: Cristina Gomes Fernandes.

2007

1.   2007-2009. Abordagens hierarquicas para classificacao de dados
Descrição: Classificação de dados é uma parte fundamental em diversos problemas reais. Em muitas aplicações, técnicas de treinamento são utilizadas para ajuste dos parâmetros dos classificadores a partir de amostras de dados pré-classificados. Problemas com grande número de classes requerem o ajuste de muitos parâmetros. Uma das conseqüências disto é a necessidade de grande tempo de treinamento e pouca precisão estatística nos ajustes. Uma abordagem comum para contornar essas dificuldades consiste na decomposição do problema original de classificação em subproblemas mais tratáveis, seguida de composição das soluções dos subproblemas para a obtenção de uma solução para o problema original. No entanto, na prática, as formas de decomposição e composição são realizadas experimentalmente, tornando-se também um processo demorado. Este projeto propõe o estudo e elaboração de técnicas para automatizar a escolha da forma de decomposição/composição. Teste e validação dessas técnicas serão realizadas no contexto de projeto de operadores morfológicos para processamento de imagens e em reconhecimento de símbolos em expressões matemáticas manuscritas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Não informado.
Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata.
2.   2007-2009. Analise e Classificacao de Comportamentos de Doadores de Sangue em Banco de Dados Multidimensionais
Descrição: Um dos desafios para aplicações E-Science é a análise em larga escala de séries temporais, originárias de grandes bancos de dadosmultidimensionais. Este projeto propõe a integração de algoritmos de visualização e classificação não-supervisionada de séries temporais armazenadas em banco de dados multidimensionais. Esta integração será validada com a utilização de um banco de dados real de doadores de sangue de três grandes hemocentros do Brasil, de modo a melhor caracterizar o comportamento desses doadores tendo em vista a melhoria da segurança transfusional.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / João Eduardo Ferreira - Coordenador / Ester Cerdeira Sabino - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata.
Descrição: Um dos desafios para aplicações E-Science é a análise em larga escala de séries temporais, originárias de grandes bancos de dados multidimensionais.#10;Este projeto propõe a integração de algoritmos de visualização e classificação não-supervisionada de séries temporais armazenadas em banco de dados multidimensionais. Essa integração será validada com a utilização de um banco de dados real de doadores de sangue de três grandes hemocentros do Brasil, de modo a melhor caracterizar o comportamento desses doadores tendo em vista a melhoria da segurança transfusional.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / Ester C. Sabino - Integrante / Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante. Financiador(es): (CNPq) Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Joao Eduardo Ferreira.
3.   2007-2010. Borboleta
Descrição: Um sistema de telessaúde para apoio ao atendimento domiciliar no contexto do SUS.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (6) / Mestrado acadêmico: (6) / Doutorado: (1) . Integrantes: Fabio Kon - Coordenador / Flavio S C Silva - Integrante / Routo Terada - Integrante / Rubens Kon - Integrante / João Eduardo Ferreira - Integrante. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Fabio Kon.
4.   2007-2009. Computacao Musical e Aplicacoes
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (2) . Integrantes: Marcelo Gomes de Queiroz - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.Número de orientações: 5
Membro: Marcelo Gomes de Queiroz.
5.   2007-2009. Coordenador de projeto CAPES-COFECUB: Raciocinio espacial em imagens: modelagem de relacoes espaciais complexas entre objetos em funcao de formas e novas abordagens para o reconhecimento de estruturas em sequencias de video
Descrição: Projeto em colaboração com a Professora Isabelle Bloch (ENST-Paris): O raciocínio espacial em imagens é uma área de pesquisa ainda muito pouco desenvolvida, necessitando da criação de modelos de representação das entidades espaciais, de suas relações e de sua integração em modos de raciocínio. A importância das relações espaciais para o reconhecimento estrutural de padrões já foi mostrada em diversas situações. Entretanto, tais relações possuem diferentes significados dependendo da forma dos objetos envolvidos, podendo ainda variar com o tempo em seqüências de vídeo. Este projeto prevê o desenvolvimento de modelos matemáticos para tais relações, bem como de algoritmos de reconhecimento que os explorem no contexto de análise de imagens. Está previsto o desenvolvimento de modelos matemáticos baseados em conjuntos nebulosos que permitam a exploração de ferramentas de fusão de informações e de raciocínio. Tais modelos serão integrados a representações por grafos para o raciocínio e o reconhecimento de padrões. Aplicações previstas incluem o processamento de imagens médicas do cérebro e o reconhecimento de faces em seqüências de vídeo.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / Isabelle Bloch - Integrante / Luis A. Consularo - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.
Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior.
6.   2007-2009. Estruturas discretas, complexidade e algoritmos (Edital MCT/CNPq 15/2007 - Universal, Proc. 485671/2007-7)
Descrição: O objetivo central da pesquisa proposta é investigar objetos combinatórios relevantes à matemática discreta e à teoria da computação, dando especial ênfase a aspectos estruturais clássicos, algorítmicos e não-algorítmicos, e a aspectos envolvendo a complexidade dos objetos de interesse. Subtemas específicos de pesquisa: (i) problemas estruturais sobre grafos e matróides, (ii) combinatória extremal, probabilística e assintótica, (iii) pseudoaleatoriedade em combinatória e em teoria da computação, e (iv ) algoritmos sobre estruturas discretas e aplicações.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Integrante / Arnaldo Mandel - Integrante / José Coelho de Pina - Integrante / Paulo Feofiloff - Integrante / Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Cristina G. Fernandes - Integrante / José Augusto Ramos Soares - Integrante / Fernando José Oliveira de Souza - Integrante / Manoel lemos - Coordenador / Sóstenes Lins - Integrante / Carlos Gustavo T. de A. Moreira - Integrante / Roberto Imbuzeiro M. F. de Oliveira - Integrante / Alair Pereira do Lago - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Integrante / André Luiz Pires Guedes - Integrante / Jair Donadelli Júnior - Integrante / Renato José da Silva Carmo - Integrante.
Membro: Ernesto Julian Goldberg Birgin.
7.   2007-2009. Formalizacao da Orquestracao de Componentes Tolerantes a Falhas
Descrição: Com a popularização das redes de computadores e dos gerenciadores de banco de dados, os sistemas de informação tornaram-se elementos essenciais de suporte a processos de negócio de empresas fornecedoras de serviços indispensáveis à sociedade, tais como automação bancária e telefonia. Esses sistemas modernos são também considerados de missão crítica pois qualquer falha pode provocar, além de prejuízos financeiros, desgastes na imagem e reputação da empresa envolvida. A utilização de componentes na estruturação desses sistemas promove maior qualidade, confiabilidade e flexibilidade ao produto e agiliza o processo de desenvolvimento. Entretanto, para que estes benefícios sejam totalmente observados, é fundamental que os provedores de componentes projetem-nos com especificações precisas, completas e consistentes. Uma estratégia para a especificação de componentes tolerantes a falhas é informar a ocorrência de erros através de exceções e realizar a recuperação dos mesmos por rotinas de tratamento correspondentes. Contudo, o uso de notações precisas para representar os componentes tolerantes a falhas contribuem mas não são o suficiente para obtermos sistemas confiáveis. A falta de mecanismos adequados para a integração de componentes pode gerar comportamentos inesperados em sistemas construídos a partir da composição de componentes. Da mesma forma, a integração dos comportamentos referentes ao tratamento de falhas dos componentes também podem proporcionar comportamentos inesperados se não forem coordenados adequadamente. Este projeto tem como objetivo principal aprofundar os estudos e desenvolver mecanismos para a integração adequada (através de métodos formais) de componentes, tanto para o comportamento normal quanto para o associado ao tratamento de falhas. CNPq - Edital MCT/CNPq/CT-INFO no 07/2007 (Proc. 551038/2007-1). Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (3) . Integrantes: Ana Cristina Vieira de Melo - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Ana Cristina Vieira de Melo.
8.   2007-2009. Genome Network Project
Descrição: Construção de uma plataforma computacional para análise de dados biológicos em larga escala.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Integrante / Satoru Miyano - Coordenador. Financiador(es): Ministério da Educação, Cultura, Esportes, Ciência e Tecnologia do Japão - Auxílio financeiro.
Membro: Andre Fujita.
9.   2007-2009. IAPen -- InterActivePen: Interacao via dispositivos de escrita
Descrição: Para manipular um grande volume de dados, além de algoritmos ''inteligentes'' capazes de processar o conteúdo dos mesmos, é necessário termos formas efetivas de interagir com os dados. Tradicionalmente, a forma de interação com sistemas computacionais resume-se a interações via interfaces gráficas usando-se dispositivos como o teclado e o mouse. Dispositivos do tipo {\em tablet}, juntamente com uma caneta digital ( stylus), permitem a interação também via escrita. No entanto, a escrita ainda não é uma forma comum de interação, apesar de existirem várias situações nas quais a interação via escrita é mais natural do que via teclado ou mouse. Este projeto propõe investigar a escrita como meio de interação em dois contextos distintos (reconhecimento de expressões matemáticas manuscritas e segmentação de imagens) a fim de propor modelos genéricos de interação via escrita que possam também ser utilizados em outros contextos de aplicação. Desta forma, visa contribuir para a difusão de softwares capazes de explorar todo o potencial da escrita como mecanismo de interação.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata.
10.   2007-2009. Modelando e Inferindo Ciclo Celular usando Redes Booleanas Probabilisticas Contextuais
Descrição: Uma complexa rede molecular é responsável pelo processo de ciclo celular que divide uma célula em duas filhas. Com o intuito de modelar e entender o processo do ciclo celular, uma atenção considerável tem sido dada ao ciclo celular da levedura. Em particular, um modelo que tem chamado muita atenção no estudo de redes gênicas é o modelo de redes Booleanas probabilísticas contextuais que essencialmente é uma coleção finita de redes Boolenas com pertubação (BNp). Uma BNp é uma rede Booleana onde cada gene pode aleatoriamente mudar (trocar) seu valor a cada instante de tempo com uma pequena probabilidade de pertubação. Este projeto tem um objetivo $(i)$ estudar e propor um novo modelo estocástico para o ciclo celular da levedura usando redes Booleanas probabilísticas contextuais mais robusto e estável que o modelo de Zhang et al. e $(ii)$ propor um algoritmo dentro do modelo de redes Booleanas probabilísticas contextuais que a partir de dados de microarray do ciclo celular da levedura, encontre mais genes e/ou mais interações gênicas para serem acrescentados à rede de regulação modelado por Li et al. Espera-se com esta pesquisa, avançar nestes dois pontos para estudo e modelagem posterior de outros processos biológicos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Roberto Hirata Jr. - Integrante / Carlos Henrique Aguena Higa - Integrante / Nina S. T. Hirata - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.Número de orientações: 2
Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
11.   2007-2010. Nucleo de Excelencia em Otimizacao Continua (PRONEX - CNPq / FAPERJ E-26 / 171.510/2006 - APQ1)
Descrição: O objetivo deste projeto é a formulação, análise teórica, desenvolvimento e implementação de algoritmos para os problemas clássicos de otimização: programação linear e não linear, resolução de sistemas de equações lineares e não lineares, problemas de viabilidade convexa (ou seja resolução de sistemas de inequações convexas), problemas de complementaridade linear e não linear, problemas de equilíbrio geral, problemas de programação semi-definida e desigualdades variacionais. Outrossim, o núcleo abordará o estudo de técnicas de decomposição de descentralização para problemas estruturados, e o desenvolvimento de "software", apropriado para este tipo de problemas. Compete também ao núcleo a resolução de problemas práticos usando ferramentas típicas da otimização numérica.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Integrante / José Mario Martínez - Integrante / Maria Aparecida Diniz Ehrhardt - Integrante / Marcia Aparecida Gomes Ruggiero - Integrante / Carlos Humes Junior - Integrante / Clovis Caesar Gonzaga - Integrante / Véra Lúcia da Rocha Lopes - Integrante / Roberto Andreani - Integrante / Paulo Jose da Silva e Silva - Integrante / Ana Friedlander - Integrante / Walter F. Mascarenhas - Integrante / Francisco A. M. Gomes - Integrante / Sandra Augusta Santos - Integrante / Alfredo Noel Iusem - Coordenador / Margarida Pinheiro Mello - Integrante / Benar Svaiter - Integrante / Claudia Sagastizábal - Integrante / Mikhail Solodov - Integrante / Elizabeth Karas - Integrante / Rolando Otero - Integrante / Maria Laura Schuverdt - Integrante / Joao Xavier da Cruz Neto - Integrante / Luis Roman Lucambio Perez - Integrante / Susana Scheimberg - Integrante / Ademir Alves Ribeiro - Integrante / Orizon Pereira Ferreira - Integrante / Luis Mauricio Grana Drummond - Integrante / Maria Fernanda Raupp Pereira - Integrante. Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Ernesto Julian Goldberg Birgin.
12.   2007-2008. Proj. CNPq/Edital Universal 2006 - Estruturas Discretas:Algoritmos e Aplicacoes em Otimizacao Combinatoria
Descrição: Projeto coordenado por F.K. MIyazawa (UNICAMP), integrado por 8 pesquisadores da UNICAMP e da USP.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Yoshiko Wakabayashi - Integrante / F. K. Miyazawa - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Yoshiko Wakabayashi.
13.   2007-2008. Proj. CNPq/Edital Universal 2006 - Tecnicas de Otimizacao para Problemas Combinatorios
Descrição: Projeto CNPq - Edital Universal - na área de otimização combinatória coordenado por Carlos E. Ferreira. Integram a equipe 15 pesquisadores e 33 alunos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Yoshiko Wakabayashi - Integrante / C. E. Ferreira - Coordenador / G. F. Cintra - Integrante / Jose Coelho de Pina Jr. - Integrante / Marcia R.Cerioli - Integrante / Jose A. R. Soares - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Integrante / Liliane R.B. Salgado - Integrante / Said Sadique Adi - Integrante / Fabio H.V. Martinez - Integrante / Marco Aurélio Stefanes - Integrante / cristina - Integrante / Ernesto G. Birgin - Integrante / Debora P. Ronconi - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Yoshiko Wakabayashi.
14.   2007-2009. Redes de interacao genica semeadas por cliques
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante / Roberto Hirata Jr. - Coordenador / Marcel Brun - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante.
Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata.
15.   2007-2009. Sistemas de predicao de genes
Descrição: Este projeto visa o estudo de predição de genes, tanto de proteínas, como de RNAs não codificantes. O estudo concomitante destas duas áreas, em geral abordadas separadamente, visa tirar proveito de técnicas comuns na produção de melhores preditores de genes. Ambas as abordagens utilizarão o sistema MYOP, um arcabouço para construção de preditores de genes desenvolvido por nosso grupo. Predição de genes ainda é um problema em aberto, em particular a predição de genes de RNAs não codificantes. Porém, mesmo a predição de genes de RNAs codificantes ainda não é um problema resolvido, em particular se considerarmos a baixa taxa de sucesso na predição ab-initio dos genes completos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (2) . Integrantes: Alan Mitchell Durham - Coordenador / Arthur Gruber - Integrante / Zilá Paulino Simões - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 2 / Número de orientações: 3
Membro: Alan Mitchell Durham.
16.   2007-2010. Teoria e pratica dos problemas de corte e empacotamento (Tematico FAPESP 2006/03496-3)
Descrição: O objeto central deste projeto temático consiste no estudo dos Problemas de Corte e Empacotamento (PCE), os quais abrangem uma variedade de problemas de otimização combinatória caracterizados por uma estrutura comum que consiste em arranjar "itens dentro de um objeto". Este arranjo, em sua versão mais concreta, pode definir o corte de peças em estoque para a produção de itens encomendados, como também o empacotamento de caixas num contêiner. Apesar da enormidade de aplicações práticas desta "versão concreta", os problemas de corte e empacotamento surgem naturalmente em "arranjos simbólicos" como subproblemas importantes no uso de recursos escassos, que formam a essência dos problemas da pesquisa operacional, tais como seleção de projetos, dimensionamento de lotes, alocação de tarefas, etc. A relevância dos PCE's advém do crescente estímulo que as indústrias, em geral, têm recebido para otimizar seus processos. Este estímulo ocorre, entre outras causas, pela maior competitividade imposta pelas transformações que têm afetado a ordem econômica mundial. O Brasil se alinha nesta tendência e experimenta profundas mudanças no seu setor produtivo no que tange à modernização de seus processos produtivos, melhoria da qualidade de seus produtos e racionalização administrativa. Neste projeto visa-se o desenvolvimento de modelos matemáticos de problemas oriundos de ambientes industriais de corte e empacotamento, o desenvolvimento e/ou aperfeiçoamento de métodos de solução, o desenvolvimento de estudos computacionais, a identificação de novos problemas práticos, bem como a revisão de problemas da literatura. Estudos de Problemas de Corte e Empacotamento têm sido desenvolvidos por diversos pesquisadores em diferentes instituições de ensino/pesquisa no estado de S. Paulo, seja de forma independente ou já em colaboração. Por meio do presente projeto, busca-se dar continuidade à integração e/ou integrar novos grupos de pesquisadores neste tema, objetivando o inte. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Integrante / Débora Pretti Ronconi - Integrante / Marcia Aparecida Gomes Ruggiero - Integrante / Marcos Nereu Arenales - Coordenador / Valéria de Podesta Gomes - Integrante / Horácio Hideki Yanasse - Integrante / Reinaldo Morabito - Integrante / Antonio Carlos Moretti - Integrante / José Carlos Becceneri - Integrante / Nei Yoshihiro Soma - Integrante / Adriana Cesário de Faria Alvim - Integrante / Vinicius Amaral Armentano - Integrante / Aurelio Ribeiro Leite - Integrante / Clovis Perim Filho - Integrante / Andréa Carla Gonçalves-Vianna - Integrante / Silvio Alexandre de Araujo - Integrante / Vitória Pureza - Integrante / Franklina M. B. Toledo - Integrante / Maristela O. Santos - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Ernesto Julian Goldberg Birgin.
17.   2007-2009. Tecnicas de Otimizacao para problemas combinatorios (Edital MCT/CNPq 15/2007 - Universal, Proc. 486124/2007-0)
Descrição: Otimização Combinatória é a área da matemática que estuda métodos para encontrar pontos ótimos (máximo ou mínimo) de uma função definida sobre um certo domínio. Nos problemas desta área o domínio é finito, e os pontos podem ser enumerados. Entretanto, o número de pontos do domínio pode ser muito grande, inviabilizando uma abordagem que enumerasse todas as possibilidades. Diversos problemas práticos podem ser modelados como problemas de Otimização Combinatória. Tais aplicações práticas motivam o estudo de abordagens exatas e aproximadas para sua resolução, objeto principal de estudo neste projeto. Os problemas que estudaremos provêm de diversas áreas como Biologia Computacional, Escalonamento de Tarefas, Empacotamento, entre outros. A equipe do projeto consiste de 14 pesquisadores que já interagem há algum tempo dos quais 5 são pesquisadores de instituições emergentes, que fizeram seus doutoramentos orientados por pesquisadores do IME-USP, instituição principal deste projeto. As instituições envolvidas são a USP (através do IME e da Escola Politécnica), UFRJ, UECE, UFPE e UFMS. Os objetivos deste projeto são o fortalecimento da colaboração existente entre os grupos de pesquisa envolvidos e a ampliação do apoio aos doutores egressos da instituição, a fim de que possam continuar a desenvolver pesquisa de qualidade na área. Durante o projeto pretendemos realizar oficinas semestrais de pesquisa, que visam a expor os alunos envolvidos a um ambiente de pesquisa prolífero. Tais oficinas contarão com a participação de pesquisadores do país e do exterior que apresentarão palestras de seus trabalhos. Além disso, haverá também seções de problemas em aberto com a participação ativa dos estudantes. Ampliar esta interação é um dos principais objetivos deste projeto.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Integrante / Débora Pretti Ronconi - Integrante / José Coelho de Pina - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador / Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Cristina G. Fernandes - Integrante / Fábio Henrique Viduani Martinez - Integrante / Glauber Ferreira Cintra - Integrante / José Augusto Ramos Soares - Integrante / Liliane Rose Benning Salgado - Integrante / Márcia Rosana Cerioli - Integrante / Marco Aurelio Stefanes - Integrante / Maya Stein - Integrante / Said Sadique Adi - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Ernesto Julian Goldberg Birgin.
18.   2007-2009. Tecnicas de Otimizacao para Problemas Combinatorios (edital universal 2007)
Descrição: Otimização Combinatória é a área da matemática que estuda métodos para encontrar pontos ótimos (máximo ou mínimo) de uma função definida sobre um certo domínio. Nos problemas desta área o domínio é finito, e os pontos podem ser enumerados. Entretanto, o número de pontos do domínio pode ser muito grande, inviabilizando uma abordagem que enumerasse todas as possibilidades. Diversos problemas práticos podem ser modelados como problemas de Otimização Combinatória. Tais aplicações práticas motivam o estudo de abordagens exatas e aproximadas para sua resolução, objeto principal de estudo neste projeto. Os problemas que estudaremos provêm de diversas áreas como Biologia Computacional, Escalonamento de Tarefas, Empacotamento, entre outros. A equipe do projeto consiste de 14 pesquisadores que já interagem há algum tempo dos quais 5 são pesquisadores de instituições emergentes, que fizeram seus doutoramentos orientados por pesquisadores do IME-USP, instituição principal deste projeto. As instituições envolvidas são a USP (através do IME e da Escola Politécnica), UFRJ, UECE, UFPE e UFMS. Os objetivos deste projeto são o fortalecimento da colaboração existente entre os grupos de pesquisa envolvidos e a ampliação do apoio aos doutores egressos da instituição, a fim de que possam continuar a desenvolver pesquisa de qualidade na área. Durante o projeto pretendemos realizar oficinas semestrais de pesquisa, que visam a expor os alunos envolvidos a um ambiente de pesquisa prolífero. Tais oficinas contarão com a participação de pesquisadores do país e do exterior que apresentarão palestras de seus trabalhos. Além disso, haverá também seções de problemas em aberto com a participação ativa dos estudantes. Ampliar esta interação é um dos principais objetivos deste projeto.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (5) / Mestrado acadêmico: (22) / Doutorado: (6) . Integrantes: Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador / Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Cristina Gomes Fernandes - Integrante / José Augusto Ramos Soares - Integrante / José Coelho de Pina Jr - Integrante / Marcia Rosana Cerioli - Integrante / Said Sadique Adi - Integrante / Ernesto G. Birgin - Integrante / leliane salgado - Integrante / F.H.V. Martinez - Integrante / Marco A. Stefanes - Integrante / Débora Pretti Ronconi - Integrante / Glauber Ferreira Cintra - Integrante / Maya Jacobine Stein - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Carlos Eduardo Ferreira.

2006

1.   2006-Atual. Aprendizado computacional na descoberta de marcadores moleculares para cancer
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador.
Membro: Roberto Hirata Junior.
2.   2006-2009. Computational biology, algorithmics, combinatorial optimization
Descrição: Equipe Associada INRIA. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Cristina Gomes Fernandes - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Integrante / Yoshiko Wakabayashi - Coordenador.
Membro: Cristina Gomes Fernandes.
3.   2006-2008. Coordenador: Cooperacao internacional CNPq/NSF: Facing 3D
Descrição: Reconhecimento de faces e expressões faciais em seqüências de vídeo usando informação 3D. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / L Velho - Integrante / Matthew Turk - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Cooperação / National Science Foundation - Cooperação.
Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior.
4.   2006-2008. MOBIDYN project: Combinatorial Model for Dynamic Networks
Descrição: The highly dynamic behavior of wireless networks make them very difficult to evaluate, e.g. as far as the performance of routing algorithms is concerned. However, some of them have a predictable dynamics, as the temporal variations in the network topology are somehow deterministic.#10;#10;Recently, a graph theoretic model -- the \emph{evolving graphs} -- was proposed to help capture the dynamic behavior of these networks, in view of the construction of least cost routing and other algorithms.#10;#10;We first implemented an evolving graph based routing protocol, and then evaluated such protocol compared to other major ad-hoc protocols through simulations. Our experiments showed that evolving graphs have all the potentials to be an effective and powerful tool in the development of algorithms for dynamic networks, with predictable dynamics at least. In order to make this model widely applicable, however, some practical issues still have to be addressed and incorporated into the model, like adaptive routing and stochastically predictable behavior .#10;#10;This proposal aims to the extend the ongoing work that has being done by the MOBIDYN project (cooperation between FAPESP and INRIA on process number 04/14303-6).. Situação: Desativado; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Coordenador / Afonso Ferreira - Integrante / Julian G. Monteiro - Integrante / Hervé Rivano - Integrante. Financiador(es): Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique - Siège - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.
5.   2006-2011. Modelagem por redes (grafos) e tecnicas de reconhecimento de padroes: estrutura, dinamica e aplicacoes
Descrição: Dentre os desafios enfrentados atualmente pela pesquisa em reconhecimento de padrões, cabe ressaltar três linhas fundamentais: (a) problemas em que elementos devem ser descritos estruturalmente através de uma rede indicando conexões entre tais elementos; (b) problemas envolvendo a evolução da informação ao longo de alguma variável independente (e.g. tempo, no caso de seqüências de vídeo); (c) problemas envolvendo ambos aspectos, i.e. uma rede de elementos cuja dinâmica evolui ao longo de alguma variável independente. O presente projeto temático, unindo os grupos de visão do IME-USP e IFSC-USP, além de pesquisadores colaboradores de outras instituições, prevê o estudo, desenvolvimento e aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões com esses três itens formando o tema de integração da pesquisa. Além da área de reconhecimento de padrões, o projeto inclui técnicas e problemas de visão computacional, processamento de imagens e de sinais e bioinformática, todas sendo áreas de trabalho dos pesquisadores proponentes. As atividades de pesquisa tratarão de aspectos de reconhecimento de padrões e de redes em ambas direções: (1) utilização de técnicas de reconhecimento de padrões para auxiliar na análise de redes em aplicações específicas; (2) desenvolvimento de técnicas de reconhecimento de padrões baseadas em redes. Esta linha de pesquisa incluirá a utilização de grafos em reconhecimento estrutural de padrões e raciocínio espacial. Os métodos em tais abordagens são marcados pelo fato que a tarefa de reconhecimento não envolve apenas os objetos em uma imagem, mas igualmente as relações entre tais objetos. Parte da importância da utilização dessas relações advém do fato que tais relações são frequentemente mais estáveis nas cenas que muitas propriedades dos objetos em si. Em particular, pretende-se explorar técnicas que descrevem a estrutura dos elementos em imagens através de grafos. Nesse caso, a rede é formada por elementos de uma imagem cujos arcos representam relaçõe. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (7) Doutorado: (5) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Junior Barrera - Integrante / Roberto Hirata Jr. - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / Nina S. T. Hirata - Integrante / luciano da Fountoura Costa - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
Descrição: Reconhecimento estrutural de padrões.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / L. da F. Costa - Integrante / J Barrera - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior.
Descrição: Dentre os desafios enfrentados atualmente pela pesquisa em reconhecimento de padrões, cabe ressaltar três linhas fundamentais: (a) problemas em que elementos devem ser descritos estruturalmente através de uma rede indicando conexões entre tais elementos; (b) problemas envolvendo a evolução da informação ao longo de alguma variável independente (e.g. tempo, no caso de seqüências de vídeo); (c) problemas envolvendo ambos aspectos, i.e. uma rede de elementos cuja dinâmica evolui ao longo de alguma variável independente. O presente projeto temático, unindo os grupos de visão do IME-USP e IFSC-USP, além de pesquisadores colaboradores de outras instituições, prevê o estudo, desenvolvimento e aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões com esses três itens formando o tema de integração da pesquisa. Além da área de reconhecimento de padrões, o projeto inclui técnicas e problemas de visão computacional, processamento de imagens e de sinais e bioinformática, todas sendo áreas de trabalho dos pesquisadores proponentes. As atividades de pesquisa tratarão de aspectos de reconhecimento de padrões e de redes em ambas direções: (1) utilização de técnicas de reconhecimento de padrões para auxiliar na análise de redes em aplicações específicas; (2) desenvolvimento de técnicas de reconhecimento de padrões baseadas em redes. Esta linha de pesquisa incluirá a utilização de grafos em reconhecimento estrutural de padrões e raciocínio espacial. Os métodos em tais abordagens são marcados pelo fato que a tarefa de reconhecimento não envolve apenas os objetos em uma imagem, mas igualmente as relações entre tais objetos. Parte da importância da utilização dessas relações advém do fato que tais relações são frequentemente mais estáveis nas cenas que muitas propriedades dos objetos em si. Em particular, pretende-se explorar técnicas que descrevem a estrutura dos elementos em imagens através de grafos. Nesse caso, a rede é formada por elementos de uma imagem cujos arcos representam relaçõe. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (7) Doutorado: (5) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Roberto Marcondes César Junior - Coordenador / Luciano da Fontoura Costa - Integrante.
Membro: Roberto Hirata Junior.
6.   2006-2010. Metodos computacionais de otimizacao (Tematico FAPESP 2006/53768-0)
Descrição: A pesquisa em métodos computacionais de otimização vem sendo desenvolvida no Departamento de Matemática Aplicada da Unicamp, sob a coordenação do responsável principal por este projeto, nos últimos 27 anos. A área de interesse do grupo é Otimização, nas suas três vertentes principais: Teoria sobre problemas e métodos, Implementação prática de Algoritmos e Aplicações. Neste projeto temático, a proposta consiste em dar continuidade a esse trabalho e ao projeto 2001/04597-4, com o mesmo título e o mesmo coordenador. O grupo está inserido no PRONEX de Otimização, atualmente em vigência.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Integrante / José Mario Martínez - Coordenador / Marcos Raydan - Integrante / Maria Aparecida Diniz Ehrhardt - Integrante / Marcia Aparecida Gomes Ruggiero - Integrante / Véra Lúcia da Rocha Lopes - Integrante / Natasha Krejic - Integrante / Roberto Andreani - Integrante / Ana Friedlander - Integrante / Francisco A. M. Gomes - Integrante / Maria Laura Schuverdt - Integrante / Cristina Maciel - Integrante / Eduardo Francello - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 6
Membro: Ernesto Julian Goldberg Birgin.
7.   2006-2009. Processamento de Requisicoes em Larga Escala Utilizando o Conceito de Plano de Navegacao
Descrição: Processamento de requisição é uma aplicação importante no gerenciamento de processos de negócio. Dois dos principais desafios para projeto e implementação de sistemas de processamento de requisi-ções são: (1) inter-operação e integração de sistemas de informação autônomos e heterogêneos; (2) evolução flexível e composição de elementos de software que implementam o workflow de processa-mento de requisições. Nesse projeto de pesquisa propomos o conceito de Plano de Navegação como solução para vários desafios de processamento de requisições. A hipótese principal de nossa pesquisa é que os três estágios de processamento de requisições podem ser separados, implementados, integrados e executados através de interfaces que apóiam tanto a integração de sistemas autônomos e heterogêneos como também a evolução flexível de workflows. Os três estágios são: primeiro, um cli-ente (usuário ou outro programa) gera uma requisição, isto é, um pedido de informação, materiais ou serviços; segundo, a requisição é validada através de uma série de passos de negócio. Isso é impor-tante desde que as requisições validadas possam ser finalizadas apenas quando elas satisfaçam as exigências especificadas nos passos de negócio; terceiro, a requisição validada é submetida aos pro-cessos de execução apropriados para atender às exigências especificadas. A representação e execu-ção de passos de negocio em ambientes de workflows tem gerado vários desafios. Um deles é: Qual é a melhor fundamentação formal e linguagem para controlar padrões de workflow? Algumas das lin-guagens workflow advogam abordagem de Redes de Petri ou Álgebra de Processos, como fundamen-tação formal. Entretanto, a implementação de padrões de workflow descritas por Álgebra de Proces-sos ainda é um problema em aberto. Nessa pesquisa, Álgebra de Processos tem sido usada para representar uma descrição semi-formal da linguagem de definição de Plano de Navegação (NPDL). Seis atividades são propostas nesse projeto de pesquisa para aprofu. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (3) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 2
Membro: Joao Eduardo Ferreira.
8.   2006-2008. Projeto InteGrade 2
Descrição: O Projeto InteGrade (\url{http://integrade}) visa desenvolver um middleware inovador que permita a#10;utilização de recursos computacionais ociosos existentes em instituições acadêmicas e empresariais para a execução de aplicações científicas, industriais e de entretenimento que demandem alto podercomputacional. O middleware é baseado em tecnologias avançadas de objetos distribuídos e fornece suporte à execução de aplicações paralelas com um nível significativo de comunicação entre os nós (ao contrário de aplicações tipo \emph{bag of tasks} onde não há comunicação entre os nós).#10;#10;O middleware do InteGrade possibilita a formação de \emph{Grades Computacionais Oportunistas}, i.e., coleções de aglomerados (\emph{clusters}) de computadores formados a partir de máquinas já existentes em um grupo de instituições. O objetivo do InteGrade é oferecer aos usuários da Grade esse enorme poder computacional sem comprometer a Qualidade de Serviço oferecida aos usuários locais e respectivos donos dos computadores compartilhados, os quais devem sempre ter prioridade.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Integrante / Siang Wun Song - Integrante / Fabio Kon - Coordenador / Raphael Y. de Camargo - Integrante / Renato Cerqueira - Integrante / Francisco José da Silva e Silva - Integrante / Fabio Moreira Costa - Integrante / Edson Caceres - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.
9.   2006-2008. Transmissao multimidia e aplicacao de grafos evolutivos em redes sem fio - Universal CNPq
Descrição: Este projeto visa estudar o comportamento de transmissão multimídia em redes sem fio utilizando grafos evolutivos. Estes grafos fornecem previsões sobre o comportamento das redes sem fio, permitindo assim a tomada de ações adaptativas mais apropriadas para as características dessas redes. A primeira parte desse trabalho pretende analisar as propostas recentes para distribuição escalável de multimídia e entender como esses modelos poderiam beneficiar-se da utilização de grafos evolutivos para a distribuição sobre redes sem fio. A segunda parte compreende analisar com mais detalhes o recente modelo combinatório - \emph{grafos evolutivos} - que pode aproximar o comportamento dinâmico de redes sem fio, utilizando a noção do tempo em grafos. Com este modelo é possível formalizar vários resultados relativos a roteamento já conhecidos anteriormente e desenvolver novos protocolos eficientes em diversas métricas. Em particular, uma questão fundamental concerne o caráter aleatório, pouco previsível e distribuído das redes sem fio. Assim, concentraremos nossos esforços na extensão do modelo dos Grafos Evolutivos para que ele possa levar em conta essas características, através por exemplo de modelos onde exista algum grau de incerteza.. Os algoritmos de roteamento que serão concebidos estarão então ainda mais perto da realidade das redes sem fio autônomas. Finalmente, temos como meta unir os resultados dos dois estudos anteriores de forma a usar possíveis noções de previsibilidade na transmissão multimidia em redes sem fio, além do aprimorimento do modelo de grafos evolutivos para suprir necessidades específicas das transmissões de áudio e vídeo.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Coordenador / Arlindo Flávio Conceição - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.

2005

1.   2005-2008. Bolsa PQ/CNPq: Otimizacao Global e Aplicacoes em Computacao Musical
Descrição: Bolsa de Produtividade em Pesquisa, nível 2. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcelo Gomes de Queiroz - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
Membro: Marcelo Gomes de Queiroz.
2.   2005-2007. Combinacao de Classificadores
Descrição: Atualmente existem várias técnicas estatístico-computacionais para classificação de dados e, nos últimos anos, diferentes técnicas de combinação de classificadores (as que se utilizam de mais de um classificador) têm sido propostas. Esta profusão de técnicas para classificação torna o projeto de classificadores uma tarefa não-trivial. Diante deste quadro, um sistema computacional que automatize parte da tarefa de projetar classificadores é altamente desejável, tanto para facilitar pesquisas na área como para servir de ferramenta para usuários que não são especialistas no assunto. Estabelecendo-se tal sistema como um objetivo a médio longo prazo, uma parte fundamental para sua realização é o desenvolvimento de uma visão sistêmica do processo de projeto de classificadores. Conhecer as técnicas existentes, seus fundamentos teóricos e aspectos relacionados a suas aplicações é essencial para o desenvolvimento dessa visão. Neste sentido, este projeto de pesquisa propõe uma ampla investigação teórica e experimental sobre técnicas de combinação de classificadores. Os estudos teóricos serão materializados em forma de seminários e relatórios técnicos, enquanto a experimentação dessas técnicas permitirá a resolução de problemas reais. Ambas serão fundamentais para um melhor entendimento do processo de projeto de classificadores.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1 / Número de orientações: 2
Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata.
3.   2005-2010. ConsRel - Logical Consequence and Combinations of Logics
Descrição: Projeto de pesquisa multi-institucional (projeto temático FAPESP) envolvendo pesquisadores da USP e da UNICAMP. O tema se refere a lógica formal - fundamentos e aplicações.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Flavio Soares Correa da Silva - Integrante / Walter Carnielli - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 3
Membro: Flavio Soares Correa da Silva.
4.   2005-2007. Coordenador: Edital Universal CNPq 2004: Novas tecnicas de reconhecimento estrutural de padroes
Descrição: Análise de configuração espacial de objetos e rastreamento em seqüências de vídeo.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior.
5.   2005-2007. EIE - Espacos Inteligentes para Engenharia
Descrição: Espaços inteligentes para engenharia - aplicação de técnicas de inteligência artificial para a construção de espaços interativos de suporte a atividades de engenharia, em especial engenharia de manutenção de grandes estruturas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Flavio Soares Correa da Silva - Coordenador / Crhistian Alberto Noriega Guerra - Integrante / Gustavo Henrique Salazar Torres - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Flavio Soares Correa da Silva.
6.   2005-2010. FAPESP Tidia-Ae - Ferramentas de Aprendizado Eletronico para a internet avancada
Descrição: Participação do Laboratório de Tecnologias de Interação do Departamento de Ciência da Computação do IME-USP no projeto TIDIA-Ae para o desenvolvimento de ferramentas de aprendizado eletrônico.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (1) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (2) . Integrantes: Carlos Hitoshi Morimoto - Coordenador / José Augusto Soares - Integrante / Leonidas de Oliveira Brandao - Integrante / Crisinta Cerri - Integrante / Leliane Nunes de Barros - Integrante / Fabio Kon - Integrante / Francisco Reverbel - Integrante / Jose Coelho de Pina Junior - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Carlos Hitoshi Morimoto.
7.   2005-2011. InteGrade - a middleware for opportunistic Grid Computing
Descrição: Sistema de middleware para computação oportunista em grades computacionais. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (8) / Mestrado acadêmico: (8) / Doutorado: (5) . Integrantes: Fabio Kon - Coordenador / Fábio Moreira Costa - Integrante / Francisco José da Silva e Silva - Integrante / Markus Endler - Integrante / Alfredo Goldman - Integrante / Siang W. Song - Integrante / Renato Cerqueira - Integrante / Fernando Castor Filho - Integrante / Edson Cáceres - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa. Número de produções C, T A: 9
Membro: Fabio Kon.
8.   2005-2010. LCGT - Laboratory for Computer Games Technology
Descrição: Projeto financiado pela Microsoft Research. Tem por objetivo montar laboratório de pesquisas em jogos de computador, visando desenvolver a tecnologia específica para o desenvolvimento de jogos, desenvolver jogos para fins específicos e construir um currículo de ensino especializado em jogos de computador.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Flavio Soares Correa da Silva - Coordenador. Financiador(es): Microsoft Corporation - Auxílio financeiro.
Membro: Flavio Soares Correa da Silva.
9.   2005-2009. Logical Consequence and Combination of Logics
Descrição: Projeto temático FAPESP 2004/14107-2.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Renata Wassermann - Integrante / Marcelo Finger - Integrante / Walter Alexandre Carnielli - Coordenador / Marcelo Esteban Coniglio - Integrante / Marcio Moretto Ribeiro - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Renata Wassermann.
10.   2005-2008. Logica probabilistica e independencia
Descrição: Este projeto investiga a união de métodos lógicos e probabilísticos, focando sobretudo no desenvolvimento de algoritmos de inferência. Esta união é um tema antigo em Inteligência Artificial: uma linguagem unificadora teria grande impacto em representação de conhecimento, aprendizado de regras, recuperação e busca de informações. O projeto se propõe a construir uma lógica probabilística que seja associada a relações de probabilidade e obter algoritmos de inferência para a lógica resultante. Aplicações em Robótica Cognitiva e na construção da Web Semântica (Semantic Web) são estudadas no projeto além de problemas de planejamento sob incerteza.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Leliane Nunes de Barros - Integrante / Fabio Cozman - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 3 / Número de orientações: 3
Membro: Leliane Nunes de Barros.
11.   2005-2010. Modelagem por redes (grafos) e tecnicas de reconhecimento de padroes: estrutura, dinamica e aplicacoes
Descrição: Dentre os desafios enfrentados atualmente pela pesquisa em reconhecimento de padrões, cabe ressaltar três linhas fundamentais: (a) problemas em que elementos devem ser descritos estruturalmente através de uma rede indicando conexões entre tais elementos; (b) problemas envolvendo a evolução da informação ao longo de alguma variável independente (e.g. tempo, no caso de sequências de vídeo); (c) problemas envolvendo ambos aspectos, i.e. uma rede de elementos cuja dinâmica evolui ao longo de alguma variável independente. O presente projeto temático, unindo os grupos de visão do IME-USP e IFSC-USP, além de pesquisadores colaboradores de outras instituições, prevê o estudo, desenvolvimento e aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões com esses três ítens formando o tema de integração da pesquisa. Além da área de reconhecimento de padrões, o projeto inclui técnicas e problemas de visão computacional, processamento de imagens e de sinais e bioinformática, todas sendo áreas de trabalho dos pesquisadores proponentes.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Junior Barrera - Integrante / COSTA - Integrante / R M Cesar Jr - Coordenador.
Membro: Junior Barrera.
12.   2005-2007. Otimizacao Combinatoria: Teoria, Pratica e Aplicacoes (Edital Universal CNPq)
Descrição: Neste projeto visamos ao estudo de problemas de Otmização Combinatória. Em especial, temos particular interesse no projeto de algoritmos de aproximação e em resultados de inaproximabilidade. As aplicações estudadas envolvem problemas cássicos de teoria dos grafos, problemas de empacotamento e problemas de biologia computacional.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (8) Doutorado: (3) . Integrantes: Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador / Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Cristina Gomes Fernandes - Integrante / José Augusto Ramos Soares - Integrante / José Coelho de Pina Jr - Integrante / Marcia Rosana Cerioli - Integrante / Paulo Feofiloff - Integrante / Said Sadique Adi - Integrante. Financiador(es): Universidade Federal do Rio de Janeiro - Cooperação / Universidade Federal de Mato Grosso do Sul - Cooperação / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Carlos Eduardo Ferreira.
13.   2005-2007. Otimizacao Discreta e Grafos: Teoria, Algoritmos e Aplicacoes (Projeto PROSUL - CNPq Edital No. 016/2004, Proc. 490333/04-4)
Descrição: O foco central desta proposta é a investigação de problemas de Otimização Discreta e Grafos, com ênfase em seus aspectos teóricos, algorítmicos e aplicados. Nossa proposta é desenvolver pesquisa de primeira linha nesse tema, trazendo contribuições de caráter prático e teórico. A área de Otimização Discreta se situa na fronteira entre a Ciência da Computação, a Matemática e as Engenharias, ocupando um lugar de grande destaque na pesquisa científica que vem sendo conduzida no mundo todo. Dentre os vários problemas de otimização discreta que investigaremos incluem-se: projetos de redes de telecomunicações (redes de fibra ótica para conexões de banda larga), projetos de computadores e de chips VLSI, roteamento ou escalonamento de veículos, empacotamento de caixas em contêineres, corte de barras e placas, seqüenciamento de genes e DNA, mineração de dados, compressão de dados, etc. Neste REDE focaremos o estudo de técnicas para a solução de problemas como os descritos acima, implementação eficiente dessas técnicas para a solução de problemas reais, e pesquisas de caráter mais teórico na área de grafos e combinatória. Na área de grafos, serão pesquisados problemas sobre determinadas classes de grafos, bem como o desenvolvimento de algoritmos para a solução de problemas clássicos nessas classes e a análise da complexidade computacional dos problemas abordados. Pesquisas na área de grafos aleatórios também serão conduzidas. Esta área encontra-se na interseção das áreas de teoria dos grafos, combinatória e teoria das probabilidades. Consideramos o estudo de diversos problemas combinatórios, incluindo aspectos probabilísticos e assintóticos. Estes problemas têm um papel fundamental na investigação sobre grafos aleatórios e pseudo-aleatórios, assim como na análise assintótica de algoritmos e outras estruturas combinatórias. Esta REDE é constituída pelos seguintes projetos temáticos, conduzidos por 6 grupo de pesquisa. Grupo G1: Algoritmos exatos baseados em pr. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Integrante / Débora Pretti Ronconi - Integrante / José Coelho de Pina - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Integrante / Yoshiko Wakabayashi - Coordenador / Flávio Keidi Miyazawa - Integrante / Cristina G. Fernandes - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Ernesto Julian Goldberg Birgin.
Descrição: http://www.ime.usp.br/~yw/prosul/. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Cristina Gomes Fernandes - Integrante / Yoshiko Wakabayashi - Coordenador.
Membro: Cristina Gomes Fernandes.
14.   2005-2007. Packing Problems in Combinatorial Optimization
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Cristina Gomes Fernandes - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador.
Membro: Cristina Gomes Fernandes.
Descrição: Neste projeto estudamos novas abordagens e algoritmos para a solução de problemas difíceis de empacotamento. As aplicações de interesse surgem no projeto de circuito VLSI, estoque de armazéns, produção de álcool, etc.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (5) . Integrantes: Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador / Alexander Martin - Integrante / Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Cristina Gomes Fernandes - Integrante / Ernesto G. Birgin - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro / Technische Universität Darmastadt - Cooperação.
Membro: Carlos Eduardo Ferreira.
15.   2005-2007. Pesquisador Principal: Projeto Rede GIGA-RNP: Aplicacoes graficas em redes avancadas
Descrição: Aplicações em rede GIGA.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / L Velho - Coordenador. Financiador(es): Rede Nacional de Ensino e Pesquisa - Auxílio financeiro.
Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior.
16.   2005-2006. Problemas de Empacotamento em Otimizacao Combinatoria (PRobral/CAPES/DAAD 199-05)
Descrição: In this project we plan to develop new approaches and algorithms to solve hard combinatorial optimization problems. Many of these problems have important applications in practice. For instance, many problems that arise in the design of VLSI circuits can be formulated as combinatorial optimization problems. We are specially interested in packing problems. Such problems have been broadly investigated not only because of their interesting theoretical aspects, but also due to their many practical applications, such as in cloth, glass, paper and wood industries. They also have applications in design of VLSI circuits, warehouse storage, newspapers paging, production of alcohol in the sugar cane industry, and in several other contexts. In this project we intend to develop new algorithms for a variety of packing problems. All participants have ongoing experience on this subject, and this project is a natural attempt to combine their skills to solve new hard problems.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador / Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Marina Andretta - Integrante / Alexander Martin - Integrante / Armin Fügenschuh - Integrante / Cristina G. Fernandes - Integrante / Fernando Mario de Oliveira Filho - Integrante / Gordana Manic - Integrante / Markus Möller - Integrante / Marzena Fügenschuh - Integrante / Oliver Wegel - Integrante / Sussanne Moritz - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro / Darmstadt University of Technology - Cooperação / Deutscher Akademischer Austauschdienst - Auxílio financeiro.
Membro: Ernesto Julian Goldberg Birgin.
17.   2005-2008. Proj. CNPq/Prosul (Rede Sul-Americana de Projetos Tematicos) - Otimizacao Discreta e Grafos: Teoria, Algoritmos e Aplicacoe
Descrição: Projeto coordenado por Y. Wakabayashi na área de otimização discreta e grafos, de âmbito sul-americano, integrado por 50 pesquisadores dos países: Argentina, Brasil, Uruguai e Chile.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Yoshiko Wakabayashi - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Yoshiko Wakabayashi.
18.   2005-2007. Questoes Algoritmicas em Biologia Molecular (FAPESP-Inria)
Descrição: Os avanços técnicos da área de Biologia Computacional têm sido estupendos e demandam novas técnicas e algoritmos para tratar a enorme quantidade de dados disponíveis. Neste projeto tentamos enfrentar o problema e buscar algoritmos para tratar problemas interessantes de Bioinformática e Biologia Computacional.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (2) . Integrantes: Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador / Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Cristina Gomes Fernandes - Integrante. Financiador(es): Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique - Siège - Cooperação / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Carlos Eduardo Ferreira.
19.   2005-2007. Um Metodo de Desenvolvimento e Testes para Sistemas Baseados em Componentes com Tratamento de Excecoes
Descrição: A disseminação de sistemas computacionais em atividades críticas tornou a confiabilidade uma característica indispensável a esses sistemas. Essa confiabilidade é obtida através de técnicas de tolerância a falhas, que aumentam a complexidade do desenvolvimento. Para auxiliar a construção de sistemas tolerantes a falhas, esse projeto de pesquisa propõe um método de desenvolvimento baseado em componentes que guiará tanto as fases de desenvolvimento quanto os testes, paralelizando essas atividades. Número FAPESP: 04/10663-8. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Ana Cristina Vieira de Melo - Integrante / Eliane Martins - Integrante / Cecília M F Rubira - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Ana Cristina Vieira de Melo.

2004

1.   2004-2004. Analise de trafego usando processamento de imagens
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador.
Membro: Roberto Hirata Junior.
2.   2004-Atual. Biomedical Research Informatics for Global Health Training Program - BRIGHT
Descrição: Projeto conjunto com o IME-USP, MIT e Harvard Medical School, no qual aplicaremos técnicas de análise de imagens por nós desenvolvidas para resolução de problemas em expressão gênica e bioinformática.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Junior Barrera - Coordenador / Lucila Ohno Machado - Integrante / Richard Maas - Integrante / Eduardo Massad - Integrante.
Membro: Junior Barrera.
3.   2004-2006. Coeficiente de Determinacao, Redes Booleanas Probabilisticas e Regulacao Genica
Descrição: A tecnologia de "microarrays" tem se mostrado como uma importante ferramenta para a pesquisa genética envolvendo uma grande quantidade de genes. Um problema chave na análise de expressão de genes, a partir de dados provenientes de "microarrays", envolve a predição da expressão de um gene alvo em termos da expressão de outros genes preditores. O coeficiente de determinação (CoD) tem sido usado para medir a qualidade de tais predições. Uma situação particular de configuração de CoDs define o que chamamos de genes de predição intrinsicamente multivariada. Recentemente, um novo modelo foi proposto na direção de fornecer uma visão integrada de como os genes se interagem: Rede Booleana Probabilística (PBN). Como este modelo tem grande potencialidade para explicar a interação de genes dentro de uma célula, é de fundamental importância um estudo em detalhes no sentido de entender resultados experimentais biológicos já conhecidos e/ou fornecer novas hipóteses para verificação experimental. Este projeto de pesquisa tem como interesse principal estudar problemas relacionados com CoDs e com PBNs. Dentre estes problemas, podemos citar (i) o desenvolvimento de algoritmos eficientes para encontrar genes de predição intrinsicamente multivariada; (ii) a procura por genes de predição intrinsicamente multivariada que poderiam levar a descobertas de importantes processos biológicos em determinados organismos ou em certos tipos de câncer; (iii) o estudo para encontrar uma possível relação entre arquitetura de PBNs e CoDs e (iv) a construção de pequenas PBNs a partir de subconjuntos de genes (genes iniciais) envolvidos em relevantes processos biológicos para descobrir novos genes em "pathways" relacionados com os genes iniciais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Edward R Dougherty - Integrante / Michael L Bittner - Integrante / Carlos Henrique Aguena Higa - Integrante / Sandro Pereira Vilela - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Translational Genomics Research Institute - Cooperação / Texas A M University - Cooperação. Número de produções C, T A: 1
Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
4.   2004-2006. Combinatorial Model for Dynamic Networks
Descrição: As technology advances in the area of wireless networks and micro-electro-mechanical, it became possible to develop enhanced wireless communication micro-processed devices, with very low-cost, low-energy consumption and extremely reduced in size. These devices, when inter-connected, create a network called Wireless Sensors Networks (WSN).#10;#10;There is a wide range of applications for these networks, in areas such as monitoring of environment conditions and colleting data in remote locations. These networks behavior is extremely dynamic. A key topic in this research is the routing algorithms taking into account the energy constraints.#10;#10;The objective of this study is to analyze a recent combinatorial model - Evolving Graphs - that can harness the complexity of evolving environments. Such modeling helps to capture the behavior of dynamic networks over time allowing the formalization and improvement of the analysis of algorithms.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Coordenador / Afonso Ferreira - Integrante / Julian G. Monteiro - Integrante. Financiador(es): Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique - Siège - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.
5.   2004-2004. Design Patterns em processamento de imagens
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador.
Membro: Roberto Hirata Junior.
6.   2004-2007. Estudo e implementacao de algoritmos para o problema de carregamento de paletes do produtor (Auxilio Integrado CNPq 503465/2004-6)
Descrição: O problema de carregamento de paletes (PCP) consiste em carregar produtos (embalados em caixas) sobre um palete retangular, de maneira a maximizar a área ocupada. Supõe-se que as caixas, disponíveis em grandes quantidades, devem ser arranjadas ortogonalmente, isto é, com seus lados paralelos aos lados do palete. O PCP aparece com freqüência nas atividades de armazenagem, movimentação e transporte de produtos. Devido à escala de certos sistemas logísticos, um pequeno aumento do número de produtos carregados sobre cada palete pode resultar numa economia global significativa. Neste estudo abordamos o problema bidimensional de arranjar ortogonalmente retângulos (l,w) e (w,l), dentro do retângulo (L,W).. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1 / Número de orientações: 1
Membro: Ernesto Julian Goldberg Birgin.
7.   2004-2007. Foundations of Computer Science: Combinatorial Algorithms and Discrete Structures
Descrição: (Projeto Temático ProNEx - FAPESP/CNPq Proc. No. 2003/09925-5). The research proposed under this project focuses on the development of efficient combinatorial algorithms and on the investigation of discrete structures of intrinsic interest, with the global aim of giving support of fundamental nature to computer science (CS). This project's approach is of a classical nature. Of the multiple fronts of CS that try to give support to computationally intense research projects of modern science, this project falls into the mathematical category, attacking algorithmic problems rigorously. The algorithms that are developed are analysed for correctness and computational complexity, and, when, relevant, they are implemented. The main themes that will be considered are the following: 1. Several approaches to the development of algorithms for combinatorial optimization problem; 2. Combinatorial problems from computational biology; 3. The structure of graphs and related objects; 4. Asymptotic properties of combinatorial structures. Each of these themes will be regarded as a subproject within this project, under coordination of one of the senior members of the project. Theme 1 will be coordinated by Yoshiko Wakabayashi (DCC-IME-USP), theme 2 by Carlos Eduardo Ferreira (DCC-IME-USP), theme 3, by Cláudio Leonardo Lucchesi (IC-UNICAMP) and theme 4 by Yoshiharu Kohayakawa (DCC-IME-USP).. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Cristina Gomes Fernandes - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Coordenador.
Membro: Cristina Gomes Fernandes.
8.   2004-2006. In-vivo detection and quantification of matrix metalloproteinases using evolution of post-myocardial infarction
Descrição: In-vivo detection and quantification of MMP activity and changes in LV deformation and geometry post-MI.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Marcel Parolin Jackowski - Integrante / Albert J Sinusas - Coordenador / Lawrence Staib - Integrante. Financiador(es): National Institute Of Health - Auxílio financeiro.
Membro: Marcel Parolin Jackowski.
9.   2004-2008. Proj. Tematico ProNEx - FAPESP/CNPq -Fundamentos da Ciencia da Computacao: Algoritmos Combinatorios e Estruturas Discreta
Descrição: Projeto na área de teoria da computação, otimização combinatória e combinatória coordenado por Y. Kohayakawa (USP). Sua equipe tem 20 pesquisadores, dos quais, além do coordenador os seguintes são considerados principais pela FAPESP: C.E. Ferreira, C.L. Lucchesi, S. LIns e Y. Wakabayashi. Os demais integrantes são da USP, UNICAMP, UFMS e UFPR.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Yoshiko Wakabayashi - Integrante / C. E. Ferreira - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Coordenador / Claudio L. LUcchesi - Integrante / Sóstenes LIns - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Yoshiko Wakabayashi.
10.   2004-2009. Segmentacao e busca de informacao visual em video
Descrição: A revolução digital vem tornando disponível através da Internet uma enorme quantidade de informação, cujo acesso só se torna possível através de avançadas técnicas de busca e organização de dados. Essas técnicas em geral são apropriadas apenas para as informações do tipo texto e embora seja significativa a quantidade de informação disponível na forma de vídeo, imagens e áudio, a busca desse tipo de mídia é apenas possível através de anotações. O objetivo desse projeto é desenvolver formas eficientes de organização e indexação da informação visual em vídeos para tornar mais eficientes as ações de busca, visualização, armazenamento e transmissão de vídeo. Como resultado desse projeto serão desenvolvidos vários filtros para a detecção de atributos de vídeo em vários níveis semânticos diferentes, e uma plataforma onde tais filtros poderão ser integrados para formar um protótipo de um sistema para exploração em grandes bases de vídeo digital, baseado apenas em informações visuais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Carlos Hitoshi Morimoto - Coordenador / Thiago Teixeira Santos - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 1
Membro: Carlos Hitoshi Morimoto.
11.   2004-2007. Teoria e metodos de otimizacao continua (PRONEX - CNPq / FAPERJ E-26 / 171.164/2003 - APQ1)
Descrição: O objetivo deste projeto é a formulação, análise teórica, desenvolvimento e implementação de algoritmos para os problemas clássicos de otimização: programação linear e não linear, resolução de sistemas de equações lineares e não lineares, problemas de viabilidade convexa (ou seja resolução de sistemas de inequações convexas), problemas de complementaridade linear e não linear, problemas de equilíbrio geral, problemas de programação semi-definida e desigualdades variacionais. Outrossim, o núcleo abordará o estudo de técnicas de decomposição de descentralização para problemas estruturados, e o desenvolvimento de "software", apropriado para este tipo de problemas. Compete também ao núcleo a resolução de problemas práticos usando ferramentas típicas da otimização numérica.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Integrante / José Mario Martínez - Integrante / Marcia Aparecida Gomes Ruggiero - Integrante / Carlos Humes Junior - Integrante / Clovis Caesar Gonzaga - Integrante / Véra Lúcia da Rocha Lopes - Integrante / Roberto Andreani - Integrante / Paulo Jose da Silva e Silva - Integrante / Ana Friedlander - Integrante / Francisco A. M. Gomes - Integrante / Sandra Augusta Santos - Integrante / Alfredo Noel Iusem - Coordenador / Marcelo Gomes de Queiroz - Integrante / Margarida Pinheiro Mello - Integrante / Benar Svaiter - Integrante / Claudia Sagastizábal - Integrante / Mikhail Solodov - Integrante / Elizabeth Karas - Integrante / João Xavier Cruz Neto - Integrante / Mauricio Drummond - Integrante / Rolando Otero - Integrante / Luis Roman Peres - Integrante / Orizon Pereira - Integrante. Financiador(es): Instituto Nacional de Matemática Pura e Aplicada - Cooperação / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro / Universidade Estadual de Campinas - Cooperação / Universidade Federal de Goiás - Cooperação / Universidade Federal do Piauí - Cooperação / Universidade Federal do Rio de Janeiro - Cooperação / Universidade Federal de Santa Catarina - Cooperação. Número de produções C, T A: 13 / Número de orientações: 5
Membro: Ernesto Julian Goldberg Birgin.
12.   2004-2004. Uma grade basead em .Net
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador.
Membro: Roberto Hirata Junior.
13.   2004-2006. White Matter Analysis from MR Diffusion Imaging
Descrição: Develop methods for robust and accurate connectivity measurement in white matter and parcellation of white matter; evaluate and validate white matter methods using synthetic, phantom and real images; study and evaluate the application of these methods for measuring regional white matter differences.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Marcel Parolin Jackowski - Integrante / Maolin Qiu - Integrante / Todd Constable - Integrante / Lawrence Staib - Coordenador. Financiador(es): National Institute Of Health - Auxílio financeiro.
Membro: Marcel Parolin Jackowski.

2003

1.   2003-2006. AcMus
Descrição: Software para medição, simulação e análise acústica de salas para práticas musicais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (8) / Mestrado acadêmico: (8) / Doutorado: (2) . Integrantes: Fabio Kon - Integrante / Flavio S C Silva - Integrante / Marcelo Gomes de Queiroz - Integrante / Iazzetta, Fernando - Coordenador. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Fabio Kon.
2.   2003-2006. ACMUS
Descrição: ACMUS - Acústica Musical: projeto temático FAPESP, multidepartamental que congrega pesquisadores e estudantes de pós graduação dos departamentos de Ciência da Computação e de Música da USP. O objetivo é construir ferramentas de software e hardware para diagnóstico e sugestões de ações corretivas sobre a qualidade acústica de ambientes.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Flavio Soares Correa da Silva - Integrante / Fábio Kon - Integrante / Fernando Iazzetta - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 2
Membro: Flavio Soares Correa da Silva.
3.   2003-2005. Aplicacoes com localidade para computacao movel - Universal CNPq
Descrição: Além da consolidação de um grupo de computação móvel no departamento de ciência da computação da USP, nós também pretendemos atrair mais alunos para esta área de pesquisa. A partir dos trabalhos desenvolvidos também deve ser possível encontrar novos temas interessantes que também devem ser estudados posteriormente. Um dos temas que já surgiu, é o desenvolvimento de um sistema aberto para a localização de unidades móveis baseado apenas na potência do sinal, já existem dois sistemas deste tipo, um da Microsoft (Radar) e outro Finlandês (Ekahau), ambos proprietários. Entre os objetivos principais temos a criação de alguns sistemas em computação móvel, e a publicação de artigos em conferências e periódicos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.
4.   2003-2005. BIBO - Busca Inteligente Baseada em Ontologias
Descrição: Busca Inteligente Baseada em Ontologias - projeto que trata da organização de informação com base em ontologias para busca na web semântica. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Flavio Soares Correa da Silva - Integrante / Renata Wasserman - Coordenador / Leliane Nunes de Barros - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.Número de orientações: 1
Membro: Flavio Soares Correa da Silva.
5.   2003-2005. BIBO Intelligent Search Based on Ontologies
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (4) . Integrantes: Renata Wassermann - Coordenador / Flavio Soares Correa da Silva - Integrante / Leliane Nunes de Barros - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.Número de orientações: 3
Membro: Renata Wassermann.
Descrição: The main goal of the project is to study and evaluate new techniques that have been developped in the context of the Semantic-web. The idea behind the Semantic-web is that, instead of having web content available as natural language texts together with HTML, one could use a "semantic" mark-up language in order to make these contents available for automatic processing. One of the key elements for these new mark-up languages is the use of formally described domain ontologies. The use of ontologies is seen now in Artificial Intelligence as the key to efficient search and retrieval of data. In this context, we are developping several small systems using ontologies. One application we have in mind is the use of CNPq's Lattes CV's, which can be obtained in XML format, in order to search for publications and research groups.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) . Integrantes: Leliane Nunes de Barros - Integrante / Flavio Soares Correa da Silva - Integrante / Renata Wasserman - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1 / Número de orientações: 3
Membro: Leliane Nunes de Barros.
6.   2003-2005. Bolsa PQ/CNPq: Otimizacao Global, Complementaridade e Aplicacoes
Descrição: Bolsa de Produtividade em Pesquisa, nível 2. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcelo Gomes de Queiroz - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
Membro: Marcelo Gomes de Queiroz.
7.   2003-2005. CCC-AHIA
Descrição: CCC-AHIA - Cooperação e Compartilhamento de Conhecimento entre Agentes Heterogêneos Inteligentes e Autônomos. Projeto regular financiado pela FAPESP.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Flavio Soares Correa da Silva - Coordenador / Marcelo Finger - Integrante / Ana Cristina Vieira de Melo - Integrante / Renata Wasserman - Integrante / Leliane Nunes de Barros - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Flavio Soares Correa da Silva.
8.   2003-2005. CCC-AHIA - Cooperacao e Compartilhamento de Conhecimento entre Agentes Heterogeneos Inteligentes e Autonomos
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: Leliane Nunes de Barros - Integrante / Flavio Soares Correa da Silva - Coordenador / Renata Wasserman - Integrante / Ana Cristina Vieira de Melo - Integrante / Marcelo Finger - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 10
Membro: Leliane Nunes de Barros.
Descrição: Estudo sobre cooperação entre agentes autônomos híbridos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Ana Cristina Vieira de Melo - Integrante / Flávio Soares Correa da Silva - Coordenador / Leliane Barros - Integrante / Renata Wasserman - Integrante / Marcelo Finger - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Ana Cristina Vieira de Melo.
9.   2003-2006. Classificadores de amostras biologicas baseadas na expressao de poucos genes.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador.
Membro: Roberto Hirata Junior.
10.   2003-2005. CNPq CTInfo PDITI - Projeto IMPAR Infra-estrutura de Middleware Para Aproveitamento de Recursos Ociosos em Sistemas Distribuidos
Descrição: O projeto tem por finalidade o desenvolvimento de uma infra-estrutura de middleware genérica para o aproveitamento de recursos ociosos em sistemas distribuídos para permitir a resolução paralela de problemas computacionais. As metas específicas são: 1) desenvolver e implementar um protótipo pré-comercial da infra-estrutura de middleware; 2) desenvolver e implementar tecnologia para garantir a segurança e a qualidade de serviço dos usuários; 3) realizar experimentos a fim de analisar a eficácia e eficiência dos sistemas desenvolvidos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (6) / Mestrado acadêmico: (12) / Doutorado: (6) . Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Integrante / Siang Wun Song - Coordenador / Fabio Kon - Integrante / Markus Endler - Integrante / Renato Cerqueira - Integrante / Fabio Moreira Costa - Integrante / Edson Caceres - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.
11.   2003-2005. Desenvolvimento e aplicacao de metodos numericos para otimizacao continua de grande porte (Auxilio Pesquisa FAPESP 2003/09169-6)
Descrição: O presente projeto tem duas partes bem diferenciadas. A primeira relaciona-se com o desenvolvimento de novos metodos de otimizacao. A segunda refere-se a aplicacao de tecnicas de otimizacao a problemas praticos. Na primeira parte pretendemos implementar e fazer uma comparacao de algoritmos de Lagrangeano Aumentado para minimizacao de problemas nao convexos com restricoes de desigualdade. Na segunda parte do projeto, estes e outros algoritmos de otimizacao serao utilizados para resolver um problema real de estimacao de constantes oticas de filmes finos. Diversos trabalhos ja foram desenvolvidos nos quais as estimativas sao feitas partindo de experimentos fisicos nos quais dados de transmitancia sao medidos. No presente projeto pretendemos estender os algoritmos desenvolvidos para utilizar tambem dados de refletancia.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Ernesto Julian Goldberg Birgin.
12.   2003-2004. ECLIPSE IDE para CIAO PROLOG
Descrição: Construção de IDE para desenvolvimento de projetos em CIAO Prolog, usando a plataforma ECLIPSE.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Flavio Soares Correa da Silva - Integrante / Renata Wasserman - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Flavio Soares Correa da Silva.
13.   2003-Atual. EGene2
Descrição: : A plataforma EGene (Durham et al., 2005) foi desenvolvida pelo nosso grupo e se caracteriza por ser um sistema integrado e customizável para a construção de pipelines. O sistema EGene permite encadear uma série de componentes diferentes de processamento, em uma ordem e composição totalmente definidas pelo usuário. Pretendemos oferecer na versão 2 do sistema EGene uma ampla gama de componentes de anotação que inclui um programa para a determinação de ORFs com tradutor das sequências protéicas, módulos para sete preditores de genes (Genscan, GlimmerM, GlimmerHMM, Twinscan, Phat, ESTscan e SNAP) , três programas de busca de repetições seriadas (TRF, String e MREPs), tRNAscan-SE, mapeamento de cDNAs (Sim4 e Exonerate), busca de similaridade (Blast), busca de motivos protéicos (HMMER/Pfam, RPS-Blast, InterProScan), busca de domínios transmembranares (TMHMM) e de peptídeo sinal (SignalP) ou ambos (Phobius), busca de sítios de ancoragem GPI (DGPI), mapeamento de termos GO, e geradores de anotação no padrão feature table (FT) e GFF3. Além disso, serão desenvolvidos componentes para a análise global de ortologia com as bases COG/KOG e eggNOG, mapeamento de vias metabólicas com a base KEGG e integração com o visualizador Genome Browser... Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Arthur Gruber - Coordenador / Rangel, Luiz Thibério L.D. - Integrante / Ferro, Milene - Integrante / Deyvid Emanuel Amgarten - Integrante / Rafael Moreira Neves - Integrante.
Membro: Alan Mitchell Durham.
14.   2003-2005. Knowledge Sharing and Communication among Heterogeneous Autonomous Intelligent Agents
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Renata Wassermann - Integrante / Flavio Soares Correa da Silva - Coordenador / Marcelo Finger - Integrante / Ana Cristina Vieira de Melo - Integrante / Leliane Nunes de Barros - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Renata Wassermann.
15.   2003-2005. Maldb, Genomic And Post Genomic Approaches To Study Human Malaria in the Brazilian Amazon: Projeto Tematico Fapesp No. 01/09401-0
Descrição: Investigação da diversidade genética de plasmodium na amazônia brasileira. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Hernando A del Portillo - Coordenador / Junior Barrera - Integrante / Joao Eduardo Ferreira - Integrante / Gerhard Wunderlich - Integrante / Marcelo Urbano - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Não informado.
Membro: Alan Mitchell Durham.
16.   2003-2007. PRONEX/CNPq: Teoria e Metodos da Otimizacao Continua
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcelo Gomes de Queiroz - Integrante / Carlos Humes Jr - Integrante / Paulo Silva - Integrante / Alfredo Iusem - Coordenador. Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Marcelo Gomes de Queiroz.
17.   2003-2004. RC-CAI
Descrição: RC-CAI - Redes de Capacidades para Cooperação entre Agentes Inteligentes. Projeto internacional e multiinstitucional, congregando pesquisadores da USP, da Universidade Autônoma de Barcelona e do Instituto de Pesquisas em Inteligência Artificial da Espanha.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Flavio Soares Correa da Silva - Coordenador / Jaume Agusti Cullell - Integrante / Carles Sierra - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro / Ministerio da Educacao Cultura e Desportos Espanha - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 2 / Número de orientações: 1
Membro: Flavio Soares Correa da Silva.
18.   2003-2005. Redes Booleanas Probabilisticas e Bioinformatica
Descrição: Um problema chave e importante na análise de expressão de genes a partir de dados provinientes de "microarrays" que pretendemos pesquisar envolve a predição da expressão de um gene em termos da expressão de outros genes. O problema de predição consiste em determinar se um determinado gene está ligado ("up-regulated") ou desligado ("down-regulated") em dependência dos estados ligado e desligado de outros genes. É conhecido na literatura que os coeficientes de determinação (CoDs) [] são uma forma de medir a qualidade de tais predições. Neste trabalho pretendemos estudar algoritmos para a computação e ordenação de CoDs estimados (a partir de dados de "microarrays"). Recentemente, um novo modelo foi proposto na direção de fornecer uma visão integrada de como os genes se interagem: Rede Booleana Probabilística. Como este modelo tem grande potencialidade para explicar a interação de genes dentro de uma célula, tencionamos estudá-lo em detalhes no sentido de entender resultados experimentais biológicos já conhecidos e/ou fornecer novas hipóteses para verificação experimental.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Carlos Henrique Aguena Higa - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1
Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.

2002

1.   2002-2007. Aproximacao Genomica e Pos-Genomica ao Estudo da Malaria Humana na Amazonia Brasileira
Descrição: Análise de dados de biologia molecular, particularmente de expressão gênica, para entender mecanismos biológicos presentes no parasita da malária.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Junior Barrera - Coordenador / Hernando A del Portillo Obando - Integrante.
Membro: Junior Barrera.
2.   2002-2004. Auxilio/FAPESP: Tecnicas em Otimizacao Continua para Problemas de Complementaridade e Programacao Matematica com Restricoes de Equilibrio
Descrição: Auxílio à Pesquisa. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcelo Gomes de Queiroz - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Marcelo Gomes de Queiroz.
3.   2002-2006. CooPiTools - Cooperation among Pi-calculus Tools
Descrição: Pi-calculus é uma das teorias pioneiras sobre agentes móveis. Além do esforço na construção das teorias, foram desenvolvidas também ferramentas de suporte ao uso das mesmas. Existem atualmente algumas ferramentas para verificação formal de processos concorrentes e agentes móveis, tanto para pi-calculus quanto para algumas outras teorias. Cada uma dessas ferramentas fornece serviços específicos para os quais elas foram concebidas. Algumas verificam se um dado modelo concorrente preserva algumas propriedades, enquanto outras verificam a equivalência entre modelos distintos. Apesar de todos os esforços, vários desafios ainda persistem na construção de ferramentas: o desenvolvimento de técnicas eficientes para a verificação de agentes móveis, construir ferramentas de suporte à especificação e verificação que sejam de fácil uso por usuários comuns, diminuição do esforço na construção de ferramentas e desenvolvimento de novas técnicas que abranjam classes de problemas não tratados atualmente. Considerando a diminuição do esforço de construção de novas ferramentas, um dos objetivos atuais na área de verificação formal é o compartilhamento de serviços entre ferramentas distintas através da sua integração. Este projeto de pesquisa tem como objetivo a integração das ferramentas de verificação para agentes móveis descritos em pi-calculus. Dessa forma, não há a necessidade de reimplementar todos os serviços requisitados em um único verificador, mas estabelecer comunicação entre verificadores capazes de fornecer os requisitos desejados.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (3) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Ana Cristina Vieira de Melo - Coordenador. Número de orientações: 3
Membro: Ana Cristina Vieira de Melo.
4.   2002-2004. Cursos / Organizacao Mundial da Saude
Descrição: Organização de cursos de Bioinformática de curta duração para alunos latino-americanos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Junior Barrera - Coordenador / Hernando A del Portillo Obando - Integrante.
Membro: Junior Barrera.
5.   2002-2006. Desenvolvimento de ambiente informatizado para analise deterministica de dados epidemiologicos e de resistencia genotipica do HIV-1.
Descrição: Este projeto pretende implementar um banco de dados através da integração de bancos do Programa de DST-AIDS já existentes (SICLOM, SISCEL e RENAGENO) de modo a viabilizar os elementos analíticos para cruzamento de informações vinculadas aos aspectos clínicos, epidemiológicos e de genotipagem dos pacientes com HIV positivo. Pretende-se também adequar ferramentas de bioinformática que permitam analisar sequências do HIV, gerando laudos de genotipagem e subtipagem.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Especialização: (2) / Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador. Financiador(es): Ministério da Saúde - Auxílio financeiro.Número de orientações: 2
Membro: Joao Eduardo Ferreira.
6.   2002-2004. Identificacao de Genes que Regulam Fenotipos de Interesse em Agropecuaria atraves da Analise Computacional de Sequencias de Expressao
Descrição: Projeto CNPq - Pesquisador. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Junior Barrera - Coordenador / Neves, E Jordão - Integrante.
Membro: Roberto Hirata Junior.
Descrição: Análise de dados de biologia molecular, particularmente de expressão gênica, para pesquisar melhorias vegetais e animais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Junior Barrera - Coordenador.
Membro: Junior Barrera.
7.   2002-2004. Metodos numericos para otimizacao continua de grande porte (Auxilio Pesquisa FAPESP 2002/00094-0)
Descrição: Neste trabalho propomos um novo metodo de restricoes ativas para a minimizacao de problemas com restricoes de caixa. O algoritmo combina um metodo irrestrito com uma tecnica recentemente introduzida (Gradiente Espectral Projetado) para eliminar restricoes do conjunto das variaveis livres. O algoritmo irrestrito inclui uma busca linear que tenta acrescentar muitas restricoes no conjunto de restricoes ativas a cada iteracao. Este metodo para problemas com restricoes de caixa sera testado para resolver os subproblemas que aparecem no metodo do Lagrangeano Aumentado para resolver problemas com restricoes gerais. Inspirados nos metodos de Restauracao Inexata, propomos tambem uma forma de acelerar o metodo do Lagrangeano Aumentado. Planejamos provar a convergencia global dos metodos e mostrar comparacoes numerica que determinem a confiabilidade dos mesmos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1
Membro: Ernesto Julian Goldberg Birgin.
8.   2002-2004. Proj. CNPq/Edital 2001 - Problemas de Otimizacao Combinatoria: algoritmos e aplicacoes
Descrição: Projeto na área de otimização combinatória, com ênfase em problemas de empacotamento, coordenado por Y. Wakabayashi, e integrado por mais 2 pesquisadores (Y. Kohayakawa e F.K.Miyazawa) e 2 alunos de doutorado.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Yoshiko Wakabayashi - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Yoshiko Wakabayashi.
9.   2002-2006. Tematico/FAPESP: Projeto e Simulacao Acustica de Ambientes para Escuta Musical
Descrição: Projeto Temático. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: Marcelo Gomes de Queiroz - Integrante / Fernando Iazzetta - Coordenador / Fábio Kon - Integrante / Flávio Soares Corrêa da Silva - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Marcelo Gomes de Queiroz.

2001

1.   2001-2006. Aproximacao Genomica e Pos-Genomica ao Estudo das Malarias Humanas de Plasmodium vivax e Plasmodium falciparum na Amazonia Brasileira.-ClinMalDB
Descrição: A finalização do genoma de P. falciparum, bem como avanços significativos no genoma de P. vivax foram anunciados recentemente na revista Nature [415:702-709 (2002)]. Este projeto propõe o uso de abordagens genômicas e pós-genômicas em três áreas principais de pesquisa em malária: fatores de virulência, genética de populações e quimioterapia. Além disso, através da integração com o Núcleo de Bioinformática da USP, propomos a criação de um banco de dados de seqüências e imagens de microarrays (MalDB) para explorar de modo completo toda essa nova informação biológica.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Hernando A del Portillo, - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 1
Membro: Joao Eduardo Ferreira.
2.   2001-2003. CAGE - Cooperation for Analysis of Gene Expression
Descrição: Atualmente, genomas inteiros e todo conjunto de ESTs de microorganismos importantes economicamente ? de modelos biológicos relevantes e de humanos - estão se disponibilizando de forma cada vez mais rápida. A fim de aproveitar desse enorme conjunto de genes e ESTs seqüenciados muitas universidades e laboratórios industriais estão desenvolvendo tecnologia para analisar a expressão do gene no nível do RNA, em uma base ampla do genoma, usando microarrays de DNA, também chamado de DNA chips. Estas técnicas têm potencial para gerar centenas de pontos de dados de expressão de dezenas de milhares de genes , cujo impacto na pesquisa biológica pode ser revolucionário. Análises de tão ampla quantidade de dados cria problemas complexos e ainda não solucionados de armazenagem de dados, mineração de dados, e projeto de preditores não lineares. Juntas, tais tarefas requerem uma colaboração coordenada de, por um lado, estudiosos da computação e matemática, e por outro lado, biólogos moleculares e químicos. No estado de São Paulo, a FAPESP oportunamente lançou um programa sobre genoma, a princípio iniciado pelo seqüenciamento do genoma da Xylella fastidiosa, e agora ampliado para outros microorganismos e ESTs das células do câncer humano, células de plantas e cana-de-açúcar. A iniciativa da FAPESP tem estabelecido condições suficientes para iniciar um competitivo projeto local relativo à função dos genomas em relação a tecnologia microarrays de DNA. Este projeto visa criar uma Cooperação para Análise de Expressão dos Genes - CAGE, uma organização informal que coordenará os esforços colaborativos dos biólogos moleculares do Instituto de Química (IQ-USP), cientistas da computação e matemáticos do Instituto de Matemática e Estatística (IMEUSP), a fim de estudar a expressão do gene pela tecnologia microarray de DNA. O objetivo inicial é instalar um laboratório equipado por: a)gravação robótica com precisão alta de milhares de sinais de sequências de cDNA por cm2 sob. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (8) Doutorado: (2) . Integrantes: Marco Dimas Gubitoso - Integrante / Junior Barrera - Integrante / Hugo Armelin - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Marco Dimas Gubitoso.
3.   2001-2004. Coordenador de projeto CAPES-COFECUB: Raciocinio espacial aproximado e analise de formas para reconhecimento de faces
Descrição: Reconhecimento estrutural de padrões através de casamento de grafos relacionais com atributos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / Isabelle Bloch - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Cooperação.
Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior.
4.   2001-2003. Identificacao dos Genes que regulam fenotipos de interesse em agropecuaria atraves da analise computacional de dados de sequencias de expressao
Descrição: O desenvolvimento de ferramentas para extração de informação de dados de genética depende de dois fatores essenciais: pesquisa básica em matemática-computação e aplicação a problemas relevantes de Biologia. A estrutura deste projeto é consistente com esta tese. A nossa motivação é a produção de conhecimento em agropecuária. Em particular, pretendemos identificar genes ou conjuntos de genes que regulam fenótipos, como propriedades do eucalipto que têm impacto na manufatura de papel, musculatura de aves que têm impacto na qualidade da carne, ou cana de- açúcar que têm impacto na produção de açúcar e álcool. Para atingir esses objetivos é fundamental a extração de dados quantitativos das espécies estudadas, o que inclui o sequenciamento e medida de expressão em estados biológicos de interesse. Após a extração de dados pretende-se encontrar correlações que definam associação de genes, ou conjuntos de genes associados a fenótipos específicos. Para identificar esses genes é necessário um ambiente computacional que permita correlacionar dados de naturezas diversas. Um ambiente que execute tais tarefas deve ser composto por uma estrutrura de banco de dados modular que permita armazenar sequências de aminoácidos ou proteínas, cadeias metabólicas e dados de expressão; bibliotecas para reconhecimento de padrões (supervisionado e não supervisionado) e identificação de sistemas; hardware de alto desempenho, onde são implementadas funções críticas. Ambientes com tais características são conhecidos na literatura como sistemas de mineração de dados. O Núcleo de Pesquisa em Bioinformática da USP (BIOINFO-USP), sediado no IME-USP, vem desenvolvendo um ambiente de mineração de dados para genética. O presente projeto irá contribuir para o desenvolvimento desse ambiente através da criação de novos módulos de análise de dados e da paralelização de funções críticas. O desenvolvimento de ferramentas computacionais apropriadas depende de modelos matemáticacomputacionais, que, em muit. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marco Dimas Gubitoso - Integrante / Siang Wun Song - Integrante / Kunio Okuda - Integrante / Eduardo Jordão Neves - Integrante / Junior Barrera - Coordenador / Nina S. Tomita Hirata - Integrante / João Eduardo Ferreira - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Júnior - Integrante / Routo Terada - Integrante / Roberto Hirada Junior - Integrante / Paulo José da Silva e Silva - Integrante / Alan Mitchell Durham - Integrante / Paulo Agozini Martin - Integrante.
Membro: Marco Dimas Gubitoso.
5.   2001-2002. Logicas nao Monotonicas para Modelos Alternativos de Revisao de Crencas
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Renata Wassermann - Coordenador / Eduardo Fermé - Integrante. Financiador(es): VITAE - Auxílio financeiro / Fundación Antorchas - Auxílio financeiro / Universidade de Buenos Aires - Cooperação.
Membro: Renata Wassermann.
6.   2001-2005. Metodos computacionais de otimizacao (Tematico FAPESP 2001/04597-4)
Descrição: A pesquisa em metodos computacionais de otimizacao vem sendo desenvolvida no Departamento de Matematica Aplicada da Unicamp, sob a coordenacao do responsavel principal por este projeto, nos ultimos 22 anos. Foram desenvolvidos muitos trabalhos em teoria e pratica de resolucao de sistemas nao lineares, minimizacao irrestrita, minimizacao em caixas, programacao nao linear, complementaridade, desigualdades variacionais e aplicacoes. Atualmente a pesquisa e desenvolvida em colaboracao com pesquisadores de outras instituicoes como USP e UNESP. Tambem foram orientadas dezenas de teses de mestrado e doutorado. Neste projeto tematico, a proposta consiste em dar continuidade a esse trabalho. Uma novidade importante em relacao a projetos anteriores deste grupo, em particular em relacao ao projeto tematico 1990/3724-6, e a inclusao central de um amplo campo para aplicacoes de metodos numericos. Com efeito, existe atualmente o envolvimento em problemas de estimativa de parametros em problemas de Otica, cujo interesse em areas externas a Otimizacao e inclusive a Matematica, parece bastante intenso. Esses problemas surgem como importantes motivadores para o desenvolvimento de novos metodos, fornecem novas ideias e desafios e, de modo geral, atuam como poderosos estimuladores a pesquisa inovadora.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (4) . Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Integrante / José Mario Martínez - Coordenador / Marcos Raydan - Integrante / Lucio Tunes Santos - Integrante / Maria Aparecida Diniz Ehrhardt - Integrante / Marcia Aparecida Gomes Ruggiero - Integrante / Véra Lúcia da Rocha Lopes - Integrante / Natasha Krejic - Integrante / Roberto Andreani - Integrante / Ana Friedlander - Integrante / Antonio Carlos Moretti - Integrante / Elvio A. Pilotta - Integrante / Francisco A. M. Gomes - Integrante / Sandra Augusta Santos - Integrante. Financiador(es): Universidade Estadual de Campinas - Cooperação / Universidad Central de Venezuela - Cooperação / University of Novi Sad - Cooperação / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 16 / Número de orientações: 2
Membro: Ernesto Julian Goldberg Birgin.
7.   2001-2004. Pesquisador principal: Edital de Bioinformatica CNPq: Identificacao de genes que regulam fenotipos de interesse em agropecuaria atraves da analise computacional de dados de sequencias e de expressao
Descrição: Métodos de reconhecimento de padrões em bioinformática.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / Junior Barrera - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior.
8.   2001-2004. Pesquisador principal: Edital Universal CNPq: Analise de formas representadas por landmarks
Descrição: Análise de formas representadas por landmarks.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / L. da F. Costa - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior.
9.   2001-2005. Pesquisador Principal: Projeto Tematico FAPESP: Desenvolvimento e avaliacao de metodos originais e precisos em analise de formas e imagens e visao computacional
Descrição: Análise de formas e reconhecimento de padrões.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (3) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / L. da F. Costa - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior.
10.   2001-2003. Proj. CNPq/Edital 2000 - Problemas de Otimizacao Combinatoria: algoritmos de aproximacao, complexidade e aplicacoes
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Yoshiko Wakabayashi - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Yoshiko Wakabayashi.
11.   2001-2002. Provadores de Teorema Livres de Estrutura e Revisao de Crencas
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Renata Wassermann - Integrante / Marcelo Finger - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 4
Membro: Renata Wassermann.
12.   2001-2004. VGDN ? Viral Genetic Diversity Network
Descrição: Este programa propõe a organização de uma rede de laboratórios em várias instituições de pesquisas no estado, com o intuito de estudar a diversidade genética dos vírus dentro de um contexto de ciência aplicada, a qual irá proporcionar tanto a capacidade do estudo genético dos vírus quanto o uso imediato dos dados primários relevantes (exemplo: monitoramento de vacinas, resistência a drogas antivirais e tipos de vírus para informação e doenças associadas). Muitos exemplos da importância desta iniciativa será apresentada neste projeto. O estabelecimento do VGDN será pertinente quanto a melhora da ciência e tecnologia do estado de São Paulo, o que proporcionará o suporte necessário para a vigilância epidemiológica e controle das doenças virais. Os quatro trabalhos coordenados incluirão os seguintes agentes: (i) vírus da imunodeficiência humana(HIV-1), (ii) vírus da hepatite C (HCV), (iii) vírus syncytial e hantavírus. Podemos dizer que levará 6 meses para montar os labs e 2,5 anos para gerar os primeiros dados. Será necessário um adicional de 6 meses para terminar qualquer experimento que não estivesse nos planos para completar as análises dos dados. Espera-se que cada um dos 20 labs produzam 112,500 bp de HCV e 108,750 bp para HIV, 20,400 bp de RSV e 16,900 bp de hantavírus em dois anos. Cada posição do nucleotídeo será sequenciada em média 5 vezes de um número pré-definido de amplicons (1250 amostras de 3 amplicosn para HCV, 1450 amostras de 3 amplicons para HIV, 100 amostras com 3 amplicons para hantavírus, e 600 amostras com 4 amplicons para RSV). Desta maneira, aproximadamente 252,000 bp serão gerados em cada nódulo durante os 3 anos da operação.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Marco Dimas Gubitoso - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Marco Dimas Gubitoso.

2000

1.   2000-2006. Computer Vision techniques for Human Computer Interaction
Descrição: This project aims the research of computer vision techniques for development of non traditional human-computer interfaces.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Carlos Hitoshi Morimoto - Coordenador / Márcio Raul Medeiros Mimica - Integrante / Thiago Schumacher Barcelos - Integrante / Flavio Luis Coutinho - Integrante. Financiador(es): Ibm Coorporation - Cooperação / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 9 / Número de orientações: 9
Membro: Carlos Hitoshi Morimoto.
2.   2000-2004. Convenio Academico USP/IIIA (Espanha)
Descrição: Convênio acadêmico amplo entre o depto. de ciência da computação da USP (SP) e o IIIA/Espanha. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Flavio Soares Correa da Silva - Coordenador / Jaume Agusti Cullell - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro / Ministerio da Educacao Cultura e Desportos Espanha - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 9 / Número de orientações: 4
Membro: Flavio Soares Correa da Silva.
3.   2000-2005. Cooperation for Analysis of Gene Expression - FAPESP No.99/07390-0
Descrição: Projeto Temático FAPESP. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Hugo Aguirre Armelin - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Roberto Hirata Junior.
4.   2000-2005. Cooperation for Gene Analysis Expression
Descrição: Desenvolver técnicas de análise de expressão gênica e aplica-las ao entendimento de Problemas biológicos, como o controle do ciclo celular.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Junior Barrera - Coordenador / Hugo Aguirre Armelin - Integrante.
Membro: Junior Barrera.
5.   2000-2003. Indexing and Data Mining in Multimedia Databases-ImiMD
Descrição: Indexação de resultados de classificadores em grandes volumes de dados.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Caetano Traina Junior - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.Número de orientações: 1
Membro: Joao Eduardo Ferreira.
6.   2000-2005. MAGIC Pointing
Descrição: Joint research project between the University of São Paulo (USP) and the Almaden IBM Research Center for the development of gaze enhanced interfaces such as the MAGIC (Manual And Gaze Input Cascaded) Pointing.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (3) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Carlos Hitoshi Morimoto - Coordenador / Myron Flickner - Integrante. Financiador(es): Ibm Coorporation - Cooperação. Número de produções C, T A: 7 / Número de orientações: 7
Membro: Carlos Hitoshi Morimoto.
7.   2000-2003. MAPPEL - Multi-Agent Collaborative and Adversarial Perception, Planning, Execution, and Learning
Descrição: Resolver problemas em domínios complexos geralmente envolve múltiplos agentes, raciocínio sobre um mundo dinâmico, planejamento de atividades, necessidade de aprender através de realimentações e experiências prévias, além de interações no mundo por meio de percepção e ação. O projeto MAPPEL visa investigar um espectro concreto de temas relevantes para o desenvolvimento de times de agentes completos atuando em um ambiente dinâmico, eventualmente adversário e com exigências de atuação em tempo real. O interesse consiste em investigar e desenvolver agentes robóticos que sejam: autônomos (capazes de raciocinar sobre suas experiências e tomar suas próprias decisões); eficientes (capazes de atingir metas específicas sob restrições de tempo e recursos, através da integração de planejamento reativo e deliberativo de atividades); cooperativos (capazes de colaborar com outros agentes para resolver problemas e realizar tarefas muito complexas em relação às suas capacidades individuais); adaptativos (capazes de aprender conforme adquirem mais experiência, através do refinamento de suas preferências de seleção de ações individuais e colaborativas). NSF / CNPq - ProTeM CC Proc. Inst. No. 68.0033/99-8. Número do Processo Individual: 48.0320/99-3. Início do Processo: Junho de 2000 Duração: 3 anos. Valor global da concessão no Brasil: R$ 125.841,39 e bolsas DTI .. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (16) / Especialização: (2) / Mestrado acadêmico: (5) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (9) . Integrantes: Leliane Nunes de Barros - Integrante / J. Wainer - Integrante / Anna Helena Reali Costa - Coordenador / Jaime Simão Sichman - Integrante / Carlos Henrique Costa Ribeiro - Integrante / Manuela Veloso - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Cooperação. Número de produções C, T A: 4 / Número de orientações: 3
Membro: Leliane Nunes de Barros.
8.   2000-2002. Projeto CAGE: Cooperative Analisys of Gene Expression
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Junior Barrera - Integrante / Joao Eduardo Ferreira - Integrante / Sérgio Verjovski-Almeida - Integrante / Aline Maria da Silva - Integrante / Hugo Armelin - Coordenador / Eduardo Jordao Neves - Integrante / Carlos Humes Junior - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Alan Mitchell Durham.


(*) Relatório criado com produções desde 2000 até 2020
Data de processamento: 07/05/2021 00:14:16