Programa de Pós Graduação em Bioinformática

Total de orientações em andamento


Número total de itens: 187

2025

1.   Ana Luísa Rodrigues de Avila. Análise do Impacto das Variantes de ABCA7 na Doença de Alzheimer e Novas Abordagens Terapêuticas. Tese (Doutorado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2025.
Orientador: Silvana Giuliatti.
2.   Ana Victoria Purísima Rojas Celis. . Universidade de São Paulo., . Início: 2025.
Supervisor: Helder Takashi Imoto Nakaya.
3.   Beatriz Toledo Akiti. Metagenômica de Lagoas Hipersalinas. Dissertação (Mestrado profissional em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2025.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
4.   Breno Lopes de Freitas. A ser definido. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2025.
Orientador: André Fujita.
5.   Bruno Kleine Mollica. A ser definido. Iniciação científica (Graduando em Ciências Moleculares) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2025.
Orientador: André Fujita.
6.   Caio Sóter de Barros Mota. A ser definido. Dissertação (Mestrado profissional em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2025.
Orientador: André Fujita.
7.   Darci Caroline Fabrício Lopes. Caracterização de proteínas associadas ao genes estruturais de corpúsculos-R bacterianos (R-bodies). Iniciação científica (Graduando em Bacharelado em Biologia) - Instituto de Biologia (USP/SP), . Início: 2025.
Orientador: Robson Francisco de Souza.
8.   Diego Rueda. Programação Quantica na Dinamica Molecular. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia da Computação) - Universidade de Ribeirão Preto, . Início: 2025.
Orientador: Silvana Giuliatti.
9.   Eduardo Varejão Díaz Placencia. . Universidade de São Paulo., . Início: 2025.
Supervisor: Helder Takashi Imoto Nakaya.
10.   Fernanda Gabrielly Dias da Costa. Interação das vesículas de gás com RNAs associados a IS200/IS605. Dissertação (Mestrado profissional em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2025.
Orientador: Tie Koide.
11.   Francisco Martins Degiovani. Análise Computacional da Metilação na Região Promotora do Gene IL-6 e seu Papel na Patogênese da Diabetes Mellitus Tipo 2. Dissertação (Mestrado em Interunidades em Bioinformática) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, CNPq. Início: 2025.
Orientador: Silvana Giuliatti.
12.   Gabriel Ferreira Romão. Genômia de fungos relevantes em saúde pública e degradação de biomassa. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Universidade de São Paulo. Início: 2025.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
13.   Guilherme Rodrigues de Mira. Elucidação dos Mecanismos Celulares e Moleculares na Imunopatogênese de Doenças Inflamatórias Alérgicas Utilizando Técnicas de Sequenciamento Espacial e de Célula Única. Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2025.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
14.   Guilherme Wenceslau de Lima Cardoso. Desvendando a interação entre bactérias e fagos por meio do monitoramento das alterações transcritômicas durante a infecção por fagos. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2025.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
15.   Guilherme Yudi Aiabe Sagawa. Investigando o Endomicrobioma da Cana-de-Açúcar: Estratégias, Desafios e Novas Abordagens. Dissertação (Mestrado profissional em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2025.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
16.   Guillermo Uceda Campos. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.. Início: 2025.
Supervisor: Joao Carlos Setubal.
17.   Igor Augusto Felipe. Investigação sistêmica da regulação gênica por excludons em procariotos. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2025.
Orientador: Tie Koide.
18.   Joao Victor Costa da Silva. Tunelamento Quântico na Ativação de Microglia por Aβ Doença de Alzheimer. Dissertação (Mestrado em Pós graduacao em Bioinformatica) - Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto, . Início: 2025.
Orientador: Silvana Giuliatti.
19.   Luís Guilherme Espinosa e Souza. Modelagem Preditiva e Identificação de Endótipos na Progressão da Doença Renal Crônica em Pacientes Diabéticos utilizando Aprendizado de Máquina. Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, . Início: 2025.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
20.   Nicole Inoue do Nascimento. Aplicação de IA na Análise de Expressão Gênica em Psoríase. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia da Computacao) - Universidade de Ribeirão Preto, . Início: 2025.
Orientador: Silvana Giuliatti.
21.   RAFAEL OLIVEIRA COSTA SAVINO. ESTUDO DA FORMAÇÃO DE COACERVADOS: UMA ABORDAGEM COMPUTACIONAL UTILIZANDO ALBUMINA-ÁCIDO HIALURÔNICO. Dissertação (Mestrado profissional em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2025.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
22.   Raphaella Brandão Jacques. A ser definido. Dissertação (Mestrado profissional em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2025.
Orientador: André Fujita.
23.   Ronaldo Rodrigues Ribeiro. Investigando o estresse transcricional induzido por aldeídos e o acúmulo de R-loops em células deficientes em reparo de DNA e senescentes.. Tese (Doutorado em Biologia do Sistema) - Instituto de Ciências Biomédicas - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2025.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
24.   Samson Oluwapelumi Kosemani. . Universidade de São Paulo., . Início: 2025.
Supervisor: Helder Takashi Imoto Nakaya.
25.   Sofia Sanches Massarenti. Análise da Citotoxicidade de Compostos de Telúrio em Modelos Celulares de Tumores Pancreáticos. Iniciação científica (Graduando em Química Com Ênfase em Bioquímica e Biologia Molecular) - Universidade de São Paulo, . Início: 2025.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
26.   Thais Sena de Paula Domingues. Estudo de associação genômica Ampla na avaliação do risco individual de malária na Amazônia brasileira. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Instituto de Matemática e Estatística, . Início: 2025.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
27.   Victor Hugo Oliveira de Andrade. Análise Computacional da Interação Molecular entre beta-amiloide e Isoformas de Apolipoproteína E e suas Implicações para a Doença de Alzheimer. Dissertação (Mestrado em Interunidades em Bioinformática) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, CNPq. Início: 2025.
Orientador: Silvana Giuliatti.
28.   Vinicius de Morais Barroso. . Universidade de São Paulo., . Início: 2025.
Supervisor: Helder Takashi Imoto Nakaya.
29.   Vinicius E. de Araujo. Predição de Genes com Modelos Múltiplos. Dissertação (Mestrado em Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2025.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
30.   Vinícius de Castro Mündel. Modelagem Estrutural Personalizada de Proteínas: Uma Nova Abordagem para a Medicina de Precisão. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2025.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
31.   Vitor Gregorio. Aprendizado de Máquina Aplicado à Genômica Populacional. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2025.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
32.   Vitoria Stavis de Araujo. Investigação de Metabólitos da Microbiota Oral na Depressão pela Ativação da Microglia. Dissertação (Mestrado em Pós graduacao em Bioinformatica) - Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto, CNPq. Início: 2025.
Orientador: Silvana Giuliatti.

2024

1.   Agatha Morgana Bertoti da Silva. Influência da Exposição ao Cobre na Indução da Dormência e Estado Não-Replicativo em bactérias do complexo Mycobacterium tuberculosis. Dissertação (Mestrado profissional em Epidemiologia e Saúde Única) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024.
Orientador: Ana Marcia de Sá Guimarães.
2.   Agustina Belén Pauer. Análise genômica comparativa do clado aquático para melhor compreensão da variabilidade e evolução no gênero Trypanosoma. Dissertação (Mestrado em Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro) - Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2024.
Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
3.   Alessandra Cristina Guedes Pellini. . Instituto Israelita de Ensino e Pesquisa Albert Einstein., . Início: 2024.
Supervisor: Helder Takashi Imoto Nakaya.
4.   Alice Bontempi Bispo. Homeostase do cobre em micobactérias tuberculosas e sua influência na susceptibilidade à moxifloxacina e à bedaquilina. Dissertação (Mestrado profissional em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2024.
Orientador: Ana Marcia de Sá Guimarães.
5.   Ana Luisa Elias Zavataro. Caracterização e correspondência genômica entre os gêneros de tripanossomatídeos Kentomonas sp. e comparação com outros organismos da subfamília Strigomonadinae. Dissertação (Mestrado em Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro) - Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2024.
Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
6.   Anderson Cardoso Gonçalves. Algoritmos para exploração da matéria escura microbiana. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2024.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
7.   Arthur Henrique Barrios Solano. Ferramenta para levantamento de espécies de gêneros-alvo em dados metagenômicos. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
8.   Beno de Andrade Tauil. Novo Protocolo de Predição de Genes. Dissertação (Mestrado profissional em Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2024.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
9.   Bruno Padilha. . Universidade de São Paulo, Tribunal de Justiça de São Paulo.. Início: 2024.
Supervisor: João Eduardo Ferreira.
10.   Caio Felipe Freire de Sousa. Identificação de novos RNAs longos não codificadores em Schistosoma mansoni e mapeamento na versão 10 do genoma. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2024.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
11.   Carlos Alberto Cortez Junior. A ser definido. Dissertação (Mestrado profissional em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024.
Orientador: André Fujita.
12.   Carmen Rodriguez Cueva. Filogenômica de Xanthomonas citri. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
13.   Cesar Augusto de Oliveira Coelho. . Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico.. Início: 2024.
Supervisor: André Fujita.
14.   Claudio D. Rosa. Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico.. Início: 2024.
Supervisor: Ana Marcia de Sá Guimarães.
15.   Daniel Moura Fernandez. A ser definido. Dissertação (Mestrado profissional em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2024.
Orientador: André Fujita.
16.   Danielle Gomes dos Santos Silva. desenvolvimento de guia sobre neurodiversidade para a comunidade da USP Programa AGNEES. Orientação de outra natureza. Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto. Programa Unificado de Bolsas de Estudos - USP, . Início: 2024.
Orientador: Silvana Giuliatti.
17.   Diego Trindade de Souza. . Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico.. Início: 2024.
Supervisor: André Fujita.
18.   Eduardo Pereira Soares. ESTUDO DA ASSOCIAÇÃO DE ENZIMAS MODIFICADORAS COM ENZIMAS PRODUTORAS DE METABÓLITOS SECUNDÁRIOS, E CONSTRUÇÃO DE PREDITORES DE PRODUTOS E LOCI BIOSSINTÉTICOS. Tese (Doutorado em Microbiologia) - Instituto de Ciencias Biomedicas - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2024.
Orientador: Robson Francisco de Souza.
19.   Eliza Miranda Ramos. . Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico.. Início: 2024.
Supervisor: Ana Marcia de Sá Guimarães.
20.   Fabiane Pohlmann de Athayde Tossato. Novos Promotores Sintécos em Cana de Açúcar. Dissertação (Mestrado profissional em Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo. (Coorientador)., . Início: 2024.
Supervisor: Alan Mitchell Durham.
21.   Felipe Antonio Camoezi Silva. Associação entre perfil inflamatório materno, número de exossomos placentários e desfechos de neurodesenvolvimento aos 12 meses de idade. Dissertação (Mestrado em pós-graduação) - Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2024.
Orientador: Helena Paula Brentani.
22.   Felipe Farinelli. Uso da inteligência artificial para o desenvolvimento de coqueteis enzimáticos para degradação de biomassa vegetal. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
23.   Fernando Pacheco Nobre Rossi. Implementação de ferramentas e pipelines de bioinformática para análise de genomas de fagos e de bactérias e de suas interações.. Orientação de outra natureza. Universidade de São Paulo. Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, . Início: 2024.
Orientador: Aline Maria da Silva.
24.   Fernando Ribeiro Tocantins. A ser definido. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024.
Orientador: André Fujita.
25.   Gabrielly Cristine Martins. Cultivo de células humanas com deficiências em reparo de DNA em condições diferentes de oxigênio atmosférico. Tese (Doutorado em Medicina (Hematologia)) - Universidade Federal de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2024.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
26.   Grayce Ellen Romin Silva. Propriedades estruturais do β-glucano de ligação mista e da calose na formação do aerênquima em cana-de-açúcar. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
27.   Guilherme Rodrigues de Mira. Elucidação dos Mecanismos Celulares e Moleculares na Imunopatogênese de Doenças Inflamatórias Utilizando Técnicas de Sequenciamento Espacial e de Célula Única. Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
28.   Guilherme Wenceslau de Lima Cardoso. Monitoramento de alterações transcritômicas durante a infecção bacteriana por fagos.. Dissertação (Mestrado profissional em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024.
Orientador: Aline Maria da Silva.
29.   Gustavo de Souza Morozi. Otimização de bancos de dados não relacionais para análise de dados. Dissertação (Mestrado profissional em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
30.   Heitor Baldo. . Universidade de São Paulo., . Início: 2024.
Supervisor: André Fujita.
31.   Isabel Cristine Costa Garcia. Aprendizado de máquina para possíveis drogas com ação em angiogênese. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo. (Coorientador)., . Início: 2024.
Supervisor: Joao Carlos Setubal.
32.   Jeevan Giddaluru. . Instituto Israelita de Ensino e Pesquisa Albert Einstein., . Início: 2024.
Supervisor: Helder Takashi Imoto Nakaya.
33.   Joaquim Garcia de Figueiredo. intraRNAs em procariotos: identificação em larga escala. Iniciação científica (Graduando em Ciências Biomédicas) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024.
Orientador: Tie Koide.
34.   Jordana Luiza Caixeta. Uso de modelagem matemática para compreender os efeitos das Mudanças Climáticas Globais sobre a cultura de soja. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
35.   José Franklin Calderon Tantalean. Desenvolvimento de Métodos Avançados de Inferência de Ancestralidade Genética Local com Foco em Alelos Raros nas Populações Brasileiras. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2024.
Orientador: Tabita Hunemeier.
36.   Karolline Monteiro Vieira da Silva. Caracterização e quantificação da expressão da família de genes de microexons (MEGs) em Schistosoma mansoni. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2024.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
37.   Kelly Yovani Olivos Caicedo. Análise genômica comparativa e filogenômica dos membros da família Lachnospiraceae. Tese (Doutorado em Ciência (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)) - Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2024.
Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
38.   Laura Maria de Araújo Pereira. Análise Estrutural de Polimorfismos nas Regiões ITIM de LILRB1 e LILRB2 e sua Interatividade com SHP1 e SHP2 na Modulação de Vias Inibitórias: Desvendando os Mecanismos Moleculares da Regulação Imunológica. Tese (Doutorado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2024.
Orientador: Silvana Giuliatti.
39.   Leticia Cristina Correia Marques. Desenvolvimento de ?Guia sobre Neurodiversidade? para a comunidade da Universidade de São Paulo: Programa AGNEES. Orientação de outra natureza. Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto. Programa Unificado de Bolsas de Estudos - USP, . Início: 2024.
Orientador: Silvana Giuliatti.
40.   Lisa Miyuki Onuki. Desenvolvimento de formulações para estabilização de bacteriófagos visando aplicação em fagoterapia. Iniciação científica (Graduando em Quimica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2024.
Orientador: Aline Maria da Silva.
41.   Lucas Stehling. A ser definido. Dissertação (Mestrado profissional em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024.
Orientador: André Fujita.
42.   Luciana Renata de Almeida. Identificação de estruturas de proteínas utilizando o AphaFold em dados de transcriptoma de planta-microorganismos. Orientação de outra natureza. Instituto de Biociências (USP). Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, . Início: 2024.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
43.   Luis David Pabon Rodriguez. Genômica de bactérias degradadoras de cianeto. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
44.   Lyang Higa Cano. A definir. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2024.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
45.   Maiara Borges Andrade. Mapeamento de genes com efeito de interação com o ambiente - Efeitos fixos e aleatórios. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2024.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
46.   Marcele Laux. . Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico.. Início: 2024.
Supervisor: Joao Carlos Setubal.
47.   Maria Eduarda De Oliveria Silva. Anotação de Genomas Latino Americanos. Dissertação (Mestrado em Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2024.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
48.   Maria Giovana Cavalcante. Estruturas alternativas de DNA em Halobacterium salinarum: estudos in silico. Dissertação (Mestrado profissional em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2024.
Orientador: Tie Koide.
49.   Maria Thereza Schmitt Mesquita. Evaluating the oral microbiome diversity from Amazonian hunter- gatherers and its evolutionary and health impact. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Coorientador).. Início: 2024.
Supervisor: Tabita Hunemeier.
50.   Marina Cabral Ricoldi. Vesículas de gás de Halobacterium salinarum como agentes de contraste de ultrassom. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2024.
Orientador: Tie Koide.
51.   Mateus Violante Pacheco. Engenharia de dados para processos de aprendizado profundo. Dissertação (Mestrado profissional em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
52.   Murilo Gouveia Guedes. A ser definido. . Início: 2024.
Orientador: André Fujita.
53.   Natalia von Staa Mansur. Redes Neurais de Grafos na Medicina de Precisão: predição de desfechos clínicos de doenças infecciosas. Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
54.   Nathalia dos Santos Oliveira. CONSERVAÇÃO DE intraRNAs EM TRANSCRITOMAS DE PROCARIOTOS E TRADUÇÃO DE NOVAS ISOFORMAS PROTEICAS.. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo. (Coorientador)., Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2024.
Orientadores: Robson Francisco de Souza, Tie Koide.
55.   Nicholas Brown. Busca de Novos Alvos no Melanoma através de Inferência de Ortólogos por Redes de Coexpressão. Dissertação (Mestrado profissional em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
56.   Nilton Gomes de Moraes. Integração de Tecnologias para Alcançar os Objetivos de Desenvolvimento Sustentável em Cidades Inteligentes. Tese (Doutorado em Ambiente Saúde e Sustenbilidade) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
57.   Pedro Henrique Fogaça Jordão. Caracterização de LncRNAs Associados à Reprogramação Metabólica Durante a Progressão do Melanoma. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2024.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
58.   Rafaella Ferreira Soares. O papel da seleção haploide na evolução de genes expressos durante a espermatogênese de Drosophila melanogaster. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2024.
Orientador: Maria Dulcetti Vibranovski.
59.   Raphael Bruno Amemiya. Characterization of the global and local ancestry of the Brazilian population. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
60.   Santiago Ramos Fagundes. Engenharia de dados para análise de textos jurídicos. Dissertação (Mestrado profissional em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
61.   Sarah Peixoto Rodrigues Freire. Análise do Impacto da Obesidade nos Desfechos Clínicos Utilizando Machine Learning em Dados do MIMIC-IV. Dissertação (Mestrado profissional em Ciências da Saúde) - Instituto Israelita de Ensino e Pesquisa Albert Einstein, . Início: 2024.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
62.   Thiago Roberto dos Santos. Algoritmo de segmentação de domı́nios protéicos baseado nos valores pLDDT e PAE do Alphafold. Iniciação científica (Graduando em Ciências Moleculares) - Universidade de São Paulo, USP - Programa Unificado de Bolsas. Início: 2024.
Orientador: Robson Francisco de Souza.
63.   Valéria Oliveira Silva. . Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico.. Início: 2024.
Supervisor: Ana Marcia de Sá Guimarães.
64.   Érico Tiago Meireles. Engenharia de dados para textos jurídicos. Dissertação (Mestrado profissional em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024.
Orientador: João Eduardo Ferreira.

2023

1.   Ana Beatriz Mendes de Oliveira. Treinamento de bacteriófagos líticos de Pseudomonas aeruginosa para superar a resistência bacteriana. Iniciação científica (Graduando em Medicina Veterinária) - Universidade de Santo Amaro, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2023.
Orientador: Aline Maria da Silva.
2.   André Ferreira Cunha. Integration of publicly available multi-cohort human gut microbiome data for the stratification of patients with inflammatory bowel diseases. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2023.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
3.   Bruna Farias. Investigação da associação entre ancestralidade genética e mutações somáticas prevalentes em pacientes com adenocarcinoma de pâncreas da população brasileira. Dissertação (Mestrado profissional em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2023.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
4.   Bruna Sayuri Cardoso Ogusku. Grenômica comparativa de espécies de Acinetobacter. Dissertação (Mestrado em Microbiologia) - Instituto de Ciências Biomédicas - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2023.
Orientador: Robson Francisco de Souza.
5.   Daniela Bizinelli. Identificação de RNAs longos não codificantes associados ao potencial tronco tumoral em câncer de pâncreas, glioblastoma e melanoma. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2023.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
6.   Felipe de Mello Martins. . Instituto Israelita de Ensino e Pesquisa Albert Einstein., . Início: 2023.
Supervisor: Helder Takashi Imoto Nakaya.
7.   Felipe Del Bianco Soares. Isolamento e caracterização bacteriófagos contra Klebsiella pneumoniae e associação da N-acetilcisteína no potencial terapêutico. Iniciação científica (Graduando em Química Com Atribuições em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2023.
Orientador: Aline Maria da Silva.
8.   Francisco Alvaro Vasquez Cunya. Análise comparativa e bioinformática do genoma completo de um isolado pertencente ao gênero Sergeia. Dissertação (Mestrado em Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro) - Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP, . Início: 2023.
Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
9.   Gabriel Marques Leal. Desenvolvimento de estratégias in vitro que auxiliam na investigação do aumento de rendimento da cana-de-açúcar. Orientação de outra natureza. Universidade de São Paulo. Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, . Início: 2023.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
10.   Gabriel Monteiro Lauria. História Evolutiva dos Antigos Cães Domésticos da Patagônia Atlântica. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2023.
Orientador: Tabita Hunemeier.
11.   Gabriela Matias de Souza. Origem e Evolução de novos genes via transposição duplicativa para o cromossomo Y em moscas-de-fruta (Drosophila). Iniciação científica (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2023.
Orientador: Maria Dulcetti Vibranovski.
12.   Giullia Luiza Takahashi Rodrigues. Isolamento de bacteriófagos líticos de Pseudomonas aeruginosa de diversos ambientes naturais. Iniciação científica (Graduando em Abi - Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2023.
Orientador: Aline Maria da Silva.
13.   Guilherme da Silva. Influência da linhagem das aves e dos parâmetros de estocagem e incubação de ovos no desempenho industrial farmacêutico na produção de monovalentes virais. Dissertação (Mestrado profissional em Mestrado Profissional em Bioprocessos e Biotecnologia) - Instituto Butantan, . Início: 2023.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
14.   Gustavo Wenzel Sainatto. Receptoma de tecidos e órgãos de roedores e primatas. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, . Início: 2023.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
15.   Henry Bonilla Bruno. O papel dos territórios cromossômicos na evolução da regulação transcricional do cromossomo X durante a espermatogênese em Drosophila. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo, . Início: 2023.
Orientador: Maria Dulcetti Vibranovski.
16.   Janaina da Silva Fortirer. Modelagem do efeito das mudanças climáticas sobre o crescimento e desenvolvimento de plantas de soja. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2023.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
17.   Jaqueline Yu Ting Wang. A ser definido. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Coorientador).. Início: 2023.
Supervisor: André Fujita.
18.   Joel Nunes Junior. Detecção e quantificação de long non-coding RNA e elementos de transposição em experimento piloto da interação cana e Xanthomonas albilineans. Tese (Doutorado em Bioinformatica) - Instituto de Biociências (USP), Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2023.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
19.   Ketly Naiany Almeida Nascimento. Associação entre estresse pré-natal materno e programação da metilação dos genes NR3C1, FKBP5 e OXTR e comprimento telomérico aos 12 meses de idade. Dissertação (Mestrado em pós-graduação) - Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, . Início: 2023.
Orientador: Helena Paula Brentani.
20.   Kevim Bordignon Guterres. Influência do cobre no aparecimento de persistência ou tolerância a drogas em e Mycobacterium tuberculosis e Mycobacterium africanum L6. Tese (Doutorado em Epidemiologia e Saúde Única) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2023.
Orientador: Ana Marcia de Sá Guimarães.
21.   Luciana Madanelo. "Stanford Social Dimensions Scale (SSDS): Confiabilidade, validação e aplicação". Tese (Doutorado em Psiquiatria) - Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, . Início: 2023.
Orientador: Helena Paula Brentani.
22.   Lívia Cavalcanti de Morais Gama. Alterações da microbiota na infância contribuem para transtornos psíquicos na vida adulta?. Dissertação (Mestrado profissional em Bioinformatica) - Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo. (Coorientador)., . Início: 2023.
Supervisor: Helena Paula Brentani.
23.   Maiara Mascarenhas Moro Valenciano. Caracterização evolutiva e de rede dos genes envolvidos na resposta imune em mamíferos. Dissertação (Mestrado em Programa Interunidades de Pós-Graduação em Bioinformática) - Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2023.
Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
24.   Maria Carolina Fernandes dos Santos. Determinação de assinaturas mutacionais por agentes quimioterápicos em células de glioblastoma deficientes em DNA polimerases de síntese translesão. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Ciências Biomédicas - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2023.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
25.   Maria Eduarda Mazzi Esquinca. Avaliação funcional do papel de lncRNAs oncogênicos no adenocarcinoma pancreático ductal (PCA) através de abordagens ômicas integrativas. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, . Início: 2023.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
26.   Maruan Bakri Ottoni. A ser definido. Dissertação (Mestrado profissional em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2023.
Orientador: André Fujita.
27.   Maryanna Cristiano Simão. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.. Início: 2023.
Supervisor: Maria Dulcetti Vibranovski.
28.   Matheus Farinaro Vesco. USO DE REDES ADVERSARIAIS GENERATIVAS PARA GERAÇÃO DE IMAGENS SINTÉTICAS DE TOMOGRAFIA COMPUTADORIZADA A PARTIR DE RADIOGRAFIAS CONVENCIONAIS. Dissertação (Mestrado profissional em Ciências da Saúde) - Instituto Israelita de Ensino e Pesquisa Albert Einstein, . Início: 2023.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
29.   Naiara Almeida de Toledo. A VIA DE RECUPERAÇÃO DA MOLÉCULA DE TIAMINA EM PLANTA. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Instituto de Biociências (USP), Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2023.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
30.   Nathan Nahas. Integração de dados para identificação de regiões genômicas de risco para alterações no neurodesenvolvimento. Iniciação científica (Graduando em Iniciação Cientifica) - Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, . Início: 2023.
Orientador: Helena Paula Brentani.
31.   Pedro de Andrade Franco. Construção de um pipeline de montagem, anotação e classificação taxonômica de genomas de fagos.. Iniciação científica (Graduando em Ciências Moleculares) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2023.
Orientador: Aline Maria da Silva.
32.   Peter Park. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.. Início: 2023.
Supervisor: Helder Takashi Imoto Nakaya.
33.   Rafaela Barberis Canjani. Descoberta de novas vias de síntese de antibióticos por análises in-silico. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2023.
Orientador: Robson Francisco de Souza.
34.   Stephan Lloyd Watkins. . Instituto Israelita de Ensino e Pesquisa Albert Einstein., . Início: 2023.
Supervisor: Helder Takashi Imoto Nakaya.
35.   Thomas Wittmann Cezar Santos. Caracterização de proteínas de competição microbiana em archaeas. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2023.
Orientador: Robson Francisco de Souza.

2022

1.   Adriana Simizo. Transcriptômica espacial como ferramenta complementar prognóstica do câncer de mama. Tese (Doutorado em Ciências da Saúde) - Instituto Israelita de Ensino e Pesquisa Albert Einstein, . Início: 2022.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
2.   Antônio Carlos da Silva Junior. Inferência de Redes Gênicas Estocásticas. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, . Início: 2022.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
3.   Arthur Vanni Lopes. Caracterização do perfil transcricional da Trealose-6-fosfato sintase (TPS) catalítica ao longo do desenvolvimento de cana-de-açúcar. Iniciação científica (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, . Início: 2022.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
4.   Dora Takyia Bonadio. Descrição de nova partícula viral encontrada em linhagem fitopatogênica de Xanthomonas albilineans.. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Instituto de Biociências (USP), Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2022.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
5.   Felipe James de Almeida Vasquez. Pequenos Compostos Moleculares direcionados a RNAs Longos não Codificadores como Terapia. Tese (Doutorado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2022.
Orientador: Silvana Giuliatti.
6.   Fernanda Mendes de Rezende. . Universidade de São Paulo, Projetos Integrados de Pesquisa em Áreas Estratégicas.. Início: 2022.
Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.
7.   Fábio Pinato Sato. Serotonina, ocitocina e arginina-vasopressina como biomarcadores de comportamento agressivo em pacientes com Transtorno do Espectro Autista. Tese (Doutorado em Psiquiatria) - Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, . Início: 2022.
Orientador: Helena Paula Brentani.
8.   Gabriela Gomes de Matos. ANÁLISE ECOFISIOLÓGICA DO JERIVÁ (Syagrus romanzoffiana (Cham.) Glassman). Iniciação científica (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade Federal de São Paulo, . Início: 2022.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
9.   Gianluca Major Machado da Silva. Análise de peptídeos obtidos por phage display. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2022.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
10.   Grover Enrique Castro Guzman. . Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico.. Início: 2022.
Supervisor: André Fujita.
11.   Gustavo Tavares Medina. Mitochondrial chronicles: unveiling evolutionary, demographic, and health tales of populations through the powerhouse of the cell. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Coorientador).. Início: 2022.
Supervisor: Tabita Hunemeier.
12.   Henrique Apocalypse. A ser definido. Dissertação (Mestrado profissional em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2022.
Orientador: André Fujita.
13.   Levy Bueno Alves. Ensaios Estruturais sobre o Mecanismo de Ativação e Inativação das Rab GTPases. Tese (Doutorado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2022.
Orientador: Silvana Giuliatti.
14.   Lucas Farina Lima. Papel regulatório dos elementos transponíveis sobre a rede de coexpressão gênica na Doença de Alzheimer. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2022.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
15.   Lucas Schenatto de Sena. . Universidade Cidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico.. Início: 2022.
Supervisor: Tabita Hunemeier.
16.   Luiza Helena Halas Covre. A participação do estresse crônico na disfunção mitocondrial observada na depressão e em modelo de isolamento social. Tese (Doutorado em Farmacologia) - Universidade de São Paulo. (Coorientador)., . Início: 2022.
Supervisor: Joao Carlos Setubal.
17.   Marcos Freitas Parra. Modeling Biological Systems from Single Cell Sequencing Data. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2022.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
18.   Maria Laura Gabriel Kuniyoshi. Avaliacao de COVID19 na gestação e neurodesenvolvimento usando Bioinformatica. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2022.
Orientador: Helena Paula Brentani.
19.   Rafael Teixeira do Nascimento. Análise de expressão de pequenas ORFs em eucariotos. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2022.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
20.   Rafaela Reis Vieira. Investigação dos mecanismos moleculares de ação de RNAs nãocodificadores longos oncogênicos expressos em tumores de pâncreas. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2022.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
21.   Rauni Borges Marques. Construção e anotação funcional de redes de interações do ceRNoma no câncer de pâncreas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2022.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
22.   Renan Barbosa Lemes. . Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico.. Início: 2022.
Supervisor: Tabita Hunemeier.
23.   Thayariane Lira Mendes. Programação epigenética associada à exposição ao estresse gestacional e suas implicações sobre desfechos do neurodesenvolvimento. Dissertação (Mestrado profissional em pós-graduação) - Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, . Início: 2022.
Orientador: Helena Paula Brentani.

2021

1.   Alexandre Junio Borges Araujo. Alterações na síntese de parede celular de cana-de-açúcar (Saccharum spp.) mediadas pelos efeitos das mudanças climáticas.. Tese (Doutorado em Interunidades em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, . Início: 2021.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
2.   Caroline Perez Camilo. . Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.. Início: 2021.
Supervisor: Helena Paula Brentani.
3.   Catarina dos Santos Gomes. Determinação do risco poligênico para caracterização de exposição ao estresse gestacional. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2021.
Orientador: Helena Paula Brentani.
4.   Daniel Cunha Oliveira. a ser definido. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2021.
Orientador: André Fujita.
5.   Davi Salles Xavier. Análises metabólicas, genômicas e evolutivas das proteínas de superfície de importância na relação patógeno-hospedeiro em organismos do filo Euglenozoa. Tese (Doutorado em Ciência (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)) - Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2021.
Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
6.   Débora Guerra Peixe. Systems Immunology of rheumatic autoimmune inflammatory diseases. Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, . Início: 2021.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
7.   Leonardo Sanches. Anotação funcional de RNAs não codificadores em tumores humanos através de redes de coexpressão. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2021.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
8.   Rauni Borges Marques. Structural Bioinformatic Studies of Flaviviruses envelope proteins and their Molecular Interactions. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2021.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
9.   Rayana dos Santos Feltrin. Avaliação de Genes de Resposta a Danos de DNA em Diferentes Condições Ambientais. Tese (Doutorado em Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Coorientador).. Início: 2021.
Orientadores: Alan Mitchell Durham, Carlos Frederico Martins Menck.
10.   Suzana Eiko Guima. Análise de genomas montados a partir de metagenomas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo. (Coorientador)., Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2021.
Orientadores: Aline Maria da Silva, Joao Carlos Setubal.
11.   Thalles Souza-Lopes. Identificação de RNAs longos não-codificadores envolvidos no programa de regulação do desenvolvimento celular de trofoblastos humanos. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2021.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
12.   Verônica Luiza Vale Euclydes Colovati. . Faculdade de Medicina da USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.. Início: 2021.
Supervisor: Helena Paula Brentani.

2020

1.   Ana Cláudia Martins Ciconelle. Algorithms for integration and prediction in orthodontic imaging data. Tese (Doutorado em Estatística) - Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo, . Início: 2020.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
2.   André Tomas Vilela Hermann. Desenvolvimento de Promotores Sintéticos para Cana de Açuar. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo. (Coorientador)., . Início: 2020.
Supervisor: Alan Mitchell Durham.
3.   Antonia Beatriz da Silva Sousa. Avaliação do nível de expressão da proteína OGT na placenta em relação ao sexo do embrião.. Iniciação científica (Graduando em Iniciação Cientifica) - Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2020.
Orientador: Helena Paula Brentani.
4.   Ariosvaldo Pereira dos Santos Junior. Caracterização molecular de bacteriófagos de Pseudomonas aeruginosa e dos determinantes de interação fago-bactéria. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, . Início: 2020.
Orientador: Aline Maria da Silva.
5.   Beatriz Adas Picinato. IDENTIFICAÇÃO E COMPARAÇÃO DE RNAS CIRCULARES EM DADOS DE TRANSCRITOMA DE ARQUEIAS. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2020.
Orientador: Tie Koide.
6.   Gustavo da Silveira Gomes. Herdabilidade multivariada. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística, . Início: 2020.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
7.   Maria Joana Nunes de Azevedo. Isolamento e caracterização genômica de fagos de Klebsiella pneumoniae com potencial de aplicação terapêutica. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2020.
Orientador: Aline Maria da Silva.
8.   Pedro Losco. . Universidade de São Paulo, Tribunal de Justiça de São Paulo.. Início: 2020.
Supervisor: João Eduardo Ferreira.
9.   Ronaldo Nogueira de Sousa. Seleção Bayesiana de modelos dinâmicos de vias não isoladas de sinalização celular.. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Coorientador).. Início: 2020.
Supervisor: Ronaldo Fumio Hashimoto.
10.   Taiana Tainá Silva Pereira. Desenvolvimento de um modelo animal de infecção e doença por SARS-CoV-2 e ensaios pré-clínicos de candidatos vacinais.. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2020.
Orientador: Ana Marcia de Sá Guimarães.

2019

1.   Adriana Grandis. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.. Início: 2019.
Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.
2.   Bruno Viana Navarro. . Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior.. Início: 2019.
Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.
3.   Francisco Venicius Ferreria da Silva. Implementação CUDA de Modelos Probabilísticos. Dissertação (Mestrado profissional em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2019.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
4.   Guillermo Uceda Campos. Desenvolvimento de uma ferramenta computacional para predição de sistemas de defesa anti-fagos em genomas e metagenomas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2019.
Orientador: Aline Maria da Silva.
5.   Joana Teixeira Portolese Pascalicchio. Fatores Fenotípicos que contribuem para a gravidade no Transtorno do Espectro Autista. Tese (Doutorado em Psiquiatria) - Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2019.
Orientador: Helena Paula Brentani.
6.   Salvador Sánchez Vinces. Redes Neurais Gerativas Adversárias para uma abordagem multiômica e a sua aplicação no estudo do Complexo Mycobacterium tuberculosis. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo. (Coorientador)., . Início: 2019.
Supervisor: Ana Marcia de Sá Guimarães.

2018

1.   Aline Rodrigheri Ioste. Aprendizado Federado. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2018.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
2.   Dennis José da Silva. Árvores Morfológicas aplicadas a compressão e vetorização de imagens. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2018.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
3.   Irina Yuri Kawashima. Host Prediction Based on Virus-host Genetic Features. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2018.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
4.   Maria Claudia Negret Lopez. Protein Docking Prediction using Graph Convolutional Networks. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2018.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
5.   Naila Cristina Soler Camargo. Análise genômica da diversidade genética intra-paciente de estirpes de Mycobacterium tuberculosis isoladas de granulomas humanos em diferentes estágios de desenvolvimento. Tese (Doutorado em Epidemiologia e Saúde Única) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2018.
Orientador: Ana Marcia de Sá Guimarães.


(*) Relatório criado com produções desde 2000 até 2025
Data de processamento: 27/01/2026 13:30:34