Programa de Pós Graduação em Bioinformática

2024

1.	Agatha Morgana Bertoti da Silva. Influência da Exposição ao Cobre na Indução da Dormência e Estado Não-Replicativo em bactérias do complexo Mycobacterium tuberculosis. Dissertação (Mestrado profissional em Epidemiologia Experimental Aplicada Às Zoonoses) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024. Orientador: Ana Marcia de Sá Guimarães.
2.	Agustina Belén Pauer. Análise genômica comparativa do clado aquático para melhor compreensão da variabilidade e evolução no gênero Trypanosoma. Dissertação (Mestrado em Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro) - Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2024. Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
3.	Alessandra Cristina Guedes Pellini. . Instituto Israelita de Ensino e Pesquisa Albert Einstein., . Início: 2024. Supervisor: Helder Takashi Imoto Nakaya.
4.	Alessandra Ueno. Jornalismo Científico. Orientação de outra natureza. Universidade de São Paulo, . Início: 2024. Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
5.	Alice Bontempi Bispo. Homeostase do cobre em micobactérias tuberculosas e sua influência na susceptibilidade à moxifloxacina e à bedaquilina. Dissertação (Mestrado profissional em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2024. Orientador: Ana Marcia de Sá Guimarães.
6.	Ana Luisa Elias Zavataro. Caracterização e correspondência genômica entre os gêneros de tripanossomatídeos Kentomonas sp. e comparação com outros organismos da subfamília Strigomonadinae. Dissertação (Mestrado em Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro) - Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2024. Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
7.	Anderson Cardoso Gonçalves. Algoritmos para exploração da matérias escura microbiana. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024. Orientador: Joao Carlos Setubal.
8.	Arthur Henrique Barrios Solano. Ferramenta para levantamento de espécies de gêneros-alvo em dados metagenômicos. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024. Orientador: Joao Carlos Setubal.
9.	Bruno Padilha. . Universidade de São Paulo, Tribunal de Justiça de São Paulo.. Início: 2024. Supervisor: João Eduardo Ferreira.
10.	Caio Felipe Freire de Sousa. Identificação de novos RNAs longos não codificadores em Schistosoma mansoni e mapeamento na versão 10 do genoma. Dissertação (Mestrado profissional em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2024. Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
11.	Carmen Rodriguez Cueva. Filogenômica de Xanthomonas citri. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024. Orientador: Joao Carlos Setubal.
12.	Claudio D. Rosa. Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico.. Início: 2024. Supervisor: Ana Marcia de Sá Guimarães.
13.	Danielle Gomes dos Santos Silva. desenvolvimento de guia sobre neurodiversidade para a comunidade da USP Programa AGNEES. Orientação de outra natureza. Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto. Programa Unificado de Bolsas de Estudos - USP, . Início: 2024. Orientador: Silvana Giuliatti.
14.	Eduardo Pereira Soares. ESTUDO DA ASSOCIAÇÃO DE ENZIMAS MODIFICADORAS COM ENZIMAS PRODUTORAS DE METABÓLITOS SECUNDÁRIOS, E CONSTRUÇÃO DE PREDITORES DE PRODUTOS E LOCI BIOSSINTÉTICOS. Tese (Doutorado em Microbiologia) - Instituto de Ciencias Biomedicas - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2024. Orientador: Robson Francisco de Souza.
15.	Eliza Miranda Ramos. . Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico.. Início: 2024. Supervisor: Ana Marcia de Sá Guimarães.
16.	Emanuell Rodrigues de Souza. Investigação do Imunometabolismo e Reprogramação Metabólica com scRNA-Seq no Câncer Pancreático. Dissertação (Mestrado profissional em Ciências da Saúde) - Instituto Israelita de Ensino e Pesquisa Albert Einstein, . Início: 2024. Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
17.	Felipe Antonio Camoezi Silva. Associação entre perfil inflamatório materno, número de exossomos placentários e desfechos de neurodesenvolvimento aos 12 meses de idade. Dissertação (Mestrado em pós-graduação) - Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2024. Orientador: Helena Paula Brentani.
18.	Felipe Farinelli. Uso da inteligência artificial para o desenvolvimento de coqueteis enzimáticos para degradação de biomassa vegetal. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024. Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
19.	Fernanda Ferrari. Ferramenta para descoberta de novas CAZymes. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024. Orientador: Joao Carlos Setubal.
20.	Fernando Pacheco Nobre Rossi. Implementação de ferramentas e pipelines de bioinformática para análise de genomas de fagos e de bactérias e de suas interações.. Orientação de outra natureza. Universidade de São Paulo. Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, . Início: 2024. Orientador: Aline Maria da Silva.
21.	Grayce Ellen Romin Silva. Propriedades estruturais do β-glucano de ligação mista e da calose na formação do aerênquima em cana-de-açúcar. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024. Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
22.	Guilherme Rodrigues de Mira. Elucidação dos Mecanismos Celulares e Moleculares na Imunopatogênese de Doenças Inflamatórias Utilizando Técnicas de Sequenciamento Espacial e de Célula Única. Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024. Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
23.	Guilherme Wenceslau de Lima Cardoso. Monitoramento de alterações transcritômicas durante a infecção bacteriana por fagos.. Dissertação (Mestrado profissional em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024. Orientador: Aline Maria da Silva.
24.	Guilherme Yudi Aiabe Sagawa. Curadoria na montagem ea notação de genomas bacterianos. Orientação de outra natureza. Instituto de Biociências (USP). Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, . Início: 2024. Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
25.	Gustavo de Souza Morozi. Otimização de bancos de dados não relacionais para análise de dados. Dissertação (Mestrado profissional em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024. Orientador: João Eduardo Ferreira.
26.	Isabel Cristine Costa Garcia. Aprendizado de máquina para possíveis drogas com ação em angiogênese. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo. (Coorientador)., . Início: 2024. Supervisor: Joao Carlos Setubal.
27.	Jeevan Giddaluru. . Instituto Israelita de Ensino e Pesquisa Albert Einstein., . Início: 2024. Supervisor: Helder Takashi Imoto Nakaya.
28.	Joaquim Garcia de Figueiredo. intraRNAs em procariotos: identificação em larga escala. Iniciação científica (Graduando em Ciências Biomédicas) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024. Orientador: Tie Koide.
29.	Jordana Luiza Caixeta. Uso de modelagem matemática para compreender os efeitos das Mudanças Climáticas Globais sobre a cultura de soja. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024. Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
30.	João Victor Costa da Silva. pesquisa e desenvolvimento de soluções em saúde em relação à doença de Alzheimer. Orientação de outra natureza. Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto. Agencia USP de Inovacao, . Início: 2024. Orientador: Silvana Giuliatti.
31.	Karolline Monteiro Vieira da Silva. Caracterização e quantificação da expressão da família de genes de microexons (MEGs) em Schistosoma mansoni. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024. Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
32.	Kelly Yovani Olivos Caicedo. Análise genômica comparativa e filogenômica dos membros da família Lachnospiraceae. Tese (Doutorado em Ciência (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)) - Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2024. Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
33.	Laura Maria de Araújo Pereira. Análise Estrutural de Polimorfismos nas Regiões ITIM de LILRB1 e LILRB2 e sua Interatividade com SHP1 e SHP2 na Modulação de Vias Inibitórias: Desvendando os Mecanismos Moleculares da Regulação Imunológica. Tese (Doutorado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2024. Orientador: Silvana Giuliatti.
34.	Leticia Cristina Correia Marques. Desenvolvimento de ?Guia sobre Neurodiversidade? para a comunidade da Universidade de São Paulo: Programa AGNEES. Orientação de outra natureza. Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto. Programa Unificado de Bolsas de Estudos - USP, . Início: 2024. Orientador: Silvana Giuliatti.
35.	Lisa Miyuki Onuki. Desenvolvimento de formulações para estabilização de bacteriófagos visando aplicação em fagoterapia. Iniciação científica (Graduando em Quimica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2024. Orientador: Aline Maria da Silva.
36.	Luciana Renata de Almeida. Identificação de estruturas de proteínas utilizando o AphaFold em dados de transcriptoma de planta-microorganismos. Orientação de outra natureza. Instituto de Biociências (USP). Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, . Início: 2024. Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
37.	Luis David Pabon Rodriguez. Genômica de bactérias degradadoras de cianeto. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024. Orientador: Joao Carlos Setubal.
38.	Lyang Higa Cano. A definir. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2024. Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
39.	Marcele Laux. . Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico.. Início: 2024. Supervisor: Joao Carlos Setubal.
40.	Maria Giovana Cavalcante. Estruturas alternativas de DNA em Halobacterium salinarum: estudos in silico. Dissertação (Mestrado profissional em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2024. Orientador: Tie Koide.
41.	Marianna Arbia. Inteligência Artificial para Conformidade Ética (IACE): Assistente de Preparação para Submissão de Projetos ao Comitê de Ética usando LLM. Dissertação (Mestrado profissional em Ciências da Saúde) - Instituto Israelita de Ensino e Pesquisa Albert Einstein, . Início: 2024. Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
42.	Marina Cabral Ricoldi. Vesículas de gás de Halobacterium salinarum como agentes de contraste de ultrassom. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2024. Orientador: Tie Koide.
43.	Maristelly Leal Ozzetti. Explorando as funções de genes desconhecidos em fagos e profagos de Staphylococcus aureus, Acinetobacter baumannii e Leptospira spp.. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024. Orientador: Robson Francisco de Souza.
44.	Mateus Violante Pacheco. Engenharia de dados para processos de aprendizado profundo. Dissertação (Mestrado profissional em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024. Orientador: João Eduardo Ferreira.
45.	Natalia von Staa Mansur. Redes Neurais de Grafos na Medicina de Precisão: predição de desfechos clínicos de doenças infecciosas. Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024. Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
46.	Nathalia dos Santos Oliveira. CONSERVAÇÃO DE intraRNAs EM TRANSCRITOMAS DE PROCARIOTOS E TRADUÇÃO DE NOVAS ISOFORMAS PROTEICAS.. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo. (Coorientador)., . Início: 2024. Supervisor: Robson Francisco de Souza.
47.	Nathalia dos Santos Oliveira. RNAs internos: transcritomica comparativa em procariotos. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024. Orientador: Tie Koide.
48.	Nilton Gomes de Moraes. Integração de Tecnologias para Alcançar os Objetivos de Desenvolvimento Sustentável em Cidades Inteligentes. Tese (Doutorado em Ambiente Saúde e Sustenbilidade) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024. Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
49.	Pedro Monteiro da Rocha Ramos. Jornalismo Científico. Orientação de outra natureza. Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, . Início: 2024. Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
50.	Rafaella Ferreira Soares. O papel da seleção haploide na evolução de genes expressos durante a espermatogênese de Drosophila melanogaster. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2024. Orientador: Maria Dulcetti Vibranovski.
51.	Santiago Ramos Fagundes. Engenharia de dados para análise de textos jurídicos. Dissertação (Mestrado profissional em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024. Orientador: João Eduardo Ferreira.
52.	Sarah Peixoto Rodrigues Freire. Análise do Impacto da Obesidade nos Desfechos Clínicos Utilizando Machine Learning em Dados do MIMIC-IV. Dissertação (Mestrado profissional em Ciências da Saúde) - Instituto Israelita de Ensino e Pesquisa Albert Einstein, . Início: 2024. Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
53.	Thiago Roberto dos Santos. Algoritmo de segmentação de domı́nios protéicos baseado nos valores pLDDT e PAE do Alphafold. Iniciação científica (Graduando em Ciências Moleculares) - Universidade de São Paulo, USP - Programa Unificado de Bolsas. Início: 2024. Orientador: Robson Francisco de Souza.
54.	Valéria Oliveira Silva. . Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico.. Início: 2024. Supervisor: Ana Marcia de Sá Guimarães.
55.	Vitoria Stavis de Araujo. Modelagem da Estrutura LILRB1 e Analise de sua interacao com SHP1. Dissertação (Mestrado em Pós graduacao em Bioinformatica) - Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto, . Início: 2024. Orientador: Silvana Giuliatti.
56.	Érico Tiago Meireles. Engenharia de dados para textos jurídicos. Dissertação (Mestrado profissional em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024. Orientador: João Eduardo Ferreira.

2023

1.	Ana Beatriz Mendes de Oliveira. Treinamento de bacteriófagos líticos de Pseudomonas aeruginosa para superar a resistência bacteriana. Iniciação científica (Graduando em Medicina Veterinária) - Universidade de Santo Amaro, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2023. Orientador: Aline Maria da Silva.
2.	André Ferreira Cunha. Integration of publicly available multi-cohort human gut microbiome data for the stratification of patients with inflammatory bowel diseases. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2023. Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
3.	Bruna Sayuri Cardoso Ogusku. Grenômica comparativa de espécies de Acinetobacter. Dissertação (Mestrado em Microbiologia) - Instituto de Ciências Biomédicas - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2023. Orientador: Robson Francisco de Souza.
4.	Bruno Celso Feltrin Genevcius. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.. Início: 2023. Supervisor: Tatiana Teixeira Torres.
5.	Chiara Mascitelli. Evolution of monogeny in Chrysomya albiceps. Dissertação (Mestrado profissional em EV - Evolutionary Biology) - Leiden University, . Início: 2023. Orientador: Tatiana Teixeira Torres.
6.	Darion Samir Longhi Cervantes. Estudo do mecanismo de regulação pós-transcricional mediada por microRNAs na formação do aerênquima em raízes de cana-de-açúcar.. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Interunidades em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, . Início: 2023. Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
7.	Estela Duarte da Conceição Alves. Perfis de expressão gênica de genes quimissensoriais em espécies da família Calliphoridae. Iniciação científica (Graduando em Abi - Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2023. Orientador: Tatiana Teixeira Torres.
8.	Felipe de Mello Martins. . Instituto Israelita de Ensino e Pesquisa Albert Einstein., . Início: 2023. Supervisor: Helder Takashi Imoto Nakaya.
9.	Felipe Del Bianco Soares. Isolamento e caracterização bacteriófagos contra Klebsiella pneumoniae e associação da N-acetilcisteína no potencial terapêutico. Iniciação científica (Graduando em Química Com Atribuições em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2023. Orientador: Aline Maria da Silva.
10.	Fernanda Gabrielly Dias da Costa. Extração de vesículas de gás de Halobacterium salinarum para uso como agentes em contraste de ultrasom. Iniciação científica (Graduando em Biomedicina) - Centro Universitário Barão de Mauá - Jardim Paulista, . Início: 2023. Orientador: Tie Koide.
11.	Francisco Alvaro Vasquez Cunya. Análise comparativa e bioinformática do genoma completo de um isolado pertencente ao gênero Sergeia. Dissertação (Mestrado em Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro) - Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP, . Início: 2023. Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
12.	Gabriel Goldstein. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.. Início: 2023. Supervisor: Helder Takashi Imoto Nakaya.
13.	Gabriel Marques Leal. Desenvolvimento de estratégias in vitro que auxiliam na investigação do aumento de rendimento da cana-de-açúcar. Orientação de outra natureza. Universidade de São Paulo. Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, . Início: 2023. Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
14.	Gabriela Matias de Souza. Origem e Evolução de novos genes via transposição duplicativa para o cromossomo Y em moscas-de-fruta (Drosophila). Iniciação científica (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2023. Orientador: Maria Dulcetti Vibranovski.
15.	Giullia Luiza Takahashi Rodrigues. Isolamento de bacteriófagos líticos de Pseudomonas aeruginosa de diversos ambientes naturais. Iniciação científica (Graduando em Abi - Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2023. Orientador: Aline Maria da Silva.
16.	Gustavo Wenzel Sainatto. Predição de novos genes marcadores de câncer hereditário. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, . Início: 2023. Orientador: Joao Carlos Setubal.
17.	Henry Bonilla Bruno. O papel dos territórios cromossômicos na evolução da regulação transcricional do cromossomo X durante a espermatogênese em Drosophila. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo, . Início: 2023. Orientador: Maria Dulcetti Vibranovski.
18.	Janaina da Silva Fortirer. Modelagem do efeito das mudanças climáticas sobre o crescimento e desenvolvimento de plantas de soja. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2023. Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
19.	Joel Nunes Junior. Detecção e quantificação de long non-coding RNA e elementos de transposição em experimento piloto da interação cana e Xanthomonas albilineans. Tese (Doutorado em Bioinformatica) - Instituto de Biociências (USP), Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2023. Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
20.	Kelly da Silva e Souza. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.. Início: 2023. Supervisor: Tatiana Teixeira Torres.
21.	Ketly Naiany Almeida Nascimento. Associação entre estresse pré-natal materno e programação da metilação dos genes NR3C1, FKBP5 e OXTR e comprimento telomérico aos 12 meses de idade. Dissertação (Mestrado em pós-graduação) - Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, . Início: 2023. Orientador: Helena Paula Brentani.
22.	Kevim Bordignon Guterres. Influência do cobre no aparecimento de persistência ou tolerância a drogas em e Mycobacterium tuberculosis e Mycobacterium africanum L6. Tese (Doutorado em Epidemiologia Experimental Aplicada Às Zoonoses) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2023. Orientador: Ana Marcia de Sá Guimarães.
23.	Livia Cavalcanti de Morais Gama. Alterações da microbiota na infância contribuem para transtornos psíquicos na vida adulta?. Dissertação (Mestrado profissional em Bioinformatica) - Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo. (Coorientador)., Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2023. Orientadores: Helena Paula Brentani, Joao Carlos Setubal.
24.	Luciana Madanelo. "Stanford Social Dimensions Scale (SSDS): Confiabilidade, validação e aplicação". Tese (Doutorado em Psiquiatria) - Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, . Início: 2023. Orientador: Helena Paula Brentani.
25.	Maiara Mascarenhas Moro Valenciano. Caracterização evolutiva e de rede dos genes envolvidos na resposta imune em mamíferos. Dissertação (Mestrado em Programa Interunidades de Pós-Graduação em Bioinformática) - Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2023. Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
26.	Maryanna Cristiano Simão. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.. Início: 2023. Supervisor: Maria Dulcetti Vibranovski.
27.	Matheus Farinaro Vesco. USO DE REDES ADVERSARIAIS GENERATIVAS PARA GERAÇÃO DE IMAGENS SINTÉTICAS DE TOMOGRAFIA COMPUTADORIZADA A PARTIR DE RADIOGRAFIAS CONVENCIONAIS. Dissertação (Mestrado profissional em Ciências da Saúde) - Instituto Israelita de Ensino e Pesquisa Albert Einstein, . Início: 2023. Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
28.	Naiara Almeida de Toledo. A VIA DE RECUPERAÇÃO DA MOLÉCULA DE TIAMINA EM PLANTA. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Instituto de Biociências (USP), Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2023. Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
29.	Nathan Nahas. Integração de dados para identificação de regiões genômicas de risco para alterações no neurodesenvolvimento. Iniciação científica (Graduando em Iniciação Cientifica) - Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, . Início: 2023. Orientador: Helena Paula Brentani.
30.	Pedro de Andrade Franco. Construção de um pipeline de montagem, anotação e classificação taxonômica de genomas de fagos.. Iniciação científica (Graduando em Ciências Moleculares) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2023. Orientador: Aline Maria da Silva.
31.	Peter Park. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.. Início: 2023. Supervisor: Helder Takashi Imoto Nakaya.
32.	Rafaela Barberis Canjani. Descoberta de novas vias de síntese de antibióticos por análises in-silico. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2023. Orientador: Robson Francisco de Souza.
33.	Stephan Lloyd Watkins. . Instituto Israelita de Ensino e Pesquisa Albert Einstein., . Início: 2023. Supervisor: Helder Takashi Imoto Nakaya.
34.	Thomas Wittmann Cezar Santos. Caracterização de proteínas de competição microbiana em archaeas. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2023. Orientador: Robson Francisco de Souza.

2022

1.	Adriana Simizo. Transcriptômica espacial como ferramenta complementar prognóstica do câncer de mama. Tese (Doutorado em Ciências da Saúde) - Instituto Israelita de Ensino e Pesquisa Albert Einstein, . Início: 2022. Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
2.	Antônio Carlos da Silva Junior. Inferência de Redes Gênicas Estocásticas. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, . Início: 2022. Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
3.	Arthur Vanni Lopes. Caracterização do perfil transcricional da Trealose-6-fosfato sintase (TPS) catalítica ao longo do desenvolvimento de cana-de-açúcar. Iniciação científica (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, . Início: 2022. Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
4.	Carolina Kurotusch Canettieri. Evolução das famílias gênicas de receptores olfatórios, CAZymes e peptidases em moscas Calliphoridae. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo, . Início: 2022. Orientador: Tatiana Teixeira Torres.
5.	Dora Takyia Bonadio. Descrição de nova partícula viral encontrada em linhagem fitopatogênica de Xanthomonas albilineans.. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Instituto de Biociências (USP), Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2022. Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
6.	Felipe James de Almeida Vasquez. Pequenos Compostos Moleculares direcionados a RNAs Longos não Codificadores como Terapia. Tese (Doutorado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2022. Orientador: Silvana Giuliatti.
7.	Fernanda Mendes de Rezende. . Universidade de São Paulo, Projetos Integrados de Pesquisa em Áreas Estratégicas.. Início: 2022. Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.
8.	Fábio Pinato Sato. Serotonina, ocitocina e arginina-vasopressina como biomarcadores de comportamento agressivo em pacientes com Transtorno do Espectro Autista. Tese (Doutorado em Psiquiatria) - Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, . Início: 2022. Orientador: Helena Paula Brentani.
9.	Gabriela Gomes de Matos. ANÁLISE ECOFISIOLÓGICA DO JERIVÁ (Syagrus romanzoffiana (Cham.) Glassman). Iniciação científica (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade Federal de São Paulo, . Início: 2022. Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
10.	Gianluca Major Machado da Silva. Análise de peptídeos obtidos por phage display. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2022. Orientador: Joao Carlos Setubal.
11.	João Paulo Facio de Almeida. Identificação de sítios de processamento da RNAse VNG1503 em Halobacterium salinarum. Dissertação (Mestrado profissional em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, . Início: 2022. Orientador: Tie Koide.
12.	Levy Bueno Alves. Ensaios Estruturais sobre o Mecanismo de Ativação e Inativação das Rab GTPases. Tese (Doutorado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2022. Orientador: Silvana Giuliatti.
13.	Lucas Farina Lima. Papel regulatório dos elementos transponíveis sobre a rede de coexpressão gênica na Doença de Alzheimer. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2022. Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
14.	Luiza Gomes de Oliveira. EVOLUÇÃO NO NÚMERO DE CÓPIAS DO GENE DA AMILASE SALIVAR EM POPULAÇÕES NATIVAS AMERICANAS COM DIFERENTES MODOS DE SUBSISTÊNCIA. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2022. Orientador: Tabita Hunemeier.
15.	Luiza Helena Halas Covre. A participação do estresse crônico na disfunção mitocondrial observada na depressão e em modelo de isolamento social. Tese (Doutorado em Farmacologia) - Universidade de São Paulo. (Coorientador)., . Início: 2022. Supervisor: Joao Carlos Setubal.
16.	Marcos Freitas Parra. Modeling Biological Systems from Single Cell Sequencing Data. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2022. Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
17.	Maria Laura Gabriel Kuniyoshi. Avaliacao de COVID19 na gestação e neurodesenvolvimento usando Bioinformatica. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2022. Orientador: Helena Paula Brentani.
18.	Rafael Teixeira do Nascimento. Análise de expressão de pequenas ORFs em eucariotos. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2022. Orientador: Joao Carlos Setubal.
19.	Thayariane Lira Mendes. Programação epigenética associada à exposição ao estresse gestacional e suas implicações sobre desfechos do neurodesenvolvimento. Dissertação (Mestrado profissional em pós-graduação) - Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, . Início: 2022. Orientador: Helena Paula Brentani.

2021

1.	Alexandre Junio Borges Araujo. Alterações na síntese de parede celular de cana-de-açúcar (Saccharum spp.) mediadas pelos efeitos das mudanças climáticas.. Tese (Doutorado em Interunidades em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, . Início: 2021. Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
2.	Caroline Perez Camilo. . Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.. Início: 2021. Supervisor: Helena Paula Brentani.
3.	Catarina dos Santos Gomes. Determinação do risco poligênico para caracterização de exposição ao estresse gestacional. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2021. Orientador: Helena Paula Brentani.
4.	Davi Salles Xavier. Análises metabólicas, genômicas e evolutivas das proteínas de superfície de importância na relação patógeno-hospedeiro em organismos do filo Euglenozoa. Tese (Doutorado em Ciência (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)) - Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2021. Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
5.	Diniz Lima Ferreira. Evolução e sequenciamento para entender a especialização trófica em moscas varejeiras. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2021. Orientador: Tatiana Teixeira Torres.
6.	Débora Guerra Peixe. Systems Immunology of rheumatic autoimmune inflammatory diseases. Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, . Início: 2021. Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
7.	Jonathan Peña Ávila. Análise Integrativa de perfis transcriptômicos de pacientes com COVID-19 usando Biologia de Sistemas. Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, . Início: 2021. Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
8.	Letícia Chiara Baldassio de Paula. Genomic signature of trophic specialization. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2021. Orientador: Tatiana Teixeira Torres.
9.	Mayerli Tatiana Borbón Cortés. Diversidade e interação de bactérias associadas a psilídeos e plantas hospedeiras. Tese (Doutorado em Entomologia) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Coorientador).. Início: 2021. Supervisor: Joao Carlos Setubal.
10.	Paulo de Paiva Rosa Amaral. . Universidade de São Paulo., . Início: 2021. Supervisor: Helder Takashi Imoto Nakaya.
11.	Pedro Mariano Martins. Seleção Natural nos Genomas e Transcriptomas de Moscas Varejeiras. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2021. Orientador: Tatiana Teixeira Torres.
12.	Rayanna dos Santos Feltrin. Análise de Genes de Reparo Celular. Tese (Doutorado em Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Coorientador).. Início: 2021. Supervisor: Alan Mitchell Durham.
13.	Suzana Eiko Guima. Análise de genomas montados a partir de metagenomas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo. (Coorientador)., Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2021. Orientadores: Aline Maria da Silva, Joao Carlos Setubal.
14.	Thalles Souza-Lopes. Identificação de RNAs longos não-codificadores envolvidos no programa de regulação do desenvolvimento celular de trofoblastos humanos. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2021. Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
15.	Verônica Luiza Vale Euclydes Colovati. . Faculdade de Medicina da USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.. Início: 2021. Supervisor: Helena Paula Brentani.
16.	Victor Montenegro Marcelino. Evolução das enzimas modificadoras de RNA em Archaea. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Coorientador).. Início: 2021. Supervisor: Robson Francisco de Souza.

2020

1.	Ana Beatriz Stein Machado Ferretti. Conteúdo molecular, padrões de modificações epigenéticas e interferência dos cromossomos supranumerários em Drosophila melanogaster. Tese (Doutorado em Ciencias Biologicas (Genetica)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Coorientador).. Início: 2020. Supervisor: Maria Dulcetti Vibranovski.
2.	André Tomas Vilela Hermann. Desenvolvimento de Promotores Sintéticos para Cana de Açuar. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo. (Coorientador)., . Início: 2020. Supervisor: Alan Mitchell Durham.
3.	Antonia Beatriz da Silva Sousa. Avaliação do nível de expressão da proteína OGT na placenta em relação ao sexo do embrião.. Iniciação científica (Graduando em Iniciação Cientifica) - Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2020. Orientador: Helena Paula Brentani.
4.	Ariosvaldo Pereira dos Santos Junior. Caracterização molecular de bacteriófagos de Pseudomonas aeruginosa e dos determinantes de interação fago-bactéria. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, . Início: 2020. Orientador: Aline Maria da Silva.
5.	Beatriz Adas Picinato. IDENTIFICAÇÃO E COMPARAÇÃO DE RNAS CIRCULARES EM DADOS DE TRANSCRITOMA DE ARQUEIAS. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2020. Orientador: Tie Koide.
6.	Camila Alves de Souza. Mapeamento e estudo de associação de Variações no Número de Cópias de DNA (CNVs) e de Regiões com Perda de Heterozigozidade (LOH) com Fenótipos Complexos. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística, . Início: 2020. Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
7.	Gustavo da Silveira Gomes. Herdabilidade multivariada. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística, . Início: 2020. Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
8.	Lucas Ramalho Anderson. Comparações metodológicas na estimação da herdabilidade da expressão de genes HLA. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística, . Início: 2020. Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
9.	Luiz Fernando Cardoso dos Santos Durão. Desenvolvedor. Orientação de outra natureza. Universidade de São Paulo, . Início: 2020. Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
10.	Maria Joana Nunes de Azevedo. Isolamento e caracterização genômica de fagos de Klebsiella pneumoniae com potencial de aplicação terapêutica. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2020. Orientador: Aline Maria da Silva.
11.	Mauro Cafundó de Morais. . Universidade de São Paulo., . Início: 2020. Supervisor: Helder Takashi Imoto Nakaya.
12.	Pedro Losco. . Universidade de São Paulo, Tribunal de Justiça de São Paulo.. Início: 2020. Supervisor: João Eduardo Ferreira.
13.	Percy Omar Túllume Vergara. Genômica comparativa e filogenômica da seção Paraleishmania (gênero Endotrypanum). Tese (Doutorado em Ciência (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)) - Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2020. Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
14.	Ronaldo Nogueira de Sousa. Seleção Bayesiana de modelos dinâmicos de vias não isoladas de sinalização celular.. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Coorientador).. Início: 2020. Supervisor: Ronaldo Fumio Hashimoto.
15.	Taiana Tainá Silva Pereira. Desenvolvimento de um modelo animal de infecção e doença por SARS-CoV-2 e ensaios pré-clínicos de candidatos vacinais.. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2020. Orientador: Ana Marcia de Sá Guimarães.
16.	Ícaro Maia Santos de Castro. Interação de microrganismos e hospedeiros humanos associados ao desfecho clínico de pacientes com doenças infecciosas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2020. Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.

2019

1.	Adriana Grandis. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.. Início: 2019. Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.
2.	Bruno Iha. Aprendizado de Máquina em Bioinformática. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2019. Orientador: Joao Carlos Setubal.
3.	Bruno Viana Navarro. . Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior.. Início: 2019. Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.
4.	Catia Michele Tondolo. Integração de bancos de dados em observações correlacionadas-. Tese (Doutorado em Estatística) - Instituto de Matemática e Estatística, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2019. Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
5.	Denis Calandriello Calio. Plasticidade Fenotípica na Genitália de Machos de um Percevejo Neotropical (Hemiptera: Pentatomidae) em Resposta à Competição Espermática. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2019. Orientador: Tatiana Teixeira Torres.
6.	Francisco Venicius Ferreria da Silva. Implementação CUDA de Modelos Probabilísticos. Dissertação (Mestrado profissional em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2019. Orientador: Alan Mitchell Durham.
7.	Guillermo Uceda Campos. Desenvolvimento de uma ferramenta computacional para predição de sistemas de defesa anti-fagos em genomas e metagenomas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2019. Orientador: Aline Maria da Silva.
8.	Joana Teixeira Portolese Pascalicchio. Fatores Fenotípicos que contribuem para a gravidade no Transtorno do Espectro Autista. Tese (Doutorado em Psiquiatria) - Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2019. Orientador: Helena Paula Brentani.
9.	Maiumy Maria Galvão Honda. Padrões de duplicação do genoma de Rhipicephalus microplus. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2019. Orientador: Tatiana Teixeira Torres.
10.	Rodolfo Alvarenga Ribeiro. Genômica comparativa de Leptospira interrogais e outras espiroquetas. Tese (Doutorado em Microbiologia) - Instituto de Ciencias Biomedicas - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2019. Orientador: Robson Francisco de Souza.
11.	Salvador Sánchez Vinces. Redes Neurais Gerativas Adversárias para uma abordagem multiômica e a sua aplicação no estudo do Complexo Mycobacterium tuberculosis. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo. (Coorientador)., . Início: 2019. Supervisor: Ana Marcia de Sá Guimarães.
12.	Vanessa Escolano Maso. Meta-análise de redes gênicas associadas às infecções virais humanas. Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2019. Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.

(*) Relatório criado com produções desde 2000 até 2025
Data de processamento: 18/02/2025 12:52:38

Programa de Pós Graduação em Bioinformática

Total de orientações em andamento

2025

2024

2023

2022

2021

2020

2019

2018

2017

1.	Alicia Lie de Melo. Caracterização de Promotores da Cana de Açúcar. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Coorientador).. Início: 2018. Supervisor: Alan Mitchell Durham.
2.	Aline Rodrigheri Ioste. Aprendizado Federado. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2018. Orientador: Alan Mitchell Durham.
3.	Camila Correia Avelino. Estudo da Inativação meiótica do cromossomo X através da análise de expressão de genes da espermatogênese de Drosophila melanogaster. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2018. Orientador: Maria Dulcetti Vibranovski.
4.	Dennis José da Silva. Árvores Morfológicas aplicadas a compressão e vetorização de imagens. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2018. Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
5.	Irina Yuri Kawashima. Host Prediction Based on Virus-host Genetic Features. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2018. Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
6.	Maria Claudia Negret Lopez. Protein Docking Prediction using Graph Convolutional Networks. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2018. Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
7.	Naila Cristina Soler Camargo. Análise genômica da diversidade genética intra-paciente de estirpes de Mycobacterium tuberculosis isoladas de granulomas humanos em diferentes estágios de desenvolvimento. Tese (Doutorado em Epidemiologia Experimental Aplicada Às Zoonoses) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2018. Orientador: Ana Marcia de Sá Guimarães.
8.	Vanessa Araujo Soares da Cunha. Associação califorídeos-tripanosomatídeos e seus efeitos fenotípicos. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2018. Orientador: Tatiana Teixeira Torres.
9.	Waldir Edson Farfan Caro. Implementando de Deep Learning no arcabouço probabilisitico ToPS. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2018. Orientador: Alan Mitchell Durham.

1.	Francisco José de Almeida Fernandes. Determinação das regiões de dependência do genoma humano usando modelos com correlação entre indivíduos. Tese (Doutorado em Estatística) - Instituto de Matemática e Estatística, . Início: 2017. Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
2.	Hugo Kenji Pereira Harada. Equivalência entre Modelos de Equações Estruturais e da teoria da Resposta ao Item - Caso Longitudinal. Tese (Doutorado em Estatística) - Instituto de Matemática e Estatística, . Início: 2017. Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
3.	Nancy Lo Man Hung. Evolução e desenvolvimento de fiandeiras em aranhas (Arachnida: Araneae). Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2017. Orientador: Tatiana Teixeira Torres.