Programa de Pós Graduação em Bioinformática

Total de orientações concluídas


Número total de itens: 961

2024

1.   Aya Esther Prado Meira. Engenharia de dados para automatização do preparo recursal. (Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Tribunal de Justiça de São Paulo. 2024.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
2.   Bruno Padilha. Classificação colaborativa de imagens para conjuntos de dados Expansíveis. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Tribunal de Justiça de São Paulo. 2024.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
3.   Davi Goncalves Bezerra Coelho. Engenharia de dados para automatização do preparo recursal. (Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Tribunal de Justiça de São Paulo. 2024.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
4.   Diana Suzana Martinez Corcino. Arquitetura molecular do Locus Xa21 em resposta à infecção por Xanthomonas em cana de açúcar. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Instituto de Biociências, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2024.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
5.   Ednilza Evangelista da Silva Nardi. Caracterização e delimitação do aprendizado retrospectivo. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Tribunal de Justiça de São Paulo. 2024.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
6.   Eduardo Pereira Soares. Análise da evolução de proteínas sensores na família de transportadores de amônia (AMT). (Graduando em Graduação em Biotecnologia.) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2024.
Orientador: Robson Francisco de Souza.
7.   Elizabeth Magiolo Coser. Identificação e validação funcional de genes associados à suscetibilidade e resistência à paromomicina em Leishmania spp.. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2024.
Supervisor: Joao Marcelo Pereira Alves.
8.   Fabio Nunes de Mello. Análise dos mecanismos de regulação transcricional mediados pelo lincRNA PVT1 em modelo de câncer de próstata. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2024.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
9.   Felipe de Oliveira Franco. Desenvolvimento de uma ferramenta de auxílio diagnóstico para o transtorno do espectro autista,. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo, . 2024.
Orientador: Helena Paula Brentani.
10.   Fernando Pacheco Nobre Rossi. ANÁLISE COMPARATIVA E FUNCIONAL DE PRÓFAGOS IDENTIFICADOS EM PSEUDOMONAS AERUGINOSA. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2024.
Orientador: Aline Maria da Silva.
11.   Gabriel Dully Mantovani Moraes. Engenharia de dados para automatização do preparo recursal. (Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Tribunal de Justiça de São Paulo. 2024.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
12.   Gabriel Pinheiro Strini Piedade. Neutral space analysis of the yeast cell cycle using threshold Boolean networks. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2024.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
13.   Guillermo Uceda Campos. Distribution, Dynamics, and Diversity of the Antiphage Immune Systems in Prokaryotic Genomes and Metagenomes. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2024.
Supervisor: Joao Carlos Setubal.
14.   Hector Montenegro Terceros. Word Sense Disambiguation by Reapplication of Dictionaries. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2024.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
15.   Heitor Baldo. Towards a Quantitative Theory of Digraph-Based Complexes and its Applications in Brain Network Analysis. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2024.
Orientador: Koichi Sameshima.
16.   Helba Cirino. . Instituto de Biociências (USP), Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2024.
Supervisor: Marie-Anne Van Sluys.
17.   Henrique Moura Dias. INVESTIGANDO OS ASPECTOS BIOLÓGICOS DE THI1 EM PLANTAS. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Instituto de Biociências, . 2024.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
18.   Jennifer Montoya Neyra. Genomic profile of pharmacogenetic markers and fitting prediction models for maintenance doses of warfarin. Tese (Doutorado em BIOINFORMÁTICA) - PROGRAMA INTERUNIDADES DE PÓS-GRADUAÇÃO EM BIOINFORMÁTICA, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2024.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
19.   Joao Victor Costa da Silva. Potencial terapêutico de compostos aromáticos da Lippia alba contra a doença de Alzheimer. (Aperfeiçoamento/Especialização em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto, . 2024.
Orientador: Silvana Giuliatti.
20.   Laura Naomi Yamada. O efeito da luz na biologia de Xanthomonas albilineans. Iniciação Científica - Instituto de Biociências (USP), Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2024.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
21.   Leonardo Costa Santos. Implementação do método WGCNA em GPU. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2024.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
22.   Lucas Nunes Macedo. Comparação entre abordagem semântica e sintática na classificação da liquidez de sentenças jurídicas. (Graduação em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Tribunal de Justiça de São Paulo. 2024.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
23.   Maria Gabriela Berzoti Coelho. . Instituto Butantan, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2024.
Supervisor: Sergio Verjovski Almeida.
24.   Mauricio L. Casagrande. Comparação de redes de coexpressão gênica em circuitos neurais relacionados ao Transtorno Obsessivo Compulsivo. Dissertação (Mestrado em Bioinformatica) - Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo, . 2024.
Orientador: Helena Paula Brentani.
25.   Noilson Oliveira. PAE - Fundamentos de Fisica, Quimica e Matematica para analise de fenômenos biológicos II. (Ciências Biomédicas) - Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto, Pro-Reitoria de Pos-Graduacao USP. 2024.
Orientador: Silvana Giuliatti.
26.   Raul Granja Adoglio. Inferência de Redes Booleanas para o ciclo intra-eritrocítico do parasita da Malária. (Graduação em Farmácia e Bioquímica) - Universidade de São Paulo, . 2024.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
27.   Sophia Moreti Araujo. Explorando o Antienvelhecimento: Estratégias Inovadoras com Deep Docking no Screening Virtual de Cosmecêuticos Naturais. (Graduando em Farmácia) - Universidade de Ribeirão Preto, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2024.
Orientador: Silvana Giuliatti.
28.   Vania Gabriela Sedano. Metabolismo de sacarose e a interação planta microrganismos. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Instituto de Biociências, . 2024.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
29.   Vitor Trinca. Replicação diferencial e transcrição nas glândulas salivares de Bradysia hygida (Diptera, Sciaridae).. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2024.
Supervisor: Tatiana Teixeira Torres.

2023

1.   Ana Julia Fonseca da Luz Giacometti Lemes. Créditos Voluntários de Biodiversidade como alternativa para a contribuição das cidades para as metas globais de biodiversidade. Dissertação (Mestrado em Ambiente, Saúde e Sustentabilidade) - Universidade de São Paulo, . 2023.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
2.   Ana Luisa Elias Zavataro. Caracterização do genoma do tripanossomatídeo Kentomonas sorsogonicus e comparação com outros organismos da subfamília Strigomonadinae. (Graduando em Biomedicina) - Centro Universitário São Camilo, . 2023.
Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
3.   Arthur Scorsolini Fares. Aprendizagem de Máquinas na Identificação de Resíduos-Chave na Interação das Proteínas Humanas com Vírus SARS-CoV2. (Graduando em Engenharia da Computacao) - Universidade de Ribeirão Preto, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2023.
Orientador: Silvana Giuliatti.
4.   Caio Dantas Simão Ugeda. Classificação supervisionada de temas jurídicos. (Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Tribunal de Justiça de São Paulo. 2023.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
5.   Camily Melo Garcia Ferreira. Bioinformatica: o primeiro contato. (Ciências Biomédicas) - Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto, PEEG, Pró-Reitoria de Graduação, USP. 2023.
Orientador: Silvana Giuliatti.
6.   Daisy Woellner Santos. Identificação de epítopos antigênicos do parasita Schistosoma mansoni alvejados pela resposta imune de macacos rhesus (Macaca mulatta) auto curados e resistentes à reinfecção utilizando uma biblioteca de Phage display contendo sequências de DNA sintéticas.. Tese (Doutorado em Quimica Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2023.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
7.   Daniel Pessoa Cardeal. Classificação supervisionada de temas jurídicos. (Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Tribunal de Justiça de São Paulo. 2023.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
8.   Djulio Cesar Zanin da Silva. PAE-Projeto em Informatica Biomedica I. (Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto, Pro-Reitoria de Pos-Graduacao USP. 2023.
Orientador: Silvana Giuliatti.
9.   Fernanda Cardoso. Composição dos CDRs de imunoglobulinas: geografia e co-evolução com patógenos indutores de febre. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Imunologia) - Departamento de Imunologia do Instituto de Ciências Biomédicas, . 2023.
Supervisor: Joao Marcelo Pereira Alves.
10.   Fernando Mitsuo Sumiya. Correlatos Eletrofisiológicos do Transtorno do espectro autista em crianças com o complexo esclerose tuberosa.. Dissertação (Mestrado em pós-graduação) - Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, . 2023.
Orientador: Helena Paula Brentani.
11.   Francisco Fernandes. Estrutura de dependência do genoma humano usando modelos com correlação entre indivíduos. Tese (Doutorado em Estatística) - Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo, . 2023.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
12.   Gabriel Torres Gomes Pato. Análises computacionais para identificação de RNAs longos não codificadores com relevância clínica e biológica no adenocarcinoma de pâncreas. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2023.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
13.   Guilherme Yudi Aiabe Sagawa. Xanthomonas albilineans e Gluconacetobacter diazotrophicus: influência no microbioma da cana de açúcar. (Graduando em Ciências Moleculares) - Instituto de Biociências (USP), . 2023.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
14.   Henry Angel Bonilla Bruno. Evolução da inativação meiótica do cromossomo X em Drosophila. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2023.
Orientador: Maria Dulcetti Vibranovski.
15.   Hugo Kenji Pereira Harada. Equivalência da Análise Longitudinal de Dados Multidimensionais através da Teoria da Resposta ao Item e de Modelos de Equações Estruturais. Tese (Doutorado em Estatística) - Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo, . 2023.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
16.   Kelly Yovani Olivos Caicedo. Análise do pangenoma de Clostridium scindens. Dissertação (Mestrado em Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro) - Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2023.
Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
17.   Leonardo Milani Fabri. Fundamentos de Física, Química e Matemática para Análise de Fenômenos Biológicos I (Programa PAE). (Ciências Biomédicas) - Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto, univeridade de são paulo. 2023.
Orientador: Silvana Giuliatti.
18.   Lorenzo Bertin Salvador. Classificação supervisionada de temas jurídicos. (Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Tribunal de Justiça de São Paulo. 2023.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
19.   Lyang Higa Cano. Decoding Ubiquitination in the Fight Against Malaria: A Network-Based Exploration of E1-E2-E3 Triples in Plasmodium falciparum. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2023.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
20.   Maisa de Oliveira Leandro. PAE-Projeto em Informatica Biomedica II. (Informatica Biomedica) - Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto, Pro-Reitoria de Pos-Graduacao USP. 2023.
Orientador: Silvana Giuliatti.
21.   Maria Carolina del Valle Sisco Zerpa. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2023.
Supervisor: Ana Marcia de Sá Guimarães.
22.   Maria Laura de Oliveira Costa. bioinformatica: o primeiro contato. (Ciências Biomédicas) - Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto, PEEG, Pró-Reitoria de Graduação, USP. 2023.
Orientador: Silvana Giuliatti.
23.   Mariana Verzaro. A colaboração entre indústria e a pesquisa em neurociência na avaliação cognitiva por testes psicofísicos via aplicativo móvel. Tese (Doutorado em Neurociências e Comportamento) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2023.
Orientador: Koichi Sameshima.
24.   Maynara Santana Goncalves. PAE-Projeto em Informatica Biomedica III. (Informatica Biomedica) - Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto, Pro-Reitoria de Pos-Graduacao USP. 2023.
Orientador: Silvana Giuliatti.
25.   Miguel Pereira Ostrowski. Caracterização Topológica de Dinâmica de Redes Biológicas Modeladas por Redes Booleanas. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2023.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
26.   Naiara Almeida de Toledo. Capacitação em técnicas moleculares e crescimento controlado de plantas. Orientação de outra natureza - Instituto de Biociências (USP), . 2023.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
27.   Remigio Cenepo Escobar Rodrigues. Recuperação de elementos genéticos móveis e prospecção de genes de resistência a antibióticos em dados metagenômicos de compostagem termofílica. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2023.
Orientador: Aline Maria da Silva.
28.   Stephanie Sibinelli de Sousa. Identificação e caracterização de novos efetores secretados pelo sistema de secreção do tipo VI em Salmonella spp. Tese (Doutorado em Microbiologia) - Instituto de Ciencias Biomedicas - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2023.
Supervisor: Robson Francisco de Souza.
29.   Suelen Rossi. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2023.
Supervisor: Ana Marcia de Sá Guimarães.
30.   Vinicius Sousa Flores. Recuperação e caracterização de genomas de bacteriófagos a partir de metagenomas de compostagem. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2023.
Orientador: Aline Maria da Silva.

2022

1.   Adrianne Moreira de Oliveira Quartezani. COMO ISOLAR AS PECTINAS DAS LENTILHAS D?ÁGUA E SUA COMPOSIÇÃO. (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade Paulista, . 2022.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
2.   Aline Gloria Felix. Potencial energético de resíduos de podas de árvores. (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade Paulista, . 2022.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
3.   Ana Carolina Damasceno Sanches. Aprendizagem de Máquinas na Identificação de Resíduos-Chave de Variantes na Interação das Proteínas ACE2 e TMPRSS2 com Spike do SARS-CoV2. (Graduando em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2022.
Orientador: Silvana Giuliatti.
4.   Ana Paula Barbosa do Nascimento. . Instituto Israelita de Ensino e Pesquisa Albert Einstein, . 2022.
Supervisor: Helder Takashi Imoto Nakaya.
5.   Arthur Peixoto Berselli. ESTUDO DA COLONIZAÇÃO DE DIFERENTES VARIANTES DE XANTHOMONAS ALBILINEANS ​EM ​SACCHARUM ​SPP. Dissertação (Mestrado em Pos Graduação em Botânica) - Instituto de Biociências, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2022.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
6.   Bernardo Moreira Soares Oliveira. . Instituto Israelita de Ensino e Pesquisa Albert Einstein, . 2022.
Supervisor: Helder Takashi Imoto Nakaya.
7.   Bruna Sayuri Cardoso Ogusku. Análise e distribuição de toxinas do sistema secretório do tipo IV, subtipo T. (Graduação em Bacharelado em Ciências Biomédicas) - Instituto de Ciências Biomédicas - USP, . 2022.
Orientador: Robson Francisco de Souza.
8.   Camila Alves de Souza. Mapeamento e estudo de associação de Variações no Número de Cópias de DNA (CNVs) e de Regiões com Perda de Heterozigozidade (LOH) com Fenótipos Complexos. Dissertação (Mestrado em BIOINFORMÁTICA) - PROGRAMA INTERUNIDADES DE PÓS-GRADUAÇÃO EM BIOINFORMÁTICA, . 2022.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
9.   Carlos Alberto de Carvalho Fraga. . Instituto Israelita de Ensino e Pesquisa Albert Einstein, . 2022.
Supervisor: Helder Takashi Imoto Nakaya.
10.   Carybé Gonçalves Silva. Segurança de CAPTCHAs além da obscuridade. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2022.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
11.   Cleiton Figueiredo Osorio da Silva. Comparação de variantes exônicas raras e de novo em Transtorno do espectro do autismo e transtorno do déficit de atenção e hiperatividade. Dissertação (Mestrado em Bioinformatica) - Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo, . 2022.
Orientador: Helena Paula Brentani.
12.   David Abraham Morales Vicente. Caracterização da evolução dos RNAs longos não-codificadores no transcriptoma do cortex cerebral em desenvolvimento.. Tese (Doutorado em Quimica Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2022.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
13.   Debora Pagliuso. . Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo, FUSP - Fundação de Apoio à Universidade de São Paulo. 2022.
Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.
14.   Deyvid Emanuel Amgarten. Predição em sequências de vírus de procariotos através da aplicação de técnicas de aprendizado de máquina em dados metagenômicos. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2022.
Orientadores: Aline Maria da Silva, Joao Carlos Setubal.
15.   Ebuka Elijah David. Understanding the Predominant Fluoroquinolone-resistant Determinants of Diarrheagenic nacterial isolates from patients in Ebonyi State Nigeria. (Graduate) - Ebonyi State University, International Centre for Genetic Engineering and Biotechnology. 2022.
Orientador: Aline Maria da Silva.
16.   Eduarda Figueiredo Ribeiro. Análise do impacto de genes presentes em elementos genéticos móveis do genoma de Xanthomonas albilineans em seus perfis patogênicos. (Graduando em Ciências Biomédicas) - Instituto de Ciência Biomédicas (USP), . 2022.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
17.   Eduardo Guimarães Dupim. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2022.
Supervisor: Maria Dulcetti Vibranovski.
18.   Felipe Antonio Camoezi Silva. Avaliação de exossomos placentários de gestantes de um ensaio clínico randomizado para testar a efetividade de um programa intensivo de visita domicilia. (Graduando em Iniciação Cientifica) - Faculdade de Medicina da USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2022.
Orientador: Helena Paula Brentani.
19.   Felipe James de Almeida Vasquez. Explorando o Papel dos RNAs Longos não Codificadores na Doença de Alzheimer. Dissertação (Mestrado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2022.
Orientador: Silvana Giuliatti.
20.   Gabriel Martins da Costa Manso. Fundamentos de Física, Química e Matemática para Análise de Fenômenos Biológicos I (Programa PAE). (Ciências Biomédicas) - Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto, Pro-Reitoria de Pos-Graduacao USP. 2022.
Orientador: Silvana Giuliatti.
21.   Gabriel Nassar Reich Goldstein. Análise evolutiva de Genes Novos em Drosophila através dos Transcriptomas da Gametogênese. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2022.
Orientador: Maria Dulcetti Vibranovski.
22.   Gabriela Matias De Souza. Análise Ecofisiológica da Palmeira real Australiana (Archontophoenix cunninghamiana H. Wendl. & Drude). (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, . 2022.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
23.   Gilbert de Oliveira Silveira. Caracterização funcional de RNAs longos não-codificadores de proteínas em Schistosoma mansoni. Tese (Doutorado em Quimica Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2022.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
24.   Grayce Hellen Romim Silva. O papel da β-1,3 glucanase (GH17) na formação do aerênquima na raiz da cana-de-açúcar. (Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2022.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
25.   Guilherme da Silva Rodrigues. apoio pedagogico aos alunos na elaboração de projetos de TCC no curso de informática biomedica. (Informatica Biomedica) - Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto, Progrma de Apoio Pedagogico - USP. 2022.
Orientador: Silvana Giuliatti.
26.   Henry David Mogollón García. . Instituto Israelita de Ensino e Pesquisa Albert Einstein, . 2022.
Supervisor: Helder Takashi Imoto Nakaya.
27.   Isabela Almeida. Técnica para construção de oligopaints completos a partir sequências heterocromáticas usando como modelo o cromossomo Y de Drosophila melanogaster. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2022.
Orientador: Maria Dulcetti Vibranovski.
28.   Jhonatas Sirino Monteiro. Investigações sobre os mecanismos moleculares da angiogênese com base em dados de expressão gênica num modelo murino, e sua aplicação no prognóstico do câncer de mama. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2022.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
29.   José Deney Alves de Araújo. . Universidade de São Paulo, . 2022.
Supervisor: Helder Takashi Imoto Nakaya.
30.   José Franklin Calderón Tantaleán. Análise genômica comparativa e evolutiva do genoma do Neobodonida ​ Dimastigella trypaniformis. Dissertação (Mestrado em Programa Interunidades de Pós-Graduação em Bioinformática) - Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2022.
Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
31.   Juan Pablo Portilla Llerena. . Universidade de São Paulo, . 2022.
Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.
32.   Kayla Ho. Drosophila spermatogenesis footprint by transcriptome and proteome comparison. Iniciação Científica - Arizona State University, NCUIRE. 2022.
Orientador: Maria Dulcetti Vibranovski.
33.   Levy Bueno Alves. Busca de Pequenas Moléculas Naturais Inibidoras da Rab10 para o Tratamento da Doença de Alzheimer. Dissertação (Mestrado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2022.
Orientador: Silvana Giuliatti.
34.   Levy Bueno Alves. Apoio pedagogico aos alunos na elaboração de projetos de TCC no curso de informática biomedica. (Informatica Biomedica) - Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto, Progrma de Apoio Pedagogico - USP. 2022.
Orientador: Silvana Giuliatti.
35.   Levy Bueno Alves. apoio pedagogico ao modulo de bioinformatica para o curso de Ciencias Biomedicas. (Ciências Biomédicas) - Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto, Progrma de Apoio Pedagogico - USP. 2022.
Orientador: Silvana Giuliatti.
36.   Livia Maria da Silva Moura. Recovery of high-quality MAGs in time-serial metagenomic data and FixAME development: an assisting curation tool of genomic assembly error. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2022.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
37.   Maria Júlia Pasian Ferreira. Produção heteróloga de arabinofuranosidase de cana-de-açúcar em Pichia pastoris para a fabricação de bioetanol de segunda geração. (Graduando em Ciências Biológicas) - Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo, . 2022.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
38.   Natalia Nakamura Gouveia. O genoma da alga vermelha Gracilaria domingensis (Rhodophyta, Gracilariales). Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2022.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
39.   Ondina F. J. Palmeira. Diversidade Filogenética no metabolismo de recém-nascidos baseada em dados de trigêmeos. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo, . 2022.
Supervisor: Júlia Maria Pavan Soler.
40.   Ondina Palmeira. Evaluation of the genetic influence on the infant gut microbiome through 16S rRNA sequence data analysis of triplets. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2022.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
41.   Pedro Soares Neves Neto. Abordagens de Bioinformática Estrutural e Imuno-Informática no Desenho de Vacina Multi-Epitopos contra a Doença de Alzheimer. (Graduando em Engenharia Química - UNAERP) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2022.
Orientador: Silvana Giuliatti.
42.   Pedro Wellington Fabricio Vieira de Faria. AVALIAÇÃO DO NÍVEL DE PUREZA EM CAFÉS COMERCIAIS. (Graduando em Biomedicina) - Universidade Paulista, . 2022.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
43.   Raquel Paulini Miranda. Análise comparativa de genomas de quatro estirpes de Xanthomonas albilineans e prospecção de genes alvo para estudo de associação a fenótipos conhecidos. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Biociências, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2022.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
44.   Raquel Riyuzo de Almeida Franco. Diversidade taxonômica e funcional da microbiota de fezes de macacos bugios (Alouatta spp.) de cativeiro e vida livre. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2022.
Orientador: Aline Maria da Silva.
45.   Raquel Riyuzo Franco. Diversidade taxonômica e funcional da microbiota de fezes de macacos bugios (Alouatta spp.) de cativeiro e vida livre. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2022.
Supervisor: Joao Carlos Setubal.
46.   Rayssa Maria de Melo Wanderley Feitosa. Intervenções na primeira infância e trajetórias de desenvolvimento cognitivo, social e emocional. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2022.
Orientador: Helena Paula Brentani.
47.   Siobhan Ferral. New genes in Drosophila pseudoobscura. Iniciação Científica - Arizona State University, . 2022.
Orientador: Maria Dulcetti Vibranovski.
48.   Tiago Ferraz. Evolução molecular e craniofacial em morcegos da família Phyllostomidae. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2022.
Orientador: Tabita Hunemeier.
49.   Vanete Lima da Silva. Caracterização dos açucares nos entrenós no desenvolvimento de cana de açúcar cultivados em campo. Iniciação Científica - Universidade Paulista, . 2022.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
50.   Victor Hugo Calegari de Toledo. Dimorfismos sexuais nas redes de regulação gênica durante o neurodesenvolvimento. Dissertação (Mestrado em pós-graduação) - Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2022.
Orientador: Helena Paula Brentani.

2021

1.   ALAN PÉRICLES RODRIGUES LORENZETTI. Investigação sistêmica da regulação de transcritos codificadores de transposases pela chaperona SmAP1 em Halobacterium salinarum. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2021.
Orientador: Tie Koide.
2.   Alexandre Morimitsu. Algoritmos e Estruturas de Dados para Hiperárvores de Componentes de Imagens em Níveis de Cinza. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2021.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
3.   Amanda Luvisotto Gomes Leite Silva. Análise e classificação de translocações cromossômicas X-2 em Drosophila Melanogaster. (Graduando em Ciências Biomédicas) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2021.
Orientador: Maria Dulcetti Vibranovski.
4.   Ana Carolina da Cruz. Análise de normalização e significância em experimentos baseados em Proteômica. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Instituto de Matemática e Estatística, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2021.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
5.   Ana Carolina Damasceno Sanches. Análise dos Polimorfismos na Interação SPIKE-ACE2. (Graduando em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2021.
Orientador: Silvana Giuliatti.
6.   Ana Luisa Rodrigues de Avila. Análise do Comportamento Dinâmico na Interface entre Polimorfismos do Hospedeiro e Variantes do SARS-CoV2. Dissertação (Mestrado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2021.
Orientador: Silvana Giuliatti.
7.   Ana Luisa Rodrigues de Avila. Análise Conformacional das Isoformas HLA-E*01:01 e *01:03 por Simulações de Dinâmica Molecular. (Graduação em Ciencias Biológicas) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2021.
Orientador: Silvana Giuliatti.
8.   Cainã Max Couto da Silva. Influência da Seleção Natural em Populações Nativas de Diferentes Ecorregiões Americanas. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade de São Paulo, . 2021.
Orientador: Tabita Hunemeier.
9.   Cinthia Caroline Alves. Caracterização Estrutural do Polimorfismo -964G>A na Interação do Fator de Transcrição HIF1 com seu Elemento Regulatório na Região Promotora do Gene HLA-G. Tese (Doutorado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto, . 2021.
Orientador: Silvana Giuliatti.
10.   Darion Samir Longhi Cervantes. Análise da regulação transcricional via microRNAs de alvos para o metabolismo, percepção e sinalização de etileno ao longo do desenvolvimento do aerênquima em raízes de cana-de-açúcar. (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2021.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
11.   Dennis Carhuaricra-Huaman. Genomic Analysis of Bacterial Isolates from Guinea Pigs (Cavia porcellus) and Brown-Throated Sloths (Bradypus variegatus). Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2021.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
12.   Diogo Maciel Duarte da Mota. Análise do componente genético do Diabetes Mellitus tipo 2. Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2021.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
13.   Dora Takyia Bonadio. Estudos fisiológicos comparativos in vitro de isolados de Xanthomonas albilineas com diferentes graus de agressividade da doença ?escaldadura da folha? de cana-de-açúcar. Iniciação Científica - Instituto de Biociências, . 2021.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
14.   Eduardo Dias Filho. Compiladores para as Linguagens da Abordagem WED-flow. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2021.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
15.   Evelyn Ayumi Onga. Perfil transcricional da haloarqueia Halobacterium salinarum NRC-1 sob estresse osmótico. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2021.
Orientador: Tie Koide.
16.   Fabio Beltrame Sanchez. MAGset: uma ferramenta para comparação de genomas recuperados de dados metagenômicos e sua aplicação para melhoria de suas montagens. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2021.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
17.   Filipe Menegatti de Melo. . Universidade de São Paulo, Pró-Reitoria de Pesquisa USP. 2021.
Supervisor: Ana Marcia de Sá Guimarães.
18.   Gabriel Amoroso de Castro. Reposicionamento de fármacos. Iniciação Científica - Universidade Estadual de Campinas, . 2021.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
19.   Gabriel Pinheiro Stirni Piedade. Phenotypic Neutral Space Analysis for Yeast Cell cycle Boolean Network. (Graduando em Ciências Biológicas - Ênfase em Biologia Evolutiva) - Universidade de São Paulo, . 2021.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
20.   Gustavo Tamulis Lima. Progressos nas aplicações terapêuticas de bacteriófagos: uma revisão sistemática. (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Cidade de São Paulo, . 2021.
Orientador: Aline Maria da Silva.
21.   Janaina da Silva Fortirer. Modelagem da transpiração em Tipuana tipu na região metropolitana de São Paulo, Brasil.. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2021.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
22.   Jimmy Hanyu. Epidemiologia Digital. Iniciação Científica - Universidade de São Paulo, . 2021.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
23.   Júlia Pimentel Prado. Análise de dados de RNAseq da arqueia extremófila Halobacterium salinarum NRC-1 em diferentes condições de salinidade. (Graduando em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, . 2021.
Orientador: Tie Koide.
24.   Kelly Gomes Duarte. Fundamentos de Física, Química e Matemática para Análise de Fenômenos Biológicos I (Programa PAE). (Ciências Biomédicas) - Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto, Pro-Reitoria de Pos-Graduacao USP. 2021.
Orientador: Silvana Giuliatti.
25.   Larissa Fernanda Quintino. Biotecnologia bacteriana: construção de vetores de expressão e edição genômica. Orientação de outra natureza - Instituto de Biociências (USP), . 2021.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
26.   Levy Bueno Alves. PAE_Introducao a Bioinformatica. (Informatica Biomedica) - Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto, Pro-Reitoria de Pos-Graduacao USP. 2021.
Orientador: Silvana Giuliatti.
27.   Lucas Cezar Nunes. Evolução de imunoglobulinas: geografia e co-evolução com patógenos indutores de febre. Iniciação Científica - Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2021.
Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
28.   Marcelo Waldemir Araújo. . Universidade de São Paulo, Fundação Instituto Butantan. 2021.
Supervisor: Ana Marcia de Sá Guimarães.
29.   Marcos Araújo Castro e Silva. Diversidade e Evolução das Populações Brasileiras. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2021.
Orientador: Tabita Hunemeier.
30.   Maria Carolina del Valle Sisco Zerpa. . Universidade de São Paulo, Pró-Reitoria de Pesquisa USP. 2021.
Supervisor: Ana Marcia de Sá Guimarães.
31.   Marina Cristina Blume. Estudo transversal retrospectivo sobre o impacto da pandemia de COVID-19 nas notificações e mortes por tuberculose no estado de São Paulo. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2021.
Orientador: Ana Marcia de Sá Guimarães.
32.   Mauro de Medeiros Oliveira. Bioinformática de Cana de Açúcar. Orientação de outra natureza - Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2021.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
33.   Patricia Conceição Gonzalez Dias Carvalho. . Universidade de São Paulo, . 2021.
Supervisor: Helder Takashi Imoto Nakaya.
34.   Rafaela Gonçalves Moreira. Progressos nas aplicações terapêuticas de bacteriófagos: uma revisão sistemática. (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Cidade de São Paulo, . 2021.
Orientador: Aline Maria da Silva.
35.   Rauni Borges Marques. Busca por Alcaloides presentes em Caliphuria subedentata como Potenciais Candidatos a Fármacos para a Doença de Alzheimer. Dissertação (Mestrado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2021.
Orientador: Silvana Giuliatti.
36.   Renan dos Reis. Naegleria spp. como peças para o quebra-cabeça da evolução da arquitetura dos genes que codificam proteínas. (Graduação em Ciências Físicas e Biomoleculares) - Universidade de São Paulo, . 2021.
Orientador: Tie Koide.
37.   Shantanu Gupta. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2021.
Supervisor: Ronaldo Fumio Hashimoto.
38.   Sophie Tandonnet. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2021.
Supervisor: Tatiana Teixeira Torres.
39.   Suzana Eiko Guima. Composição microbiana do inóculo e do composto maduro no processo de compostagem do Zoológico de São Paulo avaliada por meio de metagenômica. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2021.
Orientadores: Aline Maria da Silva, Joao Carlos Setubal.
40.   Thomas Wittman Cezar Santos. Identificação e Evolução do Sistema Secretório do Tipo IV em Arqueas. (Graduando em Biomedicina) - Universidade Santo Amaro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2021.
Orientador: Robson Francisco de Souza.
41.   Thomaz Luscher Dias. . Universidade de São Paulo, . 2021.
Supervisor: Helder Takashi Imoto Nakaya.
42.   Vinicius Sousa Flores. Análise de dados metagenômicos em busca de bacteriófagos. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2021.
Supervisor: Joao Carlos Setubal.
43.   Wasim Aluisio Prates Syed. Busca por Candidatos Terapêuticos contra COVID-19. (Graduando em Ciências Farmacêuticas) - Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, CNPq. 2021.
Orientador: Silvana Giuliatti.

2020

1.   Adriana da Silva Andrade Pereira. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2020.
Supervisor: Sergio Verjovski Almeida.
2.   Alysson Henrique Urbanski. Análise do Repertório Imunológico a partir de Amostras de RNA-seq no Contexto de Doenças Infecciosas, Vacinação e Tumores. Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2020.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
3.   Amanda Pereira Vasconcelos. Integração de dados de transcriptoma com dados clínicos e imunológicos. Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2020.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
4.   Ana Beatriz Zichinelli. Fundamentos de Física, Química e Matemática para Análise de Fenômenos Biológicos II (Programa PAE). (Ciencias Biológicas) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2020.
Orientador: Silvana Giuliatti.
5.   Ana Gabriela Pereira de Vasconcelos. Integration of heterogeneous data: a multi-omics application. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Instituto de Matemática e Estatística, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2020.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
6.   Andre Rocha Barbosa. Estudo de redes de co-expressão gênica do imprintoma da placenta e cérebro, entre sexos, e sua relação com o Transtorno do Espectro Autista (TEA).. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2020.
Orientador: Helena Paula Brentani.
7.   André Luiz de Araújo Silva. Identificação de novos efetores secretados pelo T6SS de Salmonella utilizando abordagens in silico e caracterização funcional de um candidato. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2020.
Supervisor: Robson Francisco de Souza.
8.   André Moreira Pessoni. Introdução a Bioinformática (Programa PAE). (Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2020.
Orientador: Silvana Giuliatti.
9.   Antônio Francisco de Souza Filho. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2020.
Supervisor: Ana Marcia de Sá Guimarães.
10.   Ariosvaldo Pereira dos Santos Junior. Caracterização dos bacteriófagos ZC01 e ZC03 e avaliação de seu potencial para fagoterapia em infecções por Pseudomonas aeruginosa. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2020.
Orientador: Aline Maria da Silva.
11.   Carolina de Athayde Mendonça. Funções de genes novos do cromossomo Y de Drosophila por meio da análise de expressão na espermatogênese. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2020.
Orientador: Maria Dulcetti Vibranovski.
12.   Danilo Carlotti. . Universidade de São Paulo, Tribunal de Justiça de São Paulo. 2020.
Supervisor: João Eduardo Ferreira.
13.   Diogo Matos da Silva. Análise e reconhecimento da forma tripomastigota de Trypanosoma cruzi para parasitemia automatizada em imagens com baixa densidade de pontos. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação Instituto Pesquisa Farmaceutica. 2020.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
14.   Diógenes Saulo de Lima. . Universidade de São Paulo, . 2020.
Supervisor: Helder Takashi Imoto Nakaya.
15.   Diógenes Saulo de Lima. Biologia de Sistemas de RNAs Não Codificadores Longos na Vacinação. Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, . 2020.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
16.   Elvira Regina Tamarozzi. Caracterização Estrutural de Dectin-1 Humana e Análise de Interação com seus Alvos Moleculares β-glucanos e Syk. Tese (Doutorado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2020.
Orientador: Silvana Giuliatti.
17.   Felipe Silva. Estudo comparativo da resposta imune do macrófago humano infectado com diferentes espécies do complexo Mycobacterium tuberculosis.. Dissertação (Mestrado em Epidemiologia Experimental Aplicada Às Zoonoses) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2020.
Orientador: Ana Marcia de Sá Guimarães.
18.   Fábio Carvalho Souza. ABORDAGEM BIOINFORMÁTICA: APLICAÇÃO DE MACHINE LEARNING PARA CLUSTERIZAÇÃO DE PACIENTES COM ARBOVIROSES. (Graduação em Matemática) - Universidade de São Paulo, . 2020.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
19.   Gabrielle Rizzato. Evolução Molecular e Craniofacial em Primatas. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2020.
Orientador: Tabita Hunemeier.
20.   Jeffersson Leandro Jimenez Restrepo. Desenvolvimento e validação de um score de desregulação das vias de reparo de DNA na predição do prognostico em diferentes tipos de câncer. Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2020.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
21.   Joel Nunes Junior. Detecção e quantificação de long non-coding RNA e elementos de transposição em experimento piloto da interação cana e Xanthomonas albilineans. Orientação de outra natureza - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2020.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
22.   João Vicente de Morais Malvezzi. Identificação por phage display de candidatos vacinais para esquistossomose mansônica baseada na auto-cura de macacos rhesus (Macaca mulatta). Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2020.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
23.   João Victor Tonani. Desenvolvimento de Plataforma de apoio para a Gestão de Pacientes inseridos no Programa de Saúde Auditiva de um Hospital Público. (Graduação em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2020.
Orientador: Silvana Giuliatti.
24.   Juan Carlo Santos e Silva. Aplicação de Ferramentas Genômicas para o Estudo de Bases de Dados Epidemiológicos. Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2020.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
25.   Júlia Pongeluppi França. Expressão gênica de receptores químico-sensoriais em espécies da família Calliphoridae (Diptera). Iniciação Científica - Universidade de São Paulo, . 2020.
Orientador: Tatiana Teixeira Torres.
26.   Ketly Naiany Almeida Nascimento. Avaliação do comprimento telomérico de gestantes de um ensaio clínico randomizado para testar a efetividade de um programa intensivo de visita domiciliar. (Graduando em Iniciação Cientifica) - Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2020.
Orientador: Helena Paula Brentani.
27.   Leandro Tiburske. Análise de dados de circSeq. Iniciação Científica - Universidade de São Paulo, . 2020.
Orientador: Tie Koide.
28.   Leonardo Rakauskas Zacharias. Fundamentos de Física, Química e Matemática para Análise de Fenômenos Biológicos II (Programa PAE). (Ciências Biomédicas) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2020.
Orientador: Silvana Giuliatti.
29.   Leonardo Ramachoti Noronha. Métodos Multivariados em Multiômica. (Graduando em GRADUAÇÃO EM ESTATÍSTICA) - Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo, . 2020.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
30.   Lucas Ferreira Maciel. RNAs longos não codificadores em Schistosoma mansoni e S. japonicum. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2020.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
31.   Lucas Silva Evangelista de Oliveira. Transmitindo e construindo o conhecimento de Genética e Evolução para Cientistas Biomédicos. (Ciências Biomédicas) - Universidade de São Paulo, Universidade de São Paulo. 2020.
Orientador: Maria Dulcetti Vibranovski.
32.   Mindy S Muñoz. Expression profile of lncRNAs in prostate cancer cell lines. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2020.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
33.   Naiara Domingos da Silveira. Análise do acúmulo de açúcares mediante a alta expressão de ScRAV1 em cana-de-açúcar.. (Botânica) - Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2020.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
34.   Natasha Peixoto Fonseca. Fundamentos de Física, Química e Matemática para Análise de Fenômenos Biológicos I (Programa PAE). (Ciências Biomédicas) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2020.
Orientador: Silvana Giuliatti.
35.   Rachel Creighton. Doutorado sanduíche. Orientação de outra natureza - University of Washington, . 2020.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
36.   Raphael Orelis Ribeiro. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2020.
Supervisor: Sergio Verjovski Almeida.
37.   Rayane Valezi Gonçalves. Fundamentos de Física, Química e Matemática para Análise de Fenômenos Biológicos I (Programa PAE). (Ciências Biomédicas) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2020.
Orientador: Silvana Giuliatti.
38.   Renan Barbosa Lemes. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2020.
Supervisor: Tabita Hunemeier.
39.   Renato Cordeiro Ferreira. Uma Implementação Integrada de Modelos Probabilísticos Gráficos. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2020.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
40.   Rhuan Carlos Maduro. Curvas de crescimento de H. salinarum. (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, . 2020.
Orientador: Tie Koide.
41.   Sara Freire Gonçalves. A Importância da Bioinformática no Curso de Informática Biomédica. (Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Pro-Reitoria de Graduação - USP. 2020.
Orientador: Silvana Giuliatti.
42.   Tamiris Prizon. Introdução a Bioinformática (Programa PAE). (Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2020.
Orientador: Silvana Giuliatti.
43.   Thiago Dominguez Crespo Hirata. . Universidade de São Paulo, Fundação Instituto Pesquisa Farmaceutica. 2020.
Supervisor: Helder Takashi Imoto Nakaya.
44.   Thomaz Luscher Dias. A network medicine approach reveals genetic mechanisms and drug candidates for Psychiatric Diseases. Tese (Doutorado em Bioquímica e Imunologia) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2020.
Supervisor: Helder Takashi Imoto Nakaya.
45.   Tiago Lubiana Alves. Criando um grafo de conhecimento biológico através do Wikidata com foco no projeto Human Cell Atlas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2020.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
46.   Tiago Lubiana Alves. Neuroimmune molecular networks in neurodegenerative e infectious diseases. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2020.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
47.   Verônica Luiza Vale Euclydes Colovati. Exposição ao estresse gestacional, alterações transcricionais na placenta e diferença entre os sexos; genes associados ao imprintoma são importantes?. Tese (Doutorado em Psiquiatria) - Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2020.
Orientador: Helena Paula Brentani.

2019

1.   Alexandre Videira. Efeito do lincRNA PVT1 associado ao potenciador de Zeste homólogo 2 (EZH2) e ao receptor de andrógeno (AR) sobre a expressão gênica em larga escala em células LNCaP de câncer de próstata. Tese (Doutorado em Quimica Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2019.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
2.   Andrew Maltez Thomas. . Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Supervisor: Joao Carlos Setubal.
3.   André Guilherme Costa Martins. . Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Supervisor: Helder Takashi Imoto Nakaya.
4.   Antonio Edson Rocha Oliveira. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2019.
Supervisor: Helder Takashi Imoto Nakaya.
5.   Augusto Cesar Crivellari. PROSPECÇÃO in silico DE PEQUENOS RNAs NA RELAÇÃO DE FUNGOS FITOPATOGÊNICOS E SEUS HOSPEDEIROS. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Instituto de Biociências, . 2019.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
6.   Beatriz Adas Picinato. Aspectos moleculares da resposta à radiação UV de Halobacterium salinarum NRC-1. (Graduando em Ciências Moleculares) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2019.
Orientador: Tie Koide.
7.   Beatriz Miranda. Análise Estrutural de BACE1-AS na Doença de Alzheimer. (Graduando em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2019.
Orientador: Silvana Giuliatti.
8.   Beatriz Miranda. Serious Game: Jogo Digital direcionado ao Aprendizado de Neurofisiologia. (Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, univeridade de são paulo. 2019.
Orientador: Silvana Giuliatti.
9.   Bruno Celso Feltrin Genevcius. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2019.
Supervisor: Tatiana Teixeira Torres.
10.   Bruno T. da S. Lopes. Predição de genes ab initio combinada com informações de alinhamento. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
11.   Catarina dos Santos Gomes. A heterogeneidade fenotípica no Transtorno do Espectro do Autismo e sua associação com o impacto de variantes exônicas deletérias. (Graduando em Iniciação Cientifica) - Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, pró reitoria graduação usp. 2019.
Orientadores: Tie Koide, Helena Paula Brentani.
12.   Cesar Augusto Prada Medina. Studying Juvenile Idiopathic Arthritis through a Network Medicine Approach. Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
13.   Damian Alexis Sanchez. Docking Molecula in silico de Alcaloides de las Amarilidáceas como Potenciales candidatos a Fármacos para la Enfermedad de Alzheimer. Orientação de outra natureza - Universidade de Cauca, . 2019.
Orientador: Silvana Giuliatti.
14.   Deibs Barbosa. . Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Supervisor: Joao Carlos Setubal.
15.   Fabio Pohl. RNAs não codificadores longos associados a diferenciação neuronal. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
16.   Felipe Prata Lima. Classificação Taxonômica de Sequências obtidas com Meta-ômicas por meio de Integração de Dados. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2019.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
17.   Felipe ten Caten. . Universidade de São Paulo, Fundação da Medicina USP. 2019.
Supervisor: Helder Takashi Imoto Nakaya.
18.   Fernando Pacheco Nobre Rossi. Análise comparativa do genoma de bacteriófagos isolados da compostagem e estudo dos determinantes de sua interação com Pseudomonas aeruginosa. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Orientadores: Aline Maria da Silva, Joao Carlos Setubal.
19.   Gabriela Larissa da Guia Oliveira. Avaliação do escape para o citosol de actinobactérias internalizadas em fagossomos de macrófagos humanos. (Graduando em Ciências Biomédicas) - Universidade de São Paulo, . 2019.
Orientador: Ana Marcia de Sá Guimarães.
20.   Gianlucca Gonçalves Nicastro. . Instituto de Ciencias Biomedicas - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Supervisor: Robson Francisco de Souza.
21.   Gisele Antoniazzi Cardoso. Evolução da expressão gênica na família Calliphoridae: um modelo para o estudo do hábito alimentar. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2019.
Orientador: Tatiana Teixeira Torres.
22.   Guillermo Uceda Campos. Genômica comparativa e filogenômica de Xylella fastidiosa. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Orientador: Aline Maria da Silva.
23.   Gustavo Amaral Faria. Expressão gênica relacionada ao comportamento alimentar em Calliphoridae (Insecta: Diptera). Dissertação (Mestrado em BIOLOGIA ANIMAL) - Universidade Estadual de Campinas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Supervisor: Tatiana Teixeira Torres.
24.   Heitor de Paiva Boccato. Serious Game: Jogo Digital direcionado ao Aprendizado de Neurofisiologia. (Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, univeridade de são paulo. 2019.
Orientador: Silvana Giuliatti.
25.   Henrique Tostes de Sousa. A Função das Estruturas Terciárias dos lncRNAs na Doença de Parkinson. (Graduando em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, CNPq. 2019.
Orientador: Silvana Giuliatti.
26.   Jadson Carlos dos Santos. Análise da Tetramerização da Proteína CD38 por meio de Docking Molecular. Dissertação (Mestrado em Interunidades em Bioinformática) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Orientador: Silvana Giuliatti.
27.   Javier Rocero Madronero. Evaluacion de la Interacción Molecular entre Alcaloides de Caliphruria ubedentata y las Enzimas Acetilcolinesterasa y Butirilcolinesterasa por Estudios de Docking Molecular in silicio. Orientação de outra natureza - Universidade de Cauca, . 2019.
Orientador: Silvana Giuliatti.
28.   Jean Michel Rocha Sampaio Leite. Associação de variações no número de cópias (CNVs) e polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) em fenótipos relacionados à atividade física: um estudo de famílias brasileiras. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2019.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
29.   Jeevan Giddaluru. Study of Transmission of Diseases Using Cell Phone from Infected People. Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2019.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
30.   Joana Carvalho Moreira de Mello. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2019.
Supervisor: Maria Dulcetti Vibranovski.
31.   João Pedro de Jesus Pereira. Perfil da atividade de enzimas do metabolismo central energético para uma visão sistêmica do acúmulo de biomassa em cana-de-açúcar. (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2019.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
32.   Juliana Yang. O dimorfismo sexual como fator determinante para a diversidade da resposta imunológica e da expressão gênica induzida por vacinação. Iniciação Científica - Universidade de São Paulo, . 2019.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
33.   Junier Marrero Gutierrez. Regulação pós-transcricional em Halobacterium salinarum NRC-1: caracterização do gene VNG_RS05855. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Orientador: Tie Koide.
34.   Liliane Santana Oliveira Kashiwabara. Uma abordagem integrada para a construção e utilização de HMMs de perfil para análises genômicas e metagenômicas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Supervisor: Alan Mitchell Durham.
35.   Lucas Kaoru Kobo Ferreira. Analise de single cell transcriptomics. Iniciação Científica - Universidade de São Paulo, . 2019.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
36.   Maiara Prado Garcia Antonio. Análise da patologia molecular compartilhada e reposicionamento de drogas para doenças inflamatórias crônicas sob a abordagem da Medicina de Rede. Iniciação Científica - Universidade de São Paulo, . 2019.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
37.   Maike Rossmann. . Instituto de Química/USP, . 2019.
Supervisor: Aline Maria da Silva.
38.   Marcela Araújo Santos. análises químicas dos carboidratos não estruturais e estruturais de novas variedades de cana-de-açúcar. (Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2019.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
39.   Mariana Araújo Pereira. Análise de Transcriptoma de RNAs longos não codificadores em amostras de mamíferos infectados por ZIKV. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2019.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
40.   Marina Santos Deszo. Genômica funcional da preferência alimentar em espécies da superfamília Oestroidea. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Orientador: Tatiana Teixeira Torres.
41.   MINA CINTHO OZAHATA. Mineração de dados de anemia falciforme e priapismo. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2019.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
42.   Mirian de Cesaro Revers Biasão. Classificação da gravidade do transtorno do espectro autista baseada no padrão de rastreamento do olhar. Dissertação (Mestrado em pós-graduação) - Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, . 2019.
Orientador: Helena Paula Brentani.
43.   Natália Baptista Cruz. Análise Sistêmica de amostras humanas naturalmente infectadas por Chikungunya Virus. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação Instituto Pesquisa Farmaceutica. 2019.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
44.   Oséias Feitosa Junior. . Instituto de Química/USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Supervisor: Aline Maria da Silva.
45.   Pedro de Sá Tavares Russo. Desenvolvimento de uma Ferramenta Computacional para Análise de Co-Expressão Gênica e sua Aplicação na Biologia de Sistemas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2019.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
46.   Pedro Ivo Gomes de Faria. Ordenação evolutiva de genes. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2019.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
47.   Roberta Verciano Pereira. . Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Orientadores: Aline Maria da Silva, Joao Carlos Setubal.
48.   Rodrigo Müller de Carvalho. Monitoramento do ambiente de execução de processos WED-Flow. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2019.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
49.   Tamiris Prizon. Fundamentos de Física, Química e Matemática para Análise de Fenômenos Biológicos II (Programa PAE). (Ciências Biomédicas) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2019.
Orientador: Silvana Giuliatti.
50.   Thiago Dominguez Crespo Hirata. Análise dos Mecanismos Regulatórios Transcricionais Mediados por microRNAs na Síndrome Metabólica. Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, . 2019.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
51.   Vinicius Daguano Gastaldi. Construção de pipeline para identificação de características de variantes genéticas ligadas ao Transtorno do Espectro Autista. Dissertação (Mestrado em pós-graduação) - Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Orientador: Helena Paula Brentani.
52.   Viviane Neri de Souza Reis. Estudo da vulnerabilidade genética nos Transtornos do Espectro Autista. Tese (Doutorado em psiquiatria) - Instituto de Psiquiatria do Hospital das Clinicas da FMUSP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Orientador: Helena Paula Brentani.
53.   Wasim Aluísio Prates Syed. Perfil Estrutural das Variantes Pandêmicas da Influenza: por que 1918 foi tão Patogênica?. (Graduando em Farmácia-Bioquímica) - Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, . 2019.
Orientador: Silvana Giuliatti.
54.   Youvika Singh. . Universidade de São Paulo, . 2019.
Supervisor: Helder Takashi Imoto Nakaya.

2018

1.   Adèle Helena Ribeiro. Identification of Causality in Genetics and Neuroscience. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Supervisor: Júlia Maria Pavan Soler.
2.   Alex de Oliveira Ribeiro. Testes da Herdabilidade Multivariada em Dados de Pedigrees. Tese (Doutorado em Estatística e Experimentação Agropecuária) - Universidade Federal de Lavras, . 2018.
Supervisor: Júlia Maria Pavan Soler.
3.   Ana Cláudia Martins Ciconelle. Análise da Variação do Número de Cópias (CNVs) para o Mapeamento Genético de Doenças. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2018.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
4.   Ana Elisa Ribeiro Orsi. Determinação da Filogenia Tumoral e Análise de Expressão Gênica Diferenciada em Melanoma. (Graduando em Ciências Moleculares) - Universidade de São Paulo, . 2018.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
5.   Ana Paula Silva de Souza. Caracterização bioquímica e funcional da adesina XadA3 de Xylella fastidiosa.. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2018.
Orientador: Aline Maria da Silva.
6.   Andrew Maltez Thomas. Investigação de perfis microbianos humanos e sua relação com câncer gástrico e coloretal. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
7.   André Nicolau Aquime Gonçalves. . Universidade de São Paulo, . 2018.
Supervisor: Helder Takashi Imoto Nakaya.
8.   Beatriz Miranda. Analise Estrutural da DUSP11. (Graduando em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2018.
Orientador: Silvana Giuliatti.
9.   Bianca Cristina Garcia Lisboa. Estudos de redes de co-expressão gênica do córtex frontal e estriado (estudo post mortem) de indivíduos portadores de TOC e controles. Tese (Doutorado em Psiquiatria) - Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, . 2018.
Orientador: Helena Paula Brentani.
10.   Bruno Padilha. WED-SQL: uma linguagem declarativa intermediáriacom apoio transacional para a modelagem e implementação de Sistemas de Informação Cientes de Processos. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, National Institutes of Health. 2018.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
11.   Camila Araújo. Análise comparativa da maturação e do escape do fagossomo de diferentes espécies do complexo Mycobacterium tuberculosis em macrófagos.. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Orientador: Ana Marcia de Sá Guimarães.
12.   Carine Naomi Imasato. Classificação binária com Segmentos de Retas baseada em Redes Neurais. (Graduação em Matemática Aplicada e Computacional Com Habilitação em Métodos Matemáticos) - Universidade de São Paulo, . 2018.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
13.   Carla Antonieta da Silva Santos Chibante. Redes de coexpressão durante o desenvolvimento de Drosophila melanogaster. (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, . 2018.
Orientador: Tatiana Teixeira Torres.
14.   Carla Antonieta da Silva Santos Chibante. Desenvolvimento de ferramentas computacionais para a comparação dos níveis de expressão intra e interespecíficos. Orientação de outra natureza - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2018.
Orientador: Tatiana Teixeira Torres.
15.   Carmen Eusebia Palacios Jara. . Universidade de São Paulo, Fundação de Apoio à Universidade de São Paulo. 2018.
Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.
16.   Cinthia Caroline Alves. Introdução à Bioinformática (Programa PAE - IBM1029). (Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Orientador: Silvana Giuliatti.
17.   Davi de Deus Fraga Praxedes. Docking Molecular entre AChE e Alcaloide de Amaryllidaceae como Potencial Candidato a Fármaco para a Doença de Alzheimer. (Graduando em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2018.
Orientador: Silvana Giuliatti.
18.   David Felipe Cuéllar Giraldo. A SYK-dependent activation of STAT1-IRF1 amplifies the IFN signaling in HTLV-1-associated myelopathy/tropical spastic paraparesis (HAM/TSP). Dissertação (Mestrado em Pharmaceutical Modeling) - Uppsala University, Swedish Institute. 2018.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
19.   Deibs Barbosa. . Instituto de Química/USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Supervisor: Aline Maria da Silva.
20.   Diana Suzana Martinez Corcino. Desenvolvimento de sistema Taqman® para determinação alélica de locus RGA em cana-de-açúcar. Orientação de outra natureza - Instituto de Biociências, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2018.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
21.   Douglas Luan de Souza. Aprendizagem de Máquina baseado em Segmentos de Reta com estimação de parâmetros pelo método da máxima verossimilhança. (Graduando em Engenharia Elétrica - Ênfase em Computação) - Universidade de São Paulo, . 2018.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
22.   Débora Pagliuso. O papel de apiose no metabolismo de carboidratos estruturais de Spirodela polyrhiza. Tese (Doutorado em Interunidades em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
23.   Débora Pagliuso. Padrões de alocação de carbono estrutural e não estrutural em cinco espécies de lentilhas d´água (Lemnaceae). Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2018.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
24.   Eduardo Brancher Urenha. Avaliação de expressão gênica nos tecidos ao longo do envelhecimento por meio de análise computacional de sequenciamento de RNA de célula única. (Graduando em Ciências Moleculares) - Universidade de São Paulo, . 2018.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
25.   Elvira Regina Tamarozzi. Introdução à Bioinformática (Programa PAE - IBM1029). (Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2018.
Orientador: Silvana Giuliatti.
26.   Elvira Regina Tamarozzi. Fundamentos de Física, Química e Matemática para Análise de Fenômenos Biológicos II (Programa PAE). (Ciências Biomédicas) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2018.
Orientador: Silvana Giuliatti.
27.   Felipe de Mello Martins. . Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Supervisor: Helder Takashi Imoto Nakaya.
28.   Felipe Silva. Comparative lipid profiling of a mce3 mutant of Mycobacterium tuberculosis and M. tuberculosis Complex wild type strains. Iniciação Científica - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2018.
Orientador: Ana Marcia de Sá Guimarães.
29.   Fernanda Sacardo Merli. Docking da Butirilcolinesterase com Alcaloides de Amaryllidaceae. (Graduando em Informática Biomédica) - FFCLRP e FMRP (USP), . 2018.
Orientador: Silvana Giuliatti.
30.   Fernando Marcon. Biologia de Sistemas da Imunossenescência. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2018.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
31.   Gabriel Monteiro da Silva. Busca por Ligantes às Variantes Européias da Oncoproteína E6 do Papilomavírus Humano tipo 16. Dissertação (Mestrado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Orientador: Silvana Giuliatti.
32.   Gabriel Sánchez Hueck. Genômica comparativa dos determinantes de R-bodies. (Graduando em Bacharelado em Biomedicina) - Instituto de Ciencias Biomedicas - USP, . 2018.
Orientador: Robson Francisco de Souza.
33.   Guilherme Bastos Gomes. Genômica comparativa de famílias de peptidases que atuam em sistemas toxina-antitoxina e sistemas de secreção bacterianos.. Dissertação (Mestrado em Microbiologia) - Instituto de Ciências Biomédicas - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Orientador: Robson Francisco de Souza.
34.   Guillermo Uceda Campos. Genomas de Xylella fastidiosa. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Supervisor: Joao Carlos Setubal.
35.   Gustavo Ribeiro Fernandes. . Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Supervisor: Joao Carlos Setubal.
36.   Isabelle Franco Moscardini. Análise Comparativa das Vias de Sinalização Envolvidas na Infecção por Malária. (Graduação em Farmácia e Bioquímica) - Universidade de São Paulo, . 2018.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
37.   Joel Edu Sanchez Castro. Seleção de Modelos para o Aprendizado de Hipóteses Booleanas. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2018.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
38.   José Deney A. de Araújo. Análise de bancos de dados epidemiológicos usando ferramentas genômicas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, FIPFARMA. 2018.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
39.   João Paulo Pereira de Almeida. RNAs antisense em H. salinarum. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Orientador: Tie Koide.
40.   Juliane Karina Ishida. . Instituto de Biociências, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2018.
Supervisor: Marie-Anne Van Sluys.
41.   Kerstin Muner. Avaliação da percepção e uso de equipamentos de proteção individual (EPIs) por profissionais de saúde durante a pandemia de SARS-CoV-2.. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2018.
Orientador: Ana Marcia de Sá Guimarães.
42.   Lauana Pereira de Oliveira. Respostas mediadas por carboidratos durante o desenvolvimento da cana-de-açúcar frente às mudanças climáticas. Tese (Doutorado em Interunidades em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2018.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
43.   Lucas Esteves Cardoso. Identificação de hotspots de transmissão de doenças infecciosas. Dissertação (Mestrado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
44.   Lucca Castro Zuttin. Uma interface gráfica para o arcabouço probabilístico TOPS. (Graduando em Ciência da Computação) - Centro Universitário das Faculdades Metropolitanas Unidas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
45.   Luiz Thiberio Rangel. . Universidade de São Paulo, Simons Foundation. 2018.
Supervisor: Joao Carlos Setubal.
46.   Maira Rodrigues Ribeiro. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais. 2018.
Supervisor: Tabita Hunemeier.
47.   Marcelo Marques Zerillo. Plataforma GEMAC de alvos, anotação e integração de resultados.. Orientação de outra natureza - Instituto de Biociências, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2018.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
48.   Mariana Brolezzi Gomes Latarullo. Caracterização bioquímica e estrutural de enzimas lignocelulósicas produzidas por fungos e actinomicetos endofíticos. Tese (Doutorado em Interunidades em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.
49.   Mariane Sousa-Baena. . Instituto de Biociências, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2018.
Supervisor: Marie-Anne Van Sluys.
50.   Marina Câmara Mattos Martins Soldi. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2018.
Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.
51.   Mauro de Medeiros Oliveira. . Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Supervisor: Alan Mitchell Durham.
52.   Mauro de Medeiros Oliveria. Transcriptoma, sítios de ligação para fatores de transcrição e região promotora de cana-de-açúcar. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Supervisor: Alan Mitchell Durham.
53.   Naila Cristina Soler Camargo. Investigação da Taxa de Pseudogenização entre genomas do Complexo Mycobacterium tuberculosis. (Graduação em Ciências) - Universidade Federal de São Paulo, . 2018.
Orientador: Ana Marcia de Sá Guimarães.
54.   Naila Soler. Investigação da Taxa de Pseudogenização entre genomas do Complexo Mycobacterium tuberculosis. (Graduando em Ciências Biomédicas) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2018.
Orientador: Ana Marcia de Sá Guimarães.
55.   Nathalia Réges Pinheiro. Fundamentos de Química, Física e Matemática para Análise de Fenômenos Biológicos II (Programa PAE - RCB204). (Ciências Biomédicas) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Orientador: Silvana Giuliatti.
56.   Olusegun Cid-Symed Akognon. Desenvolvimento e aplicação de ferramentas bioinformáticas para análise metabólica de dados genômicos. Iniciação Científica - Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP, . 2018.
Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
57.   Paula Prieto Oliveira. SIMTAR 2.0: Uma ferramenta mais precisa na identificação de SNPs interferindo em sítios alvos de microRNAs. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2018.
Supervisor: Helena Paula Brentani.
58.   Paulo Marques Pierry. . Instituto de Química/USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Supervisor: Aline Maria da Silva.
59.   Pedro Mariano Martins. Bases Moleculares da Regeneração de Fiandeiras em Aranhas (Archnida: Araneae). (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2018.
Orientador: Tatiana Teixeira Torres.
60.   Pedro Nachtigall. . Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Supervisor: Alan Mitchell Durham.
61.   Percy Omar Túllume Vergara. Genômica de Tripanossomatídeos: Análises genômica e evolutiva de Endotrypanum schaudinni ​TCC224.. Dissertação (Mestrado em Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro) - Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2018.
Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
62.   Rafael Nascimento. . Instituto de Química/USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Supervisor: Aline Maria da Silva.
63.   Raquel Dietsche Monfardini. Evolução Das Vias De Controle Do Desenvolvimento Tecidual Em Diptera. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2018.
Orientador: Tatiana Teixeira Torres.
64.   Roberta Verciano Pereira. Descoberta de genes e bactérias para degradação de biomassa lignocelulósica. (Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2018.
Orientador: Aline Maria da Silva.
65.   Sara Sorgi. Doutorado Sanduiche. Orientação de outra natureza - Università degli Studi di Siena, . 2018.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
66.   Tamara Ramos Jorge. Imunomodulação por vermes como alternativa de tratamento de doenças inflamatórias auto-imunes. (Graduação em Farmácia e Bioquímica) - Universidade de São Paulo, . 2018.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
67.   Verônica Neves de Souza. Análise de expressão na espermatogênese de duplicações polimórficas evoluindo em Drosophila melanogaster.. (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade Cidade de São Paulo, . 2018.
Orientador: Maria Dulcetti Vibranovski.
68.   Vinícius Henrique Franceschini dos Santos. Estudo da instabilidade genômica de Halobacterium salinarum NRC-1 via sequenciamento de reads longas.. (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, pró reitoria graduação usp. 2018.
Orientador: Tie Koide.
69.   Viviane Schuch. . Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Supervisor: Helder Takashi Imoto Nakaya.

2017

1.   Adriana Grandis. . Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.
2.   Adriana Grandis. . Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.
3.   Ana Carolina Soares. Análise de microbiomas das esponjas do sistema recifal amazônico. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
4.   Andrew Scott Warren. Methods for Analysis of Prokaryotic Genome Architecture. Tese (Doutorado em Computer Science) - Virginia Polytechnic Institute and State Universit, . 2017.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
5.   Bruna Fanti Ferreira. Bases da genômica e bioinformática de tripanossomatídeos. Iniciação Científica - Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP, . 2017.
Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
6.   Bruna Garbes Gonçalves Pinto. Biologia de Sistemas do autismo e deficiência intelectual. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação Instituto Pesquisa Farmaceutica. 2017.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
7.   Bruno Viana Navarro. Marcadores bioquímicos associados ao metabolismo de carboidratos durante a embriogênese zigótica e somática de Araucaria angustifolia (Bert O. Ktze). Tese (Doutorado em Interunidades em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, . 2017.
Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.
8.   Camila Correia Avelino. Inativação meiótica do cromossomo X através da expressão de genes da espermatogênese de Drosophila. Iniciação Científica - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2017.
Orientador: Maria Dulcetti Vibranovski.
9.   Cristina Kraemer Zimpel. Adaptação de Mycobacterium bovis à hospedeiros: uma análise genômica e transcricional. Tese (Doutorado em Epidemiologia Experimental Aplicada Às Zoonoses) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2017.
Orientador: Ana Marcia de Sá Guimarães.
10.   Daison Manuel Yancy Caballero. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2017.
Supervisor: João Eduardo Ferreira.
11.   Daniel Carvalho Leite. Modelagem Computacional da Estrutura Terciária da Proteína Ferritina de Phaseolus vulgaris. Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto, . 2017.
Supervisor: Silvana Giuliatti.
12.   Dennis José da Silva. Contagem incremental de padrões locais em árvores de componentes para cálculo de atributos. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2017.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
13.   Diogo de Oliveira Pessoa. Identificação de RNAs longos não codificadores associados a subtipos moleculares em tumores pancreáticos. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
Supervisor: Joao Carlos Setubal.
14.   Ester Risério Matos Bertoldi. Modelagem e implementação de banco de dados para identificação de marcadores moleculares no câncer de pâncreas. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2017.
Supervisor: João Eduardo Ferreira.
15.   Ester Risério Matos Bertoldi. Modelagem e implementação de banco de dados clínicos e moleculares de pacientes com câncer e seu uso para identificação de marcadores em câncer de pâncreas. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
Supervisor: João Eduardo Ferreira.
16.   Felipe Bastos Rocha. . Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
Supervisor: Maria Dulcetti Vibranovski.
17.   Felipe Silva. Viabilidade de Mycobacterium tuberculosis e M. bovis durante infecção de macrófagos humanos e bovinos.. (Graduando em Ciências Biomédicas) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2017.
Orientador: Ana Marcia de Sá Guimarães.
18.   Felipe ten Caten. A transcrição pervasiva na archaea Halobacteriu salinarum NRC-1 e a identificação de novos transcritos. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2017.
Orientador: Tie Koide.
19.   Gabrielle O S V Navarro. Obtenção de 04 linhagens de Xanthonomas albilineans expressando cada uma uma proteína fluorescente. (Graduando em Biotecnologia) - Universidade Federal de Pelotas, . 2017.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
20.   Gianluca Major Machado da Silva. Caravela: um navegador de metagenomas. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
21.   Gianlucca Golçalves Nicastro. . Instituto de Ciências Biomédicas - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
Supervisor: Robson Francisco de Souza.
22.   Giovanni Emiddio Romano. Achados de genômica comparativa de Mycobacterium caprae e seus impactos no metabolismo e crescimento in vitro. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2017.
Orientador: Ana Marcia de Sá Guimarães.
23.   Giuliano Maselli Locosselli. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2017.
Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.
24.   Jaqueline Yu Ting Wang. Determinação pré-natal não invasiva de paternidade utilizando micro-haplótipos. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Nube - Estagiários e Aprendizes. 2017.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
25.   Jhonatas Sirino Monteiro. Análise do transcritoma do mexilhão marrom (Perna perna) sob contaminação por antraceno. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
26.   Joice Cassimiro da Silva. Caracterização de bacteriófagos de Pseudomonas aeruginosa. Iniciação Científica - Instituto de Química/USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2017.
Orientador: Aline Maria da Silva.
27.   Jorge Shiro Inamori Takashima. Estudo eletroencefalográfico do planejamento motor. Tese (Doutorado em Radiologia) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
Orientador: Koichi Sameshima.
28.   José Vicente Gomes-Filho. RNAs não-codificantes associados a IS200/605: identificação e caracterização funcional na archaea Halobacterium salinarum NRC-1. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2017.
Orientador: Tie Koide.
29.   Julia Raices. Contribuição da seleção natural e de processos mutacionais na expressão dos genes novos durante a espermatogênese. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2017.
Orientador: Maria Dulcetti Vibranovski.
30.   Jussara Kasuko Palmeiro. Epidemiologia Molecular e Caracterização dos Determinantes Genéticos de Resistência aos Antimicrobianos em Isolados Clínicos de Enterobacteriaceae. Tese (Doutorado em Doutorado em Biotecnologia Aplicada à Saúde da Criança e do Adolescente) - Faculdades Pequeno Príncipe, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
Supervisor: Robson Francisco de Souza.
31.   Lilian Skilnik Wilk. Aprendizado de Estruturas de Dependência entre Fenótipos da Síndrome Metabólica em Estudos Genômicos. Dissertação (Mestrado em Saúde Pública) - Saúde Pública, . 2017.
Supervisor: Júlia Maria Pavan Soler.
32.   Lucas Ferreira da Silva. LincRNAs fisicamente associados ao receptor de andrógeno modificam o perfil de marcas da cromatina vizinha e alteram a expressão gênica local. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
Orientadores: Joao Carlos Setubal, Sergio Verjovski Almeida.
33.   Marcio Giaxia Marinheiro. Estágio - Árvores de Decisão em Processos Biológicos. Orientação de outra natureza - Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto, . 2017.
Orientador: Silvana Giuliatti.
34.   Maria Luiza Guimarães de Oliveira. Análise da Diversidade dos Genes HLA-G, ILT-2 e ILT-4 em Indivíduos da População Brasileira. Tese (Doutorado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2017.
Supervisor: Silvana Giuliatti.
35.   Marino Hilario Catarino. Integrando banco de dados relacional e orientado a grafos para otimizar consultas com alto grau de indireção. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2017.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
36.   Matheus Carvalho Bürger. Análise Transcricional de RNAs Não Codificadores Longos em Pacientes com Dengue. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
37.   Melissa Lever. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2017.
Supervisor: Helder Takashi Imoto Nakaya.
38.   Natália de Souza Araujo. Expressão de Genes Envolvidos no Comportamento Social de Abelhas com Diferentes Níveis de Eussocialidade. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade de São Paulo, . 2017.
Supervisor: Tatiana Teixeira Torres.
39.   Oséias Rodrigues Feitosa Junior. Caracterização do secretoma de cepas Xylella fastidiosa. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
Orientador: Aline Maria da Silva.
40.   Patrícia Conceição Gonzalez DIas. Vacinologia de Sistemas Aplicada à Vacina VSV-ZEBOV contra Ebola. Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2017.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
41.   Paula Turrini. . Instituto de Biociências, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
Supervisor: Marie-Anne Van Sluys.
42.   Paulo Marques Pierry. Transcritômica comparativa de cepas de Xylella fastidiosa. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2017.
Orientador: Aline Maria da Silva.
43.   Rafael Germano Rossi. Análise de Componentes Principais em Data Warehouses. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2017.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
44.   Regis Maurel Senakpon Tossou. Estudo do genoma e caracterização da via de síntese do heme da bactéria Candidatus Kinetoplastibacterium sorsogonicusi, endossimbionte do tripanossomatídeo Kentomonas sorsogonicus. Iniciação Científica - Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP, . 2017.
Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
45.   Rodrigo Alves Lima. Modeling of Time WED-flow. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2017.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
46.   Rodrigo Guarischi Mattos Amaral de Sousa. The transcriptome of oxygen-induced retinopathy and an angiogenesis-based prognostic gene signature for prediction of breast cancer relapse. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2017.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
47.   Taiana Tainá Silva Pereira. Sequenciamento, anotação e análise do genoma de Mycobacterium pinnipedii e genômica comparativa de espécies do complexo Mycobacterium tuberculosis. Dissertação (Mestrado em Epidemiologia Experimental Aplicada Às Zoonoses) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2017.
Orientador: Ana Marcia de Sá Guimarães.
48.   Wonder Alexandre Luz Alves. . Universidade de São Paulo, . 2017.
Supervisor: Ronaldo Fumio Hashimoto.

2016

1.   Abner Cardoso Rodrigues Neto. Caracterização e modelagem da atividade eletrofisiológica em pacientes com epilepsia. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2016.
Orientador: Koichi Sameshima.
2.   André Anversa Oliveira Reis. Estudo da regulação por microRNAs do RNA longo não codificador de proteínas TUG1 envolvido em processos tumorigênicos.. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2016.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
3.   André Casimiro. Principais variáveis na ordenação de anúncios. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2016.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
4.   André Luis Schwerz. Sistemas de informação cientes de processos, robustos e confiáveis. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2016.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
5.   Aureliano Coelho Proença Guedes. Origem e evolução de genes bacterianos envolvidos em transdução de sinal. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2016.
Orientador: Robson Francisco de Souza.
6.   Beatriz Endres Aranha. Triagem Virtual da Oncoproteína E6 do Papilomavirus Humano (HPV). (Graduando em Farmácia-Bioquímica) - Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2016.
Orientador: Silvana Giuliatti.
7.   Bruno Ferreira de Souza. Desenvolvimento de um pipeline para identificar automaticamente os genes compostos predominantemente por microexons arranjados em tandem no genoma anotado de Schistosoma mansoni. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2016.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
8.   Bruno Rubens Flausino Teixeira. Papel do glucano de ligação mista na formação do aerênquima em raízes de plântulas de Sorghum bicolor. Tese (Doutorado em INTERNACIONAL BIOLOGIA) - Universidade de São Paulo, . 2016.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
9.   Bruno Souza. Desenvolvimento de um pipeline para identificar automaticamente os genes compostos predominantemente por microexons arranjados em tandem no genoma anotado de Schistosoma mansoni. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2016.
Supervisor: Joao Carlos Setubal.
10.   Deyvid Amgarten. Analise computacional da diversidade viral presente na comunidade microbiana do processo de compostagem do Zoologico de Sao Paulo. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2016.
Orientadores: Aline Maria da Silva, Joao Carlos Setubal.
11.   Dinar Yunusov. Caracterização do HIPSTR destaca o padrão de expressão heterogênea de lncRNAs em embriões humanos e linhagens estáveis de células.. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2016.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
12.   Elton José Rosas de Vasconcelos. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2016.
Supervisor: Sergio Verjovski Almeida.
13.   Elvira Regina Tamarozzi. Modelagem e Análise In Silico das Variantes Européias da Oncoproteína E6 do Papilomavírus Humano Tipo 16. Dissertação (Mestrado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2016.
Orientador: Silvana Giuliatti.
14.   Flaviane Lopes Ferreira. O papel do fator de transcrição ScRAV1 na expressão de genes de parede celular em cana-de-açúcar. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Botânica)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2016.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
15.   Flavio Lichtenstein. . Universidade de São Paulo, . 2016.
Supervisor: Helder Takashi Imoto Nakaya.
16.   Francisco José de Almeida Fernandes. Caracterização da estrutura de dependência do genoma humano usando campos Markovianos - Estudo de populações mundiais e dados de SNPs. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Universidade de São Paulo, . 2016.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
17.   Grayce Hellen Romim Silva. O papel da hidrolase de calose (GH17) na formação do aerênquima da cana-de-açúcar. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2016.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
18.   Joaquim Martins Jr. . Universidade de São Paulo, . 2016.
Supervisor: Joao Carlos Setubal.
19.   Jose Hernandes. . Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2016.
Supervisor: Marie-Anne Van Sluys.
20.   José Salvatore Leister Patané. . Universidade de São Paulo, . 2016.
Supervisor: Joao Carlos Setubal.
21.   João Marcelo Borovina Josko. João Marcelo Borovina Josko. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2016.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
22.   Julia Barbieri. Predição in Silico de Epitopos da Poliproteina do Zika Vírus. (Aperfeiçoamento/Especialização em Informatica Biomedica) - Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto, . 2016.
Orientador: Silvana Giuliatti.
23.   Juliana Correa Neiva Ferreira. Evolução de receptores olfatórios em moscas da família Calliphoridae. (Graduando em Ciências Biomédicas) - Universidade de São Paulo, . 2016.
Orientador: Tatiana Teixeira Torres.
24.   Laécio Freitas Chaves. Alinhamento múltiplo de genomas e sequências de proteínas com repetições e rearranjos. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2016.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
25.   Laís Uchôa Rabelo Mendes. Análise Computacional da Diversidade Microbiana em Inóculos de Compostagem Termofílica. (Graduando em Bacharelado em Química) - Instituto de Química/USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2016.
Orientador: Aline Maria da Silva.
26.   Leandro Nascimento Lemos. Reconstrução e análise de genomas de bactérias de compostagem a partir de dados metagenômicos. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2016.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
27.   Leticia Anderson. Regulação epigenética da expressão gênica de Schistosoma mansoni induzida por inibidor de histona deacetilase.. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2016.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
28.   Lucas Romeiro Pellozo. Sistema Informatizado para Gestão de Casos Clínicos Psiquiátricos. Dissertação (Mestrado em Mestrado Profissional em Gestão de Org) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2016.
Orientador: Silvana Giuliatti.
29.   Luciana Principal Antunes. ESTUDOS DE METAGENÔMICA E METATRANSCRITÔMICA DA COMUNIDADE MICROBIANA DA COMPOSTAGEM DO ZOOLÓGICO DE SÃO PAULO. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2016.
Orientadores: Aline Maria da Silva, Joao Carlos Setubal.
30.   Mara L Gravinatti. PROTOCOLO DE ATENÇÃO ÀS POPULAÇÕES HUMANA E ANIMAL EM SITUAÇÃO DE VULNERABILIDADE NOS MUNICÍPIOS DE CURITIBA E SÃO JOSÉ DOS PINHAIS, PARANÁ, BRASIL.. Dissertação (Mestrado em Ciências Veterinárias) - Universidade Federal do Paraná, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2016.
Supervisor: Ana Marcia de Sá Guimarães.
31.   Marcelo Ris. . Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2016.
Supervisor: João Eduardo Ferreira.
32.   Mariana Teixeira Kanbe. Duplicação gênica em Drosophila e expressão diferencial entre sexos. (Graduando em Ciências Biomédicas) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2016.
Orientador: Maria Dulcetti Vibranovski.
33.   Mariane Leichsenring Schulz. Caracterização Química e Microbiologica de Inóculos de Compostagem. (Graduando em Bacharelado em Química) - Instituto de Química/USP, . 2016.
Orientador: Aline Maria da Silva.
34.   Nicholas W. VanKuren. New gene evolution in Drosophila melanogaster. Tese (Doutorado em Ecology and Evolution) - University of Chicago, . 2016.
Supervisor: Maria Dulcetti Vibranovski.
35.   Paula Victoria Sozza Silva. Estudo In Sílico das Ômicas Relacionadas à Proteína Perilipina 1 (PLIN1). (Graduando em Nutrição e Metabolismo) - Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto, Bolsa de Iniciação Cientifica Institucional/RUSP. 2016.
Orientador: Silvana Giuliatti.
36.   Paulo Adriano Zaini. . Instituto de Química/USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2016.
Supervisor: Aline Maria da Silva.
37.   Polyana Garcia. Análise da atividade de promotores em H. salinarum. (Graduando em Abi - Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, . 2016.
Orientador: Tie Koide.
38.   Rafael Liberato Roberto. Aumentando a migração de instâncias não complacentes em sistemas de informação cientes de processos. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2016.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
39.   Thais Lima de Sousa. Técnica de segmentação hierárquica de imagem baseada em grafos com pesos. (Graduando em Ciências de Computação) - Universidade de São Paulo, . 2016.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
40.   Tiago Ferraz da Silva. Inferências sobre o Povoamento da América a partir de dados Paleogenômicos. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2016.
Orientador: Tabita Hunemeier.
41.   Valeria Lis Le Gall. Bases Moleculares da resistência a Ivermectina em Rhipicephalus (Boophilus) microlplus. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2016.
Orientador: Tatiana Teixeira Torres.
42.   Vanessa de Jesus Rodrigues de Paula. . Faculdade de Medicina da USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2016.
Supervisor: Helena Paula Brentani.
43.   Vinicius Henrique Franceschini dos Santos. Estudo da RNaseR em Halobacterium salinarum NRC-1: criação de linhagem knockout, avaliação fenotípica e análise filogenética. Iniciação Científica - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2016.
Orientador: Tie Koide.

2015

1.   ADRIANA GRANDIS. Papel das enzimas de degradação da parede celular na formação do aerênquima em raízes de cana de açúcar. Tese (Doutorado em BOTÂNICA) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2015.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
2.   Agatha Ribeiro. Transmitindo e construindo o conhecimento de Genética e Evolução para Cientistas Biomédicos. (Ciências Biomédicas) - Universidade de São Paulo, Universidade de São Paulo. 2015.
Orientador: Maria Dulcetti Vibranovski.
3.   Alexandre Morimitsu. Computação Incremental e Eficiente de Sequências de Árvores de Componentes. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2015.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
4.   Amanda Pereira de Souza. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2015.
Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.
5.   Ana Paula Muche Schiavo. Caracterização da relação entre o retrotransposon tnt1 e o ciclo celular de Nicotiana tabacum. (Graduando em Ciências Moleculares) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2015.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
6.   Anderson Carvalho Morais. Caracterização genômica e filogenômica de Angomonas ambiguus.. Científico e Tecnológico - MA, . 2015.
Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
7.   André Bordinassi Medina. Identificação e caracterização in silico de pequenas proteínas na archaea Halobacterium salinarum. (Graduação em Abi - Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2015.
Orientador: Tie Koide.
8.   Carlos DeOcesano Pereira. INXS, um longo RNA não codificador de proteínas mediador da apoptose. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2015.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
9.   Cristina Kraemer Zimpel. Sequenciamento, Anotação e Análise do genoma completo de Mycobacterium bovis cepa SP38. Dissertação (Mestrado em Epidemiologia Experimental Aplicada Às Zoonoses) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2015.
Orientador: Ana Marcia de Sá Guimarães.
10.   Cyrus Antônio Villas-Boas. Envolvimento do córtex orbitofrontal, do núcleo basolateral da amiígdala e do córtex cingulado anterior no processo de tomada de decisão, em ratos. Tese (Doutorado em Fisiologia) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2015.
Supervisor: Koichi Sameshima.
11.   Dayanne Chagas Sampaio. Caracterização do domínio DUF4130. (Graduando em Biomedicina) - Universidade Paulista, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2015.
Orientador: Robson Francisco de Souza.
12.   Deibs Barbosa. Análise computacional da variação do potencial metabólico microbiano em metagenomas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2015.
Orientadores: Aline Maria da Silva, Joao Carlos Setubal.
13.   Diógenes Saulo Lima. Desenvolvimento de módulos gênicos de inflamação com uso de bancos de dados de acesso livre. (Graduando em Farmácia) - Universidade de São Paulo, . 2015.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
14.   Elen Bastos. . Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, . 2015.
Supervisor: Helena Paula Brentani.
15.   Erico Torrieri. Análise Estrutural de Mutações na Enzima GALNS associadas à Mucopolissacaridose IVA utilizando a Técnica de Modelagem Comparativa. Dissertação (Mestrado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2015.
Orientador: Silvana Giuliatti.
16.   Eveline Queiroz de Pinho Tavares. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2015.
Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.
17.   Felipe Cesar Ferrarezi Beckedorff. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2015.
Supervisor: Sergio Verjovski Almeida.
18.   Fernanda Orpinelli Rego. Modelagem computacional de famílias de proteínas microbianas relevantes para a produção de bioenergia. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2015.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
19.   Geovani Tolfo Ragagnin. Uso do ?Polimorfismo baseado na inserção de Retrotransposon? (RBIP) mais o PCR quantitativo na verificação de associação entre genes de resistência e Elementos Transponíveis. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2015.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
20.   Gustavo Rodrigues Ferreira. RNAs Não-Codificadores Longos como Potenciais Biomarcadores para Artrite. (Graduando em Ciências Moleculares) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2015.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
21.   Joana Carvalho Moreira de Mello. Estado Epigenético do Cromossomo X em Tecidos Extra Embrionários Humanos e Bovinos. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2015.
Supervisor: Maria Dulcetti Vibranovski.
22.   Juliana Saragiotto Silva. Identificação de padrões em dados biológicos utilizando métricas de Análise de Redes Sociais. Universidade de São Paulo, . 2015.
Supervisor: Tatiana Teixeira Torres.
23.   Júlia Leite Romualdo. Investigação de genes. (Graduando em Farmácia) - Universidade de São Paulo, . 2015.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
24.   Laura Caroline Bastos. Estudo da Associação Entre Stress Materno Durante a Gestação e o Padrão de Metilação Global em Sangue de Cordão Umbilical. Dissertação (Mestrado em pós-graduação) - Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, . 2015.
Orientador: Helena Paula Brentani.
25.   Leandro de Araujo Lima. Uma abordagem integrativa usando dados de interação proteína-proteína e estudos genéticos para priorizar genes e funções biológicas em transtorno de déficit de atenção e hiperatividade. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo, . 2015.
Orientadores: Helena Paula Brentani, Ronaldo Fumio Hashimoto.
26.   Liliane Santana Oliveira. Caracterização de Sequências Virais em Metagenomas. Tese (Doutorado em Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2015.
Supervisor: Alan Mitchell Durham.
27.   Livia Soares Zaramela. Identificação e caracterização de RNAs não codificantes ligantes a Lsm no extremófilo Halobacterium salinarum. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2015.
Orientador: Tie Koide.
28.   Lucas Esteves Cardozo. Análise do Transcriptoma de Camundongos Vacinados com Cercárias Atenuadas de Schistosoma mansoni. (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2015.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
29.   Lucas Vitti Rodrigues. Incorporando Efeitos Aleatórios na Análise de Componentes Principais em estudos de Associação Genômica. (Graduação em Matemática Aplicada Com Habilitação em Sistemas e Controle) - Universidade de São Paulo, . 2015.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
30.   Maiumy Maria Galvão Honda. Evolução de genes envolvidos na coordenação do desenvolvimento. (Graduando em Abi - Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2015.
Orientador: Tatiana Teixeira Torres.
31.   Marcos E. B. Broinizi. Ordenação evolutiva de anúncios em publicidade computacional.. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, . 2015.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
32.   Maria Gabriela Fontanetti Rodrigues. Análise da Metilação do DNA de Seleções de Figueira (Ficus carica L.) por MSAP e Sequenciamento. Tese (Doutorado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2015.
Orientador: Silvana Giuliatti.
33.   Mariana Lombardi Peres de Carvalho. Identificação de proteínas modificadas por fosforilação em Schistosoma mansoni após tratamento com TNF-alfa humano. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2015.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
34.   Milton Y. Nishiyama Jr. Desenvolvimento da Plataforma CaneRegNet para Anotação Funcional e Análise do Transcriptoma da Cana-de-Açucar. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2015.
Supervisor: João Eduardo Ferreira.
35.   Rafael Mathias Ferreira. Arcabouço probabilístico para análise de sequências de RNA. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2015.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
36.   RODRIGO ARAUJO SEQUEIRA BARREIRO. Caracterização do domínio DUF4130. (Graduando em Bacharelado em Biomedicina) - Instituto de Ciencias Biomedicas - USP, . 2015.
Orientador: Robson Francisco de Souza.
37.   Sirlene da Silva Rodrigues. Identificação e mapeamento das proteínas de repetição do pentatricopeptídeo em cultivares modernas de cana-de-açúcar. Iniciação Científica - Intituto de Biociências, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2015.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
38.   Stella Kyomen. Caracterização fenotípica de linhagens de H.salinarum NRC-1 superexpressando diferentes RNAs não-codificantes. (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, . 2015.
Orientador: Tie Koide.
39.   Sérgio Nery Simões. Uma abordagem integrativa usando dados de interação proteína-proteína e estudos genéticos para priorizar genes e funções biológicas em transtorno de déficit de atenção e hiperatividade. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2015.
Orientadores: Helena Paula Brentani, Ronaldo Fumio Hashimoto.
40.   Thais Cristine Arns. Fundamentos de Física, Química e Matemática (Programa PAE - RCB204). (Ciências Biomédicas) - Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto, . 2015.
Orientador: Silvana Giuliatti.
41.   Vania Gabriela Sedano Partida. Treinamento em manutenção de estoques de bactérias, linhagens de plantas e estratégias moleculares de construção gênica.. Orientação de outra natureza - Instituto de Biociências, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2015.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
42.   Vania Gabriela Sedano Partida. Caracterização genômica dos genes s6pp de Saccharum spp. vinculados na produção de sacarose.. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2015.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
43.   Victor Ramos. Mapeamento e caracterização in silico de RNAs circulares em Halobacterium salinarum. (Graduando em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2015.
Orientador: Tie Koide.
44.   Vinícius Jardim Carvalho. Desenvolvimento de um pipeline para análise sistêmica do funcionamento de plantas, baseado em teoria de redes. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2015.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
45.   Wonder Alexandre Luz Alves. Últimos Levelings: Conceitos, propriedades, algoritmos e aplicações em Processamento e Análise de Imagens. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, . 2015.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.

2014

1.   Ana Carolina Tahira. . Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2014.
Supervisor: Helena Paula Brentani.
2.   Ana Cláudia M Ciconelle. Mapeamento Genético de Doenças Complexas usando a Teoria de Resposta ao Item e Algoritmos Genéticos. (Graduando em Ciências Moleculares) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2014.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
3.   Ana Paula Rodrigues de Andrade. Análise Filogenética de satDNAs de Espécies do Gênero Brassica. (Graduando em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Bolsa de Iniciação Cientifica Institucional/RUSP. 2014.
Orientador: Silvana Giuliatti.
4.   Andre Vicioli. Análise Metagenômica de Micro-organismos Endofíticos com Ação sobre Óleos Vegetais de Frutos da Região Amazônica. (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, . 2014.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
5.   Andrea Oshima de Aguiar. Construção de linhagem knockout para um RNA não-codificante da família HgcC em Halobacterium salinarum e avaliação fenotípica. (Graduando em Farmácia e Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2014.
Orientador: Tie Koide.
6.   André Medina. Identificação de pequenos peptídeos em H. salinarum utilizando tag cromossomal. (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2014.
Orientador: Tie Koide.
7.   Bruna Cersózimo Arenque-Musa. Papel do metabolismo de carboidratos nas respostas ecofisiológicas da árvore amazônica Senna reticulata cultivada sob diferentes estresses abióticos. Tese (Doutorado em BOTÂNICA) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2014.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
8.   Cushla J Metcalfe. . Instituto de Biociências, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2014.
Supervisor: Marie-Anne Van Sluys.
9.   Diogo Ferreira da Costa Patrão. Desenvolvimento e avaliação de ferramentas computacionais para triagem automática de sujeitos de pesquisa. Tese (Doutorado em Oncologia) - Hospital A C Camargo, . 2014.
Orientador: Helena Paula Brentani.
10.   Erico Torrieri. Introdução à Bioinformática (Programa PAE - IBM1029). (Informatica Biomedica) - Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto, . 2014.
Orientador: Silvana Giuliatti.
11.   Felipe Carmo da Silva. Estudo do Pipeline utilizado nas Análises de Dados de RNA-Seq. (Graduando em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2014.
Orientador: Silvana Giuliatti.
12.   Gabriel Rezende Nahas. Busca de Genes Impactantes na Estabilidade de Redes Booleanas. (Graduando em Abi - Engenharia) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2014.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
13.   Gerson Florence Carvalheira de Azevedo. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2014.
Supervisor: Koichi Sameshima.
14.   Gustavo Rodrigues Ferreira. Utilizando o Banco de Dados GEO para Estudos de Meta-Análise. (Graduando em Ciências Moleculares) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2014.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
15.   Igor Bonadio. Predição de Genes Utilizando Modelos de Covariância. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2014.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
16.   Joaquim Martins Junior. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2014.
Supervisor: Aline Maria da Silva.
17.   Julia Raices. Expressão de genes novos em Drosophila e mamíferos durante a espermatogênese. (Graduando em Abi - Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2014.
Orientador: Maria Dulcetti Vibranovski.
18.   Karen Cristina Lombardi. Estudos de metagenômica da comunidade microbiana da compostagem do Zoológico de São Paulo. (Graduando em Farmácia e Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2014.
Orientador: Aline Maria da Silva.
19.   Kátia Cristina de Oliveira. . Instituto de Psiquiatria do Hospital das Clinicas da FMUSP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2014.
Supervisor: Helena Paula Brentani.
20.   Leonardo dos Reis Gama. Biologia de Sistemas da Vacina de Cercária Atenuada de Schistosoma mansoni. (Graduando em Ciências Moleculares) - Universidade de São Paulo, . 2014.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
21.   Lucas Esteves Cardozo. Biologia de sistemas da vacina de cercária atenuada de Schistosoma mansoni. (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2014.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
22.   Marina Santos Deszo. Caracterização do transcriptoma de Dermatobia hominis e comparação intra e interespecífica de genes associados ao hábito alimentar. (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2014.
Orientador: Tatiana Teixeira Torres.
23.   Marjorie Cornejo Pontelli. Implementação de ferramentas moleculares para a manipulação genética da haloarchaea Halobacterium salinarum.. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2014.
Orientador: Tie Koide.
24.   Murilo Sena Amaral. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2014.
Supervisor: Sergio Verjovski Almeida.
25.   Nancy de Castro Stoppe. Prospeção de marcadores para o rastreamento de fontes de contaminação fecal em águas superficiais no Estado de São Paulo. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2014.
Supervisor: Tatiana Teixeira Torres.
26.   Omar Julio Sosa. Análise computacional de dados de RNAseq e exoma em câncer de pâncreas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2014.
Supervisor: Joao Carlos Setubal.
27.   Patricia de Castro Ruy. Treinamento em Serviço em Informática (Programa PAE - IBM1007). (Informatica Biomedica) - Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto, . 2014.
Orientador: Silvana Giuliatti.
28.   Pedro Losco Takecian. Diretrizes metodológicas e validação estatística de dados para a construção de data warehouses. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, NIH-USA Fundacao Pro-Sangue. 2014.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
29.   Rafael Silva Rocha. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2014.
Supervisor: Tie Koide.
30.   Raquel Dietsche Monfardini. Caracterização do transcriptoma de Hermetia illucens (Diptera: Stratiomyidae). (Graduando em Abi - Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2014.
Orientador: Tatiana Teixeira Torres.
31.   Rayane de Tasso Moreira Ribeiro. Mobilização de reservas cotiledonares em sementes de Macrolobium acaciifolium Benth.. Dissertação (Mestrado em BOTÂNICA) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2014.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
32.   Renata Souza de Oliveira. . Instituto de Biociências, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2014.
Supervisor: Marie-Anne Van Sluys.
33.   Ricardo Boccoli Gallego. Inferência de Redes Booleanas com Estrutura de Atratores Prescrita como Problema da Satisfação de Restrições. (Graduando em Abi - Engenharia) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2014.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
34.   Tiago M Fragoso. Seleção bayesiana de variáveis em modelos multiníveis da teoria de resposta ao item com aplicações em genômica. Tese (Doutorado em Estatística) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2014.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
35.   Veronica Meyer Gaiarsa. Tratamento Bioinformático em Larga Escala de Sequências de Cana de Açúcar e busca de padrões em elementos de transposição.. Orientação de outra natureza - Instituto de Biociências, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2014.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
36.   Victória Maruyama Spagni. Construção de linhagem knockout para Lsm, uma proteína ligante a RNA de H. salinarum NRC-1. (Graduando em Farmácia e Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2014.
Orientador: Tie Koide.
37.   Viviane Neri de Souza Reis. Variações no Número de Cópias no Genoma de Pacientes com Transtornos do Espectro do Autismo verbais e não verbais. Dissertação (Mestrado em pós-graduação) - Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2014.
Supervisor: Helena Paula Brentani.

2013

1.   Aderbal Ruy Teodoro da Silva. . Instituto de Psiquiatria do Hospital das Clinicas da FMUSP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Supervisor: Helena Paula Brentani.
2.   Alexandre Freitas Duarte. Protótipo de Apoio ao Ensino e Aprendizagem de Endometriose através de Dispositivos Móveis. (Graduando em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2013.
Orientador: Silvana Giuliatti.
3.   Alexandre Yukio Harano. Uma nova abordagem para as operações de Transformada de Erosão e Transformada de Dilatação através da união da decomposição de elementos estruturantes. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
4.   Amanda Rusiska Piovezani. DESENVOLVIMENTO DE UMA FERRAMENTA DE BIOINFORMÁTICA PARA INTEGRAÇÃO DAS ESCALAS DE TRANSCRIÇÃO GÊNICA, PROTEÔMICA E FISIOLOGIA UTILIZANDO SORGO E CANA-DE-AÇÚCAR COMO SISTEMAS MODELOS. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
5.   Ana Cecília Feio dos Santos. Analise do Exoma de TDAH. Universidade de São Paulo, . 2013.
Supervisor: Helena Paula Brentani.
6.   André Guilherme da Costa Martins. Genes codificadores de proteínas de choque térmico (Hsp) de espécies do gênero Trypanosoma: repertório, polimorfismo, organização genômica e relações filogenéticas. Tese (Doutorado em Ciência (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)) - Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2013.
Supervisor: Joao Marcelo Pereira Alves.
7.   Angela Fachel. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Supervisor: Sergio Verjovski Almeida.
8.   Beatriz Jeronimo Pinto. ProGen AP: um Pipeline para a Anotação Proteogenômica Automática de Organismos Importantes Visando o Descobrimento de Novos Genes com Potencial para Intervenção Biotecnológica. Dissertação (Mestrado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2013.
Orientador: Silvana Giuliatti.
9.   Caio Cesar Moreira. Software para Treinamento de Regência em Canto Coral. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2013.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
10.   Carmen Eusebia Palacios Jara. Substâncias fenólicas de sorgo (Sorghum bicolor (L.) Moench) cultivado sob estresse hídrico e atmosfera enriquecida de gás carbônico. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Botânica)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2013.
Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.
11.   Carolina Cappi. Análise de CNVs em TOC. Tese (Doutorado em psiquiatria) - Instituto de Psiquiatria da FMUSP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Supervisor: Helena Paula Brentani.
12.   Daniel Macedo de Melo Jorge. Busca In Silico de Inibidores de Fosfolipase A2 de Apis mellifera com Validação In Vitro e In Vivo. Tese (Doutorado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2013.
Orientador: Silvana Giuliatti.
13.   Daniele Yumi Sunaga de Oliveira. Biologia Computacional aplicada para a análise de dados em larga escala. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Supervisor: Ronaldo Fumio Hashimoto.
14.   Débora Chaves Coelho Leite. Modificações da parede celular na formação de aerênquima em raízes de cana-de-açúcar. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Ciências) - Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
15.   Edgar Andres Ochoa Cruz. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Supervisor: Marie-Anne Van Sluys.
16.   Evandro Pizeta Semighini. Planejamento Racional de Ligantes do Complexo TLR4/MD-2 para a Modulação do Sistema Imune Inato. Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Supervisor: Silvana Giuliatti.
17.   Fabiana Firetti-Leggieri. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Supervisor: Marie-Anne Van Sluys.
18.   Fabrício Caio Leotti. Bioinformática na caracterização do genoma de Cochliomyia hominivorax. (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, . 2013.
Orientador: Tatiana Teixeira Torres.
19.   Fernando Domingues Kümmel Tria. Análise in silico de regiões promotoras de genes de Xylella fastidiosa. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Orientador: Aline Maria da Silva.
20.   George William Condomitti Epamino. Montagem do genoma de Bothrops jararaca. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
21.   Gilvan Pessoa Furtado. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Supervisor: Tie Koide.
22.   Giulliana Tessarin e Almeida. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Supervisor: Sergio Verjovski Almeida.
23.   Igor Bonadio. Desenvolvimento de um arcabouço probabilístico para implementação de campos aleatórios condicionais". Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2013.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
24.   Janaina de Andrade Serrano. Transmitindo e construindo o conhecimento de Genética e Evolução para Cientistas Biomédicos. (Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Universidade de São Paulo. 2013.
Orientador: Maria Dulcetti Vibranovski.
25.   Joel Edu Sanchez Castro. Decomposição sequencial a partir da sup-representação de W-Operadores. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2013.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
26.   Jonas Weissmann Gaiarsa. Anotação de 1000 clones BAC do genoma da cana de açúcar: banco de dados, integração e interface web.. Orientação de outra natureza - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
27.   Kleber Parreira. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Supervisor: Sergio Verjovski Almeida.
28.   Liliane Santana de Oliveira. PATO: um ambiente integrado com interface gráfica para a curadoria de dados de sequências biológicas. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2013.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
29.   Luciana Cofiel Marin. Estruturação do exame psíquico: impacto na qualidade de dados e na prática clínica. Instituto de Psiquiatria da FMUSP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Supervisor: Helena Paula Brentani.
30.   Marcela Ortega. Implementação do arcabouço WED-flow para controle de processos transacionais. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, NIH-USA Fundacao Pro-Sangue. 2013.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
31.   Murilo Sena Amaral. Caracterização da interação entre RNAs não codificadores (ncRNAs) intrônicos e proteínas com domínios de ligação a RNA. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2013.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
32.   Nilson Nicolau Junior. Diferenças Estruturais e "Docking" Receptor-Ligante da Proteína E7 do Vírus do Papiloma Humano (HPV) de Alto e Baixo Riscos para o Câncer Cervical. Tese (Doutorado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2013.
Orientador: Silvana Giuliatti.
33.   Paula Cristina Gasperazzo Turrini. INFLUÊNCIA DE ELEMENTOS MÓVEIS EM LINHAGENS DE XANTHOMONAS ORYZAE. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
34.   Pedro P. de S. B. da Silva. Uma abordagem transacional para o tratamento de exceções em processos de negócio. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2013.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
35.   Ricardo Kazuhiro Kavanishi. Estudo de Abordagens In Silico para Análise de Sequências de DNA Metiladas. (Graduando em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, SANTANDER. 2013.
Orientador: Silvana Giuliatti.
36.   Rodrigo Roberto Rafagnin Duarte. Predição in silico e caracterização parcial das bacteriocinas de Xylella fastidiosa. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2013.
Orientador: Aline Maria da Silva.
37.   Rosario Alejandra Medina Rodríguez. Tratamento Bioinformático em Larga Escala de Sequências de Cana de Açúcar e busca de padrões em elementos de transposição.. Orientação de outra natureza - Instituto de Biociências, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
38.   Ryerson Mota. Padronização de microscopia para análise fenotípica do extremófilo Halobacterium salinarum. (Graduando em Biomedicina) - Centro Universitário Barão de Mauá, . 2013.
Orientador: Tie Koide.
39.   Sabrina Ribeiro Latansio Aidar. Economia do Nitrogênio em Árvores Tropicais. Tese (Doutorado em Biologia Vegetal) - Universidade Estadual de Campinas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2013.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
40.   Sarah Gomes de Oliveira. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Supervisor: Marie-Anne Van Sluys.
41.   Sophie Tandonnet. Molecular bases of pesticide resistance in Cochliomyia hominivorax. Dissertação (Mestrado em Ecology and Biology of populations) - Université de Poitiers, . 2013.
Orientador: Tatiana Teixeira Torres.
42.   Sophie Tandonnet. Desenvolvimento de ferramentas computacionais para a comparação dos níveis de expressão entre as linhagens de pragas da pecuária. (Abi - Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Orientador: Tatiana Teixeira Torres.
43.   Theodore Milton Fagin. Treinamento em manutenção de estoques de bactérias, linhagens de plantas e estratégias moleculares de construção gênica.. Orientação de outra natureza - Instituto de Biociências, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
44.   Vinicius Ramos Henriques Maracajá Coutinho. Caracterização in silico e análise de expressão de RNAs não codificadores longos no genoma de eucariotos. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Orientadores: Joao Carlos Setubal, Sergio Verjovski Almeida.
45.   Walkiria Karla Resende. Classificação de doenças psiquiátricas da infância utilizando aprendizado de maquina. Dissertação (Mestrado em Bioinformatica) - Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo, . 2013.
Orientador: Helena Paula Brentani.
46.   Wesley Oliveira Santana. Genômica comparativa de Xylella fastidiosa: diversidade do pangenoma e análise de genes de patogenicidade. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2013.
Orientador: Aline Maria da Silva.
47.   William Lira Ferreira. Análise da Dinâmica de Redes de Regulação Gênica Utilizando GPUs: Uma Ferramenta para o Auxílio no Problema de Inferência de Redes Booleanas. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2013.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.

2012

1.   Alexandre Rossi Paschoal. BIOINFORMÁTICA APLICADA EM RNomics: ESTRATÉGIAS COMPUTACIONAIS PARA CARACTERIZAÇÃO DE RNAS NÃO-CODIFICADORES. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2012.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
2.   Ana Carolina Bione Kunicki. Dinâmica do sistema córtico-hipocampal durante o condicionamento contextual de medo. Tese (Doutorado em Neurociências e Comportamento) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012.
Orientador: Koichi Sameshima.
3.   Ana Cecília Feio dos Santos. Análise de danos de DNA e expressão de genes supressores de tumor em tecido post mortem de pacientes com doença de Alzheimer. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, . 2012.
Orientador: Helena Paula Brentani.
4.   Andreia Prata Vieira. Homólogos a At-thi1 em cana de açúcar: estudo molecular e funcional.. Tese (Doutorado em INTERNACIONAL BIOLOGIA) - Universidade de São Paulo, . 2012.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
5.   Andreia Prata Vieira. Estudo da atividade transcricional de três diferentes cópias de retrotransposons da linhagem evolutiva DEL em cana-de-açúcar.. Iniciação Científica - Instituto de Biociências, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
6.   André Mascioli Cravo. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012.
Supervisor: Koichi Sameshima.
7.   André Yoshiaki Kashiwabara. MYOP/ToPS/SGEval: Um ambiente computacional para estudo sistemático de predição de genes. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2012.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
8.   Augusto Cesar Crivellari. Caracterização estrutural das hemiceluloses de paredes celulares de cana-de-açúcar. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Ciências) - Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
9.   Carlos Henrique Aguena Higa. Inferência de Redes de Regulação Gênica Utilizando o Paradigma de Crescimento de Sementes. Tese (Doutorado em Doutorado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2012.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
10.   Edgar Andres Ochoa Cruz. Estudos de elementos de transposição em plantas: elementos tipo hAT em cana de açucar. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Instituto de Biociências, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2012.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
11.   Evandro Zanetti Passagem. Sistema para Armazenamento e Apoio nas Análises de Fatores de Risco para o Desenvolvimento de Asma entre Crianças de 9 a 11 anos. (Graduação em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2012.
Orientador: Silvana Giuliatti.
12.   Felipe Cesar Ferrarezi Beckedorff. Recrutamento do complexo repressivo polycomb 2 pelo RNA não codificador longo antissenso ANRASSF1 modula a expressão do gene RASSF1A e a proliferação celular. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
13.   Fernanda Dias Pereira. Análise Filogenética entre Citrus e Guignardia. Dissertação (Mestrado em Agronomia - Produção Vegetal) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012.
Orientador: Silvana Giuliatti.
14.   Fernanda Nascimento Almeida. Descrição da proveniência de dados para extração de conhecimento em sistemas de informação de hemoterapia. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2012.
Supervisor: João Eduardo Ferreira.
15.   Fernando Segato. . Laboratório Nacional de Ciência e Tecnologia do Bioetanol, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2012.
Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.
16.   Gesiele Almeida Barros de Carvalho. Impacto dos elementos transponíveis nos genomas de estirpes brasileiras de Bradyrhizobium. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Biociências, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2012.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
17.   Giovanna Petrilli. Utilização do arcabouço de software Gaggle para análise de dados de expressão gênica. (Graduando em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, . 2012.
Orientador: Tie Koide.
18.   Gustavo Antonio Teixeira Chaves. Captação de ferro e efeito desse metal para crescimento e morfologia de Xylella fastidiosa. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012.
Orientador: Aline Maria da Silva.
19.   Gustavo Luiz Duarte. Metadados para reconciliação de transações em bancos de dados autônomos. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
20.   Helves Humberto Domingues. . Universidade de São Paulo, NIH-USA Fundacao Pro-Sangue. 2012.
Supervisor: João Eduardo Ferreira.
21.   Henrique Cursino Vieira. Análise da Modulação Epigenética em Sangue de Cordão. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2012.
Orientador: Helena Paula Brentani.
22.   Ismael Alves Lucena Gomes. Analise de sequencias de metagenomica. (Graduando em Obstetrícia) - Universidade de São Paulo, Universidade de São Paulo. 2012.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
23.   José Vicente Gomes Filho. Introdução a análise de dados em Biologia Sistêmica utilizando Gaggle. (Graduando em biomedicina) - Centro Universitário Barão de Mauá, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012.
Orientador: Tie Koide.
24.   Juliano Bragato. . Laboratório Nacional de Ciência e Tecnologia do Bioetanol, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2012.
Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.
25.   Katia C P Oliveira. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012.
Supervisor: Sergio Verjovski Almeida.
26.   Kuan Yang. Ancestral reconstruction of prokaryotic genomes. Tese (Doutorado em Genetics, Bioinformatics, and Computational Biolog) - Virginia Tech, virginia bioinformatics institute. 2012.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
27.   Laura Obenauer. Métodos filogenéticos para dados metagenômicos. Iniciação Científica - Universität Heidelberg, Deutsche Akademische Austauch Dienst. 2012.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
28.   Leila Cristina Mortari. Efeitos de uma atmosfera enriquecida com CO2 sobre a fotossíntese, o crescimento e o metabolismo de carboidratos do açaizeiro (Euterpe oleracea Mart.). Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Botânica)) - Universidade de São Paulo, . 2012.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
29.   Luiz Aparecido Virginio Junior. Desenvolvimento de um Sistema Web para Armazenamento, Recuperação e Comparação de Informações Sobre Análise de Expressão Gênica em Larga Escala em Pacientes com Endometriose. (Graduando em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012.
Orientador: Silvana Giuliatti.
30.   Luiz Aparecido Virgínio Junior. Desenvolvimento de Programa Informatizado de Gerenciamento e Pesquisa em Laringologia e Voz. (Graduando em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2012.
Orientador: Silvana Giuliatti.
31.   Luiz Fernando Martins Pignata. Pipeline para Análise In Sílico de Dados de Expressão de miRNAs e mRNAs em Células de Mamíferos. Dissertação (Mestrado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2012.
Orientador: Silvana Giuliatti.
32.   Luiz Thiberio Rangel. Redes de transferencia lateral de genes. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
33.   Marcela Terakato. Caracterização de Estruturas Secundárias de miRNAs utilizando Grafos. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2012.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
34.   Marcelo Filipe Breda de Moraes. Modelagem Macromolecular da Estrutura da Proteína SCII de Nicotiana tabacum L.. (Graduação em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2012.
Orientador: Silvana Giuliatti.
35.   Mauricio Chui Rodrigues. Tratamento de Eventos Aplicado à Composição de Serviços We. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2012.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
36.   Mayra Akemi Kuroki. Desenvolvimento de Método de Identificação de Promotores de Cana-de-Açúcar: Análise comparativa de clonagem dirigida e clonagem aleatória. Dissertação (Mestrado em Programa Interunidades Biotecnologia) - Instituto de Biociências, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2012.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
37.   Melline Fontes Noronha. Dinâmica da Fermentação Alcoólica: Aplicação de Redes Booleanas Probabilísticas Sensíveis a Contextona Dinâmica da Expressão Gênica na Linhagem Industrial PE-2 da Saccharomyces cerevisiae durante o Processo Fermentativo. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2012.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
38.   Mirian de Souza. Modelos Mistos no Mapeamento Genético de Fatores de Risco Cardiovascular em Famílias Brasileiras. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2012.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
39.   Nubia Esteban Duarte. Mapeamento Genético utilizando a Teoria do Gráfico da Variável Adicionada em Modelos Mistos. Tese (Doutorado em Estatística) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2012.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
40.   Paulo Marques Pierry. Pirossequenciamento e análise comparativa de genomas do fitopatógeno Xylella fastidiosa. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012.
Orientador: Aline Maria da Silva.
41.   Raquel Dietsche Monfardini. Sequenciamento e análise comparativa de genes relacionados ao hábito alimentar na família Calliphoridae (Diptera: Calliphoridae). (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012.
Orientador: Tatiana Teixeira Torres.
42.   Renato Cordeiro Ferreira. Anotação de genomas. (Graduando em Ciências de Computação) - Universidade de São Paulo, . 2012.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
43.   Ricardo Kazuhiro Kavanishi. Estudo das Interações Proteína-Proteína usando Estruturas Primárias. (Graduando em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012.
Orientador: Silvana Giuliatti.
44.   Rosario Alejandra Medina Rodriguez. Aspectos Teóricos e Práticos do Classificador Baseado em Segmentos de Retas em Problemas de Multiclassificação. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
45.   Silvano Costa. . Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2012.
Supervisor: Júlia Maria Pavan Soler.
46.   Silvio Rodrigues de Faria Junior. Genotipagem de Poliplóides: um modelo de urnas e bolas. Tese (Doutorado em Estatística) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2012.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
47.   Stephanie Lopes da Costa Cavalcanti. Estágio de Treinamento Técnico. (Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, . 2012.
Orientador: Tatiana Teixeira Torres.
48.   Tales Pinheiro de Andrade. Interações gênicas usando redes booleanas limiarizadas modeladas como um problema de satisfação de restrições. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2012.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
49.   Thalita Beatriz Carrara Encarnação. Estudo bioquímico e molecular da enzima alfa-galactosidase de sementes de Sesbania virgata (Cav.) Pers.. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Botânica)) - Universidade de São Paulo, . 2012.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
50.   Tiaya Carvalho Lourenço. BUSCA DE VARIAÇÕES GENÔMICAS DO GENE RECEPTOR DA OCITOCINA NO TRANSTORNO OBSESSIVO COMPULSIVO. Iniciação Científica - Instituto de Psiquiatria da FMUSP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2012.
Orientador: Helena Paula Brentani.
51.   Vitor Onuchic. Inovações em técnicas de alinhamentos múltiplos e predições de genes. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012.
Orientador: Alan Mitchell Durham.

2011

1.   Alexandre Morimitsu. Operadores Conexos Aplicados a Localização de Textos em Imagens. (Graduando em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2011.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
2.   Amanda Pereira de Souza. Mecanismos fotossintéticos e relação fonte-dreno em cana-de-açúcar cultivada em atmosfera enriquecida com CO2. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Botânica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2011.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
3.   Carolina Sconfienza Faria. Bases moleculares da resistência à inseticidas. (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, . 2011.
Orientador: Tatiana Teixeira Torres.
4.   Catharina Gomes Bermal. Curva de crescimento de H. salinarum e técnicas de Biologia Molecular. (Graduando em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, . 2011.
Orientador: Tie Koide.
5.   Cristiane Ribeiro de Sousa. Caracterização da mobilização dos polissacarídeos da parede celular em palhada de cana de açúcar submetida às condições de campo. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2011.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
6.   Denis Takeshita Ikeda. Seleção Não-Supervisionada de Métodos de Binarização para Documentos Históricos. (Graduando em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2011.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
7.   Eveline Tavares. Mecanismos de regulação da degradação da parede celular em raízes de cana-de-açúcar durante a formação do aerênquima. Tese (Doutorado em BOTÂNICA) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2011.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
8.   Fabrício Martins Lopes. Redes complexas de expressão gênica: síntese, identificação, análise e aplicações.. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2011.
Supervisor: Marie-Anne Van Sluys.
9.   Ivan Salles Santos. Influência da cronobiologia na mobilização de reservas dos cotilédones do jatobá (Hymenaea courbaril l.). Dissertação (Mestrado em Mestrado em Ciências) - Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2011.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
10.   Jamie Blickensderfer. Hemotrophic mycoplasmas in Florida Panthers (Puma concolor). (Graduando em Veterinary Medicine) - Purdue University, Merial Summer Scholars Fellowship. 2011.
Orientador: Ana Marcia de Sá Guimarães.
11.   Julia Rodrigues Arana. Revisão sobre a genética do transtorno obsessivo compulsivo e os neurotransmissores glutamato, serotonina e oxitocina. (Graduando em Psiquiatria) - Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, . 2011.
Orientador: Helena Paula Brentani.
12.   Jun Wang. Natural Selection Impacts Gene Traffic. Tese (Doutorado em Ecology and Evolution) - University of Chicago, . 2011.
Orientador: Maria Dulcetti Vibranovski.
13.   Kelly Rosa Braghetto. Técnicas de Modelagem para a Análise de Desempenho de Processos de Negócio. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2011.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
14.   Marcia Miki Sato. Disciplina IBM1029: Introdução à Bioinformática. (Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto, PEEG, Pró-Reitoria de Graduação, USP. 2011.
Orientador: Silvana Giuliatti.
15.   Mauro Alexandre Marabesi. Efeito do nitrogênio sobre o desenvolvimento foliar e sua conseqüência na estrutura da copa em Senna alata (L.) Roxb. (Leguminosae). Tese (Doutorado em BOTÂNICA) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2011.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
16.   Nathalia de Setta Costa. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2011.
Supervisor: Marie-Anne Van Sluys.
17.   Natália Yumi Noronha. Análise global da expressão gênica do mutante Lsm de Halobacterium salinarum. (Graduando em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, . 2011.
Orientador: Tie Koide.
18.   Saulo França Amui. Desenvolvimento de um Sistema Web para Armazenamento e Gerenciamento de Dados que Auxilie na Seleção de Genótipos Elite de Stryphnodendron adstringens por meio de Técnicas de Inteligência Artificial. Tese (Doutorado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2011.
Orientador: Silvana Giuliatti.
19.   Vitor Hugo Louzada Patricio. Canalização: Fenótipos Robustos como Consequência de Características da Rede de Regulaçào Gênica. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2011.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.

2010

1.   Adriana Grandis. Respostas fotossintéticas e de crescimento da espécie amazônica Senna reticulata sob elevada concentração de CO2. Dissertação (Mestrado em BOTÂNICA) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2010.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
2.   Adriana Yepes Mayorga. Desenvolvimento e efeito da concentração atmosférica de CO2 e da temperatura em plantas juvenis de Hymenaea courbaril L., jatoba. Tese (Doutorado em BOTÂNICA) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2010.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
3.   Alberto Anastacio Amarilla Ortiz. Laboratório de Bioinformática I (Programa PAE). (Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2010.
Orientador: Silvana Giuliatti.
4.   Ana Paula Fefin. Análise de proteínas relacionadas a adesão em Xylella fastidiosa. (Graduando em Farmacia) - Universidade Santa Cecília, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2010.
Orientador: Aline Maria da Silva.
5.   André Luis da Silva Breve. Predição In Silico de Epítopos de Microrganismos com Identidade a Autoantígenos Humanos. Dissertação (Mestrado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2010.
Orientador: Silvana Giuliatti.
6.   Andréa Dias Brandão. Controle do metabolismo da parede celular em cana de açúcar por giberelinas. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Estrutural) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2010.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
7.   Bruna Cersózimo Arenque. Efeito do alagamento sobre respostas fisiológicas e bioquímicas da espécie amazônica Senna reticulata (leguminosae) submetida à alta concentração de co2. Tese (Doutorado em BOTÂNICA) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2010.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
8.   Bruna Cersózimo Arenque. Metabolismo de carboidratos da espécie amazônica Senna reticulata sob cultivo em alto CO2. Dissertação (Mestrado em BOTÂNICA) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2010.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
9.   Carlos Stein Naves de Brito. Medidas de dependência entre séries temporais: Estudo comparativo, análise estatística e aplicações em neurociências. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2010.
Orientador: Koichi Sameshima.
10.   Carolina Dagli Hernandez. Clonagem e expressão recombinante de pilQ de Xylella fastidiosa. (Graduando em Farmacia e Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2010.
Orientador: Aline Maria da Silva.
11.   Daniela Neves Garcia. Comparação da metodologia empregada no fracionamento da parede celular de Saccarum officinarum.. (Graduando em Ciências Biológicas) - Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo, . 2010.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
12.   Danielle Maluf Quintanilha. Discriminação de fenótipos Tnt1-U3 específicos em linhagens de Nicotiana RNAi. Tese (Doutorado em Internacional Biologia Vegetal) - Instituto de Biociências, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2010.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
13.   Domitille Chalopin. Post-meiotic transcription in Drosophila. Dissertação (Mestrado em Genetics) - University of Lyon, . 2010.
Supervisor: Maria Dulcetti Vibranovski.
14.   Eduardo Ekman Schenberg. Caracterização eletrofisiológica da circuitaria hipocampal durante o ciclo sono-vigília do rato. Tese (Doutorado em Neurociências e Comportamento) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2010.
Orientador: Koichi Sameshima.
15.   Eduardo Preusser de Mattos. Analise global do metabolismo de cofatores [Fe-S] em Azotobacter vinelandii. (Graduação em Biomedicina) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, . 2010.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
16.   Eileen Huang. Detection of Mycoplasma suis in Ossabaw pigs. (Graduando em Veterinary Medicine) - Purdue University, Merial Summer Scholars Fellowship. 2010.
Orientador: Ana Marcia de Sá Guimarães.
17.   Elaine Dias Batista. Algoritmos para Analise de Metagenomas. (Graduação em Bioinformatica) - Institut National des Sciences Appliquées de Lyon, . 2010.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
18.   Elisa Pereira Kameda. Redução de dimensionalidade em modelos de bancos de dados multidimensionais. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2010.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
19.   Felipe Amado. Predicao de Genes e Bioinfomatica. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2010.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
20.   Gisele Antoniazzi Cardoso. Análise da expressão de genes relacionados ao comportamento alimentar na família Calliphoridae. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2010.
Supervisor: Tatiana Teixeira Torres.
21.   Giulliana T Almeida. Expressão genica em S. mansoni. Tese (Doutorado em Quimica Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2010.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
22.   Helves Humberto Domingues. Replicação assíncrona em bancos de dados evolutivos. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2010.
Supervisor: João Eduardo Ferreira.
23.   Kidanemariam Woldesilassie. Development of an administrative interface to the Network Experiment website. Microbiology and Immunology - Virginia Commonwealth University, . 2010.
Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
24.   Layla Farage Martins. Análise do perfil de expressão de serina/treonina fosfatases e prospecção da função biológica para algumas dessas enzimas em Dictyostelium discoideum. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2010.
Orientador: Aline Maria da Silva.
25.   Leticia Anderson. Enzimas modificadoras de histonas em Schistosoma mansoni. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, . 2010.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
26.   Luana Hermann de Freitas. A Vida das Abelhas para Deficientes Auditivos: uma Interação entre a Informática Biomédica e a Fonoaudiologia. (Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Universidade de São Paulo. 2010.
Orientador: Silvana Giuliatti.
27.   Luciano Angelo de Souza Bernardes. Agrupamento In Silico de Genes por Fatores de Transcrição e Expressão Diferencial. Tese (Doutorado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2010.
Orientador: Silvana Giuliatti.
28.   Luiz Gustavo Fontes. Inibição da produção de fenilpropanóides e os efeitos sobre a parede celular da cana de açúcar.. (Graduando em Ciências Biológicas) - Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo, . 2010.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
29.   Marcelo Meireles Petenate. Farmacogenômica. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo, . 2010.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
30.   Mina Cintho. Framework para classificação das mutações de HIV. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2010.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
31.   Mina Cintho. Classificação das mutações de vírus HIV. (Graduando em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, NIH-USA Fundacao Pro-Sangue. 2010.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
32.   Nilson Nicolau Junior. Laboratório de Bioinformática I (Programa PAE). (Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2010.
Orientador: Silvana Giuliatti.
33.   Oséias Rodrigues Feitosa Junior. Análise da expressão da poligalacturonase em diferentes cepas de Xylella fastidiosa. (Graduando em Farmacia e Bioquimica) - Universidade Católica de Santos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2010.
Orientador: Aline Maria da Silva.
34.   Patrícia Isabela Pessoa da Silva. Identificação de genes com expressão modulada por estreptomicina e de genes associados à virulência e patogenicidade em Xylella fastidiosa. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2010.
Orientador: Aline Maria da Silva.
35.   Pedro Ivo Gomes de Faria. Bioinformatica. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2010.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
36.   Renato Astolfi Raposo. Análise de interações da subunidade catalítica da fosfatase do tipo 1 (PP1c) de Dictyostelium discoideum identificadas através do sistema de duplo-híbrido em leveduras. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2010.
Orientador: Aline Maria da Silva.
37.   Suely Ruiz Giolo. . Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2010.
Supervisor: Júlia Maria Pavan Soler.
38.   Thiago Miranda da Silva. Análise das bases moleculares da tolerância ao íon cloreto em bactérias acidófilas utilizadas em biolixiviação. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2010.
Supervisor: Tatiana Teixeira Torres.
39.   Valéria Cristina da Silva Italiani. Caracterização de RNAs não-codificantes no extremófilo Halobacterium salinarum. Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2010.
Supervisor: Tie Koide.
40.   Wonder Alexandre Luz Alves. Localização de Texto em Imagens de Cenas por meio de Operadores Morfológicos. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, . 2010.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
41.   Yuri J C B Moreira. . Universidade de São Paulo, . 2010.
Supervisor: Sergio Verjovski Almeida.
42.   Yuri J C B Moreira. Expressão gênica em tumores de próstata de pacientes com longo período de acompanhamento. Tese (Doutorado em Quimica Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2010.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
43.   Zanoni Dias. . Virginia Polytech Institute and State University, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2010.
Supervisor: Joao Carlos Setubal.

2009

1.   Aderbal Ruy Teodoro da Silva. Diferenciaçao entre doença de alzheimer sintomatica e assintomática por meio da técnica de tissue microarray em cerebros humanos post-mortem. Tese (Doutorado em Doutorado) - Fundação Antônio Prudente, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2009.
Orientador: Helena Paula Brentani.
2.   Alexandre Ricardo Nardi. Uma arquitetura de baixo acoplamento para execução de padrões de controle de fluxo em grades. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
3.   Aline Andréia Cavalari. Modificações da parede celular de frutos do mamoeiro (Carica Papaya). Tese (Doutorado em Biologia Vegetal) - Universidade Estadual de Campinas, . 2009.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
4.   Ana Carolina Quirino Simões. Planejamento, gerenciamento e análise de dados de microarranjos de DNA para identificação de biomarcadores de diagnóstico e prognóstico de cânceres humanos. Tese (Doutorado em Bioinformatica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2009.
Orientador: Aline Maria da Silva.
5.   Angela Fachel. Expressão gênica em larga escala em cancer de rim. Tese (Doutorado em Quimica Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2009.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
6.   Anna Smirnova. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2009.
Supervisor: Sergio Verjovski Almeida.
7.   Ariane Machado Lima. Caracterização fenotípica, genética e neurobiológica do transtorno obsessivo-compulsivo e suas implicações para o tratamento. Universidade de São Paulo, . 2009.
Supervisor: Helena Paula Brentani.
8.   Barbara P Melo. Busca de marcadores moleculares tecido-associados em regiões transcritas não caracterizadas do genoma humano. Tese (Doutorado em Bioinformatica) - Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: Helena Paula Brentani.
9.   Bruno Karolski. Análise do perfil genômico e de expressão gênica de microorganismos em diferentes áreas afetadas por BTEX na cidade de Cubatão, SP. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Instituto de Biociências, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2009.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
10.   Caio Fernandes Fereira. Efeito da alternância de temperatura na mobilização de xiloglucanos em cotilédones de Jatobá. (Graduando em Ciências Biológicas) - Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
11.   Carlos Eduardo Neves. Experimentos de Microarrays e Teoria da Resposta ao Item. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
12.   Clemente da Silva Fernandes. Introdução à Bioinformática (Programa PAE). (Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2009.
Orientador: Silvana Giuliatti.
13.   Cushla J. Metcalfe. Instituto de Biociências, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2009.
Supervisor: Marie-Anne Van Sluys.
14.   Daniel Yasumasa Takahashi. Medidas de fluxo de informação com aplicação em neurociências. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2009.
Orientador: Koichi Sameshima.
15.   Débora Chaves Coelho Leite. Anatomia da cana-de-açúcar submetida a inibição da síntese de fenilpropanóides.. (Graduando em Ciências Biológicas) - Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
16.   Erica Akemi Tanaka. Desenvolvimento de Banco de Dados Integrando Informações Clínicas e Laboratoriais na Área de Reprodução Humana. (Graduação em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2009.
Orientador: Silvana Giuliatti.
17.   Erika Maria de Jesus. . Instituto de Biociências, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2009.
Supervisor: Marie-Anne Van Sluys.
18.   Gabriela Félix Persinoti. Auxílio ao Diagnóstico de Artrite Reumatoide Através de Técnicas de Inteligência Artificial. Dissertação (Mestrado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2009.
Orientador: Silvana Giuliatti.
19.   Gaële Le Cam. Bioenergy form sugarcane and the responses of tropical plnts to the global climatic changes. (Ciências Biológicas) - Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
20.   Giovanna Bezerra da Silva. Hemiceluloses em Pteridophyta: composição e implicações filogenéticas. Tese (Doutorado em Biodiversidade Vegetal e Meio Ambiente) - Instituto de Botânica, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2009.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
21.   Gisele Antoniazzi Cardoso. Análise da expressão de genes relacionados ao comportamento alimentar na família Calliphoridae. Iniciação Científica - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2009.
Orientador: Tatiana Teixeira Torres.
22.   GUILHERME MARCELLO QUEIROGA CRUZ. RETROTRANSPOSONS DAS FAMILIAS OPIE, HOPSCOTCH E MAGGY: DESVENDANDO AS INTERACOES COM O GENOMA DA CANA-DE-ACUCAR. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Instituto de Biociências, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2009.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
23.   Guilherme Tozo de Carvalho. Aplicação de práticas ágeis na construção de data warehouse evolutivo. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
24.   Janaína Bosso. Ajustes das características eletroacústicas do aparelho de amplificação sonora individual com base em limiares auditivos tonais e resposta auditiva de estado estável. Dissertação (Mestrado em Neurociências e Comportamento) - Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: Koichi Sameshima.
25.   Janny Lourenço de Godoy Brito de Oliveira. Metabolismo de fenilproponóides em plantas de cana-de-açúcar cultivadas sob altas concentrações de CO2.. (Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Pró-Reitoria de Pesquisa da Universidade de São Paulo. 2009.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
26.   Joao Henrique Burckas Ribeiro. Aprendizado Computacional Baseado em Distância a Segmentos de Reta. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2009.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
27.   Julien Braga Calais Correia Pinto. A expressão de genes relacionados à plasticidade sináptica durante o sono REM após exposição a um ambiente enriquecido. Dissertação (Mestrado em Neurociências e Comportamento) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2009.
Orientador: Koichi Sameshima.
28.   Katia Cristina Pereira Oliveira. Expressão gênica em Schistosoma mansoni com o uso de microarrays de DNA. Tese (Doutorado em Quimica Bioquimica) - Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
29.   Kleber Alves Gomes. Título em português Sequenciamento de DNA com uso de novas tecnologias e análise comparativa com metodologia convecional por método de Sanger.. Orientação de outra natureza - Instituto de Biociências, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2009.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
30.   Luciene Aparecida Goulart. Estudo In Silico das Oncoproteínas E6 e E7 de HPV. (Graduação em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2009.
Orientador: Silvana Giuliatti.
31.   Marcela Ortega. Indexação de Dados Semi-estruturados para o Sistema de Informação CEGH. (Graduando em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, NIH-USA Fundacao Pro-Sangue. 2009.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
32.   Maurício Egidio Cantão. Abordagem algébrica para seleção de clones ótimos em projetos genomas e metagenomas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2009.
Supervisor: João Eduardo Ferreira.
33.   Mayra Akemi Kuroki. Treinamento Técnico em biologia molecular de plantas com enfoque em bioenergia. Orientação de outra natureza - Instituto de Biociências, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2009.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
34.   Miriam Satie Kawana. Efeitos da alta concentração de CO2 no crescimento e biomassa de Phaseolus vulgaris L.. (Graduando em Ciências Biológicas) - Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
35.   Pedro Paulo de Souza Bento da Silva. Atualização Incremental de Data Warehouses. (Graduando em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, NIH-USA Fundacao Pro-Sangue. 2009.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
36.   Rafael Proença. Desenvolvimento de Métodos Baseados em Teoria dos Grafos para a Localização de Focos de Epilepsia. (Graduando em Ciência Moleculares) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2009.
Orientador: Koichi Sameshima.
37.   Rodrigo Louro. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2009.
Supervisor: Sergio Verjovski Almeida.

2008

1.   Aderbal Ruy Teodoro da Silva. Avaliação da expressão gênica na doença de alzheimer atraves da técnica de cdn microarray em amostras de cerebro post-mortem humano. Dissertação (Mestrado em Fisiopatologia experimental) - Universidade de São Paulo, . 2008.
Orientador: Helena Paula Brentani.
2.   Aline Dias Brandão. Isolamento de cDNAs parciais de quatro genes do metabolismo de carboidratos e análise de seus padrões de expressão durante a fase inicial do desenvolvimento em plântulas de jatobá (Hymenaea courbaril L.). Tese (Doutorado em Biologia Celular e Estrutural) - Universidade Estadual de Campinas, . 2008.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
3.   Anderson Fraiha Machado. Erosões e Dilatações Morfológicas Binárias Seqüenciais Rápidas. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
4.   Andre Luis da Silva Breve. Introdução à Bioinformática (Programa PAE). (Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2008.
Orientador: Silvana Giuliatti.
5.   Andrea Yoon Choi. Estudo de correlação temporal de ondass eletrofisiológicas entre o córtex pré-frontal e o hipocampo durante o aprendizado de uma tarefa comportamental de detecção de padrões temporais em ratos. Tese (Doutorado em Ciências (Fisiopatologia Experimental)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2008.
Orientador: Koichi Sameshima.
6.   Beatriz Jeronimo Pinto. Aplicação de Técnicas de Aprendizado de Máquina no Estudo dos Perfis de Expressão Gênica Específicos e Comuns nos Processos de Autoimunidade e Câncer. (Graduação em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2008.
Orientador: Silvana Giuliatti.
7.   Beatriz Jeronimo Pinto. Estudo de SNPs em Estruturas de Sirtuinas. (Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2008.
Orientador: Silvana Giuliatti.
8.   Camila Santana Justo Cintra Sampaio. Análise In Silico de Sequências de Parawixia Bistriata. (Graduação em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2008.
Orientador: Silvana Giuliatti.
9.   Cesar Gustavo Lisboa. Aplicações biotecnológicas de polissacarídeos de plantas: uma estratégia sustentável para a produção em demanda. Tese (Doutorado em Biologia Molecular e Morfofuncional) - Universidade Estadual de Campinas, . 2008.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
10.   Daniel Kashiwamura Scheffer. Modelagem de Equações Estruturais no Mapeamento Genético em Cruzamentos Controlados. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Universidade de São Paulo, . 2008.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
11.   Daniel Macedo de Melo Jorge. Busca de Inibidores Naturais Contra o Veneno de Apis Mellifera. Dissertação (Mestrado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008.
Orientador: Silvana Giuliatti.
12.   Danielle Quintanilha. Estudo de interferência de RNA na expressão e atividade de Tnt1 em plantas de tabaco. Iniciação Científica - Instituto de Biociências, . 2008.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
13.   Diego Mira David. Casamento de formas com o descritor shape context. (Graduação em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2008.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
14.   Grace Anne Pontes Borges. Fluxo de dados em redes de Petri coloridas e em grafos orientados a atores. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2008.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
15.   Helder I. Nakaya. Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2008.
Supervisor: Sergio Verjovski Almeida.
16.   Henrique Stagni. Modelando Ciclo Celular usando Redes Booleanas Probabilísticas Contextuais. (Graduando em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
17.   Jonas Weissmann Gaiarsa. Genômica comparativa de enzimas de degradação da parede celular vegetal em Xanthomonas, Xylella e Stenotrophomonas. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Instituto de Biociências, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2008.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
18.   Juliane Karine Ishida. Perfil transcricional do retrotransposon Retrolyc 1 em mutantes de tomate Micro-Tom e em suspensão celular de fumo.. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós Graduação em Botânica) - Instituto de Biociências da USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2008.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
19.   Julio Cesar Levano Garcia. Caracterização bioquímica e imunológica das enzimas recombinantes ATP-difosfohidrolases 1 e 2 do parasita Schistosoma mansoni. Tese (Doutorado em Quimica Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2008.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
20.   Leila Cristina Mortari. Fisiologia e bioquímica do estabelecimento de plântulas de açaí (Euterpe oleracea Mart.).. (Graduando em Ciências Biológicas) - Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo, . 2008.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
21.   Luciano Angelo de Souza Bernardes. Introdução à Bioinformática (Programa PAE). (Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2008.
Orientador: Silvana Giuliatti.
22.   Luciano Vieira de Araújo. Sistema colaborativo para armazenamento e análise de dados de HIV. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, NIH-USA Fundacao Pro-Sangue. 2008.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
23.   Luiz Fernando Martins Pignata. Repositório Público para Dados de Expressão Gênica do Sistema Imune obtidos por Microarray. (Graduação em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2008.
Orientador: Silvana Giuliatti.
24.   Luiz Henrique Rorato Decaro. Foundation: facilitando a implementacao de operacoes do tipo CRUD em aplicacoes JavaEE.. Dissertação (Mestrado em Pro- grama de Mestrado Profissional em Engen- ha) - Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo, . 2008.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
25.   Marcelo Ris. representaçao de sistemas biologicos a partir de sistemas dinamicos:controle da transcriçao a partir do estrógeno. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2008.
Supervisor: Helena Paula Brentani.
26.   Maria Rangel. Identificação de marcadores moleculares emcâncer de mama através da técnica de microarray utilizando uma plataforma de exons tumor-associados. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, . 2008.
Supervisor: Helena Paula Brentani.
27.   Mariana Laureano. Modelagem por Homologia de Estruturas Protéicas do Veneno de Apis mellifera. (Graduação em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2008.
Orientador: Silvana Giuliatti.
28.   Matheus Cafalchio. Análise do EEG para a caracterização da dinâmica cerebral na crise epilética por meio de métodos de análise de séries temporais multivariadas. (Graduando em Ciências Moleculares) - Universidade de São Paulo, . 2008.
Orientador: Koichi Sameshima.
29.   Mayra Akemi Kuroki. ANÁLISE DA REGIÃO PROMOTORA DO ELEMENTO RETROSOL. Iniciação Científica - Intituto de Biociências, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2008.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
30.   Monique Gonçalves. Análise do padrão de inserção dos transposons IS em 9 genomas de Xanthomonas spp. Iniciação Científica - Instituto de Biociências, . 2008.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
31.   Márcio Katsumi Oikawa. Geração de expressões algébricas para processos de negócio usando reduções de digrafos série-paralelo. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, NIH-USA Fundacao Pro-Sangue. 2008.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
32.   Nalvo Franco de Almeida Jr. . Virginia Tech, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008.
Supervisor: Joao Carlos Setubal.
33.   Niti Vanee. In silico construction of a large-scale metabolic model of Cryptosporidium parvum. Microbiology and Immunology - Virginia Commonwealth University, . 2008.
Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
34.   Nádia Pereira de Castro. Análise do perfil de expressão gênica de carcinoma in situ e invasivo de mama através da técnica de microarray. Tese (Doutorado em Oncologia) - Hospital A C Camargo, . 2008.
Supervisor: Helena Paula Brentani.
35.   Patrícia Pinho Tonini. Conexão entre os processos de degradação das reservas de proteínas e carboidratos e o efeito dos hormônios e açúcares em sementes de Sesbania virgata (Cav.) PERS. Tese (Doutorado em Biologia Molecular e Morfofuncional) - Universidade Estadual de Campinas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2008.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
36.   Paulo Tadeu Meira e Silva de Oliveira. Aplicação do Algoritmo Genético no Mapeamento de Genes Epistáticos em Cruzamentos Controlados. Tese (Doutorado em Estatística) - Universidade de São Paulo, . 2008.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
37.   Pedro Camilo Amantea. Desenvolvimento de uma Ferramenta para Identificação de Genes do Projeto TOBEST. (Graduação em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2008.
Orientador: Silvana Giuliatti.
38.   Pedro Losco Takecian. ACP e LOTOS: um estudo comparativo baseado em conceitos de BPEL e padrões de controle de fluxo. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, National Institutes of Health. 2008.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
39.   Priscila de Araujo Lucas Rodrigues. Perfil de desempenho em teste de triagem de processamento auditivo em crianças de sete e oito anos residentes em Cuiabá-MT. Dissertação (Mestrado em Ciências (Fisiopatologia Experimental)) - Universidade de São Paulo, . 2008.
Orientador: Koichi Sameshima.
40.   Raony Guimarães Correa do Carmo Lisboa Cardenas. Desenvolvimento de uma Ferramenta para Identificação de microRNAs. (Graduação em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2008.
Orientador: Silvana Giuliatti.
41.   Renato David Puga. Conexão In Silico entre Plantas Medicinais e Animais Venenosos. Dissertação (Mestrado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2008.
Orientador: Silvana Giuliatti.
42.   Robson Francisco de Souza. . Instituto de Biociências, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2008.
Supervisor: Marie-Anne Van Sluys.
43.   Suely Ruiz Giolo. . Instituto do Coração - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008.
Supervisor: Júlia Maria Pavan Soler.
44.   Tatiana Martorano Bona. Análise de Correlações Intra e Inter-classe em Dados de Famílias - Projeto Corações de Baependi, MG. (Graduando em Estatística) - Universidade de São Paulo, . 2008.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
45.   Thiago Motta Venancio. Análise computacional da expressão gênica no parasita protostomado Schistosoma mansoni. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2008.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
46.   Tsai Tien Tseng. . Virginia Polytech Institute and State University, National Science Foundation. 2008.
Supervisor: Joao Carlos Setubal.
47.   Vitor Onuchic. Caracterização de Estruturas Secundárias de RNAs utilizando Grafos. (Graduando em Bacharelado em Ciências Moleculares) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
48.   Vitor Soares Pereira. Desenvolvimento de um Sistema Web da Base de Dados de Germoplasma da USP-RP. (Graduação em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2008.
Orientador: Silvana Giuliatti.

2007

1.   Alynne Oya e Chiromatzo. Laboratório de Bioinformática II (Programa PAE). (Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2007.
Orientador: Silvana Giuliatti.
2.   Amanda Pereira de Souza. A cana-de-açúcar e as mudanças climáticas: efeitos de uma atmosfera enriquecida em co2 sobre o crescimento, desenvolvimento e metabolismo de carboidratos de saccharum ssp. Dissertação (Mestrado em Biologia Molecular e Morfofuncional) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
3.   Ana Claudia de Freitas Martinho. Neuropatia auditiva/dessincronia auditiva em crianças usuárias de implante coclear. Tese (Doutorado em Neurociências e Comportamento) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2007.
Orientador: Koichi Sameshima.
4.   André Yoshiaki Kashiwabara. MYOP: Um ar cabouço para a predição de genes ab-initio. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2007.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
5.   Barbara Pereira de Mello. Busca de marcadores moleculares tecido-associados em regiões transcritas não caracterizadas do genoma humano. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, . 2007.
Orientador: Helena Paula Brentani.
6.   Barbara Pereira de Mello. Identificação de novos transcritos humanos através da exploração racional do banco de dados do Projeto Genoma do Câncer Humano (HCGP. Dissertação (Mestrado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, . 2007.
Supervisor: Helena Paula Brentani.
7.   Bruno Karolski. Estudo da inativação por RNAi de retrotransposons da família Tnt1. Dissertação (Mestrado em Pos Graduação em Botânica) - Instituto de Biociências, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
8.   Daniela Carvalho Gonzalez. Identificação e caracterização de subunidades catalíticas e reguladoras de proteínas fosfatases de Dictyostelium discoideum. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2007.
Orientador: Aline Maria da Silva.
9.   Dhivya Arasappan. Bioinformatic tools in the analysis of metabolic pathway data. Microbiology and Immunology - Virginia Commonwealth University, . 2007.
Supervisor: Joao Marcelo Pereira Alves.
10.   Edgar Takashi Maki. Inativação por RNAi de seqüências similares à transcriptase reversa do retroelemento Tnt1 em linhagem celular BY-2 de Nicotiana tabacum (Solanaceae). Iniciação Científica - Instituto de Biociências, . 2007.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
11.   Gabriel Japiassu Reis. Simplant - um modelo para a simulação do desenvolvimento vegetal. (Graduando em Fisiologia Vegetal) - Universidade de São Paulo, . 2007.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
12.   Gustavo Bianchi Maia. Ferramenta para integração de banco de dados multidimensionais e softwares de visualização de séries temporais. Dissertação (Mestrado em Pós graduação Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, . 2007.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
13.   Hana Paula Masuda. Estudo da duplicação gënica AtXPB1 e AtXPB2 de Arabidopsis thaliana. Instituto de Biociências, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Supervisor: Marie-Anne Van Sluys.
14.   Helder Takashi Imoto Nakaya. Identificação e Análise de Expressão de RNAs Intrônicos Não Codificadores Humanos. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
15.   Ivan Salles Santos. Desenvolvimento de uma equação alométrica para a árvore do jatobá.. (Graduando em Ciências Biológicas) - Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo, . 2007.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
16.   Jonas Weissmann Gaiarsa. Anãlise das toxinas do tipo hemaglutininas, RTX e killer/antikiller presentes em xylella fastidiosa.. Iniciação Científica - Instituto de Biociências, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2007.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
17.   João Ruffin Leme de Godoy. Ecofisiologia do estabelecimento de leguminosas arbóreas da Mata Atântica, pertencentes à diferentes grupos funcionais, sob atmosfera enriquecida com CO2: uma abordagem sucessional. Tese (Doutorado em Biodiversidade Vegetal e Meio Ambiente) - Instituto de Botânica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2007.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
18.   Leila Cristina Mortari. O efeito do CO2 sobre o crescimento inicial de Açaí (Euterpe oleracea Mart.). (Graduando em Ciências Biológicas) - Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo, . 2007.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
19.   Lucas Romeiro Pellozo. Categorização Automática de Informações Médicas e Biológicas Auxiliada por Ontologias. (Graduação em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2007.
Orientador: Silvana Giuliatti.
20.   Luciano Antonio Digiampietri. Workflows cientificos em bioinformatica. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
21.   Lívia Maria Gimenes da Silva. Alinhamento de Sequências Genômicas com o uso de Algoritmos Genéticos. (Graduação em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2007.
Orientador: Silvana Giuliatti.
22.   Marcelo Rubens Machado. Estudo bioquímico e da estrutura foliar de plântulas do jatobá da mata (Hymenaea courbaril L.) e do cerrado (Hymenaea stigonocarpa Mart.) expostas à concentração elevada de CO2. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Estrutural) - Universidade Estadual de Campinas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2007.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
23.   Maria Cristina Rodrigues Rangel. Identificação de marcadores moleculares em câncer de mama através da tácnica de microarray utilizando uma plataforma de exons tumor-associados. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, . 2007.
Supervisor: Helena Paula Brentani.
24.   Maria Elisa Manetti. Diversidade de retrotransposons similares a Retrolyc1 em Solanum. Tese (Doutorado em Pos Graduação em Botânica) - Instituto de Biociências, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2007.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
25.   Mauricio Barlera. Caracterização de componentes responsáveis pela patogenicidade em Xylella fastidiosa. (Graduando em Quimica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2007.
Orientador: Aline Maria da Silva.
26.   Mauricio Chui Rodrigues. Encapsulando a NavigationPlanTool como Serviços Web. (Graduando em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2007.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
27.   Mauro Alexandre Marabesi. Efeito do alto CO2 no crescimento inicial e na fisiologia da fotossíntese em plântulas Senna alata (L.) Roxb.. Dissertação (Mestrado em Biodiversidade Vegetal e Meio Ambiente) - Instituto de Botânica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2007.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
28.   Nubia Esteban Duarte. Análise Multivariada no Mapeamento Genético de Traços Quantitativod. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Instituto de Matemática e Estatística, . 2007.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
29.   Olavo Augusto Feitosa. Estudos de Modelagem Molecular do Marcador Set e Ligantes em Câncer de Cabeça e Pescoço. (Graduação em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2007.
Orientador: Silvana Giuliatti.
30.   Otávio Campos de Abreu Serra. Desenvolvimento de um Visualizador de Estrutura Tridimensional de Proteínas. (Graduação em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2007.
Orientador: Silvana Giuliatti.
31.   Paulo Adriano Zaini. O stimulon de ferro em Xylella fastidiosa. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Aline Maria da Silva.
32.   Ricardo de Marco. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Supervisor: Sergio Verjovski Almeida.
33.   Simone Godoi. Os estômatos como estruturas foliares indicadoras de mudanças climáticas em árvores da Mata Atlântica. Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.
34.   Thiago Venancio. Analise de expressao genica em Schistosoma mansoni. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Supervisor: Joao Carlos Setubal.
35.   Wanderley Dantas dos Santos. Influência dos Compostos Fenólicos Esterificados à Hemiceluloses da Parede Celular da Cana de Açúcar na Suscetibilidade ao Ataque de Hidrolases. Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.
36.   Érika Maria de Jesus. Caracterização da diversidade de famílias de elementos transponíveis expressos em cana-de-açúcar (Saccharum spp). Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Botânica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.

2006

1.   Ana Claudia Oliveira Carreira. Expressão e caracterização de mutantes pontuais da Calcio-ATPase de músculo. Tese (Doutorado em Quimica Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2006.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
2.   Andrea Cristina Fogaça. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2006.
Supervisor: Aline Maria da Silva.
3.   André Luis da Silva Breve. Análise de Possíveis Agentes como Fontes para Obtenção de Sistemas Moleculares Complexos. (Graduação em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto, . 2006.
Orientador: Silvana Giuliatti.
4.   Carlos Henrique Aguena Higa. Coeficiente de Determinação, Predição Intrinsicamente Multivariada e Genética. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2006.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
5.   Clovis Oliveira Silva. Purificação e caracterização de uma alfa-galactosidase de endposperma de Coffea arábica var. Mundo Novo, e sua importância no processo de biossíntese do manano de reserva. Tese (Doutorado em Biologia Molecular e Morfofuncional) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2006.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
6.   Daniela Kajihara. Atividade transcricional associada a região LTR de retrotransposons. (Graduando em Licenciatura Plena em Ciências Biológicas) - Centro Universitário Fundação Santo André, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2006.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
7.   Devanir Zuliani. Projeto Conceitual de Workflow. Dissertação (Mestrado em Engenharia de Software) - Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo, . 2006.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
8.   Evelyn Pucci Schevciw. Expressão recombinante e caracterização de uma bacteriocina de Xylella fastidiosa. (Graduando em Quimica) - Universidade de São Paulo, . 2006.
Orientador: Aline Maria da Silva.
9.   Felipe Elias Cardoso dos Santos. Classificação Vetorial das Seqüências Primárias de Proteínas. (Graduação em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto, . 2006.
Orientador: Silvana Giuliatti.
10.   Fernanda N. G. Lupo. Purificação e caracterização funcional da proteína recombinante Fur de Xylella fastidiosa. (Graduando em Farmacia e Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2006.
Orientador: Aline Maria da Silva.
11.   Francisco Sobreira Netto. Medição de desempenho do gerenciamento de processos de negócio -BPM no PNAFE: uma proposta de modelo. Tese (Doutorado em Administração) - Universidade de São Paulo, . 2006.
Supervisor: João Eduardo Ferreira.
12.   Gabriela Félix dos Santos. Classificação das Relações de Inibição entre Plantas Medicinais e Venenos de Animais via Redes Neurais. (Graduação em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto, . 2006.
Orientador: Silvana Giuliatti.
13.   Guilherme Marcello Queiroga Cruz. Uso de cDNA-AFLP para indentificar genes envolvidos na floração de cana de açúcar. Iniciação Científica - Instituto de Biociências, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2006.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
14.   Gustavo Miranda Forte. Sekla Med - Sistema de Informação e Gestão Empresarial Baseados em Tecnologia da Informação Voltado a Clínicas Médicas e Consultórios. (Graduação em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2006.
Orientador: Silvana Giuliatti.
15.   Henrique Cesar Santejo Silveira. Introdução à Bioinformática (Programa PAE). (Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2006.
Orientador: Silvana Giuliatti.
16.   Isabel Irino. Caracterização bioquímica de proteínas que interagem com a subunidade catalítica da serina/treonina fosfatase do tipo 1 (PP1) de Dictyostelium discoideum. (Graduando em Farmacia e Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2006.
Orientador: Aline Maria da Silva.
17.   Ivan Salles Santos. Desenvolvimento de uma equação alométrica para a árvore do jatobá. (Graduando em Fisiologia Vegetal) - Universidade de São Paulo, . 2006.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
18.   Julien Braga Calais Correia Pinto. Aprendizado e expressão de genes. (Graduando em Iniciação Científica) - Associação Alberto Santos Dumont Para Apoio à Pesquisa, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2006.
Orientador: Koichi Sameshima.
19.   Kelly Rosa Braghetto. CONTROLE DE PADRÕES DE FLUXOS DE PROCESSOS EM BANCOS DE DADOS RELACIONAIS. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2006.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
20.   Leandro Marcio Moreira. Análise estrutural e funcional do genoma de Xanthomonas axonopodis pv. citri. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2006.
Orientador: Aline Maria da Silva.
21.   Leila Cristina Mortari. O efeito do CO2 sobre o crescimento inicial de Açaí (Euterpe oleracea Mart.). (Graduando em Fisiologia Vegetal) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2006.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
22.   Leonardo Hamachi. Efeito do alto CO2 sobre a a anatomia foliar em árvores da Mata Atlântica. (Graduando em Fisiologia Vegetal) - Universidade de São Paulo, . 2006.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
23.   Marcos Eduardo Bolelli Broinizi. Validacao Agil e Precisa de Projetos Conceituais de Banco de Dados. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2006.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
24.   Mari Ionashiro. Caracterização de polissacarídeos de parede celular de Adiantum raddianum. (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade Presbiteriana Mackenzie, . 2006.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
25.   Maria Jacqueline Batista. Análise de Associação Aplicada ao mapeamento Genético de Doenças. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2006.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
26.   Maria Rangel. Câncer de mama através da técnica de microarray utilizando uma plataforma de exons tumor-associados. Dissertação (Mestrado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, . 2006.
Supervisor: Helena Paula Brentani.
27.   Murilo Castro Cervato. Análise das Associações de microRNAs e seus Alvos em Bibliotecas de SAGE. (Graduação em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2006.
Orientador: Silvana Giuliatti.
28.   Natália Barreto Frederigue Lopes. Reconhecimento de padrões auditivos de freqüência e de duração em crianças usuárias de implante coclear multicanal. Tese (Doutorado em Neurociências e Comportamento) - Universidade de São Paulo, . 2006.
Orientador: Koichi Sameshima.
29.   Paula Mitiko Yamakawa. Modelos de Regressão no Mapeamento de Genes em Populações Experimentais. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Universidade de São Paulo, . 2006.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
30.   Paulo de Paiva Rosa Amaral. Estudo da biossíntese e regulação de RNA não-codificadores intrônicos em células humanas. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2006.
Orientador: Aline Maria da Silva.
31.   Rafael Bisso Machado. Negros, mas nem tão africanos. (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul. 2006.
Orientador: Tabita Hunemeier.
32.   Rejane Augusta de Oliveira Figueiredo. Experimentos com Microarrays - Modelos para a Identificação de Genes Diferencialmente Expressos. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Universidade de São Paulo, . 2006.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
33.   Renato Astolfi Raposo. Caracterização funcional de proteínas que interagem com a subunidade catalítica da serina/treonina fosfatase do tipo 1 (PP1) de Dictyostelium discoideum. (Graduando em Quimica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2006.
Orientador: Aline Maria da Silva.
34.   RICARDO DA SILVA CARVALHEIRO. Integração de estruturas de endereçamento para viabilizar a automatização do georreferenciamento de cadastros: Um estudo de caso. Dissertação (Mestrado em Engenharia de Computação) - Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo, . 2006.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
35.   Rodrigo Louro. Caracterização de transcritos humanos: novos genes da família das pequenas GTPases e novos RNAs intrônicos não-codificantes. Tese (Doutorado em Quimica Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2006.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
36.   Tarik El-Jundi. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2006.
Supervisor: Sergio Verjovski Almeida.
37.   Tyuana Sandim da Silveira Sassi. Comparação qualitativa e quantitativa entre os fones de inserção e supra-aural na pesquisa dos potenciais evocados auditivos de tronco encefálico em indivíduos adultos ouvintes normais. Dissertação (Mestrado em Neurociências e Comportamento) - Universidade de São Paulo, . 2006.
Orientador: Koichi Sameshima.

2005

1.   Aloisio José de Almeida Jr. Montagem dos genomas de Xanthomonas aurantifolii cepas B e C. (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundecitrus. 2005.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
2.   Ana Maria Baroni. Caracterização do sistema fotossintético em folhas de plantas jovens de Caesalpinia echinata Lam. (pau-brasil). Dissertação (Mestrado em Biodiversidade Vegetal e Meio Ambiente) - Instituto de Botânica, . 2005.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
3.   Ana Maria da Silva. Caracterização da parede celular de Saccharrum officinarum L. (cana-de-açúcar) e Brachiaria decumbens Stapf (braquiária). Tese (Doutorado em Biologia Molecular e Morfofuncional) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2005.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
4.   Bárbara Domingues Bitarello. Desenvolvimento de marcadores microssatélites polimórficos para a mosca do berne, Dermatobia hominis (Diptera: Oestridae) - Co-orientação. (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2005.
Orientador: Tatiana Teixeira Torres.
5.   Caroline Roullier. Análise comparativa das sequencias de elementos de transposição entre o milho moderno e antigo. Orientação de outra natureza - Instituto de Biociências, . 2005.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
6.   Daniel Gasparotto. Montagem dos genomas de Xanthomonas aurantifolii cepas B e C. (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundecitrus. 2005.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
7.   Daniel Machado de Faria. Monatagem, anotacao e analise dos genomas de Xanthomonas aurantifolii. (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundecitrus. 2005.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
8.   EDUARDO M REIS. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2005.
Supervisor: Sergio Verjovski Almeida.
9.   Fernando Henrique Ferraz. Utilização de métodos estatísticos e desenvolvimento de ferramentas em bioinformática para análise de cDNA utilizando microarrays. (Graduando em Estatística) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2005.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
10.   Giovanna Bezerra da Silva. A importância da parede celular para a filogenia das Pteridofitas. Dissertação (Mestrado em Biodiversidade Vegetal e Meio Ambiente) - Instituto de Botânica, . 2005.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
11.   Julia Perdigueiro. Montagem dos genomas de Xanthomonas aurantifolii cepas B e C. (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundecitrus. 2005.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
12.   Juliana Moreira Sousa. Caracterização molecular da proteína DdI-2 e mapeamento de seus domínios de interação com a proteína fosfatase 1 de Dictyostelium discoideum.. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2005.
Orientador: Aline Maria da Silva.
13.   Juliane Karine Ishida. Regulação da expressão gênica de Retrolyc1. (Graduando em Ciências Moleculares) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2005.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
14.   Julio Cesar Mila. Utilização de ontologias na especificacao de processos e regras de negocio. Dissertação (Mestrado em Engenharia de Computação) - Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo, . 2005.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
15.   Lourdes Isabel Velho do amaral. Metabolismo de carboidratos estruturais e de reserva em cotilédones de Hymenaea courbaril L var. stilbocarpa (Jatobá). Tese (Doutorado em BOTÂNICA) - Universidade de São Paulo, . 2005.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
16.   Myna Nakabashi. Genes parálogos AtXPB1 e AtXPB2: estudo da duplicação e expressão em Arabidopsis thaliana.. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Botânica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2005.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
17.   Nilo Saccaro Junior. Estudo da atividade transcricional de retrotransposons de cana de açúcar. (Graduando em Ciências Bilógicas) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2005.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
18.   Ricardo Yamamoto Abe. Editores de Configuração e softwares de implementação de pipelines. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2005.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
19.   Rogerio Fonseca. Avaliação das ORESTES no-match geradas pelo projeto HCGP. Dissertação (Mestrado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2005.
Orientador: Helena Paula Brentani.
20.   Rosianni de Oliveira Cruz. Modularização da Coleta de Lixo na Máquina Virtual de Pesquisa Jikes. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2005.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
21.   Wenjie Zheng. Genomic Islands in Agrobaterium vitis S4. Dissertação (Mestrado em Computer Science) - Virginia Tech, virginia bioinformatics institute. 2005.
Orientador: Joao Carlos Setubal.

2004

1.   Alessandro M. Varani. Análise comparativa de integrases de 4 linhagens de Xylella fastidiosa. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Instituto de Biociências, . 2004.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
2.   André Yoshiaki Kashiwabara. Scarsdb um banco de dados de marcadores genéticos. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2004.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
3.   Camila Prates. Sistema de Armazenagem e Data Mining de Proteínas de Venenos. (Graduando em Engenharia Química) - Universidade de Ribeirão Preto, . 2004.
Orientador: Silvana Giuliatti.
4.   Carla de Queiroz Bergamini. Teste SSW em português: Um inventário quantitativo e qualitativo nos anos de 1994 a 2001. Tese (Doutorado em Ciências (Fisiopatologia Experimental)) - Universidade de São Paulo, . 2004.
Orientador: Koichi Sameshima.
5.   Clóvis Fernandes de Oliveira Junior. Efeito de oligossacarídeos de xiloglucano sobre o crescimento de células de Rudgea jasminoides (rubiaceae) cultivadas in vitro. Tese (Doutorado em BOTÂNICA) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2004.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
6.   Daniel Vieira. Geração de Classificadores de Seqüências Genéticas Utilizando Inferência de Linguagens Regulares. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2004.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
7.   Daniela Beton. Caracterização molecular de INc-1, um inibidor da proteína serina/treonina fosfatase do tipo 1 de Neurospora crassa.. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2004.
Orientador: Aline Maria da Silva.
8.   Douglas Silva Domingues. SURE e Garapa: caracterização molecular e distribuição de dois retrotransposons com LTR em cana-de-açúcar. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2004.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
9.   Evandro Miguel Fortunato. Sistema e Armazenagem e Data Mining de Proteínas de Venenos. (Graduando em Engenharia da Computação) - Universidade de Ribeirão Preto, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2004.
Orientador: Silvana Giuliatti.
10.   Fabio Reis Dalle Molle. Mapeamento de inveretases em plântulas de Hymenaea courbaril durante a mobilização do xiloglucano de reserva. (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Presbiteriana Mackenzie, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2004.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
11.   Gustavo Tadao Okida. Índices para consultas por conteúdo em bancos de dados heterogêneos. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2004.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
12.   Irina Raicher. Revisitando o estagiamento do ciclo vigília-sono de ratos: análise dos eletroscilogramas neurais nas transições de estado por uma nova medida de entropia. (Graduando em Faculdade de Medicina) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2004.
Orientador: Koichi Sameshima.
13.   Joao Paulo Piazza. Uma metodologia para determinacao do organismo de origem de sequencias de DNA com aplicacao em projetos EST. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, . 2004.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
14.   Marcela Cristina do Santo. Sistema de Armazenagem e Data Mining de Proteínas de Venenos. (Graduando em Engenharia Química) - Universidade de Ribeirão Preto, Universidade de Ribeirão Preto. 2004.
Orientador: Silvana Giuliatti.
15.   Marco Aurelio Silva Tiné. . Instituto de Botânica, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2004.
Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.
16.   Maria Magdalena Rossi. . Instituto de Biociências, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2004.
Supervisor: Marie-Anne Van Sluys.
17.   Marilia Gaspar Mais. . Instituto de Botânica, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2004.
Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.
18.   Michele de Sá Dechoum. Crescimento inicial, alocação de recursos e fotossíntese em plântulas das espécies vicariantes Hymenaea courbaril car stilbocarpa (Hayne) Lee & Lang. (jatobá) e Hymenaea stigonocarpa Mart. (jatobá-do-cerrado)(Leguminosae-Caesalpinioideae). Dissertação (Mestrado em Biologia Vegetal) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2004.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
19.   Nayla Antonia Spirlandelli. Sistema de Armazenagem e Data Mining de Proteínas de Venenos. (Graduando em Engenharia Química) - Universidade de Ribeirão Preto, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2004.
Orientador: Silvana Giuliatti.
20.   Patricia Pinho Tonini. Estudo da mobilização do galactomanano através da imunolocalização da endo-beta-mananase em sementes de Sesbania virgata Cav. Pers (Leguminosae-Caesalpinioideae). Dissertação (Mestrado em Biologia Molecular e Morfofuncional) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2004.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
21.   Paula Moreira Felix Costa. Efeitos da alta concentração de CO2 sobre o crescimento e o estabelecimento de plântulas do jatobá de mata Hymenaea courbaril L. var. stilbocarpa (Heyne) Lee & Langenheim (Leguminosae, Caesalpinioideae, Detarieae). Dissertação (Mestrado em Biologia Molecular e Morfofuncional) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2004.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
22.   Priscila Carrara. Amplificação heteróloga de regiões de microssatélites de Cochliomyia macellaria utilizando pares de ?primers? desenvolvidos para C. hominivorax (Diptera: Calliphoridae) - Co-orientação. (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2004.
Orientador: Tatiana Teixeira Torres.
23.   Regina Yuri Hashimoto Miura. Análise da expressão do retrotransposon Retrolyc1 em Lycopersicon esculentum e Lycopersicon peruvianum. Tese (Doutorado em Pos Graduação em Botânica) - Instituto de Biociências, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2004.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
24.   Renato Assis de Carvalho. Isolamento e caracterização do gene da esterase relacionado à resistência a inseticidas organofosforados na mosca praga da pecuária, Cochliomyia hominivorax (Diptera: Calliphoridae). Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2004.
Supervisor: Tatiana Teixeira Torres.

2003

1.   Alex Minoru Kusano. Projeto de Classificadores Lineares para Reconhecimento de Padrões em Amostras Pequenas. (Graduando em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2003.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
2.   Amanda Pereira de Souza. Efeito do CO2 no crescimento, desenvolvimento e metabolismo de carboidratos na cana de açúcar (Saccharum sp). (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Metodista de São Paulo, . 2003.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
3.   Ana Maria Maaz Acosta Alvarez. Contribuição de uma avaliação de audição dicótica para diagnóstico da doença de Alzheimer. Tese (Doutorado em Ciências (Fisiopatologia Experimental)) - Universidade de São Paulo, . 2003.
Orientador: Koichi Sameshima.
4.   Ariane Machado-Lima. Predição Computacional de Genes de RNA. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2003.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
5.   Carlos Augusto Crivelari. Desenvolvimento de Ferramentas Interativas para a Utilização em Bioinformática. (Graduação em Análise de Sistemas) - Universidade de Ribeirão Preto, . 2003.
Orientador: Silvana Giuliatti.
6.   Cesar Gustavo Lisboa. Endo-beta-mananase de endosperma de Sesbania virgata (Cav.) Pers.: purificação, caracterização e importância na germinação e desenvolvimento da plântula. Dissertação (Mestrado em Biologia Molecular e Morfofuncional) - Universidade Estadual de Campinas, . 2003.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
7.   Daniel Yasumasa Takahashi. Aplicação de métodos quantitativos no auxílio ao diagnóstico da doença de Alzheimer. (Graduando em Medicina) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2003.
Orientador: Koichi Sameshima.
8.   Deborah Viviani Ferrari. A telemetria de respostas neurais para registrar o potencial de ação composto eletricamente evocado do nervo coclear em crianças usuárias de implante coclear multicanal. Tese (Doutorado em Neurociências e Comportamento) - Universidade de São Paulo, . 2003.
Orientador: Koichi Sameshima.
9.   Denise Ribeiro. . Instituto de Biociências, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Supervisor: Marie-Anne Van Sluys.
10.   Elcio Yukio Nanba. Escalonamento de tarefas em clusters de servidores SMP heterogeneos para aplicacoes de biologia molecular. Dissertação (Mestrado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo, . 2003.
Supervisor: João Eduardo Ferreira.
11.   Fabiana Maria de Almeida. Expressão e caracterização bioquímica da trealase neutra recombinante de Neurospora crassa.. Orientação de outra natureza - Universidade de Sao Paulo-RP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: Aline Maria da Silva.
12.   Geisa Adriana Rodrigues. Sistema de Armazenagem e Data Mining de Proteínas de Venenos. (Graduando em Engenharia Química) - Universidade de Ribeirão Preto, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2003.
Orientador: Silvana Giuliatti.
13.   Gislaine da Silva Pimentel Pereira. Estratégias em Bioinformática para Anotação e Classificação Funcional de Produtos Gênicos. (Graduação em Análise de Sistemas) - Universidade de Ribeirão Preto, . 2003.
Orientador: Silvana Giuliatti.
14.   Helenice Charchat. Heterogeneidade neuropsicológica no processo de envelhecimento: transição do normal aos estágios iniciais da doença de Alzheimer. Tese (Doutorado em Neurociências e Comportamento) - Universidade de São Paulo, . 2003.
Orientador: Koichi Sameshima.
15.   L. C. YAMASAKI. Efeitos de substâncias ácidas ou alcoólicas e escovação na integridade superficial de materiais restauradores odontológicos. (Graduação em Estatística) - Instituto de Matemática e Estatística, . 2003.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
16.   Leonardo Costa Fiorini. Identificação de gene codificadores de serina/treonina fosfatases em Dictyostelium discoideum e caracterização funcional da proteína fosfatase do tipo 4 (PP4).. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: Aline Maria da Silva.
17.   M. S. Reis. Variações intraespecíficas e interespecíficas dos venenos de aranhas Loxoceles. Isolamento e caracterização bioquímica e biológica dos componentes tóxicos. (Graduação em Estatística) - Instituto de Matemática e Estatística, . 2003.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
18.   Marcelo Camacho de Souza. Componente de controle transacional para integracao assincrona de bases de dados. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2003.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
19.   Marcelo da Silva Reis. Identificação computacional de lipoproteínas em espiroquetas. (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
20.   Marcelo Perez. Analise comparativa do genoma de Leifsonia xyli. (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
21.   Marcio Katsumi Oikawa. Integracao para dados e aplicacoes em biologia molecular computacional. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
22.   Marcos Eduardo Bolelli Broinzi. Genflow: um ambiente para integração de dados e processos em aplicações de bioinformática. Iniciação Científica - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2003.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
23.   Marisa Moura Momoli. Aspectos funcionais do gene thi1 em plantas selvagens e mutantes de Arabidopsis thaliana (Brassicaceae). Tese (Doutorado em Pos Graduação em Botânica) - Instituto de Biociências da USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
24.   Melina de Faria Baldini. Sistema de Armazenagem e Data Mining de Proteínas de Venenos. (Graduando em Engenharia Química) - Universidade de Ribeirão Preto, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2003.
Orientador: Silvana Giuliatti.
25.   Patricia Farah Carrião. Analise de genes truncados e repetidos em Leifsonia xyli. (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
26.   Patricia G. Morgante. Organização genômica e estudos da função do gene araXPB em Arabidopsis thaliana. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Botânica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
27.   Paula Goçalves de Araújo. . Instituto de Biociências, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Supervisor: Marie-Anne Van Sluys.
28.   Priscila Mayumi Kashiwabara. Interferência na expressão do gene thi1 de Arabidopsis thaliana e seus efeitos biológicos. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
29.   Renato Anghinah. Estudo do espectro e da coerência do EEG em indivíduos adultos normais e com Doença de Alzheimer. Tese (Doutorado em Neurologia) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2003.
Orientador: Koichi Sameshima.
30.   Ricardo Augusto Casrteleti Sebastiao. Implementação de um Algoritmo de Redes Neurais Artificiais para o Reconhecimento de Splicing em Sequenciais Genômicos. (Graduação em Análise de Sistemas) - Universidade de Ribeirão Preto, Universidade de Ribeirão Preto. 2003.
Orientador: Silvana Giuliatti.
31.   Ricardo deMarco. Construção de bibliotecas de cDNA com métodos de RT-PCR de baixa estringência e primers híbridos consenso-degenerados e clonagem da apirase de S. mansoni. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
32.   Weslley Emmanuel Martins Lima. Uma biblioteca para simulação de protocolos de entrega de mensagens em redes móveis. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2003.
Orientador: Alan Mitchell Durham.

2002

1.   Ana Carolina Quirino Simões. Data mining nos projetos Genoma do Câncer e da Cana de Açúcar. (Graduando em Farmacia e Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2002.
Orientador: Aline Maria da Silva.
2.   Anderson Massari. Sistema de Informação Geográfica para Simulação e Apoio à Decisão no Controle do Vetor da Dengue. (Graduação em Análise de Sistemas) - Universidade de Ribeirão Preto, . 2002.
Orientador: Silvana Giuliatti.
3.   Ariane Machado Lima de Oliveira. Laboratorio de geracao de classificadores de sequencias. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2002.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
4.   Bianka M. M. Teixeira Goncalves. Alternativas para propagacao das atualizacoes de um banco de dados operacional para um data warehouse. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2002.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
5.   Camila M. Egidio. Implantação de microarrays de DNA para análise da expressão gênica no câncer de próstata. (Graduando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2002.
Orientador: Aline Maria da Silva.
6.   Cátia Yumi Nagae e Juscelino Jun Kang. Avaliação de programas nutricionais na redução do peso em adolescentes obesas. (Graduação em Estatística) - Instituto de Matemática e Estatística, . 2002.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
7.   Daniela Carvalho Gonzalez. Caracterização do mutante de desenvolvimento redA de Dictyostelium discoideum.. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2002.
Orientador: Aline Maria da Silva.
8.   Denis Ubeda de Lima. Interação molecular entre celulose e hemiceluloses e suas implicações biológicas e tecnológicas. Tese (Doutorado em Biologia Vegetal) - Universidade Estadual de Campinas, . 2002.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
9.   Filipe Gonçalves Mesquita. Sistema para Reconhecimento de Impressões Digitais Utilizando Redes Neurais Artificiais. (Graduação em Análise de Sistemas) - Universidade de Ribeirão Preto, . 2002.
Orientador: Silvana Giuliatti.
10.   Flavio C Canavez. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2002.
Supervisor: Sergio Verjovski Almeida.
11.   Flávia Rainone. E-gene um editor genérico para configuração. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2002.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
12.   Henrique Pessoa dos Santos. : O controle da degradação do xiloglucano de cotilédones de Hymenaea courbaril L. e a sua relação com o crescimento inicial da plântula. Tese (Doutorado em Biologia Vegetal) - Universidade Estadual de Campinas, . 2002.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
13.   Isabel Italiano. Um Modelo hibrido para atualizacao de dados em projetos de data warehouse. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2002.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
14.   Joanlise Marco de Leon. Mapeamento Genético em Populações Humanas via Modelos de Componentes de Variância. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Instituto de Matemática e Estatística, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2002.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
15.   Luciano Vieira de Araujo. CCICLO: Componente para cruzamento e integracao de objetos classificados. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2002.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
16.   Lívia Lélis. Estudo da Formação de Aterosclerose através de Simulação Computacional. (Graduando em Medicina) - Universidade de Ribeirão Preto, . 2002.
Orientador: Silvana Giuliatti.
17.   Marcelo Zerillo. Estrutura do genoma de Leifsonia xuli pv cynodontis e impacto de elementos IS. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2002.
Supervisor: Marie-Anne Van Sluys.
18.   Marco Aurélio Silva Tiné. O conteúdo informacional da molécula de xiloglucano de Hymenaea courbaril reflete suas funções em nível celular. Tese (Doutorado em Biologia Molecular e Morfofuncional) - Universidade Estadual de Campinas, . 2002.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
19.   Miguel José Minhoto. O efeito da temperatura na ação da xiloglucano endo-beta-transglicosilase sobre xiloglucanos de reserva. Dissertação (Mestrado em Biologia Molecular e Morfofuncional) - Universidade Estadual de Campinas, . 2002.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
20.   Nalvo Franco de Almeida Jr. Ferramentas computacionais para comparacao de genomas. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2002.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
21.   Patricia Pinho Tonini. Localização da endo-beta-mananase e ácido abscísico em sementes de Sesbania virgata (Cav.) Pers. (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Metodista de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2002.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
22.   Reginaldo Pereira da Silva. Análise qualitativa e quantitativa de atividades de conjuntos neuronais do tálamo e hipocampo em ratos normais e sob efeito da fenitoína. Tese (Doutorado em Ciências (Fisiologia Humana)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2002.
Orientador: Koichi Sameshima.
23.   Renato Assis de Carvalho. Verificação da existência de um gene associado à resistência a organofosforados em Cochliomyia hominivorax (Diptera: Calliphoridae) - Co-orientação. (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2002.
Orientador: Tatiana Teixeira Torres.
24.   Thais Johnson Pereira. Sistema de Armazenagem e Data Mining de Proteínas de Venenos. (Graduando em Engenharia Química) - Universidade de Ribeirão Preto, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2002.
Orientador: Silvana Giuliatti.
25.   Tiago Domingues. Estudo da Formação de Aterosclerose através de Simulação Computacional. (Graduando em Medicina) - Universidade de Ribeirão Preto, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2002.
Orientador: Silvana Giuliatti.
26.   Vagner Katsumi Okura. Bioinformatica de projetos genoma de bacterias. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2002.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
27.   Wanessa Ferreira Cabral. Sistema de armazenagem e data mining de proteínas de venenos. (Graduando em Engenharia Química) - Universidade de Ribeirão Preto, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2002.
Orientador: Silvana Giuliatti.
28.   Wladimir Rigobello Porto. Sistema para Reconhecimento de Impressões Digitais Utilizando Redes Neurais Artificiais. (Graduação em Análise de Sistemas) - Universidade de Ribeirão Preto, . 2002.
Orientador: Silvana Giuliatti.

2001

1.   Adriana Matsukuma. Sequenciamento do DNA da Xylella fastidiosa e análise da sequência e predição dos genes presentes nos cosmídeos sequenciados. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
2.   Adriana Ragoni Jorge Ferreira. Comunicação vocal em duas espécies de beija-flores: Aphantochroa cirrhochloris e Glaucius hirsuta (Trochilidae). Dissertação (Mestrado em Neurociências e Comportamento) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001.
Orientador: Koichi Sameshima.
3.   Ana Paula Pimentel Costa. . Instituto de Biociências, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001.
Supervisor: Marie-Anne Van Sluys.
4.   CARLOS HENRIQUE MAIA BRAGA. Meta Modelo para Controle Corporativo de Estratégia de Replicação de Dados. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2001.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
5.   Cesar H Tôrres. Modelos de Regressão Intervalar no Mapeamento Genético de Traços Quantitativos. (Graduando em Estatística) - Instituto de Matemática e Estatística, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2001.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
6.   Clovis Oliveira Silva. Papel da beta-galactosidase no mecanismo de degradação do xiloglucano de parede celular durante a mobilização de reserva em cotilédones de Copaifera langsdorffii. Dissertação (Mestrado em Biologia Molecular e Morfofuncional) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
7.   Daniela Beton. Obtenção e purificação da trealase neutra de N.crassa recombinante. (Graduando em Quimica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2001.
Orientador: Aline Maria da Silva.
8.   Danyella Doggini. Detecção in vivo da atividade promotora do elemento de transposição Ac em Arabidopsis thaliana através da utilização do gene reporter GFP. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
9.   Elena Zaidan. Desenvolvimento de uma bateria de testes de triagem da função auditiva central em pré-escolares e escolares na faixa-etária entre 6 e 11 anos. Dissertação (Mestrado em Neurociências e Comportamento) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001.
Orientador: Koichi Sameshima.
10.   Fabio F Silva. Desequilíbrio de Ligação Genética. (Graduando em Estatística) - Instituto de Matemática e Estatística, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2001.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
11.   Flavia Stal Papini-Terzi. Estudos de complementação de mutantes de Arabidopsis thaliana com o gene thi1. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Botânica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
12.   Gabriela de Azevedo Couto. Análise comparativa da expressão de Retrolyc 1B isolado do genoma de Lycopersicon.. Iniciação Científica - Instituto de Biociências, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
13.   João Aleandro Massaroli. Sistema de Aquisição de Imagens Médicas. (Graduação em Análise de Sistemas) - Universidade de Ribeirão Preto, Universidade de Ribeirão Preto. 2001.
Orientador: Silvana Giuliatti.
14.   Juliana L R Fietto. Clonagem da ATP-difosfohidrolase de S. mansoni. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
15.   LEONARDO AUGUSTO TANIGUTI MANTOVANI. Uma alternativa para Simplificação de Sincronismo de Dados Temporais entre Ambientes Operacionais e Analíticos. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação e Matemática Computacional) - Universidade de São Paulo, . 2001.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
16.   Leonardo P. Farias. Caracterização genômica e investigação da região promotora do gene thi1 de Arabidopsis thaliana. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
17.   Milkes Yone Alvarenga. Modelagens matemática e computacional de circuitarias neuronais envolvidas na gênese de atividade elétrica oscilatória e sua relação com processos epileptogênicos. Tese (Doutorado em Matemática Aplicada) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2001.
Orientador: Koichi Sameshima.
18.   Paula Mitico Yamakawa. Inibições in vitro das colinerases cerebrais de codornas por insiticidas anticolinesterásicos de uso frequente na agricultura. (Graduação em Estatística) - Instituto de Matemática e Estatística, . 2001.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
19.   Paulo Adriano Zaini. Mutagênese sítio-dirigida no sítio catalítico da PP1 de Dictyostelium discoideum. Análise de seus efeitos na atividade da enzima recombinante. Iniciação Científica - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001.
Orientador: Aline Maria da Silva.
20.   Pio Donizete Alduíno Zapella. Caracterização de alguns componentes envolvidos na desfosforilção de proteínas fosforiladas em resíduos de serina e treonina em Neurospora crassa. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001.
Orientador: Aline Maria da Silva.
21.   Sheila Andreoli Balen. Reconhecimento de padrões auditivos de freqüência e de duração: desempenho de crianças escolares de 7 a 11 anos. Tese (Doutorado em Neurociências e Comportamento) - Universidade de São Paulo, . 2001.
Orientador: Koichi Sameshima.
22.   Tatiana Cotelesse Monteiro. Caracterização do modo de ação da beta-galactosidase de sementes de Hymenaea courbaril (Leguminosae-Caesalpinioideae) sobre o xiloglucano. (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Presbiteriana Mackenzie, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.

2000

1.   Adriana Froutman Lopes. Condições ótimas de extração de polissacarídeos de reserva de sementes de leguminosas brasileiras. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biologia Molecular)) - Universidade Federal de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2000.
Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.
2.   Adriana Potomati. Efeito do ácido abscísico sobre a mobilização de galactomanano e o desenvolvimento do embrião em sementes de sesbania marginata Benth.. Dissertação (Mestrado em Biologia Molecular e Morfofuncional) - Universidade Estadual de Campinas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2000.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
3.   Alexandre Correa Barbosa. Montagem do genoma de Xanthomonas citri. (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2000.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
4.   Ana Maria Baroni. Modo de ação com complexo celulolítico do funto Penicilium steckii sobre diferentes fontes de celulose. Iniciação Científica - Instituto de Botânica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2000.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
5.   Ana Maria da Silva. Detecção de proteínas extracelulares que se ligam ao xiloglucano em cotilédones de Chagas (Tropaeolum majus). Dissertação (Mestrado em Biologia Molecular e Morfofuncional) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2000.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
6.   Arlindo Flavio da Conceicao. Problemas combinatórios de congestionamento. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2000.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
7.   Cristina Ferraz Borges. Estudo da modulação da via auditiva no paradigma de estímulos auditivos pareados. (Graduando em Fonoaudiologia) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2000.
Orientador: Koichi Sameshima.
8.   Daniela Carvalho Gonzalez. Clonagem do gene da NADPH citocromo P450 redutase de Dictyostelium discoideum. (Graduando em Quimica) - Universidade de São Paulo, . 2000.
Orientador: Aline Maria da Silva.
9.   EDUARDO M REIS. Expressão heteróloga da Ca-ATPase de coelho em levedura. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2000.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
10.   Fabio F Silva. Aplicação dos programas Linkage no mapeamento do genoma humano. (Graduando em Estatística) - Instituto de Matemática e Estatística, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2000.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
11.   Fernanco Goncalves Urzedo. Suporte computacional para projetos genoma de EST. (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2000.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
12.   Fernando Hirata. Estrutura de comunidade, ecomorfologia e história natural dos pexes bentônicos Gobióides e Blenióides do Arquipélago Fernando de Noronha (PE). (Graduação em Estatística) - Instituto de Matemática e Estatística, . 2000.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
13.   Francisco de Assis Negri. Sistema Operacional Linux. (Graduação em Análise de Sistemas) - Universidade de Ribeirão Preto, . 2000.
Orientador: Silvana Giuliatti.
14.   Fábio Fernando da Silva. Associação entre etiologias da miocardiopatia dilatada e determinantes genéticos da hemacromatose Gene HFE. (Graduação em Estatística) - Instituto de Matemática e Estatística, . 2000.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
15.   Giulio Cesare Stancato. Assimilação e partição do carbono na orquídea epífita (Cattleya forbesii Lindl. X Laelia tenebrosa Rolfe) sob influência na Luz e do Déficit Hídrico. Tese (Doutorado em Biologia Vegetal) - Universidade Estadual de Campinas, . 2000.
Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.
16.   Lidio Nunes de Abreu Jr. O problema da designação e sua variante paramétrica. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2000.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
17.   Paula Gonçalves de Araújo. Diversidade da Região U3 do retrotransposon Retrolyc1 em quatro espécies do gênero Lycopersicon spp.. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Botânica)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2000.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
18.   Paulo Henrique Netto de Alcântara. : Purificação e caracterização de uma xiloglucano-endo-transglicosilase de cotilédones de Hymenaea courbaril (Jatobá). Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biologia Molecular)) - Universidade Federal de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2000.
Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.
19.   Priscila Mayumi Kashiwabara. Otimização das condições de transformação in vivo de Arabidopsis thaliana.. Iniciação Científica - Instituto de Biociências, . 2000.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
20.   Priscila Rosa. O modelo cognitivo-comportamental: uma proposta de intervenção em hipertensas. (Graduação em Estatística) - Instituto de Matemática e Estatística, . 2000.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
21.   Valéria Regina Panegassi. Extração e caracterização química e físico-química o galactomanano do Faveiro (Dimorphandra mollis). Dissertação (Mestrado em Engenharia de Alimentos) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2000.
Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.


(*) Relatório criado com produções desde 2000 até 2025
Data de processamento: 18/02/2025 12:52:38