Programa de Pós Graduação em Bioinformática

Tese de doutorado


Número total de itens: 284

2023

1.   Remigio Cenepo Escobar Rodrigues. Recuperação de elementos genéticos móveis e prospecção de genes de resistência a antibióticos em dados metagenômicos de compostagem termofílica. Tese (Doutorado em Bioinformatica) - Universidade de São Paulo, . 2023.
Orientador: Aline Maria da Silva.
2.   Ricardo Wandré Dias Pedro. Utilização de gramáticas estocásticas para reconhecimento de nódulos em mamogramas e validação de contornos nodulares gerados a partir de técnicas de processamento de imagens. Tese (Doutorado em Doutorado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo, . 2023.
Supervisor: Ariane Machado Lima.

2022

1.   39. Livia Luz Souza Nascimento. Neurodegeneração no Envelhecimento: Lições da Síndrome de Cockayne. Tese (Doutorado em Microbiologia) - Instituto de Ciências Biomédicas - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2022.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
2.   Davi Jardim Martins. Participação de DNA polimerase iota na ausência de Pol eta na síntese translesão de células humanas irradiadas com luz UV. Tese (Doutorado em Microbiologia) - Instituto de Ciências Biomédicas - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2022.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
3.   Deyvid Emanuel Amgarten. Predição em sequências de vírus de procariotos através da aplicação de técnicas de aprendizado de máquina em dados metagenômicos. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2022.
Orientadores: Aline Maria da Silva, Joao Carlos Setubal.
4.   Gabriel Nassar Reich Goldstein. Análise evolutiva de Genes Novos em Drosophila através dos Transcriptomas da Gametogênese. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2022.
Orientador: Maria Dulcetti Vibranovski.
5.   Jhonatas Sirino Monteiro. Investigações sobre os mecanismos moleculares da angiogênese com base em dados de expressão gênica num modelo murino, e sua aplicação no prognóstico do câncer de mama. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2022.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
6.   Livia Maria da Silva Moura. Recovery of high-quality MAGs in time-serial metagenomic data and FixAME development: an assisting curation tool of genomic assembly error. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2022.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
7.   Marcela Teatin Latância. Papel da síntese translesão na resistência à cisplatina e TMZ em células de glioma. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Instituto de Ciências Biomédicas - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2022.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
8.   Raquel Paulini Miranda. Análise comparativa de genomas de quatro estirpes de Xanthomonas albilineans e prospecção de genes alvo para estudo de associação a fenótipos conhecidos. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Biociências, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2022.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
9.   Raquel Riyuzo de Almeida Franco. Diversidade taxonômica e funcional da microbiota de fezes de macacos bugios (Alouatta spp.) de cativeiro e vida livre. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2022.
Orientador: Aline Maria da Silva.
10.   Raquel Riyuzo Franco. Diversidade taxonômica e funcional da microbiota de fezes de macacos bugios (Alouatta spp.) de cativeiro e vida livre. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2022.
Supervisor: Joao Carlos Setubal.

2021

1.   ALAN PÉRICLES RODRIGUES LORENZETTI. Investigação sistêmica da regulação de transcritos codificadores de transposases pela chaperona SmAP1 em Halobacterium salinarum. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2021.
Orientador: Tie Koide.
2.   Alexandre Morimitsu. Algoritmos e Estruturas de Dados para Hiperárvores de Componentes de Imagens em Níveis de Cinza. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2021.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
3.   Cainã Max Couto da Silva. Influência da Seleção Natural em Populações Nativas de Diferentes Ecorregiões Americanas. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade de São Paulo, . 2021.
Orientador: Tabita Hunemeier.
4.   Cinthia Caroline Alves. Caracterização Estrutural do Polimorfismo -964GA na Interação do Fator de Transcrição HIF1 com seu Elemento Regulatório na Região Promotora do Gene HLA-G. Tese (Doutorado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto, . 2021.
Orientador: Silvana Giuliatti.
5.   Diogo Maciel Duarte da Mota. Análise do componente genético do Diabetes Mellitus tipo 2. Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2021.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
6.   Grover Enrique Castro Guzman. Métodos estatístico-computacionais baseados na densidade espectral de grafos e suas aplicações. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2021.
Orientador: André Fujita.
7.   Marcos Araújo Castro e Silva. Diversidade e Evolução das Populações Brasileiras. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2021.
Orientador: Tabita Hunemeier.
8.   Ricardo Cacheta Waldemarin. Desenvolvimento baseado em modelos de serviços adaptadores para ferramentas de bioinformática. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2021.
Orientador: Cléver Ricardo Guareis de Farias.
9.   Taiane Coelho Ramos. Técnicas de clusterização e estratificação de indivíduos para estudo de redes funcionais cerebrais. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2021.
Orientador: André Fujita.

2020

1.   Alysson Henrique Urbanski. Análise do Repertório Imunológico a partir de Amostras de RNA-seq no Contexto de Doenças Infecciosas, Vacinação e Tumores. Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2020.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
2.   Andre Rocha Barbosa. Estudo de redes de co-expressão gênica do imprintoma da placenta e cérebro, entre sexos, e sua relação com o Transtorno do Espectro Autista (TEA).. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2020.
Orientador: Helena Paula Brentani.
3.   Carlos Eduardo Martins Relvas. Agrupamento baseado em modelos de mistura de gaussianas com covariáveis. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, . 2020.
Orientador: André Fujita.
4.   Diogo Vieira da Silva Pellegrina. Análise integrada de mutações somáticas e alterações transcricionais em tumores de pâncreas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2020.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
5.   Diógenes Saulo de Lima. Biologia de Sistemas de RNAs Não Codificadores Longos na Vacinação. Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, . 2020.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
6.   Elvira Regina Tamarozzi. Caracterização Estrutural de Dectin-1 Humana e Análise de Interação com seus Alvos Moleculares ?-glucanos e Syk. Tese (Doutorado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2020.
Orientador: Silvana Giuliatti.
7.   Jeffersson Leandro Jimenez Restrepo. Desenvolvimento e validação de um score de desregulação das vias de reparo de DNA na predição do prognostico em diferentes tipos de câncer. Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2020.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
8.   Maciel Calebe Vidal. Identificação de causalidade de Granger em dados longitudinais com aplicações em neuroimagem.. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2020.
Orientador: André Fujita.
9.   Mindy S Muñoz. Expression profile of lncRNAs in prostate cancer cell lines. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2020.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
10.   Nathalia Quintero-Ruiz. Perfil da mutagenicidade induzido pela luz UVA e UVB em células de paciente xeroderma pigmentosum do grupo C. Tese (Doutorado em Microbiologia) - Instituto de Ciências Biomédicas - USP, Departamento Administrativo de Ciencia, Tecnología e Innovación. 2020.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
11.   Suzana de Siqueira Santos. Estimadores de parâmetro consistentes para modelos de grafo aleatório e estudo sobre a relação entre a rede modo padrão do cérebro e o volume do corpo caloso.. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2020.
Orientador: André Fujita.
12.   Thomaz Luscher Dias. A network medicine approach reveals genetic mechanisms and drug candidates for Psychiatric Diseases. Tese (Doutorado em Bioquímica e Imunologia) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2020.
Supervisor: Helder Takashi Imoto Nakaya.
13.   Verônica Luiza Vale Euclydes Colovati. Exposição ao estresse gestacional, alterações transcricionais na placenta e diferença entre os sexos; genes associados ao imprintoma são importantes?. Tese (Doutorado em Psiquiatria) - Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2020.
Orientador: Helena Paula Brentani.

2019

1.   Alexandre Videira. Efeito do lincRNA PVT1 associado ao potenciador de Zeste homólogo 2 (EZH2) e ao receptor de andrógeno (AR) sobre a expressão gênica em larga escala em células LNCaP de câncer de próstata. Tese (Doutorado em Quimica Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2019.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
2.   Augusto Cesar Crivellari. PROSPECÇÃO in silico DE PEQUENOS RNAs NA RELAÇÃO DE FUNGOS FITOPATOGÊNICOS E SEUS HOSPEDEIROS. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Instituto de Biociências, . 2019.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
3.   Cesar Augusto Prada Medina. Studying Juvenile Idiopathic Arthritis through a Network Medicine Approach. Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
4.   Felipe Prata Lima. Classificação Taxonômica de Sequências obtidas com Meta-ômicas por meio de Integração de Dados. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2019.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
5.   Gisele Antoniazzi Cardoso. Evolução da expressão gênica na família Calliphoridae: um modelo para o estudo do hábito alimentar. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2019.
Orientador: Tatiana Teixeira Torres.
6.   Gustavo Satoru Kajitani. In vivo effects of DNA lesions on nucleotide excision repair deficiente mice. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Instituto de Ciências Biomédicas - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2019.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
7.   Junier Marrero Gutierrez. Regulação pós-transcricional em Halobacterium salinarum NRC-1: caracterização do gene VNG_RS05855. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Orientador: Tie Koide.
8.   Liliane Santana Oliveira Kashiwabara. Uma abordagem integrada para a construção e utilização de HMMs de perfil para análises genômicas e metagenômicas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Supervisor: Alan Mitchell Durham.
9.   MINA CINTHO OZAHATA. Mineração de dados de anemia falciforme e priapismo. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2019.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
10.   Omar Julio Sosa. Desenvolvimento de uma plataforma bioinformática para a descoberta de marcadores moleculares associados ao adenocarcinoma de pâncreas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2019.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
11.   Pedro de Sá Tavares Russo. Desenvolvimento de uma Ferramenta Computacional para Análise de Co-Expressão Gênica e sua Aplicação na Biologia de Sistemas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2019.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
12.   Pedro Ivo Gomes de Faria. Ordenação evolutiva de genes. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2019.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
13.   Thiago Dominguez Crespo Hirata. Análise dos Mecanismos Regulatórios Transcricionais Mediados por microRNAs na Síndrome Metabólica. Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, . 2019.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
14.   Vinicius Ferreira da Paixão. Anotação e caracterização funcional de novos transcritos expressos no adenocarcinoma de pâncreas: RNAs nãocodificadores longos associados a fenótipos tumorais e clínicos e novas formas alternativas de splicing. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
15.   Viviane Neri de Souza Reis. Estudo da vulnerabilidade genética nos Transtornos do Espectro Autista. Tese (Doutorado em psiquiatria) - Instituto de Psiquiatria do Hospital das Clinicas da FMUSP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Orientador: Helena Paula Brentani.

2018

1.   Adèle Helena Ribeiro. Identification of Causality in Genetics and Neuroscience. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Orientadores: André Fujita, Júlia Maria Pavan Soler.
2.   Alex de Oliveira Ribeiro. Testes da Herdabilidade Multivariada em Dados de Pedigrees. Tese (Doutorado em Estatística e Experimentação Agropecuária) - Universidade Federal de Lavras, . 2018.
Supervisor: Júlia Maria Pavan Soler.
3.   Ana Paula Silva de Souza. Caracterização bioquímica e funcional da adesina XadA3 de Xylella fastidiosa.. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2018.
Orientador: Aline Maria da Silva.
4.   Andrew Maltez Thomas. Investigação de perfis microbianos humanos e sua relação com câncer gástrico e coloretal. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
5.   Bianca Cristina Garcia Lisboa. Estudos de redes de co-expressão gênica do córtex frontal e estriado (estudo post mortem) de indivíduos portadores de TOC e controles. Tese (Doutorado em Psiquiatria) - Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, . 2018.
Orientador: Helena Paula Brentani.
6.   Débora Pagliuso. O papel de apiose no metabolismo de carboidratos estruturais de Spirodela polyrhiza. Tese (Doutorado em Interunidades em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
7.   Gabriela Eleutério Soares. Testes estatísticos semi-paramétricos para discriminação e grafos. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Orientador: André Fujita.
8.   Joel Edu Sanchez Castro. Seleção de Modelos para o Aprendizado de Hipóteses Booleanas. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2018.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
9.   José Deney A. de Araújo. Análise de bancos de dados epidemiológicos usando ferramentas genômicas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, FIPFARMA. 2018.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
10.   Luís Bruno da Cruz e Alves de Moraes. Desenvolvimento de xenotransplantes de tumores pancreáticos humanos para varredura genética de alvos moleculares com potencial terapêutico. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
11.   Mariana Brolezzi Gomes Latarullo. Caracterização bioquímica e estrutural de enzimas lignocelulósicas produzidas por fungos e actinomicetos endofíticos. Tese (Doutorado em Interunidades em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.
12.   Mauro de Medeiros Oliveria. Transcriptoma, sítios de ligação para fatores de transcrição e região promotora de cana-de-açúcar. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Supervisor: Alan Mitchell Durham.
13.   Paula Prieto Oliveira. SIMTAR 2.0: Uma ferramenta mais precisa na identificação de SNPs interferindo em sítios alvos de microRNAs. Tese (Doutorado em Programa Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Orientadores: Helena Paula Brentani, Ariane Machado Lima.
14.   Tiago Antonio de Souza. Análise das alterações genéticas em exomas de camundongos. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
15.   Vinicius Jardim Carvalho. a ser definido. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Orientador: André Fujita.

2017

1.   Ana Carolina Soares. Análise de microbiomas das esponjas do sistema recifal amazônico. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
2.   Andrew Scott Warren. Methods for Analysis of Prokaryotic Genome Architecture. Tese (Doutorado em Computer Science) - Virginia Polytechnic Institute and State Universit, . 2017.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
3.   Bruno Viana Navarro. Marcadores bioquímicos associados ao metabolismo de carboidratos durante a embriogênese zigótica e somática de Araucaria angustifolia (Bert O. Ktze). Tese (Doutorado em Interunidades em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, . 2017.
Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.
4.   Cristina Kraemer Zimpel. Adaptação de Mycobacterium bovis à hospedeiros: uma análise genômica e transcricional. Tese (Doutorado em Epidemiologia Experimental Aplicada Às Zoonoses) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2017.
Orientador: Ana Marcia de Sá Guimarães.
5.   Danielle Izilda Rodrigues da Silva. Comprehensive analysis of sugarcane (Saccharum spp) gene expression changes in response to drought and re-watering conditions. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Instituto de Química - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2017.
Orientador: Glaucia Mendes Souza.
6.   Felipe ten Caten. A transcrição pervasiva na archaea Halobacteriu salinarum NRC-1 e a identificação de novos transcritos. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2017.
Orientador: Tie Koide.
7.   Fernando Cipriano Andrade Oliveira. Genetic Architecture of genes coding for RNA-binding proteins. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
Orientador: André Fujita.
8.   Gustavo Pinto Vilela. Causalidade de Granger entre grafos no domínio da frequência. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2017.
Orientador: André Fujita.
9.   Jorge Shiro Inamori Takashima. Estudo eletroencefalogra?fico do planejamento motor. Tese (Doutorado em Radiologia) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
Orientador: Koichi Sameshima.
10.   José Vicente Gomes-Filho. RNAs não-codificantes associados a IS200/605: identificação e caracterização funcional na archaea Halobacterium salinarum NRC-1. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2017.
Orientador: Tie Koide.
11.   Lucas Ferreira da Silva. LincRNAs fisicamente associados ao receptor de andrógeno modificam o perfil de marcas da cromatina vizinha e alteram a expressão gênica local. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
Orientadores: Joao Carlos Setubal, Sergio Verjovski Almeida.
12.   Maria Luiza Guimarães de Oliveira. Análise da Diversidade dos Genes HLA-G, ILT-2 e ILT-4 em Indivíduos da População Brasileira. Tese (Doutorado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2017.
Supervisor: Silvana Giuliatti.
13.   Natália Cestari Moreno. Efeitos da luz UVA em células de pacientes com Xeroderma Pigmentosum Variante. Tese (Doutorado em Genética) - Instituto de Biociências - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2017.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
14.   Natália de Souza Araujo. Expressão de Genes Envolvidos no Comportamento Social de Abelhas com Diferentes Níveis de Eussocialidade. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade de São Paulo, . 2017.
Supervisor: Tatiana Teixeira Torres.
15.   Oséias Rodrigues Feitosa Junior. Caracterização do secretoma de cepas Xylella fastidiosa. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
Orientador: Aline Maria da Silva.
16.   Patrícia Conceição Gonzalez DIas. Vacinologia de Sistemas Aplicada à Vacina VSV-ZEBOV contra Ebola. Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2017.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
17.   Paulo Marques Pierry. Transcritômica comparativa de cepas de Xylella fastidiosa. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2017.
Orientador: Aline Maria da Silva.
18.   Rodrigo Guarischi Mattos Amaral de Sousa. The transcriptome of oxygen-induced retinopathy and an angiogenesis-based prognostic gene signature for prediction of breast cancer relapse. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2017.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
19.   Sergio Alejandro Poveda Cuevas. Structural Bioinformatic Studies of the Zika Virus NS1 Protein and its Molecular Interactions. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.

2016

1.   Abner Cardoso Rodrigues Neto. Caracterização e modelagem da atividade eletrofisiológica em pacientes com epilepsia. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2016.
Orientadores: Koichi Sameshima, André Fujita.
2.   André Luis Schwerz. Sistemas de informação cientes de processos, robustos e confiáveis. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2016.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
3.   Bruno Rubens Flausino Teixeira. Papel do glucano de ligação mista na formação do aerênquima em raízes de plântulas de Sorghum bicolor. Tese (Doutorado em INTERNACIONAL BIOLOGIA) - Universidade de São Paulo, . 2016.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
4.   Dinar Yunusov. Caracterização do HIPSTR destaca o padrão de expressão heterogênea de lncRNAs em embriões humanos e linhagens estáveis de células.. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2016.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
5.   Gabriela Der Agopian Guardia. Suporte ao desenvolvimento e à composição de serviços web semânticos para a análise de expressão gênica. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2016.
Orientador: Cléver Ricardo Guareis de Farias.
6.   João Marcelo Borovina Josko. João Marcelo Borovina Josko. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2016.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
7.   Leticia Anderson. Regulação epigenética da expressão gênica de Schistosoma mansoni induzida por inibidor de histona deacetilase.. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2016.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
8.   Ligia Pereira Castro. Caracterização Genotípica de pacientes brasileiros com deficiência em processos de reparo de DNA. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Instituto de Ciências Biomédicas - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2016.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
9.   Luciana Principal Antunes. ESTUDOS DE METAGENÔMICA E METATRANSCRITÔMICA DA COMUNIDADE MICROBIANA DA COMPOSTAGEM DO ZOOLÓGICO DE SÃO PAULO. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2016.
Orientadores: Aline Maria da Silva, Joao Carlos Setubal.
10.   Maryke Wijma. Estudo dos Metabólitos de cana-de-açúcar ao longo do seu desenvolvimento em campo.. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Instituto de Química - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2016.
Orientador: Glaucia Mendes Souza.
11.   Nathalia Quintero-Ruiz. Mutagenicity profile induced by UVA and UVB light in human Xeroderma Pigmentosum group C cells. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Instituto de Ciências Biomédicas - USP, Departamento Administrativo de Ciencia, Tecnología e Innovación. 2016.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
12.   Nicholas W. VanKuren. New gene evolution in Drosophila melanogaster. Tese (Doutorado em Ecology and Evolution) - University of Chicago, . 2016.
Supervisor: Maria Dulcetti Vibranovski.
13.   Rafael Liberato Roberto. Aumentando a migração de instâncias não complacentes em sistemas de informação cientes de processos. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2016.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
14.   Rafael Souto. Análise molecular e de qualidade de vida de pacientes e familiares com xeroderma pigmentosum em Goiás, Brasil.. Tese (Doutorado em Medicina Tropical) - Universidade Federal de Goiás, . 2016.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
15.   Tiago Ferraz da Silva. Inferências sobre o Povoamento da América a partir de dados Paleogenômicos. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2016.
Orientador: Tabita Hunemeier.

2015

1.   ADRIANA GRANDIS. Papel das enzimas de degradação da parede celular na formação do aerênquima em raízes de cana de açúcar. Tese (Doutorado em BOTÂNICA) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2015.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
2.   Alexandre Teixeira Vessoni. Mecanismos de resistência à cloroquina em células de glioma humano e o uso de neurônios humanos derivados de células ?tronco pluripotentes induzidas como modelo de estudo da síndrome de Cockayne. Tese (Doutorado em Microbiologia) - Instituto de Ciências Biomédicas - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2015.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
3.   Carlos DeOcesano Pereira. INXS, um longo RNA não codificador de proteínas mediador da apoptose. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2015.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
4.   Clarissa Ribeiro Reily Rocha. Mecanismos de resistência a quimioterápicos em células tumorais. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Instituto de Ciências Biomédicas - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2015.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
5.   Cyrus Antônio Villas-Boas. Envolvimento do córtex orbitofrontal, do núcleo basolateral da amiígdala e do córtex cingulado anterior no processo de tomada de decisão, em ratos. Tese (Doutorado em Fisiologia) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2015.
Supervisor: Koichi Sameshima.
6.   Deibs Barbosa. Análise computacional da variação do potencial metabólico microbiano em metagenomas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2015.
Orientadores: Aline Maria da Silva, Joao Carlos Setubal.
7.   Joana Carvalho Moreira de Mello. Estado Epigenético do Cromossomo X em Tecidos Extra Embrionários Humanos e Bovinos. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2015.
Supervisor: Maria Dulcetti Vibranovski.
8.   Leandro de Araujo Lima. Uma abordagem integrativa usando dados de interação proteína-proteína e estudos genéticos para priorizar genes e funções biológicas em transtorno de déficit de atenção e hiperatividade. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo, . 2015.
Orientadores: Helena Paula Brentani, Ronaldo Fumio Hashimoto.
9.   Liliane Santana Oliveira. Caracterização de Sequências Virais em Metagenomas. Tese (Doutorado em Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2015.
Supervisor: Alan Mitchell Durham.
10.   Livia Soares Zaramela. Identificação e caracterização de RNAs não codificantes ligantes a Lsm no extremófilo Halobacterium salinarum. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2015.
Orientador: Tie Koide.
11.   Marcos E. B. Broinizi. Ordenação evolutiva de anúncios em publicidade computacional.. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, . 2015.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
12.   Maria Gabriela Fontanetti Rodrigues. Análise da Metilação do DNA de Seleções de Figueira (Ficus carica L.) por MSAP e Sequenciamento. Tese (Doutorado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2015.
Orientador: Silvana Giuliatti.
13.   Milton Y. Nishiyama Jr. Desenvolvimento da Plataforma CaneRegNet para Anotação Funcional e Análise do Transcriptoma da Cana-de-Açucar. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2015.
Supervisor: João Eduardo Ferreira.
14.   Milton Yutaka Nishiyama Junior. Desenvolvimento da Plataforma CaneRegNet para Anotação Funcional e Análises do Transcriptoma da Cana-de-açucar. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Matemática da USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2015.
Orientador: Glaucia Mendes Souza.
15.   Sérgio Nery Simões. Uma abordagem integrativa usando dados de interação proteína-proteína e estudos genéticos para priorizar genes e funções biológicas em transtorno de déficit de atenção e hiperatividade. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2015.
Orientadores: Helena Paula Brentani, Ronaldo Fumio Hashimoto.
16.   Wonder Alexandre Luz Alves. Últimos Levelings: Conceitos, propriedades, algoritmos e aplicações em Processamento e Análise de Imagens. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, . 2015.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.

2014

1.   Bruna Cersózimo Arenque-Musa. Papel do metabolismo de carboidratos nas respostas ecofisiológicas da árvore amazônica Senna reticulata cultivada sob diferentes estresses abióticos. Tese (Doutorado em BOTÂNICA) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2014.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
2.   Diogo Ferreira da Costa Patrão. Desenvolvimento e avaliação de ferramentas computacionais para triagem automática de sujeitos de pesquisa. Tese (Doutorado em Oncologia) - Hospital A C Camargo, . 2014.
Orientador: Helena Paula Brentani.
3.   Igor Bonadio. Predição de Genes Utilizando Modelos de Covariância. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2014.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
4.   Juliana Brandstetter Vilar. Mecanismos de Reparo de DNA envolvidos com lesões induzidas por agente alquilante (nimustina) em células humanas e sua associação com a resistência de gliomas. Tese (Doutorado em Microbiologia) - Instituto de Ciências Biomédicas - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2014.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
5.   Leonardo Carmo de Andrade-Lima. Respostas a danos no DNA envolvidas na recuperação do bloqueio da replicação e transcrição em células humanas. Tese (Doutorado em Microbiologia) - Instituto de Ciências Biomédicas - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2014.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
6.   Letícia Koch Lerner. Papel das proteínas XPD e DNA polimerase eta nas respostas de células humanas a danos no genoma. Tese (Doutorado em Oncologia) - Faculdade de Medicina-USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2014.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
7.   Mauro de Medeiros Oliveira. Análise do transcriptoma, fatores de transcrição e promotores a partir do genoma de cana-de-açúcar. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Matemática da USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2014.
Orientador: Glaucia Mendes Souza.
8.   Nancy de Castro Stoppe. Prospeção de marcadores para o rastreamento de fontes de contaminação fecal em águas superficiais no Estado de São Paulo. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2014.
Supervisor: Tatiana Teixeira Torres.
9.   Omar Julio Sosa. Análise computacional de dados de RNAseq e exoma em câncer de pâncreas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2014.
Supervisor: Joao Carlos Setubal.
10.   Otto Luiz Dutra Cerqueira. Avaliação de marcadores de prognóstico em câncer de mama e análise funcional de CIP4. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2014.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
11.   Pedro Losco Takecian. Diretrizes metodológicas e validação estatística de dados para a construção de data warehouses. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, NIH-USA Fundacao Pro-Sangue. 2014.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
12.   Tiago M Fragoso. Seleção bayesiana de variáveis em modelos multiníveis da teoria de resposta ao item com aplicações em genômica. Tese (Doutorado em Estatística) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2014.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.

2013

1.   Amanda Rusiska Piovezani. DESENVOLVIMENTO DE UMA FERRAMENTA DE BIOINFORMÁTICA PARA INTEGRAÇÃO DAS ESCALAS DE TRANSCRIÇÃO GÊNICA, PROTEÔMICA E FISIOLOGIA UTILIZANDO SORGO E CANA-DE-AÇÚCAR COMO SISTEMAS MODELOS. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
2.   Ana Carolina Tahira. Identificação de marcadores moleculares associados ao câncer de pâncreas utilizando microarrays de DNA. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
3.   André Guilherme da Costa Martins. Genes codificadores de proteínas de choque térmico (Hsp) de espécies do gênero Trypanosoma: repertório, polimorfismo, organização genômica e relações filogenéticas. Tese (Doutorado em Ciência (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)) - Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2013.
Supervisor: Joao Marcelo Pereira Alves.
4.   Carmen Eusebia Palacios Jara. Substâncias fenólicas de sorgo (Sorghum bicolor (L.) Moench) cultivado sob estresse hídrico e atmosfera enriquecida de gás carbônico. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Botânica)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2013.
Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.
5.   Carolina Cappi. Análise de CNVs em TOC. Tese (Doutorado em psiquiatria) - Instituto de Psiquiatria da FMUSP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Supervisor: Helena Paula Brentani.
6.   Carolina de Barros Reis Quayle. Os papéis das fotolesões de DNA CPDs e 6-4PPs em respostas epiteliais distintas à irradiação ultravioleta em camundongos deficientes em reparo de DNA. Tese (Doutorado em Microbiologia) - Instituto de Ciências Biomédicas - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
7.   Carolina Gimiliani Lembke. Utilização de microarranjos de cDNA na identificação de genes regulados por estresse hídrico em cana-de açúcar. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Instituto de Química - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Orientador: Glaucia Mendes Souza.
8.   Daniel Macedo de Melo Jorge. Busca In Silico de Inibidores de Fosfolipase A2 de Apis mellifera com Validação In Vitro e In Vivo. Tese (Doutorado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2013.
Orientador: Silvana Giuliatti.
9.   Daniele Yumi Sunaga de Oliveira. Biologia Computacional aplicada para a análise de dados em larga escala. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Supervisor: Ronaldo Fumio Hashimoto.
10.   Murilo Sena Amaral. Caracterização da interação entre RNAs não codificadores (ncRNAs) intrônicos e proteínas com domínios de ligação a RNA. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2013.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
11.   Nilson Nicolau Junior. Diferenças Estruturais e "Docking" Receptor-Ligante da Proteína E7 do Vírus do Papiloma Humano (HPV) de Alto e Baixo Riscos para o Câncer Cervical. Tese (Doutorado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2013.
Orientador: Silvana Giuliatti.
12.   Paula Cristina Gasperazzo Turrini. INFLUÊNCIA DE ELEMENTOS MÓVEIS EM LINHAGENS DE XANTHOMONAS ORYZAE. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
13.   Sabrina Ribeiro Latansio Aidar. Economia do Nitrogênio em Árvores Tropicais. Tese (Doutorado em Biologia Vegetal) - Universidade Estadual de Campinas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2013.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
14.   Santiago Andres Vilella Arias. Caracterização de marcadores moleculares associados ao carcinoma renal. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
15.   Sávio de Siqueira Ferreira. Avaliação do padrão de expressão e função de genes do metabolismo de parede celular em cana-de-açúcar. Tese (Doutorado em Bioquimica) - Instituto de Quimica da USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2013.
Orientador: Glaucia Mendes Souza.
16.   Vinicius Ramos Henriques Maracajá Coutinho. Caracterização in silico e análise de expressão de RNAs não codificadores longos no genoma de eucariotos. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Orientadores: Joao Carlos Setubal, Sergio Verjovski Almeida.
17.   Wesley Oliveira Santana. Genômica comparativa de Xylella fastidiosa: diversidade do pangenoma e análise de genes de patogenicidade. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2013.
Orientador: Aline Maria da Silva.

2012

1.   Alexandre Rossi Paschoal. BIOINFORMÁTICA APLICADA EM RNomics: ESTRATÉGIAS COMPUTACIONAIS PARA CARACTERIZAÇÃO DE RNAS NÃO-CODIFICADORES. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2012.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
2.   Ana Carolina Ayupe de Oliveira Beckedorff. Biogênese, estabilidade e localização sub-celular de RNAs não-codificadores longos expressos em regiões intrônicas do genoma humano. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
3.   Ana Carolina Bione Kunicki. Dinâmica do sistema córtico-hipocampal durante o condicionamento contextual de medo. Tese (Doutorado em Neurociências e Comportamento) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012.
Orientador: Koichi Sameshima.
4.   Ana Cecília Feio dos Santos. Análise de danos de DNA e expressão de genes supressores de tumor em tecido post mortem de pacientes com doença de Alzheimer. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, . 2012.
Orientador: Helena Paula Brentani.
5.   Andreia Prata Vieira. Homólogos a At-thi1 em cana de açúcar: estudo molecular e funcional.. Tese (Doutorado em INTERNACIONAL BIOLOGIA) - Universidade de São Paulo, . 2012.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
6.   André Yoshiaki Kashiwabara. MYOP/ToPS/SGEval: Um ambiente computacional para estudo sistemático de predição de genes. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2012.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
7.   Annabel Quinet de Andrade. Implication de l'ADN polymérase eta dans la réponse aux dommages de l'ADN dans des cellules deficientes en réparation par excision de nucléotides. Tese (Doutorado em Microbiologia) - Instituto de Ciências Biomédicas - USP, . 2012.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
8.   Carlos Henrique Aguena Higa. Inferência de Redes de Regulação Gênica Utilizando o Paradigma de Crescimento de Sementes. Tese (Doutorado em Doutorado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2012.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
9.   Edgar Andres Ochoa Cruz. Estudos de elementos de transposição em plantas: elementos tipo hAT em cana de açucar. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Instituto de Biociências, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2012.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
10.   Felipe Cesar Ferrarezi Beckedorff. Recrutamento do complexo repressivo polycomb 2 pelo RNA não codificador longo antissenso ANRASSF1 modula a expressão do gene RASSF1A e a proliferação celular. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
11.   Fernanda Nascimento Almeida. Descrição da proveniência de dados para extração de conhecimento em sistemas de informação de hemoterapia. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2012.
Supervisor: João Eduardo Ferreira.
12.   Gesiele Almeida Barros de Carvalho. Impacto dos elementos transponíveis nos genomas de estirpes brasileiras de Bradyrhizobium. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Biociências, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2012.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
13.   Kuan Yang. Ancestral reconstruction of prokaryotic genomes. Tese (Doutorado em Genetics, Bioinformatics, and Computational Biolog) - Virginia Tech, virginia bioinformatics institute. 2012.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
14.   Lauren Camargo. Estudo do efeito da metilação do DNA sobre a regulação da transcrição de uma nova classe de RNAs antisenso intrônicos não-codificantes. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
15.   Luiz Thiberio Rangel. Redes de transferencia lateral de genes. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
16.   Maximiller Dal-Bianco Lamas Costa. Identificação de redes regulatórias induzidas por seca em cana-de-açúcar. Tese (Doutorado em Bioquimica) - Instituto de Quimica da USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2012.
Orientador: Glaucia Mendes Souza.
17.   Nubia Esteban Duarte. Mapeamento Genético utilizando a Teoria do Gráfico da Variável Adicionada em Modelos Mistos. Tese (Doutorado em Estatística) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2012.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
18.   Paloma Mieko Sato. ANALISE FUNCIONAL DE PROTEINAS QUINASES DA CANA-DE-ACUCAR RELACIONADAS AO TEOR DE SACAROSE.. Tese (Doutorado em Bioquimica) - Instituto de Quimica da USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2012.
Orientador: Glaucia Mendes Souza.
19.   Silvio Rodrigues de Faria Junior. Genotipagem de Poliplóides: um modelo de urnas e bolas. Tese (Doutorado em Estatística) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2012.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.

2011

1.   Amanda Pereira de Souza. Mecanismos fotossintéticos e relação fonte-dreno em cana-de-açúcar cultivada em atmosfera enriquecida com CO2. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Botânica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2011.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
2.   Eveline Tavares. Mecanismos de regulação da degradação da parede celular em raízes de cana-de-açúcar durante a formação do aerênquima. Tese (Doutorado em BOTÂNICA) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2011.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
3.   Fabrício Martins Lopes. Redes complexas de expressão gênica: síntese, identificação, análise e aplicações.. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2011.
Supervisor: Marie-Anne Van Sluys.
4.   Jun Wang. Natural Selection Impacts Gene Traffic. Tese (Doutorado em Ecology and Evolution) - University of Chicago, . 2011.
Orientador: Maria Dulcetti Vibranovski.
5.   Kelly Rosa Braghetto. Técnicas de Modelagem para a Análise de Desempenho de Processos de Negócio. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2011.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
6.   Mauro Alexandre Marabesi. Efeito do nitrogênio sobre o desenvolvimento foliar e sua conseqüência na estrutura da copa em Senna alata (L.) Roxb. (Leguminosae). Tese (Doutorado em BOTÂNICA) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2011.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
7.   Raquel Paes da Rocha. A resposta SOS de Caulobacter crescentus e relações dos mecanismos de reparo com a progressão do ciclo celular. Tese (Doutorado em Microbiologia) - Instituto de Ciências Biomédicas - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2011.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
8.   Saulo França Amui. Desenvolvimento de um Sistema Web para Armazenamento e Gerenciamento de Dados que Auxilie na Seleção de Genótipos Elite de Stryphnodendron adstringens por meio de Técnicas de Inteligência Artificial. Tese (Doutorado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2011.
Orientador: Silvana Giuliatti.

2010

1.   Adriana Yepes Mayorga. Desenvolvimento e efeito da concentração atmosférica de CO2 e da temperatura em plantas juvenis de Hymenaea courbaril L., jatoba. Tese (Doutorado em BOTÂNICA) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2010.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
2.   Andréa Dias Brandão. Controle do metabolismo da parede celular em cana de açúcar por giberelinas. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Estrutural) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2010.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
3.   Apuã César de Miranda Paquola. Identificação de transferência gênica horizontal em procariotos, estudo do regulon SOS de Caulobacter crescentus e análise estatística de colocalização de posições genômicas.. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Ciências Biomédicas - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2010.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
4.   Bruna Cersózimo Arenque. Efeito do alagamento sobre respostas fisiológicas e bioquímicas da espécie amazônica Senna reticulata (leguminosae) submetida à alta concentração de co2. Tese (Doutorado em BOTÂNICA) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2010.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
5.   Daniela Tathiana Soltys. "Analise da natureza genotípica de pacientes xeroderma pigmentosum Brasileiros". Tese (Doutorado em Genética) - Instituto de Ciências Biomédicas - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2010.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
6.   Danielle Maluf Quintanilha. Discriminação de fenótipos Tnt1-U3 específicos em linhagens de Nicotiana RNAi. Tese (Doutorado em Internacional Biologia Vegetal) - Instituto de Biociências, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2010.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
7.   Eduardo Ekman Schenberg. Caracterização eletrofisiológica da circuitaria hipocampal durante o ciclo sono-vigília do rato. Tese (Doutorado em Neurociências e Comportamento) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2010.
Orientador: Koichi Sameshima.
8.   Giulliana T Almeida. Expressão genica em S. mansoni. Tese (Doutorado em Quimica Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2010.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
9.   Helves Humberto Domingues. Replicação assíncrona em bancos de dados evolutivos. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2010.
Supervisor: João Eduardo Ferreira.
10.   Layla Farage Martins. Análise do perfil de expressão de serina/treonina fosfatases e prospecção da função biológica para algumas dessas enzimas em Dictyostelium discoideum. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2010.
Orientador: Aline Maria da Silva.
11.   Leticia Anderson. Enzimas modificadoras de histonas em Schistosoma mansoni. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, . 2010.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
12.   Luciano Angelo de Souza Bernardes. Agrupamento In Silico de Genes por Fatores de Transcrição e Expressão Diferencial. Tese (Doutorado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2010.
Orientador: Silvana Giuliatti.
13.   Patrícia Isabela Pessoa da Silva. Identificação de genes com expressão modulada por estreptomicina e de genes associados à virulência e patogenicidade em Xylella fastidiosa. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2010.
Orientador: Aline Maria da Silva.
14.   Thiago Miranda da Silva. Análise das bases moleculares da tolerância ao íon cloreto em bactérias acidófilas utilizadas em biolixiviação. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2010.
Supervisor: Tatiana Teixeira Torres.
15.   Yuri J C B Moreira. Expressão gênica em tumores de próstata de pacientes com longo período de acompanhamento. Tese (Doutorado em Quimica Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2010.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.

2009

1.   Aderbal Ruy Teodoro da Silva. Diferenciaçao entre doença de alzheimer sintomatica e assintomática por meio da técnica de tissue microarray em cerebros humanos post-mortem. Tese (Doutorado em Doutorado) - Fundação Antônio Prudente, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2009.
Orientador: Helena Paula Brentani.
2.   Alexandre Ricardo Nardi. Uma arquitetura de baixo acoplamento para execução de padrões de controle de fluxo em grades. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
3.   Aline Andréia Cavalari. Modificações da parede celular de frutos do mamoeiro (Carica Papaya). Tese (Doutorado em Biologia Vegetal) - Universidade Estadual de Campinas, . 2009.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
4.   Ana Carolina Quirino Simões. Planejamento, gerenciamento e análise de dados de microarranjos de DNA para identificação de biomarcadores de diagnóstico e prognóstico de cânceres humanos. Tese (Doutorado em Bioinformatica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2009.
Orientador: Aline Maria da Silva.
5.   André Passaglia Schuch. Avaliação da ação genotóxica induzida pela radiação ultravioleta solar na molécula de DNA. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Instituto de Ciências Biomédicas - USP, . 2009.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
6.   Angela Fachel. Expressão gênica em larga escala em cancer de rim. Tese (Doutorado em Quimica Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2009.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
7.   Barbara P Melo. Busca de marcadores moleculares tecido-associados em regiões transcritas não caracterizadas do genoma humano. Tese (Doutorado em Bioinformatica) - Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: Helena Paula Brentani.
8.   Bruno Karolski. Análise do perfil genômico e de expressão gênica de microorganismos em diferentes áreas afetadas por BTEX na cidade de Cubatão, SP. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Instituto de Biociências, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2009.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
9.   Daniel Yasumasa Takahashi. Medidas de fluxo de informação com aplicação em neurociências. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2009.
Orientador: Koichi Sameshima.
10.   Giovanna Bezerra da Silva. Hemiceluloses em Pteridophyta: composição e implicações filogenéticas. Tese (Doutorado em Biodiversidade Vegetal e Meio Ambiente) - Instituto de Botânica, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2009.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
11.   GUILHERME MARCELLO QUEIROGA CRUZ. RETROTRANSPOSONS DAS FAMILIAS OPIE, HOPSCOTCH E MAGGY: DESVENDANDO AS INTERACOES COM O GENOMA DA CANA-DE-ACUCAR. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Instituto de Biociências, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2009.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
12.   Joao Henrique Burckas Ribeiro. Aprendizado Computacional Baseado em Distância a Segmentos de Reta. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2009.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
13.   Katia Cristina Pereira Oliveira. Expressão gênica em Schistosoma mansoni com o uso de microarrays de DNA. Tese (Doutorado em Quimica Bioquimica) - Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
14.   Luciana Mantzouranis. Análise do transcriptoma regulado pela quinase YakA em Dictyostelium. Tese (Doutorado em Bioquimica) - Instituto de Quimica da USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2009.
Orientador: Glaucia Mendes Souza.
15.   Maurício Egidio Cantão. Abordagem algébrica para seleção de clones ótimos em projetos genomas e metagenomas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2009.
Supervisor: João Eduardo Ferreira.

2008

1.   Aline Dias Brandão. Isolamento de cDNAs parciais de quatro genes do metabolismo de carboidratos e análise de seus padrões de expressão durante a fase inicial do desenvolvimento em plântulas de jatobá (Hymenaea courbaril L.). Tese (Doutorado em Biologia Celular e Estrutural) - Universidade Estadual de Campinas, . 2008.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
2.   Andrea Yoon Choi. Estudo de correlação temporal de ondass eletrofisiológicas entre o córtex pré-frontal e o hipocampo durante o aprendizado de uma tarefa comportamental de detecção de padrões temporais em ratos. Tese (Doutorado em Ciências (Fisiopatologia Experimental)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2008.
Orientador: Koichi Sameshima.
3.   Camila de Moura Egidio. Análise da expressão de RNAs não-codificadores intrônicos em tumores de mama. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2008.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
4.   Carolina Maria Berra. Estudos de reparo de DNA por excisão de nucleotídeos em lesões oxidativas em células de mamíferos. Tese (Doutorado em Microbiologia) - Instituto de Ciências Biomédicas - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2008.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
5.   Cesar Gustavo Lisboa. Aplicações biotecnológicas de polissacarídeos de plantas: uma estratégia sustentável para a produção em demanda. Tese (Doutorado em Biologia Molecular e Morfofuncional) - Universidade Estadual de Campinas, . 2008.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
6.   Jonas Weissmann Gaiarsa. Genômica comparativa de enzimas de degradação da parede celular vegetal em Xanthomonas, Xylella e Stenotrophomonas. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Instituto de Biociências, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2008.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
7.   Julio Cesar Levano Garcia. Caracterização bioquímica e imunológica das enzimas recombinantes ATP-difosfohidrolases 1 e 2 do parasita Schistosoma mansoni. Tese (Doutorado em Quimica Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2008.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
8.   Luciano Vieira de Araújo. Sistema colaborativo para armazenamento e análise de dados de HIV. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, NIH-USA Fundacao Pro-Sangue. 2008.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
9.   Luis Francisco Zirnberger Batista. Mecanismos de indução de apoptose pela presença de danos ao DNA: um estudo sobre o papel p53 na resistência de células de glioma a agentes quimioterápicos.. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2008.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
10.   Marcelo Ris. representaçao de sistemas biologicos a partir de sistemas dinamicos:controle da transcriçao a partir do estrógeno. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2008.
Supervisor: Helena Paula Brentani.
11.   Maria Rangel. Identificação de marcadores moleculares emcâncer de mama através da técnica de microarray utilizando uma plataforma de exons tumor-associados. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, . 2008.
Supervisor: Helena Paula Brentani.
12.   Márcio Katsumi Oikawa. Geração de expressões algébricas para processos de negócio usando reduções de digrafos série-paralelo. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, NIH-USA Fundacao Pro-Sangue. 2008.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
13.   Nádia Pereira de Castro. Análise do perfil de expressão gênica de carcinoma in situ e invasivo de mama através da técnica de microarray. Tese (Doutorado em Oncologia) - Hospital A C Camargo, . 2008.
Supervisor: Helena Paula Brentani.
14.   Patrícia Pinho Tonini. Conexão entre os processos de degradação das reservas de proteínas e carboidratos e o efeito dos hormônios e açúcares em sementes de Sesbania virgata (Cav.) PERS. Tese (Doutorado em Biologia Molecular e Morfofuncional) - Universidade Estadual de Campinas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2008.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
15.   Paulo Tadeu Meira e Silva de Oliveira. Aplicação do Algoritmo Genético no Mapeamento de Genes Epistáticos em Cruzamentos Controlados. Tese (Doutorado em Estatística) - Universidade de São Paulo, . 2008.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
16.   Regina Célia Pereira Marques. Identificação de genes de reparo de DNA em Caulobacter crescentos através de seleção de clones sensíveis a agentes genotóxicos.. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2008.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
17.   Ricardo Alexandre Leite. Uso de vetores adenovirais na identificação de grupo de complementação de pacientes com xeroderma pigmentosum e em animais deficientes em reparo de DNA.. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2008.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
18.   Thiago Motta Venancio. Análise computacional da expressão gênica no parasita protostomado Schistosoma mansoni. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2008.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.

2007

1.   Ana Claudia de Freitas Martinho. Neuropatia auditiva/dessincronia auditiva em crianças usuárias de implante coclear. Tese (Doutorado em Neurociências e Comportamento) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2007.
Orientador: Koichi Sameshima.
2.   Barbara Pereira de Mello. Busca de marcadores moleculares tecido-associados em regiões transcritas não caracterizadas do genoma humano. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, . 2007.
Orientador: Helena Paula Brentani.
3.   Daniela Carvalho Gonzalez. Identificação e caracterização de subunidades catalíticas e reguladoras de proteínas fosfatases de Dictyostelium discoideum. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2007.
Orientador: Aline Maria da Silva.
4.   Glauber da Costa de Brito. Análise da expressão de RNAs intrônicos não-codificadores em carcinomas de célula renal. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
5.   Helder Takashi Imoto Nakaya. Identificação e Análise de Expressão de RNAs Intrônicos Não Codificadores Humanos. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
6.   João Ruffin Leme de Godoy. Ecofisiologia do estabelecimento de leguminosas arbóreas da Mata Atântica, pertencentes à diferentes grupos funcionais, sob atmosfera enriquecida com CO2: uma abordagem sucessional. Tese (Doutorado em Biodiversidade Vegetal e Meio Ambiente) - Instituto de Botânica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2007.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
7.   Luciano Antonio Digiampietri. Workflows cientificos em bioinformatica. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
8.   Marcelo Rubens Machado. Estudo bioquímico e da estrutura foliar de plântulas do jatobá da mata (Hymenaea courbaril L.) e do cerrado (Hymenaea stigonocarpa Mart.) expostas à concentração elevada de CO2. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Estrutural) - Universidade Estadual de Campinas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2007.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
9.   Maria Cristina Rodrigues Rangel. Identificação de marcadores moleculares em câncer de mama através da tácnica de microarray utilizando uma plataforma de exons tumor-associados. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, . 2007.
Supervisor: Helena Paula Brentani.
10.   Maria Elisa Manetti. Diversidade de retrotransposons similares a Retrolyc1 em Solanum. Tese (Doutorado em Pos Graduação em Botânica) - Instituto de Biociências, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2007.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
11.   Marinalva Martins Pinheiro. Busca por genes relacionados a fenótipos mutadores em Caulobacter crescentus. Tese (Doutorado em Microbiologia) - Instituto de Ciências Biomédicas - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
12.   Melissa Gava Armelini. Estudos de reparo de DNA por excisão de nucleotídeos utilizando vetores virais. Tese (Doutorado em Microbiologia) - Instituto de Ciências Biomédicas - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
13.   Paulo Adriano Zaini. O stimulon de ferro em Xylella fastidiosa. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Aline Maria da Silva.
14.   Sidney Jurado de Carvalho. Estudo dos Aspectos Eletrostáticos da Interação Polieletrólito-Macroíon. Aspectos Gerais e Aplicação a Formação de Complexos Biomoleculares. Tese (Doutorado em Ciências Biomoleculares e Farmacológicas) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
15.   Thiago Venancio. Analise de expressao genica em Schistosoma mansoni. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Supervisor: Joao Carlos Setubal.
16.   WANESSA CRISTINA DE LIMA. Mapeamento de ilhas de trasferência gênica em Xanthomonas axonopodis pv. citri e Xanthomonas campestris pv. campestris. Tese (Doutorado em Microbiologia) - Instituto de Ciências Biomédicas - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
17.   Érika Maria de Jesus. Caracterização da diversidade de famílias de elementos transponíveis expressos em cana-de-açúcar (Saccharum spp). Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Botânica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.

2006

1.   Ana Claudia Oliveira Carreira. Expressão e caracterização de mutantes pontuais da Calcio-ATPase de músculo. Tese (Doutorado em Quimica Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2006.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
2.   Clovis Oliveira Silva. Purificação e caracterização de uma alfa-galactosidase de endposperma de Coffea arábica var. Mundo Novo, e sua importância no processo de biossíntese do manano de reserva. Tese (Doutorado em Biologia Molecular e Morfofuncional) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2006.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
3.   Flávia Riso Rocha. Identificação e análise funcional de genes relacionados à transdução de sinais na cana-de-açúcar. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Instituto de Química - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2006.
Orientador: Glaucia Mendes Souza.
4.   Francisco Sobreira Netto. Medição de desempenho do gerenciamento de processos de negócio -BPM no PNAFE: uma proposta de modelo. Tese (Doutorado em Administração) - Universidade de São Paulo, . 2006.
Supervisor: João Eduardo Ferreira.
5.   KERONNINN MORENO LIMA BESSA. Estudo de respostas celulares induzidas por irradiação ultravioleta através da transdução de cDNA da polierase eta e fotoliases. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Instituto de Ciências Biomédicas - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2006.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
6.   Leandro Marcio Moreira. Análise estrutural e funcional do genoma de Xanthomonas axonopodis pv. citri. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2006.
Orientador: Aline Maria da Silva.
7.   Natália Barreto Frederigue Lopes. Reconhecimento de padrões auditivos de freqüência e de duração em crianças usuárias de implante coclear multicanal. Tese (Doutorado em Neurociências e Comportamento) - Universidade de São Paulo, . 2006.
Orientador: Koichi Sameshima.
8.   Rodrigo Louro. Caracterização de transcritos humanos: novos genes da família das pequenas GTPases e novos RNAs intrônicos não-codificantes. Tese (Doutorado em Quimica Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2006.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.

2005

1.   Ana Maria da Silva. Caracterização da parede celular de Saccharrum officinarum L. (cana-de-açúcar) e Brachiaria decumbens Stapf (braquiária). Tese (Doutorado em Biologia Molecular e Morfofuncional) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2005.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
2.   Juliana Moreira Sousa. Caracterização molecular da proteína DdI-2 e mapeamento de seus domínios de interação com a proteína fosfatase 1 de Dictyostelium discoideum.. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2005.
Orientador: Aline Maria da Silva.
3.   Lourdes Isabel Velho do amaral. Metabolismo de carboidratos estruturais e de reserva em cotilédones de Hymenaea courbaril L var. stilbocarpa (Jatobá). Tese (Doutorado em BOTÂNICA) - Universidade de São Paulo, . 2005.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
4.   MARIA CAROLINA NASSER MARCHETTO. Transdução gênica in vitro e in vivo de genes relacionados à síndrome humana xeroderma pigmentosum. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2005.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
5.   Myna Nakabashi. Genes parálogos AtXPB1 e AtXPB2: estudo da duplicação e expressão em Arabidopsis thaliana.. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Botânica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2005.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
6.   Raquel Bagattini. Estudo da função de keaA no controle do crescimento, desenvolvimento e resposta a estresses em Dictyostelium. Tese (Doutorado em Bioquimica) - Instituto de Quimica da USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2005.
Orientador: Glaucia Mendes Souza.

2004

1.   Alessandro M. Varani. Análise comparativa de integrases de 4 linhagens de Xylella fastidiosa. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Instituto de Biociências, . 2004.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
2.   Clóvis Fernandes de Oliveira Junior. Efeito de oligossacarídeos de xiloglucano sobre o crescimento de células de Rudgea jasminoides (rubiaceae) cultivadas in vitro. Tese (Doutorado em BOTÂNICA) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2004.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
3.   Douglas Silva Domingues. SURE e Garapa: caracterização molecular e distribuição de dois retrotransposons com LTR em cana-de-açúcar. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2004.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
4.   Regina Yuri Hashimoto Miura. Análise da expressão do retrotransposon Retrolyc1 em Lycopersicon esculentum e Lycopersicon peruvianum. Tese (Doutorado em Pos Graduação em Botânica) - Instituto de Biociências, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2004.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
5.   RENATA MEDINA DA SILVA. Envolvimento da proteína Thi4 na proteção à instabilidade mitocondrial e ao estresse oxidativo em Saccharomyces cerevisiae. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2004.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.

2003

1.   Ana Maria Maaz Acosta Alvarez. Contribuição de uma avaliação de audição dicótica para diagnóstico da doença de Alzheimer. Tese (Doutorado em Ciências (Fisiopatologia Experimental)) - Universidade de São Paulo, . 2003.
Orientador: Koichi Sameshima.
2.   Ariane Machado-Lima. Predição Computacional de Genes de RNA. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2003.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
3.   Deborah Viviani Ferrari. A telemetria de respostas neurais para registrar o potencial de ação composto eletricamente evocado do nervo coclear em crianças usuárias de implante coclear multicanal. Tese (Doutorado em Neurociências e Comportamento) - Universidade de São Paulo, . 2003.
Orientador: Koichi Sameshima.
4.   Helenice Charchat. Heterogeneidade neuropsicológica no processo de envelhecimento: transição do normal aos estágios iniciais da doença de Alzheimer. Tese (Doutorado em Neurociências e Comportamento) - Universidade de São Paulo, . 2003.
Orientador: Koichi Sameshima.
5.   Leonardo Costa Fiorini. Identificação de gene codificadores de serina/treonina fosfatases em Dictyostelium discoideum e caracterização funcional da proteína fosfatase do tipo 4 (PP4).. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: Aline Maria da Silva.
6.   Marisa Moura Momoli. Aspectos funcionais do gene thi1 em plantas selvagens e mutantes de Arabidopsis thaliana (Brassicaceae). Tese (Doutorado em Pos Graduação em Botânica) - Instituto de Biociências da USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
7.   Patricia G. Morgante. Organização genômica e estudos da função do gene araXPB em Arabidopsis thaliana. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Botânica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
8.   Renato Anghinah. Estudo do espectro e da coerência do EEG em indivíduos adultos normais e com Doença de Alzheimer. Tese (Doutorado em Neurologia) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2003.
Orientador: Koichi Sameshima.
9.   Ricardo deMarco. Construção de bibliotecas de cDNA com métodos de RT-PCR de baixa estringência e primers híbridos consenso-degenerados e clonagem da apirase de S. mansoni. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
10.   RODRIGO DA SILVA GALHARDO. Aspectos evolutivos e funcionais do gene thi1 de Arabdopsis thaliana. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
11.   VANESSA CHIGANÇAS. Mecanismos sinalizadores de apoptose após UV em células de mamíferos. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.

2002

1.   Denis Ubeda de Lima. Interação molecular entre celulose e hemiceluloses e suas implicações biológicas e tecnológicas. Tese (Doutorado em Biologia Vegetal) - Universidade Estadual de Campinas, . 2002.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
2.   DOUGLAS DALLE LUCHE. Estudo das atividades bioquímicas da proteína Thi1 de Arabidopsis thaliana. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, . 2002.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
3.   Henrique Pessoa dos Santos. : O controle da degradação do xiloglucano de cotilédones de Hymenaea courbaril L. e a sua relação com o crescimento inicial da plântula. Tese (Doutorado em Biologia Vegetal) - Universidade Estadual de Campinas, . 2002.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
4.   Marcelo Zerillo. Estrutura do genoma de Leifsonia xuli pv cynodontis e impacto de elementos IS. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2002.
Supervisor: Marie-Anne Van Sluys.
5.   Marco Aurélio Silva Tiné. O conteúdo informacional da molécula de xiloglucano de Hymenaea courbaril reflete suas funções em nível celular. Tese (Doutorado em Biologia Molecular e Morfofuncional) - Universidade Estadual de Campinas, . 2002.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
6.   Nalvo Franco de Almeida Jr. Ferramentas computacionais para comparacao de genomas. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2002.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
7.   Reginaldo Pereira da Silva. Análise qualitativa e quantitativa de atividades de conjuntos neuronais do tálamo e hipocampo em ratos normais e sob efeito da fenitoína. Tese (Doutorado em Ciências (Fisiologia Humana)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2002.
Orientador: Koichi Sameshima.

2001

1.   ALYSSON RENATO MUOTRI. Modulação da expressão do gene de reparo de DNA xpa por meio de vetores genéticos em células humanas. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo, . 2001.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
2.   Flavia Stal Papini-Terzi. Estudos de complementação de mutantes de Arabidopsis thaliana com o gene thi1. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Botânica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
3.   Juliana L R Fietto. Clonagem da ATP-difosfohidrolase de S. mansoni. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
4.   Milkes Yone Alvarenga. Modelagens matemática e computacional de circuitarias neuronais envolvidas na gênese de atividade elétrica oscilatória e sua relação com processos epileptogênicos. Tese (Doutorado em Matemática Aplicada) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2001.
Orientador: Koichi Sameshima.
5.   Pio Donizete Alduíno Zapella. Caracterização de alguns componentes envolvidos na desfosforilção de proteínas fosforiladas em resíduos de serina e treonina em Neurospora crassa. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001.
Orientador: Aline Maria da Silva.
6.   Sheila Andreoli Balen. Reconhecimento de padrões auditivos de freqüência e de duração: desempenho de crianças escolares de 7 a 11 anos. Tese (Doutorado em Neurociências e Comportamento) - Universidade de São Paulo, . 2001.
Orientador: Koichi Sameshima.

2000

1.   EDUARDO M REIS. Expressão heteróloga da Ca-ATPase de coelho em levedura. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2000.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
2.   Giulio Cesare Stancato. Assimilação e partição do carbono na orquídea epífita (Cattleya forbesii Lindl. X Laelia tenebrosa Rolfe) sob influência na Luz e do Déficit Hídrico. Tese (Doutorado em Biologia Vegetal) - Universidade Estadual de Campinas, . 2000.
Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.
3.   Paula Gonçalves de Araújo. Diversidade da Região U3 do retrotransposon Retrolyc1 em quatro espécies do gênero Lycopersicon spp.. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Botânica)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2000.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
4.   Paulo Henrique Netto de Alcântara. : Purificação e caracterização de uma xiloglucano-endo-transglicosilase de cotilédones de Hymenaea courbaril (Jatobá). Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biologia Molecular)) - Universidade Federal de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2000.
Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.
5.   RENATA MARIA AUGUSTO DA COSTA. Participação do gene ATXPB1 no reparo de DNA em Arabidopsis thaliana. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2000.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
6.   SORAIA ATTIE CALIL JORGE. Estudo de Reparo de DNA e mutagênese em células de mamíferos empregando vetores epissomais. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo, . 2000.
Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.


(*) Relatório criado com produções desde 2000 até 2024
Data de processamento: 22/04/2024 12:46:18