Programa de Pós Graduação em Bioinformática

Tese de doutorado


Número total de itens: 237

2024

1.   Bruno Padilha. Classificação colaborativa de imagens para conjuntos de dados Expansíveis. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Tribunal de Justiça de São Paulo. 2024.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
2.   Diana Suzana Martinez Corcino. Arquitetura molecular do Locus Xa21 em resposta à infecção por Xanthomonas em cana de açúcar. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Instituto de Biociências, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2024.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
3.   Elizabeth Magiolo Coser. Identificação e validação funcional de genes associados à suscetibilidade e resistência à paromomicina em Leishmania spp.. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2024.
Supervisor: Joao Marcelo Pereira Alves.
4.   Felipe de Oliveira Franco. Desenvolvimento de uma ferramenta de auxílio diagnóstico para o transtorno do espectro autista,. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo, . 2024.
Orientador: Helena Paula Brentani.
5.   Fernando Pacheco Nobre Rossi. ANÁLISE COMPARATIVA E FUNCIONAL DE PRÓFAGOS IDENTIFICADOS EM PSEUDOMONAS AERUGINOSA. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2024.
Orientador: Aline Maria da Silva.
6.   Guillermo Uceda Campos. Distribution, Dynamics, and Diversity of the Antiphage Immune Systems in Prokaryotic Genomes and Metagenomes. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2024.
Supervisor: Joao Carlos Setubal.
7.   Heitor Baldo. Towards a Quantitative Theory of Digraph-Based Complexes and its Applications in Brain Network Analysis. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2024.
Orientador: Koichi Sameshima.
8.   Henrique Moura Dias. INVESTIGANDO OS ASPECTOS BIOLÓGICOS DE THI1 EM PLANTAS. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Instituto de Biociências, . 2024.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
9.   Jennifer Montoya Neyra. Genomic profile of pharmacogenetic markers and fitting prediction models for maintenance doses of warfarin. Tese (Doutorado em BIOINFORMÁTICA) - PROGRAMA INTERUNIDADES DE PÓS-GRADUAÇÃO EM BIOINFORMÁTICA, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2024.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
10.   Vania Gabriela Sedano. Metabolismo de sacarose e a interação planta microrganismos. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Instituto de Biociências, . 2024.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
11.   Vitor Trinca. Replicação diferencial e transcrição nas glândulas salivares de Bradysia hygida (Diptera, Sciaridae).. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2024.
Supervisor: Tatiana Teixeira Torres.

2023

1.   Daisy Woellner Santos. Identificação de epítopos antigênicos do parasita Schistosoma mansoni alvejados pela resposta imune de macacos rhesus (Macaca mulatta) auto curados e resistentes à reinfecção utilizando uma biblioteca de Phage display contendo sequências de DNA sintéticas.. Tese (Doutorado em Quimica Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2023.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
2.   Francisco Fernandes. Estrutura de dependência do genoma humano usando modelos com correlação entre indivíduos. Tese (Doutorado em Estatística) - Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo, . 2023.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
3.   Hugo Kenji Pereira Harada. Equivalência da Análise Longitudinal de Dados Multidimensionais através da Teoria da Resposta ao Item e de Modelos de Equações Estruturais. Tese (Doutorado em Estatística) - Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo, . 2023.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
4.   Mariana Verzaro. A colaboração entre indústria e a pesquisa em neurociência na avaliação cognitiva por testes psicofísicos via aplicativo móvel. Tese (Doutorado em Neurociências e Comportamento) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2023.
Orientador: Koichi Sameshima.
5.   Remigio Cenepo Escobar Rodrigues. Recuperação de elementos genéticos móveis e prospecção de genes de resistência a antibióticos em dados metagenômicos de compostagem termofílica. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2023.
Orientador: Aline Maria da Silva.
6.   Stephanie Sibinelli de Sousa. Identificação e caracterização de novos efetores secretados pelo sistema de secreção do tipo VI em Salmonella spp. Tese (Doutorado em Microbiologia) - Instituto de Ciencias Biomedicas - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2023.
Supervisor: Robson Francisco de Souza.

2022

1.   David Abraham Morales Vicente. Caracterização da evolução dos RNAs longos não-codificadores no transcriptoma do cortex cerebral em desenvolvimento.. Tese (Doutorado em Quimica Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2022.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
2.   Deyvid Emanuel Amgarten. Predição em sequências de vírus de procariotos através da aplicação de técnicas de aprendizado de máquina em dados metagenômicos. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2022.
Orientadores: Aline Maria da Silva, Joao Carlos Setubal.
3.   Gabriel Nassar Reich Goldstein. Análise evolutiva de Genes Novos em Drosophila através dos Transcriptomas da Gametogênese. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2022.
Orientador: Maria Dulcetti Vibranovski.
4.   Gilbert de Oliveira Silveira. Caracterização funcional de RNAs longos não-codificadores de proteínas em Schistosoma mansoni. Tese (Doutorado em Quimica Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2022.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
5.   Jhonatas Sirino Monteiro. Investigações sobre os mecanismos moleculares da angiogênese com base em dados de expressão gênica num modelo murino, e sua aplicação no prognóstico do câncer de mama. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2022.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
6.   Livia Maria da Silva Moura. Recovery of high-quality MAGs in time-serial metagenomic data and FixAME development: an assisting curation tool of genomic assembly error. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2022.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
7.   Raquel Paulini Miranda. Análise comparativa de genomas de quatro estirpes de Xanthomonas albilineans e prospecção de genes alvo para estudo de associação a fenótipos conhecidos. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Biociências, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2022.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
8.   Raquel Riyuzo de Almeida Franco. Diversidade taxonômica e funcional da microbiota de fezes de macacos bugios (Alouatta spp.) de cativeiro e vida livre. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2022.
Orientador: Aline Maria da Silva.
9.   Raquel Riyuzo Franco. Diversidade taxonômica e funcional da microbiota de fezes de macacos bugios (Alouatta spp.) de cativeiro e vida livre. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2022.
Supervisor: Joao Carlos Setubal.

2021

1.   ALAN PÉRICLES RODRIGUES LORENZETTI. Investigação sistêmica da regulação de transcritos codificadores de transposases pela chaperona SmAP1 em Halobacterium salinarum. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2021.
Orientador: Tie Koide.
2.   Alexandre Morimitsu. Algoritmos e Estruturas de Dados para Hiperárvores de Componentes de Imagens em Níveis de Cinza. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2021.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
3.   Cainã Max Couto da Silva. Influência da Seleção Natural em Populações Nativas de Diferentes Ecorregiões Americanas. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade de São Paulo, . 2021.
Orientador: Tabita Hunemeier.
4.   Cinthia Caroline Alves. Caracterização Estrutural do Polimorfismo -964G>A na Interação do Fator de Transcrição HIF1 com seu Elemento Regulatório na Região Promotora do Gene HLA-G. Tese (Doutorado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto, . 2021.
Orientador: Silvana Giuliatti.
5.   Diogo Maciel Duarte da Mota. Análise do componente genético do Diabetes Mellitus tipo 2. Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2021.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
6.   Marcos Araújo Castro e Silva. Diversidade e Evolução das Populações Brasileiras. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2021.
Orientador: Tabita Hunemeier.

2020

1.   Alysson Henrique Urbanski. Análise do Repertório Imunológico a partir de Amostras de RNA-seq no Contexto de Doenças Infecciosas, Vacinação e Tumores. Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2020.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
2.   Amanda Pereira Vasconcelos. Integração de dados de transcriptoma com dados clínicos e imunológicos. Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2020.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
3.   Andre Rocha Barbosa. Estudo de redes de co-expressão gênica do imprintoma da placenta e cérebro, entre sexos, e sua relação com o Transtorno do Espectro Autista (TEA).. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2020.
Orientador: Helena Paula Brentani.
4.   Diógenes Saulo de Lima. Biologia de Sistemas de RNAs Não Codificadores Longos na Vacinação. Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, . 2020.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
5.   Elvira Regina Tamarozzi. Caracterização Estrutural de Dectin-1 Humana e Análise de Interação com seus Alvos Moleculares β-glucanos e Syk. Tese (Doutorado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2020.
Orientador: Silvana Giuliatti.
6.   Jeffersson Leandro Jimenez Restrepo. Desenvolvimento e validação de um score de desregulação das vias de reparo de DNA na predição do prognostico em diferentes tipos de câncer. Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2020.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
7.   Juan Carlo Santos e Silva. Aplicação de Ferramentas Genômicas para o Estudo de Bases de Dados Epidemiológicos. Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2020.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
8.   Mindy S Muñoz. Expression profile of lncRNAs in prostate cancer cell lines. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2020.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
9.   Thomaz Luscher Dias. A network medicine approach reveals genetic mechanisms and drug candidates for Psychiatric Diseases. Tese (Doutorado em Bioquímica e Imunologia) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2020.
Supervisor: Helder Takashi Imoto Nakaya.
10.   Tiago Lubiana Alves. Criando um grafo de conhecimento biológico através do Wikidata com foco no projeto Human Cell Atlas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2020.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
11.   Verônica Luiza Vale Euclydes Colovati. Exposição ao estresse gestacional, alterações transcricionais na placenta e diferença entre os sexos; genes associados ao imprintoma são importantes?. Tese (Doutorado em Psiquiatria) - Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2020.
Orientador: Helena Paula Brentani.

2019

1.   Alexandre Videira. Efeito do lincRNA PVT1 associado ao potenciador de Zeste homólogo 2 (EZH2) e ao receptor de andrógeno (AR) sobre a expressão gênica em larga escala em células LNCaP de câncer de próstata. Tese (Doutorado em Quimica Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2019.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
2.   Augusto Cesar Crivellari. PROSPECÇÃO in silico DE PEQUENOS RNAs NA RELAÇÃO DE FUNGOS FITOPATOGÊNICOS E SEUS HOSPEDEIROS. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Instituto de Biociências, . 2019.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
3.   Cesar Augusto Prada Medina. Studying Juvenile Idiopathic Arthritis through a Network Medicine Approach. Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
4.   Felipe Prata Lima. Classificação Taxonômica de Sequências obtidas com Meta-ômicas por meio de Integração de Dados. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2019.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
5.   Gisele Antoniazzi Cardoso. Evolução da expressão gênica na família Calliphoridae: um modelo para o estudo do hábito alimentar. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2019.
Orientador: Tatiana Teixeira Torres.
6.   Jeevan Giddaluru. Study of Transmission of Diseases Using Cell Phone from Infected People. Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2019.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
7.   Junier Marrero Gutierrez. Regulação pós-transcricional em Halobacterium salinarum NRC-1: caracterização do gene VNG_RS05855. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Orientador: Tie Koide.
8.   Liliane Santana Oliveira Kashiwabara. Uma abordagem integrada para a construção e utilização de HMMs de perfil para análises genômicas e metagenômicas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Supervisor: Alan Mitchell Durham.
9.   MINA CINTHO OZAHATA. Mineração de dados de anemia falciforme e priapismo. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2019.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
10.   Pedro de Sá Tavares Russo. Desenvolvimento de uma Ferramenta Computacional para Análise de Co-Expressão Gênica e sua Aplicação na Biologia de Sistemas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2019.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
11.   Pedro Ivo Gomes de Faria. Ordenação evolutiva de genes. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2019.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
12.   Thiago Dominguez Crespo Hirata. Análise dos Mecanismos Regulatórios Transcricionais Mediados por microRNAs na Síndrome Metabólica. Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, . 2019.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
13.   Viviane Neri de Souza Reis. Estudo da vulnerabilidade genética nos Transtornos do Espectro Autista. Tese (Doutorado em psiquiatria) - Instituto de Psiquiatria do Hospital das Clinicas da FMUSP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Orientador: Helena Paula Brentani.

2018

1.   Adèle Helena Ribeiro. Identification of Causality in Genetics and Neuroscience. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Supervisor: Júlia Maria Pavan Soler.
2.   Alex de Oliveira Ribeiro. Testes da Herdabilidade Multivariada em Dados de Pedigrees. Tese (Doutorado em Estatística e Experimentação Agropecuária) - Universidade Federal de Lavras, . 2018.
Supervisor: Júlia Maria Pavan Soler.
3.   Ana Paula Silva de Souza. Caracterização bioquímica e funcional da adesina XadA3 de Xylella fastidiosa.. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2018.
Orientador: Aline Maria da Silva.
4.   Andrew Maltez Thomas. Investigação de perfis microbianos humanos e sua relação com câncer gástrico e coloretal. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
5.   Bianca Cristina Garcia Lisboa. Estudos de redes de co-expressão gênica do córtex frontal e estriado (estudo post mortem) de indivíduos portadores de TOC e controles. Tese (Doutorado em Psiquiatria) - Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, . 2018.
Orientador: Helena Paula Brentani.
6.   Camila Araújo. Análise comparativa da maturação e do escape do fagossomo de diferentes espécies do complexo Mycobacterium tuberculosis em macrófagos.. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Orientador: Ana Marcia de Sá Guimarães.
7.   Débora Pagliuso. O papel de apiose no metabolismo de carboidratos estruturais de Spirodela polyrhiza. Tese (Doutorado em Interunidades em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
8.   Joel Edu Sanchez Castro. Seleção de Modelos para o Aprendizado de Hipóteses Booleanas. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2018.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
9.   José Deney A. de Araújo. Análise de bancos de dados epidemiológicos usando ferramentas genômicas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, FIPFARMA. 2018.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
10.   Lauana Pereira de Oliveira. Respostas mediadas por carboidratos durante o desenvolvimento da cana-de-açúcar frente às mudanças climáticas. Tese (Doutorado em Interunidades em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2018.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
11.   Mariana Brolezzi Gomes Latarullo. Caracterização bioquímica e estrutural de enzimas lignocelulósicas produzidas por fungos e actinomicetos endofíticos. Tese (Doutorado em Interunidades em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.
12.   Mauro de Medeiros Oliveria. Transcriptoma, sítios de ligação para fatores de transcrição e região promotora de cana-de-açúcar. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Supervisor: Alan Mitchell Durham.
13.   Paula Prieto Oliveira. SIMTAR 2.0: Uma ferramenta mais precisa na identificação de SNPs interferindo em sítios alvos de microRNAs. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2018.
Supervisor: Helena Paula Brentani.

2017

1.   Ana Carolina Soares. Análise de microbiomas das esponjas do sistema recifal amazônico. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
2.   Andrew Scott Warren. Methods for Analysis of Prokaryotic Genome Architecture. Tese (Doutorado em Computer Science) - Virginia Polytechnic Institute and State Universit, . 2017.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
3.   Bruno Viana Navarro. Marcadores bioquímicos associados ao metabolismo de carboidratos durante a embriogênese zigótica e somática de Araucaria angustifolia (Bert O. Ktze). Tese (Doutorado em Interunidades em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, . 2017.
Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.
4.   Cristina Kraemer Zimpel. Adaptação de Mycobacterium bovis à hospedeiros: uma análise genômica e transcricional. Tese (Doutorado em Epidemiologia Experimental Aplicada Às Zoonoses) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2017.
Orientador: Ana Marcia de Sá Guimarães.
5.   Felipe ten Caten. A transcrição pervasiva na archaea Halobacteriu salinarum NRC-1 e a identificação de novos transcritos. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2017.
Orientador: Tie Koide.
6.   Jorge Shiro Inamori Takashima. Estudo eletroencefalográfico do planejamento motor. Tese (Doutorado em Radiologia) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
Orientador: Koichi Sameshima.
7.   José Vicente Gomes-Filho. RNAs não-codificantes associados a IS200/605: identificação e caracterização funcional na archaea Halobacterium salinarum NRC-1. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2017.
Orientador: Tie Koide.
8.   Jussara Kasuko Palmeiro. Epidemiologia Molecular e Caracterização dos Determinantes Genéticos de Resistência aos Antimicrobianos em Isolados Clínicos de Enterobacteriaceae. Tese (Doutorado em Doutorado em Biotecnologia Aplicada à Saúde da Criança e do Adolescente) - Faculdades Pequeno Príncipe, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
Supervisor: Robson Francisco de Souza.
9.   Lucas Ferreira da Silva. LincRNAs fisicamente associados ao receptor de andrógeno modificam o perfil de marcas da cromatina vizinha e alteram a expressão gênica local. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
Orientadores: Joao Carlos Setubal, Sergio Verjovski Almeida.
10.   Maria Luiza Guimarães de Oliveira. Análise da Diversidade dos Genes HLA-G, ILT-2 e ILT-4 em Indivíduos da População Brasileira. Tese (Doutorado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2017.
Supervisor: Silvana Giuliatti.
11.   Natália de Souza Araujo. Expressão de Genes Envolvidos no Comportamento Social de Abelhas com Diferentes Níveis de Eussocialidade. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade de São Paulo, . 2017.
Supervisor: Tatiana Teixeira Torres.
12.   Oséias Rodrigues Feitosa Junior. Caracterização do secretoma de cepas Xylella fastidiosa. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
Orientador: Aline Maria da Silva.
13.   Patrícia Conceição Gonzalez DIas. Vacinologia de Sistemas Aplicada à Vacina VSV-ZEBOV contra Ebola. Tese (Doutorado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2017.
Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
14.   Paulo Marques Pierry. Transcritômica comparativa de cepas de Xylella fastidiosa. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2017.
Orientador: Aline Maria da Silva.
15.   Rodrigo Guarischi Mattos Amaral de Sousa. The transcriptome of oxygen-induced retinopathy and an angiogenesis-based prognostic gene signature for prediction of breast cancer relapse. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2017.
Orientador: Joao Carlos Setubal.

2016

1.   Abner Cardoso Rodrigues Neto. Caracterização e modelagem da atividade eletrofisiológica em pacientes com epilepsia. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2016.
Orientador: Koichi Sameshima.
2.   André Luis Schwerz. Sistemas de informação cientes de processos, robustos e confiáveis. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2016.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
3.   Bruno Rubens Flausino Teixeira. Papel do glucano de ligação mista na formação do aerênquima em raízes de plântulas de Sorghum bicolor. Tese (Doutorado em INTERNACIONAL BIOLOGIA) - Universidade de São Paulo, . 2016.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
4.   Dinar Yunusov. Caracterização do HIPSTR destaca o padrão de expressão heterogênea de lncRNAs em embriões humanos e linhagens estáveis de células.. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2016.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
5.   João Marcelo Borovina Josko. João Marcelo Borovina Josko. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2016.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
6.   Leticia Anderson. Regulação epigenética da expressão gênica de Schistosoma mansoni induzida por inibidor de histona deacetilase.. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2016.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
7.   Luciana Principal Antunes. ESTUDOS DE METAGENÔMICA E METATRANSCRITÔMICA DA COMUNIDADE MICROBIANA DA COMPOSTAGEM DO ZOOLÓGICO DE SÃO PAULO. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2016.
Orientadores: Aline Maria da Silva, Joao Carlos Setubal.
8.   Nicholas W. VanKuren. New gene evolution in Drosophila melanogaster. Tese (Doutorado em Ecology and Evolution) - University of Chicago, . 2016.
Supervisor: Maria Dulcetti Vibranovski.
9.   Rafael Liberato Roberto. Aumentando a migração de instâncias não complacentes em sistemas de informação cientes de processos. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2016.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
10.   Tiago Ferraz da Silva. Inferências sobre o Povoamento da América a partir de dados Paleogenômicos. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2016.
Orientador: Tabita Hunemeier.

2015

1.   ADRIANA GRANDIS. Papel das enzimas de degradação da parede celular na formação do aerênquima em raízes de cana de açúcar. Tese (Doutorado em BOTÂNICA) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2015.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
2.   Carlos DeOcesano Pereira. INXS, um longo RNA não codificador de proteínas mediador da apoptose. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2015.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
3.   Cyrus Antônio Villas-Boas. Envolvimento do córtex orbitofrontal, do núcleo basolateral da amiígdala e do córtex cingulado anterior no processo de tomada de decisão, em ratos. Tese (Doutorado em Fisiologia) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2015.
Supervisor: Koichi Sameshima.
4.   Deibs Barbosa. Análise computacional da variação do potencial metabólico microbiano em metagenomas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2015.
Orientadores: Aline Maria da Silva, Joao Carlos Setubal.
5.   Joana Carvalho Moreira de Mello. Estado Epigenético do Cromossomo X em Tecidos Extra Embrionários Humanos e Bovinos. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2015.
Supervisor: Maria Dulcetti Vibranovski.
6.   Leandro de Araujo Lima. Uma abordagem integrativa usando dados de interação proteína-proteína e estudos genéticos para priorizar genes e funções biológicas em transtorno de déficit de atenção e hiperatividade. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo, . 2015.
Orientadores: Helena Paula Brentani, Ronaldo Fumio Hashimoto.
7.   Liliane Santana Oliveira. Caracterização de Sequências Virais em Metagenomas. Tese (Doutorado em Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2015.
Supervisor: Alan Mitchell Durham.
8.   Livia Soares Zaramela. Identificação e caracterização de RNAs não codificantes ligantes a Lsm no extremófilo Halobacterium salinarum. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2015.
Orientador: Tie Koide.
9.   Marcos E. B. Broinizi. Ordenação evolutiva de anúncios em publicidade computacional.. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, . 2015.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
10.   Maria Gabriela Fontanetti Rodrigues. Análise da Metilação do DNA de Seleções de Figueira (Ficus carica L.) por MSAP e Sequenciamento. Tese (Doutorado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2015.
Orientador: Silvana Giuliatti.
11.   Milton Y. Nishiyama Jr. Desenvolvimento da Plataforma CaneRegNet para Anotação Funcional e Análise do Transcriptoma da Cana-de-Açucar. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2015.
Supervisor: João Eduardo Ferreira.
12.   Sérgio Nery Simões. Uma abordagem integrativa usando dados de interação proteína-proteína e estudos genéticos para priorizar genes e funções biológicas em transtorno de déficit de atenção e hiperatividade. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2015.
Orientadores: Helena Paula Brentani, Ronaldo Fumio Hashimoto.
13.   Wonder Alexandre Luz Alves. Últimos Levelings: Conceitos, propriedades, algoritmos e aplicações em Processamento e Análise de Imagens. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, . 2015.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.

2014

1.   Bruna Cersózimo Arenque-Musa. Papel do metabolismo de carboidratos nas respostas ecofisiológicas da árvore amazônica Senna reticulata cultivada sob diferentes estresses abióticos. Tese (Doutorado em BOTÂNICA) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2014.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
2.   Diogo Ferreira da Costa Patrão. Desenvolvimento e avaliação de ferramentas computacionais para triagem automática de sujeitos de pesquisa. Tese (Doutorado em Oncologia) - Hospital A C Camargo, . 2014.
Orientador: Helena Paula Brentani.
3.   Igor Bonadio. Predição de Genes Utilizando Modelos de Covariância. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2014.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
4.   Nancy de Castro Stoppe. Prospeção de marcadores para o rastreamento de fontes de contaminação fecal em águas superficiais no Estado de São Paulo. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2014.
Supervisor: Tatiana Teixeira Torres.
5.   Omar Julio Sosa. Análise computacional de dados de RNAseq e exoma em câncer de pâncreas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2014.
Supervisor: Joao Carlos Setubal.
6.   Pedro Losco Takecian. Diretrizes metodológicas e validação estatística de dados para a construção de data warehouses. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, NIH-USA Fundacao Pro-Sangue. 2014.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
7.   Tiago M Fragoso. Seleção bayesiana de variáveis em modelos multiníveis da teoria de resposta ao item com aplicações em genômica. Tese (Doutorado em Estatística) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2014.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.

2013

1.   Amanda Rusiska Piovezani. DESENVOLVIMENTO DE UMA FERRAMENTA DE BIOINFORMÁTICA PARA INTEGRAÇÃO DAS ESCALAS DE TRANSCRIÇÃO GÊNICA, PROTEÔMICA E FISIOLOGIA UTILIZANDO SORGO E CANA-DE-AÇÚCAR COMO SISTEMAS MODELOS. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
2.   André Guilherme da Costa Martins. Genes codificadores de proteínas de choque térmico (Hsp) de espécies do gênero Trypanosoma: repertório, polimorfismo, organização genômica e relações filogenéticas. Tese (Doutorado em Ciência (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)) - Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2013.
Supervisor: Joao Marcelo Pereira Alves.
3.   Carmen Eusebia Palacios Jara. Substâncias fenólicas de sorgo (Sorghum bicolor (L.) Moench) cultivado sob estresse hídrico e atmosfera enriquecida de gás carbônico. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Botânica)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2013.
Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.
4.   Carolina Cappi. Análise de CNVs em TOC. Tese (Doutorado em psiquiatria) - Instituto de Psiquiatria da FMUSP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Supervisor: Helena Paula Brentani.
5.   Daniel Macedo de Melo Jorge. Busca In Silico de Inibidores de Fosfolipase A2 de Apis mellifera com Validação In Vitro e In Vivo. Tese (Doutorado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2013.
Orientador: Silvana Giuliatti.
6.   Daniele Yumi Sunaga de Oliveira. Biologia Computacional aplicada para a análise de dados em larga escala. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Supervisor: Ronaldo Fumio Hashimoto.
7.   Murilo Sena Amaral. Caracterização da interação entre RNAs não codificadores (ncRNAs) intrônicos e proteínas com domínios de ligação a RNA. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2013.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
8.   Nilson Nicolau Junior. Diferenças Estruturais e "Docking" Receptor-Ligante da Proteína E7 do Vírus do Papiloma Humano (HPV) de Alto e Baixo Riscos para o Câncer Cervical. Tese (Doutorado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2013.
Orientador: Silvana Giuliatti.
9.   Paula Cristina Gasperazzo Turrini. INFLUÊNCIA DE ELEMENTOS MÓVEIS EM LINHAGENS DE XANTHOMONAS ORYZAE. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
10.   Sabrina Ribeiro Latansio Aidar. Economia do Nitrogênio em Árvores Tropicais. Tese (Doutorado em Biologia Vegetal) - Universidade Estadual de Campinas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2013.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
11.   Vinicius Ramos Henriques Maracajá Coutinho. Caracterização in silico e análise de expressão de RNAs não codificadores longos no genoma de eucariotos. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Orientadores: Joao Carlos Setubal, Sergio Verjovski Almeida.
12.   Wesley Oliveira Santana. Genômica comparativa de Xylella fastidiosa: diversidade do pangenoma e análise de genes de patogenicidade. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2013.
Orientador: Aline Maria da Silva.

2012

1.   Alexandre Rossi Paschoal. BIOINFORMÁTICA APLICADA EM RNomics: ESTRATÉGIAS COMPUTACIONAIS PARA CARACTERIZAÇÃO DE RNAS NÃO-CODIFICADORES. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2012.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
2.   Ana Carolina Bione Kunicki. Dinâmica do sistema córtico-hipocampal durante o condicionamento contextual de medo. Tese (Doutorado em Neurociências e Comportamento) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012.
Orientador: Koichi Sameshima.
3.   Ana Cecília Feio dos Santos. Análise de danos de DNA e expressão de genes supressores de tumor em tecido post mortem de pacientes com doença de Alzheimer. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, . 2012.
Orientador: Helena Paula Brentani.
4.   Andreia Prata Vieira. Homólogos a At-thi1 em cana de açúcar: estudo molecular e funcional.. Tese (Doutorado em INTERNACIONAL BIOLOGIA) - Universidade de São Paulo, . 2012.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
5.   André Yoshiaki Kashiwabara. MYOP/ToPS/SGEval: Um ambiente computacional para estudo sistemático de predição de genes. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2012.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
6.   Carlos Henrique Aguena Higa. Inferência de Redes de Regulação Gênica Utilizando o Paradigma de Crescimento de Sementes. Tese (Doutorado em Doutorado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2012.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
7.   Edgar Andres Ochoa Cruz. Estudos de elementos de transposição em plantas: elementos tipo hAT em cana de açucar. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Instituto de Biociências, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2012.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
8.   Felipe Cesar Ferrarezi Beckedorff. Recrutamento do complexo repressivo polycomb 2 pelo RNA não codificador longo antissenso ANRASSF1 modula a expressão do gene RASSF1A e a proliferação celular. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
9.   Fernanda Nascimento Almeida. Descrição da proveniência de dados para extração de conhecimento em sistemas de informação de hemoterapia. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2012.
Supervisor: João Eduardo Ferreira.
10.   Gesiele Almeida Barros de Carvalho. Impacto dos elementos transponíveis nos genomas de estirpes brasileiras de Bradyrhizobium. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Biociências, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2012.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
11.   Kuan Yang. Ancestral reconstruction of prokaryotic genomes. Tese (Doutorado em Genetics, Bioinformatics, and Computational Biolog) - Virginia Tech, virginia bioinformatics institute. 2012.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
12.   Luiz Thiberio Rangel. Redes de transferencia lateral de genes. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
13.   Nubia Esteban Duarte. Mapeamento Genético utilizando a Teoria do Gráfico da Variável Adicionada em Modelos Mistos. Tese (Doutorado em Estatística) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2012.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
14.   Silvio Rodrigues de Faria Junior. Genotipagem de Poliplóides: um modelo de urnas e bolas. Tese (Doutorado em Estatística) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2012.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.

2011

1.   Amanda Pereira de Souza. Mecanismos fotossintéticos e relação fonte-dreno em cana-de-açúcar cultivada em atmosfera enriquecida com CO2. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Botânica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2011.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
2.   Eveline Tavares. Mecanismos de regulação da degradação da parede celular em raízes de cana-de-açúcar durante a formação do aerênquima. Tese (Doutorado em BOTÂNICA) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2011.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
3.   Fabrício Martins Lopes. Redes complexas de expressão gênica: síntese, identificação, análise e aplicações.. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2011.
Supervisor: Marie-Anne Van Sluys.
4.   Jun Wang. Natural Selection Impacts Gene Traffic. Tese (Doutorado em Ecology and Evolution) - University of Chicago, . 2011.
Orientador: Maria Dulcetti Vibranovski.
5.   Kelly Rosa Braghetto. Técnicas de Modelagem para a Análise de Desempenho de Processos de Negócio. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2011.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
6.   Mauro Alexandre Marabesi. Efeito do nitrogênio sobre o desenvolvimento foliar e sua conseqüência na estrutura da copa em Senna alata (L.) Roxb. (Leguminosae). Tese (Doutorado em BOTÂNICA) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2011.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
7.   Saulo França Amui. Desenvolvimento de um Sistema Web para Armazenamento e Gerenciamento de Dados que Auxilie na Seleção de Genótipos Elite de Stryphnodendron adstringens por meio de Técnicas de Inteligência Artificial. Tese (Doutorado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2011.
Orientador: Silvana Giuliatti.

2010

1.   Adriana Yepes Mayorga. Desenvolvimento e efeito da concentração atmosférica de CO2 e da temperatura em plantas juvenis de Hymenaea courbaril L., jatoba. Tese (Doutorado em BOTÂNICA) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2010.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
2.   Andréa Dias Brandão. Controle do metabolismo da parede celular em cana de açúcar por giberelinas. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Estrutural) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2010.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
3.   Bruna Cersózimo Arenque. Efeito do alagamento sobre respostas fisiológicas e bioquímicas da espécie amazônica Senna reticulata (leguminosae) submetida à alta concentração de co2. Tese (Doutorado em BOTÂNICA) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2010.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
4.   Danielle Maluf Quintanilha. Discriminação de fenótipos Tnt1-U3 específicos em linhagens de Nicotiana RNAi. Tese (Doutorado em Internacional Biologia Vegetal) - Instituto de Biociências, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2010.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
5.   Eduardo Ekman Schenberg. Caracterização eletrofisiológica da circuitaria hipocampal durante o ciclo sono-vigília do rato. Tese (Doutorado em Neurociências e Comportamento) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2010.
Orientador: Koichi Sameshima.
6.   Giulliana T Almeida. Expressão genica em S. mansoni. Tese (Doutorado em Quimica Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2010.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
7.   Helves Humberto Domingues. Replicação assíncrona em bancos de dados evolutivos. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2010.
Supervisor: João Eduardo Ferreira.
8.   Layla Farage Martins. Análise do perfil de expressão de serina/treonina fosfatases e prospecção da função biológica para algumas dessas enzimas em Dictyostelium discoideum. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2010.
Orientador: Aline Maria da Silva.
9.   Leticia Anderson. Enzimas modificadoras de histonas em Schistosoma mansoni. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, . 2010.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
10.   Luciano Angelo de Souza Bernardes. Agrupamento In Silico de Genes por Fatores de Transcrição e Expressão Diferencial. Tese (Doutorado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2010.
Orientador: Silvana Giuliatti.
11.   Patrícia Isabela Pessoa da Silva. Identificação de genes com expressão modulada por estreptomicina e de genes associados à virulência e patogenicidade em Xylella fastidiosa. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2010.
Orientador: Aline Maria da Silva.
12.   Thiago Miranda da Silva. Análise das bases moleculares da tolerância ao íon cloreto em bactérias acidófilas utilizadas em biolixiviação. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2010.
Supervisor: Tatiana Teixeira Torres.
13.   Yuri J C B Moreira. Expressão gênica em tumores de próstata de pacientes com longo período de acompanhamento. Tese (Doutorado em Quimica Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2010.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.

2009

1.   Aderbal Ruy Teodoro da Silva. Diferenciaçao entre doença de alzheimer sintomatica e assintomática por meio da técnica de tissue microarray em cerebros humanos post-mortem. Tese (Doutorado em Doutorado) - Fundação Antônio Prudente, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2009.
Orientador: Helena Paula Brentani.
2.   Alexandre Ricardo Nardi. Uma arquitetura de baixo acoplamento para execução de padrões de controle de fluxo em grades. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
3.   Aline Andréia Cavalari. Modificações da parede celular de frutos do mamoeiro (Carica Papaya). Tese (Doutorado em Biologia Vegetal) - Universidade Estadual de Campinas, . 2009.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
4.   Ana Carolina Quirino Simões. Planejamento, gerenciamento e análise de dados de microarranjos de DNA para identificação de biomarcadores de diagnóstico e prognóstico de cânceres humanos. Tese (Doutorado em Bioinformatica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2009.
Orientador: Aline Maria da Silva.
5.   Angela Fachel. Expressão gênica em larga escala em cancer de rim. Tese (Doutorado em Quimica Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2009.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
6.   Barbara P Melo. Busca de marcadores moleculares tecido-associados em regiões transcritas não caracterizadas do genoma humano. Tese (Doutorado em Bioinformatica) - Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: Helena Paula Brentani.
7.   Bruno Karolski. Análise do perfil genômico e de expressão gênica de microorganismos em diferentes áreas afetadas por BTEX na cidade de Cubatão, SP. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Instituto de Biociências, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2009.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
8.   Daniel Yasumasa Takahashi. Medidas de fluxo de informação com aplicação em neurociências. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2009.
Orientador: Koichi Sameshima.
9.   Giovanna Bezerra da Silva. Hemiceluloses em Pteridophyta: composição e implicações filogenéticas. Tese (Doutorado em Biodiversidade Vegetal e Meio Ambiente) - Instituto de Botânica, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2009.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
10.   GUILHERME MARCELLO QUEIROGA CRUZ. RETROTRANSPOSONS DAS FAMILIAS OPIE, HOPSCOTCH E MAGGY: DESVENDANDO AS INTERACOES COM O GENOMA DA CANA-DE-ACUCAR. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Instituto de Biociências, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2009.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
11.   Joao Henrique Burckas Ribeiro. Aprendizado Computacional Baseado em Distância a Segmentos de Reta. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2009.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
12.   Katia Cristina Pereira Oliveira. Expressão gênica em Schistosoma mansoni com o uso de microarrays de DNA. Tese (Doutorado em Quimica Bioquimica) - Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
13.   Maurício Egidio Cantão. Abordagem algébrica para seleção de clones ótimos em projetos genomas e metagenomas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2009.
Supervisor: João Eduardo Ferreira.

2008

1.   Aline Dias Brandão. Isolamento de cDNAs parciais de quatro genes do metabolismo de carboidratos e análise de seus padrões de expressão durante a fase inicial do desenvolvimento em plântulas de jatobá (Hymenaea courbaril L.). Tese (Doutorado em Biologia Celular e Estrutural) - Universidade Estadual de Campinas, . 2008.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
2.   Andrea Yoon Choi. Estudo de correlação temporal de ondass eletrofisiológicas entre o córtex pré-frontal e o hipocampo durante o aprendizado de uma tarefa comportamental de detecção de padrões temporais em ratos. Tese (Doutorado em Ciências (Fisiopatologia Experimental)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2008.
Orientador: Koichi Sameshima.
3.   Cesar Gustavo Lisboa. Aplicações biotecnológicas de polissacarídeos de plantas: uma estratégia sustentável para a produção em demanda. Tese (Doutorado em Biologia Molecular e Morfofuncional) - Universidade Estadual de Campinas, . 2008.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
4.   Jonas Weissmann Gaiarsa. Genômica comparativa de enzimas de degradação da parede celular vegetal em Xanthomonas, Xylella e Stenotrophomonas. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Instituto de Biociências, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2008.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
5.   Julio Cesar Levano Garcia. Caracterização bioquímica e imunológica das enzimas recombinantes ATP-difosfohidrolases 1 e 2 do parasita Schistosoma mansoni. Tese (Doutorado em Quimica Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2008.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
6.   Luciano Vieira de Araújo. Sistema colaborativo para armazenamento e análise de dados de HIV. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, NIH-USA Fundacao Pro-Sangue. 2008.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
7.   Marcelo Ris. representaçao de sistemas biologicos a partir de sistemas dinamicos:controle da transcriçao a partir do estrógeno. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2008.
Supervisor: Helena Paula Brentani.
8.   Maria Rangel. Identificação de marcadores moleculares emcâncer de mama através da técnica de microarray utilizando uma plataforma de exons tumor-associados. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, . 2008.
Supervisor: Helena Paula Brentani.
9.   Márcio Katsumi Oikawa. Geração de expressões algébricas para processos de negócio usando reduções de digrafos série-paralelo. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, NIH-USA Fundacao Pro-Sangue. 2008.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
10.   Nádia Pereira de Castro. Análise do perfil de expressão gênica de carcinoma in situ e invasivo de mama através da técnica de microarray. Tese (Doutorado em Oncologia) - Hospital A C Camargo, . 2008.
Supervisor: Helena Paula Brentani.
11.   Patrícia Pinho Tonini. Conexão entre os processos de degradação das reservas de proteínas e carboidratos e o efeito dos hormônios e açúcares em sementes de Sesbania virgata (Cav.) PERS. Tese (Doutorado em Biologia Molecular e Morfofuncional) - Universidade Estadual de Campinas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2008.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
12.   Paulo Tadeu Meira e Silva de Oliveira. Aplicação do Algoritmo Genético no Mapeamento de Genes Epistáticos em Cruzamentos Controlados. Tese (Doutorado em Estatística) - Universidade de São Paulo, . 2008.
Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
13.   Thiago Motta Venancio. Análise computacional da expressão gênica no parasita protostomado Schistosoma mansoni. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2008.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.

2007

1.   Ana Claudia de Freitas Martinho. Neuropatia auditiva/dessincronia auditiva em crianças usuárias de implante coclear. Tese (Doutorado em Neurociências e Comportamento) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2007.
Orientador: Koichi Sameshima.
2.   Barbara Pereira de Mello. Busca de marcadores moleculares tecido-associados em regiões transcritas não caracterizadas do genoma humano. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, . 2007.
Orientador: Helena Paula Brentani.
3.   Daniela Carvalho Gonzalez. Identificação e caracterização de subunidades catalíticas e reguladoras de proteínas fosfatases de Dictyostelium discoideum. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2007.
Orientador: Aline Maria da Silva.
4.   Helder Takashi Imoto Nakaya. Identificação e Análise de Expressão de RNAs Intrônicos Não Codificadores Humanos. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
5.   João Ruffin Leme de Godoy. Ecofisiologia do estabelecimento de leguminosas arbóreas da Mata Atântica, pertencentes à diferentes grupos funcionais, sob atmosfera enriquecida com CO2: uma abordagem sucessional. Tese (Doutorado em Biodiversidade Vegetal e Meio Ambiente) - Instituto de Botânica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2007.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
6.   Luciano Antonio Digiampietri. Workflows cientificos em bioinformatica. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
7.   Marcelo Rubens Machado. Estudo bioquímico e da estrutura foliar de plântulas do jatobá da mata (Hymenaea courbaril L.) e do cerrado (Hymenaea stigonocarpa Mart.) expostas à concentração elevada de CO2. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Estrutural) - Universidade Estadual de Campinas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2007.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
8.   Maria Cristina Rodrigues Rangel. Identificação de marcadores moleculares em câncer de mama através da tácnica de microarray utilizando uma plataforma de exons tumor-associados. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, . 2007.
Supervisor: Helena Paula Brentani.
9.   Maria Elisa Manetti. Diversidade de retrotransposons similares a Retrolyc1 em Solanum. Tese (Doutorado em Pos Graduação em Botânica) - Instituto de Biociências, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2007.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
10.   Paulo Adriano Zaini. O stimulon de ferro em Xylella fastidiosa. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Aline Maria da Silva.
11.   Thiago Venancio. Analise de expressao genica em Schistosoma mansoni. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Supervisor: Joao Carlos Setubal.
12.   Érika Maria de Jesus. Caracterização da diversidade de famílias de elementos transponíveis expressos em cana-de-açúcar (Saccharum spp). Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Botânica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.

2006

1.   Ana Claudia Oliveira Carreira. Expressão e caracterização de mutantes pontuais da Calcio-ATPase de músculo. Tese (Doutorado em Quimica Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2006.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
2.   Clovis Oliveira Silva. Purificação e caracterização de uma alfa-galactosidase de endposperma de Coffea arábica var. Mundo Novo, e sua importância no processo de biossíntese do manano de reserva. Tese (Doutorado em Biologia Molecular e Morfofuncional) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2006.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
3.   Francisco Sobreira Netto. Medição de desempenho do gerenciamento de processos de negócio -BPM no PNAFE: uma proposta de modelo. Tese (Doutorado em Administração) - Universidade de São Paulo, . 2006.
Supervisor: João Eduardo Ferreira.
4.   Leandro Marcio Moreira. Análise estrutural e funcional do genoma de Xanthomonas axonopodis pv. citri. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2006.
Orientador: Aline Maria da Silva.
5.   Natália Barreto Frederigue Lopes. Reconhecimento de padrões auditivos de freqüência e de duração em crianças usuárias de implante coclear multicanal. Tese (Doutorado em Neurociências e Comportamento) - Universidade de São Paulo, . 2006.
Orientador: Koichi Sameshima.
6.   Rodrigo Louro. Caracterização de transcritos humanos: novos genes da família das pequenas GTPases e novos RNAs intrônicos não-codificantes. Tese (Doutorado em Quimica Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2006.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.

2005

1.   Ana Maria da Silva. Caracterização da parede celular de Saccharrum officinarum L. (cana-de-açúcar) e Brachiaria decumbens Stapf (braquiária). Tese (Doutorado em Biologia Molecular e Morfofuncional) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2005.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
2.   Juliana Moreira Sousa. Caracterização molecular da proteína DdI-2 e mapeamento de seus domínios de interação com a proteína fosfatase 1 de Dictyostelium discoideum.. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2005.
Orientador: Aline Maria da Silva.
3.   Lourdes Isabel Velho do amaral. Metabolismo de carboidratos estruturais e de reserva em cotilédones de Hymenaea courbaril L var. stilbocarpa (Jatobá). Tese (Doutorado em BOTÂNICA) - Universidade de São Paulo, . 2005.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
4.   Myna Nakabashi. Genes parálogos AtXPB1 e AtXPB2: estudo da duplicação e expressão em Arabidopsis thaliana.. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Botânica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2005.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.

2004

1.   Alessandro M. Varani. Análise comparativa de integrases de 4 linhagens de Xylella fastidiosa. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Instituto de Biociências, . 2004.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
2.   Carla de Queiroz Bergamini. Teste SSW em português: Um inventário quantitativo e qualitativo nos anos de 1994 a 2001. Tese (Doutorado em Ciências (Fisiopatologia Experimental)) - Universidade de São Paulo, . 2004.
Orientador: Koichi Sameshima.
3.   Clóvis Fernandes de Oliveira Junior. Efeito de oligossacarídeos de xiloglucano sobre o crescimento de células de Rudgea jasminoides (rubiaceae) cultivadas in vitro. Tese (Doutorado em BOTÂNICA) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2004.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
4.   Douglas Silva Domingues. SURE e Garapa: caracterização molecular e distribuição de dois retrotransposons com LTR em cana-de-açúcar. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2004.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
5.   Regina Yuri Hashimoto Miura. Análise da expressão do retrotransposon Retrolyc1 em Lycopersicon esculentum e Lycopersicon peruvianum. Tese (Doutorado em Pos Graduação em Botânica) - Instituto de Biociências, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2004.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.

2003

1.   Ana Maria Maaz Acosta Alvarez. Contribuição de uma avaliação de audição dicótica para diagnóstico da doença de Alzheimer. Tese (Doutorado em Ciências (Fisiopatologia Experimental)) - Universidade de São Paulo, . 2003.
Orientador: Koichi Sameshima.
2.   Ariane Machado-Lima. Predição Computacional de Genes de RNA. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2003.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
3.   Deborah Viviani Ferrari. A telemetria de respostas neurais para registrar o potencial de ação composto eletricamente evocado do nervo coclear em crianças usuárias de implante coclear multicanal. Tese (Doutorado em Neurociências e Comportamento) - Universidade de São Paulo, . 2003.
Orientador: Koichi Sameshima.
4.   Helenice Charchat. Heterogeneidade neuropsicológica no processo de envelhecimento: transição do normal aos estágios iniciais da doença de Alzheimer. Tese (Doutorado em Neurociências e Comportamento) - Universidade de São Paulo, . 2003.
Orientador: Koichi Sameshima.
5.   Leonardo Costa Fiorini. Identificação de gene codificadores de serina/treonina fosfatases em Dictyostelium discoideum e caracterização funcional da proteína fosfatase do tipo 4 (PP4).. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: Aline Maria da Silva.
6.   Marisa Moura Momoli. Aspectos funcionais do gene thi1 em plantas selvagens e mutantes de Arabidopsis thaliana (Brassicaceae). Tese (Doutorado em Pos Graduação em Botânica) - Instituto de Biociências da USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
7.   Patricia G. Morgante. Organização genômica e estudos da função do gene araXPB em Arabidopsis thaliana. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Botânica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
8.   Renato Anghinah. Estudo do espectro e da coerência do EEG em indivíduos adultos normais e com Doença de Alzheimer. Tese (Doutorado em Neurologia) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2003.
Orientador: Koichi Sameshima.
9.   Ricardo deMarco. Construção de bibliotecas de cDNA com métodos de RT-PCR de baixa estringência e primers híbridos consenso-degenerados e clonagem da apirase de S. mansoni. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.

2002

1.   Denis Ubeda de Lima. Interação molecular entre celulose e hemiceluloses e suas implicações biológicas e tecnológicas. Tese (Doutorado em Biologia Vegetal) - Universidade Estadual de Campinas, . 2002.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
2.   Henrique Pessoa dos Santos. : O controle da degradação do xiloglucano de cotilédones de Hymenaea courbaril L. e a sua relação com o crescimento inicial da plântula. Tese (Doutorado em Biologia Vegetal) - Universidade Estadual de Campinas, . 2002.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
3.   Marcelo Zerillo. Estrutura do genoma de Leifsonia xuli pv cynodontis e impacto de elementos IS. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2002.
Supervisor: Marie-Anne Van Sluys.
4.   Marco Aurélio Silva Tiné. O conteúdo informacional da molécula de xiloglucano de Hymenaea courbaril reflete suas funções em nível celular. Tese (Doutorado em Biologia Molecular e Morfofuncional) - Universidade Estadual de Campinas, . 2002.
Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
5.   Nalvo Franco de Almeida Jr. Ferramentas computacionais para comparacao de genomas. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2002.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
6.   Reginaldo Pereira da Silva. Análise qualitativa e quantitativa de atividades de conjuntos neuronais do tálamo e hipocampo em ratos normais e sob efeito da fenitoína. Tese (Doutorado em Ciências (Fisiologia Humana)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2002.
Orientador: Koichi Sameshima.

2001

1.   Flavia Stal Papini-Terzi. Estudos de complementação de mutantes de Arabidopsis thaliana com o gene thi1. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Botânica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
2.   Juliana L R Fietto. Clonagem da ATP-difosfohidrolase de S. mansoni. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
3.   Milkes Yone Alvarenga. Modelagens matemática e computacional de circuitarias neuronais envolvidas na gênese de atividade elétrica oscilatória e sua relação com processos epileptogênicos. Tese (Doutorado em Matemática Aplicada) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2001.
Orientador: Koichi Sameshima.
4.   Pio Donizete Alduíno Zapella. Caracterização de alguns componentes envolvidos na desfosforilção de proteínas fosforiladas em resíduos de serina e treonina em Neurospora crassa. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001.
Orientador: Aline Maria da Silva.
5.   Sheila Andreoli Balen. Reconhecimento de padrões auditivos de freqüência e de duração: desempenho de crianças escolares de 7 a 11 anos. Tese (Doutorado em Neurociências e Comportamento) - Universidade de São Paulo, . 2001.
Orientador: Koichi Sameshima.

2000

1.   EDUARDO M REIS. Expressão heteróloga da Ca-ATPase de coelho em levedura. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2000.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
2.   Giulio Cesare Stancato. Assimilação e partição do carbono na orquídea epífita (Cattleya forbesii Lindl. X Laelia tenebrosa Rolfe) sob influência na Luz e do Déficit Hídrico. Tese (Doutorado em Biologia Vegetal) - Universidade Estadual de Campinas, . 2000.
Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.
3.   Paula Gonçalves de Araújo. Diversidade da Região U3 do retrotransposon Retrolyc1 em quatro espécies do gênero Lycopersicon spp.. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Botânica)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2000.
Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
4.   Paulo Henrique Netto de Alcântara. : Purificação e caracterização de uma xiloglucano-endo-transglicosilase de cotilédones de Hymenaea courbaril (Jatobá). Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biologia Molecular)) - Universidade Federal de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2000.
Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.


(*) Relatório criado com produções desde 2000 até 2025
Data de processamento: 18/02/2025 12:52:38