Programa de Pós Graduação em Bioinformática

2023

1.	Abu-Bakr Adetayo Ariwoola. Atuação das polimerases de Síntese Translesão κ e ι na replicação e sobrevivência de células com danos no Genoma. Dissertação (Mestrado em Medicina (Hematologia)) - Universidade Federal de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2023. Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
2.	Fernanda Cardoso. Composição dos CDRs de imunoglobulinas: geografia e co-evolução com patógenos indutores de febre. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Imunologia) - Departamento de Imunologia do Instituto de Ciências Biomédicas, . 2023. Supervisor: Joao Marcelo Pereira Alves.
3.	Fernando Mitsuo Sumiya. Correlatos Eletrofisiológicos do Transtorno do espectro autista em crianças com o complexo esclerose tuberosa.. Dissertação (Mestrado em pós-graduação) - Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, . 2023. Orientador: Helena Paula Brentani.
4.	Henry Angel Bonilla Bruno. Evolução da inativação meiótica do cromossomo X em Drosophila. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2023. Orientador: Maria Dulcetti Vibranovski.
5.	Kelly Yovani Olivos Caicedo. Análise do pangenoma de Clostridium scindens. Dissertação (Mestrado em Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro) - Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2023. Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
6.	Vinicius Sousa Flores. Recuperação e caracterização de genomas de bacteriófagos a partir de metagenomas de compostagem. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2023. Orientador: Aline Maria da Silva.

2022

1.	Cleiton Figueiredo Osorio da Silva. Comparação de variantes exônicas raras e de novo em Transtorno do espectro do autismo e transtorno do déficit de atenção e hiperatividade. Dissertação (Mestrado em Bioinformatica) - Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo, . 2022. Orientador: Helena Paula Brentani.
2.	Felipe James de Almeida Vasquez. Explorando o Papel dos RNAs Longos não Codificadores na Doença de Alzheimer. Dissertação (Mestrado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2022. Orientador: Silvana Giuliatti.
3.	Henrique da Silva Bortoletti. Aquisição de vídeos e processamento de imagens faciais em dispositivos móveis para auxílio ao diagnóstico do Transtorno do Espectro Autista. Dissertação (Mestrado em SISTEMAS DE INFORMAÇÃO) - Universidade de São Paulo, . 2022. Supervisor: Ariane Machado Lima.
4.	Isabela Almeida. Técnica para construção de oligopaints completos a partir sequências heterocromáticas usando como modelo o cromossomo Y de Drosophila melanogaster. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2022. Orientador: Maria Dulcetti Vibranovski.
5.	José Franklin Calderón Tantaleán. Análise genômica comparativa e evolutiva do genoma do Neobodonida Dimastigella trypaniformis. Dissertação (Mestrado em Programa Interunidades de Pós-Graduação em Bioinformática) - Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2022. Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
6.	Levy Bueno Alves. Busca de Pequenas Moléculas Naturais Inibidoras da Rab10 para o Tratamento da Doença de Alzheimer. Dissertação (Mestrado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2022. Orientador: Silvana Giuliatti.
7.	Natalia Nakamura Gouveia. O genoma da alga vermelha Gracilaria domingensis (Rhodophyta, Gracilariales). Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2022. Orientador: Joao Carlos Setubal.
8.	Ondina Palmeira. Evaluation of the genetic influence on the infant gut microbiome through 16S rRNA sequence data analysis of triplets. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2022. Orientador: Joao Carlos Setubal.
9.	Rayssa Maria de Melo Wanderley Feitosa. Comparação de redes de microRNAs placentários de primigestas submetidas a intervenção psicossocial. Dissertação (Mestrado em Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2022. Orientadores: Helena Paula Brentani, Ariane Machado Lima.
10.	Tiago Ferraz. Evolução molecular e craniofacial em morcegos da família Phyllostomidae. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2022. Orientador: Tabita Hunemeier.
11.	Victor Hugo Calegari de Toledo. Dimorfismos sexuais nas redes de regulação gênica durante o neurodesenvolvimento. Dissertação (Mestrado em pós-graduação) - Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2022. Orientador: Helena Paula Brentani.
12.	William Kleber Martins Vieira. Correção do gene POLH mutado em células humanas com CRISPR/Cas. Dissertação (Mestrado em Microbiologia) - Instituto de Ciências Biomédicas - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2022. Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.

2021

1.	Ana Carolina da Cruz. Análise de normalização e significância em experimentos baseados em Proteômica. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Instituto de Matemática e Estatística, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2021. Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
2.	Ana Luisa Rodrigues de Avila. Análise do Comportamento Dinâmico na Interface entre Polimorfismos do Hospedeiro e Variantes do SARS-CoV2. Dissertação (Mestrado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2021. Orientador: Silvana Giuliatti.
3.	Carlos Enrique Paucar Farfán. Classificação dos estados cognitivos orientados pelo sujeito baseada na variabilidade da frequência cardíaca. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2021. Orientador: André Fujita.
4.	Dennis Carhuaricra-Huaman. Genomic Analysis of Bacterial Isolates from Guinea Pigs (Cavia porcellus) and Brown-Throated Sloths (Bradypus variegatus). Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2021. Orientador: Joao Carlos Setubal.
5.	Eduardo Dias Filho. Compiladores para as Linguagens da Abordagem WED-flow. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2021. Orientador: João Eduardo Ferreira.
6.	Evelyn Ayumi Onga. Perfil transcricional da haloarqueia Halobacterium salinarum NRC-1 sob estresse osmótico. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2021. Orientador: Tie Koide.
7.	Fabio Beltrame Sanchez. MAGset: uma ferramenta para comparação de genomas recuperados de dados metagenômicos e sua aplicação para melhoria de suas montagens. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2021. Orientador: Joao Carlos Setubal.
8.	Guilherme Miura Lavezzo. Análise de dependência entre posições de bases de sequências motivos de fatores de transcrição aplicada à comparação de modelos baseados em Position Weight Matrix e Gramática Regular Estocástica. Dissertação (Mestrado em Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2021. Orientador: Ariane Machado Lima.
9.	Janaina da Silva Fortirer. Modelagem da transpiração em Tipuana tipu na região metropolitana de São Paulo, Brasil.. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2021. Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
10.	Rauni Borges Marques. Busca por Alcaloides presentes em Caliphuria subedentata como Potenciais Candidatos a Fármacos para a Doença de Alzheimer. Dissertação (Mestrado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2021. Orientador: Silvana Giuliatti.
11.	Suzana Eiko Guima. Composição microbiana do inóculo e do composto maduro no processo de compostagem do Zoológico de São Paulo avaliada por meio de metagenômica. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2021. Orientadores: Aline Maria da Silva, Joao Carlos Setubal.
12.	Thiago Victor Cardoso. Auxílio ao diagnóstico do Transtorno do Espectro Autista com base em trajetórias provenientes de rastreamento do olhar. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo, . 2021. Supervisor: Ariane Machado Lima.
13.	Vinicius Sousa Flores. Análise de dados metagenômicos em busca de bacteriófagos. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2021. Supervisor: Joao Carlos Setubal.

2020

1.	Ana Gabriela Pereira de Vasconcelos. Integration of heterogeneous data: a multi-omics application. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Instituto de Matemática e Estatística, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2020. Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
2.	André Luiz de Araújo Silva. Identificação de novos efetores secretados pelo T6SS de Salmonella utilizando abordagens in silico e caracterização funcional de um candidato. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2020. Supervisor: Robson Francisco de Souza.
3.	Ariosvaldo Pereira dos Santos Junior. Caracterização dos bacteriófagos ZC01 e ZC03 e avaliação de seu potencial para fagoterapia em infecções por Pseudomonas aeruginosa. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2020. Orientador: Aline Maria da Silva.
4.	Arthur Friguglietti Silveira. Estabelecimento de um modelo de cultura celular tridimensional para estudos funcionais e moleculares no câncer de pâncreas. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2020. Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
5.	Carolina de Athayde Mendonça. Funções de genes novos do cromossomo Y de Drosophila por meio da análise de expressão na espermatogênese. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2020. Orientador: Maria Dulcetti Vibranovski.
6.	Daniel Cunha Oliveira. a ser definido. Dissertação (Mestrado em Economia) - Fundação Getúlio Vargas, . 2020. Supervisor: André Fujita.
7.	Diogo Matos da Silva. Análise e reconhecimento da forma tripomastigota de Trypanosoma cruzi para parasitemia automatizada em imagens com baixa densidade de pontos. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação Instituto Pesquisa Farmaceutica. 2020. Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
8.	Felipe Silva. Estudo comparativo da resposta imune do macrófago humano infectado com diferentes espécies do complexo Mycobacterium tuberculosis.. Dissertação (Mestrado em Epidemiologia Experimental Aplicada Às Zoonoses) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2020. Orientador: Ana Marcia de Sá Guimarães.
9.	Gabrielle Rizzato. Evolução Molecular e Craniofacial em Primatas. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2020. Orientador: Tabita Hunemeier.
10.	João Vicente de Morais Malvezzi. Identificação por phage display de candidatos vacinais para esquistossomose mansônica baseada na auto-cura de macacos rhesus (Macaca mulatta). Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2020. Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
11.	Lucas Ferreira Maciel. RNAs longos não codificadores em Schistosoma mansoni e S. japonicum. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2020. Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
12.	Matheus de Lara Calache. Suporte à anotação gráfica e colaborativa de serviços web semânticos. Dissertação (Mestrado em Computação Aplicada) - Universidade de São Paulo, . 2020. Orientador: Cléver Ricardo Guareis de Farias.
13.	Renata Biaggi Biazzi. a ser definido. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2020. Orientador: André Fujita.
14.	Renato Cordeiro Ferreira. Uma Implementação Integrada de Modelos Probabilísticos Gráficos. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2020. Orientador: Alan Mitchell Durham.
15.	Tiago Lubiana Alves. Neuroimmune molecular networks in neurodegenerative e infectious diseases. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2020. Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.

2019

1.	Bruno T. da S. Lopes. Predição de genes ab initio combinada com informações de alinhamento. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019. Orientador: Alan Mitchell Durham.
2.	Diogo de Oliveira Pessoa. Identificação e anotação funcional de RNAs longos nãocodificadores asociados a subtipos moleculares de tumores pancreáticos. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2019. Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
3.	Fabio Pohl. RNAs não codificadores longos associados a diferenciação neuronal. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019. Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
4.	Fernando Pacheco Nobre Rossi. Análise comparativa do genoma de bacteriófagos isolados da compostagem e estudo dos determinantes de sua interação com Pseudomonas aeruginosa. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019. Orientadores: Aline Maria da Silva, Joao Carlos Setubal.
5.	Gabriel do Couto Seabra Gusmão de Paula. Suporte à Geração de Dados Abertos Ligados em Bioinformática. Dissertação (Mestrado em Computação Aplicada) - Universidade de São Paulo, . 2019. Orientador: Cléver Ricardo Guareis de Farias.
6.	Guillermo Uceda Campos. Genômica comparativa e filogenômica de Xylella fastidiosa. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019. Orientador: Aline Maria da Silva.
7.	Gustavo Amaral Faria. Expressão gênica relacionada ao comportamento alimentar em Calliphoridae (Insecta: Diptera). Dissertação (Mestrado em BIOLOGIA ANIMAL) - Universidade Estadual de Campinas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019. Supervisor: Tatiana Teixeira Torres.
8.	Jadson Carlos dos Santos. Análise da Tetramerização da Proteína CD38 por meio de Docking Molecular. Dissertação (Mestrado em Interunidades em Bioinformática) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019. Orientador: Silvana Giuliatti.
9.	Jean Michel Rocha Sampaio Leite. Associação de variações no número de cópias (CNVs) e polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) em fenótipos relacionados à atividade física: um estudo de famílias brasileiras. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2019. Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
10.	Mariana Araújo Pereira. Análise de Transcriptoma de RNAs longos não codificadores em amostras de mamíferos infectados por ZIKV. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2019. Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
11.	Marina Santos Deszo. Genômica funcional da preferência alimentar em espécies da superfamília Oestroidea. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019. Orientador: Tatiana Teixeira Torres.
12.	Mirian de Cesaro Revers Biasão. Classificação da gravidade do transtorno do espectro autista baseada no padrão de rastreamento do olhar. Dissertação (Mestrado em pós-graduação) - Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, . 2019. Orientador: Helena Paula Brentani.
13.	Natália Baptista Cruz. Análise Sistêmica de amostras humanas naturalmente infectadas por Chikungunya Virus. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação Instituto Pesquisa Farmaceutica. 2019. Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
14.	Rodrigo Müller de Carvalho. Monitoramento do ambiente de execução de processos WED-Flow. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2019. Orientador: João Eduardo Ferreira.
15.	Vinicius Daguano Gastaldi. Construção de pipeline para identificação de características de variantes genéticas ligadas ao Transtorno do Espectro Autista. Dissertação (Mestrado em pós-graduação) - Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019. Orientador: Helena Paula Brentani.

2018

1.	Ana Cláudia Martins Ciconelle. Análise da Variação do Número de Cópias (CNVs) para o Mapeamento Genético de Doenças. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2018. Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
2.	Bruno Padilha. WED-SQL: uma linguagem declarativa intermediáriacom apoio transacional para a modelagem e implementação de Sistemas de Informação Cientes de Processos. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, National Institutes of Health. 2018. Orientador: João Eduardo Ferreira.
3.	Bruno Sanchez de Araújo. Caracterização de etnias, sexos e faixas etárias em imagens faciais.. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo, . 2018. Orientador: Ariane Machado Lima.
4.	Clebiano da Costa Sá. Métodos de validação tradicional e temporal aplicados à avaliação de classificadores de RNAs codificantes e não codificantes. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018. Orientador: Ariane Machado Lima.
5.	David Felipe Cuéllar Giraldo. A SYK-dependent activation of STAT1-IRF1 amplifies the IFN signaling in HTLV-1-associated myelopathy/tropical spastic paraparesis (HAM/TSP). Dissertação (Mestrado em Pharmaceutical Modeling) - Uppsala University, Swedish Institute. 2018. Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
6.	Débora Pagliuso. Padrões de alocação de carbono estrutural e não estrutural em cinco espécies de lentilhas d´água (Lemnaceae). Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2018. Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
7.	Fernando Marcon. Biologia de Sistemas da Imunossenescência. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2018. Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
8.	Gabriel Monteiro da Silva. Busca por Ligantes às Variantes Européias da Oncoproteína E6 do Papilomavírus Humano tipo 16. Dissertação (Mestrado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018. Orientador: Silvana Giuliatti.
9.	Gilmar Pereira dos Santos. Analisador sintático de Earley para gramáticas livres de contexto adaptativas e sua aplicação na caracterização de famílias de RNAs com pseudonós. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo, . 2018. Orientador: Ariane Machado Lima.
10.	Guilherme Bastos Gomes. Genômica comparativa de famílias de peptidases que atuam em sistemas toxina-antitoxina e sistemas de secreção bacterianos.. Dissertação (Mestrado em Microbiologia) - Instituto de Ciências Biomédicas - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018. Orientador: Robson Francisco de Souza.
11.	Guillermo Uceda Campos. Genomas de Xylella fastidiosa. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018. Supervisor: Joao Carlos Setubal.
12.	João Paulo Pereira de Almeida. RNAs antisense em H. salinarum. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018. Orientador: Tie Koide.
13.	Kerstin Muner. Avaliação da percepção e uso de equipamentos de proteção individual (EPIs) por profissionais de saúde durante a pandemia de SARS-CoV-2.. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2018. Orientador: Ana Marcia de Sá Guimarães.
14.	Lucas Esteves Cardoso. Identificação de hotspots de transmissão de doenças infecciosas. Dissertação (Mestrado em Farmácia (Fisiopatologia e Toxicologia)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018. Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
15.	Percy Omar Túllume Vergara. Genômica de Tripanossomatídeos: Análises genômica e evolutiva de Endotrypanum schaudinni TCC224.. Dissertação (Mestrado em Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro) - Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2018. Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
16.	Rafael Luiz Testa. Síntese de expressões faciais em fotografias para representação de emoções. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018. Supervisor: Ariane Machado Lima.
17.	Raquel Dietsche Monfardini. Evolução Das Vias De Controle Do Desenvolvimento Tecidual Em Diptera. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2018. Orientador: Tatiana Teixeira Torres.
18.	Tuany Dias Pinheiro. Classificação de imagens faciais para o auxílio ao diagnóstico do transtorno do espectro autista. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo, . 2018. Orientador: Ariane Machado Lima.
19.	Vinicius Jardim Carvalho. BioNetStat: Uma ferramenta para análise diferencial de redes biológicas. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018. Supervisor: André Fujita.
20.	Wilson Daniel da Silva. Suporte à acessibilidade, reprodutibilidade e transparência em uma plataforma integrada de análise de dados de expressão gênica. Dissertação (Mestrado em Computação Aplicada) - Universidade de São Paulo, . 2018. Orientador: Cléver Ricardo Guareis de Farias.

2017

1.	Antônio Ferrão Neto. Predição computacional de sítios de ligação de fatores de transcrição baseada em gramáticas regulares estocásticas. Dissertação (Mestrado em Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017. Orientador: Ariane Machado Lima.
2.	Bruna Garbes Gonçalves Pinto. Biologia de Sistemas do autismo e deficiência intelectual. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação Instituto Pesquisa Farmaceutica. 2017. Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
3.	Dennis José da Silva. Contagem incremental de padrões locais em árvores de componentes para cálculo de atributos. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2017. Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
4.	Diogo de Oliveira Pessoa. Identificação de RNAs longos não codificadores associados a subtipos moleculares em tumores pancreáticos. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017. Supervisor: Joao Carlos Setubal.
5.	Ester Risério Matos Bertoldi. Estabelecimento de sistema de armazenamento e recuperação de dados vinculado a projeto de identificação de marcadores moleculares no câncer de pâncreas utilizando sequenciamento de nova geração. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2017. Orientadores: João Eduardo Ferreira, Eduardo Moraes Rego Reis.
6.	Ester Risério Matos Bertoldi. Modelagem e implementação de banco de dados clínicos e moleculares de pacientes com câncer e seu uso para identificação de marcadores em câncer de pâncreas. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017. Supervisor: João Eduardo Ferreira.
7.	Francisco Ivânio Arruda Alves. Análise de transcriptomas de células de pacientes xeroderma pigmentosum após irradiação com luz UVA e estudo de retrocópias de genes de reparo. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2017. Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
8.	Gianluca Major Machado da Silva. Caravela: um navegador de metagenomas. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017. Orientador: Joao Carlos Setubal.
9.	Giovanni Emiddio Romano. Achados de genômica comparativa de Mycobacterium caprae e seus impactos no metabolismo e crescimento in vitro. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2017. Orientador: Ana Marcia de Sá Guimarães.
10.	Jaqueline Yu Ting Wang. Determinação pré-natal não invasiva de paternidade utilizando micro-haplótipos. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Nube - Estagiários e Aprendizes. 2017. Orientadores: Helder Takashi Imoto Nakaya, André Fujita.
11.	Jhonatas Sirino Monteiro. Análise do transcritoma do mexilhão marrom (Perna perna) sob contaminação por antraceno. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017. Orientador: Joao Carlos Setubal.
12.	Julia Raices. Contribuição da seleção natural e de processos mutacionais na expressão dos genes novos durante a espermatogênese. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2017. Orientador: Maria Dulcetti Vibranovski.
13.	Lariani Aparecida Delboni. Estudo por Mecânica Estatística das propriedades físico-quimica de proteínas relevantes para a complexação protéica. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2017. Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
14.	Lilian Skilnik Wilk. Aprendizado de Estruturas de Dependência entre Fenótipos da Síndrome Metabólica em Estudos Genômicos. Dissertação (Mestrado em Saúde Pública) - Saúde Pública, . 2017. Supervisor: Júlia Maria Pavan Soler.
15.	Marino Hilario Catarino. Integrando banco de dados relacional e orientado a grafos para otimizar consultas com alto grau de indireção. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2017. Orientador: João Eduardo Ferreira.
16.	Matheus Carvalho Bürger. Análise Transcricional de RNAs Não Codificadores Longos em Pacientes com Dengue. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017. Orientador: Helder Takashi Imoto Nakaya.
17.	Rafael Germano Rossi. Análise de Componentes Principais em Data Warehouses. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2017. Orientador: João Eduardo Ferreira.
18.	Rodrigo Alves Lima. Modeling of Time WED-flow. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2017. Orientador: João Eduardo Ferreira.
19.	Sergio Alejandro Poveda Cuevas. COARSEGRAINED MODELING AT CONSTANT-pH OF THE PROTEIN COMPLEXATION PHENOMENA. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2017. Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
20.	Taiana Tainá Silva Pereira. Sequenciamento, anotação e análise do genoma de Mycobacterium pinnipedii e genômica comparativa de espécies do complexo Mycobacterium tuberculosis. Dissertação (Mestrado em Epidemiologia Experimental Aplicada Às Zoonoses) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2017. Orientador: Ana Marcia de Sá Guimarães.
21.	Taiane Coelho Ramos. Identificação de alterações em conectividades funcionais córtico-cerebelares no transtorno do espectro autista. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017. Orientador: André Fujita.

2016

1.	André Anversa Oliveira Reis. Estudo da regulação por microRNAs do RNA longo não codificador de proteínas TUG1 envolvido em processos tumorigênicos.. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2016. Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
2.	André Casimiro. Principais variáveis na ordenação de anúncios. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2016. Orientador: João Eduardo Ferreira.
3.	Aureliano Coelho Proença Guedes. Origem e evolução de genes bacterianos envolvidos em transdução de sinal. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2016. Orientador: Robson Francisco de Souza.
4.	Bruno Ferreira de Souza. Desenvolvimento de um pipeline para identificar automaticamente os genes compostos predominantemente por microexons arranjados em tandem no genoma anotado de Schistosoma mansoni. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2016. Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
5.	Bruno Souza. Desenvolvimento de um pipeline para identificar automaticamente os genes compostos predominantemente por microexons arranjados em tandem no genoma anotado de Schistosoma mansoni. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2016. Supervisor: Joao Carlos Setubal.
6.	Davi Toshio Inada. Análise do Metaboloma da cana-de- açúcar ao longo do ciclo de maturação da planta. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Instituto de Matemática da USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2016. Orientadores: Glaucia Mendes Souza, André Fujita.
7.	Deyvid Amgarten. Analise computacional da diversidade viral presente na comunidade microbiana do processo de compostagem do Zoologico de Sao Paulo. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2016. Orientadores: Aline Maria da Silva, Joao Carlos Setubal.
8.	Diogo Vieira da Silva Pellegrina. Análise global da expressão de mRNAs e RNAs nãocodificadores no sistema imunológico humano na senescência e sepse. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2016. Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
9.	Elvira Regina Tamarozzi. Modelagem e Análise In Silico das Variantes Européias da Oncoproteína E6 do Papilomavírus Humano Tipo 16. Dissertação (Mestrado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2016. Orientador: Silvana Giuliatti.
10.	Flaviane Lopes Ferreira. O papel do fator de transcrição ScRAV1 na expressão de genes de parede celular em cana-de-açúcar. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Botânica)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2016. Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
11.	Francisco José de Almeida Fernandes. Caracterização da estrutura de dependência do genoma humano usando campos Markovianos - Estudo de populações mundiais e dados de SNPs. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Universidade de São Paulo, . 2016. Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
12.	Grayce Hellen Romim Silva. O papel da hidrolase de calose (GH17) na formação do aerênquima da cana-de-açúcar. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2016. Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
13.	Grover Enrique Castro Guzman. Identificação de alterações na estrutura de clusterização das redes funcionais do cérebro associadas com o neurodesenvolvimento.. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2016. Orientador: André Fujita.
14.	Juan Manuel Vidal. Estudo comparativo de duas estratégias utilizadas na busca de relações funcionais entre genes. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2016. Orientador: André Fujita.
15.	Laécio Freitas Chaves. Alinhamento múltiplo de genomas e sequências de proteínas com repetições e rearranjos. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2016. Orientador: Alan Mitchell Durham.
16.	Leandro Nascimento Lemos. Reconstrução e análise de genomas de bactérias de compostagem a partir de dados metagenômicos. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2016. Orientador: Joao Carlos Setubal.
17.	Lucas Romeiro Pellozo. Sistema Informatizado para Gestão de Casos Clínicos Psiquiátricos. Dissertação (Mestrado em Mestrado Profissional em Gestão de Org) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2016. Orientador: Silvana Giuliatti.
18.	Mara L Gravinatti. PROTOCOLO DE ATENÇÃO ÀS POPULAÇÕES HUMANA E ANIMAL EM SITUAÇÃO DE VULNERABILIDADE NOS MUNICÍPIOS DE CURITIBA E SÃO JOSÉ DOS PINHAIS, PARANÁ, BRASIL.. Dissertação (Mestrado em Ciências Veterinárias) - Universidade Federal do Paraná, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2016. Supervisor: Ana Marcia de Sá Guimarães.
19.	Paulo Moises Raduan Alexandrino. Reconstrução da rede metabólica em escala genômica da bactéria Burkholderia sacchari. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2016. Orientador: André Fujita.
20.	Valeria Lis Le Gall. Bases Moleculares da resistência a Ivermectina em Rhipicephalus (Boophilus) microlplus. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2016. Orientador: Tatiana Teixeira Torres.

2015

1.	Alexandre Morimitsu. Computação Incremental e Eficiente de Sequências de Árvores de Componentes. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2015. Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
2.	Anderson Carvalho Morais. Caracterização genômica e filogenômica de Angomonas ambiguus.. Científico e Tecnológico - MA, . 2015. Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
3.	Caio Henrique Bezerra Silva. Avaliação da diversidade alélica e sua expressão no genoma poliploide de cana-de-açúcar. Dissertação (Mestrado em Bioquimica) - Instituto de Quimica da USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2015. Orientador: Glaucia Mendes Souza.
4.	Cristina Kraemer Zimpel. Sequenciamento, Anotação e Análise do genoma completo de Mycobacterium bovis cepa SP38. Dissertação (Mestrado em Epidemiologia Experimental Aplicada Às Zoonoses) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2015. Orientador: Ana Marcia de Sá Guimarães.
5.	Eduardo Cocca Padovani. Caracterização da Estrutura e Dinâmica das Redes Funcionais Neurais Durante um Processo de Indução Anestésica. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2015. Orientador: André Fujita.
6.	Erico Torrieri. Análise Estrutural de Mutações na Enzima GALNS associadas à Mucopolissacaridose IVA utilizando a Técnica de Modelagem Comparativa. Dissertação (Mestrado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2015. Orientador: Silvana Giuliatti.
7.	Fernanda Orpinelli Rego. Modelagem computacional de famílias de proteínas microbianas relevantes para a produção de bioenergia. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2015. Orientador: Joao Carlos Setubal.
8.	Gabriel Francisco Zaniboni. Implementação de abordagens computacionais para identificação de RNAs não codificadores longos envolvidos na diferenciação neuronal. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2015. Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
9.	Geovani Tolfo Ragagnin. Uso do ?Polimorfismo baseado na inserção de Retrotransposon? (RBIP) mais o PCR quantitativo na verificação de associação entre genes de resistência e Elementos Transponíveis. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2015. Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
10.	Laura Caroline Bastos. Estudo da Associação Entre Stress Materno Durante a Gestação e o Padrão de Metilação Global em Sangue de Cordão Umbilical. Dissertação (Mestrado em pós-graduação) - Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, . 2015. Orientador: Helena Paula Brentani.
11.	Liseth Urpy Segundo Carpio. Geração de caricaturas para representação de emoções usando processamento de imagens faciais e grafos And-Or. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2015. Orientador: Ariane Machado Lima.
12.	Livia Maria Silva Moura. Busca de variantes em sequência de DNA proveniente de pacientes com deficiência em processos de reparo de genoma. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Instituto de Ciências Biomédicas - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2015. Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
13.	Mariana Lombardi Peres de Carvalho. Identificação de proteínas modificadas por fosforilação em Schistosoma mansoni após tratamento com TNF-alfa humano. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2015. Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
14.	Rafael Mathias Ferreira. Arcabouço probabilístico para análise de sequências de RNA. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2015. Orientador: Alan Mitchell Durham.
15.	Ricardo Cacheta Waldemarin. Suporte ao Desenvolvimento e à Integração de Ontologias no Domínio Biomédico. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2015. Orientador: Cléver Ricardo Guareis de Farias.
16.	Suzana de Siqueira Santos. Análise de redes biológicas: estudo comparativo de medidas de dependência e uma ferramenta computacional para discriminar grafos. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2015. Orientador: André Fujita.
17.	Vania Gabriela Sedano Partida. Caracterização genômica dos genes s6pp de Saccharum spp. vinculados na produção de sacarose.. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2015. Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
18.	Vinícius Jardim Carvalho. Desenvolvimento de um pipeline para análise sistêmica do funcionamento de plantas, baseado em teoria de redes. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2015. Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.

2014

1.	Maciel Calebe Vidal. Análise da estrutura de clusterização das redes de conectividade funcional do cérebro para investigar as bases das desordens do espectro autista. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2014. Orientador: André Fujita.
2.	Marjorie Cornejo Pontelli. Implementação de ferramentas moleculares para a manipulação genética da haloarchaea Halobacterium salinarum.. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2014. Orientador: Tie Koide.
3.	Rayane de Tasso Moreira Ribeiro. Mobilização de reservas cotiledonares em sementes de Macrolobium acaciifolium Benth.. Dissertação (Mestrado em BOTÂNICA) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2014. Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
4.	Viviane Neri de Souza Reis. Variações no Número de Cópias no Genoma de Pacientes com Transtornos do Espectro do Autismo verbais e não verbais. Dissertação (Mestrado em pós-graduação) - Departamento de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2014. Supervisor: Helena Paula Brentani.

2013

1.	Alexandre Yukio Harano. Uma nova abordagem para as operações de Transformada de Erosão e Transformada de Dilatação através da união da decomposição de elementos estruturantes. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013. Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
2.	Amanda Rusiska Piovezani. SIMTar: uma ferramenta para predição de SNPs interferindo em sítios alvos de microRNAs. Dissertação (Mestrado em Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2013. Orientador: Ariane Machado Lima.
3.	Beatriz Jeronimo Pinto. ProGen AP: um Pipeline para a Anotação Proteogenômica Automática de Organismos Importantes Visando o Descobrimento de Novos Genes com Potencial para Intervenção Biotecnológica. Dissertação (Mestrado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, . 2013. Orientador: Silvana Giuliatti.
4.	Caio Cesar Moreira. Software para Treinamento de Regência em Canto Coral. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2013. Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
5.	Débora Chaves Coelho Leite. Modificações da parede celular na formação de aerênquima em raízes de cana-de-açúcar. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Ciências) - Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013. Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
6.	Fernando Domingues Kümmel Tria. Análise in silico de regiões promotoras de genes de Xylella fastidiosa. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013. Orientador: Aline Maria da Silva.
7.	George William Condomitti Epamino. Montagem do genoma de Bothrops jararaca. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013. Orientador: Joao Carlos Setubal.
8.	Igor Bonadio. Desenvolvimento de um arcabouço probabilístico para implementação de campos aleatórios condicionais". Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2013. Orientador: Alan Mitchell Durham.
9.	Joel Edu Sanchez Castro. Decomposição sequencial a partir da sup-representação de W-Operadores. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2013. Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
10.	Liliane Santana de Oliveira. PATO: um ambiente integrado com interface gráfica para a curadoria de dados de sequências biológicas. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2013. Orientador: Alan Mitchell Durham.
11.	Marcela Ortega. Implementação do arcabouço WED-ﬂow para controle de processos transacionais. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, NIH-USA Fundacao Pro-Sangue. 2013. Orientador: João Eduardo Ferreira.
12.	Pedro P. de S. B. da Silva. Uma abordagem transacional para o tratamento de exceções em processos de negócio. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2013. Orientador: João Eduardo Ferreira.
13.	Ricardo Wandré Dias Pedro. Inferência de gramáticas estocásticas para reconhecimento de padrões em imagens utilizando quadtrees. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo, . 2013. Orientador: Ariane Machado Lima.
14.	Rodrigo Roberto Rafagnin Duarte. Predição in silico e caracterização parcial das bacteriocinas de Xylella fastidiosa. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2013. Orientador: Aline Maria da Silva.
15.	Sophie Tandonnet. Molecular bases of pesticide resistance in Cochliomyia hominivorax. Dissertação (Mestrado em Ecology and Biology of populations) - Université de Poitiers, . 2013. Orientador: Tatiana Teixeira Torres.
16.	Walkiria Karla Resende. Classificação de doenças psiquiátricas da infância utilizando aprendizado de maquina. Dissertação (Mestrado em Bioinformatica) - Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo, . 2013. Orientador: Helena Paula Brentani.
17.	William Lira Ferreira. Análise da Dinâmica de Redes de Regulação Gênica Utilizando GPUs: Uma Ferramenta para o Auxílio no Problema de Inferência de Redes Booleanas. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2013. Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.

2012

1.	Augusto Cesar Crivellari. Caracterização estrutural das hemiceluloses de paredes celulares de cana-de-açúcar. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Ciências) - Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012. Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
2.	Fernanda Dias Pereira. Análise Filogenética entre Citrus e Guignardia. Dissertação (Mestrado em Agronomia - Produção Vegetal) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012. Orientador: Silvana Giuliatti.
3.	Gustavo Antonio Teixeira Chaves. Captação de ferro e efeito desse metal para crescimento e morfologia de Xylella fastidiosa. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012. Orientador: Aline Maria da Silva.
4.	Gustavo Luiz Duarte. Metadados para reconciliação de transações em bancos de dados autônomos. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012. Orientador: João Eduardo Ferreira.
5.	Henrique Cursino Vieira. Análise da Modulação Epigenética em Sangue de Cordão. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2012. Orientador: Helena Paula Brentani.
6.	Leila Cristina Mortari. Efeitos de uma atmosfera enriquecida com CO2 sobre a fotossíntese, o crescimento e o metabolismo de carboidratos do açaizeiro (Euterpe oleracea Mart.). Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Botânica)) - Universidade de São Paulo, . 2012. Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
7.	Luis Henrique U. Ishivatari. Função de Avaliação Dinâmica em Algoritmos Genéticos Aplicados na Predição de Estruturas Terciárias de Proteínas. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012. Supervisor: Fernando Luis Barroso da Silva.
8.	Luiz Fernando Martins Pignata. Pipeline para Análise In Sílico de Dados de Expressão de miRNAs e mRNAs em Células de Mamíferos. Dissertação (Mestrado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2012. Orientador: Silvana Giuliatti.
9.	Mauricio Chui Rodrigues. Tratamento de Eventos Aplicado à Composição de Serviços We. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2012. Orientador: João Eduardo Ferreira.
10.	Mayra Akemi Kuroki. Desenvolvimento de Método de Identificação de Promotores de Cana-de-Açúcar: Análise comparativa de clonagem dirigida e clonagem aleatória. Dissertação (Mestrado em Programa Interunidades Biotecnologia) - Instituto de Biociências, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2012. Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
11.	Melline Fontes Noronha. Dinâmica da Fermentação Alcoólica: Aplicação de Redes Booleanas Probabilísticas Sensíveis a Contextona Dinâmica da Expressão Gênica na Linhagem Industrial PE-2 da Saccharomyces cerevisiae durante o Processo Fermentativo. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2012. Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
12.	Mirian de Souza. Modelos Mistos no Mapeamento Genético de Fatores de Risco Cardiovascular em Famílias Brasileiras. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2012. Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
13.	Paulo Marques Pierry. Pirossequenciamento e análise comparativa de genomas do fitopatógeno Xylella fastidiosa. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012. Orientador: Aline Maria da Silva.
14.	Rodrigo Fandino. Clonagem de promotores de cana-de-açúcar e análise do transcriptoma de variedades segregantes para teor de sacarose. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Instituto de Química - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012. Orientador: Glaucia Mendes Souza.
15.	Rosario Alejandra Medina Rodriguez. Aspectos Teóricos e Práticos do Classificador Baseado em Segmentos de Retas em Problemas de Multiclassificação. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012. Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
16.	Tales Pinheiro de Andrade. Interações gênicas usando redes booleanas limiarizadas modeladas como um problema de satisfação de restrições. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2012. Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
17.	Teiti Yagura. Mecanismos de indução de lesões no DNA pela luz UVA e seus efeitos biológicos. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Instituto de Ciências Biomédicas - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012. Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
18.	Thalita Beatriz Carrara Encarnação. Estudo bioquímico e molecular da enzima alfa-galactosidase de sementes de Sesbania virgata (Cav.) Pers.. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Botânica)) - Universidade de São Paulo, . 2012. Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
19.	Vitor Onuchic. Inovações em técnicas de alinhamentos múltiplos e predições de genes. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012. Orientador: Alan Mitchell Durham.

2011

1.	Cristiane Ribeiro de Sousa. Caracterização da mobilização dos polissacarídeos da parede celular em palhada de cana de açúcar submetida às condições de campo. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2011. Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
2.	Flávia Akemi Miyazaki. Uma Abordagem Baseada em Ontologias e Conectores para a Integração Semântica de Ferramentas de Análise de Expressão Gênica. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2011. Orientador: Cléver Ricardo Guareis de Farias.
3.	Ivan Salles Santos. Influência da cronobiologia na mobilização de reservas dos cotilédones do jatobá (Hymenaea courbaril l.). Dissertação (Mestrado em Mestrado em Ciências) - Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2011. Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
4.	Vitor Hugo Louzada Patricio. Canalização: Fenótipos Robustos como Consequência de Características da Rede de Regulaçào Gênica. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2011. Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.

2010

1.	Adriana Grandis. Respostas fotossintéticas e de crescimento da espécie amazônica Senna reticulata sob elevada concentração de CO2. Dissertação (Mestrado em BOTÂNICA) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2010. Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
2.	André Luis da Silva Breve. Predição In Silico de Epítopos de Microrganismos com Identidade a Autoantígenos Humanos. Dissertação (Mestrado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2010. Orientador: Silvana Giuliatti.
3.	Barbara Helen Cortat Santos. "Papel Biológico dos dímeros de pirimidina em células humanas irradiadas com irradiação UVA". Dissertação (Mestrado em Microbiologia) - Instituto de Ciências Biomédicas - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2010. Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
4.	Bruna Cersózimo Arenque. Metabolismo de carboidratos da espécie amazônica Senna reticulata sob cultivo em alto CO2. Dissertação (Mestrado em BOTÂNICA) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2010. Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
5.	Carlos Stein Naves de Brito. Medidas de dependência entre séries temporais: Estudo comparativo, análise estatística e aplicações em neurociências. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2010. Orientador: Koichi Sameshima.
6.	Domitille Chalopin. Post-meiotic transcription in Drosophila. Dissertação (Mestrado em Genetics) - University of Lyon, . 2010. Supervisor: Maria Dulcetti Vibranovski.
7.	Elisa Pereira Kameda. Redução de dimensionalidade em modelos de bancos de dados multidimensionais. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2010. Orientador: João Eduardo Ferreira.
8.	Gisele Antoniazzi Cardoso. Análise da expressão de genes relacionados ao comportamento alimentar na família Calliphoridae. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2010. Supervisor: Tatiana Teixeira Torres.
9.	Marcelo Meireles Petenate. Farmacogenômica. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo, . 2010. Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
10.	Mina Cintho. Framework para classificação das mutações de HIV. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2010. Orientador: João Eduardo Ferreira.
11.	Renato Astolfi Raposo. Análise de interações da subunidade catalítica da fosfatase do tipo 1 (PP1c) de Dictyostelium discoideum identificadas através do sistema de duplo-híbrido em leveduras. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2010. Orientador: Aline Maria da Silva.
12.	Tulio Marcus Ribeiro Calixto. Análises de propriedades eletrostáticas e estruturais de complexos de proteínas para o desenvolvimento de preditores de complexação em larga escala. Dissertação (Mestrado em Ciências Farmacêuticas) - Universidade de São Paulo, . 2010. Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
13.	Wonder Alexandre Luz Alves. Localização de Texto em Imagens de Cenas por meio de Operadores Morfológicos. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, . 2010. Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.

2009

1.	Carlos Eduardo Neves. Experimentos de Microarrays e Teoria da Resposta ao Item. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Universidade de São Paulo, . 2009. Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
2.	Gabriela Félix Persinoti. Auxílio ao Diagnóstico de Artrite Reumatoide Através de Técnicas de Inteligência Artificial. Dissertação (Mestrado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2009. Orientador: Silvana Giuliatti.
3.	Guilherme Tozo de Carvalho. Aplicação de práticas ágeis na construção de data warehouse evolutivo. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2009. Orientador: João Eduardo Ferreira.
4.	Janaína Bosso. Ajustes das características eletroacústicas do aparelho de amplificação sonora individual com base em limiares auditivos tonais e resposta auditiva de estado estável. Dissertação (Mestrado em Neurociências e Comportamento) - Universidade de São Paulo, . 2009. Orientador: Koichi Sameshima.
5.	Julien Braga Calais Correia Pinto. A expressão de genes relacionados à plasticidade sináptica durante o sono REM após exposição a um ambiente enriquecido. Dissertação (Mestrado em Neurociências e Comportamento) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2009. Orientador: Koichi Sameshima.

2008

1.	Aderbal Ruy Teodoro da Silva. Avaliação da expressão gênica na doença de alzheimer atraves da técnica de cdn microarray em amostras de cerebro post-mortem humano. Dissertação (Mestrado em Fisiopatologia experimental) - Universidade de São Paulo, . 2008. Orientador: Helena Paula Brentani.
2.	Anderson Fraiha Machado. Erosões e Dilatações Morfológicas Binárias Seqüenciais Rápidas. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008. Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
3.	Daniel Kashiwamura Scheffer. Modelagem de Equações Estruturais no Mapeamento Genético em Cruzamentos Controlados. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Universidade de São Paulo, . 2008. Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
4.	Daniel Macedo de Melo Jorge. Busca de Inibidores Naturais Contra o Veneno de Apis Mellifera. Dissertação (Mestrado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008. Orientador: Silvana Giuliatti.
5.	Grace Anne Pontes Borges. Fluxo de dados em redes de Petri coloridas e em grafos orientados a atores. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2008. Orientador: João Eduardo Ferreira.
6.	Juliane Karine Ishida. Perfil transcricional do retrotransposon Retrolyc 1 em mutantes de tomate Micro-Tom e em suspensão celular de fumo.. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós Graduação em Botânica) - Instituto de Biociências da USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2008. Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
7.	Luiz Henrique Rorato Decaro. Foundation: facilitando a implementacao de operacoes do tipo CRUD em aplicacoes JavaEE.. Dissertação (Mestrado em Pro- grama de Mestrado Proﬁssional em Engen- ha) - Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo, . 2008. Orientador: Alan Mitchell Durham.
8.	Pedro Losco Takecian. ACP e LOTOS: um estudo comparativo baseado em conceitos de BPEL e padrões de controle de fluxo. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, National Institutes of Health. 2008. Orientador: João Eduardo Ferreira.
9.	Priscila de Araujo Lucas Rodrigues. Perfil de desempenho em teste de triagem de processamento auditivo em crianças de sete e oito anos residentes em Cuiabá-MT. Dissertação (Mestrado em Ciências (Fisiopatologia Experimental)) - Universidade de São Paulo, . 2008. Orientador: Koichi Sameshima.
10.	Renato David Puga. Conexão In Silico entre Plantas Medicinais e Animais Venenosos. Dissertação (Mestrado em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2008. Orientador: Silvana Giuliatti.

2007

1.	Amanda Pereira de Souza. A cana-de-açúcar e as mudanças climáticas: efeitos de uma atmosfera enriquecida em co2 sobre o crescimento, desenvolvimento e metabolismo de carboidratos de saccharum ssp. Dissertação (Mestrado em Biologia Molecular e Morfofuncional) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007. Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
2.	André Yoshiaki Kashiwabara. MYOP: Um ar cabouço para a predição de genes ab-initio. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2007. Orientador: Alan Mitchell Durham.
3.	Barbara Pereira de Mello. Identificação de novos transcritos humanos através da exploração racional do banco de dados do Projeto Genoma do Câncer Humano (HCGP. Dissertação (Mestrado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, . 2007. Supervisor: Helena Paula Brentani.
4.	Bruno Karolski. Estudo da inativação por RNAi de retrotransposons da família Tnt1. Dissertação (Mestrado em Pos Graduação em Botânica) - Instituto de Biociências, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007. Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
5.	Dhivya Arasappan. Bioinformatic tools in the analysis of metabolic pathway data. Microbiology and Immunology - Virginia Commonwealth University, . 2007. Supervisor: Joao Marcelo Pereira Alves.
6.	Gustavo Bianchi Maia. Ferramenta para integração de banco de dados multidimensionais e softwares de visualização de séries temporais. Dissertação (Mestrado em Pós graduação Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, . 2007. Orientador: João Eduardo Ferreira.
7.	Marcos Medina Leite. Um metamodelo MOF e um Perfil UML para o Suporte ao Desenvolvimento Baseado em Modelos de Aplicações Móveis Sensíveis ao Contexto. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Informática) - Universidade Católica de Santos, . 2007. Orientador: Cléver Ricardo Guareis de Farias.
8.	Mauro Alexandre Marabesi. Efeito do alto CO2 no crescimento inicial e na fisiologia da fotossíntese em plântulas Senna alata (L.) Roxb.. Dissertação (Mestrado em Biodiversidade Vegetal e Meio Ambiente) - Instituto de Botânica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2007. Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
9.	Nubia Esteban Duarte. Análise Multivariada no Mapeamento Genético de Traços Quantitativod. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Instituto de Matemática e Estatística, . 2007. Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.

2006

1.	Carlos Henrique Aguena Higa. Coeficiente de Determinação, Predição Intrinsicamente Multivariada e Genética. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2006. Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
2.	Devanir Zuliani. Projeto Conceitual de Workflow. Dissertação (Mestrado em Engenharia de Software) - Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo, . 2006. Orientador: João Eduardo Ferreira.
3.	Kelly Rosa Braghetto. CONTROLE DE PADRÕES DE FLUXOS DE PROCESSOS EM BANCOS DE DADOS RELACIONAIS. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2006. Orientador: João Eduardo Ferreira.
4.	Marcos Eduardo Bolelli Broinizi. Validacao Agil e Precisa de Projetos Conceituais de Banco de Dados. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2006. Orientador: João Eduardo Ferreira.
5.	Maria Jacqueline Batista. Análise de Associação Aplicada ao mapeamento Genético de Doenças. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2006. Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
6.	Maria Rangel. Câncer de mama através da técnica de microarray utilizando uma plataforma de exons tumor-associados. Dissertação (Mestrado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, . 2006. Supervisor: Helena Paula Brentani.
7.	Paula Mitiko Yamakawa. Modelos de Regressão no Mapeamento de Genes em Populações Experimentais. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Universidade de São Paulo, . 2006. Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
8.	Paulo de Paiva Rosa Amaral. Estudo da biossíntese e regulação de RNA não-codificadores intrônicos em células humanas. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2006. Orientador: Aline Maria da Silva.
9.	Rejane Augusta de Oliveira Figueiredo. Experimentos com Microarrays - Modelos para a Identificação de Genes Diferencialmente Expressos. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Universidade de São Paulo, . 2006. Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
10.	RICARDO DA SILVA CARVALHEIRO. Integração de estruturas de endereçamento para viabilizar a automatização do georreferenciamento de cadastros: Um estudo de caso. Dissertação (Mestrado em Engenharia de Computação) - Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo, . 2006. Orientador: João Eduardo Ferreira.
11.	Tyuana Sandim da Silveira Sassi. Comparação qualitativa e quantitativa entre os fones de inserção e supra-aural na pesquisa dos potenciais evocados auditivos de tronco encefálico em indivíduos adultos ouvintes normais. Dissertação (Mestrado em Neurociências e Comportamento) - Universidade de São Paulo, . 2006. Orientador: Koichi Sameshima.

2005

1.	Ana Maria Baroni. Caracterização do sistema fotossintético em folhas de plantas jovens de Caesalpinia echinata Lam. (pau-brasil). Dissertação (Mestrado em Biodiversidade Vegetal e Meio Ambiente) - Instituto de Botânica, . 2005. Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
2.	Giovanna Bezerra da Silva. A importância da parede celular para a filogenia das Pteridofitas. Dissertação (Mestrado em Biodiversidade Vegetal e Meio Ambiente) - Instituto de Botânica, . 2005. Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
3.	Julio Cesar Mila. Utilização de ontologias na especificacao de processos e regras de negocio. Dissertação (Mestrado em Engenharia de Computação) - Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo, . 2005. Orientador: João Eduardo Ferreira.
4.	Rogerio Fonseca. Avaliação das ORESTES no-match geradas pelo projeto HCGP. Dissertação (Mestrado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2005. Orientador: Helena Paula Brentani.
5.	Rosianni de Oliveira Cruz. Modularização da Coleta de Lixo na Máquina Virtual de Pesquisa Jikes. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2005. Orientador: Alan Mitchell Durham.
6.	Wenjie Zheng. Genomic Islands in Agrobaterium vitis S4. Dissertação (Mestrado em Computer Science) - Virginia Tech, virginia bioinformatics institute. 2005. Orientador: Joao Carlos Setubal.

2004

1.	Daniel Vieira. Geração de Classificadores de Seqüências Genéticas Utilizando Inferência de Linguagens Regulares. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2004. Orientador: Alan Mitchell Durham.
2.	Daniela Beton. Caracterização molecular de INc-1, um inibidor da proteína serina/treonina fosfatase do tipo 1 de Neurospora crassa.. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2004. Orientador: Aline Maria da Silva.
3.	Gustavo Tadao Okida. Índices para consultas por conteúdo em bancos de dados heterogêneos. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2004. Orientador: João Eduardo Ferreira.
4.	Joao Paulo Piazza. Uma metodologia para determinacao do organismo de origem de sequencias de DNA com aplicacao em projetos EST. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, . 2004. Orientador: Joao Carlos Setubal.
5.	Michele de Sá Dechoum. Crescimento inicial, alocação de recursos e fotossíntese em plântulas das espécies vicariantes Hymenaea courbaril car stilbocarpa (Hayne) Lee & Lang. (jatobá) e Hymenaea stigonocarpa Mart. (jatobá-do-cerrado)(Leguminosae-Caesalpinioideae). Dissertação (Mestrado em Biologia Vegetal) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2004. Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
6.	Patricia Pinho Tonini. Estudo da mobilização do galactomanano através da imunolocalização da endo-beta-mananase em sementes de Sesbania virgata Cav. Pers (Leguminosae-Caesalpinioideae). Dissertação (Mestrado em Biologia Molecular e Morfofuncional) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2004. Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
7.	Paula Moreira Felix Costa. Efeitos da alta concentração de CO2 sobre o crescimento e o estabelecimento de plântulas do jatobá de mata Hymenaea courbaril L. var. stilbocarpa (Heyne) Lee & Langenheim (Leguminosae, Caesalpinioideae, Detarieae). Dissertação (Mestrado em Biologia Molecular e Morfofuncional) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2004. Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
8.	Renato Assis de Carvalho. Isolamento e caracterização do gene da esterase relacionado à resistência a inseticidas organofosforados na mosca praga da pecuária, Cochliomyia hominivorax (Diptera: Calliphoridae). Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2004. Supervisor: Tatiana Teixeira Torres.
9.	Sidney Jurado de Carvalho. Estudo por Mecânica Estatística de aspectos eletrostáticos da interação ligante-biomolécula. Dissertação (Mestrado em Ciências Biomoleculares e Farmacológicas) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2004. Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.

2003

1.	Cesar Gustavo Lisboa. Endo-beta-mananase de endosperma de Sesbania virgata (Cav.) Pers.: purificação, caracterização e importância na germinação e desenvolvimento da plântula. Dissertação (Mestrado em Biologia Molecular e Morfofuncional) - Universidade Estadual de Campinas, . 2003. Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
2.	Elcio Yukio Nanba. Escalonamento de tarefas em clusters de servidores SMP heterogeneos para aplicacoes de biologia molecular. Dissertação (Mestrado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo, . 2003. Supervisor: João Eduardo Ferreira.
3.	Marcelo Camacho de Souza. Componente de controle transacional para integracao assincrona de bases de dados. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2003. Orientador: João Eduardo Ferreira.
4.	Marcio Katsumi Oikawa. Integracao para dados e aplicacoes em biologia molecular computacional. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003. Orientador: João Eduardo Ferreira.
5.	Priscila Mayumi Kashiwabara. Interferência na expressão do gene thi1 de Arabidopsis thaliana e seus efeitos biológicos. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003. Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
6.	Weslley Emmanuel Martins Lima. Uma biblioteca para simulação de protocolos de entrega de mensagens em redes móveis. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2003. Orientador: Alan Mitchell Durham.

2002

1.	Ariane Machado Lima de Oliveira. Laboratorio de geracao de classificadores de sequencias. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2002. Orientador: Alan Mitchell Durham.
2.	Bianka M. M. Teixeira Goncalves. Alternativas para propagacao das atualizacoes de um banco de dados operacional para um data warehouse. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2002. Orientador: João Eduardo Ferreira.
3.	CARLA IVANE GANZ VOGEL. Identificação e seqüenciamento de genes envolvidos no reparo de DNA por excisão de nucleotídeos (NER) em cana de açúcar (Saccharum sp). Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2002. Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
4.	CAROLINA MARIA BERRA. Caracterização funcional do gene AtXPB2 em leveduras mutantes no gene homólogo RAD25. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2002. Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.
5.	Daniela Carvalho Gonzalez. Caracterização do mutante de desenvolvimento redA de Dictyostelium discoideum.. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2002. Orientador: Aline Maria da Silva.
6.	Isabel Italiano. Um Modelo hibrido para atualizacao de dados em projetos de data warehouse. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2002. Orientador: João Eduardo Ferreira.
7.	Joanlise Marco de Leon. Mapeamento Genético em Populações Humanas via Modelos de Componentes de Variância. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Instituto de Matemática e Estatística, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2002. Orientador: Júlia Maria Pavan Soler.
8.	Luciano Vieira de Araujo. CCICLO: Componente para cruzamento e integracao de objetos classificados. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2002. Orientador: João Eduardo Ferreira.
9.	Miguel José Minhoto. O efeito da temperatura na ação da xiloglucano endo-beta-transglicosilase sobre xiloglucanos de reserva. Dissertação (Mestrado em Biologia Molecular e Morfofuncional) - Universidade Estadual de Campinas, . 2002. Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
10.	Vagner Katsumi Okura. Bioinformatica de projetos genoma de bacterias. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2002. Orientador: Joao Carlos Setubal.

2001

1.	Adriana Matsukuma. Sequenciamento do DNA da Xylella fastidiosa e análise da sequência e predição dos genes presentes nos cosmídeos sequenciados. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001. Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
2.	Adriana Ragoni Jorge Ferreira. Comunicação vocal em duas espécies de beija-flores: Aphantochroa cirrhochloris e Glaucius hirsuta (Trochilidae). Dissertação (Mestrado em Neurociências e Comportamento) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001. Orientador: Koichi Sameshima.
3.	CARLOS HENRIQUE MAIA BRAGA. Meta Modelo para Controle Corporativo de Estratégia de Replicação de Dados. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2001. Orientador: João Eduardo Ferreira.
4.	Clovis Oliveira Silva. Papel da beta-galactosidase no mecanismo de degradação do xiloglucano de parede celular durante a mobilização de reserva em cotilédones de Copaifera langsdorffii. Dissertação (Mestrado em Biologia Molecular e Morfofuncional) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001. Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
5.	Danyella Doggini. Detecção in vivo da atividade promotora do elemento de transposição Ac em Arabidopsis thaliana através da utilização do gene reporter GFP. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001. Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
6.	Elena Zaidan. Desenvolvimento de uma bateria de testes de triagem da função auditiva central em pré-escolares e escolares na faixa-etária entre 6 e 11 anos. Dissertação (Mestrado em Neurociências e Comportamento) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001. Orientador: Koichi Sameshima.
7.	LEONARDO AUGUSTO TANIGUTI MANTOVANI. Uma alternativa para Simplificação de Sincronismo de Dados Temporais entre Ambientes Operacionais e Analíticos. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação e Matemática Computacional) - Universidade de São Paulo, . 2001. Orientador: João Eduardo Ferreira.
8.	Leonardo P. Farias. Caracterização genômica e investigação da região promotora do gene thi1 de Arabidopsis thaliana. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001. Orientador: Marie-Anne Van Sluys.
9.	MARINALVA MARTINS PINHEIRO. Genes de reparo de DNA em dois fitopatógenos: Xylella fastidiosa e Xanthomonas axonopodis pv.citri. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Microbiologia)) - Universidade de São Paulo, . 2001. Orientador: Carlos Frederico Martins Menck.

2000

1.	Adriana Froutman Lopes. Condições ótimas de extração de polissacarídeos de reserva de sementes de leguminosas brasileiras. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Biologia Molecular)) - Universidade Federal de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2000. Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.
2.	Adriana Potomati. Efeito do ácido abscísico sobre a mobilização de galactomanano e o desenvolvimento do embrião em sementes de sesbania marginata Benth.. Dissertação (Mestrado em Biologia Molecular e Morfofuncional) - Universidade Estadual de Campinas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2000. Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
3.	Ana Maria da Silva. Detecção de proteínas extracelulares que se ligam ao xiloglucano em cotilédones de Chagas (Tropaeolum majus). Dissertação (Mestrado em Biologia Molecular e Morfofuncional) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2000. Orientador: Marcos Silveira Buckeridge.
4.	Arlindo Flavio da Conceicao. Problemas combinatórios de congestionamento. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2000. Orientador: Joao Carlos Setubal.
5.	Lidio Nunes de Abreu Jr. O problema da designação e sua variante paramétrica. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2000. Orientador: Joao Carlos Setubal.
6.	Valéria Regina Panegassi. Extração e caracterização química e físico-química o galactomanano do Faveiro (Dimorphandra mollis). Dissertação (Mestrado em Engenharia de Alimentos) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2000. Supervisor: Marcos Silveira Buckeridge.

(*) Relatório criado com produções desde 2000 até 2024
Data de processamento: 08/08/2024 13:09:19

1.	Alana da Silva Luna. AllianceScan: uma abordagem para identificação de disfluências em português brasileiro aplicada em textos transcritos de áudios de psicoterapia para predizer aliança terapêutica. Dissertação (Mestrado em SISTEMAS DE INFORMAÇÃO) - Universidade de São Paulo, . 2024. Supervisor: Ariane Machado Lima.
2.	Fábio Rosindo Daher de Barros. Técnicas de normalização de características geométricas e uso de características de textura no auxílio ao diagnóstico do transtorno do espectro autista baseado em imagens faciais. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo, . 2024. Orientador: Ariane Machado Lima.
3.	Mauricio L. Casagrande. Comparação de redes de coexpressão gênica em circuitos neurais relacionados ao Transtorno Obsessivo Compulsivo. Dissertação (Mestrado em Bioinformatica) - Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo, . 2024. Orientador: Helena Paula Brentani.

Programa de Pós Graduação em Bioinformática

Dissertação de mestrado

2024

2023

2022

2021

2020

2019

2018

2017

2016

2015

2014

2013

2012

2011

2010

2009

2008

2007

2006

2005

2004

2003

2002

2001

2000