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Programa de Pós Graduação em Bioinformática

2023

1.	SUPREM, ABHIJIT ; FERREIRA, JOAO E. ; Pu, Calton. Continuously Reliable Detection of New-Normal Misinformation: Semantic Masking and Contrastive Smoothing in High-Density Latent Regions. arxiv.org. 2023. Open access

2022

1.	GENEVCIUS, BRUNO C. ; CALLANDRIELO, D. ; TORRES, T. T.. Molecular and developmental signatures of genital size macro-evolution in bugs. 2022. Preprint
2.	OLIVEIRA, M. L. G. ; Castelli, Erick C. ; Veiga-Castelli, Luciana Caricati ; PEREIRA, A. L. E. ; MARCORIN, L. ; CARRATTO, T. M. T. ; SOUZA, A. S. ; ANDRADE, H. S. ; SIMOES, A. L. ; DONADI, E. A. ; COURTIN, D. ; SABBAGH, A. ; GIULIATTI, S. ; MENDES-JUNIOR, C. T.. Genetic diversity of the LILRB1 and LILRB2 coding regions in an admixed Brazilian sample. New York: Cold Spring Harbor Laboratory. 2022. The Preprint Server for Biology
3.	SUPREM, A. ; VAIDYA, A. ; VENUGOPAL, A. ; Ferreira, João Eduardo ; Pu, Calton. EdnaML: A Declarative API and Framework for Reproducible Deep Learning. arxiv.org. 2022. Open access
4.	SUPREM, ABHIJIT ; SINGH, P. ; CHERKADI, S. ; VAIDYA, S. ; FERREIRA, J. E. ; Pu, Calton. ATEAM: Knowledge Integration from Federated Datasets for Vehicle Feature Extraction using Annotation Team of Experts. arxiv.org. 2022. Open access
5.	SUPREM, ABHIJIT ; VAIDYA, SANJYOT ; FERREIRA, J. E. ; Pu, Calton. Time-Aware Datasets are Adaptive Knowledgebases for the New Normal. arxiv.org. 2022. Open access

2021

1.	Amgarten, D. ; IHA, B. K. ; PIROUPO, C. M. ; DA SILVA, ALINE MARIA ; SETUBAL, J. C.. vHULK, a new tool for bacteriophage host prediction based on annotated genomic features and deep neural networks. BioRxiv. 2021. Artigo completo - preprint
2.	CARA, M. A. R. ; JAY, P. ; CHOUTEAU, M. ; WHIBLEY, A. ; HUBER, B. ; PIRON-PRUNIER, F. ; RAMOS, R. R. ; FREITAS, A. V. L. ; SALAZAR, C. ; SILVA-BRANDAO, K. L. ; TORRES, T. T. ; JORON, M.. Supergene formation is associated with a major shift in genome-wide patterns of diversity in a butterfly. 2021. Preprint
3.	KOSTYGOV, A. Y. ; Alves, João M. P. ; YURCHENKO, V.. Symbioses Between Protists and Bacteria/Archaea, 2021. (Prefácio. 2021.
4.	UCEDA, G. ; FEITOSA-JUNIOR, OSÉIAS R. ; SANTIAGO, C. R. ; PIERRY, PAULO M. ; ZAINI, Paulo A. ; DE SANTANA, WESLEY OLIVEIRA ; MARTINS-JUNIOR, J. ; BARBOSA, D. ; Digiampietri, Luciano A ; Setubal, J. C. ; Da Silva, Aline Maria. Comparative genomics of Xylella fastidiosa suggests determinants of host-specificity and expands its mobile genetic elements repertoire. BioRxiv. 2021. Artigo completo - preprint

2020

1.	CARLOTTI, D. ; NUNES, F. L. S. ; FERREIRA, J.E.. Relational data model and programs to use and view data from the FAPESP COVID-19 Data Sharing/BR repository. Repositório de Dados Científicos da USP. 2020. Repositório de Dados Cientíticos
2.	HEREDIA, F. ; VOLONTE, Y. ; PEREIRINHA, J. ; FERNANDEZ-ACOSTA, M. ; CASIMIRO, A. P. ; BELEM, C. G. ; VIEGAS, F. ; TANAKA, K. ; ARANA, M. ; CARDOSO, G.A. ; MACEDO, A. ; KOTOWICZ, M. ; SPALM, F. H. P. ; DIBO, M. J. ; MONFARDINI, R. D. ; TORRES, T. T. ; MENDES, C. S. ; GARELLI, A. ; GONTIJO, A.. Innate Behavior Sequence Progression by Peptide-Mediated Interorgan Crosstalk. 2020. Preprint
3.	HERNANDES, J. ; MALUF, D. Q. ; JESUS, Erika Maria de ; Lopes FR ; PARMIGIANI, R. B. ; KAROLSKI, Bruno ; DIAS, H. M. ; JACOBS, T. B. ; CAMARGO, A. A. ; KITAJIMA, J.P. ; Van Sluys, M. A.. Evidence-based gene expression modulation correlates with transposable element knock-down. 2020. Divulgação Científica
4.	MELLO, L. E. ; SUMAN, A. ; MEDEIROS, C. B. ; PRADO, C. ; RIZZATTI, E. ; NUNES, F. L. S. ; BARNABE, G. ; FERREIRA, J. E. ; SA, J. ; REIS, L. F. ; RIZZO, L. V. ; SARNO, L. ; LAMONICA, R. ; MACIEL, R. M. B. ; CESAR JR, R. M. ; CARVALHO, R.. Opening Brazilian COVID-19 patient data to support world research on pandemics. Zenodo. 2020. Open access
5.	NAYFACH, S. ; ROUX, S. ; UDWARY, D. ; SESHADRI, R. ; SEVERALAUTHORS,. ; CONSORTIUM, I. D. ; DA SILVA, A. M. ; SETUBAL, J. C. ; WOYKE, T. ; MOUNCEY, N. J. ; IVANOVA, N. N. ; KYRPIDES, N. C. ; ELOE-FADROSH, E. A. . A genomic catalog of Earth?s microbiomes. New York, NY: Nature Biotechnology. 2020. Artigo completo publicado em periódico DOI: 10.1038/s41587-020-0718-6
6.	SECKENDORF, M. V. ; Zerillo, Marcelo M ; BONADIO, D. ; VANSLUYS, M A ; SLUYS MAV.. Projeto GEMACana. Sao Paulo. 2020. Divulgação Científica

2019

1.	AMARAL, MURILO S ; GOULART, ERNESTO ; CAIRES-JÚNIOR, LUIZ CARLOS ; MORALES-VICENTE, DAVID A. ; SOARES-SCHANOSKI, ALESSANDRA ; GOMES, R. P. ; OLBERG, GIOVANNA G. O. ; ASTRAY, RENATO MANCINI ; KALIL, JORGE ; Zatz, Mayana ; Verjovski-Almeida, S. ; Verjovski-Almeida, S.. Differential gene expression elicited by ZIKV infection in trophoblasts from congenital Zika syndrome discordant twins. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/867465v2.full. 2019. preprint
2.	CARDOSO, G.A. ; DESZO, M. S. ; TORRES, T. T.. Functional genomics of the parasitic habits of blowflies and botflies. 2019. Preprint
3.	CARNEIRO, V. C. ; SILVA, I C A ; AMARAL, MURILO ; PEREIRA, ADRIANA S. A. ; SILVEIRA, GILBERT O. ; PIRES, DAVID S ; Verjovski-Almeida, S. ; Verjovski-Almeida, S. ; DEKKER, F. J. ; ROTILI, D. ; MAI, A. ; TORRES, E. J. L. ; ROBAA, D. ; SIPPL, W. ; Pierce, Raymond J. ; BORRELLO, M. T. ; GANESAN, A. ; LANCELOT, J. ; THIENGO, S. ; FERNANDEZ, M. A. ; et.al. Pharmacological inhibition of lysine-specific demethylase 1 (LSD1) induces global transcriptional deregulation and ultrastructural alterations that impair viability in Schistosoma mansoni. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/829549v2.full. 2019. LSD1) induces global transcriptional deregulation and ultrastructural alterations that impair viability in Schistosoma mansoni. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/829549v2.full, 2019 (preprint
4.	DASILVA, LUCAS F ; TAHIRA, A. C. ; MESEL, VINÍCIUS ; Verjovski-Almeida S. A Deep Learning approach predicts the impact of point mutations in intronic flanking regions on micro-exon splicing definition. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/868786v1.full. 2019. preprint
5.	ZIMPEL, CRISTINA KRAEMER ; PATANE, J. S. L. ; GUEDES, A. C. P. ; SOUZA, R. F. ; PEREIRA, T. T. S. ; CAMARGO, N. C. S. ; SOUZA, A. F. ; IKUTA, CÁSSIA YUMI ; FERREIRA NETO, J. S. ; SETUBAL, J. C. ; HEINEMANN, MARCOS BRYAN ; GUIMARÃES, A. M. S.. Global distribution and evolution of Mycobacterium bovis lineages. bioRxiv, the preprint server for biology. 2019. BioRxiv Pre-Print

2017

1.	KROPINSKI, A. M. ; KUHN, J. H. ; DA SILVA, ALINE MARIA. Change ICVCN Rule 3.11. 2017. Technical Report

2015

1.	FONSECA, LS. ; NAKAYA, H. I.. Can Proteins Use Electricity for Signaling One Another? 2015 (Current Synthetic and Systems. 2015. Current Synthetic and Systems Biology (Editorial)
2.	Tamaki, FK ; NAKAYA, H. I.. Cyclic Peptides as Modulators of Protein-Protein Interactions 2015 (Current Synthetic and Systems. 2015. Current Synthetic and Systems Biology (Editorial)

2011

1.

Fettweis, J.M. ; Alves, J. M. ; Borzelleca, J.F. ; Brooks, J.P. ; Christopher J. Friedline ; Yuan Gao ; Xi Gao ; Girerd, Philippe H ; Michael D. Harwich ; Stephanie L. Hendricks ; Kimberly K. Jefferson ; Vladimir Lee ; Michael C. Neale ; Federico A. Puma ; Mark A. Reimers ; Maria C. Rivera ; Seth B. Roberts ; SERRANO, M. G. ; Nihar Sheth ; Judy L. Silberg ; et.al. The Vaginal Microbiome: Disease, Genetics and the Environment. Nature Publishing Group. 2011. Marker paper

2009

1.	SOLER, J. M. P.; Giolo, S.R.. Epidemiologia Genética: estudos de associação no mapeamento genético de doenças complexas. 2009. Curso de curta duração ministrado/Extensão

2007

1.	SOLER, J. M. P. Métodos Estatísticos em Genética e Genômica. 2007. Curso de curta duração ministrado/Outra

2006

1.	FERREIRA, J. E.; TAKAI, O. K.. PROJETO E MODELAGEM DE BANCO DE DADOS - revisão técnica. Rio de Janeiro: Editora Campus/Elsevier. 2006. Tradução/Livro

2004

1.	BUCKERIDGE, M. S. Viabilidade da Conservação dos Remanescentes de Cerrado no Estado de São Paulo. São Paulo, 2004. (Prefácio. 2004.
2.	BUCKERIDGE, M. S.; Barros F.. Neste Fascículo. São Paulo, 2004. (Prefácio. 2004.
3.	HASHIMOTO, R. F. Manual do Linux Red Hat 9.0. São Paulo, 2004. (Prefácio. 2004.
4.	TAKAI, O. K. ; FERREIRA, J. E.. Naked Objects. 2004. Tradução/Livro

2003

1.	BUCKERIDGE, M. S. Editorial. São Paulo, 2003. (Prefácio. 2003.
2.	TORRES, T.T.; BRONDANI, R.P.V. ; AZEREDO-ESPIN, A.M.L.. Development of a microsatellite-enriched library for the New World Screwworm Cochliomyia hominivorax (DIPTERA: CALLIPHORIDAE). Viena, Áustria: IAEA - International Atomic Energy Agency. 2003. DIPTERA: CALLIPHORIDAE). Viena, Áustria: IAEA - International Atomic Energy Agency, 2003 (Relatório Técnico

2002

1.	DURHAM, A. M.; LIMA, A. M.. A conecionless protocol for mobile agents. 2002. Relatório Técnico
2.	DURHAM, A. M.; LIMA, A. M. ; TEGLIA, J. ; SANTOS, M. B.. O Desenvolvimento de um Interpretador Orientado a Objetos para Ensino de Linguagens. 2002. Relatório Técnico

2001

1.	ARRUDA, Paulo ; GOLDMAN, Maria Helena de Souza ; LEITE, Adilson ; MENCK, Carlos F. ; NOBREGA, Francisco G. ; DA SILVA, A. M.. Sugarcane Transcriptome. A landmark in Plant Genomics in the tropics - Editores associados. Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2001 (Genetics and Molecular Biology volume especial. 2001. Genetics and Molecular Biology volume especial 24 (1-4)
2.	SETUBAL, J. C.; WERNECK, R.. A program for building contig scaffolds in double-barrelled shotgun genome sequencing. Campinas: Instituto de Computacao, Unicamp. 2001. Relatório Técnico

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