Programa de Pós Graduação em Bioinformática

2022

1.	2022-Atual. BECCS - Bioenergy Energy with Carbon Capture and Storage Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador / Hamilton Brandão Varela de Albuquerque - Integrante. Membro: Marcos Silveira Buckeridge.
2.	2022-Atual. Development of efficient statistical tools for networks and their applications to biological data. Descrição: Networks are a powerful means of modeling data. The critical characteristic of real-life networks is that they are the results of stochastic processes. Thus, we aim at developing efficient tools for the analysis of massive random networks and apply them to biological datasets.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Coordenador / Daniel Yasumasa Takahashi - Integrante / Peter F. Stadler - Integrante / Ahmed El Hady - Integrante. Membro: Andre Fujita.
3.	2022-Atual. Dinamica Molecular e Aprendizagem de Maquinas na Analise do Impacto de Residuos-Chave de Variantes na Interacao das Proteinas Humanas ACE2 e TMPRSS2 com Spike do SARS-CoV2 Descrição: Sabe-se que a afinidade de ligação entre a proteína Spike (S) e os receptores da enzima conversora de angiotensina 2 (ACE2) e protease transmembranal de serina II (TMPRSS2) é um dos principais fatores determinantes na taxa de replicação do SARS-CoV-2 (do inglês Severe Acute Respiratory Syndrome coronavirus-2) e que tais interações afetam diretamente no agravamento do quadro clínico do paciente infectado. SARS-CoV-2 é um vírus de RNA e apresenta uma taxa de mutação mais alta que um vírus de DNA. Essa característica do vírus está muito bem representada pelas variantes que surgiram nesses últimos dois anos de pandemia. Estudos sugerem que polimorfismos genéticos presentes em regiões codificadoras dos alvos ACE2 e TMPRSS2 podem afetar suscetibilidade, gravidade e desfecho clínico dos pacientes acometidos por esta doença. Entretanto, como essas mutações e polimorfismos, encontrados em diferentes populações, contribuem para melhorar a estabilidade e afinidade de interação entre os complexos SARS-CoV2-ACE2 e SARS-CoV2-TMPRSS2 não é totalmente compreendido. A análise de modos normais dos movimentos conformacionais das estruturas, assim como dinâmica molecular são exemplos de abordagens empregadas na tentativa de alcançar total compreensão do processo. Esses métodos geram grandes quantidades de dados, mas não permitem extrair importantes características, como regiões ou resíduos na interação das estruturas que possam contribuir significantemente na interação entre as proteínas. Algumas dessas diferenças podem ser sutis e somente observadas ao nível molecular entre estados levemente perturbados. Assim, interpretar e extrair informações dessas trajetórias não é um processo simples. Métodos de aprendizado de máquinas são usados em análises de grande quantidade de dados, pois reduzem a dimensionalidade do problema. Portanto, propõe-se nesse projeto usar simulações de dinâmica molecular e abordagens de aprendizado de máquina a fim de revelar as diferenças em linhagens de SARS-CoV-2, a fim de investigar o impacto da variabilidade genética do SARS-CoV-2 e dos polimorfismos de ACE2 e TMPRSS2 na região de interação. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Silvana Giuliatti - Coordenador / Ana Luisa Rodrigues de Ávila - Integrante / Felipe James de Almeida Vasquez - Integrante / Ana Carolina Damasceno Sanches - Integrante. Membro: Silvana Giuliatti.
4.	2022-Atual. Immune Cell Atlas of Indigenous South American Population Descrição: To build a representative atlas of cells, the Human Cell Atlas must take special care to include samples from donors of historically excluded and exploited ancestries. With community engagement and ethical partnership in mind, this network aims to fill this gap by generating the first comprehensive single-cell resolution atlases of gene expression and epigenetic variation in immune cells from Indigenous South American populations, before and after immune activation. Researchers will conduct community engagement activities in Chile, Brazil and Peru, including workshops and events and sharing research findings with communities. These findings will help inform future research and eventually treatment of diseases affecting Indigenous populations.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tabita Hunemeier - Coordenador / Luis Barreiro - Integrante. Membro: Tabita Hunemeier.
5.	2022-Atual. Impacto da pandemia de COVID-19 nas notificacoes e mortes por tuberculose no estado de Sao Paulo Descrição: O estado de São Paulo é responsável pelos maiores números absolutos de casos de tuberculose (TB) dentre os estados do Brasil. Nossos objetivos serão analisar o impacto da pandemia de SARS-CoV-2 nas notificações de TB no estado e identificar fatores associados com a diminuição nas notificações e mortalidade por TB em 2020 e 2021. Será realizado um estudo transversal retrospectivo com dados de pacientes com TB notificados no sistema de notificação TBWeb. Uma regressão linear será utilizada para avaliar o impacto da pandemia nas notificações. Estatística descritiva e regressões logísticas múltiplas serão realizadas para identificar os fatores associados com a queda nas notificações e as mortes por TB durante a pandemia, comparado ao período pré-pandêmico.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Ana Marcia de Sá Guimarães - Coordenador / Marina Blume - Integrante. Membro: Ana Marcia de Sa Guimaraes.
6.	2022-Atual. O conjunto de ferramentas computacionais bigDiscovery (bigD) em bioinformatica e genomica Descrição: Neste projeto pretendemos desenvolver oito ferramentas de bioinformática com diversas aplicações, sendo as principais biotecnologia e saúde humana. A filosofia geral do projeto é dada pelas seguintes diretrizes:1. Iremos produzir ferramentas para uso público (de livre acesso, sem custo para usuários, código aberto), a serem disponibilizadas em repositórios como GitHub e CRAN, e associadas a publicações como BMC Bioinformatics, Bioinformatics, entre outras.2. Em cada ferramenta, teremos a parceria de pelo menos um pesquisador bioinformata com um pesquisador de ciências da vida, tal que este último seja um especialista na área de aplicação da ferramenta.3. Os implementadores das ferramentas serão predominantemente alunos de pós-graduação dos pesquisadores participantes, em sua maioria alunos do programa de pós-graduação interunidades em Bioinformática da Universidade de São Paulo. Esperamos também contar com a participação de um bolsista DTI e um bolsista de Iniciação Tecnológica e Industrial.4. Para cada ferramenta, os pesquisadores e os implementadores formarão uma equipe. As diversas equipes manterão contato constante ao longo do projeto, para garantir sinergia de trabalho entre os diversos sub-projetos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Joao Carlos Setubal - Coordenador / Nalvo Franco de Almeida Jr - Integrante / DA SILVA, ALINE MARIA - Integrante / Ricardo Giordano - Integrante / VARANI, ALESSANDRO DE MELLO - Integrante / Eduardo Reis - Integrante / Mario Murakami - Integrante / João Eduardo Ferreira - Integrante / Gecele Matos Paggi - Integrante / Gabriela Persinoti - Integrante. Membro: Joao Carlos Setubal. Descrição: Neste projeto pretendemos desenvolver oito ferramentas de bioinformática com diversas aplicações, sendo as principais biotecnologia e saúde humana. Os recursos solicitados se destinam majoritariamente para material permanente na forma de servidores de processamento, espaço de armazenamento e acessórios. Em quase todas as ferramentas teremos que lidar com grandes massas de dados e alta exigência de poder de processamento. Além disso, em várias das ferramentas utilizaremos a técnica de Aprendizado de Máquina, que se beneficia particularmente da utilização de GPUs.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / Eduardo Moraes R. Reis - Integrante / João C. Setubal - Coordenador / VARANI, ALESSANDRO DE MELLO - Integrante / Ricardo José Giordano - Integrante / João Eduardo Ferreira - Integrante / Nalvo Franco de Almeida Jr - Integrante / Gecele Matos Paggi - Integrante / Mario Tyago Murakami - Integrante / Gabriela Persinoti - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Aline Maria da Silva.
7.	2022-Atual. Rastreando mudancas evolutivas na America pre e pos-contato usando dados genomicos de series temporais Descrição: A história da conquista europeia do Continente Americano pode ser entendida como a história da disseminação de patógenos que levou ao colapso da maioria dos povos indígenas. As doenças infecciosas mais fatais se espalharam do Velho para o Novo Mundo, incluindo Varíola, Sarampo, Coqueluche, Catapora, Peste Bubônica, Tifo e Malária. Embora as epidemias pós-contato sejam bem estudadas, os dados das doenças pré-contato são limitados no registro histórico. No entanto, sabe-se que a Tuberculose (Mycobacterium tuberculosis) e a Tripanossomíase Americana (ou Doença de Chagas; Trypanosoma cruzi) surgiram muito antes da chegada dos europeus. Ainda assim, há limitada informação sobre o impacto da colonização na diversidade genética das populações nativas, e sobre como o colapso populacional alterou as relações patógeno hospedeiro ao longo dos últimos séculos. O presente projeto se propõe a estudar genomas completos de 28 indivíduos que viveram entre 1000 e 100 anos antes do presente em duas regiões das terras baixas da América do Sul: Costa Brasileira e Patagônia Atlântica. O sequenciamento do genoma completo de series temporais de indivíduos de uma mesma região é inédito e fundamental para entender o impacto das epidemias trazidas pelos europeus na diversidade nativa americana ao longo do tempo e quais são as consequências na resposta a doenças atuais.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tabita Hunemeier - Coordenador / STRAUSS, ANDRÉ - Integrante / FUMAGALLI, MATTEO - Integrante. Membro: Tabita Hunemeier.
8.	2022-Atual. Sensoriamento remoto de florestas urbanas para enfrentamento frente as mudancas do clima. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Membro: Marcos Silveira Buckeridge.
9.	2022-Atual. Training in Genomics Research (TiGeR) Descrição: This application will augment our newly established Masters in Biological Data Science program at the School ofMathematical and Natural Sciences (SMNS), Arizona State University (ASU) West, with the implementation of agenomics research component and purposeful recruitment of candidates from under-represented communities. While inthe Training in Genomics Research (TiGeR) Track, students will gain expertise in the computational aspects of genomics,improve their marketability, and meet the demands for genomics-trained bioinformaticians. By recruiting from a diversepopulation of students from the populations surrounding ASU, we will create a diverse and competitive science workforcethat fosters deeper engagement between the biomedical and biosciences sector and the greater Phoenix community.Diversity in college education readies students for life, work, and leadership in a more global economy by fosteringthought leaders who are creative, collaborative, and able to navigate dynamic and multicultural environments skillfully.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: / Mestrado profissional: (25) . Integrantes: Maria Dulcetti Vibranovski - Integrante / Valentin Dinu - Integrante / Jonathan Parrott - Integrante / Maria Sanin Perez - Integrante / Pamela Marshall - Integrante / Kim Bussey - Integrante / Sree Kanthaswamy - Coordenador. Membro: Maria Dulcetti Vibranovski.
10.	2022-Atual. Uso de deep learning e grafos para a predicao da interacao entre alvos de vias celulares relacionadas a celulas cancerosas Descrição: O câncer é uma doença complexa com grande número de incidências na população mundial, no Brasil, por exemplo, é esperado que surjam 625 mil casos novos por ano. Existem diversos estudos com o objetivo de novas descobertas que possam colaborar para o desenvolvimento de novos tratamentos para diversos tipos de câncer. Pesquisas relacionadas sobre vias de sinalização celular e inibição de proteínas podem ser muito promissoras para novos avanços na pesquisa de futuros novos tratamentos. Nas vias de sinalização, temos a interação entre diversos complexos de proteínas e mudanças pós-traducionais. Elucidar as interações entre diferentes complexos proteina-proteina na via podem ser muito importantes para possíveis estudos para ativar ou inativar vias, podendo ser alvos para tratamentos em diversos tipos de câncer. Para os casos de inibição de proteínas, podemos procurar moléculas que, após a interação com determinado sítio, alterem a estrutura tridimensional da proteína podendo inibir algum efeito não desejado. Com modelos de deep learning e usos de análises de expressão gênica iremos definir alvos de interações entre proteínas em vias que podem tanto serem alvo de estudo sobre a interação entre proteínas, como alvos para a inibição com ligante. Para os casos de interação proteína-proteína, nosso grupo desenvolve um método com o uso de grafos e deep learning para predizer a interação entre duas proteínas. Para os casos de interação proteína ligante, usaremos técnicas de virtual screening para o docking de uma grande quantidade de dados, após sendo ranqueados novamente com o uso de redes neurais. Todos os resultados relevantes serão submetidos a uma validação por dinâmica molecular. Esperamos, ao final, chegar a resultados que possam elucidar novos conhecimentos sobre diversos tipos de câncer relacionados a via de sinalização celular e realizarmos parcerias para testes experimentais dos nossos resultados.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (4) Doutorado: (4) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / David C Martins - Integrante / Fabio Albuquerque Marchi - Integrante / Marcos Freitas Parra - Integrante / Carlos Reynaldo Portocarrero Tovar - Integrante / Simone Queiroz Pantaleão - Integrante / Maria Claudia Negret Lopez - Integrante / Daniella Bizinelli - Integrante / Rodrigo Cesar Bonini - Integrante / Caio Isaias da Silva Brag - Integrante / Dennis José da Silva - Integrante / Gabriel Pinheiro Strini Piedade - Integrante / Lyang Higa Cano - Integrante / Irina Yuri Kawashima - Integrante / Shantanu Gupta - Integrante. Financiador(es): Laboratório Nacional de Computação Científica - Cooperação. Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.

2020

1.	2020-Atual. Architecture, function, and gene regulation of human granulomas of autopsied patients co-infected with tuberculosis and HIV-1 Descrição: Projeto de pesquisa em cooperação internacional entre Purdue University, ICB/USP and SVOC/FMUSP. Financiando por Ralph W. and Grace M. Showalter Research Trust, Purdue University.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Ana Marcia de Sá Guimarães - Integrante / Santos, A. P. - Coordenador / Andrea Kasinski - Integrante / Amaro Nunes Duarte Neto - Integrante. Financiador(es): Ralph W. and Grace M. Showalter Research Trust - Auxílio financeiro. Membro: Ana Marcia de Sa Guimaraes.
2.	2020-2022. Avaliacao de hamsters sirios (Mesocricetus auratus) como modelo experimental de infeccao e doenca por SARS-CoV-2 Descrição: O SARS-CoV-2, ou Coronavírus da Síndrome Respiratória Aguda Grave 2, é uma zoonose emergente identificada na China no final de 2019 responsável por causar uma pneumonia atípica. Em apenas dois meses o vírus atingiu todos os continentes, exceto a Antártica, sendo detectado em indivíduos presentes em 187 países/regiões. A pandemia tem tido efeitos catastróficos na população, sistemas de saúde, bem-estar social e econômico. Quatro medidas são priorizadas para contê-la: distanciamento social, diagnóstico, tratamento e vacinas. As duas primeiras medidas já estão em efeito em diversos países do mundo, enquanto se buscam formas efetivas de tratamento e candidatos vacinais. Porém, para que moléculas candidatas de tratamento e prevenção possam ser avaliadas, torna-se necessário o desenvolvimento de um modelo animal de SARS-CoV-2. Um modelo animal ideal deve ser suscetível à infecção pelo vírus e desenvolver uma doença que mimetize o quadro observado em pacientes humanos com COVID-19 (i.e. a doença causada pelo SARS-CoV-2, denominada coronavirus disease 19). Devido à especificidade hospedeira dos coronavirus conferida pela interação viral com o receptor da célula alvo, diversas limitações existem na utilização dos modelos tradicionais de camundongos, uma vez que estes animais são resistentes à infecção por SARS-CoV-2. A utilização de camundongos transgênicos ou imunossuprimidos para facilitar a infecção viral não representaria a fisiologia normal, prejudicando o estabelecimento de um modelo fiel de infecção e doença, principalmente na busca por candidatos vacinais. Adicionalmente, por ser um vírus de biocontenção de nível 3, o desenvolvimento de modelos animais de SARS-CoV-2 é ainda mais dificultado. Por esses motivos, é necessário prospectar espécies animais de fácil manejo e contenção que possuam maior similaridade da sequência proteica do receptor de SARS-CoV-2 com a sequência do receptor ortólogo em humanos. Predições por bioinformática e evidências experimentais anteriores com o SARS-CoV-1 indicam que os primatas não humanos, ferrets, gatos e hamsters são suscetíveis à infecção por SARS-CoV-2. Dentre estas opções, o hamster parece o modelo mais promissor, dado o pequeno tamanho e fácil manejo. Nas últimas semanas, pesquisadores publicaram estudos utilizando o modelo, relatando que o hamster sírio desenvolve uma doença de manifestações clínicas, patológicas e imunológicas semelhante à COVID-19 em humanos, trazendo maiores evidências de que este modelo é eficiente. Assim, o objetivo desta proposta é avaliar o hamster sírio (Mesocricetus auratus) como modelo de infecção e doença por um isolado nacional de SARS-CoV-2 utilizando parâmetros clínicos, hematológicos, histopatológicos e de replicação viral. Uma vez estabelecido, este modelo animal terá grande impacto no avanço das pesquisas com SARS-CoV-2 no Brasil, uma vez que poderá ser utilizado em ensaios pré-clinicos de candidatos vacinais, estudos de patogênese e tratamento. Simultaneamente a este projeto, estamos em busca de outras fontes de financiamento para avaliação de candidatos vacinais no modelo de hamster que será desenvolvido como parte deste projeto. Estes candidatos vacinais estão sendo elaborados por pesquisadores colaboradores desta proposta.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Ana Marcia de Sá Guimarães - Coordenador / Paulo E. Brandão - Integrante / Andrea Pires dos Santos - Integrante / HEINEMANN, MARCOS BRYAN - Integrante / Antônio Francisco de Souza - Integrante / Maria Regina D'Império Lima - Integrante / Taiana T. Silva-Pereira - Integrante / Edison Luis Durigon - Integrante / Denise Morais da Fonseca - Integrante / Cristiane Guzzo - Integrante / Lilian Rose Marques de Sá - Integrante / Danielle Durigon - Integrante / Carsten Wrenger - Integrante / Claudio Romero Farias Marinho - Integrante / Suresh Mittal - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Ana Marcia de Sa Guimaraes.
3.	2020-Atual. Biofuels in Emerging Markets Descrição: Despite the required efforts to decrease greenhouse gas emissions related to energy use, most of the world?s population lives in developing countries with low per capita energy consumption. Therefore, initiatives are required to make affordable energy available for all without severely impacting greenhouse gas emissions. This project intends to evaluate the status and potential for biofuel production (ethanol and biodiesel) in emerging markets, namely: Argentina, Brazil, Colombia, Guatemala, China, India, Malaysia, Thailand, and South Africa. The work will consist of local database research for each country and the development of techno-economic analysis, exergetic analysis, and life cycle assessment models based on proposed biorefinery schemes according to the particularities of each country.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Glaucia Mendes Souza - Coordenador / Heitor Cantarella - Integrante / Luiz Augusto Horta Nogueira - Integrante / Rubens Maciel Filho - Integrante. Membro: Glaucia Mendes Souza.
4.	2020-Atual. Classificadores para Diagnostico Precoce do Transtorno do Espectro Autista Usando o Rastreamento do Olhar Descrição: Diante da heterogeneidade clínica e da evolução do TEA, há uma busca por agrupamentos de pacientes mais homogêneos, tais agrupamentos poderiam não só identificar causas, mas também ser clinicamente úteis no direcionamento da intervenção. Técnicas computacionais de aprendizado de máquina vêm sendo propostas para análise destes dados, assim como para desenvolver métodos acurados para uma detecção mais rápida e precoce do que temos atualmente. Assim, a tecnologia de rastreamento do olhar tem apresentado resultados promissores na área de autismo precoce. Vários estudos suportam que pacientes com TEA apresentaram um desempenho do rastreamento do olhar diferente ou aspectos específicos da atenção visual no início da infância comparado às crianças com desenvolvimento típico. Um dos desafios está relacionado com o processamento de sinais dos movimentos dos olhos, pois embora haja dispositivos comercialmente disponíveis, não há bases de dados adequadas disponíveis, compostas de sinais de movimento ocular de crianças com e sem TEA que possam servir de referência para as técnicas computacionais a serem desenvolvidas. Além do desenvolvimento de novas ferramentas computacionais de diagnóstico e análise, assim como captura e compartilhamento de dados e capacitação de equipe, iremos contribuir com avaliação detalhada e proposta de encaminhamento para 150 crianças dando suporte ao diagnóstico precoce. Nossa hipótese é de que é possível calcular de forma acurada a probabilidade de um indivíduo apresentar TEA analisando as indicações de um sistema de monitoramento de atenção visual, baseado nos movimentos oculares juntamente com dados fenotípicos e epidemiológicos. O objetivo maior deste projeto é desenvolver classificadores de diagnóstico usando técnicas computacionais de aprendizado de máquina. Pretendemos desenvolver métodos computacionais que contribuam com o diagnóstico precoce e mais objetivo do TEA, a partir de sinais de rastreamento do olhar, criando um centro piloto de análise e capacitação em rastreamento de olhar para TEA. Assim como desenvolver classificadores e análises de agrupamentos usando os dados de rastreamento do olhar em conjunto com dados fenotípicos e epidemiológicos contribuindo para definição de subtipos de TEA.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador. Membro: Helena Paula Brentani.
5.	2020-Atual. Classification of body/mental states for a human-machine interface based on the heart rate variability. Descrição: From the earliest single-neuron recording experiments through the multivariate functional magnetic resonance imaging (fMRI), one of the predominant themes in neuroscience has been the development of brain reading approaches and human-machine interfaces (HMI). Although decades of research, in both fields, advances are unsatisfactory, far from being useful in real- life tasks. Researchers of HMI usually focus solely on brain signals obtained by electroencephalography (EEG), fMRI, or by invasive methods such as electrocorticography (ECoG). HMI, based on these signals, shows poor performance because motor behavior does not depend only on brain activity but also on the interactions of the brain with the body, including its internal organs (feedback loop). In other words, if we do not take into account the rest of the body, the relationship between behavior and neural activity is not one-to-one. Hence, a natural way to advance the development of improved HMI technology would be the inclusion of information about how the body interacts with the brain. One way to achieve this is to measure the change in interoception, i.e., the perception of the internal physiological conditions of the body. The advantage of interoception is that it can be measured by monitoring heart activity. Heart rate variability (HRV) is a global parameter that better represents the behavioral state of the body and the brain. Thus, we aim to classify body/mental states and construct a new HMI based solely on the HRV. Results obtained here may change how we do healthcare. There are attempts to monitor HRV for health-related issues. We will scaffold on them to introduce our mental state classification approach. The success of this proposal is directly associated with the development of non-invasive/low-cost HMI for people with disabilities.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Coordenador. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Andre Fujita.
6.	2020-Atual. Computational APproaches with the Objective to Explore intra and cross-species Interactions and their Role in All domains of life Descrição: The CAPOEIRA project will cover theoretical computer science (essentially graph theory), mathematics (combinatorics, statistics, and probability), and the development of algorithms to address various biological questions, in particular, the intra and cross-species interactions, which have implications in all aspects of life sciences, including health, ecology, and environment. Two main general topics will be addressed, namely evolution/co-evolution, and biological network (graph/hypergraph) analysis and comparison. Both have already been explored by the partners (see Section 11.1 on the Joint publications of the partners). Some of the specific questions to be treated within each problem will thus represent a continuation of previous works. Each problem however also contains entirely new questions. Furthermore, the interaction with biologists within the project at both the modelling and validation steps is entirely new in the context of the past collaboration between the two partners. The first topic concerns better understanding and characterising the moment of speciation leading to new species on one hand, and on the other, how one set of species may influence the evolution of another. The second topic concerns metabolism on one hand, and (post-)transcriptional regulation on the other, with the post-transcriptional level involving also inference ?from scratch? of the main actors, namely the non-coding RNAs and their targets, and the regulatory network they form. In the first two cases (of metabolism and transcriptional regulation), we will assume that the networks are already inferred albeit with possibly numerous missing and incorrect data. Finally, in the case of regulation, we will also consider the problem of inferring variants, notably related to alternative splicing, from a set of RNA-seq data using a de Bruijn graph approach. Overseeing these two main topics are the issues of knowledge representation and model revision that will also be addressed. These are crucial in the life sciences, and notably in the context of post-transcriptional regulation by non-coding RNAs, for which the different actors, features, and overall mechanisms are constantly being questioned [1] and revised.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Coordenador. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Andre Fujita.
7.	2020-Atual. Development of SARS-CoV-2 low-cost diagnostic platform based on reverse-transcription loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP). Descrição: To provide a solution for a rapid response of high laboratory diagnostic demand in virus outbreaks in PINA (RIIP).. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Integrante / edison Durigon - Coordenador / lucas blanes - Integrante. Financiador(es): Institut Pasteur - Auxílio financeiro. Membro: Helder Takashi Imoto Nakaya.
8.	2020-Atual. Evolucao do parasitismo em tres dimensoes: filogenetica, fenotipica e genomica Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Coordenador / Sophie Tandonnet - Integrante / Patricia Jaqueline Thyssen - Integrante / Vanessa Araujo Soares da Cunha - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Tatiana Teixeira Torres.
9.	2020-Atual. Genomic and epidemiological aspects of the COVID-19 in native Brazilian populations Descrição: The Native American populations are, since the first contact with Europeans, exposed to a myriad of pathogens from which they have been isolated for more than 15 centuries since their differentiation in Beringia. Examples abound of epidemics that plagued post-contact America, leading to the extinction of diverse native populations. Recent studies involving ancient and present-day individuals showed a decrease in genetic variability between 50% and 90% after the arrival of Europeans. The leading cause of death in Brazilian Natives today is respiratory complications in a consequence of infections. Therefore, given the current epidemic of COVID-19, it is crucial to study these historically vulnerable populations, contributing to a better understanding of the impact of disease outbreaks (past and present) on these populations, and investigating the existence of genetic differentiation in these individuals related to the evolution of SARS-CoV-2 infection. The present project intends to study COVID-19 under genomic and epidemiological aspects in 550 individuals belonging to two native populations, Tupiniquim and Guaraní-Mbyá, resident in Espírito Santo, with different levels of exposure to urban society. Given the extensive studies in these populations over the past decades, it will be possible to assess the evolution of the epidemic fully, whether the response is related to the genetic profile of these populations, and what the contribution of pre-existing clinical findings (i.e., tuberculosis, diabetes). Besides, it will be essential to transfer the findings in these native individuals to assess whether the potential for infection may be related to native ancestry in the Brazilian population.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tabita Hunemeier - Coordenador. Membro: Tabita Hunemeier.
10.	2020-Atual. Graph/Hypergraph (spectral) analysis to compare metabolic networks of pathogenic Trypanosoma sp. Descrição: Trypanosoma is a genus, which contains two pathogenic species to human beings: Trypanosoma brucei and Trypanosoma cruzi. These two species are relevant in terms of economy, welfare, and health. The metabolism of the different stages of both pathogenic trypanosomatids has been a matter of study not only because of their relevance for the economy and human health but also because of their intrinsic biological interest. Several works reported how the central metabolic pathways work in these parasites. Also, based on omics analysis, a more general picture has been built in the last decade. However, attempts to approach the complexity of the metabolism of T. cruzi and T. brucei are still scarce. Thus, we propose combining graph theory-based algorithms and statistics to answer two relevant questions of parasitism. (i) Are metabolic networks more complex and interconnected in the insect stages than the mammalian stages? (ii) For each kind of host (insects or mammals), are the metabolic networks of these parasites significantly different in terms of complexity and connectivity among their subnetworks? The answers to these questions will bring invaluable biological information in terms of metabolic adaptations of these parasites to the environments they colonize in their hosts. Also, it will contribute to identifying frequent metabolic bottlenecks essential to propose new metabolic drugs targets for treating the infections they cause.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Coordenador. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Andre Fujita.
11.	2020-Atual. Orientacao: Desenvolvimento in Silico de Anticorpos para Inibicao de Proteinas do SARS-CoV-2 Descrição: Projeto de iniciação científica - Estudante Carolina Giron - Proc FCFRP/Cpq 2020-1732. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Aatto Laaksonen - Integrante / CORRÊA GIRON, CAROLINA - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Número de produções C, T & A: 2 / Número de orientações: 1 Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
12.	2020-Atual. Projeto Fapesp - Desenvolvendo e aplicando metodos de simulacao computacional para melhorar a compreensao molecular para a engenharia de biomateriais funcionalizados Descrição: Acordos de cooperação FAPESP-ANR - Projeto de pesquisa regular Fapesp (Proc. Fapesp 2020/07158-2). Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Catherine Etchebest - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 1 / Número de orientações: 2 Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
13.	2020-Atual. Projeto RGIPEC-001/2020: Abordagem Genomica para Investigar Variacoes Geneticas do Sars-CoV-2 (Coronavirus) e no Hospedeiro Humano - Correlacao Genetica com a Evolucao Clinica dos Individuos Positivos para o Sars-CoV-2 (Rede Genomica IPEC/Guarapuava) Descrição: A Síndrome Respiratória Aguda Grave do Coronavírus 2, a COVID-19, foi considerada pela Organização Mundial da Saúde (OMS) a maior pandemia da história moderna, com taxas de infestação e mortalidade muito elevadas. A doença, que surgiu na província de Wuhan, na China, teve o primeiro caso notificado em 29 de dezembro de 2019 e se espalhou rapidamente pelo mundo. Considerando as medidas de confinamento social adotadas pela maioria dos governos, estima-se que 50% da população mundial será infectada pelo Sars-CoV-2 durante a pandemia, com 3% de mortes (Economist Intelligence Unit - EIU). Segundo Ferguson NM e colaboradores (2020), caso nenhuma medida de controle de transmissão fosse adotada pelos governantes, cerca de 81% da população da Grã-Bretanha e dos Estados Unidos seriam infectadas no período da pandemia, e o número de mortes chegaria a 510.000 e 2.2 milhões, respectivamente. No Brasil o número de infectados seria de 89%, com 1.15 milhões de mortos. O cálculo realizado por Coelho e colaboradores (2020) estima uma taxa de mortalidade de 6% da população testada, ou 6 mortes por milhão de habitantes, porém a distribuição é bem regionalizada. No momento de conclusão da redação desta proposta, o Brasil registrou 78.162 casos positivos e 5.466 mortes (7% de letalidade) (https://covid.saude.gov.br/). A principal diferença entre o Sars-CoV-2 e o Sars-CoV é a sua alta taxa de infeção e letalidade. Aproximadamente metade dos indivíduos positivos para o Sars-CoV-2 apresentam sintomas moderados e são curados sem a necessidade de hospitalização, e 30% são assintomáticos. Cerca de 20% dos indivíduos infectados evoluem para a forma mais grave da doença e necessitam de cuidados hospitalares, com 5% desses pacientes precisando de atenção intensiva com ventilação pulmonar. Metade dos 5% vão a óbito (Lauer SA et al. 2020; Liu Y et al., 2020; Ferguson NM et al., 2020). Portanto, uma questão urgente é a identificação de fatores/características associados com a evolução clínica mais grave. Várias comorbidades como cardiopatias, diabetes, asma, entre outras, estão descritas como fatores de risco para o quadro mais grave. Além disso, há casos atípicos de evolução clínica grave, onde não há associação com doenças pré-existentes. Certamente, o perfil genético dos pacientes destes diferentes grupos contribui para este cenário. Portanto, esta proposta visa contribuir para o esforço global no sentido de entender os mecanismos envolvidos no processo de infecção e predisposição ao quadro desta nova doença. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Silvana Giuliatti - Integrante / Wilson Araújo da Silva Junior - Integrante / David Livingstone Alves Figueiredo - Coordenador. Membro: Silvana Giuliatti.
14.	2020-Atual. Sistema computacional de auxilio ao diagnostico de transtornos psiquiatricos baseado em medidas antropometricas faciais Descrição: "A face prevê o cérebro", essa foi a frase utilizada por DeMyer, Zeman e Palmer, em 1964, ao descrever o fato de que todos os pacientes investigados com transtorno no desenvolvimento cerebral apresentavam anomalias faciais medianas. Outros estudos também sugerem que a morfologia facial seja um reflexo de problemas cerebrais. Tal relação pode ser esperada se considerarmos que muitas síndromes genéticas e transtornos psiquiátricos afetam ou são relacionados com problemas no neurodesenvolvimento. Exemplos são as síndromes de Prader-Willy, Angelman, Down e o Transtorno do Espectro Autista (TEA). O TEA, em particular, é dificilmente diagnosticado no Brasil antes da idade escolar, diminuindo a janela de oportunidade do tratamento dada pela plasticidade cerebral. Com base nesses fatos, estudos têm sido realizados no sentido de viabilizar uma abordagem computacional de auxílio ao diagnóstico desses transtornos baseado em imagens faciais. Muitos desses estudos utilizam imagens tridimensionais capturadas por um equipamento especial e de alto custo, ou não consideram o TEA. Para alguns transtornos a base de imagens é disponibilizada publicamente, mas para outros, como o TEA, não. Além disso, não foi encontrado nenhum estudo que trate a questão de comorbidades, ou seja, indivíduos acometidos por mais de um transtorno, o que não é raro nos transtornos do neurodesenvolvimento. Logo, além dos desafios computacionais de tratamento do problema, a aquisição de imagens é um fator dificultador para novos estudos. Esse projeto propõe o desenvolvimento de um sistema de auxílio ao diagnóstico desses transtornos, incluindo o TEA, com base em imagens bidimensionais, capturadas por uma câmera fotográfica digital, considerando também a possibilidade de comorbidades. Ou seja, tal sistema será baseado em um classificador multiclasse (considerando os vários transtornos possíveis) e multirrótulo (mais de um transtorno pode ser atribuído a cada indivíduo). Além disso, será desenvolvido um protótipo desse sistema para ser utilizado como um aplicativo em smartphones, comparando seu desempenho com o obtido com câmeras digitais. Um sistema como esse seria inédito e de grande ajuda na prática clínica, auxiliando o diagnóstico precoce de transtornos como o TEA e assim aumentando a chance de sucesso no tratamento.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (3) . Integrantes: Ariane Machado Lima - Coordenador / Helena Brentani - Integrante / NUNES, FÁTIMA L. S. - Integrante / Hélio Pedrini - Integrante. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 1 / Número de orientações: 1 Membro: Ariane Machado Lima.
15.	2020-Atual. Sistema Digital de Monitoramento do Desempenho Academico do Curso de Informatica Biomedica: Projeto Piloto que visa Identificar Alunos com Baixo Rendimento Academico Descrição: Um dos grande desafios que os estudantes enfrentam ao iniciarem o ensino superior é de lidar com um novo modelo de ensino que muitas vezes não tem o cuidado de aplicar técnicas de ensino-aprendizagem que levem em consideração a heterogeneidade das formas de aprender dos estudantes, bem como os seus diferentes graus de amadurecimento psíquico-afetivo. Os valores são outros, exigindo maior independência e pró-atividade e as exigências das disciplinas são diferentes e variadas e algumas, talvez, com rigor exagerado. Outro grande desafio é sua adaptação fora da casa dos pais e dos amigos, que se soma as dúvidas quanto ao seu futuro no mercado de trabalho e que podem desestabilizar o equilíbrio psíquico dos estudantes.E, não se trata de casos isolados. Dados contidos no relatório de 2011 da Associação Nacional dos Dirigentes das Instituições Federais de Ensino Superior (Andifes), de um estudo realizado em uma coorte de 20 mil alunos das universidades federais, indicam que 29% deles procuraram atendimento psicológico e 9%, psiquiátrico, sendo que 11% do total precisaram ser medicados (Rodrigo de Oliveira Andrade. Revista Fapesp, Edição 262, Dez. 2017). Uma das consequências para os alunos que estão nesse estado de sofrimento é o baixo rendimento acadêmico, causado pela perda de estímulo de continuar os estudos. Trata-se de um fenômeno mundial que precisa ser conduzido por especialistas e ferramentas holísticas aplicadas ao histórico acadêmico dos alunos. Na área de cuidados de saúde, a evolução concomitante das ferramentas tecnológicas que permitem a integração de dados em tempo real e dos modelos conceituais de avaliação desses cuidados ? os quais estruturam a avaliação da qualidade dos cuidados fornecidos para as pessoas por um lado e, por outro, a qualidade dos cuidados fornecidos pelos serviços de saúde ? vem permitindo o desenvolvimento e a implementação de sistemas digitais de informação que disponibilizam dados em tempo real e que propõem descrever e avaliar o cuidado conforme os diferentes níveis de sua organização. Ou seja, uma descrição e avaliação em tempo real do ecossistema de cuidados de saúde como um todo (Furst et al., 2019). Uma das ferramentas conceituais disponibilizada para fazer isso é a ?Mental Health Matrix?, originalmente desenvolvida por Michelle Tansella e Graham Thornicroft inspirados pelo trabalho clássico de Donabedian sobre avaliação de serviços de saúde (Donabedian, 1988; Tansella and Thornicroft, 1998). Essa matriz original foi adaptada posteriormente para auxiliar no desenvolvimento de um sistema digital de informações de saúde mental (SISAM) para o décimo terceiro departamento regional de saúde do estado de São Paulo (DRS-13) e é mostrada abaixo (Vinci et al., 2016; Yoshiura et al., 2017). Para cada uma das caselas da Matriz podem ser definidos indicadores, qualitativos e/ou quantitativos, a partir de dados disponibilizados por sistemas de informação (preferencialmente online/digitais). A definição dos indicadores pode ser realizada através de um processo que permite envolver: a) revisão da literatura pertinente; b) consulta às partes interessadas (?stakeholders?; c) consulta aos especialistas na área (Vince et al., 2017; Lima et a., 2018). Os dados assim organizados, dentro de um sistema digital de informações, podem ser disponibilizados conforme a necessidade das diferentes partes interessadas envolvidas no processo de cuidado, a partir de um modelo de ?Observatório de dados? (por exemplo, os pacientes de um serviço de saúde, os profissionais desse serviço de saúde, seus gerentes, o público em geral, etc). Propõe-se aplicar a forma geral desse modelo de trabalho (?framework?) heurístico na área de Ensino-Aprendizagem, para a construção de um Sistema Digital de Informações Acadêmicas, realizando sua prova de conceito através de seu desenvolvimento e implementação no Curso de Informática Biomédica. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) . Integrantes: Silvana Giuliatti - Integrante / Renato Tinós - Integrante / Paulo Mazzoncini de Azevedo Marques - Integrante / Wilson Araújo da Silva Junior - Coordenador / Joaquim Cesar Felipe - Integrante / Miguel Angelo Hyppolito - Integrante / Joao Mazzoncini de Azevedo Marques - Integrante / Katia Mitiko Firmino Suzuki - Integrante / Cristiane Martins Peres - Integrante / Valdes Roberto Bollela - Integrante. Financiador(es): Pro-Reitoria de Graduação - USP - Bolsa. Membro: Silvana Giuliatti.
16.	2020-Atual. Systems immunology approach for resolving the mechanisms of vaccine-induced classical swine fever protection Descrição: Classical Swine Fever (CSF) is a contagious, haemorrhagic and often fatal disease of Suidae, such as pigs and wild boar, caused by the classical swine fever virus (CSFV). CSFV is an enveloped, single stranded RNA virus that belongs to the Flaviviridae family (Moennig, 2000), distantly related for example to Zika and Yellow Fever virus. CSFV can be controlled by vaccination particularly using the C strain vaccine. The vaccine provides a rapid and complete protection of pigs against infection and also prevents viral transmission within 5 days of vaccination. The immunological signalling cascades behind the early protection afforded by C Strain are poorly understood, but precede the adaptive response, where IFN³+ CD8+ cells arrive before the detection of a virus neutralising antibody response. Interferon is a key component of how the innate immune system responds to challenge with CSFV. System Immunology approaches have been carried out in humans for example on the highly efficacious Yellow Fever vaccine. Deciphering the immune signalling pathways underpinning the effectiveness of the C strain vaccine can shape and optimise the next generation of marker and subunit vaccines well beyond CSFV as access to material including post-mortem tissues where required is not limited. Previous work has indicated a key role of the interferon system if stimulated prior to challenge. The team at UoS has already carried out studies further to the one mentioned above to characterise the action of CSFV C strain vaccine upon vaccination. In particular we have carried out one study sampling tonsils at various time points in the first 90 hours, comparing C-strain and a virulent challenge virus to baseline. Samples have been stored for subsequent analysis by deep sequencing, which will be carried out in 2019. For early 2020 another such study is planned into the design of which the team at USP will provide input. The project is specifically designed to foster the collaboration between Prof Nakaya's team at USP and Prof Steinbach's team in Surrey through collaborative visits in particular. The aim is to generate data in collaboration from which publications and further grant applications will be generated in the course of the project.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador / Falko Steinbach - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Helder Takashi Imoto Nakaya.
17.	2020-Atual. The role of DNA damage and mitochondrial function in vascular, immune and neurological ageing (DNA MoVINg) Descrição: This project is supported under the International Collaboration Research Funding from Sao Paulo Research Foundation (FAPESP, SP, Brazil) and The Netherlands Organization for Scientific Research (NWO, The Netherlands), Grant # 2019/19435-3. The world population is getting older and older. Unfortunately, this increased life expectancy is generally associated by so-called age-related vascular diseases, such as dementia, heart infarct, and stroke, which profoundly compromise the quality of life of the elderly. Age-related disorders are generally viewed as necessary evil. Our project challenges this dogma, as we propose that the aforementioned age-related disorders, despite their very diverse symptom profiles, share vascular ageing as common denominator. Moreover vascular ageing is caused by cumulative by accumulation of unrepaired DNA damage and mitochondrial dysfunction in the vessel wall which both increase with age. These events interplay and induce progressive senescence, inflammation and function loss of the vessel wall, which eventually will manifest as cardiovascular dysfunction or neurodegeneration, two very important hallmarks of ageing. Several of the predominant human diseases, such as obesity, diabetes and cardiovascular diseases, are directly related to this chain of cellular and physiological events that are part of and accelerate the process of ageing. This project joins experts on DNA damage repair, mitochondrial dysfunction, inflammation and cardiovascular disease to deploy and share knowledge and knowhow to unravel this common disease axis. To do so they will combine cutting edge technologies (e.g. scRNASEq, MitoNGS. CRISPR-Cas, organoids, MacroScreen functionomics platform, (intravital or multispectral) imaging and process reporters) with unique cellular and mouse models, deficient in processes that lead to accelerated ageing phenotypes. The insights gained in this project will be harnessed to the design of new (metabolic) biomarkers of vascular ageing and for novel therapeutic measures to revert this deleterious axis. By targeting a unique common mechanism in vascular ageing we expect that this project will help to reduce these age-related diseases thus improving quality of life for the elderly, and bringing the vista of healthy ageing within reach. Among the hypothesis raised to explain the ageing processes, the accumulation of unrepaired DNA damage during life is one of the main explanations and supported by many evidence. In a second part of the project we will investigate several aspects of DNA repair mechanisms and how unrepaired DNA damage may cause aging and cancer. In most of our studies we will use human cells with deficiencies in DNA repair processes, mainly derived from xeroderma pigmentosum (XP) and Cockayne syndrome (CS) patients. Cells from these patients will be employed in order to investigate mutagenesis by DNA damaging agents, including UVA and UVB. Mutations in XP Brazilian patients will also be identified, aiming to know the distribution of these mutations in the country. Also, the DNA damaging action of certain chemotherapeutic drugs drive us to investigate mechanisms of tumor cell resistance to treatments. A pioneer work to investigate how intracellular parasites affect host cells? genome metabolism, including DNA repair, will focus the parasite Trypanosoma cruzi and the human respiratory syncytial virus. Finally, DNA repair processes are extremely conserved, existing in virtually all life forms. The biological processes of defense against DNA damage in prokaryotes will also be studied in model bacteria. DNA damage responses will also be studied in samples from the Antartic continent, understand responses in extreme environments. We hope these more general studies will help us to contribute to the understanding of the aging process, investigated in first part of this project.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Carlos Frederico Martins Menck - Coordenador / Rodrigo Galhardo - Integrante / Niels Olsen Camara - Integrante / Pedro Manoel Mendes de Moraes Vieira - Integrante / Armando Morais Ventura - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Carlos Frederico Martins Menck.
18.	2020-Atual. Validation of Plasmodium falciparum antigens targeted by human CD8+ T cells using T Cell Receptor-expressing reporter cells Descrição: In collaboration with Dr Helder Nakaya (Scientific Platform Pasteur USP, Brazil) an expert in systems vaccinology and single-?cell immunoprofiling25,26, we intend to use Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by Sequencing (CITE-?Seq)29 to single-?cell sequence CTLs using barcoded dextramers harboring the epitopes discovered by immunopeptidomics. This method will allow us to maximize the use of the small numbers of specific T cells from the humanized mice to retrieve the sequences of epitope-?specific variable regions of T cell receptors (TCRs). TCRs will be expressed on reporter cells which will become fluorescent after TCR activation by the complex peptide-?MHC class I molecule30. Thus, to validate Pf ATCs instead of focusing on the elimination of infected hepatocytes, which can depend on non-?specific factors, such as secreted cytokines in vitro, or yet on the high amounts of CTLs that will be determined by the immunization method/model in vivo, we propose to rely on the specific-?TCR activation of reporter cells by epitopes presented on the surface of Pf infected hepatocytes.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Integrante / Rogerio Amino - Coordenador. Financiador(es): Institut Pasteur - Auxílio financeiro. Membro: Helder Takashi Imoto Nakaya.

2019

1.	2019-2020. Analise Estrutural de BACE1-AS na Doenca de Alzheimer Descrição: O reconhecimento das funções que os long noncoding RNAs (lncRNA) têm desempenhado em várias doenças, incluindo câncer, desordens cardiovasculares e neurológicas, tem gerado um interesse nessas estruturas, uma vez que podem proporcionar novos diagnósticos e oportunidades de novas terapias, pois apresentam uma versatilidade bioquímica notável. As versatilidades funcionais dos lncRNAs vão desde a habilidade de realizar conformações de diferentes estruturas até interações com proteínas, DNA e RNA. O constante crescimento no número de RNAs disponíveis (1.465 em 2019) não acompanha o crescimento no número de estruturas resolvidas (22 em 2019). Abordagens além das experimentais precisam ser empregadas com o grande objetivo de auxiliar a acelerar esse processo de aprendizagem. Esse é também um dos principais objetivos da aplicação da Bioinformática Estrutural. Em doenças neurodegenetativas como Alzheimer e Parkinson, há também evidências de lncRNA autuando no desenvolvimento cerebral, na função, manutenção e diferenciação neuronal. Para essas doenças, até o momento, não há tratamento ou cirurgia curativos, mas apenas aqueles que podem retardar seu progresso. Além disso, devido ao crescimento da idade da populaçao mundial, essas doenças neurodegenerativas representam um aumento nos gastos financeiros destinados à saúde pública. Portanto, há uma necessidade urgente no desenvolvimento de novos métodos para prevenção ou cura das doenças neurodegenerativas. Vários lncRNAS específicos aparecem desregulados na Doença de Alzheimer (DA), alguns dos quais têm sido implicados na regulação de genes relacionados a DA, e agido na formação de placas A?, neuro inflamação, estresse oxidativo e dano ao DNA. Estudos relataram que a beta-secretase 1 (BACE1) é uma enzima que contribui par a formação de peptideos A? e deposição de placas amilóides. BACE1-AS é transcrito pela RNA polimerase II da fita antisenso de BACE1 e é altamente expresso em pacientes com DA. É capaz de regular as expressões de BACE1 mRNA e de suas proteínas tanto in vivo quanto in vitro. Regulando a expressão de BACE1 mRNA, lncRNA BACE1-AS torna-se importante no controle da DA. Alem disso, BACE1-AS foi encontrado aumentado em plasma humano de pacientes com DA com alta especificidade. Isso faz com que BACE1-AS seja indicado como um possível biomarcador e alvo terapêutico para DA. Diante do exposto acima, o presente projeto tem como objetivo analisar a estrutura secundária e terciária do lncRNA BACE1-AS, cuja atuação na Doença de Alzheimer está bem relatada na literatura.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Silvana Giuliatti - Coordenador / Willian Orlando Castillo Ordóñez - Integrante / Beatriz Miranda - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Número de produções C, T & A: 1 Membro: Silvana Giuliatti.
2.	2019-2022. Ancoragem Molecular entre Butirilcolinesterase (BChE) e Alcaloides da Familia Amaryllidaceae como Potenciais Candidatos a Farmacos para a Doenca de Alzheimer Descrição: o presente projeto busca responder a seguinte questão: Quais alcalóides presentes em Caliphruria subedentata atendem às características físico-químicas necessárias para serem indicados como possíveis candidatos a novos fármacos? Os mesmos alcaloides que inibem a AChE podem também inibir a BChE? Para responder a esta questão, o principal objetivo a ser alcançado será a realização de ancoragem molecular entre o receptor BChE e alcalóides presentes em Caliphuria subedentata que apresentaram atividade inibitória em relação à AChE.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Silvana Giuliatti - Coordenador / Rauni Borges Marques - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Número de produções C, T & A: 1 Membro: Silvana Giuliatti.
3.	2019-Atual. Aplicacao da imunologia de sistemas para a resolucao dos mecanismos de protecao contra a Peste Suina Classica induzida por vacina Descrição: A Peste Suína Clássica (PSC) é uma doença contagiosa, hemorrágica e muitas vezes fatal de Suidae, como porcos e javalis, causada pelo vírus da peste suína clássica (CSFV). O CSFV é um vírus de RNA de fita simples, envelopado, que pertence à família Flaviviridae (Moennig, 2000), relacionado, por exemplo, ao vírus da Zika e da Febre Amarela. O CSFV pode ser controlado por vacinação, particularmente utilizando a vacina da cepa C. A vacina fornece uma proteção rápida e completa dos porcos contra a infecção e também previne a transmissão viral dentro de 5 dias da vacinação.As cascatas de sinalização imunológica por trás da proteção precoce proporcionada pela cepa C são mal compreendidas, mas precedem a resposta adaptativa, em que as células CD8+ IFNg+ chegam antes da detecção de uma resposta de anticorpos neutralizadores de vírus. O interferon é um componente chave de como o sistema imune inato responde ao desafio com o CSFV. As abordagens de imunologia do sistema foram realizadas em humanos, por exemplo, na vacina altamente eficaz da Febre Amarela. Decifrar as vias de sinalização imune que sustentam a eficácia da vacina da cepa C pode moldar e otimizar a próxima geração de vacinas marcadoras e de subunidades bem além do CSFV, pois o acesso ao material, incluindo os tecidos post-mortem, quando necessário, não é limitado. Trabalhos anteriores indicaram um papel fundamental do sistema interferon se estimulado antes do desafio. A equipe da UoS já realizou estudos adicionais ao mencionado acima para caracterizar a ação da vacina contra a cepa C do CSFV após a vacinação. Em particular, realizamos um estudo amostrando amígdalas em vários momentos nas primeiras 90 horas, comparando a linhagem C e um vírus de desafio virulento à linha de base. As amostras foram armazenadas para posterior análise por sequenciamento profundo, que será realizado em 2019. Para o início de 2020, outro projeto desse tipo está planejado para o projeto, do qual a equipe da USP fornecerá dados.O projeto é especificamente projetado para promover a colaboração entre a equipe do Prof Nakaya na USP e a equipe do Prof Steinbach em Surrey, através de visitas colaborativas em particular. O objetivo é gerar dados em colaboração a partir dos quais as publicações e outras solicitações de subsídios serão geradas no decorrer do projeto.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador / Falko Steinbach - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Helder Takashi Imoto Nakaya.
4.	2019-2019. Auxilio vinda de Pesquisador Visitante: Modeling food protein interactions Descrição: Edital CAPES-PROAP PRPG 04/2019 - Programa Bioinformática/USP Pesquisador visitante: Prof. Erik Santiso (NCSU). Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Lariani Aparecida Delboni - Integrante / Erik E. Santiso - Integrante / POVEDA CUEVAS, SERGIO ALEJANDRO - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
5.	2019-2019. Auxilio vinda de Pesquisador Visitante: Structural Bioinformatics training with a special focus on computationally mapping physical chemical properties of viral proteins Descrição: Editais Prlnt 2019/PVE - Convidada: Profa. Catherine Etchebest (USPC/França) Programa 33002010188P9 - BIOIN FORMATICA Processo Capes 88887.370314/2019-00. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Catherine Etchebest - Integrante / POVEDA CUEVAS, SERGIO ALEJANDRO - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 1 Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
6.	2019-Atual. Deteccao de transposases codificadas por sequencias de insercao usando dados de proteomica Descrição: Projeto de doutorado sanduíche no exterior, Institute for Systems Biology, Seattle, EUA. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Tie Koide - Coordenador / Ricardo Vêncio - Integrante / BALIGA, NITIN S. - Integrante / LORENZETTI, ALAN P. R. - Integrante. Número de produções C, T & A: 1 Membro: Tie Koide.
7.	2019-Atual. DNABr (DNAdoBrasil): exploring genetic admixture for medical and evolutionary research. Descrição: The admixture of the Brazilian population is unique due to the strong presence of three parental groups ? Native Americans, Europeans, and sub-Saharan Africans (both East/West African), resulting in a highly genetically heterogeneous population. However, Brazilian genetic variation remains poorly investigated. We propose sequencing samples from the Longitudinal Study of the Adult Health (ELSA-Brasil), the largest ongoing prospective study in the Brazilian population. Since 2008, ELSABrasil has studied 15,000 individuals from different regions of Brazil to understand the development and progression of chronic diseases ? in particular, obesity, cardiovascular diseases, and diabetes. Data collected comprise more than 3,000 phenotypes, including semi-structured interviews, clinical exams, anthropometry, and craniometry. An ancestry study revealed the tri-hybrid nature of the ELSA sample (23% African, 18% Native American and 59% European ancestry). We will catalog and analyze genetic variation through whole-genome sequencing of this cohort to address questions of population history as well as genetic architecture underlying complex traits. We have key aims: (1) to increase the representation of non-Europeans and non-Asians in genomic research; (2) to understand phenotypic impacts of genetic variants within an admixed population; (3) to understand demographic and evolutionary processes shaping the Brazilian population.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tabita Hunemeier - Coordenador / Alexandre C Pereira - Integrante / Lygia V. Pereira - Integrante. Membro: Tabita Hunemeier.
8.	2019-Atual. Estatistica de redes: teoria, metodos e aplicacoes Descrição: A importância da Estatística nas ciências naturais é inquestionável. A Estatística é essencial para analisar dados de forma apropriada e também obter conclusões confiáveis. No entanto, pouco se é conhecido sobre métodos estatísticos formais em grafos e suas propriedades teóricas mesmo com o aumento no número de artigos relacionados com redes do mundo real (por ex., redes funcionais de cérebro, redes de interação proteína-proteína, redes de interação social). Redes são geralmente analisadas usando algoritmos computacionais baseados na teoria do grafos, como cálculo de medidas de centralidades (importância relativa dos vértices e/ou arestas) ou identificação de padrões estruturais (motivos). O principal problema com esta abordagem é o fato de redes do mundo real apresentarem flutuações intrínsecas (ruído aleatório) que os algoritmos tradicionais não levam em consideração. Portanto, métodos com perspectiva estatística podem auxiliar e complementar essas análises. A proposta deste projeto é de desenvolver desde a teoria e métodos estatístico-computacionais para grafos como também aplica-los em dados do mundo real, como as advindas da biologia molecular, neuroimagem e dados cardíacos. O desenvolvimento deste projeto será essencial para obter novos insights, solidificar a cooperação entre os pesquisadores e melhorar a qualidade na pesquisa dos grupos envolvidos. A longo prazo, pretendemos consolidar a área de Estatística de Redes, formar grupos de pesquisadores altamente qualificados, e finalmente, construir um Centro de Estatística de Redes no Brasil. Este centro atuará tanto no desenvolvimento teórico e de novas metodologias quanto nas aplicações em problemas das ciências da saúde.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / David C Martins - Integrante / Fabrício Martins Lopes - Integrante / Andre Fujita - Coordenador / Helder Nakaya - Integrante / João Ricardo Sato - Integrante / João Paulo Papa - Integrante / Claudinei Eduardo Biazoli Jr - Integrante / Daniel Yasumasa Takahashi - Integrante / Abner Cardoso Rodrigues Neto - Integrante / Alexandre Alarcon Steiner - Integrante / Alexandre Galvão Patriota - Integrante / Carlos Alberto Moreira-Filho - Integrante / Elisa Harumi Kozasa - Integrante / Itamar de Souza Santos - Integrante / Joana Bisol Balardin - Integrante / José Carlos Farias Alves-Filho - Integrante / Mari Cleide Sogayar - Integrante / Rodrigo Affonseca Bressan - Integrante / Silvia Yumi Bando Takahara - Integrante / Thiago Mattar Cunha - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
9.	2019-Atual. Estilo de vida, marcadores bioquimicos e geneticos como fatores de risco cardiometabolico: Inquerito de Saude na cidade de Sao Paulo Descrição: Diante da expressiva prevalência de doenças crônicas não-transmissíveis (DCNT), como as doenças cardiovasculares e das repercussões negativas à saúde e economia, estratégias que investiguem fatores de risco cardiometabólico se tornam imperativas para a prevenção e controle das DCNT. Nesse contexto, este projeto de delineamento transversal de base populacional pretende avaliar, em residentes do município de São Paulo, fatores modificáveis relacionados ao estilo de vida, bem como sua associação com marcadores bioquímicos e genéticos relacionados a fatores de risco cardiometabólico. Para isso, foram coletados nos domicílios, em questionário estruturado, dados sociodemográficos, econômicos e de estilo de vida em indivíduos de ambos os sexos, com 12 anos e mais (n = 901). Numa segunda visita foi realizada avaliação antropométrica, aferição da pressão arterial e coleta de sangue, e os adultos e idosos foram convidados a realizar densitometria óssea e estimar o gasto energético por meio de água duplamente marcada. O sangue foi coletado para determinação da concentração de micronutrientes, glicemia, perfil lipídico, biomarcadores de inflamação e polimorfismos de nucleotídeo único. O consumo alimentar foi avaliado por dois recordatórios de 24 horas. Como as DCNT apresentam etiologia multifatorial, uma abordagem que considere marcadores de risco cardiometabólico (inflamação, lipoproteínas, microRNA, permeabilidade intestinal, DNA, peso corporal), comportamentos de risco (dieta, atividade física, sono, tabagismo, consumo de bebida alcoólica) e também determinantes desses comportamentos (ambiente físico e social) pode trazer respostas que possibilitem intervenções eficazes no âmbito de saúde pública. Assim, a presente proposta traz uma abordagem ampla e ao mesmo tempo profunda das complexas relações acerca das DCNT na população.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (4) . Integrantes: Júlia Maria Pavan Soler - Coordenador / Flávia Mori Sarti - Integrante / Marcelo Macedo Rogero - Integrante / Regina Mara Fisberg - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Outra. Membro: Julia Maria Pavan Soler.
10.	2019-2021. Genomica comparativa dos determinantes de R-bodies Descrição: A presença de refractile (R) bodies, estruturas proteicas capazes de distender-se por influência bioquímica, servindo como potenciais ferramentas de entrega de toxinas, tem sido verificada em bactérias endossimbiontes e de vida livre, mas a distribuição, o papel e contexto genômico dos genes reb, seus principais componentes, ainda não são bem descritos. Genes possuindo o domínio rebB aparecem no genoma de diversas espécies de proteobactérias, bacteroidetes e acidobactérias, comumente presentes em arranjos de múltiplas cópias contíguas, mas com composição e distribuição variadas. Nos organismos onde foram caracterizados experimentalmente, a formação dos R-bodies depende da presença de diferentes membros da família reb para garantir a polimerização. Alguns genes auxiliares e reguladores, pertences a outras famílias, foram identificados, contudo os domínios e a distribuição taxonômica destes genes ainda não foram plenamente caracterizados. A ordem exata dos eventos de duplicação e transferência lateral dos genes reb e seus vizinhos também permanecem indefinidos. Aplicando métodos de análise de dados a genomas sequenciados, pretendemos explorar a presença de homólogos de rebB e identificar novos genes cuja função possa estar associada aos R-bodies. Nossa análise permitirá inferir a história evolutiva dos R-bodies e identificar os fatores que influenciam sua distribuição. A base de nossa estratégia será a aplicação de ferramentas para identificação de blocos de genes conservados, métodos de comparação de filogenias e medidas de correlação no padrão de substituição de aminoácidos. Os potenciais genes associados identificados neste trabalho servirão como candidatos para caracterização experimental em trabalhos futuros, com destaque para a possível presença de toxinas e antitoxinas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Robson Francisco de Souza - Coordenador / Gabriel Sánchez Hueck - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Robson Francisco de Souza.
11.	2019-Atual. Integrated strategy for the study of infectious agents causing emerging and / or neglected diseases transmitted by vectors of global impact Descrição: This new Pasteur / USP partnership is particularly focused on vector-borne emergent and neglected diseases that may cause very complex immune responses and serious anomalies and / or disturbances in the nervous system, consequently impacting animal and public health. These partners will join their forces in a new Scientific Platform, in the recent "Innovation Center InovaUSP", in spaces strategically designed to implement a novel model for performing scientific research in proximity to the academy. The technological objective of this Platform is to strengthen the development of joint initiatives with a high degree of infrastructures and state-of-the-art equipment, sharing expertise, technologies and know-how, in view of joint and innovative discoveries of products and processes. This project is structured around complementary research programs of 3 groups of researchers from the two institutions that, in concert through this task force, intend to strengthen their scientific ties by answering questions of medical and veterinary interest in this unique strategic environment. The project aims to achieve the following main scientific objectives: (i) Generate luminous and fluorescent microorganisms to allow the real-time and detailed analysis of the interaction of these microorganisms with their hosts; (ii) To decipher immune, inflammatory and pathogenetic mechanisms triggered by these infectious agents, notably in the brain; (iii). Build a database from the integration of results generated by Omics, molecular biology and immunology and; (iv). Identify new targets for the development of preventive, diagnostic / prognostic and therapeutic methods.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador / Patricia Cristina Baleeiro Beltrao Braga - Integrante / Paola Marcella Camargo Minoprio - Integrante / Edison Luiz Durigon - Integrante / Eduardo Massad - Integrante / Paolo Marinho de Andrade Zanotto - Integrante / Pedro Cesar Teixeira Silva - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Helder Takashi Imoto Nakaya.
12.	2019-Atual. Integrative Biology Applied to Human Health Descrição: Data related to human health, from clinical and epidemiological information to medical images and omics data, are being generated and accumulated in an unprecedented amount in history. The analysis and integration of such information is critical to improve our understanding of the pathophysiology of diseases, their transmission, as well as their diagnosis and treatment. This project proposes innovative approaches for: analyzing large epidemiological databases; mapping hotspots of disease transmission; integrating transcriptome data with clinical and immunological data; and using machine learning for interpretation and analysis of microscopic images. State-of-the-art techniques or systems analyses and machine learning will be used and even developed for each approach, taking into account the foundations of integrative biology. We hope that the results of the project can clarify several problems related to human health, from the automatic analysis of microscopic slides to the molecular mechanisms of infectious and inflammatory diseases. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador / Mario Hiroyuki Hirata - Integrante / Luís Carlos de Souza Ferreira - Integrante / Luciano da Fontoura Costa - Integrante / Fernando Augusto Bozza - Integrante / Patricia Cristina Baleeiro Beltrao Braga - Integrante / Esper Georges Kallás - Integrante / Frederico Moraes Ferreira - Integrante / Paola Marcella Camargo Minoprio - Integrante / Ricardo Tostes Gazzinelli - Integrante / Sergio Schenkman - Integrante / Vanderson de Souza Sampaio - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Helder Takashi Imoto Nakaya.
13.	2019-Atual. Integracao de dados para busca de marcadores biologicos de transtornos do neurodesenvolvimento Descrição: Transtornos do Neurodesenvolvimento são poligênicos e multifatoriais. Ou seja, além da base genética evidências de estudos animais e em humanos indicam que adversidades ambientais e/ou estresses psicossociais sofridos no início da vida desencadeiam modificações epigenéticas que podem influenciar a plasticidade cerebral, o funcionamento e conectividade de circuitos neurais. Estas modificações podem afetar o desenvolvimento adequado de funções cognitivas, da reatividade emocional e sociabilidade, aumentando o risco para apresentação de transtornos do neurodesenvolvimento. O papel crucial da maquinaria epigenética na incorporação biológica de exposições estressantes no início da vida tem sido demonstrado em vários modelos animais, expostos a diferentes estresses pré-natais e/ou pós-natais como alterações de nutrição, agentes tóxicos, cuidados maternos inadequados, separação do binômio mãe-filho e enriquecimento/isolamento social, sugerindo marcadores moleculares epigenéticos de risco. No entanto, a maioria destes trabalhos são realizados com exposição a fatores ambientais específicos como, por exemplo, exposição a nicotina na gestação. Ou seja, desconsiderando que normalmente um indivíduo está exposto a diversos fatores estressores ambientais e que cada um reage de forma individual aos mesmos. Outro ponto importante é que os sexos respondem de forma diferente a exposição ao estresse, acrescentando, portanto, um nível a mais de variabilidade para as possíveis trajetórias do neurodesenvolvimento. Cálculos de escores de risco poligênico (PRS-polygenic risk score) têm contribuído para melhor entendimento destes transtornos, porém estes consideram apenas o efeito de variações genéticas. Faz-se necessário buscar métodos para integração de PRSs com marcadores de risco epigenéticos, sexo do concepto e efeito temporal da exposição a diferentes tipos de estresse para identificar marcadores de susceptibilidade associados a fenótipos de risco para transtornos do neurodesenvolvimento. Este projeto propõe uma abordagem multidisciplinar usando ferramentas de Biologia Sistêmica e aprendizado de máquina para integrar dados complexos, ou seja, de diferentes naturezas para identificação destes marcadores. Especificamente pretendemos alcançar os seguintes objetivos: 1) integrar dados de diferentes tipos de exposição ambiental, possibilitando a visão do estresse como um constructo multivariado, e mostrar que este associa-se com marcadores biológicos de reatividade ao estresse melhorando a predição de fenótipos associados às trajetórias do neurodesenvolvimento; 2) integrar dados de expressão gênica, epigenética, sexo do concepto e exposição ambiental para desenvolver um modelo biológico para explicar diferenças de susceptibilidade entre sexos para transtornos do neurodesenvolvimento; 3) integrar dados de riscos de escores poligênicos com dados de exposição ambiental e marcadores moleculares epigenéticos para caracterização de áreas genômicas que avaliadas em conjunto possam melhorar a predição de fenótipos associados às trajetórias do neurodesenvolvimento. A conclusão desses objetivos fornecerá novas metodologias para integração de dados complexos, definição de alvos moleculares e informações sobre como identificar potenciais medidas preventivas para desenvolvimento de transtornos do neurodesenvolvimento. (AU). Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador / Carlos A B Pereira - Integrante / Guilherme Polanczyk - Integrante / Sandra J. Grisi - Integrante / Euripedes Constantino Miguel - Integrante / Rossana Pulcinelli Vieira Francisco - Integrante / David Correa Martins Junior - Integrante / Alexandra Valéria Maria Brentani - Integrante / Aloisio Souza Filipe da Silva - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Helena Paula Brentani.
14.	2019-Atual. Mecanismos de acao de RNAs longos nao-codificadores envolvidos nos programas de ativacao genica em eucariotos Descrição: Projeto Temático de pesquisa financiado pela FAPESP. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Sergio Verjovski Almeida - Coordenador. Membro: Sergio Verjovski Almeida.
15.	2019-Atual. Network statistics: theory, methods, and applications Descrição: The importance of statistics in natural sciences is unquestionable. Statistics is essential to analyze data appropriately and to reach reliable conclusions. However, little is known about formal statistical methods on graphs and their theoretical properties even with an increasing number of reports on the analysis of real world networks (e.g. functional brain networks, protein-protein interaction networks, and social interaction networks). Networks are usually analyzed using computational algorithms based on graph theory, such as calculation of centrality measures (relative importance of vertices and edges) or identification of structural patterns (motifs). The main drawback of this approach is the fact that real world networks present intrinsic fluctuations (random noise) that are not taken into account by these "classical" algorithms. Therefore, methods with statistical perspective may aid and complement these analyses. The main goals of this proposal is the development of both theory and computational statistics methods and apply them to real world data, such as networks from molecular biology, neuroimaging, and cardiac data. The development of this project will be essential to obtain novel insights, solidify the cooperation among PIs, and improve the research quality of all involved groups. In the long term, we will consolidate the field of Network Statistics, form groups of highly qualified researchers, and ultimately build a Center for Network Statistics in Brazil. This center will develop novel theoretical frameworks, methodological tools and also apply the latter to solve health sciences problems.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Integrante / André Fujita - Coordenador / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / João Ricardo Sato - Integrante / José Carlos Farias Alves Filho - Integrante / Thiago Mattar Cunha - Integrante / David Corrêa Martins Júnior - Integrante / Abner Cardoso Rodrigues Neto - Integrante / Alexandre Alarcon Steiner - Integrante / Alexandre Galvão Patriota - Integrante / Andrea Parolin Jackowski - Integrante / Carlos Alberto Moreira Filho - Integrante / Claudinei Eduardo Biazoli Junior - Integrante / Daniel Yasumasa Takahashi - Integrante / Elisa Harumi Kozasa - Integrante / Fabricio Martins Lopes - Integrante / Itamar de Souza Santos - Integrante / Joana Bisol Balardin - Integrante / João Paulo Papa - Integrante / MARI CLEIDE SOGAYAR - Integrante / Rodrigo Affonseca Bressan - Integrante / Silvia Yumi Bando Takahara - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Helder Takashi Imoto Nakaya. Descrição: The importance of statistics in natural sciences is unquestionable. Statistics is essential to analyze data appropriately and to reach reliable conclusions. However, little is known about formal statistical methods on graphs and their theoretical properties even with an increasing number of reports on the analysis of real world networks (e.g. functional brain networks, protein-protein interaction networks, and social interaction networks). Networks are usually analyzed using computational algorithms based on graph theory, such as calculation of centrality measures (relative importance of vertices and edges) or identification of structural patterns (motifs). The main drawback of this approach is the fact that real world networks present intrinsic fluctuations (random noise) that are not taken into account by these "classical" algorithms. Therefore, methods with statistical perspective may aid and complement these analyses. The main goals of this proposal is the development of both theory and computational statistics methods and apply them to real world data, such as networks from molecular biology, neuroimaging, and cardiac data. The development of this project will be essential to obtain novel insights, solidify the cooperation among PIs, and improve the research quality of all involved groups. In the long term, we will consolidate the field of Network Statistics, form groups of highly qualified researchers, and ultimately build a Center for Network Statistics in Brazil. This center will develop novel theoretical frameworks, methodological tools and also apply the latter to solve health sciences problems.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Coordenador / Joao Ricardo Sato - Integrante / Helder Nakaya - Integrante. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Andre Fujita.
16.	2019-Atual. Projeto em colaboracao internacional: Chaires Franco-Bresiliennes des Universites de l?Etat de Sao Paulo Descrição: Madame Catherine Etchebest, de l?Université de Paris, accueillie à la Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP) de l?USP par Prof. Dr. Fernando Luis Barroso da Silva. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Catherine Etchebest - Integrante / POVEDA CUEVAS, SERGIO ALEJANDRO - Integrante. Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
17.	2019-Atual. Projeto em colaboracao internacional: USP-UP International Laboratory in Structural Bioinformatics Descrição: PROGRAMME DE CHAIRES FRANCO-BRESILIENNES DES UNIVERSITES DE L?ETAT DE SÃO PAULO. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Catherine Etchebest - Integrante. Número de produções C, T & A: 2 Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
18.	2019-Atual. Projeto internacional em colaboracao (Prof. Visitante): Developing new computational methods to study macromolecular assemblies and design rational applications Descrição: Edital 1146 / 2019 ? Incentivo à Promoção da Internacionalização no Ambiente USP Mobilidade Santander Docente - Anfitrião: Prof. Themis Lazaridis (City College of New York, EUA). Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Themis Lazaridis - Integrante. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
19.	2019-2019. Serious Game: Jogo Digital direcionado ao Aprendizado de Neurofisiologia Descrição: No Brasil e no mundo é cada vez mais ressaltada a importância das tecnologias da informação no contexto da saúde, inclusive no uso de jogos educativos para maior aproveitamento dos temas abordados em sala de aula, dando um apoio visual e intuitivo ao aprendizado do conteúdo. A motivação para o proposto projeto surgiu durante o período em que os alunos do Curso de Informática Biomédica cursaram a disciplina de Fisiologia. A partir desse conteúdo, surgiu o interesse pela neurofisiologia. Da união do tema em questão e do conhecimento obtido em outras disciplinas específicas do curso, surgiu a iniciativa de desenvolverem um jogo educativo. Portanto, esse projeto tem como objetivo a produção de um jogo educativo para envolver e auxiliar o jovem no aprendizado de neurofisiologia, buscando adequar uma jogabilidade dinâmica e cativante ao conhecimento que será adquirido. O protótipo do jogo já foi desenvolvido pela equipe. Entretanto, melhorias e adequações ainda são necessárias como, por exemplo, o aprofundamento tanto em jogabilidade quanto em aprendizado dos estudantes de forma que o jogo seja capaz de despertar maior interesse e fornecer um maior conhecimento ao público alvo. O jogo será composto por fases, sendo que cada delas, por sua vez, terá uma série de minigames que irão demonstrar do início ao fim o funcionamento do sistema nervoso em variadas situações, sendo o papel do jogador completar os minigames e desafios antes que o tempo se esgote. Ao final do jogo, o jogador será pontuado com base no seu desempenho. Haverá também durante o jogo explicações e comentários sobre a fisiologia e funcionamento envolvidos em cada etapa do jogo. Além disso o jogo ainda irá disponibilizar uma mini enciclopédia contendo conceitos e explicações para os jogadores que queiram se aprofundar no assunto. Essa proposta busca-se despertar interesse sobre o assunto nos jovens que cursam o ensino médio, assim como auxiliar os vestibulandos e alunos de graduação durante seus estudos e motivá-los a seguirem essa área de atuação.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) . Integrantes: Silvana Giuliatti - Coordenador / Beatriz Miranda - Integrante / Heitor de Paiva Boccato - Integrante / Felipe Limão Lopes de Almeida - Integrante. Número de produções C, T & A: 2 Membro: Silvana Giuliatti.
20.	2019-2020. Sistema inteligente de classificacao de transtornos psiquiatricos baseada em medidas antropometricas faciais Descrição: Esse projeto propõe o desenvolvimento de um sistema de auxílio ao diagnóstico desses transtornos, incluindo o TEA, com base em imagens bidimensionais, capturadas por uma câmera fotográfica digital, considerando também a possibilidade de comorbidades.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Ariane Machado Lima - Coordenador / Fátima de Lourdes dos Santos Nunes - Integrante / Helena Brentani - Integrante / Hélio Pedrini - Integrante. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 2 / Número de orientações: 1 Membro: Ariane Machado Lima.
21.	2019-2020. Uso da variabilidade da frequencia cardiaca na construcao de leitores de atividade e interfaces homem-maquina Descrição: A Variabilidade da Frequência Cardíaca (VFC) é uma medida fisiológica associada ao sistema nervoso autônomo e também às reações a estímulos de estresse do ambiente. Neste trabalho investigaremos a viabilidade de usar a VFC como um marcador biológico para identificação de atividades como também para a construção de uma interface homem-máquina que pode, em algumas situações, ser utilizada no lugar de métodos baseados em eletroencefalograma (EEG), cujos equipamentos são mais caros e de difícil manuseio. Primeiro desenvolveremos um ambiente computacional para coleta da VFC e um pipeline de pré-processamento do sinal. Em seguida, desenvolveremos um classificador de atividades baseado na VFC e um sistema computacional inteligente, onde a intenção do indivíduo será detectada pela variação na VFC e traduzida em ação efetiva num ambiente virtual.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Coordenador / Daniel Yasumasa Takahashi - Integrante / Alexandre Steiner - Integrante. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Andre Fujita.

2018

1.	2018-Atual. Atuacao de Estudantes de Graduacao em um Programa de Apoio a Atencao da Saude da Pessoa com Deficiencia Auditiva Descrição: Programa Aprender na Comunidade (Reitoria de Graduação, USP). Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (4) . Integrantes: Silvana Giuliatti - Integrante / Ana Claudia Mirandola Barbosa Reis - Coordenador / Miguel Angelo Hyppolito - Integrante / Angela Calcini - Integrante / Cláudia Barbieri T. Gandolfi - Integrante / Rafael Calanzani Rocha - Integrante / João Victor Tonani - Integrante / Isabela de Araújo Gonçalves - Integrante / Aline Cristina Lozano - Integrante. Membro: Silvana Giuliatti.
2.	2018-Atual. Caracterizacao do microbioma de solos, rizosfera, e plantas de soja e milho em regioes de plantio dessas culturas Descrição: Levantamento do microbioma por meio de sequenciamento do gene rRNA de 16S de amostras de solos, rizosfera, e plantas de soja e milho em regiões de plantio dessas culturas. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: Joao Carlos Setubal - Coordenador / da Silva, Aline M - Integrante / Maltez Thomas, Andrew - Integrante / Suzana Guima - Integrante / Maike Rossmann - Integrante. Membro: Joao Carlos Setubal.
3.	2018-Atual. Estrutura e Funcao de Sistemas de Secrecao Bacterianas Descrição: Bactérias possuem complexos multiproteícos grandes (multi-megaDalton) que transportam proteínas efectoras através de membranas bacterianas para o meio extracelular ou diretamente dentro de outras células. Esses sistemas também medeiam a transferência horizontal de material genético (conjugação) entre células bacterianas e formas homólogas especializadas desses sistemas evoluíram para pili e flagelos bacterianos. Portanto, os sistemas de secreção macromolecular são determinantes importantes para a adaptação bacteriana, competição e sobrevivência em diversos nichos ambientais. No decurso do projeto temático anterior, demonstramos a importância do pili tipo IV (T4P) na motilidade twitching e na formação de biofilmes em Xanthomonas citri e caracterizamos os principais reguladores da biogênese do T4P. Também mostramos que o sistema de secreção de Xanthomonas citri tipo IV (T4SS) fornece a essas células a capacidade de matar outras espécies bacterianas Gram-negativas de maneira dependente do contato. Esta foi a primeira demonstração do envolvimento de um T4SS em matança bacteriana e aponta para esta classe especial de T4SS como um determinante importante para a sobrevivência de Xanthomonas durante encontros competitivos com outras espécies bacterianas no meio ambiente. Neste projeto, propomos seguir várias linhas de pesquisa sobre a estrutura molecular, função molecular e relevância fisiológica dessas nano-máquinas complexas em Xanthomonas citri, bem como em outros membros da família Xanthomonadaceae. Especificamente, seguiremos duas linhas gerais de investigação. Projeto 1: Estudos sobre os sistemas de secreção do tipo IV de Xanthomonadaceae. Nós planejamos i) determinar a estrutura dos componentes individuais do T4SS de X. citri, bem como os sub-complexos principais e o complexo inteiro, ii) realizar estudos estruturais e enzimológicos sobre as toxinas segregadas por este sistema, bem como seus inibidores cognatos, iii) estudar a base molecular do reconhecimento de toxinas pelo aparelho do T4SS, iv) estudar a localização celular e a regulação da expressão do T4SS, e v) ampliam nossos estudos do sistema X. citri aos T4SS homólogos encontrados em outras espécies bacterianas, incluindo Stenotrophomonas, Lysobacter e em algumas espécies das ordens de Betaproteobactérias Burkholderiales e Neisseriales. Projeto 2: Estudos sobre o pilus tipo IV (T4P) em Xanthomonas citri. Planejamos investigar i) como a atividade ATPase de PilB é regulada pelos componentes PilZ, FimX e c-diGMP e outros componentes da membrana interna (plataforma), ii) as estruturas dos complexos PilB-PilZ e PilB-PilZ-FimX, iii) os papéis das pilinas menores conservadas nas espécies Xanthomonadaceae, iv) o papel da PilU, a terceira e mal compreendida ATPase, v) como os sinais ambientais específicos controlam as funções dependentes de T4P nas espécies Xanthomonas, vi) como o T4P contribui para a competitividade de Xanthomonas em interações antagônicas com outras espécies bacterianas, e vii) a estrutura do pilus extracelular (polímero das subunidades PilA). Nestes estudos empregaremos métodos de Biologia Estrutural (cristalografia, ressonância magnética nuclear, criomicroscopia eletrônica, SAXS, simulações moleculares) a produção e caracterização de nocautes gênicos, microscopia de fluorescência, enzimologia, estudos de expressão gênica e bioinformática. O projeto inclui o treinamento de estudantes de graduação, pós-graduação, pós-doutores e colaborações com pesquisadores de outras instituições brasileiros e estrangeiros.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Robson Francisco de Souza - Integrante / Cristiane Rodrigues Guzzo Carvalho - Integrante / SALINAS, ROBERTO KOPKE - Integrante / FARAH, CHUCK SHAKER - Coordenador / Rodrigo Villares Portugal - Integrante / Thomas Wittmann Cezar Santos - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Robson Francisco de Souza.
4.	2018-Atual. Funcao de sistemas de secrecao do tipo VI de bacterias patogenicas na interacao com celulas eucarioticas. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (1) . Integrantes: Robson Francisco de Souza - Integrante / SIBINELLI-SOUSA, STEPHANIE - Integrante / GUZZO, CRISTIANE R. - Integrante / BAYER-SANTOS, ETHEL - Coordenador / HESPANHOL, JULIA TAKUNO - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 3 Membro: Robson Francisco de Souza.
5.	2018-Atual. GEMACANA: Contribuicao de genes, genomas e elementos de transposicao na interacao entre plantas e microorganismos: estudo de caso em cana de acucar. Descrição: A interação planta-microorganismos representa um dos processos de fundamental relevância para o funcionamento de ecossistemas naturais, bem como agrícolas. A compreensão de seus componentes e dos processos que controlam essa interação biológica tem potencial de melhorar a produtividade das culturas e monitorar a qualidade ambiental. Este projeto pretende contribuir na elucidação deste sistema complexo através da utilização de ferramentas moleculares e de bioinformática dos genomas para descobrir os principais genes que controlam e / ou medeiam a interação de cana de açúcar com três patógenos (Leifsonia xyli subsp xyli;. Xanthomonas albilineans; Sporisorium scitamineum) e uma bactéria fixadora de nitrogênio (Gluconacetobacter) considerada promotora de crescimento para a cana. Esses organismos têm uma interação biotrófica/hemibiotrófica com cana de açúcar e os aspectos moleculares sob estas condições são geralmente menos compreendidas. O nosso objetivo é comparar e contrastar respostas moleculares através das interações individuais tanto de cana de açúcar quanto dos microrganismos envolvidos. Especificamente, (i) analisaremos padrões de expressão de um conjunto de genes previamente identificados análogos a genes de resistência (RGA), espécies reativas de oxigênio (ROS), metabolismo de carboidratos, síntese de hormônios e seu controle, elementos de transposição, e uma família de genes relacionados com a edição de genes em organelas e conhecido por ter membros que estão envolvidos na regulação das defesas de plantas via Na-siRNA (pentatricopeptide) bem como de genes envolvidos em respostas metabólicas específicas dos microrganismos; (ii) avaliar e comparar entre espécies de microrganismos os padrões de expressão de genes microbianos com um foco particular em moléculas secretadas entre os quais esperamos encontrar moléculas efetoras; (iii) avaliar e comparar as mudanças nos padrões de expressão durante duas infecções mistas, e (iv) avaliar e comparar as mudanças no microbioma do hospedeiro, como resultado da interação com os micróbios mencionados. Como um produto de extensão, esperamos fornecer informações moleculares sobre a biologia da cana ao interagir com vários micróbios almejando o desenvolvimento de um kit de diagnóstico para monitorar canaviais e construir um banco de dados "phytobiome" de cana que seja abrangente e que poderia ser usado em estudos comparativos com outras Poaceae.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (3) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (9) . Integrantes: Marie-Anne Van Sluys - Coordenador / Luis Eduardo Aranha Camargo - Integrante / Claudia Barros Monteiro-Vitorello - Integrante / Silvana Creste - Integrante / Marcelo Zerillo - Integrante / Paula Turrini - Integrante / Juliane Ishida - Integrante / Tatiane Correa - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Membro: Marie-Anne Van Sluys.
6.	2018-2020. Global database for blow flies of forensic, agricultural and medical importance Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Integrante / Silvio Shigueo Nihei - Integrante / Kelly Meiklejohn - Coordenador / Wes Watson - Integrante / Brian Wiegmann - Integrante / Max Scott - Integrante / James Wallman - Integrante / Mark Dowton - Integrante. Financiador(es): University Global Partnership Network - Cooperação. Membro: Tatiana Teixeira Torres.
7.	2018-Atual. Inhibitory deficit as a marker of neuroplasticity in rehabilitation Descrição: According to the WHO, more than one billion people in the world experience disability, which is not only an issue of public health, but also of human rights. In 2015, the Global Burden of Diseases showed worldwide epidemiological evidence that 74% of total years lived with disability are related to conditions for which rehabilitation could be beneficial. For this reason, the development of new therapies and rehabilitation research are one of the main objectives of the WHO Global Action Plan for 2014-2021. However, the lack of knowledge of the biological mechanisms involved in the functional rehabilitation process is one of the main limitations faced in the construction of a solid knowledge. There is evidence that brain plasticity is the central mechanism involved in the recovery process of patients with deficits of different etiologies. Although much progress was made in understanding brain plasticity, little was incorporated into rehabilitation practice, mainly due to the scarcity of study designs that allowed the translation of knowledge. Therefore, we propose a study with four groups of subjects (with stroke, SCI, amputations and osteoarthritis) to understand the neuroplasticity mechanisms involved in motor rehabilitation, using TMS, fNIRS and high density EEG before and after the rehabilitation treatment. With this project, we expect to better understand the mechanisms of neuroplasticity involved in the rehabilitation process, and to develop "transdiagnostic" neurophysiological biomarkers, which are of great relevance for the scientific and therapeutic improvement of rehabilitation.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: Koichi Sameshima - Integrante / Paulo Sérgio Panse Silveira - Integrante / Luiz Antonio Baccalá - Integrante / Felipe Fregni - Coordenador / Linamara Rizzo Battistella - Integrante / Jesus Enrique Garcia - Integrante / Marcel Simis - Integrante / Luis Fernandez Lopez - Integrante / Marta Imamura - Integrante / Verónica Andrea González-López - Integrante / José de Oliveira Siqueira - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Koichi Sameshima.
8.	2018-Atual. Intervencoes na primeira infancia e trajetorias de desenvolvimento cognitivo, social e emocional Descrição: O objetivo principal deste Projeto Temático é aprofundar os conhecimentos sobre intervenções na primeira infância e os seus efeitos sobre as trajetórias de desenvolvimento cognitivo, social e emocional infantil até a idade escolar. Especial ênfase é dada ao surgimento de transtornos mentais como desfecho fenotípico primário. Para tanto, iremos testar três programas de intervenção em primeira infância com diferentes características: um currículo pré-escolar para promoção de habilidades socioemocionais e prevenção de problemas de comportamento, um programa de visitação domiciliar para gestantes adolescentes em alta vulnerabilidade e seus filhos durante os primeiros dois anos de vida com objetivo de desenvolver habilidades parentais, e duas modalidades terapêuticas para a intervenção precoce do transtorno de déficit de atenção/hiperatividade. Iremos investigar os efeitos destes programas sobre o substrato biológico subjacente às trajetórias desenvolvimentais, especificamente sobre os padrões eletroneurofisiológicos, de estrutura e atividade cerebral. Assim, iremos gerar dados inéditos sobre como programas de intervenção na primeira infância impactam o desenvolvimento cognitivo, social e emocional e quais são os seus efeitos sobre a prevenção de transtornos mentais ao longo da infância. Por meio destes objetivos, iremos consolidar uma plataforma para realização de ensaios controlados randomizados em saúde mental infantil em nosso meio e estabelecer um laboratório de neurociência desenvolvimental para a caracterização das trajetórias do desenvolvimento cerebral e dos efeitos de intervenções na primeira infância.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Integrante / Guilherme Polanczyk - Coordenador. Membro: Helena Paula Brentani.
9.	2018-2021. Projeto individual - Interacoes fundamentais em Biofisica Molecular. Desenvolvendo e aplicando metodos de simulacao molecular a pH constante em sistemas biomoleculares de relevancia pratica Descrição: Produtividade CNPq - Proc. CNPq 310791/2017-0. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
10.	2018-2019. Projeto internacional em colaboracao (Prof. Visitante): Development of RNA-protein coarse-grained models Descrição: Projeto de pesquisa em colaboração com o Prof. Philippe Derreumaux, do Laboratório de Bioquímica Teórica, do IBPC/França. Recursos do programa ?Initiative d?Excellence? do governo francês (Grant ?DYNAMO? ANR-11-LABX-0011-01). Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / DERREUMAUX, PHILIPPE - Integrante / Fabio Sterpone - Integrante. Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
11.	2018-2019. Roles of genetic drift and natural selection in quantitative trait divergence Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Integrante / Nancy França Lo-Man-Hung - Coordenador / Daniela Munhoz Rossoni - Integrante / Bárbara Maria de Andrade Costa - Integrante / Pedro Mariano Martins - Integrante. Financiador(es): American Arachnological Society - Auxílio financeiro. Membro: Tatiana Teixeira Torres.
12.	2018-Atual. Stratification of psychiatric disorders by using network discriminant and clustering analyses Descrição: There are at least three main reasons to the lack of reduction of the number of people with alcohol abuse, major depression, and attention deficit hyperactivity disorders (ADHD), namely: (i) the late diagnosis at a time when psychopathology is already well advanced, (ii) a classification based on patient self-report and behavioral observation, which do not reflect the underlying biological mechanisms of these disorders, and (iii) comorbidity (comorbidity between depression and ADHD in adolescents and adults is over 50%; comorbidities between alcohol abuse and ADHD in adolescents and adults are 12.9% and 61-64%, respectively). Thus, to reduce the frequencies of these disorders, we propose to identify biomarkers for early diagnosis, and also to obtain an objective stratification by taking into account the comorbidity. To this end, we will analyze the IMAGEN longitudinal data set (coordinated by Prof. Schumann) composed of over 2,000 individuals. First we will use CEM-Co to cluster the individuals by minimizing the comorbidity effect. Then, to identify discriminative markers and predictors of future psychopathology, we will apply, for each cluster identified by CEM-Co, methods designed specifically for brain networks analyses, namely network discriminant analysis and graph clustering expectation maximization algorithm. Finally, we will assess if brain network structures characterize subtypes within and if they correspond to comorbidity across these disorders. We hope our findings aid in the better comprehension, and early/objective diagnosis of alcohol abuse, depression, and ADHD.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: André Fujita - Coordenador / Gunter Schumann - Integrante. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Andre Fujita.
13.	2018-Atual. Varredura de componentes da maquinaria epigenetica funcionalmente associados a quimioresistencia e sensibilidade a gemcitabina no cancer de pancreas Descrição: A quimioterapia com gemcitabina faz parte da primeira linha de tratamento da doença invasiva e é usada como terapia adjuvante após remoção cirúrgica dos tumores ressecáveis. Porém o benefício clínico é extremamente limitado devido a aquisição de quimioresistência seguida de evolução para doença metastática. O objetivo deste projeto é investigar a existência de componentes da maquinaria epigenética que sejam críticos para o estabelecimento de resistência a gemcitabina. Linhagens tumorais de pâncreas serão interrogadas com uma biblioteca customizada de short hairpin RNAs que alveja cerca de 300 genes que codificam proteínas que regulam a cromatina. Células tumorais ?na?ve? ou selecionadas para resistência a gemcitabina serão transfectadas com a biblioteca e a seguir serão mantidas na presença de concentrações sub-letais da droga. A análise da representação diferencial de shRNAs específicos antes e após a seleção com a gemcitabina poderá revelar genes críticos para a sobrevivência do PDAC ou que sensibilizem as células tumorais ao tratamento com a droga. Os genes candidatos mais promissores serão validados individualmente em diferentes linhagens de PDAC e em uma coleção de xenotumores derivados de pacientes (PDXs) gerada em nosso laboratório. Espera-se obter informações originais e relevantes sobre o papel da maquinaria epigenética na aquisição de quimioresistência ao principal agente quimioterápico utilizado no PDAC, e apontar alvos promissores para serem explorados em combinação com a gemcitabina no desenvolvimento de novas estratégias terapêuticas que aumentem a eficácia do tratamento e a sobrevida de pacientes com câncer de pâncreas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Eduardo Moraes Rego Reis - Integrante / Eduardo Moraes Reis - Coordenador / Marcel C. C. Machado - Integrante / J. Jukemura - Integrante / Bianca Dazzani - Integrante / Daniela Bassères - Integrante / Luís Bruno da Cruz e Alves de Moraes - Integrante / Diogo de Oliveira Pessoa - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de SP - Auxílio financeiro. Membro: Eduardo Moraes Rego Reis.

2017

1.	2017-Atual. Avaliando os mecanismos de auto cura em macacos rhesus infectados com Schistosoma mansoni como uma nova base para uma vacina Descrição: Faremos um screening dos anticorpos gerados por macacos rhesus infectados com Schistosoma mansoni, ao longo do processo de auto-cura destes macacos, usando a técnica de phage-display. O objetivo é identificar alvos do parasita atingidos pelos anticorpos do macaco, que sejam críticos para a sobrevida do parasita e que se correlacionem com a auto-cura da esquistossomose observada nesta espécie.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Sergio Verjovski Almeida - Integrante / Sergio Verjovski-Almeida - Coordenador / Murilo Sena Amaral - Integrante / Ricardo Giordano - Integrante. Membro: Sergio Verjovski Almeida.
2.	2017-Atual. Bill & Melinda Gates Foundation: "Mapping Hotspots for Mosquito-Human Malaria Transmission" Descrição: GRAND CHALLENGES EXPLORATIONS da Bill & Melinda Gates Foundation Helder Nakaya of the University of Sao Paulo in Brazil will identify hotspots of malaria transmission using the GPS data from mobile phones of infected individuals in order to find asymptomatic cases and help elimination efforts. Malaria is a major public health concern in many countries including Brazil. Eliminating the disease is difficult due in part to the existence of asymptomatic individuals who can still spread the disease but are difficult to detect. Relying on a patient remembering where they have been to identify asymptomatic individuals has not been adequate. Instead, they will test their online tool, which can extract the location history of an individual that has been recorded on their mobile phone, using patients with malaria in a reference hospital in Manaus, Brazil. The tool will be used to identify potential hotspots of transmission, which will be verified by taking blood samples from residents to identify those elusive asymptomatic patients. They will also develop an application for health care workers that displays the hotspots on a map.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) . Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador / Daniel Bargieri - Integrante / Marcus Lacerda - Integrante. Financiador(es): Bill & Melinda Gates Foundation - Auxílio financeiro. Membro: Helder Takashi Imoto Nakaya.
3.	2017-Atual. Biologia sistemica e comparativa do complexo Mycobacterium tuberculosis: efeitos da variabilidade genetica no fenotipo bacteriano. Descrição: FAPESP, Jovem Pesquisador.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Ana Marcia de Sá Guimarães - Coordenador / Lucas M. Marques - Integrante / Maria Regina D'Império Lima - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Ana Marcia de Sa Guimaraes.
4.	2017-2019. Docking Molecular in silico de Alcaloides como Potenciales Candidatos a Farmacos para la Enfermedad de Alzheimer Descrição: Mediante la ejecución de este proyecto se espera que nuestros resultados continúen impactando a nivel nacional e internacional como estrategia promisoria en la búsqueda e identificación de metabolitos de origen vegetal, con posible aplicación para la enfermedad de Alzheimer. Se espera generar un impacto desde la academia para establecer políticas encaminadas a la recuperación, preservación y propagación de las plantas de la familia Amaryllidaceae, en especial el género Caliphruria. A nivel social, los resultados obtenidos se traducen en una oportunidad farmacología para una enfermedad que es reto de la medicina moderna, encontrar la cura. Como impacto indirecto se trata de crear una cultura emprendedora una vez que nuestro medio ofrece un entorno favorable para el crecimiento de estas plantas, lo cual podría potencializar la creación de micrompresas, con miras al desarrollo económico de la región y como una alternativa al cultivo de plantas para uso ilícito. Este proyecto es la continuidad de una propuesta de investigación que se planteo en el 2012 desde la Universidad del Cauca, cuya ejecución se inició en el segundo semestre del mismo año en el Departamento de Genética de la Facultad de Medicina de la Universidad de Sao Paulo-Brasil. De esa fecha hasta el momento, se ha venido realizando caracterización e identificación del potencial farmacológico del género Caliphruria y su aplicación para la EA, cuyos resultados se han traducido en publicaciones y socializaciones nacionales e internacionales. Como estrategia para la continuidad del proyecto, pretendemos fortalecer la colaboración con otros grupos de investigación nacional e internacional que nos capaciten y/o nos aporten tecnología para llevar la investigación a escenarios in vitro e in vivo con modelos como ratones knockout para los genes asociados a la EA, lo cual no está al alcance de esta propuesta.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Silvana Giuliatti - Integrante / Patricia Eugenia Velez - Integrante / Willian Orlando Castillo Ordóñez - Coordenador. Membro: Silvana Giuliatti.
5.	2017-Atual. Evolutionary Genomics of Diptera Y Chromosomes Descrição: Y chromosomes are directly involved with sex-determination and male fertility. Despite theirbiological importance they remain largely uncharacterised in most species because their very highPage 11 of 40content of repetitive DNA poses formidable obstacles to genetic, genomic and evolutionary studies.A significant effort and contribution of my group has been on the development of methods tofacilitate these studies (see Carvalho and Clark Genome Research 2013, and Carvalho, Dupim andGoldstein Genome Research 2016 for two recent examples), which resulted in the identification ofnearly all known Drosophila Y-linked genes (Carvalho and Clark Science 2005; Koerich et al.Nature 2008; Carvalho et al. TIG 2009). Here we propose to apply these methods to obtain Y-linkedmarkers for mosquito species which transmit malaria, dengue, leishmaniosis and other diseases, toimprove the assembly of the highly repetitives Aedes aegypti genome and human segmentalduplications, to investigate Y-chromosome evolution in Diptera, and to further improve theassembly methods of long reads (PacBio and Oxford Nanopore).. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (3) . Integrantes: Maria Dulcetti Vibranovski - Integrante / Antonio Bernardo de Carvalho - Coordenador / Evan Eichler - Integrante / Jeffrey Powell - Integrante / José Bento Pereira Lima - Integrante / Joaquín Ezpeleta - Integrante / Attilio Pane - Integrante / Luisa Rona - Integrante. Financiador(es): Wellcome Trust - Auxílio financeiro. Membro: Maria Dulcetti Vibranovski.
6.	2017-2019. Fisiologia molecular e evolucao de uma nova via de estabilizacao do desenvolvimento Descrição: Durante seu desenvolvimento, os organismos são capazes de se proteger contra perturbações ambientais intrinsecas e extrínsecas, garantindo a estabilidade no desenvolvimento. A resposta contra perturbações pode envolver ajustes ficiológicos, temporais ou comportamentais no programa de desenvolvimento. Recentemente, um dos proponentes deste projeto identificou um peptídeo que foi nomeado de "Drosophila insulin-like peptide 8" (Dilp8). Este peptídeo responde ao crescimento descoordenado de tecidos imaginais e atrasa o início da metamorfose através da inibição da biossíntese do hormônio da muda, a ecdisona. O mecanismo de inibição é ainda desconhecido. A perda de dilp8 leva a um aumento da assimetria intra-individual e resulta em indivíduos com intervalos de variação no tamanho e tempo de maturação maiores que a média da espécie. Assim, Dilp8 tem um papel central no sistema de comunicação mediando os ajustes que levam a estabilização do desenvolvimento em Drosophila. Nossas análises preliminares indicam que Dilp8 teve origem no ancestral comum de Brachycera (moscas) há cerca de 180 milhões de anos. Como ocorre a sinalização de crescimento anormal de discos imaginais em outros insetos (como os mosquitos) na ausência de Dilp8, ainda é uma questão sem respostas. Além disso, ainda é desconhecido o nível de conservação das respostas da via completa de sinalização do Dilp8 e quais são as respostas neuroendócrinas ao dano tecidual após a ativação de Dilp8. Esperamos identificar a via ancestral responsável pela coordenação de crescimento e tempo de desenvolvimento antes do surgimento de Dilp8. Outro objetivo é entender a função Dilp8 como um fator de indução de atraso no desenvolvimento. Nossos resultados deverão permitir o desenvolvimento de novas hipóteses acerca dos mecanismos fisiológicos envolvidos na coordenação do desenvolvimento dos tecidos e da evolução de novas vias de sinalização.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Coordenador / Alisson Gontijo - Integrante / Andres Garelli - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 1 Membro: Tatiana Teixeira Torres.
7.	2017-2022. Genome-wide analysis of Mycobacterium tuberculosis complex virulence and adaption to wild animal species Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Marcia de Sá Guimarães - Coordenador / José Soares Ferreira Neto - Integrante / ZIMPEL, CRISTINA KRAEMER - Integrante / HEINEMANN, MARCOS BRYAN - Integrante. Financiador(es): Morris Animal Foundation - Auxílio financeiro. Membro: Ana Marcia de Sa Guimaraes.
8.	2017-Atual. Genomica comparativa de toxinas bacterianas associadas ao sistema secretorio do tipo IV Descrição: Como outras linhagens de organismos, as bactérias estão sujeitas a vários tipos de conflitos biológicos, como a competição entre linhagens da mesma espécie, competição entre espécies diferentes ou a interação entre bactérias patogênicas e seus hospedeiros. Ao se engajarem nesses conflitos, uma das ferramentas mais usadas pelas bactérias é a produção e secreção de toxinas de natureza proteica, que possuem domínios especializados em gerar o efeito tóxico. Domínios tóxicos distintos correspondem a mecanismos moleculares diferentes e a um repertório igualmente amplo de antitoxinas. Antitoxinas, também conhecidas como proteínas de imunidade, são proteínas especializadas em neutralizar as toxinas correspondentes, evitando a morte da célula produtora. Como observado em outros sistemas envolvidos em conflitos biológicos, as toxinas bacterianas são caracterizadas pela rápida evolução de novos genes, que precisam compensar a contínua evolução de estratégias de defesa dos organismos adversários. O efeito mais visível dessa corrida armamentista é o contínuo surgimento de novos domínios tóxicos e novas combinações dos domínios tóxicos com as regiões que mediam a secreção e o processamento da proteína ou a seleção da célula alvo. Esses fenômenos fazem das toxinas alvos interessantes para o estudo de novos mecanismos de ação tóxica e dos mecanismos evolutivos que atuam na sua origem e diversificação. Neste projeto, propomos estudar, pela aplicação de métodos de genômica comparativa, toxinas que atuam como Tfes (do inglês "Type four secretion system associated effectors"). Nossos objetivos são: (i) identificar e classificar novos domínios efetores de toxinas e antitoxinas associados ao sistema secretório do tipo IV, (ii) entender os processos envolvidos na evolução desses domínios, (iii) empregar métodos de análise de contexto genômico para gerar hipóteses sobre os mecanismos de atividade das toxinas e antitoxinas identificadas e (iv) validar experimentalmente as funções e interações moleculares para algumas das toxinas e antitoxinas identificadas. Nossas análises irão, portanto, revelar novas toxinas e antitoxinas, com potencial para a descoberta de novos mecanismos de ação e de lançar luz sobre a competição entre diferentes espécies de bactérias.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Robson Francisco de Souza - Coordenador / Aravind, L. - Integrante / Farah, C. S. - Integrante / Iyer, Lakshminarayan M. - Integrante / GUZZO, CRISTIANE RODRIGUES - Integrante / Gianlucca Gonçalves Nicastro - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 3 Membro: Robson Francisco de Souza.
9.	2017-Atual. Isolamento e caracterizacao molecular de bacteriofagos visando aplicacao em fagoterapia. Descrição: Bacteriófagos ou fagos são vírus que infectam bactérias e vastamente abundantes na natureza. Desde sua descoberta, no início do século XX, os fagos têm sido ferramentas valiosas no desenvolvimento da biologia molecular e da biotecnologia, além de agentes antimicrobianos, na chamada fagoterapia. Nos últimos anos o interesse no uso de fagos como agentes terapêuticos ressurgiu como uma alternativa para o tratamento de infecções por bactérias multirresistentes a antibióticos. Temos como objetivo nesse projeto o isolamento e caracterização de fagos utilizando-se Pseudomonas aeruginosa como hospedeira. Os fagos isolados serão caracterizados quanto a sua morfologia e abrangência de hospedeiros em nível de espécie e cepas. Os genomas dos fagos serão sequenciados e anotados. Os mecanismos moleculares envolvidos na interação fago-bactéria serão investigados. Os fagos e suas despolimerases serão avaliados quanto a eficácia na dissolução do biofilme bacteriano. O potencial de utilização dos fagos no tratamento de infecções por P. aeruginosa e outras bactérias de interesse será avaliado em larvas de Galleria mellonella como modelo experimental.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (3) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Coordenador / Layla Farage Martins - Integrante / João C. Setubal - Integrante / Ronaldo Bento Quaggio - Integrante / Deyvid Amgarten - Integrante / Ariosvaldo Pereira dos Santos Junior - Integrante / Fernando Pacheco Nobre Rossi - Integrante / Guillermo Uceda Campos - Integrante / Vinicius Sousa Flores - Integrante / Maria Joana Nunes de Azevedo - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 9 Membro: Aline Maria da Silva.
10.	2017-Atual. Long noncoding RNA interplay with the host microbiome may determine mucosal influenza vaccine immunogenicity Descrição: To apply systems biology methods to integrate nasopharyngeal microbiome, mucosal and blood transcriptome, immunological and clinical data following intranasal live attenuated influenza vaccine in children, and to identify and investigate the putative role of long noncoding RNAs (lncRNAs) in vaccine-induced mucosal immunity.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador / Thushan de Silva - Integrante / Beate Kampmann - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Cooperação. Membro: Helder Takashi Imoto Nakaya.
11.	2017-Atual. Native American Genome Diversity Descrição: Native American populations are the human group less studied as regards its genetic variability. Although the few studies using genomic array had helped to better understand the Native American populations structure, the genotyping platforms of this technique are based on the existing genetic variation of African, Asian and European populations, not taking into account the Native American variability, precisely because of the lack of reference genomes to be used. This lack of information has major implications in medical studies, since most of the studies of case-control performed today are done with conventional arrays, that are not suitable for studies in populations that exhibit large Native American component, like Mexicans, Peruvians and individuals from some regions of Brazil. The 1000 Genomes Project does not include the study of Native American populations, further increasing the neglect in the genetic information about these people. This project aims to fill this gap sequencing of 65 complete genomes of Native American populations in order to unlock the full genomic variability of these populations, establish the evolutionary processes involved in the generation and maintenance of this diversity, and assist in the development of high-fidelity methods for clinical studies involving admixed and Native American populations.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (3) . Integrantes: Tabita Hunemeier - Coordenador / Francisco M. Salzano - Integrante / Fabrício Santos - Integrante / David Comas - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Tabita Hunemeier.
12.	2017-Atual. Projeto em colaboracao internacional: Building up an international laboratory in Structural Bioinformatics: Developing and applying constant-pH methods in biomolecular systems Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Samuela Pasquali - Integrante / Catherine Etchebest - Integrante. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Cooperação. Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
13.	2017-Atual. Projeto em colaboracao internacional: Pedagogical activities to promote top-end science in Structural Bioinformatics: Toward a joint international master program in structural bioinformatics Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Samuela Pasquali - Integrante / Catherine Etchenest - Integrante. Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
14.	2017-2018. Projeto internacional em colaboracao (Prof. Visitante): Electrostatic interactions properly at a coarse-?grained level for standard and amyloid proteins Descrição: Projeto de pesquisa em colaboração com o Prof. Philippe Derreumaux, do Institut de Biologie Physico-Chimique (IBPC) - Recursos do programa ?Initiative d?Excellence? do governo francês (Grant ?DYNAMO? ANR-11-LABX-0011-01). Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Philippe Derreumaux - Integrante / Fabio Sterpone - Integrante. Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
15.	2017-Atual. Representacoes intermediarias em Ciencia Computacional para descoberta de conhecimento Descrição: Este projeto centra-se em uma estratégia unificada para descoberta de conhecimento e dinâmicas emergentes em Ciência Computacional usando representações intermediárias. As aplicações pretendidas estão em áreas caracterizadas por extrema abundância de dados, nas quais a descoberta de conhecimento implica na transição das bases de dados brutos para representações intermediárias, usualmente vetores de características e grafos, permitindo assim o emprego subsequente de diferentes métodos analíticos. Nesse contexto, os métodos de integração e transformação a serem utilizados na geração dos dados intermediários também devem garantir a qualidade e confiabilidade dos dados gerados para a representação intermediária. Os resultados da fase de análise podem influenciar tanto os métodos de integração como experimentos para nova geração de dados através de mecanismos de feedback. O presente projeto possui dois objetivos gerais: 1) desenvolver métodos originais para resolver problemas de Ciência Computacional baseadas em uma abordagem comum de representações intermediárias; 2) aplicar os métodos desenvolvidos em problemas específicos. Essa estratégia metodológica será empregada para abordar problemas específicos em áreas de fronteira da Ciência, nos quais nosso grupo tem trabalhado nos últimos anos: representações intermediárias em visão computacional e informática urbana; estudo dinâmico de redes biológicas para caracterizar os mecanismos de transição saúde-doença; desenvolvimento de ferramentas computacionais para processamento de imagens de MRI de alto campo e sua integração com dados biológicos; desenvolvimento de novas técnicas para caracterização e visualização de representações intermediárias em redes complexas dinâmicas, com aplicações em Biologia de Sistemas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / Carlos Alberto Moreira Filho - Integrante / Luciano da Fontoura Costa - Integrante / Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante / Roberto Hirata Junior - Integrante. Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
16.	2017-2023. Sex and B chromosome enigmas: model systems for the study of chromosome and genome evolution Descrição: Chromosomes are major components of cells, packing the genetic material in a perfect organized structural and functional pattern. However, the chromosomes behavior during cell cycle is subjected to genomic rearrangements producing a wide variety of functional consequences with impact in cell disorders and also generating evolutionary novelties. Although several factors that mediate genomic rearrangements are now known, there are still many unanswered questions. In the light of high throughput era in generation of biological data, chromosome studies have also advanced to a higher level exploring high scale analyses of DNA, RNA, and proteins, and their interactive networks. Therefore, this grant application intend to explore chromosomal polymorphism (associated to B chromosomes and sex chromosomes) as models to investigate the structural and functional nature of chromosomal rearrangements during evolution. In this way, the objective of this project is to analyze chromosome rearrangements in the light of massive molecular data obtained from different biological models, in order to advance in the identification of origin and fate of chromosome changes and to comprehend their evolutionary and disease consequences. Additionally, the project also aims to perform the scientific divulgation of chromosome facts, in the light of an evolutionary and function perspective, in order to enforce a dialog between science and society.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (5) / Mestrado acadêmico: (5) / Doutorado: (10) . Integrantes: Maria Dulcetti Vibranovski - Integrante / Cesar Martins - Coordenador / Adriane Pinto Wasko - Integrante / Danillo Pinhal - Integrante / David Ray - Integrante / Diogo Cavalcanti Cabral de Mello - Integrante / Flávia Karina Delella - Integrante / Guilherme Targino Valente - Integrante / Lucilene Delazari dos Santos - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Maria Dulcetti Vibranovski.
17.	2017-2020. Statistical methods on graphs Descrição: PROGRAMA BOLSAS PARA PESQUISA - CAPES/HUMBOLDT. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Coordenador. Membro: Andre Fujita.
18.	2017-Atual. Suporte a Geracao e Extracao de Conhecimento de Dados Abertos Ligados Descrição: Diferentes conjuntos de dados não estruturados (linguagem natural) ou semiestruturados são diariamente disponibilizados na web. A disponibilidade de dados em tais formatos dificultam o processamento e a extração automática de (novos) conhecimentos. Dados Abertos Ligados (DAL) definem um conjunto de dados estruturado, interconectado e semanticamente anotado usando-se um conjunto padrão de linguagens e tecnologias de Web Semântica. A transformação de dados não estruturados e semiestruturados em Dados Abertos Ligados (DAL) pode facilitar o processamento e a obtenção de novos conhecimentos. Diversos domínios de conhecimento podem ser beneficiados com a troca de informações e a descoberta de novos conhecimentos proporcionado pela disponibilidade crescente de conjuntos de dados DAL. Contudo, a exploração de conjuntos de dados DAL não é trivial. Dados DAL são tipicamente representados no formato RDF e recuperados por meio da linguagem SPARQL. Esta linguagem possui várias regras e restrições, o que dificulta a sua utilização principalmente por usuários leigos. Neste sentido, este projeto tem por objetivo investigar a transformação de dados semiestruturados ou dados não estruturados para DAL e a recuperação destes dados por meio da representação gráfica de consultas SPARQL. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) . Integrantes: Cléver Ricardo Guareis de Farias - Coordenador / DE PAULA, GABRIEL C.S.G. - Integrante / Vinicius Mussak - Integrante / ? Heber Gustavo Xavier de Castro - Integrante. Membro: Clever Ricardo Guareis de Farias.
19.	2017-2018. Zoetis LLC - Systems Biology Approaches to Understand Bovine Respiratory Disease Descrição: We will apply cutting-edge systems biology approaches to decipher cattle response to BRD. Through network analyses, our goal is to combine in depth cattle immune, transcriptomic and metabolomics profiling to identify key targets for disease intervention or therapeutics.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador. Membro: Helder Takashi Imoto Nakaya.

2016

1.	2016-2020. Armazenagem, Modelagem e Analise de Sistemas Dinamicos para Aplicacoes Descrição: A surpreendente e rápida evolução da tecnologia deu origem a uma nova era de descoberta de conhecimento científico. Essa nova era da ciência, conhecida como e-Science é descrita como uma nova ciência computacional e composta por uma equipe multidisciplinar que exige novas metodologias para o armazenamento, modelagem e análise de dados. Em particular, o desenvolvimento de sistemas de software transacionais e analíticos para aplicações e-Science visto como sistemas dinâmicos apresenta novos desafios computacionais. Entre eles, destacam-se os desafios dos processos de descoberta de conhecimento científico que, na maioria das vezes, envolvem mudanças frequentes de requisitos para armazenagem, modelagem e análise de dados. A necessidade de abordar sistemas dinâmicos científicos para tratar complexas aplicações de e-Science despertou a comunidade científica para a necessidade de sistemas de software robustos e evolutivos para atender a esses novos desafios. Sistema dinâmico é um arcabouço matemático clássico para representar fenômenos que evoluem no tempo e que são de grande interesse na ciência. Neste projeto, nosso principal objetivo é desenvolver modelos computacionais e metodologias para apoiar as aplicações e-Science. Nossa pesquisa fundamental cobre três principais áreas: armazenagem, modelagem e análise de sistemas dinâmicos. Essas áreas de pesquisa são importantes e relevantes para o Programa e-Science FAPESP já que muitos dos desafios atuais de e-Science estão relacionadas ao tratamento adequado dos sistemas dinâmicos. Assim, pretendemos desenvolver e aplicar metodologias computacionais que irão facilitar o desenvolvimento de aplicações e-Science contribuindo assim para a melhoria do conhecimento científico mundial, respeitando as restrições legais e éticas na gestão de dados.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Junior Barrera - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Integrante / Leliane Nunes de Barros - Integrante / Joao Eduardo Ferreira - Coordenador / Andre Fujita - Integrante / Marcel Parolin Jackowski - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto. Descrição: A surpreendente e rápida evolução da tecnologia deu origem a uma nova era de descoberta de conhecimento científico. Essa nova era da ciência, conhecida como e-Science é descrita como uma nova ciência computacional e composta por uma equipe multidisciplinar que exige novas metodologias para o armazenamento, modelagem e análise de dados. Em particular, o desenvolvimento de sistemas de software transacionais e analíticos para aplicações e-Science visto como sistemas dinâmicos apresenta novos desafios computacionais. Entre eles, destacam-se os desafios dos processos de descoberta de conhecimento científico que, na maioria das vezes, envolvem mudanças frequentes de requisitos para armazenagem, modelagem e análise de dados. A necessidade de abordar sistemas dinâmicos científicos para tratar complexas aplicações de eScience despertou a comunidade científica para a necessidade de sistemas de software robustos e evolutivos para atender a esses novos desafios. Sistema dinâmico é um arcabouço matemático clássico para representar fenômenos que evoluem no tempo e que são de grande interesse na ciência. Neste projeto, nosso principal objetivo é desenvolver modelos computacionais e metodologias para apoiar as aplicações e-Science. Nossa pesquisa fundamental cobre três principais áreas: armazenagem, modelagem e análise de sistemas dinâmicos. Essas áreas de pesquisa são importantes e relevantes para o Programa e-Science FAPESP já que muitos dos desafios atuais de e-Science estão relacionadas ao tratamento adequado dos sistemas dinâmicos. Assim, pretendemos desenvolver e aplicar metodologias computacionais que irão facilitar o desenvolvimento de aplicações e-Science contribuindo assim para a melhoria do conhecimento científico mundial, respeitando as restrições legais e éticas na gestão de dados.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Ariane Machado Lima - Integrante / João Eduardo Ferreira - Coordenador. Membro: Ariane Machado Lima.
2.	2016-2019. Identificacao das vias direta e indireta da inibicao da glicogenio sintase kinase 3B pelo litio em cultura de neuronios Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador / Vanessa de Jesus Rodrigues de Paula - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Helena Paula Brentani.
3.	2016-Atual. Instituto Nacional de Ciencia e Tecnologia do Bioetanol - INCT 2014 Descrição: O INCT do Bioetanol é um programa vinculado ao CeProBio (Centro de Processos Biológicos e Industriais para Biocombustíveis), um projeto que está em desenvolvimento com colaboração da União Européia dentro do Framework Program 7 (FP7). A informação da ciência de base produzida pelos diferentes laboratórios dentro das Universidades é conectada aos centros de desenvolvimento de tecnologias, como o CETENE (Centro de Tecnologia do Nordeste), Embrapa Bioenergia e CTBE (Laboratório Nacional de Ciência e Tecnologia do Bioetanol). O INCT do Bioetanol é aberto à colaborações com indústrias e espera transferir as informações científicas com rapidez para que possamos alcançar a sustentabilidade o mais breve possível.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (20) / Mestrado acadêmico: (15) / Doutorado: (20) . Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Membro: Marcos Silveira Buckeridge.
4.	2016-2017. Investigacao de Biomarcadores Genomicos para Aplicacao Clinica no Cancer de Prostata Descrição: O câncer de próstata é caracterizado por alta incidência, grande variabilidade no período de latência e prognóstico incerto. Além disto, o screening sanguíneo por PSA resulta em excesso de diagnóstico, sendo que muitos pacientes não apresentam doença clinicamente significativa. Atualmente, o tratamento inicial baseia- se em nomogramas preditivos que relacionam achados histopatológicos detalhados com dados clínicos, definindo um escore de risco global. Até a presente data, não existem biomarcadores que permitam determinar com confiança, a partir de biópsias prostáticas, quais tumores de risco intermediário permanecerão indolentes e quais serão mais agressivos. Dados recentes de nosso grupo de pesquisa sugerem que tumores com pior prognóstico apresentam tanto deleção do gene PTEN quanto presença do gene de fusão TMPRSS2-ERG, além de CNVs recorrentes que afetam outras regiões do genoma. O objetivo do projeto, utilizando uma amostra de 150 casos de câncer de próstata com seguimento clínico conhecido, é identificar novos biomarcadores genéticos que permitam melhor avaliação prognóstica individual. A primeira etapa inclui seleção de casos que apresentam os biomarcadores PTEN e TMPRSS2-ERG combinando as técnicas de FISH, imunohistoquímica e análise de mutação. A seguir, a técnica de array-CGH será aplicada para comparar o perfil global de CNVs em tumores que apresentam os biomarcadores PTEN e TMPRSS2-ERG com os tumores sem qualquer dessas alterações. Análise bioinformática permitirá a seleção de genes candidatos diretamente relacionados com as regiões de CNV em comum neste subgrupo de tumores associados à câncer avançado e com progressão da doença. Esses genes formarão um painel de sondas de FISH altamente informativo para avaliação prognóstica do tumor. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Silvana Giuliatti - Integrante / Jeremy A. Squire - Coordenador / Alfredo Ribeiro da Silva - Integrante / Fabiano Pinto Saggioro - Integrante / Rodolfo Borges dos Reis - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Silvana Giuliatti.
5.	2016-2017. Investigacao de Biomarcadores Genomicos para Aplicacao Clinica no Cancer de Prostata Descrição: O câncer de próstata é caracterizado por alta incidência, grande variabilidade no período de latência e prognóstico incerto. Além disto, o screening sanguíneo por PSA resulta em excesso de diagnóstico, sendo que muitos pacientes não apresentam doença clinicamente significativa. Atualmente, o tratamento inicial baseia- se em nomogramas preditivos que relacionam achados histopatológicos detalhados com dados clínicos, definindo um escore de risco global. Até a presente data, não existem biomarcadores que permitam determinar com confiança, a partir de biópsias prostáticas, quais tumores de risco intermediário permanecerão indolentes e quais serão mais agressivos. Dados recentes de nosso grupo de pesquisa sugerem que tumores com pior prognóstico apresentam tanto deleção do gene PTEN quanto presença do gene de fusão TMPRSS2-ERG, além de CNVs recorrentes que afetam outras regiões do genoma. O objetivo do projeto, utilizando uma amostra de 150 casos de câncer de próstata com seguimento clínico conhecido, é identificar novos biomarcadores genéticos que permitam melhor avaliação prognóstica individual. A primeira etapa inclui seleção de casos que apresentam os biomarcadores PTEN e TMPRSS2-ERG combinando as técnicas de FISH, imunohistoquímica e análise de mutação. A seguir, a técnica de array-CGH será aplicada para comparar o perfil global de CNVs em tumores que apresentam os biomarcadores PTEN e TMPRSS2-ERG com os tumores sem qualquer dessas alterações. Análise bioinformática permitirá a seleção de genes candidatos diretamente relacionados com as regiões de CNV em comum neste subgrupo de tumores associados à câncer avançado e com progressão da doença. Esses genes formarão um painel de sondas de FISH altamente informativo para avaliação prognóstica do tumor. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Silvana Giuliatti - Integrante / Jeremy A. Squire - Coordenador / Alfredo Ribeiro da Silva - Integrante / Fabiano Pinto Saggioro - Integrante / Rodolfo Borges dos Reis - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Silvana Giuliatti.
6.	2016-2018. Metodos estatisticos para grafos com aplicacoes em ciencias da vida. Descrição: Recentemente tem sido demonstrado que as estruturas da rede funcional do cérebro e das redes regulatórias de genes são mais adequadas para caracterizar os estados do organismo biológico do que a análise individual de suas partes. Além disso, é sabido que tais redes não são exatamente iguais mesmo entre indivíduos do mesmo grupo devido a variabilidade intrínseca. Assim, métodos tradicionais de Ciência da Computação que comumente buscam por padrões bem estabelecidos ou isomorfismo se tornam infrutíferos na análise dessas redes. Para contornar esse problema, se torna crucial o desenvolvimento de métodos estatísticos para grafos. A fim de construir uma ponte entre teoria dos grafos e estatística, nós investigamos as propriedades espectrais dos grafos aleatórios. É sabido que diversas propriedades estruturais de um grafo aleatório, como número de caminhos, diâmetro e cliques podem ser descritos pelo seu espectro. Em Takahashi et al (2012), nós analisamos o espectro dos grafos e introduzimos métodos estatísticos em grafos para (i) seleção de modelos, (ii) estimador de parâmetros e (iii) um teste de hipótese para discriminar duas amostras de grafos. Aqui, propomos desenvolver métodos para generalizar o teste de hipótese de Takahashi et al. para mais de dois conjuntos, identificar correlação e fluxo de informação entre grafos e aplicá-los tanto em dados genéticos como de neuroimagem.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Coordenador / Masao Nagasaki - Integrante / Alexandre Galvao Patriota - Integrante / Joao Ricardo Sato - Integrante / Daniel Yasumasa Takahashi - Integrante / Koichi Sameshima - Integrante / Asuka Nakata - Integrante / Edgard Morya - Integrante. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Andre Fujita.
7.	2016-2018. O transcritoma antisense da Archaea halofilica Halobacterium salinarum Descrição: A hipótese da transcrição pervasiva, onde todo o DNA de um organismo está associado a pelo menos um transcrito, tem se fortalecido com a aquisição massiva de dados de transcritoma. Uma questão importante que surge neste contexto é a funcionalidade e regulação desses transcritos na rede de regulação gênica de um dado organismo, principalmente de transcritos antisense a genes anotados. Neste projeto de pesquisa, utilizaremos a archaea halofílica Halobacterium salinarum NRC-1 como um modelo para estudo do transcritoma antisense de archaeas e da sua influência na regulação pós-transcricional. Membro do terceiro domínio da vida, este microorganismo com características bioquímicas únicas tem sido utilizado como modelo em Biologia Sistêmica, com redes de regulação gênica construídas focados em genes que codificam proteínas. Neste projeto, utilizaremos abordagens experimentais associadas a utilização de ferramentas de bioinformática para identificar com precisão o transcritoma antisense de H. salinarum, estudar a sua regulação mediante estresses ambientais e a influência de RNAses. A integração de dados em larga escala utilizando abordagens de Biologia Sistêmica deverão permitir a formulação de hipóteses a respeito de RNAs antisense específicos que serão validadas experimentalmente através da superexpressão desses RNAs e avaliação fenotípica. Assim, este projeto deverá contribuir para a compreensão da rede de regulação gênica pós-transcricional em archaeas, consolidando a utilização de abordagens sistêmicas para elucidar a ainda incipiente biologia do terceiro domínio da vida.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (3) . Integrantes: Tie Koide - Integrante / Vencio, R. Z. N. - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Tie Koide.
8.	2016-2017. Projeto em colaboracao internacional: Catedra franco-brasileira Levi-Strauss "Building-up an international laboratory in Structural Bioinformatics" Descrição: Processo USP 16.1.481.1.4. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Catherine Etchebest - Integrante. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Cooperação. Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
9.	2016-2018. Projeto em colaboracao internacional: Understanding CaPP Deposition Disease (Pseudogout); Molecular Modeling & Simulation Descrição: Projeto de pesquisa em colaboração. Coordenadores (PIs): Fernando Luís Barroso da Silva (FCFRP/USP), Erik E. Santiso (NCSU/EUA) e Richard Sears (Surrey/Inglaterra) 2015 UGPN Research Collaboration Fund. Julho/2016 a Junho/2018. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (4) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Erik E. Santiso - Integrante / Keith E. Gubbins - Integrante / richard Sears - Integrante. Financiador(es): The University Global Partnership Network - Cooperação. Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
10.	2016-2019. Projeto individual - Mecanismos moleculares de origem eletrostatica responsaveis pela complexacao de proteinas Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
11.	2016-2016. Projeto internacional em colaboracao (Prof. Visitante): Development of fast constant-pH simulation methods for application in food and pharma Descrição: Colaboração com os Profs. Dr. Vladmir Lobaskin e Donal MacKernan [Recursos CECAM-IR e UCD Seed Funding program].. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Donal MacKernan - Integrante / Vladmir Lobaskin - Integrante. Financiador(es): University College Dublin - Auxílio financeiro. Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
12.	2016-Atual. Projetos em colaboracao internacional: Large-scale bio and materials modeling across spatial and temporal scales Descrição: SNIC 2015/10-6 SNIC 2017/11-14 SNIC 2018/1-25 SNIC 2019/1-32 SNIC 2020/14-38 SNIC 2021/3-6 SNIC 2022/5-601 Vários projeto coordenados pelo Prof. Aatto Laaksonen (PI), submetidos anualmente. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Integrante / Aatto Laaksonen - Coordenador / Francesca Mocci - Integrante / Andrei Neamtu - Integrante. Financiador(es): Swedish National Infrastructure for Computing - Outra. Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
13.	2016-2020. Storage, Modeling and Analysis of Dynamical Systems for e-Science Applications. Descrição: The astonishing fast rate of technology evolution has given rise to a new era of scientific knowledge discovery. This new age of science, known as e-Science, is described as the new great computational and multidisciplinary team science requiring novel methodologies for data storage, modeling and analysis. In particular, the development of transactional and analytical software systems for e-Science applications when viewed from a dynamic systems perspective, presents a number of new computational challenges. Among them are the scientific knowledge discovery processes, which involve frequent changes of requirements for data storage, modeling and analysis. The need to address scientific dynamic systems in order to cope with complex applications of e-Science has woken up the scientific community for the development of robust and evolutionary software systems to meet these new challenges. Dynamical system is the classical mathematical formalism to represent phenomena that evolute with time, which are of great interest in science. In this project, our main goal is to develop computational models and methodologies to support e-Science applications viewed as dynamic systems. Our fundamental research covers three key research areas, namely storage, modeling, and analysis of dynamic systems. These research areas are significant and relevant to the FAPESP e-Science Program since many of the present e-Science challenges are related to the proper treatment of dynamic systems. Hence, we plan to develop and apply computational methodologies that will ease the development of e-Science applications, thereby contributing to the improvement of worldwide scientific knowledge, while respecting legal and ethical restrictions in data management.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Joao Eduardo Ferreira.
14.	2016-Atual. Systems analysis of adult and pediatric responses to the VSV-ZEBOV Ebola vaccine Descrição: The VSV-EBOPLUS collaborative research project is aimed to decipher the immune and molecular signatures of adult and pediatric responses elicited by the rVSVrG-ZEBOV-GP vaccine, the only Ebola vaccine with demonstrated 100% protective efficacy in humans. VSV-EBOPLUS will apply advanced cutting-edge technologies and systems vaccinology approaches to characterize the signatures of the responses to rVSVrG-ZEBOV-GP vaccination in clinical studies conducted in three different continents (Europe, Africa, US), in almost 1?000 adults, adolescents and children. VSV-EBOPLUS is a public-private consortium of 11 partners from 8 different countries involving experts from academic and research institutions, clinical sites (Switzerland, Gabon, USA) and the rVSVrG-ZEBOV-GP vaccine manufacturer. The project, of the duration of 5 years, has a total budget of more than ?15 million, and it is funded by the Innovative Medicines Initiative 2 (IMI 2) Joint Undertaking.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador / Donata Medaglini - Integrante / Claire-Anne Siegrist - Integrante / Selidji Agnandji - Integrante / Michael Eichberg - Integrante / Ali Harandi - Integrante / Tom Ottenhoff - Integrante. Financiador(es): Innovative Medicines Initiative - Auxílio financeiro. Membro: Helder Takashi Imoto Nakaya.
15.	2016-2022. The role of Gametogenesis on the Origin and Evolution of New genes Descrição: Resumo em InglêsNew genes are frequently formed during evolution in a wide variety of organisms playing a key role in the emergence of novel traits. Recently, studies have shown that new genes can quickly assume critical roles in developmental pathways by producing essential structures. Despite their importance, new genes are still seriously under-characterized in functional studies and inconsistently annotated in large-scale genome projects. Hence, biased estimations of gene gain and loss prevent us to establish how mutational processes and selective forces contribute to the source of new genes. Therefore, determining relations between genotype and phenotype in the emergence of a new gene requires current researches to apply a biological developmental system approach and perspective. Gametogenesis is a system of great importance for survival and evolution of species that varies temporally with the development and has a profound impact on new genes. Spermatogenesis, the male gametogenesis, provides half of the raw genetic material for the next generation and is enriched with new genes expression. The main goal of this project is to study processes and evolutionary forces determinant for evolution and origin of new genes. To achieve this goal, I will: 1- investigate the role of mutation and selective processes in the Drosophila and mammal spermatogenesis impacting new gene evolution; 2: take advantage of gametogenesis gene expression to generate unbiased rates of gene origin in Drosophila; 3- investigate new gene origination associated with sex chromosome evolution. I expect that the systems biology approach in an integrated framework will help understand trajectories of new gene origination and its impact in genome evolution, speciation and phenotypic consequences.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) . Integrantes: Maria Dulcetti Vibranovski - Coordenador / Manyuan Long - Integrante / Timothy L Karr - Integrante / Antonio Bernardo de Carvalho - Integrante / Yong E Zhang - Integrante / Julia Raices - Integrante / Bernado Lemos - Integrante / Gabriel N R Goldstein - Integrante / Camila Avelino - Integrante / Carolina Mendonca - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Maria Dulcetti Vibranovski.

2015

1.	2015-2015. Analise Integrada de Alteracoes Transcricionais e Somaticas em Tumores Pancreaticos Descrição: Atividade de cooperação internacional no laboratório do Dr. Paul Boutros no Ontario Institute for Cancer Research (OICR) com bolsa da CAPES na modalidade Estágio Sênior com vigência de bolsa de 01/09/2015 a 30/09/2015 (Proc. 99999.005764/2015-07). Durante o estágio foram discutidas estratégias para a análise de dados genômicos de tumores pancreaticos gerados no IQ-USP e sua integração com dados gerados pelo International Cancer Genomic Consortium, com participação de pesquisadores do OICR. Durante a vista foi feito o planejamento do curso teórico-prático de pós-graduação "Introduction to Genomics Informatics" que foi ministrado na USP entre os dias 19 e 22 de outubro de 2015 pelo Dr. Boutros e colaboradores do OICR.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: Eduardo Moraes Rego Reis - Integrante / Reis, Eduardo M - Coordenador / Paul Boutros - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Cooperação. Membro: Eduardo Moraes Rego Reis.
2.	2015-2020. Atividade de Proteinas Fosfatases de Dupla Especificidade (DUSPs) no Controle da Ativacao de MAP quinases: Impacto na Reprogramacao Metabolica do Adenocarcinoma Ductal Pancreatico Descrição: O adenocarcinoma ductal pancreático (ADP) é um tumor maligno, com prognóstico altamente desfavorável, e que representa a oitava causa de morte relacionada ao câncer no mundo. O elevado índice de mortalidade deste tumor ocorre principalmente devido à falta de sintomas e/ou marcadores moleculares que viabilizem o diagnóstico precoce. Além disso, o ADP exibe um grande potencial invasivo e metastático o que leva à refratariedade a uma variedade de agentes quimioterápicos. Diante desse cenário, a sobrevida global em cinco anos é de apenas 5%. O potencial maligno e agressivo do ADP é promovido, especialmente, pela ativação do oncogene KRAS. Este gene desencadeia a atividade de inúmeras vias de sinalização que controlam mecanismos essenciais envolvidas com a progressão tumoral como a proliferação e sobrevivência celular, evasão da apoptose, metabolismo, controle do estresse oxidativo, entre outras. Além de impulsionar a proliferação celular descontrolada, a proteína oncogênica KRAS também é uma das principais responsáveis pelo controle da ativação da glicólise e da reprogramação metabólica singular das células tumorais pancreáticas. Curiosamente, estudos recentes sugerem que os maiores ajustes na reprogramação metabólica desencadeada pela atividade de KRAS é mediada pela atividade das MAP quinases (MAPKs). As MAPKs coordenam complexas redes de sinalização e por isso são precisamente reguladas por mecanismos de feedback exercidos pela atividade de proteínas fosfatases. Uma das principais classes de fosfatases é representada por enzimas fosfatases de dupla especificidade (DUSPs). As DUSPs são intensamente reguladas em células de ADP, no entanto, as evidências em relação ao seu papel oncogênico ou de supressão tumoral ainda são controversas. Tendo em vista tais considerações, este projeto visa investigar a atividade regulatória de fosfatases DUSPs e o seu impacto na reprogramação metabólica e na progressão tumoral de células de adenocarcinoma pancreático. Uma investigação detalhada do papel de enzimas DUSPs no controle de ativação de vias MAPKs pode fornecer informações cruciais a respeito da biologia do adenocarcinoma pancreático e aprimorar o entendimento de mecanismos complexos de regulação da sinalização oncogênica. Além disso, Essa nova abordagem de investigação pode fornecer informações importantes acerca da biologia tumoral e com isso viabilizar a descoberta de marcadores de diagnóstico e principalmente novos alvos terapêuticos para o tratamento deste tumor altamente refratário e letal. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Silvana Giuliatti - Integrante / Vitor Marcel Faça - Integrante / Vanessa da Silva Silveira - Coordenador / José Sebastião dos Santos - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Silvana Giuliatti.
3.	2015-2015. Auxilio vinda de Pesquisador Visitante: Hofmeister Challenges in Protein Science: A biomimetic approach Descrição: Programas Regulares / Auxílios a Pesquisa / Vinda de Pesquisador Visitante / Visitante do Exterior (Beneficiado Prof. Dr. Mathias Boström) - Vigência de abril a junho/15 Proc. Fapesp 2014/23394-7. Situação: Desativado; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Mathias Bostrom - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
4.	2015-2016. Compreendendo a estrutura de parede celular e a hidrolise de duas culturas bioenergeticas C4 para melhorar o etanol de segunda geracao no Brasil Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Marcos Silveira Buckeridge.
5.	2015-2017. Deteccao de Multieventos em Fontes de Dados Ativas e Altamente Heterogeneas Descrição: A Internet tem tratado várias fontes de dados ativas e altamente heterogêneas permitindo novas aplicações e acesso a informações valiosas. Duas dimensões da heterogeneidade têm dificultado o acesso pleno e crescente de novas informações. A primeira dimensão é a enorme variedade de fontes de dados e conteúdo incluindo seu formato e estrutura. A segunda dimensão é o crescimento exponencial das fontes de dados ativas e inteligentes, como smartphones, que geram muitos tipos de dados com mais de 20 sensores físicos e com enorme variedade nas mídias sociais. Assim, propomos uma pesquisa para a integração de fontes de dados ativas e altamente heterogêneas para detectar multieventos. Multieventos são sequências de eventos que terminam em um evento principal. Exemplos de multieventos incluem desastres naturais, tais como desliza-mentos de terra e desastres nucleares. Primeiro, vamos construir ferramentas de software para apoiar dois tipos de alta heterogeneidade: fontes mutáveis e muitas fontes de multimídia não-estruturadas incluindo mídia social em línguas estrangeiras. Em seguida vamos utilizar esses conceitos e ferramentas em aplicações para mostrar sua viabilidade e avaliar a sua eficácia.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador / Calton Pu - Integrante. Financiador(es): CAPES - Centro Anhanguera de Promoção e Educação Social - Auxílio financeiro. Membro: Joao Eduardo Ferreira.
6.	2015-Atual. Identificacao de RNAs circulares em Archaea Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Tie Koide - Coordenador / Ricardo Vêncio - Integrante. Número de orientações: 1 Membro: Tie Koide.
7.	2015-2016. Modelagem e Analise In Silico das Variantes Europeias da Proteina E6 do Papilomavirus Humano Tipo 16 Descrição: O câncer cervical é a segunda maior neoplasia registrada, atingindo mulheres em todo mundo e a oncopatologia mais estudada associada ao Papilomavirus Humano (HPV). A Região Precoce E do genoma viral tem a função de codificar seis proteínas não estruturais e, dentre elas, ressaltaremos a importância da oncoproteína E6 do HPV tipo 16 de alto risco oncogênico devido à sua função de estimular a proliferação e transformação celular. O HPV está presente em praticamente 100% dos casos de câncer cervical, com prevalência do tipo 16 que, sozinho, representa até 70% de todos os casos de câncer cervical em todo o mundo. A substituição pontual de nucleotídeos (SNP) ao longo de todo gene do vírus deu origem a variantes virais como as variantes Européias da E6 do HPV tipo 16, mais comumente encontradas e relacionadas ao câncer cervical. Na ultima década, vários estudos investigaram a relação de SNP na E6 e sua relação com o aumento da oncogenicidade do vírus, emergindo a oncoproteína E6 como potencial alvo terapêutico. Apesar de haver vacina, a adesão e acessibilidade a ela é muito pequena, sendo necessário o desenvolvimento de tratamentos mais eficientes para a infecção pelo vírus e controle da oncogenicidade mediada pelo HPV. Para isso é necessário o conhecimento e compreensão estrutural da proteína. Este projeto terá como objetivo modelar e analisar a estrutura tridimensional das variantes Européias causadoras de três mutações pontuais mais comuns da oncoproteina E6 presentes no HPV do tipo 16 de alto risco, com o objetivo de verificar se existe relação entre possíveis diferenças estruturais e potencial oncogênico das variantes. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Silvana Giuliatti - Coordenador / Elvira Regina Tamarozzi - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Silvana Giuliatti.
8.	2015-2017. O efeito do Programa de Visitacao para Jovens Gestantes sobre o desenvolvimento infantil: um estudo piloto Descrição: Programas de visitas domiciliares para gestantes com foco no aprimoramento das relações mãe-bebê têm recebido grande atenção nos últimos 30 anos em todo o mundo. Estes programas são considerados uma estratégia importante para melhorar a saúde da mãe no pré-natal, as condições de nascimento da criança e as ferramentas que os pais possuem para cuidar e estimular seu bebê adequadamente, desta forma promovendo a saúde e o desenvolvimento inicial da criança que influenciará de forma importante o seu desenvolvimento físico, emocional e cognitivo futuro. Objetivos. O ?Programa de Visitação para Jovens Gestantes? tem como objetivo promover o desenvolvimento saudável intrauterino e do bebê nos primeiros meses de vida em uma população de alto risco. Métodos. Sessenta gestantes jovens com idade entre 14 e 20 anos, serão aleatoriamente alocadas para o grupo de visitação ou para acompanhamento pré-natal e de puericultira habitual. O Programa de visitação foi desenvolvido a partir das teorias da auto-eficácia (baseada na teoria de Albert Bandura); bioecológica de Urie Brofenbrenner, que reconhece a importância da inserção dos indivíduos e das famílias nos diversos contextos da vida em sociedade; do apego (baseada nas teorias de John Bowlby e Mary Ainsworth), com os princípios de que os enfermeiros irão abordar aspectos relacionados ao cuidado da saúde, saúde ambiental, desenvolvimento do curso de vida e da parentalidade, vínculo mãe-bebê e desenvolvimento social e cognitivo da criança. As visitas ocorrerão a partir da identificação da gestação até o 12º mês de vida da criança. Avaliações de características emocionais, cognitivas, comportamentais das gestantes e da criança, medidas hormonais e genéticas da mãe, pai, placenta e sangue do cordão umbilical e avaliação eletroencefalográfica das crianças serão realizadas. Perspectivas. Como uma proposta de intervenção que testa pela primeira vez no Brasil uma estratégia de prevenção comprovadamente eficaz em outros contextos, ele pode pavimentar o caminho para a implementação do programa em larga escala no Brasil. Ao mesmo tempo, o projeto tem como objetivo a descoberta de processos subjacentes aos estímulos ambientais e sociais positivos promovidos pela intervenção, esclarecendo assim os mecanismos envolvidos no neurodesenvolvimento saudável.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Integrante / Guilherme Polanczyk - Integrante / Euripedes Constantino Miguel - Coordenador / Alicia Matijasevich - Integrante / Aloísio Souza Felipe da Silva - Integrante / Angélica Braz Simões - Integrante / Anna Maria Chiesa - Integrante / Bacy Bylik - Integrante / Carlos Tadashi Yoshizaki - Integrante. Financiador(es): Grand Challenges Canada - Auxílio financeiro / Fundação Maria Cecília Souto Vidigal - Auxílio financeiro. Membro: Helena Paula Brentani.
9.	2015-2018. O Sistema de Secrecao do tipo VI de Xanthomonas citri pv citri: funcao, regulacao e substratos secretados Descrição: Os sistemas de secreção do tipo VI (SSVI) de bactérias são complexos proteicos que atravessam o envelope bacteriano, promovendo a translocação de proteínas para o interior de células-alvo. Os SSVI foram descobertos recentemente e diversos estudos sobre a estrutura do complexo de proteínas e seu mecanismo de ação demonstram semelhanças com a maquinaria de injeção de DNA nas células bacterianas por bacteriófagos, especialmente o fago T4. Os SSVI exercem papel essencial na virulência em espécies de bactéria e podem atuar também na competição entre micro-organismos, secretando toxinas para bactérias vizinhas e aumentando o fitness da espécie que os possui. A infecção de citros por Xanthomonas citri pv citri (Xac) causa o cancro cítrico, doença responsável por grandes prejuízos à agricultura no Brasil. O genoma de Xac codifica um SSVI completo, dividido em dois grupamentos gênicos, separados por 10 genes. Este projeto visa a realizar um estudo funcional do SSVI de Xac, utilizando técnicas de genética bacteriana e biologia molecular. Para isso, cepas mutantes em genes essenciais do SSVI serão caracterizadas fenotipicamente e a expressão de genes que codificam seus componentes será analisada em diferentes condições. A identificação de substratos do SSVI será realizada pela análise do secretoma de cepas que apresentam atividade alterada de seus componentes. Dois fatores sigma alternativos codificados por genes localizados entre os dois grupamentos gênicos do SSVI também serão caracterizados, através de análise por transcriptoma de cepas que expressam altos níveis destas proteínas regulatórias e estudos fenotípicos de cepas mutantes. Os resultados obtidos contribuirão para a compreensão dos mecanismos de atuação dos SSVI e da fisiologia e patogenicidade de Xac.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tie Koide - Integrante / Cristina Elisa Alvarez Martinez - Coordenador / Ana Stella Menegon Degrossoli - Integrante. Membro: Tie Koide.
10.	2015-Atual. Projeto em colaboracao internacional: Toward a faithful description of biomolecules: Integrating electrostatics and ions in RNA and protein coarse-grained models and applications to RNA/protein regulatory complexes Descrição: ?Vers une description réaliste de biomolécules :Intégration de l?électrostatique et des ions dans des modèles gros ?grains pour les ARN et les protéines et applications à des complexes régulateurs ARN/protéines? - Projeto de pesquisa em colaboração. Coordenadores (PIs):Philippe Derreumaux (Université Paris Diderot/França), Samuela Pasquali (Université Paris Diderot/França) e Fernando Luís Barroso da Silva (FCFRP/USP). Colaboradores: Aatto Laaksonen (SU/Suécia) Ministério da pesquisa francesa ? Edital Sorbonne Paris Cité 2015. [http://www.sorbonne-paris-cite.fr/index.php/fr/component/simpledownload/?task=downloadfileid=IDIwMTQwOTEwLXLDqXN1bHRhdHNfYWFwX2JyZXNpbC5wZGY%3D]. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Integrante / Samuela Pasquali - Integrante / Philippe Derreumaux - Coordenador. Financiador(es): Universidade Sorbonne Paris Cité - Cooperação. Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
11.	2015-2016. Sequenciamento, Anotacao e Analise do genoma completo de Mycobacterium bovis cepa SP38 Descrição: Mycobacterium bovis é mundialmente conhecido por causar tuberculose bovina, uma doença de notificação obrigatória pela OIE (World Organisation for Animal Health), responsável por grandes perdas econômicas na pecuária. É uma enfermidade de caráter infecto-contagiosa, transmitida por aerossóis, contato físico, consumo de leite não pasteurizado e carne in natura e pode acometer diversos animais domésticos e silvestres além de seres humanos. No Brasil, a última avaliação do programa nacional de controle e erradicação da brucelose e tuberculose animal (PNCEBT) indicou uma baixa, mas heterogênea, prevalência de tuberculose bovina (~1,3%). Por outro lado, a prevalência da infecção por M. bovis em humanos é desconhecida. Para melhor compreender a manutenção da bactéria nas diversas populações e a transmissão envolvendo animais domésticos, selvagens e seres humanos é necessário compreender o metabolismo e mecanismos de patogenicidade e virulência de isolados nacionais de M. bovis. O presente estudo tem como objetivo seqüenciar e anotar o genoma completo da cepa nacional de M. bovis SP38 isolada do pulmão de um bovino infectado e compará-la à cepas internacionais de M. bovis depositadas em bancos de dados públicos. Espera-se que as informações obtidas nesse trabalho contribuam para o programa de controle e erradicação da doença.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Ana Marcia de Sá Guimarães - Integrante / Paulo Brandão - Coordenador / ZIMPEL, CRISTINA KRAEMER - Integrante / HEINEMANN, MARCOS BRYAN - Integrante / FERREIRA NETO, JOSÉ SOARES - Integrante. Financiador(es): CAPES-CNPQ, Programa Jovens Talentos, Ciências Sem Fronteiras - Auxílio financeiro. Membro: Ana Marcia de Sa Guimaraes.
12.	2015-2017. Systems biology of typhoid fever: Unravelling regulation of human host-responses to infection with Salmonella Typhi and live oral vaccination Descrição: Systems biology of typhoid fever: Unravelling regulation of human host-responses to infection with Salmonella Typhi and live oral vaccination. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador / Andrew Pollard - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Cooperação. Membro: Helder Takashi Imoto Nakaya.
13.	2015-2019. The use of modern autopsy techniques to investigate human diseases Descrição: Ao longo de toda a história, desde os primeiros estudos anatômicos conhecidos na Idade Média até o uso de modernas técnicas moleculares para o estudo de processos fisiopatológicos, a autópsia mostrou ser um processo importante e fonte de muito material para o avanço do conhecimento científico. Apesar do surgimento de um amplo conjunto de técnicas de imagem vários estudos têm demonstrado que a autópsia continua a ser crucial para a avaliação integrada do processo de doença, a avaliação de novas patologias e controle de qualidade do serviço médico. Neste projeto objetiva-se empregar novas técnicas apoiada pelos serviços computacionais tanto para controle operacional como análise de dados.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Doutorado: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Paulo Hilário Nascimento Saldiva - Coordenador / Antonio Carlos Pedroso de Lima - Integrante / Julio da Motta Singer - Integrante. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Joao Eduardo Ferreira.

2014

1.	2014-2019. ?CONSEQUENCIAS DE DEFICIENCIAS DE REPARO DE LESOES NO GENOMA.? CORE GENOME Descrição: The genetic material is under constant assault from the environment or by-products of cell metabolism, inducing damage in the DNA molecule. Cells exhibit several responses, which protect from these lesions, including removal by DNA repair mechanisms, or DNA damage tolerance, where the genetic material can be replicated or transcribed, despite the damage. Our group has been working on scientific questions that try to understand how these mechanisms and cellular responses operate maintaining genomic stability, as well as what are the consequences of unrepaired DNA damage for cells and organisms. The importance of these systems for cell function is attested by the high degree of evolutionary conservation and, in humans, dramatically illustrated by genetic syndromes related to defects in DNA repair mechanisms or impairment of responses to DNA injuries. These defects result in clinical phenotypes such as high frequency of carcinogenesis, development problems, neurodegeneration and premature aging. Thus, an important part of this project focus studies in human cells, especially those derived from patients with deficiencies in DNA repair mechanisms, such as xeroderma pigmentosum (XP), Cockayne syndrome (CS), trichothiodystrophy (TTD), and other syndromes identified more recently. In one of the subprojects, we propose to investigate the damaging effects of the UV components of sunlight. The mechanism of DNA damage formation by UVA irradiation, for example, is not fully understood, nor the cellular responses to these lesions, especially in relation to death or mutagenesis. Given the importance of oxidative processes in the generation of cellular endogenous damage, the different types of cell death induced by oxidative stress will be investigated in cells with different defects in DNA repair, searching cellular different responses, that may mimic the different clinical phenotypes observed in patients with neurodegeneration/premature aging. In this project we also intend to investigate the cellular processes that allow the replication of damaged genome. Approaches of next-generation sequencing (NGS) are proposed for studies of mutagenesis and also the identification of mutations and molecular diagnosis of Brazilian patients with XP or other DNA repair related diseases. These studies can provide interesting data on the causes of certain clinical phenotypes, and help patients and their families, with the recognition of the disease, made possible by the molecular diagnosis. XP patients include those from the region of Goiás, due to the high frequency of XP patients observed in Faina, where the incidence is the highest in the world due to geographical isolation and consanguineous marriage. Yet, this project also intends to study how human cells respond to anti-tumor chemotherapeutic agents, aiming to understand the repair mechanisms involved in the repair of DNA damage induced by them and seeking alternative therapies that may enhance the fight against cancer. Finally, we also plan to study genes related to DNA repair in bacteria of basic (Caulobacter crescentus) or medical (Pseudomonas aeruginosa) interest. In the first case, it is an excellent model for studies of bacterial genetics, and we will continue to identify the function of new genes involved in the response to DNA damage. With the model of P. aeruginosa, we aim to investigate the involvement of DNA repair and damage tolerance genes in the responses to antimicrobial compounds, as well as mutagenesis that leads to the emergence of antibiotic resistance.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Carlos Frederico Martins Menck - Coordenador / Carlos F. M. Menck - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Carlos Frederico Martins Menck.
2.	2014-2016. A Funcao do Gene AIRE e de microRNAs no Controle da Adesao de Celulas Timicas Epiteliais Medulares com Timocitos Descrição: O timo desempenha seu papel na indução da tolerância imunológica central aos antígenos relacionados aos tecidos próprios (TRAs) sendo que na medula desse órgão, nas células tímicas medulares epiteliais (mTECs) ocorre a expressão de centenas desses TRAs que, por sua vez, representam virtualmente todos os órgãos e tecidos do corpo. Devido à diversidade de representação, este fenômeno foi chamado de expressão gênica promíscua (PGE) a qual é em grande parte controlada pelo gene Autoimmune regulator (Aire). A seleção negativa de timócitos auto reativos é essencial para que ocorra a tolerância imunológica. Os timócitos oriundos da medula óssea migram para o timo e na medula desse órgão, interagem com as células mTEC que expressam os TRAs (adesão mTECs-timócitos). Os clones de timócitos que reconhecem com avidez os TRAs apresentados pelas mTECs via MHC-II são então eliminados por apoptose (seleção negativa). Como o gene Aire controla parte da PGE/TRAs, presume-se que a ação deste gene deve influenciar a adesão mTECs-timócitos e indiretamente a apoptose dos timócitos (seleção negativa). Como este ponto é ainda elusivo, formulamos as seguintes hipóteses deste projeto: 1) A expressão do gene Aire influencia a adesão mTECs-timócitos e consequentemente a apoptose de timócitos, 2) Os microRNAs (miRNAs) controlam o processo de adesão mTECs-timócitos, 3) Os miRNAs controlam a expressão de TRAs, 4) Os miRNAs controlam a expressão do gene Aire. Nosso objetivo geral é estudar o controle transcricional de TRAs exercido por Aire em mTECs e também o controle pós-transcricional exercido por miRNAs e sua consequência na adesão mTECs-timócitos. Recentemente demonstramos que a linhagem de células murinas (M. musculus) mTEC 3.10 (MHCII+, CD80+) expressa em cultura o gene Aire e que esse gene controla, além de um grande conjunto de TRAs, muitos miRNAs. Além disso, essa linhagem é capaz de reproduzir in vitro a adesão mTECs-timócitos. Isso consolida o principal sistema modelo para testarmos essas hipóteses que é o ensaio de adesão mTECs-timócitos. Utilizaremos a técnica de silenciamento in vitro de Aire e da ribonuclease Dicer por meio de siRNA (anulação transitória) e também a seleção de células knockout (KO) por meio da transfecção com um vetor CompoZr-KO-Aire ou -Dicer (anulação permanente). Utilizando as células mTEC 3.10 manipuladas (siRNA/KO Aire e/ou Dicer) testaremos a participação de Aire e/ou de miRNAs no modelo de adesão in vitro. O transcriptoma (mRNAs) e o miRnoma (miRNAs) dessas células serão avaliados por meio de microarrays na tentativa de identificarmos genes de TRAs e/ou de moléculas de adesão celular envolvidos. O sequenciamento (next-generation sequencing) será utilizado para avaliar a expressão de isoformas de Aire e também das regiões 3´UTR de TRAs que poderiam anelar (ou não) com miRNAs. Finalmente, para confirmarmos a atuação de miRNAs sobre Aire, faremos uso do sistema modelo luciferase reporter assay com o qual testaremos a hibridização de miRNAs (preditos) na sequencia 3´UTR desse gene. Dessa forma, contribuiremos com melhor entendimento do controle transcricional e pós-transcricional que ocorre durante a adesão mTECs-timócitos, processo essencial para que ocorra a seleção negativa e indução da tolerância central. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Silvana Giuliatti - Integrante / Geraldo Aleixo da Silva Passos Junior - Coordenador / Ernna Hérida Domingues de Oliveira - Integrante / MARITZA QUEIROZ SALAS MOSELLA - Integrante / MIKHAEL HARUO FERNANDES DE LIMA - Integrante / MILENA CHALES PEREIRA - Integrante / NICOLE PEZZI - Integrante. Membro: Silvana Giuliatti.
3.	2014-2017. A-PARADDISE: Anti-Parasitic Drug Discovery in Epigenetics Descrição: Coordenador do WP 3 - Functional characterization and target validation, dentro do projeto em colaboração financiado pela Comunidade Européia, sob coordenação geral de Raymond Pierce, Institut Pasteur de Lille, França.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Sergio Verjovski Almeida - Integrante / Sergio Verjovski-Almeida - Coordenador. Membro: Sergio Verjovski Almeida.
4.	2014-2016. Analise da Desordem Intrinseca da Proteina E6 do Virus do Papiloma Humano (HPV) de Alto e Baixo Risco para o Cancer Cervical Descrição: O câncer cervical é o segundo tipo de câncer mais comum no mundo e, em países em desenvolvimento, ele lidera as causas de mortalidade por câncer em mulheres. O aparecimento do carcinoma cervical invasivo (CCI) está ligado, exceto raras exceções, à infecção persistente pelo papiloma vírus humano (HPV). Na maioria dos casos, a infecção por HPV é assintomática, porém, em uma pequena porcentagem dos indivíduos infectados surgem lesões de graus variados que são as precursoras do carcinoma cervical. Atualmente são conhecidos mais de 100 tipos de HPV sendo que 40 deles infectam o trato genital. Os tipos que infectam o trato genital são divididos em dois grupos, os de baixo e alto risco. Os de baixo risco, normalmente, levam ao aparecimento de verrugas e não causam lesões, (como os tipos 6 e 11). Já os tipos de alto risco podem causar lesões que levam ao surgimento do câncer (como os tipos 16 e 18). A integração do genoma do HPV ao genoma humano é um dos passos fundamentais na carcinogênese. Após a integração, os genes das proteínas E6 e E7 do HPV são superexpressos. Essas oncoproteínas, por sua vez, funcionam como mediadores na formação do câncer levando a imortalização celular. Apesar de muito progresso nos estudos sobre os HPVs de alto risco, ainda não existe uma terapêutica adequada para o tratamento das lesões e câncer causados por este vírus. Este trabalho tem como objetivo entender as diferenças estruturais entre E6 do HPVs de alto e baixo risco, através de análises de Bioinformática, com enfoque na desordem intrínseca associada a esta proteína. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Silvana Giuliatti - Coordenador / Nilson Nicolau Junior - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Silvana Giuliatti.
5.	2014-2020. Bioinformatica, Genomica, e Associados (BIGA) Descrição: O objetivo deste projeto é realizar avanços no estado da arte em biologia computacional1 por meio de trabalho interdisciplinar em projetos biológicos motivadores. Esses projetos têm em comum entre si necessidades sofisticadas de bioinformática; além disso, vários dos temas importantes da biologia computacional aparecem de forma recorrente em muitos desses projetos, permitindo assim uma sinergia na análise dos dados e no desenvolvimento de novas ferramentas. A área científica geral que permeia os projetos motivadores é a área de Ciências Genômicas. Usamos este termo para designar todas as investigações biológicas que dependem direta ou indiretamente do conhecimento do genoma dos organismos de interesse. Recaem portanto nesta definição várias das técnicas conhecidas como ?ômicas?, tais como a genômica, a transcritômica e a proteômica. O advento das tecnologias de sequenciamento de nova geração (NGS) barateou extraordinariamente os custos de sequenciamento, tanto para DNA quanto RNA. Isso abriu novos horizontes de pesquisa em variadas áreas, mas ao mesmo tempo trouxe demandas novas e intensas de processamento computacional, exigindo a adaptação de antigas técnicas e a formulação de novas. É neste contexto que se insere este projeto.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Joao Carlos Setubal - Coordenador / Nalvo Franco de Almeida Jr - Integrante / Jesus Ferro - Integrante / Leandro Moreira - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Membro: Joao Carlos Setubal.
6.	2014-2016. Biologia de Sistemas de Processos Inflamatorios Descrição: As redes gênicas que coordenam os diferentes processos inflamatórios são extremamente complexas e podem envolver centenas de genes. Entender precisamente quais componentes e as interações entre eles relevantes em uma determinada condição inflamatória pode fornecer importantes candidatos a alvos de fármacos, mais específicos e com menos efeitos adversos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (1) . Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador / sandro rogerio de Almeida - Integrante / Dario Simões Zamboni - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Helder Takashi Imoto Nakaya.
7.	2014-2019. Caracterizacao dos mecanismos de acao de RNAs longos nao-codificadores envolvidos nos programas de ativacao genica em celulas humanas Descrição: Projeto temático financiado pela FAPESP. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Sergio Verjovski Almeida - Integrante / Sergio Verjovski-Almeida - Coordenador. Membro: Sergio Verjovski Almeida.
8.	2014-2016. Desenvolvimento de tecnicas estatistico-computationais para construir, modelar e analisar redes biologicas envolvidas em doencas humanas Descrição: O entendimento dos mecanismos geradores das diversas doenças que acometem a humanidade é um dos grandes objetivos das ciências biológicas. Apesar de todos os esforços, o enorme número de fatores heterogêneos que influenciam na gênese de uma doença torna essa tarefa muito árdua. Um dos desafios para o entendimento das doenças está no desenvolvimento de metodologias computacionais para a análise estatística e manipulação de dados gerados em larga escala. Isso se deve principalmente a grande quantidade, heterogeneidade, multidimensionalidade e presença de ruído intrínseco nos dados biológicos. Neste contexto, este projeto de pesquisa tem como objetivo principal o desenvolvimento de técnicas estatístico-computacionais para inferência dos fenômenos que emergem das interações entre os diferentes componentes biológicos envolvidos numa doença. Em outras palavras, desenvolveremos métodos estatísticos formais para grafos (teste de hipóteses, seleção de modelos, estimador de parâmetros) a fim de comparar redes neurais obtidas da modelagem de dados de ressonância magnética funcional, e estrutural e integrar dados de genômica, transcriptoma e fenótipo em câncer. Isso permitirá modelar, integrar e analisar dados biológicos obtidos em diversas colaborações entre nosso grupo e laboratórios de biologia/medicina (Lab. de Regulação de RNAs e micro RNAs em Doenças (Profa. Massirer) e Lab. de Biologia Molecular (Prof. Bengtson), ambos da UNICAMP; dados de ressonância magnética dos grupos do Prof. Sato da UFABC e Dr. Takahashi da Universidade de Princeton) além também de implantar uma linha de pesquisa inédita (análise estatística formal em grafos) tanto no mundo como também no Dept. de Ciência da Computação do IME-USP. Com isso, esperamos auxiliar biomédicos a elucidar os mecanismos biológicos envolvidos em diversas doenças estudadas neste projeto (câncer, doenças cardiovasculares, diabetes e distúrbios do cérebro).. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Coordenador / Katlin Brauer Massirer - Integrante / Alexandre Galvao Patriota - Integrante / Joao Ricardo Sato - Integrante / Daniel Yasumasa Takahashi - Integrante / Mário Henrique Bengtson - Integrante. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Andre Fujita.
9.	2014-Atual. Desenvolvimento de xenotransplantes de tumores pancreaticos humanos para varredura genetica de alvos moleculares com potencial terapeutico Descrição: O adenocarcinoma ductal do pâncreas (Pancreatic Ductal adenocarcinoma - PDAC) está entre as neoplasias mais letais, caracterizada pela ausência de esquemas terapêuticos eficazes além da remoção cirúrgica em estágios iniciais da doença. Neste trabalho iremos rastrear genes essenciais para a sobrevivência do PDAC empregando uma estratégia de silenciamento gênico com short hairpin RNAs (shRNAs), uma classe de RNA de interferência (RNAi). Para isto, células tumorais obtidas de pacientes com PDAC serão expandidas in vivo por meio da geração de xenotransplantes em camundongos severamente imunodeficientes. Culturas primárias derivadas dos xenotransplantes serão utilizadas para o rastreamento de vulnerabilidades genéticas utilizando bibliotecas de RNAi que alvejam centenas de genes simultaneamente. Inicialmente serão testadas bibliotecas de shRNAs que alvejam genes envolvidos na regulação da cromatina. Utilizando dessa abordagem esperamos identificar proteínas participantes da maquinaria epigenética cujo silenciamento afete significativamente a sobrevivência do PDAC, expondo assim potenciais novos candidatos à alvos farmacológicos para o tratamento da doença.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: Eduardo Moraes Rego Reis - Coordenador / João C Setubal - Integrante / Marcel C. C. Machado - Integrante / Daniela Bassères - Integrante / Leticia Labriola - Integrante / Luís Bruno da Cruz e Alves de Moraes - Integrante. Membro: Eduardo Moraes Rego Reis.
10.	2014-2018. Desenvolvimento e aplicacoes de ferramentas computacionais para biologia: de modelagem molecular a pesquisa translacional Descrição: Neste projeto estamos propondo a criação de uma rede de colaborações científicas entre a USP(Capital) e UFPE que promova a interação multidisciplinar entre físicos, químicos, biólogos, farmacêuticos e cientista da computação dentro do um projeto científico que visa o desenvolvimento e aplicação de ferramentas computacionais voltadas para problemas biológicos e induzirá a formação de recursos humanos. As ferramentas computacionais que serão desenvolvidas são bastante diversificadas, cobrindo uma ampla variedade de problemas na área biológica, e atualmente fazem parte dos temas de pesquisa dos docentes envolvidos neste projeto.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Integrante / Kaline Rabelo Coutinho - Coordenador. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Membro: Andre Fujita.
11.	2014-Atual. Em busca da arquitetura genetica responsavel pela rapida evolucao fenotipica craniofacial dos indios Xavantes do Brasil Central Descrição: Mudanças na estrutura social e nas práticas culturais podem potencialmente promover a combinações inusitadas de freqüências alélicas que impulsionaram a evolução de novidades genéticas e fenotípicas durante a evolução humana. No entanto, casos específicos indicativos desta interação são escassos. Uma publicação recente do nosso grupo (Hünemeier et al., 2012) envolvendo investigação das conexões genótipo-fenótipo nos índios Xavánte e em outros cinco grupos indígenas do Brasil (Baniwa, Kayapó, Yanomama, Kaingang, Ticuna), ilustra como, no caso da espécie humana, a cultura é um fator adicional importante a ser considerado em estudos desta natureza. Nossas análises demonstraram que o background biológico dos Xavánte em menos de dois mil anos se alterou de maneira singular devido a fenômenos microevolutivos, em especial a deriva genética, catalisados por processos culturais, como aqueles que promovem fissão e fusão na propagação das aldeias, bom como por práticas culturais desta população. Mais detalhadamente, nossas análises mostraram que os Xavánte eram o grupo fenotipicamente muito diferenciado dos demais, caracterizado por maior perímetro cefálico, abóbadas mais longas e estreitas, rosto mais alto e estreito e nariz mais largo. Até o momento este trabalho é o único exemplo documentado de como práticas culturais podem ter catalisado processos microevolutivos e deste modo, gerando um extremo morfológico craniofacial. Pesquisadores num estudo recentemente publicado envolvendo pigmeus africanos da floresta equatorial (grupo notavelmente conhecido por apresentar a menor média de altura entre os humanos atuais) desenvolveram um novo enfoque para o estudo da arquitetura genética relacionada com um fenótipo complexo. O grupo coordenado pelo Dr. David Comas da Universidade Pompeu Fabra (Barcelona, Espanha) utilizou um método com enfoque genômico para determinar a covariação entre loci e medidas antropométricas referentes à estatura entre pigmeus e não-pigmeus da África (Mendizabal et tal., 2012). Estes autores encontraram um grande número de regiões associada ao fenótipo de baixa estatura que continham genes fundamentais para o desenvolvimento ósseo (tal como, PPPT3B) e previamente associados à variação de estatura em outras populações (SUPT3H-RUNX2). Este estudo fenotípico baseado em análises de varreduras genômicas e medidas antropométricas em nível populacional foi o primeiro a estabelecer uma pista sobre a os mecanismos genéticos envolvidos no fenótipo extremo encontrado em pigmeus africanos. Como já salientado, mudanças na estrutura social e nas práticas culturais podem potencialmente promover a combinações inusitadas de freqüências alélicas que impulsionaram a evolução de novidades genéticas, e consequentemente fenotípicas, durante a evolução humana. Mas no caso dos grupos indígenas, em particular nos Xavánte, quais seriam estes alelos? E como esta combinação aleatória levou em tão pouco a um fenótipo craniofacial tão extremo como o encontrado nos Xavántes do Planalto Central Brasileiro? O presente projeto busca responder estas questões usando a metodologia desenvolvida para o estudo dos pigmeus africanos em indígenas do Brasil, mais especificamente os Xavántes do Brasil Central.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tabita Hunemeier - Coordenador / Francisco M. Salzano - Integrante / Rolando Gonzalez-Jose - Integrante / David Comas - Integrante. Membro: Tabita Hunemeier.
12.	2014-2017. Estudo para verificacao da dosagem de cortisol no cabelo como medida de avaliacao do estresse cronico em maes e criancas da corrte ROC Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Integrante / Alexandra Brentani - Coordenador / Guntyher Fink - Integrante / Cindy Liu - Integrante. Financiador(es): Rockefeller Foundation - Auxílio financeiro. Membro: Helena Paula Brentani.
13.	2014-2016. Estudos Geneticos em Fina Escala de duas Especies Arboreas comuns em Remanescentes da Floresta Estacional Semidecidual no Interior de SP Descrição: As florestas da região de Ribeirão Preto são umas das mais devastadas do Estado de São Paulo, principalmente em áreas próximas aos mananciais e indústrias de cana-de-açúcar. Esta região tem hoje 59,75% e 15,36% da sua área utilizada pela cultura da cana e pela ocupação urbana, respectivamente, sendo que somente 3,89% (2.535,67 ha) representados por 102 remanescentes florestais pequenos e isolados, correspondem à vegetação natural do município de Ribeirão Preto. Estes poucos remanescentes são, portanto, de grande valor ecológico, genético e taxonômico, funcionando como uma coleção viva de espécies representativas da flora local e de sua diversidade genética, bem como um banco de informações acerca da estrutura e funcionamento desse tipo de ecossistema. Neste contexto, a presente proposta tem como objetivo investigar os padrões de diversidade genética, endogamia, taxas de cruzamento e fluxo gênico de duas espécies florestais de grande importância ecológica e econômica [Anadenanthera colubrina (angico), Metrodorea nigra (carrapateira)], de ocorrência comum em ambientes contrastantes (mata decidual/mesófila, respectivamente) em fragmentos remanescentes na região de Ribeirão Preto, visando gerar subsídios para conservação e manejo in situ e ex situ destes recursos genéticos. Como ferramenta de análise genética serão utilizados marcadores moleculares tipo microssatélites (SSR) para ambas as espécies desenvolvidos pelo nosso grupo, uma vez que estes marcadores são considerados os mais adequados para o estudo de sistemas de acasalamento e fluxo gênico devido a sua herança codominante e maior polimorfismo. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: Silvana Giuliatti - Integrante / Ana Lilia Alzate Marin - Coordenador / Eucleia Primo Betioli Contel - Integrante / Carlos Alberto Martinez y Huaman - Integrante / Fernando Bonifácio Anacleto - Integrante / Juliana Massimino Feres - Integrante / Rômulo Maciel de Moraes Filho - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Silvana Giuliatti.
14.	2014-2017. Evolucao do habito alimentar na familia Calliphoridae Descrição: http://www.bv.fapesp.br/pt/auxilios/87741/evolucao-do-habito-alimentar-na-familia-calliphoridae/. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Doutorado: (1) . Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Tatiana Teixeira Torres.
15.	2014-Atual. Fatores geneticos e epigeneticos na etiologia do melanoma cutaneo Descrição: O melanoma cutâneo é um câncer de pele raro, mas agressivo, sendo a causa de mais de 75% das mortes por tumores cutâneos. A maioria dos melanomas é esporádica, mas 10% dos casos ocorrem em indivíduos portadores de mutação constitutiva em seus genomas. São dois os genes principais cujas mutações germinativas exibem alta penetrância na predisposição ao melanoma cutâneo: CDKN2A (que codifica as proteínas p16 e p14) e CDK4, ambos também inativados somaticamente em melanomas esporádicos. Mutações afetando p16 são detectadas em 20 a 40% dos casos de melanoma hereditário (síndrome do melanoma familial e/ou melanomas múltiplos), evidenciando que grande parte da suscetibilidade ao melanoma cutâneo não tem etiologia conhecida. Este cenário indica a existência de genes de suscetibilidade ainda não revelados ou mecanismos genéticos alternativos às mutações de ponto. Deleções e duplicações genômicas raras, além de variantes genéticas conferindo risco intermediário, também podem aumentar a suscetibilidade a câncer e, mais recentemente, alguns estudos têm revelado que epimutações constitutivas (como padrão alterado de metilação de promotor) também podem ocasionar predisposição aumentada. A identificação da etiologia da suscetibilidade ao melanoma cutâneo é crucial não só para a identificação de indivíduos em risco, mas também para a ampliação do conhecimento da biologia tumoral, uma vez que genes de síndromes hereditárias de câncer frequentemente desempenham papel relevante também nos tumores esporádicos correspondentes. Por outro lado, o estudo de genomas e epigenomas de melanomas cutâneos é imprescindível para a identificação das vias moleculares relevantes na sua gênese e progressão, que poderiam ser alvo de intervenção terapêutica. O objetivo deste projeto é a identificação de novos fatores genéticos e epigenéticos associados à predisposição e ao desenvolvimento do melanoma cutâneo. O desenho experimental para atingir esse propósito consiste em: (a) investigação do genoma e epigenoma (microarranjos de alta resolução) de um grupo de pacientes portadores de alta predisposição a melanoma, visando delinear o perfil de variações no número de cópias genômicas (copy number alterations - CNVs) e o padrão epigenético de metilação de DNA de leucócitos, com ênfase na metilação do promotor de CDKN2A; o grupo de melanoma hereditário foi previamente selecionado por outro projeto de pesquisa da Instituição apoiado pela FAPESP, com resultado negativo para mutações nos genes CDKN2A e CDK4. Adicionalmente, (b) propomos o estudo do perfil de metilação de DNA (metiloma) e correlação com o status mutacional dos genes NRAS, BRAF, KIT e TERT em 30 melanomas cutâneos. Destas análises serão selecionados genes candidatos robustos para ensaios funcionais futuros, visando validar sua relevância no melanoma cutâneo.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Integrante / Dirce Maria Carraro - Integrante / Ana Cristina Victorino Krepischi - Coordenador / João Pedreira Duprat-Neto - Integrante / Maria Isabel Alves de Souza Waddington Achatz - Integrante / Dimitrius Tansini Pramio - Integrante. Membro: Helena Paula Brentani.
16.	2014-2018. Improving treatment strategies for chronic alphaviral arthritic diseases Descrição: Chikungunya virus (CHIKV) and Ross River virus (RRV) cause (occasionally very large) outbreaks of polyarthritis/polyarthralgia, which is often debilitating, lasts from weeks to months (occasionally longer), and is generally poorly managed with current treatments. Aim: To use RNA-Seq analysis to characterise the inflammatory signatures and viral genomes associated with chronic arthritis.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Integrante / Andreas Suhrbier - Coordenador. Membro: Helder Takashi Imoto Nakaya.
17.	2014-2017. Interacoes genicas na regiao anterior da blastoderme sincicial de Drosophila melanogaster e do sciarideo Trichosia pubescens Descrição: No projeto propomos estudar a regulação da expressão gênica e sondar mecanismos evolutivos envolvidos na segmentação dos dípteros. Nosso principal objetivo é investigar a regulação transcricional dos genes gap da cascata de segmentação de Drosophila melanogaster. Focamos a porção anterior da blastoderme sincicial de Drosophila onde os genes gap têm domínios de expressão parcialmente sobrepostos. Investigamos a hipótese de que esse padrão de expressão é responsável por um mecanismo combinado de atividades repressoras da transcrição que delimitam faixas pair-rule mais anteriores, bem como limites dos domínios de expressão entre os genes gap. Dados da literatura e principalmente dados genéticos não publicados do nosso laboratório sustentam essa hipótese. Propomos experimentos genéticos, bioquímicos e a utilização de recursos da área da computação e bioinformática para verificar o papel dos genes gap CG9571 e Tll nesse sistema combinatorial e também, para elaborar um modelo de regulação da expressão gênica envolvida na segmentação da parte anterior da futura cabeça. Paralelamente, nosso objetivo é a identificação de ortólogos da segmentação no díptero Trichosia pubescenes, e mapear o padrão de expressão destes genes. Esses resultados poderão revelar uma situação mais típica para os dípteros, pois a Drosophila parece não ser o modelo mais representativo para o grupo, de acordo com a literatura e dados preliminares do laboratório.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ariane Machado Lima - Integrante / Lauretto, Marcelo S - Integrante / Luiz Paulo Andrioli - Coordenador / Luciano A. Digiampietri - Integrante. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Ariane Machado Lima.
18.	2014-2016. Meta-analise transcricional de RNAs nao codificadores longos de posicoes genomicas conservadas Descrição: It is estimated that thousands of long non-coding RNAs (lncRNAs) are transcribed in the genome of several organisms. Dr. Kouzarides? group at Cambridge University re-analyzed a vast amount of RNA-sequencing data, and identified ~600 lncRNAs that were ?positionally conserved? (pcRNAs) in human and mouse genomes. Among the genes associated with these pcRNAs, a striking enrichment was observed for loci related to embryonic and tissue development. They also demonstrated that pcRNA expression is highly tissue-specific and directly correlates with the associated coding genes, supporting the idea that pcRNAs are context-specific regulators of developmental genes. Our group at University of São Paulo is utilizing publicly available high-throughput data to investigate the expression of lncRNAs under hundreds of different perturbations and conditions, and studying the implication of lncRNAs in the regulation of candidate target genes. We compared the genomic regions of these ~600 pcRNAs with the genomic regions of probes from different microarray platforms and found that most of these pcRNAs are represented by one or more probes. Here we propose to analyse the expression patterns of these pcRNAs, and how their expression correlates with the expression of coding genes, in a large panel of human cancer cell lines, primary tumours and disease conditions. The functions of a number of selected pcRNAs will be validated by Dr. Kouzarides' group. By assessing the transcription of pcRNAs and their associated coding genes in thousands of microarray studies, we expect to identify the biological conditions that affect the most the expression of pcRNAs and to reveal interesting mechanisms of gene regulation.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador / Paulo Paiva Amaral - Integrante / Tony Kouzarides - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Helder Takashi Imoto Nakaya.
19.	2014-Atual. RADAR - Rede Academica De Acervos e BioRepositorios Descrição: Descrição: Projeto Institucional com a finalidade de Proteger, recuperar e restaurar acervos de material de pesquisa financiado pela INFRA-USP conforme Edital -2013-2013. Valor Concedido: R$ 1.987.014,61.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Integrante / Orestes V. Forlenza - Coordenador. Membro: Helena Paula Brentani.
20.	2014-2018. Rede de cooperacao academica para o estudo e desenvolvimento de ferramentas para a genomica estrutural e funcional Descrição: Fortalecer e ampliar o intercâmbio acadêmico entre os programas inter-unidades de Pós-Graduação em Bioinformática da UFMG (CAPES 6) e da USP (5), o de Biotecnologia da UFPA (CAPES 5) e o de Bioinformática da UFPR (CAPES 3) com a criação de uma rede voltada a aumentar a formação de recursos humanos em Biologia Computacional, em resposta à presente chamada.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Integrante / Vasco Ariston de Carvalho Azevedo - Coordenador. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Membro: Andre Fujita. Descrição: Descrição: Fortalecer e ampliar o intercâmbio acadêmico entre os programas inter-unidades de Pós-Graduação em Bioinformática da UFMG (CAPES 6) e da USP (5), o de Biotecnologia da UFPA (CAPES 5) e o de Bioinformática da UFPR (CAPES 3) com a criação de uma rede voltada a aumentar a formação de recursos humanos em Biologia Computacional, em resposta à presente chamada... Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (2) . Integrantes: Alan Mitchell Durham - Coordenador / Arthur Gruber - Integrante / André Fujita - Integrante / Robson Francisco de Souza - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Membro: Alan Mitchell Durham.
21.	2014-2017. Redes Genicas Modeladas como Redes Booleanas Sensiveis a Contexto Descrição: As reações químicas que resultam na expressão de genes no nível molecular são complexas e ainda não são totalmente compreendidas. Um aspecto importante deste fenômeno é a interação entre os genes. Sabe-se que os genes enviam, recebem e processam informações formando uma complexa rede de comunicação, mas a arquitetura e dinâmica destas redes não são completamente conhecidas, mesmo para os organismos mais simples. Em particular, em redes de regulação gênica, é muito plausível assumir a existência de genes mestres que tenham um amplo poder de regulação sobre outros genes escravos. Neste sentido, uma pequena mudança na expressão destes genes pode levar a uma mudança significativa no comportamento da célula. Dessa forma, os genes mestres podem servir como potenciais alvos terapêuticos. Um outro conceito similar, mas ao mesmo tempo diferente, é o de genes canalizadores. Estes genes têm o poder de restringir, ou canalizar, um sistema a certos estados biológicos. Em especial, estamos interessados em genes canalizadores que em condições normais do sistema não controlam seus escravos, mas que em determinadas situações cruciais do sistema, têm um amplo poder de regulação sobre outros genes de forma que sua ação varre uma larga faixa de processos biológicos. Este tipo de canalização é necessário em muitos sistemas biológicos complexos como uma proteção de efeitos de alterações aleatórias. Feitas estas considerações, este projeto de pesquisa visa estudar os seguintes problemas: (i) inferência de redes Booleanas sensíveis a contexto que seja estáveis a partir de dados biológicos; (ii) busca de genes que sejam impactantes na estabilidade de redes; (iii) modelagem do ciclo celular da levedura usando redes Booleanas sensíveis a contexto; (iv) modelagem de genes mestres em redes Booleanas sensíveis a contexto; (v) modelagem de genes canalizadores em redes Booleanas sensíveis a contexto. A identificação e modelagem de genes mestres e canalizadores, bem como a forma eles atuam e quais genes são por eles controlados, além de inferir redes estáveis, podem ter como consequência um grande impacto na área de saúde pública, tanto no diagnóstico como no tratamento de doenças (como o câncer, por exemplo) que afetam milhares de pessoas. Acreditamos que esta pesquisa é um passo para esta direção.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Ulisses Braga-Neto - Integrante / Carlos Henrique Aguena Higa - Integrante / David C Martins - Integrante / Evaldo A. de Oliveira - Integrante / Fabrício Martins Lopes - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 3 Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
22.	2014-Atual. Redes regulatorias e sinalizacao associadas a Cana Energia Descrição: Muito já se conhece sobre a biologia e manejo da cana-de-açúcar, porém ainda existem lacunas no conhecimento bioquímico e genético dessa planta que se exploradas podem indicar o caminho para o melhor manejo da cultura, aumento do seu potencial industrial e diminuição do impacto ambiental do seu cultivo. Devido à complexidade do sistema e dos inúmeros fatores que interagem para a definição das características de interesse agronômico (genes, seus produtos, suas interações no organismo e com o ambiente), um conhecimento robusto do metabolismo de açúcares necessita de abordagens experimentais múltiplas em combinação com análises computacionais de grandes volumes de dados. Nós pretendemos acrescentar conhecimento ao sistema cana-de-açúcar usando abordagens de análise da fisiologia, de análise de elementos regulatórios, do transcriptoma e do metaboloma em variedades comerciais e em cruzamentos com espécies ancestrais em plantios que se assemelham ao realizado nas indústrias sucroalcooleiras e também em experimentos em casa de vegetação. O estudo das redes regulatórias de cana-de-açúcar será feito com auxílio da técnica de Chip-Seq e de RNAseq com as quais poderemos identificar possíveis regiões regulatórias e promotoras no genoma referência de cana-de-açúcar sequenciado e parcialmente montado pelo grupo e colaboradores. Através da utilização de abordagens da Biologia de Sistemas e biologia sintética, iremos definir os principais alvos ou redes de genes para o melhoramento da cana-de-açúcar com o aumento de sua produtividade, alteração do conteúdo de sacarose, fibra e lignina e assim desenvolver a Cana-Energia. O grande volume de dados gerado será armazenado no banco de dados SUCEST-FUN (http://sucest-fun.org) onde é possível avaliar e interrogar os dados com foco em diferentes aspectos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Glaucia Mendes Souza - Coordenador. Financiador(es): FundaÃ§Ã£o de Amparo a Pesquisa do Estado de Sao Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Glaucia Mendes Souza. Descrição: uito já se conhece sobre a biologia e manejo da cana-de-açúcar, porém ainda existem lacunas no conhecimento bioquímico e genético dessa planta que se exploradas podem indicar o caminho para o melhor manejo da cultura, aumento do seu potencial industrial e diminuição do impacto ambiental do seu cultivo. Devido à complexidade do sistema e dos inúmeros fatores que interagem para a definição das características de interesse agronômico (genes, seus produtos, suas interações no organismo e com o ambiente), um conhecimento robusto do metabolismo de açúcares necessita de abordagens experimentais múltiplas em combinação com análises computacionais de grandes volumes de dados. Nós pretendemos acrescentar conhecimento ao sistema cana-de-açúcar usando abordagens de análise da fisiologia, de análise de elementos regulatórios, do transcriptoma e do metaboloma em variedades comerciais e em cruzamentos com espécies ancestrais em plantios que se assemelham ao realizado nas indústrias sucroalcooleiras e também em experimentos em casa de vegetação. O estudo das redes regulatórias de cana-de-açúcar será feito com auxílio da técnica de Chip-Seq e de RNAseq com as quais poderemos identificar possíveis regiões regulatórias e promotoras no genoma referência de cana-de-açúcar sequenciado e parcialmente montado pelo grupo e colaboradores. Através da utilização de abordagens da Biologia de Sistemas e biologia sintética, iremos definir os principais alvos ou redes de genes para o melhoramento da cana-de-açúcar com o aumento de sua produtividade, alteração do conteúdo de sacarose, fibra e lignina e assim desenvolver a Cana-Energia. O grande volume de dados gerado será armazenado no banco de dados SUCEST-FUN (http://sucest-fun.org) onde é possível avaliar e interrogar os dados com foco em diferentes aspectos.. S.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Glaucia Mendes Souza - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Alan Mitchell Durham.
23.	2014-Atual. Redes regulatorias e sinalizacao associadas a Cana Energia Descrição: Muito já se conhece sobre a biologia e manejo da cana-de-açúcar, porém ainda existem lacunas no conhecimento bioquímico e genético dessa planta que se exploradas podem indicar o caminho para o melhor manejo da cultura, aumento do seu potencial industrial e diminuição do impacto ambiental do seu cultivo. Devido à complexidade do sistema e dos inúmeros fatores que interagem para a definição das características de interesse agronômico (genes, seus produtos, suas interações no organismo e com o ambiente), um conhecimento robusto do metabolismo de açúcares necessita de abordagens experimentais múltiplas em combinação com análises computacionais de grandes volumes de dados. Nós pretendemos acrescentar conhecimento ao sistema cana-de-açúcar usando abordagens de análise da fisiologia, de análise de elementos regulatórios, do transcriptoma e do metaboloma em variedades comerciais e em cruzamentos com espécies ancestrais em plantios que se assemelham ao realizado nas indústrias sucroalcooleiras e também em experimentos em casa de vegetação. O estudo das redes regulatórias de cana-de-açúcar será feito com auxílio da técnica de Chip-Seq e de RNAseq com as quais poderemos identificar possíveis regiões regulatórias e promotoras no genoma referência de cana-de-açúcar sequenciado e parcialmente montado pelo grupo e colaboradores. Através da utilização de abordagens da Biologia de Sistemas e biologia sintética, iremos definir os principais alvos ou redes de genes para o melhoramento da cana-de-açúcar com o aumento de sua produtividade, alteração do conteúdo de sacarose, fibra e lignina e assim desenvolver a Cana-Energia. O grande volume de dados gerado será armazenado no banco de dados SUCEST-FUN (http://sucest-fun.org) onde é possível avaliar e interrogar os dados com foco em diferentes aspectos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Helaine Carrer - Integrante / Glaucia Mendes Souza - Coordenador / LEMBKE, CAROLINA GIMILIANI - Integrante / DINIZ, AUGUSTO LIMA - Integrante / NISHIYAMA, MILTON YUTAKA - Integrante. Membro: Alan Mitchell Durham.
24.	2014-Atual. Retrovirus Epidemiology Donor Study - REDS III, REDS IV Descrição: Descrição: Há 15 anos os National Institute of Health nos Estados Unidos financia um grupo de seis bancos de sangue nos EUA denominado REDS (Retrovirus Epidemiology Donor Study) que desenvolvem pesquisas relacionadas à segurança transfusional. Em 2005, uma concorrência para que outros países submetessem projetos de pesquisa para fazerem parte desta rede. Com base no mérito do trabalho, foram escolhidos o Brasil e a China para participarem desta nova etapa, que se chama REDS Internacional O projeto terá duração de 4 anos e serão aplicados cerca de US 3 milhões na proposta brasileira. Três hemocentro brasileiros (Fundação Pró-Sangue/ Hemocentro de São Paulo, Hemominas, e HEMOPE) submeteram um proposta juntamente com o Blood Systems Research Institute (BSRI) em São Francisco. Este projeto também terá a participação do Departamento de Ciência da Computação do IME/USP e do Depto. de Medicina Preventiva e Social da UFMG. O projeto será liderado pela Dra Ester C Sabino da Fundação Pró-Sangue e terá a participação dos seguintes pesquisadores do Brasil: Anna Barbara F. Carneiro-Proietti- Fundação Hemominas Divaldo Sampaio - HEMOPE Thelma Gonzalez - Fundação Pró-Sangue Hemocentro de São Paulo Fernando A Proietti - Depto. de Medicina Preventiva e Social da Universidade Federal de Minas Gerais João Eduardo Ferreira - Departamento de Ciência da Computação do Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo. O principal objetivo do estudo é obter informações que possam reverter na melhoria da segurança transfusional. O projeto prevê o desenvolvimento de um banco de dados que auxilie os hemocentros a analisar os dados guardados por seu sistema operacional. Serão desenvolvidos 3 projetos de pesquisa: a) Risco residual de transmissão de HIV b) Estudo epidemiológico epidemiológico relacionado à validade das perguntas usadas na triagem de doadores. c) Historia Natural da doença de Chagas, com História natural da doença de Chagas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador / Pedro Paulo de Souza Bento da Silva - Integrante / Pedro L. Takecian - Integrante. Financiador(es): National Institure of Health- USA - Cooperação. Membro: Joao Eduardo Ferreira.
25.	2014-2018. SISTEMAS REGULATORIOS DA RESPOSTA BACTERIANA A ESTRESSES Descrição: A percepção de sinais ambientais é crucial para a célula modificar seu padrão de expressão gênica para enfrentar mudanças no ambiente. À medida que a população aumenta, as células enfrentam uma redução progressiva da disponibilidade de nutrientes que traz a necessidade de responder adequando os sistemas metabólicos para permanecer em situação de carência prolongada. O principal objetivo deste projeto é identificar os sinais ambientais, os sistemas de transdução de sinais e os mecanismos regulatórios importantes para a resposta a estresses na bactéria oligotrófica Caulobacter crescentus. Esta bactéria Gram-negativa aquática está adaptada a viver em ambientes com baixíssimo teor nutricional, e possui um ciclo de desenvolvimento com um passo de diferenciação celular, não usual em bactérias. A manutenção da funcionalidade dos RNAs celulares sob situações de estresse é garantida pela indução de proteínas que modulam a transcrição, tradução e turnover dos RNAs. As proteínas de choque frio (CSP) são induzidas em baixa temperatura e/ou em fase estacionária, e atuam como chaperones de RNA, permitindo a tradução nestas condições, e também agindo como reguladoras da expressão gênica. Outro sistema importante para esta resposta é constituído pelas RNA helicases da família DEAD, que são responsáveis por desfazer as estruturas secundárias nos RNAs, auxiliando a tradução. Estas enzimas também atuam junto ao sistema de degradação dos RNAs (degradossomo), e na montagem de estruturas riboproteicas, como os ribossomos. Este projeto pretende avaliar os sistemas regulatórios que controlam a expressão gênica das CSPs, e o papel de cada RNA helicase DEAD na resposta a estresses. As bactérias aeróbias também têm que responder a um aumento na concentração de espécies reativas de oxigênio, que ocorre especialmente quando a população entra em fase estacionária. A homeostase de ferro e de outros metais redox-ativos é um ponto importante no controle do estresse oxidativo, e deve ser estritamente regulada por diversos mecanismos. Além dos reguladores Fur e OxyR, pequenos RNAs regulatórios exercem controle sobre a expressão dos genes do metabolismo de ferro, e serão estudados neste projeto.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tie Koide - Integrante / Marilis do Valle Marques - Coordenador / Phillip Klebba - Integrante / Ben Francesco Luisi - Integrante / Angel Alfonso Aguirre Durán - Integrante / Carolina Antunes do Prado Tavares da Silva - Integrante / Juliana da Silva Santos - Integrante. Membro: Tie Koide.
26.	2014-Atual. Systems biological analyses of innate and adaptive responses to vaccination Descrição: The ability to predict vaccine immunity offers a solution to a major challenge in vaccinology: to prospectively determine vaccine efficacy. This ability is of considerable public health importance in identifying ?non-responders? in special populations in which a vaccine may induce suboptimal immunity. In addition, it would be great value in clinical trials of novel vaccines, to provide a rapid means to assess vaccine efficacy, without the need to identify the incidence of the target disease in vaccinated versus unvaccinated populations. In this context, this ?systems vaccinology? approach is beginning to be used to define signatures of vaccine efficacy in clinical trials. Importantly, this approach is yielding new insights about the fundamental mechanisms of immunity. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Integrante / Pulendran, Bali - Coordenador. Financiador(es): NIH - Auxílio financeiro. Membro: Helder Takashi Imoto Nakaya.

2013

1.	2013-2018. Biologia de Sistemas de Longos RNAs nao-codificadores Descrição: Estima-se que milhares de longos RNAs não-codificadores (lncRNAs) sejam gerados à partir da transcrição do genoma de diversos organismos. No entanto, apenas uma fração muito pequena destes foi caracterizada funcionalmente. Um dos maiores motivos para isso está em nossa falta de conhecimento sobre os tecidos e condições biológicas nos quais esses lncRNAs são transcritos e como eles interagem com o DNA ou outros RNAs. A maioria dos estudos que utilizam técnicas de larga-escala como microarrays e sequenciamento de nova geração (RNA-seq) tem como objetivo principal monitorar a expressão dos genes codificadores de proteína. Porém, muitos destes dados, não explorados nas publicações originais, são provenientes de lncRNAs. Neste projeto, nós propomos utilizar os milhares de estudos de microarrays disponíveis em um banco de dados público para estudar a biologia de sistema dos lncRNAs frente a diferentes perturbações e suas possíveis implicações na regulação de genes alvos. Uma re-anotação que fizemos da plataforma da Affymetrix mais usada, na qual mais de 2.300 estudos foram publicados, revelou a existência de 10.248 sondas que medem a expressão de possíveis lncRNAs. Estudar o perfil de expressão de lncRNAs e como estes se correlacionam com os perfis de genes codificadores de proteína em tantos tecidos e condições irá revelar mecanismos de regulação interessantes. Estas análises irão envolver a identificação de módulos de co-expressão, a predição dos fatores de transcrição envolvidos e a associação de lncRNAs com doenças e infecções. Propomos também validar o papel regulatório de lncRNAs em alguns desses achados.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador / Marina Baquerizo Martinez - Integrante / Mario Hiroyuki Hirata - Integrante / Vinicius Ramos Henriques Maracaja Coutinho - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Helder Takashi Imoto Nakaya.
2.	2013-Atual. CEGH-CEL - Human Genome and Stem Cell Research Center Descrição: Resumo em Inglês The Human Genome Research Center (HGRC-CEPID I) was initiated in 2000 with the main goal of increasing our basic knowledge and diagnosis of prevalent genetic diseases in the Brazilian population. The HGRC concentrated largely on Mendelian disorders, mainly neuromuscular, craniofacial, and mental disability. The scope was expanded in 2005 by incorporating stem-cell research, both as a tool to understand gene expression and differentiation in genetic disorders and to evaluate its potential in disease therapy. Our research has allowed us to address questions on the genetic regulation of particular complex disorders such as autism and various neurodegenerative diseases. However, the unanticipated complexity of the transcriptional mechanisms regulating gene expression in humans that emerged from the Human Genome Project, and the modest advances in improving the effectiveness of genetic health care have opened new fields of investigation. In this CEPID 11 application, we have expanded the scientific breadth to include ageing and degeneration and how factors such as genome instability contribute to the aging process; the role of imprinting mechanisms on disease manifestation; which factors determine differences in the rate of brain degeneration between individuals, which constitutes a rapidly increasing health care burdon as the average life-span of the world population rises; what determines phenotypic variability between individuals carrying the same mutation. To address these questions we will use up to date approaches, particularly the use of second generation sequencing and sophisticated cell sorting, incorporate a much broader base of scientific expertise, optimize inter-group synergy as well as national and international research collaboration. The plan also contributes to translational medicine mainly in the application of stem-cells in preclinical studies and therapeutic trials for particular genetic disorders. The great number of patients with different genetic disorders that have been ascertained and registered in our center, the largest one in Latin America, and the ethnic variability of the Brazilian population provides an extremely rich foundation for the proposed studies. We are positive that the knowledge gained from CEPID 11 will have an important impact on genetic health care in Brazil. However, such an ambitious and integrated program can only be expedited by the flexibility and long term security offered by CEPID funding.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Maria Dulcetti Vibranovski - Coordenador / Carla Rosenberg - Integrante / Maria Rita dos Santos e Passos Bueno - Integrante / Regina Celia Mingroni Netto - Integrante / Mayana Zatz - Integrante / Angela Maria Vianna Morgante - Integrante / Celia Priszkulnik Koiffmann - Integrante / Eliana Maria Beluzzo Dessen - Integrante / Esper Abrao Cavalheiro - Integrante / Mariz Vainzof - Integrante / Merari de Fátima Ramires Ferrari - Integrante / Oswaldo Keith Okamoto - Integrante / Ana Cristina Victorino Krepischi - Integrante / Carlos Frederico Martins Menck - Integrante / Débora Romeo Bertola - Integrante / Fernando Kok - Integrante / Luis Eduardo Soares Netto - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Maria Dulcetti Vibranovski.
3.	2013-2016. Compreensao das bases moleculares e estruturais de proteinas envolvidas na sinalizacao do c-di-GMP e do sistema de secrecao tipo II em Leptospira interrogans sorovar Copenhageni Descrição: Este projeto tem como objetivo central o estudo estrutural e funcional de várias proteínas envolvidas na síntese, degradação, ligação ao segundo mensageiro bacteriano, c-di-GMP do patógeno Leptospira interrogans Copenhageni L1-130. Além do estudo de proteínas envolvidas na sinalização c-di-GMP, temos como objetivo o estudo funcional e estrutural das proteínas presentes no cluster gênico do único sistema de secreção encontrado no genoma de Leptospira interrogans Copenhageni, o sistema de secreção tipo II.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Robson Francisco de Souza - Coordenador / Cristiane Rodrigues Guzzo Carvalho - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Robson Francisco de Souza.
4.	2013-Atual. CRID - Center for research in inflammatory diseases Descrição: Inflammatory diseases are a complex and heterogeneous group of diseases that affect more than 10% of the word population. The current options for the treatment of these diseases are still limited and in some cases, inefficient due to limited understanding of the mechanisms underlying these diseases. The development of translational research by a center that can generate scientific knowledge and also identify new therapeutic targets of inflammatory diseases is imperative. The Center for research in inflammatory diseases (CPDI) will be created with this goal. The general objective of the CPDI will be to perform integrative and translational research to identify, validate and target known and novel biological pathways involved with the induction and resolution of inflammation. As a result, we expect the development of innovative therapeutic strategies and drugs that effectively target inflammatory diseases. The project will involve high-throughput genetic screenings, in vivo and in vitro models of diseases, modeling and chemical synthesis, as well as the discovery of new natural molecules from plants and saliva from arthropods. After selecting the potential drugs and bio-drugs, CPDI will protect the intellectual property and, after partnerships with private companies, coordinate pre-clinical toxicological studies and early clinical trials. The CPDI will also dedicate intense efforts to disseminate knowledge to the general public, in order to fulfill the societal objective of spreading education and generating an enthusiasm for science.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador / Fernando de Queiroz Cunha - Integrante / Carlos Henrique Tomich de Paula da Silva - Integrante / José Carlos Farias Alves Filho - Integrante / João Santana da Silva - Integrante / Paulo Louzada Junior - Integrante / Rita de Cassia Aleixo Tostes Passaglia - Integrante / Thiago Mattar Cunha - Integrante / Ana Maria Ferreira Roselino - Integrante / Ana Paula de Carvalho Panzeri Carlotti - Integrante / Anibal Basile Filho - Integrante / Antônio Pazin Filho - Integrante / Beatriz Rossetti Ferreira - Integrante / Cacilda da Silva Souza - Integrante / Claudio Miguel da Costa Neto - Integrante / Dario Simoes Zamboni - Integrante / Doralina Guimarães Brum Souza - Integrante / Eduardo Antônio Donadi - Integrante / Eduardo Barbosa Coelho - Integrante / Elcio dos Santos Oliveira Vianna - Integrante / Flavio da Silva Emery - Integrante / Francisco José Albuquerque de Paula - Integrante / Geraldo Aleixo da Silva Passos Júnior - Integrante / Jose Marcos Chaves Ribeiro - Integrante / MARCELLO HENRIQUE NOGUEIRA-BARBOSA - Integrante / Marcos Antonio Rossi - Integrante / Marcos de Carvalho Borges - Integrante / Renê Donizeti Ribeiro de Oliveira - Integrante / Ronaldo de Albuquerque Ribeiro - Integrante / Roque Pacheco de Almeida - Integrante / Sandra Yasuyo Fukada Alves - Integrante / Sergio Henrique Ferreira - Integrante / Vanessa Carregaro Pereira - Integrante / Virginia Paes Leme Ferriani - Integrante / Vânia Luiza Deperon Bonato - Integrante / Waldiceu Aparecido Verri Junior - Integrante / Mateus Simões Flória - Integrante / Juan Dyego Marcelo Azevedo - Integrante / Selma Midori Yamada Shibuya - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Helder Takashi Imoto Nakaya.
5.	2013-2016. Efeito do litio na regulacao da expressao genica por micro RNAs em modelo da doenca de Alzheimer por toxicidade de beta-amiloide em cultura primaria de neuronios Descrição: Estima-se que a doença de Alzheimer (DA) afete 35 milhões de pessoas, podendo chegar a 120 milhões em 2050. Em 2010 estimou-se o gasto anual com demência em torno de 600 bilhões de dólares e a tendência é aumentar. Apesar de ter sinais patológicos característicos, os mecanismos que levam à doença ainda não são claros e não existe tratamento eficaz. Dado esse quadro preocupante, alternativas para o tratamento são de extrema importância. O uso de lítio tem sido sugerido como um tratamento da DA, atuando na sua prevenção e/ou progressão. O lítio apresenta efeitos neuroprotetores e neurotróficos e tem sido alvo de estudos pela sua ação na regulação de proteínas pró e antiapoptóticas. No presente projeto pretendemos avaliar a expressão de micro RNAs (miRNA) como uma forma de delimitar redes de genes modulados pelo lítio em modelos da doença, buscando informações da fisiopatologia e investigando possíveis biomarcadores. miRNAs são moléculas de RNA de aproximadamente 20 bases capazes de modular a expressão no nível pós-transcricional. Um miRNA pode afetar diversas proteínas diferentes e uma proteína pode ter sua expressão modulada por diversos miRNAs. Dessa forma, cada miRNA delimita uma rede de genes que podem ter sua expressão modulada por ele. Pretendemos com este projeto: 1) identificar miRNAs que tenham expressão alterada em cultura primária de neurônios tratada com peptídeo beta-amilóide (AB) e lítio; 2) caracterizar as redes de expressão delimitadas por esses miRNAs. Esperamos com isso ampliar o conhecimento dos mecanismos fisiopatológicos da DA, avaliar os mecanismos de ação do lítio e seu possível papel no tratamento da doença de Alzheimer.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Integrante / Daniel Shikanai Kerr - Coordenador. Membro: Helena Paula Brentani.
6.	2013-2014. Engenharia biologica da parede celular de cana-de-acucar para processos de etanol de segunda geracao Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Marcos Silveira Buckeridge.
7.	2013-2018. Estruturas Combinatorias, Otimizacao e Algoritmos em Teoria da Computacao Descrição: A área de Ciência da Computação experimenta hoje um crescimento vertiginoso. Novidades tecnológicas surgem e tornam-se obsoletas em um ou dois anos de existência. Novas abordagens surgem com enorme rapidez. Tal desenvolvimento se dá por necessidades criadas em outras áreas do conhecimento de novas técnicas para resolver problemas cada vez mais complexos. Hoje em dia é impossível imaginar um pesquisador de qualquer área do conhecimento que possa desenvolver suas atividades sem o apoio de métodos, técnicas ou tecnologia desenvolvida por pesquisadores de Ciência da Computação. É evidente que os mais bem sucedidos avanços tecnológicos em Ciência da Computação estão fundamentados em resultados teóricos. Áreas como mineração de dados e reconhecimento de padrões, para citar apenas duas, têm seus métodos fortemente baseados em técnicas desenvolvidas em Teoria da Computação. Nosso obje- tivo neste projeto é o estudo de estruturas combinatórias e diversas formas de abordar problemas relacionados com tais estruturas: métodos algébricos, geométricos, probabilísticos, combinatórios, etc. Uma melhor compreensão destes objetos pode resultar em novas estratégias e algoritmos mais eficientes para resolver problemas a eles relacionados. A equipe proponente tem pesquisadores com grande experiência que cobrem uma ampla gama de subáreas de Teoria da Computação, permitindo uma maior sinergia para a solução dos problemas abordados. As principais contribuições esperadas neste projeto são a publicação de artigos científicos em conferências e periódicos bem estabelecidos, com alta circulação e de seletiva política editorial. Desejamos também intensificar o intercâmbio internacional do grupo e a formação de alunos nos vários níveis (de iniciação científica a pós-doutorandos). Pretendemos ainda, durante a execução do projeto, realizar uma Escola Avançada de Ciências na área de Teoria da Computação.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador. Membro: Andre Fujita.
8.	2013-2015. Estruturoma de RNAs em Halobacterium salinarum: abordagens computacionais aliadas a validacao experimental atraves de metodologias de footprinting Descrição: Estrutura implica função. No universo das biomoléculas, esse é um paradigma amplamente aceito. Porém, quando o foco é o transcritoma, a configuração estrutural é uma camada de informação que ainda é pouco considerada. A partir do reconhecimento das diferentes funções desempenhadas pelos RNAs, é fundamental que sua estrutura seja desvendada para que seja possível a compreensão de como essas biomoléculas atuam em diversos processos cruciais para a existência e manutenção dos sistemas biológicos, como armazenamento, transporte, além de atividades de catálise e regulação. No presente Projeto de Pesquisa, propõe-se realizar a modelagem in silico em larga escala da estrutura de todos os RNAs (RNA Estruturoma), utilizando como organismo de estudo o extremófilo Halobacterium salinarum. A partir da modelagem, será possível classificar essas moléculas em grupos estruturais, além de investigar a correlação entre esses agrupamentos e informações sobre função e regulação do transcritoma. Para a validação das predições in silico, propõe-se a utilização de metodologias de footprinting para o mapeamento estrutural in vitro e in vivo de alguns RNAs candidatos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Tie Koide - Integrante / Vencio, R. Z. N. - Coordenador / Eliane Traldi - Integrante / Marcos Vicente de Albuquerque Salles Navarro - Integrante / Fernando Barroso - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Tie Koide.
9.	2013-2016. Estudo comparativo da relacao patogeno-hospedeiro de Mycobacterium bovis e M. tuberculosis durante infeccao de macrofagos humanos utilizando sequenciamento de RNA. Descrição: A tuberculose humana é a segunda causa de mortalidade por agentes infecciosos no mundo, resultando em aproximadamente duas milhões de mortes anualmente. Embora Mycobacterium tuberculosis (Mtb) seja o principal agente causador, M. bovis (Mb), causador da tuberculose bovina, é responsável por pelo menos 2% dos casos da doença em humanos. A sequência nucleotídica desses microrganismos é 99.9% idêntica, com apenas algumas regiões de deleções (RD) de 2 a 12.7 Kb em Mb. Entretanto, mesmo com essa grande similaridade, Mb e Mtb possuem tropismos distintos por hospedeiros e variações em persistência populacional, em virulência e fenotípicas. Mais especificamente, Mtb é altamente adaptado a população humana, enquanto que Mb possui uma predileção menos restrita por hospedeiros, sendo isolado de vários mamíferos, incluindo humanos, mas com mais frequência de bovinos. Desta forma, acredita-se que polimorfismos únicos de sequência, RD e variações em expressões gênicas sejam responsáveis por as diferenças observadas entre as duas espécies. Assim, o objetivo desse projeto é comparar a relação patógeno-hospedeiro da infecção por Mb e Mtb em macrófagos humanos por meio de sequenciamento de RNA do patógeno e das células hospedeiras a fim de explicar as variações entre as espécies. Espera-se que genes ortólogos de Mtb e Mb e genes contidos em RDs de Mtb sejam diferencialmente expressos durante a infecção in vitro de macrófagos humanos. Por outro lado, a análise da resposta transcricional desses macrófagos poderá elucidar diferenças na resposta imune hospedeira frente a infecção por Mtb e Mb. Genes identificados poderão servir de alvos para o futuro desenvolvimento de intervenções terapêuticas e vacinais para o combate da tuberculose; e o entendimento da resposta imune hospedeira poderá contribuir para o estabelecimento de tais medidas de controle e prevenção.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Marcia de Sá Guimarães - Integrante / Rodrigo Pires dos Santos - Integrante / Paulo Eduardo Brandão - Coordenador / Joanne B. Messick - Integrante / Andrea P dos Santos - Integrante / Naila Cannes do Nascimento - Integrante / José Soares Ferreira Neto - Integrante / Sidnei Miyoshi Sakamoto - Integrante. Financiador(es): CAPES-CNPQ, Programa Jovens Talentos, Ciências Sem Fronteiras - Auxílio financeiro. Membro: Ana Marcia de Sa Guimaraes.
10.	2013-2016. Estudo Multicentrico ? Treino Parental com Video modulacao para aquisicao de habilidades sociais em criancas com autismo Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Integrante / J J Mari - Coordenador / Daniela Bordini - Integrante / Sheila Cavalcante Caetano - Integrante / Décio Brunoni - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Helena Paula Brentani.
11.	2013-Atual. Identificacao de biomarcadores para diagnostico molecular do adenocarcinoma ductal do pancreas atraves da analise com alta-resolucao do transcritoma e exoma Descrição: O câncer de pâncreas é uma das neoplasias mais letais e apenas 5% dos indivíduos afetados sobrevivem mais do que 5 anos após o diagnóstico. Isto se deve tanto à dificuldade em se obter um diagnóstico precoce, quanto à ausência de opções terapêuticas efetivas. O adenocarcinoma ductal (PDAC) é o tipo mais prevalente, sendo extremamente agressivo, e o único tratamento curativo disponível é a remoção cirúrgica do tumor se detectado em estadios iniciais da doença. Tumores císticos do pâncreas podem progredir para adenocarcinomas invasivos e atualmente não existem marcadores capazes de predizer com segurança sua evolução clínica. Para que o tratamento destas neoplasias se torne mais efetivo, é vital a identificação de novos biomarcadores que possibilitem o diagnóstico precoce da doença ou que permitam determinar o risco de lesões císticas evoluírem para tumores invasivos. Nesta proposta iremos estabelecer uma plataforma analítica para identificar alterações no perfil de expressão de RNAs (transcritoma) e na sequência de DNA (exoma) através do sequenciamento de alta-capacidade de RNA/DNA proveniente de amostras clínicas de tumores pancreáticos. Um aspecto original da proposta será a análise de RNAs nãocodificadores longos poliadenilados e nãopoliadenilados expressos em amostras de PDAC e tecido pancreático nãotumoral. Outro aspecto inovador será a utilização de biópsias de tumores de pâncreas obtidas através de ecoendoscopia aspirativa por agulha fina (EUS-FNA), um método minimamente invasivo, para a detecção de alterações somáticas no exoma. Investigaremos também o potencial diagnóstico de RNAs isolados de amostras do plasma e de líquido cístico de pacientes com tumores císticos de pâncreas. A análise integrada dos dados permitirá identificar genes, vias moleculares e módulos funcionais preferencialmente afetados por alterações somáticas ou transcricionais durante a transformação maligna e progressão de tumores de pâncreas. RNAs diferencialmente expressos e mutações somáticas com potencial relevância diagnóstica/clínica serão selecionados para avaliação em um painel independente de amostras de pacientes.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (2) . Integrantes: Eduardo Moraes Rego Reis - Coordenador / João C Setubal - Integrante / José Celso Ardengh - Integrante / Ester Risério Matos Bertoldi - Integrante / Omar Julio Sosa - Integrante / Maria Dirlei Begnami - Integrante / Renata Coudry - Integrante / Vinicius Ferreira da Paixão - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Cooperação / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Eduardo Moraes Rego Reis.
12.	2013-2014. Impact of elevated CO2 and drought on metabolism of Sorghum Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Marcos Silveira Buckeridge.
13.	2013-2016. NAP-USP - NUSCEP Nucleo de Pesquisa em Sinalizacao Celular na Interacao Patogeno-Hospedeiro Descrição: O estudo da biologia de parasitas, vírus e príons e de sua interação com o hospedeiro é fundamental para o desenvolvimento de novas estratégias que resultem em avanços nas áreas da saúde pública, agricultura e economia. Embora atualmente ocorra um crescente progresso na elucidação de mecanismos pelos quais os patógenos desenvolvem-se, nosso completo entendimento sobre as bases moleculares e celulares do processo de patogenicidade ainda é escasso. Portanto, o objetivo de se formar o NUSCEP é promover a integração de esforços em três abordagens: 1) caracterização das vias de sinalização e validação de sua relevância no ciclo infeccioso de patógenos a fim de identificar novas estratégias de controle; 2) investigação dos mecanismos pelos quais a resposta imune é modulada pelo patógeno; 3) uso da bioinformática para integração funcional de redes de sinalização dos processos biológicos. A proposta engloba pesquisadores de diferentes áreas, tais como, bioquímica, biologia celular e molecular, imunologia e bioinformática. A integração dessas áreas em torno de questões relevantes aos diversos aspectos da patogenicidade é chave na identificação dos componentes envolvidos em vias de sinalização que regulam interação e desenvolvimento dos patógenos. Nesse sentido nossas pesquisas incluirão estudos com Plasmodium falciparum e Plasmodium vivax, agentes etiológicos da malária humana, HPV, vírus responsável pela progressão do câncer de colo uterino em 99% dos casos relatados e príon, que desempenha papel crucial em encefalopatias espongiformes transmissíveis. Outro aspecto abordado incluirá a modulação da resposta imune na infecção. Tendo-se em vista a complexidade dos problemas, o uso de modelos computacionais será uma ferramenta complementar importante na integração e formação de redes de sinalização. Portanto, o apoio ao NUSCEP trará enormes frutos na formação de recursos humanos, geração de novas ideias e integração de áreas distintas, porém complementares.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / David C Martins - Integrante / Célia Regina da Silva Garcia - Coordenador. Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
14.	2013-2015. New genetic tools for Archaea: functional characterization and modeling of the non-coding RNA regulatory network of Halobacterium salinarum Descrição: Organisms from the Archaea domain are excellent models to investigate the different strategies used by living cells to thrive in extreme niches. The current proposal has as the main goal the investigation of the gene regulatory network of the model organism Halobacterium salinarum NRC-1. First, a new set of modular genetic tools will be developed to improve the capability to genetically manipulate this organism. Second, the regulatory role and the molecular mechanism of action of new non-coding RNAs (ncRNAs) will be investigated in H. salinarum. Finally, the newly in vivo generated information will be integrated with pre-existing knowledge in order to implement a computational model of the regulatory network in H. salinarum taking into account the interplay of both general transcriptional factors (GTFs) and ncRNAs. This integrative approach attempts to get insight into the molecular mechanisms used by this organism to adapt to environmental signals. The model predictions will be validated in vivo using pre-existing and newly implemented genetic tools. The expected results from this project would allow enhancing our knowledge about the adaptation mechanism used by this organism to thrive under hash environments, with high relevance for new biotechnological applications.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: Tie Koide - Coordenador / Rafael Silva-Rocha - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Tie Koide.
15.	2013-2019. Possiveis impactos das mudancas climatica globais em soja e os provaveis efeitos na qualidade de suas sementes Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Apoio à Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Marcos Silveira Buckeridge.
16.	2013-2014. Projeto em colaboracao internacional: Developing predictive mesoscale models for peptoids and their interactions Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Erik E. Santiso - Integrante / Keith E. Gubbins - Integrante. Financiador(es): The University Global Partnership Network - Auxílio financeiro. Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
17.	2013-2014. Projeto em colaboracao internacional: Exploring protein-nanoparticle Interactions by combining methods from theoretical physics, materials science, and protein chemistry Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Clas Persson - Integrante / Mathias Bostrom - Integrante. Financiador(es): Stiftelsen for internationalisering av hogre utbildning och forskning - Auxílio financeiro. Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
18.	2013-2014. Projeto em colaboracao internacional: Interacoes fundamentais em sistemas biomoleculares: Fisico-quimica e biofisica teorica basica conduzindo aplicacoes em nanobiotecnologia Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Integrante / BOSTRÖM, MATHIAS - Integrante / PERSSON, CLAS - Integrante / Torbjörn Åkesson - Coordenador / Magnus Ullner - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa. Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
19.	2013-2018. Rede de Cooperacao Academica para o Estudo e Desenvolvimento de Ferramentas para a Genomica Estrutural e Funcional Descrição: Objetivo principal: Fortalecer e ampliar o intercâmbio acadêmico entre os programas inter-unidades de Pós-Graduação em Bioinformática da UFMG (CAPES 6) e da USP (5), o de Biotecnologia da UFPA (CAPES 5) e o de Bioinformática da UFPR (CAPES 3) com a criação de uma rede voltada a aumentar a formação de recursos humanos em Biologia Computacional, em resposta à presente chamada. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Robson Francisco de Souza - Integrante / Gruber, A. - Integrante / André Fujita - Integrante / Alan Mitchell Durham - Integrante / Vasco Ariston de Carvalho Azevedo - Coordenador / Artur Luiz da Costa da Silva - Integrante / Maria Berenice Reynaud Steffens - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 6 Membro: Robson Francisco de Souza.
20.	2013-2016. Tecnicas de aprendizagem de maquina para o estudo high-throughput das interacoes sociais em primatas Descrição: Interações sociais são centrais nas vidas de humanos e de outros primatas. Muitas das interações ocorrem em, e são influenciados por, um contexto muito maior: a rede social. A estrutura da rede social é baseada nas interações passadas entre os indivíduos do grupo social e também das interações em tempo real que estão constantemente modificando a estrutura da rede. Assim, para entender como os indivíduos se comportam e interagem, é necessário investigar seus comportamentos in situ, ou seja, como uma função da rede social. Contudo, a influência da rede social nas interações é impossível de ser medida pois o rastreamento simultâneo e análise do comportamento de mais de dois indivíduos é muito difícil. Além disso, mesmo uma vez obtido os dados das interações de diversos indivíduos, devido a seu imenso volume, multidimensionalidade e heterogeneidade, a análise se torna extraordinariamente complexa. Devido a esses fatores, o objetivo do presente projeto de pesquisa que será realizado em conjunto com o grupo do Prof. Asif Ghazanfar da Universidade de Princeton consiste em desenvolver metodologias para a coleta e monitoramento do comportamento de dez ou mais indivíduos simultaneamente ao longo do tempo e também de métodos computacionais para sua análise, a fim de entender melhor as interações sociais entre indivíduos dentro do seu contexto de um grupo maior. Para este projeto, usaremos macacos saguis como nosso modelo de estudo, o que nos permitirá realizar experimentos de intervenção no sistema para responder perguntas específicas. Com o desenvolvimento deste projeto, construiremos o maior e mais completo conjunto de dados longitudinal de saguis interagindo entre eles até o momento além também de um pipeline computacional para analisar os dados massivos de áudio e vídeo gerados pelo registro contínuo dos saguis, o que permitirão que outros grupos de pesquisa iniciem estudos de interações high-throughput entre primatas não-humanos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Andre Fujita.

2012

1.	2012-Atual. Aspectos moleculares da interacao de Xylella fastidiosa com seu hospedeiro vegetal Descrição: Este projeto tem como objetivo investigar aspectos moleculares da interação de Xylella fastidiosa com seu hospedeiro vegetal através da análise comparativa do genoma e do transcritoma completo de diferentes linhagens deste fitopatógeno. As diferenças detectadas serão associadas aos distintos fenótipos das linhagens, em particular aqueles potencialmente associados à adaptação ao hospedeiro vegetal e a virulência desta bactéria. Esta investigação envolverá: sequenciamento completo do genoma de novas linhagens de X. fastidiosa, anotação e comparação de genomas completos já conhecidos, reconstrução da filogenia das linhagens de X. fastidiosa através de uma abordagem de filogenômica, sequenciamento do transcritoma de linhagens selecionadas crescidas em meio de cultivo que mimetiza o xilema, mapeamento dos transcritos no genoma, identificação de regiões regulatórias, identificação e caracterização funcional pequenos RNAs não-codificantes. Análises proteomicas e metabolomicas também serão realizadas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (4) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Coordenador / Paulo Adriano Zaini - Integrante / Andrea Cristina Fogaça - Integrante / Patrícia Isabela Pessoa da Silva - Integrante / Paulo Marques Pierry - Integrante / João C. Setubal - Integrante / Steve E Lindow - Integrante / Michael Ionescu - Integrante / Joaquim Martins-Junior - Integrante / Oseias Feitosa Junior - Integrante / Ana Paula Silva de Souza - Integrante / Guillermo Uceda Campos - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro / Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Número de produções C, T & A: 12 Membro: Aline Maria da Silva.
2.	2012-Atual. Estudos da diversidade microbiana do Parque Zoologico de Sao Paulo Descrição: Este projeto tem por objetivo geral coletar, analisar e prospectar dados moleculares de três microbiomas existentes no Parque Zoológico do Estado de São Paulo: compostagem vegetal da mata atlântica, lago, e fezes de macacos bugio. O projeto fará uso de diversas metodologias, sendo as principais a metagenômica por pirossequenciamento, a identificação dos isolados microbianos por espectrofotometria de massa, e bioinformática. O projeto inclui pesquisadores da USP (campi Butantan e Zona Leste), da UNIFESP (campi Vila Clementino e Diadema), e da Fundação Parque Zoológico de São Paulo. O projeto trará novos resultados sobre a biodiversidade de microorganismos e de biomas específicos, com prospecção e o estabelecimento de coleções de linhagens microbianas; desenvolvimento de estratégias para a rápida identificação e transferência de linhagens com potencial de aplicação biotecnológica e industrial; e bioprospecção de produtos microbianos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (3) . Integrantes: Joao Carlos Setubal - Coordenador / Sergio verjovski-Almeida - Integrante / Luciano A. Digiampietri - Integrante / Julio Cezar de Oliveira - Integrante / da Silva, Aline M - Integrante / Renata Pascon - Integrante / Marcelo Vallim - Integrante / Luiz Juliano Neto - Integrante / João Batista da Cruz - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Joao Carlos Setubal.
3.	2012-2017. Genomica comparativa de toxinas polimorficas e evolucao de genomas virais Descrição: Propomos a implementação de uma plataforma genérica para anotação de genes e sua aplicação em dois projetos de genômica comparativa: (1) a expansão da análise de toxinas e sistemas secretórios relacionados (ToxImmDB) e (2) a análise evolutiva de vírus de DNA dupla fita (VirusDB). A análise de toxinas a ser realizada utilizando o ToxImmDB buscará expandir nosso conhecimento sobre as toxinas polimórficas encontradas em várias linhagens de bactérias, buscando novos domínios efetores e proteínas de imunidade, bem como um melhor entendimento do papel desses sistemas na evolução de comunidade bacterianas como biofilmes e a flora bacteriana humana. A análise da evolução de genomas virais que motiva a implementação do VirusDB buscará avaliar hipóteses sobre as relações evolutivas entre os vírus de DNA núcleo- citoplasmáticos (NCLDV) e os fagos de DNA de bactérias (Caudovirales). Ambos os projetos contribuirão para um melhor entendimento da função e evolução de proteínas nesses sistemas e gerarão dados a serem incorporados na classificação de domínios proteicos que estamos desenvolvendo.. Situação: Desativado; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Robson Francisco de Souza - Coordenador / Aravind, L - Integrante / Iyer, Lakshminarayan M. - Integrante / Rodrigo A. S. Barreiro - Integrante. Número de produções C, T & A: 2 Membro: Robson Francisco de Souza.
4.	2012-2014. Investigacao das bases moleculares da resistencia de Rhipicephalus microplus e Cochliomyia hominivorax a parasiticidas Descrição: Doenças parasitárias afetam profundamente a produtividade animal e a venda de animais vivos ou derivados e, consequentemente, representam um grande impacto no desenvolvimento do setor agropecuário nos países sul americanos. O controle de parasitas é realizado quase que exclusivamente através da aplicação de produtos químicos ectoparasiticidas, mas uma grande preocupação que surge com o uso dos desses produtos é a seleção de linhagens resistentes. Tendo em vista a importância do desenvolvimento de resistência à parasiticidas no manejo de pragas e a escassez de informações sobre as bases moleculares da resistência metabólica à inseticidas, este projeto visa a comparação de linhagens resistentes e suscetíveis à parasiticidas em duas espécies-praga da pecuária, R. microplus, e C. hominivorax. A comparação das linhagens será realizada através de RNA-seq, um dos mais recentes e eficazes métodos disponíveis para análise de níveis de expressão gênica em escala genômica.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Coordenador / Guilherme Marcondes Klafke - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Tatiana Teixeira Torres.
5.	2012-2017. Investigacao de Circuitos Neuronais e Marcadores Biologicos Envolvidos no Transtorno Obsessivo-Compulsivos por meio de Paradigmas Comportamentais de Medo e Ansiedade: uma Perspectiva Translacional Descrição: Os objetivos principais deste temático são aprofundar os conhecimentos sobre a fisiopatologia do transtorno obsessivo-compulsivo (TOC) utilizando um novo modelo compreensivo e direcionar este conhecimento para a identificação de fatores preditivos de resposta aos tratamentos disponíveis e a novas abordagens terapêuticas. Ao invés de investigar o TOC a partir de aspectos fenotípicos, como fizemos em temáticos anteriores, neste projeto utilizaremos paradigmas comportamentais estabelecidos na fisiopatologia do medo e da ansiedade, que envolvem redes e circuitos neuronais específicos. Em seguida, será avaliado o impacto de intervenções terapêuticas psicológicas, farmacológicas e neurocirúrgicas nestes mesmos paradigmas. Num formato semelhante, os paradigmas e tratamento farmacológico também serão realizados em crianças com TOC e crianças saudáveis antes e depois do tratamento. Simultaneamente, serão investigados aspectos neuropsicológicos, eletroencefalográficos e de neuroimagem, assim como marcadores periféricos associados ao desempenho nestes paradigmas, antes e após os tratamentos. Com base nos circuitos cerebrais envolvidos nestes paradigmas será ainda analisado o perfil de expressão gênica e metilação em áreas específicas de tecidos cerebrais post-mortem de pessoas que eram portadoras de TOC. Os mesmos paradigmas serão utilizados em um modelo animal de TOC pré e pós tratamento. Nestes animais, além dos resultados comportamentais, será estudado o perfil de expressão cerebral de genes previamente associados à etiologia do TOC. Pretende-se também desenvolver um novo modelo de análise estatística dos dados obtidos, visando otimizá-los de modo a diminuir a exposição de pacientes a procedimentos com baixa chance de efetividade.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Integrante / Roseli Gedanke Shavitt - Integrante / Guilherme Polanczyk - Integrante / Euripedes Constantino Miguel - Coordenador / Marcus Lira Brandão - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Helena Paula Brentani.
6.	2012-2015. Meiotic Sex Chromosome Inactivation in Drosophila Descrição: In several different taxa, there is indubitable evidence of transcriptional silencing of the X and Y chromosomes in male meiotic cells of spermatogenesis. However, the so called meiotic sex chromosome inactivation (MSCI) has been recently a hot bed for debate in Drosophila melanogaster. There are cytological and genetic observations, data from transgenic constructs with testis-specific promoters, global expression profiles obtained from mutant, wild-type, larvae and adult testes as well as from cells of different stages of spermatogenesis. There is no dispute on that D. melanogaster spermatogenesis presents a down-regulation of X chromosome that does not result from the lack of dosage compensation. However, the issue is currently focused on the level of reduction of X-linked expression, the precise time it occurs and how many genes are affected. The deep examination of data and experiments exposes the limitations intrinsic to the methods of studying MSCI in D. melanogaster. The current methods do not allow us to affirm anything else than the X chromosome down-regulation in meiosis (MSCI). Therefore, conclusion about level, degree or precise timing is inadequate. This project will implement new approaches to know the details of MSCI or other processes involved for D. melanogaster model.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (1) . Integrantes: Maria Dulcetti Vibranovski - Coordenador. Financiador(es): The Pew Charitable Trusts - Auxílio financeiro. Membro: Maria Dulcetti Vibranovski.
7.	2012-2014. Modelos computacionais para familias de proteinas relevantes em bioenergia microbiana Descrição: Criação de modelos ocultos de Markov que representem famílias de proteinas de processos microbianos relevantes para aplicações biotecnológicas em bioenergia. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Joao Carlos Setubal - Coordenador / Claudia B. Monteiro-Vitorello - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Joao Carlos Setubal.
8.	2012-2016. Modelos e metodos de e-Science para ciencias da vida e agrarias Descrição: Este projeto visa a criação de uma rede colaborativa de eScience para acelerar pesquisa avançada em ciências da vida (biologia, medicina, oceanografia) e ciências agrárias. Está estruturado em tomo de cinco linhas de pesquisa - biologia de sistemas, planejamento de safras, computação visual, modelagem matemática e bancos de dados. Vigência: 01 de fevereiro de 2012 - 31 de janeiro de 2016. Coordenador Geral Roberto Marcondes Cesar Jr.. Coordenador da área de Banco de Dados: João Eduardo Ferreira.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Marcelo Camacho Souza - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / João Marcelo Borovina Josko - Integrante. Membro: Joao Eduardo Ferreira. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr. - Coordenador. Membro: Andre Fujita.
9.	2012-2017. NAP-USP eScience Descrição: Modern science is interdisciplinary and data-intensive. For instance, in the 1000 Genomes Project (www.1000genomes.org), the comparative study of 629 individuals has already generated 7.3 TB of data. Analogous situations exist in fields such as astronomy, agriculture, social sciences, etc. Ten years ago, the problem was how to obtain data. Today, the bottleneck is the need for new computational strategies and tools so that scientists can manage these massive volumes of heterogeneous, distributed, data, so that they can generate new knowledge from the processing, analysis and visualization of the data. This launched the basis of the so-called eScience: the combination of advanced research in computer science and mathematical modeling to allow and accelerate research in other knowledge domains. National programs in eScience have been created in the US, GB, Australia and other countries, that recognized the importance of this theme for the advancement of science. The main goal of this project is the design and construction of a collaborative network for research in eScience, in a partnership that involves computer science, mathematical modeling and specific domains in the exact, life, agricultural sciences and social sciences.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ariane Machado Lima - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr. - Coordenador. Membro: Ariane Machado Lima.
10.	2012-2016. Nucleo de Apoio a Pesquisa em Doencas Inflamatorias - NAP-DIN Descrição: Pretende-se com a criação do núcleo criar condições institucionais que viabilize a estruturação de um grupo de pesquisa constituído de pesquisadores das áreas básicas e clínicas associados a químicos medicinais com objetivo de investigar as Doenças Inflamatórias. As seguintes doenças inflamatórias serão investigadas: infecciosas (leishmaniose, doença de Chagas, paracoccidioidomicose, toxoplasmose, tuberculose, sepse); autoimunes (artrite reumatóide, psoríase, doenças inflamatórias intestinais, pênfigo); alérgicas (asma); vasculares (aterosclerose). A interação de pesquisadores com formações multidisciplinares permitirá o desenvolvimento de projetos de pesquisa translacional, favorecendo a rápida identificação de novos alvos terapêuticos. Isto permitirá o desenvolvimento de novos métodos diagnósticos e/ou novos medicamentos para tratamento destas doenças.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (38) / Especialização: (25) / Mestrado acadêmico: (40) / Doutorado: (51) . Integrantes: Silvana Giuliatti - Integrante / Eduardo Antonio Donadi - Integrante / Flavio da Silva Emery - Integrante / Virgínia Paes Leme Ferriani - Integrante / Fernando de Queiróz Cunha - Coordenador / Paulo Louzada Júnior - Integrante / João Santana da Silva - Integrante / Vania Luiza Deperon Bonato - Integrante / Thiago Mattar Cunha - Integrante / Jose Carlos Farias Alves Filho - Integrante / Dario Simões Zamboni - Integrante / Ana Maria Ferreira Roselino - Integrante / Cacilda da Silva Souza - Integrante / Rita Cassia A. Tostes - Integrante / Sérgio Henrique Ferreira - Integrante / Elcio dos Santos Oliveira Vianna - Integrante / Anibal Basile Filho - Integrante / Francisco José A. de Paula - Integrante / Antonio Pazin Filho - Integrante / Ana Paula C. Panzeri Carlotti - Integrante / Marcos de Carvalho Borges - Integrante / Cristina Ribeiro de Barros Cardoso - Integrante / Sandra Yasuyo Fukada Alves - Integrante / Ana Maria Oliveira - Integrante / Giuliano Cesar Clososki - Integrante / Carlos Henrique Tomich de Paula da Silva - Integrante / Carlos Renato Tirapelli - Integrante / Geraldo Aleixo S. Passos - Integrante. Membro: Silvana Giuliatti.
11.	2012-2017. Nucleo e-Science de Apoio a Pesquisa da Universidade de Sao Paulo Descrição: Projeto financiado pela Pró-Reitoria de Pesquisa da Universidade de Sáo Paulo. vigência 30/06/2012 a 30/05/2016. Coordenador Geral: Roberto Marcondes Cesar Jr.. Coordenador da área de Banco de Dados: João Eduardo Ferreira.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Marcelo Camacho Souza - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / Mina Cintho - Integrante / João Marcelo Borovina Josko - Integrante. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Joao Eduardo Ferreira.
12.	2012-2015. PlantSimLab: A Simulation Laboratory for Plant Biology Descrição: The goal of the project is to develop a network modeling tool, PlantSimLab, that enables plant biologists to build, validate, and use intuitive computer models, with a user interface that does not require mathematical or modeling expertise. No such tool is currently available.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Joao Carlos Setubal - Integrante / Brett Tyler - Integrante / Reinhard Laubenbacher - Coordenador / John McDowell - Integrante. Financiador(es): National Science Foundation - Auxílio financeiro. Membro: Joao Carlos Setubal.
13.	2012-Atual. Sao Paulo- Minas Gerais Neglected Tropical Disease Research Center for Biomarker Discovery Descrição: Chagas disease remains one of the most neglected diseases in the world, with recent estimates indicating 8-10 million infected people in Latin and Central America and only one marginally effective therapeutic. The lack of good biomarkers for active infection or clinical end-points poses a problem both for individual patient prognosis and for assessing the performance of new drugs or therapeutic interventions. In this project the main computer challenge is the development of database system in order to integrate data clinical and data tests from patients.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Ester C. Sabino - Coordenador / Osvaldo Kotaro Takai - Integrante / Helves Domingues - Integrante / Leonardo Tadashi Kamaura - Integrante. Financiador(es): National Institure of Health- USA - Auxílio financeiro. Membro: Joao Eduardo Ferreira.
14.	2012-2018. Suporte ao Desenvolvimento de Ontologias Biomedicas usando UML Descrição: Ontologias têm sido cada vez mais usadas no domínio biomédico, o que favoreceu o surgimento de diferentes iniciativas para facilitar seu desenvolvimento e uso. O Open Biological and Biomedical Ontologies (OBO) Foundry é um consórcio que provê um repositório de ontologias no domínio biomédico, as quais são desenvolvidas de acordo com um conjunto comum de princípios. Este consórcio desenvolveu uma ontologia de relacionamentos com o objetivo de padronizar os diferentes tipos de classes de entidades biológicas e os relacionamentos associados. A partir desta ontologia, foram desenvolvidos diferentes perfis UML para permitir a modelagem formal destes tipos de classes de entidades e seus relacionamentos. Estes perfis contêm um conjunto de elementos de modelagem específicos que podem ser utilizados na criação de ontologias/modelos conceituais do domínio biomédico de forma padronizada. Neste sentido, este projeto tem por objetivo desenvolver ferramentas de suporte ao desenvolvimento de ontologias biomédicas utilizando os perfis UML propostos. Em particular, serão investigados o desenvolvimento de um editor gráfico com suporte à verificação automática de regras de integridade e um tradutor de modelos UML para representações no formato OBO (formato de ontologias da OBO Foundry). Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: Cléver Ricardo Guareis de Farias - Coordenador / Ricardo Cacheta Waldemarin - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa. Membro: Clever Ricardo Guareis de Farias.
15.	2012-2014. Transactional Model and Performance Analysis for Business Processes and e-Science Applications. Descrição: In modern science and business process studies the main challenge is not anymore in data acquisition but mainly in data processing, analysis, storage and transfer. To treat these challenges, workow and business process systems have received increased attention from research and industry communities. Despite of the signicant eorts and software tools developed, the workows and business processes still oer a scenario with several research challenges, mainly related to the scalability and reliability of their execution in the new collaborative and high-performance computing platforms. In this pro ject, we are focusing in two important issues (called axes) belonging to this scenario: transaction processing and prediction of performance related to dierent phases of the workow life cycle. The rst axis is related to transaction processing aiming to grant a exible and reliable environment for the modeling and execution of workows. The second research axis is related to prediction of performance of workows by means of formal modeling, in order to support a better provisioning of resources and a better scheduling of tasks in such type of applications. To validate the results obtained in these two research axes, we will use two real-world case studies that are important examples of both workows and e-Science applications. In addition to the academic results provided in this project, we also hope to increase the research capability of the DATA group through two important research axes and also the validation of academic results based on two important case studies.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador / Luciano V Araújo - Integrante / Marcio Katsumi Oikawa - Integrante / Osvaldo Kotaro Takai - Integrante / Kelly Rosa Braghetto - Integrante / Pedro Paulo de Souza Bento da Silva - Integrante / André Luis schwerz - Integrante / Marcela Ortega Garcia - Integrante / Rafael Liberato - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Joao Eduardo Ferreira.
16.	2012-2017. Uso da abordagem de biologia de sistemas para desenvolver um modelo de funcionamento em plantas Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Cooperação. Membro: Marcos Silveira Buckeridge.
17.	2012-2017. USP e-Science Research Network Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr. - Coordenador. Membro: Andre Fujita.

2011

1.	2011-2012. ?Candidatus Mycoplasma haemolamae? genome sequencing, annotation, and analysis Descrição: The annotation and analysis of the complete genome of CMhl will have considerable impact on our understanding of how this hemotropic mycoplasma (hemoplasma) causes disease and provide new insights into its evolution and metabolism. Sequencing of CMhl is particularly important given our inability to culture this and other hemoplasmas in vitro. The impact of our understanding of their biology might be best compared to sequencing the genomes of Tropheryma whipple (Renesto P et al., 2003) and Treponema pallidum (Norris SJ et al., 2001), fastidious bacterial pathogens for which in vitro growth had not been possible. The sequenced genomes of these organisms were analyzed to identify specific metabolic deficiencies, which allowed for the design of culture media to support their continuous in vitro growth. Thus, the analysis of gene function and construction of metabolic pathways is likely to yield important information about what components or nutrients are required for in vitro cultivation of CMhl and which genes are important targets for diagnostic investigation and vaccine development.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Ana Marcia de Sá Guimarães - Integrante / Joanne Belle Messick - Coordenador / Santos, Andrea Pires - Integrante / Janice E. Sojka - Integrante. Membro: Ana Marcia de Sa Guimaraes.
2.	2011-2014. Avaliacao da Doenca de Alzheimer Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Helena Paula Brentani.
3.	2011-2014. Avaliacao quantitativa de variacoes geneticas raras e comuns no sistema dopaminergico relacionadas ao transtorno de deficit de atencao/hiperatividade e aos seus fenotipos intermediarios Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Helena Paula Brentani.
4.	2011-2013. Causalidade de Granger entre grupos de series temporais: desenvolvimento de metodologias para selecao de modelos e extensoes no dominio da frequencia com aplicacoes em Biologia Molecular e Neurociencia. Descrição: Wiener (1956) e Granger (1969) introduziram um conceito intuitivo de causalidade (causalidade de Granger) entre duas variáveis que é baseada na ideia de que um efeito nunca ocorre antes de sua causa. Apesar da causalidade de Granger não ser uma "causalidade efetiva" no sentido Aristotélico, este conceito é muito útil para identificar direcionalidade e fluxo de informação em dados observados (biológicos, econômicos, financeiros, etc). Geweke (1984) generalizou esse conceito de causalidade para o caso multivariado, ou seja, quando m séries temporais Granger-causam uma série temporal, enquanto Fujita et al. (2010) generalizaram para o caso entre grupos de variáveis, isto é, quando m séries temporais Granger-causam n outras séries temporais. Apesar da técnica para a identificação da causalidade de Granger entre grupos ser útil para explicar certos eventos naturais, ainda existem algumas limitações a serem superadas. Por exemplo, para sua identificação em dados reais, é necessário definir de forma objetiva quais variáveis pertencem a quais grupos quando nenhuma informação a priori sobre a estrutura dos grupos é fornecida. Além disso, pouco (ou nada) se é conhecido sobre a causalidade de Granger entre grupos de séries temporais no domínio da frequência. Assim, neste projeto, propõe-se desenvolver um critério para seleção de modelos, isto é, uma maneira de definir de forma objetiva quais variáveis pertencem a quais grupos; e também um conceito e metodologia para a identificação de causalidade de Granger entre grupos de séries temporais no domínio da frequência. Propõe-se, ainda, aplicar as técnicas desenvolvidas aqui em dados de expressão gênica relacionados com o câncer e também em dados de ressonância magnética funcional, afim de obter uma melhor compreensão da intrincada rede de interações gênicas no câncer e também da conectividade do cérebro sob diferentes estímulos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Andre Fujita.
5.	2011-2014. Commoditizing Data-Intensive Biocomputing in the Cloud Descrição: Criação de infra-estrutura de sofware para utilização da Cloud Azure da Microsoft para problemas de larga escala em genômica. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: Joao Carlos Setubal - Integrante / Feng, Wu-chun - Coordenador. Membro: Joao Carlos Setubal.
6.	2011-2019. Degradacao da Parede Celular em raizes de cana de acucar Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Marcos Silveira Buckeridge.
7.	2011-2018. Desenvolvimento e Composicao de Servicos Web Semanticos para Suporte a Analise de Dados de Expressao Genica Descrição: O desenvolvimento baseado em serviços surgiu nos últimos anos como um novo paradigma para a construção de sistemas computacionais. De maneira geral, procura-se desenvolver e disponibilizar as funcionalidades de uma aplicação como um componente aberto, isto é, um elemento computacional autônomo, cujo comportamento externamente observável pode ser descrito, publicado, descoberto e invocado utilizando protocolos e padrões abertos. Novas aplicações podem então ser desenvolvidas através da composição dos serviços individuais de um conjunto de componentes abertos. Serviços web semânticos representam uma evolução de serviços web. Serviços web semânticos consistem de serviços web anotados com informações semânticas provenientes de uma ontologia ou modelo conceitual. Os principais benefícios do uso de serviços web semânticos incluem melhor suporte à descoberta, integração e composição. O objetivo geral deste projeto é investigar o desenvolvimento, composição e uso serviços web semânticos no desenvolvimento de aplicações de suporte à análise de dados de expressão gênica. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . Integrantes: Cléver Ricardo Guareis de Farias - Coordenador / Luís Ferreira Pires - Integrante / Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio - Integrante / Gabriela Der Agopian Guardia - Integrante / Wilson Araújo da Silva Junior - Integrante / Matheus de Lara Calache - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa. Membro: Clever Ricardo Guareis de Farias.
8.	2011-Atual. Estudos de metagenomica da comunidade microbiana da compostagem do Zoologico de Sao Paulo Descrição: Este projeto visa o estudo da diversidade microbiana envolvida na degradação de biomassa durante o processo de compostagem. Através de um projeto colaborativo com a Fundação Parque Zoológico de São Paulo e a UNIFESP, estamos gerando dados metagenômicos de amostras coletadas da unidade de compostagem instalada no Parque Zoológico de São Paulo. Nossos objetivos são investigar bactérias cultiváveis e não-cultiváveis nestas comunidades microbianas complexas e buscar, nestes metagenomas, por novas enzimas com potencial para aplicação industrial.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (4) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / Layla Farage Martins - Integrante / Julio C. F. de Oliveira - Integrante / João C. Setubal - Coordenador / Luciana Antunes Principal - Integrante / Luiz Juliano Neto - Integrante / João Batista da Cruz - Integrante / Luciano A. Digiampietri - Integrante / Cristina Viana-Niero - Integrante / Renata C. Pascon - Integrante / Deibs Barbosa - Integrante / Karen Cristina Lombardi - Integrante / QUAGGIO, RONALDO B. - Integrante / Roberta Verciano Pereira - Integrante / Suzana Eiko Sato Guima - Integrante / Remigio Cenepo Escobar Rodrigues - Integrante / Raquel Riyuzo de Almeida Franco - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 13 / Número de orientações: 1 Membro: Aline Maria da Silva.
9.	2011-2011. Hemotrophic mycoplasmas in Florida Panthers (Puma concolor) Descrição: The aim of this project is to evaluate the prevalence of the three feline hemotrophic mycoplasmas (M. haemofelis, 'Candidatus M. haemominutum', 'Candidatus M. turicensis' in free-ranging Florida panthers (Puma concolor). More than 200 samples collected over a period of 8 years will be analyzed. This project is part of the Merial Summer Scholars Fellowship Program of the Purdue Veterinary student Jamie Blickensderfer.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Ana Marcia de Sá Guimarães - Integrante / Messick, Joanne B. - Coordenador / Santos, A. P. - Integrante. Financiador(es): Merial Saúde Animal - Bolsa. Membro: Ana Marcia de Sa Guimaraes.
10.	2011-2013. Integracao de Dados na Biologia Sistemica: Caracterizacao de Fenomenos Biologicos a partir de Informacoes Estruturais e Funcionais Descrição: The purpose of this project is to develop a modeling that allows: a) analysis of gene expressions and GRNs inference; b) generation of techniques for integration of biological data with the intention of characterization and identification of the biological process; c) integration between the functional analysis and structural analysis. In this sense, it is expected in this project the development of a software environment for the integration of several biological data sources in different levels, allowing to investigate the relationship between biological network structure and its biological function.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / David C Martins - Integrante / Helena P. Brentani Samaia - Integrante / Fabrício Martins Lopes - Integrante / Marie-Anne Van Sluys - Integrante / Sérgio Nery Simões - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 1 Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
11.	2011-2013. Investigacoes da cascata de segmentacao na regiao anterior do embriao de Drosophila melanogastere do sciarideo Trichosia pubescens Descrição: A cascata de segmentação na região anterior do embrião da Drosophila melanogaster, correspondente a futura cabeça, foi pouco estudada e seu funcionamento é pouco conhecido em relação à outras partes. Dados recentes da literatura indicam a existência de uma rede gênica complexa regulando esta parte do embrião. Nossa hipótese é de que desta rede façam parte atividades repressoras necessárias para posicionar corretamente faixas de expressão pair-rule, e impedir que estas faixas sejam formadas na região anterior da cabeça onde elas normalmente não ocorrem. Nosso objetivo é investigar a regulação transcricional dos promotores modulares dos genes pair-rule com a finalidade de identificar os fatores trans-reguladores e os mecanismos moleculares de repressão atuando nos alvos cis-reguladores. Para isto propomos experimentos genéticos e de expressão ectópica para analisar in vivo, por meio de hibridações in situ de todo embrião, os efeitos desencadeados por candidatos reguladores dos genes pair-rule. Paralelamente, propomos estudar a segmentação do sciarídeo Trichosia pubescens. Aspectos moleculares da segmentação foram investigados em poucas espécies, contudo, as evidências já obtidas indicam diferenças fundamentais entre o funcionamento da cascata na região anterior do embrião de Drosophila e de outros insetos e mesmo de outros dípteros. A Drosophila é uma espécie derivada entre os dípteros, portanto, somente estudos com outras espécies revelariam formas da cascata de segmentação mais comuns dentro do grupo, e possibilitariam um entendimento do processo evolutivo da segmentação nos dípteros e em insetos de uma forma geral. Nossa opção pela Trichosia reside no fato de que esta é uma espécie da base do grupo, diferentemente da Drosophila. Além disso, a Trichosia reúne características favoráveis para estudos de embriogênese que pretendemos explorar. Para esta solicitação propomos a clonagem e determinação de padrões de expressão de ortólogos de genes gap da cabeça, que fornec. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) . Integrantes: Ariane Machado Lima - Integrante / Luiz Paulo Andrioli - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 3 Membro: Ariane Machado Lima.
12.	2011-2015. Nucleo de Apoio a Pesquisa em Biodiversidade e Computacao Descrição: Esta proposta tem por objetivo consolidar um grupo de pesquisa fortemente transdisciplinar que visa se tornar um pólo de referência no tratamento das questões ligadas à biodiversidade neotropical e computação. O Núcleo de Apoio a Pesquisa em Biodiversidade e Computação (NAP BioComp) promoverá uma maior interação entre diversas áreas do conhecimento ? Biologia, Computação, Engenharia Elétrica e Matemática - fundamentais para aumentar o conhecimento sobre a biodiversidade neotropical, as formas de preservá-la e usá-la de modo sustentável. A criação do NAP BioComp está em consonância com a implementação do Intergovernmental Science-Policy Platform on Biodiversity and Ecosystem Services pela ONU, que visa unir especialistas em biodiversidade e os tomadores de decisão em torno dos serviços de ecossistemas e sua importância para o uso sustentável dos recursos naturais. A perda de biodiversidade é uma das mais sérias ameaças causadas pela ação do homem na Terra, alterando para sempre o nosso planeta, juntamente com alterações globais e de ciclagem de nutrientes. Lidar com estes problemas para subsidiar a decisão política exige formação técnico-científica competente, avançada e integrada especialmente nas áreas de Biodiversidade e Computação, mas com forte aporte das outras ciências, o que resultará em conhecimentos importantes também na interface agricultura e conservação.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Integrante / Cristina Yumi Miyaki - Integrante / Antonio Mauro Saraiva - Coordenador / Carlos Alberto Garófalo - Integrante / José Rubens Pirani - Integrante / Lionel S. Gonçalves - Integrante / Vera Lucia I. Fonseca - Integrante / Vítor Heloiz Nascimento - Integrante. Membro: Tatiana Teixeira Torres.
13.	2011-2016. Tematico-Pronex: Modelos e metodos de e-Science para ciencias da vida e agrarias Descrição: A ciência moderna é crescentemente interdisciplinar e intensiva em dados. Na área de ciências da vida, por exemplo, com o surgimento de plataformas de alto desempenho para análise de imagens e estudos genômicos, o gargalo não está mais na aquisição de dados, mas sim no seu armazenamento, processamento, análise e visualização. Este cenário levou ao surgimento de um novo campo de pesquisa - eScience - que combina pesquisa avançada em computação e em modelagem matemática para permitir e acelerar pesquisa em outros domínios do conhecimento, desde as ciências exatas até as humanidades e artes. A eScience envolve a chamada "computação centrada em dados" (data-intensive computing), com a busca de soluções para gerenciamento de grandes volumes de dados produzidos por (e para) experimentos científicos, para que a descoberta científica não venha a ser detida pelo "dilúvio de dados". Este projeto visa a criação de uma rede colaborativa de eScience para acelerar pesquisa avançada em ciências da vida (biologia, medicina, oceanografia) e ciências agrárias. Está estruturado em tomo de cinco linhas de pesquisa - biologia de sistemas, planejamento de safras, computação visual, modelagem matemática e bancos de dados. Dentro dessas linhas, serão tratadas questões em aberto associadas às principais componentes de um ambiente de pesquisa em eScience: armazenamento, processamento, análise e visualização de grandes volumes de dados científicos. Os pesquisadores principais têm histórico de cooperação e coordenação de projetos nessas linhas. Questões de interoperalidade permeiam todo o projeto.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
14.	2011-2015. The Oomycete-Soybean Coordinated Agricultural Project Descrição: The Oomycete-Soybean Coordinated Agricultural Project (CAP) is a community, transdisciplinary effort of 28 co-project directors at 17 institutions. The Virginia Bioinformatics Institute at Virginia Tech is the lead institution. Brett Tyler is the lead PD. The project is funded by the the Agriculture and Food Research Initiative (AFRI) of the National Institute of Food and Agriculture (NIFA), an agency within the U.S. Department of Agriculture (USDA).. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Joao Carlos Setubal - Integrante / Brett Tyler - Coordenador / John McDowell - Integrante. Financiador(es): United States Department of Agriculture - Auxílio financeiro. Membro: Joao Carlos Setubal.

2010

1.	2010-2013. Avaliacao da biodiversidade de bacterias associadas a ambientes de mina Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Integrante / Laura Maria Mariscal Ottoboni - Coordenador / Camila Carlos - Integrante / Viviane Drumond Rodrigues - Integrante / Oswaldo Garcia Jr - Integrante / Nancy C Stoppe - Integrante / Ana Paula Guarnieri Christ - Integrante / Diana Marcela Henao Ossa - Integrante / Pablo dos Santos Pina - Integrante / Denise Bevilaqua - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Tatiana Teixeira Torres.
2.	2010-2013. Caracterizacao da microbiota associada ao muco de corais escleractineos do litoral do Estado de Sao Paulo por pirosequenciamento Descrição: http://www.bv.fapesp.br/pt/auxilios/28821/caracterizacao-da-microbiota-associada-ao-muco-de-corais-escleractineos-do-litoral-do-estado-de-sao-/. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Integrante / Laura Maria Mariscal Ottoboni - Coordenador / Camila Carlos - Integrante / Fabiana Alexandrino - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Tatiana Teixeira Torres.
3.	2010-Atual. Consortium for the Analysis of the Diversity and Evolution of Latin America Descrição: We are an international, multidisciplinary consortium involving academic researchers studying the biological diversity of Latin Americans and its social context. We are currently focusing on individuals from five countries: Mexico, Colombia, Peru, Chile and Brazil. In these individuals we are performing a characterization of their physical appearance, examining their genetic make-up and social background, and evaluating their perception and attitudes regarding themselves and others. With this research we aim to probe a broad range of questions relevant to anthropological, biological and medical research. We also aim to explore the complex relationship between social and biological factors impinging on ideas about ethnic identity and race, and reflectively examine the motivations of biological research in Latin American populations. Our work is supported by the academic institutions involved: the Leverhulme Trust, the Biotechnology and Biological Sciences Research Council.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tabita Hunemeier - Integrante / Maria Cátira Bortolini - Integrante / Víctor Acuna-Alonzo - Integrante / ANDRES RUIZ-LINARES - Coordenador / Gabriel Bedoya - Integrante / Francisco Rothhammer - Integrante / Jorge Gomez-Valdes - Integrante / Rolando Gonzalez-Jose - Integrante / Virginia Ramallo - Integrante / David Balding - Integrante. Membro: Tabita Hunemeier.
4.	2010-2017. Criacao e analise de indicadores de dados clinicos e moleculares de pacientes HIV para gestao e tomada de decisao do PN-DST-AIDS Descrição: Desenvolvimento de ferramentas computacionais para criação e análise de indicadores dos dados clínicos e moleculares de pacientes HIV para gestão e tomada de decisão do Departamento de DST, Aids e Hepatites Virais, bem como a Implementação do Teste de Genotipagem para detecção de mutações que geram resistência ao Inibidor de Entrada ? Enfuvirtida ? em pacientes submetidos ao HAART, mas sem tratamento prévio com esta classe de drogas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador / Luciano V Araújo - Integrante / Ester C. Sabino - Integrante / Leonardo Tadashi Kamaura - Integrante. Financiador(es): Ministéria da Saúde - Programa Nacional Doenças Sexualmente Transmissíveis - Cooperação. Membro: Joao Eduardo Ferreira.
5.	2010-2012. Engenharia fisiologica da biomassa lignocelulosica da cana-de-acucar Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Marcos Silveira Buckeridge.
6.	2010-2011. Evaluation of monetary income and human age as predictors of the number of pets in a city Descrição: This study aim to investigate monetary income and age as predictors for the number of cats and dogs in Pinhais, PR. Data generated in a census performed by the city hall will be used to evaluate if monetary income and age in households can be used to predict and/or are correlated to the number of pets. This project is part of the Scientific Initiation Program of Camila Marinelli at Universidade Federal do Paraná.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Ana Marcia de Sá Guimarães - Integrante / Alexander Welker Biondo - Coordenador / Ahmed Mohamed - Integrante / Camila Marinelli - Integrante. Membro: Ana Marcia de Sa Guimaraes.
7.	2010-2014. Gene Ontology Terms for Microbial Energy Processes Descrição: Novos termos da Gene Ontology sao criados para processos de bioenergia em micro-organismos. Esses termos sao usados na anotacao de genomas microbianos relevantes para bioenergia.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Joao Carlos Setubal - Integrante / Brett Tyler - Integrante / T. Murali - Integrante / Biswarup Mukhopadhyay - Coordenador. Membro: Joao Carlos Setubal.
8.	2010-2012. Genes de vias de sinalizacao envolvidos na recapitulacao da nefrogenese pelo tumor de Wilms: Definicao do espectro de mutacoes e caracterizacao dos aspectos regulatorios e funcionais Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Integrante / Dirce Maria Carraro - Coordenador. Membro: Helena Paula Brentani.
9.	2010-2013. Genome-wide Analysis of Mycoplasma haemofelis Pathogenesis, Evolution and Metabolism Descrição: About 25% of all cats that are anemic and/or acutely ill have a M. haemofelis infection. In cats, this parasite has been widely studied due to its role as a primary pathogen, cofactor in the pathogenesis of retroviral and other diseases, and its propensity to establish chronic infections despite antibiotic treatment. There is molecular evidence suggesting that M. haemofelis and its relatives (formerly Haemobartonella and Eperythrozoon) define a new clad of mycoplasmas, which unlike other mycoplasmas, have a unique tropism for the red blood cell of their vertebrate host. These parasites, given the trivial name hemoplasmas, are most closely related to members of the M. pneumoniae group. Our laboratory group recently successfully sequenced and have a draft assembly of the entire genome of M. haemofelis. A long-term goal for sequencing M. haemofelis is to identify genes involved in virulence and survival, helping to pave the way for diagnostic testing, vaccine development and treatment strategies. The overall objectives of our proposal are to annotate and analyze the genomic sequence of M. haemofelis, to understand how it causes disease and provide new insights into the evolution of these hemoplasmas. Furthermore, information about the biochemical pathways used by M. haemofelis will provide valuable clues about culture conditions needed to support hemoplasma growth in vitro, which to date has not been achieved. We look forward to never infecting another cat to harvest parasites for experimental studies. It is anticipated that the findings of these studies will dramatically alter our understanding of M. haemofelis.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Ana Marcia de Sá Guimarães - Integrante / Joanne Belle Messick - Coordenador / Santos, Andrea P. - Integrante. Financiador(es): Morris Animal Foundation - Auxílio financeiro. Membro: Ana Marcia de Sa Guimaraes.
10.	2010-2010. Hemotrophic mycoplasmas in Brazilian captive and free-ranging cervids: prevalence and molecular characterization Descrição: Brazilian cervids have never been tested for hemoplasma infection. This project aimed to evaluate and molecularly characterize hemotrophic mycoplasmas in Brazilian captive and free-ranging cervids.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: Ana Marcia de Sá Guimarães - Integrante / Alexander Welker Biondo - Coordenador / Joanne Belle Messick - Integrante / Wanderlei Moraes - Integrante / Leonilda Correa Santos - Integrante / Vieira, Rafael F.C. - Integrante / Cubas, Z.S. - Integrante / Ana Laura Grazziottin - Integrante / Santos, Andrea Pires - Integrante / Filho, Ivan Roque de Barros - Integrante / José Maurício Barbanti Duarte - Integrante. Membro: Ana Marcia de Sa Guimaraes.
11.	2010-2015. Instituto Nacional de Ciencia e Tecnologia do Bioetanol Descrição: Esta proposta une um conjunto de 30 laboratórios de 5 estados brasileiros para desenvolver as bases tecnológicas necessárias para viabilizar a produção de etanol celulósico a partir de cana-de-açúcar no Brasil. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Marcos Silveira Buckeridge.
12.	2010-2014. Mecanismos de hidrolise de polissacarideos de parede celular de cana de acucar Descrição: Visa estudara estrura fina dos arabinoxilanos e beta-glucanos de gramíneas com foco na cana-de-açúcar. Hidrolases, como celulases, xilanases, alfa/arabinofuranosidases, xiloglucano transglicosilase-hidrolase (XTH) e feruloil esterases são utilizadas com o objetivo de determinar astrutura fina dos polissacarídeos e com isto abrir caminho para a produção de etanol de segunda geração (etanol celulósico). As enzimas utilizadas são tando de microorganismos como da própria planta.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Membro: Marcos Silveira Buckeridge.
13.	2010-Atual. PATO Descrição: Este projeto visa o desenvolvmento de um sistema interativo e modular para anotação e curagem in silico de sequências. O sistema estará acoplado ao EGene e a um sistema de banco de dados. A integração com o banco de dados possibilitará modos interativos de seleção de conjuntos de sequêcias baseada no processamento anterior, visando processos incrementais de anotação.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Alan Mitchell Durham - Coordenador / Arthur Gruber - Integrante / Liliane Santana - Integrante. Membro: Alan Mitchell Durham.
14.	2010-2018. Predicao computacional de alvos de microRNAs Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (5) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) . Integrantes: Ariane Machado Lima - Coordenador / Helena P. Brentani - Integrante / Patrícia Severino - Integrante. Número de produções C, T & A: 6 Membro: Ariane Machado Lima.
15.	2010-2014. Projeto Individural - Mecanismos moleculares responsaveis pela complexacao de proteinas. De interacoes fundamentais em Biofisica Estrutural as aplicacoes de interesse farmaceutico e biotecnologico - Produtividade em Pesquisa CNPq [Proc. 302716/2009-2 Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
16.	2010-2012. Sequencing and annotation of the Mycoplasma suis genome Descrição: Mycoplasma suis is the causative agent of eperythrozoonosis in domestic and wild pigs. Although sufficient information is available to describe the clinical significance of this pathogen to the swine medicine, host-pathogen interactions, transmission, virulence and survival factors are virtually unknown. In addition, genes that are unique to hemoplasmas, giving them the ability to parasitize red blood cells, haven't been described. This study aim to use a whole genome sequencing and analysis approach to determine the M. suis virulence and pathogenicity mechanisms as well as biochemical pathways that may lead to its further cultivation in vitro.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Ana Marcia de Sá Guimarães - Integrante / Joanne Belle Messick - Coordenador / Santos, Andrea P. - Integrante / Phillip San Miguel - Integrante. Financiador(es): National Animal Disease Center-USDA-ARS - Auxílio financeiro. Membro: Ana Marcia de Sa Guimaraes.
17.	2010-Atual. Sistemas de Caracterizacao Probabilistica de Sequencias Descrição: As moléculas de RNA podem ser divididas em duas grandes categorias: codificantes e não codificante. Nosso projeto visa o estudo de predição de genes, tanto de proteínas, quanto de RNAs não codificantes. Os RNAs codificantes, também conhecidos como RNAs mensageiros (mRNAs), são aqueles cuja função é servir de molde para síntese de proteínas. Os RNAs não codificantes (ncRNAs) não são traduzidos em proteína, sendo funcionais como RNAs. Devido as suas características, temos duas áreas distintas em predição de genes: predição de genes que codificam proteínas (RNAs codificantes) e predição de genes de RNA (RNAs não codificantes). Pretendemos abordar problemas das duas áreas. O objetivo deste projeto é o desenvolvimento de uma plataforma para implementação de caracterizadores probabilísticos de sequências e seu uso em predição de genes e caracterização de famílias de ncRNAs.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (5) / Doutorado: (2) . Integrantes: Alan Mitchell Durham - Coordenador / André Yoshiaki Kashiwabara - Integrante / Paschoal, Alexandre Rossi - Integrante / Igor Bonadio - Integrante / Vitor Onuchic - Integrante / Rafael Mathias Ferreira - Integrante / Laecio Freitas Chaves - Integrante. Membro: Alan Mitchell Durham.
18.	2010-Atual. Utilizacao de gramaticas em reconhecimento de padroes em imagens Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Ariane Machado Lima - Coordenador / Fátima de Lourdes dos Santos Nunes - Integrante. Número de produções C, T & A: 2 Membro: Ariane Machado Lima.

2009

1.	2009-2009. Analise de danos de dna e expressao de genes supressores de tumor em tecido post-mortem em pacientes com doenca de Alzheimer Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Helena Paula Brentani.
2.	2009-2011. Analise da expressao de genes relacionados ao comportamento alimentar na familia Calliphoridae Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Tatiana Teixeira Torres.
3.	2009-2011. Analise do perfil de expressao genica em Cochliomyia hominivorax atraves de sequenciamento massivo em paralelo Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Tatiana Teixeira Torres.
4.	2009-2009. Auxilio vinda de Professor Visitante: Molecularly realistic modeling of pectin-milk protein complexes [CCInt/USP:2009.1.428.60.4] Descrição: Atividades didáticas e de pesquisa com o Prof. Dr. Renko de Vries, da Universidade de Wageningen, Holanda (Of. ACI CCInt 034/2009 - Processo 2009.1.428.60.4).. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Renko de Vries - Integrante. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
5.	2009-2012. Avaliacao In Silico de Inibidores Sinteticos e Naturais contra o Veneno de Apis mellifera Descrição: O presente projeto propõe a identificação e avaliação de inibidores sintéticos e naturais contra o veneno de Apis mellifera, abordando os seguintes aspectos: avaliar in silico as possíveis interações entre proteínas do veneno de Apis mellifera e inibidores vegetais e sintéticos pré-selecionados, através da modelagem molecular computacional e ?docking?.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Silvana Giuliatti - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Membro: Silvana Giuliatti.
6.	2009-2015. Biologia sistemica do extremofilo Halobacterium salinarum: papel dos RNAs nao codificantes ao modelo global de regulacao genica Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tie Koide - Coordenador / Ricardo Vêncio - Integrante / Nitin Baliga - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Fundação de Apoio ao Ensino, Pesquisa e Assistência do HCFMRP - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Tie Koide.
7.	2009-2013. Centro de Projetos Biologicos e Industriais para Biocombustiveis - CeProBIO Descrição: O CeProBIO está propondo um modelo industrial de produção de etanol celulósico que seja passível de integração ao arranjo produtivo já existente em regiões desenvolvidas do Brasil ou, alternativamente, que possa ser implementado em áreas cuja infra-estrutura agro-industrial esteja ainda em fase de implementação e consolidação. Este modelo inovador prevê a diminuição drástica e eventual eliminação total da necessidade de qualquer insumo de origem fóssil através do reaproveitamento dos resíduos, efluentes e emisões na geração de energia e produção de produtos químicos de valor.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Integrante / Igor Polikarpov - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Marcos Silveira Buckeridge.
8.	2009-2014. Classificacao multiclasse de RNAs codificantes e nao codificantes Descrição: Até os anos 80 apenas três classes de RNAs eram conhecidas: mensageiros (mRNAs), transportadores (tRNAs) e ribossomais (rRNAs). Os mRNAs codicam proteínas, então chamados RNAs codicantes. Por sua vez, os dois últimos são considerados RNAs não codicantes (ncRNAs). Desde então, inúmeros outros ncRNAs foram identicados, e acredita-se que ainda muitos outros estão por serem descobertos. De fato, enquanto 2% do genoma humano e anotado como sendo genes codicantes, estudos recentes demonstram que na verdade grande parte do genoma humano e transcrito. Os RNAs não codicantes conhecidos até o momento desempenham diversas atividades importantes e muitos deles estão associados a diversas doenças. A descoberta de novos ncRNAs e de seus papéis moleculares não só traz avanços no conhecimento da biologia molecular como também pode auxiliar no desenvolvimento de novas terapias de doenças associadas. No entanto, identificar genes de RNAs não codicantes nos genomas é um problema em aberto. Uma alternativa é já partir de sequências transcritas e então classificá-las em RNAs codicantes ou não codicantes. Essa alternativa tem se tornado ainda mais atraente agora com as novas técnicas de sequenciamento usadas por sequenciadores como o 454 e Solid. Mas mesmo esse processo não e trivial, pois há fatores confundidores que prejudicam essa classificação. Este projeto visa ao desenvolvimento de um classificador de RNAs que não apenas lide com esses problemas mas também que realize uma classificação multiclasse que auxilie o pesquisador na caracterização do transcrito.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (5) . Integrantes: Ariane Machado Lima - Coordenador / Lauretto, Marcelo S - Integrante. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 6 Membro: Ariane Machado Lima.
9.	2009-2011. Development of Computational Methods for Large Scale Gene Regulatory Networks: Construction and Structural Analysis. Descrição: The main goal pursued by this project is to develop innovative computational methods using supercomputer to construct large scale gene regulatory networks and to design algorithms to mine properties related to diseases in network´s structure.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Coordenador. Financiador(es): RIKEN - Auxílio financeiro. Membro: Andre Fujita.
10.	2009-2012. Estabelecimento de um laboratorio de Microbiologia Aplicada no Zoologico de Sao Paulo: Identificacao e isolamento de microrganismos que produzam enzimas e seus inibidores de aplicacao nas areas medica, veterinaria e industrial Descrição: A Fundação Parque Zoológico de São Paulo (FPZSP) possui uma unidade de produção de composto orgânico (UPCO) que aproveita a matéria orgânica de várias origens como: excremento de aproximadamente 3.500 animais, oriundos de varias partes do mundo, carcaças, sedimentos e coluna de água do lago, restos de cama de animais, resíduos de poda dos jardins do Parque, restos vegetais da Mata Atlântica e resíduos alimentares. O composto final, cerca de 600 toneladas/ano é utilizado como fertilizante orgânico na fazenda do Zoológico, para produção de cerca de 70% dos alimentos consumidos pelos animais do Parque, fechando assim um ciclo virtuoso de sustentabilidade. Além disso, a compostagem evita que a matéria orgânica seja depositada em aterros sanitários, aumentando o volume de lixo. A riqueza microbiológica deste material é incalculável, visto que ali poderão ser encontradas inúmeras espécies que ainda não foram descritas e/ou cultivadas. Baseado nisso, foi estabelecida uma parceria entre a UNIFESP e FPZSP para nuclear um programa de microbiologia aplicada com o objetivo de prospectar esta diversidade microbiana e aplicá-la em processos biotecnológicos. O objetivo geral deste projeto é isolar conhecer, preservar e caracterizar microrganismos da compostagem e das águas do parque. Nossos dados preliminares demonstram que os métodos tradicionais de isolamento e preservação podem ser utilizados na prospecção dos microrganismos cultiváveis da compostagem, no entanto, estima-se que a maior parte dos microrganismos que habitam este material não seja passível de cultivo. Os microrganismos isolados serão identificados por espectrometria de massa (MALDI/TOF-MS), uma metodologia que está sendo implementada no laboratório de Biofísica do INFAR/UNIFESP. As identificações serão validadas pelo sequenciamento da subunidade menor do ribossomo (SSU rDNA). Os microrganismos isolados da compostagem serão testados para produção de enzimas de grande interesse industrial, como as celulases, xilanas. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / Sergio Verjovski-Almeida - Integrante / Layla Farage Martins - Integrante / Julio C. F. de Oliveira - Integrante / João C. Setubal - Integrante / Luciana Antunes Principal - Integrante / Luiz Juliano Neto - Coordenador / João Batista da Cruz - Integrante / Marcelo Vallim - Integrante / Cristina Viana-Niero - Integrante / Renata C. Pascon - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 4 Membro: Aline Maria da Silva.
11.	2009-2013. Expressao genica de fibroblastos associados a carcinomas de mama classificados em subtipos de acordo com receptores de estrogeno e progesterona e C-ERBB2 Descrição: Câncer de mama é uma doença heterogênea que compreende vários tipos fenotipicamente distintos, mas que atualmente se classificam em 3 subtipos principais baseando-se na expressão gênica: luminal (ER+PR+erbB2-), Her 2/neu+, e basal (ER-PR-erbB2-, citoqueratina 5/6). Esta heterogeneidade biológica tem implicações para o tratamento e prognóstico. Evidências crescentes demonstraram que células estromais são modificadoras da iniciação e progressão tumorais e acrescentaram mais um fator a esta complexidade derivado dos efeitos induzidos pelas interações heterotípicas entre epitélio e estroma. Uma pergunta fundamental ainda não analisada é: quais são as mudanças ocorridas nestes fibroblastos que acompanham a perda da sensibilidade hormonal. A proposta do projeto 1 é isolar fibroblastos associados a tumores luminais ou basais e fibroblastos normais pela metodologia da captura por microdissecção a laser e utilizar metodologias de sequenciamento em grande escala, para identificar genes diferencialmente expressos. O subprojeto 2 pretende identificar nos fibroblastos definidos no projeto 1, assinaturas de microRNAs, uma vez que estes exercem um papel critico em diversos processos biológicos funcionando como reguladores. No subprojeto 3 pretendemos verificar o efeito do tratamento com vitamina D sobre a proliferação de fibroblastos normais ou associados ao tumor de mama obtidos por cultura primária e as modificações do perfil gênico induzidas por vitamina D nos fibroblastos normais pareados. No subprojeto 4 pretendemos determinar a influência de fibroblastos obtidos de tumor primário e de linfonodo comprometido na expressão das células de câncer de mama e avaliar genes selecionados em amostras de câncer de mama e respectivos linfonodos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Integrante / Maria Mitzi Brentani - Coordenador. Membro: Helena Paula Brentani.
12.	2009-Atual. Genomica de cana de acucar: elemetos de transposicao contribuintes para diversidade genica, genetica e genomica Descrição: Este projeto está integrado ao programa BioEn-FAPESP. A cana de açúcar é uma das fontes mais importantes para a produção de biocombustíveis no Brasil. Também ocupa posição de destaque no agronegócio do Estado de São Paulo. A produção de biocombustíveis a partir de cana de açúcar é dependente de sacarose como matéria prima. Espera-se que a indústria sucro alcooleira brasileira ganhe em competividade desde que haja um aumento de produtividade (biomassa) garantindo a preservação do meio ambiente evitando-se o uso de novas terras. Aumento de produção de biomassa pode ser atingido através do uso de técnicas que permitam o monitoramento e modulação do metabolismo de sacarose em condições adequadas e restritivas de crescimento da planta, como por exemplo condições de pouca disponibilidade de água. O uso potencial do bagaço como fonte de biomassa é dependente da disponibilização do carbono fixado nos polímeros que constituem a parede celular. O presente projeto tem como objetivo gerar um sequenciamento parcial de duas cultivares de cana de açúcar (R570 e SP80-3280) de modo a subsidiar o desenvolvimento de ferramentes moleculares que poderão auxiliar na compreensão deste genoma híbrido e poliplóide. A descoberta de genes e a identificação das regiões regulatórias envolvidas no metabolismo de sacarose e partição dos esqueletos de carbono na planta são algumas das áres na pesquisa básica que serão beneficiadas pelo presente estudo. Programas de melhoramento também poderão ser beneficiados tendo a cesso a informações moleculares com potencial ao desenvolvimento de marcadores moleculares. Os cultivares modernos de cana de açúcar são híbridos de Saccharum officinarum e Saccharum spontaneum. Seu genoma monoplóide é estimado em aproximadamente 1Gb comparável em escala aos genomas do milho e do ser humano. Utilizar-se-á uma abordagem combinada de seqüências geradas por pirosequenciamento e pelo método clássico de Sanger de 1000 clones de BAC. Uma coleção de ESTs geradas pelo projeto. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (7) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (6) . Integrantes: Marie-Anne Van Sluys - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Marie-Anne Van Sluys.
13.	2009-2016. INCT em Oncogenomica Descrição: Vice-coordenador do projeto, cuja sede é no Hospital do Câncer A. C. Camargo, sob coordenação do Dr. Luiz Paulo Kowalski. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Sergio Verjovski Almeida - Integrante / Sergio Verjovski-Almeida - Integrante / L Kowalski - Coordenador. Membro: Sergio Verjovski Almeida.
14.	2009-2013. Instituto Nacional de Ciencia e Tecnologia de Oncogenomica (INCiTO) Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Eduardo Moraes Rego Reis - Integrante / Sergio Verjovski-Almeida - Integrante / Silvia R. Rogatto - Integrante / Ricardo R Brentani - Integrante / Luiz Paulo Kowalski - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Eduardo Moraes Rego Reis.
15.	2009-2011. Inteligencia Artificial Aplicada na Analise do Comportamento de Plantas Medicinais do Cerrado Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Silvana Giuliatti - Coordenador / Jose Augusto Baranauskas - Integrante / Ana Lilia Alzate Marin - Integrante / Ana Maria Soares - Integrante / Bianca W. Bertoni - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Silvana Giuliatti.
16.	2009-Atual. Respostas celulares a lesoes no genoma Descrição: O material genético celular está constantemente sujeito a agressões, gerando lesões na molécula de DNA. Estas afetam diretamente a replicação do DNA e transcrição do RNA, desencadeando respostas que interferem em vários processos metabólicos, inclusive ciclo celular. Para as células, lesões não removidas no DNA podem resultar em mutagênese ou morte celular e, para organismos multicelulares, as conseqüências são carcinogênese e envelhecimento. Este projeto busca estudar as respostas celulares após a indução de lesões no genoma, visando compreender os processos genéticos envolvidos na remoção (reparo de DNA), ou na tolerância aos danos. Empregamos vários modelos biológicos para esse estudo, eucariontes e procariontes, graças ao alto grau de conservação evolutiva dessas respostas, e que, por outro lado, nos dá uma visão abrangente do tema.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (7) . Integrantes: Carlos Frederico Martins Menck - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Carlos Frederico Martins Menck.

2008

1.	2008-2010. Analise comparativa dos mecanismos de neurogenese de celulas-tronco pluripotentes induzidas (iPS) geradas a partir de queratinocitos de pacientes esquizofrenicos e normais Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Helena Paula Brentani.
2.	2008-2009. Biologia e as Mudancas Climaticas no Brasil Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Marcos Silveira Buckeridge.
3.	2008-2009. Busca de biomarcadores em transtorno obsessivo Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Helena Paula Brentani.
4.	2008-2010. Caracterizacao do transcriptoma de Cochliomyia hominivorax utilizando sequenciamento de nova geracao Descrição: Auxílio à Pesquisa. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Integrante / Ana Maria Lima de Azeredo-Espin - Coordenador. Membro: Tatiana Teixeira Torres.
5.	2008-2012. Caracterizacao funcional de RNAs intronicos nao-codificadores expressos no genoma humano Descrição: Evidências atuais indicam que a maior parte do genoma humano é transcrita em RNAs não-codificadores (ncRNAs) (Bertone et al., 2004; Kampa et al., 2004; Cheng et al., 2005; Johnson et al., 2005). Os estudos iniciais do projeto ENCODE, que analisaram apenas 1% do genoma humano, mostram que de 74 a 93% das bases são transcritas (Birney et al., 2007). As funções dos RNAs não-codificadores curtos, como microRNA e piRNA, estão sendo estudadas por vários grupos de pesquisa (O'Donnell and Boeke, 2007; Zhang et al., 2007). Entretanto, pouca atenção tem sido dada à caracterização funcional dos transcritos não-codificadores longos, inclusive os expressos a partir de íntrons de genes codificadores para proteínas. Embora na literatura exista um trabalho que descreve o envolvimento de um RNA intrônico (Saf) antisenso do gene Fas na regulação de splicing alternativo no mesmo locus (Yan et al., 2005), e um trabalho que descreve modificações globais no perfil de expressão gênica após super-expressão de seqüências intrônicas do gene CFTR (cystic fibrosis transmembrane conductance regulator) (Hill et al., 2006), a função exercida pelos mais de 55.000 RNAs não-codificadores (ncRNAs) que são transcritos nos íntrons de 74% de todos os genes presentes no genoma humano (Nakaya et al., 2007) permanece desconhecida. Durante o desenvolvimento do projeto temático ?Identificação de marcadores moleculares para diagnóstico e prognóstico em câncer utilizando microarrays de DNA? (julho de 2004 a junho de 2008), o nosso grupo identificou vários transcritos longos intrônicos não-codificadores, cujos níveis de expressão estavam correlacionados ao grau de diferenciação de tumores de próstata (Reis et al., 2004). Em seguida, demonstramos que a expressão de uma série de transcritos intrônicos pode ser modulada por andrógeno (Louro et al., 2007) em uma linhagem de próstata. Na etapa seguinte, estudamos perfis de expressão intrônica em tecido normal de fígado e rim e tumores de próstata, usando microarray. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (7) / Doutorado: (11) . Integrantes: Eduardo Moraes Rego Reis - Integrante / Sergio Verjovski-Almeida - Coordenador / Ana Carolina Tahira - Integrante / Ana Carolina Ayupe de Oliveira - Integrante / Santiago Andrés Vilella-Arias - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Eduardo Moraes Rego Reis.
6.	2008-Atual. CATG - Centro Avancado de Tecnologias em Genomica Descrição: O CATG é um laboratório do Departamento de Bioquímica do Instituto de Química da Universidade de São Paulo (IQ-USP), criado em julho de 2008 sob a supervisão do Prof. Dr. Sergio Verjovski-Almeida. O laboratório tem a finalidade de integrar as atividades de seqüenciamento em larga-escala de DNA e de RNA com as atividades de bioinformática, para permitir o melhor uso dos seqüenciadores de nova geração instalados no Departamento. Atualmente é coordenado pela Profa. Dra. Aline M. da Silva.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Sergio Verjovski Almeida - Integrante / Sergio Verjovski-Almeida - Integrante / Aline Maria da Silva - Coordenador. Membro: Sergio Verjovski Almeida.
7.	2008-2012. Cooperacao Academica entre as IES e USP para o Desenvolvimento e Estabelecimento de uma Rede de Bioinformatica para a Analise Genomica e Proteomica do Cancer Gastrico (CG) Descrição: bolsa produtividade. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Silvana Giuliatti - Integrante / Wilson Araújo da Silva Junior - Coordenador. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Membro: Silvana Giuliatti.
8.	2008-2010. Detection of Mycoplasma suis in peccaries (Tayassu tajacu and Tayassu pecari) Descrição: Mycoplasma suis is the causative agent of eperythrozoonosis in domestic pigs. Although mycoplasma-like organisms have been observed attached to erythrocytes in blood smears of peccaries in Texas, USA, hemotrophic mycoplasmas have never been molecularly evaluated in these animals. Thus, the objective of this study was to detect M. suis in Brazilian captive peccaries maintained at Refúgio Bela Vista, Foz Iguaçu, by means of a conventional and a real-time PCR.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Marcia de Sá Guimarães - Integrante / Alexander Welker Biondo - Integrante / Joanne Belle Messick - Integrante / Odilon Vidotto - Integrante / Zalmir S Cubas - Integrante / Leonilda Correa Santos - Integrante / Molento, Marcelo B. - Coordenador / Moraes, Wanderlei - Integrante / Javorouski, Manoel L. - Integrante / Luciene Popp - Integrante / Santos, Andrea Pires - Integrante. Membro: Ana Marcia de Sa Guimaraes.
9.	2008-2010. Development of a TaqMan PCR for the detection of Mycoplasma suis in pigs Descrição: The aim of this study is to develop a highly sensitive and specific TaqMan PCR for the detection of M. suis in infected pigs. This assay will be used to evaluate the M. suis prevalence in commercial pig herds as well as to serve as a quantitative tool for future attempts to cultivate this microorganism. This project is part of the PhD studies of Ana Guimaraes.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Ana Marcia de Sá Guimarães - Integrante / Joanne Belle Messick - Coordenador / Rosangela Poletto - Integrante / Ramesh Vemulapalli - Integrante / J N Marchant-Forde - Integrante / Santos, Andrea Pires - Integrante. Membro: Ana Marcia de Sa Guimaraes.
10.	2008-2012. Expressional immunoreactive antigens of Mycoplasma suis and development of an immunoassay. Descrição: The acute eperythrozoonosis has an adverse economic impact on commercial swine herds; however, the consequences of the chronic disease are still unkown due to the absence of sensitive diagnostic tests. The observation of the parasite on stained blood smears identifies only few animals in the acute phase of the disease and can result in false positives because of staining artifacts. Nowadays, PCR is the most commonly used diagnostic test for hemoplasma infection. This technique accurately detects acutely ill pigs and those with relapsing illness; however, we have recently demonstrated that it also fails to identify significant numbers of chronically infected animals (GUIMARAES et al., 2007). In addition, the PCR assay requires specialized equipment and highly trained personnel; making difficult to establish it in a herd diagnostic routine. Serological tests are preferred because of the improved sensitivity and reproducibility; however, assays already developed have not gained wide acceptance, largely because the source of antigen is not readily available. Since hemoplasmas do not grow in vitro, developing of a serological test with a reliable and renewable source of antigen includes the detection of genes coding for immunoreactive antigens, cloning them into expression vectors, and recovering immunoreactive proteins. Using molecular techniques it will be possible to produce large quantities of M. suis recombinant antigens. This would be a source of M. suis antigens that is convenient, renewable, and once purified, can be standardized for use in a immunoassay using the Luminex technology. Furthermore, a M. suis genomic library associated to its genes evaluation and development of recombinant antigens may provide crucial information about M. suis pathogenicity and vaccine potential.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Ana Marcia de Sá Guimarães - Integrante / Joanne Belle Messick - Coordenador / Andrea Pires dos Santos - Integrante. Financiador(es): National Animal Disease Center-USDA-ARS - Auxílio financeiro. Membro: Ana Marcia de Sa Guimaraes.
11.	2008-2011. Expressao genica em tumores do estomago e do esofago: da biologia ao diagnostico Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Integrante / Luiz Fernando Lima Reis - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Helena Paula Brentani.
12.	2008-2020. Identificacao e analise funcional de genes associados a adaptacao, evolucao e virulencia de Xylella fastidiosa Descrição: Xylella fastidiosa é uma bactéria que coloniza o xilema de uma diversidade de plantas cultivadas e silvestres em várias partes do mundo, sendo o agente causador de uma série de doenças em plantas economicamente importantes como citros, videiras e café. Diferentes cepas ou patovares de X. fastidiosa foram identificados, sendo que destes, quatro já tiveram seus genomas completa ou parcialmente elucidados: (i) X. fastidiosa cepa 9a5c, isolada de citros e agente etiológico da Clorose Variegada dos Citros; (ii) X. fastidiosa cepa Temecula-1, isolada de videiras e agente etiológico da doença de Pierce; (iii) X. fastidiosa pv. almond cepa Dixon, agente causal da escaldadura da amendoeira e (iv) X. fastidiosa pv. oleander cepa Ann-1 agente causal escaldadura da espirradeira. Desde o seqüenciamento completo destes genomas, muito se avançou na compreensão de processos envolvidos na colonização dos hospedeiros de X. fastidiosa, seja ele planta ou inseto vetor, e alguns dos mecanismos de virulência foram elucidados. Entretanto, presume-se a existência de mecanismos e fatores adicionais importantes para colonização de plantas e insetos por este fitopatógeno. É importante ressaltar que hoje se verifica a ausência da estirpe 9a5c nos pomares citrícolas com CVC em São Paulo em detrimento de outras estirpes virulentas, mesmo que em condições experimentais a cepa 9a5c ainda se mantenha virulenta. Aparentemente esta cepa está geneticamente mais relacionada a estirpes de café e a um isolado de citros da Argentina do que a outros isolados hoje encontrados nos pomares de citros de São Paulo. Portanto, a origem da X. fastidiosa da CVC ainda é controversa. Assim, neste projeto temos como objetivo a identificação de novos genes potencialmente associados aos aspectos evolutivos e de adaptação e virulência de X. fastidiosa. Para tal será realizado o sequenciamento completo do genoma de quatro cepas de X. fastidiosa (3 de citros e 1 de cafeeiro), suas anotações e comparação com genomas já conh. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (2) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Coordenador / Sergio Verjovski-Almeida - Integrante / Paulo Marques Pierry - Integrante / Wesley Oliveira Santana - Integrante / Alessandra Alves de Souza - Integrante / Helvécio Della Coletta Filho - Integrante / Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Integrante / Marcos Antonio Machado - Integrante / João Paulo Kitajima - Integrante / Paulo Adriano Zaini - Integrante / Joaquim Martins-Junior - Integrante / Luiz Gonzaga - Integrante / Gustavo Antonio Teixeira Chaves - Integrante / Rodrigo Roberto Rafagnin Duarte - Integrante / Fernando Domingues Kümmel Tria - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 12 Membro: Aline Maria da Silva.
13.	2008-2012. Predicao Intrinsecamente Multivariada e Redes Booleanas Probabilisticas Contextuais Descrição: As reações químicas que resultam na expressão de genes no nível molecular são complexas e ainda não são totalmente compreendidas. Um aspecto importante deste fenômeno é a interação entre os genes. Sabe-se que os genes enviam, recebem e processam informações formando uma complexa rede de comunicação. Em particular, em algumas rede de comunicação, é conhecido o fato de existirem genes mestres que têm um amplo poder de regulação sobre outros genes escravos. A existência desses genes mestres que podem restringir, ou canalizar, um sistema a certos estados biológicos particulares foi originalmente proposta por Conrad Waddington em 1942. Tais genes mestres são chamados de genes canalizadores. Como é de se esperar, a análise de um sistema complexo e altamente integrado para identificar tais genes canalizadores a partir de amostras de dados biológicos tais como microarrays é uma tarefa bastante difícil. Recentemente, em um trabalho desenvolvido a partir de observações de genes canalizadores, introduzimos o conceito de genes de predição intrinsicamente multivariada e descrevemos analiticamente suas propriedades. O modelo de genes IMP captura a idéia de canalização de um sistema biológico com respeito a genes que podem forçar ações corretivas amplas em processos celulares. Um dos objetivos deste projeto de pesquisa é fazer uma extensão deste estudo para obter características que são cruciais para produzir genes IMPs em redes de regulação gênica. Posteriormente o intuito é avançarmos a pesquisa para encontrar métodos que identifiquem redes Booleanas probabilísticas contextuais que contenham genes IMPs a partir de dados biológicos tais como microarrays.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (1) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Edward R Dougherty - Integrante / Michael L Bittner - Integrante / Ulisses Braga-Neto - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
14.	2008-Atual. Projeto em colaboracao - ANALISE DO EMPREGO DO METODO DA ABP EM DISCIPLINAS DE FISICO-QUIMICA DO CURSO DE FARMACIA-BIOQUIMICA Descrição: Aplicar e avaliar o uso do método Aprendizagem Baseada em Problemas na disciplina de Físico Química de Polímeros e Sistemas Dispersos no curso de graduação em Farmácia-Bioquímica. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Integrante / Márcia Mendes Ruiz Cantano - Coordenador. Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
15.	2008-2013. Projeto Individual - Mecanismos moleculares fundamentais responsaveis pela complexacao de proteinas. De parametros fisico-quimicos as aplicacoes em tecnologia de alimentos e farmaceutica [Proc. Fapesp 2010/50425-0] Descrição: As interações eletrostáticas em e entre biomoléculas desempenham um importante papel no entendimento e no controle do comportamento de proteínas e de misturas de biopolímeros, incluindo vários sistemas de considerável relevância, tanto nas ciências da vida, como em (bio)tecnologia. Nesta proposta, pretendemos estudar (a) o efeito do mecanismo da regulação de cargas no aumento das demais interações eletrostáticas responsáveis pela complexação de proteínas, (b) aspectos eletrostáticos da interação proteína?polieletrólitos (e.g. interação caseína-pectina) e proteína-proteína (e.g. ?-LG-?-LG). Nossa ferramenta básica de trabalho será a Mecânica Estatística (simulações moleculares), complementada com investigações em colaboração com grupos experimentais. O principal resultado final será a energia livre das interações (e suas derivadas). A modelagem dos sistemas será baseada em modelos contínuos anteriormente desenvolvidos por nós, cujas Hamiltonianas efetivas serão solucionadas por simulações com o método Monte Carlo em conjunto com técnicas de perturbação termodinâmicas e algoritmos que serão desenvolvidos para facilitar a amostragem do espaço de fases. Pretende-se também revisar aspectos metodológicos, aprimorar e desenvolver novas ferramentas computacionais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (2) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Lariani Aparecida Delboni - Integrante / Mikael Lund - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 4 Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
16.	2008-2010. Projeto Individual - Mecanismos moleculares fundamentais responsaveis pela complexacao de proteinas. De parametros fisico-quimicos as aplicacoes em tecnologia de alimentos e farmaceutica [Proc. Fapesp 2010/50425-0] Descrição: As interações eletrostáticas em e entre biomoléculas desempenham um importante papel no entendimento e no controle do comportamento de proteínas e de misturas de biopolímeros, incluindo vários sistemas de considerável relevância, tanto nas ciências da vida, como em (bio)tecnologia. Nesta proposta, pretendemos estudar (a) o efeito do mecanismo da regulação de cargas no aumento das demais interações eletrostáticas responsáveis pela complexação de proteínas, (b) aspectos eletrostáticos da interação proteína?polieletrólitos (e.g. interação caseína-pectina) e proteína-proteína (e.g. ?-LG-?-LG). Nossa ferramenta básica de trabalho será a Mecânica Estatística (simulações moleculares), complementada com investigações em colaboração com grupos experimentais. O principal resultado final será a energia livre das interações (e suas derivadas). A modelagem dos sistemas será baseada em modelos contínuos anteriormente desenvolvidos por nós, cujas Hamiltonianas efetivas serão solucionadas por simulações com o método Monte Carlo em conjunto com técnicas de perturbação termodinâmicas e algoritmos que serão desenvolvidos para facilitar a amostragem do espaço de fases. Pretende-se também revisar aspectos metodológicos, aprimorar e desenvolver novas ferramentas computacionais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (2) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Lariani Aparecida Delboni - Integrante / Mikael Lund - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 4 Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
17.	2008-Atual. Redes Regulatorias e de Sinalizacao da Cana-de-acucar Descrição: Este projeto foca estudos de regulação gênica e visa a geração de ferramentas que permitam abordagens da Biologia Sistêmica em cana-de-açúcar e a identificação de redes regulatórias. Como ponto de partida escolhemos caracterizar dois tratos agronômicos de interesse desta cultura: o teor de sacarose e a resposta à seca. Pretendemos estudar categorias gênicas com conhecido papel regulatório (Fatores de Transcrição, Proteínas Quinases e Fosfatases), aprofundar estudos do Transcriptoma, produzir plantas transgênicas para genes de interesse e desenvolver ferramentas de bioinformática e bancos de dados integrando os vários níveis de informação. Identificaremos os alvos de TFs utilizando a técnica de ChIP-HTS e clonando promotores. Os resultados terão consequëncias diretas múltiplas nos programas de melhoramento que frequentemente selecionam mudanças nos CREs e TFs na busca de genótipos mais adaptados ao ambiente e com maior performance agronômica. As Proteínas Quinases atuam em cascatas de sinalização de respostas a estímulos ambientais e nossos dados apontam para um papel predominante das PKs na regulação do teor de sacarose e resposta à seca. Para identificar novos genes associados a brix e seca caracterizaremos o transcriptoma de genótipos e cultivares contrastantes para estes tratos utilizando chips de oligonucleotídeos. Genes de interesse serão então avaliados quanto à sua função pela geração e análise de plantas transgênicas. Para integrar o grande conjunto de dados públicos e gerados pelo projeto uma infra-estrutura computacional robusta será desenvolvida. O banco de dados SUCEST-FUN integrará dados do SUCEST, promotores, CREs, dados de expressão e a caracterização agronômica, fisiológica e bioquímica de cultivares da cana. Em paralelo também desenvolveremos o banco de dado GRASSIUS para o estabelecimento das redes regulatórias de cana, arroz, milho e sorgo.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (5) . Integrantes: Glaucia Mendes Souza - Coordenador. Membro: Glaucia Mendes Souza.
18.	2008-2010. Respostas fisiologicas e bioquimicas de tres especies de leguminosas tropicais as mudancas climaticas Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Membro: Marcos Silveira Buckeridge.

2007

1.	2007-2009. Analise e Classificacao de Comportamentos de Doadores de Sangue em Banco de Dados Multidimensionais Descrição: Um dos desafios para aplicações E-Science é a análise em larga escala de séries temporais, originárias de grandes bancos de dados multidimensionais. Este projeto propõe a integração de algoritmos de visualização e classificação não-supervisionada de séries temporais armazenadas em banco de dados multidimensionais. Essa integração será validada com a utilização de um banco de dados real de doadores de sangue de três grandes hemocentros do Brasil, de modo a melhor caracterizar o comportamento desses doadores tendo em vista a melhoria da segurança transfusional.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / Ester C. Sabino - Integrante / Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante. Financiador(es): (CNPq) Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Joao Eduardo Ferreira.
2.	2007-2011. Banco de Dados para as pesquisas do programa Transtornos do Espectro Obsessivo-Compulsivo do Instituto de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP Descrição: A articulação e o cruzamento das informações geradas a partir dos diversos módulos do projeto temático FAPESP "CARACTERIZAÇÃO FENOTÍPICA, GENÉTICA E NEUROBIOLÓGICA DO TRANSTORNO OBSESSIVO-COMPULSIVO E SUAS IMPLICAÇÕES PARA O TRATAMENTO" requerem uma infra-estrutura eficiente de armazenamento e recuperação de informação. Este projeto tem o objeivo de desenvolver um banco de dados para apoiar às necessidades de busca e recuperação de informações geradas neste projeto temático, atendendo os desafios computacionais nele envolvidos. Coordenadores: João Eduardo Ferreira e Ariane Machado Lima. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Ariane Machado Lima - Coordenador / João Eduardo Ferreira - Integrante / Eurípedes Constantino Miguel Filho - Integrante / Beny Lafer - Integrante / Rodrigo da Silva Dias - Integrante / Rodrigo Müller de Carvalho - Integrante / Mina Cintho - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 2 Membro: Ariane Machado Lima.
3.	2007-2013. Beyond the Phrenology: Study of normal and epileptic brain through effective connectivity inference based on the Granger causality concept applicable to both fMRI and EEG, and its graph theoretical characterization of brain dynamic Descrição: Clinical and basic neuroscientists using functional magnetic resonance imaging, electroencephalography or magnetoencephalography are all in need of straightforward tools to determine causal relationships among brain structures. Over the past decade, functional neuroimaging or brain mapping has enjoyed enormous success in identifying functionally specialized areas in the brain both in systems and cognitive neuroscience. This approach, however, relies solely on functional mapping and is hence incapable to expose more fundamental principles that underlie brain functional architectures. We employ partial directed coherence (PDC), a more neurophysiologically meaningful measure of the neural interactions among brain structures, which is based on the Granger causality concept. This concept not only allows results comparison using the data collected using different technologies but also is a strong candidate for replacing the currently popular pairwise correlation techniques in the analysis of neural dynamics because it increases both the sensitivity and the specificity of effective connectivity diagnosis. As such it is able to reduce multivariate data analysis misinterpretations, either for BOLD and for electrophysiological signals, because it takes into account a larger number simultaneous measured neural structures (variables). More importantly, it is not only able to disclose directed interactions in neural systems, but is also able to detect the presence of feedback. Because of the simultaneous consideration of many structures, our project contemplates further analysis and visualization by means of graph theoretical and computer based visualization methods to facilitate the identification of information flow among brain structures.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (3) . Integrantes: Koichi Sameshima - Coordenador / Luiz Antonio Baccalá - Integrante / André Mascioli Cravo - Integrante / Gerson Florence Carvalheira de Azevedo - Integrante. Número de produções C, T & A: 3 Membro: Koichi Sameshima.
4.	2007-2009. Busca de marcadores moleculares de predicao de recidiva para adenocarcinoma de prostata de escore de gleason 7 utilizando abordagens moleculares de alta sensibilidade Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador / Dirce Maria Carraro - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Helena Paula Brentani.
5.	2007-2011. Busca de marcadores moleculares tecido-associados em regioes transcritas nao caracterizadas do genoma hu Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Helena Paula Brentani.
6.	2007-2007. Composicao, estrutura e implicacoes filogeneticas da parede celular de pteridofitas Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Marcos Silveira Buckeridge.
7.	2007-2012. Estudo da expressao e localizacao sub-celular de RNAs intronicos nao-codificantes em linhagens celulares e tecidos tumorais humanos utilizando hibridizacao insitu Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Eduardo Moraes Rego Reis - Coordenador / Ana Carolina Ayupe de Oliveira - Integrante / Gabriel Francisco zaniboni - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Eduardo Moraes Rego Reis.
8.	2007-2009. Genome Network Project Descrição: Construção de uma plataforma computacional para análise de dados biológicos em larga escala.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Integrante / Satoru Miyano - Coordenador. Financiador(es): Ministério da Educação, Cultura, Esportes, Ciência e Tecnologia do Japão - Auxílio financeiro. Membro: Andre Fujita.
9.	2007-2011. Identificacao de marcadores moleculares associados ao cancer de pancreas Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Eduardo Moraes Rego Reis - Coordenador / Ana Carolina Tahira - Integrante / Marcel C. C. Machado - Integrante / Márcia Saldanha Kubrusly - Integrante / Bianca Dazzani - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Eduardo Moraes Rego Reis.
10.	2007-2011. Identificacao de RNAs nao codificantes em transtornos psiquiatricos e envelhecimento cerebral Descrição: RNAs não codificantes (ncRNAs) são RNAs funcionais que, ao invés de serem traduzidos para proteínas, desempenham eles mesmos diversas atividades importantes. Muitos deles exercem um papel regulatório do mecanismo de expressão gênica, controlando a atividade de diversos genes, codificantes ou não. Mutações ou a má regulação desses ncRNAs estão relacionadas com diversas doenças como enfarto, câncer e transtornos neurológicos e transtornos neuropsiquiátricos (TNPs). Um transtorno neuropsiquiátrico de relevância mundial é conhecido como Transtorno Obsessivo-Compulsivo (TOC). O TOC é um transtorno que causa acentuado sofrimento e/ou prejuízo funcional e que afeta aproximadamente 1 a 3\% da população mundial. A exemplo de outros TNPs, ainda não foi identificado nenhum ncRNA associado ao TOC. No entanto, recentes e constantes descobertas têm revelado o envolvimento dessas moléculas em muitos TNPs. Dentre esses TNPs estão Alzheimer, epilepsia, X frágil, Parkinson, ataxia espinocerebelar, doenças de príons, esquizofrenia, síndrome de Tourette e de Prader-Willi, sendo que as três últimas apresentam comorbidade com TOC. Além de associação com transtornos, vários ncRNAs exercem importantes papéis no desenvolvimento normal do sistema nervoso central e de várias outras atividades celulares. É esperado que muitos ncRNAs ainda não tenham sido identificados. Desta forma, novos ncRNAs envolvidos em TNPs podem estar ocultos nas regiões ``intergênicas'' e intrônicas. Considerando essas evidências, acreditamos que devam existir ncRNAs envolvidos não só em TOC como também em um amplo espectro de TNPs. A descoberta desses ncRNAs e de seus envolvimentos com os vários TNPs pode auxiliar no desenvolvimento de novas terapias. A fim de iniciar esse processo de descoberta, este projeto propõe a realização de uma seleção de ncRNAs já conhecidos e de uma busca por novos ncRNAs, ambos potencialmente relacionados com TNPs, incluindo TOC. O projeto também inclui uma validação inicial de candida. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: Ariane Machado Lima - Coordenador / Carlos Alberto de Bragança Pereira - Integrante / Helena P. Brentani - Integrante / Eurípedes Constantino Miguel Filho - Integrante / Ana G. Hounie - Integrante / Carolina Cappi - Integrante / Lea Grindberg - Integrante / Wilson Jacob Filho - Integrante / Kátia Oliveira - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Número de produções C, T & A: 1 Membro: Ariane Machado Lima.
11.	2007-2009. Modelando e Inferindo Ciclo Celular usando Redes Booleanas Probabilisticas Contextuais Descrição: Uma complexa rede molecular é responsável pelo processo de ciclo celular que divide uma célula em duas filhas. Com o intuito de modelar e entender o processo do ciclo celular, uma atenção considerável tem sido dada ao ciclo celular da levedura. Em particular, um modelo que tem chamado muita atenção no estudo de redes gênicas é o modelo de redes Booleanas probabilísticas contextuais que essencialmente é uma coleção finita de redes Boolenas com pertubação (BNp). Uma BNp é uma rede Booleana onde cada gene pode aleatoriamente mudar (trocar) seu valor a cada instante de tempo com uma pequena probabilidade de pertubação. Este projeto tem um objetivo $(i)$ estudar e propor um novo modelo estocástico para o ciclo celular da levedura usando redes Booleanas probabilísticas contextuais mais robusto e estável que o modelo de Zhang et al. e $(ii)$ propor um algoritmo dentro do modelo de redes Booleanas probabilísticas contextuais que a partir de dados de microarray do ciclo celular da levedura, encontre mais genes e/ou mais interações gênicas para serem acrescentados à rede de regulação modelado por Li et al. Espera-se com esta pesquisa, avançar nestes dois pontos para estudo e modelagem posterior de outros processos biológicos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Roberto Hirata Jr. - Integrante / Carlos Henrique Aguena Higa - Integrante / Nina S. T. Hirata - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 2 Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
12.	2007-2010. O efeito do CO2 sobre a biomassa de acai e mata pasto e suas consequencias para producao de energia eletrica em sistemas isolados na Amazonia Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Financiador(es): Centrais Elétricas do Norte do Brasil - Auxílio financeiro. Membro: Marcos Silveira Buckeridge.
13.	2007-2010. Projeto Individural - Interacoes fundamentais em Biofisica Estrutural - Produtividade em Pesquisa CNPq [Proc. 301297/2006-1] Descrição: A motivação central deste projeto é o entendimento físico das interações fundamentais para a formação dos complexos moleculares.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador. Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
14.	2007-2009. Sistemas de predicao de genes Descrição: Este projeto visa o estudo de predição de genes, tanto de proteínas, como de RNAs não codificantes. O estudo concomitante destas duas áreas, em geral abordadas separadamente, visa tirar proveito de técnicas comuns na produção de melhores preditores de genes. Ambas as abordagens utilizarão o sistema MYOP, um arcabouço para construção de preditores de genes desenvolvido por nosso grupo. Predição de genes ainda é um problema em aberto, em particular a predição de genes de RNAs não codificantes. Porém, mesmo a predição de genes de RNAs codificantes ainda não é um problema resolvido, em particular se considerarmos a baixa taxa de sucesso na predição ab-initio dos genes completos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (2) . Integrantes: Alan Mitchell Durham - Coordenador / Arthur Gruber - Integrante / Zilá Paulino Simões - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 5 Membro: Alan Mitchell Durham.
15.	2007-2010. The Phylofacts Encyclopedia of Microbial Genes and Genomes Descrição: Banco de dados, ferramentas computacionais de construcao e analise, e interface web para familias de proteinas em microorganismos. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Joao Carlos Setubal - Integrante / Kimmen Sjolander - Coordenador. Financiador(es): National Science Foundation - Auxílio financeiro. Membro: Joao Carlos Setubal.

2006

1.	2006-2008. Analise de expressao genica de varios estagios de desenvolvimento do rim e figado e suas implicacoes em tumores embrionarios Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Integrante / Dirce Maria Carraro - Coordenador / Mário Mourão Neto - Integrante / Fernando Augusto Soares - Integrante. Membro: Helena Paula Brentani.
2.	2006-2008. Avaliacao da expressao genica na doenca de Alzheimer utilizando a tecnica de CDNA microarray em amostras de cerebros post-mortem humanos Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Helena Paula Brentani.
3.	2006-2008. Conexao In Silico entre Plantas Medicinais e Venenos de Animais Descrição: O objetivo do projeto é desenvolver um sistema com dados de venenos de animais e plantas medicinais antivenenos. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Silvana Giuliatti - Coordenador / Milton Faria Junior - Integrante / Moacyr A. Mestriner - Integrante / Ana Lilia Alzate Marin - Integrante / Andreimar Martins Soares - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 2 Membro: Silvana Giuliatti.
4.	2006-2008. Detection of mycoplasmas, bartonellas and feline leukemia virus in small neotropical felids maintained in captivity at Refugio Bela Vista, Foz do Iguacu Descrição: This study aim to investigate mucosal/hemotrophic mycoplasmas, bartonellas and FeLV in small neotropical felids. Total blood samples and oropharinx and conjunctival swabs will be collected from 57 neotropical felids (1 Leopardus geoffroyi, 17 L. wiedii, 22 L. tigrinus, 14 L. pardalis and 3 Puma yagouaroundi) maintained in captivity at Refúgio Bela Vista, Foz do Iguaçu. Clinical data, hemogram and clinical history of these animals will be available. Clinical materials obtained from oropharinx and conjunctiva will be cultured in specific media for Mycoplasma spp isolation. DNA of blood and swabs will be extracted using a commercially available kit and a boiling method, respectively. DNA samples from swabs will be subjected to a PCR for the detection of Mollicutes and M. felis; the latter will be developed by our laboratory. DNA samples from blood will subjected to a PCR for detection of Mycoplasma haemofelis (Mhf), ?Candidatus M. haemominutum? (CMhm), feline leukemia virus (FeLV) proviral DNA , and Bartonella spp. The association between hematological alterations and bartonella infection will be evaluated and a risk factor analysis will be performed. This project is part of the Master studies of Ana Guimaraes.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (3) . Integrantes: Ana Marcia de Sá Guimarães - Integrante / Alexander Welker Biondo - Integrante / Mauricio Yamaguti - Integrante / Jorge Timenetsky - Coordenador / Wanderlei Moraes - Integrante / Zalmir S Cubas - Integrante / Leonilda Correa Santos - Integrante / Renata Lopes Neto - Integrante / Marques, L.M. - Integrante / Oliveira, Rosângela C - Integrante. Membro: Ana Marcia de Sa Guimaraes.
5.	2006-2009. Genome sequencing and annotation of Azotobacter vinelandii Descrição: Sequenciamento e anotacao/analise do genoma da bacteria A. vinelandii. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Joao Carlos Setubal - Integrante / Wood, Derek - Coordenador / Dennis Dean - Integrante. Financiador(es): National Science Foundation - Auxílio financeiro. Membro: Joao Carlos Setubal.
6.	2006-2012. Identificacao de RNAs intronicos com expressao regulada por metilacao utilizando microarrays de DNA Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Eduardo Moraes Rego Reis - Coordenador / Lauren Camargo - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Eduardo Moraes Rego Reis.
7.	2006-2008. Linking sequence evolution in a phylogenetic context with expression divergence: a case study in Drosophila Descrição: PDE. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Coordenador / Christian Schlötterer - Integrante. Membro: Tatiana Teixeira Torres.
8.	2006-2011. Modelagem por redes (grafos) e tecnicas de reconhecimento de padroes: estrutura, dinamica e aplicacoes Descrição: Dentre os desafios enfrentados atualmente pela pesquisa em reconhecimento de padrões, cabe ressaltar três linhas fundamentais: (a) problemas em que elementos devem ser descritos estruturalmente através de uma rede indicando conexões entre tais elementos; (b) problemas envolvendo a evolução da informação ao longo de alguma variável independente (e.g. tempo, no caso de seqüências de vídeo); (c) problemas envolvendo ambos aspectos, i.e. uma rede de elementos cuja dinâmica evolui ao longo de alguma variável independente. O presente projeto temático, unindo os grupos de visão do IME-USP e IFSC-USP, além de pesquisadores colaboradores de outras instituições, prevê o estudo, desenvolvimento e aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões com esses três itens formando o tema de integração da pesquisa. Além da área de reconhecimento de padrões, o projeto inclui técnicas e problemas de visão computacional, processamento de imagens e de sinais e bioinformática, todas sendo áreas de trabalho dos pesquisadores proponentes. As atividades de pesquisa tratarão de aspectos de reconhecimento de padrões e de redes em ambas direções: (1) utilização de técnicas de reconhecimento de padrões para auxiliar na análise de redes em aplicações específicas; (2) desenvolvimento de técnicas de reconhecimento de padrões baseadas em redes. Esta linha de pesquisa incluirá a utilização de grafos em reconhecimento estrutural de padrões e raciocínio espacial. Os métodos em tais abordagens são marcados pelo fato que a tarefa de reconhecimento não envolve apenas os objetos em uma imagem, mas igualmente as relações entre tais objetos. Parte da importância da utilização dessas relações advém do fato que tais relações são frequentemente mais estáveis nas cenas que muitas propriedades dos objetos em si. Em particular, pretende-se explorar técnicas que descrevem a estrutura dos elementos em imagens através de grafos. Nesse caso, a rede é formada por elementos de uma imagem cujos arcos representam relaçõe. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (7) Doutorado: (5) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Junior Barrera - Integrante / Roberto Hirata Jr. - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / Nina S. T. Hirata - Integrante / luciano da Fountoura Costa - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
9.	2006-2007. Orientacao - Estudo por Mecanica Estatistica de Interacoes Fundamentais na Formacao de Complexos Moleculares. Contribuicoes das Forcas de Longo Alcance e Flexibilidade nos Complexos Tripsina-BPTI, Trombina-Hirudina e AChE-Farmacos(Proj. Fapesp 06/55573-1) Descrição: Estudos teóricos dos mecanismos moleculares responsáveis pela formação e estabilidade de complexos moleculares vêm ganhando relevância pelas possibilidades práticas que oferecem ao desenho racional de fármacos e tecnologia farmacêutica. Para muitos sistemas, acredita-se que as interações eletrostáticas sejam as principais responsáveis pela formação destes complexos. Porém, em outros, as interações de curto alcance ganham igual ou maior destaque. Neste projeto, nossa ênfase é no entendimento físico das interações fundamentais para a formação dos complexos moleculares. Propomos a obtenção de derivadas da energia livre, através de simulações Monte Carlo, para complexos moleculares. Complexos anteriormente estudados (trombina-hirudina e tripsina-bpti) serão revistos, incorporando-se agora efeitos de flexibilidade molecular, visando uma melhor caracterização dos mecanismos moleculares. Testes com diferentes estruturas cristalográficas disponíveis e uma análise completa dos pKa farão parte de nosso trabalho. Nossa abordagem seguirá a do dielétrico contínuo (nível de modelagem de McMillan-Mayer), em conjunto com o "modelo da célula". Cálculos auxiliares baseados em soluções numéricas da Equação de Poisson-Boltzmann serão efetuados, permitindo-se assim também verificar questões metodológicas e oferecer à estudante maiores ferramentas de trabalho nesta área, completando as atividades desenvolvidas pela mesma em projeto anterior.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Lariani Aparecida Delboni - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
10.	2006-2008. Predisposicao hereditaria ao cancer colorretal e ao cancer de mama: manejo de pacientes de alto risco e suas familias - diagnostico clinico e molecular, aconselhamento de risco e implantacao de um sistema de registro e gerenciamento de dados oncogeneticos Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador / Ricardo Renzo Brentani - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Helena Paula Brentani.
11.	2006-2009. Processamento de Requisicoes em Larga Escala Utilizando o Conceito de Plano de Navegacao Descrição: Processamento de requisição é uma aplicação importante no gerenciamento de processos de negócio. Dois dos principais desafios para projeto e implementação de sistemas de processamento de requisi-ções são: (1) inter-operação e integração de sistemas de informação autônomos e heterogêneos; (2) evolução flexível e composição de elementos de software que implementam o workflow de processa-mento de requisições. Nesse projeto de pesquisa propomos o conceito de Plano de Navegação como solução para vários desafios de processamento de requisições. A hipótese principal de nossa pesquisa é que os três estágios de processamento de requisições podem ser separados, implementados, integrados e executados através de interfaces que apóiam tanto a integração de sistemas autônomos e heterogêneos como também a evolução flexível de workflows. Os três estágios são: primeiro, um cli-ente (usuário ou outro programa) gera uma requisição, isto é, um pedido de informação, materiais ou serviços; segundo, a requisição é validada através de uma série de passos de negócio. Isso é impor-tante desde que as requisições validadas possam ser finalizadas apenas quando elas satisfaçam as exigências especificadas nos passos de negócio; terceiro, a requisição validada é submetida aos pro-cessos de execução apropriados para atender às exigências especificadas. A representação e execu-ção de passos de negocio em ambientes de workflows tem gerado vários desafios. Um deles é: Qual é a melhor fundamentação formal e linguagem para controlar padrões de workflow? Algumas das lin-guagens workflow advogam abordagem de Redes de Petri ou Álgebra de Processos, como fundamen-tação formal. Entretanto, a implementação de padrões de workflow descritas por Álgebra de Proces-sos ainda é um problema em aberto. Nessa pesquisa, Álgebra de Processos tem sido usada para representar uma descrição semi-formal da linguagem de definição de Plano de Navegação (NPDL). Seis atividades são propostas nesse projeto de pesquisa para aprofu. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (3) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 2 Membro: Joao Eduardo Ferreira.
12.	2006-2006. Projeto 1 (2006) - Pro-Reitoria de Pesquisas (Auxilio financeiro) [Proc. USP 2006.1.13025.1.2] Descrição: Visita técnica a Universidade de Lund e Universidade Técnica de Copenhague. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador. Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
13.	2006-2008. Prospeccao de Genes e Triagem In Silico e In Vitro da Atividade Biologica de Genes da Glandula de Peconha da Parawixia Bistriata Descrição: Estudo das atividades biológicas de peptídeos de aranha Parawixia Bistriata. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Silvana Giuliatti - Integrante / Sonia di Mauro - Coordenador. Membro: Silvana Giuliatti.
14.	2006-Atual. Respostas Fisiologicas de plantas as Mudancas Climaticas Globais Descrição: Compreender como as plantas respondem ao aumento de CO2, temperatura e modificações no suprimento de água (alagamento ou seca). São estudadas espécies cultivadas com valor agrícola (cana de açúcar, soja, sorgo e outras) e plantas nativas brasileiras (principalmente árvores nativas da Mata Atlântica e Amazônia).. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Desenvolvimento da Pesquisa do Agronegócio - Auxílio financeiro. Membro: Marcos Silveira Buckeridge.

2004

1.	2004-2006. Analise da Variabilidade Genetica e Estrutura de Populacoes de Cochliomyia hominivorax (DIPTERA: CALLIPHORIDAE) da America do Sul Atraves de Marcadores Microssatelites e PCR-RFLP do DNA mitocondrial Descrição: Auxílio à pesquisa. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Integrante / Mariana Lúcio Lyra - Integrante / Ana Maria Lima de Azeredo-Espin - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Tatiana Teixeira Torres.
2.	2004-2013. Analise do transcritoma e caracterizacao molecular dos componentes responsaveis pela patogenicidade de Xylella fastidiosa Descrição: O objetivo principal deste projeto é a identificação e caracterização funcional de genes de Xylella fastidiosa com expressão regulada por ferro ou por concentrações subinibitórias de agentes antimicrobianos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Coordenador / Paulo Adriano Zaini - Integrante / Andrea Cristina Fogaça - Integrante / Patrícia Isabela Pessoa da Silva - Integrante / Gustavo Antonio Teixeira Chaves - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 16 Membro: Aline Maria da Silva.
3.	2004-2006. Aprendizado Eletronico - FAPESP Tidia Descrição: O presente projeto apresenta uma proposta para participação em um projeto de pesquisa cooperativo na área de ensino a distância. O projeto cooperativo, de caráter interdisciplinar e multi-institucional, terá como objetivo fazer a especificação, o desenvolvimento e a implementação de um ambiente de educação a distância sobre a plataforma da Internet avançada. Dentro deste contexto, este proposta apresenta o ELUS (e-learning Laboratory at UniSantos) como laboratório de desenvolvimento. A equipe do ELUS é composta de professores e pesquisadores doutores com perfis e capacidades complementares em relação aos objetivos do Programa TIDIA na modalidade e-learning, permitindo a participação do ELUS nas áreas de administração, coordenação e comunicação das ferramentas de ensino a distância. Participação como Laboratório Associado (LA). Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Cléver Ricardo Guareis de Farias - Integrante / Hermes Senger - Integrante / Marta Costa Rosatelli - Coordenador / Leandro Nunes de Castro - Integrante / Ricardo José Gabrielli Barreto Campello - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Clever Ricardo Guareis de Farias.
4.	2004-2006. Coeficiente de Determinacao, Redes Booleanas Probabilisticas e Regulacao Genica Descrição: A tecnologia de "microarrays" tem se mostrado como uma importante ferramenta para a pesquisa genética envolvendo uma grande quantidade de genes. Um problema chave na análise de expressão de genes, a partir de dados provenientes de "microarrays", envolve a predição da expressão de um gene alvo em termos da expressão de outros genes preditores. O coeficiente de determinação (CoD) tem sido usado para medir a qualidade de tais predições. Uma situação particular de configuração de CoDs define o que chamamos de genes de predição intrinsicamente multivariada. Recentemente, um novo modelo foi proposto na direção de fornecer uma visão integrada de como os genes se interagem: Rede Booleana Probabilística (PBN). Como este modelo tem grande potencialidade para explicar a interação de genes dentro de uma célula, é de fundamental importância um estudo em detalhes no sentido de entender resultados experimentais biológicos já conhecidos e/ou fornecer novas hipóteses para verificação experimental. Este projeto de pesquisa tem como interesse principal estudar problemas relacionados com CoDs e com PBNs. Dentre estes problemas, podemos citar (i) o desenvolvimento de algoritmos eficientes para encontrar genes de predição intrinsicamente multivariada; (ii) a procura por genes de predição intrinsicamente multivariada que poderiam levar a descobertas de importantes processos biológicos em determinados organismos ou em certos tipos de câncer; (iii) o estudo para encontrar uma possível relação entre arquitetura de PBNs e CoDs e (iv) a construção de pequenas PBNs a partir de subconjuntos de genes (genes iniciais) envolvidos em relevantes processos biológicos para descobrir novos genes em "pathways" relacionados com os genes iniciais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Edward R Dougherty - Integrante / Michael L Bittner - Integrante / Carlos Henrique Aguena Higa - Integrante / Sandro Pereira Vilela - Integrante. Financiador(es): Texas A & M University - Cooperação / Translational Genomics Research Institute - Cooperação / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 1 Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
5.	2004-2009. Evolucao e funcao de genes de reparo de DNA Descrição: Este projeto visa o estudo de sistemas de proteção ao material genético celular, assim como a evolução, com a busca de genes novos relacionados a esses sistemas. Quatro subprojetos são apresentados. Nos dois primeiros propomos o estudo mecanismos de reparo de DNA em células animais com prioridade para estudos com células humanas primárias. Pretendemos empregar vetores genéticos, sobretudo derivados de adenovírus, para transduzir genes de reparo de DNA em células humanas, sobretudo relacionados a síndromes humanas com deficiência nesse processo (síndromes conhecidas como xeroderma pigmentosum). Esses vetores estão sendo previstos para serem usados em processos de diagnóstico que identificam o defeito celular e no estudo da dinâmica dessas proteínas dentro das células. Pretendemos também continuar a decifrar os sinais apoptóticos que são induzidos pela presença de lesões no genoma. Em outro subprojeto, buscamos compreender os sistemas pelos quais os vegetais protegem seu genoma de lesões no seu genoma. Como alvo, pretendemos estudar a função e a expressão de dois genes clonados por nós (AtXPB e Thi1). Finalmente, pretendemos realizar uma investigação de genômica funcional, para identificar genes envolvidos em reparo de DNA na bactéria modelo Caulobacter crescentus. Este subprojeto é exploratório e pretende a construção e o estudo de mutantes bacterianos. A facilidade de sincronização do ciclo celular nessas bactérias também pode ser útil na determinação efeito do ciclo em funções de reparo nessa célula.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (9) . Integrantes: Carlos Frederico Martins Menck - Coordenador / KM Lima-Bessa - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 2 Membro: Carlos Frederico Martins Menck.
6.	2004-2007. Genoma funcional do cancer humano Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Helena Paula Brentani.
7.	2004-2009. Genome sequencing of agrobacterium biovar type strains Descrição: sequenciamento e analise de a. vitis s4 e a. radiobacter k84. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Joao Carlos Setubal - Integrante / Derek W. Wood - Coordenador. Financiador(es): National Science Foundation - Auxílio financeiro. Membro: Joao Carlos Setubal.
8.	2004-2005. Orientacao - Estudo da estrutura e atividade de complexos moleculares: Taxol-Tubulina [IC - Orientando: Pedro A. da Silva Autreto (Proj. Fapesp 03/11984-0)] Descrição: O presente projeto tem por objetivo estudar os aspectos termodinâmicos e eletrostáticos da interação entre a enzima tubulina e vários inibidores análogos ao taxol, calculando diferenças na energia livre eletrostática entre os correspondentes complexos. Será verificado qual destes análogos pode ter maior atividade antimitotica em termos termodinâmicos. As energias livres eletrostáticas serão obtidas através de soluções numéricas da equação de Poisson-Boltzmann. A modelagem do sistema será feita se utilizando além dos campos de forças tradicionais, um campo de forças criado pelo método de equalização de carga e outro por meio de modelos quânticos semi-empíricos (apenas para os inibidores). Com isto, pretendemos investigar aspectos metodológicos, desenvolver um protocolo mais confiável para a obtenção destas energias livres, verificar sua capacidade preditiva para aplicações no planejamento racional de fármacos e identificar os resíduos na tubulina de maior importância para a formação dos complexos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Pedro Alves da Silva Autreto - Integrante / Luis Gustavo Dias - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
9.	2004-2007. Orientacao - Estudo dos aspectos eletrostaticos da interacao polieletrolito-macroion. Propriedades gerais e aplicacao a formacao de complexos moleculares: Calmodulina-Ca+2-polilisina e heparina-polilisina [Doutorado - Orientando: Sidney Jurado de Carvalho Descrição: Projeto de Doutoramento do estudante Sidney Jurado de Carvalho. Dentro desta proposta, pretendemos estender o estudo da interação ligante-biomolécula inicialmente focado em pequenos ligantes (p.ex. interação cálcio-proteínas da família da calmodulina), para sistemas mais complexos e de maior interesse biológico e prático, sempre mantendo ênfase no entendimento dos fundamentos físicos envolvidos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Sidney Jurado de Carvalho - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
10.	2004-2009. PathoSystems Resource Integration Center Descrição: Banco de dados genomicos e correlatos para bacterias e virus constantes da lista de prioridades do NIAID/NIH. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Joao Carlos Setubal - Integrante / Sobral, B. - Coordenador. Membro: Joao Carlos Setubal.
11.	2004-2005. Portal Giga: Executando aplicacoes em Grids de forma transparente Descrição: O objetivo principal desse projeto é permitir que um pesquisador que tenha interesse em executar aplicações específicas das áreas de bioinformática, petróleo e mineração de dados no Grid, mas que não tenha conhecimentos específicos da área de Grids Computacionais, possa executar estas aplicações de forma simples, via um portal Web, denominado PortalGIGA, através do uso da rede do projeto GIGA. O projeto GIGA é uma a iniciativa de rede óptica conduzida pela Rede Nacional de Ensino e Pesquisa (RNP) e pelo Centro de Pesquisa e Desenvolvimento em Telecomunicações (CPqD), que interliga diversos centros de pesquisa nos Estados do Rio de Janeiro e São Paulo. Para executar uma aplicação o usuário escolherá a mesma dentre um menu de opções oferecidos no site. A aplicação será então executada em uma grade computacional utilizando o middleware MyGrid, e o resultado será disponibilizado para usuário via a mesma interface Web. A distribuição das tarefas entre as máquinas do Grid e a preparação dos dados necessários para a execução da aplicação serão feitos de forma automática pelo Portal. Três tipos de aplicações diferentes serão suportados pelo Portal: simulação de dinâmica molecular, simulação de reservatórios de petróleo e mineração de dados.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Cléver Ricardo Guareis de Farias - Integrante / Fabrício Alves Barbosa da Silva - Coordenador / Carla Osthoff - Integrante / Hermes Senger - Integrante / Eduardo Raul Hruschka - Integrante / Walfredo Cirne - Integrante / Pedro Pascutti - Integrante. Financiador(es): Rede Nacional de Ensino e Pesquisa - Auxílio financeiro. Membro: Clever Ricardo Guareis de Farias.
12.	2004-2005. Projeto 1 (2004) - Pro-Reitoria de Pesquisas (Auxilio financeiro) [Proc. USP 2004.1.32015.1.7] Descrição: Auxilio complementar da Pró-Reitoria de Pesquisa - Edição 2004. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
13.	2004-2010. Projeto Individual - STATISTICAL MECHANICAL STUDIES OF PROTEIN-POLYMER COMPLEXES [Auxilio Lunarc/Suecia] Descrição: The complexation between polyelectrolytes and proteins are extensively used in pharmaceutics, foods and cosmetics. The strength of the interaction is to a large extent regulated by electrostatic interactions. Solution ionic strength and pH are key parameters in these electrostatically driven processes. A theoretical model within the continuum dielectric framework has been devised and solved by Monte Carlo simulations. The protein is modeled in either atomic details or by a mesoscopical model. In both cases it is assumed to be a rigid body and allowed to titrate as a function of solution pH in the presence of the polymer. A flexible charged polymer (polyelectrolye or polyampholyte) is modeled as a chain of charged hard spheres connected by harmonic springs. The calculations provide a number of free energy derivatives. These approaches are applied to different protein complexes such as the ones formed with lysozyme, alpha-lactalbumin and beta-lactoglobulin. Theoretical analyzes based on the charge regulation theory are also used in order to complete the computational outcomes.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Torbjörn Åkesson - Integrante / Bo Jönsson - Integrante / Sidney Jurado de Carvalho - Integrante / Mikael Lund - Integrante. Financiador(es): Lunarc - Outra. Número de produções C, T & A: 2 Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
14.	2004-2008. SUCEST-FUN: Transcriptoma da Cana-de-acucar Descrição: O Projeto SUCEST-FUN (http://sucest-fun.org) reune quatro Universidades (USP, UNICAMP, UNESP e UFRJ) e duas empresas (COPERSUCAR e Centralcool) num esforço por mim coordenado para o estudo funcional do genoma e transcriptoma da cana-de-açúcar. A cana-de-açúcar é de grande importância econômica para o Brasil estando entre os seus principais produtos de exportação. A produção de açúcar e álcool se beneficiaria largamente de variedades com maior teor de sacarose e resistentes a estresses. O estabelecimento de tais variedades utilizando-se técnicas de melhoramento genético tradicionais é demorado e complicado pela grande complexidade do genoma da cana e poderia ser acelerado se genes alvos para o melhoramento fossem identificados. O projeto SUCEST (http://sucest.lbi.ic.unicamp.br/public/) permitiu a identificação de cerca de 238 mil ESTs (Expressed Sequence Tags) da cana. Estas sequências correspondem a aproximadamente 43 mil SAS (Sugarcane Assembled Sequences). Acredita-se que mais de 90% do genoma expresso da cana tenha sido etiquetado (30 mil genes). A verificação do padrão de expressão destes genes é um passo importante para que se possa inferir sua função nos diferentes tecidos e estágios de desenvolvimento da planta, e para que estas informações possam ser utilizadas em programas de melhoramento. O transcriptoma da cana será estudado com o auxílio de microarrays de cDNA. ESTs foram selecionados por estarem associados a processos envolvidos no crescimento, desenvolvimento e adaptação a variações ambientais. Através do projeto SUCAST (Sugarcane Signal Transduction) nós catalogamos mais de 3600 possíveis genes de cana-de-açúcar envolvidos na sinalização destas vias. Destes, cerca de 1000 estão sendo analisados através dos microarrays de cDNA, uma tecnologia já estabelecida pelo grupo (Papini-Terzi et al., 2005). Outras categorias de destaque nos chips incluem Fatores de Transcrição (cerca de 500 SAS), patogênese (242), resposta a estresses (557) e metabolismo de. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Glaucia Mendes Souza - Coordenador / Flavia Riso Rocha - Integrante / Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio - Integrante / Juliana de Maria Felix - Integrante / Renato Vicentini - Integrante / Cristiane de Rocha Souza - Integrante / Eugenio César Ulian - Integrante / Sonia Marli Zingaretti di Mauro - Integrante / Marcelo Menossi - Integrante / Marcio de Castro Silva-Filho - Integrante / Adriana Silva Hemerly - Integrante / Marcelo Dornelas - Integrante / Antonio Figueira - Integrante. Financiador(es): Cooperativa de Produtores de Cana-de-Açúcar, Açúcar e Álcool de São Paulo - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Instituto Uniemp - Bolsa / Central de Álcool Lucélia - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 5 Membro: Glaucia Mendes Souza.

2003

1.	2003-Atual. EGene2 Descrição: : A plataforma EGene (Durham et al., 2005) foi desenvolvida pelo nosso grupo e se caracteriza por ser um sistema integrado e customizável para a construção de pipelines. O sistema EGene permite encadear uma série de componentes diferentes de processamento, em uma ordem e composição totalmente definidas pelo usuário. Pretendemos oferecer na versão 2 do sistema EGene uma ampla gama de componentes de anotação que inclui um programa para a determinação de ORFs com tradutor das sequências protéicas, módulos para sete preditores de genes (Genscan, GlimmerM, GlimmerHMM, Twinscan, Phat, ESTscan e SNAP) , três programas de busca de repetições seriadas (TRF, String e MREPs), tRNAscan-SE, mapeamento de cDNAs (Sim4 e Exonerate), busca de similaridade (Blast), busca de motivos protéicos (HMMER/Pfam, RPS-Blast, InterProScan), busca de domínios transmembranares (TMHMM) e de peptídeo sinal (SignalP) ou ambos (Phobius), busca de sítios de ancoragem GPI (DGPI), mapeamento de termos GO, e geradores de anotação no padrão feature table (FT) e GFF3. Além disso, serão desenvolvidos componentes para a análise global de ortologia com as bases COG/KOG e eggNOG, mapeamento de vias metabólicas com a base KEGG e integração com o visualizador Genome Browser... Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Arthur Gruber - Coordenador / Rangel, Luiz Thibério L.D. - Integrante / Ferro, Milene - Integrante / Deyvid Emanuel Amgarten - Integrante / Rafael Moreira Neves - Integrante. Membro: Alan Mitchell Durham.
2.	2003-2013. Estrutura e funcao de serina/treonina fosfatases na ameba social Dictyostelium discoideum Descrição: As serina/treonina fosfatases (PPs) são enzimas que catalisam a desfosforilação específica de resíduos de fosfoserina e fosfotreonina. Considerando-se especialmente a identidade entre as sequências de aminoácidos de suas subunidades ou domínios catalíticos, as PPs foram agrupadas em duas famílias: PPP (PhosPhoprotein Phosphatase) e PPM (Phosphoprotein Phosphatase Magnesium-dependent). A família PPP compreende enzimas classificadas em cinco subfamílias denominadas PP1, PP2A, PP2B, PP5 e PP7 enquanto a família PPM engloba enzimas denominadas PP2C. Algumas subfamílias das PPPs compreendem holoenzimas onde uma subunidade catalítica interage com uma ou mais subunidades reguladoras variáveis, o que confere uma extraordinária diversidade funcional às serina/treonina fosfatases. Nos últimos anos nosso grupo tem investigado os papéis desempenhados pelas serina/treonina fosfatases nas vias de sinalização envolvidas no crescimento e desenvolvimento de D. discoideum, um microorganismo eucariótico que tem sido utilizado há mais de 50 anos como sistema experimental em estudos de diversos processos celulares. Estudos recentes que realizamos resultaram na identificação de algumas proteínas que interagem e possivelmente modulam a atividade da PP1 de D. discoideum (DdPP1c). Para estes estudos foram utilizadas tanto buscas por similaridades na sequência genômica deste microorganismo como ensaios utilizando o sistema de duplo-híbrido em leveduras, utilizando-se a DdPP1c como isca. Com essa abordagem, foram selecionados clones de cDNA que codificam proteínas (presas) que interagiram com a DdPP1c. Dando continuidade a estes estudos, propomos, nesse projeto, aprofundar a caracterização funcional de duas novas proteínas que potencialmente interagem com a DdPP1c as quais foram selecionadas após os ensaios confirmatórios de sua interação com a DdPP1c.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (3) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Coordenador / Leonardo Costa Fiorini - Integrante / Luiz Paulo M. Andrioli - Integrante / Daniela Beton - Integrante / Juliana Moreira Sousa - Integrante / Renato Astolfi Raposo - Integrante / Daniela Carvalho Gonzalez-Kristeller - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Número de produções C, T & A: 17 Membro: Aline Maria da Silva.
3.	2003-2009. GENES DE REPARO DE DNA: ANALISE FUNCIONAL E EVOLUCAO. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (9) . Integrantes: Carlos Frederico Martins Menck - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Carlos Frederico Martins Menck.
4.	2003-2008. Identificacao de marcadores moleculares para diagnostico e prognostico em cancer utilizando microarrays de DNA Descrição: Projeto Temático - FAPESP- (02/13283-6). 06/2004-06/2008. Sergio Verjovski-Almeida (Coordenador), Aline M. da Silva, Eduardo Moraes Reis, L.H. Câmara Lopes, Fernando Ferreira Costa. Projeto: Identificação de marcadores moleculares para diagnóstico e prognóstico em câncer utilizando microarrays de DNA.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (3) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / Sergio Verjovski-Almeida - Coordenador / Ana Carolina Quirino Simões - Integrante / Katia R Leite - Integrante / Luiz H Camara Lopes - Integrante / Eduardo Moraes Reis - Integrante / Fernando Costa - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Número de produções C, T & A: 10 Membro: Aline Maria da Silva.
5.	2003-2005. Isolamento e Caracterizacao de Marcadores Microssatelites em Moscas Causadoras de Miiases e sua Utilizacao em Estudos Populacionais Descrição: Auxílio à pesquisa.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Integrante / Mariana Lúcio Lyra - Integrante / Gustavo Turqueto Duarte - Integrante / Ana Maria Lima de Azeredo-Espin - Coordenador / Renato Assis de Carvalho - Integrante. Membro: Tatiana Teixeira Torres.
6.	2003-2005. Maldb, Genomic And Post Genomic Approaches To Study Human Malaria in the Brazilian Amazon: Projeto Tematico Fapesp No. 01/09401-0 Descrição: Investigação da diversidade genética de plasmodium na amazônia brasileira. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Hernando A del Portillo - Coordenador / Junior Barrera - Integrante / Joao Eduardo Ferreira - Integrante / Gerhard Wunderlich - Integrante / Marcelo Urbano - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Não informado. Membro: Alan Mitchell Durham.
7.	2003-2004. Orientacao - Efeito da influencia do potencial eletrostatico na aglutinacao de eritrocitos falciformes e na diminuicao da sua afinidade pelo oxigenio [IC - Orientando: Fabio V. Figueiredo (Proj. Fapesp 03/01545-9)] Descrição: O presente projeto tem por objetivo o estudo das alterações nos mapas de potencial eletrostático, tanto na superfície como ao redor da molécula de hemoglobina (Hb), resultantes da substituição do ácido glutâmico pela valina, e suas possíveis consequências na anemia falciforme. Será verificado se as mudanças nas propriedades eletrostáticas da Hb influenciam a formação do polímero ?hemácia falciforme-hemácia falciforme? (aglutinação de hemácias ocorrida na patologia) através da comparação de mapas eletrostáticos obtidos para diferentes estruturas mutantes da Hb disponíveis nos bancos de dados de proteínas. Também verificaremos o efeito destas mutações na afinidade do oxigênio pela Hb. Caso seja confirmado o caráter dominante das interações eletrostáticas nestes mecanismos moleculares, investigaremos possíveis ligantes carregados que poderiam ser adicionados à molécula de Hb para anular/reduzir o efeito aglutinador resultante da mutação genética. Os mapas eletrostáticos e as energias livres serão obtidos através de soluções numéricas da equação de Poisson-Bolzmann.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Fábio Vasconcelos Figueiredo - Integrante / Pedro Alves da Silva Autreto - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Número de produções C, T & A: 4 Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
8.	2003-2005. PROCONTES - Projeto para obtencao de uma vaga de tecnico de nivel superior para o laboratorio de pesquisa [Aprovado atraves do Of. CIRC. PRP-A-095/2003] Descrição: Solicitacao conjunta de um técnico de nivel superior dentro do ambito do programa PROCONTES da PRPq/USP para atender ao nosso laboratorio de pesquisa, ao Lab. de Cristalografia de proteinas (Dra. Cristina Nonato) e do Lab. de Toxinas de Animais (Profa. Dra. Eliane Candiani Braga). Foi contratado o Dr. Artur T. Cordeiro.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Integrante / Maria Cristina Nonato - Integrante / Eliane Candiani Arantes - Coordenador. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Outra. Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
9.	2003-2004. Projeto 1 (2003) - Pro-Reitoria de Pesquisas (Auxilio financeiro) [Proc. USP 2003.1.4689.1.6] Descrição: Auxilio complementar a projeto de pesquisa - Edicao 2003. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
10.	2003-2004. Projeto 5 (2003) - "Biologia Computacional" (Proj. 5 da PRPq da USP - Edicao 2003/2004) Descrição: A demanda por novas ferramentas e abordagens para descrever, compreender e racionalmente manipular os eventos naturais é um fato intrínseco no progresso da Ciência e da Tecnologia. O desenvolvimento da computação e sua inserção na solução de problemas biológicos exemplificam esta tendência nos dias de hoje, com profundos impactos, positivos, em diversas áreas acadêmicas estabelecidas do saber [Biologia Molecular, (Bio)Química, Informática, (Bio)Física, etc.], e aplicadas, como na Saúde, e nas indústrias químicas, de alimentos e farmacêuticas. Na verdade, esta área emergente conhecida como ?Biologia Computacional? (ou Biocomputação) - uma espécie de fusão da Biologia (Molecular) com as Ciências da Computação - vêm exatamente de encontro às necessidades pós-Genoma, ajudando, dentre outras coisas, a resolver e armazenar as estruturas obtidas, e, principalmente, ajudando a ?decifrar? a função biológica das estruturas resultantes, quer para um maior entendimento dos mecanismos moleculares, quer auxiliando no planejamento de possíveis aplicações industriais, ou ainda, procurando compreender e controlar a fronteira entre a saúde e a doença. Embora de características fortemente multi-disciplinares, envolvendo um conjunto de áreas afins com as Ciências Farmacêuticas, a consolidação da Biologia Computacional como uma disciplina própria, e mesmo como uma independente área de pesquisa, representa um marco histórico recente (a primeira sociedade científica organizada para tratar do tema foi fundada em 1997 - http://www.iscb.org/history.shtml). Tradicionalmente, o espectro de atuação do pesquisador desta área, varia desde uma descrição matemática/estatística (intrinsecamente relacionando com o uso de banco de dados) a uma abordagem mais física, onde se procura a compreensão a nível atomístico dos sistemas biológicos. Assim, em termos práticos, obedecendo-se a este espectro de atuação, a Biocomputação pode ser sub-dividida em três áreas: Bioinformática, Modelagem de Proteinas. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Integrante / Maria Cristina Nonato - Integrante / Gustavo Henrique Goldmann - Coordenador. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
11.	2003-2006. Projeto Individural - Interacoes Eletrostaticas de Biomoleculas - Produtividade em Pesquisa CNPq [Proc. 3502264/2003-1] Descrição: Nossa meta central neste projeto é a compreensão dos fundamentos físico-químicos da estrutura e função de moléculas biológicas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (2) / Doutorado: (2) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
12.	2003-2005. Redes Booleanas Probabilisticas e Bioinformatica Descrição: Um problema chave e importante na análise de expressão de genes a partir de dados provinientes de "microarrays" que pretendemos pesquisar envolve a predição da expressão de um gene em termos da expressão de outros genes. O problema de predição consiste em determinar se um determinado gene está ligado ("up-regulated") ou desligado ("down-regulated") em dependência dos estados ligado e desligado de outros genes. É conhecido na literatura que os coeficientes de determinação (CoDs) [] são uma forma de medir a qualidade de tais predições. Neste trabalho pretendemos estudar algoritmos para a computação e ordenação de CoDs estimados (a partir de dados de "microarrays"). Recentemente, um novo modelo foi proposto na direção de fornecer uma visão integrada de como os genes se interagem: Rede Booleana Probabilística. Como este modelo tem grande potencialidade para explicar a interação de genes dentro de uma célula, tencionamos estudá-lo em detalhes no sentido de entender resultados experimentais biológicos já conhecidos e/ou fornecer novas hipóteses para verificação experimental.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Carlos Henrique Aguena Higa - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 1 Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.

2001

1.	2001-2003. Analise Comparativa das Variacoes do DNA mitocondrial e morfologicas de especies do genero Chrysomya no Brasil Descrição: Auxílio à pesquisa. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Integrante / Ana Carolina Martins Junqueira - Integrante / Fábio Frangiotti Conte - Integrante / Ana Cláudia Lessinger - Integrante / Ana Maria Lima de Azeredo-Espin - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Tatiana Teixeira Torres.
2.	2001-2003. Analise genomica e de marcadores moleculares de moscas causadoras de miiases de importancia para a pecuaria. Descrição: Auxílio à pesquisa.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Integrante / Ana Carolina Martins Junqueira - Integrante / Mariana Lúcio Lyra - Integrante / Ana Maria Lima de Azeredo-Espin - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Tatiana Teixeira Torres.
3.	2001-2006. Aproximacao Genomica e Pos-Genomica ao Estudo das Malarias Humanas de Plasmodium vivax e Plasmodium falciparum na Amazonia Brasileira.-ClinMalDB Descrição: A finalização do genoma de P. falciparum, bem como avanços significativos no genoma de P. vivax foram anunciados recentemente na revista Nature [415:702-709 (2002)]. Este projeto propõe o uso de abordagens genômicas e pós-genômicas em três áreas principais de pesquisa em malária: fatores de virulência, genética de populações e quimioterapia. Além disso, através da integração com o Núcleo de Bioinformática da USP, propomos a criação de um banco de dados de seqüências e imagens de microarrays (MalDB) para explorar de modo completo toda essa nova informação biológica.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Hernando A del Portillo, - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 1 Membro: Joao Eduardo Ferreira.
4.	2001-2002. Cooperation for Analysis of Gene Expression (Xanthomonas citri) Descrição: Project Summary Entire genomes and whole sets of ESTs of scientific and economically important micro-organisms, relevant model organisms and humans are rapidly becoming available. To take advantage of these enormous sets of genomic and EST sequences, several academic and industrial laboratories are developing technologies to analyze gene expression at RNA level on a genome wide basis using DNA microarrays, also called DNA chips. These techniques have potential to generate hundreds of data points for expression of tens of thousands of genes, whose impact in biological research might be revolutionary. Analyses of such huge amounts of data pose complex and unsolved problems of data storage, data mining and design of non linear gene-state predictors. Altogether, these tasks require the coordinated collaboration of, by one side, computer scientists and mathematicians and, by the other, molecular biologists and biochemists. To this end, interdisciplinary teams of scientists are been organized in the countries that are presently leading the international genome research. In the State of São Paulo, FAPESP has timely launched a genome program that was initiated by sequencing the genome of Xylella fastidiosa and is now been extended to genomes of other micro-organisms and ESTs of human cancer cells and plant cells of sugar cane. This FAPESP initiative has established sufficient conditions to start a competitive local project of functional genomics by the technology of DNA microarrays. This proposal to FAPESP aims to organize the Cooperation for Analysis of Gene Expression, CAGE, an informal organization that will coordinate the collaborative efforts of molecular biologists of the Instituto de Química (IQ-USP) and computer scientists and mathematicians of the Instituto de Matemática e Estatística (IME-USP), to study gene expression by the DNA microarray technology.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Robson Francisco de Souza - Integrante / Ana Cláudia Rasera da Silva - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Robson Francisco de Souza.
5.	2001-2005. Cooperacao para analise de expressao genica (CAGE) Descrição: Projeto Temático - FAPESP (99/07390-0) - 2001-2005. Hugo A. Armelin (Coordenador), Suely L. Gomes, Sergio Verjovski-Almeida, Aline M. da Silva, Glaucia M. Souza, Mari C. Sogayar, Hamza El-Dorry, Ana Claudia R. da Silva, Bianca Zingales, Eduardo J. Neves e Junior Barreira. Projeto: Cooperação para análise de expressão gênica (CAGE)/Implantação da tecnologia de microarrays de DN no IQ-USP.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (5) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / Suely Lopes Gomes - Integrante / Sergio Verjovski-Almeida - Integrante / Glaucia Mendes Souza - Integrante / Ana Claudia Rasera da Silva - Integrante / Hamza F. El-Dorry - Integrante / Mari C Sogayar - Integrante / Hugo Aguirre Armelin - Coordenador / Bianca Zingales - Integrante / Eduardo Jordão Neves - Integrante / Junior Barreira - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 3 Membro: Aline Maria da Silva.
6.	2001-2004. Data mining no Projeto Genoma Cana-de-acucar Descrição: Auxílio à Pesquisa - FAPESP (00/07425-7) - 2000-2004. Gláucia M. Souza (Coordenadora) e Aline M. da Silva. Projeto: Data mining no Projeto Genoma Cana-de-açúcar.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / Leonardo Costa Fiorini - Integrante / Glaucia Mendes Souza - Coordenador / Ana Carolina Quirino Simões - Integrante / Milton Yutaka Nishiyama-Junior - Integrante / Flavia Papini-Terzi - Integrante / Flavia R. Rocha - Integrante / Katia Cristina P Oliveira - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 2 Membro: Aline Maria da Silva.
7.	2001-2001. Estudo de Formacao de Aterosclerose atraves de Simulacao Computacional Descrição: O projeto propõe a aplicação do método de elementos finitos, através do uso do software ANSYS, no estudo da formação de lesões ateroscleróticas. Num modelo da artéria carótida, serão estudadas as possibilidades dos fatores hemodinâmicos contribuírem para a localização e desenvolvimento dessas lesões, através da interação entre fluxo sanguíneo e a parede vascular. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Silvana Giuliatti - Coordenador / Tiago Domingues - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Silvana Giuliatti.
8.	2001-2004. Projeto genoma Leifsonia xyli Descrição: O projeto objetiva o sequenciamento completo e analise do genoma da bacteria Leifsonia xyli, que causa doencas em cana de açúcar. É um projeto realizado pela rede AEG/ONSA do estado de São Paulo. O Laboratório de Bioinformática do IC/Unicamp coordenado por mim realiza toda a bioinformática desse projeto.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Joao Carlos Setubal - Coordenador / Joao Paulo Kitajima - Integrante / Luciano A. Digiampietri - Integrante / Marcelo Perez - Integrante / Patricia Farah Carrião - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 2 Membro: Joao Carlos Setubal.
9.	2001-2004. Projeto genoma Leptospira interrogans Descrição: O projeto objetivou o sequenciamento completo e análise do genoma da bactéria Leptospira interrogans serovar Copenhageni, causadora da leptospirose. O LBI/IC realizou toda a bioinformática desse projeto. O projeto já tem um manuscrito aceito para publicação, a qual deve ocorrer em 2004.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Joao Carlos Setubal - Coordenador / Joao Paulo Kitajima - Integrante / Luciano A. Digiampietri - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Joao Carlos Setubal.
10.	2001-2008. Projeto Jovem Pesquisador Fapesp - Interacoes Eletrostaticas em biomoleculas [Proc. Fapesp 01/03363-0] Descrição: Interações eletrostáticas em biomoléculas é o tema comum deste projeto. Mais especificamente, nós pretendemos estudar: o efeito de força iônica e do equilíbrio ácido-base na estabilidade, estrutura e função da calbindina D9K e da hemoglobina. aspectos eletrostáticos da interação proteína-peptídeo (e.g. interação calmodulina-peptídeo). Nossa ferramenta básica de trabalho será a Mecânica Estatística (simulações moleculares), complementada com investigações em colaboração com grupos experimentais. Programas de simulação numérica para este propósito vêm sendo desenvolvidos por nós durante os últimos dez anos, permitindo que os refinamentos necessários para esta proposta sejam possíveis. Simulações de proteínas considerando explicitamente todos os átomos do sistema tornaram-se bastante populares na década de 80, ajudando a decifrar mecanismos moleculares. Vários pacotes de dinâmica molecular foram construídos (ex. GROMOS, AMBER, CHARMm). Porém, embora exista um grande potencial para esta abordagem (nível de Born-Oppenheimer), ela sofre da falta de campos de força confiáveis e alguns problemas técnicos, como a truncagem das interações de longo-alcance. Uma estratégia mais promissora é tratar o sistema em um nível mais grosseiro, conhecido como ?modelo primitivo?. Porém, ao invés de adotar a aproximação de campo médio, como feito nas abordagens por Poisson-Boltzmann, esta Hamiltoniana efetiva do sistema deve ser solucionada através do emprego de simulações Monte Carlo Metropolis. Isto é o que propomos aqui. O uso da aproximação do dielétrico contínuo para descrever a solução aquosa, como proposto no modelo primitivo, provou ser extremamente eficaz em ciência coloidal e também em contexto biológico, p. ex. a abordagem de Tanford-Kirkwood para descrever interações eletrostáticas em proteínas. Estratégias semelhantes podem ser hoje aplicadas de maneira ainda muito mais refinada e precisa, graças a performance dos computadores modernos, como demonstrado em n. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Sidney Jurado de Carvalho - Integrante / Marcio Francisco Colombo - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 46 Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
11.	2001-2004. Projeto transcriptoma Schistosoma mansoni Descrição: Projeto objetivou sequenciamento e analise de 180.000 sequencias de ESTs do parasita humano Schistosoma mansoni. O projeto é liderado pelo Prof. Sergio Verjovski-Almeida, do IQ-USP. Minha participacao se deu realizando a bioinformatica, em colaboracao com o grupo do prof. Verjovski-Almeida. Participa tambem meu aluno de mestrado Joao Paulo Piazza. O projeto já conseguiu uma publicação importante (Nature Genetics), mas há intenção de se prosseguir com as análises. Projeto financiado pela FAPESP e CNPq. Coube ao LBI/IC o valor de R$ 80 mil (FAPESP) e US$12500 (CNPq).. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Joao Carlos Setubal - Coordenador / Joao Paulo Kitajima - Integrante / Joao Paulo Piazza - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 2 Membro: Joao Carlos Setubal.
12.	2001-2004. Sistema de Armazenagem e Data Mining de Proteinas de Venenos Descrição: O objetivo de projeto é criar um banco de dados de proteínas de venenos de vários organismos e desenvolver um sistema de análise que permite identificar domínios nas sequencias FASTAs.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (4) . Integrantes: Silvana Giuliatti - Coordenador / Eliane Candiani Arantes Braga - Integrante / Milton Faria Junior - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 6 Membro: Silvana Giuliatti.
13.	2001-2003. Transcript Finishing Initiative - TFI Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Silvana Giuliatti - Integrante / Anamaria A. Camargo - Coordenador. Financiador(es): Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Silvana Giuliatti.
14.	2001-2001. Utilizacao de primers heterologos para a amplificacao de regioes de microsatelites em Cochliomyia hominivorax (Coquerel) (DIPTERA: CALLIPHORIDAE) - um estudo preliminar Descrição: Projeto de Iniciação Científica.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Tatiana Teixeira Torres.

2000

1.	2000-2009. Antonio Prudente Cancer Research Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador / Fernando Augusto Soares - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Helena Paula Brentani.
2.	2000-2004. Estudo das vias de Transducao de Sinal que controlam a transicao crescimento/desenvolvimento em Dictyostelium discoideum Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Glaucia Mendes Souza - Coordenador. Membro: Glaucia Mendes Souza.
3.	2000-2006. Genetic sexing and populations genetics of screwworms. Descrição: Coordinated Research Project. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Integrante / Ana Carolina Martins Junqueira - Integrante / Mariana Lúcio Lyra - Integrante / Marcos Túlio Oliveira - Integrante / Joan Grande Barau - Integrante / Gustavo Turqueto Duarte - Integrante / Ana Cláudia Lessinger - Integrante / Ana Maria Lima de Azeredo-Espin - Coordenador / Renato Assis de Carvalho - Integrante. Membro: Tatiana Teixeira Torres.
4.	2000-2002. Identificacao de genes no cromossomo Y de Drosophila Descrição: Muito poucos genes do cromossomo Y de Drosophila melanogaster foram identificados até o momento, diferentemente da grande quantidade de genes já conhecidos no restante do seu genoma. Contudo, sabe-se que este cromossomo possui seis fatores responsáveis pela fertilidade dos machos. Mesmo depois do sequenciamento, poucos genes haviam sido identificados (kl-2, kl-3, kl-5, PRY, Pp1-Y1, Pp1-Y2, PPr-Y, ORY, CCY). Oito destes genes foram identificados através de uma abordagem que usa as seqüências não mapeadas do genoma de Drosophila ("armU"), seqüências expressas em testículo e proteínas conhecidas, incluindo métodos computacionais e testes experimentais para procura de novos genes. Neste trabalho estendemos essa análise computacional às novas seqüências de proteínas e ESTs disponíveis, identificando três novos genes (EF-Y, ARY e L7RY). Além disso, esclarecemos uma questão importante sobre dois genes já descritos: comparações filogenéticas permitiram mostrar que as proteínas fosfatases catalíticas (Pp1-Y1, Pp1-Y2) resultaram de duas transposições independentes para o cromossomo Y, e não de uma duplicação ocorrida após a transposição. Além da identificação desses três novos genes, discutimos suas características (homologia, função e expressão) dentro do padrão já encontrado do restante do Y: um cromossomo com genes de função macho específica e homólogos a seqüências autossômicas. Posteriormente, expandimos nossas procuras a genes heterocromáticos em geral de Drosophila, usando principalmente as seqüências expressas (ESTs) em diversos órgãos e tecidos. Esses resultados demonstram a importação do uso da bioinformática para os estudos em genética, possibilitando neste caso a identificação, em seqüências já disponíveis, de genes novos em um cromossomo ainda tão desconhecido como o Y de Drosophila.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Maria Dulcetti Vibranovski - Integrante / Antonio Bernardo de Carvalho - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Número de produções C, T & A: 5 Membro: Maria Dulcetti Vibranovski.
5.	2000-2003. Indexing and Data Mining in Multimedia Databases-ImiMD Descrição: Indexação de resultados de classificadores em grandes volumes de dados.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Caetano Traina Junior - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 1 Membro: Joao Eduardo Ferreira.
6.	2000-2002. Laboratorio Associado de Bioinformatica - Projeto Genoma Humano do Cancer Descrição: Auxílio à Pesquisa FAPESP (99/03653-6). 2000-2002. Laboratório Associado de Bioinformática - Projeto Genoma Humano do Câncer. Responsáveis: Aline M. da Silva e Sergio Verjovski-Almeida.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Coordenador / Sergio Verjovski-Almeida - Integrante / Eduardo Moraes Reis - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 2 Membro: Aline Maria da Silva.
7.	2000-2002. Projeto CAGE: Cooperative Analisys of Gene Expression Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Junior Barrera - Integrante / Joao Eduardo Ferreira - Integrante / Sérgio Verjovski-Almeida - Integrante / Aline Maria da Silva - Integrante / Hugo Armelin - Coordenador / Eduardo Jordao Neves - Integrante / Carlos Humes Junior - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Alan Mitchell Durham.
8.	2000-2002. Projeto genoma Xanthomonas citri Descrição: Sequenciamento, anotacao e analise dos genomas das bacterias Xanthomonas citri e campestris. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Joao Carlos Setubal - Coordenador / Joao Paulo Kitajima - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Joao Carlos Setubal.
9.	2000-2001. Projeto individual - Estrutura e Dinamica de Sistemas com Biomoleculas [Recem-Doutor - Proj. CNPq 301090/99-8 (NV)] Descrição: Recém-Doutor - Nucleação do Grupo de Física de Biomoléculas, Faculdade de Ciências, Unesp/Bauru. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Renato Carlos Tonin Ghiotto - Integrante / Sidney Jurado de Carvalho - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Número de produções C, T & A: 16 Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
10.	2000-2009. SUCAST - Transducao de sinal da cana-de-acucar Descrição: O projeto SUCAST (Sugarcane Signal Transduction) foi iniciado em 2000 com o objetivo de identificar, catalogar e caracterizar os ESTs da cana-de-açúcar que estão envolvidos em vias de transdução de sinal, bem como a organização de todas estas informações em um banco de dados que facilite futuras análises funcionais (Souza et al, 2001). As etapas do projeto SUCAST compreendem, de forma sucinta, a prospecção de dados, a anotação e a caracterização estrutural e funcional de componentes de transdução de sinais em cana-de-açúcar utilizando-se ferramentas de bioinformática e a análise de expressão gênica através da tecnologia de microarranjos de cDNA. Os dados são armazenados em um banco sequências, domínios, categorias funcionais e dados de expressão (http://sucestfun.cbmeg.unicamp.br/sucestfun/sucast/index.shtml). Entre os alvos do projeto temos a determinação do padrão de expressão dos genes de transdução de sinal e fatores de transcrição nos diversos tecidos da cana (Papini-Terzi et al., 2005), a caracterização estrutural e funcional do Quinoma da Cana-de-Açúcar (receptores, proteínas quinase e genes-R com domínio pkinase) e a análise da resposta a fitohormônios (ABA e MeJ).. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Glaucia Mendes Souza - Coordenador / Ana Carolina Quirino Simoes - Integrante / Milton Yutaka Nishiyama-Junior - Integrante / Aline Maria da Silva - Integrante / Katia Cristina Oliveira - Integrante / Rosangela Campanha - Integrante / Mara Lucia Zucheran Silvestri - Integrante / Flavia Stal Papini-Terzi - Integrante / Flavia Riso Rocha - Integrante / Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio - Integrante / Juliana de Maria Felix - Integrante / Renato Vicentini - Integrante / Cristiane de Rocha Souza - Integrante / Eugenio César Ulian - Integrante / Carlos Alberto de Bragança Pereira - Integrante / Marcelo Menossi - Integrante / Marcio de Castro Silva-Filho - Integrante / Adriana Silva Hemerly - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 11 Membro: Glaucia Mendes Souza.
11.	2000-2002. Xanthomonas citri Genome Project Descrição: General Organization of Sequencing Effort The sequencing of the X. axonopodis pv citri genome will be carried out in 12 laboratories: two central biology/sequencing laboratories and 10 sequencing laboratories. One of the central laboratories will be located in Biochemistry Department of the Institute of Chemistry-USP (coordinated by Fernando C. Reinach, Ana C. R. da Silva, Ronaldo B. Quaggio and Shaker Chuck Farah) and the other will be located in the Technology Department of UNESP in Jaboticabal (coordinated by Jesus A. Ferro). These laboratories will be responsible for generating the libraries, mapping the clones and assembly of the genome. Associated with each central laboratory will be five sequencing laboratories. Bioinformatics for this project will be administered via a two-tiered approach. At the upper tier will be the Laboratory for Bioinformatics (LBI) of Unicamp, coordinated by João C. Setubal and João Meidanis. At the lower tier, there will be two small bioinformatics labs in each of the central sequencing labs in São Paulo and Jaboticabal. These small bioinformatics labs will divide the tasks of storing, processing, assembly, and annotation of DNA sequences using the software developed by the LBI for the Xylella fastidiosa sequencing project. In addition to overall bioinformatics supervision, the LBI will provide personnel training, coordinate annotation of the genome and produce a self-contained and portable database with project results. Furthermore the LBI will be responsible for generating the software for scaffold assembly of the physical map (see below) and for comparison of the final sequence with sequences from related genomes (Xylella fastidiosa and other Xanthomonas species).. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Robson Francisco de Souza - Integrante / Ana Cláudia Rasera da Silva - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Robson Francisco de Souza.

(*) Relatório criado com produções desde 2000 até 2024
Data de processamento: 22/04/2024 12:46:18

1.	2021-Atual. Center for Research and Development on Live Knowledge Descrição: With hundreds of millions of video cameras in several cities around the world, human operators remain the main users of video data whose volume is growing explosively. This situation must change so that automated monitoring of live video in open spaces can become a cornerstone of operational planning for public security, intelligent transport and epidemiological surveillance. Despite the success in closed environments, such as airports and shopping malls (for example, in face recognition), the automated recognition of events in open spaces remains a major, important and urgent research and technological development challenge. The technical and fundamental difficulty arises in view of the occurrence of unprecedented events in open environments, exceeding the knowledge of the Machine Learning (ML) classifiers, trained and tested in fixed data sets, such as CIFAR (Canadian Institute for Advanced Research). Specifically, new entities and events, which appear as outliers, are generally considered noise by these classifiers. A tragic example of this limitation was the accident caused by Uber's automatic driving system (Arizona, 2018), when a pedestrian walking with a bicycle was fatally run over. The press described the cause of the accident as: "Uber software does not recognize human beings outside pedestrian crossings". This proposal describes the project called Automated Intelligent Monitoring System (AIMS), which aims to develop research, effective technologies and human resources training for real-time monitoring of live video, based on the premise of Evidence Based Knowledge Acquisition (EBKA).. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (12) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Joao Eduardo Ferreira.
2.	2021-Atual. Conectando pessoas pelo coracao Descrição: A coordenação do comportamento é o que permite termos interação social (IS). As bases fisiológicas dessa coordenação ainda são desconhecidas. Uma hipótese é a de que a comodulação dos estados fisiológicos seja crucial. Para testarmos isso, monitoraremos o balanço dos níveis simpático/parassimpático através da variabilidade da frequência cardíaca (VFC). Postulamos que durante a IS, indivíduos sincronizam a modulação da VFC, indicando que a IS está associada a comodulação dos estados fisiológicos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Coordenador. Membro: Andre Fujita.
3.	2021-Atual. Dimensions US-BIOTA-Sao Paulo: Alem da aparencia - compreendendo as origens evolutivas e geneticas de diversas especializacoes troficas em moscas varejeiras Descrição: FAPESP and NSF joint call. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (2) . Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Coordenador / Sophie Tandonnet - Integrante / Silvio Shigueo Nihei - Integrante / Patricia Jaqueline Thyssen - Integrante / Brian Michael Wiegmann - Integrante / Aram Mikaelyan - Integrante / David W Watson - Integrante / Kelly Ann Meiklejohn - Integrante / Maxwell Scott - Integrante / Federico David Brown - Integrante. Membro: Tatiana Teixeira Torres.
4.	2021-2022. Estrategias de prevencao e controle da COVID-19 baseadas na evolucao viral associada ao escape vacinal e na identificacao de vias patogenicas e alvos terapeuticos em lesoes vasculares pulmonares Descrição: No atual controle da COVID-19 há 2 desafios: escape vacinal de variantes e as limitadas terapias. Estes 2 desafios serão enfocados determinando-se quais áreas do genoma de SARS-CoV-2 são sujeitas às pressões seletivas vacinais para aprimorar o design de vacinas e pela investigação da patogênese de lesões vasculares e possíveis alvos terapêuticos, com modelo de COVID-19 em hamster já estabelecido pelos proponentes, gerando conhecimento inédito na área e com direta aplicação clínica e preventiva.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Marcia de Sá Guimarães - Coordenador / HEINEMANN, MARCOS BRYAN - Integrante / BRANDÃO, PAULO EDUARDO - Integrante / Lilian Rose Marques de Sá - Integrante / Denise Moraes da Fonseca - Integrante. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Ana Marcia de Sa Guimaraes.
5.	2021-Atual. Projeto individual - Interacoes fundamentais em Biofisica Molecular. Desenvolvendo e aplicando metodos de simulacao molecular a pH constante em sistemas biomoleculares relacionados com doencas infecciosas Descrição: Produtividade CNPq - Proc. CNPq 305393/2020-0. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Número de produções C, T & A: 3 / Número de orientações: 1 Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
6.	2021-2021. Projeto internacional em colaboracao (Prof. Visitante): Electrostatic interactions of flaviviruses Descrição: Projeto com recursos financeiros da Universidade de Paris. Anfitriã: Profa. Catherine Etchebest. Realizado no formato online em função da pandemia.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Sergio Alejandro Poveda Cuevas - Integrante / ETCHEBEST, CATHERINE - Integrante / Ilyas Grandguillaume - Integrante. Financiador(es): Universidad de Paris - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 3 Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
7.	2021-Atual. Projeto internacional individual: "Electrostatic interactions in molecular biosystems: Applying constant-pH simulation schemes" Descrição: Proj C210400511 - EUSMI - European Soft Matter Infrastructure. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador. Financiador(es): European Soft Matter Infrastructure - Outra. Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.

1.	2005-2005. Exploratory study of Mycoplasma suis in four commercial pig farms from South Brazil Descrição: The aim of this study is to evaluate the prevalence of Mycoplasma suis infection in sows and piglets from commercial swine farms from South Brazil. Whole blood samples will be collected from these animals in four commercial pig herds in Santa Catarina, Brazil. DNA will be extracted using a commercial kit and samples subjected to a conventional M. suis PCR followed by a probe-specific Southern Blot detection of M. suis from the gel.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) . Integrantes: Ana Marcia de Sá Guimarães - Integrante / Alexander Welker Biondo - Integrante / Anne Caroline de Lara - Integrante / Messick, Joanne Belle - Coordenador. Membro: Ana Marcia de Sa Guimaraes.
2.	2005-2008. Gene ontology terms for standardized annotation of plant-associated microbe genomes Descrição: Geracao de novos termos da Gene Ontology para funcoes, processos e componentes relacionados com interacao microbio-plantas (e animais), e aplicacao desses novos termos na anotacao de genomas especificos. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Joao Carlos Setubal - Integrante / Brett Tyler - Coordenador. Financiador(es): National Science Foundation - Auxílio financeiro / United State Department of Agriculture USDA - Auxílio financeiro. Membro: Joao Carlos Setubal.
3.	2005-2007. Identificacao de marcadores moleculares em cancer de mama relacionados a progressao e metastase Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador / Emmanuel Dias Neto - Integrante / Dirce Maria Carraro - Integrante / Ricardo Renzo Brentani - Integrante / Alvaro Sarkis - Integrante / Francisco Fonseca - Integrante / Wadhi Arap - Integrante / Gustavo Campos Molina - Integrante / Eduardo Abrantes - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Helena Paula Brentani.
4.	2005-2007. Infraestrutura de Suporte ao Desenvolvimento Baseado em Modelos de Aplicacoes Moveis Context-Aware (DBMWare) Descrição: O projeto DBMWare tem por objetivo principal desenvolver uma plataforma de suporte à execução de aplicações móveis sensíveis ao contexto (context-aware). Aplicações móveis sensíveis ao contexto têm como características principais o uso de tecnologias de computação móvel e informações acerca do contexto físico e social dos usuários para prover um conjunto de serviços mais adequado às necessidades destes usuários. Outros objetivos do projeto incluem a proposição de uma metodologia para o desenvolvimento destas aplicações segundo a abordagem MDA, a proposição de uma metodologia para a definição de transformações e o desenvolvimento de um conjunto básico de ferramentas de suporte à criação e transformação de modelos. Uma aplicação móvel sensível ao contexto voltada para o setor médico-hospitalar será desenvolvida para validar a arquitetura, metodologia e ferramentas desenvolvidas no projeto. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (4) / Doutorado: (0) . Integrantes: Cléver Ricardo Guareis de Farias - Coordenador / Ciro de Barros Barbosa - Integrante / Marcos Medina Leite - Integrante / José Gonçalves Pereira Filho - Integrante / Álvaro César Pereira Barbosa - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 16 Membro: Clever Ricardo Guareis de Farias.
5.	2005-2006. Orientacao - Estudo por Mecanica Estatistica de Interacoes Fundamentais na Formacao de Complexos Moleculares. Aplicacao de metodos computacionais aos complexos Tripsina-BPTI, Trombina-Hirudina e Acetilcolinesterase-Farmaco [Pibic 109980/2005-0] Descrição: Estudos teóricos dos mecanismos moleculares responsáveis pela formação e estabilidade de complexos moleculares vêm ganhando relevância pelas possibilidades práticas que oferecem ao desenho racional de fármacos. Para muitos sistemas, acredita-se que as interações eletrostáticas sejam as principais responsáveis pela formação destes complexos, porém, em outros, as interações de curto alcance ganham maior destaque. Neste projeto, nossa ênfase é no entendimento físico das interações fundamentais para a formação dos complexos moleculares. Propomos a obtenção de derivadas da energia livre, através de simulações Monte Carlo, para complexos moleculares: (a) puramente eletrostáticas, e (b) combinando interações eletrostáticas com van der Waals. Por suas características físico-químicas diferentes, esta metodologia será aplicada a três tipos de complexos moleculares: (a) Proteína e ligante com cargas semelhantes (Tripsina-BPTI); (b) Proteína e ligante com cargas de sinais opostos (Trombina-Hirudina); e (c) Enzima ligada a fármaco [Acetilcolinesterase (AChE) ligada à Tacrina, Galantamina e Donezepil].. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Eliamar Francelino do Prado - Integrante / Lariani Aparecida Delboni - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
6.	2005-2007. Sistema de Gerenciamento de informacao em microarray Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Helena Paula Brentani.

1.	2002-2006. Analise da Estrutura Genetica de Populacoes de Cochliomyia hominivorax (Coquerel) (DIPTERA: CALLIPHORIDAE) da America do Sul Atraves de Marcadores Microssatelites Descrição: Projeto de Doutorado.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Tatiana Teixeira Torres.
2.	2002-2006. Desenvolvimento de ambiente informatizado para analise deterministica de dados epidemiologicos e de resistencia genotipica do HIV-1. Descrição: Este projeto pretende implementar um banco de dados através da integração de bancos do Programa de DST-AIDS já existentes (SICLOM, SISCEL e RENAGENO) de modo a viabilizar os elementos analíticos para cruzamento de informações vinculadas aos aspectos clínicos, epidemiológicos e de genotipagem dos pacientes com HIV positivo. Pretende-se também adequar ferramentas de bioinformática que permitam analisar sequências do HIV, gerando laudos de genotipagem e subtipagem.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Especialização: (2) / Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador. Financiador(es): Ministério da Saúde - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 2 Membro: Joao Eduardo Ferreira.
3.	2002-2006. Evolucao e origem dos introns e do fenomeno de exon-shuffling Descrição: A partir da descoberta dos introns na década de setenta, questões sobre sua origem vêm sendo discutidas (Gilbert 1978). Na verdade, as perguntas principais são: qual a função dos introns, quando e como eles surgiram e porque eles existem em eucariotos e não são encontrados em procariotos. Basicamente duas hipóteses existem para explicar a origem dos introns: "introns-early" e "introns-late". A primeira sugere que introns e exons formavam os primeiros genes e este tipo de organização estrutural permitiria e facilitaria a formação de novos genes através da troca de exons, fenômeno conhecido por "exon-shuffling". Já a hipótese "introns-late" assume que os introns foram adicionados somente em eucariotos e que o fenômeno de "exon-shuffling" surgiu recentemente (Li and Graur 2000). Cada uma destas hipóteses tem predições diferentes quanto a características dos introns e dos exons. Uma delas é a fase de introns, isto é, a posição em que estes estão localizados dentro de um códon. A versão mais simples da hipótese "introns-late" prevê a distribuição igual das fases dos introns devido à inserção aleatória destes em sequências contínuas. Segundo a hipótese "introns-early", se os introns já faziam parte da sequência de DNA dos primeiros genes atuando no processo de "exon-shuffling", espera-se que uma das fases de introns seja mais frequente: a troca de exons entre genes tem mais probabilidade de formar um proteína funcional se seus introns forem de mesma fase para que seja conservado o seu quadro de leitura (Li and Graur 2000; Long et al. 1995)... Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Maria Dulcetti Vibranovski - Integrante / Sandro Jose de Souza - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Maria Dulcetti Vibranovski.
4.	2002-2006. Identificacao e caracterizacao de um novo antigeno tumoral CTSP-1 Descrição: A necessidade de identificar novos antígenos tumorais, que possam ser utilizados no tratamento e diagnóstico do câncer, tem levado ao desenvolvimento de técnicas eficientes para essa finalidade. Antígenos de diferentes categorias foram identificados e caracterizados e, entre eles, os antígenos cancer-testis (CT) e os antígenos de diferenciação (CD) são os de maior importância clínica dado seu restrito padrão de expressão. Utilizando alinhamentos entre seqüências expressas e a seqüência do genoma humano, identificamos um novo gene localizado no cromossomo 21, denominado CTSP-1. Este gene apresenta alta similaridade com o antígeno tumoral NY-BR-1, o qual codifica um fator de transcrição tecido específico e é alvo potencial para imunoterapia de câncer. Para verificar se o gene CTSP-1 realmente corresponde a um novo antígeno tumoral, nós realizamos a completa caracterização do mesmo.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Maria Dulcetti Vibranovski - Integrante / Sandro Jose de Souza - Integrante / Rafael Bessa Parmigiani - Integrante / Anamaria A Camargo - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 3 Membro: Maria Dulcetti Vibranovski.
5.	2002-2004. Orientacao - Estudo por Mecanica Estatistica de aspectos eletrostaticos da interacao ligante-biomolecula [Mestrado - Orientando: Sidney Jurado de Carvalho (Proj. Fapesp - 01/12566-1)] Descrição: A interação entre ligantes e macromoléculas tem uma importância fundamental em uma variedade de processos bioquímicos. Modelos baseados em interações eletrostáticas vêm se mostrando bastante eficiêntes na descrição desses processos, bem como na concordância com resultados obtidos experimentalmente. Esses modelos são basicamente resolvidos de duas formas: Utilizando aproximações de campo médio, como a teoria de \textit{Poisson-Boltzmann} e sua forma linear, equivalente à teoria de \textit{Debye-Hückel}, ou através de simulações computacionais (p. ex. o método de \textit{Monte Carlo}), onde o efeito de correlação iônica pode ser explicitamente considerado. Entretanto, alguns aspectos metodológicos carecem de análises mais sistemáticas, como a arbitrariedade na escolha dos campos de força para modelagem das cargas atômicas situadas nas macromoléculas. Portanto, propomos nesse trabalho, investigar aspectos metodológicos para as abordagens teóricas do estudo dos aspectos eletrostáticos da interação ligante-biomolécula, e a aplicação destas ferramentas para sistemas de interesse biofísico, como as proteínas da família da \textit{Calmodulina} que tem o cálcio como ligante.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Sidney Jurado de Carvalho - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Número de produções C, T & A: 6 Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
6.	2002-2003. Projeto 1 (2002) - Pro-Reitoria de Pesquisas (Auxilio Financeiro) [Proc. USP 2002.1.3043.1.4] Descrição: Auxilio complementar a projetos de pesquisa. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.

Programa de Pós Graduação em Bioinformática

Total de projetos de pesquisa

2023

2022

2021

2020

2019

2018

2017

2016

2015

2014

2013

2012

2011

2010

2009

2008

2007

2006

2005

2004

2003

2002

2001

2000