Programa de Pós Graduação em Bioinformática

2024

1.	2024-Atual. Abandono de tratamento e óbito na população em situação de rua com tuberculose em São Paulo: compreendendo os fatores determinantes para orientar a pesquisa de implementação. Descrição: Nos últimos dez anos, a população em situação de rua (PSR) na cidade de São Paulo mais do que dobrou. Estima-se que 50 mil pessoas não possuam residência fixa no município. Em decorrência das condições precárias de vida, a PSR possui um risco 56 vezes maior que a população geral em desenvolver tuberculose (TB). A taxa de incidência de casos novos nessa população em 2022 foi de ~1,841/100,000 pessoas, uma das mais elevadas taxas do mundo. Em análise recente do nosso grupo de pesquisa, observamos que a taxa de abandono ou perda de seguimento do tratamento da TB nessa população é alta (~40), resultando em uma taxa de cura (~40) muito aquém daquela necessária para controlar a enfermidade. Cerca de 14 das pessoas em situação de rua com TB foram a óbito pela doença em 2019 em São Paulo, e esse percentual aumentou para 16,7 em 2021. A maioria dos estudos sobre TB na PSR é descritiva, sem indicar os determinantes associados à PSR que expliquem o abandono ou interrupção do tratamento e o óbito. Assim, neste projeto propomos gerar evidências sobre fatores específicos da PSR que possam explicar o abandono ou perda de seguimento do tratamento e alta mortalidade por TB. Em seguida, reunidos com órgãos públicos e organizações civis envolvidos com a PSR com TB identificaremos os sucessos e as limitações das atuais diretrizes e intervenções acerca da adesão ao tratamento da TB pela PSR, utilizando a estrutura da pesquisa de implementação. Baseado nas evidências produzidas e no trabalho coletivo, construiremos recomendações acerca das intervenções sobre adesão ao tratamento de TB pela PSR. Esperamos beneficiar a PSR, diminuindo a taxa de abandono ou perda de seguimento do tratamento e o óbito por TB, com efeitos na atenção primária e especializada do SUS, em concordância com o plano nacional para eliminação da doença.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Marcia de Sá Guimarães - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Ana Marcia de Sá Guimarães.
2.	2024-Atual. Avaliação da implementação do sequenciamento de genoma completo para o diagnóstico, detecção de resistência e escolha de esquema terapêutico da tuberculose em condições de prática clínica. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Marcia de Sá Guimarães - Coordenador / Lucilaine Ferrazoli - Integrante / Angela Pires Brandão - Integrante / Erica Chimara Silva - Integrante / Juliana Maíra Watanabe Pinhata - Integrante / Rosangela Siqueira de Oliveira - Integrante / Mariângela Ribeiro Resende - Integrante / José Carlos Veloso - Integrante / Sumire Sakabe - Integrante / Carla Almeida - Integrante / Valdes Bolela - Integrante / Paulo Abrão Ferreira - Integrante / ROBERTA KARLA BARBOSA DE SALES - Integrante / Camila Rodrigues - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Ana Marcia de Sá Guimarães.
3.	2024-Atual. Center for Research and Development on Live Knowledge Descrição: With hundreds of millions of video cameras in several cities around the world, human operators remain the main users of video data whose volume is growing explosively. This situation must change so that automated monitoring of live video in open spaces can become a cornerstone of operational planning for public security, intelligent transport and epidemiological surveillance. Despite the success in closed environments, such as airports and shopping malls (for example, in face recognition), the automated recognition of events in open spaces remains a major, important and urgent research and technological development challenge. The technical and fundamental difficulty arises in view of the occurrence of unprecedented events in open environments, exceeding the knowledge of the Machine Learning (ML) classifiers, trained and tested in fixed data sets, such as CIFAR (Canadian Institute for Advanced Research). Specifically, new entities and events, which appear as outliers, are generally considered noise by these classifiers. A tragic example of this limitation was the accident caused by Uber's automatic driving system (Arizona, 2018), when a pedestrian walking with a bicycle was fatally run over. The press described the cause of the accident as: "Uber software does not recognize human beings outside pedestrian crossings". This proposal describes the project called Automated Intelligent Monitoring System (AIMS), which aims to develop research, effective technologies and human resources training for real-time monitoring of live video, based on the premise of Evidence Based Knowledge Acquisition (EBKA).. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (12) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: João Eduardo Ferreira.
4.	2024-Atual. Desenvolvimento de sondas Oligopaint para cromossomos com alta frequência de sequências repetitivas Descrição: A citogenética desempenha um papel fundamental na exploração das complexidades das estruturas cromossômicas e das dinâmicas interações proteicas durante o ciclo celular. O emprego de técnicas de marcação cromossômica por fluorescência, como o FISH (Fluorescence in situ hybridization), é de suma importância nesse contexto. Contudo, a marcação integral de cromossomos que abrigam sequências altamente repetitivas, como os cromossomos Y e neo-sexuais, é um desafio notório. Isso se deve à carência de sondas altamente específicas e à propensão à hibridização não específica. Este projeto tem como objetivo central o desenvolvimento e validação de uma pipeline de bioinformática que será instrumental na criação de sondas oligopaint altamente específicas para as sequências repetitivas singulares encontradas em diferentes cromossomos. Essas sondas oligopaint serão estrategicamente combinadas com oligonucleotídeos de sequência única, possibilitando a marcação abrangente de cromossomos caracterizados por uma alta densidade de sequências repetitivas. Inicialmente, o enfoque se direcionará ao cromossomo Y da espécie Drosophila melanogaster, notável por sua abundância de sequências repetitivas. Posteriormente, a pesquisa se expandirá para os cromossomos neo-sexuais de Drosophila miranda, uma espécie que apresenta cromossomos sexuais de idades evolutivas distintas e, portanto, diferentes níveis de diferenciação de sequências. Este projeto não somente aprimorará a pesquisa genômica, mas também simplificará a realização de estudos citogenéticos em diversas espécies. Ele se baseará em um processo que abrange desde a identificação de sequências genéticas exclusivas até o design de sondas oligopaint personalizadas, incluindo a incorporação de sequências repetitivas e a aplicação criteriosa de filtros para garantir a especificidade das sondas. A eficácia da marcação de cromossomos com sequências repetitivas será confirmada in situ por meio de experimentos laboratoriais. Esse avanço na capacidade de marcar de maneira eficiente cromossomos com sequências repetitivas abrirá novas perspectivas de pesquisa e aprofundará nossa compreensão sobre a organização genômica e a evolução cromossômica, não apenas em Drosophila, mas também em outras espécies, potencialmente transformando a forma como conduzimos estudos citogenéticos e genômicos em nível molecular.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: Maria Dulcetti Vibranovski - Coordenador / Antonio Bernardo de Carvalho - Integrante / AVELINO, CAMILA C. - Integrante / Henry AB Bruno - Integrante. Membro: Maria Dulcetti Vibranovski.
5.	2024-Atual. Desvendando fatores genéticos, ecológicos, e epigenéticos no desenvolvimento e evolução de estruturas reprodutivas complexas em insetos Descrição: Neste projeto, propomos uma abordagem de eco-evo-devo em diferentes escalas para elucidar os fatores (1) genéticos, (2) ecológicos, e (3) a interação entre ambos (epigenética) na formação das genitálias no desenvolvimento e suas implicações evolutivas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Coordenador / Bruno Celso Feltrin Genevcius - Integrante / Federico Brown - Integrante / Denis Callandrielo Calio - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Tatiana Teixeira Torres.
6.	2024-Atual. Impacto da COVID-19 durante a gestação no neurodesenvolvimento da criança Descrição: Pesquisa Básica com objetivo principal de avançar o conhecimento fundamental, mas com potencial definido de aplicação de seus resultados nos setores público e privado.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador. Membro: Helena Paula Brentani.
7.	2024-Atual. In Silico Molecular Docking de fitoquímicos de Callistemon citrinus como potenciais candidatos a medicamentos para a doença de Alzheimer Descrição: MOVE LA AMERICA - CAPESNúmero do Processo:88887.009573/2024-00. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Silvana Giuliatti - Coordenador / CASTILLO-ORDOÑEZ, WILLIAN O. - Integrante. Membro: Silvana Giuliatti.
8.	2024-Atual. Saúde de Precisão no SUS: Usando o Poder da Inteligência Artificial para Melhorar Desfechos Clínicos em Doenças Crônicas Descrição: As doenças crônicas não transmissíveis, como diabetes, hipertensão e doenças cardiovasculares, representam desafios significativos para a saúde pública no Brasil, devido à sua alta prevalência e às complicações graves associadas. Este projeto propõe o desenvolvimento de uma plataforma de inteligência artificial (IA) que integre dados clínicos, laboratoriais e demográficos de pacientes do Sistema Único de Saúde (SUS) para identificar padrões preditivos de desfechos clínicos em condições crônicas. O problema a ser abordado é a dificuldade em prever e, consequentemente, prevenir complicações graves em pacientes com doenças crônicas, o que é fundamental para melhorar os desfechos clínicos e otimizar o uso dos recursos de saúde. A hipótese central da proposta é que a aplicação de ferramentas avançadas de IA permitirá a identificação precoce de pacientes em risco elevado, possibilitando intervenções personalizadas e mais eficazes. Enquanto a medicina de precisão tradicionalmente usa dados ômicos?como genômica, proteômica e metabolômica?para adaptar tratamentos às características moleculares de cada paciente, esses métodos são frequentemente caros e inviáveis para implementação em larga escala no Sistema Único de Saúde. Por isso, essa proposta se concentra em uma abordagem de "saúde de precisão", que aproveita dados já coletados de forma rotineira, como informações clínicas, laboratoriais e demográficas, que são amplamente disponíveis e economicamente viáveis no contexto do SUS. A análise integrada desses dados, utilizando IA, pode revelar padrões ocultos que são preditivos de complicações graves, como insuficiência renal em pacientes com diabetes ou eventos cardiovasculares em pacientes hipertensos. Isso não só melhora os desfechos clínicos, mas também promove uma utilização mais eficiente dos recursos de saúde, possibilitando que a saúde de precisão seja uma realidade prática e acessível para a população brasileira.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador / Otávio Cabral Marques - Integrante / Rodrigo Juliani Siqueira Dalmolin - Integrante / Luiz Fernando Cardoso dos Santos Durão - Integrante / Gisely Cardoso de Melo - Integrante / Wuelton Marcelo Monteiro - Integrante / Beatriz Barreto Duarte - Integrante / Bruno de Bezerril Andrade - Integrante / Luciano Cesar Pontes de Azevedo - Integrante / Maria Augusta Borges Cursino de Freitas Arruda - Integrante / Mariana Araújo Pereira - Integrante / César Rennó Costa - Integrante / Daiana Bonfim - Integrante / Rodrigo Carvalho de Menezes - Integrante / Edson Amaro Junior - Integrante / Henrique Andrade Rodrigues da Fonseca - Integrante / Luiz Vicente Rizzo - Integrante / Mauro César Cafundó de Morais - Integrante / Natália Martins Bonassi - Integrante / Patrick Cesar Alves Terrematte - Integrante / Pedro Luiz Serrano Usón Junior - Integrante / Renan Cipriano Moioli - Integrante / Tatiana Ferreira de Almeida - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Helder Takashi Imoto Nakaya.

2022

1.	2022-Atual. BECCS - Bioenergy Energy with Carbon Capture and Storage Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador / Hamilton Brandão Varela de Albuquerque - Integrante. Membro: Marcos Silveira Buckeridge.
2.	2022-2024. Dinâmica Molecular e Aprendizagem de Máquinas na Análise do Impacto de Resíduos-Chave de Variantes na Interação das Proteínas Humanas ACE2 e TMPRSS2 com Spike do SARS-CoV2 Descrição: Sabe-se que a afinidade de ligação entre a proteína Spike (S) e os receptores da enzima conversora de angiotensina 2 (ACE2) e protease transmembranal de serina II (TMPRSS2) é um dos principais fatores determinantes na taxa de replicação do SARS-CoV-2 (do inglês Severe Acute Respiratory Syndrome coronavirus-2) e que tais interações afetam diretamente no agravamento do quadro clínico do paciente infectado. SARS-CoV-2 é um vírus de RNA e apresenta uma taxa de mutação mais alta que um vírus de DNA. Essa característica do vírus está muito bem representada pelas variantes que surgiram nesses últimos dois anos de pandemia. Estudos sugerem que polimorfismos genéticos presentes em regiões codificadoras dos alvos ACE2 e TMPRSS2 podem afetar suscetibilidade, gravidade e desfecho clínico dos pacientes acometidos por esta doença. Entretanto, como essas mutações e polimorfismos, encontrados em diferentes populações, contribuem para melhorar a estabilidade e afinidade de interação entre os complexos SARS-CoV2-ACE2 e SARS-CoV2-TMPRSS2 não é totalmente compreendido. A análise de modos normais dos movimentos conformacionais das estruturas, assim como dinâmica molecular são exemplos de abordagens empregadas na tentativa de alcançar total compreensão do processo. Esses métodos geram grandes quantidades de dados, mas não permitem extrair importantes características, como regiões ou resíduos na interação das estruturas que possam contribuir significantemente na interação entre as proteínas. Algumas dessas diferenças podem ser sutis e somente observadas ao nível molecular entre estados levemente perturbados. Assim, interpretar e extrair informações dessas trajetórias não é um processo simples. Métodos de aprendizado de máquinas são usados em análises de grande quantidade de dados, pois reduzem a dimensionalidade do problema. Portanto, propõe-se nesse projeto usar simulações de dinâmica molecular e abordagens de aprendizado de máquina a fim de revelar as diferenças em linhagens de SARS-CoV-2, a fim de investigar o impacto da variabilidade genética do SARS-CoV-2 e dos polimorfismos de ACE2 e TMPRSS2 na região de interação. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Silvana Giuliatti - Coordenador / Ana Luisa Rodrigues de Ávila - Integrante / Felipe James de Almeida Vasquez - Integrante / Ana Carolina Damasceno Sanches - Integrante. Membro: Silvana Giuliatti.
3.	2022-Atual. Immune Cell Atlas of Indigenous South American Population Descrição: To build a representative atlas of cells, the Human Cell Atlas must take special care to include samples from donors of historically excluded and exploited ancestries. With community engagement and ethical partnership in mind, this network aims to fill this gap by generating the first comprehensive single-cell resolution atlases of gene expression and epigenetic variation in immune cells from Indigenous South American populations, before and after immune activation. Researchers will conduct community engagement activities in Chile, Brazil and Peru, including workshops and events and sharing research findings with communities. These findings will help inform future research and eventually treatment of diseases affecting Indigenous populations.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tabita Hunemeier - Coordenador / Luis Barreiro - Integrante. Membro: Tabita Hunemeier.
4.	2022-Atual. Impacto da pandemia de COVID-19 nas notificações e mortes por tuberculose no estado de São Paulo Descrição: O estado de São Paulo é responsável pelos maiores números absolutos de casos de tuberculose (TB) dentre os estados do Brasil. Nossos objetivos serão analisar o impacto da pandemia de SARS-CoV-2 nas notificações de TB no estado e identificar fatores associados com a diminuição nas notificações e mortalidade por TB em 2020 e 2021. Será realizado um estudo transversal retrospectivo com dados de pacientes com TB notificados no sistema de notificação TBWeb. Uma regressão linear será utilizada para avaliar o impacto da pandemia nas notificações. Estatística descritiva e regressões logísticas múltiplas serão realizadas para identificar os fatores associados com a queda nas notificações e as mortes por TB durante a pandemia, comparado ao período pré-pandêmico.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Ana Marcia de Sá Guimarães - Coordenador / Marina Blume - Integrante. Membro: Ana Marcia de Sá Guimarães.
5.	2022-Atual. O conjunto de ferramentas computacionais bigDiscovery (bigD) em bioinformática e genômica Descrição: Neste projeto pretendemos desenvolver oito ferramentas de bioinformática com diversas aplicações, sendo as principais biotecnologia e saúde humana. A filosofia geral do projeto é dada pelas seguintes diretrizes:1. Iremos produzir ferramentas para uso público (de livre acesso, sem custo para usuários, código aberto), a serem disponibilizadas em repositórios como GitHub e CRAN, e associadas a publicações como BMC Bioinformatics, Bioinformatics, entre outras.2. Em cada ferramenta, teremos a parceria de pelo menos um pesquisador bioinformata com um pesquisador de ciências da vida, tal que este último seja um especialista na área de aplicação da ferramenta.3. Os implementadores das ferramentas serão predominantemente alunos de pós-graduação dos pesquisadores participantes, em sua maioria alunos do programa de pós-graduação interunidades em Bioinformática da Universidade de São Paulo. Esperamos também contar com a participação de um bolsista DTI e um bolsista de Iniciação Tecnológica e Industrial.4. Para cada ferramenta, os pesquisadores e os implementadores formarão uma equipe. As diversas equipes manterão contato constante ao longo do projeto, para garantir sinergia de trabalho entre os diversos sub-projetos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Joao Carlos Setubal - Coordenador / Nalvo Franco de Almeida Jr - Integrante / DA SILVA, ALINE MARIA - Integrante / Ricardo Giordano - Integrante / VARANI, ALESSANDRO DE MELLO - Integrante / Eduardo Reis - Integrante / Mario Murakami - Integrante / João Eduardo Ferreira - Integrante / Gecele Matos Paggi - Integrante / Gabriela Persinoti - Integrante. Membro: Joao Carlos Setubal. Descrição: Neste projeto pretendemos desenvolver oito ferramentas de bioinformática com diversas aplicações, sendo as principais biotecnologia e saúde humana. Os recursos solicitados se destinam majoritariamente para material permanente na forma de servidores de processamento, espaço de armazenamento e acessórios. Em quase todas as ferramentas teremos que lidar com grandes massas de dados e alta exigência de poder de processamento. Além disso, em várias das ferramentas utilizaremos a técnica de Aprendizado de Máquina, que se beneficia particularmente da utilização de GPUs.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / Eduardo Moraes R. Reis - Integrante / João C. Setubal - Coordenador / VARANI, ALESSANDRO DE MELLO - Integrante / Ricardo José Giordano - Integrante / João Eduardo Ferreira - Integrante / Nalvo Franco de Almeida Jr - Integrante / Gecele Matos Paggi - Integrante / Mario Tyago Murakami - Integrante / Gabriela Persinoti - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Aline Maria da Silva.
6.	2022-Atual. Rastreando mudanças evolutivas na América pré e pós-contato usando dados genômicos de séries temporais Descrição: A história da conquista europeia do Continente Americano pode ser entendida como a história da disseminação de patógenos que levou ao colapso da maioria dos povos indígenas. As doenças infecciosas mais fatais se espalharam do Velho para o Novo Mundo, incluindo Varíola, Sarampo, Coqueluche, Catapora, Peste Bubônica, Tifo e Malária. Embora as epidemias pós-contato sejam bem estudadas, os dados das doenças pré-contato são limitados no registro histórico. No entanto, sabe-se que a Tuberculose (Mycobacterium tuberculosis) e a Tripanossomíase Americana (ou Doença de Chagas; Trypanosoma cruzi) surgiram muito antes da chegada dos europeus. Ainda assim, há limitada informação sobre o impacto da colonização na diversidade genética das populações nativas, e sobre como o colapso populacional alterou as relações patógeno hospedeiro ao longo dos últimos séculos. O presente projeto se propõe a estudar genomas completos de 28 indivíduos que viveram entre 1000 e 100 anos antes do presente em duas regiões das terras baixas da América do Sul: Costa Brasileira e Patagônia Atlântica. O sequenciamento do genoma completo de series temporais de indivíduos de uma mesma região é inédito e fundamental para entender o impacto das epidemias trazidas pelos europeus na diversidade nativa americana ao longo do tempo e quais são as consequências na resposta a doenças atuais.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tabita Hunemeier - Coordenador / STRAUSS, ANDRÉ - Integrante / FUMAGALLI, MATTEO - Integrante. Membro: Tabita Hunemeier.
7.	2022-Atual. Sensoriamento remoto de florestas urbanas para enfrentamento frente às mudanças do clima. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Membro: Marcos Silveira Buckeridge.
8.	2022-2023. Training in Genomics Research (TiGeR) Descrição: This application will augment our newly established Masters in Biological Data Science program at the School ofMathematical and Natural Sciences (SMNS), Arizona State University (ASU) West, with the implementation of agenomics research component and purposeful recruitment of candidates from under-represented communities. While inthe Training in Genomics Research (TiGeR) Track, students will gain expertise in the computational aspects of genomics,improve their marketability, and meet the demands for genomics-trained bioinformaticians. By recruiting from a diversepopulation of students from the populations surrounding ASU, we will create a diverse and competitive science workforcethat fosters deeper engagement between the biomedical and biosciences sector and the greater Phoenix community.Diversity in college education readies students for life, work, and leadership in a more global economy by fosteringthought leaders who are creative, collaborative, and able to navigate dynamic and multicultural environments skillfully.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: / Mestrado profissional: (25) . Integrantes: Maria Dulcetti Vibranovski - Integrante / Valentin Dinu - Integrante / Jonathan Parrott - Integrante / Maria Sanin Perez - Integrante / Pamela Marshall - Integrante / Kim Bussey - Integrante / Sree Kanthaswamy - Coordenador. Membro: Maria Dulcetti Vibranovski.
9.	2022-Atual. Uso de deep learning e grafos para a predição da interação entre alvos de vias celulares relacionadas a células cancerosas Descrição: O câncer é uma doença complexa com grande número de incidências na população mundial, no Brasil, por exemplo, é esperado que surjam 625 mil casos novos por ano. Existem diversos estudos com o objetivo de novas descobertas que possam colaborar para o desenvolvimento de novos tratamentos para diversos tipos de câncer. Pesquisas relacionadas sobre vias de sinalização celular e inibição de proteínas podem ser muito promissoras para novos avanços na pesquisa de futuros novos tratamentos. Nas vias de sinalização, temos a interação entre diversos complexos de proteínas e mudanças pós-traducionais. Elucidar as interações entre diferentes complexos proteina-proteina na via podem ser muito importantes para possíveis estudos para ativar ou inativar vias, podendo ser alvos para tratamentos em diversos tipos de câncer. Para os casos de inibição de proteínas, podemos procurar moléculas que, após a interação com determinado sítio, alterem a estrutura tridimensional da proteína podendo inibir algum efeito não desejado. Com modelos de deep learning e usos de análises de expressão gênica iremos definir alvos de interações entre proteínas em vias que podem tanto serem alvo de estudo sobre a interação entre proteínas, como alvos para a inibição com ligante. Para os casos de interação proteína-proteína, nosso grupo desenvolve um método com o uso de grafos e deep learning para predizer a interação entre duas proteínas. Para os casos de interação proteína ligante, usaremos técnicas de virtual screening para o docking de uma grande quantidade de dados, após sendo ranqueados novamente com o uso de redes neurais. Todos os resultados relevantes serão submetidos a uma validação por dinâmica molecular. Esperamos, ao final, chegar a resultados que possam elucidar novos conhecimentos sobre diversos tipos de câncer relacionados a via de sinalização celular e realizarmos parcerias para testes experimentais dos nossos resultados.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (4) Doutorado: (4) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / David C Martins - Integrante / Fabio Albuquerque Marchi - Integrante / Marcos Freitas Parra - Integrante / Carlos Reynaldo Portocarrero Tovar - Integrante / Simone Queiroz Pantaleão - Integrante / Maria Claudia Negret Lopez - Integrante / Daniella Bizinelli - Integrante / Rodrigo Cesar Bonini - Integrante / Caio Isaias da Silva Brag - Integrante / Dennis José da Silva - Integrante / Gabriel Pinheiro Strini Piedade - Integrante / Lyang Higa Cano - Integrante / Irina Yuri Kawashima - Integrante / Shantanu Gupta - Integrante. Financiador(es): Laboratório Nacional de Computação Científica - Cooperação. Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.

2020

1.	2020-Atual. Architecture, function, and gene regulation of human granulomas of autopsied patients co-infected with tuberculosis and HIV-1 Descrição: Projeto de pesquisa em cooperação internacional entre Purdue University, ICB/USP and SVOC/FMUSP. Financiando por Ralph W. and Grace M. Showalter Research Trust, Purdue University.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Ana Marcia de Sá Guimarães - Integrante / Santos, A. P. - Coordenador / Andrea Kasinski - Integrante / Amaro Nunes Duarte Neto - Integrante. Financiador(es): Ralph W. and Grace M. Showalter Research Trust - Auxílio financeiro. Membro: Ana Marcia de Sá Guimarães.
2.	2020-2022. Avaliação de hamsters sírios (Mesocricetus auratus) como modelo experimental de infecção e doença por SARS-CoV-2 Descrição: O SARS-CoV-2, ou Coronavírus da Síndrome Respiratória Aguda Grave 2, é uma zoonose emergente identificada na China no final de 2019 responsável por causar uma pneumonia atípica. Em apenas dois meses o vírus atingiu todos os continentes, exceto a Antártica, sendo detectado em indivíduos presentes em 187 países/regiões. A pandemia tem tido efeitos catastróficos na população, sistemas de saúde, bem-estar social e econômico. Quatro medidas são priorizadas para contê-la: distanciamento social, diagnóstico, tratamento e vacinas. As duas primeiras medidas já estão em efeito em diversos países do mundo, enquanto se buscam formas efetivas de tratamento e candidatos vacinais. Porém, para que moléculas candidatas de tratamento e prevenção possam ser avaliadas, torna-se necessário o desenvolvimento de um modelo animal de SARS-CoV-2. Um modelo animal ideal deve ser suscetível à infecção pelo vírus e desenvolver uma doença que mimetize o quadro observado em pacientes humanos com COVID-19 (i.e. a doença causada pelo SARS-CoV-2, denominada coronavirus disease 19). Devido à especificidade hospedeira dos coronavirus conferida pela interação viral com o receptor da célula alvo, diversas limitações existem na utilização dos modelos tradicionais de camundongos, uma vez que estes animais são resistentes à infecção por SARS-CoV-2. A utilização de camundongos transgênicos ou imunossuprimidos para facilitar a infecção viral não representaria a fisiologia normal, prejudicando o estabelecimento de um modelo fiel de infecção e doença, principalmente na busca por candidatos vacinais. Adicionalmente, por ser um vírus de biocontenção de nível 3, o desenvolvimento de modelos animais de SARS-CoV-2 é ainda mais dificultado. Por esses motivos, é necessário prospectar espécies animais de fácil manejo e contenção que possuam maior similaridade da sequência proteica do receptor de SARS-CoV-2 com a sequência do receptor ortólogo em humanos. Predições por bioinformática e evidências experimentais anteriores com o SARS-CoV-1 indicam que os primatas não humanos, ferrets, gatos e hamsters são suscetíveis à infecção por SARS-CoV-2. Dentre estas opções, o hamster parece o modelo mais promissor, dado o pequeno tamanho e fácil manejo. Nas últimas semanas, pesquisadores publicaram estudos utilizando o modelo, relatando que o hamster sírio desenvolve uma doença de manifestações clínicas, patológicas e imunológicas semelhante à COVID-19 em humanos, trazendo maiores evidências de que este modelo é eficiente. Assim, o objetivo desta proposta é avaliar o hamster sírio (Mesocricetus auratus) como modelo de infecção e doença por um isolado nacional de SARS-CoV-2 utilizando parâmetros clínicos, hematológicos, histopatológicos e de replicação viral. Uma vez estabelecido, este modelo animal terá grande impacto no avanço das pesquisas com SARS-CoV-2 no Brasil, uma vez que poderá ser utilizado em ensaios pré-clinicos de candidatos vacinais, estudos de patogênese e tratamento. Simultaneamente a este projeto, estamos em busca de outras fontes de financiamento para avaliação de candidatos vacinais no modelo de hamster que será desenvolvido como parte deste projeto. Estes candidatos vacinais estão sendo elaborados por pesquisadores colaboradores desta proposta.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Ana Marcia de Sá Guimarães - Coordenador / Paulo E. Brandão - Integrante / Andrea Pires dos Santos - Integrante / HEINEMANN, MARCOS BRYAN - Integrante / Antônio Francisco de Souza - Integrante / Maria Regina D'Império Lima - Integrante / Taiana T. Silva-Pereira - Integrante / Edison Luis Durigon - Integrante / Denise Morais da Fonseca - Integrante / Cristiane Guzzo - Integrante / Lilian Rose Marques de Sá - Integrante / Danielle Durigon - Integrante / Carsten Wrenger - Integrante / Claudio Romero Farias Marinho - Integrante / Suresh Mittal - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Ana Marcia de Sá Guimarães.
3.	2020-Atual. Classificadores para Diagnóstico Precoce do Transtorno do Espectro Autista Usando o Rastreamento do Olhar Descrição: Diante da heterogeneidade clínica e da evolução do TEA, há uma busca por agrupamentos de pacientes mais homogêneos, tais agrupamentos poderiam não só identificar causas, mas também ser clinicamente úteis no direcionamento da intervenção. Técnicas computacionais de aprendizado de máquina vêm sendo propostas para análise destes dados, assim como para desenvolver métodos acurados para uma detecção mais rápida e precoce do que temos atualmente. Assim, a tecnologia de rastreamento do olhar tem apresentado resultados promissores na área de autismo precoce. Vários estudos suportam que pacientes com TEA apresentaram um desempenho do rastreamento do olhar diferente ou aspectos específicos da atenção visual no início da infância comparado às crianças com desenvolvimento típico. Um dos desafios está relacionado com o processamento de sinais dos movimentos dos olhos, pois embora haja dispositivos comercialmente disponíveis, não há bases de dados adequadas disponíveis, compostas de sinais de movimento ocular de crianças com e sem TEA que possam servir de referência para as técnicas computacionais a serem desenvolvidas. Além do desenvolvimento de novas ferramentas computacionais de diagnóstico e análise, assim como captura e compartilhamento de dados e capacitação de equipe, iremos contribuir com avaliação detalhada e proposta de encaminhamento para 150 crianças dando suporte ao diagnóstico precoce. Nossa hipótese é de que é possível calcular de forma acurada a probabilidade de um indivíduo apresentar TEA analisando as indicações de um sistema de monitoramento de atenção visual, baseado nos movimentos oculares juntamente com dados fenotípicos e epidemiológicos. O objetivo maior deste projeto é desenvolver classificadores de diagnóstico usando técnicas computacionais de aprendizado de máquina. Pretendemos desenvolver métodos computacionais que contribuam com o diagnóstico precoce e mais objetivo do TEA, a partir de sinais de rastreamento do olhar, criando um centro piloto de análise e capacitação em rastreamento de olhar para TEA. Assim como desenvolver classificadores e análises de agrupamentos usando os dados de rastreamento do olhar em conjunto com dados fenotípicos e epidemiológicos contribuindo para definição de subtipos de TEA.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador. Membro: Helena Paula Brentani.
4.	2020-Atual. Development of SARS-CoV-2 low-cost diagnostic platform based on reverse-transcription loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP). Descrição: To provide a solution for a rapid response of high laboratory diagnostic demand in virus outbreaks in PINA (RIIP).. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Integrante / edison Durigon - Coordenador / lucas blanes - Integrante. Financiador(es): Institut Pasteur - Auxílio financeiro. Membro: Helder Takashi Imoto Nakaya.
5.	2020-Atual. Evolução do parasitismo em três dimensões: filogenética, fenotípica e genômica Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Coordenador / Sophie Tandonnet - Integrante / Patricia Jaqueline Thyssen - Integrante / Vanessa Araujo Soares da Cunha - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Tatiana Teixeira Torres.
6.	2020-Atual. Genomic and epidemiological aspects of the COVID-19 in native Brazilian populations Descrição: The Native American populations are, since the first contact with Europeans, exposed to a myriad of pathogens from which they have been isolated for more than 15 centuries since their differentiation in Beringia. Examples abound of epidemics that plagued post-contact America, leading to the extinction of diverse native populations. Recent studies involving ancient and present-day individuals showed a decrease in genetic variability between 50% and 90% after the arrival of Europeans. The leading cause of death in Brazilian Natives today is respiratory complications in a consequence of infections. Therefore, given the current epidemic of COVID-19, it is crucial to study these historically vulnerable populations, contributing to a better understanding of the impact of disease outbreaks (past and present) on these populations, and investigating the existence of genetic differentiation in these individuals related to the evolution of SARS-CoV-2 infection. The present project intends to study COVID-19 under genomic and epidemiological aspects in 550 individuals belonging to two native populations, Tupiniquim and Guaraní-Mbyá, resident in Espírito Santo, with different levels of exposure to urban society. Given the extensive studies in these populations over the past decades, it will be possible to assess the evolution of the epidemic fully, whether the response is related to the genetic profile of these populations, and what the contribution of pre-existing clinical findings (i.e., tuberculosis, diabetes). Besides, it will be essential to transfer the findings in these native individuals to assess whether the potential for infection may be related to native ancestry in the Brazilian population.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tabita Hunemeier - Coordenador. Membro: Tabita Hunemeier.
7.	2020-2023. Projeto RGIPEC-001/2020: Abordagem Genômica para Investigar Variações Genéticas do Sars-CoV-2 (Coronavírus) e no Hospedeiro Humano - Correlação Genética com a Evolução Clínica dos Indivíduos Positivos para o Sars-CoV-2 (Rede Genômica IPEC/Guarapuava) Descrição: A Síndrome Respiratória Aguda Grave do Coronavírus 2, a COVID-19, foi considerada pela Organização Mundial da Saúde (OMS) a maior pandemia da história moderna, com taxas de infestação e mortalidade muito elevadas. A doença, que surgiu na província de Wuhan, na China, teve o primeiro caso notificado em 29 de dezembro de 2019 e se espalhou rapidamente pelo mundo. Considerando as medidas de confinamento social adotadas pela maioria dos governos, estima-se que 50 da população mundial será infectada pelo Sars-CoV-2 durante a pandemia, com 3 de mortes (Economist Intelligence Unit - EIU). Segundo Ferguson NM e colaboradores (2020), caso nenhuma medida de controle de transmissão fosse adotada pelos governantes, cerca de 81 da população da Grã-Bretanha e dos Estados Unidos seriam infectadas no período da pandemia, e o número de mortes chegaria a 510.000 e 2.2 milhões, respectivamente. No Brasil o número de infectados seria de 89, com 1.15 milhões de mortos. O cálculo realizado por Coelho e colaboradores (2020) estima uma taxa de mortalidade de 6 da população testada, ou 6 mortes por milhão de habitantes, porém a distribuição é bem regionalizada. No momento de conclusão da redação desta proposta, o Brasil registrou 78.162 casos positivos e 5.466 mortes (7 de letalidade) (https://covid.saude.gov.br/). A principal diferença entre o Sars-CoV-2 e o Sars-CoV é a sua alta taxa de infeção e letalidade. Aproximadamente metade dos indivíduos positivos para o Sars-CoV-2 apresentam sintomas moderados e são curados sem a necessidade de hospitalização, e 30 são assintomáticos. Cerca de 20 dos indivíduos infectados evoluem para a forma mais grave da doença e necessitam de cuidados hospitalares, com 5 desses pacientes precisando de atenção intensiva com ventilação pulmonar. Metade dos 5 vão a óbito (Lauer SA et al. 2020; Liu Y et al., 2020; Ferguson NM et al., 2020). Portanto, uma questão urgente é a identificação de fatores/características associados com a evolução clínica mais grave. Várias comorbidades como cardiopatias, diabetes, asma, entre outras, estão descritas como fatores de risco para o quadro mais grave. Além disso, há casos atípicos de evolução clínica grave, onde não há associação com doenças pré-existentes. Certamente, o perfil genético dos pacientes destes diferentes grupos contribui para este cenário. Portanto, esta proposta visa contribuir para o esforço global no sentido de entender os mecanismos envolvidos no processo de infecção e predisposição ao quadro desta nova doença. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Silvana Giuliatti - Integrante / Wilson Araújo da Silva Junior - Integrante / David Livingstone Alves Figueiredo - Coordenador. Membro: Silvana Giuliatti.
8.	2020-2022. Sistema Digital de Monitoramento do Desempenho Acadêmico do Curso de Informática Biomédica: Projeto Piloto que visa Identificar Alunos com Baixo Rendimento Acadêmico Descrição: Um dos grande desafios que os estudantes enfrentam ao iniciarem o ensino superior é de lidar com um novo modelo de ensino que muitas vezes não tem o cuidado de aplicar técnicas de ensino-aprendizagem que levem em consideração a heterogeneidade das formas de aprender dos estudantes, bem como os seus diferentes graus de amadurecimento psíquico-afetivo. Os valores são outros, exigindo maior independência e pró-atividade e as exigências das disciplinas são diferentes e variadas e algumas, talvez, com rigor exagerado. Outro grande desafio é sua adaptação fora da casa dos pais e dos amigos, que se soma as dúvidas quanto ao seu futuro no mercado de trabalho e que podem desestabilizar o equilíbrio psíquico dos estudantes.E, não se trata de casos isolados. Dados contidos no relatório de 2011 da Associação Nacional dos Dirigentes das Instituições Federais de Ensino Superior (Andifes), de um estudo realizado em uma coorte de 20 mil alunos das universidades federais, indicam que 29 deles procuraram atendimento psicológico e 9, psiquiátrico, sendo que 11 do total precisaram ser medicados (Rodrigo de Oliveira Andrade. Revista Fapesp, Edição 262, Dez. 2017). Uma das consequências para os alunos que estão nesse estado de sofrimento é o baixo rendimento acadêmico, causado pela perda de estímulo de continuar os estudos. Trata-se de um fenômeno mundial que precisa ser conduzido por especialistas e ferramentas holísticas aplicadas ao histórico acadêmico dos alunos. Na área de cuidados de saúde, a evolução concomitante das ferramentas tecnológicas que permitem a integração de dados em tempo real e dos modelos conceituais de avaliação desses cuidados ? os quais estruturam a avaliação da qualidade dos cuidados fornecidos para as pessoas por um lado e, por outro, a qualidade dos cuidados fornecidos pelos serviços de saúde ? vem permitindo o desenvolvimento e a implementação de sistemas digitais de informação que disponibilizam dados em tempo real e que propõem descrever e avaliar o cuidado conforme os diferentes níveis de sua organização. Ou seja, uma descrição e avaliação em tempo real do ecossistema de cuidados de saúde como um todo (Furst et al., 2019). Uma das ferramentas conceituais disponibilizada para fazer isso é a ?Mental Health Matrix?, originalmente desenvolvida por Michelle Tansella e Graham Thornicroft inspirados pelo trabalho clássico de Donabedian sobre avaliação de serviços de saúde (Donabedian, 1988; Tansella and Thornicroft, 1998). Essa matriz original foi adaptada posteriormente para auxiliar no desenvolvimento de um sistema digital de informações de saúde mental (SISAM) para o décimo terceiro departamento regional de saúde do estado de São Paulo (DRS-13) e é mostrada abaixo (Vinci et al., 2016; Yoshiura et al., 2017). Para cada uma das caselas da Matriz podem ser definidos indicadores, qualitativos e/ou quantitativos, a partir de dados disponibilizados por sistemas de informação (preferencialmente online/digitais). A definição dos indicadores pode ser realizada através de um processo que permite envolver: a) revisão da literatura pertinente; b) consulta às partes interessadas (?stakeholders?; c) consulta aos especialistas na área (Vince et al., 2017; Lima et a., 2018). Os dados assim organizados, dentro de um sistema digital de informações, podem ser disponibilizados conforme a necessidade das diferentes partes interessadas envolvidas no processo de cuidado, a partir de um modelo de ?Observatório de dados? (por exemplo, os pacientes de um serviço de saúde, os profissionais desse serviço de saúde, seus gerentes, o público em geral, etc). Propõe-se aplicar a forma geral desse modelo de trabalho (?framework?) heurístico na área de Ensino-Aprendizagem, para a construção de um Sistema Digital de Informações Acadêmicas, realizando sua prova de conceito através de seu desenvolvimento e implementação no Curso de Informática Biomédica. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) . Integrantes: Silvana Giuliatti - Integrante / Renato Tinós - Integrante / Paulo Mazzoncini de Azevedo Marques - Integrante / Wilson Araújo da Silva Junior - Coordenador / Joaquim Cesar Felipe - Integrante / Miguel Angelo Hyppolito - Integrante / Joao Mazzoncini de Azevedo Marques - Integrante / Katia Mitiko Firmino Suzuki - Integrante / Cristiane Martins Peres - Integrante / Valdes Roberto Bollela - Integrante. Financiador(es): Pro-Reitoria de Graduação - USP - Bolsa. Membro: Silvana Giuliatti.
9.	2020-Atual. Systems immunology approach for resolving the mechanisms of vaccine-induced classical swine fever protection Descrição: Classical Swine Fever (CSF) is a contagious, haemorrhagic and often fatal disease of Suidae, such as pigs and wild boar, caused by the classical swine fever virus (CSFV). CSFV is an enveloped, single stranded RNA virus that belongs to the Flaviviridae family (Moennig, 2000), distantly related for example to Zika and Yellow Fever virus. CSFV can be controlled by vaccination particularly using the C strain vaccine. The vaccine provides a rapid and complete protection of pigs against infection and also prevents viral transmission within 5 days of vaccination. The immunological signalling cascades behind the early protection afforded by C Strain are poorly understood, but precede the adaptive response, where IFN³+ CD8+ cells arrive before the detection of a virus neutralising antibody response. Interferon is a key component of how the innate immune system responds to challenge with CSFV. System Immunology approaches have been carried out in humans for example on the highly efficacious Yellow Fever vaccine. Deciphering the immune signalling pathways underpinning the effectiveness of the C strain vaccine can shape and optimise the next generation of marker and subunit vaccines well beyond CSFV as access to material including post-mortem tissues where required is not limited. Previous work has indicated a key role of the interferon system if stimulated prior to challenge. The team at UoS has already carried out studies further to the one mentioned above to characterise the action of CSFV C strain vaccine upon vaccination. In particular we have carried out one study sampling tonsils at various time points in the first 90 hours, comparing C-strain and a virulent challenge virus to baseline. Samples have been stored for subsequent analysis by deep sequencing, which will be carried out in 2019. For early 2020 another such study is planned into the design of which the team at USP will provide input. The project is specifically designed to foster the collaboration between Prof Nakaya's team at USP and Prof Steinbach's team in Surrey through collaborative visits in particular. The aim is to generate data in collaboration from which publications and further grant applications will be generated in the course of the project.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador / Falko Steinbach - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Helder Takashi Imoto Nakaya.
10.	2020-Atual. Validation of Plasmodium falciparum antigens targeted by human CD8+ T cells using T Cell Receptor-expressing reporter cells Descrição: In collaboration with Dr Helder Nakaya (Scientific Platform Pasteur USP, Brazil) an expert in systems vaccinology and single-‐cell immunoprofiling25,26, we intend to use Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by Sequencing (CITE-‐Seq)29 to single-‐cell sequence CTLs using barcoded dextramers harboring the epitopes discovered by immunopeptidomics. This method will allow us to maximize the use of the small numbers of specific T cells from the humanized mice to retrieve the sequences of epitope-‐specific variable regions of T cell receptors (TCRs). TCRs will be expressed on reporter cells which will become fluorescent after TCR activation by the complex peptide-‐MHC class I molecule30. Thus, to validate Pf ATCs instead of focusing on the elimination of infected hepatocytes, which can depend on non-‐specific factors, such as secreted cytokines in vitro, or yet on the high amounts of CTLs that will be determined by the immunization method/model in vivo, we propose to rely on the specific-‐TCR activation of reporter cells by epitopes presented on the surface of Pf infected hepatocytes.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Integrante / Rogerio Amino - Coordenador. Financiador(es): Institut Pasteur - Auxílio financeiro. Membro: Helder Takashi Imoto Nakaya.

2019

1.	2019-2020. Analise Estrutural de BACE1-AS na Doença de Alzheimer Descrição: O reconhecimento das funções que os long noncoding RNAs (lncRNA) têm desempenhado em várias doenças, incluindo câncer, desordens cardiovasculares e neurológicas, tem gerado um interesse nessas estruturas, uma vez que podem proporcionar novos diagnósticos e oportunidades de novas terapias, pois apresentam uma versatilidade bioquímica notável. As versatilidades funcionais dos lncRNAs vão desde a habilidade de realizar conformações de diferentes estruturas até interações com proteínas, DNA e RNA. O constante crescimento no número de RNAs disponíveis (1.465 em 2019) não acompanha o crescimento no número de estruturas resolvidas (22 em 2019). Abordagens além das experimentais precisam ser empregadas com o grande objetivo de auxiliar a acelerar esse processo de aprendizagem. Esse é também um dos principais objetivos da aplicação da Bioinformática Estrutural. Em doenças neurodegenetativas como Alzheimer e Parkinson, há também evidências de lncRNA autuando no desenvolvimento cerebral, na função, manutenção e diferenciação neuronal. Para essas doenças, até o momento, não há tratamento ou cirurgia curativos, mas apenas aqueles que podem retardar seu progresso. Além disso, devido ao crescimento da idade da populaçao mundial, essas doenças neurodegenerativas representam um aumento nos gastos financeiros destinados à saúde pública. Portanto, há uma necessidade urgente no desenvolvimento de novos métodos para prevenção ou cura das doenças neurodegenerativas. Vários lncRNAS específicos aparecem desregulados na Doença de Alzheimer (DA), alguns dos quais têm sido implicados na regulação de genes relacionados a DA, e agido na formação de placas Aβ, neuro inflamação, estresse oxidativo e dano ao DNA. Estudos relataram que a beta-secretase 1 (BACE1) é uma enzima que contribui par a formação de peptideos Aβ e deposição de placas amilóides. BACE1-AS é transcrito pela RNA polimerase II da fita antisenso de BACE1 e é altamente expresso em pacientes com DA. É capaz de regular as expressões de BACE1 mRNA e de suas proteínas tanto in vivo quanto in vitro. Regulando a expressão de BACE1 mRNA, lncRNA BACE1-AS torna-se importante no controle da DA. Alem disso, BACE1-AS foi encontrado aumentado em plasma humano de pacientes com DA com alta especificidade. Isso faz com que BACE1-AS seja indicado como um possível biomarcador e alvo terapêutico para DA. Diante do exposto acima, o presente projeto tem como objetivo analisar a estrutura secundária e terciária do lncRNA BACE1-AS, cuja atuação na Doença de Alzheimer está bem relatada na literatura.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Silvana Giuliatti - Coordenador / Willian Orlando Castillo Ordóñez - Integrante / Beatriz Miranda - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Número de produções C, T & A: 1 Membro: Silvana Giuliatti.
2.	2019-2022. Ancoragem Molecular entre Butirilcolinesterase (BChE) e Alcalóides da Família Amaryllidaceae como Potenciais Candidatos a Fármacos para a Doença de Alzheimer Descrição: o presente projeto busca responder a seguinte questão: Quais alcalóides presentes em Caliphruria subedentata atendem às características físico-químicas necessárias para serem indicados como possíveis candidatos a novos fármacos? Os mesmos alcaloides que inibem a AChE podem também inibir a BChE? Para responder a esta questão, o principal objetivo a ser alcançado será a realização de ancoragem molecular entre o receptor BChE e alcalóides presentes em Caliphuria subedentata que apresentaram atividade inibitória em relação à AChE.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Silvana Giuliatti - Coordenador / Rauni Borges Marques - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Número de produções C, T & A: 1 Membro: Silvana Giuliatti.
3.	2019-Atual. Aplicação da imunologia de sistemas para a resolução dos mecanismos de proteção contra a Peste Suína Clássica induzida por vacina Descrição: A Peste Suína Clássica (PSC) é uma doença contagiosa, hemorrágica e muitas vezes fatal de Suidae, como porcos e javalis, causada pelo vírus da peste suína clássica (CSFV). O CSFV é um vírus de RNA de fita simples, envelopado, que pertence à família Flaviviridae (Moennig, 2000), relacionado, por exemplo, ao vírus da Zika e da Febre Amarela. O CSFV pode ser controlado por vacinação, particularmente utilizando a vacina da cepa C. A vacina fornece uma proteção rápida e completa dos porcos contra a infecção e também previne a transmissão viral dentro de 5 dias da vacinação.As cascatas de sinalização imunológica por trás da proteção precoce proporcionada pela cepa C são mal compreendidas, mas precedem a resposta adaptativa, em que as células CD8+ IFNg+ chegam antes da detecção de uma resposta de anticorpos neutralizadores de vírus. O interferon é um componente chave de como o sistema imune inato responde ao desafio com o CSFV. As abordagens de imunologia do sistema foram realizadas em humanos, por exemplo, na vacina altamente eficaz da Febre Amarela. Decifrar as vias de sinalização imune que sustentam a eficácia da vacina da cepa C pode moldar e otimizar a próxima geração de vacinas marcadoras e de subunidades bem além do CSFV, pois o acesso ao material, incluindo os tecidos post-mortem, quando necessário, não é limitado. Trabalhos anteriores indicaram um papel fundamental do sistema interferon se estimulado antes do desafio. A equipe da UoS já realizou estudos adicionais ao mencionado acima para caracterizar a ação da vacina contra a cepa C do CSFV após a vacinação. Em particular, realizamos um estudo amostrando amígdalas em vários momentos nas primeiras 90 horas, comparando a linhagem C e um vírus de desafio virulento à linha de base. As amostras foram armazenadas para posterior análise por sequenciamento profundo, que será realizado em 2019. Para o início de 2020, outro projeto desse tipo está planejado para o projeto, do qual a equipe da USP fornecerá dados.O projeto é especificamente projetado para promover a colaboração entre a equipe do Prof Nakaya na USP e a equipe do Prof Steinbach em Surrey, através de visitas colaborativas em particular. O objetivo é gerar dados em colaboração a partir dos quais as publicações e outras solicitações de subsídios serão geradas no decorrer do projeto.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador / Falko Steinbach - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Helder Takashi Imoto Nakaya.
4.	2019-Atual. Detecção de transposases codificadas por sequências de inserção usando dados de proteômica Descrição: Projeto de doutorado sanduíche no exterior, Institute for Systems Biology, Seattle, EUA. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Tie Koide - Coordenador / Ricardo Vêncio - Integrante / BALIGA, NITIN S. - Integrante / LORENZETTI, ALAN P. R. - Integrante. Número de produções C, T & A: 1 Membro: Tie Koide.
5.	2019-Atual. DNABr (DNAdoBrasil): exploring genetic admixture for medical and evolutionary research. Descrição: The admixture of the Brazilian population is unique due to the strong presence of three parental groups Native Americans, Europeans, and sub-Saharan Africans (both East/West African), resulting in a highly genetically heterogeneous population. However, Brazilian genetic variation remains poorly investigated. We propose sequencing samples from the Longitudinal Study of the Adult Health (ELSA-Brasil), the largest ongoing prospective study in the Brazilian population. Since 2008, ELSABrasil has studied 15,000 individuals from different regions of Brazil to understand the development and progression of chronic diseases in particular, obesity, cardiovascular diseases, and diabetes. Data collected comprise more than 3,000 phenotypes, including semi-structured interviews, clinical exams, anthropometry, and craniometry. An ancestry study revealed the tri-hybrid nature of the ELSA sample (23 African, 18 Native American and 59 European ancestry). We will catalog and analyze genetic variation through whole-genome sequencing of this cohort to address questions of population history as well as genetic architecture underlying complex traits. We have key aims: (1) to increase the representation of non-Europeans and non-Asians in genomic research; (2) to understand phenotypic impacts of genetic variants within an admixed population; (3) to understand demographic and evolutionary processes shaping the Brazilian population.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tabita Hunemeier - Coordenador / Alexandre C Pereira - Integrante / MILL, JOSÉ GERALDO - Integrante / Lygia V. Pereira - Integrante / VIANNA, FERNANDA SALES LUIZ - Integrante / Eduardo Santos - Integrante / João Farias Guerreiro - Integrante / Eduardo Krieger - Integrante / José Henrique Krieger - Integrante. Membro: Tabita Hunemeier.
6.	2019-2024. Estatística de redes: teoria, métodos e aplicações Descrição: A importância da Estatística nas ciências naturais é inquestionável. A Estatística é essencial para analisar dados de forma apropriada e também obter conclusões confiáveis. No entanto, pouco se é conhecido sobre métodos estatísticos formais em grafos e suas propriedades teóricas mesmo com o aumento no número de artigos relacionados com redes do mundo real (por ex., redes funcionais de cérebro, redes de interação proteína-proteína, redes de interação social). Redes são geralmente analisadas usando algoritmos computacionais baseados na teoria do grafos, como cálculo de medidas de centralidades (importância relativa dos vértices e/ou arestas) ou identificação de padrões estruturais (motivos). O principal problema com esta abordagem é o fato de redes do mundo real apresentarem flutuações intrínsecas (ruído aleatório) que os algoritmos tradicionais não levam em consideração. Portanto, métodos com perspectiva estatística podem auxiliar e complementar essas análises. A proposta deste projeto é de desenvolver desde a teoria e métodos estatístico-computacionais para grafos como também aplica-los em dados do mundo real, como as advindas da biologia molecular, neuroimagem e dados cardíacos. O desenvolvimento deste projeto será essencial para obter novos insights, solidificar a cooperação entre os pesquisadores e melhorar a qualidade na pesquisa dos grupos envolvidos. A longo prazo, pretendemos consolidar a área de Estatística de Redes, formar grupos de pesquisadores altamente qualificados, e finalmente, construir um Centro de Estatística de Redes no Brasil. Este centro atuará tanto no desenvolvimento teórico e de novas metodologias quanto nas aplicações em problemas das ciências da saúde.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / David C Martins - Integrante / Fabrício Martins Lopes - Integrante / Andre Fujita - Coordenador / Helder Nakaya - Integrante / João Ricardo Sato - Integrante / João Paulo Papa - Integrante / Claudinei Eduardo Biazoli Jr - Integrante / Daniel Yasumasa Takahashi - Integrante / Abner Cardoso Rodrigues Neto - Integrante / Alexandre Alarcon Steiner - Integrante / Alexandre Galvão Patriota - Integrante / Carlos Alberto Moreira-Filho - Integrante / Elisa Harumi Kozasa - Integrante / Itamar de Souza Santos - Integrante / Joana Bisol Balardin - Integrante / José Carlos Farias Alves-Filho - Integrante / Mari Cleide Sogayar - Integrante / Rodrigo Affonseca Bressan - Integrante / Silvia Yumi Bando Takahara - Integrante / Thiago Mattar Cunha - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
7.	2019-Atual. Estilo de vida, marcadores bioquímicos e genéticos como fatores de risco cardiometabólico: Inquérito de Saúde na cidade de São Paulo Descrição: Diante da expressiva prevalência de doenças crônicas não-transmissíveis (DCNT), como as doenças cardiovasculares e das repercussões negativas à saúde e economia, estratégias que investiguem fatores de risco cardiometabólico se tornam imperativas para a prevenção e controle das DCNT. Nesse contexto, este projeto de delineamento transversal de base populacional pretende avaliar, em residentes do município de São Paulo, fatores modificáveis relacionados ao estilo de vida, bem como sua associação com marcadores bioquímicos e genéticos relacionados a fatores de risco cardiometabólico. Para isso, foram coletados nos domicílios, em questionário estruturado, dados sociodemográficos, econômicos e de estilo de vida em indivíduos de ambos os sexos, com 12 anos e mais (n = 901). Numa segunda visita foi realizada avaliação antropométrica, aferição da pressão arterial e coleta de sangue, e os adultos e idosos foram convidados a realizar densitometria óssea e estimar o gasto energético por meio de água duplamente marcada. O sangue foi coletado para determinação da concentração de micronutrientes, glicemia, perfil lipídico, biomarcadores de inflamação e polimorfismos de nucleotídeo único. O consumo alimentar foi avaliado por dois recordatórios de 24 horas. Como as DCNT apresentam etiologia multifatorial, uma abordagem que considere marcadores de risco cardiometabólico (inflamação, lipoproteínas, microRNA, permeabilidade intestinal, DNA, peso corporal), comportamentos de risco (dieta, atividade física, sono, tabagismo, consumo de bebida alcoólica) e também determinantes desses comportamentos (ambiente físico e social) pode trazer respostas que possibilitem intervenções eficazes no âmbito de saúde pública. Assim, a presente proposta traz uma abordagem ampla e ao mesmo tempo profunda das complexas relações acerca das DCNT na população.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (4) . Integrantes: Júlia Maria Pavan Soler - Coordenador / Flávia Mori Sarti - Integrante / Marcelo Macedo Rogero - Integrante / Regina Mara Fisberg - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Outra. Membro: Júlia Maria Pavan Soler.
8.	2019-2021. Genômica comparativa dos determinantes de R-bodies Descrição: A presença de refractile (R) bodies, estruturas proteicas capazes de distender-se por influência bioquímica, servindo como potenciais ferramentas de entrega de toxinas, tem sido verificada em bactérias endossimbiontes e de vida livre, mas a distribuição, o papel e contexto genômico dos genes reb, seus principais componentes, ainda não são bem descritos. Genes possuindo o domínio rebB aparecem no genoma de diversas espécies de proteobactérias, bacteroidetes e acidobactérias, comumente presentes em arranjos de múltiplas cópias contíguas, mas com composição e distribuição variadas. Nos organismos onde foram caracterizados experimentalmente, a formação dos R-bodies depende da presença de diferentes membros da família reb para garantir a polimerização. Alguns genes auxiliares e reguladores, pertences a outras famílias, foram identificados, contudo os domínios e a distribuição taxonômica destes genes ainda não foram plenamente caracterizados. A ordem exata dos eventos de duplicação e transferência lateral dos genes reb e seus vizinhos também permanecem indefinidos. Aplicando métodos de análise de dados a genomas sequenciados, pretendemos explorar a presença de homólogos de rebB e identificar novos genes cuja função possa estar associada aos R-bodies. Nossa análise permitirá inferir a história evolutiva dos R-bodies e identificar os fatores que influenciam sua distribuição. A base de nossa estratégia será a aplicação de ferramentas para identificação de blocos de genes conservados, métodos de comparação de filogenias e medidas de correlação no padrão de substituição de aminoácidos. Os potenciais genes associados identificados neste trabalho servirão como candidatos para caracterização experimental em trabalhos futuros, com destaque para a possível presença de toxinas e antitoxinas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Robson Francisco de Souza - Coordenador / Gabriel Sánchez Hueck - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Robson Francisco de Souza.
9.	2019-Atual. Integrated strategy for the study of infectious agents causing emerging and / or neglected diseases transmitted by vectors of global impact Descrição: This new Pasteur / USP partnership is particularly focused on vector-borne emergent and neglected diseases that may cause very complex immune responses and serious anomalies and / or disturbances in the nervous system, consequently impacting animal and public health. These partners will join their forces in a new Scientific Platform, in the recent "Innovation Center InovaUSP", in spaces strategically designed to implement a novel model for performing scientific research in proximity to the academy. The technological objective of this Platform is to strengthen the development of joint initiatives with a high degree of infrastructures and state-of-the-art equipment, sharing expertise, technologies and know-how, in view of joint and innovative discoveries of products and processes. This project is structured around complementary research programs of 3 groups of researchers from the two institutions that, in concert through this task force, intend to strengthen their scientific ties by answering questions of medical and veterinary interest in this unique strategic environment. The project aims to achieve the following main scientific objectives: (i) Generate luminous and fluorescent microorganisms to allow the real-time and detailed analysis of the interaction of these microorganisms with their hosts; (ii) To decipher immune, inflammatory and pathogenetic mechanisms triggered by these infectious agents, notably in the brain; (iii). Build a database from the integration of results generated by Omics, molecular biology and immunology and; (iv). Identify new targets for the development of preventive, diagnostic / prognostic and therapeutic methods.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador / Patricia Cristina Baleeiro Beltrao Braga - Integrante / Paola Marcella Camargo Minoprio - Integrante / Edison Luiz Durigon - Integrante / Eduardo Massad - Integrante / Paolo Marinho de Andrade Zanotto - Integrante / Pedro Cesar Teixeira Silva - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Helder Takashi Imoto Nakaya.
10.	2019-Atual. Integrative Biology Applied to Human Health Descrição: Data related to human health, from clinical and epidemiological information to medical images and omics data, are being generated and accumulated in an unprecedented amount in history. The analysis and integration of such information is critical to improve our understanding of the pathophysiology of diseases, their transmission, as well as their diagnosis and treatment. This project proposes innovative approaches for: analyzing large epidemiological databases; mapping hotspots of disease transmission; integrating transcriptome data with clinical and immunological data; and using machine learning for interpretation and analysis of microscopic images. State-of-the-art techniques or systems analyses and machine learning will be used and even developed for each approach, taking into account the foundations of integrative biology. We hope that the results of the project can clarify several problems related to human health, from the automatic analysis of microscopic slides to the molecular mechanisms of infectious and inflammatory diseases. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador / Mario Hiroyuki Hirata - Integrante / Luís Carlos de Souza Ferreira - Integrante / Luciano da Fontoura Costa - Integrante / Fernando Augusto Bozza - Integrante / Patricia Cristina Baleeiro Beltrao Braga - Integrante / Esper Georges Kallás - Integrante / Frederico Moraes Ferreira - Integrante / Paola Marcella Camargo Minoprio - Integrante / Ricardo Tostes Gazzinelli - Integrante / Sergio Schenkman - Integrante / Vanderson de Souza Sampaio - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Helder Takashi Imoto Nakaya.
11.	2019-Atual. Integração de dados para busca de marcadores biológicos de transtornos do neurodesenvolvimento Descrição: Transtornos do Neurodesenvolvimento são poligênicos e multifatoriais. Ou seja, além da base genética evidências de estudos animais e em humanos indicam que adversidades ambientais e/ou estresses psicossociais sofridos no início da vida desencadeiam modificações epigenéticas que podem influenciar a plasticidade cerebral, o funcionamento e conectividade de circuitos neurais. Estas modificações podem afetar o desenvolvimento adequado de funções cognitivas, da reatividade emocional e sociabilidade, aumentando o risco para apresentação de transtornos do neurodesenvolvimento. O papel crucial da maquinaria epigenética na incorporação biológica de exposições estressantes no início da vida tem sido demonstrado em vários modelos animais, expostos a diferentes estresses pré-natais e/ou pós-natais como alterações de nutrição, agentes tóxicos, cuidados maternos inadequados, separação do binômio mãe-filho e enriquecimento/isolamento social, sugerindo marcadores moleculares epigenéticos de risco. No entanto, a maioria destes trabalhos são realizados com exposição a fatores ambientais específicos como, por exemplo, exposição a nicotina na gestação. Ou seja, desconsiderando que normalmente um indivíduo está exposto a diversos fatores estressores ambientais e que cada um reage de forma individual aos mesmos. Outro ponto importante é que os sexos respondem de forma diferente a exposição ao estresse, acrescentando, portanto, um nível a mais de variabilidade para as possíveis trajetórias do neurodesenvolvimento. Cálculos de escores de risco poligênico (PRS-polygenic risk score) têm contribuído para melhor entendimento destes transtornos, porém estes consideram apenas o efeito de variações genéticas. Faz-se necessário buscar métodos para integração de PRSs com marcadores de risco epigenéticos, sexo do concepto e efeito temporal da exposição a diferentes tipos de estresse para identificar marcadores de susceptibilidade associados a fenótipos de risco para transtornos do neurodesenvolvimento. Este projeto propõe uma abordagem multidisciplinar usando ferramentas de Biologia Sistêmica e aprendizado de máquina para integrar dados complexos, ou seja, de diferentes naturezas para identificação destes marcadores. Especificamente pretendemos alcançar os seguintes objetivos: 1) integrar dados de diferentes tipos de exposição ambiental, possibilitando a visão do estresse como um constructo multivariado, e mostrar que este associa-se com marcadores biológicos de reatividade ao estresse melhorando a predição de fenótipos associados às trajetórias do neurodesenvolvimento; 2) integrar dados de expressão gênica, epigenética, sexo do concepto e exposição ambiental para desenvolver um modelo biológico para explicar diferenças de susceptibilidade entre sexos para transtornos do neurodesenvolvimento; 3) integrar dados de riscos de escores poligênicos com dados de exposição ambiental e marcadores moleculares epigenéticos para caracterização de áreas genômicas que avaliadas em conjunto possam melhorar a predição de fenótipos associados às trajetórias do neurodesenvolvimento. A conclusão desses objetivos fornecerá novas metodologias para integração de dados complexos, definição de alvos moleculares e informações sobre como identificar potenciais medidas preventivas para desenvolvimento de transtornos do neurodesenvolvimento. (AU). Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador / Carlos A B Pereira - Integrante / Guilherme Polanczyk - Integrante / Sandra J. Grisi - Integrante / Euripedes Constantino Miguel - Integrante / Rossana Pulcinelli Vieira Francisco - Integrante / David Correa Martins Junior - Integrante / Alexandra Valéria Maria Brentani - Integrante / Aloisio Souza Filipe da Silva - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Helena Paula Brentani.
12.	2019-Atual. Mecanismos de ação de RNAs longos não-codificadores envolvidos nos programas de ativação gênica em eucariotos Descrição: Projeto Temático de pesquisa financiado pela FAPESP. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Sergio Verjovski Almeida - Coordenador. Membro: Sergio Verjovski Almeida.
13.	2019-Atual. Network statistics: theory, methods, and applications Descrição: The importance of statistics in natural sciences is unquestionable. Statistics is essential to analyze data appropriately and to reach reliable conclusions. However, little is known about formal statistical methods on graphs and their theoretical properties even with an increasing number of reports on the analysis of real world networks (e.g. functional brain networks, protein-protein interaction networks, and social interaction networks). Networks are usually analyzed using computational algorithms based on graph theory, such as calculation of centrality measures (relative importance of vertices and edges) or identification of structural patterns (motifs). The main drawback of this approach is the fact that real world networks present intrinsic fluctuations (random noise) that are not taken into account by these "classical" algorithms. Therefore, methods with statistical perspective may aid and complement these analyses. The main goals of this proposal is the development of both theory and computational statistics methods and apply them to real world data, such as networks from molecular biology, neuroimaging, and cardiac data. The development of this project will be essential to obtain novel insights, solidify the cooperation among PIs, and improve the research quality of all involved groups. In the long term, we will consolidate the field of Network Statistics, form groups of highly qualified researchers, and ultimately build a Center for Network Statistics in Brazil. This center will develop novel theoretical frameworks, methodological tools and also apply the latter to solve health sciences problems.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Integrante / André Fujita - Coordenador / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / João Ricardo Sato - Integrante / José Carlos Farias Alves Filho - Integrante / Thiago Mattar Cunha - Integrante / David Corrêa Martins Júnior - Integrante / Abner Cardoso Rodrigues Neto - Integrante / Alexandre Alarcon Steiner - Integrante / Alexandre Galvão Patriota - Integrante / Andrea Parolin Jackowski - Integrante / Carlos Alberto Moreira Filho - Integrante / Claudinei Eduardo Biazoli Junior - Integrante / Daniel Yasumasa Takahashi - Integrante / Elisa Harumi Kozasa - Integrante / Fabricio Martins Lopes - Integrante / Itamar de Souza Santos - Integrante / Joana Bisol Balardin - Integrante / João Paulo Papa - Integrante / MARI CLEIDE SOGAYAR - Integrante / Rodrigo Affonseca Bressan - Integrante / Silvia Yumi Bando Takahara - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Helder Takashi Imoto Nakaya.
14.	2019-2019. Serious Game: Jogo Digital direcionado ao Aprendizado de Neurofisiologia Descrição: No Brasil e no mundo é cada vez mais ressaltada a importância das tecnologias da informação no contexto da saúde, inclusive no uso de jogos educativos para maior aproveitamento dos temas abordados em sala de aula, dando um apoio visual e intuitivo ao aprendizado do conteúdo. A motivação para o proposto projeto surgiu durante o período em que os alunos do Curso de Informática Biomédica cursaram a disciplina de Fisiologia. A partir desse conteúdo, surgiu o interesse pela neurofisiologia. Da união do tema em questão e do conhecimento obtido em outras disciplinas específicas do curso, surgiu a iniciativa de desenvolverem um jogo educativo. Portanto, esse projeto tem como objetivo a produção de um jogo educativo para envolver e auxiliar o jovem no aprendizado de neurofisiologia, buscando adequar uma jogabilidade dinâmica e cativante ao conhecimento que será adquirido. O protótipo do jogo já foi desenvolvido pela equipe. Entretanto, melhorias e adequações ainda são necessárias como, por exemplo, o aprofundamento tanto em jogabilidade quanto em aprendizado dos estudantes de forma que o jogo seja capaz de despertar maior interesse e fornecer um maior conhecimento ao público alvo. O jogo será composto por fases, sendo que cada delas, por sua vez, terá uma série de minigames que irão demonstrar do início ao fim o funcionamento do sistema nervoso em variadas situações, sendo o papel do jogador completar os minigames e desafios antes que o tempo se esgote. Ao final do jogo, o jogador será pontuado com base no seu desempenho. Haverá também durante o jogo explicações e comentários sobre a fisiologia e funcionamento envolvidos em cada etapa do jogo. Além disso o jogo ainda irá disponibilizar uma mini enciclopédia contendo conceitos e explicações para os jogadores que queiram se aprofundar no assunto. Essa proposta busca-se despertar interesse sobre o assunto nos jovens que cursam o ensino médio, assim como auxiliar os vestibulandos e alunos de graduação durante seus estudos e motivá-los a seguirem essa área de atuação.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) . Integrantes: Silvana Giuliatti - Coordenador / Beatriz Miranda - Integrante / Heitor de Paiva Boccato - Integrante / Felipe Limão Lopes de Almeida - Integrante. Número de produções C, T & A: 2 Membro: Silvana Giuliatti.

2018

1.	2018-2020. Atuação de Estudantes de Graduação em um Programa de Apoio à Atenção da Saúde da Pessoa com Deficiência Auditiva Descrição: Programa Aprender na Comunidade (Reitoria de Graduação, USP). Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (4) . Integrantes: Silvana Giuliatti - Integrante / Ana Claudia Mirandola Barbosa Reis - Coordenador / Miguel Angelo Hyppolito - Integrante / Angela Calcini - Integrante / Cláudia Barbieri T. Gandolfi - Integrante / Rafael Calanzani Rocha - Integrante / João Victor Tonani - Integrante / Isabela de Araújo Gonçalves - Integrante / Aline Cristina Lozano - Integrante. Membro: Silvana Giuliatti.
2.	2018-Atual. Caracterização do microbioma de solos, rizosfera, e plantas de soja e milho em regiões de plantio dessas culturas Descrição: Levantamento do microbioma por meio de sequenciamento do gene rRNA de 16S de amostras de solos, rizosfera, e plantas de soja e milho em regiões de plantio dessas culturas. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: Joao Carlos Setubal - Coordenador / da Silva, Aline M - Integrante / Maltez Thomas, Andrew - Integrante / Suzana Guima - Integrante / Maike Rossmann - Integrante. Membro: Joao Carlos Setubal.
3.	2018-Atual. Estrutura e Função de Sistemas de Secreção Bacterianas Descrição: Bactérias possuem complexos multiproteícos grandes (multi-megaDalton) que transportam proteínas efectoras através de membranas bacterianas para o meio extracelular ou diretamente dentro de outras células. Esses sistemas também medeiam a transferência horizontal de material genético (conjugação) entre células bacterianas e formas homólogas especializadas desses sistemas evoluíram para pili e flagelos bacterianos. Portanto, os sistemas de secreção macromolecular são determinantes importantes para a adaptação bacteriana, competição e sobrevivência em diversos nichos ambientais. No decurso do projeto temático anterior, demonstramos a importância do pili tipo IV (T4P) na motilidade twitching e na formação de biofilmes em Xanthomonas citri e caracterizamos os principais reguladores da biogênese do T4P. Também mostramos que o sistema de secreção de Xanthomonas citri tipo IV (T4SS) fornece a essas células a capacidade de matar outras espécies bacterianas Gram-negativas de maneira dependente do contato. Esta foi a primeira demonstração do envolvimento de um T4SS em matança bacteriana e aponta para esta classe especial de T4SS como um determinante importante para a sobrevivência de Xanthomonas durante encontros competitivos com outras espécies bacterianas no meio ambiente. Neste projeto, propomos seguir várias linhas de pesquisa sobre a estrutura molecular, função molecular e relevância fisiológica dessas nano-máquinas complexas em Xanthomonas citri, bem como em outros membros da família Xanthomonadaceae. Especificamente, seguiremos duas linhas gerais de investigação. Projeto 1: Estudos sobre os sistemas de secreção do tipo IV de Xanthomonadaceae. Nós planejamos i) determinar a estrutura dos componentes individuais do T4SS de X. citri, bem como os sub-complexos principais e o complexo inteiro, ii) realizar estudos estruturais e enzimológicos sobre as toxinas segregadas por este sistema, bem como seus inibidores cognatos, iii) estudar a base molecular do reconhecimento de toxinas pelo aparelho do T4SS, iv) estudar a localização celular e a regulação da expressão do T4SS, e v) ampliam nossos estudos do sistema X. citri aos T4SS homólogos encontrados em outras espécies bacterianas, incluindo Stenotrophomonas, Lysobacter e em algumas espécies das ordens de Betaproteobactérias Burkholderiales e Neisseriales. Projeto 2: Estudos sobre o pilus tipo IV (T4P) em Xanthomonas citri. Planejamos investigar i) como a atividade ATPase de PilB é regulada pelos componentes PilZ, FimX e c-diGMP e outros componentes da membrana interna (plataforma), ii) as estruturas dos complexos PilB-PilZ e PilB-PilZ-FimX, iii) os papéis das pilinas menores conservadas nas espécies Xanthomonadaceae, iv) o papel da PilU, a terceira e mal compreendida ATPase, v) como os sinais ambientais específicos controlam as funções dependentes de T4P nas espécies Xanthomonas, vi) como o T4P contribui para a competitividade de Xanthomonas em interações antagônicas com outras espécies bacterianas, e vii) a estrutura do pilus extracelular (polímero das subunidades PilA). Nestes estudos empregaremos métodos de Biologia Estrutural (cristalografia, ressonância magnética nuclear, criomicroscopia eletrônica, SAXS, simulações moleculares) a produção e caracterização de nocautes gênicos, microscopia de fluorescência, enzimologia, estudos de expressão gênica e bioinformática. O projeto inclui o treinamento de estudantes de graduação, pós-graduação, pós-doutores e colaborações com pesquisadores de outras instituições brasileiros e estrangeiros.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Robson Francisco de Souza - Integrante / Cristiane Rodrigues Guzzo Carvalho - Integrante / SALINAS, ROBERTO KOPKE - Integrante / FARAH, CHUCK SHAKER - Coordenador / Rodrigo Villares Portugal - Integrante / Thomas Wittmann Cezar Santos - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Robson Francisco de Souza.
4.	2018-2024. Função de sistemas de secreção do tipo VI de bactérias patogênicas na interação com células eucarióticas. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (1) . Integrantes: Robson Francisco de Souza - Integrante / SIBINELLI-SOUSA, STEPHANIE - Integrante / GUZZO, CRISTIANE R. - Integrante / BAYER-SANTOS, ETHEL - Coordenador / HESPANHOL, JULIA TAKUNO - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 3 Membro: Robson Francisco de Souza.
5.	2018-Atual. GEMACANA: Contribuição de genes, genomas e elementos de transposição na interação entre plantas e microorganismos: estudo de caso em cana de açúcar. Descrição: A interação planta-microorganismos representa um dos processos de fundamental relevância para o funcionamento de ecossistemas naturais, bem como agrícolas. A compreensão de seus componentes e dos processos que controlam essa interação biológica tem potencial de melhorar a produtividade das culturas e monitorar a qualidade ambiental. Este projeto pretende contribuir na elucidação deste sistema complexo através da utilização de ferramentas moleculares e de bioinformática dos genomas para descobrir os principais genes que controlam e / ou medeiam a interação de cana de açúcar com três patógenos (Leifsonia xyli subsp xyli;. Xanthomonas albilineans; Sporisorium scitamineum) e uma bactéria fixadora de nitrogênio (Gluconacetobacter) considerada promotora de crescimento para a cana. Esses organismos têm uma interação biotrófica/hemibiotrófica com cana de açúcar e os aspectos moleculares sob estas condições são geralmente menos compreendidas. O nosso objetivo é comparar e contrastar respostas moleculares através das interações individuais tanto de cana de açúcar quanto dos microrganismos envolvidos. Especificamente, (i) analisaremos padrões de expressão de um conjunto de genes previamente identificados análogos a genes de resistência (RGA), espécies reativas de oxigênio (ROS), metabolismo de carboidratos, síntese de hormônios e seu controle, elementos de transposição, e uma família de genes relacionados com a edição de genes em organelas e conhecido por ter membros que estão envolvidos na regulação das defesas de plantas via Na-siRNA (pentatricopeptide) bem como de genes envolvidos em respostas metabólicas específicas dos microrganismos; (ii) avaliar e comparar entre espécies de microrganismos os padrões de expressão de genes microbianos com um foco particular em moléculas secretadas entre os quais esperamos encontrar moléculas efetoras; (iii) avaliar e comparar as mudanças nos padrões de expressão durante duas infecções mistas, e (iv) avaliar e comparar as mudanças no microbioma do hospedeiro, como resultado da interação com os micróbios mencionados. Como um produto de extensão, esperamos fornecer informações moleculares sobre a biologia da cana ao interagir com vários micróbios almejando o desenvolvimento de um kit de diagnóstico para monitorar canaviais e construir um banco de dados "phytobiome" de cana que seja abrangente e que poderia ser usado em estudos comparativos com outras Poaceae.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (3) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (9) . Integrantes: Marie-Anne Van Sluys - Coordenador / Luis Eduardo Aranha Camargo - Integrante / Claudia Barros Monteiro-Vitorello - Integrante / Silvana Creste - Integrante / Marcelo Zerillo - Integrante / Paula Turrini - Integrante / Juliane Ishida - Integrante / Tatiane Correa - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Marie-Anne Van Sluys.
6.	2018-2020. Global database for blow flies of forensic, agricultural and medical importance Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Integrante / Silvio Shigueo Nihei - Integrante / Kelly Meiklejohn - Coordenador / Wes Watson - Integrante / Brian Wiegmann - Integrante / Max Scott - Integrante / James Wallman - Integrante / Mark Dowton - Integrante. Financiador(es): University Global Partnership Network - Cooperação. Membro: Tatiana Teixeira Torres.
7.	2018-Atual. Inhibitory deficit as a marker of neuroplasticity in rehabilitation Descrição: According to the WHO, more than one billion people in the world experience disability, which is not only an issue of public health, but also of human rights. In 2015, the Global Burden of Diseases showed worldwide epidemiological evidence that 74% of total years lived with disability are related to conditions for which rehabilitation could be beneficial. For this reason, the development of new therapies and rehabilitation research are one of the main objectives of the WHO Global Action Plan for 2014-2021. However, the lack of knowledge of the biological mechanisms involved in the functional rehabilitation process is one of the main limitations faced in the construction of a solid knowledge. There is evidence that brain plasticity is the central mechanism involved in the recovery process of patients with deficits of different etiologies. Although much progress was made in understanding brain plasticity, little was incorporated into rehabilitation practice, mainly due to the scarcity of study designs that allowed the translation of knowledge. Therefore, we propose a study with four groups of subjects (with stroke, SCI, amputations and osteoarthritis) to understand the neuroplasticity mechanisms involved in motor rehabilitation, using TMS, fNIRS and high density EEG before and after the rehabilitation treatment. With this project, we expect to better understand the mechanisms of neuroplasticity involved in the rehabilitation process, and to develop "transdiagnostic" neurophysiological biomarkers, which are of great relevance for the scientific and therapeutic improvement of rehabilitation.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: Koichi Sameshima - Integrante / Paulo Sérgio Panse Silveira - Integrante / Luiz Antonio Baccalá - Integrante / Felipe Fregni - Coordenador / Linamara Rizzo Battistella - Integrante / Jesus Enrique Garcia - Integrante / Marcel Simis - Integrante / Luis Fernandez Lopez - Integrante / Marta Imamura - Integrante / Verónica Andrea González-López - Integrante / José de Oliveira Siqueira - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Koichi Sameshima.
8.	2018-Atual. Intervenções na primeira infância e trajetórias de desenvolvimento cognitivo, social e emocional Descrição: O objetivo principal deste Projeto Temático é aprofundar os conhecimentos sobre intervenções na primeira infância e os seus efeitos sobre as trajetórias de desenvolvimento cognitivo, social e emocional infantil até a idade escolar. Especial ênfase é dada ao surgimento de transtornos mentais como desfecho fenotípico primário. Para tanto, iremos testar três programas de intervenção em primeira infância com diferentes características: um currículo pré-escolar para promoção de habilidades socioemocionais e prevenção de problemas de comportamento, um programa de visitação domiciliar para gestantes adolescentes em alta vulnerabilidade e seus filhos durante os primeiros dois anos de vida com objetivo de desenvolver habilidades parentais, e duas modalidades terapêuticas para a intervenção precoce do transtorno de déficit de atenção/hiperatividade. Iremos investigar os efeitos destes programas sobre o substrato biológico subjacente às trajetórias desenvolvimentais, especificamente sobre os padrões eletroneurofisiológicos, de estrutura e atividade cerebral. Assim, iremos gerar dados inéditos sobre como programas de intervenção na primeira infância impactam o desenvolvimento cognitivo, social e emocional e quais são os seus efeitos sobre a prevenção de transtornos mentais ao longo da infância. Por meio destes objetivos, iremos consolidar uma plataforma para realização de ensaios controlados randomizados em saúde mental infantil em nosso meio e estabelecer um laboratório de neurociência desenvolvimental para a caracterização das trajetórias do desenvolvimento cerebral e dos efeitos de intervenções na primeira infância.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Integrante / Guilherme Polanczyk - Coordenador. Membro: Helena Paula Brentani.
9.	2018-2019. Roles of genetic drift and natural selection in quantitative trait divergence Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Integrante / Nancy França Lo-Man-Hung - Coordenador / Daniela Munhoz Rossoni - Integrante / Bárbara Maria de Andrade Costa - Integrante / Pedro Mariano Martins - Integrante. Financiador(es): American Arachnological Society - Auxílio financeiro. Membro: Tatiana Teixeira Torres.

2017

1.	2017-Atual. Avaliando os mecanismos de auto cura em macacos rhesus infectados com Schistosoma mansoni como uma nova base para uma vacina Descrição: Faremos um screening dos anticorpos gerados por macacos rhesus infectados com Schistosoma mansoni, ao longo do processo de auto-cura destes macacos, usando a técnica de phage-display. O objetivo é identificar alvos do parasita atingidos pelos anticorpos do macaco, que sejam críticos para a sobrevida do parasita e que se correlacionem com a auto-cura da esquistossomose observada nesta espécie.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Sergio Verjovski Almeida - Integrante / Sergio Verjovski-Almeida - Coordenador / Murilo Sena Amaral - Integrante / Ricardo Giordano - Integrante. Membro: Sergio Verjovski Almeida.
2.	2017-Atual. Bill & Melinda Gates Foundation: "Mapping Hotspots for Mosquito-Human Malaria Transmission" Descrição: GRAND CHALLENGES EXPLORATIONS da Bill & Melinda Gates Foundation Helder Nakaya of the University of Sao Paulo in Brazil will identify hotspots of malaria transmission using the GPS data from mobile phones of infected individuals in order to find asymptomatic cases and help elimination efforts. Malaria is a major public health concern in many countries including Brazil. Eliminating the disease is difficult due in part to the existence of asymptomatic individuals who can still spread the disease but are difficult to detect. Relying on a patient remembering where they have been to identify asymptomatic individuals has not been adequate. Instead, they will test their online tool, which can extract the location history of an individual that has been recorded on their mobile phone, using patients with malaria in a reference hospital in Manaus, Brazil. The tool will be used to identify potential hotspots of transmission, which will be verified by taking blood samples from residents to identify those elusive asymptomatic patients. They will also develop an application for health care workers that displays the hotspots on a map.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) . Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador / Daniel Bargieri - Integrante / Marcus Lacerda - Integrante. Financiador(es): Bill & Melinda Gates Foundation - Auxílio financeiro. Membro: Helder Takashi Imoto Nakaya.
3.	2017-Atual. Biologia sistêmica e comparativa do complexo Mycobacterium tuberculosis: efeitos da variabilidade genética no fenótipo bacteriano. Descrição: FAPESP, Jovem Pesquisador.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Ana Marcia de Sá Guimarães - Coordenador / Lucas M. Marques - Integrante / Maria Regina D'Império Lima - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Ana Marcia de Sá Guimarães.
4.	2017-2019. Docking Molecular in sílico de Alcaloides como Potenciales Candidatos a Fármacos para la Enfermedad de Alzheimer Descrição: Mediante la ejecución de este proyecto se espera que nuestros resultados continúen impactando a nivel nacional e internacional como estrategia promisoria en la búsqueda e identificación de metabolitos de origen vegetal, con posible aplicación para la enfermedad de Alzheimer. Se espera generar un impacto desde la academia para establecer políticas encaminadas a la recuperación, preservación y propagación de las plantas de la familia Amaryllidaceae, en especial el género Caliphruria. A nivel social, los resultados obtenidos se traducen en una oportunidad farmacología para una enfermedad que es reto de la medicina moderna, encontrar la cura. Como impacto indirecto se trata de crear una cultura emprendedora una vez que nuestro medio ofrece un entorno favorable para el crecimiento de estas plantas, lo cual podría potencializar la creación de micrompresas, con miras al desarrollo económico de la región y como una alternativa al cultivo de plantas para uso ilícito. Este proyecto es la continuidad de una propuesta de investigación que se planteo en el 2012 desde la Universidad del Cauca, cuya ejecución se inició en el segundo semestre del mismo año en el Departamento de Genética de la Facultad de Medicina de la Universidad de Sao Paulo-Brasil. De esa fecha hasta el momento, se ha venido realizando caracterización e identificación del potencial farmacológico del género Caliphruria y su aplicación para la EA, cuyos resultados se han traducido en publicaciones y socializaciones nacionales e internacionales. Como estrategia para la continuidad del proyecto, pretendemos fortalecer la colaboración con otros grupos de investigación nacional e internacional que nos capaciten y/o nos aporten tecnología para llevar la investigación a escenarios in vitro e in vivo con modelos como ratones knockout para los genes asociados a la EA, lo cual no está al alcance de esta propuesta.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Silvana Giuliatti - Integrante / Patricia Eugenia Velez - Integrante / Willian Orlando Castillo Ordóñez - Coordenador. Membro: Silvana Giuliatti.
5.	2017-Atual. Evolutionary Genomics of Diptera Y Chromosomes Descrição: Y chromosomes are directly involved with sex-determination and male fertility. Despite theirbiological importance they remain largely uncharacterised in most species because their very highPage 11 of 40content of repetitive DNA poses formidable obstacles to genetic, genomic and evolutionary studies.A significant effort and contribution of my group has been on the development of methods tofacilitate these studies (see Carvalho and Clark Genome Research 2013, and Carvalho, Dupim andGoldstein Genome Research 2016 for two recent examples), which resulted in the identification ofnearly all known Drosophila Y-linked genes (Carvalho and Clark Science 2005; Koerich et al.Nature 2008; Carvalho et al. TIG 2009). Here we propose to apply these methods to obtain Y-linkedmarkers for mosquito species which transmit malaria, dengue, leishmaniosis and other diseases, toimprove the assembly of the highly repetitives Aedes aegypti genome and human segmentalduplications, to investigate Y-chromosome evolution in Diptera, and to further improve theassembly methods of long reads (PacBio and Oxford Nanopore).. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (3) . Integrantes: Maria Dulcetti Vibranovski - Integrante / Antonio Bernardo de Carvalho - Coordenador / Evan Eichler - Integrante / Jeffrey Powell - Integrante / José Bento Pereira Lima - Integrante / Joaquín Ezpeleta - Integrante / Attilio Pane - Integrante / Luisa Rona - Integrante. Financiador(es): Wellcome Trust - Auxílio financeiro. Membro: Maria Dulcetti Vibranovski.
6.	2017-2019. Fisiologia molecular e evolução de uma nova via de estabilização do desenvolvimento Descrição: Durante seu desenvolvimento, os organismos são capazes de se proteger contra perturbações ambientais intrinsecas e extrínsecas, garantindo a estabilidade no desenvolvimento. A resposta contra perturbações pode envolver ajustes ficiológicos, temporais ou comportamentais no programa de desenvolvimento. Recentemente, um dos proponentes deste projeto identificou um peptídeo que foi nomeado de "Drosophila insulin-like peptide 8" (Dilp8). Este peptídeo responde ao crescimento descoordenado de tecidos imaginais e atrasa o início da metamorfose através da inibição da biossíntese do hormônio da muda, a ecdisona. O mecanismo de inibição é ainda desconhecido. A perda de dilp8 leva a um aumento da assimetria intra-individual e resulta em indivíduos com intervalos de variação no tamanho e tempo de maturação maiores que a média da espécie. Assim, Dilp8 tem um papel central no sistema de comunicação mediando os ajustes que levam a estabilização do desenvolvimento em Drosophila. Nossas análises preliminares indicam que Dilp8 teve origem no ancestral comum de Brachycera (moscas) há cerca de 180 milhões de anos. Como ocorre a sinalização de crescimento anormal de discos imaginais em outros insetos (como os mosquitos) na ausência de Dilp8, ainda é uma questão sem respostas. Além disso, ainda é desconhecido o nível de conservação das respostas da via completa de sinalização do Dilp8 e quais são as respostas neuroendócrinas ao dano tecidual após a ativação de Dilp8. Esperamos identificar a via ancestral responsável pela coordenação de crescimento e tempo de desenvolvimento antes do surgimento de Dilp8. Outro objetivo é entender a função Dilp8 como um fator de indução de atraso no desenvolvimento. Nossos resultados deverão permitir o desenvolvimento de novas hipóteses acerca dos mecanismos fisiológicos envolvidos na coordenação do desenvolvimento dos tecidos e da evolução de novas vias de sinalização.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Coordenador / Alisson Gontijo - Integrante / Andres Garelli - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 1 Membro: Tatiana Teixeira Torres.
7.	2017-2022. Genome-wide analysis of Mycobacterium tuberculosis complex virulence and adaption to wild animal species Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Marcia de Sá Guimarães - Coordenador / José Soares Ferreira Neto - Integrante / ZIMPEL, CRISTINA KRAEMER - Integrante / HEINEMANN, MARCOS BRYAN - Integrante. Financiador(es): Morris Animal Foundation - Auxílio financeiro. Membro: Ana Marcia de Sá Guimarães.
8.	2017-Atual. Genômica comparativa de toxinas bacterianas associadas ao sistema secretório do tipo IV Descrição: Como outras linhagens de organismos, as bactérias estão sujeitas a vários tipos de conflitos biológicos, como a competição entre linhagens da mesma espécie, competição entre espécies diferentes ou a interação entre bactérias patogênicas e seus hospedeiros. Ao se engajarem nesses conflitos, uma das ferramentas mais usadas pelas bactérias é a produção e secreção de toxinas de natureza proteica, que possuem domínios especializados em gerar o efeito tóxico. Domínios tóxicos distintos correspondem a mecanismos moleculares diferentes e a um repertório igualmente amplo de antitoxinas. Antitoxinas, também conhecidas como proteínas de imunidade, são proteínas especializadas em neutralizar as toxinas correspondentes, evitando a morte da célula produtora. Como observado em outros sistemas envolvidos em conflitos biológicos, as toxinas bacterianas são caracterizadas pela rápida evolução de novos genes, que precisam compensar a contínua evolução de estratégias de defesa dos organismos adversários. O efeito mais visível dessa corrida armamentista é o contínuo surgimento de novos domínios tóxicos e novas combinações dos domínios tóxicos com as regiões que mediam a secreção e o processamento da proteína ou a seleção da célula alvo. Esses fenômenos fazem das toxinas alvos interessantes para o estudo de novos mecanismos de ação tóxica e dos mecanismos evolutivos que atuam na sua origem e diversificação. Neste projeto, propomos estudar, pela aplicação de métodos de genômica comparativa, toxinas que atuam como Tfes (do inglês "Type four secretion system associated effectors"). Nossos objetivos são: (i) identificar e classificar novos domínios efetores de toxinas e antitoxinas associados ao sistema secretório do tipo IV, (ii) entender os processos envolvidos na evolução desses domínios, (iii) empregar métodos de análise de contexto genômico para gerar hipóteses sobre os mecanismos de atividade das toxinas e antitoxinas identificadas e (iv) validar experimentalmente as funções e interações moleculares para algumas das toxinas e antitoxinas identificadas. Nossas análises irão, portanto, revelar novas toxinas e antitoxinas, com potencial para a descoberta de novos mecanismos de ação e de lançar luz sobre a competição entre diferentes espécies de bactérias.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Robson Francisco de Souza - Coordenador / Aravind, L. - Integrante / Farah, C. S. - Integrante / Iyer, Lakshminarayan M. - Integrante / GUZZO, CRISTIANE RODRIGUES - Integrante / Gianlucca Gonçalves Nicastro - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 3 Membro: Robson Francisco de Souza.
9.	2017-Atual. Isolamento e caracterização molecular de bacteriófagos visando aplicação em fagoterapia. Descrição: Bacteriófagos ou fagos são vírus que infectam bactérias e vastamente abundantes na natureza. Desde sua descoberta, no início do século XX, os fagos têm sido ferramentas valiosas no desenvolvimento da biologia molecular e da biotecnologia, além de agentes antimicrobianos, na chamada fagoterapia. Nos últimos anos o interesse no uso de fagos como agentes terapêuticos ressurgiu como uma alternativa para o tratamento de infecções por bactérias multirresistentes a antibióticos. Temos como objetivo nesse projeto o isolamento e caracterização de fagos utilizando-se Pseudomonas aeruginosa como hospedeira. Os fagos isolados serão caracterizados quanto a sua morfologia e abrangência de hospedeiros em nível de espécie e cepas. Os genomas dos fagos serão sequenciados e anotados. Os mecanismos moleculares envolvidos na interação fago-bactéria serão investigados. Os fagos e suas despolimerases serão avaliados quanto a eficácia na dissolução do biofilme bacteriano. O potencial de utilização dos fagos no tratamento de infecções por P. aeruginosa e outras bactérias de interesse será avaliado em larvas de Galleria mellonella como modelo experimental.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (3) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Coordenador / Layla Farage Martins - Integrante / João C. Setubal - Integrante / Ronaldo Bento Quaggio - Integrante / Deyvid Amgarten - Integrante / Ariosvaldo Pereira dos Santos Junior - Integrante / Fernando Pacheco Nobre Rossi - Integrante / Guillermo Uceda Campos - Integrante / Vinicius Sousa Flores - Integrante / Maria Joana Nunes de Azevedo - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 9 Membro: Aline Maria da Silva.
10.	2017-Atual. Long noncoding RNA interplay with the host microbiome may determine mucosal influenza vaccine immunogenicity Descrição: To apply systems biology methods to integrate nasopharyngeal microbiome, mucosal and blood transcriptome, immunological and clinical data following intranasal live attenuated influenza vaccine in children, and to identify and investigate the putative role of long noncoding RNAs (lncRNAs) in vaccine-induced mucosal immunity.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador / Thushan de Silva - Integrante / Beate Kampmann - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Cooperação. Membro: Helder Takashi Imoto Nakaya.
11.	2017-Atual. Native American Genome Diversity Descrição: Native American populations are the human group less studied as regards its genetic variability. Although the few studies using genomic array had helped to better understand the Native American populations structure, the genotyping platforms of this technique are based on the existing genetic variation of African, Asian and European populations, not taking into account the Native American variability, precisely because of the lack of reference genomes to be used. This lack of information has major implications in medical studies, since most of the studies of case-control performed today are done with conventional arrays, that are not suitable for studies in populations that exhibit large Native American component, like Mexicans, Peruvians and individuals from some regions of Brazil. The 1000 Genomes Project does not include the study of Native American populations, further increasing the neglect in the genetic information about these people. This project aims to fill this gap sequencing of 65 complete genomes of Native American populations in order to unlock the full genomic variability of these populations, establish the evolutionary processes involved in the generation and maintenance of this diversity, and assist in the development of high-fidelity methods for clinical studies involving admixed and Native American populations.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (3) . Integrantes: Tabita Hunemeier - Coordenador / Francisco M. Salzano - Integrante / Fabrício Santos - Integrante / David Comas - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Tabita Hunemeier.
12.	2017-2024. Representações intermediárias em Ciência Computacional para descoberta de conhecimento Descrição: Este projeto centra-se em uma estratégia unificada para descoberta de conhecimento e dinâmicas emergentes em Ciência Computacional usando representações intermediárias. As aplicações pretendidas estão em áreas caracterizadas por extrema abundância de dados, nas quais a descoberta de conhecimento implica na transição das bases de dados brutos para representações intermediárias, usualmente vetores de características e grafos, permitindo assim o emprego subsequente de diferentes métodos analíticos. Nesse contexto, os métodos de integração e transformação a serem utilizados na geração dos dados intermediários também devem garantir a qualidade e confiabilidade dos dados gerados para a representação intermediária. Os resultados da fase de análise podem influenciar tanto os métodos de integração como experimentos para nova geração de dados através de mecanismos de feedback. O presente projeto possui dois objetivos gerais: 1) desenvolver métodos originais para resolver problemas de Ciência Computacional baseadas em uma abordagem comum de representações intermediárias; 2) aplicar os métodos desenvolvidos em problemas específicos. Essa estratégia metodológica será empregada para abordar problemas específicos em áreas de fronteira da Ciência, nos quais nosso grupo tem trabalhado nos últimos anos: representações intermediárias em visão computacional e informática urbana; estudo dinâmico de redes biológicas para caracterizar os mecanismos de transição saúde-doença; desenvolvimento de ferramentas computacionais para processamento de imagens de MRI de alto campo e sua integração com dados biológicos; desenvolvimento de novas técnicas para caracterização e visualização de representações intermediárias em redes complexas dinâmicas, com aplicações em Biologia de Sistemas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / Carlos Alberto Moreira Filho - Integrante / Luciano da Fontoura Costa - Integrante / Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante / Roberto Hirata Junior - Integrante. Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
13.	2017-2023. Sex and B chromosome enigmas: model systems for the study of chromosome and genome evolution Descrição: Chromosomes are major components of cells, packing the genetic material in a perfect organized structural and functional pattern. However, the chromosomes behavior during cell cycle is subjected to genomic rearrangements producing a wide variety of functional consequences with impact in cell disorders and also generating evolutionary novelties. Although several factors that mediate genomic rearrangements are now known, there are still many unanswered questions. In the light of high throughput era in generation of biological data, chromosome studies have also advanced to a higher level exploring high scale analyses of DNA, RNA, and proteins, and their interactive networks. Therefore, this grant application intend to explore chromosomal polymorphism (associated to B chromosomes and sex chromosomes) as models to investigate the structural and functional nature of chromosomal rearrangements during evolution. In this way, the objective of this project is to analyze chromosome rearrangements in the light of massive molecular data obtained from different biological models, in order to advance in the identification of origin and fate of chromosome changes and to comprehend their evolutionary and disease consequences. Additionally, the project also aims to perform the scientific divulgation of chromosome facts, in the light of an evolutionary and function perspective, in order to enforce a dialog between science and society.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (5) / Mestrado acadêmico: (5) / Doutorado: (10) . Integrantes: Maria Dulcetti Vibranovski - Integrante / Cesar Martins - Coordenador / Adriane Pinto Wasko - Integrante / Danillo Pinhal - Integrante / David Ray - Integrante / Diogo Cavalcanti Cabral de Mello - Integrante / Flávia Karina Delella - Integrante / Guilherme Targino Valente - Integrante / Lucilene Delazari dos Santos - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Maria Dulcetti Vibranovski.
14.	2017-2018. Zoetis LLC - Systems Biology Approaches to Understand Bovine Respiratory Disease Descrição: We will apply cutting-edge systems biology approaches to decipher cattle response to BRD. Through network analyses, our goal is to combine in depth cattle immune, transcriptomic and metabolomics profiling to identify key targets for disease intervention or therapeutics.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador. Membro: Helder Takashi Imoto Nakaya.

2016

1.	2016-2020. Armazenagem, Modelagem e Análise de Sistemas Dinâmicos para Aplicações Descrição: A surpreendente e rápida evolução da tecnologia deu origem a uma nova era de descoberta de conhecimento científico. Essa nova era da ciência, conhecida como e-Science é descrita como uma nova ciência computacional e composta por uma equipe multidisciplinar que exige novas metodologias para o armazenamento, modelagem e análise de dados. Em particular, o desenvolvimento de sistemas de software transacionais e analíticos para aplicações e-Science visto como sistemas dinâmicos apresenta novos desafios computacionais. Entre eles, destacam-se os desafios dos processos de descoberta de conhecimento científico que, na maioria das vezes, envolvem mudanças frequentes de requisitos para armazenagem, modelagem e análise de dados. A necessidade de abordar sistemas dinâmicos científicos para tratar complexas aplicações de e-Science despertou a comunidade científica para a necessidade de sistemas de software robustos e evolutivos para atender a esses novos desafios. Sistema dinâmico é um arcabouço matemático clássico para representar fenômenos que evoluem no tempo e que são de grande interesse na ciência. Neste projeto, nosso principal objetivo é desenvolver modelos computacionais e metodologias para apoiar as aplicações e-Science. Nossa pesquisa fundamental cobre três principais áreas: armazenagem, modelagem e análise de sistemas dinâmicos. Essas áreas de pesquisa são importantes e relevantes para o Programa e-Science FAPESP já que muitos dos desafios atuais de e-Science estão relacionadas ao tratamento adequado dos sistemas dinâmicos. Assim, pretendemos desenvolver e aplicar metodologias computacionais que irão facilitar o desenvolvimento de aplicações e-Science contribuindo assim para a melhoria do conhecimento científico mundial, respeitando as restrições legais e éticas na gestão de dados.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Junior Barrera - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Integrante / Leliane Nunes de Barros - Integrante / Joao Eduardo Ferreira - Coordenador / Andre Fujita - Integrante / Marcel Parolin Jackowski - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
2.	2016-2019. Identificação das vias direta e indireta da inibição da glicogênio sintase kinase 3B pelo lítio em cultura de neurônios Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador / Vanessa de Jesus Rodrigues de Paula - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Helena Paula Brentani.
3.	2016-Atual. Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia do Bioetanol - INCT 2014 Descrição: O INCT do Bioetanol é um programa vinculado ao CeProBio (Centro de Processos Biológicos e Industriais para Biocombustíveis), um projeto que está em desenvolvimento com colaboração da União Européia dentro do Framework Program 7 (FP7). A informação da ciência de base produzida pelos diferentes laboratórios dentro das Universidades é conectada aos centros de desenvolvimento de tecnologias, como o CETENE (Centro de Tecnologia do Nordeste), Embrapa Bioenergia e CTBE (Laboratório Nacional de Ciência e Tecnologia do Bioetanol). O INCT do Bioetanol é aberto à colaborações com indústrias e espera transferir as informações científicas com rapidez para que possamos alcançar a sustentabilidade o mais breve possível.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (20) / Mestrado acadêmico: (15) / Doutorado: (20) . Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Marcos Silveira Buckeridge.
4.	2016-2017. Investigação de Biomarcadores Genômicos para Aplicação Clínica no Câncer de Próstata Descrição: O câncer de próstata é caracterizado por alta incidência, grande variabilidade no período de latência e prognóstico incerto. Além disto, o screening sanguíneo por PSA resulta em excesso de diagnóstico, sendo que muitos pacientes não apresentam doença clinicamente significativa. Atualmente, o tratamento inicial baseia- se em nomogramas preditivos que relacionam achados histopatológicos detalhados com dados clínicos, definindo um escore de risco global. Até a presente data, não existem biomarcadores que permitam determinar com confiança, a partir de biópsias prostáticas, quais tumores de risco intermediário permanecerão indolentes e quais serão mais agressivos. Dados recentes de nosso grupo de pesquisa sugerem que tumores com pior prognóstico apresentam tanto deleção do gene PTEN quanto presença do gene de fusão TMPRSS2-ERG, além de CNVs recorrentes que afetam outras regiões do genoma. O objetivo do projeto, utilizando uma amostra de 150 casos de câncer de próstata com seguimento clínico conhecido, é identificar novos biomarcadores genéticos que permitam melhor avaliação prognóstica individual. A primeira etapa inclui seleção de casos que apresentam os biomarcadores PTEN e TMPRSS2-ERG combinando as técnicas de FISH, imunohistoquímica e análise de mutação. A seguir, a técnica de array-CGH será aplicada para comparar o perfil global de CNVs em tumores que apresentam os biomarcadores PTEN e TMPRSS2-ERG com os tumores sem qualquer dessas alterações. Análise bioinformática permitirá a seleção de genes candidatos diretamente relacionados com as regiões de CNV em comum neste subgrupo de tumores associados à câncer avançado e com progressão da doença. Esses genes formarão um painel de sondas de FISH altamente informativo para avaliação prognóstica do tumor. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Silvana Giuliatti - Integrante / Jeremy A. Squire - Coordenador / Alfredo Ribeiro da Silva - Integrante / Fabiano Pinto Saggioro - Integrante / Rodolfo Borges dos Reis - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Silvana Giuliatti.
5.	2016-2017. Investigação de Biomarcadores Genômicos para Aplicação Clínica no Câncer de Próstata Descrição: O câncer de próstata é caracterizado por alta incidência, grande variabilidade no período de latência e prognóstico incerto. Além disto, o screening sanguíneo por PSA resulta em excesso de diagnóstico, sendo que muitos pacientes não apresentam doença clinicamente significativa. Atualmente, o tratamento inicial baseia- se em nomogramas preditivos que relacionam achados histopatológicos detalhados com dados clínicos, definindo um escore de risco global. Até a presente data, não existem biomarcadores que permitam determinar com confiança, a partir de biópsias prostáticas, quais tumores de risco intermediário permanecerão indolentes e quais serão mais agressivos. Dados recentes de nosso grupo de pesquisa sugerem que tumores com pior prognóstico apresentam tanto deleção do gene PTEN quanto presença do gene de fusão TMPRSS2-ERG, além de CNVs recorrentes que afetam outras regiões do genoma. O objetivo do projeto, utilizando uma amostra de 150 casos de câncer de próstata com seguimento clínico conhecido, é identificar novos biomarcadores genéticos que permitam melhor avaliação prognóstica individual. A primeira etapa inclui seleção de casos que apresentam os biomarcadores PTEN e TMPRSS2-ERG combinando as técnicas de FISH, imunohistoquímica e análise de mutação. A seguir, a técnica de array-CGH será aplicada para comparar o perfil global de CNVs em tumores que apresentam os biomarcadores PTEN e TMPRSS2-ERG com os tumores sem qualquer dessas alterações. Análise bioinformática permitirá a seleção de genes candidatos diretamente relacionados com as regiões de CNV em comum neste subgrupo de tumores associados à câncer avançado e com progressão da doença. Esses genes formarão um painel de sondas de FISH altamente informativo para avaliação prognóstica do tumor. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Silvana Giuliatti - Integrante / Jeremy A. Squire - Coordenador / Alfredo Ribeiro da Silva - Integrante / Fabiano Pinto Saggioro - Integrante / Rodolfo Borges dos Reis - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Silvana Giuliatti.
6.	2016-2018. O transcritoma antisense da Archaea halofílica Halobacterium salinarum Descrição: A hipótese da transcrição pervasiva, onde todo o DNA de um organismo está associado a pelo menos um transcrito, tem se fortalecido com a aquisição massiva de dados de transcritoma. Uma questão importante que surge neste contexto é a funcionalidade e regulação desses transcritos na rede de regulação gênica de um dado organismo, principalmente de transcritos antisense a genes anotados. Neste projeto de pesquisa, utilizaremos a archaea halofílica Halobacterium salinarum NRC-1 como um modelo para estudo do transcritoma antisense de archaeas e da sua influência na regulação pós-transcricional. Membro do terceiro domínio da vida, este microorganismo com características bioquímicas únicas tem sido utilizado como modelo em Biologia Sistêmica, com redes de regulação gênica construídas focados em genes que codificam proteínas. Neste projeto, utilizaremos abordagens experimentais associadas a utilização de ferramentas de bioinformática para identificar com precisão o transcritoma antisense de H. salinarum, estudar a sua regulação mediante estresses ambientais e a influência de RNAses. A integração de dados em larga escala utilizando abordagens de Biologia Sistêmica deverão permitir a formulação de hipóteses a respeito de RNAs antisense específicos que serão validadas experimentalmente através da superexpressão desses RNAs e avaliação fenotípica. Assim, este projeto deverá contribuir para a compreensão da rede de regulação gênica pós-transcricional em archaeas, consolidando a utilização de abordagens sistêmicas para elucidar a ainda incipiente biologia do terceiro domínio da vida.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (3) . Integrantes: Tie Koide - Integrante / Vencio, R. Z. N. - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Tie Koide.
7.	2016-2020. Storage, Modeling and Analysis of Dynamical Systems for e-Science Applications. Descrição: The astonishing fast rate of technology evolution has given rise to a new era of scientific knowledge discovery. This new age of science, known as e-Science, is described as the new great computational and multidisciplinary team science requiring novel methodologies for data storage, modeling and analysis. In particular, the development of transactional and analytical software systems for e-Science applications when viewed from a dynamic systems perspective, presents a number of new computational challenges. Among them are the scientific knowledge discovery processes, which involve frequent changes of requirements for data storage, modeling and analysis. The need to address scientific dynamic systems in order to cope with complex applications of e-Science has woken up the scientific community for the development of robust and evolutionary software systems to meet these new challenges. Dynamical system is the classical mathematical formalism to represent phenomena that evolute with time, which are of great interest in science. In this project, our main goal is to develop computational models and methodologies to support e-Science applications viewed as dynamic systems. Our fundamental research covers three key research areas, namely storage, modeling, and analysis of dynamic systems. These research areas are significant and relevant to the FAPESP e-Science Program since many of the present e-Science challenges are related to the proper treatment of dynamic systems. Hence, we plan to develop and apply computational methodologies that will ease the development of e-Science applications, thereby contributing to the improvement of worldwide scientific knowledge, while respecting legal and ethical restrictions in data management.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: João Eduardo Ferreira.
8.	2016-Atual. Systems analysis of adult and pediatric responses to the VSV-ZEBOV Ebola vaccine Descrição: The VSV-EBOPLUS collaborative research project is aimed to decipher the immune and molecular signatures of adult and pediatric responses elicited by the rVSVrG-ZEBOV-GP vaccine, the only Ebola vaccine with demonstrated 100% protective efficacy in humans. VSV-EBOPLUS will apply advanced cutting-edge technologies and systems vaccinology approaches to characterize the signatures of the responses to rVSVrG-ZEBOV-GP vaccination in clinical studies conducted in three different continents (Europe, Africa, US), in almost 1?000 adults, adolescents and children. VSV-EBOPLUS is a public-private consortium of 11 partners from 8 different countries involving experts from academic and research institutions, clinical sites (Switzerland, Gabon, USA) and the rVSVrG-ZEBOV-GP vaccine manufacturer. The project, of the duration of 5 years, has a total budget of more than ?15 million, and it is funded by the Innovative Medicines Initiative 2 (IMI 2) Joint Undertaking.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador / Donata Medaglini - Integrante / Claire-Anne Siegrist - Integrante / Selidji Agnandji - Integrante / Michael Eichberg - Integrante / Ali Harandi - Integrante / Tom Ottenhoff - Integrante. Financiador(es): Innovative Medicines Initiative - Auxílio financeiro. Membro: Helder Takashi Imoto Nakaya.
9.	2016-2022. The role of Gametogenesis on the Origin and Evolution of New genes Descrição: Resumo em InglêsNew genes are frequently formed during evolution in a wide variety of organisms playing a key role in the emergence of novel traits. Recently, studies have shown that new genes can quickly assume critical roles in developmental pathways by producing essential structures. Despite their importance, new genes are still seriously under-characterized in functional studies and inconsistently annotated in large-scale genome projects. Hence, biased estimations of gene gain and loss prevent us to establish how mutational processes and selective forces contribute to the source of new genes. Therefore, determining relations between genotype and phenotype in the emergence of a new gene requires current researches to apply a biological developmental system approach and perspective. Gametogenesis is a system of great importance for survival and evolution of species that varies temporally with the development and has a profound impact on new genes. Spermatogenesis, the male gametogenesis, provides half of the raw genetic material for the next generation and is enriched with new genes expression. The main goal of this project is to study processes and evolutionary forces determinant for evolution and origin of new genes. To achieve this goal, I will: 1- investigate the role of mutation and selective processes in the Drosophila and mammal spermatogenesis impacting new gene evolution; 2: take advantage of gametogenesis gene expression to generate unbiased rates of gene origin in Drosophila; 3- investigate new gene origination associated with sex chromosome evolution. I expect that the systems biology approach in an integrated framework will help understand trajectories of new gene origination and its impact in genome evolution, speciation and phenotypic consequences.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) . Integrantes: Maria Dulcetti Vibranovski - Coordenador / Manyuan Long - Integrante / Timothy L Karr - Integrante / Antonio Bernardo de Carvalho - Integrante / Yong E Zhang - Integrante / Julia Raices - Integrante / Bernado Lemos - Integrante / Gabriel N R Goldstein - Integrante / Camila Avelino - Integrante / Carolina Mendonca - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Maria Dulcetti Vibranovski.

2015

1.	2015-2020. Atividade de Proteínas Fosfatases de Dupla Especificidade (DUSPs) no Controle da Ativação de MAP quinases: Impacto na Reprogramação Metabólica do Adenocarcinoma Ductal Pancreático Descrição: O adenocarcinoma ductal pancreático (ADP) é um tumor maligno, com prognóstico altamente desfavorável, e que representa a oitava causa de morte relacionada ao câncer no mundo. O elevado índice de mortalidade deste tumor ocorre principalmente devido à falta de sintomas e/ou marcadores moleculares que viabilizem o diagnóstico precoce. Além disso, o ADP exibe um grande potencial invasivo e metastático o que leva à refratariedade a uma variedade de agentes quimioterápicos. Diante desse cenário, a sobrevida global em cinco anos é de apenas 5%. O potencial maligno e agressivo do ADP é promovido, especialmente, pela ativação do oncogene KRAS. Este gene desencadeia a atividade de inúmeras vias de sinalização que controlam mecanismos essenciais envolvidas com a progressão tumoral como a proliferação e sobrevivência celular, evasão da apoptose, metabolismo, controle do estresse oxidativo, entre outras. Além de impulsionar a proliferação celular descontrolada, a proteína oncogênica KRAS também é uma das principais responsáveis pelo controle da ativação da glicólise e da reprogramação metabólica singular das células tumorais pancreáticas. Curiosamente, estudos recentes sugerem que os maiores ajustes na reprogramação metabólica desencadeada pela atividade de KRAS é mediada pela atividade das MAP quinases (MAPKs). As MAPKs coordenam complexas redes de sinalização e por isso são precisamente reguladas por mecanismos de feedback exercidos pela atividade de proteínas fosfatases. Uma das principais classes de fosfatases é representada por enzimas fosfatases de dupla especificidade (DUSPs). As DUSPs são intensamente reguladas em células de ADP, no entanto, as evidências em relação ao seu papel oncogênico ou de supressão tumoral ainda são controversas. Tendo em vista tais considerações, este projeto visa investigar a atividade regulatória de fosfatases DUSPs e o seu impacto na reprogramação metabólica e na progressão tumoral de células de adenocarcinoma pancreático. Uma investigação detalhada do papel de enzimas DUSPs no controle de ativação de vias MAPKs pode fornecer informações cruciais a respeito da biologia do adenocarcinoma pancreático e aprimorar o entendimento de mecanismos complexos de regulação da sinalização oncogênica. Além disso, Essa nova abordagem de investigação pode fornecer informações importantes acerca da biologia tumoral e com isso viabilizar a descoberta de marcadores de diagnóstico e principalmente novos alvos terapêuticos para o tratamento deste tumor altamente refratário e letal. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Silvana Giuliatti - Integrante / Vitor Marcel Faça - Integrante / Vanessa da Silva Silveira - Coordenador / José Sebastião dos Santos - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Silvana Giuliatti.
2.	2015-2016. Compreendendo a estrutura de parede celular e a hidrólise de duas culturas bioenergéticas C4 para melhorar o etanol de segunda geração no Brasil Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Marcos Silveira Buckeridge.
3.	2015-2017. Detecção de Multieventos em Fontes de Dados Ativas e Altamente Heterogêneas Descrição: A Internet tem tratado várias fontes de dados ativas e altamente heterogêneas permitindo novas aplicações e acesso a informações valiosas. Duas dimensões da heterogeneidade têm dificultado o acesso pleno e crescente de novas informações. A primeira dimensão é a enorme variedade de fontes de dados e conteúdo incluindo seu formato e estrutura. A segunda dimensão é o crescimento exponencial das fontes de dados ativas e inteligentes, como smartphones, que geram muitos tipos de dados com mais de 20 sensores físicos e com enorme variedade nas mídias sociais. Assim, propomos uma pesquisa para a integração de fontes de dados ativas e altamente heterogêneas para detectar multieventos. Multieventos são sequências de eventos que terminam em um evento principal. Exemplos de multieventos incluem desastres naturais, tais como desliza-mentos de terra e desastres nucleares. Primeiro, vamos construir ferramentas de software para apoiar dois tipos de alta heterogeneidade: fontes mutáveis e muitas fontes de multimídia não-estruturadas incluindo mídia social em línguas estrangeiras. Em seguida vamos utilizar esses conceitos e ferramentas em aplicações para mostrar sua viabilidade e avaliar a sua eficácia.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador / Calton Pu - Integrante. Financiador(es): CAPES - Centro Anhanguera de Promoção e Educação Social - Auxílio financeiro. Membro: João Eduardo Ferreira.
4.	2015-Atual. Identificação de RNAs circulares em Archaea Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Tie Koide - Coordenador / Ricardo Vêncio - Integrante. Número de orientações: 1 Membro: Tie Koide.
5.	2015-2016. Modelagem e Análise In Silico das Variantes Européias da Proteína E6 do Papilomavirus Humano Tipo 16 Descrição: O câncer cervical é a segunda maior neoplasia registrada, atingindo mulheres em todo mundo e a oncopatologia mais estudada associada ao Papilomavirus Humano (HPV). A Região Precoce E do genoma viral tem a função de codificar seis proteínas não estruturais e, dentre elas, ressaltaremos a importância da oncoproteína E6 do HPV tipo 16 de alto risco oncogênico devido à sua função de estimular a proliferação e transformação celular. O HPV está presente em praticamente 100% dos casos de câncer cervical, com prevalência do tipo 16 que, sozinho, representa até 70% de todos os casos de câncer cervical em todo o mundo. A substituição pontual de nucleotídeos (SNP) ao longo de todo gene do vírus deu origem a variantes virais como as variantes Européias da E6 do HPV tipo 16, mais comumente encontradas e relacionadas ao câncer cervical. Na ultima década, vários estudos investigaram a relação de SNP na E6 e sua relação com o aumento da oncogenicidade do vírus, emergindo a oncoproteína E6 como potencial alvo terapêutico. Apesar de haver vacina, a adesão e acessibilidade a ela é muito pequena, sendo necessário o desenvolvimento de tratamentos mais eficientes para a infecção pelo vírus e controle da oncogenicidade mediada pelo HPV. Para isso é necessário o conhecimento e compreensão estrutural da proteína. Este projeto terá como objetivo modelar e analisar a estrutura tridimensional das variantes Européias causadoras de três mutações pontuais mais comuns da oncoproteina E6 presentes no HPV do tipo 16 de alto risco, com o objetivo de verificar se existe relação entre possíveis diferenças estruturais e potencial oncogênico das variantes. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Silvana Giuliatti - Coordenador / Elvira Regina Tamarozzi - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Silvana Giuliatti.
6.	2015-2017. O efeito do Programa de Visitação para Jovens Gestantes sobre o desenvolvimento infantil: um estudo piloto Descrição: Programas de visitas domiciliares para gestantes com foco no aprimoramento das relações mãe-bebê têm recebido grande atenção nos últimos 30 anos em todo o mundo. Estes programas são considerados uma estratégia importante para melhorar a saúde da mãe no pré-natal, as condições de nascimento da criança e as ferramentas que os pais possuem para cuidar e estimular seu bebê adequadamente, desta forma promovendo a saúde e o desenvolvimento inicial da criança que influenciará de forma importante o seu desenvolvimento físico, emocional e cognitivo futuro. Objetivos. O ?Programa de Visitação para Jovens Gestantes? tem como objetivo promover o desenvolvimento saudável intrauterino e do bebê nos primeiros meses de vida em uma população de alto risco. Métodos. Sessenta gestantes jovens com idade entre 14 e 20 anos, serão aleatoriamente alocadas para o grupo de visitação ou para acompanhamento pré-natal e de puericultira habitual. O Programa de visitação foi desenvolvido a partir das teorias da auto-eficácia (baseada na teoria de Albert Bandura); bioecológica de Urie Brofenbrenner, que reconhece a importância da inserção dos indivíduos e das famílias nos diversos contextos da vida em sociedade; do apego (baseada nas teorias de John Bowlby e Mary Ainsworth), com os princípios de que os enfermeiros irão abordar aspectos relacionados ao cuidado da saúde, saúde ambiental, desenvolvimento do curso de vida e da parentalidade, vínculo mãe-bebê e desenvolvimento social e cognitivo da criança. As visitas ocorrerão a partir da identificação da gestação até o 12º mês de vida da criança. Avaliações de características emocionais, cognitivas, comportamentais das gestantes e da criança, medidas hormonais e genéticas da mãe, pai, placenta e sangue do cordão umbilical e avaliação eletroencefalográfica das crianças serão realizadas. Perspectivas. Como uma proposta de intervenção que testa pela primeira vez no Brasil uma estratégia de prevenção comprovadamente eficaz em outros contextos, ele pode pavimentar o caminho para a implementação do programa em larga escala no Brasil. Ao mesmo tempo, o projeto tem como objetivo a descoberta de processos subjacentes aos estímulos ambientais e sociais positivos promovidos pela intervenção, esclarecendo assim os mecanismos envolvidos no neurodesenvolvimento saudável.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Integrante / Guilherme Polanczyk - Integrante / Euripedes Constantino Miguel - Coordenador / Alicia Matijasevich - Integrante / Aloísio Souza Felipe da Silva - Integrante / Angélica Braz Simões - Integrante / Anna Maria Chiesa - Integrante / Bacy Bylik - Integrante / Carlos Tadashi Yoshizaki - Integrante. Financiador(es): Grand Challenges Canada - Auxílio financeiro / Fundação Maria Cecília Souto Vidigal - Auxílio financeiro. Membro: Helena Paula Brentani.
7.	2015-2018. O Sistema de Secreção do tipo VI de Xanthomonas citri pv citri: função, regulação e substratos secretados Descrição: Os sistemas de secreção do tipo VI (SSVI) de bactérias são complexos proteicos que atravessam o envelope bacteriano, promovendo a translocação de proteínas para o interior de células-alvo. Os SSVI foram descobertos recentemente e diversos estudos sobre a estrutura do complexo de proteínas e seu mecanismo de ação demonstram semelhanças com a maquinaria de injeção de DNA nas células bacterianas por bacteriófagos, especialmente o fago T4. Os SSVI exercem papel essencial na virulência em espécies de bactéria e podem atuar também na competição entre micro-organismos, secretando toxinas para bactérias vizinhas e aumentando o fitness da espécie que os possui. A infecção de citros por Xanthomonas citri pv citri (Xac) causa o cancro cítrico, doença responsável por grandes prejuízos à agricultura no Brasil. O genoma de Xac codifica um SSVI completo, dividido em dois grupamentos gênicos, separados por 10 genes. Este projeto visa a realizar um estudo funcional do SSVI de Xac, utilizando técnicas de genética bacteriana e biologia molecular. Para isso, cepas mutantes em genes essenciais do SSVI serão caracterizadas fenotipicamente e a expressão de genes que codificam seus componentes será analisada em diferentes condições. A identificação de substratos do SSVI será realizada pela análise do secretoma de cepas que apresentam atividade alterada de seus componentes. Dois fatores sigma alternativos codificados por genes localizados entre os dois grupamentos gênicos do SSVI também serão caracterizados, através de análise por transcriptoma de cepas que expressam altos níveis destas proteínas regulatórias e estudos fenotípicos de cepas mutantes. Os resultados obtidos contribuirão para a compreensão dos mecanismos de atuação dos SSVI e da fisiologia e patogenicidade de Xac.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tie Koide - Integrante / Cristina Elisa Alvarez Martinez - Coordenador / Ana Stella Menegon Degrossoli - Integrante. Membro: Tie Koide.
8.	2015-2016. Sequenciamento, Anotação e Análise do genoma completo de Mycobacterium bovis cepa SP38 Descrição: Mycobacterium bovis é mundialmente conhecido por causar tuberculose bovina, uma doença de notificação obrigatória pela OIE (World Organisation for Animal Health), responsável por grandes perdas econômicas na pecuária. É uma enfermidade de caráter infecto-contagiosa, transmitida por aerossóis, contato físico, consumo de leite não pasteurizado e carne in natura e pode acometer diversos animais domésticos e silvestres além de seres humanos. No Brasil, a última avaliação do programa nacional de controle e erradicação da brucelose e tuberculose animal (PNCEBT) indicou uma baixa, mas heterogênea, prevalência de tuberculose bovina (~1,3%). Por outro lado, a prevalência da infecção por M. bovis em humanos é desconhecida. Para melhor compreender a manutenção da bactéria nas diversas populações e a transmissão envolvendo animais domésticos, selvagens e seres humanos é necessário compreender o metabolismo e mecanismos de patogenicidade e virulência de isolados nacionais de M. bovis. O presente estudo tem como objetivo seqüenciar e anotar o genoma completo da cepa nacional de M. bovis SP38 isolada do pulmão de um bovino infectado e compará-la à cepas internacionais de M. bovis depositadas em bancos de dados públicos. Espera-se que as informações obtidas nesse trabalho contribuam para o programa de controle e erradicação da doença.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Ana Marcia de Sá Guimarães - Integrante / Paulo Brandão - Coordenador / ZIMPEL, CRISTINA KRAEMER - Integrante / HEINEMANN, MARCOS BRYAN - Integrante / FERREIRA NETO, JOSÉ SOARES - Integrante. Financiador(es): CAPES-CNPQ, Programa Jovens Talentos, Ciências Sem Fronteiras - Auxílio financeiro. Membro: Ana Marcia de Sá Guimarães.
9.	2015-2017. Systems biology of typhoid fever: Unravelling regulation of human host-responses to infection with Salmonella Typhi and live oral vaccination Descrição: Systems biology of typhoid fever: Unravelling regulation of human host-responses to infection with Salmonella Typhi and live oral vaccination. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador / Andrew Pollard - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Cooperação. Membro: Helder Takashi Imoto Nakaya.
10.	2015-2019. The use of modern autopsy techniques to investigate human diseases Descrição: Ao longo de toda a história, desde os primeiros estudos anatômicos conhecidos na Idade Média até o uso de modernas técnicas moleculares para o estudo de processos fisiopatológicos, a autópsia mostrou ser um processo importante e fonte de muito material para o avanço do conhecimento científico. Apesar do surgimento de um amplo conjunto de técnicas de imagem vários estudos têm demonstrado que a autópsia continua a ser crucial para a avaliação integrada do processo de doença, a avaliação de novas patologias e controle de qualidade do serviço médico. Neste projeto objetiva-se empregar novas técnicas apoiada pelos serviços computacionais tanto para controle operacional como análise de dados.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Doutorado: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Paulo Hilário Nascimento Saldiva - Coordenador / Antonio Carlos Pedroso de Lima - Integrante / Julio da Motta Singer - Integrante. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: João Eduardo Ferreira.

2014

1.	2014-2016. A Função do Gene AIRE e de microRNAs no Controle da Adesão de Células Tímicas Epiteliais Medulares com Timócitos Descrição: O timo desempenha seu papel na indução da tolerância imunológica central aos antígenos relacionados aos tecidos próprios (TRAs) sendo que na medula desse órgão, nas células tímicas medulares epiteliais (mTECs) ocorre a expressão de centenas desses TRAs que, por sua vez, representam virtualmente todos os órgãos e tecidos do corpo. Devido à diversidade de representação, este fenômeno foi chamado de expressão gênica promíscua (PGE) a qual é em grande parte controlada pelo gene Autoimmune regulator (Aire). A seleção negativa de timócitos auto reativos é essencial para que ocorra a tolerância imunológica. Os timócitos oriundos da medula óssea migram para o timo e na medula desse órgão, interagem com as células mTEC que expressam os TRAs (adesão mTECs-timócitos). Os clones de timócitos que reconhecem com avidez os TRAs apresentados pelas mTECs via MHC-II são então eliminados por apoptose (seleção negativa). Como o gene Aire controla parte da PGE/TRAs, presume-se que a ação deste gene deve influenciar a adesão mTECs-timócitos e indiretamente a apoptose dos timócitos (seleção negativa). Como este ponto é ainda elusivo, formulamos as seguintes hipóteses deste projeto: 1) A expressão do gene Aire influencia a adesão mTECs-timócitos e consequentemente a apoptose de timócitos, 2) Os microRNAs (miRNAs) controlam o processo de adesão mTECs-timócitos, 3) Os miRNAs controlam a expressão de TRAs, 4) Os miRNAs controlam a expressão do gene Aire. Nosso objetivo geral é estudar o controle transcricional de TRAs exercido por Aire em mTECs e também o controle pós-transcricional exercido por miRNAs e sua consequência na adesão mTECs-timócitos. Recentemente demonstramos que a linhagem de células murinas (M. musculus) mTEC 3.10 (MHCII+, CD80+) expressa em cultura o gene Aire e que esse gene controla, além de um grande conjunto de TRAs, muitos miRNAs. Além disso, essa linhagem é capaz de reproduzir in vitro a adesão mTECs-timócitos. Isso consolida o principal sistema modelo para testarmos essas hipóteses que é o ensaio de adesão mTECs-timócitos. Utilizaremos a técnica de silenciamento in vitro de Aire e da ribonuclease Dicer por meio de siRNA (anulação transitória) e também a seleção de células knockout (KO) por meio da transfecção com um vetor CompoZr-KO-Aire ou -Dicer (anulação permanente). Utilizando as células mTEC 3.10 manipuladas (siRNA/KO Aire e/ou Dicer) testaremos a participação de Aire e/ou de miRNAs no modelo de adesão in vitro. O transcriptoma (mRNAs) e o miRnoma (miRNAs) dessas células serão avaliados por meio de microarrays na tentativa de identificarmos genes de TRAs e/ou de moléculas de adesão celular envolvidos. O sequenciamento (next-generation sequencing) será utilizado para avaliar a expressão de isoformas de Aire e também das regiões 3´UTR de TRAs que poderiam anelar (ou não) com miRNAs. Finalmente, para confirmarmos a atuação de miRNAs sobre Aire, faremos uso do sistema modelo luciferase reporter assay com o qual testaremos a hibridização de miRNAs (preditos) na sequencia 3´UTR desse gene. Dessa forma, contribuiremos com melhor entendimento do controle transcricional e pós-transcricional que ocorre durante a adesão mTECs-timócitos, processo essencial para que ocorra a seleção negativa e indução da tolerância central. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Silvana Giuliatti - Integrante / Geraldo Aleixo da Silva Passos Junior - Coordenador / Ernna Hérida Domingues de Oliveira - Integrante / MARITZA QUEIROZ SALAS MOSELLA - Integrante / MIKHAEL HARUO FERNANDES DE LIMA - Integrante / MILENA CHALES PEREIRA - Integrante / NICOLE PEZZI - Integrante. Membro: Silvana Giuliatti.
2.	2014-2017. A-PARADDISE: Anti-Parasitic Drug Discovery in Epigenetics Descrição: Coordenador do Work Package 3 - "Functional characterization and target validation", que faz parte do projeto em colaboração de 9 grupos de pesquisa da Europa e do Brasil, financiado pelo The Seventh Framework Programme (FP7) of the European Commission, sob coordenação geral de Raymond Pierce, Institut Pasteur de Lille, França.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Sergio Verjovski Almeida - Integrante / Sergio Verjovski-Almeida - Coordenador. Financiador(es): European Commission - Auxílio financeiro. Membro: Sergio Verjovski Almeida.
3.	2014-2016. Análise da Desordem Intrínseca da Proteína E6 do Vírus do Papiloma Humano (HPV) de Alto e Baixo Risco para o Câncer Cervical Descrição: O câncer cervical é o segundo tipo de câncer mais comum no mundo e, em países em desenvolvimento, ele lidera as causas de mortalidade por câncer em mulheres. O aparecimento do carcinoma cervical invasivo (CCI) está ligado, exceto raras exceções, à infecção persistente pelo papiloma vírus humano (HPV). Na maioria dos casos, a infecção por HPV é assintomática, porém, em uma pequena porcentagem dos indivíduos infectados surgem lesões de graus variados que são as precursoras do carcinoma cervical. Atualmente são conhecidos mais de 100 tipos de HPV sendo que 40 deles infectam o trato genital. Os tipos que infectam o trato genital são divididos em dois grupos, os de baixo e alto risco. Os de baixo risco, normalmente, levam ao aparecimento de verrugas e não causam lesões, (como os tipos 6 e 11). Já os tipos de alto risco podem causar lesões que levam ao surgimento do câncer (como os tipos 16 e 18). A integração do genoma do HPV ao genoma humano é um dos passos fundamentais na carcinogênese. Após a integração, os genes das proteínas E6 e E7 do HPV são superexpressos. Essas oncoproteínas, por sua vez, funcionam como mediadores na formação do câncer levando a imortalização celular. Apesar de muito progresso nos estudos sobre os HPVs de alto risco, ainda não existe uma terapêutica adequada para o tratamento das lesões e câncer causados por este vírus. Este trabalho tem como objetivo entender as diferenças estruturais entre E6 do HPVs de alto e baixo risco, através de análises de Bioinformática, com enfoque na desordem intrínseca associada a esta proteína. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Silvana Giuliatti - Coordenador / Nilson Nicolau Junior - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Silvana Giuliatti.
4.	2014-2020. Bioinformática, Genômica, e Associados (BIGA) Descrição: O objetivo deste projeto é realizar avanços no estado da arte em biologia computacional1 por meio de trabalho interdisciplinar em projetos biológicos motivadores. Esses projetos têm em comum entre si necessidades sofisticadas de bioinformática; além disso, vários dos temas importantes da biologia computacional aparecem de forma recorrente em muitos desses projetos, permitindo assim uma sinergia na análise dos dados e no desenvolvimento de novas ferramentas. A área científica geral que permeia os projetos motivadores é a área de Ciências Genômicas. Usamos este termo para designar todas as investigações biológicas que dependem direta ou indiretamente do conhecimento do genoma dos organismos de interesse. Recaem portanto nesta definição várias das técnicas conhecidas como ?ômicas?, tais como a genômica, a transcritômica e a proteômica. O advento das tecnologias de sequenciamento de nova geração (NGS) barateou extraordinariamente os custos de sequenciamento, tanto para DNA quanto RNA. Isso abriu novos horizontes de pesquisa em variadas áreas, mas ao mesmo tempo trouxe demandas novas e intensas de processamento computacional, exigindo a adaptação de antigas técnicas e a formulação de novas. É neste contexto que se insere este projeto.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Joao Carlos Setubal - Coordenador / Nalvo Franco de Almeida Jr - Integrante / Jesus Ferro - Integrante / Leandro Moreira - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Membro: Joao Carlos Setubal.
5.	2014-2019. Biologia Computacional-REDE DE COOPERAÇÃO ACADÊMICA PARA O ESTUDO E DESENVOLVIMENTO DE FERRAMENTAS PARA A GENÔMICA ESTRUTURAL E FUNCIONAL Descrição: Descrição: Fortalecer e ampliar o intercâmbio acadêmico entre os programas inter-unidades de Pós-Graduação em Bioinformática da UFMG (CAPES 6) e da USP (5), o de Biotecnologia da UFPA (CAPES 5) e o de Bioinformática da UFPR (CAPES 3) com a criação de uma rede voltada a aumentar a formação de recursos humanos em Biologia Computacional, em resposta à presente chamada... Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (2) . Integrantes: Alan Mitchell Durham - Coordenador / Arthur Gruber - Integrante / André Fujita - Integrante / Robson Francisco de Souza - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Membro: Alan Mitchell Durham.
6.	2014-2016. Biologia de Sistemas de Processos Inflamatórios Descrição: As redes gênicas que coordenam os diferentes processos inflamatórios são extremamente complexas e podem envolver centenas de genes. Entender precisamente quais componentes e as interações entre eles relevantes em uma determinada condição inflamatória pode fornecer importantes candidatos a alvos de fármacos, mais específicos e com menos efeitos adversos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (1) . Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador / sandro rogerio de Almeida - Integrante / Dario Simões Zamboni - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Helder Takashi Imoto Nakaya.
7.	2014-2019. Caracterização dos mecanismos de ação de RNAs longos não-codificadores envolvidos nos programas de ativação gênica em células humanas Descrição: Projeto temático financiado pela FAPESP. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Sergio Verjovski Almeida - Integrante / Sergio Verjovski-Almeida - Coordenador. Membro: Sergio Verjovski Almeida.
8.	2014-Atual. Em busca da arquitetura genética responsável pela rápida evolução fenotípica craniofacial dos índios Xavántes do Brasil Central Descrição: Mudanças na estrutura social e nas práticas culturais podem potencialmente promover a combinações inusitadas de freqüências alélicas que impulsionaram a evolução de novidades genéticas e fenotípicas durante a evolução humana. No entanto, casos específicos indicativos desta interação são escassos. Uma publicação recente do nosso grupo (Hünemeier et al., 2012) envolvendo investigação das conexões genótipo-fenótipo nos índios Xavánte e em outros cinco grupos indígenas do Brasil (Baniwa, Kayapó, Yanomama, Kaingang, Ticuna), ilustra como, no caso da espécie humana, a cultura é um fator adicional importante a ser considerado em estudos desta natureza. Nossas análises demonstraram que o background biológico dos Xavánte em menos de dois mil anos se alterou de maneira singular devido a fenômenos microevolutivos, em especial a deriva genética, catalisados por processos culturais, como aqueles que promovem fissão e fusão na propagação das aldeias, bom como por práticas culturais desta população. Mais detalhadamente, nossas análises mostraram que os Xavánte eram o grupo fenotipicamente muito diferenciado dos demais, caracterizado por maior perímetro cefálico, abóbadas mais longas e estreitas, rosto mais alto e estreito e nariz mais largo. Até o momento este trabalho é o único exemplo documentado de como práticas culturais podem ter catalisado processos microevolutivos e deste modo, gerando um extremo morfológico craniofacial. Pesquisadores num estudo recentemente publicado envolvendo pigmeus africanos da floresta equatorial (grupo notavelmente conhecido por apresentar a menor média de altura entre os humanos atuais) desenvolveram um novo enfoque para o estudo da arquitetura genética relacionada com um fenótipo complexo. O grupo coordenado pelo Dr. David Comas da Universidade Pompeu Fabra (Barcelona, Espanha) utilizou um método com enfoque genômico para determinar a covariação entre loci e medidas antropométricas referentes à estatura entre pigmeus e não-pigmeus da África (Mendizabal et tal., 2012). Estes autores encontraram um grande número de regiões associada ao fenótipo de baixa estatura que continham genes fundamentais para o desenvolvimento ósseo (tal como, PPPT3B) e previamente associados à variação de estatura em outras populações (SUPT3H-RUNX2). Este estudo fenotípico baseado em análises de varreduras genômicas e medidas antropométricas em nível populacional foi o primeiro a estabelecer uma pista sobre a os mecanismos genéticos envolvidos no fenótipo extremo encontrado em pigmeus africanos. Como já salientado, mudanças na estrutura social e nas práticas culturais podem potencialmente promover a combinações inusitadas de freqüências alélicas que impulsionaram a evolução de novidades genéticas, e consequentemente fenotípicas, durante a evolução humana. Mas no caso dos grupos indígenas, em particular nos Xavánte, quais seriam estes alelos? E como esta combinação aleatória levou em tão pouco a um fenótipo craniofacial tão extremo como o encontrado nos Xavántes do Planalto Central Brasileiro? O presente projeto busca responder estas questões usando a metodologia desenvolvida para o estudo dos pigmeus africanos em indígenas do Brasil, mais especificamente os Xavántes do Brasil Central.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tabita Hunemeier - Coordenador / Francisco M. Salzano - Integrante / Rolando Gonzalez-Jose - Integrante / David Comas - Integrante. Membro: Tabita Hunemeier.
9.	2014-2017. Estudo para verificação da dosagem de cortisol no cabelo como medida de avaliação do estresse crônico em mães e crianças da corrte ROC Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Integrante / Alexandra Brentani - Coordenador / Guntyher Fink - Integrante / Cindy Liu - Integrante. Financiador(es): Rockefeller Foundation - Auxílio financeiro. Membro: Helena Paula Brentani.
10.	2014-2016. Estudos Genéticos em Fina Escala de duas Espécies Arbóreas comuns em Remanescentes da Floresta Estacional Semidecidual no Interior de SP Descrição: As florestas da região de Ribeirão Preto são umas das mais devastadas do Estado de São Paulo, principalmente em áreas próximas aos mananciais e indústrias de cana-de-açúcar. Esta região tem hoje 59,75% e 15,36% da sua área utilizada pela cultura da cana e pela ocupação urbana, respectivamente, sendo que somente 3,89% (2.535,67 ha) representados por 102 remanescentes florestais pequenos e isolados, correspondem à vegetação natural do município de Ribeirão Preto. Estes poucos remanescentes são, portanto, de grande valor ecológico, genético e taxonômico, funcionando como uma coleção viva de espécies representativas da flora local e de sua diversidade genética, bem como um banco de informações acerca da estrutura e funcionamento desse tipo de ecossistema. Neste contexto, a presente proposta tem como objetivo investigar os padrões de diversidade genética, endogamia, taxas de cruzamento e fluxo gênico de duas espécies florestais de grande importância ecológica e econômica [Anadenanthera colubrina (angico), Metrodorea nigra (carrapateira)], de ocorrência comum em ambientes contrastantes (mata decidual/mesófila, respectivamente) em fragmentos remanescentes na região de Ribeirão Preto, visando gerar subsídios para conservação e manejo in situ e ex situ destes recursos genéticos. Como ferramenta de análise genética serão utilizados marcadores moleculares tipo microssatélites (SSR) para ambas as espécies desenvolvidos pelo nosso grupo, uma vez que estes marcadores são considerados os mais adequados para o estudo de sistemas de acasalamento e fluxo gênico devido a sua herança codominante e maior polimorfismo. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: Silvana Giuliatti - Integrante / Ana Lilia Alzate Marin - Coordenador / Eucleia Primo Betioli Contel - Integrante / Carlos Alberto Martinez y Huaman - Integrante / Fernando Bonifácio Anacleto - Integrante / Juliana Massimino Feres - Integrante / Rômulo Maciel de Moraes Filho - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Silvana Giuliatti.
11.	2014-2017. Evolução do hábito alimentar na família Calliphoridae Descrição: http://www.bv.fapesp.br/pt/auxilios/87741/evolucao-do-habito-alimentar-na-familia-calliphoridae/. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Doutorado: (1) . Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Tatiana Teixeira Torres.
12.	2014-Atual. Fatores genéticos e epigenéticos na etiologia do melanoma cutâneo Descrição: O melanoma cutâneo é um câncer de pele raro, mas agressivo, sendo a causa de mais de 75% das mortes por tumores cutâneos. A maioria dos melanomas é esporádica, mas 10% dos casos ocorrem em indivíduos portadores de mutação constitutiva em seus genomas. São dois os genes principais cujas mutações germinativas exibem alta penetrância na predisposição ao melanoma cutâneo: CDKN2A (que codifica as proteínas p16 e p14) e CDK4, ambos também inativados somaticamente em melanomas esporádicos. Mutações afetando p16 são detectadas em 20 a 40% dos casos de melanoma hereditário (síndrome do melanoma familial e/ou melanomas múltiplos), evidenciando que grande parte da suscetibilidade ao melanoma cutâneo não tem etiologia conhecida. Este cenário indica a existência de genes de suscetibilidade ainda não revelados ou mecanismos genéticos alternativos às mutações de ponto. Deleções e duplicações genômicas raras, além de variantes genéticas conferindo risco intermediário, também podem aumentar a suscetibilidade a câncer e, mais recentemente, alguns estudos têm revelado que epimutações constitutivas (como padrão alterado de metilação de promotor) também podem ocasionar predisposição aumentada. A identificação da etiologia da suscetibilidade ao melanoma cutâneo é crucial não só para a identificação de indivíduos em risco, mas também para a ampliação do conhecimento da biologia tumoral, uma vez que genes de síndromes hereditárias de câncer frequentemente desempenham papel relevante também nos tumores esporádicos correspondentes. Por outro lado, o estudo de genomas e epigenomas de melanomas cutâneos é imprescindível para a identificação das vias moleculares relevantes na sua gênese e progressão, que poderiam ser alvo de intervenção terapêutica. O objetivo deste projeto é a identificação de novos fatores genéticos e epigenéticos associados à predisposição e ao desenvolvimento do melanoma cutâneo. O desenho experimental para atingir esse propósito consiste em: (a) investigação do genoma e epigenoma (microarranjos de alta resolução) de um grupo de pacientes portadores de alta predisposição a melanoma, visando delinear o perfil de variações no número de cópias genômicas (copy number alterations - CNVs) e o padrão epigenético de metilação de DNA de leucócitos, com ênfase na metilação do promotor de CDKN2A; o grupo de melanoma hereditário foi previamente selecionado por outro projeto de pesquisa da Instituição apoiado pela FAPESP, com resultado negativo para mutações nos genes CDKN2A e CDK4. Adicionalmente, (b) propomos o estudo do perfil de metilação de DNA (metiloma) e correlação com o status mutacional dos genes NRAS, BRAF, KIT e TERT em 30 melanomas cutâneos. Destas análises serão selecionados genes candidatos robustos para ensaios funcionais futuros, visando validar sua relevância no melanoma cutâneo.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Integrante / Dirce Maria Carraro - Integrante / Ana Cristina Victorino Krepischi - Coordenador / João Pedreira Duprat-Neto - Integrante / Maria Isabel Alves de Souza Waddington Achatz - Integrante / Dimitrius Tansini Pramio - Integrante. Membro: Helena Paula Brentani.
13.	2014-2018. Improving treatment strategies for chronic alphaviral arthritic diseases Descrição: Chikungunya virus (CHIKV) and Ross River virus (RRV) cause (occasionally very large) outbreaks of polyarthritis/polyarthralgia, which is often debilitating, lasts from weeks to months (occasionally longer), and is generally poorly managed with current treatments. Aim: To use RNA-Seq analysis to characterise the inflammatory signatures and viral genomes associated with chronic arthritis.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Integrante / Andreas Suhrbier - Coordenador. Membro: Helder Takashi Imoto Nakaya.
14.	2014-2016. Meta-análise transcricional de RNAs não codificadores longos de posições genômicas conservadas Descrição: It is estimated that thousands of long non-coding RNAs (lncRNAs) are transcribed in the genome of several organisms. Dr. Kouzarides? group at Cambridge University re-analyzed a vast amount of RNA-sequencing data, and identified ~600 lncRNAs that were ?positionally conserved? (pcRNAs) in human and mouse genomes. Among the genes associated with these pcRNAs, a striking enrichment was observed for loci related to embryonic and tissue development. They also demonstrated that pcRNA expression is highly tissue-specific and directly correlates with the associated coding genes, supporting the idea that pcRNAs are context-specific regulators of developmental genes. Our group at University of São Paulo is utilizing publicly available high-throughput data to investigate the expression of lncRNAs under hundreds of different perturbations and conditions, and studying the implication of lncRNAs in the regulation of candidate target genes. We compared the genomic regions of these ~600 pcRNAs with the genomic regions of probes from different microarray platforms and found that most of these pcRNAs are represented by one or more probes. Here we propose to analyse the expression patterns of these pcRNAs, and how their expression correlates with the expression of coding genes, in a large panel of human cancer cell lines, primary tumours and disease conditions. The functions of a number of selected pcRNAs will be validated by Dr. Kouzarides' group. By assessing the transcription of pcRNAs and their associated coding genes in thousands of microarray studies, we expect to identify the biological conditions that affect the most the expression of pcRNAs and to reveal interesting mechanisms of gene regulation.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador / Paulo Paiva Amaral - Integrante / Tony Kouzarides - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Helder Takashi Imoto Nakaya.
15.	2014-Atual. RADAR - Rede Acadêmica De Acervos e BioRepositórios Descrição: Descrição: Projeto Institucional com a finalidade de Proteger, recuperar e restaurar acervos de material de pesquisa financiado pela INFRA-USP conforme Edital -2013-2013. Valor Concedido: R$ 1.987.014,61.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Integrante / Orestes V. Forlenza - Coordenador. Membro: Helena Paula Brentani.
16.	2014-2017. Redes Gênicas Modeladas como Redes Booleanas Sensíveis a Contexto Descrição: As reações químicas que resultam na expressão de genes no nível molecular são complexas e ainda não são totalmente compreendidas. Um aspecto importante deste fenômeno é a interação entre os genes. Sabe-se que os genes enviam, recebem e processam informações formando uma complexa rede de comunicação, mas a arquitetura e dinâmica destas redes não são completamente conhecidas, mesmo para os organismos mais simples. Em particular, em redes de regulação gênica, é muito plausível assumir a existência de genes mestres que tenham um amplo poder de regulação sobre outros genes escravos. Neste sentido, uma pequena mudança na expressão destes genes pode levar a uma mudança significativa no comportamento da célula. Dessa forma, os genes mestres podem servir como potenciais alvos terapêuticos. Um outro conceito similar, mas ao mesmo tempo diferente, é o de genes canalizadores. Estes genes têm o poder de restringir, ou canalizar, um sistema a certos estados biológicos. Em especial, estamos interessados em genes canalizadores que em condições normais do sistema não controlam seus escravos, mas que em determinadas situações cruciais do sistema, têm um amplo poder de regulação sobre outros genes de forma que sua ação varre uma larga faixa de processos biológicos. Este tipo de canalização é necessário em muitos sistemas biológicos complexos como uma proteção de efeitos de alterações aleatórias. Feitas estas considerações, este projeto de pesquisa visa estudar os seguintes problemas: (i) inferência de redes Booleanas sensíveis a contexto que seja estáveis a partir de dados biológicos; (ii) busca de genes que sejam impactantes na estabilidade de redes; (iii) modelagem do ciclo celular da levedura usando redes Booleanas sensíveis a contexto; (iv) modelagem de genes mestres em redes Booleanas sensíveis a contexto; (v) modelagem de genes canalizadores em redes Booleanas sensíveis a contexto. A identificação e modelagem de genes mestres e canalizadores, bem como a forma eles atuam e quais genes são por eles controlados, além de inferir redes estáveis, podem ter como consequência um grande impacto na área de saúde pública, tanto no diagnóstico como no tratamento de doenças (como o câncer, por exemplo) que afetam milhares de pessoas. Acreditamos que esta pesquisa é um passo para esta direção.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Ulisses Braga-Neto - Integrante / Carlos Henrique Aguena Higa - Integrante / David C Martins - Integrante / Evaldo A. de Oliveira - Integrante / Fabrício Martins Lopes - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 3 Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
17.	2014-Atual. Redes Regulatórias e seinlaizção associadas à cana energia Descrição: uito já se conhece sobre a biologia e manejo da cana-de-açúcar, porém ainda existem lacunas no conhecimento bioquímico e genético dessa planta que se exploradas podem indicar o caminho para o melhor manejo da cultura, aumento do seu potencial industrial e diminuição do impacto ambiental do seu cultivo. Devido à complexidade do sistema e dos inúmeros fatores que interagem para a definição das características de interesse agronômico (genes, seus produtos, suas interações no organismo e com o ambiente), um conhecimento robusto do metabolismo de açúcares necessita de abordagens experimentais múltiplas em combinação com análises computacionais de grandes volumes de dados. Nós pretendemos acrescentar conhecimento ao sistema cana-de-açúcar usando abordagens de análise da fisiologia, de análise de elementos regulatórios, do transcriptoma e do metaboloma em variedades comerciais e em cruzamentos com espécies ancestrais em plantios que se assemelham ao realizado nas indústrias sucroalcooleiras e também em experimentos em casa de vegetação. O estudo das redes regulatórias de cana-de-açúcar será feito com auxílio da técnica de Chip-Seq e de RNAseq com as quais poderemos identificar possíveis regiões regulatórias e promotoras no genoma referência de cana-de-açúcar sequenciado e parcialmente montado pelo grupo e colaboradores. Através da utilização de abordagens da Biologia de Sistemas e biologia sintética, iremos definir os principais alvos ou redes de genes para o melhoramento da cana-de-açúcar com o aumento de sua produtividade, alteração do conteúdo de sacarose, fibra e lignina e assim desenvolver a Cana-Energia. O grande volume de dados gerado será armazenado no banco de dados SUCEST-FUN (http://sucest-fun.org) onde é possível avaliar e interrogar os dados com foco em diferentes aspectos.. S.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Glaucia Mendes Souza - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Alan Mitchell Durham.
18.	2014-Atual. Redes regulatórias e sinalização associadas à Cana Energia Descrição: Muito já se conhece sobre a biologia e manejo da cana-de-açúcar, porém ainda existem lacunas no conhecimento bioquímico e genético dessa planta que se exploradas podem indicar o caminho para o melhor manejo da cultura, aumento do seu potencial industrial e diminuição do impacto ambiental do seu cultivo. Devido à complexidade do sistema e dos inúmeros fatores que interagem para a definição das características de interesse agronômico (genes, seus produtos, suas interações no organismo e com o ambiente), um conhecimento robusto do metabolismo de açúcares necessita de abordagens experimentais múltiplas em combinação com análises computacionais de grandes volumes de dados. Nós pretendemos acrescentar conhecimento ao sistema cana-de-açúcar usando abordagens de análise da fisiologia, de análise de elementos regulatórios, do transcriptoma e do metaboloma em variedades comerciais e em cruzamentos com espécies ancestrais em plantios que se assemelham ao realizado nas indústrias sucroalcooleiras e também em experimentos em casa de vegetação. O estudo das redes regulatórias de cana-de-açúcar será feito com auxílio da técnica de Chip-Seq e de RNAseq com as quais poderemos identificar possíveis regiões regulatórias e promotoras no genoma referência de cana-de-açúcar sequenciado e parcialmente montado pelo grupo e colaboradores. Através da utilização de abordagens da Biologia de Sistemas e biologia sintética, iremos definir os principais alvos ou redes de genes para o melhoramento da cana-de-açúcar com o aumento de sua produtividade, alteração do conteúdo de sacarose, fibra e lignina e assim desenvolver a Cana-Energia. O grande volume de dados gerado será armazenado no banco de dados SUCEST-FUN (http://sucest-fun.org) onde é possível avaliar e interrogar os dados com foco em diferentes aspectos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Helaine Carrer - Integrante / Glaucia Mendes Souza - Coordenador / LEMBKE, CAROLINA GIMILIANI - Integrante / DINIZ, AUGUSTO LIMA - Integrante / NISHIYAMA, MILTON YUTAKA - Integrante. Membro: Alan Mitchell Durham.
19.	2014-2024. Retrovirus Epidemiology Donor Study - REDS III, REDS IV Descrição: Descrição: Há 15 anos os National Institute of Health nos Estados Unidos financia um grupo de seis bancos de sangue nos EUA denominado REDS (Retrovirus Epidemiology Donor Study) que desenvolvem pesquisas relacionadas à segurança transfusional. Em 2005, uma concorrência para que outros países submetessem projetos de pesquisa para fazerem parte desta rede. Com base no mérito do trabalho, foram escolhidos o Brasil e a China para participarem desta nova etapa, que se chama REDS Internacional O projeto terá duração de 4 anos e serão aplicados cerca de US 3 milhões na proposta brasileira. Três hemocentro brasileiros (Fundação Pró-Sangue/ Hemocentro de São Paulo, Hemominas, e HEMOPE) submeteram um proposta juntamente com o Blood Systems Research Institute (BSRI) em São Francisco. Este projeto também terá a participação do Departamento de Ciência da Computação do IME/USP e do Depto. de Medicina Preventiva e Social da UFMG. O projeto será liderado pela Dra Ester C Sabino da Fundação Pró-Sangue e terá a participação dos seguintes pesquisadores do Brasil: Anna Barbara F. Carneiro-Proietti- Fundação Hemominas Divaldo Sampaio - HEMOPE Thelma Gonzalez - Fundação Pró-Sangue Hemocentro de São Paulo Fernando A Proietti - Depto. de Medicina Preventiva e Social da Universidade Federal de Minas Gerais João Eduardo Ferreira - Departamento de Ciência da Computação do Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo. O principal objetivo do estudo é obter informações que possam reverter na melhoria da segurança transfusional. O projeto prevê o desenvolvimento de um banco de dados que auxilie os hemocentros a analisar os dados guardados por seu sistema operacional. Serão desenvolvidos 3 projetos de pesquisa: a) Risco residual de transmissão de HIV b) Estudo epidemiológico epidemiológico relacionado à validade das perguntas usadas na triagem de doadores. c) Historia Natural da doença de Chagas, com História natural da doença de Chagas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador / Pedro Paulo de Souza Bento da Silva - Integrante / Pedro L. Takecian - Integrante. Financiador(es): National Institure of Health- USA - Cooperação. Membro: João Eduardo Ferreira.
20.	2014-2018. SISTEMAS REGULATÓRIOS DA RESPOSTA BACTERIANA A ESTRESSES Descrição: A percepção de sinais ambientais é crucial para a célula modificar seu padrão de expressão gênica para enfrentar mudanças no ambiente. À medida que a população aumenta, as células enfrentam uma redução progressiva da disponibilidade de nutrientes que traz a necessidade de responder adequando os sistemas metabólicos para permanecer em situação de carência prolongada. O principal objetivo deste projeto é identificar os sinais ambientais, os sistemas de transdução de sinais e os mecanismos regulatórios importantes para a resposta a estresses na bactéria oligotrófica Caulobacter crescentus. Esta bactéria Gram-negativa aquática está adaptada a viver em ambientes com baixíssimo teor nutricional, e possui um ciclo de desenvolvimento com um passo de diferenciação celular, não usual em bactérias. A manutenção da funcionalidade dos RNAs celulares sob situações de estresse é garantida pela indução de proteínas que modulam a transcrição, tradução e turnover dos RNAs. As proteínas de choque frio (CSP) são induzidas em baixa temperatura e/ou em fase estacionária, e atuam como chaperones de RNA, permitindo a tradução nestas condições, e também agindo como reguladoras da expressão gênica. Outro sistema importante para esta resposta é constituído pelas RNA helicases da família DEAD, que são responsáveis por desfazer as estruturas secundárias nos RNAs, auxiliando a tradução. Estas enzimas também atuam junto ao sistema de degradação dos RNAs (degradossomo), e na montagem de estruturas riboproteicas, como os ribossomos. Este projeto pretende avaliar os sistemas regulatórios que controlam a expressão gênica das CSPs, e o papel de cada RNA helicase DEAD na resposta a estresses. As bactérias aeróbias também têm que responder a um aumento na concentração de espécies reativas de oxigênio, que ocorre especialmente quando a população entra em fase estacionária. A homeostase de ferro e de outros metais redox-ativos é um ponto importante no controle do estresse oxidativo, e deve ser estritamente regulada por diversos mecanismos. Além dos reguladores Fur e OxyR, pequenos RNAs regulatórios exercem controle sobre a expressão dos genes do metabolismo de ferro, e serão estudados neste projeto.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tie Koide - Integrante / Marilis do Valle Marques - Coordenador / Phillip Klebba - Integrante / Ben Francesco Luisi - Integrante / Angel Alfonso Aguirre Durán - Integrante / Carolina Antunes do Prado Tavares da Silva - Integrante / Juliana da Silva Santos - Integrante. Membro: Tie Koide.
21.	2014-Atual. Systems biological analyses of innate and adaptive responses to vaccination Descrição: The ability to predict vaccine immunity offers a solution to a major challenge in vaccinology: to prospectively determine vaccine efficacy. This ability is of considerable public health importance in identifying ?non-responders? in special populations in which a vaccine may induce suboptimal immunity. In addition, it would be great value in clinical trials of novel vaccines, to provide a rapid means to assess vaccine efficacy, without the need to identify the incidence of the target disease in vaccinated versus unvaccinated populations. In this context, this ?systems vaccinology? approach is beginning to be used to define signatures of vaccine efficacy in clinical trials. Importantly, this approach is yielding new insights about the fundamental mechanisms of immunity. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Integrante / Pulendran, Bali - Coordenador. Financiador(es): NIH - Auxílio financeiro. Membro: Helder Takashi Imoto Nakaya.

2013

1.	2013-2018. Biologia de Sistemas de Longos RNAs não-codificadores Descrição: Estima-se que milhares de longos RNAs não-codificadores (lncRNAs) sejam gerados à partir da transcrição do genoma de diversos organismos. No entanto, apenas uma fração muito pequena destes foi caracterizada funcionalmente. Um dos maiores motivos para isso está em nossa falta de conhecimento sobre os tecidos e condições biológicas nos quais esses lncRNAs são transcritos e como eles interagem com o DNA ou outros RNAs. A maioria dos estudos que utilizam técnicas de larga-escala como microarrays e sequenciamento de nova geração (RNA-seq) tem como objetivo principal monitorar a expressão dos genes codificadores de proteína. Porém, muitos destes dados, não explorados nas publicações originais, são provenientes de lncRNAs. Neste projeto, nós propomos utilizar os milhares de estudos de microarrays disponíveis em um banco de dados público para estudar a biologia de sistema dos lncRNAs frente a diferentes perturbações e suas possíveis implicações na regulação de genes alvos. Uma re-anotação que fizemos da plataforma da Affymetrix mais usada, na qual mais de 2.300 estudos foram publicados, revelou a existência de 10.248 sondas que medem a expressão de possíveis lncRNAs. Estudar o perfil de expressão de lncRNAs e como estes se correlacionam com os perfis de genes codificadores de proteína em tantos tecidos e condições irá revelar mecanismos de regulação interessantes. Estas análises irão envolver a identificação de módulos de co-expressão, a predição dos fatores de transcrição envolvidos e a associação de lncRNAs com doenças e infecções. Propomos também validar o papel regulatório de lncRNAs em alguns desses achados.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador / Marina Baquerizo Martinez - Integrante / Mario Hiroyuki Hirata - Integrante / Vinicius Ramos Henriques Maracaja Coutinho - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Helder Takashi Imoto Nakaya.
2.	2013-Atual. CEGH-CEL - Human Genome and Stem Cell Research Center Descrição: Resumo em Inglês The Human Genome Research Center (HGRC-CEPID I) was initiated in 2000 with the main goal of increasing our basic knowledge and diagnosis of prevalent genetic diseases in the Brazilian population. The HGRC concentrated largely on Mendelian disorders, mainly neuromuscular, craniofacial, and mental disability. The scope was expanded in 2005 by incorporating stem-cell research, both as a tool to understand gene expression and differentiation in genetic disorders and to evaluate its potential in disease therapy. Our research has allowed us to address questions on the genetic regulation of particular complex disorders such as autism and various neurodegenerative diseases. However, the unanticipated complexity of the transcriptional mechanisms regulating gene expression in humans that emerged from the Human Genome Project, and the modest advances in improving the effectiveness of genetic health care have opened new fields of investigation. In this CEPID 11 application, we have expanded the scientific breadth to include ageing and degeneration and how factors such as genome instability contribute to the aging process; the role of imprinting mechanisms on disease manifestation; which factors determine differences in the rate of brain degeneration between individuals, which constitutes a rapidly increasing health care burdon as the average life-span of the world population rises; what determines phenotypic variability between individuals carrying the same mutation. To address these questions we will use up to date approaches, particularly the use of second generation sequencing and sophisticated cell sorting, incorporate a much broader base of scientific expertise, optimize inter-group synergy as well as national and international research collaboration. The plan also contributes to translational medicine mainly in the application of stem-cells in preclinical studies and therapeutic trials for particular genetic disorders. The great number of patients with different genetic disorders that have been ascertained and registered in our center, the largest one in Latin America, and the ethnic variability of the Brazilian population provides an extremely rich foundation for the proposed studies. We are positive that the knowledge gained from CEPID 11 will have an important impact on genetic health care in Brazil. However, such an ambitious and integrated program can only be expedited by the flexibility and long term security offered by CEPID funding.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Maria Dulcetti Vibranovski - Coordenador / Carla Rosenberg - Integrante / Maria Rita dos Santos e Passos Bueno - Integrante / Regina Celia Mingroni Netto - Integrante / Mayana Zatz - Integrante / Angela Maria Vianna Morgante - Integrante / Celia Priszkulnik Koiffmann - Integrante / Eliana Maria Beluzzo Dessen - Integrante / Esper Abrao Cavalheiro - Integrante / Mariz Vainzof - Integrante / Merari de Fátima Ramires Ferrari - Integrante / Oswaldo Keith Okamoto - Integrante / Ana Cristina Victorino Krepischi - Integrante / Carlos Frederico Martins Menck - Integrante / Débora Romeo Bertola - Integrante / Fernando Kok - Integrante / Luis Eduardo Soares Netto - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Maria Dulcetti Vibranovski.
3.	2013-2016. Compreensão das bases moleculares e estruturais de proteínas envolvidas na sinalização do c-di-GMP e do sistema de secreção tipo II em Leptospira interrogans sorovar Copenhageni Descrição: Este projeto tem como objetivo central o estudo estrutural e funcional de várias proteínas envolvidas na síntese, degradação, ligação ao segundo mensageiro bacteriano, c-di-GMP do patógeno Leptospira interrogans Copenhageni L1-130. Além do estudo de proteínas envolvidas na sinalização c-di-GMP, temos como objetivo o estudo funcional e estrutural das proteínas presentes no cluster gênico do único sistema de secreção encontrado no genoma de Leptospira interrogans Copenhageni, o sistema de secreção tipo II.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Robson Francisco de Souza - Coordenador / Cristiane Rodrigues Guzzo Carvalho - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Robson Francisco de Souza.
4.	2013-Atual. CRID - Center for research in inflammatory diseases Descrição: Inflammatory diseases are a complex and heterogeneous group of diseases that affect more than 10% of the word population. The current options for the treatment of these diseases are still limited and in some cases, inefficient due to limited understanding of the mechanisms underlying these diseases. The development of translational research by a center that can generate scientific knowledge and also identify new therapeutic targets of inflammatory diseases is imperative. The Center for research in inflammatory diseases (CPDI) will be created with this goal. The general objective of the CPDI will be to perform integrative and translational research to identify, validate and target known and novel biological pathways involved with the induction and resolution of inflammation. As a result, we expect the development of innovative therapeutic strategies and drugs that effectively target inflammatory diseases. The project will involve high-throughput genetic screenings, in vivo and in vitro models of diseases, modeling and chemical synthesis, as well as the discovery of new natural molecules from plants and saliva from arthropods. After selecting the potential drugs and bio-drugs, CPDI will protect the intellectual property and, after partnerships with private companies, coordinate pre-clinical toxicological studies and early clinical trials. The CPDI will also dedicate intense efforts to disseminate knowledge to the general public, in order to fulfill the societal objective of spreading education and generating an enthusiasm for science.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helder Takashi Imoto Nakaya - Coordenador / Fernando de Queiroz Cunha - Integrante / Carlos Henrique Tomich de Paula da Silva - Integrante / José Carlos Farias Alves Filho - Integrante / João Santana da Silva - Integrante / Paulo Louzada Junior - Integrante / Rita de Cassia Aleixo Tostes Passaglia - Integrante / Thiago Mattar Cunha - Integrante / Ana Maria Ferreira Roselino - Integrante / Ana Paula de Carvalho Panzeri Carlotti - Integrante / Anibal Basile Filho - Integrante / Antônio Pazin Filho - Integrante / Beatriz Rossetti Ferreira - Integrante / Cacilda da Silva Souza - Integrante / Claudio Miguel da Costa Neto - Integrante / Dario Simoes Zamboni - Integrante / Doralina Guimarães Brum Souza - Integrante / Eduardo Antônio Donadi - Integrante / Eduardo Barbosa Coelho - Integrante / Elcio dos Santos Oliveira Vianna - Integrante / Flavio da Silva Emery - Integrante / Francisco José Albuquerque de Paula - Integrante / Geraldo Aleixo da Silva Passos Júnior - Integrante / Jose Marcos Chaves Ribeiro - Integrante / MARCELLO HENRIQUE NOGUEIRA-BARBOSA - Integrante / Marcos Antonio Rossi - Integrante / Marcos de Carvalho Borges - Integrante / Renê Donizeti Ribeiro de Oliveira - Integrante / Ronaldo de Albuquerque Ribeiro - Integrante / Roque Pacheco de Almeida - Integrante / Sandra Yasuyo Fukada Alves - Integrante / Sergio Henrique Ferreira - Integrante / Vanessa Carregaro Pereira - Integrante / Virginia Paes Leme Ferriani - Integrante / Vânia Luiza Deperon Bonato - Integrante / Waldiceu Aparecido Verri Junior - Integrante / Mateus Simões Flória - Integrante / Juan Dyego Marcelo Azevedo - Integrante / Selma Midori Yamada Shibuya - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Helder Takashi Imoto Nakaya.
5.	2013-2016. Efeito do lítio na regulação da expressão gênica por micro RNAs em modelo da doença de Alzheimer por toxicidade de beta-amilóide em cultura primária de neurônios Descrição: Estima-se que a doença de Alzheimer (DA) afete 35 milhões de pessoas, podendo chegar a 120 milhões em 2050. Em 2010 estimou-se o gasto anual com demência em torno de 600 bilhões de dólares e a tendência é aumentar. Apesar de ter sinais patológicos característicos, os mecanismos que levam à doença ainda não são claros e não existe tratamento eficaz. Dado esse quadro preocupante, alternativas para o tratamento são de extrema importância. O uso de lítio tem sido sugerido como um tratamento da DA, atuando na sua prevenção e/ou progressão. O lítio apresenta efeitos neuroprotetores e neurotróficos e tem sido alvo de estudos pela sua ação na regulação de proteínas pró e antiapoptóticas. No presente projeto pretendemos avaliar a expressão de micro RNAs (miRNA) como uma forma de delimitar redes de genes modulados pelo lítio em modelos da doença, buscando informações da fisiopatologia e investigando possíveis biomarcadores. miRNAs são moléculas de RNA de aproximadamente 20 bases capazes de modular a expressão no nível pós-transcricional. Um miRNA pode afetar diversas proteínas diferentes e uma proteína pode ter sua expressão modulada por diversos miRNAs. Dessa forma, cada miRNA delimita uma rede de genes que podem ter sua expressão modulada por ele. Pretendemos com este projeto: 1) identificar miRNAs que tenham expressão alterada em cultura primária de neurônios tratada com peptídeo beta-amilóide (AB) e lítio; 2) caracterizar as redes de expressão delimitadas por esses miRNAs. Esperamos com isso ampliar o conhecimento dos mecanismos fisiopatológicos da DA, avaliar os mecanismos de ação do lítio e seu possível papel no tratamento da doença de Alzheimer.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Integrante / Daniel Shikanai Kerr - Coordenador. Membro: Helena Paula Brentani.
6.	2013-2014. Engenharia biológica da parede celular de cana-de-açúcar para processos de etanol de segunda geração Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Marcos Silveira Buckeridge.
7.	2013-2015. Estruturoma de RNAs em Halobacterium salinarum: abordagens computacionais aliadas a validação experimental através de metodologias de footprinting Descrição: Estrutura implica função. No universo das biomoléculas, esse é um paradigma amplamente aceito. Porém, quando o foco é o transcritoma, a configuração estrutural é uma camada de informação que ainda é pouco considerada. A partir do reconhecimento das diferentes funções desempenhadas pelos RNAs, é fundamental que sua estrutura seja desvendada para que seja possível a compreensão de como essas biomoléculas atuam em diversos processos cruciais para a existência e manutenção dos sistemas biológicos, como armazenamento, transporte, além de atividades de catálise e regulação. No presente Projeto de Pesquisa, propõe-se realizar a modelagem in silico em larga escala da estrutura de todos os RNAs (RNA Estruturoma), utilizando como organismo de estudo o extremófilo Halobacterium salinarum. A partir da modelagem, será possível classificar essas moléculas em grupos estruturais, além de investigar a correlação entre esses agrupamentos e informações sobre função e regulação do transcritoma. Para a validação das predições in silico, propõe-se a utilização de metodologias de footprinting para o mapeamento estrutural in vitro e in vivo de alguns RNAs candidatos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Tie Koide - Integrante / Vencio, R. Z. N. - Coordenador / Eliane Traldi - Integrante / Marcos Vicente de Albuquerque Salles Navarro - Integrante / Fernando Barroso - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Tie Koide.
8.	2013-2016. Estudo comparativo da relação patógeno-hospedeiro de Mycobacterium bovis e M. tuberculosis durante infecção de macrófagos humanos utilizando sequenciamento de RNA. Descrição: A tuberculose humana é a segunda causa de mortalidade por agentes infecciosos no mundo, resultando em aproximadamente duas milhões de mortes anualmente. Embora Mycobacterium tuberculosis (Mtb) seja o principal agente causador, M. bovis (Mb), causador da tuberculose bovina, é responsável por pelo menos 2% dos casos da doença em humanos. A sequência nucleotídica desses microrganismos é 99.9% idêntica, com apenas algumas regiões de deleções (RD) de 2 a 12.7 Kb em Mb. Entretanto, mesmo com essa grande similaridade, Mb e Mtb possuem tropismos distintos por hospedeiros e variações em persistência populacional, em virulência e fenotípicas. Mais especificamente, Mtb é altamente adaptado a população humana, enquanto que Mb possui uma predileção menos restrita por hospedeiros, sendo isolado de vários mamíferos, incluindo humanos, mas com mais frequência de bovinos. Desta forma, acredita-se que polimorfismos únicos de sequência, RD e variações em expressões gênicas sejam responsáveis por as diferenças observadas entre as duas espécies. Assim, o objetivo desse projeto é comparar a relação patógeno-hospedeiro da infecção por Mb e Mtb em macrófagos humanos por meio de sequenciamento de RNA do patógeno e das células hospedeiras a fim de explicar as variações entre as espécies. Espera-se que genes ortólogos de Mtb e Mb e genes contidos em RDs de Mtb sejam diferencialmente expressos durante a infecção in vitro de macrófagos humanos. Por outro lado, a análise da resposta transcricional desses macrófagos poderá elucidar diferenças na resposta imune hospedeira frente a infecção por Mtb e Mb. Genes identificados poderão servir de alvos para o futuro desenvolvimento de intervenções terapêuticas e vacinais para o combate da tuberculose; e o entendimento da resposta imune hospedeira poderá contribuir para o estabelecimento de tais medidas de controle e prevenção.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Marcia de Sá Guimarães - Integrante / Rodrigo Pires dos Santos - Integrante / Paulo Eduardo Brandão - Coordenador / Joanne B. Messick - Integrante / Andrea P dos Santos - Integrante / Naila Cannes do Nascimento - Integrante / José Soares Ferreira Neto - Integrante / Sidnei Miyoshi Sakamoto - Integrante. Financiador(es): CAPES-CNPQ, Programa Jovens Talentos, Ciências Sem Fronteiras - Auxílio financeiro. Membro: Ana Marcia de Sá Guimarães.
9.	2013-2016. Estudo Multicêntrico ? Treino Parental com Vídeo modulação para aquisição de habilidades sociais em crianças com autismo Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Integrante / J J Mari - Coordenador / Daniela Bordini - Integrante / Sheila Cavalcante Caetano - Integrante / Décio Brunoni - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Helena Paula Brentani.
10.	2013-2014. Impact of elevated CO2 and drought on metabolism of Sorghum Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Marcos Silveira Buckeridge.
11.	2013-2016. NAP-USP - NUSCEP Núcleo de Pesquisa em Sinalização Celular na Interação Patógeno-Hospedeiro Descrição: O estudo da biologia de parasitas, vírus e príons e de sua interação com o hospedeiro é fundamental para o desenvolvimento de novas estratégias que resultem em avanços nas áreas da saúde pública, agricultura e economia. Embora atualmente ocorra um crescente progresso na elucidação de mecanismos pelos quais os patógenos desenvolvem-se, nosso completo entendimento sobre as bases moleculares e celulares do processo de patogenicidade ainda é escasso. Portanto, o objetivo de se formar o NUSCEP é promover a integração de esforços em três abordagens: 1) caracterização das vias de sinalização e validação de sua relevância no ciclo infeccioso de patógenos a fim de identificar novas estratégias de controle; 2) investigação dos mecanismos pelos quais a resposta imune é modulada pelo patógeno; 3) uso da bioinformática para integração funcional de redes de sinalização dos processos biológicos. A proposta engloba pesquisadores de diferentes áreas, tais como, bioquímica, biologia celular e molecular, imunologia e bioinformática. A integração dessas áreas em torno de questões relevantes aos diversos aspectos da patogenicidade é chave na identificação dos componentes envolvidos em vias de sinalização que regulam interação e desenvolvimento dos patógenos. Nesse sentido nossas pesquisas incluirão estudos com Plasmodium falciparum e Plasmodium vivax, agentes etiológicos da malária humana, HPV, vírus responsável pela progressão do câncer de colo uterino em 99% dos casos relatados e príon, que desempenha papel crucial em encefalopatias espongiformes transmissíveis. Outro aspecto abordado incluirá a modulação da resposta imune na infecção. Tendo-se em vista a complexidade dos problemas, o uso de modelos computacionais será uma ferramenta complementar importante na integração e formação de redes de sinalização. Portanto, o apoio ao NUSCEP trará enormes frutos na formação de recursos humanos, geração de novas ideias e integração de áreas distintas, porém complementares.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / David C Martins - Integrante / Célia Regina da Silva Garcia - Coordenador. Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
12.	2013-2015. New genetic tools for Archaea: functional characterization and modeling of the non-coding RNA regulatory network of Halobacterium salinarum Descrição: Organisms from the Archaea domain are excellent models to investigate the different strategies used by living cells to thrive in extreme niches. The current proposal has as the main goal the investigation of the gene regulatory network of the model organism Halobacterium salinarum NRC-1. First, a new set of modular genetic tools will be developed to improve the capability to genetically manipulate this organism. Second, the regulatory role and the molecular mechanism of action of new non-coding RNAs (ncRNAs) will be investigated in H. salinarum. Finally, the newly in vivo generated information will be integrated with pre-existing knowledge in order to implement a computational model of the regulatory network in H. salinarum taking into account the interplay of both general transcriptional factors (GTFs) and ncRNAs. This integrative approach attempts to get insight into the molecular mechanisms used by this organism to adapt to environmental signals. The model predictions will be validated in vivo using pre-existing and newly implemented genetic tools. The expected results from this project would allow enhancing our knowledge about the adaptation mechanism used by this organism to thrive under hash environments, with high relevance for new biotechnological applications.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: Tie Koide - Coordenador / Rafael Silva-Rocha - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Tie Koide.
13.	2013-2019. Possíveis impactos das mudanças climática globais em soja e os prováveis efeitos na qualidade de suas sementes Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Apoio à Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Marcos Silveira Buckeridge.
14.	2013-2018. Rede de Cooperação Acadêmica para o Estudo e Desenvolvimento de Ferramentas para a Genômica Estrutural e Funcional Descrição: Objetivo principal: Fortalecer e ampliar o intercâmbio acadêmico entre os programas inter-unidades de Pós-Graduação em Bioinformática da UFMG (CAPES 6) e da USP (5), o de Biotecnologia da UFPA (CAPES 5) e o de Bioinformática da UFPR (CAPES 3) com a criação de uma rede voltada a aumentar a formação de recursos humanos em Biologia Computacional, em resposta à presente chamada. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Robson Francisco de Souza - Integrante / Gruber, A. - Integrante / André Fujita - Integrante / Alan Mitchell Durham - Integrante / Vasco Ariston de Carvalho Azevedo - Coordenador / Artur Luiz da Costa da Silva - Integrante / Maria Berenice Reynaud Steffens - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 6 Membro: Robson Francisco de Souza.

2012

1.	2012-Atual. Aspectos moleculares da interação de Xylella fastidiosa com seu hospedeiro vegetal Descrição: Este projeto tem como objetivo investigar aspectos moleculares da interação de Xylella fastidiosa com seu hospedeiro vegetal através da análise comparativa do genoma e do transcritoma completo de diferentes linhagens deste fitopatógeno. As diferenças detectadas serão associadas aos distintos fenótipos das linhagens, em particular aqueles potencialmente associados à adaptação ao hospedeiro vegetal e a virulência desta bactéria. Esta investigação envolverá: sequenciamento completo do genoma de novas linhagens de X. fastidiosa, anotação e comparação de genomas completos já conhecidos, reconstrução da filogenia das linhagens de X. fastidiosa através de uma abordagem de filogenômica, sequenciamento do transcritoma de linhagens selecionadas crescidas em meio de cultivo que mimetiza o xilema, mapeamento dos transcritos no genoma, identificação de regiões regulatórias, identificação e caracterização funcional pequenos RNAs não-codificantes. Análises proteomicas e metabolomicas também serão realizadas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (4) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Coordenador / Paulo Adriano Zaini - Integrante / Andrea Cristina Fogaça - Integrante / Patrícia Isabela Pessoa da Silva - Integrante / Paulo Marques Pierry - Integrante / João C. Setubal - Integrante / Steve E Lindow - Integrante / Michael Ionescu - Integrante / Joaquim Martins-Junior - Integrante / Oseias Feitosa Junior - Integrante / Ana Paula Silva de Souza - Integrante / Guillermo Uceda Campos - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa / Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 12 Membro: Aline Maria da Silva.
2.	2012-Atual. Estudos da diversidade microbiana do Parque Zoológico de São Paulo Descrição: Este projeto tem por objetivo geral coletar, analisar e prospectar dados moleculares de três microbiomas existentes no Parque Zoológico do Estado de São Paulo: compostagem vegetal da mata atlântica, lago, e fezes de macacos bugio. O projeto fará uso de diversas metodologias, sendo as principais a metagenômica por pirossequenciamento, a identificação dos isolados microbianos por espectrofotometria de massa, e bioinformática. O projeto inclui pesquisadores da USP (campi Butantan e Zona Leste), da UNIFESP (campi Vila Clementino e Diadema), e da Fundação Parque Zoológico de São Paulo. O projeto trará novos resultados sobre a biodiversidade de microorganismos e de biomas específicos, com prospecção e o estabelecimento de coleções de linhagens microbianas; desenvolvimento de estratégias para a rápida identificação e transferência de linhagens com potencial de aplicação biotecnológica e industrial; e bioprospecção de produtos microbianos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (3) . Integrantes: Joao Carlos Setubal - Coordenador / Sergio verjovski-Almeida - Integrante / Luciano A. Digiampietri - Integrante / Julio Cezar de Oliveira - Integrante / da Silva, Aline M - Integrante / Renata Pascon - Integrante / Marcelo Vallim - Integrante / Luiz Juliano Neto - Integrante / João Batista da Cruz - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Joao Carlos Setubal.
3.	2012-2017. Genômica comparativa de toxinas polimórficas e evolução de genomas virais Descrição: Propomos a implementação de uma plataforma genérica para anotação de genes e sua aplicação em dois projetos de genômica comparativa: (1) a expansão da análise de toxinas e sistemas secretórios relacionados (ToxImmDB) e (2) a análise evolutiva de vírus de DNA dupla fita (VirusDB). A análise de toxinas a ser realizada utilizando o ToxImmDB buscará expandir nosso conhecimento sobre as toxinas polimórficas encontradas em várias linhagens de bactérias, buscando novos domínios efetores e proteínas de imunidade, bem como um melhor entendimento do papel desses sistemas na evolução de comunidade bacterianas como biofilmes e a flora bacteriana humana. A análise da evolução de genomas virais que motiva a implementação do VirusDB buscará avaliar hipóteses sobre as relações evolutivas entre os vírus de DNA núcleo- citoplasmáticos (NCLDV) e os fagos de DNA de bactérias (Caudovirales). Ambos os projetos contribuirão para um melhor entendimento da função e evolução de proteínas nesses sistemas e gerarão dados a serem incorporados na classificação de domínios proteicos que estamos desenvolvendo.. Situação: Desativado; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Robson Francisco de Souza - Coordenador / Aravind, L - Integrante / Iyer, Lakshminarayan M. - Integrante / Rodrigo A. S. Barreiro - Integrante. Número de produções C, T & A: 2 Membro: Robson Francisco de Souza.
4.	2012-2014. Investigação das bases moleculares da resistência de Rhipicephalus microplus e Cochliomyia hominivorax à parasiticidas Descrição: Doenças parasitárias afetam profundamente a produtividade animal e a venda de animais vivos ou derivados e, consequentemente, representam um grande impacto no desenvolvimento do setor agropecuário nos países sul americanos. O controle de parasitas é realizado quase que exclusivamente através da aplicação de produtos químicos ectoparasiticidas, mas uma grande preocupação que surge com o uso dos desses produtos é a seleção de linhagens resistentes. Tendo em vista a importância do desenvolvimento de resistência à parasiticidas no manejo de pragas e a escassez de informações sobre as bases moleculares da resistência metabólica à inseticidas, este projeto visa a comparação de linhagens resistentes e suscetíveis à parasiticidas em duas espécies-praga da pecuária, R. microplus, e C. hominivorax. A comparação das linhagens será realizada através de RNA-seq, um dos mais recentes e eficazes métodos disponíveis para análise de níveis de expressão gênica em escala genômica.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Coordenador / Guilherme Marcondes Klafke - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Tatiana Teixeira Torres.
5.	2012-2017. Investigação de Circuitos Neuronais e Marcadores Biológicos Envolvidos no Transtorno Obsessivo-Compulsivos por meio de Paradigmas Comportamentais de Medo e Ansiedade: uma Perspectiva Translacional Descrição: Os objetivos principais deste temático são aprofundar os conhecimentos sobre a fisiopatologia do transtorno obsessivo-compulsivo (TOC) utilizando um novo modelo compreensivo e direcionar este conhecimento para a identificação de fatores preditivos de resposta aos tratamentos disponíveis e a novas abordagens terapêuticas. Ao invés de investigar o TOC a partir de aspectos fenotípicos, como fizemos em temáticos anteriores, neste projeto utilizaremos paradigmas comportamentais estabelecidos na fisiopatologia do medo e da ansiedade, que envolvem redes e circuitos neuronais específicos. Em seguida, será avaliado o impacto de intervenções terapêuticas psicológicas, farmacológicas e neurocirúrgicas nestes mesmos paradigmas. Num formato semelhante, os paradigmas e tratamento farmacológico também serão realizados em crianças com TOC e crianças saudáveis antes e depois do tratamento. Simultaneamente, serão investigados aspectos neuropsicológicos, eletroencefalográficos e de neuroimagem, assim como marcadores periféricos associados ao desempenho nestes paradigmas, antes e após os tratamentos. Com base nos circuitos cerebrais envolvidos nestes paradigmas será ainda analisado o perfil de expressão gênica e metilação em áreas específicas de tecidos cerebrais post-mortem de pessoas que eram portadoras de TOC. Os mesmos paradigmas serão utilizados em um modelo animal de TOC pré e pós tratamento. Nestes animais, além dos resultados comportamentais, será estudado o perfil de expressão cerebral de genes previamente associados à etiologia do TOC. Pretende-se também desenvolver um novo modelo de análise estatística dos dados obtidos, visando otimizá-los de modo a diminuir a exposição de pacientes a procedimentos com baixa chance de efetividade.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Integrante / Roseli Gedanke Shavitt - Integrante / Guilherme Polanczyk - Integrante / Euripedes Constantino Miguel - Coordenador / Marcus Lira Brandão - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Helena Paula Brentani.
6.	2012-2015. Meiotic Sex Chromosome Inactivation in Drosophila Descrição: In several different taxa, there is indubitable evidence of transcriptional silencing of the X and Y chromosomes in male meiotic cells of spermatogenesis. However, the so called meiotic sex chromosome inactivation (MSCI) has been recently a hot bed for debate in Drosophila melanogaster. There are cytological and genetic observations, data from transgenic constructs with testis-specific promoters, global expression profiles obtained from mutant, wild-type, larvae and adult testes as well as from cells of different stages of spermatogenesis. There is no dispute on that D. melanogaster spermatogenesis presents a down-regulation of X chromosome that does not result from the lack of dosage compensation. However, the issue is currently focused on the level of reduction of X-linked expression, the precise time it occurs and how many genes are affected. The deep examination of data and experiments exposes the limitations intrinsic to the methods of studying MSCI in D. melanogaster. The current methods do not allow us to affirm anything else than the X chromosome down-regulation in meiosis (MSCI). Therefore, conclusion about level, degree or precise timing is inadequate. This project will implement new approaches to know the details of MSCI or other processes involved for D. melanogaster model.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (1) . Integrantes: Maria Dulcetti Vibranovski - Coordenador. Financiador(es): The Pew Charitable Trusts - Auxílio financeiro. Membro: Maria Dulcetti Vibranovski.
7.	2012-2014. Modelos computacionais para familias de proteinas relevantes em bioenergia microbiana Descrição: Criação de modelos ocultos de Markov que representem famílias de proteinas de processos microbianos relevantes para aplicações biotecnológicas em bioenergia. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Joao Carlos Setubal - Coordenador / Claudia B. Monteiro-Vitorello - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Joao Carlos Setubal.
8.	2012-2016. Modelos e métodos de e-Science para ciências da vida e agrárias Descrição: Este projeto visa a criação de uma rede colaborativa de eScience para acelerar pesquisa avançada em ciências da vida (biologia, medicina, oceanografia) e ciências agrárias. Está estruturado em tomo de cinco linhas de pesquisa - biologia de sistemas, planejamento de safras, computação visual, modelagem matemática e bancos de dados. Vigência: 01 de fevereiro de 2012 - 31 de janeiro de 2016. Coordenador Geral Roberto Marcondes Cesar Jr.. Coordenador da área de Banco de Dados: João Eduardo Ferreira.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Marcelo Camacho Souza - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / João Marcelo Borovina Josko - Integrante. Membro: João Eduardo Ferreira.
9.	2012-2016. Núcleo de Apoio à Pesquisa em Doenças Inflamatórias - NAP-DIN Descrição: Pretende-se com a criação do núcleo criar condições institucionais que viabilize a estruturação de um grupo de pesquisa constituído de pesquisadores das áreas básicas e clínicas associados a químicos medicinais com objetivo de investigar as Doenças Inflamatórias. As seguintes doenças inflamatórias serão investigadas: infecciosas (leishmaniose, doença de Chagas, paracoccidioidomicose, toxoplasmose, tuberculose, sepse); autoimunes (artrite reumatóide, psoríase, doenças inflamatórias intestinais, pênfigo); alérgicas (asma); vasculares (aterosclerose). A interação de pesquisadores com formações multidisciplinares permitirá o desenvolvimento de projetos de pesquisa translacional, favorecendo a rápida identificação de novos alvos terapêuticos. Isto permitirá o desenvolvimento de novos métodos diagnósticos e/ou novos medicamentos para tratamento destas doenças.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (38) / Especialização: (25) / Mestrado acadêmico: (40) / Doutorado: (51) . Integrantes: Silvana Giuliatti - Integrante / Eduardo Antonio Donadi - Integrante / Flavio da Silva Emery - Integrante / Virgínia Paes Leme Ferriani - Integrante / Fernando de Queiróz Cunha - Coordenador / Paulo Louzada Júnior - Integrante / João Santana da Silva - Integrante / Vania Luiza Deperon Bonato - Integrante / Thiago Mattar Cunha - Integrante / Jose Carlos Farias Alves Filho - Integrante / Dario Simões Zamboni - Integrante / Ana Maria Ferreira Roselino - Integrante / Cacilda da Silva Souza - Integrante / Rita Cassia A. Tostes - Integrante / Sérgio Henrique Ferreira - Integrante / Elcio dos Santos Oliveira Vianna - Integrante / Anibal Basile Filho - Integrante / Francisco José A. de Paula - Integrante / Antonio Pazin Filho - Integrante / Ana Paula C. Panzeri Carlotti - Integrante / Marcos de Carvalho Borges - Integrante / Cristina Ribeiro de Barros Cardoso - Integrante / Sandra Yasuyo Fukada Alves - Integrante / Ana Maria Oliveira - Integrante / Giuliano Cesar Clososki - Integrante / Carlos Henrique Tomich de Paula da Silva - Integrante / Carlos Renato Tirapelli - Integrante / Geraldo Aleixo S. Passos - Integrante. Membro: Silvana Giuliatti.
10.	2012-2017. Núcleo e-Science de Apoio a Pesquisa da Universidade de São Paulo Descrição: Projeto financiado pela Pró-Reitoria de Pesquisa da Universidade de Sáo Paulo. vigência 30/06/2012 a 30/05/2016. Coordenador Geral: Roberto Marcondes Cesar Jr.. Coordenador da área de Banco de Dados: João Eduardo Ferreira.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Marcelo Camacho Souza - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / Mina Cintho - Integrante / João Marcelo Borovina Josko - Integrante. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: João Eduardo Ferreira.
11.	2012-2015. PlantSimLab: A Simulation Laboratory for Plant Biology Descrição: The goal of the project is to develop a network modeling tool, PlantSimLab, that enables plant biologists to build, validate, and use intuitive computer models, with a user interface that does not require mathematical or modeling expertise. No such tool is currently available.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Joao Carlos Setubal - Integrante / Brett Tyler - Integrante / Reinhard Laubenbacher - Coordenador / John McDowell - Integrante. Financiador(es): National Science Foundation - Auxílio financeiro. Membro: Joao Carlos Setubal.
12.	2012-Atual. Sao Paulo- Minas Gerais Neglected Tropical Disease Research Center for Biomarker Discovery Descrição: Chagas disease remains one of the most neglected diseases in the world, with recent estimates indicating 8-10 million infected people in Latin and Central America and only one marginally effective therapeutic. The lack of good biomarkers for active infection or clinical end-points poses a problem both for individual patient prognosis and for assessing the performance of new drugs or therapeutic interventions. In this project the main computer challenge is the development of database system in order to integrate data clinical and data tests from patients.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Ester C. Sabino - Coordenador / Osvaldo Kotaro Takai - Integrante / Helves Domingues - Integrante / Leonardo Tadashi Kamaura - Integrante. Financiador(es): National Institure of Health- USA - Auxílio financeiro. Membro: João Eduardo Ferreira.
13.	2012-2014. Transactional Model and Performance Analysis for Business Processes and e-Science Applications. Descrição: In modern science and business process studies the main challenge is not anymore in data acquisition but mainly in data processing, analysis, storage and transfer. To treat these challenges, workow and business process systems have received increased attention from research and industry communities. Despite of the signicant eorts and software tools developed, the workows and business processes still oer a scenario with several research challenges, mainly related to the scalability and reliability of their execution in the new collaborative and high-performance computing platforms. In this pro ject, we are focusing in two important issues (called axes) belonging to this scenario: transaction processing and prediction of performance related to dierent phases of the workow life cycle. The rst axis is related to transaction processing aiming to grant a exible and reliable environment for the modeling and execution of workows. The second research axis is related to prediction of performance of workows by means of formal modeling, in order to support a better provisioning of resources and a better scheduling of tasks in such type of applications. To validate the results obtained in these two research axes, we will use two real-world case studies that are important examples of both workows and e-Science applications. In addition to the academic results provided in this project, we also hope to increase the research capability of the DATA group through two important research axes and also the validation of academic results based on two important case studies.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador / Luciano V Araújo - Integrante / Marcio Katsumi Oikawa - Integrante / Osvaldo Kotaro Takai - Integrante / Kelly Rosa Braghetto - Integrante / Pedro Paulo de Souza Bento da Silva - Integrante / André Luis schwerz - Integrante / Marcela Ortega Garcia - Integrante / Rafael Liberato - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: João Eduardo Ferreira.
14.	2012-2017. Uso da abordagem de biologia de sistemas para desenvolver um modelo de funcionamento em plantas Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Cooperação. Membro: Marcos Silveira Buckeridge.

2011

1.	2011-2012. ?Candidatus Mycoplasma haemolamae? genome sequencing, annotation, and analysis Descrição: The annotation and analysis of the complete genome of CMhl will have considerable impact on our understanding of how this hemotropic mycoplasma (hemoplasma) causes disease and provide new insights into its evolution and metabolism. Sequencing of CMhl is particularly important given our inability to culture this and other hemoplasmas in vitro. The impact of our understanding of their biology might be best compared to sequencing the genomes of Tropheryma whipple (Renesto P et al., 2003) and Treponema pallidum (Norris SJ et al., 2001), fastidious bacterial pathogens for which in vitro growth had not been possible. The sequenced genomes of these organisms were analyzed to identify specific metabolic deficiencies, which allowed for the design of culture media to support their continuous in vitro growth. Thus, the analysis of gene function and construction of metabolic pathways is likely to yield important information about what components or nutrients are required for in vitro cultivation of CMhl and which genes are important targets for diagnostic investigation and vaccine development.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Ana Marcia de Sá Guimarães - Integrante / Joanne Belle Messick - Coordenador / Santos, Andrea Pires - Integrante / Janice E. Sojka - Integrante. Membro: Ana Marcia de Sá Guimarães.
2.	2011-2014. Avaliação da Doença de Alzheimer Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Helena Paula Brentani.
3.	2011-2014. Avaliação quantitativa de variações genéticas raras e comuns no sistema dopaminérgico relacionadas ao transtorno de déficit de atenção/hiperatividade e aos seus fenótipos intermediários Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Helena Paula Brentani.
4.	2011-2014. Commoditizing Data-Intensive Biocomputing in the Cloud Descrição: Criação de infra-estrutura de sofware para utilização da Cloud Azure da Microsoft para problemas de larga escala em genômica. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: Joao Carlos Setubal - Integrante / Feng, Wu-chun - Coordenador. Membro: Joao Carlos Setubal.
5.	2011-2019. Degradação da Parede Celular em raízes de cana de açúcar Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Marcos Silveira Buckeridge.
6.	2011-Atual. Estudos de metagenômica da comunidade microbiana da compostagem do Zoológico de São Paulo Descrição: Este projeto visa o estudo da diversidade microbiana envolvida na degradação de biomassa durante o processo de compostagem. Através de um projeto colaborativo com a Fundação Parque Zoológico de São Paulo e a UNIFESP, estamos gerando dados metagenômicos de amostras coletadas da unidade de compostagem instalada no Parque Zoológico de São Paulo. Nossos objetivos são investigar bactérias cultiváveis e não-cultiváveis nestas comunidades microbianas complexas e buscar, nestes metagenomas, por novas enzimas com potencial para aplicação industrial.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (4) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / Layla Farage Martins - Integrante / Julio C. F. de Oliveira - Integrante / João C. Setubal - Coordenador / Luciana Antunes Principal - Integrante / Luiz Juliano Neto - Integrante / João Batista da Cruz - Integrante / Luciano A. Digiampietri - Integrante / Cristina Viana-Niero - Integrante / Renata C. Pascon - Integrante / Deibs Barbosa - Integrante / Karen Cristina Lombardi - Integrante / QUAGGIO, RONALDO B. - Integrante / Roberta Verciano Pereira - Integrante / Suzana Eiko Sato Guima - Integrante / Remigio Cenepo Escobar Rodrigues - Integrante / Raquel Riyuzo de Almeida Franco - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 13 Membro: Aline Maria da Silva.
7.	2011-2011. Hemotrophic mycoplasmas in Florida Panthers (Puma concolor) Descrição: The aim of this project is to evaluate the prevalence of the three feline hemotrophic mycoplasmas (M. haemofelis, 'Candidatus M. haemominutum', 'Candidatus M. turicensis' in free-ranging Florida panthers (Puma concolor). More than 200 samples collected over a period of 8 years will be analyzed. This project is part of the Merial Summer Scholars Fellowship Program of the Purdue Veterinary student Jamie Blickensderfer.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Ana Marcia de Sá Guimarães - Integrante / Messick, Joanne B. - Coordenador / Santos, A. P. - Integrante. Financiador(es): Merial Saúde Animal - Bolsa. Membro: Ana Marcia de Sá Guimarães.
8.	2011-2013. Integração de Dados na Biologia Sistêmica: Caracterização de Fenômenos Biológicos a partir de Informações Estruturais e Funcionais Descrição: The purpose of this project is to develop a modeling that allows: a) analysis of gene expressions and GRNs inference; b) generation of techniques for integration of biological data with the intention of characterization and identification of the biological process; c) integration between the functional analysis and structural analysis. In this sense, it is expected in this project the development of a software environment for the integration of several biological data sources in different levels, allowing to investigate the relationship between biological network structure and its biological function.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / David C Martins - Integrante / Helena P. Brentani Samaia - Integrante / Fabrício Martins Lopes - Integrante / Marie-Anne Van Sluys - Integrante / Sérgio Nery Simões - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 1 Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
9.	2011-2015. Núcleo de Apoio à Pesquisa em Biodiversidade e Computação Descrição: Esta proposta tem por objetivo consolidar um grupo de pesquisa fortemente transdisciplinar que visa se tornar um pólo de referência no tratamento das questões ligadas à biodiversidade neotropical e computação. O Núcleo de Apoio a Pesquisa em Biodiversidade e Computação (NAP BioComp) promoverá uma maior interação entre diversas áreas do conhecimento ? Biologia, Computação, Engenharia Elétrica e Matemática - fundamentais para aumentar o conhecimento sobre a biodiversidade neotropical, as formas de preservá-la e usá-la de modo sustentável. A criação do NAP BioComp está em consonância com a implementação do Intergovernmental Science-Policy Platform on Biodiversity and Ecosystem Services pela ONU, que visa unir especialistas em biodiversidade e os tomadores de decisão em torno dos serviços de ecossistemas e sua importância para o uso sustentável dos recursos naturais. A perda de biodiversidade é uma das mais sérias ameaças causadas pela ação do homem na Terra, alterando para sempre o nosso planeta, juntamente com alterações globais e de ciclagem de nutrientes. Lidar com estes problemas para subsidiar a decisão política exige formação técnico-científica competente, avançada e integrada especialmente nas áreas de Biodiversidade e Computação, mas com forte aporte das outras ciências, o que resultará em conhecimentos importantes também na interface agricultura e conservação.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Integrante / Cristina Yumi Miyaki - Integrante / Antonio Mauro Saraiva - Coordenador / Carlos Alberto Garófalo - Integrante / José Rubens Pirani - Integrante / Lionel S. Gonçalves - Integrante / Vera Lucia I. Fonseca - Integrante / Vítor Heloiz Nascimento - Integrante. Membro: Tatiana Teixeira Torres.
10.	2011-2016. Temático-Pronex: Modelos e métodos de e-Science para ciências da vida e agrárias Descrição: A ciência moderna é crescentemente interdisciplinar e intensiva em dados. Na área de ciências da vida, por exemplo, com o surgimento de plataformas de alto desempenho para análise de imagens e estudos genômicos, o gargalo não está mais na aquisição de dados, mas sim no seu armazenamento, processamento, análise e visualização. Este cenário levou ao surgimento de um novo campo de pesquisa - eScience - que combina pesquisa avançada em computação e em modelagem matemática para permitir e acelerar pesquisa em outros domínios do conhecimento, desde as ciências exatas até as humanidades e artes. A eScience envolve a chamada "computação centrada em dados" (data-intensive computing), com a busca de soluções para gerenciamento de grandes volumes de dados produzidos por (e para) experimentos científicos, para que a descoberta científica não venha a ser detida pelo "dilúvio de dados". Este projeto visa a criação de uma rede colaborativa de eScience para acelerar pesquisa avançada em ciências da vida (biologia, medicina, oceanografia) e ciências agrárias. Está estruturado em tomo de cinco linhas de pesquisa - biologia de sistemas, planejamento de safras, computação visual, modelagem matemática e bancos de dados. Dentro dessas linhas, serão tratadas questões em aberto associadas às principais componentes de um ambiente de pesquisa em eScience: armazenamento, processamento, análise e visualização de grandes volumes de dados científicos. Os pesquisadores principais têm histórico de cooperação e coordenação de projetos nessas linhas. Questões de interoperalidade permeiam todo o projeto.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
11.	2011-2015. The Oomycete-Soybean Coordinated Agricultural Project Descrição: The Oomycete-Soybean Coordinated Agricultural Project (CAP) is a community, transdisciplinary effort of 28 co-project directors at 17 institutions. The Virginia Bioinformatics Institute at Virginia Tech is the lead institution. Brett Tyler is the lead PD. The project is funded by the the Agriculture and Food Research Initiative (AFRI) of the National Institute of Food and Agriculture (NIFA), an agency within the U.S. Department of Agriculture (USDA).. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Joao Carlos Setubal - Integrante / Brett Tyler - Coordenador / John McDowell - Integrante. Financiador(es): United States Department of Agriculture - Auxílio financeiro. Membro: Joao Carlos Setubal.

2010

1.	2010-2013. Avaliação da biodiversidade de bactérias associadas a ambientes de mina Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Integrante / Laura Maria Mariscal Ottoboni - Coordenador / Camila Carlos - Integrante / Viviane Drumond Rodrigues - Integrante / Oswaldo Garcia Jr - Integrante / Nancy C Stoppe - Integrante / Ana Paula Guarnieri Christ - Integrante / Diana Marcela Henao Ossa - Integrante / Pablo dos Santos Pina - Integrante / Denise Bevilaqua - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Tatiana Teixeira Torres.
2.	2010-2013. Caracterização da microbiota associada ao muco de corais escleractíneos do litoral do Estado de São Paulo por pirosequenciamento Descrição: http://www.bv.fapesp.br/pt/auxilios/28821/caracterizacao-da-microbiota-associada-ao-muco-de-corais-escleractineos-do-litoral-do-estado-de-sao-/. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Integrante / Laura Maria Mariscal Ottoboni - Coordenador / Camila Carlos - Integrante / Fabiana Alexandrino - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Tatiana Teixeira Torres.
3.	2010-Atual. Consortium for the Analysis of the Diversity and Evolution of Latin America Descrição: We are an international, multidisciplinary consortium involving academic researchers studying the biological diversity of Latin Americans and its social context. We are currently focusing on individuals from five countries: Mexico, Colombia, Peru, Chile and Brazil. In these individuals we are performing a characterization of their physical appearance, examining their genetic make-up and social background, and evaluating their perception and attitudes regarding themselves and others. With this research we aim to probe a broad range of questions relevant to anthropological, biological and medical research. We also aim to explore the complex relationship between social and biological factors impinging on ideas about ethnic identity and race, and reflectively examine the motivations of biological research in Latin American populations. Our work is supported by the academic institutions involved: the Leverhulme Trust, the Biotechnology and Biological Sciences Research Council.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tabita Hunemeier - Integrante / Maria Cátira Bortolini - Integrante / Víctor Acuna-Alonzo - Integrante / ANDRES RUIZ-LINARES - Coordenador / Gabriel Bedoya - Integrante / Francisco Rothhammer - Integrante / Jorge Gomez-Valdes - Integrante / Rolando Gonzalez-Jose - Integrante / Virginia Ramallo - Integrante / David Balding - Integrante. Membro: Tabita Hunemeier.
4.	2010-2017. Criação e análise de indicadores de dados clínicos e moleculares de pacientes HIV para gestão e tomada de decisão do PN-DST-AIDS Descrição: Desenvolvimento de ferramentas computacionais para criação e análise de indicadores dos dados clínicos e moleculares de pacientes HIV para gestão e tomada de decisão do Departamento de DST, Aids e Hepatites Virais, bem como a Implementação do Teste de Genotipagem para detecção de mutações que geram resistência ao Inibidor de Entrada ? Enfuvirtida ? em pacientes submetidos ao HAART, mas sem tratamento prévio com esta classe de drogas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador / Luciano V Araújo - Integrante / Ester C. Sabino - Integrante / Leonardo Tadashi Kamaura - Integrante. Financiador(es): Ministéria da Saúde - Programa Nacional Doenças Sexualmente Transmissíveis - Cooperação. Membro: João Eduardo Ferreira.
5.	2010-2012. Engenharia fisiológica da biomassa lignocelulósica da cana-de-açúcar Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Marcos Silveira Buckeridge.
6.	2010-2011. Evaluation of monetary income and human age as predictors of the number of pets in a city Descrição: This study aim to investigate monetary income and age as predictors for the number of cats and dogs in Pinhais, PR. Data generated in a census performed by the city hall will be used to evaluate if monetary income and age in households can be used to predict and/or are correlated to the number of pets. This project is part of the Scientific Initiation Program of Camila Marinelli at Universidade Federal do Paraná.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Ana Marcia de Sá Guimarães - Integrante / Alexander Welker Biondo - Coordenador / Ahmed Mohamed - Integrante / Camila Marinelli - Integrante. Membro: Ana Marcia de Sá Guimarães.
7.	2010-2014. Gene Ontology Terms for Microbial Energy Processes Descrição: Novos termos da Gene Ontology sao criados para processos de bioenergia em micro-organismos. Esses termos sao usados na anotacao de genomas microbianos relevantes para bioenergia.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Joao Carlos Setubal - Integrante / Brett Tyler - Integrante / T. Murali - Integrante / Biswarup Mukhopadhyay - Coordenador. Membro: Joao Carlos Setubal.
8.	2010-2012. Genes de vias de sinalização envolvidos na recapitulação da nefrogênese pelo tumor de Wilms: Definição do espectro de mutações e caracterização dos aspectos regulatórios e funcionais Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Integrante / Dirce Maria Carraro - Coordenador. Membro: Helena Paula Brentani.
9.	2010-2013. Genome-wide Analysis of Mycoplasma haemofelis Pathogenesis, Evolution and Metabolism Descrição: About 25% of all cats that are anemic and/or acutely ill have a M. haemofelis infection. In cats, this parasite has been widely studied due to its role as a primary pathogen, cofactor in the pathogenesis of retroviral and other diseases, and its propensity to establish chronic infections despite antibiotic treatment. There is molecular evidence suggesting that M. haemofelis and its relatives (formerly Haemobartonella and Eperythrozoon) define a new clad of mycoplasmas, which unlike other mycoplasmas, have a unique tropism for the red blood cell of their vertebrate host. These parasites, given the trivial name hemoplasmas, are most closely related to members of the M. pneumoniae group. Our laboratory group recently successfully sequenced and have a draft assembly of the entire genome of M. haemofelis. A long-term goal for sequencing M. haemofelis is to identify genes involved in virulence and survival, helping to pave the way for diagnostic testing, vaccine development and treatment strategies. The overall objectives of our proposal are to annotate and analyze the genomic sequence of M. haemofelis, to understand how it causes disease and provide new insights into the evolution of these hemoplasmas. Furthermore, information about the biochemical pathways used by M. haemofelis will provide valuable clues about culture conditions needed to support hemoplasma growth in vitro, which to date has not been achieved. We look forward to never infecting another cat to harvest parasites for experimental studies. It is anticipated that the findings of these studies will dramatically alter our understanding of M. haemofelis.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Ana Marcia de Sá Guimarães - Integrante / Joanne Belle Messick - Coordenador / Santos, Andrea P. - Integrante. Financiador(es): Morris Animal Foundation - Auxílio financeiro. Membro: Ana Marcia de Sá Guimarães.
10.	2010-2010. Hemotrophic mycoplasmas in Brazilian captive and free-ranging cervids: prevalence and molecular characterization Descrição: Brazilian cervids have never been tested for hemoplasma infection. This project aimed to evaluate and molecularly characterize hemotrophic mycoplasmas in Brazilian captive and free-ranging cervids.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: Ana Marcia de Sá Guimarães - Integrante / Alexander Welker Biondo - Coordenador / Joanne Belle Messick - Integrante / Wanderlei Moraes - Integrante / Leonilda Correa Santos - Integrante / Vieira, Rafael F.C. - Integrante / Cubas, Z.S. - Integrante / Ana Laura Grazziottin - Integrante / Santos, Andrea Pires - Integrante / Filho, Ivan Roque de Barros - Integrante / José Maurício Barbanti Duarte - Integrante. Membro: Ana Marcia de Sá Guimarães.
11.	2010-2015. Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia do Bioetanol Descrição: Esta proposta une um conjunto de 30 laboratórios de 5 estados brasileiros para desenvolver as bases tecnológicas necessárias para viabilizar a produção de etanol celulósico a partir de cana-de-açúcar no Brasil. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Marcos Silveira Buckeridge.
12.	2010-2014. Mecanismos de hidrólise de polissacarídeos de parede celular de cana de açúcar Descrição: Visa estudara estrura fina dos arabinoxilanos e beta-glucanos de gramíneas com foco na cana-de-açúcar. Hidrolases, como celulases, xilanases, alfa/arabinofuranosidases, xiloglucano transglicosilase-hidrolase (XTH) e feruloil esterases são utilizadas com o objetivo de determinar astrutura fina dos polissacarídeos e com isto abrir caminho para a produção de etanol de segunda geração (etanol celulósico). As enzimas utilizadas são tando de microorganismos como da própria planta.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Membro: Marcos Silveira Buckeridge.
13.	2010-Atual. PATO Descrição: Este projeto visa o desenvolvmento de um sistema interativo e modular para anotação e curagem in silico de sequências. O sistema estará acoplado ao EGene e a um sistema de banco de dados. A integração com o banco de dados possibilitará modos interativos de seleção de conjuntos de sequêcias baseada no processamento anterior, visando processos incrementais de anotação.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Alan Mitchell Durham - Coordenador / Arthur Gruber - Integrante / Liliane Santana - Integrante. Membro: Alan Mitchell Durham.
14.	2010-2012. Sequencing and annotation of the Mycoplasma suis genome Descrição: Mycoplasma suis is the causative agent of eperythrozoonosis in domestic and wild pigs. Although sufficient information is available to describe the clinical significance of this pathogen to the swine medicine, host-pathogen interactions, transmission, virulence and survival factors are virtually unknown. In addition, genes that are unique to hemoplasmas, giving them the ability to parasitize red blood cells, haven't been described. This study aim to use a whole genome sequencing and analysis approach to determine the M. suis virulence and pathogenicity mechanisms as well as biochemical pathways that may lead to its further cultivation in vitro.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Ana Marcia de Sá Guimarães - Integrante / Joanne Belle Messick - Coordenador / Santos, Andrea P. - Integrante / Phillip San Miguel - Integrante. Financiador(es): National Animal Disease Center-USDA-ARS - Auxílio financeiro. Membro: Ana Marcia de Sá Guimarães.
15.	2010-Atual. Sistemas de Caracterização Probabilística de Sequências Descrição: As moléculas de RNA podem ser divididas em duas grandes categorias: codificantes e não codificante. Nosso projeto visa o estudo de predição de genes, tanto de proteínas, quanto de RNAs não codificantes. Os RNAs codificantes, também conhecidos como RNAs mensageiros (mRNAs), são aqueles cuja função é servir de molde para síntese de proteínas. Os RNAs não codificantes (ncRNAs) não são traduzidos em proteína, sendo funcionais como RNAs. Devido as suas características, temos duas áreas distintas em predição de genes: predição de genes que codificam proteínas (RNAs codificantes) e predição de genes de RNA (RNAs não codificantes). Pretendemos abordar problemas das duas áreas. O objetivo deste projeto é o desenvolvimento de uma plataforma para implementação de caracterizadores probabilísticos de sequências e seu uso em predição de genes e caracterização de famílias de ncRNAs.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (5) / Doutorado: (2) . Integrantes: Alan Mitchell Durham - Coordenador / André Yoshiaki Kashiwabara - Integrante / Paschoal, Alexandre Rossi - Integrante / Igor Bonadio - Integrante / Vitor Onuchic - Integrante / Rafael Mathias Ferreira - Integrante / Laecio Freitas Chaves - Integrante. Membro: Alan Mitchell Durham.

2009

1.	2009-2009. Analise de danos de dna e expressao de genes supressores de tumor em tecido post-mortem em pacientes com doença de Alzheimer Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Helena Paula Brentani.
2.	2009-2011. Análise da expressão de genes relacionados ao comportamento alimentar na família Calliphoridae Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Tatiana Teixeira Torres.
3.	2009-2011. Análise do perfil de expressão gênica em Cochliomyia hominivorax através de sequenciamento massivo em paralelo Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Tatiana Teixeira Torres.
4.	2009-2012. Avaliação In Silico de Inibidores Sintéticos e Naturais contra o Veneno de Apis mellifera Descrição: O presente projeto propõe a identificação e avaliação de inibidores sintéticos e naturais contra o veneno de Apis mellifera, abordando os seguintes aspectos: avaliar in silico as possíveis interações entre proteínas do veneno de Apis mellifera e inibidores vegetais e sintéticos pré-selecionados, através da modelagem molecular computacional e ?docking?.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Silvana Giuliatti - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Membro: Silvana Giuliatti.
5.	2009-2015. Biologia sistêmica do extremófilo Halobacterium salinarum: papel dos RNAs não codificantes ao modelo global de regulação gênica Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tie Koide - Coordenador / Ricardo Vêncio - Integrante / Nitin Baliga - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Fundação de Apoio ao Ensino, Pesquisa e Assistência do HCFMRP - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Tie Koide.
6.	2009-2013. Centro de Projetos Biológicos e Industriais para Biocombustíveis - CeProBIO Descrição: O CeProBIO está propondo um modelo industrial de produção de etanol celulósico que seja passível de integração ao arranjo produtivo já existente em regiões desenvolvidas do Brasil ou, alternativamente, que possa ser implementado em áreas cuja infra-estrutura agro-industrial esteja ainda em fase de implementação e consolidação. Este modelo inovador prevê a diminuição drástica e eventual eliminação total da necessidade de qualquer insumo de origem fóssil através do reaproveitamento dos resíduos, efluentes e emisões na geração de energia e produção de produtos químicos de valor.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Integrante / Igor Polikarpov - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Marcos Silveira Buckeridge.
7.	2009-2012. Estabelecimento de um laboratório de Microbiologia Aplicada no Zoológico de São Paulo: Identificação e isolamento de microrganismos que produzam enzimas e seus inibidores de aplicação nas áreas médica, veterinária e industrial Descrição: A Fundação Parque Zoológico de São Paulo (FPZSP) possui uma unidade de produção de composto orgânico (UPCO) que aproveita a matéria orgânica de várias origens como: excremento de aproximadamente 3.500 animais, oriundos de varias partes do mundo, carcaças, sedimentos e coluna de água do lago, restos de cama de animais, resíduos de poda dos jardins do Parque, restos vegetais da Mata Atlântica e resíduos alimentares. O composto final, cerca de 600 toneladas/ano é utilizado como fertilizante orgânico na fazenda do Zoológico, para produção de cerca de 70% dos alimentos consumidos pelos animais do Parque, fechando assim um ciclo virtuoso de sustentabilidade. Além disso, a compostagem evita que a matéria orgânica seja depositada em aterros sanitários, aumentando o volume de lixo. A riqueza microbiológica deste material é incalculável, visto que ali poderão ser encontradas inúmeras espécies que ainda não foram descritas e/ou cultivadas. Baseado nisso, foi estabelecida uma parceria entre a UNIFESP e FPZSP para nuclear um programa de microbiologia aplicada com o objetivo de prospectar esta diversidade microbiana e aplicá-la em processos biotecnológicos. O objetivo geral deste projeto é isolar conhecer, preservar e caracterizar microrganismos da compostagem e das águas do parque. Nossos dados preliminares demonstram que os métodos tradicionais de isolamento e preservação podem ser utilizados na prospecção dos microrganismos cultiváveis da compostagem, no entanto, estima-se que a maior parte dos microrganismos que habitam este material não seja passível de cultivo. Os microrganismos isolados serão identificados por espectrometria de massa (MALDI/TOF-MS), uma metodologia que está sendo implementada no laboratório de Biofísica do INFAR/UNIFESP. As identificações serão validadas pelo sequenciamento da subunidade menor do ribossomo (SSU rDNA). Os microrganismos isolados da compostagem serão testados para produção de enzimas de grande interesse industrial, como as celulases, xilanas. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / Sergio Verjovski-Almeida - Integrante / Layla Farage Martins - Integrante / Julio C. F. de Oliveira - Integrante / João C. Setubal - Integrante / Luciana Antunes Principal - Integrante / Luiz Juliano Neto - Coordenador / João Batista da Cruz - Integrante / Marcelo Vallim - Integrante / Cristina Viana-Niero - Integrante / Renata C. Pascon - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 4 Membro: Aline Maria da Silva.
8.	2009-2013. Expressão gênica de fibroblastos associados a carcinomas de mama classificados em subtipos de acordo com receptores de estrógeno e progesterona e C-ERBB2 Descrição: Câncer de mama é uma doença heterogênea que compreende vários tipos fenotipicamente distintos, mas que atualmente se classificam em 3 subtipos principais baseando-se na expressão gênica: luminal (ER+PR+erbB2-), Her 2/neu+, e basal (ER-PR-erbB2-, citoqueratina 5/6). Esta heterogeneidade biológica tem implicações para o tratamento e prognóstico. Evidências crescentes demonstraram que células estromais são modificadoras da iniciação e progressão tumorais e acrescentaram mais um fator a esta complexidade derivado dos efeitos induzidos pelas interações heterotípicas entre epitélio e estroma. Uma pergunta fundamental ainda não analisada é: quais são as mudanças ocorridas nestes fibroblastos que acompanham a perda da sensibilidade hormonal. A proposta do projeto 1 é isolar fibroblastos associados a tumores luminais ou basais e fibroblastos normais pela metodologia da captura por microdissecção a laser e utilizar metodologias de sequenciamento em grande escala, para identificar genes diferencialmente expressos. O subprojeto 2 pretende identificar nos fibroblastos definidos no projeto 1, assinaturas de microRNAs, uma vez que estes exercem um papel critico em diversos processos biológicos funcionando como reguladores. No subprojeto 3 pretendemos verificar o efeito do tratamento com vitamina D sobre a proliferação de fibroblastos normais ou associados ao tumor de mama obtidos por cultura primária e as modificações do perfil gênico induzidas por vitamina D nos fibroblastos normais pareados. No subprojeto 4 pretendemos determinar a influência de fibroblastos obtidos de tumor primário e de linfonodo comprometido na expressão das células de câncer de mama e avaliar genes selecionados em amostras de câncer de mama e respectivos linfonodos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Integrante / Maria Mitzi Brentani - Coordenador. Membro: Helena Paula Brentani.
9.	2009-Atual. Genômica de cana de açúcar: elemetos de transposição contribuintes para diversidade gênica, genética e genômica Descrição: Este projeto está integrado ao programa BioEn-FAPESP. A cana de açúcar é uma das fontes mais importantes para a produção de biocombustíveis no Brasil. Também ocupa posição de destaque no agronegócio do Estado de São Paulo. A produção de biocombustíveis a partir de cana de açúcar é dependente de sacarose como matéria prima. Espera-se que a indústria sucro alcooleira brasileira ganhe em competividade desde que haja um aumento de produtividade (biomassa) garantindo a preservação do meio ambiente evitando-se o uso de novas terras. Aumento de produção de biomassa pode ser atingido através do uso de técnicas que permitam o monitoramento e modulação do metabolismo de sacarose em condições adequadas e restritivas de crescimento da planta, como por exemplo condições de pouca disponibilidade de água. O uso potencial do bagaço como fonte de biomassa é dependente da disponibilização do carbono fixado nos polímeros que constituem a parede celular. O presente projeto tem como objetivo gerar um sequenciamento parcial de duas cultivares de cana de açúcar (R570 e SP80-3280) de modo a subsidiar o desenvolvimento de ferramentes moleculares que poderão auxiliar na compreensão deste genoma híbrido e poliplóide. A descoberta de genes e a identificação das regiões regulatórias envolvidas no metabolismo de sacarose e partição dos esqueletos de carbono na planta são algumas das áres na pesquisa básica que serão beneficiadas pelo presente estudo. Programas de melhoramento também poderão ser beneficiados tendo a cesso a informações moleculares com potencial ao desenvolvimento de marcadores moleculares. Os cultivares modernos de cana de açúcar são híbridos de Saccharum officinarum e Saccharum spontaneum. Seu genoma monoplóide é estimado em aproximadamente 1Gb comparável em escala aos genomas do milho e do ser humano. Utilizar-se-á uma abordagem combinada de seqüências geradas por pirosequenciamento e pelo método clássico de Sanger de 1000 clones de BAC. Uma coleção de ESTs geradas pelo projeto. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (7) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (6) . Integrantes: Marie-Anne Van Sluys - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Marie-Anne Van Sluys.
10.	2009-2016. INCT em Oncogenômica Descrição: Vice-coordenador do projeto, cuja sede é no Hospital do Câncer A. C. Camargo, sob coordenação do Dr. Luiz Paulo Kowalski. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Sergio Verjovski Almeida - Coordenador / Sergio Verjovski-Almeida - Integrante / Luis Paulo Kowalski - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Sergio Verjovski Almeida.
11.	2009-2011. Inteligência Artificial Aplicada na Análise do Comportamento de Plantas Medicinais do Cerrado Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Silvana Giuliatti - Coordenador / Jose Augusto Baranauskas - Integrante / Ana Lilia Alzate Marin - Integrante / Ana Maria Soares - Integrante / Bianca W. Bertoni - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Silvana Giuliatti.

2008

1.	2008-2010. Análise comparativa dos mecanismos de neurogênese de células-tronco pluripotentes induzidas (iPS) geradas a partir de queratinócitos de pacientes esquizofrênicos e normais Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Helena Paula Brentani.
2.	2008-2009. Biologia e as Mudanças Climáticas no Brasil Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Marcos Silveira Buckeridge.
3.	2008-2009. Busca de biomarcadores em transtorno obsessivo Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Helena Paula Brentani.
4.	2008-2010. Caracterização do transcriptoma de Cochliomyia hominivorax utilizando seqüenciamento de nova geração Descrição: Auxílio à Pesquisa. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Integrante / Ana Maria Lima de Azeredo-Espin - Coordenador. Membro: Tatiana Teixeira Torres.
5.	2008-2024. CATG - Centro Avançado de Tecnologias em Genômica Descrição: O CATG é um laboratório do Departamento de Bioquímica do Instituto de Química da Universidade de São Paulo (IQ-USP), criado em julho de 2008 sob a supervisão do Prof. Dr. Sergio Verjovski-Almeida. O laboratório tem a finalidade de integrar as atividades de seqüenciamento em larga-escala de DNA e de RNA com as atividades de bioinformática, para permitir o melhor uso dos seqüenciadores de nova geração instalados no Departamento. A partir de 2014 passou a ser coordenado pela Profa. Dra. Aline M. da Silva.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Sergio Verjovski Almeida - Integrante / Sergio Verjovski-Almeida - Integrante / Aline Maria da Silva - Coordenador. Membro: Sergio Verjovski Almeida.
6.	2008-2012. Cooperação Acadêmica entre as IES e USP para o Desenvolvimento e Estabelecimento de uma Rede de Bioinformática para a Análise Genômica e Proteômica do Câncer Gástrico (CG) Descrição: bolsa produtividade. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Silvana Giuliatti - Integrante / Wilson Araújo da Silva Junior - Coordenador. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Membro: Silvana Giuliatti.
7.	2008-2010. Detection of Mycoplasma suis in peccaries (Tayassu tajacu and Tayassu pecari) Descrição: Mycoplasma suis is the causative agent of eperythrozoonosis in domestic pigs. Although mycoplasma-like organisms have been observed attached to erythrocytes in blood smears of peccaries in Texas, USA, hemotrophic mycoplasmas have never been molecularly evaluated in these animals. Thus, the objective of this study was to detect M. suis in Brazilian captive peccaries maintained at Refúgio Bela Vista, Foz Iguaçu, by means of a conventional and a real-time PCR.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Marcia de Sá Guimarães - Integrante / Alexander Welker Biondo - Integrante / Joanne Belle Messick - Integrante / Odilon Vidotto - Integrante / Zalmir S Cubas - Integrante / Leonilda Correa Santos - Integrante / Molento, Marcelo B. - Coordenador / Moraes, Wanderlei - Integrante / Javorouski, Manoel L. - Integrante / Luciene Popp - Integrante / Santos, Andrea Pires - Integrante. Membro: Ana Marcia de Sá Guimarães.
8.	2008-2010. Development of a TaqMan PCR for the detection of Mycoplasma suis in pigs Descrição: The aim of this study is to develop a highly sensitive and specific TaqMan PCR for the detection of M. suis in infected pigs. This assay will be used to evaluate the M. suis prevalence in commercial pig herds as well as to serve as a quantitative tool for future attempts to cultivate this microorganism. This project is part of the PhD studies of Ana Guimaraes.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Ana Marcia de Sá Guimarães - Integrante / Joanne Belle Messick - Coordenador / Rosangela Poletto - Integrante / Ramesh Vemulapalli - Integrante / J N Marchant-Forde - Integrante / Santos, Andrea Pires - Integrante. Membro: Ana Marcia de Sá Guimarães.
9.	2008-2012. Expressional immunoreactive antigens of Mycoplasma suis and development of an immunoassay. Descrição: The acute eperythrozoonosis has an adverse economic impact on commercial swine herds; however, the consequences of the chronic disease are still unkown due to the absence of sensitive diagnostic tests. The observation of the parasite on stained blood smears identifies only few animals in the acute phase of the disease and can result in false positives because of staining artifacts. Nowadays, PCR is the most commonly used diagnostic test for hemoplasma infection. This technique accurately detects acutely ill pigs and those with relapsing illness; however, we have recently demonstrated that it also fails to identify significant numbers of chronically infected animals (GUIMARAES et al., 2007). In addition, the PCR assay requires specialized equipment and highly trained personnel; making difficult to establish it in a herd diagnostic routine. Serological tests are preferred because of the improved sensitivity and reproducibility; however, assays already developed have not gained wide acceptance, largely because the source of antigen is not readily available. Since hemoplasmas do not grow in vitro, developing of a serological test with a reliable and renewable source of antigen includes the detection of genes coding for immunoreactive antigens, cloning them into expression vectors, and recovering immunoreactive proteins. Using molecular techniques it will be possible to produce large quantities of M. suis recombinant antigens. This would be a source of M. suis antigens that is convenient, renewable, and once purified, can be standardized for use in a immunoassay using the Luminex technology. Furthermore, a M. suis genomic library associated to its genes evaluation and development of recombinant antigens may provide crucial information about M. suis pathogenicity and vaccine potential.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Ana Marcia de Sá Guimarães - Integrante / Joanne Belle Messick - Coordenador / Andrea Pires dos Santos - Integrante. Financiador(es): National Animal Disease Center-USDA-ARS - Auxílio financeiro. Membro: Ana Marcia de Sá Guimarães.
10.	2008-2011. Expressão gênica em tumores do estômago e do esôfago: da biologia ao diagnóstico Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Integrante / Luiz Fernando Lima Reis - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Helena Paula Brentani.
11.	2008-2020. Identificação e análise funcional de genes associados à adaptação, evolução e virulência de Xylella fastidiosa Descrição: Xylella fastidiosa é uma bactéria que coloniza o xilema de uma diversidade de plantas cultivadas e silvestres em várias partes do mundo, sendo o agente causador de uma série de doenças em plantas economicamente importantes como citros, videiras e café. Diferentes cepas ou patovares de X. fastidiosa foram identificados, sendo que destes, quatro já tiveram seus genomas completa ou parcialmente elucidados: (i) X. fastidiosa cepa 9a5c, isolada de citros e agente etiológico da Clorose Variegada dos Citros; (ii) X. fastidiosa cepa Temecula-1, isolada de videiras e agente etiológico da doença de Pierce; (iii) X. fastidiosa pv. almond cepa Dixon, agente causal da escaldadura da amendoeira e (iv) X. fastidiosa pv. oleander cepa Ann-1 agente causal escaldadura da espirradeira. Desde o seqüenciamento completo destes genomas, muito se avançou na compreensão de processos envolvidos na colonização dos hospedeiros de X. fastidiosa, seja ele planta ou inseto vetor, e alguns dos mecanismos de virulência foram elucidados. Entretanto, presume-se a existência de mecanismos e fatores adicionais importantes para colonização de plantas e insetos por este fitopatógeno. É importante ressaltar que hoje se verifica a ausência da estirpe 9a5c nos pomares citrícolas com CVC em São Paulo em detrimento de outras estirpes virulentas, mesmo que em condições experimentais a cepa 9a5c ainda se mantenha virulenta. Aparentemente esta cepa está geneticamente mais relacionada a estirpes de café e a um isolado de citros da Argentina do que a outros isolados hoje encontrados nos pomares de citros de São Paulo. Portanto, a origem da X. fastidiosa da CVC ainda é controversa. Assim, neste projeto temos como objetivo a identificação de novos genes potencialmente associados aos aspectos evolutivos e de adaptação e virulência de X. fastidiosa. Para tal será realizado o sequenciamento completo do genoma de quatro cepas de X. fastidiosa (3 de citros e 1 de cafeeiro), suas anotações e comparação com genomas já conh. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (2) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Coordenador / Sergio Verjovski-Almeida - Integrante / Paulo Marques Pierry - Integrante / Wesley Oliveira Santana - Integrante / Alessandra Alves de Souza - Integrante / Helvécio Della Coletta Filho - Integrante / Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Integrante / Marcos Antonio Machado - Integrante / João Paulo Kitajima - Integrante / Paulo Adriano Zaini - Integrante / Joaquim Martins-Junior - Integrante / Luiz Gonzaga - Integrante / Gustavo Antonio Teixeira Chaves - Integrante / Rodrigo Roberto Rafagnin Duarte - Integrante / Fernando Domingues Kümmel Tria - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 12 Membro: Aline Maria da Silva.
12.	2008-2012. Predição Intrinsecamente Multivariada e Redes Booleanas Probabilísticas Contextuais Descrição: As reações químicas que resultam na expressão de genes no nível molecular são complexas e ainda não são totalmente compreendidas. Um aspecto importante deste fenômeno é a interação entre os genes. Sabe-se que os genes enviam, recebem e processam informações formando uma complexa rede de comunicação. Em particular, em algumas rede de comunicação, é conhecido o fato de existirem genes mestres que têm um amplo poder de regulação sobre outros genes escravos. A existência desses genes mestres que podem restringir, ou canalizar, um sistema a certos estados biológicos particulares foi originalmente proposta por Conrad Waddington em 1942. Tais genes mestres são chamados de genes canalizadores. Como é de se esperar, a análise de um sistema complexo e altamente integrado para identificar tais genes canalizadores a partir de amostras de dados biológicos tais como microarrays é uma tarefa bastante difícil. Recentemente, em um trabalho desenvolvido a partir de observações de genes canalizadores, introduzimos o conceito de genes de predição intrinsicamente multivariada e descrevemos analiticamente suas propriedades. O modelo de genes IMP captura a idéia de canalização de um sistema biológico com respeito a genes que podem forçar ações corretivas amplas em processos celulares. Um dos objetivos deste projeto de pesquisa é fazer uma extensão deste estudo para obter características que são cruciais para produzir genes IMPs em redes de regulação gênica. Posteriormente o intuito é avançarmos a pesquisa para encontrar métodos que identifiquem redes Booleanas probabilísticas contextuais que contenham genes IMPs a partir de dados biológicos tais como microarrays.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (1) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Edward R Dougherty - Integrante / Michael L Bittner - Integrante / Ulisses Braga-Neto - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
13.	2008-2010. Respostas fisiológicas e bioquímicas de três espécies de leguminosas tropicais às mudanças climáticas Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Membro: Marcos Silveira Buckeridge.

2007

1.	2007-2009. Análise e Classificação de Comportamentos de Doadores de Sangue em Banco de Dados Multidimensionais Descrição: Um dos desafios para aplicações E-Science é a análise em larga escala de séries temporais, originárias de grandes bancos de dados multidimensionais. Este projeto propõe a integração de algoritmos de visualização e classificação não-supervisionada de séries temporais armazenadas em banco de dados multidimensionais. Essa integração será validada com a utilização de um banco de dados real de doadores de sangue de três grandes hemocentros do Brasil, de modo a melhor caracterizar o comportamento desses doadores tendo em vista a melhoria da segurança transfusional.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / Ester C. Sabino - Integrante / Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante. Financiador(es): (CNPq) Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: João Eduardo Ferreira.
2.	2007-2013. Beyond the Phrenology: Study of normal and epileptic brain through effective connectivity inference based on the Granger causality concept applicable to both fMRI and EEG, and its graph theoretical characterization of brain dynamic Descrição: Clinical and basic neuroscientists using functional magnetic resonance imaging, electroencephalography or magnetoencephalography are all in need of straightforward tools to determine causal relationships among brain structures. Over the past decade, functional neuroimaging or brain mapping has enjoyed enormous success in identifying functionally specialized areas in the brain both in systems and cognitive neuroscience. This approach, however, relies solely on functional mapping and is hence incapable to expose more fundamental principles that underlie brain functional architectures. We employ partial directed coherence (PDC), a more neurophysiologically meaningful measure of the neural interactions among brain structures, which is based on the Granger causality concept. This concept not only allows results comparison using the data collected using different technologies but also is a strong candidate for replacing the currently popular pairwise correlation techniques in the analysis of neural dynamics because it increases both the sensitivity and the specificity of effective connectivity diagnosis. As such it is able to reduce multivariate data analysis misinterpretations, either for BOLD and for electrophysiological signals, because it takes into account a larger number simultaneous measured neural structures (variables). More importantly, it is not only able to disclose directed interactions in neural systems, but is also able to detect the presence of feedback. Because of the simultaneous consideration of many structures, our project contemplates further analysis and visualization by means of graph theoretical and computer based visualization methods to facilitate the identification of information flow among brain structures.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (3) . Integrantes: Koichi Sameshima - Coordenador / Luiz Antonio Baccalá - Integrante / André Mascioli Cravo - Integrante / Gerson Florence Carvalheira de Azevedo - Integrante. Número de produções C, T & A: 3 Membro: Koichi Sameshima.
3.	2007-2009. Busca de marcadores moleculares de predição de recidiva para adenocarcinoma de próstata de escore de gleason 7 utilizando abordagens moleculares de alta sensibilidade Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador / Dirce Maria Carraro - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Helena Paula Brentani.
4.	2007-2011. Busca de marcadores moleculares tecido-associados em regiões transcritas não caracterizadas do genoma hu Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Helena Paula Brentani.
5.	2007-2007. Composição, estrutura e implicações filogenéticas da parede celular de pteridófitas Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Marcos Silveira Buckeridge.
6.	2007-2009. Modelando e Inferindo Ciclo Celular usando Redes Booleanas Probabilísticas Contextuais Descrição: Uma complexa rede molecular é responsável pelo processo de ciclo celular que divide uma célula em duas filhas. Com o intuito de modelar e entender o processo do ciclo celular, uma atenção considerável tem sido dada ao ciclo celular da levedura. Em particular, um modelo que tem chamado muita atenção no estudo de redes gênicas é o modelo de redes Booleanas probabilísticas contextuais que essencialmente é uma coleção finita de redes Boolenas com pertubação (BNp). Uma BNp é uma rede Booleana onde cada gene pode aleatoriamente mudar (trocar) seu valor a cada instante de tempo com uma pequena probabilidade de pertubação. Este projeto tem um objetivo $(i)$ estudar e propor um novo modelo estocástico para o ciclo celular da levedura usando redes Booleanas probabilísticas contextuais mais robusto e estável que o modelo de Zhang et al. e $(ii)$ propor um algoritmo dentro do modelo de redes Booleanas probabilísticas contextuais que a partir de dados de microarray do ciclo celular da levedura, encontre mais genes e/ou mais interações gênicas para serem acrescentados à rede de regulação modelado por Li et al. Espera-se com esta pesquisa, avançar nestes dois pontos para estudo e modelagem posterior de outros processos biológicos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Roberto Hirata Jr. - Integrante / Carlos Henrique Aguena Higa - Integrante / Nina S. T. Hirata - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 2 Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
7.	2007-2010. O efeito do CO2 sobre a biomassa de açaí e mata pasto e suas consequências para produção de energia elétrica em sistemas isolados na Amazônia Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Financiador(es): Centrais Elétricas do Norte do Brasil - Auxílio financeiro. Membro: Marcos Silveira Buckeridge.
8.	2007-2009. Sistemas de predição de genes Descrição: Este projeto visa o estudo de predição de genes, tanto de proteínas, como de RNAs não codificantes. O estudo concomitante destas duas áreas, em geral abordadas separadamente, visa tirar proveito de técnicas comuns na produção de melhores preditores de genes. Ambas as abordagens utilizarão o sistema MYOP, um arcabouço para construção de preditores de genes desenvolvido por nosso grupo. Predição de genes ainda é um problema em aberto, em particular a predição de genes de RNAs não codificantes. Porém, mesmo a predição de genes de RNAs codificantes ainda não é um problema resolvido, em particular se considerarmos a baixa taxa de sucesso na predição ab-initio dos genes completos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (2) . Integrantes: Alan Mitchell Durham - Coordenador / Arthur Gruber - Integrante / Zilá Paulino Simões - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 5 Membro: Alan Mitchell Durham.
9.	2007-2010. The Phylofacts Encyclopedia of Microbial Genes and Genomes Descrição: Banco de dados, ferramentas computacionais de construcao e analise, e interface web para familias de proteinas em microorganismos. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Joao Carlos Setubal - Integrante / Kimmen Sjolander - Coordenador. Financiador(es): National Science Foundation - Auxílio financeiro. Membro: Joao Carlos Setubal.

2006

1.	2006-2008. Análise de expressão gênica de vários estágios de desenvolvimento do rim e fígado e suas implicações em tumores embrionários Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Integrante / Dirce Maria Carraro - Coordenador / Mário Mourão Neto - Integrante / Fernando Augusto Soares - Integrante. Membro: Helena Paula Brentani.
2.	2006-2008. Avaliação da expressão gênica na doença de Alzheimer utilizando a técnica de CDNA microarray em amostras de cérebros post-mortem humanos Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Helena Paula Brentani.
3.	2006-2008. Conexão In Silico entre Plantas Medicinais e Venenos de Animais Descrição: O objetivo do projeto é desenvolver um sistema com dados de venenos de animais e plantas medicinais antivenenos. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Silvana Giuliatti - Coordenador / Milton Faria Junior - Integrante / Moacyr A. Mestriner - Integrante / Ana Lilia Alzate Marin - Integrante / Andreimar Martins Soares - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 2 Membro: Silvana Giuliatti.
4.	2006-2008. Detection of mycoplasmas, bartonellas and feline leukemia virus in small neotropical felids maintained in captivity at Refúgio Bela Vista, Foz do Iguaçu Descrição: This study aim to investigate mucosal/hemotrophic mycoplasmas, bartonellas and FeLV in small neotropical felids. Total blood samples and oropharinx and conjunctival swabs will be collected from 57 neotropical felids (1 Leopardus geoffroyi, 17 L. wiedii, 22 L. tigrinus, 14 L. pardalis and 3 Puma yagouaroundi) maintained in captivity at Refúgio Bela Vista, Foz do Iguaçu. Clinical data, hemogram and clinical history of these animals will be available. Clinical materials obtained from oropharinx and conjunctiva will be cultured in specific media for Mycoplasma spp isolation. DNA of blood and swabs will be extracted using a commercially available kit and a boiling method, respectively. DNA samples from swabs will be subjected to a PCR for the detection of Mollicutes and M. felis; the latter will be developed by our laboratory. DNA samples from blood will subjected to a PCR for detection of Mycoplasma haemofelis (Mhf), ?Candidatus M. haemominutum? (CMhm), feline leukemia virus (FeLV) proviral DNA , and Bartonella spp. The association between hematological alterations and bartonella infection will be evaluated and a risk factor analysis will be performed. This project is part of the Master studies of Ana Guimaraes.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (3) . Integrantes: Ana Marcia de Sá Guimarães - Integrante / Alexander Welker Biondo - Integrante / Mauricio Yamaguti - Integrante / Jorge Timenetsky - Coordenador / Wanderlei Moraes - Integrante / Zalmir S Cubas - Integrante / Leonilda Correa Santos - Integrante / Renata Lopes Neto - Integrante / Marques, L.M. - Integrante / Oliveira, Rosângela C - Integrante. Membro: Ana Marcia de Sá Guimarães.
5.	2006-2009. Genome sequencing and annotation of Azotobacter vinelandii Descrição: Sequenciamento e anotacao/analise do genoma da bacteria A. vinelandii. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Joao Carlos Setubal - Integrante / Wood, Derek - Coordenador / Dennis Dean - Integrante. Financiador(es): National Science Foundation - Auxílio financeiro. Membro: Joao Carlos Setubal.
6.	2006-2008. Linking sequence evolution in a phylogenetic context with expression divergence: a case study in Drosophila Descrição: PDE. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Coordenador / Christian Schlötterer - Integrante. Membro: Tatiana Teixeira Torres.
7.	2006-2011. Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações Descrição: Dentre os desafios enfrentados atualmente pela pesquisa em reconhecimento de padrões, cabe ressaltar três linhas fundamentais: (a) problemas em que elementos devem ser descritos estruturalmente através de uma rede indicando conexões entre tais elementos; (b) problemas envolvendo a evolução da informação ao longo de alguma variável independente (e.g. tempo, no caso de seqüências de vídeo); (c) problemas envolvendo ambos aspectos, i.e. uma rede de elementos cuja dinâmica evolui ao longo de alguma variável independente. O presente projeto temático, unindo os grupos de visão do IME-USP e IFSC-USP, além de pesquisadores colaboradores de outras instituições, prevê o estudo, desenvolvimento e aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões com esses três itens formando o tema de integração da pesquisa. Além da área de reconhecimento de padrões, o projeto inclui técnicas e problemas de visão computacional, processamento de imagens e de sinais e bioinformática, todas sendo áreas de trabalho dos pesquisadores proponentes. As atividades de pesquisa tratarão de aspectos de reconhecimento de padrões e de redes em ambas direções: (1) utilização de técnicas de reconhecimento de padrões para auxiliar na análise de redes em aplicações específicas; (2) desenvolvimento de técnicas de reconhecimento de padrões baseadas em redes. Esta linha de pesquisa incluirá a utilização de grafos em reconhecimento estrutural de padrões e raciocínio espacial. Os métodos em tais abordagens são marcados pelo fato que a tarefa de reconhecimento não envolve apenas os objetos em uma imagem, mas igualmente as relações entre tais objetos. Parte da importância da utilização dessas relações advém do fato que tais relações são frequentemente mais estáveis nas cenas que muitas propriedades dos objetos em si. Em particular, pretende-se explorar técnicas que descrevem a estrutura dos elementos em imagens através de grafos. Nesse caso, a rede é formada por elementos de uma imagem cujos arcos representam relaçõe. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (7) Doutorado: (5) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Junior Barrera - Integrante / Roberto Hirata Jr. - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / Nina S. T. Hirata - Integrante / luciano da Fountoura Costa - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
8.	2006-2008. Predisposição hereditária ao câncer colorretal e ao câncer de mama: manejo de pacientes de alto risco e suas famílias - diagnóstico clínico e molecular, aconselhamento de risco e implantação de um sistema de registro e gerenciamento de dados oncogenéticos Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador / Ricardo Renzo Brentani - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Helena Paula Brentani.
9.	2006-2009. Processamento de Requisições em Larga Escala Utilizando o Conceito de Plano de Navegação Descrição: Processamento de requisição é uma aplicação importante no gerenciamento de processos de negócio. Dois dos principais desafios para projeto e implementação de sistemas de processamento de requisi-ções são: (1) inter-operação e integração de sistemas de informação autônomos e heterogêneos; (2) evolução flexível e composição de elementos de software que implementam o workflow de processa-mento de requisições. Nesse projeto de pesquisa propomos o conceito de Plano de Navegação como solução para vários desafios de processamento de requisições. A hipótese principal de nossa pesquisa é que os três estágios de processamento de requisições podem ser separados, implementados, integrados e executados através de interfaces que apóiam tanto a integração de sistemas autônomos e heterogêneos como também a evolução flexível de workflows. Os três estágios são: primeiro, um cli-ente (usuário ou outro programa) gera uma requisição, isto é, um pedido de informação, materiais ou serviços; segundo, a requisição é validada através de uma série de passos de negócio. Isso é impor-tante desde que as requisições validadas possam ser finalizadas apenas quando elas satisfaçam as exigências especificadas nos passos de negócio; terceiro, a requisição validada é submetida aos pro-cessos de execução apropriados para atender às exigências especificadas. A representação e execu-ção de passos de negocio em ambientes de workflows tem gerado vários desafios. Um deles é: Qual é a melhor fundamentação formal e linguagem para controlar padrões de workflow? Algumas das lin-guagens workflow advogam abordagem de Redes de Petri ou Álgebra de Processos, como fundamen-tação formal. Entretanto, a implementação de padrões de workflow descritas por Álgebra de Proces-sos ainda é um problema em aberto. Nessa pesquisa, Álgebra de Processos tem sido usada para representar uma descrição semi-formal da linguagem de definição de Plano de Navegação (NPDL). Seis atividades são propostas nesse projeto de pesquisa para aprofu. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (3) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 2 Membro: João Eduardo Ferreira.
10.	2006-2008. Prospecção de Genes e Triagem In Silico e In Vitro da Atividade Biológica de Genes da Glândula de Peçonha da Parawixia Bistriata Descrição: Estudo das atividades biológicas de peptídeos de aranha Parawixia Bistriata. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Silvana Giuliatti - Integrante / Sonia di Mauro - Coordenador. Membro: Silvana Giuliatti.
11.	2006-Atual. Respostas Fisiológicas de plantas às Mudanças Climáticas Globais Descrição: Compreender como as plantas respondem ao aumento de CO2, temperatura e modificações no suprimento de água (alagamento ou seca). São estudadas espécies cultivadas com valor agrícola (cana de açúcar, soja, sorgo e outras) e plantas nativas brasileiras (principalmente árvores nativas da Mata Atlântica e Amazônia).. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Desenvolvimento da Pesquisa do Agronegócio - Auxílio financeiro. Membro: Marcos Silveira Buckeridge.

2003

1.	2003-Atual. EGene2 Descrição: : A plataforma EGene (Durham et al., 2005) foi desenvolvida pelo nosso grupo e se caracteriza por ser um sistema integrado e customizável para a construção de pipelines. O sistema EGene permite encadear uma série de componentes diferentes de processamento, em uma ordem e composição totalmente definidas pelo usuário. Pretendemos oferecer na versão 2 do sistema EGene uma ampla gama de componentes de anotação que inclui um programa para a determinação de ORFs com tradutor das sequências protéicas, módulos para sete preditores de genes (Genscan, GlimmerM, GlimmerHMM, Twinscan, Phat, ESTscan e SNAP) , três programas de busca de repetições seriadas (TRF, String e MREPs), tRNAscan-SE, mapeamento de cDNAs (Sim4 e Exonerate), busca de similaridade (Blast), busca de motivos protéicos (HMMER/Pfam, RPS-Blast, InterProScan), busca de domínios transmembranares (TMHMM) e de peptídeo sinal (SignalP) ou ambos (Phobius), busca de sítios de ancoragem GPI (DGPI), mapeamento de termos GO, e geradores de anotação no padrão feature table (FT) e GFF3. Além disso, serão desenvolvidos componentes para a análise global de ortologia com as bases COG/KOG e eggNOG, mapeamento de vias metabólicas com a base KEGG e integração com o visualizador Genome Browser... Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Arthur Gruber - Coordenador / Rangel, Luiz Thibério L.D. - Integrante / Ferro, Milene - Integrante / Deyvid Emanuel Amgarten - Integrante / Rafael Moreira Neves - Integrante. Membro: Alan Mitchell Durham.
2.	2003-2013. Estrutura e função de serina/treonina fosfatases na ameba social Dictyostelium discoideum Descrição: As serina/treonina fosfatases (PPs) são enzimas que catalisam a desfosforilação específica de resíduos de fosfoserina e fosfotreonina. Considerando-se especialmente a identidade entre as sequências de aminoácidos de suas subunidades ou domínios catalíticos, as PPs foram agrupadas em duas famílias: PPP (PhosPhoprotein Phosphatase) e PPM (Phosphoprotein Phosphatase Magnesium-dependent). A família PPP compreende enzimas classificadas em cinco subfamílias denominadas PP1, PP2A, PP2B, PP5 e PP7 enquanto a família PPM engloba enzimas denominadas PP2C. Algumas subfamílias das PPPs compreendem holoenzimas onde uma subunidade catalítica interage com uma ou mais subunidades reguladoras variáveis, o que confere uma extraordinária diversidade funcional às serina/treonina fosfatases. Nos últimos anos nosso grupo tem investigado os papéis desempenhados pelas serina/treonina fosfatases nas vias de sinalização envolvidas no crescimento e desenvolvimento de D. discoideum, um microorganismo eucariótico que tem sido utilizado há mais de 50 anos como sistema experimental em estudos de diversos processos celulares. Estudos recentes que realizamos resultaram na identificação de algumas proteínas que interagem e possivelmente modulam a atividade da PP1 de D. discoideum (DdPP1c). Para estes estudos foram utilizadas tanto buscas por similaridades na sequência genômica deste microorganismo como ensaios utilizando o sistema de duplo-híbrido em leveduras, utilizando-se a DdPP1c como isca. Com essa abordagem, foram selecionados clones de cDNA que codificam proteínas (presas) que interagiram com a DdPP1c. Dando continuidade a estes estudos, propomos, nesse projeto, aprofundar a caracterização funcional de duas novas proteínas que potencialmente interagem com a DdPP1c as quais foram selecionadas após os ensaios confirmatórios de sua interação com a DdPP1c.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (3) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Coordenador / Leonardo Costa Fiorini - Integrante / Luiz Paulo M. Andrioli - Integrante / Daniela Beton - Integrante / Juliana Moreira Sousa - Integrante / Renato Astolfi Raposo - Integrante / Daniela Carvalho Gonzalez-Kristeller - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Número de produções C, T & A: 17 Membro: Aline Maria da Silva.
3.	2003-2008. Identificação de marcadores moleculares para diagnóstico e prognóstico em câncer utilizando microarrays de DNA Descrição: Projeto Temático - FAPESP- (02/13283-6). 06/2004-06/2008. Sergio Verjovski-Almeida (Coordenador), Aline M. da Silva, Eduardo Moraes Reis, L.H. Câmara Lopes, Fernando Ferreira Costa. Projeto: Identificação de marcadores moleculares para diagnóstico e prognóstico em câncer utilizando microarrays de DNA.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (3) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / Sergio Verjovski-Almeida - Coordenador / Ana Carolina Quirino Simões - Integrante / Katia R Leite - Integrante / Luiz H Camara Lopes - Integrante / Eduardo Moraes Reis - Integrante / Fernando Costa - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Número de produções C, T & A: 10 Membro: Aline Maria da Silva.
4.	2003-2005. Isolamento e Caracterização de Marcadores Microssatélites em Moscas Causadoras de Miíases e sua Utilização em Estudos Populacionais Descrição: Auxílio à pesquisa.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Integrante / Mariana Lúcio Lyra - Integrante / Gustavo Turqueto Duarte - Integrante / Ana Maria Lima de Azeredo-Espin - Coordenador / Renato Assis de Carvalho - Integrante. Membro: Tatiana Teixeira Torres.
5.	2003-2005. Maldb, Genomic And Post Genomic Approaches To Study Human Malaria in the Brazilian Amazon: Projeto Temático Fapesp No. 01/09401-0 Descrição: Investigação da diversidade genética de plasmodium na amazônia brasileira. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Hernando A del Portillo - Coordenador / Junior Barrera - Integrante / Joao Eduardo Ferreira - Integrante / Gerhard Wunderlich - Integrante / Marcelo Urbano - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Não informado. Membro: Alan Mitchell Durham.
6.	2003-2005. Redes Booleanas Probabilísticas e Bioinformática Descrição: Um problema chave e importante na análise de expressão de genes a partir de dados provinientes de "microarrays" que pretendemos pesquisar envolve a predição da expressão de um gene em termos da expressão de outros genes. O problema de predição consiste em determinar se um determinado gene está ligado ("up-regulated") ou desligado ("down-regulated") em dependência dos estados ligado e desligado de outros genes. É conhecido na literatura que os coeficientes de determinação (CoDs) [] são uma forma de medir a qualidade de tais predições. Neste trabalho pretendemos estudar algoritmos para a computação e ordenação de CoDs estimados (a partir de dados de "microarrays"). Recentemente, um novo modelo foi proposto na direção de fornecer uma visão integrada de como os genes se interagem: Rede Booleana Probabilística. Como este modelo tem grande potencialidade para explicar a interação de genes dentro de uma célula, tencionamos estudá-lo em detalhes no sentido de entender resultados experimentais biológicos já conhecidos e/ou fornecer novas hipóteses para verificação experimental.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Carlos Henrique Aguena Higa - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 1 Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.

2001

1.	2001-2003. Análise Comparativa das Variações do DNA mitocondrial e morfológicas de espécies do gênero Chrysomya no Brasil Descrição: Auxílio à pesquisa. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Integrante / Ana Carolina Martins Junqueira - Integrante / Fábio Frangiotti Conte - Integrante / Ana Cláudia Lessinger - Integrante / Ana Maria Lima de Azeredo-Espin - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Tatiana Teixeira Torres.
2.	2001-2003. Análise genômica e de marcadores moleculares de moscas causadoras de miíases de importância para a pecuária. Descrição: Auxílio à pesquisa.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Integrante / Ana Carolina Martins Junqueira - Integrante / Mariana Lúcio Lyra - Integrante / Ana Maria Lima de Azeredo-Espin - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Tatiana Teixeira Torres.
3.	2001-2006. Aproximação Genômica e Pós-Genômica ao Estudo das Malárias Humanas de Plasmodium vivax e Plasmodium falciparum na Amazônia Brasileira.-ClinMalDB Descrição: A finalização do genoma de P. falciparum, bem como avanços significativos no genoma de P. vivax foram anunciados recentemente na revista Nature [415:702-709 (2002)]. Este projeto propõe o uso de abordagens genômicas e pós-genômicas em três áreas principais de pesquisa em malária: fatores de virulência, genética de populações e quimioterapia. Além disso, através da integração com o Núcleo de Bioinformática da USP, propomos a criação de um banco de dados de seqüências e imagens de microarrays (MalDB) para explorar de modo completo toda essa nova informação biológica.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Hernando A del Portillo, - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 1 Membro: João Eduardo Ferreira.
4.	2001-2002. Cooperation for Analysis of Gene Expression (Xanthomonas citri) Descrição: Project Summary Entire genomes and whole sets of ESTs of scientific and economically important micro-organisms, relevant model organisms and humans are rapidly becoming available. To take advantage of these enormous sets of genomic and EST sequences, several academic and industrial laboratories are developing technologies to analyze gene expression at RNA level on a genome wide basis using DNA microarrays, also called DNA chips. These techniques have potential to generate hundreds of data points for expression of tens of thousands of genes, whose impact in biological research might be revolutionary. Analyses of such huge amounts of data pose complex and unsolved problems of data storage, data mining and design of non linear gene-state predictors. Altogether, these tasks require the coordinated collaboration of, by one side, computer scientists and mathematicians and, by the other, molecular biologists and biochemists. To this end, interdisciplinary teams of scientists are been organized in the countries that are presently leading the international genome research. In the State of São Paulo, FAPESP has timely launched a genome program that was initiated by sequencing the genome of Xylella fastidiosa and is now been extended to genomes of other micro-organisms and ESTs of human cancer cells and plant cells of sugar cane. This FAPESP initiative has established sufficient conditions to start a competitive local project of functional genomics by the technology of DNA microarrays. This proposal to FAPESP aims to organize the Cooperation for Analysis of Gene Expression, CAGE, an informal organization that will coordinate the collaborative efforts of molecular biologists of the Instituto de Química (IQ-USP) and computer scientists and mathematicians of the Instituto de Matemática e Estatística (IME-USP), to study gene expression by the DNA microarray technology.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Robson Francisco de Souza - Integrante / Ana Cláudia Rasera da Silva - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Robson Francisco de Souza.
5.	2001-2005. Cooperação para análise de expressão gênica (CAGE) Descrição: Projeto Temático - FAPESP (99/07390-0) - 2001-2005. Hugo A. Armelin (Coordenador), Suely L. Gomes, Sergio Verjovski-Almeida, Aline M. da Silva, Glaucia M. Souza, Mari C. Sogayar, Hamza El-Dorry, Ana Claudia R. da Silva, Bianca Zingales, Eduardo J. Neves e Junior Barreira. Projeto: Cooperação para análise de expressão gênica (CAGE)/Implantação da tecnologia de microarrays de DN no IQ-USP.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (5) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / Suely Lopes Gomes - Integrante / Sergio Verjovski-Almeida - Integrante / Glaucia Mendes Souza - Integrante / Ana Claudia Rasera da Silva - Integrante / Hamza F. El-Dorry - Integrante / Mari C Sogayar - Integrante / Hugo Aguirre Armelin - Coordenador / Bianca Zingales - Integrante / Eduardo Jordão Neves - Integrante / Junior Barreira - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 3 Membro: Aline Maria da Silva.
6.	2001-2004. Data mining no Projeto Genoma Cana-de-açúcar Descrição: Auxílio à Pesquisa - FAPESP (00/07425-7) - 2000-2004. Gláucia M. Souza (Coordenadora) e Aline M. da Silva. Projeto: Data mining no Projeto Genoma Cana-de-açúcar.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / Leonardo Costa Fiorini - Integrante / Glaucia Mendes Souza - Coordenador / Ana Carolina Quirino Simões - Integrante / Milton Yutaka Nishiyama-Junior - Integrante / Flavia Papini-Terzi - Integrante / Flavia R. Rocha - Integrante / Katia Cristina P Oliveira - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 2 Membro: Aline Maria da Silva.
7.	2001-2001. Estudo de Formação de Aterosclerose através de Simulação Computacional Descrição: O projeto propõe a aplicação do método de elementos finitos, através do uso do software ANSYS, no estudo da formação de lesões ateroscleróticas. Num modelo da artéria carótida, serão estudadas as possibilidades dos fatores hemodinâmicos contribuírem para a localização e desenvolvimento dessas lesões, através da interação entre fluxo sanguíneo e a parede vascular. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Silvana Giuliatti - Coordenador / Tiago Domingues - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Silvana Giuliatti.
8.	2001-2004. Obtenção e análise do transcriptoma de Schistosoma mansoni Descrição: Coordenei o projeto de obtenção e análise do transcriptoma de Schistosoma mansoni. Este projeto reuniu 6 laboratórios de sequenciamento do Estado de São Paulo, sendo 4 da Universidade de São Paulo, 1 do Hospital AC Camargo, e 1 do Instituto Butantan, além do laboratório de Bioinformática da Unicamp e de dois laboratórios de manutenção do ciclo de vida do parasita, um no Instituto Butantan e outro no Instituto Adolfo Lutz. O projeto teve também a participação de dois colaboradores estrangeiros, o grupo do Dr. Bento Soares, da University of Iowa, USA, e o grupo do Dr. Alan Wilson, da University of York, UK, que forneceram mRNA e bibliotecas de dois estágios diferentes do parasita. Os dados de sequencias foram depositados no Genbank. Um trabalho foi publicado, contendo as análises do transcriptoma e a identificação de genes importantes para a fisiologia e o parasitismo, além de apontar possíveis alvos para vacina e drogas (Verjovski-Almeida et al., Nature Genetics 35(2): 148-157, 2003). Outro trabalho apontou a existência de 4 novos retrotransposons de S. mansoni, três do tipo LTR e um do tipo non-LTR, todos com alta atividade transcricional (deMarco et al., J. Virol. 78: 2967-2978, 2004). Um terceiro artigo foi publicado, contendo uma comparação entre os transcriptomas de S. mansoni e S. japonicum, e apontando novos caminhos para a exploração experimental futura dos dados de transcriptoma (Verjovski-Almeida et al., Trends in Parasitology 20: 304-308, 2004).. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Sergio Verjovski Almeida - Coordenador / Marcelo B Soares - Integrante / Cybele Gargioni - Integrante / Toshie Kawano - Integrante / Vanderlei Rodrigues - Integrante / R Alan Wilson - Integrante / Carlos Menck - Integrante / Luciana C Leite - Integrante / Paulo Lee Ho - Integrante / Emmanuel Dias Neto - Integrante / Alda Maria B.N. Madeira - Integrante / Ana Lucia O. Nascimento - Integrante / Elizabeth Martins - Integrante / Arthur Gruber - Integrante / João Carlos Setubal - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Sergio Verjovski Almeida.
9.	2001-2004. Projeto genoma Leifsonia xyli Descrição: O projeto objetiva o sequenciamento completo e analise do genoma da bacteria Leifsonia xyli, que causa doencas em cana de açúcar. É um projeto realizado pela rede AEG/ONSA do estado de São Paulo. O Laboratório de Bioinformática do IC/Unicamp coordenado por mim realiza toda a bioinformática desse projeto.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Joao Carlos Setubal - Coordenador / Joao Paulo Kitajima - Integrante / Luciano A. Digiampietri - Integrante / Marcelo Perez - Integrante / Patricia Farah Carrião - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 2 Membro: Joao Carlos Setubal.
10.	2001-2004. Projeto genoma Leptospira interrogans Descrição: O projeto objetivou o sequenciamento completo e análise do genoma da bactéria Leptospira interrogans serovar Copenhageni, causadora da leptospirose. O LBI/IC realizou toda a bioinformática desse projeto. O projeto já tem um manuscrito aceito para publicação, a qual deve ocorrer em 2004.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Joao Carlos Setubal - Coordenador / Joao Paulo Kitajima - Integrante / Luciano A. Digiampietri - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Joao Carlos Setubal.
11.	2001-2004. Projeto transcriptoma Schistosoma mansoni Descrição: Projeto objetivou sequenciamento e analise de 180.000 sequencias de ESTs do parasita humano Schistosoma mansoni. O projeto é liderado pelo Prof. Sergio Verjovski-Almeida, do IQ-USP. Minha participacao se deu realizando a bioinformatica, em colaboracao com o grupo do prof. Verjovski-Almeida. Participa tambem meu aluno de mestrado Joao Paulo Piazza. O projeto já conseguiu uma publicação importante (Nature Genetics), mas há intenção de se prosseguir com as análises. Projeto financiado pela FAPESP e CNPq. Coube ao LBI/IC o valor de R$ 80 mil (FAPESP) e US$12500 (CNPq).. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Joao Carlos Setubal - Coordenador / Joao Paulo Kitajima - Integrante / Joao Paulo Piazza - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 2 Membro: Joao Carlos Setubal.
12.	2001-2004. Sistema de Armazenagem e Data Mining de Proteínas de Venenos Descrição: O objetivo de projeto é criar um banco de dados de proteínas de venenos de vários organismos e desenvolver um sistema de análise que permite identificar domínios nas sequencias FASTAs.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (4) . Integrantes: Silvana Giuliatti - Coordenador / Eliane Candiani Arantes Braga - Integrante / Milton Faria Junior - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 6 Membro: Silvana Giuliatti.
13.	2001-2003. Transcript Finishing Initiative - TFI Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Silvana Giuliatti - Integrante / Anamaria A. Camargo - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer - Auxílio financeiro. Membro: Silvana Giuliatti.
14.	2001-2001. Utilização de primers heterólogos para a amplificação de regiões de microsatélites em Cochliomyia hominivorax (Coquerel) (DIPTERA: CALLIPHORIDAE) - um estudo preliminar Descrição: Projeto de Iniciação Científica.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Tatiana Teixeira Torres.

2000

1.	2000-2009. Antônio Prudente Cancer Research Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador / Fernando Augusto Soares - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Helena Paula Brentani.
2.	2000-2006. Genetic sexing and populations genetics of screwworms. Descrição: Coordinated Research Project. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Integrante / Ana Carolina Martins Junqueira - Integrante / Mariana Lúcio Lyra - Integrante / Marcos Túlio Oliveira - Integrante / Joan Grande Barau - Integrante / Gustavo Turqueto Duarte - Integrante / Ana Cláudia Lessinger - Integrante / Ana Maria Lima de Azeredo-Espin - Coordenador / Renato Assis de Carvalho - Integrante. Membro: Tatiana Teixeira Torres.
3.	2000-2002. Identificação de genes no cromossomo Y de Drosophila Descrição: Muito poucos genes do cromossomo Y de Drosophila melanogaster foram identificados até o momento, diferentemente da grande quantidade de genes já conhecidos no restante do seu genoma. Contudo, sabe-se que este cromossomo possui seis fatores responsáveis pela fertilidade dos machos. Mesmo depois do sequenciamento, poucos genes haviam sido identificados (kl-2, kl-3, kl-5, PRY, Pp1-Y1, Pp1-Y2, PPr-Y, ORY, CCY). Oito destes genes foram identificados através de uma abordagem que usa as seqüências não mapeadas do genoma de Drosophila ("armU"), seqüências expressas em testículo e proteínas conhecidas, incluindo métodos computacionais e testes experimentais para procura de novos genes. Neste trabalho estendemos essa análise computacional às novas seqüências de proteínas e ESTs disponíveis, identificando três novos genes (EF-Y, ARY e L7RY). Além disso, esclarecemos uma questão importante sobre dois genes já descritos: comparações filogenéticas permitiram mostrar que as proteínas fosfatases catalíticas (Pp1-Y1, Pp1-Y2) resultaram de duas transposições independentes para o cromossomo Y, e não de uma duplicação ocorrida após a transposição. Além da identificação desses três novos genes, discutimos suas características (homologia, função e expressão) dentro do padrão já encontrado do restante do Y: um cromossomo com genes de função macho específica e homólogos a seqüências autossômicas. Posteriormente, expandimos nossas procuras a genes heterocromáticos em geral de Drosophila, usando principalmente as seqüências expressas (ESTs) em diversos órgãos e tecidos. Esses resultados demonstram a importação do uso da bioinformática para os estudos em genética, possibilitando neste caso a identificação, em seqüências já disponíveis, de genes novos em um cromossomo ainda tão desconhecido como o Y de Drosophila.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Maria Dulcetti Vibranovski - Integrante / Antonio Bernardo de Carvalho - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Número de produções C, T & A: 5 Membro: Maria Dulcetti Vibranovski.
4.	2000-2003. Indexing and Data Mining in Multimedia Databases-ImiMD Descrição: Indexação de resultados de classificadores em grandes volumes de dados.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Caetano Traina Junior - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 1 Membro: João Eduardo Ferreira.
5.	2000-2002. Laboratório Associado de Bioinformática - Projeto Genoma Humano do Câncer Descrição: Auxílio à Pesquisa FAPESP (99/03653-6). 2000-2002. Laboratório Associado de Bioinformática - Projeto Genoma Humano do Câncer. Responsáveis: Aline M. da Silva e Sergio Verjovski-Almeida.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Coordenador / Sergio Verjovski-Almeida - Integrante / Eduardo Moraes Reis - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 2 Membro: Aline Maria da Silva.
6.	2000-2002. Projeto CAGE: Cooperative Analisys of Gene Expression Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Junior Barrera - Integrante / Joao Eduardo Ferreira - Integrante / Sérgio Verjovski-Almeida - Integrante / Aline Maria da Silva - Integrante / Hugo Armelin - Coordenador / Eduardo Jordao Neves - Integrante / Carlos Humes Junior - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Alan Mitchell Durham.
7.	2000-2002. Projeto genoma Xanthomonas citri Descrição: Sequenciamento, anotacao e analise dos genomas das bacterias Xanthomonas citri e campestris. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Joao Carlos Setubal - Coordenador / Joao Paulo Kitajima - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Joao Carlos Setubal.
8.	2000-2002. Xanthomonas citri Genome Project Descrição: General Organization of Sequencing Effort The sequencing of the X. axonopodis pv citri genome will be carried out in 12 laboratories: two central biology/sequencing laboratories and 10 sequencing laboratories. One of the central laboratories will be located in Biochemistry Department of the Institute of Chemistry-USP (coordinated by Fernando C. Reinach, Ana C. R. da Silva, Ronaldo B. Quaggio and Shaker Chuck Farah) and the other will be located in the Technology Department of UNESP in Jaboticabal (coordinated by Jesus A. Ferro). These laboratories will be responsible for generating the libraries, mapping the clones and assembly of the genome. Associated with each central laboratory will be five sequencing laboratories. Bioinformatics for this project will be administered via a two-tiered approach. At the upper tier will be the Laboratory for Bioinformatics (LBI) of Unicamp, coordinated by João C. Setubal and João Meidanis. At the lower tier, there will be two small bioinformatics labs in each of the central sequencing labs in São Paulo and Jaboticabal. These small bioinformatics labs will divide the tasks of storing, processing, assembly, and annotation of DNA sequences using the software developed by the LBI for the Xylella fastidiosa sequencing project. In addition to overall bioinformatics supervision, the LBI will provide personnel training, coordinate annotation of the genome and produce a self-contained and portable database with project results. Furthermore the LBI will be responsible for generating the software for scaffold assembly of the physical map (see below) and for comparison of the final sequence with sequences from related genomes (Xylella fastidiosa and other Xanthomonas species).. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Robson Francisco de Souza - Integrante / Ana Cláudia Rasera da Silva - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Robson Francisco de Souza.

(*) Relatório criado com produções desde 2000 até 2025
Data de processamento: 18/02/2025 12:52:38

1.	2023-Atual. Assinaturas genômicas e fenotípicas da evolução dos hábitos tróficos em insetos: uma perspectiva macro-evolutiva Descrição: Neste projeto, combinamos ferramentas de genômica comparativa e métodos filogenéticos para investigar os processos evolutivos que moldaram a evolução de hábitos tróficos chave na evolução dos insetos. No primeiro subprojeto, investigaremos marcas genômicas da evolução da necrofagia e do parasitismo em insetos buscando expansões e retrações de famílias gênicas associadas aos dois hábitos. Testaremos a hipótese de que diferentes linhagens de insetos experienciaram seleção nas mesmas famílias gênicas devido a sua convergência de hábitos tróficos. No segundo subprojeto, mapearemos a evolução associada de fenótipos e genótipos relevantes para os dois hábitos tróficos em moscas da família Calliphoridae. Modelaremos a evolução de fenótipos como aparato bucal e substratos de preferência para oviposição e alimentação e associaremos as mudanças nesses fenótipos a mudanças nas taxas de substituição em genes candidatos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Coordenador / Bruno Celso Feltrin Genevcius - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Tatiana Teixeira Torres.
2.	2023-Atual. B3: Biologia de Bactérias e Bacteriófagos Descrição: Trata-se de um Centro de Pesquisa, Inovação e Difusão (CEPID) financiado pela FAPESP. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (20) / Mestrado acadêmico: (10) / Doutorado: (50) . Integrantes: Joao Carlos Setubal - Integrante / Henrique Ferreira - Integrante / Shaker Chuck Farah - Coordenador / Frederico Gueiros-Filho - Integrante / Beny Spira - Integrante / Regina Baldini - Integrante / Cristina Martinez - Integrante / Robson Francisco de Souza - Integrante / Cristiane de Carvalho Guzzo - Integrante / Marcelo Brocchi - Integrante / Sandro Marana - Integrante / Germán Sgro - Integrante / Marilis do Vale Marques - Integrante / Rodrigo Galhardo - Integrante / Marcio Vinicius Bertacine Dias - Integrante / Roberto Kopke Salinas - Integrante / José Freire da Silva Neto - Integrante / Marco Aurélio Takita - Integrante / Rita de Cássia Café Ferreira - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Joao Carlos Setubal.
3.	2023-Atual. Centro de Pesquisa em Biologia de Bactérias e Bacteriófagos (CEPID B3) Descrição: O CEPID B3 é uma rede com pólos de pesquisa sediados em São Paulo (IQ-USP, ICB-USP), Campinas (IB-UNICAMP, IAC), Ribeirão Preto (FCFRP-USP, FMRP-USP) e Rio Claro (UNESP) que colaborará na realização de pesquisas básicas de ponta sobre os mecanismos moleculares de importância primordial para a reprodução bacteriana, o comportamento multicelular, a competição, a colonização e as interações de bactérias com seus hospedeiros eucarióticos e bacteriófagos. Os conhecimentos adquiridos serão utilizados na busca e desenvolvimento de novos inibidores químicos e biológicos do crescimento bacteriano.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (20) / Especialização: (7) / Mestrado acadêmico: (8) / Doutorado: (19) . Integrantes: Robson Francisco de Souza - Integrante / Cristiane Rodrigues Guzzo Carvalho - Integrante / FARAH, CHUCK SHAKER - Coordenador / Aline Maria da Silva - Integrante / Henrique Ferreira - Integrante / Marcelo Brocchi - Integrante / Marilis do Valle Marques - Integrante / Regina Lúcia Baldini - Integrante / Roberto Kopke Salinas - Integrante / Sandro Roberto Marana - Integrante / Cristina Elisa Alvarez Martinez - Integrante / Germán Gustavo Sgro - Integrante / José Freire da Silva Neto - Integrante / Marcio Vinicius Bertacine Dias - Integrante / Marco Aurélio Takita - Integrante / Rita de Cassia Cafe Ferreira - Integrante / Rodrigo da Silva Galhardo - Integrante / Frederico Jose Gueiros Filho - Integrante / Beny Spira - Integrante / Bruna Sayuri Cardoso Ogusku - Integrante. Membro: Robson Francisco de Souza. Descrição: O CEPID B3 é uma rede com pólos de pesquisa sediados em São Paulo (IQ-USP, ICB-USP), Campinas (IB-UNICAMP, IAC), Ribeirão Preto (FCFRP-USP, FMRP-USP) e Rio Claro (UNESP) que colaborará na realização de pesquisas básicas de ponta sobre os mecanismos moleculares de importância primordial para a reprodução bacteriana, o comportamento multicelular, a competição, a colonização e as interações de bactérias com seus hospedeiros eucarióticos e bacteriófagos. Os conhecimentos adquiridos serão utilizados na busca e desenvolvimento de novos inibidores químicos e biológicos do crescimento bacteriano.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (20) / Especialização: (6) / Mestrado acadêmico: (10) / Doutorado: (22) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / Marilis do Valle Marques - Integrante / Marco Aurélio Takita - Integrante / João C. Setubal - Integrante / de Souza, Robson F - Integrante / Frederico Gueiros-Filho - Integrante / Shaker Chuck Farah - Coordenador / Rita de Cassia Café Ferreira - Integrante / Regina Lúcia Baldini - Integrante / Henrique Ferreira - Integrante / Beny Spira - Integrante / Sandro Roberto Marana - Integrante / José Freire da Silva Neto - Integrante / Marcelo Brocchi - Integrante / Rodrigo da Silva Galhardo - Integrante / SALINAS, R.K. - Integrante / Cristina Elisa Alvarez Martinez - Integrante / Cristiane Rodrigues Guzzo Carvalho - Integrante / Marcio Vinicius Bertacine Dias - Integrante / Germán Gustavo Sgro - Integrante / Leonardo Talachia Rosa - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Aline Maria da Silva.

1.	2005-2005. Exploratory study of Mycoplasma suis in four commercial pig farms from South Brazil Descrição: The aim of this study is to evaluate the prevalence of Mycoplasma suis infection in sows and piglets from commercial swine farms from South Brazil. Whole blood samples will be collected from these animals in four commercial pig herds in Santa Catarina, Brazil. DNA will be extracted using a commercial kit and samples subjected to a conventional M. suis PCR followed by a probe-specific Southern Blot detection of M. suis from the gel.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) . Integrantes: Ana Marcia de Sá Guimarães - Integrante / Alexander Welker Biondo - Integrante / Anne Caroline de Lara - Integrante / Messick, Joanne Belle - Coordenador. Membro: Ana Marcia de Sá Guimarães.
2.	2005-2008. Gene ontology terms for standardized annotation of plant-associated microbe genomes Descrição: Geracao de novos termos da Gene Ontology para funcoes, processos e componentes relacionados com interacao microbio-plantas (e animais), e aplicacao desses novos termos na anotacao de genomas especificos. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Joao Carlos Setubal - Integrante / Brett Tyler - Coordenador. Financiador(es): National Science Foundation - Auxílio financeiro / United State Department of Agriculture USDA - Auxílio financeiro. Membro: Joao Carlos Setubal.
3.	2005-2007. Identificação de marcadores moleculares em cancer de mama relacionados à progressão e metástase Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador / Emmanuel Dias Neto - Integrante / Dirce Maria Carraro - Integrante / Ricardo Renzo Brentani - Integrante / Alvaro Sarkis - Integrante / Francisco Fonseca - Integrante / Wadhi Arap - Integrante / Gustavo Campos Molina - Integrante / Eduardo Abrantes - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Helena Paula Brentani.
4.	2005-2007. Sistema de Gerenciamento de informação em microarray Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Helena Paula Brentani.

1.	2004-2006. Análise da Variabilidade Genética e Estrutura de Populações de Cochliomyia hominivorax (DIPTERA: CALLIPHORIDAE) da América do Sul Através de Marcadores Microssatélites e PCR-RFLP do DNA mitocondrial Descrição: Auxílio à pesquisa. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Integrante / Mariana Lúcio Lyra - Integrante / Ana Maria Lima de Azeredo-Espin - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Tatiana Teixeira Torres.
2.	2004-2013. Análise do transcritoma e caracterização molecular dos componentes responsáveis pela patogenicidade de Xylella fastidiosa Descrição: O objetivo principal deste projeto é a identificação e caracterização funcional de genes de Xylella fastidiosa com expressão regulada por ferro ou por concentrações subinibitórias de agentes antimicrobianos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Coordenador / Paulo Adriano Zaini - Integrante / Andrea Cristina Fogaça - Integrante / Patrícia Isabela Pessoa da Silva - Integrante / Gustavo Antonio Teixeira Chaves - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Número de produções C, T & A: 16 Membro: Aline Maria da Silva.
3.	2004-2006. Coeficiente de Determinação, Redes Booleanas Probabilísticas e Regulação Gênica Descrição: A tecnologia de "microarrays" tem se mostrado como uma importante ferramenta para a pesquisa genética envolvendo uma grande quantidade de genes. Um problema chave na análise de expressão de genes, a partir de dados provenientes de "microarrays", envolve a predição da expressão de um gene alvo em termos da expressão de outros genes preditores. O coeficiente de determinação (CoD) tem sido usado para medir a qualidade de tais predições. Uma situação particular de configuração de CoDs define o que chamamos de genes de predição intrinsicamente multivariada. Recentemente, um novo modelo foi proposto na direção de fornecer uma visão integrada de como os genes se interagem: Rede Booleana Probabilística (PBN). Como este modelo tem grande potencialidade para explicar a interação de genes dentro de uma célula, é de fundamental importância um estudo em detalhes no sentido de entender resultados experimentais biológicos já conhecidos e/ou fornecer novas hipóteses para verificação experimental. Este projeto de pesquisa tem como interesse principal estudar problemas relacionados com CoDs e com PBNs. Dentre estes problemas, podemos citar (i) o desenvolvimento de algoritmos eficientes para encontrar genes de predição intrinsicamente multivariada; (ii) a procura por genes de predição intrinsicamente multivariada que poderiam levar a descobertas de importantes processos biológicos em determinados organismos ou em certos tipos de câncer; (iii) o estudo para encontrar uma possível relação entre arquitetura de PBNs e CoDs e (iv) a construção de pequenas PBNs a partir de subconjuntos de genes (genes iniciais) envolvidos em relevantes processos biológicos para descobrir novos genes em "pathways" relacionados com os genes iniciais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Edward R Dougherty - Integrante / Michael L Bittner - Integrante / Carlos Henrique Aguena Higa - Integrante / Sandro Pereira Vilela - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Texas A & M University - Cooperação / Translational Genomics Research Institute - Cooperação. Número de produções C, T & A: 1 Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
4.	2004-2007. Genoma funcional do câncer humano Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Helena Paula Brentani.
5.	2004-2009. Genome sequencing of agrobacterium biovar type strains Descrição: sequenciamento e analise de a. vitis s4 e a. radiobacter k84. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Joao Carlos Setubal - Integrante / Derek W. Wood - Coordenador. Financiador(es): National Science Foundation - Auxílio financeiro. Membro: Joao Carlos Setubal.
6.	2004-2009. PathoSystems Resource Integration Center Descrição: Banco de dados genomicos e correlatos para bacterias e virus constantes da lista de prioridades do NIAID/NIH. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Joao Carlos Setubal - Integrante / Sobral, B. - Coordenador. Membro: Joao Carlos Setubal.

1.	2002-2006. Análise da Estrutura Genética de Populações de Cochliomyia hominivorax (Coquerel) (DIPTERA: CALLIPHORIDAE) da América do Sul Através de Marcadores Microssatélites Descrição: Projeto de Doutorado.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Tatiana Teixeira Torres - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Tatiana Teixeira Torres.
2.	2002-2006. Desenvolvimento de ambiente informatizado para análise determinística de dados epidemiológicos e de resistência genotípica do HIV-1. Descrição: Este projeto pretende implementar um banco de dados através da integração de bancos do Programa de DST-AIDS já existentes (SICLOM, SISCEL e RENAGENO) de modo a viabilizar os elementos analíticos para cruzamento de informações vinculadas aos aspectos clínicos, epidemiológicos e de genotipagem dos pacientes com HIV positivo. Pretende-se também adequar ferramentas de bioinformática que permitam analisar sequências do HIV, gerando laudos de genotipagem e subtipagem.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Especialização: (2) / Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador. Financiador(es): Ministério da Saúde - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 2 Membro: João Eduardo Ferreira.
3.	2002-2006. Evolução e origem dos introns e do fenômeno de exon-shuffling Descrição: A partir da descoberta dos introns na década de setenta, questões sobre sua origem vêm sendo discutidas (Gilbert 1978). Na verdade, as perguntas principais são: qual a função dos introns, quando e como eles surgiram e porque eles existem em eucariotos e não são encontrados em procariotos. Basicamente duas hipóteses existem para explicar a origem dos introns: "introns-early" e "introns-late". A primeira sugere que introns e exons formavam os primeiros genes e este tipo de organização estrutural permitiria e facilitaria a formação de novos genes através da troca de exons, fenômeno conhecido por "exon-shuffling". Já a hipótese "introns-late" assume que os introns foram adicionados somente em eucariotos e que o fenômeno de "exon-shuffling" surgiu recentemente (Li and Graur 2000). Cada uma destas hipóteses tem predições diferentes quanto a características dos introns e dos exons. Uma delas é a fase de introns, isto é, a posição em que estes estão localizados dentro de um códon. A versão mais simples da hipótese "introns-late" prevê a distribuição igual das fases dos introns devido à inserção aleatória destes em sequências contínuas. Segundo a hipótese "introns-early", se os introns já faziam parte da sequência de DNA dos primeiros genes atuando no processo de "exon-shuffling", espera-se que uma das fases de introns seja mais frequente: a troca de exons entre genes tem mais probabilidade de formar um proteína funcional se seus introns forem de mesma fase para que seja conservado o seu quadro de leitura (Li and Graur 2000; Long et al. 1995)... Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Maria Dulcetti Vibranovski - Integrante / Sandro Jose de Souza - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Maria Dulcetti Vibranovski.
4.	2002-2006. Identificação e caracterização de um novo antígeno tumoral CTSP-1 Descrição: A necessidade de identificar novos antígenos tumorais, que possam ser utilizados no tratamento e diagnóstico do câncer, tem levado ao desenvolvimento de técnicas eficientes para essa finalidade. Antígenos de diferentes categorias foram identificados e caracterizados e, entre eles, os antígenos cancer-testis (CT) e os antígenos de diferenciação (CD) são os de maior importância clínica dado seu restrito padrão de expressão. Utilizando alinhamentos entre seqüências expressas e a seqüência do genoma humano, identificamos um novo gene localizado no cromossomo 21, denominado CTSP-1. Este gene apresenta alta similaridade com o antígeno tumoral NY-BR-1, o qual codifica um fator de transcrição tecido específico e é alvo potencial para imunoterapia de câncer. Para verificar se o gene CTSP-1 realmente corresponde a um novo antígeno tumoral, nós realizamos a completa caracterização do mesmo.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Maria Dulcetti Vibranovski - Integrante / Sandro Jose de Souza - Integrante / Rafael Bessa Parmigiani - Integrante / Anamaria A Camargo - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 3 Membro: Maria Dulcetti Vibranovski.

Programa de Pós Graduação em Bioinformática

Total de projetos de pesquisa

2024

2023

2022

2021

2020

2019

2018

2017

2016

2015

2014

2013

2012

2011

2010

2009

2008

2007

2006

2005

2004

2003

2002

2001

2000