Programa de Pós Graduação em Bioinformática

Cléver Ricardo Guareis de Farias

Possui graduação em Bacharelado em Ciência da Computação pela Universidade Federal de São Carlos (1995), mestrado em Ciência da Computação pela Universidade Federal de São Carlos (1997) e doutorado em Ciência da Computação - University of Twente (2002). Atualmente é professor associado da Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo. Tópicos de interesse em pesquisa incluem: modelagem de sistemas computacionais, arquiteturas orientadas a serviços, web semântica e projeto e desenvolvimento de sistemas distribuídos. (Texto informado pelo autor)

  • http://lattes.cnpq.br/0652038346929546 (15/03/2024)
  • Rótulo/Grupo:
  • Bolsa CNPq:
  • Período de análise:
  • Endereço: Universidade de São Paulo, Faculdade de Filosofia Ciências e Letras de Ribeirão Preto, Departamento de Computação e Matemática. Av. Bandeirantes, 3900 Monte Alegre 14040901 - Ribeirão Preto, SP - Brasil Telefone: (16) 36020564 Fax: (16) 36024887 URL da Homepage: http://www.ffclrp.usp.br
  • Grande área: Ciências Exatas e da Terra
  • Área: Ciência da Computação
  • Citações: Google Acadêmico

Produção bibliográfica

Produção técnica

Produção artística

Orientações em andamento

Supervisões e orientações concluídas

Projetos de pesquisa

Prêmios e títulos

Participação em eventos

Organização de eventos

Lista de colaborações


Produção bibliográfica

Produção técnica

Produção artística

Orientações em andamento

Supervisões e orientações concluídas

Projetos de pesquisa

  • Total de projetos de pesquisa (6)
    1. 2017-Atual. Suporte à Geração e Extração de Conhecimento de Dados Abertos Ligados
      Descrição: Diferentes conjuntos de dados não estruturados (linguagem natural) ou semiestruturados são diariamente disponibilizados na web. A disponibilidade de dados em tais formatos dificultam o processamento e a extração automática de (novos) conhecimentos. Dados Abertos Ligados (DAL) definem um conjunto de dados estruturado, interconectado e semanticamente anotado usando-se um conjunto padrão de linguagens e tecnologias de Web Semântica. A transformação de dados não estruturados e semiestruturados em Dados Abertos Ligados (DAL) pode facilitar o processamento e a obtenção de novos conhecimentos. Diversos domínios de conhecimento podem ser beneficiados com a troca de informações e a descoberta de novos conhecimentos proporcionado pela disponibilidade crescente de conjuntos de dados DAL. Contudo, a exploração de conjuntos de dados DAL não é trivial. Dados DAL são tipicamente representados no formato RDF e recuperados por meio da linguagem SPARQL. Esta linguagem possui várias regras e restrições, o que dificulta a sua utilização principalmente por usuários leigos. Neste sentido, este projeto tem por objetivo investigar a transformação de dados semiestruturados ou dados não estruturados para DAL e a recuperação destes dados por meio da representação gráfica de consultas SPARQL. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) . Integrantes: Cléver Ricardo Guareis de Farias - Coordenador / DE PAULA, GABRIEL C.S.G. - Integrante / Vinicius Mussak - Integrante / ? Heber Gustavo Xavier de Castro - Integrante.
      Membro: Cléver Ricardo Guareis de Farias.
    2. 2012-2018. Suporte ao Desenvolvimento de Ontologias Biomédicas usando UML
      Descrição: Ontologias têm sido cada vez mais usadas no domínio biomédico, o que favoreceu o surgimento de diferentes iniciativas para facilitar seu desenvolvimento e uso. O Open Biological and Biomedical Ontologies (OBO) Foundry é um consórcio que provê um repositório de ontologias no domínio biomédico, as quais são desenvolvidas de acordo com um conjunto comum de princípios. Este consórcio desenvolveu uma ontologia de relacionamentos com o objetivo de padronizar os diferentes tipos de classes de entidades biológicas e os relacionamentos associados. A partir desta ontologia, foram desenvolvidos diferentes perfis UML para permitir a modelagem formal destes tipos de classes de entidades e seus relacionamentos. Estes perfis contêm um conjunto de elementos de modelagem específicos que podem ser utilizados na criação de ontologias/modelos conceituais do domínio biomédico de forma padronizada. Neste sentido, este projeto tem por objetivo desenvolver ferramentas de suporte ao desenvolvimento de ontologias biomédicas utilizando os perfis UML propostos. Em particular, serão investigados o desenvolvimento de um editor gráfico com suporte à verificação automática de regras de integridade e um tradutor de modelos UML para representações no formato OBO (formato de ontologias da OBO Foundry). Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: Cléver Ricardo Guareis de Farias - Coordenador / Ricardo Cacheta Waldemarin - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa.
      Membro: Cléver Ricardo Guareis de Farias.
    3. 2011-2018. Desenvolvimento e Composição de Serviços Web Semânticos para Suporte à Análise de Dados de Expressão Gênica
      Descrição: O desenvolvimento baseado em serviços surgiu nos últimos anos como um novo paradigma para a construção de sistemas computacionais. De maneira geral, procura-se desenvolver e disponibilizar as funcionalidades de uma aplicação como um componente aberto, isto é, um elemento computacional autônomo, cujo comportamento externamente observável pode ser descrito, publicado, descoberto e invocado utilizando protocolos e padrões abertos. Novas aplicações podem então ser desenvolvidas através da composição dos serviços individuais de um conjunto de componentes abertos. Serviços web semânticos representam uma evolução de serviços web. Serviços web semânticos consistem de serviços web anotados com informações semânticas provenientes de uma ontologia ou modelo conceitual. Os principais benefícios do uso de serviços web semânticos incluem melhor suporte à descoberta, integração e composição. O objetivo geral deste projeto é investigar o desenvolvimento, composição e uso serviços web semânticos no desenvolvimento de aplicações de suporte à análise de dados de expressão gênica. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . Integrantes: Cléver Ricardo Guareis de Farias - Coordenador / Luís Ferreira Pires - Integrante / Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio - Integrante / Gabriela Der Agopian Guardia - Integrante / Wilson Araújo da Silva Junior - Integrante / Matheus de Lara Calache - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa.
      Membro: Cléver Ricardo Guareis de Farias.
    4. 2005-2007. Infraestrutura de Suporte ao Desenvolvimento Baseado em Modelos de Aplicações Móveis Context-Aware (DBMWare)
      Descrição: O projeto DBMWare tem por objetivo principal desenvolver uma plataforma de suporte à execução de aplicações móveis sensíveis ao contexto (context-aware). Aplicações móveis sensíveis ao contexto têm como características principais o uso de tecnologias de computação móvel e informações acerca do contexto físico e social dos usuários para prover um conjunto de serviços mais adequado às necessidades destes usuários. Outros objetivos do projeto incluem a proposição de uma metodologia para o desenvolvimento destas aplicações segundo a abordagem MDA, a proposição de uma metodologia para a definição de transformações e o desenvolvimento de um conjunto básico de ferramentas de suporte à criação e transformação de modelos. Uma aplicação móvel sensível ao contexto voltada para o setor médico-hospitalar será desenvolvida para validar a arquitetura, metodologia e ferramentas desenvolvidas no projeto. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (4) / Doutorado: (0) . Integrantes: Cléver Ricardo Guareis de Farias - Coordenador / Ciro de Barros Barbosa - Integrante / Marcos Medina Leite - Integrante / José Gonçalves Pereira Filho - Integrante / Álvaro César Pereira Barbosa - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 16
      Membro: Cléver Ricardo Guareis de Farias.
    5. 2004-2006. Aprendizado Eletrônico - FAPESP Tidia
      Descrição: O presente projeto apresenta uma proposta para participação em um projeto de pesquisa cooperativo na área de ensino a distância. O projeto cooperativo, de caráter interdisciplinar e multi-institucional, terá como objetivo fazer a especificação, o desenvolvimento e a implementação de um ambiente de educação a distância sobre a plataforma da Internet avançada. Dentro deste contexto, este proposta apresenta o ELUS (e-learning Laboratory at UniSantos) como laboratório de desenvolvimento. A equipe do ELUS é composta de professores e pesquisadores doutores com perfis e capacidades complementares em relação aos objetivos do Programa TIDIA na modalidade e-learning, permitindo a participação do ELUS nas áreas de administração, coordenação e comunicação das ferramentas de ensino a distância. Participação como Laboratório Associado (LA). Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Cléver Ricardo Guareis de Farias - Integrante / Hermes Senger - Integrante / Marta Costa Rosatelli - Coordenador / Leandro Nunes de Castro - Integrante / Ricardo José Gabrielli Barreto Campello - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
      Membro: Cléver Ricardo Guareis de Farias.
    6. 2004-2005. Portal Giga: Executando aplicações em Grids de forma transparente
      Descrição: O objetivo principal desse projeto é permitir que um pesquisador que tenha interesse em executar aplicações específicas das áreas de bioinformática, petróleo e mineração de dados no Grid, mas que não tenha conhecimentos específicos da área de Grids Computacionais, possa executar estas aplicações de forma simples, via um portal Web, denominado PortalGIGA, através do uso da rede do projeto GIGA. O projeto GIGA é uma a iniciativa de rede óptica conduzida pela Rede Nacional de Ensino e Pesquisa (RNP) e pelo Centro de Pesquisa e Desenvolvimento em Telecomunicações (CPqD), que interliga diversos centros de pesquisa nos Estados do Rio de Janeiro e São Paulo. Para executar uma aplicação o usuário escolherá a mesma dentre um menu de opções oferecidos no site. A aplicação será então executada em uma grade computacional utilizando o middleware MyGrid, e o resultado será disponibilizado para usuário via a mesma interface Web. A distribuição das tarefas entre as máquinas do Grid e a preparação dos dados necessários para a execução da aplicação serão feitos de forma automática pelo Portal. Três tipos de aplicações diferentes serão suportados pelo Portal: simulação de dinâmica molecular, simulação de reservatórios de petróleo e mineração de dados.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Cléver Ricardo Guareis de Farias - Integrante / Fabrício Alves Barbosa da Silva - Coordenador / Carla Osthoff - Integrante / Hermes Senger - Integrante / Eduardo Raul Hruschka - Integrante / Walfredo Cirne - Integrante / Pedro Pascutti - Integrante. Financiador(es): Rede Nacional de Ensino e Pesquisa - Auxílio financeiro.
      Membro: Cléver Ricardo Guareis de Farias.

Prêmios e títulos

  • Total de prêmios e títulos (5)
    1. Professor homenageado da II Turma do Bacharelado em Ciência da Computação, Universidade de São Paulo., .. 2024.
      Membro: Cléver Ricardo Guareis de Farias.
    2. Paraninfo da X Turma do Bacharelado em Informática Biomédica, Universidade de São Paulo., .. 2015.
      Membro: Cléver Ricardo Guareis de Farias.
    3. Menção Honrosa pelo Poster "A UML Profile for the Semantic Annotation of Web Services for Gene Expression Analysis" apresentado em X-Meeting/BSB2013, Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (AB3C) and Computational Biology.. 2013.
      Membro: Cléver Ricardo Guareis de Farias.
    4. Professor homenageado da V Turma de Informática Biomédica, Universidade de São Paulo., .. 2010.
      Membro: Cléver Ricardo Guareis de Farias.
    5. Professor homenageado da III Turma de Informática Biomédica, Universidade de São Paulo, .. 2008.
      Membro: Cléver Ricardo Guareis de Farias.

Participação em eventos

  • Total de participação em eventos (20)
    1. 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-Meeting 2009). 2009. (Congresso).
    2. Third Workshop on Ontologies and Metamodeling in Software and Data Engineering.Transformação de Serviços Sensíveis ao Contexto para Serviços Web Usando o Padrão MOF QVT. 2008. (Outra).
    3. XIV Simpósio Brasileiro de Sistemas Multimídia e Web. 2008. (Simpósio).
    4. XXIII Simpósio Brasileiro de Banco de Dados. 2008. (Simpósio).
    5. ACM Symposium on Applied Computing.A MOF Metamodel for the Development of Context-Aware Mobile Applications. 2007. (Simpósio).
    6. Second Workshop on Ontologies and Metamodeling in Software and Data Engineering.Suporte ao Desenvolvimento Baseado em Modelos de Aplicações Móveis Sensíveis ao Contexto. 2007. (Outra).
    7. XXII Simpósio Brasileiro de Banco de Dados. 2007. (Simpósio).
    8. First Workshop on Ontologies and Metamodeling in Software and Data Engineering.Um Metamodelo MOF para o Desenvolvimento de Aplica-ções Móveis Sensíveis ao Contexto. 2006. (Simpósio).
    9. III Simpósio Brasileiro de Sistemas Colaborativos.Desenvolvimento de Aplicacações de Democracia Eletrônica em Larga Escala Utilizando Grades Computacionais. 2006. (Simpósio).
    10. Eleventh International Workshop on Groupware.An Architectural Model for Component Groupware. 2005. (Simpósio).
    11. Workshop Brasileiro de Tecnologias para Colaboração.Um Metamodelo para Sistemas Cooperativos. 2004. (Simpósio).
    12. Third IFIP Conference on E-Commerce, E-Business, and E-Government.Service Design and Verification Using UML. 2003. (Simpósio).
    13. 6th Intl. Conference on Protocols for Multimedia Systems. 2001. (Simpósio).
    14. 8th IEEE Workshop on Future Trends of Distributed Computing Systems.A Combined Component-Based Approach for the Design of Distributed Software Systems. 2001. (Simpósio).
    15. XIX Simpósio Brasileiro de Redes de Computadores.AMBER: uma linguagem para o desenvolvimento de sistemas distribuídos. 2001. (Simpósio).
    16. 2000 ACM Conference on Computer Supported Cooperative Work. 2000. (Congresso).
    17. 4th International Enterprise Distributed Object Computing Conference.A component-based groupware development methodology. 2000. (Simpósio).
    18. 5th International Conference on the Design of Cooperative Systems (COOP'00).A conceptual model for the development of CSCW systems. 2000. (Simpósio).
    19. 7th Intl. Conf. on Interactive Distributed Multimedia Systems and Telecommunication Services. 2000. (Simpósio).
    20. Seventh European Concurrent Engineering Conference.A systematic approach for component-based software development. 2000. (Simpósio).

Organização de eventos

  • Total de organização de eventos (7)
    1. FERRAZ, C. A. G. ; de FARIAS, C. R. G.. III Concurso de Trabalhos de Iniciação Científica (WebMedia/CTIC). 2023. Outro
    2. GUIZZARDI, G. ; de FARIAS, C. R. G.. Third Workshop on Ontologies and Metamodeling in Software and Data Engineering (WOMSDE 2008). 2008. Outro
    3. de FARIAS, C. R. G.; MARTINELLO, M.. V Workshop de Trabalhos de Iniciação Científica. 2008. Outro
    4. GUIZZARDI, G. ; de FARIAS, C. R. G.. Second Workshop on Ontologies and Metamodeling in Software and Data Engineering (WOMSDE 2007). 2007. Outro
    5. de FARIAS, C. R. G.; ARAUJO, R. M.. III Simpósio Brasileiro de Sistemas Colaborativos. 2006. Congresso
    6. GUIZZARDI, G. ; de FARIAS, C. R. G.. First Workshop on Ontologies and Metamodeling in Software and Data Engineering (WOMSDE 2006). 2006. Outro
    7. de FARIAS, C. R. G.; MENDES, M. J.. Tutoriais do 3rd IFIP Conference on E-Commerce, E-Business, and E-Government. 2003. Outro

Lista de colaborações

  • Colaborações endôgenas (0)



    (*) Relatório criado com produções desde 2000 até 2024
    Data de processamento: 05/12/2024 01:27:53