Programa de Pós Graduação em Bioinformática

Fernando Luis Barroso da Silva

Fernando Luís Barroso da Silva concluiu seu Ph.D. em Theoretical Chemistry/Physical Chemistry, pela Lunds Universitet (Suécia) em 2000. Atualmente, é Professor Associado da Universidade de São Paulo (USP) e orientador do programa de Pós-graduação interunidades em Bioinformática da USP. Foi professor visitante da Lunds Universitet/Suécia (2013/2014), University College Dublin/Irlanda (2016) Universidade Sorbonne Paris Cité/França (2015/16, 2017/18 e 2018/19) e outras. Publicou 48 artigos em periódicos especializados, centenas de trabalhos em anais de eventos e ministrou várias palestras no Brasil e no exterior. Possui 1 livro publicado e 3 capítulos de livro. Organizou eventos científicos no Brasil, na Irlanda e na Suécia. Foi relator de várias dezenas de publicações/projetos de pesquisa. Orientou 5 dissertações de mestrado, 2 teses de doutoramento, 1 pós-doc, 12 trabalhos de iniciação científica e 1 de pré-iniciação científica, dentre outras co-orientações, nas áreas de Físico-química, Biofísica Molecular e Bioinformática. Orienta hoje 1 aluno de doutorado. Desde 2000, participou de 15 projetos de pesquisa, sendo coordenador de 8 destes. Atualmente coordena de 3 projetos de pesquisa. Atua nas áreas de Biofísica Molecular, Biofísico-química, Bioinformática Estrutura e Virologia Computacional, com ênfase no entendimento de mecanismos moleculares através de técnicas de simulação computacional. Em suas atividades profissionais interagiu com centenas de colaboradores em co-autorias de trabalhos científicos. Em seu currículo Lattes, os termos mais freqüentes na contextualização de sua produção são: interações eletrostáticas em e entre proteínas, Monte Carlo, Energia Livre, simulação computacional, Poisson-Boltzmann, forças fundamentais Biofísica, pH, Tanford-Kirkwood. Gerado pelo Sistema Interlattes CV-Resumé (Texto informado pelo autor)

http://lattes.cnpq.br/0740745836565262 (21/04/2024)

Rótulo/Grupo:

Bolsa CNPq: Nível 1C

Período de análise:

Endereço: Universidade de São Paulo, Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, Departamento de Ciências Biomoleculares. Av. do café, s/no - DCBM/FCFRP - Bloco A - sala 64D-A Monte Alegre 14040903 - Ribeirão Preto, SP - Brasil Telefone: (16) 33154219 Fax: (16) 33154880 URL da Homepage: https://barrosolab.fcfrp.usp.br

Grande área: Ciências Biológicas

Área: Biofísica

Citações: Google Acadêmico

Produção bibliográfica

Artigos completos publicados em periódicos (42)
1. Barroso da Silva, Fernando L.; ETCHEBEST, CATHERINE ; SANTISO, ERIK ; CORRÊA GIRON, CAROLINA ; GRANDGUILLAUME, I. ; MARQUES, R. B. ; CUEVAS, S. A. P.. The Barroso Research lab: biomolecular interactions, computing, and data-driven science to understand and engineer biological and pharmaceutical systems in a global academic partnership. Journal of Information and Data Management - JIDM. v. 15, p. 242-254., 2024. Qualis: B3
2. NEAMTU, A. ; MOCCI, F. ; LAAKSONEN, A. ; barroso da silva, f l. Towards an optimal monoclonal antibody with higher binding affinity to the receptor-binding domain of SARS-CoV-2 spike proteins from different variants. COLLOIDS AND SURFACES B-BIOINTERFACES. v. 221, p. 112986, 2023. Qualis: A1 (COLLOIDS AND SURFACES. B, BIOINTERFACES)
3. CUEVAS, S. A. P. ; Barroso da Silva, Fernando Luís ; ETCHEBEST, CATHERINE. NS1 from Two Zika Virus Strains Differently Interact with a Membrane: Insights to Understand their Differential Virulence. Journal of Chemical Information and Modeling. v. 63, p. 1386-1400, 2023. Qualis: A1
4. LUNKAD, R. ; Barroso da Silva, Fernando L. ; KO?OVAN, P.. Both Charge-Regulation and Charge-Patch Distribution Can Drive Adsorption on the Wrong Side of the Isoelectric Point. JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY. v. 144, p. 1813-1825, 2022. Qualis: A1
5. LOUSA, D. ; SOARES, C. M. ; Barroso da Silva, Fernando L.. Computational approaches to foster innovation in the treatment and diagnosis of infectious diseases. Frontiers in Medical Technology. v. 4, p. 841088, 2022. Qualis: Não identificado (FRONTIERS IN MEDICAL TECHNOLOGY)
6. GIRON, CAROLINA CORRÊA ; LAAKSONEN, AATTO ; Barroso da Silva, Fernando Luís. Differences between Omicron SARS-CoV-2 RBD and other variants in their ability to interact with cell receptors and monoclonal antibodies. JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS. v. 1, p. 1-21, 2022. Qualis: A3
7. POVEDA-CUEVAS, SERGIO A. ; ETCHEBEST, CATHERINE ; Barroso da Silva, Fernando L.. Self-association features of NS1 proteins from different flaviviruses. VIRUS RESEARCH. v. 318, p. 198838, 2022. Qualis: A3
8. POVEDA-CUEVAS, SERGIO A. ; Barroso da Silva, Fernando Luís ; ETCHEBEST, CATHERINE. How the Strain Origin of Zika Virus NS1 Protein Impacts Its Dynamics and Implications to Their Differential Virulence. Journal of Chemical Information and Modeling. v. 61, p. 1516-1530, 2021. Qualis: A1
9. CORRÊA GIRON, CAROLINA ; LAAKSONEN, AATTO ; Barroso da Silva, Fernando L.. The Up state of the SARS-COV-2 Spike homotrimer favors an increased virulence for new variants. Frontiers in Medical Technology. v. 3, p. 29, 2021. Qualis: Não identificado (FRONTIERS IN MEDICAL TECHNOLOGY)
10. PRATES-SYED, W. A. ; CHAVES, L. C. S. ; CREMA, K. P. ; VUITIKA, L. ; LIRA, A. ; CORTES, N. ; KERSTEN, V. ; GUIMARAES, F. E. G. ; SADRAEIAN, M. ; Barroso da Silva, Fernando L. ; CABRAL-MARQUES, O. ; BARBUTO, J. A. M. ; RUSSO, M. ; CAMARA, N. O. S. ; CABRAL-MIRANDA, G.. VLP-Based COVID-19 Vaccines: An Adaptable Technology against the Threat of New Variants. Vaccines. v. 9, p. 1409, 2021. Qualis: Não identificado (VACCINES)
11. POVEDA CUEVAS, SERGIO ALEJANDRO ; ETCHEBEST, CATHERINE ; barroso da silva, fernando luis. On the identification of electrostatic epitopes in flavivirus by computer simulations. Journal of Chemical Information and Modeling. v. 60, p. 944-963, 2020. Qualis: A1
12. da Silva, Fernando Luís Barroso; CARLONI, PAOLO ; CHEUNG, DAVID ; COTTONE, GRAZIA ; DONNINI, SERENA ; ALLEN FOEGEDING, E. ; GULZAR, MUHAMMAD ; 'JACQUIER, 'JEAN CHRISTOPHE ; LOBASKIN, VLADIMIR ; MACKERNAN, DONAL ; NAVEH, ZEYNAB MOHAMMAD HOSSEINI ; RADHAKRISHNAN, RAVI ; SANTISO, ERIK E.. Understanding and Controlling Food Protein Structure and Function in Foods: Perspectives from Experiments and Computer Simulations. Annual Review of Food Science and Technology. v. 11, p. 365-387, 2020. Qualis: Não identificado (ANNUAL REVIEW OF FOOD SCIENCE AND TECHNOLOGY)
13. PRUDKIN-SILVA, CECILIA ; PÉREZ, OSCAR E. ; MARTÍNEZ, KARINA D. ; Barroso da Silva, Fernando L.. Combined Experimental and Molecular Simulation Study of Insulin-Chitosan Complexation Driven by Electrostatic Interactions. Journal of Chemical Information and Modeling. v. 60, p. 854-865, 2020. Qualis: A1
14. FRIGORI, RAFAEL B. ; Barroso da Silva, Fernando L. ; CARVALHO, PATRÍCIA P. D. ; ALVES, NELSON A.. Occurrence of Biased Conformations as Precursors of Assembly States in Fibril Elongation of Amyloid-β Fibril Variants: An In Silico Study. JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B. v. 124, p. 2798-2805, 2020. Qualis: A2
15. CORRÊA GIRON, CAROLINA ; LAAKSONEN, AATTO ; Barroso da Silva, Fernando L.. On the interactions of the receptor-binding domain of SARS-CoV-1 and SARS-CoV-2 spike proteins with monoclonal antibodies and the receptor ACE2. VIRUS RESEARCH. v. 285, p. 198021, 2020. Qualis: A3
16. SMITH, RYAN J. ; FABIANI, THOMAS ; WANG, SIYAO ; RAMESH, SRIVATSAN ; KHAN, SAAD ; SANTISO, ERIK ; SILVA, FERNANDO LUIS BARROSO ; GORMAN, CHRISTOPHER ; MENEGATTI, STEFANO. Exploring the physicochemical and morphological properties of peptide-hybridized dendrimers ( ) and their aggregates. Journal of Polymer Science. v. 1, p. pol.20200277, 2020. Qualis: Não identificado (JOURNAL OF POLYMER SCIENCE)
17. Pasquali, S. ; Frezza, E. ; barroso da silva, fernando luis. Coarse-grained dynamic RNA titration simulations. Interface Focus. v. 9, p. 20180066, 2019. Qualis: Não identificado (INTERFACE FOCUS)
18. Barroso da Silva, Fernando L.; STERPONE, F. ; DERREUMAUX, PHILIPPE. OPEP6: A new constant-pH Molecular Dynamics simulation scheme with OPEP coarse-grained force field. Journal of Chemical Theory and Computation. v. 15, p. 3875-3888, 2019. Qualis: A1
19. MENDONÇA, DEBORAH C. ; MACEDO, JOCI N. ; GUIMARÃES, SAMUEL L. ; Barroso da Silva, Fernando L. ; CASSAGO, ALEXANDRE ; GARRATT, RICHARD C. ; PORTUGAL, RODRIGO V. ; ARAUJO, ANA P. U.. A revised order of subunits in mammalian septin complexes. Cytoskeleton. v. 76, p. 457-466, 2019. Qualis: Não identificado (CYTOSKELETON)
20. SILVA, FLB; Derreumaux, P. ; PASQUALI, SAMUELA. Protein-RNA complexation driven by the charge regulation mechanism. BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS. v. 498, p. 264-273, 2018. Qualis: A3
21. DURAN, N. M. ; SPELZINI, D. ; BOERIS, V. ; Barroso da Silva, Fernando Luís. A Combined Experimental and Molecular Simulation Study of Factors Influencing interaction of Quinoa Proteins-Carrageenan. INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES. v. 107, p. 949-956, 2018. Qualis: A1
22. CUEVAS, S. A. P. ; ETCHEBEST, C. ; Barroso da Silva, Fernando Luís. Insights into the ZIKV NS1 Virology from Different Strains through a Fine Analysis of Physicochemical Properties. ACS Omega. v. 3, p. 16212-16229, 2018. Qualis: A3
23. Barroso da Silva, Fernando Luís; DERREUMAUX, PHILIPPE ; PASQUALI, SAMUELA. Fast coarse-grained model for RNA titration. JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS. v. 146, p. 035101, 2017. Qualis: A2 (THE JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS)
24. barroso da silva, fernando luis; MACKERNAN, DONAL. Benchmarking a fast proton titration scheme in implicit solvent for biomolecular simulations. Journal of Chemical Theory and Computation. v. 13, p. 2915-2929, 2017. Qualis: A1
25. Barroso da Silva, Fernando Luís; DIAS, Luis Gustavo. Development of constant-pH simulation methods in implicit solvent and applications in biomolecular systems. BIOPHYSICAL REVIEWS. v. 9, p. 699-728, 2017. Qualis: A3
26. SRIVASTAVA, DEEPTI ; SANTISO, ERIK ; GUBBINS, KEITH E. ; barroso da silva, fernando luis. Computationally mapping pKa shifts due to the presence of a polyelectrolyte chain around whey proteins. LANGMUIR. v. 33, p. 11417-11428, 2017. Qualis: A1
27. DELBONI, Lariani Aparecida ; Barroso da Silva, Fernando Luís. On the complexation of whey proteins. Food Hydrocolloids. v. 55, p. 89-99, 2016. Qualis: A1
28. barroso da silva, fernando luis; PASQUALI, SAMUELA ; DERREUMAUX, PHILIPPE ; DIAS, Luis Gustavo. Electrostatics analysis of the mutational and pH effects of the N-terminal domain self-association of the Major Ampullate Spidroin. Soft Matter (Print). v. 12, p. 5600-5612, 2016. Qualis: A2
29. Barroso da Silva, Fernando Luís; BOSTRÖM, MATHIAS ; PERSSON, CLAS. Effect of Charge Regulation and Ion-Dipole Interactions on the Selectivity of Protein-Nanoparticle Binding. Langmuir. v. 30, p. 4078-4083, 2014. Qualis: A1
30. BRASIL, CHRISTIANE REGINA SOARES ; DELBEM, ALEXANDRE CLAUDIO BOTAZZO ; da Silva, Fernando Luís Barroso. Multiobjective evolutionary algorithm with many tables for purely ab initio protein structure prediction. Journal of Computational Chemistry. v. 34, p. n/a-n/a, 2013. Qualis: A1
31. da Silva, Fernando Luis Barroso. Peculiaridades nos Mecanismos Moleculares de Proteínas em Solução Aquosa: exemplo da importância do equilíbrio ácido-base para aplicações em Biotecnologia. Quimica. . v. 131, p. 43-48, 2013.Qualis: Não identificado ()
32. Teixeira, Andre Azevedo Reis ; LUND, Mikael ; Da SILVA, F. L. B.. Fast Proton Titration Scheme for Multiscale Modeling of Protein Solutions. Journal of Chemical Theory and Computation. v. 6, p. 3259-3266, 2010. Qualis: A1
33. da Silva, Fernando Luís Barroso; JÖNSSON, Bo. Polyelectrolyte¿protein complexation driven by charge regulation. Soft Matter. v. 5, p. 2862-2868, 2009. Qualis: A2
34. CARVALHO, Sidney Jurado de ; FENLEY, Marcia de Oliveira ; da Silva, Fernando Lui?s Barroso. Protein−Ion Binding Process on Finite Macromolecular Concentration. A Poisson−Boltzmann and Monte Carlo Study. Journal of Physical Chemistry B. v. 112, p. 16766-16776, 2008. Qualis: A2
35. Da SILVA, F. L. B.; OLIVARES, Wilmer ; COLMENARES, Pedro J. BASIC STATISTICS AND VARIATIONAL CONCEPTS BEHIND THE REVERSE MONTE CARLO TECHNIQUE. Molecular Simulation, Londres. v. 33, p. 639-647, 2007. Qualis: Não identificado (MOLECULAR SIMULATION, LONDRES)
36. Da SILVA, F. L. B.; LUND, Mikael ; JÖNSSON, Bo ; ÅKESSON, Torbjörn. On the Complexation of Proteins and Polyelectrolytes. Journal of Physical Chemistry B, ACS. v. 110, n. 9, p. 4459-4464, 2006. Qualis: A2 (JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B)
37. CARVALHO, Sidney Jurado de ; GHIOTTO, Renato Carlos Tonin ; Da SILVA, F. L. B.. Monte Carlo and modified Tanford-Kirkwood results for macromolecular electrostatic calculations. Journal of Physical Chemistry B, ACS. v. 110, p. 8832-8839, 2006. Qualis: A2 (JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B)
38. Da SILVA, F. L. B.; LINSE, S. ; JÖNSSON, Bo. The binding of charged ligands to macromolecules. Anomalous salt dependence.. Journal of Physical Chemistry B, The, ACS. v. 109, n. 5, p. 2007-2013, 2005. Qualis: Não identificado (JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B, THE, ACS)
39. Da SILVA, F. L. B.; BOGREN, D. ; SÖDERMAN, O. ; ÅKESSON, Torbjörn ; JÖNSSON, Bo. Titration of fatty acids solubilized in cationic, nonionic and anionic micelles. Theory and experiment.. Journal of Physical Chemistry B. v. 106, n. 13, p. 3515-3522, 2002. Qualis: A2
40. Da SILVA, F. L. B.; OLIVARES, Wilmer ; DEGREVE, L. ; ÅKESSON, Torbjörn. Application of a New Reverse Monte Carlo Algorithm to PolyatomicMolecular Systems I. Liquid water. Journal of Chemical Physics, Estados Unidos. v. 114, n. 2, p. 907-914, 2001. Qualis: Não identificado (JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS, ESTADOS UNIDOS)
41. Da SILVA, F. L. B.; JÖNSSON, Bo ; PENFOLD, R.. A critical investigation of the Tanford-Kirkwood model by means of Monte Carlo simulations. Protein Science, Estados Unidos. v. 10, p. 1415-1425, 2001. Qualis: Não identificado (PROTEIN SCIENCE, ESTADOS UNIDOS)
42. DEGREVE, L. ; Da SILVA, F. L. B.. Detailed study of 1M aqueous NaCl solution by computer simulations. Journal of Molecular Liquids. v. 87, n. 2-3, p. 217-232, 2000. Qualis: A1
Livros publicados/organizados ou edições (1)
1. Da SILVA, F. L. B. Statistical Mechanical Studies of Aqueos Solutions and Biomolecular Systems. 1 ed. Alnarp: SLU Reprocenter, 2000. v. 1, p. 258.
Capítulos de livros publicados (3)
1. Barroso da Silva, Fernando L. Constant-pH Simulation Methods for Biomolecular Systems. Constant-pH Simulation Methods for Biomolecular Systems. 1ed. Em: . : Elsevier. 2023.p. 1.
2. de Lima, Telma Woerle ; CALIRI, Antonio ; da Silva, Fernando Luis Barroso ; Tinos, Renato ; Travieso, Gonzalo ; da Silva, Ivan Nunes ; de Souza, Paulo Sergio Lopes ; Marques, Eduardo ; Botazzo Delbem, Alexandre Claudio ; Bonatto, Vanderlei ; Faccioli, Rodrigo ; Soares Brasil, Christiane Regina ; Ribeiro Gabriel, Paulo Henrique ; do O, Vinicius Tragante ; Ferraz Bonetti, Daniel Rodrigo. Some Modeling Issues for Protein Structure Prediction Using Evolutionary Algorithms. Em: Aleksandar Lazinica. (Org.). Evolutionary Computation. 1ed.Viena, Austria. : InTech. 2009.p. 153-178.
3. J?nsson, Bo ; LUND, Mikael ; Barroso da Silva, Fernando L.. Chapter 9. Electrostatics in Macromolecular Solutions. Em: E. Dickinson; M. E. Leser. (Org.). Food Colloids. 1ed.Cambridge. : Royal Society of Chemistry. 2007.v. 302, p. 129-154.
Textos em jornais de notícias/revistas (0)
Trabalhos completos publicados em anais de congressos (2)
1. Ishivatari, Luis Henrique U. ; OLIVEIRA, LARIZA L. DE ; SILVA, FERNANDO L. B. DA ; TINÓS, RENATO. Algoritmos Genéticos Com Função De Avaliação Dinâmica Para O Problema De Predição De Estruturas De Proteínas. Em: 10. Congresso Brasileiro de Inteligência Computacional, p. 1, 2016. Qualis: Não identificado (10. Congresso Brasileiro de Inteligência Computacional)
2. Ishivatari, Luis Henrique U. ; De Oliveira, Lariza Laura ; Da SILVA, F. L. B. ; Tinós, R.. ALGORITMOS GENÉTICOS COM FUNÇÃO DE AVALIAÇÃO DINÂMICA PARA O PROBLEMA DE PREDIÇÃO DE ESTRUTURAS DE PROTEÍNAS. Em: 10th Brazilian Congress on Computational Intelligence (CBIC?2011), p. 1-8, 2011.Qualis: Não identificado (10th Brazilian Congress on Computational Intelligence (CBIC?2011))
Resumos expandidos publicados em anais de congressos (2)
1. Da SILVA, F. L. B.; CARVALHO, Sidney Jurado de ; LINSE, S. ; JÖNSSON, Bo. Peculiarities in molecular mechanisms related to the formation of complexes of interest in industries and Biosciences. Em: IUTAM Symposium on Swelling and Shrinking of Porous Materials: From Colloid Science to Poromechanics, 2007, Petrópolis, RJ. Proceedings of the IUTAM (GA.04-07), 2007. Qualis: Não identificado (IUTAM SYMPOSIUM ON SWELLING AND SHRINKING OF POROUS MATERIALS: FROM COLLOID SCIENCE TO POROMECHANICS, 2007, PETRÓPOLIS, RJ. PROCEEDINGS OF THE IUTAM)
2. AUTRETO, Pedro Alves da Silva ; Da SILVA, F. L. B.. Aspectos eletrostáticos da formação de complexos moleculares: Estudo do Complexo Tripsina-BPTI. Em: XXVI CIC, 2004, Ilha Solteira, SP. CD de resumos, 2004. Qualis: Não identificado (XXVI CIC, 2004, ILHA SOLTEIRA, SP. CD DE RESUMOS)
Resumos publicados em anais de congressos (66)
1. GIRON, CAROLINA CORRÊA ; LAAKSONEN, AATTO ; Barroso da Silva, Fernando L.. Molecular aspects of the SARS-CoV-2 variants and their virulence. Em: 20th Congress of the International Union for Pure and Applied Biophysics (IUPAB), 2021, São Paulo, SP (online). Program and abstract book, v. 1, p. 320, 2021.
2. CUEVAS, S. A. P. ; barroso da silva, fernando luis. Análise de diferentes propriedades fisico-quimicas em variantes da proteína NS1 do vírus Zika. Em: Curso de Verão em Bioinformática 2018, 2018, Sao Paulo. Curso de Verão em Bioinformática 2018, 2018.
3. Barroso da Silva, Fernando Luís; Pasquali, S.. A FAST CONSTANT-PH MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION FOR THE COARSE-GRAINED HIRE-RNA MODEL. Em: 47a Reunião Anual da SBBq, 2018, Joinville, SC. Abstracts, p. C12, 2018.
4. CUEVAS, S. A. P. ; ETCHEBEST, C. ; Barroso da Silva, Fernando Luís. Computational Analysis of the Main Physical-chemistry Properties on NS1 Protein in Zika Virus Strains. Em: 47a Reunião Anual da SBBq, 2018, Joinville, SC. Abstracts, p. C11, 2018.
5. Barroso da Silva, Fernando Luís; Pasquali, S. ; Derreumaux, P.. Developing and applying fast constant-pH simulation methods for RNA systems - From pKa benchmarks to protein-RNA interactions. Em: Regulatory & Non-Coding RNA?s Meeting, CSHL, 2018, Cold Spring Harbor, EUA. Regulatory & Non-Coding RNA?s Meeting. Cold Spring Harbor: CSHL, 2018.
6. DURAN, N. M. ; Ibarra, Jorge ; SPELZINI, D. ; Barroso da Silva, Fernando Luís ; BOERIS, V.. INTERACCIÓN ENTRE LAS PROTEÍNAS DE LA SEMILLA DE QUINOA Y QUITOSANO. ESTUDIOS EXPERIMENTALES Y COMPUTACIONALES. Em: XX CONGRESO ARGENTINO DE FISICOQUIMICA Y QUIMICA INORGÁNICA, 2017, Río Cuarto. XX CONGRESO ARGENTINO DE FISICOQUIMICA Y QUIMICA INORGÁNICA. Río Cuarto: UniRío editora. Universidad Nacional de Río Cuarto, p. 68-68, 2017.
7. SRIVASTAVA, D. ; Barroso da Silva, Fernando Luís ; GUBBINS, K. E. ; SANTISO, E. E.. pKa shifts due to the presence of a polyelectrolyte chain around milk proteins. Em: Symposium on Molecular Theory and Modeling, 2017, Raleigh, NC. Symposium on Molecular Theory and Modeling. Raleigh, NC: NCSU, p. 22-22, 2017.
8. ACKEN, K. ; SANTISO, E. E. ; Barroso da Silva, Fernando Luís. On the chain length effects on the complexation of a polyelectrolyte with milk proteins. Em: Symposium on Molecular Theory and Modeling, 2017, Raleigh. Symposium on Molecular Theory and Modeling. NCSU: Symposium on Molecular Theory and Modeling, p. 24-24, 2017.
9. Barroso da Silva, Fernando Luís; Pasquali, S. ; Derreumaux, P.. Protein-RNA complexation driven by the charge regulation mechanism. Em: Symposium on Molecular Theory and Modeling, 2017, Raleigh, NC. Symposium on Molecular Theory and Modeling. Raleigh, NC: NCSU, p. 23-23, 2017.
10. CUEVAS, S. A. P. ; SILVA, FLB. Constant-pH Coarse-grained Modelling of the S100 Proteins Self-association. Em: SBBq 2017, 2017, Águas de Lindóia. Reunião Anual da SBBq 2017, p. E8, 2017.
11. Barroso da Silva, Fernando Luís; Derreumaux, P. ; Pasquali, S.. Fast coarse-grained model for RNA titration. Em: Reuniao Anual da SBBq 2017, 2017, Aguas de Lindoia. Reuniao Anual da SBBq 2017, p. C-27, 2017.
12. CUEVAS, S. A. P. ; Da SILVA, F. L. B.. Refining the calibration of a coarse-grained force field for protein complexation. Em: XMeeting 2016 - 12th International Conference of the Brazilian Association of Bioinformatics and Computational Biology (AB3C), 2016, Belo Horizonte - MG. Book of abstracts, 2016.
13. DURAN, N. M. ; SPELZINI, D. ; BOERIS, V. ; da Silva, Fernando Luis Barroso. Interaction of quinoa protein and carrageenan. Experiment and computational simulation. Em: FRONTIERS IN PHYSICAL SCIENCES, HUMBOLDT KOLLEG, 2016, Buenos Aires, Argentina. FRONTIERS IN PHYSICAL SCIENCES, HUMBOLDT KOLLEG, p. 40-40, 2016.
14. VIEGAS, T. G. ; Barroso da Silva, Fernando Luís ; RUGGIERO NETO, Joao. Investigating the pH and ionic strength effects on the affinity of a cationic peptide to anionic bilayer. Em: I Congresso Regional da Sociedade Brasileira de Biofísica, 2015, Natal. I Congresso Regional da Sociedade Brasileira de Biofísica (Natal - RN, 24 a 28 de maio) - Livro de resumos, p. 50, 2015.
15. BRASIL, CHRISTIANE R. S. ; Delbem, A. C. B. ; Bonetti, Daniel R. F. ; da Silva, Fernando Luis Barroso. Multi and many objectives approaches in evolutionary algorithms for the protein structure prediction problem. Em: XLI Reunião Anual da SBBq, 2012, Foz do Iguaçu, RP. Book of abstracts, 2012.
16. Bonetti, Daniel R. F. ; Andrade, F.B. ; Delbem, A. C. B. ; BRASIL, CHRISTIANE R. S. ; da Silva, Fernando Luis Barroso. Ab initio Protein Structure Prediction with Estimation of Distribution Algorithm and full-atom model. Em: XLI Reunião Anual da SBBq, 2012, Foz do Iguaçu, RP. Book of abstracts, 2012.
17. Barroso da Silva, Fernando Luís. On the complexation of protein-peptides and protein-nanoparticle. Em: XLI Reunião Anual da SBBq, 2012, Foz do Iguaçu, RP. Book of abstracts, 2012.
18. DELBONI, Lariani Aparecida ; JÖNSSON, Bo ; Barroso da Silva, Fernando Luís. Electrostatic Correlations in Proteins. Em: XL Annual Meeting of the Brazilian Biochemistry and Molecular, 2011, Foz do Iguaçu, RP. Book of abstracts, 2011.
19. Da SILVA, F. L. B.; Cantano, Márcia Mendes Ruiz. ANÁLISE DO EMPREGO DO MÉTODO ABP EM DISCIPLINAS DE FÍSICO-QUÍMICA DO CURSO DE FARMÁCIA-BIOQUÍMICA. Em: Congresso Internacional PBL2010, 2010, São Paulo, SP. PAN PBL 2010 - Conectando pessoas, ideias e comunidades, p. R0242-1, 2010.
20. PRADO, E. F. ; Barroso da Silva, Fernando Luís. Análise do efeito de diferentes protocolos para cálculos de propriedades, eletrostáticas de biomoléculas através de soluções numéricas de Poisson":Boltzmann. Em: V Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos, V EMMSB-2010, 2010, Petropolis, RJ. Livro de resumos, 2010.
21. De Oliveira, Lariza Laura ; Ishivatari, Luis Henrique U. ; Barroso da Silva, Fernando Luís ; Tinós, R.. Algoritmos genéticos com função de avaliação baseada em modelo coarse-grained para a predição de estruturas de proteínas. Em: V Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos, V EMMSB-2010, 2010, Petropolis, RJ. Livro de resumos, 2010.
22. DELBONI, Lariani Aparecida ; JÖNSSON, Bo ; PERSSON, B. ; Da SILVA, F. L. B.. MONTE CARLO SIMULATIONS OF THE INTERACTION BETWEEN WHEY PROTEINS. Em: 7th INTERNATIONAL CONGRESS OF PHARMACEUTICAL SCIENCES, 2009, Ribeirão Preto, SP. Book of abstracts, p. FQ001, 2009.
23. BRASIL, CHRISTIANE R. S. ; Delbem, A. C. B. ; Bonetti, Daniel R. F. ; Faria, Eduardo De Franca ; Da SILVA, F. L. B.. Evolutionary algorithms approaches for the protein structure prediction with new criteria. Em: BIOMAT 2009 - International Symposium on Mathematical and Computational Biology, 2009, Brasília. Biomat 2009 Programm (CD-ROM), p. PS1, 2009.
24. De Oliveira, Lariza Laura ; Ishivatari, Luis Henrique U. ; Da SILVA, F. L. B. ; Tinós, R.. Knowledge-based Approach to Genetic Algorithms for the Protein Structure Prediction Problem. Em: X-meeting - 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2009, Angra dos Reis. X-meeting, p. SM17, 2009.
25. Bojczuk, Daniel ; Calixto, Tulio Marcus Ribeiro ; Vêncio, Ricardo Z.N. ; Da SILVA, F. L. B.. OMX Prometheus Tools: Large-scale study of proteins interaction/complexation. Em: X-meeting - 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2009, Angra dos Reis. X-meeting, 2009.
26. Calixto, Tulio Marcus Ribeiro ; Faccioli, Rodrigo ; Da SILVA, F. L. B.. PROMETHEUS: A WEBSERVER FOR ESTIMATING ELECTROSTATIC AND COMPLEXATION PROPERTIES OF BIOMOLECULES. Em: X-meeting - 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2009, Angra dos Reis. X-meeting, p. SM2, 2009.
27. Calixto, Tulio Marcus Ribeiro ; Da SILVA, F. L. B.. Molesa - a web service for MOLEcular Structural Analyses. Em: X-meeting - 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2009, Angra dos Reis. X-meeting, p. SM13, 2009.
28. Teixeira, A. A. R. ; Da SILVA, F. L. B.. Agregação protéica: estudo in-silico por modelos moleculares simplistas. Em: 17º Simpósio Internacional de Iniciação Científica, 2009, Ribeirão Preto. Livro de resumos, p. 836, 2009.
29. Da SILVA, F. L. B.; COLMENARES, Pedro J ; OLIVARES, Wilmer. Basic Statistics and Variational Concepts Behind the Reverse Monte Carlo Technique. Em: VI Congreso de la Sociedad Venezolana de Física, 2008, Mérida, Venezuela. VI Congreso de la Sociedad Venezolana de Física - Libro de Resumenes - Física Teórica. Mérida, Venezuela: Sociedad Venezolana de Física, 2008.
30. Teixeira, A. A. R. ; Da SILVA, F. L. B.. Physico-chemical properties of the complex Calcium-Calbindin D9K: The mutation E60Q puzzle. Em: IV Escola de Modelagem Molecular ? IVEMMSB, 2008, Petrópolis, RJ. Anais da escola, p. 11-11, 2008.
31. Da SILVA, F. L. B.; COLMENARES, Pedro J ; OLIVARES, Wilmer. Basic Statistics And Variational Concepts Behind The Reverse Monte Carlo Technique. Em: 7th Liquid Matter Conference, 2008, Lund, Sweden. Pôster Presentations Book, p. 32-32, 2008.
32. DELBONI, Lariani Aparecida ; SILVA, Roosevelt Alves da ; barroso da silva, fernando luis. Statistical mechanical studies of electrostatics and protein flexibility aspects involved in molecular complexation. the thrombin-hirudin system. Em: VI International Congress of Pharmaceutical Sciences ? VI CIFARP, 2007, Ribeirão Preto, SP. Livro de Resumos, 2007.
33. Da SILVA, F. L. B. Using molecular modeling to explore fundamental interactions in Structural Biophysics. Em: XXXII Reunião da Sociedade Brasileira de Biofísica ? SBBf com celebração dos seus 70 anos, 2007, Águas de Lindóia. Abstract Book, p. 31-32, 2007.
34. Da SILVA, F. L. B.; JÖNSSON, Bo ; LUND, Mikael. Sensitive Electrostatic Forces in Biological Systems. Em: XXXVII Latin-American School of Physics - ELAF 2006, 2006, São José do Rio Preto, 2006.
35. VECHI, Sergio Modesto ; Da SILVA, F. L. B.. Mutational effects on calbindin D9k investigated by molecular dynamical simulations. Em: 14th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), 2006, Fortaleza - CE. Book of Abstracts - ISMB, p. 46-46, 2006.
36. VECHI, Sergio Modesto ; Da SILVA, F. L. B.. The influence of dynamical fluctuations of calbindin D9k structure on its electrostatic properties. A Molecular Dynamics simulation and continuum dielectric electrostatic study. Em: XXXVII Latin-American School of Physics - ELAF 2006, 2006, São José do Rio Preto, 2006.
37. Da SILVA, F. L. B.; DELBONI, Lariani Aparecida. Estudo comparativo dos aspectos eletrostáticos para a complexação de diferentes sistemas biomoleculares. Em: 14. Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP, 2006, Ribeirao Preto. Livro de Resumos, v. x, 2006.
38. Da SILVA, F. L. B.; JÖNSSON, Bo. Statistical Mechanical studies of protein-polymer complexes. Em: SNIC Meeting 2006, 2006. LUNARC - Progress Report. Lund: Lunarc, p. 66-66, 2006.
39. CARVALHO, Sidney Jurado de ; Da SILVA, F. L. B.. How does a polyelectrolyte favor the binding of charged ligand to Macromolecule?. Em: XXXVII Latin-American School of Physics - ELAF 2006, 2006, São José do Rio Preto - SP, 2006.
40. Da SILVA, F. L. B.; LUND, Mikael ; JÖNSSON, Bo. Ionization and Protein-Polyelectrolyte Complexes. Em: Macroion Complexation: fundamentals and applications, 2005, Wageningen. Macroion Complexation: fundamentals and applications. Wageningen, Holanda: Wageningen University - SOFTLink, 2005.
41. CARVALHO, Sidney Jurado de ; Da SILVA, F. L. B.. Macroion-polyelectrolyte complexes: An intial study of methodological issues. Em: Macroion Complexation: fundamentals and applications, 2005, Wageningen. Macroion Complexation: fundamentals and applications. Wageningen, Holanda: Wageningen University - SOFTLink, 2005.
42. Da SILVA, F. L. B. Electrostatic World of Biological Molecules. - Important Interactions and some Applications in Structural Biophysics. Em: XXXIV Reuniao Anual da Sociedade Brasileira de Bioquimica e Biologia Molecular, 2005, Aguas de Lindoia. Programa e Índices da XXXIV Reunião Anual. Sao Paulo - SP: SBBq, v. CD-ROM, 2005.
43. DELBONI, Lariani Aparecida ; SILVA, Roosevelt Alves da ; Da SILVA, F. L. B.. MECANISMOS RESPONSÁVEIS PELA FORMAÇÃO DE COMPLEXOS MOLECULARES. TRIPSINA-BPTI: ASPECTOS ELETROSTÁTICOS E FLEXIBILIDADE. Em: 13. Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP, 2005, Ribeirao Preto. Livro de Resumos, v. x, 2005.
44. CARVALHO, Sidney Jurado de ; FENLEY, Marcia de Oliveira ; Da SILVA, F. L. B.. BIOCOLOIDAL ELECTROSTATICS: POSSIBLE DRAWBACKS OF THE POISSON-BOLTZMANN APPROCH. Em: SIS-2004, 2004, Fortaleza. Abstracts (CDROM), v. 1, p. 1-1, 2004.
45. CARVALHO, Sidney Jurado de ; FENLEY, Marcia de Oliveira ; LINSE, S. ; JÖNSSON, Bo ; Da SILVA, F. L. B.. ELECTROSTATIC INTERACTIONS IN BIOCOLOIDAL SYSTEMS: SOME THEORETICAL STUDIES. Em: SIS-2004, 2004, Fortaleza. Abstracts (CDROM), v. 1, p. 1-1, 2004.
46. AUTRETO, Pedro Alves da Silva ; LAVARDA, F. C. ; Braga, S. ; Da SILVA, F. L. B.. Electrostatic Aspects of the Taxol-Tubulin Complex: a Monte Carlo Study. Em: 2nd Brazilian Symposium on Medicinal Chemistry - BrazMedChem/2004, 2004, Rio de Janeiro, RJ. Abstract book, p. 77-77, 2004.
47. PRADO, E. F. ; CARVALHO, Sidney Jurado de ; Da SILVA, F. L. B.. Statistical analysis of mutational effects on calbindin D9k by computer simulations. Em: XXXII Reunião Anual da SBBq, 2003, Caxambu, MG. Programa e resumos, v. Único, p. 262-262, 2003.
48. FIGUEIREDO, Fábio Vasconcelos ; AUTRETO, Pedro Alves da Silva ; NONATO, Maria Cristina ; Da SILVA, F. L. B.. APPLICATION OF POISSON-BOLTZMANN APPROACH ON STRUCTURAL BIOLOGY: AN INITIAL STUDY OF THE COMPLEX TRYPSIN-BPTI. Em: 4th Congress of Pharmaceutical Sciences, 2003, Ribeirão Preto, SP. RBCF. Revista Brasileira de Ciências Farmacêuticas (Cessou em 2008. Cont. ISSN 1984-8250 Brazilian Journal of Pharmaceutical Sciences). São Paulo, SP: Faculdade de Ciências Farmacêuticas da Universidade de São Paulo, v. 39, p. 193-193, 2003.
49. CARVALHO, Sidney Jurado de ; Da SILVA, F. L. B.. A CRITICAL STUDY OF CONTINNUM ELECTROSTATICS MODELS AND NUMERICAL SCHEMES FOR THE MOLECULAR MODELING OF LIGAND-PROTEIN INTERACTIONS. Em: 4th Congress of Pharmaceutical Sciences, 2003, Ribeirão Preto, SP. RBCF. Revista Brasileira de Ciências Farmacêuticas (Cessou em 2008. Cont. ISSN 1984-8250 Brazilian Journal of Pharmaceutical Sciences). São Paulo, SP: Faculdade de Ciências Farmacêuticas da Universidade de São Paulo, v. 39, p. 192-192, 2003.
50. FIGUEIREDO, Fábio Vasconcelos ; Da SILVA, F. L. B.. Aplicação de técnicas de visualização molecular como ferramenta qualitativa na descrição de moléculas biológicas. Em: 11o. Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP, 2003, Ribeirão Preto. Resumos, v. x, p. 1-1, 2003.
51. CARVALHO, Sidney Jurado de ; Da SILVA, F. L. B.. A modified Tanford-Kirkwood scheme for Biomolecular electrostatics calculations. Em: Workshop of Molecular Modeling on Biophysics, 2002, Rio de Janeiro, RJ. Workshop of Molecular Modeling on Biophysics - Program and Abstracts, p. 28-28, 2002.
52. CARVALHO, Sidney Jurado de ; PRADO, E. F. ; Da SILVA, F. L. B.. Analysis of force fields parameters for Biomolecular continuum electrostatics calculations. Em: Workshop of Molecular Modeling on Biophysics, 2002, Rio de Janeiro, RJ. Workshop of Molecular Modeling on Biophysics - Program and Abstract, p. 28-28, 2002.
53. Da SILVA, F. L. B.; COLOMBO, M. F. ; SEIXAS, F. A. V.. ELECTROSTATIC EFFECTS IN HEMOGLOBIN. AN INITIAL STUDY OF BINDING-SITES FOR TWO CRYSTALOGRAPHIC STRUCTURES. Em: Workshop of Molecular Modeling on Biophysics, 2002, Rio de Janeiro, RJ. Workshop of Molecular Modeling on Biophysics - Program and Abstract, p. 31-31, 2002.
54. CARVALHO, Sidney Jurado de ; PRADO, E. F. ; Da SILVA, F. L. B.. Análise dos parâmetros dos campos de força para cálculos de propriedades eletrostáticas de biomoléculas no contínuo. Em: 1o. Workshop de Modelagem Molecular de Ribeirão Preto, 2002, Ribeirão Preto, SP. Resumo dos Posters (publicação eletrônica), 2002.
55. Da SILVA, F. L. B. General electrostatics features of the protein-polymer interaction. Em: International Symposia on Polyelectrolytes ? Polyelectrolytes 2002, 2002, Lund, Sweden. Book of Abstracts, p. 7:3, 2002.
56. CARVALHO, Sidney Jurado de ; Da SILVA, F. L. B.. Estudo do efeito de diferentes campos de força na interação ligante-biomolécula utilizando o modelo de Tanford-Kirkwood modificado. Em: XIII Congresso de Iniciacao Cientifica da Unesp, 2001, Bauru, 2001.
57. CARVALHO, Sidney Jurado de ; GHIOTTO, Renato Carlos Tonin ; Da SILVA, F. L. B.. MONTE CARLO AND MODIFIED TANFORD-KIRKWOOD RESULTS FOR MACROMOLECULAR ELECTROSTATICS CALCULATIONS. Em: XI Simposio Brasileiro de Quimica Teorica, 2001, Caxambu, MG, 2001.
58. CARVALHO, Sidney Jurado de ; VASCONCELLOS, L. A. ; SOUZA, A. R. ; Da SILVA, F. L. B.. MODELING OF ATOMIC CHARGES FOR BIOLOGICAL APPLICATIONS OF ELECTROSTATIC CALCULATIONS. AN INITIAL STUDY. Em: XI Simposio Brasileiro de Quimica Teorica, 2001, Caxambu, MG, 2001.
59. Da SILVA, F. L. B.; JÖNSSON, Bo ; PENFOLD, R.. A critical investigation of the Tanford-Kirkwood scheme by means of Monte Carlo simulations. Em: Symposium Understanding Protein Electrostatics, 2000, Estocolmo. Book of Abstracts, p. 2-2, 2000.
60. Da SILVA, F. L. B. Electrostatic interactions in biomolecules: A Statistical Mechanical Approach. Em: IV Biophysics Congress of the Southern Cone, 2000, Campinas, SP. Book of Abstracts, p. 36, 2000.
61. SÖDERMAN, O. ; Da SILVA, F. L. B. ; BOGREN, D. ; JÖNSSON, Bo. Surface potentials from interfacial properties of a prototropic molecule solubilized in micelles, Monte Carlo simulations, pH-titrations and calorimetric experiments. Em: 13th International Symposium on Surfactants in Solution, 2000, Florida. Book of Abstracts, p. 194, 2000.
62. Da SILVA, F. L. B.; GHIOTTO, Renato Carlos Tonin ; CARVALHO, Sidney Jurado de. Estudo via simulacões numéricas do efeito da concentração da proteína nas contribuições eletrostáticas e de curto-alcance da energia livre para a interação íon-proteína. Em: XII Congresso de Iniciacao Cientifica da Unesp, 2000, São Jose do Rio Preto. Livro de resumos, p. 21, 2000.
63. Da SILVA, F. L. B.; LINSE, S. ; JÖNSSON, Bo. The binding of charged ligands to macromolecules. A Monte Carlo study of an anomalous salt dependence. Em: XXIX Reuniao Anual da SBBq, 2000, Caxambu. Livro de programa e resumos, p. 186, 2000.
64. Da SILVA, F. L. B.; JÖNSSON, Bo ; PENFOLD, R.. Uma investigacao critica do modelo de Tanford-Kirkwood atraves de simulacoes Monte Carlo. 1. Efeito da carga da biomolecula e da interface dieletrica. Em: XXIII Encontro Nacional de Fisica da Materia Condensada, 2000, Sao Lourenco, MG. Livro de resumos, p. 16, 2000.
65. Da SILVA, F. L. B.; GHIOTTO, Renato Carlos Tonin ; CARVALHO, Sidney Jurado de. Uma investigacao critica do modelo de Tanford-Kirkwood atraves de simulacoes Monte Carlo. 2. Efeito da concentracao da proteina e assimetria na solucao eletrolitica. Em: XXIII Encontro Nacional de Fisica da Materia Condensada, 2000, Sao Lourenco. Livro de resumos, p. 17, 2000.
66. Da SILVA, F. L. B.; SVENSSON, B. ; ÅKESSON, Torbjörn ; JÖNSSON, Bo. Um novo algoritmo de Monte Carlo Reverso para estudo de liquidos moleculares. Em: XXIII Encontro Nacional de Fisica da Materia Condensada, 2000, Sao Lourenco, MG. Livro de resumos, p. 196-197, 2000.
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Apresentações de trabalho (130)
1. Barroso da Silva, Fernando L. Palestra convidada: '*Developing and Applying Fast constant-pH Simulation Methods in Biological Systems: From biomaterials to virus*. 2023. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
2. Barroso da Silva, Fernando L. Palestra convidada: 'Unlocking the molecular aspects of Zika and SARS-CoV-2: An exploration through computer simulations'. 2023. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
3. Barroso da Silva, Fernando L. Palestra convidada: 'Unlocking the molecular aspects of Zika and SARS-CoV-2: An exploration through computer simulations'. 2023. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
4. da Silva, Fernando Luis Barroso. Palestra convidada: Computational simulation studies of macromolecular complexes driven by peculiar electrostatic interactions. 2023. Apresentação de Trabalho/Simpósio
5. Barroso da Silva, Fernando L. Palestra convidada: Developing and applying bioinformatic methods with a biophysical approach: from food, biomaterials to virus and antibody design. 2023. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
6. barroso da silva, f l. Palestra convidada: 'Bioinformática Estrutural aplicada ao desenvolvimento otimizado de anticorpos e identificação de alvos vacinais'. 2023. Apresentação de Trabalho/Simpósio
7. Barroso da Silva, Fernando L. Palestra convidada: 'Advances in Protein Electrostatics and Computational Modeling of Viruses and Antibody Development'. 2023. Apresentação de Trabalho/Simpósio
8. GRANDGUILLAUME, I. ; Barroso da Silva, Fernando Luís ; ETCHEBEST, CATHERINE. Painel: Design of Proteins Specifically Tailored to Bind to NS1 Protein from Variants of Dengue and Zika. 2023. Apresentação de Trabalho/Outra
9. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: From Protein Electrostatics to the Computational Modeling of Viruses and Antibody Design. 2023. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
10. Barroso da Silva, Fernando L. Palestra convidada: Fenômenos físicos peculiares em interações biomoleculares dependentes de pH. 2022. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
11. GIRON, CAROLINA CORRÊA ; barroso da silva, f l ; LAAKSONEN, A.. Painel (online): Differences between SARS-CoV-2 RBD and the variants in their ability to interact with ACE2 and monoclonal antibodies. 2022. Apresentação de Trabalho/Congresso
12. Barroso da Silva, Fernando L. Palestra convidada: Developing and applying bioinformatic methods with a biophysical approach: from food, biomaterials to virus and antibody design. 2022. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
13. Barroso da Silva, Fernando L. Palestra convidada: Developing and applying fast constant-pH simulation methods in biological systems: from biomaterials to virus. 2021. Apresentação de Trabalho/Congresso
14. Barroso da Silva, Fernando L. Palestra convidada: Developing and applying fast constant pH simulation methods in Biological systems: from biomaterials to virus. 2021. Apresentação de Trabalho/Outra
15. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Developing and applying bioinformatic methods with a biophysical approach: from food, biomaterials to virus and antibody design. 2021. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
16. Barroso da Silva, Fernando L. Palestra convidada: Bases moleculares para o entendimento de doenças inflamatórias e o desenvolvimento de novo. 2021. Apresentação de Trabalho/Seminário
17. CUEVAS, S. A. P. ; Barroso da Silva, Fernando L. ; ETCHEBEST, C.. Painel (online): How two strains of Zika virus NS1 proteins differently interact with the membrane: small sequence changes but significant impact. 2021. Apresentação de Trabalho/Congresso
18. CORRÊA GIRON, CAROLINA ; LAAKSONEN, AATTO ; Barroso da Silva, Fernando L.. Painel (online): Biomolecular interactions between SARS-CoV-2 receptor binding domain, ACE2 and monoclonal antibodies. 2021. Apresentação de Trabalho/Congresso
19. CORRÊA GIRON, CAROLINA ; LAAKSONEN, AATTO ; Barroso da Silva, Fernando L.. Painel: Molecular aspects of the SARS-CoV-2 variants and their virulence. 2021. Apresentação de Trabalho/Congresso
20. Barroso da Silva, Fernando L. Palestra convidada: Developing and applying bioinformatic methods with a biophysical approach: from food, biomaterials to virus and antibody design. 2021. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
21. Barroso da Silva, Fernando L. Palestra convidada: Bioinformática estrutural para o desenho de anticorpos e peptídeos para vacinas. 2021. Apresentação de Trabalho/Simpósio
22. Barroso da Silva, Fernando L. Palestra convidada: 1. Desarrollo y Aplicación de Métodos Bioinformáticos con Enfoque Biofísico: Desde Alimentos y Biomateriales hasta el Diseño de Anticuerpos Virales. 2021. Apresentação de Trabalho/Congresso
23. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra: From Computational Physics to Structural Bioinformatics. 2020. Apresentação de Trabalho/Outra
24. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Developing and applying fast constant-pH simulation methods to understand anddevelop new binders to SARS-CoV-2. 2020. Apresentação de Trabalho/Simpósio
25. barroso da silva, fernando luis; CORRÊA GIRON, CAROLINA. Palestra convidada: Aspectos moleculares da COVID19. 2020. Apresentação de Trabalho/Simpósio
26. Barroso da Silva, Fernando L. Palestra convidada em mesa temática: Abordagens inovativas em Bioinformática Estrutural: do entendimento de mecanismos a aplicações. 2020. Apresentação de Trabalho/Congresso
27. POVEDA CUEVAS, SERGIO ALEJANDRO ; ETCHEBEST, CATHERINE ; Barroso da Silva, Fernando L.. Painel: The PROCEEDpKa bioinformatical method to determine epitopes on Flavivirus proteins based on a physical description. 2020. Apresentação de Trabalho/Outra
28. POVEDA CUEVAS, SERGIO ALEJANDRO ; ETCHEBEST, CATHERINE ; Barroso da Silva, Fernando Luís. Painel (online): Computational Analysis of the main physical-chemistry properties on NS1 protein in Zika virus strains. 2020. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
29. POVEDA CUEVAS, SERGIO ALEJANDRO ; ETCHEBEST, CATHERINE ; Barroso da Silva, Fernando L.. Painel (online): The PROCEEDpKa Bioinformatical method to determine epitopes on flavivirus proteins based on a physical description. 2020. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
30. Barroso da Silva, Fernando L. Palestra: Peculiar electrostatic mechanisms observed in biomolecular systems and constant-pH simulations. 2020. Apresentação de Trabalho/Outra
31. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Developing and applying fast constant pH methods in biological systems: From biomaterials to virus (UPSud/Franca). 2019. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
32. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Developing and applying fast constant pH methods in biological systems: From biomaterials to virus (INTS/Franca). 2019. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
33. barroso da silva, fernando luis. Palestra convidada: ?Reviewing the peculiar physical phenomena in pH-dependent biomolecular interactions? (NCSU/EUA). 2019. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
34. Barroso da Silva, Fernando L.; ETCHEBEST, C. ; POVEDA CUEVAS, SERGIO ALEJANDRO. Painel: On the Identification of Interactive Amino Acids for Antibody Design in Flavivirus By Electrostatic Methods. 2019. Apresentação de Trabalho/Congresso
35. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Developing and applying fast constant pH methods in Biological systems: from biomaterials to virus (NCSU/EUA). 2018. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
36. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Bioinformática Estrutural: de físico-química a biomateriais e vírus. 2018. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
37. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Simulations at constant pH: theory meets experiments (UFRJ). 2018. Apresentação de Trabalho/Congresso
38. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Developing and applying fast constant pH methods in biological systems: From biomaterials to virus (NCSU/EUA). 2018. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
39. barroso da silva, fernando luis. Palestra convidada: Developing and applying fast constant pH methods in biological systems: From biomaterials to virus (Pasteur/Uruguai). 2018. Apresentação de Trabalho/Simpósio
40. CUEVAS, S. A. P. ; Barroso da Silva, Fernando L.. Painel: Análise de diferentes propriedades fisico-quimicas em variantes da proteína NS1 do vírus Zika. 2018. Apresentação de Trabalho/Simpósio
41. barroso da silva, f l; PASQUALI, SAMUELA ; DERREUMAUX, PHILIPPE. Painel: Developing and applying fast constant-pH simulation methods for RNA systems ? From pKa benchmarks to protein-RNA interactions. 2018. Apresentação de Trabalho/Congresso
42. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Bioinformática Estrutural: Aspectos físico-químicos, computacionais e seus desafios (IME/USP). 2017. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
43. Barroso da Silva, Fernando Luís. Curso: On the peculiar electrostatic effects observed in protein systems ? a computational approach [4 horas (teorica) + 4 horas (laboratorio)] (SAIFR). 2017. Apresentação de Trabalho/Outra
44. Barroso da Silva, Fernando Luís. Painel: Aspectos práticos do uso do Método da ABP na disciplina de Físico-Química de polímeros e sistemas dispersos do Curso de Farmácia-Bioquímica (USP). 2017. Apresentação de Trabalho/Congresso
45. DELBONI, Lariani Aparecida ; Barroso da Silva, Fernando L.. Painel: Computational Simulation Study of Milk Proteins Complexation. 2017. Apresentação de Trabalho/Outra
46. CUEVAS, S. A. P. ; Barroso da Silva, Fernando L.. Painel: Challenges to calibrate a coarse-grained constant-pH model for protein-protein. 2017. Apresentação de Trabalho/Outra
47. SRIVASTAVA, D. ; SANTISO, ERIK ; GUBBINS, KEITH E. ; Barroso da Silva, Fernando L.. Painel: pKa Changes due to the Presence of a Polyelectrolyte Chain around Milk Proteins. 2017. Apresentação de Trabalho/Simpósio
48. ACKEN, K. ; SANTISO, ERIK ; Barroso da Silva, Fernando L.. Painel: On the Chain Length Effects on the Complexation of a Polyelectrolyte with Milk Proteins. 2017. Apresentação de Trabalho/Simpósio
49. Barroso da Silva, Fernando L.; DERREUMAUX, PHILIPPE ; PASQUALI, SAMUELA. Painel: Protein-RNA Complexation Driven by the Charge Regulation Mechanism. 2017. Apresentação de Trabalho/Simpósio
50. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Protein complexation driven by electrostatic interactions (ENS Cachan/França). 2016. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
51. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Protein complexation driven by electrostatic interactions (Unige/Suiça). 2016. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
52. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Protein complexation driven by electrostatic interactions (IBPC/França). 2016. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
53. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Electrostatic interactions in and between biomolecules: Developing and applying fast constant pH methods in biological systems (UCD/Irlanda). 2016. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
54. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Protein complexation driven by electrostatic interactions (INTS/França). 2016. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
55. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Electrostatic Interactions in and between Biomolecules: Developing and Applying Fast Constant pH Methods in Biological Systems (CCES/Unicamp). 2016. Apresentação de Trabalho/Simpósio
56. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra: Simplified models to rationalize complex protein interactions in food and pharma (CECAM/Irlanda). 2016. Apresentação de Trabalho/Simpósio
57. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Electrostatic interactions in and between biomolecules: Developing and applying fast constant pH methods in Biological systems (NCSU/EUA). 2016. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
58. da Silva, Fernando Luis Barroso. Palestra convidada: Desenvolvendo e aplicando métodos de simulação a pH constante (FFCLRP/USP). 2016. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
59. Da SILVA, F. L. B. Palestra convidada: Bioinformática e Modelagem Molecular (Hemocentro/USP). 2015. Apresentação de Trabalho/Outra
60. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Protein complexation driven by electrostatic interactions (PUC/Chile). 2015. Apresentação de Trabalho/Simpósio
61. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: The Laboratory of Computational Biophysical Chemistry: Molecular interactions and nanobiological applications for functionalized (bio)material developments (Pasteur/Montevideo). 2015. Apresentação de Trabalho/Simpósio
62. SILVA, FLB; SANTISO, E. E.. Palestra: Molecular interactions and nanobiological applications for novel drug and functionalized material developments (NCSU/EUA). 2015. Apresentação de Trabalho/Simpósio
63. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Complexação de proteínas: de interações eletrostáticas a aplicações (EBMM-UFABC). 2015. Apresentação de Trabalho/Outra
64. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Modelagem Molecular de Complexos Proteicos: Buscando o Entendimento Fundamental de Processos Biotecnológicos, de Doenças e Novos Materiais Funcionalizados (FMRP/USP). 2015. Apresentação de Trabalho/Simpósio
65. Barroso da Silva, Fernando L. Palestra convidada: Bioinformática Estrutural: Aspectos físicos, computacionais e seus desafios. 2015. Apresentação de Trabalho/Outra
66. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Molecular modeling of protein complexes driven by electrostatics interactions with interest for industries, medicine and biosciences (SBBq). 2014. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
67. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Molecular modeling of protein complexes driven by electrostatics interactions with interest for industries and Biosciences (KTH/Suecia). 2014. Apresentação de Trabalho/Simpósio
68. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Beyond Facebook and Twitter: the computer helping to understand the world of molecules for applications in the pharmaceutical industry (Kattedralskolan/Suecia). 2014. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
69. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Electrostatic correlations in proteins: a large-scale analysis on the Protein Data Bank (LU/Suecia). 2014. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
70. da Silva, Fernando Luís Barroso. Palestra convidada: Molecular modeling of protein complexes driven by electrostatics interactions with interest for industries and Biosciences (IFPan/Polonia). 2014. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
71. Barroso da Silva, Fernando Luís. Molecular modeling of protein complexes driven by electrostatics interactions with interest for industries, Medicine and Biosciences (CECAM/Suica). 2014. Apresentação de Trabalho/Simpósio
72. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Peculiarities of electrostatic interactions between proteins. Coarse-grained approach and applications (CECAM/Irlanda). 2014. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
73. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Complexation of milk proteins. Computer simulation studies (CECAM/Irlanda). 2014. Apresentação de Trabalho/Simpósio
74. Barroso da Silva, Fernando L. Palestra convidada: Complexação de proteínas: Simplificando os detalhes para uma abordagem em larga escala. 2014. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
75. Barroso da Silva, Fernando L. Palestra convidada: Interação proteína-proteína. 2014. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
76. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Multiscale Modeling of protein solutions (KTH/Suecia). 2013. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
77. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Getting started on molecular simulations (Linköping/Suecia). 2013. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
78. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Multiscale Modeling of protein solutions (Linköping/Suecia). 2013. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
79. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Some peculiarities of the electrostatic interactions and multiscale modeling of protein complexation for biotechnology, food and pharmaceutical science applications (NCSU/EUA). 2013. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
80. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Protein complexation in Biotechnology driven by electrostatic interactions (UManc/UK). 2013. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
81. Barroso da Silva, Fernando L. Painel: On the pH effects on pectin-casein complexes. 2013. Apresentação de Trabalho/Congresso
82. Barroso da Silva, Fernando L. Complexation of a polyelectrolyte chain with Milk proteins. 2013. Apresentação de Trabalho/Congresso
83. Barroso da Silva, Fernando L. Palestra convidada: Protein complexation in Biotechnology driven by electrostatic interactions. 2013. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
84. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra Convidada: Modelagem molecular multiescala e aspectos eletrostáticos da complexação de proteínas envolvidas em aplicações na Biotecnologia, Ciências Farmacêuticas e dos alimentos (IB/Unesp). 2012. Apresentação de Trabalho/Simpósio
85. Barroso da Silva, Fernando Luís. Painel: On the complexation of protein-peptides and protein-nanoparticles (ICTP/Italia). 2012. Apresentação de Trabalho/Simpósio
86. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: On going studies on protein electrostatics and some of its applications in Structural Bioinformatics (LU/Suecia). 2011. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
87. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra: Modelagem computacional multiescala de complexos moleculares. De Bioinformática estrutural a nanopartículas (FFCLRP/USP). 2011. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
88. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra Convidada: Multiscale modeling and physical chemistry aspects of the milk proteins and polyelectrolytes complexation for biotechnology, food and pharmaceutical science applications (SBPMat). 2011. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
89. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra Convidada: Monte Carlo Reverso ? algoritmos e aplicações. De líquidos moleculares a biomoléculas (UFSC). 2010. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
90. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra Convidada: De interações fundamentais em sistemas moleculares à Bioinformática Estrutural (UFSCar). 2010. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
91. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Peculiaridades das interações eletrostáticas em e entre Proteínas. De interações fundamentais à Bioinformática Estrutural (LNCC). 2010. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
92. Barroso da Silva, Fernando Luís; MARCIA CANTANO RUIZ CANTANO. Painel: UM EXPERIMENTO NA APLICAÇÃO DO MÉTODO ABP EM DISCIPLINAS DE FÍSICO-QUÍMICA DO CURSO DE FARMÁCIA-BIOQUÍMICA (UB/Barcelona). 2010. Apresentação de Trabalho/Congresso
93. Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: On the complexation of milk proteins. A Monte Carlo study (DTU/Dinamarca). 2009. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
94. Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: Milk proteins: here and there (LU/Suecia). 2009. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
95. Da SILVA, F. L. B. Palestra convidada: Explorando interações fundamentais em sistemas moleculares (FAMB, FFCLRP/USP). 2009. Apresentação de Trabalho/Seminário
96. Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: Ferramentas de biocomputação para estudo de complexos moleculares (FFCLRP-USP). 2009. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
97. Da SILVA, F. L. B. Palestra convidada: Mecanismos fundamentais para a complexação de proteínas do leite (FMRP/USP). 2009. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
98. barroso da silva, fernando luis. Palestra Convidada: Fundamental Mechanisms on the Complexation of Milk Proteins (SBBq). 2009. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
99. Barroso da Silva, Fernando Luís. Palestra convidada: Mecanismos moleculares responsáveis pela formação de complexos de interesse farmacêutico e biotecnológico (UFSCar). 2009. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
100. Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: Simulação Computacional em sistemas moleculares: o uso de modelos simplificados para entendimento de sistemas de interesse nas industrias farmacêuticas e de alimentos (IQ/USP). 2008. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
101. Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: Microencapsulação do avesso: Aspectos físico-químicos da complexação de proteínas para aplicações em Ciências Farmacêuticas e de Alimentos (LNCC/MCT). 2008. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
102. Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: Simulação computacional de sistemas biológicos (FFCLRP/USP). 2008. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
103. Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: Peculiaridades nos mecanismos moleculares relacionados à formação de complexos de interesse nas indústrias e em Biociências: Combinando Química Computacional, Física, Alimentos, Biologia, proteínas e fármacos (Posmat/Unesp). 2007. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
104. Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: Perguntas que o biólogo faz e o físico pode responder...aprendendo física (FC/Unesp). 2007. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
105. Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: Desvendando os mecanismos responsáveis pela formação de complexos moleculares de interesse nas indústrias química, farmacêutica e de alimentos (UFAL). 2007. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
106. Da SILVA, F. L. B. Palestra convidada: On going studies on the fundamental physical interactions in molecular complexes (DTU/Dinamarca). 2006. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
107. Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: Decifrando informações disponíveis no PDB: Como explicar a formação de complexos moleculares (quando não há complementariedade de cargas)? (LNCC). 2006. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
108. Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: Biologia Estrutural: Do PDB a formação de complexos moleculares. Aspectos eletrostáticos. (UnB). 2005. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
109. Da SILVA, F. L. B.; JÖNSSON, Bo. Palestra Convidada: On the interaction of proteins and polyelectrolytes (LU/Suecia). 2005. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
110. Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: Protein-Polyelectrolyte Complexation: Effects of Protein Titration (A Monte Carlo Simulation Study (DTU/Dinamarca). 2005. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
111. Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: Da Lei de Coulomb a Biologia Estrutural. Como a Física pode ajudar no entendimento de mecanismos moleculares? (FFCLRP/USP). 2005. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
112. Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: Da Lei de Coulomb a Biologia Estrutural. Como a Física pode ajudar no entendimento de mecanismos moleculares? (FEB). 2005. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
113. Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: Formação de complexos proteína-polieletrólito. Como explicá-los quando não há complementariedade de cargas?. 2005. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
114. Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: Protein Electrostatics: Methodology and Applications to Structural Biology (ITQB/Portugal). 2004. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
115. Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: Protein electrostatics: Methodological issues and some applications on Structural Genomics (DTU/Dinamarca). 2004. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
116. Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: O mundo eletrostático nas proteínas (LNCC/MCT). 2004. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
117. Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: Eletrostática de proteínas: Ligantes simples, complexos moleculares e função biológica. Aspectos metodológicos e algumas aplicações (FFCLRP/USP). 2004. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
118. Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: O mundo eletrostático das moléculas biológicas e suas aplicações em Biologia Estrutural (FFCLRP/USP). 2003. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
119. Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: Interações eletrostáticas em biomoléculas (Ibilce/Unesp). 2002. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
120. Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: Uso do Programa DELPHY para cálculo de eletrostática de proteínas (Ibilce/Unesp). 2002. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
121. Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: Aplicações da equção de Poisson-Boltzmann para cálculos de energia livre (Ibilce/Unesp). 2002. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
122. Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: Uso do Programa MEAD para cálculo de eletrostática de proteínas (Ibilce/Unesp). 2002. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
123. Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: Método Monte Carlo (Ibilce/Unesp). 2002. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
124. Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: A Equação de Poisson-Boltzmann em Biologia Estrutural (Ibilce/Unesp). 2002. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
125. Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: Interações eletrostáticas em biomoléculas. II (Ibilce/Unesp). 2002. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
126. Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: Interações eletrostáticas em biomoléculas. III (Ibilce/Unesp). 2002. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
127. Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: O mundo eletrostático das moléculas biológicas e suas implicações no Genoma Estrutural (FC/Unesp). 2002. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
128. Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: Estudos por Mecânica Estatística de Soluções Aquosas e Sistemas com Biomoléculas (Ibilce/Unesp). 2000. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
129. Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: Interações Eletrostáticas em Colóides (IQ/USP). 2000. Apresentação de Trabalho/Seminário
130. Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: Interações Eletrostáticas em Biomoléculas. Uma abordagem por Mecânica Estatística (FFCLRP/USP). 2000. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
Demais tipos de produção bibliográfica (4)
1. Pasquali, S. ; Frezza, E. ; Barroso da Silva, Fernando L.. Coarse-grained dynamic RNA titration simulations. 2019. Texto de divulgação científica
2. BARBIERI, M. R. ; Barroso da Silva, Fernando L.. Mural - Catálogo da Casa da Ciência. Ribeirao Preto: Casa da Ciencia do Hemocentro de Ribeirão Preto. 2012. Texto de divulgação científica
3. Barroso da Silva, Fernando Luís. ESTUDO INVESTIGA INTERAÇÕES ELETROSTÁTICAS DE BIOMOLÉCULAS. BAURU: FAAC/UNESP. 2009. Texto de divulgação científica
4. Da SILVA, F. L. B. Interações fundamentais responsáveis pela formação de complexos moleculares de interesse em Ciências Farmacêuticas e em Biotecnologia. 2008. Tese de Livre-Docência

Produção técnica

Programas de computador com registro (0)
Programas de computador sem registro (4)
1. VINTERBLADH, ; SMUTEK, J. ; POLIMENI, M. ; ASPELIN, V. ; HERVØ-HANSEN, S. ; KOUWENHOVEN, N. ; PASQUIER, C. ; SUKENIK, L. ; TESEI, G. ; ABRIKOSSOV, A. ; HENRIQUES, J. ; STENQVIST, B. ; THURESSON, A. ; VACHA, R. ; ULLNER, M. ; EVERS, C. ; KURUT, A. ; Barroso da Silva, Fernando L. ; Teixeira, Andre Azevedo Reis ; LABBEZ, C.. Faunus - A Framework for Molecular Simulation. 2023.
2. Barroso da Silva, Fernando Luís; Calixto, Tulio Marcus Ribeiro ; Faccioli, Rodrigo. Molesa - Molecular Structure Analysis. 2010.
3. Calixto, Tulio Marcus Ribeiro ; Faccioli, Rodrigo ; Da SILVA, F. L. B.. Prometheus - Protein-Protein Complexes by Macroscopic Electrostatic Theories and User-Friendly Simulations. 2009.
4. Da SILVA, F. L. B. Eletromol - Conjunto de programas (BIO, TITRAPRO, PROTPOL e PROPRO) e ferramentas. 2007.
Produtos tecnológicos (0)
Processos ou técnicas (0)
Trabalhos técnicos (109)
1. Barroso da Silva, Fernando L. Parecer de artigo científico - Frontiers in Immunology [3 pareceres]. 2022.
2. Barroso da Silva, Fernando L. Parecer de artigo científico - Scientific Reports. 2022.
3. Barroso da Silva, Fernando L. Parecer de 6 processos para o CNPq. 2022.
4. Barroso da Silva, Fernando L. Parecer de artigo científico - Journal of Chemical Theory and Computation. 2021.
5. Barroso da Silva, Fernando L. Parecer de artigo científico - Biophysical Chemistry. 2021.
6. Barroso da Silva, Fernando L. Parecer de artigo científico - Physical Chemistry Chemical Physics [4 pareceres]. 2021.
7. da Silva, Fernando Luis Barroso. Parecer de artigo científico - Journal of Chemical Theory and Computation. 2021.
8. barroso da silva, f l. Parecer de artigo científico - Theranostics. 2021.
9. barroso da silva, f l. Parecer de artigo científico - Briefings in Bioinformatics [4 Pareceres]. 2020.
10. barroso da silva, f l. Parecer de artigo científico - Gene Reports. 2020.
11. da Silva, Fernando Luís Barroso. Parecer de projeto para a CPq/FCFRP/USP. 2020.
12. da Silva, Fernando Luís Barroso. Parecer de 2 processos para o CNPq. 2020.
13. Barroso da Silva, Fernando L. Parecer de artigo científico - Journal of Chemical Theory and Computation. 2019.
14. da Silva, Fernando Luís Barroso. Parecer de artigo científico - Langmuir. 2018.
15. da Silva, Fernando Luis Barroso. Parecer de artigo científico - Archives of Virology. 2018.
16. da Silva, Fernando Luís Barroso. Parecer de 1 processo para a Capes. 2018.
17. da Silva, Fernando Luis Barroso. Parecer de 6 processos para o CNPq. 2018.
18. da Silva, Fernando Luís Barroso. Parecer de artigo científico - Biophysical Journal. 2017.
19. barroso da silva, f l. Parecer de 03 artigos científicos - Biophysical Reviews. 2017.
20. da Silva, Fernando Luís Barroso. Parecer para projeto da CPq/FCFRP/USP. 2017.
21. da Silva, Fernando Luís Barroso. Parecer de 1 processo para a Fapesp. 2017.
22. da Silva, Fernando Luis Barroso. Parecer de 02 artigos científicos - Journal of the Brazilian Chemical Society. 2016.
23. Barroso da Silva, Fernando L. Parecer de artigo científico - PLOS ONE. 2016.
24. barroso da silva, f l. Parecer de artigo científico - J. Chem. Phys. 2016.
25. da Silva, Fernando Luís Barroso. Parecer de artigo científico - Scientific Reports. 2016.
26. da Silva, Fernando Luís Barroso. Parecer de 3 processos para a Fapesp. 2016.
27. Barroso da Silva, Fernando L. Parecerista de 2 processos para o CNPq. 2016.
28. Barroso da Silva, Fernando L. Parecer de artigo científico - Colloids and Surfaces B: Biointerfaces. 2015.
29. da Silva, Fernando Luís Barroso. Parecer de 6 processos para a Fapesp. 2015.
30. Barroso da Silva, Fernando L. Parecer de artigo científico - Journal of the Brazilian Chemical Society. 2015.
31. Barroso da Silva, Fernando L. Parecer de artigo científico - Langmuir. 2014.
32. Barroso da Silva, Fernando L. Parecer de artigo científico - BBA Proteins and Proteomics. 2014.
33. da Silva, Fernando Luis Barroso. Parecer para Capítulo de Livro Submetido para Editora Springer. 2014.
34. Barroso da Silva, Fernando L. Parecer de 6 processos para a Fapesp. 2014.
35. Barroso da Silva, Fernando L. Parecerista de 07 processos Fapesp. 2013.
36. da Silva, Fernando Luís Barroso. Parecer de artigo científico - Industrial & Engineering Chemistry Research. 2013.
37. Barroso da Silva, Fernando L. Parecer de 01 artigo científico - J. Phys. Chem. B. 2012.
38. Barroso da Silva, Fernando L. Parecer de artigo científico - Journal of the Chemcal Physics. 2012.
39. da Silva, Fernando Luís Barroso. Parecerista de 04 processos Fapesp. 2012.
40. da Silva, Fernando Luis Barroso. Parecerista de 05 processos CNPq. 2012.
41. Barroso da Silva, Fernando Luís. Parecer de artigo científico - Journal Braz. Chem. Soc. 2011.
42. Barroso da Silva, Fernando Luís. Parecer de artigo científico - Biomacromolecules. 2011.
43. Barroso da Silva, Fernando L. Parecer de 02 artigos científicos - J. Phys. Chem. B. 2011.
44. da Silva, Fernando Luís Barroso. Parecerista de 03 processos Fapesp. 2011.
45. da Silva, Fernando Luís Barroso. Parecerista de 04 processos CNPq. 2011.
46. Barroso da Silva, Fernando Luís. Parecerista da XXXIX Reunião Anual da SBBq. 2010.
47. Barroso da Silva, Fernando Luís. Parecer de 02 artigos científicos - J. Phys. Chem. B. 2010.
48. Barroso da Silva, Fernando Luís. Parecer de artigo científico - Journal of Chemical Theory and Computation. 2010.
49. Barroso da Silva, Fernando Luís. Parecer de vários processos da Fapesp. 2010.
50. Barroso da Silva, Fernando Luís. Parecer de vários processos do CNPq. 2010.
51. Da SILVA, F. L. B. Parecer de 03 artigos científicos - Langmuir. 2009.
52. Da SILVA, F. L. B. Parecer de vários processos Fapesp. 2009.
53. Barroso da Silva, Fernando Luís. Parecer de projeto da Fapespa - Pará. 2009.
54. Da SILVA, F. L. B. Parecer de artigo científico - J. Phys. Chem. B. 2009.
55. Barroso da Silva, Fernando Luís. Avaliação de trabalhos do 17o. SIICUSP. 2009.
56. Barroso da Silva, Fernando Luís. Parecer de vários projetos do CNPq. 2009.
57. Da SILVA, F. L. B. Parecer de artigo científico - Phys. Letts. A. 2009.
58. Da SILVA, F. L. B. Parecer para a XXXVII Reunião Anual da SBBq - Bioinformática. 2008.
59. Da SILVA, F. L. B. Parecer para o VI Encontro Farmacêutico de Rib. Preto. 2008.
60. Da SILVA, F. L. B. Parecer de 02 artigos científicos - Journal Braz. Chem. Soc. 2008.
61. Da SILVA, F. L. B. Parecer de 02 artigos científicos - Anais da Academia Brasileira de Ciências. 2008.
62. Da SILVA, F. L. B. Parecer de artigo científico - J. Chem. Phys. 2008.
63. Da SILVA, F. L. B. Parecer de artigo científico - J. Phys. Chem. B. 2008.
64. Da SILVA, F. L. B. Parecer de 03 artigos científicos - Chem. Phys. Letts. 2008.
65. Da SILVA, F. L. B. Parecer de 04 processos do CNPq (Bolsa de Produtividade, Edital Universal e Jovem Pesquisador). 2008.
66. Da SILVA, F. L. B. Parecer de 06 processos da Fapesp (Auxílio individual e bolsas). 2008.
67. Da SILVA, F. L. B. Parecer de 03 processos Fapesp (Auxílio individual e Jovem Pesquisador). 2007.
68. Da SILVA, F. L. B. Parecer do X-Meeting 2007. 2007.
69. Da SILVA, F. L. B. Parecer de artigo científico - Química Nova. 2007.
70. Da SILVA, F. L. B. Parecer de 03 artigos científicos - J. Phys. Chem. B. 2007.
71. Da SILVA, F. L. B. Parecer de 02 processos do CNPq (Bolsa de Produtividade e Edital Universal). 2007.
72. Da SILVA, F. L. B. Parecer de Artigo Cientifico - Journal of Physical Chemistry B. 2006.
73. Da SILVA, F. L. B. Parecer de abstracts do ISMB2006 - Structural Bioinformatics. 2006.
74. Da SILVA, F. L. B. Parecer de abstracts da XXXV Reuniao Anual da SBBq - Bioinformatica. 2006.
75. Da SILVA, F. L. B. Paracer de Bolsa de Pos-Doutoramento, CNPq. 2006.
76. Da SILVA, F. L. B. Parecer artigo cientifico - Quimica Nova. 2006.
77. Da SILVA, F. L. B. Parecer de trabalhos do Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 2005). 2005.
78. Da SILVA, F. L. B. Parecer de Artigo Cientifico - Journal of Physical Chemistry. 2005.
79. Da SILVA, F. L. B. Parecer de Bolsa de Protutividade em Pesquisa - CNPq. 2005.
80. Da SILVA, F. L. B. Paracer de Bolsa de Pos-Doutoramento, CNPq. 2004.
81. Da SILVA, F. L. B. Parecer de Bolsa de Produtividade em Pesquisa - CNPq - Demanda 10/2004. 2004.
82. Da SILVA, F. L. B. Parecer de abstracts do 2o. Braz. Medicinal Chemistry. 2004.
83. Da SILVA, F. L. B. Parecer artigo cientifico - J. Braz. Chem. Soc. 2004.
84. Da SILVA, F. L. B. Parecer de artigo Cientifico - Journal of Physical Chemistry B. 2003.
85. Da SILVA, F. L. B. Parecer de Auxilio Individual a Pesquisador - Fapesp. 2003.
86. Da SILVA, F. L. B. Parecer de Artigo Científico - J. Braz. Chem. Soc. 2002.
87. Da SILVA, F. L. B. Parecer de Artigo Científico 3 - Journal of Physical Chemistry. 2002.
88. Da SILVA, F. L. B. Parecer de Bolsa PIBIC/CNPq. 2001.
89. Da SILVA, F. L. B. Parecer de relatorio final do PIBIC/CNPq. 2001.
90. Da SILVA, F. L. B. Parecer de artigo cientifico - Journal of Physical Chemistry. 2001.
91. Da SILVA, F. L. B. Programa PROSPECTAR/MCT. 2001.
92. Da SILVA, F. L. B. Parecer de artigo científico 2 - Journal of Physical Chemistry. 2001.
93. Da SILVA, F. L. B. Parecer de um Research Proposal NSA/USA. 2000.
94. Da SILVA, F. L. B. Parecer de Bolsa PIBIC/Unesp-CNPQ. 2000.
95. Barroso da Silva, Fernando L.; ETCHEBEST, CATHERINE. Building up an international laboratory in Structural Bioinformatics. 2021. (Programa de rádio ou. 2021.
96. CORRÊA GIRON, CAROLINA ; LAAKSONEN, AATTO ; Barroso da Silva, Fernando Luís. In silico studies towards highly specific antibodies for the novel coronavirus. 2020. (Programa de rádio ou. 2020.
97. SILVA FILHO, F. L. B. ; CORRÊA GIRON, CAROLINA ; Barroso da Silva, Fernando Luís. (Data) Privacy: What is the Corona Crisis Teaching Us?. 2020. (Programa de rádio ou. 2020.
98. Barroso da Silva, Fernando L. Fisica Biologica para leigos. 2020. (Programa de rádio ou. 2020.
99. Barroso da Silva, Fernando L.; ETCHEBEST, C.. Developing and applying fast constant pH methods in biological systems: From biomaterials to virus. 2018. (Programa de rádio ou. 2018.
100. Barroso da Silva, Fernando Luís. Electrostatic interactions in and between biomolecules: developing and applying fast constant pH methods in biological systems. 2016.
101. Barroso da Silva, Fernando L. Electrostatic Interactions in and between Biomolecules: Developing and Applying Fast Constant pH Methods in Biological Systems. 2016. (Programa de rádio ou. 2016.
102. Da SILVA, F. L. B. Físico: cientista maluco ou apenas um curioso a serviço da sociedade?. 2015. (Programa de rádio ou. 2015.
103. Barroso da Silva, Fernando Luís. [Sempre Unesp] Universidade ofertou base qualificada e motivação para carreira profissional, diz professor da USP. 2014. (Programa de rádio ou. 2014.
104. Barroso da Silva, Fernando Luís. Interações eletrostáticas em proteínas. 2009. (Programa de rádio ou. 2009.
105. SILVA FILHO, F. L. B. ; CORRÊA GIRON, CAROLINA ; Barroso da Silva, Fernando Luís. (Data) Privacy: What is the Corona Crisis Teaching Us?. 2020; Tema: How will / should the world change? Analyses, answers, and further questions from all around the world. 2020.
106. da Silva, Fernando Luis Barroso. Físico: cientista maluco ou apenas um curioso a serviço da sociedade?. 2012; Tema: Divulgação da profissão de físico e sua multidisciplinaridade. 2012.
107. Barroso da Silva, Fernando Luís. Blog dos alunos estagiários do grupo de Bioinformática da Casa da Ciência. 2011; Tema: Divulgação das atividades e aprendizados dos estudantes do ensino fundamental e médio. 2011.
108. Barroso da Silva, Fernando Luís. Facebook. 2009; Tema: Divulgação científica, diário pessoal, reflexões cotidiano. (Rede. 2009.
109. Barroso da Silva, Fernando Luís. Páginas pessoais e do Laboratório de Biofísico-química Computacional. 2001; Tema: Bioinformática Estrutural; Físico-química; Física Biológica; Serviços web. 2001.
Demais tipos de produção técnica (10)
1. Barroso da Silva, Fernando L. Peculiar electrostatic mechanisms observed in biomolecular systems and constant-pH simulations. 2020. 2020.
2. Barroso da Silva, Fernando L. On the peculiar electrostatic effects observed in protein systems ? a computational approach [4 horas (teórica) + 4 horas. 0. laboratório
3. Barroso da Silva, Fernando L. On the peculiar electrostatic effects observed in protein systems ? a computational approach. 2015. Curso de curta duração ministrado/Especialização
4. Barroso da Silva, Fernando Luís. Biofisico-quimica Computacional: De aspectos fisicos e metodologicos ao estudo de complexos moleculares de interesse biotecnologico. 2014. Curso de curta duração ministrado/Outra
5. SOUZA, A. R. ; Da SILVA, F. L. B.. Simulação computacional de biomoléculas. 2012. Curso de curta duração ministrado/Extensão
6. Da SILVA, F. L. B. Modelagem molecular das propriedades eletrostáticas de proteínas e complexos moleculares ? De conceitos básicos a aplicações práticas. 2008. Curso de curta duração ministrado/Extensão
7. Da SILVA, F. L. B. Modelagem Molecular em Química e Bioquímica. 2007. Curso de curta duração ministrado/Extensão
8. Da SILVA, F. L. B. Propriedades Eletrostáticas de proteínas (Cód. USP: 060.04.00011). 2007. Curso de curta duração ministrado/Extensão
9. Da SILVA, F. L. B. Modelagem Molecular das propriedades eletrostáticas de proteínas e complexos moleculares ? De conceitos básicos a aplicações práticas. 2006. Curso de curta duração ministrado/Extensão
10. Da SILVA, F. L. B.; Carvalho, I. ; Montanari, C. A. ; CALIRI, Antonio ; SILVA, Marco Antonio Alves da ; Loss, M. ; NONATO, Maria Cristina. Introdução à Modelagem Molecular. 2003. Curso de curta duração ministrado/Extensão

Produção artística

Total de produção artística (1)
1. barroso da silva, fernando luis. Projeto Toque de Ciência - UNESP/Bauru. 2009.

Orientações em andamento

Supervisão de pós-doutorado (0)
Tese de doutorado (2)
1. Rauni Borges Marques. Structural Bioinformatic Studies of Flaviviruses envelope proteins and their Molecular Interactions. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2021.
  Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
2. Ilyas Grandguillaume. Development of new bioinformatics approaches for designing antibodies adapted to different physico-chemical contexts in targeting viral molecules. Application to flavivirus family.. Tese (Doutorado em BioSpc) - Université Paris Diderot, Agence Nationale de la Recherche. (Coorientador).. Início: 2021.
  Supervisor: Fernando Luis Barroso da Silva.
Dissertação de mestrado (0)
Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
Trabalho de conclusão de curso de graduação (0)
Iniciação científica (1)
1. Carolina Correa Giron. Desenvolvimento in Silico de Anticorpos para Inibição de Proteínas do SARS-CoV-2. Iniciação científica (Graduando em Medicina) - Universidade Federal do Triângulo Mineiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2020.
  Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
Orientações de outra natureza (0)

Supervisões e orientações concluídas

Supervisão de pós-doutorado (1)
1. Sergio Modesto Vechi. . Universidade de São Paulo, . 2003.
  Supervisor: Fernando Luis Barroso da Silva.
Tese de doutorado (2)

Sergio Alejandro Poveda Cuevas. Structural Bioinformatic Studies of the Zika Virus NS1 Protein and its Molecular Interactions. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
Sidney Jurado de Carvalho. Estudo dos Aspectos Eletrostáticos da Interação Polieletrólito-Macroíon. Aspectos Gerais e Aplicação a Formação de Complexos Biomoleculares. Tese (Doutorado em Ciências Biomoleculares e Farmacológicas) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
Dissertação de mestrado (5)

Lariani Aparecida Delboni. Estudo por Mecânica Estatística das propriedades físico-quimica de proteínas relevantes para a complexação protéica. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2017.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
Sergio Alejandro Poveda Cuevas. COARSEGRAINED MODELING AT CONSTANT-pH OF THE PROTEIN COMPLEXATION PHENOMENA. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2017.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
Luis Henrique U. Ishivatari. Função de Avaliação Dinâmica em Algoritmos Genéticos Aplicados na Predição de Estruturas Terciárias de Proteínas. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012.
Supervisor: Fernando Luis Barroso da Silva.
Tulio Marcus Ribeiro Calixto. Análises de propriedades eletrostáticas e estruturais de complexos de proteínas para o desenvolvimento de preditores de complexação em larga escala. Dissertação (Mestrado em Ciências Farmacêuticas) - Universidade de São Paulo, . 2010.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
Sidney Jurado de Carvalho. Estudo por Mecânica Estatística de aspectos eletrostáticos da interação ligante-biomolécula. Dissertação (Mestrado em Ciências Biomoleculares e Farmacológicas) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2004.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
Trabalho de conclusão de curso de graduação (2)

Ricardo Cacheta Waldemarin. Desenvolvimento de um sistema de distribuição de de cargas para a execução de simulações moleculares. (Graduação em Informática Biomédica) - Faculdade de Filosofia Ciências e Letras de Ribeirão Preto, . 2011.
Orientadores: Fernando Luis Barroso da Silva, Cléver Ricardo Guareis de Farias.
Luís Henrique Uchida Ishivatari. Comparação de Diferentes Contribuições em Campos de Força Minimalistas para o Problema de Determinação de Estruturas de Proteínas Através de Algoritmos Genéticos. (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
Iniciação científica (12)

Carolina Correa Giron. Estudo das interações intermoleculares envolvendo o domínio de ligação ao receptor da proteína S do SARS-CoV-2. (Graduando em Medicina) - Universidade Federal do Triângulo Mineiro, . 2020.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
André Azevedo Reis Teixeira. Estudo das interações e propriedades físico-químicas envolvidas na complexação protéica: uma abordagem mesoscópica por monte carlo para o complexo lisozima-lisozima. (Graduando em Farmácia Bioquímica Diurno) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2009.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
André Azevedo Reis Teixeira. Modelagem de complexos moleculares. (Graduando em Farmácia Bioquímica Diurno) - Universidade de São Paulo, . 2008.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
Lariani Aparecida Delboni. Estudo por Mecânica Estatística de Interações Fundamentais na Formação de Complexos Moleculares. Contribuições das Forças de Longo Alcance e Flexibilidade nos Complexos Tripsina-BPTI, Trombina-Hirudina e AChE-Fármacos. (Graduando em Farmácia Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2006.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
Lariani Aparecida Delboni. Estudo por Mecânica Estatística de Interações Fundamentais na Formação de Complexos Moleculares. Aplicação de métodos computacionais aos complexos Tripsina-BPTI, Trombina-Hirudina e Acetilcolinesterase-Fármaco (Tacrina, Galantamina e Donezepil). (Graduando em Farmácia Bioquímica Diurno) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2005.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
Pedro Alves da Silva Autreto. Estudo da estrutura e atividade de complexos moleculares: Taxol-Tubulina [Proj. Fapesp]. (Graduando em Física) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2004.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
Lariani Aparecida Delboni. Modelagem de complexos moleculares. (Graduando em Farmácia Bioquímica Diurno) - Universidade de São Paulo, . 2004.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
Fábio Vasconcelos Figueiredo. Efeito do potencial eletrostático na aglutinação de eritrócitos falciformes e na diminuição da sua afinidade pelo oxigênio. (Graduando em Farmácia Bioquímica Diurno) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
Pedro Alves da Silva Autreto. Aplicações da Equação de Poisson-Boltzmann no estudo de interfaces enzima-inibidor. (Graduando em Física) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, . 2003.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
Ana Paula Silva Oliveira. Aplicacao do esquema do esquema de Tanford-Kirwood para estudo da interacao da ligacao de ions de calcio a calmodulina. (Graduando em Farmácia Bioquímica Diurno) - Universidade de São Paulo, . 2002.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
Fábio Vasconcelos Figueiredo. Modelagem Molecular da Interação cálcio-calmodulina. (Graduando em Farmácia Bioquímica Diurno) - Universidade de São Paulo, . 2002.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
Sidney Jurado de Carvalho. Estudo por Mecanica Estatistica da Interacao ligante esferico-proteina. (Graduando em Física) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, . 2001.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
Orientações de outra natureza (21)

Sergio Alejandro Poveda Cuevas. Supervisão do programa PAE da Pós-graduação (módulo Físico-Química [código USP CGF2024]). (Farmácia Bioquímica) - Universidade de São Paulo, . 2020.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
Sergio Alejandro Poveda Cuevas. Supervisão do programa PAE da Pós-graduação (módulo Físico-Química [código USP CGF2024]). (Farmácia Bioquímica) - Universidade de São Paulo, . 2019.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
Thomas Fabiani. Estágio - Exploring electrostatic properties of peptide-hybridized dendrimers and their aggregates. (Biomolecular engineering) - North Carolina State University, . 2019.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
Sergio Alejandro Poveda Cuevas. Supervisão do programa PAE da Pós-graduação (módulo Ciências Matemáticas e Físico-Químicas [código USP CGF2024]). (Farmácia Bioquímica) - Universidade de São Paulo, . 2018.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
Andressa Mayara dos Santos. Estágio - Introdução à modelagem de proteínas virais. (Ciências Biológicas - Modalidade Médica) - Universidade de São Paulo, . 2018.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
Gabriel Martins da Costa Manso. Estágio - Introdução à modelagem de proteínas virais. (Ciências Biológicas - Modalidade Médica) - Universidade de São Paulo, . 2018.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
Guilherme Thomaz Pereira Brancini. Supervisão de bolsista PAE da Pós-graduação (disciplina Físico-química de polímeros e sistemas dispersos). (Farmácia Bioquímica) - Universidade de São Paulo, . 2017.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
Camilla Rizzo Nappi. Estágio - Introdução a modelagem de proteínas virais. (Ciências Biológicas - Modalidade Médica) - Universidade de São Paulo, . 2017.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
Juliana de Andrade Bolsoni. Estágio - Introdução a modelagem de proteínas virais. (Ciências Biológicas - Modalidade Médica) - Universidade de São Paulo, . 2017.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
Guilherme Thomaz Pereira Brancini. Supervisão de bolsista PAE da Pós-graduação (disciplina Físico-química). (Farmácia Bioquímica) - Universidade de São Paulo, . 2016.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
Katherine Acken. Aluno visitante - Computer simulation of whey protein-pectin interaction. (Biomolecular engineering) - North Carolina State University, University Global Partnership Network Research Collaboration Fund. 2016.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
Jessica Mota. Estágio - Introdução a modelagem de complexos moleculares. (Ciências Biomédicas (17500)) - Universidade de São Paulo, . 2016.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
Helena Francelin. Estágio - Introdução a modelagem de complexos moleculares. (Ciências Biomédicas (17500)) - Universidade de São Paulo, . 2016.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
Natalia Montellano Duran. Aluno visitante - A Combined Experimental and Molecular Simulation Study of factors influencing interaction of quinoa proteins?carrageenan. Orientação de outra natureza - Universidad Nacional de Rosario, . 2015.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
Angela Poletto. Estágio - Introdução a modelagem de complexos moleculares. (Ciências Biomédicas (17500)) - Universidade de São Paulo, . 2015.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
Thiago Negrão Chuba. Estágio - Introdução a modelagem de complexos moleculares. (Ciências Biomédicas (17500)) - Universidade de São Paulo, . 2015.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
Rafael Nishimoto. Monitoria de Físico-química. (Farmácia Bioquímica) - Universidade de São Paulo, . 2014.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
Deepti Srivastava. Aluno visitante - Computer simulation of food protein-polyelectrolytes. (Biomolecular engineering) - North Carolina State University, University Global Partnership Network Research Collaboration Fund. 2013.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
Norival Alves Filho. Supervisão de bolsista PAE da Pós-graduação. Orientação de outra natureza - Universidade de São Paulo, . 2012.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
Paulo Almir Borges de Sousa Filho. Pré-IC - Descobrindo a área de Modelagem Molecular e como se formam os complexos proteína-proteína. Orientação de outra natureza - Universidade de São Paulo, . 2011.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.
Lucas Blundi Silveira. Supervisão de bolsista PAE da Pós-graduação. (Farmácia Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2011.
Orientador: Fernando Luis Barroso da Silva.

Projetos de pesquisa

Total de projetos de pesquisa (47)

2021-2021. Projeto internacional em colaboração (Prof. Visitante): Electrostatic interactions of flaviviruses
Descrição: Projeto com recursos financeiros da Universidade de Paris. Anfitriã: Profa. Catherine Etchebest. Realizado no formato online em função da pandemia.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Sergio Alejandro Poveda Cuevas - Integrante / ETCHEBEST, CATHERINE - Integrante / Ilyas Grandguillaume - Integrante. Financiador(es): Universidad de Paris - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 3
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2021-Atual. Projeto individual - Interações fundamentais em Biofísica Molecular. Desenvolvendo e aplicando métodos de simulação molecular a pH constante em sistemas biomoleculares relacionados com doenças infecciosas
Descrição: Produtividade CNPq - Proc. CNPq 305393/2020-0. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Número de produções C, T & A: 3 / Número de orientações: 1
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2021-Atual. Projeto internacional individual: "Electrostatic interactions in molecular biosystems: Applying constant-pH simulation schemes"
Descrição: Proj C210400511 - EUSMI - European Soft Matter Infrastructure. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador. Financiador(es): European Soft Matter Infrastructure - Outra.
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2020-Atual. Projeto Fapesp - Desenvolvendo e aplicando métodos de simulação computacional para melhorar a compreensão molecular para a engenharia de biomateriais funcionalizados
Descrição: Acordos de cooperação FAPESP-ANR - Projeto de pesquisa regular Fapesp (Proc. Fapesp 2020/07158-2). Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Catherine Etchebest - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 1 / Número de orientações: 2
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2020-Atual. Orientação: Desenvolvimento in Silico de Anticorpos para Inibição de Proteínas do SARS-CoV-2
Descrição: Projeto de iniciação científica - Estudante Carolina Giron - Proc FCFRP/Cpq 2020-1732. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Aatto Laaksonen - Integrante / CORRÊA GIRON, CAROLINA - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Número de produções C, T & A: 2 / Número de orientações: 1
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2019-2019. Auxílio vinda de Pesquisador Visitante: Structural Bioinformatics training with a special focus on computationally mapping physical chemical properties of viral proteins
Descrição: Editais Prlnt 2019/PVE - Convidada: Profa. Catherine Etchebest (USPC/França) Programa 33002010188P9 - BIOIN FORMATICA Processo Capes 88887.370314/2019-00. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Catherine Etchebest - Integrante / POVEDA CUEVAS, SERGIO ALEJANDRO - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 1
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2019-2019. Auxílio vinda de Pesquisador Visitante: Modeling food protein interactions
Descrição: Edital CAPES-PROAP PRPG 04/2019 - Programa Bioinformática/USP Pesquisador visitante: Prof. Erik Santiso (NCSU). Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Lariani Aparecida Delboni - Integrante / Erik E. Santiso - Integrante / POVEDA CUEVAS, SERGIO ALEJANDRO - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2019-Atual. Projeto em colaboração internacional: USP-UP International Laboratory in Structural Bioinformatics
Descrição: PROGRAMME DE CHAIRES FRANCO-BRESILIENNES DES UNIVERSITES DE L?ETAT DE SÃO PAULO. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Catherine Etchebest - Integrante. Número de produções C, T & A: 2
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2019-Atual. Projeto em colaboração internacional: Chaires Franco-Brésiliennes des Universités de l?Etat de São Paulo
Descrição: Madame Catherine Etchebest, de l?Université de Paris, accueillie à la Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP) de l?USP par Prof. Dr. Fernando Luis Barroso da Silva. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Catherine Etchebest - Integrante / POVEDA CUEVAS, SERGIO ALEJANDRO - Integrante.
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2019-Atual. Projeto internacional em colaboração (Prof. Visitante): Developing new computational methods to study macromolecular assemblies and design rational applications
Descrição: Edital 1146 / 2019 ? Incentivo à Promoção da Internacionalização no Ambiente USP Mobilidade Santander Docente - Anfitrião: Prof. Themis Lazaridis (City College of New York, EUA). Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Themis Lazaridis - Integrante. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2018-2021. Projeto individual - Interações fundamentais em Biofísica Molecular. Desenvolvendo e aplicando métodos de simulação molecular a pH constante em sistemas biomoleculares de relevância prática
Descrição: Produtividade CNPq - Proc. CNPq 310791/2017-0. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2018-2019. Projeto internacional em colaboração (Prof. Visitante): Development of RNA-protein coarse-grained models
Descrição: Projeto de pesquisa em colaboração com o Prof. Philippe Derreumaux, do Laboratório de Bioquímica Teórica, do IBPC/França. Recursos do programa ?Initiative d?Excellence? do governo francês (Grant ?DYNAMO? ANR-11-LABX-0011-01). Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / DERREUMAUX, PHILIPPE - Integrante / Fabio Sterpone - Integrante.
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2017-2018. Projeto internacional em colaboração (Prof. Visitante): Electrostatic interactions properly at a coarse-‐grained level for standard and amyloid proteins
Descrição: Projeto de pesquisa em colaboração com o Prof. Philippe Derreumaux, do Institut de Biologie Physico-Chimique (IBPC) - Recursos do programa ?Initiative d?Excellence? do governo francês (Grant ?DYNAMO? ANR-11-LABX-0011-01). Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Philippe Derreumaux - Integrante / Fabio Sterpone - Integrante.
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2017-Atual. Projeto em colaboração internacional: Building up an international laboratory in Structural Bioinformatics: Developing and applying constant-pH methods in biomolecular systems
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Samuela Pasquali - Integrante / Catherine Etchebest - Integrante. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Cooperação.
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2017-Atual. Projeto em colaboração internacional: Pedagogical activities to promote top-end science in Structural Bioinformatics: Toward a joint international master program in structural bioinformatics
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Samuela Pasquali - Integrante / Catherine Etchenest - Integrante.
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2016-2019. Projeto individual - Mecanismos moleculares de origem eletrostática responsáveis pela complexação de proteínas
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2016-2018. Projeto em colaboração internacional: Understanding CaPP Deposition Disease (Pseudogout); Molecular Modeling & Simulation
Descrição: Projeto de pesquisa em colaboração. Coordenadores (PIs): Fernando Luís Barroso da Silva (FCFRP/USP), Erik E. Santiso (NCSU/EUA) e Richard Sears (Surrey/Inglaterra) 2015 UGPN Research Collaboration Fund. Julho/2016 a Junho/2018. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (4) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Erik E. Santiso - Integrante / Keith E. Gubbins - Integrante / richard Sears - Integrante. Financiador(es): The University Global Partnership Network - Cooperação.
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2016-2017. Projeto em colaboração internacional: Cátedra franco-brasileira Levi-Strauss "Building-up an international laboratory in Structural Bioinformatics"
Descrição: Processo USP 16.1.481.1.4. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Catherine Etchebest - Integrante. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Cooperação.
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2016-2016. Projeto internacional em colaboração (Prof. Visitante): Development of fast constant-pH simulation methods for application in food and pharma
Descrição: Colaboração com os Profs. Dr. Vladmir Lobaskin e Donal MacKernan [Recursos CECAM-IR e UCD Seed Funding program].. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Donal MacKernan - Integrante / Vladmir Lobaskin - Integrante. Financiador(es): University College Dublin - Auxílio financeiro.
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2016-Atual. Projetos em colaboração internacional: Large-scale bio and materials modeling across spatial and temporal scales
Descrição: SNIC 2015/10-6 SNIC 2017/11-14 SNIC 2018/1-25 SNIC 2019/1-32 SNIC 2020/14-38 SNIC 2021/3-6 SNIC 2022/5-601 Vários projeto coordenados pelo Prof. Aatto Laaksonen (PI), submetidos anualmente. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Integrante / Aatto Laaksonen - Coordenador / Francesca Mocci - Integrante / Andrei Neamtu - Integrante. Financiador(es): Swedish National Infrastructure for Computing - Outra.
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2015-2015. Auxílio vinda de Pesquisador Visitante: Hofmeister Challenges in Protein Science: A biomimetic approach
Descrição: Programas Regulares / Auxílios a Pesquisa / Vinda de Pesquisador Visitante / Visitante do Exterior (Beneficiado Prof. Dr. Mathias Boström) - Vigência de abril a junho/15 Proc. Fapesp 2014/23394-7. Situação: Desativado; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Mathias Bostrom - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2015-Atual. Projeto em colaboração internacional: Toward a faithful description of biomolecules: Integrating electrostatics and ions in RNA and protein coarse-grained models and applications to RNA/protein regulatory complexes
Descrição: ?Vers une description réaliste de biomolécules :Intégration de l?électrostatique et des ions dans des modèles gros ?grains pour les ARN et les protéines et applications à des complexes régulateurs ARN/protéines? - Projeto de pesquisa em colaboração. Coordenadores (PIs):Philippe Derreumaux (Université Paris Diderot/França), Samuela Pasquali (Université Paris Diderot/França) e Fernando Luís Barroso da Silva (FCFRP/USP). Colaboradores: Aatto Laaksonen (SU/Suécia) Ministério da pesquisa francesa ? Edital Sorbonne Paris Cité 2015. [http://www.sorbonne-paris-cite.fr/index.php/fr/component/simpledownload/?task=download&fileid=IDIwMTQwOTEwLXLDqXN1bHRhdHNfYWFwX2JyZXNpbC5wZGY%3D]. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Integrante / Samuela Pasquali - Integrante / Philippe Derreumaux - Coordenador. Financiador(es): Universidade Sorbonne Paris Cité - Cooperação.
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2013-2014. Projeto em colaboração internacional: Interações fundamentais em sistemas biomoleculares: Físico-química e biofísica teórica básica conduzindo aplicações em nanobiotecnologia
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Integrante / BOSTRÖM, MATHIAS - Integrante / PERSSON, CLAS - Integrante / Torbjörn Åkesson - Coordenador / Magnus Ullner - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa.
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2013-2014. Projeto em colaboração internacional: Exploring protein-nanoparticle Interactions by combining methods from theoretical physics, materials science, and protein chemistry
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Clas Persson - Integrante / Mathias Bostrom - Integrante. Financiador(es): Stiftelsen for internationalisering av hogre utbildning och forskning - Auxílio financeiro.
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2013-2014. Projeto em colaboração internacional: Developing predictive mesoscale models for peptoids and their interactions
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Erik E. Santiso - Integrante / Keith E. Gubbins - Integrante. Financiador(es): The University Global Partnership Network - Auxílio financeiro.
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2010-2014. Projeto Individural - Mecanismos moleculares responsáveis pela complexação de proteínas. De interações fundamentais em Biofísica Estrutural às aplicações de interesse farmacêutico e biotecnológico - Produtividade em Pesquisa CNPq [Proc. 302716/2009-2
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2009-2009. Auxílio vinda de Professor Visitante: Molecularly realistic modeling of pectin-milk protein complexes [CCInt/USP:2009.1.428.60.4]
Descrição: Atividades didáticas e de pesquisa com o Prof. Dr. Renko de Vries, da Universidade de Wageningen, Holanda (Of. ACI CCInt 034/2009 - Processo 2009.1.428.60.4).. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Renko de Vries - Integrante. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2008-2013. Projeto Individual - Mecanismos moleculares fundamentais responsáveis pela complexação de proteínas. De parâmetros físico-químicos às aplicações em tecnologia de alimentos e farmacêutica [Proc. Fapesp 2010/50425-0]
Descrição: As interações eletrostáticas em e entre biomoléculas desempenham um importante papel no entendimento e no controle do comportamento de proteínas e de misturas de biopolímeros, incluindo vários sistemas de considerável relevância, tanto nas ciências da vida, como em (bio)tecnologia. Nesta proposta, pretendemos estudar (a) o efeito do mecanismo da regulação de cargas no aumento das demais interações eletrostáticas responsáveis pela complexação de proteínas, (b) aspectos eletrostáticos da interação proteína?polieletrólitos (e.g. interação caseína-pectina) e proteína-proteína (e.g. β-LG-β-LG). Nossa ferramenta básica de trabalho será a Mecânica Estatística (simulações moleculares), complementada com investigações em colaboração com grupos experimentais. O principal resultado final será a energia livre das interações (e suas derivadas). A modelagem dos sistemas será baseada em modelos contínuos anteriormente desenvolvidos por nós, cujas Hamiltonianas efetivas serão solucionadas por simulações com o método Monte Carlo em conjunto com técnicas de perturbação termodinâmicas e algoritmos que serão desenvolvidos para facilitar a amostragem do espaço de fases. Pretende-se também revisar aspectos metodológicos, aprimorar e desenvolver novas ferramentas computacionais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (2) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Lariani Aparecida Delboni - Integrante / Mikael Lund - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 4
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2008-2010. Projeto Individual - Mecanismos moleculares fundamentais responsáveis pela complexação de proteínas. De parâmetros físico-químicos às aplicações em tecnologia de alimentos e farmacêutica [Proc. Fapesp 2010/50425-0]
Descrição: As interações eletrostáticas em e entre biomoléculas desempenham um importante papel no entendimento e no controle do comportamento de proteínas e de misturas de biopolímeros, incluindo vários sistemas de considerável relevância, tanto nas ciências da vida, como em (bio)tecnologia. Nesta proposta, pretendemos estudar (a) o efeito do mecanismo da regulação de cargas no aumento das demais interações eletrostáticas responsáveis pela complexação de proteínas, (b) aspectos eletrostáticos da interação proteína?polieletrólitos (e.g. interação caseína-pectina) e proteína-proteína (e.g. β-LG-β-LG). Nossa ferramenta básica de trabalho será a Mecânica Estatística (simulações moleculares), complementada com investigações em colaboração com grupos experimentais. O principal resultado final será a energia livre das interações (e suas derivadas). A modelagem dos sistemas será baseada em modelos contínuos anteriormente desenvolvidos por nós, cujas Hamiltonianas efetivas serão solucionadas por simulações com o método Monte Carlo em conjunto com técnicas de perturbação termodinâmicas e algoritmos que serão desenvolvidos para facilitar a amostragem do espaço de fases. Pretende-se também revisar aspectos metodológicos, aprimorar e desenvolver novas ferramentas computacionais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (2) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Lariani Aparecida Delboni - Integrante / Mikael Lund - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 4
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2008-Atual. Projeto em colaboracao - ANÁLISE DO EMPREGO DO MÉTODO DA ABP EM DISCIPLINAS DE FÍSICO-QUÍMICA DO CURSO DE FARMÁCIA-BIOQUÍMICA
Descrição: Aplicar e avaliar o uso do método Aprendizagem Baseada em Problemas na disciplina de Físico Química de Polímeros e Sistemas Dispersos no curso de graduação em Farmácia-Bioquímica. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Integrante / Márcia Mendes Ruiz Cantano - Coordenador.
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2007-2010. Projeto Individural - Interacoes fundamentais em Biofisica Estrutural - Produtividade em Pesquisa CNPq [Proc. 301297/2006-1]
Descrição: A motivação central deste projeto é o entendimento físico das interações fundamentais para a formação dos complexos moleculares.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador.
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2006-2007. Orientação - Estudo por Mecânica Estatística de Interações Fundamentais na Formação de Complexos Moleculares. Contribuições das Forças de Longo Alcance e Flexibilidade nos Complexos Tripsina-BPTI, Trombina-Hirudina e AChE-Fármacos(Proj. Fapesp 06/55573-1)
Descrição: Estudos teóricos dos mecanismos moleculares responsáveis pela formação e estabilidade de complexos moleculares vêm ganhando relevância pelas possibilidades práticas que oferecem ao desenho racional de fármacos e tecnologia farmacêutica. Para muitos sistemas, acredita-se que as interações eletrostáticas sejam as principais responsáveis pela formação destes complexos. Porém, em outros, as interações de curto alcance ganham igual ou maior destaque. Neste projeto, nossa ênfase é no entendimento físico das interações fundamentais para a formação dos complexos moleculares. Propomos a obtenção de derivadas da energia livre, através de simulações Monte Carlo, para complexos moleculares. Complexos anteriormente estudados (trombina-hirudina e tripsina-bpti) serão revistos, incorporando-se agora efeitos de flexibilidade molecular, visando uma melhor caracterização dos mecanismos moleculares. Testes com diferentes estruturas cristalográficas disponíveis e uma análise completa dos pKa farão parte de nosso trabalho. Nossa abordagem seguirá a do dielétrico contínuo (nível de modelagem de McMillan-Mayer), em conjunto com o "modelo da célula". Cálculos auxiliares baseados em soluções numéricas da Equação de Poisson-Boltzmann serão efetuados, permitindo-se assim também verificar questões metodológicas e oferecer à estudante maiores ferramentas de trabalho nesta área, completando as atividades desenvolvidas pela mesma em projeto anterior.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Lariani Aparecida Delboni - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2006-2006. Projeto 1 (2006) - Pro-Reitoria de Pesquisas (Auxilio financeiro) [Proc. USP 2006.1.13025.1.2]
Descrição: Visita técnica a Universidade de Lund e Universidade Técnica de Copenhague. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador.
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2005-2006. Orientacao - Estudo por Mecânica Estatística de Interações Fundamentais na Formação de Complexos Moleculares. Aplicação de métodos computacionais aos complexos Tripsina-BPTI, Trombina-Hirudina e Acetilcolinesterase-Fármaco [Pibic 109980/2005-0]
Descrição: Estudos teóricos dos mecanismos moleculares responsáveis pela formação e estabilidade de complexos moleculares vêm ganhando relevância pelas possibilidades práticas que oferecem ao desenho racional de fármacos. Para muitos sistemas, acredita-se que as interações eletrostáticas sejam as principais responsáveis pela formação destes complexos, porém, em outros, as interações de curto alcance ganham maior destaque. Neste projeto, nossa ênfase é no entendimento físico das interações fundamentais para a formação dos complexos moleculares. Propomos a obtenção de derivadas da energia livre, através de simulações Monte Carlo, para complexos moleculares: (a) puramente eletrostáticas, e (b) combinando interações eletrostáticas com van der Waals. Por suas características físico-químicas diferentes, esta metodologia será aplicada a três tipos de complexos moleculares: (a) Proteína e ligante com cargas semelhantes (Tripsina-BPTI); (b) Proteína e ligante com cargas de sinais opostos (Trombina-Hirudina); e (c) Enzima ligada a fármaco [Acetilcolinesterase (AChE) ligada à Tacrina, Galantamina e Donezepil].. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Eliamar Francelino do Prado - Integrante / Lariani Aparecida Delboni - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2004-2010. Projeto Individual - STATISTICAL MECHANICAL STUDIES OF PROTEIN-POLYMER COMPLEXES [Auxilio Lunarc/Suecia]
Descrição: The complexation between polyelectrolytes and proteins are extensively used in pharmaceutics, foods and cosmetics. The strength of the interaction is to a large extent regulated by electrostatic interactions. Solution ionic strength and pH are key parameters in these electrostatically driven processes. A theoretical model within the continuum dielectric framework has been devised and solved by Monte Carlo simulations. The protein is modeled in either atomic details or by a mesoscopical model. In both cases it is assumed to be a rigid body and allowed to titrate as a function of solution pH in the presence of the polymer. A flexible charged polymer (polyelectrolye or polyampholyte) is modeled as a chain of charged hard spheres connected by harmonic springs. The calculations provide a number of free energy derivatives. These approaches are applied to different protein complexes such as the ones formed with lysozyme, alpha-lactalbumin and beta-lactoglobulin. Theoretical analyzes based on the charge regulation theory are also used in order to complete the computational outcomes.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Torbjörn Åkesson - Integrante / Bo Jönsson - Integrante / Sidney Jurado de Carvalho - Integrante / Mikael Lund - Integrante. Financiador(es): Lunarc - Outra. Número de produções C, T & A: 2
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2004-2007. Orientacao - Estudo dos aspectos eletrostáticos da interação polieletrólito-macroion. Propriedades gerais e aplicação à formação de complexos moleculares: Calmodulina-Ca+2-polilisina e heparina-polilisina [Doutorado - Orientando: Sidney Jurado de Carvalho
Descrição: Projeto de Doutoramento do estudante Sidney Jurado de Carvalho. Dentro desta proposta, pretendemos estender o estudo da interação ligante-biomolécula inicialmente focado em pequenos ligantes (p.ex. interação cálcio-proteínas da família da calmodulina), para sistemas mais complexos e de maior interesse biológico e prático, sempre mantendo ênfase no entendimento dos fundamentos físicos envolvidos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Sidney Jurado de Carvalho - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2004-2005. Orientacao - Estudo da estrutura e atividade de complexos moleculares: Taxol-Tubulina [IC - Orientando: Pedro A. da Silva Autreto (Proj. Fapesp 03/11984-0)]
Descrição: O presente projeto tem por objetivo estudar os aspectos termodinâmicos e eletrostáticos da interação entre a enzima tubulina e vários inibidores análogos ao taxol, calculando diferenças na energia livre eletrostática entre os correspondentes complexos. Será verificado qual destes análogos pode ter maior atividade antimitotica em termos termodinâmicos. As energias livres eletrostáticas serão obtidas através de soluções numéricas da equação de Poisson-Boltzmann. A modelagem do sistema será feita se utilizando além dos campos de forças tradicionais, um campo de forças criado pelo método de equalização de carga e outro por meio de modelos quânticos semi-empíricos (apenas para os inibidores). Com isto, pretendemos investigar aspectos metodológicos, desenvolver um protocolo mais confiável para a obtenção destas energias livres, verificar sua capacidade preditiva para aplicações no planejamento racional de fármacos e identificar os resíduos na tubulina de maior importância para a formação dos complexos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Pedro Alves da Silva Autreto - Integrante / Luis Gustavo Dias - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2004-2005. Projeto 1 (2004) - Pro-Reitoria de Pesquisas (Auxilio financeiro) [Proc. USP 2004.1.32015.1.7]
Descrição: Auxilio complementar da Pró-Reitoria de Pesquisa - Edição 2004. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2003-2006. Projeto Individural - Interacoes Eletrostaticas de Biomoleculas - Produtividade em Pesquisa CNPq [Proc. 3502264/2003-1]
Descrição: Nossa meta central neste projeto é a compreensão dos fundamentos físico-químicos da estrutura e função de moléculas biológicas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (2) / Doutorado: (2) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2003-2005. PROCONTES - Projeto para obtenção de uma vaga de técnico de nível superior para o laboratório de pesquisa [Aprovado através do Of. CIRC. PRP-A-095/2003]
Descrição: Solicitacao conjunta de um técnico de nivel superior dentro do ambito do programa PROCONTES da PRPq/USP para atender ao nosso laboratorio de pesquisa, ao Lab. de Cristalografia de proteinas (Dra. Cristina Nonato) e do Lab. de Toxinas de Animais (Profa. Dra. Eliane Candiani Braga). Foi contratado o Dr. Artur T. Cordeiro.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Integrante / Maria Cristina Nonato - Integrante / Eliane Candiani Arantes - Coordenador. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Outra.
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2003-2004. Projeto 5 (2003) - "Biologia Computacional" (Proj. 5 da PRPq da USP - Edicao 2003/2004)
Descrição: A demanda por novas ferramentas e abordagens para descrever, compreender e racionalmente manipular os eventos naturais é um fato intrínseco no progresso da Ciência e da Tecnologia. O desenvolvimento da computação e sua inserção na solução de problemas biológicos exemplificam esta tendência nos dias de hoje, com profundos impactos, positivos, em diversas áreas acadêmicas estabelecidas do saber [Biologia Molecular, (Bio)Química, Informática, (Bio)Física, etc.], e aplicadas, como na Saúde, e nas indústrias químicas, de alimentos e farmacêuticas. Na verdade, esta área emergente conhecida como ?Biologia Computacional? (ou Biocomputação) - uma espécie de fusão da Biologia (Molecular) com as Ciências da Computação - vêm exatamente de encontro às necessidades pós-Genoma, ajudando, dentre outras coisas, a resolver e armazenar as estruturas obtidas, e, principalmente, ajudando a ?decifrar? a função biológica das estruturas resultantes, quer para um maior entendimento dos mecanismos moleculares, quer auxiliando no planejamento de possíveis aplicações industriais, ou ainda, procurando compreender e controlar a fronteira entre a saúde e a doença. Embora de características fortemente multi-disciplinares, envolvendo um conjunto de áreas afins com as Ciências Farmacêuticas, a consolidação da Biologia Computacional como uma disciplina própria, e mesmo como uma independente área de pesquisa, representa um marco histórico recente (a primeira sociedade científica organizada para tratar do tema foi fundada em 1997 - http://www.iscb.org/history.shtml). Tradicionalmente, o espectro de atuação do pesquisador desta área, varia desde uma descrição matemática/estatística (intrinsecamente relacionando com o uso de banco de dados) a uma abordagem mais física, onde se procura a compreensão a nível atomístico dos sistemas biológicos. Assim, em termos práticos, obedecendo-se a este espectro de atuação, a Biocomputação pode ser sub-dividida em três áreas: Bioinformática, Modelagem de Proteinas. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Integrante / Maria Cristina Nonato - Integrante / Gustavo Henrique Goldmann - Coordenador. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2003-2004. Orientacao - Efeito da influência do potencial eletrostático na aglutinação de eritrócitos falciformes e na diminuição da sua afinidade pelo oxigênio [IC - Orientando: Fabio V. Figueiredo (Proj. Fapesp 03/01545-9)]
Descrição: O presente projeto tem por objetivo o estudo das alterações nos mapas de potencial eletrostático, tanto na superfície como ao redor da molécula de hemoglobina (Hb), resultantes da substituição do ácido glutâmico pela valina, e suas possíveis consequências na anemia falciforme. Será verificado se as mudanças nas propriedades eletrostáticas da Hb influenciam a formação do polímero ?hemácia falciforme-hemácia falciforme? (aglutinação de hemácias ocorrida na patologia) através da comparação de mapas eletrostáticos obtidos para diferentes estruturas mutantes da Hb disponíveis nos bancos de dados de proteínas. Também verificaremos o efeito destas mutações na afinidade do oxigênio pela Hb. Caso seja confirmado o caráter dominante das interações eletrostáticas nestes mecanismos moleculares, investigaremos possíveis ligantes carregados que poderiam ser adicionados à molécula de Hb para anular/reduzir o efeito aglutinador resultante da mutação genética. Os mapas eletrostáticos e as energias livres serão obtidos através de soluções numéricas da equação de Poisson-Bolzmann.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Fábio Vasconcelos Figueiredo - Integrante / Pedro Alves da Silva Autreto - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Número de produções C, T & A: 4
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2003-2004. Projeto 1 (2003) - Pro-Reitoria de Pesquisas (Auxilio financeiro) [Proc. USP 2003.1.4689.1.6]
Descrição: Auxilio complementar a projeto de pesquisa - Edicao 2003. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2002-2004. Orientacao - Estudo por Mecânica Estatística de aspectos eletrostáticos da interação ligante-biomolécula [Mestrado - Orientando: Sidney Jurado de Carvalho (Proj. Fapesp - 01/12566-1)]
Descrição: A interação entre ligantes e macromoléculas tem uma importância fundamental em uma variedade de processos bioquímicos. Modelos baseados em interações eletrostáticas vêm se mostrando bastante eficiêntes na descrição desses processos, bem como na concordância com resultados obtidos experimentalmente. Esses modelos são basicamente resolvidos de duas formas: Utilizando aproximações de campo médio, como a teoria de \textit{Poisson-Boltzmann} e sua forma linear, equivalente à teoria de \textit{Debye-Hückel}, ou através de simulações computacionais (p. ex. o método de \textit{Monte Carlo}), onde o efeito de correlação iônica pode ser explicitamente considerado. Entretanto, alguns aspectos metodológicos carecem de análises mais sistemáticas, como a arbitrariedade na escolha dos campos de força para modelagem das cargas atômicas situadas nas macromoléculas. Portanto, propomos nesse trabalho, investigar aspectos metodológicos para as abordagens teóricas do estudo dos aspectos eletrostáticos da interação ligante-biomolécula, e a aplicação destas ferramentas para sistemas de interesse biofísico, como as proteínas da família da \textit{Calmodulina} que tem o cálcio como ligante.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Sidney Jurado de Carvalho - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Número de produções C, T & A: 6
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2002-2003. Projeto 1 (2002) - Pro-Reitoria de Pesquisas (Auxilio Financeiro) [Proc. USP 2002.1.3043.1.4]
Descrição: Auxilio complementar a projetos de pesquisa. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2001-2008. Projeto Jovem Pesquisador Fapesp - Interacoes Eletrostaticas em biomoleculas [Proc. Fapesp 01/03363-0]
Descrição: Interações eletrostáticas em biomoléculas é o tema comum deste projeto. Mais especificamente, nós pretendemos estudar: o efeito de força iônica e do equilíbrio ácido-base na estabilidade, estrutura e função da calbindina D9K e da hemoglobina. aspectos eletrostáticos da interação proteína-peptídeo (e.g. interação calmodulina-peptídeo). Nossa ferramenta básica de trabalho será a Mecânica Estatística (simulações moleculares), complementada com investigações em colaboração com grupos experimentais. Programas de simulação numérica para este propósito vêm sendo desenvolvidos por nós durante os últimos dez anos, permitindo que os refinamentos necessários para esta proposta sejam possíveis. Simulações de proteínas considerando explicitamente todos os átomos do sistema tornaram-se bastante populares na década de 80, ajudando a decifrar mecanismos moleculares. Vários pacotes de dinâmica molecular foram construídos (ex. GROMOS, AMBER, CHARMm). Porém, embora exista um grande potencial para esta abordagem (nível de Born-Oppenheimer), ela sofre da falta de campos de força confiáveis e alguns problemas técnicos, como a truncagem das interações de longo-alcance. Uma estratégia mais promissora é tratar o sistema em um nível mais grosseiro, conhecido como ?modelo primitivo?. Porém, ao invés de adotar a aproximação de campo médio, como feito nas abordagens por Poisson-Boltzmann, esta Hamiltoniana efetiva do sistema deve ser solucionada através do emprego de simulações Monte Carlo Metropolis. Isto é o que propomos aqui. O uso da aproximação do dielétrico contínuo para descrever a solução aquosa, como proposto no modelo primitivo, provou ser extremamente eficaz em ciência coloidal e também em contexto biológico, p. ex. a abordagem de Tanford-Kirkwood para descrever interações eletrostáticas em proteínas. Estratégias semelhantes podem ser hoje aplicadas de maneira ainda muito mais refinada e precisa, graças a performance dos computadores modernos, como demonstrado em n. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Sidney Jurado de Carvalho - Integrante / Marcio Francisco Colombo - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 46
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
2000-2001. Projeto individual - Estrutura e Dinâmica de Sistemas com Biomoléculas [Recem-Doutor - Proj. CNPq 301090/99-8 (NV)]
Descrição: Recém-Doutor - Nucleação do Grupo de Física de Biomoléculas, Faculdade de Ciências, Unesp/Bauru. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Renato Carlos Tonin Ghiotto - Integrante / Sidney Jurado de Carvalho - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Número de produções C, T & A: 16
Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.

Prêmios e títulos

Total de prêmios e títulos (0)

Participação em eventos

Total de participação em eventos (156)

13th International symposium on polyelectrolytes.Computational simulation studies of macromolecular complexes driven by peculiar electrostatic interactions. 2023. (Simpósio).
Graduate Schools Translational Bioinformatics.From Protein Electrostatics to the Computational Modeling of Viruses and Antibody Design. 2023. (Oficina).
Mercosur Symposium on Physical and Computational Virology, MVD 2023.Advances in Protein Electrostatics and Computational Modeling of Viruses and Antibody Development. 2023. (Simpósio).
XXII Workshop do Programa Interunidades de Pós-Graduação em Bioinformática.Bioinformática Estrutural aplicada ao desenvolvimento otimizado de anticorpos e identificação de alvos vacinais. 2023. (Simpósio).
?Vaccine Research & Development" [ouvinte]. 2022. (Seminário).
#RSCPoster Twitter Conference [ouvinte/autor]. Differences between SARS-CoV-2 RBD and the variants in their ability to interact with ACE2 and monoclonal antibodies. 2022. (Congresso).
2022 UGPN Annual Conference [ouvinte]. 2022. (Congresso).
4th NovAliX Virtual Conference ? Biophysics in Drug Discovery ? Developing the Synergy between Biophysics and Medicinal Chemistry to Deliver Better Drugs [Ouvinte]. 2022. (Simpósio).
BPS Virtual Networking Event: Building Bridges in Computational Biophysics [ouvinte]. 2022. (Encontro).
EIROforum conference: Grand challenges in AI and data science [ouvinte]. 2022. (Seminário).
Frontiers in Computational Chemistry [ouvinte]. 2022. (Simpósio).
HTCondor Week 2022 [ouvinte]. 2022. (Simpósio).
IV International course on theoretical and applied aspects of system biology 2022 [ouvinte]. 2022. (Outra).
Physics meets biology. 2022. (Simpósio).
VII CONEPE ? Congresso de Ensino Pesquisa e Extensão [Avaliador]. 2022. (Congresso).
20th IUPAB Congress, 45th Annual Meeting of SBBf and 50th Annual Meeting of SBBq [autor/ouvinte]. Molecular aspects of the SARS-CoV-2 variants and their virulence. 2021. (Congresso).
2nd Edition of Global Biotechnology Conference [palestrante convidado]. Developing and applying fast constant pH methods in biological systems: From biomaterials to virus. 2021. (Congresso).
3er Congreso Internacional de Biotecnología - Bolivia Innova [palestrante convidado]. Developing and applying bioinformatic methods with a biophysical approach: from food, biomaterials to virus and antibody design. 2021. (Congresso).
6º Congresso de Graduação da USP [ouvinte]. 2021. (Congresso).
e Australia-Europe Symposium on Research Infrastructures [Ouvinte]. 2021. (Simpósio).
eSSENCE-EMMC e-Meeting on "Multiscale modelling of materials and molecules - physics-based and data-driven" [ouvinte]. 2021. (Simpósio).
Latin America-Europe Symposium on Research Infrastructures [ouvinte]. 2021. (Simpósio).
Simpósio MedicalMath 2021.Bioinformática estrutural para o desenho de anticorpos e peptídeos para vacinas. 2021. (Simpósio).
Simulation of open systems in Chemistry, Pharma, Food Science and Immuno-diagnostics: Rare-event methods at constant chemical potentials including constant pH - an E-CAM Industry Scoping Work [organizador/ouvinte]. 2021. (Simpósio).
Strengthening Structural Biology In Latin America. 2021. (Oficina).
Structural Biology Symposium 2021 [ouvinte]. 2021. (Simpósio).
The Materials and Molecular Modelling Hub++ Annual Conference 2021 [ouvinte]. 2021. (Congresso).
UGPN Virtual Conference 2021 [ouvinte]. 2021. (Congresso).
XXVI Congreso Latinoamericano de Estudiantes de Ingeniería Química y Carreras Afines [Palestrante convidado]. 1. Desarrollo y Aplicación de Métodos Bioinformáticos con Enfoque Biofísico: Desde Alimentos y Biomateriales hasta el Diseño de Anticuerpos Virales. 2021. (Congresso).
Analysis of viral proteins, monoclonal antibodies and their interactions with light scattering [ouvinte]. 2020. (Seminário).
APS & ICTP-SAIFR Young Physicists Forum on Biological Physics: from Molecular to Macroscopic Scale (Bio2020) [palpalestrante/organizador/participante/.Curso: Peculiar electrostatic mechanisms observed in biomolecular systems and constant-pH simulations. 2020. (Outra).
COVID-19 Conversations [ouvinte]. 2020. (Seminário).
COVID19 DTE webinar [palestrante convidado/participante].Palestra convidada: Developing and applying fast constant-pH simulation methods to understand and develop new binders to SARS-CoV-2. 2020. (Seminário).
COVID 19 Vaccines: The realities of the next steps [ouvinte]. 2020. (Simpósio).
eSSENCE-EMMC e-Meeting 2020 on "Multiscale modelling of materials and molecules - in complex systems". 2020. (Simpósio).
I Congresso Digital de Nanobiotecnologia e Bioengenharia [ouvinte]. 2020. (Congresso).
INTEGRABIOTEC 2.0 [palestrante convidado].Abordagens inovativas em Bioinformática Estrutural: do entendimento de mecanismos a aplicações. 2020. (Outra).
I Simpósio de Emergências Respiratórias [palestrante convidado/ouvinte].Aspectos moleculares da COVID-19. 2020. (Simpósio).
LINXS Science Day [ouvinte]. 2020. (Simpósio).
PBL Week 2021 (PANPBL Association) [ouvinte]. 2020. (Simpósio).
Research Collaboration and Networking during COVID19. 2020. (Seminário).
V CONEPE ? Congresso de Ensino Pesquisa e Extensão [Avaliador]. 2020. (Congresso).
10 ANOS DO IVEPESP CONQUISTAS E DESAFIOS DA EDUCAÇÃO,PESQUISA,CIÊNCIA, TECNOLOGIA E INOVAÇÃO. 2019. (Simpósio).
5º Congresso de Graduação da USP [ouvinte]. 2019. (Congresso).
8th International Conference on Bioengineering and Nanotechnology [autor/participante]. On the Identification of Interactive Amino Acids for Antibody Design in Flavivirus By Electrostatic Methods. 2019. (Congresso).
Colloquium ?Molecular Theory and Simulation Series. Reviewing the peculiar physical phenomena in pH-dependent biomolecular interactions. 2019. (Congresso).
Meet-U 2019 [ouvinte]. 2019. (Simpósio).
XII CIFARP [ouvinte/organizador/avaliador]. 2019. (Congresso).
47a Reunião Anual da SBBq [autor/participante]. A FAST CONSTANT-PH MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION FOR THE COARSE-GRAINED HIRE-RNA MODEL. 2018. (Congresso).
4o. Congresso de graduação da Universidade de São Paulo [participante. 2018. (Encontro).
Colloquium ?Molecular Theory and Simulation Series. Developing and applying fast constant pH methods in biological systems: From biomaterials to virus. 2018. (Congresso).
Molecular simulation serie, NCSU [palestrante convidado/participante].Developing and applying fast constant pH methods in Biological systems: from biomaterials to virus. 2018. (Seminário).
Regulatory & Non-Coding RNA?s Meeting [autor/participante]. Developing and applying fast constant-pH simulation methods for RNA systems?From pKa benchmarks to protein-RNA interactions. 2018. (Congresso).
RIO ISSB 2018 - Rio International School of Structural Biology [autor convidado].Simulations at constant pH: theory meets experiments. 2018. (Outra).
Workshop of South American PIs in Molecular Simulations [autor convidado].Developing and applying fast constant pH methods in biological systems. 2018. (Encontro).
Workshop Precisamos de mais bioinformática, FCFRP [palestrante].?Bioinformática estrutural: de físico-química a biomateriais e vírus?. 2018. (Encontro).
3o. Congresso de graduação da Universidade de São Paulo [autor/participante]. Aspectos práticos do uso do Método da ABP na disciplina de Físico-Química de polímeros e sistemas dispersos do Curso de Farmácia-Bioquímica. 2017. (Congresso).
46a Reunião Anual da SBBq [autor/participante]. Fast Coarse-grained Model for RNA Titration. 2017. (Congresso).
Festival des idées Paris à São Paulo - L?AMOUR DU RISQUE ET LA RECHERCHE ? [autor convidado/participante].La biologie-informatique à l?épreuve du risque ?. 2017. (Outra).
Palestra convidada "Electrostatic interactions in and between biomolecules: Developing and applying fast constant pH Methods in Biological systems"."Electrostatic interactions in and between biomolecules: Developing and applying fast constant pH Methods in Biological systems". 2017. (Seminário).
Palestra convidada no Curso de Verão em Bioinformática.Bioinformática Estrutural: Aspectos físico-químicos, computacionais e seus desafios. 2017. (Outra).
School on Biological Soft Matter: from molecular interactions to engineered materials [palestrante/ouvinte/organizador/avaliador].Peculiar electrostatic mechanisms observed in biomolecular systems. 2017. (Outra).
Symposium on Molecular Theory and Modeling [Auror/participante].Protein-RNA complexation driven by the charge regulation mechanism. 2017. (Simpósio).
CECAM workshop ?Controlling Food Protein Folding and Aggregation: Challenges and Perspectives in Industry, Experiments and Simulation.Simplified models to rationalize complex protein interactions in food and pharma. 2016. (Simpósio).
III CCES WORKSHOP & SAIMS OF THE CENTER FOR COMPUTATIONAL ENGINEERING & SCIENCES [autor convidado].ELECTROSTATIC INTERACTIONS IN AND BETWEEN BIOMOLECULES: DEVELOPING AND APPLYING FAST CONSTANT PH METHODS IN BIOLOGICAL SYSTEMS. 2016. (Oficina).
III Workshop On the application of Statistical Mechanics in Nanobiotechnology [organizador/ouvinte]. 2016. (Oficina).
2015 UGPN Conference - Innovation in Sustainable Research Collaboration and Scientific Exchange, North Carolina State University, Raleigh, NC, EUA [ouvinte/palestrante /missão USP].Molecular interactions and nanobiological applications for novel drug andfunctionalized material developments. 2015. (Simpósio).
2nd. Workshop of Biophysics in Chile [autor convidado/ouvinte].Protein complexation driven by electrostatic interactions. 2015. (Simpósio).
Curso de Verão em Bioinformática [autor convidado/ouvinte].Bioinformática Estrutural: Aspectos físico-químicos, computacionais e seus desafios. 2015. (Outra).
III Escola de Modelagem Molecular - UFABC [autor convidado/ouvinte].Protein complexation: Electrostatic interactions and applications. 2015. (Outra).
Inaugural Symposium USP & USPC 2015 [ouvinte]. 2015. (Encontro).
I Simpósio Cências Biomédicas da FMRP/USP [autor convidado].Modelagem molecular de complexos protéicos: Buscando o entendimento fundamental de processos biotecnológicos, de doenças e novos materiais funcionalizados. 2015. (Seminário).
Minischool on Biophysics of Protein Interactions [organizador/ouvinte/palestrante].On the peculiar electrostatic effects observed in protein systems ? a computational approach. 2015. (Outra).
Palestra convidada na Casa da Ciencia/CEPID Hemocentro.Além do Facebook e do twitter: Bioinformática e Modelagem molecular. 2015. (Seminário).
UGPN meeting [autor convidado/ouvinte].Molecular interactions and nanobiological applications for novel drug and functionalized material developments. 2015. (Encontro).
Workshop of South American PIs in Molecular Simulations [autor convidado].The Laboratory of Computational Biophysical Chemistry: Molecular interactions and nanobiological applications for functionalized (bio)material developments. 2015. (Simpósio).
43rd Annual Meeting of SBBq [autor convidado/ouvinte]. Molecular modeling of protein complexes driven by electrostatics interactions with interest for industries, medicine and biosciences. 2014. (Congresso).
CECAM workshop ?Advanced Simulation/Modelling in Food? [ouvinte/palestrante convidado].Mesoscale modelling of proteins interacting with surfaces. 2014. (Simpósio).
CECAM workshop on Molecular and coarse-grained modelling of interactions at bio-nano interface.Peculiarities of electrostatic interactions between proteins. Coarse-grained model and applications. 2014. (Oficina).
CECAM workshop on Protein assemblies at the interface of functionalised materials [autor/ouvinte].Molecular modeling of protein complexes driven by electrostatics interactions with interest for industries, medicine and biosciences. 2014. (Oficina).
ESS and MAX IV ? new opportunities in formulation research [ouvinte]. 2014. (Simpósio).
III Simpósio Interdisciplinar Física + Bioinformática 2014 [autor convidado/ouvinte].Complexacão de proteínas: simplificando os detalhes para uma abordagem em large escala. 2014. (Simpósio).
Palestra convidada no Assembly - Kattedralskola [palestrante].Beyond Facebook and Twitter: the computer helping understand the world of molecules for applications in the pharmaceutical industry. 2014. (Seminário).
Palestra convidada no Chemical Center, Universidade de Lund.Electrostatic correlations in proteins: a large-scale analysis on the Protein Data Bank. 2014. (Seminário).
Palestra convidada no IFPAN (Institute of Physics Polish Academy of Science).Molecular modeling of protein complexes driven by electrostatics interactions with interest for industries and Biosciences. 2014. (Seminário).
Second Workshop on molecular interactions and nanobiological applications.Molecular modeling of protein complexes driven by electrostatics interactions with interest for industries and Biosciences. 2014. (Simpósio).
VII EMMSB 2014 [palestrante convidado/participante].Interações Proteína-Proteína. 2014. (Outra).
42ª. Reunião Anual da SBBq [autor/ouvinte]. On the pH effects on pectin-casein complexes. 2013. (Congresso).
60 anos do DNA - Retrospectivas da pesquisa em Genômica no Brasil. 2013. (Seminário).
APME 2013 - 10th IUPAC International Conference on Advanced Polymers via Macromolecular Engineering [autor/ouvinte]. Complexation of a polyelectrolyte with milk proteins. Charge regulation, chain stiffness and local charge distribution of the polymer effects investigated by Monte Carlo simulations.. 2013. (Congresso).
eSSENCE ACADEMY 2013 [ouvinte]. 2013. (Simpósio).
Palestra convidada - ?Molecular Theory and Simulation Series? at North Carolina State University.Some peculiarities of the electrostatic interactions and multiscale modeling of protein complexation for biotechnology, food and pharmaceutical science applications. 2013. (Simpósio).
Palestra convidada na Universidade de Linkoping.Getting started on molecular simulations. 2013. (Seminário).
Palestra convidada na Universidade de Linkoping.Multiscale Modeling of protein solutions. 2013. (Seminário).
Palestra convidada no KTH Royal Institute of Technology.Getting started on molecular simulations. 2013. (Seminário).
Palestra convidada no KTH Royal Institute of Technology.Multiscale Modeling of protein solutions. 2013. (Seminário).
Palestra convidada no Programa de Pós-graduação em Biotecnologia da UFScar [cr.Protein complexation in Biotechnology driven by electrostatic interactions. 2013. (Seminário).
Palestra convidada - The School of Chemical Engineering & Analytical Science, The University of Manchester.Protein complexation in nanobiotechnology driven by electrostatic interactions. 2013. (Seminário).
Workshop de Ensino da FCFRP [palestrante convidado].Um experimento na aplicação do método da ABP/PBL na disciplina de Físico-Química de Polímeros do curso de Farmácia-Bioquímica. 2013. (Oficina).
Workshop on molecular interactions and nanobiological applications [autor/ouvinte/organizador].Protein complexation in Biotechnology driven by electrostatic interactions. 2013. (Simpósio).
Workshop on Physical Virology [autor/ouvinte].On the complexation of protein-peptides and protein-nanoparticles. 2012. (Oficina).
XLI Annual Meeting of the Brazilian Biochemistry and Molecular Biology Society (SBBq) [autor/ouvinte]. On the complexation of protein-peptides and protein-nanoparticle. 2012. (Congresso).
Mini-symposium Molecular Simulation [organizador/ouvinte]. 2011. (Simpósio).
X Brazilian MRS Meeting, SBPMat, Symposium Molecular Modeling Materials Science [autor convidado].Multiscale modeling and physical chemistry aspects of the milk proteins and polyelectrolytes complexation for biotechnology, food and pharmaceutical science applications. 2011. (Simpósio).
XL Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquíımica e Biologia Molecularar [organizador]. Electrostatic Correlations in Proteins. 2011. (Congresso).
V Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos [autor convidado/palestrante].8. ?Peculiaridades das interações eletrostáticas em e entre Proteínas. De interações fundamentais à Bioinformática Estrutural?. 2010. (Encontro).
I Escola e Conferência em Modelagem Computacional [autor convidado/palestra].Ferramentas de biocomputação para estudo de complexos moleculares. 2009. (Simpósio).
II Simpósio de Biotecnologia da UFSCar [autor convidado].Mecanismos moleculares responsáveis pela formação de complexos de interesse farmacêutico e biotecnológico. 2009. (Simpósio).
Never on Sunday, or...? An international Linne Grant meeting [autor convidado/palestra].On the complexation of whey proteins. 2009. (Simpósio).
XXXVIII Annual Meeting of SBBq [autor convidado/palestra]. Fundamental Mechanisms on the Complexation of Milk Proteins. 2009. (Congresso).
IV Escola de Modelagem Molecular ? IVEMMSB [poster].Physico-chemical properties of the complex Calcium-Calbindin D9K: The mutation E60Q puzzle. 2008. (Outra).
IV Escola de Modelagem Molecular de Sistemas Biologicos [autor convidado/palestra].IV Escola de Modelagem Molecular de Sistemas Biologicos [autor convidado]. 2008. (Outra).
IUTAM Symposium On Swelling And Shrinking of Porous Materials: From Colloid Science to Poromechanics [autor convidado/palestra]. Peculiarities in molecular mechanisms related to the formation of complexes of interest in industries and Biosciences. 2007. (Congresso).
VI International Congress of Pharmaceutical Sciences ? VI CIFARP [autor]. Statistical mechanical studies of electrostatics and protein flexibility aspects involved in molecular complexation. the thrombin-hirudin system. 2007. (Congresso).
XXVI Encontro Nacional dos Estudantes de Química [autor convidado/palestra].XXVI Encontro Nacional dos Estudantes de Química [AUTOR/OUVINTE]. 2007. (Encontro).
XXVI ENEQUI [autor convidado].Palestra convidada: Desvendando os mecanismos responsáveis pela formação de complexos moleculares de interesse nas indústrias química, farmacêutica e de alimentos [Autor convidado]. 2007. (Outra).
XXXII Reuniao da Sociedade Brasileira de Biofisica - FESBE [autor convidado/palestra]. Using Molecular Modelling to Explore Fundamental Interactions in Structural Biophysics. 2007. (Congresso).
14th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB). Mutational effects on calbindin D9K investigated by molecular dynamical simulations. 2006. (Congresso).
III Escola de Modelagem Molecular de Sistemas Biologicos [autor convidado/palestra].III Escola de Modelagem Molecular de Sistemas Biologicos [autor convidado]. 2006. (Outra).
SNIC Meeting 2006 [ouvinte]. Statistical Mechanical studies of protein-polymer complexes. 2006. (Congresso).
Workshop on Organizing Molecular Matter [ouvinte]. 2006. (Simpósio).
XXXVII Latin-American School of Physics - ELAF 2006 [palestrante convidador/ouvinte].Sensitive Electrostatic Forces in Biological Systems. 2006. (Outra).
Ciclo de Seminarios em Biologia Molecular [palestrante convidado].Palestra Convidada: Biologia Estrutural: Do PDB a formação de complexos moleculares. Aspectos eletrostáticos. [Autor convidado]. 2005. (Seminário).
Ciclo de seminarios - Palestra convidada: On the interaction of protein and polyelectrolytes - Chemical Center - Lund University- Lund/Suécia [Autor convidado].Palestra Convidada: On the interaction of protein and polyelectrolytes - Chemical Center - Lund University- Lund/Suécia [Autor convidado]. 2005. (Seminário).
Ciclo de Seminarios - Palestra convidada: PROTEIN-POLYELECTROLYTE COMPLEXATION: EFFECTS OF PROTEIN TITRATION - Quantum Protein Center - DTU - Copenhague/Dinamarca [Autor convidado].Palestra Convidada: PROTEIN-POLYELECTROLYTE COMPLEXATION: EFFECTS OF PROTEIN TITRATION - Quantum Protein Center - DTU - Copenhague/Dinamarca [Autor convidado]. 2005. (Seminário).
COMMERCIALISING BIONANOTECHNOLOGY SEMINAR. 2005. (Seminário).
IV Semana da Fisica Medica [palestrante convidado/ouvinte].Palestra Convidada: Da Lei de Coulomb a Biologia Estrutural. Como a Fisica pode ajudar no entendimento de mecanismos moleculares? [IV Semana da Fisica Medica, FFCLRP/USP, Ribeirao Preto, 25/10/2005]. 2005. (Seminário).
Macroion Complexation: fundamentals and applications [autor/ouvinte].Macroion-polyelectrolyte complexes: An initial study of methodological issues. 2005. (Simpósio).
Reunião para estabelecimento de colaboração acadêmica.Visita técnica: Department of Physics and Measurement Technology, Linkoping University, Linkoping, Suécia. 2005. (Outra).
Seminario para o Programa de Pos-Graduacao em Biofisica Molecular.Palestra Convidada: Formação de complexos proteína-polieletrólito. Como explicá-los quando não há complementariedade de cargas?. 2005. (Seminário).
Seminarios em Fisica - Ano Internacional da Fisica [palestrante convidado].Palestra Convidada: Da Lei de Coulomb a Biologia Estrutural. Como a Fisica pode ajudar no entendimento de mecanismos moleculares? [Seminarios em Fisica, Ano Mundial da Fisica, FEB, Barretos, 29/10/2005]. 2005. (Seminário).
XXXVI Reuniao Anual da SBBq [palestrante convidado/participante]. Electrostatic World of Biological Molecules ? Important Interactions and some Applications in Structural Biophysics. 2005. (Congresso).
15th SURFACTANTS IN SOLUTION (SIS 2004) [Autor/Ouvinte]. Electrostatic Interactions in Biocoloidal Systems:Some Theoretical Studies (palestra) e (Bio)coloidal Electrostatics: Possible Drawbacks of the Poisson-Boltzmann Approch (poster). 2004. (Congresso).
Disciplinas de Seminarios em Fisica Medica e Biologica I e II - FAMB/FFCLRP/USPRP.Palestra Convidada: Eletrostática de proteínas:Ligantes simples, complexos moleculares e função biológica. Aspectos metodológicos e algumas aplicações - FAMB/FFCLRP/USPRP [Autor convidado]. 2004. (Seminário).
II Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos - LNCC/Petropolis [Autor convidado].O mundo eletrostatico nas proteiınas. 2004. (Encontro).
Palestra Convidada - ITQB/UNL - Portugal.Palestra Convidada: Protein Electrostatics: Methodology and Applications to Structural Biology - Instituto de Tecnologia Química e Biológica - ITQB, da Universidade Nova de Lisboa (UNL) - Portugal [Autor convidado]. 2004. (Seminário).
Palestra convidada - Quantum Protein Center - DTU - Copenhague/Dinamarca.Palestra Convidada: Protein electrostatics: methodological issues and some applications on Structural Genomics - Quantum Protein Center - DTU - Copenhague/Dinamarca [Autor convidado]. 2004. (Seminário).
4th Congress of Pharmaceutical Sciences [autor/ouvinte/organizador/avaliador/. 4th Congress of Pharmaceutical Sciences - Ribeirao Preto/SP [Autor/ouvinte]. 2003. (Congresso).
Palestra convidada - Programa de Pós-Graduação em Química - DQ/FFCLRP/USPRP.Palestra Convidada: O mundo eletrostático das moléculas biológicas e suas aplicações em Biologia Estrutural - Programa de Pós-Graduação em Química - DQ/FFCLRP/USPRP. 2003. (Seminário).
XXXII Reunião anual da SBBq [Autor/Ouvinte]. Statistical Analysis of Mutational Effects on Calbindin D9K by Computer Simulations. 2003. (Congresso).
1o. Workshop de Modelagem Molecular de Ribeirão Preto [autor/ouvinte/organizador].Workshop de Modelagem Molecular de Ribeirão Preto [Autor/Ouvinte]. 2002. (Encontro).
IV Semana da Física - Unesp/Bauru [Autor convidado].Palestra Convidada: O mundo eletrostático das moléculas biológicas e suas implicações no Genoma Estrutural - Semana da Física - Unesp/Bauru [Autor convidado]. 2002. (Seminário).
Palestra Convidada: Aplicações da equação de Poisson-Boltzmann para cálculos de energia livre - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor ouvinte].Palestra Convidada: Aplicações da equação de Poisson-Boltzmann para cálculos de energia livre - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor ouvinte]. 2002. (Seminário).
Palestra Convidada: Equação de Poisson-Boltzmann em Biologia Estrutural - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado].Palestra Convidada: Equação de Poisson-Boltzmann em Biologia Estrutural - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado]. 2002. (Seminário).
Palestra Convidada: Interações eletrostáticas em biomoléculas. I e II - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado].Palestra Convidada: Interações eletrostáticas em biomoléculas. I e II - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado]. 2002. (Seminário).
Palestra Convidada: Interações eletrostáticas em biomoléculas. III - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado].Palestra Convidada: Interações eletrostáticas em biomoléculas. III - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado]. 2002. (Seminário).
Palestra Convidada: Interações eletrostáticas em biomoléculas. II - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado].Palestra Convidada: Interações eletrostáticas em biomoléculas. II - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado]. 2002. (Seminário).
Palestra Convidada: O Método Monte Carlo - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado].Palestra Convidada: O Método Monte Carlo - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado]. 2002. (Seminário).
Palestra Convidada: Uso do Programa DELPHY para cálculo de eletrostática de proteínas - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado].Palestra Convidada: Uso do Programa DELPHY para cálculo de eletrostática de proteínas - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado]. 2002. (Seminário).
Palestra Convidada: Uso do Programa MEAD para cálculo de eletrostática de proteínas - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado].Palestra Convidada: Uso do Programa MEAD para cálculo de eletrostática de proteínas - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado]. 2002. (Seminário).
Workshop of Molecular Modeling on Biophysics - Methods and Applications (evento satélite do 2002 IUPAB International Biophysics Congress) [Auror/ouvinte]. Workshop of Molecular Modeling on Biophysics - Methods and Applications (evento satélite do 2002 IUPAB International Biophysics Congress) [Autor/Ouvinte]. 2002. (Congresso).
IV Biophysics Congress of the Southern Cone [palestrante convidado/participante]. IV Biophysics Congress of the Southern Cone - SBBf/LNLS/Campinas [Autor Convidado]. 2000. (Congresso).
Palestra Convidada: Estudos por Mecânica Estatística de Soluções Aquosas e Sistemas com Biomoléculas - Departamento de Fisica - IBILCE/Unesp [Autor convidado].Palestra Convidada: Estudos por Mecânica Estatística de Soluções Aquosas e Sistemas com Biomoléculas - Departamento de Fisica - IBILCE/Unesp [Autor convidado]. 2000. (Seminário).
Palestra Convidada: Interações Eletrostáticas em Biomoléculas. Uma abordagem por Mecânica Estatística, Pos-graduação em Física Aplicada à Medicina e Biologia, Departamento de Física e Matemática - FFCLRP/USPRP [Autor convidado].Palestra Convidada: Interações Eletrostáticas em Biomoléculas. Uma abordagem por Mecânica Estatística, Pos-graduação em Física Aplicada à Medicina e Biologia, Departamento de Física e Matemática - FFCLRP/USPRP [Autor convidado]. 2000. (Seminário).
Palestra Convidada: Interações Eletrostáticas em Colóides - Departamento de Bioquímica - IQ/USP [Autor convidado].Palestra Convidada: Interações Eletrostáticas em Colóides - Departamento de Bioquímica - IQ/USP [Autor convidado]. 2000. (Seminário).
Understanding Protein Electrostatics [Autor/Ouvinte].International Meetingsponsored by the EEC Biotechnology Programme - Estocolmo/Suecia [Autor/Ouvinte]. 2000. (Simpósio).

Organização de eventos

Total de organização de eventos (21)

EICHHORN, R. ; Barroso da Silva, Fernando L.. Advanced school "Biological physics and biomolecular simulations in the machine learning era". 2023. Outro
LOH, W. ; OLIVEIRA JR, O. N. ; MATTOSO, L. H. C. ; PETRI, D. F. S. ; OTONI, C. G. ; Barroso da Silva, Fernando Luís ; SILVEIRA, N. P. ; GIACOMELLI, F. C. ; FREITAS, R. A.. International Symposium on Polyelectrolytes 2025. 2023. Congresso
PONTES, A. ; LAVOR, C. ; SENA, D. M. ; TEIXEIRA, E. V. ; Barroso da Silva, Fernando L. ; RUFFINO, P. R. C.. Simpósio MedicalMath 2021. 2021. Outro
Barroso da Silva, Fernando Luís; EICHHORN, R.. APS & ICTP-SAIFR Young Physicists Forum on Biological Physics: from Molecular to Macroscopic Scale (Bio2020). 2020. Outro
Barroso da Silva, Fernando Luís; MACKERNAN, DONAL ; SANTISO, E. E. ; JACQUIER, J. ; WONG, S.. Molecular dynamics, mesoscale and multiscale simulations for Food Science. 2020. Outro
Barroso da Silva, Fernando L.; MACKERNAN, D. ; SANTISO, E. E. ; GLENNON, B.. Simulation of open systems in Chemistry, Pharma, Food Science and Immuno-diagnostics: Rare-event methods at constant chemical potentials including constant pH - an E-CAM Industry Scoping Workshop. 2020. Outro
JAGER, A. V. ; Barroso da Silva, Fernando Luís ; EMERY, F. S. ; BARUFFI, M. D. ; TORQUETI, M. R. ; VIEIRA, P. C. ; LOPEZ, R. F. V. ; OLIVEIRA, W. P.. 12th International Conference of Pharmaceutical Sciences - CIFARP2019. 2019. Congresso
Barroso da Silva, Fernando Luís; ETCHEBEST, C.. Bioinfo2019: Introdução à Bioinformática Estrutural para farmacêuticos (Cod. USP 600700216 - CCEX/USP). 2019. Outro
Barroso da Silva, Fernando Luís; ETCHEBEST, C. ; Pasquali, S. ; TALY, A.. Atividades para compreensão e divulgação da área de Bioinformática Estrutural. 2018. Outro
Barroso da Silva, Fernando Luís; Pasquali, S. ; EICHHORN, R. ; KOILLER, J.. School on Biological Soft Matter: from molecular interactions to engineered materials. 2017. Outro
Barroso da Silva, Fernando Luís; SANTISO, E. E. ; MACKERNAN, D.. Controlling Food Protein Folding and Aggregation: Challenges and Perspectives in Industry, Experiments and Simulation. 2016. Congresso
SANTISO, E. E. ; Barroso da Silva, Fernando Luís. III Workshop on molecular interactions and nanobiological applications. 2016. Outro
Barroso da Silva, Fernando Luís; PODGORNIK, R. ; NETZ, R.. Minischool on Biophysics of Protein Interactions. 2015. Outro
Bostrom, M. ; Barroso da Silva, Fernando Luís ; Persson, C.. Second Workshop on molecular interactions and nanobiological applications. 2014. Congresso
Da SILVA, F. L. B.; SANTISO, E. E. ; Bostrom, M.. Workshop on molecular interactions and nanobiological applications. 2013. Congresso
da Silva, Fernando Luis Barroso. Área de Biofísica e Bioquímica Computacional da SBBq. 2012. (Congresso).. . 0.
Schechtman, D. ; Barroso da Silva, Fernando Luís ; Arantes, Guilherme Menegon. Mini-Symposia Molecular Simulation And Systems Biology. 2012. Congresso
Arantes, Guilherme Menegon ; Barroso da Silva, Fernando Luís ; Verli, H.. Evento satélite da SBBq - "Mini-symposium Molecular Simulation - 2011". 2011. Congresso
BARRERA, Junior ; Da SILVA, F. L. B.. 14th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology - ISMB 2006 (Poster Chair). 2006. Congresso
RECHIA, C. G. V. ; PUPO, M. T. ; LOPES, N. P. ; LOPEZ, R. F. V. ; UYEMURA, S. A. ; SANTOS, A. C. ; Da SILVA, F. L. B. ; UETA, J. M. ; CROTT, L. S. P. ; BENDHACK, L. M. ; CAMPOS, P. M. B. G. M. ; BORGES, A. B. ; GUARATINI, T. ; MARCHESI, M. S. P. ; CUNHA, T. M.. 4o. CIFARP - 4th Congress of Pharmaceutical Sciences. 2003. Congresso
Da SILVA, F. L. B.; CALIRI, Antonio ; SILVA, Marco Antonio Alves da. 1o. Workshop de Modelagem Molecular de Ribeirão Preto. 2002. Congresso

Lista de colaborações

Colaborações endôgenas (0)

(*) Relatório criado com produções desde 2000 até 2024
Data de processamento: 05/12/2024 01:27:53

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