Programa de Pós Graduação em Bioinformática

Fernando Luis Barroso da Silva

Fernando Luís Barroso da Silva é Professor Associado da Universidade de São Paulo (USP), físico e líder do Laboratório de Biofísico-Química Computacional (BPC), onde a Bioinformática, a Biofísica Molecular, a Físico-Química, a Física da Matéria Condensada Mácia, a Medicina e a Farmácia se encontram. Graduado em Física pela Unesp/Bauru (1994), concluiu seu Ph.D. em Theoretical/Physical Chemistry pela Lunds Universitet (Suécia, 2000), sob orientação de Bo Jönsson, com foco em estudos mecânico-estatísticos de soluções aquosas e sistemas biomoleculares. Desde então, desenvolve sua carreira na interseção entre Biofísica Molecular, Virologia Computacional, Bioinformática Estrutural, Físico-Química, Física da matéria condensada macia e Engenharia de Biomoléculas. Desenvolve e aplica métodos originais de simulação molecular a pH constante e Inteligência Artificial para o estudo de sistemas biomoleculares de relevância biológica, farmacêutica e médica, com especial ênfase na virologia computacional. Entre suas contribuições destacam-se estudos pioneiros sobre interações eletrostáticas que elucidaram a associação paradoxal entre macromoléculas de mesma carga, unificando hipóteses divergentes e estabelecendo novos paradigmas em Biofísica Molecular. Suas pesquisas abrangem vírus de alto impacto global, como SARS-CoV-2, flavivírus (Dengue e Zika) e norovírus, visando compreender a física fundamental de suas proteínas e utilizar esse conhecimento para elucidar mecanismos de patogênese, polimorfismos genéticos, prever mutações, mapear rotas de escape viral e projetar anticorpos monoclonais, vacinas e terapias inovadoras. Sua atuação internacional inclui períodos como professor visitante na Lunds Universitet (Suécia, 2013/14), KTH (Suécia, 2013), University College Dublin (Irlanda, 2016) e Sorbonne Université/Université Paris Cité (França, 2015/16, 2017/18, 2018/19, 2023/24, 2024/25) além de visitas de curta duração em outros centros. É Visiting Scholar da NCSU (EUA) desde 2013 e membro da Global One Health Academy (EUA). Mantém colaborações ativas com diversas universidades de excelência, integrando redes científicas que conectam modelagem molecular, fundamentos físicos e validação experimental na fronteira do conhecimento. Possui 54 artigos publicados em periódicos especializados de alto impacto, 1 livro e 3 capítulos de livro, além de inúmeros convites para palestras e centenas de apresentações em eventos nacionais e internacionais. Organizou conferências no Brasil, Irlanda e Suécia, e atua como revisor para dezenas de periódicos e agências de fomento nacionais e internacionais. Formou 5 mestres, 3 doutores, 1 pós-doutor e mais de 13 estudantes de iniciação científica, supervisionando atualmente doutorandos (incluindo co-tutela com a França) e mestrando, e coordenando 4 projetos de pesquisa. Seu trabalho combina rigor metodológico, inovação computacional e impacto translacional, gerando resultados que extrapolam a academia, com potencial para patentes, novos biofármacos, vacinas e biomateriais. Seu trabalho combina rigor metodológico, inovação computacional e impacto translacional, gerando resultados que extrapolam a academia, com potencial para patentes, novos biofármacos, vacinas e biomateriais. Ao integrar o avanço fundamental no entendimento das forças moleculares com aplicações estratégicas nas ciências farmacêuticas e médicas, afirma sua posição como referência na interseção das áreas em que atua. Em seu currículo Lattes, os termos mais frequentes na contextualização de sua produção são: interações eletrostáticas em e entre proteínas, Monte Carlo, Energia Livre, simulação computacional, Poisson-Boltzmann, forças fundamentais Biofísica, pH, Tanford-Kirkwood.Gerado pelo Sistema Interlattes CV-Resumé (Texto informado pelo autor)

  • http://lattes.cnpq.br/0740745836565262 (13/01/2026)
  • Rótulo/Grupo:
  • Bolsa CNPq: Nível C
  • Período de análise:
  • Endereço: Universidade de São Paulo, Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, Departamento de Ciências Biomoleculares. Av. Prof Zeferino Vaz, s/no - DCBM/FCFRP - Bloco A - sala 64D-A Monte Alegre 14040903 - Ribeirão Preto, SP - Brasil Telefone: (16) 33154219 Fax: (16) 33154880 URL da Homepage: https://barrosolab.fcfrp.usp.br
  • Grande área: Ciências Biológicas
  • Área: Biofísica
  • Citações: Google Acadêmico

Produção bibliográfica

Produção técnica

Produção artística

Orientações em andamento

Supervisões e orientações concluídas

Projetos de pesquisa

Prêmios e títulos

Participação em eventos

Organização de eventos

Lista de colaborações

Produção bibliográfica

Produção técnica

Produção artística

Orientações em andamento

Supervisões e orientações concluídas

Projetos de pesquisa

  • Total de projetos de pesquisa (51)
    1. 2025-Atual. Projeto individual - Interações fundamentais em Biofísica Molecular. Desenvolvendo e aplicando métodos de simulação moleculares
      Descrição: Bolsa de produtividade CNPq - Proc. 307461/2025-4 - Modalidade/Nível: PQ-C. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador. Número de produções C, T & A: 1 / Número de orientações: 1
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    2. 2024-2024. Vinda de professor visitante do exterior - Edital Capes/USP PrInt 2023
      Descrição: Vinda da Profa. Catherine Etchebest (Univ. Paris Cite). Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Catherine Etchebest - Integrante / Ilyas Grandguillaume - Integrante.
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    3. 2023-Atual. Projeto em colaboração Brasil e Coréia:Produção de anticorpos monoclonais contra antígenos dos vírus da Dengue, Zika e Chikungunya para o desenvolvimento de kits de diagnóstico multiplex
      Descrição: Chamada Pública MCTI/CNPq/NRF 13/2023 (Proc. 441007/2023-6). Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Integrante / Marco Cesar Cunegundes Guimarães - Coordenador / Rafaela Spessemille Valotto - Integrante / Fabiana Vasconcelos Campos - Integrante / Hee jung Choi - Integrante / Jae yong Han - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Cooperação.
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    4. 2022-Atual. Projeto individual - Biomolecular interactions
      Descrição: Biomolecular interactions have been core pillars of our research. We are involved in developing and applying new computational technologies and offering a rational computational-based approach to the study of protein systems and the discovery of novel therapeutic agents (e.g. antibodies), biomarkers, and proteins for specific applications including key disease-related protein mechanisms.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador. Financiador(es): Open Science Pool - Outra. Número de produções C, T & A: 2
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    5. 2021-2025. Projeto individual - Interações fundamentais em Biofísica Molecular. Desenvolvendo e aplicando métodos de simulação molecular a pH constante em sistemas biomoleculares relacionados com doenças infecciosas
      Descrição: Produtividade CNPq - Proc. CNPq 305393/2020-0. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Número de produções C, T & A: 11
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    6. 2021-2021. Projeto internacional em colaboração (Prof. Visitante): Electrostatic interactions of flaviviruses
      Descrição: Projeto com recursos financeiros da Universidade de Paris. Anfitriã: Profa. Catherine Etchebest. Realizado no formato online em função da pandemia.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Sergio Alejandro Poveda Cuevas - Integrante / ETCHEBEST, CATHERINE - Integrante / Ilyas Grandguillaume - Integrante. Financiador(es): Universidad de Paris - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 3
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    7. 2021-Atual. Projeto internacional individual: "Electrostatic interactions in molecular biosystems: Applying constant-pH simulation schemes"
      Descrição: Proj C210400511 - EUSMI - European Soft Matter Infrastructure. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador. Financiador(es): European Soft Matter Infrastructure - Outra.
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    8. 2020-Atual. Projeto Fapesp - Desenvolvendo e aplicando métodos de simulação computacional para melhorar a compreensão molecular para a engenharia de biomateriais funcionalizados
      Descrição: Acordos de cooperação FAPESP-ANR - Projeto de pesquisa regular Fapesp (Proc. Fapesp 2020/07158-2). Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Catherine Etchebest - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 2 / Número de orientações: 1
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    9. 2020-Atual. Orientação: Desenvolvimento in Silico de Anticorpos para Inibição de Proteínas do SARS-CoV-2
      Descrição: Projeto de iniciação científica - Estudante Carolina Giron - Proc FCFRP/Cpq 2020-1732. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Aatto Laaksonen - Integrante / CORRÊA GIRON, CAROLINA - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Número de produções C, T & A: 3
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    10. 2019-2019. Auxílio vinda de Pesquisador Visitante: Structural Bioinformatics training with a special focus on computationally mapping physical chemical properties of viral proteins
      Descrição: Editais Prlnt 2019/PVE - Convidada: Profa. Catherine Etchebest (USPC/França) Programa 33002010188P9 - BIOIN FORMATICA Processo Capes 88887.370314/2019-00. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Catherine Etchebest - Integrante / POVEDA CUEVAS, SERGIO ALEJANDRO - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 1
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    11. 2019-2019. Auxílio vinda de Pesquisador Visitante: Modeling food protein interactions
      Descrição: Edital CAPES-PROAP PRPG 04/2019 - Programa Bioinformática/USP Pesquisador visitante: Prof. Erik Santiso (NCSU). Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Lariani Aparecida Delboni - Integrante / Erik E. Santiso - Integrante / POVEDA CUEVAS, SERGIO ALEJANDRO - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    12. 2019-Atual. Projeto em colaboração internacional: USP-UP International Laboratory in Structural Bioinformatics
      Descrição: PROGRAMME DE CHAIRES FRANCO-BRESILIENNES DES UNIVERSITES DE L?ETAT DE SÃO PAULO. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Catherine Etchebest - Integrante. Número de produções C, T & A: 2
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    13. 2019-Atual. Projeto internacional em colaboração (Prof. Visitante): Developing new computational methods to study macromolecular assemblies and design rational applications
      Descrição: Edital 1146 / 2019 ? Incentivo à Promoção da Internacionalização no Ambiente USP Mobilidade Santander Docente - Anfitrião: Prof. Themis Lazaridis (City College of New York, EUA). Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Themis Lazaridis - Integrante. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro.
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    14. 2019-Atual. Projeto em colaboração internacional: Chaires Franco-Brésiliennes des Universités de l?Etat de São Paulo
      Descrição: Madame Catherine Etchebest, de l?Université de Paris, accueillie à la Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP) de l?USP par Prof. Dr. Fernando Luis Barroso da Silva. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Catherine Etchebest - Integrante / POVEDA CUEVAS, SERGIO ALEJANDRO - Integrante.
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    15. 2018-2021. Projeto individual - Interações fundamentais em Biofísica Molecular. Desenvolvendo e aplicando métodos de simulação molecular a pH constante em sistemas biomoleculares de relevância prática
      Descrição: Produtividade CNPq - Proc. CNPq 310791/2017-0. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    16. 2018-2019. Projeto internacional em colaboração (Prof. Visitante): Development of RNA-­protein coarse-­grained models
      Descrição: Projeto de pesquisa em colaboração com o Prof. Philippe Derreumaux, do Laboratório de Bioquímica Teórica, do IBPC/França. Recursos do programa ?Initiative d?Excellence? do governo francês (Grant ?DYNAMO? ANR-11-LABX-0011-01). Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / DERREUMAUX, PHILIPPE - Integrante / Fabio Sterpone - Integrante.
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    17. 2017-2018. Projeto internacional em colaboração (Prof. Visitante): Electrostatic interactions properly at a coarse-­‐grained level for standard and amyloid proteins
      Descrição: Projeto de pesquisa em colaboração com o Prof. Philippe Derreumaux, do Institut de Biologie Physico-Chimique (IBPC) - Recursos do programa ?Initiative d?Excellence? do governo francês (Grant ?DYNAMO? ANR-11-LABX-0011-01). Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Philippe Derreumaux - Integrante / Fabio Sterpone - Integrante.
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    18. 2017-Atual. Projeto em colaboração internacional: Pedagogical activities to promote top-end science in Structural Bioinformatics: Toward a joint international master program in structural bioinformatics
      Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Samuela Pasquali - Integrante / Catherine Etchenest - Integrante.
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    19. 2017-Atual. Projeto em colaboração internacional: Building up an international laboratory in Structural Bioinformatics: Developing and applying constant-pH methods in biomolecular systems
      Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Samuela Pasquali - Integrante / Catherine Etchebest - Integrante. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Cooperação.
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    20. 2016-2019. Projeto individual - Mecanismos moleculares de origem eletrostática responsáveis pela complexação de proteínas
      Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    21. 2016-2018. Projeto em colaboração internacional: Understanding CaPP Deposition Disease (Pseudogout); Molecular Modeling & Simulation
      Descrição: Projeto de pesquisa em colaboração. Coordenadores (PIs): Fernando Luís Barroso da Silva (FCFRP/USP), Erik E. Santiso (NCSU/EUA) e Richard Sears (Surrey/Inglaterra) 2015 UGPN Research Collaboration Fund. Julho/2016 a Junho/2018. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (4) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Erik E. Santiso - Integrante / Keith E. Gubbins - Integrante / richard Sears - Integrante. Financiador(es): The University Global Partnership Network - Cooperação.
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    22. 2016-2017. Projeto em colaboração internacional: Cátedra franco-brasileira Levi-Strauss "Building-up an international laboratory in Structural Bioinformatics"
      Descrição: Processo USP 16.1.481.1.4. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Catherine Etchebest - Integrante. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Cooperação.
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    23. 2016-2016. Projeto internacional em colaboração (Prof. Visitante): Development of fast constant-pH simulation methods for application in food and pharma
      Descrição: Colaboração com os Profs. Dr. Vladmir Lobaskin e Donal MacKernan [Recursos CECAM-IR e UCD Seed Funding program].. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Donal MacKernan - Integrante / Vladmir Lobaskin - Integrante. Financiador(es): University College Dublin - Auxílio financeiro.
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    24. 2016-Atual. Projetos em colaboração internacional: Large-scale bio and materials modeling across spatial and temporal scales
      Descrição: SNIC 2015/10-6 SNIC 2017/11-14 SNIC 2018/1-25 SNIC 2019/1-32 SNIC 2020/14-38 SNIC 2021/3-6 SNIC 2022/5-601 Vários projeto coordenados pelo Prof. Aatto Laaksonen (PI), submetidos anualmente. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Integrante / Aatto Laaksonen - Coordenador / Francesca Mocci - Integrante / Andrei Neamtu - Integrante. Financiador(es): Swedish National Infrastructure for Computing - Outra.
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    25. 2015-2015. Auxílio vinda de Pesquisador Visitante: Hofmeister Challenges in Protein Science: A biomimetic approach
      Descrição: Programas Regulares / Auxílios a Pesquisa / Vinda de Pesquisador Visitante / Visitante do Exterior (Beneficiado Prof. Dr. Mathias Boström) - Vigência de abril a junho/15 Proc. Fapesp 2014/23394-7. Situação: Desativado; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Mathias Bostrom - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    26. 2015-Atual. Projeto em colaboração internacional: Toward a faithful description of biomolecules: Integrating electrostatics and ions in RNA and protein coarse-grained models and applications to RNA/protein regulatory complexes
      Descrição: ?Vers une description réaliste de biomolécules :Intégration de l?électrostatique et des ions dans des modèles gros ?grains pour les ARN et les protéines et applications à des complexes régulateurs ARN/protéines? - Projeto de pesquisa em colaboração. Coordenadores (PIs):Philippe Derreumaux (Université Paris Diderot/França), Samuela Pasquali (Université Paris Diderot/França) e Fernando Luís Barroso da Silva (FCFRP/USP). Colaboradores: Aatto Laaksonen (SU/Suécia) Ministério da pesquisa francesa ? Edital Sorbonne Paris Cité 2015. [http://www.sorbonne-paris-cite.fr/index.php/fr/component/simpledownload/?task=download&fileid=IDIwMTQwOTEwLXLDqXN1bHRhdHNfYWFwX2JyZXNpbC5wZGY%3D]. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Integrante / Samuela Pasquali - Integrante / Philippe Derreumaux - Coordenador. Financiador(es): Universidade Sorbonne Paris Cité - Cooperação.
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    27. 2013-2014. Projeto em colaboração internacional: Interações fundamentais em sistemas biomoleculares: Físico-química e biofísica teórica básica conduzindo aplicações em nanobiotecnologia
      Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Integrante / BOSTRÖM, MATHIAS - Integrante / PERSSON, CLAS - Integrante / Torbjörn Åkesson - Coordenador / Magnus Ullner - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa.
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    28. 2013-2014. Projeto em colaboração internacional: Exploring protein-nanoparticle Interactions by combining methods from theoretical physics, materials science, and protein chemistry
      Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Clas Persson - Integrante / Mathias Bostrom - Integrante. Financiador(es): Stiftelsen for internationalisering av hogre utbildning och forskning - Auxílio financeiro.
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    29. 2013-2014. Projeto em colaboração internacional: Developing predictive mesoscale models for peptoids and their interactions
      Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Erik E. Santiso - Integrante / Keith E. Gubbins - Integrante. Financiador(es): The University Global Partnership Network - Auxílio financeiro.
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    30. 2010-2014. Projeto Individural - Mecanismos moleculares responsáveis pela complexação de proteínas. De interações fundamentais em Biofísica Estrutural às aplicações de interesse farmacêutico e biotecnológico - Produtividade em Pesquisa CNPq [Proc. 302716/2009-2
      Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    31. 2009-2009. Auxílio vinda de Professor Visitante: Molecularly realistic modeling of pectin-milk protein complexes [CCInt/USP:2009.1.428.60.4]
      Descrição: Atividades didáticas e de pesquisa com o Prof. Dr. Renko de Vries, da Universidade de Wageningen, Holanda (Of. ACI CCInt 034/2009 - Processo 2009.1.428.60.4).. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Renko de Vries - Integrante. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro.
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    32. 2008-2013. Projeto Individual - Mecanismos moleculares fundamentais responsáveis pela complexação de proteínas. De parâmetros físico-químicos às aplicações em tecnologia de alimentos e farmacêutica [Proc. Fapesp 2010/50425-0]
      Descrição: As interações eletrostáticas em e entre biomoléculas desempenham um importante papel no entendimento e no controle do comportamento de proteínas e de misturas de biopolímeros, incluindo vários sistemas de considerável relevância, tanto nas ciências da vida, como em (bio)tecnologia. Nesta proposta, pretendemos estudar (a) o efeito do mecanismo da regulação de cargas no aumento das demais interações eletrostáticas responsáveis pela complexação de proteínas, (b) aspectos eletrostáticos da interação proteína?polieletrólitos (e.g. interação caseína-pectina) e proteína-proteína (e.g. β-LG-β-LG). Nossa ferramenta básica de trabalho será a Mecânica Estatística (simulações moleculares), complementada com investigações em colaboração com grupos experimentais. O principal resultado final será a energia livre das interações (e suas derivadas). A modelagem dos sistemas será baseada em modelos contínuos anteriormente desenvolvidos por nós, cujas Hamiltonianas efetivas serão solucionadas por simulações com o método Monte Carlo em conjunto com técnicas de perturbação termodinâmicas e algoritmos que serão desenvolvidos para facilitar a amostragem do espaço de fases. Pretende-se também revisar aspectos metodológicos, aprimorar e desenvolver novas ferramentas computacionais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (2) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Lariani Aparecida Delboni - Integrante / Mikael Lund - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 4
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    33. 2008-2010. Projeto Individual - Mecanismos moleculares fundamentais responsáveis pela complexação de proteínas. De parâmetros físico-químicos às aplicações em tecnologia de alimentos e farmacêutica [Proc. Fapesp 2010/50425-0]
      Descrição: As interações eletrostáticas em e entre biomoléculas desempenham um importante papel no entendimento e no controle do comportamento de proteínas e de misturas de biopolímeros, incluindo vários sistemas de considerável relevância, tanto nas ciências da vida, como em (bio)tecnologia. Nesta proposta, pretendemos estudar (a) o efeito do mecanismo da regulação de cargas no aumento das demais interações eletrostáticas responsáveis pela complexação de proteínas, (b) aspectos eletrostáticos da interação proteína?polieletrólitos (e.g. interação caseína-pectina) e proteína-proteína (e.g. β-LG-β-LG). Nossa ferramenta básica de trabalho será a Mecânica Estatística (simulações moleculares), complementada com investigações em colaboração com grupos experimentais. O principal resultado final será a energia livre das interações (e suas derivadas). A modelagem dos sistemas será baseada em modelos contínuos anteriormente desenvolvidos por nós, cujas Hamiltonianas efetivas serão solucionadas por simulações com o método Monte Carlo em conjunto com técnicas de perturbação termodinâmicas e algoritmos que serão desenvolvidos para facilitar a amostragem do espaço de fases. Pretende-se também revisar aspectos metodológicos, aprimorar e desenvolver novas ferramentas computacionais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (2) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Lariani Aparecida Delboni - Integrante / Mikael Lund - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 4
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    34. 2008-Atual. Projeto em colaboracao - ANÁLISE DO EMPREGO DO MÉTODO DA ABP EM DISCIPLINAS DE FÍSICO-QUÍMICA DO CURSO DE FARMÁCIA-BIOQUÍMICA
      Descrição: Aplicar e avaliar o uso do método Aprendizagem Baseada em Problemas na disciplina de Físico Química de Polímeros e Sistemas Dispersos no curso de graduação em Farmácia-Bioquímica. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Integrante / Márcia Mendes Ruiz Cantano - Coordenador.
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    35. 2007-2010. Projeto Individural - Interacoes fundamentais em Biofisica Estrutural - Produtividade em Pesquisa CNPq [Proc. 301297/2006-1]
      Descrição: A motivação central deste projeto é o entendimento físico das interações fundamentais para a formação dos complexos moleculares.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador.
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    36. 2006-2007. Orientação - Estudo por Mecânica Estatística de Interações Fundamentais na Formação de Complexos Moleculares. Contribuições das Forças de Longo Alcance e Flexibilidade nos Complexos Tripsina-BPTI, Trombina-Hirudina e AChE-Fármacos(Proj. Fapesp 06/55573-1)
      Descrição: Estudos teóricos dos mecanismos moleculares responsáveis pela formação e estabilidade de complexos moleculares vêm ganhando relevância pelas possibilidades práticas que oferecem ao desenho racional de fármacos e tecnologia farmacêutica. Para muitos sistemas, acredita-se que as interações eletrostáticas sejam as principais responsáveis pela formação destes complexos. Porém, em outros, as interações de curto alcance ganham igual ou maior destaque. Neste projeto, nossa ênfase é no entendimento físico das interações fundamentais para a formação dos complexos moleculares. Propomos a obtenção de derivadas da energia livre, através de simulações Monte Carlo, para complexos moleculares. Complexos anteriormente estudados (trombina-hirudina e tripsina-bpti) serão revistos, incorporando-se agora efeitos de flexibilidade molecular, visando uma melhor caracterização dos mecanismos moleculares. Testes com diferentes estruturas cristalográficas disponíveis e uma análise completa dos pKa farão parte de nosso trabalho. Nossa abordagem seguirá a do dielétrico contínuo (nível de modelagem de McMillan-Mayer), em conjunto com o "modelo da célula". Cálculos auxiliares baseados em soluções numéricas da Equação de Poisson-Boltzmann serão efetuados, permitindo-se assim também verificar questões metodológicas e oferecer à estudante maiores ferramentas de trabalho nesta área, completando as atividades desenvolvidas pela mesma em projeto anterior.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Lariani Aparecida Delboni - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    37. 2006-2006. Projeto 1 (2006) - Pro-Reitoria de Pesquisas (Auxilio financeiro) [Proc. USP 2006.1.13025.1.2]
      Descrição: Visita técnica a Universidade de Lund e Universidade Técnica de Copenhague. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador.
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    38. 2005-2006. Orientacao - Estudo por Mecânica Estatística de Interações Fundamentais na Formação de Complexos Moleculares. Aplicação de métodos computacionais aos complexos Tripsina-BPTI, Trombina-Hirudina e Acetilcolinesterase-Fármaco [Pibic 109980/2005-0]
      Descrição: Estudos teóricos dos mecanismos moleculares responsáveis pela formação e estabilidade de complexos moleculares vêm ganhando relevância pelas possibilidades práticas que oferecem ao desenho racional de fármacos. Para muitos sistemas, acredita-se que as interações eletrostáticas sejam as principais responsáveis pela formação destes complexos, porém, em outros, as interações de curto alcance ganham maior destaque. Neste projeto, nossa ênfase é no entendimento físico das interações fundamentais para a formação dos complexos moleculares. Propomos a obtenção de derivadas da energia livre, através de simulações Monte Carlo, para complexos moleculares: (a) puramente eletrostáticas, e (b) combinando interações eletrostáticas com van der Waals. Por suas características físico-químicas diferentes, esta metodologia será aplicada a três tipos de complexos moleculares: (a) Proteína e ligante com cargas semelhantes (Tripsina-BPTI); (b) Proteína e ligante com cargas de sinais opostos (Trombina-Hirudina); e (c) Enzima ligada a fármaco [Acetilcolinesterase (AChE) ligada à Tacrina, Galantamina e Donezepil].. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Eliamar Francelino do Prado - Integrante / Lariani Aparecida Delboni - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    39. 2004-2010. Projeto Individual - STATISTICAL MECHANICAL STUDIES OF PROTEIN-POLYMER COMPLEXES [Auxilio Lunarc/Suecia]
      Descrição: The complexation between polyelectrolytes and proteins are extensively used in pharmaceutics, foods and cosmetics. The strength of the interaction is to a large extent regulated by electrostatic interactions. Solution ionic strength and pH are key parameters in these electrostatically driven processes. A theoretical model within the continuum dielectric framework has been devised and solved by Monte Carlo simulations. The protein is modeled in either atomic details or by a mesoscopical model. In both cases it is assumed to be a rigid body and allowed to titrate as a function of solution pH in the presence of the polymer. A flexible charged polymer (polyelectrolye or polyampholyte) is modeled as a chain of charged hard spheres connected by harmonic springs. The calculations provide a number of free energy derivatives. These approaches are applied to different protein complexes such as the ones formed with lysozyme, alpha-lactalbumin and beta-lactoglobulin. Theoretical analyzes based on the charge regulation theory are also used in order to complete the computational outcomes.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Torbjörn Åkesson - Integrante / Bo Jönsson - Integrante / Sidney Jurado de Carvalho - Integrante / Mikael Lund - Integrante. Financiador(es): Lunarc - Outra. Número de produções C, T & A: 2
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    40. 2004-2007. Orientacao - Estudo dos aspectos eletrostáticos da interação polieletrólito-macroion. Propriedades gerais e aplicação à formação de complexos moleculares: Calmodulina-Ca+2-polilisina e heparina-polilisina [Doutorado - Orientando: Sidney Jurado de Carvalho
      Descrição: Projeto de Doutoramento do estudante Sidney Jurado de Carvalho. Dentro desta proposta, pretendemos estender o estudo da interação ligante-biomolécula inicialmente focado em pequenos ligantes (p.ex. interação cálcio-proteínas da família da calmodulina), para sistemas mais complexos e de maior interesse biológico e prático, sempre mantendo ênfase no entendimento dos fundamentos físicos envolvidos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Sidney Jurado de Carvalho - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    41. 2004-2005. Orientacao - Estudo da estrutura e atividade de complexos moleculares: Taxol-Tubulina [IC - Orientando: Pedro A. da Silva Autreto (Proj. Fapesp 03/11984-0)]
      Descrição: O presente projeto tem por objetivo estudar os aspectos termodinâmicos e eletrostáticos da interação entre a enzima tubulina e vários inibidores análogos ao taxol, calculando diferenças na energia livre eletrostática entre os correspondentes complexos. Será verificado qual destes análogos pode ter maior atividade antimitotica em termos termodinâmicos. As energias livres eletrostáticas serão obtidas através de soluções numéricas da equação de Poisson-Boltzmann. A modelagem do sistema será feita se utilizando além dos campos de forças tradicionais, um campo de forças criado pelo método de equalização de carga e outro por meio de modelos quânticos semi-empíricos (apenas para os inibidores). Com isto, pretendemos investigar aspectos metodológicos, desenvolver um protocolo mais confiável para a obtenção destas energias livres, verificar sua capacidade preditiva para aplicações no planejamento racional de fármacos e identificar os resíduos na tubulina de maior importância para a formação dos complexos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Pedro Alves da Silva Autreto - Integrante / Luis Gustavo Dias - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    42. 2004-2005. Projeto 1 (2004) - Pro-Reitoria de Pesquisas (Auxilio financeiro) [Proc. USP 2004.1.32015.1.7]
      Descrição: Auxilio complementar da Pró-Reitoria de Pesquisa - Edição 2004. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro.
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    43. 2003-2006. Projeto Individural - Interacoes Eletrostaticas de Biomoleculas - Produtividade em Pesquisa CNPq [Proc. 3502264/2003-1]
      Descrição: Nossa meta central neste projeto é a compreensão dos fundamentos físico-químicos da estrutura e função de moléculas biológicas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (2) / Doutorado: (2) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    44. 2003-2005. PROCONTES - Projeto para obtenção de uma vaga de técnico de nível superior para o laboratório de pesquisa [Aprovado através do Of. CIRC. PRP-A-095/2003]
      Descrição: Solicitacao conjunta de um técnico de nivel superior dentro do ambito do programa PROCONTES da PRPq/USP para atender ao nosso laboratorio de pesquisa, ao Lab. de Cristalografia de proteinas (Dra. Cristina Nonato) e do Lab. de Toxinas de Animais (Profa. Dra. Eliane Candiani Braga). Foi contratado o Dr. Artur T. Cordeiro.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Integrante / Maria Cristina Nonato - Integrante / Eliane Candiani Arantes - Coordenador. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Outra.
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    45. 2003-2004. Orientacao - Efeito da influência do potencial eletrostático na aglutinação de eritrócitos falciformes e na diminuição da sua afinidade pelo oxigênio [IC - Orientando: Fabio V. Figueiredo (Proj. Fapesp 03/01545-9)]
      Descrição: O presente projeto tem por objetivo o estudo das alterações nos mapas de potencial eletrostático, tanto na superfície como ao redor da molécula de hemoglobina (Hb), resultantes da substituição do ácido glutâmico pela valina, e suas possíveis consequências na anemia falciforme. Será verificado se as mudanças nas propriedades eletrostáticas da Hb influenciam a formação do polímero ?hemácia falciforme-hemácia falciforme? (aglutinação de hemácias ocorrida na patologia) através da comparação de mapas eletrostáticos obtidos para diferentes estruturas mutantes da Hb disponíveis nos bancos de dados de proteínas. Também verificaremos o efeito destas mutações na afinidade do oxigênio pela Hb. Caso seja confirmado o caráter dominante das interações eletrostáticas nestes mecanismos moleculares, investigaremos possíveis ligantes carregados que poderiam ser adicionados à molécula de Hb para anular/reduzir o efeito aglutinador resultante da mutação genética. Os mapas eletrostáticos e as energias livres serão obtidos através de soluções numéricas da equação de Poisson-Bolzmann.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Fábio Vasconcelos Figueiredo - Integrante / Pedro Alves da Silva Autreto - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Número de produções C, T & A: 4
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    46. 2003-2004. Projeto 1 (2003) - Pro-Reitoria de Pesquisas (Auxilio financeiro) [Proc. USP 2003.1.4689.1.6]
      Descrição: Auxilio complementar a projeto de pesquisa - Edicao 2003. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro.
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    47. 2003-2004. Projeto 5 (2003) - "Biologia Computacional" (Proj. 5 da PRPq da USP - Edicao 2003/2004)
      Descrição: A demanda por novas ferramentas e abordagens para descrever, compreender e racionalmente manipular os eventos naturais é um fato intrínseco no progresso da Ciência e da Tecnologia. O desenvolvimento da computação e sua inserção na solução de problemas biológicos exemplificam esta tendência nos dias de hoje, com profundos impactos, positivos, em diversas áreas acadêmicas estabelecidas do saber [Biologia Molecular, (Bio)Química, Informática, (Bio)Física, etc.], e aplicadas, como na Saúde, e nas indústrias químicas, de alimentos e farmacêuticas. Na verdade, esta área emergente conhecida como ?Biologia Computacional? (ou Biocomputação) - uma espécie de fusão da Biologia (Molecular) com as Ciências da Computação - vêm exatamente de encontro às necessidades pós-Genoma, ajudando, dentre outras coisas, a resolver e armazenar as estruturas obtidas, e, principalmente, ajudando a ?decifrar? a função biológica das estruturas resultantes, quer para um maior entendimento dos mecanismos moleculares, quer auxiliando no planejamento de possíveis aplicações industriais, ou ainda, procurando compreender e controlar a fronteira entre a saúde e a doença. Embora de características fortemente multi-disciplinares, envolvendo um conjunto de áreas afins com as Ciências Farmacêuticas, a consolidação da Biologia Computacional como uma disciplina própria, e mesmo como uma independente área de pesquisa, representa um marco histórico recente (a primeira sociedade científica organizada para tratar do tema foi fundada em 1997 - http://www.iscb.org/history.shtml). Tradicionalmente, o espectro de atuação do pesquisador desta área, varia desde uma descrição matemática/estatística (intrinsecamente relacionando com o uso de banco de dados) a uma abordagem mais física, onde se procura a compreensão a nível atomístico dos sistemas biológicos. Assim, em termos práticos, obedecendo-se a este espectro de atuação, a Biocomputação pode ser sub-dividida em três áreas: Bioinformática, Modelagem de Proteinas. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Integrante / Maria Cristina Nonato - Integrante / Gustavo Henrique Goldmann - Coordenador. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro.
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    48. 2002-2004. Orientacao - Estudo por Mecânica Estatística de aspectos eletrostáticos da interação ligante-biomolécula [Mestrado - Orientando: Sidney Jurado de Carvalho (Proj. Fapesp - 01/12566-1)]
      Descrição: A interação entre ligantes e macromoléculas tem uma importância fundamental em uma variedade de processos bioquímicos. Modelos baseados em interações eletrostáticas vêm se mostrando bastante eficiêntes na descrição desses processos, bem como na concordância com resultados obtidos experimentalmente. Esses modelos são basicamente resolvidos de duas formas: Utilizando aproximações de campo médio, como a teoria de \textit{Poisson-Boltzmann} e sua forma linear, equivalente à teoria de \textit{Debye-Hückel}, ou através de simulações computacionais (p. ex. o método de \textit{Monte Carlo}), onde o efeito de correlação iônica pode ser explicitamente considerado. Entretanto, alguns aspectos metodológicos carecem de análises mais sistemáticas, como a arbitrariedade na escolha dos campos de força para modelagem das cargas atômicas situadas nas macromoléculas. Portanto, propomos nesse trabalho, investigar aspectos metodológicos para as abordagens teóricas do estudo dos aspectos eletrostáticos da interação ligante-biomolécula, e a aplicação destas ferramentas para sistemas de interesse biofísico, como as proteínas da família da \textit{Calmodulina} que tem o cálcio como ligante.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Sidney Jurado de Carvalho - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Número de produções C, T & A: 6
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    49. 2002-2003. Projeto 1 (2002) - Pro-Reitoria de Pesquisas (Auxilio Financeiro) [Proc. USP 2002.1.3043.1.4]
      Descrição: Auxilio complementar a projetos de pesquisa. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro.
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    50. 2001-2008. Projeto Jovem Pesquisador Fapesp - Interacoes Eletrostaticas em biomoleculas [Proc. Fapesp 01/03363-0]
      Descrição: Interações eletrostáticas em biomoléculas é o tema comum deste projeto. Mais especificamente, nós pretendemos estudar: o efeito de força iônica e do equilíbrio ácido-base na estabilidade, estrutura e função da calbindina D9K e da hemoglobina. aspectos eletrostáticos da interação proteína-peptídeo (e.g. interação calmodulina-peptídeo). Nossa ferramenta básica de trabalho será a Mecânica Estatística (simulações moleculares), complementada com investigações em colaboração com grupos experimentais. Programas de simulação numérica para este propósito vêm sendo desenvolvidos por nós durante os últimos dez anos, permitindo que os refinamentos necessários para esta proposta sejam possíveis. Simulações de proteínas considerando explicitamente todos os átomos do sistema tornaram-se bastante populares na década de 80, ajudando a decifrar mecanismos moleculares. Vários pacotes de dinâmica molecular foram construídos (ex. GROMOS, AMBER, CHARMm). Porém, embora exista um grande potencial para esta abordagem (nível de Born-Oppenheimer), ela sofre da falta de campos de força confiáveis e alguns problemas técnicos, como a truncagem das interações de longo-alcance. Uma estratégia mais promissora é tratar o sistema em um nível mais grosseiro, conhecido como ?modelo primitivo?. Porém, ao invés de adotar a aproximação de campo médio, como feito nas abordagens por Poisson-Boltzmann, esta Hamiltoniana efetiva do sistema deve ser solucionada através do emprego de simulações Monte Carlo Metropolis. Isto é o que propomos aqui. O uso da aproximação do dielétrico contínuo para descrever a solução aquosa, como proposto no modelo primitivo, provou ser extremamente eficaz em ciência coloidal e também em contexto biológico, p. ex. a abordagem de Tanford-Kirkwood para descrever interações eletrostáticas em proteínas. Estratégias semelhantes podem ser hoje aplicadas de maneira ainda muito mais refinada e precisa, graças a performance dos computadores modernos, como demonstrado em n. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Sidney Jurado de Carvalho - Integrante / Marcio Francisco Colombo - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 46
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.
    51. 2000-2001. Projeto individual - Estrutura e Dinâmica de Sistemas com Biomoléculas [Recem-Doutor - Proj. CNPq 301090/99-8 (NV)]
      Descrição: Recém-Doutor - Nucleação do Grupo de Física de Biomoléculas, Faculdade de Ciências, Unesp/Bauru. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fernando Luis Barroso da Silva - Coordenador / Renato Carlos Tonin Ghiotto - Integrante / Sidney Jurado de Carvalho - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Número de produções C, T & A: 16
      Membro: Fernando Luis Barroso da Silva.

Prêmios e títulos

  • Total de prêmios e títulos (0)

    Participação em eventos

    • Total de participação em eventos (169)
      1. 14th International Symposium on Polyelectrolytes [autor/organizador/ouvinte].Coacervation and Binding Affinity of Poly(glutamate)-Monoclonal Antibody Complexes: Insights from Experiments and Theoretical Modeling. 2025. (Simpósio).
      2. 2025 EMBO/FEBS Lecture Course Physical Virology: across length scales.From Validation To Prediction: A Biophysical Tool For Mapping SARS-CoV-2 Variant Evolution. 2025. (Simpósio).
      3. 54th Annual Meeting of the Brazilian Society of Biochemistry and Molecular Biology (S Sbbq). EXPLORING SARS-COV-2 AT THE MOLECULAR LEVEL: COMPUTATIONAL ADVANCES FOR UNDERSTANDING PATHOLOGY, VIRAL EVOLUTION, AND DESIGNING THERAPEUTIC BINDERS. 2025. (Congresso).
      4. School on Biological Physics and Biomolecular Simulations in the Machine Learning Era [palpalestrante/organizador/participante/.Curso: Constant-pH Methods in Biomolecular Simulations: Integrating Physics, Machine Learning, and Applications. 2025. (Outra).
      5. Symposium on Protein Design and Engineering: from Artificial Intelligence to High-Throughput Experimentation.Combining physical-based simulation methods and machine learning approaches for antibody engineering. 2025. (Simpósio).
      6. XVI Curso de Verão em Bioinformática - USP, 2025 [ouvinte/autor].Bioinformática Estrutural: Dos Aspectos Físicos ao AlphaFold e à Identificação de Alvos Vacinais. 2025. (Outra).
      7. XXIV Curso de Verão: "Genoma, Proteoma e Universo Celular" [ouvinte/autor].Bioinformática Estrutural na saúde: de interações biomoleculares a virologia computacional e medicina molecular. 2025. (Outra).
      8. ANR-CE06 AAPG 2019; 2020 and 2021 [ouvinte/autor].EMULATE Developing, Validating and applying computer simulation methods to Enhance the MolecULAr undersTandIng and To Engineer functionalized biomaterials. 2024. (Encontro).
      9. Gordon Research Conference on Antibody Biology and Engineering [ouvinte/autor]. Computational Approaches, Pitfalls, and Strategies Towards an Optimal Monoclonal Antibody with Enhanced Binding Affinity. 2024. (Congresso).
      10. Keystone meeting on Antibodies as Drugs: The Art in Antibody Engineering [ouvinte/autor]. Computational Insights and New Strategies for Advanced Antibody Engineering. 2024. (Congresso).
      11. MOLECULAR MODELLING OF CHARGED (BIO)MACROMOLECULAR SYSTEMS WORKSHOP [ouvinte/autor].Advances in protein electrostatics and computational modeling of viruses and antibody development. 2024. (Simpósio).
      12. Rapidly Addressing Gaps and Solutions in AI Education for Bioprocessing and Smart Manufacturing in Biotech (RAGSAB) [ouvinte/autor].Combining physical-based simulation methods and machine learning approaches for antibody engineering. 2024. (Encontro).
      13. V Congreso Internacional de la Sociedade Peruana de Bioinformática y y Biologia Computacional [ouvinte/autor]. Developing and applying bioinformatic methods with a biophysical approach: from food, biomaterials to virus and antibody design ? v.3.0. 2024. (Congresso).
      14. 13th International symposium on polyelectrolytes [ouvinte/autor].Computational simulation studies of macromolecular complexes driven by peculiar electrostatic interactions. 2023. (Simpósio).
      15. Graduate Schools Translational Bioinformatics [ouvinte/autor].From Protein Electrostatics to the Computational Modeling of Viruses and Antibody Design. 2023. (Oficina).
      16. Mercosur Symposium on Physical and Computational Virology, MVD 2023 [ouvinte/autor].Advances in Protein Electrostatics and Computational Modeling of Viruses and Antibody Development. 2023. (Simpósio).
      17. XXII Workshop do Programa Interunidades de Pós-Graduação em Bioinformática.Bioinformática Estrutural aplicada ao desenvolvimento otimizado de anticorpos e identificação de alvos vacinais. 2023. (Simpósio).
      18. ?Vaccine Research & Development" [ouvinte]. 2022. (Seminário).
      19. #RSCPoster Twitter Conference [ouvinte/autor]. Differences between SARS-CoV-2 RBD and the variants in their ability to interact with ACE2 and monoclonal antibodies. 2022. (Congresso).
      20. 2022 UGPN Annual Conference [ouvinte]. 2022. (Congresso).
      21. 4th NovAliX Virtual Conference ? Biophysics in Drug Discovery ? Developing the Synergy between Biophysics and Medicinal Chemistry to Deliver Better Drugs [Ouvinte]. 2022. (Simpósio).
      22. BPS Virtual Networking Event: Building Bridges in Computational Biophysics [ouvinte]. 2022. (Encontro).
      23. EIROforum conference: Grand challenges in AI and data science [ouvinte]. 2022. (Seminário).
      24. Frontiers in Computational Chemistry [ouvinte]. 2022. (Simpósio).
      25. HTCondor Week 2022 [ouvinte]. 2022. (Simpósio).
      26. IV International course on theoretical and applied aspects of system biology 2022 [ouvinte]. 2022. (Outra).
      27. Physics meets biology [ouvinte]. 2022. (Simpósio).
      28. VII CONEPE ? Congresso de Ensino Pesquisa e Extensão [Avaliador]. 2022. (Congresso).
      29. 20th IUPAB Congress, 45th Annual Meeting of SBBf and 50th Annual Meeting of SBBq [autor/ouvinte]. Molecular aspects of the SARS-CoV-2 variants and their virulence. 2021. (Congresso).
      30. 2nd Edition of Global Biotechnology Conference [palestrante convidado]. Developing and applying fast constant pH methods in biological systems: From biomaterials to virus. 2021. (Congresso).
      31. 3er Congreso Internacional de Biotecnología - Bolivia Innova [palestrante convidado]. Developing and applying bioinformatic methods with a biophysical approach: from food, biomaterials to virus and antibody design. 2021. (Congresso).
      32. 6º Congresso de Graduação da USP [ouvinte]. 2021. (Congresso).
      33. e Australia-Europe Symposium on Research Infrastructures [Ouvinte]. 2021. (Simpósio).
      34. eSSENCE-EMMC e-Meeting on "Multiscale modelling of materials and molecules - physics-based and data-driven" [ouvinte]. 2021. (Simpósio).
      35. Latin America-Europe Symposium on Research Infrastructures [ouvinte]. 2021. (Simpósio).
      36. Simpósio MedicalMath 2021 [ouvinte/autor].Bioinformática estrutural para o desenho de anticorpos e peptídeos para vacinas. 2021. (Simpósio).
      37. Simulation of open systems in Chemistry, Pharma, Food Science and Immuno-diagnostics: Rare-event methods at constant chemical potentials including constant pH - an E-CAM Industry Scoping Work [organizador/ouvinte]. 2021. (Simpósio).
      38. Strengthening Structural Biology In Latin America [ouvinte]. 2021. (Oficina).
      39. Structural Biology Symposium 2021 [ouvinte]. 2021. (Simpósio).
      40. The Materials and Molecular Modelling Hub++ Annual Conference 2021 [ouvinte]. 2021. (Congresso).
      41. UGPN Virtual Conference 2021 [ouvinte]. 2021. (Congresso).
      42. XXVI Congreso Latinoamericano de Estudiantes de Ingeniería Química y Carreras Afines [Palestrante convidado]. 1. Desarrollo y Aplicación de Métodos Bioinformáticos con Enfoque Biofísico: Desde Alimentos y Biomateriales hasta el Diseño de Anticuerpos Virales. 2021. (Congresso).
      43. Analysis of viral proteins, monoclonal antibodies and their interactions with light scattering [ouvinte]. 2020. (Seminário).
      44. APS & ICTP-SAIFR Young Physicists Forum on Biological Physics: from Molecular to Macroscopic Scale (Bio2020) [palpalestrante/organizador/participante/.Curso: Peculiar electrostatic mechanisms observed in biomolecular systems and constant-pH simulations. 2020. (Outra).
      45. COVID-19 Conversations [ouvinte]. 2020. (Seminário).
      46. COVID19 DTE webinar [palestrante convidado/participante].Palestra convidada: Developing and applying fast constant-pH simulation methods to understand and develop new binders to SARS-CoV-2. 2020. (Seminário).
      47. COVID 19 Vaccines: The realities of the next steps [ouvinte]. 2020. (Simpósio).
      48. eSSENCE-EMMC e-Meeting 2020 on "Multiscale modelling of materials and molecules - in complex systems". 2020. (Simpósio).
      49. I Congresso Digital de Nanobiotecnologia e Bioengenharia [ouvinte]. 2020. (Congresso).
      50. INTEGRABIOTEC 2.0 [palestrante convidado].Abordagens inovativas em Bioinformática Estrutural: do entendimento de mecanismos a aplicações. 2020. (Outra).
      51. I Simpósio de Emergências Respiratórias [palestrante convidado/ouvinte].Aspectos moleculares da COVID-19. 2020. (Simpósio).
      52. LINXS Science Day [ouvinte]. 2020. (Simpósio).
      53. PBL Week 2021 (PANPBL Association) [ouvinte]. 2020. (Simpósio).
      54. Research Collaboration and Networking during COVID19 [ouvinte]. 2020. (Seminário).
      55. V CONEPE ? Congresso de Ensino Pesquisa e Extensão [Avaliador]. 2020. (Congresso).
      56. 10 ANOS DO IVEPESP CONQUISTAS E DESAFIOS DA EDUCAÇÃO,PESQUISA,CIÊNCIA, TECNOLOGIA E INOVAÇÃO. 2019. (Simpósio).
      57. 5º Congresso de Graduação da USP [ouvinte]. 2019. (Congresso).
      58. 8th International Conference on Bioengineering and Nanotechnology [autor/participante]. On the Identification of Interactive Amino Acids for Antibody Design in Flavivirus By Electrostatic Methods. 2019. (Congresso).
      59. Colloquium ?Molecular Theory and Simulation Series [ouvinte/autor]. Reviewing the peculiar physical phenomena in pH-dependent biomolecular interactions. 2019. (Congresso).
      60. Meet-U 2019 [ouvinte]. 2019. (Simpósio).
      61. XII CIFARP [ouvinte/organizador/avaliador]. 2019. (Congresso).
      62. 47a Reunião Anual da SBBq [autor/participante]. A FAST CONSTANT-PH MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION FOR THE COARSE-GRAINED HIRE-RNA MODEL. 2018. (Congresso).
      63. 4o. Congresso de graduação da Universidade de São Paulo [participante. 2018. (Encontro).
      64. Colloquium ?Molecular Theory and Simulation Series. Developing and applying fast constant pH methods in biological systems: From biomaterials to virus. 2018. (Congresso).
      65. Molecular simulation serie, NCSU [palestrante convidado/participante].Developing and applying fast constant pH methods in Biological systems: from biomaterials to virus. 2018. (Seminário).
      66. Regulatory & Non-Coding RNA?s Meeting [autor/participante]. Developing and applying fast constant-pH simulation methods for RNA systems?From pKa benchmarks to protein-RNA interactions. 2018. (Congresso).
      67. RIO ISSB 2018 - Rio International School of Structural Biology [autor convidado].Simulations at constant pH: theory meets experiments. 2018. (Outra).
      68. Workshop of South American PIs in Molecular Simulations [autor convidado].Developing and applying fast constant pH methods in biological systems. 2018. (Encontro).
      69. Workshop Precisamos de mais bioinformática, FCFRP [palestrante].?Bioinformática estrutural: de físico-química a biomateriais e vírus?. 2018. (Encontro).
      70. 3o. Congresso de graduação da Universidade de São Paulo [autor/participante]. Aspectos práticos do uso do Método da ABP na disciplina de Físico-Química de polímeros e sistemas dispersos do Curso de Farmácia-Bioquímica. 2017. (Congresso).
      71. 46a Reunião Anual da SBBq [autor/participante]. Fast Coarse-grained Model for RNA Titration. 2017. (Congresso).
      72. Festival des idées Paris à São Paulo - L?AMOUR DU RISQUE ET LA RECHERCHE ? [autor convidado/participante].La biologie-informatique à l?épreuve du risque ?. 2017. (Outra).
      73. Palestra convidada "Electrostatic interactions in and between biomolecules: Developing and applying fast constant pH Methods in Biological systems"."Electrostatic interactions in and between biomolecules: Developing and applying fast constant pH Methods in Biological systems". 2017. (Seminário).
      74. Palestra convidada no Curso de Verão em Bioinformática.Bioinformática Estrutural: Aspectos físico-químicos, computacionais e seus desafios. 2017. (Outra).
      75. School on Biological Soft Matter: from molecular interactions to engineered materials [palestrante/ouvinte/organizador/avaliador].Peculiar electrostatic mechanisms observed in biomolecular systems. 2017. (Outra).
      76. Symposium on Molecular Theory and Modeling [Auror/participante].Protein-RNA complexation driven by the charge regulation mechanism. 2017. (Simpósio).
      77. CECAM workshop ?Controlling Food Protein Folding and Aggregation: Challenges and Perspectives in Industry, Experiments and Simulation.Simplified models to rationalize complex protein interactions in food and pharma. 2016. (Simpósio).
      78. III CCES WORKSHOP & SAIMS OF THE CENTER FOR COMPUTATIONAL ENGINEERING & SCIENCES [autor convidado].ELECTROSTATIC INTERACTIONS IN AND BETWEEN BIOMOLECULES: DEVELOPING AND APPLYING FAST CONSTANT PH METHODS IN BIOLOGICAL SYSTEMS. 2016. (Oficina).
      79. III Workshop On the application of Statistical Mechanics in Nanobiotechnology [organizador/ouvinte]. 2016. (Oficina).
      80. 2015 UGPN Conference - Innovation in Sustainable Research Collaboration and Scientific Exchange, North Carolina State University, Raleigh, NC, EUA [ouvinte/palestrante /missão USP].Molecular interactions and nanobiological applications for novel drug andfunctionalized material developments. 2015. (Simpósio).
      81. 2nd. Workshop of Biophysics in Chile [autor convidado/ouvinte].Protein complexation driven by electrostatic interactions. 2015. (Simpósio).
      82. Curso de Verão em Bioinformática [autor convidado/ouvinte].Bioinformática Estrutural: Aspectos físico-químicos, computacionais e seus desafios. 2015. (Outra).
      83. III Escola de Modelagem Molecular - UFABC [autor convidado/ouvinte].Protein complexation: Electrostatic interactions and applications. 2015. (Outra).
      84. Inaugural Symposium USP & USPC 2015 [ouvinte]. 2015. (Encontro).
      85. I Simpósio Cências Biomédicas da FMRP/USP [autor convidado].Modelagem molecular de complexos protéicos: Buscando o entendimento fundamental de processos biotecnológicos, de doenças e novos materiais funcionalizados. 2015. (Seminário).
      86. Minischool on Biophysics of Protein Interactions [organizador/ouvinte/palestrante].On the peculiar electrostatic effects observed in protein systems ? a computational approach. 2015. (Outra).
      87. Palestra convidada na Casa da Ciencia/CEPID Hemocentro.Além do Facebook e do twitter: Bioinformática e Modelagem molecular. 2015. (Seminário).
      88. UGPN meeting [autor convidado/ouvinte].Molecular interactions and nanobiological applications for novel drug and functionalized material developments. 2015. (Encontro).
      89. Workshop of South American PIs in Molecular Simulations [autor convidado].The Laboratory of Computational Biophysical Chemistry: Molecular interactions and nanobiological applications for functionalized (bio)material developments. 2015. (Simpósio).
      90. 43rd Annual Meeting of SBBq [autor convidado/ouvinte]. Molecular modeling of protein complexes driven by electrostatics interactions with interest for industries, medicine and biosciences. 2014. (Congresso).
      91. CECAM workshop ?Advanced Simulation/Modelling in Food? [ouvinte/palestrante convidado].Mesoscale modelling of proteins interacting with surfaces. 2014. (Simpósio).
      92. CECAM workshop on Molecular and coarse-grained modelling of interactions at bio-nano interface.Peculiarities of electrostatic interactions between proteins. Coarse-grained model and applications. 2014. (Oficina).
      93. CECAM workshop on Protein assemblies at the interface of functionalised materials [autor/ouvinte].Molecular modeling of protein complexes driven by electrostatics interactions with interest for industries, medicine and biosciences. 2014. (Oficina).
      94. ESS and MAX IV ? new opportunities in formulation research [ouvinte]. 2014. (Simpósio).
      95. III Simpósio Interdisciplinar Física + Bioinformática 2014 [autor convidado/ouvinte].Complexacão de proteínas: simplificando os detalhes para uma abordagem em large escala. 2014. (Simpósio).
      96. Palestra convidada no Assembly - Kattedralskola [palestrante].Beyond Facebook and Twitter: the computer helping understand the world of molecules for applications in the pharmaceutical industry. 2014. (Seminário).
      97. Palestra convidada no Chemical Center, Universidade de Lund.Electrostatic correlations in proteins: a large-scale analysis on the Protein Data Bank. 2014. (Seminário).
      98. Palestra convidada no IFPAN (Institute of Physics Polish Academy of Science).Molecular modeling of protein complexes driven by electrostatics interactions with interest for industries and Biosciences. 2014. (Seminário).
      99. Second Workshop on molecular interactions and nanobiological applications.Molecular modeling of protein complexes driven by electrostatics interactions with interest for industries and Biosciences. 2014. (Simpósio).
      100. VII EMMSB 2014 [palestrante convidado/participante].Interações Proteína-Proteína. 2014. (Outra).
      101. 42ª. Reunião Anual da SBBq [autor/ouvinte]. On the pH effects on pectin-casein complexes. 2013. (Congresso).
      102. 60 anos do DNA - Retrospectivas da pesquisa em Genômica no Brasil. 2013. (Seminário).
      103. APME 2013 - 10th IUPAC International Conference on Advanced Polymers via Macromolecular Engineering [autor/ouvinte]. Complexation of a polyelectrolyte with milk proteins. Charge regulation, chain stiffness and local charge distribution of the polymer effects investigated by Monte Carlo simulations.. 2013. (Congresso).
      104. eSSENCE ACADEMY 2013 [ouvinte]. 2013. (Simpósio).
      105. Palestra convidada - ?Molecular Theory and Simulation Series? at North Carolina State University.Some peculiarities of the electrostatic interactions and multiscale modeling of protein complexation for biotechnology, food and pharmaceutical science applications. 2013. (Simpósio).
      106. Palestra convidada na Universidade de Linkoping.Getting started on molecular simulations. 2013. (Seminário).
      107. Palestra convidada na Universidade de Linkoping.Multiscale Modeling of protein solutions. 2013. (Seminário).
      108. Palestra convidada no KTH Royal Institute of Technology.Getting started on molecular simulations. 2013. (Seminário).
      109. Palestra convidada no KTH Royal Institute of Technology.Multiscale Modeling of protein solutions. 2013. (Seminário).
      110. Palestra convidada no Programa de Pós-graduação em Biotecnologia da UFScar [cr.Protein complexation in Biotechnology driven by electrostatic interactions. 2013. (Seminário).
      111. Palestra convidada - The School of Chemical Engineering & Analytical Science, The University of Manchester.Protein complexation in nanobiotechnology driven by electrostatic interactions. 2013. (Seminário).
      112. Workshop de Ensino da FCFRP [palestrante convidado].Um experimento na aplicação do método da ABP/PBL na disciplina de Físico-Química de Polímeros do curso de Farmácia-Bioquímica. 2013. (Oficina).
      113. Workshop on molecular interactions and nanobiological applications [autor/ouvinte/organizador].Protein complexation in Biotechnology driven by electrostatic interactions. 2013. (Simpósio).
      114. Workshop on Physical Virology [autor/ouvinte].On the complexation of protein-peptides and protein-nanoparticles. 2012. (Oficina).
      115. XLI Annual Meeting of the Brazilian Biochemistry and Molecular Biology Society (SBBq) [autor/ouvinte]. On the complexation of protein-peptides and protein-nanoparticle. 2012. (Congresso).
      116. Mini-symposium Molecular Simulation [organizador/ouvinte]. 2011. (Simpósio).
      117. X Brazilian MRS Meeting, SBPMat, Symposium Molecular Modeling Materials Science [autor convidado].Multiscale modeling and physical chemistry aspects of the milk proteins and polyelectrolytes complexation for biotechnology, food and pharmaceutical science applications. 2011. (Simpósio).
      118. XL Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquíımica e Biologia Molecularar [organizador]. Electrostatic Correlations in Proteins. 2011. (Congresso).
      119. V Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos [autor convidado/palestrante].8. ?Peculiaridades das interações eletrostáticas em e entre Proteínas. De interações fundamentais à Bioinformática Estrutural?. 2010. (Encontro).
      120. I Escola e Conferência em Modelagem Computacional [autor convidado/palestra].Ferramentas de biocomputação para estudo de complexos moleculares. 2009. (Simpósio).
      121. II Simpósio de Biotecnologia da UFSCar [autor convidado].Mecanismos moleculares responsáveis pela formação de complexos de interesse farmacêutico e biotecnológico. 2009. (Simpósio).
      122. Never on Sunday, or...? An international Linne Grant meeting [autor convidado/palestra].On the complexation of whey proteins. 2009. (Simpósio).
      123. XXXVIII Annual Meeting of SBBq [autor convidado/palestra]. Fundamental Mechanisms on the Complexation of Milk Proteins. 2009. (Congresso).
      124. IV Escola de Modelagem Molecular ? IVEMMSB [poster].Physico-chemical properties of the complex Calcium-Calbindin D9K: The mutation E60Q puzzle. 2008. (Outra).
      125. IV Escola de Modelagem Molecular de Sistemas Biologicos [autor convidado/palestra].IV Escola de Modelagem Molecular de Sistemas Biologicos [autor convidado]. 2008. (Outra).
      126. IUTAM Symposium On Swelling And Shrinking of Porous Materials: From Colloid Science to Poromechanics [autor convidado/palestra]. Peculiarities in molecular mechanisms related to the formation of complexes of interest in industries and Biosciences. 2007. (Congresso).
      127. VI International Congress of Pharmaceutical Sciences ? VI CIFARP [autor]. Statistical mechanical studies of electrostatics and protein flexibility aspects involved in molecular complexation. the thrombin-hirudin system. 2007. (Congresso).
      128. XXVI Encontro Nacional dos Estudantes de Química [autor convidado/palestra].XXVI Encontro Nacional dos Estudantes de Química [AUTOR/OUVINTE]. 2007. (Encontro).
      129. XXVI ENEQUI [autor convidado].Palestra convidada: Desvendando os mecanismos responsáveis pela formação de complexos moleculares de interesse nas indústrias química, farmacêutica e de alimentos [Autor convidado]. 2007. (Outra).
      130. XXXII Reuniao da Sociedade Brasileira de Biofisica - FESBE [autor convidado/palestra]. Using Molecular Modelling to Explore Fundamental Interactions in Structural Biophysics. 2007. (Congresso).
      131. 14th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB). Mutational effects on calbindin D9K investigated by molecular dynamical simulations. 2006. (Congresso).
      132. III Escola de Modelagem Molecular de Sistemas Biologicos [autor convidado/palestra].III Escola de Modelagem Molecular de Sistemas Biologicos [autor convidado]. 2006. (Outra).
      133. SNIC Meeting 2006 [ouvinte]. Statistical Mechanical studies of protein-polymer complexes. 2006. (Congresso).
      134. Workshop on Organizing Molecular Matter [ouvinte]. 2006. (Simpósio).
      135. XXXVII Latin-American School of Physics - ELAF 2006 [palestrante convidador/ouvinte].Sensitive Electrostatic Forces in Biological Systems. 2006. (Outra).
      136. Ciclo de Seminarios em Biologia Molecular [palestrante convidado].Palestra Convidada: Biologia Estrutural: Do PDB a formação de complexos moleculares. Aspectos eletrostáticos. [Autor convidado]. 2005. (Seminário).
      137. Ciclo de seminarios - Palestra convidada: On the interaction of protein and polyelectrolytes - Chemical Center - Lund University- Lund/Suécia [Autor convidado].Palestra Convidada: On the interaction of protein and polyelectrolytes - Chemical Center - Lund University- Lund/Suécia [Autor convidado]. 2005. (Seminário).
      138. Ciclo de Seminarios - Palestra convidada: PROTEIN-POLYELECTROLYTE COMPLEXATION: EFFECTS OF PROTEIN TITRATION - Quantum Protein Center - DTU - Copenhague/Dinamarca [Autor convidado].Palestra Convidada: PROTEIN-POLYELECTROLYTE COMPLEXATION: EFFECTS OF PROTEIN TITRATION - Quantum Protein Center - DTU - Copenhague/Dinamarca [Autor convidado]. 2005. (Seminário).
      139. COMMERCIALISING BIONANOTECHNOLOGY SEMINAR. 2005. (Seminário).
      140. IV Semana da Fisica Medica [palestrante convidado/ouvinte].Palestra Convidada: Da Lei de Coulomb a Biologia Estrutural. Como a Fisica pode ajudar no entendimento de mecanismos moleculares? [IV Semana da Fisica Medica, FFCLRP/USP, Ribeirao Preto, 25/10/2005]. 2005. (Seminário).
      141. Macroion Complexation: fundamentals and applications [autor/ouvinte].Macroion-polyelectrolyte complexes: An initial study of methodological issues. 2005. (Simpósio).
      142. Reunião para estabelecimento de colaboração acadêmica.Visita técnica: Department of Physics and Measurement Technology, Linkoping University, Linkoping, Suécia. 2005. (Outra).
      143. Seminario para o Programa de Pos-Graduacao em Biofisica Molecular.Palestra Convidada: Formação de complexos proteína-polieletrólito. Como explicá-los quando não há complementariedade de cargas?. 2005. (Seminário).
      144. Seminarios em Fisica - Ano Internacional da Fisica [palestrante convidado].Palestra Convidada: Da Lei de Coulomb a Biologia Estrutural. Como a Fisica pode ajudar no entendimento de mecanismos moleculares? [Seminarios em Fisica, Ano Mundial da Fisica, FEB, Barretos, 29/10/2005]. 2005. (Seminário).
      145. XXXVI Reuniao Anual da SBBq [palestrante convidado/participante]. Electrostatic World of Biological Molecules ? Important Interactions and some Applications in Structural Biophysics. 2005. (Congresso).
      146. 15th SURFACTANTS IN SOLUTION (SIS 2004) [Autor/Ouvinte]. Electrostatic Interactions in Biocoloidal Systems:Some Theoretical Studies (palestra) e (Bio)coloidal Electrostatics: Possible Drawbacks of the Poisson-Boltzmann Approch (poster). 2004. (Congresso).
      147. Disciplinas de Seminarios em Fisica Medica e Biologica I e II - FAMB/FFCLRP/USPRP.Palestra Convidada: Eletrostática de proteínas:Ligantes simples, complexos moleculares e função biológica. Aspectos metodológicos e algumas aplicações - FAMB/FFCLRP/USPRP [Autor convidado]. 2004. (Seminário).
      148. II Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos - LNCC/Petropolis [Autor convidado].O mundo eletrostatico nas proteiınas. 2004. (Encontro).
      149. Palestra Convidada - ITQB/UNL - Portugal.Palestra Convidada: Protein Electrostatics: Methodology and Applications to Structural Biology - Instituto de Tecnologia Química e Biológica - ITQB, da Universidade Nova de Lisboa (UNL) - Portugal [Autor convidado]. 2004. (Seminário).
      150. Palestra convidada - Quantum Protein Center - DTU - Copenhague/Dinamarca.Palestra Convidada: Protein electrostatics: methodological issues and some applications on Structural Genomics - Quantum Protein Center - DTU - Copenhague/Dinamarca [Autor convidado]. 2004. (Seminário).
      151. 4th Congress of Pharmaceutical Sciences [autor/ouvinte/organizador/avaliador/. 4th Congress of Pharmaceutical Sciences - Ribeirao Preto/SP [Autor/ouvinte]. 2003. (Congresso).
      152. Palestra convidada - Programa de Pós-Graduação em Química - DQ/FFCLRP/USPRP.Palestra Convidada: O mundo eletrostático das moléculas biológicas e suas aplicações em Biologia Estrutural - Programa de Pós-Graduação em Química - DQ/FFCLRP/USPRP. 2003. (Seminário).
      153. XXXII Reunião anual da SBBq [Autor/Ouvinte]. Statistical Analysis of Mutational Effects on Calbindin D9K by Computer Simulations. 2003. (Congresso).
      154. 1o. Workshop de Modelagem Molecular de Ribeirão Preto [autor/ouvinte/organizador].Workshop de Modelagem Molecular de Ribeirão Preto [Autor/Ouvinte]. 2002. (Encontro).
      155. IV Semana da Física - Unesp/Bauru [Autor convidado].Palestra Convidada: O mundo eletrostático das moléculas biológicas e suas implicações no Genoma Estrutural - Semana da Física - Unesp/Bauru [Autor convidado]. 2002. (Seminário).
      156. Palestra Convidada: Aplicações da equação de Poisson-Boltzmann para cálculos de energia livre - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor ouvinte].Palestra Convidada: Aplicações da equação de Poisson-Boltzmann para cálculos de energia livre - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor ouvinte]. 2002. (Seminário).
      157. Palestra Convidada: Equação de Poisson-Boltzmann em Biologia Estrutural - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado].Palestra Convidada: Equação de Poisson-Boltzmann em Biologia Estrutural - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado]. 2002. (Seminário).
      158. Palestra Convidada: Interações eletrostáticas em biomoléculas. I e II - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado].Palestra Convidada: Interações eletrostáticas em biomoléculas. I e II - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado]. 2002. (Seminário).
      159. Palestra Convidada: Interações eletrostáticas em biomoléculas. III - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado].Palestra Convidada: Interações eletrostáticas em biomoléculas. III - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado]. 2002. (Seminário).
      160. Palestra Convidada: Interações eletrostáticas em biomoléculas. II - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado].Palestra Convidada: Interações eletrostáticas em biomoléculas. II - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado]. 2002. (Seminário).
      161. Palestra Convidada: O Método Monte Carlo - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado].Palestra Convidada: O Método Monte Carlo - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado]. 2002. (Seminário).
      162. Palestra Convidada: Uso do Programa DELPHY para cálculo de eletrostática de proteínas - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado].Palestra Convidada: Uso do Programa DELPHY para cálculo de eletrostática de proteínas - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado]. 2002. (Seminário).
      163. Palestra Convidada: Uso do Programa MEAD para cálculo de eletrostática de proteínas - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado].Palestra Convidada: Uso do Programa MEAD para cálculo de eletrostática de proteínas - Programa de Pos-graduação em Biofísica Molecular - Departamento de Física, IBILCE, Unesp/SJRP [Autor convidado]. 2002. (Seminário).
      164. Workshop of Molecular Modeling on Biophysics - Methods and Applications (evento satélite do 2002 IUPAB International Biophysics Congress) [Auror/ouvinte]. Workshop of Molecular Modeling on Biophysics - Methods and Applications (evento satélite do 2002 IUPAB International Biophysics Congress) [Autor/Ouvinte]. 2002. (Congresso).
      165. IV Biophysics Congress of the Southern Cone [palestrante convidado/participante]. IV Biophysics Congress of the Southern Cone - SBBf/LNLS/Campinas [Autor Convidado]. 2000. (Congresso).
      166. Palestra Convidada: Estudos por Mecânica Estatística de Soluções Aquosas e Sistemas com Biomoléculas - Departamento de Fisica - IBILCE/Unesp [Autor convidado].Palestra Convidada: Estudos por Mecânica Estatística de Soluções Aquosas e Sistemas com Biomoléculas - Departamento de Fisica - IBILCE/Unesp [Autor convidado]. 2000. (Seminário).
      167. Palestra Convidada: Interações Eletrostáticas em Biomoléculas. Uma abordagem por Mecânica Estatística, Pos-graduação em Física Aplicada à Medicina e Biologia, Departamento de Física e Matemática - FFCLRP/USPRP [Autor convidado].Palestra Convidada: Interações Eletrostáticas em Biomoléculas. Uma abordagem por Mecânica Estatística, Pos-graduação em Física Aplicada à Medicina e Biologia, Departamento de Física e Matemática - FFCLRP/USPRP [Autor convidado]. 2000. (Seminário).
      168. Palestra Convidada: Interações Eletrostáticas em Colóides - Departamento de Bioquímica - IQ/USP [Autor convidado].Palestra Convidada: Interações Eletrostáticas em Colóides - Departamento de Bioquímica - IQ/USP [Autor convidado]. 2000. (Seminário).
      169. Understanding Protein Electrostatics [Autor/Ouvinte].International Meetingsponsored by the EEC Biotechnology Programme - Estocolmo/Suecia [Autor/Ouvinte]. 2000. (Simpósio).

    Organização de eventos

    • Total de organização de eventos (22)
      1. LOH, W. ; OLIVEIRA JR, O. N. ; MATTOSO, L. H. C. ; PETRI, D. F. S. ; OTONI, C. G. ; Barroso da Silva, Fernando Luís ; SILVEIRA, N. P. ; GIACOMELLI, F. C. ; FREITAS, R. A.. 14th International Symposium on Polyelectrolytes 2025. 2025. Congresso
      2. barroso da silva, f l; PANTANO, S.. Simpósio Virologia Computacional para a SBBq 2025. 2024. Outro
      3. EICHHORN, R. ; Barroso da Silva, Fernando L.. SAIFR - School on Biological Physics and Biomolecular Simulations in the Machine Learning Era. 2023. Outro
      4. PONTES, A. ; LAVOR, C. ; SENA, D. M. ; TEIXEIRA, E. V. ; Barroso da Silva, Fernando L. ; RUFFINO, P. R. C.. Simpósio MedicalMath 2021. 2021. Outro
      5. Barroso da Silva, Fernando Luís; EICHHORN, R.. APS & ICTP-SAIFR Young Physicists Forum on Biological Physics: from Molecular to Macroscopic Scale (Bio2020). 2020. Outro
      6. Barroso da Silva, Fernando Luís; MACKERNAN, DONAL ; SANTISO, E. E. ; JACQUIER, J. ; WONG, S.. Molecular dynamics, mesoscale and multiscale simulations for Food Science. 2020. Outro
      7. Barroso da Silva, Fernando L.; MACKERNAN, D. ; SANTISO, E. E. ; GLENNON, B.. Simulation of open systems in Chemistry, Pharma, Food Science and Immuno-diagnostics: Rare-event methods at constant chemical potentials including constant pH - an E-CAM Industry Scoping Workshop. 2020. Outro
      8. JAGER, A. V. ; Barroso da Silva, Fernando Luís ; EMERY, F. S. ; BARUFFI, M. D. ; TORQUETI, M. R. ; VIEIRA, P. C. ; LOPEZ, R. F. V. ; OLIVEIRA, W. P.. 12th International Conference of Pharmaceutical Sciences - CIFARP2019. 2019. Congresso
      9. Barroso da Silva, Fernando Luís; ETCHEBEST, C.. Bioinfo2019: Introdução à Bioinformática Estrutural para farmacêuticos (Cod. USP 600700216 - CCEX/USP). 2019. Outro
      10. Barroso da Silva, Fernando Luís; ETCHEBEST, C. ; Pasquali, S. ; TALY, A.. Atividades para compreensão e divulgação da área de Bioinformática Estrutural. 2018. Outro
      11. Barroso da Silva, Fernando Luís; Pasquali, S. ; EICHHORN, R. ; KOILLER, J.. School on Biological Soft Matter: from molecular interactions to engineered materials. 2017. Outro
      12. Barroso da Silva, Fernando Luís; SANTISO, E. E. ; MACKERNAN, D.. Controlling Food Protein Folding and Aggregation: Challenges and Perspectives in Industry, Experiments and Simulation. 2016. Congresso
      13. SANTISO, E. E. ; Barroso da Silva, Fernando Luís. III Workshop on molecular interactions and nanobiological applications. 2016. Outro
      14. Barroso da Silva, Fernando Luís; PODGORNIK, R. ; NETZ, R.. Minischool on Biophysics of Protein Interactions. 2015. Outro
      15. Bostrom, M. ; Barroso da Silva, Fernando Luís ; Persson, C.. Second Workshop on molecular interactions and nanobiological applications. 2014. Congresso
      16. Da SILVA, F. L. B.; SANTISO, E. E. ; Bostrom, M.. Workshop on molecular interactions and nanobiological applications. 2013. Congresso
      17. da Silva, Fernando Luis Barroso. Área de Biofísica e Bioquímica Computacional da SBBq. 2012. (Congresso).. . 0.
      18. Schechtman, D. ; Barroso da Silva, Fernando Luís ; Arantes, Guilherme Menegon. Mini-Symposia Molecular Simulation And Systems Biology. 2012. Congresso
      19. Arantes, Guilherme Menegon ; Barroso da Silva, Fernando Luís ; Verli, H.. Evento satélite da SBBq - "Mini-symposium Molecular Simulation - 2011". 2011. Congresso
      20. BARRERA, Junior ; Da SILVA, F. L. B.. 14th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology - ISMB 2006 (Poster Chair). 2006. Congresso
      21. RECHIA, C. G. V. ; PUPO, M. T. ; LOPES, N. P. ; LOPEZ, R. F. V. ; UYEMURA, S. A. ; SANTOS, A. C. ; Da SILVA, F. L. B. ; UETA, J. M. ; CROTT, L. S. P. ; BENDHACK, L. M. ; CAMPOS, P. M. B. G. M. ; BORGES, A. B. ; GUARATINI, T. ; MARCHESI, M. S. P. ; CUNHA, T. M.. 4o. CIFARP - 4th Congress of Pharmaceutical Sciences. 2003. Congresso
      22. Da SILVA, F. L. B.; CALIRI, Antonio ; SILVA, Marco Antonio Alves da. 1o. Workshop de Modelagem Molecular de Ribeirão Preto. 2002. Congresso

    Lista de colaborações

    • Colaborações endôgenas (0)



      (*) Relatório criado com produções desde 2000 até 2025
      Data de processamento: 27/01/2026 13:30:34