Programa de Pós Graduação em Ciência da Computação

Marcel Kenji de Carli Silva

Marcel é Professor Doutor no Departamento de Ciência da Computação do IME-USP desde setembro de 2014. Obteve em 2013 o título de Doutor em Combinatória e Otimização pelo Departamento de Combinatória e Otimização da Universidade de Waterloo, onde foi orientado por Levent Tunçel. A isso se seguiram dois estágios de pós-doutoramento, em cada um dos departamentos mencionados acima. Sua principal área de pesquisa é otimização combinatória, especialmente no desenvolvimento de novas técnicas envolvendo programação semidefinida e o número teta de Lovász. (Texto informado pelo autor)

  • http://lattes.cnpq.br/2670485517671047 (26/12/2023)
  • Rótulo/Grupo:
  • Bolsa CNPq:
  • Período de análise:
  • Endereço: Instituto de Matemática e Estatística - Universidade de São Paulo. Rua do Matão, 1010 Butantã 05508090 - São Paulo, SP - Brasil Telefone: (11) 30916134 URL da Homepage: http://www.ime.usp.br/~mksilva
  • Grande área: Ciências Exatas e da Terra
  • Área: Ciência da Computação
  • Citações: Google Acadêmico

Produção bibliográfica

Produção técnica

Produção artística

Orientações em andamento

Supervisões e orientações concluídas

Projetos de pesquisa

Prêmios e títulos

Participação em eventos

Organização de eventos

Lista de colaborações

Produção bibliográfica

Produção técnica

Produção artística

Orientações em andamento

Supervisões e orientações concluídas

Projetos de pesquisa

  • Total de projetos de pesquisa (2)
    1. 2020-Atual. Análise (espectral) de grafos/hipergrafos para comparar redes metabólicas do patógeno Trypanosoma sp
      Descrição: O Trypanosoma é um gênero que contém duas espécies patogênicas para os seres humanos: Trypanosoma brucei e Trypanosoma cruzi. Essas duas espécies são relevantes em termos de economia, bem-estar e saúde. O metabolismo dos diferentes estágios de ambos os tripanossomatídeos patogênicos tem sido objeto de estudo não apenas por sua relevância para a economia e a saúde humana, mas também por seu interesse biológico intrínseco. Vários trabalhos relataram como as vias metabólicas centrais funcionam nesses parasitas. Além disso, baseados em análises omics, um quadro mais geral foi construído na última década. No entanto, tentativas de abordar a complexidade do metabolismo de T. cruzi e T. brucei ainda são escassas. Assim, propomos combinar algoritmos e estatísticas baseados na teoria dos grafos para responder a duas questões relevantes do parasitismo. (i) As redes metabólicas são mais complexas e interconectadas nos estágios dos insetos do que nos estágios dos mamíferos? (ii) Para cada tipo de hospedeiro (insetos ou mamíferos), as redes metabólicas desses parasitas são significativamente diferentes em termos de complexidade e conectividade entre suas sub-redes? As respostas a essas perguntas trarão informações biológicas valiosas em termos de adaptações metabólicas desses parasitas aos ambientes que eles colonizam em seus hospedeiros. Além disso, contribuirá para identificar freqüentes gargalos metabólicos essenciais para propor novos alvos de medicamentos metabólicos para o tratamento das infecções que causam. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcel Kenji de Carli Silva - Integrante / André Fujita - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Cooperação.
      Membro: Marcel Kenji de Carli Silva.
      Descrição: O Trypanosoma é um gênero que contém duas espécies patogênicas para os seres humanos: Trypanosoma brucei e Trypanosoma cruzi. Essas duas espécies são relevantes em termos de economia, bem-estar e saúde. O metabolismo dos diferentes estágios de ambos os tripanossomatídeos patogênicos tem sido objeto de estudo não apenas por sua relevância para a economia e a saúde humana, mas também por seu interesse biológico intrínseco. Vários trabalhos relataram como as vias metabólicas centrais funcionam nesses parasitas. Além disso, baseados em análises omics, um quadro mais geral foi construído na última década. No entanto, tentativas de abordar a complexidade do metabolismo de T. cruzi e T. brucei ainda são escassas. Assim, propomos combinar algoritmos e estatísticas baseados na teoria dos grafos para responder a duas questões relevantes do parasitismo. (i) As redes metabólicas são mais complexas e interconectadas nos estágios dos insetos do que nos estágios dos mamíferos? (ii) Para cada tipo de hospedeiro (insetos ou mamíferos), as redes metabólicas desses parasitas são significativamente diferentes em termos de complexidade e conectividade entre suas sub-redes? As respostas a essas perguntas trarão informações biológicas valiosas em termos de adaptações metabólicas desses parasitas aos ambientes que eles colonizam em seus hospedeiros. Além disso, contribuirá para identificar freqüentes gargalos metabólicos essenciais para propor novos alvos de medicamentos metabólicos para o tratamento das infecções que causam.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Guilherme Oliveira Mota - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Integrante / André fujita - Coordenador.
      Membro: Guilherme Oliveira Mota.
    2. 2019-Atual. Estruturas de Dados e Algoritmos
      Descrição: Diversos problemas reais podem ser modelados por meio de estruturas discretas, tais como grafos, ou por programas de programação linear inteiros ou mistos. Por exemplo, é possível modelar a relação de parentesco em comunidades indígenas por meio de grafos mistos e, das propriedades destes grafos, extrair informações interessantes sobre o comportamento destas comunidades. Pode-se modelar a dispersão de sementes por aves no meio-ambiente através de um grafo bipartido, e a identificação de padrões repetidos nestes grafos pode melhorar o nosso entendimento de como florestas se regeneram, e eventualmente pode ajudar na identificação de fatores que interferem com essa regeneração. Otimização é uma área que se encontra na intersecção da matemática com a ciência da computação e que vem se desenvolvendo rapidamente desde a descoberta do método simplex para programação linear na década de 1940. Métodos de otimização têm aplicações em diversas áreas, dentre as quais destacamos economia, biologia computacional, estudo de redes sociais, logística, etc. O objetivo principal desse projeto é o estudo de estruturas discretas e a investigação de diversos problemas de otimização, com ênfase no desenvolvimento de técnicas e algoritmos, e no tratamento de questões de natureza teórica a respeito desses problemas e estruturas. Dentre as técnicas que investigaremos destacam-se o uso de algoritmos de aproximação, algoritmos enumerativos, métodos probabilísticos, programação linear mista ou inteira, combinatória poliédrica, e programação semidefinida.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (10) Doutorado: (8) . Integrantes: Marcel Kenji de Carli Silva - Integrante / Cristina Gomes Fernandes - Coordenador / Cristiane Maria Sato - Integrante / Alexandre da Silva Freire - Integrante / Álvaro Junio Pereira Franco - Integrante / Aritanan Borges Garcia Gruber - Integrante / Arnaldo Mandel - Integrante / Atílio Gomes Luiz - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Integrante / Daniel Morgato Martin - Integrante / Gabriel M. Coutinho - Integrante / José Coelho de Pina Jr - Integrante / Karla R. Lima - Integrante / Maycon Sambinelli - Integrante / Sinai Robins - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Integrante / Yoshiko Wakabayashi - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
      Membro: Marcel Kenji de Carli Silva.
      Descrição: Diversos problemas reais podem ser modelados por meio de estruturas discretas, tais como grafos, ou por programas de programação linear inteiros ou mistos. Por exemplo, é possível modelar a relação de parentesco em comunidades indígenas por meio de grafos mistos e, das propriedades destes grafos, extrair informações interessantes sobre o comportamento destas comunidades. Pode-se modelar a dispersão de sementes por aves no meio-ambiente através de um grafo bipartido, e a identificação de padrões repetidos nestes grafos pode melhorar o nosso entendimento de como florestas se regeneram, e eventualmente pode ajudar na identificação de fatores que interferem com essa regeneração. Otimização é uma área que se encontra na intersecção da matemática com a ciência da computação e que vem se desenvolvendo rapidamente desde a descoberta do método simplex para programação linear na década de 1940. Métodos de otimização têm aplicações em diversas áreas, dentre as quais destacamos economia, biologia computacional, estudo de redes sociais, logística, etc.O objetivo principal desse projeto é o estudo de estruturas discretas e a investigação de diversos problemas de otimização, com ênfase no desenvolvimento de técnicas e algoritmos, e no tratamento de questões de natureza teórica a respeito desses problemas e estruturas. Dentre as técnicas que investigaremos destacam-se o uso de algoritmos de aproximação, algoritmos enumerativos, métodos probabilísticos, programação linear mista ou inteira, combinatória poliédrica, e programação semidefinida.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (10) Doutorado: (8) . Integrantes: Cristina Gomes Fernandes - Coordenador / Carlos Eduardo Ferreira - Integrante / José Coelho de Pina Jr - Integrante / Arnaldo Mandel - Integrante / Marcel K. de Carli Silva - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Integrante / Daniel Morgato Martin - Integrante / Alexandre da Silva Freire - Integrante / Franco, Álvaro J. P. - Integrante / Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Atílio Gomes Luiz - Integrante / Cristiane Maria Sato - Integrante / Gabriel M. Coutinho - Integrante / Karla R. Lima - Integrante / Maycon Sambinelli - Integrante / Sinai Robins - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
      Membro: Cristina Gomes Fernandes.

Prêmios e títulos

Participação em eventos

  • Total de participação em eventos (14)
    1. Graphs meet quantum.Graphs meet quantum. 2023. (Encontro).
    2. International Symposium on Mathematical Programming.An Axiomatic Duality Framework for the Theta Body and Related Convex Corners. 2015. (Simpósio).
    3. Colóquio Brasileiro de Matemática.Sparse Sums of Positive Semidefinite Matrices. 2013. (Simpósio).
    4. Tutte Seminar.The Boundary Structure of Spectrahedra Arising from the Lovász Theta Function. 2013. (Seminário).
    5. International Symposium on Mathematical Programming.Optimization problems over unit-distance representations of graphs. 2012. (Simpósio).
    6. Matchings, Matroids, and Extensions, A Conference in Honour of Bill Cunningham?s 65th Birthday. 2012. (Simpósio).
    7. Thematic Program on Discrete Geometry and Applications.Geometric Representations of Graphs, Semidefinite Optimization and Min-Max Theorems. 2011. (Simpósio).
    8. WaterMellon Workshop on Extremal Graph Theory. 2009. (Simpósio).
    9. Ontario Combinatorics Workshop. 2008. (Simpósio).
    10. Workshop on Foundations of Computer Science: Combinatorial Algorithms and Discrete Structures. 2007. (Oficina).
    11. International Symposium on Mathematical Programming. 2006. (Simpósio).
    12. Brazilian Symposium on Graphs, Algorithms, and Combinatorics. 2005. (Simpósio).
    13. Colóquio Brasileiro de Matemática.Computação Quântica: Complexidade e Algoritmos. 2005. (Simpósio).
    14. Jornadas de Iniciação Científica no IMPA.Computação Quântica: Complexidade e Algoritmos. 2004. (Simpósio).

Organização de eventos

  • Total de organização de eventos (2)
    1. FERREIRA, C. E. ; LINTZMAYER, C. N. ; MOTA, G. O. ; DE CARLI SILVA, MARCEL K. ; PINA JR, J. C. ; PEDROSA, L. L. C. ; SCHOUERY, R. C. S. ; XAVIER, E. C.. LAGOS 2021 - XI Latin and American Algorithms, Graphs and Optimization Symposium. 2021. Congresso
    2. LINTZMAYER, C. N. ; MOTA, G. O. ; PINA JR, J. C. ; WAKABAYASHI, Y. ; DE CARLI SILVA, MARCEL K. ; FERREIRA, C. E. ; FERNANDES, C. G. ; MANDEL, A. ; MARTIN, D. M. ; PEDROSA, L. L. C. ; ROBINS, S. ; SATO, C. M. ; SCHOUERY, R. C. S. ; XAVIER, E. C.. Latin American Theoretical Informatics Symposium - LATIN. 2021. Congresso

Lista de colaborações

  • Colaborações endôgenas (1)
    • Marcel Kenji de Carli Silva ⇔ Cristina Gomes Fernandes (1.0)
      1. de Carli Silva, Marcel K.; CARDONHA, C. H. ; FERNANDES, C. G.. Computação Quântica: Complexidade e Algoritmos. 2005. Relatório Técnico Arquivado




(*) Relatório criado com produções desde 2000 até 2025
Data de processamento: 22/04/2025 21:29:30