Instituto de Matemática e Estatística da USP

Alan Mitchell Durham

Possui graduação em Bacharelado Em Ciência da Computação pela Universidade de São Paulo (1983), mestrado em Matemática Aplicada pela Universidade de São Paulo (1987) e doutorado em Doctor In Computer Science - University Of Illinois At Urbana Champaign (1997). Atualmente é associado da Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional e professor associado ii da Universidade de São Paulo. Tem experiência na área de Ciência da Computação, com ênfase em Arquitetura de Sistemas de Computação, atuando principalmente nos seguintes temas: bioinformatica, biologia molecular, análise automática de sequências, predição de genes e arccabouços. Foi presidente da Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional (AB3C) em 2017 e 2018. É recipiente da Medalha de Mérito Científico da Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, concedida em 2022. Trabalha atualmente na caracterização computacional de regioões promotoras de genes eucariotos. (Texto informado pelo autor)

  • http://lattes.cnpq.br/1927611801056285 (25/04/2024)
  • Rótulo/Grupo:
  • Bolsa CNPq:
  • Período de análise:
  • Endereço: Universidade de São Paulo, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação. Rua do Matão, 1010 Cidade Universitária 05508900 - Sao Paulo, SP - Brasil Telefone: (11) 38186299 Fax: (11) 38186134 URL da Homepage: http://www.ime.usp.br/~durham
  • Grande área: Ciências Exatas e da Terra
  • Área: Ciência da Computação
  • Citações: Google Acadêmico

Produção bibliográfica

Produção técnica

Produção artística

Orientações em andamento

Supervisões e orientações concluídas

Projetos de pesquisa

Prêmios e títulos

Participação em eventos

Organização de eventos

Lista de colaborações


Produção bibliográfica

Produção técnica

Produção artística

Orientações em andamento

Supervisões e orientações concluídas

Projetos de pesquisa

Prêmios e títulos

  • Total de prêmios e títulos (7)
    1. Medalha de Mérito Científico, Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional.. 2022.
      Membro: Alan Mitchell Durham.
    2. Melhor Poster Área de Software e Banco de Dados, X-Meeting 2019.. 2019.
      Membro: Alan Mitchell Durham.
    3. Bolsa de Produtividade, nível 2, CNPq.. 2016.
      Membro: Alan Mitchell Durham.
    4. Destaque em atividade de Cultura e Extensão - Organização do Curso de Verão em Bionformática, Universidade de São Paulo.. 2015.
      Membro: Alan Mitchell Durham.
    5. Bolsa de Produtividade , nível 2, CNPq.. 2013.
      Membro: Alan Mitchell Durham.
    6. Bolsa de Produtividade, nível 2, CNPq.. 2010.
      Membro: Alan Mitchell Durham.
    7. Bolsa de Produtividade CNPq, nível 2, CNPq.. 2007.
      Membro: Alan Mitchell Durham.

Participação em eventos

  • Total de participação em eventos (4)
    1. Encontro Anual Da Sociedade Brasileira de Bioquimica e Biologia Molelular - SBBq. MYOP - A Gene Predictor Framework. 2008. (Congresso).
    2. X Meeting. I X Meeting. 2005. (Congresso).
    3. XMeeting. II ICOBICOBI - International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. 2004. (Congresso).
    4. International Conference on Bionformatics and Computational Biology. I ICOBICOBI. 2003. (Congresso).

Organização de eventos

  • Total de organização de eventos (15)
    1. DURHAM, A. M.; LEMKE, N. ; BRANDAO, M. ; LOPES, F. M. ; GRYNBERG, P. ; SCHERER, N.. X-Meeting 2018. 2018. Congresso
    2. DURHAM, A. M.; LEMKE, N. ; BRANDAO, M. ; LOPES, F. M. ; GRYNBERG, P. ; SCHERER, N.. X-Meeting 2017. 2017. Congresso
    3. FRANCO, G. ; DURHAM, A. M. ; LEMKE, N. ; BRANDAO, M. ; GRYNBERG, P. ; PASSETI, F.. X-Meeting 2016. 2016. Congresso
    4. FRANCO, G. R. ; DURHAM, A. M. ; PASSETI, F. ; BRANDAO, M. ; LEMKE, N. ; GRYNBERG, P. ; BITAR, M. ; GRUBER, A. ; FUJITA, A. ; HASHIMOTO, R. F. ; TARLA, M.. XMeeting 2015. 2015. Congresso
    5. AGOPYAN, V. ; DURHAM, A. M. ; TAKAYANAGUI, A. M. M. ; PHILIPPI JR, A. ; CARLOTTI JR, C. G. ; FREITAS, E. D. ; GUERRINI, F. M. ; MARQUES, F. L. S. N. ; SARTI, F. M. ; SAVASTANO JUNIOR, H. ; BOUERI FILHO, J. J. ; GALLOTTINI, M. H. C. ; MACHADO NETO, R. ; PACCA, S.. Encontro Academico de Gestão Da Pós Graduação da USP: Avaliação como instrumento. 2012. Outro
    6. Carlotti Junior, CA ; Freitas, ED ; Durham, Alan Mitchell. A Pós-graduação Construindo o Futuro. 2011. Outro
    7. DURHAM, A. M.; VENCIO, R. Z.. I Workshop do Programa de Pos Graduacao em Bioinformatica da USP. 2010. Outro
    8. AGROPIAN, V. ; PHILIPI, A. ; GUERRINI, F. ; DURHAM, A. M. ; SAVASTANO JR, H. ; MACHADO NETO, R. ; FRANCO, B. D. ; Calotti Jr, C.G.. A USP pensa a Avaliação da Pós-Graduação. 2010. Congresso
    9. DURHAM, A. M.. IV Latin American Course on Bioinformatics for Tropical Disease Research. 2006. (Outro).. . 0.
    10. DURHAM, A. M.; Hernando A. del Portillo. III Latin American Course on Bioinformatics for Tropical Diseases. 2005. Outro
    11. HIDE, W. ; BRAEUNING, R. ; HUYNH, C. ; ISOKPEHI, R. ; DURHAM, A. M.. II Regional Training Course on Bioinformatics Applied to Tropical Diseases In Africa. 2003. Outro
    12. Hernando A. del Portillo ; DURHAM, A. M.. II Latin American Course on Bioinformatics for Tropical Diseases. 2003. Outro
    13. Hernando A. del Portillo ; BARRERA, J. ; DURHAM, A. M. ; FERREIRA, J. E. ; GRUBER, A. ; ZINGALES, B.. I Latin Americal Regional Training Course on Bioinformatics for Tropical Diseases. 2002. Outro
    14. DURHAM, A. M.. Projeto Avizinhar - Treinamento de Técnicas de Escritório e INformática Instrumental. 1999. (Outro).. . 0.
    15. DURHAM, A. M.. Projeto Avizinhar - Treinamento de Técnicas de Escritório e INformática Instrumental. 1999. (Outro).. . 0.

Lista de colaborações

  • Colaborações endôgenas (7)
    • Alan Mitchell Durham ⇔ Alan Mitchell Durham (75.0)
      1. NACHTIGALL, PEDRO G ; DURHAM, ALAN M ; ROKYTA, DARIN R ; JUNQUEIRA-DE-AZEVEDO, INÁCIO L M. ToxCodAn-Genome: an automated pipeline for toxin-gene annotation in genome assembly of venomous lineages. GigaScience. v. 13, p. giad116, 2024. Qualis: A1
      2. DE MEDEIROS OLIVEIRA, MAURO ; BONADIO, IGOR ; LIE DE MELO, ALICIA ; MENDES SOUZA, GLAUCIA ; Durham, Alan Mitchell. TSSFinder-fast and accurate ab initio prediction of the core promoter in eukaryotic genomes. BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS. v. 22, p. 1-12, 2021. Qualis: A1
      3. NACHTIGALL, PEDRO G ; KASHIWABARA, ANDRE Y ; DURHAM, ALAN M. CodAn: predictive models for precise identification of coding regions in eukaryotic transcripts. BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS. v. 22, p. 1-11, 2021. Qualis: A1
      4. SOUZA, GLAUCIA MENDES ; VAN SLUYS, MARIE-ANNE ; LEMBKE, CAROLINA GIMILIANI ; LEE, HAYAN ; MARGARIDO, GABRIEL RODRIGUES ALVES ; HOTTA, CARLOS TAKESHI ; GAIARSA, JONAS WEISSMANN ; DINIZ, AUGUSTO LIMA ; OLIVEIRA, MAURO DE MEDEIROS ; FERREIRA, SÁVIO DE SIQUEIRA ; NISHIYAMA, MILTON YUTAKA ; TEN-CATEN, FELIPE ; RAGAGNIN, GEOVANI TOLFO ; ANDRADE, PABLO DE MORAIS ; DE SOUZA, ROBSON FRANCISCO ; NICASTRO, GIANLUCCA GONÇALVES ; PANDYA, RAVI ; KIM, CHANGSOO ; GUO, HUI ; Durham, Alan Mitchell. Assembly of the 373k gene space of the polyploid sugarcane genome reveals reservoirs of functional diversity in the world's leading biomass crop. GigaScience. v. 8, p. 1, 2019. Qualis: A1
      5. REYES, ALEJANDRO ; P. ALVES, JOÃO MARCELO ; Durham, Alan Mitchell ; Gruber, Arthur. Use of profile hidden Markov models in viral discovery: current insights. Advances in Genomics and Genetics. v. Volume 7, p. 29-45, 2017. Qualis: C
      6. ALVES, JOÃO M. P. ; DE OLIVEIRA, ANDRÉ L. ; SANDBERG, TATIANA O. M. ; MORENO-GALLEGO, JAIME L. ; DE TOLEDO, MARCELO A. F. ; DE MOURA, ELISABETH M. M. ; OLIVEIRA, LILIANE S. ; Durham, Alan M. ; MEHNERT, DOLORES U. ; ZANOTTO, PAOLO M. DE A. ; REYES, ALEJANDRO ; Gruber, Arthur. GenSeed-HMM: A Tool for Progressive Assembly Using Profile HMMs as Seeds and its Application in Alpavirinae Viral Discovery from Metagenomic Data. Frontiers in Microbiology (Online). v. 7, p. 00269, 2016. Qualis: A1
      7. SEVERINO, PATRICIA ; OLIVEIRA, LILIANE SANTANA ; ANDREGHETTO, FLÁVIA MAZIERO ; TORRES, NATALIA ; CURIONI, OTÁVIO ; CURY, PATRICIA MALUF ; TOPORCOV, TATIANA NATASHA ; Paschoal, Alexandre Rossi ; Durham, Alan Mitchell. Small RNAs in metastatic and non-metastatic oral squamous cell carcinoma. BMC Medical Genomics. v. 8, p. 1-15, 2015. Qualis: A3
      8. SEVERINO, PATRICIA ; OLIVEIRA, LILIANE SANTANA ; ANDREGHETTO, FLAVIA MAZIERO ; TORRES, NATALIA ; CURIONI, OTAVIO ; CURY, P. M. ; TOPORCOV, TATIANA NATASHA ; PASCHOAL, ALEXANDRE ROSSI ; DURHAM, A. M.. Abstract 3983: MicroRNAs and other small RNA molecules expressed in metastatic and non-metastatic oral squamous cell carcinoma. CANCER RESEARCH. v. 75, p. 3983-3983, 2015. Qualis: A1
      9. RANGEL, L. T. ; Novaes, J. ; DURHAM, A. M. ; MADEIRA, A. M. B. N. ; GRUBER, A.. The Eimeria Transcript DB: an integrated resource for annotated transcripts of protozoan parasites of the genus Eimeria. DATABASE-OXFORD. v. 2013, p. bat006-bat006, 2013. Qualis: Não identificado (DATABASE-OXFORD)
      10. KASHIWABARA, ANDRÉ YOSHIAKI ; BONADIO, ÍGOR ; ONUCHIC, VITOR ; AMADO, FELIPE ; MATHIAS, RAFAEL ; Durham, Alan Mitchell. ToPS: A Framework to Manipulate Probabilistic Models of Sequence Data. PLOS Computational Biology (Online). v. 9, p. e1003234, 2013. Qualis: A1
      11. SEVERINO, PATRICIA ; OLIVEIRA, LILIANE ; TORRES, NATALIA ; ANDREGHETTO, FLAVIA ; DE FATIMA GUARIZO KLINGBEIL, MARIA ; MOYSES, RAQUEL ; WÜNSCH-FILHO, VICTOR ; NUNES, FABIO ; MATHOR, MONICA ; PASCHOAL, ALEXANDRE ; DURHAM, ALAN. High-throughput sequencing of small RNA transcriptomes reveals critical biological features targeted by microRNAs in cell models used for squamous cell cancer research. BMC Genomics. v. 14, p. 735, 2013. Qualis: A2
      12. Paschoal, Alexandre Rossi ; Maracaja-Coutinho, Vinicius ; Setubal, João Carlos ; Simões, Zilá Luz Paulino ; Verjovski-Almeida, Sergio ; Durham, Alan Mitchell. Non-coding transcription characterization and annotation: A guide and web resource for non-coding RNA databases. RNA BIOL. v. 9, p. 274-282, 2012. Qualis: Não identificado (RNA BIOL)
      13. Novaes, Jeniffer ; RANGEL, L. T. L. D. ; FERRO, M. ; Abe, Ricardo Y. ; Manha, Alessandra P.S. ; de Mello, Joana C.M. ; Varuzza, Leonardo ; DURHAM, A. M. ; Madeira, Alda Maria B.N. ; Gruber, Arthur. A comparative transcriptome analysis reveals expression profiles conserved across three Eimeria spp. of domestic fowl and associated with multiple developmental stages. International Journal for Parasitology. v. 42, p. 39-48, 2012. Qualis: A1
      14. MACHADO-LIMA, A. ; KASHIWABARA, A. Y. ; DURHAM, A. M.. Decreasing the number of false positives in sequence classification. BMC GENOMICS. v. 11, p. S7, 2010. Qualis: A2
      15. DURHAM, A. M.; ARAUJO, F.M. ; MACHADO-LIMA, A. ; TEIXEIRA, R. ; OLIVEIRA, G.. Sequence and structural analysis of the 5- noncoding region of hepatitis C virus in patients with chronic infection. Journal of Medical Virology. v. 81, p. 1212-1219, 2009. Qualis: B1
      16. DURHAM, A. M.; LIMA, K. ; VIANA-NIERO, C. ; da Silva RABELLO, M. C. ; L.R.MARSOLA, ; LEAO, S. C.. Molecular Characterization of Mycobacterium massiliense and Mycobacterium bolletii in Isolates Collected from Outbreaks of Infections after Laparoscopic Surgeries and Cosmetic Procedures. Journal of Clinical Microbiology (Print). v. 46, p. 850-855, 2008. Qualis: A2
      17. DURHAM, A. M.; Chimara, E. ; FERRAZOLI, L. ; UEKY, S. Y. M. ; MARTINS, M. C. ; ARBEIT, R. D. ; LEAO, S. C.. Reliable identification of mycobacterial species by PCR-restriction enzyme analysis (PRA)-hsp65 in a reference laboratory and elaboration of a sequence-based extended algorithm of PRA-hsp65 patterns. BMC Microbiology (Online). v. 8, p. 48, 2008. Qualis: A2
      18. KASHIWABARA, A. Y. ; VIEIRA, D. ; LIMA, A. M. ; DURHAM, A. M.. Splice site prediction using stochastic regular grammars. GENETICS AND MOLECULAR RESEARCH. v. 6, p. 105-115, 2007.Qualis: B3
      19. DURHAM, A. M.; Ling KH ; MA, R. ; RIVAILLER, P. ; IVENS, A. ; MADEIRA, A. M. ; Mungall K. ; Novaes, J. ; Sobreira, T.J. ; GRUBER, A. ; BERRIMAN, M. ; Tomley, F. ; DEAR, P. H. ; WAN, K. L.. Sequencing and analysis of chromosome 1 of Eimeria tenella reveals a unique segmental organization. Genome Research. v. 17, p. 311-319, 2007. Qualis: A1
      20. DURHAM, A. M.; MACHADO-LIMA, A. ; Hernando A. del Portillo. Computational methods in noncoding RNA research. Journal of Mathematical Biology (Print). v. 56, p. 15-49, 2007. Qualis: A4
      21. DURHAM, A. M.; Sobreira, T.J. ; GRUBER, A.. TRAP: automated classification, quantification and annotation of tandemly repeated sequences. BIOINFORMATICS, Oxford, Inglaterra. v. 22, n. 3, p. 361-362, 2006. Qualis: Não identificado (BIOINFORMATICS, OXFORD, INGLATERRA)
      22. DURHAM, A. M.; HOFFMANN, E. H. ; MALAFRONTE, R. S. ; MORAES-AVILA, S. L. ; OSAKABE, A. L. ; WUNDERLICH, G. ; RIBOLLA, P. E. ; Hernando A. del Portillo ; URBANO, M.. Origins of sequence diversity in the malaria vaccine candidate merozoite surface protein-2 (MSP-2) in Amazonian isolates of Plasmodium falciparum. Gene (Amsterdam). v. 376, p. 224-230, 2006. Qualis: A4
      23. MERINO, E. F. ; FERNANDEZ-BECERRA, C. ; DURHAM, A. M. ; FERREIRA, J. E. ; TUMILASCI, V. F. ; DARC-NEVES, J. ; DADARIO, A. ; SILVA-NUNES, M. ; FERREIRA, M. U. ; WICKRAMARACHCHI, T. A. ; PORTILLO, H. A.. Multi-character population study of the vir subtelomeric multigene superfamily of Plasmodium vivax, a major human malaria parasite. Molecular and Biochemical Parasitology (Print). v. 149, p. 10-16, 2006. Qualis: A4
      24. DURHAM, A. M.; ALBRECHT, L. ; Emilio F. Merino ; HOFFMANN, E. H. ; URBANO, M. ; de Mattos Ferreira, R.G. ; OSAKABE, A. L. ; Dalla Martha, R.C. ; Ramharter, M. ; FERREIRA, J. E. ; Hernando A. del Portillo ; WUNDERLICH, G.. Extense variant gene family repertoire overlap in Western Amazon Plasmodium falciparum isolates. Molecular and Biochemical Parasitology (Print). v. 150, p. 157-165, 2006. Qualis: A4
      25. FEITOSA, FABIANA M. ; CALVO, ERIC ; MERINO, EMILIO F. ; Durham, Alan M. ; JAMES, ANTHONY A. ; DE BIANCHI, ANTONIO G. ; MARINOTTI, OSVALDO ; CAPURRO, MARGARETH L.. A transcriptome analysis of the Aedes aegypti vitellogenic fat body. Journal of Insect Science (Online). v. 6, p. 1-26, 2006. Qualis: C
      26. DURHAM, A. M.; KASHIWABARA, A. Y. ; MATSUNAGA, F. ; AHAGON, P. ; RAINONE, F. ; VARUZZA, L. ; GRUBER, A.. EGene: a configurable pipeline generation system for automated sequence analysis. BIOINFORMATICS, Bioinformatics Advance Access. v. 21, p. 2812-2813, 2005. Qualis: Não identificado (BIOINFORMATICS, BIOINFORMATICS ADVANCE ACCESS)
      27. FUJITA, A.; MASSIRER, Katlin Brauer ; DURHAM, Alan Mitchell ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; SOGAYAR, Mari Cleide. The GATO gene annotation tool for research laboratories.. Brazilian Journal of Medical and Biological Research (Impresso), Ribeirão Preto, SP. v. 38, n. 11, p. 1571-1574, 2005. Qualis: A4 (BRAZILIAN JOURNAL OF MEDICAL AND BIOLOGICAL RESEARCH)
      28. FERNANDEZ, S. ; KATSUYAMA, A. M. ; KASHIWABARA, A. Y. ; MADEIRA, A. M. B. N. ; DURHAM, A. M. ; GRUBER, A.. Characterization of SCAR markers of spp. of domestic fowl and construction of a public relational database (The SCARdb). FEMS MICROBIOLOGY LETTERS, Estados Unidos. v. 238, n. 1, p. 183-188, 2004. Qualis: Não identificado (OF DOMESTIC FOWL AND CONSTRUCTION OF A PUBLIC RELATIONAL DATABASE . FEMS MICROBIOLOGY LETTERS, ESTADOS UNIDOS)
      29. KOIDE, T. ; ZAINI, P. A. ; MOREIRA, L. M. ; VENCIO, R. Z. N. ; MATSUKUMA, A. Y. ; DURHAM, A. M. ; TEIXEIRA, D. C. ; EL-DORRY, H. ; MONTEIRO, P. B. ; DA SILVA, A. C. R. ; Verjovski-Almeida, S. ; da SILVA, A. M. ; GOMES, S. L.. DNA Microarray-Based Genome Comparison of a Pathogenic and a Nonpathogenic Strain of Xylella fastidiosa Delineates Genes Important for Bacterial Virulence. Journal of Bacteriology, Estados Unidos. v. 186, n. 16, p. 5442-5449, 2004. Qualis: Não identificado (JOURNAL OF BACTERIOLOGY, ESTADOS UNIDOS)
      30. DURHAM, A. M.; Emilio F. Merino ; FERNANDEZ-BECERRA, C. ; MADEIA, A. M. B. N. ; LIMA, A. M. ; GRUBER, A. ; Hernando A. del Portillo. Pilot survey of expressed sequence tags (ESTs) from the asexual blood stages of Plasmodium vivax in human patients. Malaria Journal (Online), Internet. v. 2, n. 21, p. 21, 2003. Qualis: Não identificado (MALARIA JOURNAL , INTERNET)
      31. GRUBER, A. (Org.) ; DURHAM, A. M. (Org.) ; HUYNH, C. (Org.) ; Hernando A. del Portillo (Org.). Bioinformatics in Tropical Disease Research: A Practical and Case-Study Approach. Bethesda, Estados Unidos: National Center for Biotechnology Information. Bioinformatics in Tropical Disease Research: A Practical and Case-Study Approach. Bethesda, Estados Unidos: National Center for Biotechnology Information, 2007. v. 1, p. 340.
      32. OLIVEIRA, L. S. ; PATERA, A. C. ; DOMINGUES, D. ; SANCHES, D. S. ; LOPES, F. M. ; BUGATTI, P. H. ; SAITO, P. T. M. ; Maracaja-Coutinho, Vinicius ; DURHAM, A. M. ; PASCHOAL, A. R.. Computational Analysis of Transposable Elements and CircRNAs in Plants. Em: Jungnam Cho. (Org.). Circular RNA in Plants. Methods in Molecular Biology series.. 1ed.New York, EUA. : Humana (Springer). 2021.v. 2362, p. 147-172.
      33. Maracaja-Coutinho, Vinicius ; PASCHOAL, ALEXANDRE ROSSI ; Caris-Maldonado, José Carlos ; Borges, Pedro Vinícius ; Ferreira, Almir José ; Durham, Alan Mitchell. Noncoding RNAs Databases: Current Status and Trends. Em: Xin Lai; Shailendra K., Gupta,, Julio Vera,. (Org.). Methods in Molecular Biology. 1ed.New York. : Springer New York. 2019.p. 251-285.
      34. DURHAM, A. ; SETUBAL, J. C. ; BARRERA, Junior. Interdisciplinaridade em ação na pesquisa e pós-graduação em bioinformática. Em: Arlindo Phillippi Jr; Valdir Fernandes. (Org.). Práticas da Interdisciplinaridade no Ensino e Pesquisa. 1ed.Editora Manole. : Brueri, São Paulo. 2015.p. 619-642.
      35. SEVERINO, PATRICIA ; OLIVEIRA, LILIANE SANTANA ; Durham, Alan Mitchell. Small RNA Sequencing for Squamous Cell Carcinoma Research. Em: Wei Wu ;Hani Choudhry. (Org.). Next Generation Sequencing in Cancer Research, Volume 2. 2ed.New York. : Springer International Publishing. 2015.p. 267-277.
      36. Passetti, Fabio ; Jorge, Natasha Andressa Nogueira ; Durham, Alan. Using Bioinformatics Tools to Study the Role of microRNA in Cancer. Methods in Molecular Biology. 1ed.Nova York. Em: . : Springer New York. 2014.p. 99-116.
      37. DURHAM, A. M.; GUBITOSO, M. D.. Using Linux. Em: Gruber, A.;Durham A.M;Huynh, C.; del Portillo, H.. (Org.). Bioinformatics in Tropical Disease Research: A Practical and Case-Study Approach. Bethesda, Estados Unidos. : National Center for Biotechnology Information. 2007..
      38. FERREIRA, R. C. ; BONADIO, I. ; DURHAM, A. M.. Secretary Pattern: dereasing coupling while keeping reusability. Em: SugarLoafPlop '16, 2016. Qualis: Não identificado (SugarLoafPlop '16)
      39. OIKAWA, M.K. ; SILVA, P. ; MERINO, E. F. ; FERNANDEZ-BECERRA, C. ; WUNDERLICH, G. ; BARRERA, J. ; DURHAM, A. M. ; Hernando A. del Portillo ; del PORTILLO, H. ; FERREIRA, J. E.. . ClinMaldb: a clinical field-research oriented relational database to study human malaria. Em: IADIS International Conference e-Health 2009, v. 1, p. 1-9, 2009.Qualis: Não identificado (IADIS International Conference e-Health 2009)
      40. DURHAM, A. M.; CONCEICAO, A. F. ; SUSSUMU, E. ; LIMA, A. M. ; TEGLIA, J. ; SANTOS, M. B.. A Framework for Building Language Interpreters. Em: Educator's Symposium - OOPSLA' 03, 2003, Anaheim. OOPSLA'03 Companion, p. 191-196, 2003. Qualis: Não identificado (EDUCATOR'S SYMPOSIUM - OOPSLA' 03, 2003, ANAHEIM. OOPSLA'03 COMPANION)
      41. VARUZZA, L. ; DURHAM, A. M. ; KASHIWABARA, A. Y. ; MADEIRA, A. M. B. N. ; GRUBER, A.. Development of an Integrated System for transcriptome inference and annotation. Em: II ICOBICOBI: International Conference On Bionformatics and Molecular Biology, 2004, Angra dos Reis. II Icobicobi, 2004.
      42. VIEIRA, D. ; KASHIWABARA, A. Y. ; DURHAM, A. M.. Splice Site Prediction using Grammar Inference. Em: II ICOBICOBI: International Conference On Bionformatics and Molecular Biology, 2004, Angra dos Reis. II Icobicobi, 2004.
      43. LIMA, A. M. ; Hernando A. del Portillo ; DURHAM, A. M.. RNA Modeling with Stochastic Context Free Grammars. Em: II ICOBICOBI: International Conference On Bionformatics and Molecular Biology, 2004, Angra dos Reis. Icobicobi, 2004.
      44. Emilio F. Merino ; DURHAM, A. M. ; TUMILASCI, V. F. ; LIMA, A. M. ; FERNANDEZ-BECERRA, C. ; DARC-NEVES, J. ; OIKAWA, M. ; FERREIRA, J. E. ; Hernando A. del Portillo. Plasmodium vivax: towards a global study of virulence in natural infections. Em: II ICOBICOBI: International Conference On Bionformatics and Molecular Biology, 2004, Angra dos Reis. II Icobicobi, 2004.
      45. ALBRECHT, L. ; OSAKABE, A. L. ; DURHAM, A. M. ; Hernando A. del Portillo ; WUNDERLICH, G.. Determining the var gene repertoire size in Amazonian Plasmodium falciparum isolates. Em: XXXIII Reunião anual da SBBq, 2004, Caxambu. Anais da XXXIII SBBq. , 2004, 2004.
      46. DURHAM, A. M.; MATSUNAGA, F. ; AHAGON, P. ; GRUBER, A.. A primer and chimera identification tool for PCR-based cDNA clones. Em: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto. Annals of the I International Conference on Bioinformatics and Computational Bioloogy, 2003.
      47. Emilio F. Merino ; FERNANDEZ-BECERRA, C. ; LIMA, A. M. ; DURHAM, A. M. ; GRUBER, A. ; HALL, N. ; Hernando A. del Portillo. Pilot survey of expressed sequence tags (ESTs)from the asexual blood stages of Plasmodium vivax in human patients. Em: I International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto. Proceedings of the I International Conference on Bionformatics and Computational Biology, 2003.
      48. KOIDE, T. ; ZAINI, P. A. ; VENCIO, R. Z. ; MOREIRA, L. M. ; MATSUKUMA, A. Y. ; DURHAM, A. M. ; TEIXEIRA, D. C. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. ; da SILVA, A. C. ; GOMES, S. L.. DNA MICROARRAY-BASED COMPARISON OF TWO XYLELLA FASTIDIOSA STRAINS. Em: XXXII SBBq, 2003, 2003, Caxambu. Anais da XXXII SBBq. , 2004, 2003.
      49. MATSUNAGA, F. ; DURHAM, A. M. ; SAKATA, H. ; AHAGON, P. ; FERNANDEZ, S. ; MADEIA, A. M. B. N. ; GRUBER, A.. Gene survey of Eimeria spp. of domestic fowl using open reading frame ESTs (ORESTES) and development of an automatic pipeline for sequence analysis. Em: Biotecnologia Habana 2002 - Agro-Biotech in the New Millenium, 2002, Havana. Biotecnologia Habana 2002 - Agro-Biotech in the New Millenium - Abstracts. Havana: Elfos Scientiae, p. 225-225, 2002.
      50. DURHAM, A. M. Alinhamento de Sequências. 2023. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
      51. A. M. Durham. Alinhamento de Sequências. 2022. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
      52. DURHAM, A. M. Alinhamento de Sequências. 2021. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
      53. DURHAM, A. M. Alinhamento de Sequências. 2020. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
      54. DURHAM, A. M. Alinhamento de Sequências. 2019. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
      55. OLIVEIRA, L. S. ; GRUBER, A. ; DURHAM, A. M.. Development of integrated environment for analysis and annotation of DNA sequences. 2013. Apresentação de Trabalho/Outra
      56. OLIVEIRA, L. S. ; GRUBER, A. ; DURHAM, A. M.. Development of integrated for analysis and annotation of DNA sequences. 2012. Apresentação de Trabalho/Outra
      57. ONUCHIC, V. ; Durham, Alan Mitchell. Using gene prediction models in order to improve the quality of multiple sequence alignments of homologous genes. 2011. Apresentação de Trabalho/Outra
      58. OLIVEIRA, L. S. ; PASCHOAL, A. R. ; Durham, Alan Mitchell. Identification of non-coding RNA from Mycobacterium pathogenic strains. 2010. Apresentação de Trabalho/Congresso
      59. ONUCHIC, V. ; MACHADO-LIMA, A. ; Durham, Alan Mitchell. Procura de Padrões Estruturais em RNAs Utilizando Grafos. 2010. Apresentação de Trabalho/Comunicação
      60. DURHAM, A. M.; LIMA, A. M. ; TEGLIA, J. ; SANTOS, M. B.. O Desenvolvimento de um Interpretador Orientado a Objetos para Ensino de Linguagens. 2002. Relatório Técnico
      61. DURHAM, A. M.; LIMA, A. M.. A conecionless protocol for mobile agents. 2002. Relatório Técnico
      62. DURHAM, A. M. Algoritmos em Genômica Computacional. 2023. Curso de curta duração ministrado/Extensão
      63. DURHAM, A. M. Algoritmos em Genômica Computacional. 2022. Curso de curta duração ministrado/Extensão
      64. DURHAM, A. M. Algoritmos em Genômica Computacional. 2021. Curso de curta duração ministrado/Extensão
      65. DURHAM, A. M. Algoritmos em Genômica Computacional. 2019. Curso de curta duração ministrado/Extensão
      66. DURHAM, A. M. ToPS/MYOP: um sistema para caracterização probabilisitca e seu uso na construção rápida de preditores de genes. 2015. Palestra
      67. DURHAM, A. M. Programming Perl for Bioinformatics. 2006. Curso de curta duração ministrado/Extensão
      68. DURHAM, A. M. Perl for Bioinformatics. 2005. Curso de curta duração ministrado/Extensão
      69. DURHAM, A. M. Unix for Bioinformatics. 2004. Curso de curta duração ministrado/Extensão
      70. DURHAM, A. M. Programming Perl for Bioinformatics. 2004. Curso de curta duração ministrado/Extensão
      71. DURHAM, A. M. Programming in perl for bioinformatics. 2003. Curso de curta duração ministrado/Extensão
      72. DURHAM, A. M. Programming Perl for Bioinformatics. 2003. Curso de curta duração ministrado/Extensão
      73. DURHAM, A. M. Programming Perl for Bioinformatics. 2003. Curso de curta duração ministrado/Extensão
      74. DURHAM, A. M. Programming Perl for Bioinformatics. 2002. Curso de curta duração ministrado/Extensão
      75. DURHAM, A. M. Programming Perl For Bioinformatics. 2002. Curso de curta duração ministrado/Extensão

    • Alan Mitchell Durham ⇔ João Eduardo Ferreira (3.0)
      1. MERINO, E. F. ; FERNANDEZ-BECERRA, C. ; DURHAM, A. M. ; FERREIRA, J. E. ; TUMILASCI, V. F. ; DARC-NEVES, J. ; DADARIO, A. ; SILVA-NUNES, M. ; FERREIRA, M. U. ; WICKRAMARACHCHI, T. A. ; PORTILLO, H. A.. Multi-character population study of the vir subtelomeric multigene superfamily of Plasmodium vivax, a major human malaria parasite. Molecular and Biochemical Parasitology (Print). v. 149, p. 10-16, 2006. Qualis: A4
      2. DURHAM, A. M.; ALBRECHT, L. ; Emilio F. Merino ; HOFFMANN, E. H. ; URBANO, M. ; de Mattos Ferreira, R.G. ; OSAKABE, A. L. ; Dalla Martha, R.C. ; Ramharter, M. ; FERREIRA, J. E. ; Hernando A. del Portillo ; WUNDERLICH, G.. Extense variant gene family repertoire overlap in Western Amazon Plasmodium falciparum isolates. Molecular and Biochemical Parasitology (Print). v. 150, p. 157-165, 2006. Qualis: A4
      3. OIKAWA, M.K. ; SILVA, P. ; MERINO, E. F. ; FERNANDEZ-BECERRA, C. ; WUNDERLICH, G. ; BARRERA, J. ; DURHAM, A. M. ; Hernando A. del Portillo ; del PORTILLO, H. ; FERREIRA, J. E.. . ClinMaldb: a clinical field-research oriented relational database to study human malaria. Em: IADIS International Conference e-Health 2009, v. 1, p. 1-9, 2009.Qualis: Não identificado (IADIS International Conference e-Health 2009)

    • Alan Mitchell Durham ⇔ João Eduardo Ferreira (3.0)
      1. MERINO, E. F. ; FERNANDEZ-BECERRA, C. ; DURHAM, A. M. ; FERREIRA, J. E. ; TUMILASCI, V. F. ; DARC-NEVES, J. ; DADARIO, A. ; SILVA-NUNES, M. ; FERREIRA, M. U. ; WICKRAMARACHCHI, T. A. ; PORTILLO, H. A.. Multi-character population study of the vir subtelomeric multigene superfamily of Plasmodium vivax, a major human malaria parasite. Molecular and Biochemical Parasitology (Print). v. 149, p. 10-16, 2006. Qualis: A4
      2. DURHAM, A. M.; ALBRECHT, L. ; Emilio F. Merino ; HOFFMANN, E. H. ; URBANO, M. ; de Mattos Ferreira, R.G. ; OSAKABE, A. L. ; Dalla Martha, R.C. ; Ramharter, M. ; FERREIRA, J. E. ; Hernando A. del Portillo ; WUNDERLICH, G.. Extense variant gene family repertoire overlap in Western Amazon Plasmodium falciparum isolates. Molecular and Biochemical Parasitology (Print). v. 150, p. 157-165, 2006. Qualis: A4
      3. OIKAWA, M.K. ; SILVA, P. ; MERINO, E. F. ; FERNANDEZ-BECERRA, C. ; WUNDERLICH, G. ; BARRERA, J. ; DURHAM, A. M. ; Hernando A. del Portillo ; del PORTILLO, H. ; FERREIRA, J. E.. . ClinMaldb: a clinical field-research oriented relational database to study human malaria. Em: IADIS International Conference e-Health 2009, v. 1, p. 1-9, 2009.Qualis: Não identificado (IADIS International Conference e-Health 2009)

    • Alan Mitchell Durham ⇔ André Fujita (1.0)
      1. FUJITA, A.; MASSIRER, Katlin Brauer ; DURHAM, Alan Mitchell ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; SOGAYAR, Mari Cleide. The GATO gene annotation tool for research laboratories.. Brazilian Journal of Medical and Biological Research (Impresso), Ribeirão Preto, SP. v. 38, n. 11, p. 1571-1574, 2005. Qualis: A4 (BRAZILIAN JOURNAL OF MEDICAL AND BIOLOGICAL RESEARCH)

    • Alan Mitchell Durham ⇔ Carlos Eduardo Ferreira (1.0)
      1. FUJITA, A.; MASSIRER, Katlin Brauer ; DURHAM, Alan Mitchell ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; SOGAYAR, Mari Cleide. The GATO gene annotation tool for research laboratories.. Brazilian Journal of Medical and Biological Research (Impresso), Ribeirão Preto, SP. v. 38, n. 11, p. 1571-1574, 2005. Qualis: A4 (BRAZILIAN JOURNAL OF MEDICAL AND BIOLOGICAL RESEARCH)

    • Alan Mitchell Durham ⇔ Junior Barrera (1.0)
      1. DURHAM, A. ; SETUBAL, J. C. ; BARRERA, Junior. Interdisciplinaridade em ação na pesquisa e pós-graduação em bioinformática. Em: Arlindo Phillippi Jr; Valdir Fernandes. (Org.). Práticas da Interdisciplinaridade no Ensino e Pesquisa. 1ed.Editora Manole. : Brueri, São Paulo. 2015.p. 619-642.

    • Alan Mitchell Durham ⇔ Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio (1.0)
      1. KOIDE, T. ; ZAINI, P. A. ; MOREIRA, L. M. ; VENCIO, R. Z. N. ; MATSUKUMA, A. Y. ; DURHAM, A. M. ; TEIXEIRA, D. C. ; EL-DORRY, H. ; MONTEIRO, P. B. ; DA SILVA, A. C. R. ; Verjovski-Almeida, S. ; da SILVA, A. M. ; GOMES, S. L.. DNA Microarray-Based Genome Comparison of a Pathogenic and a Nonpathogenic Strain of Xylella fastidiosa Delineates Genes Important for Bacterial Virulence. Journal of Bacteriology, Estados Unidos. v. 186, n. 16, p. 5442-5449, 2004. Qualis: Não identificado (JOURNAL OF BACTERIOLOGY, ESTADOS UNIDOS)




(*) Relatório criado com produções desde 2000 até 2025
Data de processamento: 25/02/2025 19:39:44