Instituto de Matemática e Estatística da USP

Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio

Lattes completo: http://goo.gl/zK5Ea --- Graduado em Física pelo IF-USP, mestre em Estatística pelo IME-USP, doutor em Bioinformática pela USP e livre-docênte em Probabilidade e Estatística pela USP - Universidade de São Paulo; venho trabalhando na criação de métodos matemáticos e computacionais para solução de problemas em Biologia e em Medicina. Em meados de 2008 integrei-me ao corpo docente da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - Universidade de São Paulo (FMRP-USP) como Professor Doutor MS-3 para atuar na área de Bioinformática do Departamento de Genética. Naquele momento, fundei o LabPIB - Laboratório de Processamento de Informação Biológica (http://labpib.openwetware.org). No fim de 2010 fui convidado a me unir ao recém criado Departamento de Computação e Matemática (DCM) dentro da Faculdade de Filosofia Ciências e Letras de Ribeirão Preto (FFCLRP-USP) e transferi o LabPIB. No início de 2013 me tornei Professor Associado MS-5 no mesmo departamento. Questões, pedido de cópias dos trabalhos publicados (http://scholar.google.com/citations?user=4N0TeRkAAAAJ) e comentários diversos são sempre bem-vindos: rvencio@usp.br ******* BSc. in Physics, MSc. in Statistics, PhD. in Bioinformatics and Dr Hab. in Probability & Statistics by the University of São Paulo (USP), I have been working on the creation of mathematical and computational methods for the solution of problems in Biology and Medicine. In late 2008 I joined the University of São Paulo's Medical School at Ribeirão Preto (FMRP-USP) as Assistant Professor to conduct research and teaching activities on bioinformatics at the Genetics Department. At that moment I founded the LabPIB (acronym that stands for Biological Information Processing Lab, in Portuguese http://labpib.openwetware.org). In late 2010 I was invited to join the newly created Department of Computing and Mathematics (DCM) at University of Sao Paulo's Ribeirao Preto campus, to where I moved the LabPIB. In early 2013 I became Associate Professor in the same department. Questions or reprint requisitions of my published works (http://scholar.google.com/citations?user=4N0TeRkAAAAJ) or even random comments are always welcome: rvencio@usp.br (Texto informado pelo autor)

http://lattes.cnpq.br/3278315914566734 (14/07/2024)

Rótulo/Grupo:

Bolsa CNPq:

Período de análise:

Endereço: Universidade de São Paulo, Faculdade de Filosofia Ciências e Letras de Ribeirão Preto, Departamento de Computação e Matemática. Av. Bandeirantes, 3900 Monte Alegre 14040901 - Ribeirão Preto, SP - Brasil Telefone: (16) 33150429 Fax: (16) 33150407 URL da Homepage: http://labpib.openwetware.org/ - - - http://dcm.ffclrp.usp.br/

Grande área: Ciências Exatas e da Terra

Área: Probabilidade e Estatística

Citações: Google Acadêmico

Produção bibliográfica

Artigos completos publicados em periódicos (74)
1. MARRERO-GUTIÉRREZ, JUNIER ; BUENO, ANA CAROLINA ; MARTINS, CLARISSA SILVA ; COELI-LACCHINI, FERNANDA BORCHERS ; SILVA-JÚNIOR, RUI M PATRÍCIO ; MARQUES GONÇALVES, GABRIEL HENRIQUE ; OZAKI, JORGE GUILHERME OKANOBO ; DE ALMEIDA E SILVA, DANILLO C ; WILDEMBERG, LUIZ EDUARDO ; DA SILVA ANTUNES, XIMENE LIMA ; DOS SANTOS, ANTÔNIO CARLOS ; MACHADO, HELIO RUBENS ; SANTOS, MARCELO VOLPON ; MOREIRA, AYRTON CUSTODIO ; GADELHA, MONICA R ; VÊNCIO, RICARDO ZORZETTO NICOLIELLO ; ANTONINI, SONIR ROBERTO R ; DE CASTRO, MARGARET. Epigenetic control of adamantinomatous craniopharyngiomas. JOURNAL OF CLINICAL ENDOCRINOLOGY & METABOLISM. v. 1, p. 1, 2024. Qualis: A1 (THE JOURNAL OF CLINICAL ENDOCRINOLOGY AND METABOLISM)
2. LORENZETTI, ALAN P. R. ; KUSEBAUCH, ULRIKE ; ZARAMELA, LÍVIA S. ; WU, WEI-JU ; DE ALMEIDA, JOÃO P. P. ; TURKARSLAN, SERDAR ; L. G. DE LOMANA, ADRIÁN ; GOMES-FILHO, JOSÉ V. ; VÊNCIO, RICARDO Z. N. ; MORITZ, ROBERT L. ; KOIDE, TIE ; BALIGA, NITIN S.. A Genome-Scale Atlas Reveals Complex Interplay of Transcription and Translation in an Archaeon. mSystems. v. 1, p. 1, 2023. Qualis: A1
3. SILVA-JÚNIOR, RUI M PATRÍCIO DA ; BUENO, ANA CAROLINA ; MARTINS, CLARISSA SILVA ; COELLI-LACCHINI, FERNANDA ; OZAKI, JORGE GUILHERME OKANOBO ; ALMEIDA-E-SILVA, DANILLO CUNHA DE ; MARRERO-GUTIÉRREZ, JUNIER ; SANTOS, ANTÔNIO CARLOS DOS ; GARCIA-PERAL, CARLOS ; MACHADO, HÉLIO RUBENS ; SANTOS, MARCELO VOLPON DOS ; ELIAS, PAULA LAMPARELLI ; MOREIRA, AYRTON C ; COLLI, LEANDRO M ; VÊNCIO, RICARDO Z N ; ANTONINI, SONIR R ; DE CASTRO, MARGARET. Integrating Methylome and Transcriptome Signatures Expands the Molecular Classification of the Pituitary Tumors. JOURNAL OF CLINICAL ENDOCRINOLOGY & METABOLISM. v. 108, p. 1452-1463, 2023. Qualis: A1 (THE JOURNAL OF CLINICAL ENDOCRINOLOGY AND METABOLISM)
4. BUENO, ANA CAROLINA ; STECCHINI, MONICA F. ; MARRERO-GUTIÉRREZ, JUNIER ; MORE, CANDY BELLIDO ; LEAL, LETICIA FERRO ; GOMES, DÉBORA CRISTIANE ; DE LIMA NETO, DANIEL FERREIRA ; BRANDALISE, SILVIA REGINA ; CARDINALLI, IZILDA APARECIDA ; YUNES, JOSÉ ANDRES ; JUNQUEIRA, THAIS ; SCRIDELI, CARLOS ALBERTO ; MOLINA, CARLOS AUGUSTO FERNANDES ; RAMALHO, FERNANDO SILVA ; TUCCI, SILVIO ; COELI-LACCHINI, FERNANDA BORCHERS ; MOREIRA, AYRTON CUSTODIO ; RAMALHO, LEANDRA ; VÊNCIO, RICARDO ZORZETTO NICOLIELLO ; DE CASTRO, MARGARET. Vitamin D receptor hypermethylation as a biomarker for pediatric adrenocortical tumors. EUROPEAN JOURNAL OF ENDOCRINOLOGY. v. 1, p. 1, 2022. Qualis: A1
5. ALVES, INGRID R. ; VÊNCIO, RICARDO Z. ; GALHARDO, RODRIGO S.. Whole genome analysis of UV-induced mutagenesis in Caulobacter crescentus. MUTATION RESEARCH-FUNDAMENTAL AND MOLECULAR MECHANISMS OF MUTAGENESIS. v. 825, p. 111787, 2022. Qualis: Não identificado (MUTATION RESEARCH-FUNDAMENTAL AND MOLECULAR MECHANISMS OF MUTAGENESIS)
6. BUENO, ANA CAROLINA ; DA SILVA, RUI M. P. ; STECCHINI, MÔNICA F. ; MARRERO-GUTIÉRREZ, JUNIER ; DE ALMEIDA E SILVA, DANILLO C. ; CARDINALLI, IZILDA ; SCRIDELI, CARLOS ALBERTO ; JUNQUEIRA, THAIS ; MOLINA, CARLOS A. F. ; RAMALHO, FERNANDO SILVA ; TUCCI JUNIOR, SILVIO ; COELI-LACCHINI, FERNANDA BORCHERS ; MOREIRA, AYRTON CUSTODIO ; RAMALHO, LEANDRA N Z ; BRANDALISE, SILVIA ; YUNES, JOSÉ ANDRES ; DE CASTRO, MARGARET ; VÊNCIO, RICARDO ZORZETTO NICOLIELLO ; ANTONINI, SONIR R R. DNA methylation is a comprehensive marker for pediatric adrenocortical tumors. ENDOCRINE-RELATED CANCER. v. 1, p. 1, 2022. Qualis: A1
7. ONGA, EVELYN AYUMI ; VÊNCIO, RICARDO Z. N. ; KOIDE, TIE. Low Salt Influences Archaellum-Based Motility, Glycerol Metabolism, and Gas Vesicles Biogenesis in Halobacterium salinarum. Microorganisms. v. 10, p. 2442, 2022. Qualis: B1
8. BUENO, ANA CAROLINA ; MORE, CANDY BELLIDO ; MARRERO-GUTIÉRREZ, JUNIER ; DE ALMEIDA E SILVA, DANILLO C. ; LEAL, LETICIA FERRO ; MONTALDI, ANA PAULA ; RAMALHO, FERNANDO SILVA ; VÊNCIO, RICARDO ZORZETTO NICOLIELLO ; DE CASTRO, MARGARET ; ANTONINI, SONIR ROBERTO R.. Vitamin D receptor activation is a feasible therapeutic target to impair adrenocortical tumorigenesis. MOLECULAR AND CELLULAR ENDOCRINOLOGY. v. 1, p. 111757, 2022. Qualis: A2
9. IBRAHIM, AMR GALAL ABD EL-RAHEEM ; VÊNCIO, RICARDO Z. N. ; LORENZETTI, ALAN P. R. ; KOIDE, TIE. Halobacterium salinarum and Haloferax volcanii Comparative Transcriptomics Reveals Conserved Transcriptional Processing Sites. Genes. v. 12, p. 1018, 2021. Qualis: A2
10. NERI DE SOUZA REIS, VIVIANE ; TAHIRA, ANA CAROLINA ; DAGUANO GASTALDI, VINÍCIUS ; MARI, PAULA ; PORTOLESE, JOANA ; FEIO DOS SANTOS, ANA CECILIA ; LISBOA, BIANCA ; MARI, JAIR ; CAETANO, SHEILA C. ; BRUNONI, DÉCIO ; BORDINI, DANIELA ; SILVESTRE DE PAULA, CRISTIANE ; VÊNCIO, RICARDO Z. N. ; QUACKENBUSH, JOHN ; BRENTANI, HELENA. Environmental Influences Measured by Epigenetic Clock and Vulnerability Components at Birth Impact Clinical ASD Heterogeneity. Genes. v. 12, p. 1433, 2021. Qualis: A2
11. FERNANDEZ-BECERRA, CARMEN ; BERNABEU, MARIA ; CASTELLANOS, ANGÉLICA ; CORREA, BRUNA R. ; OBADIA, THOMAS ; RAMIREZ, MIRIAM ; RUI, EDMILSON ; HENTZSCHEL, FRANZISKA ; LÓPEZ-MONTAÑÉS, MARIA ; AYLLON-HERMIDA, ALBERTO ; MARTIN-JAULAR, LORENA ; ELIZALDE-TORRENT, ALEIX ; SIBA, PETER ; VÊNCIO, RICARDO Z. ; AREVALO-HERRERA, MYRIAM ; HERRERA, SÓCRATES ; ALONSO, PEDRO L. ; MUELLER, IVO ; DEL PORTILLO, HERNANDO A.. spleen-dependent genes encode antigens associated with cytoadhesion and clinical protection. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA. v. 1, p. 201920596, 2020. Qualis: A1
12. DE ALMEIDA, JOÃO PAULO PEREIRA ; VÊNCIO, RICARDO Z. N. ; LORENZETTI, ALAN P. R. ; CATEN, FELIPE TEN- ; GOMES-FILHO, JOSÉ VICENTE ; KOIDE, TIE. The Primary Antisense Transcriptome of Halobacterium salinarum NRC-1. Genes. v. 10, p. 280, 2019. Qualis: A2
13. KANAN, ADELLE D. ; COREY, EVA ; VÊNCIO, RICARDO Z. N. ; ISHWAR, ARJUN ; Liu, Alvin Y.. Lineage relationship between prostate adenocarcinoma and small cell carcinoma. BMC CANCER. v. 19, p. 518, 2019. Qualis: A2
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15. Pascal, Laura E ; MASOODI, KHALID Z ; LIU, JUNE ; QIU, XIAONAN ; SONG, QIONG ; WANG, YUJUAN ; ZANG, YACHEN ; YANG, TIEJUN ; WANG, YAO ; RIGATTI, LORA H ; CHANDRAN, UMA ; COLLI, LEANDRO M ; VENCIO, RICARDO Z N ; LU, YI ; ZHANG, JIAN ; Wang, Zhou. Conditional deletion of ELL2 induces murine prostate intraepithelial neoplasia. JOURNAL OF ENDOCRINOLOGY. v. 235, p. 123-136, 2017. Qualis: A1
16. BORGES, GISELY T. ; Vêncio, Eneida F. ; QUEK, SUE-ING ; CHEN, ADELINE ; SALVANHA, DIEGO M. ; Vêncio, Ricardo Z.N. ; NGUYEN, HOLLY M. ; VESSELLA, ROBERT L. ; Cavanaugh, Christopher ; Ware, Carol B. ; TROISCH, PAMELA ; Liu, Alvin Y.. Conversion of Prostate Adenocarcinoma to Small Cell Carcinoma-Like by Reprogramming. Journal of Cellular Physiology (Print). v. 1, p. n/a-n/a, 2016. Qualis: A2
17. JIANG, YUXIANG ; ORON, TAL RONNEN ; CLARK, WYATT T. ; BANKAPUR, ASMA R. ; D?ANDREA, DANIEL ; LEPORE, ROSALBA ; FUNK, CHRISTOPHER S. ; KAHANDA, INDIKA ; VERSPOOR, KARIN M. ; BEN-HUR, ASA ; KOO, DA CHEN EMILY ; PENFOLD-BROWN, DUNCAN ; SHASHA, DENNIS ; YOUNGS, NOAH ; BONNEAU, RICHARD ; LIN, ALEXANDRA ; SAHRAEIAN, SAYED M. E. ; MARTELLI, PIER LUIGI ; PROFITI, GIUSEPPE ; VENCIO, R. An expanded evaluation of protein function prediction methods shows an improvement in accuracy. GENOME BIOLOGY. v. 17, p. 184, 2016. Qualis: Não identificado (GENOME BIOLOGY)
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37. Toledo, Sílvia Regina Caminada ; Zago, Marco Antonio ; Oliveira, Indhira Dias ; Proto-Siqueira, Rodrigo ; Okamoto, Oswaldo K. ; Severino, Patricia ; VENCIO, R ; Gamba, Francine Tesser ; Silva, Wilson A. ; Moreira-Filho, Carlos A. ; Torre, Cristiane A. Dalla ; Alves, Maria Tereza Seixas ; Garcia-Filho, Reynaldo J. ; Simpson, Andrew J. G. ; Petrilli, Antonio Sergio. Insights on PRAME and osteosarcoma by means of gene expression profiling. Journal of Orthopaedic Science (Print),. p. 4, 2011. Qualis: Não identificado (JOURNAL OF ORTHOPAEDIC SCIENCE ,)
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41. FERNANDEZ-BECERRA, C. ; YAMAMOTO, M. M. ; VENCIO, R ; LACERDA, M. ; ROSANAS-URGELL, A. ; PORTILLO, H. A.. Plasmodium vivax and the importance of the subtelomeric multigene vir superfamily. Trends in Parasitology. v. 25, p. 44-51, 2009. Qualis: A1
42. LEE, W. ; CUI, D. ; CZESNIKIEWICZ-GUZIK, M. ; VENCIO, R ; SHMULEVICH, I. ; ADEREM, A. ; WEYAND, C. M. ; GORONZY, J. J.. Age-dependent signature of metallothionein expression in primary CD4 T-cell responses is due to sustained zinc signaling. Rejuvenation Research. v. 11, p. 1001-1011, 2009. Qualis: A3
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48. PASCAL, L. E. ; VENCIO, R ; PAGE, L. S. ; LIEBESKIND, E. S. ; SHADLE, C. P. ; TROISCH, P. ; MARZOLF, B. ; TRUE, L. D. ; HOOD, L. E. ; LIU, A. Y.. Gene expression relationship between prostate cancer cells of Gleason 3, 4 and normal epithelial cells as revealed by cell type-specific transcriptomes. BMC Cancer (Online). v. 9, p. 452, 2009. Qualis: A2
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50. QUEREC, T. ; AKONDY, R. S. ; LEE, E. K. ; CAO, W. ; NAKAYA, H. I. ; TEUWEN, D. ; PIRANI, A. ; GERNERT, K. ; DENG, J. ; MARZOLF, B. ; KENNEDY, K. ; WU, H. ; BENNOUNA, S. ; OLUOCH, H. ; MILLER, J. ; VENCIO, R ; MULLIGAN, M. ; ADEREM, A. ; AHMED, R. ; PULENDRAN, B.. Systems biology approach predicts immunogenicity of the yellow fever vaccine in humans. Nature Immunology. v. 10, p. 116-125, 2008. Qualis: A1
51. PAPINI-TERZI, F. S. ; FELIX, J. M. ; ROCHA, F. R. ; WACLAWOVSKY, A. J. ; ULIAN, E. C. ; CHABREGAS, S. M. ; NISHIYAMA-JR, M. Y. ; VENCIO, R ; VICENTINI, R. ; MENOSSI, M. ; SOUZA, G. M.. The SUCEST-FUN Project: identifying genes that regulate sucrose content in sugarcane plants. Sugar Cane International. v. 26, p. 25-29, 2008.Qualis: Não identificado (SUGAR CANE INTERNATIONAL)
52. ROCHA, F. R. ; PAPINI-TERZI, F. S. ; NISHIYAMA-JR, M. Y. ; VENCIO, R ; VICENTINI, R. ; DUARTE, R. D. C. ; SILVA, F. V. ; MEDEIROS, A. H. ; FIGUEIRA, A. V. O. ; HEMERLY, A. S. ; ULIAN, E. C. ; MAURO, S. M. Z. ; MENOSSI, M. ; SOUZA, G. M.. Signal transduction-related responses to phytohormones and environmental challenges in sugarcane. BMC Genomics. v. 8, p. 71, 2007. Qualis: A2
53. OKAMOTO, O. K. ; CARVALHO, A. C. S. R. ; MARTI, L. C. ; VENCIO, R. Z. N. ; MOREIRA-FILHO, C. A.. Common molecular pathways involved in human CD133+/CD34+ progenitor cell expansion and cancer. Cancer Cell International (Online). v. 7, p. 11, 2007. Qualis: A3
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55. COSTAFREDA, S. G. ; BRAMMER, M. J. ; VENCIO, R ; MOURAO, M. L. ; PORTELA, L. A. P. ; CASTRO, C. C. ; GIAMPIETRO, V. P. ; AMARO JUNIOR, E.. Multisite fMRI reproducibility of a motor task using identical MR systems. Journal of Magnetic Resonance Imaging. v. 26, p. 1122-1126, 2007. Qualis: A1
56. SEVERINO, P. ; VENCIO, R ; DUSSURGET, O. ; DUMAS, E. ; GARRIDO, P. ; PADILLA, G. ; PIVETEAU, P. ; LEMAITRE, J. ; KUNST, F. ; GLASER, P. ; BUCHRIESER, C.. Comparative Transcriptome Analysis of Listeria monocytogenes Strains of the Two Major Lineages Reveals Differences in Virulence, Cell Wall, and Stress Response. Applied and Environmental Microbiology. v. 73, p. 6078-6088, 2007. Qualis: A1
57. VENCIO, R; SHMULEVICH, I.. ProbCD: enrichment analysis accounting for categorization uncertainty. BMC Bioinformatics. v. 8, p. 383, 2007. Qualis: A1
58. VENCIO, R; KOIDE, T. ; GOMES, S. L. ; PEREIRA, C. A. B.. BayGO: Bayesian Analysis of onthology term enrichment in microarray data. BMC Bioinformatics, Estados Unidos. v. 7, n. 86, p. 86, 2006. Qualis: Não identificado (BMC BIOINFORMATICS, ESTADOS UNIDOS)
59. PEIXOTO, B. R. ; VENCIO, R ; EGIDIO, C. M. ; MOTA-VIEIRA, L. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. ; REIS, E. M.. Evaluation of reference-based two-color methods for measurement of gene expression ratios using spotted cDNA microarrays. BMC Genomics. v. 7, p. 35, 2006. Qualis: A2
60. KOIDE, T. ; IZAAC, S. M. S. ; GOMES, S. L. ; VENCIO, R. SpotWhatR: a user-friendly microarray data analysis system. Genetics and Molecular Research. v. 5, n. 1, p. 93-107, 2006.Qualis: B3
61. VENCIO, R. Z. N. ; PATRÃO, D. F. C. ; BAPTISTA, C. S. ; PEREIRA, CAB ; ZINGALES, B.. BayBoots: a model-free Bayesian tool to identify class markers from gene expression data. Genetics and Molecular Research. v. 5, n. 1, p. 138-142, 2006.Qualis: B3
62. KOIDE, T. ; VENCIO, R ; GOMES, S. L.. Global gene expression analysis of the heat shock response in the phytopathogen Xylella fastidiosa. Journal of Bacteriology. v. 188, p. 5821-5830, 2006. Qualis: A3
63. BAPTISTA, C. S. ; VENCIO, R ; ABDALA, S. ; CARRANZA, J. C. ; WESTENBERGER, S. J. ; SILVA, M. N. ; PEREIRA, C. A. B. ; GALVAO, L. M. ; GONTIJO, E. D. ; CHIARI, E. ; STURM, N. R. ; ZINGALES, B.. Differential transcription profiles in Trypanosoma cruzi associated with clinical forms of Chagas disease: Maxicircle NADH dehydrogenase subunit 7 gene truncation in asymptomatic patient isolates. Molecular and Biochemical Parasitology. v. 150, p. 236-248, 2006. Qualis: A4
64. VENCIO, R; OLIVEIRA, G. B.. Integração entre Biologia e Física: construindo redes de regulação gênica usando equações diferenciais. Revista Brasileira de Ensino de Bioquímica e Biologia Molecular. v. 1, p. 30-43, 2006.Qualis: C
65. RIBICHICH, K. F. ; IZAAC, S. M. S. ; GEORG, R. C. ; VENCIO, R ; NAVARRO, L. D. ; GOMES, S. L.. Gene discovery and expression profile analysis through EST sequencing from different developmental stages of the chytridiomycete Blastocladiella emersonii. Eukaryotic Cell (Online), Estados Unidos. v. 4, n. 5, p. 455-464, 2005. Qualis: Não identificado (EUKARYOTIC CELL , ESTADOS UNIDOS)
66. PAPINI-TERZI, F. S. ; ROCHA, F. R. ; VENCIO, R ; OLIVEIRA, K. C. ; FELIX, J. M. ; VICENTINI, R. ; ROCHA, C. S. ; SIMOES, A. C. Q. ; ULIAN, E. C. ; MAURO, S. M. Z. ; SILVA, A. M. ; PEREIRA, C. A. B. ; MENOSSI, M. ; SOUZA, G. M.. Transcription profiling of signal transduction-related genes in sugarcane tissues. DNA Research, Japão. v. 12, n. 1, p. 27-38, 2005. Qualis: Não identificado (DNA RESEARCH, JAPÃO)
67. PASHALIDIS, S. ; MOREIRA, L. M. ; ZAINI, P. A. ; CAMPANHARO, J. C. ; ALVES, L. M. C. ; CIAPINA, L. P. ; VENCIO, R ; LEMOS, E. G. M. ; SILVA, A. M. ; SILVA, A. C. R.. Whole-genome expression profiling of Xylella fastidiosa in response to growth on glucose. Journal of Integrative Biology / Omics (Larchmont). v. 9, n. 1, p. 77-90, 2005. Qualis: Não identificado (JOURNAL OF INTEGRATIVE BIOLOGY / OMICS)
68. FOLGUEIRA, M. A. A. K. ; CARRARO, D. M. ; BRENTANI, H. ; PATRAO, D. F. C. ; BARBOSA, E. M. ; KATAYAMA, M. L. H. ; SOARES, F. A. ; OLIVEIRA, C. T. ; REIS, L. F. L. ; CAMARGO, L. P. ; VENCIO, R ; SNITCOVSKY, I. M. L. ; MAKDISSI, F. B. A. ; BRENTANI, M. M.. Gene expression profile associated with response to doxorubicin-based therapy in breast cancer. Clinical Cancer Research. v. 11, n. 20, p. 7434-7443, 2005. Qualis: A1
69. VENCIO, R; KOIDE, T.. HTself: Self-Self Based Statistical Test for Low Replication Microarray Studies. DNA Research. v. 12, n. 3, p. 211-214, 2005. Qualis: A1
70. KOIDE, T. ; ZAINI, P. A. ; MOREIRA, L. M. ; VENCIO, R. Z. N. ; MATSUKUMA, A. Y. ; DURHAM, A. M. ; TEIXEIRA, D. C. ; EL-DORRY, H. ; MONTEIRO, P. B. ; DA SILVA, A. C. R. ; Verjovski-Almeida, S. ; da SILVA, A. M. ; GOMES, S. L.. DNA Microarray-Based Genome Comparison of a Pathogenic and a Nonpathogenic Strain of Xylella fastidiosa Delineates Genes Important for Bacterial Virulence. Journal of Bacteriology, Estados Unidos. v. 186, n. 16, p. 5442-5449, 2004. Qualis: Não identificado (JOURNAL OF BACTERIOLOGY, ESTADOS UNIDOS)
71. PEREIRA, CAB; VENCIO, R. Z. N. ; BRENTANI, H. ; PATRAO, D. F. C.. Bayesian model accounting for within-class biological variability in Serial Analysis of Gene Expression (SAGE). BMC Bioinformatics, Estados Unidos. v. 5, n. 119, p. 119-0, 2004. Qualis: Não identificado (BMC BIOINFORMATICS, ESTADOS UNIDOS)
72. BAPTISTA, C. S. ; VENCIO, R ; ABDALA, S. ; VALADARES, M. P. ; MARTINS, C. ; PEREIRA, C. A. B. ; ZINGALES, B.. DNA microarrays for comparative genomics and analysis of gene expression in Trypanosoma cruzi. Molecular and Biochemical Parasitology, Estados Unidos. v. 138, n. 2, p. 183-194, 2004. Qualis: Não identificado (MOLECULAR AND BIOCHEMICAL PARASITOLOGY, ESTADOS UNIDOS)
73. COUTINHO, M. ; BALBACHEVSKY, E ; HOLZHACKER, D. O. ; PATRAO, D. F. C. ; VENCIO, R ; SILVA, R. L. M. ; LUCATELLI, M. L. G. ; REIS, L. F. ; MARIN, M. A.. Intellectual property and public research in biotechnology: the scientists opinion. Scientometrics, Hungria. v. 58, n. 3, p. 641-656, 2003. Qualis: Não identificado (SCIENTOMETRICS, HUNGRIA)
74. Vencio, R. Z.N. ; BRETANI, H. ; PEREIRA, CAB. Using credibility intervals instead of hypothesis tests in SAGE analysis. Bioinformatics (Oxford). v. 19, n. 18, p. 2461-2464, 2003. Qualis: A1
Livros publicados/organizados ou edições (0)
Capítulos de livros publicados (3)
1. MONTEIRO, M. S. A. ; VENCIO, R. A 'molecularização' do câncer de próstata: reflexões sobre o chip de DNA. Em: Santos RV; Gibbon S; Beltrão JF. (Org.). Identidades Emergentes, Genética e Saúde: perspectivas antropológicas. 1ed.Rio de Janeiro. : Editora Garamond; Editora Fiocruz. 2012.p. 151-177.
2. VENCIO, R; BRENTANI, H.. Statistical Methods in Serial Analysis of Gene Expression (SAGE). Em: Zhang Z; Shmulevich I. (Org.). Computational and Statistical Approaches to Genomics - 2nd edition. : Springer. 2006.p. 207-232.
3. BARRERA, Junior; CESAR JUNIOR, R. M. ; MARTINS JR, David Corrêa ; VÊNCIO, R Z ; MERINO, E F ; YAMAMOTO, M M ; LEONARDI, Florência G ; PEREIRA, C A B ; Obano, H. P.. Constructing probabilistic genetic networks of Plasmodium falciparum from dynamical expression signals of the intraerythrocytic development cycle. In:. Em: McConnell; Lin; Hurban. (Org.). Methods of Microarray Data Analysis V. 1ed. : Springer Verlag. 2006.v. 5, p. 11-27.
Textos em jornais de notícias/revistas (1)
1. VENCIO, F. C. N. ; VENCIO, R. A Gasolina e o Lençol. Revista Meio Ambiente Industrial, São Paulo, p. 72-74, 01 dez. 2000.
Trabalhos completos publicados em anais de congressos (0)
Resumos expandidos publicados em anais de congressos (0)
Resumos publicados em anais de congressos (2)
1. VASQUEZ-PINTO, L. M. C. ; VENCIO, R. Z. N. ; FREITAS, A. Z.. Optical coherence tomography assessment of chronological ageing: A population study. Em: Society for Investigative Dermatology 2015 Annual Meeting, 2015, Atlanta, Georgia, EUA. Late Breaking Abstracts of the Society for Investigative Dermatology 2015 Annual Meeting, v. 135, 2015.
2. VENCIO, R. Z. N. Implantação do modelo Khan Academy de baixo custo para captura de aulas presenciais para uso online. Em: I Congresso de Graduação da USP, 2015, São Paulo. Anais do 1º Congresso de Graduação da Universidade de São Paulo : 25 a 27 de maio de 2015, Centro de Convenções Rebouças, São Paulo/SP. -- São Paulo : Pró-Reitoria de Graduação da Universidade de São Paulo, 2015, 2015.
Artigos aceitos para publicação (0)
Apresentações de trabalho (0)
Demais tipos de produção bibliográfica (10)
1. VENCIO, R. Z. N. Da areia ao silício. 2016. Tradução/Outra
2. VÊNCIO, RICARDO Z. N. Veja como a CPU funciona em uma aula. 2016. Tradução/Outra
3. VÊNCIO, RICARDO Z. N. L1S5: Modelos de máquinas. 2016. Tradução/Outra
4. VÊNCIO, RICARDO Z. N. O que tem dentro de uma CPU. 2016. Tradução/Outra
5. VENCIO, R. Introdução às Variáveis Aleatórias. 2011. Tradução/Outra
6. VENCIO, R. Funções de Densidade de Probabilidade. 2011. Tradução/Outra
7. VENCIO, R. Entendendo Afirmações Lógicas 1. 2011. Tradução/Outra
8. VENCIO, R. Algoritmo de ordenação por inserção. http://www.amara.org. 2011. Tradução/Outra
9. VENCIO, R. Entendendo Afirmações Lógicas 2. 2011. Tradução/Outra
10. VENCIO, R. Uma Nova Fronteira: Biologia Sistêmica. www.youtube.com: YouTube. 2010. Tradução/Outra

Produção técnica

Programas de computador com registro (0)
Programas de computador sem registro (0)
Produtos tecnológicos (1)
1. SOUZA, G. M. ; ROCHA, F. R. ; PAPINI-TERZI, F. S. ; MENOSSI, M. ; VENCIO, R ; FELIX, J. M. ; ULIAN, E. C.. Genes associated to sucrose content. 2010.
Processos ou técnicas (0)
Trabalhos técnicos (11)
1. VENCIO, R. Z. N. Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB 2013). 2014.
2. VENCIO, R. Encontro Nacional de Inteligência Artificial (ENIA 2012). 2012.
3. VENCIO, R. 8th International conference of the brazilian association for bioinformatics and computational biology (X-meeting). 2012.
4. VENCIO, R. International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms. 2010.
5. VENCIO, R. 4th International conference of the brazilian association for bioinformatics and computational biology (X-meeting). 2008.
6. VENCIO, R. Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB 2008). 2008.
7. VENCIO, R. Pacific Symposium on Biocomputing 2008. 2008.
8. PORTOLESE, J. ; VENCIO, RICARDO Z N. Sobre a importância do ABA para autistas - parte 2: terapias complementares. 2021; Tema: autismo. 2021.
9. VENCIO, R. Z. N.; NOBRE, B. V.. Escovar dentes e cortar cabelo: com ABA, aos poucos vai. 2021; Tema: autismo. 2021.
10. PORTOLESE, J. ; VENCIO, R. Z. N.. Sobre a importância do ABA para autistas - parte 1. 2021; Tema: autismo. 2021.
11. VENCIO, R. Canal Youtube do LabPIB - Laboratório de Processamento de Informação Biológica. 2011; Tema: Vídeo-aulas em temas diversos. 2011.
Demais tipos de produção técnica (34)
1. VENCIO, R. Z. N. I Curso de Verão em Bioinformática (Metagenômica) - UNESP 2016. 2016. Curso de curta duração ministrado/Extensão
2. VENCIO, R. Z. N. Curso de Verão em Bioinformática - USP 2014. 2014. Curso de curta duração ministrado/Extensão
3. VENCIO, R. Z. N. XIX Curso de Verão em Genética - FMRP-USP. 2014. Curso de curta duração ministrado/Extensão
4. VENCIO, R. Z. N. Linguagem de programação R. 2014. Curso de curta duração ministrado/Extensão
5. VENCIO, R. Z. N. Introdução à Programação (p/ Físicos) - Laço (Loop, for). 2014. Desenvolvimento de material didático ou instrucional - aula
6. VENCIO, R. Curso de Verão em Bioinformática - USP 2013. 2013. Curso de curta duração ministrado/Extensão
7. VENCIO, R. XVIII Curso de Verão em Genética - FMRP-USP. 2013. Curso de curta duração ministrado/Extensão
8. VENCIO, R. VII Workshop de Férias em Genética e Melhoramento de Plantas. 2013. Curso de curta duração ministrado/Extensão
9. VENCIO, R. Redes Neurais. 2013. Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Ensino
10. VENANCIO, T. ; FUJITA, A. ; VENCIO, R ; KUSER-FALCAO, P. ; SOUZA, R. F.. Proceedings of the 8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2012). 2013. Editoração/Periódico
11. VENCIO, R. Otimização. 2012. Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Ensino
12. VENCIO, R. Gaggle Genome Browser. 2012. Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Ensino
13. VENCIO, R. Programando em Excel. 2012. Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Ensino
14. VENCIO, R. Programando em Python. 2012. Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Ensino
15. VENCIO, R. Álgebra Booleana como Instância de Álgebra Moderna. 2012. Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Ensino
16. VENCIO, R. Álgebra Booleana com Motivação em Biologia Sintética. 2012. Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Ensino
17. VENCIO, R. Convolução c/ Gaussiana. 2012. Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Ensino
18. SILVA, R. R. ; KOIDE, T. ; VENCIO, R. Bioinformática Aplicada às Ômicas. 2011. Curso de curta duração ministrado/Extensão
19. VENCIO, R. Matrizes esparsas. 2011. Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Ensino
20. VENCIO, R. Busca Binária. 2011. Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Ensino
21. VENCIO, R. Autômatos celulares. 2011. Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Ensino
22. PERSINOTI, G. F. ; VENCIO, R. RNAseq sequenciamento. 2011. Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Ensino
23. VENCIO, R. Algoritmo II - Aplicação Bioinformática (Estatística). 2010. Curso de curta duração ministrado/Extensão
24. VENCIO, R. Enumeração. 2010. Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Ensino
25. VENCIO, R. Classificador de Mínimos Quadrados. 2010. Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Ensino
26. VENCIO, R. Normal Multidimensional. 2010. Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Ensino
27. VENCIO, R. Erro de Classificação com Normal Multidimensional. 2010. Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Ensino
28. VENCIO, R. Mistura de Normais Multidimensionais. 2010. Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Ensino
29. VENCIO, R. Análise de Componentes Principais (PCA). 2010. Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Ensino
30. VENCIO, R. Curso de Verão em Bioinformática - USP 2009. 2009. Curso de curta duração ministrado/Extensão
31. VENCIO, R. V Curso de Verão em Bioinformática. 2009. Curso de curta duração ministrado/Extensão
32. VENCIO, R. Contribuições à Wikipedia em Português. 2007. Extensão
33. VENCIO, R. Contribuições à Wikipedia em Inglês. 2007. Extensão
34. VENCIO, R; VARUZZA, L. ; VENANCIO, T.. I Curso de Verão em Bioquímica e Biologia Molecular - módulo Bioinformática. 2006. Curso de curta duração ministrado/Extensão

Produção artística

Total de produção artística (0)

Orientações em andamento

Supervisão de pós-doutorado (0)
Tese de doutorado (5)
1. Marília Goulardins Gomes. O uso da Inteligência Artificial associado a Teleorientação de Higiene bucal como facilitadores da escovação dental em crianças com Transtorno do Espectro Autista. Tese (Doutorado em Odontopediatria) - Universidade de São Paulo. (Coorientador)., . Início: 2022.
  Supervisor: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
2. Catarina dos Santos Gomes. Determinação do risco poligênico para caracterização de exposição ao estresse gestacional. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Coorientador).. Início: 2021.
  Supervisor: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
3. Beatriz Adas Picinato. Identificação e comparação de RNAs circulares em dados de transcritoma de arqueias. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Coorientador).. Início: 2020.
  Supervisor: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
4. Joana Teixeira Portolese Pascalicchio. Fatores Fenotípicos que contribuem para a gravidade no Transtorno do Espectro Autista. Tese (Doutorado em Psiquiatria) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Coorientador).. Início: 2019.
  Supervisor: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
5. Danillo Cunha de Almeida e Silva. Integração e análise de dados epigenéticos. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2013.
  Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Dissertação de mestrado (0)
Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
Trabalho de conclusão de curso de graduação (1)
1. Bruno Nishida de Assis. Game em realidade-virtual VR de apoio para o desenvolvimento de crianças com autismo. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, . Início: 2023.
  Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Iniciação científica (2)
1. Yuri Sanerip Calzzani. Aprendizado de Máquina para análise estatística de um grande banco-de-dados psicométrico em autismo. Iniciação científica (Graduando em Matemática Aplicada a Negócios) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2023.
  Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
2. Derick Wilson Pereira do Nascimento. Aprendizado de Máquina para análise estatística de um grande banco-de-dados psicométrico em autismo. Iniciação científica (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Pró-Reitoria de Pesquisa da Universidade de São Paulo. Início: 2023.
  Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Orientações de outra natureza (0)

Supervisões e orientações concluídas

Supervisão de pós-doutorado (3)
1. Atlas Khan. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2015.
  Supervisor: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
2. Eliane Zerbetto Traldi. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2014.
  Supervisor: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
3. Isaias José Amaral Soares. . Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2014.
  Supervisor: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Tese de doutorado (9)

Amr Galal Abd El-Raheem Ibrahim. Discovery of Transcription Start, Transcription Termination and Transcript Processing Sites in Halobacterium salinarum NRC-1 using dRNA-seq. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2023.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Yagoub Ali Ibrahim Adam. Function Prediction of Transcription Start Site Associated RNAs (TSSaRNAs) in Halobacterium salinarum NRC-1. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Junier Marrero Gutierrez. Regulação pós-transcricional em Halobacterium salinarum NRC-1: caracterização do gene VNG_RS05855. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Supervisor: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Felipe ten Caten. A transcrição pervasiva na archaea Halobacterium salinarum NRC-1 e a identificação de novos transcritos. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2017.
Supervisor: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Marcos Abraão de Souza Fonseca. Identificação in silico de ncRNAs no organismo modelo Halobacterium salinarum NRC-1. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2016.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Alan Péricles Rodrigues Lorenzetti. RNAs não codificantes derivados de sequências de inserção na arqueia halófila Halobacterium salinarum NRC-1. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2016.
Supervisor: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Livia Soares Zaramela. Identificação e caracterização de RNAs não codificantes ligantes a Lsm no extremófilo Halobacterium salinarum. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2015.
Supervisor: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Ricardo Roberto da Silva. Anotação Probabilística de Perfis de Metabólitos obtidos por Cromatografia Líquida Acoplada a Espectrometria de Massas. Tese (Doutorado em Genética USP-RP) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2014.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Gabriela Felix Persinoti. Análise do Perfil Transcricional do Dermatófito Trichophyton rubrum durante a Interação com o Agente Inibidor Acriflavina. Tese (Doutorado em Genética USP-RP) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012.
Supervisor: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Dissertação de mestrado (5)

Gabriel Bazo. Desenvolvimento e análise de modelos de estatística multivariada baseados em Aprendizado de Máquina: predição de partos pré-termo na coorte de nascimento BRISA em Ribeirão Preto. Dissertação (Mestrado em Saúde da Criança e do Adolescente) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2020.
Supervisor: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Guilherme Martins Crocetti. Halobacterium salinarum NRC-1: Rede de Regulação Gênica e sua análise probabilística. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Danillo Cunha de Almeida e Silva. Sifter-T: Um framework escalável para anotação filogenômica probabilística funcional de domínios protéicos. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Microsoft Research/Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paul. 2013.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Bruna Renata Silva Corrêa. Análise computacional do genoma e transcritoma de Plasmodium vivax: contribuições da bioinformática para o estudo da malária. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Flávia Akemi Miyazaki. Desenvolvimento e Aplicação de Ontologias na Integração de Ferramentas de Análise de Expressão Gênica. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2011.
Supervisor: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
Trabalho de conclusão de curso de graduação (12)

Heitor Villa Sarti. Desenvolvimento de Jogo Sério para auxílio do aprendizado de criança autista. (Graduação em Matemática Aplicada A Negócios) - Universidade de São Paulo, Pró-Reitoria de Pesquisa da Universidade de São Paulo. 2024.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Jonathan Batista Ferreira. Avaliação de detecção de poses com pacientes TEA. (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2023.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Melissa Augusto Ribeiro. Quantificação em Tempo Real do Olhar de Crianças com Autismo por meio de Aplicação Web. (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, . 2022.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Victor Girelli Piloto de Oliveira. Pipeline de Bioinformática p/ análise Metataxonômica de crianças autistas. (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, . 2022.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Bárbara Romagnoli. Identificação in silico de marcadores genéticos para TDAH em pessoas com TEA. (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, . 2022.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Amanda Gabriela Hebling Pita. Validação quantitativa de algoritmo para rastreamento do olhar em crianças autistas. (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, . 2022.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Rafael Mecheseregian Razeira. Judicialização da Saúde Mental: A Situação do Transtorno do Espectro Autista (TEA). (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, . 2021.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Guilherme Antônio Constantino. Game Para Auxílio ao Desenvolvimento das Faculdades de Crianças Autistas. (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, . 2021.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Jean Carlo do Nascimento Pereira. Extração, Transformação e Carga de Dados a Partir dos Diários Da Justiça para Análise do TEA. (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, . 2021.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Tarcísio Giroldo Siqueira. Expressão Gênica no Cérebro Autista: Reanálise de Dados Públicos em Busca de Robustez no Aprendizado de Máquina Não-supervisionado. (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, . 2020.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Joao Francisco Baiochi. Identificação de xenomiRs em dados públicos de sequenciamento de nova geração. (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, . 2016.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
André Luiz Teixeira Vinci. Análise estatística e computacional do transcritoma de cepas geneticamente idênticas pré e pós tratamento de um paciente chagásico com Benznidazol. (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Iniciação científica (14)

Heitor Villa Sarti. Desenvolvimento de Jogo Sério para auxílio do aprendizado de criança autista. (Graduando em Matemática Aplicada A Negócios) - Universidade de São Paulo, Pró-Reitoria de Pesquisa da Universidade de São Paulo. 2024.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Jonathan Batista Ferreira. Avaliação de detecção de poses com pacientes TEA. (Graduando em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2023.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
João Victor Trevizan. Estudo de Dados Composicionais em Data Science: Aprendizado de Máquina não-supervisionado. (Graduando em Matemática Aplicada A Negócios) - Universidade de São Paulo, Pró-Reitoria de Pesquisa da Universidade de São Paulo. 2020.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
João Ricardo Vieira Manechini. Predição e Análise Experimental de Interações entre RNAs e Proteína em Halobacterium salinarum. (Graduando em Música Popular) - Universidade de Ribeirão Preto, . 2013.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Bruno Machado Della Vecchia. Bioinformática na espectrometria de massas aplicada à metabolômica. (Graduando em Farmácia - Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Ciências sem Fronteiras + Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de SP. 2012.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Marcel Alexandre Fenerich. Anotação Genômica Probabilística: estudos do framework em torno do método SIFTER. (Graduando em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, Microsoft Research/Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paul. 2012.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Ariane Morassi Sasso. Anotação Genômica Probabilística: estudos teóricos preliminares e testes em Neurospora crassa. (Graduando em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2011.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Paulo Almir Borges de Sousa Filho. Complexação Molecular de Proteínas. Cid de Oliveira Leite, Universidade de São Paulo. 2011.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Deise Maiara Lemes. Para que serve esse gene? Anotação genômica usando o computador. Eugênia Vilhena de Morais, Pró-Reitoria de Pesquisa da Universidade de São Paulo. 2011.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Dalila Milena Lemes. Bioinformática: aplicação de computadores à biologia para entender a Malária. Eugênia Vilhena de Morais, Pró-Reitoria de Pesquisa da Universidade de São Paulo. 2011.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Ricardo Cacheta Waldemarin. Anotação Genômica Probabilística: estudos teóricos preliminares e testes em Escherichia coli. (Graduando em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, Microsoft Research/Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paul. 2010.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Daniel Antonio Fernandes Bojczuk. Interatômica: estudo em larga-escala de interação/complexação de proteínas. (Graduando em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Fabio Filocomo. Anotação Genômica Probabilística: estudos teóricos preliminares e testes em Arabidopsis thaliana.. (Graduando em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2009.
Orientadores: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio, Marcelo Finger.
Daniel Augusto Cortez. HTself2: combinando p-valores para melhorar a classificação de genes diferencialmente expressos no HTself. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Orientações de outra natureza (4)

Carlos Eduardo Gallo Filho. Criação e Manutenção de Infraestrutura em Nuvem. (Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2024.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Henrique Tostes de Sousa. Aprendizado de Máquina Aplicado à Auditoria em Saúde Suplementar. (Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, . 2021.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Márcio de Mendonça Mancine Dantas. Desenvolvimento do módulo de gerência de SMS ubíquo para sistema de suporte ao tratamento preventivo de crianças portadoras de diabetes tipo 1. (Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, Instituto Edumed. 2010.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Fabio Filocomo. Seleção de atributos e desenvolvimento de classificador para determinação de status tumoral em pacientes do Hospital A. C. Camargo. (Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, Fundação Antônio Prudente. 2010.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.

Projetos de pesquisa

Total de projetos de pesquisa (9)

2021-Atual. Susceptibilidade genética ao câncer renal
Descrição: Chamadas: Auxílio à Pesquisa - Jovens Pesquisadores. Processo: 2020/10960-5 (FAPESP). Resumo: Estudos de associação genômica ampla (GWAS) são ferramentas importantes para a caracterização da susceptibilidade ao câncer e ao processo de seu desenvolvimento. Individualmente, as regiões genômicas de risco explicam uma pequena fração da hereditariedade envolvida nesses processos, mas modelos que unem o efeito de várias dessas regiões, por meio de escores poligênicos, explicam parte significativa do risco genético. Dessa forma, uso de escores poligênicos é fundamental para a implementação de uma oncologia de prevenção de precisão, na qual o rastreamento e a prevenção primária poderão ser individualizados pelo risco genético. Estudos prévios de GWAS em câncer renal identificaram 13 regiões de susceptibilidade para câncer renal, explicando 14% do risco para desenvolvimento desse tumor. Todavia, ainda é necessário identificar novas regiões de risco para melhor entender a hereditariedade envolvida nesse tipo de câncer. Esse projeto JP é composto de 3 eixos principais. No Eixo 1 será desenvolvido um novo estudo de GWAS, com pacientes brasileiros, para identificação de novas regiões de risco para câncer renal e o desenvolvimento de estratégias para adaptação do escore poligênico em diferentes populações. Essas regiões de risco são oportunidades agnósticas únicas para identificar novos mecanismos moleculares relacionados ao desenvolvimento de câncer renal. Nesse sentido, Eixo 2 serão desenvolvidos estudos funcionais, pós-GWAS, in vitro e in vivo para compreender o papel das variantes de risco como desreguladoras de vias tumor-específicas. Durante o postdoc, o Pesquisador Principal desenvolveu várias análises funcionais de larga escala (ATAC-seq, Chip-seq, eQTL, Capture-HiC e MPRA) para priorização de variantes funcionais para cada região de risco para câncer renal. Nesse objetivo, usaremos esses dados para acelerar estudos funcionais de post-GWAS para identificar os mecanismos moleculares que levam o desenvolvimento de câncer renal em três regiões: 12p12, 14q24 e 2q22. Assim, serão realizados estudos genômicos funcionais e de fenótipo em três regiões de câncer renal: 12p12, 14q24 e 2q22. No Eixo 3, será utilizada a estratégia de interação somático-germinativa das regiões de risco para desenvolvimento do câncer renal e seu impacto no tratamento e prognóstico de pacientes com esse tipo câncer. Em síntese, essa proposta permite estudar um arco translacional genótipo-molecular-fenótipo que engloba a geração de evidências em epidemiologia molecular, a identificação de mecanismos moleculares e o estudo do impacto da arquitetura genética de susceptibilidade para o tratamento do câncer renal.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio - Integrante / COLLI, LEANDRO M - Coordenador.
Membro: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
2019-Atual. Integração de dados para busca de marcadores biológicos de transtornos do neurodesenvolvimento
Descrição: Chamadas: Projeto Temático. Processo: 2018/18560-6 (FAPESP). Resumo: Transtornos do Neurodesenvolvimento são poligênicos e multifatoriais. Ou seja, além da base genética evidências de estudos animais e em humanos indicam que adversidades ambientais e/ou estresses psicossociais sofridos no início da vida desencadeiam modificações epigenéticas que podem influenciar a plasticidade cerebral, o funcionamento e conectividade de circuitos neurais. Estas modificações podem afetar o desenvolvimento adequado de funções cognitivas, da reatividade emocional e sociabilidade, aumentando o risco para apresentação de transtornos do neurodesenvolvimento. O papel crucial da maquinaria epigenética na incorporação biológica de exposições estressantes no início da vida tem sido demonstrado em vários modelos animais, expostos a diferentes estresses pré-natais e/ou pós-natais como alterações de nutrição, agentes tóxicos, cuidados maternos inadequados, separação do binômio mãe-filho e enriquecimento/isolamento social, sugerindo marcadores moleculares epigenéticos de risco. No entanto, a maioria destes trabalhos são realizados com exposição a fatores ambientais específicos como, por exemplo, exposição a nicotina na gestação. Ou seja, desconsiderando que normalmente um indivíduo está exposto a diversos fatores estressores ambientais e que cada um reage de forma individual aos mesmos. Outro ponto importante é que os sexos respondem de forma diferente a exposição ao estresse, acrescentando, portanto, um nível a mais de variabilidade para as possíveis trajetórias do neurodesenvolvimento. Cálculos de escores de risco poligênico (PRS-polygenic risk score) têm contribuído para melhor entendimento destes transtornos, porém estes consideram apenas o efeito de variações genéticas. Faz-se necessário buscar métodos para integração de PRSs com marcadores de risco epigenéticos, sexo do concepto e efeito temporal da exposição a diferentes tipos de estresse para identificar marcadores de susceptibilidade associados a fenótipos de risco para transtornos do neurodesenvolvimento. Este projeto propõe uma abordagem multidisciplinar usando ferramentas de Biologia Sistêmica e aprendizado de máquina para integrar dados complexos, ou seja, de diferentes naturezas para identificação destes marcadores. Especificamente pretendemos alcançar os seguintes objetivos: 1) integrar dados de diferentes tipos de exposição ambiental, possibilitando a visão do estresse como um constructo multivariado, e mostrar que este associa-se com marcadores biológicos de reatividade ao estresse melhorando a predição de fenótipos associados às trajetórias do neurodesenvolvimento; 2) integrar dados de expressão gênica, epigenética, sexo do concepto e exposição ambiental para desenvolver um modelo biológico para explicar diferenças de susceptibilidade entre sexos para transtornos do neurodesenvolvimento; 3) integrar dados de riscos de escores poligênicos com dados de exposição ambiental e marcadores moleculares epigenéticos para caracterização de áreas genômicas que avaliadas em conjunto possam melhorar a predição de fenótipos associados às trajetórias do neurodesenvolvimento. A conclusão desses objetivos fornecerá novas metodologias para integração de dados complexos, definição de alvos moleculares e informações sobre como identificar potenciais medidas preventivas para desenvolvimento de transtornos do neurodesenvolvimento.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio - Integrante / Helena Brentani - Coordenador.
Membro: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
2017-2024. Mecanismos fisiopatológicos e moleculares de tumorigênese: abordagem baseada em plataformas de sequenciamento em escala genômica
Descrição: Chamadas: Projeto Temático. Processo: 2014/03989-6 (FAPESP). Resumo: Na tentativa de esclarecer a patogênese molecular dos tumores endócrinos, estudos utilizando abordagens baseadas em genes candidatos e estudos de ligação (linkage), têm investigado o papel de genes específicos do desenvolvimento de cada glândula endócrina, genes envolvidos em tumorigênese de outros tecidos, como genes que levam à progressão do ciclo e divisão celular (oncogenes) ou que bloqueiam o ciclo celular (genes de supressão tumoral). Ainda, miRNAs e lncRNAs (large noncoding RNAs) têm sido associados à tumorigênese geral e especifica das glândulas endócrinas. Houve grande avanço no esclarecimento molecular de várias síndromes genéticas associadas a tumores hipofisários (McCune-Albright, Neoplasia endócrina múltipla (NEM) tipo 1 e tipo 4, síndrome de Carney e adenoma hipofisário familial isolado-FIPA); associadas a tumores adrenais (Li-Fraumeni, Beckwith-Wiedemann, Complexo de Carney, McCune-Albright e NEM1) e aquelas associadas com tumores tireoidianos (NEM2 e Carcinoma Medular de Tireóide Hereditário). Apesar dos avanços, a patogênese molecular dos tumores endócrinos, principalmente dos esporádicos, ainda não está elucidada. As novas plataformas de sequenciamento em escala genômica, ou ainda, de última geração (Next-generation sequencing ou NGS) apresentam vantagens e diversas aplicações, dependendo da hipótese formulada. Para a análise do genoma pode-se utilizar sequenciamento de novo, Target-seq, análise de exoma (whole exoma seq) ou análise de todo o genoma (whole genoma seq). Para a análise epigenômica pode-se utilizar imunoprecipitação de cromatina (ChIP) e análise de metilação (metiloma); outra abordagem é a análise do perfil de expressão gênica do transcriptoma inteiro. Portanto, este projeto objetiva, pelo uso de uma ferramenta atual e poderosa - os NGS, entender e esclarecer a gênese dos tumores hipofisários, adrenais, tireoideanos e de um subtipo de tumor do sistema nervoso central, os gliomas, avaliando alterações na totalidade de genes expressos, nos processos epigenéticos e no estudo de transcriptomas em amostras desses tumores. A casuística será composta por pacientes seguidos no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo (HCFMRP-USP). Como controles, serão utilizadas amostras de tecido normal, obtidas no CEMEL (Centro de Medicina Legal) após necropsia de indivíduos com morte acidental ou súbita de causa cardíaca. O NGS certamente indicará novos genes e/ou novas vias de sinalização que poderão ser chaves para o esclarecimento da tumorigênese.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio - Integrante / Margaret de Castro - Coordenador / Sonir Roberto Rauber Antonini - Integrante.
Membro: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
2016-2018. O transcritoma antisense da Archaea halofílica Halobacterium salinarum
Descrição: Chamadas: Auxílio Regular. Processo: 2015/21038-1 (FAPESP). Resumo: A hipótese da transcrição pervasiva, onde todo o DNA de um organismo está associado a pelo menos um transcrito, tem se fortalecido com a aquisição massiva de dados de transcritoma. Uma questão importante que surge neste contexto é a funcionalidade e regulação desses transcritos na rede de regulação gênica de um dado organismo, principalmente de transcritos antisense a genes anotados. Neste projeto de pesquisa, utilizaremos a archaea halofílica Halobacterium salinarum NRC-1 como um modelo para estudo do transcritoma antisense de archaeas e da sua influência na regulação pós-transcricional. Membro do terceiro domínio da vida, este microorganismo com características bioquímicas únicas tem sido utilizado como modelo em Biologia Sistêmica, com redes de regulação gênica construídas focados em genes que codificam proteínas. Neste projeto, utilizaremos abordagens experimentais associadas a utilização de ferramentas de bioinformática para identificar com precisão o transcritoma antisense de H. salinarum, estudar a sua regulação mediante estresses ambientais e a influência de RNAses.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio - Integrante / Tie Koide - Coordenador.
Membro: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
2013-2016. Estruturoma de RNAs em Halobacterium salinarum: abordagens computacionais aliadas a validação experimental através de metodologias de footprinting
Descrição: Chamada: Edital MCTI/CNPq 14/2013 - Universal Processo: 476724/2013-9 Resumo: Estrutura implica função. No universo das biomoléculas, esse é um paradigma amplamente aceito. Porém, quando o foco é o transcritoma, a configuração estrutural é uma camada de informação que ainda é pouco considerada. A partir do reconhecimento das diferentes funções desempenhadas pelos RNAs, é fundamental que sua estrutura seja desvendada para que seja possível a compreensão de como essas biomoléculas atuam em diversos processos cruciais para a existência e manutenção dos sistemas biológicos, como armazenamento, transporte, além de atividades de catálise e regulação. No presente Projeto de Pesquisa, propõe-se realizar a modelagem in silico em larga escala da estrutura de todos os RNAs (RNA Estruturoma), utilizando como organismo de estudo o extremófilo Halobacterium salinarum. A partir da modelagem, será possível classificar essas moléculas em grupos estruturais, além de investigar a correlação entre esses agrupamentos e informações sobre função e regulação do transcritoma. Para a validação das predições in silico, propõe-se a utilização de metodologias de footprinting para o mapeamento estrutural in vitro e in vivo de alguns RNAs candidatos. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio - Coordenador / Tie Koide - Integrante / Fernando Luis Barroso da Silva - Integrante / Marcos Vicente de Albuquerque Salles Navarro - Integrante.
Membro: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
2011-2014. Metabolômica da cana-de-açúcar e descoberta de novas enzimas hidrolíticas para produção de biocombustíveis
Descrição: Chamada: Convênio FAPESP-MCT/CNPq-Pronex - PROGRAMA BIOEN/FAPESP - 11/2008. Processo: 08/56100-5. Resumo: A crescente necessidade de diminuição do consumo de combustíveis fósseis e redução das emissões de gases do efeito estufa têm aumentado o interesse pela produção de bicombustíveis, em especial, o etanol. Compreender os mecanismos de acúmulo de sacarose na cana-de-açúcar é fundamental para a racionalização de programas de melhoramento, por métodos tradicionais de seleção ou engenharia genética, para que se alcance uma produção sustentável de etanol. Os mecanismos genéticos de acúmulo de sacarose em cana-de-açúcar já foram estudados sob vários ângulos. Este projeto tem por objetivo obter insights sobre os fatores genéticos que controlam o acúmulo de sacarose na cana-de-açúcar (brix), integrando dados de expressão gênica, proteínas e metabólitos numa abordagem de Biologia Sistêmica. A primeira parte do projeto vai ser a caracterização do metaboloma e proteoma de folhas, internós maduros e imaturos de diferentes estágios de desenvolvimento do cultivar SP80-3280, o mesmo sequenciado pelo SUCEST.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio - Integrante / Carlos Alberto Labate - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
2009-2016. Biologia Sistêmica do extremófilo Halobacterium salinarum: contribuição dos RNAs não-codificantes ao modelo global de regulação gênica
Descrição: Chamadas: Programa Jovens Pesquisadores em Centros Emergentes. Processo: 2009/09532-0 (FAPESP); Edital MCT/CNPq 14/2009 - Universal Processo: 470120/2009-6 (CNPq); Apoio a Atividades de Pesquisa e Divulgação Científica e Tecnológica. Processo: 1640/2009 (FAEPA). Resumo: Abordagens sistêmicas para a compreensão global da célula vêm sendo amplamente utilizadas na era pós-genômica. A utilização de ferramentas computacionais, matemáticas e estatísticas aliadas a novas tecnologias em Biologia permitem o desenvolvimento de modelos globais com capacidades preditivas. Usualmente, modelos utilizando níveis globais de mRNAs e proteínas têm sido desenvolvidos. Entretanto, uma importante classe de moléculas regulatórias que ainda não são contempladas nesses modelos globais são os RNAs não-codificantes. Para identificar a sua influência nas redes de regulação gênica, propõe-se o estudo dessas moléculas em Halobacterium salinarum, um extremófilo modelo em Biologia Sistêmica. A caracterização de ncRNAs deverá ser realizada utilizando tanto abordagens em larga-escala como abordagens tradicionais mais direcionadas, além do uso de diversas ferramentas de bioinformática. Espera-se que a caracterização das redes de regulação globais deste organismo contribuam para o desenvolvimento de tecnologias para reengenharia e aplicações em biotecnologia. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio - Integrante / Tie Koide - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Fundação de Apoio ao Ensino, Pesquisa e Assistência do HCFMRP - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
2009-2012. Tecnologia da Informação aplicada a genômica para bioenergia: anotação probabilística usando Inteligência Artificial
Descrição: Chamada: Instituto Virtual Microsoft Research-FAPESP de Pesquisas em TI - 06/2009. Processo: 09/53161-6. Resumo: Não existem dúvidas de que um dos maiores desafios para a humanidade neste século é a produção de energia. Mais ainda, por motivos geopolíticos, econômicos, e ainda mais urgentemente, ambientais, soluções renováveis e amigáveis ao meio ambiente são essenciais. Nosso país se tornou, ao longo dos anos, um importante ator em produção de energia alternativa, em particular os biocombustíveis e o pilar desta conquista é a cana-de-açúcar. São Paulo, o principal produtor de biocombustíveis do Brasil, lançou um programa agressivo de pesquisa chamado BIOEN FAPESP em que vários objetivos tecnológicos nesta área devem ser abordados. Um dos principais objetivos científicos do BIEON é o seqüenciamento do genoma da cana-de-açúcar. A presente proposta tem como objetivo desenvolver novos métodos e ferramentas de IT, no escopo da Inteligência Artificial e Aprendizado de Máquina para atacar algumas das questões de Bioinformática levantadas na pesquisa em Genética Molecular de cana. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Microsoft Corporation - Auxílio financeiro.
Membro: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
2008-2010. Anotação Genômica Probabilística: Inteligência Artificial aplicada a genomas de interesse estratégico nacional
Descrição: Chamada: Edital MCT/CNPq 14/2008 - Universal Processo: 470616/2008-3 Resumo: Atualmente, a abordagem filogenômica se apresenta como o paradigma disponível mais adequado para estabelecer anotações de alta qualidade. O presente projeto tem por objetivo o desenvolvimento de um ambiente computacional de Inteligência Artificial, destinado a automatizar a anotação de genomas completos de organismos que apresentam interesse estratégico nacional. O alvo é a construção de um sistema de software que viabilize aos biologistas a tarefa de anotação automatizada, integrando fontes de evidências quantitativas e qualitativas de forma probabilística. A anotação probabilística tem como produto final a estimativa da probabilidade de um dado gene pertencer a uma certa classe funcional, um processo ou um componente celular, ao invés de atribuições fixas simplistas sem estimativa de incerteza e sem considerar os diferentes graus/qualidade de evidência. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio - Coordenador. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.

Prêmios e títulos

Total de prêmios e títulos (9)

Docente Homenageado da XVIII Turma do Bacharelado em Informática Biomédica, Universidade de São Paulo.. 2023.
Membro: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Docente Homenageado da 1a Turma do Curso de Ciência da Computação, Universidade de São Paulo.. 2022.
Membro: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Paraninfo da XVI Turma do Bacharelado em Informática Biomédica, Universidade de São Paulo.. 2021.
Membro: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Docente Homenageado da XV Turma do Bacharelado em Matemática Aplicada a Negócios, Universidade de São Paulo.. 2021.
Membro: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Paraninfo da XV Turma do Bacharelado em Informática Biomédica, Universidade de São Paulo.. 2020.
Membro: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Docente Homenageado da XIV Turma do Bacharelado em Informática Biomédica, Universidade de São Paulo.. 2019.
Membro: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Docente Homenageado da XII Turma do Bacharelado em Informática Biomédica, Universidade de São Paulo.. 2018.
Membro: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Paraninfo da XI Turma do Bacharelado em Informática Biomédica, Universidade de São Paulo.. 2017.
Membro: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Critical Assessment of Microarray Data Analysis (CAMDA), Duke University.. 2004.
Membro: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.

Participação em eventos

Total de participação em eventos (26)

7th Workshop Thermodynamics, Disequilibrium and Evolution.Evolutionary implications of non-coding RNAs inside coding mRNAs: insights from archaea, the third domain of life. 2014. (Encontro).
Dia de Bioinformática - UFScar.O papel da Bioinformática na Biologia Sistêmica. 2014. (Encontro).
IV Dia da Informática Biomédica.P: O que acontece se juntamos Informática com Biologia? R: Bioinformática.. 2014. (Outra).
Seminários do Programa de Pós-graduação em Física Aplicada a Biologia e Medicina FFCLRP-USP.Searching for biology's 'dark matter': insights from archaea, the third domain of life. 2014. (Seminário).
Colóquio do Departamento de Computação e Matemática FFCLRP-USP.O papel da Bioinformática na Biologia Sistêmica. 2013. (Outra).
III Dia da Informática Biomédica.P: O que acontece se juntamos Informática com Biologia? R: Bioinformática. 2013. (Encontro).
Seminários Avançados em Tecnologia de Microarrays e Next Generation Sequencing - Hospital Israelita Albert Einstein.RNAseq e Tiling-array sob a ótica de séries-temporais: o que é o sinal?. 2013. (Seminário).
USP e as Profissões.P: O que acontece se juntamos Informática com Biologia? R: Bioinformática. 2013. (Encontro).
Workshop on Probabilistic and Statistical Methods.A Bayesian model and its R package implementation for sugar-cane metabolite probabilistic identification. 2013. (Outra).
8th Internacional Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. Comitê científico - avaliação de apresentações orais. 2012. (Congresso).
Congresso de Oncologia Clínica. A Bioinformática como intrumento de estudo do câncer de próstata. 2012. (Congresso).
Molecular Simulation 2012 - 4a edição.Protein-RNA interaction prediction a using ensemble learning. 2012. (Simpósio).
Perspectivas sobre aplicações de Sistemas Complexos em Ciências Biomoleculares.Expressão Gênica: é complexo mesmo ou só estão faltando partes?. 2012. (Outra).
Seminários do Departamento de Genética e Biologia Evolutiva IB-USP.O papel da Bioinformática na Biologia Sistêmica. 2012. (Seminário).
Workshop de Pesquisa BIOEN - Divisão de Biomassa.Tecnologia da Informação aplicada a genômica para bioenergia: anotação probabilística usando Inteligência Artificial. 2012. (Outra).
Adote um Cientista - Casa da Ciência do Hemocentro-FMRP-USP.P: O que acontece se juntamos Informática com Biologia? R: Bioinformática. 2011. (Outra).
Conferência de Estatística Indutiva.SimCluster: Reconhecimento de Padrões em Dados Composicionais. 2011. (Encontro).
I Dia da Informática Biomédica.P: O que acontece se juntamos Informática com Biologia? R: Bioinformática. 2011. (Encontro).
Seminários do Departamento de Bioquímica e Imunologia FMRP-USP.O papel da Bioinformática na Biologia Sistêmica. 2011. (Seminário).
26th Conference on Uncertainty in Artificial Intelligence. 2010. (Congresso).
Adote um Cientista - Casa da Ciência do Hemocentro-FMRP-USP.P: O que acontece se juntamos Informática com Biologia? R: Bioinformática!. 2010. (Outra).
Microsoft Research Faculty Summit 2010. Information Technology Applied to Bioenergy Genomics. 2010. (Congresso).
Seminários Avançados em Tecnologia de Microarrays e Next Generation Sequencing - Hospital Israelita Albert Einstein.Algumas respostas da bioinformática para: O que fazer se a amostra é pequena?. 2010. (Seminário).
5th Internacional Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. Pattern recognition in quantitative transcriptome sequencing: clustering and signatures. 2009. (Congresso).
Seminários Avançados em Tecnologia de Microarrays - Hospital Israelita Albert Einstein.Aspectos práticos e perspectivas em análise de expressão gênica. 2009. (Seminário).
1st Internacional Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. Bayboots: a model-free Bayesian tool to identify class markers from gene expression data. 2005. (Congresso).

Organização de eventos

Total de organização de eventos (7)

VENCIO, R; KOIDE, T. ; DURHAM, A. M. ; HASHIMOTO, R. F.. II Workshop do Programa de Pós Graduação em Bioinformática. 2012. Outro
SILVA JUNIOR, W. A. ; VENCIO, R. VII Curso de Verão em Bioinformática. 2011. Outro
MITROWSKY, R. R. ; LOPEZ, A. G. ; BOSCO, G. G. ; EBERT, M. R. ; AZEVEDO, K. A. G. ; VENCIO, R. VI Olimpíada Regional de Matemática de Ribeirão Preto (ORMRP). 2011. Concurso
SILVA, F. L. B. ; VENCIO, R. I workshop em Biologia Computacional, do DCM/FFCLRP - USP. 2011. Outro
VENCIO, R; DURHAM, A. M.. I Workshop do Programa de Pós Graduação em Bioinformática. 2010. Outro
VENCIO, R; et.al.. 5th Internacional Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. 2009. Congresso
VENCIO, R; et.al.. VII Semana da Informática Biomédica. 2009. Outro

Lista de colaborações

Colaborações endôgenas (9)

Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio ⇔ Carlos Alberto de Braganca Pereira (8.0)
VENCIO, R. Z. N. ; Leonardo Varuzza ; PEREIRA, CAB ; BRETANI, H. ; Ilya Shmulevich. Simcluster: clustering enumeration gene expression data on the simplex space. BMC Bioinformatics. v. 8, p. 246, 2007. Qualis: A1
VENCIO, R; KOIDE, T. ; GOMES, S. L. ; PEREIRA, C. A. B.. BayGO: Bayesian Analysis of onthology term enrichment in microarray data. BMC Bioinformatics, Estados Unidos. v. 7, n. 86, p. 86, 2006. Qualis: Não identificado (BMC BIOINFORMATICS, ESTADOS UNIDOS)
VENCIO, R. Z. N. ; PATRÃO, D. F. C. ; BAPTISTA, C. S. ; PEREIRA, CAB ; ZINGALES, B.. BayBoots: a model-free Bayesian tool to identify class markers from gene expression data. Genetics and Molecular Research. v. 5, n. 1, p. 138-142, 2006.Qualis: B3
BAPTISTA, C. S. ; VENCIO, R ; ABDALA, S. ; CARRANZA, J. C. ; WESTENBERGER, S. J. ; SILVA, M. N. ; PEREIRA, C. A. B. ; GALVAO, L. M. ; GONTIJO, E. D. ; CHIARI, E. ; STURM, N. R. ; ZINGALES, B.. Differential transcription profiles in Trypanosoma cruzi associated with clinical forms of Chagas disease: Maxicircle NADH dehydrogenase subunit 7 gene truncation in asymptomatic patient isolates. Molecular and Biochemical Parasitology. v. 150, p. 236-248, 2006. Qualis: A4
PAPINI-TERZI, F. S. ; ROCHA, F. R. ; VENCIO, R ; OLIVEIRA, K. C. ; FELIX, J. M. ; VICENTINI, R. ; ROCHA, C. S. ; SIMOES, A. C. Q. ; ULIAN, E. C. ; MAURO, S. M. Z. ; SILVA, A. M. ; PEREIRA, C. A. B. ; MENOSSI, M. ; SOUZA, G. M.. Transcription profiling of signal transduction-related genes in sugarcane tissues. DNA Research, Japão. v. 12, n. 1, p. 27-38, 2005. Qualis: Não identificado (DNA RESEARCH, JAPÃO)
BAPTISTA, C. S. ; VENCIO, R ; ABDALA, S. ; VALADARES, M. P. ; MARTINS, C. ; PEREIRA, C. A. B. ; ZINGALES, B.. DNA microarrays for comparative genomics and analysis of gene expression in Trypanosoma cruzi. Molecular and Biochemical Parasitology, Estados Unidos. v. 138, n. 2, p. 183-194, 2004. Qualis: Não identificado (MOLECULAR AND BIOCHEMICAL PARASITOLOGY, ESTADOS UNIDOS)
PEREIRA, CAB; VENCIO, R. Z. N. ; BRENTANI, H. ; PATRAO, D. F. C.. Bayesian model accounting for within-class biological variability in Serial Analysis of Gene Expression (SAGE). BMC Bioinformatics, Estados Unidos. v. 5, n. 119, p. 119-0, 2004. Qualis: Não identificado (BMC BIOINFORMATICS, ESTADOS UNIDOS)
Vencio, R. Z.N. ; BRETANI, H. ; PEREIRA, CAB. Using credibility intervals instead of hypothesis tests in SAGE analysis. Bioinformatics (Oxford). v. 19, n. 18, p. 2461-2464, 2003. Qualis: A1

Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio ⇔ Alan Mitchell Durham (1.0)
KOIDE, T. ; ZAINI, P. A. ; MOREIRA, L. M. ; VENCIO, R. Z. N. ; MATSUKUMA, A. Y. ; DURHAM, A. M. ; TEIXEIRA, D. C. ; EL-DORRY, H. ; MONTEIRO, P. B. ; DA SILVA, A. C. R. ; Verjovski-Almeida, S. ; da SILVA, A. M. ; GOMES, S. L.. DNA Microarray-Based Genome Comparison of a Pathogenic and a Nonpathogenic Strain of Xylella fastidiosa Delineates Genes Important for Bacterial Virulence. Journal of Bacteriology, Estados Unidos. v. 186, n. 16, p. 5442-5449, 2004. Qualis: Não identificado (JOURNAL OF BACTERIOLOGY, ESTADOS UNIDOS)

Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio ⇔ Alan Mitchell Durham (1.0)
KOIDE, T. ; ZAINI, P. A. ; MOREIRA, L. M. ; VENCIO, R. Z. N. ; MATSUKUMA, A. Y. ; DURHAM, A. M. ; TEIXEIRA, D. C. ; EL-DORRY, H. ; MONTEIRO, P. B. ; DA SILVA, A. C. R. ; Verjovski-Almeida, S. ; da SILVA, A. M. ; GOMES, S. L.. DNA Microarray-Based Genome Comparison of a Pathogenic and a Nonpathogenic Strain of Xylella fastidiosa Delineates Genes Important for Bacterial Virulence. Journal of Bacteriology, Estados Unidos. v. 186, n. 16, p. 5442-5449, 2004. Qualis: Não identificado (JOURNAL OF BACTERIOLOGY, ESTADOS UNIDOS)

Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio ⇔ Florencia Graciela Leonardi (1.0)
BARRERA, Junior; CESAR JUNIOR, R. M. ; MARTINS JR, David Corrêa ; VÊNCIO, R Z ; MERINO, E F ; YAMAMOTO, M M ; LEONARDI, Florência G ; PEREIRA, C A B ; Obano, H. P.. Constructing probabilistic genetic networks of Plasmodium falciparum from dynamical expression signals of the intraerythrocytic development cycle. In:. Em: McConnell; Lin; Hurban. (Org.). Methods of Microarray Data Analysis V. 1ed. : Springer-Verlag. 2006.v. 5, p. 11-27.

Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio ⇔ Florencia Graciela Leonardi (1.0)
BARRERA, Junior; CESAR JUNIOR, R. M. ; MARTINS JR, David Corrêa ; VÊNCIO, R Z ; MERINO, E F ; YAMAMOTO, M M ; LEONARDI, Florência G ; PEREIRA, C A B ; Obano, H. P.. Constructing probabilistic genetic networks of Plasmodium falciparum from dynamical expression signals of the intraerythrocytic development cycle. In:. Em: McConnell; Lin; Hurban. (Org.). Methods of Microarray Data Analysis V. 1ed. : Springer-Verlag. 2006.v. 5, p. 11-27.

Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio ⇔ Florencia Graciela Leonardi (1.0)
BARRERA, Junior; CESAR JUNIOR, R. M. ; MARTINS JR, David Corrêa ; VÊNCIO, R Z ; MERINO, E F ; YAMAMOTO, M M ; LEONARDI, Florência G ; PEREIRA, C A B ; Obano, H. P.. Constructing probabilistic genetic networks of Plasmodium falciparum from dynamical expression signals of the intraerythrocytic development cycle. In:. Em: McConnell; Lin; Hurban. (Org.). Methods of Microarray Data Analysis V. 1ed. : Springer-Verlag. 2006.v. 5, p. 11-27.

Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio ⇔ Junior Barrera (1.0)
BARRERA, Junior; CESAR JUNIOR, R. M. ; MARTINS JR, David Corrêa ; VÊNCIO, R Z ; MERINO, E F ; YAMAMOTO, M M ; LEONARDI, Florência G ; PEREIRA, C A B ; Obano, H. P.. Constructing probabilistic genetic networks of Plasmodium falciparum from dynamical expression signals of the intraerythrocytic development cycle. In:. Em: McConnell; Lin; Hurban. (Org.). Methods of Microarray Data Analysis V. 1ed. : Springer-Verlag. 2006.v. 5, p. 11-27.

Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio ⇔ Roberto Marcondes Cesar Junior (1.0)
BARRERA, Junior; CESAR JUNIOR, R. M. ; MARTINS JR, David Corrêa ; VÊNCIO, R Z ; MERINO, E F ; YAMAMOTO, M M ; LEONARDI, Florência G ; PEREIRA, C A B ; Obano, H. P.. Constructing probabilistic genetic networks of Plasmodium falciparum from dynamical expression signals of the intraerythrocytic development cycle. In:. Em: McConnell; Lin; Hurban. (Org.). Methods of Microarray Data Analysis V. 1ed. : Springer-Verlag. 2006.v. 5, p. 11-27.

Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio ⇔ Roberto Marcondes Cesar Junior (1.0)
BARRERA, Junior; CESAR JUNIOR, R. M. ; MARTINS JR, David Corrêa ; VÊNCIO, R Z ; MERINO, E F ; YAMAMOTO, M M ; LEONARDI, Florência G ; PEREIRA, C A B ; Obano, H. P.. Constructing probabilistic genetic networks of Plasmodium falciparum from dynamical expression signals of the intraerythrocytic development cycle. In:. Em: McConnell; Lin; Hurban. (Org.). Methods of Microarray Data Analysis V. 1ed. : Springer-Verlag. 2006.v. 5, p. 11-27.

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Data de processamento: 25/02/2025 19:39:44

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