Programa de Pós Graduação em Bioinformática

Joao Marcelo Pereira Alves

Possui doutorado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro) pela Universidade de São Paulo (2001) e pós-doutorado no Dept. Microbiology and Immunology - Virginia Commonwealth University. Tem como principal linha de pesquisa a investigação estrutural, funcional e evolutiva de genomas de protozoários parasitas e bactérias. Tem experiência nas áreas de bioinformática e biologia molecular, com ênfase em evolução e genômica, atuando principalmente nos seguintes temas: filogenia, montagem, análise e anotação de genomas e transcriptomas (utilizando métodos de "última geração" e larga escala), análise de expressão gênica (RNA-Seq), utilização de bancos de dados e tecnologias da Internet para gerenciamento e apresentação de dados biológicos, e programação de computadores para análise de dados biológicos. (Texto informado pelo autor)

http://lattes.cnpq.br/9140223036861678 (10/06/2024)

Rótulo/Grupo:

Bolsa CNPq:

Período de análise:

Endereço:

Grande área: Ciências Biológicas

Área: Genética

Citações: Google Acadêmico

Produção bibliográfica

Artigos completos publicados em periódicos (57)
1. ZAVATARO, ANA LUISA ELIAS ; SKÝPALOVÁ, KAROLÍNA ; VERGARA, PERCY OMAR TULLUME ; SILVA, FLAVIA MAIA ; BUTENKO, ANZHELIKA ; INSTITUTE OF PARASITOLOGY, CZECH ACADEMY OF SCIENCES ; YURCHENKO, VYACHESLAV ; KOSTYGOV, ALEXEI YU. ; ALVES, JOÃO MARCELO PEREIRA. The genome of the endosymbiont-harboring trypanosomatid Kentomonas sorsogonicus. Protistology. v. 18, p. 72-81, 2024. Qualis: Não identificado (PROTISTOLOGY)
2. OLIVOS CAICEDO, KELLY YOVANI ; FERNANDEZ-MATERAN, FRANCELYS V. ; HERNANDEZ, ALVARO G. ; DANIEL, STEVEN L. ; ALVES, JOAO M. P. ; RIDLON, JASON M.. Complete genome sequence of the archetype bile acid 7α-dehydroxylating bacterium, VPI12708, isolated from human feces, circa 1980. Microbiology Resource Announcements. v. 8, p. 10.1128/MRA.00, 2023. Qualis: C
3. TULLUME-VERGARA, PERCY O. ; CAICEDO, KELLY Y. O. ; TANTALEAN, JOSE F. C. ; Serrano, Myrna G. ; Buck, Gregory A. ; Teixeira, Marta M. G. ; SHAW, JEFFREY J. ; ALVES, JOAO M. P.. Genomes of Endotrypanum monterogeii from Panama and Zelonia costaricensis from Brazil: Expansion of Multigene Families in Leishmaniinae Parasites That Are Close Relatives of Leishmania spp.. PATHOGENS. v. 12, p. 1409, 2023. Qualis: A2
4. PETERSEN, VIVIAN ; SANTANA, MICAEL ; ALVES, J. MARCELO P. ; SUESDEK, LINCOLN. Genetic and morphological polymorphisms of Aedes scapularis (Diptera: Culicidae), vector of filariae and arboviruses. INFECTION GENETICS AND EVOLUTION. v. 97, p. 105193, 2022. Qualis: A2 (INFECTION, GENETICS AND EVOLUTION)
5. DE AZEVEDO-MARTINS, ALLAN C. ; OCAÑA, KARY ; DE SOUZA, WANDERLEY ; VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO DE ; Teixeira, Marta M. G. ; Camargo, Erney P. ; Alves, João M. P. ; MOTTA, MARIA CRISTINA M.. The Importance of Glycerophospholipid Production to the Mutualist Symbiosis of Trypanosomatids. PATHOGENS. v. 11, p. 41, 2022. Qualis: A2
6. LEE, JAE WON ; COWLEY, ELISE S. ; WOLF, PATRICIA G. ; DODEN, HEIDI L. ; MURAI, TSUYOSHI ; CAICEDO, KELLY YOVANI OLIVOS ; LY, LINDSEY K. ; SUN, FURONG ; TAKEI, HAJIME ; NITTONO, HIROSHI ; DANIEL, STEVEN L. ; CANN, ISAAC ; GASKINS, H. REX ; ANANTHARAMAN, KARTHIK ; Alves, João M. P. ; RIDLON, JASON M.. Formation of secondary allo-bile acids by novel enzymes from gut Firmicutes. Gut Microbes. v. 14, p. e2132903, 2022. Qualis: A1
7. SKALICKÝ, TOMÁ? ; Alves, João M. P. ; MORAIS, ANDERSON C. ; RE'NAROVÁ, JANA ; BUTENKO, ANZHELIKA ; LUKE?, JULIUS ; Serrano, Myrna G. ; Buck, Gregory A. ; Teixeira, Marta M. G. ; Camargo, Erney P. ; SANDERS, MANDY ; COTTON, JAMES A. ; YURCHENKO, VYACHESLAV ; KOSTYGOV, ALEXEI Y.. Endosymbiont Capture, a Repeated Process of Endosymbiont Transfer with Replacement in Trypanosomatids Angomonas spp.. PATHOGENS. v. 10, p. 702, 2021. Qualis: A2
8. LORENZ, CAMILA ; ALVES, JOÃO M.P. ; FOSTER, PETER G. ; SUESDEK, LINCOLN ; SALLUM, MARIA ANICE M.. Phylogeny and temporal diversification of mosquitoes (Diptera: Culicidae) with an emphasis on the Neotropical fauna. SYSTEMATIC ENTOMOLOGY. v. 46, p. 798-811, 2021. Qualis: A1
9. DODEN, HEIDI L. ; WOLF, PATRICIA G. ; GASKINS, H. REX ; ANANTHARAMAN, KARTHIK ; Alves, João M. P. ; RIDLON, JASON M.. Completion of the gut microbial epi-bile acid pathway. Gut Microbes. v. 13, p. 1907271, 2021. Qualis: A1
10. LY, LINDSEY K. ; ROWLES, JOE L. ; PAUL, HANS MÜLLER ; ALVES, JOÃO M.P. ; YEMM, CAMDON ; WOLF, PATRICIA M. ; DEVENDRAN, SARAVANAN ; HUDSON, MATTHEW E. ; MORRIS, DAVID J. ; ERDMAN, JOHN W. ; RIDLON, JASON M.. Bacterial steroid-17,20-desmolase is a taxonomically rare enzymatic pathway that converts prednisone to 1,4-androstanediene-3,11,17-trione, a metabolite that causes proliferation of prostate cancer cells. JOURNAL OF STEROID BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY. v. 199, p. 105567, 2020. Qualis: A2
11. WYLENSEK, DAVID ; HITCH, THOMAS C. A. ; RIEDEL, THOMAS ; AFRIZAL, AFRIZAL ; KUMAR, NEERAJ ; WORTMANN, ESTHER ; LIU, TIANZHE ; DEVENDRAN, SARAVANAN ; LESKER, TILL R. ; HERNÁNDEZ, SARA B. ; HEINE, VIKTORIA ; BUHL, EVA M. ; M. D?AGOSTINO, PAUL ; CUMBO, FABIO ; FISCHÖDER, THOMAS ; WYSCHKON, MARZENA ; LOOFT, TOREY ; PARREIRA, VALERIA R. ; ABT, BIRTE ; ALVES, J. M. P.. A collection of bacterial isolates from the pig intestine reveals functional and taxonomic diversity. Nature Communications. v. 11, p. 6389, 2020. Qualis: A1
12. DE OLIVEIRA, THAÍS CRIPPA ; CORDER, RODRIGO M. ; EARLY, ANGELA ; RODRIGUES, PRISCILA T. ; LADEIA-ANDRADE, SIMONE ; Alves, João Marcelo P. ; NEAFSEY, DANIEL E. ; FERREIRA, MARCELO U.. Population genomics reveals the expansion of highly inbred Plasmodium vivax lineages in the main malaria hotspot of Brazil. PLoS Neglected Tropical Diseases. v. 14, p. e0008808, 2020. Qualis: A1
13. DEVENDRAN, SARAVANAN ; SHRESTHA, RACHANA ; Alves, João M. P. ; WOLF, PATRICIA G. ; LY, LINDSEY ; HERNANDEZ, ALVARO G. ; MÉNDEZ-GARCÍA, CELIA ; INBODEN, ASHLEY ; WILEY, J'NAI ; PAUL, OINDRILA ; ALLEN, AVERY ; SPRINGER, EMILY ; WRIGHT, CHRIS L. ; FIELDS, CHRISTOPHER J. ; DANIEL, STEVEN L. ; RIDLON, JASON M.. ATCC 35704: Integration of Nutritional Requirements, the Complete Genome Sequence, and Global Transcriptional Responses to Bile Acids. APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY (ONLINE). v. 85, p. e00052-19, 2019. Qualis: A1
14. RIDLON, JASON M. ; DEVENDRAN, SARAVANAN ; Alves, João MP ; DODEN, HEIDI ; WOLF, PATRICIA G. ; PEREIRA, GABRIEL V. ; LY, LINDSEY ; VOLLAND, ALYSSA ; TAKEI, HAJIME ; NITTONO, HIROSHI ; MURAI, TSUYOSHI ; KUROSAWA, TAKAO ; CHLIPALA, GEORGE E. ; GREEN, STEFAN J. ; HERNANDEZ, ALVARO G. ; FIELDS, CHRISTOPHER J. ; WRIGHT, CHRISTY L. ; KAKIYAMA, GENTA ; CANN, ISAAC ; KASHYAP, PURNA. The - in vivo lifestyle? of bile acid 7α-dehydroxylating bacteria: comparative genomics, metatranscriptomic, and bile acid metabolomics analysis of a defined microbial community in gnotobiotic mice. Gut Microbes. v. 1, p. 1-24, 2019. Qualis: A1
15. LORENZ, CAMILA ; ALVES, JOÃO MARCELO PEREIRA ; FOSTER, PETER GORDON ; SALLUM, MARIA ANICE MUREB ; SUESDEK, LINCOLN. First record of translocation in Culicidae (Diptera) mitogenomes: evidence from the tribe Sabethini. BMC GENOMICS. v. 20, p. 721-8, 2019. Qualis: A2
16. ESPADA, CAROLINE R. ; MAGALHÃES, RUBENS M. ; CRUZ, MARIO C. ; MACHADO, PAULO R. ; SCHRIEFER, ALBERT ; CARVALHO, EDGAR M. ; HORNILLOS, VALENTÍN ; Alves, João M. ; CRUZ, ANGELA K. ; COELHO, ADRIANO C. ; ULIANA, SILVIA R.B.. Investigation of the pathways related to intrinsic miltefosine tolerance in Leishmania (Viannia) braziliensis clinical isolates reveals differences in drug uptake. International Journal for Parasitology-Drugs and Drug Resistance. v. 11, p. 139-147, 2019. Qualis: A1 (INTERNATIONAL JOURNAL FOR PARASITOLOGY: DRUGS AND DRUG RESISTANCE)
17. HARRIS, SPENCER C. ; DEVENDRAN, SARAVANAN ; ALVES, JOÃO M.P. ; MYTHEN, SEAN M. ; HYLEMON, PHILLIP B. ; RIDLON, JASON M.. Identification of a gene encoding a flavoprotein involved in bile acid metabolism by the human gut bacterium Clostridium scindens ATCC 35704. BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-MOLECULAR AND CELL BIOLOGY OF LIPIDS. v. 1863, p. 276-283, 2018. Qualis: A2 (BIOCHIMICA AND BIOPHYSICA ACTA. MOLECULAR AND CELL BIOLOGY OF LIPIDS)
18. RODRIGUES, PRISCILA T. ; VALDIVIA, HUGO O. ; DE OLIVEIRA, THAIS C. ; Alves, João Marcelo P. ; DUARTE, ANA MARIA R. C. ; CERUTTI-JUNIOR, CRISPIM ; BUERY, JULYANA C. ; BRITO, CRISTIANA F. A. ; DE SOUZA, JÚLIO CÉSAR ; HIRANO, ZELINDA M. B. ; BUENO, MARINA G. ; CATÃO-DIAS, JOSÉ LUIZ ; MALAFRONTE, ROSELY S. ; LADEIA-ANDRADE, SIMONE ; MITA, TOSHIHIRO ; SANTAMARIA, ANA MARIA ; CALZADA, JOSÉ E. ; TANTULAR, INDAH S. ; KAWAMOTO, FUMIHIKO ; RAIJMAKERS, LEONIE R. J.. Human migration and the spread of malaria parasites to the New World. Scientific Reports. v. 8, p. 1993, 2018. Qualis: A2
19. da Silva, Flávia Maia ; KOSTYGOV, A. Y. ; SPODAREVA, V. V. ; BUTENKO, A. ; TOSSOU, R. ; LUKES, J. ; YURCHENKO, V. ; ALVES, JOÃO M.P.. The reduced genome of Candidatus Kinetoplastibacterium sorsogonicusi, the endosymbiont of Kentomonas sorsogonicus (Trypanosomatidae): loss of the haem-synthesis pathway. PARASITOLOGY. v. S1, p. 1-7, 2018. Qualis: A2
20. DODEN, H. ; SALLAM, L. A. ; DEVENDRAN, S. ; LY, L. ; DODEN, G. ; DANIEL, S. L. ; ALVES, JOÃO M.P. ; RIDLON, J. M.. Metabolism of oxo-bile acids and characterization of recombinant 12α-hydroxysteroid dehydrogenases from bile acid 7α-dehydroxylating human gut bacteria ATCC 35704, DSM 15053 and DSM 13275. APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY. v. 4, p. AEM.00235-18, 2018. Qualis: A1
21. COSTA-MARTINS, ANDRÉ G. ; Lima, Luciana ; Alves, João Marcelo P. ; Serrano, Myrna G. ; Buck, Gregory A. ; Camargo, Erney P. ; Teixeira, Marta M. G.. Genome-wide identification of evolutionarily conserved Small Heat-Shock and eight other proteins bearing α-crystallin domain-like in kinetoplastid protists. PLoS One. v. 13, p. e0206012, 2018. Qualis: A1
22. BRADWELL, KATIE R ; KOPARDE, VISHAL N ; MATVEYEV, ANDREY V ; SERRANO, MYRNA G ; ALVES, JOÃO M P ; PARIKH, HARDIK ; HUANG, BERNICE ; LEE, VLADIMIR ; ESPINOSA-ALVAREZ, ONEIDA ; ORTIZ, PAOLA A ; COSTA-MARTINS, ANDRÉ G ; TEIXEIRA, MARTA M G ; Buck, Gregory A. Genomic comparison of Trypanosoma conorhini and Trypanosoma rangeli to Trypanosoma cruzi strains of high and low virulence. BMC GENOMICS. v. 19, p. 770, 2018. Qualis: A2
23. Matveyev, Andrey V. ; Alves, João M. P. ; Serrano, Myrna G. ; LEE, VLADIMIR ; Lara, Ana M. ; BARTON, WILLIAM A. ; COSTA-MARTINS, ANDRÉ G. ; BEVERLEY, STEPHEN M. ; Camargo, Erney P. ; Teixeira, Marta M. G. ; Buck, Gregory A.. The Evolutionary Loss of RNAi Key Determinants in Kinetoplastids as a Multiple Sporadic Phenomenon. JOURNAL OF MOLECULAR EVOLUTION. v. 2, p. 1, 2017. Qualis: A3
24. C. DE OLIVEIRA, THAIS ; RODRIGUES, PRISCILA T. ; MENEZES, MARIA JOSÉ ; GONÇALVES-LOPES, RAQUEL M. ; BASTOS, MELISSA S. ; LIMA, NATHÁLIA F. ; BARBOSA, SUSANA ; GERBER, ALEXANDRA L. ; LOSS DE MORAIS, GUILHERME ; BERNÁ, LUISA ; PHELAN, JODY ; ROBELLO, CARLOS ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA R. ; Alves, João Marcelo P. ; FERREIRA, MARCELO U.. Genome-wide diversity and differentiation in New World populations of the human malaria parasite Plasmodium vivax. PLoS Neglected Tropical Diseases. v. 11, p. e0005824, 2017. Qualis: A1
25. DE SOUZA, SILVANA SANT´ANNA ; CATTA-PRETA, CAROLINA MOURA ; Alves, João Marcelo P. ; CAVALCANTI, DANIELLE P. ; Teixeira, Marta M. G. ; Camargo, Erney P. ; DE SOUZA, WANDERLEY ; SILVA, ROSANE ; MOTTA, MARIA CRISTINA M.. Expanded repertoire of kinetoplast associated proteins and unique mitochondrial DNA arrangement of symbiont-bearing trypanosomatids. PLoS One. v. 12, p. e0187516, 2017. Qualis: A1
26. ALVES, JOÃO M. P. ; DE OLIVEIRA, ANDRÉ L. ; SANDBERG, TATIANA O. M. ; MORENO-GALLEGO, JAIME L. ; DE TOLEDO, MARCELO A. F. ; DE MOURA, ELISABETH M. M. ; OLIVEIRA, LILIANE S. ; Durham, Alan M. ; MEHNERT, DOLORES U. ; ZANOTTO, PAOLO M. DE A. ; REYES, ALEJANDRO ; Gruber, Arthur. GenSeed-HMM: A Tool for Progressive Assembly Using Profile HMMs as Seeds and its Application in Alpavirinae Viral Discovery from Metagenomic Data. Frontiers in Microbiology (Online). v. 7, p. 00269, 2016. Qualis: A1
27. GARRIDO, LEANDRO MAZA ; ALVES, JOÃO MARCELO PEREIRA ; OLIVEIRA, LILIANE SANTANA ; GRUBER, ARTHUR ; PADILLA, GABRIEL ; ARAÚJO, WELINGTON LUIZ. Draft Genome Sequence of Curtobacterium sp. Strain ER1/6, an Endophytic Strain Isolated from Citrus sinensis with Potential To Be Used as a Biocontrol Agent. Genome Announcements. v. 4, p. e01264-16, 2016. Qualis: B3
28. DE OLIVEIRA, GILBERTO SANTOS ; KAWAHARA, REBECA ; ROSA-FERNANDES, LIVIA ; AVILA, CARLA C. ; LARSEN, MARTIN R. ; PEREIRA ALVES, JOÃO MARCELO ; PALMISANO, GIUSEPPE. Novel DNA coding regions and protein arginylation reveal unexplored T. cruzi proteome and PTMs. INTERNATIONAL JOURNAL OF MASS SPECTROMETRY. v. 1, p. 1, 2016. Qualis: A3
29. DE AZEVEDO-MARTINS, ALLAN C ; Alves, João MP ; GARCIA DE MELLO, FERNANDO ; VASCONCELOS, ANA TEREZA R ; DE SOUZA, WANDERLEY ; EINICKER-LAMAS, MARCELO ; MOTTA, MARIA CRISTINA M. Biochemical and phylogenetic analyses of phosphatidylinositol production in Angomonas deanei, an endosymbiont-harboring trypanosomatid. Parasites & Vectors. v. 8, p. 247, 2015. Qualis: A1
30. CABALLERO, ZULEIMA C ; COSTA-MARTINS, ANDRE G ; FERREIRA, ROBSON C ; PEREIRA ALVES, JOÃO MARCELO ; SERRANO, MYRNA G ; CAMARGO, ERNEY P ; Buck, Gregory A ; MINOPRIO, PAOLA ; GERALDES TEIXEIRA, MARTA M. Phylogenetic and syntenic data support a single horizontal transference to a Trypanosoma ancestor of a prokaryotic proline racemase implicated in parasite evasion from host defences. Parasites & Vectors. v. 8, p. 222, 2015. Qualis: A1
31. PEDRO, S. L. S. ; ALVES, J. M. P. ; BARRETO, A. S. ; LIMA, A. O. S.. Evidence of Positive Selection of Aquaporins Genes from Pontoporia blainvillei during the Evolutionary Process of Cetaceans. Plos One. v. 10, p. e0134516, 2015. Qualis: A1
32. CARLTON, J. M. ; VOLKMAN, S. K. ; UPLEKAR, S. ; HUPALO, D. N. ; PEREIRA ALVES, J. M. ; CUI, L. ; DONNELLY, M. ; ROOS, D. S. ; HARB, O. S. ; ACOSTA, M. ; READ, A. ; RIBOLLA, P. E. M. ; SINGH, O. P. ; VALECHA, N. ; WASSMER, S. C. ; FERREIRA, M. ; ESCALANTE, A. A.. Population Genetics, Evolutionary Genomics, and Genome-Wide Studies of Malaria: A View Across the International Centers of Excellence for Malaria Research. The American Journal of Tropical Medicine and Hygiene. v. 93, p. 87-98, 2015. Qualis: A3 (AMERICAN JOURNAL OF TROPICAL MEDICINE AND HYGINE)
33. GUIMARÃES, LILIAN O. ; WUNDERLICH, GERHARD ; Alves, João M. P. ; BUENO, MARINA G. ; RÖHE, FABIO ; CATÃO-DIAS, JOSÉ L. ; NEVES, AMANDA ; MALAFRONTE, ROSELY S. ; CURADO, IZILDA ; DOMINGUES, WILSON ; KIRCHGATTER, KARIN. Merozoite surface protein-1 genetic diversity in Plasmodium malariae and Plasmodium brasilianum from Brazil. BMC Infectious Diseases (Online). v. 15, p. 529, 2015. Qualis: A3
34. BRITO, ANDERSON FERNANDES DE ; BRACONI, CARLA TORRES ; WEIDMANN, MANFRED ; DILCHER, MEIK ; ALVES, JOÃO MARCELO PEREIRA ; GRUBER, ARTHUR ; ZANOTTO, PAOLO MARINHO DE ANDRADE. The pangenome of the Anticarsia gemmatalis multiple nucleopolyhedrovirus (AgMNPV). Genome Biology and Evolution. v. 12, p. evv231, 2015. Qualis: A1
35. GABRIEL, HELOISA B. ; DE AZEVEDO, MAURO F. ; PALMISANO, GIUSEPPE ; WUNDERLICH, GERHARD ; KIMURA, EMÍLIA A. ; KATZIN, ALEJANDRO M. ; Alves, João M. P.. Single-target high-throughput transcription analyses reveal high levels of alternative splicing present in the FPPS/GGPPS from Plasmodium falciparum. Scientific Reports. v. 5, p. 18429, 2015. Qualis: A2
36. RODRIGUES, ADRIANA C. ; Ortiz, Paola A. ; COSTA-MARTINS, ANDRÉ G. ; NEVES, LUIS ; GARCIA, HERAKLES A. ; ALVES, JOÃO M.P. ; Camargo, Erney P. ; Alfieri, Silvia C. ; GIBSON, WENDY ; TEIXEIRA, MARTA M.G.. Congopain genes diverged to become specific to Savannah, Forest and Kilifi subgroups of Trypanosoma congolense, and are valuable for diagnosis, genotyping and phylogenetic inferences. Infection, Genetics and Evolution (Print). v. 1, p. 1, 2014. Qualis: A2
37. RODRIGUES, P. T. ; ALVES, J. M. P. ; SANTAMARIA, A. M. ; CALZADA, J. E. ; XAYAVONG, M. ; PARISE, M. ; DA SILVA, A. J. ; FERREIRA, M. U.. Using Mitochondrial Genome Sequences to Track the Origin of Imported Plasmodium vivax Infections Diagnosed in the United States. The American Journal of Tropical Medicine and Hygiene. v. 3, p. 1, 2014. Qualis: A3 (AMERICAN JOURNAL OF TROPICAL MEDICINE AND HYGINE)
38. Alves, João MP; Serrano, Myrna G. ; da Silva, Flávia Maia ; Voegtly, Logan ; Matveyev, Andrey V. ; Teixeira, Marta M. G. ; Camargo, Erney P. ; Buck, Gregory A. Genome Evolution and Phylogenomic Analysis of Candidatus Kinetoplastibacterium, the Betaproteobacterial Endosymbionts of Strigomonas and Angomonas. Genome Biology and Evolution. v. 5, p. 338-350, 2013. Qualis: A1
39. Aurelien Mazurie ; ALVES, J. ; OZAKI, L. S. ; ZHOU, S. ; SCHWARTZ, D. ; BUCK, G. A.. Comparative Genomics of Cryptosporidium. Comparative and Functional Genomics. v. 2013, p. 1-8, 2013. Qualis: Não identificado (COMPARATIVE AND FUNCTIONAL GENOMICS)
40. RIDLON, J. M. ; Alves, João M. ; HYLEMON, P. B. ; BAJAJ, J. S.. Cirrhosis, bile acids and gut microbiota: Unraveling a complex relationship. Gut Microbes. v. 4, p. 1-6, 2013. Qualis: A1
41. RIDLON, J. M. ; IKEGAWA, S. ; Alves, João MP ; Zhou, B. ; Kobayashi, A. ; Iida, T. ; Mitamura, K. ; Tanabe, G. ; Serrano, Myrna G. ; De Guzman, A. ; Takamine, F. ; BUCK, G. A. ; HYLEMON, P. B.. Clostridium scindens: a human gut microbe with a high potential to convert glucocorticoids into androgens. Journal of Lipid Research (Print),. p. 1, 2013. Qualis: A2 (JOURNAL OF LIPID RESEARCH)
42. JORDAO, F. M. ; GABRIEL, H. B. ; Alves, João MP ; ANGELI, C. B. ; BIFANO, T. D. ; Breda, A. ; AZEVEDO, M. F. ; BASSO, L. A. ; Wunderlich, G. ; KIMURA, E. A. ; KATZIN, A. M.. Cloning and characterization of bifunctional enzyme farnesyl diphosphate/geranylgeranyl diphosphate synthase from Plasmodium falciparum. Malaria Journal (Online). v. 12, p. 184, 2013. Qualis: A1
43. ALVES, J. M. P.; KLEIN, C. C. ; da Silva, Flávia Maia ; COSTA-MARTINS, A. G. ; Serrano, Myrna G. ; Buck, Gregory A ; VASCONCELOS, A. T. R. ; SAGOT, M.-F. ; MOTTA, M. C. M. ; Camargo, Erney P.. Endosymbiosis in trypanosomatids: the genomic cooperation between bacterium and host in the synthesis of essential amino acids is heavily influenced by multiple horizontal gene transfers. BMC Evolutionary Biology (Online). v. 13, p. 190, 2013. Qualis: A1
44. KLEIN, C. C. ; ALVES, J. M. P. ; SERRANO, M. G. ; BUCK, G. A. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; SAGOT, M.-F. ; Teixeira, M. M. G. ; Camargo, Erney P. ; MOTTA, M. C. M.. Biosynthesis of Vitamins and Cofactors in Bacterium-Harbouring Trypanosomatids Depends on the Symbiotic Association as Revealed by Genomic Analyses. Plos One. v. 8, p. e79786, 2013. Qualis: A1
45. Manque, Patricio A. ; Woehlbier, Ute ; Lara, Ana M. ; Tenjo, Fernando ; Alves, João M. ; Buck, Gregory A.. Identification and Characterization of a Novel Calcium-Activated Apyrase from Cryptosporidium Parasites and Its Potential Role in Pathogenesis. Plos One. v. 7, p. e31030, 2012. Qualis: A1
46. Harwich, Michael D ; Serrano, Myrna G. ; Fettweis, J.M. ; Alves, João M. P. ; Mark A. Reimers ; Vaginal Microbiome Consortium ; Buck, Gregory A ; Jefferson, Kimberly K. Genomic sequence analysis and characterization of Sneathia amnii sp. nov. BMC Genomics. v. 13, p. S4, 2012. Qualis: A2
47. Lima, Luciana ; Ortiz, Paola A. ; da Silva, Flávia Maia ; Alves, João Marcelo P. ; Serrano, Myrna G. ; Cortez, Alane P. ; Alfieri, Silvia C. ; Buck, Gregory A. ; Teixeira, Marta M. G.. Repertoire, Genealogy and Genomic Organization of Cruzipain and Homologous Genes in Trypanosoma cruzi, T. cruzi-Like and Other Trypanosome Species. Plos One. v. 7, p. e38385, 2012. Qualis: A1
48. Fettweis, J.M. ; SERRANO, M. G. ; Nihar Sheth ; Carly Mayer ; Abigail L. Glascock ; Brooks, J.P. ; Jefferson, Kimberly K ; Alves, João M. P. ; Vaginal Microbiome Consortium ; BUCK, G. A.. Species-level classification of the vaginal microbiome. BMC Genomics. v. 13, p. S17, 2012. Qualis: A2
49. Manque, P. A. ; Probst, C. ; PEREIRA, M. C. S. ; RAMPAZZO, R. C. P. ; OZAKI, L. S. ; PAVONI, D. P. ; Silva Neto, D. T. ; CARVALHO, M. R. ; XU, P. ; SERRANO, M. G. ; ALVES, J. M. P. ; Meirelles, M. d. N. S. L. ; GOLDENBERG, S. ; KRIEGER, M. A. ; BUCK, G. A.. Trypanosoma cruzi Infection Induces a Global Host Cell Response in Cardiomyocytes. Infection and Immunity (Print). v. 79, p. 1855-1862, 2011. Qualis: A2
50. Alves, João M. P.; Voegtly, Logan ; Matveyev, Andrey V. ; Lara, Ana M. ; da Silva, Flávia Maia ; Serrano, Myrna G. ; Buck, Gregory A. ; Teixeira, Marta M. G. ; Camargo, Erney P.. Identification and Phylogenetic Analysis of Heme Synthesis Genes in Trypanosomatids and Their Bacterial Endosymbionts. Plos One. v. 6, p. e23518, 2011. Qualis: A1
51. Manque, P. A. ; Fernando A. Tenjo ; Ute Woehlbier ; Ana M. Lara ; SERRANO, M. G. ; XU, P. ; Alves, Joao M ; Ronald Smeltz ; Daniel Conrad ; BUCK, G. A.. Identification and immunological characterization of three potential vaccinogens against Cryptosporidium. Clinical and Vaccine Immunology. v. 18, p. 1796-1802, 2011. Qualis: A3
52. Harwich, Michael D ; Alves, Joao M ; Buck, Gregory A ; Strauss, Jerome F ; Patterson, Jennifer L ; Oki, Aminat T ; Girerd, Philippe H ; Jefferson, Kimberly K. Drawing the line between commensal and pathogenic Gardnerella vaginalis through genome analysis and virulence studies. BMC Genomics. v. 11, p. 375-387, 2010. Qualis: A2
53. Dhivya Arasappan ; Aurelien Mazurie ; Alves, J. M. ; Danail Bonchev ; BUCK, G. A.. Path-a-Way: A Strategy for Network Analysis of Microarray Data. IEEE Transactions on Biomedical Engineering (Print). v. 1, p. 432-436, 2008.Qualis: A1
54. XU, P. ; ALVES, J. M. P. ; Kitten, T. ; Brown, A. ; Chen, Z. ; OZAKI, L. S. ; MANQUE, P. ; Ge, X. ; SERRANO, M. G. ; PUIU, D. ; Hendricks, S. ; WANG, Y. ; Chaplin, M. D. ; Akan, D. ; Paik, S. ; PETERSON, D. L. ; Macrina, F. L. ; BUCK, G. A.. Genome of the Opportunistic Pathogen Streptococcus sanguinis. Journal of Bacteriology (Print). v. 189, p. 3166-3175, 2007. Qualis: A3
55. ALVES, J. M. P.; BUCK, G. A.. Automated System for Gene Annotation and Metabolic Pathway Reconstruction Using General Sequence Databases. Chemistry & Biodiversity (Print). v. 4, p. 2593-2602, 2007. Qualis: A4
56. XU, PING ; WIDMER, GIOVANNI ; WANG, YINGPING ; OZAKI, LUIZ S. ; Alves, Joao M. ; Serrano, Myrna G. ; PUIU, DANIELA ; MANQUE, PATRICIO ; AKIYOSHI, DONNA ; MACKEY, AARON J. ; PEARSON, WILLIAM R. ; DEAR, PAUL H. ; BANKIER, ALAN T. ; PETERSON, DARRELL L. ; ABRAHAMSEN, MITCHELL S. ; KAPUR, VIVEK ; TZIPORI, SAUL ; Buck, Gregory A.. The genome of Cryptosporidium hominis. Nature (London). v. 431, p. 1107-1112, 2004. Qualis: A1
57. ALVES, J. M. P.; Gusmão, C.X. ; Teixeira, M. M. G. ; Freitas, D. ; Foronda, A.S. ; Affonso, H.T.. Random amplified polymorphic DNA profiles as a tool for the characterization of Brazilian keratitis isolates of the genus Acanthamoeba. Brazilian Journal of Medical and Biological Research (Impresso), Ribeirão Preto/SP. v. 33, n. 1, p. 19-26, 2000. Qualis: A4 (BRAZILIAN JOURNAL OF MEDICAL AND BIOLOGICAL RESEARCH)
Livros publicados/organizados ou edições (0)
Capítulos de livros publicados (2)
1. ALVES, J. M. P. Working Together: Amino Acid Biosynthesis in Endosymbiont-harbouring Trypanosomatidae. The Handbook of Microbial Metabolism of Amino Acids. 1ed.Oxfordshire. Em: . : CABI. 2017.p. 371-383.
2. BUCK, G. A. ; Aurelien Mazurie ; Seth Roberts ; Alves, J. M. ; Dhivya Arasappan ; SERRANO, M. G. ; MANQUE, P.. Genomes to networks, pathways and function. Em: Simos T; Maroulis G. (Org.). Lecture Series on Computer amd Computational Sciences. Leiden. : Brill Academic Publishers. 2006.v. 6, p. 758-763.
Textos em jornais de notícias/revistas (0)
Trabalhos completos publicados em anais de congressos (0)
Resumos expandidos publicados em anais de congressos (0)
Resumos publicados em anais de congressos (0)
Artigos aceitos para publicação (0)
Apresentações de trabalho (17)
1. Andrey V. Matveyev ; ALVES, J. M. P. ; Nihar Sheth ; SERRANO, M. G. ; Carly Mayer ; BUCK, G. A.. The new search for the key RNAi system components in a variety of trypanosomatids. 2011. Apresentação de Trabalho/Comunicação
2. ALVES, J. M. P.; Logan Voegtly ; Andrey V. Matveyev ; Ana M. Lara ; Flávia Maia da Silva ; Teixeira, M. M. G. ; Erney P. Camargo ; SERRANO, M. G. ; BUCK, G. A.. Full genome and phylogenetic analyses of Kinetoplastibacterium, the bacterial endosymbiont from insect-infecting trypanosomatids. 2011. Apresentação de Trabalho/Comunicação
3. ALVES, J. M. P.; Logan Voegtly ; Andrey V. Matveyev ; Ana M. Lara ; Flávia Maia da Silva ; SERRANO, M. G. ; BUCK, G. A. ; Teixeira, M. M. G. ; Erney P. Camargo. Identification and phylogenetic analysis of heme biosynthesis genes in trypanosomatids and their bacterial endosymbionts. 2011. Apresentação de Trabalho/Comunicação
4. ALVES, J. M. P.; S. Baldwin ; L. Bulluck ; Edward Crawford ; Jennifer Fettweis ; Stephen Fong ; J. Hearn ; D. Jennings ; A. Johnson ; A. Joyce ; Karen Kester ; Kelly Lockeman ; MANQUE, P. ; A. Ni'Mary ; A. Padolina ; Susan Polich ; Clint Turbeville ; André Valente ; Brad Windle ; Ryan Woodcock. Training 21st century scientists: an undergraduate research program in system biology. 2010. Apresentação de Trabalho/Comunicação
5. ALVES, J. M. P.; SERRANO, M. G. ; XU, P. ; WIDMER, G. ; WANG, Y. ; OZAKI, L. S. ; PUIU, D. ; MANQUE, P. ; AKIYOSHI, D. ; MACKEY, A. J. ; PEARSON, W. R. ; DEAR, P. H. ; BANKIER, A. T. ; PETERSON, D. L. ; TZIPORI, S. ; BUCK, G. A.. The genome of Cryptosporidium hominis. 2004. Apresentação de Trabalho/Comunicação
6. XU, P. ; Zhenming Chen ; Fernando A. Tenjo ; Phavitri Ramcharan ; William A. Holzgrefe ; Alves, J. M. ; SERRANO, M. G. ; MANQUE, P. ; Galina Kazanina ; Tadeusz A. Zwierzynski ; OZAKI, L. S. ; CARVALHO, M. R. ; BUCK, G. A.. Characterization of two putative splicing factors, XB1 and XB2, in Trypanosoma cruzi. 2004. Apresentação de Trabalho/Comunicação
7. PROBST, C. M. ; PAVONI, D. P. ; Andrea Ávila ; Viviane M. Goes ; Gisele Picchi ; Vanessa Sotomaior ; A. Correa ; Josiane Cardoso ; T. Passos ; P.R.C. Arauco ; Bruno Dallagiovanna ; Celina Poersch ; OZAKI, L. S. ; XU, P. ; Darrell Mallonee ; Alves, J. M. ; Li-Min Wen ; SERRANO, M. G. ; MANQUE, P. ; CARVALHO, M. R.. Functional genomics of Trypanosoma cruzi: from life cycle to transcriptome dynamics. 2004. Apresentação de Trabalho/Comunicação
8. KRIEGER, M. A. ; PROBST, C. M. ; PAVONI, D. P. ; Andrea Ávila ; Viviane M. Goes ; A. Correa ; Vanessa Sotomaior ; Bruno Dallagiovanna ; Josiane Cardoso ; Sheila Nardelli ; Celina Poersch ; Fabricio K. Marchini ; S.F.Y. Ogatta ; Viviane Giese ; P.R.C. Arauco ; Alves, J. M. ; MANQUE, P. ; SERRANO, M. G. ; OZAKI, L. S. ; XU, P.. mRNA mobilization to polysomes and its role in gene expression regulation during Trypanosoma cruzi differentiation. 2004. Apresentação de Trabalho/Comunicação
9. MANQUE, P. ; PROBST, C. M. ; Mirian Claudia de S. Pereira ; MEIRELLES, M. N. ; Li-Min Wen ; Helene Santos Barbosa ; GOLDENBERG, S. ; KRIEGER, M. A. ; PAVONI, D. P. ; Alejandro Correa ; Celina Poersch ; OZAKI, L. S. ; Alves, J. M. ; XU, P. ; CARVALHO, M. R. ; Darrell Mallonee ; SERRANO, M. G. ; BUCK, G. A.. Host cell response in Trypanosoma cruzi-infected cardiomyocytes: host response or parasite control?. 2004. Apresentação de Trabalho/Comunicação
10. PROBST, C. M. ; PAVONI, D. P. ; Viviane M. Goes ; Andrea Ávila ; Josiane Cardoso ; P.R.C. Arauco ; A. Correa ; MANQUE, P. ; OZAKI, L. S. ; XU, P. ; Darrell Mallonee ; Alves, J. M. ; Li-Min Wen ; SERRANO, M. G. ; CARVALHO, M. R. ; BUCK, G. A. ; H.B. Silva ; MEIRELLES, M. N. ; Mirian Claudia de S. Pereira ; GOLDENBERG, S.. Functional genomics of two infective forms of T. cruzi in both parasite and host cell. 2004. Apresentação de Trabalho/Comunicação
11. ALVES, J. M. P.; Andrea Ávila ; Luciana Bitencur ; Josiane Cardoso ; CARVALHO, M. R. ; Bruno Dallagiovanna ; Alejandro C. Dominguez ; Nobuichi Ebachi ; Stenio Fragoso ; Viviane Giese ; GOLDENBERG, S. ; KRIEGER, M. A. ; Darrell Mallonee ; MANQUE, P. ; Viviane S. Monteiro ; Sheila Nardelli ; OZAKI, L. S. ; PUIU, D. ; Luiz R. Nunes ; Regina C. Oliveira. Microarray analysis of cAMP effects on Trypanosoma cruzi metacyclogenesis. 2003. Apresentação de Trabalho/Comunicação
12. PROBST, C. M. ; Andrea Ávila ; Alejandro C. Dominguez ; Bruno Dallagiovanna ; PAVONI, D. P. ; Gisele Picchi ; Luciana Bitencur ; Fernanda Stange ; Josiane Cardoso ; Sheila Nardelli ; Stenio Fragoso ; Vanessa Sotomaior ; Viviane Giese ; Viviane S. Monteiro ; Luiz R. Nunes ; Regina C. Oliveira ; Alves, J. M. ; Nobuichi Ebachi ; Li-Min Wen ; MANQUE, P.. Analysis of gene expression during T. cruzi metacyclogenesis using microarrays. 2003. Apresentação de Trabalho/Comunicação
13. XU, P. ; WIDMER, G. ; WANG, Y. ; Franklin Lin ; OZAKI, L. S. ; Alves, J. M. ; PUIU, D. ; Wayne Vogel ; Galina Kazanina ; Jacinda Power ; Stephanie Sybert ; Zhenming Chen ; Li-Min Wen ; MANQUE, P. ; SERRANO, M. G. ; PEARSON, W. R. ; TZIPORI, S. ; BUCK, G. A.. The genome sequence of Cryptosporidium parvum genotype I. 2003. Apresentação de Trabalho/Comunicação
14. MANQUE, P. ; Li-Min Wen ; Alves, J. M. ; Helene Santos Barbosa ; CARVALHO, M. R. ; Brad Freeman ; GOLDENBERG, S. ; KRIEGER, M. A. ; Darrell Mallonee ; MEIRELLES, M. N. ; OZAKI, L. S. ; PAVONI, D. P. ; Mirian Claudia de S. Pereira ; Celina Poersch ; PROBST, C. M. ; PUIU, D. ; SERRANO, M. G. ; XU, P. ; Tadeusz A. Zwierzynski ; BUCK, G. A.. Global modulation of cellular function in cardiomyocytes infected by Trypanosoma cruzi as revealed by microarray analysis. 2003. Apresentação de Trabalho/Comunicação
15. PAVONI, D. P. ; Andrea Ávila ; Alejandro C. Dominguez ; Bruno Dallagiovanna ; PROBST, C. M. ; Gisele Picchi ; Luciana B. Santos ; Fernanda Stange ; Josiane Cardoso ; Sheila Nardelli ; Stenio Fragoso ; Vanessa Sotomaior ; Viviane Giese ; Viviane M. Goes ; Luiz R. Nunes ; Regina C. Oliveira ; Alves, J. M. ; Nobuichi Ebachi ; Li-Min Wen ; MANQUE, P.. Evaluation using microarray technology of polysomal mobilization in gene expression regulation during the Trypanosoma cruzi metacyclogenesis. 2003. Apresentação de Trabalho/Comunicação
16. PROBST, C. M. ; Andrea Ávila ; Celina Poersch ; PAVONI, D. P. ; GOLDENBERG, S. ; Viviane M. Goes ; Helene Santos Barbosa ; MEIRELLES, M. N. ; Mirian Claudia de S. Pereira ; PUIU, D. ; Darrell Mallonee ; BUCK, G. A. ; Alves, J. M. ; OZAKI, L. S. ; Li-Min Wen ; CARVALHO, M. R. ; SERRANO, M. G. ; MANQUE, P. ; XU, P. ; Tadeusz A. Zwierzynski. Expression analysis of cardiomyocyte response to interaction with in vitro differentiated metacyclic Trypanosoma cruzi trypomastigotes. 2003. Apresentação de Trabalho/Comunicação
17. Alves, J. M.; Li-Min Wen ; Darrell Mallonee ; OZAKI, L. S. ; XU, P. ; CARVALHO, M. R. ; Tadeusz A. Zwierzynski ; PROBST, C. M. ; KRIEGER, M. A. ; Stenio Fragoso ; GOLDENBERG, S. ; Dayse Teixeira Silva ; Helene Santos Barbosa ; MEIRELLES, M. N. ; Mirian Claudia de S. Pereira ; Buck, Gregory A. Microarray analysis of gene expression in Trypanosoma cruzi-infected cardiomyocytes. 2002. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
Demais tipos de produção bibliográfica (2)
1. KOSTYGOV, A. Y. ; Alves, João M. P. ; YURCHENKO, V.. Symbioses Between Protists and Bacteria/Archaea, 2021. (Prefácio. 2021.
2. Fettweis, J.M. ; Alves, J. M. ; Borzelleca, J.F. ; Brooks, J.P. ; Christopher J. Friedline ; Yuan Gao ; Xi Gao ; Girerd, Philippe H ; Michael D. Harwich ; Stephanie L. Hendricks ; Kimberly K. Jefferson ; Vladimir Lee ; Michael C. Neale ; Federico A. Puma ; Mark A. Reimers ; Maria C. Rivera ; Seth B. Roberts ; SERRANO, M. G. ; Nihar Sheth ; Judy L. Silberg. The Vaginal Microbiome: Disease, Genetics and the Environment. Nature Publishing Group. 2011. Marker paper

Produção técnica

Programas de computador com registro (0)
Programas de computador sem registro (9)
1. ALVES, J. M. P.. Average. 2009.
2. ALVES, J. M. P.. LIMS-Seq. 2009.
3. ALVES, J. M. P.. ASGARD. 2007.
4. ALVES, J. M. P.. reformatfasta. 2006.
5. ALVES, J. M. P.. selectseq. 2006.
6. ALVES, J. M. P.. mfsizes. 2003.
7. ALVES, J. M. P.. LRTester. 2000.
8. ALVES, J. M. P.. Point Replacer. 2000.
9. ALVES, J. M. P.. Clus2Mega. 2000.
Produtos tecnológicos (0)
Processos ou técnicas (0)
Trabalhos técnicos (0)
Demais tipos de produção técnica (2)
1. ALVES, J. M. P. Curso Básico de Biologia Molecular. 2001. Curso de curta duração ministrado/Extensão
2. ALVES, J. M. P. Curso Básico de Biologia Molecular. 2000. Curso de curta duração ministrado/Extensão

Produção artística

Total de produção artística (0)

Orientações em andamento

Supervisão de pós-doutorado (0)
Tese de doutorado (3)
1. Elizabeth Magiolo Coser. Identificação e validação funcional de genes associados à suscetibilidade e resistência à paromomicina em Leishmania spp.. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Coorientador).. Início: 2024.
  Supervisor: Joao Marcelo Pereira Alves.
2. Davi Salles Xavier. Análises metabólicas, genômicas e evolutivas das proteínas de superfície de importância na relação patógeno-hospedeiro em organismos do filo Euglenozoa. Tese (Doutorado em Ciência (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)) - Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2021.
  Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
3. Percy Omar Túllume Vergara. Genômica comparativa e filogenômica da seção Paraleishmania (gênero Endotrypanum). Tese (Doutorado em Ciência (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)) - Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2020.
  Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
Dissertação de mestrado (2)
1. Francisco Alvaro Vasquez Cunya. Análise comparativa e bioinformática do genoma completo de um isolado pertencente ao gênero Sergeia. Dissertação (Mestrado em Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro) - Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP, . Início: 2023.
  Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
2. Maiara Mascarenhas Moro Valenciano. Caracterização evolutiva e de rede dos genes envolvidos na resposta imune em mamíferos. Dissertação (Mestrado em Programa Interunidades de Pós-Graduação em Bioinformática) - Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2023.
  Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
Trabalho de conclusão de curso de graduação (0)
Iniciação científica (0)
Orientações de outra natureza (0)

Supervisões e orientações concluídas

Supervisão de pós-doutorado (0)
Tese de doutorado (1)
1. André Guilherme da Costa Martins. Genes codificadores de proteínas de choque térmico (Hsp) de espécies do gênero Trypanosoma: repertório, polimorfismo, organização genômica e relações filogenéticas. Tese (Doutorado em Ciência (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)) - Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2013.
  Supervisor: Joao Marcelo Pereira Alves.
Dissertação de mestrado (6)

Kelly Yovani Olivos Caicedo. Análise do pangenoma de Clostridium scindens. Dissertação (Mestrado em Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro) - Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2023.
Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
Fernanda Cardoso. Composição dos CDRs de imunoglobulinas: geografia e co-evolução com patógenos indutores de febre. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Imunologia) - Departamento de Imunologia do Instituto de Ciências Biomédicas, . 2023.
Supervisor: Joao Marcelo Pereira Alves.
José Franklin Calderón Tantaleán. Análise genômica comparativa e evolutiva do genoma do Neobodonida Dimastigella trypaniformis. Dissertação (Mestrado em Programa Interunidades de Pós-Graduação em Bioinformática) - Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2022.
Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
Percy Omar Túllume Vergara. Genômica de Tripanossomatídeos: Análises genômica e evolutiva de Endotrypanum schaudinni TCC224.. Dissertação (Mestrado em Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro) - Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2018.
Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
Anderson Carvalho Morais. Caracterização genômica e filogenômica de Angomonas ambiguus.. Científico e Tecnológico - MA, . 2015.
Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
Dhivya Arasappan. Bioinformatic tools in the analysis of metabolic pathway data. Microbiology and Immunology - Virginia Commonwealth University, . 2007.
Supervisor: Joao Marcelo Pereira Alves.
Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
Trabalho de conclusão de curso de graduação (0)
Iniciação científica (6)

Ana Luisa Elias Zavataro. Caracterização do genoma do tripanossomatídeo Kentomonas sorsogonicus e comparação com outros organismos da subfamília Strigomonadinae. (Graduando em Biomedicina) - Centro Universitário São Camilo, . 2023.
Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
Lucas Cezar Nunes. Evolução de imunoglobulinas: geografia e co-evolução com patógenos indutores de febre. Iniciação Científica - Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2021.
Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
Olusegun Cid-Symed Akognon. Desenvolvimento e aplicação de ferramentas bioinformáticas para análise metabólica de dados genômicos. Iniciação Científica - Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP, . 2018.
Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
Bruna Fanti Ferreira. Bases da genômica e bioinformática de tripanossomatídeos. Iniciação Científica - Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP, . 2017.
Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
Regis Maurel Senakpon Tossou. Estudo do genoma e caracterização da via de síntese do heme da bactéria Candidatus Kinetoplastibacterium sorsogonicusi, endossimbionte do tripanossomatídeo Kentomonas sorsogonicus. Iniciação Científica - Departamento de Parasitologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP, . 2017.
Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
Niti Vanee. In silico construction of a large-scale metabolic model of Cryptosporidium parvum. Microbiology and Immunology - Virginia Commonwealth University, . 2008.
Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.
Orientações de outra natureza (1)

Kidanemariam Woldesilassie. Development of an administrative interface to the Network Experiment website. Microbiology and Immunology - Virginia Commonwealth University, . 2010.
Orientador: Joao Marcelo Pereira Alves.

Projetos de pesquisa

Total de projetos de pesquisa (0)

Prêmios e títulos

Total de prêmios e títulos (0)

Participação em eventos

Total de participação em eventos (10)

Fourth Summit on Systems Biology. Identification and phylogenetic analysis of heme biosynthesis genes in trypanosomatids and their bacterial endosymbionts. 2011. (Congresso).
Third Summit on Systems Biology.Challenges in Climbing the Tree of Life. 2009. (Oficina).
Second Annual Summit on Systems Biology. 2007. (Congresso).
Summit on Systems Biology. 2006. (Congresso).
East Coast Conference on Protozoology. Cryptosporidium -- The organism, the genome, and the immune response. 2005. (Congresso).
First Annual Research Review, Center for the Study of Biological Complexity.The Genome of Cryptosporidium hominis. 2004. (Encontro).
Molecular Parasitology Meeting XV. The genome of Cryptosporidium hominis. 2004. (Congresso).
Molecular Parasitology Meeting XIV. Microarray analysis of cAMP effects on Trypanosoma cruzi metacyclogenesis. 2003. (Congresso).
Molecular Parasitology Meeting XIII. Microarray analysis of gene expression in Trypanosoma cruzi-infected cardiomyocytes. 2002. (Congresso).
III Jornada de Estudos da Biologia.Evolução Molecular e Bioinformática. 2001. (Simpósio).

Organização de eventos

Total de organização de eventos (0)

Lista de colaborações

Colaborações endôgenas (1)

Joao Marcelo Pereira Alves ⇔ Alan Mitchell Durham (1.0)
ALVES, JOÃO M. P. ; DE OLIVEIRA, ANDRÉ L. ; SANDBERG, TATIANA O. M. ; MORENO-GALLEGO, JAIME L. ; DE TOLEDO, MARCELO A. F. ; DE MOURA, ELISABETH M. M. ; OLIVEIRA, LILIANE S. ; Durham, Alan M. ; MEHNERT, DOLORES U. ; ZANOTTO, PAOLO M. DE A. ; REYES, ALEJANDRO ; Gruber, Arthur. GenSeed-HMM: A Tool for Progressive Assembly Using Profile HMMs as Seeds and its Application in Alpavirinae Viral Discovery from Metagenomic Data. Frontiers in Microbiology (Online). v. 7, p. 00269, 2016. Qualis: A1

(*) Relatório criado com produções desde 2000 até 2024
Data de processamento: 05/12/2024 01:27:53

Relatório gerado por scriptLattes V9. Os resultados podem ser afetados por possíveis falhas decorrentes de inconsistências no preenchimento dos Currículos Lattes. E-mail de contato: webmaster@ime.usp.br