Programa de Pós Graduação em Bioinformática

Alan Mitchell Durham

Possui graduação em Bacharelado Em Ciência da Computação pela Universidade de São Paulo (1983), mestrado em Matemática Aplicada pela Universidade de São Paulo (1987) e doutorado em Doctor In Computer Science - University Of Illinois At Urbana Champaign (1997). Atualmente é associado da Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional e professor associado ii da Universidade de São Paulo. Tem experiência na área de Ciência da Computação, com ênfase em Arquitetura de Sistemas de Computação, atuando principalmente nos seguintes temas: bioinformatica, biologia molecular, análise automática de sequências, predição de genes e arccabouços. Foi presidente da Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional (AB3C) em 2017 e 2018. É recipiente da Medalha de Mérito Científico da Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, concedida em 2022. Trabalha atualmente na caracterização computacional de regioões promotoras de genes eucariotos. (Texto informado pelo autor)

http://lattes.cnpq.br/1927611801056285 (25/04/2024)

Rótulo/Grupo:

Bolsa CNPq:

Período de análise:

Endereço: Universidade de São Paulo, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação. Rua do Matão, 1010 Cidade Universitária 05508900 - Sao Paulo, SP - Brasil Telefone: (11) 38186299 Fax: (11) 38186134 URL da Homepage: http://www.ime.usp.br/~durham

Grande área: Ciências Exatas e da Terra

Área: Ciência da Computação

Citações: Google Acadêmico

Produção bibliográfica

Artigos completos publicados em periódicos (30)
1. NACHTIGALL, PEDRO G ; DURHAM, ALAN M ; ROKYTA, DARIN R ; JUNQUEIRA-DE-AZEVEDO, INÁCIO L M. ToxCodAn-Genome: an automated pipeline for toxin-gene annotation in genome assembly of venomous lineages. GigaScience. v. 13, p. giad116, 2024. Qualis: A1
2. DE MEDEIROS OLIVEIRA, MAURO ; BONADIO, IGOR ; LIE DE MELO, ALICIA ; MENDES SOUZA, GLAUCIA ; Durham, Alan Mitchell. TSSFinder-fast and accurate ab initio prediction of the core promoter in eukaryotic genomes. BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS. v. 22, p. 1-12, 2021. Qualis: A1
3. NACHTIGALL, PEDRO G ; KASHIWABARA, ANDRE Y ; DURHAM, ALAN M. CodAn: predictive models for precise identification of coding regions in eukaryotic transcripts. BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS. v. 22, p. 1-11, 2021. Qualis: A1
4. SOUZA, GLAUCIA MENDES ; VAN SLUYS, MARIE-ANNE ; LEMBKE, CAROLINA GIMILIANI ; LEE, HAYAN ; MARGARIDO, GABRIEL RODRIGUES ALVES ; HOTTA, CARLOS TAKESHI ; GAIARSA, JONAS WEISSMANN ; DINIZ, AUGUSTO LIMA ; OLIVEIRA, MAURO DE MEDEIROS ; FERREIRA, SÁVIO DE SIQUEIRA ; NISHIYAMA, MILTON YUTAKA ; TEN-CATEN, FELIPE ; RAGAGNIN, GEOVANI TOLFO ; ANDRADE, PABLO DE MORAIS ; DE SOUZA, ROBSON FRANCISCO ; NICASTRO, GIANLUCCA GONÇALVES ; PANDYA, RAVI ; KIM, CHANGSOO ; GUO, HUI ; Durham, Alan Mitchell. Assembly of the 373k gene space of the polyploid sugarcane genome reveals reservoirs of functional diversity in the world's leading biomass crop. GigaScience. v. 8, p. 1, 2019. Qualis: A1
5. REYES, ALEJANDRO ; P. ALVES, JOÃO MARCELO ; Durham, Alan Mitchell ; Gruber, Arthur. Use of profile hidden Markov models in viral discovery: current insights. Advances in Genomics and Genetics. v. Volume 7, p. 29-45, 2017. Qualis: C
6. ALVES, JOÃO M. P. ; DE OLIVEIRA, ANDRÉ L. ; SANDBERG, TATIANA O. M. ; MORENO-GALLEGO, JAIME L. ; DE TOLEDO, MARCELO A. F. ; DE MOURA, ELISABETH M. M. ; OLIVEIRA, LILIANE S. ; Durham, Alan M. ; MEHNERT, DOLORES U. ; ZANOTTO, PAOLO M. DE A. ; REYES, ALEJANDRO ; Gruber, Arthur. GenSeed-HMM: A Tool for Progressive Assembly Using Profile HMMs as Seeds and its Application in Alpavirinae Viral Discovery from Metagenomic Data. Frontiers in Microbiology (Online). v. 7, p. 00269, 2016. Qualis: A1
7. SEVERINO, PATRICIA ; OLIVEIRA, LILIANE SANTANA ; ANDREGHETTO, FLÁVIA MAZIERO ; TORRES, NATALIA ; CURIONI, OTÁVIO ; CURY, PATRICIA MALUF ; TOPORCOV, TATIANA NATASHA ; Paschoal, Alexandre Rossi ; Durham, Alan Mitchell. Small RNAs in metastatic and non-metastatic oral squamous cell carcinoma. BMC Medical Genomics. v. 8, p. 1-15, 2015. Qualis: A3
8. SEVERINO, PATRICIA ; OLIVEIRA, LILIANE SANTANA ; ANDREGHETTO, FLAVIA MAZIERO ; TORRES, NATALIA ; CURIONI, OTAVIO ; CURY, P. M. ; TOPORCOV, TATIANA NATASHA ; PASCHOAL, ALEXANDRE ROSSI ; DURHAM, A. M.. Abstract 3983: MicroRNAs and other small RNA molecules expressed in metastatic and non-metastatic oral squamous cell carcinoma. CANCER RESEARCH. v. 75, p. 3983-3983, 2015. Qualis: A1
9. RANGEL, L. T. ; Novaes, J. ; DURHAM, A. M. ; MADEIRA, A. M. B. N. ; GRUBER, A.. The Eimeria Transcript DB: an integrated resource for annotated transcripts of protozoan parasites of the genus Eimeria. DATABASE-OXFORD. v. 2013, p. bat006-bat006, 2013. Qualis: Não identificado (DATABASE-OXFORD)
10. KASHIWABARA, ANDRÉ YOSHIAKI ; BONADIO, ÍGOR ; ONUCHIC, VITOR ; AMADO, FELIPE ; MATHIAS, RAFAEL ; Durham, Alan Mitchell. ToPS: A Framework to Manipulate Probabilistic Models of Sequence Data. PLOS Computational Biology (Online). v. 9, p. e1003234, 2013. Qualis: A1
11. SEVERINO, PATRICIA ; OLIVEIRA, LILIANE ; TORRES, NATALIA ; ANDREGHETTO, FLAVIA ; DE FATIMA GUARIZO KLINGBEIL, MARIA ; MOYSES, RAQUEL ; WÜNSCH-FILHO, VICTOR ; NUNES, FABIO ; MATHOR, MONICA ; PASCHOAL, ALEXANDRE ; DURHAM, ALAN. High-throughput sequencing of small RNA transcriptomes reveals critical biological features targeted by microRNAs in cell models used for squamous cell cancer research. BMC Genomics. v. 14, p. 735, 2013. Qualis: A2
12. Paschoal, Alexandre Rossi ; Maracaja-Coutinho, Vinicius ; Setubal, João Carlos ; Simões, Zilá Luz Paulino ; Verjovski-Almeida, Sergio ; Durham, Alan Mitchell. Non-coding transcription characterization and annotation: A guide and web resource for non-coding RNA databases. RNA BIOL. v. 9, p. 274-282, 2012. Qualis: Não identificado (RNA BIOL)
13. Novaes, Jeniffer ; RANGEL, L. T. L. D. ; FERRO, M. ; Abe, Ricardo Y. ; Manha, Alessandra P.S. ; de Mello, Joana C.M. ; Varuzza, Leonardo ; DURHAM, A. M. ; Madeira, Alda Maria B.N. ; Gruber, Arthur. A comparative transcriptome analysis reveals expression profiles conserved across three Eimeria spp. of domestic fowl and associated with multiple developmental stages. International Journal for Parasitology. v. 42, p. 39-48, 2012. Qualis: A1
14. MACHADO-LIMA, A. ; KASHIWABARA, A. Y. ; DURHAM, A. M.. Decreasing the number of false positives in sequence classification. BMC GENOMICS. v. 11, p. S7, 2010. Qualis: A2
15. DURHAM, A. M.; ARAUJO, F.M. ; MACHADO-LIMA, A. ; TEIXEIRA, R. ; OLIVEIRA, G.. Sequence and structural analysis of the 5- noncoding region of hepatitis C virus in patients with chronic infection. Journal of Medical Virology. v. 81, p. 1212-1219, 2009. Qualis: B1
16. DURHAM, A. M.; LIMA, K. ; VIANA-NIERO, C. ; da Silva RABELLO, M. C. ; L.R.MARSOLA, ; LEAO, S. C.. Molecular Characterization of Mycobacterium massiliense and Mycobacterium bolletii in Isolates Collected from Outbreaks of Infections after Laparoscopic Surgeries and Cosmetic Procedures. Journal of Clinical Microbiology (Print). v. 46, p. 850-855, 2008. Qualis: A2
17. DURHAM, A. M.; Chimara, E. ; FERRAZOLI, L. ; UEKY, S. Y. M. ; MARTINS, M. C. ; ARBEIT, R. D. ; LEAO, S. C.. Reliable identification of mycobacterial species by PCR-restriction enzyme analysis (PRA)-hsp65 in a reference laboratory and elaboration of a sequence-based extended algorithm of PRA-hsp65 patterns. BMC Microbiology (Online). v. 8, p. 48, 2008. Qualis: A2
18. KASHIWABARA, A. Y. ; VIEIRA, D. ; LIMA, A. M. ; DURHAM, A. M.. Splice site prediction using stochastic regular grammars. GENETICS AND MOLECULAR RESEARCH. v. 6, p. 105-115, 2007.Qualis: B3
19. DURHAM, A. M.; Ling KH ; MA, R. ; RIVAILLER, P. ; IVENS, A. ; MADEIRA, A. M. ; Mungall K. ; Novaes, J. ; Sobreira, T.J. ; GRUBER, A. ; BERRIMAN, M. ; Tomley, F. ; DEAR, P. H. ; WAN, K. L.. Sequencing and analysis of chromosome 1 of Eimeria tenella reveals a unique segmental organization. Genome Research. v. 17, p. 311-319, 2007. Qualis: A1
20. DURHAM, A. M.; MACHADO-LIMA, A. ; Hernando A. del Portillo. Computational methods in noncoding RNA research. Journal of Mathematical Biology (Print). v. 56, p. 15-49, 2007. Qualis: A4
21. DURHAM, A. M.; Sobreira, T.J. ; GRUBER, A.. TRAP: automated classification, quantification and annotation of tandemly repeated sequences. BIOINFORMATICS, Oxford, Inglaterra. v. 22, n. 3, p. 361-362, 2006. Qualis: Não identificado (BIOINFORMATICS, OXFORD, INGLATERRA)
22. DURHAM, A. M.; HOFFMANN, E. H. ; MALAFRONTE, R. S. ; MORAES-AVILA, S. L. ; OSAKABE, A. L. ; WUNDERLICH, G. ; RIBOLLA, P. E. ; Hernando A. del Portillo ; URBANO, M.. Origins of sequence diversity in the malaria vaccine candidate merozoite surface protein-2 (MSP-2) in Amazonian isolates of Plasmodium falciparum. Gene (Amsterdam). v. 376, p. 224-230, 2006. Qualis: A4
23. DURHAM, A. M.; Emilio F. Merino ; FERNANDEZ-BECERRA, C. ; FERREIRA, J. E. ; TUMILASCI, V. F. ; DARC-NEVES, J. ; SILVA-NUNES, M. ; URBANO, M. ; WICKRAMARACHI, T. ; Hernando A. del Portillo. Multi-character population study of the vir subtelomeric multigene superfamily of Plasmodium vivax, a major human malaria parasite. Molecular and Biochemical Parasitology (Print). v. 149, p. 10-16, 2006. Qualis: A4
24. DURHAM, A. M.; ALBRECHT, L. ; Emilio F. Merino ; HOFFMANN, E. H. ; URBANO, M. ; de Mattos Ferreira, R.G. ; OSAKABE, A. L. ; Dalla Martha, R.C. ; Ramharter, M. ; FERREIRA, J. E. ; Hernando A. del Portillo ; WUNDERLICH, G.. Extense variant gene family repertoire overlap in Western Amazon Plasmodium falciparum isolates. Molecular and Biochemical Parasitology (Print). v. 150, p. 157-165, 2006. Qualis: A4
25. FEITOSA, FABIANA M. ; CALVO, ERIC ; MERINO, EMILIO F. ; Durham, Alan M. ; JAMES, ANTHONY A. ; DE BIANCHI, ANTONIO G. ; MARINOTTI, OSVALDO ; CAPURRO, MARGARETH L.. A transcriptome analysis of the Aedes aegypti vitellogenic fat body. Journal of Insect Science (Online). v. 6, p. 1-26, 2006. Qualis: C
26. DURHAM, A. M.; KASHIWABARA, A. Y. ; MATSUNAGA, F. ; AHAGON, P. ; RAINONE, F. ; VARUZZA, L. ; GRUBER, A.. EGene: a configurable pipeline generation system for automated sequence analysis. BIOINFORMATICS, Bioinformatics Advance Access. v. 21, p. 2812-2813, 2005. Qualis: Não identificado (BIOINFORMATICS, BIOINFORMATICS ADVANCE ACCESS)
27. DURHAM, A. M.; FUJITA, A. ; MASSIRER, K. B. ; FERREIRA, C. E. ; SOGAYAR, M. C.. The GATO gene annotation tool for research laboratories. Brazilian Journal of Medical and Biological Research (Impresso). v. 38, n. 38, p. 1571-1574, 2005. Qualis: A4
28. FERNANDEZ, S. ; KATSUYAMA, A. M. ; KASHIWABARA, A. Y. ; MADEIRA, A. M. B. N. ; DURHAM, A. M. ; GRUBER, A.. Characterization of SCAR markers of spp. of domestic fowl and construction of a public relational database (The SCARdb). FEMS MICROBIOLOGY LETTERS, Estados Unidos. v. 238, n. 1, p. 183-188, 2004. Qualis: Não identificado (OF DOMESTIC FOWL AND CONSTRUCTION OF A PUBLIC RELATIONAL DATABASE . FEMS MICROBIOLOGY LETTERS, ESTADOS UNIDOS)
29. KOIDE, T. ; ZAINI, P. A. ; MOREIRA, L. M. ; VENCIO, R. Z. N. ; MATSUKUMA, A. Y. ; DURHAM, A. M. ; TEIXEIRA, D. C. ; EL-DORRY, H. ; MONTEIRO, P. B. ; DA SILVA, A. C. R. ; Verjovski-Almeida, S. ; da SILVA, A. M. ; GOMES, S. L.. DNA Microarray-Based Genome Comparison of a Pathogenic and a Nonpathogenic Strain of Xylella fastidiosa Delineates Genes Important for Bacterial Virulence. Journal of Bacteriology (Print). v. 186, p. 5442-5449, 2004. Qualis: A3
30. DURHAM, A. M.; Emilio F. Merino ; FERNANDEZ-BECERRA, C. ; MADEIA, A. M. B. N. ; LIMA, A. M. ; GRUBER, A. ; Hernando A. del Portillo. Pilot survey of expressed sequence tags (ESTs) from the asexual blood stages of Plasmodium vivax in human patients. Malaria Journal (Online), Internet. v. 2, n. 21, p. 21, 2003. Qualis: Não identificado (MALARIA JOURNAL , INTERNET)
Livros publicados/organizados ou edições (1)
1. GRUBER, A. (Org.) ; DURHAM, A. M. (Org.) ; HUYNH, C. (Org.) ; Hernando A. del Portillo (Org.). Bioinformatics in Tropical Disease Research: A Practical and Case-Study Approach. Bethesda, Estados Unidos: National Center for Biotechnology Information. Bioinformatics in Tropical Disease Research: A Practical and Case-Study Approach. Bethesda, Estados Unidos: National Center for Biotechnology Information, 2007. v. 1, p. 340.
Capítulos de livros publicados (6)
1. OLIVEIRA, L. S. ; PATERA, A. C. ; DOMINGUES, D. ; SANCHES, D. S. ; LOPES, F. M. ; BUGATTI, P. H. ; SAITO, P. T. M. ; Maracaja-Coutinho, Vinicius ; DURHAM, A. M. ; PASCHOAL, A. R.. Computational Analysis of Transposable Elements and CircRNAs in Plants. Em: Jungnam Cho. (Org.). Circular RNA in Plants. Methods in Molecular Biology series.. 1ed.New York, EUA. : Humana (Springer). 2021.v. 2362, p. 147-172.
2. Maracaja-Coutinho, Vinicius ; PASCHOAL, ALEXANDRE ROSSI ; Caris-Maldonado, José Carlos ; Borges, Pedro Vinícius ; Ferreira, Almir José ; Durham, Alan Mitchell. Noncoding RNAs Databases: Current Status and Trends. Em: Xin Lai; Shailendra K., Gupta,, Julio Vera,. (Org.). Methods in Molecular Biology. 1ed.New York. : Springer New York. 2019.p. 251-285.
3. Durham, Alan M.; Setubal, JC ; BARRERA, J.. Interdisciplinaridade em ação na pesquisa e pós-graduação em Bioinformática. Em: Arlindo Phillippi Jr; Valdir Fernandes. (Org.). Práticas da Interdisciplinaridade no Ensino e Pesquisa. 1ed.Editora Manole. : Brueri, São Paulo. 2015.p. 619-641.
4. SEVERINO, PATRICIA ; OLIVEIRA, LILIANE SANTANA ; Durham, Alan Mitchell. Small RNA Sequencing for Squamous Cell Carcinoma Research. Em: Wei Wu ;Hani Choudhry. (Org.). Next Generation Sequencing in Cancer Research, Volume 2. 2ed.New York. : Springer International Publishing. 2015.p. 267-277.
5. Passetti, Fabio ; Jorge, Natasha Andressa Nogueira ; Durham, Alan. Using Bioinformatics Tools to Study the Role of microRNA in Cancer. Methods in Molecular Biology. 1ed.Nova York. Em: . : Springer New York. 2014.p. 99-116.
6. DURHAM, A. M.; GUBITOSO, M. D.. Using Linux. Em: Gruber, A.;Durham A.M;Huynh, C.; del Portillo, H.. (Org.). Bioinformatics in Tropical Disease Research: A Practical and Case-Study Approach. Bethesda, Estados Unidos. : National Center for Biotechnology Information. 2007..
Textos em jornais de notícias/revistas (0)
Trabalhos completos publicados em anais de congressos (2)
1. FERREIRA, R. C. ; BONADIO, I. ; DURHAM, A. M.. Secretary Pattern: dereasing coupling while keeping reusability. Em: SugarLoafPlop '16, 2016. Qualis: Não identificado (SugarLoafPlop '16)
2. OIKAWA, M.K. ; SILVA, P. ; MERINO, E. F. ; FERNANDEZ-BECERRA, C. ; WUNDERLICH, G. ; BARRERA, J. ; DURHAM, A. M. ; Hernando A. del Portillo ; del PORTILLO, H. ; FERREIRA, J. E.. . ClinMaldb: a clinical field-research oriented relational database to study human malaria. Em: IADIS International Conference e-Health 2009, v. 1, p. 1-9, 2009.Qualis: Não identificado (IADIS International Conference e-Health 2009)
Resumos expandidos publicados em anais de congressos (1)
1. DURHAM, A. M.; CONCEICAO, A. F. ; SUSSUMU, E. ; LIMA, A. M. ; TEGLIA, J. ; SANTOS, M. B.. A Framework for Building Language Interpreters. Em: Educator's Symposium - OOPSLA' 03, 2003, Anaheim. OOPSLA'03 Companion, p. 191-196, 2003. Qualis: Não identificado (EDUCATOR'S SYMPOSIUM - OOPSLA' 03, 2003, ANAHEIM. OOPSLA'03 COMPANION)
Resumos publicados em anais de congressos (9)
1. VARUZZA, L. ; DURHAM, A. M. ; KASHIWABARA, A. Y. ; MADEIRA, A. M. B. N. ; GRUBER, A.. Development of an Integrated System for transcriptome inference and annotation. Em: II ICOBICOBI: International Conference On Bionformatics and Molecular Biology, 2004, Angra dos Reis. II Icobicobi, 2004.
2. VIEIRA, D. ; KASHIWABARA, A. Y. ; DURHAM, A. M.. Splice Site Prediction using Grammar Inference. Em: II ICOBICOBI: International Conference On Bionformatics and Molecular Biology, 2004, Angra dos Reis. II Icobicobi, 2004.
3. LIMA, A. M. ; Hernando A. del Portillo ; DURHAM, A. M.. RNA Modeling with Stochastic Context Free Grammars. Em: II ICOBICOBI: International Conference On Bionformatics and Molecular Biology, 2004, Angra dos Reis. Icobicobi, 2004.
4. Emilio F. Merino ; DURHAM, A. M. ; TUMILASCI, V. F. ; LIMA, A. M. ; FERNANDEZ-BECERRA, C. ; DARC-NEVES, J. ; OIKAWA, M. ; FERREIRA, J. E. ; Hernando A. del Portillo. Plasmodium vivax: towards a global study of virulence in natural infections. Em: II ICOBICOBI: International Conference On Bionformatics and Molecular Biology, 2004, Angra dos Reis. II Icobicobi, 2004.
5. ALBRECHT, L. ; OSAKABE, A. L. ; DURHAM, A. M. ; Hernando A. del Portillo ; WUNDERLICH, G.. Determining the var gene repertoire size in Amazonian Plasmodium falciparum isolates. Em: XXXIII Reunião anual da SBBq, 2004, Caxambu. Anais da XXXIII SBBq. , 2004, 2004.
6. DURHAM, A. M.; MATSUNAGA, F. ; AHAGON, P. ; GRUBER, A.. A primer and chimera identification tool for PCR-based cDNA clones. Em: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto. Annals of the I International Conference on Bioinformatics and Computational Bioloogy, 2003.
7. Emilio F. Merino ; FERNANDEZ-BECERRA, C. ; LIMA, A. M. ; DURHAM, A. M. ; GRUBER, A. ; HALL, N. ; Hernando A. del Portillo. Pilot survey of expressed sequence tags (ESTs)from the asexual blood stages of Plasmodium vivax in human patients. Em: I International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto. Proceedings of the I International Conference on Bionformatics and Computational Biology, 2003.
8. KOIDE, T. ; ZAINI, P. A. ; VENCIO, R. Z. ; MOREIRA, L. M. ; MATSUKUMA, A. Y. ; DURHAM, A. M. ; TEIXEIRA, D. C. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. ; da SILVA, A. C. ; GOMES, S. L.. DNA MICROARRAY-BASED COMPARISON OF TWO XYLELLA FASTIDIOSA STRAINS. Em: XXXII SBBq, 2003, 2003, Caxambu. Anais da XXXII SBBq. , 2004, 2003.
9. MATSUNAGA, F. ; DURHAM, A. M. ; SAKATA, H. ; AHAGON, P. ; FERNANDEZ, S. ; MADEIA, A. M. B. N. ; GRUBER, A.. Gene survey of Eimeria spp. of domestic fowl using open reading frame ESTs (ORESTES) and development of an automatic pipeline for sequence analysis. Em: Biotecnologia Habana 2002 - Agro-Biotech in the New Millenium, 2002, Havana. Biotecnologia Habana 2002 - Agro-Biotech in the New Millenium - Abstracts. Havana: Elfos Scientiae, p. 225-225, 2002.
Artigos aceitos para publicação (0)
Apresentações de trabalho (10)
1. DURHAM, A. M. Alinhamento de Sequências. 2023. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
2. A. M. Durham. Alinhamento de Sequências. 2022. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
3. DURHAM, A. M. Alinhamento de Sequências. 2021. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
4. DURHAM, A. M. Alinhamento de Sequências. 2020. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
5. DURHAM, A. M. Alinhamento de Sequências. 2019. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
6. OLIVEIRA, L. S. ; GRUBER, A. ; DURHAM, A. M.. Development of integrated environment for analysis and annotation of DNA sequences. 2013. Apresentação de Trabalho/Outra
7. OLIVEIRA, L. S. ; GRUBER, A. ; DURHAM, A. M.. Development of integrated for analysis and annotation of DNA sequences. 2012. Apresentação de Trabalho/Outra
8. ONUCHIC, V. ; Durham, Alan Mitchell. Using gene prediction models in order to improve the quality of multiple sequence alignments of homologous genes. 2011. Apresentação de Trabalho/Outra
9. OLIVEIRA, L. S. ; PASCHOAL, A. R. ; Durham, Alan Mitchell. Identification of non-coding RNA from Mycobacterium pathogenic strains. 2010. Apresentação de Trabalho/Congresso
10. ONUCHIC, V. ; MACHADO-LIMA, A. ; Durham, Alan Mitchell. Procura de Padrões Estruturais em RNAs Utilizando Grafos. 2010. Apresentação de Trabalho/Comunicação
Demais tipos de produção bibliográfica (16)
1. DURHAM, A. M.; LIMA, A. M. ; TEGLIA, J. ; SANTOS, M. B.. O Desenvolvimento de um Interpretador Orientado a Objetos para Ensino de Linguagens. 2002. Relatório Técnico
2. DURHAM, A. M.; LIMA, A. M.. A conecionless protocol for mobile agents. 2002. Relatório Técnico
3. DURHAM, A. M. Algoritmos em Genômica Computacional. 2023. Curso de curta duração ministrado/Extensão
4. DURHAM, A. M. Algoritmos em Genômica Computacional. 2022. Curso de curta duração ministrado/Extensão
5. DURHAM, A. M. Algoritmos em Genômica Computacional. 2021. Curso de curta duração ministrado/Extensão
6. DURHAM, A. M. Algoritmos em Genômica Computacional. 2019. Curso de curta duração ministrado/Extensão
7. DURHAM, A. M. ToPS/MYOP: um sistema para caracterização probabilisitca e seu uso na construção rápida de preditores de genes. 2015. Palestra
8. DURHAM, A. M. Programming Perl for Bioinformatics. 2006. Curso de curta duração ministrado/Extensão
9. DURHAM, A. M. Perl for Bioinformatics. 2005. Curso de curta duração ministrado/Extensão
10. DURHAM, A. M. Unix for Bioinformatics. 2004. Curso de curta duração ministrado/Extensão
11. DURHAM, A. M. Programming Perl for Bioinformatics. 2004. Curso de curta duração ministrado/Extensão
12. DURHAM, A. M. Programming in perl for bioinformatics. 2003. Curso de curta duração ministrado/Extensão
13. DURHAM, A. M. Programming Perl for Bioinformatics. 2003. Curso de curta duração ministrado/Extensão
14. DURHAM, A. M. Programming Perl for Bioinformatics. 2003. Curso de curta duração ministrado/Extensão
15. DURHAM, A. M. Programming Perl for Bioinformatics. 2002. Curso de curta duração ministrado/Extensão
16. DURHAM, A. M. Programming Perl For Bioinformatics. 2002. Curso de curta duração ministrado/Extensão

Produção técnica

Programas de computador com registro (0)
Programas de computador sem registro (0)
Produtos tecnológicos (0)
Processos ou técnicas (0)
Trabalhos técnicos (0)
Demais tipos de produção técnica (0)

Produção artística

Total de produção artística (0)

Orientações em andamento

Supervisão de pós-doutorado (0)
Tese de doutorado (4)
1. Rayanna dos Santos Feltrin. Análise de Genes de Reparo Celular. Tese (Doutorado em Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Coorientador).. Início: 2021.
  Supervisor: Alan Mitchell Durham.
2. Aline Rodrigheri Ioste. Aprendizado Federado. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2018.
  Orientador: Alan Mitchell Durham.
3. Waldir Edson Farfan Caro. Implementando de Deep Learning no arcabouço probabilisitico ToPS. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2018.
  Orientador: Alan Mitchell Durham.
4. Alicia Lie de Melo. Caracterização de Promotores da Cana de Açúcar. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Coorientador).. Início: 2018.
  Supervisor: Alan Mitchell Durham.
Dissertação de mestrado (2)
1. André Tomas Vilela Hermann. Desenvolvimento de Promotores Sintéticos para Cana de Açuar. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo. (Coorientador)., . Início: 2020.
  Supervisor: Alan Mitchell Durham.
2. Francisco Venicius Ferreria da Silva. Implementação CUDA de Modelos Probabilísticos. Dissertação (Mestrado profissional em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2019.
  Orientador: Alan Mitchell Durham.
Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
Trabalho de conclusão de curso de graduação (0)
Iniciação científica (0)
Orientações de outra natureza (0)

Supervisões e orientações concluídas

Supervisão de pós-doutorado (2)
1. Mauro de Medeiros Oliveira. . Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
  Supervisor: Alan Mitchell Durham.
2. Pedro Nachtigall. . Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
  Supervisor: Alan Mitchell Durham.
Tese de doutorado (7)

Liliane Santana Oliveira Kashiwabara. Uma abordagem integrada para a construção e utilização de HMMs de perfil para análises genômicas e metagenômicas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Supervisor: Alan Mitchell Durham.
Mauro de Medeiros Oliveria. Transcriptoma, sítios de ligação para fatores de transcrição e região promotora de cana-de-açúcar. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Supervisor: Alan Mitchell Durham.
Liliane Santana Oliveira. Caracterização de Sequências Virais em Metagenomas. Tese (Doutorado em Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2015.
Supervisor: Alan Mitchell Durham.
Igor Bonadio. Predição de Genes Utilizando Modelos de Covariância. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2014.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
Alexandre Rossi Paschoal. BIOINFORMÁTICA APLICADA EM RNomics: ESTRATÉGIAS COMPUTACIONAIS PARA CARACTERIZAÇÃO DE RNAS NÃO-CODIFICADORES. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2012.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
André Yoshiaki Kashiwabara. MYOP/ToPS/SGEval: Um ambiente computacional para estudo sistemático de predição de genes. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2012.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
Ariane Machado-Lima. Predição Computacional de Genes de RNA. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2003.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
Dissertação de mestrado (13)

Renato Cordeiro Ferreira. Uma Implementação Integrada de Modelos Probabilísticos Gráficos. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2020.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
Bruno T. da S. Lopes. Predição de genes ab initio combinada com informações de alinhamento. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
Laécio Freitas Chaves. Alinhamento múltiplo de genomas e sequências de proteínas com repetições e rearranjos. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2016.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
Rafael Mathias Ferreira. Arcabouço probabilístico para análise de sequências de RNA. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2015.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
Liliane Santana de Oliveira. PATO: um ambiente integrado com interface gráfica para a curadoria de dados de sequências biológicas. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2013.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
Igor Bonadio. Desenvolvimento de um arcabouço probabilístico para implementação de campos aleatórios condicionais". Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2013.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
Vitor Onuchic. Inovações em técnicas de alinhamentos múltiplos e predições de genes. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
Luiz Henrique Rorato Decaro. Foundation: facilitando a implementacao de operacoes do tipo CRUD em aplicacoes JavaEE.. Dissertação (Mestrado em Pro- grama de Mestrado Proﬁssional em Engen- ha) - Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo, . 2008.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
André Yoshiaki Kashiwabara. MYOP: Um ar cabouço para a predição de genes ab-initio. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2007.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
Rosianni de Oliveira Cruz. Modularização da Coleta de Lixo na Máquina Virtual de Pesquisa Jikes. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2005.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
Daniel Vieira. Geração de Classificadores de Seqüências Genéticas Utilizando Inferência de Linguagens Regulares. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2004.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
Weslley Emmanuel Martins Lima. Uma biblioteca para simulação de protocolos de entrega de mensagens em redes móveis. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2003.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
Ariane Machado Lima de Oliveira. Laboratorio de geracao de classificadores de sequencias. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2002.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
Trabalho de conclusão de curso de graduação (0)
Iniciação científica (9)

Lucca Castro Zuttin. Uma interface gráfica para o arcabouço probabilístico TOPS. (Graduando em Ciência da Computação) - Centro Universitário das Faculdades Metropolitanas Unidas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
Marcela Terakato. Caracterização de Estruturas Secundárias de miRNAs utilizando Grafos. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2012.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
Renato Cordeiro Ferreira. Anotação de genomas. (Graduando em Ciências de Computação) - Universidade de São Paulo, . 2012.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
Pedro Ivo Gomes de Faria. Bioinformatica. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2010.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
Felipe Amado. Predicao de Genes e Bioinfomatica. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2010.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
Vitor Onuchic. Caracterização de Estruturas Secundárias de RNAs utilizando Grafos. (Graduando em Bacharelado em Ciências Moleculares) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
Ricardo Yamamoto Abe. Editores de Configuração e softwares de implementação de pipelines. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2005.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
André Yoshiaki Kashiwabara. Scarsdb um banco de dados de marcadores genéticos. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2004.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
Flávia Rainone. E-gene um editor genérico para configuração. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2002.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
Orientações de outra natureza (0)

Projetos de pesquisa

Total de projetos de pesquisa (9)

2014-2019. Biologia Computacional-REDE DE COOPERAÇÃO ACADÊMICA PARA O ESTUDO E DESENVOLVIMENTO DE FERRAMENTAS PARA A GENÔMICA ESTRUTURAL E FUNCIONAL
Descrição: Descrição: Fortalecer e ampliar o intercâmbio acadêmico entre os programas inter-unidades de Pós-Graduação em Bioinformática da UFMG (CAPES 6) e da USP (5), o de Biotecnologia da UFPA (CAPES 5) e o de Bioinformática da UFPR (CAPES 3) com a criação de uma rede voltada a aumentar a formação de recursos humanos em Biologia Computacional, em resposta à presente chamada... Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (2) . Integrantes: Alan Mitchell Durham - Coordenador / Arthur Gruber - Integrante / André Fujita - Integrante / Robson Francisco de Souza - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.
Membro: Alan Mitchell Durham.
2014-Atual. Redes regulatórias e sinalização associadas à Cana Energia
Descrição: Muito já se conhece sobre a biologia e manejo da cana-de-açúcar, porém ainda existem lacunas no conhecimento bioquímico e genético dessa planta que se exploradas podem indicar o caminho para o melhor manejo da cultura, aumento do seu potencial industrial e diminuição do impacto ambiental do seu cultivo. Devido à complexidade do sistema e dos inúmeros fatores que interagem para a definição das características de interesse agronômico (genes, seus produtos, suas interações no organismo e com o ambiente), um conhecimento robusto do metabolismo de açúcares necessita de abordagens experimentais múltiplas em combinação com análises computacionais de grandes volumes de dados. Nós pretendemos acrescentar conhecimento ao sistema cana-de-açúcar usando abordagens de análise da fisiologia, de análise de elementos regulatórios, do transcriptoma e do metaboloma em variedades comerciais e em cruzamentos com espécies ancestrais em plantios que se assemelham ao realizado nas indústrias sucroalcooleiras e também em experimentos em casa de vegetação. O estudo das redes regulatórias de cana-de-açúcar será feito com auxílio da técnica de Chip-Seq e de RNAseq com as quais poderemos identificar possíveis regiões regulatórias e promotoras no genoma referência de cana-de-açúcar sequenciado e parcialmente montado pelo grupo e colaboradores. Através da utilização de abordagens da Biologia de Sistemas e biologia sintética, iremos definir os principais alvos ou redes de genes para o melhoramento da cana-de-açúcar com o aumento de sua produtividade, alteração do conteúdo de sacarose, fibra e lignina e assim desenvolver a Cana-Energia. O grande volume de dados gerado será armazenado no banco de dados SUCEST-FUN (http://sucest-fun.org) onde é possível avaliar e interrogar os dados com foco em diferentes aspectos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Helaine Carrer - Integrante / Glaucia Mendes Souza - Coordenador / LEMBKE, CAROLINA GIMILIANI - Integrante / DINIZ, AUGUSTO LIMA - Integrante / NISHIYAMA, MILTON YUTAKA - Integrante.
Membro: Alan Mitchell Durham.
2014-Atual. Redes Regulatórias e seinlaizção associadas à cana energia
Descrição: uito já se conhece sobre a biologia e manejo da cana-de-açúcar, porém ainda existem lacunas no conhecimento bioquímico e genético dessa planta que se exploradas podem indicar o caminho para o melhor manejo da cultura, aumento do seu potencial industrial e diminuição do impacto ambiental do seu cultivo. Devido à complexidade do sistema e dos inúmeros fatores que interagem para a definição das características de interesse agronômico (genes, seus produtos, suas interações no organismo e com o ambiente), um conhecimento robusto do metabolismo de açúcares necessita de abordagens experimentais múltiplas em combinação com análises computacionais de grandes volumes de dados. Nós pretendemos acrescentar conhecimento ao sistema cana-de-açúcar usando abordagens de análise da fisiologia, de análise de elementos regulatórios, do transcriptoma e do metaboloma em variedades comerciais e em cruzamentos com espécies ancestrais em plantios que se assemelham ao realizado nas indústrias sucroalcooleiras e também em experimentos em casa de vegetação. O estudo das redes regulatórias de cana-de-açúcar será feito com auxílio da técnica de Chip-Seq e de RNAseq com as quais poderemos identificar possíveis regiões regulatórias e promotoras no genoma referência de cana-de-açúcar sequenciado e parcialmente montado pelo grupo e colaboradores. Através da utilização de abordagens da Biologia de Sistemas e biologia sintética, iremos definir os principais alvos ou redes de genes para o melhoramento da cana-de-açúcar com o aumento de sua produtividade, alteração do conteúdo de sacarose, fibra e lignina e assim desenvolver a Cana-Energia. O grande volume de dados gerado será armazenado no banco de dados SUCEST-FUN (http://sucest-fun.org) onde é possível avaliar e interrogar os dados com foco em diferentes aspectos.. S.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Glaucia Mendes Souza - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Alan Mitchell Durham.
2010-Atual. Sistemas de Caracterização Probabilística de Sequências
Descrição: As moléculas de RNA podem ser divididas em duas grandes categorias: codificantes e não codificante. Nosso projeto visa o estudo de predição de genes, tanto de proteínas, quanto de RNAs não codificantes. Os RNAs codificantes, também conhecidos como RNAs mensageiros (mRNAs), são aqueles cuja função é servir de molde para síntese de proteínas. Os RNAs não codificantes (ncRNAs) não são traduzidos em proteína, sendo funcionais como RNAs. Devido as suas características, temos duas áreas distintas em predição de genes: predição de genes que codificam proteínas (RNAs codificantes) e predição de genes de RNA (RNAs não codificantes). Pretendemos abordar problemas das duas áreas. O objetivo deste projeto é o desenvolvimento de uma plataforma para implementação de caracterizadores probabilísticos de sequências e seu uso em predição de genes e caracterização de famílias de ncRNAs.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (5) / Doutorado: (2) . Integrantes: Alan Mitchell Durham - Coordenador / André Yoshiaki Kashiwabara - Integrante / Paschoal, Alexandre Rossi - Integrante / Igor Bonadio - Integrante / Vitor Onuchic - Integrante / Rafael Mathias Ferreira - Integrante / Laecio Freitas Chaves - Integrante.
Membro: Alan Mitchell Durham.
2010-Atual. PATO
Descrição: Este projeto visa o desenvolvmento de um sistema interativo e modular para anotação e curagem in silico de sequências. O sistema estará acoplado ao EGene e a um sistema de banco de dados. A integração com o banco de dados possibilitará modos interativos de seleção de conjuntos de sequêcias baseada no processamento anterior, visando processos incrementais de anotação.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Alan Mitchell Durham - Coordenador / Arthur Gruber - Integrante / Liliane Santana - Integrante.
Membro: Alan Mitchell Durham.
2007-2009. Sistemas de predição de genes
Descrição: Este projeto visa o estudo de predição de genes, tanto de proteínas, como de RNAs não codificantes. O estudo concomitante destas duas áreas, em geral abordadas separadamente, visa tirar proveito de técnicas comuns na produção de melhores preditores de genes. Ambas as abordagens utilizarão o sistema MYOP, um arcabouço para construção de preditores de genes desenvolvido por nosso grupo. Predição de genes ainda é um problema em aberto, em particular a predição de genes de RNAs não codificantes. Porém, mesmo a predição de genes de RNAs codificantes ainda não é um problema resolvido, em particular se considerarmos a baixa taxa de sucesso na predição ab-initio dos genes completos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (2) . Integrantes: Alan Mitchell Durham - Coordenador / Arthur Gruber - Integrante / Zilá Paulino Simões - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 5
Membro: Alan Mitchell Durham.
2003-2005. Maldb, Genomic And Post Genomic Approaches To Study Human Malaria in the Brazilian Amazon: Projeto Temático Fapesp No. 01/09401-0
Descrição: Investigação da diversidade genética de plasmodium na amazônia brasileira. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Hernando A del Portillo - Coordenador / Junior Barrera - Integrante / Joao Eduardo Ferreira - Integrante / Gerhard Wunderlich - Integrante / Marcelo Urbano - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Não informado.
Membro: Alan Mitchell Durham.
2003-Atual. EGene2
Descrição: : A plataforma EGene (Durham et al., 2005) foi desenvolvida pelo nosso grupo e se caracteriza por ser um sistema integrado e customizável para a construção de pipelines. O sistema EGene permite encadear uma série de componentes diferentes de processamento, em uma ordem e composição totalmente definidas pelo usuário. Pretendemos oferecer na versão 2 do sistema EGene uma ampla gama de componentes de anotação que inclui um programa para a determinação de ORFs com tradutor das sequências protéicas, módulos para sete preditores de genes (Genscan, GlimmerM, GlimmerHMM, Twinscan, Phat, ESTscan e SNAP) , três programas de busca de repetições seriadas (TRF, String e MREPs), tRNAscan-SE, mapeamento de cDNAs (Sim4 e Exonerate), busca de similaridade (Blast), busca de motivos protéicos (HMMER/Pfam, RPS-Blast, InterProScan), busca de domínios transmembranares (TMHMM) e de peptídeo sinal (SignalP) ou ambos (Phobius), busca de sítios de ancoragem GPI (DGPI), mapeamento de termos GO, e geradores de anotação no padrão feature table (FT) e GFF3. Além disso, serão desenvolvidos componentes para a análise global de ortologia com as bases COG/KOG e eggNOG, mapeamento de vias metabólicas com a base KEGG e integração com o visualizador Genome Browser... Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Arthur Gruber - Coordenador / Rangel, Luiz Thibério L.D. - Integrante / Ferro, Milene - Integrante / Deyvid Emanuel Amgarten - Integrante / Rafael Moreira Neves - Integrante.
Membro: Alan Mitchell Durham.
2000-2002. Projeto CAGE: Cooperative Analisys of Gene Expression
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Junior Barrera - Integrante / Joao Eduardo Ferreira - Integrante / Sérgio Verjovski-Almeida - Integrante / Aline Maria da Silva - Integrante / Hugo Armelin - Coordenador / Eduardo Jordao Neves - Integrante / Carlos Humes Junior - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Alan Mitchell Durham.

Prêmios e títulos

Total de prêmios e títulos (7)

Medalha de Mérito Científico, Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional.. 2022.
Membro: Alan Mitchell Durham.
Melhor Poster Área de Software e Banco de Dados, X-Meeting 2019.. 2019.
Membro: Alan Mitchell Durham.
Bolsa de Produtividade, nível 2, CNPq.. 2016.
Membro: Alan Mitchell Durham.
Destaque em atividade de Cultura e Extensão - Organização do Curso de Verão em Bionformática, Universidade de São Paulo.. 2015.
Membro: Alan Mitchell Durham.
Bolsa de Produtividade , nível 2, CNPq.. 2013.
Membro: Alan Mitchell Durham.
Bolsa de Produtividade, nível 2, CNPq.. 2010.
Membro: Alan Mitchell Durham.
Bolsa de Produtividade CNPq, nível 2, CNPq.. 2007.
Membro: Alan Mitchell Durham.

Participação em eventos

Total de participação em eventos (4)

Encontro Anual Da Sociedade Brasileira de Bioquimica e Biologia Molelular - SBBq. MYOP - A Gene Predictor Framework. 2008. (Congresso).
X Meeting. I X Meeting. 2005. (Congresso).
XMeeting. II ICOBICOBI - International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. 2004. (Congresso).
International Conference on Bionformatics and Computational Biology. I ICOBICOBI. 2003. (Congresso).

Organização de eventos

Total de organização de eventos (15)

DURHAM, A. M.; LEMKE, N. ; BRANDAO, M. ; LOPES, F. M. ; GRYNBERG, P. ; SCHERER, N.. X-Meeting 2018. 2018. Congresso
DURHAM, A. M.; LEMKE, N. ; BRANDAO, M. ; LOPES, F. M. ; GRYNBERG, P. ; SCHERER, N.. X-Meeting 2017. 2017. Congresso
FRANCO, G. ; DURHAM, A. M. ; LEMKE, N. ; BRANDAO, M. ; GRYNBERG, P. ; PASSETI, F.. X-Meeting 2016. 2016. Congresso
FRANCO, G. R. ; DURHAM, A. M. ; PASSETI, F. ; BRANDAO, M. ; LEMKE, N. ; GRYNBERG, P. ; BITAR, M. ; GRUBER, A. ; FUJITA, A. ; HASHIMOTO, R. F. ; TARLA, M.. XMeeting 2015. 2015. Congresso
AGOPYAN, V. ; DURHAM, A. M. ; TAKAYANAGUI, A. M. M. ; PHILIPPI JR, A. ; CARLOTTI JR, C. G. ; FREITAS, E. D. ; GUERRINI, F. M. ; MARQUES, F. L. S. N. ; SARTI, F. M. ; SAVASTANO JUNIOR, H. ; BOUERI FILHO, J. J. ; GALLOTTINI, M. H. C. ; MACHADO NETO, R. ; PACCA, S.. Encontro Academico de Gestão Da Pós Graduação da USP: Avaliação como instrumento. 2012. Outro
Carlotti Junior, CA ; Freitas, ED ; Durham, Alan Mitchell. A Pós-graduação Construindo o Futuro. 2011. Outro
DURHAM, A. M.; VENCIO, R. Z.. I Workshop do Programa de Pos Graduacao em Bioinformatica da USP. 2010. Outro
AGROPIAN, V. ; PHILIPI, A. ; GUERRINI, F. ; DURHAM, A. M. ; SAVASTANO JR, H. ; MACHADO NETO, R. ; FRANCO, B. D. ; Calotti Jr, C.G.. A USP pensa a Avaliação da Pós-Graduação. 2010. Congresso
DURHAM, A. M.. IV Latin American Course on Bioinformatics for Tropical Disease Research. 2006. (Outro).. . 0.
DURHAM, A. M.; Hernando A. del Portillo. III Latin American Course on Bioinformatics for Tropical Diseases. 2005. Outro
HIDE, W. ; BRAEUNING, R. ; HUYNH, C. ; ISOKPEHI, R. ; DURHAM, A. M.. II Regional Training Course on Bioinformatics Applied to Tropical Diseases In Africa. 2003. Outro
Hernando A. del Portillo ; DURHAM, A. M.. II Latin American Course on Bioinformatics for Tropical Diseases. 2003. Outro
Hernando A. del Portillo ; BARRERA, J. ; DURHAM, A. M. ; FERREIRA, J. E. ; GRUBER, A. ; ZINGALES, B.. I Latin Americal Regional Training Course on Bioinformatics for Tropical Diseases. 2002. Outro
DURHAM, A. M.. Projeto Avizinhar - Treinamento de Técnicas de Escritório e INformática Instrumental. 1999. (Outro).. . 0.
DURHAM, A. M.. Projeto Avizinhar - Treinamento de Técnicas de Escritório e INformática Instrumental. 1999. (Outro).. . 0.

Lista de colaborações

Colaborações endôgenas (11)

Alan Mitchell Durham ⇔ Ariane Machado Lima (7.0)
MACHADO-LIMA, A. ; KASHIWABARA, A. Y. ; DURHAM, A. M.. Decreasing the number of false positives in sequence classification. BMC Genomics. v. 11, p. S10, 2010. Qualis: A2
Araújo, F. M. G. ; MACHADO-LIMA, A. ; DURHAM, A.M. ; TEIXEIRA, R. ; OLIVEIRA, G. C.. Sequence and structural analysis of the 5- noncoding region of hepatitis C virus in patients with chronic infection. Journal of Medical Virology. v. 81, p. 1212-1219, 2009. Qualis: B1
KASHIWABARA, A. Y. ; VIEIRA, D. C. G. ; MACHADO-LIMA, A. ; DURHAM, A.M.. Splice site prediction using stochastic regular grammars. GENETICS AND MOLECULAR RESEARCH. v. 6, p. 105-115, 2007.Qualis: B3
Merino, Emilio F ; Fernandez-Becerra, Carmen ; Madeira, Alda MBN ; MACHADO, Ariane L ; Durham, Alan ; Gruber, Arthur ; Hall, Neil ; del Portillo, Hernando A. Pilot survey of expressed sequence tags (ESTs) from the asexual blood stages of Plasmodium vivax in human patients. Malaria Journal (Online), Internet. v. 2, n. 21, p. 21, 2003. Qualis: Não identificado (MALARIA JOURNAL , INTERNET)
KASHIWABARA, A. Y. ; MACHADO-LIMA, A. ; DURHAM, A.M.. Splice site prediction using grammar inference. Em: II International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004, Angra dos Reis. Proceedings of the II International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004.
LIMA, A. M. ; Hernando A. del Portillo ; DURHAM, A. M.. RNA Modeling with Stochastic Context Free Grammars. Em: II International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004, Angra dos Reis. Proceedings of the II International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004.
Emilio F. Merino ; DURHAM, A. M. ; TUMILASCI, V. F. ; LIMA, A. M. ; FERNANDEZ-BECERRA, C. ; DARC-NEVES, J. ; OIKAWA, M. ; FERREIRA, J. E. ; Hernando A. del Portillo. Plasmodium vivax: towards a global study of virulence in natural infections. Em: II International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004, Angra dos Reis. Proceedings of the II International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004.

Alan Mitchell Durham ⇔ João Eduardo Ferreira (3.0)
MERINO, E. F. ; FERNANDEZ-BECERRA, C. ; DURHAM, A. M. ; FERREIRA, J. E. ; TUMILASCI, V. F. ; DARC-NEVES, J. ; DADARIO, A. ; SILVA-NUNES, M. ; FERREIRA, M. U. ; WICKRAMARACHCHI, T. A. ; PORTILLO, H. A.. Multi-character population study of the vir subtelomeric multigene superfamily of Plasmodium vivax, a major human malaria parasite. Molecular and Biochemical Parasitology (Print). v. 149, p. 10-16, 2006. Qualis: A4
DURHAM, A. M.; ALBRECHT, L. ; Emilio F. Merino ; HOFFMANN, E. H. ; URBANO, M. ; de Mattos Ferreira, R.G. ; OSAKABE, A. L. ; Dalla Martha, R.C. ; Ramharter, M. ; FERREIRA, J. E. ; Hernando A. del Portillo ; WUNDERLICH, G.. Extense variant gene family repertoire overlap in Western Amazon Plasmodium falciparum isolates. Molecular and Biochemical Parasitology (Print). v. 150, p. 157-165, 2006. Qualis: A4
OIKAWA, M.K. ; SILVA, P. ; MERINO, E. F. ; FERNANDEZ-BECERRA, C. ; WUNDERLICH, G. ; BARRERA, J. ; DURHAM, A. M. ; Hernando A. del Portillo ; del PORTILLO, H. ; FERREIRA, J. E.. . ClinMaldb: a clinical field-research oriented relational database to study human malaria. Em: IADIS International Conference e-Health 2009, v. 1, p. 1-9, 2009.Qualis: Não identificado (IADIS International Conference e-Health 2009)

Alan Mitchell Durham ⇔ Glaucia Mendes Souza (2.0)
DE MEDEIROS OLIVEIRA, MAURO ; BONADIO, IGOR ; LIE DE MELO, ALICIA ; MENDES SOUZA, GLAUCIA ; DURHAM, ALAN MITCHELL. TSSFinder-fast and accurate ab initio prediction of the core promoter in eukaryotic genomes. BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS. v. 2021, p. 1-12, 2021. Qualis: A1
SOUZA, GLAUCIA MENDES ; VAN SLUYS, MARIE-ANNE ; LEMBKE, CAROLINA GIMILIANI ; LEE, HAYAN ; MARGARIDO, GABRIEL RODRIGUES ALVES ; HOTTA, CARLOS TAKESHI ; GAIARSA, JONAS WEISSMANN ; DINIZ, AUGUSTO LIMA ; OLIVEIRA, MAURO DE MEDEIROS ; FERREIRA, SÁVIO DE SIQUEIRA ; NISHIYAMA, MILTON YUTAKA ; TEN-CATEN, FELIPE ; RAGAGNIN, GEOVANI TOLFO ; ANDRADE, PABLO DE MORAIS ; DE SOUZA, ROBSON FRANCISCO ; NICASTRO, GIANLUCCA GONÇALVES ; PANDYA, RAVI ; KIM, CHANGSOO ; GUO, HUI ; DURHAM, ALAN MITCHELL. Assembly of the 373k gene space of the polyploid sugarcane genome reveals reservoirs of functional diversity in the world's leading biomass crop. GigaScience. v. 8, p. 1-18, 2019. Qualis: A1

Alan Mitchell Durham ⇔ Joao Carlos Setubal (2.0)
Verjovski-Almeida, S.; Paschoal, Alexandre Rossi ; Maracaja-Coutinho, Vinicius ; Setubal, João Carlos ; Simões, Zilá Luz Paulino ; Verjovski-Almeida, Sergio ; Durham, Alan Mitchell. Non-coding transcription characterization and annotation: A guide and web resource for non-coding RNA databases. RNA Biology. v. 9, p. 274-282, 2012. Qualis: A2
DURHAM, A. ; Setubal, João C ; BARRERA, J.. Intersdisciplinaridade em ação na pesquisa e pós-graduação em bioinformática. Em: Arlindo Phillippi Jr; Valdir Fernandes. (Org.). Práticas da Interdisciplinaridade no Ensino e Pesquisa. 1ed.Editora Manole. : Brueri, São Paulo. 2015.p. 619-642.

Alan Mitchell Durham ⇔ Sergio Verjovski Almeida (2.0)
Verjovski-Almeida, S.; Paschoal, Alexandre Rossi ; Maracaja-Coutinho, Vinicius ; Setubal, João Carlos ; Simões, Zilá Luz Paulino ; Verjovski-Almeida, Sergio ; Durham, Alan Mitchell. Non-coding transcription characterization and annotation: A guide and web resource for non-coding RNA databases. RNA Biology. v. 9, p. 274-282, 2012. Qualis: A2
KOIDE, T. ; ZAINI, P. A. ; MOREIRA, L. M. ; VENCIO, R. Z. N. ; MATSUKUMA, A. Y. ; DURHAM, A. M. ; TEIXEIRA, D. C. ; EL-DORRY, H. ; MONTEIRO, P. B. ; DA SILVA, A. C. R. ; Verjovski-Almeida, S. ; Verjovski-Almeida, S. ; da SILVA, A. M. ; GOMES, S. L.. DNA microarray-based genome comparison of a pathogenic and a nonpathogenic strain of Xylella fastidiosa delineates genes important for bacterial virulence.. Journal of Bacteriology (Print). v. 186, p. 5442-5449, 2004. Qualis: A3

Alan Mitchell Durham ⇔ Tie Koide (2.0)
KOIDE, T. ; ZAINI, P. A. ; MOREIRA, L. M. ; VENCIO, R. Z. N. ; MATSUKUMA, A. Y. ; DURHAM, A. M. ; TEIXEIRA, D. C. ; EL-DORRY, H. ; MONTEIRO, P. B. ; DA SILVA, A. C. R. ; Verjovski-Almeida, S. ; Verjovski-Almeida, S. ; da SILVA, A. M. ; GOMES, S. L.. DNA microarray-based genome comparison of a pathogenic and a nonpathogenic strain of Xylella fastidiosa delineates genes important for bacterial virulence.. Journal of Bacteriology (Print). v. 186, p. 5442-5449, 2004. Qualis: A3
KOIDE, T.; ZAINI, P. ; Moreira, L. M. ; VENCIO, R. ; Matsukuma, A. ; Durham, A.M. ; Ferro, J.A. ; Teixeira, D.C. ; Monteiro, P.B. ; EL-Dorry, H. ; da Silva, A.C.R. ; Verjovski-Almeida, S. ; Gomes, S. L. ; da Silva, A.M.. DNA microarray-based comparison of two Xylella fastidiosa strains. Em: XXXII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquimica e Biologia Molecular, 2003, Caxambú. Programa e Resumos, p. F-15, 2003.

Alan Mitchell Durham ⇔ Aline Maria da Silva (1.0)
KOIDE, T. ; ZAINI, P. A. ; MOREIRA, L. M. ; VENCIO, R. Z. N. ; MATSUKUMA, A. Y. ; DURHAM, A. M. ; TEIXEIRA, D. C. ; EL-DORRY, H. ; MONTEIRO, P. B. ; DA SILVA, A. C. R. ; Verjovski-Almeida, S. ; Verjovski-Almeida, S. ; da SILVA, A. M. ; GOMES, S. L.. DNA microarray-based genome comparison of a pathogenic and a nonpathogenic strain of Xylella fastidiosa delineates genes important for bacterial virulence.. Journal of Bacteriology (Print). v. 186, p. 5442-5449, 2004. Qualis: A3

Alan Mitchell Durham ⇔ André Fujita (1.0)
FUJITA, A.; MASSIRER, Katlin Brauer ; DURHAM, Alan Mitchell ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; SOGAYAR, Mari Cleide. The GATO gene annotation tool for research laboratories.. Brazilian Journal of Medical and Biological Research (Impresso). v. 38, n. 11, p. 1571-1574, 2005. Qualis: A4

Alan Mitchell Durham ⇔ Joao Marcelo Pereira Alves (1.0)
ALVES, JOÃO M. P. ; DE OLIVEIRA, ANDRÉ L. ; SANDBERG, TATIANA O. M. ; MORENO-GALLEGO, JAIME L. ; DE TOLEDO, MARCELO A. F. ; DE MOURA, ELISABETH M. M. ; OLIVEIRA, LILIANE S. ; Durham, Alan M. ; MEHNERT, DOLORES U. ; ZANOTTO, PAOLO M. DE A. ; REYES, ALEJANDRO ; Gruber, Arthur. GenSeed-HMM: A Tool for Progressive Assembly Using Profile HMMs as Seeds and its Application in Alpavirinae Viral Discovery from Metagenomic Data. Frontiers in Microbiology (Online). v. 7, p. 00269, 2016. Qualis: A1

Alan Mitchell Durham ⇔ Marie-Anne Van Sluys (1.0)
SOUZA, GLAUCIA MENDES ; VAN SLUYS, MARIE-ANNE ; LEMBKE, CAROLINA GIMILIANI ; LEE, HAYAN ; MARGARIDO, GABRIEL RODRIGUES ALVES ; HOTTA, CARLOS TAKESHI ; GAIARSA, JONAS WEISSMANN ; DINIZ, AUGUSTO LIMA ; OLIVEIRA, MAURO DE MEDEIROS ; FERREIRA, SÁVIO DE SIQUEIRA ; NISHIYAMA, MILTON YUTAKA ; TEN-CATEN, FELIPE ; RAGAGNIN, GEOVANI TOLFO ; ANDRADE, PABLO DE MORAIS ; DE SOUZA, ROBSON FRANCISCO ; NICASTRO, GIANLUCCA GONÇALVES ; PANDYA, RAVI ; KIM, CHANGSOO ; GUO, HUI ; DURHAM, ALAN MITCHELL. Assembly of the 373k gene space of the polyploid sugarcane genome reveals reservoirs of functional diversity in the world's leading biomass crop. GigaScience. v. 8, p. 1-18, 2019. Qualis: A1

Alan Mitchell Durham ⇔ Robson Francisco de Souza (1.0)
SOUZA, GLAUCIA MENDES ; VAN SLUYS, MARIE-ANNE ; LEMBKE, CAROLINA GIMILIANI ; LEE, HAYAN ; MARGARIDO, GABRIEL RODRIGUES ALVES ; HOTTA, CARLOS TAKESHI ; GAIARSA, JONAS WEISSMANN ; DINIZ, AUGUSTO LIMA ; OLIVEIRA, MAURO DE MEDEIROS ; FERREIRA, SÁVIO DE SIQUEIRA ; NISHIYAMA, MILTON YUTAKA ; TEN-CATEN, FELIPE ; RAGAGNIN, GEOVANI TOLFO ; ANDRADE, PABLO DE MORAIS ; DE SOUZA, ROBSON FRANCISCO ; NICASTRO, GIANLUCCA GONÇALVES ; PANDYA, RAVI ; KIM, CHANGSOO ; GUO, HUI ; DURHAM, ALAN MITCHELL. Assembly of the 373k gene space of the polyploid sugarcane genome reveals reservoirs of functional diversity in the world's leading biomass crop. GigaScience. v. 8, p. 1-18, 2019. Qualis: A1

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