Departamento de Ciência da Computação

Alan Mitchell Durham

Possui graduação em Bacharelado Em Ciência da Computação pela Universidade de São Paulo (1983), mestrado em Matemática Aplicada pela Universidade de São Paulo (1987) e doutorado em Doctor In Computer Science - University Of Illinois At Urbana Champaign (1997). Atualmente é associado da Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional e professor associado ii da Universidade de São Paulo. Tem experiência na área de Ciência da Computação, com ênfase em Arquitetura de Sistemas de Computação, atuando principalmente nos seguintes temas: bioinformatica, biologia molecular, análise automática de sequências, predição de genes e arccabouços. Foi presidente da Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional (AB3C) em 2017 e 2018. É recipiente da Medalha de Mérito Científico da Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, concedida em 2022. Trabalha atualmente na caracterização computacional de regioões promotoras de genes eucariotos. (Texto informado pelo autor)

  • http://lattes.cnpq.br/1927611801056285 (08/11/2023)
  • Rótulo/Grupo:
  • Bolsa CNPq:
  • Período de análise:
  • Endereço: Universidade de São Paulo, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação. Rua do Matão, 1010 Cidade Universitária 05508900 - Sao Paulo, SP - Brasil Telefone: (11) 38186299 Fax: (11) 38186134 URL da Homepage: http://www.ime.usp.br/~durham
  • Grande área: Ciências Exatas e da Terra
  • Área: Ciência da Computação
  • Citações: Google Acadêmico

Produção bibliográfica

Produção técnica

Produção artística

Orientações em andamento

Supervisões e orientações concluídas

Projetos de pesquisa

Prêmios e títulos

Participação em eventos

Organização de eventos

Lista de colaborações


Produção bibliográfica

Produção técnica

Produção artística

Orientações em andamento

Supervisões e orientações concluídas

Projetos de pesquisa

  • Total de projetos de pesquisa (9)
    1. 2014-2019. Biologia Computacional-REDE DE COOPERACAO ACADEMICA PARA O ESTUDO E DESENVOLVIMENTO DE FERRAMENTAS PARA A GENOMICA ESTRUTURAL E FUNCIONAL
      Descrição: Descrição: Fortalecer e ampliar o intercâmbio acadêmico entre os programas inter-unidades de Pós-Graduação em Bioinformática da UFMG (CAPES 6) e da USP (5), o de Biotecnologia da UFPA (CAPES 5) e o de Bioinformática da UFPR (CAPES 3) com a criação de uma rede voltada a aumentar a formação de recursos humanos em Biologia Computacional, em resposta à presente chamada... Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (2) . Integrantes: Alan Mitchell Durham - Coordenador / Arthur Gruber - Integrante / André Fujita - Integrante / Robson Francisco de Souza - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.
      Membro: Alan Mitchell Durham.
    2. 2014-Atual. Redes Regulatorias e seinlaizcao associadas a cana energia
      Descrição: uito já se conhece sobre a biologia e manejo da cana-de-açúcar, porém ainda existem lacunas no conhecimento bioquímico e genético dessa planta que se exploradas podem indicar o caminho para o melhor manejo da cultura, aumento do seu potencial industrial e diminuição do impacto ambiental do seu cultivo. Devido à complexidade do sistema e dos inúmeros fatores que interagem para a definição das características de interesse agronômico (genes, seus produtos, suas interações no organismo e com o ambiente), um conhecimento robusto do metabolismo de açúcares necessita de abordagens experimentais múltiplas em combinação com análises computacionais de grandes volumes de dados. Nós pretendemos acrescentar conhecimento ao sistema cana-de-açúcar usando abordagens de análise da fisiologia, de análise de elementos regulatórios, do transcriptoma e do metaboloma em variedades comerciais e em cruzamentos com espécies ancestrais em plantios que se assemelham ao realizado nas indústrias sucroalcooleiras e também em experimentos em casa de vegetação. O estudo das redes regulatórias de cana-de-açúcar será feito com auxílio da técnica de Chip-Seq e de RNAseq com as quais poderemos identificar possíveis regiões regulatórias e promotoras no genoma referência de cana-de-açúcar sequenciado e parcialmente montado pelo grupo e colaboradores. Através da utilização de abordagens da Biologia de Sistemas e biologia sintética, iremos definir os principais alvos ou redes de genes para o melhoramento da cana-de-açúcar com o aumento de sua produtividade, alteração do conteúdo de sacarose, fibra e lignina e assim desenvolver a Cana-Energia. O grande volume de dados gerado será armazenado no banco de dados SUCEST-FUN (http://sucest-fun.org) onde é possível avaliar e interrogar os dados com foco em diferentes aspectos.. S.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Glaucia Mendes Souza - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
      Membro: Alan Mitchell Durham.
    3. 2014-Atual. Redes regulatorias e sinalizacao associadas a Cana Energia
      Descrição: Muito já se conhece sobre a biologia e manejo da cana-de-açúcar, porém ainda existem lacunas no conhecimento bioquímico e genético dessa planta que se exploradas podem indicar o caminho para o melhor manejo da cultura, aumento do seu potencial industrial e diminuição do impacto ambiental do seu cultivo. Devido à complexidade do sistema e dos inúmeros fatores que interagem para a definição das características de interesse agronômico (genes, seus produtos, suas interações no organismo e com o ambiente), um conhecimento robusto do metabolismo de açúcares necessita de abordagens experimentais múltiplas em combinação com análises computacionais de grandes volumes de dados. Nós pretendemos acrescentar conhecimento ao sistema cana-de-açúcar usando abordagens de análise da fisiologia, de análise de elementos regulatórios, do transcriptoma e do metaboloma em variedades comerciais e em cruzamentos com espécies ancestrais em plantios que se assemelham ao realizado nas indústrias sucroalcooleiras e também em experimentos em casa de vegetação. O estudo das redes regulatórias de cana-de-açúcar será feito com auxílio da técnica de Chip-Seq e de RNAseq com as quais poderemos identificar possíveis regiões regulatórias e promotoras no genoma referência de cana-de-açúcar sequenciado e parcialmente montado pelo grupo e colaboradores. Através da utilização de abordagens da Biologia de Sistemas e biologia sintética, iremos definir os principais alvos ou redes de genes para o melhoramento da cana-de-açúcar com o aumento de sua produtividade, alteração do conteúdo de sacarose, fibra e lignina e assim desenvolver a Cana-Energia. O grande volume de dados gerado será armazenado no banco de dados SUCEST-FUN (http://sucest-fun.org) onde é possível avaliar e interrogar os dados com foco em diferentes aspectos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Helaine Carrer - Integrante / Glaucia Mendes Souza - Coordenador / LEMBKE, CAROLINA GIMILIANI - Integrante / DINIZ, AUGUSTO LIMA - Integrante / NISHIYAMA, MILTON YUTAKA - Integrante.
      Membro: Alan Mitchell Durham.
    4. 2010-Atual. Sistemas de Caracterizacao Probabilistica de Sequencias
      Descrição: As moléculas de RNA podem ser divididas em duas grandes categorias: codificantes e não codificante. Nosso projeto visa o estudo de predição de genes, tanto de proteínas, quanto de RNAs não codificantes. Os RNAs codificantes, também conhecidos como RNAs mensageiros (mRNAs), são aqueles cuja função é servir de molde para síntese de proteínas. Os RNAs não codificantes (ncRNAs) não são traduzidos em proteína, sendo funcionais como RNAs. Devido as suas características, temos duas áreas distintas em predição de genes: predição de genes que codificam proteínas (RNAs codificantes) e predição de genes de RNA (RNAs não codificantes). Pretendemos abordar problemas das duas áreas. O objetivo deste projeto é o desenvolvimento de uma plataforma para implementação de caracterizadores probabilísticos de sequências e seu uso em predição de genes e caracterização de famílias de ncRNAs.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (5) / Doutorado: (2) . Integrantes: Alan Mitchell Durham - Coordenador / André Yoshiaki Kashiwabara - Integrante / Paschoal, Alexandre Rossi - Integrante / Igor Bonadio - Integrante / Vitor Onuchic - Integrante / Rafael Mathias Ferreira - Integrante / Laecio Freitas Chaves - Integrante.
      Membro: Alan Mitchell Durham.
    5. 2010-Atual. PATO
      Descrição: Este projeto visa o desenvolvmento de um sistema interativo e modular para anotação e curagem in silico de sequências. O sistema estará acoplado ao EGene e a um sistema de banco de dados. A integração com o banco de dados possibilitará modos interativos de seleção de conjuntos de sequêcias baseada no processamento anterior, visando processos incrementais de anotação.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Alan Mitchell Durham - Coordenador / Arthur Gruber - Integrante / Liliane Santana - Integrante.
      Membro: Alan Mitchell Durham.
    6. 2007-2009. Sistemas de predicao de genes
      Descrição: Este projeto visa o estudo de predição de genes, tanto de proteínas, como de RNAs não codificantes. O estudo concomitante destas duas áreas, em geral abordadas separadamente, visa tirar proveito de técnicas comuns na produção de melhores preditores de genes. Ambas as abordagens utilizarão o sistema MYOP, um arcabouço para construção de preditores de genes desenvolvido por nosso grupo. Predição de genes ainda é um problema em aberto, em particular a predição de genes de RNAs não codificantes. Porém, mesmo a predição de genes de RNAs codificantes ainda não é um problema resolvido, em particular se considerarmos a baixa taxa de sucesso na predição ab-initio dos genes completos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (2) . Integrantes: Alan Mitchell Durham - Coordenador / Arthur Gruber - Integrante / Zilá Paulino Simões - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 5
      Membro: Alan Mitchell Durham.
    7. 2003-2005. Maldb, Genomic And Post Genomic Approaches To Study Human Malaria in the Brazilian Amazon: Projeto Tematico Fapesp No. 01/09401-0
      Descrição: Investigação da diversidade genética de plasmodium na amazônia brasileira. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Hernando A del Portillo - Coordenador / Junior Barrera - Integrante / Joao Eduardo Ferreira - Integrante / Gerhard Wunderlich - Integrante / Marcelo Urbano - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Não informado.
      Membro: Alan Mitchell Durham.
    8. 2003-Atual. EGene2
      Descrição: : A plataforma EGene (Durham et al., 2005) foi desenvolvida pelo nosso grupo e se caracteriza por ser um sistema integrado e customizável para a construção de pipelines. O sistema EGene permite encadear uma série de componentes diferentes de processamento, em uma ordem e composição totalmente definidas pelo usuário. Pretendemos oferecer na versão 2 do sistema EGene uma ampla gama de componentes de anotação que inclui um programa para a determinação de ORFs com tradutor das sequências protéicas, módulos para sete preditores de genes (Genscan, GlimmerM, GlimmerHMM, Twinscan, Phat, ESTscan e SNAP) , três programas de busca de repetições seriadas (TRF, String e MREPs), tRNAscan-SE, mapeamento de cDNAs (Sim4 e Exonerate), busca de similaridade (Blast), busca de motivos protéicos (HMMER/Pfam, RPS-Blast, InterProScan), busca de domínios transmembranares (TMHMM) e de peptídeo sinal (SignalP) ou ambos (Phobius), busca de sítios de ancoragem GPI (DGPI), mapeamento de termos GO, e geradores de anotação no padrão feature table (FT) e GFF3. Além disso, serão desenvolvidos componentes para a análise global de ortologia com as bases COG/KOG e eggNOG, mapeamento de vias metabólicas com a base KEGG e integração com o visualizador Genome Browser... Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Arthur Gruber - Coordenador / Rangel, Luiz Thibério L.D. - Integrante / Ferro, Milene - Integrante / Deyvid Emanuel Amgarten - Integrante / Rafael Moreira Neves - Integrante.
      Membro: Alan Mitchell Durham.
    9. 2000-2002. Projeto CAGE: Cooperative Analisys of Gene Expression
      Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Junior Barrera - Integrante / Joao Eduardo Ferreira - Integrante / Sérgio Verjovski-Almeida - Integrante / Aline Maria da Silva - Integrante / Hugo Armelin - Coordenador / Eduardo Jordao Neves - Integrante / Carlos Humes Junior - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
      Membro: Alan Mitchell Durham.

Prêmios e títulos

  • Total de prêmios e títulos (7)
    1. Medalha de Mérito Científico, Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional.. 2022.
      Membro: Alan Mitchell Durham.
    2. Melhor Poster Área de Software e Banco de Dados, X-Meeting 2019.. 2019.
      Membro: Alan Mitchell Durham.
    3. Bolsa de Produtividade, nível 2, CNPq.. 2016.
      Membro: Alan Mitchell Durham.
    4. Destaque em atividade de Cultura e Extensão - Organização do Curso de Verão em Bionformática, Universidade de São Paulo.. 2015.
      Membro: Alan Mitchell Durham.
    5. Bolsa de Produtividade , nível 2, CNPq.. 2013.
      Membro: Alan Mitchell Durham.
    6. Bolsa de Produtividade, nível 2, CNPq.. 2010.
      Membro: Alan Mitchell Durham.
    7. Bolsa de Produtividade CNPq, nível 2, CNPq.. 2007.
      Membro: Alan Mitchell Durham.

Participação em eventos

  • Total de participação em eventos (4)
    1. Encontro Anual Da Sociedade Brasileira de Bioquimica e Biologia Molelular - SBBq. MYOP - A Gene Predictor Framework. 2008. (Congresso).
    2. X Meeting. I X Meeting. 2005. (Congresso).
    3. XMeeting. II ICOBICOBI - International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. 2004. (Congresso).
    4. International Conference on Bionformatics and Computational Biology. I ICOBICOBI. 2003. (Congresso).

Organização de eventos

  • Total de organização de eventos (15)
    1. DURHAM, A. M.; LEMKE, N. ; BRANDAO, M. ; LOPES, F. M. ; GRYNBERG, P. ; SCHERER, N.. X-Meeting 2018. 2018. Congresso
    2. DURHAM, A. M.; LEMKE, N. ; BRANDAO, M. ; LOPES, F. M. ; GRYNBERG, P. ; SCHERER, N.. X-Meeting 2017. 2017. Congresso
    3. FRANCO, G. ; DURHAM, A. M. ; LEMKE, N. ; BRANDAO, M. ; GRYNBERG, P. ; PASSETI, F.. X-Meeting 2016. 2016. Congresso
    4. FRANCO, G. R. ; DURHAM, A. M. ; PASSETI, F. ; BRANDAO, M. ; LEMKE, N. ; GRYNBERG, P. ; BITAR, M. ; GRUBER, A. ; FUJITA, A. ; HASHIMOTO, R. F. ; TARLA, M.. XMeeting 2015. 2015. Congresso
    5. AGOPYAN, V. ; DURHAM, A. M. ; TAKAYANAGUI, A. M. M. ; PHILIPPI JR, A. ; CARLOTTI JR, C. G. ; FREITAS, E. D. ; GUERRINI, F. M. ; MARQUES, F. L. S. N. ; SARTI, F. M. ; SAVASTANO JUNIOR, H. ; BOUERI FILHO, J. J. ; GALLOTTINI, M. H. C. ; MACHADO NETO, R. ; PACCA, S.. Encontro Academico de Gestão Da Pós Graduação da USP: Avaliação como instrumento. 2012. Outro
    6. Carlotti Junior, CA ; Freitas, ED ; Durham, Alan Mitchell. A Pós-graduação Construindo o Futuro. 2011. Outro
    7. DURHAM, A. M.; VENCIO, R. Z.. I Workshop do Programa de Pos Graduacao em Bioinformatica da USP. 2010. Outro
    8. AGROPIAN, V. ; PHILIPI, A. ; GUERRINI, F. ; DURHAM, A. M. ; SAVASTANO JR, H. ; MACHADO NETO, R. ; FRANCO, B. D. ; Calotti Jr, C.G.. A USP pensa a Avaliação da Pós-Graduação. 2010. Congresso
    9. DURHAM, A. M.. IV Latin American Course on Bioinformatics for Tropical Disease Research. 2006. (Outro).. . 0.
    10. DURHAM, A. M.; Hernando A. del Portillo. III Latin American Course on Bioinformatics for Tropical Diseases. 2005. Outro
    11. HIDE, W. ; BRAEUNING, R. ; HUYNH, C. ; ISOKPEHI, R. ; DURHAM, A. M.. II Regional Training Course on Bioinformatics Applied to Tropical Diseases In Africa. 2003. Outro
    12. Hernando A. del Portillo ; DURHAM, A. M.. II Latin American Course on Bioinformatics for Tropical Diseases. 2003. Outro
    13. Hernando A. del Portillo ; BARRERA, J. ; DURHAM, A. M. ; FERREIRA, J. E. ; GRUBER, A. ; ZINGALES, B.. I Latin Americal Regional Training Course on Bioinformatics for Tropical Diseases. 2002. Outro
    14. DURHAM, A. M.. Projeto Avizinhar - Treinamento de Técnicas de Escritório e INformática Instrumental. 1999. (Outro).. . 0.
    15. DURHAM, A. M.. Projeto Avizinhar - Treinamento de Técnicas de Escritório e INformática Instrumental. 1999. (Outro).. . 0.

Lista de colaborações

  • Colaborações endôgenas (4)
    • Alan Mitchell Durham ⇔ João Eduardo Ferreira (3.0)
      1. MERINO, E. F. ; FERNANDEZ-BECERRA, C. ; DURHAM, A. M. ; FERREIRA, J. E. ; TUMILASCI, V. F. ; DARC-NEVES, J. ; DADARIO, A. ; SILVA-NUNES, M. ; FERREIRA, M. U. ; WICKRAMARACHCHI, T. A. ; PORTILLO, H. A.. Multi-character population study of the vir subtelomeric multigene superfamily of Plasmodium vivax, a major human malaria parasite. Molecular and Biochemical Parasitology (Print). v. 149, p. 10-16, issn: 0166-6851, 2006.
        [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
        Qualis: A4 (MOLECULAR AND BIOCHEMICAL PARASITOLOGY (ONLINE))
      2. DURHAM, A. M.; ALBRECHT, L. ; Emilio F. Merino ; HOFFMANN, E. H. ; URBANO, M. ; de Mattos Ferreira, R.G. ; OSAKABE, A. L. ; Dalla Martha, R.C. ; Ramharter, M. ; FERREIRA, J. E. ; Hernando A. del Portillo ; WUNDERLICH, G.. Extense variant gene family repertoire overlap in Western Amazon Plasmodium falciparum isolates. Molecular and Biochemical Parasitology (Print). v. 150, p. 157-165, issn: 0166-6851, 2006.
        [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
        Qualis: A4 (MOLECULAR AND BIOCHEMICAL PARASITOLOGY (ONLINE))
      3. OIKAWA, M.K. ; SILVA, P. ; MERINO, E. F. ; FERNANDEZ-BECERRA, C. ; WUNDERLICH, G. ; BARRERA, J. ; DURHAM, A. M. ; Hernando A. del Portillo ; del PORTILLO, H. ; FERREIRA, J. E.. . ClinMaldb: a clinical field-research oriented relational database to study human malaria. Em: IADIS International Conference e-Health 2009, v. 1, p. 1-9, 2009.
        [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
        Qualis: Não identificado (IADIS International Conference e-Health 2009)

    • Alan Mitchell Durham ⇔ André Fujita (1.0)
      1. FUJITA, A.; MASSIRER, Katlin Brauer ; DURHAM, Alan Mitchell ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; SOGAYAR, Mari Cleide. The GATO gene annotation tool for research laboratories.. Brazilian Journal of Medical and Biological Research (Impresso). v. 38, n. 11, p. 1571-1574, issn: 0100-879X, 2005.
        [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
        Qualis: A4

    • Alan Mitchell Durham ⇔ Carlos Eduardo Ferreira (1.0)
      1. FUJITA, A.; MASSIRER, Katlin Brauer ; DURHAM, Alan Mitchell ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; SOGAYAR, Mari Cleide. The GATO gene annotation tool for research laboratories.. Brazilian Journal of Medical and Biological Research (Impresso). v. 38, n. 11, p. 1571-1574, issn: 0100-879X, 2005.
        [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
        Qualis: A4

    • Alan Mitchell Durham ⇔ Junior Barrera (1.0)
      1. DURHAM, A. ; SETUBAL, J. C. ; BARRERA, Junior. Interdisciplinaridade em ação na pesquisa e pós-graduação em bioinformática. Em: Arlindo Phillippi Jr; Valdir Fernandes. (Org.). Práticas da Interdisciplinaridade no Ensino e Pesquisa. 1ed.Editora Manole. : Brueri, São Paulo. 2015.p. 619-642.
        [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]




(*) Relatório criado com produções desde 2000 até 2024
Data de processamento: 22/04/2024 18:50:39