Departamento de Ciência da Computação

Carlos Eduardo Ferreira

É professor titular do Departamento de Ciência da Computação do Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo (IME-USP) desde 2009. Terminou sua graduação em 1986 e mestrado em 1989, ambos em Ciência da Computação no IME-USP. Seu doutorado foi realizado sob orientação de Martin Grötschel na Technische Universität Berlin (1994). Suas principal área de pesquisa é Otimização Combinatória onde atua principalmente em combinatória poliédrica e algoritmos de aproximação. Outras áreas de interesse são Biologia Computacional e Geometria Computacional. (Texto informado pelo autor)

http://lattes.cnpq.br/9284531339856547 (11/05/2024)

Rótulo/Grupo:

Bolsa CNPq:

Período de análise:

Endereço: Universidade de São Paulo, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação. Rua do Matão,1010 Cidade Universitária 05508090 - São Paulo, SP - Brasil Telefone: (11) 30916135 Fax: (11) 30916134 URL da Homepage: http://www.ime.usp.br/~cef

Grande área: Ciências Exatas e da Terra

Área: Ciência da Computação

Citações: Google Acadêmico

Produção bibliográfica

Artigos completos publicados em periódicos (30)
1. ESTRELA, GUSTAVO ; GUBITOSO, MARCO DIMAS ; FERREIRA, CARLOS EDUARDO ; BARRERA, JUNIOR ; REIS, MARCELO S.. An Efficient, Parallelized Algorithm for Optimal Conditional Entropy-Based Feature Selection. Entropy. v. 22, p. 492, 2020. Qualis: A4
2. FERNANDES, C. G. ; FERREIRA, C. E. ; MIAZAWA, F. K. ; WAKABAYASHI, Y.. Prices of Anarchy of Selfish 2D Bin Packing Games. INTERNATIONAL JOURNAL OF FOUNDATIONS OF COMPUTER SCIENCE. v. 30, p. 355-374, 2019. Qualis: B2
3. RAVELO, S.V. ; FERREIRA, C.E.. A PTAS for the metric case of the optimum weighted source-destination communication spanning tree problem. THEORETICAL COMPUTER SCIENCE. v. 771, p. 9-22, 2019. Qualis: A4
4. REIS, MARCELO S. ; ESTRELA, GUSTAVO ; FERREIRA, CARLOS EDUARDO ; BARRERA, JUNIOR. Optimal Boolean lattice-based algorithms for the U-curve optimization problem. INFORMATION SCIENCES. v. 471, p. 97-114, 2019. Qualis: A1
5. FERREIRA, C. E.; FRANCO, A. J. P.. A min-max relation in flowgraphs and some applications. DISCRETE APPLIED MATHEMATICS. v. 245, p. 65-76, 2018. Qualis: A2
6. REIS, MARCELO S. ; ESTRELA, GUSTAVO ; FERREIRA, CARLOS EDUARDO ; BARRERA, JUNIOR. featsel: A framework for benchmarking of feature selection algorithms and cost functions. SoftwareX. v. 6, p. 193-197, 2017. Qualis: A2
7. FERNANDES, C. G. ; FERREIRA, CARLOS EDUARDO ; FRANCO, A. J. P. ; SCHOUERY, R. C. S.. The envy-free pricing problem, unit-demand markets and connections with the network pricing problem. Discrete Optimization. v. 22, p. 141-161, 2016. Qualis: Não identificado (DISCRETE OPTIMIZATION)
8. RAVELO, S. V. ; FERREIRA, C. E.. A PTAS for the metric case of the minimum sum-requirement communication spanning tree problem. DISCRETE APPLIED MATHEMATICS. v. 228, p. 158-175, 2016. Qualis: A2
9. Acuna, V ; FERREIRA, C. E. ; FREIRE, A. S. ; Moreno, E. Solving the maximum edge biclique packing problem on unbalanced bipartite graphs. Discrete Applied Mathematics. v. 164, p. 2-12, 2014. Qualis: A2
10. ADI, S. S. ; FERREIRA, CARLOS EDUARDO. Syntenic global alignment and its application to the gene prediction problem. Journal of the Brazilian Computer Society (Impresso). v. 19, p. 511-521, 2013. Qualis: B1
11. FERREIRA, C. E.; GUNTHER, U. ; MARTIN, A.. Mathematical Models and Polyhedral Studies for Integral Sheet Metal Design. SIAM Journal on Optimization (Print). v. 22, p. 1493-1517, 2012. Qualis: A1
12. TAKAHASHI, D. Y. ; SATO, João Ricardo ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; FUJITA, A. Discriminating different classes of biological networks by analyzing the graphs spectra distribution. Plos One. v. 7, p. e49949, 2012. Qualis: A1
13. FUJITA, A; Sato, J. R. ; Demasi, Marcos Almeida ; Yamaguchi, R. ; Shimamura, T. ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; Sogayar, Mari C ; Miyano, S.. Inferring contagion in regulatory networks. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (Print). v. 8, p. 570-576, 2011. Qualis: A1
14. ADI, S. S. ; BRAGA, M.D.V. ; FERNANDES, C. G. ; FERREIRA, C. E. ; MARTINEZ, F.H.V. ; SAGOT, M-F ; STEFANES, M.A. ; TJANDRAATMADJA, C. ; WAKABAYASHI, Y.. Repetition-free longest common subsequence. Discrete Applied Mathematics. v. 158, p. 1315-1324, 2010. Qualis: A2
15. VIANA, G. V. ; GOMES, F. A. C. ; MENESES, C. ; FERREIRA, C. E.. Parallelization of a Multi-neighborhood local search heuristic for a phylogeny problem. International Journal of Bioinformatics Research and Applications (Online). v. 5, p. 163-177, 2009. Qualis: B2
16. Fujita, André; SATO, João Ricardo ; DEMASI, MARCOS ANGELO ALMEIDA ; SOGAYAR, Mari Cleide ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; Miyano, Satoru. Comparing Pearson, Spearman and Hoeffding's D measure for gene expression association analysis. Journal of Bioinformatics and Computational Biology (Print). v. 07, p. 663-684, 2009. Qualis: B1
17. FUJITA, A.; SATO, João Ricardo ; FESTA, Fernanda ; GOMES, L. R. ; SHINJO, Sueli Mieko Oba ; MARIE, Suely Kazue Nagahashi ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; SOGAYAR, Mari Cleide. Identification of Col6a1 as a differentially expressed gene in human astrocytomas. Genetics and Molecular Research. v. 7, p. 371-378, 2008.Qualis: B3
18. Fujita, André; SATO, João Ricardo ; GARAY-MALPARTIDA, HUMBERTO MIGUEL ; SOGAYAR, Mari Cleide ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; Miyano, Satoru. MODELING NONLINEAR GENE REGULATORY NETWORKS FROM TIME SERIES GENE EXPRESSION DATA. Journal of Bioinformatics and Computational Biology (Print). v. 06, p. 961-979, 2008. Qualis: B1
19. FEOFILOFF, P. ; FERNANDES, C. G. ; FERREIRA, C. E. ; PINA JR, J. C.. Primal-Dual Approximation Algorithms for the Prize-Collecting Steiner Tree Problem. Information Processing Letters. v. 103, p. 195-202, 2007. Qualis: B1
20. FUJITA, A.; SATO, João Ricardo ; MALPARTIDA, Humberto Miguel Garay ; MORETTIN, Pedro Alberto ; SOGAYAR, Mari Cleide ; FERREIRA, Carlos Eduardo. Time-varying modeling of gene expression regulatory networks using the wavelet dynamic vector autoregressive method. Bioinformatics (Oxford. Bioinformatics (Oxford). v. 23, p. 1623/13-1630, 2007. Qualis: A1
21. FUJITA, A.; SATO, João Ricardo ; MALPARTIDA, Humberto Miguel Garay ; Yamaguchi, Rui ; Miyano, Satoru ; SOGAYAR, Mari Cleide ; FERREIRA, Carlos Eduardo. Modeling gene expression regulatory networks with the sparse vector autoregressive model. BMC Systems Biology. v. 1, p. 39, 2007. Qualis: A1
22. FUJITA, A.; SATO, João Ricardo ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; SOGAYAR, Mari Cleide. GEDI: an user-friendly toolbox for analysis of large-scale gene expression data. BMC Bioinformatics. v. 8, p. 457, 2007. Qualis: A1
23. FERREIRA, C. E.; OLIVEIRA FILHO, F. M. DE. Some formulations for the group Steiner tree problem. Discrete Applied Mathematics. v. 154, p. 1877-1884, 2006. Qualis: A2
24. FERREIRA, C. E.; OLIVEIRA FILHO, F. M. DE. New reduction techniques for the group Steiner tree problem. SIAM Journal on Optimization (Print). v. 17, p. 1176-1188, 2006. Qualis: A1
25. FUJITA, A.; SATO, João Ricardo ; RODRIGUES, Leonardo de Oliveira ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; SOGAYAR, Mari Cleide. Evaluating different methods of microarray data normalization. BMC Bioinformatics. v. 7, p. 0/469, 2006. Qualis: A1
26. FUJITA, A.; MASSIRER, Katlin Brauer ; DURHAM, Alan Mitchell ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; SOGAYAR, Mari Cleide. The GATO gene annotation tool for research laboratories.. Brazilian Journal of Medical and Biological Research (Impresso), Ribeirão Preto, SP. v. 38, n. 11, p. 1571-1574, 2005. Qualis: A4 (BRAZILIAN JOURNAL OF MEDICAL AND BIOLOGICAL RESEARCH)
27. ADI, S. S. ; FERREIRA, C. E.. Gene prediction by multiple syntenic alignment. Journal of Integrative Bioinformatics. v. 13, 2005.Qualis: A2
28. O. Alves ; FERREIRA, C. E. ; Fabio P. Machado. Estimates for the spreading velocity of an epidemic model. Mathematics and Computers in Simulation (Print), Estados Unidos. v. 64, n. 6, p. 609-616, 2003. Qualis: Não identificado (MATHEMATICS AND COMPUTERS IN SIMULATION , ESTADOS UNIDOS)
29. FERREIRA, C. E.; SOUZA, C. C. ; WAKABAYASHI, Y.. Rearrangement of DNA Fragments: a Branch-and-Cut Algorithm. Discrete Applied Mathematics. v. 116, n. 1-2, p. 161-177, 2002.Qualis: A2
30. HASHIMOTO, R. F. ; BARRERA, J. ; FERREIRA, C. E.. A combinatorial optimization technique for the sequential decomposition of erosions and dilations. Journal of Mathematical Imaging and Vision. v. 13, n. 1, p. 17-33, 2000.Qualis: A1
Livros publicados/organizados ou edições (1)
1. CARVALHO, M. H. ; CERIOLI, M. R. ; DAHAB, R. ; FERNANDES, C. G. ; FERREIRA, C. E. ; FEOFILOFF, P. ; GUIMARÃES, K. S. ; MIAZAWA, F. K. ; PINA JR, J. C. ; SOARES, José Augusto Ramos ; WAKABAYASHI, Y.. Uma Introdução Sucinta a Algoritmos de Aproximação. Rio de Janeiro: Editora do IMPA. Uma Introdução Sucinta a Algoritmos de Aproximação. Rio de Janeiro: Editora do IMPA, 2001. p. 157.
Capítulos de livros publicados (3)
1. SANTOS, S. S. ; TAKAHASHI, D. Y. ; SATO, J. R. ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; FUJITA, A.. Statistical methods in graphs: parameter estimation, model selection, and test. Em: Matthias Demmer; Frank Emmert-Streib; Zengqiang Chen; Xueliang Li; Yongtang Shi. (Org.). Mathematical Foundations and Applications of Graph Entropy. 1ed.New York. : Wiley-VCH. 2016.v. 6, p. 183-202.
2. FERREIRA, C. E.; FRANCO, A. J. P.. Algorithms for junctions in acyclic digraphs. Em: M. Jünger, G. Reinelt. (Org.). Facets of Combinatorial Optimization - Festschrift for Martin Grötschel. 1ed.Bonn. : Springer Verlag. 2013.p. 175-193.
3. FUJITA, A.; SATO, João Ricardo ; DEMASI, Marcos Angelo A. ; Miyano, Satoru ; SOGAYAR, Mari Cleide ; FERREIRA, Carlos Eduardo. An introduction to time-varying connectivity estimation for gene regulatory networks. Em: Frank Emmert-Streib; Matthias Dehmer. (Org.). Medical Biostatistics for complex diseases. Weinheim, Germany. : Wiley VCH Verlag. 2010.p. 205-230.
Textos em jornais de notícias/revistas (0)
Trabalhos completos publicados em anais de congressos (20)
1. RAVELO, S. V. ; FERREIRA, CARLOS EDUARDO. A PTAS for the Metric Case of the Minimum Sum-Requirement Communication Spanning Tree Problem. Em: First International Conference on Algorithms and Discrete Applied Mathematics, v. 8959, p. 9-20, 2015.Qualis: Não identificado (First International Conference on Algorithms and Discrete Applied Mathematics)
2. RAVELO, S. V. ; FERREIRA, CARLOS EDUARDO. PTAS?s for Some Metric p-source Communication Spanning Tree Problems. Em: 9th International Workshop, v. 8973, p. 137-148, 2015.Qualis: Não identificado (9th International Workshop)
3. FRANCO, A. J. P. ; FERREIRA, CARLOS EDUARDO. A min-max relation in flowgraphs. Em: VIII Latin-American Algorithms, v. 50, p. 109-114, 2015.Qualis: Não identificado (VIII Latin-American Algorithms)
4. FERNANDES, C. G. ; FERREIRA, C. E. ; FRANCO, A. J. P. ; SCHOUERY, R. C. S.. The Envy-Free Pricing Problem and Unit-Demand Markets. Em: International Symposium on Combinatorial Optimization, v. 8996, p. 230-241, 2014.Qualis: Não identificado (International Symposium on Combinatorial Optimization)
5. FERREIRA, C. E.; FRANCO, A. J. P. ; SILVA, M. F.. Finding Matrimonial Circuits in some Amerindian Kinship Networks: an Experimental Study. Em: 10th IEEE International Conference on e-Science, 2014.Qualis: Não identificado (10th IEEE International Conference on e-Science)
6. FREIRE, A. S. ; Acuna, V ; Crescenzi, P. ; FERREIRA, C. E. ; Milreu, P.V. ; Moreno, E ; SAGOT, M-F. Minimum ratio cover of matrix columns by extreme rays of its induced cone. Em: International Symposium on Combinatorial Optimization, 2012.Qualis: Não identificado (International Symposium on Combinatorial Optimization)
7. FERREIRA, C. E.; TJANDRAATMADJA, C.. O problema da subsequência comum máxima sem repetições. Em: Concurso de Dissertações e Teses da SBC, 2011.Qualis: Não identificado (Concurso de Dissertações e Teses da SBC)
8. Acuna, V ; FERREIRA, C. E. ; FREIRE, A. S. ; Moreno, E. The biclique k-clustering problem in bipartite graphs and its application in bioinformatics. Em: International Symposium on Combinatorial Optimization, v. 36, p. 159-166, 2010. Qualis: Não identificado (International Symposium on Combinatorial Optimization)
9. FERREIRA, C. E.; TJANDRAATMADJA, C.. A branch-and-cut approach to the repetition-free longest common subsequence problem. Em: International Symposium on Combinatorial Optimization, v. 36, p. 527-534, 2010. Qualis: Não identificado (International Symposium on Combinatorial Optimization)
10. FREIRE, A. S. ; FERREIRA, C. E. ; CESAR, R.M.. A Column Generation Approach for the Graph matching problem. Em: International Conference on Pattern Recognition, p. 1088-1091, 2010. Qualis: Não identificado (International Conference on Pattern Recognition)
11. FERNANDES, C. G. ; FERREIRA, C. E. ; TJANDRAATMADJA, C. ; WAKABAYASHI, Y.. A polyhedral investigation of the LCS problem and a repetition-free variant. Em: 8th Latin American Theoretical Informatics Symposium, v. 4957, p. 329-338, 2008.Qualis: Não identificado (8th Latin American Theoretical Informatics Symposium)
12. VIANA, G. V. ; GOMES, F. A. C. ; MENESES, C. ; FERREIRA, C. E.. Uma implementação eficiente de uma heurística de busca local em multi-vizinhanças para um Problema de Filogenia. Em: XXIX Simpósio Brasileiro de Pesquisa Operacional, 2007.Qualis: Não identificado (XXIX Simpósio Brasileiro de Pesquisa Operacional)
13. ADI, S. S. ; FERREIRA, C. E.. Alinhamento de Seqüências e o Problema da Identificação de Genes. Em: Workshop de Biologia Computacional, 2006.Qualis: Não identificado (Workshop de Biologia Computacional)
14. FREIRE, A. S. ; C. Asmussen ; F. Kon ; A. Goldman ; FERREIRA, C. E.. MICO - University Schedule Planner. Em: 5th Workshop on Free Software (WSL'2004), p. 147-150, 2004.Qualis: Não identificado (5th Workshop on Free Software (WSL'2004))
15. MORIMOTO, Carlos Hitoshi ; SOARES, José Augusto Ramos ; FERREIRA, C. E.. Panda: sistema de gerenciamento de cursos online. Em: Workshop de Educação em Informática, p. 1104-1113, 2004.Qualis: Não identificado (Workshop de Educação em Informática)
16. CAMPOS, C. P. ; FERREIRA, C. E.. Boca: um sistema de apoio a competições de programação. Em: Workshop de Educação em Informática, 2004.Qualis: Não identificado (Workshop de Educação em Informática)
17. ADI, S. S. ; FERREIRA, C. E.. Uma avaliação de ferramentas de predição de genes. Em: Semish, p. 133-143, 2002.Qualis: Não identificado (Semish)
18. ADI, S. S. ; FERREIRA, C. E.. DNA Fragments Assembly Programs: a Comparative Study. Em: Brazilian Symposium on Graphs, 2001.Qualis: Não identificado (Brazilian Symposium on Graphs)
19. FERREIRA, C. E.; ADI, S. S.. Ferramentas de auxílio ao seqüenciamento de DNA por montagem de fragmentos: um estudo comparativo. Em: IV Oficina Nacional de Problemas de Corte e Empacotamento, p. 77-97, 2000.Qualis: Não identificado (IV Oficina Nacional de Problemas de Corte e Empacotamento)
20. FERREIRA, C. E.; KIRA, E. ; SANTOS, L. C. C.. Modeling academic performance for undergraduate students. Em: International Conference on Education in Computer Science and Engineering, 2000.Qualis: Não identificado (International Conference on Education in Computer Science and Engineering)
Resumos expandidos publicados em anais de congressos (8)
1. FREIRE, A. S. ; FERREIRA, C. E. ; Assunção, G.P.. A dynamic programming algorithm for the tree mapping problem. Em: LAGOS - VI Latin American Algorithms, Graphs, and Optimization Symposium, 2011, Bariloche, Argentina. Electronic Notes in Discrete Mathematics, v. 37, p. 147-152, 2011. Qualis: Não identificado (LAGOS - VI LATIN AMERICAN ALGORITHMS, GRAPHS, AND OPTIMIZATION SYMPOSIUM, 2011, BARILOCHE, ARGENTINA. ELECTRONIC NOTES IN DISCRETE MATHEMATICS)
2. FERNANDES, C. G. ; FERREIRA, C. E. ; WAKABAYASHI, Y. ; Miyazawa, F.K.. Selfish square packing. Em: LAGOS - VI Latin American Algorithms, Graphs, and Optimization Symposium, 2011, Bariloche, Argentina. Electronic Notes in Discrete Mathematics, v. 37, p. 369-374, 2011. Qualis: Não identificado (LAGOS - VI LATIN AMERICAN ALGORITHMS, GRAPHS, AND OPTIMIZATION SYMPOSIUM, 2011, BARILOCHE, ARGENTINA. ELECTRONIC NOTES IN DISCRETE MATHEMATICS)
3. FREIRE, A. S. ; FERREIRA, C. E.. Correspondência inexata de grafos. Em: Concurso de Teses e Disertações da SBC, 2009, Bento Gonçalves. Anais do Congresso da SBC, 2009. Qualis: Não identificado (CONCURSO DE TESES E DISERTAÇÕES DA SBC, 2009, BENTO GONÇALVES. ANAIS DO CONGRESSO DA SBC)
4. ADI, S. S. ; BRAGA, M.D.V. ; FERNANDES, C. G. ; FERREIRA, C. E. ; MARTINEZ, F.H.V. ; SAGOT, M-F ; STEFANES, M.A. ; TJANDRAATMADJA, C. ; WAKABAYASHI, Y.. Repetition free longest common subsequence. Em: LAGOS 07 IV Latin American Algorithms, Graphs and Optimization Symposium, 2008, Puerto Varas, Chile. Electronic Notes in Discrete Mathematics, v. 30, p. 243-248, 2008. Qualis: Não identificado (LAGOS 07 IV LATIN AMERICAN ALGORITHMS, GRAPHS AND OPTIMIZATION SYMPOSIUM, 2008, PUERTO VARAS, CHILE. ELECTRONIC NOTES IN DISCRETE MATHEMATICS)
5. FUJITA, A. ; SOGAYAR, M. C. ; FERREIRA, C. E.. Análise de dados de expressão gênica: normalização de microarrays e modelagem de redes regulatórias. Em: CTD do Congresso da SBC, 2008, Belém, PA. Anais do CTD do XXIX Congresso da Sociedade Brasileira de Computação. Porto Alegre, RS: Editora da SBC, p. 9-16, 2008. Qualis: Não identificado (CTD DO CONGRESSO DA SBC, 2008, BELÉM, PA. ANAIS DO CTD DO XXIX CONGRESSO DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE COMPUTAÇÃO. PORTO ALEGRE, RS: EDITORA DA SBC)
6. ADI, S. S. ; FERREIRA, C. E.. Gene prediction by syntenic alignment. Em: Brazilian Simposium on Bioinformatics, 2005, São Leopoldo, RS. Lecture Notes in Bioinformatics. Berlin Heidelberg: Springer Verlag, v. 3594, p. 246-250, 2005. Qualis: Não identificado (BRAZILIAN SIMPOSIUM ON BIOINFORMATICS, 2005, SÃO LEOPOLDO, RS. LECTURE NOTES IN BIOINFORMATICS. BERLIN HEIDELBERG: SPRINGER VERLAG)
7. FERREIRA, C. E.; OLIVEIRA FILHO, F. M. DE. Some formulations for the group Steiner tree problem. Em: Latin-American Conference on Combinatorics, Graphs and Applications, 2004, Santiago, Chile. Eletronic Notes in Discrete Mathematics - Proceedings of the LACGA04, v. 18, p. 127-132, 2004. Qualis: Não identificado (LATIN-AMERICAN CONFERENCE ON COMBINATORICS, GRAPHS AND APPLICATIONS, 2004, SANTIAGO, CHILE. ELETRONIC NOTES IN DISCRETE MATHEMATICS - PROCEEDINGS OF THE LACGA04)
8. ADI, S. S. ; FERREIRA, C. E.. An Experimental Evaluation of Similarity-Based Gene Prediction Tools. Em: 2nd International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004, Angra dos Reis, Brazil. Proceedings of the 2nd ICOBICOBI, 2004. Qualis: Não identificado (2ND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2004, ANGRA DOS REIS, BRAZIL. PROCEEDINGS OF THE 2ND ICOBICOBI)
Resumos publicados em anais de congressos (12)
1. FRANCO, A. J. P. ; FERREIRA, CARLOS EDUARDO ; SILVA, M. F.. O parentesco como questão computacional. Em: Reunião da Antropologia da Ciência e Tecnologia, 2017, São Paulo. Anais do VI React, 2017.
2. SILVA, M. F. ; FRANCO, A. J. P. ; FERREIRA, CARLOS EDUARDO. Genealogia: tradução ou modelo?. Em: Reunião de Antropologia da Ciência e Tecnologia, 2017, São Paulo. Anais do VI React, 2017.
3. FERREIRA, CARLOS EDUARDO; FRANCO, A. J. P. ; SILVA, M. F.. Redes de parentesco como sistemas dinâmicos. Em: Reunião de Antropologia da Ciência e Tecnologia, 2017, São Paulo. Anais do VI React, 2017.
4. PREVIERO, W. D. ; FERREIRA, C. E.. Algoritmos Branch and Bound para o problema de sequenciamento em uma única máquina. Em: XXXV Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional, 2014, Natal, RN. Proceedings do XXXV CNMAC 2014, 2014.
5. FRANCO, A. J. P. ; FERREIRA, C. E.. A new linear time algorithm to construct dominator trees in reducible flow graphs. Em: International Symposium on Mathematical Programming, 2012, Berlin. Proceedings of the 30th ISMP, v. 1, p. 223-223, 2012.
6. FUJITA, A.; SATO, João Ricardo ; MALPARTIDA, Humberto Miguel Garay ; Yamaguchi, Rui ; SOGAYAR, Mari Cleide ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; Miyano, Satoru. Modeling gene expression regulatory networks with the sparse vector autoregressive model. Em: The Sixth Asia Pacific Bioinformatics Conference, 2008, Kyoto. Proceedings of The Sixth Asia Pacific Bioinformatics Conference, 2008.
7. FUJITA, A.; SATO, João Ricardo ; SOGAYAR, Mari Cleide ; FERREIRA, Carlos Eduardo. GEDI: a user-friendly gene expression analisys toolbox. Em: German Conference on Bioinformatics, 2007, Potsdam. Proceedings of the Geman Conference on Bioinformatics, 2007.
8. FERREIRA, C. E.; OLIVEIRA FILHO, F. M. DE. O problema de Steiner com grupos. Em: Concursos de teses e dissertações da SBC, 2006, Campo Grande, MS, 2006.
9. FERREIRA, C. E.; SOUZA, C. C. ; WAKABAYASHI, Y.. Montagem de Fragmentos: uma abordagem poliédrica. Em: Workshop de Biologia Computacional, 2006, Campo Grande, MS, 2006.
10. FERREIRA, C. E.; OLIVEIRA FILHO, F. M. DE. The group Steiner tree problem. Em: International Symposium on Mathematical Programming, 2006, Rio de Janeiro, 2006.
11. FUJITA, A. ; SATO, J. R. ; SOGAYAR, M. C. ; FERREIRA, C. E.. Non-Parametric Regression and Canonical Correlation Analysis in Tumor Classification. Em: 2nd International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004, Agra dos Reis, Brazil. Proceedings of the 2nd ICOBICOBI (posters), 2004.
12. FERREIRA, C. E.; ADI, S. S.. Gene Prediction by Spliced Alignment. Em: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto. Anais do ICOBICOBI, 2003.
Artigos aceitos para publicação (0)
Apresentações de trabalho (0)
Demais tipos de produção bibliográfica (1)
1. FERNANDES, C. G. ; FERREIRA, C. E. ; MIAZAWA, F. K. ; WAKABAYASHI, Y.. Prices of anarchy of selfish 2D bin packing games. Ithaca, NY: Cornell University Library. 2017. Publicação em arquivo livre de artigos científicos

Produção técnica

Programas de computador com registro (0)
Programas de computador sem registro (1)
1. FERREIRA, C. E.; SOARES, José Augusto Ramos ; MORIMOTO, Carlos Hitoshi. Panda: sistema de entrega eletrônica de trabalhos. 2002.
Produtos tecnológicos (0)
Processos ou técnicas (0)
Trabalhos técnicos (0)
Demais tipos de produção técnica (0)

Produção artística

Total de produção artística (0)

Orientações em andamento

Supervisão de pós-doutorado (0)
Tese de doutorado (0)
Dissertação de mestrado (0)
Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
Trabalho de conclusão de curso de graduação (0)
Iniciação científica (0)
Orientações de outra natureza (0)

Supervisões e orientações concluídas

Supervisão de pós-doutorado (1)
1. Aritanan Borges Garcia Gruber. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2015.
  Supervisor: Carlos Eduardo Ferreira.
Tese de doutorado (7)

Santiago Valdes Ravelo. Problema da árvore geradora de comunicação ótima: variantes, complexidade e aproximação. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2016.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Wellington D. Previero. Estratégias de resolução para o problema do job-shop flexível. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2016.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Alvaro Junio Pereira Franco. Algoritmos para junções em grafos dirigidos acíclicos e uma aplicação em Antropologia. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2013.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Alexandre da Silva Freire. Empacotamento de bicliques em grafos bipartidos. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2012.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Gerardo Valdisio Rodrigues Vianna. Técnicas para construção de árvores filogenéticas. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade Federal do Ceará, . 2007.
Supervisor: Carlos Eduardo Ferreira.
André Fujita. Análise de dados de expressão gênica: normalização de microarrays e modelagem de redes regulatórias. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2007.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Said Sadique Adi. Identificação de genes por comparação de seqüências. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2005.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Dissertação de mestrado (16)

Mateus Barros Rodrigues. Single Source Shortest Paths in Simple Polygons. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2019.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Diogo Haruki Kykuta. Comparação de Algoritmos para o problema dos K menores caminhos. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2018.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Rafael Veiga Pocai. Problemas Computacionais em Teoria Topológica de Grafos. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2015.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Guilherme Puglia Assunção. Representações retangulares de grafos planares. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2012.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Joel Silva Uchoa. Caminhos mínimos com recursos limitados. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2012.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Pedro Henrique Simões de Oliveira. Planejamento de produção através do dimensionamento de lotes de itens únicos. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2011.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Ander Conselvan de Oliveira. Comparação entre uma solução combinatória e um método de planos-de-cortes para o problema do emparelhamento de peso máximo. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2010.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Christian Tjandraamadja. O problema da Subseqüência Comum máxima sem Repetições. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2010.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Alvaro Junio Pereira Franco. Consultas de segmentos em janelas: algoritmos e estruturas de dados. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2009.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Alexandre da Silva Freire. Correspondência Inexata de Grafos. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2008.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Antonio João Ferreira Francisco. Algoritmos de aproximação para o projeto de redes seguras. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2006.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Fernando Mario de Oliveira Filho. O problema de Steiner com grupos. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2005.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Aritanan Borges Garcia Gruber. Algoritmos e Estruturas de Dados para Manutenção de Árvores Geradoras Mínimas em Grafos Dinâmicos. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2001.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Said Sadique Adi. Ferramentas de auxílio ao seqüenciamento de DNA por montagem de fragmentos: um estudo comparativo. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2000.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Cassio Polpo de Campos. Problemas Dinâmicos em Geometria Computacional. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2000.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Eduardo Garcia de Freitas. Problemas Cinéticos em Geometria Computacional. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2000.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
Trabalho de conclusão de curso de graduação (9)

Allan Amancio Rocha. Wordstorming. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2020.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Gabriel Fernandes de Oliveira. O problema do carteiro chinês. (Graduação em Ciências de Computação) - Universidade de São Paulo, . 2020.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Thiago Estrela Montenegro. Emparelhamentos estáveis em grafos de preferência. (Graduação em Ciências de Computação) - Universidade de São Paulo, . 2019.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Vinicius Perche de Toledo Agostini. O problema do ancestral de nível: uma comparação entre implementações. (Graduação em Ciências de Computação) - Universidade de São Paulo, . 2019.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Pedro Vítor Bortolli Santos. Ancestral comum mais próximo entre dois vértices de uma árvore. (Graduação em Ciências de Computação) - Universidade de São Paulo, . 2019.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Giovana Gomes Delfino. Emparelhamento em grafos: Algoritmos e implementações. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2017.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Mateus Barros Rodrigues. Implementação de algoritmos para consultas de segmentos em janelas. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2016.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Antonio Roberto de Campos Junior. Teoria dos Números e Computação: Uma abordagem utilizando problemas de competições de programação.. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2015.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Stefano Tommasini. Programação Dinâmica. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2014.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Iniciação científica (9)

Thiago Lima Oliveira. O problema do caminho mínimo e suas variantes.. (Graduando em Ciências Moleculares) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2019.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Gabriel Morete de Azevedo. Otimização Combinatória: aspectos teóricos, formulação e aplicações. (Graduando em Ciências Moleculares) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2019.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Irina Lerner. Estruturação de um modelo evolutivo baseado no indivíduo. (Graduando em Ciências Moleculares) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2019.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Gabriel Fernandes de Oliveira. O problema do carteiro chinês. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2019.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Ruan de Menezes Costa. Análise de redes de parentesco dos Enawene-Nauê. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2014.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Natan Costa Lima. Algoritmos e estruturas de dados para problemas de deslocamento no plano. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Lucas Piva Rocha Correa. Algoritmos de triangularização: estudo e implementações. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Christian Tjandraamadja. Subseqüência Comum mais Longa sem Repetições e Variantes. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Fernando Mario de Oliveira Filho. Estratégias de Solução de Problemas de Otimização Combinatória. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: Carlos Eduardo Ferreira.
Orientações de outra natureza (0)

Projetos de pesquisa

Total de projetos de pesquisa (8)

2019-Atual. Estruturas de Dados e Algoritmos
Descrição: Diversos problemas reais podem ser modelados por meio de estruturas discretas, tais como grafos, ou por programas de programação linear inteiros ou mistos. Por exemplo, é possível modelar a relação de parentesco em comunidades indígenas por meio de grafos mistos e, das propriedades destes grafos, extrair informações interessantes sobre o comportamento destas comunidades. Pode-se modelar a dispersão de sementes por aves no meio-ambiente através de um grafo bipartido, e a identificação de padrões repetidos nestes grafos pode melhorar o nosso entendimento de como florestas se regeneram, e eventualmente pode ajudar na identificação de fatores que interferem com essa regeneração. Otimização é uma área que se encontra na intersecção da matemática com a ciência da computação e que vem se desenvolvendo rapidamente desde a descoberta do método simplex para programação linear na década de 1940. Métodos de otimização têm aplicações em diversas áreas, dentre as quais destacamos economia, biologia computacional, estudo de redes sociais, logística, etc. O objetivo principal desse projeto é o estudo de estruturas discretas e a investigação de diversos problemas de otimização, com ênfase no desenvolvimento de técnicas e algoritmos, e no tratamento de questões de natureza teórica a respeito desses problemas e estruturas. Dentre as técnicas que investigaremos destacam-se o uso de algoritmos de aproximação, algoritmos enumerativos, métodos probabilísticos, programação linear mista ou inteira, combinatória poliédrica, e programação semidefinida.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (10) Doutorado: (8) . Integrantes: Carlos Eduardo Ferreira - Integrante / Cristina Gomes Fernandes - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Carlos Eduardo Ferreira.
2014-Atual. Proj. CNPq/Edital Universal 2014 - Estudos Teóricos e Práticos de Problemas e Técnicas de Otimização
Descrição: O principal objetivo do projeto é a aplicação de técnicas de otimização a diversos problemas, teóricos e práticos, com destaque ao uso de ferramentas de programação semidefinida, programação mista, combinatória poliédrica e algoritmos de aproximação. Nossas investigações contribuirão para avançar o estado-da-arte em otimização combinatória e em áreas correlatas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (4) Doutorado: (7) . Integrantes: Carlos Eduardo Ferreira - Integrante / Yoshiko Wakabayashi - Coordenador / Cristina Gomes Fernandes - Integrante / José Coelho de Pina Jr - Integrante / Fernando Mario de Oliveira Filho - Integrante / Alexandre da Silva Freire - Integrante / Alvaro Junio Pereira Franco - Integrante / Andrea P.J. Ramirez - Integrante / Marcel Kenji de Carli Silva - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Carlos Eduardo Ferreira.
2013-2018. Estruturas combinatórias, otimização e algoritmos em teoria da computação
Descrição: A área de Ciência da Computação experimenta hoje um crescimento vertiginoso. Novidades tecnológicas surgem e tornam-se obsoletas em um ou dois anos de existência. Novas abordagens surgem com enorme rapidez. Tal desenvolvimento se dá por necessidades criadas em outras áreas do conhecimento de novas técnicas para resolver problemas cada vez mais complexos. Hoje em dia é impossível imaginar um pesquisador de qualquer área do conhecimento que possa desenvolver suas atividades sem o apoio de métodos, técnicas ou tecnologia desenvolvida por pesquisadores de Ciência da Computação. É evidente que os mais bem sucedidos avanços tecnológicos em Ciência da Computação estão fundamentados em resultados teóricos. Áreas como mineração de dados e reconhecimento de padrões, para citar apenas duas, têm seus métodos fortemente baseados em técnicas desenvolvidas em Teoria da Computação. Nosso objetivo neste projeto é o estudo de estruturas combinatórias e diversas formas de abordar problemas relacionados com tais estruturas: métodos algébricos, geométricos, probabilísticos, combinatórios, etc. Uma melhor compreensão destes objetos pode resultar em novas estratégias e algoritmos mais eficientes para resolver problemas a eles relacionados. A equipe proponente tem pesquisadores com grande experiência que cobrem uma ampla gama de subáreas de Teoria da Computação, permitindo uma maior sinergia para a solução dos problemas abordados. As principais contribuições esperadas neste projeto são a publicação de artigos científicos em conferências e periódicos bem estabelecidos, com alta circulação e de seletiva poltica editorial. Desejamos tambem intensificar o intercâmbio internacional do grupo e a formação de alunos nos vários níveis (de iniciação científica a pós-doutorandos). Pretendemos ainda, durante a execução do projeto, realizar uma Escola Avancada de Ciências na área de Teoria da Computação.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (10) / Doutorado: (10) . Integrantes: Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador / Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Cristina Gomes Fernandes - Integrante / José Coelho de Pina Jr - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Integrante / Fernando Mario de Oliveira Filho - Integrante / André Fujita - Integrante / Ernesto G. Birgin - Integrante / Alexandre da Silva Freire - Integrante / Débora Pretti Ronconi - Integrante / Gordana Manic - Integrante / Daniel Morgato Martin - Integrante / Andrea P.J. Ramirez - Integrante / Hiep Han - Integrante / Karla Roberta Lima - Integrante / Carlos Henrique Cardonha - Integrante / Carlos Hoppen - Integrante / Fabricio Siqueira Benevides - Integrante / Neal Owen Bushaw - Integrante / Rudini Sampaio Menezes - Integrante / Sang June Lee - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Carlos Eduardo Ferreira.
Descrição: A área de Ciência da Computação experimenta hoje um crescimento vertiginoso. Novidades tecnológicas surgem e tornam-se obsoletas em um ou dois anos de existência. Novas abordagens surgem com enorme rapidez. Tal desenvolvimento se dá por necessidades criadas em outras áreas do conhecimento de novas técnicas para resolver problemas cada vez mais complexos. Hoje em dia é impossível imaginar um pesquisador de qualquer área do conhecimento que possa desenvolver suas atividades sem o apoio de métodos, técnicas ou tecnologia desenvolvida por pesquisadores de Ciência da Computação. É evidente que os mais bem sucedidos avanços tecnológicos em Ciência da Computação estão fundamentados em resultados teóricos. Áreas como mineração de dados e reconhecimento de padrões, para citar apenas duas, têm seus métodos fortemente baseados em técnicas desenvolvidas em Teoria da Computação. Nosso obje- tivo neste projeto é o estudo de estruturas combinatórias e diversas formas de abordar problemas relacionados com tais estruturas: métodos algébricos, geométricos, probabilísticos, combinatórios, etc. Uma melhor compreensão destes objetos pode resultar em novas estratégias e algoritmos mais eficientes para resolver problemas a eles relacionados. A equipe proponente tem pesquisadores com grande experiência que cobrem uma ampla gama de subáreas de Teoria da Computação, permitindo uma maior sinergia para a solução dos problemas abordados. As principais contribuições esperadas neste projeto são a publicação de artigos científicos em conferências e periódicos bem estabelecidos, com alta circulação e de seletiva política editorial. Desejamos também intensificar o intercâmbio internacional do grupo e a formação de alunos nos vários níveis (de iniciação científica a pós-doutorandos). Pretendemos ainda, durante a execução do projeto, realizar uma Escola Avançada de Ciências na área de Teoria da Computação.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador.
Membro: André Fujita.
2012-2016. Solução de problemas combinatórios com técnicas de otimização
Descrição: Otimização Combinatória é a área que estuda métodos para encontrar pontos ótimos (máximo ou mínimo) de uma função definida sobre um certo domínio. Neste projeto estudamos o uso de técnicas de otimização para a solução de problemas de combinatória notadamente de quatro subáreas: problemas em grafos, problemas de combinatória assintótica, problemas de empacotamento e escalonamento e problemas de programação não linear.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (11) / Doutorado: (17) . Integrantes: Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador / Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Cristina Gomes Fernandes - Integrante / José Coelho de Pina Jr - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Integrante / Ernesto G. Birgin - Integrante / Débora Pretti Ronconi - Integrante / Gordana Manic - Integrante / Daniel Morgato Martin - Integrante / Andrea P.J. Ramirez - Integrante / Balchandra D. Thatte - Integrante / Hiep Han - Integrante / Karla Roberta Lima - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Outra.
Membro: Carlos Eduardo Ferreira.
2007-2009. Técnicas de Otimização para Problemas Combinatórios (edital universal 2007)
Descrição: Otimização Combinatória é a área da matemática que estuda métodos para encontrar pontos ótimos (máximo ou mínimo) de uma função definida sobre um certo domínio. Nos problemas desta área o domínio é finito, e os pontos podem ser enumerados. Entretanto, o número de pontos do domínio pode ser muito grande, inviabilizando uma abordagem que enumerasse todas as possibilidades. Diversos problemas práticos podem ser modelados como problemas de Otimização Combinatória. Tais aplicações práticas motivam o estudo de abordagens exatas e aproximadas para sua resolução, objeto principal de estudo neste projeto. Os problemas que estudaremos provêm de diversas áreas como Biologia Computacional, Escalonamento de Tarefas, Empacotamento, entre outros. A equipe do projeto consiste de 14 pesquisadores que já interagem há algum tempo dos quais 5 são pesquisadores de instituições emergentes, que fizeram seus doutoramentos orientados por pesquisadores do IME-USP, instituição principal deste projeto. As instituições envolvidas são a USP (através do IME e da Escola Politécnica), UFRJ, UECE, UFPE e UFMS. Os objetivos deste projeto são o fortalecimento da colaboração existente entre os grupos de pesquisa envolvidos e a ampliação do apoio aos doutores egressos da instituição, a fim de que possam continuar a desenvolver pesquisa de qualidade na área. Durante o projeto pretendemos realizar oficinas semestrais de pesquisa, que visam a expor os alunos envolvidos a um ambiente de pesquisa prolífero. Tais oficinas contarão com a participação de pesquisadores do país e do exterior que apresentarão palestras de seus trabalhos. Além disso, haverá também seções de problemas em aberto com a participação ativa dos estudantes. Ampliar esta interação é um dos principais objetivos deste projeto.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (5) / Mestrado acadêmico: (22) / Doutorado: (6) . Integrantes: Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador / Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Cristina Gomes Fernandes - Integrante / José Augusto Ramos Soares - Integrante / José Coelho de Pina Jr - Integrante / Marcia Rosana Cerioli - Integrante / Said Sadique Adi - Integrante / Ernesto G. Birgin - Integrante / leliane salgado - Integrante / F.H.V. Martinez - Integrante / Marco A. Stefanes - Integrante / Débora Pretti Ronconi - Integrante / Glauber Ferreira Cintra - Integrante / Maya Jacobine Stein - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Carlos Eduardo Ferreira.
2005-2007. Questões Algorítmicas em Biologia Molecular (FAPESP-Inria)
Descrição: Os avanços técnicos da área de Biologia Computacional têm sido estupendos e demandam novas técnicas e algoritmos para tratar a enorme quantidade de dados disponíveis. Neste projeto tentamos enfrentar o problema e buscar algoritmos para tratar problemas interessantes de Bioinformática e Biologia Computacional.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (2) . Integrantes: Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador / Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Cristina Gomes Fernandes - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique - Siège - Cooperação.
Membro: Carlos Eduardo Ferreira.
2005-2007. Packing Problems in Combinatorial Optimization (CAPES-DAAD)
Descrição: Neste projeto estudamos novas abordagens e algoritmos para a solução de problemas difíceis de empacotamento. As aplicações de interesse surgem no projeto de circuito VLSI, estoque de armazéns, produção de álcool, etc.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (5) . Integrantes: Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador / Alexander Martin - Integrante / Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Cristina Gomes Fernandes - Integrante / Ernesto G. Birgin - Integrante. Financiador(es): Technische Universität Darmastadt - Cooperação / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.
Membro: Carlos Eduardo Ferreira.
2005-2007. Otimização Combinatória: Teoria, Prática e Aplicações (Edital Universal CNPq)
Descrição: Neste projeto visamos ao estudo de problemas de Otmização Combinatória. Em especial, temos particular interesse no projeto de algoritmos de aproximação e em resultados de inaproximabilidade. As aplicações estudadas envolvem problemas cássicos de teoria dos grafos, problemas de empacotamento e problemas de biologia computacional.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (8) Doutorado: (3) . Integrantes: Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador / Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Cristina Gomes Fernandes - Integrante / José Augusto Ramos Soares - Integrante / José Coelho de Pina Jr - Integrante / Marcia Rosana Cerioli - Integrante / Paulo Feofiloff - Integrante / Said Sadique Adi - Integrante. Financiador(es): Universidade Federal do Rio de Janeiro - Cooperação / Universidade Federal de Mato Grosso do Sul - Cooperação / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Carlos Eduardo Ferreira.

Prêmios e títulos

Total de prêmios e títulos (12)

Paraninfo da turma de formandos do Bacharelado em Ciência da Computação, Universidade de São Paulo.. 2018.
Membro: Carlos Eduardo Ferreira.
Prêmio Newton Faller, Sociedade Brasileira de Computação.. 2016.
Membro: Carlos Eduardo Ferreira.
Professor Homenageado, Formandos do Bacharelado em Ciência da Computação - IME-USP.. 2011.
Membro: Carlos Eduardo Ferreira.
Orientador de tese "menção honrosa" do prêmio CAPES de teses e dissertações de 2008. Trabalho de André Fujita, CAPES.. 2009.
Membro: Carlos Eduardo Ferreira.
Orientador da tese premiada com o primeiro lugar no concurso de dissertações e teses da SBC, Sociedade Brasileira de Computação.. 2008.
Membro: Carlos Eduardo Ferreira.
Professor homenageado dos formandos do Bacharelado em Ciência da Computação, IME-USP.. 2008.
Membro: Carlos Eduardo Ferreira.
Paraninfo da turma de formandos do Bacharelado em Ciência da Computação, IME-USP.. 2007.
Membro: Carlos Eduardo Ferreira.
Orientador da dissertação premiada com o 1o. lugar do Concurso de Dissertações e Teses, Sociedade Brasileira de Computação.. 2006.
Membro: Carlos Eduardo Ferreira.
Paraninfo da turma de formandos do Bacharelado em Ciência da Computação, IME-USP.. 2005.
Membro: Carlos Eduardo Ferreira.
Paraninfo da turma de formandos do Bacharelado em Ciência da Computacão, IME-USP.. 2004.
Membro: Carlos Eduardo Ferreira.
Patrono da turma, Instituto de Matemática e Estatística da USP.. 2001.
Membro: Carlos Eduardo Ferreira.
Paraninfo da turma, Formandos do Bacharelado em Ciência da Computação - IME-USP.. 2000.
Membro: Carlos Eduardo Ferreira.

Participação em eventos

Total de participação em eventos (3)

JAI 2004.Jornadas de Atualização de Informática (JAI). 2004. (Seminário).
JAI. Jornadas de Atualização Informática (JAI). 2003. (Congresso).
JAI. Jornadas de Atualização em Informática. 2002. (Congresso).

Organização de eventos

Total de organização de eventos (7)

FERREIRA, C. E.; KOHAYAKAWA, Y.. Workshop on Combinatorics, Algorithms and Applications. 2003. Congresso
FERREIRA, C. E.. Maratona de Programação. 2003. (Concurso).. . 0.
FERREIRA, C. E.. Maratona de Programação. 2002. (Concurso).. . 0.
FERREIRA, C. E.. Maratona de Programação. 2001. (Concurso).. . 0.
FERREIRA, C. E.; SILVA, D. M. ; KOHAYAKAWA, Y.. XII Escola de Computação. 2000. Congresso
FERREIRA, C. E.. Maratona de Programação. 2000. (Concurso).. . 0.
FERREIRA, C. E.. Regional Sulamericana do Concurso de Programação da ACM. 1998. (Concurso).. . 0.

Lista de colaborações

Colaborações endôgenas (10)

Carlos Eduardo Ferreira ⇔ André Fujita (14.0)
TAKAHASHI, D. Y. ; SATO, João Ricardo ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; FUJITA, A. Discriminating different classes of biological networks by analyzing the graphs spectra distribution. Plos One. v. 7, p. e49949, 2012. Qualis: A1
FUJITA, A; Sato, J. R. ; Demasi, Marcos Almeida ; Yamaguchi, R. ; Shimamura, T. ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; Sogayar, Mari C ; Miyano, S.. Inferring contagion in regulatory networks. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (Print). v. 8, p. 570-576, 2011. Qualis: A1
Fujita, André; SATO, João Ricardo ; DEMASI, MARCOS ANGELO ALMEIDA ; SOGAYAR, Mari Cleide ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; Miyano, Satoru. Comparing Pearson, Spearman and Hoeffding's D measure for gene expression association analysis. Journal of Bioinformatics and Computational Biology (Print). v. 07, p. 663-684, 2009. Qualis: B1
FUJITA, A.; SATO, João Ricardo ; FESTA, Fernanda ; GOMES, L. R. ; SHINJO, Sueli Mieko Oba ; MARIE, Suely Kazue Nagahashi ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; SOGAYAR, Mari Cleide. Identification of Col6a1 as a differentially expressed gene in human astrocytomas. Genetics and Molecular Research. v. 7, p. 371-378, 2008.Qualis: B3
Fujita, André; SATO, João Ricardo ; GARAY-MALPARTIDA, HUMBERTO MIGUEL ; SOGAYAR, Mari Cleide ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; Miyano, Satoru. MODELING NONLINEAR GENE REGULATORY NETWORKS FROM TIME SERIES GENE EXPRESSION DATA. Journal of Bioinformatics and Computational Biology (Print). v. 06, p. 961-979, 2008. Qualis: B1
FUJITA, A.; SATO, João Ricardo ; MALPARTIDA, Humberto Miguel Garay ; MORETTIN, Pedro Alberto ; SOGAYAR, Mari Cleide ; FERREIRA, Carlos Eduardo. Time-varying modeling of gene expression regulatory networks using the wavelet dynamic vector autoregressive method. Bioinformatics (Oxford. Bioinformatics (Oxford). v. 23, p. 1623/13-1630, 2007. Qualis: A1
FUJITA, A.; SATO, João Ricardo ; MALPARTIDA, Humberto Miguel Garay ; Yamaguchi, Rui ; Miyano, Satoru ; SOGAYAR, Mari Cleide ; FERREIRA, Carlos Eduardo. Modeling gene expression regulatory networks with the sparse vector autoregressive model. BMC Systems Biology. v. 1, p. 39, 2007. Qualis: A1
FUJITA, A.; SATO, João Ricardo ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; SOGAYAR, Mari Cleide. GEDI: an user-friendly toolbox for analysis of large-scale gene expression data. BMC Bioinformatics. v. 8, p. 457, 2007. Qualis: A1
FUJITA, A.; SATO, João Ricardo ; RODRIGUES, Leonardo de Oliveira ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; SOGAYAR, Mari Cleide. Evaluating different methods of microarray data normalization. BMC Bioinformatics. v. 7, p. 0/469, 2006. Qualis: A1
FUJITA, A.; MASSIRER, Katlin Brauer ; DURHAM, Alan Mitchell ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; SOGAYAR, Mari Cleide. The GATO gene annotation tool for research laboratories.. Brazilian Journal of Medical and Biological Research (Impresso), Ribeirão Preto, SP. v. 38, n. 11, p. 1571-1574, 2005. Qualis: A4 (BRAZILIAN JOURNAL OF MEDICAL AND BIOLOGICAL RESEARCH)
SANTOS, S. S. ; TAKAHASHI, D. Y. ; SATO, J. R. ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; FUJITA, A.. Statistical methods in graphs: parameter estimation, model selection, and test. Em: Matthias Demmer; Frank Emmert-Streib; Zengqiang Chen; Xueliang Li; Yongtang Shi. (Org.). Mathematical Foundations and Applications of Graph Entropy. 1ed.New York. : Wiley-VCH. 2016.v. 6, p. 183-202.
FUJITA, A.; SATO, João Ricardo ; DEMASI, Marcos Angelo A. ; Miyano, Satoru ; SOGAYAR, Mari Cleide ; FERREIRA, Carlos Eduardo. An introduction to time-varying connectivity estimation for gene regulatory networks. Em: Frank Emmert-Streib; Matthias Dehmer. (Org.). Medical Biostatistics for complex diseases. Weinheim, Germany. : Wiley VCH Verlag. 2010.p. 205-230.
FUJITA, A.; SATO, João Ricardo ; MALPARTIDA, Humberto Miguel Garay ; Yamaguchi, Rui ; SOGAYAR, Mari Cleide ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; Miyano, Satoru. Modeling gene expression regulatory networks with the sparse vector autoregressive model. Em: The Sixth Asia Pacific Bioinformatics Conference, 2008, Kyoto. Proceedings of The Sixth Asia Pacific Bioinformatics Conference, 2008.
FUJITA, A.; SATO, João Ricardo ; SOGAYAR, Mari Cleide ; FERREIRA, Carlos Eduardo. GEDI: a user-friendly gene expression analisys toolbox. Em: German Conference on Bioinformatics, 2007, Potsdam. Proceedings of the Geman Conference on Bioinformatics, 2007.

Carlos Eduardo Ferreira ⇔ Cristina Gomes Fernandes (8.0)
FERNANDES, C. G.; Ferreira, Carlos E. ; Miyazawa, Flávio K. ; Y. WAKABAYASHI. Prices of Anarchy of Selfish 2D Bin Packing Games. INTERNATIONAL JOURNAL OF FOUNDATIONS OF COMPUTER SCIENCE. v. 30, p. 355-374, 2019. Qualis: B2
Fernandes, Cristina G.; FERREIRA, CARLOS E. ; FRANCO, ÁLVARO J.P. ; SCHOUERY, RAFAEL C.S.. The envy-free pricing problem, unit-demand markets and connections with the network pricing problem. Discrete Optimization. v. 22, p. 141-161, 2016. Qualis: Não identificado (DISCRETE OPTIMIZATION)
Adi, Said S. ; Braga, Marília D.V. ; Fernandes, Cristina G. ; FERREIRA, CARLOS E. ; Martinez, Fábio Viduani ; Sagot, Marie-France ; Stefanes, Marco A. ; Tjandraatmadja, Christian ; Wakabayashi, Yoshiko. Repetition-free longest common subsequence. DISCRETE APPLIED MATHEMATICS. v. 158, p. 1315-1324, 2010. Qualis: A2
FEOFILOFF, P. ; FERNANDES, C. G. ; FERREIRA, C. E. ; PINA JR, J. C.. Primal-dual approximation algorithms for the Prize-Collecting Steiner Tree Problem. Information Processing Letters. v. 103, p. 195-202, 2007. Qualis: B1
CARVALHO, M. H. ; CERIOLI, M. R. ; DAHAB, R. ; FERNANDES, C. G. ; FERREIRA, C. E. ; FEOFILOFF, P. ; GUIMARÃES, K. S. ; MIAZAWA, F. K. ; PINA JR, J. C. ; SOARES, José Augusto Ramos ; WAKABAYASHI, Y.. Uma Introdução Sucinta a Algoritmos de Aproximação. Rio de Janeiro: Editora do IMPA. 1 ed. Rio de Janeiro: Publicações Matemáticas do IMPA, 2001. v. 1, p. 157.
FERNANDES, C. G. ; FERREIRA, C. E. ; TJANDRAATMADJA, C. ; WAKABAYASHI, Y.. A polyhedral investigation of the LCS problem and a repetition-free variant. Em: 8th Latin American Theoretical Informatics Symposium (LATIN), v. 4957, p. 329-338, 2008. Qualis: Não identificado (8th Latin American Theoretical Informatics Symposium (LATIN))
Fernandes, Cristina G.; Ferreira, Carlos E. ; MIYAZAWA, F. K. ; Wakabayashi, Yoshiko. Selfish Square Packing. Em: LAGOS - VI Latin American Algorithms, Graphs, and Optimization Symposium, 2011, Bariloche, Argentina. Electronic Notes in Discrete Mathematics, v. 37, p. 369-374, 2011. Qualis: Não identificado (LAGOS - VI LATIN AMERICAN ALGORITHMS, GRAPHS, AND OPTIMIZATION SYMPOSIUM, 2011, BARILOCHE, ARGENTINA. ELECTRONIC NOTES IN DISCRETE MATHEMATICS)
Adi, S.S. ; BRAGA, M.D.V. ; FERNANDES, C. G. ; FERREIRA, C. E. ; MARTINEZ, F.H.V. ; M.-F. Sagot ; STEFANES, M. A. ; TJANDRAATMADJA, C. ; WAKABAYASHI, Y.. Repetition-free longest common subsequence. Em: LAGOS 07 IV Latin American Algorithms, Graphs and Optimization Symposium, 2008, Puerto Varas, Chile. Electronic Notes in Discrete Mathematics, v. 755, p. 243-248, 2008. Qualis: Não identificado (LAGOS 07 IV LATIN AMERICAN ALGORITHMS, GRAPHS AND OPTIMIZATION SYMPOSIUM, 2008, PUERTO VARAS, CHILE. ELECTRONIC NOTES IN DISCRETE MATHEMATICS)

Carlos Eduardo Ferreira ⇔ José Coelho de Pina Junior (2.0)
FEOFILOFF, P. ; FERNANDES, C. G. ; FERREIRA, C. E. ; PINA JR, J. C.. Primal-dual approximation algorithms for the Prize-Collecting Steiner Tree Problem. Information Processing Letters. v. 103, p. 195-202, 2007. Qualis: B1
CARVALHO, M. H. ; CERIOLI, M. R. ; DAHAB, R. ; FERNANDES, C. G. ; FERREIRA, C. E. ; FEOFILOFF, P. ; GUIMARÃES, K. S. ; MIAZAWA, F. K. ; PINA JR, J. C. ; SOARES, José Augusto Ramos ; WAKABAYASHI, Y.. Uma Introdução Sucinta a Algoritmos de Aproximação. Rio de Janeiro: Editora do IMPA. 1 ed. Rio de Janeiro: Publicações Matemáticas do IMPA, 2001. v. 1, p. 157.

Carlos Eduardo Ferreira ⇔ Junior Barrera (2.0)
REIS, MARCELO S. ; ESTRELA, GUSTAVO ; FERREIRA, CARLOS EDUARDO ; BARRERA, JUNIOR. featsel: A framework for benchmarking of feature selection algorithms and cost functions. SoftwareX. v. 6, p. 193-197, 2017. Qualis: A2
HASHIMOTO, Ronaldo F ; BARRERA, Junior ; FERREIRA, C. E.. A Combinatorial Optimization Technique for the Sequential Decomposition of Erosions and Dilations. Journal of Mathematical Imaging and Vision. v. 13, n. 1, p. 17-33, 2000. Qualis: A1

Carlos Eduardo Ferreira ⇔ Alan Mitchell Durham (1.0)
FUJITA, A.; MASSIRER, Katlin Brauer ; DURHAM, Alan Mitchell ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; SOGAYAR, Mari Cleide. The GATO gene annotation tool for research laboratories.. Brazilian Journal of Medical and Biological Research (Impresso), Ribeirão Preto, SP. v. 38, n. 11, p. 1571-1574, 2005. Qualis: A4 (BRAZILIAN JOURNAL OF MEDICAL AND BIOLOGICAL RESEARCH)

Carlos Eduardo Ferreira ⇔ Alfredo Goldman vel Lejbman (1.0)
SILVA, A. F. ; ASMUSSEN, C. ; KON, F. ; FERREIRA, C. E. ; GOLDMAN, A.. Mico - University Schedule Planner. Em: 5th Workshop on Free Software (WSL'2004), v. 1, p. 147-150, 2004.Qualis: Não identificado (5th Workshop on Free Software (WSL'2004))

Carlos Eduardo Ferreira ⇔ Carlos Hitoshi Morimoto (1.0)
MORIMOTO, Carlos Hitoshi ; SOARES, José Augusto Ramos ; FERREIRA, C. E.. Panda: sistema de gerenciamento de cursos online. Em: WEI 2004 - Workshop de Educação em Computação, v. 1, p. 1104-1113, 2004.Qualis: Não identificado (WEI 2004 - Workshop de Educação em Computação)

Carlos Eduardo Ferreira ⇔ Fabio Kon (1.0)
SILVA, A. F. ; ASMUSSEN, C. ; KON, F. ; FERREIRA, C. E. ; GOLDMAN, A.. Mico - University Schedule Planner. Em: 5th Workshop on Free Software (WSL'2004), v. 1, p. 147-150, 2004.Qualis: Não identificado (5th Workshop on Free Software (WSL'2004))

Carlos Eduardo Ferreira ⇔ Roberto Marcondes Cesar Junior (1.0)
FREIRE, A. ; CESAR JUNIOR, R. M. ; FERREIRA, C. E.. A column generation approach for the graph matching problem. Em: International Conference on Pattern Recognition - ICPR, p. 1088-1091, 2010. Qualis: Não identificado (International Conference on Pattern Recognition - ICPR)

Carlos Eduardo Ferreira ⇔ Ronaldo Fumio Hashimoto (1.0)
HASHIMOTO, Ronaldo F ; BARRERA, Junior ; FERREIRA, C. E.. A Combinatorial Optimization Technique for the Sequential Decomposition of Erosions and Dilations. Journal of Mathematical Imaging and Vision. v. 13, n. 1, p. 17-33, 2000. Qualis: A1

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Data de processamento: 10/07/2025 16:52:44

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