Departamento de Ciência da Computação

Junior Barrera

possui graduação em Engenharia Elétrica pela Escola Politécnica da Universidade de São Paulo (1983); mestrado em Computação Aplicada pelo Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais (1987); doutorado em Engenharia Elétrica pela Escola Politécnica da Universidade de São Paulo (1992) - parte da pesquisa realizada na École National des Mines de Paris; livre docência pelo Instituto de Matemática e Estatística da USP (1998); titularidade em Ciência da Computação pelo Instituto de Matemática e Estatística da USP (2005) e pela Faculdade de Filosofia Ciências e Letras de Ribeirão Preto (2008). Atualmente, é professor titular do Departamento de Ciência da Computação do IME-USP. Tem experiência na área de Ciência da Computação, com ênfase em Matemática da Computação, tendo realizado desenvolvimentos teóricos nos seguintes temas: morfologia matemática, aprendizado de operadores morfológicos, modelagem e identificação de sistemas dinâmicos de reticulado. Ainda, tem realizado aplicações dessas técnicas em processamento e análise de imagens, vídeo digital, análise de expressão gênica, modelagem de sistemas biológicos e esportes coletivos de invasão. (Texto informado pelo autor)

  • http://lattes.cnpq.br/0362417828475021 (16/03/2022)
  • Rótulo/Grupo:
  • Bolsa CNPq:
  • Período de análise:
  • Endereço: Universidade de São Paulo, Instituto de Matemática e Estatística. Rua do Matão Butantã 05508090 - São Paulo, SP - Brasil Telefone: (11) 30916135 Fax: (11) 30916134 URL da Homepage: www.esience.ime.usp.br
  • Grande área: Ciências Exatas e da Terra
  • Área: Ciência da Computação
  • Citações: Google Acadêmico

Produção bibliográfica

Produção técnica

Produção artística

Orientações em andamento

Supervisões e orientações concluídas

Projetos de pesquisa

Prêmios e títulos

Participação em eventos

Organização de eventos

Lista de colaborações


Produção bibliográfica

Produção técnica

Produção artística

Orientações em andamento

Supervisões e orientações concluídas

Projetos de pesquisa

  • Total de projetos de pesquisa (12)
    1. 2016-Atual. torage, Modeling and Analysis of Dynamical Systems for e-Science Applications.
      Descrição: The astonishing fast rate of technology evolution has given rise to a new era of scientific knowledge discovery. This new age of science, known as e-Science, is described as the new great computational and multidisciplinary team science requiring novel methodologies for data storage, modeling and analysis. In particular, the development of transactional and analytical software systems for e-Science applications when viewed from a dynamic systems perspective, presents a number of new computational challenges. Among them are the scientific knowledge discovery processes, which involve frequent changes of requirements for data storage, modeling and analysis. The need to address scientific dynamic systems in order to cope with complex applications of e-Science has woken up the scientific community for the development of robust and evolutionary software systems to meet these new challenges. Dynamical system is the classical mathematical formalism to represent phenomena that evolute with time, which are of great interest in science. In this project, our main goal is to develop computational models and methodologies to support e-Science applications viewed as dynamic systems. Our fundamental research covers three key research areas, namely storage, modeling, and analysis of dynamic systems. These research areas are significant and relevant to the FAPESP e-Science Program since many of the present e-Science challenges are related to the proper treatment of dynamic systems. Hence, we plan to develop and apply computational methodologies that will ease the development of e-Science applications, thereby contributing to the improvement of worldwide scientific knowledge, while respecting legal and ethical restrictions in data management... Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Junior Barrera - Integrante / João eduardo Ferreira - Coordenador.
      Membro: Junior Barrera.
      Descrição: The astonishing fast rate of technology evolution has given rise to a new era of scientific knowledge discovery. This new age of science, known as e-Science, is described as the new great computational and multidisciplinary team science requiring novel methodologies for data storage, modeling and analysis. In particular, the development of transactional and analytical software systems for e-Science applications when viewed from a dynamic systems perspective, presents a number of new computational challenges. Among them are the scientific knowledge discovery processes, which involve frequent changes of requirements for data storage, modeling and analysis. The need to address scientific dynamic systems in order to cope with complex applications of e-Science has woken up the scientific community for the development of robust and evolutionary software systems to meet these new challenges. Dynamical system is the classical mathematical formalism to represent phenomena that evolute with time, which are of great interest in science. In this project, our main goal is to develop computational models and methodologies to support e-Science applications viewed as dynamic systems. Our fundamental research covers three key research areas, namely storage, modeling, and analysis of dynamic systems. These research areas are significant and relevant to the FAPESP e-Science Program since many of the present e-Science challenges are related to the proper treatment of dynamic systems. Hence, we plan to develop and apply computational methodologies that will ease the development of e-Science applications, thereby contributing to the improvement of worldwide scientific knowledge, while respecting legal and ethical restrictions in data management.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
      Membro: Joao Eduardo Ferreira.
    2. 2016-Atual. INCT da Internet do Futuro para Cidades Inteligentes
      Descrição: bjetivo: Desenvolvimento de modelos, técnicas, métodos e sistemas de software visando à melhoria da vida da população urbana por meio da utilização da tecnologia da informação e da comunicação. Essa pesquisa envolve técnicas avançadas de Computação em Nuvem, Internet das Coisas, Computação de Alto Desempenho, Engenharia de Software, Big Data e Aprendizado de Máquina... Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Junior Barrera - Integrante / Fabio Kon - Coordenador.
      Membro: Junior Barrera.
      Descrição: Objetivo: Desenvolvimento de modelos, técnicas, métodos e sistemas de software visando à melhoria da vida da população urbana por meio da utilização da tecnologia da informação e da comunicação. Essa pesquisa envolve técnicas avançadas de Computação em Nuvem, Internet das Coisas, Computação de Alto Desempenho, Engenharia de Software, Big Data e Aprendizado de Máquina.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (10) / Mestrado acadêmico: (20) / Doutorado: (10) . Integrantes: Fabio Kon - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa / (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
      Membro: Fabio Kon.
      Descrição: Desenvolvimento de modelos, técnicas, métodos e sistemas de software visando à melhoria da vida da população urbana por meio da utilização da tecnologia da informação e da comunicação. Essa pesquisa envolve técnicas avançadas de Computação em Nuvem, Internet das Coisas, Computação de Alto Desempenho, Engenharia de Software, Big Data e Aprendizado de Máquina.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (10) / Mestrado acadêmico: (20) / Doutorado: (10) . Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Integrante / Fabio Kon - Coordenador / Otto Carlos Muniz Bandeira Duarte - Integrante. Financiador(es): CAPES - Centro Anhanguera de Promoção e Educação Social - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de SP - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
      Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.
    3. 2014-Atual. Biologia Sistemica do Cancer
      Descrição: Rede de pesquisa, extensão e ensino financiada pela Capes. Para maiores detalhes, ver http://neuro.ufrn.br/bsc. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Junior Barrera - Integrante / Sandro José de Souza - Coordenador / Dirce M Carraro - Integrante / José Miguel Ortega - Integrante.
      Membro: Junior Barrera.
    4. 2013-Atual. CeTICS - Centro de Toxinas, Imuno-Resposta e Sinalizacao Celulkar
      Descrição: No Instituto Butantan toxinologia e regulação da resposta imune são, tradicionalmente, áreas conexas de pesquisa científica e desenvolvimento biotecnológico, através das quais o Instituto, historicamente, construiu sua reputação internacional de excelência. Na cultura do Instituto, venenos são misturas complexas de toxinas, selecionadas ao longo da evolução para sinergicamente exercerem efeitos biológicos sistêmicos, através de mecanismos bioquímicos, moleculares e celulares altamente específicos. Portanto, a análise química de venenos tem boas chances de levar à descoberta de novas moléculas de toxinas com potencial terapêutico. Essas premissas foram seguidas com sucesso por pesquisadores do Centro de Toxinologia Aplicada (CAT CEPID-FAPESP), projeto iniciado há 10 anos, que isolaram, caracterizaram quimicamente e patentearam diversas toxinas de natureza proteica, que se tornaram pontos de partida para desenvolvimento de inovação farmacêutica em parceria com indústrias locais. A ênfase em proteínas e peptídeos levou o CAT CEPID a instalar laboratórios no estado da arte para transcriptômica, proteômica, biologia molecular do DNA recombinante e síntese de peptídeos. Mais recentemente, estudos dos mecanismos de ação, bioquímicas, moleculares e celulares, dessas promissoras moléculas foram iniciados com o objetivo de estabelecer provas de conceito. Assim, o CAT estabeleceu, no Instituto Butantan, as condições iniciais para a criação de um centro de toxinas e resposta imune fundamentado nas abordagens atuais da biologia sistêmica. Por conseguinte, 10 pesquisadores, entre os mais competitivos do Instituto Butantan, propõem a criação do novo Centro de Toxinas, Resposta-imune e Sinalização Celular, com aspirações a centro de excelência de classe mundial, aproveitando a histórica reputação internacional do Butantan e o sucesso recente do CAT CEPID. O Plano de pesquisa do Centro Integra subprojetos voltados para a pesquisa científica com subprojetos de vocação para a inovação tecnológica. Um grande grupo de cientistas seniores do Instituto Butantan, de outras instituições brasileiras e de renomadas instituições estrangeiras serão colaboradores do Centro proposto. (AU). Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) . Integrantes: Junior Barrera - Integrante / Hugo Aguirre Armelin - Coordenador.
      Membro: Junior Barrera.
    5. 2012-Atual. NAP ESCIENCE
      Descrição: Análise e nodelagem de fenômenos naturais mensuráveis por técnicas matemático computacionais.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Junior Barrera - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Financiador(es): Proreitoria de Pesquisas da USP - Cooperação.
      Membro: Junior Barrera.
    6. 2009-2010. Modelagem do ciclo celular
      Descrição: Este projeto visa construir modelos quantitativos que permitam prever fenõmenos relacionados com o ciclo celular.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Junior Barrera - Integrante / Hugo Aguirre Armelin - Coordenador.
      Membro: Junior Barrera.
    7. 2005-2010. Modelagem por redes (grafos) e tecnicas de reconhecimento de padroes: estrutura, dinamica e aplicacoes
      Descrição: Dentre os desafios enfrentados atualmente pela pesquisa em reconhecimento de padrões, cabe ressaltar três linhas fundamentais: (a) problemas em que elementos devem ser descritos estruturalmente através de uma rede indicando conexões entre tais elementos; (b) problemas envolvendo a evolução da informação ao longo de alguma variável independente (e.g. tempo, no caso de sequências de vídeo); (c) problemas envolvendo ambos aspectos, i.e. uma rede de elementos cuja dinâmica evolui ao longo de alguma variável independente. O presente projeto temático, unindo os grupos de visão do IME-USP e IFSC-USP, além de pesquisadores colaboradores de outras instituições, prevê o estudo, desenvolvimento e aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões com esses três ítens formando o tema de integração da pesquisa. Além da área de reconhecimento de padrões, o projeto inclui técnicas e problemas de visão computacional, processamento de imagens e de sinais e bioinformática, todas sendo áreas de trabalho dos pesquisadores proponentes.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Junior Barrera - Integrante / COSTA - Integrante / R M Cesar Jr - Coordenador.
      Membro: Junior Barrera.
    8. 2004-Atual. Biomedical Research Informatics for Global Health Training Program - BRIGHT
      Descrição: Projeto conjunto com o IME-USP, MIT e Harvard Medical School, no qual aplicaremos técnicas de análise de imagens por nós desenvolvidas para resolução de problemas em expressão gênica e bioinformática.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Junior Barrera - Coordenador / Lucila Ohno Machado - Integrante / Richard Maas - Integrante / Eduardo Massad - Integrante.
      Membro: Junior Barrera.
    9. 2002-2007. Aproximacao Genomica e Pos-Genomica ao Estudo da Malaria Humana na Amazonia Brasileira
      Descrição: Análise de dados de biologia molecular, particularmente de expressão gênica, para entender mecanismos biológicos presentes no parasita da malária.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Junior Barrera - Coordenador / Hernando A del Portillo Obando - Integrante.
      Membro: Junior Barrera.
    10. 2002-2004. Cursos / Organizacao Mundial da Saude
      Descrição: Organização de cursos de Bioinformática de curta duração para alunos latino-americanos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Junior Barrera - Coordenador / Hernando A del Portillo Obando - Integrante.
      Membro: Junior Barrera.
    11. 2002-2004. Identificacao de Genes que Regulam Fenotipos de Interesse em Agropecuaria atraves da Analise Computacional de Sequencias de Expressao
      Descrição: Análise de dados de biologia molecular, particularmente de expressão gênica, para pesquisar melhorias vegetais e animais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Junior Barrera - Coordenador.
      Membro: Junior Barrera.
    12. 2000-2005. Cooperation for Gene Analysis Expression
      Descrição: Desenvolver técnicas de análise de expressão gênica e aplica-las ao entendimento de Problemas biológicos, como o controle do ciclo celular.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Junior Barrera - Coordenador / Hugo Aguirre Armelin - Integrante.
      Membro: Junior Barrera.

Prêmios e títulos

  • Total de prêmios e títulos (7)
    1. Professor Titular da Faculdade de Filosofia Ciências e Letras da USP de Ribeirão Preto, Departamento de Física e Matemática da FFCLRP.. 2008.
      Membro: Junior Barrera.
    2. Presidente da Assoicação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, .. 2007.
      Membro: Junior Barrera.
    3. Professor Titular do Instituto de Matemática e Estatística da USP, Depto de Ciência da Computação do IME-USP.. 2005.
      Membro: Junior Barrera.
    4. Melhor apresentação no CAMDA 2004, Critical Assessment of Microarray Data Analysis / Duke University.. 2004.
      Membro: Junior Barrera.
    5. Membro do Comitê Assessor Externo da EMBRAPA Informática Agropecuária, CNPTIA - EMBRAPA.. 2004.
      Membro: Junior Barrera.
    6. Vice-presidente da AB3C, Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional.. 2004.
      Membro: Junior Barrera.
    7. Participação de duas bancas de doutorado na Universidade de Amsterdam, Universidade de Amsterdam, Holanda.. 2002.
      Membro: Junior Barrera.

Participação em eventos

  • Total de participação em eventos (27)
    1. Latin America eScience Workshop 2013. 2013. (Seminário).
    2. Workshop do projeto de Modelagem do Ciclo Celular.Modeling and inference of genes network. 2009. (Seminário).
    3. Workshop on Gene Regulation and Noise.Design of PGNs for malaria parasite and cell cycle control. 2008. (Seminário).
    4. Seminários da EMBRAPA Informática.Design of PGNs for malaria parasite and cell cycle control. 2007. (Seminário).
    5. Seminários de Bioinformática na Université Claude Bernard, Lyon I.Cell cycle control modeling. 2007. (Seminário).
    6. Seminários do Barcelona Centre for International Health.Anotating malare genes by genetic network estimation. 2007. (Seminário).
    7. 51 Congresso Brasileiro de Genética. Design of PGNs for malaria parasite and cell cycle control system. 2005. (Congresso).
    8. Seminários de Computação Gráfica do IMPA.Futebol: inteligência do jogo. 2005. (Seminário).
    9. Critical Assesment of Microarray Data Analysis - CAMDA 2004. A New Annotation Tool For Malaria Based On Inference Of Probabilistic Genetic Networks. 2004. (Congresso).
    10. Seminários do Tgen Institute.A new anotation tool for malaria based on inference of PGN. 2004. (Seminário).
    11. II Latin American Course on Bioinformatics for Tropical Disease Research. Data mining and dynamical modeling in Biology: a semiotic view. 2003. (Congresso).
    12. Programa de Seminários em Biologia Computacional - USP/ Ínformática Médica.Dos sinais de Microarrays à descoberta de conhecimento biológico. 2003. (Encontro).
    13. Encontro França-Brasil de Bioinformática.An integrated environment for analysis of genetic data. 2002. (Encontro).
    14. II Simpósio Brasileiro de Biologia Matemática e computacional. From Microarray images to biological knowledge. 2002. (Congresso).
    15. IMPA 50 anos - Seção Especial de Computação Gráfica. Automatic programming of morphological machines by PAC learning. 2002. (Congresso).
    16. Meeting of the American Mathematical Society.Modeling of genetic networks form microarray data. 2002. (Seminário).
    17. Seminários de Parasitologia do ICB-USP.Análise de dados de microarray. 2002. (Seminário).
    18. Seminários do curso de pós-graduação do Programa de Fisiopatologia Experimental da MED-USP.Bioinformática. 2002. (Seminário).
    19. VI Brazilian School of Probability - Session Probability in Genetics.Microarray data analysis. 2002. (Outra).
    20. Pesquisa científica e internet" - 14o Reunião Anual do Instituto Biológico.Descoberta de conhecimento em biologia molecular através da bioinformática. 2001. (Seminário).
    21. Série de Seminários do Instituto de Computação da UNICAMP.Um ambiente integrado para a análise de dados de genética. 2001. (Seminário).
    22. VI Encontro Regional de Matemática Aplicada e Computacional.Design of morphological operators by computational learning. 2001. (Encontro).
    23. SBMAC. Automatic Programing of morphological machines. 2000. (Congresso).
    24. Seminários do Departamento de Informática da Universidade de Amsterdam.Genomic Signal Processing. 2000. (Seminário).
    25. Seminários do departamento de informática da universidade de Groningen.Genomic Signal Processing. 2000. (Seminário).
    26. Seminários do Grupo de Morfologia Matemática do CWI.Automatic programming of morphological machines. 2000. (Seminário).
    27. SIAM Annual Conference. Model-Based Design of Optimal Morphological Filters. 2000. (Congresso).

Organização de eventos

  • Total de organização de eventos (8)
    1. BARRERA, Junior; HIRATA JR, Roberto. International Symposium on Mathematical Morphology. 2007. Congresso
    2. Falcão, P. K. ; BARRERA, Junior. X-meeting. 2007. Congresso
    3. BARRERA, Junior; CP/IME-USP. III SImpósio de Iniciação Científica e Pós-Graduação do IME-USP. 2007. Congresso
    4. BARRERA, Junior; CP/IME-USP. II Simpósio de Iniciação Científica e Pós-Graduação do IME-USP. 2006. Congresso
    5. BARRERA, Junior; CP/IME-USP. I simpósio de Iniciação Científica e Pós-Graduação do IME-USP. 2005. Congresso
    6. BARRERA, Junior; Goldman, G. ; COSTA, Luciano Fontoura ; CESAR JR, Roberto M. Icobicobi - International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. 2003. Congresso
    7. BARRERA, Junior; OBANDO, Hernando A Del Portillo. I Latin American Course on Bioinformatics for Tropical Disease Research. 2002. Congresso
    8. BARRERA, Junior. Mathematical Morphology. 2001. (Congresso).. . 0.

Lista de colaborações



(*) Relatório criado com produções desde 2000 até 2024
Data de processamento: 22/04/2024 18:50:40