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Programa de Pós Graduação em Bioinformática

2010

92.	Guimaraes, A.M.S.; Brandão, P.E. ; MORAES, W. ; Kiihl, S. ; Santos, L.C. ; FILONI, C. ; Cubas, Z.S. ; Robes, R.R. ; Marques, L.M. ; Neto, R.L.. Detection of Bartonella spp. in neotropical felids and evaluation of risk factors and hematological abnormalities associated with infection. Veterinary Microbiology (Amsterdam. Print). v. 142, p. 346-351, 2010. Qualis: Não identificado (PRINT))
93.	Guimaraes, A.M.S.; Santos, A.P. ; MESSICK, J. B.. A Genomic Survey for Putative Virulence Factors of Mycoplasma suis. Em: ACVP/ASVCP Combined Annual Meeting, 2010, Baltimore, MD, USA. Veterinary Pathology, v. 47, p. Suppl50S, 2010.
94.	Guimaraes, A.M.S.; VIEIRA, R. F. C. ; Poletto, R. ; VEMULAPALLI, R. ; Santos, A.P. ; MORAES, W. ; Cubas, Zalmir Silvino ; SANTOS, L. C. ; MARCHANT-FORDE, J. N. ; BIONDO, A. W. ; MESSICK, J. B.. Quantitative PCR Assay Based on the 16S Ribosomal RNA Gene for the Detection of Mycoplasma suis in Pigs. Em: ACVP/ASVCP Combined Annual Meeting, 2010, Baltimore, MD, USA. Veterinary Pathology, v. 47, p. Suppl47S, 2010.
95.	Harwich, Michael D ; Alves, Joao M ; Buck, Gregory A ; Strauss, Jerome F ; Patterson, Jennifer L ; Oki, Aminat T ; Girerd, Philippe H ; Jefferson, Kimberly K. Drawing the line between commensal and pathogenic Gardnerella vaginalis through genome analysis and virulence studies. BMC Genomics. v. 11, p. 375-387, 2010. Qualis: A2
96.	HIGA, C. H. A. ; LOUZADA, V. H. P. ; HASHIMOTO, R. F.. Analysis of Gene Interactions Using Restricted Boolean Networks and Time-Series Data. Em: 6th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications, p. 61-76, 2010. Qualis: Não identificado (6th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications)
97.	Hotta, Carlos T. ; Nishiyama, Milton Yutaka ; SOUZA, G. M.. Modulation of the steady-state levels of gene expression by the sugarcane circadian clock. Em: 56º Congresso Brasileiro de Genética, 2010, Guaruja, SP. Livro de Resumos, 2010.
98.	Hotta, Carlos T. ; Souza, Amanda P. ; Margarido, Gabriel R. A. ; Sluys, Marie-Anne ; GARCIA, ANTôNIO A. F. ; Domingues, Douglas S. ; Mollinari, Marcelo ; Ochoa, Edgar A. ; Carrer, Helaine ; Melotto-Passarin, Danila M. ; Hoshino, Andrea A. ; Souza, Glaucia M. ; Santos, Melissa O. ; Menossi, Marcelo ; Souza, Anete P. ; Santos, Wanderley D. ; Marconi, Thiago G. ; CRIVELLARI, AUGUSTO CéSAR ; Buckeridge, Marcos S. ; Cruz, Guilherme M. Q. ; et.al. The Biotechnology Roadmap for Sugarcane Improvement. Tropical Plant Biology (Online). v. 3, p. 75-87, 2010. Qualis: A3
99.	HÜNEMEIER, T. SNPs Datasets: Busca, obtenção e utilização de dados de varredura genômica. 2010. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
100.	HÜNEMEIER, T. Coevolução Gene-Cultura e o Genótipo Frugal em Nativos Americanos. 2010. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
101.	HÜNEMEIER, T.; ACUNA-ALONZO, V. ; CANIZALES-QUINTEROS, S. ; SALZANO, F. M. ; BORTOLINI, M. C.. 230C: EVOLUTIONARY HISTORY OF AN ALLELE AND ITS RELATIONSHIP WITH AMERICAN PEOPLING. Em: http://www.primerosamericanos.com.ar/index.php?option=com_content&view=article&id=59&Itemid=74&lang=en, 2010, La Plata. El Poblamiento Temprano de América, 2010.
102.	HÜNEMEIER, T.; ACUNA-ALONZO, V. ; RUIZ-LINARES, A ; CANIZALES-QUINTEROS, S. ; SALZANO, F. M. ; BORTOLINI, M. C.. 230C: EVOLUTIONARY HISTORY OF AN ALLELE AND ITS RELATIONSHIP WITH AMERICAN PEOPLING. 2010. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
103.	HÜNEMEIER, T.; ACUNA-ALONZO, V. ; SALZANO, F. M. ; BORTOLINI, M. C. ; CANIZALES-QUINTEROS, S.. A functional ABCA1 gene variant is associated with low HDL-cholesterol levels and shows evidence of positive selection in Native Americans. Human Molecular Genetics (Print). v. 19, p. 2877-2885, 2010. Qualis: A1
104.	HÜNEMEIER, T.; Ruiz-Linares, Andres ; Silveira, Álvaro ; Paixão-Côrtes, Vanessa Rodrigues ; Salzano, Francisco M. ; Bortolini, Maria Cátira. Brief communication: Population data support the adaptive nature of HACNS1 sapiens/neandertal-chimpanzee differences in a limb expression domain. American Journal of Physical Anthropology,. p. n/a-n/a, 2010. Qualis: A2 (AMERICAN JOURNAL OF PHYSICAL ANTHROPOLOGY)
105.	Iyer, L. M. ; Abhiman, S. ; de Souza, R. F. ; Aravind, L.. Origin and evolution of peptide-modifying dioxygenases and identification of the wybutosine hydroxylase/hydroperoxidase. Nucleic Acids Research,. p. gkq265, 2010. Qualis: A1 (NUCLEIC ACIDS RESEARCH)
106.	JORGE, D. M. M. ; SILVA, V. B. ; SILVA, C. H. T. P. ; GIULIATTI, S.. In Silico Screening for Phospholipase A2 of Apis mellifera with HitFinder Library. Em: ISCB2010, 2010, Boston. Posters, p. 44-44, 2010.
107.	JORGE, D. M. M. ; SILVA, V. B. ; SILVA, C. H. T. P. ; GIULIATTI, S.. Virtual Screening to Discover Synthetic Inhibitors Against Phospholipase A2 of Apis mellifera. Em: X Jornadas de Bioinformática, 2010, Malaga. Anais da X Jornadas de Bioinformática, 2010.
108.	JORGE, D. M. M. ; SILVA, V. B. ; SILVA, C. H. T. P. ; GIULIATTI, S.. Virtual Screening to Discover Synthetic Inhibitors Against Phospholipase A2 of Apis mellifera. 2010. Apresentação de Trabalho/Congresso
109.	JORGE, D. M. M. ; SILVA, V. B. ; SILVA, C. H. T. P. ; GIULIATTI, S.. In Silico Screening for Phospholipase A2 of Apis mellifera with HitFinder Library. 2010. Apresentação de Trabalho/Congresso
110.	JORGE, D. M. M. ; SILVA, V. B. ; SILVA, C. H. T. P. ; SOARES, A. M. ; GIULIATTI, S.. In Silico Screening for Phospholipase A2 of Apis mellifera with Fragment Library. Em: ISCB Latin America, 2010, Montevideo. Posters, 2010.
111.	JORGE, D. M. M. ; SILVA, V. B. ; SILVA, C. H. T. P. ; SOARES, A. M. ; GIULIATTI, S.. In silico Screening for Phospholipase A2 of Apis mellifera with Fragment Library. Em: I Workshop do Programa de Pós-Graduação em Genética: Genética Básica, Genética Humana e Médica e Bioinformática, 2010, Ribeirão Preto, SP. Anais - CD, 2010.
112.	JORGE, D. M. M. ; SILVA, V. B. ; SILVA, C. H. T. P. ; SOARES, A. M. ; GIULIATTI, S.. In Silico Screening for Phospholipase A2 of Apis mellifera with Fragment Library. 2010. Apresentação de Trabalho/Congresso
113.	JUNQUEIRA, R. ; VALLADA, H. ; BRENTANI, H.. Genética dos Transtornos Ansiosos. Em: Fernando Ramos Asbahr. (Org.). Ansiedade na Infância e Adolescência. Transtornos de Ansiedade na Infância e Adolescência. 2ed. : Casa Leitura Médica. 2010.v. II, p. 55-67.
114.	Kamenetzky, L. ; Asis, R. ; Bassi, S. ; de Godoy, F. ; Bermudez, L. ; Fernie, A. R. ; Van Sluys, M. A. ; Vrebalov, J. ; Giovannoni, J. J. ; ROSSI, M. ; Carrari, F.. Genomic Analysis of Wild Tomato Introgressions Determining Metabolism- and Yield-Associated Traits. Plant Physiology (Bethesda). v. 152, p. 1772-1786, 2010. Qualis: A1
115.	KOIDE, T. Biologia Sistêmica: cominando 'omics' para o avanço da microbiologia. 2010. Apresentação de Trabalho/Outra
116.	KOIDE, T. Towards mechanistic gene regulatory models: unraveling the transcriptome complexity. 2010. Apresentação de Trabalho/Outra
117.	Lang, Jillian M. ; Hamilton, John P. ; Diaz, Maria Genaleen Q. ; Van Sluys, Marie Anne ; Burgos, Ma. Ruby G. ; Vera Cruz, Casiana M. ; Buell, C. Robin ; Tisserat, Ned A. ; Leach, Jan E.. Genomics-Based Diagnostic Marker Development for pv. and pv.. Plant Disease. v. 94, p. 311-319, 2010. Qualis: A2
118.	LEITE, D.C.C. ; Santos, Wanderley D. ; BUCKERIDGE, M. S.. Effects of phenylpropanoid synthesis inhibition on sugarcane development. 2010. Apresentação de Trabalho/Congresso
119.	MACHADO-LIMA, A. ; KASHIWABARA, A. Y. ; DURHAM, A. M.. Decreasing the number of false positives in sequence classification. BMC GENOMICS. v. 11, p. S7, 2010. Qualis: A2
120.	Manicassamy, S. ; Reizis, B. ; Ravindran, R. ; Nakaya, H. ; Salazar-Gonzalez, R. M. ; Wang, Y.-c. ; Pulendran, B.. Activation of -Catenin in Dendritic Cells Regulates Immunity Versus Tolerance in the Intestine. Science (New York, N.Y.). v. 329, p. 849-853, 2010. Qualis: A1
121.	Mantzouranis, Luciana ; Bagattini, Raquel ; Souza, Glaucia M. KeaA, a Dictyostelium kelch-domain protein that regulates the response to stress and development. BMC Developmental Biology (Online). v. 10, p. 79, 2010. Qualis: B1
122.	Marques, Lucas ; Ueno, Priscilla M ; Buzinhani, Melissa ; Cortez, Beatriz A ; Neto, Renata L ; Yamaguti, Maurício ; Oliveira, Rosângela C ; GUIMARAES, A. M. S. ; Monezi, Telma A ; Braga, Antonio ; Machado-Santelli, Gláucia M ; Timenetsky, Jorge. Invasion of Ureaplasma diversum in Hep-2 cells. BMC Microbiology (Online). v. 10, p. 83, 2010. Qualis: A2
123.	MARQUES, M. M. ; OCTACILIO-SILVA, S. ; EVANGELISTA, A. F. ; PIGNATA, L. F. M ; GIULIATTI, S ; Passos, Geraldo A. S.. Autoantigen Messenger RNAs in the Thymus of Nod Mic are Under Control of Micro RNA-mRNA Interaction Network. Em: 7th International Congress on Autoimmunity, 2010, Ljubljana. Abstracts, 2010.
124.	MARTINS, D. C. ; OLIVEIRA, E. A. ; LOUZADA, V. H. P. ; HASHIMOTO, R. F.. Inference of Restricted Stochastic Boolean GRN's by Bayesian Error and Entropy Based Criteria. Em: 15th Iberoamerican Congress on Pattern Recognition, v. 6419, p. 144-152, 2010. Qualis: Não identificado (15th Iberoamerican Congress on Pattern Recognition)
125.	Menck, C. F. M. A Nova grande promessa da inovação em fármacos: RNA interfêrencia saindo do laboratório para a cliínica.. Estudos Avançados. São Paulo. Em: . : Scielo. 2010.v. 24, p. 99-107.
126.	Meola, Juliana ; Rosa e Silva, Júlio César ; Dentillo, Daniel Blassioli ; da Silva, Wilson Araújo ; Veiga-Castelli, Luciana Caricati ; de Souza Bernardes, Luciano Angelo ; Ferriani, Rui Alberto ; de Paz, Claudia Cristina Paro ; Giuliatti, Silvana ; Martelli, Lúcia. Differentially expressed genes in eutopic and ectopic endometrium of women with endometriosis. Fertility and Sterility. v. 93, p. 1750-1773, 2010. Qualis: A1
127.	Moreira, Leandro M ; Almeida, Nalvo F ; Potnis, Neha ; DIGIAMPIETRI, L. A. ; Adi, Said S ; Bortolossi, Julio C ; da Silva, Ana C ; da Silva, Aline M ; de Moraes, Fabricio E ; de Oliveira, Julio C ; de SOUZA, Robson Francisco ; Fancincani, Agda P ; Ferraz, Andre L ; Ferro, Maria I ; Furlan, Luiz R ; Gimenez, Daniele F ; Jones, Jeffrey B ; Kitajima, Elliot W ; Laia, Marcelo L ; Leite, Rui P ; et.al. Novel insights into the genomic basis of citrus canker based on the genome sequences of two strains of Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii. BMC GENOMICS. v. 11, p. 238, 2010. Qualis: A2
128.	Moreira, Leandro M ; de Laia, Marcelo L ; De Souza, Robson F ; Zaini, Paulo A ; da Silva, Ana CR ; da Silva, Aline M ; Ferro, Jesus A. Development and validation of a Xanthomonas axonopodis pv. citri DNA microarray platform (XACarray) generated from the shotgun libraries previously used in the sequencing of this bacterial genome. BMC Research Notes. v. 3, p. 150, 2010. Qualis: B1
129.	MYERS, E. ; FISHER, P. S. ; IRWIN, K. ; Baek, J. ; Setubal, Joao C. The Complexity and Application of Syntactic Pattern Recognition Using Finite Inductive Strings. Em: Pattern Recognition in Bioinformatics 2010, 2010.Qualis: Não identificado (Pattern Recognition in Bioinformatics 2010)
130.	Nakaya, Helder I. (NIAID COOPERATIVE CENTERS ON HUMAN IMMUNOLOGY @ Baylor University Medical Center) Palestra: Systems Biology of Flu Vaccines. 2010. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
131.	NAVARRO, F.N. ; EVANGELISTA, A. F. ; MASSARO, J. D. ; MARTELLI-PALOMINO, G. ; CASTELLI, E. C. ; PASSOS, G. A. S. ; GIULIATTI, S. ; DONADI, E. A.. Sequence Analysis to Find microRNAs Binding Sites in HLA-G 3?UTR Region. Em: 56º Congresso Brasileiro de Genética, 2010, Guarujá, SP. Anais, p. 95-95, 2010.
132.	NICOLAU JUNIOR, N. ; GIULIATTI, S.. Modelling and Evaluation of the Tridimensional Strutucture of E5 an Oncoprotein from the Human Papillomavirus (HPV) Types 06 and 16. Em: ISCB Latin America, 2010, Montevideo. Posters, 2010.
133.	NICOLAU JUNIOR, N. ; GIULIATTI, S.. Modelling and Evaluation of the tridimensional Strutucture of E5 an Oncoprotein from the Human Papillomavirus (HPV) Types 06 and 16. 2010. Apresentação de Trabalho/Congresso
134.	NICOLAU JUNIOR, N. ; JUNTA, C. M. ; GIULIATTI, S.. Ab Initio Prediction of E5 Protein Strutucture from Cervical Human Papillomavirus (HPV). Em: ISMB 2010, 2010, Boston. Posters, 2010.
135.	NICOLAU JUNIOR, N. ; JUNTA, C. M. ; GIULIATTI, S.. Ab initio Prediction of E5 Protein Structure from Cervical Human Papillomavirus (HPV). Em: I Workshop do Programa de Pós-Graduação em Genética: Genética Básica, Genética Humana e Médica e Bioinformática, 2010, Ribeirão Preto, SP. Anais - CD, 2010.
136.	NICOLAU JUNIOR, N. ; JUNTA, C. M. ; GIULIATTI, S.. Ab Initio Prediction of E5 Protein Strutucture from Cervical Human Papillomavirus (HPV). 2010. Apresentação de Trabalho/Congresso
137.	NIIDA, A. ; Imoto, S. ; Yamaguchi, R. ; Nagasaki, M. ; FUJITA, A. ; Shimamura, T. ; Miyano, S.. Model-free unsupervised gene set screening based on information enrichment in expression profiles. Bioinformatics (Oxford. Print). v. 26, p. 3090-3097, 2010. Qualis: Não identificado (PRINT))
138.	Nishiyama-Junior, M. Y. ; VICENTE, F. F. R. ; Lembke, Carolina G ; Sato, Paloma M. ; Costa, M. D-B. C. ; DAL-BIANCO, M. L. ; ANDRADE, R. F. ; Hotta, Carlos T. ; SOUZA, GLAUCIA MENDES. The SUCEST-FUN Regulatory Network Database: Designing and Energy Grass. Sugar Cane International. v. 27, p. 1-15, 2010.Qualis: Não identificado (SUGAR CANE INTERNATIONAL)
139.	Nishiyama-Junior, M. Y. ; VICENTE, F. F. R. ; Lembke, Carolina G. ; Sato, Paloma M. ; Costa, M. D-B. C. ; ANDRADE, R. F. ; Hotta, Carlos T. ; SOUZA, GLAUCIA MENDES. The SUCEST-FUN Regulatory Network Database: Designing and Energy Grass. Em: International Society of Sugarcane Technologists Conference, v. 27, 2010.Qualis: Não identificado (International Society of Sugarcane Technologists Conference)
140.	NORONHA, M. F. ; CARAZZOLLE, M. F. ; PEREIRA, G. A. G. ; HASHIMOTO, R. F.. Gene connection probability patern analysis in yeast diauxic shift process. Em: 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology X-Meeting, 2010, Ouro Preto. 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology X-Meeting 2010, 2010.
141.	OIKAWA, M. K. ; MERINO, E. F. ; FERNANDEZ-BECERRA, C. ; WUNDERLICH, G. ; VILLALOBOS, J. M. ; SILVA, P. P. S. B. ; BARRERA, J. ; DURHAM, A. M. ; DELPORTILLO, H. A. ; FERREIRA, J. E.. CLINMALDB: A Clinical Field-Research Oriented Relational Database to Study Human Malaria. IADIS International Journal on WWWInternet. v. 8, p. 181-191, 2010.Qualis: C (IADIS INTERNATIONAL JOURNAL ON WWW/INTERNET)
142.	Oliveira Júnior, Clóvis J. F. ; Cavalari, Aline A. ; Carpita, Nicholas C. ; Buckeridge, Marcos S. ; Braga, Marcia R.. Cell wall polysaccharides from cell suspension cultures of the Atlantic Forest tree Rudgea jasminoides (Rubiaceae). Trees (Berlin. Print). v. 24, p. 713-722, 2010. Qualis: Não identificado (PRINT))
143.	OLIVEIRA, L. S. ; PASCHOAL, A. R. ; Durham, Alan Mitchell. Identification of non-coding RNA from Mycobacterium pathogenic strains. 2010. Apresentação de Trabalho/Congresso
144.	OLIVEIRA, LARIZA L. DE ; PERSINOTI, GABRIELA F. ; Giuliatti, Silvana ; TINÓS, RENATO. Feature Selection via Genetic Algorithms in the Classification of Anti-Snake Venom Medicinal Plants. LEARNING AND NONLINEAR MODELS. v. 8, p. 125-134, 2010. Qualis: B2
145.	Oliveira, S.T. ; MESSICK, J. B. ; BIONDO, A. W. ; Santos, A.P. ; GUIMARAES, A. M. S. ; MOHAMED, A. ; Pires Neto, J.A.S. ; Dalmonin, M.L. ; GONZALEZ, F. H. D.. Serum and Urinary C-Reactive Protein Concentrations in Dogs with Leptospirosis. Acta Scientiae Veterinariae (Online). v. 38, p. 243-247, 2010.Qualis: B1
146.	Oliveira, S.T. ; MESSICK, J. B. ; Santos, A.P. ; STEDILE, R. ; Guimaraes, A.M.S. ; MOHAMED, A. ; RIEDIGER, I. ; DALMOLIN, M. L. ; GONZALEZ, F. H. D. ; BIONDO, A. W.. Serum and urinary C reactive protein concentrations in dogs with leptospirosis. Em: ACVP/ASVCP Combined Annual Meeting, 2010, Baltimore, MD, USA. Veterinary Clinical Pathology, v. Suppl, p. 16, 2010.
147.	Olivero, Ofelia A. ; Larramendy, Marcelo ; Soloneski, Sonia ; Menck, Carlos F.M. ; Matta, Jaime ; Folle, Gustavo A. ; Zamorano-Ponce, Enrique ; Spivak, Graciela. Impact of EMS outreach: Successful developments in Latin America. Environmental and Molecular Mutagenesis,. p. NA-NA, 2010. Qualis: A3 (ENVIRONMENTAL AND MOLECULAR MUTAGENESIS)
148.	ONUCHIC, V. ; MACHADO-LIMA, A. ; Durham, Alan Mitchell. Procura de Padrões Estruturais em RNAs Utilizando Grafos. 2010. Apresentação de Trabalho/Comunicação
149.	PATERSON, A. ; SOUZA, G. M. ; Van Sluys M-A ; MING, R. ; D'HONT, A.. Structural genomics and genome sequencing in sugarcane. Em: Robert Henry. (Org.). Sugarcane volume of ?Genomics of Industrial Crop Plants?. 2010..
150.	PEREIRA, F. D. ; WICKERT, E. ; GIULIATTI, S. ; GOES, A.. Uso de Marcadores PCR-RFLP como Ferramenta na Diferenciação de Isolados de Guignardia Ciitricarpa e de Guignardia Mangiferae Provenientes de Tecidos Assintomáticos de Laranja Azeda (Citrus Aurantium). Em: 56º Congresso Brasileiro de Genética, 2010, Guarujá, SP. Anais, 2010.
151.	PEREIRA, F. D. ; WICKERT, E. ; GIULIATTI, S. ; GOES, A.. Uso de Marcadores PCR-RFLP como Ferramenta na Diferenciação de Isolados de Guignardia citricarpa e Guignardia mangiferae, Provenientes de Tecidos Assintomáticos de Laranja Azeda (Citrus aurantium). 2010. Apresentação de Trabalho/Congresso
152.	PEREIRA, R. D ; ALBUQUERQUE, L. A. R. S ; FERRIANI, V. P. L. ; GIULIATTI, S.. Histórico Familiar como Fator de Risco para o Desenvolvimento de Asma entre Crianças de 9 a 11 Anos. Em: 56º Congresso Brasileiro de Genética, 2010, Guarujá, SP. Anais, 2010.
153.	PEREIRA, R. D ; ALBUQUERQUE, L. A. R. S ; FERRIANI, V. P. L. ; GIULIATTI, S.. Histórico Familiar como Fator de Risco para o Desenvolvimento de Asma entre Crianças de 9 a 11 Anos. 2010. Apresentação de Trabalho/Congresso
154.	PETENATE, M. M. ; Giolo, S.R. ; SOLER, J. M. P.. Characterizing population genetic structure in outbred and inbred groups. Em: XXVth International Biometric Conference, 2010, Florianópolis. Proceedings of the XXVth IBC, 2010.
155.	Piedade, M. T. F. ; FERREIRA, C. ; OLIVEIRA-WITTMANN, A. ; BUCKERIDGE, M. S. ; Parolin, P.. Biochemistry of Amazonian Floodplain Vegetation. Em: Junk W.J., Piedade M.T.F., Parolin P., Wittmann F. & Schöngart J.. (Org.). Amazonian Floodplain Forests: Ecophysiology, Biodiversity and Sustainable Management: Ecological Studies. Heidelberg. : Springer. 2010.p. 127-139.
156.	PIGNATA, L. F. M ; DONAIRES, F. S. ; JUNTA, C. M. ; PASSOS JUNIOR, G. A. S. ; GIULIATTI, S.. Differentially Expressed Genes in Microarray Analysis of Rheumatoid Arthritis Disease. 2010. Apresentação de Trabalho/Congresso
157.	PIGNATA, L. F. M ; NICOLAU JUNIOR, N. ; DONAIRES, F. S. ; JUNTA, C. M. ; PASSOS, G. A. S. ; GIULIATTI, S.. Differentially Expressed Genes in Microarray Analysis of Rheumatoid Arthritis Disease. Em: I Workshop do Programa de Pós-Graduação em Genética: Genética Básica, Genética Humana e Médica e Bioinformática, 2010, Ribeirão Preto, SP. Anais - CD, 2010.
158.	PIGNATA, L. F. M ; NICOLAU-JUNIOR, NILSON ; DONAIRES, F. S. ; JUNTA, C. M. ; PASSOS JUNIOR, G. A. S. ; GIULIATTI, S.. Differentially Expressed Genes in Microarray Analysis of Rheumatoid Arthritis Disease. Em: ISCB Latin America, 2010, Montevideo. Posters, 2010.
159.	PINTO, B. J. ; PEREIRA-FACA, S. R. ; FACA, V. M. ; TOMAZELA, D.M. ; GIULIATTI, S.. ProGen Ap: a Pipeline for Automatic Proteogenomic Annotation of Important Organism Seeking the Discovery of New Potential Genes for Biotechnological Intervention Applied to Health. Em: I Workshop do Programa de Pós-Graduação em Genética: Genética Básica, Genética Humana e Médica e Bioinformática, 2010, Ribeirão Preto, SP. Anais - CD, 2010.
160.	PRADO, E. F. ; Barroso da Silva, Fernando Luís. Análise do efeito de diferentes protocolos para cálculos de propriedades, eletrostáticas de biomoléculas através de soluções numéricas de Poisson":Boltzmann. Em: V Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos, V EMMSB-2010, 2010, Petropolis, RJ. Livro de resumos, 2010.
161.	Pulendran, Bali ; Li, Shuzhao ; Nakaya, Helder I.. Systems Vaccinology. Immunity (Cambridge, Mass.). v. 33, p. 516-529, 2010. Qualis: A1
162.	RIBEIRO, J. H. B. ; HASHIMOTO, R. F.. Pattern Recognition Based on Straight Line Segments. Em: Adam Herout. (Org.). Pattern Recognition, Recent Advances. Vienna. 2010.p. 167-188.
163.	RODRIGUES, I. G. S. ; FERRIANI, V. P. L. ; MELO, J. M. L. ; GIULIATTI, S.. Sistema de Auxílio a Análise de Dados de Doenças Reumáticas Pediátricas. Em: 56º Congresso Brasileiro de Genética, 2010, Guarujá, SP. Anais, 2010.
164.	RODRIGUES, M. G. F. ; MARTINS, A.B.G. ; GIULIATTI, S.. Análise da Metilação de DNA de Seleções de Figueira por MSAP e Sequenciamento. Em: I Workshop do Programa de Pós-Graduação em Genética: Genética Básica, Genética Humana e Médica e Bioinformática, 2010, Ribeirão Preto, SP. Anais - CD, 2010.
165.	ROZENCHAN, P. B. ; CARRARO, D. M. ; BRENTANI, H. P. ; MOTA, L. D. ; BASTOS, E. P. ; FERREIRA, E. N. E. ; TORRES, C. H. ; KATAYAMA, M. L. H. ; ROELA, R. A. ; LYRA, E. C. ; SOARES, F. A. ; FOLGUEIRA, M. A. A. K. ; GOES, J. C. G. S. ; BRENTANI, M. M.. Reciprocal changes in gene expression profiles of cocultured breast epithelial cells and primary fibroblasts. International Journal of Cancer (Print). v. 125, p. 2767-2777, 2010. Qualis: A1
166.	Saffi, Jenifer ; Agnoletto, Mateus H. ; Guecheva, Temenouga N. ; Batista, Luís F.Z. ; Carvalho, Helotonio ; Henriques, João A.P. ; Stary, Anne ; Menck, Carlos F.M. ; Sarasin, Alain. Effect of the anti-neoplastic drug doxorubicin on XPD-mutated DNA repair-deficient human cells. DNA Repair (Print). v. 9, p. 40-47, 2010. Qualis: A1
167.	Santos, A.P. ; Guimaraes, A.M.S. ; SAN MIGUEL, P ; MESSICK, J. B.. Complete Genomic Sequence and Annotation of the Feline Pathogen Mycoplasma haemofelis. Em: ACVP/ASVCP Combined Annual Meeting, 2010, Baltimore, MD, USA. Veterinary Pathology, v. 47, p. Suppl 11S, 2010.
168.	Sato, João R. ; Fujita, André ; Cardoso, Elisson F. ; Thomaz, Carlos E. ; Brammer, Michael J. ; Amaro Jr., Edson. Analyzing the connectivity between regions of interest: An approach based on cluster Granger causality for fMRI data analysis. NeuroImage (Orlando). v. 52, p. 1444-1455, 2010. Qualis: A1
169.	Schuch, André Passaglia ; Menck, Carlos Frederico Martins. The genotoxic effects of DNA lesions induced by artificial UV-radiation and sunlight. Journal of Photochemistry and Photobiology. B, Biology. v. 99, p. 111-116, 2010. Qualis: Não identificado (B, BIOLOGY)
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42.	da Cunha, J. P. C. ; Old, L. J. ; Caballero, O. ; de SOUZA, Robson Francisco ; de Souza, J. E. ; de Souza, S. J. ; Ohara, D. T. ; Gama-Rodrigues, J. ; Oba-Shinja, S. M. ; Galante, P. A. F. ; Stransky, B. ; Simpson, A. J. ; Carvalho, P. M. ; SILVA, W. A. ; Moura, R. P. ; Moore, J. ; marie sk ; Habr-Gama, A. ; Pieprzyk, M. ; et.al. Bioinformatics construction of the human cell surfaceome. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (Online). v. 106, p. 16752-16757, 2009. Qualis: A1
43.	Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: On the complexation of milk proteins. A Monte Carlo study (DTU/Dinamarca). 2009. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
44.	Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: Milk proteins: here and there (LU/Suecia). 2009. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
45.	Da SILVA, F. L. B. Palestra convidada: Explorando interações fundamentais em sistemas moleculares (FAMB, FFCLRP/USP). 2009. Apresentação de Trabalho/Seminário
46.	Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: Ferramentas de biocomputação para estudo de complexos moleculares (FFCLRP-USP). 2009. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
47.	Da SILVA, F. L. B. Palestra convidada: Mecanismos fundamentais para a complexação de proteínas do leite (FMRP/USP). 2009. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
48.	da Silva, Fernando Luís Barroso; JÖNSSON, Bo. Polyelectrolyte¿protein complexation driven by charge regulation. Soft Matter. v. 5, p. 2862-2868, 2009. Qualis: A2
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51.	de Lima, Telma Woerle ; CALIRI, Antonio ; da Silva, Fernando Luis Barroso ; Tinos, Renato ; Travieso, Gonzalo ; da Silva, Ivan Nunes ; de Souza, Paulo Sergio Lopes ; Marques, Eduardo ; Botazzo Delbem, Alexandre Claudio ; Bonatto, Vanderlei ; Faccioli, Rodrigo ; Soares Brasil, Christiane Regina ; Ribeiro Gabriel, Paulo Henrique ; do O, Vinicius Tragante ; Ferraz Bonetti, Daniel Rodrigo. Some Modeling Issues for Protein Structure Prediction Using Evolutionary Algorithms. Em: Aleksandar Lazinica. (Org.). Evolutionary Computation. 1ed.Viena, Austria. : InTech. 2009.p. 153-178.
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55.	DELBONI, Lariani Aparecida ; JÖNSSON, Bo ; PERSSON, B. ; Da SILVA, F. L. B.. MONTE CARLO SIMULATIONS OF THE INTERACTION BETWEEN WHEY PROTEINS. Em: 7th INTERNATIONAL CONGRESS OF PHARMACEUTICAL SCIENCES, 2009, Ribeirão Preto, SP. Book of abstracts, p. FQ001, 2009.
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58.	Diogo, Luciana C. ; Fernandes, Renata S. ; Marcussi, Silvana ; Menaldo, Danilo L. ; Roberto, Patrí­cia G. ; Matrangulo, Paula V. F. ; Pereira, Paulo S. ; França, Suzelei C. ; Giuliatti, Silvana ; Soares, Andreimar M. ; Lourenço, Miriam V.. Inhibition of Snake Venoms and Phospholipases A 2 by Extracts from Native and Genetically Modified Eclipta alba : Isolation of Active Coumestans. Basic & Clinical Pharmacology & Toxicology (Print). v. 104, p. 293-299, 2009. Qualis: A3
59.	DOMINGUES, H. ; Kon, F ; FERREIRA, J. E.. Replicação assíncrona em bancos de dados evolutivos. Em: Simpósio Brasileiro de Banco de Dados, 2009.Qualis: Não identificado (Simpósio Brasileiro de Banco de Dados)
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61.	Duarte, N.E. ; Giolo, S.R. ; Pereira, A.C. ; SOLER, J. M. P.. Controlando o efeito de estratificação através de variáveis latentes no mapeamento de genes. Em: XI Escola de Modelos de Regressão, 2009.Qualis: Não identificado (XI Escola de Modelos de Regressão)
62.	DURHAM, A. M.; ARAUJO, F.M. ; MACHADO-LIMA, A. ; TEIXEIRA, R. ; OLIVEIRA, G.. Sequence and structural analysis of the 5- noncoding region of hepatitis C virus in patients with chronic infection. Journal of Medical Virology. v. 81, p. 1212-1219, 2009. Qualis: B1
63.	EVANGELISTA, A. F. ; FONTANA, V ; DERNOWSEK, J.A. ; JUNTA, C. M. ; MARQUES, M. M. ; BERNARDES, L. A. S. ; SIMÕES, B.P. ; BOMBONATO-PRADO, K.F. ; OLIVEIRA, P.T. ; ROSA, A. L. ; SAKAMOTO-HOJO, E. T. ; GIULIATTI, S. ; PASSOS, G. A. S.. Transcriptional Gene Network Regulation and Transcription Factors in the Control of Cell Fate of Human Mesenchymal Stem Cells to Normal Osteogenic Differentiation or Carcinogenesis. Em: 55º Congresso Brasileiro de Genética, 2009, Águas de Lindóia, SP. Anais, p. 313-313, 2009.
64.	FACHEL, Angela A ; TAHIRA, Ana Carolina ; MOREIRA, Yuri J. de C. B. ; GIMBA, Etel R ; VIGNAL, Gisele M. ; CAMPOS, Franz S. ; LOURO, Rodrigo ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Intronic noncoding RNAs correlated with carcinogenesis and survival in clear cell renal cell carcinoma. Em: AACR 100th Annual Meeting 2009, 2009, Denver, CO. AACR 100th Annual Meeting 2009 - MicroRNA/Noncoding RNA Expression in Cancer 2, v. p25, 2009.
65.	Felix, Juliana ; Papini-Terzi, Flávia Stal ; Rocha, Flávia Riso ; Vêncio, Ricardo Zorzetto Nicoliello ; Vicentini, Renato ; Nishiyama, Milton Yutaka ; César Ulian, Eugênio ; Souza, Gláucia Mendes ; Menossi, Marcelo. Expression Profile of Signal Transduction Components in a Sugarcane Population Segregating for Sugar Content. Tropical Plant Biology (Print). v. 2, p. 98-109, 2009. Qualis: A3
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68.	Ferreira, C. d. S. ; Piedade, M. T. F. ; Tine, M. A. S. ; Rossatto, D. R. ; Parolin, P. ; BUCKERIDGE, M. S.. The role of carbohydrates in seed germination and seedling establishment of Himatanthus sucuuba, an Amazonian tree with populations adapted to flooded and non-flooded conditions. Annals of Botany (Print). v. 104, p. 1111-1119, 2009. Qualis: A1
69.	FOLGUEIRA, M. A. A. K. ; BRENTANI, H. P. ; CARRARO, D. M. ; BARROS FILHO, M. C. ; KATAYAMA, M. L. H. ; ABREU, A. P. S. ; BARBOSA, E. M. ; OLIVEIRA, C. T. ; PATRÃO, D. F. C. ; MOTA, L. D. ; MOURÃO NETO, M. ; CALDEIRA, J. R. F. ; BRENTANI, M. M.. Gene expression profile of residual breast cancer after doxorubicin and cyclophosphamide neoadjuvant chemotherapy. Oncology Reports. v. 22, p. 805-813, 2009. Qualis: A3
70.	Freschi, Luciano ; Nievola, Catarina Carvalho ; Rodrigues, Maria Aurineide ; DOMINGUES, Douglas Silva ; Van Sluys, Marie-Anne ; Mercier, Helenice. Thermoperiod affects the diurnal cycle of nitrate reductase expression and activity in pineapple plants by modulating the endogenous levels of cytokinins. Physiologia plantarum (Kobenhavn. 1948). v. 137, p. 201-212, 2009. Qualis: Não identificado (1948))
71.	FUJITA, A; SATO, João Ricardo ; SILVA, F. H. L. ; GALVAO, M. C. ; SOGAYAR, Mari Cleide ; Miyano, Satoru. Quality control and reproducibility in DNA microarray experiments. Genome Informatics. v. 23, p. 21-31, 2009.Qualis: Não identificado (GENOME INFORMATICS)
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73.	Fujita, André; SATO, João Ricardo ; DEMASI, MARCOS ANGELO ALMEIDA ; SOGAYAR, Mari Cleide ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; Miyano, Satoru. COMPARING PEARSON, SPEARMAN AND HOEFFDING'S D MEASURE FOR GENE EXPRESSION ASSOCIATION ANALYSIS. Journal of Bioinformatics and Computational Biology. v. 07, p. 663, 2009. Qualis: B1
74.	Gillespie, Joseph J. ; Ammerman, Nicole C. ; Dreher-Lesnick, Sheila M. ; Rahman, M. Sayeedur ; Worley, Micah J. ; Setubal, Joao C. ; Sobral, Bruno S. ; Azad, Abdu F.. An Anomalous Type IV Secretion System in Rickettsia Is Evolutionarily Conserved. Plos One. v. 4, p. e4833, 2009. Qualis: A1
75.	Giolo, S.R. ; SOLER, J. M. P. ; de Andrade, M. ; KRIEGER, J. E. ; PEREIRA, A. C.. Population Structure in Brazilian and other Worldwide Human Populations Revealed by SNP arrays. Em: 59th American Society of Human Genetics Annual Meeting, 2009, Honolulu, Hawaii. Proceedings, ASHG 59th Annual Meeting, 2009.
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77.	GODOY, J. R. L. DE ; MARABESI, M. ; MORTARI L.C. ; AIDAR, M. P. M. ; BUCKERIDGE, M. S.. A dinâmica da floresta neotropical e as mudanças climáticas globais. Naturalia (São José do Rio Preto). v. 32, p. 53-66, 2009.Qualis: Não identificado (NATURALIA)
78.	Gras D.E. ; REIS, EM ; TAHIRA, Ana Carolina ; PERES, N. T. A. ; PRADE, R. ; MARTINEZ-ROSSI, N. ; ROSSI, A.. Regulation of gene expression by phosphate in Neurospora crassa. Em: 25th Fungal Genetics conference, 2009, Pacific Grove, Callifornia. 5th Fungal Genetics conference, Abstracts, 2009, p. 120, 2009.
79.	Gray J ; Bevan M ; Brutnell T ; Buell CR ; Cone K ; HAKE, S. ; JACKSON, D. ; KELLOGG, E. ; MCCOUCH, S. ; MOCKLER, T. ; MOOSE, S. ; PETERSON, T. ; ROKSHAR, D. ; SOUZA, G. M. ; SPRINGER, N. ; STEIN, N. ; TIMMERMANS, M. ; WANG, G. ; Grotewold E. A recommendation for naming transcription factor proteins in the grasses. Plant Physiology (Bethesda). v. 149, p. 4-6, 2009. Qualis: A1
80.	Guerreiro-Junior, V ; HÜNEMEIER, T. ; Marrero, AR ; SALZANO, F. M. ; BORTOLINI, M. C.. Genetic signatures of parental contribution in black and white populations in Brazil. Genetics and Molecular Biology (Impresso). v. 32, p. 1-11, 2009. Qualis: A4
81.	GUIMARAES, A. M. S.; BRANDAO, P. ; MORAES, W. ; CUBAS, Z. S. ; SANTOS, L. C. ; VILLAREAL, L. Y. B. ; ROBES, R. ; COELHO, F. ; RESENDE, M. ; SANTOS, R. C. F. ; OLIVEIRA, R. C. ; YAMAGUTI, M. ; MARQUES, L. M. ; LOPES NETO, R. ; BUZINHANI, M. ; Marques R. ; MESSICK, J. B. ; BIONDO, A. W. ; TIMENETSKY, J.. Survey of feline leukemia virus and feline coronaviruses in captive neotropical wild felids from Southern Brazil. Journal of Zoo and Wildlife Medicine. v. 40, p. 360-364, 2009.Qualis: A3
82.	HASHIMOTO, R. F.; STAGNI, H. ; HIGA, C. H. A.. Budding Yeast Cell Cycle Modeled by Context-Sensitive Probabilistic Boolean Network. Em: IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics, p. 1-4, 2009. Qualis: Não identificado (IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics)
83.	HIGA, C. H. A. ; HASHIMOTO, R. F. ; HIRATA JR., R. ; HIRATA, Nina S. T. ; SANTOS, C. S.. Inference of Gene Regulatory Network using Temporal Coefficient of Determination Obtained from Ergodic Markov Chains. Em: IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics, p. 1-4, 2009. Qualis: Não identificado (IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics)
84.	Hotta, Carlos T. ; SOUZA, G. M.. The sugarcane circadian clock is similar but not equal to Arabidopsis circadian clock. Em: II Simpósio brasileiro de genética molecular de plantas, 2009, Búzios, RJ. Livro de Resumos, 2009.
85.	HÜNEMEIER, T. La Historia y Estrutura Genética de la Población Brasilena. 2009. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
86.	HÜNEMEIER, T.; SALZANO, F. M. ; BORTOLINI, M. C.. TCOF1 T / Ser variant and brachycephaly in dogs. Animal Genetics. v. 40, p. 357-358, 2009. Qualis: A1
87.	Jucimara Colombo ; Fachel, Ângela A. ; Calmon, Marilia Freitas ; Patricia M. Cury ; Érica Erina Fukuyama ; Eloiza Helena Tajara ; Jose Antonio Cordeiro ; Verjovski-Almeida, S. ; Reis, Eduardo M. ; Paula Rahal. Gene expression profiling reveals molecular marker candidates of laryngeal squamous cell carcinoma. Oncology Reports,. v. 21, p. 649-663, 2009. Qualis: A3 (ONCOLOGY REPORTS)
88.	Junta, Cristina Moraes ; Sandrin-Garcia, Paula ; Fachin-Saltoratto, Ana Lúcia ; Mello, Stephano Spanó ; Oliveira, Rene D. R. ; Rassi, Diane Meyre ; Giuliatti, Silvana ; Sakamoto-Hojo, Elza Tiemi ; Louzada-Junior, Paulo ; Donadi, Eduardo Antonio ; Passos, Geraldo A. S.. Differential gene expression of peripheral blood mononuclear cells from rheumatoid arthritis patients may discriminate immunogenetic, pathogenic and treatment features. Immunology (Oxford. Print). v. 127, p. 365-372, 2009. Qualis: Não identificado (PRINT))
89.	KOIDE, T. O papel do transcriptoma em Biologia Sistêmica: microarrays e sequenciamento. 2009. Apresentação de Trabalho/Outra
90.	KOIDE, T. Biologia sistêmica do extremófilo Halobacterium salinarum: estrutura e dinâmica do transcriptoma. 2009. Apresentação de Trabalho/Seminário
91.	KOIDE, T. Biologia sistêmica do extremófilo Halobacterium salinarum: estrutura e dinâmica do transcriptoma. 2009. Apresentação de Trabalho/Outra
92.	KOIDE, T.; Pang, W.L. ; Baliga, N.S.. The role of predictive modeling in rationally reengeneering biological systems. Nature Review, Microbiology. v. 7, p. 297-305, 2009. Qualis: A1
93.	KOIDE, T.; Reiss, D.J. ; Bare, J.C. ; Pang, W.L. ; Facciotti, M.T. ; Schmid, A.K. ; Pan, M. ; Marzolf, B. ; Van, P.T. ; LO, F. ; PRATAP, A. ; DEUTSCH, E. W. ; PETERSON, A. ; MARTIN, D. ; Baliga, N.S.. Prevalence of transcription promoters within archaeal operons and coding sequences. Molecular Systems Biology. v. 5, p. 285, 2009. Qualis: Não identificado (MOLECULAR SYSTEMS BIOLOGY)
94.	LAM, ERIC ; SHINE, JAMES ; DA SILVA, JORGE ; LAWTON, MICHAEL ; BONOS, STACY ; CALVINO, MARTIN ; CARRER, HELAINE ; SILVA-FILHO, MARCIO C. ; GLYNN, NEIL ; HELSEL, ZANE ; MA, JIONG ; RICHARD, EDWARD ; SOUZA, GLAUCIA MENDES ; MING, RAY. Improving sugarcane for biofuel: engineering for an even better feedstock. Global Change Biology. Bioenergy. v. 1, p. 251-255, 2009. Qualis: Não identificado (BIOENERGY)
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97.	LOURO, R. ; SMIRNOVA, A. S. ; Verjovski-Almeida, S.. Long intronic noncoding RNA transcription: Expression noise or expression choice?. Genomics (San Diego). v. 93, p. 291-298, 2009. Qualis: A3
98.	MACHADO, A. F. ; HASHIMOTO, R. F.. Jump-Miss Binary Erosion Algorithm. Em: XXII Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing, p. 149-155, 2009. Qualis: Não identificado (XXII Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing)
99.	MACHADO, A. F. ; HASHIMOTO, R. F.. Erosões e Dilatações Morfológicas Binárias Seqüenciais Rápidas. Em: XXIX Congresso da Sociedade Brasileira de Computação, 2009, Bento Gonçaves. Anais do CSBC 2009 - CTD, 2009. Qualis: Não identificado (XXIX CONGRESSO DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE COMPUTAÇÃO, 2009, BENTO GONÇAVES. ANAIS DO CSBC 2009 - CTD)
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101.	MARQUES, L. M. ; BUZINHANI, M. ; Neto, R. L. ; OLIVEIRA, R. C. ; YAMAGUTI, M. ; GUIMARAES, A. M. S. ; TIMENETSKY, J.. Detection of Ureaplasma diversum in bovine semen straws for artificial insemination. Veterinary Record. v. 165, p. 572-573, 2009. Qualis: A1
102.	MARQUES, M. M. ; FORNARI, T.A. ; OCTACILIO-SILVA, S. ; EVANGELISTA, A. F. ; JUNTA, C. M. ; PIGNATA, L. F. M ; GIULIATTI, S. ; Passos, Geraldo A. S.. MicroRNA-mRNA Network Controlling the Promiscuous Gene Expression in the Thymus of NOD (Non Obese Diabetic) Mice: Implications in the Emergence of Type 1 Diabetes Mellitus. Em: 55º Congresso Brasileiro de Genética, 2009, Águas de Lindóia, SP. Anais, p. 284-284, 2009.
103.	MARTINS, D. C. ; OLIVEIRA, E. A. ; SILVA, P. J. S. ; HASHIMOTO, R. F. ; CESAR JUNIOR, R. M.. Revealing Temporal Genetic Regulatory Networks from Steady-State Distributions. Em: IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics, p. 1-4, 2009. Qualis: Não identificado (IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics)
104.	Martins, M.T.B. ; SOUZA, A. P. ; Arenque, Bruna C. ; Goulart, M.O. ; Goulart, A.M. ; Quirino, B.F. ; BUCKERIDGE, M. S. ; Molinari, H.B.C.. Caracterização da parede celular de Saccharum spp. em diferentes estádios de senescência foliar. 2009. Apresentação de Trabalho/Congresso
105.	MELLO, B. P. ; ABRANTES, E. F. ; TORRES, C. H. ; FONSECA, R. S. ; CARRARO, D. M. ; BRENTANI, R. R. ; REIS, L. F. L. ; Brentani, Helena. No-match ORESTES explored as tumor markers. Nucleic Acids Research. v. 37, p. 2607-2617, 2009. Qualis: A1
106.	Menck, C. F. M.; T., Y. ; Schuch, NJ. The Biological relevance of CPDs and 6-4 PPs induced by UVA and direct sunlight. 2009. Apresentação de Trabalho/Congresso
107.	Meola, Juliana ; Dentillo, Daniel Blassioli ; Rosa e Silva, Júlio César ; Ferriani, Rui Alberto ; Veiga, Luciana Caricati ; Paro de Paz, Claudia Cristina ; Giuliatti, Silvana ; Martelli, Lúcia. Glycodelin expression in the endometrium of healthy women and in the eutopic and ectopic endometrium of women with endometriosis. Fertility and Sterility. v. 91, p. 1676-1680, 2009. Qualis: A1
108.	Nakaya, Helder I. (IPIRC Advisory Board Meeting @ Emory University) Palestra: Transcriptome Analysis of Flu Vaccine. 2009. Apresentação de Trabalho/Seminário
109.	Nishiyama, Milton Yutaka ; Yilmaz A ; Garcia-Fuentes B ; SOUZA, G. M. ; Janies D ; Gray J ; Grotewold E. Grassius: a platform for comparative regulatory genomics across the grasses. Em: II Simpósio brasileiro de genética molecular de plantas, 2009, Búzios, RJ. Livro de Resumos, 2009.
110.	OIKAWA, M. K. ; FERREIRA, J. E. ; MALKOWSKI, S. ; PU, C.. Towards Algorithmic Generation of Business Processes: From Business Step Dependencies to Process Algebra Expressions. Em: Business Process Management Conference, v. 1, p. 80-96, 2009.Qualis: Não identificado (Business Process Management Conference)
111.	OIKAWA, M. K. ; FERREIRA, J. E. ; MALKOWSKI, S. ; PU, C.. Towards Algorithmic Generation of Business Processes: From Business Step Dependencies to Process Algebra Expressions. 2009. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
112.	OIKAWA, M.K. ; SILVA, P. ; MERINO, E. F. ; FERNANDEZ-BECERRA, C. ; WUNDERLICH, G. ; BARRERA, J. ; DURHAM, A. M. ; Hernando A. del Portillo ; del PORTILLO, H. ; FERREIRA, J. E.. . ClinMaldb: a clinical field-research oriented relational database to study human malaria. Em: IADIS International Conference e-Health 2009, v. 1, p. 1-9, 2009.Qualis: Não identificado (IADIS International Conference e-Health 2009)
113.	Oliveira, Katia C. ; Carvalho, Mariana L. P. ; Venancio, Thiago M. ; Miyasato, Patricia A. ; KAWANO, Toshie ; DEMARCO, Ricardo ; Verjovski-Almeida, Sergio. Identification of the Schistosoma mansoni TNF-Alpha Receptor Gene and the Effect of Human TNF-Alpha on the Parasite Gene Expression Profile. Plos Neglected Tropical Diseases. v. 3, p. e556, 2009. Qualis: A1
114.	Papini-Terzi, Flavia S ; Rocha, Flavia R ; Vencio, Ricardo ZN ; Felix, Juliana M ; Branco, Diana S ; Waclawovsky, Alessandro J ; Del Bem, Luiz EV ; Lembke, Carolina G ; Costa, Maximiller DL ; Nishiyama, Milton Y ; Vicentini, Renato ; Vincentz, Michel GA ; Ulian, Eugenio C ; Menossi, Marcelo ; SOUZA, G. M.. Sugarcane genes associated with sucrose content. BMC Genomics. v. 10, p. 120, 2009. Qualis: A2
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118.	Santos, Ramon F. ; Pôssa, Marcela A. S. ; Bastos, Matheus S. ; Guedes, Paulo M. M. ; Almeida, Márcia R. ; DEMARCO, Ricardo ; Verjovski-Almeida, Sergio ; Bahia, Maria T. ; Fietto, Juliana L. R.. Influence of Ecto-Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolase Activity on Trypanosoma cruzi Infectivity and Virulence. PLoS Neglected Tropical Diseases (Online). v. 3, p. e387, 2009. Qualis: A1
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123.	SETUBAL, J. C.; dos Santos, P. ; Goldman, B. S. ; Ertesvag, H. ; Espin, G. ; Rubio, L. M. ; Valla, S. ; Almeida, N. F. ; Balasubramanian, D. ; Cromes, L. ; Curatti, L. ; Du, Z. ; Godsy, E. ; GOODNER, B. ; Hellner-Burris, K. ; Hernandez, J. A. ; Houmiel, K. ; Imperial, J. ; Kennedy, C. ; Larson, T. J. ; et.al. Genome Sequence of Azotobacter vinelandii, an Obligate Aerobe Specialized To Support Diverse Anaerobic Metabolic Processes. Journal of Bacteriology (Print). v. 191, p. 4534-4545, 2009. Qualis: A3
124.	Shimamura, T. ; Imoto, S. ; Yamaguchi, Rui ; FUJITA, A ; Nagasaki, M. ; Miyano, Satoru. Recursive regularization for inferring gene networks from time-course gene expression profiles. BMC Systems Biology. v. 3, p. 41, 2009. Qualis: A1
125.	Slater, S. C. ; Goldman, B. S. ; GOODNER, B. ; SETUBAL, J. C. ; Farrand, S. K. ; NESTER, E. W. ; Burr, T. J. ; Banta, L. ; Dickerman, A. W. ; Paulsen, I. ; OTTEN, L. ; Suen, G. ; Welch, R. ; Almeida, N. F. ; Arnold, F. ; Burton, O. T. ; Du, Z. ; Ewing, A. ; Godsy, E. ; Heisel, S. ; et.al. Genome Sequences of Three Agrobacterium Biovars Help Elucidate the Evolution of Multichromosome Genomes in Bacteria. Journal of Bacteriology (Print). v. 191, p. 2501-2511, 2009. Qualis: A3
126.	Smirnova A. S. ; LOURO, Rodrigo ; ORSINI-PALMA, E. I. ; DUFNER-ALMEIDA, L. G. ; BRITO-LEITE, C. ; SOARES-ANDRADE, N. ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. KLHL29 antisense intrinsic transcript regulates expression of cell cycle genes, proliferation and tumorigeneic capacity of human cell lines. Em: THE BIOLOGY OF GENOMES - CSHL Meeting 2009, 2009, Cold Spring Harbor, NY. Abstract book 2009 meeting on THE BIOLOGY OF GENOMES, p. 290, 2009.
127.	SOLER, J. M. P.; Giolo, S.R.. Epidemiologia Genética: estudos de associação no mapeamento genético de doenças complexas. 2009. Curso de curta duração ministrado/Extensão
128.	SOLER, J. M. P.; NEVES, C. E. ; Giolo, S.R. ; ANDRADE, D. ; de Andrade, M. ; MIYAKAWA, A. ; KRIEGER, J. E.. Use of the Item Response Theory to Evaluate Gene Expression in Congenic Rat Strains. Em: Eastern North American Region of the International Biometric Society, 2009, San Antonio, TX, USA. Proceedings ENAR, 2009.
129.	SOUZA, G. M. USP e as Redes Temáticas. Agência FAPESP, 11 nov. 2009.
130.	SOUZA, G. M. Pontapé inicial. Agência FAPESP, 30 jul. 2009.
131.	SOUZA, G. M. 1º Encontro São-Carlense de Pesquisadores Atuantes na Área de Energias Renováveis e Ambiente. Agência FAPESP, 24 jun. 2009.
132.	SOUZA, G. M. Números mais precisos. Agência FAPESP, 18 jun. 2009.
133.	SOUZA, G. M. Novas rotas da cana. Agência FAPESP, 17 jun. 2009.
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136.	SOUZA, G. M. Foco na fotossíntese. Agência FAPESP, 19 fev. 2009.
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138.	TAHIRA, Ana Carolina ; KUBRUSLY, Márcia Saldanha ; FARIAS, M. F. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; MACHADO, Marcel C. C. ; REIS, EM. An intronic ncRNA expression signature of metastases in pancreatic cancer. Em: AACR 100th Annual Meeting 2009, 2009, Denver, CO. AACR 100th Annual Meeting 2009 - Session: MicroRNA/Noncoding RNA Expression in Cancer 2, 2009.
139.	TANAKA, E. A. ; GUIDUGLI, M. C. ; ALZATE-MARIN, A. L. ; MESTRINER, M. A. ; GIULIATTI, S. Análise Computacional de Sequências Genômicas de Cariniana estrellensis revela Similaridade com Espécies de Importância Econômica. Em: 17º SIICUSP: Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo, 2009, Ribeirão Preto, SP. Anais, 2009.
140.	TANAKA, E. A. ; GUIDUGLI, M. C. ; ALZATE-MARIN, A. L. ; MESTRINER, M. A. ; GIULIATTI, S.. Análise Computacional de Sequências Genômicas da Espécie Arbórea Cariniana estrellensis revela Similaridade com Espécies Vegetais de Importância Econômica. Em: 55º Congresso Brasileiro de Genética, 2009, Águas de Lindóia, SP. Anais, 2009.
141.	TANAKA, E. A. ; GUIDUGLI, M. C. ; ALZATE-MARIN, A. L. ; MESTRINER, M. A. ; GIULIATTI, S.. Análise Computacional de Sequências Genômicas da Espécie Arbórea Cariniana estrellensis Revela Similaridade com Espécies Vegetais de Importância Econômica. 2009. Apresentação de Trabalho/Congresso
142.	Teixeira, A. A. R. ; Da SILVA, F. L. B.. Agregação protéica: estudo in-silico por modelos moleculares simplistas. Em: 17º Simpósio Internacional de Iniciação Científica, 2009, Ribeirão Preto. Livro de resumos, p. 836, 2009.
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144.	VENANCIO, Thiago M ; Cristofoletti, P. T. ; Ferreira, C. ; Verjovski-Almeida, S. ; Terra, W. R.. The Aedes aegypti larval transcriptome: a comparative perspective with emphasis on trypsins and the domain structure of peritrophins. Insect Molecular Biology. v. 18, p. 33-44, 2009. Qualis: A1
145.	VIBRANOVSKI, M. D.; DORUS, S. ; LONG, M. ; KARR, T. L.. The sperm proteome footprint of the Drosophila testis transcriptome. 2009. Apresentação de Trabalho/Congresso
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147.	VIBRANOVSKI, M. D.; LOPES, H. F. ; KARR, T. L. ; LONG, M.. INATIVAÇÃO DO CROMOSSOMO X DURANTE A ESPERMATOGÊNESE DE DROSOPHILA E SEU IMPACTO SOBRE EVOLUÇÃO DOS GENES SEXUAIS. 2009. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
148.	VIBRANOVSKI, M. D.; LOPES, H. F. ; KARR, T. L. ; LONG, M.. Male Germline X inactivation Impacting Evolution of Male Genes in Drosophila. 2009. Apresentação de Trabalho/Seminário
149.	VIBRANOVSKI, M. D.; LOPES, H. F. ; KARR, T. L. ; LONG, M.. Post-meiotic transcription in Drosophila spermatogenesis. 2009. Apresentação de Trabalho/Congresso
150.	VIBRANOVSKI, M. D.; ZHANG, Y. ; LONG, M.. General gene movement off the X chromosome in the Drosophila genus. Genome Research. v. 19, p. 897-903, 2009. Qualis: A1
151.	VIEIRA, R. F. C. ; Molento, M.B. ; SANTOS, L. C. ; MORAES, W. ; CUBAS, Z. S. ; Santos, A.P. ; GUIMARAES, A. M. S. ; MOHAMED, A. ; BARROS-FILHO, I. R. ; BIONDO, A. W. ; MESSICK, J. B.. Detection of a novel hemoplasma based on 16S rRNA gene DNA in captive and free ranging capybaras (Hydrochaeris hydrochaeris). Em: ASVCP/ACVP Meeting, 2009, Monterrey. Veterinary Pathology, v. 46, p. 1030, 2009.
152.	Vieira, Rafael F.C. ; Molento, Marcelo B. ; dos Santos, Leonilda C. ; Moraes, Wanderlei ; Cubas, Zalmir S. ; Santos, Andrea P. ; Guimaraes, Ana M.S. ; Mohamed, Ahmed ; Barros Filho, Ivan R. ; Biondo, Alexander W.. Detection of a novel hemoplasma based on 16S rRNA gene DNA in captive and free-ranging capybaras (Hydrochaeris hydrochaeris). Veterinary Microbiology (Amsterdam. Print). v. 139, p. 410-413, 2009. Qualis: Não identificado (PRINT))
153.	Warren, Andrew S ; Setubal, João. The Genome Reverse Compiler: an explorative annotation tool. BMC Bioinformatics. v. 10, p. 35, 2009. Qualis: A1
154.	Wattam, A. R. ; Williams, K. P. ; Snyder, E. E. ; Almeida, N. F. ; Shukla, M. ; Dickerman, A. W. ; Crasta, O. R. ; Kenyon, R. ; Lu, J. ; Shallom, J. M. ; Yoo, H. ; Ficht, T. A. ; Tsolis, R. M. ; Munk, C. ; Tapia, R. ; Han, C. S. ; Detter, J. C. ; Bruce, D. ; Brettin, T. S. ; SETUBAL, J. C. ; et.al. Analysis of Ten Brucella Genomes Reveals Evidence for Horizontal Gene Transfer Despite a Preferred Intracellular Lifestyle. Journal of Bacteriology (Print). v. 191, p. 3569-3579, 2009. Qualis: A3
155.	YEPES, A. ; Buckeridge, Marcos S.. Higher temperatures rather than elevated CO2 concentration enhance growth and biomass allocation during establishment of late-successional specie Hymenaea courbaril L seedlings. 2009. Apresentação de Trabalho/Congresso
156.	YEPES, A. ; Ionashiro, M. ; BUCKERIDGE, M. S.. A combinação de elevado CO2 e temperatura altera o fluxo de carbono em jatobá (Hymenaea courbaril L.). 2009. Apresentação de Trabalho/Congresso
157.	Yilmaz A ; Nishiyama, Milton Yutaka ; SOUZA, G. M. ; DAVULURI, R. ; Gray J ; Grotewold E. Regulatory networks in plants explored by linking promoter and transcription factor databases. Em: Plant Genomes: Genes, Networks & Applications, 2009, New York. Livro de Resumos, 2009.
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2008

1.	AMUI, S. F. ; FACHIN, A. L. ; PEREIRA, A. M. S. ; GIULIATTI, S. Artificial Intelligence applied in the Selection of Medicinal Plants of Cerrado with Antimicrobial Activity. Em: X-meeting and 4st Annual AB3C Conference, 2008, Salvador, BA. Anais, 2008.
2.	AMUI, S. F. ; FACHIN, A. L. ; PEREIRA, A.M.S. ; GIULIATTI, S.. Artificial Intelligence Applied in the Selection of Medicinal Plants of Cerrado with Antimicrobial Activity. 2008. Apresentação de Trabalho/Congresso
3.	BALAJI, P. ; FENG, W. ; LIN, H. ; ARCHULETA, J. ; MATSUOKA, S. ; Warren, A. ; Setubal, J.C.. Distributed I/O with ParaMEDIC: Experiences with a Worldwide Supercomputer. Em: International Supercomputing Conference, 2008.Qualis: Não identificado (International Supercomputing Conference)
4.	Batista, M.J. ; Giolo, S.R. ; PEREIRA, A. C. ; SOLER, J. M. P.. Evidence for SNP effect through supervised association analysis. Em: Genetic Analysis Workshop 16, p. 3-6-3-8, 2008.Qualis: Não identificado (Genetic Analysis Workshop 16)
5.	Bermudez, L. ; Urias, U. ; Milstein, D. ; Kamenetzky, L. ; Asis, R. ; Fernie, A. R. ; VAN SLUYS, M A ; Carrari, F. ; ROSSI, M.. A candidate gene survey of quantitative trait loci affecting chemical composition in tomato fruit. Journal of Experimental Botany. v. 59, p. 2875-2890, 2008. Qualis: A1
6.	Bona, TM ; SOLER, J. M. P. ; Giolo, S.R. ; PEREIRA, A. C.. Análise de Correlações Intra e Inter-Classe em Dados de Famílias - Projeto Corações de Baependi. Em: 18o. SINAPE, 2008, Estância de São Pedro. Resumos do 18o. SINAPE, 2008. Qualis: Não identificado (18O. SINAPE, 2008, ESTÂNCIA DE SÃO PEDRO. RESUMOS DO 18O. SINAPE)
7.	BRAGHETTO, K. R. ; FERREIRA, J. E. ; PU, C.. Business Processes Management using Process Algebra and Relational Database Model. Em: International Conference on e-Business, v. 1, p. 323-333, 2008.Qualis: Não identificado (International Conference on e-Business)
8.	BRAGHETTO, KELLY ROSA ; Ferreira, João Eduardo ; Pu, Calton. Using process algebra to control the execution of business processes. Em: 23rd Annual ACM Symposium on Applied Computing, p. 128, 2008. Qualis: Não identificado (23rd Annual ACM Symposium on Applied Computing)
9.	Brandao, A. D. ; Del Bem, L. E. V. ; Vincentz, M. ; BUCKERIDGE, M. S.. Expression pattern of four storage xyloglucan mobilization-related genes during seedling development of the rain forest tree Hymenaea courbaril L.. Journal of Experimental Botany. v. 60, p. 1191-1206, 2008. Qualis: A1
10.	BRAUN, GLAUCIA H. ; JORGE, DANIEL M. M. ; RAMOS, HENRIQUE P. ; ALVES, RAQUEL M. ; DA SILVA, VINICIUS B. ; Giuliatti, Silvana ; SAMPAIO, SULEY VILELA ; TAFT, CARLTON A. ; SILVA, CARLOS H. T. P.. Molecular Dynamics, Flexible Docking, Virtual Screening, ADMET Predictions, and Molecular Interaction Field Studies to Design Novel Potential MAO-B Inhibitors. JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS. v. 25, p. 347-355, 2008. Qualis: A3
11.	BRENTANI, H. P. Para que serve a bioinformática?. 2008. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
12.	BREVE, A. L. S. ; PASSOS JUNIOR, G. A. S. ; GIULIATTI, S. In silico prediction of microorganism motifs with identity to human autoantigens. Em: XXXIII Congress of the Brazilian Society for Immunology e II Extra Section of Clinical Immunology, 2008, Ribeirão Preto, SP. Abstracts, 2008.
13.	BREVE, A. L. S. ; PASSOS JUNIOR, G. A. S. ; GIULIATTI, S.. In Silico Prediction of Microorganism Motifs with Identity to Human Autoantigens. 2008. Apresentação de Trabalho/Congresso
14.	Brito, Glauber Costa ; Fachel, Ângela A. ; Vettore, Andre Luiz ; Vignal, Giselle M ; Gimba, Etel R.P. ; CAMPOS, Franz S. ; Barcinski, Marcello A. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; Reis, Eduardo M. ; REIS, EM. Identification of protein-coding and intronic noncoding RNAs down-regulated in clear cell renal carcinoma. Molecular Carcinogenesis,. v. 47, p. 757-767, 2008. Qualis: A3 (MOLECULAR CARCINOGENESIS)
15.	BROINIZI, MARCOS E. B. ; Ferreira, João Eduardo ; GOLDMAN, ALFREDO. Using annotations in the naked objects framework to explore data requirements. Em: the 2008 ACM symposium, p. 630, 2008. Qualis: Não identificado (the 2008 ACM symposium)
16.	BUCKERIDGE, M. S. A nova energia das plantas: enquanto o Brasil investe no etanol de cana-de-açúcar, outros países cogitam usar gramíneas gigantes ou a planta da tequila para fazer álcool. Revista Pesquisa FAPESP, São Paulo, 31 jul. 2008.
17.	BUCKERIDGE, M. S. Rotas para o etanol celulósico em um cenário de mudanças climáticas. Opiniões, Ribeirão Preto, p. 62, 01 jul. 2008.
18.	BUCKERIDGE, M. S. Uma pizza de fotossíntese, por favor: para saborear uma redonda de mussarela, o cliente consome a bioenergia das moléculas de carbono armazenadas em vários processos. Revista Pesquisa FAPESP, São Paulo, 13 jun. 2008.
19.	BUCKERIDGE, M. S. Deus fez, Lineu organizou: o tricentenário do nascimento do brilhante e imodesto pai da moderna taxonomia passou quase despercebido. Revista Pesquisa FAPESP, São Paulo, 06 mar. 2008.
20.	BUCKERIDGE, M. S. Esqueceram nossas ?florestas marinhas? Pouca gente lembra que o aquecimento global também põe em risco os corais, inclusive os da costa brasileira. Revista Pesquisa FAPESP, São Paulo, 30 jan. 2008.
21.	BUCKERIDGE, M. S. Biocombustíveis líquidos. 2008. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
22.	BUCKERIDGE, M. S. Bioquímica e biotecnologia de carboidratos de plantas. 2008. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
23.	BUCKERIDGE, M. S. Mobilização de reservas em parede celular de sementes. 2008. Apresentação de Trabalho/Outra
24.	BUCKERIDGE, M. S. Respostas de matapasto e açaí às mudanças climáticas globais e as possibilidades de produção de bioenergia. 2008. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
25.	BUCKERIDGE, M. S. Contribuições do IB para o entendimento das causas e consequencias das mudanças climáticas. 2008. Apresentação de Trabalho/Outra
26.	BUCKERIDGE, M. S. Respostas da cana-de-açúcar às mudanças climáticas e as perspectivas para a produção de etanol celulósico. 2008. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
27.	BUCKERIDGE, M. S. Biodiversidade no futuro. 2008. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
28.	BUCKERIDGE, M. S. Inteligência em plantas. 2008. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
29.	BUCKERIDGE, M. S. Routes for the production of cellulosic ethanol in Brazil. 2008. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
30.	BUCKERIDGE, M. S. Resposta de plantas às mudanças climáticas globais. 2008. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
31.	BUCKERIDGE, M. S. Disassembling the plant cell wall to obtain energy. 2008. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
32.	BUCKERIDGE, M. S. Respostas de Plantas às Mudanças Climáticas Globais. 2008. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
33.	BUCKERIDGE, M. S. Climate Change & the Environment. 2008. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
34.	BUCKERIDGE, M. S. A novel alpha-galactosidase from coffee is likely to control mannan fine structure in developing seeds. 2008. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
35.	BUCKERIDGE, M. S.; CAVALARI, A. A. ; SILVA, G. B. DA. Parede Celular. Em: Gilberto Barbante Kerbauy. (Org.). Fisiologia Vegetal. Rio de Janeiro. : Guanabara Koogan. 2008..
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37.	Buckeridge, Marcos S. Um passo além da engenharia genética. Revista Pesquisa FAPESP online, São Paulo, 02 dez. 2008.
38.	Buckeridge, Marcos S.; AIDAR, M. P. M. ; Emerson Alves Silva ; MARTINEZ, C. A.. Respostas de Plantas às Mudanças Climáticas Globais. Em: Marcos Silveira Buckeridge. (Org.). Biologia & Mudanças Climáticas no Brasil. 1ed.São Carlos. : Rima Editora. 2008.v. 1, p. 77-91.
39.	CAMARGO, Lauren ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, EM. Effect of DNA methylation on the transcription of intronic noncoding RNAs. Em: Keystone Symposia: Cancer Genomics and Epigenomics, 2008, Taos, NM, EUA. Keystone Symposia on Molecular and Cellular Biology - 2008 abstract book. Silverstone, CO, USA: Keystone Symposia, p. 53-53, 2008.
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41.	CARDOSO, F. C. ; Gilson C. Macedo ; Elisandra Gava ; Gregory T. Kitten ; Vitor L. Mati ; Alan L. de Melo ; Marcelo V. Caliari ; Giulliana T. Almeida ; Thiago M. Venancio ; Verjovski-Almeida, S. ; Sergio C. Oliveira. Schistosoma mansoni Tegument Protein Sm29 Is Able to Induce a Th1-Type of Immune Response and Protection against Parasite Infection. PLoS Neglected Tropical Diseases (Online). v. 2, p. e308, 2008. Qualis: A1
42.	CARVALHO, H. ; ORTOLAN, T. G. ; PAULA, T. ; LEITE, R. A. ; WEINLICH, R. ; AMARANTES-MENDES, G. ; MENCK CF. Sustained activation of p53 in confluent nucleotide excision repair-deficient cells resistant to ultraviolet-induced apoptosis.. DNA Repair. v. 7, p. 922-931, 2008. Qualis: A1
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47.	CORREIA, R. ; Kon, F ; FERREIRA, J. E.. Um Sistema de Software Livre para Gerenciamento de Centros de Saúde. Em: Anais do III Simpósio de Iniciação Científica e Pós-Graduação do IME-USP, 2008, Sao Paulo. Anais do III Simpósio de Iniciação Científica e Pós-Graduação do IME-USP, v. 1, 2008. Qualis: Não identificado (ANAIS DO III SIMPÓSIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO DO IME-USP, 2008, SAO PAULO. ANAIS DO III SIMPÓSIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO DO IME-USP)
48.	COSTA, R. M. A. ; QUAYLE, C. ; JACYSYN, J. ; AMARANTES-MENDES, G. ; SARASIN, A. ; MENCK CF. Resistance to ultraviolet-induced apoptosis in DNA repair deficient growth arrested human fibroblasts is not related to recovery from RNA transcription blockage. Mutation Research. Fundamental and Molecular Mechanisms of Mutagenesis. v. 640, p. 1-7, 2008. Qualis: Não identificado (FUNDAMENTAL AND MOLECULAR MECHANISMS OF MUTAGENESIS)
49.	D'HONT, A. ; SOUZA, G. M. ; MENOSSI, M. ; VINCENTZ, M. ; Van Sluys M-A ; Glaszmann JC ; ULIAN, E. C.. Sugarcane: a Major Source of Sweetness, Alcohol, and Bio-energy. Em: Paul Moore; Ray Ming. (Org.). Genomics of Tropical Crop Plants. 2008..
50.	Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: Simulação Computacional em sistemas moleculares: o uso de modelos simplificados para entendimento de sistemas de interesse nas industrias farmacêuticas e de alimentos (IQ/USP). 2008. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
51.	Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: Microencapsulação do avesso: Aspectos físico-químicos da complexação de proteínas para aplicações em Ciências Farmacêuticas e de Alimentos (LNCC/MCT). 2008. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
52.	Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: Simulação computacional de sistemas biológicos (FFCLRP/USP). 2008. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
53.	Da SILVA, F. L. B. Interações fundamentais responsáveis pela formação de complexos moleculares de interesse em Ciências Farmacêuticas e em Biotecnologia. 2008. Tese de Livre-Docência
54.	Da SILVA, F. L. B.; COLMENARES, Pedro J ; OLIVARES, Wilmer. Basic Statistics and Variational Concepts Behind the Reverse Monte Carlo Technique. Em: VI Congreso de la Sociedad Venezolana de Física, 2008, Mérida, Venezuela. VI Congreso de la Sociedad Venezolana de Física - Libro de Resumenes - Física Teórica. Mérida, Venezuela: Sociedad Venezolana de Física, 2008.
55.	Da SILVA, F. L. B.; COLMENARES, Pedro J ; OLIVARES, Wilmer. Basic Statistics And Variational Concepts Behind The Reverse Monte Carlo Technique. Em: 7th Liquid Matter Conference, 2008, Lund, Sweden. Pôster Presentations Book, p. 32-32, 2008.
56.	da Silva, F.C. ; Diaz-Ambrona, C.G.H. ; BUCKERIDGE, M. S. ; SOUZA, A. P. ; Barbieri, V. ; Dourado Neto, D.. Sugarcane and Climate Change: effects of CO2 on potential growth and development. Acta Horticulturae. v. 802, p. 331-336, 2008.Qualis: B4
57.	DE ARAÚJO, LUCIANO VIEIRA ; Sabino, Ester C. ; Ferreira, João Eduardo. HIV drug resistance analysis tool based on process algebra. Em: the 2008 ACM symposium, p. 1358, 2008. Qualis: Não identificado (the 2008 ACM symposium)
58.	de Mello Varani, Alessandro ; Souza, Rangel Celso ; Nakaya, Helder I. ; de Lima, Wanessa Cristina ; Paula de Almeida, Luiz Gonzaga ; Kitajima, Elliot Watanabe ; Chen, Jianchi ; Civerolo, Edwin ; Vasconcelos, Ana Tereza Ribeiro ; Van Sluys, Marie-Anne. Origins of the Xylella fastidiosa Prophage-Like Regions and Their Impact in Genome Differentiation. Plos One. v. 3, p. e4059, 2008. Qualis: A1
59.	de Souza, R. F.; Anantharaman, V. ; de Souza, S. J. ; Aravind, L. ; Gueiros-Filho, F. J.. AMIN domains have a predicted role in localization of diverse periplasmic protein complexes. Bioinformatics (Oxford). v. 24, p. 2423-2426, 2008. Qualis: A1
60.	DEMARCO, Ricardo ; Verjovski-Almeida, S.. Expressed Sequence Tags (ESTs) and Gene Discovery: Schistosoma mansoni. Em: Gruber, A.; Durham, A.M.; Huynh, C.; del Portillo, H.A.. (Org.). Bioinformatics in Tropical Disease Research: A Practical and Case-Study Approach. Bethesda, MD. : National Library of Medicine. 2008..
61.	Dhivya Arasappan ; Aurelien Mazurie ; Alves, J. M. ; Danail Bonchev ; BUCK, G. A.. Path-a-Way: A Strategy for Network Analysis of Microarray Data. IEEE Transactions on Biomedical Engineering (Print). v. 1, p. 432-436, 2008.Qualis: A1
62.	DOMINGUES, H. ; CORREIA, R. ; Kon, F ; KON, R. ; FERREIRA, J. E.. Análise e Modelagem Conceitual de um Sistema de Prontuário Eletrônico para Centros de Saúde. In: VIII Workshop de Informática Médica. Em: VIII Workshop de Informática Médica (WIM´2008), v. 1, p. 31-40, 2008.Qualis: Não identificado (VIII Workshop de Informática Médica (WIM´2008))
63.	DOMINGUES, H. ; Kon, F ; FERREIRA, J. E.. Banco de dados evolutivos e metodos ageis. 2008. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
64.	DURHAM, A. M.; Chimara, E. ; FERRAZOLI, L. ; UEKY, S. Y. M. ; MARTINS, M. C. ; ARBEIT, R. D. ; LEAO, S. C.. Reliable identification of mycobacterial species by PCR-restriction enzyme analysis (PRA)-hsp65 in a reference laboratory and elaboration of a sequence-based extended algorithm of PRA-hsp65 patterns. BMC Microbiology (Online). v. 8, p. 48, 2008. Qualis: A2
65.	DURHAM, A. M.; LIMA, K. ; VIANA-NIERO, C. ; da Silva RABELLO, M. C. ; L.R.MARSOLA, ; LEAO, S. C.. Molecular Characterization of Mycobacterium massiliense and Mycobacterium bolletii in Isolates Collected from Outbreaks of Infections after Laparoscopic Surgeries and Cosmetic Procedures. Journal of Clinical Microbiology (Print). v. 46, p. 850-855, 2008. Qualis: A2
66.	FERREIRA, J. E. The RiverFish Approach to Business Process Modeling: Linking Business Steps to Control-Flow Patterns. 2008. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
67.	FERREIRA, J. E.; TAKAI, O. K.. Understanding database modeling. Em: NCBI bookshelf. (Org.). Bioinformatics Tropical Disease Research: A Pratical Approach. : NCBI. 2008..
68.	FERREIRA-RAMOS, R. ; BERNARDES, L. A. S. ; MESTRINER, M. A. ; GIULIATTI, S ; ALZATE-MARIN, A. L.. Sequenciamento de Fragmentos Genômicos de Eugenia uniflora L. Revela Similaridade com Sequências ESTs de Eucalyptus sp. Em: 54º Congresso Brasileiro de Genética, 2008, Salvador, BA. Anais, 2008.
69.	FERREIRA-RAMOS, R. ; BERNARDES, L. A. S. ; MESTRINER, M. A. ; GIULIATTI, S. ; ALZATE-MARIN, A. L.. Sequenciamento de Fragmentos Genômicos de Eugenia uniflora L. Revela Similaridade com Sequências ESTs de Eucalyptus sp. 2008. Apresentação de Trabalho/Congresso
70.	FUJITA, A.; SATO, João Ricardo ; FESTA, Fernanda ; GOMES, L. R. ; SHINJO, Sueli Mieko Oba ; MARIE, Suely Kazue Nagahashi ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; SOGAYAR, Mari Cleide. Identification of Col6a1 as a differentially expressed gene in human astrocytomas. Genetics and Molecular Research. v. 7, p. 371-378, 2008.Qualis: B3
71.	FUJITA, A.; SATO, João Ricardo ; MALPARTIDA, Humberto Miguel Garay ; Yamaguchi, Rui ; SOGAYAR, Mari Cleide ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; Miyano, Satoru. Modeling gene expression regulatory networks with the sparse vector autoregressive model. Em: The Sixth Asia Pacific Bioinformatics Conference, 2008, Kyoto. Proceedings of The Sixth Asia Pacific Bioinformatics Conference, 2008.
72.	FUJITA, A.; SOGAYAR, Mari Cleide ; FERREIRA, Carlos Eduardo. Análise de dados de expressão gênica: normalização de microarrays e modelagem de redes regulatórias. Em: Congresso da Sociedade Brasileira de Computação, 2008. Qualis: C (XXX CONGRESSO DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE COMPUTAÇÃO)
73.	Fujita, Andre; Gomes, Luciana R ; Sato, Joao R ; Yamaguchi, Rui ; Thomaz, Carlos E ; Sogayar, Mari C ; Miyano, Satoru. Multivariate gene expression analysis reveals functional connectivity changes between normal/tumoral prostates. BMC Systems Biology. v. 2, p. 106, 2008. Qualis: A1
74.	Fujita, André; SATO, João Ricardo ; GARAY-MALPARTIDA, HUMBERTO MIGUEL ; SOGAYAR, Mari Cleide ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; Miyano, Satoru. MODELING NONLINEAR GENE REGULATORY NETWORKS FROM TIME SERIES GENE EXPRESSION DATA. Journal of Bioinformatics and Computational Biology (Print). v. 06, p. 961, 2008. Qualis: B1
75.	Gillespie, Joseph J. ; Williams, Kelly ; Shukla, Maulik ; Snyder, Eric E. ; Nordberg, Eric K. ; Ceraul, Shane M. ; Dharmanolla, Chitti ; Rainey, Daphne ; Soneja, Jeetendra ; Shallom, Joshua M. ; Vishnubhat, Nataraj Dongre ; Wattam, Rebecca ; Purkayastha, Anjan ; Czar, Michael ; Crasta, Oswald ; SETUBAL, J. C. ; Azad, Abdu F. ; Sobral, Bruno S.. Rickettsia Phylogenomics: Unwinding the Intricacies of Obligate Intracellular Life. Plos One. v. 3, p. e2018, 2008. Qualis: A1
76.	Giolo, S.R. ; SOLER, J. M. P. ; de Andrade, M. ; Oliveira. C.M. ; Pereira, A.C. ; KRIEGER, J. E.. Modeling Correlated Data from a Study of Brazilian Families. Em: XXIV International Biometric Conference, 2008.Qualis: Não identificado (XXIV International Biometric Conference)
77.	Giolo, S.R. ; SOLER, J. M. P. ; de Andrade, M. ; PEREIRA, A. C. ; KRIEGER, J. E.. Modeling Correlated Data From A Study Of Brazilian Families. Em: International Biometric Conference - IBC, 2008.Qualis: Não identificado (International Biometric Conference - IBC)
78.	Giolo, S.R. ; SOLER, J. M. P. ; PEREIRA, A. C. ; Oliveira. C.M. ; KRIEGER, J. E.. Modelo de Cox de Efeitos-Mistos na Análise Genética de Dados Correlacionados de Famílias Brasileiras. Em: 18o. SINAPE, 2008, Estância de São Pedro. Resumos do 18o. SINAPE, 2008. Qualis: Não identificado (18O. SINAPE, 2008, ESTÂNCIA DE SÃO PEDRO. RESUMOS DO 18O. SINAPE)
79.	Giolo, S.R. ; SOLER, J. M. P. ; PEREIRA, A. C. ; Oliveira. C.M. ; KRIEGER, J. E.. Herdabilidade de Fatores de Risco Cardiovascular em Famílias Brasileiras. Em: 18o. SINAPE, 2008, Estância de São Pedro. Resumos do 18o. SINAPE, 2008. Qualis: Não identificado (18O. SINAPE, 2008, ESTÂNCIA DE SÃO PEDRO. RESUMOS DO 18O. SINAPE)
80.	GIULIATTI, S. Proteomics and Bioinformatics. Em: Carlton A. Taft; Carlos H. T. P. Silva. (Org.). Current Methods in Medicinal Chemistry and Biological Physics. 1ed.Kerala, India. : Research Signpost. 2008.v. 2, p. 142-166.
81.	GIULIATTI, S. Venom. Jornal da USP On Line, 28 ago. 2008.
82.	GIULIATTI, S; PUGA, R. D.. De Cobras, Escorpiões e outros Bichos. Jornal da USP Online, Ribeirão Preto, SP, 24 ago. 2008.
83.	Gonzalez-Kristeller, D.C. ; FARAGE, L. ; FIORINI, L.C. ; LOOMIS, W. F. ; DASILVA, A.M.. The P450 oxidoreductase, RedA, controls development beyond the mound stage in Dictyostelium discoideum. BMC Developmental Biology (Online). v. 8, p. 1-10, 2008. Qualis: B1
84.	GUIMARAES, A. M. S.; ALTHAUS, Lilian Karenina ; TULLIO, D. ; DECONTO, Ivan ; SILVA, A. W. ; FERRARI, Marcus Vinícius ; BIONDO, A. W. ; ALBERTON, Geraldo Camilo. Laminitis in culled sows from commercial swine farms of Southern Brazil. Archives of Veterinary Science. v. 13, p. 140-144, 2008.Qualis: B2
85.	GUIMARAES, A. M. S.; BAUMANN, A. ; SILVA, C. C. ; VIEIRA, R. F. C. ; KOZEMJAKIM, D. A. ; MESSICK, J. B. ; BIONDO, A. W. ; TIMENETSKY, J.. Comparison between two diagnostic methods for Mycoplasma haemofelis and "Candidatus Mycoplasma haemominutum" detection in blood from anemic cats. Em: XV Congresso Brasileiro de Parasitologia Veterinária, 2008, Curitiba. Anais do XV Congresso Brasileiro de Parasitologia Veterinária, v. cd, p. cd, 2008.
86.	GUIMARAES, A. M. S.; FILONI, C. ; CATAO-DIAS, J. L. ; BRANDAO, P. E. ; Moraes, Wanderlei ; CUBAS, Z. S. ; SANTOS, L. C. ; RICHTZENHAIN, L. J. ; MESSICK, J. B. ; BIONDO, A. W.. Detection of Bartonella spp in the blood of a Brazilian Jaguar. 2008. Apresentação de Trabalho/Congresso
87.	GUIMARÃES, A. M. S.; BRANDAO, P. ; MORAES, W. ; KIIHL, S. F. ; CUBAS, Z. S. ; SANTOS, L. C. ; MARQUES, L. M. ; LOPES NETO, R. ; YAMAGUTI, M. ; OLIVEIRA, R. C. ; RICHTZENHAIN, L. J. ; MESSICK, J. B. ; BIONDO, A. W. ; TIMENETSKY, J.. PCR detection of Bartonella spp in small neotropical felids and evaluation of risk factors and hematological abnormalities associated with infection. Em: 2008 ASVCP/ACVP Meeting, 2008, San Antonio, Texas. 2008 ASVCP Annual Meeting Abstracts, v. 1-12, p. 8, 2008.
88.	GUIMARÃES, A. M. S.; FILONI, C. ; CATAO-DIAS, J. L. ; BRANDAO, P. ; MORAES, W. ; CUBAS, Z. S. ; SANTOS, L. C. ; RICHTZENHAIN, L. J. ; MESSICK, J. B. ; BIONDO, A. W. ; TIMENETSKY, J.. PCR detection of Bartonella spp in a captive Brazilian jaguar. Em: 2008 ASVCP/ACVP Meeting, 2008, San Antonio, Texas. 2008 ASVCP Annual Meeting Abstracts, v. 1-12, p. 4, 2008.
89.	Hatanaka, Y. ; Nagasaki, M. ; Yamaguchi, Rui ; Obayashi, T. ; Numata, K. ; FUJITA, A. ; Shimamura, T. ; Tamada, Y. ; Imoto, S. ; Kinoshita, K. ; Nakai, K. ; Miyano, Satoru. A novel strategy to search conserved transcriptional factor binding sites among coexpressing genes in human. Genome Informatics. v. 20, p. 212-221, 2008.Qualis: Não identificado (GENOME INFORMATICS)
90.	Hotta, Carlos T. ; VALVASSOURA, T. A. ; KAZOKAS, L. R. ; di MAURO, S. M. Z. ; MENOSSI, M. ; SOUZA, G. M.. Circadian clock genes are regulated by drought in surgacane. Em: 54º Congresso Brasileiro de Genética, 2008, Salvador, BA. Livro de Resumos, 2008.
91.	HÜNEMEIER, T.; SALZANO, F. M. ; BORTOLINI, M. C.. ESTIMATIVA DA FREQÜÊNCIA DO SNP FUNCIONAL -346C>T DA REGIÃO PROMOTORA DO GENE TCOF1 EM POPULAÇÕES NATIVO AMERICANAS E SUA CONSERVAÇÃO DENTRO DA ORDEM PRIMATES. Em: X Congreso de la Asociación Latinoamericana de Antropología, 2008, La Plata. X Congreso de la Asociación Latinoamericana de Antropología Biológica, 2008.
92.	Igreja, C ; CAIADO, F. ; CLODE, N. ; HENRIQUES, A. ; CAMARGO, Lauren ; REIS, EM ; DIAS, S.. Detailed molecular characterization of cord blood¿derived endothelial progenitors. Experimental Hematology. v. 36, p. 193.e1-193.e15, 2008. Qualis: A3
93.	JORGE, D. M. M. ; SILVA, V. B. ; SILVA, C. H. T. P. ; SOARES, A. M. ; GIULIATTI, S.. Virtual Screening of Phospholipase A2 Inhibition of Apis mellifera. Em: ISMB 2008, 2008, Toronto. Proceedings, 2008.
94.	KATAYAMA, M. L. H. ; GROSSO, D. M. ; TRAPE, A. ; ROELA, R. A. ; BRENTANI, H. P. ; TORRES, C. H. ; BRENTANI, M. M.. Changes in gene expression profile after rapamycin treatment of ErbB2-positive/ErbB2-negative breast carcinoma in organ culture. Em: 99th AACR Annual Meeting, 2008, San Diego-CA. Proceedings of the American Association for Cancer Research. Oakland: AACR, v. 49, p. 880, 2008.
95.	KOIDE, T.; Facciotti, M.T. ; Reiss, D.J. ; Masumura, K. ; Bare, J.C. ; Pan, M. ; Baliga, N.S.. Transcriptome structure of Halobacterium salinarum and its dynamic changes during growth. Em: DOE Genomics GTL: Systems Biology for Energy and Environment, 2008, Bethesda. DOE Genomics GTL: Systems Biology for Energy and Environment, 2008.
96.	Kojima K ; FUJITA, A. ; Shimamura, T. ; Imoto, S. ; Miyano, Satoru. Estimation of nonlinear gene regulatory networks via L1 regularized NVAR from time series gene expression data. Genome Informatics. v. 20, p. 37-51, 2008.Qualis: Não identificado (GENOME INFORMATICS)
97.	Leite, Ricardo A ; Marchetto, Maria C ; Muotri, Alysson R ; de Moraes Vasconcelos, Dewton ; Prado de Oliveira, Zilda N ; Rivitti Machado, Maria C ; Martins Menck, Carlos F. Identification of XP Complementation Groups by Recombinant Adenovirus Carrying DNA Repair Genes. Journal of Investigative Dermatology. v. 129, p. 502-506, 2008. Qualis: A1
98.	Lembke, Carolina G. ; ROCHA, F. R. ; Nishiyama, Milton Yutaka ; di MAURO, S. M. Z. ; SOUZA, G. M.. Transcriptome analysis of sugarcane responses to drought stress. Em: 54º Congresso Brasileiro de Genética, 2008, Salvador, BA. Livro de Resumos, 2008.
99.	LIMA, W. ; PAQUOLA, A. C. ; VARANI, A. M. ; VANSLUYS MA ; MENCK, C. F. M.. Laterally transferred genomic islands in Xanthomonadales related to pathogenicity and primary metabolism.. FEMS Microbiology Letters. v. 281, p. 87-97, 2008. Qualis: B2
100.	LIMA, W. C. ; MENCK CF. Replacement of the Arginine Biosynthesis Operon in Xanthomonadales by Lateral Gene Transfer. Journal of Molecular Evolution. v. 66, p. 266-275, 2008. Qualis: A3
101.	LIMA-BESSA, K. ; ARMELINI, M. ; CHIGANCAS, V. ; JACYSYN, J. ; AMARANTES-MENDES, G. ; SARASIN, A. ; MENCK CF. CPDs and 6-4PPs play different roles in UV-induced cell death in normal and NER-deficient human cells. DNA Repair. v. 7, p. 303-312, 2008. Qualis: A1
102.	LOURO, R ; ELJUNDI, T ; NAKAYA, H ; REIS, E ; REIS, EM ; VERJOVSKIALMEIDA, S. Conserved tissue expression signatures of intronic noncoding RNAs transcribed from human and mouse loci. Genomics (San Diego). v. 92, p. 18-25, 2008. Qualis: A3
103.	Lu, Hong ; Patil, Prabhu ; Van Sluys, Marie-Anne ; White, Frank F. ; Ryan, Robert P. ; Dow, J. Maxwell ; Rabinowicz, Pablo ; Salzberg, Steven L. ; Leach, Jan E. ; Sonti, Ramesh ; Brendel, Volker ; Bogdanove, Adam J.. Acquisition and Evolution of Plant Pathogenesis¿Associated Gene Clusters and Candidate Determinants of Tissue-Specificity in Xanthomonas. . v. 3, p. e3828, 2008. Qualis: Não identificado ()
104.	Mantzouranis, Luciana ; BAGATTINI, R. ; OGATA, F. T. ; Nishiyama, Milton Yutaka ; VENCIO, R. Z. N. ; SOUZA, G. M.. KeaA, a Dictyostelium Kelch-domain that regulates the response to stress and development. Em: 54º Congresso Brasileiro de Genética, 2008, Salvador, BA. Livro de Resumos, 2008.
105.	MARQUES, L. M. ; BUZINHANI, M. ; LOPES NETO, R. ; GUIMARAES, A. M. S. ; OLIVEIRA, R. C. ; YAMAGUTI, M. ; TIMENETSKY, J.. Ureaplasma diversum detection in frozen semen straws for bovine artificial insemination. Em: 17th Congress of the International Organization for Mycoplasmology, 2008, Tianjin, China. Abstracts of the 17th IOM Congress, v. 1, p. 69, 2008.
106.	MARQUES, L. M. ; BUZINHANI, M. ; LOPES NETO, R. ; OLIVEIRA, R. C. ; YAMAGUTI, M. ; GUIMARAES, A. M. S. ; ARANA-CHAVEZ, V. E. ; TIMENETSKY, J.. Evidence of a capsule-like structure on Ureaplasma diversum. Em: 17th Congress of the International Organization for Mycoplasmology, 2008, Tianjin, China. Abstracts of the 17th IOM Congress, v. 1, p. 62, 2008.
107.	MARTINS, D. C. ; BRAGA-NETO, U. ; BITTNER, M. L. ; HASHIMOTO, R. F. ; DOUGHERTY, E. R.. Intrinsically Multivariate Predictive Genes. IEEE Journal of Selected Topics in Signal Processing. v. 2, p. 424-439, 2008. Qualis: A1
108.	MASCHIETTO, M. ; BASTOS, E. P. ; DIAS, A. A. M. ; PICCOLI, F. S. ; COUDRY, R. ; SOARES, F. A. ; BRENTANI, H. P. ; DE CAMARGO, B. ; CARRARO, D. M.. Gene expression characterization of WNT signaling pathway during kidney embryogenesis and their implications in Wilms tumors. 2008. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
109.	MASCHIETTO, M. ; DE CAMARGO, B. ; BRENTANI. HP ; GRUNDY, P. ; SREDNI, S. T. ; TORRES, C. H. ; MOTA, L. D. ; CUNHA, I. W. ; PATRÃO, D. F. C. ; COSTA, C. M. L. ; SOARES, F. A. ; BRENTANI, R. R. ; CARRARO, D. M.. Molecular profiling of isolated histological components of wilms tumor implicates a common role for the Wnt signaling pathway in kidney and tumor development. Oncology (Basel). v. 75, p. 81-91, 2008. Qualis: A4
110.	MASCHIETTO, M. ; PICCOLI, F. S. ; FAHHAM, L. V. ; BASTOS, E. P. ; DE CAMARGO, B. ; COUDRY, R. ; DIAS, A. A. M. ; BRENTANI, H. P. ; NEVES, E. J. ; CARRARO, D. M.. Characterization of common regulation of genes belonged to transduction signaling pathway that include p13K embryogenesis and Wilms tumors. 2008. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
111.	MASCHIETTO, M. ; PICCOLI, F. S. ; FAHHAM, L. V. ; BASTOS, E. P. ; DE CAMARGO, B. ; COUDRY, R. ; DIAS, A. A. M. ; BRENTANI, H. P. ; NEVES, E. J. ; CARRARO, D. M.. Caracterização dos genes da via de sinalização celular WNT regulados durante a embriogênese do rim e no tumor de Wilms. 2008. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
112.	MASCHIETTO, M. ; TRAPE, A. ; TORRES, C. H. ; GALANTE, P. A. F. ; DE SOUZA, S. J. ; BRENTANI, H. P. ; CARRARO, D. M.. Establishment of cross-species hybridization of human and mouse transcriptomes on a platform of cDNA microarray. 2008. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
113.	MENOSSI, M. ; SILVA-FILHO, M. C. ; Vincentz, M. ; Van-Sluys, M.-A. ; Souza, G. M.. Sugarcane Functional Genomics: Gene Discovery for Agronomic Trait Development. International Journal of Plant Genomics (Print). v. 2008, p. 1-12, 2008. Qualis: A2 (INTERNATIONAL JOURNAL OF GENOMICS)
114.	MEOLA, J. ; DENTILLO, D. B. ; ROSA E SILVA, J. C. ; FERRIANI, R. A. ; VEIGA-CASTELLI, L. C. ; PARO DE PAZ, C. C. ; GIULIATTI, S. ; MARTELLI, L. R.. Expressão da Glicodelina em Endometriose. Em: IX Simpósio Nacional de Biologia Molecular Aplicada à Medicina, 2008, São Paulo, SP. Anais, 2008.
115.	MONTEIROVITORELLO, C B ; ZERILLO, M. M. ; VAN SLUYS, M A ; CAMARGO, Luis Eduardo Aranha. Genome Sequence-based Insights into the Biology of the Sugarcane Pathogen Leifsonia xyli subsp. xyli. Em: Robert W. Jackson. (Org.). Plant Pathogenic Bacteria: Genomics and Molecular Biology |. Reading. : Caister Academic Press. 2008.v. prelo, p. 2009.
116.	NARDI, A. ; NASCIMENTO, D. R. B. ; PONTES, M. R. ; SEIXAS, T. T. ; GRACAS, F. A. F. ; FERREIRA, J. E.. Um Padrão Canônico para Controle de Paralelização em Aplicações de e-Science. Em: Simposio Brasileiro de Banco de Dados, v. 1, p. 268-279, 2008.Qualis: Não identificado (Simposio Brasileiro de Banco de Dados)
117.	Nobre, J.S. ; SOLER, J. M. P. ; PEREIRA, A. C. ; KRIEGER, J. E.. Heritability and covariate effects in a Brazilian family study. Em: International Biometric Conference, 2008, Dublin. Proceedings of the International Biometric Conference, 2008.
118.	OLIVEIRA, Ana Carolina Ayupe de ; CAMARGO, Lauren ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, EM. Identification of Intronic Noncoding RNAs Enriched in Nuclear or Cytoplasmic Fractions of Human Cells. Em: Dynamic Organization of Nuclear Function - CSHL Meeting 2008, 2008, Cold Spring Harbor, NY. Abstract book 2008 meeting on Dynamic Organization of Nuclear Function, p. 7, 2008.
119.	OLIVEIRA, G ; FRANCO, G ; Verjovski-Almeida, S.. The Brazilian contribution to the study of the Schistosoma mansoni transcriptome. Acta Tropica. v. 108, p. 179-182, 2008. Qualis: A1
120.	OLIVEIRA, L. L. ; GIULIATTI, S ; TINÓS, R.. Construção de um Sistema Computacional de Auxílio ao Estudo de Proteínas de Venenos de Serpentes. Em: 16º SIICUSP: Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo, 2008, Ribeirão Preto, SP. Anais, 2008.
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122.	OLIVEIRA, L. L. ; GIULIATTI, S. ; TINÓS, R.. Construção de um Sistema Computacional de Auxílio ao Estudo de Proteínas de Venenos de Serpentes. 2008. Apresentação de Trabalho/Simpósio
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86.	GUIMARAES, A. M. S.; Javorouski, Manoel L. ; Bonat, Marcelo ; Lacerda, Oneida ; Balbinotti, Bruna ; Queiroz, Lucyenne G.P.B. ; Timenetsky, Jorge ; Biondo, Alexander W. ; Messick, Joanne B.. Molecular detection of "Candidatus Mycoplasma haemominutum" in a lion (Panthera leo) from a brazilian zoological garden. Revista do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo (Impresso). v. 49, p. 195-196, 2007. Qualis: B1
87.	HASHIMOTO, R. F.; HIGA, C. H. A.. Modeling Yeast Cell-Cycle with Context Probabilistic Boolean Network. 2007. Apresentação de Trabalho/Congresso
88.	HAVLIOGLU, N. ; WANG, J. ; FUSHIMI, K. ; VIBRANOVSKI, M. D. ; KAN, Z. ; GISH, W. ; FEDOROV, A. ; LONG, M. ; WU, J. Y.. An Intronic Signal for Alternative Splicing in the Human Genome. PLoS One. v. 2, p. e1246, 2007. Qualis: A1
89.	HOARAU, J. Y. ; SOUZA, G. M. ; D'HONT, A. ; MENOSSI, M. ; PINTO, L. R. ; SOUZA, A. P. ; GRIVET, L. ; MENCK, C. F. M. ; ULIAN, E. C. ; VINCENTZ, M.. Sugarcane, a tropical crop with a highly complex genome. Em: J. F. Morot-Gaudry, P. Lea and J. F. Briat. (Org.). Functional Plant Genomics. : Science Publishers. 2007..
90.	HÜNEMEIER, T.; Carvalho, CB ; Marrero, AR ; SALZANO, F. M. ; BORTOLINI, M. C.. Niger-Congo speaking populations and the formation of the Brazilian gene pool: mtDNA and Y-chromosome data. American Journal of Physical Anthropology. v. 133, p. 854-867, 2007. Qualis: A2
91.	J?nsson, Bo ; LUND, Mikael ; Barroso da Silva, Fernando L.. Chapter 9. Electrostatics in Macromolecular Solutions. Em: E. Dickinson; M. E. Leser. (Org.). Food Colloids. 1ed.Cambridge. : Royal Society of Chemistry. 2007.v. 302, p. 129-154.
92.	JORGE, D. M. M. ; PUGA, R. D. ; SOARES, A. M. ; GIULIATTI, S.. BeeVenom: a Venom Apoidea (Hymenoptera) and Medicinal Plant Relatioinship. Em: ISMB/ECCB 2007, 2007, Vienna. Conference Proceedings, 2007.
93.	JORGE, D. M. M. ; SOARES, A. M. ; GIULIATTI, S.. Phylogeny of the Venom Group III Phospholipase A2 Gene. Em: X-meeting 2007: AB3C International Conference, 2007, São Paulo, SP. Papers and Posters, 2007.
94.	JUNTA, C. M. ; FONTANA, V ; SANDRIN-GARCIA, P. ; FACHIN, A. L. ; MIELO, S. S. ; LOUZADA-JUNIOR, P. ; OLIVEIRA, R. D. R. ; RASSI, D. M. ; GIULIATTI, S. ; SAKAMOTO-HOJO, E. T. ; PASSOS JUNIOR, G. A. S.. A Gene Expression Signatures in Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMC) of Rheumatoid Arthritis Patients According Shared Epitope HLA Allele Dosage. Em: 53º Congresso Brasileiro de Genética, 2007, Águas de Lindóia, SP. Anais, 2007.
95.	KASHIWABARA, A. Y. ; VIEIRA, D. ; LIMA, A. M. ; DURHAM, A. M.. Splice site prediction using stochastic regular grammars. GENETICS AND MOLECULAR RESEARCH. v. 6, p. 105-115, 2007.Qualis: B3
96.	LEVANOGARCIA, Julio ; MORTARA, Renato A ; Verjovski-Almeida, S. ; DEMARCO, Ricardo. Characterization of Schistosoma mansoni ATPDase2 gene, a novel apyrase family member. Biochemical and Biophysical Research Communications. v. 352, p. 384-389, 2007. Qualis: A3
97.	LIMA, V. C. C. ; MARQUES, M. M. ; SPILBORGHS, G. M. ; MARQUES, S. M. ; HASHIMOTO, V. L. ; LANDMAN, G. ; RIBEIRO, K. C. B. ; TORRES, C. H. ; BRENTANI, H. P. ; CARVALHO, A. F. ; DIAS, A. A. M. ; REIS, L. F. L.. Towards the identification of TNF ad melphalan molecular targets in melanoma. Em: VIII São Paulo Research Conference ? Cancer Today from Molecular Biology to Treatment, 2007, São Paulo-SP. Applied Cancer Research. São Paulo: Fundação Antonio Prudente (FAP), v. 27, p. 124-125, 2007.
98.	LORENZI, J. C. C. ; PUGA, R. D. ; GIULIATTI, S. ; TROMBONE, A. P. F. ; ROCHA, C. D. ; GREMBRA, A. F. ; COELHO-CASTELO, A. A.. First Studies on Molecular Structure of hsp65 Protein and mRNA from Mycobacterium Leprae Based on In Silico Analysis. 2007. Apresentação de Trabalho/Simpósio
99.	LORENZI, J. C. C. ; ROSSETTI, R. A. M. ; GIULIATTI, S. ; TROMBONE, A. P. F. ; ROCHA, C. D. ; GREMBRA, A. F.. First Studies on Molecular Structure of hsp65 Protein and mRNA from Mycobacterium Leprae Based on In Silico Analysis. Em: Keystone Symposia on Molecular and Celular Biology - Challenges of Global Vaccine Development (T1), 2007, Cape Town. Abstract Book, 2007.
100.	LOURO, Rodrigo ; NAKAYA, Helder I. ; AMARAL, Paulo Paiva ; FESTA, Fernanda ; SOGAYAR, Mari Cleide ; SILVA, Aline M. da ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, EM. Androgen responsive intronic non-coding RNAs. BMC BIOLOGY, Inglaterra. v. 5:4, n. 4, p. 1-14, 2007. Qualis: Não identificado (BMC BIOLOGY, INGLATERRA)
101.	M. Menck, Carlos F.; Menck, CF ; Armelini, MG ; Lima-Bessa, Keronninn M. ; Armelini, Melissa G.. On the Search for Skin Gene Therapy Strategies of Xeroderma Pigmentosum Disease. Current Gene Therapy. v. 7, p. 163-174, 2007. Qualis: A4
102.	MACHADO, A. F. ; HASHIMOTO, R. F. ; LAGO, A. P.. Efficient Binary Erosion Algorithm Based on a String-Matching-Like Technique. Em: International Symposium on Mathematical Morphology, 2007, Rio de Janeiro. International Symposium on Mathematical Morphology, 2007. Qualis: Não identificado (INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON MATHEMATICAL MORPHOLOGY, 2007, RIO DE JANEIRO. INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON MATHEMATICAL MORPHOLOGY)
103.	MALVAR, D. C. ; OLIVEIRA, C. ; KANASHIRO, A. ; MELO, G. O. ; JORGE, D. M. M. ; COSTA, S. S. ; GIULIATTI, S ; ROCHA, F. F. ; VANDERLINE, F. A.. Inibição de Fosfolipases A isoladas dos Venenos de Abelha Apis mellifera e de Serpente Bothrops jararacussu pelo Sumo de Sedum dendroideum. Em: 39º Congresso Brasileiro de Farmacologia e Terapêutica Experimental, 2007, Ribeirão Preto, SP. Anais, 2007.
104.	MALVAR, D. C. ; OLIVEIRA, C. ; KANASHIRO, A. ; MELO, G. O. ; JORGE, D. M. M. ; COSTA, S. S. ; GIULIATTI, S. ; ROCHA, F. F. ; VANDERLINE, F. A. ; SOARES, A. M.. Inibição de Fosfolipase A2 Isoladas dos Venenos de Abelha Apis mellifera e de Serpente Bothrops jararacussu pelo Sumo de Sedum Dendroideum. 2007. Apresentação de Trabalho/Congresso
105.	MANETTI, Maria Elisa ; ROSSI, M. ; COSTA, A. P. P. ; Clausen AM ; SLUYS MAV.. Radiation of the Tnt1 retrotransposon superfamily in three Solanaceae genera.. BMC Evolutionary Biology (Online). v. 7, p. 34, 2007. Qualis: A1
106.	Mantzouranis, Luciana ; BAGATTINI, R. ; OGATA, F. T. ; Nishiyama, Milton Yutaka ; VENCIO, R. Z. N. ; SOUZA, G. M.. KeaA, a Dictyostelium Kelch-domain that regulates the response to stress and development. Em: XXXVI Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBQ) and 10th International Union of Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB)., 2007, Salvador, BA. Livro de Resumos, 2007.
107.	MARTINS-PINHEIRO, M. ; MARQUES, R. ; MENCK CF. Genome analysis of DNA repair genes in the alpha proteobacterium Caulobacter crescentus. BMC Microbiology (Online). v. 7, p. 17, 2007. Qualis: A2
108.	MASCHIETTO, M. ; PICCOLI, F. S. ; MOTA, L. D. ; FAHHAM, L. V. ; SIMOES, A. C. Q. ; BRENTANI, H. P. ; NEVES, E. J. ; DE CAMARGO, B. ; CARRARO, D. M.. Identification of genes candidate to predict adverse outcome in Wilms tumor. Em: VIII São Paulo Research Conference ? Cancer Today from Molecular Biology to Treatment, 2007, São Paulo-SP. Applied Cancer Research. São Paulo: Fundação Antonio Prudente (FAP), v. 27, p. 102-103, 2007.
109.	MATTOSO, M. L. Q. (Org.) ; FERREIRA, J. E. (Org.) ; BRAGANHOLO, V. P. (Org.). e-Science Workshop. 1 ed. Sociedade Brasileira de Computação, 2007. v. 1, p. 82.
110.	MELLO, B. P. ; TORRES, C. H. ; ABRANTES, E. F. ; CARVALHO, A. F. ; REIS, L. F. L. ; BRENTANI, H. P.. Search for tissue-associated molecular markers in non-characterized transcribed regions of the human genome. Em: VIII São Paulo Research Conference ? Cancer Today from Molecular Biology to Treatment, 2007, São Paulo-SP. Applied Cancer Research. São Paulo: Fundação Antonio Prudente (FAP), v. 27, p. 108-108, 2007.
111.	MENCK CF. RNA interferência: a nova corrida do ouro. Em: Carlos Taborda e Walderez Gambale. (Org.). Microbiologia em foco. Sao Paulo. : Sociedade Brasileira de Microbiologia. 2007.v. 1, p. 17-21.
112.	MENCK CF; ARMELINI, M. ; CHIGANCAS, V. ; LIMA-BESSA, K.. Comparing the action of the UV DNA photoproducts (CPDs and 6-4PPs) in apoptosis induction of human normal and xeroderma pigmentosum cells. Em: Genome Instability and Repair, Keystone Symposia, 2007, Breckenridge, Colorado. Genome Instability and Repair, Keystone Symposia, 2007.
113.	MENCK CF; VENTURA, A.. Manipulando os genes em busca de cura: o futuro da Terapia Gênica. Em: Coordenadoria de Comunicação Social. (Org.). Revista USP. Pensando o futuro: ciências biológicas. São Paulo. : USP. 2007.v. 75, p. 48-61.
114.	MESSICK, J. B. ; GUIMARAES, A. M. S. ; MACIEIRA, D. ; TIMENETSKY, J. ; VIEIRA, R. F. C. ; BIONDO, A. W.. A novel haemoplasma in pigs. Em: ASVCP/ACVP Combined Annual Meeting, 2007, Savannah. Veterinary Pathology, v. 44, p. 769, 2007.
115.	MOREIRA, Yuri J. de C. B. ; NAKAYA, Helder Ikemoto ; EGIDIO, Camila Moura ; VENANCIO, T. M. ; LEITE, Katia R. ; CAMARA-LOPES, Luiz H. ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Identification of Intronic Marker Candidates for Prostate Cancer Prognosis using Oligonucleotide Microarrays. Em: XXXVI Reunião Anual da SBBq, 2007, Salvador - BA. XXXVI Reunião Anual da SBBq, p. B-55, 2007.
116.	MOURA, R. P. ; PARMIGIANI, R. B. ; PIRES, L. C. ; COSTA, M. C. F. ; MOTA, L. D. ; CARVALHO, A. L. ; CUNHA, I. W. ; SOARES, F. A. ; CAMARGO, L. P. ; CARRARO, D. M. ; BRENTANI, H. P. ; CAMARGO, A. A.. NDRG4 is epigenetically silenced in breast tumors. Em: VIII São Paulo Research Conference ? Cancer Today from Molecular Biology to Treatment, 2007, São Paulo-SP. Applied cancer Research. São Paulo: Fundação Antonio Prudente (FAP), v. 27, p. 91-91, 2007.
117.	REIS, EM; Nakaya, Helder I ; Amaral, Paulo P ; LOURO, Rodrigo ; Lopes, André ; FACHEL, Angela A ; Moreira, Yuri B ; El-Jundi, Tarik A ; da Silva, Aline M ; Reis, Eduardo M ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Genome mapping and expression analyses of human intronic noncoding RNAs reveal tissue-specific patterns and enrichment in genes related to regulation of transcription. GenomeBiology.com (London. Genome Biology. v. 8, p. 1-25, 2007. Qualis: Não identificado (GENOME BIOLOGY)
118.	NAKAYA, Helder Ikemoto ; BECKEDORFF, F. C. F. ; BALDINI, M. L. ; FACHEL, Angela A ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Splice Variants of TLE Family Genes and Up-Regulation of a TLE3 Isoform in Prostate Tumors.. Biochemical and Biophysical Research Communications,. v. 364, p. 918-923, 2007. Qualis: A3 (BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS)
119.	Nakaya, Helder I.; Reis, Eduardo M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Concepts on microarray design for genome and transcriptome analyses. Em: Anton A. Buzdin; Sergey A. Lukyanov. (Org.). Nucleic Acids Hybridization Modern Applications. 1ed.Berlim. : Springer Netherlands. 2007.p. 265-307.
120.	NARDI, A. ; FERREIRA, J. E.. Padrões para Controle de Fluxo e sua Execução em Grade. Em: E-Science Workshop, v. 1, p. 20-28, 2007.Qualis: Não identificado (E-Science Workshop)
121.	NENE, V. ; WORTMAN, J. R. ; SEVERALAUTHORS, O. ; MENCK CF ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. ; SEVERSON, D.. Genome Sequence of Aedes aegypti, a Major Arbovirus Vector. Science. v. 316, p. 1718-1723, 2007. Qualis: A1
122.	NETTO, F. S. ; FERREIRA, J. E. ; GOUVEA, M. A.. The use of Multidimensional Scaling as Applied to the BPM Performance in Brazilian e-Government Administration. Em: Database and Expert Systems Applications - DEXA, v. 1, p. 229-240, 2007.Qualis: Não identificado (Database and Expert Systems Applications - DEXA)
123.	NETTO, F. S. ; GOUVEA, M. A. ; FERREIRA, J. E.. Normative Attributes in Business Process Management Performance. Em: 18th Annual Conference of the POMS, v. 1, p. 20-30, 2007.Qualis: Não identificado (18th Annual Conference of the POMS)
124.	OJOPI, E ; OLIVEIRA, P. S. L. ; NUNES, D. N. ; PAQUOLA, A ; DEMARCO, Ricardo ; GREGORIO, S. ; AIRES, K. ; MENCK, C. F. M. ; LEITE, Luciana C ; Verjovski-Almeida, S. ; DIAS NETO, E.. A quantitative view of the transcriptome of Schistosoma mansoni adult-worms using SAGE. BMC Genomics. v. 8, p. 186, 2007. Qualis: A2
125.	OLIVEIRA, Ana Carolina Ayupe de ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, EM. Nuclear localization of intronic RASSF1 transcripts in human tissues using in situ hybridization. Em: XXXVI Reunião Anual da SBBq, 2007, Salvador - BA. XXXVI Reunião Anual da SBBq, p. B-31, 2007.
126.	OLIVEIRA, L. L. ; GIULIATTI, S ; TINÓS, R.. Seleção de Atributos no Problema de Classificação entre Venenos e Plantas Medicinas. Em: 15º SIICUSP: Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo, 2007, Ribeirão Preto, SP. Anais, 2007.
127.	OLIVEIRA, L. L. ; SANTOS, G. F. ; TINÓS, R. ; GIULIATTI, S.. Investigation of the Classification of Snake Venom-Neutralizing Effects of Medicinal Plants via Artificial Intelligence Techniques. Em: X-meeting 2007: AB3C International Conference, 2007, São Paulo, SP. Papers and Posters, 2007.
128.	Oliveira, P.T.M. ; SOLER, J. M. P. ; PEREIRA, A. C.. Epistasis Model Selection using the Genetic Algorithm. 2007. Apresentação de Trabalho/Comunicação
129.	Oliveira, P.T.M. ; SOLER, J. M. P. ; PEREIRA, A. C.. Aplicação do Algoritmo Genético na Seleção de Modelos com Epistasia. 2007. Apresentação de Trabalho/Comunicação
130.	Oliveira, P.T.M.S ; SOLER, J. M. P. ; PEREIRA, A. C.. Aplicação do algoritmo genético na seleção de modelos com epistasia. Em: III SIMPÓSIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO, 2007, São Paulo. ATAS DO III SIMPÓSIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO, 2007. Qualis: Não identificado (III SIMPÓSIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO, 2007, SÃO PAULO. ATAS DO III SIMPÓSIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO)
131.	Oliveira, P.T.M.S ; SOLER, J. M. P. ; PEREIRA, A. C.. Application of the Genetic Algorithm in the Epistasis Models Selection. Em: X Meeting - The Third Annual Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2007, São Paulo. Proceedings of the X-Meeting, 2007.
132.	Papini-Terzi F. S. ; FELIX, J. M. ; ROCHA, F. R. ; Waclawovsky AJ ; ULIAN, E. C. ; Chabregas S ; Falco MC ; Nishiyama-Junior, M. Y. ; VENCIO, R. Z. N. ; VICENTINI, R. ; MENOSSI, M. ; SOUZA, G. M.. The SUCEST-FUN Project: identifying genes that regulate sucrose content in sugarcane plants. Em: XXVI International Society of Sugarcane Technologists Congress, v. 26, 2007.Qualis: Não identificado (XXVI International Society of Sugarcane Technologists Congress)
133.	PUGA, R. D. ; AMUI, S. F. ; SOARES, A. M. ; GIULIATTI, S.. Integration of Animal Venoms and Medicinal Plant. Em: ISMB/ECCB 2007, 2007, Vienna. Conference Proceedings, 2007.
134.	RANGEL, M. M. C. ; FERREIRA, E. N. E. ; BASTOS, E. P. ; CAMPOS, L. T. ; KIRSHBAUM-SLAGER, N. S. ; CAMARGO, L. P. ; PANDOVANI, R. ; CARVALHO, A. F. ; DE SOUZA, S. J. ; BRENTANI, H. P. ; CARRARO, D. M.. Identification of splicing variants associated to breast tumor througth microarray and qRTPCR technology. Em: VIII São Paulo Research Conference ? Cancer Today from Molecular Biology to Treatment, 2007, São Paulo-SP. Applied Cancer Research. São Paulo: Fundação Antonio Prudente (FAP), v. 27, p. 113-113, 2007.
135.	RIS, M. ; BRENTANI, H. P. ; BARREA, J.. Dynamical system modeling of the estrogen transcription control network. 2007. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
136.	ROCHA, F. R. ; Papini-Terzi F. S. ; Nishiyama-Junior, M. Y. ; VENCIO, R. Z. N. ; VICENTINI, R. ; DUARTE, R. ; VINAGRE, F. ; Medeiros, A ; di MAURO, S. M. Z. ; ULIAN, E. C. ; HEMERLY, A. S. ; FIGUEIRA, A. ; SILVA-FILHO, M. C. ; MENOSSI, M. ; SOUZA, G. M.. Signal transduction-related responses to phytohormones and environmental challenges in sugarcane. BMC Genomics. v. 8, p. 71, 2007. Qualis: A2
137.	ROELA, R. A. ; CARRARO, D. M. ; BRENTANI. HP ; KAIANO, J. ; SIMÃO, D. F. ; GUARNIEIRO, R. ; LOPES, L. F. ; BOROJEVIC, R. ; BRENTANI, M. M.. Gene stage-specific expression in the microenvironment of pediatric myelodysplastic syndromes. Leukemia Research. v. 31, p. 579-589, 2007. Qualis: A3
138.	ROOS, W. ; BATISTA, L. F. Z. ; NAUMANN, S. ; WELLER, M. ; MENCK CF ; KAINA, B.. Mechanism of apoptotic death triggered by methylating agent-induced DNA damage in glioma cells. Oncogene (Basingstoke). v. 26, p. 186-197, 2007. Qualis: A1
139.	ROSSETTI, R. A. M. ; LORENZI, J. C. C. ; SILVA, R. L. L. ; GIULIATTI, S. ; COELHO-CASTELO, A. A.. Determinação da Estrutura 3D da Proteína Hsp65, usando Análise In Silico. Em: 53º Congresso Brasileiro de Genética, 2007, Águas de Lindóia, SP. Anais, 2007.
140.	ROSSETTI, R. A. M. ; LORENZI, J. C. C. ; SILVA, R. L. L. ; SILVA, C. L. ; GIULIATTI, S ; COELHO-CASTELO, A. A.. Uso de Análise In Silico para Determinar a Estrutura 3D da Proteína HSP65 de Mycobacterium leprae. Em: 15º SIICUSP: Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo, 2007, Ribeirão Preto, SP. Anais, 2007.
141.	SALIM, A. C. M. ; CAMARGO, L. P. ; PATRÃO, D. F. C. ; WANG, Y. ; CARRARO, D. M. ; BRENTANI, H. P. ; MCCLELLAND, M. ; CAMARGO, A. A.. Global DNA methylation analysis in breast tumors using promoter microarray. Em: VIII São Paulo Research Conference ? Cancer Today from Molecular Biology to Treatment, 2007, São Paulo-SP. Applied Cancer Research. São Paulo: Fundação Antonio Prudente (FAP), v. 27, p. 91-92, 2007.
142.	SANTOS, G. F. ; JUNTA, C. M. ; PASSOS JUNIOR, G. A. S. ; GIULIATTI, S.. Gene Expression Analysis using Artificial Intelligent Techniques. Em: X-meeting 2007: AB3C International Conference, 2007, São Paulo, SP. Papers and Posters, 2007.
143.	SANTOS, G. F. ; MISIARA, F. P. ; LOUZADA-JUNIOR, P. ; JUNTA, C. M. ; PASSOS JUNIOR, G. A. S. ; TINÓS, R. ; GIULIATTI, S.. Computer-Aided Diagnosis to Rheumatoid Arthritis Via Artificial Intelligence. Em: ISMB/ECCB 2007, 2007, Vienna. Conference Proceedings, 2007.
144.	SATO, João Ricardo ; FUJITA, A. ; AMARO JR, Edson ; MIRANDA, Janaína Mourão ; MORETTIN, Pedro Alberto ; BRAMMER, Michael J. DWT-CEM: An algorithm for scale-temporal clustering in fMRI. Biological Cybernetics. v. 97, p. 33-45, 2007. Qualis: A2
145.	Schefer, D. ; SOLER, J. M. P. ; PEREIRA, A. C.. Modelagem de equações estruturais baseada no mapeamento genético de cruzamentos. Em: III SIMPÓSIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO, 2007, São Paulo. ATAS DO III SIMPÓSIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO, 2007. Qualis: Não identificado (III SIMPÓSIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO, 2007, SÃO PAULO. ATAS DO III SIMPÓSIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO)
146.	Schefer, D. ; SOLER, J. M. P. ; PEREIRA, A. C.. Structural Equation Model based on Genome Scan in Intercross Population. Em: X Meeting - The Third Annual Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2007, São Paulo. Proceedings of the X-Meeting, 2007.
147.	Scheffer, K.D. ; SOLER, J. M. P. ; PEREIRA, A. C.. Structural Equation Model based on Genome Scan in Intercross Population. 2007. Apresentação de Trabalho/Comunicação
148.	SETTA, N. ; COSTA, A. P. P. ; Lopes FR ; SLUYS MAV. ; CARARETO, C. M.. Transposon Display supports transpositional activity of P element in species of the saltans group of Drosophila. Journal of Genetics. v. 86, p. 37-43, 2007.Qualis: B3
149.	SETUBAL, J C ; Verjovski-Almeida, S.. Brazilian Symposium on Bioinformatics.. Computers in Biology and Medicine. v. 37, p. 113-114, 2007.Qualis: A2
150.	Snyder, E. E. ; Kampanya, N. ; Lu, J. ; Nordberg, E. K. ; Karur, H. R. ; Shukla, M. ; Soneja, J. ; Tian, Y. ; Xue, T. ; Yoo, H. ; Zhang, F. ; Dharmanolla, C. ; Dongre, N. V. ; Gillespie, J. J. ; Hamelius, J. ; Hance, M. ; Huntington, K. I. ; Jukneliene, D. ; Koziski, J. ; SETUBAL, J. C. ; et.al. PATRIC: The VBI PathoSystems Resource Integration Center. Nucleic Acids Research. v. 35, p. D401-D406, 2007. Qualis: A1
151.	SOLER, J. M. P. Métodos Estatísticos em Genética e Genômica. 2007. Curso de curta duração ministrado/Outra
152.	SOUSA-CANAVEZ, J. M. ; BETON, Daniela ; Gonzalez-Kristeller, D.C. ; DA SILVA, A. M.. Identification and domain mapping of Dictyostelium discoideum type-1 protein phosphatase inhibitor-2. Biochimie (Paris). v. 89, p. 692-701, 2007. Qualis: A2
153.	SOUZA, M. L. ; JORGE, D. M. M. ; GIULIATTI, S. Análise In Silico de Estruturas Terciárias de Proteínas de Veneno de Apis mellifera. Em: 15º SIICUSP: Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo, 2007, Ribeirão Preto, SP. Anais, 2007.
154.	TAHIRA, Ana Carolina ; FACHEL, Angela A ; LOURO, Rodrigo ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Differential expression of intronic noncoding RNAs in renal cell carcinoma using quantitative RT-PCR. Em: XXXVI Reunião Anual da SBBq, 2007, Salvador - BA. XXXVI Reunião Anual da SBBq, p. B-30, 2007.
155.	TAHIRA, Ana Carolina ; KUBRUSLY, Márcia Saldanha ; FONSECA, Rogério ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; MACHADO, Marcel C. C. ; REIS, EM. Identificação de marcadores moleculares associados ao câncer de pâncreas utilizando microarranjos de DNA enriquecidos em RNAs intrônicos não-codificantes. Em: 53º Congresso Brasileiro de Genética, 2007, Águas de Lindóia. 53º Congresso Brasileiro de Genética, 2007.
156.	Tavares, J. R. ; De Souza, Robson F ; Gueiros-Filho, F. J.. USING COMPARATIVE GENOMICS TO IDENTIFY NOVEL DIVISION PROTEINS IN Bacillus subtilis. 2007. Apresentação de Trabalho/Congresso
157.	TONINI, P. P. ; LISBOA, C. G. ; SILVA, C. O. ; VIVEIROS, S. C. M. ; BUCKERIDGE, M. S.. Testa is involved in the control of storage mobilisation in seeds of Sesbania virgata (Cav.) Pers., a tropical legume tree from the Atlantic Forest. Trees (Berlin). v. 21, p. 13-21, 2007. Qualis: A2
158.	TREPODE, N. W. ; ARMELIN, H. A. ; BITTNER, M. L. ; BARRERA, J. ; GUBITOSO, M. D. ; HASHIMOTO, R. F.. A Robust Structural PGN Model for Control of Cell-Cycle Progression Stabilized by Negative Feedbacks. EURASIP Journal on Bioinformatics and Systems Biology (Online). v. 2007, p. 1-11, 2007. Qualis: Não identificado (EURASIP JOURNAL ON BIOINFORMATICS AND SYSTEMS BIOLOGY)
159.	ULLMANN, L. S. ; HOFFMANN, J. ; MORAES, W. ; CUBAS, Z. S. ; SANTOS, L. C. ; SILVA, R. C. ; CAMOSSI, L. G. ; MOREIRA, N. ; GUIMARAES, A. M. S. ; MONTANO, P. ; LANGONI, H. ; BIONDO, A. W.. Prevalence of Leptospira interrogans antibodies in captive wildcats of Southwestern Brazil. Em: XVI Encontro da Associação Brasileira de Veterinários de Animais Selvagens, 2007, Sã Paulo. Anais do XVI Encontro da Associação Brasileira de Veterinários de Animais Selvagens, v. 1, 2007.
160.	ULLMANN, L. S. ; SILVA, R. C. ; MORAES, W. ; CUBAS, Z. S. ; SANTOS, L. C. ; HOFFMANN, J. ; MOREIRA, N. ; GUIMARAES, A. M. S. ; MONTANO, P. ; LANGONI, H. ; BIONDO, A. W.. Prevalence of Toxoplasma gondii antibodies in captive wildcats of southwestern Brazil. Em: XVI Encontro da Associação Brasileira de Animais Selvagens, 2007, São Paulo. Anais do XVI Encontro da Associação Brasileira de Animais Selvagens, v. 1, 2007.
161.	VAN SLUYS, M A. Transposable elements in sugarcane. 2007. Apresentação de Trabalho/Simpósio
162.	VAN SLUYS, M A. Plant genomics in Brazil. 2007. Apresentação de Trabalho/Simpósio
163.	Venancio, Thiago M ; DeMarco, Ricardo ; Almeida, Giulliana T ; Oliveira, Katia C ; Setubal, João C ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Analysis of Schistosoma mansoni genes shared with Deuterostomia and with possible roles in host interactions.. BMC Genomics. v. 8, p. 407, 2007. Qualis: A2
164.	Verjovski-Almeida, S.; VENANCIO, Thiago M ; OLIVEIRA, Katia C P ; ALMEIDA, Giulliana T ; DEMARCO, Ricardo. Use of a 44k oligoarray to explore the transcriptome of Schistosoma mansoni adult worms. Experimental Parasitology. v. 117, p. 236-245, 2007. Qualis: A4
165.	VIBRANOVSKI, M. D.; SAKABE, N. J. ; LONG, M.. Birth and evolution of human exons. ENCYCLOPEDIA OF LIFE SCIENCES (ONLINE). v. 1, p. 1, 2007. Qualis: NP
166.	VIBRANOVSKI, M. D.; SAKABE, N. J. ; LONG, M.. Birth and Evolution of Human Exons. ENCYCLOPEDIA OF LIFE SCIENCES. Em: . : John Wiley & Sons, Ltda. 2007..
167.	VINCI, A. ; AMUI, S. F. ; GIULIATTI, S.. In Silico Identification of Conserved Domains of Venom Proteins of Brazilians Snakes. Em: ISMB/ECCB 2007, 2007, Vienna. Conference Proceedings, 2007.
168.	VIVEIROS, S. C. M. ; MAIS, M. G. ; DIETRICH, S.M.C. ; AIDAR, M. P. M. ; BUCKERIDGE, M. S.. Respostas das Plantas aos Fatores Antrópicos: Estudos com Jatobá-de-Mata. Em: Barbosa, L.M.; Santos Junior, N.A. dos. (Org.). A botânica no Brasil: pesquisa, ensino e políticas públicas ambientais. 1ed.São Paulo. : Sociedade Botânica do Brasil. 2007.p. 394-405.
169.	VÊNCIO, R. Z. N. ; VARUZZA, L. ; PEREIRA, C. A. B. ; BRENTANI. HP ; SHMULEVICH, I.. Simcluster: clustering enumeration gene expression data on the simplex space. BMC Bioinformatics. v. 8, p. 246, 2007. Qualis: A1
170.	XU, P. ; ALVES, J. M. P. ; Kitten, T. ; Brown, A. ; Chen, Z. ; OZAKI, L. S. ; MANQUE, P. ; Ge, X. ; SERRANO, M. G. ; PUIU, D. ; Hendricks, S. ; WANG, Y. ; Chaplin, M. D. ; Akan, D. ; Paik, S. ; PETERSON, D. L. ; Macrina, F. L. ; BUCK, G. A.. Genome of the Opportunistic Pathogen Streptococcus sanguinis. Journal of Bacteriology (Print). v. 189, p. 3166-3175, 2007. Qualis: A3
171.	Yu, G.X. ; Snyder, E.E. ; Boyle, S.M. ; Crasta, O.R. ; Czar, M. ; Mane, S.P. ; Purkayastha, A. ; Sobral, B. ; Setubal, J.C.. A versatile computational pipeline for bacterial genome annotation improvement and comparative analysis, with Brucella as a use case. Nucleic Acids Research. v. 35, p. 3953-3962, 2007. Qualis: A1

2006

1.	DURHAM, A. M.; ALBRECHT, L. ; Emilio F. Merino ; HOFFMANN, E. H. ; URBANO, M. ; de Mattos Ferreira, R.G. ; OSAKABE, A. L. ; Dalla Martha, R.C. ; Ramharter, M. ; FERREIRA, J. E. ; Hernando A. del Portillo ; WUNDERLICH, G.. Extense variant gene family repertoire overlap in Western Amazon Plasmodium falciparum isolates. Molecular and Biochemical Parasitology (Print). v. 150, p. 157-165, 2006. Qualis: A4
2.	ALCÂNTARA, P. H. N. ; MARTIN, L. ; SILVA, C. O. ; DIETRICH, S. M. C. ; BUCKERIDGE, M. S.. Purification of a beta-galactosidase from cotyledons of Hymenaea courbaril L. (Leguminosae. Enzyme properties and biological function. Plant Physiology and Biochemistry (Paris). v. 44, p. 619-627, 2006. Qualis: A1
3.	Almeida E.M. ; COSTA, P. F. ; BUCKERIDGE, M. S. ; ALVES, M. A. S.. Potential bird dispersers of Psychotria in an area of Atlantic Forest at Ilha Grande, RJ, Southeast Brazil: a biochemical analysis of the fruits. BRAZILIAN JOURNAL OF BIOLOGY, São Paulo. v. 66, n. 1, p. 29-41, 2006. Qualis: Não identificado (BRAZILIAN JOURNAL OF BIOLOGY, SÃO PAULO)
4.	AMARAL, Paulo Paiva ; NAKAYA, Helder Ikemoto ; LOURO, Rodrigo ; REIS, EM ; SILVA, Aline M. da ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. RNA Pol II-Independent Transcription of Noncoding RNAs in Human Cells. Em: XXXV Reunião Anual da SBBq, 2006, Águas de Lindóia. XXXV Reunião Anual da SBBq, p. B-14, 2006.
5.	ANDRADE, R. F. ; Waclawovsky, Alessandro J. ; ROCHA, F. R. ; Chabregas S ; SOUZA, G. M.. Análise por real-time PCR do nível de expressão de transgenes em cana-de-açúcar. Em: 14º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo, 2006, Ribeirão Preto, SP. Livro de Resumos, 2006.
6.	ARAÚJO, L. V. ; SOARES, M. A. ; TANURI, A. ; OLIVEIRA, S. M. ; CHEQUER, P. ; SABINO, E. C. ; FERREIRA, J. E.. DBCollHIV: A Database System for Collaborative HIV analysis in Brazil. GENETICS AND MOLECULAR RESEARCH. v. 5, p. 203-215, 2006.Qualis: B3
7.	BALDINI, M. L. ; NAKAYA, Helder Ikemoto ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. New Isoform of the TLE3 Gene Encodes a Truncated Protein and is Up-Regulated in Prostate Tumors. Em: XXXV Reunião Anual da SBBq, 2006, Águas de Lindóia. XXXV Reunião Anual da SBBq, p. B-36, 2006.
8.	BARRETO, C. C. ; ARAÚJO, L. V. ; FERREIRA, J. E. ; SABINO, E. C.. Trends in Antiretroviral Drug Resistance and Clade Distributions Among HIV-1--Infected Blood Donors in Sao Paulo, Brazil. JAIDS-JOURNAL OF ACQUIRED IMMUNE DEFICIENCY SYNDROMES. v. 41, n. 3, p. 388-341, 2006. Qualis: A1 (JOURNAL OF ACQUIRED IMMUNE DEFICIENCY SYNDROMES)
9.	BATISTA, L. F. Z. ; CHIGANCAS, V. ; BRUMATTI, G. P. ; AMARANTES-MENDES, G. ; MENCK CF. Involvement of DNA replication in ultraviolet-induced apoptosis of mammalian cells.. Apoptosis (London). v. 11, p. 1139-1148, 2006. Qualis: A1
10.	BAUMANN, A. ; GUIMARAES, A. M. S. ; SILVA, C. C. ; YAMAGUTI, M. ; KOZEMJAKIM, D. A. ; MESSICK, J. B. ; BIONDO, A. W. ; TIMENETSKY, J.. Mycoplasma haemofelis and. Em: ASVCP/ACVP Combined Annual Meeting, 2006, Tucson, Arizona, EUA. Veterinary Pathology, v. 43, p. 811, 2006.
11.	BECKER, C. ; LACCHINI, S. ; MUOTRI, A. R. ; SILVA, G. ; CASTELLI, J. ; VASSALLO, P. ; MENCK CF ; KRIEGER, J.. Skeletal muscle cells expressing VEGF induce capillary formation and reduce cardiac injury in rats. International Journal of Cardiology. v. 113, p. 348-354, 2006. Qualis: A3
12.	BERRA, C. M. ; MENCK CF ; MASCIO, P.. Oxidative stress, genome lesions and signaling pathways in cell cycle control, in press. Química Nova (Online). v. 29, p. 1340-1344, 2006.Qualis: A4
13.	BETTONI, F. ; CAMARGO FILHO, F. ; GERALDO, M. V. ; GALANTE, P. A. F. ; PARMIGIANI, R. B. ; DE SOUZA, S. J. ; BRENTANI, H. P. ; CAMARGO, A. A.. Identification of novel cancer/testis antigens by database mining and MRNA expression analysis. 2006. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
14.	BETTONI, F. ; CAMARGO FILHO, F. ; GERALDO, M. V. ; GALANTE, P. A. F. ; PIRES, L. C. ; PARMIGIANI, R. B. ; CARRARO, D. M. ; DE SOUZA, S. J. ; BRENTANI, H. P. ; CAMARGO, A. A.. Identification of novel cancer/testis antigens by database mining and MRNA expression analysis. Em: 97th Annual Meeting 2006, AACR ? American Association for Cancer Research, 2006, Washington-DC. Proceedings of the American Association for Cancer Research. Oakland-DC, v. 47, p. 2221, 2006.
15.	BIASE, F. H. ; SANTOS-BIASE, W. K. F. ; FONSECA MERIGHE, G. K. ; PUGA, R. D. ; GIULIATTI, S ; Martelli, Lúcia ; MEIRELLES, F. V.. Bovine RNA Expression of Oocyte and Embryo Specific Genes. Em: XX Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Tecnologia de Embriões, 2006, Araxá, MG. Anais. Porto Alegre, RS: Faculdade de Veterinária, UFRGS, v. 34, p. s303-s303, 2006.
16.	Bisso-Machado, R ; HÜNEMEIER, T. ; Carvalho, CB ; Pena, SJ ; Salzano, FM ; BORTOLINI, M. C.. Negros, mas nem tão africanos. Em: XVIII SALÃO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 2006, Porto Alegre. XVIII SALÃO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 2006.
17.	Bisso-Machado, R ; HÜNEMEIER, T. ; SALZANO, F. M. ; BORTOLINI, M. C.. Caracterização dos Cromossomos Y de Origem Não-africana em Populações Negras Brasileiras. Em: 52 Congresso Brasileiro de Genética 12 Congreso de la Asociación Latinoamericana de Genética, 2006, Foz do Iguaçu. 52 Congresso Brasileiro de Genética 12 Congreso de la Asociación Latinoamericana de Genética, 2006.
18.	BOCCARDO, E. ; MANZINI, C. ; COLÓ, A. E. L. ; CARVALHO, A. F. ; BRENTANI, H. P. ; REIS, L. F. L. ; VILLA, L. L.. Effect tumor necrosis factor on global gene expression of HPV16 E7 expressing keratinocytes (Poster presentation). 2006. Apresentação de Trabalho/Outra
19.	BRASCHI, Simon ; CURWEN, RACHEL S. ; ASHTON, PETER D. ; Verjovski-Almeida, Sergio ; WILSON, Alan. The tegument surface membranes of the human blood parasiteSchistosoma mansoni: A proteomic analysis after differential extraction. Proteomics (Weinheim. Print). v. 6, p. 1471-1482, 2006. Qualis: Não identificado (PRINT))
20.	BRENTANI, H. P. Futuro da bioinformática. 2006. Apresentação de Trabalho/Comunicação
21.	BRENTANI, H. P. Registro de pacientes/famílias e banco de dados. 2006. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
22.	BRENTANI, H. P. Banco de tumores. 2006. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
23.	BRENTANI, H. P. Bases genéticas da inteligência. 2006. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
24.	BRENTANI, H. P. Exercícios e discussão. 2006. Apresentação de Trabalho/Comunicação
25.	BRENTANI, H. P. Questões estatísticas no rastreamento do genoma. 2006. Apresentação de Trabalho/Comunicação
26.	BRENTANI, H. P. Bioinformática. 2006. Apresentação de Trabalho/Comunicação
27.	BRENTANI, H. P. Bioinformática prática. 2006. Apresentação de Trabalho/Comunicação
28.	BRITO, Glauber C. ; FACHEL, Angela A ; CAMPOS, Franz S. ; BARCINSKI, Marcello A ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, EM. Novel molecular markers of renal cell carcinoma identified by gene expression analysis using cDNA microarrays. Em: Keystone Symposia − Emerging Genomic Biomarkers: Impact on Drug Discovery and Clinical Practice, 2006, Victoria, Canadá. Keystone Symposia − Emerging Genomic Biomarkers: Impact on Drug Discovery and Clinical Practice, 2006.
29.	BUCK, G. A. ; Aurelien Mazurie ; Seth Roberts ; Alves, J. M. ; Dhivya Arasappan ; SERRANO, M. G. ; MANQUE, P.. Genomes to networks, pathways and function. Em: Simos T; Maroulis G. (Org.). Lecture Series on Computer amd Computational Sciences. Leiden. : Brill Academic Publishers. 2006.v. 6, p. 758-763.
30.	BUCKERIDGE, M. S. Implications of emergence, degeneracy and redundancy for the modeling of the plant cell wall. Em: Takahisa Hayashi. (Org.). The Science and the Lore of the Plant Cell Wall: Biosynthesis, Structure and Function. Boca Raton. : BrownWalker Press. 2006.p. 41-47.
31.	BUCKERIDGE, M. S. The mechanism of transference of function and the evolution of the plant cell wall. Em: Gordon Research Conference of Plant Cell Wall, 2006. Qualis: Não identificado (Gordon Research Conference of Plant Cell Wall)
32.	BUCKERIDGE, M. S. O mecanismos de transferência de função e a evolução da parede celular. Em: 57 Congresso Nacional de Botânica, 2006, Gramado. Os avanços da Botânica no início do século XXI. Porto Alegre: Sociedade Botânica de São Paulo, p. 64-68, 2006. Qualis: Não identificado (57 CONGRESSO NACIONAL DE BOTÂNICA, 2006, GRAMADO. OS AVANÇOS DA BOTÂNICA NO INÍCIO DO SÉCULO XXI. PORTO ALEGRE: SOCIEDADE BOTÂNICA DE SÃO PAULO)
33.	BUCKERIDGE, M. S. As plantas e os efeitos das mudanças climáticas nos trópicos. 2006. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
34.	BUCKERIDGE, M. S. O mecanismo de transferência de funções e a evolução da parede celular em plantas. 2006. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
35.	BUCKERIDGE, M. S. Descobrindo Novos Rumos apra a Pesquisa. 2006. Apresentação de Trabalho/Outra
36.	BUCKERIDGE, M. S.; CAVALARI, A. A. ; SILVA, C. O. ; TINÉ, M. A. S.. Relevância dos processos de biossíntese de polissacarídeos da parede celular para a biotecnologia de frutos. Em: Lajolo FM;Menezes EW. (Org.). Carbohidratos em alimentos regionales iberoamericanos. 1ed.São Paulo. : Edusp. 2006.p. 149-169.
37.	CARVALHO, Sidney Jurado de ; Da SILVA, F. L. B.. How does a polyelectrolyte favor the binding of charged ligand to Macromolecule?. Em: XXXVII Latin-American School of Physics - ELAF 2006, 2006, São José do Rio Preto - SP, 2006.
38.	CARVALHO, Sidney Jurado de ; GHIOTTO, Renato Carlos Tonin ; Da SILVA, F. L. B.. Monte Carlo and modified Tanford-Kirkwood results for macromolecular electrostatic calculations. Journal of Physical Chemistry B, ACS. v. 110, p. 8832-8839, 2006. Qualis: A2 (JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B)
39.	CERVATO, M. C. ; SILVA, I. T. ; GIULIATTI, S. ; SILVA JUNIOR, W. A.. Análise das Associações de microRNAs e seus Alvos em Bibliotecas de SAGE. Em: 14º SIICUSP: Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo, 2006, Ribeirão Preto, SP. Resumos, 2006.
40.	COLOMBO, J. ; FACHEL, Angela A ; CURY, P. M. ; FUKUIAMA, E. ; TAJARA, Eloiza H. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, EM ; RAHAL, Paula. Análise do perfil de expressão gênica em tumores de laringe pela técnica de Microarray. Em: 52º Congresso Brasileiro de Genética, 2006, Foz do Iguaçu, PR. 52º Congresso Brasileiro de Genética, p. 647, 2006.
41.	da Silva Neto, J. F. ; KOIDE, T. ; Gomes, S. L. ; MARQUES, M. V.. O fator sigma ECF sigmaE de Xylella fastidiosa apresenta um novo sistema de regulação. Em: 25ª Reunião de Genética de Microorganismos, 2006, São Pedro. 25ª Reunião de Genética de Microorganismos. Piracicaba, p. 137-137, 2006.
42.	da Silva, Aline M; REIS, Eduardo Moraes R. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; AMARAL, P.R.A. ; T.I.NAKAYA, H.. Intronic non-coding RNA as molecular markers in prostate tumor. 2006. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
43.	Da SILVA, F. L. B. Palestra convidada: On going studies on the fundamental physical interactions in molecular complexes (DTU/Dinamarca). 2006. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
44.	Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: Decifrando informações disponíveis no PDB: Como explicar a formação de complexos moleculares (quando não há complementariedade de cargas)? (LNCC). 2006. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
45.	Da SILVA, F. L. B.; DELBONI, Lariani Aparecida. Estudo comparativo dos aspectos eletrostáticos para a complexação de diferentes sistemas biomoleculares. Em: 14. Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP, 2006, Ribeirao Preto. Livro de Resumos, v. x, 2006.
46.	Da SILVA, F. L. B.; JÖNSSON, Bo. Statistical Mechanical studies of protein-polymer complexes. Em: SNIC Meeting 2006, 2006. LUNARC - Progress Report. Lund: Lunarc, p. 66-66, 2006.
47.	Da SILVA, F. L. B.; JÖNSSON, Bo ; LUND, Mikael. Sensitive Electrostatic Forces in Biological Systems. Em: XXXVII Latin-American School of Physics - ELAF 2006, 2006, São José do Rio Preto, 2006.
48.	Da SILVA, F. L. B.; LUND, Mikael ; JÖNSSON, Bo ; ÅKESSON, Torbjörn. On the Complexation of Proteins and Polyelectrolytes. Journal of Physical Chemistry B, ACS. v. 110, n. 9, p. 4459-4464, 2006. Qualis: A2 (JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B)
49.	de Morais, H. A. ; GUIMARAES, A. M. S. ; VIDOTTO, O. ; BAUMANN, A. ; BIONDO, A. W. ; MESSICK, J. B.. Coinfecção de Mycoplasma haemofelis e "Candidatus Mycoplasma haemominutum"em três gatos no Brasil. Em: XXVII Congresso Brasileiro da Anclivepa, 2006, Vitória, ES. Anais do XXVII Congresso Brasileiro da Anclivepa, p. 62, 2006.
50.	DE OLIVEIRA, FRANCISCO MEIRELLES BASTOS ; DE ABREU DA SILVA, ISABEL CAETANO ; RUMJANEK, FRANKLIN DAVID ; DIAS-NETO, EMMANUEL ; GUIMARÃES, PEDRO EDSON MOREIRA ; Verjovski-Almeida, Sergio ; ?TROS, MICHAL ; FANTAPPIÉ, MARCELO ROSADO. Cloning the genes and DNA binding properties of High Mobility Group B1 (HMGB1) proteins from the human blood flukes Schistosoma mansoni and Schistosoma japonicum. Gene (Amsterdam). v. 377, p. 33-45, 2006. Qualis: A4
51.	De Souza, Robson F; de Souza, S. J. ; Gueiros-Filho, F. J.. Maximum likelihood inference of ancestral gene content for the bacterial septosome. 2006. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
52.	DEMARCO, Ricardo ; Oliveira, Katia C. ; Venancio, Thiago M. ; Verjovski-Almeida, Sergio. Gender biased differential alternative splicing patterns of the transcriptional cofactor CA150 gene in Schistosoma mansoni. Molecular and Biochemical Parasitology (Print). v. 150, p. 123-131, 2006. Qualis: A4
53.	DEMARCO, Ricardo ; VENANCIO, Thiago M ; Verjovski-Almeida, Sergio. SmTRC1, a novel Schistosoma mansoni DNA transposon, discloses new families of animal and fungi transposons belonging to the CACTA superfamily.. BMC Evolutionary Biology (Online). v. 6, p. 89, 2006. Qualis: A1
54.	DENTILLO, D. B. ; MEOLA, J. ; ROSA E SILVA, J. C. ; FERRIANI, R. A. ; MELATO, L. C. ; BARBUZANO, F. G. ; PINHEIRO, D. G. ; SILVA JUNIOR, W. A. ; GIULIATTI, S. ; MARTELLI, L. R.. Triagem de Genes Relacionados a Câncer por meio da Técnica de RaSH em Pacientes com Endometriose. Em: 52º Congresso Brasileiro de Genética, 2006, Foz do Iguaçu, PR. Anais, 2006.
55.	DURAES, Esther de Oliveira ; EGIDIO, Camila Moura ; PEIXOTO, Bernardo Rodrigues ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, EM. Classificação Molecular de Tumores de Mama Utilizando uma Plataforma de Microarray Enriquecida em RNAs Intrônicos Não-Codificantes. Em: 14º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP, 2006, Piracicaba - SP. 14º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP, 2006.
56.	DURHAM, A. M.; HOFFMANN, E. H. ; MALAFRONTE, R. S. ; MORAES-AVILA, S. L. ; OSAKABE, A. L. ; WUNDERLICH, G. ; RIBOLLA, P. E. ; Hernando A. del Portillo ; URBANO, M.. Origins of sequence diversity in the malaria vaccine candidate merozoite surface protein-2 (MSP-2) in Amazonian isolates of Plasmodium falciparum. Gene (Amsterdam). v. 376, p. 224-230, 2006. Qualis: A4
57.	DURHAM, A. M.; Sobreira, T.J. ; GRUBER, A.. TRAP: automated classification, quantification and annotation of tandemly repeated sequences. BIOINFORMATICS, Oxford, Inglaterra. v. 22, n. 3, p. 361-362, 2006. Qualis: Não identificado (BIOINFORMATICS, OXFORD, INGLATERRA)
58.	FACHEL, Angela A ; TAHIRA, Ana Carolina ; ELJUNDI, Tarik A.r.j. ; CAMPOS, Franz S. ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Differential expression of intronic non-coding RNAs in renal cell carcinoma using cDNA microarray analysis. Em: Meeting on Mechanisms & Models of Cancer, 2006, Cold Spring Harbor, NY. CSHL - Mechanisms & Models of Cancer, 2006.
59.	FEITOSA, FABIANA M. ; CALVO, ERIC ; MERINO, EMILIO F. ; Durham, Alan M. ; JAMES, ANTHONY A. ; DE BIANCHI, ANTONIO G. ; MARINOTTI, OSVALDO ; CAPURRO, MARGARETH L.. A transcriptome analysis of the Aedes aegypti vitellogenic fat body. Journal of Insect Science (Online). v. 6, p. 1-26, 2006. Qualis: C
60.	FERREIRA, J. E.; TAKAI, O. K.. PROJETO E MODELAGEM DE BANCO DE DADOS - revisão técnica. Rio de Janeiro: Editora Campus/Elsevier. 2006. Tradução/Livro
61.	FERREIRA, JOAO; TAKAI, OSVALDO ; BRAGHETTO, KELLY ; Pu, Calton. Large Scale Order Processing through Navigation Plan Concept. Em: IEEE International Conference on Services Computing (SCC 2006), p. 297, 2006. Qualis: Não identificado (IEEE International Conference on Services Computing (SCC 2006))
62.	FOLGUEIRA, M. A. A. K. ; HONDA, S. T. ; BENVENUTI, T. T. ; ROZENCHAN, P. B. ; SANTOS, R. P. ; BRENTANI, H. P. ; CARRARO, D. M. ; KATAYAMA, M. L. H. ; LYRA, E. C. ; BRENTANI, M. M.. Differential gene profiling of malignant cells and fibroblasts from the primary and metastic sites from breast cancer patients upon stroma-epithelial cell interaction. Em: 2006 ASCO Annual Meeting Proceedings, 42nd Annual Meeting, 2006, Atlanta-GA. Journal of Clinical Oncology Supplement. Filadelfia-PA: American Society of Clinical Oncology (ASCO), v. 24, p. 10570, 2006.
63.	FOLGUEIRA, M. A. A. K. ; HONDA, S. T. ; SANTOS, R. P. ; KATAYAMA, M. L. H. ; BRENTANI, H. P. ; CARRARO, D. M. ; ROZENCHAN, P. B. ; KAIANO, J. ; MOTA, L. D. ; PATRÃO, D. F. C. ; BASTOS, E. P. ; LYRA, E. C. ; GOES, J. C. G. S. ; BRENTANI, M. M.. Fibroblasts from involved and uninvolved lymph nodes from breast cancer patients may influence gene expression of malignant breast cells. Em: 97th Annual Meeting 2006, AACR ? American Association for Cancer Research, 2006, Washington-DC. Proceedings of the American Association for Cancer Research. Oakland-CA, v. 47, p. 5016, 2006.
64.	FOLGUEIRA, M. A. A. K. ; SAMAIA, H. B. ; KATAYAMA, M. L. H. ; PATRÃO, D. F. C. ; CARRARO, D. M. ; MOURÃO NETO, M. ; BARBOSA, E. M. ; CALDEIRA, J. R. F. ; ABREU, A. P. S. ; LYRA, E. C. ; KAIANO, J. ; MOTA, L. D. ; CAMPOS, A. H. ; MACIEL, M. S.. Gene expression profiling of clinical stages II and III breast cancer. Brazilian Journal of Medical and Biological Research. v. 39, p. 1101-1103, 2006. Qualis: A4
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70.	JORGE, D. M. M. ; PUGA, R. D. ; SOARES, A. M. ; SOARES, A. E. E. ; GIULIATTI, S.. Database of Venom of Apoidea (Hymenoptera) and Medicinal Plants Associated. Em: In-Silico Analysis of Proteins Celebrating the 20th anniversary of Swiss-Prot, 2006, Fortaleza, CE. Posters, 2006.
71.	JUNTA, C. M. ; GARCIA, P. S. ; FACHIN, A. L. ; MELLO, S. S. ; LOUZADA-JUNIOR, P. ; OLIVEIRA, R. D. R. ; RASSI, D. M. ; GIULIATTI, S. ; SAKAMOTHOJO, E. T. ; DONADI, A. ; PASSOS JUNIOR, G. A. S.. Shared Epitope Allele Dosage Provides Distinct Gene Expression Signatures Peripheral Blood Mononuclear Cless (PBMC) of Rheumatoid Arthritis Patients. Em: International Conference of Immunogenomics and Immunomics, 2006, Budapeste. Proceedings, 2006.
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73.	KOIDE, T.; VENCIO, R. ; Gomes, S. L.. Global gene expression analysis of the heat shock response in the phytopathogen Xylella fastidiosa.. Journal of Bacteriology (Print). v. 188, p. 5821-5830, 2006. Qualis: A3
74.	KUBRUSLY, Márcia Saldanha ; REIS, EM ; LOURO, Rodrigo ; CAMARGO, Lauren ; FONSECA, Rogério ; CUNHA, J. E. M. ; JUKEMURA, J. ; BACHELLA, T. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; MACHADO, Marcel C. C.. Antisense Intronic Non-Coding RNA Levels in Pancreatic Cancer. Em: APA IAP Joint Meeting, 2006, Chicago. American Pancreatic Association and the Japan Pancreas Society, v. 33, p. 475, 2006.
75.	LIMA-BESSA, K. ; CHIGANCAS, V. ; STARY, A. ; KANOUCHE, P. ; SARASIN, A. ; ARMELINI, M. ; JACYSYN, J. ; AMARANTES-MENDES, G. ; AL, E. ; MENCK CF. Adenovirus mediated transduction of the human DNA polymerase eta cDNA. DNA Repair. v. 5, p. 925-934, 2006. Qualis: A1
76.	LISBOA, C. G. ; TONINI, P. P. ; TINÉ, M. A. S. ; BUCKERIDGE, M. S.. Endo-beta-mannanase from the endosperm of seeds of Sesbania virgata (Cav.) Pers. (Leguminosae): purification, characterisation and its dual role in germination and early seedling growth. Brazilian Journal of Plant Physiology. v. 18, p. 269-280, 2006. Qualis: A4 (INDIAN JOURNAL OF PLANT PHYSIOLOGY)
77.	LORENZINI, D ; SILVAJR, P ; SOARES, M ; ARRUDA, P ; SETUBAL, J ; DAFFRE, S. Discovery of immune-related genes expressed in hemocytes of the tarantula spider Acanthoscurria gomesiana. Developmental and Comparative Immunology. v. 30, p. 545-556, 2006. Qualis: A2
78.	LOURO, Rodrigo ; AMARAL, Paulo Paiva ; NAKAYA, Helder Ikemoto ; FESTA, Fernanda ; SOGAYAR, Mari Cleide ; REIS, EM ; DASILVA, Aline Maria ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Androgen-responsive transcription of intronic non-coding RNAs in a human prostate cancer cell line. Em: 71st CSHL Symposium: Regulatory RNAs, 2006, Cold Spring Harbor, NY. 71st CSHL Symposium: Regulatory RNAs, p. 132, 2006.
79.	MALAVAZI, I. ; SAVOLDI, M. ; DIMAURO, S. M. ; MENCK CF ; HARRIS, S. D. ; Goldman MH ; Goldman GH. Transcriptome analysis of Aspergillus nidulans exposed to camptothecin-induced DNA damage.. Eukaryotic Cell. v. 5, p. 1688-1704, 2006. Qualis: Não identificado (EUKARYOTIC CELL)
80.	MARCHETTO, M. ; CORREAL, R. ; MENCK CF ; MUOTRI, A. R.. Functional lentiviral vectors for xeroderma pigmentosum gene therapy. Journal of Biotechnology. v. 126, p. 424-430, 2006. Qualis: A3
81.	MARQUES, D. A. ; FOGLIO, M. A. ; MORGANTE, P. G. ; SLUYS MAV. ; SHEPHERD, S. L. K.. Biotechnology approaches for production of antiulcerogenic dihydro-epideoxyarteannin B isolated from Artemisia annua L.. Revista Brasileira de Farmacognosia. v. 16, p. 291-299, 2006.Qualis: A4
82.	MARQUES, M. M. ; HASHIMOTO, V. L. ; CAMARGO, L. P. ; BRENTANI, H. P. ; MARQUES, S. M. ; CARVALHO, A. F. ; REIS, L. F. L. ; DIAS, A. A. M.. Gene expression profile analysis in thioglycollate elicited peritoneal macrophages. 2006. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
83.	MARQUES, M. V. ; KOIDE, T. ; Gomes, S. L. ; da Silva Neto, J. F.. The single ECF sigma factor of Xylella fastidiosa is involved in the heat shock response and presents an unusual regulatory mechanism. Em: Gordon Conference on Microbial Stress Response, 2006, New Hampshire. Gordon Conference on Microbial Stress Response, 2006.
84.	Marques, Maria Rita ; Buckeridge, Marcos S. ; Braga, Marcia R. ; Dietrich, Sonia M. C.. Characterization of an extracellular endopolygalacturonase from the saprobe Mucor ramosissimus Samutsevitsch and its action as trigger of defensive response in tropical plants. Mycopathologia (1975. Print). v. 162, p. 337-346, 2006. Qualis: Não identificado (PRINT))
85.	MEDINA-SILVA, R. ; BARROS, M. ; GALHARDO, R. ; NETTO, L. E. S. ; COLEPICOLO, P. ; MENCK CF. Heat stress promotes mitochondrial instability and oxidative responses in yeast deficient in thiazole biosynthesis.. Research in Microbiology (Paris). v. 157, n. 3, p. 275-281, 2006. Qualis: A4
86.	MEOLA, J. ; DENTILLO, D. B. ; ROSA E SILVA, J. C. ; MELATO, L. C. ; BARBUZANO, F. G. ; PINHEIRO, D. G. ; SILVA JUNIOR, W. A. ; FERRIANI, R. A. ; GIULIATTI, S. ; MARTELLI, L. R.. Análise de Genes Menos Expressos por Rash (Rapid Subtraction Hybridization) de Pacientes com Endometriose. Em: 52º Congresso Brasileiro de Genética, 2006, Foz do Iguaçu, PR. Anais, 2006.
87.	MERINO, E. F. ; FERNANDEZ-BECERRA, C. ; DURHAM, A. M. ; FERREIRA, J. E. ; TUMILASCI, V. F. ; DARC-NEVES, J. ; DADARIO, A. ; SILVA-NUNES, M. ; FERREIRA, M. U. ; WICKRAMARACHCHI, T. A. ; PORTILLO, H. A.. Multi-character population study of the vir subtelomeric multigene superfamily of Plasmodium vivax, a major human malaria parasite. Molecular and Biochemical Parasitology (Print). v. 149, p. 10-16, 2006. Qualis: A4
88.	NAKANO, F. ; ASPRINO, P. F. ; HIGA, C. H. A. ; HASHIMOTO, R. F. ; ARMELIN, H. A.. Searching for Genes Involved in Novel Mechanisms of Tumor Cell Death Triggered by FGF2: Introducing New Methodological Approaches. Em: International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2006, Fortaleza. International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2006.
89.	NAKAYA, Helder Ikemoto ; LOURO, Rodrigo ; LOPES, Andre ; AMARAL, Paulo Paiva ; FESTA, Fernanda ; SOGAYAR, Mari Cleide ; DASILVA, Aline Maria ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Global analysis of antisense transcription in intronic regions of the human genome. Em: 71st CSHL Symposium: Regulatory RNAs, 2006, Cold Spring Harbor, NY. 71st CSHL Symposium: Regulatory RNAs, p. 153, 2006.
90.	NETTO, F. S. ; GOUVEA, M. A. ; FERREIRA, J. E.. Avaliação de Desempenho de BPM na Administração Pública Brasileira com o Uso de Análise Multivariada. Em: XXX ENANPAD - Encontro Nacional da ANPAD - Brasil, v. 1, p. 231-240, 2006.Qualis: Não identificado (XXX ENANPAD - Encontro Nacional da ANPAD - Brasil)
91.	OLIVEIRA JUNIOR, C. F. DE ; BRAGA, M. R. ; BUCKERIDGE, M. S.. Efeitos de oligossacarídeos de xiloglucano sobre o metabolismo extracelular de Rudgea jasminoides durante o crescimento. Hoehnea (São Paulo), São Paulo. v. 33, n. 2, p. 239-246, 2006.Qualis: Não identificado (HOEHNEA , SÃO PAULO)
92.	Oliveira Junior, Clovis José Fernandes de ; Braga, Marcia Regina ; Buckeridge, Marcos Silveira. Isolamento de oligossacarídeos de xiloglucano de dicotiledôneas através de hidrólise enzimática e cromatografia de exclusão molecular. Brazilian Journal of Botany. v. 29, p. 391-397, 2006. Qualis: B1
93.	OSMAN, Ahmed ; NILES, EDWARD G. ; Verjovski-Almeida, Sergio ; LoVerde, Philip T.. Schistosoma mansoni TGF-β Receptor II: Role in Host Ligand-Induced Regulation of a Schistosome Target Gene. PLoS Pathogens. v. 2, p. e54, 2006. Qualis: A1
94.	PACHECO, F. H. T. ; SILVA-STENICO, M. E. ; SILVA, D. M. ; Van Sluys, M. A.. Characterization of Agrobacterium tumefaciens Strains Isolated from Brazilian Plant Species. American Journal of Plant Physiology. v. 2, p. 142-150, 2006.Qualis: Não identificado (AMERICAN JOURNAL OF PLANT PHYSIOLOGY)
95.	PARMIGIANI, R. B. ; BETTONI, F. ; VIBRANOVSKI, M. D. ; LOPES, M. H. ; MARTINS, W. K. ; CUNHA, I. W. ; SOARES, F. A. ; SIMPSON, A. J. G. ; DE SOUZA, S. J. ; CAMARGO, A. A.. Characterization of a cancer/testis (CT) antigen gene family capable of eliciting humoral response in cancer patients. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (Online). v. 103, p. 18066-18071, 2006. Qualis: A1
96.	PEIXOTO, Bernardo Rodrigues ; VÊNCIO, Ricardo Z N ; EGIDIO, Camila Moura ; MOTA-VIEIRA, Luisa ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, EM. Evaluation of reference-based two-color methods for measurement of gene expression ratios using spotted cDNA microarrays. BMC Genomics. v. 7, n. 1, p. 35, 2006. Qualis: A2
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99.	PINTO, B. J. ; VINCI, A. ; SANTO, M. C. ; FARIA JUNIOR, M. ; GIULIATTI, S.. A Study of SNPs in Sirtuins Structures. Em: X-meeting 2006: ISBM 2006 and 2nd Annual AB3C Conference, 2006, Fortaleza, CE. Papers e Posters, 2006.
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107.	ROZENCHAN, P. B. ; FOLGUEIRA, M. A. A. K. ; BRENTANI, H. P. ; CARRARO, D. M. ; KATAYAMA, M. L. H. ; LOURDES, T. L. ; PATRÃO, D. F. C. ; MOTA, L. D. ; BASTOS, E. P. ; LYRA, E. C. ; GOES, J. C. G. S. ; BRENTANI, M. M.. Influence of fibroblasts originated from breast cancer and normal adjacent tissue from benign diseases on gene expression profile of normal and tumoral epithelial mammary cells. Em: 97th Annual Meeting 2006, AACR ? American Association for Cancer Research, 2006, Washington-DC. Proceedings of the American Association for Cancer Research. Oakland-CA, v. 47, p. 837, 2006.
108.	SACCARO-JUNIOR, N. L. ; SLUYS MAV. ; VARANI, A. M. ; ROSSI, M.. MudrA-like sequences from rice and sugarcane cluster as two bona fide transposon clades and two domesticated transposases.. Gene (Amsterdam). v. 6, p. in press, 2006. Qualis: A4
109.	SALIM, A. C. M. ; CAMARGO, L. P. ; PATRÃO, D. F. C. ; WANG, Y. ; CARRARO, D. M. ; BRENTANI, H. P. ; MCCLELLAND, M. ; CAMARGO, A. A.. Global DNA methylation analysis in breast tumors using promoter microarray. Em: 97th Annual Meeting 2006, AACR ? American Association for Cancer Research, 2006, Washington-DC. Proceedings of the American Association for Cancer Research. Oakland-CA, v. 47, p. 3219, 2006.
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121.	SOLER, J. M. P.; Ramires, D ; PEREIRA, A. C. ; GARCIA, E. P. ; Nojosa, R. A Bayesian Mixture Model for Gene Expression Heritability. Em: Genetic Analysis Workshop 15, 2006.Qualis: Não identificado (Genetic Analysis Workshop 15)
122.	TINÉ, M. A. S. ; SILVA, C. O. ; Carpita NC ; BUCKERIDGE, M. S.. Fine structure of a mixed-oligomer storage xyloglucan from seeds. Em: Plant Biology 2006, 2006, Boston. Livro de resumos. Bethesda: American Society of Plant Biology (ASPB), 2006.
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124.	TONINI, P. P. ; LISBOA, C. G. ; Frisch L ; Mercier, H. ; VIVEIROS, S. C. M. ; BUCKERIDGE, M. S.. Effect of abscisic acid on galactomannan degradation and endo-beta-mannanase activity in seeds of Sesbania virgata (Cav.) Pers.. Trees (Berlin). v. 20, p. 669-678, 2006. Qualis: A2
125.	Totola, A.H. ; Costa, D.A. ; KOIDE, T. ; Gomes, S. L. ; Fietto, L.G. ; Fietto, J.L.R. ; Castro, I.M. ; Brandão, R.L.. Analysis of global gene expression pattern of pkc1delta mutant and wild type W-303 Sacharomyces cerevisiae strains by DNA microarray. Em: XXXV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2006, Águas de Lindóia. XXXV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, p. G-70, 2006.
126.	VAN SLUYS, M A; LIMA, W. ; MENCK, C. F. M. ; BOGDANOVE, A. ; LEACH, J. E.. Comparative genomic analysis among Xanthomonadales. 2006. Apresentação de Trabalho/Simpósio
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133.	VIBRANOVSKI, M. D.; SAKABE, N. J. ; de SOUZA, S. J.. Intron origin and evolution. 2006. Apresentação de Trabalho/Seminário
134.	VILTORELLO, C. B. M. ; LIMA, W. ; VARANI, A. M. ; SOUZA, R. ; VASCONCELOS, Ana Tereza ; MENCK, C. F. M. ; VAN SLUYS, M A. Plant pathogens comparative genomics: genetic móbile elements as sources of gene diversity. 2006. Apresentação de Trabalho/Simpósio
135.	VINCI, A. ; PINTO, B. J. ; SANTO, M. C. ; FARIA JUNIOR, M. ; GIULIATTI, S.. Comparative Analysis oh Human SIRT Proteins Tertiary Structures. Em: X-meeting 2006: ISBM 2006 and 2nd Annual AB3C Conference, 2006, Fortaleza, 2006.

2005

1.	ALTHAUS, Lilian Karenina ; ALBERTON, Geraldo Camilo ; GUIMARAES, A. M. S. ; FIAMETTI, Amarildo. Exame macroscópcio das articulações de suínos artríticos no abatedouro. Archives of Veterinary Science. v. 10, n. 1, p. 13-19, 2005.Qualis: B2
2.	AMARAL, Paulo Paiva ; NAKAYA, Helder Ikemoto ; LOURO, Rodrigo ; FESTA, Fernanda ; SOGAYAR, Mari Cleide ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; SILVA, Aline M. da. Binding of Androgen Receptor to Promoter Sequence of Antisense Intronic Gene Suggests RNA Polymerase II Transcription of Non-coding RNAs. Em: 51º Congresso Brasileiro de Genética, 2005, Águas de Lindóia, SP. 51º Congresso Brasileiro de Genética, 2005.
3.	ARAÚJO, P. G. ; ROSSI, M. ; JESUS, Erika Maria de ; SACCARO-JUNIOR, N. L. ; KAJIHARA, D. ; et al ; CHABREGAS, S. M. ; ULIAN, E. C. ; MENOSSI, M. ; SLUYS MAV.. Transcriptionally active transposable elements in recent hybrid sugarcane.. Plant Journal. v. 44, n. 5, p. 707-717, 2005. Qualis: A1
4.	ARMELINI, M. ; MUOTRI, A. R. ; MARCHETTO, M. ; LIMA-BESSA, K. ; SARASIN, A. ; MENCK CF. Restoring DNA repair capacity of cells from three distinct diseases by XPD gene recombinant adenovirus. Cancer Gene Therapy, England. v. 12, n. 4, p. 389-396, 2005. Qualis: Não identificado (CANCER GENE THERAPY, ENGLAND)
5.	Baker, S. C. ; Jukneliene, D. ; Purkayastha, Anjan ; Snyder, E. E. ; Crasta, O. R. ; Czar, M. J. ; Setubal, Joao C ; Sobral, B. W.. Developing bioinformatic resources for coronaviruses. Em: Toward Control of SARS and other Nidovirus Diseases, 2006, Colorado Springs. Proceedings of the Xth Nidovirus Symposium, v. 581, p. 395-398, 2005. Qualis: Não identificado (TOWARD CONTROL OF SARS AND OTHER NIDOVIRUS DISEASES, 2006, COLORADO SPRINGS. PROCEEDINGS OF THE XTH NIDOVIRUS SYMPOSIUM)
6.	BARRERA, J. ; HASHIMOTO, R. F.. Binary Decision Diagrams as a New Paradigm for Morphological Machines. Em: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON MATHEMATICAL MORPHOLOGY, v. 15, p. 3-12, 2005. Qualis: Não identificado (INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON MATHEMATICAL MORPHOLOGY)
7.	BARRETO, B. D. ; FEHER, O. ; CRISTO, E. B. ; ESTEVES, G. H. ; HIRATA JÚNIOR, R. ; SOARES, F. A. ; CARVALHO, A. F. ; PATRÃO, D. F. C. ; BRENTANI. H ; NEVES, E. J. ; KOWALSKI, L. P. ; REIS, L. F. L.. Signature expression as predictors for response to concomitant radiochemotherapy in locally advanced squamous cell carcinomas of the larynx and hypopharynx. 2005. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
8.	BERALDO, F. H ; ALMEIDA, F. M. ; DA SILVA, A. M. ; GARCIA, C.R.S.. Cyclic AMP and calcium interplay as second messengers in melatonin-dependent regulation of Plasmodium falciparum cell cycle. Journal of Cell Biology. v. 170, n. 4, p. 551-557, 2005. Qualis: A1 (THE JOURNAL OF CELL BIOLOGY)
9.	BETTONI, F. ; CAMARGO FILHO, F. ; GERALDO, M. V. ; GALANTE, P. A. F. ; PIRES, L. C. ; PARMIGIANI, R. B. ; CARRARO, D. M. ; DE SOUZA, S. J. ; BRENTANI, H. P. ; CAMARGO, A. A.. Identification of novel cancer/testis antigens by database mining and MRNA expression analysis. Em: 96th Annual Meeting 2005, AACR ? American Association for Cancer Research, 2005, Anahein. Proceedings of the American Association for Cancer Research. Oakland-CA, v. 46, p. 124-124, 2005.
10.	BRENTANI, H. P. Análise de expressão gênica e banco de tumores durante a Mesa Redonda ?A Genômica na Prática Clínica?,. 2005. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
11.	BRENTANI, RICARDO R. ; CARRARO, DIRCE MARIA ; Verjovski-Almeida, Sergio ; Reis, Eduardo M. ; NEVES, E. JORDÃO ; DE SOUZA, SANDRO J. ; CARVALHO, ALEX F. ; BRENTANI, Helena ; REIS, LUIZ F.L.. Gene expression arrays in Cancer Research: Methods and Applications.. Critical Reviews in Oncology/Hematology, Holanda. v. 54, n. 2, p. 95-105, 2005. Qualis: Não identificado (CRITICAL REVIEWS IN ONCOLOGY/HEMATOLOGY, HOLANDA)
12.	BRITO, Glauber C. ; FACHEL, Angela A ; CAMPOS, Franz S. ; BARCINSKI, Marcello A ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, EM. Identification of novel candidate markers of renal cell carcinomas by cDNA microarray analysis. Em: 51º Congresso Brasileiro de Genética, 2005, Águas de Lindóia, SP. 51º Congresso Brasileiro de Genética, 2005.
13.	BUCKERIDGE, M. S. Sequestro de Carbono. Em: Sexto Envontro Nacional de Biólogos e XIV Enconfro de Biólogos do Rio de Janeiro e Espírito Santo, 2005, Rio de Janeiro. Conferência apresentada no 6 Encontro Nacional de Biólogos, v. resumo, p. 4-4, 2005.
14.	BUCKERIDGE, M. S. Biotechnological applications of hemicelluloses as a means for sustainale uso of biodiversity. 2005. Apresentação de Trabalho/Simpósio
15.	BUCKERIDGE, M. S.; HUTCHEON, I. ; REID, J. S. G.. The role of exo-(1-4)-beta-galactanase in the mobilisation of polysaccharides from the cotyledonary cell walls of Lupinus angustifolius L. following germination.. Annals of Botany. v. 96, p. 435-444, 2005. Qualis: A1
16.	CAMARGO FILHO, F. ; GIULIATTI, S. ; SOARES, A. M. ; FARIA JUNIOR, M.. System for Localization and Functional Analysis of Domains and Highly Conserved Amino Acids in Phospholipases A2 from Serpents Venoms. Em: X-meeting 2005 and 1st Annual AB3C Conference, 2005, Caxambu, MG. Posters, 2005.
17.	CARVALHO, A. F. ; GOMES, L. I. ; ESTEVES, G. H. ; CRISTO, E. B. ; HIRATA JÚNIOR, R. ; MARQUES, S. M. ; BRENTANI, H. P. ; PELOSOF, A. ; ZITRON, C. ; SALLUM, R. A. ; MONTAGNINI, A. ; SOARES, F. A. ; NEVES, E. J. ; REIS, L. F. L.. Expression profile of malignant and non-malignant lesions of esophagus and stomach: identification of active expression modules related to inflammation and lipid metabolism. 2005. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
18.	CARVALHO, H. ; WEINLICH, R. ; AMARANTES-MENDES, G. ; MENCK CF. Effect of cell confluence on ultraviolet light apoptotic responses in nucleotide excision repair deficient fibroblasts. Em: 9th International Conference on Environmental Mutagens & 36th Annual Meeting of The Environmental Mutagen Society, 2005, San Francisco, California. 9th International Conference on Environmental Mutagens & 36th Annual Meeting of The Environmental Mutagen Society, 2005.
19.	CARVALHO, Sidney Jurado de ; Da SILVA, F. L. B.. Macroion-polyelectrolyte complexes: An intial study of methodological issues. Em: Macroion Complexation: fundamentals and applications, 2005, Wageningen. Macroion Complexation: fundamentals and applications. Wageningen, Holanda: Wageningen University - SOFTLink, 2005.
20.	CASTRO, N. P. ; KAIANO, J. ; PATRÃO, D. F. C. ; OSÓRIO, C. A. B. T. ; BASTOS, E. P. ; CUNHA, I. W. ; CAMARGO, L. P. ; SARAIVA, T. F. ; MOURÃO NETO, M. ; CAMARGO, A. A. ; SOARES, F. A. ; BRENTANI, H. P. ; CARRARO, D. M.. Gene expression profile of ductal carcinoma in situ of the breast can discriminate pure lesions from lesions associated with ductal invasive carcinoma. 2005. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
21.	CASTRO, N. P. ; OSÓRIO, C. A. B. T. ; PATRÃO, D. F. C. ; KAIANO, J. ; BASTOS, E. P. ; SARAIVA, T. F. ; CAMARGO, A. A. ; SOARES, F. A. ; BRENTANI, H. P. ; CARRARO, D. M.. Utilização de amostras microdissecadas a laser nas análises de microarray em câncer de mama. 2005. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
22.	Cavalari, A.A. ; TINÉ, M. A. S. ; SILVA, C. O. ; BUCKERIDGE, M. S.. Modificações da parede celular de mamão (Carica papaya) durante o desenvolvimento do fruto. Em: X Congresso Nacional de Fisiologia Vegetal e XII Congresso Latinoamericano de Fisiologia Vegetal, 2005, Recife. Livro de Resumos, v. resumo, 2005. Qualis: Não identificado (X CONGRESSO NACIONAL DE FISIOLOGIA VEGETAL E XII CONGRESSO LATINOAMERICANO DE FISIOLOGIA VEGETAL, 2005, RECIFE. LIVRO DE RESUMOS)
23.	CHEN, J. ; CIVEROLO, E. L. ; SLUYS MAV. ; OLIVEIRA, M. C.. Genetic Discovery in Xylella fastidiosa Through Sequence Analysis of Selected Randomly Amplified Polymorphic DNAs. Current Microbiology. v. 50, n. 2, p. 78-83, 2005. Qualis: B1
24.	COSTA, R. M. A. ; RIOU, L. ; PAQUOLA, A. ; MENCK CF ; SARASIN, A.. Transcriptional profiles of unirradiated or UV-irradiated human cells expressing either the cancer-prone XPB/CS allele or the non cancer-prone XPB/TTD allele. Oncogene (Basingstoke), Estados Unidos. v. 24, n. 8, p. 1359-1374, 2005. Qualis: Não identificado (ONCOGENE , ESTADOS UNIDOS)
25.	da Silva Neto, J. F. ; KOIDE, T. ; Gomes, S. L. ; MARQUES, M. V.. Identificação de genes regulados pelo fator sigma alternativo sigmaE de Xylella fastidiosa. Em: 51 Congresso Brasileiro de Genética, 2005, Águas de Lindoya. Anais do Congresso, p. GM120, 2005.
26.	da Silva, Aline M. Advanced technology of genomic analysis. 2005. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
27.	da Silva, Aline M; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, Eduardo Moraes R.. Genomic approach to cancer. 2005. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
28.	Da SILVA, F. L. B. Electrostatic World of Biological Molecules. - Important Interactions and some Applications in Structural Biophysics. Em: XXXIV Reuniao Anual da Sociedade Brasileira de Bioquimica e Biologia Molecular, 2005, Aguas de Lindoia. Programa e Índices da XXXIV Reunião Anual. Sao Paulo - SP: SBBq, v. CD-ROM, 2005.
29.	Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: Biologia Estrutural: Do PDB a formação de complexos moleculares. Aspectos eletrostáticos. (UnB). 2005. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
30.	Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: Protein-Polyelectrolyte Complexation: Effects of Protein Titration (A Monte Carlo Simulation Study (DTU/Dinamarca). 2005. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
31.	Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: Da Lei de Coulomb a Biologia Estrutural. Como a Física pode ajudar no entendimento de mecanismos moleculares? (FFCLRP/USP). 2005. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
32.	Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: Da Lei de Coulomb a Biologia Estrutural. Como a Física pode ajudar no entendimento de mecanismos moleculares? (FEB). 2005. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
33.	Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: Formação de complexos proteína-polieletrólito. Como explicá-los quando não há complementariedade de cargas?. 2005. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
34.	Da SILVA, F. L. B.; JÖNSSON, Bo. Palestra Convidada: On the interaction of proteins and polyelectrolytes (LU/Suecia). 2005. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
35.	Da SILVA, F. L. B.; LINSE, S. ; JÖNSSON, Bo. The binding of charged ligands to macromolecules. Anomalous salt dependence.. Journal of Physical Chemistry B, The, ACS. v. 109, n. 5, p. 2007-2013, 2005. Qualis: Não identificado (JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B, THE, ACS)
36.	Da SILVA, F. L. B.; LUND, Mikael ; JÖNSSON, Bo. Ionization and Protein-Polyelectrolyte Complexes. Em: Macroion Complexation: fundamentals and applications, 2005, Wageningen. Macroion Complexation: fundamentals and applications. Wageningen, Holanda: Wageningen University - SOFTLink, 2005.
37.	De Souza, Robson F; de Souza, S. J. ; Gueiros-Filho, F. J.. Evolution of bacterial cell division. 2005. Apresentação de Trabalho/Congresso
38.	DELBONI, Lariani Aparecida ; SILVA, Roosevelt Alves da ; Da SILVA, F. L. B.. MECANISMOS RESPONSÁVEIS PELA FORMAÇÃO DE COMPLEXOS MOLECULARES. TRIPSINA-BPTI: ASPECTOS ELETROSTÁTICOS E FLEXIBILIDADE. Em: 13. Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP, 2005, Ribeirao Preto. Livro de Resumos, v. x, 2005.
39.	DEMARCO, Ricardo ; MACHADO, ABIMAEL A. ; BISSON-FILHO, ALEXANDRE W. ; Verjovski-Almeida, Sergio. Identification of 18 new transcribed retrotransposons in Schistosoma mansoni. Biochemical and Biophysical Research Communications (Print). v. 333, p. 230-240, 2005. Qualis: A3
40.	DURHAM, A. M.; KASHIWABARA, A. Y. ; MATSUNAGA, F. ; AHAGON, P. ; RAINONE, F. ; VARUZZA, L. ; GRUBER, A.. EGene: a configurable pipeline generation system for automated sequence analysis. BIOINFORMATICS, Bioinformatics Advance Access. v. 21, p. 2812-2813, 2005. Qualis: Não identificado (BIOINFORMATICS, BIOINFORMATICS ADVANCE ACCESS)
41.	ELJUNDI, Tarik A.r.j. ; LOURO, Rodrigo ; NAKAYA, Helder Ikemoto ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Intronic non-coding RNAs are similarly expressed in different tissues both in humans and mice. Em: 51º Congresso Brasileiro de Genética, 2005, Águas de Lindóia, SP. 51º Congresso Brasileiro de Genética, 2005.
42.	FACHEL, Angela A ; CAMPOS, Franz S. ; BARCINSKI, Marcello A ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Linear Amplification of RNA Isolated from Clinical Tissue Samples for Microarray Assays. Em: XXXIV Reunião Anual da SBBq, 2005, Águas de Lindóia, SP. XXXIV Reunião Anual da SBBq, 2005.
43.	FANGANIELLO, R. D. ; SERTIE, A. L. ; REIS, EM ; OLIVEIRA, N. ; KOK, F. ; CAVALHEIRO, S. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; BUENO, M. R. P.. Differential gene expression profiles unraveled by microarray analysis in periosteal fibroblasts deriving from Apert syndrome. Em: 55th Annual Meeting of the American Society of Human Genetics, 2005, Salt Lake City, EUA. 55th Annual Meeting of the American Society of Human Genetics, 2005.
44.	FERREIRA, J. E. Integration of Business Processes with Autonomous Information Systems: A Case Study. 2005. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
45.	FERREIRA, J. E. Data Updating Between the Operational and Analytical Databases Through DW-Log Algorithm. 2005. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
46.	FERREIRA, J.E.; TAKAI, O.K. ; PU, C.. Integration of Collaborative Information System in Internet Applications using RiverFish Architecture. Em: 2005 International Conference on Collaborative Computing: Networking, p. 1, 2005. Qualis: Não identificado (2005 International Conference on Collaborative Computing: Networking)
47.	FERREIRA, J.E.; TAKAI, O.K. ; PU, C.. Integration of Business Processes with Autonomous Information Systems: A Case Study in Government Services. Em: Seventh IEEE International Conference on ECommerce Technology (CEC'05), p. 471, 2005. Qualis: Não identificado (Seventh IEEE International Conference on ECommerce Technology (CEC'05))
48.	FESTA, Fernanda ; GOMES, L. R. ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; SOGAYAR, Mari Cleide. The role of p53-regulated phosphatase (PPM1D) in prostatic cell lines. Em: XXXIV Reunião Anual da SBBq, 2005, Águas de Lindóia, SP. XXXIV Reunião Anual da SBBq, 2005.
49.	Freitas, R.A. ; Martin, S. ; Santos, G.L. ; Valenga F. ; BUCKERIDGE, M. S. ; Reicher, F. ; Sierakowski, M.R.. Physico-chemical properties of seed xyloglucans from different sources. Carbohydrate Polymers. v. 60, n. 4, p. 507-514, 2005. Qualis: A1
50.	FUJITA, A.; MASSIRER, Katlin Brauer ; DURHAM, Alan Mitchell ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; SOGAYAR, Mari Cleide. The GATO gene annotation tool for research laboratories.. Brazilian Journal of Medical and Biological Research (Impresso). v. 38, n. 11, p. 1571-1574, 2005. Qualis: A4
51.	FUJITA, A.; SATO, João Ricardo ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; SOGAYAR, Mari Cleide. Evaluating different methods of microarray data normalization. Em: X-meeting, 2005, Caxambú. X-meeting, 2005.
52.	FUJITA, A.; SATO, João Ricardo ; FESTA, Fernanda ; WINNISCHOFER, Sheila Maria Brochado ; SHINJO, Sueli Mieko Oba ; MARIE, Suely Kazue Nagahashi ; FERREIRA, Carlos Eduardo ; SOGAYAR, Mari Cleide. A preliminary transcriptome map of astrocytomas. Em: XXXIV Reunião da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2005, Lindóia, 2005.
53.	GALHARDO, R. ; ROCHA, R. ; MARQUES, M. ; MENCK CF. A SOS-regulated operon involved in damage-inducible mutagenesis in Caulobacter crescentus. Nucleic Acids Research (Online), England. v. 33, n. 8, p. 2603-2614, 2005. Qualis: Não identificado (NUCLEIC ACIDS RESEARCH , ENGLAND)
54.	GALHARDO, R. ; ROCHA, R. ; MARQUES, M. ; MENCK CF. Characterization of the SOS dependent Mutagenesis in Caulobacter crescentus. Em: 9th International Conference on Environmental Mutagens & 36th Annual Meeting of The Environmental Mutagen Society, 2005, San Francisco, California. 9th International Conference on Environmental Mutagens & 36th Annual Meeting of The Environmental Mutagen Society, 2005.
55.	Gaspar M. ; SOUZA, A. P. ; BUCKERIDGE, M. S.. Isolamento e caracterização de cinco genes de ceulose sintase (CesA) de jatobá (Hymenaea courbaril L.). Em: 51 Congresso Brasileiro de Genética, 2005, Águas de Lindóia. Livro de Resumos, v. resumo, 2005.
56.	GIULIATTI, S.; FARIA JUNIOR, M. ; CAMARGO, F. ; CAMARGO, L. P. ; FRANÇA, S. C. ; SOARES, A. M.. An Algorithm to Classify Amino Acid Sequences into Protein Groups of Bothrops jararacussu Venomous Gland. Protein and Peptide Letters, Estados Unidos. v. 12, n. 4, p. 333-337, 2005. Qualis: Não identificado (PROTEIN AND PEPTIDE LETTERS, ESTADOS UNIDOS)
57.	GIULIATTI, S.; SOARES, A. M. ; PEREIRA, T. J. ; PRATES, C. F. ; PUGA, R. D. ; SANTO, M. C. ; FARIA JUNIOR, M.. Connection In Silico between Medicinal Plants and Animal Venoms. Em: Therapeutic Applications of Computational Biology, 2005, Cambridge. Posters, 2005.
58.	GOMES, L. I. ; ESTEVES, G. H. ; CRISTO, E. B. ; CARVALHO, A. F. ; HIRATA JÚNIOR, R. ; MARQUES, S. M. ; BRENTANI, H. P. ; PELOSOF, A. ; ZITRON, C. ; SALLUM, R. A. ; MONTAGNINI, A. ; SOARES, F. A. ; SCHWARTSMANN, G. ; NEVES, E. J. ; REIS, L. F. L.. Expression profile of malignant and non-malignant lesions of esophagus and stomach: identification of active expression modules related to inflammation and lipid metabolism. Em: 96th Annual Meeting 2005, AACR ? American Association for Cancer Research, 2005, Anahein. Proceedings of the American Association for Cancer Research. Oakland-CA, v. 46, p. 3558-3558, 2005.
59.	GONCALVES, B.M.M.T. ; ITALIANO, I.C. ; FERREIRA, J.E.. Data Updating Between the Operational and Analytical Databases Through DW-Log Algorithm. Em: International Database Engineering & Application Symposium (IDEAS'05), p. 77, 2005. Qualis: C (IDEAS)
60.	GONCALVES, J. F. C. ; BARRETO, D. C. S. ; SANTOS JUNIOR, U. M. ; FERNANDES, A. V. ; SAMPAIO, P. T. B. ; BUCKERIDGE, M. S.. Growth, photosynthesis and stress indicators in young rosewood plants (Aniba rosaeodora Duck) under different light intensities. Brazilian Journal of Plant Physiology, Campinas. v. 17, n. 3, p. 325-334, 2005. Qualis: Não identificado (BRAZILIAN JOURNAL OF PLANT PHYSIOLOGY, CAMPINAS)
61.	GRANDBASTIEN, M. A. ; AUDEON, C. ; BONNIVARD, E. ; CASACUCERTA, J. M. ; CHALHOUB, B. ; COSTA, A. P. P. ; et al ; SLUYS MAV. ; MIHRI, C.. Stress Activation And Genomic Impact Of Tnt1 Retrotransposons In Solanaceae. Cytogenetic and Genome Research. v. 110, n. 1-4, p. 229-241, 2005. Qualis: A4
62.	GUIMARAES, A. M. S.; ALBERTON, Geraldo Camilo ; DECONTO, Ivan ; FERRARI, Marcus Vinícius ; BILLÓ, Rafael ; MAZUTTI, Kelly. Casqueamento de porcas em granjas comerciais de suínos. Em: Evento de Iniciação Científica da Universidade Federal do Paraná, 2005, Curitiba. Livro de Resumos do XIII Evinci, v. 1, p. 27, 2005.
63.	GUIMARAES, A. M. S.; BIONDO, A. W. ; BAUMANN, A. ; MESSICK, J. B.. Mycoplasma haemofelis and ?Candidatus Mycoplasma haemominutum? coinfection in a domestic cat (Felis catus) in Brazil. Em: 2005 ASVCP/ACVP Combined Annual Meeting, 2005, Boston. Veterinary Clinical Pathology, v. 34, p. 286, 2005.
64.	GUIMARAES, A. M. S.; BIONDO, A. W. ; LARA, A. C. ; ALBERTON, Geraldo Camilo ; MESSICK, J. B.. Detecção do Mycoplasma suis (Eperythrozoon suis) em quatro granjas comerciais de suínos no sul do Brasil. Em: XII Congresso Brasileiro de Veterinários Especialistas em Suínos, 2005, v. 1, p. 50-51, 2005. Qualis: Não identificado (XII CONGRESSO BRASILEIRO DE VETERINÁRIOS ESPECIALISTAS EM SUÍNOS, 2005)
65.	GUIMARAES, A. M. S.; BIONDO, A. W. ; LARA, A. C. ; MESSICK, J. B.. An exploratory study of Mycoplasma suis (Eperythrozoon suis) on four commercial swine farms in southern Brazil. Em: 2005 ASVCP/ACVP Combined Annual Meeting, 2005, Boston. Veterinary Clinical Pathology, v. 34, p. 285, 2005.
66.	GUIMARAES, A. M. S.; TULLIO, D. ; ALBERTON, Geraldo Camilo ; DECONTO, Ivan ; SILVA, A. W.. Exame Anatomopatológico de Extremidades Podais de Fêmeas Suínas Descartadas. Em: XII Congresso Brasileiro de Veterinários Especialistas em Suínos, 2005, Fortaleza. Anais do XII Congresso Brasileiro de Veterinários Especialistas em Suínos, v. 2, p. 155-156, 2005. Qualis: Não identificado (XII CONGRESSO BRASILEIRO DE VETERINÁRIOS ESPECIALISTAS EM SUÍNOS, 2005, FORTALEZA. ANAIS DO XII CONGRESSO BRASILEIRO DE VETERINÁRIOS ESPECIALISTAS EM SUÍNOS)
67.	HANCE, M. E. ; Czar, M. J. ; Azad, Abdu F. ; Purkayastha, A. ; Snyder, Eric E. ; Crasta, O. R. ; SETUBAL, J. C. ; Sobral, B. W.. The Pathogen Resource Integration Center: Implications for Rickettsial Research. Annals of the New York Academy of Sciences. v. 1063, p. 459-465, 2005. Qualis: A1
68.	HASHIMOTO, R. F.; DOUGHERTY, E. R. ; BITTNER, M. L.. Intrinsically Multivariately Predictive Genes. Em: X-Meeting - The First International Conference of the AB3C, 2005, Caxambu. X-Meeting - The First International Conference of the AB3C, p. 85-85, 2005.
69.	HÜNEMEIER, T. Filogeografia doa Cromossomos Y e das Linhagens Mitocondriais em Populações Negras Brasileiras. Em: 51 Congresso Nacional de Genética, 2005, Águas de Lindóia. Filogeografia dos Cromossomos Y e das Linhagens Mitocondriais em Populações Negras Brasileiras, 2005.
70.	HÜNEMEIER, T.; NEVES, A. G. ; SALZANO, F. M. ; NORBERG, I. ; HILL, K. ; HURTADO, A. M. ; CARNESE, F. R. ; GOICOECHEA, A. S. ; Hutz, M. ; Chies, JAB. T-Cell and chemokine receptor variation in South Amerindian populations. American Journal of Human Biology. v. 17, p. 515-518, 2005. Qualis: A1
71.	KOIDE, T.; SALEM-IZACC, S. ; Gomes, S. L. ; Vencio, R.Z.N.. SpotWhatR: a user-friendly microarray data analysis system. Em: X-meeting: I International Conference of the Brazilian Associatiion for Bioinformatics and Computational Biology, 2005, Caxambu. X-meeting: I International Conference of the Brazilian Associatiion for Bioinformatics and Computational Biology, 2005.
72.	KOIDE, T.; VENCIO, R. ; Gomes, S. L.. Heat Shock Transcriptome of the Phytopathogen Xylella fastidiosa. Em: Joint Meeting of the 3 Divisions of the International Union of Microbiological Societies, 2005, San Fracisco. Proceedings of the meeting, p. B1364, 2005.
73.	LEVANOGARCIA, Julio ; Verjovski-Almeida, S. ; DASILVA, Ana C R. Mapping transposon insertion sites by touchdown PCR and hybrid degenerate primer.. BioTechniques. v. 38, p. 225-229, 2005.Qualis: A4
74.	LIMA, W. ; Lima, Wanessa C. ; Menck, C. F. M. ; Sluys, Marie-Anne Van ; Menck, Carlos F.M.. Non-gamma-proteobacteria gene islands contribute to the Xanthomonas genome. Journal of Integrative Biology / Omics (Larchmont). v. 9, n. 2, p. 160-172, 2005. Qualis: Não identificado (JOURNAL OF INTEGRATIVE BIOLOGY / OMICS)
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76.	LOURO, Rodrigo ; NAKAYA, Helder Ikemoto ; AMARAL, Paulo Paiva ; FESTA, Fernanda ; SOGAYAR, Mari Cleide ; DASILVA, Aline Maria ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Characterization of intronic non-coding transcripts regulated by androgen in a prostate cancer cell line by strand-specific real-time PCR. Em: XXXIV Reunião Anual da SBBq, 2005, Águas de Lindóia, SP. XXXIV Reunião Anual da SBBq, 2005.
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78.	Mantzouranis, Luciana ; VENCIO, R. Z. N. ; Nishiyama, Milton Yutaka ; SOUZA, G. M.. Dictyostelium discoideum YakA-regulated transcriptome anlysis using cDNA microarrays. Em: XXXIV Congresso da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular (SBBq), 2005, Águas de Lindóia, SP. Livro de Resumos, 2005.
79.	MARTINS JÚNIOR, D. C. ; MARQUES, M. M. ; COLÓ, A. E. L. ; LIMA, V. C. C. ; MARQUES, S. M. ; MUTO, N. H. ; PATRÃO, D. F. C. ; CAMARGO, L. P. ; BRENTANI, H. P. ; NEVES, E. J. ; CARVALHO, A. F. ; REIS, L. F. L. ; DIAS, A. A. M.. Analysis of gene expression modulate by PTX3. 2005. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
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82.	MINHOTO, M. J. ; ALCÂNTARA, P. H. N. ; TINÉ, M. A. S. ; DIETRICH, S. M. C. ; BUCKERIDGE, M. S.. Cell wall degradation is controlled by temperature dependent polysaccharide. Em: XXXIV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2005, Águas de Lindóia. Livro de Resumos da XXXIV Reunião Anual da SBBq. São Paulo: SBBq, v. XXXIV, 2005.
83.	MONTEIROVITORELLO, C B ; OLIVEIRA, Mariana Cabral de ; ZERILLO, M. M. ; VARANI, A. M. ; CIVEROLO, E. L. ; SLUYS MAV.. Xylella and Xanthomonas mobil`omics. Journal of Integrative Biology / Omics (Larchmont). v. 9, n. 2, p. 146-159, 2005. Qualis: Não identificado (JOURNAL OF INTEGRATIVE BIOLOGY / OMICS)
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88.	PAPINI-TERZI, Flavia ; ROCHA, Flavia R. ; VENCIO, Ricardo Z. N. ; OLIVEIRA, Katia C. ; FELIX, Juliana M. ; VINCENTINI, Renato ; ROCHA, Cristiane S. ; SIMÕES, Ana Carolina Quirino ; ULIAN, Eugenio C. ; Di MAURO, Sônia M.Z. ; DA SILVA, A. M. ; PEREIRA, Carlos A. B. ; MENOSSI, Marcelo ; SOUZA, Glaucia Mendes. Transcription profiling of signal transduction-related genes in sugarcane tissues.. DNA Research. v. 12, n. 1, p. 27-38, 2005. Qualis: A1
89.	PARMIGIANI, R. B. ; VIBRANOVSKI, M. D. ; LOPES, M. H. ; MARTINS, W. K. ; CUNHA, I. W. ; SOARES, F. A. ; de SOUZA, S. J. ; CAMARGO, A. A.. Characterization of a novel cancer/testis (CT) antigen gene family capable of eliciting humoral response in cancer patients. Em: 4th São Paulo Research Conference ?Cancer Today: from molecular biology, 2005, São Paulo. Applied Cancer Research, 2005.
90.	PARMIGIANI, R. B. ; VIBRANOVSKI, M. D. ; LOPES, M. H. ; MARTINS, W. K. ; CUNHA, I. W. ; SOARES, F. A. ; de SOUZA, S. J. ; CAMARGO, A. A.. Characterization of a novel cancer/testis (CT) antigen gene family capable of eliciting humoral response in cancer patients. Em: AACR-NCI-EORTC International Conference on Molecular Targets and Cancer Therapeutics: Discovery, Biology, and Clinical Application, 2005, Philadelphia, 2005.
91.	PASHALIDIS, Stefano ; MOREIRA, Leandro M. ; ZAINI, Paulo A. ; CAMPANHARO, Joao C ; ALVES, Lucia M C ; CIAPINA, Luciane P ; VENCIO, Ricardo Z. N. ; LEMOS, Eliana G M ; DA SILVA, A. M. ; DA SILVA, Ana C. R.. Whole-genome expression Profiling of Xylella fastidiosa in response to growth on glucose.. OMICS: Journal of Integrative Biology. v. 9, p. 77-90, 2005. Qualis: Não identificado (OMICS: JOURNAL OF INTEGRATIVE BIOLOGY)
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10.	BRENTANI, H. P. Introdução à metodologia científica. 2004. Apresentação de Trabalho/Comunicação
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13.	BUCKERIDGE, M. S. Sequestro de carbono por florestas tropicais: o efeito jatobá. 2004. Apresentação de Trabalho/Simpósio
14.	BUCKERIDGE, M. S. The fine structure of seed storage xyloglucan of Hymenaea courbaril L. as a form to probe structure-function relationship of cell walls. 2004. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
15.	BUCKERIDGE, M. S. Inteligência em Plantas: complexidade e emergência. 2004. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
16.	BUCKERIDGE, M. S. Viabilidade da Conservação dos Remanescentes de Cerrado no Estado de São Paulo. São Paulo, 2004. (Prefácio. 2004.
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32.	Da SILVA, F. L. B. Palestra Convidada: O mundo eletrostático nas proteínas (LNCC/MCT). 2004. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
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39.	FIETTO, JULIANA L.R. ; DEMARCO, Ricardo ; NASCIMENTO, IVAN P. ; CASTRO, IESO M. ; CARVALHO, TÉCIA M.U. ; DE SOUZA, WANDERLEY ; Bahia, Maria T. ; ALVES, MARIA J.M. ; Verjovski-Almeida, Sergio. Characterization and immunolocalization of an NTP diphosphohydrolase of Trypanosoma cruzi. Biochemical and Biophysical Research Communications (Print). v. 316, p. 454-460, 2004. Qualis: A3
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42.	FOLGUEIRA, M. A. A. K. ; CARRARO, D. M. ; BRENTANI, H. P. ; BARBOSA, E. M. ; MOURÃO NETO, M. ; OLIVEIRA, C. T. ; CALDEIRA, J. R. F. ; SOARES, F. A. ; CAMARGO, L. P. ; BRENTANI, M. M.. Genes differentially expressed in breast cancer (BC) samples as compared to normal breast tissue from women without cancer. Em: 2004 ASCO Annual Meeting Proceedings, 40nd Annual Meeting, 2004, Chicago-Illinois. J Clin Oncol supplemet. Philadelphia, v. 22, p. A9593, 2004.
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57.	Kashima, Simone ; Roberto, Patrí­cia G. ; Soares, Andreimar M. ; Astolfi-Filho, Spartaco ; Pereira, José O. ; Giuliati, Silvana ; Jr., Milton Faria ; Xavier, Mauro A.S. ; Fontes, Marcos R.M. ; Giglio, José R. ; França, Suzelei C.. Analysis of Bothrops jararacussu venomous gland transcriptome focusing on structural and functional aspects11All sequence data reported in this paper will appear in the GenBank database under the following accession numbers: BOJU-I (AY 185200), BOJU-II (AY 185206), BOJU-III (AY 145836), BOJUMET-I (AY 55005), BOJUMET-II (AY 25584), BOJUMET-III (AY 258153), C-type lectin (AY 251283), serine-protease. Biochimie (Paris. Print). v. 86, p. 211-219, 2004. Qualis: Não identificado (PRINT))
58.	KOIDE, T.; da Silva Neto, J. F. ; Gomes, S. L. ; MARQUES, M. V.. Insertional transposon mutagenesis in the Xylella fastidiosa Citrus Variegated Chlorosis strain with transposome.. Current Microbiology. v. 48, p. 247-250, 2004. Qualis: B1
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60.	KOIDE, T. ; ZAINI, P. A. ; MOREIRA, L. M. ; VENCIO, R. Z. N. ; MATSUKUMA, A. Y. ; DURHAM, A. M. ; TEIXEIRA, D. C. ; EL-DORRY, H. ; MONTEIRO, P. B. ; DA SILVA, A. C. R. ; Verjovski-Almeida, S. ; da SILVA, A. M. ; GOMES, S. L.. DNA microarray-based genome comparison of a pathogenic and a nonpathogenic strain of Xylella fastidiosa delineates genes important for bacterial virulence.. Journal of Bacteriology (Print). v. 186, p. 5442-5449, 2004. Qualis: A3
61.	KRIEGER, M. A. ; PROBST, C. M. ; PAVONI, D. P. ; Andrea Ávila ; Viviane M. Goes ; A. Correa ; Vanessa Sotomaior ; Bruno Dallagiovanna ; Josiane Cardoso ; Sheila Nardelli ; Celina Poersch ; Fabricio K. Marchini ; S.F.Y. Ogatta ; Viviane Giese ; P.R.C. Arauco ; Alves, J. M. ; MANQUE, P. ; SERRANO, M. G. ; OZAKI, L. S. ; XU, P. ; et.al. mRNA mobilization to polysomes and its role in gene expression regulation during Trypanosoma cruzi differentiation. 2004. Apresentação de Trabalho/Comunicação
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68.	MANQUE, P. ; PROBST, C. M. ; Mirian Claudia de S. Pereira ; MEIRELLES, M. N. ; Li-Min Wen ; Helene Santos Barbosa ; GOLDENBERG, S. ; KRIEGER, M. A. ; PAVONI, D. P. ; Alejandro Correa ; Celina Poersch ; OZAKI, L. S. ; Alves, J. M. ; XU, P. ; CARVALHO, M. R. ; Darrell Mallonee ; SERRANO, M. G. ; BUCK, G. A.. Host cell response in Trypanosoma cruzi-infected cardiomyocytes: host response or parasite control?. 2004. Apresentação de Trabalho/Comunicação
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