Programa de Pós Graduação em Bioinformática

Robson Francisco de Souza

Doutor em Bioquímica pela Universidade de São Paulo (2007) com Pós-Doutorado no National Center for Biotechnology Information (NCBI/NIH/USA). Bacharel em Ciências Moleculares pela Universidade de São Paulo (1996) e Mestre em Ciências (especialidade Biotecnologia) pela Universidade de São Paulo (2000). Tem experiência em áreas multidisciplinares, com ênfase em Evolução Molecular, atuando principalmente nos seguintes temas: análise de sequências, genômica comparativa, evolução de proteínas e filogenia. (Texto informado pelo autor)

  • http://lattes.cnpq.br/0008899757720949 (13/02/2025)
  • Rótulo/Grupo:
  • Bolsa CNPq:
  • Período de análise:
  • Endereço: Universidade de São Paulo, Instituto de Ciências Biomédicas, Departamento de Microbiologia. Av.Prof. Lineu Prestes, 1374, Edifício Biomédicas II, Sala 250 Cidade Universitária 05508090 - São Paulo, SP - Brasil Telefone: (011) 30910891
  • Grande área: Outros
  • Área: Multidisciplinar
  • Citações: Google Acadêmico

Produção bibliográfica

Produção técnica

Produção artística

Orientações em andamento

Supervisões e orientações concluídas

Projetos de pesquisa

Prêmios e títulos

Participação em eventos

Organização de eventos

Lista de colaborações

Produção bibliográfica

Produção técnica

Produção artística

Orientações em andamento

Supervisões e orientações concluídas

Projetos de pesquisa

  • Total de projetos de pesquisa (10)
    1. 2023-Atual. Centro de Pesquisa em Biologia de Bactérias e Bacteriófagos (CEPID B3)
      Descrição: O CEPID B3 é uma rede com pólos de pesquisa sediados em São Paulo (IQ-USP, ICB-USP), Campinas (IB-UNICAMP, IAC), Ribeirão Preto (FCFRP-USP, FMRP-USP) e Rio Claro (UNESP) que colaborará na realização de pesquisas básicas de ponta sobre os mecanismos moleculares de importância primordial para a reprodução bacteriana, o comportamento multicelular, a competição, a colonização e as interações de bactérias com seus hospedeiros eucarióticos e bacteriófagos. Os conhecimentos adquiridos serão utilizados na busca e desenvolvimento de novos inibidores químicos e biológicos do crescimento bacteriano.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (20) / Especialização: (7) / Mestrado acadêmico: (8) / Doutorado: (19) . Integrantes: Robson Francisco de Souza - Integrante / Cristiane Rodrigues Guzzo Carvalho - Integrante / FARAH, CHUCK SHAKER - Coordenador / Aline Maria da Silva - Integrante / Henrique Ferreira - Integrante / Marcelo Brocchi - Integrante / Marilis do Valle Marques - Integrante / Regina Lúcia Baldini - Integrante / Roberto Kopke Salinas - Integrante / Sandro Roberto Marana - Integrante / Cristina Elisa Alvarez Martinez - Integrante / Germán Gustavo Sgro - Integrante / José Freire da Silva Neto - Integrante / Marcio Vinicius Bertacine Dias - Integrante / Marco Aurélio Takita - Integrante / Rita de Cassia Cafe Ferreira - Integrante / Rodrigo da Silva Galhardo - Integrante / Frederico Jose Gueiros Filho - Integrante / Beny Spira - Integrante / Bruna Sayuri Cardoso Ogusku - Integrante.
      Membro: Robson Francisco de Souza.
      Descrição: O CEPID B3 é uma rede com pólos de pesquisa sediados em São Paulo (IQ-USP, ICB-USP), Campinas (IB-UNICAMP, IAC), Ribeirão Preto (FCFRP-USP, FMRP-USP) e Rio Claro (UNESP) que colaborará na realização de pesquisas básicas de ponta sobre os mecanismos moleculares de importância primordial para a reprodução bacteriana, o comportamento multicelular, a competição, a colonização e as interações de bactérias com seus hospedeiros eucarióticos e bacteriófagos. Os conhecimentos adquiridos serão utilizados na busca e desenvolvimento de novos inibidores químicos e biológicos do crescimento bacteriano.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (20) / Especialização: (6) / Mestrado acadêmico: (10) / Doutorado: (22) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / Marilis do Valle Marques - Integrante / Marco Aurélio Takita - Integrante / João C. Setubal - Integrante / de Souza, Robson F - Integrante / Frederico Gueiros-Filho - Integrante / Shaker Chuck Farah - Coordenador / Rita de Cassia Café Ferreira - Integrante / Regina Lúcia Baldini - Integrante / Henrique Ferreira - Integrante / Beny Spira - Integrante / Sandro Roberto Marana - Integrante / José Freire da Silva Neto - Integrante / Marcelo Brocchi - Integrante / Rodrigo da Silva Galhardo - Integrante / SALINAS, R.K. - Integrante / Cristina Elisa Alvarez Martinez - Integrante / Cristiane Rodrigues Guzzo Carvalho - Integrante / Marcio Vinicius Bertacine Dias - Integrante / Germán Gustavo Sgro - Integrante / Leonardo Talachia Rosa - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
      Membro: Aline Maria da Silva.
    2. 2019-2021. Genômica comparativa dos determinantes de R-bodies
      Descrição: A presença de refractile (R) bodies, estruturas proteicas capazes de distender-se por influência bioquímica, servindo como potenciais ferramentas de entrega de toxinas, tem sido verificada em bactérias endossimbiontes e de vida livre, mas a distribuição, o papel e contexto genômico dos genes reb, seus principais componentes, ainda não são bem descritos. Genes possuindo o domínio rebB aparecem no genoma de diversas espécies de proteobactérias, bacteroidetes e acidobactérias, comumente presentes em arranjos de múltiplas cópias contíguas, mas com composição e distribuição variadas. Nos organismos onde foram caracterizados experimentalmente, a formação dos R-bodies depende da presença de diferentes membros da família reb para garantir a polimerização. Alguns genes auxiliares e reguladores, pertences a outras famílias, foram identificados, contudo os domínios e a distribuição taxonômica destes genes ainda não foram plenamente caracterizados. A ordem exata dos eventos de duplicação e transferência lateral dos genes reb e seus vizinhos também permanecem indefinidos. Aplicando métodos de análise de dados a genomas sequenciados, pretendemos explorar a presença de homólogos de rebB e identificar novos genes cuja função possa estar associada aos R-bodies. Nossa análise permitirá inferir a história evolutiva dos R-bodies e identificar os fatores que influenciam sua distribuição. A base de nossa estratégia será a aplicação de ferramentas para identificação de blocos de genes conservados, métodos de comparação de filogenias e medidas de correlação no padrão de substituição de aminoácidos. Os potenciais genes associados identificados neste trabalho servirão como candidatos para caracterização experimental em trabalhos futuros, com destaque para a possível presença de toxinas e antitoxinas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Robson Francisco de Souza - Coordenador / Gabriel Sánchez Hueck - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
      Membro: Robson Francisco de Souza.
    3. 2018-2024. Função de sistemas de secreção do tipo VI de bactérias patogênicas na interação com células eucarióticas.
      Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (1) . Integrantes: Robson Francisco de Souza - Integrante / SIBINELLI-SOUSA, STEPHANIE - Integrante / GUZZO, CRISTIANE R. - Integrante / BAYER-SANTOS, ETHEL - Coordenador / HESPANHOL, JULIA TAKUNO - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 3
      Membro: Robson Francisco de Souza.
    4. 2018-Atual. Estrutura e Função de Sistemas de Secreção Bacterianas
      Descrição: Bactérias possuem complexos multiproteícos grandes (multi-megaDalton) que transportam proteínas efectoras através de membranas bacterianas para o meio extracelular ou diretamente dentro de outras células. Esses sistemas também medeiam a transferência horizontal de material genético (conjugação) entre células bacterianas e formas homólogas especializadas desses sistemas evoluíram para pili e flagelos bacterianos. Portanto, os sistemas de secreção macromolecular são determinantes importantes para a adaptação bacteriana, competição e sobrevivência em diversos nichos ambientais. No decurso do projeto temático anterior, demonstramos a importância do pili tipo IV (T4P) na motilidade twitching e na formação de biofilmes em Xanthomonas citri e caracterizamos os principais reguladores da biogênese do T4P. Também mostramos que o sistema de secreção de Xanthomonas citri tipo IV (T4SS) fornece a essas células a capacidade de matar outras espécies bacterianas Gram-negativas de maneira dependente do contato. Esta foi a primeira demonstração do envolvimento de um T4SS em matança bacteriana e aponta para esta classe especial de T4SS como um determinante importante para a sobrevivência de Xanthomonas durante encontros competitivos com outras espécies bacterianas no meio ambiente. Neste projeto, propomos seguir várias linhas de pesquisa sobre a estrutura molecular, função molecular e relevância fisiológica dessas nano-máquinas complexas em Xanthomonas citri, bem como em outros membros da família Xanthomonadaceae. Especificamente, seguiremos duas linhas gerais de investigação. Projeto 1: Estudos sobre os sistemas de secreção do tipo IV de Xanthomonadaceae. Nós planejamos i) determinar a estrutura dos componentes individuais do T4SS de X. citri, bem como os sub-complexos principais e o complexo inteiro, ii) realizar estudos estruturais e enzimológicos sobre as toxinas segregadas por este sistema, bem como seus inibidores cognatos, iii) estudar a base molecular do reconhecimento de toxinas pelo aparelho do T4SS, iv) estudar a localização celular e a regulação da expressão do T4SS, e v) ampliam nossos estudos do sistema X. citri aos T4SS homólogos encontrados em outras espécies bacterianas, incluindo Stenotrophomonas, Lysobacter e em algumas espécies das ordens de Betaproteobactérias Burkholderiales e Neisseriales. Projeto 2: Estudos sobre o pilus tipo IV (T4P) em Xanthomonas citri. Planejamos investigar i) como a atividade ATPase de PilB é regulada pelos componentes PilZ, FimX e c-diGMP e outros componentes da membrana interna (plataforma), ii) as estruturas dos complexos PilB-PilZ e PilB-PilZ-FimX, iii) os papéis das pilinas menores conservadas nas espécies Xanthomonadaceae, iv) o papel da PilU, a terceira e mal compreendida ATPase, v) como os sinais ambientais específicos controlam as funções dependentes de T4P nas espécies Xanthomonas, vi) como o T4P contribui para a competitividade de Xanthomonas em interações antagônicas com outras espécies bacterianas, e vii) a estrutura do pilus extracelular (polímero das subunidades PilA). Nestes estudos empregaremos métodos de Biologia Estrutural (cristalografia, ressonância magnética nuclear, criomicroscopia eletrônica, SAXS, simulações moleculares) a produção e caracterização de nocautes gênicos, microscopia de fluorescência, enzimologia, estudos de expressão gênica e bioinformática. O projeto inclui o treinamento de estudantes de graduação, pós-graduação, pós-doutores e colaborações com pesquisadores de outras instituições brasileiros e estrangeiros.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Robson Francisco de Souza - Integrante / Cristiane Rodrigues Guzzo Carvalho - Integrante / SALINAS, ROBERTO KOPKE - Integrante / FARAH, CHUCK SHAKER - Coordenador / Rodrigo Villares Portugal - Integrante / Thomas Wittmann Cezar Santos - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
      Membro: Robson Francisco de Souza.
    5. 2017-Atual. Genômica comparativa de toxinas bacterianas associadas ao sistema secretório do tipo IV
      Descrição: Como outras linhagens de organismos, as bactérias estão sujeitas a vários tipos de conflitos biológicos, como a competição entre linhagens da mesma espécie, competição entre espécies diferentes ou a interação entre bactérias patogênicas e seus hospedeiros. Ao se engajarem nesses conflitos, uma das ferramentas mais usadas pelas bactérias é a produção e secreção de toxinas de natureza proteica, que possuem domínios especializados em gerar o efeito tóxico. Domínios tóxicos distintos correspondem a mecanismos moleculares diferentes e a um repertório igualmente amplo de antitoxinas. Antitoxinas, também conhecidas como proteínas de imunidade, são proteínas especializadas em neutralizar as toxinas correspondentes, evitando a morte da célula produtora. Como observado em outros sistemas envolvidos em conflitos biológicos, as toxinas bacterianas são caracterizadas pela rápida evolução de novos genes, que precisam compensar a contínua evolução de estratégias de defesa dos organismos adversários. O efeito mais visível dessa corrida armamentista é o contínuo surgimento de novos domínios tóxicos e novas combinações dos domínios tóxicos com as regiões que mediam a secreção e o processamento da proteína ou a seleção da célula alvo. Esses fenômenos fazem das toxinas alvos interessantes para o estudo de novos mecanismos de ação tóxica e dos mecanismos evolutivos que atuam na sua origem e diversificação. Neste projeto, propomos estudar, pela aplicação de métodos de genômica comparativa, toxinas que atuam como Tfes (do inglês "Type four secretion system associated effectors"). Nossos objetivos são: (i) identificar e classificar novos domínios efetores de toxinas e antitoxinas associados ao sistema secretório do tipo IV, (ii) entender os processos envolvidos na evolução desses domínios, (iii) empregar métodos de análise de contexto genômico para gerar hipóteses sobre os mecanismos de atividade das toxinas e antitoxinas identificadas e (iv) validar experimentalmente as funções e interações moleculares para algumas das toxinas e antitoxinas identificadas. Nossas análises irão, portanto, revelar novas toxinas e antitoxinas, com potencial para a descoberta de novos mecanismos de ação e de lançar luz sobre a competição entre diferentes espécies de bactérias.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Robson Francisco de Souza - Coordenador / Aravind, L. - Integrante / Farah, C. S. - Integrante / Iyer, Lakshminarayan M. - Integrante / GUZZO, CRISTIANE RODRIGUES - Integrante / Gianlucca Gonçalves Nicastro - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 3
      Membro: Robson Francisco de Souza.
    6. 2013-2018. Rede de Cooperação Acadêmica para o Estudo e Desenvolvimento de Ferramentas para a Genômica Estrutural e Funcional
      Descrição: Objetivo principal: Fortalecer e ampliar o intercâmbio acadêmico entre os programas inter-unidades de Pós-Graduação em Bioinformática da UFMG (CAPES 6) e da USP (5), o de Biotecnologia da UFPA (CAPES 5) e o de Bioinformática da UFPR (CAPES 3) com a criação de uma rede voltada a aumentar a formação de recursos humanos em Biologia Computacional, em resposta à presente chamada. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Robson Francisco de Souza - Integrante / Gruber, A. - Integrante / André Fujita - Integrante / Alan Mitchell Durham - Integrante / Vasco Ariston de Carvalho Azevedo - Coordenador / Artur Luiz da Costa da Silva - Integrante / Maria Berenice Reynaud Steffens - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 6
      Membro: Robson Francisco de Souza.
    7. 2013-2016. Compreensão das bases moleculares e estruturais de proteínas envolvidas na sinalização do c-di-GMP e do sistema de secreção tipo II em Leptospira interrogans sorovar Copenhageni
      Descrição: Este projeto tem como objetivo central o estudo estrutural e funcional de várias proteínas envolvidas na síntese, degradação, ligação ao segundo mensageiro bacteriano, c-di-GMP do patógeno Leptospira interrogans Copenhageni L1-130. Além do estudo de proteínas envolvidas na sinalização c-di-GMP, temos como objetivo o estudo funcional e estrutural das proteínas presentes no cluster gênico do único sistema de secreção encontrado no genoma de Leptospira interrogans Copenhageni, o sistema de secreção tipo II.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Robson Francisco de Souza - Coordenador / Cristiane Rodrigues Guzzo Carvalho - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
      Membro: Robson Francisco de Souza.
    8. 2012-2017. Genômica comparativa de toxinas polimórficas e evolução de genomas virais
      Descrição: Propomos a implementação de uma plataforma genérica para anotação de genes e sua aplicação em dois projetos de genômica comparativa: (1) a expansão da análise de toxinas e sistemas secretórios relacionados (ToxImmDB) e (2) a análise evolutiva de vírus de DNA dupla fita (VirusDB). A análise de toxinas a ser realizada utilizando o ToxImmDB buscará expandir nosso conhecimento sobre as toxinas polimórficas encontradas em várias linhagens de bactérias, buscando novos domínios efetores e proteínas de imunidade, bem como um melhor entendimento do papel desses sistemas na evolução de comunidade bacterianas como biofilmes e a flora bacteriana humana. A análise da evolução de genomas virais que motiva a implementação do VirusDB buscará avaliar hipóteses sobre as relações evolutivas entre os vírus de DNA núcleo- citoplasmáticos (NCLDV) e os fagos de DNA de bactérias (Caudovirales). Ambos os projetos contribuirão para um melhor entendimento da função e evolução de proteínas nesses sistemas e gerarão dados a serem incorporados na classificação de domínios proteicos que estamos desenvolvendo.. Situação: Desativado; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Robson Francisco de Souza - Coordenador / Aravind, L - Integrante / Iyer, Lakshminarayan M. - Integrante / Rodrigo A. S. Barreiro - Integrante. Número de produções C, T & A: 2
      Membro: Robson Francisco de Souza.
    9. 2001-2002. Cooperation for Analysis of Gene Expression (Xanthomonas citri)
      Descrição: Project Summary Entire genomes and whole sets of ESTs of scientific and economically important micro-organisms, relevant model organisms and humans are rapidly becoming available. To take advantage of these enormous sets of genomic and EST sequences, several academic and industrial laboratories are developing technologies to analyze gene expression at RNA level on a genome wide basis using DNA microarrays, also called DNA chips. These techniques have potential to generate hundreds of data points for expression of tens of thousands of genes, whose impact in biological research might be revolutionary. Analyses of such huge amounts of data pose complex and unsolved problems of data storage, data mining and design of non linear gene-state predictors. Altogether, these tasks require the coordinated collaboration of, by one side, computer scientists and mathematicians and, by the other, molecular biologists and biochemists. To this end, interdisciplinary teams of scientists are been organized in the countries that are presently leading the international genome research. In the State of São Paulo, FAPESP has timely launched a genome program that was initiated by sequencing the genome of Xylella fastidiosa and is now been extended to genomes of other micro-organisms and ESTs of human cancer cells and plant cells of sugar cane. This FAPESP initiative has established sufficient conditions to start a competitive local project of functional genomics by the technology of DNA microarrays. This proposal to FAPESP aims to organize the Cooperation for Analysis of Gene Expression, CAGE, an informal organization that will coordinate the collaborative efforts of molecular biologists of the Instituto de Química (IQ-USP) and computer scientists and mathematicians of the Instituto de Matemática e Estatística (IME-USP), to study gene expression by the DNA microarray technology.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Robson Francisco de Souza - Integrante / Ana Cláudia Rasera da Silva - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
      Membro: Robson Francisco de Souza.
    10. 2000-2002. Xanthomonas citri Genome Project
      Descrição: General Organization of Sequencing Effort The sequencing of the X. axonopodis pv citri genome will be carried out in 12 laboratories: two central biology/sequencing laboratories and 10 sequencing laboratories. One of the central laboratories will be located in Biochemistry Department of the Institute of Chemistry-USP (coordinated by Fernando C. Reinach, Ana C. R. da Silva, Ronaldo B. Quaggio and Shaker Chuck Farah) and the other will be located in the Technology Department of UNESP in Jaboticabal (coordinated by Jesus A. Ferro). These laboratories will be responsible for generating the libraries, mapping the clones and assembly of the genome. Associated with each central laboratory will be five sequencing laboratories. Bioinformatics for this project will be administered via a two-tiered approach. At the upper tier will be the Laboratory for Bioinformatics (LBI) of Unicamp, coordinated by João C. Setubal and João Meidanis. At the lower tier, there will be two small bioinformatics labs in each of the central sequencing labs in São Paulo and Jaboticabal. These small bioinformatics labs will divide the tasks of storing, processing, assembly, and annotation of DNA sequences using the software developed by the LBI for the Xylella fastidiosa sequencing project. In addition to overall bioinformatics supervision, the LBI will provide personnel training, coordinate annotation of the genome and produce a self-contained and portable database with project results. Furthermore the LBI will be responsible for generating the software for scaffold assembly of the physical map (see below) and for comparison of the final sequence with sequences from related genomes (Xylella fastidiosa and other Xanthomonas species).. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Robson Francisco de Souza - Integrante / Ana Cláudia Rasera da Silva - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
      Membro: Robson Francisco de Souza.

Prêmios e títulos

  • Total de prêmios e títulos (0)

    Participação em eventos

    • Total de participação em eventos (16)
      1. 51st Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBq) 46th Congress of Brazilian Biophysical Society (SBBf)/ Lafebs. Comparative genomics of R-body determinants. 2022. (Congresso).
      2. 51st Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBq) 46th Congress of Brazilian Biophysical Society (SBBf)/ Lafebs. New weapons in biological conflicts: bacterial toxins inducing cell death via dna double-strand breaks. 2022. (Congresso).
      3. 7o Congresso de Graduação da USP. Relato de Experiência de Aplicação do ?Adote uma Bactéria? no ICB-USP para a turma de Odontologia da Disciplina de Microbiologia Básica. 2022. (Congresso).
      4. II Workshop in Microbial Molecular Biology.Functional and phylogenetic analysis of different hemolysin co-regulated proteins encoded by Salmonella spp.. 2022. (Simpósio).
      5. II Workshop in Microbial Molecular Biology.Characterization of a novel T6SS antibacterial effector encoded by Salmonella Oslo. 2022. (Simpósio).
      6. II Workshop in Microbial Molecular Biology.Biochemical study of a novel PilZ domain-containing protein from Leptospira interrogans. 2022. (Simpósio).
      7. II Workshop in Microbial Molecular Biology.New weapons in biological conflicts: bacterial toxins inducing cell death via DNA double- strand breaks. 2022. (Simpósio).
      8. I Workshop in Microbial Molecular Biology. 2017. (Simpósio).
      9. XanthoMeeting 2015. Sequence analysis: function and evolution of proteins. 2015. (Encontro).
      10. ISCB-Latin America x-Meeting on Bioinformatics with BSB and SoiBio. 2014. (Congresso).
      11. 3rd Workshop Comparative Microbial Genomics and Taxonomy. 2008. (Simpósio).
      12. Gordon Research Conference on Structural, Functional and Evolutionary Genomics. In-silico characterization of a novel domain of the cell division protein AmiC. 2007. (Congresso).
      13. XXXVI Annual Meeting of the Brazillian Society for Biochemistry and Molecular Biology and 10th IUBMB Conference. A novel domain of the cell division protein AmiC. 2007. (Congresso).
      14. 14th Annual International conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2006). Maximum likelihood inference of ancestral gene content for the bacterial septosome. 2006. (Congresso).
      15. X-Meeting - 1st International Conference of the Brazillian Association for Bioinformatics and Computational Biology (AB3C). Evolution of bacterial cell division. 2005. (Congresso).
      16. 2nd International Conference on Bioinformatics and Computatonal Biology (ICoBiCoBi). 2nd International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (ICoBiCoBi). 2004. (Congresso).

    Organização de eventos

    • Total de organização de eventos (0)

      Lista de colaborações

      • Colaborações endôgenas (6)
        • Robson Francisco de Souza ⇔ Joao Carlos Setubal (6.0)
          1. RIBEIRO, DILSON FAGUNDES ; DE MATOS, JÉSSICA PEREIRA ; ROCHA, LORRANA CACHUITE MENDES ; DA SILVA, ANA KARLA ; DE PAULA, CAMILA HENRIQUES ; CORDEIRO, ISABELLA FERREIRA ; DE CARVALHO LEMES, CAMILA GRACYELLE ; SANCHEZ, ANGÉLICA BIANCHINI ; GARCIA, CAMILA CARRIÃO MACHADO ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; de SOUZA, Robson Francisco ; DE MELLO VARANI, ALESSANDRO ; ALMEIDA, NALVO FRANCO ; MOREIRA, LEANDRO MARCIO. From cactus to crop: genomic insights of a beneficial and non-pathogenic Curtobacterium flaccumfaciens strain and the evolution of its pathosystem. MOLECULAR GENETICS AND GENOMICS. v. 299, p. 105, 2024. Qualis: A4
          2. ZIMPEL, CRISTINA KRAEMER ; PATANÉ, JOSÉ SALVATORE L. ; GUEDES, AURELIANO COELHO PROENÇA ; de Souza, Robson F. ; SILVA-PEREIRA, TAIANA T. ; CAMARGO, NAILA C. SOLER ; DE SOUZA FILHO, ANTÔNIO F. ; IKUTA, CÁSSIA Y. ; NETO, JOSÉ SOARES FERREIRA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; HEINEMANN, MARCOS BRYAN ; GUIMARAES, ANA MARCIA SA. Global Distribution and Evolution of Mycobacterium bovis Lineages. Frontiers in Microbiology. v. 509125, p. 1-12, 2020. Qualis: A1
          3. Moreira, Leandro M ; Almeida, Nalvo F ; Potnis, Neha ; DIGIAMPIETRI, L. A. ; Adi, Said S ; Bortolossi, Julio C ; da Silva, Ana C ; da Silva, Aline M ; de Moraes, Fabricio E ; de Oliveira, Julio C ; de SOUZA, Robson Francisco ; Fancincani, Agda P ; Ferraz, Andre L ; Ferro, Maria I ; Furlan, Luiz R ; Gimenez, Daniele F ; Jones, Jeffrey B ; Kitajima, Elliot W ; Laia, Marcelo L ; Leite, Rui P ; et.al. Novel insights into the genomic basis of citrus canker based on the genome sequences of two strains of Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii. BMC GENOMICS. v. 11, p. 238, 2010. Qualis: A2
          4. Moreira, Leandro M. ; De Souza, Robson F. ; Digiampietri, Luciano A. ; Da Silva, Ana C.R. ; Setubal, Joao C.. Comparative Analyses of Xanthomonas and Xylella Complete Genomes. Journal of Integrative Biology / Omics (Larchmont). v. 9, n. 1, p. 43-76, 2005. Qualis: Não identificado (JOURNAL OF INTEGRATIVE BIOLOGY / OMICS)
          5. SETUBAL, J. C.; SILVA, Ana Claudia Rasera da ; ALMEIDA JR, Nalvo Franco de ; FERRO, Jesus ; FURLAN, Luiz Roberto ; MOREIRA, Leandro ; SOUZA, Robson de ; OLIVEIRA, Julio Cezar de. COMPARATIVE GENOMICS ANALYSES OF CITRUS-ASSOCIATED BACTERIA. Annual Review of Phytopathology (Print), Estados Unidos. v. 42, p. 163-184, 2004. Qualis: Não identificado (ANNUAL REVIEW OF PHYTOPATHOLOGY , ESTADOS UNIDOS)
          6. da Silva, A. C. R. ; Ferro, J. A. ; Reinach, F. C. ; Farah, C. S. ; Furlan, L. R. ; Quaggio, R. B. ; Monteiro-Vitorello, C. B. ; Sluys, M. A. Van ; Almeida, N. F. ; Alves, L. M. C. ; do Amaral, A. M. ; Bertolini, M. C. ; Camargo, L. E. A. ; Camarotte, G. ; Cannavan, F. ; Cardozo, J. ; Chambergo, F. ; Ciapina, L. P. ; Cicarelli, R. M. B. ; de SOUZA, Robson Francisco ; et.al. Comparison of the genomes of two Xanthomonas pathogens with differing host specificities. Nature (London), Estados Unidos. v. 417, n. 6887, p. 459-463, 2002. Qualis: Não identificado (NATURE , ESTADOS UNIDOS)

        • Robson Francisco de Souza ⇔ Aline Maria da Silva (2.0)
          1. Moreira, Leandro M ; Almeida, Nalvo F ; Potnis, Neha ; DIGIAMPIETRI, L. A. ; Adi, Said S ; Bortolossi, Julio C ; da Silva, Ana C ; da Silva, Aline M ; de Moraes, Fabricio E ; de Oliveira, Julio C ; de SOUZA, Robson Francisco ; Fancincani, Agda P ; Ferraz, Andre L ; Ferro, Maria I ; Furlan, Luiz R ; Gimenez, Daniele F ; Jones, Jeffrey B ; Kitajima, Elliot W ; Laia, Marcelo L ; Leite, Rui P ; et.al. Novel insights into the genomic basis of citrus canker based on the genome sequences of two strains of Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii. BMC GENOMICS. v. 11, p. 238, 2010. Qualis: A2
          2. Moreira, Leandro M ; de Laia, Marcelo L ; De Souza, Robson F ; Zaini, Paulo A ; da Silva, Ana CR ; da Silva, Aline M ; Ferro, Jesus A. Development and validation of a Xanthomonas axonopodis pv. citri DNA microarray platform (XACarray) generated from the shotgun libraries previously used in the sequencing of this bacterial genome. BMC Research Notes. v. 3, p. 150, 2010. Qualis: B1

        • Robson Francisco de Souza ⇔ Ana Marcia de Sá Guimarães (2.0)
          1. ZIMPEL, CRISTINA KRAEMER ; PATANÉ, JOSÉ SALVATORE L. ; GUEDES, AURELIANO COELHO PROENÇA ; de Souza, Robson F. ; SILVA-PEREIRA, TAIANA T. ; CAMARGO, NAILA C. SOLER ; DE SOUZA FILHO, ANTÔNIO F. ; IKUTA, CÁSSIA Y. ; NETO, JOSÉ SOARES FERREIRA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; HEINEMANN, MARCOS BRYAN ; GUIMARAES, ANA MARCIA SA. Global Distribution and Evolution of Mycobacterium bovis Lineages. Frontiers in Microbiology. v. 509125, p. 1-12, 2020. Qualis: A1
          2. ZIMPEL, CRISTINA KRAEMER ; BRANDÃO, PAULO E. ; DE SOUZA FILHO, ANTÔNIO F. ; de Souza, Robson F. ; IKUTA, CÁSSIA Y. ; FERREIRA NETO, JOSÉ SOARES ; CAMARGO, NAILA C. SOLER ; HEINEMANN, MARCOS BRYAN ; GUIMARÃES, ANA M. S.. Complete Genome Sequencing of Mycobacterium bovis SP38 and Comparative Genomics of Mycobacterium bovis and M. tuberculosis Strains. Frontiers in Microbiology. v. 8, p. 2389, 2017. Qualis: A1

        • Robson Francisco de Souza ⇔ Marie-Anne Van Sluys (2.0)
          1. SOUZA, GLAUCIA MENDES ; VAN SLUYS, MARIE-ANNE ; LEMBKE, CAROLINA GIMILIANI ; LEE, HAYAN ; MARGARIDO, GABRIEL RODRIGUES ALVES ; HOTTA, CARLOS TAKESHI ; GAIARSA, JONAS WEISSMANN ; DINIZ, AUGUSTO LIMA ; OLIVEIRA, MAURO DE MEDEIROS ; FERREIRA, SÁVIO DE SIQUEIRA ; NISHIYAMA, MILTON YUTAKA ; TEN-CATEN, FELIPE ; RAGAGNIN, GEOVANI TOLFO ; ANDRADE, PABLO DE MORAIS ; DE SOUZA, ROBSON FRANCISCO ; NICASTRO, GIANLUCCA GONÇALVES ; PANDYA, RAVI ; KIM, CHANGSOO ; GUO, HUI ; DURHAM, ALAN MITCHELL ; et.al. Assembly of the 373k gene space of the polyploid sugarcane genome reveals reservoirs of functional diversity in the world's leading biomass crop. GigaScience. v. 8, p. 1-18, 2019. Qualis: A1
          2. da Silva, A. C. R. ; Ferro, J. A. ; Reinach, F. C. ; Farah, C. S. ; Furlan, L. R. ; Quaggio, R. B. ; Monteiro-Vitorello, C. B. ; Sluys, M. A. Van ; Almeida, N. F. ; Alves, L. M. C. ; do Amaral, A. M. ; Bertolini, M. C. ; Camargo, L. E. A. ; Camarotte, G. ; Cannavan, F. ; Cardozo, J. ; Chambergo, F. ; Ciapina, L. P. ; Cicarelli, R. M. B. ; de SOUZA, Robson Francisco ; et.al. Comparison of the genomes of two Xanthomonas pathogens with differing host specificities. Nature (London), Estados Unidos. v. 417, n. 6887, p. 459-463, 2002. Qualis: Não identificado (NATURE , ESTADOS UNIDOS)

        • Robson Francisco de Souza ⇔ Alan Mitchell Durham (1.0)
          1. SOUZA, GLAUCIA MENDES ; VAN SLUYS, MARIE-ANNE ; LEMBKE, CAROLINA GIMILIANI ; LEE, HAYAN ; MARGARIDO, GABRIEL RODRIGUES ALVES ; HOTTA, CARLOS TAKESHI ; GAIARSA, JONAS WEISSMANN ; DINIZ, AUGUSTO LIMA ; OLIVEIRA, MAURO DE MEDEIROS ; FERREIRA, SÁVIO DE SIQUEIRA ; NISHIYAMA, MILTON YUTAKA ; TEN-CATEN, FELIPE ; RAGAGNIN, GEOVANI TOLFO ; ANDRADE, PABLO DE MORAIS ; DE SOUZA, ROBSON FRANCISCO ; NICASTRO, GIANLUCCA GONÇALVES ; PANDYA, RAVI ; KIM, CHANGSOO ; GUO, HUI ; DURHAM, ALAN MITCHELL ; et.al. Assembly of the 373k gene space of the polyploid sugarcane genome reveals reservoirs of functional diversity in the world's leading biomass crop. GigaScience. v. 8, p. 1-18, 2019. Qualis: A1

        • Robson Francisco de Souza ⇔ Helder Takashi Imoto Nakaya (1.0)
          1. ARAUJO, JOSÉ DENEY ; SANTOS-E-SILVA, JUAN CARLO ; COSTA-MARTINS, ANDRÉ GUILHERME ; SAMPAIO, VANDERSON ; DE CASTRO, DANIEL BARROS ; de Souza, Robson F. ; GIDDALURU, JEEVAN ; RAMOS, PABLO IVAN P. ; PITA, ROBESPIERRE ; BARRETO, MAURICIO L. ; BARRAL-NETTO, MANOEL ; NAKAYA, HELDER I.. Tucuxi-BLAST: Enabling fast and accurate record linkage of large-scale health-related administrative databases through a DNA-encoded approach. PeerJ. v. 10, p. e13507, 2022. Qualis: A2




      (*) Relatório criado com produções desde 2000 até 2025
      Data de processamento: 18/02/2025 12:52:38