Joao Carlos Setubal

http://lattes.cnpq.br/0527652166877006 (16/07/2024) Rótulo/Grupo: Bolsa CNPq: Nível 1A Período de análise: Endereço: Universidade de São Paulo, Instituto de Química, Departamento de Bioquímica. Av. Prof. Lineu Prestes, 748 Cidade Universitaria 05508000 - São Paulo, SP - Brasil Telefone: (11) 30919804 URL da Homepage: http://www.iq.usp.br/setubal Grande área: Ciências Exatas e da Terra Área: Ciência da Computação Citações: Google Acadêmico

Produção bibliográfica

• Artigos completos publicados em periódicos (160)
• Livros publicados/organizados ou edições (4)
• Capítulos de livros publicados (20)
• Textos em jornais de notícias/revistas (2)
• Trabalhos completos publicados em anais de congressos (12)
• Resumos expandidos publicados em anais de congressos (3)
• Resumos publicados em anais de congressos (3)
• Artigos aceitos para publicação (0)
• Apresentações de trabalho (4)
• Demais tipos de produção bibliográfica (1)

Produção técnica

• Programas de computador com registro (0)
• Programas de computador sem registro (0)
• Produtos tecnológicos (0)
• Processos ou técnicas (0)
• Trabalhos técnicos (0)
• Demais tipos de produção técnica (2)

Produção artística

• Total de produção artística (0)

Orientações em andamento

• Supervisão de pós-doutorado (1)
• Tese de doutorado (9)
• Dissertação de mestrado (5)
• Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
• Trabalho de conclusão de curso de graduação (0)
• Iniciação científica (0)
• Orientações de outra natureza (0)

Supervisões e orientações concluídas

• Supervisão de pós-doutorado (10)
• Tese de doutorado (21)
• Dissertação de mestrado (21)
• Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
• Trabalho de conclusão de curso de graduação (2)
• Iniciação científica (11)
• Orientações de outra natureza (0)

Projetos de pesquisa

• Total de projetos de pesquisa (18)

Prêmios e títulos

• Total de prêmios e títulos (8)

Participação em eventos

• Total de participação em eventos (31)

Organização de eventos

• Total de organização de eventos (9)

Lista de colaborações

• Colaborações endôgenas (10)
1. Aline Maria da Silva (28.0)
2. Sergio Verjovski Almeida (12.0)
3. Carlos Frederico Martins Menck (6.0)
4. Marie-Anne Van Sluys (6.0)
5. Eduardo Moraes Rego Reis (5.0)
6. Robson Francisco de Souza (5.0)
7. Alan Mitchell Durham (2.0)
8. Ana Marcia de Sá Guimarães (1.0)
9. Glaucia Mendes Souza (1.0)
10. João Eduardo Ferreira (1.0)

Produção bibliográfica

• Artigos completos publicados em periódicos (160)
  
  1. NASCIMENTO FILHO, EDSON G. ; VIEIRA, MÔNICA L. ; DIAS, MERIELLEN ; MENDES, MARIA A. ; SANCHEZ, FABIO B. ; Setubal, João C. ; HEINEMANN, MARCOS B. ; SOUZA, GISELE O. ; PIMENTA, DANIEL C. ; NASCIMENTO, ANA L.T.O.. Global proteome of the saprophytic strain Leptospira biflexa and comparative analysis with pathogenic strain Leptospira interrogans uncover new pathogenesis mechanisms. Journal of Proteomics. v. 297, p. 105125, 2024. Qualis: A1
  2. FLORES, VINICIUS S. ; AMGARTEN, DEYVID E. ; IHA, BRUNO KOSHIN VÁZQUEZ ; RYON, KRISTA A. ; DANKO, DAVID ; TIERNEY, BRADEN T. ; MASON, CHRISTOPHER ; DA SILVA, ALINE MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS. Discovery and description of novel phage genomes from urban microbiomes sampled by the MetaSUB consortium. Scientific Reports. v. 14, p. ARTN 7913, 2024. Qualis: A2
  3. Carhuaricra-Huaman, Dennis ; GONZALEZ, IRYS H.L. ; RAMOS, PATRICIA L. ; DA SILVA, ALINE M. ; Setubal, Joao C.. Analysis of twelve genomes of the bacterium Kerstersia gyiorum from brown-throated sloths ( Bradypus variegatus ), the first from a non-human host. PeerJ. v. 12, p. e17206, 2024. Qualis: A2
  4. CARRAU, ANALÍA ; TANO, JOSEFINA ; MOYANO, LAURA ; RIPA, MARÍA BELÉN ; PETROCELLI, SILVANA ; PISKULIC, LAURA ; MOREIRA, LEANDRO MARCIO ; PATANÉ, JOSÉ SALVATORE LEISTER ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; ORELLANO, ELENA GRACIELA. A novel BLUF photoreceptor modulates the Xanthomonas citri subsp. citri-host plant interaction. PHOTOCHEMICAL SCIENCES (ONLINE). v. 1, p. 1, 2023. Qualis: A3
  5. INAGUE, ALEX ; ALECRIM, LILIAN COSTA ; MONTEIRO, JHONATAS SIRINO ; YOSHINAGA, MARCOS YUKIO ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; MIYAMOTO, SAYURI ; GIORDANO, RICARDO JOSÉ. Oxygen-induced pathological angiogenesis promotes intense lipid synthesis and remodeling in the retina. Iscience. v. 26, p. 106777, 2023. Qualis: Não identificado (ISCIENCE)
  6. RODRIGUEZ CARNERO, LUIS ANTONIO ; KURAMOTO, ANDRÉIA ; CAMPOS DE OLIVEIRA, LÉA ; MONTEIRO, JHONATAS SIRINO ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; CUNHA-NETO, EDÉCIO ; CERDEIRA SABINO, ESTER ; GIORDANO, RICARDO JOSÉ. Anti-Trypanosoma cruzi antibody profiling in patients with Chagas disease treated with benznidazole assessed by genome phage display. PLoS Neglected Tropical Diseases. v. 17, p. e0011019, 2023. Qualis: A1
  7. SINGH, NITIN K. ; WOOD, JASON M. ; PATANE, JOSE ; MOURA, LIVIA MARIA SILVA ; LOMBARDINO, JONATHAN ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; VENKATESWARAN, KASTHURI. Characterization of metagenome-assembled genomes from the International Space Station. Microbiome. v. 11, p. 125, 2023. Qualis: A1
  8. BOETTGER, BRUNO C. ; PIROUPO, CARLOS M. ; Setubal, João C. ; GIRARDELLO, RAQUEL ; PIGNATARI, ANTÔNIO C. C.. Co-carriage of Plasmid NDM and Chromosomal KPC in Klebsiella pneumoniae ST255 Human Wound Isolate in Brazil. CURRENT MICROBIOLOGY. v. 80, p. 394, 2023. Qualis: B1
  9. DE SOUZA XAVIER COSTA, NATÁLIA ; RIBEIRO JÚNIOR, GABRIEL ; DO NASCIMENTO, ELLEN CAROLINE TOLEDO ; DE BRITO, JÔSE MARA ; ANTONANGELO, LEILA ; FARIA, CAROLINE SILVÉRIO ; MONTEIRO, JHONATAS SIRINO ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; PINHO, JOÃO RENATO REBELLO ; PEREIRA, ROBERTA VERCIANO ; SEELAENDER, MARILIA ; DE CASTRO, GABRIELA SALIM ; LIMA, JOANNA D. C. C. ; DE ALMEIDA MONTEIRO, RENATA APARECIDA ; DUARTE-NETO, AMARO NUNES ; SALDIVA, PAULO HILÁRIO NASCIMENTO ; FERRAZ DA SILVA, LUIZ FERNANDO ; DOLHNIKOFF, MARISA ; MAUAD, THAIS. COVID-19 induces more pronounced extracellular matrix deposition than other causes of ARDS. RESPIRATORY RESEARCH. v. 24, p. 281, 2023. Qualis: A1
  10. LAUX, MARCELE ; PIROUPO, CARLOS MORAIS ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; GIANI, ALESSANDRA. The Raphidiopsis (= Cylindrospermopsis) raciborskii pangenome updated: Two new metagenome-assembled genomes from the South American clade. HARMFUL ALGAE. v. 129, p. 102518, 2023. Qualis: A1
  11. PATANÉ, JOSÉ S.L. ; Moreira, Leandro M. ; DE MELO TEIXEIRA, MARCUS ; MARTINS JR, JOAQUIM ; Setubal, João C. ; VARANI, ALESSANDRO M.. New insights into plant natriuretic peptide evolution: From the lysogenic conversion in Xanthomonas to the lateral transfer to the whitefly Bemisia tabaci. GENE. v. 821, p. 146326, 2022. Qualis: A4
  12. ANTUNES, KRIST H. ; STEIN, RENATO T. ; FRANCESCHINA, CAROLINE ; DA SILVA, EMANUELLE F. ; DE FREITAS, DEISE N. ; SILVEIRA, JOSIANE ; MOCELLIN, MAGÁLI ; LEITÃO, LIDIANE ; FACHI, JOSÉ L. ; PRAL, LAÍS P. ; GONZALEZ, AMANDA ; OLIVEIRA, SARAH ; DUARTE, LEONARDO ; CASSÃO, GISELE ; GONÇALVES, JOÃO I.B. ; REIS, TATIANE M. ; ABBADI, BRUNO L ; DORNELLES, MAIELE ; SPEROTTO, NATHÁLIA D.M. ; SETUBAL, J. C.. Short-chain fatty acid acetate triggers antiviral response mediated by RIG-I in cells from infants with respiratory syncytial virus bronchiolitis. EBIOMEDICINE. v. 77, p. 103891, 2022. Qualis: A1
  13. NAKAMURA­GOUVEA, NATALIA ; ALVES­LIMA, CICERO ; BENITES, L. FELIPE ; IHA, CINTIA ; MARACAJA­COUTINHO, VINICIUS ; ALIAGA­TOBAR, VICTOR ; AMARAL, MARCELLA ; YOKOYA, NAIR S ; MARINHO­SORIANO, ELIANE ; GRAMINHA, MARCIA A S ; COLLÉN, JONAS ; CABRAL OLIVEIRA, MARIANA ; Setubal, Joao Carlos ; COLEPICOLO, PIO. Insights into agar and secondary metabolite pathways from the genome of the red alga Gracilaria domingensis (Rhodophyta: Gracilariales). JOURNAL OF PHYCOLOGY. v. 1, p. 13238, 2022. Qualis: A1
  14. PALMEIRA, ONDINA ; MATOS, LARISSA R.B. ; NASLAVSKY, MICHEL S. ; BUENO, HELOISA M.S. ; SOLER, JÚLIA P. ; Setubal, João C. ; ZATZ, MAYANA. Longitudinal 16S rRNA gut microbiota data of infant triplets show partial susceptibility to host genetics. Iscience. v. 25, p. 103861, 2022. Qualis: Não identificado (ISCIENCE)
  15. HARADA, LILIAM K ; SILVA, ERICA C ; ROSSI, FERNANDO PN ; CIEZA, BASILIO ; OLIVEIRA, THAIS J ; PEREIRA, CARLA ; TOMAZETTO, GEIZECLER ; SILVA, BIANCA B ; SQUINA, FABIO M ; VILA, MARTA MDC ; Setubal, João C ; HA, TAEKJIP ; da Silva, Aline M ; BALCÃO, VICTOR M. Characterization and in vitro testing of newly isolated lytic bacteriophages for the biocontrol of Pseudomonas aeruginosa. Future Microbiology. v. 17, p. fmb-2021-0266, 2022. Qualis: A3
  16. JUSTO AREVALO, SANTIAGO ; ZAPATA SIFUENTES, DANIELA ; CUBA PORTOCARRERO, ANDREA ; BRESCIA REÁTEGUI, MICHELLA ; MONGE PIMENTEL, CLAUDIA ; FARAGE MARTINS, LAYLA ; MARQUES PIERRY, PAULO ; MORAIS PIROUPO, CARLOS ; GUERRA SANTA CRUZ, ALCIDES ; QUIÑONES AGUILAR, MAURO ; SHAKER FARAH, CHUCK ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; DA SILVA, ALINE MARIA. Genomic Characterization of Bacillus safensis Isolated from Mine Tailings in Peru and Evaluation of Its Cyanide-Degrading Enzyme CynD. APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY. v. 88, p. 14, 2022. Qualis: A1
  17. BUTARELLI, ANA CAROLINA DE ARAÚJO ; FERREIRA, LUCAS SALOMÃO DE SOUSA ; RIYUZO, RAQUEL ; DALL?AGNOL, HIVANA MELO BARBOSA ; PIROUPO, CARLOS MORAIS ; DA SILVA, ALINE MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; DALL?AGNOL, LEONARDO TEIXEIRA. Diversity assessment of photosynthesizers: comparative analysis of pre-cultivated and natural microbiome of sediments from Cerrado biome in Maranhão, Brazil. Environmental Science and Pollution Research. v. 29, p. 1-16, 2022. Qualis: Não identificado (ENVIRONMENTAL SCIENCE AND POLLUTION RESEARCH)
  18. DA PAIXÃO, VINICIUS FERREIRA ; SOSA, OMAR JULIO ; DA SILVA PELLEGRINA, DIOGO VIEIRA ; DAZZANI, BIANCA ; CORRÊA, THALITA BUENO ; RISÉRIO BERTOLDI, ESTER ; DA CRUZ E ALVES-DE-MORAES, LUÍS BRUNO ; DE OLIVEIRA PESSOA, DIOGO ; DE PAIVA OLIVEIRA, VICTORIA ; ALBERTO CHIONG ZEVALLOS, RICARDO ; RUSSO, LILIAN CRISTINA ; LUIS FORTI, FABIO ; EDUARDO FERREIRA, JOÃO ; CARIOCA FREITAS, HELANO ; JUKEMURA, JOSÉ ; MACHADO, MARCEL CERQUEIRA CÉSAR ; DIRLEI BEGNAMI, MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; BASSÈRES, DANIELA SANCHEZ ; MORAES REIS, EDUARDO. Annotation and functional characterization of long noncoding RNAs deregulated in pancreatic adenocarcinoma. CELLULAR ONCOLOGY. v. 45, p. 479-504, 2022. Qualis: A1
  19. MARQUIONI, VINÍCIUS ; ROSSI, FERNANDO PACHECO NOBRE ; MENDONÇA, DEBORAH CEZAR ; MARTINS, LAYLA FARAGE ; Behlau, Franklin ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; DA SILVA, ALINE MARIA ; NOVO-MANSUR, MARIA TERESA MARQUES. Isolation and characterization of vB_XciM_LucasX, a new jumbo phage that infects Xanthomonas citri and Xanthomonas fuscans. PLoS One. v. 17, p. e0266891, 2022. Qualis: A1
  20. UCEDA-CAMPOS, GUILLERMO ; FEITOSA-JUNIOR, OSEIAS R. ; SANTIAGO, CAIO R. N. ; PIERRY, PAULO M. ; ZAINI, PAULO A. ; DE SANTANA, WESLEY O. ; MARTINS-JUNIOR, JOAQUIM ; BARBOSA, DEIBS ; DIGIAMPIETRI, Luciano A. ; Setubal, João C. ; DA SILVA, ALINE M.. Comparative Genomics of Xylella fastidiosa Explores Candidate Host-Specificity Determinants and Expands the Known Repertoire of Mobile Genetic Elements and Immunity Systems. Microorganisms. v. 10, p. 914, 2022. Qualis: B1
  21. AMGARTEN, DEYVID ; IHA, BRUNO KOSHIN VÁZQUEZ ; PIROUPO, CARLOS MORAIS ; DA SILVA, ALINE MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS. vHULK, a New Tool for Bacteriophage Host Prediction Based on Annotated Genomic Features and Neural Networks. Phage-Therapy Applications And Research. v. 00, p. phage.2021.0016, 2022. Qualis: Não identificado (PHAGE-THERAPY APPLICATIONS AND RESEARCH)
  22. CARHUARICRA HUAMAN, DENNIS E. ; LUNA ESPINOZA, LUIS R. ; RODRÍGUEZ CUEVA, CARMEN L. ; DURAN GONZALES, CARLA G. ; ROSADIO ALCÁNTARA, RAÚL H. ; Setubal, João C. ; MATURRANO HERNÁNDEZ, LENIN. Genomic Characterization of Salmonella Typhimurium Isolated from Guinea Pigs with Salmonellosis in Lima, Peru. Microorganisms. v. 10, p. 1726, 2022. Qualis: B1
  23. BALCÃO, VICTOR M ; BASU, AAKASH ; CIEZA, BASILIO ; ROSSI, FERNANDO N ; PEREIRA, CARLA ; VILA, MARTA MDC ; Setubal, João C ; HA, TAEKJIP ; da Silva, Aline M. Pseudomonas -tailed lytic phages: genome mechanical analysis and putative correlation with virion morphogenesis yield. Future Microbiology. v. 17, p. 10.2217/fmb-202, 2022. Qualis: A3
  24. DE MENEZES, TATIANE A. ; DE FREITAS, MAYANNE A.M. ; LIMA, MICHELE S. ; SOARES, ANA CAROLINA ; LEAL, CAMILLE ; BUSCH, MILEANE DE S. ; TSCHOEKE, DIOGO A. ; DE O. VIDAL, LUCIANA ; ATELLA, GEORGIA C. ; KRUGER, RICARDO H. ; Setubal, João ; VASCONCELOS, AGNALDO A. ; DE MAHIQUES, MICHEL M. ; SIEGLE, EDUARDO ; ASP, NILS EDVIN ; COSENZA, CARLOS ; HAJDU, EDUARDO ; DE REZENDE, CARLOS E. ; THOMPSON, CRISTIANE C. ; THOMPSON, FABIANO L.. Fluxes of the Amazon River plume nutrients and microbes into marine sponges. SCIENCE OF THE TOTAL ENVIRONMENT. v. 847, p. 157474, 2022. Qualis: A1
  25. ERJEFÄLT, JONAS S. ; DE SOUZA XAVIER COSTA, NATÁLIA ; JÖNSSON, JIMMIE ; COZZOLINO, OLGA ; DANTAS, KATIA CRISTINA ; CLAUSSON, CARL-MAGNUS ; SIDDHURAJ, PREMKUMAR ; LINDÖ, CAROLINE ; ALYAMANI, MANAR ; LOMBARDI, SUZETE CLEUSA FERREIRA SPINA ; MENDRONI JÚNIOR, ALFREDO ; ANTONANGELO, LEILA ; FARIA, CAROLINE SILVÉRIO ; DUARTE-NETO, AMARO NUNES ; DE ALMEIDA MONTEIRO, RENATA APARECIDA ; REBELLO PINHO, JOÃO RENATO ; GOMES-GOUVÊA, MICHELE SOARES ; VERCIANO PEREIRA, ROBERTA ; MONTEIRO, JHONATAS SIRINO ; SETUBAL, JOÃO CARLOS. Diffuse alveolar damage patterns reflect the immunological and molecular heterogeneity in fatal COVID-19. EBIOMEDICINE. v. 83, p. 104229, 2022. Qualis: A1
  26. OLIVEIRA, VALERIA MAIA ; ANDREOTE, FERNANDO DINI ; CORTELO, PATRICIA CARDOSO ; CASTRO-GAMBOA, IAN ; COSTA-LOTUFO, LETICIA V. ; POLIZELI, MARIA DE LOURDES T. M. ; THIEMANN, OTÁVIO H. ; SETUBAL, JOÃO CARLOS. Microorganisms: the secret agents of the biosphere, and their key roles in biotechnology. BIOTA NEOTROPICA (ONLINE. EDIÇÃO EM INGLÊS). v. 22, p. 22, 2022. Qualis: Não identificado (EDIÇÃO EM INGLÊS))
  27. LADIN, ZACHARY S. ; FERRELL, BARBRA ; DUMS, JACOB T. ; MOORE, RYAN M. ; LEVIA, DELPHIS F. ; SHRIVER, W. GREGORY ; D?AMICO, VINCENT ; TRAMMELL, TARA L. E. ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; WOMMACK, K. ERIC. Assessing the efficacy of eDNA metabarcoding for measuring microbial biodiversity within forest ecosystems. Scientific Reports. v. 11, p. 1629, 2021. Qualis: A2
  28. DE PEDRO-JOVÉ, R. ; PUIGVERT, M. ; SEBASTIÀ, P. ; MACHO, A. P. ; Monteiro, J. S. ; COLL, N. S. ; SETÚBAL, J. C. ; VALLS, M.. Dynamic expression of Ralstonia solanacearum virulence factors and metabolism-controlling genes during plant infection. BMC GENOMICS. v. 22, p. 170, 2021. Qualis: A2
  29. PESSOA, DIOGO DE OLIVEIRA ; RIUS, FLÁVIA EICHEMBERGER ; PAPAIZ, DEBORA D'ANGELO ; AYUB, ANA LUÍSA PEDROSO ; MORAIS, ALICE SANTANA ; DE SOUZA, CAMILA FERREIRA ; DA PAIXÃO, VINICIUS FERREIRA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; NEWTON-BISHOP, JULIA ; NSENGIMANA, JÉRÉMIE ; AZEVEDO, HATYLAS ; REIS, EDUARDO MORAES ; JASIULIONIS, MIRIAM GALVONAS. Transcriptional signatures underlying dynamic phenotypic switching and novel disease biomarkers in a linear cellular model of melanoma progression. NEOPLASIA. v. 23, p. 439-455, 2021. Qualis: A2
  30. TEIXEIRA, ANDRÉ AZEVEDO REIS ; CARNERO, LUIS RODRIGUEZ ; KURAMOTO, ANDRÉIA ; TANG, FENNY HUI FEN ; GOMES, CARLOS HERNIQUE ; PEREIRA, NATALIA BUENO ; DE OLIVEIRA, LÉA CAMPOS ; GARRINI, REGINA ; MONTEIRO, JHONATAS SIRINO ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; SABINO, ESTER CERDEIRA ; Pasqualini, Renata ; COLLI, WALTER ; Arap, Wadih ; ALVES, MARIA JÚLIA MANSO ; CUNHA-NETO, EDÉCIO ; GIORDANO, RICARDO JOSÉ. A refined genome phage display methodology delineates the human antibody response in patients with Chagas disease. iScience. v. 24, p. 102540, 2021. Qualis: Não identificado (ISCIENCE)
  31. FERREIRA, LUCAS SALOMÃO DE SOUSA ; BUTARELLI, ANA CAROLINA DE ARAÚJO ; SOUSA, RAISSA DA COSTA ; OLIVEIRA, MARIENE AMORIM DE ; MORAES, PABLO HENRIQUE GONÇALVES ; RIBEIRO, IGOR SANTANA ; SOUSA, PEDRO FELIPE RODRIGUES ; DALL'AGNOL, HIVANA MELO BARBOSA ; LIMA, ALEX RANIERI JERÔNIMO ; GONÇALVES, EVONNILDO COSTA ; SIVONEN, KAARINA ; FEWER, DAVID ; RIYUZO, RAQUEL ; PIROUPO, CARLOS MORAIS ; DA SILVA, ALINE MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; DALL'AGNOL, LEONARDO TEIXEIRA. High-Quality Draft Genome Sequence of Pantanalinema sp. GBBB05, a Cyanobacterium From Cerrado Biome. FRONTIERS IN ECOLOGY AND EVOLUTION. v. 9, p. 639852, 2021. Qualis: A2
  32. GIRARDELLO, RAQUEL ; PIROUPO, CARLOS MORAIS ; MARTINS, JOAQUIM ; MAFFUCCI, MARCIA HELENA ; CURY, ANA PAULA ; FRANCO, MARIA RENATA GOMES ; MALTA, FERNANDA DE MELLO ; ROCHA, NATÁLIA CONCEIÇÃO ; PINHO, JOÃO RENATO REBELLO ; ROSSI, FLAVIA ; DUARTE, ALBERTO JOSÉ DA SILVA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS. Genomic Characterization of mcr-1.1-Producing Escherichia coli Recovered From Human Infections in São Paulo, Brazil. Frontiers in Microbiology. v. 12, p. 1454, 2021. Qualis: A1
  33. FABRO, ALEXANDRE TODOROVIC ; MACHADO-RUGOLO, JULIANA ; BALDAVIRA, CAMILA MACHADO ; PRIETO, TABATHA GUTIERREZ ; FARHAT, CECÍLIA ; ROTEA MANGONE, FLAVIA REGINA ; BATAH, SABRINA SETEMBRE ; CRUVINEL, HELOÍSA RESENDE ; ALDÁ, MAIARA ALMEIDA ; MONTEIRO, JHONATAS SIRINO ; PÁDUA, ADRIANA INACIO ; MORAIS, SIRLEI SIANI ; ANTÔNIO DE OLIVEIRA, ROGÉRIO ; SANTOS, MARCEL KOENIGKAM ; BADDINI-MARTINEZ, JOSÉ ANTÔNIO ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; RAINHO, CLAUDIA APARECIDA ; YOO, HUGO HYUNG BOK ; SILVA, PEDRO LEME ; NAGAI, MARIA APARECIDA. Circulating Plasma miRNA and Clinical/Hemodynamic Characteristics Provide Additional Predictive Information About Acute Pulmonary Thromboembolism, Chronic Thromboembolic Pulmonary Hypertension and Idiopathic Pulmonary Hypertension. Frontiers in Pharmacology. v. 12, p. 1287, 2021. Qualis: A1
  34. VIEIRA, LUCAS MACIEL ; JORGE, NATASHA ANDRESSA NOGUEIRA ; DE SOUSA, JOÃO BATISTA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; Stadler, Peter F. ; WALTER, MARIA EMÍLIA MACHADO TELLES. Competing Endogenous RNA in Colorectal Cancer: An Analysis for Colon, Rectum, and Rectosigmoid Junction. FRONTIERS IN ONCOLOGY. v. 11, p. 1670, 2021. Qualis: A2
  35. ASSIS, RENATA A.B. ; VARANI, ALESSANDRO M. ; SAGAWA, CINTIA H.D. ; PATANÉ, JOSÉ S.L. ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; UCEDA-CAMPOS, GUILLERMO ; DA SILVA, ALINE MARIA ; ZAINI, PAULO A. ; Almeida, Nalvo F. ; MOREIRA, LEANDRO MARCIO ; DANDEKAR, ABHAYA M.. A comparative genomic analysis of Xanthomonas arboricola pv. juglandis strains reveal hallmarks of mobile genetic elements in the adaptation and accelerated evolution of virulence. GENOMICS. v. 113, p. 2513-2525, 2021. Qualis: A3
  36. CASARO, MATEUS B. ; THOMAS, ANDREW M. ; MENDES, EDUARDO ; FUKUMORI, CLAUDIO ; RIBEIRO, WILLIAN R. ; OLIVEIRA, FERNANDO A. ; CRISMA, AMANDA R. ; MURATA, GILSON M. ; BIZZARRO, BRUNA ; SÁ-NUNES, ANDERSON ; Setubal, Joao C. ; MAYER, MARCIA P. A. ; MARTINS, FLAVIANO S. ; VIEIRA, ANGÉLICA T. ; ANTIORIO, ANA T. F. B. ; TAVARES-DE-LIMA, WOTHAN ; CAMARA, NIELS O. S. ; CURI, RUI ; DIAS-NETO, Emmanuel ; FERREIRA, CAROLINE M.. A probiotic has differential effects on allergic airway inflammation in A/J and C57BL/6 mice and is correlated with the gut microbiome. Microbiome. v. 9, p. 134, 2021. Qualis: A1
  37. ROSSMANN, MAIKE ; THOMAS, ANDREW MALTEZ ; GUIMA, SUZANA SATO ; MARTINS, LAYLA FARAGE ; INDERBITZIN, PATRIK ; KNIGHT-CONNONI, VICTORIA ; DA SILVA, ALINE MARIA ; Setubal, João C.. Microbiomes of Field-Grown Maize and Soybean in Southeastern and Central Brazil Inferred by High-Throughput 16S and Internal Transcribed Spacer Amplicon Sequencing. Microbiology Resource Announcements. v. 10, p. e00528-21, 2021. Qualis: C
  38. RANGEL, LUIZ THIBÉRIO ; SOUCY, SHANNON M ; Setubal, João C ; GOGARTEN, JOHANN PETER ; FOURNIER, GREGORY P. An Efficient, Nonphylogenetic Method for Detecting Genes Sharing Evolutionary Signals in Phylogenomic Data Sets. Genome Biology and Evolution. v. 13, p. evab187, 2021. Qualis: A1
  39. BRAGA, LUCAS PALMA PEREZ ; PEREIRA, ROBERTA VERCIANO ; MARTINS, LAYLA FARAGE ; MOURA, LIVIA MARIA SILVA ; SANCHEZ, FABIO BELTRAME ; PATANÉ, JOSÉ SALVATORE LEISTER ; DA SILVA, ALINE MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS. Genome-resolved metagenome and metatranscriptome analyses of thermophilic composting reveal key bacterial players and their metabolic interactions. BMC GENOMICS. v. 22, p. 652, 2021. Qualis: A2
  40. BRAGA, LUCAS P. P. ; COUTINHO, FELIPE H. ; AMGARTEN, DEYVID E. ; KOT, WITOLD ; HANSEN, LARS ; Setubal, João C. ; PHILIPPOT, LAURENT. Novel virocell metabolic potential revealed in agricultural soils by virus-enriched soil metagenome analysis. Environmental Microbiology Reports. v. 13, p. 348-354, 2021. Qualis: A2
  41. RODRIGUEZ CARNERO, LUIS ANTONIO ; REIS TEIXEIRA, ANDRÉ AZEVEDO ; FEN TANG, FENNY HUI ; KURAMOTO, ANDRÉIA ; MANSO ALVES, MARIA JÚLIA ; COLLI, WALTER ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; CUNHA-NETO, EDÉCIO ; Pasqualini, Renata ; Arap, Wadih ; GIORDANO, RICARDO JOSÉ. Protocol for design, construction, and selection of genome phage (gPhage) display libraries. STAR Protocols. v. 2, p. 100936, 2021. Qualis: Não identificado (STAR PROTOCOLS)
  42. PRATA, ISADORA OLIVEIRA ; CUBILLOS, ELIANA FERNANDA GALINDO ; KRÜGER, ARNE ; BARBOSA, DEIBS ; MARTINS, JOAQUIM ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; WUNDERLICH, GERHARD. Plasmodium falciparum Acetyl-CoA Synthetase Is Essential for Parasite Intraerythrocytic Development and Chromatin Modification. ACS Infectious Diseases. v. 7, p. 3224-3240, 2021. Qualis: A1
  43. LEMES, CAMILA G. C. ; VILLA, MORGHANA M. ; FELESTRINO, ÉRICA B. ; PERUCCI, LUIZA O. ; ASSIS, RENATA A. B. ; CORDEIRO, ISABELLA F. ; FONSECA, NATASHA P. ; GUERRA, LARA C. C. ; CANESCHI, WASHINGTON L. ; MORAES, LAURO Â. G. ; DO CARMO, FLÁVIO F. ; KAMINO, LUCIANA H. Y. ; VALE, PEDRO N. C. ; GUIMA, SUZANA E. S. ; Setubal, João C. ; SALGADO, ANDRÉ A. R. ; Moreira, Leandro M.. 16S rRNA Gene Amplicon Sequencing Data of the Iron Quadrangle Ferruginous Caves (Brazil) Shows the Importance of Conserving This Singular and Threatened Geosystem. DIVERSITY. v. 13, p. 494, 2021. Qualis: A2
  44. SOARES, DOUGLAS M. M. ; ATUM, SAMIR V. F. ; BECHARA, ETELVINO J. H. ; Setubal, João C. ; STEVANI, CASSIUS V. ; FREIRE, RENATO S.. Exploring the Microbiota of the Guarapiranga Water Reservoir With Long-Read Sequencing Technology. FRONTIERS IN MARINE SCIENCE. v. 8, p. 791101, 2021. Qualis: A2
  45. Setubal, João C. Metagenome-assembled genomes: concepts, analogies, and challenges. BIOPHYSICAL REVIEWS. v. 13, p. 905-909, 2021. Qualis: A3
  46. BRAGA, LUCAS P. P. ; SPOR, AYMÉ ; KOT, WITOLD ; BREUIL, MARIE-CHRISTINE ; HANSEN, LARS H. ; Setubal, João C. ; PHILIPPOT, LAURENT. Impact of phages on soil bacterial communities and nitrogen availability under different assembly scenarios. Microbiome. v. 8, p. 52, 2020. Qualis: A1
  47. AL ASSAL, KARINA ; PRIFTI, EDI ; BELDA, EUGENI ; SALA, PRISCILA ; CLÉMENT, KARINE ; DAO, MARIA-CARLOTA ; DORÉ, JOEL ; LEVENEZ, FLORENCE ; TADDEI, CARLA R. ; FONSECA, DANIELLE CRISTINA ; ROCHA, ILANNA MARQUES ; BALMANT, BIANCA DEPIERI ; THOMAS, ANDREW MALTEZ ; SANTO, MARCO A. ; DIAS-NETO, Emmanuel ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; ZUCKER, JEAN-DANIEL ; BELARMINO, GILIANE ; TORRINHAS, RAQUEL SUSANA ; WAITZBERG, DAN L.. Gut Microbiota Profile of Obese Diabetic Women Submitted to Roux-en-Y Gastric Bypass and Its Association with Food Intake and Postoperative Diabetes Remission. Nutrients. v. 12, p. 278, 2020. Qualis: A1
  48. ZIMPEL, CRISTINA KRAEMER ; PATANÉ, JOSÉ SALVATORE L. ; GUEDES, AURELIANO COELHO PROENÇA ; De Souza, Robson F. ; SILVA-PEREIRA, TAIANA T. ; CAMARGO, NAILA C. SOLER ; DE SOUZA FILHO, ANTÔNIO F. ; IKUTA, CÁSSIA Y. ; NETO, JOSÉ SOARES FERREIRA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; HEINEMANN, MARCOS BRYAN ; GUIMARAES, ANA MARCIA SA. Global Distribution and Evolution of Mycobacterium bovis Lineages. Frontiers in Microbiology. v. 509125, p. 1-12, 2020. Qualis: A1
  49. NASCIMENTO, FERNANDA SAYURI DO ; SUZUKI, MILENA OLIVEIRA ; TABA, JOÃO VICTOR ; DE MATTOS, VITORIA CARNEIRO ; PIPEK, LEONARDO ZUMERKORN ; D?ALBUQUERQUE, EUGÊNIA MACHADO CARNEIRO ; IUAMOTO, LEANDRO ; MEYER, ALBERTO ; ANDRAUS, WELLINGTON ; PINHO, JOÃO RENATO REBELLO ; DE MOURA, EDUARDO GUIMARÃES HOURNEAUX ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; CARNEIRO-D?ALBUQUERQUE, LUIZ AUGUSTO. Analysis of biliary MICRObiota in hepatoBILIOpancreatic diseases compared to healthy people [MICROBILIO]: Study protocol. PLoS One. v. 15, p. e0242553, 2020. Qualis: A1
  50. FELESTRINO, ÉRICA BARBOSA ; SANCHEZ, ANGÉLICA BIANCHINI ; CANESCHI, WASHINGTON LUIZ ; LEMES, CAMILA GRACYELLE DE CARVALHO ; ASSIS, RENATA DE ALMEIDA BARBOSA ; CORDEIRO, ISABELLA FERREIRA ; FONSECA, NATASHA PEIXOTO ; VILLA, MORGHANA MARINA ; VIEIRA, IZADORA TABUSO ; KAMINO, LUCIANA HIROMI YOSHINO ; DO CARMO, FLÁVIO FONSECA ; Da Silva, Aline Maria ; THOMAS, ANDREW MALTEZ ; PATANÉ, JOSÉ SALVATORE LEISTER ; FERREIRA, FERNANDA CARLA ; DE FREITAS, LEANDRO GRASSI ; VARANI, ALESSANDRO DE MELLO ; FERRO, JESUS APARECIDO ; SILVA, ROBSON SOARES ; ALMEIDA, NALVO FRANCO. Complete genome sequence and analysis of Alcaligenes faecalis strain Mc250, a new potential plant bioinoculant. PLoS One. v. 15, p. e0241546, 2020. Qualis: A1
  51. PIERRY, PAULO MARQUES ; DE SANTANA, WESLEY OLIVEIRA ; KITAJIMA, JOÃO PAULO ; MARTINS-JUNIOR, JOAQUIM ; ZAINI, PAULO ADRIANO ; UCEDA-CAMPOS, GUILLERMO ; FEITOSA-JUNIOR, OSEIAS R. ; PESSOA, PATRÍCIA ISABELA SILVA ; COLETTA-FILHO, HELVÉCIO DELLA ; DE SOUZA, ALESSANDRA ALVES ; MACHADO, MARCOS ANTONIO ; GESTEIRA, ABELMON DA SILVA ; MARTINS, LAYLA FARAGE ; AMARAL, MURILO SENA ; BECKEDORFF, FELIPE CESAR ; DE ALMEIDA, LUIZ GONZAGA PAULA ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; DA SILVA, ALINE MARIA. High-Quality Draft Genome Sequence Resources of Eight Xylella fastidiosa Strains Isolated from Citrus, Coffee, Plum, and Hibiscus in South America. PHYTOPATHOLOGY. v. 110, p. phyto-05-20-016-1751-1756, 2020. Qualis: A1
  52. SATO, FABIO TAKEO ; YAP, YU ANNE ; CRISMA, AMANDA RABELLO ; PORTOVEDO, MARIANA ; MURATA, GILSON MASAHIRO ; HIRABARA, SANDRO MASSAO ; RIBEIRO, WILLIAN RODRIGUES ; MARCANTONIO FERREIRA, CAROLINE ; CRUZ, MAYSA MARIANA ; PEREIRA, JOICE NAIARA BERTAGLIA ; PAYOLLA, TANYARA BALIANI ; GUIMA, SUZANA EIKO SATO ; THOMAS, ANDREW MALTEZ ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; ALONSO-VALE, MARIA ISABEL CARDOSO ; SANTOS, MARINILCE FAGUNDES ; CURI, RUI ; MARINO, ELIANA ; VINOLO, MARCO A. R.. Tributyrin Attenuates Metabolic and Inflammatory Changes Associated with Obesity through a GPR109A-Dependent Mechanism. Cells. v. 9, p. 2007, 2020. Qualis: A1
  53. Setubal, João C.; Stoye, Jens ; DUTILH, BAS E.. Editorial: Computational Methods for Microbiome Analysis. Frontiers in Genetics. v. 11, p. 1620, 2020. Qualis: A2
  54. RAMOS, PATRÍCIA L. ; KONDO, MÁRCIA Y. ; SANTOS, SAARA M. B. ; DE VASCONCELLOS, SUZAN P. ; ROCHA, RAFAEL C. S. ; DA CRUZ, JOÃO B. ; EUGENIO, PATRÍCIA F. M. ; CABRAL, HAMILTON ; JULIANO, MARIA A. ; JULIANO, LUIZ ; Setubal, João C. ; DA SILVA, ALINE M. ; CAPPELINI, LUCIANA T. D.. A Tropical Composting Operation Unit at São Paulo Zoo as a Source of Bacterial Proteolytic Enzymes. APPLIED BIOCHEMISTRY AND BIOTECHNOLOGY. v. 187, p. 282-297, 2019. Qualis: A3
  55. AMANN, RUDOLF I. ; BAICHOO, SHAKUNTALA ; BLENCOWE, BENJAMIN J. ; BORK, PEER ; BORODOVSKY, MARK ; BROOKSBANK, CATH ; CHAIN, PATRICK S. G. ; COLWELL, RITA R. ; DAFFONCHIO, DANIELE G. ; DANCHIN, ANTOINE ; DE LORENZO, VICTOR ; DORRESTEIN, PIETER C. ; FINN, ROBERT D. ; FRASER, CLAIRE M. ; GILBERT, JACK A. ; HALLAM, STEVEN J. ; HUGENHOLTZ, PHILIP ; IOANNIDIS, JOHN P. A. ; JANSSON, JANET K. ; SETUBAL, J. C.. Toward unrestricted use of public genomic data. SCIENCE. v. 363, p. 350-352, 2019. Qualis: A1
  56. THOMAS, ANDREW MALTEZ ; MANGHI, PAOLO ; ASNICAR, FRANCESCO ; PASOLLI, EDOARDO ; ARMANINI, FEDERICA ; ZOLFO, MORENO ; BEGHINI, FRANCESCO ; MANARA, SERENA ; KARCHER, NICOLAI ; POZZI, CHIARA ; GANDINI, SARA ; SERRANO, DAVIDE ; TARALLO, SONIA ; FRANCAVILLA, ANTONIO ; GALLO, GAETANO ; TROMPETTO, MARIO ; FERRERO, GIULIO ; MIZUTANI, SAYAKA ; SHIROMA, HIROTSUGU ; SETUBAL, J. C.. Metagenomic analysis of colorectal cancer datasets identifies cross-cohort microbial diagnostic signatures and a link with choline degradation. NATURE MEDICINE. v. 25, p. 667-678, 2019. Qualis: A1
  57. TANG, FENNY H. F. ; STAQUICINI, FERNANDA I. ; TEIXEIRA, ANDRÉ A. R. ; MICHALOSKI, JUSSARA S. ; NAMIYAMA, GISLENE M. ; TANIWAKI, NOEMI N. ; Setubal, João C. ; DA SILVA, ALINE M. ; SIDMAN, RICHARD L. ; Pasqualini, Renata ; Arap, Wadih ; Giordano, Ricardo J.. A ligand motif enables differential vascular targeting of endothelial junctions between brain and retina. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA. v. 116, p. 201809483-2305, 2019. Qualis: A1
  58. RANGEL, LUIZ THIBERIO ; MARDEN, JEREMIAH ; COLSTON, SOPHIE ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; GRAF, JOERG ; GOGARTEN, JOHANN PETER. Identification and characterization of putative Aeromonas spp. T3SS effectors. PLoS One. v. 14, p. e0214035, 2019. Qualis: A1
  59. SILVA, NATALIA MARIA ; DE OLIVEIRA, ALINE MÁRCIA SILVA ARAÚJO ; PEGORIN, STEFANIA ; GIUSTI, CAMILA ESCANDURA ; FERRARI, VITOR BATISTA ; BARBOSA, DEIBS ; MARTINS, LAYLA FARAGE ; MORAIS, CARLOS ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; VASCONCELLOS, SUZAN PANTAROTO ; DA SILVA, ALINE MARIA ; DE OLIVEIRA, JULIO CEZAR FRANCO ; PASCON, RENATA CASTIGLIONI ; VIANA-NIERO, CRISTINA. Characterization of novel hydrocarbon-degrading Gordonia paraffinivorans and Gordonia sihwensis strains isolated from composting. PLoS One. v. 14, p. e0215396, 2019. Qualis: A1
  60. FACHI, JOSÉ LUÍS ; FELIPE, JAQUELINE DE SOUZA ; PRAL, LAÍS PASSARIELLO ; DA SILVA, BRUNA KARADI ; CORRÊA, RENAN OLIVEIRA ; DE ANDRADE, MIRELLA CRISTINY PEREIRA ; DA FONSECA, DENISE MORAIS ; BASSO, PAULO JOSÉ ; CÂMARA, NIELS OLSEN SARAIVA ; DE SALES E SOUZA, ÉRICKA LORENNA ; DOS SANTOS MARTINS, FLAVIANO ; GUIMA, SUZANA EIKO SATO ; THOMAS, ANDREW MALTEZ ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; MAGALHÃES, YULI THAMIRES ; FORTI, FÁBIO LUIS ; CANDREVA, THAMIRIS ; RODRIGUES, HOSANA GOMES ; DE JESUS, MARCELO BISPO ; CONSONNI, SÍLVIO ROBERTO. Butyrate Protects Mice from Clostridium difficile-Induced Colitis through an HIF-1-Dependent Mechanism. Cell Reports. v. 27, p. 750-761.e7, 2019. Qualis: A1
  61. Patané, José S. L. ; MARTINS-JUNIOR, JOAQUIM ; RANGEL, LUIZ THIBERIO ; Varani, A. ; DIGIAMPIETRI, Luciano A. ; FACINCANI, AGDA P. ; WANG, NIAN ; FERRO, Jesus ; Almeida, N. F. ; Moreira, Leandro M ; Setubal, João C. Origin and diversification of Xanthomonas citri subsp. citri pathotypes revealed by inclusive phylogenomic, dating, and biogeographic analyses. BMC GENOMICS. v. 20, p. 700, 2019. Qualis: A2
  62. BRAGA, STEFANIA PEGORIN ; DOS SANTOS, ALEXANDRE PAES ; PAGANINI, THAIS ; BARBOSA, DEIBS ; EPAMINO, GEORGE WILLIAN CONDOMITTI ; MORAIS, CARLOS ; MARTINS, LAYLA FARAGE ; SILVA, ALINE MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; VALLIM, MARCELO AFONSO ; PASCON, RENATA CASTIGLIONI. First report of cis-1,4-polyisoprene degradation by Gordonia paraffinivorans. BRAZILIAN JOURNAL OF MICROBIOLOGY. v. 19, p. 1051-1062, 2019. Qualis: B1
  63. FUKUMORI, CLAUDIO ; CASARO, MATEUS B. ; THOMAS, ANDREW M. ; MENDES, EDUARDO ; RIBEIRO, WILLIAN R. ; CRISMA, AMANDA R. ; MURATA, GILSON M. ; BIZZARRO, BRUNA ; DIAS-NETO, Emmanuel ; Setubal, Joao C. ; OLIVEIRA, MARIA A. ; TAVARES-DE-LIMA, WOTHAN ; CURI, RUI ; BORDIN, SILVANA ; SARTORELLI, PATRICIA ; FERREIRA, CAROLINE M.. Maternal supplementation with a synbiotic has distinct outcomes on offspring gut microbiota formation in A/J and C57BL/6 mice, differentially affecting airway inflammatory cell infiltration and mucus production. Journal of Functional Foods. v. 61, p. 103496, 2019. Qualis: A1
  64. FONSECA, NATASHA PEIXOTO ; Patané, José S. L. ; VARANI, ALESSANDRO M. ; FELESTRINO, ÉRICA BARBOSA ; CANESCHI, WASHINGTON LUIZ ; SANCHEZ, ANGÉLICA BIANCHINI ; CORDEIRO, ISABELLA FERREIRA ; LEMES, CAMILA GRACYELLE DE CARVALHO ; ASSIS, RENATA DE ALMEIDA BARBOSA ; GARCIA, CAMILA CARRIÃO MACHADO ; BELASQUE JR., JOSÉ ; MARTINS JR., JOAQUIM ; FACINCANI, AGDA PAULA ; FERREIRA, RAFAEL MARINI ; JACIANI, FABRÍCIO JOSÉ ; ALMEIDA, NALVO FRANCO DE ; FERRO, JESUS APARECIDO ; MOREIRA, LEANDRO MARCIO ; Setubal, João C.. Analyses of Seven New Genomes of Xanthomonas citri pv. aurantifolii Strains, Causative Agents of Citrus Canker B and C, Show a Reduced Repertoire of Pathogenicity-Related Genes. Frontiers in Microbiology. v. 10, p. 02361, 2019. Qualis: A1
  65. FONSECA, NATASHA P. ; FELESTRINO, ÉRICA B. ; CANESCHI, WASHINGTON L. ; SANCHEZ, ANGÉLICA B. ; CORDEIRO, ISABELLA F. ; LEMES, CAMILA G.C. ; ASSIS, RENATA A.B. ; CARVALHO, FLÁVIA M.S. ; FERRO, JESUS A. ; VARANI, ALESSANDRO M. ; BELASQUE, JOSÉ ; Setubal, Joao C. ; TELLES, GUILHERME P. ; AGUENA, DEIVISTON S. ; Almeida, Nalvo F. ; Moreira, Leandro M.. Detection and identification of Xanthomonas pathotypes associated with citrus diseases using comparative genomics and multiplex PCR. PeerJ. v. 7, p. e7676, 2019. Qualis: A2
  66. Baptista, M.S. ; ALVES, M.J.M. ; ARANTES, G.M. ; ARMELIN, H.A. ; AUGUSTO, O. ; BALDINI, R.L. ; BASSERES, D.S. ; BECHARA, E.J.H. ; BRUNI-CARDOSO, A. ; CHAIMOVICH, H. ; COLEPICOLO NETO, P. ; COLLI, W. ; CUCCOVIA, I.M. ; DA-SILVA, A.M. ; DI MASCIO, P. ; FARAH, S.C. ; FERREIRA, C. ; FORTI, F.L. ; GIORDANO, R.J. ; SETUBAL, J. C.. Where do we aspire to publish? A position paper on scientific communication in biochemistry and molecular biology. Brazilian Journal of Medical and Biological Research (on line). v. 52, p. 1414-431x201989, 2019. Qualis: A4
  67. CANESCHI, WASHINGTON LUIZ ; SANCHEZ, ANGÉLICA BIANCHINI ; FELESTRINO, ÉRICA BARBOSA ; LEMES, CAMILA GRACYELLE DE CARVALHO ; CORDEIRO, ISABELLA FERREIRA ; FONSECA, NATASHA PEIXOTO ; VILLA, MORGHANA MARINA ; VIEIRA, IZADORA TABUSO ; MORAES, LAURO ÂNGELO GONÇALVES ; ASSIS, RENATA DE ALMEIDA BARBOSA ; DO CARMO, FLÁVIO FONSECA ; KAMINO, LUCIANA HIROMI YOSHINO ; SILVA, ROBSON SOARES ; FERRO, JESUS APARECIDO ; FERRO, MARIA INÊS TIRABOSCHI ; FERREIRA, RAFAEL MARINI ; SANTOS, VERA LÚCIA ; SILVA, UBIANA DE CÁSSIA MOURÃO ; ALMEIDA, NALVO FRANCO ; SETUBAL, J. C.. Serratia liquefaciens FG3 isolated from a metallophyte plant sheds light on the evolution and mechanisms of adaptive traits in extreme environments. Scientific Reports. v. 9, p. 18006, 2019. Qualis: A2
  68. GUARISCHI-SOUSA, RODRIGO ; MONTEIRO, JHONATAS S. ; ALECRIM, LILIAN C. ; MICHALOSKI, JUSSARA S. ; CARDEAL, LAURA B. ; FERREIRA, ELISA N. ; Carraro, Dirce M. ; Nunes, Diana N. ; DIAS-NETO, Emmanuel ; REIMAND, JÜRI ; BOUTROS, PAUL C. ; Setubal, João C. ; Giordano, Ricardo J.. A transcriptome-based signature of pathological angiogenesis predicts breast cancer patient survival. PLoS Genetics. v. 15, p. e1008482, 2019. Qualis: A1
  69. HA, S. ; DIMITROVA, E. ; HOOPS, S. ; ALTARAWY, D. ; ANSARIOLA, M. ; DEB, D. ; GLAZEBROOK, J. ; HILLMER, R. ; SHAHIN, H. ; KATAGIRI, F. ; MCDOWELL, J. ; MEGRAW, M. ; Setubal, J. ; Tyler, B. M. ; LAUBENBACHER, R.. PlantSimLab - a modeling and simulation web tool for plant biologists. BMC BIOINFORMATICS. v. 20, p. 508, 2019. Qualis: A1
  70. BRAGA, LUCAS P. P. ; SOUCY, SHANNON M. ; AMGARTEN, DEYVID E. ; DA SILVA, ALINE M. ; Setubal, João C.. Bacterial Diversification in the Light of the Interactions with Phages: The Genetic Symbionts and Their Role in Ecological Speciation. FRONTIERS IN ECOLOGY AND EVOLUTION. v. 6, p. fevo.2018.00006, 2018. Qualis: A2
  71. DASILVA, LUCAS F. ; BECKEDORFF, FELIPE C. ; AYUPE, ANA C. ; AMARAL, MURILO S. ; MESEL, VINÍCIUS ; VIDEIRA, ALEXANDRE ; Reis, Eduardo M. ; REIS, EM ; SETUBAL, JOÃO C. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Chromatin Landscape Distinguishes the Genomic Loci of Hundreds of Androgen-Receptor-Associated LincRNAs From the Loci of Non-associated LincRNAs. Frontiers in Genetics. v. 9, p. 1-21, 2018. Qualis: A2
  72. AMGARTEN, DEYVID ; BRAGA, LUCAS P. P. ; DA SILVA, ALINE M. ; Setubal, João C.. MARVEL, a Tool for Prediction of Bacteriophage Sequences in Metagenomic Bins. Frontiers in Genetics. v. 9, p. ARTN 304, 2018. Qualis: A2
  73. PEREIRA, ADRIANA S. A. ; AMARAL, MURILO S. ; VASCONCELOS, ELTON J. R. ; PIRES, DAVID S. ; ASIF, HUMA ; DASILVA, LUCAS F. ; MORALES-VICENTE, DAVID A. ; CARNEIRO, VITOR C. ; ANGELI, CLAUDIA B. ; PALMISANO, GIUSEPPE ; FANTAPPIE, MARCELO R. ; PIERCE, RAYMOND J. ; Setubal, João C. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Inhibition of histone methyltransferase EZH2 in Schistosoma mansoni in vitro by GSK343 reduces egg laying and decreases the expression of genes implicated in DNA replication and noncoding RNA metabolism. PLoS Neglected Tropical Diseases. v. 12, p. e0006873, 2018. Qualis: A1
  74. PADOVANI DE SOUZA, KLEBER ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; PONCE DE LEON F. DE CARVALHO, ANDRÉ CARLOS ; OLIVEIRA, GUILHERME ; CHATEAU, ANNIE ; ALVES, RONNIE. Machine learning meets genome assembly. BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS. v. 72, p. 1, 2018. Qualis: A1
  75. RAMADAN, EMAN ; MAGED, MOHAMAD ; EL HOSSEINY, AHMED ; CHAMBERGO, FELIPE S. ; Setubal, João C. ; EL DORRY, HAMZA. Molecular adaptations of bacterial mercuric reductase to the hypersaline Kebrit Deep in the Red Sea. APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY. v. 85, p. e01431, 2018. Qualis: A1
  76. LEMOS, LEANDRO N. ; PEREIRA, ROBERTA V. ; QUAGGIO, RONALDO B. ; MARTINS, LAYLA F. ; MOURA, LIVIA M. S. ; DA SILVA, AMANDA R. ; ANTUNES, LUCIANA P. ; DA SILVA, ALINE M. ; Setubal, João C.. Genome-Centric Analysis of a Thermophilic and Cellulolytic Bacterial Consortium Derived from Composting. Frontiers in Microbiology. v. 8, p. 644, 2017. Qualis: A1
  77. PUIGVERT, MARINA ; GUARISCHI-SOUSA, RODRIGO ; ZULUAGA, PAOLA ; COLL, NÚRIA S. ; MACHO, ALBERTO P. ; Setubal, João C. ; VALLS, MARC. Transcriptomes of Ralstonia solanacearum during Root Colonization of Solanum commersonii. Frontiers in Plant Science. v. 8, p. 370, 2017. Qualis: A1
  78. PATANÉ, JOSÉ S.L. ; MARTINS, JOAQUIM ; CASTELÃO, ANA BEATRIZ ; NISHIBE, CHRISTIANE ; MONTERA, LUCIANA ; BIGI, FABIANA ; ZUMÁRRAGA, MARTIN J. ; CATALDI, ANGEL A. ; JUNIOR, ANTÔNIO FONSECA ; ROXO, ELIANA ; OSÓRIO, ANA LUIZA A.R. ; JORGE, KLAUDIA S. ; THACKER, TYLER C. ; Almeida, Nalvo F. ; ARAÚJO, FLABIO R. ; Setubal, João C.. Patterns and Processes of Mycobacterium bovis Evolution Revealed by Phylogenomic Analyses. Genome Biology and Evolution. v. 9, p. 521-535, 2017. Qualis: A1
  79. ERILL, IVAN ; PUIGVERT, MARINA ; LEGRAND, LUDOVIC ; GUARISCHI-SOUSA, RODRIGO ; VANDECASTEELE, CÉLINE ; Setubal, João C. ; GENIN, STEPHANE ; GUIDOT, ALICE ; VALLS, MARC. Comparative Analysis of Ralstonia solanacearum Methylomes. Frontiers in Plant Science. v. 8, p. 504, 2017. Qualis: A1
  80. AMGARTEN, DEYVID ; MARTINS, LAYLA FARAGE ; LOMBARDI, KAREN CRISTINA ; ANTUNES, LUCIANA PRINCIPAL ; DE SOUZA, ANA PAULA SILVA ; NICASTRO, GIANLUCCA GONÇALVES ; KITAJIMA, ELLIOTT WATANABE ; QUAGGIO, RONALDO BENTO ; UPTON, CHRIS ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; DA SILVA, ALINE MARIA. Three novel Pseudomonas phages isolated from composting provide insights into the evolution and diversity of tailed phages. BMC GENOMICS. v. 18, p. ARTN 346, 2017. Qualis: A2
  81. Moreira, Leandro M. ; SOARES, MÁRCIA R. ; FACINCANI, AGDA P. ; FERREIRA, CRISTIANO B. ; FERREIRA, RAFAEL M. ; Ferro, Maria I. T. ; GOZZO, FÁBIO C. ; FELESTRINO, ÉRICA B. ; ASSIS, RENATA A. B. ; GARCIA, CAMILA CARRIÃO M. ; Setubal, João C. ; FERRO, JESUS A. ; DE OLIVEIRA, JULIO C.F.. Proteomics-based identification of differentially abundant proteins reveals adaptation mechanisms of Xanthomonas citri subsp. citri during Citrus sinensis infection. BMC MICROBIOLOGY. v. 17, p. 155, 2017. Qualis: A2
  82. WANG, NIAN ; PIERSON, ELIZABETH A. ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; XU, JIN ; LEVY, JULIEN G. ; ZHANG, YUNZENG ; LI, JINYUN ; RANGEL, LUIZ THIBERIO ; MARTINS, JOAQUIM. The Candidatus Liberibacter-Host Interface: Insights into Pathogenesis Mechanisms and Disease Control. Annual Review of Phytopathology. v. 55, p. 451-482, 2017. Qualis: A1
  83. MENDES, EDUARDO ; ACETTURI, BEATRIZ G. ; THOMAS, ANDREW M. ; MARTINS, FLAVIANO DOS S. ; CRISMA, AMANDA R. ; MURATA, GILSON ; BRAGA, TÁRCIO T. ; CAMÂRA, NIELS O. S. ; FRANCO, ADRIANA L. DOS S. ; Setubal, João C. ; RIBEIRO, WILLIAN R. ; VALDUGA, CLAUDETE J. ; CURI, RUI ; DIAS-NETO, Emmanuel ; TAVARES-DE-LIMA, WOTHAN ; FERREIRA, CAROLINE M.. Prophylactic Supplementation of Bifidobacterium longum 51A Protects Mice from Ovariectomy-Induced Exacerbated Allergic Airway Inflammation and Airway Hyperresponsiveness. Frontiers in Microbiology. v. 8, p. 1732, 2017. Qualis: A1
  84. MORAES, LAURO ÂNGELO GONÇALVES DE ; FELESTRINO, ÉRICA BARBOSA ; ASSIS, RENATA DE ALMEIDA BARBOSA ; MATOS, DIOGO ; LIMA, JOUBERT DE CASTRO ; LIMA, LEANDRO DE ARAÚJO ; ALMEIDA, NALVO FRANCO ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; GARCIA, CAMILA CARRIÃO MACHADO ; MOREIRA, LEANDRO MARCIO. TabPath: interactive tables for metabolic pathway analysis. BIOINFORMATICS. v. 34, p. 1040-1042, 2017. Qualis: A1
  85. ASSIS, RENATA DE A. B. ; POLLONI, LORRAINE CRISTINA ; Patané, José S. L. ; THAKUR, SHALABH ; FELESTRINO, ÉRICA B. ; DIAZ-CABALLERO, JULIO ; DIGIAMPIETRI, LUCIANO ANTONIO ; GOULART, LUIZ RICARDO ; Almeida, Nalvo F. ; NASCIMENTO, RAFAEL ; DANDEKAR, ABHAYA M. ; ZAINI, PAULO A. ; Setubal, João C. ; Guttman, David S. ; MOREIRA, LEANDRO MARCIO. Identification and analysis of seven effector protein families with different adaptive and evolutionary histories in plant-associated members of the Xanthomonadaceae. Scientific Reports. v. 7, p. 16133, 2017. Qualis: A2
  86. ROSSI, F ; GIRARDELLO, R ; MORAIS, C ; CURY, AP ; MARTINS, LF ; SILVA, AM ; ABDALA, E ; SETUBAL, JC ; DUARTE, AJ. Plasmid-mediated mcr-1 in carbapenem-susceptible Escherichia coli ST156 causing a blood infection: an unnoticeable spread of colistin resistance in Brazil?. Clinics. v. 72, p. 642-644, 2017. Qualis: B4
  87. GUARISCHI-SOUSA, RODRIGO ; PUIGVERT, MARINA ; COLL, NÚRIA S. ; SIRI, MARÍA INÉS ; PIANZZOLA, MARÍA JULIA ; VALLS, MARC ; Setubal, João C.. Complete genome sequence of the potato pathogen Ralstonia solanacearum UY031. Standards in Genomic Sciences. v. 11, p. 7, 2016. Qualis: B2
  88. LIMA-JUNIOR, JAMES DALTRO ; VIANA-NIERO, CRISTINA ; CONDE OLIVEIRA, DANIEL V. ; MACHADO, GABRIEL ESQUITINI ; RABELLO, MICHELLE CRISTIANE DA SILVA ; MARTINS-JUNIOR, JOAQUIM ; MARTINS, LAYLA FARAGE ; DIGIAMPIETRI, LUCIANO ANTONIO ; DA SILVA, ALINE MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; RUSSELL, DANIEL A. ; JACOBS-SERA, DEBORAH ; POPE, WELKIN H. ; HATFULL, GRAHAM F. ; LEÃO, SYLVIA CARDOSO. Characterization of mycobacteria and mycobacteriophages isolated from compost at the São Paulo Zoo Park Foundation in Brazil and creation of the new mycobacteriophage Cluster U. BMC Microbiology (Online). v. 16, p. 1-15, 2016. Qualis: A2
  89. ANTUNES, LUCIANA PRINCIPAL ; MARTINS, LAYLA FARAGE ; PEREIRA, ROBERTA VERCIANO ; THOMAS, ANDREW MALTEZ ; BARBOSA, DEIBS ; LEMOS, LEANDRO NASCIMENTO ; SILVA, GIANLUCA MAJOR MACHADO ; MOURA, LIVIA MARIA SILVA ; EPAMINO, GEORGE WILLIAN CONDOMITTI ; DIGIAMPIETRI, LUCIANO ANTONIO ; LOMBARDI, KAREN CRISTINA ; RAMOS, PATRICIA LOCOSQUE ; QUAGGIO, RONALDO BENTO ; DE OLIVEIRA, JULIO CEZAR FRANCO ; PASCON, RENATA CASTIGLIONI ; CRUZ, JOÃO BATISTA DA ; DA SILVA, ALINE MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS. Microbial community structure and dynamics in thermophilic composting viewed through metagenomics and metatranscriptomics. Scientific Reports. v. 6, p. 38915, 2016. Qualis: A2
  90. PAEZ-ESPINO, DAVID ; CHEN, I.-MIN A. ; PALANIAPPAN, KRISHNA ; RATNER, ANNA ; CHU, KEN ; SZETO, ERNEST ; PILLAY, MANOJ ; HUANG, JINGHUA ; MARKOWITZ, VICTOR M. ; NIELSEN, TORBEN ; HUNTEMANN, MARCEL ; K. REDDY, T. B. ; PAVLOPOULOS, GEORGIOS A. ; SULLIVAN, MATTHEW B. ; CAMPBELL, BARBARA J. ; CHEN, FENG ; MCMAHON, KATHERINE ; HALLAM, STEVE J. ; DENEF, VINCENT ; SETUBAL, J. C.. IMG/VR: a database of cultured and uncultured DNA Viruses and retroviruses. Nucleic Acids Research (Online). v. 45, p. D457-D465, 2016. Qualis: A1
  91. ALMEIDA, DIEGO DANTAS ; KITAJIMA, JOÃO PAULO ; NISHIYAMA, MILTON YUTAKA ; CONDOMITTI, GEORGE WILLIAN ; OLIVEIRA, URSULA CASTRO DE ; SETÚBAL, JOÃO CARLOS ; JUNQUEIRA-DE-AZEVEDO, INÁCIO L. M.. The complete mitochondrial genome of Bothrops jararaca (Reptilia, Serpentes, Viperidae). Mitochondrial DNA Part B. v. 1, p. 907-908, 2016. Qualis: B4 (MITOCHONDRIAL DNA PART A)
  92. Setubal, Joao C. Desconcertos na Ciência. Revista Brasileira de Psicanálise (Impresso). v. 50, p. 145-152, 2016.Qualis: B1
  93. THOMAS, ANDREW M. ; JESUS, ELIANE C. ; LOPES, ADEMAR ; AGUIAR, SAMUEL ; BEGNAMI, MARIA D. ; ROCHA, RAFAEL M. ; CARPINETTI, PAOLA AVELAR ; CAMARGO, ANAMARIA A. ; HOFFMANN, CHRISTIAN ; FREITAS, HELANO C. ; SILVA, ISRAEL T. ; Nunes, Diana N. ; Setubal, João C. ; DIAS-NETO, Emmanuel. Tissue-Associated Bacterial Alterations in Rectal Carcinoma Patients Revealed by 16S rRNA Community Profiling. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. v. 6, p. 00179, 2016. Qualis: A1
  94. ZHANG, YUNZENG ; JALAN, NEHA ; ZHOU, XIAOFENG ; GOSS, ERICA ; Jones, Jeffrey B ; Setubal, João C ; DENG, XIAOLING ; WANG, NIAN. Positive selection is the main driving force for evolution of citrus canker-causing Xanthomonas. The ISME Journal (Print). v. 15, p. 1-11, 2015. Qualis: A1
  95. SCHWARTZ, ALLISON R. ; Potnis, Neha ; TIMILSINA, SUJAN ; WILSON, MARK ; PATANÉ, JOSÉ ; MARTINS, JOAQUIM ; MINSAVAGE, GERALD V. ; DAHLBECK, DOUGLAS ; AKHUNOVA, ALINA ; ALMEIDA, NALVO ; VALLAD, GARY E. ; BARAK, JERI D. ; WHITE, FRANK F. ; MILLER, SALLY A. ; RITCHIE, DAVID ; GOSS, ERICA ; BART, REBECCA S. ; Setubal, João C. ; Jones, Jeffrey B. ; STASKAWICZ, BRIAN J.. Phylogenomics of Xanthomonas field strains infecting pepper and tomato reveals diversity in effector repertoires and identifies determinants of host specificity. Frontiers in Microbiology (Online). v. 6, p. 535, 2015. Qualis: A1
  96. Setubal, Joao C.; ALMEIDA, NALVO. TCBB Special Section on the Brazilian Symposium on Bioinformatics 2013. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (Print). v. 12, p. 499-499, 2015. Qualis: A1
  97. ANDERSON, LETÍCIA ; AMARAL, MURILO S. ; BECKEDORFF, FELIPE ; SILVA, LUCAS F. ; DAZZANI, BIANCA ; OLIVEIRA, KATIA C. ; ALMEIDA, GIULLIANA T. ; GOMES, MONETE R. ; PIRES, DAVID S. ; Setubal, João C. ; DeMarco, Ricardo ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Schistosoma mansoni Egg, Adult Male and Female Comparative Gene Expression Analysis and Identification of Novel Genes by RNA-Seq. PLoS Neglected Tropical Diseases (Online). v. 9, p. e0004334, 2015. Qualis: A1
  98. FERREIRA, ARI J. S. ; SIAM, RANIA ; Setubal, João C. ; MOUSTAFA, AHMED ; SAYED, AHMED ; CHAMBERGO, FELIPE S. ; DAWE, ADAM S. ; GHAZY, MOHAMED A. ; SHARAF, HAZEM ; OUF, AMGED ; ALAM, INTIKHAB ; ABDEL-HALEEM, ALYAA M. ; LEHVASLAIHO, HEIKKI ; RAMADAN, EMAN ; ANTUNES, ANDRÉ ; STINGL, ULRICH ; ARCHER, JOHN A. C. ; JANKOVIC, BORIS R. ; SOGIN, MITCHELL ; BAJIC, VLADIMIR B.. Core Microbial Functional Activities in Ocean Environments Revealed by Global Metagenomic Profiling Analyses. Plos One. v. 9, p. e97338, 2014. Qualis: A1
  99. TORTO-ALALIBO, TRUDY ; PURWANTINI, ENDANG ; LOMAX, JANE ; SETUBAL, JOãO C. ; MUKHOPADHYAY, BISWARUP ; TYLER, BRETT M.. Genetic resources for advanced biofuel production described with the Gene Ontology. Frontiers in Microbiology (Online). v. 5, p. 5:528, 2014. Qualis: A1
  100. PURWANTINI, ENDANG ; TORTO-ALALIBO, TRUDY ; LOMAX, JANE ; SETUBAL, JOãO C. ; TYLER, BRETT M. ; MUKHOPADHYAY, BISWARUP. Genetic resources for methane production from biomass described with the Gene Ontology. Frontiers in Microbiology (Online). v. 5, p. 634, 2014. Qualis: A1
  101. THOMAS, ANDREW ; GLEBER-NETTO, FREDERICO ; FERNANDES, GUSTAVO ; AMORIM, MARIA ; BARBOSA, LUISA ; FRANCISCO, ANA ; GUERRA DE ANDRADE, ARTHUR ; Setubal, João ; KOWALSKI, LUIZ ; NUNES, DIANA ; DIAS-NETO, Emmanuel. Alcohol and tobacco consumption affects bacterial richness in oral cavity mucosa biofilms. BMC Microbiology (Online). v. 14, p. 250, 2014. Qualis: A2
  102. RAJASEKARAN, PARTHIBAN ; ALEXANDER, JEFFRY C. ; SELEEM, MOHAMED N. ; JAIN, NEETA ; SRIRANGANATHAN, NAMMALWAR ; WATTAM, ALICE R. ; Setubal, João C. ; BOYLE, STEPHEN M.. Peptide nucleic acids inhibit growth of Brucella suis in pure culture and in infected murine macrophages. International Journal of Antimicrobial Agents (Print). v. 41, p. 500, 2013. Qualis: A1
  103. MARTINS, L. F. ; ANTUNES, L. P. ; PASCON, R. ; OLIVEIRA, Julio Cezar de ; DIGIAMPIETRI, Luciano A. ; BARBOSA, D. ; PEIXOTO, B. M. ; VALLIM, M. A. ; VIANA-NIERO, C. ; Ostroski, Eric H ; TELLES, G. ; DIAS, Z. ; CRUZ, J. B. ; JULIANO NETO, L. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; da Silva, Aline M ; Setubal, J.C.. Metagenomic Analysis of a Tropical Composting Operation at the São Paulo Zoo Park Reveals Diversity of Biomass Degradation Functions and Organisms. Plos One. v. 8, p. e61928, 2013. Qualis: A1
  104. JALAN, NEHA ; KUMAR, DIBYENDU ; ANDRADE, MAXUEL O ; YU, FAHONG ; Jones, Jeffrey B ; GRAHAM, JAMES H ; White, Frank F ; Setubal, João C ; WANG, NIAN. Comparative genomic and transcriptome analyses of pathotypes of Xanthomonas citri subsp. citri provide insights into mechanisms of bacterial virulence and host range. BMC Genomics. v. 14, p. 551, 2013. Qualis: A2
  105. WULFF, NELSON ARNO ; ZHANG, SHUJIAN ; Setubal, João C ; Almeida, Nalvo F ; MARTINS, ELAINE C ; Harakava, Ricardo ; KUMAR, DIBYENDU ; RANGEL, LUIZ T ; FOISSAC, XAVIER ; BOVE, JOSEPH ; GABRIEL, DEAN W. The complete genome sequence of Candidatus Liberibacter americanus, associated with citrus Huanglongbing.. Molecular Plant-Microbe Interactions. v. 27, p. 131107142521009, 2013. Qualis: A1
  106. SAYED, A. ; GHAZY, M. A. ; Ferreira, A. J. S. ; SETUBAL, J. C. ; CHAMBERGO, F. S. ; OUF, A. ; ADEL, M. ; DAWE, A. S. ; ARCHER, J. A. C. ; BAJIC, V. B. ; SIAM, R. ; El-Dorry, H.. A novel mercuric reductase from the unique deep brine environment of Atlantis II in the Red Sea. The Journal of Biological Chemistry (Print). v. 289, p. 1675-1687, 2013. Qualis: A1
  107. Paschoal, Alexandre Rossi ; Maracaja-Coutinho, Vinicius ; Setubal, João Carlos ; Simões, Zilá Luz Paulino ; Verjovski-Almeida, Sergio ; Durham, Alan Mitchell. Non-coding transcription characterization and annotation: A guide and web resource for non-coding RNA databases. RNA Biology. v. 9, p. 274-282, 2012. Qualis: A2
  108. Dos Santos, Patricia C ; Fang, Zhong ; Mason, Steven W ; Setubal, João C ; Dixon, Ray. Distribution of nitrogen fixation and nitrogenase-like sequences amongst microbial genomes. BMC Genomics. v. 13, p. 162, 2012. Qualis: A2
  109. Dias, Zanoni ; Dias, Ulisses ; Setubal, Joao C. SIS: a program to generate draft genome sequence scaffolds for prokaryotes. BMC Bioinformatics. v. 13, p. 96, 2012. Qualis: A1
  110. Wattam, A. R. ; INZANA, T. J. ; Williams, K. P. ; Mane, S. P. ; Shukla, M. ; Almeida, N. F. ; Dickerman, A. W. ; MASON, S. ; MORIYON, I. ; O'CALLAGHAN, D. ; WHATMORE, A. M. ; Sobral, B. W. ; Tiller, R. V. ; Hoffmaster, A. R. ; Frace, M. A. ; DE CASTRO, C. ; MOLINARO, A. ; Boyle, S. M. ; De, B. K. ; SETUBAL, J. C.. Comparative Genomics of Early-Diverging Brucella Strains Reveals a Novel Lipopolysaccharide Biosynthesis Pathway. MBIO. v. 3, p. e00246-12-e00246-12, 2012. Qualis: A1
  111. WILSON, M. L. ; CAI, Y. ; HANLON, R. ; TAYLOR, S. ; CHEVREUX, B. ; SETUBAL, J. C. ; Tyler, B. M. ; PECCOUD, J.. Sequence verification of synthetic DNA by assembly of sequencing reads. Nucleic Acids Research (Online). v. 41, p. e25-e25, 2012. Qualis: A1
  112. SLATER, S. ; Setubal, Joao C ; HOUMIEL, K. ; SUN, J. ; KAUL, R. ; GOLDMAN, B. ; FARRAND, S. ; Almeida, Nalvo F ; BURR, T. ; NESTER, E. W. ; RHOADS, D. ; WELCH, R. ; WOOD, Derek W.. The Genome of Agrobacterium tumefaciens C58: Reconciliation of sequence data, updated annotation, and distribution of linear chromosome in genus Agrobacterium.. Applied and Environmental Microbiology (Print),. p. 1414-1417, 2012. Qualis: A1 (APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY)
  113. Wibberg, Daniel ; Blom, Jochen ; Jaenicke, Sebastian ; Kollin, Florian ; Rupp, Oliver ; Scharf, Birgit ; Schneiker-Bekel, Susanne ; Sczcepanowski, Rafael ; Goesmann, Alexander ; Setubal, Joao Carlos ; Schmitt, Rüdiger ; Pühler, Alfred ; Schlüter, Andreas. Complete genome sequencing of Agrobacterium sp. H13-3, the former Rhizobium lupini H13-3, reveals a tripartite genome consisting of a circular and a linear chromosome and an accessory plasmid but lacking a tumor-inducing Ti-plasmid. Journal of Biotechnology. v. 155, p. 50-62, 2011. Qualis: A3
  114. Potnis, Neha ; Krasileva, Ksenia ; Chow, Virginia ; Almeida, Nalvo F ; Patil, Prabhu B ; Ryan, Robert P ; Sharlach, Molly ; Behlau, Franklin ; Dow, J Max ; Momol, MT ; White, Frank F ; Preston, James F ; Vinatzer, Boris A ; Koebnik, Ralf ; Setubal, João C ; Norman, David J ; Staskawicz, Brian J ; Jones, Jeffrey B. Comparative genomics reveals diversity among xanthomonads infecting tomato and pepper. BMC Genomics. v. 12, p. 146, 2011. Qualis: A2
  115. Zhang, Hongtao ; Setubal, Joao Carlos ; Zhan, Xiaobei ; Zheng, Zhiyong ; Yu, Lijun ; Wu, Jianrong ; Chen, Dingqiang. Component identification of electron transport chains in curdlan-producing Agrobacterium sp. ATCC 31749 and its genome-specific prediction using comparative genome and phylogenetic trees analysis. Journal of Industrial Microbiology & Biotechnology. v. 38, p. 667-677, 2011. Qualis: A3
  116. COLLEN, J. ; COLLEN, P. N. ; REIS, Marcelo da Silva ; PEDERSEN, M. ; SETUBAL, J. C. ; Varani, A. ; Colepicolo, P. ; OLIVEIRA, Mariana Cabral de. Analysis of expressed sequence tags from the agarophyte Gracilaria tenuistipitata (Rhodophyta). Journal of Applied Phycology. v. 24, p. 641-647, 2011. Qualis: A2
  117. Cai, Rongman ; Lewis, James ; Yan, Shuangchun ; Liu, Haijie ; Clarke, Christopher R. ; Campanile, Francesco ; Almeida, Nalvo F. ; Studholme, David J. ; Lindeberg, Magdalen ; Schneider, David ; Zaccardelli, Massimo ; Setubal, Joao C. ; Morales-Lizcano, Nadia P. ; Bernal, Adriana ; Coaker, Gitta ; Baker, Christy ; Bender, Carol L. ; Leman, Scotland ; Vinatzer, Boris A.. The Plant Pathogen Pseudomonas syringae pv. tomato Is Genetically Monomorphic and under Strong Selection to Evade Tomato Immunity. PLoS Pathogens. v. 7, p. e1002130, 2011. Qualis: A1
  118. Hamilton, T. L. ; LUDWIG, M. ; DIXON, R. ; Boyd, E. S. ; dos SANTOS, P. C. ; SETUBAL, J. C. ; BRYANT, D. A. ; Dean, D. R. ; PETERS, J. W.. Transcriptional Profiling of Nitrogen Fixation in Azotobacter vinelandii. Journal of Bacteriology (Print). v. 193, p. 4477-4486, 2011. Qualis: A3
  119. Staquicini, F. I. ; Cardo-Vila, M. ; Kolonin, M. G. ; Trepel, M. ; Edwards, J. K. ; Nunes, D. N. ; Sergeeva, A. ; Efstathiou, E. ; Sun, J. ; Almeida, N. F. ; Tu, S.-M. ; Botz, G. H. ; Wallace, M. J. ; O'Connell, D. J. ; Krajewski, S. ; Gershenwald, J. E. ; Molldrem, J. J. ; Flamm, A. L. ; Koivunen, E. ; SETUBAL, J. C.. Vascular ligand-receptor mapping by direct combinatorial selection in cancer patients. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. v. 108, p. 1-6, 2011. Qualis: A1
  120. Jalan, N. ; Aritua, V. ; Kumar, D. ; Yu, F. ; Jones, J. B. ; Graham, J. H. ; SETUBAL, J. C. ; Wang, N.. Comparative Genomic Analysis of Xanthomonas axonopodis pv. citrumelo F1, Which Causes Citrus Bacterial Spot Disease, and Related Strains Provides Insights into Virulence and Host Specificity. Journal of Bacteriology (Print). v. 193, p. 6342-6357, 2011. Qualis: A3
  121. Moreira, Leandro M ; Almeida, Nalvo F ; Potnis, Neha ; Digiampietri, Luciano A ; Adi, Said S ; Bortolossi, Julio C ; da Silva, Ana C ; da Silva, Aline M ; de Moraes, Fabricio E ; de Oliveira, Julio C ; de Souza, Robson F ; Fancincani, Agda P ; Ferraz, Andre L ; Ferro, Maria I ; Furlan, Luiz R ; Gimenez, Daniele F ; Jones, Jeffrey B ; Kitajima, Elliot W ; Laia, Marcelo L ; SETUBAL, J. C.. Novel insights into the genomic basis of citrus canker based on the genome sequences of two strains of Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii. BMC Genomics. v. 11, p. 238, 2010. Qualis: A2
  122. Warren, Andrew S ; Archuleta, Jeremy ; Feng, Wu-chun ; Setubal, Joao Carlos. Missing genes in the annotation of prokaryotic genomes. BMC BIOINFORMATICS. v. 11, p. 131, 2010. Qualis: A1
  123. Almeida, Nalvo F. ; Yan, Shuangchun ; Cai, Rongman ; Clarke, Christopher R. ; Morris, Cindy E. ; Schaad, Norman W. ; Schuenzel, Erin L. ; Lacy, George H. ; Sun, Xiaoan ; Jones, Jeffrey B. ; Castillo, Jose A. ; Bull, Carolee T. ; Leman, Scotland ; Guttman, David S. ; Setubal, João C. ; Vinatzer, Boris A.. PAMDB, A Multilocus Sequence Typing and Analysis Database and Website for Plant-Associated Microbes. Phytopathology. v. 100, p. 208-215, 2010. Qualis: A1
  124. BALAJI, P. ; FENG, W. ; LIN, H. ; ARCHULETA, J. ; MATSUOKA, S. ; Warren, A. ; Setubal, J. ; Lusk, Ewing ; Thakur, R. ; Foster, I. ; Katz, D. S. ; Jha, S. ; Shinpaugh, K. ; Coghlan, S. ; Reed, D.. Global-scale distributed I/O with ParaMEDIC. Concurrency and Computation. v. 22, p. 2266-2281, 2010. Qualis: Não identificado (CONCURRENCY AND COMPUTATION)
  125. Tiller, R. V. ; Gee, J. E. ; Frace, M. A. ; Taylor, T. K. ; SETUBAL, J. C. ; Hoffmaster, A. R. ; De, B. K.. Characterization of novel Brucella strains originating from wild native rodent species in North Queensland, Australia. Applied and Environmental Microbiology (Print). v. 76, p. 5837-5845, 2010. Qualis: A1
  126. TORTO-ALALIBO, T. ; Collmer, C. W. ; GWINN-GIGLIO, M. ; Lindeberg, M. ; Meng, S. ; Chibucos, M. C. ; Tseng, T.-T. ; Lomax, J. ; Biehl, B. ; Ireland, A. ; Bird, D. ; Dean, R. A. ; Glasner, J. D. ; PERNA, N. ; SETUBAL, J. C. ; COLLMER, A. ; Tyler, B. M.. Unifying Themes in Microbial Associations with Animal and Plant Hosts Described Using the Gene Ontology. Microbiology and Molecular Biology Reviews. v. 74, p. 479-503, 2010. Qualis: Não identificado (MICROBIOLOGY AND MOLECULAR BIOLOGY REVIEWS)
  127. Shulaev, Vladimir ; Sargent, Daniel J ; Crowhurst, Ross N ; Mockler, Todd C ; Folkerts, Otto ; Delcher, Arthur L ; Jaiswal, Pankaj ; Mockaitis, Keithanne ; Liston, Aaron ; Mane, Shrinivasrao P ; Burns, Paul ; Davis, Thomas M ; Slovin, Janet P ; Bassil, Nahla ; Hellens, Roger P ; Evans, Clive ; Harkins, Tim ; Kodira, Chinnappa ; Desany, Brian ; SETUBAL, J. C.. The genome of woodland strawberry (Fragaria vesca). Nature Genetics (Print). v. 43, p. 109-116, 2010. Qualis: A1
  128. DIAS-NETO, Emmanuel ; Nunes, Diana N. ; Giordano, Ricardo J. ; Sun, Jessica ; Botz, Gregory H. ; Yang, Kuan ; Setubal, João C. ; Pasqualini, Renata ; Arap, Wadih ; HO, Paulo Lee. Next-Generation Phage Display: Integrating and Comparing Available Molecular Tools to Enable Cost-Effective High-Throughput Analysis. Plos One. v. 4, p. e8338, 2009. Qualis: A1
  129. Chibucos, Marcus C. ; Tseng, Tsai-Tien ; Setubal, João C.. Describing commonalities in microbial effector delivery using the Gene Ontology. Trends in Microbiology. v. 17, p. 312-319, 2009. Qualis: A1
  130. SETUBAL, J. C.; dos Santos, P. ; Goldman, B. S. ; Ertesvag, H. ; Espin, G. ; Rubio, L. M. ; Valla, S. ; Almeida, N. F. ; Balasubramanian, D. ; Cromes, L. ; Curatti, L. ; Du, Z. ; Godsy, E. ; GOODNER, B. ; Hellner-Burris, K. ; Hernandez, J. A. ; Houmiel, K. ; Imperial, J. ; Kennedy, C. ; Larson, T. J.. Genome Sequence of Azotobacter vinelandii, an Obligate Aerobe Specialized To Support Diverse Anaerobic Metabolic Processes. Journal of Bacteriology (Print). v. 191, p. 4534-4545, 2009. Qualis: A3
  131. Wattam, A. R. ; Williams, K. P. ; Snyder, E. E. ; Almeida, N. F. ; Shukla, M. ; Dickerman, A. W. ; Crasta, O. R. ; Kenyon, R. ; Lu, J. ; Shallom, J. M. ; Yoo, H. ; Ficht, T. A. ; Tsolis, R. M. ; Munk, C. ; Tapia, R. ; Han, C. S. ; Detter, J. C. ; Bruce, D. ; Brettin, T. S. ; SETUBAL, J. C.. Analysis of Ten Brucella Genomes Reveals Evidence for Horizontal Gene Transfer Despite a Preferred Intracellular Lifestyle. Journal of Bacteriology (Print). v. 191, p. 3569-3579, 2009. Qualis: A3
  132. Slater, S. C. ; Goldman, B. S. ; GOODNER, B. ; SETUBAL, J. C. ; Farrand, S. K. ; NESTER, E. W. ; Burr, T. J. ; Banta, L. ; Dickerman, A. W. ; Paulsen, I. ; OTTEN, L. ; Suen, G. ; Welch, R. ; Almeida, N. F. ; Arnold, F. ; Burton, O. T. ; Du, Z. ; Ewing, A. ; Godsy, E. ; Heisel, S.. Genome Sequences of Three Agrobacterium Biovars Help Elucidate the Evolution of Multichromosome Genomes in Bacteria. Journal of Bacteriology (Print). v. 191, p. 2501-2511, 2009. Qualis: A3
  133. Tseng, Tsai-Tien ; Tyler, Brett M ; Setubal, João C. Protein secretion systems in bacterial-host associations, and their description in the Gene Ontology. BMC Microbiology (Online). v. 9, p. S2, 2009. Qualis: A2
  134. Warren, Andrew S ; Setubal, João. The Genome Reverse Compiler: an explorative annotation tool. BMC Bioinformatics. v. 10, p. 35, 2009. Qualis: A1
  135. Gillespie, Joseph J. ; Ammerman, Nicole C. ; Dreher-Lesnick, Sheila M. ; Rahman, M. Sayeedur ; Worley, Micah J. ; Setubal, Joao C. ; Sobral, Bruno S. ; Azad, Abdu F.. An Anomalous Type IV Secretion System in Rickettsia Is Evolutionarily Conserved. Plos One. v. 4, p. e4833, 2009. Qualis: A1
  136. Almeida, Nalvo F. ; Yan, Shuangchun ; Lindeberg, Magdalen ; Studholme, David J. ; Schneider, David J. ; Condon, Bradford ; Liu, Haijie ; Viana, Carlos J. ; Warren, Andrew ; Evans, Clive ; Kemen, Eric ; MacLean, Dan ; Angot, Aurelie ; Martin, Gregory B. ; Jones, Jonathan D. ; Collmer, Alan ; Setubal, Joao C. ; Vinatzer, Boris A.. A Draft Genome Sequence of Pseudomonas syringae pv. tomato T1 Reveals a Type III Effector Repertoire Significantly Divergent from That of Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000. Molecular Plant-Microbe Interactions. v. 22, p. 52-62, 2009. Qualis: A1
  137. Gillespie, Joseph J. ; Williams, Kelly ; Shukla, Maulik ; Snyder, Eric E. ; Nordberg, Eric K. ; Ceraul, Shane M. ; Dharmanolla, Chitti ; Rainey, Daphne ; Soneja, Jeetendra ; Shallom, Joshua M. ; Vishnubhat, Nataraj Dongre ; Wattam, Rebecca ; Purkayastha, Anjan ; Czar, Michael ; Crasta, Oswald ; SETUBAL, J. C. ; Azad, Abdu F. ; Sobral, Bruno S.. Rickettsia Phylogenomics: Unwinding the Intricacies of Obligate Intracellular Life. Plos One. v. 3, p. e2018, 2008. Qualis: A1
  138. Yan, S. ; Liu, H. ; Mohr, T. J. ; Jenrette, J. ; Chiodini, R. ; Zaccardelli, M. ; SETUBAL, J. C. ; Vinatzer, B. A.. Role of Recombination in the Evolution of the Model Plant Pathogen Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000, a Very Atypical Tomato Strain. Applied and Environmental Microbiology. v. 74, p. 3171-3181, 2008. Qualis: A1
  139. Venancio, Thiago M ; DeMarco, Ricardo ; Almeida, Giulliana T ; Oliveira, Katia C ; Setubal, João C ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Analysis of Schistosoma mansoni genes shared with Deuterostomia and with possible roles in host interactions. BMC Genomics. v. 8, p. 407, 2007. Qualis: A2
  140. Yu, G.X. ; Snyder, E.E. ; Boyle, S.M. ; Crasta, O.R. ; Czar, M. ; Mane, S.P. ; Purkayastha, A. ; Sobral, B. ; Setubal, J.C.. A versatile computational pipeline for bacterial genome annotation improvement and comparative analysis, with Brucella as a use case. Nucleic Acids Research. v. 35, p. 3953-3962, 2007. Qualis: A1
  141. Snyder, E. E. ; Kampanya, N. ; Lu, J. ; Nordberg, E. K. ; Karur, H. R. ; Shukla, M. ; Soneja, J. ; Tian, Y. ; Xue, T. ; Yoo, H. ; Zhang, F. ; Dharmanolla, C. ; Dongre, N. V. ; Gillespie, J. J. ; Hamelius, J. ; Hance, M. ; Huntington, K. I. ; Jukneliene, D. ; Koziski, J. ; SETUBAL, J. C.. PATRIC: The VBI PathoSystems Resource Integration Center. Nucleic Acids Research. v. 35, p. D401-D406, 2007. Qualis: A1
  142. LORENZINI, D ; SILVAJR, P ; SOARES, M ; ARRUDA, P ; SETUBAL, J ; DAFFRE, S. Discovery of immune-related genes expressed in hemocytes of the tarantula spider Acanthoscurria gomesiana. Developmental and Comparative Immunology. v. 30, p. 545-556, 2006. Qualis: A2
  143. SETUBAL, J. C. Lipoprotein computational prediction in spirochaetal genomes. Microbiology (Reading). v. 152, p. 113-121, 2006. Qualis: B1
  144. SETUBAL, J; MOREIRA, L ; DASILVA, A. Bacterial phytopathogens and genome science. Current Opinion in Microbiology. v. 8, p. 595-600, 2005. Qualis: A1
  145. Moreira, Leandro M. ; De Souza, Robson F. ; DIGIAMPIETRI, Luciano A. ; Da Silva, Ana C.R. ; Setubal, Joao C.. Comparative Analyses of Xanthomonas and Xylella Complete Genomes. Journal of Integrative Biology / Omics (Larchmont). v. 9, p. 43-76, 2005. Qualis: Não identificado (JOURNAL OF INTEGRATIVE BIOLOGY / OMICS)
  146. HANCE, M. E. ; Czar, M. J. ; Azad, Abdu F. ; Purkayastha, A. ; Snyder, Eric E. ; Crasta, O. R. ; SETUBAL, J. C. ; Sobral, B. W.. The Pathogen Resource Integration Center: Implications for Rickettsial Research. Annals of the New York Academy of Sciences. v. 1063, p. 459-465, 2005. Qualis: A1
  147. SETUBAL, J. C.; SILVA, Ana Claudia Rasera da ; ALMEIDA JR, Nalvo Franco de ; FERRO, Jesus ; FURLAN, Luiz Roberto ; MOREIRA, Leandro ; SOUZA, Robson de ; OLIVEIRA, Julio Cezar de. COMPARATIVE GENOMICS ANALYSES OF CITRUS-ASSOCIATED BACTERIA. Annual Review of Phytopathology (Print), Estados Unidos. v. 42, p. 163-184, 2004. Qualis: Não identificado (ANNUAL REVIEW OF PHYTOPATHOLOGY , ESTADOS UNIDOS)
  148. SETUBAL, J. C.; NASCIMENTO, Ana Lucia Tabet ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; SLUYS, Marie Anne Van ; MONTEIRO-VITORELLO, Claudia B. ; CAMARGO, Luis Eduardo Aranha ; DIGIAMPIETRI, Luciano A. ; HARTSKEERL, Rudy ; HO, Paulo Lee ; MARQUES, Marilis ; OLIVEIRA, Mariana Cabral de ; HAAKE, David ; MARTINS, Elizabeth. Genome features of Leptospira interrogans serovar Copenhageni. Brazilian Journal of Medical and Biological Research. v. 37, n. 2, p. 459-477, 2004. Qualis: A4
  149. NASCIMENTO, A. ; MARTINS, E. ; KO, A. ; MONTEIRO-VITORELLO, C. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. ; HARTSKEERL, R. ; MARQUES, M. ; MENCK CF ; AL, E. ; M.A. VanSluys. Comparative genomics of two Leptospira interrogans serovars reveals novel insights into physiology and pathogenesis.. Journal of Bacteriology, estados unidos. v. 186, n. 7, p. 2164-2172, 2004. Qualis: Não identificado (JOURNAL OF BACTERIOLOGY, ESTADOS UNIDOS)
  150. DEMARCO, R. ; KOWALTOWSKI, A. T. ; MACHADO, A. A. ; SOARES, M. B. ; GARGIONI, C. ; KAWANO, T. ; RODRIGUES, V. ; MADEIRA, A. M. B. N. ; Wilson, R. A. ; MENCK CF ; SETUBAL, J. C. ; DIAS-NETO, E. ; LEITE, L. C. C. ; Verjovski-Almeida, S.. Saci-1, -2, and -3 and Perere, Four Novel Retrotransposons with High Transcriptional Activities from the Human Parasite Schistosoma mansoni. Journal of Virology, estados unidos. v. 78, n. 6, p. 2967-2978, 2004. Qualis: Não identificado (JOURNAL OF VIROLOGY, ESTADOS UNIDOS)
  151. MONTEIRO-VITORELLO, Claudia B. ; Camargo, Luis E. A. ; Van Sluys, Marie A. ; Kitajima, João P. ; Truffi, Daniela ; do Amaral, Alexandre M. ; Harakava, Ricardo ; de Oliveira, Julio C. F. ; Wood, Derek ; de Oliveira, Mariana C. ; Miyaki, Cristina ; Takita, Marco A. ; da Silva, Ana C. R. ; Furlan, Luis R. ; Carraro, Dirce M. ; Camarotte, Giovana ; Almeida, Nalvo F. ; Carrer, Helaine ; Coutinho, Luiz L. ; SETUBAL, J. C.. The Genome Sequence of the Gram-Positive Sugarcane Pathogen Leifsonia xyli subsp. xyli. Molecular Plant-Microbe Interactions, United States. v. 17, n. 8, p. 827-836, 2004. Qualis: Não identificado (MOLECULAR PLANT-MICROBE INTERACTIONS, UNITED STATES)
  152. Van Sluys, M. A. ; Setubal, J.C.. Comparative Analyses of the Complete Genome Sequences of Pierce's Disease and Citrus Variegated Chlorosis Strains of Xylella fastidiosa. Journal of Bacteriology, EUA. v. 185, n. 3, p. 1018-1026, 2003. Qualis: A3 (JOURNAL OF BACTERIOLOGY)
  153. VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; DEMARCO, Ricardo ; MARTINS, Elizabeth A.l. ; GUIMARÃES, Pedro E.m ; OJOPI, Elida P.b ; PAQUOLA, Apua C. M. ; PIAZZA, João Paulo ; NISHYIAMA JR., Milton Yutaka ; KITAJIMA, João Paulo ; ADAMSON, Rachel E. ; ASHTON, Peter D ; BONALDO, Maria F ; COULSON, Patricia S ; DILLON, Gary P ; FARIAS, Leonardo P ; GREGORIO, Sheila P ; HO, Paulo L ; LEITE, Ricardo A ; MAQUIAS, Cosme C ; REIS, EM. Transcriptome analysis of the acoelomate human parasite Schistosoma mansoni. Nature Genetics, Grã-Bretanha. v. 35, n. 2, p. 148-157, 2003. Qualis: Não identificado (NATURE GENETICS, GRÃ-BRETANHA)
  154. Digiampietri, Luciano A ; MEDEIROS, Claudia Maria Bauzer ; Setubal, João C.. A data model for comparative genomics. Revista Tecnologia da Informação. v. 3, p. 35-40, 2003.Qualis: Não identificado (REVISTA TECNOLOGIA DA INFORMAÇÃO)
  155. PIAZZA, J. P. ; Setubal, João C. New ways for automatic detection of contaminants in EST projects. Revista Tecnologia da Informação. v. 3, p. 36-41, 2003.Qualis: Não identificado (REVISTA TECNOLOGIA DA INFORMAÇÃO)
  156. da Silva, A. C. R. ; Ferro, J. A. ; Reinach, F. C. ; Farah, C. S. ; Furlan, L. R. ; Quaggio, R. B. ; Monteiro-Vitorello, C. B. ; Sluys, M. A. Van ; Almeida, N. F. ; Alves, L. M. C. ; do Amaral, A. M. ; Bertolini, M. C. ; Camargo, L. E. A. ; Camarotte, G. ; Cannavan, F. ; Cardozo, J. ; Chambergo, F. ; Ciapina, L. P. ; Cicarelli, R. M. B. ; SETUBAL, J. C.. Comparison of the genomes of two Xanthomonas pathogens with differing host specificities.. Nature (London), Londres. v. 417, n. 6887, p. 459-463, 2002. Qualis: Não identificado (NATURE , LONDRES)
  157. SETUBAL, J. C.; SILVA, Ana Claudia Rasera da ; SIMPSON, A. J. G. ; KITAJIMA, Joao Paulo ; FERRO, Jesus ; SLUYS, Marie Anne Van ; MONTEIRO-VITORELLO, Claudia B. ; CAMARGO, Luis Eduardo Aranha ; MENCK, Carlos F. M. ; OLIVEIRA, Mariana Cabral de. C OMPARATIVE G ENOMIC A NALYSIS OF P LANT -A SSOCIATED B ACTERIA. Annual Review of Phytopathology (Print), EUA. v. 40, p. 169-189, 2002. Qualis: A1 (ANNUAL REVIEW OF PHYTOPATHOLOGY)
  158. WERNECK, R. ; SETUBAL, J. C.. Finding minimum congestion spanning trees. ACM Journal of Experimental Algorithmics. v. 6, p. 1-20, 2001.Qualis: Não identificado (ACM JOURNAL OF EXPERIMENTAL ALGORITHMICS)
  159. Wood, D. W. ; Setubal, J.C.. The Genome of the Natural Genetic Engineer Agrobacterium tumefaciens C58. Science, USA. v. 294, p. 2317-2323, 2001. Qualis: Não identificado (SCIENCE, USA)
  160. Simpson, A. J. G. ; Reinach, F.C. ; Arruda, P. ; Abreu, F. A. ; Acencio, M. ; Alvarenga, R. ; Alves, L. M. C. ; Araya, J. E. ; Baia, G. S. ; Baptista, C. S. ; Barros, M. H. ; Bonaccorsi, E. D. ; Bordin, S. ; Bové, J. M. ; Briones, M. R. S. ; Bueno, M. R. P. ; CAMARGO, A. A. ; Camargo, L. E. A. ; Carraro, D. M. ; DA SILVA, A. M.. The genome sequence of the plant pathogen Xylella fastidiosa.. Nature (London), Londres. v. 406, p. 151-157, 2000. Qualis: Não identificado (NATURE , LONDRES)
  
  
• Livros publicados/organizados ou edições (4)
  
  1. Setubal, Joao Carlos; Stadler, Peter F. (Org.) ; Stoye, Jens (Org.). Comparative Genomics. 1 ed. New York: Humana Press, 2024. p. 600.
  2. Setubal, João C.; Stoye, Jens (Org.) ; Stadler, Peter F. (Org.). Comparative Genomics. 1 ed. New York: Springer, 2018. v. 1, p. 481.
  3. Setubal, João C.; ALMEIDA JR, N. F. (Org.). Advances in Bioinformatics and Computational Biology 8th Brazilian Symposium on Bioinformatics, BSB 2013. 1 ed. Springer, 2013. v. 1, p. 215.
  4. Setubal, J.C.; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio (Org.). Brazilian Symposium on Bioinformatics, BSB2005. Berlim: Springer. Brazilian Symposium on Bioinformatics, BSB2005. Berlim: Springer, 2005. p. 258.
  
  
• Capítulos de livros publicados (20)
  
  1. SANCHEZ, FABIO BELTRAME ; Sato Guima, Suzana Eiko ; SETUBAL, JOÃO CARLOS. How to Obtain and Compare Metagenome-Assembled Genomes. Methods in Molecular Biology. 1ed. Em: . : Springer US. 2024.v. 2802, p. 135-163.
  2. Carhuaricra-Huaman, Dennis ; SETUBAL, JOÃO CARLOS. Step-by-Step Bacterial Genome Comparison. Methods in Molecular Biology. 1ed. Em: . : Springer US. 2024.v. 2801, p. 107-134.
  3. Carhuaricra-Huaman, Dennis ; SETUBAL, JOÃO CARLOS. Protein-Coding Gene Families in Prokaryote Genome Comparisons. Methods in Molecular Biology. 1ed. Em: . : Springer US. 2024.v. 2802, p. 33-55.
  4. ROSSI, FERNANDO PACHECO NOBRE ; Flores, Vinicius Sousa ; UCEDA-CAMPOS, GUILLERMO ; Amgarten, Deyvid Emanuel ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; DA SILVA, ALINE MARIA. Comparative Analyses of Bacteriophage Genomes. Methods in Molecular Biology. 1ed. Em: . : Springer US. 2024.v. 2802, p. 427-453.
  5. Patané, José S. L. ; MARTINS, JOAQUIM ; SETUBAL, JOÃO CARLOS. A Guide to Phylogenomic Inference. Methods in Molecular Biology. 1ed. Em: . : Springer US. 2024.v. 2802, p. 267-345.
  6. Patané, José S. L. ; MARTINS, JOAQUIM ; Setubal, João C.. Phylogenomics. Methods in Molecular Biology. 1ed. Em: . : Springer New York. 2018.p. 103-187.
  7. Setubal, João C.; Almeida, Nalvo F. ; WATTAM, ALICE R.. Comparative Genomics for Prokaryotes. Methods in Molecular Biology. 1ed. Em: . : Springer New York. 2018.p. 55-78.
  8. Setubal, João C.; Stadler, Peter F.. Gene Phylogenies and Orthologous Groups. Methods in Molecular Biology. 1ed. Em: . : Springer New York. 2018.p. 1-28.
  9. Maltez Thomas, Andrew ; Prata Lima, Felipe ; Maria Silva Moura, Livia ; Maria da Silva, Aline ; DIAS-NETO, Emmanuel ; Setubal, João C.. Comparative Metagenomics. Methods in Molecular Biology. 1ed. Em: . : Springer New York. 2018.p. 243-260.
  10. DURHAM, A. ; Setubal, João C ; BARRERA, J.. Intersdisciplinaridade em ação na pesquisa e pós-graduação em bioinformática. Em: Arlindo Phillippi Jr; Valdir Fernandes. (Org.). Práticas da Interdisciplinaridade no Ensino e Pesquisa. 1ed.Editora Manole. : Brueri, São Paulo. 2015.p. 619-642.
  11. Potnis, Neha ; Setubal, João C ; BART, R. ; SHANTARAJ, D. ; Jones, Jeffrey B. High-throughput DNA sequencing technology as a tool in understanding plant-pathogenic bacteria. Em: Nian Wang; Jeffrey Jones; George Sundin; Frank White; Saskia Hougenhout; Caroline Roper; Leonardo de la Fuente; Jong Hyun Ham. (Org.). Virulence mechanisms of plant-pathogenic bacteria. 1aed.Saint Paul. : APS Press. 2015.p. 183-196.
  12. Setubal, João C.; ALMEIDA JR, N. F.. The Azotobacter vinelandii genome: an update. Em: Frans de Bruijn. (Org.). Biological Nitrogen Fixation. 1aed.Londres. : Wiley-Blackwell. 2015.v. 1, p. 225-234.
  13. SALDANHA, H. ; RIBEIRO, E. ; BORGES, C. ; ARAUJO, A. ; GALLON, R. ; HOLANDA, M. ; WALTER, M. E. ; TOGAWA, R. ; Setubal, J.C.. Towards a hybrid federated cloud platform to efficiently execute bioinformatics workflows. Bioinformatics. Rijeka. Em: . : InTech. 2012.p. 1-25.
  14. Setubal, J.C.; Wood, Derek ; BURR, T. ; FARRAND, S. ; GOLDMAN, B. ; GOODNER, B. ; OTTEN, L. ; SLATER, S.. The Genomics of Agrobacterium: Insights into Pathogenicity, Biocontrol, and Evolution. Em: R. Jackson. (Org.). Plant Pathogenic Bacteria: Genomics and Molecular Biology. London. : Caister Academic Press. 2008..
  15. Setubal, J.C. Similarity Search (theory). Em: A. Gruber; A. M. Durham; C. Huynhtop; and H. del Portillo. (Org.). Bioinformatics in Tropical Disease Research: A Practical and Case-Study Approach. Bethesda, MD. : National Library of Medicine. 2008..
  16. SLATER, S. ; GOODNER, B. ; Setubal, J.C. ; GOLDMAN, B. ; Wood, Derek ; NESTER, E. W.. The Agrobacterium tumefaciens C58 genome. Em: T. Tzfira and V. Citovsky. (Org.). Agrobacterium. New York. : Springer. 2008..
  17. Purkayastha, A. ; Crasta, Oswald R ; Eckart, J. D. ; Czar, M. J. ; Meng, X. J. ; Setubal, Joao C. ; Sobral, B. W.. Bioinformatics resources for the study of viruses at the Virginia Bioinformatics Institute. Em: R. Holland Cheng; Tatsuo Miyamura. (Org.). Structure-based Study of Virus Replication. Stockholm. : World Scientific Publishing Company. 2008.p. 267-288.
  18. SETUBAL, J. C.; SILVA, Ana Claudia Rasera da. Genomic approaches to the study of plant pathogenic bacteria. Em: R. Goodman. (Org.). Encyclopedia of Plant and Crop Sciences. : Marcel Dekker. 2004.p. 524-526.
  19. SETUBAL, J. C.; WOOD, Derek W. ; NESTER, E. W.. Genome sequence analysis of prokaryotic plant pathogens. Em: M. Gillings, A. Holmes. (Org.). Plant Microbiology. Oxford. : BIOS Scientific Publishers. 2004.p. 223-241.
  20. SETUBAL, J. C. Bioinformática. Em: Luis Mir. (Org.). Genômica. : Editora Atheneu. 2004.p. 105-118.
  
  
• Textos em jornais de notícias/revistas (2)
  
  1. SETUBAL, J. C. A origem e o sentido da Bioinformatica. ComCiencia, Campinas, SP, 10 ago. 2003.
  2. SETUBAL, J. C. Ciencia Genetica e acao digital (A helice dupla e o computador). Pesquisa FAPESP encarte especial, Sao Paulo, p. 37-37, 01 maio 2003.
  
  
• Trabalhos completos publicados em anais de congressos (12)
  
  1. DIAS, Z. ; DIAS, U. M. ; HEATH, L. ; SETUBAL, J. C.. Sorting Genomes Using Almost-Symmetric Inversions. Em: 27th ACM Symposium on Applied Computing, 2012. Qualis: Não identificado (27th ACM Symposium on Applied Computing)
  2. Warren, A. ; Setubal, Joao C. Using Entropy Estimates for DAG-Based Ontologies. Em: 15th Bio-Ontologies Special Interest Group Meeting of ISMB 2012, v. 1, p. 1-6, 2012.Qualis: Não identificado (15th Bio-Ontologies Special Interest Group Meeting of ISMB 2012)
  3. DIAS, Z. ; DIAS, U. M. ; Setubal, Joao C.. Using inversion signatures to generate draft genome sequence scaffolds. Em: ACM Interantional Conference on Bioinformatics, 2011.Qualis: Não identificado (ACM Interantional Conference on Bioinformatics)
  4. DIAS, U. M. ; DIAS, Z. ; Setubal, Joao C. A Simulation Tool for the Study of Symmetric Inversions in Bacterial Genomes. Em: RECOMB - Comparative Genomics, p. 1-10, 2010.Qualis: Não identificado (RECOMB - Comparative Genomics)
  5. YANG, K. ; Setubal, Joao C. Homology prediction refinement and reconstruction of gene content and order of ancestral bacterial genomes. Em: ACM International Conference on Bioinformatics and Computational Biology 2010, 2010.Qualis: Não identificado (ACM International Conference on Bioinformatics and Computational Biology 2010)
  6. MYERS, E. ; FISHER, P. S. ; IRWIN, K. ; Baek, J. ; Setubal, Joao C. The Complexity and Application of Syntactic Pattern Recognition Using Finite Inductive Strings. Em: Pattern Recognition in Bioinformatics 2010, 2010.Qualis: Não identificado (Pattern Recognition in Bioinformatics 2010)
  7. BALAJI, P. ; FENG, W. ; LIN, H. ; ARCHULETA, J. ; MATSUOKA, S. ; Warren, A. ; Setubal, J.C.. Distributed I/O with ParaMEDIC: Experiences with a Worldwide Supercomputer. Em: International Supercomputing Conference, 2008.Qualis: Não identificado (International Supercomputing Conference)
  8. DIGIAMPIETRI, Luciano A. ; MEDEIROS, Claudia Maria Bauzer ; Setubal, J.C. ; BARGA, R.. Traceability Mechanisms for Bioinformatics Scientific Workflows. Em: Workshop on Semantic e-Science, 2007.Qualis: Não identificado (Workshop on Semantic e-Science)
  9. SETUBAL, J. C.; MEDEIROS, Claudia Maria Bauzer ; DIGIAMPIETRI, Luciano A.. A framewok based on Web services orchestration for bioinformatics workflow management. Em: III Brazilian Workshop on Bioinformatics, 2004.Qualis: Não identificado (III Brazilian Workshop on Bioinformatics)
  10. DIGIAMPIETRI, Luciano A. ; MEDEIROS, Claudia Maria Bauzer ; SETUBAL, J. C.. A data model for comparative genomics. Em: II Brazilian Workshop on Bioinformatics, 2003.Qualis: Não identificado (II Brazilian Workshop on Bioinformatics)
  11. PIAZZA, J. P. ; SETUBAL, J. C.. New Ways for automatic detection of contaminants in EST projects. Em: II Brazilian Workshop on Bioinformatics, 2003.Qualis: Não identificado (II Brazilian Workshop on Bioinformatics)
  12. SETUBAL, J. C. Uma proposta de plano pedagógico para a matéria Computação e Algoritmos. Em: Workshop de Educacao em Informatica - Curso de Qualidade, p. 1-20, 2000.Qualis: Não identificado (Workshop de Educacao em Informatica - Curso de Qualidade)
  
  
• Resumos expandidos publicados em anais de congressos (3)
  
  1. Baker, S. C. ; Jukneliene, D. ; Purkayastha, Anjan ; Snyder, E. E. ; Crasta, O. R. ; Czar, M. J. ; Setubal, Joao C ; Sobral, B. W.. Developing bioinformatic resources for coronaviruses. Em: Toward Control of SARS and other Nidovirus Diseases, 2006, Colorado Springs. Proceedings of the Xth Nidovirus Symposium, v. 581, p. 395-398, 2005. Qualis: Não identificado (TOWARD CONTROL OF SARS AND OTHER NIDOVIRUS DISEASES, 2006, COLORADO SPRINGS. PROCEEDINGS OF THE XTH NIDOVIRUS SYMPOSIUM)
  2. SETUBAL, J. C.; PEREZ, Marcelo ; CARRIÃO, Patricia Farah. Parsing BLAST results to find pseudogenes in bacterial genomes. Em: III Brazilian Workshop on Bioinformatics, 2004, Brasilia, 2004. Qualis: Não identificado (III BRAZILIAN WORKSHOP ON BIOINFORMATICS, 2004, BRASILIA)
  3. SETUBAL, J. C.; ALMEIDA JR., Nalvo Franco de ; VIANA, Carlos ; CARVALHO, Marcelo de. A method to determine homologous protein families based on graph cliques and profiles. Em: III Brazilian Workshop on Bioinformatics, 2004, Brasilia, 2004. Qualis: Não identificado (III BRAZILIAN WORKSHOP ON BIOINFORMATICS, 2004, BRASILIA)
  
  
• Resumos publicados em anais de congressos (3)
  
  1. SETUBAL, J. C.; PEREZ, Marcelo ; CARRIÃO, Patricia Farah. A relational database for COG data. Em: II Brazilian Workshop on Bioinformatics, 2003, Macaé. Anais do II WOB, 2003.
  2. SETUBAL, J. C.; ALMEIDA JR, Nalvo Franco de. Detection of related genes in prokaryotes using syntenic regions. Em: DIMACS Workshop on whole genome comparison, 2001, Rutgers University, New Jersey. Abstracts of the DIMACS Workshop on whole genome comparison, p. 15-17, 2001.
  3. WOOD, Derek W. ; SETUBAL, J. C. ; OKURA, V. K. ; CHEN, L. ; KITAJIMA, Joao Paulo ; NESTER, E. W. ; OLSON, M. V.. Sequencing and analysis of the Agrobacterium tumefaciens genome. Em: 10th Int'l congress on Molecular plant-microbe interactions, 2001, Madison, WI, EUA. poster session, 2001.
  
  
• Artigos aceitos para publicação (0)
  
  
  
• Apresentações de trabalho (4)
  
  1. Setubal, João C. Genome-resolved composting. 2020. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
  2. Setubal, João C. Microbiomes and their analysis. 2020. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
  3. Setubal, Joao C. Genome-resolved composting. 2019. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
  4. Setubal, João C. A microbial-molecular view of what happens when organic waste from a Zoo is composted. 2018. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
  
  
• Demais tipos de produção bibliográfica (1)
  
  1. SETUBAL, J. C.; WERNECK, R.. A program for building contig scaffolds in double-barrelled shotgun genome sequencing. Campinas: Instituto de Computacao, Unicamp. 2001. Relatório Técnico
  
  

Produção técnica

• Programas de computador com registro (0)
  
  
  
• Programas de computador sem registro (0)
  
  
  
• Produtos tecnológicos (0)
  
  
  
• Processos ou técnicas (0)
  
  
  
• Trabalhos técnicos (0)
  
  
  
• Demais tipos de produção técnica (2)
  
  1. Setubal, J.C.; Monteiro, J. S.. Bioinformática de Transcritomas. 2018. Curso de curta duração ministrado/Extensão
  2. Setubal, J.C.; Braga, L. P. P. ; Guima, S.. Bioinformática de metagenômica. 2017. Curso de curta duração ministrado/Extensão
  
  

Produção artística

• Total de produção artística (0)
  
  
  

Orientações em andamento

• Supervisão de pós-doutorado (1)
  
  1. Marcele Laux. . Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico.. Início: 2024.
     Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  
  
• Tese de doutorado (9)
  
  1. Arthur Henrique Barrios Solano. Ferramenta para levantamento de espécies de gêneros-alvo em dados metagenômicos. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  2. Gustavo Wenzel Sainatto. Predição de novos genes marcadores de câncer hereditário. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, . Início: 2023.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  3. Luiza Helena Halas Covre. A participação do estresse crônico na disfunção mitocondrial observada na depressão e em modelo de isolamento social. Tese (Doutorado em Farmacologia) - Universidade de São Paulo. (Coorientador)., . Início: 2022.
     Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  4. Rafael Teixeira do Nascimento. Análise de expressão de pequenas ORFs em eucariotos. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2022.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  5. Gianluca Major Machado da Silva. Análise de peptídeos obtidos por phage display. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2022.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  6. Guillermo Uceda Campos. Sistemas bacterianos de defesa contra bacteriófagos. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Coorientador).. Início: 2021.
     Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  7. Mayerli Tatiana Borbón Cortés. Diversidade e interação de bactérias associadas a psilídeos e plantas hospedeiras. Tese (Doutorado em Entomologia) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Coorientador).. Início: 2021.
     Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  8. Suzana Eiko Guima. Análise de genomas montados a partir de metagenomas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo. (Coorientador)., Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2021.
     Orientadores: Aline Maria da Silva, Joao Carlos Setubal.
  9. Bruno Iha. Aprendizado de Máquina em Bioinformática. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2019.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  
  
• Dissertação de mestrado (5)
  
  1. Fernanda Ferrari. Ferramenta para descoberta de novas CAZymes. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  2. Isabel Cristine Costa Garcia. Aprendizado de máquina para possíveis drogas com ação em angiogênese. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo. (Coorientador)., . Início: 2024.
     Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  3. Luis David Pabon Rodriguez. Genômica de bactérias degradadoras de cianeto. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  4. Carmen Rodriguez Cueva. Filogenômica de Xanthomonas citri. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  5. Livia Cavalcanti de Morais Gama. Alterações da microbiota na infância contribuem para transtornos psíquicos na vida adulta?. Dissertação (Mestrado profissional em Bioinformatica) - Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo. (Coorientador)., Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2023.
     Orientadores: Helena Paula Brentani, Joao Carlos Setubal.
  
  
• Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
  
  
  
• Trabalho de conclusão de curso de graduação (0)
  
  
  
• Iniciação científica (0)
  
  
  
• Orientações de outra natureza (0)
  
  
  

Supervisões e orientações concluídas

• Supervisão de pós-doutorado (10)
  
  1. Roberta Verciano Pereira. . Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
     Orientadores: Aline Maria da Silva, Joao Carlos Setubal.
  2. Andrew Maltez Thomas. . Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
     Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  3. Deibs Barbosa. . Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
     Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  4. Gustavo Ribeiro Fernandes. . Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
     Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  5. Luiz Thiberio Rangel. . Universidade de São Paulo, Simons Foundation. 2018.
     Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  6. Joaquim Martins Jr. . Universidade de São Paulo, . 2016.
     Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  7. José Salvatore Leister Patané. . Universidade de São Paulo, . 2016.
     Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  8. Zanoni Dias. . Virginia Polytech Institute and State University, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2010.
     Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  9. Tsai Tien Tseng. . Virginia Polytech Institute and State University, National Science Foundation. 2008.
     Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  10. Nalvo Franco de Almeida Jr. . Virginia Tech, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008.
      Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  
  
• Tese de doutorado (21)
  
  1. Livia Maria da Silva Moura. Recovery of high-quality MAGs in time-serial metagenomic data and FixAME development: an assisting curation tool of genomic assembly error. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2022.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  2. Deyvid Emanuel Amgarten. Predição em sequências de vírus de procariotos através da aplicação de técnicas de aprendizado de máquina em dados metagenômicos. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2022.
     Orientadores: Aline Maria da Silva, Joao Carlos Setubal.
  3. Jhonatas Sirino Monteiro. Investigações sobre os mecanismos moleculares da angiogênese com base em dados de expressão gênica num modelo murino, e sua aplicação no prognóstico do câncer de mama. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2022.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  4. Raquel Riyuzo Franco. Diversidade taxonômica e funcional da microbiota de fezes de macacos bugios (Alouatta spp.) de cativeiro e vida livre. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2022.
     Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  5. Diogo Maciel Duarte da Mota. Análise do componente genético do Diabetes Mellitus tipo 2. Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2021.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  6. Pedro Ivo Gomes de Faria. Ordenação evolutiva de genes. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2019.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  7. Felipe Prata Lima. Classificação Taxonômica de Sequências obtidas com Meta-ômicas por meio de Integração de Dados. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2019.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  8. Andrew Maltez Thomas. Investigação de perfis microbianos humanos e sua relação com câncer gástrico e coloretal. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  9. Rodrigo Guarischi Mattos Amaral de Sousa. The transcriptome of oxygen-induced retinopathy and an angiogenesis-based prognostic gene signature for prediction of breast cancer relapse. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2017.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  10. Lucas Ferreira da Silva. LincRNAs fisicamente associados ao receptor de andrógeno modificam o perfil de marcas da cromatina vizinha e alteram a expressão gênica local. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
      Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  11. Ana Carolina Soares. Análise de microbiomas das esponjas do sistema recifal amazônico. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
      Orientador: Joao Carlos Setubal.
  12. Andrew Scott Warren. Methods for Analysis of Prokaryotic Genome Architecture. Tese (Doutorado em Computer Science) - Virginia Polytechnic Institute and State Universit, . 2017.
      Orientador: Joao Carlos Setubal.
  13. Luciana Principal Antunes. ESTUDOS DE METAGENÔMICA E METATRANSCRITÔMICA DA COMUNIDADE MICROBIANA DA COMPOSTAGEM DO ZOOLÓGICO DE SÃO PAULO. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2016.
      Orientadores: Aline Maria da Silva, Joao Carlos Setubal.
  14. Deibs Barbosa. Análise computacional da variação do potencial metabólico microbiano em metagenomas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2015.
      Orientadores: Aline Maria da Silva, Joao Carlos Setubal.
  15. Omar Julio Sosa. Análise computacional de dados de RNAseq e exoma em câncer de pâncreas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2014.
      Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  16. VINICIUS RAMOS HENRIQUES MARACAJÁ COUTINHO. Caracterização in silico e análise de expressão de RNAs não codificadores longos no genoma de eucariotos. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
      Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  17. Kuan Yang. Ancestral reconstruction of prokaryotic genomes. Tese (Doutorado em Genetics, Bioinformatics, and Computational Biolog) - Virginia Tech, virginia bioinformatics institute. 2012.
      Orientador: Joao Carlos Setubal.
  18. Luiz Thiberio Rangel. Redes de transferencia lateral de genes. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012.
      Orientador: Joao Carlos Setubal.
  19. Luciano Antonio Digiampietri. Workflows cientificos em bioinformatica. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
      Orientador: Joao Carlos Setubal.
  20. Thiago Venancio. Analise de expressao genica em Schistosoma mansoni. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
      Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  21. Nalvo Franco de Almeida Jr. Ferramentas computacionais para comparacao de genomas. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2002.
      Orientador: Joao Carlos Setubal.
  
  
• Dissertação de mestrado (21)
  
  1. Natalia Nakamura Gouveia. O genoma da alga vermelha Gracilaria domingensis (Rhodophyta, Gracilariales). Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2022.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  2. Ondina Palmeira. Evaluation of the genetic influence on the infant gut microbiome through 16S rRNA sequence data analysis of triplets. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2022.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  3. Suzana Eiko Guima. Composição microbiana do inóculo e do composto maduro no processo de compostagem do Zoológico de São Paulo avaliada por meio de metagenômica. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2021.
     Orientadores: Aline Maria da Silva, Joao Carlos Setubal.
  4. Fabio Beltrame Sanchez. MAGset: uma ferramenta para comparação de genomas recuperados de dados metagenômicos e sua aplicação para melhoria de suas montagens. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2021.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  5. Dennis Carhuaricra-Huaman. Genomic Analysis of Bacterial Isolates from Guinea Pigs (Cavia porcellus) and Brown-Throated Sloths (Bradypus variegatus). Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2021.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  6. Vinicius Sousa Flores. Análise de dados metagenômicos em busca de bacteriófagos. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2021.
     Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  7. Fernando Pacheco Nobre Rossi. Análise comparativa do genoma de bacteriófagos isolados da compostagem e estudo dos determinantes de sua interação com Pseudomonas aeruginosa. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
     Orientadores: Aline Maria da Silva, Joao Carlos Setubal.
  8. Guillermo Uceda Campos. Genomas de Xylella fastidiosa. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
     Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  9. Gianluca Major Machado da Silva. Caravela: um navegador de metagenomas. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  10. Jhonatas Sirino Monteiro. Análise do transcritoma do mexilhão marrom (Perna perna) sob contaminação por antraceno. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
      Orientador: Joao Carlos Setubal.
  11. Diogo de Oliveira Pessoa. Identificação de RNAs longos não codificadores associados a subtipos moleculares em tumores pancreáticos. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
      Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  12. Leandro Nascimento Lemos. Reconstrução e análise de genomas de bactérias de compostagem a partir de dados metagenômicos. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2016.
      Orientador: Joao Carlos Setubal.
  13. Deyvid Amgarten. Analise computacional da diversidade viral presente na comunidade microbiana do processo de compostagem do Zoologico de Sao Paulo. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2016.
      Orientadores: Aline Maria da Silva, Joao Carlos Setubal.
  14. Bruno Souza. Desenvolvimento de um pipeline para identificar automaticamente os genes compostos predominantemente por microexons arranjados em tandem no genoma anotado de Schistosoma mansoni. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2016.
      Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  15. Fernanda Orpinelli Rego. Modelagem computacional de famílias de proteínas microbianas relevantes para a produção de bioenergia. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2015.
      Orientador: Joao Carlos Setubal.
  16. George William Condomitti Epamino. Montagem do genoma de Bothrops jararaca. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
      Orientador: Joao Carlos Setubal.
  17. Wenjie Zheng. Genomic Islands in Agrobaterium vitis S4. Dissertação (Mestrado em Computer Science) - Virginia Tech, virginia bioinformatics institute. 2005.
      Orientador: Joao Carlos Setubal.
  18. Joao Paulo Piazza. Uma metodologia para determinacao do organismo de origem de sequencias de DNA com aplicacao em projetos EST. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, . 2004.
      Orientador: Joao Carlos Setubal.
  19. Vagner Katsumi Okura. Bioinformatica de projetos genoma de bacterias. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2002.
      Orientador: Joao Carlos Setubal.
  20. Lidio Nunes de Abreu Jr. O problema da designação e sua variante paramétrica. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2000.
      Orientador: Joao Carlos Setubal.
  21. Arlindo Flavio da Conceicao. Problemas combinatórios de congestionamento. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2000.
      Orientador: Joao Carlos Setubal.
  
  
• Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
  
  
  
• Trabalho de conclusão de curso de graduação (2)
  
  1. Elaine Dias Batista. Algoritmos para Analise de Metagenomas. (Graduação em Bioinformatica) - Institut National des Sciences Appliquées de Lyon, . 2010.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  2. Eduardo Preusser de Mattos. Analise global do metabolismo de cofatores [Fe-S] em Azotobacter vinelandii. (Graduação em Biomedicina) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, . 2010.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  
  
• Iniciação científica (11)
  
  1. Ismael Alves Lucena Gomes. Analise de sequencias de metagenomica. (Graduando em Obstetrícia) - Universidade de São Paulo, Universidade de São Paulo. 2012.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  2. Laura Obenauer. Métodos filogenéticos para dados metagenômicos. Iniciação Científica - Universität Heidelberg, Deutsche Akademische Austauch Dienst. 2012.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  3. Aloisio José de Almeida Jr. Montagem dos genomas de Xanthomonas aurantifolii cepas B e C. (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundecitrus. 2005.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  4. Daniel Machado de Faria. Monatagem, anotacao e analise dos genomas de Xanthomonas aurantifolii. (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundecitrus. 2005.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  5. Daniel Gasparotto. Montagem dos genomas de Xanthomonas aurantifolii cepas B e C. (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundecitrus. 2005.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  6. Julia Perdigueiro. Montagem dos genomas de Xanthomonas aurantifolii cepas B e C. (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundecitrus. 2005.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  7. Marcelo da Silva Reis. Identificação computacional de lipoproteínas em espiroquetas. (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  8. Patricia Farah Carrião. Analise de genes truncados e repetidos em Leifsonia xyli. (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  9. Marcelo Perez. Analise comparativa do genoma de Leifsonia xyli. (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  10. Alexandre Correa Barbosa. Montagem do genoma de Xanthomonas citri. (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2000.
      Orientador: Joao Carlos Setubal.
  11. Fernanco Goncalves Urzedo. Suporte computacional para projetos genoma de EST. (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2000.
      Orientador: Joao Carlos Setubal.
  
  
• Orientações de outra natureza (0)
  
  
  

Projetos de pesquisa