Joao Carlos Setubal

http://lattes.cnpq.br/0527652166877006 (17/01/2025) Rótulo/Grupo: Bolsa CNPq: Nível 1A Período de análise: Endereço: Universidade de São Paulo, Instituto de Química, Departamento de Bioquímica. Av. Prof. Lineu Prestes, 748 Cidade Universitaria 05508000 - São Paulo, SP - Brasil Telefone: (11) 30919804 URL da Homepage: http://www.iq.usp.br/setubal Grande área: Ciências Exatas e da Terra Área: Ciência da Computação Citações: Google Acadêmico

Produção bibliográfica

• Artigos completos publicados em periódicos (162)
• Livros publicados/organizados ou edições (4)
• Capítulos de livros publicados (20)
• Textos em jornais de notícias/revistas (2)
• Trabalhos completos publicados em anais de congressos (12)
• Resumos expandidos publicados em anais de congressos (3)
• Resumos publicados em anais de congressos (3)
• Artigos aceitos para publicação (0)
• Apresentações de trabalho (11)
• Demais tipos de produção bibliográfica (1)

Produção técnica

• Programas de computador com registro (0)
• Programas de computador sem registro (0)
• Produtos tecnológicos (0)
• Processos ou técnicas (0)
• Trabalhos técnicos (0)
• Demais tipos de produção técnica (2)

Produção artística

• Total de produção artística (0)

Orientações em andamento

• Supervisão de pós-doutorado (1)
• Tese de doutorado (8)
• Dissertação de mestrado (7)
• Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
• Trabalho de conclusão de curso de graduação (0)
• Iniciação científica (0)
• Orientações de outra natureza (0)

Supervisões e orientações concluídas

• Supervisão de pós-doutorado (10)
• Tese de doutorado (22)
• Dissertação de mestrado (21)
• Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
• Trabalho de conclusão de curso de graduação (2)
• Iniciação científica (11)
• Orientações de outra natureza (0)

Projetos de pesquisa

• Total de projetos de pesquisa (19)

Prêmios e títulos

• Total de prêmios e títulos (8)

Participação em eventos

• Total de participação em eventos (31)

Organização de eventos

• Total de organização de eventos (11)

Lista de colaborações

• Colaborações endôgenas (8)
1. Aline Maria da Silva (28.0)
2. Sergio Verjovski Almeida (12.0)
3. Marie-Anne Van Sluys (6.0)
4. Robson Francisco de Souza (6.0)
5. Alan Mitchell Durham (2.0)
6. Ana Marcia de Sá Guimarães (1.0)
7. João Eduardo Ferreira (1.0)
8. Júlia Maria Pavan Soler (1.0)

Produção bibliográfica

• Artigos completos publicados em periódicos (162)
  
  1. ZAMUNÉR, CAIO FELIPE CAVICCHIA ; Carhuaricra-Huaman, Dennis ; RAGUPATHY, ROOBINIDEVI ; REDFERN, JAMES ; RODRIGUEZ-CUEVA, CARMEN L. ; Behlau, Franklin ; ENRIGHT, MARK C. ; FERREIRA, HENRIQUE ; Setubal, João C.. Evolution and spread of Xanthomonas citri subsp. citri in the São Paulo, Brazil, citrus belt inferred from 758 novel genomes. Microbial Genomics. v. 11, p. 1338, 2025. Qualis: B2
  2. NASCIMENTO FILHO, EDSON G. ; VIEIRA, MÔNICA L. ; DIAS, MERIELLEN ; MENDES, MARIA A. ; SANCHEZ, FABIO B. ; Setubal, João C. ; HEINEMANN, MARCOS B. ; SOUZA, GISELE O. ; PIMENTA, DANIEL C. ; NASCIMENTO, ANA L.T.O.. Global proteome of the saprophytic strain Leptospira biflexa and comparative analysis with pathogenic strain Leptospira interrogans uncover new pathogenesis mechanisms. Journal of Proteomics. v. 297, p. 105125, 2024. Qualis: A1
  3. FLORES, VINICIUS S. ; AMGARTEN, DEYVID E. ; IHA, BRUNO KOSHIN VÁZQUEZ ; RYON, KRISTA A. ; DANKO, DAVID ; TIERNEY, BRADEN T. ; MASON, CHRISTOPHER ; DA SILVA, ALINE MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS. Discovery and description of novel phage genomes from urban microbiomes sampled by the MetaSUB consortium. Scientific Reports. v. 14, p. ARTN 7913, 2024. Qualis: A2
  4. Carhuaricra-Huaman, Dennis ; GONZALEZ, IRYS H.L. ; RAMOS, PATRICIA L. ; DA SILVA, ALINE M. ; Setubal, Joao C.. Analysis of twelve genomes of the bacterium Kerstersia gyiorum from brown-throated sloths ( Bradypus variegatus ), the first from a non-human host. PeerJ. v. 12, p. e17206, 2024. Qualis: A2
  5. RIBEIRO, DILSON FAGUNDES ; DE MATOS, JÉSSICA PEREIRA ; ROCHA, LORRANA CACHUITE MENDES ; DA SILVA, ANA KARLA ; DE PAULA, CAMILA HENRIQUES ; CORDEIRO, ISABELLA FERREIRA ; DE CARVALHO LEMES, CAMILA GRACYELLE ; SANCHEZ, ANGÉLICA BIANCHINI ; GARCIA, CAMILA CARRIÃO MACHADO ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; DE SOUZA, ROBSON FRANCISCO ; DE MELLO VARANI, ALESSANDRO ; ALMEIDA, NALVO FRANCO ; MOREIRA, LEANDRO MARCIO. From cactus to crop: genomic insights of a beneficial and non-pathogenic Curtobacterium flaccumfaciens strain and the evolution of its pathosystem. MOLECULAR GENETICS AND GENOMICS. v. 299, p. 105, 2024. Qualis: A4
  6. CARRAU, ANALÍA ; TANO, JOSEFINA ; MOYANO, LAURA ; RIPA, MARÍA BELÉN ; PETROCELLI, SILVANA ; PISKULIC, LAURA ; MOREIRA, LEANDRO MARCIO ; PATANÉ, JOSÉ SALVATORE LEISTER ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; ORELLANO, ELENA GRACIELA. A novel BLUF photoreceptor modulates the Xanthomonas citri subsp. citri-host plant interaction. PHOTOCHEMICAL SCIENCES (ONLINE). v. 1, p. 1, 2023. Qualis: A3
  7. INAGUE, ALEX ; ALECRIM, LILIAN COSTA ; MONTEIRO, JHONATAS SIRINO ; YOSHINAGA, MARCOS YUKIO ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; MIYAMOTO, SAYURI ; GIORDANO, RICARDO JOSÉ. Oxygen-induced pathological angiogenesis promotes intense lipid synthesis and remodeling in the retina. Iscience. v. 26, p. 106777, 2023. Qualis: Não identificado (ISCIENCE)
  8. RODRIGUEZ CARNERO, LUIS ANTONIO ; KURAMOTO, ANDRÉIA ; CAMPOS DE OLIVEIRA, LÉA ; MONTEIRO, JHONATAS SIRINO ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; CUNHA-NETO, EDÉCIO ; CERDEIRA SABINO, ESTER ; GIORDANO, RICARDO JOSÉ. Anti-Trypanosoma cruzi antibody profiling in patients with Chagas disease treated with benznidazole assessed by genome phage display. PLoS Neglected Tropical Diseases. v. 17, p. e0011019, 2023. Qualis: A1
  9. SINGH, NITIN K. ; WOOD, JASON M. ; PATANE, JOSE ; MOURA, LIVIA MARIA SILVA ; LOMBARDINO, JONATHAN ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; VENKATESWARAN, KASTHURI. Characterization of metagenome-assembled genomes from the International Space Station. Microbiome. v. 11, p. 125, 2023. Qualis: A1
  10. BOETTGER, BRUNO C. ; PIROUPO, CARLOS M. ; Setubal, João C. ; GIRARDELLO, RAQUEL ; PIGNATARI, ANTÔNIO C. C.. Co-carriage of Plasmid NDM and Chromosomal KPC in Klebsiella pneumoniae ST255 Human Wound Isolate in Brazil. CURRENT MICROBIOLOGY. v. 80, p. 394, 2023. Qualis: B1
  11. DE SOUZA XAVIER COSTA, NATÁLIA ; RIBEIRO JÚNIOR, GABRIEL ; DO NASCIMENTO, ELLEN CAROLINE TOLEDO ; DE BRITO, JÔSE MARA ; ANTONANGELO, LEILA ; FARIA, CAROLINE SILVÉRIO ; MONTEIRO, JHONATAS SIRINO ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; PINHO, JOÃO RENATO REBELLO ; PEREIRA, ROBERTA VERCIANO ; SEELAENDER, MARILIA ; DE CASTRO, GABRIELA SALIM ; LIMA, JOANNA D. C. C. ; DE ALMEIDA MONTEIRO, RENATA APARECIDA ; DUARTE-NETO, AMARO NUNES ; SALDIVA, PAULO HILÁRIO NASCIMENTO ; FERRAZ DA SILVA, LUIZ FERNANDO ; DOLHNIKOFF, MARISA ; MAUAD, THAIS. COVID-19 induces more pronounced extracellular matrix deposition than other causes of ARDS. RESPIRATORY RESEARCH. v. 24, p. 281, 2023. Qualis: A1
  12. LAUX, MARCELE ; PIROUPO, CARLOS MORAIS ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; GIANI, ALESSANDRA. The Raphidiopsis (= Cylindrospermopsis) raciborskii pangenome updated: Two new metagenome-assembled genomes from the South American clade. HARMFUL ALGAE. v. 129, p. 102518, 2023. Qualis: A1
  13. PATANÉ, JOSÉ S.L. ; Moreira, Leandro M. ; DE MELO TEIXEIRA, MARCUS ; MARTINS JR, JOAQUIM ; Setubal, João C. ; VARANI, ALESSANDRO M.. New insights into plant natriuretic peptide evolution: From the lysogenic conversion in Xanthomonas to the lateral transfer to the whitefly Bemisia tabaci. GENE. v. 821, p. 146326, 2022. Qualis: A4
  14. ANTUNES, KRIST H. ; STEIN, RENATO T. ; FRANCESCHINA, CAROLINE ; DA SILVA, EMANUELLE F. ; DE FREITAS, DEISE N. ; SILVEIRA, JOSIANE ; MOCELLIN, MAGÁLI ; LEITÃO, LIDIANE ; FACHI, JOSÉ L. ; PRAL, LAÍS P. ; GONZALEZ, AMANDA ; OLIVEIRA, SARAH ; DUARTE, LEONARDO ; CASSÃO, GISELE ; GONÇALVES, JOÃO I.B. ; REIS, TATIANE M. ; ABBADI, BRUNO L ; DORNELLES, MAIELE ; SPEROTTO, NATHÁLIA D.M. ; SETUBAL, J. C. ; et.al. Short-chain fatty acid acetate triggers antiviral response mediated by RIG-I in cells from infants with respiratory syncytial virus bronchiolitis. EBIOMEDICINE. v. 77, p. 103891, 2022. Qualis: A1
  15. NAKAMURA­GOUVEA, NATALIA ; ALVES­LIMA, CICERO ; BENITES, L. FELIPE ; IHA, CINTIA ; MARACAJA­COUTINHO, VINICIUS ; ALIAGA­TOBAR, VICTOR ; AMARAL, MARCELLA ; YOKOYA, NAIR S ; MARINHO­SORIANO, ELIANE ; GRAMINHA, MARCIA A S ; COLLÉN, JONAS ; CABRAL OLIVEIRA, MARIANA ; Setubal, Joao Carlos ; COLEPICOLO, PIO. Insights into agar and secondary metabolite pathways from the genome of the red alga Gracilaria domingensis (Rhodophyta: Gracilariales). JOURNAL OF PHYCOLOGY. v. 1, p. 13238, 2022. Qualis: A1
  16. PALMEIRA, ONDINA ; MATOS, LARISSA R.B. ; NASLAVSKY, MICHEL S. ; BUENO, HELOISA M.S. ; SOLER, JÚLIA P. ; Setubal, João C. ; ZATZ, MAYANA. Longitudinal 16S rRNA gut microbiota data of infant triplets show partial susceptibility to host genetics. Iscience. v. 25, p. 103861, 2022. Qualis: Não identificado (ISCIENCE)
  17. HARADA, LILIAM K ; SILVA, ERICA C ; ROSSI, FERNANDO PN ; CIEZA, BASILIO ; OLIVEIRA, THAIS J ; PEREIRA, CARLA ; TOMAZETTO, GEIZECLER ; SILVA, BIANCA B ; SQUINA, FABIO M ; VILA, MARTA MDC ; Setubal, João C ; HA, TAEKJIP ; da Silva, Aline M ; BALCÃO, VICTOR M. Characterization and in vitro testing of newly isolated lytic bacteriophages for the biocontrol of Pseudomonas aeruginosa. Future Microbiology. v. 17, p. fmb-2021-0266, 2022. Qualis: A3
  18. JUSTO AREVALO, SANTIAGO ; ZAPATA SIFUENTES, DANIELA ; CUBA PORTOCARRERO, ANDREA ; BRESCIA REÁTEGUI, MICHELLA ; MONGE PIMENTEL, CLAUDIA ; FARAGE MARTINS, LAYLA ; MARQUES PIERRY, PAULO ; MORAIS PIROUPO, CARLOS ; GUERRA SANTA CRUZ, ALCIDES ; QUIÑONES AGUILAR, MAURO ; SHAKER FARAH, CHUCK ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; DA SILVA, ALINE MARIA. Genomic Characterization of Bacillus safensis Isolated from Mine Tailings in Peru and Evaluation of Its Cyanide-Degrading Enzyme CynD. APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY. v. 88, p. 14, 2022. Qualis: A1
  19. BUTARELLI, ANA CAROLINA DE ARAÚJO ; FERREIRA, LUCAS SALOMÃO DE SOUSA ; RIYUZO, RAQUEL ; DALL?AGNOL, HIVANA MELO BARBOSA ; PIROUPO, CARLOS MORAIS ; DA SILVA, ALINE MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; DALL?AGNOL, LEONARDO TEIXEIRA. Diversity assessment of photosynthesizers: comparative analysis of pre-cultivated and natural microbiome of sediments from Cerrado biome in Maranhão, Brazil. Environmental Science and Pollution Research. v. 29, p. 1-16, 2022. Qualis: Não identificado (ENVIRONMENTAL SCIENCE AND POLLUTION RESEARCH)
  20. DA PAIXÃO, VINICIUS FERREIRA ; SOSA, OMAR JULIO ; DA SILVA PELLEGRINA, DIOGO VIEIRA ; DAZZANI, BIANCA ; CORRÊA, THALITA BUENO ; RISÉRIO BERTOLDI, ESTER ; DA CRUZ E ALVES-DE-MORAES, LUÍS BRUNO ; DE OLIVEIRA PESSOA, DIOGO ; DE PAIVA OLIVEIRA, VICTORIA ; ALBERTO CHIONG ZEVALLOS, RICARDO ; RUSSO, LILIAN CRISTINA ; LUIS FORTI, FABIO ; EDUARDO FERREIRA, JOÃO ; CARIOCA FREITAS, HELANO ; JUKEMURA, JOSÉ ; MACHADO, MARCEL CERQUEIRA CÉSAR ; DIRLEI BEGNAMI, MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; BASSÈRES, DANIELA SANCHEZ ; MORAES REIS, EDUARDO ; et.al. Annotation and functional characterization of long noncoding RNAs deregulated in pancreatic adenocarcinoma. CELLULAR ONCOLOGY. v. 45, p. 479-504, 2022. Qualis: A1
  21. MARQUIONI, VINÍCIUS ; ROSSI, FERNANDO PACHECO NOBRE ; MENDONÇA, DEBORAH CEZAR ; MARTINS, LAYLA FARAGE ; Behlau, Franklin ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; DA SILVA, ALINE MARIA ; NOVO-MANSUR, MARIA TERESA MARQUES. Isolation and characterization of vB_XciM_LucasX, a new jumbo phage that infects Xanthomonas citri and Xanthomonas fuscans. PLoS One. v. 17, p. e0266891, 2022. Qualis: A1
  22. UCEDA-CAMPOS, GUILLERMO ; FEITOSA-JUNIOR, OSEIAS R. ; SANTIAGO, CAIO R. N. ; PIERRY, PAULO M. ; ZAINI, PAULO A. ; DE SANTANA, WESLEY O. ; MARTINS-JUNIOR, JOAQUIM ; BARBOSA, DEIBS ; DIGIAMPIETRI, Luciano A. ; Setubal, João C. ; DA SILVA, ALINE M.. Comparative Genomics of Xylella fastidiosa Explores Candidate Host-Specificity Determinants and Expands the Known Repertoire of Mobile Genetic Elements and Immunity Systems. Microorganisms. v. 10, p. 914, 2022. Qualis: B1
  23. AMGARTEN, DEYVID ; IHA, BRUNO KOSHIN VÁZQUEZ ; PIROUPO, CARLOS MORAIS ; DA SILVA, ALINE MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS. vHULK, a New Tool for Bacteriophage Host Prediction Based on Annotated Genomic Features and Neural Networks. Phage-Therapy Applications And Research. v. 00, p. phage.2021.0016, 2022. Qualis: Não identificado (PHAGE-THERAPY APPLICATIONS AND RESEARCH)
  24. CARHUARICRA HUAMAN, DENNIS E. ; LUNA ESPINOZA, LUIS R. ; RODRÍGUEZ CUEVA, CARMEN L. ; DURAN GONZALES, CARLA G. ; ROSADIO ALCÁNTARA, RAÚL H. ; Setubal, João C. ; MATURRANO HERNÁNDEZ, LENIN. Genomic Characterization of Salmonella Typhimurium Isolated from Guinea Pigs with Salmonellosis in Lima, Peru. Microorganisms. v. 10, p. 1726, 2022. Qualis: B1
  25. BALCÃO, VICTOR M ; BASU, AAKASH ; CIEZA, BASILIO ; ROSSI, FERNANDO N ; PEREIRA, CARLA ; VILA, MARTA MDC ; Setubal, João C ; HA, TAEKJIP ; da Silva, Aline M. Pseudomonas -tailed lytic phages: genome mechanical analysis and putative correlation with virion morphogenesis yield. Future Microbiology. v. 17, p. 10.2217/fmb-202, 2022. Qualis: A3
  26. DE MENEZES, TATIANE A. ; DE FREITAS, MAYANNE A.M. ; LIMA, MICHELE S. ; SOARES, ANA CAROLINA ; LEAL, CAMILLE ; BUSCH, MILEANE DE S. ; TSCHOEKE, DIOGO A. ; DE O. VIDAL, LUCIANA ; ATELLA, GEORGIA C. ; KRUGER, RICARDO H. ; Setubal, João ; VASCONCELOS, AGNALDO A. ; DE MAHIQUES, MICHEL M. ; SIEGLE, EDUARDO ; ASP, NILS EDVIN ; COSENZA, CARLOS ; HAJDU, EDUARDO ; DE REZENDE, CARLOS E. ; THOMPSON, CRISTIANE C. ; THOMPSON, FABIANO L. ; et.al. Fluxes of the Amazon River plume nutrients and microbes into marine sponges. SCIENCE OF THE TOTAL ENVIRONMENT. v. 847, p. 157474, 2022. Qualis: A1
  27. ERJEFÄLT, JONAS S. ; DE SOUZA XAVIER COSTA, NATÁLIA ; JÖNSSON, JIMMIE ; COZZOLINO, OLGA ; DANTAS, KATIA CRISTINA ; CLAUSSON, CARL-MAGNUS ; SIDDHURAJ, PREMKUMAR ; LINDÖ, CAROLINE ; ALYAMANI, MANAR ; LOMBARDI, SUZETE CLEUSA FERREIRA SPINA ; MENDRONI JÚNIOR, ALFREDO ; ANTONANGELO, LEILA ; FARIA, CAROLINE SILVÉRIO ; DUARTE-NETO, AMARO NUNES ; DE ALMEIDA MONTEIRO, RENATA APARECIDA ; REBELLO PINHO, JOÃO RENATO ; GOMES-GOUVÊA, MICHELE SOARES ; VERCIANO PEREIRA, ROBERTA ; MONTEIRO, JHONATAS SIRINO ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; et.al. Diffuse alveolar damage patterns reflect the immunological and molecular heterogeneity in fatal COVID-19. EBIOMEDICINE. v. 83, p. 104229, 2022. Qualis: A1
  28. OLIVEIRA, VALERIA MAIA ; ANDREOTE, FERNANDO DINI ; CORTELO, PATRICIA CARDOSO ; CASTRO-GAMBOA, IAN ; COSTA-LOTUFO, LETICIA V. ; POLIZELI, MARIA DE LOURDES T. M. ; THIEMANN, OTÁVIO H. ; SETUBAL, JOÃO CARLOS. Microorganisms: the secret agents of the biosphere, and their key roles in biotechnology. BIOTA NEOTROPICA (ONLINE. EDIÇÃO EM INGLÊS). v. 22, p. 22, 2022. Qualis: Não identificado (EDIÇÃO EM INGLÊS))
  29. LADIN, ZACHARY S. ; FERRELL, BARBRA ; DUMS, JACOB T. ; MOORE, RYAN M. ; LEVIA, DELPHIS F. ; SHRIVER, W. GREGORY ; D?AMICO, VINCENT ; TRAMMELL, TARA L. E. ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; WOMMACK, K. ERIC. Assessing the efficacy of eDNA metabarcoding for measuring microbial biodiversity within forest ecosystems. Scientific Reports. v. 11, p. 1629, 2021. Qualis: A2
  30. DE PEDRO-JOVÉ, R. ; PUIGVERT, M. ; SEBASTIÀ, P. ; MACHO, A. P. ; Monteiro, J. S. ; COLL, N. S. ; SETÚBAL, J. C. ; VALLS, M.. Dynamic expression of Ralstonia solanacearum virulence factors and metabolism-controlling genes during plant infection. BMC GENOMICS. v. 22, p. 170, 2021. Qualis: A2
  31. PESSOA, DIOGO DE OLIVEIRA ; RIUS, FLÁVIA EICHEMBERGER ; PAPAIZ, DEBORA D'ANGELO ; AYUB, ANA LUÍSA PEDROSO ; MORAIS, ALICE SANTANA ; DE SOUZA, CAMILA FERREIRA ; DA PAIXÃO, VINICIUS FERREIRA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; NEWTON-BISHOP, JULIA ; NSENGIMANA, JÉRÉMIE ; AZEVEDO, HATYLAS ; REIS, EDUARDO MORAES ; JASIULIONIS, MIRIAM GALVONAS. Transcriptional signatures underlying dynamic phenotypic switching and novel disease biomarkers in a linear cellular model of melanoma progression. NEOPLASIA. v. 23, p. 439-455, 2021. Qualis: A2
  32. TEIXEIRA, ANDRÉ AZEVEDO REIS ; CARNERO, LUIS RODRIGUEZ ; KURAMOTO, ANDRÉIA ; TANG, FENNY HUI FEN ; GOMES, CARLOS HERNIQUE ; PEREIRA, NATALIA BUENO ; DE OLIVEIRA, LÉA CAMPOS ; GARRINI, REGINA ; MONTEIRO, JHONATAS SIRINO ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; SABINO, ESTER CERDEIRA ; Pasqualini, Renata ; COLLI, WALTER ; Arap, Wadih ; ALVES, MARIA JÚLIA MANSO ; CUNHA-NETO, EDÉCIO ; GIORDANO, RICARDO JOSÉ. A refined genome phage display methodology delineates the human antibody response in patients with Chagas disease. iScience. v. 24, p. 102540, 2021. Qualis: Não identificado (ISCIENCE)
  33. FERREIRA, LUCAS SALOMÃO DE SOUSA ; BUTARELLI, ANA CAROLINA DE ARAÚJO ; SOUSA, RAISSA DA COSTA ; OLIVEIRA, MARIENE AMORIM DE ; MORAES, PABLO HENRIQUE GONÇALVES ; RIBEIRO, IGOR SANTANA ; SOUSA, PEDRO FELIPE RODRIGUES ; DALL'AGNOL, HIVANA MELO BARBOSA ; LIMA, ALEX RANIERI JERÔNIMO ; GONÇALVES, EVONNILDO COSTA ; SIVONEN, KAARINA ; FEWER, DAVID ; RIYUZO, RAQUEL ; PIROUPO, CARLOS MORAIS ; DA SILVA, ALINE MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; DALL'AGNOL, LEONARDO TEIXEIRA. High-Quality Draft Genome Sequence of Pantanalinema sp. GBBB05, a Cyanobacterium From Cerrado Biome. FRONTIERS IN ECOLOGY AND EVOLUTION. v. 9, p. 639852, 2021. Qualis: A2
  34. GIRARDELLO, RAQUEL ; PIROUPO, CARLOS MORAIS ; MARTINS, JOAQUIM ; MAFFUCCI, MARCIA HELENA ; CURY, ANA PAULA ; FRANCO, MARIA RENATA GOMES ; MALTA, FERNANDA DE MELLO ; ROCHA, NATÁLIA CONCEIÇÃO ; PINHO, JOÃO RENATO REBELLO ; ROSSI, FLAVIA ; DUARTE, ALBERTO JOSÉ DA SILVA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS. Genomic Characterization of mcr-1.1-Producing Escherichia coli Recovered From Human Infections in São Paulo, Brazil. Frontiers in Microbiology. v. 12, p. 1454, 2021. Qualis: A1
  35. FABRO, ALEXANDRE TODOROVIC ; MACHADO-RUGOLO, JULIANA ; BALDAVIRA, CAMILA MACHADO ; PRIETO, TABATHA GUTIERREZ ; FARHAT, CECÍLIA ; ROTEA MANGONE, FLAVIA REGINA ; BATAH, SABRINA SETEMBRE ; CRUVINEL, HELOÍSA RESENDE ; ALDÁ, MAIARA ALMEIDA ; MONTEIRO, JHONATAS SIRINO ; PÁDUA, ADRIANA INACIO ; MORAIS, SIRLEI SIANI ; ANTÔNIO DE OLIVEIRA, ROGÉRIO ; SANTOS, MARCEL KOENIGKAM ; BADDINI-MARTINEZ, JOSÉ ANTÔNIO ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; RAINHO, CLAUDIA APARECIDA ; YOO, HUGO HYUNG BOK ; SILVA, PEDRO LEME ; NAGAI, MARIA APARECIDA ; et.al. Circulating Plasma miRNA and Clinical/Hemodynamic Characteristics Provide Additional Predictive Information About Acute Pulmonary Thromboembolism, Chronic Thromboembolic Pulmonary Hypertension and Idiopathic Pulmonary Hypertension. Frontiers in Pharmacology. v. 12, p. 1287, 2021. Qualis: A1
  36. VIEIRA, LUCAS MACIEL ; JORGE, NATASHA ANDRESSA NOGUEIRA ; DE SOUSA, JOÃO BATISTA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; Stadler, Peter F. ; WALTER, MARIA EMÍLIA MACHADO TELLES. Competing Endogenous RNA in Colorectal Cancer: An Analysis for Colon, Rectum, and Rectosigmoid Junction. FRONTIERS IN ONCOLOGY. v. 11, p. 1670, 2021. Qualis: A2
  37. ASSIS, RENATA A.B. ; VARANI, ALESSANDRO M. ; SAGAWA, CINTIA H.D. ; PATANÉ, JOSÉ S.L. ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; UCEDA-CAMPOS, GUILLERMO ; DA SILVA, ALINE MARIA ; ZAINI, PAULO A. ; Almeida, Nalvo F. ; MOREIRA, LEANDRO MARCIO ; DANDEKAR, ABHAYA M.. A comparative genomic analysis of Xanthomonas arboricola pv. juglandis strains reveal hallmarks of mobile genetic elements in the adaptation and accelerated evolution of virulence. GENOMICS. v. 113, p. 2513-2525, 2021. Qualis: A3
  38. CASARO, MATEUS B. ; THOMAS, ANDREW M. ; MENDES, EDUARDO ; FUKUMORI, CLAUDIO ; RIBEIRO, WILLIAN R. ; OLIVEIRA, FERNANDO A. ; CRISMA, AMANDA R. ; MURATA, GILSON M. ; BIZZARRO, BRUNA ; SÁ-NUNES, ANDERSON ; Setubal, Joao C. ; MAYER, MARCIA P. A. ; MARTINS, FLAVIANO S. ; VIEIRA, ANGÉLICA T. ; ANTIORIO, ANA T. F. B. ; TAVARES-DE-LIMA, WOTHAN ; CAMARA, NIELS O. S. ; CURI, RUI ; DIAS-NETO, Emmanuel ; FERREIRA, CAROLINE M. ; et.al. A probiotic has differential effects on allergic airway inflammation in A/J and C57BL/6 mice and is correlated with the gut microbiome. Microbiome. v. 9, p. 134, 2021. Qualis: A1
  39. ROSSMANN, MAIKE ; THOMAS, ANDREW MALTEZ ; GUIMA, SUZANA SATO ; MARTINS, LAYLA FARAGE ; INDERBITZIN, PATRIK ; KNIGHT-CONNONI, VICTORIA ; DA SILVA, ALINE MARIA ; Setubal, João C.. Microbiomes of Field-Grown Maize and Soybean in Southeastern and Central Brazil Inferred by High-Throughput 16S and Internal Transcribed Spacer Amplicon Sequencing. Microbiology Resource Announcements. v. 10, p. e00528-21, 2021. Qualis: C
  40. RANGEL, LUIZ THIBÉRIO ; SOUCY, SHANNON M ; Setubal, João C ; GOGARTEN, JOHANN PETER ; FOURNIER, GREGORY P. An Efficient, Nonphylogenetic Method for Detecting Genes Sharing Evolutionary Signals in Phylogenomic Data Sets. Genome Biology and Evolution. v. 13, p. evab187, 2021. Qualis: A1
  41. BRAGA, LUCAS PALMA PEREZ ; PEREIRA, ROBERTA VERCIANO ; MARTINS, LAYLA FARAGE ; MOURA, LIVIA MARIA SILVA ; SANCHEZ, FABIO BELTRAME ; PATANÉ, JOSÉ SALVATORE LEISTER ; DA SILVA, ALINE MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS. Genome-resolved metagenome and metatranscriptome analyses of thermophilic composting reveal key bacterial players and their metabolic interactions. BMC GENOMICS. v. 22, p. 652, 2021. Qualis: A2
  42. BRAGA, LUCAS P. P. ; COUTINHO, FELIPE H. ; AMGARTEN, DEYVID E. ; KOT, WITOLD ; HANSEN, LARS ; Setubal, João C. ; PHILIPPOT, LAURENT. Novel virocell metabolic potential revealed in agricultural soils by virus-enriched soil metagenome analysis. Environmental Microbiology Reports. v. 13, p. 348-354, 2021. Qualis: A2
  43. RODRIGUEZ CARNERO, LUIS ANTONIO ; REIS TEIXEIRA, ANDRÉ AZEVEDO ; FEN TANG, FENNY HUI ; KURAMOTO, ANDRÉIA ; MANSO ALVES, MARIA JÚLIA ; COLLI, WALTER ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; CUNHA-NETO, EDÉCIO ; Pasqualini, Renata ; Arap, Wadih ; GIORDANO, RICARDO JOSÉ. Protocol for design, construction, and selection of genome phage (gPhage) display libraries. STAR Protocols. v. 2, p. 100936, 2021. Qualis: Não identificado (STAR PROTOCOLS)
  44. PRATA, ISADORA OLIVEIRA ; CUBILLOS, ELIANA FERNANDA GALINDO ; KRÜGER, ARNE ; BARBOSA, DEIBS ; MARTINS, JOAQUIM ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; WUNDERLICH, GERHARD. Plasmodium falciparum Acetyl-CoA Synthetase Is Essential for Parasite Intraerythrocytic Development and Chromatin Modification. ACS Infectious Diseases. v. 7, p. 3224-3240, 2021. Qualis: A1
  45. LEMES, CAMILA G. C. ; VILLA, MORGHANA M. ; FELESTRINO, ÉRICA B. ; PERUCCI, LUIZA O. ; ASSIS, RENATA A. B. ; CORDEIRO, ISABELLA F. ; FONSECA, NATASHA P. ; GUERRA, LARA C. C. ; CANESCHI, WASHINGTON L. ; MORAES, LAURO Â. G. ; DO CARMO, FLÁVIO F. ; KAMINO, LUCIANA H. Y. ; VALE, PEDRO N. C. ; GUIMA, SUZANA E. S. ; Setubal, João C. ; SALGADO, ANDRÉ A. R. ; Moreira, Leandro M.. 16S rRNA Gene Amplicon Sequencing Data of the Iron Quadrangle Ferruginous Caves (Brazil) Shows the Importance of Conserving This Singular and Threatened Geosystem. DIVERSITY. v. 13, p. 494, 2021. Qualis: A2
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  54. SATO, FABIO TAKEO ; YAP, YU ANNE ; CRISMA, AMANDA RABELLO ; PORTOVEDO, MARIANA ; MURATA, GILSON MASAHIRO ; HIRABARA, SANDRO MASSAO ; RIBEIRO, WILLIAN RODRIGUES ; MARCANTONIO FERREIRA, CAROLINE ; CRUZ, MAYSA MARIANA ; PEREIRA, JOICE NAIARA BERTAGLIA ; PAYOLLA, TANYARA BALIANI ; GUIMA, SUZANA EIKO SATO ; THOMAS, ANDREW MALTEZ ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; ALONSO-VALE, MARIA ISABEL CARDOSO ; SANTOS, MARINILCE FAGUNDES ; CURI, RUI ; MARINO, ELIANA ; VINOLO, MARCO A. R.. Tributyrin Attenuates Metabolic and Inflammatory Changes Associated with Obesity through a GPR109A-Dependent Mechanism. Cells. v. 9, p. 2007, 2020. Qualis: A1
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  57. AMANN, RUDOLF I. ; BAICHOO, SHAKUNTALA ; BLENCOWE, BENJAMIN J. ; BORK, PEER ; BORODOVSKY, MARK ; BROOKSBANK, CATH ; CHAIN, PATRICK S. G. ; COLWELL, RITA R. ; DAFFONCHIO, DANIELE G. ; DANCHIN, ANTOINE ; DE LORENZO, VICTOR ; DORRESTEIN, PIETER C. ; FINN, ROBERT D. ; FRASER, CLAIRE M. ; GILBERT, JACK A. ; HALLAM, STEVEN J. ; HUGENHOLTZ, PHILIP ; IOANNIDIS, JOHN P. A. ; JANSSON, JANET K. ; SETUBAL, J. C. ; et.al. Toward unrestricted use of public genomic data. SCIENCE. v. 363, p. 350-352, 2019. Qualis: A1
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  147. Moreira, Leandro M. ; De Souza, Robson F. ; DIGIAMPIETRI, Luciano A. ; Da Silva, Ana C.R. ; Setubal, Joao C.. Comparative Analyses of Xanthomonas and Xylella Complete Genomes. Journal of Integrative Biology / Omics (Larchmont). v. 9, p. 43-76, 2005. Qualis: Não identificado (JOURNAL OF INTEGRATIVE BIOLOGY / OMICS)
  148. HANCE, M. E. ; Czar, M. J. ; Azad, Abdu F. ; Purkayastha, A. ; Snyder, Eric E. ; Crasta, O. R. ; SETUBAL, J. C. ; Sobral, B. W.. The Pathogen Resource Integration Center: Implications for Rickettsial Research. Annals of the New York Academy of Sciences. v. 1063, p. 459-465, 2005. Qualis: A1
  149. SETUBAL, J. C.; SILVA, Ana Claudia Rasera da ; ALMEIDA JR, Nalvo Franco de ; FERRO, Jesus ; FURLAN, Luiz Roberto ; MOREIRA, Leandro ; SOUZA, Robson de ; OLIVEIRA, Julio Cezar de. COMPARATIVE GENOMICS ANALYSES OF CITRUS-ASSOCIATED BACTERIA. Annual Review of Phytopathology (Print), Estados Unidos. v. 42, p. 163-184, 2004. Qualis: Não identificado (ANNUAL REVIEW OF PHYTOPATHOLOGY , ESTADOS UNIDOS)
  150. SETUBAL, J. C.; NASCIMENTO, Ana Lucia Tabet ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; SLUYS, Marie Anne Van ; MONTEIRO-VITORELLO, Claudia B. ; CAMARGO, Luis Eduardo Aranha ; DIGIAMPIETRI, Luciano A. ; HARTSKEERL, Rudy ; HO, Paulo Lee ; MARQUES, Marilis ; OLIVEIRA, Mariana Cabral de ; HAAKE, David ; MARTINS, Elizabeth. Genome features of Leptospira interrogans serovar Copenhageni. Brazilian Journal of Medical and Biological Research. v. 37, n. 2, p. 459-477, 2004. Qualis: A4
  151. Nascimento, A. L. T. O. ; Setubal, J.C.. Comparative Genomics of Two Leptospira interrogans Serovars Reveals Novel Insights into Physiology and Pathogenesis. Journal of Bacteriology, estados unidos. v. 186, n. 7, p. 2164-2172, 2004. Qualis: Não identificado (JOURNAL OF BACTERIOLOGY, ESTADOS UNIDOS)
  152. DeMarco, R. ; Setubal, J.C.. Saci-1, -2, and -3 and Perere, Four Novel Retrotransposons with High Transcriptional Activities from the Human Parasite Schistosoma mansoni. Journal of Virology, estados unidos. v. 78, n. 6, p. 2967-2978, 2004. Qualis: Não identificado (JOURNAL OF VIROLOGY, ESTADOS UNIDOS)
  153. MONTEIRO-VITORELLO, Claudia B. ; Camargo, Luis E. A. ; Van Sluys, Marie A. ; Kitajima, João P. ; Truffi, Daniela ; do Amaral, Alexandre M. ; Harakava, Ricardo ; de Oliveira, Julio C. F. ; Wood, Derek ; de Oliveira, Mariana C. ; Miyaki, Cristina ; Takita, Marco A. ; da Silva, Ana C. R. ; Furlan, Luis R. ; Carraro, Dirce M. ; Camarotte, Giovana ; Almeida, Nalvo F. ; Carrer, Helaine ; Coutinho, Luiz L. ; SETUBAL, J. C. ; et.al. The Genome Sequence of the Gram-Positive Sugarcane Pathogen Leifsonia xyli subsp. xyli. Molecular Plant-Microbe Interactions. v. 17, p. 827-836, 2004. Qualis: A1
  154. Van Sluys, M. A. ; Setubal, J.C.. Comparative Analyses of the Complete Genome Sequences of Pierce's Disease and Citrus Variegated Chlorosis Strains of Xylella fastidiosa. Journal of Bacteriology, EUA. v. 185, n. 3, p. 1018-1026, 2003. Qualis: A3 (JOURNAL OF BACTERIOLOGY)
  155. VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; DeMarco, Ricardo ; Martins, Elizabeth A L ; Guimarães, Pedro E M ; Ojopi, Elida P B ; Paquola, Apuã C M ; Piazza, João P ; Nishiyama, Milton Y ; Kitajima, João P ; Adamson, Rachel E ; Ashton, Peter D ; Bonaldo, Maria F ; Coulson, Patricia S ; Dillon, Gary P ; Farias, Leonardo P ; Gregorio, Sheila P ; Ho, Paulo L ; Leite, Ricardo A ; Malaquias, L Cosme C ; SETUBAL, J. C. ; et.al. Transcriptome analysis of the acoelomate human parasite Schistosoma mansoni. Nature Genetics, Reino Unido. v. 35, p. 148-157, 2003. Qualis: Não identificado (NATURE GENETICS, REINO UNIDO)
  156. Digiampietri, Luciano A ; MEDEIROS, Claudia Maria Bauzer ; Setubal, João C.. A data model for comparative genomics. Revista Tecnologia da Informação. v. 3, p. 35-40, 2003.Qualis: Não identificado (REVISTA TECNOLOGIA DA INFORMAÇÃO)
  157. PIAZZA, J. P. ; Setubal, João C. New ways for automatic detection of contaminants in EST projects. Revista Tecnologia da Informação. v. 3, p. 36-41, 2003.Qualis: Não identificado (REVISTA TECNOLOGIA DA INFORMAÇÃO)
  158. da Silva, A. C. R. ; Ferro, J. A. ; Reinach, F. C. ; Farah, C. S. ; Furlan, L. R. ; Quaggio, R. B. ; Monteiro-Vitorello, C. B. ; Sluys, M. A. Van ; Almeida, N. F. ; Alves, L. M. C. ; do Amaral, A. M. ; Bertolini, M. C. ; Camargo, L. E. A. ; Camarotte, G. ; Cannavan, F. ; Cardozo, J. ; Chambergo, F. ; Ciapina, L. P. ; Cicarelli, R. M. B. ; SETUBAL, J. C. ; et.al. Comparison of the genomes of two Xanthomonas pathogens with differing host specificities. Nature (London), Londres. v. 417, p. 459-463, 2002. Qualis: Não identificado (NATURE , LONDRES)
  159. SETUBAL, J. C.; SILVA, Ana Claudia Rasera da ; SIMPSON, A. J. G. ; KITAJIMA, Joao Paulo ; FERRO, Jesus ; SLUYS, Marie Anne Van ; MONTEIRO-VITORELLO, Claudia B. ; CAMARGO, Luis Eduardo Aranha ; MENCK, Carlos F. M. ; OLIVEIRA, Mariana Cabral de. C OMPARATIVE G ENOMIC A NALYSIS OF P LANT -A SSOCIATED B ACTERIA. Annual Review of Phytopathology (Print), EUA. v. 40, p. 169-189, 2002. Qualis: A1 (ANNUAL REVIEW OF PHYTOPATHOLOGY)
  160. WERNECK, R. ; SETUBAL, J. C.. Finding minimum congestion spanning trees. ACM Journal of Experimental Algorithmics. v. 6, p. 1-20, 2001.Qualis: Não identificado (ACM JOURNAL OF EXPERIMENTAL ALGORITHMICS)
  161. Wood, D. W. ; Setubal, J.C.. The Genome of the Natural Genetic Engineer Agrobacterium tumefaciens C58. Science, USA. v. 294, p. 2317-2323, 2001. Qualis: Não identificado (SCIENCE, USA)
  162. Simpson, A. J. G. ; Reinach, F.C. ; Arruda, P. ; Abreu, F. A. ; Acencio, M. ; Alvarenga, R. ; Alves, L. M. C. ; Araya, J. E. ; Baia, G. S. ; Baptista, C. S. ; Barros, M. H. ; Bonaccorsi, E. D. ; Bordin, S. ; Bové, J. M. ; Briones, M. R. S. ; Bueno, M. R. P. ; CAMARGO, A. A. ; Camargo, L. E. A. ; Carraro, D. M. ; DA SILVA, A. M.. The genome sequence of the plant pathogen Xylella fastidiosa.. Nature (London), Londres. v. 406, p. 151-157, 2000. Qualis: Não identificado (NATURE , LONDRES)
  
  
• Livros publicados/organizados ou edições (4)
  
  1. Setubal, Joao Carlos; Stadler, Peter F. (Org.) ; Stoye, Jens (Org.). Comparative Genomics. 1 ed. New York: Humana Press, 2024. p. 600.
  2. Setubal, João C.; Stoye, Jens (Org.) ; Stadler, Peter F. (Org.). Comparative Genomics. 1 ed. New York: Springer, 2018. v. 1, p. 481.
  3. Setubal, João C.; ALMEIDA JR, N. F. (Org.). Advances in Bioinformatics and Computational Biology 8th Brazilian Symposium on Bioinformatics, BSB 2013. 1 ed. Springer, 2013. v. 1, p. 215.
  4. Setubal, J.C.; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio (Org.). Brazilian Symposium on Bioinformatics, BSB2005. Berlim: Springer. Brazilian Symposium on Bioinformatics, BSB2005. Berlim: Springer, 2005. p. 258.
  
  
• Capítulos de livros publicados (20)
  
  1. SANCHEZ, FABIO BELTRAME ; Sato Guima, Suzana Eiko ; SETUBAL, JOÃO CARLOS. How to Obtain and Compare Metagenome-Assembled Genomes. Methods in Molecular Biology. 1ed. Em: . : Springer US. 2024.v. 2802, p. 135-163.
  2. Carhuaricra-Huaman, Dennis ; SETUBAL, JOÃO CARLOS. Step-by-Step Bacterial Genome Comparison. Methods in Molecular Biology. 1ed. Em: . : Springer US. 2024.v. 2801, p. 107-134.
  3. Carhuaricra-Huaman, Dennis ; SETUBAL, JOÃO CARLOS. Protein-Coding Gene Families in Prokaryote Genome Comparisons. Methods in Molecular Biology. 1ed. Em: . : Springer US. 2024.v. 2802, p. 33-55.
  4. ROSSI, FERNANDO PACHECO NOBRE ; Flores, Vinicius Sousa ; UCEDA-CAMPOS, GUILLERMO ; Amgarten, Deyvid Emanuel ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; DA SILVA, ALINE MARIA. Comparative Analyses of Bacteriophage Genomes. Methods in Molecular Biology. 1ed. Em: . : Springer US. 2024.v. 2802, p. 427-453.
  5. Patané, José S. L. ; MARTINS, JOAQUIM ; SETUBAL, JOÃO CARLOS. A Guide to Phylogenomic Inference. Methods in Molecular Biology. 1ed. Em: . : Springer US. 2024.v. 2802, p. 267-345.
  6. Patané, José S. L. ; MARTINS, JOAQUIM ; Setubal, João C.. Phylogenomics. Methods in Molecular Biology. 1ed. Em: . : Springer New York. 2018.p. 103-187.
  7. Setubal, João C.; Almeida, Nalvo F. ; WATTAM, ALICE R.. Comparative Genomics for Prokaryotes. Methods in Molecular Biology. 1ed. Em: . : Springer New York. 2018.p. 55-78.
  8. Setubal, João C.; Stadler, Peter F.. Gene Phylogenies and Orthologous Groups. Methods in Molecular Biology. 1ed. Em: . : Springer New York. 2018.p. 1-28.
  9. Maltez Thomas, Andrew ; Prata Lima, Felipe ; Maria Silva Moura, Livia ; Maria da Silva, Aline ; DIAS-NETO, Emmanuel ; Setubal, João C.. Comparative Metagenomics. Methods in Molecular Biology. 1ed. Em: . : Springer New York. 2018.p. 243-260.
  10. DURHAM, A. ; Setubal, João C ; BARRERA, J.. Intersdisciplinaridade em ação na pesquisa e pós-graduação em bioinformática. Em: Arlindo Phillippi Jr; Valdir Fernandes. (Org.). Práticas da Interdisciplinaridade no Ensino e Pesquisa. 1ed.Editora Manole. : Brueri, São Paulo. 2015.p. 619-642.
  11. Potnis, Neha ; Setubal, João C ; BART, R. ; SHANTARAJ, D. ; Jones, Jeffrey B. High-throughput DNA sequencing technology as a tool in understanding plant-pathogenic bacteria. Em: Nian Wang; Jeffrey Jones; George Sundin; Frank White; Saskia Hougenhout; Caroline Roper; Leonardo de la Fuente; Jong Hyun Ham. (Org.). Virulence mechanisms of plant-pathogenic bacteria. 1aed.Saint Paul. : APS Press. 2015.p. 183-196.
  12. Setubal, João C.; ALMEIDA JR, N. F.. The Azotobacter vinelandii genome: an update. Em: Frans de Bruijn. (Org.). Biological Nitrogen Fixation. 1aed.Londres. : Wiley-Blackwell. 2015.v. 1, p. 225-234.
  13. SALDANHA, H. ; RIBEIRO, E. ; BORGES, C. ; ARAUJO, A. ; GALLON, R. ; HOLANDA, M. ; WALTER, M. E. ; TOGAWA, R. ; Setubal, J.C.. Towards a hybrid federated cloud platform to efficiently execute bioinformatics workflows. Bioinformatics. Rijeka. Em: . : InTech. 2012.p. 1-25.
  14. Setubal, J.C.; Wood, Derek ; BURR, T. ; FARRAND, S. ; GOLDMAN, B. ; GOODNER, B. ; OTTEN, L. ; SLATER, S.. The Genomics of Agrobacterium: Insights into Pathogenicity, Biocontrol, and Evolution. Em: R. Jackson. (Org.). Plant Pathogenic Bacteria: Genomics and Molecular Biology. London. : Caister Academic Press. 2008..
  15. Setubal, J.C. Similarity Search (theory). Em: A. Gruber; A. M. Durham; C. Huynhtop; and H. del Portillo. (Org.). Bioinformatics in Tropical Disease Research: A Practical and Case-Study Approach. Bethesda, MD. : National Library of Medicine. 2008..
  16. SLATER, S. ; GOODNER, B. ; Setubal, J.C. ; GOLDMAN, B. ; Wood, Derek ; NESTER, E. W.. The Agrobacterium tumefaciens C58 genome. Em: T. Tzfira and V. Citovsky. (Org.). Agrobacterium. New York. : Springer. 2008..
  17. Purkayastha, A. ; Crasta, Oswald R ; Eckart, J. D. ; Czar, M. J. ; Meng, X. J. ; Setubal, Joao C. ; Sobral, B. W.. Bioinformatics resources for the study of viruses at the Virginia Bioinformatics Institute. Em: R. Holland Cheng; Tatsuo Miyamura. (Org.). Structure-based Study of Virus Replication. Stockholm. : World Scientific Publishing Company. 2008.p. 267-288.
  18. SETUBAL, J. C.; SILVA, Ana Claudia Rasera da. Genomic approaches to the study of plant pathogenic bacteria. Em: R. Goodman. (Org.). Encyclopedia of Plant and Crop Sciences. : Marcel Dekker. 2004.p. 524-526.
  19. SETUBAL, J. C.; WOOD, Derek W. ; NESTER, E. W.. Genome sequence analysis of prokaryotic plant pathogens. Em: M. Gillings, A. Holmes. (Org.). Plant Microbiology. Oxford. : BIOS Scientific Publishers. 2004.p. 223-241.
  20. SETUBAL, J. C. Bioinformática. Em: Luis Mir. (Org.). Genômica. : Editora Atheneu. 2004.p. 105-118.
  
  
• Textos em jornais de notícias/revistas (2)
  
  1. SETUBAL, J. C. A origem e o sentido da Bioinformatica. ComCiencia, Campinas, SP, 10 ago. 2003.
  2. SETUBAL, J. C. Ciencia Genetica e acao digital (A helice dupla e o computador). Pesquisa FAPESP encarte especial, Sao Paulo, p. 37-37, 01 maio 2003.
  
  
• Trabalhos completos publicados em anais de congressos (12)
  
  1. DIAS, Z. ; DIAS, U. M. ; HEATH, L. ; SETUBAL, J. C.. Sorting Genomes Using Almost-Symmetric Inversions. Em: 27th ACM Symposium on Applied Computing, 2012. Qualis: Não identificado (27th ACM Symposium on Applied Computing)
  2. Warren, A. ; Setubal, Joao C. Using Entropy Estimates for DAG-Based Ontologies. Em: 15th Bio-Ontologies Special Interest Group Meeting of ISMB 2012, v. 1, p. 1-6, 2012.Qualis: Não identificado (15th Bio-Ontologies Special Interest Group Meeting of ISMB 2012)
  3. DIAS, Z. ; DIAS, U. M. ; Setubal, Joao C.. Using inversion signatures to generate draft genome sequence scaffolds. Em: ACM Interantional Conference on Bioinformatics, 2011.Qualis: Não identificado (ACM Interantional Conference on Bioinformatics)
  4. DIAS, U. M. ; DIAS, Z. ; Setubal, Joao C. A Simulation Tool for the Study of Symmetric Inversions in Bacterial Genomes. Em: RECOMB - Comparative Genomics, p. 1-10, 2010.Qualis: Não identificado (RECOMB - Comparative Genomics)
  5. YANG, K. ; Setubal, Joao C. Homology prediction refinement and reconstruction of gene content and order of ancestral bacterial genomes. Em: ACM International Conference on Bioinformatics and Computational Biology 2010, 2010.Qualis: Não identificado (ACM International Conference on Bioinformatics and Computational Biology 2010)
  6. MYERS, E. ; FISHER, P. S. ; IRWIN, K. ; Baek, J. ; Setubal, Joao C. The Complexity and Application of Syntactic Pattern Recognition Using Finite Inductive Strings. Em: Pattern Recognition in Bioinformatics 2010, 2010.Qualis: Não identificado (Pattern Recognition in Bioinformatics 2010)
  7. BALAJI, P. ; FENG, W. ; LIN, H. ; ARCHULETA, J. ; MATSUOKA, S. ; Warren, A. ; Setubal, J.C.. Distributed I/O with ParaMEDIC: Experiences with a Worldwide Supercomputer. Em: International Supercomputing Conference, 2008.Qualis: Não identificado (International Supercomputing Conference)
  8. DIGIAMPIETRI, Luciano A. ; MEDEIROS, Claudia Maria Bauzer ; Setubal, J.C. ; BARGA, R.. Traceability Mechanisms for Bioinformatics Scientific Workflows. Em: Workshop on Semantic e-Science, 2007.Qualis: Não identificado (Workshop on Semantic e-Science)
  9. SETUBAL, J. C.; MEDEIROS, Claudia Maria Bauzer ; DIGIAMPIETRI, Luciano A.. A framewok based on Web services orchestration for bioinformatics workflow management. Em: III Brazilian Workshop on Bioinformatics, 2004.Qualis: Não identificado (III Brazilian Workshop on Bioinformatics)
  10. DIGIAMPIETRI, Luciano A. ; MEDEIROS, Claudia Maria Bauzer ; SETUBAL, J. C.. A data model for comparative genomics. Em: II Brazilian Workshop on Bioinformatics, 2003.Qualis: Não identificado (II Brazilian Workshop on Bioinformatics)
  11. PIAZZA, J. P. ; SETUBAL, J. C.. New Ways for automatic detection of contaminants in EST projects. Em: II Brazilian Workshop on Bioinformatics, 2003.Qualis: Não identificado (II Brazilian Workshop on Bioinformatics)
  12. SETUBAL, J. C. Uma proposta de plano pedagógico para a matéria Computação e Algoritmos. Em: Workshop de Educacao em Informatica - Curso de Qualidade, p. 1-20, 2000.Qualis: Não identificado (Workshop de Educacao em Informatica - Curso de Qualidade)
  
  
• Resumos expandidos publicados em anais de congressos (3)
  
  1. Baker, S. C. ; Jukneliene, D. ; Purkayastha, Anjan ; Snyder, E. E. ; Crasta, O. R. ; Czar, M. J. ; Setubal, Joao C ; Sobral, B. W.. Developing bioinformatic resources for coronaviruses. Em: Toward Control of SARS and other Nidovirus Diseases, 2006, Colorado Springs. Proceedings of the Xth Nidovirus Symposium, v. 581, p. 395-398, 2005. Qualis: Não identificado (TOWARD CONTROL OF SARS AND OTHER NIDOVIRUS DISEASES, 2006, COLORADO SPRINGS. PROCEEDINGS OF THE XTH NIDOVIRUS SYMPOSIUM)
  2. SETUBAL, J. C.; PEREZ, Marcelo ; CARRIÃO, Patricia Farah. Parsing BLAST results to find pseudogenes in bacterial genomes. Em: III Brazilian Workshop on Bioinformatics, 2004, Brasilia, 2004. Qualis: Não identificado (III BRAZILIAN WORKSHOP ON BIOINFORMATICS, 2004, BRASILIA)
  3. SETUBAL, J. C.; ALMEIDA JR., Nalvo Franco de ; VIANA, Carlos ; CARVALHO, Marcelo de. A method to determine homologous protein families based on graph cliques and profiles. Em: III Brazilian Workshop on Bioinformatics, 2004, Brasilia, 2004. Qualis: Não identificado (III BRAZILIAN WORKSHOP ON BIOINFORMATICS, 2004, BRASILIA)
  
  
• Resumos publicados em anais de congressos (3)
  
  1. SETUBAL, J. C.; PEREZ, Marcelo ; CARRIÃO, Patricia Farah. A relational database for COG data. Em: II Brazilian Workshop on Bioinformatics, 2003, Macaé. Anais do II WOB, 2003.
  2. SETUBAL, J. C.; ALMEIDA JR, Nalvo Franco de. Detection of related genes in prokaryotes using syntenic regions. Em: DIMACS Workshop on whole genome comparison, 2001, Rutgers University, New Jersey. Abstracts of the DIMACS Workshop on whole genome comparison, p. 15-17, 2001.
  3. WOOD, Derek W. ; SETUBAL, J. C. ; OKURA, V. K. ; CHEN, L. ; KITAJIMA, Joao Paulo ; NESTER, E. W. ; OLSON, M. V.. Sequencing and analysis of the Agrobacterium tumefaciens genome. Em: 10th Int'l congress on Molecular plant-microbe interactions, 2001, Madison, WI, EUA. poster session, 2001.
  
  
• Artigos aceitos para publicação (0)
  
  
  
• Apresentações de trabalho (11)
  
  1. João C. Setubal. Bacteriophage Genomes in MetaSUB data. 2024. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
  2. João C. Setubal. Bacteriophage Genomes in MetaSUB data. 2024. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
  3. João C. Setubal. An Anecdote regarding Metagenome Data Access, and lessons we can learn from it. 2024. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
  4. João C. Setubal. MetaSUB explorations: phages and bacteria. 2023. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
  5. Setubal, João C. Prediction of bacterial phenotypes from genomes using machine learning. 2023. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
  6. Setubal, Joao Carlos. The Composting Microbiome. 2021. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
  7. Setubal, Joao Carlos. Metagenome-assembled genomes: what they are and how we can believe them. 2021. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
  8. Setubal, João C. Microbiomes and their analysis. 2020. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
  9. Setubal, João C. Genome-resolved composting. 2020. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
  10. Setubal, Joao C. Genome-resolved composting. 2019. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
  11. Setubal, João C. A microbial-molecular view of what happens when organic waste from a Zoo is composted. 2018. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
  
  
• Demais tipos de produção bibliográfica (1)
  
  1. SETUBAL, J. C.; WERNECK, R.. A program for building contig scaffolds in double-barrelled shotgun genome sequencing. Campinas: Instituto de Computacao, Unicamp. 2001. Relatório Técnico
  
  

Produção técnica

• Programas de computador com registro (0)
  
  
  
• Programas de computador sem registro (0)
  
  
  
• Produtos tecnológicos (0)
  
  
  
• Processos ou técnicas (0)
  
  
  
• Trabalhos técnicos (0)
  
  
  
• Demais tipos de produção técnica (2)
  
  1. Setubal, J.C.; Monteiro, J. S.. Bioinformática de Transcritomas. 2018. Curso de curta duração ministrado/Extensão
  2. Setubal, J.C.; Braga, L. P. P. ; Guima, S.. Bioinformática de metagenômica. 2017. Curso de curta duração ministrado/Extensão
  
  

Produção artística

• Total de produção artística (0)
  
  
  

Orientações em andamento

• Supervisão de pós-doutorado (1)
  
  1. Marcele Laux. . Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico.. Início: 2024.
     Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  
  
• Tese de doutorado (8)
  
  1. Arthur Henrique Barrios Solano. Ferramenta para levantamento de espécies de gêneros-alvo em dados metagenômicos. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  2. Gustavo Wenzel Sainatto. Predição de novos genes marcadores de câncer hereditário. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, . Início: 2023.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  3. Luiza Helena Halas Covre. A participação do estresse crônico na disfunção mitocondrial observada na depressão e em modelo de isolamento social. Tese (Doutorado em Farmacologia) - Universidade de São Paulo. (Coorientador)., . Início: 2022.
     Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  4. Rafael Teixeira do Nascimento. Análise de expressão de pequenas ORFs em eucariotos. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2022.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  5. Gianluca Major Machado da Silva. Análise de peptídeos obtidos por phage display. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2022.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  6. Mayerli Tatiana Borbón Cortés. Diversidade e interação de bactérias associadas a psilídeos e plantas hospedeiras. Tese (Doutorado em Entomologia) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Coorientador).. Início: 2021.
     Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  7. Suzana Eiko Guima. Análise de genomas montados a partir de metagenomas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo. (Coorientador)., Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2021.
     Orientadores: Aline Maria da Silva, Joao Carlos Setubal.
  8. Bruno Iha. Aprendizado de Máquina em Bioinformática. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2019.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  
  
• Dissertação de mestrado (7)
  
  1. Guilherme Wenceslau de Lima Cardoso. Desvendando a interação entre bactérias e fagos por meio do monitoramento das alterações transcritômicas durante a infecção por fagos. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2025.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  2. Anderson Cardoso Gonçalves. Algoritmos para exploração da matérias escura microbiana. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  3. Fernanda Ferrari. Ferramenta para descoberta de novas CAZymes. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  4. Isabel Cristine Costa Garcia. Aprendizado de máquina para possíveis drogas com ação em angiogênese. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo. (Coorientador)., . Início: 2024.
     Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  5. Luis David Pabon Rodriguez. Genômica de bactérias degradadoras de cianeto. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  6. Carmen Rodriguez Cueva. Filogenômica de Xanthomonas citri. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  7. Livia Cavalcanti de Morais Gama. Alterações da microbiota na infância contribuem para transtornos psíquicos na vida adulta?. Dissertação (Mestrado profissional em Bioinformatica) - Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo. (Coorientador)., Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2023.
     Orientadores: Helena Paula Brentani, Joao Carlos Setubal.
  
  
• Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
  
  
  
• Trabalho de conclusão de curso de graduação (0)
  
  
  
• Iniciação científica (0)
  
  
  
• Orientações de outra natureza (0)
  
  
  

Supervisões e orientações concluídas

• Supervisão de pós-doutorado (10)
  
  1. Roberta Verciano Pereira. . Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
     Orientadores: Aline Maria da Silva, Joao Carlos Setubal.
  2. Andrew Maltez Thomas. . Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
     Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  3. Deibs Barbosa. . Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
     Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  4. Gustavo Ribeiro Fernandes. . Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
     Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  5. Luiz Thiberio Rangel. . Universidade de São Paulo, Simons Foundation. 2018.
     Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  6. Joaquim Martins Jr. . Universidade de São Paulo, . 2016.
     Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  7. José Salvatore Leister Patané. . Universidade de São Paulo, . 2016.
     Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  8. Zanoni Dias. . Virginia Polytech Institute and State University, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2010.
     Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  9. Tsai Tien Tseng. . Virginia Polytech Institute and State University, National Science Foundation. 2008.
     Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  10. Nalvo Franco de Almeida Jr. . Virginia Tech, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008.
      Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  
  
• Tese de doutorado (22)
  
  1. Guillermo Uceda Campos. Distribution, Dynamics, and Diversity of the Antiphage Immune Systems in Prokaryotic Genomes and Metagenomes. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2024.
     Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  2. Livia Maria da Silva Moura. Recovery of high-quality MAGs in time-serial metagenomic data and FixAME development: an assisting curation tool of genomic assembly error. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2022.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  3. Deyvid Emanuel Amgarten. Predição em sequências de vírus de procariotos através da aplicação de técnicas de aprendizado de máquina em dados metagenômicos. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2022.
     Orientadores: Aline Maria da Silva, Joao Carlos Setubal.
  4. Jhonatas Sirino Monteiro. Investigações sobre os mecanismos moleculares da angiogênese com base em dados de expressão gênica num modelo murino, e sua aplicação no prognóstico do câncer de mama. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2022.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  5. Raquel Riyuzo Franco. Diversidade taxonômica e funcional da microbiota de fezes de macacos bugios (Alouatta spp.) de cativeiro e vida livre. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2022.
     Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  6. Diogo Maciel Duarte da Mota. Análise do componente genético do Diabetes Mellitus tipo 2. Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2021.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  7. Pedro Ivo Gomes de Faria. Ordenação evolutiva de genes. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2019.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  8. Felipe Prata Lima. Classificação Taxonômica de Sequências obtidas com Meta-ômicas por meio de Integração de Dados. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2019.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  9. Andrew Maltez Thomas. Investigação de perfis microbianos humanos e sua relação com câncer gástrico e coloretal. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  10. Rodrigo Guarischi Mattos Amaral de Sousa. The transcriptome of oxygen-induced retinopathy and an angiogenesis-based prognostic gene signature for prediction of breast cancer relapse. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2017.
      Orientador: Joao Carlos Setubal.
  11. Lucas Ferreira da Silva. LincRNAs fisicamente associados ao receptor de andrógeno modificam o perfil de marcas da cromatina vizinha e alteram a expressão gênica local. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
      Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  12. Ana Carolina Soares. Análise de microbiomas das esponjas do sistema recifal amazônico. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
      Orientador: Joao Carlos Setubal.
  13. Andrew Scott Warren. Methods for Analysis of Prokaryotic Genome Architecture. Tese (Doutorado em Computer Science) - Virginia Polytechnic Institute and State Universit, . 2017.
      Orientador: Joao Carlos Setubal.
  14. Luciana Principal Antunes. ESTUDOS DE METAGENÔMICA E METATRANSCRITÔMICA DA COMUNIDADE MICROBIANA DA COMPOSTAGEM DO ZOOLÓGICO DE SÃO PAULO. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2016.
      Orientadores: Aline Maria da Silva, Joao Carlos Setubal.
  15. Deibs Barbosa. Análise computacional da variação do potencial metabólico microbiano em metagenomas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2015.
      Orientadores: Aline Maria da Silva, Joao Carlos Setubal.
  16. Omar Julio Sosa. Análise computacional de dados de RNAseq e exoma em câncer de pâncreas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2014.
      Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  17. VINICIUS RAMOS HENRIQUES MARACAJÁ COUTINHO. Caracterização in silico e análise de expressão de RNAs não codificadores longos no genoma de eucariotos. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
      Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  18. Kuan Yang. Ancestral reconstruction of prokaryotic genomes. Tese (Doutorado em Genetics, Bioinformatics, and Computational Biolog) - Virginia Tech, virginia bioinformatics institute. 2012.
      Orientador: Joao Carlos Setubal.
  19. Luiz Thiberio Rangel. Redes de transferencia lateral de genes. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012.
      Orientador: Joao Carlos Setubal.
  20. Luciano Antonio Digiampietri. Workflows cientificos em bioinformatica. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
      Orientador: Joao Carlos Setubal.
  21. Thiago Venancio. Analise de expressao genica em Schistosoma mansoni. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
      Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  22. Nalvo Franco de Almeida Jr. Ferramentas computacionais para comparacao de genomas. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2002.
      Orientador: Joao Carlos Setubal.
  
  
• Dissertação de mestrado (21)
  
  1. Natalia Nakamura Gouveia. O genoma da alga vermelha Gracilaria domingensis (Rhodophyta, Gracilariales). Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2022.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  2. Ondina Palmeira. Evaluation of the genetic influence on the infant gut microbiome through 16S rRNA sequence data analysis of triplets. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2022.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  3. Suzana Eiko Guima. Composição microbiana do inóculo e do composto maduro no processo de compostagem do Zoológico de São Paulo avaliada por meio de metagenômica. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2021.
     Orientadores: Aline Maria da Silva, Joao Carlos Setubal.
  4. Fabio Beltrame Sanchez. MAGset: uma ferramenta para comparação de genomas recuperados de dados metagenômicos e sua aplicação para melhoria de suas montagens. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2021.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  5. Dennis Carhuaricra-Huaman. Genomic Analysis of Bacterial Isolates from Guinea Pigs (Cavia porcellus) and Brown-Throated Sloths (Bradypus variegatus). Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2021.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  6. Vinicius Sousa Flores. Análise de dados metagenômicos em busca de bacteriófagos. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2021.
     Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  7. Fernando Pacheco Nobre Rossi. Análise comparativa do genoma de bacteriófagos isolados da compostagem e estudo dos determinantes de sua interação com Pseudomonas aeruginosa. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
     Orientadores: Aline Maria da Silva, Joao Carlos Setubal.
  8. Guillermo Uceda Campos. Genomas de Xylella fastidiosa. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
     Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  9. Gianluca Major Machado da Silva. Caravela: um navegador de metagenomas. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  10. Jhonatas Sirino Monteiro. Análise do transcritoma do mexilhão marrom (Perna perna) sob contaminação por antraceno. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
      Orientador: Joao Carlos Setubal.
  11. Diogo de Oliveira Pessoa. Identificação de RNAs longos não codificadores associados a subtipos moleculares em tumores pancreáticos. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
      Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  12. Leandro Nascimento Lemos. Reconstrução e análise de genomas de bactérias de compostagem a partir de dados metagenômicos. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2016.
      Orientador: Joao Carlos Setubal.
  13. Deyvid Amgarten. Analise computacional da diversidade viral presente na comunidade microbiana do processo de compostagem do Zoologico de Sao Paulo. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2016.
      Orientadores: Aline Maria da Silva, Joao Carlos Setubal.
  14. Bruno Souza. Desenvolvimento de um pipeline para identificar automaticamente os genes compostos predominantemente por microexons arranjados em tandem no genoma anotado de Schistosoma mansoni. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2016.
      Supervisor: Joao Carlos Setubal.
  15. Fernanda Orpinelli Rego. Modelagem computacional de famílias de proteínas microbianas relevantes para a produção de bioenergia. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2015.
      Orientador: Joao Carlos Setubal.
  16. George William Condomitti Epamino. Montagem do genoma de Bothrops jararaca. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
      Orientador: Joao Carlos Setubal.
  17. Wenjie Zheng. Genomic Islands in Agrobaterium vitis S4. Dissertação (Mestrado em Computer Science) - Virginia Tech, virginia bioinformatics institute. 2005.
      Orientador: Joao Carlos Setubal.
  18. Joao Paulo Piazza. Uma metodologia para determinacao do organismo de origem de sequencias de DNA com aplicacao em projetos EST. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, . 2004.
      Orientador: Joao Carlos Setubal.
  19. Vagner Katsumi Okura. Bioinformatica de projetos genoma de bacterias. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2002.
      Orientador: Joao Carlos Setubal.
  20. Lidio Nunes de Abreu Jr. O problema da designação e sua variante paramétrica. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2000.
      Orientador: Joao Carlos Setubal.
  21. Arlindo Flavio da Conceicao. Problemas combinatórios de congestionamento. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2000.
      Orientador: Joao Carlos Setubal.
  
  
• Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
  
  
  
• Trabalho de conclusão de curso de graduação (2)
  
  1. Elaine Dias Batista. Algoritmos para Analise de Metagenomas. (Graduação em Bioinformatica) - Institut National des Sciences Appliquées de Lyon, . 2010.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  2. Eduardo Preusser de Mattos. Analise global do metabolismo de cofatores [Fe-S] em Azotobacter vinelandii. (Graduação em Biomedicina) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, . 2010.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  
  
• Iniciação científica (11)
  
  1. Ismael Alves Lucena Gomes. Analise de sequencias de metagenomica. (Graduando em Obstetrícia) - Universidade de São Paulo, Universidade de São Paulo. 2012.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  2. Laura Obenauer. Métodos filogenéticos para dados metagenômicos. Iniciação Científica - Universität Heidelberg, Deutsche Akademische Austauch Dienst. 2012.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  3. Aloisio José de Almeida Jr. Montagem dos genomas de Xanthomonas aurantifolii cepas B e C. (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundecitrus. 2005.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  4. Daniel Machado de Faria. Monatagem, anotacao e analise dos genomas de Xanthomonas aurantifolii. (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundecitrus. 2005.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  5. Daniel Gasparotto. Montagem dos genomas de Xanthomonas aurantifolii cepas B e C. (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundecitrus. 2005.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  6. Julia Perdigueiro. Montagem dos genomas de Xanthomonas aurantifolii cepas B e C. (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundecitrus. 2005.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  7. Marcelo da Silva Reis. Identificação computacional de lipoproteínas em espiroquetas. (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  8. Patricia Farah Carrião. Analise de genes truncados e repetidos em Leifsonia xyli. (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  9. Marcelo Perez. Analise comparativa do genoma de Leifsonia xyli. (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
     Orientador: Joao Carlos Setubal.
  10. Alexandre Correa Barbosa. Montagem do genoma de Xanthomonas citri. (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2000.
      Orientador: Joao Carlos Setubal.
  11. Fernanco Goncalves Urzedo. Suporte computacional para projetos genoma de EST. (Graduando em Ciencia da Computacao) - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2000.
      Orientador: Joao Carlos Setubal.
  
  
• Orientações de outra natureza (0)
  
  
  

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