Programa de Pós Graduação em Bioinformática

Aline Maria da Silva

Sou graduada em Farmácia pela Universidade de São Paulo (1983), obtive título de Doutora em Bioquímica no Instituto de Química da Universidade de São Paulo (1987) sob orientação da Profa. Maria Helena Juliani, como bolsista da FAPESP. Realizei estágio de Pós-Doutorado (2 anos) na Saint Louis University, EUA (1987-1989) sob supervisão da Profa. Claudette Klein, como bolsista do CNPq. Fui pesquisadora no Centro de Biotecnologia do Instituto Butantan (1987-1990). Desde 1991 sou docente no Departamento de Bioquímica do Instituto de Química da Universidade de São Paulo. Em 1999 obtive o título de Livre-Docência em Bioquímica e desde 2008 sou Professora Titular. Em 2011, fui pesquisadora visitante (6 meses) na Universidade da California, Berkeley, no laboratório do Prof. Steve Lindow, como bolsista da FAPESP. Em 2017, fui nomeada como membro da Academia de Ciências do Estado de São Paulo. Minha área de pesquisa é bioquímica, biologia molecular e genômica de bactérias e bacteriófagos. Por vários anos, o grupo de pesquisa que lidero investigou os mecanismos de virulência e adaptação da bactéria Xylella fastidiosa que coloniza e causa doenças em diversas plantas tais como laranjeiras, videiras e oliveiras. Em outra frente de trabalho, investigamos a diversidade e a dinâmica de comunidades microbianas em ambientes naturais e engenheirados através de abordagens da metagenômica. Mais recentemente, o escopo da pesquisa em nosso grupo foi ampliado para a descoberta e caracterização molecular de bacteriófagos com potencial de aplicação em fagoterapia e para o estudo de mecanismos envolvidos na interação fago-bactéria. Nosso grupo é membro do CEPID B3, Centro de Pesquisa em Biologia de Bactérias e Bacteriófagos, financiado pela FAPESP. Contato: almsilva@iq.usp.br (Texto informado pelo autor)

  • http://lattes.cnpq.br/2653769170795641 (10/07/2024)
  • Rótulo/Grupo:
  • Bolsa CNPq: Nível 1B
  • Período de análise:
  • Endereço: Universidade de São Paulo, Instituto de Química, Departamento de Bioquímica. Av. Prof.Lineu Prestes 748 Butantan 05508000 - São Paulo, SP - Brasil Telefone: (11) 30912182 URL da Homepage: http://www3.iq.usp.br/pessoas_view.php?idDocente=4
  • Grande área: Ciências Biológicas
  • Área: Microbiologia
  • Citações: Google Acadêmico

Produção bibliográfica

Produção técnica

Produção artística

Orientações em andamento

Supervisões e orientações concluídas

Projetos de pesquisa

Prêmios e títulos

Participação em eventos

Organização de eventos

Lista de colaborações

Produção bibliográfica

Produção técnica

Produção artística

Orientações em andamento

Supervisões e orientações concluídas

Projetos de pesquisa

  • Total de projetos de pesquisa (13)
    1. 2023-Atual. Centro de Pesquisa em Biologia de Bactérias e Bacteriófagos (CEPID B3)
      Descrição: O CEPID B3 é uma rede com pólos de pesquisa sediados em São Paulo (IQ-USP, ICB-USP), Campinas (IB-UNICAMP, IAC), Ribeirão Preto (FCFRP-USP, FMRP-USP) e Rio Claro (UNESP) que colaborará na realização de pesquisas básicas de ponta sobre os mecanismos moleculares de importância primordial para a reprodução bacteriana, o comportamento multicelular, a competição, a colonização e as interações de bactérias com seus hospedeiros eucarióticos e bacteriófagos. Os conhecimentos adquiridos serão utilizados na busca e desenvolvimento de novos inibidores químicos e biológicos do crescimento bacteriano.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (20) / Especialização: (6) / Mestrado acadêmico: (10) / Doutorado: (22) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / Marilis do Valle Marques - Integrante / Marco Aurélio Takita - Integrante / João C. Setubal - Integrante / de Souza, Robson F - Integrante / Frederico Gueiros-Filho - Integrante / Shaker Chuck Farah - Coordenador / Rita de Cassia Café Ferreira - Integrante / Regina Lúcia Baldini - Integrante / Henrique Ferreira - Integrante / Beny Spira - Integrante / Sandro Roberto Marana - Integrante / José Freire da Silva Neto - Integrante / Marcelo Brocchi - Integrante / Rodrigo da Silva Galhardo - Integrante / SALINAS, R.K. - Integrante / Cristina Elisa Alvarez Martinez - Integrante / Cristiane Rodrigues Guzzo Carvalho - Integrante / Marcio Vinicius Bertacine Dias - Integrante / Germán Gustavo Sgro - Integrante / Leonardo Talachia Rosa - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
      Membro: Aline Maria da Silva.
    2. 2022-Atual. Conjunto de ferramentas computacionais bigDiscovery (bigD) em bioinformática e genômica
      Descrição: Neste projeto pretendemos desenvolver oito ferramentas de bioinformática com diversas aplicações, sendo as principais biotecnologia e saúde humana. Os recursos solicitados se destinam majoritariamente para material permanente na forma de servidores de processamento, espaço de armazenamento e acessórios. Em quase todas as ferramentas teremos que lidar com grandes massas de dados e alta exigência de poder de processamento. Além disso, em várias das ferramentas utilizaremos a técnica de Aprendizado de Máquina, que se beneficia particularmente da utilização de GPUs.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / Eduardo Moraes R. Reis - Integrante / João C. Setubal - Coordenador / VARANI, ALESSANDRO DE MELLO - Integrante / Ricardo José Giordano - Integrante / João Eduardo Ferreira - Integrante / Nalvo Franco de Almeida Jr - Integrante / Gecele Matos Paggi - Integrante / Mario Tyago Murakami - Integrante / Gabriela Persinoti - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
      Membro: Aline Maria da Silva.
    3. 2017-Atual. Isolamento e caracterização molecular de bacteriófagos visando aplicação em fagoterapia.
      Descrição: Bacteriófagos ou fagos são vírus que infectam bactérias e vastamente abundantes na natureza. Desde sua descoberta, no início do século XX, os fagos têm sido ferramentas valiosas no desenvolvimento da biologia molecular e da biotecnologia, além de agentes antimicrobianos, na chamada fagoterapia. Nos últimos anos o interesse no uso de fagos como agentes terapêuticos ressurgiu como uma alternativa para o tratamento de infecções por bactérias multirresistentes a antibióticos. Temos como objetivo nesse projeto o isolamento e caracterização de fagos utilizando-se Pseudomonas aeruginosa como hospedeira. Os fagos isolados serão caracterizados quanto a sua morfologia e abrangência de hospedeiros em nível de espécie e cepas. Os genomas dos fagos serão sequenciados e anotados. Os mecanismos moleculares envolvidos na interação fago-bactéria serão investigados. Os fagos e suas despolimerases serão avaliados quanto a eficácia na dissolução do biofilme bacteriano. O potencial de utilização dos fagos no tratamento de infecções por P. aeruginosa e outras bactérias de interesse será avaliado em larvas de Galleria mellonella como modelo experimental.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (3) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Coordenador / Layla Farage Martins - Integrante / João C. Setubal - Integrante / Ronaldo Bento Quaggio - Integrante / Deyvid Amgarten - Integrante / Ariosvaldo Pereira dos Santos Junior - Integrante / Fernando Pacheco Nobre Rossi - Integrante / Guillermo Uceda Campos - Integrante / Vinicius Sousa Flores - Integrante / Maria Joana Nunes de Azevedo - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 9
      Membro: Aline Maria da Silva.
    4. 2012-Atual. Aspectos moleculares da interação de Xylella fastidiosa com seu hospedeiro vegetal
      Descrição: Este projeto tem como objetivo investigar aspectos moleculares da interação de Xylella fastidiosa com seu hospedeiro vegetal através da análise comparativa do genoma e do transcritoma completo de diferentes linhagens deste fitopatógeno. As diferenças detectadas serão associadas aos distintos fenótipos das linhagens, em particular aqueles potencialmente associados à adaptação ao hospedeiro vegetal e a virulência desta bactéria. Esta investigação envolverá: sequenciamento completo do genoma de novas linhagens de X. fastidiosa, anotação e comparação de genomas completos já conhecidos, reconstrução da filogenia das linhagens de X. fastidiosa através de uma abordagem de filogenômica, sequenciamento do transcritoma de linhagens selecionadas crescidas em meio de cultivo que mimetiza o xilema, mapeamento dos transcritos no genoma, identificação de regiões regulatórias, identificação e caracterização funcional pequenos RNAs não-codificantes. Análises proteomicas e metabolomicas também serão realizadas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (4) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Coordenador / Paulo Adriano Zaini - Integrante / Andrea Cristina Fogaça - Integrante / Patrícia Isabela Pessoa da Silva - Integrante / Paulo Marques Pierry - Integrante / João C. Setubal - Integrante / Steve E Lindow - Integrante / Michael Ionescu - Integrante / Joaquim Martins-Junior - Integrante / Oseias Feitosa Junior - Integrante / Ana Paula Silva de Souza - Integrante / Guillermo Uceda Campos - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa / Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 12
      Membro: Aline Maria da Silva.
    5. 2011-Atual. Estudos de metagenômica da comunidade microbiana da compostagem do Zoológico de São Paulo
      Descrição: Este projeto visa o estudo da diversidade microbiana envolvida na degradação de biomassa durante o processo de compostagem. Através de um projeto colaborativo com a Fundação Parque Zoológico de São Paulo e a UNIFESP, estamos gerando dados metagenômicos de amostras coletadas da unidade de compostagem instalada no Parque Zoológico de São Paulo. Nossos objetivos são investigar bactérias cultiváveis e não-cultiváveis nestas comunidades microbianas complexas e buscar, nestes metagenomas, por novas enzimas com potencial para aplicação industrial.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (4) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / Layla Farage Martins - Integrante / Julio C. F. de Oliveira - Integrante / João C. Setubal - Coordenador / Luciana Antunes Principal - Integrante / Luiz Juliano Neto - Integrante / João Batista da Cruz - Integrante / Luciano A. Digiampietri - Integrante / Cristina Viana-Niero - Integrante / Renata C. Pascon - Integrante / Deibs Barbosa - Integrante / Karen Cristina Lombardi - Integrante / QUAGGIO, RONALDO B. - Integrante / Roberta Verciano Pereira - Integrante / Suzana Eiko Sato Guima - Integrante / Remigio Cenepo Escobar Rodrigues - Integrante / Raquel Riyuzo de Almeida Franco - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 13
      Membro: Aline Maria da Silva.
    6. 2009-2012. Estabelecimento de um laboratório de Microbiologia Aplicada no Zoológico de São Paulo: Identificação e isolamento de microrganismos que produzam enzimas e seus inibidores de aplicação nas áreas médica, veterinária e industrial
      Descrição: A Fundação Parque Zoológico de São Paulo (FPZSP) possui uma unidade de produção de composto orgânico (UPCO) que aproveita a matéria orgânica de várias origens como: excremento de aproximadamente 3.500 animais, oriundos de varias partes do mundo, carcaças, sedimentos e coluna de água do lago, restos de cama de animais, resíduos de poda dos jardins do Parque, restos vegetais da Mata Atlântica e resíduos alimentares. O composto final, cerca de 600 toneladas/ano é utilizado como fertilizante orgânico na fazenda do Zoológico, para produção de cerca de 70% dos alimentos consumidos pelos animais do Parque, fechando assim um ciclo virtuoso de sustentabilidade. Além disso, a compostagem evita que a matéria orgânica seja depositada em aterros sanitários, aumentando o volume de lixo. A riqueza microbiológica deste material é incalculável, visto que ali poderão ser encontradas inúmeras espécies que ainda não foram descritas e/ou cultivadas. Baseado nisso, foi estabelecida uma parceria entre a UNIFESP e FPZSP para nuclear um programa de microbiologia aplicada com o objetivo de prospectar esta diversidade microbiana e aplicá-la em processos biotecnológicos. O objetivo geral deste projeto é isolar conhecer, preservar e caracterizar microrganismos da compostagem e das águas do parque. Nossos dados preliminares demonstram que os métodos tradicionais de isolamento e preservação podem ser utilizados na prospecção dos microrganismos cultiváveis da compostagem, no entanto, estima-se que a maior parte dos microrganismos que habitam este material não seja passível de cultivo. Os microrganismos isolados serão identificados por espectrometria de massa (MALDI/TOF-MS), uma metodologia que está sendo implementada no laboratório de Biofísica do INFAR/UNIFESP. As identificações serão validadas pelo sequenciamento da subunidade menor do ribossomo (SSU rDNA). Os microrganismos isolados da compostagem serão testados para produção de enzimas de grande interesse industrial, como as celulases, xilanas. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / Sergio Verjovski-Almeida - Integrante / Layla Farage Martins - Integrante / Julio C. F. de Oliveira - Integrante / João C. Setubal - Integrante / Luciana Antunes Principal - Integrante / Luiz Juliano Neto - Coordenador / João Batista da Cruz - Integrante / Marcelo Vallim - Integrante / Cristina Viana-Niero - Integrante / Renata C. Pascon - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 4
      Membro: Aline Maria da Silva.
    7. 2008-2020. Identificação e análise funcional de genes associados à adaptação, evolução e virulência de Xylella fastidiosa
      Descrição: Xylella fastidiosa é uma bactéria que coloniza o xilema de uma diversidade de plantas cultivadas e silvestres em várias partes do mundo, sendo o agente causador de uma série de doenças em plantas economicamente importantes como citros, videiras e café. Diferentes cepas ou patovares de X. fastidiosa foram identificados, sendo que destes, quatro já tiveram seus genomas completa ou parcialmente elucidados: (i) X. fastidiosa cepa 9a5c, isolada de citros e agente etiológico da Clorose Variegada dos Citros; (ii) X. fastidiosa cepa Temecula-1, isolada de videiras e agente etiológico da doença de Pierce; (iii) X. fastidiosa pv. almond cepa Dixon, agente causal da escaldadura da amendoeira e (iv) X. fastidiosa pv. oleander cepa Ann-1 agente causal escaldadura da espirradeira. Desde o seqüenciamento completo destes genomas, muito se avançou na compreensão de processos envolvidos na colonização dos hospedeiros de X. fastidiosa, seja ele planta ou inseto vetor, e alguns dos mecanismos de virulência foram elucidados. Entretanto, presume-se a existência de mecanismos e fatores adicionais importantes para colonização de plantas e insetos por este fitopatógeno. É importante ressaltar que hoje se verifica a ausência da estirpe 9a5c nos pomares citrícolas com CVC em São Paulo em detrimento de outras estirpes virulentas, mesmo que em condições experimentais a cepa 9a5c ainda se mantenha virulenta. Aparentemente esta cepa está geneticamente mais relacionada a estirpes de café e a um isolado de citros da Argentina do que a outros isolados hoje encontrados nos pomares de citros de São Paulo. Portanto, a origem da X. fastidiosa da CVC ainda é controversa. Assim, neste projeto temos como objetivo a identificação de novos genes potencialmente associados aos aspectos evolutivos e de adaptação e virulência de X. fastidiosa. Para tal será realizado o sequenciamento completo do genoma de quatro cepas de X. fastidiosa (3 de citros e 1 de cafeeiro), suas anotações e comparação com genomas já conh. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (2) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Coordenador / Sergio Verjovski-Almeida - Integrante / Paulo Marques Pierry - Integrante / Wesley Oliveira Santana - Integrante / Alessandra Alves de Souza - Integrante / Helvécio Della Coletta Filho - Integrante / Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Integrante / Marcos Antonio Machado - Integrante / João Paulo Kitajima - Integrante / Paulo Adriano Zaini - Integrante / Joaquim Martins-Junior - Integrante / Luiz Gonzaga - Integrante / Gustavo Antonio Teixeira Chaves - Integrante / Rodrigo Roberto Rafagnin Duarte - Integrante / Fernando Domingues Kümmel Tria - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 12
      Membro: Aline Maria da Silva.
    8. 2004-2013. Análise do transcritoma e caracterização molecular dos componentes responsáveis pela patogenicidade de Xylella fastidiosa
      Descrição: O objetivo principal deste projeto é a identificação e caracterização funcional de genes de Xylella fastidiosa com expressão regulada por ferro ou por concentrações subinibitórias de agentes antimicrobianos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Coordenador / Paulo Adriano Zaini - Integrante / Andrea Cristina Fogaça - Integrante / Patrícia Isabela Pessoa da Silva - Integrante / Gustavo Antonio Teixeira Chaves - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Número de produções C, T & A: 16
      Membro: Aline Maria da Silva.
    9. 2003-2013. Estrutura e função de serina/treonina fosfatases na ameba social Dictyostelium discoideum
      Descrição: As serina/treonina fosfatases (PPs) são enzimas que catalisam a desfosforilação específica de resíduos de fosfoserina e fosfotreonina. Considerando-se especialmente a identidade entre as sequências de aminoácidos de suas subunidades ou domínios catalíticos, as PPs foram agrupadas em duas famílias: PPP (PhosPhoprotein Phosphatase) e PPM (Phosphoprotein Phosphatase Magnesium-dependent). A família PPP compreende enzimas classificadas em cinco subfamílias denominadas PP1, PP2A, PP2B, PP5 e PP7 enquanto a família PPM engloba enzimas denominadas PP2C. Algumas subfamílias das PPPs compreendem holoenzimas onde uma subunidade catalítica interage com uma ou mais subunidades reguladoras variáveis, o que confere uma extraordinária diversidade funcional às serina/treonina fosfatases. Nos últimos anos nosso grupo tem investigado os papéis desempenhados pelas serina/treonina fosfatases nas vias de sinalização envolvidas no crescimento e desenvolvimento de D. discoideum, um microorganismo eucariótico que tem sido utilizado há mais de 50 anos como sistema experimental em estudos de diversos processos celulares. Estudos recentes que realizamos resultaram na identificação de algumas proteínas que interagem e possivelmente modulam a atividade da PP1 de D. discoideum (DdPP1c). Para estes estudos foram utilizadas tanto buscas por similaridades na sequência genômica deste microorganismo como ensaios utilizando o sistema de duplo-híbrido em leveduras, utilizando-se a DdPP1c como isca. Com essa abordagem, foram selecionados clones de cDNA que codificam proteínas (presas) que interagiram com a DdPP1c. Dando continuidade a estes estudos, propomos, nesse projeto, aprofundar a caracterização funcional de duas novas proteínas que potencialmente interagem com a DdPP1c as quais foram selecionadas após os ensaios confirmatórios de sua interação com a DdPP1c.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (3) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Coordenador / Leonardo Costa Fiorini - Integrante / Luiz Paulo M. Andrioli - Integrante / Daniela Beton - Integrante / Juliana Moreira Sousa - Integrante / Renato Astolfi Raposo - Integrante / Daniela Carvalho Gonzalez-Kristeller - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Número de produções C, T & A: 17
      Membro: Aline Maria da Silva.
    10. 2003-2008. Identificação de marcadores moleculares para diagnóstico e prognóstico em câncer utilizando microarrays de DNA
      Descrição: Projeto Temático - FAPESP- (02/13283-6). 06/2004-06/2008. Sergio Verjovski-Almeida (Coordenador), Aline M. da Silva, Eduardo Moraes Reis, L.H. Câmara Lopes, Fernando Ferreira Costa. Projeto: Identificação de marcadores moleculares para diagnóstico e prognóstico em câncer utilizando microarrays de DNA.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (3) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / Sergio Verjovski-Almeida - Coordenador / Ana Carolina Quirino Simões - Integrante / Katia R Leite - Integrante / Luiz H Camara Lopes - Integrante / Eduardo Moraes Reis - Integrante / Fernando Costa - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 10
      Membro: Aline Maria da Silva.
    11. 2001-2005. Cooperação para análise de expressão gênica (CAGE)
      Descrição: Projeto Temático - FAPESP (99/07390-0) - 2001-2005. Hugo A. Armelin (Coordenador), Suely L. Gomes, Sergio Verjovski-Almeida, Aline M. da Silva, Glaucia M. Souza, Mari C. Sogayar, Hamza El-Dorry, Ana Claudia R. da Silva, Bianca Zingales, Eduardo J. Neves e Junior Barreira. Projeto: Cooperação para análise de expressão gênica (CAGE)/Implantação da tecnologia de microarrays de DN no IQ-USP.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (5) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / Suely Lopes Gomes - Integrante / Sergio Verjovski-Almeida - Integrante / Glaucia Mendes Souza - Integrante / Ana Claudia Rasera da Silva - Integrante / Hamza F. El-Dorry - Integrante / Mari C Sogayar - Integrante / Hugo Aguirre Armelin - Coordenador / Bianca Zingales - Integrante / Eduardo Jordão Neves - Integrante / Junior Barreira - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 3
      Membro: Aline Maria da Silva.
    12. 2001-2004. Data mining no Projeto Genoma Cana-de-açúcar
      Descrição: Auxílio à Pesquisa - FAPESP (00/07425-7) - 2000-2004. Gláucia M. Souza (Coordenadora) e Aline M. da Silva. Projeto: Data mining no Projeto Genoma Cana-de-açúcar.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / Leonardo Costa Fiorini - Integrante / Glaucia Mendes Souza - Coordenador / Ana Carolina Quirino Simões - Integrante / Milton Yutaka Nishiyama-Junior - Integrante / Flavia Papini-Terzi - Integrante / Flavia R. Rocha - Integrante / Katia Cristina P Oliveira - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 2
      Membro: Aline Maria da Silva.
    13. 2000-2002. Laboratório Associado de Bioinformática - Projeto Genoma Humano do Câncer
      Descrição: Auxílio à Pesquisa FAPESP (99/03653-6). 2000-2002. Laboratório Associado de Bioinformática - Projeto Genoma Humano do Câncer. Responsáveis: Aline M. da Silva e Sergio Verjovski-Almeida.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Coordenador / Sergio Verjovski-Almeida - Integrante / Eduardo Moraes Reis - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 2
      Membro: Aline Maria da Silva.

Prêmios e títulos

  • Total de prêmios e títulos (3)
    1. Membro Titular, Academia de Ciências do Estado de São Paulo (ACIESP).. 2017.
      Membro: Aline Maria da Silva.
    2. Medalha do Mérito Científico, Governo do Estado de São Paulo.. 2000.
      Membro: Aline Maria da Silva.
    3. Medalha pela participação no Projeto de Sequenciamento do Genoma da bactéria Xylella fastidiosa., Reitoria da Universidade de São Paulo.. 2000.
      Membro: Aline Maria da Silva.

Participação em eventos

  • Total de participação em eventos (79)
    1. XV Curso de Verão em Bioinformática - USP.Metagenômica. 2024. (Oficina).
    2. 52a. Reunião Anual da SBBq. 2023. (Congresso).
    3. XIV Curso de Verão em Bioinformática USP.Metagenômica. 2023. (Oficina).
    4. 51a. Reunião Anual da SBBq e 46o. Congresso da SBBf. Participação da Comissão Organizadora. 2022. (Congresso).
    5. 8º Simpósio Internacional de Microbiologia Clínica. 2022. (Simpósio).
    6. 9th International Experimental Biology and Medicine conference Brazil 2022. Characterization and in vitro testing of newly isolated lytic bacteriophages for the biocontrol of multi-resistant bacteria. 2022. (Congresso).
    7. XIII Curso de Verão em Bioinformática USP.Metagenômica. 2022. (Oficina).
    8. 50th Annual SBBq Meeting and 20th IUPAB Congress. 2021. (Congresso).
    9. 6th Brazilian Student Council Symposium.OMICS and DATA SCIENCE. 2021. (Simpósio).
    10. World Microbe Forum 2021. 2021. (Congresso).
    11. ASM Conference on Rapid Applied Microbial Next-Generation Sequencing and Bioinformatic Pipelines. 2020. (Congresso).
    12. III Simpósio de Biotecnologia Vegetal: Inovação, Sustentabilidade e Impactos para a Sociedade.Abordagens da genômica no estudo da virulência de Xylella fastidiosa: um fitopatógeno de relevância global. 2020. (Simpósio).
    13. Série de simpósios online SBBq ? Covid-19. 2020. (Simpósio).
    14. Virtual Symposium on Phylogenomics and Comparative Genomics. 2020. (Simpósio).
    15. Viruses of Microbes 2020 Webinar Series. 2020. (Seminário).
    16. 23rd Biennial Evergreen International Phage Meeting. Genomic Analysis of Pseudomonas aeruginosa Phages Isolated from Composting Pinpoints Proteins Involved in Host Specificity. 2019. (Congresso).
    17. 48a Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular. 2019. (Congresso).
    18. Curso de Verão em Bioinformática | 2019.Metagenômica. 2019. (Oficina).
    19. 47a Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular. 2018. (Congresso).
    20. Curso de Verão em Bioinformática USP | 2018.Metagenômica: Estudo das comunidades microbianas e suas implicações ecológicas. 2018. (Oficina).
    21. EMBO VIRUSES OF MICROBES V Biodiversity and future applications s. Thermophilic composting virome assessed by metagenomics and by isolation of phages targeting Pseudomonas aeruginosa. 2018. (Congresso).
    22. Microbes 2018 - American Society for Microbiology. 2018. (Congresso).
    23. SPCell - São Paulo School For Advanced Science In Cell Biology.Outer membrane vesicles: biogenesis and functions in bacteria-host interactions. 2018. (Encontro).
    24. 46a Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular. 2017. (Congresso).
    25. Curso de Verão em Bioinformática USP | 2017.Metagenômica. 2017. (Oficina).
    26. Functional Metagenomics 2016. Functional Metagenomics for enzyme discovery. 2016. (Congresso).
    27. XLV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular (SBBq). Mini-curso: Abordagens transcritômicas para o estudo da expressão de genomas e metagenomas. 2016. (Congresso).
    28. XXXV ENEQUI.Minicurso: Microbiologia do Processo de Compostagem. Minicurso. 2016. (Encontro).
    29. 115th General Meeting, American Society for Microbiology. A Semi-Static Composting Process Viewed Through Metagenomics and Metatranscriptomics Temporal Series Samples. 2015. (Congresso).
    30. 23rd Congress of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB) and 44th Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology ? SBBq. Adhesion strategies of the phytopathogen Xylella fastidiosa. 2015. (Congresso).
    31. Evolution 2015. Insights into Xylella fastidiosa host-plant specialization through phylogenomics. 2015. (Congresso).
    32. XLIII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular (SBBq). 2014. (Congresso).
    33. 2013 Pierce?s Disease Research Symposium.Trimeric autotransporter adhesins of Xylella fastidiosa: role in virulence and insect transmission. 2013. (Simpósio).
    34. XLII Reunião Anual da SBBq. Microbial communities succession, gene and functional diversity in a composting operation at the São Paulo Zoo Park. 2013. (Congresso).
    35. XLII Reunião Anual da SBBq. Plant-Pathogen Interactions: Molecular Events and Signaling. 2013. (Congresso).
    36. 15a. Semana Temática da Biologia USP.Sinalização Celular. 2012. (Oficina).
    37. 4th ASM Conference on Beneficial Microbes, American Society for Microbiology. Microbial communities succession in a composting operation at the São Paulo Zoo Park, Brazil. 2012. (Congresso).
    38. Congresso Latino Americano de Microbiologia. Genética de Micro-organismos e Bioinformática. 2012. (Congresso).
    39. Second Generation Bioethanol 2012: Enzymatic Hydrolysis.Microbial community composition dynamics and gene diversity from São Paulo Zoo composting operation assessed by shotgun pyrosequencing. 2012. (Simpósio).
    40. XLI Reunião Anual da SBBq. Prediction of bacteriocin-encoding genes in Xylella fastidiosa and analysis of their transcript levels. 2012. (Congresso).
    41. Microbial Genomics & Metagenomics Workshop, Joint Genome Institute, Walnut Creek, California. 2011. (Oficina).
    42. 56o. Congresso Brasileiro de Genética. Pirossequenciamento, genômica comparativa e filogenia de cepas de Xylella fastidiosa. 2010. (Congresso).
    43. 56o. Congresso Brasileiro de Genética. Sequenciamento e comparação do genoma de uma cepa não-virulenta de Xylella fastidiosa. 2010. (Congresso).
    44. Pierce´s Disease Research Symposium.Comparative Genomics of Xylella fastidiosa south american strains. 2010. (Simpósio).
    45. XVIII Conference of the International Organization of Citrus Virologists. Microfluidic technology to study citrus pathogens. 2010. (Congresso).
    46. XXXIX Reunião Anual da SBBq. Characterization of a Novel Protein that Interacts with Type 1 Serine/Threonine Phosphatase Catalytic Subunit of Dictyostelium discoideum. 2010. (Congresso).
    47. Annual International Dictyostelium Conference. Serine/threonine phosphatases in Dictyostelium discoideum: expression profile during development and heat, osmotic and oxidative stresses.. 2009. (Congresso).
    48. The Fourth Workshop Comparative Microbial Genomics and Taxonomy. 2009. (Oficina).
    49. XIV International Congress on Molecular Plant-Microbe Interactions. Gomesin, a β-hairpin antimicrobial peptide, induces Xylella fastidiosa biofilm formation at a sublethal concentration. 2009. (Congresso).
    50. XXXVIII Reunião Anual da SBBq. Characterization of Proteins that Interact with the Catalytic Subunit of Serine/Threonine Phosphatase of Type 1 (PP1) of Dictyostelium discoideum. 2009. (Congresso).
    51. 10th Biennial FASEB Summer Research Conference on Protein Phosphatases. Gene Expression Analyses of Dictyostelium discoideum Serine/Threonine Phosphatases. 2008. (Congresso).
    52. XXXVIII Reunião Anual da SBBq. Serine/Threonine Phosphatases in the social amoebae Dictyostelium discoideum: expression analysis of catalytic and regulatory subunits. 2008. (Congresso).
    53. Internacional Workshop on Xylella fastidiosa.The iron stimulon of Xylella fastidiosa. Internacional Workshop on Xylella fastidiosa.. 2007. (Simpósio).
    54. XIII International Congress on Molecular Plant-Microbe Interactions. The iron regulon of Xylella fastidiosa includes genes for type-IV pilus and colicin V-like bacteriocins. 2007. (Congresso).
    55. XXXVI Reunião Anual da SBBq. Serine/threonine phosphatases in the social amoebae Dictyostelium discoideum: annotation and expression analysis of catalytic and regulatory subunits.. 2007. (Congresso).
    56. XXXVI Reunião Anual da SBBq. Effect of sublethal concentration of streptomycin in Xylella fastidiosa. 2007. (Congresso).
    57. Annual International Dictyostelium Conference. The P450 oxidoreductase, RedA, controls development beyond the mound stage in Dictyostelium discoideum. 2006. (Congresso).
    58. Summer Research Conference on Protein Phosphatases. Identification and characterization of Dictyostelium discoideum serine/threonine phosphatases. 2006. (Congresso).
    59. XII Congreso Venezolano de Bioanálisis. Genomic Techonologies applied to cancer studies. 2006. (Congresso).
    60. XII Congreso Venezolano de Bioanálisis. Intronic noncoding RNA as a molecular makers in prostate tumor. 2006. (Congresso).
    61. XXXV Reunião Anual da SBBq. RNA PolI-independent transcription of noncoding RNAs in human cells. 2006. (Congresso).
    62. XXXV Reunião da SBBq. Prospecting the iron regulon of Xylella fastidiosa. 2006. (Congresso).
    63. XII International Congress on Molecular Plant-Microbe Interactions. Genome-wide analysis of the iron starvation stimulon and the Fur regulon of Xylella fastidiosa. 2005. (Congresso).
    64. XXXIV Reunião Anual da SBBq. Molecular characterization of inhibitor-2 like proteins from Dictyostelium discoideum and Neurospora crassa: analysis of interaction domains with protein phosphatase 1 catalytic subunit. 2005. (Congresso).
    65. First Latin American Protein Society Meeting. Molecular characterization of inhibitor-2 like proteins from Dictyostelium discoideum and Neurospora crassa: analysis of interaction domains with protein phosphatase 1 catalytic subunit. 2004. (Congresso).
    66. XXXII Reuniao Anual da SBBq. Proteínas: Expressão, Estrutura, Interações e Função na Escala do Genoma.. 2003. (Congresso).
    67. XXXII Reuniao Anual da SBBq. Identification and characterization of a putative inhibitor-2(DdI-2): A protein that interacts with Dictyostelium discoideum type-1 protein phosphatase (PP1). 2003. (Congresso).
    68. XXXII Reunião Anual da SBBq. Molecular Classification of Prostate Cancer using cDNA microarrays. 2003. (Congresso).
    69. XXXII Reunião Anual da SBBq. Cloning and characterization of an specific inhibitor for type-1 serine/threonine phosphatase of Neurospora crassa. 2003. (Congresso).
    70. XXXII Reunião Anual da SBBq. Characterization of redA: a Dictyostelium discoideum developmental mutant.. 2003. (Congresso).
    71. XXXI Reunião Anual da SBBq. Using DNA microarrays to prospect heat shock response in Xylella fastidiosa and to investigate genomic variations in distinct strains. 2002. (Congresso).
    72. XXXI Reunião Anual da SBBq. Differential Gene Expression In Prostate Cancer Using cDNA Microarrays.. 2002. (Congresso).
    73. XXXI Reunião Anual da SBBq. Recombinant expression purification and characterization of Neurospora crassa neutral trehalase. 2002. (Congresso).
    74. XXXI Reunião Anual da SBBq. Identification and characterization of sugarcane transcription factors. 2002. (Congresso).
    75. 47o Congresso Nacional de Genética/SBG. Gene expression patterns of Xylella fastidiosa: a DNA microarray analysis. 2001. (Congresso).
    76. XLIV Reunion Anual de La Sociedad de Biologia Chile. Gene expression patterns of Xylella fastidiosa: a DNA microarray analysis. 2001. (Congresso).
    77. XXX Reunião Anual da SBBq. Characterization of redA: a Dictyostelium discoideum developmental mutant. 2001. (Congresso).
    78. XXIX Reunião Anual da SBBq. Expression and Partial Characterization of recombinant neutral trehalase. 2000. (Congresso).
    79. XXIX Reunião Anual da SBBq. Molecular characterization of Dictyostelium discoideum type-1 protein phosphatase (PP1). 2000. (Congresso).

Organização de eventos

  • Total de organização de eventos (3)
    1. Farah, C.S. ; A M da Silva ; SGRO, G. G. ; ROSA, L. T. ; CARVALHO, Cristiane R. G.. Escola São Paulo de Ciência Avançada (ESPCA) em Criomicroscopia Eletrônica (CryoEM). 2023. Outro
    2. DA SILVA, A. M.; SETUBAL, J. C. ; Farah, C.S. ; Ferreira, H.. 2nd São Paulo XanthoMeeting. 2018. Congresso
    3. DA SILVA, A. M.; Farah, C.S. ; Ferreira, H. ; SETUBAL, J. C.. 1st XanthoMeeting. 2015. Congresso

Lista de colaborações

  • Colaborações endôgenas (11)
    • Aline Maria da Silva ⇔ Joao Carlos Setubal (28.0)
      1. FLORES, VINICIUS S. ; AMGARTEN, DEYVID E. ; IHA, BRUNO KOSHIN VÁZQUEZ ; RYON, KRISTA A. ; DANKO, DAVID ; TIERNEY, BRADEN T. ; MASON, CHRISTOPHER ; DA SILVA, ALINE MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS. Discovery and description of novel phage genomes from urban microbiomes sampled by the MetaSUB consortium. Scientific Reports. v. 14, p. ARTN 7913, 2024. Qualis: A2
      2. HARADA, LILIAM K ; SILVA, ERICA C ; ROSSI, FERNANDO PN ; CIEZA, BASILIO ; OLIVEIRA, THAIS J ; PEREIRA, CARLA ; TOMAZETTO, GEIZECLER ; SILVA, BIANCA B ; SQUINA, FABIO M ; VILA, MARTA MDC ; Setubal, João C ; HA, TAEKJIP ; da Silva, Aline M ; BALCÃO, VICTOR M. Characterization and in vitro testing of newly isolated lytic bacteriophages for the biocontrol of Pseudomonas aeruginosa. Future Microbiology. v. 17, p. fmb-2021-0266, 2022. Qualis: A3
      3. MARQUIONI, VINÍCIUS ; ROSSI, FERNANDO PACHECO NOBRE ; MENDONÇA, DEBORAH CEZAR ; MARTINS, LAYLA FARAGE ; Behlau, Franklin ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; DA SILVA, ALINE MARIA ; NOVO-MANSUR, MARIA TERESA MARQUES. Isolation and characterization of vB_XciM_LucasX, a new jumbo phage that infects Xanthomonas citri and Xanthomonas fuscans. PLoS One. v. 17, p. e0266891, 2022. Qualis: A1
      4. UCEDA-CAMPOS, GUILLERMO ; FEITOSA-JUNIOR, OSEIAS R. ; SANTIAGO, CAIO R. N. ; PIERRY, PAULO M. ; ZAINI, PAULO A. ; DE SANTANA, WESLEY O. ; MARTINS-JUNIOR, JOAQUIM ; BARBOSA, DEIBS ; DIGIAMPIETRI, Luciano A. ; Setubal, João C. ; DA SILVA, ALINE M.. Comparative Genomics of Xylella fastidiosa Explores Candidate Host-Specificity Determinants and Expands the Known Repertoire of Mobile Genetic Elements and Immunity Systems. Microorganisms. v. 10, p. 914, 2022. Qualis: B1
      5. BUTARELLI, ANA CAROLINA DE ARAÚJO ; FERREIRA, LUCAS SALOMÃO DE SOUSA ; RIYUZO, RAQUEL ; DALL?AGNOL, HIVANA MELO BARBOSA ; PIROUPO, CARLOS MORAIS ; DA SILVA, ALINE MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; DALL?AGNOL, LEONARDO TEIXEIRA. Diversity assessment of photosynthesizers: comparative analysis of pre-cultivated and natural microbiome of sediments from Cerrado biome in Maranhão, Brazil. Environmental Science and Pollution Research. v. 29, p. 1-16, 2022. Qualis: Não identificado (ENVIRONMENTAL SCIENCE AND POLLUTION RESEARCH)
      6. BALCÃO, VICTOR M ; BASU, AAKASH ; CIEZA, BASILIO ; ROSSI, FERNANDO N ; PEREIRA, CARLA ; VILA, MARTA MDC ; Setubal, João C ; HA, TAEKJIP ; da Silva, Aline M. Pseudomonas -tailed lytic phages: genome mechanical analysis and putative correlation with virion morphogenesis yield. Future Microbiology. v. 17, p. 10.2217/fmb-202, 2022. Qualis: A3
      7. AMGARTEN, DEYVID ; IHA, BRUNO KOSHIN VÁZQUEZ ; PIROUPO, CARLOS MORAIS ; DA SILVA, ALINE MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS. vHULK, a New Tool for Bacteriophage Host Prediction Based on Annotated Genomic Features and Neural Networks. Phage-Therapy Applications And Research. v. 00, p. phage.2021.0016, 2022. Qualis: Não identificado (PHAGE-THERAPY APPLICATIONS AND RESEARCH)
      8. ASSIS, RENATA A.B. ; VARANI, ALESSANDRO M. ; SAGAWA, CINTIA H.D. ; PATANÉ, JOSÉ S.L. ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; UCEDA-CAMPOS, GUILLERMO ; DA SILVA, ALINE MARIA ; ZAINI, PAULO A. ; Almeida, Nalvo F. ; MOREIRA, LEANDRO MARCIO ; DANDEKAR, ABHAYA M.. A comparative genomic analysis of Xanthomonas arboricola pv. juglandis strains reveal hallmarks of mobile genetic elements in the adaptation and accelerated evolution of virulence. GENOMICS. v. 113, p. 2513-2525, 2021. Qualis: A3
      9. FERREIRA, LUCAS SALOMÃO DE SOUSA ; BUTARELLI, ANA CAROLINA DE ARAÚJO ; SOUSA, RAISSA DA COSTA ; OLIVEIRA, MARIENE AMORIM DE ; MORAES, PABLO HENRIQUE GONÇALVES ; RIBEIRO, IGOR SANTANA ; SOUSA, PEDRO FELIPE RODRIGUES ; DALL'AGNOL, HIVANA MELO BARBOSA ; LIMA, ALEX RANIERI JERÔNIMO ; GONÇALVES, EVONNILDO COSTA ; SIVONEN, KAARINA ; FEWER, DAVID ; RIYUZO, RAQUEL ; PIROUPO, CARLOS MORAIS ; DA SILVA, ALINE MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; DALL'AGNOL, LEONARDO TEIXEIRA. High-Quality Draft Genome Sequence of Pantanalinema sp. GBBB05, a Cyanobacterium From Cerrado Biome. FRONTIERS IN ECOLOGY AND EVOLUTION. v. 9, p. 639852, 2021. Qualis: A2
      10. ROSSMANN, MAIKE ; THOMAS, ANDREW MALTEZ ; GUIMA, SUZANA SATO ; MARTINS, LAYLA FARAGE ; INDERBITZIN, PATRIK ; KNIGHT-CONNONI, VICTORIA ; DA SILVA, ALINE MARIA ; Setubal, João C.. Microbiomes of Field-Grown Maize and Soybean in Southeastern and Central Brazil Inferred by High-Throughput 16S and Internal Transcribed Spacer Amplicon Sequencing. Microbiology Resource Announcements. v. 10, p. e00528-21, 2021. Qualis: C
      11. BRAGA, LUCAS PALMA PEREZ ; PEREIRA, ROBERTA VERCIANO ; MARTINS, LAYLA FARAGE ; MOURA, LIVIA MARIA SILVA ; SANCHEZ, FABIO BELTRAME ; PATANÉ, JOSÉ SALVATORE LEISTER ; DA SILVA, ALINE MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS. Genome-resolved metagenome and metatranscriptome analyses of thermophilic composting reveal key bacterial players and their metabolic interactions. BMC GENOMICS. v. 22, p. 652, 2021. Qualis: A2
      12. PIERRY, PAULO MARQUES ; DE SANTANA, WESLEY OLIVEIRA ; KITAJIMA, JOÃO PAULO ; MARTINS-JUNIOR, JOAQUIM ; ZAINI, PAULO ADRIANO ; UCEDA-CAMPOS, GUILLERMO ; FEITOSA-JUNIOR, OSEIAS R. ; PESSOA, PATRÍCIA ISABELA SILVA ; COLETTA-FILHO, HELVÉCIO DELLA ; DE SOUZA, ALESSANDRA ALVES ; MACHADO, MARCOS ANTONIO ; GESTEIRA, ABELMON DA SILVA ; MARTINS, LAYLA FARAGE ; AMARAL, MURILO SENA ; BECKEDORFF, FELIPE CESAR ; DE ALMEIDA, LUIZ GONZAGA PAULA ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; DA SILVA, ALINE MARIA. High-Quality Draft Genome Sequence Resources of Eight Xylella fastidiosa Strains Isolated from Citrus, Coffee, Plum, and Hibiscus in South America. PHYTOPATHOLOGY. v. 110, p. phyto-05-20-016-1751-1756, 2020. Qualis: A1
      13. FELESTRINO, ÉRICA BARBOSA ; SANCHEZ, ANGÉLICA BIANCHINI ; CANESCHI, WASHINGTON LUIZ ; LEMES, CAMILA GRACYELLE DE CARVALHO ; ASSIS, RENATA DE ALMEIDA BARBOSA ; CORDEIRO, ISABELLA FERREIRA ; FONSECA, NATASHA PEIXOTO ; VILLA, MORGHANA MARINA ; VIEIRA, IZADORA TABUSO ; KAMINO, LUCIANA HIROMI YOSHINO ; DO CARMO, FLÁVIO FONSECA ; Da Silva, Aline Maria ; THOMAS, ANDREW MALTEZ ; PATANÉ, JOSÉ SALVATORE LEISTER ; FERREIRA, FERNANDA CARLA ; DE FREITAS, LEANDRO GRASSI ; VARANI, ALESSANDRO DE MELLO ; FERRO, JESUS APARECIDO ; SILVA, ROBSON SOARES ; ALMEIDA, NALVO FRANCO. Complete genome sequence and analysis of Alcaligenes faecalis strain Mc250, a new potential plant bioinoculant. PLoS One. v. 15, p. e0241546, 2020. Qualis: A1
      14. SILVA, NATALIA MARIA ; DE OLIVEIRA, ALINE MÁRCIA SILVA ARAÚJO ; PEGORIN, STEFANIA ; GIUSTI, CAMILA ESCANDURA ; FERRARI, VITOR BATISTA ; BARBOSA, DEIBS ; MARTINS, LAYLA FARAGE ; MORAIS, CARLOS ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; VASCONCELLOS, SUZAN PANTAROTO ; DA SILVA, ALINE MARIA ; DE OLIVEIRA, JULIO CEZAR FRANCO ; PASCON, RENATA CASTIGLIONI ; VIANA-NIERO, CRISTINA. Characterization of novel hydrocarbon-degrading Gordonia paraffinivorans and Gordonia sihwensis strains isolated from composting. PLoS One. v. 14, p. e0215396, 2019. Qualis: A1
      15. BAPTISTA, M.S. ; ALVES, M.J.M. ; ARANTES, G.M. ; ARMELIN, H.A. ; AUGUSTO, O. ; BALDINI, R.L. ; BASSERES, D.S. ; BECHARA, E.J.H. ; BRUNI-CARDOSO, A. ; CHAIMOVICH, H. ; COLEPICOLO NETO, P. ; COLLI, W. ; CUCCOVIA, I.M. ; DA-SILVA, A.M. ; DI MASCIO, P. ; FARAH, S.C. ; Ferreira, C. ; FORTI, F.L. ; GIORDANO, R.J. ; Verjovski-Almeida, S.. Where do we aspire to publish? A position paper on scientific communication in biochemistry and molecular biology. Brazilian Journal of Medical and Biological Research (on line). v. 52, p. 1414-431x201989, 2019. Qualis: A4
      16. TANG, FENNY H. F. ; STAQUICINI, FERNANDA I. ; TEIXEIRA, ANDRÉ A. R. ; MICHALOSKI, JUSSARA S. ; NAMIYAMA, GISLENE M. ; TANIWAKI, NOEMI N. ; Setubal, João C. ; DA SILVA, ALINE M. ; SIDMAN, RICHARD L. ; Pasqualini, Renata ; Arap, Wadih ; Giordano, Ricardo J.. A ligand motif enables differential vascular targeting of endothelial junctions between brain and retina. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA. v. 116, p. 201809483-2305, 2019. Qualis: A1
      17. RAMOS, PATRÍCIA L. ; KONDO, MÁRCIA Y. ; SANTOS, SAARA M. B. ; DE VASCONCELLOS, SUZAN P. ; ROCHA, RAFAEL C. S. ; DA CRUZ, JOÃO B. ; EUGENIO, PATRÍCIA F. M. ; CABRAL, HAMILTON ; JULIANO, MARIA A. ; JULIANO, LUIZ ; Setubal, João C. ; DA SILVA, ALINE M. ; CAPPELINI, LUCIANA T. D.. A Tropical Composting Operation Unit at São Paulo Zoo as a Source of Bacterial Proteolytic Enzymes. APPLIED BIOCHEMISTRY AND BIOTECHNOLOGY. v. 187, p. 282-297, 2019. Qualis: A3
      18. BRAGA, STEFANIA PEGORIN ; DOS SANTOS, ALEXANDRE PAES ; PAGANINI, THAIS ; BARBOSA, DEIBS ; EPAMINO, GEORGE WILLIAN CONDOMITTI ; MORAIS, CARLOS ; MARTINS, LAYLA FARAGE ; SILVA, ALINE MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; VALLIM, MARCELO AFONSO ; PASCON, RENATA CASTIGLIONI. First report of cis-1,4-polyisoprene degradation by Gordonia paraffinivorans. BRAZILIAN JOURNAL OF MICROBIOLOGY. v. 19, p. 1051-1062, 2019. Qualis: B1
      19. AMGARTEN, DEYVID ; BRAGA, LUCAS P. P. ; DA SILVA, ALINE M. ; Setubal, João C.. MARVEL, a Tool for Prediction of Bacteriophage Sequences in Metagenomic Bins. Frontiers in Genetics. v. 9, p. ARTN 304, 2018. Qualis: A2
      20. BRAGA, LUCAS P. P. ; SOUCY, SHANNON M. ; AMGARTEN, DEYVID E. ; DA SILVA, ALINE M. ; Setubal, João C.. Bacterial Diversification in the Light of the Interactions with Phages: The Genetic Symbionts and Their Role in Ecological Speciation. FRONTIERS IN ECOLOGY AND EVOLUTION. v. 6, p. fevo.2018.00006, 2018. Qualis: A2
      21. AMGARTEN, DEYVID ; MARTINS, LAYLA FARAGE ; LOMBARDI, KAREN CRISTINA ; ANTUNES, LUCIANA PRINCIPAL ; DE SOUZA, ANA PAULA SILVA ; NICASTRO, GIANLUCCA GONÇALVES ; KITAJIMA, ELLIOTT WATANABE ; QUAGGIO, RONALDO BENTO ; UPTON, CHRIS ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; DA SILVA, ALINE MARIA. Three novel Pseudomonas phages isolated from composting provide insights into the evolution and diversity of tailed phages. BMC GENOMICS. v. 18, p. ARTN 346, 2017. Qualis: A2
      22. LEMOS, LEANDRO N. ; PEREIRA, ROBERTA V. ; QUAGGIO, RONALDO B. ; MARTINS, LAYLA F. ; MOURA, LIVIA M. S. ; DA SILVA, AMANDA R. ; ANTUNES, LUCIANA P. ; DA SILVA, ALINE M. ; Setubal, João C.. Genome-Centric Analysis of a Thermophilic and Cellulolytic Bacterial Consortium Derived from Composting. Frontiers in Microbiology. v. 8, p. 644, 2017. Qualis: A1
      23. ROSSI, F ; GIRARDELLO, R ; MORAIS, C ; CURY, AP ; MARTINS, LF ; SILVA, AM ; ABDALA, E ; SETUBAL, JC ; DUARTE, AJ. Plasmid-mediated mcr-1 in carbapenem-susceptible Escherichia coli ST156 causing a blood infection: an unnoticeable spread of colistin resistance in Brazil?. Clinics. v. 72, p. 642-644, 2017. Qualis: B4
      24. LIMA-JUNIOR, JAMES DALTRO ; VIANA-NIERO, CRISTINA ; CONDE OLIVEIRA, DANIEL V. ; MACHADO, GABRIEL ESQUITINI ; RABELLO, MICHELLE CRISTIANE DA SILVA ; MARTINS-JUNIOR, JOAQUIM ; MARTINS, LAYLA FARAGE ; DIGIAMPIETRI, LUCIANO ANTONIO ; DA SILVA, ALINE MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; RUSSELL, DANIEL A. ; JACOBS-SERA, DEBORAH ; POPE, WELKIN H. ; HATFULL, GRAHAM F. ; LEÃO, SYLVIA CARDOSO. Characterization of mycobacteria and mycobacteriophages isolated from compost at the São Paulo Zoo Park Foundation in Brazil and creation of the new mycobacteriophage Cluster U. BMC Microbiology (Online). v. 16, p. 1-15, 2016. Qualis: A2
      25. ANTUNES, LUCIANA PRINCIPAL ; MARTINS, LAYLA FARAGE ; PEREIRA, ROBERTA VERCIANO ; THOMAS, ANDREW MALTEZ ; BARBOSA, DEIBS ; LEMOS, LEANDRO NASCIMENTO ; SILVA, GIANLUCA MAJOR MACHADO ; MOURA, LIVIA MARIA SILVA ; EPAMINO, GEORGE WILLIAN CONDOMITTI ; DIGIAMPIETRI, LUCIANO ANTONIO ; LOMBARDI, KAREN CRISTINA ; RAMOS, PATRICIA LOCOSQUE ; QUAGGIO, RONALDO BENTO ; DE OLIVEIRA, JULIO CEZAR FRANCO ; PASCON, RENATA CASTIGLIONI ; CRUZ, JOÃO BATISTA DA ; DA SILVA, ALINE MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS. Microbial community structure and dynamics in thermophilic composting viewed through metagenomics and metatranscriptomics. Scientific Reports. v. 6, p. 38915, 2016. Qualis: A2
      26. Verjovski-Almeida, S.; MARTINS, L. F. ; ANTUNES, L. P. ; PASCON, R. C. ; OLIVEIRA, J. C. F. ; DIGIAMPIETRI, L. A. ; BARBOSA, D. ; PEIXOTO, B. M. ; VALLIM, M. A. ; VIANA-NIERO, C. ; OSTROSKI, E. H. ; TELLES, G. P. ; DIAS, Z. ; CRUZ, J. B. ; JULIANO, L. ; Verjovski-Almeida, S. ; DASILVA, A. M. ; SETUBAL, J. C.. Metagenomic Analysis of a Tropical Composting Operation at the São Paulo Zoo Park Reveals Diversity of Biomass Degradation Functions and Organisms. Plos One. v. 8, p. e61928, 2013. Qualis: A1
      27. Moreira, Leandro M ; Almeida, Nalvo F ; Potnis, Neha ; DIGIAMPIETRI, L. A. ; Adi, Said S ; Bortolossi, Julio C ; da Silva, Ana C ; da Silva, Aline M ; de Moraes, Fabricio E ; de Oliveira, Julio C ; de SOUZA, Robson Francisco ; Fancincani, Agda P ; Ferraz, Andre L ; Ferro, Maria I ; Furlan, Luiz R ; Gimenez, Daniele F ; Jones, Jeffrey B ; Kitajima, Elliot W ; Laia, Marcelo L ; Leite, Rui P. Novel insights into the genomic basis of citrus canker based on the genome sequences of two strains of Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii. BMC GENOMICS. v. 11, p. 238, 2010. Qualis: A2
      28. Simpson, A. J. G. ; Reinach, F.C. ; Arruda, P. ; Abreu, F. A. ; Acencio, M. ; Alvarenga, R. ; Alves, L. M. C. ; Araya, J. E. ; Baia, G. S. ; Baptista, C. S. ; Barros, M. H. ; Bonaccorsi, E. D. ; Bordin, S. ; Bové, J. M. ; Briones, M. R. S. ; Bueno, M. R. P. ; CAMARGO, A. A. ; Camargo, L. E. A. ; Carraro, D. M. ; DA SILVA, A. M.. The genome sequence of the plant pathogen Xylella fastidiosa.. Nature (London), Londres. v. 406, p. 151-157, 2000. Qualis: Não identificado (NATURE , LONDRES)

    • Aline Maria da Silva ⇔ Sergio Verjovski Almeida (12.0)
      1. BAPTISTA, M.S. ; ALVES, M.J.M. ; ARANTES, G.M. ; ARMELIN, H.A. ; AUGUSTO, O. ; BALDINI, R.L. ; BASSERES, D.S. ; BECHARA, E.J.H. ; BRUNI-CARDOSO, A. ; CHAIMOVICH, H. ; COLEPICOLO NETO, P. ; COLLI, W. ; CUCCOVIA, I.M. ; DA-SILVA, A.M. ; DI MASCIO, P. ; FARAH, S.C. ; Ferreira, C. ; FORTI, F.L. ; GIORDANO, R.J. ; Verjovski-Almeida, S.. Where do we aspire to publish? A position paper on scientific communication in biochemistry and molecular biology. Brazilian Journal of Medical and Biological Research (on line). v. 52, p. 1414-431x201989, 2019. Qualis: A4
      2. Verjovski-Almeida, S.; MARTINS, L. F. ; ANTUNES, L. P. ; PASCON, R. C. ; OLIVEIRA, J. C. F. ; DIGIAMPIETRI, L. A. ; BARBOSA, D. ; PEIXOTO, B. M. ; VALLIM, M. A. ; VIANA-NIERO, C. ; OSTROSKI, E. H. ; TELLES, G. P. ; DIAS, Z. ; CRUZ, J. B. ; JULIANO, L. ; Verjovski-Almeida, S. ; DASILVA, A. M. ; SETUBAL, J. C.. Metagenomic Analysis of a Tropical Composting Operation at the São Paulo Zoo Park Reveals Diversity of Biomass Degradation Functions and Organisms. Plos One. v. 8, p. e61928, 2013. Qualis: A1
      3. LOURO, Rodrigo ; NAKAYA, Helder I. ; AMARAL, Paulo Paiva ; FESTA, Fernanda ; SOGAYAR, Mari Cleide ; SILVA, Aline M. da ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, EM. Androgen responsive intronic non-coding RNAs. BMC BIOLOGY, Inglaterra. v. 5:4, n. 4, p. 1-14, 2007. Qualis: Não identificado (BMC BIOLOGY, INGLATERRA)
      4. REIS, EM; Nakaya, Helder I ; Amaral, Paulo P ; LOURO, Rodrigo ; Lopes, André ; FACHEL, Angela A ; Moreira, Yuri B ; El-Jundi, Tarik A ; da Silva, Aline M ; Reis, Eduardo M ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Genome mapping and expression analyses of human intronic noncoding RNAs reveal tissue-specific patterns and enrichment in genes related to regulation of transcription. GenomeBiology.com (London. Genome Biology. v. 8, p. 1-25, 2007. Qualis: Não identificado (GENOME BIOLOGY)
      5. REIS, EM; OJOPI, Elida P.b ; ALBERTO, Fernando L. ; RAHAL, Paula ; TSUKUMO, Fernando ; MANCINI, Ulisses M ; GUIMARÃES, Gustavo S ; THOMPSON, Gloria M A ; CAMACHO, Cleber ; MIRACCA, Elisabete C. ; CARVALHO, André L ; MACHADO, Abimael A ; PAQUOLA, Apua C. M. ; CERUTTI, Janete M. ; DASILVA, Aline M. ; PEREIRA, Gonçalo G. ; VALENTINI, Sandro R. ; NAGAI, Maria Aparecida ; KOWALSKI, Luiz Paulo ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Large-scale transcriptome analyses reveal new genetic marker candidates of head, neck and thyroid cancer.. Cancer Research (Chicago, Ill.), EUA. v. 65, n. 5, p. 1693-1699, 2005. Qualis: Não identificado (CANCER RESEARCH , EUA)
      6. KOIDE, T. ; ZAINI, P. A. ; MOREIRA, L. M. ; VENCIO, R. Z. N. ; MATSUKUMA, A. Y. ; DURHAM, A. M. ; TEIXEIRA, D. C. ; EL-DORRY, H. ; MONTEIRO, P. B. ; DA SILVA, A. C. R. ; Verjovski-Almeida, S. ; Verjovski-Almeida, S. ; da SILVA, A. M. ; GOMES, S. L.. DNA microarray-based genome comparison of a pathogenic and a nonpathogenic strain of Xylella fastidiosa delineates genes important for bacterial virulence.. Journal of Bacteriology (Print). v. 186, p. 5442-5449, 2004. Qualis: A3
      7. LOURO, Rodrigo ; NAKAYA, HELDER I. ; PAQUOLA, APUÃ C.M. ; MARTINS, ELIZABETH A.L. ; SILVA, ALINE M.DA ; Verjovski-Almeida, Sergio ; Verjovski-Almeida, S. ; Reis, Eduardo M.. RASL11A, member of a novel small monomeric GTPase gene family, is down-regulated in prostate tumors.. Biochemical and Biophysical Research Communications, Estados Unidos. v. 316, n. 3, p. 618-627, 2004. Qualis: A3 (BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS)
      8. REIS, EM; NAKAYA, Helder Ikemoto ; LOURO, Rodrigo ; CANAVEZ, Flavio Canela ; FLATSCHART, Áurea V F ; ALMEIDA, Giulliana Tessarin ; EGIDIO, Camila Moura ; PAQUOLA, Apuã C M ; MACHADO, Abimael A ; FESTA, Fernanda ; YAMAMOTO, Denise ; ALVARENGA, Renato ; DASILVA, Camille C. ; BRITO, Glauber C. ; SIMON, Sérgio D. ; MOREIRA-FILHO, Carlos Alberto ; LEITE, Katia R. ; CAMARA-LOPES, Luiz H. ; CAMPOS, Franz S. ; GIMBA, Etel. Antisense intronic non-coding RNA levels correlate to the degree of tumor differentiation in prostate cancer. Oncogene (Basingstoke), England. v. 23, n. 39, p. 6684-6692, 2004. Qualis: Não identificado (ONCOGENE , ENGLAND)
      9. PAQUOLA, A. C. M. ; NISHYIAMA, M. Y. ; REIS, E. M. ; da SILVA, A. M. ; Verjovski-Almeida, S. ; Verjovski-Almeida, S.. ESTWeb: bioinformatics services for EST sequencing projects. Bioinformatics (Oxford. Print). v. 19, p. 1587-1588, 2003. Qualis: Não identificado (PRINT))
      10. PAQUOLA, A. C.M. ; MACHADO, A. A. ; REIS, E. M. ; da SILVA, A. M. ; Verjovski-Almeida, S. ; Verjovski-Almeida, S.. Zerg: a very fast BLAST parser library. Bioinformatics (Oxford. Print). v. 19, p. 1035-1036, 2003. Qualis: Não identificado (PRINT))
      11. CAMARGO, Anamaria A. ; SAMAIA, Helena Brentani ; DIAS-NETO, Emmanuel ; SIMÃO, Daniel F. ; MIGOTTO, Italo A. ; BRIONES, Marcelo R. S. ; COSTA, Fernando F. ; NAGAI, Maria Aparecida ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; ZAGO, Marco A. ; ANDRADE, Luis Eduardo C. ; CARRER, Helaine ; EL-DORRY, Hamza ; ESPREAFICO, Enilza M. ; HABR-GAMA, Angelita ; GIANNELLA-NETO, Daniel ; GOLDMAN, Gustavo H. ; GRUBER, Arthur ; HACKEL, Christine ; REIS, EM. The contribution of 700,000 ?ORF sequence tags? to the definition of the human transcriptome.. PNAS. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, USA. v. 98, n. 21, p. 12103-12108, 2001. Qualis: A1 (PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA)
      12. Simpson, A. J. G. ; Reinach, F.C. ; Arruda, P. ; Abreu, F. A. ; Acencio, M. ; Alvarenga, R. ; Alves, L. M. C. ; Araya, J. E. ; Baia, G. S. ; Baptista, C. S. ; Barros, M. H. ; Bonaccorsi, E. D. ; Bordin, S. ; Bové, J. M. ; Briones, M. R. S. ; Bueno, M. R. P. ; CAMARGO, A. A. ; Camargo, L. E. A. ; Carraro, D. M. ; DA SILVA, A. M.. The genome sequence of the plant pathogen Xylella fastidiosa.. Nature (London), Londres. v. 406, p. 151-157, 2000. Qualis: Não identificado (NATURE , LONDRES)

    • Aline Maria da Silva ⇔ Eduardo Moraes Rego Reis (9.0)
      1. BAPTISTA, M.S. ; ALVES, M.J.M. ; ARANTES, G.M. ; ARMELIN, H.A. ; AUGUSTO, O. ; BALDINI, R.L. ; BASSERES, D.S. ; BECHARA, E.J.H. ; BRUNI-CARDOSO, A. ; CHAIMOVICH, H. ; COLEPICOLO NETO, P. ; COLLI, W. ; CUCCOVIA, I.M. ; DA-SILVA, A.M. ; DI MASCIO, P. ; FARAH, S.C. ; Ferreira, C. ; FORTI, F.L. ; GIORDANO, R.J. ; Verjovski-Almeida, S.. Where do we aspire to publish? A position paper on scientific communication in biochemistry and molecular biology. Brazilian Journal of Medical and Biological Research (on line). v. 52, p. 1414-431x201989, 2019. Qualis: A4
      2. LOURO, Rodrigo ; NAKAYA, Helder I. ; AMARAL, Paulo Paiva ; FESTA, Fernanda ; SOGAYAR, Mari Cleide ; SILVA, Aline M. da ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, EM. Androgen responsive intronic non-coding RNAs. BMC BIOLOGY, Inglaterra. v. 5:4, n. 4, p. 1-14, 2007. Qualis: Não identificado (BMC BIOLOGY, INGLATERRA)
      3. REIS, EM; Nakaya, Helder I ; Amaral, Paulo P ; LOURO, Rodrigo ; Lopes, André ; FACHEL, Angela A ; Moreira, Yuri B ; El-Jundi, Tarik A ; da Silva, Aline M ; Reis, Eduardo M ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Genome mapping and expression analyses of human intronic noncoding RNAs reveal tissue-specific patterns and enrichment in genes related to regulation of transcription. GenomeBiology.com (London. Genome Biology. v. 8, p. 1-25, 2007. Qualis: Não identificado (GENOME BIOLOGY)
      4. REIS, EM; OJOPI, Elida P.b ; ALBERTO, Fernando L. ; RAHAL, Paula ; TSUKUMO, Fernando ; MANCINI, Ulisses M ; GUIMARÃES, Gustavo S ; THOMPSON, Gloria M A ; CAMACHO, Cleber ; MIRACCA, Elisabete C. ; CARVALHO, André L ; MACHADO, Abimael A ; PAQUOLA, Apua C. M. ; CERUTTI, Janete M. ; DASILVA, Aline M. ; PEREIRA, Gonçalo G. ; VALENTINI, Sandro R. ; NAGAI, Maria Aparecida ; KOWALSKI, Luiz Paulo ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Large-scale transcriptome analyses reveal new genetic marker candidates of head, neck and thyroid cancer.. Cancer Research (Chicago, Ill.), EUA. v. 65, n. 5, p. 1693-1699, 2005. Qualis: Não identificado (CANCER RESEARCH , EUA)
      5. REIS, EM; NAKAYA, Helder Ikemoto ; LOURO, Rodrigo ; CANAVEZ, Flavio Canela ; FLATSCHART, Áurea V F ; ALMEIDA, Giulliana Tessarin ; EGIDIO, Camila Moura ; PAQUOLA, Apuã C M ; MACHADO, Abimael A ; FESTA, Fernanda ; YAMAMOTO, Denise ; ALVARENGA, Renato ; DASILVA, Camille C. ; BRITO, Glauber C. ; SIMON, Sérgio D. ; MOREIRA-FILHO, Carlos Alberto ; LEITE, Katia R. ; CAMARA-LOPES, Luiz H. ; CAMPOS, Franz S. ; GIMBA, Etel. Antisense intronic non-coding RNA levels correlate to the degree of tumor differentiation in prostate cancer. Oncogene (Basingstoke), England. v. 23, n. 39, p. 6684-6692, 2004. Qualis: Não identificado (ONCOGENE , ENGLAND)
      6. PAQUOLA, A. C. M. ; NISHYIAMA, M. Y. ; REIS, E. M. ; da SILVA, A. M. ; Verjovski-Almeida, S. ; Verjovski-Almeida, S.. ESTWeb: bioinformatics services for EST sequencing projects. Bioinformatics (Oxford. Print). v. 19, p. 1587-1588, 2003. Qualis: Não identificado (PRINT))
      7. BRENTANI, Helena ; CABALLERO, Otavia L. ; CAMARGO, Anamaria A. ; DASILVA, Aline M. ; SILVA, JR., Wilson Araujo da ; DIAS-NETO, Emmanuel ; GRIVET, Marco ; GRUBER, Arthur ; GUIMARAES, Pedro Edson Moreira ; ISELI, Christian ; JONGENEEL, Victor ; KELSO, Janet ; NAGAI, Maria Aparecida ; OJOPI, Elida P.b ; OSORIO, Elisson C. ; REIS, EM ; RIGGINS, Gregory J. ; SIMPSON, Andrew John George ; SOUZA, Sandro de ; STEVENSON, Brian J.. The generation and utilization of a cancer-oriented representation of the human transcriptome by using expressed sequence tags. PNAS. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, EUA. v. 100, n. 23, p. 13418-13423, 2003. Qualis: A1 (PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA)
      8. CAMARGO, Anamaria A. ; SAMAIA, Helena Brentani ; DIAS-NETO, Emmanuel ; SIMÃO, Daniel F. ; MIGOTTO, Italo A. ; BRIONES, Marcelo R. S. ; COSTA, Fernando F. ; NAGAI, Maria Aparecida ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; ZAGO, Marco A. ; ANDRADE, Luis Eduardo C. ; CARRER, Helaine ; EL-DORRY, Hamza ; ESPREAFICO, Enilza M. ; HABR-GAMA, Angelita ; GIANNELLA-NETO, Daniel ; GOLDMAN, Gustavo H. ; GRUBER, Arthur ; HACKEL, Christine ; REIS, EM. The contribution of 700,000 ?ORF sequence tags? to the definition of the human transcriptome.. PNAS. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, USA. v. 98, n. 21, p. 12103-12108, 2001. Qualis: A1 (PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA)
      9. SIMÕES, Ana Carolina Quirino ; DA SILVA, A. M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, Eduardo Moraes R.. SAM Method as an Approach to Select Candidates for Human Prostate Cancer Markers. Em: Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2005, Sao Leopoldo, RS, Brasil. Advances in Bioinformatics and Computational Biology. Heidelberg: Springer-Verlag, v. 3594, p. 202-205, 2005. Qualis: Não identificado (BRAZILIAN SYMPOSIUM ON BIOINFORMATICS, 2005, SAO LEOPOLDO, RS, BRASIL. ADVANCES IN BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY. HEIDELBERG: SPRINGER-VERLAG)

    • Aline Maria da Silva ⇔ Helder Takashi Imoto Nakaya (5.0)
      1. ZAINI, Paulo A. ; FOGAÇA, A.C. ; LUPO, F.N. G. ; NAKAYA, Helder I ; VENCIO, Ricardo Z N ; DASILVA, A.M.. The Iron Stimulon of Xylella fastidiosa Includes Genes for Type IV Pilus and Colicin V-Like Bacteriocins. Journal of Bacteriology. v. 190, p. 2368-2378, 2008. Qualis: A3
      2. LOURO, Rodrigo ; NAKAYA, Helder I. ; AMARAL, Paulo Paiva ; FESTA, Fernanda ; SOGAYAR, Mari Cleide ; SILVA, Aline M. da ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, EM. Androgen responsive intronic non-coding RNAs. BMC BIOLOGY, Inglaterra. v. 5:4, n. 4, p. 1-14, 2007. Qualis: Não identificado (BMC BIOLOGY, INGLATERRA)
      3. REIS, EM; Nakaya, Helder I ; Amaral, Paulo P ; LOURO, Rodrigo ; Lopes, André ; FACHEL, Angela A ; Moreira, Yuri B ; El-Jundi, Tarik A ; da Silva, Aline M ; Reis, Eduardo M ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Genome mapping and expression analyses of human intronic noncoding RNAs reveal tissue-specific patterns and enrichment in genes related to regulation of transcription. GenomeBiology.com (London. Genome Biology. v. 8, p. 1-25, 2007. Qualis: Não identificado (GENOME BIOLOGY)
      4. LOURO, Rodrigo ; NAKAYA, HELDER I. ; PAQUOLA, APUÃ C.M. ; MARTINS, ELIZABETH A.L. ; SILVA, ALINE M.DA ; Verjovski-Almeida, Sergio ; Verjovski-Almeida, S. ; Reis, Eduardo M.. RASL11A, member of a novel small monomeric GTPase gene family, is down-regulated in prostate tumors.. Biochemical and Biophysical Research Communications, Estados Unidos. v. 316, n. 3, p. 618-627, 2004. Qualis: A3 (BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS)
      5. REIS, EM; NAKAYA, Helder Ikemoto ; LOURO, Rodrigo ; CANAVEZ, Flavio Canela ; FLATSCHART, Áurea V F ; ALMEIDA, Giulliana Tessarin ; EGIDIO, Camila Moura ; PAQUOLA, Apuã C M ; MACHADO, Abimael A ; FESTA, Fernanda ; YAMAMOTO, Denise ; ALVARENGA, Renato ; DASILVA, Camille C. ; BRITO, Glauber C. ; SIMON, Sérgio D. ; MOREIRA-FILHO, Carlos Alberto ; LEITE, Katia R. ; CAMARA-LOPES, Luiz H. ; CAMPOS, Franz S. ; GIMBA, Etel. Antisense intronic non-coding RNA levels correlate to the degree of tumor differentiation in prostate cancer. Oncogene (Basingstoke), England. v. 23, n. 39, p. 6684-6692, 2004. Qualis: Não identificado (ONCOGENE , ENGLAND)

    • Aline Maria da Silva ⇔ Glaucia Mendes Souza (4.0)
      1. BAPTISTA, M.S. ; ALVES, M.J.M. ; ARANTES, G.M. ; ARMELIN, H.A. ; AUGUSTO, O. ; BALDINI, R.L. ; BASSERES, D.S. ; BECHARA, E.J.H. ; BRUNI-CARDOSO, A. ; CHAIMOVICH, H. ; COLEPICOLO NETO, P. ; COLLI, W. ; CUCCOVIA, I.M. ; DA-SILVA, A.M. ; DI MASCIO, P. ; FARAH, S.C. ; Ferreira, C. ; FORTI, F.L. ; GIORDANO, R.J. ; Verjovski-Almeida, S.. Where do we aspire to publish? A position paper on scientific communication in biochemistry and molecular biology. Brazilian Journal of Medical and Biological Research (on line). v. 52, p. 1414-431x201989, 2019. Qualis: A4
      2. PAPINI-TERZI, Flavia ; ROCHA, Flavia R. ; VENCIO, Ricardo Z. N. ; OLIVEIRA, Katia C. ; FELIX, Juliana M. ; VINCENTINI, Renato ; ROCHA, Cristiane S. ; SIMÕES, Ana Carolina Quirino ; ULIAN, Eugenio C. ; Di MAURO, Sônia M.Z. ; DA SILVA, A. M. ; PEREIRA, Carlos A. B. ; MENOSSI, Marcelo ; SOUZA, Glaucia Mendes. Transcription profiling of signal transduction-related genes in sugarcane tissues.. DNA Research. v. 12, n. 1, p. 27-38, 2005. Qualis: A1
      3. VETTORE, A. L. ; da SILVA, F. R. ; KEMPER, E. L. ; SOUZA, G. M. ; DA SILVA, A. M. ; FERRO, M. I. T. ; HENRIQUE-SILVA, F. ; GIGLIOTI, E. A. ; LEMOS, M. V. F. ; Coutinho, L. L. ; NOBREGA, M. P. ; Carrer, H. ; FRANCA, S. C. ; BACCI, M. ; GOLDMAN, M. H. S. ; GOMES, S. L. ; NUNES, L. R. ; Camargo, L. E. A. ; SIQUEIRA, W. J. ; VAN SLUYS, M. A.. Analysis and functional annotation of an expressed sequence tag collection for tropical crop sugarcane.. Genome Research, United States. v. 13, n. 12, p. 2725-2735, 2003. Qualis: Não identificado (GENOME RESEARCH, UNITED STATES)
      4. SOUZA, Glaucia Mendes ; SIMÕES, Ana Carolina Quirino ; OLIVEIRA, Katia C. ; GARAY, H. M. ; FIORINI, Leonardo Costa ; GOMES, F. S. ; NISHIYAMA-JUNIOR, M. Y. ; DA SILVA, A. M.. The sugarcane signal transduction (SUCAST) catalogue: prospecting signal transduction in sugarcane.. Genetics and Molecular Biology. v. 24, n. 1-4, p. 25-34, 2001. Qualis: A4

    • Aline Maria da Silva ⇔ Carlos Frederico Martins Menck (2.0)
      1. VETTORE, A. L. ; da SILVA, F. R. ; KEMPER, E. L. ; SOUZA, G. M. ; DA SILVA, A. M. ; FERRO, M. I. T. ; HENRIQUE-SILVA, F. ; GIGLIOTI, E. A. ; LEMOS, M. V. F. ; Coutinho, L. L. ; NOBREGA, M. P. ; Carrer, H. ; FRANCA, S. C. ; BACCI, M. ; GOLDMAN, M. H. S. ; GOMES, S. L. ; NUNES, L. R. ; Camargo, L. E. A. ; SIQUEIRA, W. J. ; VAN SLUYS, M. A.. Analysis and functional annotation of an expressed sequence tag collection for tropical crop sugarcane.. Genome Research, United States. v. 13, n. 12, p. 2725-2735, 2003. Qualis: Não identificado (GENOME RESEARCH, UNITED STATES)
      2. Simpson, A. J. G. ; Reinach, F.C. ; Arruda, P. ; Abreu, F. A. ; Acencio, M. ; Alvarenga, R. ; Alves, L. M. C. ; Araya, J. E. ; Baia, G. S. ; Baptista, C. S. ; Barros, M. H. ; Bonaccorsi, E. D. ; Bordin, S. ; Bové, J. M. ; Briones, M. R. S. ; Bueno, M. R. P. ; CAMARGO, A. A. ; Camargo, L. E. A. ; Carraro, D. M. ; DA SILVA, A. M.. The genome sequence of the plant pathogen Xylella fastidiosa.. Nature (London), Londres. v. 406, p. 151-157, 2000. Qualis: Não identificado (NATURE , LONDRES)

    • Aline Maria da Silva ⇔ Helena Paula Brentani (2.0)
      1. BRENTANI, Helena ; CABALLERO, Otavia L. ; CAMARGO, Anamaria A. ; DASILVA, Aline M. ; SILVA, JR., Wilson Araujo da ; DIAS-NETO, Emmanuel ; GRIVET, Marco ; GRUBER, Arthur ; GUIMARAES, Pedro Edson Moreira ; ISELI, Christian ; JONGENEEL, Victor ; KELSO, Janet ; NAGAI, Maria Aparecida ; OJOPI, Elida P.b ; OSORIO, Elisson C. ; REIS, EM ; RIGGINS, Gregory J. ; SIMPSON, Andrew John George ; SOUZA, Sandro de ; STEVENSON, Brian J.. The generation and utilization of a cancer-oriented representation of the human transcriptome by using expressed sequence tags. PNAS. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, EUA. v. 100, n. 23, p. 13418-13423, 2003. Qualis: A1 (PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA)
      2. CAMARGO, Anamaria A. ; SAMAIA, Helena Brentani ; DIAS-NETO, Emmanuel ; SIMÃO, Daniel F. ; MIGOTTO, Italo A. ; BRIONES, Marcelo R. S. ; COSTA, Fernando F. ; NAGAI, Maria Aparecida ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; ZAGO, Marco A. ; ANDRADE, Luis Eduardo C. ; CARRER, Helaine ; EL-DORRY, Hamza ; ESPREAFICO, Enilza M. ; HABR-GAMA, Angelita ; GIANNELLA-NETO, Daniel ; GOLDMAN, Gustavo H. ; GRUBER, Arthur ; HACKEL, Christine ; REIS, EM. The contribution of 700,000 ?ORF sequence tags? to the definition of the human transcriptome.. PNAS. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, USA. v. 98, n. 21, p. 12103-12108, 2001. Qualis: A1 (PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA)

    • Aline Maria da Silva ⇔ Marie-Anne Van Sluys (2.0)
      1. VETTORE, A. L. ; da SILVA, F. R. ; KEMPER, E. L. ; SOUZA, G. M. ; DA SILVA, A. M. ; FERRO, M. I. T. ; HENRIQUE-SILVA, F. ; GIGLIOTI, E. A. ; LEMOS, M. V. F. ; Coutinho, L. L. ; NOBREGA, M. P. ; Carrer, H. ; FRANCA, S. C. ; BACCI, M. ; GOLDMAN, M. H. S. ; GOMES, S. L. ; NUNES, L. R. ; Camargo, L. E. A. ; SIQUEIRA, W. J. ; VAN SLUYS, M. A.. Analysis and functional annotation of an expressed sequence tag collection for tropical crop sugarcane.. Genome Research, United States. v. 13, n. 12, p. 2725-2735, 2003. Qualis: Não identificado (GENOME RESEARCH, UNITED STATES)
      2. Simpson, A. J. G. ; Reinach, F.C. ; Arruda, P. ; Abreu, F. A. ; Acencio, M. ; Alvarenga, R. ; Alves, L. M. C. ; Araya, J. E. ; Baia, G. S. ; Baptista, C. S. ; Barros, M. H. ; Bonaccorsi, E. D. ; Bordin, S. ; Bové, J. M. ; Briones, M. R. S. ; Bueno, M. R. P. ; CAMARGO, A. A. ; Camargo, L. E. A. ; Carraro, D. M. ; DA SILVA, A. M.. The genome sequence of the plant pathogen Xylella fastidiosa.. Nature (London), Londres. v. 406, p. 151-157, 2000. Qualis: Não identificado (NATURE , LONDRES)

    • Aline Maria da Silva ⇔ Robson Francisco de Souza (2.0)
      1. Moreira, Leandro M ; Almeida, Nalvo F ; Potnis, Neha ; DIGIAMPIETRI, L. A. ; Adi, Said S ; Bortolossi, Julio C ; da Silva, Ana C ; da Silva, Aline M ; de Moraes, Fabricio E ; de Oliveira, Julio C ; de SOUZA, Robson Francisco ; Fancincani, Agda P ; Ferraz, Andre L ; Ferro, Maria I ; Furlan, Luiz R ; Gimenez, Daniele F ; Jones, Jeffrey B ; Kitajima, Elliot W ; Laia, Marcelo L ; Leite, Rui P. Novel insights into the genomic basis of citrus canker based on the genome sequences of two strains of Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii. BMC GENOMICS. v. 11, p. 238, 2010. Qualis: A2
      2. Moreira, Leandro M ; de Laia, Marcelo L ; De Souza, Robson F ; Zaini, Paulo A ; da Silva, Ana CR ; da Silva, Aline M ; Ferro, Jesus A. Development and validation of a Xanthomonas axonopodis pv. citri DNA microarray platform (XACarray) generated from the shotgun libraries previously used in the sequencing of this bacterial genome. BMC Research Notes. v. 3, p. 150, 2010. Qualis: B1

    • Aline Maria da Silva ⇔ Alan Mitchell Durham (1.0)
      1. KOIDE, T. ; ZAINI, P. A. ; MOREIRA, L. M. ; VENCIO, R. Z. N. ; MATSUKUMA, A. Y. ; DURHAM, A. M. ; TEIXEIRA, D. C. ; EL-DORRY, H. ; MONTEIRO, P. B. ; DA SILVA, A. C. R. ; Verjovski-Almeida, S. ; Verjovski-Almeida, S. ; da SILVA, A. M. ; GOMES, S. L.. DNA microarray-based genome comparison of a pathogenic and a nonpathogenic strain of Xylella fastidiosa delineates genes important for bacterial virulence.. Journal of Bacteriology (Print). v. 186, p. 5442-5449, 2004. Qualis: A3

    • Aline Maria da Silva ⇔ Tie Koide (1.0)
      1. KOIDE, T. ; ZAINI, P. A. ; MOREIRA, L. M. ; VENCIO, R. Z. N. ; MATSUKUMA, A. Y. ; DURHAM, A. M. ; TEIXEIRA, D. C. ; EL-DORRY, H. ; MONTEIRO, P. B. ; DA SILVA, A. C. R. ; Verjovski-Almeida, S. ; Verjovski-Almeida, S. ; da SILVA, A. M. ; GOMES, S. L.. DNA microarray-based genome comparison of a pathogenic and a nonpathogenic strain of Xylella fastidiosa delineates genes important for bacterial virulence.. Journal of Bacteriology (Print). v. 186, p. 5442-5449, 2004. Qualis: A3




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