Programa de Pós Graduação em Bioinformática

Aline Maria da Silva

Sou graduada em Farmácia pela Universidade de São Paulo (1983), obtive título de Doutora em Bioquímica no Instituto de Química da Universidade de São Paulo (1987) sob orientação da Profa. Maria Helena Juliani, como bolsista da FAPESP. Realizei estágio de Pós-Doutorado (2 anos) na Saint Louis University, EUA (1987-1989) sob supervisão da Profa. Claudette Klein, como bolsista do CNPq. Fui pesquisadora no Centro de Biotecnologia do Instituto Butantan (1987-1990). Desde 1991 sou docente no Departamento de Bioquímica do Instituto de Química da Universidade de São Paulo. Em 1999 obtive o título de Livre-Docência em Bioquímica e desde 2008 sou Professora Titular. Em 2011, fui pesquisadora visitante (6 meses) na Universidade da California, Berkeley, no laboratório do Prof. Steve Lindow, como bolsista da FAPESP. Em 2017, fui nomeada como membro da Academia de Ciências do Estado de São Paulo. Minha área de pesquisa é bioquímica, biologia molecular e genômica de bactérias e bacteriófagos. Por vários anos, o grupo de pesquisa que lidero investigou os mecanismos de virulência e adaptação da bactéria Xylella fastidiosa que coloniza e causa doenças em diversas plantas tais como laranjeiras, videiras e oliveiras. Em outra frente de trabalho, investigamos a diversidade e a dinâmica de comunidades microbianas em ambientes naturais e engenheirados através de abordagens da metagenômica. Mais recentemente, o escopo da pesquisa em nosso grupo foi ampliado para a descoberta e caracterização molecular de bacteriófagos com potencial de aplicação em fagoterapia e para o estudo de mecanismos envolvidos na interação fago-bactéria. Nosso grupo é membro do CEPID B3, Centro de Pesquisa em Biologia de Bactérias e Bacteriófagos, financiado pela FAPESP. Contato: almsilva@iq.usp.br (Texto informado pelo autor)

http://lattes.cnpq.br/2653769170795641 (12/09/2024)

Rótulo/Grupo:

Bolsa CNPq:

Período de análise:

Endereço: Universidade de São Paulo, Instituto de Química, Departamento de Bioquímica. Av. Prof.Lineu Prestes 748 Butantan 05508000 - São Paulo, SP - Brasil Telefone: (11) 30912182 URL da Homepage: http://www3.iq.usp.br/pessoas_view.php?idDocente=4

Grande área: Ciências Biológicas

Área: Microbiologia

Citações: Google Acadêmico

Produção bibliográfica

Artigos completos publicados em periódicos (70)
1. FEITOSA-JUNIOR, OSEIAS R. ; LUBBE, ANDREA ; KOSINA, SUZANNE M. ; MARTINS-JUNIOR, JOAQUIM ; BARBOSA, DEIBS ; BACCARI, CLELIA ; ZAINI, Paulo A. ; BOWEN, BENJAMIN P. ; NORTHEN, TRENT R. ; LINDOW, STEVEN E. ; da Silva, Aline M.. The Exometabolome of Xylella fastidiosa in Contact with Paraburkholderia phytofirmans Supernatant Reveals Changes in Nicotinamide, Amino Acids, Biotin, and Plant Hormones. METABOLITES. v. 14, p. 82, 2024. Qualis: A2
2. CARHUARICRA-HUAMAN, DENNIS ; GONZALEZ, IRYS H.L. ; RAMOS, PATRICIA L. ; da Silva, Aline M. ; SETUBAL, JOAO C.. Analysis of twelve genomes of the bacterium from brown-throated sloths ( ), the first from a non-human host. PeerJ. v. 12, p. e17206, 2024. Qualis: A2
3. FLORES, VINICIUS S. ; AMGARTEN, DEYVID E. ; IHA, BRUNO KOSHIN VÁZQUEZ ; RYON, KRISTA A. ; DANKO, DAVID ; TIERNEY, BRADEN T. ; MASON, CHRISTOPHER ; Da Silva, Aline Maria ; SETUBAL, JOÃO CARLOS. Discovery and description of novel phage genomes from urban microbiomes sampled by the MetaSUB consortium. Scientific Reports. v. 14, p. ARTN 7913, 2024. Qualis: A2
4. DAVID, EBUKA E. ; IGWENYI, IKECHUKU O. ; IROHA, IFEANYICHUKWU R. ; MARTINS, LAYLA F. ; UCEDA-CAMPOS, GUILLERMO ; da Silva, Aline M.. Bacillus cereus containing nheA, hblC and cytk enterotoxin genes is associated with acute childhood gastroenteritis in Nigeria. Indian Journal of Medical Microbiology. v. 51, p. 100666, 2024. Qualis: Não identificado (INDIAN JOURNAL OF MEDICAL MICROBIOLOGY)
5. DAVID, EBUKA ELIJAH ; IGWENYI, IKECHUKU OKORIE ; IROHA, IFEANYICHUKWU ROMANUS ; MARTINS, Layla Farage ; UCEDA-CAMPOS, GUILLERMO ; Da Silva, Aline Maria. Draft genome sequence of Enterobacter cloacae ST473 harbouring blaCMH-3 isolated from a human patient diagnosed with recurrent bacteriuria in Nigeria. Access Microbiology. v. 5, p. 000565.v3, 2023. Qualis: Não identificado (ACCESS MICROBIOLOGY)
6. DOURADO, M. N. ; PIERRY, PAULO M. ; FEITOSA-JUNIOR, OSEIAS R. ; UCEDA-CAMPOS, GUILLERMO ; BARBOSA, D. ; ZAINI, Paulo A. ; DANDEKAR, A. M. ; A M da Silva ; ARAUJO, W. L.. Transcriptome and Secretome Analyses of Endophyte Methylobacterium mesophilicum and Pathogen Xylella fastidiosa Interacting Show Nutrient Competition. Microorganisms. v. 11, p. ARTN 2755, 2023. Qualis: B1
7. HARADA, LILIAM K ; SILVA, ERICA C ; ROSSI, FERNANDO PN ; CIEZA, BASILIO ; OLIVEIRA, THAIS J ; PEREIRA, CARLA ; TOMAZETTO, GEIZECLER ; SILVA, BIANCA B ; SQUINA, FABIO M ; VILA, MARTA MDC ; SETUBAL, JOÃO C ; HA, TAEKJIP ; da Silva, Aline M ; BALCÃO, VICTOR M. Characterization and in vitro testing of newly isolated lytic bacteriophages for the biocontrol of Pseudomonas aeruginosa. Future Microbiology. v. 17, p. fmb-2021-0266, 2022. Qualis: A3
8. MARQUIONI, VINÍCIUS ; ROSSI, FERNANDO PACHECO NOBRE ; MENDONÇA, DEBORAH CEZAR ; MARTINS, Layla Farage ; BEHLAU, FRANKLIN ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; Da Silva, Aline Maria ; NOVO-MANSUR, MARIA TERESA MARQUES. Isolation and characterization of vB_XciM_LucasX, a new jumbo phage that infects Xanthomonas citri and Xanthomonas fuscans. PLoS One. v. 17, p. e0266891, 2022. Qualis: A1
9. UCEDA-CAMPOS, GUILLERMO ; FEITOSA-JUNIOR, OSEIAS R. ; SANTIAGO, CAIO R. N. ; PIERRY, PAULO M. ; ZAINI, Paulo A. ; DE SANTANA, WESLEY O. ; MARTINS-JUNIOR, JOAQUIM ; BARBOSA, DEIBS ; DIGIAMPIETRI, LUCIANO A. ; SETUBAL, JOÃO C. ; da Silva, Aline M.. Comparative Genomics of Xylella fastidiosa Explores Candidate Host-Specificity Determinants and Expands the Known Repertoire of Mobile Genetic Elements and Immunity Systems. Microorganisms. v. 10, p. 914, 2022. Qualis: B1
10. BUTARELLI, ANA CAROLINA DE ARAÚJO ; FERREIRA, LUCAS SALOMÃO DE SOUSA ; RIYUZO, RAQUEL ; DALL?AGNOL, HIVANA MELO BARBOSA ; PIROUPO, CARLOS MORAIS ; Da Silva, Aline Maria ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; DALL?AGNOL, LEONARDO TEIXEIRA. Diversity assessment of photosynthesizers: comparative analysis of pre-cultivated and natural microbiome of sediments from Cerrado biome in Maranhão, Brazil. Environmental Science and Pollution Research. v. 29, p. 1-16, 2022. Qualis: Não identificado (ENVIRONMENTAL SCIENCE AND POLLUTION RESEARCH)
11. JUSTO AREVALO, SANTIAGO ; ZAPATA SIFUENTES, DANIELA ; CUBA PORTOCARRERO, ANDREA ; BRESCIA REÁTEGUI, MICHELLA ; MONGE PIMENTEL, CLAUDIA ; FARAGE MARTINS, LAYLA ; MARQUES PIERRY, PAULO ; MORAIS PIROUPO, CARLOS ; GUERRA SANTA CRUZ, ALCIDES ; QUIÑONES AGUILAR, MAURO ; SHAKER FARAH, CHUCK ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; Da Silva, Aline Maria. Genomic Characterization of Isolated from Mine Tailings in Peru and Evaluation of Its Cyanide-Degrading Enzyme CynD. APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY. v. 88, p. e00916-22, 2022. Qualis: A1
12. FREMIN, BRAYON J. ; BHATT, AMI S. ; KYRPIDES, NIKOS C. ; SENGUPTA, ADITI ; SCZYRBA, ALEXANDER ; Maria da Silva, Aline ; BUCHAN, ALISON ; GAUDIN, AMELIE ; BRUNE, ANDREAS ; HIRSCH, ANN M. ; NEUMANN, ANTHONY ; SHADE, ASHLEY ; VISEL, AXEL ; CAMPBELL, BARBARA ; BAKER, BRETT ; HEDLUND, BRIAN P. ; CRUMP, BYRON C. ; CURRIE, CAMERON ; KELLY, CHARLENE ; CRAFT, CHRIS. Thousands of small, novel genes predicted in global phage genomes. Cell Reports. v. 39, p. 110984, 2022. Qualis: A1
13. BALCÃO, VICTOR M. ; MORELI, FERNANDA C. ; SILVA, ERICA C. ; BELLINE, BIANCA G. ; MARTINS, LAYLA F. ; ROSSI, FERNANDO P. N. ; PEREIRA, CARLA ; VILA, MARTA M. D. C. ; da Silva, Aline M.. Isolation and Molecular Characterization of a Novel Lytic Bacteriophage that Inactivates MDR Klebsiella Pneumoniae Strains. PHARMACEUTICS. v. 14, p. 1421, 2022. Qualis: A1
14. BALCÃO, VICTOR M ; BASU, AAKASH ; CIEZA, BASILIO ; ROSSI, FERNANDO N ; PEREIRA, CARLA ; VILA, MARTA MDC ; SETUBAL, JOÃO C ; HA, TAEKJIP ; da Silva, Aline M. Pseudomonas -tailed lytic phages: genome mechanical analysis and putative correlation with virion morphogenesis yield. Future Microbiology. v. 17, p. 10.2217/fmb-202, 2022. Qualis: A3
15. AMGARTEN, DEYVID ; IHA, BRUNO KOSHIN VÁZQUEZ ; PIROUPO, CARLOS MORAIS ; Da Silva, Aline Maria ; SETUBAL, JOÃO CARLOS. vHULK, a New Tool for Bacteriophage Host Prediction Based on Annotated Genomic Features and Neural Networks. Phage-Therapy Applications And Research. v. 3, p. phage.2021.0016, 2022. Qualis: Não identificado (PHAGE-THERAPY APPLICATIONS AND RESEARCH)
16. FEITOSA-JUNIOR, OSEIAS RODRIGUES ; SOUZA, ANA PAULA SILVA ; ZAINI, Paulo A. ; BACCARI, CLELIA ; IONESCU, MICHAEL ; PIERRY, PAULO MARQUES ; UCEDA-CAMPOS, GUILLERMO ; LABROUSSAA, FABIEN ; ALMEIDA, RODRIGO P. P. ; LINDOW, STEVEN ; Da Silva, Aline Maria. The XadA trimeric autotransporter adhesins in Xylella fastidiosa differentially contribute to cell aggregation, biofilm formation, insect transmission and virulence to plants. MOLECULAR PLANT-MICROBE INTERACTIONS. v. 35, p. 857-866, 2022. Qualis: A1
17. ASSIS, RENATA A.B. ; VARANI, ALESSANDRO M. ; SAGAWA, CINTIA H.D. ; PATANÉ, JOSÉ S.L. ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; UCEDA-CAMPOS, GUILLERMO ; Da Silva, Aline Maria ; ZAINI, Paulo A. ; ALMEIDA, NALVO F. ; MOREIRA, LEANDRO MARCIO ; DANDEKAR, ABHAYA M.. A comparative genomic analysis of Xanthomonas arboricola pv. juglandis strains reveal hallmarks of mobile genetic elements in the adaptation and accelerated evolution of virulence. GENOMICS. v. 113, p. 2513-2525, 2021. Qualis: A3
18. FERREIRA, L. S. ; BUTARELLI, A. C. D. ; SOUSA, R. D. ; OLIVEIRA, M. A. ; MORAES, P. H. ; RIBEIRO, I. S. ; SOUSA, P. F. ; DALLAGNOL, H. M. ; LIMA, A. R. J. ; GONCALVES, E. C. ; SIVONEN, K. ; FEWER, D. ; RIYUZO, R. ; PIROUPO, C. M. ; da Silva, Aline M ; SETUBAL, J. C. ; DALLAGNOL, L. T.. High-Quality Draft Genome Sequence of Pantanalinema sp. GBBB05, a Cyanobacterium From Cerrado Biome. FRONTIERS IN ECOLOGY AND EVOLUTION. v. 9, p. 639852, 2021. Qualis: A2
19. ROSSMANN, MAIKE ; THOMAS, ANDREW MALTEZ ; GUIMA, SUZANA SATO ; MARTINS, Layla Farage ; INDERBITZIN, PATRIK ; KNIGHT-CONNONI, VICTORIA ; Da Silva, Aline Maria ; SETUBAL, JOÃO C.. Microbiomes of Field-Grown Maize and Soybean in Southeastern and Central Brazil Inferred by High-Throughput 16S and Internal Transcribed Spacer Amplicon Sequencing. Microbiology Resource Announcements. v. 10, p. e00528-21, 2021. Qualis: C
20. BRAGA, LUCAS PALMA PEREZ ; PEREIRA, ROBERTA VERCIANO ; MARTINS, Layla Farage ; MOURA, LIVIA MARIA SILVA ; SANCHEZ, FABIO BELTRAME ; PATANÉ, JOSÉ SALVATORE LEISTER ; Da Silva, Aline Maria ; SETUBAL, JOÃO CARLOS. Genome-resolved metagenome and metatranscriptome analyses of thermophilic composting reveal key bacterial players and their metabolic interactions. BMC GENOMICS. v. 22, p. 652, 2021. Qualis: A2
21. PIERRY, PAULO M. ; DE SANTANA, WESLEY OLIVEIRA ; KITAJIMA, JOÃO PAULO ; MARTINS-JUNIOR, JOAQUIM ; ZAINI, Paulo ; UCEDA-CAMPOS, GUILLERMO ; FEITOSA-JUNIOR, OSÉIAS R. ; PESSOA, PATRÍCIA ISABELA SILVA ; COLETTA-FILHO, HELVÉCIO ; DE SOUZA, ALESSANDRA ALVES ; MACHADO, MARCOS ANTONIO ; GESTEIRA, A. S. ; MARTINS, Layla Farage ; AMARAL, MURILO SENA ; BECKEDORFF, FELIPE ; DE ALMEIDA, LUIZ GONZAGA PAULA ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; DA SILVA, ALINE MARIA. High-quality draft genome sequence resources of eight Xylella fastidiosa strains isolated from citrus, coffee, plum and hibiscus in South America.. PHYTOPATHOLOGY. v. 110, p. phyto-05-20-016-1751-1756, 2020. Qualis: A1
22. PIERRY, PAULO MARQUES ; UCEDA-CAMPOS, GUILLERMO ; FEITOSA-JUNIOR, OSEIAS RODRIGUES ; MARTINS-JUNIOR, JOAQUIM ; DE SANTANA, WESLEY OLIVEIRA ; COLETTA-FILHO, HELVÉCIO DELLA ; ZAINI, PAULO ADRIANO ; DA- SILVA, ALINE MARIA. Genetic Diversity of Xylella fastidiosa Plasmids Assessed by Comparative Genomics. Tropical Plant Pathology. v. 45, p. 342-360, 2020. Qualis: A4
23. de SOUZA, J. B. ; ALMEIDA-SOUZA, H. O. ; ZAINI, P. A. ; ALVES, M. N. ; SOUZA, A. G. ; PIERRY, P. M. ; da Silva, Aline M. ; GOULART, L. R. ; DANDEKAR, A. M. ; NASCIMENTO, R.. Xylella fastidiosa subsp. pauca strains Fb7 and 9a5c from citrus display differential behavior, secretome, and plant virulence. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES. v. 21, p. 6769, 2020. Qualis: Não identificado (PAUCA STRAINS FB7 AND 9A5C FROM CITRUS DISPLAY DIFFERENTIAL BEHAVIOR, SECRETOME, AND PLANT VIRULENCE. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES)
24. FELESTRINO, ÉRICA BARBOSA ; SANCHEZ, ANGÉLICA BIANCHINI ; CANESCHI, WASHINGTON LUIZ ; LEMES, CAMILA GRACYELLE DE CARVALHO ; ASSIS, RENATA DE ALMEIDA BARBOSA ; CORDEIRO, ISABELLA FERREIRA ; FONSECA, NATASHA PEIXOTO ; VILLA, MORGHANA MARINA ; VIEIRA, IZADORA TABUSO ; KAMINO, LUCIANA HIROMI YOSHINO ; DO CARMO, FLÁVIO FONSECA ; Da Silva, Aline Maria ; THOMAS, ANDREW MALTEZ ; PATANÉ, JOSÉ SALVATORE LEISTER ; FERREIRA, FERNANDA CARLA ; DE FREITAS, LEANDRO GRASSI ; VARANI, ALESSANDRO DE MELLO ; FERRO, JESUS APARECIDO ; SILVA, ROBSON SOARES ; ALMEIDA, NALVO FRANCO. Complete genome sequence and analysis of Alcaligenes faecalis strain Mc250, a new potential plant bioinoculant. PLoS One. v. 15, p. e0241546, 2020. Qualis: A1
25. SILVA, NATALIA MARIA ; DE OLIVEIRA, ALINE MÁRCIA SILVA ARAÚJO ; PEGORIN, STEFANIA ; GIUSTI, CAMILA ESCANDURA ; FERRARI, VITOR BATISTA ; BARBOSA, DEIBS ; MARTINS, Layla Farage ; MORAIS, CARLOS ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; VASCONCELLOS, SUZAN PANTAROTO ; DA SILVA, ALINE MARIA ; DE OLIVEIRA, JULIO CEZAR FRANCO ; PASCON, RENATA CASTIGLIONI ; VIANA-NIERO, CRISTINA. Characterization of novel hydrocarbon-degrading Gordonia paraffinivorans and Gordonia sihwensis strains isolated from composting. PLoS One. v. 14, p. e0215396, 2019. Qualis: A1
26. FEITOSA-JUNIOR, OSÉIAS R. ; STEFANELLO, ELIEZER ; ZAINI, Paulo ; NASCIMENTO, RAFAEL ; PIERRY, PAULO M. ; DANDEKAR, ABHAYA ; LINDOW, STEVEN ; DA SILVA, ALINE MARIA. Proteomic and metabolomic analyses of Xylella fastidiosa OMV-enriched fractions reveal association with virulence factors and signaling molecules of the DSF family. PHYTOPATHOLOGY. v. 109, p. PHYTO-03-19-008, 2019. Qualis: A1
27. BAPTISTA, M.S. ; Alves, M.J.M. ; ARANTES, G.M. ; ARMELIN, H.A. ; AUGUSTO, O. ; Baldini, R.L. ; BASSERES, D.S. ; BECHARA, E.J.H. ; BRUNI-CARDOSO, A. ; CHAIMOVICH, H. ; Colepicolo Neto, P. ; Colli, W. ; CUCCOVIA, I.M. ; da-Silva, A.M. ; Di Mascio, P. ; FARAH, S.C. ; FERREIRA, C. ; Forti, F.L. ; Giordano, R.J. ; GOMES, S.L.. Where do we aspire to publish? A position paper on scientific communication in biochemistry and molecular biology. Brazilian Journal of Medical and Biological Research (on line). v. 52, p. 1414-431x201989, 2019. Qualis: A4
28. TANG, FENNY H. F. ; STAQUICINI, FERNANDA I. ; TEIXEIRA, ANDRÉ A. R. ; MICHALOSKI, JUSSARA S. ; NAMIYAMA, GISLENE M. ; TANIWAKI, NOEMI N. ; SETUBAL, JOÃO C. ; da Silva, Aline M. ; SIDMAN, RICHARD L. ; PASQUALINI, RENATA ; ARAP, WADIH ; GIORDANO, RICARDO J.. A ligand motif enables differential vascular targeting of endothelial junctions between brain and retina. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA. v. 116, p. 201809483, 2019. Qualis: A1
29. RAMOS, PATRÍCIA L. ; KONDO, MÁRCIA Y. ; SANTOS, SAARA M. B. ; DE VASCONCELLOS, SUZAN P. ; ROCHA, RAFAEL C. S. ; DA CRUZ, JOÃO B. ; EUGENIO, PATRÍCIA F. M. ; CABRAL, HAMILTON ; JULIANO, MARIA A. ; JULIANO, LUIZ ; SETUBAL, JOÃO C. ; da Silva, Aline M. ; CAPPELINI, LUCIANA T. D.. A Tropical Composting Operation Unit at São Paulo Zoo as a Source of Bacterial Proteolytic Enzymes. APPLIED BIOCHEMISTRY AND BIOTECHNOLOGY. v. 187, p. 282-297, 2019. Qualis: A3
30. BRAGA, STEFANIA PEGORIN ; DOS SANTOS, ALEXANDRE PAES ; PAGANINI, THAIS ; BARBOSA, DEIBS ; EPAMINO, GEORGE WILLIAN CONDOMITTI ; MORAIS, CARLOS ; MARTINS, Layla Farage ; SILVA, ALINE MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; VALLIM, MARCELO AFONSO ; PASCON, RENATA CASTIGLIONI. First report of cis-1,4-polyisoprene degradation by Gordonia paraffinivorans. BRAZILIAN JOURNAL OF MICROBIOLOGY. v. 50, p. 1051-1062, 2019. Qualis: B1
31. Amgarten, D. ; Braga, L.P. ; DA SILVA, A. M. ; SETUBAL, J. C.. MARVEL, a Tool for Prediction of Bacteriophage Sequences in Metagenomic Bins. Frontiers in Genetics. v. 9, p. ARTN 304, 2018. Qualis: A2
32. BRAGA, LUCAS P. P. ; SOUCY, SHANNON M. ; AMGARTEN, DEYVID E. ; da Silva, Aline M. ; SETUBAL, JOÃO C.. Bacterial Diversification in the Light of the Interactions with Phages: The Genetic Symbionts and Their Role in Ecological Speciation. FRONTIERS IN ECOLOGY AND EVOLUTION. v. 6, p. ARTN 6, 2018. Qualis: A2
33. BAYER-SANTOS, ETHEL ; LIMA, LÍDIA DOS PASSOS ; CESETI, LUCAS DE MORAES ; RATAGAMI, CAMILA YURI ; DE SANTANA, ELIANE SILVA ; DA SILVA, ALINE MARIA ; FARAH, CHUCK SHAKER ; ALVAREZ-MARTINEZ, CRISTINA ELISA. Xanthomonas citri T6SS mediates resistance to Dictyostelium predation and is regulated by an ECF σ factor and cognate Ser/Thr kinase. ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY. v. 20, p. 1562-1575, 2018. Qualis: A1
34. Amgarten, D. ; MARTINS, Layla Farage ; LOMBARDI, K. C. ; ANTUNES, L. P. ; SOUZA, A. P. S. ; NICASTRO, G. G. ; Kitajima, E.W. ; Quaggio, R.B. ; UPTON, C. ; SETUBAL, J. C. ; da Silva, Aline M. Three novel Pseudomonas phages isolated from composting provide insights into the evolution and diversity of tailed phages. BMC GENOMICS. v. 18, p. ARTN 346, 2017. Qualis: A2
35. LEMOS, LEANDRO N. ; PEREIRA, ROBERTA V. ; QUAGGIO, RONALDO B. ; MARTINS, LAYLA F. ; MOURA, LIVIA M. S. ; DA SILVA, AMANDA R. ; ANTUNES, LUCIANA P. ; da Silva, Aline M. ; SETUBAL, JOÃO C.. Genome-Centric Analysis of a Thermophilic and Cellulolytic Bacterial Consortium Derived from Composting. Frontiers in Microbiology. v. 8, p. 644, 2017. Qualis: A1
36. ROSSI, F ; GIRARDELLO, R ; MORAIS, C ; CURY, AP ; MARTINS, LF ; SILVA, AM ; ABDALA, E ; SETUBAL, JC ; DUARTE, AJ. Plasmid-mediated mcr-1 in carbapenem-susceptible Escherichia coli ST156 causing a blood infection: an unnoticeable spread of colistin resistance in Brazil?. Clinics. v. 72, p. 642-644, 2017. Qualis: B4
37. LIMA-JUNIOR, JAMES DALTRO ; VIANA-NIERO, CRISTINA ; CONDE OLIVEIRA, DANIEL V. ; MACHADO, GABRIEL ESQUITINI ; RABELLO, MICHELLE CRISTIANE DA SILVA ; MARTINS-JUNIOR, JOAQUIM ; MARTINS, Layla Farage ; DIGIAMPIETRI, LUCIANO ANTONIO ; DA SILVA, ALINE MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; RUSSELL, DANIEL A. ; JACOBS-SERA, DEBORAH ; POPE, WELKIN H. ; HATFULL, GRAHAM F. ; LEÃO, SYLVIA CARDOSO. Characterization of mycobacteria and mycobacteriophages isolated from compost at the São Paulo Zoo Park Foundation in Brazil and creation of the new mycobacteriophage Cluster U. BMC MICROBIOLOGY. v. 16, p. 1-15, 2016. Qualis: A2
38. Principal, L.A. ; MARTINS, Layla Farage ; Pereira, R.V. ; THOMAS, A. M. ; BARBOSA, D. ; Nascimento, L.L. ; Silva, G.M.M. ; Moura, L.M.S. ; Epamino, G.W.C. ; Digiampietri, L.A. ; LOMBARDI, K. C. ; Ramos, P.L. ; Quaggio, R.B. ; OLIVEIRA, J. C. F. ; Pascon, R.C. ; Cruz, J.B. ; da Silva, Aline M ; SETUBAL, J. C.. Microbial community structure and dynamics in thermophilic composting viewed through metagenomics and metatranscriptomics. Scientific Reports. v. 6, p. 38915, 2016. Qualis: A2
39. IONESCU, M. ; ZAINI, Paulo A. ; BACCARI, C. ; Tran, S. ; da Silva, Aline M ; LINDOW, S. E.. Xylella fastidiosa outer membrane vesicles modulate plant colonization by blocking attachment to surfaces. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA. v. 111, p. E3910-E3918, 2014. Qualis: A1
40. MARTINS, Layla Farage ; Principal, L.A. ; Pascon, R.C. ; OLIVEIRA, J. C. F. ; DIGIAMPETRI, L. A. ; BARBOSA, D. ; PEIXOTO, B. M. ; VALLIM, M. A. ; VIANA-NIERO, C. ; Ostroski, E.H. ; TELLES, G. P. ; DIAS, Z. ; Cruz, J.B. ; JULIANO, L. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; da Silva, Aline M ; Setubal, J.C.. Metagenomic Analysis of a Tropical Composting Operation at the São Paulo Zoo Park Reveals Diversity of Biomass Degradation Functions and Organisms. PLoS One. v. 8, p. e61928, 2013. Qualis: A1
41. DE SOUZA, ALESSANDRA A. ; IONESCU, MICHAEL ; BACCARI, CLELIA ; da Silva, Aline M. ; LINDOW, STEVEN E.. Phenotype Overlap in Xylella fastidiosa Is Controlled by the Cyclic Di-GMP Phosphodiesterase Eal in Response to Antibiotic Exposure and Diffusible Signal Factor-Mediated Cell-Cell Signaling. APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY. v. 79, p. 3444-3454, 2013. Qualis: A1
42. IONESCU, M. ; BACCARI, C. ; DASILVA, A.M. ; Garcia A ; YOKOTA, K. ; Lindow, S.E.. Diffusible Signal Factor (DSF) Synthase RpfF of Xylella fastidiosa Is a Multifunction Protein Also Required for Response to DSF. JOURNAL OF BACTERIOLOGY. v. 195, p. 5273-5284, 2013. Qualis: A3
43. Gazarini, Marcos L. ; Beraldo, Flávio H. ; Almeida, Fabiana M. ; Bootman, Martin ; da Silva, Aline M. ; Garcia, Célia R. S.. Melatonin triggers PKA activation in the rodent malaria parasite Plasmodium chabaudi. Journal of Pineal Research. v. 50, p. 64-70, 2011. Qualis: A1
44. MOREIRA, Leandro M ; Almeida, Nalvo F ; Potnis, Neha ; Digiampietri, Luciano A ; Adi, Said S ; Bortolossi, Julio C ; da Silva, Ana C ; da Silva, Aline M ; de Moraes, Fabricio E ; de Oliveira, Julio C ; de Souza, Robson F ; Fancincani, Agda P ; Ferraz, Andre L ; Ferro, Maria I ; Furlan, Luiz R ; Gimenez, Daniele F ; Jones, Jeffrey B ; Kitajima, Elliot W ; Laia, Marcelo L ; Leite, Rui P. Novel insights into the genomic basis of citrus canker based on the genome sequences of two strains of Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii. BMC Genomics. v. 11, p. 238, 2010. Qualis: A2
45. Fogaça, Andréa C. ; ZAINI, Paulo A. ; Wulff, Nelson A. ; da Silva, Patrícia I.P. ; Fázio, Marcos A. ; Miranda, Antônio ; Daffre, Sirlei ; da Silva, Aline M.. Effects of the antimicrobial peptide gomesin on the global gene expression profile, virulence and biofilm formation of. FEMS Microbiology Letters. v. 306, p. 152-159, 2010. Qualis: B2
46. MOREIRA, Leandro M ; de Laia, Marcelo L ; de Souza, Robson F ; Zaini, Paulo A ; da Silva, Ana CR ; da Silva, Aline M ; Ferro, Jesus A. Development and validation of a Xanthomonas axonopodis pv. citri DNA microarray platform (XACarray) generated from the shotgun libraries previously used in the sequencing of this bacterial genome. BMC RESEARCH NOTES. v. 3, p. 150, 2010. Qualis: B1
47. ALMEIDA, F. M. ; BONINI, B. M. ; BETON, Daniela ; Jorge, J.A. ; TERENZI, H. F. ; DA SILVA, A. M.. Heterologous expression in Escherichia coli of Neurospora crassa neutral trehalase as an active enzyme. Protein Expression and Purification. v. 65, p. 185-189, 2009. Qualis: B2
48. Gonzalez-Kristeller, D.C. ; FARAGE, L. ; FIORINI, L.C. ; LOOMIS, W. F. ; DASILVA, A.M.. The P450 oxidoreductase, RedA, controls development beyond the mound stage in Dictyostelium discoideum. BMC Developmental Biology (Online). v. 8, p. 1-10, 2008. Qualis: B1
49. ZAINI, Paulo A. ; FOGAÇA, A.C. ; LUPO, F.N. G. ; NAKAYA, Helder I ; VENCIO, Ricardo Z N ; DASILVA, A.M.. The iron stimulon of Xylella fastidiosa includes genes for type-IV pilus and colicin V-like bacteriocins. JOURNAL OF BACTERIOLOGY. v. 190, p. 2368-2378, 2008. Qualis: A3
50. ANDRIOLI, Luiz Paulo ; SOUZA, Glaucia Mendes ; DA SILVA, A. M.. Staurosporine induces tyrosine phosphorylation in Dictyostelium discoideum proteins. Cell Biochemistry and Function. v. 25, p. 555-561, 2007. Qualis: B1
51. SOUSA-CANAVEZ, J. M. ; BETON, Daniela ; Gonzalez-Kristeller, D.C. ; DA SILVA, A. M.. Identification and domain mapping of Dictyostelium discoideum type-1 protein phosphatase inhibitor-2. Biochimie (Paris). v. 89, p. 692-701, 2007. Qualis: A2
52. LOURO, Rodrigo ; NAKAYA, Helder I ; AMARAL, P. P. ; FESTA, Fernanda ; SOGAYAR, Mari C ; DA SILVA, A. M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, Eduardo M.. Androgen responsive intronic non-coding RNAs. BMC BIOLOGY. v. 5:4, p. 1-14, 2007. Qualis: A1
53. NAKAYA, Helder I ; AMARAL, P. P. ; LOURO, Rodrigo ; LOPES, A. ; FACHEL, A. A. ; Moreira, Y.B. ; El-Jundi, T.A. ; DA SILVA, A. M. ; REIS, Eduardo M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Genome mapping and expression analyses of human intronic noncoding RNAs reveal tissue-specific patterns and enrichment in genes related to regulation of transcription. Genome Biology. v. 8, p. 1-25, 2007. Qualis: Não identificado (GENOME BIOLOGY)
54. PASHALIDIS, Stefano ; MOREIRA, Leandro M. ; ZAINI, Paulo A. ; CAMPANHARO, Joao C ; ALVES, Lucia M C ; CIAPINA, Luciane P ; VENCIO, Ricardo Z. N. ; LEMOS, Eliana G M ; DA SILVA, A. M. ; DA SILVA, Ana C. R.. Whole-genome expression Profiling of Xylella fastidiosa in response to growth on glucose.. OMICS: Journal of Integrative Biology. v. 9, p. 77-90, 2005. Qualis: Não identificado (OMICS: JOURNAL OF INTEGRATIVE BIOLOGY)
55. PAPINI-TERZI, Flavia ; ROCHA, Flavia R. ; VENCIO, Ricardo Z. N. ; OLIVEIRA, Katia C. ; FELIX, Juliana M. ; VINCENTINI, Renato ; ROCHA, Cristiane S. ; SIMÕES, Ana Carolina Quirino ; ULIAN, Eugenio C. ; Di MAURO, Sônia M.Z. ; DA SILVA, A. M. ; PEREIRA, Carlos A. B. ; MENOSSI, Marcelo ; SOUZA, Glaucia Mendes. Transcription profiling of signal transduction-related genes in sugarcane tissues.. DNA Research. v. 12, n. 1, p. 27-38, 2005. Qualis: A1
56. BERALDO, F. H ; ALMEIDA, F. M. ; DA SILVA, A. M. ; GARCIA, C.R.S.. Cyclic AMP and calcium interplay as second messengers in melatonin-dependent regulation of Plasmodium falciparum cell cycle. Journal of Cell Biology. v. 170, n. 4, p. 551-557, 2005. Qualis: A1 (THE JOURNAL OF CELL BIOLOGY)
57. Reis, E. M. ; OJOPI, Elida ; ALBERTO, Fernando L ; RAHAL, Paula ; TSUKUMO, Fernando ; MANCINI, Ulises M ; GUIMARAES, Gustavo S ; THOMPSON, Gloria M A ; CAMACHO, Cleber ; MIRACCA, Elisabete ; CARVALHO, Andre L ; MACHADO, Abimael A ; PAQUOLA, Apua ; CERUTTI, Janette ; DA SILVA, A. M. ; PEREIRA, Gonçalo G ; VALENTINI, Sandro R ; KOWALSKI, Luiz P ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; TAJARA, Eloiza H. Large-scale Transcriptome Analyses Reveal New Genetic Marker Candidates of Head, Neck, and Thyroid Cancer. Cancer Research (Chicago, Ill.). v. 65, p. 1693-1699, 2005. Qualis: A1
58. LOURO, Rodrigo ; NAKAYA, Helder I ; PAQUOLA, Apua ; MARTINS, Elizabeth A. L. ; DA SILVA, A. M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, Eduardo Moraes R.. RASL11A, member of a novel small monomeric GTPase gene family, is down-regulated in prostate tumors.. Biochemical and Biophysical Research Communications, Holanda. v. 316, n. 3, p. 618-627, 2004. Qualis: A3 (BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS)
59. MENEZES, Luis F C ; CAI, Yiqiang ; NAGASAWA, Yasuyuki ; SILVA, Ana M G ; WATKINS, Mary Lou ; DA SILVA, A. M. ; SOMLO, Stefan ; WOODFORD, Lisa M Guay ; GERMINO, Gregory G ; ONUCHIC, Luiz F. Polyductin, the PKHD1 gene product, comprises isoforms expressed in plasma membrane, primary cilium and cytoplasm. Kidney International, Estados Unidos da América. v. 66, n. 4, p. 1345-1355, 2004. Qualis: Não identificado (KIDNEY INTERNATIONAL, ESTADOS UNIDOS DA AMÉRICA)
60. Reis, Eduardo M ; Nakaya, Helder I ; Louro, Rodrigo ; Canavez, Flavio C ; Flatschart, Áurea V F ; Almeida, Giulliana T ; Egidio, Camila M ; Paquola, Apuã C ; Machado, Abimael A ; Festa, Fernanda ; Yamamoto, Denise ; Alvarenga, Renato ; da Silva, Camille C ; Brito, Glauber C ; Simon, Sérgio D ; Moreira-Filho, Carlos A ; Leite, Katia R ; Camara-Lopes, Luiz H ; Campos, Franz S ; DA SILVA, A. M.. Antisense intronic non-coding RNA levels correlate to the degree of tumor differentiation in prostate cancer. Oncogene (Basingstoke). v. 23, p. 6684-6692, 2004. Qualis: A1
61. KOIDE, T. ; ZAINI, P. A. ; MOREIRA, L. M. ; VENCIO, R. Z. N. ; MATSUKUMA, A. Y. ; DURHAM, A. M. ; TEIXEIRA, D. C. ; EL-DORRY, H. ; MONTEIRO, P. B. ; DA SILVA, A. C. R. ; Verjovski-Almeida, S. ; DA SILVA, A. M. ; GOMES, S. L.. DNA Microarray-Based Genome Comparison of a Pathogenic and a Nonpathogenic Strain of Xylella fastidiosa Delineates Genes Important for Bacterial Virulence. Journal of Bacteriology (Print). v. 186, p. 5442-5449, 2004. Qualis: A3
62. ANDRIOLI, Luiz Paulo M. ; ZAINI, Paulo A. ; Viviani W ; DA SILVA, A. M.. Dictyostelium discoideum protein phosphatase-1 catalytic subunit exhibits distinct biochemical properties. Biochemical Journal (London. 1984). v. 373, n. 3, p. 703-711, 2003. Qualis: Não identificado (1984))
63. Paquola, A. C. M. ; NISHYIAMA, M. Y. ; Reis, E. M. ; DA SILVA, A. M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S.. ESTWeb: bioinformatics services for EST sequencing projects. Bioinformatics (Oxford. Print). v. 19, p. 1587-1588, 2003. Qualis: Não identificado (PRINT))
64. PAQUOLA, A. C.M. ; MACHADO, A. A. ; REIS, E. M. ; DA SILVA, A. M. ; Verjovski-Almeida, S.. Zerg: a very fast BLAST parser library. Bioinformatics (Oxford. Print). v. 19, p. 1035-1036, 2003. Qualis: Não identificado (PRINT))
65. BRENTANI, H. ; CABALLERO, O. L. ; CAMARGO, A. A. ; DA SILVA, A. M. ; DA SILVA, W. A. ; NETO, E. D. ; GRIVET, M. ; GRUBER, A. ; GUIMARAES, P. E. M. ; HIDE, W. ; ISELI, C. ; JONGENEEL, C. V. ; KELSO, J. ; NAGAI, M. A. ; OJOPI, E. P. B. ; OSORIO, E. C. ; REIS, E. M. R. ; RIGGINS, G. J. ; Simpson, A. J. G. ; DE SOUZA, S.. The generation and utilization of a cancer-oriented representation of the human transcriptome by using expressed sequence tags. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA. v. 100, p. 13418-13423, 2003. Qualis: A1
66. VETTORE, A. L. ; da SILVA, F. R. ; KEMPER, E. L. ; SOUZA, G. M. ; DA SILVA, A. M. ; FERRO, M. I. T. ; HENRIQUE-SILVA, F. ; GIGLIOTI, E. A. ; LEMOS, M. V. F. ; Coutinho, L. L. ; NOBREGA, M. P. ; Carrer, H. ; FRANCA, S. C. ; BACCI, M. ; GOLDMAN, M. H. S. ; GOMES, S. L. ; NUNES, L. R. ; Camargo, L. E. A. ; SIQUEIRA, W. J. ; VAN SLUYS, M. A.. Analysis and Functional Annotation of an Expressed Sequence Tag Collection for Tropical Crop Sugarcane. GENOME RESEARCH. v. 13, p. 2725-2735, 2003. Qualis: A1
67. Marques, M ; DA SILVA, A. M. ; GOMES, Suely Lopes. Genetic Organization of Plasmid pXF51 from the Plant Pathogen Xylella fastidiosa. Plasmid (San Diego. Print). v. 45, n. 3, p. 184-199, 2001. Qualis: Não identificado (PRINT))
68. SOUZA, Glaucia Mendes ; SIMÕES, Ana Carolina Quirino ; OLIVEIRA, Katia C. ; GARAY, H. M. ; FIORINI, Leonardo Costa ; GOMES, F. S. ; NISHIYAMA-JUNIOR, M. Y. ; DA SILVA, A. M.. The sugarcane signal transduction (SUCAST) catalogue: prospecting signal transduction in sugarcane. GENETICS AND MOLECULAR BIOLOGY. v. 24, n. 1-4, p. 25-34, 2001. Qualis: A4
69. CAMARGO, A. A. ; SAMAIA, H. P. B. ; Dias-Neto, E. ; SIMAO, D. F. ; MIGOTTO, I. A. ; Briones, M. R. S. ; COSTA, F. F. ; APARECIDA NAGAI, M. ; Verjovski-Almeida, S. ; ZAGO, M. A. ; ANDRADE, L. E. C. ; Carrer, H. ; EL-DORRY, H. F. A. ; ESPREAFICO, E. M. ; HABR-GAMA, A. ; GIANNELLA-NETO, D. ; GOLDMAN, G. H. ; GRUBER, A. ; HACKEL, C. ; DA SILVA, A. M.. The contribution of 700,000 ORF sequence tags to the definition of the human transcriptome. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA. v. 98, p. 12103-12108, 2001. Qualis: A1
70. Simpson, A. J. G. ; Reinach, F.C. ; Arruda, P. ; Abreu, F. A. ; Acencio, M. ; Alvarenga, R. ; Alves, L. M. C. ; Araya, J. E. ; Baia, G. S. ; Baptista, C. S. ; Barros, M. H. ; Bonaccorsi, E. D. ; Bordin, S. ; Bové, J. M. ; Briones, M. R. S. ; Bueno, M. R. P. ; CAMARGO, A. A. ; Camargo, L. E. A. ; Carraro, D. M. ; DA SILVA, A. M.. The genome sequence of the plant pathogen Xylella fastidiosa. NATURE. v. 406, p. 151-157, 2000. Qualis: A1
Livros publicados/organizados ou edições (0)
Capítulos de livros publicados (8)
1. ROSSI, FERNANDO PACHECO NOBRE ; Flores, Vinicius Sousa ; UCEDA-CAMPOS, GUILLERMO ; Amgarten, Deyvid Emanuel ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; Da Silva, Aline Maria. Comparative Analyses of Bacteriophage Genomes. Em: Setubal, J.C.; Stadler, P.F. ; Stoye, J.. (Org.). Methods in Molecular Biology. 1ed.New York. : Springer US. 2024.v. 2802, p. 427-453.
2. FEITOSA JUNIOR, O. ; SOUZA, A. P. S. ; DA SILVA, A. M.. Imunoblotting. Em: Marilis do Valle Marques; Regina Lúcia Baldini; Rodrigo da Silva Galhardo; Tiago Campos Pereira. (Org.). Métodos de Bioquímica e Biologia Molecular - Fundamentos e Aplicações. 1ed.Ribeirão Preto. : Sociedade Brasileira de Genética. 2020.v. 1, p. 1-10.
3. PIERRY, P. M. ; MARTINS-JUNIOR, J. ; DA SILVA, A. M.. Sequenciamento de RNA (RNA-Seq). Em: Marilis do Valle Marques; Regina Lúcia Baldini; Rodrigo da Silva Galhardo; Tiago Campos Pereira. (Org.). Métodos de Bioquímica e Biologia Molecular - Fundamentos e Aplicações. 2ed.Ribeirão Preto. : Sociedade Brasileira de Genética. 2020.v. 1, p. 1-13.
4. ZAINI, Paulo ; DA SILVA, A. M.. Microarranjos de DNA. Em: Marilis do Valle Marques; Regina Lúcia Baldini; Rodrigo da Silva Galhardo; Tiago Campos Pereira. (Org.). Métodos de Bioquímica e Biologia Molecular - Fundamentos e Aplicações. 1ed.Ribeirão Preto. : Sociedade Brasileira de Genética. 2020.v. 1, p. 1-10.
5. Maltez Thomas, Andrew ; Prata Lima, Felipe ; Maria Silva Moura, Livia ; Maria da Silva, Aline ; DIAS-NETO, Emmanuel ; SETUBAL, JOÃO C.. Comparative Metagenomics. Em: Joao C Setubal; Jens Stoye; Peter F. Stadler. (Org.). Methods in Molecular Biology. 1ed.New York. : Springer New York. 2018.p. 243-260.
6. CHAVES, G. A. T. ; Zaini, Paulo A ; da Silva, Aline M. Iron as a regulator of virulence in plant pathogenic bacteria. Em: Wang N; Jones J; Sundin G; White F; Hogenhout S; Roper C; De La Fuente L; Ham J. (Org.). Virulence mechanisms of plant pathogenic bacteria. 1a.ed.St. Paul, MN. : American Phytopathological Society Press. 2015.v. 1, p. 263-283.
7. da Silva, Aline M; Gonzalez-Kristeller, D.C. ; KOBARG, J. ; Oliveira, C.C.. Sistema duplo-híbrido em levedura: Conceitos e Aplicações. Em: Resende, Rodrigo Ribeiro; Soccol, Carlos Ricardo. (Org.). Biotecnologia aplicada à saúde : fundamentos e aplicações. 1a.ed.São Paulo. : Blucher. 2015.v. 2, p. 933-965.
8. Marques MV ; DA SILVA, A. M.. Transcritoma. Em: Luiz Mir. (Org.). Genômica. 1ed.São Paulo. : Atheneu. 2004.v. 01, p. 1-1114.
Textos em jornais de notícias/revistas (1)
1. SOUZA, Glaucia Mendes ; da Silva, Aline M. Biotecnologia Ciência & Desenvolvimento (Online). Biotecnologia Ciência e Desenvolvimento, p. 58-63, .
Trabalhos completos publicados em anais de congressos (0)
Resumos expandidos publicados em anais de congressos (2)
1. VENANCIO, Thiago M ; DEMARCO, Ricardo ; OLIVEIRA, Katia Cristina P ; SIMÕES, Ana Carolina Quirino ; DA SILVA, A. M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Genomics and gene expression management tools for the Schistosoma mansoni cDNA microarray project. Em: Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2005, São Leopoldo. Lecture Notes in Computer Science. Berlin: Springer-Verlag, v. 3594, p. 198-201, 2005. Qualis: Não identificado (BRAZILIAN SYMPOSIUM ON BIOINFORMATICS, 2005, SÃO LEOPOLDO. LECTURE NOTES IN COMPUTER SCIENCE. BERLIN: SPRINGER-VERLAG)
2. SIMÕES, Ana Carolina Quirino ; DA SILVA, A. M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, Eduardo Moraes R.. SAM method as an approach to select candidates for human prostate cancer markers. Em: Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2005, São Leopoldo. Lecture Notes in Computer Science. Berlin: Springer-Verlag, v. 3594, p. 202-205, 2005. Qualis: Não identificado (BRAZILIAN SYMPOSIUM ON BIOINFORMATICS, 2005, SÃO LEOPOLDO. LECTURE NOTES IN COMPUTER SCIENCE. BERLIN: SPRINGER-VERLAG)
Resumos publicados em anais de congressos (0)
Artigos aceitos para publicação (0)
Apresentações de trabalho (28)
1. da Silva, Aline M. Host-range determinants and potential for phage therapy of three novel Pseudomonas aeruginosa phages. 2019. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
2. da Silva, Aline M. Determinantes da interação específica fago-Pseudomonas aeruginosa. 2019. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
3. da Silva, Aline M. Determinantes da interação específica fago-Pseudomonas aeruginosa. 2019. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
4. da Silva, Aline M. Estudo de comunidades microbianas e suas implicações ecológicas. 2019. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
5. da Silva, Aline M. Estudo de comunidades microbianas e suas implicações ecológicas. 2018. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
6. da Silva, Aline M. Microbioma da compostagem termofílica: composição, diversidade e aplicações. 2018. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
7. da Silva, Aline M. Outer membrane vesicles: biogenesis and functions in bacteria host interactions. 2018. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
8. da Silva, Aline M. Insights into Xylella fastidiosa virulence and host-specificity revealed by multi‐omics approach. 2018. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
9. da Silva, Aline M. O extraordinário mundo das microbiotas e seus microbiomas. 2017. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
10. da Silva, Aline M. New insights into Xylella fastidiosa virulence and host specificity revealed by multi-omics approach. 2017. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
11. da Silva, Aline M. Composting as a source of new bacteria and thermostable enzymes viewed through omics approaches. 2017. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
12. da Silva, Aline M. Composting as a source of new bacteria and thermostable enzymes viewed through metagenomics and metatranscriptomics. 2016. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
13. da Silva, Aline M. Insights into Xylella fastidiosa host-plant specialization through comparative genome and transcriptome analyses. 2015. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
14. da Silva, Aline M. Insights into Xylella fastidiosa host-plant specialization through phylogenomics. 2015. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
15. da Silva, Aline M. Xylella fastidiosa comparative genome analyses provide insights into pathogen-plant interaction. 2013. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
16. da Silva, Aline M. Mecanismos moleculares de patogenicidade em Xylella fastidiosa. 2013. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
17. Santana, W.O. ; Pierry, P.M. ; Coletta-Filho H.D. ; ZAINI, Paulo A. ; Kitajima, J.P. ; MARTINS-JUNIOR, J. ; Almeida, L.G. ; de Souza, A. A. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; ALMEIDA, R. R. ; Machado, M.A. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; da Silva, Aline M. Whole genome comparison reveals significant diversity among different Xylella fastidiosa strains and highlights host specificity determinants. 2012. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
18. da Silva, Aline M.; SETUBAL, J. C.. Microbial community composition dynamics and gene diversity from São Paulo Zoo composting operation assessed by shotgun pyrosequencing. 2012. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
19. da Silva, Aline M; ZAINI, Paulo A. ; FOGAÇA, A.C.. The iron stimulon of Xylella fastidiosa. 2007. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
20. da Silva, Aline M; REIS, Eduardo Moraes R. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; AMARAL, P.R.A. ; T.I.NAKAYA, H.. Intronic non-coding RNA as molecular markers in prostate tumor. 2006. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
21. da Silva, Aline M; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, Eduardo Moraes R.. Genomic approach to cancer. 2005. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
22. da Silva, Aline M. Advanced technology of genomic analysis. 2005. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
23. ZAINI, Paulo A. ; KOIDE, Tie ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; GOMES, Suely Lopes ; da Silva, Aline M. Delineation of pathogenesis mechanisms in Xylella fastidiosa through DNA microarrays. 2003. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
24. ZAINI, Paulo A. ; KOIDE, Tie ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; GOMES, Suely Lopes ; da Silva, Aline M. Gene expression patterns of Xylella fastidiosa: a DNA microarray analysis. 2001. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
25. da Silva, Aline M. Transcriptional profiling through DNA microarray analysis: technological aspects and applications. 2001. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
26. da Silva, Aline M. Gene expression patterns of Xylella fastidiosa: a DNA microarray analysis. 2001. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
27. da Silva, Aline M. In silico mining and annotation of assembled ESTs from sugarcane. 2001. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
28. da Silva, Aline M. Genome sequence of Xylella fastidiosa. 2000. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
Demais tipos de produção bibliográfica (5)
1. Amgarten, D. ; IHA, B. K. ; PIROUPO, C. M. ; DA SILVA, ALINE MARIA ; SETUBAL, J. C.. vHULK, a new tool for bacteriophage host prediction based on annotated genomic features and deep neural networks. BioRxiv. 2021. Artigo completo - preprint
2. UCEDA, G. ; FEITOSA-JUNIOR, OSÉIAS R. ; SANTIAGO, C. R. ; PIERRY, PAULO M. ; ZAINI, Paulo A. ; DE SANTANA, WESLEY OLIVEIRA ; MARTINS-JUNIOR, J. ; BARBOSA, D. ; Digiampietri, Luciano A ; Setubal, J. C. ; Da Silva, Aline Maria. Comparative genomics of Xylella fastidiosa suggests determinants of host-specificity and expands its mobile genetic elements repertoire. BioRxiv. 2021. Artigo completo - preprint
3. NAYFACH, S. ; ROUX, S. ; UDWARY, D. ; SESHADRI, R. ; SEVERALAUTHORS,. ; CONSORTIUM, I. D. ; DA SILVA, A. M. ; SETUBAL, J. C. ; WOYKE, T. ; MOUNCEY, N. J. ; IVANOVA, N. N. ; KYRPIDES, N. C. ; ELOE-FADROSH, E. A. . A genomic catalog of Earth?s microbiomes. New York, NY: Nature Biotechnology. 2020. Artigo completo publicado em periódico DOI: 10.1038/s41587-020-0718-6
4. KROPINSKI, A. M. ; KUHN, J. H. ; DA SILVA, ALINE MARIA. Change ICVCN Rule 3.11. 2017. Technical Report
5. ARRUDA, Paulo ; GOLDMAN, Maria Helena de Souza ; LEITE, Adilson ; MENCK, Carlos F. ; NOBREGA, Francisco G. ; DA SILVA, A. M.. Sugarcane Transcriptome. A landmark in Plant Genomics in the tropics - Editores associados. Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2001 (Genetics and Molecular Biology volume especial. 2001. Genetics and Molecular Biology volume especial 24 (1-4)

Produção técnica

Programas de computador com registro (0)
Programas de computador sem registro (0)
Produtos tecnológicos (0)
Processos ou técnicas (0)
Trabalhos técnicos (0)
Demais tipos de produção técnica (0)

Produção artística

Total de produção artística (0)

Orientações em andamento

Supervisão de pós-doutorado (0)
Tese de doutorado (4)
1. Suzana Eiko Sato Guima. Análise de genomas montados a partir de metagenomas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo. (Coorientador)., . Início: 2021.
  Supervisor: Aline Maria da Silva.
2. Ariosvaldo Pereira dos Santos Junior. Caracterização molecular de bacteriófagos de Pseudomonas aeruginosa e dos determinantes de interação fago-bactéria. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, . Início: 2020.
  Orientador: Aline Maria da Silva.
3. Maria Joana Nunes de Azevedo. Isolamento e caracterização genômica de fagos de Klebsiella pneumoniae com potencial de aplicação terapêutica. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2020.
  Orientador: Aline Maria da Silva.
4. Guillermo Uceda Campos. Desenvolvimento de uma ferramenta computacional para predição de sistemas de defesa anti-fagos em genomas e metagenomas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2019.
  Orientador: Aline Maria da Silva.
Dissertação de mestrado (1)
1. Guilherme Wenceslau de Lima Cardoso. Monitoramento de alterações transcritômicas durante a infecção bacteriana por fagos.. Dissertação (Mestrado profissional em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024.
  Orientador: Aline Maria da Silva.
Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
Trabalho de conclusão de curso de graduação (0)
Iniciação científica (5)
1. Lisa Miyuki Onuki. Desenvolvimento de formulações para estabilização de bacteriófagos visando aplicação em fagoterapia. Iniciação científica (Graduando em Quimica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2024.
  Orientador: Aline Maria da Silva.
2. Giullia Luiza Takahashi Rodrigues. Isolamento de bacteriófagos líticos de Pseudomonas aeruginosa de diversos ambientes naturais. Iniciação científica (Graduando em Abi - Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2023.
  Orientador: Aline Maria da Silva.
3. Pedro de Andrade Franco. Construção de um pipeline de montagem, anotação e classificação taxonômica de genomas de fagos.. Iniciação científica (Graduando em Ciências Moleculares) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2023.
  Orientador: Aline Maria da Silva.
4. Ana Beatriz Mendes de Oliveira. Treinamento de bacteriófagos líticos de Pseudomonas aeruginosa para superar a resistência bacteriana. Iniciação científica (Graduando em Medicina Veterinária) - Universidade de Santo Amaro, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2023.
  Orientador: Aline Maria da Silva.
5. Felipe Del Bianco Soares. Isolamento e caracterização bacteriófagos contra Klebsiella pneumoniae e associação da N-acetilcisteína no potencial terapêutico. Iniciação científica (Graduando em Química Com Atribuições em Biotecnologia) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2023.
  Orientador: Aline Maria da Silva.
Orientações de outra natureza (1)
1. Fernando Pacheco Nobre Rossi. Implementação de ferramentas e pipelines de bioinformática para análise de genomas de fagos e de bactérias e de suas interações.. Orientação de outra natureza. Universidade de São Paulo. Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, . Início: 2024.
  Orientador: Aline Maria da Silva.

Supervisões e orientações concluídas

Supervisão de pós-doutorado (9)
1. Oséias Feitosa Junior. . Instituto de Química/USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
  Supervisor: Aline Maria da Silva.
2. Roberta Verciano Pereira. . Instituto de Química/USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
  Supervisor: Aline Maria da Silva.
3. Maike Rossmann. . Instituto de Química/USP, . 2019.
  Supervisor: Aline Maria da Silva.
4. Rafael Nascimento. . Instituto de Química/USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
  Supervisor: Aline Maria da Silva.
5. Deibs Barbosa. . Instituto de Química/USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
  Supervisor: Aline Maria da Silva.
6. Paulo Marques Pierry. . Instituto de Química/USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
  Supervisor: Aline Maria da Silva.
7. Paulo Adriano Zaini. . Instituto de Química/USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2016.
  Supervisor: Aline Maria da Silva.
8. Joaquim Martins Junior. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2014.
  Supervisor: Aline Maria da Silva.
9. Andrea Cristina Fogaça. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2006.
  Supervisor: Aline Maria da Silva.
Tese de doutorado (19)

Fernando Pacheco Nobre Rossi. ANÁLISE COMPARATIVA E FUNCIONAL DE PRÓFAGOS IDENTIFICADOS EM PSEUDOMONAS AERUGINOSA. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2024.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Remigio Cenepo Escobar Rodrigues. Recuperação de elementos genéticos móveis e prospecção de genes de resistência a antibióticos em dados metagenômicos de compostagem termofílica. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2023.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Raquel Riyuzo de Almeida Franco. Diversidade taxonômica e funcional da microbiota de fezes de macacos bugios (Alouatta spp.) de cativeiro e vida livre. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2022.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Deyvid Emanuel Amgarten. Predição em sequências de vírus de procariotos através da aplicação de técnicas de aprendizado de máquina em dados metagenômicos. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2022.
Supervisor: Aline Maria da Silva.
Ana Paula Silva de Souza. Caracterização bioquímica e funcional da adesina XadA3 de Xylella fastidiosa.. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2018.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Paulo Marques Pierry. Transcritômica comparativa de cepas de Xylella fastidiosa. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2017.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Oséias Rodrigues Feitosa Junior. Caracterização do secretoma de cepas Xylella fastidiosa. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Luciana Principal Antunes. Metagenômica e Metatranscritômica da Microbiota da Compostagem do Parque Zoológico de São Paulo. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2016.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Deibs Barbosa. Análise computacional da variação do potencial metabólico microbiano em metagenomas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2015.
Supervisor: Aline Maria da Silva.
Wesley Oliveira Santana. Genômica comparativa de Xylella fastidiosa: diversidade do pangenoma e análise de genes de patogenicidade. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2013.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Patrícia Isabela Pessoa da Silva. Identificação de genes com expressão modulada por estreptomicina e de genes associados à virulência e patogenicidade em Xylella fastidiosa. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2010.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Layla Farage Martins. Análise do perfil de expressão de serina/treonina fosfatases e prospecção da função biológica para algumas dessas enzimas em Dictyostelium discoideum. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2010.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Ana Carolina Quirino Simões. Planejamento, gerenciamento e análise de dados de microarranjos de DNA para identificação de biomarcadores de diagnóstico e prognóstico de cânceres humanos. Tese (Doutorado em Bioinformatica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2009.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Paulo Adriano Zaini. O stimulon de ferro em Xylella fastidiosa. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Daniela Carvalho Gonzalez. Identificação e caracterização de subunidades catalíticas e reguladoras de proteínas fosfatases de Dictyostelium discoideum. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2007.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Leandro Marcio Moreira. Análise estrutural e funcional do genoma de Xanthomonas axonopodis pv. citri. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2006.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Juliana Moreira Sousa. Caracterização molecular da proteína DdI-2 e mapeamento de seus domínios de interação com a proteína fosfatase 1 de Dictyostelium discoideum.. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2005.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Leonardo Costa Fiorini. Identificação de gene codificadores de serina/treonina fosfatases em Dictyostelium discoideum e caracterização funcional da proteína fosfatase do tipo 4 (PP4).. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Pio Donizete Alduíno Zapella. Caracterização de alguns componentes envolvidos na desfosforilção de proteínas fosforiladas em resíduos de serina e treonina em Neurospora crassa. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Dissertação de mestrado (14)

Vinicius Sousa Flores. Recuperação e caracterização de genomas de bacteriófagos a partir de metagenomas de compostagem. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2023.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Suzana Eiko Sato Guima. Composição microbiana do inóculo e do composto maduro no processo de compostagem do Zoológico de São Paulo avaliada por meio de metagenômica. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2021.
Supervisor: Aline Maria da Silva.
Ariosvaldo Pereira dos Santos Junior. Caracterização dos bacteriófagos ZC01 e ZC03 e avaliação de seu potencial para fagoterapia em infecções por Pseudomonas aeruginosa. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2020.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Fernando Pacheco Nobre Rossi. Análise comparativa do genoma de bacteriófagos isolados da compostagem e estudo dos determinantes de sua interação com Pseudomonas aeruginosa. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Guillermo Uceda Campos. Genômica comparativa e filogenômica de Xylella fastidiosa. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Deyvid Amgarten. Análise da diversidade de bacteriófagos associada à comunidade microbiana durante o processo de compostagem. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2016.
Supervisor: Aline Maria da Silva.
Fernando Domingues Kümmel Tria. Análise in silico de regiões promotoras de genes de Xylella fastidiosa. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Rodrigo Roberto Rafagnin Duarte. Predição in silico e caracterização parcial das bacteriocinas de Xylella fastidiosa. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2013.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Paulo Marques Pierry. Pirossequenciamento e análise comparativa de genomas do fitopatógeno Xylella fastidiosa. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Gustavo Antonio Teixeira Chaves. Captação de ferro e efeito desse metal para crescimento e morfologia de Xylella fastidiosa. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Renato Astolfi Raposo. Análise de interações da subunidade catalítica da fosfatase do tipo 1 (PP1c) de Dictyostelium discoideum identificadas através do sistema de duplo-híbrido em leveduras. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2010.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Paulo de Paiva Rosa Amaral. Estudo da biossíntese e regulação de RNA não-codificadores intrônicos em células humanas. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2006.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Daniela Beton. Caracterização molecular de INc-1, um inibidor da proteína serina/treonina fosfatase do tipo 1 de Neurospora crassa.. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2004.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Daniela Carvalho Gonzalez. Caracterização do mutante de desenvolvimento redA de Dictyostelium discoideum.. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2002.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
Trabalho de conclusão de curso de graduação (2)

Gustavo Tamulis Lima. Progressos nas aplicações terapêuticas de bacteriófagos: uma revisão sistemática. (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Cidade de São Paulo, . 2021.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Rafaela Gonçalves Moreira. Progressos nas aplicações terapêuticas de bacteriófagos: uma revisão sistemática. (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Cidade de São Paulo, . 2021.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Iniciação científica (17)

Joice Cassimiro da Silva. Caracterização de bacteriófagos de Pseudomonas aeruginosa. Iniciação Científica - Instituto de Química/USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2017.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Mariane Leichsenring Schulz. Caracterização Química e Microbiologica de Inóculos de Compostagem. (Graduando em Bacharelado em Química) - Instituto de Química/USP, . 2016.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Laís Uchôa Rabelo Mendes. Análise Computacional da Diversidade Microbiana em Inóculos de Compostagem Termofílica. (Graduando em Bacharelado em Química) - Instituto de Química/USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2016.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Karen Cristina Lombardi. Estudos de metagenômica da comunidade microbiana da compostagem do Zoológico de São Paulo. (Graduando em Farmácia e Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2014.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Oséias Rodrigues Feitosa Junior. Análise da expressão da poligalacturonase em diferentes cepas de Xylella fastidiosa. (Graduando em Farmacia e Bioquimica) - Universidade Católica de Santos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2010.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Carolina Dagli Hernandez. Clonagem e expressão recombinante de pilQ de Xylella fastidiosa. (Graduando em Farmacia e Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2010.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Ana Paula Fefin. Análise de proteínas relacionadas a adesão em Xylella fastidiosa. (Graduando em Farmacia) - Universidade Santa Cecília, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2010.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Mauricio Barlera. Caracterização de componentes responsáveis pela patogenicidade em Xylella fastidiosa. (Graduando em Quimica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2007.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Fernanda N. G. Lupo. Purificação e caracterização funcional da proteína recombinante Fur de Xylella fastidiosa. (Graduando em Farmacia e Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2006.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Renato Astolfi Raposo. Caracterização funcional de proteínas que interagem com a subunidade catalítica da serina/treonina fosfatase do tipo 1 (PP1) de Dictyostelium discoideum. (Graduando em Quimica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2006.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Isabel Irino. Caracterização bioquímica de proteínas que interagem com a subunidade catalítica da serina/treonina fosfatase do tipo 1 (PP1) de Dictyostelium discoideum. (Graduando em Farmacia e Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2006.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Evelyn Pucci Schevciw. Expressão recombinante e caracterização de uma bacteriocina de Xylella fastidiosa. (Graduando em Quimica) - Universidade de São Paulo, . 2006.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Ana Carolina Quirino Simões. Data mining nos projetos Genoma do Câncer e da Cana de Açúcar. (Graduando em Farmacia e Bioquimica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2002.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Camila M. Egidio. Implantação de microarrays de DNA para análise da expressão gênica no câncer de próstata. (Graduando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2002.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Paulo Adriano Zaini. Mutagênese sítio-dirigida no sítio catalítico da PP1 de Dictyostelium discoideum. Análise de seus efeitos na atividade da enzima recombinante. Iniciação Científica - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Daniela Beton. Obtenção e purificação da trealase neutra de N.crassa recombinante. (Graduando em Quimica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2001.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Daniela Carvalho Gonzalez. Clonagem do gene da NADPH citocromo P450 redutase de Dictyostelium discoideum. (Graduando em Quimica) - Universidade de São Paulo, . 2000.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Orientações de outra natureza (3)

Ebuka Elijah David. Understanding the Predominant Fluoroquinolone-resistant Determinants of Diarrheagenic nacterial isolates from patients in Ebonyi State Nigeria. (Graduate) - Ebonyi State University, International Centre for Genetic Engineering and Biotechnology. 2022.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Roberta Verciano Pereira. Descoberta de genes e bactérias para degradação de biomassa lignocelulósica. (Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2018.
Orientador: Aline Maria da Silva.
Fabiana Maria de Almeida. Expressão e caracterização bioquímica da trealase neutra recombinante de Neurospora crassa.. Orientação de outra natureza - Universidade de Sao Paulo-RP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: Aline Maria da Silva.

Projetos de pesquisa

Total de projetos de pesquisa (13)

2023-Atual. Centro de Pesquisa em Biologia de Bactérias e Bacteriófagos (CEPID B3)
Descrição: O CEPID B3 é uma rede com pólos de pesquisa sediados em São Paulo (IQ-USP, ICB-USP), Campinas (IB-UNICAMP, IAC), Ribeirão Preto (FCFRP-USP, FMRP-USP) e Rio Claro (UNESP) que colaborará na realização de pesquisas básicas de ponta sobre os mecanismos moleculares de importância primordial para a reprodução bacteriana, o comportamento multicelular, a competição, a colonização e as interações de bactérias com seus hospedeiros eucarióticos e bacteriófagos. Os conhecimentos adquiridos serão utilizados na busca e desenvolvimento de novos inibidores químicos e biológicos do crescimento bacteriano.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (20) / Especialização: (6) / Mestrado acadêmico: (10) / Doutorado: (22) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / Marilis do Valle Marques - Integrante / Marco Aurélio Takita - Integrante / João C. Setubal - Integrante / de Souza, Robson F - Integrante / Frederico Gueiros-Filho - Integrante / Shaker Chuck Farah - Coordenador / Rita de Cassia Café Ferreira - Integrante / Regina Lúcia Baldini - Integrante / Henrique Ferreira - Integrante / Beny Spira - Integrante / Sandro Roberto Marana - Integrante / José Freire da Silva Neto - Integrante / Marcelo Brocchi - Integrante / Rodrigo da Silva Galhardo - Integrante / SALINAS, R.K. - Integrante / Cristina Elisa Alvarez Martinez - Integrante / Cristiane Rodrigues Guzzo Carvalho - Integrante / Marcio Vinicius Bertacine Dias - Integrante / Germán Gustavo Sgro - Integrante / Leonardo Talachia Rosa - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Aline Maria da Silva.
2022-Atual. Conjunto de ferramentas computacionais bigDiscovery (bigD) em bioinformática e genômica
Descrição: Neste projeto pretendemos desenvolver oito ferramentas de bioinformática com diversas aplicações, sendo as principais biotecnologia e saúde humana. Os recursos solicitados se destinam majoritariamente para material permanente na forma de servidores de processamento, espaço de armazenamento e acessórios. Em quase todas as ferramentas teremos que lidar com grandes massas de dados e alta exigência de poder de processamento. Além disso, em várias das ferramentas utilizaremos a técnica de Aprendizado de Máquina, que se beneficia particularmente da utilização de GPUs.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / Eduardo Moraes R. Reis - Integrante / João C. Setubal - Coordenador / VARANI, ALESSANDRO DE MELLO - Integrante / Ricardo José Giordano - Integrante / João Eduardo Ferreira - Integrante / Nalvo Franco de Almeida Jr - Integrante / Gecele Matos Paggi - Integrante / Mario Tyago Murakami - Integrante / Gabriela Persinoti - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Aline Maria da Silva.
2017-Atual. Isolamento e caracterização molecular de bacteriófagos visando aplicação em fagoterapia.
Descrição: Bacteriófagos ou fagos são vírus que infectam bactérias e vastamente abundantes na natureza. Desde sua descoberta, no início do século XX, os fagos têm sido ferramentas valiosas no desenvolvimento da biologia molecular e da biotecnologia, além de agentes antimicrobianos, na chamada fagoterapia. Nos últimos anos o interesse no uso de fagos como agentes terapêuticos ressurgiu como uma alternativa para o tratamento de infecções por bactérias multirresistentes a antibióticos. Temos como objetivo nesse projeto o isolamento e caracterização de fagos utilizando-se Pseudomonas aeruginosa como hospedeira. Os fagos isolados serão caracterizados quanto a sua morfologia e abrangência de hospedeiros em nível de espécie e cepas. Os genomas dos fagos serão sequenciados e anotados. Os mecanismos moleculares envolvidos na interação fago-bactéria serão investigados. Os fagos e suas despolimerases serão avaliados quanto a eficácia na dissolução do biofilme bacteriano. O potencial de utilização dos fagos no tratamento de infecções por P. aeruginosa e outras bactérias de interesse será avaliado em larvas de Galleria mellonella como modelo experimental.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (3) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Coordenador / Layla Farage Martins - Integrante / João C. Setubal - Integrante / Ronaldo Bento Quaggio - Integrante / Deyvid Amgarten - Integrante / Ariosvaldo Pereira dos Santos Junior - Integrante / Fernando Pacheco Nobre Rossi - Integrante / Guillermo Uceda Campos - Integrante / Vinicius Sousa Flores - Integrante / Maria Joana Nunes de Azevedo - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 9
Membro: Aline Maria da Silva.
2012-Atual. Aspectos moleculares da interação de Xylella fastidiosa com seu hospedeiro vegetal
Descrição: Este projeto tem como objetivo investigar aspectos moleculares da interação de Xylella fastidiosa com seu hospedeiro vegetal através da análise comparativa do genoma e do transcritoma completo de diferentes linhagens deste fitopatógeno. As diferenças detectadas serão associadas aos distintos fenótipos das linhagens, em particular aqueles potencialmente associados à adaptação ao hospedeiro vegetal e a virulência desta bactéria. Esta investigação envolverá: sequenciamento completo do genoma de novas linhagens de X. fastidiosa, anotação e comparação de genomas completos já conhecidos, reconstrução da filogenia das linhagens de X. fastidiosa através de uma abordagem de filogenômica, sequenciamento do transcritoma de linhagens selecionadas crescidas em meio de cultivo que mimetiza o xilema, mapeamento dos transcritos no genoma, identificação de regiões regulatórias, identificação e caracterização funcional pequenos RNAs não-codificantes. Análises proteomicas e metabolomicas também serão realizadas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (4) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Coordenador / Paulo Adriano Zaini - Integrante / Andrea Cristina Fogaça - Integrante / Patrícia Isabela Pessoa da Silva - Integrante / Paulo Marques Pierry - Integrante / João C. Setubal - Integrante / Steve E Lindow - Integrante / Michael Ionescu - Integrante / Joaquim Martins-Junior - Integrante / Oseias Feitosa Junior - Integrante / Ana Paula Silva de Souza - Integrante / Guillermo Uceda Campos - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa / Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 12
Membro: Aline Maria da Silva.
2011-Atual. Estudos de metagenômica da comunidade microbiana da compostagem do Zoológico de São Paulo
Descrição: Este projeto visa o estudo da diversidade microbiana envolvida na degradação de biomassa durante o processo de compostagem. Através de um projeto colaborativo com a Fundação Parque Zoológico de São Paulo e a UNIFESP, estamos gerando dados metagenômicos de amostras coletadas da unidade de compostagem instalada no Parque Zoológico de São Paulo. Nossos objetivos são investigar bactérias cultiváveis e não-cultiváveis nestas comunidades microbianas complexas e buscar, nestes metagenomas, por novas enzimas com potencial para aplicação industrial.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (4) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / Layla Farage Martins - Integrante / Julio C. F. de Oliveira - Integrante / João C. Setubal - Coordenador / Luciana Antunes Principal - Integrante / Luiz Juliano Neto - Integrante / João Batista da Cruz - Integrante / Luciano A. Digiampietri - Integrante / Cristina Viana-Niero - Integrante / Renata C. Pascon - Integrante / Deibs Barbosa - Integrante / Karen Cristina Lombardi - Integrante / QUAGGIO, RONALDO B. - Integrante / Roberta Verciano Pereira - Integrante / Suzana Eiko Sato Guima - Integrante / Remigio Cenepo Escobar Rodrigues - Integrante / Raquel Riyuzo de Almeida Franco - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 13
Membro: Aline Maria da Silva.
2009-2012. Estabelecimento de um laboratório de Microbiologia Aplicada no Zoológico de São Paulo: Identificação e isolamento de microrganismos que produzam enzimas e seus inibidores de aplicação nas áreas médica, veterinária e industrial
Descrição: A Fundação Parque Zoológico de São Paulo (FPZSP) possui uma unidade de produção de composto orgânico (UPCO) que aproveita a matéria orgânica de várias origens como: excremento de aproximadamente 3.500 animais, oriundos de varias partes do mundo, carcaças, sedimentos e coluna de água do lago, restos de cama de animais, resíduos de poda dos jardins do Parque, restos vegetais da Mata Atlântica e resíduos alimentares. O composto final, cerca de 600 toneladas/ano é utilizado como fertilizante orgânico na fazenda do Zoológico, para produção de cerca de 70% dos alimentos consumidos pelos animais do Parque, fechando assim um ciclo virtuoso de sustentabilidade. Além disso, a compostagem evita que a matéria orgânica seja depositada em aterros sanitários, aumentando o volume de lixo. A riqueza microbiológica deste material é incalculável, visto que ali poderão ser encontradas inúmeras espécies que ainda não foram descritas e/ou cultivadas. Baseado nisso, foi estabelecida uma parceria entre a UNIFESP e FPZSP para nuclear um programa de microbiologia aplicada com o objetivo de prospectar esta diversidade microbiana e aplicá-la em processos biotecnológicos. O objetivo geral deste projeto é isolar conhecer, preservar e caracterizar microrganismos da compostagem e das águas do parque. Nossos dados preliminares demonstram que os métodos tradicionais de isolamento e preservação podem ser utilizados na prospecção dos microrganismos cultiváveis da compostagem, no entanto, estima-se que a maior parte dos microrganismos que habitam este material não seja passível de cultivo. Os microrganismos isolados serão identificados por espectrometria de massa (MALDI/TOF-MS), uma metodologia que está sendo implementada no laboratório de Biofísica do INFAR/UNIFESP. As identificações serão validadas pelo sequenciamento da subunidade menor do ribossomo (SSU rDNA). Os microrganismos isolados da compostagem serão testados para produção de enzimas de grande interesse industrial, como as celulases, xilanas. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / Sergio Verjovski-Almeida - Integrante / Layla Farage Martins - Integrante / Julio C. F. de Oliveira - Integrante / João C. Setubal - Integrante / Luciana Antunes Principal - Integrante / Luiz Juliano Neto - Coordenador / João Batista da Cruz - Integrante / Marcelo Vallim - Integrante / Cristina Viana-Niero - Integrante / Renata C. Pascon - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 4
Membro: Aline Maria da Silva.
2008-2020. Identificação e análise funcional de genes associados à adaptação, evolução e virulência de Xylella fastidiosa
Descrição: Xylella fastidiosa é uma bactéria que coloniza o xilema de uma diversidade de plantas cultivadas e silvestres em várias partes do mundo, sendo o agente causador de uma série de doenças em plantas economicamente importantes como citros, videiras e café. Diferentes cepas ou patovares de X. fastidiosa foram identificados, sendo que destes, quatro já tiveram seus genomas completa ou parcialmente elucidados: (i) X. fastidiosa cepa 9a5c, isolada de citros e agente etiológico da Clorose Variegada dos Citros; (ii) X. fastidiosa cepa Temecula-1, isolada de videiras e agente etiológico da doença de Pierce; (iii) X. fastidiosa pv. almond cepa Dixon, agente causal da escaldadura da amendoeira e (iv) X. fastidiosa pv. oleander cepa Ann-1 agente causal escaldadura da espirradeira. Desde o seqüenciamento completo destes genomas, muito se avançou na compreensão de processos envolvidos na colonização dos hospedeiros de X. fastidiosa, seja ele planta ou inseto vetor, e alguns dos mecanismos de virulência foram elucidados. Entretanto, presume-se a existência de mecanismos e fatores adicionais importantes para colonização de plantas e insetos por este fitopatógeno. É importante ressaltar que hoje se verifica a ausência da estirpe 9a5c nos pomares citrícolas com CVC em São Paulo em detrimento de outras estirpes virulentas, mesmo que em condições experimentais a cepa 9a5c ainda se mantenha virulenta. Aparentemente esta cepa está geneticamente mais relacionada a estirpes de café e a um isolado de citros da Argentina do que a outros isolados hoje encontrados nos pomares de citros de São Paulo. Portanto, a origem da X. fastidiosa da CVC ainda é controversa. Assim, neste projeto temos como objetivo a identificação de novos genes potencialmente associados aos aspectos evolutivos e de adaptação e virulência de X. fastidiosa. Para tal será realizado o sequenciamento completo do genoma de quatro cepas de X. fastidiosa (3 de citros e 1 de cafeeiro), suas anotações e comparação com genomas já conh. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (2) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Coordenador / Sergio Verjovski-Almeida - Integrante / Paulo Marques Pierry - Integrante / Wesley Oliveira Santana - Integrante / Alessandra Alves de Souza - Integrante / Helvécio Della Coletta Filho - Integrante / Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Integrante / Marcos Antonio Machado - Integrante / João Paulo Kitajima - Integrante / Paulo Adriano Zaini - Integrante / Joaquim Martins-Junior - Integrante / Luiz Gonzaga - Integrante / Gustavo Antonio Teixeira Chaves - Integrante / Rodrigo Roberto Rafagnin Duarte - Integrante / Fernando Domingues Kümmel Tria - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 12
Membro: Aline Maria da Silva.
2004-2013. Análise do transcritoma e caracterização molecular dos componentes responsáveis pela patogenicidade de Xylella fastidiosa
Descrição: O objetivo principal deste projeto é a identificação e caracterização funcional de genes de Xylella fastidiosa com expressão regulada por ferro ou por concentrações subinibitórias de agentes antimicrobianos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Coordenador / Paulo Adriano Zaini - Integrante / Andrea Cristina Fogaça - Integrante / Patrícia Isabela Pessoa da Silva - Integrante / Gustavo Antonio Teixeira Chaves - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Número de produções C, T & A: 16
Membro: Aline Maria da Silva.
2003-2013. Estrutura e função de serina/treonina fosfatases na ameba social Dictyostelium discoideum
Descrição: As serina/treonina fosfatases (PPs) são enzimas que catalisam a desfosforilação específica de resíduos de fosfoserina e fosfotreonina. Considerando-se especialmente a identidade entre as sequências de aminoácidos de suas subunidades ou domínios catalíticos, as PPs foram agrupadas em duas famílias: PPP (PhosPhoprotein Phosphatase) e PPM (Phosphoprotein Phosphatase Magnesium-dependent). A família PPP compreende enzimas classificadas em cinco subfamílias denominadas PP1, PP2A, PP2B, PP5 e PP7 enquanto a família PPM engloba enzimas denominadas PP2C. Algumas subfamílias das PPPs compreendem holoenzimas onde uma subunidade catalítica interage com uma ou mais subunidades reguladoras variáveis, o que confere uma extraordinária diversidade funcional às serina/treonina fosfatases. Nos últimos anos nosso grupo tem investigado os papéis desempenhados pelas serina/treonina fosfatases nas vias de sinalização envolvidas no crescimento e desenvolvimento de D. discoideum, um microorganismo eucariótico que tem sido utilizado há mais de 50 anos como sistema experimental em estudos de diversos processos celulares. Estudos recentes que realizamos resultaram na identificação de algumas proteínas que interagem e possivelmente modulam a atividade da PP1 de D. discoideum (DdPP1c). Para estes estudos foram utilizadas tanto buscas por similaridades na sequência genômica deste microorganismo como ensaios utilizando o sistema de duplo-híbrido em leveduras, utilizando-se a DdPP1c como isca. Com essa abordagem, foram selecionados clones de cDNA que codificam proteínas (presas) que interagiram com a DdPP1c. Dando continuidade a estes estudos, propomos, nesse projeto, aprofundar a caracterização funcional de duas novas proteínas que potencialmente interagem com a DdPP1c as quais foram selecionadas após os ensaios confirmatórios de sua interação com a DdPP1c.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (3) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Coordenador / Leonardo Costa Fiorini - Integrante / Luiz Paulo M. Andrioli - Integrante / Daniela Beton - Integrante / Juliana Moreira Sousa - Integrante / Renato Astolfi Raposo - Integrante / Daniela Carvalho Gonzalez-Kristeller - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Número de produções C, T & A: 17
Membro: Aline Maria da Silva.
2003-2008. Identificação de marcadores moleculares para diagnóstico e prognóstico em câncer utilizando microarrays de DNA
Descrição: Projeto Temático - FAPESP- (02/13283-6). 06/2004-06/2008. Sergio Verjovski-Almeida (Coordenador), Aline M. da Silva, Eduardo Moraes Reis, L.H. Câmara Lopes, Fernando Ferreira Costa. Projeto: Identificação de marcadores moleculares para diagnóstico e prognóstico em câncer utilizando microarrays de DNA.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (3) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / Sergio Verjovski-Almeida - Coordenador / Ana Carolina Quirino Simões - Integrante / Katia R Leite - Integrante / Luiz H Camara Lopes - Integrante / Eduardo Moraes Reis - Integrante / Fernando Costa - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Número de produções C, T & A: 10
Membro: Aline Maria da Silva.
2001-2005. Cooperação para análise de expressão gênica (CAGE)
Descrição: Projeto Temático - FAPESP (99/07390-0) - 2001-2005. Hugo A. Armelin (Coordenador), Suely L. Gomes, Sergio Verjovski-Almeida, Aline M. da Silva, Glaucia M. Souza, Mari C. Sogayar, Hamza El-Dorry, Ana Claudia R. da Silva, Bianca Zingales, Eduardo J. Neves e Junior Barreira. Projeto: Cooperação para análise de expressão gênica (CAGE)/Implantação da tecnologia de microarrays de DN no IQ-USP.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (5) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / Suely Lopes Gomes - Integrante / Sergio Verjovski-Almeida - Integrante / Glaucia Mendes Souza - Integrante / Ana Claudia Rasera da Silva - Integrante / Hamza F. El-Dorry - Integrante / Mari C Sogayar - Integrante / Hugo Aguirre Armelin - Coordenador / Bianca Zingales - Integrante / Eduardo Jordão Neves - Integrante / Junior Barreira - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 3
Membro: Aline Maria da Silva.
2001-2004. Data mining no Projeto Genoma Cana-de-açúcar
Descrição: Auxílio à Pesquisa - FAPESP (00/07425-7) - 2000-2004. Gláucia M. Souza (Coordenadora) e Aline M. da Silva. Projeto: Data mining no Projeto Genoma Cana-de-açúcar.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Integrante / Leonardo Costa Fiorini - Integrante / Glaucia Mendes Souza - Coordenador / Ana Carolina Quirino Simões - Integrante / Milton Yutaka Nishiyama-Junior - Integrante / Flavia Papini-Terzi - Integrante / Flavia R. Rocha - Integrante / Katia Cristina P Oliveira - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 2
Membro: Aline Maria da Silva.
2000-2002. Laboratório Associado de Bioinformática - Projeto Genoma Humano do Câncer
Descrição: Auxílio à Pesquisa FAPESP (99/03653-6). 2000-2002. Laboratório Associado de Bioinformática - Projeto Genoma Humano do Câncer. Responsáveis: Aline M. da Silva e Sergio Verjovski-Almeida.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Aline Maria da Silva - Coordenador / Sergio Verjovski-Almeida - Integrante / Eduardo Moraes Reis - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T & A: 2
Membro: Aline Maria da Silva.

Prêmios e títulos

Total de prêmios e títulos (3)

Membro Titular, Academia de Ciências do Estado de São Paulo (ACIESP).. 2017.
Membro: Aline Maria da Silva.
Medalha do Mérito Científico, Governo do Estado de São Paulo.. 2000.
Membro: Aline Maria da Silva.
Medalha pela participação no Projeto de Sequenciamento do Genoma da bactéria Xylella fastidiosa., Reitoria da Universidade de São Paulo.. 2000.
Membro: Aline Maria da Silva.

Participação em eventos

Total de participação em eventos (79)

XV Curso de Verão em Bioinformática - USP.Metagenômica. 2024. (Oficina).
52a. Reunião Anual da SBBq. 2023. (Congresso).
XIV Curso de Verão em Bioinformática USP.Metagenômica. 2023. (Oficina).
51a. Reunião Anual da SBBq e 46o. Congresso da SBBf. Participação da Comissão Organizadora. 2022. (Congresso).
8º Simpósio Internacional de Microbiologia Clínica. 2022. (Simpósio).
9th International Experimental Biology and Medicine conference Brazil 2022. Characterization and in vitro testing of newly isolated lytic bacteriophages for the biocontrol of multi-resistant bacteria. 2022. (Congresso).
XIII Curso de Verão em Bioinformática USP.Metagenômica. 2022. (Oficina).
50th Annual SBBq Meeting and 20th IUPAB Congress. 2021. (Congresso).
6th Brazilian Student Council Symposium.OMICS and DATA SCIENCE. 2021. (Simpósio).
World Microbe Forum 2021. 2021. (Congresso).
ASM Conference on Rapid Applied Microbial Next-Generation Sequencing and Bioinformatic Pipelines. 2020. (Congresso).
III Simpósio de Biotecnologia Vegetal: Inovação, Sustentabilidade e Impactos para a Sociedade.Abordagens da genômica no estudo da virulência de Xylella fastidiosa: um fitopatógeno de relevância global. 2020. (Simpósio).
Série de simpósios online SBBq ? Covid-19. 2020. (Simpósio).
Virtual Symposium on Phylogenomics and Comparative Genomics. 2020. (Simpósio).
Viruses of Microbes 2020 Webinar Series. 2020. (Seminário).
23rd Biennial Evergreen International Phage Meeting. Genomic Analysis of Pseudomonas aeruginosa Phages Isolated from Composting Pinpoints Proteins Involved in Host Specificity. 2019. (Congresso).
48a Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular. 2019. (Congresso).
Curso de Verão em Bioinformática | 2019.Metagenômica. 2019. (Oficina).
47a Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular. 2018. (Congresso).
Curso de Verão em Bioinformática USP | 2018.Metagenômica: Estudo das comunidades microbianas e suas implicações ecológicas. 2018. (Oficina).
EMBO VIRUSES OF MICROBES V Biodiversity and future applications s. Thermophilic composting virome assessed by metagenomics and by isolation of phages targeting Pseudomonas aeruginosa. 2018. (Congresso).
Microbes 2018 - American Society for Microbiology. 2018. (Congresso).
SPCell - São Paulo School For Advanced Science In Cell Biology.Outer membrane vesicles: biogenesis and functions in bacteria-host interactions. 2018. (Encontro).
46a Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular. 2017. (Congresso).
Curso de Verão em Bioinformática USP | 2017.Metagenômica. 2017. (Oficina).
Functional Metagenomics 2016. Functional Metagenomics for enzyme discovery. 2016. (Congresso).
XLV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular (SBBq). Mini-curso: Abordagens transcritômicas para o estudo da expressão de genomas e metagenomas. 2016. (Congresso).
XXXV ENEQUI.Minicurso: Microbiologia do Processo de Compostagem. Minicurso. 2016. (Encontro).
115th General Meeting, American Society for Microbiology. A Semi-Static Composting Process Viewed Through Metagenomics and Metatranscriptomics Temporal Series Samples. 2015. (Congresso).
23rd Congress of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB) and 44th Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology ? SBBq. Adhesion strategies of the phytopathogen Xylella fastidiosa. 2015. (Congresso).
Evolution 2015. Insights into Xylella fastidiosa host-plant specialization through phylogenomics. 2015. (Congresso).
XLIII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular (SBBq). 2014. (Congresso).
2013 Pierce?s Disease Research Symposium.Trimeric autotransporter adhesins of Xylella fastidiosa: role in virulence and insect transmission. 2013. (Simpósio).
XLII Reunião Anual da SBBq. Microbial communities succession, gene and functional diversity in a composting operation at the São Paulo Zoo Park. 2013. (Congresso).
XLII Reunião Anual da SBBq. Plant-Pathogen Interactions: Molecular Events and Signaling. 2013. (Congresso).
15a. Semana Temática da Biologia USP.Sinalização Celular. 2012. (Oficina).
4th ASM Conference on Beneficial Microbes, American Society for Microbiology. Microbial communities succession in a composting operation at the São Paulo Zoo Park, Brazil. 2012. (Congresso).
Congresso Latino Americano de Microbiologia. Genética de Micro-organismos e Bioinformática. 2012. (Congresso).
Second Generation Bioethanol 2012: Enzymatic Hydrolysis.Microbial community composition dynamics and gene diversity from São Paulo Zoo composting operation assessed by shotgun pyrosequencing. 2012. (Simpósio).
XLI Reunião Anual da SBBq. Prediction of bacteriocin-encoding genes in Xylella fastidiosa and analysis of their transcript levels. 2012. (Congresso).
Microbial Genomics & Metagenomics Workshop, Joint Genome Institute, Walnut Creek, California. 2011. (Oficina).
56o. Congresso Brasileiro de Genética. Pirossequenciamento, genômica comparativa e filogenia de cepas de Xylella fastidiosa. 2010. (Congresso).
56o. Congresso Brasileiro de Genética. Sequenciamento e comparação do genoma de uma cepa não-virulenta de Xylella fastidiosa. 2010. (Congresso).
Pierce´s Disease Research Symposium.Comparative Genomics of Xylella fastidiosa south american strains. 2010. (Simpósio).
XVIII Conference of the International Organization of Citrus Virologists. Microfluidic technology to study citrus pathogens. 2010. (Congresso).
XXXIX Reunião Anual da SBBq. Characterization of a Novel Protein that Interacts with Type 1 Serine/Threonine Phosphatase Catalytic Subunit of Dictyostelium discoideum. 2010. (Congresso).
Annual International Dictyostelium Conference. Serine/threonine phosphatases in Dictyostelium discoideum: expression profile during development and heat, osmotic and oxidative stresses.. 2009. (Congresso).
The Fourth Workshop Comparative Microbial Genomics and Taxonomy. 2009. (Oficina).
XIV International Congress on Molecular Plant-Microbe Interactions. Gomesin, a β-hairpin antimicrobial peptide, induces Xylella fastidiosa biofilm formation at a sublethal concentration. 2009. (Congresso).
XXXVIII Reunião Anual da SBBq. Characterization of Proteins that Interact with the Catalytic Subunit of Serine/Threonine Phosphatase of Type 1 (PP1) of Dictyostelium discoideum. 2009. (Congresso).
10th Biennial FASEB Summer Research Conference on Protein Phosphatases. Gene Expression Analyses of Dictyostelium discoideum Serine/Threonine Phosphatases. 2008. (Congresso).
XXXVIII Reunião Anual da SBBq. Serine/Threonine Phosphatases in the social amoebae Dictyostelium discoideum: expression analysis of catalytic and regulatory subunits. 2008. (Congresso).
Internacional Workshop on Xylella fastidiosa.The iron stimulon of Xylella fastidiosa. Internacional Workshop on Xylella fastidiosa.. 2007. (Simpósio).
XIII International Congress on Molecular Plant-Microbe Interactions. The iron regulon of Xylella fastidiosa includes genes for type-IV pilus and colicin V-like bacteriocins. 2007. (Congresso).
XXXVI Reunião Anual da SBBq. Serine/threonine phosphatases in the social amoebae Dictyostelium discoideum: annotation and expression analysis of catalytic and regulatory subunits.. 2007. (Congresso).
XXXVI Reunião Anual da SBBq. Effect of sublethal concentration of streptomycin in Xylella fastidiosa. 2007. (Congresso).
Annual International Dictyostelium Conference. The P450 oxidoreductase, RedA, controls development beyond the mound stage in Dictyostelium discoideum. 2006. (Congresso).
Summer Research Conference on Protein Phosphatases. Identification and characterization of Dictyostelium discoideum serine/threonine phosphatases. 2006. (Congresso).
XII Congreso Venezolano de Bioanálisis. Genomic Techonologies applied to cancer studies. 2006. (Congresso).
XII Congreso Venezolano de Bioanálisis. Intronic noncoding RNA as a molecular makers in prostate tumor. 2006. (Congresso).
XXXV Reunião Anual da SBBq. RNA PolI-independent transcription of noncoding RNAs in human cells. 2006. (Congresso).
XXXV Reunião da SBBq. Prospecting the iron regulon of Xylella fastidiosa. 2006. (Congresso).
XII International Congress on Molecular Plant-Microbe Interactions. Genome-wide analysis of the iron starvation stimulon and the Fur regulon of Xylella fastidiosa. 2005. (Congresso).
XXXIV Reunião Anual da SBBq. Molecular characterization of inhibitor-2 like proteins from Dictyostelium discoideum and Neurospora crassa: analysis of interaction domains with protein phosphatase 1 catalytic subunit. 2005. (Congresso).
First Latin American Protein Society Meeting. Molecular characterization of inhibitor-2 like proteins from Dictyostelium discoideum and Neurospora crassa: analysis of interaction domains with protein phosphatase 1 catalytic subunit. 2004. (Congresso).
XXXII Reuniao Anual da SBBq. Proteínas: Expressão, Estrutura, Interações e Função na Escala do Genoma.. 2003. (Congresso).
XXXII Reuniao Anual da SBBq. Identification and characterization of a putative inhibitor-2(DdI-2): A protein that interacts with Dictyostelium discoideum type-1 protein phosphatase (PP1). 2003. (Congresso).
XXXII Reunião Anual da SBBq. Molecular Classification of Prostate Cancer using cDNA microarrays. 2003. (Congresso).
XXXII Reunião Anual da SBBq. Cloning and characterization of an specific inhibitor for type-1 serine/threonine phosphatase of Neurospora crassa. 2003. (Congresso).
XXXII Reunião Anual da SBBq. Characterization of redA: a Dictyostelium discoideum developmental mutant.. 2003. (Congresso).
XXXI Reunião Anual da SBBq. Using DNA microarrays to prospect heat shock response in Xylella fastidiosa and to investigate genomic variations in distinct strains. 2002. (Congresso).
XXXI Reunião Anual da SBBq. Differential Gene Expression In Prostate Cancer Using cDNA Microarrays.. 2002. (Congresso).
XXXI Reunião Anual da SBBq. Recombinant expression purification and characterization of Neurospora crassa neutral trehalase. 2002. (Congresso).
XXXI Reunião Anual da SBBq. Identification and characterization of sugarcane transcription factors. 2002. (Congresso).
47o Congresso Nacional de Genética/SBG. Gene expression patterns of Xylella fastidiosa: a DNA microarray analysis. 2001. (Congresso).
XLIV Reunion Anual de La Sociedad de Biologia Chile. Gene expression patterns of Xylella fastidiosa: a DNA microarray analysis. 2001. (Congresso).
XXX Reunião Anual da SBBq. Characterization of redA: a Dictyostelium discoideum developmental mutant. 2001. (Congresso).
XXIX Reunião Anual da SBBq. Expression and Partial Characterization of recombinant neutral trehalase. 2000. (Congresso).
XXIX Reunião Anual da SBBq. Molecular characterization of Dictyostelium discoideum type-1 protein phosphatase (PP1). 2000. (Congresso).

Organização de eventos

Total de organização de eventos (3)

Farah, C.S. ; A M da Silva ; SGRO, G. G. ; ROSA, L. T. ; CARVALHO, Cristiane R. G.. Escola São Paulo de Ciência Avançada (ESPCA) em Criomicroscopia Eletrônica (CryoEM). 2023. Outro
DA SILVA, A. M.; SETUBAL, J. C. ; Farah, C.S. ; Ferreira, H.. 2nd São Paulo XanthoMeeting. 2018. Congresso
DA SILVA, A. M.; Farah, C.S. ; Ferreira, H. ; SETUBAL, J. C.. 1st XanthoMeeting. 2015. Congresso

Lista de colaborações

Colaborações endôgenas (8)

Aline Maria da Silva ⇔ Joao Carlos Setubal (28.0)
FLORES, VINICIUS S. ; AMGARTEN, DEYVID E. ; IHA, BRUNO KOSHIN VÁZQUEZ ; RYON, KRISTA A. ; DANKO, DAVID ; TIERNEY, BRADEN T. ; MASON, CHRISTOPHER ; DA SILVA, ALINE MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS. Discovery and description of novel phage genomes from urban microbiomes sampled by the MetaSUB consortium. Scientific Reports. v. 14, p. ARTN 7913, 2024. Qualis: A2
HARADA, LILIAM K ; SILVA, ERICA C ; ROSSI, FERNANDO PN ; CIEZA, BASILIO ; OLIVEIRA, THAIS J ; PEREIRA, CARLA ; TOMAZETTO, GEIZECLER ; SILVA, BIANCA B ; SQUINA, FABIO M ; VILA, MARTA MDC ; Setubal, João C ; HA, TAEKJIP ; da Silva, Aline M ; BALCÃO, VICTOR M. Characterization and in vitro testing of newly isolated lytic bacteriophages for the biocontrol of Pseudomonas aeruginosa. Future Microbiology. v. 17, p. fmb-2021-0266, 2022. Qualis: A3
MARQUIONI, VINÍCIUS ; ROSSI, FERNANDO PACHECO NOBRE ; MENDONÇA, DEBORAH CEZAR ; MARTINS, LAYLA FARAGE ; Behlau, Franklin ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; DA SILVA, ALINE MARIA ; NOVO-MANSUR, MARIA TERESA MARQUES. Isolation and characterization of vB_XciM_LucasX, a new jumbo phage that infects Xanthomonas citri and Xanthomonas fuscans. PLoS One. v. 17, p. e0266891, 2022. Qualis: A1
UCEDA-CAMPOS, GUILLERMO ; FEITOSA-JUNIOR, OSEIAS R. ; SANTIAGO, CAIO R. N. ; PIERRY, PAULO M. ; ZAINI, PAULO A. ; DE SANTANA, WESLEY O. ; MARTINS-JUNIOR, JOAQUIM ; BARBOSA, DEIBS ; DIGIAMPIETRI, Luciano A. ; Setubal, João C. ; DA SILVA, ALINE M.. Comparative Genomics of Xylella fastidiosa Explores Candidate Host-Specificity Determinants and Expands the Known Repertoire of Mobile Genetic Elements and Immunity Systems. Microorganisms. v. 10, p. 914, 2022. Qualis: B1
BUTARELLI, ANA CAROLINA DE ARAÚJO ; FERREIRA, LUCAS SALOMÃO DE SOUSA ; RIYUZO, RAQUEL ; DALL?AGNOL, HIVANA MELO BARBOSA ; PIROUPO, CARLOS MORAIS ; DA SILVA, ALINE MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; DALL?AGNOL, LEONARDO TEIXEIRA. Diversity assessment of photosynthesizers: comparative analysis of pre-cultivated and natural microbiome of sediments from Cerrado biome in Maranhão, Brazil. Environmental Science and Pollution Research. v. 29, p. 1-16, 2022. Qualis: Não identificado (ENVIRONMENTAL SCIENCE AND POLLUTION RESEARCH)
BALCÃO, VICTOR M ; BASU, AAKASH ; CIEZA, BASILIO ; ROSSI, FERNANDO N ; PEREIRA, CARLA ; VILA, MARTA MDC ; Setubal, João C ; HA, TAEKJIP ; da Silva, Aline M. Pseudomonas -tailed lytic phages: genome mechanical analysis and putative correlation with virion morphogenesis yield. Future Microbiology. v. 17, p. 10.2217/fmb-202, 2022. Qualis: A3
AMGARTEN, DEYVID ; IHA, BRUNO KOSHIN VÁZQUEZ ; PIROUPO, CARLOS MORAIS ; DA SILVA, ALINE MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS. vHULK, a New Tool for Bacteriophage Host Prediction Based on Annotated Genomic Features and Neural Networks. Phage-Therapy Applications And Research. v. 00, p. phage.2021.0016, 2022. Qualis: Não identificado (PHAGE-THERAPY APPLICATIONS AND RESEARCH)
ASSIS, RENATA A.B. ; VARANI, ALESSANDRO M. ; SAGAWA, CINTIA H.D. ; PATANÉ, JOSÉ S.L. ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; UCEDA-CAMPOS, GUILLERMO ; DA SILVA, ALINE MARIA ; ZAINI, PAULO A. ; Almeida, Nalvo F. ; MOREIRA, LEANDRO MARCIO ; DANDEKAR, ABHAYA M.. A comparative genomic analysis of Xanthomonas arboricola pv. juglandis strains reveal hallmarks of mobile genetic elements in the adaptation and accelerated evolution of virulence. GENOMICS. v. 113, p. 2513-2525, 2021. Qualis: A3
FERREIRA, LUCAS SALOMÃO DE SOUSA ; BUTARELLI, ANA CAROLINA DE ARAÚJO ; SOUSA, RAISSA DA COSTA ; OLIVEIRA, MARIENE AMORIM DE ; MORAES, PABLO HENRIQUE GONÇALVES ; RIBEIRO, IGOR SANTANA ; SOUSA, PEDRO FELIPE RODRIGUES ; DALL'AGNOL, HIVANA MELO BARBOSA ; LIMA, ALEX RANIERI JERÔNIMO ; GONÇALVES, EVONNILDO COSTA ; SIVONEN, KAARINA ; FEWER, DAVID ; RIYUZO, RAQUEL ; PIROUPO, CARLOS MORAIS ; DA SILVA, ALINE MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; DALL'AGNOL, LEONARDO TEIXEIRA. High-Quality Draft Genome Sequence of Pantanalinema sp. GBBB05, a Cyanobacterium From Cerrado Biome. FRONTIERS IN ECOLOGY AND EVOLUTION. v. 9, p. 639852, 2021. Qualis: A2
ROSSMANN, MAIKE ; THOMAS, ANDREW MALTEZ ; GUIMA, SUZANA SATO ; MARTINS, LAYLA FARAGE ; INDERBITZIN, PATRIK ; KNIGHT-CONNONI, VICTORIA ; DA SILVA, ALINE MARIA ; Setubal, João C.. Microbiomes of Field-Grown Maize and Soybean in Southeastern and Central Brazil Inferred by High-Throughput 16S and Internal Transcribed Spacer Amplicon Sequencing. Microbiology Resource Announcements. v. 10, p. e00528-21, 2021. Qualis: C
BRAGA, LUCAS PALMA PEREZ ; PEREIRA, ROBERTA VERCIANO ; MARTINS, LAYLA FARAGE ; MOURA, LIVIA MARIA SILVA ; SANCHEZ, FABIO BELTRAME ; PATANÉ, JOSÉ SALVATORE LEISTER ; DA SILVA, ALINE MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS. Genome-resolved metagenome and metatranscriptome analyses of thermophilic composting reveal key bacterial players and their metabolic interactions. BMC GENOMICS. v. 22, p. 652, 2021. Qualis: A2
PIERRY, PAULO MARQUES ; DE SANTANA, WESLEY OLIVEIRA ; KITAJIMA, JOÃO PAULO ; MARTINS-JUNIOR, JOAQUIM ; ZAINI, PAULO ADRIANO ; UCEDA-CAMPOS, GUILLERMO ; FEITOSA-JUNIOR, OSEIAS R. ; PESSOA, PATRÍCIA ISABELA SILVA ; COLETTA-FILHO, HELVÉCIO DELLA ; DE SOUZA, ALESSANDRA ALVES ; MACHADO, MARCOS ANTONIO ; GESTEIRA, ABELMON DA SILVA ; MARTINS, LAYLA FARAGE ; AMARAL, MURILO SENA ; BECKEDORFF, FELIPE CESAR ; DE ALMEIDA, LUIZ GONZAGA PAULA ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; DA SILVA, ALINE MARIA ; et.al. High-Quality Draft Genome Sequence Resources of Eight Xylella fastidiosa Strains Isolated from Citrus, Coffee, Plum, and Hibiscus in South America. PHYTOPATHOLOGY. v. 110, p. phyto-05-20-016-1751-1756, 2020. Qualis: A1
FELESTRINO, ÉRICA BARBOSA ; SANCHEZ, ANGÉLICA BIANCHINI ; CANESCHI, WASHINGTON LUIZ ; LEMES, CAMILA GRACYELLE DE CARVALHO ; ASSIS, RENATA DE ALMEIDA BARBOSA ; CORDEIRO, ISABELLA FERREIRA ; FONSECA, NATASHA PEIXOTO ; VILLA, MORGHANA MARINA ; VIEIRA, IZADORA TABUSO ; KAMINO, LUCIANA HIROMI YOSHINO ; DO CARMO, FLÁVIO FONSECA ; DA SILVA, ALINE MARIA ; THOMAS, ANDREW MALTEZ ; PATANÉ, JOSÉ SALVATORE LEISTER ; FERREIRA, FERNANDA CARLA ; DE FREITAS, LEANDRO GRASSI ; VARANI, ALESSANDRO DE MELLO ; FERRO, JESUS APARECIDO ; SILVA, ROBSON SOARES ; SETUBAL, J. C. ; et.al. Complete genome sequence and analysis of Alcaligenes faecalis strain Mc250, a new potential plant bioinoculant. PLoS One. v. 15, p. e0241546, 2020. Qualis: A1
SILVA, NATALIA MARIA ; DE OLIVEIRA, ALINE MÁRCIA SILVA ARAÚJO ; PEGORIN, STEFANIA ; GIUSTI, CAMILA ESCANDURA ; FERRARI, VITOR BATISTA ; BARBOSA, DEIBS ; MARTINS, LAYLA FARAGE ; MORAIS, CARLOS ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; VASCONCELLOS, SUZAN PANTAROTO ; DA SILVA, ALINE MARIA ; DE OLIVEIRA, JULIO CEZAR FRANCO ; PASCON, RENATA CASTIGLIONI ; VIANA-NIERO, CRISTINA. Characterization of novel hydrocarbon-degrading Gordonia paraffinivorans and Gordonia sihwensis strains isolated from composting. PLoS One. v. 14, p. e0215396, 2019. Qualis: A1
BAPTISTA, M.S. ; ALVES, M.J.M. ; ARANTES, G.M. ; ARMELIN, H.A. ; AUGUSTO, O. ; BALDINI, R.L. ; BASSERES, D.S. ; BECHARA, E.J.H. ; BRUNI-CARDOSO, A. ; CHAIMOVICH, H. ; COLEPICOLO NETO, P. ; COLLI, W. ; CUCCOVIA, I.M. ; DA-SILVA, A.M. ; DI MASCIO, P. ; FARAH, S.C. ; Ferreira, C. ; FORTI, F.L. ; GIORDANO, R.J. ; Verjovski-Almeida, S. ; et.al. Where do we aspire to publish? A position paper on scientific communication in biochemistry and molecular biology. Brazilian Journal of Medical and Biological Research (on line). v. 52, p. 1414-431x201989, 2019. Qualis: A4
TANG, FENNY H. F. ; STAQUICINI, FERNANDA I. ; TEIXEIRA, ANDRÉ A. R. ; MICHALOSKI, JUSSARA S. ; NAMIYAMA, GISLENE M. ; TANIWAKI, NOEMI N. ; Setubal, João C. ; DA SILVA, ALINE M. ; SIDMAN, RICHARD L. ; Pasqualini, Renata ; Arap, Wadih ; Giordano, Ricardo J.. A ligand motif enables differential vascular targeting of endothelial junctions between brain and retina. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA. v. 116, p. 201809483-2305, 2019. Qualis: A1
RAMOS, PATRÍCIA L. ; KONDO, MÁRCIA Y. ; SANTOS, SAARA M. B. ; DE VASCONCELLOS, SUZAN P. ; ROCHA, RAFAEL C. S. ; DA CRUZ, JOÃO B. ; EUGENIO, PATRÍCIA F. M. ; CABRAL, HAMILTON ; JULIANO, MARIA A. ; JULIANO, LUIZ ; Setubal, João C. ; DA SILVA, ALINE M. ; CAPPELINI, LUCIANA T. D.. A Tropical Composting Operation Unit at São Paulo Zoo as a Source of Bacterial Proteolytic Enzymes. APPLIED BIOCHEMISTRY AND BIOTECHNOLOGY. v. 187, p. 282-297, 2019. Qualis: A3
BRAGA, STEFANIA PEGORIN ; DOS SANTOS, ALEXANDRE PAES ; PAGANINI, THAIS ; BARBOSA, DEIBS ; EPAMINO, GEORGE WILLIAN CONDOMITTI ; MORAIS, CARLOS ; MARTINS, LAYLA FARAGE ; SILVA, ALINE MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; VALLIM, MARCELO AFONSO ; PASCON, RENATA CASTIGLIONI. First report of cis-1,4-polyisoprene degradation by Gordonia paraffinivorans. BRAZILIAN JOURNAL OF MICROBIOLOGY. v. 19, p. 1051-1062, 2019. Qualis: B1
AMGARTEN, DEYVID ; BRAGA, LUCAS P. P. ; DA SILVA, ALINE M. ; Setubal, João C.. MARVEL, a Tool for Prediction of Bacteriophage Sequences in Metagenomic Bins. Frontiers in Genetics. v. 9, p. ARTN 304, 2018. Qualis: A2
BRAGA, LUCAS P. P. ; SOUCY, SHANNON M. ; AMGARTEN, DEYVID E. ; DA SILVA, ALINE M. ; Setubal, João C.. Bacterial Diversification in the Light of the Interactions with Phages: The Genetic Symbionts and Their Role in Ecological Speciation. FRONTIERS IN ECOLOGY AND EVOLUTION. v. 6, p. fevo.2018.00006, 2018. Qualis: A2
AMGARTEN, DEYVID ; MARTINS, LAYLA FARAGE ; LOMBARDI, KAREN CRISTINA ; ANTUNES, LUCIANA PRINCIPAL ; DE SOUZA, ANA PAULA SILVA ; NICASTRO, GIANLUCCA GONÇALVES ; KITAJIMA, ELLIOTT WATANABE ; QUAGGIO, RONALDO BENTO ; UPTON, CHRIS ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; DA SILVA, ALINE MARIA. Three novel Pseudomonas phages isolated from composting provide insights into the evolution and diversity of tailed phages. BMC GENOMICS. v. 18, p. ARTN 346, 2017. Qualis: A2
LEMOS, LEANDRO N. ; PEREIRA, ROBERTA V. ; QUAGGIO, RONALDO B. ; MARTINS, LAYLA F. ; MOURA, LIVIA M. S. ; DA SILVA, AMANDA R. ; ANTUNES, LUCIANA P. ; DA SILVA, ALINE M. ; Setubal, João C.. Genome-Centric Analysis of a Thermophilic and Cellulolytic Bacterial Consortium Derived from Composting. Frontiers in Microbiology. v. 8, p. 644, 2017. Qualis: A1
ROSSI, F ; GIRARDELLO, R ; MORAIS, C ; CURY, AP ; MARTINS, LF ; SILVA, AM ; ABDALA, E ; SETUBAL, JC ; DUARTE, AJ. Plasmid-mediated mcr-1 in carbapenem-susceptible Escherichia coli ST156 causing a blood infection: an unnoticeable spread of colistin resistance in Brazil?. Clinics. v. 72, p. 642-644, 2017. Qualis: B4
LIMA-JUNIOR, JAMES DALTRO ; VIANA-NIERO, CRISTINA ; CONDE OLIVEIRA, DANIEL V. ; MACHADO, GABRIEL ESQUITINI ; RABELLO, MICHELLE CRISTIANE DA SILVA ; MARTINS-JUNIOR, JOAQUIM ; MARTINS, LAYLA FARAGE ; DIGIAMPIETRI, LUCIANO ANTONIO ; DA SILVA, ALINE MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; RUSSELL, DANIEL A. ; JACOBS-SERA, DEBORAH ; POPE, WELKIN H. ; HATFULL, GRAHAM F. ; LEÃO, SYLVIA CARDOSO. Characterization of mycobacteria and mycobacteriophages isolated from compost at the São Paulo Zoo Park Foundation in Brazil and creation of the new mycobacteriophage Cluster U. BMC Microbiology (Online). v. 16, p. 1-15, 2016. Qualis: A2
ANTUNES, LUCIANA PRINCIPAL ; MARTINS, LAYLA FARAGE ; PEREIRA, ROBERTA VERCIANO ; THOMAS, ANDREW MALTEZ ; BARBOSA, DEIBS ; LEMOS, LEANDRO NASCIMENTO ; SILVA, GIANLUCA MAJOR MACHADO ; MOURA, LIVIA MARIA SILVA ; EPAMINO, GEORGE WILLIAN CONDOMITTI ; DIGIAMPIETRI, LUCIANO ANTONIO ; LOMBARDI, KAREN CRISTINA ; RAMOS, PATRICIA LOCOSQUE ; QUAGGIO, RONALDO BENTO ; DE OLIVEIRA, JULIO CEZAR FRANCO ; PASCON, RENATA CASTIGLIONI ; CRUZ, JOÃO BATISTA DA ; DA SILVA, ALINE MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS. Microbial community structure and dynamics in thermophilic composting viewed through metagenomics and metatranscriptomics. Scientific Reports. v. 6, p. 38915, 2016. Qualis: A2
Verjovski-Almeida, S.; MARTINS, L. F. ; ANTUNES, L. P. ; PASCON, R. C. ; OLIVEIRA, J. C. F. ; DIGIAMPIETRI, L. A. ; BARBOSA, D. ; PEIXOTO, B. M. ; VALLIM, M. A. ; VIANA-NIERO, C. ; OSTROSKI, E. H. ; TELLES, G. P. ; DIAS, Z. ; CRUZ, J. B. ; JULIANO, L. ; Verjovski-Almeida, S. ; DASILVA, A. M. ; SETUBAL, J. C.. Metagenomic Analysis of a Tropical Composting Operation at the São Paulo Zoo Park Reveals Diversity of Biomass Degradation Functions and Organisms. Plos One. v. 8, p. e61928, 2013. Qualis: A1
Moreira, Leandro M ; Almeida, Nalvo F ; Potnis, Neha ; DIGIAMPIETRI, L. A. ; Adi, Said S ; Bortolossi, Julio C ; da Silva, Ana C ; da Silva, Aline M ; de Moraes, Fabricio E ; de Oliveira, Julio C ; de SOUZA, Robson Francisco ; Fancincani, Agda P ; Ferraz, Andre L ; Ferro, Maria I ; Furlan, Luiz R ; Gimenez, Daniele F ; Jones, Jeffrey B ; Kitajima, Elliot W ; Laia, Marcelo L ; Leite, Rui P ; et.al. Novel insights into the genomic basis of citrus canker based on the genome sequences of two strains of Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii. BMC GENOMICS. v. 11, p. 238, 2010. Qualis: A2
Simpson, A. J. G. ; Reinach, F.C. ; Arruda, P. ; Abreu, F. A. ; Acencio, M. ; Alvarenga, R. ; Alves, L. M. C. ; Araya, J. E. ; Baia, G. S. ; Baptista, C. S. ; Barros, M. H. ; Bonaccorsi, E. D. ; Bordin, S. ; Bové, J. M. ; Briones, M. R. S. ; Bueno, M. R. P. ; CAMARGO, A. A. ; Camargo, L. E. A. ; Carraro, D. M. ; DA SILVA, A. M.. The genome sequence of the plant pathogen Xylella fastidiosa.. Nature (London), Londres. v. 406, p. 151-157, 2000. Qualis: Não identificado (NATURE , LONDRES)

Aline Maria da Silva ⇔ Sergio Verjovski Almeida (11.0)
BAPTISTA, M.S. ; ALVES, M.J.M. ; ARANTES, G.M. ; ARMELIN, H.A. ; AUGUSTO, O. ; BALDINI, R.L. ; BASSERES, D.S. ; BECHARA, E.J.H. ; BRUNI-CARDOSO, A. ; CHAIMOVICH, H. ; COLEPICOLO NETO, P. ; COLLI, W. ; CUCCOVIA, I.M. ; DA-SILVA, A.M. ; DI MASCIO, P. ; FARAH, S.C. ; Ferreira, C. ; FORTI, F.L. ; GIORDANO, R.J. ; Verjovski-Almeida, S. ; et.al. Where do we aspire to publish? A position paper on scientific communication in biochemistry and molecular biology. Brazilian Journal of Medical and Biological Research (on line). v. 52, p. 1414-431x201989, 2019. Qualis: A4
Verjovski-Almeida, S.; MARTINS, L. F. ; ANTUNES, L. P. ; PASCON, R. C. ; OLIVEIRA, J. C. F. ; DIGIAMPIETRI, L. A. ; BARBOSA, D. ; PEIXOTO, B. M. ; VALLIM, M. A. ; VIANA-NIERO, C. ; OSTROSKI, E. H. ; TELLES, G. P. ; DIAS, Z. ; CRUZ, J. B. ; JULIANO, L. ; Verjovski-Almeida, S. ; DASILVA, A. M. ; SETUBAL, J. C.. Metagenomic Analysis of a Tropical Composting Operation at the São Paulo Zoo Park Reveals Diversity of Biomass Degradation Functions and Organisms. Plos One. v. 8, p. e61928, 2013. Qualis: A1
LOURO, Rodrigo ; NAKAYA, Helder I ; AMARAL, P. P. ; FESTA, Fernanda ; SOGAYAR, Mari C ; DA SILVA, A. M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, Eduardo M.. Androgen responsive intronic non-coding RNAs. BMC BIOLOGY. v. 5:4, p. 1-14, 2007. Qualis: A1
NAKAYA, Helder I ; AMARAL, P. P. ; LOURO, Rodrigo ; LOPES, A. ; FACHEL, A. A. ; Moreira, Y.B. ; El-Jundi, T.A. ; DA SILVA, A. M. ; REIS, Eduardo M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Genome mapping and expression analyses of human intronic noncoding RNAs reveal tissue-specific patterns and enrichment in genes related to regulation of transcription. Genome Biology. v. 8, p. 1-25, 2007. Qualis: Não identificado (GENOME BIOLOGY)
Reis, E. M. ; OJOPI, Elida ; ALBERTO, Fernando L ; RAHAL, Paula ; TSUKUMO, Fernando ; MANCINI, Ulises M ; GUIMARAES, Gustavo S ; THOMPSON, Gloria M A ; CAMACHO, Cleber ; MIRACCA, Elisabete ; CARVALHO, Andre L ; MACHADO, Abimael A ; PAQUOLA, Apua ; CERUTTI, Janette ; DA SILVA, A. M. ; PEREIRA, Gonçalo G ; VALENTINI, Sandro R ; KOWALSKI, Luiz P ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; TAJARA, Eloiza H. Large-scale transcriptome analyses reveal new genetic marker candidates of head, neck and thyroid cancer.. Cancer Research (Chicago, Ill.). v. 65, p. 1693-1699, 2005. Qualis: A1
KOIDE, T. ; ZAINI, P. A. ; MOREIRA, L. M. ; VENCIO, R. Z. N. ; MATSUKUMA, A. Y. ; DURHAM, A. M. ; TEIXEIRA, D. C. ; EL-DORRY, H. ; MONTEIRO, P. B. ; DA SILVA, A. C. R. ; Verjovski-Almeida, S. ; Verjovski-Almeida, S. ; da SILVA, A. M. ; GOMES, S. L.. DNA microarray-based genome comparison of a pathogenic and a nonpathogenic strain of Xylella fastidiosa delineates genes important for bacterial virulence.. Journal of Bacteriology (Print). v. 186, p. 5442-5449, 2004. Qualis: A3
LOURO, Rodrigo ; NAKAYA, HELDER I. ; PAQUOLA, APUÃ C.M. ; MARTINS, ELIZABETH A.L. ; SILVA, ALINE M.DA ; Verjovski-Almeida, Sergio ; Verjovski-Almeida, S. ; Reis, Eduardo M.. RASL11A, member of a novel small monomeric GTPase gene family, is down-regulated in prostate tumors.. Biochemical and Biophysical Research Communications, Estados Unidos. v. 316, n. 3, p. 618-627, 2004. Qualis: A3 (BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS)
REIS, Eduardo M ; NAKAYA, Helder I ; LOURO, Rodrigo ; CANAVEZ, Flavio C ; FLATSCHART, ÁUREA V F ; ALMEIDA, Giulliana T ; EGIDIO, Camila M ; PAQUOLA, Apuã C ; MACHADO, Abimael A ; FESTA, Fernanda ; YAMAMOTO, Denise ; ALVARENGA, Renato ; DA SILVA, CAMILLE C ; BRITO, Glauber C ; SIMON, Sérgio D ; MOREIRA-FILHO, CARLOS A ; LEITE, Katia R ; CAMARA-LOPES, Luiz H ; CAMPOS, Franz S ; Verjovski-Almeida, S. ; et.al. Antisense intronic non-coding RNA levels correlate to the degree of tumor differentiation in prostate cancer. Oncogene (Basingstoke). v. 23, n. 39, p. 6684-6692, 2004. Qualis: A1
PAQUOLA, A. C. M. ; NISHYIAMA, M. Y. ; REIS, E. M. ; da SILVA, A. M. ; Verjovski-Almeida, S. ; Verjovski-Almeida, S.. ESTWeb: bioinformatics services for EST sequencing projects. Bioinformatics (Oxford. Print). v. 19, p. 1587-1588, 2003. Qualis: Não identificado (PRINT))
PAQUOLA, A. C.M. ; MACHADO, A. A. ; REIS, E. M. ; da SILVA, A. M. ; Verjovski-Almeida, S. ; Verjovski-Almeida, S.. Zerg: a very fast BLAST parser library. Bioinformatics (Oxford. Print). v. 19, p. 1035-1036, 2003. Qualis: Não identificado (PRINT))
Simpson, A. J. G. ; Reinach, F.C. ; Arruda, P. ; Abreu, F. A. ; Acencio, M. ; Alvarenga, R. ; Alves, L. M. C. ; Araya, J. E. ; Baia, G. S. ; Baptista, C. S. ; Barros, M. H. ; Bonaccorsi, E. D. ; Bordin, S. ; Bové, J. M. ; Briones, M. R. S. ; Bueno, M. R. P. ; CAMARGO, A. A. ; Camargo, L. E. A. ; Carraro, D. M. ; DA SILVA, A. M.. The genome sequence of the plant pathogen Xylella fastidiosa.. Nature (London), Londres. v. 406, p. 151-157, 2000. Qualis: Não identificado (NATURE , LONDRES)

Aline Maria da Silva ⇔ Helder Takashi Imoto Nakaya (5.0)
ZAINI, Paulo A. ; FOGAÇA, A.C. ; LUPO, F.N. G. ; NAKAYA, Helder I ; VENCIO, Ricardo Z N ; DASILVA, A.M.. The Iron Stimulon of Xylella fastidiosa Includes Genes for Type IV Pilus and Colicin V-Like Bacteriocins. Journal of Bacteriology. v. 190, p. 2368-2378, 2008. Qualis: A3
LOURO, Rodrigo ; NAKAYA, Helder I ; AMARAL, P. P. ; FESTA, Fernanda ; SOGAYAR, Mari C ; DA SILVA, A. M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, Eduardo M.. Androgen responsive intronic non-coding RNAs. BMC BIOLOGY. v. 5:4, p. 1-14, 2007. Qualis: A1
NAKAYA, Helder I ; AMARAL, P. P. ; LOURO, Rodrigo ; LOPES, A. ; FACHEL, A. A. ; Moreira, Y.B. ; El-Jundi, T.A. ; DA SILVA, A. M. ; REIS, Eduardo M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Genome mapping and expression analyses of human intronic noncoding RNAs reveal tissue-specific patterns and enrichment in genes related to regulation of transcription. Genome Biology. v. 8, p. 1-25, 2007. Qualis: Não identificado (GENOME BIOLOGY)
LOURO, Rodrigo ; NAKAYA, HELDER I. ; PAQUOLA, APUÃ C.M. ; MARTINS, ELIZABETH A.L. ; SILVA, ALINE M.DA ; Verjovski-Almeida, Sergio ; Verjovski-Almeida, S. ; Reis, Eduardo M.. RASL11A, member of a novel small monomeric GTPase gene family, is down-regulated in prostate tumors.. Biochemical and Biophysical Research Communications, Estados Unidos. v. 316, n. 3, p. 618-627, 2004. Qualis: A3 (BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS)
REIS, Eduardo M ; NAKAYA, Helder I ; LOURO, Rodrigo ; CANAVEZ, Flavio C ; FLATSCHART, ÁUREA V F ; ALMEIDA, Giulliana T ; EGIDIO, Camila M ; PAQUOLA, Apuã C ; MACHADO, Abimael A ; FESTA, Fernanda ; YAMAMOTO, Denise ; ALVARENGA, Renato ; DA SILVA, CAMILLE C ; BRITO, Glauber C ; SIMON, Sérgio D ; MOREIRA-FILHO, CARLOS A ; LEITE, Katia R ; CAMARA-LOPES, Luiz H ; CAMPOS, Franz S ; Verjovski-Almeida, S. ; et.al. Antisense intronic non-coding RNA levels correlate to the degree of tumor differentiation in prostate cancer. Oncogene (Basingstoke). v. 23, n. 39, p. 6684-6692, 2004. Qualis: A1

Aline Maria da Silva ⇔ Marie-Anne Van Sluys (2.0)
VETTORE, A. L. ; da SILVA, F. R. ; KEMPER, E. L. ; SOUZA, G. M. ; DA SILVA, A. M. ; FERRO, M. I. T. ; HENRIQUE-SILVA, F. ; GIGLIOTI, E. A. ; LEMOS, M. V. F. ; Coutinho, L. L. ; NOBREGA, M. P. ; Carrer, H. ; FRANCA, S. C. ; BACCI, M. ; GOLDMAN, M. H. S. ; GOMES, S. L. ; NUNES, L. R. ; Camargo, L. E. A. ; SIQUEIRA, W. J. ; VAN SLUYS, M. A.. Analysis and functional annotation of an expressed sequence tag collection for tropical crop sugarcane.. Genome Research. v. 13, n. 12, p. 2725-2735, 2003. Qualis: A1
Simpson, A. J. G. ; Reinach, F.C. ; Arruda, P. ; Abreu, F. A. ; Acencio, M. ; Alvarenga, R. ; Alves, L. M. C. ; Araya, J. E. ; Baia, G. S. ; Baptista, C. S. ; Barros, M. H. ; Bonaccorsi, E. D. ; Bordin, S. ; Bové, J. M. ; Briones, M. R. S. ; Bueno, M. R. P. ; CAMARGO, A. A. ; Camargo, L. E. A. ; Carraro, D. M. ; DA SILVA, A. M.. The genome sequence of the plant pathogen Xylella fastidiosa.. Nature (London), Londres. v. 406, p. 151-157, 2000. Qualis: Não identificado (NATURE , LONDRES)

Aline Maria da Silva ⇔ Robson Francisco de Souza (2.0)
Moreira, Leandro M ; Almeida, Nalvo F ; Potnis, Neha ; DIGIAMPIETRI, L. A. ; Adi, Said S ; Bortolossi, Julio C ; da Silva, Ana C ; da Silva, Aline M ; de Moraes, Fabricio E ; de Oliveira, Julio C ; de SOUZA, Robson Francisco ; Fancincani, Agda P ; Ferraz, Andre L ; Ferro, Maria I ; Furlan, Luiz R ; Gimenez, Daniele F ; Jones, Jeffrey B ; Kitajima, Elliot W ; Laia, Marcelo L ; Leite, Rui P ; et.al. Novel insights into the genomic basis of citrus canker based on the genome sequences of two strains of Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii. BMC GENOMICS. v. 11, p. 238, 2010. Qualis: A2
Moreira, Leandro M ; de Laia, Marcelo L ; De Souza, Robson F ; Zaini, Paulo A ; da Silva, Ana CR ; da Silva, Aline M ; Ferro, Jesus A. Development and validation of a Xanthomonas axonopodis pv. citri DNA microarray platform (XACarray) generated from the shotgun libraries previously used in the sequencing of this bacterial genome. BMC Research Notes. v. 3, p. 150, 2010. Qualis: B1

Aline Maria da Silva ⇔ Alan Mitchell Durham (1.0)
KOIDE, T. ; ZAINI, P. A. ; MOREIRA, L. M. ; VENCIO, R. Z. N. ; MATSUKUMA, A. Y. ; DURHAM, A. M. ; TEIXEIRA, D. C. ; EL-DORRY, H. ; MONTEIRO, P. B. ; DA SILVA, A. C. R. ; Verjovski-Almeida, S. ; Verjovski-Almeida, S. ; da SILVA, A. M. ; GOMES, S. L.. DNA microarray-based genome comparison of a pathogenic and a nonpathogenic strain of Xylella fastidiosa delineates genes important for bacterial virulence.. Journal of Bacteriology (Print). v. 186, p. 5442-5449, 2004. Qualis: A3

Aline Maria da Silva ⇔ Helena Paula Brentani (1.0)
SAMAIA, H. B.; CABALLERO, O. L. D. ; CAMARGO, A. A. ; SILVA, A. M. ; SILVA, W. A. ; DIAS NETO, E. ; GRIVET, M. ; GRUBER, A. ; GUIMARÃES, P. E. M. ; HIDE, W. ; ISELI, C. ; JONGENEEL, C. V. ; KELSO, J. ; NAGAI, M. A. ; OJOPI, E. P. ; OSÓRIO, E. C. ; REIS, E. M. ; RIGGINS, G. J. ; SIMPSON, A. J. G. ; DE SOUZA, S. J. ; et.al. The generation and utilization of a cancer-oriented representation of the human transcriptome by using expressed sequence tags. PNAS. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. v. 100, p. 13418-13423, 2003. Qualis: A1

Aline Maria da Silva ⇔ Tie Koide (1.0)
KOIDE, T. ; ZAINI, P. A. ; MOREIRA, L. M. ; VENCIO, R. Z. N. ; MATSUKUMA, A. Y. ; DURHAM, A. M. ; TEIXEIRA, D. C. ; EL-DORRY, H. ; MONTEIRO, P. B. ; DA SILVA, A. C. R. ; Verjovski-Almeida, S. ; Verjovski-Almeida, S. ; da SILVA, A. M. ; GOMES, S. L.. DNA microarray-based genome comparison of a pathogenic and a nonpathogenic strain of Xylella fastidiosa delineates genes important for bacterial virulence.. Journal of Bacteriology (Print). v. 186, p. 5442-5449, 2004. Qualis: A3

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Data de processamento: 18/02/2025 12:52:38

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