Programa de Pós Graduação em Bioinformática

Eduardo Moraes Rego Reis

Possui graduação em Ciencias do Meio Aquatico pela Universidade do Porto, Portugal (1993) e doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica) pela Universidade de São Paulo (2000). Estágio de Pós-doutoramento na Universidade de São Paulo (2000-2005). Pesquisador Visitante no Cold Spring Harbor Laboratory, NY, EUA (2008-2010).Atualmente é Professor Associado no Departamento de Bioquímica, Instituto de Química, Universidade de São Paulo. Orientador pleno nos Programas de Pós-Graduação em Bioquímica (IQ-USP) e Bioinformática (Interunidades-USP).Tem experiência na área de Bioquímica, com ênfase em Biologia Molecular e Genômica Funcional, atuando principalmente nos seguintes temas: Análise de transcriptomas, identificação de marcadores e alvos moleculares em câncer e doenças complexas, bioinformática, anotação e caracterização funcional de RNAs não-codificadores. (Texto informado pelo autor)

http://lattes.cnpq.br/7551488096449640 (26/01/2026)

Rótulo/Grupo:

Bolsa CNPq: Nível 1D

Período de análise:

Endereço: Universidade de São Paulo, Instituto de Química. Av. Prof. Lineu Prestes, 748 sala 1200 Cidade Universitaria 05508900 - São Paulo, SP - Brasil - Caixa-postal: 26077 Telefone: (11) 30912173 Fax: (11) 30912186 URL da Homepage: http://lapic.iq.usp.br

Grande área: Ciências Biológicas

Área: Bioquímica

Citações: Google Acadêmico

Produção bibliográfica

Artigos completos publicados em periódicos (54)
1. JUVENAL, GUILHERME ; MEINERZ, CARINE ; AYUPE, ANA CAROLINA ; CAMPOS, HENRIQUE CORREIA ; REIS, EDUARDO MORAES ; LONGO, BEATRIZ MONTEIRO ; PILLAT, MICHELI MAINARDI ; ULRICH, HENNING. Bradykinin promotes immune responses in differentiated embryonic neurospheres carrying APPswe and PS1dE9 mutations. Cell and Bioscience. v. 14, p. 1, 2024. Qualis: A2
2. DO NASCIMENTO, RENAN GOMES ; DA CONCEIÇÃO, MÉRCIA PATRÍCIA FERREIRA ; DE BASTOS, DANIEL RODRIGUES ; DE TOLEDO OSORIO, CYNTHIA APARECIDA BUENO ; LÓPEZ, ROSSANA VERÓNICA MENDOZA ; REIS, EDUARDO MORAES ; CERQUEIRA, OTTO LUIZ DUTRA. Prognostic value of Maspin protein level in patients with triple negative breast cancer. Scientific Reports. v. 14, p. 15982, 2024. Qualis: A2
3. DO NASCIMENTO, ALEXANDRE MARTINS ; MARQUES, RAUNI BORGES ; ROLDÃO, ALLAN PRADELLI ; RODRIGUES, ANA MARIA ; ESLAVA, RODRIGO MENDES ; DALE, CAMILA SQUARZONI ; REIS, EDUARDO MORAES ; SCHECHTMAN, DEBORAH. Exploring protein-protein interactions for the development of new analgesics. Science Signaling. v. 17, p. 1, 2024. Qualis: A2
4. PRAMIO, DIMITRIUS TANSINI ; VIECELI, FELIPE MONTELEONE ; VARELLA-BRANCO, ELISA ; GOES, CAROLINA PURCELL ; KOBAYASHI, GERSON SHIGERU ; DA SILVA PELEGRINA, DIOGO VIEIRA ; DE MORAES, BEATRIZ CAROLINE ; EL ALLAM, AICHA ; DE KUMAR, BONY ; JARA, GABRIEL ; FARFEL, JOSÉ MARCELO ; BENNETT, DAVID ALAN ; KUNDU, SOMANATH ; VIAPIANO, MARIANO S. ; REIS, EDUARDO MORAES REGO ; DE OLIVEIRA, PAULO SERGIO LOPES ; DOS SANTOS E PASSOS-BUENO, MARIA RITA ; ROTHLIN, CARLA V. ; GHOSH, SOURAV ; SCHECHTMAN, DEBORAH ; et.al. DNA methylation of the promoter region at the CREB1 binding site is a mechanism for the epigenetic regulation of brain specific PKMζ. Biochimica et Biophysica Acta-Gene Regulatory Mechanisms. v. 1, p. 194909, 2023. Qualis: A1 (BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA. GENE REGULATORY MECHANISMS)
5. MENEZES, PATRICIA REGINA ; TRUFEN, CARLOS EDUARDO MADUREIRA ; LICHTENSTEIN, FLAVIO ; PELLEGRINA, DIOGO VIEIRA DA SILVA ; REIS, EDUARDO MORAES ; ONUKI, JANICE. Transcriptome profile analysis reveals putative molecular mechanisms of 5-aminolevulinic acid toxicity. ARCHIVES OF BIOCHEMISTRY AND BIOPHYSICS. v. 1, p. 109540, 2023. Qualis: A2
6. PILLAT, MICHELI MAINARDI ; AYUPE, ANA CAROLINA ; JUVENAL, GUILHERME ; MEINERZ, CARINE ; GLASER, TALITA ; DA SILVA PELLEGRINA, DIOGO VIEIRA ; PAIVA, DAISYLEA SOUZA ; MELLO, CARLOS FERNANDO ; LONGO, BEATRIZ MONTEIRO ; REIS, EDUARDO MORAES ; ULRICH, HENNING. Differentiated Embryonic Neurospheres from Familial Alzheimer?s Disease Model Show Innate Immune and Glial Cell Responses. STEM CELL REVIEWS AND REPORTS. v. 1, p. 1, 2023. Qualis: Não identificado (STEM CELL REVIEWS AND REPORTS)
7. PAPAIZ, DEBORA D?ANGELO ; RIUS, FLÁVIA EICHEMBERGER ; AYUB, ANA LUÍSA PEDROSO ; ORIGASSA, CLARICE S. ; GUJAR, HEMANT ; DE OLIVEIRA PESSOA, DIOGO ; MORAES REIS, EDUARDO ; NSENGIMANA, JÉRÉMIE ; NEWTON'BISHOP, JULIA ; MASON, CHRISTOPHER ; WEISENBERGER, DANIEL J. ; LIANG, GANGNING ; GALVONAS JASIULIONIS, MIRIAM. Genes regulated by DNA methylation are involved in distinct phenotypes during melanoma progression and are prognostic factors for patients. Molecular Oncology. v. 1, p. 1-1930, 2022. Qualis: A1 (MOLECULAR ECOLOGY)
8. CERQUEIRA, O. L. D. ; BOTELHO, M. C. S. ; FIORE, A. P. Z. P. ; OSORIO, C. A. ; TOMASIN, R. ; MORAIS, M. C. C. ; LOPEZ, R. V. M. ; CARDOSO, E. C. ; VILELLA-ARIAS, SANTIAGO A ; REIS, E.M. ; BRUNI-CARDOSO, A.. Prognostic value of integrin alpha V expression and localization pattern in invasive breast carcinomas. NEOPLASIA. v. 30, p. 100803, 2022. Qualis: A2
9. PAIXAO, V. F. ; SOSA, O. J. ; PELLEGRINA, D. V. S. ; DAZZANI, B. ; CORREA, T. B. ; BERTOLDI, E. R. ; MORAES, L. B. C. E. A. ; PESSOA, D. O. ; OLIVEIRA, V. P. ; Zevallos RAC ; RUSSO, L. C. ; FORTI, F. L. ; FERREIRA, J. E. ; FREITAS, H. C. ; JUKEMURA, J. ; MACHADO, Marcel C. C. ; BEGNAMI, M. D. ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; BASSERES, D. S. ; REIS, E.M. ; et.al. Annotation and functional characterization of long noncoding RNAs deregulated in pancreatic adenocarcinoma. CELLULAR ONCOLOGY. v. 45, p. 479-504, 2022. Qualis: A1
10. RIUS, FLÁVIA E. ; PAPAIZ, DEBORA D. ; AZEVEDO, HATYLAS F. Z. ; AYUB, ANA LUÍSA P. ; PESSOA, DIOGO O. ; OLIVEIRA, TIAGO F. ; LOUREIRO, ANA PAULA M. ; ANDRADE, FERNANDO ; Fujita, André ; REIS, EDUARDO M. ; MASON, CHRISTOPHER E. ; JASIULIONIS, MIRIAM G.. Genome-wide promoter methylation profiling in a cellular model of melanoma progression reveals markers of malignancy and metastasis that predict melanoma survival. Clinical Epigenetics. v. 14, p. 68, 2022. Qualis: A1
11. DE ALMEIDA, DARIA R. Q. ; DOS SANTOS, ANCÉLY F. ; WAILEMANN, ROSANGELA A. M. ; TERRA, LETÍCIA F. ; GOMES, VINÍCIUS M. ; ARINI, GABRIEL S. ; BERTOLDI, ESTER R. M. ; Reis, Eduardo M. ; REIS, EM ; BAPTISTA, MAURÍCIO S. ; LABRIOLA, LETICIA. Necroptosis activation is associated with greater methylene blue-photodynamic therapy-induced cytotoxicity in human pancreatic ductal adenocarcinoma cells. PHOTOCHEMICAL SCIENCES (ONLINE). v. 1, p. 1, 2022. Qualis: A3
12. PESSOA, DIOGO DE OLIVEIRA ; RIUS, FLÁVIA EICHEMBERGER ; PAPAIZ, DEBORA D'ANGELO ; AYUB, ANA LUÍSA PEDROSO ; MORAIS, ALICE SANTANA ; DE SOUZA, CAMILA FERREIRA ; DA PAIXÃO, VINICIUS FERREIRA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; NEWTON-BISHOP, JULIA ; NSENGIMANA, JÉRÉMIE ; AZEVEDO, HATYLAS ; REIS, EDUARDO MORAES ; JASIULIONIS, MIRIAM GALVONAS. Transcriptional signatures underlying dynamic phenotypic switching and novel disease biomarkers in a linear cellular model of melanoma progression. NEOPLASIA. v. 23, p. 439-455, 2021. Qualis: A2
13. GOMES-FILHO, S. M. ; SANTOS, E. O. ; BERTOLDI, E. R. ; HEIDRICH, V. ; DAZZANI, B. ; REIS, EM ; BASSERES, D.S.. Aurora A kinase and its activator TPX2 are potential therapeutic targets in KRAS-induced pancreatic cancer. CELLULAR ONCOLOGY. v. 1, p. 1, 2020. Qualis: A1
14. GRIESI-OLIVEIRA, K. ; FOGO, M. S. ; PINTO, B. G. G. ; ALVES, A. Y. ; SUZUKI, A. M. ; MORALES, A. G. ; EZQUINA, S. ; SOSA, O. J. ; SUTTON, G. J. ; SUNAGA-FRANZE, D. Y. ; BUENO, A. P. ; SEABRA, G. ; SARDINHA, L. ; COSTA, S. S. ; ROSENBERG, C. ; ZACHI, E. C. ; SERTIE, A. L. ; MARTINS-DE-SOUZA, D. ; REIS, E. M. ; VOINEAGU, I. ; et.al. Transcriptome of iPSC-derived neuronal cells reveals a module of co-expressed genes consistently associated with autism spectrum disorder. MOLECULAR PSYCHIATRY. v. 1, p. 1, 2020. Qualis: A1
15. AZEVEDO, HÁTYLAS ; PESSOA, GUILHERME CAVALCANTE ; DE LUNA VITORINO, FRANCISCA NATHÁLIA ; NSENGIMANA, JÉRÉMIE ; NEWTON-BISHOP, JULIA ; REIS, EDUARDO MORAES ; DA CUNHA, JÚLIA PINHEIRO CHAGAS ; JASIULIONIS, MIRIAM GALVONAS. Gene co-expression and histone modification signatures are associated with melanoma progression, epithelial-to-mesenchymal transition, and metastasis. Clinical Epigenetics. v. 12, p. 1, 2020. Qualis: A1
16. HAMASAKI, MIKE YOSHIO ; SEVERINO, PATRICIA ; PUGA, RENATO DAVID ; KOIKE, MARCIA KIYOMI ; HERNANDES, CAMILA ; BARBEIRO, HERMES VIEIRA ; BARBEIRO, DENISE FREDIANI ; MACHADO, MARCEL CERQUEIRA CÉSAR ; REIS, EDUARDO MORAES ; PINHEIRO DA SILVA, FABIANO. Short-Term Effects of Sepsis and the Impact of Aging on the Transcriptional Profile of Different Brain Regions. INFLAMMATION. v. 1, p. 1, 2019. Qualis: A3
17. BAPTISTA, M.S. ; ALVES, M.J.M. ; ARANTES, G.M. ; ARMELIN, H.A. ; AUGUSTO, O. ; BALDINI, R.L. ; BASSERES, D.S. ; BECHARA, E.J.H. ; BRUNI-CARDOSO, A. ; CHAIMOVICH, H. ; COLEPICOLO NETO, P. ; COLLI, W. ; CUCCOVIA, I.M. ; DA-SILVA, A.M. ; DI MASCIO, P. ; FARAH, S.C. ; FERREIRA, C. ; FORTI, F.L. ; GIORDANO, R.J. ; REIS, EM ; et.al. Where do we aspire to publish? A position paper on scientific communication in biochemistry and molecular biology. Brazilian Journal of Medical and Biological Research (on line). v. 52, p. 1414-431x201989, 2019. Qualis: A4
18. DASILVA, LUCAS F. ; BECKEDORFF, FELIPE C. ; AYUPE, ANA C. ; AMARAL, MURILO S. ; MESEL, VINÍCIUS ; VIDEIRA, ALEXANDRE ; Reis, Eduardo M. ; REIS, EM ; SETUBAL, JOÃO C. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Chromatin Landscape Distinguishes the Genomic Loci of Hundreds of Androgen-Receptor-Associated LincRNAs From the Loci of Non-associated LincRNAs. Frontiers in Genetics. v. 9, p. 1-21, 2018. Qualis: A2
19. PELLEGRINA, DIOGO ; SEVERINO, PATRICIA ; BARBEIRO, HERMES ; DE SOUZA, HERALDO ; MACHADO, MARCEL ; PINHEIRO-DA-SILVA, FABIANO ; REIS, EDUARDO. Insights into the Function of Long Noncoding RNAs in Sepsis Revealed by Gene Co-Expression Network Analysis. Non-Coding RNA. v. 3, p. 5, 2017. Qualis: B2
20. CANEVARI, Renata A. ; MARCHI, FABIO A. ; DOMINGUES, MARIA A. C. ; DE ANDRADE, VICTOR PIANA ; CALDEIRA, JOSÉ R. F. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; ROGATTO, Silvia R. ; Reis, Eduardo M. ; REIS, EM. Identification of novel biomarkers associated with poor patient outcomes in invasive breast carcinoma. Tumor Biology. v. 1, p. 1-16, 2016. Qualis: A4
21. CERQUEIRA, O. L. D. ; TRUESDELL, P. ; BALDASSARRE, T. ; VILELLA-ARIAS, SANTIAGO A ; WATT, K. ; MEENS, J. ; CHANDER, H. ; OSORIO, C. A. ; SOARES, F. A. ; REIS, EM ; CRAIG, A. W.. CIP4 promotes metastasis in triple-negative breast cancer and is associated with poor patient prognosis. OncoTarget. v. 6, p. 9397-9408, 2015. Qualis: A2
22. VIEIRA DA SILVA PELLEGRINA, DIOGO ; SEVERINO, PATRICIA ; VIEIRA BARBEIRO, HERMES ; MAZIERO ANDREGHETTO, FLÁVIA ; TADEU VELASCO, IRINEU ; POSSOLO DE SOUZA, HERALDO ; MACHADO, MARCEL CERQUEIRA CÉSAR ; REIS, EDUARDO MORAES ; PINHEIRO DA SILVA, FABIANO. Septic Shock in Advanced Age: Transcriptome Analysis Reveals Altered Molecular Signatures in Neutrophil Granulocytes. Plos One. v. 10, p. e0128341, 2015. Qualis: A1
23. AYUPE, ANA C ; Tahira, Ana C ; CAMARGO, Lauren ; BECKEDORFF, FELIPE C ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; Reis, Eduardo M ; REIS, EM. Global analysis of biogenesis, stability and sub-cellular localization of lncRNAs mapping to intragenic regions of the human genome. RNA Biology. v. 12, p. 877-892, 2015. Qualis: A2
24. DA SILVA PELLEGRINA, DIOGO VIEIRA ; SEVERINO, PATRICIA ; MACHADO, MARCEL CERQUEIRA ; DA SILVA, FABIANO PINHEIRO ; REIS, EDUARDO MORAES. Microarray gene expression analysis of neutrophils from elderly septic patients. Genomics Data. v. 6, p. 51-53, 2015. Qualis: B1
25. DEOCESANO-PEREIRA, C. ; AMARAL, M. S. ; PARREIRA, K. S. ; AYUPE, A. C. ; JACYSYN, J. F. ; AMARANTE-MENDES, G. P. ; REIS, E. M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S.. Long non-coding RNA INXS is a critical mediator of BCL-XS induced apoptosis. Nucleic Acids Research. v. 1, p. 1-1, 2014. Qualis: A1
26. BECKEDORFF, F. C. F. ; OLIVEIRA, Ana Carolina Ayupe de ; CROCCI-SOUZA, R. ; AMARAL, M. S. ; Nakaya, Helder I ; SOLTYS, D. T. ; MENCK, Carlos F M ; Reis, Eduardo M ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. The intronic long noncoding RNA ANRASSF1 recruits PRC2 to the RASSF1A promoter, decreasing RASSF1A isoform expression and Increasing cell proliferation. PLOS Genetics. v. 9, p. e1003705, 2013. Qualis: A1
27. FACHEL, Angela A ; Tahira, Ana C ; VILELLA-ARIAS, SANTIAGO A ; Maracaja-Coutinho, Vinicius ; GIMBA, ETEL RP ; Vignal, Giselle M ; CAMPOS, FRANZ S ; Reis, Eduardo M ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Expression analysis and in silico characterization of intronic long noncoding RNAs in renal cell carcinoma: emerging functional associations. Molecular Cancer. v. 12, p. 140, 2013. Qualis: A1
28. GRAS, DIANA E. ; PERSINOTI, GABRIELA F. ; PERES, NALU T.A. ; MARTINEZ-ROSSI, NILCE M. ; TAHIRA, ANA C. ; Reis, Eduardo M. ; REIS, EM ; PRADE, ROLF A. ; ROSSI, ANTONIO. Transcriptional profiling of Neurospora crassa -mak-2 reveals that mitogen-activated protein kinase MAK-2 participates in the phosphate signaling pathway. Fungal Genetics and Biology (Print). v. 60, p. 140-149, 2013. Qualis: A2
29. VILELLA-ARIAS, SANTIAGO A. ; ROCHA, RAFAEL MALAGOLI ; DA COSTA, WALTER HENRIQUES ; ZEQUI, STÊNIO DE CÁSSIO ; GUIMARÃES, GUSTAVO CARDOSO ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; SOARES, FERNANDO A. ; Reis, Eduardo M. ; REIS, EM. Loss of Caspase 7 Expression Is Associated With Poor Prognosis in Renal Cell Carcinoma Clear Cell Subtype. Urology (Ridgewood, N.J.). v. 82, p. 974.e1-974.e7, 2013. Qualis: A4
30. REIS, EM; Reis, Eduardo M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Perspectives of Long Non-Coding RNAs in Cancer Diagnostics. Frontiers in Genetics. v. 3, p. 1-8, 2012. Qualis: A2
31. Tahira, Ana C ; Kubrusly, Marcia S ; Faria, Michele F ; Dazzani, Bianca ; Fonseca, Rogerio S ; Maracaja-Coutinho, Vinicius ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; Machado, Marcel CC ; Reis, Eduardo M ; REIS, EM. Long noncoding intronic RNAs are differentially expressed in primary and metastatic pancreatic cancer. Molecular Cancer. v. 10, p. 141, 2011. Qualis: A1
32. Chudzinski-Tavassi, Ana Marisa ; De-Sá-Júnior, Paulo Luis ; Simons, Simone Michaela ; Maria, Durvanei Augusto ; de Souza Ventura, Janaina ; de Fátima Correia Batista, Isabel ; Faria, Fernanda ; Durães, Esther ; REIS, Eduardo Moraes ; REIS, EM ; Demasi, Marilene. A new tick Kunitz type inhibitor, Amblyomin-X, induces tumor cell death by modulating genes related to the cell cycle and targeting the ubiquitin-proteasome system. Toxicon (Oxford),. p. June 1, 2010. Qualis: Não identificado (TOXICON ,)
33. Ferrari, Merari F. R. ; Reis, Eduardo M. ; REIS, EM ; Matsumoto, João P. P. ; Fior-Chadi, Débora R.. Gene Expression Profiling of Cultured Cells From Brainstem of Newborn Spontaneously Hypertensive and Wistar Kyoto Rats. Cellular and Molecular Neurobiology. v. 29, p. 287-308, 2009. Qualis: A2
34. COLOMBO, J. ; FACHEL, Angela A ; CALMON, M. F. ; CURY, P. M. ; FUKUYAMA, E. E. ; TAJARA, Eloiza H. ; CORDEIRO, J. A. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, EM ; RAHAL, Paula. Gene expression profiling reveals molecular marker candidates of laryngeal squamous cell carcinoma. Oncology Reports,. p. 649-663, 2009. Qualis: A3 (ONCOLOGY REPORTS)
35. Ferrari, M F R ; Reis, E M ; Matsumoto, J P P ; Fior-Chadi, D R. Transcriptome analysis of nicotine-exposed cells from the brainstem of neonate spontaneously hypertensive and Wistar Kyoto rats. The Pharmacogenomics Journal. v. 10, p. 134-160, 2009. Qualis: A2 (PHARMACOGENOMICS JOURNAL)
36. Igreja, C ; CAIADO, F. ; CLODE, N. ; HENRIQUES, A. ; CAMARGO, Lauren ; REIS, EM ; DIAS, S.. Detailed molecular characterization of cord blood¿derived endothelial progenitors. Experimental Hematology. v. 36, p. 193.e1-193.e15, 2008. Qualis: A3
37. Brito, Glauber Costa ; Fachel, Ângela A. ; Vettore, Andre Luiz ; Vignal, Giselle M ; Gimba, Etel R.P. ; CAMPOS, Franz S. ; Barcinski, Marcello A. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; Reis, Eduardo M. ; REIS, EM. Identification of protein-coding and intronic noncoding RNAs down-regulated in clear cell renal carcinoma. Molecular Carcinogenesis,. p. 1-12, 2008. Qualis: A3 (MOLECULAR CARCINOGENESIS)
38. LOURO, R ; ELJUNDI, T ; NAKAYA, H ; REIS, E ; REIS, EM ; VERJOVSKIALMEIDA, S. Conserved tissue expression signatures of intronic noncoding RNAs transcribed from human and mouse loci. Genomics (San Diego). v. 92, p. 18-25, 2008. Qualis: A3
39. LOURO, Rodrigo ; NAKAYA, Helder I. ; AMARAL, Paulo Paiva ; FESTA, Fernanda ; SOGAYAR, Mari Cleide ; SILVA, Aline M. da ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, EM. Androgen responsive intronic non-coding RNAs. BMC BIOLOGY, Inglaterra. v. 5:4, n. 4, p. 1-14, 2007. Qualis: Não identificado (BMC BIOLOGY, INGLATERRA)
40. REIS, EM; Nakaya, Helder I ; Amaral, Paulo P ; LOURO, Rodrigo ; Lopes, André ; FACHEL, Angela A ; Moreira, Yuri B ; El-Jundi, Tarik A ; da Silva, Aline M ; Reis, Eduardo M ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Genome mapping and expression analyses of human intronic noncoding RNAs reveal tissue-specific patterns and enrichment in genes related to regulation of transcription. GenomeBiology.com (London. Genome Biology. v. 8, p. 1-25, 2007. Qualis: Não identificado (GENOME BIOLOGY)
41. FANGANIELLO, R. D. ; SERTIE, A. L. ; REIS, EM ; YEH, E. ; OLIVEIRA, N. ; BUENO, D. F. ; KERKIS, I. ; ALONSO, N. ; CAVALHEIRO, S. ; MATSUSHITA, H. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; BUENO, M. R. P.. Apert p.Ser252Trp mutation in FGFR2 alters osteogenic potential and gene expression of cranial periosteal cells. Molecular Medicine (Cambridge). v. 13, p. AOP, 2007. Qualis: Não identificado (MOLECULAR MEDICINE)
42. NAKAYA, Helder Ikemoto ; BECKEDORFF, F. C. F. ; BALDINI, M. L. ; FACHEL, Angela A ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Splice variants of TLE family genes and up-regulation of a TLE3 isoform in prostate tumors. Biochemical and Biophysical Research Communications,. p. 918-923, 2007. Qualis: A3 (BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS)
43. PEIXOTO, Bernardo Rodrigues ; VÊNCIO, Ricardo Z N ; EGIDIO, Camila Moura ; MOTA-VIEIRA, Luisa ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, EM. Evaluation of reference-based two-color methods for measurement of gene expression ratios using spotted cDNA microarrays. BMC Genomics. v. 7, n. 1, p. 35, 2006. Qualis: A2
44. PONTES, Elizangela R ; MATOS, Livia C ; SILVA, Eloisio A da ; XAVIER, Leandro S ; DIAZ, Bruno L ; SMALL, Isabelle A ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; BARCINSKI, Marcello A ; GIMBA, Etel R. Auto-antibodies in prostate cancer: humoral immune response to antigenic determinants coded by the differentially expressed transcripts FLJ23438 and VAMP3. The Prostate, USA. v. 66, n. 14, p. 1463-1473, 2006. Qualis: Não identificado (THE PROSTATE, USA)
45. BRENTANI, Ricardo R ; CARRARO, Dirce M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, EM ; NEVES, Eduardo Jordão ; SOUZA, Sandro de ; CARVALHO, Alex F ; BRENTANI, Helena ; REIS, Luis Fernando L. Gene expression arrays in Cancer Research: Methods and Applications. Critical Reviews in Oncology/Hematology, Holanda. v. 54, n. 2, p. 95-105, 2005. Qualis: Não identificado (CRITICAL REVIEWS IN ONCOLOGY/HEMATOLOGY, HOLANDA)
46. REIS, EM; LOURO, Rodrigo ; NAKAYA, Helder I. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. As Antisense RNA gets intronic. Journal of Integrative Biology / Omics (Larchmont), Estados Unidos. v. 9, n. 1, p. 2-12, 2005. Qualis: Não identificado (JOURNAL OF INTEGRATIVE BIOLOGY / OMICS , ESTADOS UNIDOS)
47. REIS, EM; OJOPI, Elida P.b ; ALBERTO, Fernando L. ; RAHAL, Paula ; TSUKUMO, Fernando ; MANCINI, Ulisses M ; GUIMARÃES, Gustavo S ; THOMPSON, Gloria M A ; CAMACHO, Cleber ; MIRACCA, Elisabete C. ; CARVALHO, André L ; MACHADO, Abimael A ; PAQUOLA, Apua C. M. ; CERUTTI, Janete M. ; DASILVA, Aline M. ; PEREIRA, Gonçalo G. ; VALENTINI, Sandro R. ; NAGAI, Maria Aparecida ; KOWALSKI, Luiz Paulo ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; et.al. Large-scale Transcriptome Analyses Reveal New Genetic Marker Candidates of Head, Neck, and Thyroid Cancer. Cancer Research (Chicago, Ill.), EUA. v. 65, n. 5, p. 1693-1699, 2005. Qualis: Não identificado (CANCER RESEARCH , EUA)
48. LOURO, Rodrigo ; NAKAYA, Helder I. ; PAQUOLA, Apua C.m. ; MARTINS, Elizabeth A.l. ; DASILVA, Aline M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, EM. RASL11A, member of a novel small monomeric GTPase gene family, is differentially expressed in prostate tumors. Biochemical and Biophysical Research Communications, EUA. v. 316, n. 5, p. 618-627, 2004. Qualis: A3 (BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS)
49. REIS, EM; NAKAYA, Helder Ikemoto ; LOURO, Rodrigo ; CANAVEZ, Flavio Canela ; FLATSCHART, Áurea V F ; ALMEIDA, Giulliana Tessarin ; EGIDIO, Camila Moura ; PAQUOLA, Apuã C M ; MACHADO, Abimael A ; FESTA, Fernanda ; YAMAMOTO, Denise ; ALVARENGA, Renato ; DASILVA, Camille C. ; BRITO, Glauber C. ; SIMON, Sérgio D. ; MOREIRA-FILHO, Carlos Alberto ; LEITE, Katia R. ; CAMARA-LOPES, Luiz H. ; CAMPOS, Franz S. ; GIMBA, Etel ; et.al. Antisense intronic non-coding RNA levels correlate to the degree of tumor differentiation in prostate cancer. Oncogene (Basingstoke), England. v. 23, n. 39, p. 6684-6692, 2004. Qualis: Não identificado (ONCOGENE , ENGLAND)
50. PAQUOLA, Apua C. M. ; MACHADO, Abimael A ; REIS, EM ; SILVA, Aline M. da ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Zerg: a very fast BLAST parser library. Bioinformatics (Oxford), England. v. 19, n. 8, p. 1035-1036, 2003. Qualis: Não identificado (BIOINFORMATICS , ENGLAND)
51. BRENTANI, Helena ; CABALLERO, Otavia L. ; CAMARGO, Anamaria A. ; DASILVA, Aline M. ; SILVA, JR., Wilson Araujo da ; DIAS-NETO, Emmanuel ; GRIVET, Marco ; GRUBER, Arthur ; GUIMARAES, Pedro Edson Moreira ; ISELI, Christian ; JONGENEEL, Victor ; KELSO, Janet ; NAGAI, Maria Aparecida ; OJOPI, Elida P.b ; OSORIO, Elisson C. ; REIS, EM ; RIGGINS, Gregory J. ; SIMPSON, Andrew John George ; SOUZA, Sandro de ; STEVENSON, Brian J. ; et.al. The generation and utilization of a cancer-oriented representation of the human transcriptome by using expressed sequence tags. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, EUA. v. 100, n. 23, p. 13418-13423, 2003. Qualis: A1 (PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA)
52. VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; DEMARCO, Ricardo ; MARTINS, Elizabeth A.l. ; GUIMARÃES, Pedro E.m ; OJOPI, Elida P.b ; PAQUOLA, Apua C. M. ; PIAZZA, João Paulo ; NISHYIAMA JR., Milton Yutaka ; KITAJIMA, João Paulo ; ADAMSON, Rachel E. ; ASHTON, Peter D ; BONALDO, Maria F ; COULSON, Patricia S ; DILLON, Gary P ; FARIAS, Leonardo P ; GREGORIO, Sheila P ; HO, Paulo L ; LEITE, Ricardo A ; MAQUIAS, Cosme C ; REIS, EM ; et.al. Transcriptome analysis of the acoelomate human parasite Schistosoma mansoni. Nature Genetics, Grã-Bretanha. v. 35, n. 2, p. 148-157, 2003. Qualis: Não identificado (NATURE GENETICS, GRÃ-BRETANHA)
53. Paquola, A. C. M. ; NISHYIAMA, M. Y. ; Reis, E. M. ; DA SILVA, A. M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S.. ESTWeb: bioinformatics services for EST sequencing projects. Bioinformatics (Oxford. Print). v. 19, p. 1587-1588, 2003. Qualis: Não identificado (PRINT))
54. CAMARGO, Anamaria A. ; SAMAIA, Helena Brentani ; DIAS-NETO, Emmanuel ; SIMÃO, Daniel F. ; MIGOTTO, Italo A. ; BRIONES, Marcelo R. S. ; COSTA, Fernando F. ; NAGAI, Maria Aparecida ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; ZAGO, Marco A. ; ANDRADE, Luis Eduardo C. ; CARRER, Helaine ; EL-DORRY, Hamza ; ESPREAFICO, Enilza M. ; HABR-GAMA, Angelita ; GIANNELLA-NETO, Daniel ; GOLDMAN, Gustavo H. ; GRUBER, Arthur ; HACKEL, Christine ; REIS, EM ; et.al. The contribution of 700,000 ORF sequence tags to the definition of the human transcriptome. PNAS. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, USA. v. 98, p. 12103-12108, 2001. Qualis: A1 (PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA)
Livros publicados/organizados ou edições (0)
Capítulos de livros publicados (6)
1. Zevallos RAC ; REIS, E.M.. Noncoding gene families of the human genome. Em: Luciana Amaral Haddad. (Org.). Human Genome Structure, Function and Clinical Considerations. 1ed. : Springer. 2021.v. 1, p. 139-180.
2. AYUPE, A. C. ; REIS, EM. Evaluating the stability of mRNAs and noncoding RNAs. Em: Ulf Andersson Ørom. (Org.). Enhancer RNAs: Methods and Protocols. 1ed. : Springer. 2017.v. 1468, p. 139-153.
3. OLIVEIRA, Ana Carolina Ayupe de ; REIS, EM. RNAs não codificadores longos: Genômica, Biogênese, Mecanismos e Função. Em: Rodrigo Ribeiro Resende. (Org.). Livro Biotecnologia Aplicada à Saúde: Fundamentos e Aplicações. 1ed. : Editora Blucher. 2016.v. III, p. 1-12.
4. Machado, Marcel CC ; DA SILVA, FABIANO PINHEIRO ; Reis, Eduardo M ; REIS, EM. Expressão Gênica no Idoso em Sepse. Envelhecimento: Uma visão multidisciplinar. 1ed.Rio de Janeiro. Em: . : Atheneu. 2015.v. 1, p. 225-230.
5. HAMASAKI, M. Y. ; DA SILVA, FABIANO PINHEIRO ; Reis, Eduardo M ; REIS, EM ; Machado, Marcel CC. Inflamação Cerebral Aguda no Idoso. Envelhecimento: uma visão interdisciplinar. 1ed.Rio de Janeiro. Em: . : Atheneu. 2015.v. 1, p. 231-236.
6. NAKAYA, Helder Ikemoto ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Concepts on Microarray Design for Genome and Transcriptome Analyses. Em: Anton Buzdin; Sergey Lukyanov. (Org.). Nucleic Acid Hybridization: Modern Applications. Dordrecht. : Springer. 2007..
Textos em jornais de notícias/revistas (0)
Trabalhos completos publicados em anais de congressos (0)
Resumos expandidos publicados em anais de congressos (1)
1. SIMÕES, Ana Carolina Quirino ; DA SILVA, A. M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, Eduardo Moraes R.. SAM Method as an Approach to Select Candidates for Human Prostate Cancer Markers. Em: Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2005, Sao Leopoldo, RS, Brasil. Advances in Bioinformatics and Computational Biology. Heidelberg: Springer-Verlag, v. 3594, p. 202-205, 2005. Qualis: Não identificado (BRAZILIAN SYMPOSIUM ON BIOINFORMATICS, 2005, SAO LEOPOLDO, RS, BRASIL. ADVANCES IN BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY. HEIDELBERG: SPRINGER-VERLAG)
Resumos publicados em anais de congressos (49)
1. SANCHES, L. ; PATO, G. T. G. ; DA SILVA PELLEGRINA, DIOGO VIEIRA ; FERREIRA, J. E. ; Reis EM. LACEN: An R Package for Lncrna Functional Annotation Using Co-Expression Networks. Em: LI Reunião Anual da SBBq, 2022, 2022, Aguas de Lindoia, SP. LI Reunião Anual da SBBq, p. O-5, 2022.
2. SOSA, O. J. ; PAIXAO, V. F. ; VIEIRA DA SILVA PELLEGRINA, DIOGO ; BERTOLDI, E. R. ; SETUBAL, JOÃO C. ; REIS, EM. The transcriptional landscape of protein-coding and long noncoding RNAs in pancreatic adenocarcinoma revealed by total RNAseq analysis of matched tumor and nontumor patient samples. Em: AACR Pancreatic Cancer: Advances in Science and Clinical Care special conference, 2018, Boston, MA. AACR Pancreatic Cancer: Advances in Science and Clinical Care special conference, p. 035, 2018.
3. SOSA, O. J. ; PAIXAO, V. F. ; SETUBAL, João C ; Reis, Eduardo M ; REIS, EM. Bioinformatic analysis of RNASeq data to search for novel diagnostic/prognostic biomarkers of pancreatic ductal adenocarcinoma. Em: AACR Annual Metting, 2016, New Orleans. AACR Annual Meeting 2016 abstract book, p. 16A5770AACR, 2016.
4. FACHEL, Angela A ; TAHIRA, Ana Carolina ; MOREIRA, Yuri J. de C. B. ; GIMBA, Etel R ; VIGNAL, Gisele M. ; CAMPOS, Franz S. ; LOURO, Rodrigo ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Intronic noncoding RNAs correlated with carcinogenesis and survival in clear cell renal cell carcinoma. Em: AACR 100th Annual Meeting 2009, 2009, Denver, CO. AACR 100th Annual Meeting 2009 - MicroRNA/Noncoding RNA Expression in Cancer 2, v. p25, 2009.
5. TAHIRA, Ana Carolina ; KUBRUSLY, Márcia Saldanha ; FARIAS, M. F. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; MACHADO, Marcel C. C. ; REIS, EM. An intronic ncRNA expression signature of metastases in pancreatic cancer. Em: AACR 100th Annual Meeting 2009, 2009, Denver, CO. AACR 100th Annual Meeting 2009 - Session: MicroRNA/Noncoding RNA Expression in Cancer 2, 2009.
6. CAMARGO, Lauren ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, EM. Effect of DNA methylation on the transcription of intronic noncoding RNAs in cancer cell lines. Em: AACR 100th Annual Meeting 2009, 2009, Denver, CO. AACR 100th Annual Meeting 2009 - Session: DNA Methylation 2, 2009.
7. Smirnova A. S. ; LOURO, Rodrigo ; ORSINI-PALMA, E. I. ; DUFNER-ALMEIDA, L. G. ; BRITO-LEITE, C. ; SOARES-ANDRADE, N. ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. KLHL29 antisense intrinsic transcript regulates expression of cell cycle genes, proliferation and tumorigeneic capacity of human cell lines. Em: THE BIOLOGY OF GENOMES - CSHL Meeting 2009, 2009, Cold Spring Harbor, NY. Abstract book 2009 meeting on THE BIOLOGY OF GENOMES, p. 290, 2009.
8. Gras D.E. ; REIS, EM ; TAHIRA, Ana Carolina ; PERES, N. T. A. ; PRADE, R. ; MARTINEZ-ROSSI, N. ; ROSSI, A.. Regulation of gene expression by phosphate in Neurospora crassa. Em: 25th Fungal Genetics conference, 2009, Pacific Grove, Callifornia. 5th Fungal Genetics conference, Abstracts, 2009, p. 120, 2009.
9. OLIVEIRA, Ana Carolina Ayupe de ; CAMARGO, Lauren ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, EM. Identification of Intronic Noncoding RNAs Enriched in Nuclear or Cytoplasmic Fractions of Human Cells. Em: Dynamic Organization of Nuclear Function - CSHL Meeting 2008, 2008, Cold Spring Harbor, NY. Abstract book 2008 meeting on Dynamic Organization of Nuclear Function, p. 7, 2008.
10. ROSA, F. E. ; CANEVARI, Renata A. ; Neto F.A.M. ; CALDEIRA, J. R. F. ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; ROGATTO, Silvia R.. Proliferation-associated genes correlated to hormonal receptors and Ki-67 status in breast carcinomas. Em: 20th Meeting of the European Association for Cancer Research, 2008, Lyon, France. Proceedings Book - 20th Meeting of the European Association for Cancer Research, v. 6, p. 135, 2008.
11. CANEVARI, Renata A. ; CALDEIRA, J. R. F. ; Neto F.A.M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; ROGATTO, Silvia R. ; REIS, EM. Identification of a gene expression signature correlated to breast cancer prognosis. Em: 20th Meeting of the European Association for Cancer Research, 2008, Lyon, France. Proceedings Book - 20th Meeting of the European Association for Cancer Research, v. 6, p. 136, 2008.
12. CAMARGO, Lauren ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, EM. Effect of DNA methylation on the transcription of intronic noncoding RNAs. Em: Keystone Symposia: Cancer Genomics and Epigenomics, 2008, Taos, NM, EUA. Keystone Symposia on Molecular and Cellular Biology - 2008 abstract book. Silverstone, CO, USA: Keystone Symposia, p. 53-53, 2008.
13. EGIDIO, Camila Moura ; DURAES, Esther de Oliveira ; PEIXOTO, Bernardo Rodrigues ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, EM. Molecular classification of breast tumors using an intronic cDNA Microarray. Em: Oncogenomics 2007: Dissecting Cancer Through Genome Research, 2007, Phoenix, Arizona, EUA. Oncogenomics 2007: Dissecting Cancer Through Genome Research, 2007.
14. FACHEL, Angela A ; REIS, EM ; NAKAYA, Helder Ikemoto ; CAMPOS, Franz S. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Profiling Intronic Noncoding RNA Expression in Renal Cell Carcinoma with a Combined Intron-Exon Microarray Oligonucleotide. Em: Oncogenomics 2007: Dissecting Cancer Through Genome Research, 2007, Phoenix, Arizona, EUA. Oncogenomics 2007: Dissecting Cancer Through Genome Research, 2007.
15. OLIVEIRA, Ana Carolina Ayupe de ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, EM. Nuclear localization of intronic RASSF1 transcripts in human tissues using in situ hybridization. Em: XXXVI Reunião Anual da SBBq, 2007, Salvador - BA. XXXVI Reunião Anual da SBBq, p. B-31, 2007.
16. MOREIRA, Yuri J. de C. B. ; NAKAYA, Helder Ikemoto ; EGIDIO, Camila Moura ; VENANCIO, T. M. ; LEITE, Katia R. ; CAMARA-LOPES, Luiz H. ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Identification of Intronic Marker Candidates for Prostate Cancer Prognosis using Oligonucleotide Microarrays. Em: XXXVI Reunião Anual da SBBq, 2007, Salvador - BA. XXXVI Reunião Anual da SBBq, p. B-55, 2007.
17. BECKEDORFF, F. C. F. ; NAKAYA, Helder Ikemoto ; BALDINI, M. L. ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Transcription analysis of alternatively spliced forms of TLE genes. Em: XXXVI Reunião Anual da SBBq, 2007, Salvador - BA. XXXVI Reunião Anual da SBBq, p. B-54, 2007.
18. CAMARGO, Lauren ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, EM. Role of DNA methylation on the transcriptional control of intronic noncoding RNAs. Em: XXXVI Reunião Anual da SBBq, 2007, Salvador - BA. XXXVI Reunião Anual da SBBq, p. B-48, 2007.
19. TAHIRA, Ana Carolina ; FACHEL, Angela A ; LOURO, Rodrigo ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Differential expression of intronic noncoding RNAs in renal cell carcinoma using quantitative RT-PCR. Em: XXXVI Reunião Anual da SBBq, 2007, Salvador - BA. XXXVI Reunião Anual da SBBq, p. B-30, 2007.
20. GOMES, L. R. ; FESTA, Fernanda ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; CARVALHO, H. F. ; PETERS, H. ; SOGAYAR, Mari Cleide. Role of PPM1D in prostatic carcinoma: overexpression in prostate tumors and regulation by androgen. Em: XXXVI Reunião Anual da SBBq, 2007, Salvador - BA. XXXVI Reunião Anual da SBBq, p. B-26, 2007.
21. TAHIRA, Ana Carolina ; KUBRUSLY, Márcia Saldanha ; FONSECA, Rogério ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; MACHADO, Marcel C. C. ; REIS, EM. Identificação de marcadores moleculares associados ao câncer de pâncreas utilizando microarranjos de DNA enriquecidos em RNAs intrônicos não-codificantes. Em: 53º Congresso Brasileiro de Genética, 2007, Águas de Lindóia. 53º Congresso Brasileiro de Genética, 2007.
22. BALDINI, M. L. ; NAKAYA, Helder Ikemoto ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. New Isoform of the TLE3 Gene Encodes a Truncated Protein and is Up-Regulated in Prostate Tumors. Em: XXXV Reunião Anual da SBBq, 2006, Águas de Lindóia. XXXV Reunião Anual da SBBq, p. B-36, 2006.
23. AMARAL, Paulo Paiva ; NAKAYA, Helder Ikemoto ; LOURO, Rodrigo ; REIS, EM ; SILVA, Aline M. da ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. RNA Pol II-Independent Transcription of Noncoding RNAs in Human Cells. Em: XXXV Reunião Anual da SBBq, 2006, Águas de Lindóia. XXXV Reunião Anual da SBBq, p. B-14, 2006.
24. BRITO, Glauber C. ; FACHEL, Angela A ; CAMPOS, Franz S. ; BARCINSKI, Marcello A ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, EM. Novel molecular markers of renal cell carcinoma identified by gene expression analysis using cDNA microarrays. Em: Keystone Symposia − Emerging Genomic Biomarkers: Impact on Drug Discovery and Clinical Practice, 2006, Victoria, Canadá. Keystone Symposia − Emerging Genomic Biomarkers: Impact on Drug Discovery and Clinical Practice, 2006.
25. FACHEL, Angela A ; TAHIRA, Ana Carolina ; ELJUNDI, Tarik A.r.j. ; CAMPOS, Franz S. ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Differential expression of intronic non-coding RNAs in renal cell carcinoma using cDNA microarray analysis. Em: Meeting on Mechanisms & Models of Cancer, 2006, Cold Spring Harbor, NY. CSHL - Mechanisms & Models of Cancer, 2006.
26. LOURO, Rodrigo ; AMARAL, Paulo Paiva ; NAKAYA, Helder Ikemoto ; FESTA, Fernanda ; SOGAYAR, Mari Cleide ; REIS, EM ; DASILVA, Aline Maria ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Androgen-responsive transcription of intronic non-coding RNAs in a human prostate cancer cell line. Em: 71st CSHL Symposium: Regulatory RNAs, 2006, Cold Spring Harbor, NY. 71st CSHL Symposium: Regulatory RNAs, p. 132, 2006.
27. NAKAYA, Helder Ikemoto ; LOURO, Rodrigo ; LOPES, Andre ; AMARAL, Paulo Paiva ; FESTA, Fernanda ; SOGAYAR, Mari Cleide ; DASILVA, Aline Maria ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Global analysis of antisense transcription in intronic regions of the human genome. Em: 71st CSHL Symposium: Regulatory RNAs, 2006, Cold Spring Harbor, NY. 71st CSHL Symposium: Regulatory RNAs, p. 153, 2006.
28. DURAES, Esther de Oliveira ; EGIDIO, Camila Moura ; PEIXOTO, Bernardo Rodrigues ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, EM. Classificação Molecular de Tumores de Mama Utilizando uma Plataforma de Microarray Enriquecida em RNAs Intrônicos Não-Codificantes. Em: 14º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP, 2006, Piracicaba - SP. 14º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP, 2006.
29. COLOMBO, J. ; FACHEL, Angela A ; CURY, P. M. ; FUKUIAMA, E. ; TAJARA, Eloiza H. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, EM ; RAHAL, Paula. Análise do perfil de expressão gênica em tumores de laringe pela técnica de Microarray. Em: 52º Congresso Brasileiro de Genética, 2006, Foz do Iguaçu, PR. 52º Congresso Brasileiro de Genética, p. 647, 2006.
30. SILVESTRE, G. C. R. ; REIS, EM ; CORREA, I. P. ; RODRIGUES, J. ; RODRIGUES, C. J.. Estudo comparativo da expressão gênica do tecido adiposo de indivíduos com obesidade mórbida e indivíduos não obesos. Em: 52º Congresso Brasileiro de Genética, 2006, Foz do Iguaçu, PR. 52º Congresso Brasileiro de Genética, p. 350, 2006.
31. KUBRUSLY, Márcia Saldanha ; REIS, EM ; LOURO, Rodrigo ; CAMARGO, Lauren ; FONSECA, Rogério ; CUNHA, J. E. M. ; JUKEMURA, J. ; BACHELLA, T. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; MACHADO, Marcel C. C.. Antisense Intronic Non-Coding RNA Levels in Pancreatic Cancer. Em: APA IAP Joint Meeting, 2006, Chicago. American Pancreatic Association and the Japan Pancreas Society, v. 33, p. 475, 2006.
32. LOURO, Rodrigo ; NAKAYA, Helder Ikemoto ; AMARAL, Paulo Paiva ; FESTA, Fernanda ; SOGAYAR, Mari Cleide ; DASILVA, Aline Maria ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Characterization of intronic non-coding transcripts regulated by androgen in a prostate cancer cell line by strand-specific real-time PCR. Em: XXXIV Reunião Anual da SBBq, 2005, Águas de Lindóia, SP. XXXIV Reunião Anual da SBBq, 2005.
33. PONTES, Elizangela R ; MATOS, Livia C ; SILVA, Eloisio A da ; XAVIER, Leandro S ; DIAZ, Bruno L ; SMALL, Isabelle A ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; BARCINSKI, Marcello A ; GIMBA, Etel R. Characterization of molecular markers for prostate cancer from differentially expressed proteins. Em: XXXIV Reunião Anual da SBBq, 2005, Águas de Lindóia, SP. XXXIV Reunião Anual da SBBq, 2005.
34. REIS, EM; EGIDIO, Camila Moura ; VÊNCIO, Ricardo Z N ; MOTA-VIEIRA, Luisa ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; PEIXOTO, Bernardo Rodrigues. Indirect measurement of differential gene expression using an oligonucleotide reference. Em: Oncogenomics 2005: Dissecting Cancer Through Genome Research, 2005, San Diego EUA. XXXIV Reunião Anual da SBBq, 2005.
35. FACHEL, Angela A ; CAMPOS, Franz S. ; BARCINSKI, Marcello A ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Linear Amplification of RNA Isolated from Clinical Tissue Samples for Microarray Assays. Em: XXXIV Reunião Anual da SBBq, 2005, Águas de Lindóia, SP. XXXIV Reunião Anual da SBBq, 2005.
36. Silva, J. C. ; MARACAJA-COUTINHO, V. ; NAKAYA, Helder Ikemoto ; LOURO, Rodrigo ; AMARAL, Paulo Paiva ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Molecular Characterization of Intronic Transcripts Regulated by Androgen in Prostate Cancer Cell Line. Em: XXXIV Reunião Anual da SBBq, 2005, Águas de Lindóia, SP. XXXIV Reunião Anual da SBBq, 2005.
37. FESTA, Fernanda ; GOMES, L. R. ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; SOGAYAR, Mari Cleide. The role of p53-regulated phosphatase (PPM1D) in prostatic cell lines. Em: XXXIV Reunião Anual da SBBq, 2005, Águas de Lindóia, SP. XXXIV Reunião Anual da SBBq, 2005.
38. AMARAL, Paulo Paiva ; NAKAYA, Helder Ikemoto ; LOURO, Rodrigo ; FESTA, Fernanda ; SOGAYAR, Mari Cleide ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; SILVA, Aline M. da. Binding of Androgen Receptor to Promoter Sequence of Antisense Intronic Gene Suggests RNA Polymerase II Transcription of Non-coding RNAs. Em: 51º Congresso Brasileiro de Genética, 2005, Águas de Lindóia, SP. 51º Congresso Brasileiro de Genética, 2005.
39. ELJUNDI, Tarik A.r.j. ; LOURO, Rodrigo ; NAKAYA, Helder Ikemoto ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Intronic non-coding RNAs are similarly expressed in different tissues both in humans and mice. Em: 51º Congresso Brasileiro de Genética, 2005, Águas de Lindóia, SP. 51º Congresso Brasileiro de Genética, 2005.
40. NAKAYA, Helder Ikemoto ; Monteiro, RVM ; LOURO, Rodrigo ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Novel Exons of Human Genes Identified by Intronic cDNA Microarrays. Em: 51º Congresso Brasileiro de Genética, 2005, Águas de Lindóia, SP. 51º Congresso Brasileiro de Genética, 2005.
41. BRITO, Glauber C. ; FACHEL, Angela A ; CAMPOS, Franz S. ; BARCINSKI, Marcello A ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, EM. Identification of novel candidate markers of renal cell carcinomas by cDNA microarray analysis. Em: 51º Congresso Brasileiro de Genética, 2005, Águas de Lindóia, SP. 51º Congresso Brasileiro de Genética, 2005.
42. REIS, EM; NAKAYA, Helder Ikemoto ; LOURO, Rodrigo ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Identification of long antisense intronic non-coding RNA messages with expression correlated to the degree of tumor differentiation in prostate cancer. Em: Oncogenomics 2005: Dissecting Cancer Through Genome Research, 2005, San Diego EUA. Oncogenomics 2005: Dissecting Cancer Through Genome Research, 2005.
43. FANGANIELLO, R. D. ; SERTIE, A. L. ; REIS, EM ; OLIVEIRA, N. ; KOK, F. ; CAVALHEIRO, S. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; BUENO, M. R. P.. Differential gene expression profiles unraveled by microarray analysis in periosteal fibroblasts deriving from Apert syndrome. Em: 55th Annual Meeting of the American Society of Human Genetics, 2005, Salt Lake City, EUA. 55th Annual Meeting of the American Society of Human Genetics, 2005.
44. REIS, EM; NAKAYA, Helder I. ; LOURO, Rodrigo ; CANAVEZ, Flavio Canela ; FLATSCHART, Áurea V F ; ALMEIDA, Giulliana Tessarin ; EGIDIO, Camila Moura ; PAQUOLA, Apua C. M. ; MACHADO, Abimael A ; FESTA, Fernanda ; YAMAMOTO, Denise ; ALVARENGA, Renato ; DASILVA, Camille C. ; BRITO, Glauber C. ; SIMON, Sérgio D. ; MOREIRA-FILHO, Carlos Alberto ; LEITE, Katia R. ; CAMARA-LOPES, Luiz H. ; CAMPOS, Franz S. ; GIMBA, Etel ; et.al. Antisense intronic non-coding RNA levels correlate to the degree of tumor differentiation in prostate cancer. Em: 50º CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 2004, Florianópolis, SC. 50º CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, p. GH08, 2004.
45. REIS, EM; NAKAYA, Helder I. ; LOURO, Rodrigo ; CANAVEZ, Flavio Canela ; FLATSCHART, Áurea V F ; ALMEIDA, Giulliana Tessarin ; EGIDIO, Camila Moura ; PAQUOLA, Apua C. M. ; MACHADO, Abimael A ; YAMAMOTO, Denise ; ALVARENGA, Renato ; SIMON, Sérgio D. ; MOREIRA-FILHO, Carlos Alberto ; CAMPOS, Franz S. ; VIGNAL, Gisele M. ; BARCINSKI, Marcello A ; SOGAYAR, Mari Cleide ; EL-DORRY, Hamza ; DASILVA, Aline Maria ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; et.al. Gene expression signatures related to the degree of tumor cell differentiation in prostate cancer. Em: 49º Congresso Internacional de Genética da Sociedade Brasileira de Genética, 2003, Águas de Lindóia. 49º Congresso Internacional de Genética da Sociedade Brasileira de Genética, p. 132, 2003.
46. LOURO, Rodrigo ; NAKAYA, Helder Ikemoto ; PAQUOLA, Apua C. M. ; MARTINS, Elizabeth A.l. ; DASILVA, Aline Maria ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, EM. Cloning and partial characterization of new paralogs of cancer related genes. Em: XXXII Reunião Anual da SBBq, 2003, Caxambu - MG. XXXII Reunião Anual da SBBq, p. 28, 2003.
47. REIS, EM; CANAVEZ, Flavio Canela ; FLATSCHART, Áurea V F ; ALMEIDA, Giulliana Tessarin ; EGIDIO, Camila Moura ; PAQUOLA, Apua C. M. ; YAMAMOTO, Denise ; GUIDUGLI-NETO, João ; ZVEIBIL, Debora ; SIMON, Sérgio D. ; MOREIRA-FILHO, Carlos Alberto ; CAMPOS, Franz S. ; VIGNAL, Gisele M. ; BARCINSKI, Marcello A ; SOGAYAR, Mari Cleide ; EL-DORRY, Hamza ; DASILVA, Aline M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Differential gene expression in prostate cancer using cDNA microarrays. Em: Oncogenomics 2002: Dissecting Cancer Through Genome Research, 2002, Dublin, Irlanda. Oncogenomics 2002: Dissecting Cancer Through Genome Research, 2002.
48. ALBERTO, Fernando L. ; REIS, EM ; ALMEIDA, Giulliana Tessarin ; EGIDIO, Camila Moura ; PERES, T. S. ; DASILVA, Aline Maria ; COSTA, Fernando F. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Differential gene expression is acute leukemia using cDNA microarrays. Em: 44th American Society of Hematology Annual Meeting, 2002, Philadelphia, EUA. BLOOD. WASHINGTON, DC - USA: AMER SOC HEMATOLOGY, v. 100, p. 203B, 2002.
49. REIS, EM; CANAVEZ, Flavio Canela ; DASILVA, Aline M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Informatics selection of ORESTES clones for construction of prostate cancer DNA microarrays. Em: Brazilian International Genome Conference, 2001, Angra dos Reis, RJ. Brazilian International Genome Conference, 2001.
Artigos aceitos para publicação (0)
Apresentações de trabalho (2)
1. REIS, EM. Unraveling long noncoding RNAs with oncogenic roles in pancreatic cancer. 2024. Apresentação de Trabalho/Congresso
2. REIS, EM. Annotation and functional characterization of oncogenic long noncoding RNAs deregulated in pancreatic cancer. 2024. Apresentação de Trabalho/Congresso
Demais tipos de produção bibliográfica (0)

Produção técnica

Programas de computador com registro (0)
Programas de computador sem registro (6)
1. PAQUOLA, Apua C. M. ; MACHADO, Abimael A ; REIS, EM ; DASILVA, Aline Maria ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Zerg: a very fast BLAST parser library. 2003.
2. PAQUOLA, Apuã C M ; NISHYIAMA JR., Milton Yutaka ; REIS, EM ; DASILVA, Aline M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Bioinformatics services for EST sequencing projects. 2003.
3. REIS, E.M. Organismos vivos programáveis são promissores dentro da medicina regenerativa e da biologia. 2022. (Programa de rádio ou. 2022.
4. REIS, E.M. Cientistas identificam genes associados à proliferação de tumores do câncer de pâncreas. 2022. (Programa de rádio ou. 2022.
5. REIS, E.M. RNAs não-codificadores e sua atuação no câncer de pâncreas. 2016. (Programa de rádio ou. 2016.
6. REIS, E.M. Pesquisadores da USP descrevem transcritos expressos em câncer de pâncreas. 2011. (Programa de rádio ou. 2011.
Produtos tecnológicos (0)
Processos ou técnicas (0)
Trabalhos técnicos (0)
Demais tipos de produção técnica (3)
1. REIS, EM; Nakaya, Helder I ; DA SILVA, A. M.. Abordagens transcritomicas para o estudo da expressão de genomas e metagenomas. 2016. 2016.
2. REIS, EM. Bioinformática aplicada ao estudo da expressão gênica: Genes, genomas, metagenomas. 2016. 2016.
3. CESAR-JR., R. M. ; REIS, EM. X-Meeting 2007 - special issue of GMR with selected papers. 2007. Editoração/Anais

Produção artística

Total de produção artística (1)
1. Reis, E M. Characterization of Nuclear-Retained mRNAs associated to Paraspeckle Proteins. 2009.

Orientações em andamento

Supervisão de pós-doutorado (0)
Tese de doutorado (6)
1. Pedro Henrique Fogaça Jordão. Caracterização de LncRNAs Associados à Reprogramação Metabólica Durante a Progressão do Melanoma. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2024.
  Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
2. Daniela Bizinelli. Identificação de RNAs longos não codificantes associados ao potencial tronco tumoral em câncer de pâncreas, glioblastoma e melanoma. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2023.
  Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
3. Maria Eduarda Mazzi Esquinca. Avaliação funcional do papel de lncRNAs oncogênicos no adenocarcinoma pancreático ductal (PCA) através de abordagens ômicas integrativas. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, . Início: 2023.
  Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
4. Rafaela Reis Vieira. Investigação dos mecanismos moleculares de ação de RNAs nãocodificadores longos oncogênicos expressos em tumores de pâncreas. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2022.
  Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
5. Rauni Borges Marques. Construção e anotação funcional de redes de interações do ceRNoma no câncer de pâncreas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2022.
  Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
6. Leonardo Sanches. Anotação funcional de RNAs não codificadores em tumores humanos através de redes de coexpressão. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2021.
  Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Dissertação de mestrado (2)
1. Nicholas Brown. Busca de Novos Alvos no Melanoma através de Inferência de Ortólogos por Redes de Coexpressão. Dissertação (Mestrado profissional em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2024.
  Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
2. Bruna Farias. Investigação da associação entre ancestralidade genética e mutações somáticas prevalentes em pacientes com adenocarcinoma de pâncreas da população brasileira. Dissertação (Mestrado profissional em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2023.
  Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
Trabalho de conclusão de curso de graduação (0)
Iniciação científica (1)
1. Sofia Sanches Massarenti. Análise da Citotoxicidade de Compostos de Telúrio em Modelos Celulares de Tumores Pancreáticos. Iniciação científica (Graduando em Química Com Ênfase em Bioquímica e Biologia Molecular) - Universidade de São Paulo, . Início: 2025.
  Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Orientações de outra natureza (0)

Supervisões e orientações concluídas

Supervisão de pós-doutorado (2)
1. Carlos Alexandre Fedrigo. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
  Supervisor: Eduardo Moraes Rego Reis.
2. Ana Carolina Ayupe de Oliveira Beckedorff. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012.
  Supervisor: Eduardo Moraes Rego Reis.
Tese de doutorado (11)

Diogo Vieira da Silva Pellegrina. Análise integrada de mutações somáticas e alterações transcricionais em tumores de pâncreas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2020.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Omar Julio Sosa. Desenvolvimento de uma plataforma bioinformática para a descoberta de marcadores moleculares associados ao adenocarcinoma de pâncreas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2019.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Vinicius Ferreira da Paixão. Anotação e caracterização funcional de novos transcritos expressos no adenocarcinoma de pâncreas: RNAs nãocodificadores longos associados a fenótipos tumorais e clínicos e novas formas alternativas de splicing. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Luís Bruno da Cruz e Alves de Moraes. Desenvolvimento de xenotransplantes de tumores pancreáticos humanos para varredura genética de alvos moleculares com potencial terapêutico. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2018.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Otto Luiz Dutra Cerqueira. Avaliação de marcadores de prognóstico em câncer de mama e análise funcional de CIP4. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2014.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Ana Carolina Tahira. Identificação de marcadores moleculares associados ao câncer de pâncreas utilizando microarrays de DNA. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Santiago Andres Vilella Arias. Caracterização de marcadores moleculares associados ao carcinoma renal. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2013.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Lauren Camargo. Estudo do efeito da metilação do DNA sobre a regulação da transcrição de uma nova classe de RNAs antisenso intrônicos não-codificantes. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Ana Carolina Ayupe de Oliveira Beckedorff. Biogênese, estabilidade e localização sub-celular de RNAs não-codificadores longos expressos em regiões intrônicas do genoma humano. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2012.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Camila de Moura Egidio. Análise da expressão de RNAs não-codificadores intrônicos em tumores de mama. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2008.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Glauber da Costa de Brito. Análise da expressão de RNAs intrônicos não-codificadores em carcinomas de célula renal. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Dissertação de mestrado (5)

Arthur Friguglietti Silveira. Estabelecimento de um modelo de cultura celular tridimensional para estudos funcionais e moleculares no câncer de pâncreas. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2020.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Diogo de Oliveira Pessoa. Identificação e anotação funcional de RNAs longos nãocodificadores asociados a subtipos moleculares de tumores pancreáticos. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2019.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Ester Risério Matos Bertoldi. Estabelecimento de sistema de armazenamento e recuperação de dados vinculado a projeto de identificação de marcadores moleculares no câncer de pâncreas utilizando sequenciamento de nova geração. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Diogo Vieira da Silva Pellegrina. Análise global da expressão de mRNAs e RNAs nãocodificadores no sistema imunológico humano na senescência e sepse. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2016.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Gabriel Francisco Zaniboni. Implementação de abordagens computacionais para identificação de RNAs não codificadores longos envolvidos na diferenciação neuronal. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2015.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
Trabalho de conclusão de curso de graduação (8)

Leonardo Santos Larizza da Silva. Identificação In Silico de Alvos para Teranóstica em Melanoma. (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, . 2024.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Ana Luiza Quilici. Análise computacional da expressão gênica diferencial em modelos celulares de câncer de pâncreas murino com identificação de RNAs longos não codificadores associados à perda de função do gene p53. (Graduação em Química) - Universidade de São Paulo, . 2017.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Nathalia Rocha Lainetti. Avaliação da Expressão do RNA Não-Codificador Intergênico Longo CCAT1 em Células Tumorais de Pâncreas. (Graduação em Biomedicina) - Universidade Paulista, . 2016.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Arthur Friguglietti Silveira. Caracterização funcional do RNA não codificador longo DAPK1 super-expresso em metástases pancreáticas. (Graduação em Biomedicina) - Universidade Paulista, . 2014.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Cínthia Ramos da Silva. Caracterização de RNAs não-codificadores expressos em tumores de rim. (Graduação em Biologia) - Universidade de São Paulo, . 2010.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Bruna Baranski. Estudo da expressão e localização de RNAs não-codificadores em células HeLa. (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Presbiteriana Mackenzie, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2009.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Elen Gomes Pereira. Uso de Ferramentas de Bioinformática Para Análise de Dados de Expressão Gênica obtidos em Experimentos com Microarranjos de Dna. (Graduação em Farmácia) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2006.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Esther de Oliveira Durães. Padronização de técnicas e metodologias de análises envolvidas em experimentos de hibridização de microarrays de cDNA para o estudo da expressão gênica em tecido tumoral mamário. (Graduação em Farmácia) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2006.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Iniciação científica (11)

Maria Fernanda Barreto Ignacio de Oliveira. Caracterização de novos nanossistemas para entrega de drogas e compostos de telúrio em modelos celulares de tumores. (Graduando em Química Com Ênfase em Bioquímica e Biologia Molecular) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2023.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Victoria de Paiva Oliveira. Validação molecular de novos transcritos expressos em câncer de pâncreas. (Graduando em Química Com Ênfase em Bioquímica e Biologia Molecular) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2019.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Juliana Sayuri Omiya. Novos lncRNAs intergênicos em tumores de pâncreas: expressão, estrutura e regulação. (Graduando em Química Com Ênfase em Bioquímica e Biologia Molecular) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2019.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Ricardo Alberto Chiong Zevallos. Novos lncRNAs intergênicos em tumores de pâncreas: expressão, estrutura e regulação.. (Graduando em Abi - Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2018.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Felipe Lourenço Ledesma. Caracterização estrutural e funcional de um RNA nãocodificador longo expresso no locus do gene APP. (Graduando em Medicina) - Universidade de São Paulo, . 2014.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Breno Pimentel Sampaio. Estudo do papel da metilação do DNA sobre a expressão de RNAs não-codificadores em linhagens tumorais humanas. (Graduando em Biologia) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2010.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Bianca Dazzani. Caracterização funcional do ncRNA intrônico PPP3CB super expresso em metástases de tumores pancreáticos utilizando ensaios de apoptose. (Graduando em Biologia) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2009.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Michele Felix de Farias. Identificação de marcadores moleculares associados ao câncer de pâncreas utilizando microarrays de DNA. (Graduando em Química) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Esther de Oliveira Durães. Análise da expressão gênica diferencial em tumores de mama com o uso de microarrays de DNA. (Graduando em Química) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Ana Carolina Buratto. Efeito da metilação do DNA sobre a expressão gênica de linhagens tumorais. (Graduando em Biologia) - Universidade de São Paulo, . 2008.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Lauren Camargo. Análise da expressão gênica em tumores de pâncreas através de microarrays de DNA. (Graduando em Biologia) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2006.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Orientações de outra natureza (2)

Leonardo dos Santos Alixandrino. Estudo da expressão de genes associados a malignidade do câncer de pâncreas. Orientação de outra natureza - Escola Estadual Profª Carolina Cintra da Silveira, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2019.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.
Murilo Enrique Dorion Nieto. Aplicação de algoritmo de classificação one-class para identificação e investigação de microRNAs e lncRNAs associados com desdiferenciação tumoral e agressividade no câncer de pâncreas. Orientação de outra natureza - Colégio Miguel de Cervantes, . 2019.
Orientador: Eduardo Moraes Rego Reis.

Projetos de pesquisa

Total de projetos de pesquisa (10)

2025-Atual. Traduzindo assinaturas de RNAs não codificantes em novos biomarcadores e alvos terapêuticos no melanoma
Descrição: O melanoma é uma das neoplasias mais agressivas e resistentes a terapias. Apesar dos avanços obtidos pelo desenvolvimento de terapias alvo, como inibidores de BRAF e de MEK, e imunoterapias, como anti-CTLA4 e anti-PD1, que resultaram no aumento da sobrevida de pacientes com melanoma maligno, cerca de 50 destes desenvolvem resistência aos tratamentos. A plasticidade fenotípica característica do melanoma, que recapitula mudanças fenotípicas que ocorrem durante a diferenciação de melanócitos a partir de células tronco da crista neural, contribui significativamente com a heterogeneidade tumoral e está correlacionada com pior sobrevida do paciente. A reativação de vias do desenvolvimento embrionário contribui com a adaptação a ambientes hostis, facilitando a progressão do melanoma, a disseminação metastática e a resistência terapêutica. Células de melanoma com programas transcricionais distintos foram descritas tanto em culturas celulares quanto em amostras de melanoma, inclusive em um mesmo tumor. As condições do microambiente tumoral, assim como as terapias, são capazes de modificar o estado fenotípico das células de melanoma, resultando na emergência de diferentes subpopulações celulares, incluindo células tolerantes ao tratamento e células dormentes. Análises de amostras de melanoma primário e metastático do mesmo paciente foram incapazes de identificar mutações causadoras ("driver") de metástase, apontando o papel de mecanismos epigenéticos no controle da mudança de fenótipos. Mudanças importantes na estrutura da cromatina associadas a alterações epigenéticas, como metilação do DNA, modificações de histonas e regulação por RNAs não codificantes, permitem mudanças rápidas e reversíveis na expressão gênica e são observadas na mudança de fenótipos do melanoma. Entre estes mecanismos, os RNAs longos não codificantes (lncRNAs) têm mostrado um papel central em circuitos epigenéticos que controlam processos biológicos complexos, como programas de desenvolvimento. Seus diversos mecanismos de ação incluem o direcionamento de enzimas modificadoras da cromatina a promotores específicos, formação de plataformas para recrutamento de complexos ribonucleoprotéicos, remoção de proteínas de sítios transcricionais, sequestro de miRNAs, ação como precursores de miRNAs, bloqueio de enhancers para a formação de alças de cromatina e impedimento da tradução de mRNAs, tornando os lncRNAs candidatos a reguladores efetivos da mudança dinâmica de estados transcricionais, sendo portanto alvos terapêuticos atrativos. Apesar do número crescente de estudos revelando estados transcricionais que definem subpopulações de células de melanoma de diferentes fenótipos, o conhecimento acerca das bases moleculares desta plasticidade ainda é escasso. A identificação de vulnerabilidades de células de melanoma de diferentes estados fenotípicos e, em especial, de reguladores da plasticidade fenotípica pode propiciar o desenvolvimento de estratégias terapêuticas capazes de evitar o aparecimento de subpopulações resistentes. Uma vez que estados de desenvolvimento estão associados a resposta a terapias, uma estratégia possível seria alvejar lncRNAs que controlam estados celulares, sensibilizando células de melanoma a terapias como terapias alvo e imunoterapias.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (9) . Integrantes: Eduardo Moraes Rego Reis - Integrante / Enilza M. Espreafico - Integrante / Miriam Galvonas Jasiolionius - Coordenador / SETUBAL, J.C. - Integrante / Hátylas Azevedo - Integrante / Jérémie Nsengimana - Integrante / Leticia Fröhlich Archangelo - Integrante / Beatriz Cristina Biz Tonin - Integrante / Daniela Bizinelli - Integrante / Ianca Rosa Dias - Integrante / Pedro Henrique Fogaça Jordão - Integrante / Jeremy E Wilusz - Integrante / Frank John Slack - Integrante / Gangning Liang - Integrante / Alexander Birbrair - Integrante / Marcos Simoes Costa - Integrante / Tathiane Maistro Malta Pereira - Integrante / João Pedreira Duprat Neto - Integrante / Renato Santos de Oliveira Filho - Integrante / Ricardo Guelerman Pinheiro Ramos - Integrante / Marcos Benedito Adão - Integrante / Vitor Merino Loes - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de SP - Auxílio financeiro.
Membro: Eduardo Moraes Rego Reis.
2018-Atual. Varredura de componentes da maquinaria epigenética funcionalmente associados a quimioresistência e sensibilidade a gemcitabina no câncer de pâncreas
Descrição: A quimioterapia com gemcitabina faz parte da primeira linha de tratamento da doença invasiva e é usada como terapia adjuvante após remoção cirúrgica dos tumores ressecáveis. Porém o benefício clínico é extremamente limitado devido a aquisição de quimioresistência seguida de evolução para doença metastática. O objetivo deste projeto é investigar a existência de componentes da maquinaria epigenética que sejam críticos para o estabelecimento de resistência a gemcitabina. Linhagens tumorais de pâncreas serão interrogadas com uma biblioteca customizada de short hairpin RNAs que alveja cerca de 300 genes que codificam proteínas que regulam a cromatina. Células tumorais ?naȉve? ou selecionadas para resistência a gemcitabina serão transfectadas com a biblioteca e a seguir serão mantidas na presença de concentrações sub-letais da droga. A análise da representação diferencial de shRNAs específicos antes e após a seleção com a gemcitabina poderá revelar genes críticos para a sobrevivência do PDAC ou que sensibilizem as células tumorais ao tratamento com a droga. Os genes candidatos mais promissores serão validados individualmente em diferentes linhagens de PDAC e em uma coleção de xenotumores derivados de pacientes (PDXs) gerada em nosso laboratório. Espera-se obter informações originais e relevantes sobre o papel da maquinaria epigenética na aquisição de quimioresistência ao principal agente quimioterápico utilizado no PDAC, e apontar alvos promissores para serem explorados em combinação com a gemcitabina no desenvolvimento de novas estratégias terapêuticas que aumentem a eficácia do tratamento e a sobrevida de pacientes com câncer de pâncreas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Eduardo Moraes Rego Reis - Integrante / Eduardo Moraes Reis - Coordenador / Marcel C. C. Machado - Integrante / J. Jukemura - Integrante / Bianca Dazzani - Integrante / Daniela Bassères - Integrante / Luís Bruno da Cruz e Alves de Moraes - Integrante / Diogo de Oliveira Pessoa - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de SP - Auxílio financeiro.
Membro: Eduardo Moraes Rego Reis.
2015-2015. Análise Integrada de Alterações Transcricionais e Somáticas em Tumores Pancreáticos
Descrição: Atividade de cooperação internacional no laboratório do Dr. Paul Boutros no Ontario Institute for Cancer Research (OICR) com bolsa da CAPES na modalidade Estágio Sênior com vigência de bolsa de 01/09/2015 a 30/09/2015 (Proc. 99999.005764/2015-07). Durante o estágio foram discutidas estratégias para a análise de dados genômicos de tumores pancreaticos gerados no IQ-USP e sua integração com dados gerados pelo International Cancer Genomic Consortium, com participação de pesquisadores do OICR. Durante a vista foi feito o planejamento do curso teórico-prático de pós-graduação "Introduction to Genomics Informatics" que foi ministrado na USP entre os dias 19 e 22 de outubro de 2015 pelo Dr. Boutros e colaboradores do OICR.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: Eduardo Moraes Rego Reis - Integrante / Reis, Eduardo M - Coordenador / Paul Boutros - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Cooperação.
Membro: Eduardo Moraes Rego Reis.
2014-Atual. Desenvolvimento de xenotransplantes de tumores pancreáticos humanos para varredura genética de alvos moleculares com potencial terapêutico
Descrição: O adenocarcinoma ductal do pâncreas (Pancreatic Ductal adenocarcinoma - PDAC) está entre as neoplasias mais letais, caracterizada pela ausência de esquemas terapêuticos eficazes além da remoção cirúrgica em estágios iniciais da doença. Neste trabalho iremos rastrear genes essenciais para a sobrevivência do PDAC empregando uma estratégia de silenciamento gênico com short hairpin RNAs (shRNAs), uma classe de RNA de interferência (RNAi). Para isto, células tumorais obtidas de pacientes com PDAC serão expandidas in vivo por meio da geração de xenotransplantes em camundongos severamente imunodeficientes. Culturas primárias derivadas dos xenotransplantes serão utilizadas para o rastreamento de vulnerabilidades genéticas utilizando bibliotecas de RNAi que alvejam centenas de genes simultaneamente. Inicialmente serão testadas bibliotecas de shRNAs que alvejam genes envolvidos na regulação da cromatina. Utilizando dessa abordagem esperamos identificar proteínas participantes da maquinaria epigenética cujo silenciamento afete significativamente a sobrevivência do PDAC, expondo assim potenciais novos candidatos à alvos farmacológicos para o tratamento da doença.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: Eduardo Moraes Rego Reis - Coordenador / João C Setubal - Integrante / Marcel C. C. Machado - Integrante / Daniela Bassères - Integrante / Leticia Labriola - Integrante / Luís Bruno da Cruz e Alves de Moraes - Integrante.
Membro: Eduardo Moraes Rego Reis.
2013-Atual. Identificação de biomarcadores para diagnóstico molecular do adenocarcinoma ductal do pâncreas através da análise com alta-resolução do transcritoma e exoma
Descrição: O câncer de pâncreas é uma das neoplasias mais letais e apenas 5% dos indivíduos afetados sobrevivem mais do que 5 anos após o diagnóstico. Isto se deve tanto à dificuldade em se obter um diagnóstico precoce, quanto à ausência de opções terapêuticas efetivas. O adenocarcinoma ductal (PDAC) é o tipo mais prevalente, sendo extremamente agressivo, e o único tratamento curativo disponível é a remoção cirúrgica do tumor se detectado em estadios iniciais da doença. Tumores císticos do pâncreas podem progredir para adenocarcinomas invasivos e atualmente não existem marcadores capazes de predizer com segurança sua evolução clínica. Para que o tratamento destas neoplasias se torne mais efetivo, é vital a identificação de novos biomarcadores que possibilitem o diagnóstico precoce da doença ou que permitam determinar o risco de lesões císticas evoluírem para tumores invasivos. Nesta proposta iremos estabelecer uma plataforma analítica para identificar alterações no perfil de expressão de RNAs (transcritoma) e na sequência de DNA (exoma) através do sequenciamento de alta-capacidade de RNA/DNA proveniente de amostras clínicas de tumores pancreáticos. Um aspecto original da proposta será a análise de RNAs nãocodificadores longos poliadenilados e nãopoliadenilados expressos em amostras de PDAC e tecido pancreático nãotumoral. Outro aspecto inovador será a utilização de biópsias de tumores de pâncreas obtidas através de ecoendoscopia aspirativa por agulha fina (EUS-FNA), um método minimamente invasivo, para a detecção de alterações somáticas no exoma. Investigaremos também o potencial diagnóstico de RNAs isolados de amostras do plasma e de líquido cístico de pacientes com tumores císticos de pâncreas. A análise integrada dos dados permitirá identificar genes, vias moleculares e módulos funcionais preferencialmente afetados por alterações somáticas ou transcricionais durante a transformação maligna e progressão de tumores de pâncreas. RNAs diferencialmente expressos e mutações somáticas com potencial relevância diagnóstica/clínica serão selecionados para avaliação em um painel independente de amostras de pacientes.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (2) . Integrantes: Eduardo Moraes Rego Reis - Coordenador / João C Setubal - Integrante / José Celso Ardengh - Integrante / Ester Risério Matos Bertoldi - Integrante / Omar Julio Sosa - Integrante / Maria Dirlei Begnami - Integrante / Renata Coudry - Integrante / Vinicius Ferreira da Paixão - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Cooperação.
Membro: Eduardo Moraes Rego Reis.
2009-2013. Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Oncogenômica (INCiTO)
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Eduardo Moraes Rego Reis - Integrante / Sergio Verjovski-Almeida - Integrante / Silvia R. Rogatto - Integrante / Ricardo R Brentani - Integrante / Luiz Paulo Kowalski - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Eduardo Moraes Rego Reis.
2008-2012. Caracterização funcional de RNAs intrônicos não-codificadores expressos no genoma humano
Descrição: Evidências atuais indicam que a maior parte do genoma humano é transcrita em RNAs não-codificadores (ncRNAs) (Bertone et al., 2004; Kampa et al., 2004; Cheng et al., 2005; Johnson et al., 2005). Os estudos iniciais do projeto ENCODE, que analisaram apenas 1% do genoma humano, mostram que de 74 a 93% das bases são transcritas (Birney et al., 2007). As funções dos RNAs não-codificadores curtos, como microRNA e piRNA, estão sendo estudadas por vários grupos de pesquisa (O'Donnell and Boeke, 2007; Zhang et al., 2007). Entretanto, pouca atenção tem sido dada à caracterização funcional dos transcritos não-codificadores longos, inclusive os expressos a partir de íntrons de genes codificadores para proteínas. Embora na literatura exista um trabalho que descreve o envolvimento de um RNA intrônico (Saf) antisenso do gene Fas na regulação de splicing alternativo no mesmo locus (Yan et al., 2005), e um trabalho que descreve modificações globais no perfil de expressão gênica após super-expressão de seqüências intrônicas do gene CFTR (cystic fibrosis transmembrane conductance regulator) (Hill et al., 2006), a função exercida pelos mais de 55.000 RNAs não-codificadores (ncRNAs) que são transcritos nos íntrons de 74% de todos os genes presentes no genoma humano (Nakaya et al., 2007) permanece desconhecida. Durante o desenvolvimento do projeto temático ?Identificação de marcadores moleculares para diagnóstico e prognóstico em câncer utilizando microarrays de DNA? (julho de 2004 a junho de 2008), o nosso grupo identificou vários transcritos longos intrônicos não-codificadores, cujos níveis de expressão estavam correlacionados ao grau de diferenciação de tumores de próstata (Reis et al., 2004). Em seguida, demonstramos que a expressão de uma série de transcritos intrônicos pode ser modulada por andrógeno (Louro et al., 2007) em uma linhagem de próstata. Na etapa seguinte, estudamos perfis de expressão intrônica em tecido normal de fígado e rim e tumores de próstata, usando microarray. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (7) / Doutorado: (11) . Integrantes: Eduardo Moraes Rego Reis - Integrante / Sergio Verjovski-Almeida - Coordenador / Ana Carolina Tahira - Integrante / Ana Carolina Ayupe de Oliveira - Integrante / Santiago Andrés Vilella-Arias - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Eduardo Moraes Rego Reis.
2007-2012. Estudo da expressão e localização sub-celular de RNAs intrônicos não-codificantes em linhagens celulares e tecidos tumorais humanos utilizando hibridização insitu
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Eduardo Moraes Rego Reis - Coordenador / Ana Carolina Ayupe de Oliveira - Integrante / Gabriel Francisco zaniboni - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
Membro: Eduardo Moraes Rego Reis.
2007-2011. Identificação de marcadores moleculares associados ao cancer de pâncreas
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Eduardo Moraes Rego Reis - Coordenador / Ana Carolina Tahira - Integrante / Marcel C. C. Machado - Integrante / Márcia Saldanha Kubrusly - Integrante / Bianca Dazzani - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Eduardo Moraes Rego Reis.
2006-2012. Identificação de RNAs intrônicos com expressão regulada por metilação utilizando microarrays de DNA
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Eduardo Moraes Rego Reis - Coordenador / Lauren Camargo - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
Membro: Eduardo Moraes Rego Reis.

Prêmios e títulos

Total de prêmios e títulos (5)

Prêmio mellhor trabalho na área de bioinformática aplicada as ômicas - aluna Daniela Bizinelli, 69º CBG - Sociedade Brasileira de Genética.. 2024.
Membro: Eduardo Moraes Rego Reis.
Menção honrosa de melhor pôster. Aluno Rauni Borges Marques, X-Meeting / Brazilian Symposium on Bioinformatics, Curitiba, PR.. 2023.
Membro: Eduardo Moraes Rego Reis.
Prêmio Pós-graduação por melhor apresentação oral - Aluna Ana Carolina Tahira, 54º Congresso da Sociedade Brasileira de Genética, Salvador - BA.. 2008.
Membro: Eduardo Moraes Rego Reis.
Prêmio SBBq por melhor poster - Aluna Ana Carolina Ayupe de Oliveira, 26ª Reunião Anual da SBBq / 10ª Conferência da IUBMB, Salvador - BA.. 2007.
Membro: Eduardo Moraes Rego Reis.
"Scholar-in-Training Travel Grant" concedida pela "Avon Foundation" - Aluna Camila de Moura Egídio, AACR 2007 Oncogenomics Meeting - Phoenix, AZ - EUA.. 2006.
Membro: Eduardo Moraes Rego Reis.

Participação em eventos

Total de participação em eventos (20)

GENETICA 2024 ? Brazilian-International Congress of Genetics,. Long and Short noncoding RNAs and their Roles in Gene Expression. 2024. (Congresso).
Next Frontiers to Cure Cancer 2024.Insights in Cancer Research - Translational Oncology. 2024. (Simpósio).
XXII Congress of the Brazilian Society for Cell Biology (SBBC). SYMPOSIUM 8: EPIGENETICS. 2024. (Congresso).
XIX Semana de Química da UNESP de São José do Rio Preto.Marcadores moleculares em câncer e doenças complexas. 2022. (Seminário).
GENÉTICA 2017 - Brazilian-International Congress of Genetics,. Long noncoding RNAs and regulation of gene expression in cancer. 2017. (Congresso).
V Symposium on Epigenetics and Medical Epigenomics.Cancer Epigenetics. 2017. (Simpósio).
Cancer Epigenomics Workshop.Long Noncoding RNA and Epigenetic Regulation in Cancer. 2014. (Oficina).
XL Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquimica e Biologia Molecular. Exploring Transcriptomes at High-Resolution. 2011. (Congresso).
XV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Biologia Celular. Characterization of nuclear-retained mRNAs associated to paraspeckle proteins. 2010. (Congresso).
I Encontro Internacional de Patologia Investigativa.RNAs não-codificadores e Câncer. 2008. (Encontro).
IX Simpósio Nacional de Biologia Molecular Aplicada à Medicina.Abordagens moleculares para o diagnóstico oncolôgico. 2008. (Simpósio).
10th IUBMB Conference and 36th Annual Meeting of SBBq. Bioinformatics: Genomics and Transcriptomics. 2007. (Congresso).
III Course of the Latin American School of Medical Genetics.Exploring the Human transcriptome: Analysis of Microarray Data. 2007. (Seminário).
52º Congresso Brasileiro de Genética. The RNA molecule in the Pos-Genomic Era. 2006. (Congresso).
II Course of the Latin American School of Medical Genetics.Advanced technologies of genomic analysis. 2006. (Seminário).
LICR/UMC - One day symposium on Bioinformatics.Gene Expression. 2006. (Simpósio).
Sociedad Argentina de Investigación Clínica.Molecular Classification of Prostate Tumors using Intronic Arrays. 2005. (Simpósio).
XIV Brazilian Clinical Oncology Congress - SBOC. Diagnostic Tools in Molecular Biology. 2005. (Congresso).
50 º Congresso Brasileiro de Genética. Biologia, Genômica e Bioinformática: Há Ciência?. 2004. (Congresso).
48º Congresso Nacional de Genética. O Estudo da Expressão Gênica para a Elucidação de Doenças Genéticas. 2002. (Congresso).

Organização de eventos

Total de organização de eventos (12)

REIS, EM; MEDINAS, D. B. ; MARACAJA-COUTINHO, V.. 1-Day Symposium IQ USP-U.Chile "Molecular Basis of Chronic and Degenerative Diseases". 2025. Outro
REIS E. 54ª Reunião Anual da SBBq - Symposium on the Roles of noncoding RNAs in cancer -. 2025. (Congresso).. . 0.
REIS, EM. 52ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular (SBBq). 2023. (Congresso).. 2023. (Congresso).. . 0.
REIS, EM. 51ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular (SBBq). 2022. (Congresso).. 2022. (Congresso).. . 0.
REIS, E.M.. 51º Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular (SBBq). 2022. (Congresso).. . 0.
REIS, E.M.. 20th IUPAB Congress, 50th Annual SBBq Meeting, 45th Annual SBBf Meeting. 2021. (Congresso).. . 0.
REIS, E.M.. Tanto-Mar - Jornadas Internacionais de Ensino em Bioquímica. 2021. (Congresso).. . 0.
REIS, E.M.. 49ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular (SBBq). 2020. (Congresso).. . 0.
REIS, EM. 48ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular (SBBq). 2019. (Congresso).. . 0.
REIS, EM. 47ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular (SBBq). 2018. (Congresso).. . 0.
REIS, EM. 46ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular (SBBq). 2017. (Congresso).. . 0.
REIS, E.M.. 45ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular (SBBq). 2016. (Congresso).. . 0.

Lista de colaborações

Colaborações endôgenas (9)

Eduardo Moraes Rego Reis ⇔ Sergio Verjovski Almeida (26.0)
BAPTISTA, M.S. ; ALVES, M.J.M. ; ARANTES, G.M. ; ARMELIN, H.A. ; AUGUSTO, O. ; BALDINI, R.L. ; BASSERES, D.S. ; BECHARA, E.J.H. ; BRUNI-CARDOSO, A. ; CHAIMOVICH, H. ; COLEPICOLO NETO, P. ; COLLI, W. ; CUCCOVIA, I.M. ; DA-SILVA, A.M. ; DI MASCIO, P. ; FARAH, S.C. ; Ferreira, C. ; FORTI, F.L. ; GIORDANO, R.J. ; Verjovski-Almeida, S. ; et.al. Where do we aspire to publish? A position paper on scientific communication in biochemistry and molecular biology. Brazilian Journal of Medical and Biological Research (on line). v. 52, p. 1414-431x201989, 2019. Qualis: A4
DASILVA, LUCAS F. ; BECKEDORFF, FELIPE C. ; AYUPE, ANA C. ; AMARAL, MURILO S. ; MESEL, VINÍCIUS ; VIDEIRA, ALEXANDRE ; Reis, Eduardo M. ; REIS, EM ; SETUBAL, JOÃO C. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Chromatin Landscape Distinguishes the Genomic Loci of Hundreds of Androgen-Receptor-Associated LincRNAs From the Loci of Non-associated LincRNAs. Frontiers in Genetics. v. 9, p. 1-21, 2018. Qualis: A2
CANEVARI, Renata A. ; MARCHI, FABIO A. ; DOMINGUES, MARIA A. C. ; DE ANDRADE, VICTOR PIANA ; CALDEIRA, JOSÉ R. F. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; ROGATTO, Silvia R. ; Reis, Eduardo M. ; REIS, EM. Identification of novel biomarkers associated with poor patient outcomes in invasive breast carcinoma. Tumor Biology. v. 37, p. 13855-13870, 2016. Qualis: A4
AYUPE, ANA C ; Tahira, Ana C ; CAMARGO, Lauren ; BECKEDORFF, FELIPE C ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; Reis, Eduardo M ; REIS, EM. Global analysis of biogenesis, stability and sub-cellular localization of lncRNAs mapping to intragenic regions of the human genome. RNA Biology. v. 12, p. 877-892, 2015. Qualis: A2
DEOCESANO-PEREIRA, C. ; AMARAL, M. S. ; PARREIRA, K. S. ; AYUPE, A. C. ; JACYSYN, J. F. ; AMARANTE-MENDES, G. P. ; REIS, E. M. ; Verjovski-Almeida, S.. Long non-coding RNA INXS is a critical mediator of BCL-XS induced apoptosis. Nucleic Acids Research. v. 42, p. 8343-8355, 2014. Qualis: A1
FACHEL, Angela A ; Tahira, Ana C ; VILELLA-ARIAS, SANTIAGO A ; Maracaja-Coutinho, Vinicius ; GIMBA, ETEL RP ; Vignal, Giselle M ; CAMPOS, FRANZ S ; Reis, Eduardo M ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Expression analysis and in silico characterization of intronic long noncoding RNAs in renal cell carcinoma: emerging functional associations. Molecular Cancer. v. 12, p. 140, 2013. Qualis: A1
VILELLA-ARIAS, SANTIAGO A. ; ROCHA, RAFAEL MALAGOLI ; DA COSTA, WALTER HENRIQUES ; ZEQUI, STÊNIO DE CÁSSIO ; GUIMARÃES, GUSTAVO CARDOSO ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; SOARES, FERNANDO A. ; Reis, Eduardo M. ; REIS, EM. Loss of Caspase 7 Expression Is Associated With Poor Prognosis in Renal Cell Carcinoma Clear Cell Subtype. Urology (Ridgewood, N.J.). v. 82, p. 974.e1-974.e7, 2013. Qualis: A4
REIS, EM; Reis, Eduardo M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Perspectives of Long Non-Coding RNAs in Cancer Diagnostics. Frontiers in Genetics. v. 3, p. 1-8, 2012. Qualis: A2
Tahira, Ana C ; Kubrusly, Marcia S ; Faria, Michele F ; Dazzani, Bianca ; Fonseca, Rogerio S ; Maracaja-Coutinho, Vinicius ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; Machado, Marcel CC ; Reis, Eduardo M ; REIS, EM. Long noncoding intronic RNAs are differentially expressed in primary and metastatic pancreatic cancer. Molecular Cancer. v. 10, p. 141, 2011. Qualis: A1
Jucimara Colombo ; Fachel, Ângela A. ; Calmon, Marilia Freitas ; Patricia M. Cury ; Érica Erina Fukuyama ; Eloiza Helena Tajara ; Jose Antonio Cordeiro ; Verjovski-Almeida, S. ; Reis, Eduardo M. ; Paula Rahal. Gene expression profiling reveals molecular marker candidates of laryngeal squamous cell carcinoma. Oncology Reports,. v. 21, p. 649-663, 2009. Qualis: A3 (ONCOLOGY REPORTS)
Brito, Glauber Costa ; Fachel, Ângela A. ; Vettore, Andre Luiz ; Vignal, Giselle M ; Gimba, Etel R.P. ; CAMPOS, Franz S. ; Barcinski, Marcello A. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; Reis, Eduardo M. ; REIS, EM. Identification of protein-coding and intronic noncoding RNAs down-regulated in clear cell renal carcinoma. Molecular Carcinogenesis,. v. 47, p. 757-767, 2008. Qualis: A3 (MOLECULAR CARCINOGENESIS)
LOURO, R ; ELJUNDI, T ; NAKAYA, H ; REIS, E ; REIS, EM ; VERJOVSKIALMEIDA, S. Conserved tissue expression signatures of intronic noncoding RNAs transcribed from human and mouse loci. Genomics (San Diego). v. 92, p. 18-25, 2008. Qualis: A3
LOURO, Rodrigo ; NAKAYA, Helder I. ; AMARAL, Paulo Paiva ; FESTA, Fernanda ; SOGAYAR, Mari Cleide ; SILVA, Aline M. da ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, EM. Androgen responsive intronic non-coding RNAs. BMC BIOLOGY, Inglaterra. v. 5:4, n. 4, p. 1-14, 2007. Qualis: Não identificado (BMC BIOLOGY, INGLATERRA)
REIS, EM; Nakaya, Helder I ; Amaral, Paulo P ; LOURO, Rodrigo ; Lopes, André ; FACHEL, Angela A ; Moreira, Yuri B ; El-Jundi, Tarik A ; da Silva, Aline M ; Reis, Eduardo M ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Genome mapping and expression analyses of human intronic noncoding RNAs reveal tissue-specific patterns and enrichment in genes related to regulation of transcription. GenomeBiology.com (London. Genome Biology. v. 8, p. 1-25, 2007. Qualis: Não identificado (GENOME BIOLOGY)
FANGANIELLO, R. D. ; SERTIE, A. L. ; REIS, EM ; YEH, E. ; OLIVEIRA, N. ; BUENO, D. F. ; KERKIS, I. ; ALONSO, N. ; CAVALHEIRO, S. ; MATSUSHITA, H. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; BUENO, M. R. P.. Apert p.Ser252Trp mutation in FGFR2 alters osteogenic potential and gene expression of cranial periosteal cells. Molecular Medicine (Cambridge). v. 13, p. 422-442, 2007. Qualis: Não identificado (MOLECULAR MEDICINE)
NAKAYA, Helder Ikemoto ; BECKEDORFF, F. C. F. ; BALDINI, M. L. ; FACHEL, Angela A ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Splice Variants of TLE Family Genes and Up-Regulation of a TLE3 Isoform in Prostate Tumors.. Biochemical and Biophysical Research Communications,. v. 364, p. 918-923, 2007. Qualis: A3 (BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS)
PEIXOTO, Bernardo Rodrigues ; VÊNCIO, Ricardo Z N ; EGIDIO, Camila Moura ; MOTA-VIEIRA, Luisa ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, EM. Evaluation of reference-based two-color methods for measurement of gene expression ratios using spotted cDNA microarrays. BMC Genomics. v. 7, n. 1, p. 35, 2006. Qualis: A2
PONTES, Elizangela R ; MATOS, Livia C ; SILVA, Eloisio A da ; XAVIER, Leandro S ; DIAZ, Bruno L ; SMALL, Isabelle A ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; BARCINSKI, Marcello A ; GIMBA, Etel R. Auto-antibodies in prostate cancer: Humoral immune response to antigenic determinants coded by the differentially expressed transcripts FLJ23438 and VAMP3. The Prostate (Print). v. 66, n. 14, p. 1463-1473, 2006. Qualis: A2
REIS, EM; OJOPI, Elida P.b ; ALBERTO, Fernando L. ; RAHAL, Paula ; TSUKUMO, Fernando ; MANCINI, Ulisses M ; GUIMARÃES, Gustavo S ; THOMPSON, Gloria M A ; CAMACHO, Cleber ; MIRACCA, Elisabete C. ; CARVALHO, André L ; MACHADO, Abimael A ; PAQUOLA, Apua C. M. ; CERUTTI, Janete M. ; DASILVA, Aline M. ; PEREIRA, Gonçalo G. ; VALENTINI, Sandro R. ; NAGAI, Maria Aparecida ; KOWALSKI, Luiz Paulo ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; et.al. Large-scale transcriptome analyses reveal new genetic marker candidates of head, neck and thyroid cancer.. Cancer Research (Chicago, Ill.), EUA. v. 65, n. 5, p. 1693-1699, 2005. Qualis: Não identificado (CANCER RESEARCH , EUA)
BRENTANI, RICARDO R. ; CARRARO, DIRCE MARIA ; Verjovski-Almeida, Sergio ; Reis, Eduardo M. ; NEVES, E. JORDÃO ; DE SOUZA, SANDRO J. ; CARVALHO, ALEX F. ; BRENTANI, Helena ; REIS, LUIZ F.L.. Gene expression arrays in Cancer Research: Methods and Applications.. Critical Reviews in Oncology/Hematology, Holanda. v. 54, n. 2, p. 95-105, 2005. Qualis: Não identificado (CRITICAL REVIEWS IN ONCOLOGY/HEMATOLOGY, HOLANDA)
Reis, Eduardo M. ; LOURO, Rodrigo ; NAKAYA, HELDER I. ; Verjovski-Almeida, Sergio. As Antisense RNA Gets Intronic. Journal of Integrative Biology / Omics (Larchmont), New Rochelle, NY. v. 9, n. 1, p. 2-12, 2005. Qualis: Não identificado (JOURNAL OF INTEGRATIVE BIOLOGY / OMICS , NEW ROCHELLE, NY)
REIS, EM; NAKAYA, Helder Ikemoto ; LOURO, Rodrigo ; CANAVEZ, Flavio Canela ; FLATSCHART, Áurea V F ; ALMEIDA, Giulliana Tessarin ; EGIDIO, Camila Moura ; PAQUOLA, Apuã C M ; MACHADO, Abimael A ; FESTA, Fernanda ; YAMAMOTO, Denise ; ALVARENGA, Renato ; DASILVA, Camille C. ; BRITO, Glauber C. ; SIMON, Sérgio D. ; MOREIRA-FILHO, Carlos Alberto ; LEITE, Katia R. ; CAMARA-LOPES, Luiz H. ; CAMPOS, Franz S. ; GIMBA, Etel ; et.al. Antisense intronic non-coding RNA levels correlate to the degree of tumor differentiation in prostate cancer. Oncogene (Basingstoke), England. v. 23, n. 39, p. 6684-6692, 2004. Qualis: Não identificado (ONCOGENE , ENGLAND)
PAQUOLA, A. C. M. ; NISHYIAMA, M. Y. ; REIS, E. M. ; da SILVA, A. M. ; Verjovski-Almeida, S.. ESTWeb: bioinformatics services for EST sequencing projects. Bioinformatics (Oxford. Print). v. 19, p. 1587-1588, 2003. Qualis: Não identificado (PRINT))
VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; DEMARCO, Ricardo ; MARTINS, Elizabeth A.l. ; GUIMARÃES, Pedro E.m ; OJOPI, Elida P.b ; PAQUOLA, Apua C. M. ; PIAZZA, João Paulo ; NISHYIAMA JR., Milton Yutaka ; KITAJIMA, João Paulo ; ADAMSON, Rachel E. ; ASHTON, Peter D ; BONALDO, Maria F ; COULSON, Patricia S ; DILLON, Gary P ; FARIAS, Leonardo P ; GREGORIO, Sheila P ; HO, Paulo L ; LEITE, Ricardo A ; MAQUIAS, Cosme C ; REIS, EM ; et.al. Transcriptome analysis of the acoelomate human parasite Schistosoma mansoni. Nature Genetics, Grã-Bretanha. v. 35, n. 2, p. 148-157, 2003. Qualis: Não identificado (NATURE GENETICS, GRÃ-BRETANHA)
CAMARGO, Anamaria A. ; SAMAIA, Helena Brentani ; DIAS-NETO, Emmanuel ; SIMÃO, Daniel F. ; MIGOTTO, Italo A. ; BRIONES, Marcelo R. S. ; COSTA, Fernando F. ; NAGAI, Maria Aparecida ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; ZAGO, Marco A. ; ANDRADE, Luis Eduardo C. ; CARRER, Helaine ; EL-DORRY, Hamza ; ESPREAFICO, Enilza M. ; HABR-GAMA, Angelita ; GIANNELLA-NETO, Daniel ; GOLDMAN, Gustavo H. ; GRUBER, Arthur ; HACKEL, Christine ; REIS, EM ; et.al. The contribution of 700,000 ?ORF sequence tags? to the definition of the human transcriptome.. PNAS. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, USA. v. 98, n. 21, p. 12103-12108, 2001. Qualis: A1 (PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA)
Nakaya, Helder I.; Reis, Eduardo M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Concepts on microarray design for genome and transcriptome analyses. Em: Anton A. Buzdin; Sergey A. Lukyanov. (Org.). Nucleic Acids Hybridization Modern Applications. 1ed.Berlim. : Springer Netherlands. 2007.p. 265-307.

Eduardo Moraes Rego Reis ⇔ Aline Maria da Silva (9.0)
BAPTISTA, M.S. ; ALVES, M.J.M. ; ARANTES, G.M. ; ARMELIN, H.A. ; AUGUSTO, O. ; BALDINI, R.L. ; BASSERES, D.S. ; BECHARA, E.J.H. ; BRUNI-CARDOSO, A. ; CHAIMOVICH, H. ; COLEPICOLO NETO, P. ; COLLI, W. ; CUCCOVIA, I.M. ; DA-SILVA, A.M. ; DI MASCIO, P. ; FARAH, S.C. ; Ferreira, C. ; FORTI, F.L. ; GIORDANO, R.J. ; Verjovski-Almeida, S. ; et.al. Where do we aspire to publish? A position paper on scientific communication in biochemistry and molecular biology. Brazilian Journal of Medical and Biological Research (on line). v. 52, p. 1414-431x201989, 2019. Qualis: A4
LOURO, Rodrigo ; NAKAYA, Helder I. ; AMARAL, Paulo Paiva ; FESTA, Fernanda ; SOGAYAR, Mari Cleide ; SILVA, Aline M. da ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, EM. Androgen responsive intronic non-coding RNAs. BMC BIOLOGY, Inglaterra. v. 5:4, n. 4, p. 1-14, 2007. Qualis: Não identificado (BMC BIOLOGY, INGLATERRA)
REIS, EM; Nakaya, Helder I ; Amaral, Paulo P ; LOURO, Rodrigo ; Lopes, André ; FACHEL, Angela A ; Moreira, Yuri B ; El-Jundi, Tarik A ; da Silva, Aline M ; Reis, Eduardo M ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Genome mapping and expression analyses of human intronic noncoding RNAs reveal tissue-specific patterns and enrichment in genes related to regulation of transcription. GenomeBiology.com (London. Genome Biology. v. 8, p. 1-25, 2007. Qualis: Não identificado (GENOME BIOLOGY)
REIS, EM; OJOPI, Elida P.b ; ALBERTO, Fernando L. ; RAHAL, Paula ; TSUKUMO, Fernando ; MANCINI, Ulisses M ; GUIMARÃES, Gustavo S ; THOMPSON, Gloria M A ; CAMACHO, Cleber ; MIRACCA, Elisabete C. ; CARVALHO, André L ; MACHADO, Abimael A ; PAQUOLA, Apua C. M. ; CERUTTI, Janete M. ; DASILVA, Aline M. ; PEREIRA, Gonçalo G. ; VALENTINI, Sandro R. ; NAGAI, Maria Aparecida ; KOWALSKI, Luiz Paulo ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; et.al. Large-scale transcriptome analyses reveal new genetic marker candidates of head, neck and thyroid cancer.. Cancer Research (Chicago, Ill.), EUA. v. 65, n. 5, p. 1693-1699, 2005. Qualis: Não identificado (CANCER RESEARCH , EUA)
REIS, EM; NAKAYA, Helder Ikemoto ; LOURO, Rodrigo ; CANAVEZ, Flavio Canela ; FLATSCHART, Áurea V F ; ALMEIDA, Giulliana Tessarin ; EGIDIO, Camila Moura ; PAQUOLA, Apuã C M ; MACHADO, Abimael A ; FESTA, Fernanda ; YAMAMOTO, Denise ; ALVARENGA, Renato ; DASILVA, Camille C. ; BRITO, Glauber C. ; SIMON, Sérgio D. ; MOREIRA-FILHO, Carlos Alberto ; LEITE, Katia R. ; CAMARA-LOPES, Luiz H. ; CAMPOS, Franz S. ; GIMBA, Etel ; et.al. Antisense intronic non-coding RNA levels correlate to the degree of tumor differentiation in prostate cancer. Oncogene (Basingstoke), England. v. 23, n. 39, p. 6684-6692, 2004. Qualis: Não identificado (ONCOGENE , ENGLAND)
PAQUOLA, A. C. M. ; NISHYIAMA, M. Y. ; REIS, E. M. ; da SILVA, A. M. ; Verjovski-Almeida, S.. ESTWeb: bioinformatics services for EST sequencing projects. Bioinformatics (Oxford. Print). v. 19, p. 1587-1588, 2003. Qualis: Não identificado (PRINT))
BRENTANI, Helena ; CABALLERO, Otavia L. ; CAMARGO, Anamaria A. ; DASILVA, Aline M. ; SILVA, JR., Wilson Araujo da ; DIAS-NETO, Emmanuel ; GRIVET, Marco ; GRUBER, Arthur ; GUIMARAES, Pedro Edson Moreira ; ISELI, Christian ; JONGENEEL, Victor ; KELSO, Janet ; NAGAI, Maria Aparecida ; OJOPI, Elida P.b ; OSORIO, Elisson C. ; REIS, EM ; RIGGINS, Gregory J. ; SIMPSON, Andrew John George ; SOUZA, Sandro de ; STEVENSON, Brian J. ; et.al. The generation and utilization of a cancer-oriented representation of the human transcriptome by using expressed sequence tags. PNAS. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, EUA. v. 100, n. 23, p. 13418-13423, 2003. Qualis: A1 (PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA)
CAMARGO, Anamaria A. ; SAMAIA, Helena Brentani ; DIAS-NETO, Emmanuel ; SIMÃO, Daniel F. ; MIGOTTO, Italo A. ; BRIONES, Marcelo R. S. ; COSTA, Fernando F. ; NAGAI, Maria Aparecida ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; ZAGO, Marco A. ; ANDRADE, Luis Eduardo C. ; CARRER, Helaine ; EL-DORRY, Hamza ; ESPREAFICO, Enilza M. ; HABR-GAMA, Angelita ; GIANNELLA-NETO, Daniel ; GOLDMAN, Gustavo H. ; GRUBER, Arthur ; HACKEL, Christine ; REIS, EM ; et.al. The contribution of 700,000 ?ORF sequence tags? to the definition of the human transcriptome.. PNAS. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, USA. v. 98, n. 21, p. 12103-12108, 2001. Qualis: A1 (PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA)
SIMÕES, Ana Carolina Quirino ; DA SILVA, A. M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, Eduardo Moraes R.. SAM Method as an Approach to Select Candidates for Human Prostate Cancer Markers. Em: Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2005, Sao Leopoldo, RS, Brasil. Advances in Bioinformatics and Computational Biology. Heidelberg: Springer-Verlag, v. 3594, p. 202-205, 2005. Qualis: Não identificado (BRAZILIAN SYMPOSIUM ON BIOINFORMATICS, 2005, SAO LEOPOLDO, RS, BRASIL. ADVANCES IN BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY. HEIDELBERG: SPRINGER-VERLAG)

Eduardo Moraes Rego Reis ⇔ Helder Takashi Imoto Nakaya (7.0)
LOURO, R ; ELJUNDI, T ; NAKAYA, H ; REIS, E ; REIS, EM ; VERJOVSKIALMEIDA, S. Conserved tissue expression signatures of intronic noncoding RNAs transcribed from human and mouse loci. Genomics (San Diego). v. 92, p. 18-25, 2008. Qualis: A3
LOURO, Rodrigo ; NAKAYA, Helder I. ; AMARAL, Paulo Paiva ; FESTA, Fernanda ; SOGAYAR, Mari Cleide ; SILVA, Aline M. da ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; REIS, EM. Androgen responsive intronic non-coding RNAs. BMC BIOLOGY, Inglaterra. v. 5:4, n. 4, p. 1-14, 2007. Qualis: Não identificado (BMC BIOLOGY, INGLATERRA)
REIS, EM; Nakaya, Helder I ; Amaral, Paulo P ; LOURO, Rodrigo ; Lopes, André ; FACHEL, Angela A ; Moreira, Yuri B ; El-Jundi, Tarik A ; da Silva, Aline M ; Reis, Eduardo M ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Genome mapping and expression analyses of human intronic noncoding RNAs reveal tissue-specific patterns and enrichment in genes related to regulation of transcription. GenomeBiology.com (London. Genome Biology. v. 8, p. 1-25, 2007. Qualis: Não identificado (GENOME BIOLOGY)
NAKAYA, Helder Ikemoto ; BECKEDORFF, F. C. F. ; BALDINI, M. L. ; FACHEL, Angela A ; REIS, EM ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Splice Variants of TLE Family Genes and Up-Regulation of a TLE3 Isoform in Prostate Tumors.. Biochemical and Biophysical Research Communications,. v. 364, p. 918-923, 2007. Qualis: A3 (BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS)
Reis, Eduardo M. ; LOURO, Rodrigo ; NAKAYA, HELDER I. ; Verjovski-Almeida, Sergio. As Antisense RNA Gets Intronic. Journal of Integrative Biology / Omics (Larchmont), New Rochelle, NY. v. 9, n. 1, p. 2-12, 2005. Qualis: Não identificado (JOURNAL OF INTEGRATIVE BIOLOGY / OMICS , NEW ROCHELLE, NY)
REIS, EM; NAKAYA, Helder Ikemoto ; LOURO, Rodrigo ; CANAVEZ, Flavio Canela ; FLATSCHART, Áurea V F ; ALMEIDA, Giulliana Tessarin ; EGIDIO, Camila Moura ; PAQUOLA, Apuã C M ; MACHADO, Abimael A ; FESTA, Fernanda ; YAMAMOTO, Denise ; ALVARENGA, Renato ; DASILVA, Camille C. ; BRITO, Glauber C. ; SIMON, Sérgio D. ; MOREIRA-FILHO, Carlos Alberto ; LEITE, Katia R. ; CAMARA-LOPES, Luiz H. ; CAMPOS, Franz S. ; GIMBA, Etel ; et.al. Antisense intronic non-coding RNA levels correlate to the degree of tumor differentiation in prostate cancer. Oncogene (Basingstoke), England. v. 23, n. 39, p. 6684-6692, 2004. Qualis: Não identificado (ONCOGENE , ENGLAND)
Nakaya, Helder I.; Reis, Eduardo M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Concepts on microarray design for genome and transcriptome analyses. Em: Anton A. Buzdin; Sergey A. Lukyanov. (Org.). Nucleic Acids Hybridization Modern Applications. 1ed.Berlim. : Springer Netherlands. 2007.p. 265-307.

Eduardo Moraes Rego Reis ⇔ Joao Carlos Setubal (5.0)
DA PAIXÃO, VINICIUS FERREIRA ; SOSA, OMAR JULIO ; DA SILVA PELLEGRINA, DIOGO VIEIRA ; DAZZANI, BIANCA ; CORRÊA, THALITA BUENO ; RISÉRIO BERTOLDI, ESTER ; DA CRUZ E ALVES-DE-MORAES, LUÍS BRUNO ; DE OLIVEIRA PESSOA, DIOGO ; DE PAIVA OLIVEIRA, VICTORIA ; ALBERTO CHIONG ZEVALLOS, RICARDO ; RUSSO, LILIAN CRISTINA ; LUIS FORTI, FABIO ; EDUARDO FERREIRA, JOÃO ; CARIOCA FREITAS, HELANO ; JUKEMURA, JOSÉ ; MACHADO, MARCEL CERQUEIRA CÉSAR ; DIRLEI BEGNAMI, MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; BASSÈRES, DANIELA SANCHEZ ; MORAES REIS, EDUARDO ; et.al. Annotation and functional characterization of long noncoding RNAs deregulated in pancreatic adenocarcinoma. CELLULAR ONCOLOGY. v. 45, p. 479-504, 2022. Qualis: A1
PESSOA, DIOGO DE OLIVEIRA ; RIUS, FLÁVIA EICHEMBERGER ; PAPAIZ, DEBORA D'ANGELO ; AYUB, ANA LUÍSA PEDROSO ; MORAIS, ALICE SANTANA ; DE SOUZA, CAMILA FERREIRA ; DA PAIXÃO, VINICIUS FERREIRA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; NEWTON-BISHOP, JULIA ; NSENGIMANA, JÉRÉMIE ; AZEVEDO, HATYLAS ; REIS, EDUARDO MORAES ; JASIULIONIS, MIRIAM GALVONAS. Transcriptional signatures underlying dynamic phenotypic switching and novel disease biomarkers in a linear cellular model of melanoma progression. NEOPLASIA. v. 23, p. 439-455, 2021. Qualis: A2
BAPTISTA, M.S. ; ALVES, M.J.M. ; ARANTES, G.M. ; ARMELIN, H.A. ; AUGUSTO, O. ; BALDINI, R.L. ; BASSERES, D.S. ; BECHARA, E.J.H. ; BRUNI-CARDOSO, A. ; CHAIMOVICH, H. ; COLEPICOLO NETO, P. ; COLLI, W. ; CUCCOVIA, I.M. ; DA-SILVA, A.M. ; DI MASCIO, P. ; FARAH, S.C. ; Ferreira, C. ; FORTI, F.L. ; GIORDANO, R.J. ; Verjovski-Almeida, S. ; et.al. Where do we aspire to publish? A position paper on scientific communication in biochemistry and molecular biology. Brazilian Journal of Medical and Biological Research (on line). v. 52, p. 1414-431x201989, 2019. Qualis: A4
DASILVA, LUCAS F. ; BECKEDORFF, FELIPE C. ; AYUPE, ANA C. ; AMARAL, MURILO S. ; MESEL, VINÍCIUS ; VIDEIRA, ALEXANDRE ; Reis, Eduardo M. ; REIS, EM ; SETUBAL, JOÃO C. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Chromatin Landscape Distinguishes the Genomic Loci of Hundreds of Androgen-Receptor-Associated LincRNAs From the Loci of Non-associated LincRNAs. Frontiers in Genetics. v. 9, p. 1-21, 2018. Qualis: A2
VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; DEMARCO, Ricardo ; MARTINS, Elizabeth A.l. ; GUIMARÃES, Pedro E.m ; OJOPI, Elida P.b ; PAQUOLA, Apua C. M. ; PIAZZA, João Paulo ; NISHYIAMA JR., Milton Yutaka ; KITAJIMA, João Paulo ; ADAMSON, Rachel E. ; ASHTON, Peter D ; BONALDO, Maria F ; COULSON, Patricia S ; DILLON, Gary P ; FARIAS, Leonardo P ; GREGORIO, Sheila P ; HO, Paulo L ; LEITE, Ricardo A ; MAQUIAS, Cosme C ; REIS, EM ; et.al. Transcriptome analysis of the acoelomate human parasite Schistosoma mansoni. Nature Genetics, Grã-Bretanha. v. 35, n. 2, p. 148-157, 2003. Qualis: Não identificado (NATURE GENETICS, GRÃ-BRETANHA)

Eduardo Moraes Rego Reis ⇔ Helena Paula Brentani (3.0)
BRENTANI, RICARDO R. ; CARRARO, DIRCE MARIA ; Verjovski-Almeida, Sergio ; Reis, Eduardo M. ; NEVES, E. JORDÃO ; DE SOUZA, SANDRO J. ; CARVALHO, ALEX F. ; BRENTANI, Helena ; REIS, LUIZ F.L.. Gene expression arrays in Cancer Research: Methods and Applications.. Critical Reviews in Oncology/Hematology, Holanda. v. 54, n. 2, p. 95-105, 2005. Qualis: Não identificado (CRITICAL REVIEWS IN ONCOLOGY/HEMATOLOGY, HOLANDA)
BRENTANI, Helena ; CABALLERO, Otavia L. ; CAMARGO, Anamaria A. ; DASILVA, Aline M. ; SILVA, JR., Wilson Araujo da ; DIAS-NETO, Emmanuel ; GRIVET, Marco ; GRUBER, Arthur ; GUIMARAES, Pedro Edson Moreira ; ISELI, Christian ; JONGENEEL, Victor ; KELSO, Janet ; NAGAI, Maria Aparecida ; OJOPI, Elida P.b ; OSORIO, Elisson C. ; REIS, EM ; RIGGINS, Gregory J. ; SIMPSON, Andrew John George ; SOUZA, Sandro de ; STEVENSON, Brian J. ; et.al. The generation and utilization of a cancer-oriented representation of the human transcriptome by using expressed sequence tags. PNAS. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, EUA. v. 100, n. 23, p. 13418-13423, 2003. Qualis: A1 (PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA)
CAMARGO, Anamaria A. ; SAMAIA, Helena Brentani ; DIAS-NETO, Emmanuel ; SIMÃO, Daniel F. ; MIGOTTO, Italo A. ; BRIONES, Marcelo R. S. ; COSTA, Fernando F. ; NAGAI, Maria Aparecida ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; ZAGO, Marco A. ; ANDRADE, Luis Eduardo C. ; CARRER, Helaine ; EL-DORRY, Hamza ; ESPREAFICO, Enilza M. ; HABR-GAMA, Angelita ; GIANNELLA-NETO, Daniel ; GOLDMAN, Gustavo H. ; GRUBER, Arthur ; HACKEL, Christine ; REIS, EM ; et.al. The contribution of 700,000 ?ORF sequence tags? to the definition of the human transcriptome.. PNAS. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, USA. v. 98, n. 21, p. 12103-12108, 2001. Qualis: A1 (PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA)

Eduardo Moraes Rego Reis ⇔ André Fujita (1.0)
RIUS, FLÁVIA E. ; PAPAIZ, DEBORA D. ; AZEVEDO, HATYLAS F. Z. ; AYUB, ANA LUÍSA P. ; PESSOA, DIOGO O. ; OLIVEIRA, TIAGO F. ; LOUREIRO, ANA PAULA M. ; ANDRADE, FERNANDO ; Fujita, André ; REIS, EDUARDO M. ; MASON, CHRISTOPHER E. ; JASIULIONIS, MIRIAM G.. Genome-wide promoter methylation profiling in a cellular model of melanoma progression reveals markers of malignancy and metastasis that predict melanoma survival. Clinical Epigenetics. v. 14, p. 68, 2022. Qualis: A1

Eduardo Moraes Rego Reis ⇔ Carlos Frederico Martins Menck (1.0)
VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; DEMARCO, Ricardo ; MARTINS, Elizabeth A.l. ; GUIMARÃES, Pedro E.m ; OJOPI, Elida P.b ; PAQUOLA, Apua C. M. ; PIAZZA, João Paulo ; NISHYIAMA JR., Milton Yutaka ; KITAJIMA, João Paulo ; ADAMSON, Rachel E. ; ASHTON, Peter D ; BONALDO, Maria F ; COULSON, Patricia S ; DILLON, Gary P ; FARIAS, Leonardo P ; GREGORIO, Sheila P ; HO, Paulo L ; LEITE, Ricardo A ; MAQUIAS, Cosme C ; REIS, EM ; et.al. Transcriptome analysis of the acoelomate human parasite Schistosoma mansoni. Nature Genetics, Grã-Bretanha. v. 35, n. 2, p. 148-157, 2003. Qualis: Não identificado (NATURE GENETICS, GRÃ-BRETANHA)

Eduardo Moraes Rego Reis ⇔ Glaucia Mendes Souza (1.0)
BAPTISTA, M.S. ; ALVES, M.J.M. ; ARANTES, G.M. ; ARMELIN, H.A. ; AUGUSTO, O. ; BALDINI, R.L. ; BASSERES, D.S. ; BECHARA, E.J.H. ; BRUNI-CARDOSO, A. ; CHAIMOVICH, H. ; COLEPICOLO NETO, P. ; COLLI, W. ; CUCCOVIA, I.M. ; DA-SILVA, A.M. ; DI MASCIO, P. ; FARAH, S.C. ; Ferreira, C. ; FORTI, F.L. ; GIORDANO, R.J. ; Verjovski-Almeida, S. ; et.al. Where do we aspire to publish? A position paper on scientific communication in biochemistry and molecular biology. Brazilian Journal of Medical and Biological Research (on line). v. 52, p. 1414-431x201989, 2019. Qualis: A4

Eduardo Moraes Rego Reis ⇔ João Eduardo Ferreira (1.0)
DA PAIXÃO, VINICIUS FERREIRA ; SOSA, OMAR JULIO ; DA SILVA PELLEGRINA, DIOGO VIEIRA ; DAZZANI, BIANCA ; CORRÊA, THALITA BUENO ; RISÉRIO BERTOLDI, ESTER ; DA CRUZ E ALVES-DE-MORAES, LUÍS BRUNO ; DE OLIVEIRA PESSOA, DIOGO ; DE PAIVA OLIVEIRA, VICTORIA ; ALBERTO CHIONG ZEVALLOS, RICARDO ; RUSSO, LILIAN CRISTINA ; LUIS FORTI, FABIO ; EDUARDO FERREIRA, JOÃO ; CARIOCA FREITAS, HELANO ; JUKEMURA, JOSÉ ; MACHADO, MARCEL CERQUEIRA CÉSAR ; DIRLEI BEGNAMI, MARIA ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; BASSÈRES, DANIELA SANCHEZ ; MORAES REIS, EDUARDO ; et.al. Annotation and functional characterization of long noncoding RNAs deregulated in pancreatic adenocarcinoma. CELLULAR ONCOLOGY. v. 45, p. 479-504, 2022. Qualis: A1

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Data de processamento: 27/01/2026 13:30:34

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